CN105483115A - 一种用于单细胞全基因组扩增的试剂盒及其应用 - Google Patents
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Abstract
本发明公开了一种用于单细胞全基因组扩增的试剂盒及其应用。本发明首先保护一种用于单细胞基因组扩增的试剂盒,包括扩增体系乙;所述扩增体系乙由10×Phi29buffer、水和扩增体系甲组成;单份扩增体系甲由(1.8-2.2)×10-8mol?dNTP、引物总浓度为(1.8-2.2)×10-11mol?N8primers、(4.5-5.5)×10-3mg?BSA、0.0045-0.0055μl?Pluronic?F68和9-11U?Phi29DNA聚合酶组成;所述N8primers为随机引物,由8个脱氧核糖核苷酸组成,A、G、C和T随机排列。本发明基于多重置换扩增原理和Phi29DNA聚合酶的扩增特性,开发出一套价格低廉,具有高效稳定扩增效果的WGA试剂盒,具有重大的应用前景和推广价值。
Description
技术领域
本发明涉及一种用于单细胞全基因组扩增的试剂盒及其应用。
背景技术
随着流式细胞仪和激光显微切割技术的应用发展,分离单个目标细胞成为一件相对容易的事情。单细胞具有该物种的全部基因组信息,与获自多细胞的基因组样本相比,获自单细胞的基因组样本没有细胞异质性等缺陷,因此单细胞具有重要的遗传分析应用价值。随着第二代高通量测序技术的成熟与推广应用,基于基因测序的遗传学分析也随之发展起来,然而大多数遗传分析最基本的要求是具有足够数量的高质量基因组DNA,为了使单细胞能够满足遗传分析的需求,如何从单细胞样本中获得足够多的高质量基因组DNA就成了一个关键技术。
全基因组扩增技术(WholeGenomeAmplification,WGA)是一种从有限DNA或者单个细胞中产生足量DNA的体外扩增方法。当前,主要有两种不同的策略来实现WGA,分别是基于PCR的扩增策略和基于Phi29DNA聚合酶的恒温扩增策略。其中最具代表性的方法包括简并寡核苷酸引物PCR(DegenerateOligonucleotide-PrimedPCR,DOP-PCR)和多重置换扩增(MultipleDisplacementAmplification,MDA)。越来越多的研究发现,以DOP-PCR为代表的基于PCR的WGA,会出现覆盖率低、杂合子丢失,不能在单个核苷酸的分辨率上评价单个细胞的遗传学特征等缺陷,这些都极大限制了该技术的应用范围。相较于DOP-PCR,MDA是目前公认为最好的WGA。MDA利用随机引物与模板DNA在多个位点退火结合,随后Phi29DNA聚合酶在多个退火结合位点处同时起始复制,Phi29DNA聚合酶沿着模板合成新的DNA,同时取代模板的互补链,被置换的互补链又成为新的模板,被随机引物结合后进行扩增。基于Phi29DNA聚合酶的MDA具有以下优点:(1)不需要经过高温变性,用相对较温和的碱性裂解法使DNA释放,能减少模板的降解;(2)Phi29DNA聚合酶对模板有很强的结合能力,同时具有3'→5'外切酶活性,可以保证DNA复制的高保真性;(3)Phi29DNA聚合酶具有很强的连续合成能力,扩增产量高,可以满足所有下游的核酸分析要求。
目前,市场上的MDA试剂盒以QIAGEN公司生产的REPLI-g系列产品为主,其高效稳定的扩增效果拥有很高的评价。但是,伴随而来的高扩增成本,也成为制约其产业化道路的重要因素。
发明内容
本发明的目的是提供一种用于单细胞全基因组扩增的试剂盒及其应用。
本发明首先保护一种用于单细胞基因组扩增的试剂盒,包括扩增体系乙;
所述扩增体系乙由10×Phi29buffer、水和扩增体系甲组成;
