CN106995843A - 一种与母猪产仔性状相关的snp标记及其检测方法和应用 - Google Patents

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Abstract

本发明公开了一种与母猪产仔性状相关的SNP标记及其检测方法和应用。所述SNP标记的位点为国际猪基因组10.2版本参考序列9号染色体上g. 95537674核苷酸位点，且其为G/T突变，对应于SEQ ID NO：1上的第255位，所述SNP标记与母猪窝产活仔数极显著相关。一种用于检测本发明所述的SNP标记的引物对，上游引物为：SEQ ID NO：2，下游引物为：SEQ ID NO：3。本发明提供的SNP标记与苏淮母猪的产仔性能相关，因此，可以通过鉴定该SNP标记来筛选高产的母猪品系，所得的母猪高产品系具有重要的经济效益与社会价值。

Description

一种与母猪产仔性状相关的SNP标记及其检测方法和应用
技术领域
本发明属于分子生物学技术领域，涉及一种与母猪产仔性状相关的SNP标记及其检测方法和应用。
背景技术
猪产仔数是重要的经济性状，产仔数的提高将会大大地增加商品猪肉的供应量，给现代养猪生产带来巨大的经济效益。随着我国经济持续快速的发展，人们生活水平逐渐提高，对猪肉的需求量也越来越大。2014年12月底我国能繁母猪存栏数约4300万头，如果母猪平均每胎多产仔1头，按每年每头母猪产2胎计算，则每年可为整个行业多提供约9000万头猪。因此，人们也越来越关注如何提高猪的产仔数性能。然而，产仔数为复杂多基因控制的经济性状，遗传力低，通过传统的选育方法提高猪产仔数收效甚微，所以开发和利用新的分子选育标记来提高猪的繁殖性能倍受重视。
二花脸是我国太湖流域产仔性能非常优秀的国家级畜禽遗传资源保护品种，有着“世界猪种产仔之王”的美誉，也是我国养猪业可持续发展的重要资源。根据发明人所在单位对二花脸猪群最大基地“焦溪二花脸猪专业合作社”内177头二花脸约1000窝产仔数据分析来看，二花脸群体内产仔性能已出现显著分离，尤其是初产总产仔数和产活仔数变异系数分别达到22.14%和26.97%；经产也分别为19.87%和22.14%。然而目前导致二花脸猪品种内产仔数变异的遗传机理尚不清楚。多年以来虽然国内已有大量的研究机构利用二花脸来鉴别二花脸猪种高繁殖力的遗传机理，但限于研究方法、手段、材料及繁殖性状本身复杂性等众多因素的制约，二花脸猪种高繁殖力遗传机制并没有得到充分的揭示和有效的利用。
苏淮猪是在新淮猪的基础上再用大白猪杂交，通过横交、多世代选育而成。含新淮猪血统50%、大白猪血统50%。从1998年开始至2010年，历经12年的科研攻关培育而成的新品种。由淮安市淮阴种猪场、南京农业大学、江苏省畜牧总站和淮安市农业委员会共同培育而成。对于一个培育的新品种来说，品种内产仔数变异的遗传机理尚不清楚，因此鉴别苏淮猪群体内影响产仔性状的候选基因，从而利用遗传标记来提高群体的生产性能是十分有效的手段。
随着梅山猪出口到国外，其高繁殖力优势基因被国外许多机构进行了系统科学的研究和有效利用，提高了其瘦肉型猪种的繁殖力，近年来从法国和丹麦引进的猪种普遍繁殖力很高，我们地方猪高产优势逐渐被削弱，这是一个严重威胁，是国人不得不面对并亟需寻求对策的现实。鉴别和分离尚未被出口的二花脸猪种的高产优势基因，培育性能相对稳定的高产群体、巩固太湖流域这些地方猪种的高产优势已刻不容缓。
从国际猪QTL数据库网站（http://www.animalgenome.org/cgi-bin/QTLdb/SS/index）可知，目前在猪所有的常染色体及性染色体上都定位到影响总产仔数的QTL，但大部分是利用微卫星标记定位的QTL，置信区间多在10-20cM，无法确定真正的主效基因及其关键变异位点，因此难以直接应用于种猪选育改良。
发明内容
本发明的目的在于针对现有技术不足，产仔数的低遗传力，提供与母猪窝产活仔数相关的SNP标记。
本发明的另一个目的在于提供用于检测上述SNP标记的引物和检测方法。
本发明的另一个目的在于提供上述SNP标记的用途。
一种与苏淮母猪产仔性状相关的SNP标记，所述SNP标记的位点为国际猪基因组10.2版本参考序列9号染色体上g. 95537674核苷酸位点，且其为G/T突变，所述SNP标记与苏淮母猪窝产总仔数极显著相关。g. 95537674位点具有TT基因型的苏淮个体母猪窝产活仔数显著高于具有GG基因型的二花脸个体母猪窝产活仔数。
一种基于所述的SNP开发分子标记的方法，以含有所述的SNP标记的核苷酸序列为基础序列，设计引物对，以苏淮母猪基因组DNA为模板进行PCR扩增，使所述的SNP标记转化为分子标记。
所述的引物对序列为上游引物：SEQ ID NO：2，下游引物：SEQ ID NO：3；所述的分子标记序列如SEQ ID NO：1所示，所述的SNP位点位于第255位，存在G/T多态性。
按照上述方法得到的分子标记。
所述的分子标记优选序列如SEQ ID NO：1所示，所述的SNP位点位于第255位，存在G/T多态性。
一种用于检测本发明所述的SNP标记的引物对，上游引物为：SEQ ID NO：2，下游引物为：SEQ ID NO：3。
一种检测本发明所述的SNP标记的方法，包含PCR扩增苏淮母猪基因组中含有所述的SNP标记的一段序列，对扩增产物进行测序，判读该位点的G/T多态。
