CN101851619B - 一种修饰的小干扰核酸及其制备方法 - Google Patents

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Abstract

本发明提供了一种修饰的小干扰核酸,其包括第一片段和第二片段,并且所述第一片段和第二片段能够形成双链区域,所述第一片段包括至少一个连续的CA序列或UG序列,所述第二片段包括至少一个与所述第一片段的CA序列或UG序列互补的连续的UG或CA序列,所述第一片段的CA序列或UG序列与所述第二片段的UG序列或CA序列形成CA/UG位点,其特征在于,所述CA/UG位点中的至少一个核苷酸是经过修饰的,该修饰使修饰的小干扰核酸的稳定性高于未修饰的小干扰核酸。本发明增加了修饰后的小干扰核酸的血清稳定性的目的,并且降低了修饰后的小干扰核酸分子的潜在的细胞毒性,以及修饰对小干扰核酸的生物学活性的影响。

Description

一种修饰的小干扰核酸及其制备方法
技术领域
本发明涉及一种修饰的小干扰核酸及其制备方法。
背景技术
RNA干扰(RNA interference,RNAi)是由双链RNA(double-strandedRNA,dsRNA)分子在mRNA水平关闭同源基因的表达或使该基因表达沉默的现象。RNA干扰技术又被形象地称为基因敲低(knock-down)或基因沉默(gene silencing),是一种典型的转录后基因调控方法,又称转录后基因沉默(post-transcriptional gene silencing,PTGS)。最早有关RNA干扰的报道出现在1990年,由两个不同的研究小组同时报道了转基因植物中的RNA干扰现象,以后又在线虫、果蝇、斑马鱼和小鼠等几乎所有真核生物中观察到了RNA干扰现象。1999年,Hamilton和Baulcombe在发生RNA干扰的植物中检测到了长度为21-25个核苷酸的RNA片段,这些RNA片断被证明是RNA干扰所必需的,被称为小干扰核酸(siRNA)。双链siRNA与细胞源性的相关酶和蛋白质形成RNA诱导的沉默复合体(RNA-induced silencingcomplex,RISC)。在RNA干扰过程中,双链siRNA中的正义链被排除出复合体,反义链指导RISC结合到靶mRNA的同源位点,然后由复合物中的核糖核酸酶III降解靶mRNA,从而关闭靶基因的表达。
但是,由于小干扰核酸(siRNA)的稳定性较差,在体内容易被核酸酶降解,因此人们对合成的siRNA进行化学修饰,以增加siRNA的血清稳定性,从而有效地抑制目的基因的表达。
目前,由于人们对siRNA在血清中的降解过程和机制缺乏足够的了解,只能依靠各自的经验随机地选择siRNA分子中的多个核苷酸进行化学修饰。这种修饰策略虽然能很好地提高siRNA分子的血清稳定性,但由于缺乏理论的指导,通常在siRNA分子中引入了过量的修饰,增加了修饰后的siRNA的潜在细胞毒性,并在很多情况下降低了siRNA的生物学活性,因而制约了修饰后的siRNA在体内的应用。
另外,在siRNA中盲目地在核苷酸中引入大量修饰的做法,也限制了一些具有较好稳定效果,但细胞毒性相对较大的修饰方法在体内研究中的应用。
因此,设计具有针对性的修饰方案,通过最少的修饰来实现最优的稳定性目的是目前迫切需要解决的问题。
发明内容
本发明的目的在于克服现有的siRNA的修饰方案中存在盲目地引入大量的修饰从而导致得到的修饰的小干扰核酸细胞毒性大问题,提供一种血清稳定的、具有良好生物活性的且细胞毒性较低的修饰的小干扰核酸。
本发明提供了一种修饰的小干扰核酸,其包括第一片段和第二片段,并且所述第一片段和第二片段能够形成双链区域,所述第一片段包括至少一个连续的CA序列或UG序列,所述第二片段包括至少一个与所述第一片段的CA序列或UG序列互补的连续的UG序列或CA序列,所述第一片段的CA序列或UG序列与所述第二片段的UG序列或CA序列形成CA/UG位点,其中,所述CA/UG位点中的至少一个核苷酸是经过修饰的,该修饰使修饰的小干扰核酸的稳定性高于未修饰的小干扰核酸。
本发明通过对CA/UG位点进行特异性的修饰,从而在仅引入少量修饰的情况下,即可达到增加修饰后的小干扰核酸的血清稳定性的目的,从而降低了修饰后的小干扰核酸分子的潜在的细胞毒性,以及修饰对小干扰核酸的生物学活性的影响。
具体实施方式
本发明提供了一种修饰的小干扰核酸,其包括第一片段和第二片段,并且所述第一片段和第二片段能够形成双链区域,所述第一片段包括至少一个连续的CA序列或UG序列,所述第二片段包括至少一个与所述第一片段的CA序列或UG序列互补的连续的UG序列或CA序列,所述第一片段的CA序列或UG序列与所述第二片段的UG序列或CA序列形成CA/UG位点,其中,所述CA/UG位点中的至少一个核苷酸是经过修饰的,该修饰使修饰的小干扰核酸的稳定性高于未修饰的小干扰核酸。
本发明的发明人对小干扰核酸分子在体内的降解过程进行了细致的研究,发现在CA/UG位点中仅引入少量修饰的情况下,即可提高修饰的小干扰核酸分子的稳定性,大大降低了由于随机地引入大量的修饰而导致的潜在细胞毒性较高,以及修饰对小干扰核酸的生物学活性的影响。
根据本发明,所述的“第一片段”是指具有与基因编码链的序列全部或部分同源的序列的核苷酸片段,所述“第二片段”是指具有与基因编码链的序列互补的序列的核苷酸片段。所述“互补”是指两个核苷酸在杂交条件下能够配对,例如,腺嘌呤(A)与胸腺嘧啶(T)或尿嘧啶(U)之间能够配对,以及胞嘧啶(C)与鸟嘌呤(G)之间的配对。
根据本发明,所述小干扰核酸分子的标靶可以为各种基因,例如,可以将在细胞内的功能有待分析的基因作为标靶,也可以将需要抑制其表达的基因作为标靶,例如,可以以与疾病或紊乱相关的基因作为标靶,如癌基因、病毒基因、细胞膜表面受体基因、细胞核受体基因或细胞信号传导通路上的基因等。本领域的技术人员根据其标靶基因,能够设计得到小干扰核酸分子(siRNA),例如,将目的基因的靶标序列或目的基因在NCBI Genbank中的序列号输入各种小干扰核酸设计程序,如Insert Design Tool for the shRNAVectors(Ambion)、shRNA Explorer(Gene Link)、siDirect(Yuki Naito et al.University of Tokyo)、SiRNA at Whitehead(Whitehead Institute for BiomedicalResearch),BLOCK-iT RNAi Designer(invitrogen)、RNAi Design(IDT),RNAiExplorer(Gene Link)、siRNA Target Finder(Ambion)、或siSearch(StockholmBioinformatics Center)等,该设计程序将会根据设计者的要求和siRNA的设计原则,针对所提供的基因或序列设计siRNA。并且,有些程序能够对设计好的siRNA做全基因组或mRNA转录组的同源性分析,从而设计出对靶基因或靶序列特异的siRNA。上述提及的siRNA设计程序及其涉及的原则为本领域技术人员所公知,其全部内容在此一并引入作为参考。
根据本发明,所述修饰的小干扰核酸包括多个CA/UG位点,并且该多个CA/UG位点中的至少一个核苷酸是经过修饰的。
此外,所述CA/UG位点中,只有反义链中的胞嘧啶核苷酸是经过修饰的。在这种情况下,不但能够提高所述修饰的小干扰核酸的稳定性、维持其生物活性,还可以进一步减少在修饰的小干扰核酸分子中引入的修饰数量,从而进一步地降低修饰引起的小干扰核酸的潜在细胞毒性。
根据本发明的一个方面,所述修饰的小干扰核酸中,除了所述CA/UG位点中的核苷酸以外,其它核苷酸是未经过修饰的。在这种情况下,不但能够提高所述修饰的小干扰核酸的稳定性、维持其生物活性,还可以使在修饰的小干扰核酸分子中引入的修饰数量最小化,从而进一步地降低修饰引起的小干扰核酸的潜在细胞毒性。
根据本发明的另一个方面,所述修饰的小干扰核酸中,所述第一片段还可以包括至少一个连续的UA序列,所述第二片段还可以包括至少一个连续的与所述第一片段的UA序列互补的UA序列,所述第一片段的UA序列与所述第二片段的UA序列形成UA/UA位点,并且,所述UA/UA位点中的至少一个核苷酸是经过修饰的,该修饰使UA/UA位点被修饰的小干扰核酸的稳定性高于UA/UA位点未被修饰的小干扰核酸。本发明的发明人意外地发现,当所述修饰的小干扰核酸的含有CA/UG位点和UA/UA位点时,除了对CA/UG位点进行特异性的修饰以外,对UA/UA位点中的至少一个核苷酸进行特异性修饰,不但能够降低细胞的毒性,还能够进一步提高含有CA/UG位点和UA/UA位点的小干扰核苷酸的稳定性。
在本发明的一种实施方式中,本发明提供的修饰的小干扰核酸除了包括CG/CA位点以外,还可以多个UA/UA位点,并且该多个UA/UA位点中的至少一个核苷酸是经过修饰的。在优选的情况下,所述UA/UA位点中,只有一个尿嘧啶核苷酸是经过修饰的。
