CN104331640B - 基于生物云平台的项目结题报告分析系统和方法 - Google Patents

Abstract

本发明公开了基于生物云平台的项目结题报告分析系统和方法，系统包括：结题报告解析，对各个项目的结题报告进行解析，并将解析结果以及原始数据整合封装成相应的项目文件；结题报告呈现模块，查询所有的项目文件并以列表形式展示，将某个项目按照预设样式显示；综合分析模块，接收用户界面模块发送的用户请求并生成分析任务，按照分析任务的指示进行分析，并将分析结果发送给结题报告呈现模块；结题报告呈现模块，还从项目文件列表中查询并读取项目文件对应的分析结果，并对项目文件以及相应的分析结果进行展示。通过将结题报告的内容、原始数据和分析软件集成到一个页面中，使用户在查看结题报告的同时查看原始数据并进行分析，提高工作效率。

Description

基于生物云平台的项目结题报告分析系统和方法

技术领域

本发明涉及生物信息分析技术领域，特别涉及基于生物云平台的项目结题报告分析系统和方法。

背景技术

随着高通量测序技术的不断发展，生物数据的产出速度非常快快，目前全世界二代测序技术的数据产出速度为每年13Pbp，并且还在不断加速中，生物信息学研究已经正式进入大数据时代。

除了在进行生物信息分析时需要大量的计算资源之外，生物信息分析本身也是一个非常复杂的过程。因此，大部分科研工作者进行分析时采用的普遍模式是把研究的样本材料和研究目的提供给专业的生物信息分析公司进行分析，由公司完成测序和分析，分析完成后，用户得到一份纸质的结题报告或者是word版(或pdf版)的结题报告以及大量的原始数据，结题报告中列出了分析得到的图或表，而原始数据一般由于数据量很大，在个人电脑上无法查看，也无法进行后续的分析。

但是随着用户自行分析的需求不断增长，云计算技术在生物信息分析领域中的应用越来越多。目前已有的生物云平台，分析模式都是用户上传数据，选择相应的软件进行分析，没有将结题报告、原始数据和后续分析整合起来，导致用户只能查看结果图表，无法查看原始数据以及结题报告的过程中进行相关的分析，导致工作效率降低。

