CN106987652A - 用于鉴定山鸡椒性别的snp标记及该snp标记的筛选方法 - Google Patents

用于鉴定山鸡椒性别的snp标记及该snp标记的筛选方法 Download PDF

Info

Publication number
CN106987652A
CN106987652A CN201710427301.6A CN201710427301A CN106987652A CN 106987652 A CN106987652 A CN 106987652A CN 201710427301 A CN201710427301 A CN 201710427301A CN 106987652 A CN106987652 A CN 106987652A
Authority
CN
China
Prior art keywords
cubeb litsen
litsen tree
rad
screening technique
sex
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Granted
Application number
CN201710427301.6A
Other languages
English (en)
Other versions
CN106987652B (zh
Inventor
高暝
汪阳东
陈益存
吴立文
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
Research Institute of Subtropical Forestry of Chinese Academy of Forestry
Original Assignee
Research Institute of Subtropical Forestry of Chinese Academy of Forestry
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Research Institute of Subtropical Forestry of Chinese Academy of Forestry filed Critical Research Institute of Subtropical Forestry of Chinese Academy of Forestry
Priority to CN201710427301.6A priority Critical patent/CN106987652B/zh
Publication of CN106987652A publication Critical patent/CN106987652A/zh
Application granted granted Critical
Publication of CN106987652B publication Critical patent/CN106987652B/zh
Active legal-status Critical Current
Anticipated expiration legal-status Critical

Links

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6888—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms
    • C12Q1/6895—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms for plants, fungi or algae
    • G—PHYSICS
    • G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
    • G16B—BIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
    • G16B30/00—ICT specially adapted for sequence analysis involving nucleotides or amino acids
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/13—Plant traits
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/156—Polymorphic or mutational markers

Landscapes

  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Evolutionary Biology (AREA)
  • Spectroscopy & Molecular Physics (AREA)
  • Botany (AREA)
  • Mycology (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Theoretical Computer Science (AREA)
  • Medical Informatics (AREA)
  • Bioinformatics & Computational Biology (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)

Abstract

本发明提供了一种用于鉴定山鸡椒性别的SNP标记及该SNP标记的筛选方法，涉及分子生物学技术领域，本发明提供了山鸡椒基因组中SNP位点在鉴定所述山鸡椒性别中的应用，通过检测SNP位点Lcu 266763能够快速准确地鉴定山鸡椒的性别。本发明提供的用于检测山鸡椒性别的SNP位点的筛选方法，通过RAD测序技术对待测山鸡椒样品进行测序分析，寻找到了一个只存在于雄性山鸡椒或雌性山鸡椒中的功能性SNP分子标记，通过该SNP标记，实现对山鸡椒性别的准确鉴定。

