CN103328653A - 用于检测低度炎症的方法 - Google Patents

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Abstract

本发明涉及用于检测患者中存在低度炎症的方法。

Description

用于检测低度炎症的方法
相关申请的交叉引用
本申请要求2010年11月24日提交的欧洲专利申请号10192405.8的权益，其公开内容通过引用整体并入本文。
技术领域
本发明涉及检测低度组织炎症的方法。
背景技术
低度组织炎症逐渐被认为是肥胖受试者中与胰岛素抗性和糖尿病有关的主要因素之一(1，2)。认为组织炎症主要由脂肪组织分泌的因子(例如TNFa、IL6、MIF、CSF1、MCP1、脂肪酸)介导，且由一系列细胞应答(诸如细胞内途径活化和内质网应激应答)组成，所述细胞应答负责炎症状况的扩大和组织代谢的改变。例如，TNFa会介导胰岛素受体信号传递的灭活(通过IKKb和JNK介导的IRS丝氨酸磷酸化来介导)。同时，IKKb和JNK也会活化NFkB和AP-1途径，从而介导细胞因子释放的扩大。NFkB和AP-1介导的细胞因子释放也是由其它循环因子(诸如游离脂肪酸通过Toll样受体，或升高的葡萄糖通过内质网应激应答的诱导)触发的其它途径的最终步骤。低度炎症也与内皮功能障碍有关，所述内皮功能障碍会增加肥胖和胰岛素抗性的受试者的心血管风险。
组织中的低度炎症的评价，可以是理解胰岛素敏化剂的作用模式的有用方案，也是鉴定前驱糖尿病和糖尿病群体内的亚群的表型用于个体化用药的潜在方案。但是，在临床场合中得到组织活组织检查具有几个问题。因此，必须开发用于评价炎症途径调节的药效动力学和患者分层目的的替代系统。
在过去不久，已经研究了外周血单核细胞(PBMC)作为研究在胰岛素抗性状态中的NFkB相关途径调节的潜在替代物。经证实，与血细胞中的NFkB途径有关的基因的表达会：(i)反映全身慢性炎症，和概括体现T2D和/或并存病(高血压、糖尿病肾病)中的组织炎症(3-12)，和(ii)受生活方式和治疗干预(例如肥胖、高血压)调节(3-12)。另外，已经证实先天性免疫系统活化(例如粒细胞)与肥胖有关(13，14)。
希望提供用于检测患者中存在低度炎症的简化方法，以辅助鉴定这样的患者和提供有效的治疗干预。
发明内容
本发明提供了通过分析取自患者的全血样品来检测患者中存在低度炎症的方法。在某些实施方案中，所述患者是肥胖患者和/或罹患II型糖尿病的患者。在某些实施方案中，所述患者是胰岛素抗性的患者。
本发明的一个方面提供了一种用于检测患者中存在低度炎症的方法，所述方法包括：确定选自由表1的基因组成的组的基因集合在取自患者的全血试验样品中的表达模式。所述基因集合的表达模式相对于健康对照样品的改变指示所述患者中存在低度炎症。
本发明的另一个方面提供了一种鉴定可受益于胰岛素敏化剂治疗的患者的的方法，所述方法包括：确定选自由表1的基因组成的组的基因集合在取自患者的全血试验样品中的表达模式，其中所述基因集合的表达模式相对于非胰岛素抗性对照样品的改变指示所述患者可受益于胰岛素敏化剂治疗。
本发明的另一个方面提供了一种监测给患者施用的胰岛素敏化剂治疗的有效性的方法，所述方法包括：确定选自由表1的基因组成的组的基因集合在取自患者的全血试验样品中的表达模式，其中所述基因集合的表达模式相对于非胰岛素抗性对照样品的改变指示所述胰岛素敏化剂治疗无效。
在上述方面的一个实施方案中，所述基因集合包括一个或多个表现出全血和脂肪组织表达之间的关联的基因。在一个实施方案中，所述基因选自：胰岛素抗性蛋白(resistin)、瘦蛋白(leptin)、FoxP3、CD79A和CTLA4。在一个实施方案中，所述基因集合包括胰岛素抗性蛋白、瘦蛋白、FoxP3、CD79A和CTLA4中的2个、3个、4个或所有5个。
在上述方面的一个实施方案中，所述基因集合包括一个或多个表现出与胰岛素抗性的关联的基因。在一个实施方案中，所述基因选自：IL1R1、CD36、TNFRSF10和ICOS。在一个实施方案中，所述基因集合包括IL1R1、CD36、TNFRSF10和ICOS中的2个、3个或所有4个。在一个实施方案中，通过高胰岛素正常葡萄糖钳夹(hyperinsulinemic euglycemic clamp)，或通过作为胰岛素抗性指数的体内稳态模型评估(homeostasis modelassessment as an index ofinsulin resistance，HOMA-IR)，确定胰岛素抗性。
在上述方面的一个实施方案中，所述基因集合包括一个或多个与升高的BMI有关的基因。在一个实施方案中，所述基因选自：CEACAM8、胰岛素抗性蛋白、TNFa、IL6、ILR1、TLR4、TNFRSF1A、TNFRSF1B、MIF、CMKLR1、NFkB、CD36和ICOS。在一个实施方案中，所述基因集合包括CEACAM8、胰岛素抗性蛋白、TNFa、IL6、ILR1、TLR4、TNFRSF1A、TNFRSF1B、MIF、CMKLR1、NFkB、CD36和ICOS中的2个、3个、4个、5个、6个、7个、8个、9个、10个、11个、12个或所有13个。
在上述方面的一个实施方案中，所述基因集合包括一个或多个来自表1的基因，其中所述基因与炎症和NFkB途径有关。
在上述方面的一个实施方案中，所述患者罹患代谢病，诸如2型糖尿病、肥胖、胰岛素抗性状态、非酒精性脂肪肝炎(NASH)或非酒精性脂肪肝病(NAFLD)。
在一个实施方案中，通过测量mRNA表达水平，确定在上述方面中的表达模式。在一个实施方案中，使用qRT-PCR测量所述mRNA表达水平。
在一个实施方案中，所述试验样品中的所述基因集合的表达水平的改变是，相对于对照样品的至少约1.5倍差异。
在一个实施方案中，所述基因集合包括表1的基因中的1个、2个、3个、4个、5个、6个、7个、8个、9个、10个、11个、12个、13个、14个、15个、16个、17个、18个、19个、20个、21个、22个、23个、24个、25个、26个、27个、28个、29个、30个、31个、32个、33个、34个、35个、36个、37个、38个、39个、40个、41个或所有42个。
