CN106461647A - 用于检测结肠直肠肿瘤的蛋白质生物标志物谱 - Google Patents

用于检测结肠直肠肿瘤的蛋白质生物标志物谱 Download PDF

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Abstract

本文公开了与受试者的结肠癌和结肠直肠癌的诊断或识别有关的系列组。所公开的系列组和相关方法用于预测或评估患者的结肠肿瘤状态。它们可用于确定肿瘤的性质、复发或患者对治疗的反应。该方法的一些实施方案包括生成用于临床管理的报告。

Description

用于检测结肠直肠肿瘤的蛋白质生物标志物谱
相关申请的交叉引用
本申请要求于2014年3月28日提交的美国临时序列号61/972,153的优先权，该申请通过引用而全文并入于此；本申请要求于2014年5月30日提交的美国临时序列号62/005,835的优先权，该申请通过引用而全文并入于此；并且本申请要求于2015年1月23日提交的美国临时序列号62/107,265的优先权，该申请通过引用而全文并入于此。
发明背景
结肠直肠癌(CRC)可由结肠或直肠(大肠的一部分)或阑尾中不受控制的细胞生长造成。CRC可从结肠息肉发展而来。结肠息肉通常包含在大肠或直肠的内层上形成的良性细胞团块。虽然许多结肠息肉是非恶性的，但息肉可发展成腺瘤。结肠直肠腺瘤随后可生长成晚期结肠直肠腺瘤，该晚期结肠直肠腺瘤随后可发展成CRC。CRC是世界上第三大常被诊断出的癌症，仅在2008年就有大约123万新诊断的病例和608,000例由于CRC导致的死亡。在发达国家，约33％的CRC患者最终死于该疾病。存活可能与检测时癌症的阶段有关。例如，早期检测的存活率可能是晚期癌症存活率的约5倍。CRC的早期诊断可具有将CRC死亡减少60％的可能性。I期患者的存活率约为85％，而II期患者的5年存活率下降至约65-75％，III期患者的5年存活率降至35-50％。
对结肠直肠癌最常见的非侵入性检验是粪便潜血试验(“FOBT”)。遗憾的是，FOBT除了其假阳性率较高之外，其灵敏度保持在50％左右，并且可能对早期CRC的检测具有较低的灵敏度。已经研究了结肠直肠癌的许多血清标志物，如癌胚抗原(“CEA”)、碳水化合物抗原19-9和脂质相关唾液酸。然而，其低灵敏度已促使美国临床肿瘤学会指出，没有一种可被推荐用于筛选和诊断并且其使用应限于手术后监测。
结肠镜检查和乙状结肠镜检查仍是用于检测结肠癌的金标准。然而，这些检查的高度侵入性和费用导致人群的接受性较低。此外，这样的高侵入性程序可潜在地使受试者暴露于感染的风险。
发明内容
本文提供了用于诊断和/或治疗晚期结肠直肠腺瘤和结肠直肠癌中的至少一种的方法、组合物、试剂盒、计算机可读介质和系统。例如，本文提供了可用于诊断和/或治疗晚期结肠直肠腺瘤和结肠直肠癌中的至少一种的生物标志物系列组(panel)和测定。
例如，本文提供了治疗受试者的结肠直肠癌和晚期结肠直肠腺瘤中的至少一种的方法，其包括：(a)测量从所述受试者获得的生物样品中的生物标志物系列组，其中所述生物标志物系列组包含选自A1AG1、A1AT、AACT、AMY2B、ANXA1、APOA1、CAH1、CATD、CEAM3、CLUS、CTNB1、CO3、CO9、CRP、CSF1、DPP4、ECH1、FHL1、FIBB、FIBG、FRIL、GELS、HPT、OSTP、PRDX1、SAA1、SBP1、SEPR、SPB6、SPON2、SYG、TIMP1和TRFE的至少两种生物标志物；(b)基于所述测量，检测所述受试者中是否存在结肠直肠癌和/或晚期结肠直肠腺瘤；以及(c)基于所述检测，治疗所述受试者的结肠直肠癌。
本文提供了治疗受试者的结肠直肠癌和晚期结肠直肠腺瘤中的至少一种的方法，其包括：(a)测量从所述受试者获得的生物样品中的生物标志物系列组，其中所述生物标志物系列组包含选自A1AG1、A1AT、AACT、APOA1、CATD、CEAM3、CLUS、CO3、CO9、CRP、FIBB、FIBG、GELS、OSTP、PRDX1、SAA1、SBP1和SEPR的至少两种生物标志物；(b)基于所述测量，检测所述受试者中是否存在结肠直肠癌和/或晚期结肠直肠腺瘤；以及(c)基于所述检测，治疗所述受试者的结肠直肠癌。
本文还提供了诊断受试者的结肠直肠癌和晚期结肠直肠腺瘤中的至少一种的方法，其包括：(a)测量从所述受试者获得的生物样品中的生物标志物系列组，其中所述生物标志物系列组包含选自A1AG1、A1AT、AACT、AMY2B、ANXA1、APOA1、CAH1、CATD、CEAM3、CLUS、CTNB1、CO3、CO9、CRP、CSF1、DPP4、ECH1、FHL1、FIBB、FIBG、FRIL、GELS、HPT、OSTP、PRDX1、SAA1、SBP1、SEPR、SPB6、SPON2、SYG、TIMP1和TRFE的至少两种生物标志物；(b)基于所述测量，检测所述受试者中是否存在结肠直肠癌和晚期结肠直肠腺瘤中的至少一种；以及(c)基于所述检测，向所述受试者推荐所述受试者的结肠镜检查、乙状结肠镜检查和组织活检中的至少一种。
在另一个实例中，本文提供了对受试者的结肠直肠癌和晚期结肠直肠腺瘤中的至少一种进行诊断或对个体的结肠直肠状态进行分类的方法，其包括：(a)测量从所述受试者获得的生物样品中的生物标志物系列组，其中所述生物标志物系列组包含选自A1AG1、A1AT、AACT、APOA1、CATD、CEAM3、CLUS、CO3、CO9、CRP、FIBB、FIBG、GELS、OSTP、PRDX1、SAA1、SBP1和SEPR的至少两种生物标志物；(b)基于所述测量，检测所述受试者中是否存在结肠直肠癌和晚期结肠直肠腺瘤中的至少一种；以及(c)基于所述检测，向所述受试者推荐所述受试者的结肠镜检查、乙状结肠镜检查和组织活检中的至少一种。
在另一个实例中，本文提供了对受试者的结肠直肠癌和晚期结肠直肠腺瘤中的至少一种进行诊断或对个体的结肠直肠状态进行分类的方法，其包括：(a)测量从所述受试者获得的生物样品中的生物标志物系列组，其中所述生物标志物系列组包含选自A1AG1、A1AT、CATD、CEA、CO9、OSTP和SEPR的至少两种生物标志物；(b)基于所述测量，检测所述受试者中是否存在结肠直肠癌和晚期结肠直肠腺瘤中的至少一种；以及(c)基于所述检测，向所述受试者推荐所述受试者的结肠镜检查、乙状结肠镜检查和组织活检中的至少一种。
在另一个实例中，本文提供了对受试者的结肠直肠癌和晚期结肠直肠腺瘤中的至少一种进行诊断或对个体的结肠直肠状态进行分类的方法，其包括：(a)测量从所述受试者获得的生物样品中的生物标志物系列组，其中所述生物标志物系列组包含选自A1AG1、A1AT、APOA1、CATD、CEA、CLUS、CO3、CO9、FGB、FIBG、GELS、PRDX1、SBP1和SEPR的至少两种生物标志物；(b)基于所述测量，检测所述受试者中是否存在结肠直肠癌和晚期结肠直肠腺瘤中的至少一种；以及(c)基于所述检测，向所述受试者推荐所述受试者的结肠镜检查、乙状结肠镜检查和组织活检中的至少一种。
在另一个实例中，本文提供了对受试者的结肠直肠癌和晚期结肠直肠腺瘤中的至少一种进行诊断或对个体的结肠直肠状态进行分类的方法，其包括：(a)测量从所述受试者获得的生物样品中的生物标志物系列组，其中所述生物标志物系列组包含选自A1AG1、A1AT、CATD、CEA、CO9和SEPR的至少两种生物标志物；(b)基于所述测量，检测所述受试者中是否存在结肠直肠癌和晚期结肠直肠腺瘤中的至少一种；以及(c)基于所述检测，向所述受试者推荐所述受试者的结肠镜检查、乙状结肠镜检查和组织活检中的至少一种。
在另一个实例中，本文提供了对受试者的结肠直肠癌和晚期结肠直肠腺瘤中的至少一种进行诊断或对个体的结肠直肠状态进行分类的方法，其包括：(a)测量从所述受试者获得的生物样品中的生物标志物系列组，其中所述生物标志物系列组包含选自A1AG1、A1AT、AACT、CATD、CEA、CO9、CRP、GELS、SAA1和SEPR的至少两种生物标志物；(b)基于所述测量，检测所述受试者中是否存在结肠直肠癌和晚期结肠直肠腺瘤中的至少一种；以及(c)基于所述检测，向所述受试者推荐所述受试者的结肠镜检查、乙状结肠镜检查和组织活检中的至少一种。
在另一个实例中，本文提供了对受试者的结肠直肠癌和晚期结肠直肠腺瘤中的至少一种进行诊断或对个体的结肠直肠状态进行分类的方法，其包括：(a)测量从所述受试者获得的生物样品中的生物标志物系列组，其中所述生物标志物系列组包含选自CATD、CEA、CO3、CO9、GELS和SEPR的至少两种生物标志物；(b)基于所述测量，检测所述受试者中是否存在结肠直肠癌和晚期结肠直肠腺瘤中的至少一种；以及(c)基于所述检测，向所述受试者推荐所述受试者的结肠镜检查、乙状结肠镜检查和组织活检中的至少一种。
在另一个实例中，本文提供了对受试者的结肠直肠癌和晚期结肠直肠腺瘤中的至少一种进行诊断或对个体的结肠直肠状态进行分类的方法，其包括：(a)测量从所述受试者获得的生物样品中的生物标志物系列组，其中所述生物标志物系列组包含选自CATD、CEA、CO9和SEPR的至少两种生物标志物；(b)基于所述测量，检测所述受试者中是否存在结肠直肠癌和晚期结肠直肠腺瘤中的至少一种；以及(c)基于所述检测，向所述受试者推荐所述受试者的结肠镜检查、乙状结肠镜检查和组织活检中的至少一种。
本文还提供了用于监测个体对向所述个体施用的结肠直肠癌治疗方案的反应的方法，其包括将在第一时间段从所述个体获得的血液样品中蛋白质系列组的累积水平与在第二时间段从所述个体获得的血液样品中蛋白质系列组的累积水平进行比较，其中所述生物标志物系列组包含A1AG1、A1AT、CATD、CEA、CO9、OSTP和SEPR。
本文还提供了用于监测个体对向所述个体施用的结肠直肠癌治疗方案的反应的方法，其包括将在第一时间段从所述个体获得的血液样品中蛋白质系列组的累积水平与在第二时间段从所述个体获得的血液样品中蛋白质系列组的累积水平进行比较，其中所述生物标志物系列组包含A1AG1、A1AT、APOA1、CATD、CEA、CLUS、CO3、CO9、FGB、FIBG、GELS、PRDX1、SBP1和SEPR。
本文还提供了用于监测个体对向所述个体施用的结肠直肠癌治疗方案的反应的方法，其包括将在第一时间段从所述个体获得的血液样品中蛋白质系列组的累积水平与在第二时间段从所述个体获得的血液样品中蛋白质系列组的累积水平进行比较，其中所述生物标志物系列组包含A1AG1、A1AT、CATD、CEA、CO9和SEPR。
本文还提供了用于监测个体对向所述个体施用的结肠直肠癌治疗方案的反应的方法，其包括将在第一时间段从所述个体获得的血液样品中蛋白质系列组的累积水平与在第二时间段从所述个体获得的血液样品中蛋白质系列组的累积水平进行比较，其中所述生物标志物系列组包含A1AG1、A1AT、AACT、CATD、CEA、CO9、CRP、GELS、SAA1和SEPR。
本文还提供了用于监测个体对向所述个体施用的结肠直肠癌治疗方案的反应的方法，其包括将在第一时间段从所述个体获得的血液样品中蛋白质系列组的累积水平与在第二时间段从所述个体获得的血液样品中蛋白质系列组的累积水平进行比较，其中所述生物标志物系列组包含CATD、CEA、CO3、CO9、GELS和SEPR。
本文还提供了用于监测个体对向所述个体施用的结肠直肠癌治疗方案的反应的方法，其包括将在第一时间段从所述个体获得的血液样品中蛋白质系列组的累积水平与在第二时间段从所述个体获得的血液样品中蛋白质系列组的累积水平进行比较，其中所述生物标志物系列组包含CATD、CEA、CO9和SEPR。
本文还提供了这样的方法，其包括：(a)获得数据，该数据包括从受试者获得的生物样品中的生物标志物系列组的测量结果，其中所述生物标志物系列组包含选自A1AG1、A1AT、AACT、AMY2B、ANXA1、APOA1、CAH1、CATD、CEAM3、CLUS、CTNB1、CO3、CO9、CRP、CSF1、DPP4、ECH1、FHL1、FIBB、FIBG、FRIL、GELS、HPT、OSTP、PRDX1、SAA1、SBP1、SEPR、SPB6、SPON2、SYG、TIMP1和TRFE的至少两种生物标志物；(b)基于测量数据生成所述生物标志物系列组的受试者特异性谱；(c)将所述生物标志物系列组的受试者特异性谱与所述生物标志物系列组的参考谱进行比较；以及(d)基于(c)确定晚期结肠直肠腺瘤和结肠直肠癌中的至少一种的可能性。
在另一个实例中，本文提供了这样的方法，其包括：(a)获得数据，该数据包括从受试者获得的生物样品中的生物标志物系列组的测量结果，其中所述生物标志物系列组包含选自A1AG1、A1AT、AACT、APOA1、CATD、CEAM3、CLUS、CO3、CO9、CRP、FIBB、FIBG、GELS、OSTP、PRDX1、SAA1、SBP1和SEPR的至少两种生物标志物；(b)基于测量数据生成所述生物标志物系列组的受试者特异性谱；(c)将所述生物标志物系列组的受试者特异性谱与所述生物标志物系列组的参考谱进行比较；以及(d)基于(c)确定晚期结肠直肠腺瘤和结肠直肠癌中的至少一种的可能性。
在一些实施方案中，上述任一种方法均包括检测所述受试者中是否存在晚期结肠直肠腺瘤。在一些实施方案中，所述晚期结肠直肠腺瘤包括大于或等于1厘米的尺寸。在一些实施方案中，所述晚期结肠直肠腺瘤具有绒毛特征。在一些实施方案中，所述方法包括以大于70％的灵敏度检测是否存在所述晚期结肠直肠腺瘤。在一些实施方案中，所述方法包括以大于75％、80％、85％、90％或95％的灵敏度检测是否存在所述晚期结肠直肠腺瘤。在一些实施方案中，所述方法进一步包括从所述受试者中去除所述晚期结肠直肠腺瘤，从而阻止所述受试者的结肠直肠癌的发展。在一些实施方案中，所述生物标志物系列组包含CATD和FUCO。在一些实施方案中，所述方法包括如果从所述受试者获得的生物样品中CATD和FUCO的至少一种的水平与CATD和FUCO的至少一种的阴性对照参考水平相差至少10％，则检测出所述受试者中存在晚期结肠直肠腺瘤。在一些实施方案中，所述方法包括如果从所述受试者获得的生物样品中CATD和FUCO的至少一种的水平与CATD和FUCO的至少一种的阳性对照参考水平相差小于10％，则检测出所述受试者中存在晚期结肠直肠腺瘤。在一些实施方案中，所述生物标志物系列组包含三种生物标志物。在一些实施方案中，所述三种生物标志物为CATD、CATS和FUCO。在一些实施方案中，所述方法包括如果从所述受试者获得的生物样品中CATD、CATS和FUCO的至少一种的水平与CATD、CATS和FUCO的至少一种的阴性对照参考水平相差至少10％，则检测出所述受试者中存在晚期结肠直肠腺瘤。在一些实施方案中，所述方法包括如果从所述受试者获得的生物样品中CATD、CATS和FUCO的至少一种的水平与CATD、CATS和FUCO的至少一种的阳性对照参考水平相差小于10％，则检测出所述受试者中存在晚期结肠直肠腺瘤。在一些实施方案中，所述三种生物标志物为CATD、FUCO和FIBB。在一些实施方案中，所述方法包括如果从所述受试者获得的生物样品中CATD、FUCO和FIBB的至少一种的水平与CATD、FUCO和FIBB的至少一种的阴性对照参考水平相差至少10％，则检测出所述受试者中存在晚期结肠直肠腺瘤。在一些实施方案中，所述方法包括如果从所述受试者获得的生物样品中CATD、FUCO和FIBB的至少一种的水平与CATD、FUCO和FIBB的至少一种的阳性对照参考水平相差小于10％，则检测出所述受试者中存在晚期结肠直肠腺瘤。在一些实施方案中，所述三种生物标志物为CATD、FUCO和SAHH。在一些实施方案中，所述方法包括如果从所述受试者获得的生物样品中CATD、FUCO和SAHH的至少一种的水平与CATD、FUCO和SAHH的至少一种的阴性对照参考水平相差至少10％，则检测出所述受试者中存在晚期结肠直肠腺瘤。在一些实施方案中，所述方法包括如果从所述受试者获得的生物样品中CATD、FUCO和SAHH的至少一种的水平与CATD、FUCO和SAHH的至少一种的阳性对照参考水平相差小于10％，则检测出所述受试者中存在晚期结肠直肠腺瘤。在一些实施方案中，所述生物标志物系列组包含不多于三种生物标志物。在一些实施方案中，所述生物标志物系列组包含四种生物标志物。在一些实施方案中，所述四种生物标志物为CATD、FIBB、FUCO和SAHH。在一些实施方案中，所述方法包括如果从所述受试者获得的生物样品中CATD、FIBB、FUCO和SAHH的至少一种的水平与CATD、FIBB、FUCO和SAHH的至少一种的阴性对照参考水平相差至少10％，则检测出所述受试者中存在晚期结肠直肠腺瘤。在一些实施方案中，所述方法包括如果从所述受试者获得的生物样品中CATD、FIBB、FUCO和SAHH的至少一种的水平与CATD、FIBB、FUCO和SAHH的至少一种的阳性对照参考水平相差小于10％，则检测出所述受试者中存在晚期结肠直肠腺瘤。
在一些实施方案中，本文所述的方法包括检测所述受试者中是否存在结肠直肠癌。在一些实施方案中，所述生物标志物系列组包含CO9和GELS。在一些实施方案中，所述方法包括如果从所述受试者获得的生物样品中CO9和GELS的至少一种的水平与CO9和GELS的至少一种的阴性对照参考水平相差至少10％，则检测出所述受试者中存在结肠直肠癌。在一些实施方案中，所述方法包括如果从所述受试者获得的生物样品中CO9和GELS的至少一种的水平与CO9和GELS的至少一种的阳性对照参考水平相差小于10％，则检测出所述受试者中存在结肠直肠癌。
在一些实施方案中，所述生物标志物系列组包含至少三种生物标志物。在一些实施方案中，所述至少三种生物标志物包括AACT、CO9和SYG。在一些实施方案中，所述方法包括如果从所述受试者获得的生物样品中AACT、CO9和SYG的至少一种的水平与AACT、CO9和SYG的至少一种的阴性对照参考水平相差至少10％，则检测出所述受试者中存在结肠直肠癌。在一些实施方案中，所述方法包括如果从所述受试者获得的生物样品中AACT、CO9和SYG的至少一种的水平与AACT、CO9和SYG的至少一种的阳性对照参考水平相差小于10％，则检测出所述受试者中存在结肠直肠癌。在一些实施方案中，所述生物标志物系列组包含CRP和TIMP1。在一些实施方案中，所述方法包括如果从所述受试者获得的生物样品中CRP和TIMP1的至少一种的水平与CRP和TIMP1的至少一种的阴性对照参考水平相差至少10％，则检测出所述受试者中存在结肠直肠癌。在一些实施方案中，所述方法包括如果从所述受试者获得的生物样品中CRP和TIMP1的至少一种的水平与CRP和TIMP1的至少一种的阳性对照参考水平相差小于10％，则检测出所述受试者中存在结肠直肠癌。
在一些实施方案中，所述生物标志物系列组包含至少四种生物标志物。在一些实施方案中，所述至少四种生物标志物包括CO9、GELS、PRDX1和CATD。在一些实施方案中，所述方法包括如果从所述受试者获得的生物样品中CO9、GELS、PRDX1和CATD的至少一种的水平与CO9、GELS、PRDX1和CATD的至少一种的阴性对照参考水平相差至少10％，则检测出所述受试者中存在结肠直肠癌。在一些实施方案中，所述方法包括如果从所述受试者获得的生物样品中CO9、GELS、PRDX1和CATD的至少一种的水平与CO9、GELS、PRDX1和CATD的至少一种的阳性对照参考水平相差小于10％，则检测出所述受试者中存在结肠直肠癌。在一些实施方案中，所述至少四种生物标志物包括A1AT、APOA1、FIBB和CEAM3。在一些实施方案中，所述方法包括如果从所述受试者获得的生物样品中A1AT、APOA1、FIBB和CEAM3的至少一种的水平与A1AT、APOA1、FIBB和CEAM3的至少一种的阴性对照参考水平相差至少10％，则检测出所述受试者中存在结肠直肠癌。在一些实施方案中，所述方法包括如果从所述受试者获得的生物样品中A1AT、APOA1、FIBB和CEAM3的至少一种的水平与A1AT、APOA1、FIBB和CEAM3的至少一种的阳性对照参考水平相差小于10％，则检测出所述受试者中存在结肠直肠癌。在一些实施方案中，所述至少四种生物标志物包括CAH1、CRP、FIBG和CTNB1。在一些实施方案中，所述方法包括如果从所述受试者获得的生物样品中CAH1、CRP、FIBG和CTNB1的至少一种的水平与CAH1、CRP、FIBG和CTNB1的至少一种的阴性对照参考水平相差至少10％，则检测出所述受试者中存在结肠直肠癌。在一些实施方案中，所述方法包括如果从所述受试者获得的生物样品中CAH1、CRP、FIBG和CTNB1的至少一种的水平与CAH1、CRP、FIBG和CTNB1的至少一种的阳性对照参考水平相差小于10％，则检测出所述受试者中存在结肠直肠癌。在一些实施方案中，所述至少四种生物标志物包括A1AG1、A1AT、CO9和GELS。在一些实施方案中，所述方法包括如果从所述受试者获得的生物样品中A1AG1、A1AT、CO9和GELS的至少一种的水平与A1AG1、A1AT、CO9和GELS的至少一种的阴性对照参考水平相差至少10％，则检测出所述受试者中存在结肠直肠癌。在一些实施方案中，所述方法包括如果从所述受试者获得的生物样品中A1AG1、A1AT、CO9和GELS的至少一种的水平与A1AG1、A1AT、CO9和GELS的至少一种的阳性对照参考水平相差小于10％，则检测出所述受试者中存在结肠直肠癌。
在一些实施方案中，所述生物标志物系列组包含13种生物标志物。在一些实施方案中，所述13种生物标志物为A1AG1、A1AT、AACT、ANXA1、APOA1、CO9、CRP、CSF1、FHL1、FIBG、GELS、HPT和SAA1。在一些实施方案中，所述方法包括如果从所述受试者获得的生物样品中A1AG1、A1AT、AACT、ANXA1、APOA1、CO9、CRP、CSF1、FHL1、FIBG、GELS、HPT和SAA1的至少一种的水平与A1AG1、A1AT、AACT、ANXA1、APOA1、CO9、CRP、CSF1、FHL1、FIBG、GELS、HPT和SAA1的至少一种的阴性对照参考水平相差至少10％，则检测出所述受试者中存在结肠直肠癌。在一些实施方案中，所述方法包括如果从所述受试者获得的生物样品中A1AG1、A1AT、AACT、ANXA1、APOA1、CO9、CRP、CSF1、FHL1、FIBG、GELS、HPT和SAA1的至少一种的水平与A1AG1、A1AT、AACT、ANXA1、APOA1、CO9、CRP、CSF1、FHL1、FIBG、GELS、HPT和SAA1的至少一种的阳性对照参考水平相差小于10％，则检测出所述受试者中存在结肠直肠癌。在一些实施方案中，所述13种生物标志物为A1AG1、A1AT、AMY2B、CLUS、CO9、ECH1、FRIL、GELS、OSTP、SBP1、SEPR、SPON2和TIMP1。在一些实施方案中，所述方法包括如果从所述受试者获得的生物样品中A1AG1、A1AT、AMY2B、CLUS、CO9、ECH1、FRIL、GELS、OSTP、SBP1、SEPR、SPON2和TIMP1的至少一种的水平与A1AG1、A1AT、AMY2B、CLUS、CO9、ECH1、FRIL、GELS、OSTP、SBP1、SEPR、SPON2和TIMP1的至少一种的阴性对照参考水平相差至少10％，则检测出所述受试者中存在结肠直肠癌。在一些实施方案中，所述方法包括如果从所述受试者获得的生物样品中A1AG1、A1AT、AMY2B、CLUS、CO9、ECH1、FRIL、GELS、OSTP、SBP1、SEPR、SPON2和TIMP1的至少一种的水平与A1AG1、A1AT、AMY2B、CLUS、CO9、ECH1、FRIL、GELS、OSTP、SBP1、SEPR、SPON2和TIMP1的至少一种的阳性对照参考水平相差小于10％，则检测出所述受试者中存在结肠直肠癌。
在一些实施方案中，所述生物标志物系列组包含所述受试者的生物样品中的至少五种生物标志物。在一些实施方案中，所述至少五种生物标志物包括AACT、CO3、CO9、CRP和GELS。在一些实施方案中，所述方法包括如果从所述受试者获得的生物样品中AACT、CO3、CO9、CRP和GELS的至少一种的水平与AACT、CO3、CO9、CRP和GELS的至少一种的阴性对照参考水平相差至少10％，则检测出所述受试者中存在结肠直肠癌。在一些实施方案中，所述方法包括如果从所述受试者获得的生物样品中AACT、CO3、CO9、CRP和GELS的至少一种的水平与AACT、CO3、CO9、CRP和GELS的至少一种的阳性对照参考水平相差小于10％，则检测出所述受试者中存在结肠直肠癌。在一些实施方案中，所述至少五种生物标志物包括A1AT、CO3、FIBG、GELS和SPB6。在一些实施方案中，所述方法包括如果从所述受试者获得的生物样品中A1AT、CO3、FIBG、GELS和SPB6的至少一种的水平与A1AT、CO3、FIBG、GELS和SPB6的至少一种的阴性对照参考水平相差至少10％，则检测出所述受试者中存在结肠直肠癌。在一些实施方案中，所述方法包括如果从所述受试者获得的生物样品中A1AT、CO3、FIBG、GELS和SPB6的至少一种的水平与A1AT、CO3、FIBG、GELS和SPB6的至少一种的阳性对照参考水平相差小于10％，则检测出所述受试者中存在结肠直肠癌。在一些实施方案中，所述至少五种生物标志物包括CRP、DPP4、SBP1、SEPR和SRC。在一些实施方案中，所述方法包括如果从所述受试者获得的生物样品中CRP、DPP4、SBP1、SEPR和SRC的至少一种的水平与CRP、DPP4、SBP1、SEPR和SRC的至少一种的阴性对照参考水平相差至少10％，则检测出所述受试者中存在结肠直肠癌。在一些实施方案中，所述方法包括如果从所述受试者获得的生物样品中CRP、DPP4、SBP1、SEPR和SRC的至少一种的水平与CRP、DPP4、SBP1、SEPR和SRC的至少一种的阳性对照参考水平相差小于10％，则检测出所述受试者中存在结肠直肠癌。在一些实施方案中，所述方法包括所述受试者为男性受试者。
在本文所述的任一种方法的一些实施方案中，所述生物标志物系列组包含不多于五种生物标志物。在本文所述的任一种方法的一些实施方案中，所述生物标志物系列组不包含CO3-desARg、ORM、CO3、CO9、GELS、CRP、SAA2或CEA。
本文还描述了治疗受试者的结肠直肠癌的方法，其包括(a)确定从所述受试者获得的生物样品中第一生物标志物APOA1的水平与第二生物标志物的水平的第一比值；(b)基于所述确定，检测所述受试者中是否存在结肠直肠癌；以及(c)基于所述检测，治疗所述受试者的结肠直肠癌。
本文还描述了治疗受试者的结肠直肠癌的方法，其包括：(a)确定从所述受试者获得的生物样品中第一生物标志物APOA1的水平与第二生物标志物的水平的第一比值；(b)基于所述确定，检测所述受试者中是否存在结肠直肠癌；以及(c)基于所述检测，向所述受试者推荐结肠镜检查、乙状结肠镜检查和组织活检中的至少一种，以确认所述受试者的结肠直肠癌的诊断。
本文还描述了这样的方法，其包括：获得包含从受试者获得的生物样品中第一生物标志物APOA1水平与第二生物标志物水平的第一比值的测量值的数据，基于所述测量值生成受试者特异性生物标志物谱，以及将所述受试者特异性生物标志物谱与所述第一比值的参考谱进行比较。所述方法可进一步包括基于所述比较确定结肠直肠癌的可能性。
在一些实施方案中，所述第二生物标志物选自CO3、CO9、A1AT和FIBG。在一些实施方案中，所述第一比值为APOA1与CO3的比值。在一些实施方案中，所述方法包括如果APOA1与CO3的比值与APOA1与CO3的阴性对照参考比值相差至少10％，则检测出所述受试者中存在结肠直肠癌。在一些实施方案中，所述方法包括如果APOA1与CO3的比值与APOA1与CO3的阳性对照参考比值相差小于10％，则检测出所述受试者中存在结肠直肠癌。在一些实施方案中，所述第一比值为APOA1与CO9的比值。在一些实施方案中，所述方法包括如果APOA1与CO9的比值与APOA1与CO9的阴性对照参考比值相差至少10％，则检测出所述受试者中存在结肠直肠癌。在一些实施方案中，所述方法包括如果APOA1与CO9的比值与APOA1与CO9的阳性对照参考比值相差小于10％，则检测出所述受试者中存在结肠直肠癌。在一些实施方案中，所述第一比值为A1AT与APOA1的比值。在一些实施方案中，所述方法包括如果A1AT与APOA1的比值与A1AT与APOA1的阴性对照参考比值相差至少10％，则检测出所述受试者中存在结肠直肠癌。在一些实施方案中，所述方法包括如果A1AT与APOA1的比值与A1AT与APOA1的阳性对照参考比值相差小于10％，则检测出所述受试者中存在结肠直肠癌。在一些实施方案中，所述第一比值为APOA1与FIBG的比值。在一些实施方案中，所述方法包括如果APOA1与FIBG的比值与APOA1与FIBG的阴性对照参考比值相差至少10％，则检测出所述受试者中存在结肠直肠癌。在一些实施方案中，所述方法包括如果APOA1与FIBG的比值与APOA1与FIBG的阳性对照参考比值相差小于10％，则检测出所述受试者中存在结肠直肠癌。在一些实施方案中，所述方法进一步包括确定所述受试者的生物样品中第一生物标志物APOA1的水平与第三生物标志物的水平的第二比值。在一些实施方案中，所述第三生物标志物选自CO3、CO9、A1AT和FIBG。在一些实施方案中，所述第一比值为APOA1与CO3的比值，且所述第二比值为APOA1与CO9的比值。在一些实施方案中，所述第一比值为A1AT与APOA1的比值，且所述第二比值为APOA1与FIBG的比值。在一些实施方案中，所述方法包括如果存在以下至少一项，则检测出所述受试者中存在结肠直肠癌：所述第一比值与阴性对照参考第一比值相差至少10％，所述第二比值与阴性对照参考第二比值相差至少10％，所述第一比值与阳性对照参考第一比值相差小于10％，以及所述第二比值与阳性对照参考第二比值相差小于10％。
本文提供了治疗受试者的结肠直肠癌的方法，其包括：(a)确定从所述受试者获得的生物样品中第一生物标志物A1AT的水平与第二生物标志物TRFE的水平的比值；(b)基于所述确定，检测所述受试者中是否存在结肠直肠癌；以及(c)基于所述检测，治疗所述受试者的结肠直肠癌。
本文提供了治疗受试者的结肠直肠癌的方法，其包括：(a)确定从所述受试者获得的生物样品中第一生物标志物A1AT的水平与第二生物标志物TRFE的水平的比值；(b)基于所述确定，检测所述受试者中是否存在结肠直肠癌；以及(c)基于所述检测，向所述受试者推荐结肠镜检查、乙状结肠镜检查和组织活检中的至少一种，以确认所述受试者的结肠直肠癌的诊断。
本文还提供了这样的方法，其包括：从获自受试者的生物样品获得数据，其中该数据包含所述生物样品中第一生物标志物A1AT的水平与第二生物标志物TRFE的水平的比值的测量值；基于所述测量值生成受试者特异性生物标志物谱，以及将所述受试者特异性生物标志物谱与所述比值的参考谱进行比较。所述方法可进一步包括基于所述比较确定结肠直肠癌的可能性。
在一些实施方案中，所述受试者为男性。在一些实施方案中，所述方法包括如果所述比值与阴性对照参考比值相差至少10％，则检测出所述受试者中存在结肠直肠癌。在一些实施方案中，所述方法包括如果所述比值与阳性对照参考比值相差小于10％，则检测出所述受试者中存在结肠直肠癌。
在上述任一种方法的一些实施方案中，所述生物样品选自全血、血清、血浆、血液成分、骨髓、唾液、颊拭子、尿液、粪便、淋巴液、CNS流体和病灶渗出物。在一些实施方案中，所述生物样品为血液样品。在一些实施方案中，所述血液样品为全血样品。在一些实施方案中，所述血液样品为血浆样品。在一些实施方案中，所述血液样品为血清样品。在一些实施方案中，所述受试者为人类受试者。在一些实施方案中，所述受试者无结肠直肠癌症状。在一些实施方案中，所述受试者至少30岁或更大。在一些实施方案中，所述受试者至少40岁或更大。在一些实施方案中，所述受试者至少50岁或更大。在一些实施方案中，所述方法以每年一次或更高的频率进行。在一些实施方案中，所述受试者已经进行了结肠镜检查、乙状结肠镜检查或结肠组织活检。在一些实施方案中，所述方法包括基于所述测量的结果验证结肠镜检查、乙状结肠镜检查或结肠组织活检的结果。在一些实施方案中，所述受试者尚未进行结肠镜检查、乙状结肠镜检查或结肠组织活检。在一些实施方案中，所述受试者具有以下的一项或多项：结肠直肠癌症状、结肠直肠癌家族史和结肠直肠癌风险因素。在一些实施方案中，所述受试者具有结肠直肠息肉、腺瘤和CRC中的至少一种的既往病史。在一些实施方案中，所述测量包括检测或测量所述至少两种生物标志物的片段、抗原或过渡离子的水平。在一些实施方案中，确定所述第一生物标志物与所述第二生物标志物的比值以及任选地确定所述第一生物标志物与所述第三生物标志物的第二比值包括检测或测量所述第一生物标志物的片段、抗原或过渡离子的水平，检测或测量所述第二生物标志物的片段、抗原或过渡离子的水平，以及任选地检测或测量所述第三生物标志物的片段、抗原或过渡离子的水平。在一些实施方案中，所述测量包括采用免疫测定、流式细胞术分析、生物芯片测定、质谱分析和HPLC分析中的至少一种。
本文还提供了用于检测受试者中是否存在晚期结肠直肠腺瘤和结肠直肠癌中的至少一种的计算机系统，该计算机系统包含：(a)用于接收数据的存储器单元，该数据包括来自所述受试者的生物样品的生物标志物系列组的测量结果，其中所述生物标志物系列组包含选自A1AG1、A1AT、AACT、AMY2B、ANXA1、APOA1、CAH1、CATD、CEAM3、CLUS、CTNB1、CO3、CO9、CRP、CSF1、DPP4、ECH1、FHL1、FIBB、FIBG、FRIL、GELS、HPT、OSTP、PRDX1、SAA1、SBP1、SEPR、SPB6、SPON2、SYG、TIMP1和TRFE的至少两种生物标志物；(b)用于根据前述权利要求中任一项所述的方法分析测量数据的计算机可执行指令；以及(c)用于基于所述分析确定所述受试者中是否存在晚期结肠直肠腺瘤和结肠直肠癌中的至少一种的计算机可执行指令。在一些实施方案中，所述计算机系统进一步包含用于生成关于所述受试者中是否存在晚期结肠直肠腺瘤和结肠直肠癌中的至少一种的报告的计算机可执行指令。在一些实施方案中，所述计算机系统进一步包含被配置用于向用户传送或显示所述报告的用户界面。
本文还提供了用于检测受试者中是否存在晚期结肠直肠腺瘤和结肠直肠癌中的至少一种的计算机系统，该计算机系统包含：(a)用于接收数据的存储器单元，该数据包括来自所述受试者的生物样品的生物标志物系列组的测量结果，其中所述生物标志物系列组包含选自A1AG1、A1AT、AACT、APOA1、CATD、CEAM3、CLUS、CO3、CO9、CRP、FIBB、FIBG、GELS、OSTP、PRDX1、SAA1、SBP1和SEPR的至少两种生物标志物；(b)用于根据前述权利要求中任一项所述的方法分析测量数据的计算机可执行指令；以及(c)用于基于所述分析确定所述受试者中是否存在晚期结肠直肠腺瘤和结肠直肠癌中的至少一种的计算机可执行指令。在一些实施方案中，所述计算机系统进一步包含用于生成关于所述受试者中是否存在晚期结肠直肠腺瘤和结肠直肠癌中的至少一种的报告的计算机可执行指令。在一些实施方案中，所述计算机系统进一步包含被配置用于向用户传送或显示所述报告的用户界面。
本文还提供了计算机可读介质，其包含：(a)用于分析数据的计算机可执行指令，该数据包括来自从受试者获得的生物样品的生物标志物系列组的测量结果，其中所述生物标志物系列组包含选自A1AG1、A1AT、AACT、AMY2B、ANXA1、APOA1、CAH1、CATD、CEAM3、CLUS、CTNB1、CO3、CO9、CRP、CSF1、DPP4、ECH1、FHL1、FIBB、FIBG、FRIL、GELS、HPT、OSTP、PRDX1、SAA1、SBP1、SEPR、SPB6、SPON2、SYG、TIMP1和TRFE的至少两种生物标志物；以及(b)用于基于所述分析确定所述受试者中是否存在晚期结肠直肠腺瘤和结肠直肠癌中的至少一种的计算机可执行指令。在一些实施方案中，所述分析包括基于所述测量结果生成所述生物标志物系列组的受试者特异性生物标志物谱。在一些实施方案中，所述分析包括将所述受试者特异性生物标志物谱与参考生物标志物谱进行比较。
本文还提供了计算机可读介质，其包含：(a)用于分析数据的计算机可执行指令，该数据包括来自从受试者获得的生物样品的生物标志物系列组的测量结果，其中所述生物标志物系列组包含选自A1AG1、A1AT、AACT、APOA1、CATD、CEAM3、CLUS、CO3、CO9、CRP、FIBB、FIBG、GELS、OSTP、PRDX1、SAA1、SBP1和SEPR的至少两种生物标志物；以及(b)用于基于所述分析确定所述受试者中是否存在晚期结肠直肠腺瘤和结肠直肠癌中的至少一种的计算机可执行指令。在一些实施方案中，所述分析包括基于所述测量结果生成所述生物标志物系列组的受试者特异性生物标志物谱。在一些实施方案中，所述分析包括将所述受试者特异性生物标志物谱与参考生物标志物谱进行比较。
本文还提供了试剂盒，其包含：(a)用于测量从受试者获得的生物样品中的生物标志物系列组的一种或多种组合物，其中所述生物标志物系列组包含选自A1AG1、A1AT、AACT、AMY2B、ANXA1、APOA1、CAH1、CATD、CEAM3、CLUS、CTNB1、CO3、CO9、CRP、CSF1、DPP4、ECH1、FHL1、FIBB、FIBG、FRIL、GELS、HPT、OSTP、PRDX1、SAA1、SBP1、SEPR、SPB6、SPON2、SYG、TIMP1和TRFE的至少两种生物标志物；以及(b)用于进行前述权利要求中任一项所述的方法的说明。在一些实施方案中，所述试剂盒包含本文所述的计算机可读介质。
本文还提供了试剂盒，其包含：(a)用于测量从受试者获得的生物样品中的生物标志物系列组的一种或多种组合物，其中所述生物标志物系列组包含选自A1AG1、A1AT、AACT、APOA1、CATD、CEAM3、CLUS、CO3、CO9、CRP、FIBB、FIBG、GELS、OSTP、PRDX1、SAA1、SBP1和SEPR的至少两种生物标志物；以及(b)用于进行前述权利要求中任一项所述的方法的说明。在一些实施方案中，所述试剂盒包含本文所述的计算机可读介质。
例如，这样的试剂盒可由用于ELISA测定的抗体组成，以评估从中获得样品的个体的结肠直肠癌状态。在一些情况下，这样的试剂盒包含对A1AG1、A1AT、CATD、CEA、CO9、OSTP和SEPR具有反应性的抗体。在一些情况下，这样的试剂盒包含对A1AG1、A1AT、APOA1、CATD、CEA、CLUS、CO3、CO9、FGB、FIBG、GELS、PRDX1、SBP1和SEPR具有反应性的抗体。在一些情况下，这样的试剂盒包含对A1AG1、A1AT、CATD、CEA、CO9和SEPR具有反应性的抗体。在一些情况下，这样的试剂盒包含对A1AG1、A1AT、AACT、CATD、CEA、CO9、CRP、GELS、SAA1和SEPR具有反应性的抗体。在一些情况下，这样的试剂盒包含对CATD、CEA、CO3、CO9、GELS和SEPR具有反应性的抗体。在一些情况下，这样的试剂盒包含对CATD、CEA、CO9和SEPR具有反应性的抗体。
本文还提供了试剂盒，其包含本文所述的计算机可读介质和关于该计算机可读介质的使用说明。
如本文公开的系列组用来指导对患者样品中的蛋白质累积水平的测量。获得至少一个患者样品，并确定系列组中多种蛋白质的蛋白质累积水平。在一些情况下，将所述系列组中蛋白质的累积水平与具有已知癌症状态的个体的蛋白质水平进行比较。在一些情况下，用于比较的个体是已知未患所测定的癌症的个体。在一些情况下，已知所述个体对所测定的癌症呈阳性。在一些情况下，将所述系列组中蛋白质的累积水平与多个具有已知癌症状态如未患所测癌症的个体的蛋白质水平进行比较。在一些情况下，将所述系列组中蛋白质的累积水平与多个对所测定的癌症呈阳性的个体的蛋白质水平进行比较。
在一些情况下，例如相对于样品的质量或体积，或相对于非系列组蛋白质累积水平的累积，对系列组蛋白质累积水平进行归一化。通常，样品蛋白质系列组和对照系列组的测量和计算方法是类似的，使得给定系列组的累积水平在标准蛋白质累积水平与样品蛋白质累积水平之间是自由可比的。
在许多情况下，蛋白质累积水平在系列组与系列组之间比较，而不是单个地比较。即，对单个蛋白质累积水平进行测量和比较，但关于将患者分类为可能没有所测定的癌症或可能具有所测定的癌症的决定并非基于任何单一蛋白质累积水平的差异。更确切地说，将系列组测量结果作为整体进行比较。多种用于比较蛋白质系列组成员累积水平的方法是本领域技术人员已知并且在本文中涉及到的。例如，在相对简单的情况下，对于系列组中的每种蛋白质，计算了标准与患者样品的累积水平的差异，并根据该系列组每个成员的样品与标准之间的差异之和，将该系列组评估为类似于或不类似于该标准。在备选实施方案中或组合地，使用卡方检验或ANOVA统计检验来检验样品和标准系列组，以确定该样品与该标准之间在累积水平模式上的差异。即，并非比较相对累积水平，或者除了比较相对累积水平之外，还对系列组累积模式进行测定。在备选实施方案中或组合地，可将分类器应用于个体的测量的生物标志物，以将该个体分类为可能没有所测定的癌症或可能具有所测定的癌症。这样的分类器可以是例如划分n维空间(例如，维度为n个生物标志物的测量值的空间)的(n-1)维超平面，以便将该分类器与在该分类器任一侧上的最近数据点之间的距离最大化。这样的分类器可以如下生成：测量已知具有所测癌症的患者中的生物标志物系列组，并将所述测量结果与来自健康个体的测量结果进行比较，并使用监督式学习模型如支持向量机学习模型来生成该分类器。进行分析，使得与对照系列组内相比，样品模式内的相对累积模式差异指示样品与标准是否相似。因此，在一些实施方案中，没有单一蛋白质累积水平对患者状态是决定性的。更确切地说，为获得指示患者状态的信息而进行比较的是如本文公开的系列组。
