CN102395678B - 玉米抗茎腐病主效qtl、与主效qtl连锁的分子标记和应用 - Google Patents

玉米抗茎腐病主效qtl、与主效qtl连锁的分子标记和应用 Download PDF

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Abstract

本发明公开了一种玉米抗茎腐病主效QTL、与主效QTL连锁的分子标记和应用。本发明提供的QTL，定位于第10号染色体上，位于分子标记SSR334和SSR58之间。本发明还提供了该主效QTL的59对分子标记。本发明提供的分子标记与茎腐病抗性在统计水平上显著相关，可以用于玉米抗茎腐病的分子标记辅助育种，产生抗性品种或改良玉米品种对茎腐病的抗性。

Description

玉米抗茎腐病主效QTL、与主效QTL连锁的分子标记和应用
技术领域
本发明涉及一种玉米抗茎腐病主效QTL、与主效QTL连锁的分子标记和应用。 
背景技术
玉米茎腐病是世界各玉米产区普遍发生的重要土传病害，玉米进入乳熟期，整株叶片突然出现青灰色干枯，根部、茎基部呈现水渍状腐烂，致早枯，影响灌浆，降低千粒重。除了导致产量降低外，茎腐病还造成玉米倒伏，影响收获，同时对籽粒品质也有一定程度的影响。 
玉米茎腐病病原比较复杂，病原菌的种类及优势小种问题，国内外报道不尽一致，我国主要的致病菌是禾谷镰刀菌(Fusarium graminearum Schw.)和肿囊腐霉菌(Pythium inflatum Matth.)(龚士琛，闫漱琴，张瑞英等(2004)玉米抗茎腐病育种研究进展，黑龙江农业科学，4：28-30)。禾谷镰刀菌的腐生菌丝体及厚壁孢子在作物残茬上越冬，在玉米播后至抽雄吐丝期不断由根系侵入，病菌在植株体内蔓延扩展，玉米乳熟期达显症高峰，高温、高湿利于发病(Parry DW，Jenkinson P，McLeod L(1995)Fusarium ear blight(scab)in small grain cereals-a review.Plant Pathol 44：207-38；Ledencan T，Simic D，Brkic I，Jambrovic A，Zdunic Z(2003)Resistance of maize inbreds and their hybrids to Fusarium stalk rot.Czech J.Genet Plant Breed 39：15-20)。 
目前在我国，玉米茎腐病已经发展为玉米生产中的第一大病害。江苏、河南、山东、四川和广西均有发生。近年四川省、河南省新乡地区发病严重。黄淮地区由于秋涝严重，造成茎腐病发病严重，给当地造成严重损失。经调查一般年份发病率10％～20％，个别年份和地区可达70％以上；减产25％～30％，重者甚至绝收。由于玉米茎腐病性状极为复杂，受环境影响很大，从而导致抗性测定的误差增大，因此，开展对玉米茎腐病的遗传基础研究相当困难。鉴于玉米茎腐病对经济和生态都有很重要的影响，培育抗病品种成为控制病害流行的有效手段，可以将多个抗茎腐病QTL导入优良的自交系改良品种抗性。 
玉米对禾谷镰刀菌茎腐病的抗性机制，有两种不同的看法。一般认为玉米对茎腐病的抗性是数量性状，由多个基因控制。Kappelmen和Thompson(Kappelman AJ，Thompson DL(1966)Inheritance of resistance to Diplodia stalk-rot in corn.Crop Sci 6：288-290)的研究结果表明，玉米对茎腐病的抗性受少数基因控制，加性效应和显性效应均起作用。Hooker(Hooker，AL(1978)Genetics of disease resistance in maize，p.319-322.In：Maize Breeding and Genetics，Walden，D.B.(Ed.).John Wiley&Sons，New York.)也认为玉米对茎腐病的抗性是受多基因控制的。Pé等(PéME，Gianfranceschi L，Taramino G，et al.(1993)Mapping quantitative trait loci(QTLs)for resistance to Gibberella zeae infection in maize.Mol Gen Genet 241：11-16)利用高抗茎腐病的自交系B87 和高感自交系33-16组配的150个F2:3家系，通过接种禾谷镰刀菌鉴定性状，定位了5个抗茎腐病的QTL位点，分别位于1、3、4、5和10号染色体上。也有人认为玉米对茎腐病的抗性可能受一对完全显性单基因控制。杨典洱等认为玉米茎腐病的抗性受单基因Rfg1控制，并将其定位在6号染色体。 
发明公开
本发明的目的是提供玉米抗茎腐病主效QTL、与主效QTL连锁的分子标记和应用。 
本发明提供的玉米抗茎腐病的主效数量性状基因位点(主效QTL)qRfg1，定位于第10号染色体上，位于分子标记SSR334和SSR58之间(物理距离约为500Kb)。 
本发明提供的与玉米抗茎腐病的主效数量性状基因位点连锁的分子标记(引物对)，为标记CAPS372、标记CAPS353、标记CAPS401、标记CAPS402、标记CAPS429、标记SSR35、标记SSR36、标记SSR44、标记SSR46、标记SSR47、标记SSR77、标记SSR85、标记SSR87、标记SSR90、标记SSR93、标记SSR100、标记SSR198、标记SSR114、标记SSR118、标记SSR120、标记SSR334、标记SSR337、标记SSR343、标记SSR344、标记SSR58、标记SSR239、标记SSR243、标记SSR248、标记SSR255、标记SSR256、标记SSR106、标记SSR105、标记SSR300、标记SSR301、标记SSR302、标记SSR12、标记SSR14、标记SSR285、标记SSR179、标记SSR261、标记SSR152、标记SSR147、标记SSR156、标记SSR164、标记SSR172、标记SSR173、标记STS01、标记STS378、标记STS373、标记STS400、标记STS414、标记STS416、标记STS444、标记STS446、标记STS434、标记STS02、标记STS03、标记STS04或标记STS06； 
所述标记CAPS372由序列表的序列1所示DNA和序列表的序列2所示DNA组成。所述标记CAPS353由序列表的序列3所示DNA和序列表的序列4所示DNA组成。所述标记CAPS401由序列表的序列5所示DNA和序列表的序列6所示DNA组成。所述标记CAPS402由序列表的序列7所示DNA和序列表的序列8所示DNA组成。所述标记CAPS429由序列表的序列9所示DNA和序列表的序列10所示DNA组成。所述标记SSR35由序列表的序列11所示DNA和序列表的序列12所示DNA组成。所述标记SSR36由序列表的序列13所示DNA和序列表的序列14所示DNA组成。所述标记SSR44由序列表的序列15所示DNA和序列表的序列16所示DNA组成。所述标记SSR46由序列表的序列17所示DNA和序列表的序列18所示DNA组成。所述标记SSR47由序列表的序列19所示DNA和序列表的序列20所示DNA组成。所述标记SSR77由序列表的序列21所示DNA和序列表的序列22所示DNA组成。所述标记SSR85由序列表的序列23所示DNA和序列表的序列24所示DNA组成。所述标记SSR87由序列表的序列25所示DNA和序列表的序列26所示DNA组成。所述标记SSR90由序列表的序列27所示DNA和序列表的序列28所示DNA组成。所述标记SSR93由序列表的序列29所示DNA和序列表的序列30所示DNA组成。所述标记SSR100由序列表的序列31所示DNA和序列表的序列32所示DNA组成。所述标记SSR198由序列表的序列33所示DNA和序列表的序列34所示DNA组成。所述标记SSR114由序列表的序列35所示DNA和序列表的序列36所示DNA组成。所述标记SSR118由序列表的序列 37所示DNA和序列表的序列38所示DNA组成。所述标记SSR120由序列表的序列39所示DNA和序列表的序列40所示DNA组成。所述标记SSR334由序列表的序列41所示DNA和序列表的序列42所示DNA组成。所述标记SSR337由序列表的序列43所示DNA和序列表的序列44所示DNA组成。所述标记SSR343由序列表的序列45所示DNA和序列表的序列46所示DNA组成。所述标记SSR344由序列表的序列47所示DNA和序列表的序列48所示DNA组成。所述标记SSR58由序列表的序列49所示DNA和序列表的序列50所示DNA组成。所述标记SSR239由序列表的序列51所示DNA和序列表的序列52所示DNA组成。所述标记SSR243由序列表的序列53所示DNA和序列表的序列54所示DNA组成。所述标记SSR248由序列表的序列55所示DNA和序列表的序列56所示DNA组成。所述标记SSR255由序列表的序列57所示DNA和序列表的序列58所示DNA组成。所述标记SSR256由序列表的序列59所示DNA和序列表的序列60所示DNA组成。所述标记SSR106由序列表的序列61所示DNA和序列表的序列62所示DNA组成。所述标记SSR105由序列表的序列63所示DNA和序列表的序列64所示DNA组成。所述标记SSR300由序列表的序列65所示DNA和序列表的序列66所示DNA组成。所述标记SSR301由序列表的序列67所示DNA和序列表的序列68所示DNA组成。所述标记SSR302由序列表的序列69所示DNA和序列表的序列70所示DNA组成。所述标记SSR12由序列表的序列71所示DNA和序列表的序列72所示DNA组成。所述标记SSR14由序列表的序列73所示DNA和序列表的序列74所示DNA组成。所述标记SSR285由序列表的序列75所示DNA和序列表的序列76所示DNA组成。所述标记SSR179由序列表的序列77所示DNA和序列表的序列78所示DNA组成。所述标记SSR261由序列表的序列79所示DNA和序列表的序列80所示DNA组成。所述标记SSR152由序列表的序列81所示DNA和序列表的序列82所示DNA组成。所述标记SSR147由序列表的序列83所示DNA和序列表的序列84所示DNA组成。所述标记SSR156由序列表的序列85所示DNA和序列表的序列86所示DNA组成。所述标记SSR164由序列表的序列87所示DNA和序列表的序列88所示DNA组成。所述标记SSR172由序列表的序列89所示DNA和序列表的序列90所示DNA组成。所述标记SSR173由序列表的序列91所示DNA和序列表的序列92所示DNA组成。所述标记STS01由序列表的序列93所示DNA和序列表的序列94所示DNA组成。所述标记STS378由序列表的序列95所示DNA和序列表的序列96所示DNA组成。所述标记STS373由序列表的序列97所示DNA和序列表的序列98所示DNA组成。所述标记STS400由序列表的序列99所示DNA和序列表的序列100所示DNA组成。所述标记STS414由序列表的序列101所示DNA和序列表的序列102所示DNA组成。所述标记STS416由序列表的序列103所示DNA和序列表的序列104所示DNA组成。所述标记STS444由序列表的序列105所示DNA和序列表的序列106所示DNA组成。所述标记STS446由序列表的序列107所示DNA和序列表的序列108所示DNA组成。所述标记STS434由序列表的序列109所示DNA和序列表的序列110所示DNA组成。所述标记STS02由序列表的序列111所示DNA 和序列表的序列112所示DNA组成。所述标记STS03由序列表的序列113所示DNA和序列表的序列114所示DNA组成。所述标记STS04由序列表的序列115所示DNA和序列表的序列116所示DNA组成。所述标记STS06由序列表的序列117所示DNA和序列表的序列118所示DNA组成。 
本发明还保护辅助筛选抗茎腐病玉米的专用引物，包括如下标记(引物对)中的至少一对：所述标记CAPS372、所述标记CAPS353、所述标记CAPS401、所述标记CAPS402、所述标记CAPS429、所述标记SSR35、所述标记SSR36、所述标记SSR44、所述标记SSR46、所述标记SSR47、所述标记SSR77、所述标记SSR85、所述标记SSR87、所述标记SSR90、所述标记SSR93、所述标记SSR100、所述标记SSR198、所述标记SSR114、所述标记SSR118、所述标记SSR120、所述标记SSR334、所述标记SSR337、所述标记SSR343、所述标记SSR344、所述标记SSR58、所述标记SSR239、所述标记SSR243、所述标记SSR248、所述标记SSR255、所述标记SSR256、所述标记SSR106、所述标记SSR105、所述标记SSR300、所述标记SSR301、所述标记SSR302、所述标记SSR12、所述标记SSR14、所述标记SSR285、所述标记SSR179、所述标记SSR261、所述标记SSR152、所述标记SSR147、所述标记SSR156、所述标记SSR164、所述标记SSR172、所述标记SSR173、所述标记STS01、所述标记STS378、所述标记STS373、所述标记STS400、所述标记STS414、所述标记STS416、所述标记STS444、所述标记STS446、所述标记STS434、所述标记STS02、所述标记STS03、所述标记STS04和所述标记STS06。所述茎腐病具体可为由禾谷镰刀菌(Fusarium graminearum Schw.)引起的茎腐病。 
所述专用引物在制备抗茎腐病玉米的试剂盒中的应用也属于本发明的保护范围。本发明还保护一种辅助筛选抗茎腐病玉米的试剂盒，包括以上任一所述专用引物。 
本发明提供的辅助筛选抗茎腐病玉米的方法，包括如下(1)至(59)中任一所述的步骤： 
(1)以待测玉米的基因组DNA为模板，用所述标记CAPS372进行PCR扩增，如果得到697bp且能被限制性内切酶PvuI I酶切的PCR扩增产物，所述待测玉米为候选的抗茎腐病玉米； 
(2)以待测玉米的基因组DNA为模板，用所述标记CAPS353进行PCR扩增，如果得到435bp且不能被限制性内切酶CfrI酶切的PCR扩增产物，所述待测玉米为候选的抗茎腐病玉米； 