所述的检测本发明所述的SNP标记的方法，优选包括以下步骤：
(1)取一头苏淮母猪的耳组织样品并提取总DNA；
(2)用已提取的苏淮母猪基因组DNA为模板，使用权利要求5所述的引物进行PCR扩增；
(3)扩增产物进行测序，分析测序结果，判读在SEQ ID NO：1第255位的G/T多态。
其中，步骤（2）所述的PCR扩增反应体系为：DNA模板2.5μL、SEQ ID NO：2和SEQ IDNO：3所示的引物各1.25μL、PCR Mix试剂25μL、双蒸水20μL；其中所述DNA模板浓度为30ng/μL，所述引物的浓度为10mol/L，所述PCR Mix试剂为南京欧科生物技术有限公司的P394961L型号试剂；PCR扩增的反应程序为：预变性96℃ 2min；变性96℃ 20s；退火61℃ 30s，延伸72℃ 45s，35个循环；延伸72℃ 10min。
本发明所述的SNP标记、分子标记、引物在筛选高产苏淮母猪品系中的应用。
一种筛选高产苏淮母猪品系的方法，包括检测苏淮母猪g. 95537674核苷酸位点的基因型，选育g. 95537674核苷酸位点的TT型个体作为种猪。
有益效果：
本发明提供的SNP标记与苏淮母猪的产仔性能相关，因此，可以通过鉴定该SNP标记来筛选高产的苏淮母猪品系，所得的苏淮母猪高产品系具有重要的经济效益与社会价值。
附图说明
图1为使用本发明的引物扩增g. 95537674的电泳图。
图2为g. 95537674的突变位点不同基因型的DNA测序结果峰图。
具体实施方式
以下实施例用于说明本发明，但不用来限制本发明的范围。在不背离本发明精神和本质的情况下，对本发明方法、步骤或条件所作的修改或替换，均属于本发明的范围。
实施例1
1、提取苏淮母猪基因组DNA
采集具有准确窝总产仔数记录的347头苏淮母猪的耳组织样品，放置于装有70%酒精的离心管内，-20℃冰箱保存备用。
使用传统酚/氯仿法提取耳组织基因组DNA，所需试剂包括：
裂解液实验室配备
蛋白酶K（德国MERCK生物科技有限公司）
Tris饱和酚（北京索莱宝生物科技有限公司）
Tris饱和酚：氯仿：异戊醇（25：24：1）（北京索莱宝生物科技有限公司）
氯仿（江苏永华精细化学品有限公司）
无水乙醇（广东光华科技股份有限公司）
3M乙酸钠（北京索莱宝生物科技有限公司）
具体步骤如下所述：
(1)取黄豆大小组织样，尽量剪碎放入2ml离心管中；
(2)加入裂解液（自己配备）800μL，及蛋白酶K 30μL（0mg/ml）；
(3)样品置于55℃恒温箱中孵育过夜，至管中无组织块为止；
(4)加入Tris饱和酚800μL，轻微混匀10min，4℃ 12000r/min离心12min；
(5)取650μL上清加Tris饱和酚：氯仿：异戊醇（25：24：1）800μL，混摇10min，4℃12000r/min离心12min；
(6)取550μL上清，加氯仿800μL，混摇10min，4℃ 12000r/min离心12min；
以下步骤换1.5ml的离心管
(7)取450μL上清，加无水乙醇800μL，3M 乙酸钠40μL，混摇6min，4℃1000r/min离心8min；
(8)弃上清留下DNA沉淀团，加入1000μL 70%乙醇（自己配备），混摇5min，4℃ 1000r/min离心5min，弃上清（如需要可重复一次）；
(9)将离心管放入通风橱，吹干至管内无小滴；
(10) 样品加100μL超纯水，轻微吹打至DNA溶解，经过Nanodrop-100分光光度计检测质量与浓度后将浓度同一稀释到30ng/μL于-20℃下保存备用。。
2、目的片段PCR扩增与测序
用已提取的DNA为模板，根据所设计的引物，进行PCR扩增：取DNA模板2.5μL、SEQ IDNO：2和SEQ ID NO：3所示的引物各1.25μL、PCR Mix试剂25μL、双蒸水20μL；设置PCR扩增体系：预变性96℃ 2min；变性96℃ 20s；退火61℃ 30s；延伸72℃ 45s；35个循环；然后延伸10min。
一部分PCR产物在1.2%琼脂糖凝胶中电泳检测，扩增的目的片段大小为427bp，电泳图见图1，图1显示能够扩增出目标条带。将剩余的扩增产物进行测序，测序结果用DNAman软件与GenBank中猪的相关基因片段序列比对、分析，判读g.95537674处的G/T基因型，然后利用SAS软件进行基因型对表型的影响效应分析。分析模型为Yijklm=u + Gj+ Bk + Pl +eijklm
其中：Yijkm为猪的产仔数；Gj代表第j个SNP的基因型固定效应；Bk是第k个批次固定效应；Pl是胎次的随机效应，不同胎次的产仔数记录作为重复数据处理；eijklm为残差。
显著性的P值经过10000次的随机抽样校正。
表1给出了g. 95537674G/T突变位点在苏淮中对窝产活仔数的影响效应。由表1可知，苏淮猪中，g. 95537674 G/T位点的TT基因型个体与GG型个体相比较：窝产活仔数平均增加0.92头。由此可见，在苏淮母猪中，继代选育g. 95537674G/T位点的TT型个体，均可逐步提高苏淮母猪的窝产活仔数，达到提高苏淮母猪繁殖性能的目的。
表1、 g. 95537674G/T SNP位点与苏淮母猪窝产活仔数的关联分析