在一个优选的实施方式中,本发明提供的修饰的小干扰核酸中,除了所述CA/UG位点和UA/UA位点中的核苷酸以外,其它核苷酸是未经过修饰的。在这种情况下,不但能够提高所述修饰的小干扰核酸的稳定性、维持其生物活性,还可以使在修饰的小干扰核酸分子中引入的修饰数量最小化,从而进一步地降低修饰引起的小干扰核酸的潜在细胞毒性。
根据本发明,所述修饰的小干扰核酸可以为单链分子也可以为双链分子。
当所述修饰的小干扰核酸为单链分子时,所述第一片段和第二片段之间的互补区域形成双链区域。
当所述修饰的小干扰核酸为双链分子时,该修饰的小干扰核酸包括正义链和反义链,所述正义链可以为连续的核苷酸链,也可以为不连续的核苷酸链;所述反义链为连续的核苷酸链。
根据本发明的一个方面,本发明提供的修饰的小干扰核酸包括正义链和反义链,且所述正义链和反义链为连续的核苷酸链,所述第一片段位于正义链,所述第二片段位于反义链。
根据本发明的另一个方面,本发明提供的修饰的小干扰核酸包括正义链和反义链,所述正义链是包括两个或两个以上的正义链部分的不连续的核苷酸链;所述反义链为连续的核苷酸链;所述第一片段位于一个或多个正义链部分,所述第二片段位于反义链。
本发明中,术语“正义链”是指当所述修饰的小干扰核酸为双链分子时,具有与基因编码链的序列全部或部分同源的序列的核苷酸片段,所述“第二片段”是指指当所述修饰的小干扰核酸为双链分子时,具有与基因编码链的序列互补的序列的核苷酸片段。并且,当所述修饰的小干扰核酸为双链分子且所述正义链和反义链为连续的核苷酸链时,术语“正义链”和“第一片段”可以互换使用,术语“反义链”和“第二片段”可以互换使用。
本发明中,术语“正义链部分”是指当所述正义链为不连续的核苷酸时,用于组成正义链的一部分核苷酸链;在所述正义链中,该正义链的所有正义链部分的总长度与所述正义链的长度相等,并且,当所述正义链部分中包括UA/UA位点时,术语“正义链部分”与“第一片段”可以互换使用。
根据本发明,所述修饰的小干扰核酸可以由核糖核苷酸组成,也可以为包括核糖核苷酸和至少一个脱氧核糖核苷酸的杂合分子。
根据本发明,术语“潜在细胞毒性”是指由于对核苷酸分子进行修饰而造成的对细胞的毒性作用。
本发明中,所述修饰的方式为本领域技术人员所公知,例如,本发明对所述小分子干扰核酸进行的化学修饰为以下的一种或几种:
(1)对所述小分子干扰核酸的核苷酸序列中连接核苷酸的磷酸二酯键的修饰;
(2)对所述小分子干扰核酸的核苷酸序列中核糖的的修饰;
(3)对所述小分子干扰核酸的核苷酸序列中碱基的修饰。
所述磷酸二酯键的修饰是指对磷酸二酯键中的氧进行修饰,包括硫代磷酸修饰(Phosphorthioate)和硼烷化磷酸盐修饰(Boranophosphate)。如图所示分别用硫和硼烷置换磷酸二酯键中的氧。两种修饰都能稳定小分子干扰核酸的结构,保持碱基配对的高特异性和高亲和力。而硼烷化磷酸盐修饰的小干扰核酸的疏水性强,易于在血浆中形成水合蛋白,对人体的毒副作用低于硫代磷酸酯。
硫代磷酸修饰                硼烷化磷酸盐修饰
所述核糖修饰是指对核苷酸戊糖中羟基(2′-OH)的修饰。在核糖的羟基位置引入某些取代基如甲氧基或氟后,使血清核糖核酸酶不易识别小干扰核酸,增加了小干扰核酸的稳定性。使小干扰核酸具有更强的抵抗核酸酶水解的性能。对核苷酸戊糖中羟基的修饰包括2′-氟修饰(2′-fluro modification);2′-氧甲基修饰(2′-OME);2′-甲氧乙基修饰(2′-MOE);2,4′-二硝基苯酚修饰(2′-DNP modification);锁核酸(LNA);2′-氨基修饰(Amina modification);2′-脱氧修饰(2′-Deoxy modification)等等。
2′-氟修饰                2′-氧甲基修饰
2′-甲氧乙基修饰            2,4′-二硝基苯酚修饰
锁核酸                      2′-氨基修饰
2′-脱氧修饰
所述碱基修饰是指对核苷酸的碱基进行修饰,如在尿嘧啶的5位点引入溴或碘的5′-溴尿嘧啶(5′-bromo-uracil)和5′-碘尿嘧啶(5′-iodo-uracil)修饰是常使用的碱基修饰方法,其他还有N3-甲基脲嘧啶(N3-methyl-uracil)修饰,2,6-二氨基嘌呤(2,6-diaminopurine)修饰等。
5′-溴尿嘧啶             5′-碘尿嘧啶
N3-甲基脲嘧啶            2,6-二氨基嘌呤
优选情况下,所述修饰为对所述小分子干扰核酸的核苷酸序列中核糖的2’-OH的修饰。进一步优选为,所述修饰为所述小分子干扰核酸的核苷酸序列中核糖的2’-OH被甲氧基或氟取代。上述修饰均可以增加所述小干扰核酸的血清稳定性,增强其对血清核酸酶水解的抵抗能力。
本发明还提供了一种修饰的小干扰核酸的制备方法,其中,该方法包括:根据未修饰的小干扰核酸的核苷酸序列,并使用经过修饰核苷酸替代所述未修饰的小干扰核酸的核苷酸序列中相应位置的核苷酸,来合成修饰的小干扰核酸,使得到的修饰的小干扰核酸包括第一片段和第二片段,并且所述第一片段和第二片段能够形成双链区域,所述第一片段包括至少一个连续的CA序列或UG序列,所述第二片段包括至少一个与所述第一片段的CA序列或UG序列互补的连续的UG序列或CA序列,所述第一片段的CA序列或UG序列与所述第二片段的UG序列或CA序列形成CA/UG位点,其中,所述CA/UG位点中的至少一个核苷酸是经过修饰的,该修饰使修饰的小干扰核酸的稳定性高于未修饰的小干扰核酸。优选情况下,使得到的修饰的小干扰核酸的CA/UG位点中,只有反义链中的胞嘧啶核苷酸是经过修饰的。
根据本发明的一个方面,本发明提供的所述修饰的小干扰核酸的制备方法可以包括:根据未修饰的小干扰核酸的核苷酸序列,并使用经过修饰核苷酸替代所述未修饰的小干扰核酸的核苷酸序列中相应位置的核苷酸,来合成修饰的小干扰核酸,使得到的修饰的小干扰核酸包括一个CA/UG位点,并且该一个CA/UG位点中的至少一个核苷酸是经过修饰的。优选情况下,使得到的修饰的小干扰核酸的CA/UG位点中,只有反义链中的胞嘧啶核苷酸是经过修饰的。
根据本发明的另一个方面,本发明提供的所述修饰的小干扰核酸的制备方法可以包括:根据未修饰的小干扰核酸的核苷酸序列,并使用经过修饰核苷酸替代所述未修饰的小干扰核酸的核苷酸序列中相应位置的核苷酸,来合成修饰的小干扰核酸,使得到的修饰的小干扰核酸包括多个CA/UG位点,并且该多个CA/UG位点中的至少一个核苷酸是经过修饰的。优选情况下,使得到的修饰的小干扰核酸的CA/UG位点中,只有反义链中的胞嘧啶核苷酸是经过修饰的。
在一种优选的情况下,本发明提供的所述修饰的小干扰核酸的制备方法使得到的修饰的小干扰核酸中,除了所述CA/UG位点中的核苷酸以外,其它核苷酸是未经过修饰的。
在另一种优选的情况下,本发明提供的所述修饰的小干扰核酸的制备方法使得到的修饰的小干扰核酸的第一片段还包括至少一个连续的UA序列,修饰的小干扰核酸的第二片段还包括至少一个连续的与所述第一片段的UA序列互补的UA序列,所述第一片段的UA序列与所述第二片段的UA序列形成UA/UA位点,并且,所述UA/UA位点中的至少一个核苷酸是经过修饰的,该修饰使UA/UA位点被修饰的小干扰核酸的稳定性高于UA/UA位点未被修饰的小干扰核酸。
根据本发明的一个方面,本发明提供的所述修饰的小干扰核酸的制备方法使得到的修饰的小干扰核酸除了包括CA/UG位点以外,还包括一个UA/UA位点,并且,所述UA/UA位点中的至少一个核苷酸是经过修饰的,该修饰使UA/UA位点被修饰的小干扰核酸的稳定性高于UA/UA位点未被修饰的小干扰核酸。
根据本发明的另一个方面,本发明提供的所述修饰的小干扰核酸的制备方法使得到的修饰的小干扰核酸除了包括CA/UG位点以外,还包括多个UA/UA位点,并且,所述UA/UA位点中的至少一个核苷酸是经过修饰的,该修饰使UA/UA位点被修饰的小干扰核酸的稳定性高于UA/UA位点未被修饰的小干扰核酸。
本发明中,本发明提供的所述修饰的小干扰核酸的制备方法使得到的修饰的小干扰核酸的结构为本领域技术人员所公知,可以为各种小干扰核酸的存在结构。
例如,根据本发明的一个方面,本发明提供的所述修饰的小干扰核酸的制备方法使得到的修饰的小干扰核酸可以为发夹结构的单链分子,所述第一片段和第二片段之间的互补区域形成双链区域。
根据本发明的另一个方面,本发明提供的所述修饰的小干扰核酸的制备方法使得到的修饰的小干扰核酸可以包括正义链和反义链,所述正义链和反义链为连续的核苷酸链,所述第一片段位于正义链,所述第二片段位于反义链。
根据本发明的另一个方面,本发明提供的所述修饰的小干扰核酸的制备方法使得到的修饰的小干扰核酸可以包括正义链和反义链,所述正义链是包括两个或两个以上的正义链部分的不连续的核苷酸链;所述反义链为连续的核苷酸链;所述第一片段位于一个或多个正义链部分,所述第二片段位于反义链。
