背景技术
凝胶电泳是一种常用于蛋白和核酸(DNA和RNA)等生物分子分离的技术。通常,该方法需要在含有生物样品的多孔聚合凝胶介质上施加一个电流。样品组分通常因其电荷和/或尺寸的不同,而在凝胶介质中的迁移速度不同。分子通过聚合凝胶介质的迁移会形成一系列的条带,不同的条带对应不同的分子。
丙烯酰胺或琼脂糖凝胶介质可通常用于生物分子的分离。凝胶介质是由单体和交联试剂共聚产生的允许分子通过的孔结构组成的。其他凝胶也可用于电泳,例如淀粉凝胶。凝胶介质材料的选择通常取决于要进行分离的生物分子类型。由于聚丙烯酰胺凝胶具有透明性,并且其孔径范围适合蛋白,所以聚丙烯酰胺凝胶电泳(PAGE)被普遍用于蛋白分离。不同荷质比的蛋白通过聚丙烯酰胺介质的速率不同。通过一系列已知分子量的蛋白作为标准品,可以估算出特定蛋白的尺寸和/或分子量。
聚丙烯酰胺凝胶是Raymond和Weintraub在1959年首先用作凝胶电泳的支持介质的(Raymond,S.andWeintraub,L.Acrylamide gel as a supporting medium forzone electrophoresis.Science,1959,130:711-711),而后由Ornstein(Ornstein,L.DiscElectrophoresis,1,Background and Theory.Ann.New York Acad.Sci.,1964,121:321-349)和Davis(Davis,B.J.Disc Electrophoresis.2,Method and application to humanserum proteins.Ann.New York Acad.Sci.,1964,121:404-427)研究完善。通常,含有丙烯酰胺单体和作为交联剂的甲叉双丙烯酰胺的溶液会在特定的缓冲液和引发剂存在的情况下室温发生聚合。所需的凝胶分辨率可以通过调节凝胶溶液中不同组分的浓度来实现。制备不同用途的支持介质所需凝胶溶液的组分和浓度对于本领域技术人员是显而易见的。
用于凝胶电泳的基本装置包括:(1)支持凝胶介质的两片平板组成的凝胶制具,和(2)用于固定凝胶制具并连接电源为分子在凝胶介质中的迁移提供所需电流的电泳装置。电泳装置还包括缓冲液槽,用来使凝胶的顶部和底部分别与缓冲液接触,缓冲液为可以在凝胶介质中传导电流的离子溶液。玻璃或者塑料平板通常可用于制造用来灌制聚丙烯酰胺凝胶的凝胶制具。相比于塑料平板灌制的聚丙烯酰胺凝胶,玻璃平板灌制的凝胶在凝胶电泳时表现出更好的分辨率。然而,由于玻璃易碎,并且需要经过繁琐的过程来制备凝胶,所以它并不适合用于大通量生产。由于其简便和更经济,塑料模具现在更常用于制备预制胶。塑料平板经过特殊的表面涂覆可以用于提高大分子条带分离的分辨率。
标准的凝胶制具由两片固定在一起的玻璃或者塑料平板组成,且其底部由胶带暂时封住。沿着每片平板竖直边缘的隔片可在平板之间形成一个空间,或者称为“腔体”,用于填充凝胶介质。凝胶介质溶液注入封闭的凝胶制具中,并通过聚合反应固化。为了形成放置样品的间隔,称为“上样孔”,可以在凝胶聚合过程完成前,将梳子插于两片平板顶部,梳齿向下伸入凝胶介质中。另外,一片平板通常会截短顶部除了两侧竖直边缘外的部分;这样,当制具置于电泳装置中时,可以形成一个让缓冲液接触凝胶介质顶端的缺口。这个缺口也有助于样品上样。
平板间距决定了凝胶的厚度。例如,较大的平板间距会形成较厚的胶。在标准的凝胶制具中,平板间距在平板的宽度和高度方向上都保持不变。更具体的说,用于蛋白分离的标准凝胶制具的平板间距是1毫米。所以,凝胶和上样孔的厚度也是1毫米。
