CN101792745A - 流感病毒聚合酶亚基pa氨基端多肽的表达纯化及pa氨基端多肽的晶体结构 - Google Patents

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Abstract

本发明提供一种流感病毒聚合酶亚基PA氨基端PA_N的晶体三维结构，其中所述流感病毒聚合酶亚基PA的氨基端PA_N为所述流感病毒聚合酶亚基PA的从约1～约50位氨基酸至在约150至300位范围内的氨基酸，其中所述晶体三维结构中的原子具有表1中所列的至少40％的原子坐标，或者流感病毒聚合酶亚基PA的氨基端的晶体三维结构中至少40％氨基酸的主链碳骨架的原子结构坐标与表1中的坐标的平均根方差小于或等于1.7埃。本发明还提供对流感病毒聚合酶亚基PA氨基端PA_N的表达、纯化和结晶的方法；以及PA氨基端PA_N的晶体结构及晶体结构在药物筛选及药物设计方面的应用。

Description

流感病毒聚合酶亚基PA氨基端多肽的表达纯化及PA氨基端多肽的晶体结构
技术领域
本发明涉及流感病毒聚合酶亚基PA氨基端前256位氨基端多肽在细菌中的表达、纯化、结晶方法以及PA氨基端前256位氨基端多肽的三维晶体结构(PA_N)及其在药物筛选及药物设计方面的应用。
背景技术
近年来，由H5N1亚型禽流感病毒引起的疫情广泛传播，对人类的健康造成全球性的重大威胁。由于病毒的不断变异，开发新型抗流感药物成为各国极为迫切的重大任务。其中，揭示与流感病毒密切相关的蛋白质的三维结构不仅对揭示流感病毒复制机制具有重要的科学意义，而且对开发抗流感病毒药物具有重要价值。
流感病毒基因组含有8个RNA片段，已知可以编码11种病毒蛋白质。其中，由PA、PB1和PB2等3个亚基组成的聚合酶复合体是负责病毒基因组RNA复制以及病毒mRNA转录的主要组分和维持病毒生命周期的至关重要的分子机器，同时由于它的高度保守性、低突变率，使之成为抗流感病毒药物设计潜在的重要靶点。多年来的研究结果认为，PB1是病毒RNA聚合酶的催化亚基，负责病毒RNA的复制以及转录；PB2是负责以一种称为“Snatch”的方式夺取宿主mRNA的CAP帽子结构，用于病毒mRNA转录。而相对于其它两种亚基来说，PA是了解得最不清楚的蛋白。根据已有的大量报导，PA亚基被发现不但参与病毒复制过程，而且还参与病毒RNA转录、内切核酸酶活性、具有蛋白酶活性以及参与病毒粒子组装等多种病毒活动过程，但是其参与这些活性的分子机制却并不清楚，因而在整个聚合酶复合体的研究中对于PA亚基的结构研究显得格外重要和突出。蛋白质结构的解析对揭示蛋白质功能具有重大作用。这一复合体结构的揭示也将对该复合体功能研究具有重大意义。但是，长期以来，由于存在的种种困难，该蛋白复合体结构一直没有得到解析。
本申请人在分别于2008年2月22日和2008年5月2日提交的中国专利申请CN 200810100840.X和CN 200810083994.2中公开了本发明人解析的来源于禽流感病毒聚合酶复合体中的PA羧基端含有460个氨基酸残基的多肽与PB1氨基端含1-25个氨基酸残基的短肽的复合体结构，并在2008年8月报道了本发明人解析的来源于禽流感病毒聚合酶复合体中的PA羧基端含有460氨基酸残基的多肽与PB1氨基端含1-25个氨基酸残基的短肽的复合体结构(He X et al.Nature，Aug 2008，454(7208)：1123-6)。
为了获得更完整的由PA、PB1和PB2等3个亚基组成的聚合酶复合体的三维晶体结构，本发明人又进行了以下研究。
发明内容
在上述研究的基础上，本发明人又通过X射线衍射晶体学方法解析了PA亚基剩余的氨基端部分的三维晶体结构(PA_N)。
本发明的一个方面提供了一种流感病毒聚合酶亚基PA氨基端PA_N的晶体三维结构，其中所述流感病毒聚合酶亚基PA的氨基端PA_N为所述流感病毒聚合酶亚基PA的从约1～约50位氨基酸至在约150至300位范围内的氨基酸，其中所述晶体三维结构中的原子具有表1中所列的至少40％的原子坐标，或者流感病毒聚合酶亚基PA的氨基端的晶体三维结构中至少40％氨基酸的主链碳骨架的原子结构坐标与表1中的坐标的平均根方差小于或等于1.7埃。
优选地，其中所述流感病毒选自A、B、C型流感病毒，其中所述流感病毒优先选自A型流感病毒株：A/goose/Guangdong/1/96、A/Brevig Mission/1/1918；B型流感病毒株：B/Ann Arbor/1/1966或C型流感病毒株：C/JJ/1950。
优选地，其中所述的母体晶体具有P1空间群，晶胞参数为约：
a＝51.1埃，b＝59.8埃，c＝67.2埃，α＝96.6°，β＝96.8°，γ＝109.5°，
重金属硒代甲硫氨酸的晶体具有P6(4)22的空间群，晶胞参数为约：
α＝b＝73.8埃，c＝123.4埃，α＝β＝90°，γ＝120°。
优选地，其中所述A型流感病毒的聚合酶亚基PA的氨基端PA_N由所述流感病毒聚合酶PA的氨基端PA N中的α螺旋1，即含2-9位的氨基酸区段，α螺旋2，即含11-22位的氨基酸区段，α螺旋3，即含32-48位的氨基酸区段，α螺旋4，即含84-92的氨基酸区段，α螺旋5，即含127-138位的氨基酸区段，α螺旋6，即含165-184位的氨基酸区段，α螺旋7，即含187-191位的氨基酸区段，以及五个主要的β折叠片，包括β片1，即含76-78位的氨基酸区段，β片2，即含109-111位的氨基酸区段，β片3，即含116-123位的氨基酸区段，β片4，即含144-149位的氨基酸区段，β片5，即含154-157位的氨基酸区段，共同构成所述PA的氨基端PA N的主要部分，其中，由所述的平行的β片1-5组成一个扭曲的平面，其它所述的α螺旋围绕在这一平面周围，其中所述B型或C型流感病毒中与A型流感病毒相对应的区段的氨基酸分别如在图1中所示。
优选地，其中所述A型流感病毒的聚合酶亚基PA的氨基端PA_N中结合有一个选自镁、锰、锌、铜、钴、铁构成的组中的金属离子，该金属离子主要由三个水分子以及氨基酸残基Glu80以及Asp108至少之一提供配位，其中参与这一结合的氨基酸还有选自His41、Glu119、Leu106以及Pro107中的至少之一，其中所述B型或C型流感病毒中的与A型流感病毒相应的区段的氨基酸分别如在图1中所示，更优选地，其中所述金属离子为镁离子。
优选地，其中所述A型流感病毒的聚合酶亚基PA的氨基端PA_N含有一个与其它内切核酸酶相似的(P)DXN(D/E)XK序列区域，其中在所述A型流感病毒的聚合酶亚基PA的氨基端PA N中各氨基酸可以代表如下：P107D108X(11)E119X(15)K134，其中所述B型或C型流感病毒中与A型流感病毒相对应的区段的氨基酸分别如在图1中所示。
优选地，其中T157、E153、E154、K158、D160、E165、E166、R168、R170和Lys172位于β片层β4以及α7之间的序列中，其中所述B型或C型流感病毒中与所述A型流感病毒相对应的区段的氨基酸分别如在图1中所示。
优选地，其中至少二个，优选至少三个选自由流感病毒聚合酶亚基PA的氨基端PA_N中的Arg179、Asp189、Arg192、Gln193和Glu126等构成的组中的氨基酸位于一个临近的区域，参与与蛋白质或核苷酸的相互作用，其中所述B型或C型流感病毒中与所述A型流感病毒相对应的区段的氨基酸分别如在图1中所示。
优选地，其中所述A型流感病毒聚合酶亚基PA位于PA氨基端PA N的所述α螺旋1以及α螺旋2形成一个发夹状结构，其中一些氨基酸残基共同组成一个邻近的带电荷的表面，包括氨基酸残基Glu2、Asp3、Arg6、Gln10、Glu15、Glu18、Lys19、Lys22、Asp27和Lys29，其中所述B型或C型流感病毒中与所述A型流感病毒相对应的区段的氨基酸分别如在图1中所示。
本发明的第二方面提供了一种与流感病毒聚合酶亚基PA的氨基端PA_N中的至少二个，优选至少三个选自Glu80、Asp108、His41、Glu119、Leu106以及Pro107等构成的氨基酸组中的成员结合的多肽、蛋白质、无机或有机化合物、抗体或免疫结合物，其中所述流感病毒选自A、B、C型流感病毒，其中所述流感病毒优先选自A型流感病毒株：A/goose/Guangdong/1/96、A/Brevig Mission/1/1918；B型流感病毒株：B/Ann Arbor/1/1966或C型流感病毒株：C/JJ/1950，其中所述B型或C型流感病毒中与所述A型流感病毒相对应的区段的氨基酸分别如在图1中所示，其中所述多肽或蛋白质、抗体或免疫结合物与Glu80、Asp108、His41、Glu119、Leu106以及Pro107中至少二个，优选至少三个氨基酸残基的晶体三维结构坐标的主链碳骨架的原子结构坐标与表1中的坐标的平均根方差小于或等于1.7埃。
本发明的第三方面提供了一种与流感病毒聚合酶亚基PA的氨基端PA_N中由Glu2、Asp3、Arg6、Gln10、Glu 15、Glu 18、Lys 19、Lys22、Asp27和Lys29构成的组中的至少二个，优选至少三个氨基酸结合的多肽、蛋白质、无机或有机化合物、抗体或免疫结合物，其中所述B型或C型流感病毒中与所述A型流感病毒相对应的区段的氨基酸分别如在图1中所示，其中所述多肽或蛋白质、抗体或免疫结合物与Glu2、Asp3、Arg6、Gln10、Glu15、Glu18、Lys19、Lys22、Asp27和Lys29构成的组中的氨基酸中至少二个，优选至少三个氨基酸残基的晶体三维结构坐标的主链碳骨架的原子结构坐标与表1中的坐标的平均根方差小于或等于1.7埃。
本发明的第四方面提供了一种与流感病毒聚合酶亚基PA的氨基端PA N中由Arg179、Asp189、Arg192、Gln193和Glu126构成的组中的至少二个，优选至少三个氨基酸结合的多肽、蛋白质、无机或有机化合物、抗体或免疫结合物，其中所述B型或C型流感病毒中与所述A型流感病毒相对应的区段的氨基酸分别如在图1中所示，其中所述多肽或蛋白质、抗体或免疫结合物与Arg179、Asp 189、Arg192、Gln193和Glu126构成的组中的氨基酸中至少二个，优选至少三个氨基酸残基的晶体三维结构坐标的主链碳骨架的原子结构坐标与表1中的坐标的平均根方差小于或等于1.7埃。
本发明的第五方面提供了一种与流感病毒聚合酶亚基PA的氨基端PA N中由T157、E153、E154、K158、D 160、E165、E166、R168、R170和Lys172构成的组中的至少二个，优选至少三个氨基酸结合的多肽、蛋白质、无机或有机化合物、抗体或免疫结合物，其中所述B型或C型流感病毒中与所述A型流感病毒相对应的区段的氨基酸分别如在图1中所示，其中所述多肽或蛋白质、抗体或免疫结合物与T157、E153、E154、K158、D160、E165、E166、R168、R170和Lys172构成的组中的氨基酸中至少二个，优选至少三个氨基酸残基的晶体三维结构坐标的主链碳骨架的原子结构坐标与表1中的坐标的平均根方差小于或等于1.7埃。
本发明的第六方面提供了一种包含上述与流感病毒聚合酶亚基PA的氨基端PA_N中的至少二个，优选至少三个氨基酸结合的多肽、蛋白质、无机或有机化合物、抗体或免疫结合物的组合物，可选地包括载体或赋形剂。
本发明的第七方面提供了上述组合物在制备治疗由流感病毒引起的疾病的药物中的应用。
本发明的第八方面提供了上述流感病毒聚合酶亚基PA的氨基端PA_N的晶体三维结构在设计和筛选用于治疗流感病毒感染引起的疾病的各种多肽、蛋白质、无机或有机化合物、抗体或免疫结合物中的应用，包括：
根据蛋白质三维结构坐标，通过计算机模拟来设计结合特定部位的多肽、蛋白质、无机或有机化合物、抗体或免疫结合物分子；
根据蛋白质三维结构坐标，通过计算机模拟来寻找可能结合特定部位的多肽、蛋白质、无机或有机化合物、抗体或免疫结合物分子；
将根据蛋白质三维结构坐标，设计或寻找的多肽、蛋白质或无机或有机化合物、抗体或免疫结合物分子结合到含有与所述的PA_N序列含有至少50％相同序列的任一亚型的流感病毒聚合酶蛋白中，进而分析结合情况；
根据蛋白质三维结构坐标，设计或寻找的多肽、蛋白质或无机或有机化合物、抗体或免疫结合物分子结合到含有与所述PA_N序列含有至少50％相同序列的任一亚型的流感病毒聚合酶蛋白中并结晶，从而通过晶体衍射分析三维结构的方法分析多肽及化合物分子与蛋白的结合情况；
其中与所述PA_N序列含有至少50％相同序列的任一亚型的流感病毒聚合酶蛋白结合的所述多肽、蛋白质或无机或有机化合物、抗体或免疫结合物分子即为候选化合物。
本发明的第九方面提供了任一亚型的流感病毒聚合酶的三个亚基PA、PB1、PB2或者PA、PB1和PB2复合体的结构，其中所包含的一个蛋白质或其某一区段，与所述PA_N蛋白质具有至少40％的相同序列。
本发明的第十方面提供了任一亚型的流感病毒聚合酶亚基PA、PB1、PB2或者PA、PB1和PB2复合体的三维立体结构，其中所包含的一个蛋白质或其某一区段的主链三维结构坐标，与所述的PA_N蛋白质具有与所述PA_N蛋白质序列至少40％的主链碳骨架的原子三维坐标的平均根方差小于等于1.7埃。
本发明的第十一方面提供了一种多肽或者小分子，其特征在于与所述流感病毒PA亚基上的任一氨基酸有相互作用。
本发明的第十二方面提供了上述流感病毒聚合酶亚基PA的氨基端PA_N的晶体三维结构在药物筛选及药物设计方面的应用。
本发明的第十三方面提供了基于流感病毒聚合酶亚基PA氨基端PA_N蛋白质三维结构筛选与蛋白质结合的多肽、蛋白质、无机或有机化合物、抗体或免疫结合物的方法，包括：通过蛋白结晶方法获得含有PA_N的晶体，或者获得含有PA_N蛋白质晶体的三维结构坐标；其中所述三维结构包括任何与该坐标中至少含有40％氨基酸残基的主链碳骨架原子三维坐标的平均根方差小于等于1.7埃的结构。
本发明的第十四方面提供了基于流感病毒聚合酶亚基PA氨基端PA_N蛋白质三维结构筛选与蛋白质结合的多肽、蛋白质、无机或有机化合物、抗体或免疫结合物的方法，包括：使用的三维分子组合具有上述的流感病毒聚合酶亚基PA的氨基端PA_N的晶体三维结构或与上述的多肽、蛋白质、无机或有机化合物、抗体或免疫结合物结合的所述氨基酸残基的组中的至少3个具有主链碳骨架原子三维坐标的平均根方差小于等于1.7埃的结构在筛选多肽、蛋白质、无机或有机化合物、抗体或免疫结合物上的应用。
附图说明
图1为基于来自三种不同类型的流感病毒的PA蛋白氨基N末端的序列对比。其中，A_1996为来自禽流感A型病毒病毒株为A/goose/Guangdong/1/96的PA蛋白氨基N末端的序列；A_1918为1918年欧洲爆发的大范围流感并造成重大人类死亡事件的A型流感病毒株A/Brevig Mission/1/1918A型流感病毒PA蛋白氨基N末端的序列；B_1966为来自1966Ann abor的流感B型病毒B/AnnArbor/1/1966的PA蛋白氨基N末端的序列；C_1950为来自1950的一种流感C型病毒C/JJ/1950的PA蛋白氨基N末端的序列；这一结果表明流感病毒聚合酶亚基PA蛋白含有高度保守的氨基酸残基。图中用....表示在相应的区段的氨基酸缺失，在说明书以及权利要求书中具体的氨基酸位置均是以A_1996为例说明的，其中A_1996与图4中的A_OURS是相同的来自禽流感A型病毒病毒株为A/goose/Guangdong/1/96的PA蛋白氨基N末端的序列，而图4中的A_OURS为来自禽流感A型病毒病毒株为A/goose/Guangdong/1/96的PA蛋白氨基C末端的序列。
图2为A_1996表示的禽流感A型病毒病毒株为A/goose/Guangdong/1/96的PA蛋白氨基N末端的序列PA_N的三维结构图。其中，(A)为PA_N的结构飘带图。该结构因二级结构特征不同而使用不同色彩，其中α螺旋使用粉色，β片层使用紫色，loop环使用绿色。每个二级结构单元都标记排序。镁离子以银白色的球代表，三个结合镁离子的水分子以黑点代表。(B)PA_N结构的拓扑图，色彩对应于(A)中的二级结构色彩，其中粉色圆柱状表示α螺旋，紫色箭头表示β片层，黑色线条表示loop环，表示羧基端，
Figure G2009100779378D0000092