Description

用于鉴定山鸡椒性别的SNP标记及该SNP标记的筛选方法
技术领域
本发明涉及分子生物学技术领域，尤其是涉及一种用于鉴定山鸡椒性别的SNP标记及该SNP标记的筛选方法。
背景技术
山鸡椒(Litsea cubeba(Lour.)Pers.)，又名山苍子，木姜子等，属于樟科(Lauracea)木姜子属(Litsea Lam)落叶灌木或小乔木，是原产于我国的珍贵天然香料植物。其果实、叶、花等组织可蒸提精油，精油中柠檬醛含量高达60-90％，是制造高级化妆品、药品、食品添加剂、病虫害防治剂、润滑油等的重要原料。
山鸡椒为雌雄异株植物，天然林中雌雄株比例大约为1：0.59～0.75，但是仅有少数的雄株即可保证充足的花粉供应(1:0.18)。然而在实际种植中，由于山鸡椒雌雄株在形态上差异不大，无法对造林材料进行性别鉴定，导致雌雄株比例不能达到1:0.18，只能在山鸡椒生长三年开花后，通过花形态辨别雌雄株，再去除多余雄株以达到此比例。这种方式造成了巨大的时间延误和资源浪费，阻碍了山鸡椒雌雄株资源的优化配置及其合理利用，延长了山鸡椒苗木育种周期，降低了苗木结实率及苗木育种者的经济效益。
因此，开发一种能够快速有效，并且能够准确鉴定山鸡椒性别的方法尤为重要。
有鉴于此，特提出本发明。
发明内容
本发明的第一个目的在于提供山鸡椒基因组中SNP位点在鉴定所述山鸡椒性别中的应用，本发明的第二个目的在于提供一种能够鉴定山鸡椒性别的SNP位点的筛选方法，本发明的第三个目的在于提供一种用于鉴定山鸡椒性别的产品，以缓解现有技术中存在的没有快速有效，并且准确的鉴定山鸡椒性别的方法的技术问题。
本发明提供的山鸡椒基因组中SNP位点在鉴定所述山鸡椒性别中的应用，所述SNP位点为Lcu 266763。
本发明还提供了一种用于鉴定山鸡椒性别的SNP位点的筛选方法，所述筛选方法包括如下步骤：
步骤(a)：从待测山鸡椒中提取基因组DNA，构建RAD文库，并进行测序，得到原始数据；
步骤(b)：对所述原始数据进行优化筛选，得到RAD测序数据；
步骤(c)：将所述RAD测序数据进行计数并获得每个个体RAD-标签的数目和深度；
步骤(d)：根据所述RAD-标签的深度进行一次归类，并根据所述一次归类后的差异碱基数进行二次归类，对SNP标记基因分型，根据最大似然法确定所述SNP位点。
进一步地，在所述步骤(a)中，所述基因组DNA为从所述待测山鸡椒的花蕾中提取。
进一步地，在所述步骤(b)中，所述优化筛选为去除所述原始数据中的接头序列，过滤小片段序列、RAD-Tag不明确的序列及测序质量评估低于质量10的序列。
进一步地，在所述步骤(d)中，所述一次归类为将深度超过3且序列完全相同的RAD-标签聚为stack，所述二次归类为差异碱基数少于4的所述stack聚为locus。
进一步地，所述SNP位点满足以下条件(1)-(5)中的一条或多条：
(1)在所述待测山鸡椒的样本中有40％及以上的个体具有该位点；
(2)至少有一个所述stack或locus具有该位点；
(3)测序深度大于等于3；
(4)最小等位基因频率大于等于0.05；
(5)一个位点中有多个SNPs时随机选取一个。
进一步地，所述SNP位点表现为在雄性中出现，在雌性中缺失，或者在雌性中出现，在雄性中缺失。
进一步地，所述SNP位点为Lcu 266763。
进一步地，所述Lcu 266763表现为如下(A)和(B)：
(A)雌中纯合，等位基因核苷酸为G；
(B)雄中杂合，等位基因核苷酸为G和A。
另外，本发明还提供了一种用于鉴定山鸡椒性别的产品，所述产品包括能够特异性检测所述Lcu 266763的引物对。
本发明提供了山鸡椒基因组中SNP(Single Nucleotide Polymorphisms，单核苷酸多态性)位点在鉴定所述山鸡椒性别中的应用，通过检测SNP位点Lcu 266763能够快速准确地鉴定山鸡椒的性别。本发明提供的用于检测山鸡椒性别的SNP位点的筛选方法，通过RAD(Restriction site Associated DNA)测序技术对待测山鸡椒样品进行测序分析，寻找到了一个只存在于雄性山鸡椒或雌性山鸡椒中的功能性SNP分子标记，通过该SNP标记，实现对山鸡椒性别的准确鉴定。
附图说明
为了更清楚地说明本发明具体实施方式或现有技术中的技术方案，下面将对具体实施方式或现有技术描述中所需要使用的附图作简单地介绍，显而易见地，下面描述中的附图是本发明的一些实施方式，对于本领域普通技术人员来讲，在不付出创造性劳动的前提下，还可以根据这些附图获得其他的附图。
图1为本发明实施例1提供的部分待测山鸡椒样品提取基因组DNA电泳结果图；
图2为本发明实施例1提供的部分待测山鸡椒样品RAD-标签测序深度分布情况结果图；
图3本发明实施例4提供的Lcu 266763与性别相关性及性别预测的结果图。
具体实施方式
下面将结合实施例对本发明的技术方案进行清楚、完整地描述，显然，所描述的实施例是本发明一部分实施例，而不是全部的实施例。基于本发明中的实施例，本领域普通技术人员在没有做出创造性劳动前提下所获得的所有其他实施例，都属于本发明保护的范围。
本发明提供了山鸡椒基因组中SNP位点在鉴定山鸡椒性别中的应用，其中，SNP位点为Lcu 266763。
本发明还提供了一种用于鉴定山鸡椒性别的SNP位点的筛选方法，所述筛选方法包括如下步骤：
步骤(a)：从待测山鸡椒中提取基因组DNA，构建RAD文库，并进行测序，得到原始数据；
步骤(b)：对所述原始数据进行优化筛选，得到RAD测序数据；
步骤(c)：将所述RAD测序数据进行计数并获得每个个体RAD-标签的数目和深度；
步骤(d)：根据所述RAD-标签的深度进行一次归类，并根据所述一次归类后的差异碱基数进行二次归类，对SNP标记基因分型，根据最大似然法确定所述SNP位点。