加入凝胶的样品体积受上样孔尺寸的限制,并且大部分情况只能容纳很小的体积。然而,有需求增加凝胶的上样量,特别是当待分析的样品中目标分子的浓度很低时。通常可以采用两种方法来增大上样孔的尺寸,从而增加上样量。第一种方法是制备更厚的凝胶。上样量的增加和凝胶的厚度成正比。然而,电泳时较厚的凝胶需要更大的电流来提供所需的电场强度。使用较大的电流会增加凝胶中的热量产生,从而降低凝胶分辨率和性能。较厚的凝胶还会降低蛋白转膜效率,而这是常用的下游分析方法所必需的,例如Western blotting。第二种增加可上样量的方法是通过使用较长梳齿的梳子来增加上样孔的深度。然而,增大上样孔中的样品高度会降低凝胶分辨率,并有时会导致相近大小的蛋白或其他生物分子无法有效分离。
凝胶分辨率和性能也会受上述情况之外的因素影响。为了获得最佳分辨率,需要将样品尽量置于上样孔的底部。具体操作中,由于标准1毫米凝胶制具的平板间距太窄,标准的移液枪头无法插入平板间并伸入到上样孔底部,所以难以将样品注入上样孔。并且,为了使样品沿泳道迁移,需要将样品加入并留在上样孔中。
然而,一旦聚合后将梳子移除,上样孔的胶体间隔将无法固定在原处,可自由移动。这会导致样品泳道变形,难以上样,和电泳后大分子条带弯曲。
发明概述
因此,一种可以不通过改变凝胶厚度和上样孔高度来实现增大可上样量的凝胶制具是有必要的,而这样增大可上样量不能牺牲凝胶分辨率,也不需要改变固定凝胶制具的电泳装置。并且,有必要设计一种上样孔的胶体间隔可以在拔出梳子后固定在原位的凝胶制具,用以方便上样和进一步改善凝胶分辨率。
本发明提供一种改进的用于制备凝胶电泳特别是PAGE的预制胶的装置。这个装置由凝胶制具、梳子、和凝胶介质组成,由其组成的样品上样孔比由标准的凝胶制具和梳子所形成的上样孔所能容纳的样品量大。按本发明所述的方法,凝胶上样孔可容纳更大的样品量,并且相比其他用于增加上样量的方法,电泳时具有更好的分辨率。
本发明一方面提供一种凝胶制具,包括前板和后板,其中至少一片面板的内表面有斜面设计。具有斜面设计的面板分为上部和下部,上部面板至少比下部面板薄0.05毫米。因此,当前板和后板的内表面相对放置并固定后,在凝胶制具的上部由两片面板形成的间隔(即腔体)会大于其下部的。
本发明另一方面提供一种可插在凝胶制具上部开口处的梳子,梳子至少有一个梳齿向下伸到凝胶介质中。梳齿的厚度正好和前后板上部形成的间隔相等。进一步说,梳齿的长度和面板较薄的上部分得高度相同。按本发明所述的方法,当梳子插入凝胶制具时所形成的上样孔的容量,大于使用面板间距和上样孔厚度都保持不变的标准凝胶制具和梳子所形成的上样孔容量。
本发明的另一方面提供一种凝胶制具,其后板上部有一条凹槽设计,可以让聚合的凝胶介质的上样孔的胶体柱子连为一体。这个凹槽至少0.05毫米宽,0.05毫米深。当梳子插入凝胶制具后,凝胶介质会填充梳齿之间的空隙并流入凹槽。这提供了一种精确固定上样孔柱子,并防止其在上样和电泳时移动的方法。
在本发明所选具体方法中,电泳装置包含凝胶制具和梳子;凝胶制具由前板和后板组成,至少其中一片面板有带斜度的内表面,使前后板的下部间隔是1毫米,上部间隔至少为1.05毫米;而梳子的梳齿厚度大于1毫米,并和凝胶制具上部的面板间距正好相同。按本方法描述地装置灌制的凝胶上样孔的容量至少比在标准的1毫米凝胶制具和梳子灌制的1毫米厚凝胶的上样孔的容量大出10%。
不同视角附图的简要描述
为了可以更好的了解本发明的内容,各种实例会在后面的发明详述中进一步描述,并且可参照不同组件相对应的编号。附图及其详细描述会为本发明提供不同实例。但是本发明的范围不局限于对这些实例的讨论和附图。
在附图中:
图1A和1B分别是已组装的本发明所述的两片塑料平板组成的凝胶制具的侧面透视图和截面图;
图2A和2B分别是本发明所述的前板的内表面透视图和截面厚度图;
图3A和3B分别是本发明所述的后板的内表面透视图和截面厚度图;
图4是本发明所述的已组装的由凝胶制具和十二齿梳子组成的装置;
图5A‐5D分别是本发明不同实例所述的十二齿梳子的前面透视图,后面透视图,后侧面图,和截面图;
图6A和6B分别是标准1毫米凝胶制具和本发明所述的1毫米凝胶制具上样时的截面对比图;