单份扩增体系甲由(1.8-2.2)×10-8moldNTP、引物总浓度为(1.8-2.2)×10-11molN8primers、(4.5-5.5)×10-3mgBSA、0.0045-0.0055μlPluronicF68和9-11UPhi29DNA聚合酶组成;所述N8primers为随机引物,由8个脱氧核糖核苷酸组成,A、G、C和T随机排列。
所述单份扩增体系甲具体可由2×10-8moldNTP、2×10-11mol所述N8primers、5×10-3mgBSA、0.005μlPluronicF68和10UPhi29DNA聚合酶组成。
本发明还保护另一种用于单细胞基因组扩增的试剂盒,包括扩增体系乙;
单份扩增体系乙为40.3μl,由30μlH2O、5μl10×Phi29buffer、2μldNTP溶液、2μlN8primers溶液、0.25μl20mg/ml的BSA水溶液、0.05μl10%PluronicF68溶液和1μlPhi29DNA聚合酶溶液组成;
所述dNTP溶液中,dATP/dTTP/dCTP/dGTP的浓度均为10mM;所述N8primers溶液中,引物总浓度为10μM;所述10%PluronicF68溶液中,10%代表体积比;所述Phi29DNA聚合酶溶液中Phi29DNA聚合酶的浓度为10U/μl;
所述N8primers为随机引物,由8个脱氧核糖核苷酸组成,A、G、C和T随机排列。
以上任一所述试剂盒还可包括细胞变性裂解液和中和缓冲液;
所述细胞变性裂解液由溶质和溶剂组成;溶剂为水;溶质及其浓度如下:0.09-0.11mMKOH、0.9-1.1mMEDTA和0.09-0.11MDTT;
所述中和缓冲液由溶质和溶剂组成;溶剂为水;溶质及其浓度如下:54-66mMKH2PO4和4.5-5.5mMK2HPO4。
所述细胞变性裂解液由溶质和溶剂组成;溶剂为水;溶质及其浓度具体如下:0.1mMKOH、1mMEDTA和0.1MDTT;
所述中和缓冲液由溶质和溶剂组成;溶剂为水;溶质及其浓度具体如下:60mMKH2PO4和5mMK2HPO4。
本发明还保护一种单细胞基因组扩增的方法,包括如下步骤:
(1)取单个细胞,进行细胞裂解,得到模板溶液;
(2)将步骤(1)得到的全部模板溶液与扩增体系乙混合,得到初始反应体系,然后进行反应,得到扩增产物;
所述扩增体系乙由10×Phi29buffer、水和扩增体系甲组成;
所述扩增体系甲由dNTP、N8primers、BSA、PluronicF68和Phi29DNA聚合酶组成;所述N8primers为随机引物,由8个脱氧核糖核苷酸组成,A、G、C和T随机排列;
所述初始反应体系中,溶剂为1×Phi29buffer;
所述扩增体系甲中的各个组分在所述初始反应体系中的浓度如下:0.36-0.44mMdNTP、引物总浓度为0.36-0.44μM的N8primers、0.09-0.11mg/mlBSA、0.009%-0.011%体积比的PluronicF68和0.18-0.22U/μlPhi29DNA聚合酶。
所述扩增体系甲中的各个组分在所述初始反应体系中的浓度具体如下:0.4mMdNTP、引物总浓度为0.4μM的所述N8primers、0.1mg/mlBSA、0.01%体积比的PluronicF68和0.2U/μlPhi29DNA聚合酶。
所述步骤(1)中,采用细胞变性裂解液进行所述细胞裂解,采用中和缓冲液终止所述细胞裂解;
所述细胞变性裂解液由溶质和溶剂组成;溶剂为水;溶质及其浓度如下:0.09-0.11mMKOH、0.9-1.1mMEDTA和0.09-0.11MDTT;
所述中和缓冲液由溶质和溶剂组成;溶剂为水;溶质及其浓度如下:54-66mMKH2PO4和4.5-5.5mMK2HPO4。
所述细胞变性裂解液由溶质和溶剂组成;溶剂为水;溶质及其浓度具体如下:0.1mMKOH、1mMEDTA和0.1MDTT;