在本发明中，在步骤(a)中，山鸡椒基因组DNA为从待测山鸡椒的花蕾中提取；测序为采用Illumina PE测序技术进行双尾端测序；
在本发明中，在步骤(b)中，优化筛选为去除所述数据中的接头序列，过滤小片段序列、RAD-Tag不明确的序列及测序质量评估低于质量10的序列。其中，测序质量评估应用sliding window(长度为截取后序列长度的15％)。
在本发明中，在步骤(d)中，利用stacks软件进行SNP标记基因分型，将RAD-标签深度超过3的完全相同序列聚为一个stack，将差异碱基数少于4的stacks聚为一个locus，根据最大似然法确定SNPs。
在本发明中，上述SNP位点满足以下条件(1)-(5)中的一条或多条：
(1)在待测山鸡椒的样本中有40％及以上的个体具有该位点；
(2)至少有一个stack或locus具有该位点；
(3)测序深度大于等于3；
(4)最小等位基因频率大于等于0.05；
(5)一个位点中有多个SNPs时随机选取一个。
在本发明中，SNP位点表现为在雄性中出现，在雌性中缺失，或者在雌性中出现，在雄性中缺失。
在本发明中，上述SNP位点为Lcu 266763。
其中，Lcu 266763表现为如下(A)和(B)：
(A)雌中纯合，等位基因核苷酸为G；
(B)雄中杂合，等位基因核苷酸为G和A。
另外，本发明还提供了一种用于鉴定山鸡椒性别的产品，包括能够特异性检测Lcu266763的引物对，其中，
Lcu 266763的上游引物为：5'-ATCTTCTAATCCGGCCGTTC-3'(如序列表中SEQ IDNO.1所示)；
Lcu 266763的下游引物为：5'-GATCTTCTAATCCGGCCGTT-3'(如序列表中SEQ IDNO.2所示)。
在本发明中，用于鉴定山鸡椒性别的产品例如可以为，但不限于试剂盒。
本发明提供了山鸡椒基因组中SNP位点在鉴定所述山鸡椒性别中的应用，通过检测SNP位点Lcu 266763能够快速准确地鉴定山鸡椒的性别。本发明提供的用于检测山鸡椒性别的SNP位点的筛选方法，通过RAD(Restriction site Associated DNA)测序技术对待测山鸡椒样品进行测序分析，寻找到了一个只存在于雄性山鸡椒或雌性山鸡椒中的功能性SNP分子标记，通过该SNP标记，实现对山鸡椒性别的准确鉴定。
为了有助于更清楚的理解本发明的内容，现结合具体的实施例详细介绍如下。
实施例1山鸡椒RAD测序
2014年10月于贵州省黔东南自治州黎平县永从乡，随机采集天然分布的11株山鸡椒雌株、11株山鸡椒雄株花蕾，置于液氮中带回实验室，利用DN15植物基因组DNA提取试剂盒提取基因组DNA(结果如图1所示)，用于构建RAD文库，并采用Illumina PE测序技术进行双尾端测序。22个样品共获得261,462,739bp原始数据。通过去除原始数据中的接头序列、过滤小片段序列及RAD-Tag不明确的序列、利用sliding window(长度为截取后序列长度的15％)进行测序质量评估，过滤掉低于质量10的序列后，共保留了84.04％的原始数据(219,745,695bp)，如表1所示。
表1山鸡椒RAD测序数据统计
根据相同酶切位置RAD-标签测序数据之间的序列全同性，将数据进行计数并获得每个个体RAD-标签的数目和深度信息，用于评估RAD技术对于酶切区域的富集效果。通过对5’端非酶切位点起始的序列、RAD-标签深度值为1的序列进行过滤后，进一步统计数目标签数目和深度信息，结果如图2所示。22个样品共得到30373871个RAD-标签。通过表2与图1可以看出，样品的酶切实验富集效果良好。
表2 RAD-标签数据统计
实施例2 SNP标记基因分型
利用stacks软件进行SNP标记基因分型，将标签深度超过3的完全相同序列聚为一个stack，将差异碱基数少于4的stacks聚为一个locus，根据最大似然法确定SNPs。挑出满足以下条件的SNPs：(1)在所有样本中有40％的个体具有该位点；(2)至少有一个群体具有该位点；(3)Stack测序深度必须大于等于3；(4)最小等位基因频率必须大于等于0.05；(5)一个位点中有多个SNPs时随机选取一个。22个样品共得到80769个SNP标记，结果如表3至表8所示。
表3基因型数据信息统计表
表4基因型数据信息统计表续表-1
POS Cnt 9X 10X 11X 1C 2C 3C 4C
1 333 10 A|11 A|9 A|8 A|9 A|2/G|3 A|8 -
2 1815 15 C|13 C|8 A|5/C|7 A|14 A|4/C|4 A|8 -
3 1961 12 G|8 G|5 - - G|6 G|7 -
4 2794 10 G|7 G|6 G|5 - G|9 G|8 -
5 4850 10 - C|13 T|15 C|8 C|5 T|9 -
6 4981 13 G|13 - G|9 G|10 G|8 - -
7 5564 10 C|6 - C|7 - - C|8 -
8 6368 12 T|23 - - C|8 - C|6/T|12 C|5
9 6553 10 - - C|6/T|3 T|6 T|5 T|19 -
10 9519 10 - A|5/C|3 - - C|8 - C|11
11 10429 14 G|25 - - G|8 G|5 G|13 A|6
12 10469 10 - C|5/T|5 T|15 T|16 T|7 - -
13 11054 15 G|11 G|6 G|10 G|6 G|7 G|7 G|5
14 13867 14 A|18 A|6 A|14 A|4/C|4 A|5 A|10 -
15 14658 11 G|19 - G|10 A|4/G|3 G|7 G|7 -
16 16537 10 - - - C|13/G|5 C|9 C|21 -
17 21107 11 G|8 - G|5 G|6 G|9 - -