表示羧基端，空心圆圈表示某位置的氨基酸残基，圆圈表示镁离子Mg2+。(C)在(A)图中的PA N蛋白分子表面电荷图。色彩区间为从红(-10kbT/ec)到蓝(+10kbT/ec)，其中中间的红色区域为一空穴，在空穴中银白色的球代表镁离子，三个结合镁离子的水分子以黑点代表。蓝色为正电荷表面，红色为负电荷表面，白色为不带电荷表面相关部分氨基酸。(D)由2Fo-Fc电子密度图(等高线在1.5σ处)覆盖的Mg2+结合部位的封网图。PA_N蛋白分子的方向和颜色与A对应，其对应于A中Mg2+离子周围的局部放大图。其中与Mg2+离子作用的氨基酸残基以棒状表示，并被标记。Mg2+离子以银白色的球表示，水分子以红球W表示。
图3：为A_1996表示的禽流感A型病毒病毒株为A/goose/Guangdong/1/96的PA蛋白氨基N末端的序列PA_N的三维结构的局部放大的结构飘带图。其中Mg2+离子以大的银白色的球表示，水分子以小的实心黑点表示，特定的氨基酸残基以棒状表示，并被标记为红色或蓝色。
图4：为基于来自三种不同类型的流感病毒的PA蛋白羧基C末端的序列以及PB_1N的蛋白序列。A.为基于来自三种不同类型的流感病毒的PA蛋白序列对比，其中A_OURS为来自禽流感A型病毒病毒株为A/goose/Guangdong/1/96的PA蛋白羧基C末端的序列，对应于图1中的A_1996；A_1918为1918年欧洲爆发的大范围流感并造成重大人类死亡事件的A型流感病毒株A/BrevigMission/1/1918A型流感病毒PA蛋白序列；B_1966为来自1966Annabor的流感B型病毒B/Ann Arbor/1/1966的PA蛋白序列；C 1950为来自1950的一种流感C型病毒C/JJ/1950的PA蛋白序列；这一结果表明流感病毒聚合酶亚基PA蛋白含有高度保守的氨基酸残基。B.为基于来自四种不同类型的流感病毒的PB1N的蛋白序列对比，其中A_OURS、A_1918、B_1966、C_1950如上所述，图中用....表示在相应的区段的氨基酸缺失，在说明书以及权利要求书中具体的氨基酸位置均是以A_OURS为例说明的。黄色框中标记有Roundloop的为结构中大环区，另一黄色框(未标注)为可能的核酸结合区。绿色箭头为PA羧基端参与与PB1短肽结合的氨基酸残基。在说明书中具体的氨基酸位置均是以A_1996即A_OURS为例说明的。
具体实施方式
本发明人通过X射线衍射晶体学方法解析了PA亚基剩余的氨基端部分的分辨率达2.2埃的三维晶体结构(PA_N)。
在本发明的一个具体实施方式中，提供了一种流感病毒聚合酶亚基PA氨基端PA_N的晶体三维结构，其中所述流感病毒聚合酶亚基PA的氨基端PA_N为所述流感病毒聚合酶亚基PA的从约1～约50位氨基酸至在约150至300位范围内的氨基酸，其中所述晶体三维结构中的原子具有表1中所列的至少40％的原子坐标，或者流感病毒聚合酶亚基PA的氨基端的晶体三维结构中至少40％氨基酸的主链碳骨架的原子结构坐标与表1中的坐标的平均根方差小于或等于1.7埃。
在一优选实施方式中，其中所述流感病毒选自A、B、C型流感病毒，其中所述流感病毒优先选自A型流感病毒株：A/goose/Guangdong/1/96、A/Brevig Mission/1/1918；B型流感病毒株：B/Ann Arbor/1/1966或C型流感病毒株：C/JJ/1950。
在另一优选实施方式中，其中所述的母体晶体具有P1空间群，晶胞参数为约：a＝51.1埃，b＝59.8埃，c＝67.2埃，α＝96.6°，β＝96.8°，γ＝109.5°，重金属硒代甲硫氨酸的晶体具有P6(4)22的空间群，晶胞
参数为约：α＝b＝73.8埃，c＝123.4埃，α＝β＝90°，γ＝120°。
在一优选实施方式中，其中所述A型流感病毒的聚合酶亚基PA的氨基端PA_N由所述流感病毒聚合酶PA的氨基端PA_N中的α螺旋1，即含2-9位的氨基酸区段，α螺旋2，即含11-22位的氨基酸区段，α螺旋3，即含32-48位的氨基酸区段，α螺旋4，即含84-92的氨基酸区段，α螺旋5，即含127-138位的氨基酸区段，α螺旋6，即含165-184位的氨基酸区段，α螺旋7，即含187-191位的氨基酸区段，以及五个主要的β折叠片，包括β片1，即含76-78位的氨基酸区段，β片2，即含109-111位的氨基酸区段，β片3，即含116-123位的氨基酸区段，β片4，即含144-149位的氨基酸区段，β片5，即含154-157位的氨基酸区段，共同构成所述PA的氨基端PA_N的主要部分，其中，由所述的平行的β片1-5组成一个扭曲的平面，其它所述的α螺旋围绕在这一平面周围，其中所述B型或C型流感病毒中与A型流感病毒相对应的区段的氨基酸分别如在图1中所示。
在另一优选实施方式中，其中所述A型流感病毒的聚合酶亚基PA的氨基端PA_N中结合有一个选自镁、锰、锌、铜、钴、铁构成的组中的金属离子，该金属离子主要由三个水分子以及氨基酸残基Glu80以及Asp108至少之一提供配位，其中参与这一结合的氨基酸还有选自His41、Glu119、Leu106以及Pro_107中的至少之一，其中所述B型或C型流感病毒中的与A型流感病毒相应的区段的氨基酸分别如在图1中所示，更优选地，其中所述金属离子为镁离子。
在一优选实施方式中，其中所述A型流感病毒的聚合酶亚基PA的氨基端PA_N含有一个与其它内切核酸酶相似的(P)DXN(D/E)XK序列区域，其中在所述A型流感病毒的聚合酶亚基PA的氨基端PA_N中各氨基酸可以代表如下：P107D108X(11)E119X(15)K134，其中所述B型或C型流感病毒中与A型流感病毒相对应的区段的氨基酸分别如在图1中所示。
在另一优选实施方式中，其中T157、E153、E154、K158、D160、E165、E166、R168、R170和Lys172位于β片层β4以及α7之间的序列中，其中所述B型或C型流感病毒中与所述A型流感病毒相对应的区段的氨基酸分别如在图1中所示。
在一优选实施方式中，其中至少二个，优选至少三个选自由流感病毒聚合酶亚基PA的氨基端PA_N中的Arg179、Asp189、Arg192、Gln193和Glu126等构成的组中的氨基酸位于一个临近的区域，参与与蛋白质或核苷酸的相互作用，其中所述B型或C型流感病毒中与所述A型流感病毒相对应的区段的氨基酸分别如在图1中所示。
在另一优选实施方式中，其中所述A型流感病毒聚合酶亚基PA位于PA氨基端PA_N的所述α螺旋1以及α螺旋2形成一个发夹状结构，其中一些氨基酸残基共同组成一个邻近的带电荷的表面，包括氨基酸残基Glu2、Asp3、Arg6、Gln10、Glu15、Glu18、Lys 19、Lys22、Asp27和Lys29，其中所述B型或C型流感病毒中与所述A型流感病毒相对应的区段的氨基酸分别如在图1中所示。
在本发明的第二实施方式中，提供了一种与流感病毒聚合酶亚基PA的氨基端PA_N中的至少二个，优选至少三个选自Glu80、Asp108、His41、Glu119、Leu106以及Pro107等构成的氨基酸组中的成员结合的多肽、蛋白质、无机或有机化合物、抗体或免疫结合物，其中所述流感病毒选自A、B、C型流感病毒，其中所述流感病毒优先选自A型流感病毒株：A/goose/Guangdong/1/96、A/BrevigMission/1/1918；B型流感病毒株：B/Ann Arbor/1/1966或C型流感病毒株：C/JJ/1950，其中所述B型或C型流感病毒中与所述A型流感病毒相对应的区段的氨基酸分别如在图1中所示，其中所述多肽或蛋白质、抗体或免疫结合物与Glu80、Asp108、His41、Glu119、Leu106以及Pro107中至少二个，优选至少三个氨基酸残基的晶体三维结构坐标的主链碳骨架的原子结构坐标与表1中的坐标的平均根方差小于或等于1.7埃。
在本发明的第三实施方式中，提供了一种与流感病毒聚合酶亚基PA的氨基端PA_N中由Glu2、Asp3、Arg6、Gln10、Glu 15、Glu18、Lys19、Lys22、Asp27和Lys29构成的组中的至少二个，优选至少三个氨基酸结合的多肽、蛋白质、无机或有机化合物、抗体或免疫结合物，其中所述B型或C型流感病毒中与所述A型流感病毒相对应的区段的氨基酸分别如在图1中所示，其中所述多肽或蛋白质、抗体或免疫结合物与Glu2、Asp3、Arg6、Gln10、Glu15、Glu18、Lys19、Lys22、Asp27和Lys29构成的组中的氨基酸中至少二个，优选至少三个氨基酸残基的晶体三维结构坐标的主链碳骨架的原子结构坐标与表1中的坐标的平均根方差小于或等于1.7埃。
在本发明的第四实施方式中，提供了一种与流感病毒聚合酶亚基PA的氨基端PA N中由Arg179、Asp189、Arg192、Gln193和Glu126构成的组中的至少二个，优选至少三个氨基酸结合的多肽、蛋白质、无机或有机化合物、抗体或免疫结合物，其中所述B型或C型流感病毒中与所述A型流感病毒相对应的区段的氨基酸分别如在图1中所示，其中所述多肽或蛋白质、抗体或免疫结合物与Arg179、Asp189、Arg192、Gln193和Glu126构成的组中的氨基酸中至少二个，优选至少三个氨基酸残基的晶体三维结构坐标的主链碳骨架的原子结构坐标与表1中的坐标的平均根方差小于或等于1.7埃。
在本发明的第五实施方式中，提供了一种与流感病毒聚合酶亚基PA的氨基端PA_N中由T157、E153、E154、K158、D160、E165、E166、R168、R170和Lys172构成的组中的至少二个，优选至少三个氨基酸结合的多肽、蛋白质、无机或有机化合物、抗体或免疫结合物，其中所述B型或C型流感病毒中与所述A型流感病毒相对应的区段的氨基酸分别如在图1中所示，其中所述多肽或蛋白质、抗体或免疫结合物与T157、E153、E154、K158、D160、E165、E166、R168、R170和Lys172构成的组中的氨基酸中至少二个，优选至少三个氨基酸残基的晶体三维结构坐标的主链碳骨架的原子结构坐标与表1中的坐标的平均根方差小于或等于1.7埃。
在本发明的第六实施方式中，提供了一种包含上述与流感病毒聚合酶亚基PA的氨基端PA_N中的至少二个，优选至少三个氨基酸结合的多肽、蛋白质、无机或有机化合物、抗体或免疫结合物的组合物，可选地包括载体或赋形剂。
在本发明的第七实施方式中，提供了上述组合物在制备治疗由流感病毒引起的疾病的药物中的应用。
在本发明的第八实施方式中，提供了上述流感病毒聚合酶亚基PA的氨基端PA_N的晶体三维结构在设计和筛选用于治疗流感病毒感染引起的疾病的各种多肽、蛋白质、无机或有机化合物、抗体或免疫结合物中的应用，包括：
根据蛋白质三维结构坐标，通过计算机模拟来设计结合特定部位的多肽、蛋白质、无机或有机化合物、抗体或免疫结合物分子；
根据蛋白质三维结构坐标，通过计算机模拟来寻找可能结合特定部位的多肽、蛋白质、无机或有机化合物、抗体或免疫结合物分子；
将根据蛋白质三维结构坐标，设计或寻找的多肽、蛋白质或无机或有机化合物、抗体或免疫结合物分子结合到含有与所述的PA_N序列含有至少50％相同序列的任一亚型的流感病毒聚合酶蛋白中，进而分析结合情况；
根据蛋白质三维结构坐标，设计或寻找的多肽、蛋白质或无机或有机化合物、抗体或免疫结合物分子结合到含有与所述PA_N序列含有至少50％相同序列的任一亚型的流感病毒聚合酶蛋白中并结晶，从而通过晶体衍射分析三维结构的方法分析多肽及化合物分子与蛋白的结合情况；
其中与所述PA_N序列含有至少50％相同序列的任一亚型的流感病毒聚合酶蛋白结合的所述多肽、蛋白质或无机或有机化合物、抗体或免疫结合物分子即为候选化合物。
在本发明的第九实施方式中，提供了任一亚型的流感病毒聚合酶的三个亚基PA、PB1、PB2或者PA、PB1和PB2复合体的结构，其中所包含的一个蛋白质或其某一区段，与所述PA_N蛋白质具有至少40％的相同序列。
在本发明的第十实施方式中，提供了任一亚型的流感病毒聚合酶亚基PA、PB1、PB2或者PA、PB1和PB2复合体的三维立体结构，其中所包含的一个蛋白质或其某一区段的主链三维结构坐标，与所述的PA_N蛋白质具有与所述PA_N蛋白质序列至少40％的主链碳骨架的原子三维坐标的平均根方差小于等于1.7埃。
在本发明的第十一实施方式中，提供了一种多肽或者小分子，其特征在于与所述流感病毒PA亚基上的任一氨基酸有相互作用。
在本发明的第十二实施方式中，提供了上述流感病毒聚合酶亚基PA的氨基端PA_N的晶体三维结构在药物筛选及药物设计方面的应用。
在本发明的第十三实施方式中，提供了基于流感病毒聚合酶亚基PA氨基端PA_N蛋白质三维结构筛选与蛋白质结合的多肽、蛋白质、无机或有机化合物、抗体或免疫结合物的方法，包括：通过蛋白结晶方法获得含有PA_N的晶体，或者获得含有PA_N蛋白质晶体的三维结构坐标；其中所述三维结构包括任何与该坐标中至少含有40％氨基酸残基的主链碳骨架原子三维坐标的平均根方差小于等于1.7埃的结构。
在本发明的第十四实施方式中，提供了基于流感病毒聚合酶亚基PA氨基端PA_N蛋白质三维结构筛选与蛋白质结合的多肽、蛋白质、无机或有机化合物、抗体或免疫结合物的方法，包括：使用的三维分子组合具有上述的流感病毒聚合酶亚基PA的氨基端PA_N的晶体三维结构或与上述的多肽、蛋白质、无机或有机化合物、抗体或免疫结合物结合的所述氨基酸残基的组中的至少3个具有主链碳骨架原子三维坐标的平均根方差小于等于1.7埃的结构在筛选多肽、蛋白质、无机或有机化合物、抗体或免疫结合物上的应用。
流感病毒PA N段蛋白的表达和纯化方法：
来源于禽流感的病毒基因A/goose/Guangdong/1/96，其编码的蛋白质序列分别为：
(1)PA蛋白质序列：
MEDFVRQCFNPMIVELAEKAMKEYGEDPKIETNKFAAICTHLEVCFMYSDFHFIDERGESTIIESGDPNALLKHRFEIIEGRDRTMAWTVVNSICNTTGVEKPKFLPDLYDYKENRFIEIGVTRREVHTYYLEKANKIKSEKTHIHIFSFTGEEMATKADYTLDEESRARIKTRLFTIRQEMASRGLWDSFRQSERGEETIEERFEITGTMCRLADQSLPPNFSSLEKFRAYVDGFEPNGCIEGKLSQMSKEVNARIEPFLKTTPRPLRLPDGPPCSQRSKFLLMDALKLSIEDPSHEGEGIPLYDAIKCMKTFFGWKEPNIVKPHEKGINPNYLLAWKQVLAELQDIENEEKIPKTKNMRKTSQLKWALGENMAPEKVDFEDCKDVSDLRQYDSDEPKPRSLASWIQSEFNKACELTDSSWIELDEIGEDVAPIEHIASMRRNYFTAEVSHCRATEYIMKGVYINTALLNASCAAMDDFQLIPMISKCRTKEGRRKTNLYGFIIKGRSHLRNDTDVVNFVSMEFSLTDPRLEPHKWEKYCVLEIGDMLLRTAIGQVSRPMFLYVRTNGTSKIKMKWGMEMRRCLLQSLQQIESMIEAESSVKEKDMTKEFFENKSETWPIGESPKGMEEGSIGKVCRTLLAKSVFNSLYASPQLEGFSAESRKLLLIVQALRDNLEPGTFDLGGLYEAIEECLINDPWVLLNASWFNSFLTHALK；即：