(3)以待测玉米的基因组DNA为模板，用所述标记CAPS401进行PCR扩增，如果得到541bp且能被限制性内切酶BglI酶切的PCR扩增产物，所述待测玉米为候选的抗茎腐病玉米； 
(4)以待测玉米的基因组DNA为模板，用所述标记CAPS402进行PCR扩增，如果得到719bp且能被限制性内切酶MnlI酶切的PCR扩增产物，所述待测玉米为候选的抗茎腐病玉米； 
(5)以待测玉米的基因组DNA为模板，用所述标记CAPS429进行PCR扩增， 如果得到531bp且能被限制性内切酶AvaII酶切的PCR扩增产物，所述待测玉米为候选的抗茎腐病玉米； 
(6)以待测玉米的基因组DNA为模板，用所述标记SSR35进行PCR扩增，如果得到150bp的PCR扩增产物，所述待测玉米为候选的抗茎腐病玉米； 
(7)以待测玉米的基因组DNA为模板，用所述标记SSR36进行PCR扩增，如果得到100bp的PCR扩增产物，所述待测玉米为候选的抗茎腐病玉米； 
(8)以待测玉米的基因组DNA为模板，用所述标记SSR44进行PCR扩增，如果得到230bp的PCR扩增产物，所述待测玉米为候选的抗茎腐病玉米； 
(9)以待测玉米的基因组DNA为模板，用所述标记SSR46进行PCR扩增，如果得到120bp的PCR扩增产物，所述待测玉米为候选的抗茎腐病玉米； 
(10)以待测玉米的基因组DNA为模板，用所述标记SSR47进行PCR扩增，如果得到260bp的PCR扩增产物，所述待测玉米为候选的抗茎腐病玉米； 
(11)以待测玉米的基因组DNA为模板，用所述标记SSR77进行PCR扩增，如果得到230bp的PCR扩增产物，所述待测玉米为候选的抗茎腐病玉米； 
(12)以待测玉米的基因组DNA为模板，用所述标记SSR85进行PCR扩增，如果得到150bp的PCR扩增产物，所述待测玉米为候选的抗茎腐病玉米； 
(13)以待测玉米的基因组DNA为模板，用所述标记SSR87进行PCR扩增，如果得到100bp的PCR扩增产物，所述待测玉米为候选的抗茎腐病玉米； 
(14)以待测玉米的基因组DNA为模板，用所述标记SSR90进行PCR扩增，如果得到100bp的PCR扩增产物，所述待测玉米为候选的抗茎腐病玉米； 
(15)以待测玉米的基因组DNA为模板，用所述标记SSR93进行PCR扩增，如果得到230bp的PCR扩增产物，所述待测玉米为候选的抗茎腐病玉米； 
(16)以待测玉米的基因组DNA为模板，用所述标记SSR100进行PCR扩增，如果得到100bp的PCR扩增产物，所述待测玉米为候选的抗茎腐病玉米； 
(17)以待测玉米的基因组DNA为模板，用所述标记SSR198进行PCR扩增，如果得到166bp的PCR扩增产物，所述待测玉米为候选的抗茎腐病玉米； 
(18)以待测玉米的基因组DNA为模板，用所述标记SSR114进行PCR扩增，如果得到240bp的PCR扩增产物，所述待测玉米为候选的抗茎腐病玉米； 
(19)以待测玉米的基因组DNA为模板，用所述标记SSR118进行PCR扩增，如果得到225bp的PCR扩增产物，所述待测玉米为候选的抗茎腐病玉米； 
(20)以待测玉米的基因组DNA为模板，用所述标记SSR120进行PCR扩增，如果得到254bp的PCR扩增产物，所述待测玉米为候选的抗茎腐病玉米； 
(21)以待测玉米的基因组DNA为模板，用所述标记SSR334进行PCR扩增，如果得到301bp的PCR扩增产物，所述待测玉米为候选的抗茎腐病玉米； 
(22)以待测玉米的基因组DNA为模板，用所述标记SSR337进行PCR扩增，如果得到96bp的PCR扩增产物，所述待测玉米为候选的抗茎腐病玉米； 
(23)以待测玉米的基因组DNA为模板，用所述标记SSR343进行PCR扩增， 如果得到244bp的PCR扩增产物，所述待测玉米为候选的抗茎腐病玉米； 
(24)以待测玉米的基因组DNA为模板，用所述标记SSR344进行PCR扩增，如果得到164bp的PCR扩增产物，所述待测玉米为候选的抗茎腐病玉米； 
(25)以待测玉米的基因组DNA为模板，用所述标记SSR58进行PCR扩增，如果得到120bp的PCR扩增产物，所述待测玉米为候选的抗茎腐病玉米； 
(26)以待测玉米的基因组DNA为模板，用所述标记SSR239进行PCR扩增，如果得到188bp的PCR扩增产物，所述待测玉米为候选的抗茎腐病玉米； 
(27)以待测玉米的基因组DNA为模板，用所述标记SSR243进行PCR扩增，如果得到294bp的PCR扩增产物，所述待测玉米为候选的抗茎腐病玉米； 
(28)以待测玉米的基因组DNA为模板，用所述标记SSR248进行PCR扩增，如果得到253bp的PCR扩增产物，所述待测玉米为候选的抗茎腐病玉米； 
(29)以待测玉米的基因组DNA为模板，用所述标记SSR255进行PCR扩增，如果得到207bp的PCR扩增产物，所述待测玉米为候选的抗茎腐病玉米； 
(30)以待测玉米的基因组DNA为模板，用所述标记SSR256进行PCR扩增，如果得到218bp的PCR扩增产物，所述待测玉米为候选的抗茎腐病玉米； 
(31)以待测玉米的基因组DNA为模板，用所述标记SSR106进行PCR扩增，如果得到110bp的PCR扩增产物，所述待测玉米为候选的抗茎腐病玉米； 
(32)以待测玉米的基因组DNA为模板，用所述标记SSR105进行PCR扩增，如果得到110bp的PCR扩增产物，所述待测玉米为候选的抗茎腐病玉米； 
(33)以待测玉米的基因组DNA为模板，用所述标记SSR300进行PCR扩增，如果得到215bp的PCR扩增产物，所述待测玉米为候选的抗茎腐病玉米； 
(34)以待测玉米的基因组DNA为模板，用所述标记SSR301进行PCR扩增，如果得到210bp的PCR扩增产物，所述待测玉米为候选的抗茎腐病玉米； 
(35)以待测玉米的基因组DNA为模板，用所述标记SSR302进行PCR扩增，如果得到202bp的PCR扩增产物，所述待测玉米为候选的抗茎腐病玉米； 
(36)以待测玉米的基因组DNA为模板，用所述标记SSR12进行PCR扩增，如果得到236bp的PCR扩增产物，所述待测玉米为候选的抗茎腐病玉米； 
(37)以待测玉米的基因组DNA为模板，用所述标记SSR14进行PCR扩增，如果得到210bp的PCR扩增产物，所述待测玉米为候选的抗茎腐病玉米； 
(38)以待测玉米的基因组DNA为模板，用所述标记SSR285进行PCR扩增，如果得到370bp的PCR扩增产物，所述待测玉米为候选的抗茎腐病玉米； 
(39)以待测玉米的基因组DNA为模板，用所述标记SSR179进行PCR扩增，如果得到270bp的PCR扩增产物，所述待测玉米为候选的抗茎腐病玉米； 
(40)以待测玉米的基因组DNA为模板，用所述标记SSR261进行PCR扩增，如果得到173bp的PCR扩增产物，所述待测玉米为候选的抗茎腐病玉米； 
(41)以待测玉米的基因组DNA为模板，用所述标记SSR152进行PCR扩增，如果得到150bp的PCR扩增产物，所述待测玉米为候选的抗茎腐病玉米； 
(42)以待测玉米的基因组DNA为模板，用所述标记SSR147进行PCR扩增，如果得到100bp的PCR扩增产物，所述待测玉米为候选的抗茎腐病玉米； 
(43)以待测玉米的基因组DNA为模板，用所述标记SSR156进行PCR扩增，如果得到250bp的PCR扩增产物，所述待测玉米为候选的抗茎腐病玉米； 
(44)以待测玉米的基因组DNA为模板，用所述标记SSR164进行PCR扩增，如果得到250bp的PCR扩增产物，所述待测玉米为候选的抗茎腐病玉米； 
(45)以待测玉米的基因组DNA为模板，用所述标记SSR172进行PCR扩增，如果得到260bp的PCR扩增产物，所述待测玉米为候选的抗茎腐病玉米； 
(46)以待测玉米的基因组DNA为模板，用所述标记SSR173进行PCR扩增，如果得到250bp的PCR扩增产物，所述待测玉米为候选的抗茎腐病玉米； 
(47)以待测玉米的基因组DNA为模板，用所述标记STS01进行PCR扩增，如果得到500bp的PCR扩增产物，所述待测玉米为候选的抗茎腐病玉米； 
(48)以待测玉米的基因组DNA为模板，用所述标记STS378进行PCR扩增，如果得到567bp的PCR扩增产物，所述待测玉米为候选的抗茎腐病玉米； 
(49)以待测玉米的基因组DNA为模板，用所述标记STS373进行PCR扩增，如果得到177bp的PCR扩增产物，所述待测玉米为候选的抗茎腐病玉米； 
(50)以待测玉米的基因组DNA为模板，用所述标记STS400进行PCR扩增，如果得到292bp的PCR扩增产物，所述待测玉米为候选的抗茎腐病玉米； 
(51)以待测玉米的基因组DNA为模板，用所述标记STS414进行PCR扩增，如果得到396bp的PCR扩增产物，所述待测玉米为候选的抗茎腐病玉米； 
(52)以待测玉米的基因组DNA为模板，用所述标记STS416进行PCR扩增，如果得到180bp的PCR扩增产物，所述待测玉米为候选的抗茎腐病玉米； 
(53)以待测玉米的基因组DNA为模板，用所述标记STS444进行PCR扩增，如果得到669bp的PCR扩增产物，所述待测玉米为候选的抗茎腐病玉米； 
(54)以待测玉米的基因组DNA为模板，用所述标记STS446进行PCR扩增，如果得到584bp的PCR扩增产物，所述待测玉米为候选的抗茎腐病玉米； 
(55)以待测玉米的基因组DNA为模板，用所述标记STS434进行PCR扩增，如果得到429bp的PCR扩增产物，所述待测玉米为候选的抗茎腐病玉米； 
(56)以待测玉米的基因组DNA为模板，用所述标记STS02进行PCR扩增，如果得到1500bp的PCR扩增产物，所述待测玉米为候选的抗茎腐病玉米； 
(57)以待测玉米的基因组DNA为模板，用所述标记STS03进行PCR扩增，如果得到300bp的PCR扩增产物，所述待测玉米为候选的抗茎腐病玉米； 
(58)以待测玉米的基因组DNA为模板，用所述标记STS04进行PCR扩增，如果得到1200bp的PCR扩增产物，所述待测玉米为候选的抗茎腐病玉米； 
(59)以待测玉米的基因组DNA为模板，用所述标记STS06进行PCR扩增，如果得到250bp的PCR扩增产物，所述待测玉米为候选的抗茎腐病玉米。 
所述待测玉米可为高抗玉米茎腐病的自交系1145和高感茎腐病的自交系Y331 杂交衍生的后代，具体可为如下10个近等基因系：NIL1、NIL2、NIL3、NIL4、NIL5、NIL6、NIL7、NIL8、NIL9、NIL10。上述10个近等基因系是通过如下方法制备的：以高抗玉米茎腐病的自交系1145为供体亲本，高感茎腐病的自交系Y331为受体亲本，杂交得到F1代植株；将F1代植株(供体亲本)与高感茎腐病的自交系Y331(受体亲本)回交得到BC1F1植株；用所述标记SSR58检测BC1F1植株，选择10株该位点带型为杂合的BC1F1植株作为供体亲本，与高感茎腐病的自交系Y331(受体亲本)回交得到10个对应的BC2F1家系；用所述标记SSR58检测BC2F1家系，每个系选择1株该位点带型为杂合的BC2F1植株作为供体亲本，与高感茎腐病的自交系Y331(受体亲本)回交得到对应的BC3F1家系；用所述标记SSR58检测BC3F1家系，每个系选择1株该位点带型为杂合的BC3F1植株作为供体亲本，与高感茎腐病的自交系Y331(受体亲本)回交得到对应的BC4F1家系；用所述标记SSR58检测BC4F1家系，每个系选择1株该位点带型为杂合的BC4F1植株作为供体亲本，与高感茎腐病的自交系Y331(受体亲本)回交得到对应的BC5F1家系；用所述标记SSR58检测BC5F1家系，每个系选择1株该位点带型为杂合的BC5F1植株作为供体亲本，与高感茎腐病的自交系Y331(受体亲本)回交得到对应的BC6F1家系；用所述标记SSR58检测BC6F1家系，每个系选择1株该位点带型为杂合的BC6F1植株进行自交，得到对应的BC6F2家系；用所述标记SSR58检测BC6F2家系，每个系选择1株该位点带型与1145一致的BC6F2植株进行自交，得到对应的BC6F3家系，即为最终获得的10个近等基因系，分别命名为NIL1、NIL2、NIL3、NIL4、NIL5、NIL6、NIL7、NIL8、NIL9、NIL10。用所述SSR58检测植株即以待测玉米的基因组DNA为模板，用所述标记SSR58进行PCR扩增，显示110bp和120bp条带的植株为带型为杂合的植株。所述茎腐病具体可为由禾谷镰刀菌(Fusarium graminearum Schw.)引起的茎腐病。 
所述专用引物可用于玉米育种。具体来说，先采用上述方法鉴定出的候选的抗茎腐病玉米，将所述候选的抗茎腐病玉米进行育种。 
本发明旨在揭示玉米对禾谷镰刀菌茎腐病的抗性遗传位点，以及提高玉米对茎腐病抗性的遗传改良方法。 
附图说明
图1为两个亲本、F1及BC1F1群体抗性分布；A：1145；B：Y331；C：1145/Y331F1；D：BC1F1群体。 
图2为利用BC3F1、BC4F1、BC5F1重组单株对qRfg1 QTL扫描结果。 
图3为qRfg1的精细定位；A：24个BC3:4家系将qRfg1限定到umc2349和phi062之间；B：34个BC4F1:2家系将qRfg1限定到STS01和umc1246之间；C：38个BC4:5家系将qRfg1限定到SSR118和SSR248之间；D：41个BC5:6家系将qRfg1限定到SSR334和SSR58之间，物理距离为500kb；注：1：实心的矩形表示杂合等位基因区段，空心的矩形表示纯合的Y331等位基因区段；2：小写字母a表示分析每个基因型组抗性时统计所用的分子标记；3：小写字母b表示统计每个基因型组抗性时所用的后代群体大小。 
图4为qRfg1的效应验证。 
图5为与主效QTL连锁的分子标记检测1145衍生的近等基因系的电泳结果图；图5-1～图5-45分别表示分子标记CAPS372、标记CAPS353、标记CAPS401、标记CAPS402、标记SSR35、标记SSR44、标记SSR46、标记SSR47、标记SSR77、标记SSR85、标记SSR93、标记SSR100、标记SSR198、标记SSR118、标记SSR120、标记SSR334、标记SSR343、标记SSR344、标记SSR58、标记SSR239、标记SSR243、标记SSR248、标记SSR255、标记SSR106、标记SSR300、标记SSR301、标记SSR302、标记SSR12、标记SSR14、标记SSR285、标记SSR179、标记SSR261、标记SSR152、标记SSR156、标记SSR164、标记SSR172、标记SSR173、标记STS01、标记STS378、标记STS373、标记STS400、标记STS02、标记STS03、标记STS04和标记STS06检测近等基因系的电泳结果图；每张电泳图中泳道自左至右依次为亲本1145、亲本Y331、近等基因系NIL1、NIL2、NIL3、NIL4。 