…… …… …… …… …… …… …… …… …… ……
表5基因型数据信息统计表续表-2
其中，“POS”是变异位点的位置；“Cnt”表示有多少样本具有该位点；其后是个体基因型：“/”表示该个体在此处为杂合位点，两侧是等位基因碱基型(无“/”则是纯合位点)，“|”后面是该碱基的测序深度，“-”为缺失位点。
表6 22个样品SNP信息统计表
POS Cnt 1X 2X 3X 4X 5X 6X 7X 8X
1 333 10 - - - A - - - A
2 1815 15 - - - A - - C C
3 1961 12 - G - - - - - G
4 2794 10 - G - - - - - G
5 4850 10 - - - - - - T T
6 4981 13 - - - A/G G G - A/G
7 5564 10 - - - - C C - C
8 6368 12 - - - C/T - - - C/T
9 6553 10 C - - C/T - - - C/T
10 9519 10 C - C - C C - -
11 10429 14 - G - - - - - G
12 10469 10 - - - T T T - -
13 11054 15 - - G - - - - G
14 13867 14 - - - - A - - A
15 14658 11 - - - - G G - G
16 16537 10 - - - - C/G - C C
17 21107 11 - - G G G G - -
… …… … … …… …… …… …… …… ……
表7 22个样品SNP信息统计表续表-1
表8 22个样品SNP信息统计表续表-2
POS Cnt 5C 6C 7C 8C 9C 10C 11C
1 333 10 A - A - - - -
2 1815 15 - C A C C A/C C
3 1961 12 A G - G G G G
4 2794 10 - G A - - - G
5 4850 10 C/T T - T - - -
6 4981 13 G - G - G G G
7 5564 10 - C - - C T C
8 6368 12 C T C - T T T
9 6553 10 T - T - - - C
10 9519 10 - C C - - - C
11 10429 14 A/G G G A/G A/G G A/G
12 10469 10 - T T - - T -
13 11054 15 G G G - G A G
14 13867 14 A - A/C A A A A
15 14658 11 - - A/G - - G G
16 16537 10 - - C C/G - C C/G
17 21107 11 - - G A - - G
…… …… …… …… …… …… …… …… …… ……
实施例3山鸡椒性别相关的SNPs位点筛选
对山鸡椒雌、雄DNA池的RAD-标签进行比对，过滤后得到89个SNP位点，表现出雌池(或者雄池)中存在，而在雄池(或者雌池)中缺失，如表9所示。进一步评估这89个标记，筛选出两个标记可能与性别相关(Lcu136163和Lcu266763)，其分别在超过5个以上的样本中表现出雌中纯合(G)，雄中杂合(等位基因‘G’和‘A’)。
表9 89个SNP信息统计表
其中，“/”表示该个体在此处为杂合位点，两侧是等位基因碱基型(无“/”则是纯合位点)，“-”为缺失位点。
实施例4 SNPs性别关联验证及性别预测
2016年1月，于富阳新沙岛山鸡椒种质资源库中采集48株山鸡椒植株(24株雌株和24株雄株)，利用等位基因特异PCR基因分型方法验证RAD标记Lcu 136163和Lcu 266763与性别关联性，引物信息见表10。结果显示，RAD标记Lcu 136163标记未表现出与性别具有相关性，RAD标记Lcu 266763表现出与性别相关性，预示着山鸡椒性别决定的遗传机制是基于雄性杂合性(G/A)。
表10引物信息
此外，对富阳城市森林公园的36株样品(实际性别为18株雌株，18株雄株)进行性别预测，以验证SNPs位点的正确性。除两个雌株外，Lcu 266763能较稳定的显示出山鸡椒雌雄间的差异，利用等位基因特异KASP方法进行相关性验证及预测。读取每个样品的FAM荧光发射系数和CAL Fluor Orange 560荧光系数，与空白对照进行比较。结果如图3所示。
通过以上实验结果可以说明，本发明通过检测SNP位点Lcu 266763能够快速准确地鉴定山鸡椒的性别。本发明提供的用于检测山鸡椒性别的SNP位点的筛选方法，寻找到了一个只存在于雄性山鸡椒或雌性山鸡椒中的功能性SNP分子标记Lcu 266763，通过该Lcu266763，实现对山鸡椒性别的准确鉴定。
最后应说明的是：以上各实施例仅用以说明本发明的技术方案，而非对其限制；尽管参照前述各实施例对本发明进行了详细的说明，本领域的普通技术人员应当理解：其依然可以对前述各实施例所记载的技术方案进行修改，或者对其中部分或者全部技术特征进行等同替换；而这些修改或者替换，并不使相应技术方案的本质脱离本发明各实施例技术方案的范围。
SEQUENCE LISTING
<110> 中国林业科学研究院亚热带林业研究所
<120> 用于鉴定山鸡椒性别的SNP标记及该SNP标记的筛选方法
<160> 2
<170> PatentIn version 3.5
<210> 1
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 1
atcttctaat ccggccgttc 20
<210> 2
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 2
gatcttctaa tccggccgtt 20