Met Glu Asp Phe Val Arg Gln Cys Phe Asn Pro Met Ile Val Glu Leu Ala Glu Lys AlaMet Lys Glu Tyr Gly Glu Asp Pro Lys Ile Glu Thr Asn Lys Phe Ala Ala Ile Cys Thr His Leu GluVal Cys Phe Met Tyr Ser Asp Phe His Phe Ile Asp Glu Arg Gly Glu Ser Thr Ile Ile Glu Ser GlyAsp Pro Asn Ala Leu Leu Lys His Arg Phe Glu Ile Ile Glu Gly Arg Asp Arg Thr Met Ala TrpThr Val Val Asn Ser Ile Cys Asn Thr Thr Gly Val Glu Lys Pro Lys Phe Leu Pro Asp Leu Tyr AspTyr Lys Glu Asn Arg Phe Ile Glu Ile Gly Val Thr Arg Arg Glu Val His Thr Tyr Tyr Leu Glu LysAla Asn Lys Ile Lys Ser Glu Lys Thr His Ile His Ile Phe Ser Phe Thr Gly Glu Glu Met Ala ThrLys Ala Asp Tyr Thr Leu Asp Glu Glu Ser Arg Ala Arg Ile Lys Thr Arg Leu Phe Thr Ile Arg GlnGlu Met Ala Ser Arg Gly Leu Trp Asp Ser Phe Arg Gln Ser Glu Arg Gly Glu Glu Thr Ile GluGlu Arg Phe Glu Ile Thr Gly Thr Met Cys Arg Leu Ala Asp Gln Ser Leu Pro Pro Asn Phe SerSer Leu Glu Lys Phe Arg Ala Tyr Val Asp Gly Phe Glu Pro Asn Gly Cys Ile Glu Gly Lys LeuSer Gln Met Ser Lys Glu Val Asn Ala Arg Ile Glu Pro Phe Leu Lys Thr Thr Pro Arg Pro LeuArg Leu Pro Asp Gly Pro Pro Cys Ser Gln Arg Ser Lys Phe Leu Leu Met Asp Ala Leu Lys LeuSer Ile Glu Asp Pro Ser His Glu Gly Glu Gly Ile Pro Leu Tyr Asp Ala Ile Lys Cys Met Lys ThrPhe Phe Gly Trp Lys Glu Pro Asn Ile Val Lys Pro His Glu Lys Gly Ile Asn Pro Asn Tyr Leu LeuAla Trp Lys Gln Val Leu Ala Glu Leu Gln Asp Ile Glu Asn Glu Glu Lys Ile Pro Lys Thr Lys AsnMet Arg Lys Thr Ser Gln Leu Lys Trp Ala Leu Gly Glu Asn Met Ala Pro Glu Lys Val Asp PheGlu Asp Cys Lys Asp Val Ser Asp Leu Arg Gln Tyr Asp Ser Asp Glu Pro Lys Pro Arg Ser LeuAla Ser Trp Ile Gln Ser Glu Phe Asn Lys Ala Cys Glu Leu Thr Asp Ser Ser Trp Ile Glu Leu AspGlu Ile Gly Glu Asp Val Ala Pro Ile Glu His Ile Ala Ser Met Arg Arg Asn Tyr Phe Thr Ala GluVal Ser His Cys Arg Ala Thr Glu Tyr Ile Met Lys Gly Val Tyr Ile Asn Thr Ala Leu Leu Asn AlaSer Cys Ala Ala Met Asp Asp Phe Gln Leu Ile Pro Met Ile Ser Lys Cys Arg Thr Lys Glu GlyArg Arg Lys Thr Asn Leu Tyr Gly Phe Ile Ile Lys Gly Arg Ser His Leu Arg Asn Asp Thr AspVal Val Asn Phe Val Ser Met Glu Phe Ser Leu Thr Asp Pro Arg Leu Glu Pro His Lys Trp GluLys Tyr Cys Val Leu Glu Ile Gly Asp Met Leu Leu Arg Thr Ala Ile Gly Gln Val Ser Arg Pro MetPhe Leu Tyr Val Arg Thr Asn Gly Thr Ser Lys Ile Lys Met Lys Trp Gly Met Glu Met Arg ArgCys Leu Leu Gln Ser Leu Gln Gln Ile Glu Ser Met Ile Glu Ala Glu Ser Ser Val Lys Glu Lys AspMet Thr Lys Glu Phe Phe Glu Asn Lys Ser Glu Thr Trp Pro Ile Gly Glu Ser Pro Lys Gly MetGlu Glu Gly Ser Ile Gly Lys Val Cys Arg Thr Leu Leu Ala Lys Ser Val Phe Asn Ser Leu Tyr AlaSer Pro Gln Leu Glu Gly Phe Ser Ala Glu Ser Arg Lys Leu Leu Leu Ile Val Gln Ala Leu ArgAsp Asn Leu Glu Pro Gly Thr Phe Asp Leu Gly Gly Leu Tyr Glu Ala Ile Glu Glu Cys Leu IleAsn Asp Pro Trp Val Leu Leu Asn Ala Ser Trp Phe Asn Ser Phe Leu Thr His Ala Leu Lys(SEQIDNO：1)。
(2)PB1蛋白质序列：
MDVNPTLLFLKVPAQNAISTTFPYTGDPPYSHGTGTGYTMDTVNRTHQYSEKGKWTTNTETGAPQLNPIDGPLPEDNEPSGYAQTDCVLEAMAFLEKSHPGIFENSCLETMEIVQQTRVDKLTQGRQTYDWTLNRNQPAATALANTIEVFRSNGLTANESGRLIDFLKDVMESMDKGEMEIITHFQRKRRVRDNMTKKMVTQRTIGKKKQRLNKRSYLIRALTLNTMTKDAERGKLKRRAIATPGMQIRGFVYFVETLARSICEKLEQSGLPVGGNEKKAKLANVVRKMMTNSQDTELSFTITGDNTKWNENQNPRMFLAMITYITRNQPEWFRNVLSIAPIMFSNKMARLGKGYMFESKSMKLRTQIPAEMLASIDLKYFNESTRKKIEKIRPLLIDGTASLSPGMMMGMFNMLSTVLGVSILNLGQKRYTKTTYWWDGLQSSDDFALIVNAPNHEGIQAGVDRFYRTCKLVGINMSKKKSYINRTGTFEFTSFFYRYGFVANFSMELPSFGVSGINESADMSIGVTVIKNNMINNDLGPATAQMALQLFIKDYRYTYRCHRGDTQIQTRRSFELKKLWEQTRSKAGLLVSDGGPNLYNIRNLHIPEVCLKWELMDEDYQGRLCNPLNPFVSHKEIESVNNAVVMPAHGPAKSMEYDAVATTHSWIPKRNRSILNTSQRGILEDEQMYQKCCNLFEKFFPSSSYRRPVGISSMVEAMVSRARIDARIDFESGRIKKEEFAEIMKICSTIEELRRQK；即：
Met Asp Val Asn Pro Thr Leu Leu Phe Leu Lys Val Pro Ala Gln Asn Ala Ile Ser Thr ThrPhe Pro Tyr Thr Gly Asp Pro Pro Tyr Ser His Gly Thr Gly Thr Gly Tyr Thr Met Asp Thr ValAsn Arg Thr His Gln Tyr Ser Glu Lys Gly Lys Trp Thr Thr Asn Thr Glu Thr Gly Ala Pro GlnLeu Asn Pro Ile Asp Gly Pro Leu Pro Glu Asp Asn Glu Pro Ser Gly Tyr Ala Gln Thr Asp CysVal Leu Glu Ala Met Ala Phe Leu Glu Lys Ser His Pro Gly Ile Phe Glu Asn Ser Cys Leu GluThr Met Glu Ile Val Gln Gln Thr Arg Val Asp Lys Leu Thr Gln Gly Arg Gln Thr Tyr Asp TrpThr Leu Asn Arg Asn Gln Pro Ala Ala Thr Ala Leu Ala Asn Thr Ile Glu Val Phe Arg Ser AsnGly Leu Thr Ala Asn Glu Ser Gly Arg Leu Ile Asp Phe Leu Lys Asp Val Met Glu Ser Met AspLys Gly Glu Met Glu Ile Ile Thr His Phe Gln Arg Lys Arg Arg Val Arg Asp Asn Met Thr LysLys Met Val Thr Gln Arg Thr Ile Gly Lys Lys Lys Gln Arg Leu Asn Lys Arg Ser Tyr Leu Ile ArgAla Leu Thr Leu Asn Thr Met Thr Lys Asp Ala Glu Arg Gly Lys Leu Lys Arg Arg Ala Ile AlaThr Pro Gly Met Gln Ile Arg Gly Phe Val Tyr Phe Val Glu Thr Leu Ala Arg Ser Ile Cys Glu LysLeu Glu Gln Ser Gly Leu Pro Val Gly Gly Asn Glu Lys Lys Ala Lys Leu Ala Asn Val Val ArgLys Met Met Thr Asn Ser Gln Asp Thr Glu Leu Ser Phe Thr Ile Thr Gly Asp Asn Thr Lys TrpAsn Glu Asn Gln Asn Pro Arg Met Phe Leu Ala Met Ile Thr Tyr Ile Thr Arg Asn Gln Pro GluTrp Phe Arg Asn Val Leu Ser Ile Ala Pro Ile Met Phe Ser Asn Lys Met Ala Arg Leu Gly Lys GlyTyr Met Phe Glu Ser Lys Ser Met Lys Leu Arg Thr Gln Ile Pro Ala Glu Met Leu Ala Ser Ile AspLeu Lys Tyr Phe Asn Glu Ser Thr Arg Lys Lys Ile Glu Lys Ile Arg Pro Leu Leu Ile Asp Gly ThrAla Ser Leu Ser Pro Gly Met Met Met Gly Met Phe Asn Met Leu Ser Thr Val Leu Gly Val SerIle Leu Asn Leu Gly Gln Lys Arg Tyr Thr Lys Thr Thr Tyr Trp Trp Asp Gly Leu Gln Ser SerAsp Asp Phe Ala Leu Ile Val Asn Ala Pro Asn His Glu Gly Ile Gln Ala Gly Val Asp Arg Phe TyrArg Thr Cys Lys Leu Val Gly Ile Asn Met Ser Lys Lys Lys Ser Tyr Ile Asn Arg Thr Gly Thr PheGlu Phe Thr Ser Phe Phe Tyr Arg Tyr Gly Phe Val Ala Asn Phe Ser Met Glu Leu Pro Ser PheGly Val Ser Gly Ile Asn Glu Ser Ala Asp Met Ser Ile Gly Val Thr Val Ile Lys Asn Asn Met IleAsn Asn Asp Leu Gly Pro Ala Thr Ala Gln Met Ala Leu Gln Leu Phe Ile Lys Asp Tyr Arg TyrThr Tyr Arg Cys His Arg Gly Asp Thr Gln Ile Gln Thr Arg Arg Ser Phe Glu Leu Lys Lys LeuTrp Glu Gln Thr Arg Ser Lys Ala Gly Leu Leu Val Ser Asp Gly Gly Pro Asn Leu Tyr Asn IleArg Asn Leu His Ile Pro Glu Val Cys Leu Lys Trp Glu Leu Met Asp Glu Asp Tyr Gln Gly ArgLeu Cys Asn Pro Leu Asn Pro Phe Val Ser His Lys Glu Ile Glu Ser Val Asn Asn Ala Val Val MetPro Ala His Gly Pro Ala Lys Ser Met Glu Tyr Asp Ala Val Ala Thr Thr His Ser Trp Ile Pro LysArg Asn Arg Ser Ile Leu Asn Thr Ser Gln Arg Gly Ile Leu Glu Asp Glu Gln Met Tyr Gln LysCys Cys Asn Leu Phe Glu Lys Phe Phe Pro Ser Ser Ser Tyr Arg Arg Pro Val Gly Ile Ser Ser MetVal Glu Ala Met Val Ser Arg Ala Arg Ile Asp Ala Arg Ile Asp Phe Glu Ser Gly Arg Ile Lys LysGlu Glu Phe Ala Glu Ile Met Lys Ile Cys Ser Thr Ile Glu Glu Leu Arg Arg Gln Lys(SEQ IDNO：2)。
通过分子克隆技术将流感病毒聚合酶亚基PA基因分成蛋白质的氨基端和羧基端两部分进行克隆，氨基端包括前256位氨基酸，羧基端包括第257至第716氨基酸，两部分基因分别克隆到pGEX-6p载体上(来自Amersham Pharmacia Inc.)，以便表达氨基末端融合GST的融和蛋白(GST-PA-N以及GST-PAC)，将克隆的质粒分别转化入大肠杆菌BL21中，在BL21中使用终浓度为0.1-1mM的IPTG(异丙基-β-D-硫代半乳糖苷)诱导大肠杆菌分别表达两种蛋白，获得该两种蛋白的各自表达菌，具体参见实施例1。
将PB 1N端48个氨基酸以内的基因(包括前25肽)同样克隆到pGEX-6p载体上，表达融合的GST-PB1N端肽的融合蛋白。
同样，分别表达了GST融合的PB1N端25个氨基酸的短肽或48个氨基酸以内的短肽，同样将该质粒转化入大肠杆菌BL21中，在BL21中使用终浓度为0.1-1mM的IPTG诱导大肠杆菌表达蛋白，获得该蛋白的表达菌。
将表达GST-PA-N的细菌使用缓冲液悬浮后裂解，离心获得上清后使用亲和层析柱，从中纯化出GST-PA-N融合蛋白。
将表达GST-PAC的表达菌与表达GST-PB1短肽的表达菌分别使用含有约20mMTris-HCl(pH8.0)及250mM NaCl的缓冲液悬浮，然后按比例混合两种表达菌，使GST-PAC和GST-PB1的蛋白总含量的摩尔比为0.1∶1～1∶0.1，优选使GST-PAC和GST-PB1的蛋白总含量的摩尔比为0.5∶1～1∶0.5，优选使GST-PAC和GST-PB1的蛋白总含量接近摩尔比为1∶1。