在许多情况下，从患者血液中获得样品。可替代地或组合地，从其他患者体液如尿液或唾液中获得样品。在一些情况下，从患者粪便中获得样品。通过多种方法中的任一种确定蛋白质累积水平。例如，在一些情况下，通过对样品蛋白质进行ELISA测定，如作为包含用于测定蛋白质系列组中每一种蛋白质的试剂的试剂盒而提供的ELISA测定，来确定蛋白质累积水平。在一些情况下，所述试剂包含抗体，如单克隆抗体或多克隆抗体，或单克隆抗体和多克隆抗体两者。在一些情况下，使用质谱分析对样品进行测定。在一些情况下测定完整的多肽，而在备选实施方案中或组合地，将多肽片段作为蛋白质累积水平的代表进行测定。
根据系列组比较测定的结果，可以获得多种建议。在一些情况下，例如当系列组比较指示不存在所测定的癌症状况时，建议包括继续监测，如每年监测、两年内再次监测、五年内再次监测或以六个月的时间间隔监测。也考虑其他时间间隔。类似地，阳性系列组与健康标准的比较之后推荐运动、维持健康饮食或避免致癌物。在一些情况下，阳性系列组与健康标准的比较之后推荐进行例如通过粪便样品检验对CR健康的独立评估。
在一些情况下，阳性系列组比较未伴随健康建议或监测建议。
在一些情况下，例如当系列组比较指示存在所测定的癌症状况时，建议包括继续监测，如每年或每半年监测。在一些情况下，例如当系列组比较指示存在所测定的癌症状况时，建议包括重复该测定，或进行独立的测定如粪便测定来验证该结果。在一些情况下，建议包括用来获得该系列组比较结果的‘金标准’验证的结肠镜检查或乙状结肠镜检查。
在一些情况下，建议包括施用或开始治疗方案，以治疗、减轻所测定的癌症状况的症状，延缓、中止所测定的癌症状况的进展，触发所测定的癌症状况的缓解，或消除所测定的癌症状况。这样的药剂包括但不限于单独或组合的5FU、卡培他滨、奥沙利铂和贝伐珠单抗。在一些情况下，当系列组比较指示存在所测定的癌症状况时，建议包括继续监测与如上讨论的治疗方案相组合，使得随时间监测这样的治疗的效力，例如以便确定该治疗方案是否预期显示出接近治疗目标的效力。
本文涉及多种治疗方案，并且这些治疗方案是本领域技术人员已知的，如化疗、生物治疗剂的施用以及手术干预，如低前位切除术或经腹会阴联合切除术或造痿术。
援引并入
本说明书中提到的所有出版物、专利和专利申请均通过引用并入本文，其程度如同特别地且单独地指出每个单独的出版物、专利或专利申请通过引用而并入。
附图说明
本发明的新颖特征在所附的权利要求书中特别地提出。通过参考以下对利用本发明原理的说明性实施方案加以阐述的详细描述以及附图，将获得对本发明的特征和优点的更好的理解，附图中：
图1示出了用于实施本文所述的方法的示例性计算机系统。
图2示出了用于发现和验证蛋白质生物标志物系列组的发现集和验证集。
图3A和3B分别示出了发现和验证ROC曲线，该曲线是通过对包含蛋白质A1AG1、A1AT、AMY2B、CLUS、CO9、ECH1、FRIL、GELS、OSTP、SBP1、SEPR、SPON2和TIMP1的示例性生物标志物系列组进行测定而获得的。
图4A和4B分别示出了发现和验证ROC曲线，该曲线是通过对包含蛋白质CO9和GELS的示例性生物标志物系列组进行测定而获得的。
图5A和5B分别示出了发现和验证ROC曲线，该曲线是通过对A1AT/APOA1和APOA1/FIBG的蛋白质比值进行测定而获得的。
图6A和6B分别示出了发现和验证ROC曲线，该曲线是通过对APOA1/CO3和APOA1/CO9的蛋白质比值进行测定而获得的。
图7A和7B示出了用于按样品集测试误分类的误分类分析的结果。
图8示出了通过测定针对晚期结肠直肠腺瘤的示例性生物标志物系列组而获得的验证ROC曲线，该示例性生物标志物系列组包含FUCO、FIBB、CATD和SAHH。
图9示出了通过测定针对晚期结肠直肠腺瘤的示例性生物标志物系列组而获得的验证ROC曲线，该示例性生物标志物系列组包含CATD、CATS和FUCO。
具体实施方式
在整个申请中，本发明的各个实施方案可以以范围形式呈现。应当理解，范围形式的描述仅为了方便和简洁，而不应被解释为对本发明范围的硬性限制。因此，对范围的描述应被认为已具体公开了所有可能的子范围，以及在该范围内的单个数值。例如，对范围如1至6的描述应被认为已具体公开了子范围如1至3、1至4、1至5、2至4、2至6、3至6等，以及该范围内的单个数值，例如，1、2、3、4、5和6。无论范围的宽度如何，这都适用。
除非另有说明，否则本发明的实施可采用在本领域技术内的免疫学、生物化学、化学、分子生物学、微生物学、细胞生物学、基因组学和重组DNA的常规技术。参见，例如，Sambrook,Fritsch和Maniatis,MOLECULAR CLONING:A LABORATORY MANUAL,第4版(2012)；CURRENT PROTOCOLS IN MOLECULAR BIOLOGY(F.M.Ausubel等人编著(1987))；METHODS INENZYMOLOGY系列(Academic Press,Inc.):PCR 2:A PRACTICAL APPROACH(M.J.MacPherson,B.D.Hames和G.R.Taylor编著(1995))；CULTURE OF ANIMAL CELLS:AMANUAL OF BASIC TECHNIQUE AND SPECIALIZED APPLICATIONS,第6版(R.I.Freshney编著(2010))；以及Lange等人,Molecular Systems Biology Vol.4:Article 222(2008)，这些文献均通过引用并入于此。
定义
除非上下文中另外明确说明，否则如说明书和权利要求书中使用的单数形式“一个”、“一种”和“所述”包括复数指代。例如，术语“一个样品”包括多个样品，包括其混合物。
术语“确定”、“测量”、“评价”、“评估”、“测定”和“分析”在本文中可互换使用以指代任何形式的测量，并且包括确定要素是否存在(例如，检测)。这些术语可包括定量和/或定性确定。评估可以是相对或绝对的。“检测……的存在”可包括确定存在的事物的量，以及确定其是否存在。
术语“系列组(panel)”、“生物标志物系列组”、“分类器模型”和“模型”在本文中可互换使用以指代一组生物标志物，其中这组生物标志物包含至少两种生物标志物。该生物标志物系列组可预测和/或指示受试者的健康状态、疾病或状况。
术语“结肠直肠癌”和“CRC”在本文中可互换使用。术语“结肠直肠癌状态”、“CRC状态”可指受试者的疾病的状态。CRC状态的类型的实例包括但不限于，受试者患包括结肠直肠癌在内的癌症的风险，疾病(例如，息肉或腺癌)的存在与否，患者的疾病阶段(例如，癌)，和疾病治疗的有效性。
术语“质谱仪”可指测量可以转变成气相离子的质-荷(m/z)比的参数的气相离子谱仪。质谱仪通常包括离子源和质量分析器。质谱仪的实例为飞行时间(time-of-flight)、扇形磁场(magnetic sector)、四极滤质器、离子阱、离子回旋共振、静电扇形分析仪以及这些的混合。“质谱法”可指使用质谱仪对气相离子的检测。
术语“串联质谱仪”可指能够进行基于m/z的离子(包括离子混合物中的离子)鉴别或测量的两个连续阶段的任何质谱仪。该词语包括具有两个质量分析器的质谱仪，该质量分析器能够空间串联地进行基于m/z的离子鉴别或测量的两个连续阶段。该词语进一步包括具有单个质量分析器的质谱仪，该质量分析器可以能够时间串联地进行基于m/z的离子鉴别或测量的两个连续阶段。该词语因此明确包括Qq-TOF质谱仪、离子阱质谱仪、离子阱-TOF质谱仪、TOF-TOF质谱仪、傅立叶变换离子回旋共振质谱仪、静电扇形-扇形磁场质谱仪以及它们的组合。
术语“生物芯片”可指具有附着有吸附剂的通常平坦的表面的固体基底。在一些情况下，生物芯片的表面包含多个可寻址位置，每个可寻址位置可具有与其结合的吸附剂。生物芯片可适应于接合探针界面，并因此起到探针的作用。蛋白质生物芯片适应于捕获多肽并且可包含在可寻址位置处附着有色谱或生物特异性吸附剂的表面。微阵列芯片通常用于DNA和RNA基因表达检测。
术语“生物标志物”和“标志物”在本文中可互换使用，并且可指多肽、基因、核酸(例如，DNA和/或RNA)，与取自未患有该疾病的对照受试者(例如，具有阴性诊断或检测不到CRC的人，正常或健康的受试者，或者，例如在不同时间点来自同一个体)的类似样品相比，其差异性地存在于取自患有期望得到诊断的疾病(例如，CRC)的受试者的样品中。生物标志物可以是基因，如DNA或RNA或DNA或RNA的遗传变异，它们的结合配偶体、剪接变体。生物标志物可以是蛋白质、蛋白质片段或氨基酸序列的过渡离子，或者蛋白质的一种或多种修饰。此外，蛋白质生物标志物可以是蛋白质、蛋白质片段或氨基酸序列过渡离子的结合配偶体。
术语“多肽”、“肽”和“蛋白质”在本文中可互换使用，并且可指氨基酸残基的聚合物。多肽可以是通过相邻氨基酸残基的羧基与氨基之间的肽键键合在一起的氨基酸的单个线性聚合物链。多肽可以例如通过加入碳水化合物、磷酸化等来修饰。蛋白质可包含一种或多种多肽。
“免疫测定”可以是使用抗体来特异性地结合抗原(例如，标志物)的测定。免疫测定的特征可在于使用特定抗体的特异性结合性质来分离、靶向和/或量化抗原。
术语“抗体”可指基本由一个免疫球蛋白基因或多个免疫球蛋白基因或其片段编码的、特异性结合并识别表位的多肽配体。例如，抗体作为完整的免疫球蛋白存在或作为通过用各种肽酶消化而产生的多个良好表征的片段存在。这包括，例如Fab”和F(ab)”2片段。如本文所用的，术语“抗体”还包括通过整个抗体的修饰产生的抗体片段或使用重组DNA方法从头合成的抗体片段。它还包括多克隆抗体、单克隆抗体、嵌合抗体、人源化抗体或单链抗体。抗体的“Fc”部分可指免疫球蛋白重链的包含一个或多个重链恒定区结构域、但不包含重链可变区的部分。
术语“肿瘤”可指可由癌性或非癌性细胞形成的、固体或流体填充的病变。术语“肿块”和“结节”经常与“肿瘤”同义使用。肿瘤包括恶性肿瘤或良性肿瘤。恶性肿瘤的实例可以是已知包含转化细胞的癌。
术语“结合配偶体”可指分子对——通常是表现出特异性结合的生物分子对。蛋白质-蛋白质相互作用可发生在两个或更多个蛋白质之间，当蛋白质结合在一起时，它们通常行使其生物功能。蛋白质间的相互作用对大多数生物功能至关重要。例如，来自细胞外部的信号通过信号分子的蛋白质-蛋白质相互作用，经由配体受体蛋白质被介导至该细胞的内部。例如，分子结合配偶体包括但不限于受体和配体、抗体和抗原、生物素和抗生物素蛋白等。
术语“对照参考”可指已知量或确定量的与已知状况有关的生物标志物，其可用来与一定量的与未知状况有关的生物标志物进行比较。对照参考还可指可用来对非稳态分子的值进行校准或归一化的稳态分子。对照参考值可由多个因素的组合或因素范围的组合如生物标志物浓度的组合或浓度范围的组合计算的值。
术语“受试者”、“个体”或“患者”在本文中可互换使用。“受试者”可以是含有表达的遗传物质的生物实体。该生物实体可以为植物、动物，或包括例如细菌、病毒、真菌和原生动物在内的微生物。受试者可以为体内获得或体外培养的生物实体的组织、细胞及其后代。受试者可以为哺乳动物。该哺乳动物可以为人类。受试者可被诊断出疾病或怀疑处于疾病的高风险下。该疾病可为癌症。该癌症可为CRC(CRC)。在一些情况下，受试者不一定被诊断出疾病或怀疑处于疾病的高风险下。
术语“体内”可指发生在受试者身体内的事件。
术语“体外”可指发生在受试者身体之外的事件。体外测定可涵盖采用活细胞或死细胞的基于细胞的测定。体外测定还可涵盖不采用完整细胞的无细胞测定。
术语“特异性”或“真阴性率”可指某种试验正确地排除某种状况的能力。例如，在诊断试验中，试验的特异性是已知未患疾病、将会检测为对该疾病呈阴性的患者的比例。在一些情况下，这通过确定真阴性者(即，检测为阴性且未患该疾病的患者)与群体中健康个体的总数(即，检测为阴性且未患该疾病的患者与检测为阳性却未患该疾病的患者之和)的比例来计算。
术语“灵敏度”或“真阳性率”可指某种试验正确地鉴别某种状况的能力。例如，在诊断试验中，试验的灵敏度是已知患有疾病、将会检测为对该疾病呈阳性的患者的比例。在一些情况下，这通过确定真阳性者(即，检测为阳性且患有该疾病的患者)与群体中具有该状况的个体的总数(即，检测为阳性且具有该状况的患者与检测为阴性却具有该状况的患者之和)的比例来计算。
如本文所用的，术语“约”某个数值是指该数值加上或减去该数值的10％。术语“约”某个范围是指该范围减去其最小值的10％以及加上其最大值的10％。
如本文所用的，术语“治疗”或“处理”在本文中可互换使用。这些术语可指用于获得有益或所需结果的方法，该有益或所需结果包括但不限于治疗益处和/或预防益处。治疗益处可指正在治疗的潜在病症的根除或减轻。另外，治疗益处也可如下实现：与该潜在病症有关的一种或多种生理学症状得到根除或减轻，使得在受试者中观察到改善，尽管该受试者可能仍患有该潜在病症。预防益处包括延缓、防止或消除疾病或状况的出现，延缓或消除疾病或状况的症状的发作，减慢、中止或逆转疾病或状况的进展，或上述的任意组合。为了获得预防益处，处于发展成特定疾病的风险下的受试者或报告有疾病的一种或多种生理学症状的受试者可接受治疗，即使可能尚未作出该疾病的诊断。
详述
本文提供了用于晚期结肠直肠腺瘤和CRC中的至少一种的非侵入性检测的生物标志物系列组、方法、组合物、试剂盒和系统。本文所述的生物标志物系列组、方法、组合物、试剂盒和系统中的任一种均可用于确定受试者患有晚期结肠直肠腺瘤和CRC中的至少一种的可能性。这样的生物标志物系列组、方法、组合物和试剂盒可以以高灵敏度和高特异性中的至少一种检测晚期结肠直肠腺瘤和CRC中的至少一种。例如，本文提供的生物标志物系列组、方法、组合物、试剂盒可以以至少50％、至少55％、至少60％、至少65％、至少70％、至少75％、至少80％、至少85％、至少90％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％或约100％的灵敏度检测晚期结肠直肠腺瘤和CRC中的至少一种。例如，本文的方法和试剂盒可以以70％的灵敏度检测晚期结肠直肠腺瘤和CRC中的至少一种。例如，本文的方法和试剂盒可以以75％的灵敏度检测晚期结肠直肠腺瘤和CRC中的至少一种。例如，本文的方法和试剂盒可以以80％的灵敏度检测晚期结肠直肠腺瘤和CRC中的至少一种。例如，本文的方法和试剂盒可以以85％的灵敏度检测晚期结肠直肠腺瘤和CRC中的至少一种。例如，本文的方法和试剂盒可以以90％的灵敏度检测晚期结肠直肠腺瘤和CRC中的至少一种。
本文提供的生物标志物系列组、方法、组合物、试剂盒可以以至少50％、至少55％、至少60％、至少65％、至少70％、至少75％、至少80％、至少85％、至少90％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％或约100％的特异性检测晚期结肠直肠腺瘤和CRC中的至少一种。例如，本文的方法和试剂盒可以以70％的特异性检测晚期结肠直肠腺瘤和CRC中的至少一种。例如，本文的方法和试剂盒可以以75％的特异性检测晚期结肠直肠腺瘤和CRC中的至少一种。例如，本文的方法和试剂盒可以以80％的特异性检测晚期结肠直肠腺瘤和CRC中的至少一种。例如，本文的方法和试剂盒可以以85％的特异性检测晚期结肠直肠腺瘤和CRC中的至少一种。例如，本文的方法和试剂盒可以以90％的特异性检测晚期结肠直肠腺瘤和CRC中的至少一种。
在一些情况下，本文提供的生物标志物系列组、诊断方法、试剂盒和组合物以至少70％的灵敏度和特异性检测晚期结肠直肠腺瘤和CRC中的至少一种。在一些情况下，本文提供的生物标志物系列组、诊断方法、试剂盒和组合物以至少75％的灵敏度和特异性检测晚期结肠直肠腺瘤和CRC中的至少一种。在一些情况下，本文提供的诊断方法、试剂盒和组合物以至少80％的灵敏度和特异性检测晚期结肠直肠腺瘤和CRC中的至少一种。在一些情况下，本文提供的诊断方法、试剂盒和组合物以至少85％的灵敏度和特异性检测晚期结肠直肠腺瘤和CRC中的至少一种。在一些情况下，本文提供的诊断方法、试剂盒和组合物以至少90％的灵敏度和特异性检测晚期结肠直肠腺瘤和CRC中的至少一种。此外，本文提供的诊断方法可在无需侵入性结肠镜检查、乙状结肠镜检查或组织活检的情况下进行。例如，本文提供的诊断方法可通过简单的血液检验来进行。
本文所述的生物标志物系列组、方法、组合物和试剂盒可基于从受试者获得的生物样品中的一种或多种生物标志物的检测和/或测量提供针对晚期结肠直肠腺瘤和CRC中的至少一种的诊断测定。在一些实施方案中，该生物样品为血液样品。该血液样品可为全血样品、血浆样品或血清样品。在一些情况下，本文提供的诊断方法可检测晚期结肠直肠腺瘤和CRC中的至少一种。这样的诊断方法可具有至少70％的灵敏度和至少70％的特异性中的至少一种。在一些情况下，本文提供的诊断方法可检测晚期结肠直肠腺瘤和CRC中的至少一种。这样的诊断方法基于生物样品中15种或更少的生物标志物的测量，可具有70％或更高的灵敏度和至少70％的特异性中的至少一种。在一些情况下，本文提供的诊断方法可检测晚期结肠直肠腺瘤和CRC中的至少一种。这样的诊断方法基于不多于2种生物标志物、3种或更少的生物标志物、4种或更少的生物标志物、5种或更少的生物标志物、6种或更少的生物标志物、7种或更少的生物标志物、8种或更少的生物标志物、9种或更少的生物标志物、10种或更少的生物标志物、11种或更少的生物标志物、不多于12种生物标志物、13种或更少的生物标志物、14种或更少的生物标志物、或15种或更少的生物标志物的测量，可具有至少70％的灵敏度和至少70％的特异性中的至少一种。
本文所述的生物标志物系列组、方法、组合物和试剂盒还可用作结肠镜检查、乙状结肠镜检查或结肠组织活检的质量控制度量。例如，基于本文所述方法的晚期结肠直肠腺瘤和CRC中的至少一种的阳性检测可用来验证结肠镜检查、乙状结肠镜检查或结肠组织活检的结果。例如，在结肠镜检查、乙状结肠镜检查或结肠组织活检产生了阴性结果但本文所述的方法产生了阳性结果的一些情况下，这样的方法可用来警示照护者进行另外的结肠镜检查、乙状结肠镜检查或结肠组织活检。
在一些情况下，本文提供的方法包括：(a)从受试者获得生物样品；(b)测量该受试者的生物样品中的生物标志物系列组；(c)基于该测量，检测该受试者中是否存在晚期结肠直肠腺瘤和CRC中的至少一种；以及(d)(i)基于该检测，治疗该受试者的晚期结肠直肠腺瘤和CRC中的至少一种，或者(ii)基于该检测的结果，向该受试者推荐结肠镜检查、乙状结肠镜检查或结肠直肠组织活检。对于本文所述的一种或多种方法而言，“治疗”包括向受试者或受试者的看护者提供书面报告，该书面报告包含开始CRC治疗的建议。对于本文所述的一种或多种方法而言，“向受试者推荐结肠镜检查”包括向受试者或受试者的看护者提供书面报告，该书面报告包含建议该受试者接受结肠镜检查、乙状结肠镜检查或组织活检以确认CRC诊断。在一些情况下，结肠镜检查、乙状结肠镜检查或组织活检可用来去除晚期结肠直肠腺瘤和CRC中的至少一种，从而治疗晚期结肠直肠腺瘤和CRC中的至少一种。
一种示例性的方法包括：(a)获得数据，该数据包括从受试者获得的生物样品中的生物标志物系列组的测量结果，(b)基于该测量数据生成该生物标志物系列组的受试者特异性谱，(c)将该生物标志物系列组的受试者特异性谱与该生物标志物系列组的参考谱进行比较；以及(d)基于(c)确定晚期结肠直肠腺瘤和结肠直肠癌中的至少一种的可能性。
一种示例性的方法可包括：(a)测量从受试者获得的生物样品中的生物标志物系列组；(b)基于该测量，检测该受试者中是否存在结肠直肠癌和/或晚期结肠直肠腺瘤；以及(c)基于该检测，治疗该受试者的结肠直肠癌。
一种示例性的方法可包括：(a)获得数据，该数据包括从受试者获得的生物样品中的生物标志物系列组的测量结果，(b)基于该测量数据生成该生物标志物系列组的受试者特异性谱，(c)将该生物标志物系列组的受试者特异性谱与该生物标志物系列组的参考谱进行比较；以及(d)基于(c)确定晚期结肠直肠腺瘤和结肠直肠癌中的至少一种的可能性。在一些情况下，本文提供的方法包括：(a)测量从受试者获得的生物样品中的生物标志物系列组；(b)基于该测量，检测该受试者中是否存在结肠直肠癌和/或晚期结肠直肠腺瘤；以及(c)基于该检测，向该受试者推荐该受试者的结肠镜检查、乙状结肠镜检查和组织活检中的至少一种。
基于算法的方法
本文所述的方法、组合物、试剂盒和系统中的任一种均可采用用于预测受试者中是否存在晚期结肠直肠腺瘤和CRC中的至少一种的基于算法的诊断测定。一种或多种蛋白质生物标志物的表达水平，以及任选的一种或多种受试者特征，例如年龄、体重、性别、病史、风险因素、家族史等，可以单独使用或编排成功能子集，以计算可用来预测存在或不存在晚期结肠直肠腺瘤和CRC中的至少一种的可能性的量化评分。
通过实施本文所述的任一种方法提供的基于算法的测定和相关信息可促进对受试者的最佳治疗决策制定。例如，这样的临床工具可使医师或照护者能够确定具有患晚期结肠直肠腺瘤或癌的低可能性并因此无需抗癌治疗的患者，或具有晚期结肠直肠腺瘤或CRC的高可能性并因此将需要抗癌治疗的患者。
可通过应用特定算法来确定量化评分。在本文公开的方法中用来计算量化评分的算法可对一种生物标志物或成组生物标志物的表达水平值进行分组。此外，特定一组生物标志物的形成可促进生物标志物或生物标志物子集(例如分类器)的各个表达水平对量化评分的贡献的数学加权。本文描述了用于计算量化评分的示例性算法。
生物标志物
在一些情况下，本文所述的生物标志物系列组包含至少两种生物标志物。该生物标志物可选自A1AG1、A1AT、AACT、AMY2B、ANXA1、APOA1、CAH1、CATD、CATS、CEAM3、CLUS、CTNB1、CO3、CO9、CRP、CSF1、DPP4、ECH1、FHL1、FIBB、FIBG、FRIL、FUCO、GELS、HPT、OSTP、PRDX1、SAA1、SAHH、SBP1、SEPR、SPB6、SPON2、SYG、TIMP1和TRFE，或其片段。本文所述的任何生物标志物均可为蛋白质生物标志物。
在另一个实施方案中，本文所述的生物标志物系列组包含至少两种生物标志物。该生物标志物可选自A1AG1、A1AT、AACT、APOA1、CATD、CEAM3、CLUS、CO3、CO9、CRP、FIBB、FIBG、GELS、OSTP、PRDX1、SAA1、SBP1和SEPR。本文所述的任何生物标志物均可为蛋白质生物标志物。
示例性的生物标志物及其人类氨基酸序列在以下表1中列出。
表1：用于CRC诊断的生物标志物
所述生物标志物可包括包含与本文所述的任一氨基酸序列具有至少50％、51％、52％、53％、54％、55％、56％、57％、58％、59％、60％、61％、62％、63％、64％、65％、66％、67％、68％、69％、70％、71％、72％、73％、74％、75％、76％、77％、78％、79％、80％、81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或100％同一性的氨基酸序列的多肽。所述生物标志物可包括包含在本文所述的任一序列的5个或更多个、6个或更多个、7个或更多个、8个或更多个、9个或更多个、10个或更多个、11个或更多个、12个或更多个、13个或更多个、14个或更多个、15个或更多个,16个或更多个、17个或更多个、18个或更多个、19个或更多个、20个或更多个、21个或更多个、22个或更多个、23个或更多个、24个或更多个、25个或更多个、26个或更多个、27个或更多个、28个或更多个、29个或更多个、20个或更多个、31个或更多个、32个或更多个、33个或更多个、34个或更多个、35个或更多个、36个或更多个、37个或更多个、38个或更多个、39个或更多个、40个或更多个、41个或更多个、42个或更多个、43个或更多个、44个或更多个、45个或更多个、46个或更多个、47个或更多个、48个或更多个、49个或更多个、50个或更多个、51个或更多个、52个或更多个、53个或更多个、54个或更多个、55个或更多个、56个或更多个、57个或更多个、58个或更多个、59个或更多个、60个或更多个、61个或更多个、62个或更多个、63个或更多个、64个或更多个、65个或更多个、66个或更多个、67个或更多个、68个或更多个、69个或更多个、70个或更多个、71个或更多个、72个或更多个、73个或更多个、74个或更多个、75个或更多个、76个或更多个、77个或更多个、78个或更多个、79个或更多个、80个或更多个、81个或更多个、82个或更多个、83个或更多个、84个或更多个、85个或更多个、86个或更多个、87个或更多个、88个或更多个、89个或更多个、90个或更多个、91个或更多个、92个或更多个、93个或更多个、94个或更多个、95个或更多个、96个或更多个、97个或更多个、98个或更多个、99个或更多个、或100个或更多个连续氨基酸残基的长度上具有至少50％、51％、52％、53％、54％、55％、56％、57％、58％、59％、60％、61％、62％、63％、64％、65％、66％、67％、68％、69％、70％、71％、72％、73％、74％、75％、76％、77％、78％、79％、80％、81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或100％同一性的氨基酸序列的多肽。
本文所述的生物标志物还可包含编码多肽的核酸及其所有修饰形式和/或片段，该多肽包含与本文所述的任一氨基酸序列具有至少50％、51％、52％、53％、54％、55％、56％、57％、58％、59％、60％、61％、62％、63％、64％、65％、66％、67％、68％、69％、70％、71％、72％、73％、74％、75％、76％、77％、78％、79％、80％、81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或100％同源性的氨基酸序列。生物标志物的修饰形式包括例如公开的生物标志物及编码它们的相应RNA或DNA的任何剪接变体。在某些情况下，修饰形式、片段或其相应的RNA或DNA可在诊断中显示出比全长蛋白质更好的鉴别力。
本文所述的生物标志物还可包括本文所述的任何蛋白质的截短形式或多肽片段。蛋白质的截短形式或多肽片段可包括N-末端缺失或截短的形式以及C-末端缺失或截短的形式。蛋白质的截短形式或片段可包括通过任何机制产生的片段，例如但不限于通过选择性翻译、外切和/或内切蛋白水解和/或降解，例如通过物理、化学和/或酶促蛋白水解。非限制性地，截短的蛋白质或蛋白质片段、多肽或肽可代表该蛋白质的少于或多于1％，少于或多于15％，或至少约10％，例如>20％、>30％或>40％，如>50％，例如>60％、>70％或>80％，或甚至90％或>95％的氨基酸序列。
非限制性地，截短的蛋白质或蛋白质片段可包含相应全长蛋白质的约5-20个连续氨基酸，或约10-50个连续氨基酸，或约20-100个连续氨基酸，或约30-150个连续氨基酸，或约50-500个连续氨基酸，或约200-1000个连续氨基酸，或多于1000个连续氨基酸的序列。
在一些情况下，与相应成熟的全长蛋白质或其可溶性或血浆循环形式相比，片段可以是N末端和/或C末端截短1至约20个氨基酸，例如1至约15个氨基酸，或者1至约10个氨基酸，或者1至约5个氨基酸。
本发明的任何蛋白质生物标志物，如肽、多肽或蛋白质及其片段，也可涵盖所述标志物、肽、多肽或蛋白质和片段的修饰形式，如具有表达后修饰，包括但不限于，诸如磷酸化、糖基化、脂化、甲基化、半胱氨酰化、磺化、谷胱甘肽化、乙酰化、甲硫氨酸氧化成甲硫氨酸亚砜或甲硫氨酸砜等修饰。
在一些情况下，片段化的蛋白质可以是N-末端和/或C-末端截短的。这样的片段化的蛋白质可包含N-末端(a,b,c-离子)和/或C-末端(x,y,z-离子)截短的蛋白质或肽的一种或多种或所有过渡离子。如本文所教导的示例性的人类标志物、核酸、蛋白质或多肽可以如NCBI Genbank(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/)或Swissprot/Uniprot(http://www.uniprot.org/)登录号下所注释。在一些情况下，所述序列可以是如本文所教导的标志物、核酸、蛋白质或多肽的前体(例如，前蛋白质)的序列，并且可包含从成熟分子加工除去的部分。在一些情况下，虽然可能仅公开一个或多个同种型，但旨在涵盖该序列的所有同种型。
在一些实施方案中，本文提供的诊断方法包括在生物样品中测量生物标志物系列组，该生物标志物系列组包含选自A1AG1、A1AT、AACT、AMY2B、ANXA1、APOA1、CAH1、CATD、CATS、CEAM3、CLUS、CTNB1、CO3、CO9、CRP、CSF1、DPP4、ECH1、FHL1、FIBB、FIBG、FRIL、FUCO、GELS、HPT、OSTP、PRDX1、SAA1、SAHH、SBP1、SEPR、SPB6、SPON2、SYG、TIMP1和TRFE的至少两种生物标志物。在备选实施方案中，本文提供的诊断方法包括在生物样品中测量生物标志物系列组，该生物标志物系列组由A1AG1、AACT、CO3、CO9和SAA1组成。
在一些实施方案中，本文提供的诊断方法包括在生物样品中测量生物标志物系列组，该生物标志物系列组包含选自A1AG1、A1AT、AACT、APOA1、CATD、CEAM3、CLUS、CO3、CO9、CRP、FIBB、FIBG、GELS、OSTP、PRDX1、SAA1、SBP1和SEPR的至少两种生物标志物。在一些实施方案中，本文提供的诊断方法包括在生物样品中测量生物标志物系列组，该生物标志物系列组由A1AG1、A1AT、CATD、CEAM3、CO9、OSTP和SEPR组成。在一些实施方案中，本文提供的诊断方法包括在生物样品中测量生物标志物系列组，该生物标志物系列组由A1AG1、A1AT、APOA1、CATD、CEAM3、CLUS、CO3、CO9、FIBB、FIBG、GELS、PRDX1、SBP1和SEPR组成。在一些实施方案中，本文提供的诊断方法包括在生物样品中测量生物标志物系列组，该生物标志物系列组由A1AG1、A1AT、CATD、CEAM3、CO9和SEPR组成。在一些实施方案中，本文提供的诊断方法包括在生物样品中测量生物标志物系列组，该生物标志物系列组由A1AG1、A1AT、AACT、CATD、CEAM3、CO9、CRP、GELS、SAA1和SEPR组成。在一些实施方案中，本文提供的诊断方法包括在生物样品中测量生物标志物系列组，该生物标志物系列组由CATD、CEA、CO3、CO9、GELS和SEPR组成。本文所述的任一种方法均可包括将生物样品中的至少两种生物标志物中的每一种的量与该至少两种生物标志物中的每一种的参考量进行比较。本文所述的任一种方法均可包括将受试者的生物标志物系列组的谱与该生物标志物系列组的参考谱进行比较。该参考量可以是对照受试者的生物标志物的量。该生物标志物系列组的参考谱可以是对照受试者的生物标志物谱。该对照受试者可以是具有已知诊断的受试者。例如，该对照受试者可以是阴性对照受试者。该阴性对照受试者可以是未患有晚期结肠直肠腺瘤的受试者。该阴性对照受试者可以是未患有CRC的受试者。该阴性对照受试者可以是没有结肠息肉的受试者。对于其他实例，该对照受试者可以是阳性对照受试者。该阳性对照受试者可以是确诊患有晚期结肠直肠腺瘤的受试者。该阳性对照受试者可以是确诊为CRC的受试者。该阳性对照受试者可以是确诊为任何阶段的CRC(例如，0期、I期、II期、IIA期、IIB期、IIC期、III期、IIIA期、IIIB期、IIIC期、IV期、IVA期或IVB期)的受试者。该参考量可以是生物标志物的预定水平，其中该预定水平是基于对照受试者中经测量的生物标志物的量而设定的。
在一些情况下，比较包括确定从受试者获得的生物样品中的生物标志物的量与该生物标志物的参考量之间的差异。例如，所述方法可包括基于从受试者获得的生物样品中至少一种测量的生物标志物的量与该至少一种测量的生物标志物的参考量相比的偏差(例如，测得的差异)，检测是否存在晚期结肠直肠腺瘤和CRC中的至少一种。在一些实例中，该方法包括如果来自从受试者获得的生物样品的至少一种测量的生物标志物的量与阳性参考值(例如，来自阳性对照受试者的测量的生物标志物的量)相比的偏差小，则检测出存在晚期结肠直肠腺瘤和CRC中的至少一种。对于其他实例，该方法包括如果来自从受试者获得的生物样品的至少一种测量的生物标志物的量与阴性参考值(例如，从阴性对照受试者测量的)相比的偏差大，则检测出存在晚期结肠直肠腺瘤和CRC中的至少一种。在一些实例中，该方法包括如果来自从受试者获得的生物样品的至少一种测量的生物标志物的量与阳性参考值(例如，从阳性对照受试者测量的)相比的偏差大，则检测出不存在晚期结肠直肠腺瘤和CRC中的至少一种。在一些实例中，该方法包括如果来自从受试者获得的生物样品的至少一种测量的生物标志物的量与阴性参考值(例如，从阴性对照受试者测量的)相比的偏差小，则检测出不存在晚期结肠直肠腺瘤和CRC中的至少一种。在一些情况下，关于是否存在晚期结肠直肠腺瘤和CRC中的至少一种的检测可基于由本文所述的算法产生的临床结果评分。该算法可用于评估从受试者获得的生物样品中测量的生物标志物的量与该生物标志物的参考量之间的偏差。
在实施本文所述的任何方法时，比较可包括确定受试者的生物标志物谱与参考生物标志物谱之间的差异。例如，所述方法可包括基于受试者的生物标志物谱与参考生物标志物谱相比的偏差(例如，测得的差异)，检测是否存在晚期结肠直肠腺瘤和CRC中的至少一种。例如，该方法可包括如果受试者的生物标志物谱与阳性参考生物标志物谱(例如，基于来自阳性对照受试者的系列组生物标志物的测量的生物标志物谱)相比的偏差小，则检测出存在晚期结肠直肠腺瘤和CRC中的至少一种。对于其他实例，该方法可包括如果受试者的生物标志物谱与阴性参考生物标志物谱(例如，基于来自阴性对照受试者的系列组生物标志物的测量的生物标志物谱)相比的偏差大，则检测出存在晚期结肠直肠腺瘤和CRC中的至少一种。在一些情况下，该方法包括如果受试者的生物标志物谱与阳性参考生物标志物谱相比的偏差大，则检测出不存在晚期结肠直肠腺瘤和CRC中的至少一种。在一些实例中，该方法包括如果受试者的生物标志物谱与阴性参考生物标志物谱相比的偏差小，则检测出不存在晚期结肠直肠腺瘤和CRC中的至少一种。在一些情况下，关于是否存在晚期结肠直肠腺瘤和CRC中的至少一种的检测可基于由本文所述的算法产生的临床结果评分。该算法可用于评估受试者的生物标志物谱与参考生物标志物谱之间的偏差。
在一些实施方案中，所述方法包括检测受试者中是否存在晚期结肠直肠腺瘤。该晚期结肠直肠腺瘤可为结肠直肠的晚期结肠直肠腺瘤。本文所述的方法可用于检测是否存在尺寸大于1cm的晚期结肠直肠腺瘤。本文所述的方法可用于检测是否存在具有绒毛特征的晚期结肠直肠腺瘤。在一些情况下，本文提供的诊断方法包括在生物样品中测量包含至少两种生物标志物的生物标志物系列组，其中该至少两种生物标志物包括CATD和FUCO。在特定情况下，这样的诊断方法包括在生物样品中测量包含三种生物标志物的生物标志物系列组。该三种生物标志物可为例如CATD、CATS和FUCO。该三种生物标志物可为CATD、FUCO和FIBB。该三种生物标志物可为CATD、FUCO和SAHH。在一些情况下，这样的诊断方法包括在生物样品中测量包含四种生物标志物的生物标志物系列组。该四种生物标志物可为例如CATD、FIBB、FUCO和SAHH。在一些情况下，该方法包括如果从受试者获得的生物样品中的CATD、FUCO、FIBB和SAHH中的至少一种的水平与阳性参考值相比的偏差小，则提供晚期结肠直肠腺瘤的阳性诊断。在一些情况下，该方法包括如果从受试者获得的生物样品中的CATD、FUCO、FIBB和SAHH中的至少一种的水平与阴性参考值相比的偏差大，则提供晚期结肠直肠腺瘤的阳性诊断。在一些情况下，该方法包括如果从受试者获得的生物样品中的CATD、FUCO、FIBB和SAHH中的至少一种的水平与阳性参考值相比的偏差大，则提供晚期结肠直肠腺瘤的阳性诊断。在一些情况下，该方法包括如果从受试者获得的生物样品中的CATD、FUCO、FIBB和SAHH中的至少一种的水平与阴性参考值相比的偏差小，则提供晚期结肠直肠腺瘤的阳性诊断。这样的诊断方法可以以大于50％、大于55％、大于60％、大于65％、大于70％、大于75％、大于80％、大于85％、大于90％、大于95％、大于96％、大于97％、大于98％、大于99％或约100％的灵敏度检测晚期结肠直肠腺瘤。这样的诊断方法可以以约50％-100％、约60％-100％、约70％-100％、约80％-100％或约90-100％的灵敏度检测晚期结肠直肠腺瘤。这样的诊断方法可以以大于50％、大于55％、大于60％、大于65％、大于70％、大于75％、大于80％、大于85％、大于90％、大于95％、大于96％、大于97％、大于98％、大于99％或约100％的特异性检测晚期结肠直肠腺瘤。这样的诊断方法可以以约50％-100％、约60％-100％、约70％-100％、约80％-100％或约90-100％的特异性检测晚期结肠直肠腺瘤。在特定实施方案中，这样的诊断方法可以以50％或更高、60％或更高、70％或更高、75％或更高、80％或更高、85％或更高、90％或更高的灵敏度和特异性检测晚期结肠直肠腺瘤。在特定实施方案中，这样的诊断可以以约50％-100％、约60％-100％、约70％-100％、约80％-100％或约90-100％的灵敏度和特异性检测晚期结肠直肠腺瘤。
在一些实施方案中，生物标志物系列组包含至少两种生物标志物，它们是CO9和GELS。这样的诊断方法可用于检测受试者的CRC。在一些实施方案中，在生物样品中测量不多于两种生物标志物，它们是CO9和GELS。在一些情况下，该方法包括如果从受试者获得的生物样品中的CO9和GELS中的至少一种的水平与阳性参考值相比的偏差小，则提供CRC的阳性诊断。在一些情况下，该方法包括如果从受试者获得的生物样品中的CO9和GELS中的至少一种的水平与阴性参考值相比的偏差大，则提供CRC的阳性诊断。在一些情况下，该方法包括如果从受试者获得的生物样品中的CO9和GELS中的至少一种的水平与阳性参考值相比的偏差大，则提供CRC的阳性诊断。在一些情况下，该方法包括如果从受试者获得的生物样品中的CO9和GELS中的至少一种的水平与阴性参考值相比的偏差小，则提供CRC的阳性诊断。
在一些情况下，所述系列组中的至少两种生物标志物包括CRP和TIMP1。这样的生物标志物系列组可用于检测受试者的CRC。在一些实施方案中，在生物样品中测量不多于两种生物标志物，它们是CRP和TIMP1。在一些情况下，该方法包括如果从受试者获得的生物样品中的CRP和TIMP1中的至少一种的水平与阳性参考值相比的偏差小，则提供CRC的阳性诊断。在一些情况下，该方法包括如果从受试者获得的生物样品中的CRP和TIMP1中的至少一种的水平与阴性参考值相比的偏差大，则提供CRC的阳性诊断。在一些情况下，该方法包括如果从受试者获得的生物样品中的CRP和TIMP1中的至少一种的水平与阳性参考值相比的偏差大，则提供CRC的阳性诊断。在一些情况下，该方法包括如果从受试者获得的生物样品中的CRP和TIMP1中的至少一种的水平与阴性参考值相比的偏差小，则提供CRC的阳性诊断。
在一些情况下，本文提供的诊断方法包括在生物样品中测量包含三种生物标志物的生物标志物系列组。该三种生物标志物可为AACT、CO9和SYG。在一些情况下，该方法包括如果从受试者获得的生物样品中的AACT、CO9和SYG中的至少一种的水平与阳性参考值相比的偏差小，则提供CRC的阳性诊断。在一些情况下，该方法包括如果从受试者获得的生物样品中的AACT、CO9和SYG中的至少一种的水平与阴性参考值相比的偏差大，则提供CRC的阳性诊断。在一些情况下，该方法包括如果从受试者获得的生物样品中的AACT、CO9和SYG中的至少一种的水平与阳性参考值相比的偏差大，则提供CRC的阳性诊断。在一些情况下，该方法包括如果从受试者获得的生物样品中的AACT、CO9和SYG中的至少一种的水平与阴性参考值相比的偏差小，则提供CRC的阳性诊断。在一些实施方案中，在生物样品中测量不多于三种生物标志物，它们是AACT、CO9和SYG。
在一些情况下，本文提供的用于检测CRC的诊断方法包括在生物样品中测量包含四种生物标志物的生物标志物系列组。在一些实施方案中，在生物样品中测量多于四种生物标志物。在一些实施方案中，在生物样品中测量不多于四种生物标志物。