根据本发明的另一个方面,本发明提供的所述修饰的小干扰核酸的制备方法使得到的修饰的小干扰核酸可以为为包括核糖核苷酸和至少一个脱氧核糖核苷酸的杂合分子。
本发明中,合成小干扰核酸的方法可以为各种常规的小干扰核酸的合成方法,或者委托专门从事核酸合成的生物技术公司合成,如委托上海吉玛制药技术有限公司(GenePharma)、广州锐博生物科技有限公司、或英俊生物技术有限公司(invitrogen)进行合成。
一般来说,用于合成小干扰核酸的方法包括以下四个过程:(1)寡聚核糖核苷酸的合成;(2)脱保护;(3)纯化分离;(4)脱盐。
例如,具有SEQ ID NO:1所示核苷酸序列的小干扰核酸化学合成的具体步骤如下:
(1)寡聚核糖核苷酸的合成:在自动DNA/RNA合成仪(例如,AppliedBiosystems EXPEDITE8909)上设定合成1毫摩尔的RNA,同时设定每个循环的偶联时间为10-15分钟,起始物为固相连接的5’-O-对二甲氧基-胸苷支持物,第一个循环在固相支持物上连接一个碱基,然后在第n次(19≥n≥2)循环中,在第n-1次循环所连接的碱基上连接一个碱基,重复此循环直至完成全部核酸序列的合成。
(2)脱保护
将连接有小干扰核酸的固相支持物加入到试管中,并在此试管中加入1毫升的乙醇/乙胺(体积比为1∶3),然后密封,置于55-70℃温箱中,孵育2-30小时,取出连接有小干扰核酸的固相支持物并用双蒸水淋洗2次(每次1毫升),收集洗脱液,并在室温下干燥30分钟。然后,加入1毫升四丁基氟化铵的四氢呋喃溶液(1M),室温放置4-12小时,再加入2毫升乙醇,收集沉淀即得到小干扰核酸的粗产物。
(3)纯化分离
将得到的小干扰核酸的粗产物溶解于2毫升浓度为1摩尔/毫升的乙酸铵水溶液中,然后通过C18高压液相色谱进行分离,得到纯化的小干扰核酸产物。
(4)脱盐
用浓度为75重量%的乙醇水溶液洗涤纯化的小干扰核酸产物2-4次(每次2毫升),除去盐份,并室温下干燥。然后将正义链和反义链的寡聚核糖核酸混合溶解在1-2毫升的缓冲液中(10mM Tris,pH=7.5-8.0,50mM NaCl),将此溶液加热至95℃,然后缓缓将此溶液冷却至室温,并维持室温16-22小时,得到含有小干扰核酸的溶液。
上文中给出多种实施方式的目的仅为示例性地对本发明进行说明,而不是为了限制本发明的范围。
下面结合实施例进一步说明本发明,除非特别说明,本发明所用到的试剂、培养基均为市售商品。
实施例1
选取下表1-55中的基因为靶基因,并委托上海吉玛制药技术有限公司(GenePharma)合成表1-55中的siRNA。
实施例2
通过以下方法分别对表1-55中所示的siRNA进行血清稳定性检测、基因沉默效率检测和细胞毒性检测:
1.血清稳定性检测
将4μL浓度为20μM的未修饰的和不同化学修饰小干扰核酸加入到含有4μL胎牛血清和32μL 1×PBS溶液中,血清的终浓度为10%;在37℃条件下将反应体系孵育一定的时间后取样,一般为0,3和6小时;每次取10μL样本并进行液氮速冻,以立即中止血清核酸酶对siRNA的作用,然后将样本保存于-80℃条件下备用。
配置20%的聚丙烯酰胺凝胶,将3μL的上样缓冲液(30mM EDTA,36%甘油,0.06%溴酚蓝)与siRNA的降解样本进行混合,然后上样,在80mA的恒流条件下电泳。电泳结束后,用1×Sybr Gold染料(Invitrogen,Cat.11494)进行10分钟的染色后照相,结果如表1-55所示。
2.基因沉默效率检测
将在DMEM培养基(10%FBS,2mM L-谷氨酰胺,100个单位/毫升的青霉素和100μg/ml的链霉素)中培养的人胚胎肾细胞(HEK293)接种到24孔板中(1×105细胞/0.5ml培养基/孔)。待细胞生长24小时后,细胞的融合度为50%左右时,将培养基换为Opti-MEM培养基(Gibco公司)。然后将带有siRNA分离靶位点的重组萤火虫荧光素酶报告质粒和pRL-TK(编码海肾萤光素酶)的对照质粒(Promega公司,Madison WI,USA)与化学合成的siRNA通过Lipofectamine 2000(Invitrogen公司,美国)进行细胞转染,每孔含0.17g重组质粒和0.017g pRL-TK对照质粒,siRNA的终浓度为13nM。每种siRNA平行转染三个复孔,以只转染同样量的两种报告基因质粒,不转染siRNA的三个复孔作为对照。4小时后再将转染介质换成1ml DMEM培养基(10%FBS,2mM L-谷氨酰胺,100个单位/毫升的青霉素和100μg/ml的链霉素)。24小时后收获细胞,以10μl细胞裂解液细胞,利用双荧光素酶报告基因分析系统(Dual-Luciferase Assay System,Promega公司)和酶标仪(Novostar,BMG Labtechnologies GmbH,Germany)测定两种荧光酶的活性,以未转染siRNA的孔中的报告基因的表达量作为标准对照,通过以下公式计算得到siRNA对靶位点的沉默效率,结果如表2所示。每种siRNA每次实验平行做3个复孔,每个实验重复2次,结果如表1-55所示。
沉默效率=(实验组Firefly荧光素酶的表达量/实验组Renilla荧光素酶表达量)/(对照组Firefly荧光素酶的表达量/对照组Renilla荧光素酶表达量)
3、修饰siRNA的细胞毒性检测
将在DMEM培养基(10%FBS,2mM L-谷氨酰胺,100个单位/毫升的青霉素和100μg/ml的链霉素)中培养的人胚胎肾细胞(HEK293)接种到24孔板中(1×105细胞/孔);待细胞生长24小时后,细胞的融合度为50%左右时,将培养基换为Opti-MEM培养基(Gibco公司);然后将化学合成的siRNA通过Lipofectamine 2000(Invitrogen公司,美国)进行细胞转染,siRNA的终浓度为13nM,每种siRNA平行转染三个复孔,无siRNA的三个转染复孔作为对照;4小时后再将转染介质换成1ml DMEM培养基(10%FBS,2mML-谷氨酰胺,100个单位/毫升的青霉素和100μg/ml的链霉素);24小时后吸去培养液,用PBS洗涤一次,每孔加1ml PBS和10μl MTT(噻唑蓝)染液,在37℃5%CO2的二氧化碳培养箱中培养4-6小时;每孔加0.1ml酸化异丙醇,在振荡器上振荡混匀,让还原产物充分溶解;酶联免疫检测仪测定570nm处各孔A值,并按照以下公式计算细胞生长抑制率,结果如表1-55所示。
细胞生长抑制率(%)=(对照组平均A值-实验组平均A值)/对照组平均A值×100%。
表1
表2
表3
表4
表5
表6
表7
表8
表9
表10
表11
表12
表13
表14
表15
表16
表17
表18
表19
表20
表21
表22
表23
表24
表25
表26
表27
表28
表29
表30
表31
表32
表33
表34
表35
表36
表37
表38
表39
表40
表41
表42
表43
表44
表45
表46
表47
表48
表49
表50
表51
表52
表53
表54
表55
在上表1-55中:
黑体字母表示的“A”、“U”、“G”或”C”字母表示经过修饰的核苷酸;
“+”表示经血清孵育后,siRNA主带完全消失,可见明显的降解条带;
“++”表示经血清孵育后,siRNA主带虽有降解但仍清晰可见,可见明显的降解条带;
“+++”表示经血清孵育后,siRNA主带清晰未见降解,未见明显的降解条带。
另外,从上表1-55中可以看出,与经过随机修饰的小干扰核酸相比,本发明提供的小干扰核酸在提高了稳定性的同时,还显著地降低了小干扰核酸的细胞毒性,并且对小干扰核酸的表达抑制效率基本没有影响,由此可见,本发明在仅引入少量修饰的情况下,即可达到增加修饰后的小干扰核酸的血清稳定性的目的,从而降低了修饰后的小干扰核酸分子的潜在的细胞毒性,以及修饰对小干扰核酸的生物学活性的影响。
SEQUENCE LISTING
<110>北京大学
<120>一种修饰的小干扰核酸及其制备方法
<130>I10552PKU
<160>10
<170>PatentIn version 3.3
<210>1
<211>1500
<212>DNA
<213>人类(Homo sapiens BIC)
<400>1
gccgagcccg ggcccagcgc cgcctgcagc ctcgggaagg gagcggatag cggagccccg   60
agccgcccgc agagcaagcg cggggaacca aggagacgct cctggcactg cagataactt  120
gtctgcattt caagaacaac ctaccagaga ccttacctgt caccttggct ctcccaccca  180
atggagatgg ctctaatggt ggcacaaacc aggaagggga aatctgtggt ttaaattctt  240