Claims (10)

1.山鸡椒基因组中SNP位点在鉴定所述山鸡椒性别中的应用，其特征在于，所述SNP位点为Lcu 266763。
2.一种用于鉴定山鸡椒性别的SNP位点的筛选方法，其特征在于，所述筛选方法包括如下步骤：
步骤(a)：从待测山鸡椒中提取基因组DNA，构建RAD文库，并进行测序，得到原始数据；
步骤(b)：对所述原始数据进行优化筛选，得到RAD测序数据；
步骤(c)：将所述RAD测序数据进行计数并获得每个个体RAD-标签的数目和深度；
步骤(d)：根据所述RAD-标签的深度进行一次归类，并根据所述一次归类后的差异碱基数进行二次归类，对SNP标记基因分型，根据最大似然法确定所述SNP位点。
3.根据权利要求2所述的筛选方法，其特征在于，在所述步骤(a)中，所述基因组DNA为从所述待测山鸡椒的花蕾中提取。
4.根据权利要求2所述的筛选方法，其特征在于，在所述步骤(b)中，所述优化筛选为去除所述原始数据中的接头序列，过滤小片段序列、RAD-Tag不明确的序列及测序质量评估低于质量10的序列。
5.根据权利要求2所述的筛选方法，其特征在于，在所述步骤(d)中，所述一次归类为将深度超过3且序列完全相同的RAD-标签聚为stack，所述二次归类为差异碱基数少于4的所述stack聚为locus。
6.根据权利要求5所述的筛选方法，其特征在于，所述SNP位点满足以下条件(1)-(5)中的一条或多条：
(1)在所述待测山鸡椒的样本中有40％及以上的个体具有该位点；
(2)至少有一个所述stack或locus具有该位点；
(3)测序深度大于等于3；
(4)最小等位基因频率大于等于0.05；
(5)一个位点中有多个SNPs时随机选取一个。
7.根据权利要求6所述的筛选方法，其特征在于，所述SNP位点表现为在雄性中出现，在雌性中缺失，或者在雌性中出现，在雄性中缺失。
8.根据权利要求2-7任一项所述的筛选方法，其特征在于，所述SNP位点为Lcu 266763。
9.根据权利要求8所述的筛选方法，其特征在于，所述Lcu 266763表现为如下(A)和(B)：
(A)雌中纯合，等位基因核苷酸为G；
(B)雄中杂合，等位基因核苷酸为G和A。
10.一种用于鉴定山鸡椒性别的产品，其特征在于，所述产品包括能够特异性检测所述Lcu 266763的引物对。
CN201710427301.6A 2017-06-07 2017-06-07 用于鉴定山鸡椒性别的snp标记及该snp标记的筛选方法 Active CN106987652B (zh)