在一些实施方案中，所述四种生物标志物为CO9、GELS、PRDX1和CATD。在一些情况下，该方法包括如果从受试者获得的生物样品中的CO9、GELS、PRDX1和CATD中的至少一种的水平与阳性参考值相比的偏差小，则提供CRC的阳性诊断。在一些情况下，该方法包括如果从受试者获得的生物样品中的CO9、GELS、PRDX1和CATD中的至少一种的水平与阴性参考值相比的偏差大，则提供CRC的阳性诊断。在一些情况下，该方法包括如果从受试者获得的生物样品中的CO9、GELS、PRDX1和CATD中的至少一种的水平与阳性参考值相比的偏差大，则提供CRC的阳性诊断。在一些情况下，该方法包括如果从受试者获得的生物样品中的CO9、GELS、PRDX1和CATD中的至少一种的水平与阴性参考值相比的偏差小，则提供CRC的阳性诊断。
在一些实施方案中，所述四种生物标志物为A1AT、APOA1、FIBB和CEAM3。在一些情况下，该方法包括如果从受试者获得的生物样品中的A1AT、APOA1、FIBB和CEAM3中的至少一种的水平与阳性参考值相比的偏差小，则提供CRC的阳性诊断。在一些情况下，该方法包括如果从受试者获得的生物样品中的A1AT、APOA1、FIBB和CEAM3中的至少一种的水平与阴性参考值相比的偏差大，则提供CRC的阳性诊断。在一些情况下，该方法包括如果从受试者获得的生物样品中的A1AT、APOA1、FIBB和CEAM3中的至少一种的水平与阳性参考值相比的偏差大，则提供CRC的阳性诊断。在一些情况下，该方法包括如果从受试者获得的生物样品中的A1AT、APOA1、FIBB和CEAM3中的至少一种的水平与阴性参考值相比的偏差小，则提供CRC的阳性诊断。
在一些实施方案中，所述四种生物标志物为CAH1、CRP、FIBG和CTNB1。在一些情况下，该方法包括如果从受试者获得的生物样品中的CAH1、CRP、FIBG和CTNB1中的至少一种的水平与阳性参考值相比的偏差小，则提供CRC的阳性诊断。在一些情况下，该方法包括如果从受试者获得的生物样品中的CAH1、CRP、FIBG和CTNB1中的至少一种的水平与阴性参考值相比的偏差大，则提供CRC的阳性诊断。在一些情况下，该方法包括如果从受试者获得的生物样品中的CAH1、CRP、FIBG和CTNB1中的至少一种的水平与阳性参考值相比的偏差大，则提供CRC的阳性诊断。在一些情况下，该方法包括如果从受试者获得的生物样品中的CAH1、CRP、FIBG和CTNB1中的至少一种的水平与阴性参考值相比的偏差小，则提供CRC的阳性诊断。
在一些实施方案中，所述四种生物标志物为A1AG1、A1AT、CO9和GELS。在一些情况下，该方法包括如果从受试者获得的生物样品中的A1AG1、A1AT、CO9和GELS中的至少一种的水平与阳性参考值相比的偏差小，则提供CRC的阳性诊断。在一些情况下，该方法包括如果从受试者获得的生物样品中的A1AG1、A1AT、CO9和GELS中的至少一种的水平与阴性参考值相比的偏差大，则提供CRC的阳性诊断。在一些情况下，该方法包括如果从受试者获得的生物样品中的A1AG1、A1AT、CO9和GELS中的至少一种的水平与阳性参考值相比的偏差大，则提供CRC的阳性诊断。在一些情况下，该方法包括如果从受试者获得的生物样品中的A1AG1、A1AT、CO9和GELS中的至少一种的水平与阴性参考值相比的偏差小，则提供CRC的阳性诊断。
在一些实施方案中，所述方法可包括在生物样品中测量包含多于四种生物标志物的生物标志物系列组。本文所述的诊断方法的特定实施方案包括测量生物标志物系列组，其中该生物标志物系列组包含生物样品中的多于四种生物标志物，其中该多于四种生物标志物包括A1AG1、A1AT、CO9和GELS。例如，生物标志物系列组可包含5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20种或多于20种生物标志物，其中该5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20种或多于20种生物标志物包括A1AG1、A1AT、CO9和GELS。在一些情况下，该生物标志物系列组包含包括A1AG1、A1AT、CO9和GELS在内的5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20种或多于20种生物标志物，其中该包括A1AG1、A1AT、CO9和GELS在内的5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20种或多于20种生物标志物还包括AACT、ANXA1、APOL1、CRP、CSF1、FHL1、FIBG、HPT、SA11、AMY2B、CLUS、ECH1、FRIL、OSTP、SBP1、SEPR、SPON2和TIMP1中的至少一种。在一些情况下，该生物标志物系列组包含包括A1AG1、A1AT、CO9和GELS在内的5-20、8-16或10-15种生物标志物。在一些情况下，该生物标志物系列组包含13种生物标志物。在特定情况下，该13种生物标志物为A1AG1、A1AT、AACT、ANXA1、APOA1、CO9、CRP、CSF1、FHL1、FIBG、GELS、HPT和SAA1。在一些情况下，该方法包括如果从受试者获得的生物样品中的A1AG1、A1AT、AACT、ANXA1、APOA1、CO9、CRP、CSF1、FHL1、FIBG、GELS、HPT和SAA1中的至少一种的水平与阳性参考值相比的偏差小，则提供CRC的阳性诊断。在一些情况下，该方法包括如果从受试者获得的生物样品中的A1AG1、A1AT、AACT、ANXA1、APOA1、CO9、CRP、CSF1、FHL1、FIBG、GELS、HPT和SAA1中的至少一种的水平与阴性参考值相比的偏差大，则提供CRC的阳性诊断。在一些情况下，该方法包括如果从受试者获得的生物样品中的A1AG1、A1AT、AACT、ANXA1、APOA1、CO9、CRP、CSF1、FHL1、FIBG、GELS、HPT和SAA1中的至少一种的水平与阳性参考值相比的偏差大，则提供CRC的阳性诊断。在一些情况下，该方法包括如果从受试者获得的生物样品中的A1AG1、A1AT、AACT、ANXA1、APOA1、CO9、CRP、CSF1、FHL1、FIBG、GELS、HPT和SAA1中的至少一种的水平与阴性参考值相比的偏差小，则提供CRC的阳性诊断。
在一些情况下，所述13种生物标志物为A1AG1、A1AT、AMY2B、CLUS、CO9、ECH1、FRIL、GELS、OSTP、SBP1、SEPR、SPON2和TIMP1。这样的生物标志物系列组可用于检测受试者的CRC。在一些情况下，该方法包括如果从受试者获得的生物样品中的A1AG1、A1AT、AMY2B、CLUS、CO9、ECH1、FRIL、GELS、OSTP、SBP1、SEPR、SPON2和TIMP1中的至少一种的水平与阳性参考值相比的偏差小，则提供CRC的阳性诊断。在一些情况下，该方法包括如果从受试者获得的生物样品中的A1AG1、A1AT、AMY2B、CLUS、CO9、ECH1、FRIL、GELS、OSTP、SBP1、SEPR、SPON2和TIMP1中的至少一种的水平与阴性参考值相比的偏差大，则提供CRC的阳性诊断。在一些情况下，该方法包括如果从受试者获得的生物样品中的A1AG1、A1AT、AMY2B、CLUS、CO9、ECH1、FRIL、GELS、OSTP、SBP1、SEPR、SPON2和TIMP1中的至少一种的水平与阳性参考值相比的偏差大，则提供CRC的阳性诊断。在一些情况下，该方法包括如果从受试者获得的生物样品中的A1AG1、A1AT、AMY2B、CLUS、CO9、ECH1、FRIL、GELS、OSTP、SBP1、SEPR、SPON2和TIMP1中的至少一种的水平与阴性参考值相比的偏差小，则提供CRC的阳性诊断。
在一些情况下，本文提供的诊断方法包括在生物样品中测量包含五种生物标志物的生物标志物系列组。该五种生物标志物可为AACT、CO3、CO9、CRP和GELS。在一些情况下，该方法包括如果从受试者获得的生物样品中的AACT、CO3、CO9、CRP和GELS中的至少一种的水平与阳性参考值相比的偏差小，则提供CRC的阳性诊断。在一些情况下，该方法包括如果从受试者获得的生物样品中的AACT、CO3、CO9、CRP和GELS中的至少一种的水平与阴性参考值相比的偏差大，则提供CRC的阳性诊断。在一些情况下，该方法包括如果从受试者获得的生物样品中的AACT、CO3、CO9、CRP和GELS中的至少一种的水平与阳性参考值相比的偏差大，则提供CRC的阳性诊断。在一些情况下，该方法包括如果从受试者获得的生物样品中的AACT、CO3、CO9、CRP和GELS中的至少一种的水平与阴性参考值相比的偏差小，则提供CRC的阳性诊断。
所述五种生物标志物可为A1AT、CO3、FIBG、GELS和SPB6。在一些情况下，该方法包括如果从受试者获得的生物样品中的A1AT、CO3、FIBG、GELS和SPB6中的至少一种的水平与阳性参考值相比的偏差小，则提供CRC的阳性诊断。在一些情况下，该方法包括如果从受试者获得的生物样品中的A1AT、CO3、FIBG、GELS和SPB6中的至少一种的水平与阴性参考值相比的偏差大，则提供CRC的阳性诊断。在一些情况下，该方法包括如果从受试者获得的生物样品中的A1AT、CO3、FIBG、GELS和SPB6中的至少一种的水平与阳性参考值相比的偏差大，则提供CRC的阳性诊断。在一些情况下，该方法包括如果从受试者获得的生物样品中的A1AT、CO3、FIBG、GELS和SPB6中的至少一种的水平与阴性参考值相比的偏差小，则提供CRC的阳性诊断。
所述五种生物标志物可为CRP、DPP4、SBP1、SEPR和SRC。在一些情况下，该方法包括如果从受试者获得的生物样品中的CRP、DPP4、SBP1、SEPR和SRC中的至少一种的水平与阳性参考值相比的偏差小，则提供CRC的阳性诊断。在一些情况下，该方法包括如果从受试者获得的生物样品中的CRP、DPP4、SBP1、SEPR和SRC中的至少一种的水平与阴性参考值相比的偏差大，则提供CRC的阳性诊断。在一些情况下，该方法包括如果从受试者获得的生物样品中的CRP、DPP4、SBP1、SEPR和SRC中的至少一种的水平与阳性参考值相比的偏差大，则提供CRC的阳性诊断。在一些情况下，该方法包括如果从受试者获得的生物样品中的CRP、DPP4、SBP1、SEPR和SRC中的至少一种的水平与阴性参考值相比的偏差小，则提供CRC的阳性诊断。在所述五种生物标志物为CRP、DPP4、SBP1、SEPR和SRC的一些情况下，受试者为男性。
在一些实施方案中，生物标志物系列组包含不多于五种生物标志物。在一些实施方案中，在生物样品中测量多于五种生物标志物。这样的诊断方法和生物标志物系列组可用于检测受试者的CRC。
在一些情况下，系列组具有第一生物标志物水平与第二生物标志物水平的某一比值。因此，在一些情况下，本文提供的诊断方法包括确定从受试者获得的生物样品中的第一生物标志物水平与第二生物标志物水平的比值。在一些情况下，该方法包括如果从受试者获得的生物样品中的第一生物标志物与第二生物标志物的比值与阳性参考值相比的偏差小，则提供CRC的阳性诊断。在一些情况下，该方法包括如果从受试者获得的生物样品中的第一生物标志物与第二生物标志物的比值与阴性参考值相比的偏差大，则提供CRC的阳性诊断。在一些情况下，该方法包括如果从受试者获得的生物样品中的第一生物标志物与第二生物标志物的比值与阳性参考值相比的偏差大，则提供阳性诊断。在一些情况下，该方法包括如果从受试者获得的生物样品中的第一生物标志物与第二生物标志物的比值与阴性参考值相比的偏差小，则提供CRC的阳性诊断。
在一些情况下，第一生物标志物为A1AT且第二生物标志物为TRFE。在第一生物标志物为A1AT且第二生物标志物为TRFE的一些情况下，受试者为男性。这样的诊断方法可用于检测受试者的CRC。在一些情况下，该方法包括如果从受试者获得的生物样品中的A1AT与TRFE的比值与阳性参考值相比的偏差小，则提供CRC的阳性诊断。在一些情况下，该方法包括如果从受试者获得的生物样品中的A1AT与TRFE的比值与阴性参考值相比的偏差大，则提供CRC的阳性诊断。在一些情况下，该方法包括如果从受试者获得的生物样品中的A1AT与TRFE的比值与阳性参考值相比的偏差大，则提供CRC的阳性诊断。在一些情况下，该方法包括如果从受试者获得的生物样品中的A1AT与TRFE的比值与阴性参考值相比的偏差小，则提供CRC的阳性诊断。在一些情况下，该方法包括如果从受试者获得的生物样品中的A1AT与TRFE的比值与阳性参考值相比的偏差小并且该受试者为男性，则提供CRC的阳性诊断。在一些情况下，该方法包括如果从受试者获得的生物样品中的A1AT与TRFE的比值与阴性参考值相比的偏差大并且该受试者为男性，则提供CRC的阳性诊断。在一些情况下，该方法包括如果从受试者获得的生物样品中的A1AT与TRFE的比值与阳性参考值相比的偏差大并且该受试者为男性，则提供CRC的阳性诊断。在一些情况下，该方法包括如果从受试者获得的生物样品中的A1AT与TRFE的比值与阴性参考值相比的偏差小并且该受试者为男性，则提供CRC的阳性诊断。
在一些情况下，第一生物标志物为APOA1。在第一生物标志物为APOA1的一些情况下，第二生物标志物选自CO3、CO9、A1AT和FIBG。例如，本文提供的方法可包括以下的至少一项：确定APOA1与CO3的比值，确定APOA1与CO9的比值，确定A1AT与APOA1的比值，以及确定APOA1与FIBG的比值。在一些情况下，该方法进一步包括确定第二比值，其中该第二比值为受试者的生物样品中APOA1与第三生物标志物的水平的比值。在一些情况下，该第三生物标志物选自CO3、CO9、A1AT和FIBG。例如，本文提供的方法可包括确定APOA1与CO3的比值以及APOA1与CO9的比值。对于其他实例，本文提供的方法可包括确定A1AT与APOA1的比值以及APOA1与FIBG的比值。在一些情况下，该方法包括如果从受试者获得的生物样品的第一比值和第二比值中的至少一种与阳性参考值相比的偏差小，则提供CRC的阳性诊断。在一些情况下，该方法包括如果从受试者获得的生物样品的第一比值和第二比值中的至少一种与阴性参考值相比的偏差大，则提供CRC的阳性诊断。在一些情况下，该方法包括如果从受试者获得的生物样品的第一比值和第二比值中的至少一种与阳性参考值相比的偏差大，则提供CRC的阳性诊断。在一些情况下，该方法包括如果从受试者获得的生物样品的第一比值和第二比值中的至少一种与阴性参考值相比的偏差小，则提供CRC的阳性诊断。
本文所述的任何用于检测受试者的CRC的诊断方法均可以以大于50％、大于55％、大于60％、大于65％、大于70％、大于75％、大于80％、大于85％、大于90％、大于95％、大于96％、大于97％、大于98％、大于99％或约100％的灵敏度检测CRC。这样的诊断方法可以以约50％-100％、约60％-100％、约70％-100％、约80％-100％或约90-100％的灵敏度检测CRC。这样的诊断方法可以以大于50％、大于55％、大于60％、大于65％、大于70％、大于75％、大于80％、大于85％、大于90％、大于95％、大于96％、大于97％、大于98％、大于99％或约100％的特异性检测CRC。这样的诊断方法可以以约50％-100％、约60％-100％、约70％-100％、约80％-100％或约90-100％的特异性检测CRC。在特定实施方案中，这样的诊断方法可以以50％或更高、60％或更高、70％或更高、75％或更高、80％或更高、85％或更高、90％或更高的灵敏度和特异性检测CRC。在特定实施方案中，这样的诊断方法可以以约50％-100％、约60％-100％、约70％-100％、约80％-100％或约90-100％的灵敏度和特异性检测CRC。
示例性的受试者
可以从想要确定其患有晚期结肠直肠腺瘤和CRC中的至少一种的可能性的受试者收集生物样品。受试者可以是健康且无症状的。受试者可为任何年龄。例如，受试者的年龄可为0至约30岁、约20至约50岁、约40至约100岁，或超过100岁。在各个实施方案中，受试者是健康无症状的，并且年龄为0-30岁、20-50岁、40-100岁，或超过100岁。受试者的年龄可为至少30岁、至少40岁或至少50岁。受试者的年龄可为小于50岁、小于40岁或小于30岁。在各个实施方案中，受试者是健康且无症状的。在各个实施方案中，受试者没有CRC、腺瘤和息肉中的至少一种的家族史。在各个实施方案中，受试者尚未进行结肠镜检查、乙状结肠镜检查或结肠组织活检。在各个实施方案中，受试者是健康且无症状的，并且尚未接受结肠镜检查、乙状结肠镜检查或结肠组织活检。在一些情况下，受试者可能没有接受结肠镜检查、乙状结肠镜检查或结肠组织活检，并且具有CRC症状、CRC家族史和CRC危险因素中的一项或多项。在一些情况下，可在常规检查期间从受试者获得生物样品，以建立生物标志物的基线水平。在一些情况下，受试者可能没有结肠直肠癌的症状，可能没有结肠直肠癌的家族史，并且/或者可能没有结肠直肠癌的公认的危险因素。
在一些情况下，受试者可能具有结肠直肠癌症状、结肠直肠癌家族史和结肠直肠癌的公认的危险因素中的至少一项。在一些情况下，可通过筛选试验(例如，粪便潜血检验或乙状结肠镜检查)或直肠指诊，或刚性或柔性结肠镜检查，或CT扫描或其他x射线技术，将受试者鉴别为处于CRC高风险下或患有CRC。例如，本文所述的一种或多种方法可应用于正经历CRC治疗的受试者，以确定其接受的疗法或治疗的有效性。
示例性的生物样品
示例性的生物样品可包括但不限于以下的一种或多种：尿液、粪便、泪液、全血、血清、血浆、血液成分、骨髓、组织、细胞、器官、唾液、颊拭子、淋巴液、脑脊液、病灶渗出物以及由身体产生的其他流体。生物样品可为固体生物样品，例如，组织活检物。该活检物可以是固定的、石蜡包埋的或新鲜的。
可使用本领域已知或本文另外描述的任何手段处理生物样品，以便使得能够测量如本文所述的一种或多种生物标志物。样品制备操作可包括例如从细胞或组织中提取和/或分离细胞内物质，诸如，提取核酸、蛋白质或其他大分子。可与本发明的方法一起使用的样品制备包括但不限于离心、亲和色谱法、磁分离、免疫测定、核酸分析、基于受体的测定、细胞计数测定、比色测定、酶测定、电泳分析、电化学测定、光谱分析、色谱分析、显微检测、地形分析(topographic assay)、量热分析、放射性同位素测定、蛋白质合成分析、组织学测定、培养试验以及它们的组合。
样品制备可进一步包括用合适的溶剂和量进行稀释，以确保通过给定的测定法检测到适当的浓度水平范围。
从样品的细胞内空间接近核酸和大分子通常可通过物理、化学方法或二者的组合来进行。在该方法的一些应用中，在分离粗提取物后，通常期望分离核酸、蛋白质、细胞膜颗粒等。在该方法的一些应用中，期望将核酸与其蛋白质和细胞膜颗粒保持在一起。
在本文提供的方法的一些应用中，可在使用本发明的方法进行分析之前，从生物样品中提取核酸和蛋白质。提取可通过包括但不限于使用去污剂裂解物、超声处理或采用玻璃珠涡旋的手段进行。
在一些应用中，分子可以使用本领域中适合的任何技术进行分离，该技术包括但不限于，使用梯度离心(例如，氯化铯梯度、蔗糖梯度、葡萄糖梯度等)、离心方案、沸腾、纯化试剂盒以及使用采用试剂提取方法(如使用Trizol或DNAzol的方法)的液体提取的技术。
可基于期望的检测方法，根据标准生物样品制备法制备样品。例如对于质谱法检测，可以对从患者获得的生物样品进行离心、过滤、通过免疫亲和柱处理、分离成级分、部分消化以及它们的组合。各种级分可再悬浮于适当的载体，如缓冲液或用于检测和分析的其他类型的加样溶液，包括LCMS加样缓冲液。
生物标志物评估
本发明提供了用于测量生物样品中的一个或多个生物标志物系列组的方法。任何合适的方法均可用于检测本文所述的任意系列组的一种或多种生物标志物。
可在实施本文所述的任何方法中使用的有用的分析物捕获剂包括但不限于：抗体，如含有抗体的粗血清、纯化的抗体、单克隆抗体、多克隆抗体、合成抗体、抗体片段(例如，Fab片段)；抗体相互作用剂，如蛋白A、碳水化合物结合蛋白质和其他相互作用物；蛋白质相互作用物(例如，抗生物素蛋白及其衍生物)；肽；以及小化学实体，如酶底物、辅因子、金属离子/螯合物、适体和半抗原。可对抗体进行修饰或化学处理，以优化与靶标或固体表面(例如，生物芯片和柱)的结合。
可以使用免疫测定在生物样品中测量生物标志物。免疫测定可使用特异性结合至或识别抗原(例如，蛋白质或肽上的位点，即生物标志物靶标)的抗体。免疫测定可包括以下步骤：使生物样品与抗体接触，并使该抗体与样品中的抗原形成复合物，洗涤该样品，并用检测试剂检测该抗体-抗原复合物。识别生物标志物的抗体可以是市售的。识别生物标志物的抗体可以通过已知的抗体产生方法生成。
免疫测定可包括间接测定，其中，例如可使用标记的第二抗体来检测结合的标志物特异性抗体。示例性的可检测标记物包括磁珠(例如，DYNABEADSTM)、荧光染料、放射性标记物、酶(例如，辣根过氧化物、碱性磷酸酶以及其他常用的酶)和量热标记物，如胶体金或有色玻璃或塑料珠。可以使用竞争或抑制试验测量样品中的生物标志物，其中，例如，与标志物的不同表位结合的单克隆抗体与该混合物同时孵育。
使用免疫测定检测抗原的条件可取决于所用的特定抗体。而且，孵育时间可取决于测定形式、标志物、溶液体积、浓度等。免疫测定可在室温下进行，但根据所用的抗体，免疫测定可以在诸如从约0摄氏度至约40摄氏度的温度范围内进行。
存在本领域中已知的多种类型的免疫测定，其作为起始基础可用于对该测定进行调整以用于检测本发明的生物标志物。有用的测定可包括，例如，酶免疫测定(EIA)，诸如酶联免疫吸附测定(ELISA)。例如，如果抗原可与固体支持物或表面结合，则它可通过使其与特异性抗体反应进行检测，并且该抗体可通过使其与第二抗体反应或者通过将标记物直接引入第一抗体来进行定量。或者，抗体可与固体表面和添加的抗原结合。随后，可添加并检测识别抗原上的不同表位的第二抗体。这样的测定可称为“夹心法测定(sandwichassay)”，并可用来避免高背景或非特异性反应的问题。这些类型的测定可具有足以测定生物样品中低浓度的抗原的灵敏度和重现性。
免疫测定可用来确定样品中标志物的存在与否以及样品中的标志物的量。用于测量抗体-标志物复合物的量或存在的方法包括但不限于，荧光法、发光法、化学发光法、吸光度法、反射率法、透射率法、双折射法或折射率法(例如，表面等离子体共振、椭圆测量法、共振镜法、光栅耦合器波导法或干涉法)。这样的试剂可与光学检测方法如各种形式的显微术、成像方法和非成像方法一起使用。电化学方法可包括伏安法和安培法。射频法可包括多极共振光谱法。
生物标志物的测量可使用抗体。与本文所述的任何生物标志物特异性结合的抗体可使用本领域中已知的标准方法来制备。例如，多克隆抗体可通过将抗原注射至诸如小鼠、大鼠、兔、山羊、绵羊或马等哺乳动物来产生，以用于产生大量抗体。从这些动物中分离的血液可含有多克隆抗体——与相同抗原结合的多种抗体。或者，多克隆抗体可以通过将抗原注射至鸡以便在蛋黄中产生多克隆抗体来产生。此外，可以使抗体特异性识别生物标志物的修饰形式，如生物标志物的磷酸化形式，例如，它们可识别磷酸化后的酪氨酸或丝氨酸，但在不存在磷酸的情况下不识别。这样，抗体可用来确定特定生物标志物的磷酸化状态。
抗体可商购获得或使用已确立的方法产生。为了获得对抗原的单个表位具有特异性的抗体，可从动物中分离分泌抗体的淋巴细胞并通过将它们与癌细胞系融合而永生化。该融合的细胞可被称为杂交瘤，并可在培养中持续生长并分泌抗体。单个杂交瘤细胞通过稀释克隆以生成均产生相同抗体的细胞克隆来分离；这些抗体可被称为单克隆抗体。
多克隆和单克隆抗体可以采用若干种方式进行纯化。例如，可以使用抗原亲和色谱法分离抗体，该抗原亲和色谱法可耦合至细菌蛋白质如蛋白A、蛋白G、蛋白L或重组融合蛋白，蛋白A/G，随后通过280nm处的紫外线来检测洗脱物级分的吸光度，以确定哪些级分含有该抗体。蛋白A/G可与人IgG的所有亚类结合，从而使其可用于纯化其亚类尚未确定的多克隆或单克隆IgG抗体。另外，蛋白A/G可与IgA、IgE、IgM和(在一些情况下，以较小程度)IgD结合。蛋白A/G可与小鼠IgG的所有亚类结合，但在一些情况下不结合小鼠IgA、IgM或血清白蛋白。这一特征可使得蛋白A/G能用于纯化和检测小鼠单克隆IgG抗体，而不受IgA、IgM和血清白蛋白的干扰。
抗体可来源于分子的不同类别或同种型，例如IgA、IgA IgD、IgE、IgM和IgG。可将IgA设计成用于在体液中分泌，而将其他抗体如IgM设计成在细胞表面上表达。该抗体可为IgG抗体。在一些情况下，IgG包含两个亚单位，包括两个“重”链和两个“轻”链。它们可组装成对称结构，且每个IgG可具有两个相同的抗原识别域。该抗原识别域可以是来自重链和轻链的氨基酸的组合。该分子的形状可大致类似于“Y形”，并且该分子的臂/尖端包含抗原识别区或Fab(片段，抗原结合)区，而Fc(片段，可结晶)区的茎不一定参与识别并且可以相当恒定。恒定区在相同同种型的所有抗体中可能相同，但在不同同种型的抗体中可能不同。
还可以使用抗体在Western印迹法分级分离后检测蛋白质。Western印迹法可用于生物标志物的检测和/或测量。
一种或多种检测方法可采用流式细胞术。流式细胞术可以是可用于生物标志物的检测、定量(细胞计数)和细胞分离的基于激光的生物物理技术。该技术可用于健康病症，尤其是血癌的诊断。在通常情况下，流式细胞术可包括将单细胞悬浮在流体流中。可将单波长的光束(通常为激光)导向至液体流上，并可由电子检测装置检测由穿过细胞而引起的散射光。在本文所述的一种或多种方法中有用的流式细胞术方法可包括荧光激活细胞分选(FACS)。FACS可使用荧光标记的抗体来检测细胞上感兴趣的抗原。这一在FACS中使用抗体标记的附加特征可使得能够基于特定的光散射和每个细胞的荧光特性对荧光标记的细胞进行同时的多参数分析和定量，并且这提供了感兴趣的细胞群体的物理分离以及传统流式细胞术所实现的那些。
很多种荧光团可用作流式细胞术中的标记物。荧光团通常可附接至识别细胞之上或之内的靶特征的抗体。合适的荧光标记物的实例包括但不限于：荧光素(FITC)，5,6-羧甲基荧光素，德克萨斯红(Texas red)，硝基苯-2-氧杂-1,3-二唑-4-基(NBD)，以及花青染料Cy3、CY3.5、Cy5、Cy5.5和Cy7。其他荧光标记物如Alexa染料、DNA内容物染料如DAPI和Hoechst染料是本领域中公知的，并且可从多个商业来源容易地获得。每个荧光团可具有特征峰激发和发射波长，并且发射光谱通常重叠。这些荧光标记物的吸收和发射最大值可分别为：FITC(490nm；520nm)、Cy3(554nm；568nm)、Cy3.5(581nm；588nm)、Cy5(652nm；672nm)、Cy5.5(682nm；703nm)和Cy7(755nm；778nm)。荧光标记物可以从多个商业来源获得。可使用量子点代替传统的荧光团。可用于检测的其他方法包括同位素标记的抗体，如镧系元素同位素。
在一些情况下，免疫测定可包括免疫化学法。免疫化学法可用来检测组织样品中所请求保护的生物标志物的表达。该抗体可通过抗体本身的直接标记，例如用放射性标记物、荧光标记物、半抗原标记物如生物素或酶(如辣根过氧化物酶或碱性磷酸酶)标记来检测。或者，可将未标记的第一抗体与标记的第二抗体一起使用，该第二抗体包含对第一抗体具有特异性的抗血清、多克隆抗血清或单克隆抗体。免疫组织化学方案是本领域公知的，并且方案和抗体可商购获得。或者，可制备针对如本文公开的生物标志物或生物标志物的修饰形式或结合配偶体的抗体，其对于确定组织样品中的表达水平将是有用的。
在一些情况下，生物标志物的测量包括使用生物芯片。可使用生物芯片筛选大量的大分子。生物芯片可采用固定的核酸分子、全长蛋白质、抗体、亲和体(affibodies)(被工程化为模拟单克隆抗体的小分子)、适体(基于核酸的配体)或化学化合物进行设计。芯片可被设计用于在一个芯片上检测多种大分子类型。例如，芯片可被设计用于在一个芯片上检测核酸分子、蛋白质和代谢物。生物芯片可用来并被设计成同时分析单个样品中的一系列组生物标志物，从而产生这些生物标志物的受试者谱。生物芯片的使用允许进行多个分析，从而减少总处理时间和所需的样品量。
蛋白质微阵列可以是可在本发明中使用的特定类型的生物芯片。在一些情况下，该芯片包含支持表面如载玻片、硝酸纤维素膜、珠子或微量滴定板，捕获蛋白质阵列可以以阵列的形式结合到固体表面上。蛋白质阵列检测方法可提供高信号和低背景。可将通常用荧光染料标记的检测探针分子添加至阵列。探针与固定的蛋白质之间的任何反应可导致可检测信号的发射。此类蛋白质微阵列可以是快速、自动化的，并为诊断试验提供高灵敏度的蛋白质生物标志物读出。然而，本领域技术人员将立即理解，存在可与该技术一起使用的多种检测方法。示例性的微阵列包括分析微阵列(也称为捕获阵列)、功能性蛋白质微阵列(也称为靶蛋白质阵列)和反相蛋白质微阵列(RPA)。
分析型蛋白质微阵列可使用抗体、适体或亲和体的文库来构建。该阵列可用复杂蛋白质溶液如血液、血清或细胞裂解物进行探查，该复杂蛋白质溶液通过捕获与其特异性结合的蛋白质分子而起作用。使用各种检测系统对所产生的结合反应的分析可提供关于样品中特定蛋白质的表达水平以及结合亲和性和特异性的测量的信息。这种类型的蛋白质微阵列在比较不同样品中的蛋白质表达方面可能是特别有用的。功能性蛋白质微阵列可通过固定大量的经纯化的全长功能性蛋白质或蛋白质结构域而构建，并可用来鉴定蛋白质-蛋白质、蛋白质-DNA、蛋白质-RNA、蛋白质-磷脂和蛋白质-小分子相互作用，以测定酶活性以及检测抗体并证明其特异性。这些蛋白质微阵列生物芯片可用来研究样品中的整个蛋白质组的生化活性。
可使用反相蛋白质微阵列(RPA)对一种或多种生物标志物进行测量。反相蛋白质微阵列可由可排列到该微阵列上的组织和细胞裂解物构建，并用针对感兴趣的靶蛋白质的抗体来探查。这些抗体可用化学发光、荧光或比色测定法进行检测。除了裂解物中的蛋白质外，还可将参考对照肽打印在载玻片上，以允许蛋白质定量。RPA允许确定改变的蛋白质或可能是疾病的结果并存在于病变细胞中的其他物质的存在。
可使用质谱分析法(或者称为质谱法)对一种或多种生物标志物进行测量。质谱法(MS)可指测量带电粒子的质荷比的分析技术。它可主要用于确定样品或分子的元素组成，并用于解释分子如肽和其他化学化合物的化学结构。MS通过电离化学化合物以产生带电荷分子或分子片段并测量它们的质荷比而工作。MS仪器通常由以下三个模块组成：(1)离子源，其可将气相样品分子转化为离子(或者，在电喷雾电离的情况下，使溶液中存在的离子移动至气相中)；(2)质量分析器，其通过施加电磁场根据离子的质量对其进行分选；以及(3)检测器，其测量指示量(indicator quantity)的值并由此提供数据以供计算存在的每个离子的丰度。
将在本发明中使用的合适的质谱方法包括但不限于以下方法中的一种或多种：电喷雾电离质谱法(ESI-MS)、ESI-MS/MS、ESI-MS/(MS)n、基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱法(MALDI-TOF-MS)、表面增强激光解吸/电离飞行时间质谱法(SELDI-TOF-MS)、串联液相色谱-质谱(LC-MS/MS)质谱法、硅上解吸/电离(DIOS)、二次离子质谱法(SIMS)、四极杆飞行时间(Q-TOF)、大气压化学电离质谱法(APCI-MS)、APCI-MS/MS、APCI-(MS)、大气压光电离质谱法(APPI-MS)、APPI-MS/MS和APPI-(MS)n、四极杆质谱法、傅立叶变换质谱法(FTMS)和离子阱质谱法，其中n可为大于零的整数。
通常可使用LC-MS解析复杂混合物的组分。LC-MS方法通常包括蛋白酶消化和变性(通常涉及蛋白酶如胰蛋白酶，和变性剂，如用于使三级结构变性的尿素和用于为半胱氨酸残基加帽的碘乙酰胺)，随后进行具有肽质量指纹分析的LC-MS或LC-MS/MS(串联MS)以获得单个肽的序列。LC-MS/MS可用于复杂样品的蛋白质组分析，其中即使采用高分辨率质谱仪，肽质量仍可能重叠。复杂生物流体如人血清的样品可首先在SDS-PAGE凝胶或HPLC-SCX上分离，随后在LC-MS/MS中运行，以允许鉴定超过1000种蛋白质。
尽管多种质谱方法可与本文所提供的本发明方法一起使用，但在一些应用中，可能期望量化生物样品中来自所选的感兴趣的蛋白质子集中的蛋白质。可在本发明中使用的一种这样的MS技术是多重反应监测质谱法(MRM-MS)，或者可被称为选择反应监测质谱法(SRM-MS)。
MRM-MS技术可使用三重四极杆(QQQ，triple quadrupole)质谱仪来从感兴趣的肽中选择带正电荷的离子，使带正电荷的离子片段化，随后测量所选带正电荷的片段离子的丰度。该测量通常可被称为过渡和/或过渡离子。仅举示例性实例而言，包含氨基酸序列IAELLSPGSVDPLTR的肽片段可包含以下表2中提供的以下示例性过渡离子生物标志物中的一种或多种。
表2：肽序列IAELLSPGSVDPLTR的示例性过渡离子
在一些应用中，可将MRM-MS与高压液相色谱法(HPLC)和最近的超高压液相色谱法(UHPLC)耦合。在其他应用中，可将MRM-MS与采用QQQ质谱仪的UHPLC耦合，以对所有感兴趣的肽和蛋白质进行所需的LC-MS过渡测量。
在一些应用中，可使用四极杆飞行时间(qTOF)质谱仪、飞行时间-飞行时间(TOF-TOF)质谱仪、轨道阱质谱仪、四极杆轨道阱质谱仪或任何四极杆离子阱质谱仪从一种或多种感兴趣的肽中选择带正电荷的离子。然后，可测量片段化的带正电荷的离子来确定带正电荷的离子的丰度以用于量化感兴趣的肽或蛋白质。
在一些应用中，可使用飞行时间(TOF)、四极杆飞行时间(qTOF)质谱仪、飞行时间-飞行时间(TOF-TOF)质谱仪、轨道阱质谱仪或四极杆轨道阱质谱仪在不进行片段化的情况下测量来自感兴趣的蛋白质的带正电荷的肽离子的质量和丰度，以供定量。在该应用中，分析物质量测量的准确度可用作测定的选择标准。具有已知组成和浓度的同位素标记的内标物可用作质谱定量方法的一部分。
在一些应用中，可使用飞行时间(TOF)、四极杆飞行时间(qTOF)质谱仪、飞行时间-飞行时间(TOF-TOF)质谱仪、轨道阱质谱仪或四极杆轨道阱质谱仪来测量感兴趣的蛋白质的质量和丰度以供定量。在该应用中，分析物质量测量的准确度可用作测定的选择标准。任选地，该应用在通过质谱法分析之前可使用蛋白质的蛋白水解消化。具有已知组成和浓度的同位素标记的内标物可用作质谱定量方法的一部分。
在一些应用中，各种电离技术可与本文提供的质谱仪耦合，以产生所需的信息。可与本发明一起使用的非限制性的示例性电离技术包括但不限于：基质辅助激光解吸电离(MALDI)、解吸电喷雾电离(DESI)、直接辅助实时(DART)、表面辅助激光解吸电离(SALDI)或电喷雾电离(ESI)。
在一些应用中，HPLC和UHPLC可与质谱仪耦合。在质谱分析前，可进行多种其他肽和蛋白质分离技术。可用于从基质背景中分离所需分析物(例如，肽或蛋白质)的一些示例性分离技术包括但不限于，蛋白质或肽的反相液相色谱法(RP-LC)、MALDI前的离线液相色谱法(LC)、一维凝胶分离、二维凝胶分离、强阳离子交换(SCX)色谱法、强阴离子交换(SAX)色谱法、弱阳离子交换(WCX)和弱阴离子交换(WAX)。在质谱分析前可使用上述技术中的一种或多种。
可使用微阵列对一种或多种生物标志物进行测量。还可以使用微阵列技术鉴定或确认差异性基因表达。因此，可使用微阵列技术测量新鲜或固定的组织中的表达谱生物标志物。在该方法中，可将感兴趣的多核苷酸序列(包括cDNA和寡核苷酸)铺在或排列在微芯片基底上。随后，可将排列的序列与来自感兴趣的细胞或组织的特异性DNA探针杂交。mRNA的来源可以是从生物样品中分离的总RNA，并且可使用相应的正常组织或细胞系来确定差异性表达。
可将PCR扩增的cDNA克隆插入物以密集阵列的形式施加至基底。优选地可将至少10,000个核苷酸序列施加至基底。以每个基底10,000个元件固定在微芯片上的微阵列基因可适于严格条件下杂交。荧光标记的cDNA探针可通过经由从感兴趣组织中提取的RNA的逆转录掺入荧光核苷酸而产生。施加至芯片的标记的cDNA探针与阵列上的每个DNA斑点特异性地杂交。严格洗涤以除去非特异性结合的探针后，可通过诸如共聚焦激光显微镜的设备或通过诸如CCD相机的另一种检测方法来扫描微阵列芯片。对每个排列的元件的杂交的定量允许评估相应的mRNA丰度。通过采用双色荧光，从两个RNA来源产生的分别标记的cDNA探针可与阵列逐对杂交。来自两个来源的与每个指定基因相对应的转录物的相对丰度可因此同时得以确定。微阵列分析可通过市售设备按照生产商的方案来进行。
可使用qRT-PCR对一种或多种生物标志物进行测量，其可用来比较在进行或不进行药物治疗下正常和肿瘤组织中的不同样品群体中的mRNA水平，以表征基因表达模式，区分密切相关的mRNA，并分析RNA结构。通过RT-PCR进行基因表达谱分析的第一步可以是从生物样品中提取RNA，接着将RNA模板逆转录成cDNA，并通过PCR反应进行扩增。逆转录反应步骤通常可使用特异性引物、随机六聚体或寡-dT引物根据表达谱分析的目标来引发。逆转录酶可以是禽(avilo)成髓细胞瘤病毒逆转录酶(AMV-RT)和/或莫洛尼(Moloney)鼠白血病病毒逆转录酶(MLV-RT)。
尽管PCR步骤可使用多种热稳定的DNA依赖性DNA聚合酶，但它通常采用Taq DNA聚合酶，Taq DNA聚合酶可具有5'-3'核酸酶活性但缺乏3'-5'校正核酸内切酶活性。因此，TaqManTM PCR通常使用Taq或Tth聚合酶的5'-核酸酶活性来水解与其靶扩增子结合的杂交探针，但具有等效的5'核酸酶活性的任何酶均可以使用。可使用两个寡核苷酸引物产生PCR反应的典型扩增子。可将第三寡核苷酸或探针设计成用于检测位于两个PCR引物之间的核苷酸序列。该探针可能不可由Taq DNA聚合酶延伸，并可采用报道荧光染料和猝灭荧光染料进行标记。当报道染料和猝灭染料在探针上位置靠近时，来自报道染料的任何激光诱导的发射可被猝灭染料猝灭。在扩增反应过程中，Taq DNA聚合酶可以以模板依赖性方式切割探针。所得探针片段可在溶液中解离，并且来自释放的报道染料的信号可不受第二荧光团的猝灭效应的影响。可以释放报道染料的一个分子用于每个新合成的分子，并且对未猝灭的报道染料的检测可为数据的定量解释提供基础。
TaqManTM RT-PCR可使用市售的设备如ABI PRISM 7700TM Sequence DetectionSystemTM(Perkin-Elmer-Applied Biosystems,Foster City,Calif.,USA)或LightCycler(Roche Molecular Biochemicals,Mannheim,德国)进行。在一个优选的实施方案中，5'核酸酶程序在实时定量PCR设备如ABI PRISM 7700TM Sequence Detection SystemTM上运行。该系统包含热循环仪、激光器、电荷耦合器件(CCD)、照相机和计算机。该系统包含用于运行仪器和用于分析数据的软件。5'-核酸酶测定数据最初表示为Ct或循环阈值。如上所讨论的，在每个循环期间记录荧光值，且荧光值代表在扩增反应中扩增至该点的产物的量。首次记录到荧光信号为统计学上显著时的点可为循环阈值(Ct)。
为了使误差和样品间变化的影响最小化，可使用内标物进行RT-PCR。内标物可在不同组织间以恒定的水平表达，并且可以不受实验处理的影响。最常用于对基因表达模式进行归一化的RNA是管家基因甘油醛-3-磷酸脱氢酶(GAPDH)和β-肌动蛋白的mRNA。
RT-PCR技术的较新变化形式可包括实时定量PCR，其可通过双标记的荧光生成探针(即TaqManTM探针)测量PCR产物累积。实时PCR可与定量竞争PCR(其中每个靶序列的内部竞争物均可用于归一化)以及定量比较PCR(其使用样品内包含的归一化基因或用于RT-PCR的管家基因)均相容。进一步的细节参见，例如Held等人,Genome Research 6:986-994(1996)。
数据的归一化
在本文公开的方法中使用的测量数据可进行归一化。归一化可指对例如所测定的基因的量或蛋白质水平的差异以及所用模板的质量的可变性进行校正，以除去在处理和检测基因或蛋白质表达中涉及的不期望的系统变异测量来源的过程。其他的系统变异来源可归因于实验室处理条件。
在一些情况下，归一化方法可用于实验室处理条件的归一化。可与本发明的方法一起使用的实验室处理的归一化的非限制性实例包括但不限于：解释在数据生成过程中使用的仪器、试剂和设备之间的系统性差异，和/或在数据采集中的日期和时间或时间消逝。
测定可通过并入某些归一化的标准基因或蛋白质的表达来提供归一化，这些归一化的标准基因或蛋白质在相关条件下在表达水平上无显著不同，也就是说，在该特定样品类型中，它们已知具有稳定且一致的表达水平。可在本发明中使用的合适的归一化基因和蛋白质包括管家基因。(参见，例如E.Eisenberg等人,Trends in Genetics 19(7):362-365(2003))。在一些应用中，归一化的生物标志物(基因和蛋白质)，也被称为参考基因，已知与没有晚期结肠直肠腺瘤或CRC的受试者相比，在患有晚期结肠直肠腺瘤或CRC的受试者中不表现出在意义上不同的表达水平。在一些应用中，添加可被使用并代表具有已知性质的实体的稳定同位素标记的标准物以用于数据归一化可能是有用的。在其他应用中，标准的固定化样品可与每个分析批次一起进行测量，以解释仪器和逐日测量的可变性。
