微腔室动态PCR与毛细管电泳CE功能集成微流控芯片
技术领域
本发明涉及一种微腔室动态PCR与毛细管电泳CE功能集成微流控芯片,属于PCR与CE集成技术领域。
背景技术
微流控芯片(Microfludics)指的是在一块几平方厘米的芯片上构建的化学或生物实验室,可以在微观通道下依靠电、磁、机械、化学等各种方式进行实验操作,以实现其设计的功能。目标是将化学和生物领域涉及的样品制备、反应、分离、检测、培育、分选等集成在微芯片上,而且可多次使用,最终发展方向是微全分析系统。微流控芯片其最大的特点是生化环境依赖于MEMS微细加工制作出来的微流体环境,以可靠微流体贯穿整个系统,这也是其中文译名的由来。微流控芯片的构造一般为多层结构的复合封装,最简单的微流控芯片就是使用一片基材用微加工技术刻有细微通道,然后与另外一块平整基材覆合在一起,形成具有封闭通道的芯片,在其中一片上还有通道的进出口,以进行芯片内外的流体交换。微流控芯片在应用上具有以下突出特点:
1)流体处于微米级甚至纳米级的微通道环境中,因此流体基本都呈现出低雷诺数和层流流动的特点,使得其流动状况与混合情况都与宏观尺度表现出不一样的情况。通过合理的流体通道设计,流体的混合、分流、改变流向的复杂的过程将短时间内完成,同时MEMS技术的加工可以使得微流控通道能够通过电、磁、机械等各种方式对流体以及流体内部介质进行控制,使得微流控芯片具有极高的可操作性;
2)微流控芯片中尺度为微观,流体与颗粒都具有高的体表面积比,能够提高生物化学反应的速度,因此微通道中的反应需要的剂量小但呈现高通量、反应时间很短,往往为秒甚至毫秒级,使得微流控芯片具有高效的特点;
3)芯片的微环境的热容量小,可进行高速的升降温控制,并能精确的检测与控制不同区域的温度;在微流控通道中更容易实现宏观尺度下难以实现的温度快速精确变化,高精度的温控对研究特殊的生化反应有着突出贡献;
4)微流控芯片可采用多种检测手段对微流控通道中的试剂进行直接检测,包括激光诱导荧光检测(Laser induced fluorescence,LIF)、实时荧光检测、电化学检测、质谱检测等方式等。因此微流控芯片中进行生化反应的结果可以在线获得,并转化为电信号直接输出到计算机中进行处理,大大降低了实验的复杂性,提高了对实验结果的精度与可调试性;
5)高度整合度,通过合理的芯片设计将使得不同的复杂的反应过程能够集成于同一个反应芯片上,实现功能一体化自动化,防止了转移时试剂的浪费和污染;同时由于MEMS加工技术的特点,这种高度整合的微流控芯片还能批量化低成本的生产,有利于这种具有复杂功能集成的微系统在各个领域的发展。
聚合酶链式反应(PCR)是一种分子生物学技术,用于放大特定的DNA片段,可看作生物体外的特殊DNA复制,PCR技术原理类似于DNA的天然复制过程,其特异性依赖于与靶序列两端互补的寡核苷酸引物。PCR由变性-退火-延伸三个基本反应步骤构成:①模板DNA的变性:模板DNA经加热至94℃左右一定时间后,使模板DNA双链或经PCR扩增形成的双链DNA解离,使之成为单链,以便与引物结合,为后续反应做准备;②模板DNA与引物的退火(复性):模板DNA经加热变性成单链后,温度降至50-65℃,引物与模板DNA单链的互补序列配对结合;③引物的延伸:DNA模板-引物结合物在Taq DNA聚合酶的作用下,以dNTP为反应原料,靶序列为模板,按碱基互补配对与半保留复制原理,合成一条新的与模板DNA链互补的半保留复制链,重复循环变性-退火-延伸三过程就可获得更多的“半保留复制链”,而且这种新链又可成为下次循环的模板。PCR技术已经是生命科学和医学领域发展中一个重要发展方向,成为一种广泛应用的检测手段与技术方法,在生命科学、医学工程、遗传科学、法医鉴定等方面都具有广阔的应用价值。
