CN105046102A - 基于DNA分子链置换反应提取实现组合逻辑的CRNs的方法 - Google Patents

Abstract

本发明公开了一种基于DNA分子链置换反应提取实现组合逻辑的CRNs的方法，包括以下步骤：步骤1：按照设定的逻辑功能，得到一张反映输入、输出逻辑关系的真值表，并从真值表中映射出形式化学反应网络；步骤2：采用卡诺图化简的方法，对步骤1中获得的形式化学反应网络进行化简，获得用于实现组合逻辑功能的形式化学反应网络。本发明提供的方法主要用于DNA分子链置换反应中表示逻辑关系的化学反应网络的获得，主要采用电子学中的真值表以及卡诺图化简的方式获取CRNs，不仅无需考虑具体的电路架构就可以获得能够反应逻辑关系的CRNs，而且简化了CRNs，有效降低了能耗。同时本发明提供的方法更具有一般性，通俗易懂，操作更加简单方便。

Description

基于DNA分子链置换反应提取实现组合逻辑的CRNs的方法

技术领域

本发明属于DNA计算领域，尤其是涉及一种基于DNA分子链置换反应提取实现组合逻辑的CRNs的方法。

背景技术

2010年，DavidSoloveichik等人提出”DNAasauniversalsubstrateforchemicalkinetics”，一定程度上从理论层面证明：对于任何一个形式化学反应网络(下文简称为CRNs)，我们总能方便地找到其对应的DNA的物理实现。也就是说，任意一个我们所设计的CRNs，可以映射到DNA分子链置换反应上；而DNA分子链置换反应，在“忽略反应物、生成物具体是什么DNA分子”的前提下，可以抽象为一个由一系列形如A+B→C+D的基元反应所构成的CRNs，从而使设计简单化。

2011年，PhillipSenum等人提出”Rate-independentconstructsforchemicalcomputation”，表明化学反应网络结构如果设计的合理，化学反应的反应速率将不会影响整个CRNs系统的动态特性，即一定程度上可以不去考虑化学反应速率的精确值，而关心CRNs在某个相对反应速率范围内的稳定特性。

2013年，HuaJiang等人提出”DigitalLogicwithMolecularReactions”，对于单个比特如X，可以用下面公式中3个化学反应来表示，并由此提出了基于分子反应双稳态的数字逻辑，以及简单组合逻辑的设计。然而，该设计方法需要具体的电路架构，且不具有一般性。

W₀+W₁→S_W

W₀+S_W→3W₀

W₁+S_W→3W₁

在现有技术中，获取CRNs的方法都比较复杂，最后得到的CRNs不具有一般性，而且CRNs中的反应方程式多，这样导致计算的时间长，需要的成本高。

发明内容

发明目的：本发明的目的在于针对现有技术的不足，提供了一种无需考虑具体的电路架构，简化了CRNs，有效降低了能耗的基于DNA分子链置换反应提取实现组合逻辑的CRNs的方法。

技术方案：本发明提供了一种基于DNA分子链置换反应提取实现组合逻辑的CRNs的方法，包括以下步骤：

步骤1：按照设定的逻辑功能，得到一张反映输入、输出逻辑关系的真值表，并从真值表中映射出形式化学反应网络；

步骤2：采用卡诺图化简的方法，对步骤1中获得的形式化学反应网络进行化简，获得用于实现组合逻辑功能的形式化学反应网络。

进一步，所述步骤1中的映射的方法包括同时进行的以下步骤：基于双稳态分子反应的数字逻辑表示单个比特，得到稳定的输入和输出信号；根据输入和输出的真值表得到对应的化学反应方程；对输出信号参数进行修正。

进一步，所述步骤2中采用的卡诺图化简方法中每个卡诺圈仅贯穿1整行或1整列。

进一步，所述步骤2中在进行卡诺图化简时，如果所有输出信号的情况都被输入信号所涵盖，则不进行步骤103的操作。

有益效果：与现有技术相比，本发明提供的方法主要用于DNA分子链置换反应中表示逻辑关系的化学反应网络的获得，主要采用电子学中的真值表以及卡诺图化简的方式获取CRNs，不仅无需考虑具体的电路架构就可以获得能够反应逻辑关系的CRNs，而且简化了CRNs，有效降低了能耗。同时本发明提供的方法更具有一般性，通俗易懂，操作更加简单方便。