图7A和7B分别是使用标准1毫米凝胶装置和本发明所述的1毫米凝胶装置电泳时的凝胶电泳图。
发明详述
参考资料中包括所引用的所有文献和专利。除非另行说明,本发明所有的技术和科学术语均和通常理解的含义相同。除此之外,特点术语会在描述中加以定义。
这里所用的“凝胶制具”是指由两片平板面对面对齐并粘结在一起并形成一个板间间隔的装置。两板间形成的间隔称为“腔体”。凝胶介质固定于腔体中。描述凝胶制具的尺寸和其它性质的特定术语有如下含义:平板的“顶部长度”是指沿其顶部边缘垂直于竖直边缘的方向上的尺度;“平板间距”是指垂直于平板平面方向上两平板之间的距离;“顶部开口”或“顶部间隔”是指两平板顶部边缘可进入的平板间隔;“底部开口”或“底部间隔”是指两平板底部边缘可进入的平板间隔;“凝胶厚度”是指凝胶在垂直于形成凝胶制具的平板平面方向的尺度。
这里所用的“孔”或“上样孔”是指梳子插入凝胶制具顶部开口时,由梳齿向下伸入凝胶介质中,所形成的沿着凝胶制具顶部边缘的样品空间。“孔厚度”是指上样孔在垂直于形成凝胶制具的平板平面方向的尺度。
这里所用的“标准凝胶制具”和“标准制具和梳子”都是指组成凝胶制具的平板间距保持恒定的电泳装置。更具体的说,“标准1毫米凝胶制具”和“标准1毫米制具和梳子”指组成凝胶制具的平板间距、胶厚度和上样孔厚度都是保持1毫米的电泳装置。标准1毫米凝胶制具所使用的梳齿厚度也是1毫米。
参见附图,图1A描述根据本发明实例组装的凝胶制具,标为10。凝胶制具10由两片平板组成,前板12和后板14;前板和后板分别有顶边16,底边18,和两个侧边20。每个平板有两个表面,内表面和外表面。在组装凝胶制具时,前板和后板是内表面相对着并且沿其对应边缘对齐的。前板和后板的内表面会分别在图2A和3A中详细描述并讨论。前板的顶边16有沿着其顶部除了两边之外的切口22,以方便电泳时凝胶介质接触缓冲液和方便上样。因此在已组装的凝胶制具中,前板的顶边16比后板的顶边16要低。
凝胶制具的两片平板可以通过合适的方法组装在一起,例如超声焊接。组装后,凝胶制具的底边开口可以用合适的胶带、胶或者聚合物材料密封或者不密封。灌入凝胶制具的凝胶溶液可以是任何合适的介质材料,包括但不仅限于聚丙烯酰胺、琼脂糖、和淀粉;但最优选的是聚丙烯酰胺。面板可以由任何合适材料制成,优选为塑料,包括但不仅限于聚乙烯对苯二甲酸酯、聚氯乙烯、聚甲基丙烯酸甲酯、丙烯腈‐苯乙烯共聚物、聚苯乙烯、聚乙烯或者不同共聚物。面板需要是透明的,以便于观察电泳进程。
根据本发明实例,凝胶制具的前后板的侧边还有一些额外设计以方便组装,例如凸起和桩24(图1)。这些沿着面板侧边的额外设计也作为隔片分开两片平板,并形成可容纳凝胶介质的腔体25(图1B)。具体的说,这些凸起在组装凝胶制具的过程中起到隔片的作用,桩将两个平板固定在一起并防止平板在组装过程中发生形变。这些额外设计也是由合适的塑料材料制成,这包括但不仅限于聚乙烯对苯二甲酸酯、聚氯乙烯、聚甲基丙烯酸甲酯、丙烯腈‐苯乙烯共聚物、聚苯乙烯、聚乙烯或者不同共聚物。优选为与平板相同的材料制成。
图2A和3A分别是前板和后板内表面的侧面透视图。图中描述依据本发明实例辅助装配两板的额外特征部件:位于前板底部圆柱状桩26用于防止后板在装配过程中发生内弯。位于前板两侧边转角状桩24辅助前后板组装精确定位形成电泳凝胶制具。如图3A所示,后板在其两侧有4个圆柱状桩32。这些圆柱状桩32与前板两侧转角状桩24契合辅助前后板装配过程中的精确定位。与其他定位和固定前后板的部件,这些部件间的间距与前后板一起形成胶室,但其作用不局限于本描述。
