CN103243104A - 一种新的宫颈组织特异性差异表达基因 - Google Patents
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Abstract
本发明公开了一种新的宫颈组织特异性差异表达基因，包括6种宫颈癌特异性上调表达基因，SHISA2、SIX1、DTL、DSG2、NUP62CL和APOBEC3B和5种宫颈癌特异性下调表达基因，FOSB、DNASE1L3、EGR1、ABI3BP和FOS。上述基因的基因(DNA)、RNA和蛋白质序列信息如表3。本发明对探索宫颈病变的发生与发展规律，建立宫颈癌早期临床诊断方法，提高新疆宫颈癌的防治水平都具有重要意义。
Description
技术领域
本发明专利属于分子生物学或医学诊断技术领域，涉及一种新的宫颈组织特异性差异表达基因。
背景技术
宫颈癌是一种妇科恶性肿瘤，而早期发现是肿瘤有效治疗的关键。维吾尔族妇女宫颈癌的发病率和和死亡率很高，列为新疆特高发肿瘤。由于现有肿瘤诊断技术固有的局限性，临床收治的肿瘤患者中，中晚期居多，治疗效果较差。肿瘤特异性差异表达基因可以成为肿瘤发生密切相关的早期预警分子标志物，是建立肿瘤早期分子诊断方法的重要前提。本发明相关的技术包括四个关键步骤：(1)收集病理确诊的肿瘤、癌前病变患者及健康对照组织标本，制备组织RNA(Ribonucleic Acid，核糖核酸)，其组织RNA一般含有信使RNA(messenger RNA，mRNA)、核糖体RNA(ribose RNA，rRNA)和转移RNA(transport RNA，tRNA)；(2)选择人类全基因组表达谱芯片，通过肿瘤与正常组织mRNA的差异表达谱分析，建立肿瘤及癌前病变组织特异性候选差异表达基因谱(mRNA谱)，并进一步在线数据库、专业软件及资源查新分析，鉴别出新的肿瘤特异性差异表达候选基因(mRNA)；(3)以组织RNA为模板，在逆转录酶催化下，合成与其mRNA互补的脱氧核糖核苷酸(complementary deoxyribonucleic acid，cDNA)；(4)设计与合成每一种mRNA序列特异性引物后，利用cDNA模板、Taq DNA聚合酶及聚合酶链式反应(polymerase chain reaction，PCR)方法，检测目的基因的mRNA表达水平，筛选出mRNA表达水平上具有显著差异的候选基因，并淘汰无差异基因。在此，“引物”是指以DNA聚合酶催化反应所必需的18-22寡聚核苷酸(碱基)分子，而“逆转录反应”和“PCR”属于同一个检测步骤的连续过程，一般统称为RT-PCR。
据既往文献记载，通过宫颈癌组织的人类全基因组芯片研究，不同研究者发现了一系列宫颈癌组织特异性差异表达基因，并已公开报道。当时，人们所采用的人类全基因组表达谱芯片所含基因条数有限，而且对新疆维吾尔族妇女宫颈癌的相关研究报道几乎空白。近期，随着人类全基因组表达谱芯片技术的优化与完善，芯片所含基因种类不断增加。本发明采用新的人类全基因组表达谱芯片，对维吾尔族妇女宫颈癌组织进行筛查分析及单一基因表达水平的RT-PCR验证，发现一系列尚未报道的宫颈癌组织特异性差异表达基因。
发明内容
本发明的目的是克服现有技术中存在的缺陷，利用维吾尔族妇女宫颈癌及癌前病变组织RNA，通过高密度人类全基因组表达谱芯片及单一候选基因表达水平的RT-PCR鉴定，本发明提供至今尚未报道的宫颈癌组织特异性差异表达基因种类。
其技术方案如下：
一种新的宫颈组织特异性差异表达基因，包括6种宫颈癌特异性上调表达基因，SHISA2、SIX1、DTL、DSG2、NUP62CL和APOBEC3B和5种宫颈癌特异性下调表达基因，FOSB、DNASE1L3、EGR1、ABI3BP和FOS。上述基因的基因(DNA)、RNA和蛋白质序列信息如表1所示。
表1 11种新的宫颈癌特异性差异表达基因的序列信息
a，b，c Genebank database(数据库)
本发明的有益效果为：