所述中和缓冲液由溶质和溶剂组成;溶剂为水;溶质及其浓度具体如下:60mMKH2PO4和5mMK2HPO4。
所述步骤(2)中,所述反应的条件为:30℃静置3h,随后65℃静置5分钟。
本发明还保护另一种单细胞基因组扩增的方法,包括如下步骤:
(1)取单个细胞,加入3.7μlPBS缓冲液和3μl细胞变性裂解液,65℃静置10分钟,然后加入3μl中和缓冲液,得到9.7μl模板溶液;
(2)取步骤(1)得到的9.7μl模板溶液,加入单份扩增体系乙,30℃静置3h,随后65℃静置5分钟,得到扩增产物;
单份扩增体系乙为40.3μl,由30μlH2O、5μl10×Phi29buffer、2μldNTP溶液、2μlN8primers溶液、0.25μl20mg/ml的BSA水溶液、0.05μl10%PluronicF68溶液和1μlPhi29DNA聚合酶溶液组成;
所述dNTP溶液中,dATP/dTTP/dCTP/dGTP的浓度均为10mM;所述N8primers溶液中,引物总浓度为10μM;所述10%PluronicF68溶液中,10%代表体积比;所述Phi29DNA聚合酶溶液中Phi29DNA聚合酶的浓度为10U/μl;
所述N8primers为随机引物,由8个脱氧核糖核苷酸组成,A、G、C和T随机排列。
所述PBS缓冲液具体可为pH7.5、0.1M的PBS缓冲液。
所述细胞变性裂解液由溶质和溶剂组成;溶剂为水;溶质及其浓度如下:0.09-0.11mMKOH、0.9-1.1mMEDTA和0.09-0.11MDTT;
所述中和缓冲液由溶质和溶剂组成;溶剂为水;溶质及其浓度如下:54-66mMKH2PO4和4.5-5.5mMK2HPO4。
所述细胞变性裂解液由溶质和溶剂组成;溶剂为水;溶质及其浓度具体如下:0.1mMKOH、1mMEDTA和0.1MDTT;
所述中和缓冲液由溶质和溶剂组成;溶剂为水;溶质及其浓度具体如下:60mMKH2PO4和5mMK2HPO4。
本发明还保护以上任一所述试剂盒的应用,为如下(a)、(b)、(c)或(d):(a)单细胞基因组测序;(b)单细胞核型分析;(c)单细胞染色体分析;(d)单细胞样本的身份鉴定。
本发明还保护以上任一所述方法的应用,为如下(a)、(b)、(c)或(d):(a)单细胞基因组测序;(b)单细胞核型分析;(c)单细胞染色体分析;(d)单细胞样本的身份鉴定。
以上任一所述细胞可为淋巴细胞,例如来自于外周血的淋巴细胞或来自于脐带血的淋巴细胞。
本发明的第一个实施例,样品类型为女性外周血中单个淋巴细胞。根据本发明的WGA扩增方法,能够得到高覆盖率和高均一性的WGA产物,扩增产物通过STR分型分析,与该女性正常基因组高度一致,在一共检测到的16个STR位点中,有15个位点与基因组完全一致。
本发明的第二个实施例,样品来自于18号染色体三体的阳性流产样本,从该样本的脐血中分离得到的单个淋巴细胞进行WGA。根据本发明的WGA方法,得到的扩增产物进行低深度高通量测序,通过分析其在各染色体拷贝率情况,判断该流产样本的确属于18号染色体三体,与染色体核型结果一致。
第一方面,本发明提出了一种对单细胞样本进行多重置换扩增的方法。该方法包括两个步骤:第一,将所述单细胞样本进行碱变性和裂解,释放细胞中的DNA,随后加入酸性中和缓冲液液,终止裂解反应,同时使反应体系恢复到中性环境。第二,将第一步所述样本体系中加入反应混合液,随后在30℃恒温条件下进行连续反应。利用本发明对实施例的单细胞样本进行扩增,能够得到满足下游分析要求的足量DNA。
第二方面,本发明提出了一种用于对单细胞样本进行测序的方法。首先,根据前面所述对单细胞样本进行多重置换扩增,得到满足下游分析要求的足量DNA样本,随后,可以对获得的全基因组扩增产物构建全基因组测序文库,进行高通量测序分析。