tatgcctcat cctctgagtg ctgaaggctt gctgtaggct gtatgctgtt aatgctaatc  300
gtgatagggg tttttgcctc caactgactc ctacatatta gcattaacag tgtatgatgc  360
ctgttactag cattcacatg gaacaaattg ctgccgtggg aggatgacaa agaagcatga  420
gtcaccctgc tggataaact tagacttcag gctttatcat ttttcaatct gttaatcata  480
atctggtcac tgggatgttc aaccttaaac taagttttga aagtaaggtt atttaaaaga    540
tttatcagta gtatcctaaa tgcaaacatt ttcatttaaa tgtcaagccc atgtttgttt    600
ttatcattaa cagaaaatat attcatgtca ttcttaattg caggttttgg cttgttcatt    660
ataatgttca taaacacctt tgattcaact gttagaaatg tgggctaaac acaaatttct    720
ataatatttt tgtagttaaa aattagaagg actactaacc tccagttata tcatggattg    780
tctggcaacg ttttttaaaa gatttagaaa ctggtacttt cccccaggta acgattttct    840
gttcaggcaa cttcagttta aaattaatac ttttatttga ctcttaaagg gaaactgaaa    900
ggctatgaag ctgaattttt ttaatgaaat atttttaaca gttagcaggg taaataacat    960
ctgacagcta atgagatatt ttttccatac aagataaaaa gatttaatca aaaaatttca   1020
tatttgaaat gaagtcccaa atctaggttc aagttcaata gcttagccac ataatacggt   1080
tgtgcgagca gagaatctac ctttccactt ctaagcctgt ttcttcctcc atatggggat   1140
aatactttac aaggttgttg tgaggcttag atgagataga gaattattcc ataagataat   1200
caagtgctac attaatgtta tagttagatt aatccaagaa ctagtcaccc tactttatta   1260
gagaagagaa aagctaatga tttgatttgc agaatattta aggtttggat ttctatgcag   1320
tttttctaaa taaccatcac ttacaaatat gtaaccaaac gtaattgtta gtatatttaa   1380
tgtaaacttg ttttaacaac tcttctcaac attttgtcca ggttattcac tgtaaccaaa   1440
taaatctcat gagtctttag ttgatttaaa ataaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa   1500
<210>2
<211>6047
<212>DNA
<213>人类(Homo sapiens kazrin)
<400>2
ggggtctcgg cgatcgctgc tcctcctcct ccttctcctc ctcttttttc tcctccgcct     60
cctccccccg ccgcctcgcc accgccgcgg ctagggctgg aggcgccgct gtcattcctg    120
tgccggagga accggcgctg ccggtgcctg ggggtcgggg cgcgggcgaa gccgggccgc    180
ggaggacaca acaggtagag ccgggggtgc ccggccgcgc gccccccgcg catcatgcag    240
ctctttgtca cctctctcgc ccccaggcca aaatcctgag catgatggaa gacaataagc    300
agctcgcgct ccgcatcgat ggggcggtcc agtcggccag ccaggaggtg accaacctgc    360
gagccgaact cacggccacc aaccggagac tggcggaact gagcggcggc ggcggccccg    420
gcccgggccc gggagccgcg gccagcgcct cggcggcggg ggactcggcg gcgacgaaca    480
tggagaaccc ccagcttgga gcgcaagtgc tcctgcggga agaagtgtcg cggctccagg    540
aggaagttca ccttctccgg cagatgaagg agatgttggc gaaggacctg gaggagtcgc    600
agggcggcaa gtcctctgag gtcctctcgg ccaccgagct cagggtccag ctggcccaga    660
aggagcagga gctagccaga gccaaagaag ccttgcaggc catgaaagct gatcggaagc    720
gcttaaaggg cgagaagaca gacctggtga gccagatgca gcagctgtat gccacactgg     780
agagccgcga ggagcagctc cgagacttca tccgcaacta tgagcagcac cgcaaggaga     840
gcgaggatgc ggtcaaagcg ctggccaagg agaaggacct gctggagcgt gagaagtggg     900
agctgcggcg ccaagccaag gaggccacag accacgccac ggcactgcgc tcccagctgg     960
acctcaagga caaccggatg aaggagctgg aggccgagct ggccatggcc aaacagtcct    1020
tagctacgct gaccaaggac gtccccaagc ggcattccct cgccatgccg ggcgagacgg    1080
tgctcaatgg caaccaggag tgggtggtgc aggcggacct cccgctgacc gcagccatcc    1140
ggcagagtca acagactctc taccactcac acccccctca ccctgcggac cggcaagcgg    1200
tcagggtgag cccctgccac tcccggcagc cctctgtcat ctccgacgca tctgccgccg    1260
aaggcgaccg gtcgtccaca ccgagcgaca tcaactcccc tcgacaccgg acacactccc    1320
tctgcaacgg cgacagtccc ggcccagttc agaagaacct gcacaaccct attgtacagt    1380
cactagagga tcttgaagac caaaaacgga aaaagaagaa agagaagatg ggattcggct    1440
ccatctcccg cgtcttcgcc agagggaagc agcggaagtc cctcgacccc ggcctctttg    1500
atgactcgga cagccagtgc agccccacgc ggcagagcct cagcctgtcg gaaggcgagg    1560
agcagatgga ccggctgcag caggtggagc tggtgaggac cacccctatg tcccactgga    1620
aggcgggcac cgtccaggcc tggctggagg tggtgatggc catgcctatg tacgtcaagg    1680
cctgcacgga gaacgtgaag agcgggaagg tgctgctgag cctgagtgac gaggacctgc    1740