首先，设计候选基因编码的mRNA序列特异性PCR引物，利用CSCC、CIN和NC组织RNA，通过半定量PCR筛查鉴定，发现绝大部分候选基因编码的mRNA表达水平在CSCC(或CIN)和NC组织之间存在显著差异，同时证明了基因芯片分析数据的可靠性和灵敏度。其次，依据半定量RT-PCR分析结果，选取了其中一些关键基因，通过定量RT-PCR分析，进一步证明了半定量RT-PCR分析所得结论的可行性和准确度，确定了新一类宫颈癌及癌前病变特异性差异表达基因，包括上调或下调表达基因。
具体实施方式
本发明利用维吾尔族妇女宫颈鳞癌(CSCC)、癌前病变(CIN)患者及正常对照个体(NC)的宫颈组织RNA标本，通过人类全基因组表达谱芯片分析，发现了宫颈癌(CSCC)及癌前病变(CIN)特异性差异表达基因谱。以此为基础，选取了CSCC特异性候选差异表达基因21种如表2和表3所示，而这些候选基因与宫颈癌相关的研究尚未见任何报道。
表2 9种CSCC特异性候选上调表达基因信息
a，b，c Genebank database(数据库)；d CSCC/NC差异表达倍数；e SAM软件统计学分析
表3 12种CSCC特异性下调表达候选基因信息
a，b，c Genebank database(数据库)；d CSCC/NC差异表达倍数；e SAM软件统计学分析
本发明依据宫颈癌特异性全基因组表达谱数据，选择了21种候选差异表达基因，通过宫颈癌及癌前病变(CIN)组织RNA的半定量RT-PCR鉴定，发现一系列具有表达水平差异显著的基因，其结果有如下创新点：
(1)宫颈癌或癌前病变特异性上调表达基因的发现
RARRES1、SHISA2、SYCP2、SIX1、DTL、APOBEC3B、DSG2、NUP62CL和KIF4A等9种基因具有宫颈癌特异性，SHISA2、SIX1、DTL、DSG2和NUP62CL等5种基因更具有代表性。RARRES1、SHISA2、SYCP2、SIX1、APOBEC3B、DSG2和KIF4A等7种基因表达水平检测可能有助于鉴别肿瘤与癌前病变。
(2)宫颈癌或癌前病变特异性下调表达基因的发现
FOSB、DNASE1L3、SCARA5、EGR1、ABI3BP、FOS、ISL1、CFD、KLF4、ID4、IER2和RHOB等12种基因宫颈癌特异性下调表达基因，其中FOSB、EGR1、FOS、CFD、KLF4、ID4、IER2和RHOB等8种基因可能更具有代表性。FOSB、SCARA5、ABI3BP、FOS、ID4和RHOB等6种基因表达水平的检测可能有助于鉴别肿瘤与癌前病变。同时，DNASE1L3、EGR1、KLF4和IER2等4种基因是癌前病变特异性下调表达基因。
新的宫颈癌或癌前病变特异性差异表达基因的发现，分为上调及下调表达基因：
(1)新的宫颈癌及癌前病变特异性上调表达基因的发现
RARRES1、SHISA2、SYCP2、SIX1、DTL、APOBEC3B、DSG2、NUP62CL和KIF4A等9种基因具有宫颈癌(CSCC)特异性，与正常宫颈上皮组织(NC)比较，均有显著差异(t-检验，P＜0.05)，其中DTL和NUP62CL等2种基因表达水平的差异更为显著(P＜0.01)。RARRES1、SYCP2、SIX1、NUP62CL和KIF4A等5种基因表达水平在宫颈癌(CSCC)与癌前病变(CIN)之间存在显著差异(P＜0.05)。DTL基因是癌前病变(CIN)特异性上调表达基因，因为该基因表达水平在CSCC与CIN之间无差异(P＞0.05)，两者与NC之间存在显著差异(P＜0.05)。
(2)新的宫颈癌或癌前病变特异性下调表达基因的发现
FOSB、DNASE1L3、SCARA5、EGR1、ABI3BP、FOS、ISL1、CFD、KLF4、ID4、IER2和RHOB等12种基因宫颈癌特异性下调表达基因，与正常宫颈上皮组织(NC)比较，均有显著差异(P＜0.05)，其中DNASE1L3、FOSB、EGR1、FOS、CFD、KLF4、ID4、IER2和RHOB等8种基因表达水平的差异更为显著(P＜0.01)。FOSB、SCARA5、EGR1、ABI3BP、FOS、ID4和RHOB等7种基因表达水平在宫颈癌(CSCC)与癌前病变(CIN)之间存在显著差异(P＜0.05)。KLF4和IER2等2种基因是癌前病变(CIN)特异性下调表达基因，因为该基因表达水平在CSCC与CIN之间无差异(P＞0.05)，两者与NC之间存在显著差异(P＜0.05)。
