CN104955457A - 给予利福昔明而不产生抗生素耐药性的方法 - Google Patents

Abstract

提供了将包含利福昔明的组合物给予有需要的受试者的方法，其中所述方法不增加葡萄球菌对利福平耐药性的发展。也提供了减少葡萄球菌对利福平耐药性的发展的方法，包括将包含利福昔明的组合物给予有需要的受试者。

Description

给予利福昔明而不产生抗生素耐药性的方法

相关申请

本申请要求于2012年9月12日提交的美国临时申请号61/700,151的权益。

背景

利福昔明(INN；参见The Merck Index, XIII Ed., 8304)是一种属于利福霉素类抗生素例如吡啶并-咪唑并利福霉素的抗生素。利福昔明发挥其广泛的抗细菌活性，例如在胃肠道中抑制局部胃肠细菌，所述细菌会引起感染性腹泻、肠易激综合征、小肠细菌过度生长、克罗恩病、和/或胰功能不全。已有报道，利福昔明的特征在于由于其化学和物理性质而全身吸收微少(Descombe J.J. 等人， Pharmacokinetic study of rifaximin after oral administration in healthy volunteers ( 在口服给予健康志愿者后，利福昔明的药代动力学研究 ) . Int J Clin Pharmacol Res, 14 (2), 51-56, (1994))。

尽管利福昔明并非全身吸收，与大部分常用的全身性抗生素无关，并且在IBS中使用利福昔明的临床耐药性并不认为是问题，但是对细菌耐药性仍然有一些担忧。因为利福昔明是一种利福霉素衍生物并与利福平相关，所以一直在关注利福昔明是否可以产生利福平耐药性生物体。即使是这种情况，这种耐药性的持续时间尚未测试。

因此，需要解决利福昔明在体内可能产生针对利福平的葡萄球菌耐药性的问题。

概述

本文讨论的是在有需要的受试者中减少利福平-耐药性生物体的方法，包括将含有治疗有效量的利福昔明的组合物给予所述受试者。实施方案涉及在有需要的受试者中减少利福平-耐药性葡萄球菌(Staphylococcus spp.)生物体的方法，包括将含有治疗有效量的利福昔明的组合物给予所述受试者。在某些实施方案中，与治疗前的基线数量相比，给予所述组合物导致利福平-耐药性葡萄球菌生物体的数量减少。在某些实施方案中，相对于基线而言的利福平-耐药性葡萄球菌的数量减少通过培养在给予所述组合物之前和之后得自所述受试者的粪便样品而测定。

实施方案也涉及将包含利福昔明的组合物给予受试者的方法，其中相对于基线，给予所述组合物不增加所述受试者中的利福平-耐药性葡萄球菌的数量。

在某些实施方案中，对于葡萄球菌生物体，利福平的阈值平均抑制浓度小于约2.5 μg/mL。

在某些实施方案中，给予所述受试者利福昔明的剂量为约25 mg至约6000 mg/天。

在某些实施方案中，给予所述受试者利福昔明的剂量为约50 mg至约6000 mg/天。在某些实施方案中，给予所述受试者利福昔明的剂量为约100 mg至约6000 mg之间。在某些实施方案中，给予所述受试者利福昔明的剂量为约50 mg至约2500 mg BID之间。在某些实施方案中，给予所述受试者利福昔明的剂量为约50 mg至约2000 mg TID之间。在某些实施方案中，给予所述受试者利福昔明的剂量为约200 mg TID。在某些实施方案中，给予所述受试者利福昔明的剂量为约200 mg BID。在某些实施方案中，给予所述受试者利福昔明的剂量为约200 mg QD。

在某些实施方案中，给予所述受试者利福昔明的剂量为约550 mg、600 mg或1650 mg TID、QD或BID。

在某些实施方案中，给予所述受试者所述组合物约1周至约24个月。

在某些实施方案中，给予所述受试者所述组合物约10天。

在某些实施方案中，给予所述受试者所述组合物，使得小肠定植菌(colonizer)有变化。

在某些实施方案中，给予所述受试者所述组合物，使得小肠定植菌减少。

在某些实施方案中，给予所述受试者所述组合物，使得结肠的大肠杆菌(Escherichia coli (E. coli) )减少。

在某些实施方案中，给予所述受试者所述组合物，使得结肠的克雷伯氏菌(Klebsiella)减少。

在某些实施方案中，给予所述受试者所述组合物，使得空肠弯曲杆菌(Campylobacter jejuni (C. jejuni))减少。在某些实施方案中，所述受试者患有选自以下的肠病：炎性肠病(IBD)、肝性脑病(HE)、肠炎、结肠炎、肠易激综合征(IBS)、腹泻型肠易激综合征(d-IBS)、非便秘型肠易激综合征(non-C IBS)、旅行者腹泻(TD)、艰难梭菌(Clostridium difficile)感染(CDI)、憩室病、纤维肌痛(FM)、慢性疲劳综合征(CFS)、抑郁症、注意力缺陷/多动症(ADHD)、多发性硬化(MS)、系统性红斑狼疮(SLE)、小肠细菌过度生长、慢性胰腺炎、和胰功能不全。

在某些实施方案中，所述炎性肠病选自：克罗恩病和溃疡性结肠炎。

在某些实施方案中，所述受试者患有细菌感染相关的肠病。

在某些实施方案中，所述受试者患有已被清除的细菌感染相关的肠病。

在某些实施方案中，所述受试者患有肠道菌群变化相关的肠病。

在某些实施方案中，所述受试者具有小肠菌群变化。

在某些实施方案中，所述受试者患有大肠杆菌感染相关的肠病。

在某些实施方案中，所述受试者患有空肠弯曲杆菌感染相关的肠病。在某些实施方案中，所述受试者已从空肠弯曲杆菌感染中恢复。

在某些实施方案中，所述受试者患有克雷伯氏菌感染相关的肠病。

在某些实施方案中，所述受试者患有气单胞菌(Aeromonas)感染相关的肠病。

在某些实施方案中，所述受试者在其小肠具有过量菌群。

在某些实施方案中，所述受试者在其小肠具有增加的大肠菌群计数。

在某些实施方案中，所述受试者患有IBS。

在某些实施方案中，所述受试者患有小肠细菌过度生长。

在某些实施方案中，所述受试者患有IBS和小肠细菌过度生长。

在某些实施方案中，所述受试者患有IBS并具有增加水平的大肠杆菌，当与无IBS的受试者相比时。

在某些实施方案中，所述受试者患有IBS并具有增加水平的克雷伯氏菌，当与无IBS的受试者相比时。

在某些实施方案中，所述受试者患有IBS并具有增加水平的气单胞菌，当与无IBS的受试者相比时。

在某些实施方案中，肠炎是由放射治疗或化学治疗所致。

在某些实施方案中，在给予所述组合物之前将胃肠(GI)清洁剂给予受试者。

在某些实施方案中，在给予所述组合物之前给予胃肠清洁剂约1至约90天。

在某些实施方案中，在给予所述组合物之前给予所述胃肠清洁剂约1至约60天；约1至约30天；约1至约24天；约1至约14天；约1至约10天；约1至约7天；约1至约5天；约1至约4天；约1至约3天；或约1至约2天。