第三方面,本发明提出了一种用于分析单细胞样本的身份鉴定以及确定在染色体水平是否具有异常的鉴定方法。通过对单细胞扩增产物进行STR分型和高通量测序后的结果分析,发明人发现,使用本发明的扩增方法所得到的单细胞WGA产物在全基因组上具有很高的覆盖率和良好的扩增均一性,并且能够用于基于STR分型分析的基因身份鉴定和分析基因组中以染色体为单位的拷贝数变异情况。
本发明基于多重置换扩增原理和Phi29DNA聚合酶的扩增特性,开发出一套价格低廉,具有高效稳定扩增效果的WGA试剂盒,具有重大的应用前景和推广价值。
附图说明
图1为扩增产物甲和扩增产物乙中各染色体的相对拷贝率。
图2为扩增产物染色体变异检测电子核型图。
具体实施方式
以下的实施例便于更好地理解本发明,但并不限定本发明。下述实施例中的实验方法,如无特殊说明,均为常规方法。下述实施例中所用的试验材料,如无特殊说明,均为自常规生化试剂商店购买得到的。以下实施例中的定量试验,均设置三次重复实验,结果取平均值。
实施例1、试剂盒的制备
试剂盒由细胞变性裂解液、中和缓冲液和扩增体系组成。
细胞变性裂解液:由溶质和溶剂组成;溶剂为水;溶质及其浓度如下:0.1mMKOH、1mMEDTA和0.1MDTT。
中和缓冲液:由溶质和溶剂组成;溶剂为水;溶质及其浓度如下:60mMKH2PO4和5mMK2HPO4。
扩增体系(40.3μl):由30μlH2O、5μl10×Phi29buffer、2μldNTP溶液、2μlN8primers溶液、0.25μl20mg/ml的BSA水溶液、0.05μl10%PluronicF68溶液和1μlPhi29DNA聚合酶溶液组成。
10×Phi29buffer:CompleteGenomics,货号MP00012。dNTP溶液(dNTP溶液中,dATP/dTTP/dCTP/dGTP的浓度均为10mM):FERMENTAS,货号R0193。N8primers溶液(N8primers为随机引物,由8个脱氧核糖核苷酸组成,AGCT随机排列):N8primers溶液中引物总浓度为10μM。10%PluronicF68溶液(10%代表体积比):sigma,货号P5556。Phi29DNA聚合酶溶液(Phi29DNA聚合酶溶液中,Phi29DNA聚合酶的浓度为10U/μl):CompleteGenomics,货号RM00024。
实施例2、试剂盒的应用
一、取样
在知情同意的情况下取一名正常女性的外周血。一方面提取外周血的基因组DNA(命名为对照基因组)。另一方面采用密度梯度离心法分离淋巴细胞,随后应用口吸管的方法分离得到单个淋巴细胞。
二、应用实施例1制备的试剂盒制备单细胞基因组的扩增产物
1、取步骤一得到的单个淋巴细胞,加入3.7μlPBS缓冲液(pH7.5、0.1M的PBS缓冲液)和3μl实施例1制备的试剂盒中的细胞变性裂解液(目的是使细胞裂解并释放出其中的基因组DNA)中,65℃静置10分钟,然后加入3μl实施例1制备的试剂盒中的中和缓冲液(目的是使细胞裂解终止,并且使体系恢复到中性环境),得到9.7μl模板溶液。
2、取步骤1得到的9.7μl模板溶液(DNA含量约为6pg),加入实施例1制备的试剂盒中的扩增体系,30℃静置3h,随后65℃静置5分钟,得到扩增产物(命名为扩增产物甲)。
扩增产物可直接用于下游分析或置于-20℃保存。
三、应用商购试剂盒制备单细胞基因组的扩增产物
采用REPLI-gsinglecellKit并按试剂盒的说明书操作,得到扩增产物(命名为扩增产物乙)。REPLI-gsinglecellKit(scPBS、细胞裂解液、stopsolution和扩增反应緩冲液都是REPLI-gsinglecellKit中的组件):QIAGEN,货号150343。