在一些应用中，诊断、预后和预测基因可相对于至少2、3、4、5、6、7、8、9、10、15、20、25、30、40或50个或更多个参考基因和蛋白质的平均值进行归一化。归一化可基于所有测定的生物标志物的信号平均值或中值或通过整体生物标志物归一化方法来进行。本领域技术人员将认识到，可以采用许多种方式来实现归一化，并且上述技术仅旨在示例。
数据的标准化
可对本文公开的方法中使用的测量数据进行标准化。标准化可指有效地将所有基因置于可比的尺度上的方法。对于该基因或蛋白质，可通过例如将每个表达值除以其在所有样品中的标准偏差来进行标准化。
临床结果评分
用于对区别性生物标志物和任选的受试者特征进行子选择以及用于建立分类模型的机器学习算法可用来确定临床结果评分。这些算法包括但不限于弹性网络、随机森林、支持向量机和逻辑回归。这些算法可帮助选择重要的生物标志物特征，并将潜在的测量结果转化成与例如临床结果、疾病风险、疾病可能性、疾病的存在与否、治疗反应和/或疾病状态分类有关的评分或概率。
可通过将从受试者获得的生物样品中的至少两种生物标志物的水平与该至少两种生物标志物的参考水平进行比较来确定临床结果评分。可通过将生物标志物系列组的受试者特异性谱与该生物标志物系列组的参考谱进行比较来确定临床结果评分。在一些情况下，参考水平或参考谱可代表已知的诊断。例如，参考水平或参考谱可代表晚期结肠直肠腺瘤的阳性诊断。参考水平或参考谱可代表CRC的阳性诊断。对于其他实例，参考水平或参考谱可代表晚期结肠直肠腺瘤的阴性诊断。参考水平或参考谱可代表CRC的阴性诊断。
在一些实施方案中，评分的增加指示以下一项或多项的可能性增加：不良的临床结果、良好的临床结果、高疾病风险、低疾病风险、完全反应、部分反应、病情稳定、无反应以及对于疾病控制的推荐治疗。在一些实施方案中，量化评分的降低指示以下一项或多项的可能性增加：不良的临床结果、良好的临床结果、高疾病风险、低疾病风险、完全反应、部分反应、病情稳定、无反应以及用于疾病控制的推荐治疗。
在一些实施方案中，与参考谱相似的来自患者的生物标志物谱指示以下一项或多项的可能性增加：不良的临床结果、良好的临床结果、高疾病风险、低疾病风险、完全反应、部分反应、病情稳定、无反应以及用于疾病控制的推荐治疗。在一些应用中，与参考谱不相似的来自患者的生物标志物谱指示以下一项或多项的可能性增加：不良的临床结果、良好的临床结果、高疾病风险、低疾病风险、完全反应、部分反应、病情稳定、无反应以及用于疾病控制的推荐治疗。
在一些应用中，一种或多种生物标志物阈值的增加指示以下一项或多项的可能性增加：不良的临床结果、良好的临床结果、高疾病风险、低疾病风险、完全反应、部分反应、病情稳定、无反应以及用于疾病控制的推荐治疗。在一些应用中，一种或多种生物标志物阈值的降低指示以下一项或多项的可能性增加：不良的临床结果、良好的临床结果、高疾病风险、低疾病风险、完全反应、部分反应、病情稳定、无反应以及用于疾病控制的推荐治疗。
在一些应用中，量化评分、一种或多种生物标志物阈值、相似生物标志物谱值中的至少一项的增加指示以下一项或多项的可能性增加：不良的临床结果、良好的临床结果、高疾病风险、低疾病风险、完全反应、部分反应、病情稳定、无反应以及用于疾病控制的推荐治疗。在一些应用中，量化评分、一种或多种生物标志物阈值、相似生物标志物谱值或其组合中的至少一项的降低指示以下一项或多项的可能性增加：不良的临床结果、良好的临床结果、高疾病风险、低疾病风险、完全反应、部分反应、病情稳定、无反应以及用于疾病控制的推荐治疗。
计算机系统
本文提供了用于实施本文所述的任何用于检测是否存在晚期结肠直肠腺瘤和CRC中的至少一种的方法的计算机系统。例如，本文提供了用于检测是否存在晚期结肠直肠腺瘤的计算机系统。本文还提供了用于检测是否存在CRC的计算机系统。本文公开的计算机系统可包含存储器单元。该存储器单元可被配置用于接收数据，该数据包含来自受试者的生物样品的生物标志物系列组的测量结果。该生物标志物系列组可以是本文所述的任何生物标志物系列组。例如，该生物标志物系列组可包含选自A1AG1、A1AT、AACT、AMY2B、ANXA1、APOA1、CAH1、CATD、CEAM3、CLUS、CTNB1、CO3、CO9、CRP、CSF1、DPP4、ECH1、FHL1、FIBB、FIBG、FRIL、GELS、HPT、OSTP、PRDX1、SAA1、SBP1、SEPR、SPB6、SPON2、SYG、TIMP1和TRFE的至少两种生物标志物。任选地，该生物标志物系列组可由A1AG1、AACT、CO3、CO9和SAA1组成。本文公开的计算机系统可包含用于执行以下至少一项的计算机可执行代码：基于测量数据生成本文所述的生物标志物系列组的受试者特异性谱，将生物标志物系列组的受试者特异性谱与该生物标志物系列组的参考谱进行比较，以及确定该受试者的晚期结肠直肠腺瘤的可能性。本文公开的计算机系统可包含用于执行以下至少一项的计算机可执行代码：基于测量数据生成本文所述的生物标志物系列组的受试者特异性谱，将生物标志物系列组的受试者特异性谱与该生物标志物系列组的参考谱进行比较，以及确定该受试者的CRC的可能性。
此外，本文提供了用于实施本文所述的任何用于检测是否存在晚期结肠直肠腺瘤和CRC中的至少一种的方法的计算机系统。例如，本文提供了用于检测是否存在晚期结肠直肠腺瘤的计算机系统。本文还提供了用于检测是否存在CRC的计算机系统。本文公开的计算机系统可包含存储器单元。该存储器单元可被配置用于接收数据，该数据包含来自受试者的生物样品的生物标志物系列组的测量结果。该生物标志物系列组可以是本文所述的任何生物标志物系列组。例如，该生物标志物系列组可包含选自A1AG1、A1AT、AACT、APOA1、CATD、CEAM3、CLUS、CO3、CO9、CRP、FIBB、FIBG、GELS、OSTP、PRDX1、SAA1、SBP1和SEPR的至少两种生物标志物。任选地，该生物标志物系列组可由A1AG1、A1AT、CATD、CEAM3、CO9、OSTP和SEPR组成。任选地，该生物标志物系列组可由A1AG1、A1AT、APOA1、CATD、CEAM3、CLUS、CO3、CO9、FIBB、FIBG、GELS、PRDX1、SBP1和SEPR组成。任选地，该生物标志物系列组可由A1AG1、A1AT、CATD、CEAM3、CO9和SEPR组成。任选地，该生物标志物系列组可由A1AG1、A1AT、AACT、CATD、CEAM3、CO9、CRP、GELS、SAA1和SEPR组成。任选地，该生物标志物系列组可由CATD、CEA、CO3、CO9、GELS和SEPR组成。本文公开的计算机系统可包含用于执行以下至少一项的计算机可执行代码：基于测量数据生成本文所述的生物标志物系列组的受试者特异性谱，将生物标志物系列组的受试者特异性谱与该生物标志物系列组的参考谱进行比较，以及确定该受试者的晚期结肠直肠腺瘤的可能性。本文公开的计算机系统可包含用于执行以下至少一项的计算机可执行代码：基于测量数据生成本文所述的生物标志物系列组的受试者特异性谱，将生物标志物系列组的受试者特异性谱与该生物标志物系列组的参考谱进行比较，以及确定该受试者的CRC的可能性。
本文所述的计算机系统可包含用于执行本文所述的任何算法的计算机可执行代码。该计算机系统可进一步包含用于提供传达是否存在晚期结肠直肠腺瘤和CRC中的至少一种的报告，用于推荐结肠镜检查、乙状结肠镜检查或结肠直肠组织活检，和/或用于推荐治疗的计算机可执行代码。在一些实施方案中，该计算机系统执行包含在计算机可读介质中的指令。
在一些实施方案中，处理器与一个或多个控制器、计算单元和/或计算机系统的其他单元相关联，或植入固件中。在一些实施方案中，所述方法的一个或多个步骤在硬件中执行。在一些实施方案中，所述方法的一个或多个步骤在软件中执行。软件例程可存储在任何计算机可读存储器单元如闪存、RAM、ROM、磁盘、激光盘或如本文所述或本领域已知的其他存储介质中。软件可通过包括例如经通信通道(如电话线、因特网、无线连接)在内的任何已知通信方法，或通过可移动介质(如计算机可读磁盘、闪存驱动器等)与计算装置通信。本文所述方法的一个或多个步骤可以作为各种操作、工具、组块、模块和技术实现，该操作、工具、组块、模块和技术又可以在固件、硬件、软件，或固件、硬件和软件的任意组合中实现。当在硬件中实现时，一些或全部的区块、操作、技术等可以在例如专用集成电路(ASIC)、定制集成电路(IC)、现场可编程逻辑阵列(FPGA)或可编程逻辑阵列(PLA)中实现。
图1示出了适用于实施本文所述的方法的示例性计算机系统100。系统100包含被编程用于实施本文所述的示例性方法的中央计算机服务器101。服务器101包含中央处理器(CPU，也称“处理器”)105，其可以为单核处理器，多核处理器，或用于平行处理的多个处理器。服务器101还包含存储器110(例如随机存取存储器、只读存储器、闪速存储器)；电子存储单元115(例如硬盘)；用于与一个或多个其他系统通信的通信接口120(例如网络适配器)；以及可包括高速缓冲存储器、其他存储器、数据存储和/或电子显示适配器的外围设备125。存储器110、存储单元115、接口120和外围设备125通过通信总线(实线)例如主板与处理器105通信。存储单元115可以是用于存储数据的数据存储单元。服务器101在通信接口120的辅助下与计算机网络(“网络”)130可操作地耦合。网络130可以是因特网、内联网和/或外联网，与因特网通信的内联网和/或外联网，电信或数据网络。在一些情况下，在服务器101的辅助下，网络130可实现对等网络，该对等网络可使得与服务器101耦合的设备能够作为客户端或服务器。
存储单元115可存储文件，如主题报告，和/或与照护者的通信、测序数据、关于个体的数据或与本发明有关的任何方面的数据。
服务器可通过网络130与一个或多个远程计算机系统通信。该一个或多个远程计算机系统可以是例如个人计算机、膝上型计算机、平板计算机、电话、智能电话或个人数字助理。
在一些情况下，系统100包含单个服务器101。在其他情况下，该系统包含彼此通过内联网、外联网和/或因特网通信的多个服务器。
服务器101可适用于存储测量数据、来自受试者的患者信息(例如，多态性、突变、病史、家族史)、人口统计数据和/或潜在相关的其他信息。这样的信息可存储在储存单元115或服务器101上，并且这样的数据可通过网络传输。
如本文所述的方法可经由存储在服务器101的电子存储位置上，例如存储在存储器110或电子存储单元115上的机器(或计算机处理器)可执行代码(或软件)来实施。使用期间，该代码可被处理器105执行。在一些情况下，可从存储单元115检索代码并将该代码存储在存储器110上以供处理器105随时访问。在一些情况下，可排除电子存储单元115，而将机器可执行指令存储在存储器110上。或者，该代码可在第二计算机系统140上执行。
本文提供的系统和方法的方面，如服务器101，可在编程中体现。该技术的各个方面可被认为是“产品”或“制品”，该“产品”或“制品”通常为承载或体现在某种类型的机器可读介质中的机器(或处理器)可执行代码和/或相关数据的形式。机器可执行代码可存储在电子存储单元如存储器(例如，只读存储器、随机存取存储器、闪速存储器)或硬盘上。“存储”型介质可包括计算机、处理器等或其相关模块的任何或所有有形存储器，如各种半导体存储器、磁带驱动器、磁盘驱动器等，该有形存储器可在任何时间提供非暂时存储以供软件编程。软件的全部或部分有时可通过因特网或各种其他电信网络进行通信。例如，这样的通信可使得能够将软件从一个计算机或处理器加载到另一个计算机或处理器中，例如，从管理服务器或主机加载到应用服务器的计算机平台中。因此，可承载软件元件的另一种类型的介质包括如通过有线和光学陆线网络以及经由各种空中链路跨越本地设备之间的物理接口使用的光波、电波和电磁波。携带这样的波的物理元件，如有线或无线链路、光链路等，也可以被认为是承载软件的介质。如本文所用的，除非限于非暂时的有形“存储”介质，否则讲如计算机或机器“可读介质”等术语可指参与向处理器提供指令以供执行的任何介质。
因此，机器可读介质如计算机可执行代码可采取许多种形式，包括但不限于有形存储介质、载波介质或物理传输介质。非易失性存储介质可包括例如光盘或磁盘，如任何计算机中的任何存储设备等，其可用于实现该系统。有形传输介质可以包括：同轴电缆、铜线和光纤(包括含有在计算机系统内的总线的电线)。载波传输介质可采用电信号或电磁信号或声波或光波，诸如在射频(RF)和红外(IR)数据通信期间生成的那些的形式。计算机可读介质的常见形式包括例如：软盘、柔性盘、硬盘、磁带、其他任何磁介质、CD-ROM、DVD、DVD-ROM、其他任何光学介质、穿孔卡片、纸带(paper tame)、具有孔图案的其他任何物理存储介质、RAM、ROM、PROM和EPROM、FLASH-EPROM、其他任何存储器芯片或匣盒、传输数据或指令的载波、电缆，或传输这样的载波的链路，或计算机可从中读取编程代码和/或数据的其他任何介质。这些形式的计算机可读介质中的许多种介质可参与将一个或多个指令的一个或多个序列携带至处理器以供执行。
可在用户界面如图形用户界面的辅助下，将关于是否存在晚期结肠直肠腺瘤和CRC中的至少一种的检测、生成受试者报告和/或向照护者传送该报告的结果呈现给用户。
计算机系统可用于实施本文所述方法的一个或多个步骤，包括例如，样品收集，样品处理，测量本文所述的一种或多种蛋白质的量以产生测量数据，确定一种蛋白质与另一种蛋白质的比值以产生测量数据，将测量数据与参考量进行比较，生成生物标志物系列组的受试者特异性谱，将该受试者特异性谱与参考谱进行比较，接收病史，接收医疗记录，接收并存储通过本文所述的一种或多种方法获得的测量数据，分析所述测量数据以确定是否存在晚期结肠直肠腺瘤和CRC中的至少一种(例如，通过执行本文所述的算法)，生成报告，以及向接收者报告结果。
客户端-服务器和/或关系数据库架构可在本文所述的任何方法中使用。通常，客户端-服务器架构是这样的网络架构，其中该网络上的每个计算机或处理器均为客户端或服务器。服务器计算机可以是专用于管理磁盘驱动器(文件服务器)、打印机(打印服务器)或网络流量(网络服务器)的强大计算机。客户端计算机可包括PC(个人计算机)或用户运行应用的工作站，以及如本文公开的示例性输出设备。客户端计算机可以依靠服务器计算机来获取资源如文件、装置以及甚至处理能力。服务器计算机操纵所有数据库功能。客户端计算机可具有操纵前端数据管理和接收来自用户的数据输入的软件。
在进行计算后，处理器可将例如来自计算的输出返回至例如输入设备或存储单元，返回至相同或不同计算机系统的另一个存储单元，或返回至输出设备。来自处理器的输出可通过数据显示器例如显示屏(例如，监视器或数字设备上的屏幕)、打印出、数据信号(例如，数据包)、图形用户界面(例如，网页)、警报(例如，闪光灯或声音)或上述任何各项的组合来显示。在一个实施方案中，输出经由网络(例如，无线网络)传输到输出设备。用户可使用该输出设备，从数据处理计算机系统接收输出。在用户接收到输出后，用户可确定动作过程，或可进行动作过程，例如当用户是医务人员时进行医学治疗。在一些实施方案中，输出设备是与输入设备相同的设备。示例性的输出设备包括但不限于电话、无线电话、移动电话、PDA、闪存驱动器、光源、声音发生器、传真机、计算机、计算机监视器、打印机、iPod和网页。用户站可与打印机或显示监视器通信，以输出由服务器处理的信息。这样的显示器、输出设备和用户站可用来向受试者或其照护者提供警报。
与本发明有关的数据可经由网络或连接来传输，以由接收者接收和/或查看。接收者可以是但不限于该报告所属的受试者；或其照护者，例如，卫生保健提供者、管理者、其他卫生保健专业人员或其他看护者；进行和/或预定基因分型分析的人员或实体；遗传咨询师。接收者还可以是用于存储这样的报告的本地或远程系统(例如，服务器或“云计算”架构的其他系统)。在一个实施方案中，计算机可读介质包括适用于传输生物样品的分析结果的介质。
试剂盒
本发明还提供了试剂盒。在一些情况下，本文所述的试剂盒包含用于测量和/或检测本文所述的一种或多种生物标志物的一种或多种组合物、试剂和/或装置组件。如本文所述的试剂盒可进一步包含关于实施本文提供的任何方法的说明。该试剂盒可进一步包含试剂，以使得能够通过多种测定类型如ELISA测定、免疫测定、蛋白质芯片或微阵列、DNA/RNA芯片或微阵列、RT-PCR、核酸测序、质谱法、免疫组织化学、流式细胞术或高含量细胞筛选来检测生物标志物。试剂盒还可包含计算机可读介质，该计算机可读介质包含用于实施本文所述方法的计算机可执行代码。
在一些实施方案中，本文提供的试剂盒包含针对本公开内容中其他部分描述的生物标志物的抗体。试剂盒可包含至少两种抗体，该至少两种抗体对选自A1AG1、A1AT、AACT、APOA1、CATD、CEAM3、CLUS、CO3、CO9、CRP、FIBB、FIBG、GELS、OSTP、PRDX1、SAA1、SBP1和SEPR的生物标志物均具有反应性。在一些情况下，该试剂盒可包含对A1AG1、A1AT、CATD、CEAM3、CO9、OSTP和SEPR具有反应性的抗体。在一些情况下，该试剂盒可包含对A1AG1、A1AT、APOA1、CATD、CEAM3、CLUS、CO3、CO9、FIBB、FIBG、GELS、PRDX1、SBP1和SEPR具有反应性的抗体。在一些情况下，该试剂盒可包含对A1AG1、A1AT、CATD、CEAM3、CO9和SEPR具有反应性的抗体。在一些情况下，该试剂盒可包含对A1AG1、A1AT、AACT、CATD、CEAM3、CO9、CRP、GELS、SAA1和SEPR具有反应性的抗体。在一些情况下，该试剂盒可包含对CATD、CEA、CO3、CO9、GELS和SEPR具有反应性的抗体。
在一些实施方案中，本文所述的试剂盒包含包装材料。如本文所用的，术语“包装材料”可指容纳试剂盒的组件的物理结构。该包装材料可维持试剂盒组件的无菌性，并可由常用于这类目的的材料(例如，纸、波纹纤维、玻璃、塑料、箔、安瓿等)制成。试剂盒还可包含缓冲剂、防腐剂或蛋白质/核酸稳定剂。
实施例
实施例1：用于诊断CRC的蛋白质生物标志物系列组的发现和验证
研究设计和患者样品收集
在研究中使用了来自137名程序确诊的CRC患者和137名健康对照患者的血浆样品。这些样品从3个独立的组群收集，并且针对年龄和性别平衡对照样品和疾病样品。将大约一半的对照样品和疾病样品(138)置于用于所有分类器模型开发的训练(例如，发现)集内，并将剩余的样品(136)置于保持(hold-out)验证集中，该保持验证集仅用来测试在发现集中开发的模型。该发现集和验证集在图2和以下表3中示出。
表3：用于开发用于CRC诊断的蛋白质生物标志物系列组的发现集和训练集
发现集 对照 CRC疾病
组群1 24 24
组群2 24 24
组群3 21 21
总计 69 69
验证集 对照 CRC疾病
组群1 24 24
组群2 24 24
组群3 20 20
总计 68 68
MRM测定发展
在开始时，对先前报道为与CRC相关的188种蛋白质在计算机上进行查询，以揭示用于靶向蛋白质组谱分析的潜在肽候选物。从成千上万个潜在的胰蛋白酶肽中，选择初步的一组1056个进行实验验证。从实验验证中选择最终一组337个肽(代表187种蛋白质)，以包含最终的多重反应监测(MRM)试验。此外，将用重(全部为碳13)精氨酸(R)或赖氨酸(K)标记的具有确切序列组成的337个补充肽作为内标物而并入，以在最终分析中用作归一化参考。
用于血浆蛋白质分析的样品制备
根据两种方法(分别被称为“稀释”和“消耗”法)制备用于MRM LCMS测量的患者血浆蛋白质样品。
在稀释法中，将血浆样品从-80℃存储中解冻并通过过滤器离心去除脂质和颗粒。将剩余的蛋白质通过胰蛋白酶-TFE消化缩减成肽，并使所得肽再悬浮于乙腈/甲酸MRMLCMS加样缓冲液中。
在消耗法中，将血浆样品从-80℃存储中解冻并通过过滤器离心去除脂质和颗粒。通过基于免疫亲和柱的消耗去除滤出的血浆中的高丰度蛋白质。将较低丰度的流过蛋白质用胰蛋白酶-TFE消化缩减成肽，并使所得肽再悬浮于乙腈/甲酸MRM LCMS加样缓冲液中。
例如，可如下制备用于MRM LCMS测量的患者血浆样品。将血浆样品在4℃下解冻30min，随后用475μL多重亲和性去除体系(Multiple-Affinity Removal System)(MARS)缓冲液A(Agilent)将25μL血浆稀释20倍。将稀释的血浆通过0.22um过滤器(Agilent)过滤，随后进行用于脂质去除的5K分子量截留(MWCO)(Agilent)过滤步骤。用MARS缓冲液A将保留物重建至950μL，并将整个体积转移至自动采样瓶以供经由10mm x 100mm MARS-14LC柱(Agilent)的免疫亲和消耗。将免疫亲和柱的流过峰收集至2-mL 96孔板(Eppendorf)中。将整个收集的样品体积转移至新的5K MWCO过滤器，以在总蛋白测定(Total Protein Assay，Life Technologies)之前使MARS A缓冲液与100mM碳酸氢铵交换。将样品转移至2mL 96-孔板中并在蛋白质组学Centrivap系统(Labconco)中冻干。将该板转移至Tecan EVO150液体处理器以用在100mM碳酸氢铵中的50％2,2,2-三氟乙醇(TFE)进行变性，用200mM DL-二硫苏糖醇(Sigma)还原，用200mM碘乙酰胺(Arcos)进行烷基化，并在37℃下用胰蛋白酶(Promega)酶消化16小时。该消化用10L纯甲酸猝灭，并转移至330-μL的96孔板(Costar)以冻干。如下文提到的，在与1290UHPLC仪器(Agilent)耦合的QQQ质谱仪上获得样品的LCMS数据。作为一个实例，以450μL/min，在尺寸为2.1x 150mm、颗粒大小为1.8um的ZORBAX RRHDEclipse Plus C18柱(Agilent)上对3μg/μL消化的血浆的10μL注射体积进行分离。LC流动相A由0.1％甲酸水溶液组成，并且流动相B由在乙腈中的0.1％甲酸组成。使用30分钟的UHPLC线性区段梯度，以下述区段分离分析物：前0.5分钟3％B，在0.5min内3-6％，在2min内6-10％，在18.75min内10-30％，在5min内30-40％，在1.25min内40-80％，在80％下保持1.25min，之后在0.75min内返回3％B。
使单次注射中在LCMS上测量的分析物的数目最大化需要将仪器在任何给定分析物上停留的时间量优化至最低可接受水平，同时还要避免重叠或并发(concurrency)。设计了一种测定，以使由于测量的并发分析物的高频率而造成的稀疏取样效应最小化，该测定针对每种分析物的整个峰上的12个或更多个点。整个峰上的点的平均数目为16.2±5.4。在30分钟色谱分析谱中，每个分析物被分配42秒窗口用于在动态MRM(dMRM)采集模式下用MS仪器进行数据采集。将数据采集窗口最小化允许大约1500的最大单次注射分析物容量。色谱漂移的稳健性测试表明，可在不需要重新调整目标保留时间或替换反相LCMS柱的情况下实现150至200次LCMS注射。作为一个实例，在每30分钟LCMS运行期间，通过dMRM方法从187种选定的蛋白质中监测了总共1348个过渡，其最大并发度为100个过渡。dMRM采集方法的最小和最大停留时间分别为3.19和123.75毫秒。
LCMS数据采集和过渡特征量化
经由UHPLC将来自每名患者的血浆样品的再悬浮的肽注射至三重四极杆质谱仪(QQQ)中以供定量分析。对收集的数据(保留时间、前体质量、片段质量和离子丰度)进行分析，以检测所观察到的被称为过渡的峰。
采用二维峰积分算法来确定每个过渡峰的曲线下面积(AUC)。
将用重(全部为碳13)精氨酸(R)或赖氨酸(K)标记的具有确切序列组成的补充肽用作676个靶向过渡中的每一个的内标物。采用补充的内标AUC值对过渡AUC值进行归一化，以得到每个过渡的浓度值。
数据归一化、特征选择和分类器组装
对于分类器组装和性能评估，基于原始肽峰面积与相关联的标记的标准肽原始峰面积的比值来使用特征浓度值。对于一些分类模型，使用蛋白质特征的比值，其中首先计算与给定蛋白质相关的所有过渡的概括值(例如，中值、平均值、具有最大信号/噪声的过渡的值)，以获得特定蛋白质的元特征(per-protein meta features)。接下来，从这些蛋白质特征构建所有可能的蛋白质比值以获得蛋白质比值特征。未对下方的原始峰面积应用归一化。将过渡的缺失值设置为每个特定过渡的最小值或平均值，或设置为0。
使用10乘10折交叉验证程序来评估分类器模型和相关的分类性能。使用了多种特征选择方法；此外，采用了穷举特征组合搜索程序。在分类器模型的开发中，仅使用发现数据集，并将该发现数据集进一步划分成训练集和测试集。在交叉验证程序中，首先应用特征选择来减少所使用的特征的数目，接着是分类器模型的开发以及随后的分类性能评估。对于每轮10折交叉验证，将数据分成10个分割份，每个包含90％的样品作为训练集而剩余10％的样品作为测试集。在该过程中，每个样品在测试集中评估一次。仅使用训练集进行特征选择和模型组装，并且随后将这些模型应用于测试集以评估分类器性能。在穷举特征组合搜索程序中使用相同的程序，不同之外在于，在模型开发之前不进行特征选择。相反，单独评估了所有n选r特征组合(n-choose-r feature combinations)。因为所有特征组合的详尽列举可能在计算上不总是可行，所以n和r的特征的数目被限制为实际值。为获得输入n特征，计算了所有特征对的最大信息系数(MIC)，并将这些对按MIC从高到低排序。然后，将来自该排序的前n个特征(其中对于本实施例，n通常在50-500的范围内)的独特集在使用r值的穷举特征集评估中使用，其中对于本实施例，r通常在2至6的范围内。然后在上述的10折交叉验证程序中对这些特征进行评估。
为了进一步评估分类性能的概括，将该整个10折交叉验证程序重复10次，每次具有训练集和测试集的不同取样。
在该过程完成后，选择从发现集通过测试集AUC值评估的性能排名前列的模型用于验证评估。将锁定(locked-down)模型直接应用于验证数据集，并确定AUC性能。
用于分类器分析的过渡特征的总数为674个。为了探索使用较少特征数目的分类性能，在建立分类模型之前，应用弹性网络正则化作为主要特征选择方法。在该过程中，建立了弹性网络模型，并使用模型系数来选择用于分类建模的前n个特征。在用于一些分类模型的另一种特征选择程序中，还使用了11种不同的特征选择方法的组合，该组合由相关特征选择、卡方过滤、一致性过滤、线性相关过滤、秩相关过滤、信息增益过滤、比值增益过滤、对称不确定性过滤、OneR过滤、随机森林过滤和RReliefF过滤组成。选择通过全部11种方法鉴别的独特特征和根据被11种方法中的多少种排序而排名前列的特征用于分类器模型建立。另一种特征选择方法在t检验p值低于标准的特征中选择在对照与疾病平均值之间具有最大差异的特征。在这些模型中使用的选定特征的总数通常在2至20的范围内。
在特征选择步骤后，使用以下若干种分类算法中的一种建立分类器模型：支持向量机(SVM)算法、随机森林算法(RF)、弹性网络回归模型、逻辑回归模型、GLMBoost模型、k-最近邻模型和基于单特征单变量AUC性能的模型。在训练集上构建分类器模型之后，将其在未经修改的情况下直接应用于测试集，并且生成相关的接受者操作特征(ROC)曲线。从生成的ROC曲线计算曲线下面积(AUC)。仅利用发现数据，该过程产生了对预期保留集验证性能的估计。然后在没有修改的情况下，将根据发现集评估得到的性能排名前列的模型应用于验证集，以获得真实的保留集性能。来自性能排名前13的模型的结果总结在以下表4中。
表4：用于CRC的性能排名前13的模型的总结
在这13个排名前列的模型中，三个模型在发现和验证数据集中提供了高分类性能。性能最佳的模型为模型5。模型5包含来自13种蛋白质的15个过渡特征，这些过渡特征是使用上述11种特征选择方法与随机森林模型的组合而选择的。第一个模型的13种蛋白质为A1AG1、A1AT、AMY2B、CLUS、CO9、ECH1、FRIL、GELS、OSTP、SBP1、SEPR、SPON2、TIMP1。模型5由发现集和验证集产生的ROC曲线分别在图3A和3B中示出。所得发现集AUC为0.82+-0.01(图3A)，并且验证AUC为0.91(图3B)。在具有最大准确度的验证ROC点，灵敏度为0.87且特异性为0.81。
性能排第二的模型为模型6。模型6包含来自CO9和GELS这两种蛋白质的两个过渡。模型6由发现集和验证集产生的ROC曲线分别在图4A和4B中示出。所得发现集AUC为0.81+/-0.002(图4A)，并且验证AUC为0.87(图4B)。在具有最大准确度的验证ROC点，灵敏度为0.85且特异性为0.79。
另一个性能排名前列的模型为模型8。模型8包含来自3种蛋白质的两个蛋白质比值特征，该特征是使用弹性网络特征选择和SVM模型(线性核)选择的。这两个蛋白质比值为A1AT/APOA1和APOA1/FIBG。模型8由发现集和验证集产生的ROC曲线分别在图5A和5B中示出。所得发现集AUC为0.77+/-0.02(图5A)，并且验证AUC为0.81(图5B)。在具有最大准确度的验证ROC点，灵敏度为0.66且特异性为0.88。
另一个性能排名前列的模型为模型1，其包含来自13种蛋白质的15个过渡特征，这13种蛋白质为A1AG1、A1AT、AACT、ANXA1、APOA1、CO9、CRP、CSF1、FHL1、FIBG、GELS、HPT、SAA1。另一个性能排名前列的模型为模型2，其包含来自APOA1、CO3和CO9这3种蛋白质的两个蛋白质比值特征。这两个蛋白质比值为APOA1/CO3和APOA1/CO9。从模型2生成的ROC曲线在图6A(来自发现集的ROC曲线)和图6B(来自验证集的ROC曲线)中示出。又一个性能排名前列的模型为模型7，其包含来自GELS、PRDX1、CO9和CATD这4种蛋白质的4个过渡特征。该模型产生0.84的验证AUC。
实施例2：按样品集的误分类分析
进行了实验，以确定CRC或无CRC的误分类是否受所用的样品集的影响。使用模型6评估了分别来自组群1、组群2和组群3的样品集(CO9和GELS的测量)。来自该实验的验证ROC曲线在图7A中示出，并且具有最大准确度(82％)的点用圆圈指示。使用这个最大准确度点作为诊断决定阈值，评估了单个组群样品集的误分类。图7B示出了所有样品集中相似的误分类普遍性，其卡方p-值为0.11，表明样品的误分类不因样品集而具有偏倚。
实施例3：预测晚期结肠直肠腺瘤的蛋白质生物标志物系列组的发现和验证
为了将血浆蛋白质谱与患者结肠镜检查结果相关联，在他们进行结肠镜检查的当天，从去进行结肠镜检查的患者中采集血液样品。入选标准要求患者等于或大于18岁，且愿意并能够签署知情同意书。这是一个“全体愿意参加者(all comers)”研究，其中患者可能经历诸如所建议的常规筛查、因既往个人或家族史而采取的预防措施或对个人健康症状的随访等程序。
在结肠镜检查的常规准备(包含过夜禁食、液体型限制以及去除粪便物质的肠道准备)后，将血液样品抽至包含作为抗凝剂的EDTA的血浆采集装置中。根据制造商的说明，将血液样品混合、离心以分离血浆，并在四小时内收集分离的血浆并将其在-80℃下冷冻。
除了血浆样品之外，还收集患者临床数据如年龄、体重、性别、种族、当前的用药和指征以及个人和家族健康史，也收集关于任何采集和检查的组织的结肠镜检查程序报告和病理学报告。收集了超过500名患者的样品。
选择136个样品(68个具有晚期结肠直肠腺瘤，68个对照)用于分类器分析。基于最严重的腺瘤的大小或类型，从较大的研究组群中选择晚期结肠直肠腺瘤样品。在这里，将>＝1cm或具有绒毛特征的腺瘤分类为晚期结肠直肠腺瘤。通过将年龄和性别与晚期结肠直肠腺瘤样品进行匹配，从较大的研究组群中选择对照样品。
MRM测定开发
如实施例1中所述进行MRM测定的开发。
用于血浆蛋白分析的样品制备
如实施例1中所述制备用于MRM LCMS测量的患者血浆蛋白样品。
LCMS数据采集和过渡特征量化
如实施例1中所述进行LCMS数据采集和过渡特征量化。
数据归一化、特征选择和分类器组装
为进行分类器组装和性能评估，基于原始肽峰面积与相关联的标记的标准肽原始峰面积的比值来使用特征浓度值。对于一些分类模型，使用蛋白质特征的比值，其中首先计算与给定蛋白质相关的所有过渡的概括值(例如，中值、平均值、具有最大信号/噪声的过渡的值)，以获得特定蛋白质的元特征。接下来，从这些蛋白质特征构建所有可能的蛋白质比值以获得蛋白质比值特征。未对下方的原始峰面积应用归一化。将过渡的缺失值设置为每个特定过渡的最小值、平均值或中值，或设置为0。
使用10乘10折交叉验证程序来评估分类器模型和相关的分类性能。使用了多种特征选择方法；此外，采用了穷举特征组合搜索程序。在分类器模型的开发中，将数据集划分成通过交叉验证程序评估的训练集和测试集。在交叉验证程序中，首先应用特征选择来减少所使用的特征的数目，接着是分类器模型的开发以及随后的分类性能评估。对于每轮10折交叉验证，将数据分成10个分割份，每个包含90％的样品作为训练集而剩余10％的样品作为测试集。在该过程中，每个样品在测试集中评估一次。仅使用训练集进行特征选择和模型组装，并且随后将这些模型应用于测试集以评估分类器性能。在穷举特征组合搜索程序中使用相同的程序，不同之外在于，在模型开发之前未进行特征选择。相反，单独评估了所有n选r特征组合。因为所有特征组合的详尽列举在计算上不总是可行的，所以n和r的特征的数目被限制为实际值。对于典型的计算，n至多为过渡特征的总数(674)且r<10。在一些计算中，还采用了基于特征质量的过渡过滤，以减少待评估的特征的总数。
为了进一步评估分类性能的概括，将该整个10折交叉验证程序重复10次，每次具有训练集和测试集的不同取样。
在该过程完成后，通过来自交叉验证程序的测试集AUC值评估性能排名前列的模型。
用于分类器分析的过渡特征的总数为674个。为了探索使用较少特征数目的分类性能，在建立分类模型之前，应用弹性网络正则化作为特征选择方法。在该过程中，建立了弹性网络模型，并使用模型系数来选择排名前n个的特征进行建模。在另一个特征选择程序中，单独地评估所有可能的n选r特征组合。
在特征选择步骤之后，使用若干种分类算法(包括，作为实例，支持向量机(SVM)算法、随机森林算法、弹性网络回归模型和逻辑回归模型)中的一种建立分类器模型。在训练集上构建分类器模型后，将其在未经修改的情况下直接应用于测试集，并且生成相关的接受者操作特征(ROC)曲线，从该曲线计算曲线下面积(AUC)。仅利用发现数据，该过程产生了对预期保留集验证性能的估计。
两个模型提供了高分类性能。第一个模型包含来自4种蛋白质的4个过渡特征，这些过渡特征是通过所有4个特征分类器的穷举搜索而鉴别的。模型1的四种蛋白质及其过渡特征在以下表5中示出。
表5：用于晚期结肠直肠腺瘤的模型1
模型1(上方)的所得交叉验证测试集AUC为0.77+-0.01(图8)。
第二个模型包含来自三种蛋白质的三个过渡，这些过渡是通过所有3个特征分类器的穷举搜索而鉴别的。模型2的三种蛋白质及其过渡特征在以下表6中示出。
表6：用于晚期结肠直肠腺瘤的模型2
蛋白质 过渡特征
CATD QPGITFIAAK_y8
CATS GPVSVGVDAR_y6
FUCO DGLIVPIFQER_y6
模型2(上方)的所得交叉验证测试集AUC得到0.74+-0.02的AUC(图9)。
尽管本文中已经示出并描述了本发明的优选实施方案，但对本领域技术人员显而易见的是，这些实施方案仅通过示例的方式提供。本领域技术人员在不脱离本发明的情况下现将想到许多变化、改变和替换。应当理解，本文所述的本发明实施方案的各种替代方案均可用于实施本发明。意欲以下述权利要求限定本发明的范围，并由此涵盖这些权利要求范围内的方法和结构及其等同物。
实施例4
使用如本文公开的系列组对处于结肠直肠癌风险下的患者进行检测。从该患者取得血液样品，并针对包含CATD、CEA、CO9和SEPR及其他标志物的系列组测定蛋白质累积水平。将该患者的系列组结果与已知状态的系列组结果进行比较，并以80％灵敏度和80％特异性将该患者分类为患有结肠癌。
推荐了结肠镜检查，并在该个体中检测到结肠直肠癌的证据。
实施例5
为实施例4的患者开出包含手术干预的治疗方案。在手术干预前从该患者取得血液样品，并针对包含CATD、CEA、CO9和SEPR及其他标志物的系列组测定蛋白质累积水平。将该患者的系列组结果与已知状态的系列组结果进行比较，并以80％灵敏度和80％特异性将该患者分类为患有结肠癌。
在手术干预后从该患者取得血液样品，并针对包含CATD、CEA、CO9和SEPR及其他标志物的系列组测定蛋白质累积水平。将该患者的系列组结果与已知状态的系列组结果进行比较，并以80％灵敏度和80％特异性将该患者分类为不再患有结肠癌。
实施例6
为实施例4的患者开出包含化疗干预的治疗方案，该化疗干预包括5-FU给药。在化疗干预前从该患者取得血液样品，并针对包含CATD、CEA、CO9和SEPR及其他标志物的系列组测定蛋白质累积水平。将该患者的系列组结果与已知状态的系列组结果进行比较，并以80％灵敏度和80％特异性将该患者分类为患有结肠癌。
在化疗治疗期间以每周的间隔从该患者取得血液样品，并针对包含CATD、CEA、CO9和SEPR及其他标志物的系列组测定蛋白质累积水平。将该患者的系列组结果与已知状态的系列组结果进行比较。该患者随时间的系列组结果表明，该癌症对化疗治疗有反应，并且到该治疗方案完成时不再能检测到结肠直肠癌。
实施例7
为实施例4的患者开出包含化疗干预的治疗方案，该化疗干预包括口服卡培他滨给药。在化疗干预前从该患者取得血液样品，并针对包含CATD、CEA、CO9和SEPR及其他标志物的系列组测定蛋白质累积水平。将该患者的系列组结果与已知状态的系列组结果进行比较，并以80％灵敏度和80％特异性将该患者分类为患有结肠癌。
在化疗治疗期间以每周的间隔从该患者取得血液样品，并针对包含CATD、CEA、CO9和SEPR及其他标志物的系列组测定蛋白质累积水平。将该患者的系列组结果与已知状态的系列组结果进行比较。该患者随时间的系列组结果表明，该癌症对化疗治疗有反应，并且到该治疗方案完成时不再能检测到结肠直肠癌。
实施例8
为实施例4的患者开出包含化疗干预的治疗方案，该化疗干预包括口服奥沙利铂给药。在化疗干预前从该患者取得血液样品，并针对包含CATD、CEA、CO9和SEPR及其他标志物的系列组测定蛋白质累积水平。将该患者的系列组结果与已知状态的系列组结果进行比较，并以80％灵敏度和80％特异性将该患者分类为患有结肠癌。
在化疗治疗期间以每周的间隔从该患者取得血液样品，并针对包含CATD、CEA、CO9和SEPR及其他标志物的系列组测定蛋白质累积水平。将该患者的系列组结果与已知状态的系列组结果进行比较。该患者随时间的系列组结果表明，该癌症对化疗治疗有反应，并且到该治疗方案完成时不再能检测到结肠直肠癌。
实施例9
为实施例4的患者开出包含化疗干预的治疗方案，该化疗干预包括与贝伐珠单抗联合的口服奥沙利铂给药。在化疗干预前从该患者取得血液样品，并针对包含CATD、CEA、CO9和SEPR及其他标志物的系列组测定蛋白质累积水平。将该患者的系列组结果与已知状态的系列组结果进行比较，并以80％灵敏度和80％特异性将该患者分类为患有结肠癌。
在化疗治疗期间以每周的间隔从该患者取得血液样品，并针对包含CATD、CEA、CO9和SEPR及其他标志物的系列组测定蛋白质累积水平。将该患者的系列组结果与已知状态的系列组结果进行比较。该患者随时间的系列组结果表明，该癌症对化疗治疗有反应，并且到该治疗方案完成时不再能检测到结肠直肠癌。
实施例10
使用如本文公开的系列组对处于结肠直肠癌风险下的患者进行检测。从该患者取得血液样品，并使用ELISA试剂盒中的试剂测定蛋白质累积水平，以检测包含CATD、CEA、CO9和SEPR及其他标志物的系列组的成员。将该患者的系列组结果与已知状态的系列组结果进行比较，并以80％灵敏度和80％特异性将该患者分类为患有结肠癌。
推荐了结肠镜检查，并在该个体中检测到结肠直肠癌的证据。
实施例11
使用如本文公开的系列组对处于结肠直肠癌风险下的患者进行检测。从该患者取得血液样品，并使用质谱法测定蛋白质累积水平，以检测包含CATD、CEA、CO9和SEPR及其他标志物的系列组的成员。将该患者的系列组结果与已知状态的系列组结果进行比较，并以80％灵敏度和80％特异性将该患者分类为患有结肠癌。
推荐了结肠镜检查，并在该个体中检测到结肠直肠癌的证据。
实施例12
使用如本文公开的系列组对1000名处于结肠直肠癌风险下的患者进行检测。从该患者取得血液样品，并测定蛋白质累积水平，以检测包含CATD、CEA、CO9和SEPR及其他标志物的系列组的成员。将这些患者的系列组结果与已知状态的系列组结果进行比较，并以80％灵敏度和80％特异性将这些患者分类至结肠癌类别中。
为分类为阳性的患者推荐结肠镜检查。在分类为患有结肠癌的患者中，80％的患者被独立地确认为患有结肠癌。
在分类为未患结肠癌的患者中，随后通过独立的后续试验发现20％的患者患有结肠癌，经由结肠镜检查确认。