附图描述

图1是在利福昔明治疗期间和之后粪便大肠菌群计数的变化图。

图2是显示在利福昔明治疗期间和之后粪便大肠菌群计数变化的同样的图的展开图。

图3是柱状图，显示对于利福昔明给予，通过胃肠区段和通过不同递送溶媒的总粪便大肠菌群计数。

图4是柱状图，显示在利福昔明给予期间和给予完成之后在小肠中通过定量PCR (qPCR)测定的总细菌计数。

图5是柱状图，显示在利福昔明给予期间和给予完成之后在结肠中通过定量PCR (qPCR)测定的总细菌计数。

图6是柱状图，显示在对照相对于利福昔明治疗的受试者的小肠中通过定量PCR (qPCR)测定的总细菌计数(总计)。

图7是柱状图，显示在对照相对于利福昔明治疗的受试者的结肠中通过定量 PCR (qPCR)测定的总细菌计数。

图8是显示在基线时和在利福昔明治疗10天之后大鼠中的葡萄球菌菌落计数的图示。

图9是曲线图，显示在200 mg利福昔明治疗期间的大鼠中按天的葡萄球菌菌落计数。

图10是柱状图，比较在利福昔明或安慰剂治疗之后的大鼠粪便中葡萄球菌的存在情况。

发明详述

利福昔明(USAN, INN； 参见The Merck Index, XIII Ed., 8304, CAS No. 80621-81-4), (2S,16Z,18E,20S,21S,22R, 23R,24R,25S,26S,27S,28E)-5,6,21,23,25五羟基-27-甲氧基-2,4,11,16,20,22,24,26-八甲基-2,7-(表氧十五-(1,11,13)三烯亚氨基)苯并呋喃并(4,5-e)吡啶并(1,2,-a)苯并咪唑-1,15(2H)-二酮,25-乙酸盐)，是从利福霉素O制备的半合成抗生素。利福昔明是属于利福霉素类抗生素例如吡啶并-咪唑并利福霉素的分子。利福昔明发挥其广泛的抗细菌活性，例如在胃肠道中抑制局部胃肠细菌，所述细菌会引起感染性腹泻、肠易激综合征、小肠细菌过度生长、克罗恩病、和/或胰功能不全。

利福昔明也描述于意大利专利IT 1154655和EP 0161534。EP专利0161534公开了用利福霉素O作为原料生产利福昔明的方法(The Merck Index, XIII Ed., 8301)。US 7,045,620 B1公开了利福昔明的多晶型，同样也见于USSN 11/658,702； USSN 61/031,329； USSN 12/119,622； USSN 12/119,630； USSN 12/119,612； USSN 12/119,600； USSN 11/873,841； 公布WO 2006/094662；和USSN 12/393012。本文所涉及的申请和专利通过引用全部结合到本文中，用于所有目的。

利福霉素类抗生素是例如具有式I结构的化合物：

(I):

其中

环A可以以互变异构体形式A¹或A²存在：

；

R¹为氢或乙酰基；和

R²和R³各自独立地为氢、(C_1-4)烷基、苄氧基、一-和二-(C_1-3)烷基氨基-(C_1-4)烷基、(C_1-3)烷氧基-(C_1-4)烷基、羟甲基、羟基-(C_2-4)-烷基、或硝基；或

R²和R³与它们所连接的原子一起构成任选取代的杂芳基或任选取代的杂环基。

本文也描述的是选自以下的式(I)的利福霉素化合物：4-脱氧-4'-甲基-吡啶并[1',2'-1,2]咪唑并[5,4-c]利福霉素SV和4-脱氧-吡啶并[1',2':1,2]咪唑并[5,4-c]利福霉素SV。

利福昔明是具有式II结构的化合物：

(II)。

不希望受到任何具体的科学理论的束缚，利福昔明通过结合细菌脱氧核糖核酸-依赖性核糖核酸(RNA)聚合酶的β-亚基而起作用，导致对细菌RNA合成的抑制作用。其有效抑制多种革兰氏(+)和(−)细菌，为需氧型和厌氧型两者。体外数据表明利福昔明有效抑制葡萄球菌属(Staphylococcus)、链球菌属(Streptococcus)、肠球菌属(Enterococcus)和肠杆菌科(Enterobacteriaceae)的物种。

“利福昔明”，如本文使用的，包括该分子的溶剂合物和多晶型，包括例如利福昔明的α型、β型、γ型、δ型、ε型、ζ型、η型、ι型、kappa型、theta型、mu型、omicron型、pi型、甲磺酸盐型或无定形。这些形式更详细地描述于例如2005年3月3日提交的EP 05 004 695.2； 美国专利号 7,045,620； 美国专利号 7,612,199； 美国专利号 7,709,634； 美国专利号 7,915,275； 美国专利号 8,067,429； 美国专利号 8,193,196； 美国专利号 8,227,482； G. C. Viscomi,等人, CrystEngComm, 2008, 10, 1074–1081 (April 2008), 美国专利公布2010/0174064, 美国专利公布2009/0028940, 美国专利公布2005/0272754, 美国专利公布号2012/0108620。这些参考文献各自通过引用全部结合到本文中。

“多晶型物”或“多晶型”如本文使用的，是指单一化合物在不同水合物状态例如某些化合物和复合物的性质下存在的不同结晶形式。因此，多晶型是具有相同分子式的不同固体，然而各多晶型可具有不同物理性质。因此，单一化合物可以产生多种多晶型，其中每种形式具有不同的和独特的物理性质，例如溶解度性质、熔点温度、吸湿性、颗粒形状、密度、流动性、相容性和/或x射线衍射峰。每种多晶型的溶解度可以不同，因此，鉴定药物多晶型的存在对于提供具有可预期溶解度性质的药物是必要的。期望研究药物的所有固体状态形式，包括全部多晶型，并且测定每种多晶型的稳定性、溶出度和流动性。化合物的多晶型可以在实验室中通过X射线衍射光谱以及通过其他方法例如红外光谱来区分。对于多晶型的一般性综述和多晶型的药物应用，参见G. M. Wall, Pharm Manuf. 3, 33 (1986)； J. K. Haleblian和W. McCrone, J Pharm. Sci., 58, 911 (1969)；和J. K. Haleblian, J. Pharm. Sci., 64, 1269 (1975)，所有文献通过引用结合到本文中。如本文使用的，术语多晶型有时用作一般性术语是指利福昔明的各种形式并且包括在该情境下，本文公开的利福昔明的盐、水合物、多晶型和无定形。其使用取决于情境并且对于本领域技术人员是清楚的。可用于本文公开的方法和药盒的示例性的利福昔明多晶型在上述公布的专利申请中阐述。

药物制剂可以含有胃肠特异性抗生素以及常规赋形剂，讨论如下。

“GI特异性抗生素”和“GI抗生素”如本文使用，包括已知对GI疾病产生效果的抗生素。例如，利福霉素类抗生素(例如，利福昔明)、新霉素、甲硝唑、替考拉宁、环丙沙星、脱氧土霉素、四环素、奥格门汀、头孢氨苄、青霉素、氨苄西林、卡那霉素、利福霉素、万古霉素及其组合是有用的GI特异性抗生素。甚至更优选的是具有低全身吸收的GI特异性抗生素，例如，利福昔明。低全身吸收包括例如，低于10%吸收、低于5%吸收、低于1%吸收、和低于0.5%吸收。低全身吸收也包括例如，约0.01-1%吸收、约0.05-1%吸收、约0.1-1%吸收、约1-10%吸收或约5–20%吸收。

“改善”、“改进”、“改良”等是指例如，与在受试者或者至少在少数受试者中出现的改善一致的可检测改善或者可检测变化，例如，至少约2%、5%、10%、15%、20%、25%、30%、40%、50%、60%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、98%、100%或大致是这些数值中任意两个之间的范围。与未用利福昔明治疗的受试者相比，这样的改善或变化可以在治疗的受试者中观察到，其中未治疗的受试者患有或者易于发展同样或类似的疾病、病况、症状等。疾病、病况、症状或测定参数的改善可主观或客观地确定，例如，由受试者自我评价、由临床医生评价或通过进行合适的测定或测量，包括例如，生活质量评价、减缓的疾病或病况进展、降低的疾病或病况严重程度、或者用于生物分子、细胞的水平或活性的适当测定、或通过在受试者中检测CDI。改善可以是短暂的、长期的或永久的，或者其可以在GI特异性抗生素给予受试者期间或之后，或者在GI特异性抗生素用于测定或本文所述的或所引用的参考文献所述的其它方法期间或之后的相关时间而变化，例如，在下文所述的时间范围内，或在给予或使用GI特异性抗生素后约1小时至受试者接受此治疗之后约7天、2周、28天、或1、3、6、9个月或更长。