agctgggcct tggggtgtgc agctccctgc accggcgcaa gctgcgcctg gccatcgagg    1800
actaccgtga tgccgaggca ggccgcagcc tgtccaaagc tgccgagctg gaccatcact    1860
gggtggccaa ggcctggctg aatgacattg gcctgtccca gtactcccag gcctttcaga    1920
accacctggt tgatgggcgg atgctgaatt ccctgatgaa gcgagacctg gagaagcacc    1980
tgaacgtgtc caagaagttc caccaggtca gcatcctgct ggggatcgag ctgctgtacc    2040
aagtgaactt cagcagggag gccctccagg agcgccgggc ccgctgcgag acgcagaaca    2100
ttgaccccgt ggtgtggacc aaccagcggg tgctcaagtg ggttcgagac atcgacctga    2160
aggagtacgc agacaacctg accaacagcg gcgtccatgg tgctgtgctg gtgctggagc    2220
ccacattcaa tgccgaggcc atggccactg ccctgggcat ccccagtggg aagcacatcc    2280
tccggagaca cctggcagag gagatgagcg ccgtcttcca cccagccaac tccacaggca    2340
tccgggaggc tgagcgtttt ggaacgcccc ctggcagggc ctccagcgtc acgcgggcag    2400
gaaaggagga gaacagcagc ggtctcaagt acaaggctgg ccggctgccc ctggggaaga    2460
taggaagggg cttcagcagc aaagatcccg atttccatga tgactatggc tctcttcaaa    2520
acgaagattg cggagacgat gacccccaga gcaggctgga acagtgccgt ctggaaggct    2580
acaacagcct ggaggtcacc aacgtgtaag gaactggtgg ctccaccaga cccaacgtga    2640
gagacccagg aaggaagaga agccagatgg ccccaggtgt cgttctcact gtacatagcg    2700
gccgcaggct gaggatgtcc cttgctcctg ggcaaaatcc cgatggactc tgcggtttca    2760
gctccacagc gcccaggaga gagaagacac cagcccacct gtcttgggtg ggccatggac    2820
tttcctgttc agctggagat gggcccagag gacctgtcac agtgtccggc cctgcctcca    2880
tccaggatac acaggctcca cctcagagtg accgtcactg tggagcagcc aagcagtccc    2940
tggagcctta aacggagctg ccaaggtggg aggaggccca cagttcccta aaacaccctt    3000
ccggcgggag caggggggac cccaacccca caccccagcg cccagtgcat tggcagagcc    3060
gggtgcagga agtgctgcct cttgccgaga cgtcggacag ggcgggggtt ggggaactct    3120
cggctacagc atcttaccct tgactgagaa cttgggtcct gacttggctc actgaatctc    3180
tcttgggaga atgcaaaatc cttccacctg aaaagctctg tgacacatgg gggtggacgt    3240
attgaagagc tgtttgccga tccacccagg agtggctacg ctgagtgggg agccggtgaa    3300
tgatccgtgc aggagtgggg cttagcagcc acatttctag gagatgcaga tatcctatca    3360
ccagaatgaa agctattggg acaacaggat cggggatgac cgacggcccc atatggtgaa    3420
tctctggcct gtggtttggc tttactgaga ttccaaaccc cactatctgc actccgtgac    3480
agtggtatgg agtgtggcaa tgagtttggg gtctggggca gggaaatgct tgacattgtt    3540
aacccaacaa acctttgttg tgatgtccct gtcacctgaa acataggtga catagctcac    3600
caatgtccta accgagacac aaactccaca gagcaaaatc atttggtatt ggtggggaga    3660
accccagccc ttttcttgac ctgccactgt tatgctgtgt ggcttcttcc cagtggcctc    3720
acctctctgt gcctcgatgt cttcatctac gatacttctg gttccctccc agggacatcg    3780
tgaggattaa cacttgctaa tatctgtaac acaatttgta acctctcagg agacaatggg    3840
aagttatggg gtagctaatt tcccatttac aacacagaaa tgatatagag ctagttcgct    3900
ccaactcttt aggttgaagc agtgtgcaaa aggaagaaaa gaaatgttta atgttcagac    3960
ctgccaagag cctccaacag ggctcaagaa acatataaat cccatgagca cagccttgaa    4020
aaccagtttg actcaagcct tcgggcctca gttcattgac cagatgacag ccacgtgatg    4080
attagggaag gacggatgca ttgcgattct gcttacacat cgggttatca aagcgagtca    4140
cttgttggaa ccatgatgct cgacctcctt caaggccgtt tgcactgggg cttgagtttc    4200
caagattcac aacaggtgtc agcctctgag aaccctcaaa gcgtgtgttc ttcaacctgg    4260
caaattgttt cctctcatgg gggaagccga gctctgatga acttgagaat tacacctctc    4320
tcatgccgaa gaccgtggtg ttccccctaa tgacataaac gcagcctttc ttgctgtctg    4380
agaccaaatg tctagttggt agacaggtgg atgtttggcc tcctaagggc acacttctga    4440
tcctgggccc caggtggtga atctctggca tgtggcttgg ctttgttgag actccaaatt    4500
ccattatctt catgacattc ggcctcatcc atagggtcct gaagctgcag tccacagctc    4560
agaaaggaga ggtgagacct ccctccaacc tggtgccaca ggtctctccc aagccacatc    4620
cagcctggat gacctgggac cccagaaact gccgtttggg aggcagcaac agcaacgtgc    4680
ccaggcaggc agttattccc acagagtgag ccagaattgt agcagggcac ttgaatgcag    4740
agctgatgat ttgaaaccaa cgttcaccca acttgtcaga aatggcactt acatggttcg    4800
atcttgctgg agacaagtgg acaattgggg gtcactggca gagacagtat tgcccaaaat    4860