然后使用Glutathione-Sepharose亲和柱(来自AmershamPharmacia Inc.)纯化这一混合的GST融合蛋白。使用PreScission蛋白酶(来自Amersham Pharmacia Inc.)酶解后，用凝胶过滤Superdex-200以及离子交换层析(Q sepharose)等方法分离纯化出PAC/PB1短肽复合体(层析柱均来源于Amersham Pharmacia Inc.)，通过SDS-PAGE凝胶电泳确定蛋白质纯度后，用于进一步的结晶实验。
同样地，使用Glutathione-Sepharose亲和柱(来自AmershamPharmacia Inc.)纯化这GST-PA-N的GST融合蛋白。使用PreScission蛋白酶(来自Amersham Pharmacia Inc.)酶解后，用凝胶过滤Superdex-200以及离子交换层析(Q sepharose)等方法分离纯化出GST-PA-N肽(层析柱均来源于Amersham Pharmacia Inc.)，通过SDS-PAGE凝胶电泳确定蛋白质纯度后，用于进一步的结晶实验。
进一步通过X射线衍射晶体学方法解析PA亚基剩余的氨基端部分的三维晶体结构(PA_N)，显示：PA_N是α/β结构域，其形状类似于一个张开的贝壳，含有5个β片层β1-5和7个α螺旋(α1-7)。其中5个平行的β片层1-5(即β-strands β1-5)组成一个扭曲的平面，被周围7个α螺旋(α1-7)包围(参见图2A)。该贝壳形状主要由α2、α4、α5、α7等组成张开的口部，其它部分构成贝壳底尖处以及贝面。α2-α5以及β3围绕形成一个负电荷小穴，其中结合一个金属离子，该金属原子选自镁、锰、锌、铜、钴、铁该金属离子主要由三个水分子以及氨基酸残基Glu80以及Asp108至少之一提供配位，其中参与这一结合的氨基酸还有选自His41、Glu119、Leu106以及Pro107中的至少之一。
优选地，这一金属离子是镁离子。这一镁离子主要与周围5个配体形成5个配位键，包括酸性氨基酸E80以及D108、和3个水分子。这三个水分子与氨基酸H41、E119残基、以及残基L106和P107的羰基氧所结合。参与结合镁离子的这六个氨基酸残基在A、B以及C型流感病毒的PA亚基中都非常保守，只有脯氨酸107在B型以及C型流感病毒中被丙氨酸残基或者丝氨酸取代(参见图1)。通过Dali(http://www.ebi.ac.uk/dali)进行相似结构的搜寻比对，我们发现PA_N结构与嗜热菌Thermus thermophilusHb8中的一个推测的核酸酶蛋白Tt1808(PDB ID：1WDJ，Z-score 4.8，r.m.s.d.3.4比对其中的87个氨基酸)，以及一个已知的限制性内切酶SdaI(PDBID：2IXS，Z-score 3.9，r.m.s.d.4.0比对95氨基酸)，Hollidayjunction resolvase Hjc(PDB ID：1GEF，Z-score 3.8，r.m.s.d.3.0
Figure G2009100779378D0000223
比对76氨基酸)具有结构相似性。这些蛋白都具有一个保守的(P)DXN(D/E)XK活性区。因而我们猜测PA N可能具有核酸酶的活性。核酸内切酶活性是流感病毒聚合酶复合体所必须的，当流感病毒RNA聚合酶夺取了宿主mRNA后，需要首先将宿主mRNA切断，产生带有帽子结构的短5’核苷酸序列用于自身mRNA转录的引物。其中，为了证明PA_N是核酸内切酶，我们做了一系列的生物化学以及细胞生物学分析，包括：1)引物延伸实验：将人肾癌293细胞转入表达PA，PB1，PB2的质粒，并同时转入带有流感病毒启动子的另一质粒，这样在细胞中表达的聚合酶可以识别并合成病毒的一段RNA。通过体外引物延伸实验检测细胞内病毒RNA片段的种类来看聚合酶活性。2)体外内切核酸酶活性检测等实验。比如我们证明了重组纯化的流感病毒聚合酶复合体(包含PA，PB1和PB2三个亚基)，当在PA_N预测的内切核酸酶活性位点，诸如H41，E80，L106，P107，D108和E119等位点突变后，不同程度的丧失了切割mRNA的活性，进而丧失使用宿主mRNA合成RNA的能力。E80A，D108A，E119A和K134A点突变造成聚合酶复合体的mRNA合成活性基本丧失，但保留有cRNA以及vRNA合成能力。H41A突变造成三种RNA的合成都被阻断。但是，以往报导的PB1亚基上参与E508，E519以及D522的点突变则对聚合酶的RNA合成能力没有影响。这些结果充分说明了PA_N端含有负责流感病毒聚合酶核酸内切酶活性的结构域。但是，该内切核酸酶活性作用的底物结合位点有可能更多的依赖于PB1和PB2亚基。但是，PA_N端多肽上位于β3-α5之间的环肽上的两个精氨酸(R124和R125)，以及在α螺旋7上的两个精氨酸(R192和R196)可能参与与底物RNA的结合。
根据以往的报导，流感病毒聚合酶PA亚基具有蛋白酶活性，其中苏氨酸T157和丝氨酸S624都曾被认为是该蛋白酶活性中心。但本发明人没有发现PA_N单独具有蛋白酶活性，可能这一活性需要聚合酶其它部分的参与。但是本发明人发现，围绕在T157残基周围的一些氨基酸残基，包括E154、K158、D160、E165、E166、R168和R170非常保守，因此这些氨基酸很可能参与流感病毒聚合酶的重要功能。
应当注意到，其中B型或C型流感病毒中与A型流感病毒的α螺旋及β片相对应的区段分别如在图1以及图4的A和B中所示，在此不再一一赘述。可采用的蛋白质或多肽序列比对的方法例如：CLUSTALW(http://www.ebi.ac.uk/Tools/clustalw2/index.html)。
在一具体实施方式中，本发明提供一种表达和纯化流感病毒聚合酶亚基PA氨基端PA_N的方法，包括：(a)构建融合了或不融合标签蛋白基因的编码流感病毒聚合酶亚基PA氨基端多肽PA_N第约1～约50位氨基酸至约150～约300位氨基酸的基因序列的载体，用该载体转化原核或真核细胞，从而表达带有标签蛋白的PAC；(b)通过特异性地与所述特异标签识别的方法分离出所述氨基端多肽，酶解去掉带有标签的多肽中的标签蛋白，分离出氨基端多肽PA_N，确定蛋白质的浓度；
其中所述病毒聚合酶亚基PA氨基端多肽PA_N的晶体三维结构中的原子具有表1中所列的至少40％的原子坐标，或者流感病毒聚合酶亚基PA的氨基端多肽PA_N的晶体三维结构中至少40％氨基酸的主链碳骨架的原子结构坐标与表1中的坐标的平均根方差小于或等于1.7埃。
在一具体实施方式中，本发明提供一种表达和纯化流感病毒聚合酶亚基PA的氨基端多肽PA_N的方法，其中所述标签蛋白选自GST、Flag-tag、Myc-tag、MBP-tag、特异性抗体；所述载体含有选择性标记基因，优选的标签蛋白为GST，所述与特异标签识别的方法是通过亲和柱进行，所述去掉标签的方法通过用蛋白酶酶解，所述分离PA氨基端多肽PA_N的方法是通过凝胶过滤或离子交换层析进行，所述确定蛋白质的浓度通过凝胶电泳的方法进行。
在一具体实施方式中，本发明提供一种表达和纯化流感病毒聚合酶亚基PA氨基端多肽PA_N的方法，其中所述载体为pGEX-6p质粒载体，其中所述的选择性标记基因为青霉素抗性基因，其中步骤(b)所使用的蛋白酶为ProScission蛋白酶；载体所使用的引物酶切位点为选自SalI、NotI构成的组中的酶切位点；插入基因片段时所用的酶切位点为选自SalI、NotI构成的组中的酶切位点；所述流感病毒聚合酶亚基PA氨基端多肽PA_N的基因片段是通过利用聚合酶链式反应PCR方法从A型流感病毒株A/goose/Guangdong/1/96基因组中扩增获得；将所述载体及所述插入基因片段分别使用相应的DNA内切酶，如选自由BamHI、XhoI组成的组中的内切酶处理后，通过T4DNA连接酶将所述插入基因与所述载体连接，从而转化例如大肠杆菌这样的原核细胞获得克隆质粒；将克隆好的如上所述的克隆质粒转化入大肠杆菌BL21中，培养所得到的转化细菌，通过使用IPTG诱导，IPTG优选的浓度为0.1mM至1mM，将培养得到的所述细菌通过离心方法得到表达所述融合蛋白的菌群。
在一具体实施方式中，本发明提供一种共结晶流感病毒聚合酶亚基PA氨基端多肽PA_N的方法，包括：将所述纯化的氨基端多肽PA_N的蛋白质浓度浓缩至5-30mg/ml；用气相悬滴法或坐滴法筛选晶体生长条件；获得流感病毒聚合酶亚基PA氨基端多肽PA_N的晶体。
在一具体实施方式中，本发明提供一种表达PA氨基端多肽PA_N的野生型或者突变型蛋白的方法，氨基端多肽PA_N为从1～约50位氨基酸至约200～约300位氨基酸，包括：构建融合了标签蛋白基因的编码流感病毒聚合酶亚基PA氨基端多肽PA_N从1～约50位氨基酸至约200～约300位氨基酸的基因序列的表达载体，用该载体转化细胞，从而表达带有标签蛋白的氨基端多肽PA_N，其中所述PA氨基端多肽PA_N中的氨基酸序列具有与图1中所列的至少40％的氨基酸比对相同。
在一具体实施方式中，本发明提供一种表达PA氨基端多肽PA_N的野生型或者突变型蛋白的方法，其中将所述聚合酶亚基PA氨基端多肽PA_N的基因序列通过PCR方法以及分子克隆技术分别克隆到例如pGEX-6p、pGEX-4T等pGEX系列载体(AmershamPharmacia)、pET系列载体(Novagen)、pMAL-c2(Invitrogen)系列载体等质粒载体上，以表达氨基端多肽PA_N氨基末端融合GST的融和蛋白GST-PA_N；所述质粒载体含有青霉素抗性基因，所述PA氨基端PA_N多肽基因克隆时载体所用的酶切位点为选自由pGEX-6p多克隆位点的BamHI、XhoI构成的组中的酶切位点；使用的氨基端PA_N基因克隆片段酶切位点分别为BamHI及XhoI；氨基端多肽PA_N的基因片段是通过使用PCR方法从病毒株A/goose/Guangdong/1/96基因组中扩增获得；将载体及插入片段分别使用相应的DNA内切酶如选自由BamHI、XhoI构成的组中的内切酶处理后，通过T4DNA连接酶将插入基因与载体连接，转化大肠杆菌获得克隆质粒；将克隆好的如上所述的质粒转化入大肠杆菌BL21中，培养所述转化细菌，通过使用0.1mM至1mM的IPTG诱导，将培养细菌通过离心得到表达所述融合蛋白的菌群。
在一具体实施方式中，本发明提供一种筛选与选自由镁、锰、锌、铜、钴、铁构成的组中的金属离子，优选镁离子竞争结合氨基端多肽PA_N的候选化合物的方法，所述方法包括：(a)将氨基端多肽PA_N结合在固定载体的表面上；(b)将待测的候选化合物溶液与(a)中所述经固定的氨基端多肽PA_N接触；(c)用洗脱液充分洗脱，除去未结合的候选化合物；(d)用洗脱液充分洗脱，得到待测试溶液；(e)测试所述待测试溶液中游离的金属离子浓度；(f)根据所述溶液中游离的金属离子的浓度来推算待测候选化合物与氨基端多肽PA_N的结合能力。
在一优选具体实施方式中，其中所述步骤(a)将氨基端多肽PA_N结合在固定的表面上是通过共价交联或通过将PA_N与亲和介质结合而实现的，所述亲和介质在固定的表面上具有亲和介质的结合基团。
在一优选具体实施方式中，其中所述亲和介质可以是GST、Flag-tag、Myc-tag、MBP-tag、His-tag、特异性抗体等其它多肽，而固定表面上则是相应的亲和介质的结合基团。
在一具体实施方式中，本发明提供一种筛选与选自由镁、锰、锌、铜、钴、铁构成的组中的金属离子，优选镁离子竞争结合氨基端多肽PA_N的候选化合物的方法，其中候选化合物选自同位素或其他化学分子标记蛋白，优选地，其他化学分子标记选自绿色荧光蛋白、各种其它融合多肽，例如结合过氧化物酶、磷酸水解酶、蛋白激酶、各种基团转移酶等。
在一具体实施方式中，本发明提供一种筛选与选自由镁、锰、锌、铜、钴、铁构成的组中的金属离子，优选镁离子竞争结合氨基端多肽PA_N的候选化合物的方法，其中所述的固定的表面可以是亲和层析柱。
蛋白质的结晶及优化：
将用以上方法表达纯化好的氨基端多肽PA_N浓缩至浓度约为5-30mg/ml，用气相悬滴法，使用结晶试剂(来自Hampton Research)筛选晶体生长条件，在多种结晶试剂条件下获得了初始晶体。
通过进一步优化，其中，在使用不同pH缓冲液的条件下(pH4-9)含有约25％PEG8000(母体晶体)或20％PEG3350硒代甲硫氨酸晶体溶液中都获得了外观良好的晶体。在pH 6.5的缓冲液中得到了较大的晶体，分辨率约为2.2埃左右的母体晶体，硒代晶体可衍射至3埃左右，并进而收集相应的X射线衍射数据。
晶体数据收集及结构解析：
使用FR-E X-射线衍射仪(来自Rigaku)在1.5418埃的波长下首先收集到氨基端多肽PA_N晶体的一套分辨率为2.2埃的母体数据。然后使用位于美国芝加哥APS的同步辐射仪(线站号码：SBC19ID；检测屏：ADSC Q315)，在波长0.9798和0.9800埃波长下收集到这个蛋白晶体分辨率达到2.9埃左右的吸收峰(Peak)和吸收边(Edge)两套硒原子衍生物晶体数据。利用HKL2000(Otwinowski1997)处理所收得的三套数据，发现母体晶体的空间群是P1空间群，晶胞参数为约：a＝51.1埃，b＝59.8埃，c＝67.2埃，α＝96.6°，β＝96.8°，γ＝109.5°；而重金属硒代甲硫氨酸的晶体具有P6(4)22的空间群，晶胞参数为约：α＝b＝73.8埃，c＝123.4埃，α＝β＝90°，γ＝120°。利用多波长反常散射法(Hendrickson 1991)来进行计算相位，将处理得到的sca文件用SHELXD(Sheldrick 1998)来查找硒原子，共找到6个硒代甲硫氨酸，将硒原子坐标，以及处理得到的Peak和Edge两套数据输入程序MLPHARE，用它来计算相位，并进而使用DM程序做电子密度图的修饰，从计算得到的电子密度图上能非常清楚地看到数个二级结构(包括一些α螺旋和β折叠)，这样可以搭出大约80个残基，随后经过反复模型搭建以及使用CNS软件包程序修正，从而搭出初始模型。利用搭建的初始模型依据高分辨率的母体数据，使用Phaser程序做分子置换，从而获得母体数据的清晰解，进一步进行结构模型的搭建，并交替使用CNS进行修正。最终获得结构的R因子为23.1％，自由R因子为25.2％。最后将三个水分子以及一个金属镁离子亦加入模型中。修正的结构最终R因子和R-free因子分别为23.1％和25.2％。氨基端多肽PA_N的单体晶体结构原子坐标参见表1。
实施例
实施例1
用于表达流感病毒PA氨基端多肽PA_N的方法：
本发明的一种实施方式是将PA分成两段进行表达，从而分别表达出PA的氨基端前256氨基酸残基片段以及257-716个氨基酸残基片段，并将编码这两个蛋白多肽的两个基因片段分别克隆到大肠杆菌表达载体上，用于在细菌中进行蛋白质的表达。单独从表达PA的N末端(1-256氨基酸)细菌中纯化出PA的N端多肽，并将PA的N端肽用于蛋白质结晶。PA的羧基末端表达菌离心收集后备用，以便用于与PB1N端多肽的共纯化。
将含有PB1氨基端前25位或者48位氨基酸以内的多肽(不含第一位甲硫氨基酸)以GST融合蛋白形式在细菌中进行表达。将流感病毒聚合酶蛋白亚基PA分段在细菌中或者其它真核生物细胞中进行表达至少50％区段为257-716氨基酸区段中一部分的PA蛋白片段的方法。
流感病毒PA氨基端在大肠杆菌中的表达纯化
通过分子克隆技术将流感病毒PA的氨基端(第1至256位氨基酸)克隆到pGEX-6p载体(来自Amersham Pharmacia Inc.)上，其克隆位点可以是BamHI以及XhoI。将克隆得到的含有PA氨基端基因的表达质粒转化到大肠杆菌BL21中，进行蛋白质的表达，从而使细菌可以表达PA蛋白N端(氨基端)连接有GST融合蛋白并且含有可以被ProScission蛋白酶(Amersham Biosciences)切割的酶切位点，从而可以进一步将GST蛋白标签与目的蛋白PA多肽分离。在培养的大肠杆菌BL21细胞中使用终浓度为0.1-1mM左右的IPTG诱导大肠杆菌，获得该蛋白的表达菌。所用载体含有氨苄青霉素抗性基因。克隆构建的融合蛋白表达质粒转化入大肠杆菌如BL21(Novagen)后，在37度使用LB等细菌培养基过夜培养细菌，大约12小时后按1∶100左右转接到大量培养基中，37度温度下在摇瓶中培养至OD为1.0左右，然后加入0.1-1mM的IPTG进行诱导表达，大约3至6小时后通过离心收集细菌，收集的沉淀细菌可放于-20度至-80度冰箱中保存备用，也可直接用于PA氨基端多肽的纯化。
流感病毒PA羧基端和PB1多肽复合体的表达纯化：