实施发明的最佳方式
以下的实施例便于更好地理解本发明，但并不限定本发明。下述实施例中的实验方法，如无特殊说明，均为常规方法。下述实施例中所用的试验材料，如无特殊说明，均购自常规生化试剂公司。 
高抗玉米茎腐病的自交系1145：获自国家农作物种质保存中心，编号OL010203。高感茎腐病的自交系Y331：获自国家农作物种质保存中心，编号OL010345。禾谷镰刀菌(Fusarium  graminearumSchw.)：中国农业微生物菌种保藏管理中心(Agricultural Culture Collection of China英文缩写ACCC)，菌株保藏编号36249，为中国北方地区优势茎腐病致病菌。 
以下实施例中接种试验的步骤如下： 
(1)将禾谷镰刀菌分生孢子接种在PDA培养基上，于25℃培养5～7天，至菌丝体长满整个平板，即可保存于4℃待用。 
(2)选用玉米籽粒作为禾谷镰刀菌再扩繁的培养基。首先，将清洗后的玉米籽粒于水中浸泡约20h，在普通铝锅内煮1h，晾干；其次，将晾干后的籽粒装入耐高温高压的聚丙烯塑料袋中于121℃灭菌20min；最后，待灭菌的籽粒冷却至室温后，将长满菌丝体的平板切成小块放入其中，混匀，于25℃暗培养约15天，菌丝体即长满整个籽粒培养基。 
(3)在玉米抽雄期，采用土埋伤根法进行人工接种，实施例中的每株材料都进行接种鉴定。接种前，将培养好的禾谷镰刀菌玉米籽粒培养基倒在一起混匀，以保证接种的一致性。接种时，在距离植株约5cm处竖直向下刨开土壤，切断部分根系，埋入约70g籽粒培养基。接种后灌溉，使田间保持一定的湿度，病原菌可利用株间的湿度迅速繁殖、侵染。 
调查分三次进行，在接种后30天左右进行第一次调查，每隔一星期调查一次。典型的茎腐病症状表现为：茎基部变褐变软，易倒伏，果穗倒挂，叶片青枯或黄枯，导致整个植株早衰或死亡。实施例中，结合调查时期和典型的茎腐病症状，将植株的茎腐病抗性分为1～6级，分级标准如下：6级：第一次调查感病死亡；5级：第 二次调查感病死亡；4级：第二次调查叶片青枯或黄枯，第三次调查茎基部变软，植株倒伏；3级：第二次调查植株完全健康，第三次调查叶片有部分青枯或黄枯，茎基部变褐，但未变软；2级：第二次调查植株完全健康，第三次调查叶片有部分青枯或黄枯，茎基部健康；1级：第三次调查植株完全健康。 
实施例1、玉米抗茎腐病主效QTL及其与主效QTL连锁的分子标记的发现 
实施例1中所采用的植物材料如下：高抗玉米茎腐病的自交系1145；高感茎腐病的自交系Y331；高抗玉米茎腐病的自交系1145(供体亲本)和高感茎腐病的自交系Y331(受体亲本)杂交得到的F1代植株；将F1代植株自交得到F2代植株；将F2代植株诱导单倍体，用秋水仙素进行加倍，最终得到41个DH系；F1代植株(供体亲本)和高感茎腐病的自交系Y331(受体亲本)回交得到的BC1F1植株(2004年共获得500株)；选择高抗(抗性为1级)的BC1F1植株(供体亲本)和高感茎腐病的自交系Y331(受体亲本)回交得到BC2F1群体(2005年共获得1035株)；19个BC2F1重组单株(供体亲本)和高感茎腐病的自交系Y331(受体亲本)回交得到BC3F1群体(2006年共获得2182株)；24个BC3F1重组单株(供体亲本)和高感茎腐病的自交系Y331(受体亲本)回交得到BC4F1群体(2007年共获得2664株)；34个BC4F1重组单株自交得到BC4F2群体(2007年共获得2667株)；38个BC4F1重组单株(供体亲本)和高感茎腐病的自交系Y331(受体亲本)回交得到BC5F1群体(2008年共获得4113株)；41个BC5F1重组单株(供体亲本)和高感茎腐病的自交系Y331(受体亲本)回交得到BC6F1群体(2009年共获得4035株)。 
一、表型分析 
选用高抗玉米茎腐病的自交系1145(供体亲本)、高感茎腐病的自交系Y331(受体亲本)、高抗玉米茎腐病的自交系1145(供体亲本)和高感茎腐病的自交系Y331(受体亲本)杂交得到的F1代植株、高抗玉米茎腐病的自交系1145(供体亲本)和高感茎腐病的自交系Y331(受体亲本)杂交组配回交群体(BC1F1)分别进行多年单点(北京)的茎腐病抗性鉴定(接种试验)。 
1145表现为完全免疫，Y331感病率为80％(图1A和1B)。在调查的73个F1植株中，83.6％表现为与1145抗性水平完全一样的免疫水平，13.7％表现为轻微的抗病症状，另外2.7％表现为中级的抗病类型(图1C)。由于1145对禾谷镰刀菌茎腐病是完全免疫的，推测在F1杂合背景下，抗性是由不完全显性基因控制的。共有500个BC1F1植株进行了接种鉴定分级，性状分布如图1D所示，抗病植株与感病植株的比例不符合1∶1，因此也表明抗性可能是由多个位点控制的。 
每个关键的重组单株的后代均进行性状鉴定。从2006年到2009年，统计的抗病组的材料感病率的范围是18.24％-42.82％，感病组的材料感病率的范围是47.38％-89.03％，非重组的阳性对照材料和阴性对照材料也表现出类似的感病率范围，这也说明玉米对镰刀菌茎腐病的抗性受年份影响，是一个复杂的数量性状。 
二、构建连锁图谱 
从500个BC1F1植株中，随机选择47个高抗茎腐病的材料和47个高感茎腐病的 材料。选择极端性状的个体进行定位可以提高对主效QTL的检测效率。取玉米苗期叶片用于提取DNA。PCR产物在6％的聚丙烯酰胺胶上分离，银染显色。SSR引物的名称及序列信息来自数据库Maize GDB(http://www.maizegdb.org)。在亲本间共分析了630对SSR引物，其中118对有明显多态性，用这118对引物检测94个定位群体的基因型。其中，umc1800和umc1257在群体中表现出严重的偏分离，这两个标记没有整合到染色体区段中，因此也不会影响QTL分析的结果。 
用MAPMAKER 3.0b进行连锁图谱构建。使用“group”指令进行两点分析，推测在LOD值大于3.0时可能的连锁群。参照Maize GDB部分已经定位的标记顺序，利用三点和多点分析构建连锁群的框架结构，采用“try”和“compare”命令将没有连锁的分子标记整合到连锁群的框架结构中。通过多点分析相邻两标记间的重组率，利用Kosambi函数将重组值转换为图距单位(cM)。构建了包含116个SSR分子标记的连锁图谱，总遗传距离为1633cM，分子标记平均遗传距离为14cM。 
三、抗禾谷镰刀菌茎腐病的QTL分析 
利用QTL cartographer v2.5软件，采用复合区间作图法(Composite Interval Mapping，CIM)进行QTL定位和效应估计(Zeng，1994)。根据Churchill和Doerge的方法，设定QTL的显著水平为0.05，模拟运算1000次。LOD值为3.1。共检测到2个QTL与镰刀菌茎腐病抗性显著相关，分布在第1、10染色体上。主效QTL(qRfg1)位于第10染色体bins 10.03/4，可以解释表型变异的36.3％；另一个QTL(qRfg2)位于第1染色体bins 1.09/10，可解释表型变异的8.9％。两个QTL的增效基因均来自于1145(表1)。 
表1BC1F1群体定位的抗镰刀菌茎腐病QTL结果 
Figure GPA00001403552600131
为了验证主效QTL，利用卡方测验比较主效QTL区段内每个分子标记杂合基因型的频率在抗感群之间的差异。如果抗病群中的杂合基因型频率显著高于感病群体中杂合基因型的频率，则表明在这个分子标记附近存在一个推测的QTL位点。结果如表2所示，位于主效QTL区段的每一个分子标记其P-value值均小于0.0001，这表明此区段存在一个抗茎腐病的QTL位点。 
表2主效QTL qRfg1区段各分子标记基因型与抗性相关性分析 
Figure GPA00001403552600132
Figure GPA00001403552600141
此外，利用41个DH系，96个F2单株，390个BC2F1单株和1406个BC3F1单株，通过分析其不同基因型之间的感病率有无显著性差异，从而验证主效QTL的准确性。用8个位于主效QTL区段的分子标记检测41个DH系。在20个感病群体中，19个植株中7个分子标记umc1246、umc1053、umc1453、umc2350、umc1115、umc1678andumc1280出现与感病亲本Y331(2/2)相同的基因型，另外一个植株的基因型与抗病亲本1145(1/1)相同；同时，在17个抗病群体中，这7个分子标记均出现与1145(1/1)相同的基因型。对两种基因型组的抗病率统计发现，当主效QTL位点基因型为1/1时，抗病率为94.4％；基因型为2/2时，感病率为100％。这一结果说明此区域存在一个主效QTL。对96个F2群体分析表明，纯合的1/1基因型个体抗病率为86.4％，纯合的2/2基因型个体抗病率为29.4％；在390个BC2F1群体中，杂合的1/2基因型个体抗病率为55.9％，纯合的2/2基因型个体抗病率为26.8％；在1406个BC3F1群体中，杂合的1/2基因型个体抗病率为51.1％，纯合的2/2基因型个体抗病率为26％(表3)。这一系列的数据都说明，定位的主效QTL区域是正确的。 
表3不同群体不同基因型组抗病率分析 
Figure GPA00001403552600142
x20.05，1＝3.84；x20.05，2＝5.99 
‘1/1’：纯合体，两个等位基因均来自1145；‘2/2’：纯合体，两个等位基因均来自Y331；‘1/2’：杂合体，一个等位基因来自1145，另一个等位基因来自Y331。 
四、在主效QTL qRfg1的置信区间开发高密度分子标记 
由于定位群体的数目有限以及性状鉴定的复杂性，以上定位的主效QTL区段很大，可能包含很多其他的微效QTL，在分子育种中很难有效利用，所以需要进一步 精细定位缩小主效QTL的区段，为分子标记辅助选择提供有效标记，同时为基因克隆奠定基础。 
搜索网上公布的位于主效QTL区域内的BAC，EST，和IDP序列信息，开发新的分子标记。利用这些序列信息可以开发SSR(simple sequence repeat)标记，STS(sequence-tagged site)标记和CAPS(cleaved amplified polymorphic sequence)标记。利用SSR Hunter 1.3软件，依据软件默认的参数搜索BAC序列中存在的SSR，得到SSR及其上下游各150bp的序列，通过比NCBI(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/)网站上HTGS数据库，获得低拷贝或单拷贝序列用于设计引物。所有的引物都用PRIMER5.0进行设计，参数设计如下：①引物长度为20bp，GC含量为40％～60％；②无二级结构和连续的单核苷酸重复。若PCR产物经琼脂糖凝胶电泳或聚丙烯酰胺凝胶电泳检测，在亲本1145和Y331之间有多态性，则是发展成功的SSR标记。选到的30个BAC序列中，用SSR Hunter软件共搜索到了320个SSRs，将包含这些SSRs的序列分别比对HTGS数据库，最终获得180个低拷贝的序列设计引物。通过亲本多态性筛选，开发成功41个条带清晰单一的SSR标记，平均多态性比率为22.8％。SSR标记开发的效率有限，主要是由于其缺乏合适的旁邻序列来设计引物。 
为了进一步在目标区段开发STS和CAPS标记，首先需要将在两亲本上扩增条带单一的PCR产物分别克隆到质粒载体上，每个亲本选择三个阳性克隆进行测序以减少错配误差；其次，利用CLUSTALX软件将三个阳性克隆的序列与原始序列做多重比对，以确保获得正确的信息；最后，将测序正确的两个亲本的序列进行成对比对，找到两亲本的差异位点，若是插入缺失多态性则发展成为STS标记，若是单碱基变异且与常用的限制性内切酶位点相关则发展成为CAPS标记。对于EST序列，引物通常设计在两个外显子上，通过扩增内含子可以有效利用内含子中的变异；IDP来源的序列，引物设计的原则是尽量获得较大的片段以寻找差异；BAC序列中低拷贝的序列均可以用来设计引物。共设计了74对引物，最终获得条带清楚的12个共显性的STS标记，1个显性的STS标记和5个CAPS标记。由于显性标记无法区分杂合体与纯合显性个体，所以没有采用。这些开发成功的SSR、STS和CAPS标记通过检测重组单株的基因型，可以获得其在遗传图谱中的相对位置，同时参考已公布的玉米物理图谱进行比较。 
对于已存在的关键的SSR标记，如果扩增效果欠佳或条带模糊，则在大群体中筛选交换株会比较困难，必须进一步优化。以位于主效QTL区段的SSR标记umc1053为例。首先，从GenBank中找到umc1053对应的原始序列AF0433464，在原始引物两侧外围重新设计一对引物；通过两对引物组配，可获得4对引物组合；每对引物组合同时扩增两个亲本，PCR产物在2％琼脂糖凝胶上分离，选择最佳组合；最终获得了一个理想的引物对umc1053RP和AF0433464LP，扩增条带清晰，多态性明显。利用这种改良的SSR标记，不仅可以节省时间、降低成本，同时也提高了实验数据的可靠性。 
在主效QTL qRfg1的置信区间，共开发了41个SSR标记，12个共显性STS标 记，1个显性的STS标记和5个CAPS标记(表4)。 
表4精细定位qRfg1开发的分子标记详细信息 
Figure GPA00001403552600161
五、精细定位qRfg1 
首先，在主效QTL区段开发大量分子标记，构建高密度的连锁图谱；其次，利用新开发的标记筛选大的分离群体获得在目标区段发生交换的个体，关键的重组个 体通过后代的基因型和表型验证用于精细定位；第三，由于玉米茎腐病的复杂性，采取后代测验的方法验证交换株的基因型和抗性，从而提高精细定位的准确性。对于每一个重组单株，种植60～80株或更多的回交后代测定基因型和抗性，如果种子足够多则种植两个重复。所有重组单株的每一棵后代均鉴定基因型和抗性，通过统计分析推测其对应的亲本的性状。抗性级别为l、2、3的统计为抗病组，抗性级别为4、5、6的统计为感病组。 