本发明的另一个方面提供了一种监测给患者施用的胰岛素敏化剂治疗的有效性的方法，所述方法包括下述步骤：a)确定选自由表1的基因组成的组的基因集合在取自患者的全血试验样品中的表达模式，b)将所述基因集合的表达模式与在用胰岛素敏化剂治疗之前从所述患者采集的全血参比样品中的所述基因集合的表达模式进行对比，和c)当所述试验样品中的基因的表达模式比所述参比样品中的基因的表达模式更类似于非胰岛素抗性对照样品的表达模式时，确定所述治疗是有效的。在一个实施方案中，所述基因集合包括一个或多个选自上述组的基因。在一个实施方案中，所述基因集合包括表1的基因中的1个、2个、3个、4个、5个、6个、7个、8个、9个、10个、11个、12个、13个、14个、15个、16个、17个、18个、19个、20个、21个、22个、23个、24个、25个、26个、27个、28个、29个、30个、31个、32个、33个、34个、35个、36个、37个、38个、39个、40个、41个或所有42个。
附图说明
图1.肥胖患者和瘦患者之间的差别基因表达图式的图解表示。
图2.该图显示了得自肥胖患者和瘦患者的基因表达图式的全血Spearman关联。
图3.该图显示了肥胖受试者和瘦受试者中的某些基因的差别调节(ΔCT)。
图4.该图显示了肥胖受试者和瘦受试者中的血细胞特异性基因的基因表达水平。
图5.该图对比了在PBMC和全血样品中测得的基因表达。
图6：该表中的基因集合显示出脂肪和全血之间的关联。
图7：通过HOMAS-IR测得的、与2型糖尿病(T2D)中的胰岛素抗性有关的基因的图。
图8：通过高胰岛素正常葡萄糖钳夹测得的、与正常葡萄糖耐量(normal glucose tolerance，NGT)、糖耐量减低/空腹血糖受损(impairedglucose tolerance/impaired fasting glucose，IGT/IFG)和2型糖尿病(type2diabetes，T2D)中的胰岛素抗性有关的基因的图。
具体实施方式
本发明提供了描绘患者中的全血基因表达概况作为组织低度炎症的替代评估的方法。从该方法得到的数据可以用作用于患者分层和/或药效动力学评估的胰岛素抗性/有关并存病的补充读出。所述方法可以用于监测施用给有此需要的患者的胰岛素敏化剂治疗或发挥胰岛素敏化剂作用的抗糖尿病治疗的有效性。胰岛素敏化剂的例子包括，例如，二甲双胍(metformin)和噻唑烷二酮类(thiazolidinediones)，诸如格列酮类(glitazones)(曲格列酮(troglitazone)、罗格列酮(rosiglitazone)和吡格列酮(pioglitazone))。
所述方法还可以应用于动物模型(例如小鼠、大鼠、非人灵长类动物)，并提供将临床前研究与临床研究相连的平移工具。本文使用的“患者”表示任何哺乳动物，包括、但不限于：人类、非人灵长类动物、牛科动物、马科动物、犬科动物、羊、猫科动物和啮齿类动物。在一个实施方案中，所述患者是人。在一个实施方案中，所述患者是非人灵长类动物。
在某些实施方案中，所述患者罹患肥胖、2型糖尿病、胰岛素抗性或其它基于代谢的病症诸如NASH或NAFLD，或者疑似罹患这些病症，或者易于罹患这些病症。
本文提供了基因或基因集合(在本文中也被称作生物标记)，其用于检测低度炎症的存在，用于评估患者对胰岛素和胰岛素敏化剂的敏感性或抗性，和用于监测治疗或疗法对代谢病的有效性。所述基因或基因集合还可以用于检测或分析诸如2型糖尿病(type2diabetes)、肥胖(obesity)、胰岛素抗性状态(insulin resistant states)、非酒精性脂肪肝炎(nonalcoholicsteatohepatitis，NASH)和非酒精性脂肪肝病(nonalcoholic fatty liver disease，NAFLD)等代谢病的存在或流行。
还可以在本文所述的方法中使用基因表达模式。表达模式或基因表达模式表示从测得的所述基因集合的每个基因的表达水平产生的模式。基因表达模式可用于监测和对比一组基因的改变。基因表达模式可以例如用于检测低度炎症的存在，用于评估患者对胰岛素和胰岛素敏化剂的敏感性或抗性，用于确定代谢病的存在或流行，或用于监测治疗或疗法对代谢病的有效性。
在一个实施方案中，基因表达模式可以用于监测疗法用于治疗代谢病的有效性，其如下进行：确定接受治疗的患者中的基因集合的表达模式，并将该表达模式与在治疗之前从所述患者采集的参比样品中的相同基因集合的表达模式进行对比。然后可以将表达模式的改变与使用得自没有罹患所述代谢病的一个或多个个体的相同基因集合产生的对照表达模式进行对比。如果治疗后基因表达模式比在治疗之前从所述患者采集的样品的表达模式更类似于对照样品的表达模式，则指示有效的治疗。如果基因表达模式与患者在治疗之前的基因表达模式相同，或者比在治疗之前从所述患者采集的样品的表达模式更少地类似于对照样品的表达模式，则指示无效的治疗。
本文使用的对照样品表示用于对比目的的任何样品、标准品或水平。在一个实施方案中，对照样品得自不是患者的健康个体。在某些实施方案中，对照样品是得自不是患者的一个或多个健康个体的单个样品或组合的多个样品。在某些实施方案中，对照样品是得自罹患代谢病的一个或多个个体的单个样品或组合的多个样品。在一个实施方案中，所述对照样品是取自一个或多个健康个体的全血样品。在某些实施方案中，一个或多个健康个体没有罹患代谢病，所述代谢病存在于所述患者中或者疑似存在于所述患者中。在一个实施方案中，所述一个或多个健康个体没有罹患肥胖、2型糖尿病、胰岛素抗性或其它基于代谢的病症诸如NASH或NAFLD。例如，非胰岛素抗性对照样品是这样的样品，其具有非胰岛素抗性的患者的基因表达模式，且可以例如如下制备：从取自没有罹患肥胖、2型糖尿病、胰岛素抗性或其它基于代谢的病症(诸如NASH或NAFLD)的患者的全血，确定在所述方法中使用的基因集合的基因表达水平。
可用于实践本发明的基因包括表1的基因。在一个实施方案中，在本文所述的方法中使用的基因集合包括表1的基因中的1个、2个、3个、4个、5个、6个、7个、8个、9个、10个、11个、12个、13个、14个、15个、16个、17个、18个、19个、20个、21个、22个、23个、34个、35个、36个、37个、38个、39个、40个、41个或所有42个。
本发明的一个方面提供了一种用于检测患者中存在低度炎症的方法，所述方法包括：确定选自由表1的基因组成的组的基因集合在取自患者的全血试验样品中的表达模式。在一个实施方案中，所述基因集合的表达模式相对于取自健康个体的全血对照样品的改变指示所述患者中存在低度炎症。在一个实施方案中，所述基因集合包括表1的基因中的1个、2个、3个、4个、5个、6个、7个、8个、9个、10个、11个、12个、13个、14个、15个、16个、17个、18个、19个、20个、21个、22个、23个、24个、25个、26个、27个、28个、29个、30个、31个、32个、33个、34个、35个、36个、37个、38个、39个、40个、41个或所有42个。