通过分子克隆技术将流感病毒PA的羧基端(第257至第716氨基酸)克隆到pGEX-6p载体(来自Amersham Pharmacia Inc.)上，其克隆位点是BamHI及NotI。将克隆的含有PA羧基端基因的表达质粒转化到大肠杆菌BL21中，进行蛋白质的表达，从而使细菌可以表达蛋白N端(氨基端)连接有GST融合蛋白并且含有可以被ProScission蛋白酶(Amersham Biosciences)切割的酶切位点，从而可以进一步将GST蛋白标签与目的蛋白PA多肽分离。在培养的大肠杆菌BL21细胞中使用终浓度为0.1-1mM左右的IPTG诱导大肠杆菌，获得该蛋白的表达菌。所用载体含有氨苄青霉素抗性基因。克隆构建的融合蛋白表达质粒转化入大肠杆菌如BL21(Novagen)后，先在37度使用LB等细菌培养基过夜培养细菌，大约12小时后按1∶100左右转接到大量培养基中，37度温度下在摇瓶中培养至OD为1.0左右，随后降低培养温度至16度，然后加入0.1-1mM的IPTG进行诱导表达，大约12至24小时后通过离心收集细菌，收集的沉淀细菌可放于-20度至-80度冰箱中保存备用，也可直接用于纯化。
将PB_1N端48个氨基酸以内的基因(发明人表达了PB1的氨基端前48个氨基酸多肽以及前25个氨基酸多肽)同样克隆到pGEX-6p载体的多克隆位点上，所用酶切位点为BamHI以及XhoI，从而使细菌可以表达含GST融合蛋白，并且该融合蛋白含有可以被ProScission蛋白酶(Amersham Biosciences)切割的蛋白酶位点，从而可以进一步分离GST标签以及目的蛋白PB1多肽。按如上PA融合蛋白表达方式在大肠杆菌BL21中表达融合的GST-PB1N端肽的融合蛋白，抗性基因为氨苄青霉素抗性基因，蛋白质表达是在37度，使用诱导剂为IPTG。最后通过离心收集表达细菌，该细菌可以直接用于蛋白纯化，也可暂时储存于-20度至-80度冰箱中备用。
将离心收集的表达GST-PA氨基端多肽的表达菌用含有约20mMTris-HCl(pH8.0)及250mM NaCl的缓冲液或者1XPBS(pH7.4)磷酸缓冲液悬浮，使用超声破菌仪破碎细胞，离心分离除去不溶性沉淀，收集可溶性上清，使用Glutathione亲和层析柱纯化出GST-PA-N端多肽，进而使用ProScission蛋白酶酶解融合蛋白，将融合蛋白酶解成GST(谷胱苷肽S-转移酶)和PA-N两段，进而使用离子交换层析以及凝胶排阻层析纯化出PA-N蛋白多肽。将该蛋白浓缩至5-30mg/mL，用于晶体生长。
将表达的GST-PAC羧基端多肽的表达菌与表达GST-PB 1N短肽的表达菌分别使用含有约20mMTris-HCl(pH8.0)及250mM NaCl的缓冲液或者1xPBS(pH7.4)磷酸缓冲液悬浮，然后按比例混合两种表达菌，使GST-PA和GST-PB1的蛋白总含量的摩尔比为0.1∶1～1∶0.1，优选使GST-PA和GST-PB 1的蛋白总含量的摩尔比为0.5∶1～1∶0.5，更优选使GST-PA和GST-PB 1的蛋白总含量接近摩尔比为1∶1。
混合的细菌悬浮液通过超声波或者其它细胞裂解方法裂解后，通过离心分离细菌裂解物的不可溶部分以及可溶部分，将高速离心(约20,000g)后获得的上清通过使用Glutathione-Sepharose亲和柱(来自Amersham Pharmacia Inc.)来初步分离纯化出这一混合蛋白，含GST标签的蛋白可以结合到Glutathione-Sepharose亲和柱上，而其它蛋白不能结合到该亲和柱上。蛋白结合到亲和柱上以后使用如上所述的细菌悬浮缓冲液将杂蛋白洗尽。使用适量的ProScission蛋白酶(来自Amersham Pharmacia Inc.)酶解在亲和柱上的混合的GST融合蛋白，此过程通常需大约24小时。然后将酶解切割下来的PAC与PB1N融合蛋白用凝胶过滤Superdex-200(来自AmershamPharmacia Inc.)以及Q sepharose离子交换层析(来自AmershamPharmacia Inc.)等方法进一步分离纯化出PAC/PB1N短肽复合体(层析柱均来源于Amersham Pharmacia Inc.)，通过SDS-PAGE凝胶电泳确定蛋白质纯度后，纯度一般可达90％以上。将通过以上步骤纯化的蛋白使用浓缩管(来源于Millipore公司)浓缩至大约5-30mg/mL左右用于进一步的结晶实验。
本领域普通技术人员可知，流感病毒的PA的氨基端以及PA的羧基端PAC与PB1的氨基端PB1N不仅可以在本文中所述的原核细胞如大肠杆菌细胞中表达，也可以在真核细胞如昆虫细胞中表达；同时可使用任何其它内切酶、酶切位点、连接酶；也可以将待纯化的目标多肽与如GST的其它标签融合，然后选用相对应的分离纯化的方法进行纯化，最后再去掉融合到目标多肽中的标签，如上所述对本发明进行的各种更改和修饰均在本发明的保护范围内。
应当注意到，其中B型或C型流感病毒中与A型流感病毒的α螺旋及β片相对应的区段分别如在图1A及1B以及图1C以及10A和B中所示，在此不再一一赘述。
实施例2
氨基端多肽PA_N的结晶：
将如上方法表达纯化好的氨基端多肽PA N浓缩至浓度约为5-30mg/mL，用气相悬滴法使用结晶试剂(来自Hampton Research等公司的Screen Kit I/II、Index等试剂盒)筛选晶体生长条件。经过初步筛选，本发明人在多种不同的结晶试剂条件下获得了初始晶体。
通过进一步优化，其中，在使用不同pH缓冲液的条件下(pH4-9)含有约25％PEG8000(母体晶体)或20％PEG3350硒代甲硫氨酸晶体溶液中都获得了外观良好的晶体。在pH 6.5的缓冲液中得到了较大的晶体，分辨率约为2.2埃左右的母体晶体，硒代晶体可衍射至3埃左右，并进而收集相应的X射线衍射数据。
应当注意到，其中B型或C型流感病毒中与A型流感病毒的α螺旋及β片相对应的区段分别如在图1A及1B以及图1C以及10A和B中所示，在此不再一一赘述。
实施例3
氨基端多肽PA_N的晶体结构：
使用FR-E X-射线衍射仪(来自Rigaku)在1.5418埃的波长下首先收集到氨基端多肽PA_N的一套分辨率为2.9埃的母体数据。然后使用位于美国芝加哥APS的同步辐射仪(线站号码：SBC 19ID；检测屏：ADSC Q315)，在波长0.9783和0.9785埃波长下收集到这个蛋白晶体分辨率达到3.3埃左右的peak和edge两套硒原子衍生物晶体数据。利用HKL2000(Otwinowski 1997)处理所收得的三套数据，发现母体晶体的空间群是P1空间群，晶胞参数为约：a＝51.1埃，b＝59.8埃，c＝67.2埃，α＝96.6°，β＝96.8°，γ＝109.5°；而重金属硒代甲硫氨酸的晶体具有P6(4)22的空间群，晶胞参数为约：α＝b＝73.8埃，c＝123.4埃，α＝β＝90°，γ＝120°。利用多波长反常散射法(Hendrickson 1991)来进行计算相位，将处理得到的sca文件用SHELXD(Sheldrick 1998)来查找硒原子，共找到6个硒代甲硫氨酸，将硒原子坐标，以及处理得到的Peak和Edge两套数据输入程序MLPHARE，用它来计算相位，并进而使用DM程序做电子密度图的修饰，从计算得到的电子密度图上能非常清楚的看到数个二级结构(包括一些α螺旋和β折叠)，这样可以搭出大约80个残基，随后经过反复模型搭建以及使用CNS软件包程序修正，从而搭出初始模型。利用搭建的初始模型依据高分辨率的母体数据，使用Phaser程序做分子置换，从而获得母体数据的清晰解，进一步进行结构模型的搭建，并交替使用CNS进行修正。最终获得结构的R因子为23.1％，自由R因子为25.2％。最后将三个水分子以及一个金属镁离子亦加入模型中。修正的结构最终R因子和R-free因子分别为23.1％和25.2％。。
最终计算得到母体晶体的空间群是P1空间群，晶胞参数为约：
a＝51.1埃，b＝59.8埃，c＝67.2埃，α＝96.6°，β＝96.8°，γ＝109.5°，
重金属硒代甲硫氨酸的晶体具有P6(4)22的空间群，晶胞参数为约：
α＝b＝73.8埃，c＝123.4埃，α＝β＝90°，γ＝120°。
实施例4
PA氨基端多肽PA_N结晶
将如上方法表达纯化好的PA氨基端多肽PA_N的复合物浓缩至浓度约为5-30mg/mL，用气相悬滴法使用结晶试剂(来自Hampton Research等公司的Screen Kit I/II、Index等试剂盒)筛选晶体生长条件。经过初步筛选，本发明人在多种不同的结晶试剂条件下获得了初始晶体。
通过进一步优化，其中，在使用不同pH缓冲液的条件下(pH4-9)含有约25％PEG8000(获得母体晶体)或20％PEG3350(获得硒代甲硫氨酸晶体)溶液中都获得了外观良好的晶体。在pH 6.5的缓冲液中得到了较大的晶体，获得分辨率约为2.2埃左右的母体晶体，而获得的硒代晶体可衍射至3埃左右，获得了X射线衍射良好的晶体(参见图2A及图3的A-D晶体图片)。
实施例5
筛选竞争结合氨基端多肽PA_N的小分子的方法
在筛选一种可以使氨基端多肽PA_N的小分子药物过程中，将其中氨基端多肽PA_N的基因与表达GFP(绿色荧光蛋白)的基因融合，表达GFP融合的氨基端多肽PA_N，作为小分子化合物解聚蛋白质复合体的指示分子。通过分子克隆方法将氨基端多肽PA_N基因片段连接到GFP基因片断上，以便表达一个氨基端连接有GFP的氨基端多肽PA_N融合蛋白。
方法1：以如上所述表达纯化氨基端多肽PA_N的方法，表达纯化氨基端有GST的氨基端多肽PA_N融合蛋白即GST-PA_N融合蛋白。将GST-PA_N融合蛋白流经并结合到Glutathione亲和柱上。由于该氨基端多肽PA_N含有GFP蛋白，因此GST-PA_N结合该亲和柱后，与GST-PA_N结合的融合蛋白使该亲和柱呈绿色。结合GST-PA_N蛋白后的亲和柱用缓冲液充分洗涤，以彻底洗脱除去未结合的蛋白质。然后，将供筛选的小分子化合物的混合物流经该亲和柱(该混合物中不应含有Glutathione或者其它可以使GST脱离亲和柱而被洗脱下来的成分)。进一步从混合物中逐级分离纯化小分子，再通过如上的绿色GFP蛋白示踪方法，追踪可以结合PA_N多肽的成分，进而最终确定候选的小分子化合物。如上方法中，除了可以使用GST作为亲和介质外，还可以使用诸如Flag-tag、Myc-tag、MBP(Maltose binding protein麦芽糖结合蛋白)-tag、特异性抗体等其它多肽作为亲和介质结合基团，相应地，亲和层析柱也要用相应的亲和介质，如当使用Flag-tag时，可使用抗Flag-tag的抗体(例如Sigma Inc.公司的anti-flag单克隆抗体)，将其固定于亲和层析柱上作为结合Flag的凝胶介质。结合PA_N的化合物分子可以通过诸如质谱等方法来确定其化学结构。
方法2：将PA_N单独纯化出来(融和蛋白或者非融和蛋白)，将其通过化学交联方法，共价交联到凝胶介质上，但保持蛋白质不变性。将同位素标记的小分子化合物或小肽流经共价结合了的凝胶柱，使同位素标记的小分子化合物或小肽与PA_N蛋白结合，如果有可以结合PA_N的化合物，就使得溶液中的小分子化合物或小肽浓度降低。使用缓冲液，洗脱凝胶柱以去除杂质，再使用尿素等使PA_N变性，使结合其上的小分子或小肽洗脱下来，通过质谱分析等方法，分析结合于PA_N上的小分子或小肽，进而获得该小分子或小肽的结构信息。该化合物可成为使PA_N失活的小分子药物。
实施例6：
利用PA_N多肽的晶体三维结构设计和筛选用于治疗流感病毒 感染引起的疾病的各种多肽、蛋白质或无机或有机化合物的方法
利用流感病毒聚合酶亚基PA的氨基端PA_N的晶体三维结构设计和筛选用于治疗流感病毒感染引起的疾病的各种多肽、蛋白质或无机或有机化合物，具体的步骤如下：根据蛋白质三维结构坐标，通过计算机模拟来设计结合特定部位的多肽及化合物分子；根据蛋白质三维结构坐标，通过计算机模拟来寻找可能结合特定部位的多肽及化合物分子；根据蛋白质三维结构坐标，设计或寻找的多肽及化合物分子结合到含有与所述的氨基端PA_N序列含有至少50％相同序列的任一亚型的流感病毒聚合酶蛋白中，进而分析结合情况的方法；根据蛋白质三维结构坐标，设计或寻找的多肽及化合物分子结合到含有与所述的氨基端PA_N序列含有至少50％相同序列的任一亚型的流感病毒聚合酶蛋白中并结晶，从而通过晶体衍射分析三维结构的方法分析多肽及化合物分子与蛋白的结合情况。
实施例7：
利用氨基端PA_N的晶体三维结构设计和筛选用于治疗流感病 毒感染引起的疾病的小肽
所选用的多肽序列至少有3位氨基酸序列比对与如上多肽相同的多肽有可能成为潜在的干扰流感病毒聚合酶活性的多肽药物。
任一亚型的流感病毒聚合酶亚基PA、PB1、PB2或者PA、PB1和PB2复合体的结构，其中所包含的一个蛋白质或其某一区段，与所述的氨基端PA_N多肽具有至少40％的相同序列。
任一亚型的流感病毒聚合酶亚基PA、PB1、PB2或者PA、PB1和PB2复合体的结构，其中所包含的一个蛋白质或其某一区段的主链三维结构坐标，与所述的氨基端PA_N多肽序列至少40％的主链碳骨架三维坐标的平均根方差小于等于1.7埃。
任一亚型的流感病毒聚合酶亚基PA、PB1、PB2或者PA、PB1和PB2复合体的结构，其中所包含的一个蛋白质区段与所述的PB1N多肽的氨基酸2-12区段具有40％的序列同源性。
任何多肽或者小分子，与所述的流感病毒PA亚基上的关键氨基酸有相互作用。
所述的结构在药物筛选及药物设计方面的应用。
基于氨基端PA_N多肽三维结构进行与蛋白质结合的化合物或多肽筛选的方法，包括：通过蛋白结晶方法获得氨基端PA_N多肽晶体，该蛋白晶体具有P1空间群，晶胞参数为约：a＝51.1埃，b＝59.8埃，c＝67.2埃，α＝96.6°，β＝96.8°，γ＝109.5°，重金属硒代甲硫氨酸的晶体具有P6(4)22的空间群，晶胞参数为约：α＝b＝73.8埃，c＝123.4埃，α＝β＝90°，γ＝120°；通过X射线衍射晶体学技术，获得氨基端PA_N多肽的三维结构坐标；其中包括任何与该坐标中至少含有40％氨基酸残基的主链碳骨架三维坐标的平均根方差小于等于1.7埃的结构。
流感病毒亚型PA亚基蛋白的表达纯化方法：通过将PA分段在细菌或者真核表达系统进行表达，所述采用此方法表达纯化含有任何蛋白质中某一区段与所述的序列相应区段具有40％相同氨基酸序列的蛋白质。
在一个优选的实施例中，氨基端PA_N多肽在设计和筛选用于治疗由流感病毒感染引起的疾病的多肽、蛋白质、化合物或药物中的应用。
在一个优选的实施例中，用于治疗由流感病毒感染引起的疾病的多肽，包括与如上所述的氨基端PA_N多肽、至少一种所述的α螺旋或β片层、至少一个氨基酸位点相互作用的多肽。
在一个优选的实施例中，用于治疗由流感病毒感染引起的疾病的蛋白质，包括与如上所述的氨基端PA_N多肽、至少一种所述的α螺旋或β片层、至少一个氨基酸位点相互作用的蛋白质。
在一个优选的实施例中，用于治疗由流感病毒感染引起的疾病的化合物，包括与如上所述的氨基端PA_N多肽、至少一种所述的α螺旋或β片层、至少一个氨基酸位点相互作用的化合物。
在一个优选的实施例中，药物组合物，包括如上所述的多肽、蛋白质或化合物。
本发明的药物组合物通常包括一种载体或赋形剂，抗体和/或免疫结合物溶解于一种药学可接受的载体，水性载体为优选。许多种水性载体可被应用，如，缓冲盐水等。这些溶液是无菌的并且通常无不良物质。这些组分可通过常规的、众所周知的消毒技术进行消毒。这些组分可包括药学可接受的近似生理条件所需要的辅助物质，比如调节pH的缓冲剂、毒性调节剂等等，例如醋酸钠、氯化钠、氯化钾、氯化钙、乳酸钠等。这些组分中融合蛋白的浓度变化很大，主要根据与所选的特定给药方式和病人需要相一致的液体量、粘度、体重等等进行选择。
因此，本发明中的一个典型的向脑部给药的药学免疫毒素组分应该每天施入大约1.2至1200ug。一个典型的通过静脉给药治疗乳腺、卵巢以及肺肿瘤的组分，每个病人每天给入大约0.1至10mg。每人每天0.1至100mg的给药量可以使用，尤其当药物要施入一个隐蔽的位置，并且没有进入血液循环或淋巴系统时，例如施入一个体腔或一个器官的腔隙。制备可施药组分的实际操作方法为专业人员了解或掌握，在一些出版物中有详尽描述，例如Remington’sPHARMACEUTICAL SCIENCE，19thed.，Mack Publishing Company，Easton，Pennsylvania(1995)。