每一世代的重组单株，首先鉴定其整个区段分子标记的基因型，通过后代中杂合个体的抗病率与纯合个体抗病率的差值表示相应的重组单株的性状值，利用CIM作图法逐步缩小主效QTL的区段。 
利用BC1F1群体将qRfg1置信区间定位在第10染色体bnlg1079和umcl280之间。为了精细定位此主效QTL，利用分子标记辅助选择，不断选择关键的重组单株发展高代回交群体。从1406个BC3F1群体中，选择了24个在qRfg1区段发生重组的个体，用新的分子标记饱和目标区段，对其后代群体(2664个BC4F1)进行基因型和抗性统计分析得到对应重组单株的表型值，QTL扫描将qRfg1置信区间缩小到umc2349和phi062之间，LOD值是4.79，可解释表型变异的50.83％。同样，对34个BC4F1重组单株(后代为2667个BC4F2植株)的分析也将qRfg1定位到umc2349和phi062之间，LOD值是7.76，可解释表型变异的65.47％。 
为了获得更多的重组单株，更准确地判断交换发生的位置，加入了22个新的分子标记。利用umc2349，STS0l，umcl246 and phi062筛选到38个BC4F1重组单株，对这些重组单株又用位于目标区段的22个新的分子标记进行检测，发现只有12个分子标记位点有交换发生，其余10个分子标记与相邻位点无交换。采用相同的方法分析这38个BC4F1重组单株(后代为4113个BC5F1植株)，将qRfg1置信区间缩小到STS01和SSR106之间，LOD值是11.93，可解释表型变异的76.07％。从BC5F1群体中共筛选到41个位于STS01～SSR106之间的重组单株，利用新开发的分子标记饱和此区段，对其4035个BC6F1后代基因型和抗性统计分析得到相应交换株的表型，QTL扫描发现qRfg1的置信区间缩小到SSR337和STS400之间，LOD值是16.94，可解释表型变异的80.49％。 
利用BC3F1、BC4F1、BC5F1重组单株对qRfg1 QTL扫描结果见图2和表5。 
表5利用BC3F1、BC4F1、BC5F1重组单株对qRfg1 QTL扫描结果 
Figure GPA00001403552600171
此外，将每一世代的重组单株按照其分子标记的交换类型分为若干基因型组，每个组内都有两个以上重组单株。对于每一个基因型组，利用t-test(P＜0.05)分 析组内重组单株对应的后代中杂合个体(带有供体片段)的抗病率与纯合个体(不带供体片段)的抗病率有无显著差异。若重组单株所带的供体片段带有抗病基因，则其后代中杂合个体的抗病率会明显高于纯合个体的抗病率，反之亦然。P＜0.05则表明抗性与对应的杂合区段显著相关，从而推断相应的亲本重组类型带有抗病区段。通过比较不同重组类型带有的供体片段的大小及其后代测验推测的抗性，可以将主效QTL精细定位到很小的区段(表6)。 
表6主效QTL精细定位 
Figure GPA00001403552600181
对每个世代的重组单株按交换位点分为不同的基因型组，组内利用t-test (P＜0.05)分析获得推测的抗性，比较不同基因型组带有的供体片段大小及其后代测验推测的抗性，一步一步将qRfg1限定到更小的范围，具体定位过程如图3所示。通过对38个BC4F1重组单株(后代为4113个BC5F1植株)的分析，将qRfg1限定到SSR118和SSR248之间(图3C)，物理距离约为1300kb。在41个BC5F1重组单株中，类型III的重组类型(后代为165个BC6F1植株)其杂合区段位于SSR334的下游，性状表现为抗病，类型VII的重组类型(后代为334个BC6F1植株)其杂合区段位于SSR344的下游，性状表现为感病，因此，将qRfg1定位到SSR334和SSR58之间，物理距离约为500kb。 
六、qRfg1效应分析 
连续四年对BC3F1、BC4F1、BC5F1和BC6F1群体进行qRfg1的效应分析，结果表明，来自于抗病亲本1145的主效QTL qRfg1在Y331背景下可以将抗性提高32％～43％，结果如图4所示。2006年的BC3F1群体统计发现，带有qRfg1区段的杂合个体抗病率为66.2％，不带qRfg1区段的纯合个体抗病率为33.9％，主效QTL qRfg1在Y331背景下将抗性提高了32.3％；2007年BC4F1群体统计结果显示，qRfg1在Y331背景下将抗性提高了43.3％；2008年BC5F1群体统计表明，qRfg1在Y331背景下将抗性提高了36.7％；2009年BC6F1群体统计表明，qRfg1在Y331背景下将抗性提高了34.3％。以上结果充分证明，不同年份间、不同群体间qRfg1的效应能稳定遗传。因此，可以直接利用分子标记辅助选择将主效QTL qRfg1导入到各类自交系中，改良对茎腐病的抗性。 
实施例2、玉米抗茎腐病主效QTL及其与主效QTL连锁的分子标记的应用 
本实施例应用的实验材料为10个由抗病自交系1145衍生的抗茎腐病近等基因系。 
本实施例中的PCR扩增程序见表7，应用各个分子标记PCR采用的退火温度见表4。 
表7实施例2中的PCR扩增程序33cycles 
Figure GPA00001403552600191
一、10个由抗病自交系1145衍生的抗茎腐病近等基因系的制备及其抗性等级 
1、10个由抗病自交系1145衍生的抗茎腐病近等基因系的制备 
标记SSR58由如下两条引物组成： 
上游引物：5’-GACGCTGCACAATAGGTTCT-3’(序列表的序列49)； 
下游引物：5’-TCATATACACCGACGACCTG-3’(序列表的序列50)。 
用标记SSR58检测植株即以待测玉米的基因组DNA为模板，用标记SSR58进行PCR扩增，带型显示110bp和120bp两条带的植株为杂合的植株。 
以高抗玉米茎腐病的自交系1145为供体亲本，高感茎腐病的自交系Y331为受 体亲本，杂交得到F1代植株； 
将F1代植株(供体亲本)与高感茎腐病的自交系Y331(受体亲本)回交得到BC1F1植株； 
用标记SSR58检测BC1F1植株，选择10株该位点带型为杂合的BC1F1植株作为供体亲本，与高感茎腐病的自交系Y331(受体亲本)回交得到10个对应的BC2F1家系； 
用分子标记SSR58检测BC2F1家系，每个系选择1株该位点带型为杂合的BC2F1植株作为供体亲本，与高感茎腐病的自交系Y331(受体亲本)回交得到对应的BC3F1家系； 
用分子标记SSR58检测BC3F1家系，每个系选择1株该位点带型为杂合的BC3F1植株作为供体亲本，与高感茎腐病的自交系Y331(受体亲本)回交得到对应的BC4F1家系； 
用分子标记SSR58检测BC4F1家系，每个系选择1株该位点带型为杂合的BC4F1植株作为供体亲本，与高感茎腐病的自交系Y331(受体亲本)回交得到对应的BC5F1家系； 
用分子标记SSR58检测BC5F1家系，每个系选择1株该位点带型为杂合的BC5F1植株作为供体亲本，与高感茎腐病的自交系Y331(受体亲本)回交得到对应的BC6F1家系； 
用分子标记SSR58检测BC6F1家系，每个系选择1株该位点带型为杂合的BC6F1植株进行自交，得到对应的BC6F2家系； 
用分子标记SSR58检测BC6F2家系，每个系选择1株该位点带型与1145一致(即用标记SSR58进行PCR扩增，带型显示120bp一条带)的BC6F2植株进行自交，得到对应的BC6F3家系，即为最终获得的10个近等基因系，分别命名为NIL1、NIL2、NIL3、NIL4、NIL5、NIL6、NIL7、NIL8、NIL9、NIL10。 
将高抗玉米茎腐病的自交系1145、高感茎腐病的自交系Y331和10个近等基因系的植株作为待测玉米，分别进行各个标记的应用性能检测。 
2、各个近等基因系的茎腐病抗性等级 
将高抗玉米茎腐病的自交系1145、高感茎腐病的自交系Y331和10个近等基因系待测玉米(每系40株)分别进行接种试验，确定茎腐病抗性等级平均值，结果见表8。 
表8各个近等基因系的茎腐病抗性等级平均值 
Figure GPA00001403552600201
一、标记CAPS372在辅助筛选抗茎腐病玉米中的应用 
标记CAPS372由如下两条引物组成： 
上游引物：5’-CATCGTCAGGTAGGAGTCGT-3’(序列表的序列1)； 
下游引物：5’-GAGCGTGCGGAGAGAATAAG-3’(序列表的序列2)。 
用标记CAPS372分别对各个玉米品种进行检测，步骤如下： 
(1)提取待测玉米的基因组DNA； 
(2)以待测玉米的基因组DNA为模板，用标记CAPS372进行PCR扩增； 
(3)1％琼脂糖凝胶电泳检测PCR扩增产物，得到697bp的扩增产物标记为+。 
(4)用限制性内切酶PvuII酶切扩增产物，1％琼脂糖凝胶电泳检测酶切产物，能够被PvuII酶切的标记为+(PvuII酶切应得到306bp和391bp的酶切产物)。 
结果见表9。部分样本的电泳图见图5-1。 
表9应用标记CAPS372的PCR扩增结果和PCR扩增产物PvuII酶切结果 
Figure GPA00001403552600211
结果表明：如果得到697bp的扩增产物且能被限制性内切酶PvuII酶切，所述待测玉米为候选的抗茎腐病玉米。 
二、标记CAPS353在辅助筛选抗茎腐病玉米中的应用 
标记CAPS353由如下两条引物组成： 
上游引物：5’-CGCTAAGTCGGACCAGTAAT-3’(序列表的序列3)； 
下游引物：5’-CCTGAGGCACGTAACGGTAT-3’(序列表的序列4)。 
用标记CAPS353分别对各个玉米品种进行检测，步骤如下： 
(1)提取待测玉米的基因组DNA； 
(2)以待测玉米的基因组DNA为模板，用标记CAPS353进行PCR扩增； 
(3)1％琼脂糖凝胶电泳检测PCR扩增产物，得到435bp的扩增产物标记为+。 
(4)用限制性内切酶CfrI酶切扩增产物，1％琼脂糖凝胶电泳检测酶切产物，不能够被CfrI酶切的标记为+(CfrI酶切应得到128bp和307bp的酶切产物)。 
结果见表10。部分样本的电泳图见图5-2。 
表10应用标记CAPS353的PCR扩增结果和PCR扩增产物CfrI酶切结果 
Figure GPA00001403552600221
结果表明：如果得到435bp的扩增产物且不能被限制性内切酶CfrI酶切，所述待测玉米为候选的抗茎腐病玉米。 
三、标记CAPS401在辅助筛选抗茎腐病玉米中的应用 
标记CAPS401由如下两条引物组成： 
上游引物：5’-GGCATAAGTTCAGAGAGGTT-3’(序列表的序列5)； 
下游引物：5’-CAAGACATCTCAAGGCTCAA-3’(序列表的序列6)。 
用标记CAPS401分别对各个玉米品种进行检测，步骤如下： 
(1)提取待测玉米的基因组DNA； 
(2)以待测玉米的基因组DNA为模板，用标记CAPS401进行PCR扩增； 
(3)1％琼脂糖凝胶电泳检测PCR扩增产物，得到541bp的扩增产物标记为+。 
(4)用限制性内切酶BglI酶切扩增产物，1％琼脂糖凝胶电泳检测酶切产物，能够被BglI酶切的标记为+(BglI酶切应得到429bp和112bp的酶切产物)。 
结果见表11。部分样本的电泳图见图5-3。 
表11应用标记CAPS401的PCR扩增结果和PCR扩增产物BglI酶切结果 
Figure GPA00001403552600222
Figure GPA00001403552600231
结果表明：如果得到541bp的扩增产物且能被限制性内切酶BglI酶切，所述待测玉米为候选的抗茎腐病玉米。 
四、标记CAPS402在辅助筛选抗茎腐病玉米中的应用 
标记CAPS402由如下两条引物组成： 
上游引物：5’-TCGCTCTTGAGCCTTGAGAT-3’(序列表的序列7)； 
下游引物：5’-GCAACGCATGGAGTATCAAC-3’(序列表的序列8)。 
用标记CAPS402分别对各个玉米品种进行检测，步骤如下： 
(1)提取待测玉米的基因组DNA； 
(2)以待测玉米的基因组DNA为模板，用标记CAPS402进行PCR扩增； 
(3)1％琼脂糖凝胶电泳检测PCR扩增产物，得到719bp的扩增产物标记为+。 
(4)用限制性内切酶MnlI酶切扩增产物，1％琼脂糖凝胶电泳检测酶切产物，能够被MnlI酶切的标记为+(MnlI酶切得到407bp和312bp的酶切产物)。 
结果见表12。部分样本的电泳图见图5-4。 
表12应用标记CAPS402的PCR扩增结果和PCR扩增产物MnlI酶切结果 
Figure GPA00001403552600232
结果表明：如果得到719bp的扩增产物且能被限制性内切酶MnlI酶，所述待测玉米为候选的抗茎腐病玉米。 
五、标记CAPS429在辅助筛选抗茎腐病玉米中的应用 
标记CAPS429由如下两条引物组成： 
上游引物：5’-TGATACAAGCTGCACTTCAT-3’(序列表的序列9)； 
下游引物：5’-GAATCCTCATCGCTCACTTC-3’(序列表的序列10)。 
用标记CAPS429分别对各个玉米品种进行检测，步骤如下： 
(1)提取待测玉米的基因组DNA； 
(2)以待测玉米的基因组DNA为模板，用标记CAPS429进行PCR扩增； 
(3)1％琼脂糖凝胶电泳检测PCR扩增产物，得到531bp的扩增产物标记为+。 
(4)用限制性内切酶AvaII酶切扩增产物，1％琼脂糖凝胶电泳检测酶切产物，能够被AvaII酶切的标记为+(AvaII酶切应得到274bp和257bp的酶切产物)。 
结果见表13。 
表13应用标记CAPS429的PCR扩增结果和PCR扩增产物AvaII酶切结果 
Figure GPA00001403552600241
结果表明：如果得到531bp的扩增产物且能被限制性内切酶AvaII酶切，所述待测玉米为候选的抗茎腐病玉米。 
六、标记SSR35在辅助筛选抗茎腐病玉米中的应用 
标记SSR35由如下两条引物组成： 
上游引物：5’-CTAGAAGACGAACGACGCAC-3’(序列表的序列11)； 
下游引物：5’-CCGTAGCAAGAACTCAGCAG-3’(序列表的序列12)。 
用标记SSR35分别对各个玉米品种进行检测，步骤如下： 