例如症状、分子水平或生物活性等的“调节”是指，例如，该症状或活性等可检测的增加或减少。与未用GI特异性抗生素治疗的受试者相比，在治疗的受试者中可以观察到这样的增加或减少，其中未治疗的受试者具有相同或类似疾病、病况、症状等或者是易于发展相同或类似疾病、病况、症状等。这样的增加或减少可以是至少约2%、5%、10%、15%、20%、25%、30%、40%、50%、60%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、98%、100%、150%、200%、250%、300%、400%、500%、1000%或更多或在这些值的任意两个之间的任意范围内。可主观或客观地确定调节，例如，由受试者自我评价、由临床医生评价或通过进行合适的测定或测量，包括例如，生活质量评价或者用于受试者中的分子水平或活性的适当测定。调节可以是短暂的、长期的或永久的，或者其可以在GI特异性抗生素给予受试者期间或之后，或者在GI特异性抗生素用于测定或本文所述的或所引用的参考文献所述的其它方法期间或之后的相关时间而变化，例如，在下文所述的时间内，或在给予或使用GI特异性抗生素后约1小时至受试者接受GI特异性抗生素之后约2周、28天、3、6、9个月或更长。

术语“调节”也可以指细胞对于GI特异性抗生素暴露的应答的活性的增加或减少，例如对动物细胞的至少一种亚群的增殖抑制和/或分化诱导，从而实现期需的最终结果，例如，用于治疗的GI特异性抗生素的治疗结果可在特定治疗过程中增加或减少。

术语化合物的“预防有效量”是指本文所述的式I、式II、或其它的化合物的量，其在单个或多个剂量给予受试者时有效预防或治疗BD。

如本文使用的，“受试者”包括生物体，例如人和非人类动物，其能够患有或易患可用利福霉素类抗生素(例如，利福昔明)治疗的疾病或症状，或者其另外可以得益于本文所述的利福霉素类抗生素(例如，利福昔明)的给予。优选的人类动物包括人类受试者。术语“非人类动物”包括所有脊椎动物，例如哺乳动物例如啮齿类例如小鼠，和非哺乳动物，例如非人灵长类，例如羊、狗、牛、鸡、两栖类、爬行类等。对肠病易感是指包括处于发展肠病的风险中的受试者，从所治疗的疾病或症状中缓解的受试者，从所治疗的疾病或系统中复发的受试者，已暴露给细菌感染的受试者，例如，医师或护士。

术语化合物的“预防有效量”是指本文所述的式I、式II、或其它的化合物的量，其在单个或多个剂量给予受试者时有效预防或治疗CDI。

术语“给予”或“给药”包括将GI特异性抗生素引入受试者以执行其预期功能的途径。可以使用的给药途径的实例包括注射、口服、吸入、阴道、直肠和透皮。可通过适用于各种给药途径的形式给予药物制剂。例如，这些制剂以片剂或胶囊剂形式给予，通过注射、吸入、洗眼剂、滴眼剂、软膏剂、栓剂等给予，通过注射、输注或吸入给予；通过洗剂或软膏剂局部给予；和通过栓剂直肠给予。优选口服给药。注射可以是推注或可以是连续输注。取决于给药途径，GI特异性抗生素可以用选定的材料包衣或在选定的材料中处理(disposed)，以保护它避免可有害影响其执行其预期功能的能力的自然条件。GI特异性抗生素可以单独给予，或与上述另外的一个或多种药剂或与药学上可接受的载体或这两者联合给予。GI特异性抗生素可以在给予其它药剂之前给予、与所述药剂同时给予或在给予所述药剂之后给予。此外，GI特异性抗生素也可以以前体形式(proform)给予，所述前驱物在体内转化成其活性代谢物或更具活性的代谢物。

与一种或多种治疗药“组合”给予包括同时(并行)和以任意顺序连续给予。

如本领域技术人员显而易见的，给予的有用的体内剂量和具体给药方式将根据年龄、体重、治疗的哺乳动物种类、所用的具体化合物、和/或这些化合物应用的具体用途而变化。有效剂量水平即达到期望结果所需的剂量水平的测定可通过本领域技术人员使用常规药理学方法来完成。典型地，产品的人体临床应用以较低剂量水平开始，增加剂量水平直到达到期望的效果。

术语“获得”例如在“获得GI特异性抗生素”中，意图包括购买、合成或以其它方式获取GI特异性抗生素。

用语化合物的“预防有效量”是指GI特异性抗生素的量，其在单个或多个剂量给予受试者是有效预防或治疗CDI。

本文使用的术语“药剂组合物”(或药剂或药物)，是指适当给予患者时能诱发需要的治疗作用的化合物、组合物、药剂或药物。其不必需要有一种以上类型的成分。

如本文使用的，“应答的持久性”包括例如，在撤除治疗后症状充分缓解，在撤除治疗后症状连续充分缓解，或者大于或优于安慰剂应答的应答。例如，当在撤除治疗后受试者对于利福霉素类抗生素有应答，其应答可视为持久的。应答的持续时间可以是例如，2天、7天、2周、3周、4周、12周、约1周至约24周或更长。该应答可以例如使用一种或多种下文所列方法来测定，包括例如，受试者对其症状的主观评价或健康护理提供者或看护人员对受试者症状的评价。

实施方案涉及在有需要的受试者中减少利福平-耐药性葡萄球菌生物体、减少利福平-耐药性葡萄球菌生物体的量、或减少利福平-耐药性葡萄球菌生物体的发展的方法，其中所述方法包括将包含治疗有效量的利福昔明的组合物给予所述受试者。在某些实施方案中，与治疗前的基线数量相比，给予所述组合物导致利福平-耐药性葡萄球菌的数量减少。在某些实施方案中，相对于基线而言的利福平-耐药性葡萄球菌的数量减少是通过采用本领域技术人员已知的测定所述值的任何方法来测定。例如，相对于基线而言的利福平-耐药性葡萄球菌的数量减少可以通过培养在给予所述组合物之前和之后得自所述受试者的粪便样品而测定。

实施方案也涉及在受试者中减少利福平-耐药性葡萄球菌生物体、减少利福平-耐药性葡萄球菌生物体的量、或减少利福平-耐药性葡萄球菌生物体的发展的方法，其中所述方法包括将利福昔明给予需要抗生素治疗病况的受试者。在某些实施方案中，所述病况选自以下之一：炎性肠病(IBD)、旅行者腹泻(TD)、肝性脑病(HE)、轻微肝性脑病、肠易激综合征(IBS)、腹泻型肠易激综合征(d-IBS)、非便秘型肠易激综合征(non-c-IBS)、艰难梭菌感染(CDI)、纤维肌痛(FM)、慢性疲劳综合征(CFS)、抑郁症、注意力缺陷/多动症(ADHD)、多发性硬化(MS)、系统性红斑狼疮(SLE)、不宁腿综合征、皮肤感染、小肠细菌过度生长、慢性胰腺炎、胰功能不全、憩室炎(或憩室病)、肠炎、结肠炎、皮肤感染、粘膜病症、结肠袋炎、阴道感染、肛裂、耳朵感染、肺部感染、牙周病、酒渣鼻和其它皮肤感染和/或其它相关病况。在某些实施方案中，所述炎性肠病是克罗恩病或溃疡性结肠炎。在某些实施方案中，所述肠炎是由放射治疗或化学治疗所致。

在某些实施方案中，在给予所述组合物之前将胃肠(GI)清洁剂给予受试者。

在某些实施方案中，在给予所述组合物之前约1至约90天给予胃肠清洁剂。在某些实施方案中，在给予所述组合物之前约1至约60天；约1至约30天；约1至约24天；约1至约14天；约1至约10天；约1至约7天；约1至约5天；约1至约4天；约1至约3天；或约1至约2天给予胃肠清洁剂。

在某些实施方案中，所述胃肠清洁剂包含一种或多种基于PEG的组合物或基于磷酸钠的组合物。在某些实施方案中，所述胃肠清洁剂包含聚乙二醇(PEG)、硫酸钠、氯化钠、氯化钾、和抗坏血酸。在某些实施方案中，所述胃肠清洁剂包含磷酸二氢钠、磷酸氢二钠、微晶纤维素、胶态二氧化硅、和硬脂酸镁。