本发明中的组分可用于治疗处理。在治疗应用中，组分被施入一名患有某种疾病(比如一个胶质母细胞瘤、乳腺癌、卵巢癌以及肺癌)的病人，其剂量要足以至少能够减缓或部分控制该种疾病及其并发症。足以完成这些任务的剂量被称为“治疗有效剂量”。应用的有效剂量依赖于疾病的严重程度和病人的一般健康状况。该组分的有效剂量能够提供某种症状的主观可确认的缓解，抑或是被临床医师或其他有资格的观察者所记录的客观改善。
患者需要和耐受的剂量及频率决定是否单次或多次给药。无论如何，应当提供足够量该免疫毒素，以有效地治疗患者。优选地，药物剂量一次性给入，但也可能周期性地给入，直至达到某种治疗效果或不良反应阻止了治疗的继续。通常，这些剂量足以治疗或改善疾病的症状而不引起病人不能耐受的毒性。
本发明的免疫结合物可制备成胃肠外缓释剂型(如植入物、油注射液、或微粒子系统)。对蛋白递送系统的全面了解可参见Banga，A.J.，THERAPEUTIC PEPTIDES AND PROTEINS：FORMULATION，PROCESSING，AND DELIVERY SYSTEMS，Technomic Publishing Company，Inc.，Lancaster，PA，(1995)。微粒子系统包括微球体、微粒、微胶囊、纳米微胶囊、纳米微球体、以及纳米微粒。微胶囊以疗效蛋白作为一个核心。在小球体中，治疗性物质分散于粒子中。小于大约1μm的粒子、微球体、以及微胶囊通常分别被称为纳米微粒、纳米球体、和纳米微胶囊。毛细血管的直径大约为5μm，所以只有纳米微粒可经静脉给药。微粒子的直径大约为100μm，通过皮下或肌肉注射给药。例见，Kreuter，J.，COLLOIDAL DRUG DELIVERY SYSTEMS，J.Kreuter，ed.，Marcel Dekker，Inc.，New York，NY，pp.219-342(1994)；以及Tice&Tabibi，TREATISE ON CONTROLLED DRUG DELIVERY，A.Kydonieus，ed.，Marcel Dekker，Inc.New York，NY，pp.315-339，(1992)，二者在此均被引用。
多聚体可被用于本发明中的免疫结合物组分的离子控制释放。多种可用以药物控制释放的可降解和不可降解的多聚体系在专业领域众所周知(Langer，R.，Accounts Chem.Res.26：537-542(1993))。例如，阻滞多聚体po1axamer 407在低温下是粘性但可流动的，但在体温下形成半固体凝胶。它被证明是重组白细胞介素-2和尿素酶的形成和持续输送的一个有效载体(Johnston等，Pharm.Res.9：425-434(1992)；及Pec等，J. Parent.Sci. Tech.44(2)：58-65(1990))。同样地，羟基磷灰石也已被用作蛋白控制释放的一个微载体(Ijntema等，Int.J. Pharm.112：215-224(1994))。然而另一方面，脂质体被用于脂类包被的药物的控制释放和靶向运输过程(Betageri等，LIPOSOME DRUG DELIVERY SYSTEMS，Technomic Publishing Co.，Inc.，Lancaster，PA(1993))。许多其它的治疗蛋白控制释放系统已被了解。例见，美国专利，编号5,055,303，5,188,837，4,235,871，4,501,728，4,837,028，4,957,735和5,019,369，5,055,303；5,514,670；5,413,797；5,268,164；5,004,697；4,902,505；5,506,206，5,271,961；5,254,342以及5,534,496，其中任何一个都在此被引用。
实验结果
表1单分子的PA_N原子坐标群如下：
注释坐标创建日期：2008年05月08日，编辑日期：2009年2月1日。
注释3高分辨率范围(埃)：2.2
注释3低分辨率范围(埃)：30
X坐标Y坐标Z坐标占有率温度因子原子
原子  1CB LEUA  -2  3.950  4.473 -17.980  1.0042.68 A
原子  2CG LEUA  -2  3.113  3.369 -17.352  1.0046.79 A
原子  3CD1LEUA  -2  1.703  3.867 -17.027  1.0039.32 A
原子  4  CD2 LEUA -2  3.090  2.207 -18.307  1.0045.13  A
原子  5  C   LEUA -2  5.682  5.991 -17.097  1.0041.97  A
原子  6  O   LEUA -2  5.934  6.563 -18.159  1.0042.15  A
原子  7  N   LEUA -2  3.258  6.395 -16.620  1.0047.49  A
原子  8  CA  LEUA -2  4.330  5.390 -16.837  1.0044.02  A
原子  9  N   GLYA -1  6.533  5.854 -16.087  1.0042.00  A
原子 10  CA  GLYA -1  7.882  6.349 -16.164  1.0040.64  A
原子 11  C   GLYA -1  8.680  5.318 -16.925  1.0041.01  A
原子 12  O   GLYA -1  8.114  4.427 -17.544  1.0044.33  A
原子 13  N   SERA  0  9.995  5.453 -16.912  1.0040.13  A
原子 14  CA  SERA  0 10.881  4.524 -17.610  1.0041.09  A
原子 15  CB  SERA  0 11.918  5.355 -18.360  1.0041.31  A
原子 16  OG  SERA  0 12.929  4.549 -18.922  1.0047.46  A
原子 17  C   SERA  0 11.556  3.640 -16.550  1.0039.90  A
原子 18  O   SERA  0 12.102  4.178 -15.578  1.0040.03  A
原子 19  N   META  1 11.538  2.309 -16.680  1.0037.39  A
原子 20  CA  META  1 12.180  1.527 -15.616  1.0035.12  A
原子 21  CB  META  1 11.891  0.025 -15.681  1.0032.68  A
原子 22  CG  META  1 12.678 -0.726 -14.573  1.0031.16  A
原子 23  SD  META  1 11.985 -0.567 -12.881  1.0035.48  A
原子 24  CE  META  1 10.653 -1.712 -13.127  1.0035.22  A
原子 25  C   META  1 13.673  1.674 -15.590  1.0035.84  A
原子 26  O   META  1 14.281  1.637 -14.534  1.0036.20  A
原子 27  N   GLUA  2 14.257  1.813 -16.766  1.0037.08  A
原子 28  CA  GLUA  2 15.694  1.949 -16.905  1.0042.95  A
原子 29  CB  GLUA  2 16.001  1.955 -18.391  1.0043.58  A
原子 30  CG  GLUA  2 17.253  1.267 -18.786  1.0049.09  A
原子 31  CD  GLUA  2 18.072  2.155 -19.661  1.0050.99  A
原子 32  OE1 GLUA  2 17.572  2.546 -20.732  1.0048.73  A
原子 33  OE2 GLUA  2 19.203  2.480 -19.259  1.0057.22  A
原子 34  C   GLUA  2 16.188  3.232 -16.187  1.0043.64  A
原子 35  O   GLUA  2 17.312  3.281 -15.669  1.0042.26  A
原子 36  N   ASPA  3 15.314  4.248 -16.155  1.0045.03  A
原子 37  CA  ASPA  3 15.544  5.547 -15.492  1.0046.05  A
原子 38  CB  ASPA  3 14.448  6.586 -15.810  1.0049.57  A 
原子 39  CG  ASPA  3 14.576  7.257 -17.168  1.0050.47  A
原子 40  OD1 ASPA  3 13.734  8.159 -17.411  1.0055.29  A
原子 41  OD2 ASPA  3 15.453  6.908 -17.979  1.0049.01  A
原子 42  C   ASPA  3 15.412  5.330 -13.993  1.0046.74  A
原子 43  O   ASPA  3 16.231  5.797 -13.199  1.0050.29  A
原子 44  N   PHEA  4 14.332  4.653 -13.615  1.0044.42  A
原子 45  CA  PHEA  4 14.072  4.403 -12.207  1.0042.70  A
原子 46  CB  PHEA  4 12.787  3.579 -12.050  1.0039.48  A
原子 47  CG  PHEA  4 12.687  2.841 -10.751  1.0037.51  A
原子 48  CD1 PHEA  4 12.130  3.437  -9.611  1.0036.82  A
原子 49  CD2 PHEA  4 13.188  1.546 -10.654  1.0031.62  A
原子 50  CE1 PHEA  4 12.084  2.734  -8.389  1.0035.90  A
原子 51  CE2 PHEA  4 13.145  0.848  -9.450  1.0030.43  A
原子  52  CZ   PHEA  4  12.597  1.438 -8.318  1.0030.97  A
原子  53  C    PHEA  4  15.263  3.672-11.617  1.0042.90  A
原子  54  O    PHEA  4  15.826  4.091-10.626  1.0043.95  A
原子  55  N    VALA  5  15.659  2.582-12.246  1.0044.15  A
原子  56  CA   VALA  5  16.788  1.826-11.746  1.0042.86  A
原子  57  CB   VALA  5  17.055  0.638-12.676  1.0040.10  A
原子  58  CG1  VALA  5  18.535  0.306-12.684  1.0039.97  A
原子  59  CG2  VALA  5  16.221 -0.545-12.194  1.0037.11  A
原子  60  C    VALA  5  18.078  2.650-11.537  1.0042.69  A
原子  61  O    VALA  5  18.836  2.409-10.612  1.0040.16  A
原子  62  N    ARGA  6  18.335  3.634-12.381  1.0045.00  A
原子  63  CA   ARGA  6  19.575  4.400-12.229  1.0046.37  A
原子  64  CB   ARGA  6  20.003  4.967-13.581  1.0042.81  A
原子  65  CG   ARGA  6  20.450  3.885-14.536  1.0038.09  A
原子  66  CD   ARGA  6  20.756  4.430-15.932  1.0040.42  A
原子  67  NE   ARGA  6  20.923  3.360-16.918  1.0040.98  A
原子  68  CZ   ARGA  6  21.986  2.560-17.003  1.0042.59  A
原子  69  NH1  ARGA  6  23.006  2.697-16.163  1.0042.00  A
原子  70  NH2  ARGA  6  22.019  1.600-17.922  1.0044.47  A
原子  71  C    ARGA  6  19.634  5.503-11.187  1.0046.76  A
原子  72  O    ARGA  6  20.714  5.834-10.692  1.0049.73  A
原子  73  N    GLNA  7  18.486  6.079-10.868  1.0048.18  A
原子  74  CA   GLNA  7  18.434  7.140 -9.884  1.0051.56  A
原子  75  CB   GLNA  7  17.509  8.289-10.403  1.0053.67  A
原子  76  CG   GLNA  7  16.327  7.877-11.373  1.0061.44  A
原子  77  CD   GLNA  7  16.282  8.626-12.753  1.0064.49  A
原子  78  OE1  GLNA  7  15.438  9.510-12.985  1.0062.59  A
原子  79  NE2  GLNA  7  17.176  8.240-13.667  1.0063.60  A
原子  80  C    GLNA  7  17.982  6.567 -8.542  1.0052.89  A
原子  81  O    GLNA  7  17.831  7.289 -7.560  1.0056.01  A
原子  82  N    CYSA  8  17.814  5.248 -8.498  1.0056.56  A
原子  83  CA   CYSA  8  17.344  4.573 -7.284  1.0057.62  A
原子  84  CB   CYSA  8  15.996  3.940 -7.553  1.0063.28  A
原子  85  SG   CYSA  8  15.683  2.467 -6.567  1.0074.56  A
原子  86  C    CYSA  8  18.262  3.528 -6.647  1.0056.08  A
原子  87  O    CYSA  8  18.208  3.320 -5.438  1.0054.96  A
原子  88  N    PHEA  9  19.074  2.833 -7.428  1.0053.84  A
原子  89  CA   PHEA  9  19.979  1.915 -6.776  1.0053.37  A
原子  90  CB   PHEA  9  20.061  0.530 -7.463  1.0052.01  A
原子  91  CG   PHEA  9  18.795 -0.252 -7.378  1.0048.64  A
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原子  95  CE2  PHEA  9  17.375 -1.870 -6.258  1.0048.65  A