Claims (339)

1.一种对个体的结肠直肠癌状态进行分类的方法，其包括以下步骤：
从所述个体获得血液样品；
确定所述血液样品中的蛋白质系列组的蛋白质累积水平；
将从所述个体获得的样品中的蛋白质系列组的蛋白质累积水平与对应于已知癌症状态的水平进行比较，以及
如果所述个体的结肠直肠癌状态系列组蛋白质累积水平与对应于所述已知结肠直肠癌状态的所述结肠直肠癌状态系列组蛋白质累积水平基本匹配，则将所述个体的所述结肠直肠癌状态分类为所述已知结肠直肠癌状态，
其中所述分类具有至少70％的特异性，并且其中所述分类具有至少70％的特异性。
2.如权利要求1所述的方法，其中所述分类具有至少75％的特异性。
3.如权利要求1所述的方法，其中所述分类具有至少80％的特异性。
4.如权利要求1所述的方法，其中所述分类具有至少85％的特异性。
5.如权利要求1所述的方法，其中所述分类具有至少90％的特异性。
6.如权利要求1所述的方法，其中所述分类具有至少75％的灵敏度。
7.如权利要求1所述的方法，其中所述分类具有至少80％的灵敏度。
8.如权利要求1所述的方法，其中所述分类具有至少85％的灵敏度。
9.如权利要求1所述的方法，其中所述分类具有至少90％的灵敏度。
10.如权利要求1所述的方法，其中所述确定包括对所述血液样品进行ELISA测定。
11.如权利要求1所述的方法，其中所述确定包括对所述血液样品进行质谱分析。
12.如权利要求1-11中任一项所述的方法，其中所述系列组包含A1AG1、A1AT、CATD、CEA、CO9、OSTP和SEPR。
13.如权利要求1-11中任一项所述的方法，其中所述系列组包含A1AG1、A1AT、APOA1、CATD、CEA、CLUS、CO3、CO9、FGB、FIBG、GELS、PRDX1、SBP1和SEPR。
14.如权利要求1-11中任一项所述的方法，其中所述系列组包含A1AG1、A1AT、CATD、CEA、CO9和SEPR。
15.如权利要求1-11中任一项所述的方法，其中所述系列组包含A1AG1、A1AT、AACT、CATD、CEA、CO9、CRP、GELS、SAA1和SEPR。
16.如权利要求1-11中任一项所述的方法，其中所述系列组包含CATD、CEA、CO3、CO9、GELS和SEPR。
17.如权利要求1-11中任一项所述的方法，其中所述系列组包含选自A1AG1、A1AT、AACT、AMY2B、ANXA1、APOA1、CAH1、CATD、CEAM3、CLUS、CO3、CO9、CRP、CSF1、CTNB1、DPP4、ECH1、FHL1、FIBB、FIBG、FRIL、GELS、HPT、OSTP、PRDX1、SAA1、SBP1、SEPR、SPB6、SPON2、SRC、SYG、TIMP、TIMP1和TRFE的至少两种蛋白质。
18.如权利要求1-11中任一项所述的方法，其中所述系列组包含选自A1AG1、A1AT、AACT、AMY2B、ANXA1、APOA1、CAH1、CATD、CEAM3、CLUS、CO3、CO9、CRP、CSF1、CTNB1、DPP4、ECH1、FHL1、FIBB、FIBG、FRIL、GELS、HPT、OSTP、PRDX1、SAA1、SBP1、SEPR、SPB6、SPON2、SRC、SYG、TIMP、TIMP1和TRFE的至少三种蛋白质。
19.如权利要求1-11中任一项所述的方法，其中所述系列组包含选自A1AG1、A1AT、AACT、AMY2B、ANXA1、APOA1、CAH1、CATD、CEAM3、CLUS、CO3、CO9、CRP、CSF1、CTNB1、DPP4、ECH1、FHL1、FIBB、FIBG、FRIL、GELS、HPT、OSTP、PRDX1、SAA1、SBP1、SEPR、SPB6、SPON2、SRC、SYG、TIMP、TIMP1和TRFE的至少四种蛋白质。
20.如权利要求1-11中任一项所述的方法，其中所述系列组包含选自A1AG1、A1AT、AACT、AMY2B、ANXA1、APOA1、CAH1、CATD、CEAM3、CLUS、CO3、CO9、CRP、CSF1、CTNB1、DPP4、ECH1、FHL1、FIBB、FIBG、FRIL、GELS、HPT、OSTP、PRDX1、SAA1、SBP1、SEPR、SPB6、SPON2、SRC、SYG、TIMP、TIMP1和TRFE的至少五种蛋白质。
21.如权利要求1-11中任一项所述的方法，其中所述系列组包含选自A1AG1、A1AT、AACT、AMY2B、ANXA1、APOA1、CAH1、CATD、CEAM3、CLUS、CO3、CO9、CRP、CSF1、CTNB1、DPP4、ECH1、FHL1、FIBB、FIBG、FRIL、GELS、HPT、OSTP、PRDX1、SAA1、SBP1、SEPR、SPB6、SPON2、SRC、SYG、TIMP、TIMP1和TRFE的至少六种蛋白质。
22.如权利要求1-11中任一项所述的方法，其中所述系列组包含选自A1AG1、A1AT、AACT、AMY2B、ANXA1、APOA1、CAH1、CATD、CEAM3、CLUS、CO3、CO9、CRP、CSF1、CTNB1、DPP4、ECH1、FHL1、FIBB、FIBG、FRIL、GELS、HPT、OSTP、PRDX1、SAA1、SBP1、SEPR、SPB6、SPON2、SRC、SYG、TIMP、TIMP1和TRFE的至少七种蛋白质。
23.如权利要求1-11中任一项所述的方法，其中所述系列组包含选自A1AG1、A1AT、AACT、AMY2B、ANXA1、APOA1、CAH1、CATD、CEAM3、CLUS、CO3、CO9、CRP、CSF1、CTNB1、DPP4、ECH1、FHL1、FIBB、FIBG、FRIL、GELS、HPT、OSTP、PRDX1、SAA1、SBP1、SEPR、SPB6、SPON2、SRC、SYG、TIMP、TIMP1和TRFE的至少八种蛋白质。
24.如权利要求1-11中任一项所述的方法，其中所述系列组包含选自A1AG1、A1AT、AACT、AMY2B、ANXA1、APOA1、CAH1、CATD、CEAM3、CLUS、CO3、CO9、CRP、CSF1、CTNB1、DPP4、ECH1、FHL1、FIBB、FIBG、FRIL、GELS、HPT、OSTP、PRDX1、SAA1、SBP1、SEPR、SPB6、SPON2、SRC、SYG、TIMP、TIMP1和TRFE的至少九种蛋白质。
25.如权利要求1-11中任一项所述的方法，其中所述系列组包含选自A1AG1、A1AT、AACT、AMY2B、ANXA1、APOA1、CAH1、CATD、CEAM3、CLUS、CO3、CO9、CRP、CSF1、CTNB1、DPP4、ECH1、FHL1、FIBB、FIBG、FRIL、GELS、HPT、OSTP、PRDX1、SAA1、SBP1、SEPR、SPB6、SPON2、SRC、SYG、TIMP、TIMP1和TRFE的至少十种蛋白质。
26.如权利要求1-11中任一项所述的方法，其中所述系列组包含选自A1AG1、A1AT、AACT、AMY2B、ANXA1、APOA1、CAH1、CATD、CEAM3、CLUS、CO3、CO9、CRP、CSF1、CTNB1、DPP4、ECH1、FHL1、FIBB、FIBG、FRIL、GELS、HPT、OSTP、PRDX1、SAA1、SBP1、SEPR、SPB6、SPON2、SRC、SYG、TIMP、TIMP1和TRFE的至少十一种蛋白质。
27.如权利要求1-11中任一项所述的方法，其中所述系列组包含选自A1AG1、A1AT、AACT、AMY2B、ANXA1、APOA1、CAH1、CATD、CEAM3、CLUS、CO3、CO9、CRP、CSF1、CTNB1、DPP4、ECH1、FHL1、FIBB、FIBG、FRIL、GELS、HPT、OSTP、PRDX1、SAA1、SBP1、SEPR、SPB6、SPON2、SRC、SYG、TIMP、TIMP1和TRFE的至少十二种蛋白质。
28.如权利要求1-11中任一项所述的方法，其中所述系列组包含选自A1AG1、A1AT、AACT、AMY2B、ANXA1、APOA1、CAH1、CATD、CEAM3、CLUS、CO3、CO9、CRP、CSF1、CTNB1、DPP4、ECH1、FHL1、FIBB、FIBG、FRIL、GELS、HPT、OSTP、PRDX1、SAA1、SBP1、SEPR、SPB6、SPON2、SRC、SYG、TIMP、TIMP1和TRFE的至少十三种蛋白质。
29.如权利要求1-11中任一项所述的方法，其中所述系列组包含CO9和GELS，并且其中所述分类具有大于0.76的接受者操作特征曲线下面积。
30.如权利要求1-11中任一项所述的方法，其中所述系列组包含A1AG1、A1AT、AACT、ANXA1、APOA1、CO9、CRP、CSF1、FHL1、FIBG、GELS、HPT和SAA1。
31.如权利要求1-11中任一项所述的方法，其中所述系列组包含A1AG1、A1AT、AACT、ANXA1、APOA1、CO9、CRP、CSF1、FHL1、FIBG、GELS、HPT和SAA1，并且其中所述分类具有大于0.83的接受者操作特征曲线下面积。
32.如权利要求1-11中任一项所述的方法，其中所述系列组包含APOA1、CO3和CO9。
33.如权利要求1-11中任一项所述的方法，其中所述系列组包含APOA1、CO3和CO9，并且其中所述分类具有大于0.81的接受者操作特征曲线下面积。
34.如权利要求1-11中任一项所述的方法，其中所述系列组包含AACT、CO3、CO9、CRP和GELS。
35.如权利要求1-11中任一项所述的方法，其中所述系列组包含AACT、CO3、CO9、CRP和GELS，并且其中所述分类具有大于0.81的接受者操作特征曲线下面积。
36.如权利要求1-11中任一项所述的方法，其中所述系列组包含SPB6、GELS、A1AT、FIBG和CO3。
37.如权利要求1-11中任一项所述的方法，其中所述系列组包含SPB6、GELS、A1AT、FIBG和CO3，并且其中所述分类具有大于0.79的接受者操作特征曲线下面积。
38.如权利要求1-11中任一项所述的方法，其中所述系列组包含A1AG1、A1AT、AMY2B、CLUS、CO9、ECH1、FRIL、GELS、OSTP、SBP1、SEPR、SPON2和TIMP1。
39.如权利要求1-11中任一项所述的方法，其中所述系列组包含A1AG1、A1AT、AMY2B、CLUS、CO9、ECH1、FRIL、GELS、OSTP、SBP1、SEPR、SPON2和TIMP1，并且其中所述分类具有大于0.91的接受者操作特征曲线下面积。
40.如权利要求1-11中任一项所述的方法，其中所述系列组包含CO9和GELS。
41.如权利要求1-11中任一项所述的方法，其中所述系列组包含CO9和GELS，并且其中所述分类具有大于0.87的接受者操作特征曲线下面积。
42.如权利要求1-11中任一项所述的方法，其中所述系列组包含GELS、PRDX1、CO9和CATD。
43.如权利要求1-11中任一项所述的方法，其中所述系列组包含GELS、PRDX1、CO9和CATD，并且其中所述分类具有大于0.84的接受者操作特征曲线下面积。
44.如权利要求1-11中任一项所述的方法，其中所述系列组包含A1AT、APOA1和FIBG。
45.如权利要求1-11中任一项所述的方法，其中所述系列组包含A1AT、APOA1和FIBG，并且其中所述分类具有大于0.81的接受者操作特征曲线下面积。
46.如权利要求1-11中任一项所述的方法，其中所述系列组包含A1AT和TRFE。
47.如权利要求1-11中任一项所述的方法，其中所述系列组包含A1AT和TRFE，并且其中所述分类具有大于0.89的接受者操作特征曲线下面积。
48.如权利要求1-11中任一项所述的方法，其中所述系列组包含A1AT、APOA1、FIBB和CEAM3。
49.如权利要求1-11中任一项所述的方法，其中所述系列组包含A1AT、APOA1、FIBB和CEAM3，并且其中所述分类具有大于0.80的接受者操作特征曲线下面积。
50.如权利要求1-11中任一项所述的方法，其中所述系列组包含CAH1、CRP、FIBG和CTNB1。
51.如权利要求1-11中任一项所述的方法，其中所述系列组包含CAH1、CRP、FIBG和CTNB1，并且其中所述分类具有大于0.78的接受者操作特征曲线下面积。
52.如权利要求1-11中任一项所述的方法，其中所述系列组包含CRP、SEPR、SBP1、SRC和DPP4。
53.如权利要求1-11中任一项所述的方法，其中所述系列组包含CRP、SEPR、SBP1、SRC和DPP4，并且其中所述分类具有大于0.78的接受者操作特征曲线下面积。
54.如权利要求1-11中任一项所述的方法，其中所述系列组包含CRP和TMP。
55.如权利要求1-11中任一项所述的方法，其中所述系列组包含CRP和TMP，并且其中所述分类具有大于0.76的接受者操作特征曲线下面积。
56.如权利要求1-11中任一项所述的方法，其中所述系列组包含SYG、AACT和CO9。
57.如权利要求1-11中任一项所述的方法，其中所述系列组包含SYG、AACT和CO9，并且其中所述分类具有大于0.86的接受者操作特征曲线下面积。
58.如权利要求1-11中任一项所述的方法，其中所述系列组包含CATD、CEA、CO9和SEPR。
59.如权利要求1-58中任一项所述的方法，其进一步包括提供与所述分类有关的建议。
60.如权利要求1-59中任一项所述的方法，其中所述分类是分类为无癌症个体。
61.如权利要求59所述的方法，其中所述建议包括继续监测。
62.如权利要求1-59中任一项所述的方法，其中所述分类是分类为患有CRC的个体。
63.如权利要求62所述的方法，其中所述建议包括进行结肠镜检查。
64.如权利要求62所述的方法，其中所述建议包括进行乙状结肠镜检查。
65.如权利要求62所述的方法，其中所述建议包括进行独立的癌症测定。
66.如权利要求62所述的方法，其中所述建议包括进行粪便癌症测定。
67.如权利要求62所述的方法，其中所述建议包括进行化疗。
68.如权利要求62所述的方法，其中所述建议包括施用生物抗癌剂。
69.如权利要求62所述的方法，其中所述建议包括手术干预。
70.一种用于监测个体对施用于所述个体的结肠直肠癌治疗方案的反应的方法，其包括：
将在第一时间段从所述个体获得的血液样品中蛋白质系列组的累积水平与在第二时间段从所述个体获得的血液样品中蛋白质系列组的累积水平进行比较。
71.如权利要求70所述的方法，其中所述监测包括对所述血液样品进行ELISA测定。
72.如权利要求70所述的方法，其中所述监测包括对所述血液样品进行质谱分析。
73.如权利要求70所述的方法，其中所述系列组包含A1AG1、A1AT、CATD、CEA、CO9、OSTP和SEPR。
74.如权利要求70所述的方法，其中所述系列组包含A1AG1、A1AT、APOA1、CATD、CEA、CLUS、CO3、CO9、FGB、FIBG、GELS、PRDX1、SBP1和SEPR。
75.如权利要求70所述的方法，其中所述系列组包含A1AG1、A1AT、CATD、CEA、CO9和SEPR。
76.如权利要求70所述的方法，其中所述系列组包含A1AG1、A1AT、AACT、CATD、CEA、CO9、CRP、GELS、SAA1和SEPR。
77.如权利要求70所述的方法，其中所述系列组包含CATD、CEA、CO3、CO9、GELS和SEPR。
78.如权利要求70所述的方法，其中所述系列组包含CATD、CEA、CO9和SEPR。
79.如权利要求70所述的方法，其中所述系列组包含选自A1AG1、A1AT、AACT、AMY2B、ANXA1、APOA1、CAH1、CATD、CEAM3、CLUS、CO3、CO9、CRP、CSF1、CTNB1、DPP4、ECH1、FHL1、FIBB、FIBG、FRIL、GELS、HPT、OSTP、PRDX1、SAA1、SBP1、SEPR、SPB6、SPON2、SRC、SYG、TIMP、TIMP1和TRFE的至少两种蛋白质。
80.如权利要求70所述的方法，其中所述系列组包含选自A1AG1、A1AT、AACT、AMY2B、ANXA1、APOA1、CAH1、CATD、CEAM3、CLUS、CO3、CO9、CRP、CSF1、CTNB1、DPP4、ECH1、FHL1、FIBB、FIBG、FRIL、GELS、HPT、OSTP、PRDX1、SAA1、SBP1、SEPR、SPB6、SPON2、SRC、SYG、TIMP、TIMP1和TRFE的至少三种蛋白质。
81.如权利要求70所述的方法，其中所述系列组包含选自A1AG1、A1AT、AACT、AMY2B、ANXA1、APOA1、CAH1、CATD、CEAM3、CLUS、CO3、CO9、CRP、CSF1、CTNB1、DPP4、ECH1、FHL1、FIBB、FIBG、FRIL、GELS、HPT、OSTP、PRDX1、SAA1、SBP1、SEPR、SPB6、SPON2、SRC、SYG、TIMP、TIMP1和TRFE的至少四种蛋白质。
82.如权利要求70所述的方法，其中所述系列组包含选自A1AG1、A1AT、AACT、AMY2B、ANXA1、APOA1、CAH1、CATD、CEAM3、CLUS、CO3、CO9、CRP、CSF1、CTNB1、DPP4、ECH1、FHL1、FIBB、FIBG、FRIL、GELS、HPT、OSTP、PRDX1、SAA1、SBP1、SEPR、SPB6、SPON2、SRC、SYG、TIMP、TIMP1和TRFE的至少五种蛋白质。
83.如权利要求70所述的方法，其中所述系列组包含选自A1AG1、A1AT、AACT、AMY2B、ANXA1、APOA1、CAH1、CATD、CEAM3、CLUS、CO3、CO9、CRP、CSF1、CTNB1、DPP4、ECH1、FHL1、FIBB、FIBG、FRIL、GELS、HPT、OSTP、PRDX1、SAA1、SBP1、SEPR、SPB6、SPON2、SRC、SYG、TIMP、TIMP1和TRFE的至少六种蛋白质。
84.如权利要求70所述的方法，其中所述系列组包含选自A1AG1、A1AT、AACT、AMY2B、ANXA1、APOA1、CAH1、CATD、CEAM3、CLUS、CO3、CO9、CRP、CSF1、CTNB1、DPP4、ECH1、FHL1、FIBB、FIBG、FRIL、GELS、HPT、OSTP、PRDX1、SAA1、SBP1、SEPR、SPB6、SPON2、SRC、SYG、TIMP、TIMP1和TRFE的至少七种蛋白质。
85.如权利要求70所述的方法，其中所述系列组包含选自A1AG1、A1AT、AACT、AMY2B、ANXA1、APOA1、CAH1、CATD、CEAM3、CLUS、CO3、CO9、CRP、CSF1、CTNB1、DPP4、ECH1、FHL1、FIBB、FIBG、FRIL、GELS、HPT、OSTP、PRDX1、SAA1、SBP1、SEPR、SPB6、SPON2、SRC、SYG、TIMP、TIMP1和TRFE的至少八种蛋白质。
86.如权利要求70所述的方法，其中所述系列组包含选自A1AG1、A1AT、AACT、AMY2B、ANXA1、APOA1、CAH1、CATD、CEAM3、CLUS、CO3、CO9、CRP、CSF1、CTNB1、DPP4、ECH1、FHL1、FIBB、FIBG、FRIL、GELS、HPT、OSTP、PRDX1、SAA1、SBP1、SEPR、SPB6、SPON2、SRC、SYG、TIMP、TIMP1和TRFE的至少九种蛋白质。
87.如权利要求70所述的方法，其中所述系列组包含选自A1AG1、A1AT、AACT、AMY2B、ANXA1、APOA1、CAH1、CATD、CEAM3、CLUS、CO3、CO9、CRP、CSF1、CTNB1、DPP4、ECH1、FHL1、FIBB、FIBG、FRIL、GELS、HPT、OSTP、PRDX1、SAA1、SBP1、SEPR、SPB6、SPON2、SRC、SYG、TIMP、TIMP1和TRFE的至少十种蛋白质。
88.如权利要求70所述的方法，其中所述系列组包含选自A1AG1、A1AT、AACT、AMY2B、ANXA1、APOA1、CAH1、CATD、CEAM3、CLUS、CO3、CO9、CRP、CSF1、CTNB1、DPP4、ECH1、FHL1、FIBB、FIBG、FRIL、GELS、HPT、OSTP、PRDX1、SAA1、SBP1、SEPR、SPB6、SPON2、SRC、SYG、TIMP、TIMP1和TRFE的至少十一种蛋白质。
89.如权利要求70所述的方法，其中所述系列组包含选自A1AG1、A1AT、AACT、AMY2B、ANXA1、APOA1、CAH1、CATD、CEAM3、CLUS、CO3、CO9、CRP、CSF1、CTNB1、DPP4、ECH1、FHL1、FIBB、FIBG、FRIL、GELS、HPT、OSTP、PRDX1、SAA1、SBP1、SEPR、SPB6、SPON2、SRC、SYG、TIMP、TIMP1和TRFE的至少十二种蛋白质。
90.如权利要求70所述的方法，其中所述系列组包含选自A1AG1、A1AT、AACT、AMY2B、ANXA1、APOA1、CAH1、CATD、CEAM3、CLUS、CO3、CO9、CRP、CSF1、CTNB1、DPP4、ECH1、FHL1、FIBB、FIBG、FRIL、GELS、HPT、OSTP、PRDX1、SAA1、SBP1、SEPR、SPB6、SPON2、SRC、SYG、TIMP、TIMP1和TRFE的至少十三种蛋白质。
91.如权利要求70所述的方法，其中所述系列组包含CO9和GELS。
92.如权利要求70所述的方法，其中所述系列组包含CO9和GELS，并且其中所述分类具有大于0.76的接受者操作特征曲线下面积。
93.如权利要求70所述的方法，其中所述系列组包含A1AG1、A1AT、AACT、ANXA1、APOA1、CO9、CRP、CSF1、FHL1、FIBG、GELS、HPT和SAA1。
94.如权利要求70所述的方法，其中所述系列组包含A1AG1、A1AT、AACT、ANXA1、APOA1、CO9、CRP、CSF1、FHL1、FIBG、GELS、HPT和SAA1，并且其中所述分类具有大于0.83的接受者操作特征曲线下面积。
95.如权利要求70所述的方法，其中所述系列组包含APOA1、CO3和CO9。
96.如权利要求70所述的方法，其中所述系列组包含APOA1、CO3和CO9，并且其中所述分类具有大于0.81的接受者操作特征曲线下面积。
97.如权利要求70所述的方法，其中所述系列组包含AACT、CO3、CO9、CRP和GELS。
98.如权利要求70所述的方法，其中所述系列组包含AACT、CO3、CO9、CRP和GELS，并且其中所述分类具有大于0.81的接受者操作特征曲线下面积。
99.如权利要求70所述的方法，其中所述系列组包含SPB6、GELS、A1AT、FIBG和CO3。
100.如权利要求70所述的方法，其中所述系列组包含SPB6、GELS、A1AT、FIBG和CO3，并且其中所述分类具有大于0.79的接受者操作特征曲线下面积。
101.如权利要求70所述的方法，其中所述系列组包含A1AG1、A1AT、AMY2B、CLUS、CO9、ECH1、FRIL、GELS、OSTP、SBP1、SEPR、SPON2和TIMP1。
102.如权利要求70所述的方法，其中所述系列组包含A1AG1、A1AT、AMY2B、CLUS、CO9、ECH1、FRIL、GELS、OSTP、SBP1、SEPR、SPON2和TIMP1，并且其中所述分类具有大于0.91的接受者操作特征曲线下面积。
103.如权利要求70所述的方法，其中所述系列组包含CO9和GELS，并且其中所述分类具有大于0.87的接受者操作特征曲线下面积。
104.如权利要求70所述的方法，其中所述系列组包含GELS、PRDX1、CO9和CATD。
105.如权利要求70所述的方法，其中所述系列组包含GELS、PRDX1、CO9和CATD，并且其中所述分类具有大于0.84的接受者操作特征曲线下面积。
106.如权利要求70所述的方法，其中所述系列组包含A1AT、APOA1和FIBG。
107.如权利要求70所述的方法，其中所述系列组包含A1AT、APOA1和FIBG，并且其中所述分类具有大于0.81的接受者操作特征曲线下面积。
108.如权利要求70所述的方法，其中所述系列组包含A1AT和TRFE。
109.如权利要求70所述的方法，其中所述系列组包含A1AT和TRFE，并且其中所述分类具有大于0.89的接受者操作特征曲线下面积。
110.如权利要求70所述的方法，其中所述系列组包含A1AT、APOA1、FIBB和CEAM3。
111.如权利要求70所述的方法，其中所述系列组包含A1AT、APOA1、FIBB和CEAM3，并且其中所述分类具有大于0.80的接受者操作特征曲线下面积。
112.如权利要求70所述的方法，其中所述系列组包含CAH1、CRP、FIBG和CTNB1。
113.如权利要求70所述的方法，其中所述系列组包含CAH1、CRP、FIBG和CTNB1，并且其中所述分类具有大于0.78的接受者操作特征曲线下面积。
114.如权利要求70所述的方法，其中所述系列组包含CRP、SEPR、SBP1、SRC和DPP4。
115.如权利要求70所述的方法，其中所述系列组包含CRP、SEPR、SBP1、SRC和DPP4，并且其中所述分类具有大于0.78的接受者操作特征曲线下面积。
116.如权利要求70所述的方法，其中所述系列组包含CRP和TMP。
117.如权利要求70所述的方法，其中所述系列组包含CRP和TMP，并且其中所述分类具有大于0.76的接受者操作特征曲线下面积。
118.如权利要求70所述的方法，其中所述系列组包含SYG、AACT和CO9。
119.如权利要求70所述的方法，其中所述系列组包含SYG、AACT和CO9，并且其中所述分类具有大于0.86的接受者操作特征曲线下面积。
120.如权利要求70所述的方法，其中在第一时间段获得的样品包含血清。
121.如权利要求70所述的方法，其中在第一时间段获得的样品包含血液蛋白质。
122.如权利要求70所述的方法，其中在第一时间段获得的样品包含从血液样品获得的蛋白质。
123.如权利要求70-122中任一项所述的方法，其进一步包括将在所述第一时间段从所述个体获得的血液样品中蛋白质系列组的所述累积水平与在第三时间段从所述个体获得的血液样品中所述蛋白质系列组的累积水平进行比较。
124.如权利要求70-123中任一项所述的方法，其中所述第一样品在所述治疗方案开始之前获得。
125.一种试剂盒，其包含供用于评估结肠直肠癌状态的ELISA测定使用的抗体系列组。
126.如权利要求125所述的试剂盒，其中所述抗体系列组包含针对A1AG1、A1AT、CATD、CEA、CO9、OSTP和SEPR的抗体。
127.如权利要求125所述的试剂盒，其中所述抗体系列组包含针对A1AG1、A1AT、APOA1、CATD、CEA、CLUS、CO3、CO9、FGB、FIBG、GELS、PRDX1、SBP1和SEPR的抗体。
128.如权利要求125所述的试剂盒，其中所述抗体系列组包含针对A1AG1、A1AT、CATD、CEA、CO9和SEPR的抗体。
129.如权利要求125所述的试剂盒，其中所述抗体系列组包含针对A1AG1、A1AT、AACT、CATD、CEA、CO9、CRP、GELS、SAA1和SEPR的抗体。
130.如权利要求125所述的试剂盒，其中所述抗体系列组包含针对CATD、CEA、CO3、CO9、GELS和SEPR的抗体。
131.如权利要求125所述的试剂盒，其中所述抗体系列组包含针对CATD、CEA、CO9和SEPR的抗体。
132.如权利要求125所述的试剂盒，其中所述抗体系列组包含针对选自A1AG1、A1AT、AACT、AMY2B、ANXA1、APOA1、CAH1、CATD、CEAM3、CLUS、CO3、CO9、CRP、CSF1、CTNB1、DPP4、ECH1、FHL1、FIBB、FIBG、FRIL、GELS、HPT、OSTP、PRDX1、SAA1、SBP1、SEPR、SPB6、SPON2、SRC、SYG、TIMP、TIMP1和TRFE的至少两种生物标志物的抗体。
133.如权利要求125所述的试剂盒，其中所述抗体系列组包含针对选自A1AG1、A1AT、AACT、AMY2B、ANXA1、APOA1、CAH1、CATD、CEAM3、CLUS、CO3、CO9、CRP、CSF1、CTNB1、DPP4、ECH1、FHL1、FIBB、FIBG、FRIL、GELS、HPT、OSTP、PRDX1、SAA1、SBP1、SEPR、SPB6、SPON2、SRC、SYG、TIMP、TIMP1和TRFE的至少三种生物标志物的抗体。
134.如权利要求125所述的试剂盒，其中所述抗体系列组包含针对选自A1AG1、A1AT、AACT、AMY2B、ANXA1、APOA1、CAH1、CATD、CEAM3、CLUS、CO3、CO9、CRP、CSF1、CTNB1、DPP4、ECH1、FHL1、FIBB、FIBG、FRIL、GELS、HPT、OSTP、PRDX1、SAA1、SBP1、SEPR、SPB6、SPON2、SRC、SYG、TIMP、TIMP1和TRFE的至少四种生物标志物的抗体。
135.如权利要求125所述的试剂盒，其中所述抗体系列组包含针对选自A1AG1、A1AT、AACT、AMY2B、ANXA1、APOA1、CAH1、CATD、CEAM3、CLUS、CO3、CO9、CRP、CSF1、CTNB1、DPP4、ECH1、FHL1、FIBB、FIBG、FRIL、GELS、HPT、OSTP、PRDX1、SAA1、SBP1、SEPR、SPB6、SPON2、SRC、SYG、TIMP、TIMP1和TRFE的至少五种生物标志物的抗体。
136.如权利要求125所述的试剂盒，其中所述抗体系列组包含针对选自A1AG1、A1AT、AACT、AMY2B、ANXA1、APOA1、CAH1、CATD、CEAM3、CLUS、CO3、CO9、CRP、CSF1、CTNB1、DPP4、ECH1、FHL1、FIBB、FIBG、FRIL、GELS、HPT、OSTP、PRDX1、SAA1、SBP1、SEPR、SPB6、SPON2、SRC、SYG、TIMP、TIMP1和TRFE的至少六种生物标志物的抗体。
137.如权利要求125所述的试剂盒，其中所述抗体系列组包含针对选自A1AG1、A1AT、AACT、AMY2B、ANXA1、APOA1、CAH1、CATD、CEAM3、CLUS、CO3、CO9、CRP、CSF1、CTNB1、DPP4、ECH1、FHL1、FIBB、FIBG、FRIL、GELS、HPT、OSTP、PRDX1、SAA1、SBP1、SEPR、SPB6、SPON2、SRC、SYG、TIMP、TIMP1和TRFE的至少七种生物标志物的抗体。
138.如权利要求125所述的试剂盒，其中所述抗体系列组包含针对选自A1AG1、A1AT、AACT、AMY2B、ANXA1、APOA1、CAH1、CATD、CEAM3、CLUS、CO3、CO9、CRP、CSF1、CTNB1、DPP4、ECH1、FHL1、FIBB、FIBG、FRIL、GELS、HPT、OSTP、PRDX1、SAA1、SBP1、SEPR、SPB6、SPON2、SRC、SYG、TIMP、TIMP1和TRFE的至少八种生物标志物的抗体。
139.如权利要求125所述的试剂盒，其中所述抗体系列组包含针对选自A1AG1、A1AT、AACT、AMY2B、ANXA1、APOA1、CAH1、CATD、CEAM3、CLUS、CO3、CO9、CRP、CSF1、CTNB1、DPP4、ECH1、FHL1、FIBB、FIBG、FRIL、GELS、HPT、OSTP、PRDX1、SAA1、SBP1、SEPR、SPB6、SPON2、SRC、SYG、TIMP、TIMP1和TRFE的至少九种生物标志物的抗体。
140.如权利要求125所述的试剂盒，其中所述抗体系列组包含针对选自A1AG1、A1AT、AACT、AMY2B、ANXA1、APOA1、CAH1、CATD、CEAM3、CLUS、CO3、CO9、CRP、CSF1、CTNB1、DPP4、ECH1、FHL1、FIBB、FIBG、FRIL、GELS、HPT、OSTP、PRDX1、SAA1、SBP1、SEPR、SPB6、SPON2、SRC、SYG、TIMP、TIMP1和TRFE的至少十种生物标志物的抗体。
141.如权利要求125所述的试剂盒，其中所述抗体系列组包含针对选自A1AG1、A1AT、AACT、AMY2B、ANXA1、APOA1、CAH1、CATD、CEAM3、CLUS、CO3、CO9、CRP、CSF1、CTNB1、DPP4、ECH1、FHL1、FIBB、FIBG、FRIL、GELS、HPT、OSTP、PRDX1、SAA1、SBP1、SEPR、SPB6、SPON2、SRC、SYG、TIMP、TIMP1和TRFE的至少十一种生物标志物的抗体。
142.如权利要求125所述的试剂盒，其中所述抗体系列组包含针对选自A1AG1、A1AT、AACT、AMY2B、ANXA1、APOA1、CAH1、CATD、CEAM3、CLUS、CO3、CO9、CRP、CSF1、CTNB1、DPP4、ECH1、FHL1、FIBB、FIBG、FRIL、GELS、HPT、OSTP、PRDX1、SAA1、SBP1、SEPR、SPB6、SPON2、SRC、SYG、TIMP、TIMP1和TRFE的至少十二种生物标志物的抗体。
143.如权利要求125所述的试剂盒，其中所述抗体系列组包含针对选自A1AG1、A1AT、AACT、AMY2B、ANXA1、APOA1、CAH1、CATD、CEAM3、CLUS、CO3、CO9、CRP、CSF1、CTNB1、DPP4、ECH1、FHL1、FIBB、FIBG、FRIL、GELS、HPT、OSTP、PRDX1、SAA1、SBP1、SEPR、SPB6、SPON2、SRC、SYG、TIMP、TIMP1和TRFE的至少十三种生物标志物的抗体。
144.如权利要求125所述的试剂盒，其中所述抗体系列组包含针对A1AG1、A1AT、AACT、ANXA1、APOA1、CO9、CRP、CSF1、FHL1、FIBG、GELS、HPT和SAA1的抗体。
145.如权利要求125所述的试剂盒，其中所述抗体系列组包含针对APOA1、CO3和CO9的抗体。
146.如权利要求125所述的试剂盒，其中所述抗体系列组包含针对AACT、CO3、CO9、CRP和GELS的抗体。
147.如权利要求125所述的试剂盒，其中所述抗体系列组包含针对SPB6、GELS、A1AT、FIBG和CO3的抗体。
148.如权利要求125所述的试剂盒，其中所述抗体系列组包含针对A1AG1、A1AT、AMY2B、CLUS、CO9、ECH1、FRIL、GELS、OSTP、SBP1、SEPR、SPON2和TIMP1的抗体。
149.如权利要求125所述的试剂盒，其中所述抗体系列组包含针对CO9和GELS的抗体。
150.如权利要求125所述的试剂盒，其中所述抗体系列组包含针对GELS、PRDX1、CO9和CATD的抗体。
151.如权利要求125所述的试剂盒，其中所述抗体系列组包含针对A1AT、APOA1和FIBG的抗体。
152.如权利要求125所述的试剂盒，其中所述抗体系列组包含针对A1AT和TRFE的抗体。
153.如权利要求125所述的试剂盒，其中所述抗体系列组包含针对A1AT、APOA1、FIBB和CEAM3的抗体。
154.如权利要求125所述的试剂盒，其中所述抗体系列组包含针对CAH1、CRP、FIBG和CTNB1的抗体。
155.如权利要求125所述的试剂盒，其中所述抗体系列组包含针对CRP、SEPR、SBP1、SRC和DPP4的抗体。
156.如权利要求125所述的试剂盒，其中所述抗体系列组包含针对CRP和TMP的抗体。
157.如权利要求125所述的试剂盒，其中所述抗体系列组包含针对SYG、AACT和CO9的抗体。
158.如权利要求125所述的试剂盒，其中用于评估结肠直肠癌状态的ELISA测定具有至少80％的灵敏度。
159.如权利要求125所述的试剂盒，其中用于评估结肠直肠癌状态的ELISA测定具有至少85％的灵敏度。
160.如权利要求125所述的试剂盒，其中用于评估结肠直肠癌状态的ELISA测定具有至少90％的灵敏度。
161.如权利要求125所述的试剂盒，其中用于评估结肠直肠癌状态的ELISA测定具有至少80％的特异性。
162.如权利要求125所述的试剂盒，其中用于评估结肠直肠癌状态的ELISA测定具有至少85％的特异性。
163.如权利要求125所述的试剂盒，其中用于评估结肠直肠癌状态的ELISA测定具有至少90％的特异性。
164.如权利要求125-163中任一项所述的试剂盒，其中所述试剂盒包含用于从个体提取血液的试剂以及用于从血液中提取蛋白质的试剂。
165.一种对受试者的结肠直肠癌和晚期结肠直肠腺瘤中的至少一种进行治疗的方法，其包括：
(a)测量从所述受试者获得的生物样品中的生物标志物系列组，其中所述生物标志物系列组包含选自A1AG1、A1AT、AACT、AMY2B、ANXA1、APOA1、CAH1、CATD、CEAM3、CLUS、CTNB1、CO3、CO9、CRP、CSF1、DPP4、ECH1、FHL1、FIBB、FIBG、FRIL、GELS、HPT、OSTP、PRDX1、SAA1、SBP1、SEPR、SPB6、SPON2、SYG、TIMP1和TRFE的至少两种生物标志物；
(b)基于所述测量，检测所述受试者中是否存在结肠直肠癌和/或晚期结肠直肠腺瘤；以及
(c)基于所述检测，治疗所述受试者的结肠直肠癌。
166.一种对受试者的结肠直肠癌和晚期结肠直肠腺瘤中的至少一种进行诊断的方法，其包括：
(a)测量从所述受试者获得的生物样品中的生物标志物系列组，其中所述生物标志物系列组包含选自A1AG1、A1AT、AACT、AMY2B、ANXA1、APOA1、CAH1、CATD、CEAM3、CLUS、CTNB1、CO3、CO9、CRP、CSF1、DPP4、ECH1、FHL1、FIBB、FIBG、FRIL、GELS、HPT、OSTP、PRDX1、SAA1、SBP1、SEPR、SPB6、SPON2、SYG、TIMP1和TRFE的至少两种生物标志物；
(b)基于所述测量，检测所述受试者中是否存在结肠直肠癌和晚期结肠直肠腺瘤中的至少一种；以及
(c)基于所述检测，向所述受试者推荐所述受试者的结肠镜检查、乙状结肠镜检查和组织活检中的至少一种。
167.一种方法，其包括：
(a)获得数据，该数据包括从受试者获得的生物样品中的生物标志物系列组的测量结果，其中所述生物标志物系列组包含选自A1AG1、A1AT、AACT、AMY2B、ANXA1、APOA1、CAH1、CATD、CEAM3、CLUS、CTNB1、CO3、CO9、CRP、CSF1、DPP4、ECH1、FHL1、FIBB、FIBG、FRIL、GELS、HPT、OSTP、PRDX1、SAA1、SBP1、SEPR、SPB6、SPON2、SYG、TIMP1和TRFE的至少两种生物标志物；
(b)基于测量数据生成所述生物标志物系列组的受试者特异性谱；
(c)将所述生物标志物系列组的受试者特异性谱与所述生物标志物系列组的参考谱进行比较；以及
(d)基于(c)确定晚期结肠直肠腺瘤和结肠直肠癌中的至少一种的可能性。
168.如权利要求167所述的方法，其包括检测所述受试者中是否存在晚期结肠直肠腺瘤。
169.如权利要求168所述的方法，其中所述晚期结肠直肠腺瘤具有大于或等于1厘米的尺寸。
170.如权利要求168所述的方法，其中所述晚期结肠直肠腺瘤具有绒毛特征。
171.如权利要求168-170中任一项所述的方法，其包括以大于70％的灵敏度检测是否存在所述晚期结肠直肠腺瘤。
172.如权利要求168-171中任一项所述的方法，其包括以大于75％、80％、85％、90％或95％的灵敏度检测是否存在所述晚期结肠直肠腺瘤。
173.如权利要求168-172中任一项所述的方法，其进一步包括从所述受试者中去除所述晚期结肠直肠腺瘤，从而阻止所述受试者的结肠直肠癌的发展。
174.如权利要求168-173中任一项所述的方法，其中所述生物标志物系列组包含CATD和FUCO。
175.如权利要求174所述的方法，其包括如果从所述受试者获得的生物样品中CATD和FUCO的至少一种的水平与CATD和FUCO的至少一种的阴性对照参考水平相差至少10％，则检测出所述受试者中存在晚期结肠直肠腺瘤。
176.如权利要求174所述的方法，其包括如果从所述受试者获得的生物样品中CATD和FUCO的至少一种的水平与CATD和FUCO的至少一种的阳性对照参考水平相差小于10％，则检测出所述受试者中存在晚期结肠直肠腺瘤。
177.如权利要求174所述的方法，其中所述生物标志物系列组包含三种生物标志物。
178.如权利要求177所述的方法，其中所述三种生物标志物为CATD、CATS和FUCO。
179.如权利要求178所述的方法，其包括如果从所述受试者获得的生物样品中CATD、CATS和FUCO的至少一种的水平与CATD、CATS和FUCO的至少一种的阴性对照参考水平相差至少10％，则检测出所述受试者中存在晚期结肠直肠腺瘤。
180.如权利要求178所述的方法，其包括如果从所述受试者获得的生物样品中CATD、CATS和FUCO的至少一种的水平与CATD、CATS和FUCO的至少一种的阳性对照参考水平相差小于10％，则检测出所述受试者中存在晚期结肠直肠腺瘤。
181.如权利要求177所述的方法，其中所述三种生物标志物为CATD、FUCO和FIBB。
182.如权利要求181所述的方法，其包括如果从所述受试者获得的生物样品中CATD、FUCO和FIBB的至少一种的水平与CATD、FUCO和FIBB的至少一种的阴性对照参考水平相差至少10％，则检测出所述受试者中存在晚期结肠直肠腺瘤。