gttcacagca ggaggccagc aggcctgagg caacacgggc aaccgcgaat gcctcttttg    4920
gtttaaatta tgccatcaca accctctttc acccatgagg ctccccatcc ctgacagcca    4980
ggtgagcatt tggagctggt ttctcaacat gaggatgggt tggttgttaa attaacaacc    5040
tccacagtat cagattgagt gagctttgtc tgctggaaaa acctgaaacg tcaactctgc    5100
ttcaaggtcg gcaagaagaa cagaaggcgg agacttggca gagagactca agctgattgt    5160
cacaggctac agaggggcca gctccagaac agtgaccagc tacatcctgt ccaagcagcc    5220
cgagtgtggt cttggtccct gcagggcaat gtgggcatct ggacctgggg acgatgtgga    5280
tgcacttctt ggaaagctgt tgtagcttgt gcctgtgggt ggagaaggca cctgcctggt    5340
agactctcag ctttctgacc cccaggagcc tctgcgaggc ccctttgtcc ttggctgagc    5400
cggacctttc ttttggaaat ctgtctgtct gttggcatcg ctgttttcag accccaggct    5460
gcagaggagg ggagaagcca cacaacaatc tggacccaat aaagtggaga gaagggcgtc    5520
tctacacagc ccggccagcg tggagggccc caggacaggg acccaaaagc ttgacgtcac    5580
tgaacagggc tgggtactgg cagaacagga agatttggcc agaggtgacc tcagtgttcc    5640
ctccaggggc atccaggccc ctctgacctg gggagaagaa ggcccatgct caggcccacc    5700
tccctcttcc catcagagcc catgcgtcct gggcaccacc acttccactc tgcttttcga  5760
ggctccggag ggctcttcct gctgtgaaag gaaaggagaa gaaagcctgt gggcaatggc  5820
aacctctgag tctggcattc ttgccaatgg ctggccagcg aggagaatct cccgagccct  5880
gacacacaaa ggcattttgt ggctgcagag gaaatgggtt ggctctgaac aaagatgcag  5940
tttctagggc cgtggcccca aatcgcttcc ccgagagtga attttaacac tgtaacaata  6000
aatactactg cacagcactt taaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaa                6047
<210>3
<211>2413
<212>DNA
<213>人类(Homo sapiens CDKN1B)
<400>3
cttcttcgtc agcctccctt ccaccgccat attgggccac taaaaaaagg gggctcgtct    60
tttcggggtg tttttctccc cctcccctgt ccccgcttgc tcacggctct gcgactccga   120
cgccggcaag gtttggagag cggctgggtt cgcgggaccc gcgggcttgc acccgcccag   180
actcggacgg gctttgccac cctctccgct tgcctggtcc cctctcctct ccgccctccc   240
gctcgccagt ccatttgatc agcggagact cggcggccgg gccggggctt ccccgcagcc   300
cctgcgcgct cctagagctc gggccgtggc tcgtcggggt ctgtgtcttt tggctccgag   360
ggcagtcgct gggcttccga gaggggttcg ggctgcgtag gggcgctttg ttttgttcgg   420
ttttgttttt ttgagagtgc gagagaggcg gtcgtgcaga cccgggagaa agatgtcaaa    480
cgtgcgagtg tctaacggga gccctagcct ggagcggatg gacgccaggc aggcggagca    540
ccccaagccc tcggcctgca ggaacctctt cggcccggtg gaccacgaag agttaacccg    600
ggacttggag aagcactgca gagacatgga agaggcgagc cagcgcaagt ggaatttcga    660
ttttcagaat cacaaacccc tagagggcaa gtacgagtgg caagaggtgg agaagggcag    720
cttgcccgag ttctactaca gacccccgcg gccccccaaa ggtgcctgca aggtgccggc    780
gcaggagagc caggatgtca gcgggagccg cccggcggcg cctttaattg gggctccggc    840
taactctgag gacacgcatt tggtggaccc aaagactgat ccgtcggaca gccagacggg    900
gttagcggag caatgcgcag gaataaggaa gcgacctgca accgacgatt cttctactca    960
aaacaaaaga gccaacagaa cagaagaaaa tgtttcagac ggttccccaa atgccggttc   1020
tgtggagcag acgcccaaga agcctggcct cagaagacgt caaacgtaaa cagctcgaat   1080
taagaatatg tttccttgtt tatcagatac atcactgctt gatgaagcaa ggaagatata   1140
catgaaaatt ttaaaaatac atatcgctga cttcatggaa tggacatcct gtataagcac   1200
tgaaaaacaa caacacaata acactaaaat tttaggcact cttaaatgat ctgcctctaa   1260
aagcgttgga tgtagcatta tgcaattagg tttttcctta tttgcttcat tgtactacct   1320
gtgtatatag tttttacctt ttatgtagca cataaacttt ggggaaggga gggcagggtg   1380
gggctgagga actgacgtgg agcggggtat gaagagcttg ctttgattta cagcaagtag    1440
ataaatattt gacttgcatg aagagaagca attttgggga agggtttgaa ttgttttctt    1500
taaagatgta atgtcccttt cagagacagc tgatacttca tttaaaaaaa tcacaaaaat    1560
ttgaacactg gctaaagata attgctattt atttttacaa gaagtttatt ctcatttggg    1620
agatctggtg atctcccaag ctatctaaag tttgttagat agctgcatgt ggctttttta    1680
aaaaagcaac agaaacctat cctcactgcc ctccccagtc tctcttaaag ttggaattta    1740
ccagttaatt actcagcaga atggtgatca ctccaggtag tttggggcaa aaatccgagg    1800