(3)不同定量分析数据的互补性和重复性
在半定量RT-PCR筛查鉴定中，获得了以上分析结果，而通过实时荧光定量RT-PCR鉴定，部分基因相关的结论得以进一步验证，其中有SHISA2、SIX1、DTL、APOBEC3B、DSG2和NUP62CL等6种上调表达基因，以及DNASE1L3、FOSB、EGR1、ABI3BP和FOS等5种下调表达基因。由于实时荧光定量RT-PCR是基因表达水平鉴定的首选方法，其准确度和灵敏度高，一般优于半定量RT-PCR，因而以两种方法分析同一种基因的表达水平时，将实时荧光定量RT-PCR分析结果视为最终定论。
以上所述，仅为本发明较佳的实施方式，本发明的保护范围不限于此，任何熟悉本技术领域的技术人员在本发明披露的技术范围内，可显而易见地得到的技术方案的简单变化或等效替换均落入本发明的保护范围内。
Claims (1)
1.一种新的宫颈组织特异性差异表达基因，其特征在于，包括6种宫颈癌特异性上调表达基因，SHISA2、SIX1、DTL、DSG2、NUP62CL和APOBEC3B和5种宫颈癌特异性下调表达基因，FOSB、DNASE1L3、EGR1、ABI3BP和FOS。
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|---|---|---|---|
| CN2013101807988A CN103243104A (zh) | 2013-05-10 | 2013-05-10 | 一种新的宫颈组织特异性差异表达基因 |
Applications Claiming Priority (1)
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| CN2013101807988A CN103243104A (zh) | 2013-05-10 | 2013-05-10 | 一种新的宫颈组织特异性差异表达基因 |
Publications (1)
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| CN103243104A true CN103243104A (zh) | 2013-08-14 |
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ID=48922983
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| CN2013101807988A Pending CN103243104A (zh) | 2013-05-10 | 2013-05-10 | 一种新的宫颈组织特异性差异表达基因 |
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| CN (1) | CN103243104A (zh) |
Cited By (2)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| CN112646878A (zh) * | 2021-01-22 | 2021-04-13 | 丁建强 | 血清中用于肝脏损伤疾病早期诊断的分子标记物 |
| CN112746104A (zh) * | 2021-01-22 | 2021-05-04 | 丁建强 | 血清中用于肝脏损伤疾病早期诊断的分子标记物 |
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2013
- 2013-05-10 CN CN2013101807988A patent/CN103243104A/zh active Pending
Non-Patent Citations (2)
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