在一个实施方案中，所述用于检测患者中存在低度炎症的方法包括：确定基因集合的表达模式，所述基因集合包括一个或多个表现出全血和脂肪组织表达之间的关联的基因，诸如胰岛素抗性蛋白、瘦蛋白、FoxP3、CD79A和CTLA4。在一个实施方案中，所述用于检测患者中存在低度炎症的方法包括：确定胰岛素抗性蛋白、瘦蛋白、FoxP3、CD79A和CTLA4中的1个、2个、3个、4个或所有5个的表达模式。
在一个实施方案中，所述用于检测患者中存在低度炎症的方法包括：确定基因集合的表达模式，所述基因集合包括一个或多个表现出与胰岛素抗性的关联的基因，诸如IL1R1、CD36、TNFRSF10和ICOS。在一个实施方案中，所述用于检测患者中存在低度炎症的方法包括：确定IL1R1、CD36、TNFRSF10和ICOS中的1个、2个、3个或所有4个的表达模式。在一个实施方案中，通过高胰岛素正常葡萄糖钳夹，或通过作为胰岛素抗性指数的体内稳态模型评估(HOMA-IR)，确定胰岛素抗性。
在一个实施方案中，所述用于检测患者中存在低度炎症的方法包括：确定基因集合的表达模式，所述基因集合包括一个或多个表现出与升高的BMI的关联的基因，诸如CEACAM8、胰岛素抗性蛋白、TNFa、IL6、ILR1、TLR4、TNFRSF1A、TNFRSF1B、MIF、CMKLR1、NFkB、CD36和ICOS。在一个实施方案中，所述用于检测患者中存在低度炎症的方法包括：确定CEACAM8、胰岛素抗性蛋白、TNFa、IL6、ILR1、TLR4、TNFRSF1A、TNFRSF1B、MIF、CMKLR1、NFkB、CD36和ICOS中的1个、2个、3个、4个、5个、6个、7个、8个、9个、10个、11个、12个或所有13个的表达模式。
在一个实施方案中，所述用于检测患者中存在低度炎症的方法包括：确定基因集合的表达模式，所述基因集合包括表1中的一个或多个与炎症和NFkB途径有关的基因。
在上面的方法中，所述基因集合在患者的样品中的表达模式相对于对照样品的改变指示所述患者中存在低度炎症。
所述患者罹患肥胖、2型糖尿病、胰岛素抗性或其它基于代谢的病症诸如NASH或NAFLD，或者疑似罹患这些病症，或者易于罹患这些病症。
本发明的另一个方面提供了一种鉴定可受益于胰岛素敏化剂治疗的患者的的方法，所述方法包括：确定选自由表1的基因组成的组的基因集合在取自患者的全血试验样品中的表达模式，其中所述基因集合的表达模式相对于对照样品的改变指示所述患者可受益于胰岛素敏化剂治疗。在一个实施方案中，所述对照样品是取自非胰岛素抗性患者的全血样品。在一个实施方案中，所述基因集合包括表1的基因中的1个、2个、3个、4个、5个、6个、7个、8个、9个、10个、11个、12个、13个、14个、15个、16个、17个、18个、19个、20个、21个、22个、23个、24个、25个、26个、27个、28个、29个、30个、31个、32个、33个、34个、35个、36个、37个、38个、39个、40个、41个或所有42个。
在一个实施方案中，所述鉴定可受益于胰岛素敏化剂治疗的患者的方法包括：确定基因集合的表达水平，所述基因集合包括一个或多个表现出全血和脂肪组织表达之间的关联的基因，诸如胰岛素抗性蛋白、瘦蛋白、FoxP3、CD79A和CTLA4。在一个实施方案中，所述鉴定可受益于胰岛素敏化剂治疗的患者的方法包括：确定胰岛素抗性蛋白、瘦蛋白、FoxP3、CD79A和CTLA4中的1个、2个、3个、4个或所有5个的表达水平。
在一个实施方案中，所述鉴定可受益于胰岛素敏化剂治疗的患者的方法包括：确定基因集合的表达模式，所述基因集合包括一个或多个表现出与胰岛素抗性的关联的基因，诸如IL1R1、CD36、TNFRSF10和ICOS。在一个实施方案中，所述鉴定可受益于胰岛素敏化剂治疗的患者的方法包括：确定IL1R1、CD36、TNFRSF10和ICOS中的1个、2个、3个或所有4个的表达模式。在一个实施方案中，通过高胰岛素正常葡萄糖钳夹，或通过作为胰岛素抗性指数的体内稳态模型评估(HOMA-IR)，确定胰岛素抗性。
在一个实施方案中，所述鉴定可受益于胰岛素敏化剂治疗的患者的方法包括：确定基因集合的表达模式，所述基因集合包括一个或多个表现出与升高的BMI的关联的基因，诸如CEACAM8、胰岛素抗性蛋白、TNFa、IL6、ILR1、TLR4、TNFRSF1A、TNFRSF1B、MIF、CMKLR1、NFkB、CD36和ICOS在一个实施方案中，所述鉴定可受益于胰岛素敏化剂治疗的患者的方法包括：确定CEACAM8、胰岛素抗性蛋白、TNFa、IL6、ILR1、TLR4、TNFRSF1A、TNFRSF1B、MIF、CMKLR1、NFkB、CD36和ICOS中的1个、2个、3个、4个、5个、6个、7个、8个、9个、10个、11个、12个或所有13个的表达模式。
在一个实施方案中，所述鉴定可受益于胰岛素敏化剂治疗的患者的方法包括：确定基因集合的表达水平，所述基因集合包括表1中的一个或多个与炎症和NFkB途径有关的基因。
在上面的方法中，所述基因集合在患者的样品中的表达模式相对于对照样品的改变指示所述患者可受益于胰岛素敏化剂治疗。
在一个实施方案中，在该分析之后，给被鉴定为可受益于胰岛素敏化剂治疗的患者施用胰岛素敏化剂。在一个实施方案中，将本文所述的方法与通常用于选择用胰岛素敏化剂进行治疗的患者的其它临床参数相组合。这些临床参数包括，例如，HbA1c和血浆葡萄糖(参见参考文献PositionStatement：Standards of Medical Care in Diabetes—2010，American DiabetesAssociation(美国糖尿病协会))。
本发明的另一个方面提供了一种监测给患者施用的胰岛素敏化剂治疗的有效性的方法，所述方法包括：确定选自表1基因的一个或多个基因在取自患者的全血试验样品中的表达模式，其中一个或多个基因的表达模式相对于对照样品的改变指示所述胰岛素敏化剂治疗无效。在一个实施方案中，所述对照样品是取自非胰岛素抗性的患者的全血样品。在一个实施方案中，所述基因集合包括表1的基因中的1个、2个、3个、4个、5个、6个、7个、8个、9个、10个、11个、12个、13个、14个、15个、16个、17个、18个、19个、20个、21个、22个、23个、24个、25个、26个、27个、28个、29个、30个、31个、32个、33个、34个、35个、36个、37个、38个、39个、40个、41个或所有42个。