具体步骤为:将步骤一得到的单个淋巴细胞加入4μlscPBS中,随后加入3μl细胞裂解液并65℃静置10分钟,随后加入3μlstopsolution以终止裂解反应,得到10μl模板溶液;将10μl模板溶液加入40μl扩增反应緩冲液,30℃静置8小时,随后65℃静置3分钟,得到扩增产物(命名为扩增产物乙)。
扩增产物可直接用于下游分析或置于-20℃保存。
四、对扩增产物进行低深度高通量测序分析
取扩增产物甲或扩增产物乙,按照IlluminaHiseq2000平台制造商所提供的短片段文库构建方法构建测序文库,然后进行测序反应(测序类型为SE50,预期测序量为20Mreads),将测序数据输入SOAP比对软件进行统计分析,即可得出扩增产物的覆盖率和测序均一性,结果见表1(Inhouse-T1代表扩增产物甲,Qiagen-SC-T1代表扩增产物乙)和图1(Inhouse-T1代表扩增产物甲,Qiagen-SC-T1代表扩增产物乙)。
表1扩增产物甲或扩增产物乙的基本数据
测序数据量(Gbp) | Reads比对率 | 全基因组覆盖率 | 覆盖区域测序深度 | |
Inhouse-T1 | 1.02 | 97.52% | 28% | 1.21 |
Qiagen-SC-T1 | 1.14 | 96.93% | 30% | 1.25 |
从表1可以看到,扩增产物甲和扩增产物乙在测序数据量相等的条件下,reads比对率、全基因组覆盖率以及覆盖区域测序深度的测试数值均无显著差异,表明实施例1制备的试剂盒具有很好的全基因组扩增效果,并且没有明显的偏向性扩增。
从图1可以看到,扩增产物甲和扩增产物乙,在各染色体上的拷贝率都接近1,表明扩增产物在单细胞全基因组上具有很好的扩增均一性。
以上结果表明,实施例1制备的试剂盒与商购的REPLI-gsinglecellKit对单个淋巴细胞进行的全基因扩增的扩增效果相当。
五、单细胞全基因组扩增产物STR分型分析
取扩增产物甲或扩增产物乙,采用试剂盒进行STR分型分析(试剂盒全称为LifeTechnologies的 PlusPCRAmplificationKit,货号为4486467;用16对STR引物进行扩增),同时使用步骤一得到的对照基因组作为标准,将扩增产物进行测序和分析(采用LifeTechnologies的3130xlGeneticAnalyzer仪器及ID-XSoftwarev1.4分析软件),结果见表2(Inhouse-T1代表扩增产物甲,Qiagen-SC-T1代表扩增产物乙)。
表2单细胞全基因组扩增产物STR分型分析结果
基因座 | Inhouse-T1 | Qiagen-SC-T1 | 对照基因组 |
D8S1179 | 11/12 | 11/12 | 11/12 |
D21S11 | 29 | 29 | 29 |
D7S820 | 9/11 | 9/11 | 9/11 |
CSF190 | 10 | 10 | 10 |
D3S1358 | 15/17 | 15/17 | 15/17 |
TH01 | 8/9 | 8/9 | 8/9 |
D13S317 | 10/11 | 10/11 | 10/11 |
D16S539 | 9/11 | 9/11 | 9/11 |
D2S1338 | 20 | 20 | 20 |
D19S433 | 14 | 14 | 14 |
VWA | 17/18 | 17/18 | 17/18 |
TPOX | 8/9 | 9 | 8/9 |
D18S51 | 13 | 13/19 | 13/19 |
D5S818 | 11/12 | 11/12 | 11/12 |
XX | XX | XX | XX |
FGA | 23/24 | 23/24 | 23/24 |