PCR扩增的关键是快速而准确的控制温度循环,PCR扩增循环中的每一步都有最短的有效反应时间,温度变化过程太长不仅浪费时间,且随着时间的延长Taq DNA聚合酶的活性而逐渐下降,因此较长的反应过程对PCR是很不利的。因此直接提供PCR反应效率的思路就是减少PCR混合液的体积,可以缩短循环时间,提高扩增产物的含量。这恰恰是以微米为尺度的微流控芯片的突出特点。因此利用MEMS加工技术制作出高效的PCR微流控芯片成为微流控芯片发展的一个重要分支。PCR微流控芯片是PCR技术和MEMS技术在新技术环境下的高效结合。随着微流控芯片技术发展,以MEMS加工工艺在硅、玻璃和聚合物材料基础上加工出来的PCR微流控芯片,内部集成了微阀、微泵等流体控制元件和微加热器、微传感器等温度控制元件,在微米量级甚至更低的封闭环境中完成了样品的操作与PCR反应,而后续集成的检测部件中还能完成扩增结果的分离和检测。因此使得PCR反应获得了更大的集成度和极高的反应效率。PCR微流控芯片具有以下明显优势:
1)温度循环系统体积减小,热容降低,可以达到很高的升/降温速率(甚至可高达60-90℃/s),反应时间成倍缩短;
2)反应液体积减小,反应试剂的消耗量降低,反应液温度的均匀性提高,扩增的特异性增强,既节省了成本又提高了效率;
3)微通道的比表面积较大,可选用导热系数高的材料,提升热传递速率,大大降低反应液温度平衡的时间和循环所需要耗费时间,温度能够更快的稳定和检测;
4)芯片易于集成和功能化,能够快速便捷的实现扩增、结果分析一体化,空间尺度的减小使得可以利用微加工技术将微加热器和温度传感器等直接集成在芯片上,可进一步提高热传递速率;也可将芯片与样品纯化、混合、芯片电泳和荧光实时检测等操作过程集成,提高自动化程度和一体化过程。
PCR微流控芯片在发展中主要可以分为静态微腔室式PCR和连续流PCR两大类,两者的主要差别在于进行PCR循环时反应液是否处于流动状态,若是处于静止状态一般可归于静态腔室型,若处于不断的流动状态则一般可以归于连续流型。
传统的静态微腔室型PCR芯片结构比较简单,一般使用微加工技术加工出反应的微腔室(微腔室有可以封闭的流体进出口),用于加热与温度传感的电极以及冷却与散热装置。其基本原理和传统PCR仪器相近,是对注入反应腔内的PCR反应混合物进行直接的升降温控制,实现温度循环。虽然结构简单,但是由于微观尺度效应,热惯性小,PCR反应液在微腔室中可以很快地进行升降温工作,热传感器也能及时反馈并对温度进行控制。由于微腔室芯片结构简单,也意味着能够在一块晶片上加工多个反应池,同时进行多个PCR反应。通过微加工制作的微腔室也可以通过微通道和流体控制与其他功能部件相连,实现功能集成化,这些特点都在实际使用中具有很大的优势。静态微腔室型PCR芯片显著地降低了混合液的消耗量,但温控系统及结构设计直接决定的加热冷却速度仍旧对温度循环与稳定起着决定性影响,一般来说与理想的升降温反应速度仍旧有一定差距。一般加热与散热装置需要集成加工在芯片上,这使得加工成本也有所上升。且传统静态腔室PCR芯片的试剂准备、反应后试剂提取依旧需要有外部转移过程,可能导致试剂的浪费与转移污染的出现。因此,向着实现类似连续流PCR的独立多温区循环与更多的功能集成化发展都成为静态腔PCR芯片发展的方向。