tgcttgggag ttttgaatgt taagaattga ccatctgctt ttattaaatt tgttgacaaa    1860
attttctcat tttcttttca cttcgggctg tgtaaacaca gtcaaaataa ttctaaatcc    1920
ctcgatattt ttaaagatct gtaagtaact tcacattaaa aaatgaaata ttttttaatt    1980
taaagcttac tctgtccatt tatccacagg aaagtgttat ttttcaagga aggttcatgt    2040
agagaaaagc acacttgtag gataagtgaa atggatacta catctttaaa cagtatttca    2100
ttgcctgtgt atggaaaaac catttgaagt gtacctgtgt acataactct gtaaaaacac    2160
tgaaaaatta tactaactta tttatgttaa aagatttttt ttaatctaga caatatacaa    2220
gccaaagtgg catgttttgt gcatttgtaa atgctgtgtt gggtagaata ggttttcccc    2280
tcttttgtta aataatatgg ctatgcttaa aaggttgcat actgagccaa gtataatttt    2340
ttgtaatgtg tgaaaaagat gccaattatt gttacacatt aagtaatcaa taaagaaaac    2400
ttccatagct att                                                     2413
<210>4
<211>600
<212>DNA
<213>黑猩猩(Pan troglodytes SOD2)
<400>4
atgaagcaca gcctccccga cctgccctac gactacggcg ccctggaacc tcacatcaac    60
gcgcagatca tgcagctgca ccacagcaag caccacgcgg cctacgtgaa taacctgaac   120
gtcaccgagg agaagtacca ggaggcgttg gccaagggag atgttacagc ccagatagct   180
cttcagcctg cactgaagtt caatggtggt ggtcatatca atcatagcat tttctggaca   240
aacctcagcc ctaacggtgg tggagaaccc aaaggggagt tgctggaagc catcaaacgt   300
gactttggtt cctttgacaa gtttaaggag aagctgacgg ctgcatctgt tggtgtccaa   360
ggctcaggtt ggggttggct tggtttcaat aaggaacggg gacacttaca aattgctgct   420
tgtccaaatc aggatccact gcaaggaaca acaggcctta ttccactgct ggggattgat   480
gtgtgggagc acgcttacta ccttcagtat aaaaatgtca ggcctgatta tctaaaagct   540
atttggaatg taatcaactg ggagaatgta actgaaagat acatggcttg caaaaagtaa   600
<210>5
<211>3233
<212>DNA
<213>恒河猴(Macaca mulatta calcium-sensing receptor)
<220>
<221>misc_feature
<222>(2570)..(2654)
<223>n is a,c,g,or t
<400>5
aaaacttctg ggagcctcca aactcctagc tgtcttgtcc ctcgccctgg agagaaggca   60
gaaccatggc attttattgc tgcttctggg tcctcttggc actcacctgg cacacctctg  120
cctatgggcc cgaccagcga gcccaaaaga aaggggacat tatacttggc gggctctttc  180
ctattcattt tggagtagca gctaaagatc aagatctcaa atcaaggccg gagtctgtgg  240
aatgcatcag gtataatttc cgtgggtttc gctggttaca ggctatgata tttgccatag  300
aggagataaa cagcagccca gcccttcttc ccaacttgac gctgggatac aggatatttg  360
acacttgcaa caccgtttct aaggccttgg aagccaccct gagttttgtt gctcaaaaca  420
aaattgattc tttgaacctt gatgagttct gcaactgctc agagcacatt ccctctacga  480
ttgctgtggt gggagcaact ggctcaggcg tctccacggc agtggcaaat ctgctggggc  540
tcttctacat tccccaggtc agttacgcct cctccagcag actccttagc aacaagaatc  600
aattcaagtc cttcctccga accatcccca atgatgagca ccaggccact gccatggcag  660
acatcattga gtatttccgc tggaactggg tgggcacaat tgcagctgat gatgactatg  720
ggcggccagg gattgagaag ttccgagagg aagctgagga aagggacatc tgcattgact     780
tcagtgaact catctcccag tactctgatg aggaagagat ccagcatgtg gtggaggtga     840
ttcaaaattc cacggccaaa gtaatcgtgg ttttctccag tggcccagac cttgagcccc     900
tcatcaagga gattgtccgg cgcaatatca caggcaagat ctggctggcc agtgaggcct     960
gggccagctc ctccctgatc gccatgcccg agtacttcca cgtggttgga ggcaccattg    1020
gatttgctct gaaggctggg cagatcccag gctttcggga attcctgaag aaggtccatc    1080
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<210>6
<211>2694
<212>DNA
<213>犬(Canis BCL2-related)
<400>6
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<210>7
<211>3863
<212>DNA
<213>大鼠(Rattus norvegicus kazrin)
<400>7
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<210>8
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<213>大鼠(Rattus Birc5)
<400>8
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aaa                                                                  903
<210>9
<211>8229
<212>DNA
<213>小鼠(Mus musculus Pten)
<400>9
gcggcaggat acgcgcttgg gcgtcgggac gcggctgcgc tcagctctct cctctcggaa     60
gctgcagcca tgatggaagt ttgagagttg agccgctgtg aggccaggcc cggcgcaggc    120
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gcctgtcacc attgccaggg ctgggaacgc cggagagttg ctctctcccc ttctcctgcc    480