183.如权利要求181所述的方法，其包括如果从所述受试者获得的生物样品中CATD、FUCO和FIBB的至少一种的水平与CATD、FUCO和FIBB的至少一种的阳性对照参考水平相差小于10％，则检测出所述受试者中存在晚期结肠直肠腺瘤。
184.如权利要求177所述的方法，其中所述三种生物标志物为CATD、FUCO和SAHH。
185.如权利要求184所述的方法，其包括如果从所述受试者获得的生物样品中CATD、FUCO和SAHH的至少一种的水平与CATD、FUCO和SAHH的至少一种的阴性对照参考水平相差至少10％，则检测出所述受试者中存在晚期结肠直肠腺瘤。
186.如权利要求184所述的方法，其包括如果从所述受试者获得的生物样品中CATD、FUCO和SAHH的至少一种的水平与CATD、FUCO和SAHH的至少一种的阳性对照参考水平相差小于10％，则检测出所述受试者中存在晚期结肠直肠腺瘤。
187.如权利要求177-186中任一项所述的方法，其中所述生物标志物系列组包含不多于三种生物标志物。
188.如权利要求174所述的方法，其中所述生物标志物系列组包含四种生物标志物。
189.如权利要求188所述的方法，其中所述四种生物标志物为CATD、FIBB、FUCO和SAHH。
190.如权利要求189所述的方法，其包括如果从所述受试者获得的生物样品中CATD、FIBB、FUCO和SAHH的至少一种的水平与CATD、FIBB、FUCO和SAHH的至少一种的阴性对照参考水平相差至少10％，则检测出所述受试者中存在晚期结肠直肠腺瘤。
191.如权利要求189所述的方法，其包括如果从所述受试者获得的生物样品中CATD、FIBB、FUCO和SAHH的至少一种的水平与CATD、FIBB、FUCO和SAHH的至少一种的阳性对照参考水平相差小于10％，则检测出所述受试者中存在晚期结肠直肠腺瘤。
192.如权利要求167所述的方法，其包括检测所述受试者中是否存在结肠直肠癌。
193.如权利要求192所述的方法，其中所述生物标志物系列组包含CO9和GELS。
194.如权利要求193所述的方法，其包括如果从所述受试者获得的生物样品中CO9和GELS的至少一种的水平与CO9和GELS的至少一种的阴性对照参考水平相差至少10％，则检测出所述受试者中存在结肠直肠癌。
195.如权利要求193所述的方法，其包括如果从所述受试者获得的生物样品中CO9和GELS的至少一种的水平与CO9和GELS的至少一种的阳性对照参考水平相差小于10％，则检测出所述受试者中存在结肠直肠癌。
196.如权利要求192所述的方法，其中所述生物标志物系列组包含至少三种生物标志物。
197.如权利要求196所述的方法，其中所述至少三种生物标志物为AACT、CO9和SYG。
198.如权利要求197所述的方法，其包括如果从所述受试者获得的生物样品中AACT、CO9和SYG的至少一种的水平与AACT、CO9和SYG的至少一种的阴性对照参考水平相差至少10％，则检测出所述受试者中存在结肠直肠癌。
199.如权利要求197所述的方法，其包括如果从所述受试者获得的生物样品中AACT、CO9和SYG的至少一种的水平与AACT、CO9和SYG的至少一种的阳性对照参考水平相差小于10％，则检测出所述受试者中存在结肠直肠癌。
200.如权利要求192所述的方法，其中所述生物标志物系列组包含CRP和TIMP1。
201.如权利要求200所述的方法，其包括如果从所述受试者获得的生物样品中CRP和TIMP1的至少一种的水平与CRP和TIMP1的至少一种的阴性对照参考水平相差至少10％，则检测出所述受试者中存在结肠直肠癌。
202.如权利要求200所述的方法，其包括如果从所述受试者获得的生物样品中CRP和TIMP1的至少一种的水平与CRP和TIMP1的至少一种的阳性对照参考水平相差小于10％，则检测出所述受试者中存在结肠直肠癌。
203.如权利要求192所述的方法，其中所述生物标志物系列组包含至少四种生物标志物。
204.如权利要求203所述的方法，其中所述至少四种生物标志物包括CO9、GELS、PRDX1和CATD。
205.如权利要求204所述的方法，其包括如果从所述受试者获得的生物样品中CO9、GELS、PRDX1和CATD的至少一种的水平与CO9、GELS、PRDX1和CATD的至少一种的阴性对照参考水平相差至少10％，则检测出所述受试者中存在结肠直肠癌。
206.如权利要求204所述的方法，其包括如果从所述受试者获得的生物样品中CO9、GELS、PRDX1和CATD的至少一种的水平与CO9、GELS、PRDX1和CATD的至少一种的阳性对照参考水平相差小于10％，则检测出所述受试者中存在结肠直肠癌。
207.如权利要求203所述的方法，其中所述至少四种生物标志物包括A1AT、APOA1、FIBB和CEAM3。
208.如权利要求207所述的方法，其包括如果从所述受试者获得的生物样品中A1AT、APOA1、FIBB和CEAM3的至少一种的水平与A1AT、APOA1、FIBB和CEAM3的至少一种的阴性对照参考水平相差至少10％，则检测出所述受试者中存在结肠直肠癌。
209.如权利要求207所述的方法，其包括如果从所述受试者获得的生物样品中A1AT、APOA1、FIBB和CEAM3的至少一种的水平与A1AT、APOA1、FIBB和CEAM3的至少一种的阳性对照参考水平相差小于10％，则检测出所述受试者中存在结肠直肠癌。
210.如权利要求203所述的方法，其中所述至少四种生物标志物包括CAH1、CRP、FIBG和CTNB1。
211.如权利要求210所述的方法，其包括如果从所述受试者获得的生物样品中CAH1、CRP、FIBG和CTNB1的至少一种的水平与CAH1、CRP、FIBG和CTNB1的至少一种的阴性对照参考水平相差至少10％，则检测出所述受试者中存在结肠直肠癌。
212.如权利要求210所述的方法，其包括如果从所述受试者获得的生物样品中CAH1、CRP、FIBG和CTNB1的至少一种的水平与CAH1、CRP、FIBG和CTNB1的至少一种的阳性对照参考水平相差小于10％，则检测出所述受试者中存在结肠直肠癌。
213.如权利要求203所述的方法，其中所述至少四种生物标志物包括A1AG1、A1AT、CO9和GELS。
214.如权利要求213所述的方法，其包括如果从所述受试者获得的生物样品中A1AG1、A1AT、CO9和GELS的至少一种的水平与A1AG1、A1AT、CO9和GELS的至少一种的阴性对照参考水平相差至少10％，则检测出所述受试者中存在结肠直肠癌。
215.如权利要求213所述的方法，其包括如果从所述受试者获得的生物样品中A1AG1、A1AT、CO9和GELS的至少一种的水平与A1AG1、A1AT、CO9和GELS的至少一种的阳性对照参考水平相差小于10％，则检测出所述受试者中存在结肠直肠癌。
216.如权利要求192所述的方法，其中所述生物标志物系列组包含13种生物标志物。
217.如权利要求216所述的方法，其中所述13种生物标志物为A1AG1、A1AT、AACT、ANXA1、APOA1、CO9、CRP、CSF1、FHL1、FIBG、GELS、HPT和SAA1。
218.如权利要求217所述的方法，其包括如果从所述受试者获得的生物样品中A1AG1、A1AT、AACT、ANXA1、APOA1、CO9、CRP、CSF1、FHL1、FIBG、GELS、HPT和SAA1的至少一种的水平与A1AG1、A1AT、AACT、ANXA1、APOA1、CO9、CRP、CSF1、FHL1、FIBG、GELS、HPT和SAA1的至少一种的阴性对照参考水平相差至少10％，则检测出所述受试者中存在结肠直肠癌。
219.如权利要求217所述的方法，其包括如果从所述受试者获得的生物样品中A1AG1、A1AT、AACT、ANXA1、APOA1、CO9、CRP、CSF1、FHL1、FIBG、GELS、HPT和SAA1的至少一种的水平与A1AG1、A1AT、AACT、ANXA1、APOA1、CO9、CRP、CSF1、FHL1、FIBG、GELS、HPT和SAA1的至少一种的阳性对照参考水平相差小于10％，则检测出所述受试者中存在结肠直肠癌。
220.如权利要求216所述的方法，其中所述13种生物标志物为A1AG1、A1AT、AMY2B、CLUS、CO9、ECH1、FRIL、GELS、OSTP、SBP1、SEPR、SPON2和TIMP1。
221.如权利要求220所述的方法，其包括如果从所述受试者获得的生物样品中A1AG1、A1AT、AMY2B、CLUS、CO9、ECH1、FRIL、GELS、OSTP、SBP1、SEPR、SPON2和TIMP1的至少一种的水平与A1AG1、A1AT、AMY2B、CLUS、CO9、ECH1、FRIL、GELS、OSTP、SBP1、SEPR、SPON2和TIMP1的至少一种的阴性对照参考水平相差至少10％，则检测出所述受试者中存在结肠直肠癌。
222.如权利要求220所述的方法，其包括如果从所述受试者获得的生物样品中A1AG1、A1AT、AMY2B、CLUS、CO9、ECH1、FRIL、GELS、OSTP、SBP1、SEPR、SPON2和TIMP1的至少一种的水平与A1AG1、A1AT、AMY2B、CLUS、CO9、ECH1、FRIL、GELS、OSTP、SBP1、SEPR、SPON2和TIMP1的至少一种的阳性对照参考水平相差小于10％，则检测出所述受试者中存在结肠直肠癌。
223.如权利要求192所述的方法，其中所述生物标志物系列组包含所述受试者的生物样品中的至少五种生物标志物。
224.如权利要求223所述的方法，其中所述至少五种生物标志物包括AACT、CO3、CO9、CRP和GELS。
225.如权利要求224所述的方法，其包括如果从所述受试者获得的生物样品中AACT、CO3、CO9、CRP和GELS的至少一种的水平与AACT、CO3、CO9、CRP和GELS的至少一种的阴性对照参考水平相差至少10％，则检测出所述受试者中存在结肠直肠癌。
226.如权利要求224所述的方法，其包括如果从所述受试者获得的生物样品中AACT、CO3、CO9、CRP和GELS的至少一种的水平与AACT、CO3、CO9、CRP和GELS的至少一种的阳性对照参考水平相差小于10％，则检测出所述受试者中存在结肠直肠癌。
227.如权利要求223所述的方法，其中所述至少五种生物标志物包括A1AT、CO3、FIBG、GELS和SPB6。
228.如权利要求227所述的方法，其包括如果从所述受试者获得的生物样品中A1AT、CO3、FIBG、GELS和SPB6的至少一种的水平与A1AT、CO3、FIBG、GELS和SPB6的至少一种的阴性对照参考水平相差至少10％，则检测出所述受试者中存在结肠直肠癌。
229.如权利要求227所述的方法，其包括如果从所述受试者获得的生物样品中A1AT、CO3、FIBG、GELS和SPB6的至少一种的水平与A1AT、CO3、FIBG、GELS和SPB6的至少一种的阳性对照参考水平相差小于10％，则检测出所述受试者中存在结肠直肠癌。
230.如权利要求223所述的方法，其中所述至少五种生物标志物包括CRP、DPP4、SBP1、SEPR和SRC。
231.如权利要求230所述的方法，其包括如果从所述受试者获得的生物样品中CRP、DPP4、SBP1、SEPR和SRC的至少一种的水平与CRP、DPP4、SBP1、SEPR和SRC的至少一种的阴性对照参考水平相差至少10％，则检测出所述受试者中存在结肠直肠癌。
232.如权利要求230所述的方法，其包括如果从所述受试者获得的生物样品中CRP、DPP4、SBP1、SEPR和SRC的至少一种的水平与CRP、DPP4、SBP1、SEPR和SRC的至少一种的阳性对照参考水平相差小于10％，则检测出所述受试者中存在结肠直肠癌。
233.如权利要求230所述的方法，其中所述受试者为男性受试者。
234.如权利要求167所述的方法，其中所述生物标志物系列组包含不多于五种生物标志物。
235.如权利要求167所述的方法，其中所述生物标志物系列组不包含CO3-desARg、ORM、CO3、CO9、GELS、CRP、SAA2或CEA。
236.一种治疗受试者的结肠直肠癌的方法，其包括：
(a)确定从所述受试者获得的生物样品中第一生物标志物APOA1的水平与第二生物标志物的水平的第一比值；
(b)基于所述确定，检测所述受试者中是否存在结肠直肠癌；以及
(c)基于所述检测，治疗所述受试者的结肠直肠癌。
237.一种治疗受试者的结肠直肠癌的方法，其包括：
(a)确定从所述受试者获得的生物样品中第一生物标志物APOA1的水平与第二生物标志物的水平的第一比值；
(b)基于所述确定，检测所述受试者中是否存在结肠直肠癌；以及
(c)基于所述检测，向所述受试者推荐结肠镜检查、乙状结肠镜检查和组织活检中的至少一种，以确认所述受试者的结肠直肠癌的诊断。
238.如权利要求236或237所述的方法，其中所述第二生物标志物选自CO3、CO9、A1AT和FIBG。
239.如权利要求238所述的方法，其中所述第一比值为APOA1与CO3的比值。
240.如权利要求239所述的方法，其包括如果APOA1与CO3的比值与APOA1与CO3的阴性对照参考比值相差至少10％，则检测出所述受试者中存在结肠直肠癌。
241.如权利要求239所述的方法，其包括如果APOA1与CO3的比值与APOA1与CO3的阳性对照参考比值相差小于10％，则检测出所述受试者中存在结肠直肠癌。
242.如权利要求238所述的方法，其中所述第一比值为APOA1与CO9的比值。
243.如权利要求242所述的方法，其包括如果APOA1与CO9的比值与APOA1与CO9的阴性对照参考比值相差至少10％，则检测出所述受试者中存在结肠直肠癌。
244.如权利要求242所述的方法，其包括如果APOA1与CO9的比值与APOA1与CO9的阳性对照参考比值相差小于10％，则检测出所述受试者中存在结肠直肠癌。
245.如权利要求238所述的方法，其中所述第一比值为A1AT与APOA1的比值。
246.如权利要求245所述的方法，其包括如果A1AT与APOA1的比值与A1AT与APOA1的阴性对照参考比值相差至少10％，则检测出所述受试者中存在结肠直肠癌。
247.如权利要求245所述的方法，其包括如果A1AT与APOA1的比值与A1AT与APOA1的阳性对照参考比值相差小于10％，则检测出所述受试者中存在结肠直肠癌。
248.如权利要求238所述的方法，其中所述第一比值为APOA1与FIBG的比值。
249.如权利要求248所述的方法，其包括如果APOA1与FIBG的比值与APOA1与FIBG的阴性对照参考比值相差至少10％，则检测出所述受试者中存在结肠直肠癌。
250.如权利要求248所述的方法，其包括如果APOA1与FIBG的比值与APOA1与FIBG的阳性对照参考比值相差小于10％，则检测出所述受试者中存在结肠直肠癌。
251.如权利要求236-250中任一项所述的方法，其中(b)进一步包括确定所述受试者的生物样品中第一生物标志物APOA1的水平与第三生物标志物的水平的第二比值。
252.如权利要求251所述的方法，其中所述第三生物标志物选自CO3、CO9、A1AT和FIBG。
253.如权利要求252所述的方法，其中所述第一比值为APOA1与CO3的比值，且所述第二比值为APOA1与CO9的比值。
254.如权利要求252所述的方法，其中所述第一比值为A1AT与APOA1的比值，且所述第二比值为APOA1与FIBG的比值。
255.如权利要求253所述的方法，其包括如果存在以下至少一项，则检测出所述受试者中存在结肠直肠癌：所述第一比值与阴性对照参考第一比值相差至少10％，所述第二比值与阴性对照参考第二比值相差至少10％，所述第一比值与阳性对照参考第一比值相差小于10％，以及所述第二比值与阳性对照参考第二比值相差小于10％。
256.一种治疗受试者的结肠直肠癌的方法，其包括：
(a)确定从所述受试者获得的生物样品中第一生物标志物A1AT的水平与第二生物标志物TRFE的水平的比值；
(b)基于所述确定，检测所述受试者中是否存在结肠直肠癌；以及
(c)基于所述检测，治疗所述受试者的结肠直肠癌。
257.一种治疗受试者的结肠直肠癌的方法，其包括：
(a)确定从所述受试者获得的生物样品中第一生物标志物A1AT的水平与第二生物标志物TRFE的水平的比值；
(b)基于所述确定，检测所述受试者中是否存在结肠直肠癌；以及
(c)基于所述检测，向所述受试者推荐结肠镜检查、乙状结肠镜检查和组织活检中的至少一种，以确认所述受试者的结肠直肠癌的诊断。
258.如权利要求256或257所述的方法，其中所述受试者为男性。
259.如权利要求256-258中任一项所述的方法，其包括如果所述比值与阴性对照参考比值相差至少10％，则检测出所述受试者中存在结肠直肠癌。
260.如权利要求256-258中任一项所述的方法，其包括如果所述比值与阳性对照参考比值相差小于10％，则检测出所述受试者中存在结肠直肠癌。
261.如权利要求167-260中任一项所述的方法，其中所述生物样品选自全血、血清、血浆、血液成分、骨髓、唾液、颊拭子、尿液、粪便、淋巴液、CNS流体和病灶渗出物。
262.如权利要求261所述的方法，其中所述生物样品为血液样品。
263.如权利要求262所述的方法，其中所述血液样品为全血样品。
264.如权利要求262所述的方法，其中所述血液样品为血浆样品。
265.如权利要求262所述的方法，其中所述血液样品为血清样品。
266.如权利要求167-265中任一项所述的方法，其中所述受试者为人类受试者。
267.如权利要求266所述的方法，其中所述受试者无结肠直肠癌症状。
268.如权利要求266所述的方法，其中所述受试者至少30岁或更大。
269.如权利要求266所述的方法，其中所述受试者至少40岁或更大。
270.如权利要求266所述的方法，其中所述受试者至少50岁或更大。
271.如权利要求266所述的方法，其中所述受试者具有以下的一项或多项：结肠直肠癌症状、结肠直肠癌家族史和结肠直肠癌风险因素。
272.如权利要求167所述的方法，其中所述受试者具有结肠直肠息肉、腺瘤和CRC中的至少一种的既往病史。
273.如权利要求167所述的方法，其中所述测量包括检测或测量所述至少两种生物标志物的片段、抗原或过渡离子的水平。
274.如权利要求167所述的方法，其中所述测量包括采用免疫测定、流式细胞术分析、生物芯片测定、质谱分析和HPLC分析中的至少一种。
275.一种用于检测受试者中是否存在晚期结肠直肠腺瘤和结肠直肠癌中的至少一种的计算机系统，该计算机系统包含：
(a)用于接收数据的存储器单元，该数据包括来自所述受试者的生物样品的生物标志物系列组的测量结果，其中所述生物标志物系列组包含选自A1AG1、A1AT、AACT、AMY2B、ANXA1、APOA1、CAH1、CATD、CEAM3、CLUS、CTNB1、CO3、CO9、CRP、CSF1、DPP4、ECH1、FHL1、FIBB、FIBG、FRIL、GELS、HPT、OSTP、PRDX1、SAA1、SBP1、SEPR、SPB6、SPON2、SYG、TIMP1和TRFE的至少两种生物标志物；
(b)用于根据前述权利要求中任一项所述的方法分析测量数据的计算机可执行指令；以及
(c)用于基于所述分析确定所述受试者中是否存在晚期结肠直肠腺瘤和结肠直肠癌中的至少一种的计算机可执行指令。
276.如权利要求275所述的计算机系统，其进一步包含用于生成关于所述受试者中是否存在晚期结肠直肠腺瘤和结肠直肠癌中的至少一种的报告的计算机可执行指令。
277.如权利要求276所述的计算机系统，其进一步包含被配置用于向用户传送或显示所述报告的用户界面。
278.一种计算机可读介质，其包含：
(a)用于分析数据的计算机可执行指令，该数据包括来自从受试者获得的生物样品的生物标志物系列组的测量结果，其中所述生物标志物系列组包含选自A1AG1、A1AT、AACT、AMY2B、ANXA1、APOA1、CAH1、CATD、CEAM3、CLUS、CTNB1、CO3、CO9、CRP、CSF1、DPP4、ECH1、FHL1、FIBB、FIBG、FRIL、GELS、HPT、OSTP、PRDX1、SAA1、SBP1、SEPR、SPB6、SPON2、SYG、TIMP1和TRFE的至少两种生物标志物；以及
(b)用于基于所述分析确定所述受试者中是否存在晚期结肠直肠腺瘤和结肠直肠癌中的至少一种的计算机可执行指令。
279.一种试剂盒，其包含：
(c)用于测量从受试者获得的生物样品中的生物标志物系列组的一种或多种组合物，其中所述生物标志物系列组包含选自A1AG1、A1AT、AACT、AMY2B、ANXA1、APOA1、CAH1、CATD、CEAM3、CLUS、CTNB1、CO3、CO9、CRP、CSF1、DPP4、ECH1、FHL1、FIBB、FIBG、FRIL、GELS、HPT、OSTP、PRDX1、SAA1、SBP1、SEPR、SPB6、SPON2、SYG、TIMP1和TRFE的至少两种生物标志物；以及
(d)用于进行前述权利要求中任一项所述的方法的说明。
280.如权利要求279所述的试剂盒，其进一步包含如权利要求278所述的计算机可读介质。
281.一种治疗受试者的结肠直肠癌和晚期结肠直肠腺瘤中的至少一种的方法，其包括：
(a)测量从所述受试者获得的生物样品中的生物标志物系列组，其中所述生物标志物系列组包含选自A1AG1、A1AT、AACT、APOA1、CATD、CEAM3、CLUS、CO3、CO9、CRP、FIBB、FIBG、GELS、OSTP、PRDX1、SAA1、SBP1和SEPR的至少两种生物标志物；
(b)基于所述测量，检测所述受试者中是否存在结肠直肠癌和/或晚期结肠直肠腺瘤；以及
(c)基于所述检测，治疗所述受试者的结肠直肠癌。
282.一种诊断受试者的结肠直肠癌和晚期结肠直肠腺瘤中的至少一种的方法，其包括：
(a)测量从所述受试者获得的生物样品中的生物标志物系列组，其中所述生物标志物系列组包含选自A1AG1、A1AT、AACT、APOA1、CATD、CEAM3、CLUS、CO3、CO9、CRP、FIBB、FIBG、GELS、OSTP、PRDX1、SAA1、SBP1和SEPR的至少两种生物标志物；
(b)基于所述测量，检测所述受试者中是否存在结肠直肠癌和晚期结肠直肠腺瘤中的至少一种；以及
(c)基于所述检测，向所述受试者推荐所述受试者的结肠镜检查、乙状结肠镜检查和组织活检中的至少一种。
283.一种方法，其包括：
(a)获得数据，该数据包括从受试者获得的生物样品中的生物标志物系列组的测量结果，其中所述生物标志物系列组包含选自A1AG1、A1AT、AACT、APOA1、CATD、CEAM3、CLUS、CO3、CO9、CRP、FIBB、FIBG、GELS、OSTP、PRDX1、SAA1、SBP1和SEPR的至少两种生物标志物；
(b)基于测量数据生成所述生物标志物系列组的受试者特异性谱；
(c)将所述生物标志物系列组的受试者特异性谱与所述生物标志物系列组的参考谱进行比较；以及
(d)基于(c)确定晚期结肠直肠腺瘤和结肠直肠癌中的至少一种的可能性。
284.一种治疗受试者的结肠直肠癌和晚期结肠直肠腺瘤中的至少一种的方法，其包括：
(a)测量从所述受试者获得的生物样品中的生物标志物系列组，其中所述生物标志物系列组包含选自A1AG1、A1AT、AACT、APOA1、CATD、CEAM3、CLUS、CO3、CO9、CRP、FIBB、FIBG、GELS、OSTP、PRDX1、SAA1、SBP1和SEPR的至少两种生物标志物；
(b)基于所述测量，检测所述受试者中是否存在结肠直肠癌和/或晚期结肠直肠腺瘤；以及
(c)基于所述检测，治疗所述受试者的结肠直肠癌。
285.一种诊断受试者的结肠直肠癌和晚期结肠直肠腺瘤中的至少一种的方法，其包括：
(a)测量从所述受试者获得的生物样品中的生物标志物系列组，其中所述生物标志物系列组包含选自A1AG1、A1AT、AACT、APOA1、CATD、CEAM3、CLUS、CO3、CO9、CRP、FIBB、FIBG、GELS、OSTP、PRDX1、SAA1、SBP1和SEPR的至少两种生物标志物；
(b)基于所述测量，检测所述受试者中是否存在结肠直肠癌和晚期结肠直肠腺瘤中的至少一种；以及
(c)基于所述检测，向所述受试者推荐所述受试者的结肠镜检查、乙状结肠镜检查和组织活检中的至少一种。
286.一种方法，其包括：
(a)获得数据，该数据包括从受试者获得的生物样品中的生物标志物系列组的测量结果，其中所述生物标志物系列组包含选自A1AG1、A1AT、AACT、APOA1、CATD、CEAM3、CLUS、CO3、CO9、CRP、FIBB、FIBG、GELS、OSTP、PRDX1、SAA1、SBP1和SEPR的至少两种生物标志物；
(b)基于测量数据生成所述生物标志物系列组的受试者特异性谱；
(c)将所述生物标志物系列组的受试者特异性谱与所述生物标志物系列组的参考谱进行比较；以及
(d)基于(c)确定晚期结肠直肠腺瘤和结肠直肠癌中的至少一种的可能性。
287.一种用于检测受试者中是否存在晚期结肠直肠腺瘤和结肠直肠癌中的至少一种的计算机系统，该计算机系统包含：
(a)用于接收数据的存储器单元，该数据包括来自所述受试者的生物样品的生物标志物系列组的测量结果，其中所述生物标志物系列组包含选自A1AG1、A1AT、AACT、APOA1、CATD、CEAM3、CLUS、CO3、CO9、CRP、FIBB、FIBG、GELS、OSTP、PRDX1、SAA1、SBP1和SEPR的至少两种生物标志物；
(b)用于根据前述权利要求中任一项所述的方法分析测量数据的计算机可执行指令；以及
(c)用于基于所述分析确定所述受试者中是否存在晚期结肠直肠腺瘤和结肠直肠癌中的至少一种的计算机可执行指令。
288.一种用于检测受试者中是否存在晚期结肠直肠腺瘤和结肠直肠癌中的至少一种的计算机系统，该计算机系统包含：
(a)用于接收数据的存储器单元，该数据包括来自所述受试者的生物样品的生物标志物系列组的测量结果，其中所述生物标志物系列组包含选自A1AG1、A1AT、AACT、APOA1、CATD、CEAM3、CLUS、CO3、CO9、CRP、FIBB、FIBG、GELS、OSTP、PRDX1、SAA1、SBP1和SEPR的至少两种生物标志物；
(b)用于根据前述权利要求中任一项所述的方法分析测量数据的计算机可执行指令；以及
(c)用于基于所述分析确定所述受试者中是否存在晚期结肠直肠腺瘤和结肠直肠癌中的至少一种的计算机可执行指令。
289.一种计算机可读介质，其包含：
(a)用于分析数据的计算机可执行指令，该数据包括来自从受试者获得的生物样品的生物标志物系列组的测量结果，其中所述生物标志物系列组包含选自A1AG1、A1AT、AACT、APOA1、CATD、CEAM3、CLUS、CO3、CO9、CRP、FIBB、FIBG、GELS、OSTP、PRDX1、SAA1、SBP1和SEPR的至少两种生物标志物；以及
(b)用于基于所述分析确定所述受试者中是否存在晚期结肠直肠腺瘤和结肠直肠癌中的至少一种的计算机可执行指令。
290.一种试剂盒，其包含：
(a)用于测量从受试者获得的生物样品中的生物标志物系列组的一种或多种组合物，其中所述生物标志物系列组包含选自A1AG1、A1AT、AACT、APOA1、CATD、CEAM3、CLUS、CO3、CO9、CRP、FIBB、FIBG、GELS、OSTP、PRDX1、SAA1、SBP1和SEPR的至少两种生物标志物；以及
(b)用于进行前述权利要求中任一项所述的方法的说明。
291.一种计算机可读介质，其包含：
(a)用于分析数据的计算机可执行指令，该数据包括来自从受试者获得的生物样品的生物标志物系列组的测量结果，其中所述生物标志物系列组包含选自A1AG1、A1AT、AACT、APOA1、CATD、CEAM3、CLUS、CO3、CO9、CRP、FIBB、FIBG、GELS、OSTP、PRDX1、SAA1、SBP1和SEPR的至少两种生物标志物；以及
(b)用于基于所述分析确定所述受试者中是否存在晚期结肠直肠腺瘤和结肠直肠癌中的至少一种的计算机可执行指令。
292.一种试剂盒，其包含：
(a)用于测量从受试者获得的生物样品中的生物标志物系列组的一种或多种组合物，其中所述生物标志物系列组包含选自A1AG1、A1AT、AACT、APOA1、CATD、CEAM3、CLUS、CO3、CO9、CRP、FIBB、FIBG、GELS、OSTP、PRDX1、SAA1、SBP1和SEPR的至少两种生物标志物；以及
(b)用于进行前述权利要求中任一项所述的方法的说明。
293.一种诊断受试者的结肠直肠癌和/或晚期结肠直肠腺瘤中的至少一种的方法，其包括：
从个体获得血液样品；
确定所述血液样品中的蛋白质系列组的蛋白质累积水平；
将从所述个体获得的样品中的蛋白质系列组的蛋白质累积水平与对应于已知癌症状态的水平进行比较，以及
如果所述个体的结肠直肠癌状态系列组蛋白质累积水平与对应于所述已知结肠直肠癌状态的所述结肠直肠癌状态系列组蛋白质累积水平基本匹配，则将所述个体的所述结肠直肠癌状态分类为所述已知结肠直肠癌状态，其中所述生物标志物系列组包含选自A1AG1、A1AT、AACT、AMY2B、ANXA1、APOA1、CAH1、CATD、CEAM3、CLUS、CO3、CO9、CRP、CSF1、CTNB1、DPP4、ECH1、FHL1、FIBB、FIBG、FRIL、GELS、HPT、OSTP、PRDX1、SAA1、SBP1、SEPR、SPB6、SPON2、SRC、SYG、TIMP、TIMP1和TRFE的至少两种生物标志物。
294.如权利要求293所述的方法，其中所述生物标志物系列组包含选自A1AG1、A1AT、AACT、AMY2B、ANXA1、APOA1、CAH1、CATD、CEAM3、CLUS、CO3、CO9、CRP、CSF1、CTNB1、DPP4、ECH1、FHL1、FIBB、FIBG、FRIL、GELS、HPT、OSTP、PRDX1、SAA1、SBP1、SEPR、SPB6、SPON2、SRC、SYG、TIMP、TIMP1和TRFE的至少三种生物标志物。
295.如权利要求293所述的方法，其中所述生物标志物系列组包含选自A1AG1、A1AT、AACT、AMY2B、ANXA1、APOA1、CAH1、CATD、CEAM3、CLUS、CO3、CO9、CRP、CSF1、CTNB1、DPP4、ECH1、FHL1、FIBB、FIBG、FRIL、GELS、HPT、OSTP、PRDX1、SAA1、SBP1、SEPR、SPB6、SPON2、SRC、SYG、TIMP、TIMP1和TRFE的至少四种生物标志物。
296.如权利要求293所述的方法，其中所述生物标志物系列组包含选自A1AG1、A1AT、AACT、AMY2B、ANXA1、APOA1、CAH1、CATD、CEAM3、CLUS、CO3、CO9、CRP、CSF1、CTNB1、DPP4、ECH1、FHL1、FIBB、FIBG、FRIL、GELS、HPT、OSTP、PRDX1、SAA1、SBP1、SEPR、SPB6、SPON2、SRC、SYG、TIMP、TIMP1和TRFE的至少五种生物标志物。
297.如权利要求293所述的方法，其中所述生物标志物系列组包含选自A1AG1、A1AT、AACT、AMY2B、ANXA1、APOA1、CAH1、CATD、CEAM3、CLUS、CO3、CO9、CRP、CSF1、CTNB1、DPP4、ECH1、FHL1、FIBB、FIBG、FRIL、GELS、HPT、OSTP、PRDX1、SAA1、SBP1、SEPR、SPB6、SPON2、SRC、SYG、TIMP、TIMP1和TRFE的至少六种生物标志物。
298.如权利要求293所述的方法，其中所述生物标志物系列组包含选自A1AG1、A1AT、AACT、AMY2B、ANXA1、APOA1、CAH1、CATD、CEAM3、CLUS、CO3、CO9、CRP、CSF1、CTNB1、DPP4、ECH1、FHL1、FIBB、FIBG、FRIL、GELS、HPT、OSTP、PRDX1、SAA1、SBP1、SEPR、SPB6、SPON2、SRC、SYG、TIMP、TIMP1和TRFE的至少七种生物标志物。
299.如权利要求293所述的方法，其中所述生物标志物系列组包含选自A1AG1、A1AT、AACT、AMY2B、ANXA1、APOA1、CAH1、CATD、CEAM3、CLUS、CO3、CO9、CRP、CSF1、CTNB1、DPP4、ECH1、FHL1、FIBB、FIBG、FRIL、GELS、HPT、OSTP、PRDX1、SAA1、SBP1、SEPR、SPB6、SPON2、SRC、SYG、TIMP、TIMP1和TRFE的至少八种生物标志物。
300.如权利要求293所述的方法，其中所述生物标志物系列组包含选自A1AG1、A1AT、AACT、AMY2B、ANXA1、APOA1、CAH1、CATD、CEAM3、CLUS、CO3、CO9、CRP、CSF1、CTNB1、DPP4、ECH1、FHL1、FIBB、FIBG、FRIL、GELS、HPT、OSTP、PRDX1、SAA1、SBP1、SEPR、SPB6、SPON2、SRC、SYG、TIMP、TIMP1和TRFE的至少九种生物标志物。
301.如权利要求293所述的方法，其中所述生物标志物系列组包含选自A1AG1、A1AT、AACT、AMY2B、ANXA1、APOA1、CAH1、CATD、CEAM3、CLUS、CO3、CO9、CRP、CSF1、CTNB1、DPP4、ECH1、FHL1、FIBB、FIBG、FRIL、GELS、HPT、OSTP、PRDX1、SAA1、SBP1、SEPR、SPB6、SPON2、SRC、SYG、TIMP、TIMP1和TRFE的至少十种生物标志物。
302.如权利要求293所述的方法，其中所述生物标志物系列组包含选自A1AG1、A1AT、AACT、AMY2B、ANXA1、APOA1、CAH1、CATD、CEAM3、CLUS、CO3、CO9、CRP、CSF1、CTNB1、DPP4、ECH1、FHL1、FIBB、FIBG、FRIL、GELS、HPT、OSTP、PRDX1、SAA1、SBP1、SEPR、SPB6、SPON2、SRC、SYG、TIMP、TIMP1和TRFE的至少十一种生物标志物。
303.如权利要求293所述的方法，其中所述生物标志物系列组包含选自A1AG1、A1AT、AACT、AMY2B、ANXA1、APOA1、CAH1、CATD、CEAM3、CLUS、CO3、CO9、CRP、CSF1、CTNB1、DPP4、ECH1、FHL1、FIBB、FIBG、FRIL、GELS、HPT、OSTP、PRDX1、SAA1、SBP1、SEPR、SPB6、SPON2、SRC、SYG、TIMP、TIMP1和TRFE的至少十二种生物标志物。
304.如权利要求293所述的方法，其中所述生物标志物系列组包含选自A1AG1、A1AT、AACT、AMY2B、ANXA1、APOA1、CAH1、CATD、CEAM3、CLUS、CO3、CO9、CRP、CSF1、CTNB1、DPP4、ECH1、FHL1、FIBB、FIBG、FRIL、GELS、HPT、OSTP、PRDX1、SAA1、SBP1、SEPR、SPB6、SPON2、SRC、SYG、TIMP、TIMP1和TRFE的至少十三种生物标志物。
305.如权利要求293所述的方法，其中所述生物标志物系列组包含CO9和GELS，并且其中所述分类具有大于0.76的接受者操作特征曲线下面积。
306.如权利要求293所述的方法，其中所述生物标志物系列组包含A1AG1、A1AT、AACT、ANXA1、APOA1、CO9、CRP、CSF1、FHL1、FIBG、GELS、HPT和SAA1。
307.如权利要求293所述的方法，其中所述生物标志物系列组包含A1AG1、A1AT、AACT、ANXA1、APOA1、CO9、CRP、CSF1、FHL1、FIBG、GELS、HPT和SAA1，并且其中所述分类具有大于0.83的接受者操作特征曲线下面积。
308.如权利要求293所述的方法，其中所述生物标志物系列组包含APOA1、CO3和CO9。
309.如权利要求293所述的方法，其中所述生物标志物系列组包含APOA1、CO3和CO9，并且其中所述分类具有大于0.81的接受者操作特征曲线下面积。
310.如权利要求293所述的方法，其中所述生物标志物系列组包含AACT、CO3、CO9、CRP和GELS。
311.如权利要求293所述的方法，其中所述生物标志物系列组包含AACT、CO3、CO9、CRP和GELS，并且其中所述分类具有大于0.81的接受者操作特征曲线下面积。
312.如权利要求293所述的方法，其中所述生物标志物系列组包含SPB6、GELS、A1AT、FIBG和CO3。
313.如权利要求293所述的方法，其中所述生物标志物系列组包含SPB6、GELS、A1AT、FIBG和CO3，并且其中所述分类具有大于0.79的接受者操作特征曲线下面积。
314.如权利要求293所述的方法，其中所述生物标志物系列组包含A1AG1、A1AT、AMY2B、CLUS、CO9、ECH1、FRIL、GELS、OSTP、SBP1、SEPR、SPON2和TIMP1。
315.如权利要求293所述的方法，其中所述生物标志物系列组包含A1AG1、A1AT、AMY2B、CLUS、CO9、ECH1、FRIL、GELS、OSTP、SBP1、SEPR、SPON2和TIMP1，并且其中所述分类具有大于0.91的接受者操作特征曲线下面积。
316.如权利要求293所述的方法，其中所述生物标志物系列组包含CO9和GELS，并且其中所述分类具有大于0.87的接受者操作特征曲线下面积。
317.如权利要求293所述的方法，其中所述生物标志物系列组包含CO9和GELS。
318.如权利要求293所述的方法，其中所述生物标志物系列组包含GELS、PRDX1、CO9和CATD。
319.如权利要求293所述的方法，其中所述生物标志物系列组包含GELS、PRDX1、CO9和CATD，并且其中所述分类具有大于0.84的接受者操作特征曲线下面积。
320.如权利要求293所述的方法，其中所述生物标志物系列组包含A1AT、APOA1和FIBG。
321.如权利要求293所述的方法，其中所述生物标志物系列组包含A1AT、APOA1和FIBG，并且其中所述分类具有大于0.81的接受者操作特征曲线下面积。
322.如权利要求293所述的方法，其中所述生物标志物系列组包含A1AT和TRFE。
323.如权利要求293所述的方法，其中所述生物标志物系列组包含A1AT和TRFE，并且其中所述分类具有大于0.89的接受者操作特征曲线下面积。
324.如权利要求293所述的方法，其中所述生物标志物系列组包含A1AT、APOA1、FIBB和CEAM3。
325.如权利要求293所述的方法，其中所述生物标志物系列组包含A1AT、APOA1、FIBB和CEAM3，并且其中所述分类具有大于0.80的接受者操作特征曲线下面积。
326.如权利要求293所述的方法，其中所述生物标志物系列组包含CAH1、CRP、FIBG和CTNB1。
327.如权利要求293所述的方法，其中所述生物标志物系列组包含CAH1、CRP、FIBG和CTNB1，并且其中所述分类具有大于0.78的接受者操作特征曲线下面积。
328.如权利要求293所述的方法，其中所述生物标志物系列组包含CRP、SEPR、SBP1、SRC和DPP4。
329.如权利要求293所述的方法，其中所述生物标志物系列组包含CRP、SEPR、SBP1、SRC和DPP4，并且其中所述分类具有大于0.78的接受者操作特征曲线下面积。
330.如权利要求293所述的方法，其中所述生物标志物系列组包含CRP和TMP。
331.如权利要求293所述的方法，其中所述生物标志物系列组包含CRP和TMP，并且其中所述分类具有大于0.76的接受者操作特征曲线下面积。
332.如权利要求293所述的方法，其中所述生物标志物系列组包含SYG、AACT和CO9。
333.如权利要求293所述的方法，其中所述生物标志物系列组包含SYG、AACT和CO9，并且其中所述分类具有大于0.86的接受者操作特征曲线下面积。
334.如权利要求180-221中任一项所述的方法，其中所述分类具有至少80％的灵敏度。
335.如权利要求180-221中任一项所述的方法，其中所述分类具有至少85％的灵敏度。
336.如权利要求180-221中任一项所述的方法，其中所述分类具有至少90％的灵敏度。
337.如权利要求180-221中任一项所述的方法，其中所述分类具有至少80％的特异性。
338.如权利要求180-221中任一项所述的方法，其中所述分类具有至少85％的特异性。
339.如权利要求180-221中任一项所述的方法，其中所述分类具有至少90％的特异性。
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Cited By (5)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN106279403A (zh) * 2016-08-16 2017-01-04 长春市海兰深生物医学技术有限公司 一种检测天然肺癌相关抗体的组合物、试剂盒和方法
CN107505461A (zh) * 2017-08-31 2017-12-22 北京臻惠康生物科技有限公司 一种纤维蛋白原γ链的新用途及试剂盒
CN109580948A (zh) * 2018-11-30 2019-04-05 中国科学院上海有机化学研究所 基于二氢胸腺嘧啶代谢物的组合在结直肠癌诊断及预后预测中的应用
CN111253492A (zh) * 2018-11-30 2020-06-09 华中科技大学 一种透脑性多肽及其在制备防治老年痴呆药物中应用
CN111479934A (zh) * 2017-10-18 2020-07-31 韦恩生物科技股份公司 用于诊断和治疗监测的生物学指标的鉴定和用途