在一个实施方案中，所述监测给患者施用的胰岛素敏化剂治疗的有效性的方法包括：确定基因集合的表达模式，所述基因集合包括一个或多个表现出全血和脂肪组织表达之间的关联的基因，诸如胰岛素抗性蛋白、瘦蛋白、FoxP3、CD79A和CTLA4。在一个实施方案中，所述鉴定可受益于胰岛素敏化剂治疗的患者的方法包括：确定胰岛素抗性蛋白、瘦蛋白、FoxP3、CD79A和CTLA4中的1个、2个、3个、4个或所有5个的表达模式。
在一个实施方案中，所述监测给患者施用的胰岛素敏化剂治疗的有效性的方法包括：确定基因集合的表达模式，所述基因集合包括一个或多个表现出与胰岛素抗性的关联的基因，诸如IL1R1、CD36、TNFRSF10和ICOS。在一个实施方案中，所述监测给患者施用的胰岛素敏化剂治疗的有效性的方法包括：确定IL1R1、CD36、TNFRSF10和ICOS中的1个、2个、3个或所有4个的表达模式。在一个实施方案中，通过高胰岛素正常葡萄糖钳夹，确定胰岛素抗性。在一个实施方案中，通过作为胰岛素抗性指数的体内稳态模型评估(HOMA-IR)，确定胰岛素抗性。
在一个实施方案中，所述监测给患者施用的胰岛素敏化剂治疗的有效性的方法包括：确定基因集合的表达模式，所述基因集合包括一个或多个表现出与升高的BMI的关联的基因，诸如CEACAM8、胰岛素抗性蛋白、TNFa、IL6、ILR1、TLR4、TNFRSF1A、TNFRSF1B、MIF、CMKLR1、NFkB、CD36和ICOS。在一个实施方案中，所述监测给患者施用的胰岛素敏化剂治疗的有效性的方法包括：确定CEACAM8、胰岛素抗性蛋白、TNFa、IL6、ILR1、TLR4、TNFRSF1A、TNFRSF1B、MIF、CMKLR1、NFkB、CD36和ICOS中的1个、2个、3个、4个、5个、6个、7个、8个、9个、10个、11个、12个或所有13个的表达模式。
在一个实施方案中，所述监测给患者施用的胰岛素敏化剂治疗的有效性的方法包括：确定基因集合的表达水平，所述基因集合包括表1中的一个或多个与炎症和NFkB途径有关的基因。
在上面的方法中，所述基因集合在患者的样品中的表达模式相对于对照样品的改变指示胰岛素敏化剂治疗的有效性。
在一个实施方案中，基于该分析，改变或中断所述胰岛素敏化剂治疗。
本发明的另一个方面提供了一种监测给患者施用的胰岛素敏化剂治疗的有效性的方法，所述方法包括下述步骤：a)确定选自由表1的基因组成的组的基因集合在取自患者的全血试验样品中的表达模式，b)将所述基因集合的表达模式与在用胰岛素敏化剂治疗之前从所述患者采集的全血参比样品中的所述基因集合的表达模式进行对比，和c)当所述试验样品中的基因的表达模式比所述参比样品中的基因的表达模式更类似于非胰岛素抗性对照样品的表达模式时，确定所述治疗是有效的。相反，当所述试验样品中的基因的表达模式与参比样品的表达模式相同，或者比所述参比样品中的基因的表达模式更少地类似于非胰岛素抗性对照样品的表达模式时，则确定所述治疗是无效的。如果所述治疗是无效的，可改变所述治疗，例如，可施用不同剂量或给药方案的相同胰岛素敏化剂并类似地监测有效性，或者可在治疗中使用不同的胰岛素敏化剂。在一个实施方案中，所述基因集合包括表1的基因中的1个、2个、3个、4个、5个、6个、7个、8个、9个、10个、11个、12个、13个、14个、15个、16个、17个、18个、19个、20个、21个、22个、23个、24个、25个、26个、27个、28个、29个、30个、31个、32个、33个、34个、35个、36个、37个、38个、39个、40个、41个或所有42个。
本发明的另一个方面提供了一种监测给患者施用的胰岛素敏化剂治疗的有效性的方法，所述方法包括下述步骤：a)确定取自患者的全血试验样品的基因集合的表达模式，所述基因集合选自：胰岛素抗性蛋白、瘦蛋白、FoxP3、CD79A和CTLA4，b)将所述基因集合的表达模式与在用胰岛素敏化剂治疗之前从所述患者采集的全血参比样品中的所述基因集合的表达模式进行对比和c)当所述试验样品中的基因的表达模式比所述参比样品中的基因的表达模式更类似于非胰岛素抗性对照样品的表达模式时，确定所述治疗是有效的。相反，当所述试验样品中的基因的表达模式与参比样品的表达模式相同，或者比所述参比样品中的基因的表达模式更少地类似于非胰岛素抗性对照样品的表达模式时，则确定所述治疗是无效的。如果所述治疗是无效的，可改变所述治疗，例如，可施用不同剂量或给药方案的相同胰岛素敏化剂并类似地监测有效性，或者可在治疗中使用不同的胰岛素敏化剂。在一个实施方案中，所述基因集合包括选自胰岛素抗性蛋白、瘦蛋白、FoxP3、CD79A和CTLA4的1个、2个、3个、4个或所有5个基因。
本发明的另一个方面提供了一种监测给患者施用的胰岛素敏化剂治疗的有效性的方法，所述方法包括下述步骤：a)确定取自患者的全血试验样品的基因集合的表达模式，所述基因集合选自：IL1R1、CD36、TNFRSF10和ICOS，b)将所述基因集合的表达模式与在用胰岛素敏化剂治疗之前从所述患者采集的全血参比样品中的所述基因集合的表达模式进行对比和c)当所述试验样品中的基因的表达模式比所述参比样品中的基因的表达模式更类似于非胰岛素抗性对照样品的表达模式时，确定所述治疗是有效的。相反，当所述试验样品中的基因的表达模式与参比样品的表达模式相同，或者比所述参比样品中的基因的表达模式更少地类似于非胰岛素抗性对照样品的表达模式时，则确定所述治疗是无效的。如果所述治疗是无效的，可改变所述治疗，例如，可施用不同剂量或给药方案的相同胰岛素敏化剂并类似地监测有效性，或者可在治疗中使用不同的胰岛素敏化剂。在一个实施方案中，所述基因集合包括选自IL1R1、CD36、TNFRSF10和ICOS的1个、2个、3个或所有4个基因。