tccaacacgg cggcggcggc ggcggcacgt ccagggaccc gggccggtgt taagcctccc    540
gtccgccgcc gccgcacccc ccctggcccg ggctccggag gccgccggag gaggcagccg    600
ctgcgaggat tatccgtctt ctccccattc cgctgcctcg gctgccaggc ctctggctgc    660
tgaggagaag caggcccagt ctctgcaacc atccagcagc cgccgcagca gccattaccc    720
ggctgcggtc cagggccaag cggcagcaga gcgaggggca tcagcgaccg ccaagtccag    780
agccatttcc atcctgcaga agaagcctcg ccaccagcag cttctgccat ctctctcctc    840
ctttttcttc agccacaggc tcccagacat gacagccatc atcaaagaga tcgttagcag    900
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tgatatcaaa gtagagttct tccacaaaca gaacaagatg ctcaaaaagg acaaaatgtt    1680
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ttttgatgaa gatcagcatt cacaaattac aaaagtctga tttttttttt cttatcaaga    2100
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tttttttttt ttaaatggca ataggacatt gtgtcagatt gcagttatag gaacaattct    2220
cttctcctga ccaatcttgt tttaccctat acatccacag ggttttgaca cttgttgtcc    2280
agttaaaaaa aggttgtgta gctgtgtcat gtatatacct ttttgtgtca aaaggacatt    2340
taaaattcaa ttaggataaa taaaagatgg cactttccca ttttattcca gttttataaa    2400
aagtggagac aggctgatgt gtatacgcag gagtttttcc tttattttct gtcaccagct    2460
gaagtggctg aagagctctg attcccgggt tcacgtccta cccctttgca cttgtggcaa    2520
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gcacttgggt tgggaatgga gggaatgctc agaaaggaat gtttctacct gggctctgga    2640
ccatacacca tctccagctc cttagatgca cctttcttta gcatgctcca cttactaatc    2700
tggacatccg agagattggc tgctgtcctg ctgtttgttt gtgcatttta aagagcatat    2760
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cctgtggaga atatttttcc tttaaacaat taaaaaggtt cattattttt gaaaaaaaaa  8220
aaaaaaaaa                                                          8229
<210>10
<211>1329
<212>DNA
<213>曲霉菌(Aspergillus fumigatus Af293 asparaginase family protein)
<400>10
atgagtcaac cacagagagg tggaggtatc tctgccatct tcgtccatgt aggggcggga    60
tatcacggcc atggaaacga gagagcccac cttcaggtat gcgaaaacgc ttgtaaagcc   120
gcaatgggca ttttaaaaag cggtggatca gctctggatg ctgttgagat ggccatcatt   180
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gatctcgagg ctgctgaact agtcgaaaga aaacgggatc cttcacgttt ccgcatggaa    540
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ggcgcgaagc atcgcggtcg aattgggcct gctgcgctgg tgggcatcgg cacctatgtg   1080
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atcatagcca ctgagttcat gggtgagtta ttgtattcca tattccttac gaccattgat   1320
agagaataa                                                           1329

Claims (11)

1.一种修饰的小干扰核酸,其包括第一片段和第二片段,并且所述第一片段和第二片段能够形成双链区域,所述第一片段包括至少一个连续的CA序列或UG序列,所述第二片段包括至少一个与所述第一片段的CA序列或UG序列互补的连续的UG或CA序列,所述第一片段的CA序列或UG序列与所述第二片段的UG序列或CA序列形成CA/UG位点,其特征在于,所述CA/UG位点中的至少一个核苷酸是经过修饰的,该修饰使修饰的小干扰核酸的稳定性高于未修饰的小干扰核酸,所述修饰为小干扰核酸的核苷酸序列中核糖的2′-OH被甲氧基或氟取代,除了所述CA/UG位点中的核苷酸以外,其它核苷酸是未经过修饰的。 
2.根据权利要求1所述的修饰的小干扰核酸,其中,该修饰的小干扰核酸包括多个CA/UG位点,并且该多个CA/UG位点中的至少一个核苷酸是经过修饰的。 
3.根据权利要求1所述的修饰的小干扰核酸,其中,所述CA/UG位点中,只有胞嘧啶核苷酸是经过修饰的。 
4.根据权利要求1-3中的任意一项所述的修饰的小干扰核酸,其中,所述第一片段还包括至少一个连续的UA序列,所述第二片段还包括至少一个与所述第一片段的UA序列互补的连续的UA序列,所述第一片段的UA序列与所述第二片段的UA序列形成UA/UA位点,并且,所述UA/UA位点中的至少一个核苷酸是经过修饰的,该修饰使UA/UA位点被修饰的小干扰核酸的稳定性高于UA/UA位点未被修饰的小干扰核酸。 
5.根据权利要求4所述的修饰的小干扰核酸,其中,该修饰的小干扰核酸包括多个UA/UA位点,并且该多个UA/UA位点中的至少一个核苷酸是经过修饰的。 
6.根据权利要求4所述的修饰的小干扰核酸,其中,所述UA/UA位点中,只有一个尿嘧啶核苷酸是经过修饰的。 
7.根据权利要求4所述的修饰的小干扰核酸,其中,该修饰的小干扰核酸中,除了所述CA/UG位点和UA/UA位点中的核苷酸以外,其它核苷酸是未经过修饰的。 
8.根据权利要求1-3中的任意一项所述的修饰的小干扰核酸,该修饰的小 干扰核酸为发夹结构的单链分子,所述第一片段和第二片段之间的互补区域形成双链区域。 
9.根据权利要求1-3中的任意一项所述的修饰的小干扰核酸,其中,该修饰的小干扰核酸包括正义链和反义链,所述正义链和反义链为连续的核苷酸链,所述第一片段位于正义链,所述第二片段位于反义链。 
10.根据权利要求1-3中的任意一项所述的修饰的小干扰核酸,其中,该修饰的小干扰核酸包括正义链和反义链,所述正义链是包括两个或两个以上的正义链部分的不连续的核苷酸链;所述反义链为连续的核苷酸链;所述第一片段位于一个或多个正义链部分,所述第二片段位于反义链。 
11.根据权利要求1-3中的任意一项所述的修饰的小干扰核酸,其中,该修饰的小干扰核酸为包括核糖核苷酸和至少一个脱氧核糖核苷酸的杂合分子。 
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