附图说明

图1是主要反应的化学反应式图；

图2是实施例1中通过真值表映射出形式化学反应网络图；

图3是实施例1的卡诺图；

图4是实施例1的化简表；

图5是实施例1输出结果的仿真结果图；

图6是实施例2的卡诺图；

图7是实施例2的化简图；

图8是实施例2输出结果的仿真结果图。

具体实施方式

下面结合附图和具体实例，对本发明提出的一种基于DNA分子链置换反应提取实现组合逻辑的CRNs的方法进行具体说明。

本发明提供的基于DNA分子链置换反应提取实现组合逻辑的CRNs的方法，包括以下步骤：

步骤1：按照设定的逻辑功能，得到一张反映输入、输出逻辑关系的真值表，并从真值表中映射出形式化学反应网络。其中，形式化学反应网络由3部分组成，背景反应，主要反应和修正反应。

对于2输入-1输出的逻辑电路，我们用X、Y表示输入信号，Z表示输出信号。输入信号X、Y和输出信号Z均为单个比特，其中，X₁表示输入信号X的逻辑值为1，X₀表示输入信号X的逻辑值为0；Y₁表示输入信号Y的逻辑值为1，Y₀表示输入信号Y的逻辑值为0；Z₁表示输出信号Z的逻辑值为1，Z₀表示输出信号Z的逻辑值为0，以此类推。在本发明中输入信号即为输入的物种，输出信号即为产出的物种，如果输入信号和输出信号的逻辑值为1则表示该物种存在，如果逻辑值为0则表示该物种不存在。

背景反应是基于双稳态分子反应的数字逻辑表示单个比特，得到稳定的输入和输出信号。主要是以下化学反应来表示：

W₀+W₁→S_W

W₀+S_W→3W₀

W₁+S_W→3W₁

上述反应表明，一分子的W₀和一分子的W₁反应，生成一分子的中间产物S_W，该中间产物S_W既可以和W₀结合，又可以和W₁结合，最终使得输入信号的值不再模糊，从逻辑值0和逻辑值1中分化开来。

主要反应是根据输入和输出的真值表得到对应的化学反应方程。其目的是将真值表所涵盖的逻辑功能，映射到CRNs当中，使得设计的CRNs能实现一定的逻辑功能。

如图1所示，将二输入真值表中四个小分隔，从左到右、从上到下，分别定义为T₀₀、T₀₁、T₁₀、T₁₁；T₀₀、T₀₁、T₁₀、T₁₁表示具体的逻辑值，因此T₀₀、T₀₁、T₁₀、T₁₁不是逻辑0就是逻辑1。各自对应于主要反应里的预生成物Z'的逻辑值。

修正反应是对输出信号参数进行修正，其目的是使得输出稳定在同等输入水平上，不产生输出的放大。其化学反应如表1所示：

表1：修正反应的化学反应式

预反应物需要经过修正得到最终反应物。以Z₀的修正反应为例，当且仅当预生成物Z₀'遇到Z₁时，两者结合生成为Z₀，反之则自行湮灭。这个过程可以看成是Z₀′将Z₁修正为Z₀。同理可知，预生成物Z₁′只有遇到Z₀时才会起作用，并将其修正为Z₁。基于此，输出Z始终保证逻辑上非0即1，也就是生成物质的浓度上非0即10nM。

步骤2：采用卡诺图化简的方法，对步骤1中获得的形式化学反应网络进行化简，获得用于DNA分子链置换反应的形式化学反应网络。类似于传统卡诺图的圈法，圈0/1为最大项/最小项，且尽可能希望所画的卡诺圈越大越好。本发明方法需要所圈的卡诺圈为长方形，且每个卡诺圈仅贯穿1整列或1整行。如果所有输出0/1的情况，都被化简的输入信号所涵盖，那么相应的修正反应亦可略去。一个卡诺圈可以化简为一个化学反应方程，含义是一个输入信号生成圈内的输出信号的同时，消耗掉与圈内输出互补的信号，而不引起输入信号自身的变化。

如果针对N输入，M输出的情况；如果N>2，1输出的情况，需要借助中间反应物进行化简；如果N>1，M>1的情况，就相当于M种N输入1输出情形的叠加，至多需要M张N输入1输出的真值表来实现。