发明内容

为了解决现有技术中用户不能在查看分析结果的同时查看原始数据以及结题报告的过程进行相关分析导致工作效率降低的技术问题，一方面，

本发明提供了一种基于生物云平台的项目结题报告分析系统，包括：结题报告解析模块、用户界面模块、结题报告呈现模块、综合分析模块；

所述结题报告解析模块用于对各个项目的结题报告进行解析，并将解析结果以及原始数据按照预设格式整合封装成相应的项目文件；

所述结题报告呈现模块用于查询所有的项目文件并以列表形式展示，将某个项目按照预设样式显示；

所述用户界面模块用于获取用户请求，并将所述用户请求发送给所述综合分析模块；

所述综合分析模块用于根据所述用户请求生成分析任务，按照所述分析任务的指示进行分析，并将分析结果发送给所述结题报告呈现模块；

所述结题报告呈现模块还用于从所述项目文件列表中查询并读取项目文件对应的分析结果，并对所述项目文件以及相应的分析结果进行展示。

可选的，还包括：云端数据库，用于接收并存储所述结题报告解析模块发送的项目文件。

可选的，所述项目文件中包括结题报告的文字内容、结果图表以及结果数据文件；

所述用户请求中包括与选择的项目文件分析过程相对应的测序数据、所使用的分析软件以及分析参数，且所述用户请求是根据所述结题报告呈现模块中的列表信息生成的。

可选的，所述综合分析模块包括分析软件模块和任务调度模块；

所述分析软件模块用于对所述用户请求进行解析，根据解析得到结题报告ID、与所述结题报告相对应的测序数据、分析软件以及分析参数生成分析任务；

所述任务调度模块根据所述分析任务中的分析软件选择相应的分析软件用于分析。

可选的，所述综合分析软件还包括分析软件库，用于存储各种分析软件，所述任务调度模块在执行所述分析任务过程中从所述分析软件库中选择相应的分析软件。

可选的，所述用户界面模块为网页WEB图形化用户界面模块。

可选的，所述云端数据库还用于存储分析任务以及分析结果。

可选的，所述预设格式为SOAP格式，所述预设样式为PLOS One文章样式。

另一方面，

本发明还提供了基于生物云平台的项目结题报告分析方法，包括：

对各个项目的结题报告进行解析，并将解析结果以及原始数据按照预设格式整合封装成相应的项目文件；

查询所有的项目文件并以列表形式展示，将某个项目按照预设样式显示；

获取用户请求，并按照所述用户请求发送给所述综合分析模块；

根据所述用户请求生成分析任务，按照所述分析任务的指示进行分析，并按照预设样式对所述项目文件以及相应的分析结果进行展示。

可选的，所述根据所述用户请求生成分析任务，按照所述分析任务的指示进行分析包括：

对所述用户请求进行解析，根据解析得到结题报告ID、与所述结题报告相对应的测序数据、分析软件以及分析参数生成分析任务；

根据所述分析任务中的分析软件选择相应的分析软件用于分析。

利用本发明提供的上述基于生物云平台的项目结题报告分析系统和方法，通过将传统结题报告的内容(也就是项目文件)、原始数据和分析软件集成到一个页面中，可以让用户在查看结题报告的同时查看原始数据并进行分析工作，提高工作效率。利用生物云平台技术，还能够降低生物信息分析的复杂度和使用门槛，用户可以通过在图形化界面上用鼠标点击就可以完成生物信息分析，操作简单方便。

附图说明

图1为实施例一提供的基于生物云平台的项目结题报告分析系统的组成结构示意图；

图2为实施例一中结题报告解析模块对结题报告进行解析操作的示意图；

图3为实施例一中用户界面模块呈现的所有结题报告信息的示意图；

图4为实施例一中结题报告呈现模块呈现的结题报告内容的示意图；

图5为实施例一中结题报告呈现模块呈现的分析结果的示意图；

图6为实施例一中结题报告呈现模块呈现的原始数据的示意图；

图7为实施例一中结题报告呈现模块呈现的原始数据可以进行分析的示意图；

图8为实施例一中分析软件模块呈现的使用结题报告中原始数据提交分析任务的示意图；

图9为实施例一中结题报告解析模块显示分析结果的示意图；

图10为实施例二中提供的基于生物云平台的项目结题报告分析方法的步骤流程图。

具体实施方式

下面结合附图和实施例，对本发明的具体实施方式作进一步详细描述。以下实施例用于说明本发明，但不用来限制本发明的范围。

实施例一

本实施例提供了一种基于生物云平台的项目结题报告分析系统，组成示意图如图1所示，包括：结题报告解析模块10、用户界面模块20、结题报告呈现模块30、综合分析模块40；

结题报告解析模块10用于对各个项目的结题报告进行解析，并将解析结果以及原始数据按照预设格式整合封装成相应的项目文件；

结题报告呈现模块30用于查询所有的项目文件并以列表形式展示，将某个项目按照预设样式显示；

用户界面模块20用于获取用户请求，并将用户请求发送给综合分析模块40；

综合分析模块40用于根据用户请求生成分析任务，按照分析任务的指示进行分析，并将分析结果发送给结题报告呈现模块30；

结题报告呈现模块30还用于从项目文件列表中查询并读取项目文件对应的分析结果，并对项目文件以及相应的分析结果进行展示。

本实施例提供的系统用于解决用户对于项目结题报告、原始数据的查看以及后续分析不方便的问题，使用用户界面将项目结题报告、原始数据和分析软件结合到同一个页面中，用户可以在一个页面中查看结题报告的内容、原始数据的内容，还可以选择测序数据和分析软件进行个性化分析，得到的分析结果还可以参与后续的分析。

可选的，其中项目文件中包括结题报告的文字内容、结果图表以及结果数据文件；用户请求中包括与选择的项目文件分析过程相对应的测序数据、所使用的分析软件以及分析参数，且用户请求是根据结题报告呈现模块30中的列表信息生成的。