毛细管电泳(Capillary Electrophoresis CE)芯片是微流控芯片发展起点,也是微流控芯片发展最广最多的方向。其已经是一个比较成熟的微分离检测技术手段,可实现对多种生物分子、离子的分离检测。CE芯片原理和操作都非常简单,其主要涉及微流体环境中的两种电现象:电渗与电泳。电渗是使用电极电压对微流控通道中的流体进行驱动的一种方法,在微流控芯片中,如果使用高压电极与微通道内反应试剂接触,施加电压;在PH>3条件下,在微通道内部的固液交界面处会形成一层偶电层,偶电层会在通道两端的电场力的作用下定向移动,由于粘度的作用同时会带动几十微米内的液体一同流动(微通道设计尺寸一般将使得电渗带动整个流体),在摩擦力平衡下形成一种扁平形状的液流定向运动,这就是电渗现象。电渗由于可以利用电压方便的控制流体的流动,是一种很适宜于微流控芯片环境的流体控制驱动方式,长期以来得到了广泛的应用与研究。在电渗导致微通道内液体流动的同时,微通道两端的施加的电压也使得液体环境中的带电粒子在电场作用下向相反的电极方向移动,这就是电泳。微观尺度下电泳将使得不同的荷质比的粒子在电场力作用下分离形成相应的分离谱带。如果分离谱带附加上荧光并用光学仪器记录分析或者使用其对光谱的吸收特性进行分析,就可以得到分离的定量结果,从而实现了分离检测的目的。
在有带正电、负电和不带电的混合物存在的条件下,用电渗的方法可以很容易分开,但是如果只有带负电的DNA的条件下,要抑制电渗,只对DNA进行电泳,这样分辨率会更高一些。为了抑制电渗,一般用聚乙烯醇、线性聚丙烯酰胺、聚-N-羟乙基丙烯酰胺、吡咯烷酮等化合物进行动态修饰或者对通道表面进行烷基化修饰,这样既能抑制电渗流又可以防止DNA在通道表面的吸附。
微流控芯片中各种生物与化学过程都是处于微米量级的几何尺度内,检测空间的狭小与检测试剂的快速反应使得微流控芯片的检测方式要求灵敏度高,响应速度快,能够微型化。检测器与微流控芯片一同发展,因此继承于微流控芯片初期毛细管电泳芯片的发展,包括激光诱导荧光检测、化学发光和紫外吸收等的光学检测法一直是主流的检测手段;电化学检测方法检测价格低廉、装置简单、非常易于整合,适于一些灵敏度要求不高的领域;质谱检测具备高分辨率,敏感度和结构分析能力有突出优点,但设备较昂贵。激光诱导荧光(Laser Induced Fluorescence,LIF)检测是目前最灵敏也是最常用的微流控芯片检测方法之一,其检测限很低,一般能达到10-9-10-13mol/L,甚至在一些改进技术支持下能达到单分子检测。根据不同的需要运用不同的检测方法。
发明内容
本发明的目的是克服现有技术存在的不足,提供一种微腔室动态PCR与毛细管电泳CE功能集成微流控芯片,实现同时检测一个和多个PCR片段的功能,即使相同的片段大小也可分辨。
本发明的目的通过以下技术方案来实现:
微腔室动态PCR与毛细管电泳CE功能集成微流控芯片,特点是:所述芯片为四层结构,依次包括第一层、第二层、第三层第四层;
所述第三层的下表面设有变性微腔、退火微腔、延伸微腔、甲酰胺加样池、混合器、样品池、缓冲液池、样品废液池、废液池、变性微腔与退火微腔之间的沟道、退火微腔与延伸微腔之间的沟道、延伸微腔与混合器之间的沟道、甲酰胺加样池与混合器之间的沟道、混合器与样品池之间的沟道以及样品池、缓冲液池、样品废液池、废液池之间的十字型沟道,变性微腔、退火微腔、延伸微腔的体积均小于1μl,延伸微腔的出样端和样品池的进样端均设有微阀;
所述第一层为基片层,第一层的上表面设有与第三层上的变性微腔位置相对的加热电极和温度传感电极、退火微腔位置相对的加热电极和温度传感电极、延伸微腔位置相对的加热电极和温度传感电极,以及分别与样品池、缓冲液池、样品废液池、废液池的位置相对的电极点,以及分别与样品池电极点、缓冲液池电极点、样品废液池电极点、废液池电极点直接电性连接的高压电极;
所述第二层为键合层,覆于第一层上,第三层键合于第一层上,在第一层上与样品池、缓冲液池、样品废液池、废液池的位置相对的部位分别设有放样孔,与所述放样孔相对的键合层上也分别设有通孔,放样孔经通孔与其对应的池相贯通;
所述第四层为气动微泵层,设有气动微泵,气动微泵位于第三层上的变性微腔的上方,并与变性微腔相通;或者,变性微腔、退火微腔和延伸微腔的上方均设有一气动微泵,分别与对应的微腔相通。