(1)提取待测玉米的基因组DNA； 
(2)以待测玉米的基因组DNA为模板，用标记SSR35进行PCR扩增； 
(3)6％聚丙烯酰胺凝胶电泳检测PCR扩增产物，得到150bp的扩增产物标记为+。 
结果见表14。部分样本的电泳图见图5-5。 
表14应用标记SSR35的PCR扩增结果 
结果表明：如果得到150bp的扩增产物，所述待测玉米为候选的抗茎腐病玉米。 
七、标记SSR36在辅助筛选抗茎腐病玉米中的应用 
标记SSR36由如下两条引物组成： 
上游引物：5’-CCTTGCCTTCATCACATCAC-3’(序列表的序列13)； 
下游引物：5’-GCCACCTGAGGAGGAGAATA-3’(序列表的序列14)。 
用标记SSR36分别对各个玉米品种进行检测，步骤如下： 
(1)提取待测玉米的基因组DNA； 
(2)以待测玉米的基因组DNA为模板，用标记SSR36进行PCR扩增； 
(3)6％聚丙烯酰胺凝胶电泳检测PCR扩增产物，得到100bp的扩增产物标记为+。 
结果见表15。 
表15应用标记SSR36的PCR扩增结果 
Figure GPA00001403552600251
结果表明：如果得到100bp的扩增产物，所述待测玉米为候选的抗茎腐病玉米。 
八、标记SSR44在辅助筛选抗茎腐病玉米中的应用 
标记SSR44由如下两条引物组成： 
上游引物：5’-CAGACACAGTCATGGCATTG-3’(序列表的序列15)； 
下游引物：5’-GATGGCTGCATCGACAGGTA-3’(序列表的序列16)。 
用标记SSR44分别对各个玉米品种进行检测，步骤如下： 
(1)提取待测玉米的基因组DNA； 
(2)以待测玉米的基因组DNA为模板，用标记SSR44进行PCR扩增； 
(3)1％琼脂糖凝胶电泳检测PCR扩增产物，得到230bp的扩增产物标记为+。 
结果见表16。部分样本的电泳图见图5-6。 
表16应用标记SSR44的PCR扩增结果 
Figure GPA00001403552600252
结果表明：如果得到230bp的扩增产物，所述待测玉米为候选的抗茎腐病玉米。 
九、标记SSR46在辅助筛选抗茎腐病玉米中的应用 
标记SSR46由如下两条引物组成： 
上游引物：5’-GTGCCTTGCCTTCATCACAT-3’(序列表的序列17)； 
下游引物：5’-GAATAGTAGTGCGGCAGCAG-3’(序列表的序列18)。 
用标记SSR46分别对各个玉米品种进行检测，步骤如下： 
(1)提取待测玉米的基因组DNA； 
(2)以待测玉米的基因组DNA为模板，用标记SSR46进行PCR扩增； 
(3)6％聚丙烯酰胺凝胶电泳检测PCR扩增产物，得到120bp的扩增产物标记为+。 
结果见表17。部分样本的电泳图见图5-7。 
表17应用标记SSR46的PCR扩增结果 
Figure GPA00001403552600261
结果表明：如果得到120bp的扩增产物，所述待测玉米为候选的抗茎腐病玉米。 
十、标记SSR47在辅助筛选抗茎腐病玉米中的应用 
标记SSR47由如下两条引物组成： 
上游引物：5’-CACACACATCCACAAGACCT-3’(序列表的序列19)； 
下游引物：5’-TCCAAGACAAGAGCTTCAGC-3’(序列表的序列20)。 
用标记SSR47分别对各个玉米品种进行检测，步骤如下： 
(1)提取待测玉米的基因组DNA； 
(2)以待测玉米的基因组DNA为模板，用标记SSR47进行PCR扩增； 
(3)6％聚丙烯酰胺凝胶电泳检测PCR扩增产物，得到260bp的扩增产物标记为+。 
结果见表18。部分样本的电泳图见图5-8。 
表18应用标记SSR47的PCR扩增结果 
Figure GPA00001403552600262
结果表明：如果得到260bp的扩增产物，所述待测玉米为候选的抗茎腐病玉米。 
十一、标记SSR77在辅助筛选抗茎腐病玉米中的应用 
标记SSR77由如下两条引物组成： 
上游引物：5’-GCATCGCAAGCACCTCTCTT-3’(序列表的序列21)； 
下游引物：5’-TCCTTCGTATGAGCCGTTAC-3’(序列表的序列22)。 
用标记SSR77分别对各个玉米品种进行检测，步骤如下： 
(1)提取待测玉米的基因组DNA； 
(2)以待测玉米的基因组DNA为模板，用标记SSR77进行PCR扩增； 
(3)6％聚丙烯酰胺凝胶电泳检测PCR扩增产物，得到230bp的扩增产物标记为+。 
结果见表19。部分样本的电泳图见图5-9。 
表19应用标记SSR77的PCR扩增结果 
Figure GPA00001403552600271
结果表明：如果得到230bp的扩增产物，所述待测玉米为候选的抗茎腐病玉米。 
十二、标记SSR85在辅助筛选抗茎腐病玉米中的应用 
标记SSR85由如下两条引物组成： 
上游引物：5’-GGATCTTCGTTGCAGTTCTT-3’(序列表的序列23)； 
下游引物：5’-CATCAGTGATCCTCCACCAT-3’(序列表的序列24)。 
用标记SSR85分别对各个玉米品种进行检测，步骤如下： 
(1)提取待测玉米的基因组DNA； 
(2)以待测玉米的基因组DNA为模板，用标记SSR85进行PCR扩增； 
(3)6％聚丙烯酰胺凝胶电泳检测PCR扩增产物，得到150bp的扩增产物标记为+。 
结果见表20。部分样本的电泳图见图5-10。 
表20应用标记SSR85的PCR扩增结果 
Figure GPA00001403552600272
结果表明：如果得到150bp的扩增产物，所述待测玉米为候选的抗茎腐病玉米。 
十三、标记SSR87在辅助筛选抗茎腐病玉米中的应用 
标记SSR87由如下两条引物组成： 
上游引物：5’-CGATGCAGCAGATTCCTCGT-3’(序列表的序列25)； 
下游引物：5’-CATGCACATGATTGGTTGGT-3’(序列表的序列26)。 
用标记SSR87分别对各个玉米品种进行检测，步骤如下： 
(1)提取待测玉米的基因组DNA； 
(2)以待测玉米的基因组DNA为模板，用标记SSR87进行PCR扩增； 
(3)6％聚丙烯酰胺凝胶电泳检测PCR扩增产物，得到100bp的扩增产物标记为+。 
结果见表21。 
表21应用标记SSR87的PCR扩增结果 
结果表明：如果得到100bp的扩增产物，所述待测玉米为候选的抗茎腐病玉米。 
十四、标记SSR90在辅助筛选抗茎腐病玉米中的应用 
标记SSR90由如下两条引物组成： 
上游引物：5’-GGTAAGTATCGGACATTCCT-3’(序列表的序列27)； 
下游引物：5’-CCGGGAGCATGTATCTGTAT-3’(序列表的序列28)。 
用标记SSR90分别对各个玉米品种进行检测，步骤如下： 
(1)提取待测玉米的基因组DNA； 
(2)以待测玉米的基因组DNA为模板，用标记SSR90进行PCR扩增； 
(3)6％聚丙烯酰胺凝胶电泳检测PCR扩增产物，得到100bp的扩增产物标记为+。 
结果见表22。 
表22应用标记SSR90的PCR扩增结果 
Figure GPA00001403552600282
结果表明：如果得到100bp的扩增产物，所述待测玉米为候选的抗茎腐病玉米。 
十五、标记SSR93在辅助筛选抗茎腐病玉米中的应用 
标记SSR93由如下两条引物组成： 
上游引物：5’-CGCCGTACAGACTGCTATGA-3’(序列表的序列29)； 
下游引物：5’-CACATGCTACGACTGCGATG-3’(序列表的序列30)。 
用标记SSR93分别对各个玉米品种进行检测，步骤如下： 
(1)提取待测玉米的基因组DNA； 
(2)以待测玉米的基因组DNA为模板，用标记SSR93进行PCR扩增； 
(3)6％聚丙烯酰胺凝胶电泳检测PCR扩增产物，得到230bp的扩增产物标记为+。 
结果见表23。部分样本的电泳图见图5-11。 
表23应用标记SSR93的PCR扩增结果 
Figure GPA00001403552600291
结果表明：如果得到230bp的扩增产物，所述待测玉米为候选的抗茎腐病玉米。 
十六、标记SSR100在辅助筛选抗茎腐病玉米中的应用 
标记SSR100由如下两条引物组成： 
上游引物：5’-CGTGCGACTAAGGATAGCTG-3’(序列表的序列31)； 
下游引物：5’-CGACCACGATACAACCTCAT-3’(序列表的序列32)。 
用标记SSR100分别对各个玉米品种进行检测，步骤如下： 
(1)提取待测玉米的基因组DNA； 
(2)以待测玉米的基因组DNA为模板，用标记SSR100进行PCR扩增； 
(3)6％聚丙烯酰胺凝胶电泳检测PCR扩增产物，得到100bp的扩增产物标记为+。 
结果见表24。部分样本的电泳图见图5-12。 
表24应用标记SSR100的PCR扩增结果 
Figure GPA00001403552600292
结果表明：如果得到100bp的扩增产物，所述待测玉米为候选的抗茎腐病玉米。 
十七、标记SSR198在辅助筛选抗茎腐病玉米中的应用 
标记SSR198由如下两条引物组成： 
上游引物：5’-GCCTCCACTTCAGCATACCA-3’(序列表的序列33)； 
下游引物：5’-CCATCTTCATTCCATCCACC-3’(序列表的序列34)。 
用标记SSR198分别对各个玉米品种进行检测，步骤如下： 
(1)提取待测玉米的基因组DNA； 
(2)以待测玉米的基因组DNA为模板，用标记SSR198进行PCR扩增； 
(3)6％聚丙烯酰胺凝胶电泳检测PCR扩增产物，得到166bp的扩增产物标记为+。 
结果见表25。部分样本的电泳图见图5-13。 
表25应用标记SSR198的PCR扩增结果 
Figure GPA00001403552600301
结果表明：如果得到166bp的扩增产物，所述待测玉米为候选的抗茎腐病玉米。 
十八、标记SSR114在辅助筛选抗茎腐病玉米中的应用 
标记SSR114由如下两条引物组成： 
上游引物：5’-CTCGTGCTTATACCATCTCC-3’(序列表的序列35)； 
下游引物：5’-TAGAAGACCTCGTGGCATGT-3’(序列表的序列36)。 
用标记SSR114分别对各个玉米品种进行检测，步骤如下： 
(1)提取待测玉米的基因组DNA； 
(2)以待测玉米的基因组DNA为模板，用标记SSR114进行PCR扩增； 
(3)6％聚丙烯酰胺凝胶电泳检测PCR扩增产物，得到240bp的扩增产物标记为+。 
结果见表26。 
表26应用标记SSR114的PCR扩增结果 
Figure GPA00001403552600302
结果表明：如果得到240bp的扩增产物，所述待测玉米为候选的抗茎腐病玉米。 
十九、标记SSR118在辅助筛选抗茎腐病玉米中的应用 
标记SSR118由如下两条引物组成： 
上游引物：5’-TACGCATCGTCATCGTCGTC-3’(序列表的序列37)； 
下游引物：5’-CCTCCATCGCTTGTCGTGTT-3’(序列表的序列38)。 
用标记SSR118分别对各个玉米品种进行检测，步骤如下： 
(1)提取待测玉米的基因组DNA； 
(2)以待测玉米的基因组DNA为模板，用标记SSR118进行PCR扩增； 
(3)6％聚丙烯酰胺凝胶电泳检测PCR扩增产物，得到225bp的扩增产物标记为+。 
结果见表27。部分样本的电泳图见图5-14。 
表27应用标记SSR118的PCR扩增结果 
Figure GPA00001403552600303
结果表明：如果得到225bp的扩增产物，所述待测玉米为候选的抗茎腐病玉米。 
二十、标记SSR120在辅助筛选抗茎腐病玉米中的应用 
标记SSR120由如下两条引物组成： 
上游引物：5’-GATTAGCGGATAACGGACAG-3’(序列表的序列39)； 
下游引物：5’-TCCAATCCAATCCAATCCAG-3’(序列表的序列40)。 
用标记SSR120分别对各个玉米品种进行检测，步骤如下： 
(1)提取待测玉米的基因组DNA； 
(2)以待测玉米的基因组DNA为模板，用标记SSR120进行PCR扩增； 
(3)6％聚丙烯酰胺凝胶电泳检测PCR扩增产物，得到254bp的扩增产物标记为+。 
结果见表28。部分样本的电泳图见图5-15。 
表28应用标记SSR120的PCR扩增结果 
Figure GPA00001403552600312
结果表明：如果得到254bp的扩增产物，所述待测玉米为候选的抗茎腐病玉米。 
二十一、标记SSR334在辅助筛选抗茎腐病玉米中的应用 
标记SSR334由如下两条引物组成： 
上游引物：5’-TTCGAGCATGCCAAAGAAGT-3’(序列表的序列41)； 
下游引物：5’-GGTGCACACAGACATGGAAT-3’(序列表的序列42)。 
用标记SSR334分别对各个玉米品种进行检测，步骤如下： 
(1)提取待测玉米的基因组DNA； 
(2)以待测玉米的基因组DNA为模板，用标记SSR334进行PCR扩增； 
(3)6％聚丙烯酰胺凝胶电泳检测PCR扩增产物，得到301bp的扩增产物标记为+。 
结果见表29。部分样本的电泳图见图5-16。 
表29应用标记SSR334的PCR扩增结果 
Figure GPA00001403552600321
结果表明：如果得到301bp的扩增产物，所述待测玉米为候选的抗茎腐病玉米。 
二十二、标记SSR337在辅助筛选抗茎腐病玉米中的应用 
标记SSR337由如下两条引物组成： 
上游引物：5’-CACCAGCTTAATTGTCCTGT-3’(序列表的序列43)； 
下游引物：5’-CCACCGTAACAACTCGTACT-3’(序列表的序列44)。 
用标记SSR337分别对各个玉米品种进行检测，步骤如下： 
(1)提取待测玉米的基因组DNA； 
(2)以待测玉米的基因组DNA为模板，用标记SSR337进行PCR扩增； 
(3)6％聚丙烯酰胺凝胶电泳检测PCR扩增产物，得到96bp的扩增产物标记为+。 
结果见表30。 
表30应用标记SSR337的PCR扩增结果 
结果表明：如果得到96bp的扩增产物，所述待测玉米为候选的抗茎腐病玉米。 
二十三、标记SSR343在辅助筛选抗茎腐病玉米中的应用 
标记SSR343由如下两条引物组成： 
上游引物：5’-CTATCCCACCGTTGCTTCCT-3’(序列表的序列45)； 