本发明的另一个方面提供了一种监测给患者施用的胰岛素敏化剂治疗的有效性的方法，所述方法包括下述步骤：a)在取自患者的全血试验样品中确定基因集合的表达模式，所述基因集合选自：CEACAM8、胰岛素抗性蛋白、TNFa、IL6、ILR1、TLR4、TNFRSF1A、TNFRSF1B、MIF、CMKLR1、NFkB、CD36和ICOS，b)将所述基因集合的表达模式与在用胰岛素敏化剂治疗之前从所述患者采集的全血参比样品中的所述基因集合的表达模式进行对比，和c)当所述试验样品中的基因的表达模式比所述参比样品中的基因的表达模式更类似于非胰岛素抗性对照样品的表达模式时，确定所述治疗是有效的。相反，当所述试验样品中的基因的表达模式与参比样品的表达模式相同，或者比所述参比样品中的基因的表达模式更少地类似于非胰岛素抗性对照样品的表达模式时，则确定所述治疗是无效的。如果所述治疗是无效的，可改变所述治疗，例如，可施用不同剂量或给药方案的相同胰岛素敏化剂并类似地监测有效性，或者可在治疗中使用不同的胰岛素敏化剂。在一个实施方案中，所述基因集合包括CEACAM8、胰岛素抗性蛋白、TNFa、IL6、ILR1、TLR4、TNFRSF1A、TNFRSF1B、MIF、CMKLR1、NFkB、CD36和ICOS中的1个、2个、3个、4个、5个、6个、7个、8个、9个、10个、11个、12个或所有13个。
本发明的另一个方面提供了选自表1基因的基因或基因集合的下述用途：用于确定患者中存在低度炎症，用于鉴定可受益于胰岛素敏化剂治疗的患者，或用于监测给患者施用的胰岛素敏化剂治疗的有效性。在一个实施方案中，确定所述基因的表达水平或基因集合的表达模式。
使用已知序列的数据库登记项或芯片生产商提供的序列信息，使用本领域普通技术人员众所周知的技术，可以检测(如果表达的话)和测量序列。基于本领域已知的任意合适的标准，包括、但不限于mRNA、cDNA、蛋白、蛋白片段和/或基因拷贝数，可以确定基因或生物标记的表达水平/量。
各种基因或生物标记在样品中的表达可以通过多种方法分析，其中许多方法是本领域已知的并且为技术人员所了解，包括，但不限于：免疫组化分析和/或蛋白质印迹分析、免疫沉淀、分子结合测定法、ELISA、ELIFA、荧光激活的细胞分选(FACS)等、定量的基于血液的测定法(例如血清ELISA)(用于例如检查蛋白表达的水平)、生化酶促活性测定法、原位杂交、RNA印迹分析和/或mRNA的PCR分析，以及可以通过基因和/或组织阵列分析进行的多种测定法中的任一种。评价基因和基因产物状态的典型方案见于例如Ausubel等.编辑，1995，当前分子生物学方法(CurrentProtocols In Molecular Biology)，单元2(RNA印迹(Northern Blotting))，4(DNA印迹(Southern Blotting))，15(免疫印迹(Immunoblotting)和18(PCR分析)。也可以使用多重免疫测定法如可获自Rules Based Medicine或MesoScale Discovery(MSD)的那些。
在某些实施方案中，如果样品中的基因或生物标记的表达水平/量大于参比或对照样品中的基因或生物标记的表达水平/量，那么样品中的基因或生物标记的表达/量与参比或对照样品中的表达/量相比增加。类似地，如果在样品中的基因或生物标记的表达水平/量小于参比或对照样品中的基因或生物标记的表达水平/量，那么样品中的基因或生物标记的表达/量与参比或对照样品中的表达/量相比减少。在一个实施方案中，所述表达水平是mRNA表达水平。在一个实施方案中，mRNA表达水平的改变是增加。在另一个实施方案中，mRNA表达水平的改变是减少。在某些实施方案中，针对测定的RNA或蛋白量的不同和所用RNA或蛋白样品的质量差异性、以及测定运行之间的差异性，将样品标准化。通过测量和引入某些标准化基因(包括公知的持家基因，诸如GAPDH或β肌动蛋白)的表达，可以完成这样的标准化。可替换地，标准化可以基于全部测定的基因或其大子集的平均值或中值信号(全面标准化方法)。基于每种基因，将患者肿瘤mRNA或蛋白的测量的标准化的量与参比或对照组中发现的量进行对比。可以将每位患者的每个试验肿瘤的每种mRNA或蛋白的标准化的表达水平表示为参比或对照组中测量的表达水平的百分比。待分析的具体患者样品中测量的表达水平将是该范围内的一些百分点，其可以通过本领域中公知的方法来确定。
在某些实施方案中，如果它的表达水平相对于参比或对照样品中的对应的基因或生物标记的表达水平变化了(增加了或减少了)约1.5倍、2倍、3倍、5倍、10倍或更多，可以认为试验样品中的基因或生物标记的表达水平发生变化。在某些实施方案中，如果它的表达水平相对于参比或对照样品中的对应的基因或生物标记的表达水平变化了(增加了或减少了)约50％、75％、100％150％、200％、500％或更多，可以认为试验样品中的基因或生物标记的表达水平发生变化。在一个实施方案中，所述表达水平是mRNA表达水平。在一个实施方案中，基于蛋白表达水平来确定表达水平。
本发明的方法还包括检查组织或细胞样品中一个或多个靶基因的mRNA的存在和/或表达水平的方案。
用于评价细胞中的mRNA的方法是公知的，并且包括，例如使用对一个或多个基因(包括、但不限于表1的基因)特异性的互补DNA探针的杂交测定法(如使用标记的核糖核酸探针的原位杂交)、RNA印迹和有关的技术和各种核酸扩增测定法(如使用对一个或多个基因特异性的互补引物的RT-PCR和其它扩增类型的检测方法，例如，分支DNA、SISBA、TMA等)。
在一个实施方案中，所述样品是全血样品。在另一个实施方案中，所述样品是外周血单核细胞(PBMC)。
使用RNA印迹法、斑点印迹或PCR分析，可以方便地测定患者样品的mRNA。例如，RT-PCR测定法，如定量PCR测定法是本领域中公知的。在本发明的举例说明的实施方案中，用于检测生物样品中的靶mRNA的方法包括通过使用至少一种引物的反转录从样品中产生cDNA；使用靶多核苷酸作为有义和反义引物扩增这样产生的cDNA以扩增其中的靶cDNA；和检测扩增的靶cDNA的存在。此外，所述方法可以包括使技术人员确定靶mRNA在生物样品中的水平的一个或多个步骤(例如，通过同时检查“持家”基因如肌动蛋白家族成员的比较对照mRNA序列的水平进行)。任选地，可以确定扩增的靶cDNA的序列。