其中结题报告内容的预设格式为SOAP(Simple Object Access Protocol，简单对象访问协议)格式。SOAP格式是一种轻量的、简单的、基于XML的协议，它被设计成在WEB上交换结构化的和固化的信息。由于SOAP格式可以和现存的许多因特网协议和格式结合使用，包括HTTP(Hypertext transfer protocol，超文本传输协议)，SMTP(Simple MailTransfer Protocol，简单邮件传输协议)，MIME((Multipurpose Internet MailExtensions，多用途网际邮件扩充协议)，它还支持从消息系统到RPC(Remote ProcedureCall Protocol，远程过程调用)等大量的应用程序，适用范围比较广泛。

结题报告呈现模块30在显示结题报告的内容时按照预设样式进行显示。其中显示时所采用的预设样式为PLOS One文章样式，除此之外还可以是其它有关生物信息期刊的文章样式。

可选的，本实施例的系统中还包括：云端数据库50，用于接收并存储结题报告解析模块10发送的项目文件。另外，云端数据库50还用于存储分析任务以及分析结果。云端数据库50中不仅存储结题报告解析模块提取出来的结题报告的内容、分析任务、分析结果，使得后续结题报告呈现模块能够对这些数据同时进行显示，保证用户在查看结题报告的同时能够对原始数据(即结题报告的内容)以及分析任务进行显示，同时还能在查看原始数据的同时进行分析工作，这样可以提高工作效率。

可选的，综合分析模块40包括分析软件模块41和任务调度模块42，具体的，分析软件模块41用于对用户请求进行解析，根据解析得到结题报告ID、与结题报告相对应的测序数据、分析软件以及分析参数生成分析任务；任务调度模块42根据分析任务中的分析软件选择相应的分析软件用于分析。其中的分析任务是利用结题报告中的相关数据同时从分析软件库中选择相应的软件进行分析的任务。因此，综合分析软件还包括分析软件库43，用于存储各种分析软件，任务调度模块42在执行分析任务过程中从分析软件库43中选择相应的分析软件。其中结题报告中的相关数据具体为结题报告的内容、结果图表和结果数据文件。

上述分析任务完成后，通过结题报告呈现模块对分析结果进行展示，并且将分析结果显示在结题报告中相关数据的下方，用户可以查看、下载以及进行其他的分析。

可选的，用户界面模块20为网页WEB图形化用户界面模块，利用图形化的用户界面可以方便用户操作。

以下以具体方案为例进行说明：

利用结题报告解析模块将项目的结果、原始数据等信息按照预设格式整合后存入云端数据库中，如图2所示。用户在WEB图形化界面上选择需要查看的结题报告，点击之后，WEB图形化用户界面模块将用户选择的结题报告ID发送至结题报告呈现模块。用户登录生物云平台后，WEB图形界面模块从云端数据库中查询出用户的所有项目并以列表的形式展现给用户，如图3所示。用户选择某个结题报告查看后，结题报告呈现模块将该项目文件的信息从数据库中查询出来后按照预设样式进行显示，如图4所示。用户可以在页面上查看结题报告的内容和分析结果，如图5所示，也可以查看结题报告所涉及的原始数据的内容，如图6所示。如果要对某个原始数据进行进一步的分析，可以选择该原始数据旁边可以使用的分析软件，如图7所示。点击分析软件后进入分析软件模块，可以提交分析任务，如图8所示。分析任务完成后，可以查看分析结果，如图9所示。

利用本实施例提供的基于生物云平台的项目结题报告分析系统，通过将传统结题报告的内容(也就是项目文件)、原始数据和分析软件集成到一个页面中，可以让用户在查看结题报告的同时查看原始数据并进行分析工作，提高工作效率。利用生物云平台技术，还能够降低生物信息分析的复杂度和使用门槛，用户可以通过在图形化界面上用鼠标点击就可以完成生物信息分析，操作简单方便。