利福昔明可以用于不同治疗方案。这些方案可根据受试者和治疗类型而变化。

利福昔明可以给予例如一天二次、一天三次或如有必要，一天四次或更频繁。可以给予的利福昔明剂量为例如每天一次25 mg至约3000 mg TID。在某些实施方案中，给予受试者利福昔明的剂量为约50 mg至约6000 mg/天。例如，可以给予的利福昔明的日剂量为约25 mg、约30 mg、约35 mg、约40 mg、约45 mg、约50 mg、约55 mg、约60 mg、约65 mg、约70 mg、约75 mg、约80 mg、约85 mg、约90 mg、约95 mg、或约100 mg，在某些实施方案中，可以给予的利福昔明的日剂量为约125 mg、约150 mg、约175 mg、约200 mg、约225 mg、约250 mg、约275 mg、约300 mg、约325 mg、约350 mg、约375 mg、约400 mg、约425 mg、约450 mg、约475 mg、或约500 mg，在某些实施方案中，可以给予的利福昔明的日剂量为约550 mg、约600 mg、约650 mg、约700 mg、约750 mg、约800 mg、约850 mg、约900 mg、约950 mg、或约1000 mg。在某些实施方案中，可以给予的利福昔明的日剂量为约1100 mg、约1200 mg、约1300 mg、约1400 mg、约1500 mg、约1600 mg、约1700 mg、约1800 mg、约1900 mg、约2000 mg、约2100 mg、约2200 mg、约2300 mg、约2400 mg、约2500 mg、约2600 mg、约2700 mg、约2800 mg、约2900 mg、或约3000 mg，在某些实施方案中，可以给予的利福昔明的剂量为约25 mg BID、约30 mg BID、约35 mg BID、约40 mg BID、约45 mg BID、约50 mg BID、约55 mg BID、约60 mg BID、约65 mg BID、约70 mg BID、约75 mg BID、约80 mg BID、约85 mg BID、约90 mg BID、约95 mg BID、或约100 mg BID，在某些实施方案中，可以给予的利福昔明的剂量为约125 mg BID、约150 mg BID、约175 mg BID、约200 mg BID、约225 mg BID、约250 mg BID、约275 mg BID、约300 mg BID、约325 mg BID、约350 mg BID、约375 mg BID、约400 mg BID、约425 mg BID、约450 mg BID、约475 mg BID、或约500 mg BID，在某些实施方案中，可以给予的利福昔明的剂量为约550 mg BID、约600 mg BID、约650 mg BID、约700 mg BID、约750 mg BID、约800 mg BID、约850 mg BID、约900 mg BID、约950 mg BID、或约1000 mg BID。在某些实施方案中，可以给予的利福昔明的剂量为约1100 mg BID、约1200 mg BID、约1300 mg BID、约1400 mg BID、约1500 mg BID、约1600 mg BID、约1700 mg BID、约1800 mg BID、约1900 mg BID、约2000 mg BID、约2100 mg BID、约2200 mg BID、约2300 mg BID、约2400 mg BID、约2500 mg BID、约2600 mg BID、约2700 mg BID、约2800 mg BID、约2900 mg BID或约3000 mg BID，在某些实施方案中，可以给予的利福昔明的剂量为约25 mg TID、约30 mg TID、约35 mg TID、约40 mg TID、约45 mg TID、约50 mg TID、约55 mg TID、约60 mg TID、约65 mg TID、约70 mg TID、约75 mg TID、约80 mg TID、约85 mg TID、约90 mg TID、约95 mg TID、或约100 mg TID，在某些实施方案中，可以给予的利福昔明的剂量为约125 mg TID、约150 mg TID、约175 mg TID、约200 mg TID、约225 mg TID、约250 mg TID、约275 mg TID、约300 mg TID、约325 mg TID、约350 mg TID、约375 mg TID、约400 mg TID、约425 mg TID、约450 mg TID、约475 mg TID、或约500 mg TID，在某些实施方案中，可以给予的利福昔明的剂量为约550 mg TID、约600 mg TID、约650 mg TID、约700 mg TID、约750 mg TID、约800 mg TID、约850 mg TID、约900 mg TID、约950 mg TID、或约1000 mg TID。在某些实施方案中，可以给予的利福昔明的剂量为约1100 mg TID、约1200 mg TID、约1300 mg TID、约1400 mg TID、约1500 mg TID、约1600 mg TID、约1700 mg TID、约1800 mg TID、约1900 mg TID、约2000 mg TID、约2100 mg TID、约2200 mg TID、约2300 mg TID、约2400 mg TID、约2500 mg TID、约2600 mg TID、约2700 mg TID、约2800 mg TID、约2900 mg TID或约3000 mg TID。利福昔明可以以例如片剂形式、粉末形式、液体形式或胶囊剂给予。在某些实施方案中，利福昔明可以以时间释放制剂给予。

在某些实施方案中，利福昔明以可溶性固体分散体形式给予。例如，可以给予的利福昔明为约25 – 550 mg利福昔明可溶性固体分散体。利福昔明的可溶性固体分散体描述于"FORMULATIONS OF RIFAXIMIN AND USES THEREOF," 美国专利公布号2012/0077835，其通过引用全部结合到本文中。

在某些实施方案中，将利福昔明给予受试者的持续时间为约1周至约6周、约8周至约12周、或约1天至约21天。在一个实施方案中，将利福昔明给予10天。可以给予利福昔明约1天至约1年、或1周至约52周。在某些实施方案中，给予利福昔明约1周至约24个月。在治疗过程中，利福昔明可以间歇给予或连续给予。治疗时间长度可以根据疾病类型和持续期间而不同，本领域技术人员得益于本公开内容可以容易地确定合适的治疗时间长度。

对于任何实施方案，可将利福昔明给予受试者例如一天一次、一天两次、一天三次或一天四次(或对于具体受试者，如有必要，更频繁)。在某些实施方案中，所述方法包括将利福昔明一天一次地给予受试者，因为这可例如将副作用减至最小并增加患者依从性。在某些实施方案中，给予利福昔明一天两次和/或三次。

根据某些优选的实施方案，剂量范围为每天给予约50至约6000 mg利福昔明。例如，一剂400 mg可以给予受试者一天三次，或一剂550 mg可以给予受试者一天两次。对于本文公开的方法，其它合适剂量可以由保健专业人员或受试者来确定。每天给予的利福昔明的量可以根据受试者的体重、年龄、健康、性别或医学状况而增加或减少。本领域技术人员将能根据本公开内容确定患者的合适剂量。

根据某些实施方案，利福昔明可以与其它化合物联合给予，所述其它化合物包括例如化疗药、抗炎药、解热药、辐射增敏剂、辐射防护剂、泌尿药、止吐药和/或止泻药。例如，顺铂、卡铂、多西他赛、紫杉醇、氟尿嘧啶、卡培他滨、吉西他滨、伊立替康、托泊替康、依托泊苷、丝裂霉素、吉非替尼、长春新碱、长春碱、多柔比星、环磷酰胺、塞来考昔、罗非考昔、伐地考昔、布洛芬、萘普生、酮洛芬、地塞米松、泼尼松、泼尼松龙、氢化可的松、对乙酰氨基酚、米索硝唑、氨磷汀、坦洛新、非那吡啶、昂丹司琼、格拉司琼、阿洛司琼、帕洛诺司琼、异丙嗪、丙氯拉嗪、曲美苄胺、阿瑞吡坦(aprepitant)、地芬诺酯及阿托品、和/或洛哌丁胺。

本发明的实施方案也包括药物组合物，其包含有效量的本文所述的利福霉素类抗生素(例如，利福昔明或利福昔明多晶型)和药学上可接受的载体。

在某些实施方案中，所述药物组合物包含利福昔明或其任何多晶型和药学上可接受的载体。也就是说，制剂可以含有仅一种多晶型或可以含有不止一种多晶型的混合物。多晶型，在这种情况下，是指利福昔明的任何物理形式、水合物、酸、盐等。混合物可以根据例如所需的全身吸收量、溶出性质、所治疗的消化道的期需部位等来选择。所述药物组合物进一步包含赋形剂，例如，一种或多种稀释剂、结合剂、润滑剂、崩解剂、着色剂、矫味剂或甜味剂。组合物可以被配制成供所选的包衣和未包衣片剂、硬质和软质明胶胶囊剂、包糖衣丸剂、锭剂、薄片剂(wafer sheet)、小药丸和在密封包装中的散剂。例如，组合物可被配制成供局部使用，例如软膏剂、发膏剂(pomades)、乳膏剂、凝胶剂和洗剂。

