CN106893768A - 一种浙江省地方猪种tagSNP鉴定方法 - Google Patents

一种浙江省地方猪种tagSNP鉴定方法 Download PDF

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Abstract

本发明涉及一种浙江省地方猪种tagSNP鉴定方法，所述方法是提取样本基因组DNA；根据特异性SNP座位所在染色体和位置信息设计扩增引物，依次分别进行PCR扩增，扩增产物进行琼脂糖凝胶电泳，若电泳结果显示一个以上座位与上述特异性SNP座位相符，则判定样品为具有该特异性座位的品种。本发明通过2代测序测得高密度SNP座位，通过两两比对找到这些地方猪种特有的SNP分子标记，这些分子标记在基因组水平上提供了品种鉴定的依据，通过对tagSNP的分型即可鉴定浙江省地方猪品种，方法简单快捷。

Description

一种浙江省地方猪种tagSNP鉴定方法
(一)技术领域
本发明涉及一种浙江省地方猪种tagSNP鉴定方法。
(二)背景技术
浙江省拥有丰富多样的地方猪资源，根据最新《猪志》统计，浙江省拥有7个地方猪品种分别为嘉兴黑猪，淳安花猪，金华两头乌，嵊县花猪，兰溪花猪，碧湖猪以及岔路黑猪。目前为止对于这些品种的鉴定主要依据体型外貌，在活体时，对于金华两头乌、嵊县花猪等外貌差异较大的猪是可行的，而几个黑色外貌的猪往往难以区分，但在屠宰后，从胴体上一般无法区分。而采用分子标记就可以解决这一问题。
(三)发明内容
本发明目的是提供一种浙江省地方猪种tagSNP鉴定方法。
本发明采用的技术方案是：
一种浙江省地方猪种tagSNP鉴定方法，所述方法包括：
(1)提取样品基因组DNA：由样品猪采集肉样、耳样等组织样或者血样，用试剂盒提取基因组DNA即可；
(2)根据特异性SNP座位所在染色体和位置信息设计扩增引物，依次分别进行PCR扩增，扩增产物进行琼脂糖凝胶电泳：
各猪种特异性SNP座位如下：
碧湖猪特异性SNP座位：
淳安花猪特异性SNP座位：
序号 所在染色体 所在位置 参考基因组 突变位点
1 chr11 3969970 C T
2 chr14 68345209 A G
3 chr14 135018196 A T
4 chr8 2228395 C T
岔路黑猪特异性SNP座位：
序号 所在染色体 所在位置 参考基因组 突变位点
1 chr18 50634190 C G
2 chr18 57736749 C T
3 chr3 74403769 G A
4 chr4 76217102 G A
5 chr6 37444222 C T
金华两头乌特异性SNP座位：
序号 所在染色体 所在位置 参考基因组 突变位点
1 chr12 57635960 G A
2 chr13 94944468 G A
3 chr17 34662047 C T
4 chr18 53715725 G A
5 chr7 13107153 C T
嘉兴黑猪特异性SNP座位：
序号 所在染色体 所在位置 参考基因组 突变位点
1 chr11 5214978 C T
2 chr11 22873017 T A
3 chr13 6763069 G C
4 chr2 4585814 G A
5 chr2 31124306 A G
兰溪花猪特异性SNP座位：
序号 所在染色体 所在位置 参考基因组 突变位点
1 chr13 88462451 C A
2 chr13 201999446 C T
3 chr16 56032490 C T
4 chr17 61813810 C T
5 chr6 21197790 T C
嵊县花猪特异性SNP座位：
序号 所在染色体 所在位置 参考基因组 突变位点
1 chr10 61186504 C T
2 chr12 61412548 T C
3 chr13 213292913 C A
4 chr14 23522515 C G
5 chr14 130678090 T G
(3)结果判断：根据PCR扩增结果，参照上述各猪种特异性SNP座位进行判定：若检测到有一个以上座位与上述特异性SNP座位相符，则判定为具有该特异性座位的品种。
可按照顺序从上往下依次进行PCR检验，只要有1个座位检测到SNP座位就鉴定为具有该SNP特异座位的猪品种，即可终止检测。
本发明的有益效果主要体现在：本发明通过2代测序测得高密度SNP座位，通过两两比对找到这些地方猪种特有的SNP分子标记，这些分子标记在基因组水平上提供了品种鉴定的依据，通过对tagSNP的分型即可鉴定地方猪品种，方法简单快捷，可操作性强。
(四)附图说明
图1为样品猪基因组DNA(A)和酶切产物-PCR(B)电泳结果。
(五)具体实施方式
下面结合具体实施例对本发明进行进一步描述，但本发明的保护范围并不仅限于此：
实施例1：
1.材料与方法
1.1试验材料
采用10个猪种共491头猪作为试验动物，其中杜洛克(DD)49头，长白(LL)37头，大白(YY)37头，嘉兴黑猪(JX)89头，岔路黑猪 (CL)44头，金华猪(JH)57头，嵊县花猪(SX)67头，淳安花猪(CA)59头，碧湖猪(BH)28头，兰溪花猪(LX)24头。每头猪采耳样0.5g，装入盛有乙醇的1.5ml离心管中冻存。
1.2试验方法
1.2.1基因组DNA提取
采用杭州开泰生物技术有限公司生产的组织DNA提取试剂盒提取基因组DNA。DNA浓度测定仪测定浓度大于50ng/μl，OD值在1.8-2.0之间，电泳条带完整为合格DNA，存于-70℃冰箱保存。
1.2.2基因组文库建立
选择限制性内切酶AvaII进行酶切，设计barcoding-adapter，PCR扩增后选择片段范围为300～400bp进行割胶回收。回收的PCR产物由上海晶能公司进行高通量测序，测序平台为Hisq2000。
1.2.3 SNP筛选
应用BWA和SamTools软件对高通量结果进行匹配和SNP筛选，参考基因组SSC10.2从GenBank上下载。利用iBLUP软件对基因型进行填补，最后用Plink1.07软件对SNP进行过滤，过滤条件为：Call rate>0.35,MAF>0.05，HWE>10-6。
1.2.4数据处理
应用Mage6.0软件对筛选得到的SNP座位用最大似然法计算10个猪种各个个体之间的遗传距离，并利用Neighbor-tree法构建10个品种的聚类分析图。
2.结果与分析
2.1基因组DNA以及酶切产物-PCR凝胶电泳图谱
基因组DNA电泳结果如图1A所示，基因组DNA条带清晰可见且没有拖尾，说明基因组DNA提取质量良好，无降解也无RNA污染。酶切产物-PCR结果如图1B所示，300-400处条带鲜明光亮，说明此片段范围内DNA浓度充足，对300-400片段处进行割胶回收。
3. SNP分子标记
通过2代测序测得高密度SNP座位，通过两两比对找到这些地方猪种特有的SNP分子标记如下：
碧湖猪特异性SNP座位：
序号 所在染色体 所在位置 参考基因组 突变位点
1 chr1 162145327 G T
2 chr15 151642291 T C
3 chr5 7987665 G A
4 chr5 7987678 G A
5 chr5 11991156 G A
淳安花猪特异性SNP座位：
序号 所在染色体 所在位置 参考基因组 突变位点
1 chr11 3969970 C T
2 chr14 68345209 A G
3 chr14 135018196 A T
4 chr8 2228395 C T
岔路黑猪特异性SNP座位：
序号 所在染色体 所在位置 参考基因组 突变位点
1 chr18 50634190 C G
2 chr18 57736749 C T
3 chr3 74403769 G A
4 chr4 76217102 G A
5 chr6 37444222 C T
金华两头乌特异性SNP座位：
嘉兴黑猪特异性SNP座位：
序号 所在染色体 所在位置 参考基因组 突变位点
1 chr11 5214978 C T
2 chr11 22873017 T A
3 chr13 6763069 G C
4 chr2 4585814 G A
5 chr2 31124306 A G
兰溪花猪特异性SNP座位：
序号 所在染色体 所在位置 参考基因组 突变位点
1 chr13 88462451 C A
2 chr13 201999446 C T
3 chr16 56032490 C T
4 chr17 61813810 C T
5 chr6 21197790 T C
嵊县花猪特异性SNP座位：
序号 所在染色体 所在位置 参考基因组 突变位点
1 chr10 61186504 C T
2 chr12 61412548 T C
3 chr13 213292913 C A
4 chr14 23522515 C G
5 chr14 130678090 T G
这些分子标记在基因组水平上提供了浙江省地方猪品种鉴定的依据，通过对tagSNP的分型即可鉴定样品所属的地方猪品种。