原子  96  CZ   PHEA  9  16.350 -1.610 -7.177  1.0046.42  A
原子  97  C    PHEA  9  21.313  2.606 -6.824  1.0054.11  A
原子  98  O    PHEA  9  21.534  3.531 -7.600  1.0051.32  A
原子  99  N    ASNA  10 22.180  2.128 -5.950  1.0055.46  A
原子  100  CA  ASNA  10  23.553  2.569 -5.791  1.0055.38  A
原子  101  CB  ASNA  10  24.150  1.710 -4.674  1.0058.76  A
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原子  103  OD1 ASNA  10  26.231  2.300 -3.705  1.0065.69  A
原子  104  ND2 ASNA  10  26.278  1.147 -5.626  1.0063.98  A
原子  105  C   ASNA  10  24.233  2.345 -7.143  1.0054.66  A
原子  106  O   ASNA  10  23.922  1.377 -7.806  1.0052.86  A
原子  107  N   PROA  11  25.168  3.224 -7.562  1.0053.42  A
原子  108  CD  PROA  11  25.728  4.370 -6.826  1.0052.23  A
原子  109  CA  PROA  11  25.850  3.066 -8.862  1.0051.84  A
原子  110  CB  PROA  11  26.834  4.236 -8.884  1.0049.10  A
原子  111  CG  PROA  11  26.220  5.235 -7.960  1.0050.95  A
原子  112  C   PROA  11  26.572  1.730 -9.082  1.0050.92  A
原子  113  O   PROA  11  26.671  1.243-10.208  1.0054.87  A
原子  114  N   META  12  27.098  1.176 -7.992  1.0047.95  A
原子  115  CA  META  12  27.839 -0.094 -7.971  1.0048.68  A
原子  116  CB  META  12  28.486 -0.252 -6.591  1.0050.45  A
原子  117  CG  META  12  29.802 -1.013 -6.529  1.0055.26  A
原子  118  SD  META  12  30.234 -1.375 -4.804  1.0063.75  A
原子  119  CE  META  12  30.364  0.325 -4.080  1.0062.47  A
原子  120  C   META  12  26.905 -1.296 -8.266  1.0047.20  A
原子  121  O   META  12  27.234 -2.143 -9.104  1.0046.03  A  
原子  122  N   ILEA  13  25.756 -1.351 -7.581  1.0045.58  A
原子  123  CA  ILEA  13  24.754 -2.408 -7.754  1.0045.11  A
原子  124  CB  ILEA  13  23.474 -2.146 -6.844  1.0043.43  A
原子  125  CG2 ILEA  13  22.386 -3.175 -7.143  1.0039.78  A
原子  126  CG1 ILEA  13  23.832 -2.098 -5.357  1.0038.45  A
原子  127  CD1 ILEA  13  24.402 -3.328 -4.828  1.0039.15  A
原子  128  C   ILEA  13  24.338 -2.386 -9.230  1.0045.07  A
原子  129  O   ILEA  13  24.360 -3.415 -9.911  1.0046.72  A
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原子  131  CA  VALA  14  23.580 -1.079-11.132  1.0045.47  A
原子  132  CB  VALA  14  23.142  0.388-11.476  1.0043.81  A 
原子  133  CG1 VALA  14  23.105  0.615-12.988  1.0046.88  A
原子  134  CG2 VALA  14  21.771  0.658-10.909  1.0044.25  A
原子  135  C   VALA  14  24.658 -1.524-12.099  1.0047.57  A
原子  136  O   VALA  14  24.381 -2.175-13.112  1.0048.49  A
原子  137  N   GLUA  15  25.895 -1.166-11.782  1.0049.11  A
原子  138  CA  GLUA  15  27.009 -1.549-12.635  1.0050.47  A
原子  139  CB  GLUA  15  28.266 -0.751-12.238  1.0052.20  A
原子  140  CG  GLUA  15  28.869  0.117-13.377  1.0060.18  A
原子  141  CD  GLUA  15  27.971  1.285-13.861  1.0065.65  A
原子  142  OE1 GLUA  15  28.311  2.459-13.573  1.0066.66  A
原子  143  OE2 GLUA  15  26.942  1.057-14.550  1.0065.06  A 
原子  144  C   GLUA  15  27.197 -3.081-12.610  1.0047.67  A
原子  145  O   GLUA  15  27.290 -3.691-13.656  1.0047.11  A
原子  146  N   LEUA  16  27.186 -3.699-11.429  1.0046.20  A
原子  147  CA  LEUA  16  27.291 -5.165-11.316  1.0045.45  A
原子  148  CB  LEUA  16  27.378  -5.592  -9.823 1.0042.50  A
原子  149  CG  LEUA  16  28.597  -5.225  -8.964 1.0038.79  A
原子  150  CD1 LEUA  16  28.341  -5.482  -7.478 1.0031.13  A
原子  151  CD2 LEUA  16  29.738  -6.063  -9.452 1.0034.24  A
原子  152  C   LEUA  16  26.109  -5.886 -12.013 1.0045.51  A
原子  153  O   LEUA  16  26.266  -6.972 -12.571 1.0046.65  A
原子  154  N   ALAA  17  24.930  -5.272 -11.999 1.0043.51  A
原子  155  CA  ALAA  17  23.757  -5.871 -12.664 1.0046.11  A
原子  156  CB  ALAA  17  22.433  -5.278 -12.114 1.0042.78  A
原子  157  C   ALAA  17  23.792  -5.735 -14.189 1.0046.51  A
原子  158  O   ALAA  17  23.214  -6.548 -14.923 1.0047.54  A
原子  159  N   GLUA  18  24.464  -4.692 -14.662 1.0045.60  A
原子  160  CA  GLUA  18  24.618  -4.498 -16.098 1.0046.17  A
原子  161  CB  GLUA  18  25.198  -3.107 -16.416 1.0048.87  A
原子  162  CG  GLUA  18  24.120  -2.177 -16.971 1.0053.41  A
原子  163  CD  GLUA  18  24.449  -0.706 -16.925 1.0058.79  A
原子  164  OE1 GLUA  18  24.917  -0.252 -15.865 1.0061.00  A
原子  165  OE2 GLUA  18  24.215  -0.018 -17.947 1.0059.74  A
原子  166  C   GLUA  18  25.506  -5.637 -16.585 1.004633   A
原子  167  O   GLUA  18  25.126  -6.350 -17.509 1.0047.38  A
原子  168  N   LYSA  19  26.632  -5.868 -15.906 1.0046.80  A
原子  169  CA  LYSA  19  27.526  -6.963 -16.293 1.0044.28  A
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原子  172  CD  LYSA  19  30.367  -4.863 -15.995 1.0055.59  A
原子  173  CE  LYSA  19  31.055  -3.537 -15.484 1.0059.67  A
原子  174  NZ  LYSA  19  30.276  -2.241 -15.374 1.0062.02  A
原子  175  C   LYSA  19  26.805  -8.340 -16.151 1.0043.48  A
原子  176  O   LYSA  19  26.945  -9.199 -17.012 1.0044.22  A
原子  177  N   ALAA  20  26.031  -8.555 -15.087 1.0040.80  A
原子  178  CA  ALAA  20  25.341  -9.851 -14.950 1.0038.48  A
原子  179  CB  ALAA  20  24.496  -9.913 -13.662 1.0032.85  A
原子  180  C   ALAA  20  24.464 -10.130 -16.157 1.0039.83  A
原子  181  O   ALAA  20  24.339 -11.273 -16.614 1.0041.50  A
原子  182  N   META  21  23.874  -9.062 -16.680 1.0041.34  A
原子  183  CA  META  21  23.000  -9.122 -17.853 1.0043.95  A
原子  184  CB  META  21  22.110  -7.867 -17.874 1.0042.74  A
原子  185  CG  META  21  21.032  -7.878 -16.782 1.0040.72  A
原子  186  SD  META  21  19.675  -6.771 -17.157 1.0042.46  A
原子  187  CE  META  21  18.628  -7.810 -18.333 1.0037.53  A
原子  188  C   META  21  23.720  -9.314 -19.209 1.0044.45  A
原子  189  O   META  21  23.486 -10.303 -19.902 1.0043.76  A
原子  190  N   LYSA  22  24.615  -8.386 -19.555 1.0046.28  A
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原子  192  CB  LYSA  22  26.303  -7.199 -20.872 1.0049.17  A
原子  193  CG  LYSA  22  25.548  -5.878 -20.753 1.0050.98  A
原子  194  CD  LYSA  22  26.451  -4.667 -20.927 1.0055.86  A
原子  195  CE  LYSA  22  27.480  -4.578 -19.811 1.0055.75  A
原子  196  NZ  LYSA  22  27.643  -3.181 -19.315 1.0058.63  A
原子  197  C   LYSA  22  26.168  -9.719 -21.027 1.0050.64  A
原子  198  O   LYSA  22  26.430 -10.118 -22.169 1.0051.65  A
原子  199  N   GLUA  23  26.526 -10.372 -19.917 1.0053.81  A
原子  200  CA  GLUA  23  27.255 -11.653 -19.908 1.0054.64  A
原子  201  CB  GLUA  23  27.688 -12.026 -18.468 1.0054.60  A
原子  202  CG  GLUA  23  27.981 -13.535 -18.265 1.0057.32  A
原子  203  CD  GLUA  23  28.482 -13.893 -16.860 1.0056.55  A
原子  204  OE1 GLUA  23  28.285 -13.095 -15.921 1.0060.36  A
原子  205  OE2 GLUA  23  29.075 -14.982 -16.696 1.0053.41  A
原子  206  C   GLUA  23  26.338 -12.725 -20.460 1.0053.54  A
原子  207  O   GLUA  23  26.763 -13.809 -20.830 1.0052.19  A
原子  208  N   TYRA  24  25.055 -12.402 -20.501 1.0054.56  A
原子  209  CA  TYRA  24  24.063 -13.336 -21.027 1.0056.31  A
原子  210  CB  TYRA  24  23.029 -13.708 -19.958 1.0057.66  A
原子  211  CG  TYRA  24  23.589 -14.649 -18.926 1.0064.03  A
原子  212  CD1 TYRA  24  24.298 -14.170 -17.825 1.0065.84  A
原子  213  CE1 TYRA  24  24.877 -15.044 -16.912 1.0066.64  A
原子  214  CD2 TYRA  24  23.480 -16.026 -19.090 1.0065.92  A
原子  215  CE2 TYRA  24  24.065 -16.909 -18.186 1.0066.70  A