Families Citing this family (7)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US9141756B1 (en) 2010-07-20 2015-09-22 University Of Southern California Multi-scale complex systems transdisciplinary analysis of response to therapy
MA44511A (fr) * 2016-03-31 2019-02-06 Discerndx Inc Génération et utilisation de bases de données de biomarqueurs
US20180100858A1 (en) * 2016-10-07 2018-04-12 Applied Proteomics, Inc. Protein biomarker panels for detecting colorectal cancer and advanced adenoma
MY202410A (en) 2017-09-01 2024-04-27 Venn Biosciences Corp Identification and use of glycopeptides as biomarkers for diagnosis and treatment monitoring
CN114839298B (zh) * 2019-12-28 2024-06-07 中精普康(北京)医药科技有限公司 一种用于检测结直肠癌或腺瘤的生物标志物及其方法
CN112501294B (zh) * 2020-12-03 2022-10-04 中山大学 一种结直肠癌生物标志物及其应用
CN112881692B (zh) * 2021-01-08 2022-11-22 深圳华大基因股份有限公司 一种用于结直肠癌及腺瘤早期筛查的蛋白定量检测方法

Citations (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN101971033A (zh) * 2007-06-04 2011-02-09 戴诺普雷克斯公司 用于结直肠癌的生物标志物组合
CN103140760A (zh) * 2010-07-14 2013-06-05 联邦科学与工业研究组织 结肠直肠癌的诊断