下游引物：5’-CTGAGAGATCGAGCGAGGAT-3’(序列表的序列46)。 
用标记SSR343分别对各个玉米品种进行检测，步骤如下： 
(1)提取待测玉米的基因组DNA； 
(2)以待测玉米的基因组DNA为模板，用标记SSR343进行PCR扩增； 
(3)6％聚丙烯酰胺凝胶电泳检测PCR扩增产物，得到244bp的扩增产物标记为+。 
结果见表31。部分样本的电泳图见图5-17。 
表31应用标记SSR343的PCR扩增结果 
Figure GPA00001403552600323
Figure GPA00001403552600331
结果表明：如果得到244bp的扩增产物，所述待测玉米为候选的抗茎腐病玉米。 
二十四、标记SSR344在辅助筛选抗茎腐病玉米中的应用 
标记SSR344由如下两条引物组成： 
上游引物：5’-GCATGGCTCATCCCTTACTT-3’(序列表的序列47)； 
下游引物：5’-TGAGAGATCGAGCGAGGATA-3’(序列表的序列48)。 
用标记SSR344分别对各个玉米品种进行检测，步骤如下： 
(1)提取待测玉米的基因组DNA； 
(2)以待测玉米的基因组DNA为模板，用标记SSR344进行PCR扩增； 
(3)6％聚丙烯酰胺凝胶电泳检测PCR扩增产物，得到164bp的扩增产物标记为+。 
结果见表32。部分样本的电泳图见图5-18。 
表32应用标记SSR344的PCR扩增结果 
Figure GPA00001403552600332
结果表明：如果得到164bp的扩增产物，所述待测玉米为候选的抗茎腐病玉米。 
二十五、标记SSR58在辅助筛选抗茎腐病玉米中的应用 
标记SSR58由如下两条引物组成： 
上游引物：5’-GACGCTGCACAATAGGTTCT-3’(序列表的序列49)； 
下游引物：5’-TCATATACACCGACGACCTG-3’(序列表的序列50)。 
用标记SSR58分别对各个玉米品种进行检测，步骤如下： 
(1)提取待测玉米的基因组DNA； 
(2)以待测玉米的基因组DNA为模板，用标记SSR58进行PCR扩增； 
(3)6％聚丙烯酰胺凝胶电泳检测PCR扩增产物，得到120bp的扩增产物标记为+。 
结果见表33。部分样本的电泳图见图5-19。 
表33应用标记SSR58的PCR扩增结果 
Figure GPA00001403552600333
结果表明：如果得到120bp的扩增产物，所述待测玉米为候选的抗茎腐病玉米。 
二十六、标记SSR239在辅助筛选抗茎腐病玉米中的应用 
标记SSR239由如下两条引物组成： 
上游引物：5’-GGACTGCTAGATGCCATGTT-3’(序列表的序列51)； 
下游引物：5’-CTACAAGCCAAGCCTGGATT-3’(序列表的序列52)。 
用标记SSR239分别对各个玉米品种进行检测，步骤如下： 
(1)提取待测玉米的基因组DNA； 
(2)以待测玉米的基因组DNA为模板，用标记SSR239进行PCR扩增； 
(3)6％聚丙烯酰胺凝胶电泳检测PCR扩增产物，得到188bp的扩增产物标记为+。 
结果见表34。部分样本的电泳图见图5-20。 
表34应用标记SSR239的PCR扩增结果 
Figure GPA00001403552600341
结果表明：如果得到188bp的扩增产物，所述待测玉米为候选的抗茎腐病玉米。 
二十七、标记SSR243在辅助筛选抗茎腐病玉米中的应用 
标记SSR243由如下两条引物组成： 
上游引物：5’-TAGAGGACGTTGTTGGAGAG-3’(序列表的序列53)； 
下游引物：5’-CTGATCGAGAGTGTCGTGAG-3’(序列表的序列54)。 
用标记SSR243分别对各个玉米品种进行检测，步骤如下： 
(1)提取待测玉米的基因组DNA； 
(2)以待测玉米的基因组DNA为模板，用标记SSR243进行PCR扩增； 
(3)6％聚丙烯酰胺凝胶电泳检测PCR扩增产物，得到294bp的扩增产物标记为+。 
结果见表35。部分样本的电泳图见图5-21。 
表35应用标记SSR243的PCR扩增结果 
结果表明：如果得到294bp的扩增产物，所述待测玉米为候选的抗茎腐病玉米。 
二十八、标记SSR248在辅助筛选抗茎腐病玉米中的应用 
标记SSR248由如下两条引物组成： 
上游引物：5’-TTCAAGTAGCAGCATGCATC-3’(序列表的序列55)； 
下游引物：5’-GACGAGATACGCGACTACGA-3’(序列表的序列56)。 
用标记SSR248分别对各个玉米品种进行检测，步骤如下： 
(1)提取待测玉米的基因组DNA； 
(2)以待测玉米的基因组DNA为模板，用标记SSR248进行PCR扩增； 
(3)6％聚丙烯酰胺凝胶电泳检测PCR扩增产物，得到253bp的扩增产物标记为+。 
结果见表36。部分样本的电泳图见图5-22。 
表36应用标记SSR248的PCR扩增结果 
Figure GPA00001403552600351
结果表明：如果得到253bp的扩增产物，所述待测玉米为候选的抗茎腐病玉米。 
二十九、标记SSR255在辅助筛选抗茎腐病玉米中的应用 
标记SSR255由如下两条引物组成： 
上游引物：5’-TCGACGAGATACGCGACTAC-3’(序列表的序列57)； 
下游引物：5’-CAGTACAAAGCCGATCCAAG-3’(序列表的序列58)。 
用标记SSR255分别对各个玉米品种进行检测，步骤如下： 
(1)提取待测玉米的基因组DNA； 
(2)以待测玉米的基因组DNA为模板，用标记SSR255进行PCR扩增； 
(3)6％聚丙烯酰胺凝胶电泳检测PCR扩增产物，得到207bp的扩增产物标记为+。 
结果见表37。部分样本的电泳图见图5-23。 
表37应用标记SSR255的PCR扩增结果 
Figure GPA00001403552600352
结果表明：如果得到207bp的扩增产物，所述待测玉米为候选的抗茎腐病玉米。 
三十、标记SSR256在辅助筛选抗茎腐病玉米中的应用 
标记SSR256由如下两条引物组成： 
上游引物：5’-GCCAAGAGTTCTAAGCACTG-3’(序列表的序列59)； 
下游引物：5’-TTCAAGTAGCAGCATGCATC-3’(序列表的序列60)。 
用标记SSR256分别对各个玉米品种进行检测，步骤如下： 
(1)提取待测玉米的基因组DNA； 
(2)以待测玉米的基因组DNA为模板，用标记SSR256进行PCR扩增； 
(3)6％聚丙烯酰胺凝胶电泳检测PCR扩增产物，得到218bp的扩增产物标记为+。 
结果见表38。 
表38应用标记SSR256的PCR扩增结果 
Figure GPA00001403552600361
结果表明：如果得到218bp的扩增产物，所述待测玉米为候选的抗茎腐病玉米。 
三十一、标记SSR106在辅助筛选抗茎腐病玉米中的应用 
标记SSR106由如下两条引物组成： 
上游引物：5’-TTGAAGTCAGCAGGAGTTGG-3’(序列表的序列61)； 
下游引物：5’-CTTGCTTGCTCTTGGTCCAC-3’(序列表的序列62)。 
用标记SSR106分别对各个玉米品种进行检测，步骤如下： 
(1)提取待测玉米的基因组DNA； 
(2)以待测玉米的基因组DNA为模板，用标记SSR106进行PCR扩增； 
(3)6％聚丙烯酰胺凝胶电泳检测PCR扩增产物，得到110bp的扩增产物标记为+。 
结果见表39。部分样本的电泳图见图5-24。 
表39应用标记SSR106的PCR扩增结果 
结果表明：如果得到110bp的扩增产物，所述待测玉米为候选的抗茎腐病玉米。 
三十二、标记SSR105在辅助筛选抗茎腐病玉米中的应用 
标记SSR105由如下两条引物组成： 
上游引物：5’-GTTCATCCTGATTCCCATCC-3’(序列表的序列63)； 
下游引物：5’-CAGCCTTGCTTCTACACCAC-3’(序列表的序列64)。 
用标记SSR105分别对各个玉米品种进行检测，步骤如下： 
(1)提取待测玉米的基因组DNA； 
(2)以待测玉米的基因组DNA为模板，用标记SSR105进行PCR扩增； 
(3)6％聚丙烯酰胺凝胶电泳检测PCR扩增产物，得到110bp的扩增产物标记为+。 
结果见表40。 
表40应用标记SSR105的PCR扩增结果 
Figure GPA00001403552600371
结果表明：如果得到110bp的扩增产物，所述待测玉米为候选的抗茎腐病玉米。 
三十三、标记SSR300在辅助筛选抗茎腐病玉米中的应用 
标记SSR300由如下两条引物组成： 
上游引物：5’-TGCCTCACCTGCGTAATGTG-3’(序列表的序列65)； 
下游引物：5’-CTGCTGCCACTGCCATCTAC-3’(序列表的序列66)。 
用标记SSR300分别对各个玉米品种进行检测，步骤如下： 
(1)提取待测玉米的基因组DNA； 
(2)以待测玉米的基因组DNA为模板，用标记SSR300进行PCR扩增； 
(3)6％聚丙烯酰胺凝胶电泳检测PCR扩增产物，得到215bp的扩增产物标记为+。 
结果见表41。部分样本的电泳图见图5-25。 
表41应用标记SSR300的PCR扩增结果 
Figure GPA00001403552600372
结果表明：如果得到215bp的扩增产物，所述待测玉米为候选的抗茎腐病玉米。 
三十四、标记SSR301在辅助筛选抗茎腐病玉米中的应用 
标记SSR301由如下两条引物组成： 
上游引物：5’-CCATCTCTGTTGTCTTGGAT-3’(序列表的序列67)； 
下游引物：5’-GTCGAGGTACAGTCTTGCAT-3’(序列表的序列68)。 
用标记SSR301分别对各个玉米品种进行检测，步骤如下： 
(1)提取待测玉米的基因组DNA； 
(2)以待测玉米的基因组DNA为模板，用标记SSR301进行PCR扩增； 
(3)6％聚丙烯酰胺凝胶电泳检测PCR扩增产物，得到210bp的扩增产物标记为+。 
结果见表42。部分样本的电泳图见图5-26。 
表42应用标记SSR301的PCR扩增结果 
Figure GPA00001403552600381
结果表明：如果得到210bp的扩增产物，所述待测玉米为候选的抗茎腐病玉米。 
三十五、标记SSR302在辅助筛选抗茎腐病玉米中的应用 
标记SSR302由如下两条引物组成： 
上游引物：5’-TAATGGCAGACCGAGTCTTC-3’(序列表的序列69)； 
下游引物：5’-CTCGCTCTTAACTGCTACGC-3’(序列表的序列70)。 
用标记SSR302分别对各个玉米品种进行检测，步骤如下： 
(1)提取待测玉米的基因组DNA； 
(2)以待测玉米的基因组DNA为模板，用标记SSR302进行PCR扩增； 
(3)6％聚丙烯酰胺凝胶电泳检测PCR扩增产物，得到202bp的扩增产物标记为+。 
结果见表43。部分样本的电泳图见图5-27。 
表43应用标记SSR302的PCR扩增结果 
Figure GPA00001403552600382
结果表明：如果得到202bp的扩增产物，所述待测玉米为候选的抗茎腐病玉米。 
三十六、标记SSR12在辅助筛选抗茎腐病玉米中的应用 
标记SSR12由如下两条引物组成： 
上游引物：5’-CATCATCGTCGTCATCGGTC-3’(序列表的序列71)； 
下游引物：5’-TCATCCATGTTATGCCTGCC-3’(序列表的序列72)。 
用标记SSR12分别对各个玉米品种进行检测，步骤如下： 
(1)提取待测玉米的基因组DNA； 
(2)以待测玉米的基因组DNA为模板，用标记SSR12进行PCR扩增； 
(3)6％聚丙烯酰胺凝胶电泳检测PCR扩增产物，得到236bp的扩增产物标记为+。 
结果见表44。部分样本的电泳图见图5-28。 
表44应用标记SSR12的PCR扩增结果 
Figure GPA00001403552600391
结果表明：如果得到236bp的扩增产物，所述待测玉米为候选的抗茎腐病玉米。 
三十七、标记SSR14在辅助筛选抗茎腐病玉米中的应用 
标记SSR14由如下两条引物组成： 
上游引物：5’-CTGGACTCCACAACCTCATC-3’(序列表的序列73)； 
下游引物：5’-CCGGCACTGTAAGTACATTG-3’(序列表的序列74)。 
用标记SSR14分别对各个玉米品种进行检测，步骤如下： 
(1)提取待测玉米的基因组DNA； 
(2)以待测玉米的基因组DNA为模板，用标记SSR14进行PCR扩增； 
(3)6％聚丙烯酰胺凝胶电泳检测PCR扩增产物，得到210bp的扩增产物标记为+。 
结果见表45。部分样本的电泳图见图5-29。 
表45应用标记SSR14的PCR扩增结果 
Figure GPA00001403552600392
结果表明：如果得到210bp的扩增产物，所述待测玉米为候选的抗茎腐病玉米。 
三十八、标记SSR285在辅助筛选抗茎腐病玉米中的应用 
标记SSR285由如下两条引物组成： 
上游引物：5’-GAGACATAGCGGCTTATGGT-3’(序列表的序列75)； 
下游引物：5’-CGCTTATTGTGAGCTGCTCT-3’(序列表的序列76)。 
用标记SSR285分别对各个玉米品种进行检测，步骤如下： 
(1)提取待测玉米的基因组DNA； 
(2)以待测玉米的基因组DNA为模板，用标记SSR285进行PCR扩增； 
(3)6％聚丙烯酰胺凝胶电泳检测PCR扩增产物，得到370bp的扩增产物标记为+。 
结果见表46。部分样本的电泳图见图5-30。 
表46应用标记SSR285的PCR扩增结果 
Figure GPA00001403552600401
结果表明：如果得到370bp的扩增产物，所述待测玉米为候选的抗茎腐病玉米。 
三十九、标记SSR179在辅助筛选抗茎腐病玉米中的应用 
标记SSR179由如下两条引物组成： 
上游引物：5’-GTAAGCAACATACCCTCTGT-3’(序列表的序列77)； 
下游引物：5’-CGAAAAACTATGAGTACGGA-3’(序列表的序列78)。 
用标记SSR179分别对各个玉米品种进行检测，步骤如下： 
(1)提取待测玉米的基因组DNA； 
(2)以待测玉米的基因组DNA为模板，用标记SSR179进行PCR扩增； 