本发明的任选方法包括通过微阵列技术检查或检测样品中的mRNA(如靶mRNA)的方法。使用核酸微阵列，对来自测试和对照组织样品的测试和对照mRNA样品进行反转录和标记以产生cDNA探针。所述探针接着与固定在固体支持物上的核酸阵列杂交。对所述阵列进行构造从而使阵列的每个成员的序列和定位是已知的。例如，可以将其表达与炎症检测相关的基因选择物排列在固体支持物上。标记的探针与特定的阵列成员的杂交指示探针源自的样品表达该基因。疾病组织的差别基因表达分析可以提供有价值的信息。微阵列技术使用核酸杂交技术和计算机技术来在单一实验中评价数千基因的mRNA表达模式(见，例如，在2001年10月11日公开的WO01/75166)；(见例如，U.S.5,700,637，美国专利5,445,934，和美国专利5,807,522，Lockart，自然生物技术(Nature Biotechnology)，14：1675-1680(1996)；Cheung，V.G.等.，自然遗传学(Nature Genetics)21(增刊)：15-19(1999)，关于阵列制作的讨论)。DNA微阵列是包含基因片段的微型阵列，所述基因片段直接合成在或点样到玻璃或其它基底上。数千基因通常在单一阵列中展示。典型的微阵列实验包括下列步骤：1)制备从样品分离的RNA的荧光标记的靶标，2)将标记的靶标与微阵列杂交，3)洗涤、染色和扫描阵列，4)分析扫描的图像和5)产生基因表达模式。目前使用两种主要类型的DNA微阵列：寡核苷酸(通常是25-70mers)阵列和包含从cDNAs制备的PCR产物的基因表达阵列。在形成阵列时，寡核苷酸可以是预制的并且点样到表面上或直接合成到所述表面上(原位)。
Affymetrix
Figure BDA00003237628600161
系统是商购的微阵列系统，其包括通过直接在玻璃表面上合成寡核苷酸而制备的阵列。
探针/基因阵列：通常为25mers的寡核苷酸通过基于半导体的照相平版印刷术和固相化学合成技术的组合直接合成到玻璃板(glass wafer)上。每个阵列包含多到400,000个不同的低聚物，并且每种低聚物以百万个拷贝存在。由于寡核苷酸探针在阵列上的已知位置合成，杂交图式和信号强度可以由Affymetrix Microarray Suite软件，根据基因特性和相对表达水平进行解释。每个基因通过一系列不同的寡核苷酸探针展示在阵列上。每个探针对由完全匹配的寡核苷酸和错配的寡核苷酸组成。完全匹配的探针具有完全互补于特定基因并由此测量该基因表达的序列。
错配的探针与完全匹配的探针不同之处在于中心碱基位置的单一碱基置换，所述碱基置换干扰了靶基因转录物的结合。这有助于确定背景杂交和非特异性杂交，其对完全匹配的低聚物所测量的信号有贡献。Microarray Suite软件将错配探针的杂交强度从完全匹配的探针的杂交强度中扣除从而确定关于每个探针组的绝对或特定强度值。基于目前来自Genbank和其它核苷酸所有组成成分(repositories)的信息选择探针。认为所述序列识别基因的3’端的独特区域。将基因芯片杂交炉(“rotisserie”烘箱)用于同时进行多到64个阵列的杂交。
流控站进行探针阵列的洗涤和染色。所述流控站是完全自动化的并且包含四个组件，其中每个组件控制一个探针阵列。每个组件通过使用预先编程流控流程的Microarray Suite软件独立控制。扫描器是共焦激光荧光扫描器，其测量由结合于探针阵列的标记的cRNA发射的荧光强度。具有Microarray Suite软件的计算机工作站控制流控站和扫描器。MicroarraySuite软件可以控制多到8个流控站，所述流控站使用预先编程的关于探针阵列的杂交、洗涤和染色流程。软件还获得杂交强度数据，并使用适合的算法将所述杂交强度数据转化为每个基因的存在/不存在读出。最终，软件通过比较分析检测实验之间基因表达的改变并将输出格式化为.txt文件，这可以用于其它的软件程序进行进一步的数据分析。
选定的基因或生物标志在组织或细胞样品中的表达也可以通过功能性测定法或基于活性的测定法进行检查。例如，如果生物标志是酶，那么可以进行本领域已知的测定法来确定或检测给定的酶促活性在组织或细胞样品中的存在。
还提供了试剂盒，其包括能够特异性地检测表1的基因的表达水平的化合物，其中所述试剂盒另外包括关于使用试剂盒来确定患者中存在低度炎症或预测或监测患者对胰岛素敏化剂治疗的应答性的说明书。
一个实施方案提供了试剂盒，其包括：容器、在所述容器上的标签和被容纳在所述容器内的组合物；其中所述组合物包括与表I基因特异性地杂交的一种或多种多核苷酸，在所述容器上的标签指示所述组合物可以用于评价表I基因在样品中的存在，和关于使用多核苷酸来评价表I基因在样品中的存在的说明。在一个实施方案中，所述样品是全血样品或源自全血样品。
所述试剂盒中的其它任选成分包括一种或多种缓冲剂(例如，封闭缓冲液、洗涤缓冲液、底物缓冲液等)、其它试剂诸如由酶标记物化学改变的底物(例如，发色团)，表位修复溶液(epitope retrieval solution)、对照样品(阳性和/或阴性对照)、对照玻片等。
实施例
实施例1-可用于实践本发明的基因的列表
表1提供了可用于实践本发明的基因的列表，包括用于检测低度炎症的存在，用于评估对胰岛素和胰岛素敏化剂的敏感性或抗性，和用于监测治疗或疗法对代谢病的有效性。在表1中还包括与列出的基因有关的基因ID以及代表在本文提供的序列表中的基因的示例性序列的序列表标识符。
表1
Figure BDA00003237628600181
TNFRSF1B 7133 34 Hs00153550_ml
ADIPOQ(脂连蛋白) 9370 35 Hs00605917_ml*
FABP4 2167 36 Hs01086177_ml*
IFNG 3458 37 Hs00989291_ml*
RARRES2 5919 38 Hs01123775_ml*
CD36 948 39 Hs00169627_ml
FoxP3 50943 40 Hs01085834_ml
PPIB 5479 41 Hs01018503_ml
GUSB 2990 42 Hs99999908_ml
实施例2-全血和PBMC的分析
在瘦的和肥胖的和胰岛素抗性的(IR)受试者的代表性样品收集库中，测量了与炎症途径的关键结点有关的一组基因和对全血制品中存在的每种血细胞类型特异性的一组基因。表1。总样品大小是40个，包括20个肥胖的受试者和20个正常体重的受试者。测量血细胞特异性基因，作为实行间接评估得自肥胖受试者和瘦受试者的样品中的不同群体的富集和/或活化状态的方式。
定量实时PCR
使用定量实时PCR，分析得自PBMC和全血的样品。按照生产商(Qiagen)的方案，在BioRobot MDx上从PAXgene血液提取RNA，并使用QIAamp RNA Blood试剂盒(Qiagen，德国)，使用Qiagen QIAcube从PBMC样品提取RNA。相对于大肠杆菌核糖体RNA的标准曲线(RocheDiagnostics)，用Quant-IT RiboGreen试剂盒(Molecular Probes，Invitrogen)在50倍稀释度定量RNA。另外，还根据生产商推荐的方案(Agilent)，在Agilent Bioanlyzer上分析样品的RNA完整性数目(RIN)。