Family Cites Families (6)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CA2577601A1 (en) * 2004-08-13 2006-02-16 Indivumed Gmbh Use of transthyretin as a biomarker for colorectal adenoma and/or carcinoma; method for detection and test system
ES2717627T3 (es) * 2005-07-29 2019-06-24 Siemens Healthcare Diagnostics Inc Métodos, kits, sistemas y bases de datos relacionados con enfermedades neoplásicas
EP1974058B1 (en) * 2006-01-11 2014-06-11 Genomic Health, Inc. Gene expression markers for colorectal cancer prognosis
JP2012517607A (ja) * 2009-02-20 2012-08-02 オンコノム，インコーポレイテッド 大腸癌の診断及び予後判定のための用具セット及び方法
WO2013152989A2 (en) * 2012-04-10 2013-10-17 Eth Zurich Biomarker assay and uses thereof for diagnosis, therapy selection, and prognosis of cancer
BR112015012616A2 (pt) * 2012-11-30 2017-09-12 Applied Proteomics Inc método para avaliação da presença ou risco de tumores de cólon

Patent Citations (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN101971033A (zh) * 2007-06-04 2011-02-09 戴诺普雷克斯公司 用于结直肠癌的生物标志物组合
CN103140760A (zh) * 2010-07-14 2013-06-05 联邦科学与工业研究组织 结肠直肠癌的诊断

Non-Patent Citations (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
FRANCO LUMACHI ET AL: "Simultaneous Multianalyte Immunoassay Measurement of Five Serum Tumor Markers in the Detection of Colorectal Cancer", 《ANTICANCER RESEARCH》 *
NORBERT WILD ET AL: "A Combination of Serum Markers for the Early Detection of Colorectal Cancer", 《CLIN CANCER RES》 *

Cited By (9)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN106279403A (zh) * 2016-08-16 2017-01-04 长春市海兰深生物医学技术有限公司 一种检测天然肺癌相关抗体的组合物、试剂盒和方法
CN106279403B (zh) * 2016-08-16 2019-06-11 长春市海兰深生物医学技术有限公司 一种检测天然肺癌相关抗体的组合物、试剂盒和方法
CN107505461A (zh) * 2017-08-31 2017-12-22 北京臻惠康生物科技有限公司 一种纤维蛋白原γ链的新用途及试剂盒
CN107505461B (zh) * 2017-08-31 2020-05-08 北京臻惠康生物科技有限公司 一种纤维蛋白原γ链的新用途及试剂盒
CN111479934A (zh) * 2017-10-18 2020-07-31 韦恩生物科技股份公司 用于诊断和治疗监测的生物学指标的鉴定和用途
CN109580948A (zh) * 2018-11-30 2019-04-05 中国科学院上海有机化学研究所 基于二氢胸腺嘧啶代谢物的组合在结直肠癌诊断及预后预测中的应用
CN111253492A (zh) * 2018-11-30 2020-06-09 华中科技大学 一种透脑性多肽及其在制备防治老年痴呆药物中应用
CN109580948B (zh) * 2018-11-30 2021-08-10 中国科学院上海有机化学研究所 基于二氢胸腺嘧啶代谢物的组合在结直肠癌诊断及预后预测中的应用
CN111253492B (zh) * 2018-11-30 2021-10-08 华中科技大学 一种透脑性多肽及其在制备防治老年痴呆药物中应用

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CA2943827A1 (en) 2015-10-01

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