(3)6％聚丙烯酰胺凝胶电泳检测PCR扩增产物，得到270bp的扩增产物标记为+。 
结果见表47。部分样本的电泳图见图5-31。 
表47应用标记SSR179的PCR扩增结果 
Figure GPA00001403552600402
结果表明：如果得到270bp的扩增产物，所述待测玉米为候选的抗茎腐病玉米。 
四十、标记SSR261在辅助筛选抗茎腐病玉米中的应用 
标记SSR261由如下两条引物组成： 
上游引物：5’-GGAGTATCAATCTTCGAGGC-3’(序列表的序列79)； 
下游引物：5’-GTGGTCAATGCAATTCAGAG-3’(序列表的序列80)。 
用标记SSR261分别对各个玉米品种进行检测，步骤如下： 
(1)提取待测玉米的基因组DNA； 
(2)以待测玉米的基因组DNA为模板，用标记SSR261进行PCR扩增； 
(3)6％聚丙烯酰胺凝胶电泳检测PCR扩增产物，得到173bp的扩增产物标记为+。 
结果见表48。部分样本的电泳图见图5-32。 
表48应用标记SSR261的PCR扩增结果 
Figure GPA00001403552600403
结果表明：如果得到173bp的扩增产物，所述待测玉米为候选的抗茎腐病玉米。 
四十一、标记SSR152在辅助筛选抗茎腐病玉米中的应用 
标记SSR152由如下两条引物组成： 
上游引物：5’-GTATATGTAGCCAGGCATCC-3’(序列表的序列81)； 
下游引物：5’-CTCTTCCTCTCGCAATGTTG-3’(序列表的序列82)。 
用标记SSR152分别对各个玉米品种进行检测，步骤如下： 
(1)提取待测玉米的基因组DNA； 
(2)以待测玉米的基因组DNA为模板，用标记SSR152进行PCR扩增； 
(3)6％聚丙烯酰胺凝胶电泳检测PCR扩增产物，得到150bp的扩增产物标记为+。 
结果见表49。部分样本的电泳图见图5-33。 
表49应用标记SSR152的PCR扩增结果 
结果表明：如果得到150bp的扩增产物，所述待测玉米为候选的抗茎腐病玉米。 
四十二、标记SSR147在辅助筛选抗茎腐病玉米中的应用 
标记SSR147由如下两条引物组成： 
上游引物：5’-TTGTGTCAACACCTCCAGAT-3’(序列表的序列83)； 
下游引物：5’-GCGCCTAGGAAGATTAAGTG-3’(序列表的序列84)。 
用标记SSR147分别对各个玉米品种进行检测，步骤如下： 
(1)提取待测玉米的基因组DNA； 
(2)以待测玉米的基因组DNA为模板，用标记SSR147进行PCR扩增； 
(3)6％聚丙烯酰胺凝胶电泳检测PCR扩增产物，得到100bp的扩增产物标记为+。 
结果见表50。 
表50应用标记SSR147的PCR扩增结果 
Figure GPA00001403552600413
Figure GPA00001403552600421
结果表明：如果得到100bp的扩增产物，所述待测玉米为候选的抗茎腐病玉米。 
四十三、标记SSR156在辅助筛选抗茎腐病玉米中的应用 
标记SSR156由如下两条引物组成： 
上游引物：5’-GGTGTATGAAGTGCTTGGTA-3’(序列表的序列85)； 
下游引物：5’-GGGTTAGGGTCCTGTAAGTA-3’(序列表的序列86)。 
用标记SSR156分别对各个玉米品种进行检测，步骤如下： 
(1)提取待测玉米的基因组DNA； 
(2)以待测玉米的基因组DNA为模板，用标记SSR156进行PCR扩增； 
(3)6％聚丙烯酰胺凝胶电泳检测PCR扩增产物，得到250bp的扩增产物标记为+。 
结果见表51。部分样本的电泳图见图5-34。 
表51应用标记SSR156的PCR扩增结果 
Figure GPA00001403552600422
结果表明：如果得到250bp的扩增产物，所述待测玉米为候选的抗茎腐病玉米。 
四十四、标记SSR164在辅助筛选抗茎腐病玉米中的应用 
标记SSR164由如下两条引物组成： 
上游引物：5’-CACGCAGTCATGTGAGGTCC-3’(序列表的序列87)； 
下游引物：5’-GGAGGCAGACTCTTGGCGAT-3’(序列表的序列88)。 
用标记SSR164分别对各个玉米品种进行检测，步骤如下： 
(1)提取待测玉米的基因组DNA； 
(2)以待测玉米的基因组DNA为模板，用标记SSR164进行PCR扩增； 
(3)6％聚丙烯酰胺凝胶电泳检测PCR扩增产物，得到250bp的扩增产物标记为+。 
结果见表52。部分样本的电泳图见图5-35。 
表52应用标记SSR164的PCR扩增结果 
Figure GPA00001403552600423
结果表明：如果得到250bp的扩增产物，所述待测玉米为候选的抗茎腐病玉米。 
四十五、标记SSR172在辅助筛选抗茎腐病玉米中的应用 
标记SSR172由如下两条引物组成： 
上游引物：5’-CCAATGTGGTCTCAGAAACG-3’(序列表的序列89)； 
下游引物：5’-CCGAAAATGATGCAGAATGT-3’(序列表的序列90)。 
用标记SSR172分别对各个玉米品种进行检测，步骤如下： 
(1)提取待测玉米的基因组DNA； 
(2)以待测玉米的基因组DNA为模板，用标记SSR172进行PCR扩增； 
(3)6％聚丙烯酰胺凝胶电泳检测PCR扩增产物，得到260bp的扩增产物标记为+。 
结果见表53。部分样本的电泳图见图5-36。 
表53应用标记SSR172的PCR扩增结果 
Figure GPA00001403552600431
结果表明：如果得到260bp的扩增产物，所述待测玉米为候选的抗茎腐病玉米。 
四十六、标记SSR173在辅助筛选抗茎腐病玉米中的应用 
标记SSR173由如下两条引物组成： 
上游引物：5’-GACGTGGTAGGACCGTTGAA-3’(序列表的序列91)； 
下游引物：5’-CATGCGAGACCCGTTGAAAT-3’(序列表的序列92)。 
待测玉米为10个由抗病自交系1145衍生的抗茎腐病近等基因系。 
用标记SSR173分别对各个玉米品种进行检测，步骤如下： 
(1)提取待测玉米的基因组DNA； 
(2)以待测玉米的基因组DNA为模板，用标记SSR173进行PCR扩增； 
(3)6％聚丙烯酰胺凝胶电泳检测PCR扩增产物，得到250bp的扩增产物标记为+。 
结果见表54。部分样本的电泳图见图5-37。 
表54应用标记SSR173的PCR扩增结果 
Figure GPA00001403552600432
结果表明：如果得到250bp的扩增产物，所述待测玉米为候选的抗茎腐病玉米。 
四十七、标记STS01在辅助筛选抗茎腐病玉米中的应用 
标记STS01由如下两条引物组成： 
上游引物：5’-CCTCCGGTACGCACCTTACT-3’(序列表的序列93)； 
下游引物：5’-CCAAGGTCAACTTCAGCCAT-3’(序列表的序列94)。 
用标记STS01分别对各个玉米品种进行检测，步骤如下： 
(1)提取待测玉米的基因组DNA； 
(2)以待测玉米的基因组DNA为模板，用标记STS01进行PCR扩增； 
(3)1％琼脂糖凝胶电泳检测PCR扩增产物，得到500bp的扩增产物标记为+。 
结果见表55。部分样本的电泳图见图5-38。 
表55应用标记STS01的PCR扩增结果 
Figure GPA00001403552600441
结果表明：如果得到500bp的扩增产物，所述待测玉米为候选的抗茎腐病玉米。 
四十八、标记STS378在辅助筛选抗茎腐病玉米中的应用 
标记STS378由如下两条引物组成： 
上游引物：5’-TGCAGCAGGTTCATGTTTAT-3’(序列表的序列95)； 
下游引物：5’-TTCCAACTTATCAGCGACGA-3’(序列表的序列96)。 
用标记STS378分别对各个玉米品种进行检测，步骤如下： 
(1)提取待测玉米的基因组DNA； 
(2)以待测玉米的基因组DNA为模板，用标记STS378进行PCR扩增； 
(3)1％琼脂糖凝胶电泳检测PCR扩增产物，得到567bp的扩增产物标记为+。 
结果见表56。部分样本的电泳图见图5-39。 
表56应用标记STS378的PCR扩增结果 
结果表明：如果得到567bp的扩增产物，所述待测玉米为候选的抗茎腐病玉米。 
四十九、标记STS373在辅助筛选抗茎腐病玉米中的应用 
标记STS373由如下两条引物组成： 
上游引物：5’-CATCAAGTTACCCCTGGTTT-3’(序列表的序列97)； 
下游引物：5’-GCCAACGAGAGTAGCAGTCT-3’(序列表的序列98)。 
用标记STS373分别对各个玉米品种进行检测，步骤如下： 
(1)提取待测玉米的基因组DNA； 
(2)以待测玉米的基因组DNA为模板，用标记STS373进行PCR扩增； 
(3)6％聚丙烯酰胺凝胶电泳检测PCR扩增产物，得到177bp的扩增产物标记为+。 
结果见表57。部分样本的电泳图见图5-40。 
表57应用标记STS373的PCR扩增结果 
结果表明：如果得到177bp的扩增产物，所述待测玉米为候选的抗茎腐病玉米。 
五十、标记STS400在辅助筛选抗茎腐病玉米中的应用 
标记STS400由如下两条引物组成： 
上游引物：5’-TTGACATTACACCACTTTCT-3’(序列表的序列99)； 
下游引物：5’-CGTATAATTTAGAGCGTGTT-3’(序列表的序列100)。 
用标记STS400分别对各个玉米品种进行检测，步骤如下： 
(1)提取待测玉米的基因组DNA； 
(2)以待测玉米的基因组DNA为模板，用标记STS400进行PCR扩增； 
(3)6％聚丙烯酰胺凝胶电泳检测PCR扩增产物，得到292bp的扩增产物标记为+。 
结果见表58。部分样本的电泳图见图5-41。 
表58应用标记STS400的PCR扩增结果 
结果表明：如果得到292bp的扩增产物，所述待测玉米为候选的抗茎腐病玉米。 
五十一、标记STS414在辅助筛选抗茎腐病玉米中的应用 
标记STS414由如下两条引物组成： 
上游引物：5’-CCATAGACCAGTCGCACATT-3’(序列表的序列101)； 
下游引物：5’-GCCTGACATCACGTACCAGT-3’(序列表的序列102)。 
用标记STS414分别对各个玉米品种进行检测，步骤如下： 
(1)提取待测玉米的基因组DNA； 
(2)以待测玉米的基因组DNA为模板，用标记STS414进行PCR扩增； 
(3)1％琼脂糖凝胶电泳检测PCR扩增产物，得到396bp的扩增产物标记为+。 
结果见表59。 
表59应用标记STS414的PCR扩增结果 
Figure GPA00001403552600461
结果表明：如果得到396bp的扩增产物，所述待测玉米为候选的抗茎腐病玉米。 
五十二、标记STS416在辅助筛选抗茎腐病玉米中的应用 
标记STS416由如下两条引物组成： 
上游引物：5’-TCCGTTCGACCTGTGCCATT-3’(序列表的序列103)； 
下游引物：5’-CCGAATGTCCAGCCTTACAA-3’(序列表的序列104)。 
用标记STS416分别对各个玉米品种进行检测，步骤如下： 
(1)提取待测玉米的基因组DNA； 
(2)以待测玉米的基因组DNA为模板，用标记STS416进行PCR扩增； 
(3)1％琼脂糖凝胶电泳检测PCR扩增产物，得到180bp的扩增产物标记为+。 
结果见表60。 
表60应用标记STS416的PCR扩增结果 
Figure GPA00001403552600462
结果表明：如果得到180bp的扩增产物，所述待测玉米为候选的抗茎腐病玉米。 
五十三、标记STS444在辅助筛选抗茎腐病玉米中的应用 
标记STS444由如下两条引物组成： 
上游引物：5’-ACTGGATGGAATGGATGGAT-3’(序列表的序列105)； 
下游引物：5’-GACGAATAATGATGGCTGCT-3’(序列表的序列106)。 
用标记STS444分别对各个玉米品种进行检测，步骤如下： 
(1)提取待测玉米的基因组DNA； 
(2)以待测玉米的基因组DNA为模板，用标记STS444进行PCR扩增； 
(3)6％聚丙烯酰胺凝胶电泳检测PCR扩增产物，得到669bp的扩增产物标记为+。 
结果见表61。 
表61应用标记STS444的PCR扩增结果 
Figure GPA00001403552600471
结果表明：如果得到669bp的扩增产物，所述待测玉米为候选的抗茎腐病玉米。 
五十四、标记STS446在辅助筛选抗茎腐病玉米中的应用 
标记STS446由如下两条引物组成： 
上游引物：5’-TAGTGCAACACGTCCGATCT-3’(序列表的序列107)； 
下游引物：5’-GCCTAGCGTAGCCATTCAAT-3’(序列表的序列108)。 
用标记STS446分别对各个玉米品种进行检测，步骤如下： 
(1)提取待测玉米的基因组DNA； 
(2)以待测玉米的基因组DNA为模板，用标记STS446进行PCR扩增； 
(3)6％聚丙烯酰胺凝胶电泳检测PCR扩增产物，得到584bp的扩增产物标记为+。 
结果见表62。 
表62应用标记STS446的PCR扩增结果 
Figure GPA00001403552600472
结果表明：如果得到584bp的扩增产物，所述待测玉米为候选的抗茎腐病玉米。 
五十五、标记STS434在辅助筛选抗茎腐病玉米中的应用 
标记STS434由如下两条引物组成： 
上游引物：5’-GTGATATTCCGGTGCCTAGT-3’(序列表的序列109)； 
下游引物：5’-CATGACATGGTGCTTGATCT-3’(序列表的序列110)。 
用标记STS434分别对各个玉米品种进行检测，步骤如下： 
(1)提取待测玉米的基因组DNA； 
(2)以待测玉米的基因组DNA为模板，用标记STS434进行PCR扩增； 
(3)6％聚丙烯酰胺凝胶电泳检测PCR扩增产物，得到429bp的扩增产物标记为+。 
结果见表63。 
表63应用标记STS434的PCR扩增结果 
结果表明：如果得到429bp的扩增产物，所述待测玉米为候选的抗茎腐病玉米。 
五十六、标记STS02在辅助筛选抗茎腐病玉米中的应用 
标记STS02由如下两条引物组成： 