实施例二

本实施例中提供了基于生物云平台的项目结题报告分析方法，步骤流程图如图10所示，包括以下步骤：

步骤S1、对各个项目的结题报告进行解析，并将解析结果以及原始数据按照预设格式整合封装成相应的项目文件。

步骤S2、查询所有的项目文件并以列表形式展示，将某个项目按照预设样式显示。

步骤S3、获取用户请求，并按照用户请求发送给综合分析模块。

步骤S4、根据用户请求生成分析任务，按照分析任务的指示进行分析，并按照预设样式对项目文件以及相应的分析结果进行展示。

可选的，本实施例步骤S4中根据用户请求生成分析任务，按照分析任务的指示进行分析，包括：

对用户请求进行解析，根据解析得到结题报告ID、与结题报告相对应的测序数据、分析软件以及分析参数生成分析任务；

根据分析任务中的分析软件选择相应的分析软件用于分析。

利用本实施例提供的方法能够实现与实施例一相同的技术效果，此处不再赘述。

以上实施方式仅用于说明本发明，而并非对本发明的限制，有关技术领域的普通技术人员，在不脱离本发明的精神和范围的情况下，还可以做出各种变化和变型，因此所有等同的技术方案也属于本发明的范畴，本发明的专利保护范围应由权利要求限定。

Claims (9)

1.一种基于生物云平台的项目结题报告分析系统，其特征在于，包括：结题报告解析模块、用户界面模块、结题报告呈现模块、综合分析模块和云端数据库；

所述结题报告解析模块用于对各个项目的结题报告进行解析，并将解析结果以及原始数据按照预设格式整合封装成相应的项目文件，其中，所述项目文件存储在云端数据库；

所述结题报告呈现模块用于查询所有的项目文件并以列表形式展示，将某个项目按照预设样式显示；

所述用户界面模块用于获取用户请求，并将所述用户请求发送给所述综合分析模块；

所述综合分析模块用于根据所述用户请求生成分析任务，按照所述分析任务的指示进行分析，并将分析结果发送给所述结题报告呈现模块；

所述结题报告呈现模块还用于从所述项目文件列表中查询并读取项目文件对应的分析结果，并对所述项目文件以及相应的分析结果进行展示。

2.根据权利要求1所述的系统，其特征在于，所述项目文件中包括结题报告的文字内容、结果图表以及结果数据文件；

所述用户请求中包括与选择的项目文件分析过程相对应的测序数据、所使用的分析软件以及分析参数，且所述用户请求是根据所述结题报告呈现模块中的列表信息生成的。

3.根据权利要求2所述的系统，其特征在于，所述综合分析模块包括分析软件模块和任务调度模块；

所述分析软件模块用于对所述用户请求进行解析，根据解析得到结题报告ID、与所述结题报告相对应的测序数据、分析软件以及分析参数生成分析任务；

所述任务调度模块根据所述分析任务中的分析软件选择相应的分析软件用于分析。

4.根据权利要求3所述的系统，其特征在于，所述综合分析软件还包括分析软件库，用于存储各种分析软件，所述任务调度模块在执行所述分析任务过程中从所述分析软件库中选择相应的分析软件。

5.根据权利要求1所述的系统，其特征在于，所述用户界面模块为网页WEB图形化用户界面模块。

6.根据权利要求1所述的系统，其特征在于，所述云端数据库还用于存储分析任务以及分析结果。

7.根据权利要求1所述的系统，其特征在于，所述预设格式为SOAP格式，所述预设样式为PLOS One文章样式。

8.基于生物云平台的项目结题报告分析方法，其特征在于，包括：

对各个项目的结题报告进行解析，并将解析结果以及原始数据按照预设格式整合封装成相应的项目文件，其中，所述项目文件存储在云端数据库；

查询所有的项目文件并以列表形式展示，将某个项目按照预设样式显示；

获取用户请求，并将所述用户请求发送给综合分析模块；

根据所述用户请求生成分析任务，按照所述分析任务的指示进行分析，并按照预设样式对所述项目文件以及相应的分析结果进行展示。

9.根据权利要求8所述的方法，其特征在于，所述根据所述用户请求生成分析任务，按照所述分析任务的指示进行分析包括：

对所述用户请求进行解析，根据解析得到结题报告ID、与所述结题报告相对应的测序数据、分析软件以及分析参数生成分析任务；

根据所述分析任务中的分析软件选择相应的分析软件用于分析。