在某些实施方案中，采用药学上可接受的制剂将利福霉素类抗生素(例如，利福昔明)给予受试者，例如这样的药学上可接受的制剂：在所述药学上可接受的制剂给予受试者之后其给受试者提供持续递送利福霉素类抗生素(例如，利福昔明)达至少12小时、24小时、36小时、48小时、1周、2周、3周、或4周。

在某些实施方案中，这些药物组合物适于局部或口服给予受试者。在某些实施方案中，如下文详述的，所述药物组合物可特别地配制成用于以固体或液体形式给予，包括适合于以下的那些：(1)口服给予，例如，顿服剂(drench)(水性会非水性溶液剂或混悬剂)、片剂、大丸剂、散剂、颗粒剂、糊剂；(2)胃肠外给予，例如，通过皮下、肌内或静脉内注射，例如，无菌溶液剂或混悬剂；(3)局部施用，例如，作为施用到皮肤上的乳膏剂、软膏剂或喷剂；(4)阴道内或直肠内，例如作为阴道栓剂、乳膏剂或泡沫剂；或(5)气溶胶，例如，作为含有所述化合物的水性气溶胶、脂质体制剂或固体颗粒。

短语“药学上可接受的”是指本文所述的那些利福霉素类抗生素(例如，利福昔明)、含有这些化合物的组合物和/或剂型，其在合理医学判断范围内适用于与人体和动物组织接触，而无过量毒性、刺激性、过敏反应或其它问题或并发症，与合理的利益/风险比相称。

短语“药学上可接受的载体”包括药学上可接受的材料、组合物或溶媒，例如液体或固体填充剂、稀释剂、赋形剂、溶剂或包封材料，涉及将主题化学物质从一个器官或身体部分携带或转运到另一器官或身体部分。每种载体是“可接受的”，意思是与制剂的其它成分相容并且对患者无害。可用作药学上可接受的载体的材料的一些实例包括：(1)糖类，例如乳糖、葡萄糖和蔗糖；(2)淀粉类，例如玉米淀粉和马铃薯淀粉；(3)纤维素及其衍生物，例如羧甲基纤维素钠、乙基纤维素和醋酸纤维素；(4)粉状西黄蓍胶；(5)麦芽；(6)明胶；(7)滑石粉；(8)赋形剂，例如可可脂和栓剂蜡；(9)油类，例如花生油、棉籽油、红花油、芝麻油、橄榄油、玉米油和大豆油；(10)二醇类，例如丙二醇；(11)多元醇类，例如丙三醇、山梨醇、甘露醇和聚乙二醇；(12)酯类，例如油酸乙酯和月桂酸乙酯；(13)琼脂；(14)缓冲剂，例如氢氧化镁和氢氧化铝；(15)海藻酸；(16)无热原水；(17)等渗盐水；(18)林格溶液；(19)乙醇；(20)磷酸盐缓冲液；和(21)用于药物制剂的其它无毒的相容性物质。

润湿剂、乳化剂和润滑剂，例如十二烷基硫酸钠和硬脂酸镁，以及着色剂、释放剂、包衣剂、甜味剂、矫味剂和芳香剂、防腐剂和抗氧化剂也可以存在于所述组合物中。

药学上可接受的抗氧化剂的实例包括：(1)水溶性抗氧化剂，例如抗坏血酸、盐酸半胱氨酸、硫酸氢钠、焦亚硫酸钠、亚硫酸钠等；(2)油溶性抗氧化剂，例如抗坏血酸棕榈酸酯、丁基羟基茴香醚(BHA)、丁基羟基甲苯(BHT)、卵磷脂、没食子酸丙酯、α-生育酚等；和(3)金属螯合剂，例如柠檬酸、乙二胺四乙酸(EDTA)、山梨醇、酒石酸、磷酸等。

含有利福霉素类抗生素(例如，利福昔明)的组合物包括适用于口服、鼻用、局部(包括含服和舌下)、直肠、阴道、气溶胶和/或胃肠外给予的那些。所述组合物可以方便地以单位剂量形式提供，并且可通过药学领域公知的任何方法制备。可与载体物质组合以制备单个剂量形式的活性成分的量可以根据所治疗的宿主、具体给药方式而改变。可与载体物质组合以制备单个剂量形式的活性成分的量通常是产生治疗作用的化合物的量。通常，以百分数计，该量范围为约1%至约99%的活性成分，优选约5%至约70%，最优选约10%至约30%。

供口服或直肠给予利福霉素类抗生素(例如，利福昔明)的液体剂型包括药学上可接受的乳剂、微型乳剂、溶液剂、混悬剂、糖浆剂和酏剂。除了活性成分外，该液体剂型还可含有本领域常用的惰性稀释剂，例如，水或其它溶剂、增溶剂和乳化剂，例如乙醇、异丙醇、碳酸乙酯、乙酸乙酯、苯甲醇、苯甲醇苄酯、丙二醇、1,3-丁二醇、油类(具体地讲，棉籽油、花生油、玉米油、胚芽油、橄榄油、蓖麻油和芝麻油)、甘油、四氢呋喃醇、聚乙二醇类和脱水山梨醇的脂肪酸酯及其混合物。

除了惰性稀释剂外，所述口服组合物还可以包括辅助剂，例如润湿剂、乳化剂和悬浮剂、甜味剂、矫味剂、着色剂、芳香剂和防腐剂。

混悬剂，除了活性利福霉素类抗生素(例如，利福昔明)外，还可以含有悬浮剂，例如乙氧基化异硬脂醇、聚氧乙烯山梨醇和脱水山梨醇酯、微晶纤维素、偏氢氧化铝、膨润土、琼脂和西黄蓍胶及其混合物。

供直肠或阴道给药的药物组合物可以呈栓剂形式，其可如下制备：将一种或多种利福霉素类抗生素(例如，利福昔明)与一种或多种合适的无刺激性赋形剂或载体混合，所述赋形剂或载体包括例如可可脂、聚乙二醇、栓剂蜡或水杨酸酯，并且其在室温下是固体，但在体温下是液体，因此，在直肠或阴道腔内融化并释放活性剂。适用于阴道给药的组合物可以包括含有本领域已知合适的载体的阴道栓、棉塞、乳膏剂、凝胶剂、糊剂、泡沫剂或喷雾制剂。

供局部或透皮给予利福霉素类抗生素(例如，利福昔明)的剂型可以包括散剂、喷雾剂、软膏剂、糊剂、乳膏剂、洗剂、凝胶剂、溶液剂、贴剂和吸入剂。活性利福霉素类抗生素(例如，利福昔明)可以在无菌条件下与药学上可接受的载体并任选与可能有益的任何防腐剂、缓冲剂或抛射剂混合。

除了利福霉素类抗生素(例如，利福昔明)外，软膏剂、糊剂、乳膏剂和凝胶剂还可以含有赋形剂，例如动物和植物脂肪、油类、蜡、石蜡、淀粉、西黄蓍胶、纤维素衍生物、聚乙二醇、硅酮、膨润土、硅酸、滑石粉和氧化锌或其混合物。

除利福霉素类抗生素(例如，利福昔明)之外，散剂和喷雾剂还可以含有赋形剂，例如乳糖、滑石粉、硅酸、氢氧化铝、硅酸钙和聚酰胺粉，或这些物质的混合物。喷雾剂可以额外地含有常规抛射剂，例如氯氟烃类和挥发性的未取代的烃类，例如丁烷和丙烷。

或者，所述利福霉素类抗生素(例如，利福昔明)可通过气溶胶来给予。这通过例如制备含有该化合物的含水气溶胶、脂质体制剂或固体颗粒来实现。可以使用非水性(例如，氟碳抛射剂)混悬液。声波雾化器是优选的，因为它们使药剂对于剪切的暴露最少，该剪切可导致所述化合物降解。