依据本发明实例,电泳凝胶制具前后板中至少其一内侧面有一斜面配置,该斜面将板分为上下两个部分,其上部分板较下部分板薄。如图2A和2B所示,后者(2B)为具备斜面配置的前板剖面视图,显示前板厚度。依据本发明实例,前板内侧分为上部28和下部30,斜面区域29将前板分为上部28与下部30。上部高度h1为板部边缘16到斜面区域29的距离;下部高度h2为板底部边缘18到斜面区域29的距离。优选情况下,h1比h2小。在适合的实例中,上部高度h1最少与辅助形成上样孔的梳齿长度一样。有关梳子的实例将在本发明后面的实例中详细描述。
参看上述前板厚度剖面视图2B,前板上部厚度为t1,前板下部厚度为t2。依据本发明实例,t1至少比t2薄0.05毫米。例如:t1为1.4毫米而t2为1.8毫米。在其它实例中,若后板内侧表面配有斜面配置时,t1和t2可以相同。关于后板内侧配备斜面将在下面详细描述。
在本发明另一实例中,后板内侧表面配备斜面配置,如图3A和3B所示。参见后板内表面侧面透视图3A,斜面38将后板分为上部34和下部36。其上部高h3为板部边缘16到斜面区域38的距离;下部高度h4为板底部边缘18到斜面区域38的距离。优选情况下,h3比h4小。在适合的实例中,上部高度h3最少与辅助形成上样孔的梳齿长度一样。
参看上述后板厚度剖面视图3B,后板上部厚度为t3,后板下部厚度为t4。依据本发明实例,t3至少比t4薄0.05毫米。依据本发明另一实例,如前所述:若前板具有斜面配置且t1至少比t2薄0.05毫米(详见图2B),t3和t4可以相同。
依据本发明实例,由于前后板中至少有其一具有上述斜面。电泳凝胶制具前后板顶部开口间距d1大于电泳凝胶制具前后板底部开口间距d2(图1B)。在一个具体的实例中(例:如图1B所示),前后板均有斜面配置,前后板的上部厚度均较下部薄。换言之,t1至少比t2薄0.05毫米(图2B),同时t3至少比t4薄0.05毫米(图3B)。在另一个具体实例中,仅前板具有上述斜面,前板上部较其下部薄,而后板上下部具备相同的厚度。换言之,t1至少比t2薄0.05毫米,而t3和t4相同。而在第三个具体实例中,仅后板具有上述斜面,后板上部较其下部薄,而前板上下部具备相同的厚度。换言之,t1和t2相同,而t3至少比t4薄0.05毫米。
在本发明另一实例中,板间距离d1,亦指顶部板间距,在电泳凝胶制具整个上部为一常数;板间距离d2,亦指底部板间距,在电泳凝胶制具整个下部为一常数。
本发明还提供一种梳子,该梳子插在电泳凝胶制具上部的开口空间里。如本发明所述,此处所使用术语"梳子"是指用来形成上样孔的模板。梳子由一个简称为"梳脊"的矩形支撑结构和手指状突起构成,该突起沿脊柱长度方向由脊柱向下延伸,称为"梳齿"。每个梳齿有两面,前表面和后表面。梳脊也有两面,同样为前表面和后表面。描述这些梳齿尺寸的特定术语具备以下含义:“长度”是指梳齿底端与梳子梳脊的接触面到梳齿尖顶端方向的维度;“厚度”是指梳齿前表面到后表面方向的维度;“宽度”是指垂直于其“长度”横穿其表面方向的维度。梳子可以用任意合适的材料制作,优选塑料包括但不局限于聚乙烯对苯二甲酸酯(polyethylene terephthalate)、聚氯乙烯(polyvinyl chloride)、聚甲基丙烯酸甲酯(polymethyl methacrylate)、丙烯腈-苯乙烯(acrylonitrile-styrene)、聚苯乙烯(polystyrene)、聚乙烯(polyethylene)或各种共聚物。
图4展示的是梳子和电泳凝胶制具。依据本发明实例描述,梳子42插在电泳凝胶制具上端开口空间里。梳子由梳脊44和至少一个梳齿46构成。在图4所示具体实例中,该梳子有12个梳齿。依据本发明实例,所述梳子至少包含一个梳齿,或多可有15个甚至更多的梳齿。
图5A至5D分别展示本发明实例所描述的12齿梳子的前侧透视图,后侧透视图,后侧平面图和厚度剖面图。优选情况下,如图5C所示,这些梳齿沿梳子梳脊长度方向均匀分布。更优情况下,每个梳齿在靠近梳子梳脊端的宽度较大然后向远离梳脊端方向逐渐略微变细形成上宽下窄的梯形。因此靠近梳子梳脊端任意两齿之间的宽度w2较远离梳子梳脊端任意两齿之间的宽度w3窄。例如w2为1.4毫米而w3为2.03毫米。