Claims (1)

1.一种浙江省地方猪种tagSNP鉴定方法，所述方法包括：
(1)提取样本基因组DNA；
(2)根据特异性SNP座位所在染色体和位置信息设计扩增引物，依次分别进行PCR扩增，扩增产物进行琼脂糖凝胶电泳：
各猪种特异性SNP座位如下：
碧湖猪特异性SNP座位：
序号 所在染色体 所在位置 参考基因组 突变位点 1 chr1 162145327 G T 2 chr15 151642291 T C 3 chr5 7987665 G A 4 chr5 7987678 G A 5 chr5 11991156 G A
淳安花猪特异性SNP座位：
序号 所在染色体 所在位置 参考基因组 突变位点 1 chr11 3969970 C T 2 chr14 68345209 A G 3 chr14 135018196 A T 4 chr8 2228395 C T
岔路黑猪特异性SNP座位：
序号 所在染色体 所在位置 参考基因组 突变位点 1 chr18 50634190 C G 2 chr18 57736749 C T 3 chr3 74403769 G A 4 chr4 76217102 G A 5 chr6 37444222 C T
金华两头乌特异性SNP座位：
序号 所在染色体 所在位置 参考基因组 突变位点 1 chr12 57635960 G A 2 chr13 94944468 G A 3 chr17 34662047 C T 4 chr18 53715725 G A 5 chr7 13107153 C T
嘉兴黑猪特异性SNP座位：
序号 所在染色体 所在位置 参考基因组 突变位点 1 chr11 5214978 C T 2 chr11 22873017 T A 3 chr13 6763069 G C 4 chr2 4585814 G A 5 chr2 31124306 A G
兰溪花猪特异性SNP座位：
序号 所在染色体 所在位置 参考基因组 突变位点 1 chr13 88462451 C A 2 chr13 201999446 C T 3 chr16 56032490 C T 4 chr17 61813810 C T 5 chr6 21197790 T C
嵊县花猪特异性SNP座位：
序号 所在染色体 所在位置 参考基因组 突变位点 1 chr10 61186504 C T 2 chr12 61412548 T C 3 chr13 213292913 C A 4 chr14 23522515 C G 5 chr14 130678090 T G
(3)结果判断：根据PCR扩增结果，参照上述各猪种特异性SNP座位进行判定：若检测到有一个以上座位与上述特异性SNP座位相符，则判定为具有该特异性座位的品种。
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WO2020238218A1 (zh) * 2019-05-30 2020-12-03 浙江大学 嘉兴黑猪及生肉制品的snp标记组合和鉴定方法

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