进一步地,上述的微腔室动态PCR与毛细管电泳CE功能集成微流控芯片,所述第一层的材质为氧化铝、氮化铝、铜、硅、玻璃、石英或者透明高聚物材料。所述透明高聚物材料是环氧树脂、聚甲基丙烯酸甲脂、聚二甲基硅氧烷、聚碳酸酯、环烯烃共聚物、聚对二甲苯、聚酰亚胺或者聚对苯二酸乙二酯。所述第一层的厚度为100μm~2mm。
更进一步地,上述的微腔室动态PCR与毛细管电泳CE功能集成微流控芯片,所述第三层的材质为硅、玻璃、石英或者聚合物材料。所述聚合物材料是环氧树脂、聚甲基丙烯酸甲脂、聚二甲基硅氧烷、聚碳酸酯、环烯烃共聚物、聚对二甲苯、聚酰亚胺或者聚对苯二酸乙二酯。所述第三层的厚度为100μm~10mm。
再进一步地,上述的微腔室动态PCR与毛细管电泳CE功能集成微流控芯片,所述第二层为高聚物薄膜,其厚度为100μm以下。所述高聚物薄膜是PDMS薄膜。
再进一步地,上述的微腔室动态PCR与毛细管电泳CE功能集成微流控芯片,所述第四层的材质为PDMS薄膜,其厚度为100μm~10mm。
本发明技术方案突出的实质性特点和显著的进步主要体现在:
1)有三个恒温区,没有升温降温过程,液体到达哪个温区后会迅速达到相应的温度,大大缩短每个温度循环的时间,而且循环次数不受限制;
2)微流控芯片中尺寸为微观,流体与颗粒都具有高的体表面积比,能够提高生物化学反应的速度, PCR微腔室体积小于1μl,体积的缩小可大大减少PCR反应时间,易于批量化低成本的生产;
3)芯片为多层结构,多层结构能够集成多种功能,如加热电极可以集成在上面,对温度控制的精确度更高;
4)芯片的微环境的热容量小,可进行高速的升降温控制,并能精确的检测与控制不同区域的温度;可采用多种检测手段对微流控通道中的试剂进行实时和终点检测;实现PCR-CE功能一体化自动化,防止了转移时试剂的浪费和污染;
5)温度循环系统体积减小,热容降低,可达到很高的升/降温速率(甚至可高达60-90℃/s),反应时间成倍缩短;反应液体积减小,反应液温度的均匀性提高,扩增的特异性增强,既节省了成本又提高了效率;芯片易于集成和功能化,能够快速便捷的实现扩增、结果分析一体化;具有同时检测一个和多个PCR片段的功能,即使相同的片段大小也可分辨。
附图说明
下面结合附图对本发明技术方案作进一步说明:
图1:本发明芯片的构造原理示意图。
具体实施方式
本发明设计一种具有实时和终点检测一个或多个PCR片段功能的微腔室动态PCR与毛细管电泳CE功能集成微流控芯片,具有检测五色荧光的特性,即使片段的大小相等也可进行分辨。
如图1所示,微腔室动态PCR与毛细管电泳CE功能集成微流控芯片,芯片为四层结构,依次包括第一层、第二层、第三层第四层;第三层的下表面设有变性微腔2、退火微腔5、延伸微腔6、甲酰胺加样池8、混合器9、样品池10、缓冲液池11、样品废液池13、废液池12、变性微腔2与退火微腔5之间的沟道、退火微腔5与延伸微腔6之间的沟道、延伸微腔6与混合器9之间的沟道、甲酰胺加样池8与混合器9之间的沟道、混合器9与样品池10之间的沟道以及样品池10、缓冲液池11、样品废液池13、废液池12之间的十字型沟道14,变性微腔2、退火微腔5、延伸微腔6的体积均小于1μl,延伸微腔6的出样端和样品池10的进样端均设有微阀7;
第一层为基片层,第一层的上表面设有与第三层上的变性微腔位置相对的加热电极3和温度传感电极4、退火微腔位置相对的加热电极和温度传感电极、延伸微腔位置相对的加热电极和温度传感电极,以及分别与样品池、缓冲液池、样品废液池、废液池的位置相对的电极点,以及分别与样品池电极点、缓冲液池电极点、样品废液池电极点、废液池电极点直接电性连接的高压电极15;