可用于药物组合物的合适的水性和非水性载体的实例可以包括水、乙醇、多元醇(例如甘油、丙二醇、聚乙二醇等)及其合适的混合物、植物油例如橄榄油、和注射用有机酯例如油酸乙酯。可以通过使用包衣材料例如卵磷脂，在分散体的情况下通过维持粒度，以及通过使用表面活性剂来保持适宜的流动性。

这些组合物也可以含有辅助剂例如防腐剂、润湿剂、乳化剂和分散剂。可以通过包含各种抗细菌剂或抗真菌剂例如对羟基苯甲酸酯类、氯丁醇、苯酚、山梨酸等来确保防止微生物的作用。还可合乎需要的是，在组合物中包括等渗剂例如糖类、氯化钠等。此外，可以通过包含延缓吸收的药剂例如单硬脂酸铝和明胶使得可注射药物形式延长吸收。

在某些情况下，为了延长药物的作用，期望改变药物的吸收。这可通过使用结晶盐或具有不良水溶性的无定形物质的液体混悬液来实现。然后，药物吸收速率可取决于其溶解速率，其继而又可取决于晶粒大小和晶型。或者，通过使该药物溶解或混悬于油载体中来实现药物形式的延缓吸收。

当所述利福霉素类抗生素(例如，利福昔明)作为药物给予人和动物时，它们可以以其本身给予或者以药物组合物给予，所述药物组合物含有例如0.1-99.5%(更优选0.5-90%)的活性成分以及药学上可接受的载体。

与所选择的给药途径无关，通过本领域技术人员已知的方法将利福霉素类抗生素(例如，利福昔明)配制成药学上可接受的剂型，所述利福霉素类抗生素(例如，利福昔明)可以以适宜的水合形式和/或本文公开的药物组合物形式使用。

本文公开的药物组合物中的活性成分给药的实际剂量水平和时间进程可不同，以便获得一定量的活性成分，该量对于具体患者、组合物和给药模式，有效实现所需治疗反应，而对患者无毒。示例性的剂量范围为25-3000mg/天。

在联合疗法治疗中，通过方法将本文公开的化合物和其它药剂两者都给予哺乳动物(例如，人，男性或女性)。所述药剂可以以单一剂型或分离的剂型来给予。其它治疗药的有效量是本领域技术人员众所周知的。然而，确定其它治疗药的有效量范围完全在技术人员的能力范围内。在其中另一治疗药给予动物的实施方案中，化合物的有效量小于在不给予其它治疗药时的其有效量。在某些实施方案中，药剂的有效量小于在不给予所述化合物时的其有效量。这样，高剂量的任一药物相关的不想要的副作用可以最小化。其它潜在的优势(包括但不限于改进给药方案和/或降低药物成本)对于本领域技术人员来说将会是显而易见的。

在多个实施方案中，如下给予所述治疗(例如，预防剂或治疗剂)：小于5分钟的间隔、小于30分钟的间隔、1小时的间隔、以约1小时的间隔、以约1至约2小时的间隔、以约2小时至约3小时的间隔、以约3小时至约4小时的间隔、以约4小时至约5小时的间隔、以约5小时至约6小时的间隔、以约6小时至约7小时的间隔、以约7小时至约8小时的间隔、以约8小时至约9小时的间隔、以约9小时至约10小时的间隔、以约10小时至约11小时的间隔、以约11小时至约12小时的间隔、以约12小时至18小时的间隔、18小时至24小时的间隔、24小时至36小时的间隔、36小时至48小时的间隔、48小时至52小时的间隔、52小时至60小时的间隔、60小时至72小时的间隔、72小时至84小时的间隔、84小时至96小时的间隔、或96小时至120小时的间隔。在优选的实施方案中，在同一患者就诊中给予两种或更多种治疗。

在某些实施方案中，一种或多种所述利福霉素类抗生素(例如，利福昔明)和一种或多种其它治疗(例如，预防剂或治疗剂)被循环给予。循环治疗包括给予第一治疗(例如，第一预防剂或治疗剂)达一定时间，接着给予第二治疗(例如，第二预防剂或治疗剂)达一定时间，任选地，接着给予第三治疗(例如，预防剂或治疗剂)达一段时间等等，并重复此序贯给药，例如，该循环是为了减少对所述治疗之一产生耐药性，避免或减少所述治疗之一的副作用，和/或改善所述治疗的功效。

在某些实施方案中，可以反复给予相同化合物，并且该给予可以分隔至少约1天、2天、3天、5天、10天、15天、30天、45天、3周、4周、5周、6周、12周、2个月、75天、3个月、或至少6个月。在其它实施方案中，可以反复给予不同于利福霉素类抗生素(例如，利福昔明)的相同治疗(例如，预防剂或治疗剂)，并且该给予可以分隔至少1天、2天、3天、5天、10天、15天、30天、45天、2个月、75天、3个月、或至少6个月。在一个实施方案中，利福霉素类抗生素上的标签可以指示，例如，不要比每6周更频繁的重复。在另一个实施方案中，利福霉素类抗生素上的标签可以指示，例如，不要比每3周更频繁的重复。在另一个实施方案中，利福霉素类抗生素上的标签可以指示，例如，不要比每3–12周更频繁的重复。对于剂量和给药，包括在本文给出的范围内的是该范围内的任意值。

在某些实施方案中，与本文公开的方法组合的重复治疗(retreatment)是有效的。例如，本文所述的方法可以进一步包括确定受试者的症状减轻并在症状仍未解决时给予第二疗程的利福昔明治疗。

本文也提供药盒，例如，用利福昔明在受试者中治疗疾病、症状或感染的药盒。所述药盒可以含有例如，利福昔明的多晶型或无定形和使用说明书。使用说明书可以含有开处方的信息、剂量信息、贮藏信息等。

在某些实施方案中，所述标签描述了不良事件，其包括以下的一种或多种：感染和侵染、胃肠病症、神经系统病症和肌肉骨骼和结缔组织病症。

在某些实施方案中，所述标签描述了用利福霉素类抗生素的治疗时间长度，由此如果健康护理专业人员根据标签说明开具所述利福霉素类抗生素处方，则选择受试者为对治疗应答。

在某些实施方案中，所述标签描述了用利福霉素类抗生素的治疗时间长度，由此如果健康护理专业人员根据标签说明开具所述利福霉素类抗生素处方，则将受试者移出治疗。

也提供了包装的组合物，并且其可以包含治疗有效量的利福昔明的一种或多种无定形、α型、β型、γ型、δ型、ε型、ζ型、mu型、omicron型、kappa型、iota型或η型多晶型以及药学上可接受的载体或稀释剂，其中所述组合物被配制成用于治疗患有或易患肠病的受试者，并与治疗患有或易患肠病的受试者的说明书一起包装。

实施例

应当理解，本文所公开的本发明的实施方案不应理解为限于现在描述的实施例；当然，实施方案可理解为包括本文提供的任何和所有应用以及本领域普通技术人员技能范围之内的所有等同变化。

实施例 1 。

实验方法

基线测定

获取成年雄性Sprague-Dawley大鼠并隔离5天。在此时间内，将饲料标准化以确保所有动物具有相同喂养类型。

在此平衡期后，经肛门刺激从每只大鼠收集新鲜粪便(n=30)。在第0天收集的粪便经均质化并通过用1XPBS (磷酸缓冲盐水)系列稀释铺板在含苯乙醇(PEA)的血琼脂上，以选择葡萄球菌的存在。同样，将经均质的粪便连续铺板到MacConkey琼脂上，以选择和确定粪便中的大肠菌群计数。将所有平板在37°C孵育24小时。根据系列粪便稀释度和菌落计数，确定葡萄球菌和大肠菌群的基线粪便水平。