上游引物：5’-ATCTACAACGGCACGCTGAT-3’(序列表的序列111)； 
下游引物：5’-CCTCCAGTTCTAGCCAGCTT-3’(序列表的序列112)。 
用标记STS02分别对各个玉米品种进行检测，步骤如下： 
(1)提取待测玉米的基因组DNA； 
(2)以待测玉米的基因组DNA为模板，用标记STS02进行PCR扩增； 
(3)1％琼脂糖凝胶电泳检测PCR扩增产物，得到1500bp的扩增产物标记为+。 
结果见表64。部分样本的电泳图见图5-42。 
表64应用标记STS02的PCR扩增结果 
Figure GPA00001403552600482
结果表明：如果得到1500bp的扩增产物，所述待测玉米为候选的抗茎腐病玉米。 
五十七、标记STS03在辅助筛选抗茎腐病玉米中的应用 
标记STS03由如下两条引物组成： 
上游引物：5’-CTTGTATCATCAGCTAGGGCATGT-3’(序列表的序列113)； 
下游引物：5’-GTGATCTGAACGCCAACCTC-3’(序列表的序列114)。 
用标记STS03分别对各个玉米品种进行检测，步骤如下： 
(1)提取待测玉米的基因组DNA； 
(2)以待测玉米的基因组DNA为模板，用标记STS03进行PCR扩增； 
(3)1％琼脂糖凝胶电泳检测PCR扩增产物，得到300bp的扩增产物标记为+。 
结果见表65。部分样本的电泳图见图5-43。 
表65应用标记STS03的PCR扩增结果 
Figure GPA00001403552600491
结果表明：如果得到300bp的扩增产物，所述待测玉米为候选的抗茎腐病玉米。 
五十八、标记STS04在辅助筛选抗茎腐病玉米中的应用 
标记STS04由如下两条引物组成： 
上游引物：5’-GTGCCAAGGACAGTGTCAAT-3’(序列表的序列115)； 
下游引物：5’-CTTCAGGACCATCGAACAGA-3’(序列表的序列116)。 
用标记STS04分别对各个玉米品种进行检测，步骤如下： 
(1)提取待测玉米的基因组DNA； 
(2)以待测玉米的基因组DNA为模板，用标记STS04进行PCR扩增； 
(3)1％琼脂糖凝胶电泳检测PCR扩增产物，得到1200bp的扩增产物标记为+。 
结果见表66。部分样本的电泳图见图5-44。 
表66应用标记STS04的PCR扩增结果 
Figure GPA00001403552600492
结果表明：如果得到1200bp的扩增产物，所述待测玉米为候选的抗茎腐病玉米。 
五十九、标记STS06在辅助筛选抗茎腐病玉米中的应用 
标记STS06由如下两条引物组成： 
上游引物：5’-CGACCAACACATTTCCTACG-3’(序列表的序列117)； 
下游引物：5’-CAAGAAGGACCCAGAGAACG-3’(序列表的序列118)。 
用标记STS06分别对各个玉米品种进行检测，步骤如下： 
(1)提取待测玉米的基因组DNA； 
(2)以待测玉米的基因组DNA为模板，用标记STS06进行PCR扩增； 
(3)1％琼脂糖凝胶电泳检测PCR扩增产物，得到250bp的扩增产物标记为+。 
结果见表67。部分样本的电泳图见图5-45。 
表67应用标记STS06的PCR扩增结果 
Figure GPA00001403552600493
结果表明：如果得到250bp的扩增产物，所述待测玉米为候选的抗茎腐病玉米。 
以上各个标记的应用中：高抗玉米茎腐病的自交系1145、高感茎腐病的自交系Y331的PCR扩增产物和酶切产物均进行测序验证，其大小均与电泳结果一致；10个近等基因系的PCR扩增产物和酶切产物可以以高抗玉米茎腐病的自交系1145、高感茎腐病的自交系Y331作为marker。 
工业应用
本发明定位了一个抗玉米茎腐病的主效数量性状位点qRfg1，通过与玉米抗茎腐病主效数量性状位点qRfg1紧密连锁的分子标记检测抗病自交系1145及其衍生品系中是否含有该位点，大大提高抗茎腐病玉米的选择效率。利用本发明的方法，通过分子标记辅助选择，获得了一系列抗茎腐病的近等基因系材料。分子标记辅助选择可以有效获得环境友好的抗性材料，从而克服病害造成的产量和经济损失。本发明提供了一系列分子标记位点，这些位点与茎腐病抗性在统计水平上显著相关，检测这些分子标记可以用于玉米抗茎腐病的分子标记辅助育种，产生抗性品种或改良玉米品种对茎腐病的抗性。 
本发明所解决的问题如下：(1)完成了玉米抗禾谷镰刀菌茎腐病主效数量性状位点qRfg1的精细定位，将qRfg1定位到第10号染色体分子标记SSR334和SSR58之间，物理距离约为500Kb；(2)发明了一些与抗禾谷镰刀菌茎腐病主效QTL qRfg1紧密连锁的分子标记，可以直接利用分子标记辅助选择将主效QTL导入到各类自交系中，改良对茎腐病的抗性；(3)发明了一种精细定位主效抗病QTL的方法；(4)连续四年对不同世代的分离群体进行抗性鉴定及效应分析，结果表明，来自于抗病亲本1145的主效QTL qRfg1在Y331背景下将茎腐病抗性提高了约34％，年份间、不同群体间能稳定遗传。(5)筛选了一些在分子标记SSR334和SSR58之间发生重组的单株，为下一步基因克隆奠定基础。 
本发明的优点如下：(1)挖掘了一个抗茎腐病的主效QTL qRfg1，并将其精细定位到了500kb的范围，在此区段内开发了一系列可靠的分子标记，为分子育种和品种分子设计提供了精确的信息。(2)采用后代测验的方法验证亲代基因型和表型，保证了试验数据的准确性。(3)同时采用QTL软件分析法和t-test统计分析推测亲代表型的方法对主效QTL精细定位，确保统计分析的准确性。(4)抗性调查分三次进行，一方面减少田间数据的记录错误，另一方面可方便分析每个单株的发病过程，为分析植物抗病机理提供具体资料。(5)连续四年鉴定qRfg1的效应，保证了在精确育种中应用的实用价值。 
SEQUENCE LISTING
<110>中国农业大学
<120>玉米抗茎腐病主效QTL、与主效QTL连锁的分子标记和应用
<130>CGGNARY92735
<160>118
<170>PatentIn version 3.2
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<213>人工序列
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<400>74
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<212>DNA
<213>人工序列
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catcaagtta cccctggttt20
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<212>DNA
<213>人工序列
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gccaacgaga gtagcagtct20
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<212>DNA
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ccatagacca gtcgcacatt20
<210>102
<211>20
<212>DNA
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<220>
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<400>102
gcctgacatc acgtaccagt20
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<211>20
<212>DNA
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<220>
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tccgttcgac ctgtgccatt20
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<212>DNA
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<220>
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<400>104
ccgaatgtcc agccttacaa20
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<212>DNA
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actggatgga atggatggat20
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<212> DNA
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gacgaataat gatggctgct20
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tagtgcaaca cgtccgatct20
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<212>DNA
<213>人工序列
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gcctagcgta gccattcaat20
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<212>DNA
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<400>109
gtgatattcc ggtgcctagt20
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catgacatgg tgcttgatct20
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<212>DNA
<213>人工序列
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cctccagttc tagccagctt20
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<400>113
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<400>114
gtgatctgaa cgccaacctc20
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<211>20
<212>DNA
<213>人工序列
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<223> 
<400>115
gtgccaagga cagtgtcaat20
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<211>20
<212>DNA
<213>人工序列
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<400>116
cttcaggacc atcgaacaga20
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<212>DNA
<213>人工序列
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<400>117
cgaccaacac atttcctacg20
<210>118
<211>20
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223> 
<400>118
caagaaggac ccagagaacg20

Claims (5)

1.辅助筛选抗茎腐病玉米的专用引物，为标记SSR334；所述标记SSR334由序列表的序列41所示DNA和序列表的序列42所示DNA组成；
所述抗茎腐病玉米为高抗玉米茎腐病的自交系1145，或高抗玉米茎腐病的自交系1145和高感茎腐病的自交系Y331杂交衍生的后代；
所述茎腐病是由禾谷镰刀菌（Fusarium graminearum Schw.）引起的。
2.一种辅助筛选抗茎腐病玉米的试剂盒，包括权利要求1所述专用引物；
所述抗茎腐病玉米为高抗玉米茎腐病的自交系1145，或高抗玉米茎腐病的自交系1145和高感茎腐病的自交系Y331杂交衍生的后代；
所述茎腐病是由禾谷镰刀菌（Fusarium graminearum Schw.）引起的。
3.一种辅助筛选抗茎腐病玉米的方法，包括如下步骤：以待测玉米的基因组DNA为模板，用权利要求1所述标记SSR334进行PCR扩增，如果得到301bp的PCR扩增产物，所述待测玉米为候选的抗茎腐病玉米；
所述待测玉米为高抗玉米茎腐病的自交系1145，高感茎腐病的自交系Y331，或高抗玉米茎腐病的自交系1145和高感茎腐病的自交系Y331杂交衍生的后代；
所述茎腐病是由禾谷镰刀菌（Fusarium graminearum Schw.）引起的。
4.权利要求1所述专用引物在玉米育种中的应用；所述玉米为高抗玉米茎腐病的自交系1145，高感茎腐病的自交系Y331，或高抗玉米茎腐病的自交系1145和高感茎腐病的自交系Y331杂交衍生的后代。
5.如权利要求4所述的应用，其特征在于：采用权利要求3所述方法鉴定出的候选的抗茎腐病玉米，将所述候选的抗茎腐病玉米进行育种。
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