从表2可以看到:在所分析的16对STR基因组中,PCR扩增产物甲有15个位点与该女性的基因组检测结果完全一致,对于其中的1个不一致的位点,基因组分析显示该位点有两条STR信息,但是该扩增产物只检测到一条STR信息,表明该位点有一条STR序列在扩增过程中发生了丢失;在所分析的16对STR基因组中,PCR扩增产物乙有15个位点与该女性的基因组检测结果完全一致,同样有1个位点发生了STR信息丢失。结果表明,实施例1制备的试剂盒与商购的REPLI-gsinglecellKit对正常女性的单个淋巴细胞进行的全基因扩增的扩增效果相当,采用实施例1制备的试剂盒得到的扩增产物可用于对单细胞样品来源的个体进行身份鉴定。
实施例3、试剂盒的应用
1、在孕妇知情同意的情况下,收集1例异常胎儿样本(无创产前检测和羊水穿刺都显示为47,+18,XY)的脐带血,采用密度梯度离心法分离单核细胞,随后应用流式细胞仪分离其中的单个淋巴细胞。
2、取步骤1得到的单个淋巴细胞,加入3.7μlPBS缓冲液(pH7.5、0.1M的PBS缓冲液)和3μl实施例1制备的试剂盒中的细胞变性裂解液(目的是使细胞裂解并释放出其中的基因组DNA)中,65℃静置10分钟,然后加入3μl实施例1制备的试剂盒中的中和缓冲液(目的是使细胞裂解终止,并且使体系恢复到中性环境),得到9.7μl模板溶液。
3、完成步骤2后,取9.7μl模板溶液(DNA含量约为6ng),加入实施例1制备的试剂盒中的扩增体系,30℃静置3h,随后65℃静置5分钟,得到扩增产物。
扩增产物可直接用于下游分析或置于-20℃保存。
4、取步骤3得到的扩增产物,按照实施例2的步骤三的方法进行低深度高通量测序分析,然后采用SoapSNP软件进行染色体拷贝数变异分析,染色体变异检测情况如图2所示。
图2的结果显示,采用实施例1制备的试剂盒得到的扩增产物的检测结果为18三体,与该样本的核型结果一致。结果表明,实施例1制备的试剂盒可以应用于单细胞样品以染色体为单位的拷贝数变异检测,能够满足基于测序分析的遗传学分析要求。
Claims (10)
1.一种用于单细胞基因组扩增的试剂盒,包括扩增体系乙;
所述扩增体系乙由10×Phi29buffer、水和扩增体系甲组成;
单份扩增体系甲由1.8-2.2×10-8moldNTP、引物总浓度为1.8-2.2×10-11molN8primers、4.5-5.5×10-3mgBSA、0.0045-0.0055μlPluronicF68和9-11UPhi29DNA聚合酶组成;所述N8primers为随机引物,由8个脱氧核糖核苷酸组成,A、G、C和T随机排列。
2.一种用于单细胞基因组扩增的试剂盒,包括扩增体系乙;
单份扩增体系乙为40.3μl,由30μlH2O、5μl10×Phi29buffer、2μldNTP溶液、2μlN8primers溶液、0.25μl20mg/ml的BSA水溶液、0.05μl10%PluronicF68溶液和1μlPhi29DNA聚合酶溶液组成;
所述dNTP溶液中,dATP/dTTP/dCTP/dGTP的浓度均为10mM;所述N8primers溶液中,引物总浓度为10μM;所述10%PluronicF68溶液中,10%代表体积比;所述Phi29DNA聚合酶溶液中Phi29DNA聚合酶的浓度为10U/μl;
所述N8primers为随机引物,由8个脱氧核糖核苷酸组成,A、G、C和T随机排列。
3.如权利要求1或2所述的试剂盒,其特征在于:所述试剂盒还包括细胞变性裂解液和中和缓冲液;
所述细胞变性裂解液由溶质和溶剂组成;溶剂为水;溶质及其浓度如下:0.09-0.11mMKOH、0.9-1.1mMEDTA和0.09-0.11MDTT;
所述中和缓冲液由溶质和溶剂组成;溶剂为水;溶质及其浓度如下:54-66mMKH2PO4和4.5-5.5mMK2HPO4。
4.如权利要求3所述的试剂盒,其特征在于:
所述细胞变性裂解液由溶质和溶剂组成;溶剂为水;溶质及其浓度如下:0.1mMKOH、1mMEDTA和0.1MDTT;