利福昔明强饲和粪便大肠菌群模式

将大鼠分为3个治疗组并用或不用高剂量的利福昔明每日强饲，持续10天。组1仅强饲PBS，组2每天强饲利福昔明200mg/PBS。在每天强饲10天后对组1和2实施安乐死。组3每天强饲利福昔明200mg/PBS并在利福昔明结束后关养30天，然后实施安乐死。在利福昔明治疗期间，如上所述地每天收集新鲜粪便。同样，粪便经均质化并通过系列稀释铺板在MacConkey和PEA琼脂上，以确定治疗期间的大肠菌群和葡萄球菌计数。完成10天治疗后，对10只大鼠实施安乐死，通过培养和qPCR对整个肠道进行细菌定量测定。在利福昔明结束后，将剩余的10只大鼠继续30天。将这些大鼠的间隔粪便培养物用于葡萄球菌和大肠菌群的定量测定并确定粪便菌群恢复时间，如果有的话。

腔内细菌的定量测定

为了检测腔内细菌计数，在PBS 10天(n=10) (对照)后、在利福昔明10天(n=10)后和在利福昔明30天(n=10)后对大鼠实施安乐死并解剖。解剖期间，如前所述地(Pimentel等人，2008. Dig Dis Sci 53:982-989)结扎十二指肠、空肠、回肠、盲肠、左结肠的预定区段并切除。从每一区段提取腔内容物。对于大肠菌群的培养，再次制备系列稀释并铺板在MacConkey琼脂上，然后孵育和计数。另外，腔内容物也用于通过qPCR测定总细菌计数。

为了定量测定腔内容物中的细菌，使用qPCR。使用市售试剂盒，自十二指肠、空肠、回肠、盲肠、左结肠样品的腔内容物中分离DNA。使用市售的RT-PCR检测系统和光学级96孔板，细菌通用引物(Mohammadi等人2003. J Clin Microbiol 41(10):4796-4798)用于自DNA扩增16S rRNA基因。一式两份地运行样品。为了产生标准曲线，自裂解的大肠杆菌培养物的10倍稀释液分析Ct值。将来自多个实验室菌株的大肠杆菌合并并在LB培养基上培养。

利福平药敏试验

在分离自利福昔明治疗10天之前和之后的大鼠粪便的葡萄球菌中测试利福平敏感性。从PEA板，挑取30个随机辨认的葡萄球菌菌落用于基线培养，将其悬浮在PBS中并涂布在PEA琼脂板以产生菌苔。将市售的利福平测试条加入到各菌苔以检测利福平耐药性。通过E试验检测的利福平平均抑制浓度(MICs)的范围为0.002-32 μg/mL。根据制造商的说明书，在<2ug/mL生长被认为是敏感性的，在2-4ug/mL生长被认为对利福平具有中等耐药性，在>4ug/mL生长被认为对利福平具有耐药性。利福昔明10天后，将粪便再次铺板到PEA上并挑取另外30个葡萄球菌菌落，用于产生菌苔，以便使用所用的测试条来分析利福平耐药性。因为在利福昔明治疗后30天，无明显的葡萄球菌菌落残留，所以不能评价敏感试验。

数据分析

为了比较各组之间的粪便的细菌菌落计数或qPCR，使用曼-惠特尼u检验，将数据表示为中值，因为数据是非正态的。当比较利福昔明前后的菌落计数时，使用威尔科克森秩和检验用于配对。显著性记为P-值<0.05。在比较对照与利福昔明10天和利福昔明后30天的计数的趋势中，将数据进行对数转换，以使数据标准化并通过克鲁斯卡尔-沃利斯检验来比较。

IBS 模型

在空肠弯曲杆菌急性感染后，大鼠出现IBS和小肠细菌过度生长的表型。为了在患有IBS的受试者中在利福昔明治疗后检查抗生素耐药性，用顶端带球的(ball-tipped)强饲针，在强饲碳酸氢盐溶液30分钟内，给100只Sprague-Dawley大鼠强饲108 cfu的空肠弯曲杆菌81-176。强饲后，连续7天对大鼠每天进行空肠弯曲杆菌的粪便培养以证实感染。另外，根据稠度表征粪便。

强饲后30天，连续两天收集粪便样品以证实粪便中不存在空肠弯曲杆菌。一旦证实大鼠已经清除空肠弯曲杆菌后，将它们在普通条件下关养3个月时间。

空肠弯曲杆菌清除后3个月，对大鼠收集5天的早晨粪便。该粪便收集是用于测定在空肠弯曲杆菌不存在时的粪便湿重百分率，和5点布里斯托尔(Bristol)样粪便量表中的粪便稠度。

然后将大鼠随机化，并每天给予200mg剂量的利福昔明/PBS或仅PBS，持续10天。在10天期间，每天收集粪便样品以测定细菌计数、粪便稠度和粪便湿重。当完成利福昔明治疗后，对大鼠再监测额外的7天。在最后5天期间，收集粪便样品并检查稠度、湿重和细菌计数。

最后，大鼠通过CO₂窒息而安乐死并将其解剖。解剖包括结扎预先测定的回肠、空肠、十二指肠、盲肠、横结肠、左结肠和直肠的区段，以保存腔内容物，用于评价内部微生物区系。

测试了利福昔明对葡萄球菌的作用并检查了抗生素耐药性。检查了结扎的肠区段的内容物以逐段测定细菌的数量和种类并评价粘膜细胞因子的表达。

实施例 2.

利福昔明对粪便革兰氏阳性细菌例如葡萄球菌的作用

总共评价了20只雄性Sprague-Dawley大鼠(实施例1)。在基线，大鼠具有中值为5.50x10⁵cfu/ml (范围= 0 - 1.96 x10⁶cfu/ml)葡萄球菌(金黄色葡萄球菌和血浆凝固酶型-葡萄球菌(coag- Staphylococcus)的总和)。18/20大鼠的粪便中在基线时具有可检测的金黄色葡萄球菌，但所有大鼠都具有血浆凝固酶阴性葡萄球菌。利福昔明10天后，中值总计数明显降至1.20x10⁵cfu/ml (范围= 0 - 8.6x10⁵cfu/ml) (p<0.01，通过威尔科克森秩和检验用于配对) (图8)。在利福昔明治疗10天时，五(5)只大鼠的粪便中具有可检测的金黄色葡萄球菌，但在2x10³cfu/ml的低水平。在时间进程中，到第3天可见粪便中的葡萄球菌明显减少。在利福昔明治疗前和在利福昔明治疗10天时，挑取30个随机葡萄球菌菌落并铺板，用于测试利福平耐药性。在基线(利福昔明之前)，两(2)个葡萄球菌菌落是耐药的，和五(5)个菌落表现出对利福平的中等耐药(表1)。然而，在利福昔明治疗结束后，没有菌落是耐药的，并且仅一(1)个菌落表现出对利福平的中等耐药。对于利福平的平均抑制浓度(MIC)是1.1±1.6ug/mL(对于基线)和0.91±0.52ug/mL(在高剂量利福昔明10天后)(P=0.63)。

表1. 在强饲利福昔明10天之前和之后，针对利福平的葡萄球菌耐药性

结果表明Sprague-Dawley大鼠的粪便中具有大量葡萄球菌，主要是血浆凝固酶型葡萄球菌。用利福昔明治疗减少了粪便中的葡萄球菌计数。此外，尽管一些葡萄球菌在高剂量利福昔明后仍然存留，但这些菌中无一表现出对利福平的耐药性，尽管在先前的利福昔明治疗中观察到耐药性的罕见情况。因此，利福昔明在10天疗程后看来在葡萄球菌中并不选择利福平耐药性并且可能削弱或减少利福平-耐药性葡萄球菌的数量。以下事实证明了这一点：利福昔明治疗后，与治疗前相比，有更少的利福平耐药性的证据。利福昔明看来也减少总的葡萄球菌菌落计数。具体地讲，在30天后，在任何大鼠中的葡萄球菌菌落不足以进行分析(图9)。

因此，本文提供的是将利福昔明给予有需要的受试者的方法，其中利福昔明的给予在受试者中减少了耐药性葡萄球菌的数量。在某些实施方案中，利福昔明的给予在受试者中对利福平葡萄球菌的MIC无影响。

实施例 3.