Priority Applications (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CN201710427301.6A CN106987652B (zh) 2017-06-07 2017-06-07 用于鉴定山鸡椒性别的snp标记及该snp标记的筛选方法

Applications Claiming Priority (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CN201710427301.6A CN106987652B (zh) 2017-06-07 2017-06-07 用于鉴定山鸡椒性别的snp标记及该snp标记的筛选方法

Publications (2)

Publication Number Publication Date
CN106987652A true CN106987652A (zh) 2017-07-28
CN106987652B CN106987652B (zh) 2020-11-27

Family

ID=59421828

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
CN201710427301.6A Active CN106987652B (zh) 2017-06-07 2017-06-07 用于鉴定山鸡椒性别的snp标记及该snp标记的筛选方法

Country Status (1)

Country Link
CN (1) CN106987652B (zh)

Cited By (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN109097465A (zh) * 2018-09-19 2018-12-28 蒲佐 Clip3基因的snp位点的应用
CN114316008A (zh) * 2022-01-21 2022-04-12 中国林业科学研究院亚热带林业研究所 转录因子lcmyb4在调控山鸡椒萜类合成中的应用
CN114381473A (zh) * 2022-01-20 2022-04-22 中国林业科学研究院亚热带林业研究所 转录因子LcERF19在调控山鸡椒精油合成中的应用