依据本发明实例,梳子的厚度t5(图5B和5D)与板间距d1(图1)实质上相等。因此,当梳子插入电泳凝胶制具上端空间时,所有梳齿的前表面50与前板上端内表面齐平,所有梳齿的后表面54与后板上端内表面齐平。
本发明提供的梳子还具有凸缘结构48(图5A)。该凸缘在梳子前表面52沿梳脊44长轴方向配置,并紧贴梳脊与梳齿接触面。参见图5D,该凸缘垂直于齿前表面50向外突出。当梳子插入电泳凝胶制具上端空间,梳齿的前表面50与前板内表面面对面对齐,该凸缘正好卡在前板顶端上沿。如图5B十二齿梳子背部透视图所示,该凸缘仅配置在梳子梳脊前表面,所有梳齿的后表面54与梳子梳脊后表面56齐平。
依据本发明所示另一实例,在电泳凝胶制具后板上部内表面开有一凹槽40如图3A和3B所示。该凹槽沿平行于板顶部方向,横贯除了板两侧边缘的板上部。该凹槽的优选位置在后板上部,且在前后板组装形成电泳凝胶制具后,凹槽位置低于前板顶端但高于前板内侧斜面。参见图3B,该凹槽深度d3至少为0.05毫米,且宽度w1至少为0.05毫米。例如:d3为0.8毫米而w1为1.2毫米。凹槽深度d3小于后板厚度t3。设计凹槽的目的是凝胶制具内凝胶成型后,上样孔的胶柱可通过凹槽内凝胶形成凝胶网络。整个凝胶网络可以保持上样孔的精确定位以辅助加样,有效提高电泳分辨率。
依据本发明所示其它另一实例,梳子每个齿的前表面长度略短于其后表面长度。参见图5C和5D所示,梳子每个齿的前表面长度l1至少比其后表面长度l2短0.05毫米。每个齿前后表面长度差表示为l3(参见图5C)。在梳齿与梳脊接触端的斜切形成斜面58(图5D),使得每个梳齿间的空隙可以通过后板上的凹槽40连通(图3A和3B)。将梳子插入电泳凝胶制具后,凝聚基质首先填充梳齿间的空隙,然后流入后板凹槽中。
在本专利的一个优选实例中,电泳凝胶制具在底部开口区的板间距离d2为1毫米,而在顶部开口区的板间距d1至少为1.05毫米;而梳齿的厚度t5大体上等于d1,因此这里所用的梳齿的厚度较行业标准1毫米电泳凝胶制具所使用的梳齿厚度稍厚。标准1毫米电泳凝胶制具,其由上至下整体板间距为均一的1毫米且其上样孔的厚度也是1毫米。相较下,依据本发明优选实例所述凝胶制具,其上样体积将增大约10%至120%。
依据上述本发明优选实例,该电泳凝胶制具上端具较大的板间距。其优势在于当使用标准进样枪头加样至上样孔底部时不会因标准枪头较大宽度而损伤上样孔。图6A和6B分别为使用标准进样枪头为标准1毫米电泳凝胶制具上样和使用标准进样枪头为本发明所述优选电泳凝胶制具上样的示意图。如图6A所示,标准进样枪头无法加样至上样孔底部。而依据本发明所述优选实例,其电泳凝胶制具上端具有较大宽度,允许标准进样枪头深入到达上样孔底部,如此可将样品直接加入到上样孔底端(图6B)。该特点将优化上样进程,简化试验流程,并提高凝胶电泳分辨率。
本发明的另一优势在于相比标准电泳凝胶制具,其上样后样孔中样品的高度降低(参见图6A和6B)。在支持本发明所进行的实验中,以1毫米标准电泳凝胶制具所制备的凝胶作为参照比较以本发明优选实例所述电泳凝胶制具所制备的凝胶进行电泳(图7A和7B),此处所述本发明优选实例所述电泳凝胶制具底部区域板间距离为1毫米。如图7A所示,1毫米标准电泳凝胶制具每个上样孔中加样6微升(μL);图7B中本发明优选实例所述电泳凝胶制具每个上样孔中加样6微升。电泳2分钟后拍照。本发明电泳凝胶制具中所观测到的样品高度h6较1毫米标准电泳凝胶制具中所观测到的样品高度h5矮2~3倍。因此,依据本发明实例描述的具有较宽顶部开口的凝胶制具较标准电泳凝胶制具能有效减小上样样品高度,最终将有效提高电泳分辨率。
本领域技术人员可以在本发明实例的基础上做出不脱离本发明概念原则的改进。因此可理解,本发明并不局限于本专利所述特定的发明实例,它将涵盖本发明的精髓以及由其所附权利要求所定义范围内的修改。