有和无利福昔明时粪便的大肠菌群培养

在大鼠中评价利福昔明对粪便大肠菌群的影响(实施例1)。相比基线，用利福昔明可见粪便中的大肠菌群减少。在基线时，大鼠具有中值1.86x10⁴cfu/ml。在10天利福昔明治疗期间，大肠菌群计数有适度但明显的减少，经10天高剂量利福昔明，减少至2.2x10³ cfu/mL (P<0.01,威尔科克森秩和检验用于配对)。在3天利福昔明治疗内，大肠菌群计数得以恢复。图1显示在利福昔明治疗完成后达30天粪便大肠菌群计数的中值变化，而图2显示在利福昔明治疗完成后达7天时间窗口的粪便大肠菌群计数的中值变化的展开图。

结果表明高剂量利福昔明强饲大鼠，导致大肠菌群计数适度但明显的减少。然而在治疗停止3天内观察到出现恢复到正常水平(图1)。

实施例 4.

有和无利福昔明时腔内细菌的 qPCR

此处使用来自上述大肠菌群培养研究的相同的成年雄性Sprague-Dawley大鼠。在本实验中，在利福昔明治疗10天时对10只大鼠实施安乐死，并且在利福昔明治疗完成后30天对10只大鼠实施安乐死。作为这两组的对照，一组10只大鼠仅强饲PBS (安慰剂)；对这些大鼠也在10天后实施安乐死。安乐死后，解剖大鼠，移出回肠、空肠和十二指肠以及盲肠和左结肠的区段。将来自这5个区域的腔内容物取出，并提取DNA。定量PCR (qPCR)用于测定肠的每个区段的细菌总数。对于对照大鼠、利福昔明治疗的大鼠和利福昔明后30天的大鼠之间的这些计数进行比较(实施例1)。

图4-7概述了这些研究结果。在未治疗的对照大鼠中可见大肠菌群计数随着肠的下降而数量增加，最高计数记录是在盲肠和左结肠。与人体类似，在这些大鼠中的十二指肠事实上无大肠菌群。利福昔明治疗后，通过培养，大肠菌群计数无明显变化(图3)。

当通过qPCR检查总细菌计数时，可见利福昔明减少小肠中的细菌水平，但不减少结肠中的细菌水平。当将对照大鼠与接受利福昔明的所有大鼠(n=20)进行比较时(图6)，记录到在十二指肠中的细菌计数有明显减少。尽管空肠计数看来也同样减少，但这并未达到统计显著性，甚至在n=20时。在空肠之外，在回肠、盲肠或左结肠中未见细菌计数的差异(图7)。

数据表明利福昔明的作用主要是在十二指肠和空肠，在盲肠中有一些可能的作用。然而，总左结肠计数不受利福昔明治疗的影响。有趣的是，在短期治疗后通过qPCR可见总细菌减少，但在利福昔明完成后继续减少，因为计数到30天时甚至更低。这表明完成利福昔明的重要性，但也表明利福昔明对小肠总细菌的改变具有持久作用。

结果表明，在用利福昔明治疗的大鼠中总腔内细菌显示出总细菌计数在十二指肠和空肠中有最大减少。利福昔明看来对总十二指肠细菌计数具有持久作用。在利福昔明10天后观察到十二指肠细菌计数的减少，其在利福昔明完成后持续30天，尽管这不完全达到统计显著性(图4) (P=0.08，通过克鲁斯卡尔-沃利斯检验)。在空肠中观察到类似的但不显著的趋势。对于结肠的细菌计数看来无作用(图5)。

实施例 5.

膳食脂肪与利福昔明对粪便大肠菌群细菌的影响

将成年雄性Sprague-Dawley大鼠随机分为3组。组1每天强饲利福霉素/PBS，持续7天。组2通过强饲，每天接受利福昔明200mg/脂质。组3是仅给予PBS的10只大鼠(对照)。在基线和每天强饲期间，经肛门刺激从大鼠收集新鲜粪便。粪便经均质化并通过系列稀释铺板到MacConkey琼脂(BD Diagnostics, Franklin Lakes, NJ)上。这是对于大肠菌群细菌的选择性琼脂。根据系列稀释，测定大肠菌群细菌总数。

评价总共20只雄性Sprague-Dawley大鼠。正如在健康动物中预期的，在十二指肠中几乎未见大肠菌群。在所有3组中的中值大肠菌群计数为0。然而，在更远离的肠区段中计数增加。利福昔明，无论是自身还是用油作为溶解介质，看来都不改变健康大鼠的小肠中的正常菌群计数。

结论是，在对照大鼠中大肠菌群计数正如预期，而利福昔明对健康大鼠中的这些计数几乎没有影响。

实施例 6.

在患有 IBS 的受试者中利福昔明对葡萄球菌的影响

在空肠弯曲杆菌急性感染和清除后，给101只表现出IBS表型的Sprague-Dawley大鼠强饲安慰剂和利福昔明。给50只大鼠强饲安慰剂，给51只大鼠强饲利福昔明。然后检查大鼠中葡萄球菌的存在。用利福昔明治疗后，葡萄球菌在大鼠中的定植率降低。(图10)

在具有可检测的葡萄球菌的大鼠中，用E-测试条测试利福平耐药性，并通过Fisher氏精确检验来分析数据。结果证明在具有IBS表型的大鼠中在用利福昔明治疗后没有证据表明利福平耐药性。(表2)

表2. 对利福平的葡萄球菌敏感性测试的概述。

*P-值根据曼-惠特尼u非参数检验。

文献结合

本申请全文引用的所有文献、专利、待审专利申请和公布的专利的内容明确地通过引用结合到本文中。

等同方案

仅采用常规实验，本领域技术人员将认识到或者能够确定本文所述的本发明实施方案的许多等同方案。这样的等同方案意欲包括在所附权利要求书中。

Claims (15)

1.在有需要的受试者中减少利福平-耐药性葡萄球菌生物体的方法，包括将含有治疗有效量的利福昔明的组合物给予所述受试者。

2.权利要求1的方法，其中与治疗前的基线数量相比，减少导致利福平-耐药性葡萄球菌的数量减少。

3.权利要求2的方法，其中相对于基线而言的利福平-耐药性葡萄球菌的数量减少通过培养在给予所述组合物之前和之后得自所述受试者的粪便样品而测定。

4.权利要求1-3中任一项的方法，其中对于葡萄球菌生物体，利福平的阈值平均抑制浓度小于约2.5μg/mL。

5.权利要求1-4中任一项的方法，其中给予利福昔明的剂量为约50mg至约6000mg/天。

6.权利要求1-4中任一项的方法，其中给予利福昔明的剂量为约100mg至约6000mg；约50mg至约2500mg BID；约50mg至约2000mg TID；200mg TID；200mg BID或200mg QD。

7.权利要求1-4中任一项的方法，其中给予利福昔明的剂量为约550mg、600mg或1650mg TID、QD或BID。

8.权利要求1-4中任一项的方法，其中给予所述组合物约1周至约24个月。

9.权利要求1-4中任一项的方法，其中给予所述组合物约10天。

10.权利要求1-10中任一项的方法，其中所述受试者患有选自以下的肠病：炎性肠病(IBD)、肝性脑病(HE)、肠炎、结肠炎、肠易激综合征(IBS)、腹泻型肠易激综合征(d-IBS)、非便秘型肠易激综合征(non-CIBS)、旅行者腹泻(TD)、艰难梭菌感染(CDI)、憩室病、纤维肌痛(FM)、慢性疲劳综合征(CFS)、抑郁症、注意力缺陷/多动症(ADHD)、多发性硬化(MS)、系统性红斑狼疮(SLE)、小肠细菌过度生长、慢性胰腺炎、和胰功能不全。

11.权利要求11的方法，其中所述炎性肠病选自：克罗恩病和溃疡性结肠炎。

12.权利要求11的方法，其中所述肠炎由放射治疗或化学治疗所致。

13.权利要求1-4中任一项的方法，进一步包括在给予包含利福昔明的组合物之前将胃肠(GI)清洁剂给予所述受试者。

14.权利要求14的方法，其中在给予所述组合物之前给予所述胃肠清洁剂约1至约90天。

15.权利要求15的方法，其中在给予所述组合物之前给予所述胃肠清洁剂约1至约60天；约1至约30天；约1至约24天；约1至约14天；约1至约10天；约1至约7天；约1至约5天；约1至约4天；约1至约3天；或约1至约2天。