第二层为键合层,覆于第一层上,第三层键合于第一层上,在第一层上与样品池、缓冲液池、样品废液池、废液池的位置相对的部位分别设有放样孔,与所述放样孔相对的键合层上也分别设有通孔,放样孔经通孔与其对应的池(样品池、缓冲液池、样品废液池、废液池)相贯通;
第四层为气动微泵层,设有气动微泵1,气动微泵1位于第三层上的变性微腔的上方,并与变性微腔相通。或者,变性微腔、退火微腔、延伸微腔,每一个微腔的上方都有一个气动微泵,分别与对应的微腔相通,通过有规律的挤压使液体处于不同的微腔。
其中,第一层的材质为氧化铝、氮化铝、铜、硅、玻璃、石英或者透明高聚物材料,透明高聚物材料是环氧树脂、聚甲基丙烯酸甲脂、聚二甲基硅氧烷、聚碳酸酯、环烯烃共聚物、聚对二甲苯、聚酰亚胺或者聚对苯二酸乙二酯;第一层的厚度为100μm~2mm。
第三层的材质为硅、玻璃、石英或者聚合物材料,聚合物材料是环氧树脂、聚甲基丙烯酸甲脂、聚二甲基硅氧烷、聚碳酸酯、环烯烃共聚物、聚对二甲苯、聚酰亚胺或者聚对苯二酸乙二酯;第三层的厚度为100μm~10mm。
第二层为高聚物薄膜,其厚度为100μm以下,高聚物薄膜是PDMS薄膜。
第四层的材质为PDMS,其厚度为100μm~10mm。
集成的PCR-CE芯片是由PCR反应单元与CE分离通道组成的微流控芯片,为四层结构,第一层是基片(玻璃或者硬的高聚物材料),这一层需要溅射上加热电极、温度传感器和高压电源电极。第二层是PDMS层将电极与通道溶液隔离。第三层是微流通道层,上面刻有微流通道。第四层是气动微泵层,气动微泵一侧,或者在微腔的上方。工作时,先使退火微腔和延伸微腔的泵挤压微腔,使液体处于变性微腔的位置,接着使变性微腔和延伸微腔处于挤压状态,液体处于退火微腔的位置;最后,变性微腔和退火微腔处于被挤压的状态,液体处于延伸微腔的位置,这样一个循环完成。
在微流控芯片上集成微泵,形成PCR混合液在三个反应温区的循环,样品从入孔首先进入95摄氏度的变性微腔2进行变性,然后在微泵驱动下进入退火微腔5进行退火,最后在微泵的二次驱动下进入延伸微腔6进行延伸。在微泵反向驱动使得PCR混合液从延伸微腔6再到退火微腔5最后回到变性微腔2。这样循环往复。因为有三个恒温区,没有升温降温过程,液体到达哪个温区后会迅速达到相应的温度,大大缩短每个温度循环的时间,而且循环次数不受限制。最后将延伸微腔中的PCR反应液驱动到电泳单元进行电泳。
综上所述,本发明微腔室动态PCR与毛细管电泳CE功能集成微流控芯片凸显以下特点:
1)有三个恒温区,没有升温降温过程,液体到达哪个温区后会迅速达到相应的温度,大大缩短每个温度循环的时间,而且循环次数不受限制;
2)微流控芯片中尺寸为微观,流体与颗粒都具有高的体表面积比,能够提高生物化学反应的速度, PCR微腔室体积小于1μl,体积的缩小可大大减少PCR反应时间,易于批量化低成本的生产;
3)芯片为多层结构,多层结构能够集成多种功能,如加热电极可以集成在上面,对温度控制的精确度更高;
4)芯片的微环境的热容量小,可进行高速的升降温控制,并能精确的检测与控制不同区域的温度;可采用多种检测手段对微流控通道中的试剂进行实时和终点检测;实现PCR-CE功能一体化自动化,防止了转移时试剂的浪费和污染;
5)温度循环系统体积减小,热容降低,可达到很高的升/降温速率(甚至可高达60-90℃/s),反应时间成倍缩短;反应液体积减小,反应液温度的均匀性提高,扩增的特异性增强,既节省了成本又提高了效率;芯片易于集成和功能化,能够快速便捷的实现扩增、结果分析一体化;具有同时检测一个和多个PCR片段的功能,即使相同的片段大小也可分辨。
需要理解到的是:以上所述仅是本发明的优选实施方式,对于本技术领域的普通技术人员来说,在不脱离本发明原理的前提下,还可以作出若干改进和润饰,这些改进和润饰也应视为本发明的保护范围。