按照生产商的方案，但是省略RNA酶H消化，用SuperScript II第一链合成SuperMix对400ng总RNA进行cDNA合成用于定量实时PCR(qRT-PCR；Invitrogen)。对于每个反转录反应，在相同平板上运行通用人参照总RNA(Stratagene)作为阳性和阴性对照(非酶对照)。通过qRT-PCR测定对照。从Applied Biosystems得到预先设计的基因表达测定。TaqMan测定ID显示在表1中。
在可能的情况下，选择跨外显子测定来确保cDNA特异性。在ABIPRISM7900HT序列检测系统(Applied Biosystems)上，用推荐的标准设置进行所有基因表达测定。按照生产商的推荐，用TaqMan通用PCR主混合物(Applied Biosystems)准备所有测定。
所有运行包括cDNA的标准曲线稀释、非酶对照、非模板对照和校准样品。从通用人参照总RNA(Stratagene)和得自健康供体的总血液RNA库的校准样品，合成标准曲线cDNA。在分子级水中将cDNA样品稀释10倍，并将2uL加入18uL预分配的测定主混合物中。这对应得自4ng总RNA的cDNA。用针对目标基因的一个测定和内源对照基因测定(GUSB和PPIB TaqMan基因表达测定；Applied Biosystems)，测定在平板上的所有样品。每种测量一式三份地进行。
实施例3-qRT-PCR数据的统计分析
对于每种靶标，计算中位数Ct。用下述方程式计算
Figure BDA00003237628600201
值：
Figure BDA00003237628600202
Figure BDA00003237628600203
将表达值(ΔCT)乘以-1，使得较高的值代表较大的基因表达。使用正向选择来将其它临床协变量一次一个地输入模型中，并保留显著的(p＜0.05)协变量。进行完全实例分析。分别分析PBMC和全血样品。
因此，将数据模型化为
yi＝β0+β1BMIi+β2年龄i+β3性别+εi
其中，·yi＝个体I的基因表达；·β0＝截距(intercept)；·β1＝BMI的影响；·β2＝年龄的影响；·β3＝性别(0＝女性，1＝男性)的影响；和·εi～N(0，σ2)。
实施例4-全血基因表达分析检测肥胖患者中的低度炎症
如图1所示，基于基因表达图式(描述性统计分析)，肥胖的(体重指数(BMI)＞30)和瘦的(BMI＜25)受试者相互分开聚类。另外，如图2所示，一些分析的基因表现出与BMI的正相关(例如IL6、TNFa、胰岛素抗性蛋白、MIF)，而一些其它的基因表现出负相关(例如IL1R1、TNFRSF1A、TLR4)。详细言之，如图3(表现出瘦患者和肥胖患者的基因的ΔCT)所示，在分析的33个基因中，有些在肥胖受试者的全血中比在瘦受试者中上调(IL6、TNFa、CEACAM8、胰岛素抗性蛋白)，而有些其它的基因在肥胖受试者的全血中比在瘦受试者中下调(例如TNFRSF1A、TNFRSF1B、IL1R1、TLR4)。由于这些基因中的一些被定位在NFkB途径上(上游NFkB：TNFRSFs、IL1R1、TLR4，下游NFkB：IL6和TNFa)，这些结果支持了得自肥胖受试者的全血中的NFkB途径与瘦受试者相比的差别调节。尽管IL6和TNFa的上调与以前的发现相一致，并且清楚地指示NFkB活性的上调(如在促炎症状态中已知的)，不清楚为什么直接面对促炎症环境的编码细胞膜受体的基因(例如TNFRSF1A、B、TLR4、IL1R1)被下调。基因表达可能反映调节反馈机制，通过该机制，基因响应编码的蛋白在细胞膜上的更高表达/活性而被下调。另外，在肥胖受试者中，在粒细胞和活化的单核细胞中表达的有些基因(诸如CEACAM8和胰岛素抗性蛋白)被上调，这支持了这些受试者中的先天性免疫系统的活化。令人感兴趣地，基于血细胞特异性基因的基因表达水平，没有证据表明细胞丰度的总体变化(图4)，因此在NFkB结点上游和下游的基因的改变似乎与促炎症状态的对应途径的差别调节真实相关。
本研究表明，全血中的基因表达反映了显示也在脂肪组织中上调的关键途径(诸如NfKB)的活化，从而支持了全血基因表达作为组织基因表达的替代的用途。
这些发现与关于一些指出的基因在PBMC中的基因表达和全血流式细胞计量术分析的以前报道(1，2)相一致。另外，本研究提供了与炎症检测有关的额外基因，诸如CEACAM8。
如在实施例中所示，为了对比，还在匹配的PBMC样品中进行了相同靶标的基因表达分析。如预期的，PBMC表现出与全血相比整体不同的表达模式。如在图5中所示，全血显示出粒细胞特异性的基因(例如FCGR3B，TNFRSF10C，VNN2，CEACAM8，CD16)相对于PBMC(图的左部，值低于0)的富集，而PBMC显示出单核细胞特异性的基因(例如CSF1R和MARCO)的富集。被发现在瘦个体和肥胖个体的全血中差别调节的基因在匹配的PBMC样品中仅表现出不大的趋势(数据未显示)。这可通过粒细胞对总体炎症状态的更大贡献来解释。
总之，这些结果表明，(i)全血基因表达可以在临床场合中用作工具来评估低度炎症状态用于患者分层和/或用于药效动力学评估，(ii)所述方法也可应用于动物模型(例如非人灵长类动物)，并提供将临床前研究与临床研究相连的平移工具。
实施例5-全血基因表达作为脂肪组织炎症的替代
在脂肪组织中和在全血中，关联了与胰岛素抗性(胰岛素抗性蛋白)、瘦蛋白抗性(瘦蛋白)和T-细胞(CD79A)、T调节细胞(FoxP3)和B-细胞介导的炎症(CTLA4)有关的一组基因。B细胞、T细胞和T调节细胞在脂肪炎症中的涉入，得到了以前的证据(15，16，17)的支持。那些细胞的标记在全血中以相同方式受到调节的发现，支持了下述概念：全血可以用作评估组织炎症的替代基质。图6。
实施例6-与2型糖尿病有关的基因的表达
使用稳态模型评估法(HOMA-IR)来确定与2型糖尿病有关的基因表达。如下计算HOMA-IR指数(18)：禁食胰岛素x禁食葡萄糖＝22.5。图7显示的散点图代表该组的3个基因(IL1R1、TNFRSF10C、ICOS)的表达(ΔCt)与2型糖尿病群体(n＝87，平均HbAlc：7.8％)中的胰岛素敏感性指数(HOMAS或HOMA-IR)之间的关联。
实施例7-与NGT、IGT/IFG和T2D中的IR有关的基因的表达
使用高胰岛素正常葡萄糖钳夹测定，确定与在正常葡萄糖耐量(NGT)、糖耐量减低/空腹血糖受损(IGT/IFG)和2型糖尿病(T2D)中的胰岛素抗性有关的基因表达。