Claims (10)

1.一种与母猪产仔性状相关的SNP标记，其特征在于，所述SNP标记的位点为国际猪基因组10.2版本参考序列9号染色体上g. 95537674
核苷酸位点，且存在G/T多态性，所述SNP标记与母猪窝产活仔数极显著相关。
2.一种基于权利要求1所述的SNP开发分子标记的方法，其特征在于以含有权利要求1所述的SNP标记的核苷酸序列为基础序列，设计引物对，以母猪基因组DNA为模板进行PCR扩增，使权利要求1所述的SNP标记转化为分子标记。
3. 根据权利要求21所述的方法，其特征在于所述的引物对序列为上游引物：SEQ IDNO：2，下游引物：SEQ ID NO：3；所述的分子标记序列如SEQ ID NO：1所示，所述的SNP位点位于第255位，存在G/T多态性。
4.按照权利要求2或3的方法得到的分子标记。
5. 根据权利要求4所述的分子标记，其特征在于分子标记序列如SEQ ID NO：1所示，所述的SNP位点位于第255位，存在G/T多态性。
6. 一种用于检测权利要求1所述的SNP标记的引物对，其特征在于上游引物为：SEQ IDNO：2，下游引物为：SEQ ID NO：3。
7.一种检测权利要求1所述的SNP标记的方法，其特征在于包含PCR扩增母猪基因组中含有权利要求1所述的SNP标记的一段序列，对扩增产物进行测序，判读该位点的G/T多态。
8.根据权利要求7所述的方法，其特征在于包括以下步骤：
取一头母猪的耳组织样品并提取总DNA；
用已提取的母猪基因组DNA为模板，使用权利要求5所述的引物进行PCR扩增；
扩增产物测序，分析测序结果，判读在SEQ ID NO：1第255位的G/T多态性。
9.权利要求1所述的SNP标记、权利要求4或5所述的分子标记、权利要求6所述的引物在筛选高产母猪品系中的应用。
10. 一种筛选高产母猪品系的方法，其特征在于包括检测母猪g. 95537674核苷酸位点的基因型，选育g. 95537674核苷酸位点的TT型个体作为种猪。
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* Cited by examiner, † Cited by third party
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