实施例1：

2输入1输出情况，设定真值表，如表2所示。

表2：实施例1的真值表

X	Y	Z
			0	0	0
0	1	0
			1	0	0
1	1	1

如图2所示，由真值表和卡诺图结合三种反应得到一组含17个化学反应方程的CRNs。

采用卡诺图化简的方法对上述17个化学反应方程组成的CRNs进行化简。如图3所示，根据化简方法，只能圈出2个“0”格的卡诺圈，分别用虚线框和实线框表示。

化简后，虚线框表示输入信号X₀与Z₁生成Z₀和X₀，即X₀+Z₁→X₀+Z₀，实线框表示输入信号Y₀与Z₁生成Z₀和Y₀，即Y₀+Z₁→Y₀+Z₀。由于此例中所有“0”格全部圈完，因此无需再对Z₀修正。如图4所示，表中左边的5个化学反应方程式化简为右边黑框里的2个方程式。由于剩下的“1”格无法化简，因此其所对应的基于真值表完全映射的化学反应方程保持不变，且还需对Z₁进行修正。综上述，除了9个背景反应外，其余8个反应式可以化简为5个反应方程。

根据仿真化简后的5个化学反应方程，还有9个背景反应，共14个化学反应方程，使用mathematica仿真，结果如图5所示，仿真的结果为预先设定的输出结果。

实施例2：

3输入1输出，设定真值表，如表3所示。

表3：实施例2的真值表

X	Y	O	Z
				0	0	0	0
0	0	1	1
				0	1	0	1
0	1	1	0
				1	0	0	0
1	0	1	1
				1	1	0	1
1	1	1	0

其中，输入信号分别为X、Y、O，输出信号为Z。如果按照真值表完全映射的话，共需要12个背景反应，8个主要反应以及4个修正反应。由于化学反应的反应物不超过两个，因此需要将3输入1输出降级为2输入1输出，因此引入中间反应物I₁、I₂、I₃、I₄。它们表示每一列卡诺圈化简后对应的输入信号。以第一列为例，表示输入信号Y₀和O₀生成I₁；第二列表示输入信号Y₀和O₁生成I₂，依次类推知第四列表示输入信号Y₁和O₀生成I₄。其中，中间产物的化学方程式为：

$\left\{\begin{array}{c}{Y}_0+O_0\→Y_0+O_0+I_1,\\ Y_0+O_1\→Y_0+O_1+I_2,\\ Y_1+O_1\→Y_1+O_1+I_3,\\ Y_1+O_0\→Y_1+O_0+I_4.\end{array}\right..$

对于N输入1输出的逻辑门，共需要个化学反应来引入中间产物，从而将N输入1输出降级。

如图6所示，在卡诺图上可以圈出2个“0”格的卡诺圈和2个“0”格的卡诺圈，分别用阴影框和实线框表示。

化简后，阴影框表示输入信号I₁(或I₃)与Z₁生成Z₀和I₁(或I₃)，即I₁+Z₁→I₁+Z₀(或I₃+Z₁→I₃+Z₀)，实线框表示输入信号I₂(或I₄)与Z₀生成Z₁和I₂(或I₄)，即I₂+Z₀→I₂+Z₁(或I₄+Z₀→I₄+Z₁)。由于此例中所有“0”格全部圈完，因此无需再对Z₀修正；同样也无需再对Z₁修正。因此，如图7所示，除了12个背景反应外，其余12个反应式可以化简为4个反应方程。

仿真结果如图8所示，三维图来描述与逻辑电路的结果。其中，X轴表示输入信号X，Y轴表示输入信号Y，Z轴表示输入信号O。输出信号Z用三维空间中的点来表示，区域B表示逻辑0，区域A表示逻辑1。

Claims (4)

1.一种基于DNA分子链置换反应提取实现组合逻辑的CRNs的方法，其特征在于：包括以下步骤：

步骤1：按照设定的逻辑功能，得到一张反映输入、输出逻辑关系的真值表，并从真值表中映射出形式化学反应网络；

步骤2：采用卡诺图化简的方法，对步骤1中获得的形式化学反应网络进行化简，获得用于实现组合逻辑功能的形式化学反应网络。

2.根据权利要求1所述的基于DNA分子链置换反应提取实现组合逻辑的CRNs的方法，其特征在于：所述步骤1中的映射的方法包括同时进行的以下步骤：基于双稳态分子反应的数字逻辑表示单个比特，得到稳定的输入和输出信号；根据输入和输出的真值表得到对应的化学反应方程；对输出信号参数进行修正。

3.根据权利要求1所述的基于DNA分子链置换反应提取实现组合逻辑的CRNs的方法，其特征在于：所述步骤2中采用的卡诺图化简方法中每个卡诺圈仅贯穿1整行或1整列。

4.根据权利要求1所述的基于DNA分子链置换反应提取实现组合逻辑的CRNs的方法，其特征在于：所述步骤2中在进行卡诺图化简时，如果所有输出信号的情况都被输入信号所涵盖，则不进行步骤103的操作。