基于DeFronzo1979(19)和Ferranini1998(20)建立的原理，进行高胰岛素正常葡萄糖钳夹(HEC)。简而言之，将静脉内导管插入一只臂的肘前静脉中用于输注胰岛素和20％葡萄糖溶液(胰岛素优泌林R，100m.j./ml，Lilly；葡萄糖20％静脉内输注B.P Bieffe，组合物：Glucosummonohydricum220g＝200g Glucosum/1000ml)。将第二个插管插入手背静脉中，在约70℃温热，用于以5min间隔采集动脉血样品。根据血糖浓度的改变，调节葡萄糖输注速率。胰岛素连续输注速率为1mIU/kg/min(对于BMI＜30kg/m2的患者)和40mIU/m2/min(对于BMI≥30kg/m2的患者)。在前10min中，为了更快的胰岛素加载，使输注速率加倍。胰岛素输注维持180min，稳态期持续120-180min。如下所述，得到2个胰岛素敏感性指数M和ISI：
M的计算
(根据De Fronzo1979(19))
如下计算葡萄糖输注速率INF(有时称作GIR)：
如下计算葡萄糖输注速率INF(有时称作GIR)：
Figure BDA00003237628600231
将空间校正SC计算为：在稳态期开始时的血浆葡萄糖浓度G1减去在稳态期结束时血浆葡萄糖浓度G2之差，乘以18的单位校正数(从mmol/L至mg/dL)，再乘以身体葡萄糖空间分数，除以稳态期的持续时间(关于更多的解释，参见De Fronzo1979)：
Figure BDA00003237628600232
代谢的葡萄糖M的计算：
M＝INF-SC＝mg/(kg*min)
胰岛素敏感性指数的计算
(根据Coates1995(21))
ISI＝M/(G XΔI)，其中M是在稳态代谢的葡萄糖，G是稳态血糖浓度，且ΔI是禁食和稳态血浆胰岛素浓度之间的差。对于稳态血糖浓度，采用在120min和在180min的血糖值的平均值(mmol/L)，并乘以18，以转换成mg/dL。对于ΔI，从稳态血浆胰岛素浓度(120min和180min值的平均值)减去基础胰岛素浓度(-5min、0min和钳夹前值的平均值)，都按mIU/L计。将结果乘以104，以达到单位10-2*12/(IU*min*kg)。
图8显示的得到的散点图代表该组的一些基因的表达(ΔCt)和用高胰岛素正常葡萄糖钳夹得到的2个胰岛素敏感性指数(ISI和M)之间的关联。在分析的10个基因中，仅CD36显示出与ISI和M的一致的且显著的关联，而TNFa仅显示出与ISI的关联的趋势。分析的群体包括具有下述特征的血糖正常的(NGT)、前驱糖尿病的(糖耐量减低，IGT)和糖尿病(T2D)个体：
表2：人口统计数据和基线特征
Figure BDA00003237628600241
尽管为了理解清楚的目的已经通过描述和实施例比较详细地描述了前述发明，所述描述和实施例不应解释为限制本发明的范围。在本文中引用的所有专利和科学文献的公开内容都明确地通过引用整体并入。
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Claims (16)

1.用于检测患者中存在低度炎症的方法，所述方法包括：确定选自由表1的基因组成的组的基因集合在取自所述患者的全血试验样品中的表达模式，其中所述基因集合的表达模式相对于健康对照样品的改变指示所述患者中存在低度炎症。
2.鉴定可受益于胰岛素敏化剂治疗的患者的方法，所述方法包括：确定选自由表1的基因组成的组的基因集合在取自所述患者的全血试验样品中的表达模式，其中所述基因集合的表达模式相对于非胰岛素抗性对照样品的改变指示所述患者可受益于胰岛素敏化剂治疗。
3.监测给患者施用的胰岛素敏化剂治疗的有效性的方法，所述方法包括：确定选自由表1的基因组成的组的基因集合在取自所述患者的全血试验样品中的表达模式，其中所述基因集合的表达模式相对于非胰岛素抗性对照样品的改变指示所述胰岛素敏化剂治疗无效。
4.根据前述权利要求中的任一项所述的方法，其中所述基因集合包括一个或多个选自由胰岛素抗性蛋白、瘦蛋白、FoxP3、CD79A和CTLA4组成的组的基因。
5.根据权利要求4所述的方法，其中所述基因集合包括胰岛素抗性蛋白、瘦蛋白、FoxP3、CD79A和CTLA4中的2个、3个、4个或所有5个。
6.根据前述权利要求中的任一项所述的方法，其中所述基因集合包括一个或多个选自由IL1R1、CD36、TNFRSF10和ICOS组成的组的基因。
7.根据权利要求7所述的方法，其中所述基因集合包括IL1R1、CD36、TNFRSF10和ICOS中的2个、3个或所有4个。
8.根据前述权利要求中的任一项所述的方法，其中所述基因集合包括一个或多个选自由CEACAM8、胰岛素抗性蛋白、TNFa、IL6、ILR1、TLR4、TNFRSF1A、TNFRSF1B、MIF、CMKLR1、NFkB、CD36和ICOS组成的组的基因。
9.根据权利要求9所述的方法，其中所述基因集合包括CEACAM8、胰岛素抗性蛋白、TNFa、IL6、ILR1、TLR4、TNFRSF1A、TNFRSF1B、MIF、CMKLR1、NFkB、CD36和ICOS中的2个、3个、4个、5个、6个、7个、8个、9个、10个、11个、12个或所有13个。
10.根据前述权利要求中的任一项所述的方法，其中所述患者罹患代谢病。
11.根据权利要求10所述的方法，其中所述代谢病是2型糖尿病、肥胖、胰岛素抗性状态、非酒精性脂肪肝炎(NASH)或非酒精性脂肪肝病(NAFLD)。
12.根据前述权利要求中的任一项所述的方法，其中确定表达模式包括确定mRNA表达水平。
13.根据权利要求12所述的方法，其中所述mRNA表达水平使用qRT-PCR测量。
14.根据前述权利要求中的任一项所述的方法，其中所述试验样品中所述基因集合表达水平的改变是相对于对照样品的至少约1.5倍差异。
15.监测给患者施用的胰岛素敏化剂治疗的有效性的方法，所述方法包括下述步骤
a)确定选自由表1的基因组成的组的基因集合在取自所述患者的全血试验样品中的表达模式，
b)将所述基因集合的表达模式与在用胰岛素敏化剂治疗之前从所述患者采集的全血参比样品中的所述基因集合的表达模式进行对比，和
c)当所述试验样品中的基因的表达模式比所述参比样品中的基因的表达模式更类似于非胰岛素抗性对照样品的表达模式时，确定所述治疗是有效的。
16.基本上如前文所述的、特别是关于前述实施例所述的方法。
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