所述中和缓冲液由溶质和溶剂组成;溶剂为水;溶质及其浓度如下:60mMKH2PO4和5mMK2HPO4。
5.一种单细胞基因组扩增的方法,包括如下步骤:
(1)取单个细胞,进行细胞裂解,得到模板溶液;
(2)将步骤(1)得到的全部模板溶液与扩增体系乙混合,得到初始反应体系,然后进行反应,得到扩增产物;
所述扩增体系乙由10×Phi29buffer、水和扩增体系甲组成;
所述扩增体系甲由dNTP、N8primers、BSA、PluronicF68和Phi29DNA聚合酶组成;所述N8primers为随机引物,由8个脱氧核糖核苷酸组成,A、G、C和T随机排列;
所述初始反应体系中,溶剂为1×Phi29buffer;
所述扩增体系甲中的各个组分在所述初始反应体系中的浓度如下:0.36-0.44mMdNTP、引物总浓度为0.36-0.44μM的N8primers、0.09-0.11mg/mlBSA、0.009%-0.011%体积比的PluronicF68和0.18-0.22U/μlPhi29DNA聚合酶。
6.如权利要求5所述的方法,其特征在于:
所述扩增体系甲中的各个组分在所述初始反应体系中的浓度如下:0.4mMdNTP、引物总浓度为0.4μM的所述N8primers、0.1mg/mlBSA、0.01%体积比的PluronicF68和0.2U/μlPhi29DNA聚合酶。
7.如权利要求5或6所述的方法,其特征在于:
所述步骤(1)中,采用细胞变性裂解液进行所述细胞裂解,采用中和缓冲液终止所述细胞裂解;
所述细胞变性裂解液由溶质和溶剂组成;溶剂为水;溶质及其浓度如下:0.09-0.11mMKOH、0.9-1.1mMEDTA和0.09-0.11MDTT;
所述中和缓冲液由溶质和溶剂组成;溶剂为水;溶质及其浓度如下:54-66mMKH2PO4和4.5-5.5mMK2HPO4。
8.一种单细胞基因组扩增的方法,包括如下步骤:
(1)取单个细胞,加入3.7μlPBS缓冲液和3μl细胞变性裂解液,65℃静置10分钟,然后加入3μl中和缓冲液,得到9.7μl模板溶液;
所述细胞变性裂解液由溶质和溶剂组成;溶剂为水;溶质及其浓度如下:0.09-0.11mMKOH、0.9-1.1mMEDTA和0.09-0.11MDTT;
所述中和缓冲液由溶质和溶剂组成;溶剂为水;溶质及其浓度如下:54-66mMKH2PO4和4.5-5.5mMK2HPO4;
(2)取步骤(1)得到的9.7μl模板溶液,加入单份扩增体系乙,30℃静置3h,随后65℃静置5分钟,得到扩增产物;
单份扩增体系乙为40.3μl,由30μlH2O、5μl10×Phi29buffer、2μldNTP溶液、2μlN8primers溶液、0.25μl20mg/ml的BSA水溶液、0.05μl10%PluronicF68溶液和1μlPhi29DNA聚合酶溶液组成;
所述dNTP溶液中,dATP/dTTP/dCTP/dGTP的浓度均为10mM;所述N8primers溶液中,引物总浓度为10μM;所述10%PluronicF68溶液中,10%代表体积比;所述Phi29DNA聚合酶溶液中Phi29DNA聚合酶的浓度为10U/μl;
所述N8primers为随机引物,由8个脱氧核糖核苷酸组成,A、G、C和T随机排列。
9.权利要求1至4中任一所述试剂盒的应用,为如下(a)、(b)、(c)或(d):(a)单细胞基因组测序;(b)单细胞核型分析;(c)单细胞染色体分析;(d)单细胞样本的身份鉴定。
10.权利要求5至8中任一所述方法的应用,为如下(a)、(b)、(c)或(d):(a)单细胞基因组测序;(b)单细胞核型分析;(c)单细胞染色体分析;(d)单细胞样本的身份鉴定。
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