Cited By (5)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN109097465A (zh) * 2018-09-19 2018-12-28 蒲佐 Clip3基因的snp位点的应用
CN114381473A (zh) * 2022-01-20 2022-04-22 中国林业科学研究院亚热带林业研究所 转录因子LcERF19在调控山鸡椒精油合成中的应用
CN114381473B (zh) * 2022-01-20 2023-08-04 中国林业科学研究院亚热带林业研究所 转录因子LcERF19在调控山鸡椒精油合成中的应用
CN114316008A (zh) * 2022-01-21 2022-04-12 中国林业科学研究院亚热带林业研究所 转录因子lcmyb4在调控山鸡椒萜类合成中的应用
CN114316008B (zh) * 2022-01-21 2023-08-04 中国林业科学研究院亚热带林业研究所 转录因子lcmyb4在调控山鸡椒萜类合成中的应用

Also Published As

Publication number Publication date
CN106987652B (zh) 2020-11-27

Similar Documents

Publication Publication Date Title
Guimarães Marker-assisted selection: current status and future perspectives in crops, livestock, forestry and fish
Zha et al. Asymmetric hybridization in Rhododendron agastum: a hybrid taxon comprising mainly F 1s in Yunnan, China
Hoban et al. Human‐impacted landscapes facilitate hybridization between a native and an introduced tree
CN106987652A (zh) 用于鉴定山鸡椒性别的snp标记及该snp标记的筛选方法
Esfandani Bozchaloyi et al. Species delimitation in Geranium Sect. Batrachioidea: morphological and molecular
Belaj et al. Olive genetic resources
Parker et al. Genetic and morphological contrasts between wild and anthropogenic populations of Agave parryi var. huachucensis in south-eastern Arizona
Kimball et al. Genetic relationships in Zoysia species and the identification of putative interspecific hybrids using simple sequence repeat markers and inflorescence traits
Karataş et al. Genetic diversity of wild and cultivated grapevine accessions from southeast Turkey
Kong et al. Genetic analysis of rhizomatousness and its relationship with vegetative branching of recombinant inbred lines of Sorghum bicolor× S. propinquum
Öztürk et al. Genetic diversity of pinto and fresh bean (Phaseolus vulgaris L.) germplasm collected from Erzincan province of Turkey by inter-primer binding site (iPBS) retrotransposon markers
Portis et al. Multivariate analysis of genetic relationships between Italian pepper landraces
Silvar et al. Deciphering genetic diversity in the origins of pepper (Capsicum spp.) and comparison with worldwide variability
Nielsen Molecular differentiation within and among island populations of the endemic plant Scalesia affinis (Asteraceae) from the Galápagos Islands
Khalil et al. A multivariate approach for the ampelographic discrimination of grapevine (Vitis vinifera) cultivars: application to local Syrian genetic resources
CN109152346A (zh) 西瓜中赋予对马铃薯y病毒属抗性的qtl
Amkul et al. Construction of a high density linkage map and genome dissection of bruchid resistance in zombi pea (Vigna vexillata (L.) A. Rich)
Ebadi et al. Genetic diversity of Iranian and some European grapes as revealed by nuclear and chloroplast microsatellite and SNP molecular markers
Bibi et al. Genetic diversity and structure analysis assessed by SSR markers in a large collection of Vitis cultivars from the island of Crete, Greece
Brugnoli et al. Diversity in apomictic populations of Paspalum simplex Morong
CN106591460A (zh) 一种ssr分子标记鉴定“中茶302”茶树品种的方法及应用
Ferreira et al. Multivariate analysis to quantify genetic diversity and family selection in sour passion fruit under recurrent selection
Pometti et al. Genetic variation in natural populations of Acacia visco (Fabaceae) belonging to two sub-regions of Argentina using AFLP
Fernández-Cruz et al. Origin of traditional sweet chestnut (Castanea sativa Mill.) varieties from the Northwest of the Iberian Peninsula
Mõtlep et al. Artificial crossing and pollen tracking reveal new evidence of hybridization between sympatric Platanthera species

Legal Events

Date Code Title Description
PB01 Publication
PB01 Publication
SE01 Entry into force of request for substantive examination
SE01 Entry into force of request for substantive examination
GR01 Patent grant
GR01 Patent grant