原子  216  CZ  TYRA  24  24.760 -16.415 -17.104 1.0068.77  A
原子  217  OH  TYRA  24  25.322 -17.293 -16.198 1.0067.91  A
原子  218  C   TYRA  24  23.351 -12.774 -22.240 1.0055.08  A
原子  219  O   TYRA  24  22.244 -13.188 -22.579 1.0055.69  A
原子  220  N   GLYA  25  24.002 -11.828 -22.898 1.0054.51  A
原子  221  CA  GLYA  25  23.396 -11.228 -24.061 1.0053.11  A
原子  222  C   GLYA  25  22.022 -10.770 -23.655 1.0052.36  A
原子  223  O   GLYA  25  21.013 -11.165 -24.229 1.0053.34  A
原子  224  N   GLUA  26  21.983  -9.977 -22.602 1.0051.94  A
原子  225  CA  GLUA  26  20.727  -9.441 -22.153 1.0051.53  A
原子  226  CB  GLUA  26  20.298 -10.028 -20.791 1.0054.80  A
原子  227  CG  GLUA  26  19.047 -10.937 -20.924 1.0055.63  A
原子  228  CD  GLUA  26  18.834 -11.916 -19.764 1.0058.44  A
原子  229  OE1 GLUA  26  17.778 -12.595 -19.725 1.0058.82  A  
原子  230  OE2 GLUA  26  19.724 -12.023 -18.897 1.0058.97  A
原子  231  C   GLUA  26  21.094  -7.985 -22.113 1.0050.05  A
原子  232  O   GLUA  26  22.167  -7.584 -21.639 1.0050.48  A
原子  233  N   ASPA  27  20.229  -7.216 -22.730 1.0047.66  A
原子  234  CA  ASPA  27  20.426  -5.818 -22.828 1.0044.83  A
原子  235  CB  ASPA  27  19.920  -5.397 -24.202 1.0044.18  A
原子  236  CG  ASPA  27  20.345  -4.028 -24.586 1.0044.77  A
原子  237  OD1 ASPA  27  20.673  -3.855 -25.773 1.0047.00  A
原子  238  OD2 ASPA  27  20.333  -3.135 -23.715 1.0042.36  A
原子  239  C   ASPA  27  19.595  -5.228 -21.700 1.0043.93  A
原子  240  O   ASPA  27  18.425  -5.558 -21.529 1.0043.85  A
原子  241  N   PROA  28  20.221  -4.404 -20.860 1.0042.74  A
原子  242  CD  PROA  28  21.681  -4.466 -20.723 1.0040.77  A
原子  243  CA  PROA  28  19.571  -3.746 -19.723 1.0041.90  A
原子  244  CB  PROA  28  20.723  -3.059 -18.974  1.0042.27  A
原子  245  CG  PROA  28  21.985  -3.481 -19.663  1.0041.06  A
原子  246  C   PROA  28  18.503  -2.764 -20.181  1.0041.23  A
原子  247  O   PROA  28  17.531  -2.533 -19.464  1.0042.06  A
原子  248  N   LYSA  29  18.677  -2.221 -21.390  1.0041.53  A
原子  249  CA  LYSA  29  17.735  -1.249 -21.959  1.0039.49  A
原子  250  CB  LYSA  29  18.395  -0.407 -23.052  1.0044.02  A
原子  251  CG  LYSA  29  19.184   0.767 -22.527  1.0044.99  A
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原子  253  CE  LYSA  29  20.373   2.812 -23.280  1.0051.87  A
原子  254  NZ  LYSA  29  19.196   3.714 -23.171  1.0053.96  A
原子  255  C   LYSA  29  16.452  -1.829 -22.538  1.0039.01  A
原子  256  O   LYSA  29  15.432  -1.153 -22.597  1.0032.75  A
原子  257  N   ILEA  30  16.503  -3.073 -22.989  1.0040.47  A
原子  258  CA  ILEA  30  15.321  -3.696 -23.569  1.0040.91  A
原子  259  CB  ILEA  30  15.708  -4.749 -24.638  1.0037.22  A
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原子  261  CG1 ILEA  30  16.372  -4.050 -25.822  1.0032.15  A
原子  262  CD1 ILEA  30  17.028  -4.998 -26.797  1.0035.02  A
原子  263  C   ILEA  30  14.579  -4.395 -22.437  1.0043.92  A
原子  264  O   ILEA  30  13.358  -4.231 -22.269  1.0044.73  A
原子  265  N   GLUA  31  15.363  -5.144 -21.663  1.0042.61  A
原子  266  CA  GLUA  31  14.887  -5.939 -20.552  1.0043.14  A
原子  267  CB  GLUA  31  15.675  -7.211 -20.565  1.004636   A
原子  268  CG  GLUA  31  15.539  -7.959 -21.834  1.0052.65  A
原子  269  CD  GLUA  31  14.816  -9.236 -21.582  1.0058.46  A
原子  270  OE1 GLUA  31  13.567  -9.214 -21.527  1.0061.85  A
原子  271  OE2 GLUA  31  15.502 -10.263 -21.398  1.0061.65  A
原子  272  C   GLUA  31  14.980  -5.316 -19.164  1.0040.85  A
原子  273  O   GLUA  31  15.566  -5.902 -18.249  1.0038.71  A
原子  274  N   THRA  32  14.359  -4.155 -19.015  1.0039.14  A
原子  275  CA  THRA  32  14.350  -3.387 -17.781  1.0037.11  A
原子  276  CB  THRA  32  13.732  -2.025 -18.062  1.0040.05  A
原子  277  OG1 THRA  32  12.505  -2.185 -18.782  1.0040.87  A
原子  278  CG2 THRA  32  14.692  -1.190 -18.916  1.0033.55  A
原子  279  C   THRA  32  13.720  -3.976 -16.512  1.0036.64  A
原子  280  O   THRA  32  14.149  -3.640 -15.414  1.0034.19  A
原子  281  N   ASNA  33  12.712  -4.839 -16.644  1.0038.30  A
原子  282  CA  ASNA  33  12.089  -5.437 -15.472  1.0037.16  A
原子  283  CB  ASNA  33  10.723  -6.063 -15.841  1.0036.89  A
原子  284  CG  ASNA  33   9.575  -5.048 -15.775  1.0033.43  A
原子  285  OD1 ASNA  33   9.716  -3.986 -15.162  1.0030.32  A
原子  286  ND2 ASNA  33   8.425  -5.386 -16.368  1.0031.48  A 
原子  287  C   ASNA  33  13.033  -6.424 -14.762  1.0039.07  A
原子  288  O   ASNA  33  12.977  -6.533 -13.532  1.0041.04  A
原子  289  N   LYSA  34  13.920  -7.115 -15.484  1.0039.80  A
原子  290  CA  LYSA  34  14.854  -8.004 -14.772  1.0041.50  A
原子  291  CB  LYSA  34  15.303  -9.145 -15.632  1.0041.51  A
原子  292  CG  LYSA  34  15.046 -8.929 -17.080  1.0047.03  A
原子  293  CD  LYSA  34  15.873 -9.871 -17.913  1.0051.64  A
原子  294  CE  LYSA  34  15.873-11.292 -17.352  1.0051.85  A
原子  295  NZ  LYSA  34  16.923-11.545 -16.313  1.0054.15  A
原子  296  C   LYSA  34  16.071 -7.210 -14.322  1.0041.53  A
原子  297  O   LYSA  34  16.649 -7.483 -13.266  1.0043.70  A
原子  298  N   PHEA  35  16.460 -6.221 -15.126  1.0039.89  A
原子  299  CA  PHEA  35  17.579 -5.332 -14.760  1.0038.55  A
原子  300  CB  PHEA  35  17.688 -4.218 -15.849  1.0036.62  A
原子  301  CG  PHEA  35  18.642 -3.077 -15.554  1.0037.12  A
原子  302  CD1 PHEA  35  18.310 -1.799 -16.017  1.0037.37  A
原子  303  CD2 PHEA  35  19.823 -3.230 -14.823  1.0036.94  A
原子  304  CE1 PHEA  35  19.161 -0.701 -15.784  1.0043.08  A
原子  305  CE2 PHEA  35  20.664 -2.133 -14.593  1.0037.85  A   
原子  306  CZ  PHEA  35  20.310 -0.873 -15.068  1.0038.28  A
原子  307  C   PHEA  35  17.163 -4.886 -13.324  1.0036.20  A
原子  308  O   PHEA  35  17.878 -5.160 -12.371  1.0036.26  A
原子  309  N   ALAA  36  15.964 -4.338 -13.133  1.0034.83  A
原子  310  CA  ALAA  36  15.559 -3.976 -11.755  1.0031.80  A
原子  311  CB  ALAA  36  14.202 -3.270 -11.758  1.0027.32  A
原子  312  C   ALAA  36  15.536 -5.184 -10.768  1.0030.83  A 
原子  313  O   ALAA  36  15.932 -5.057  -9.596  1.0027.25  A
原子  314  N   ALAA  37  15.086 -6.351 -11.246  1.0030.32  A
原子  315  CA  ALAA  37  15.066 -7.569 -10.409  1.0030.71  A
原子  316  CB  ALAA  37  14.353 -8.730 -11.140  1.0028.33  A
原子  317  C   ALAA  37  16.488 -7.991 -10.032  1.0030.07  A
原子  318  O   ALAA  37  16.752 -8.434  -8.919  1.0030.03  A
原子  319  N   ILEA  38  17.408 -7.864 -10.977  1.0033.99  A
原子  320  CA  ILEA  38  18.795 -8.212 -10.695  1.0036.57  A
原子  321  CB  ILEA  38  19.719 -8.127 -11.962  1.0036.34  A
原子  322  CG2 ILEA  38  21.169 -8.294 -11.533  1.0035.22  A
原子  323  CG1 ILEA  38  19.363 -9.223 -12.985  1.0036.70  A
原子  324  CD1 ILEA  38  18.349-10.255 -12.507  1.0039.19  A
原子  325  C   ILEA  38  19.343 -7.299  -9.615  1.0035.29  A
原子  326  O   ILEA  38  19.920 -7.768  -8.657  1.0038.26  A
原子  327  N   CYSA  39  19.107 -5.998  -9.753  1.0037.22  A
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原子  330  SG  CYSA  39  19.977 -3.015 -10.800  1.0042.93  A
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原子  332  O   CYSA  39  19.844 -5.057  -6.414  1.0035.64  A
原子  333  N   THRA  40  17.790 -5.412  -7.219  1.0031.07  A
原子  334  CA  THRA  40  17.144 -5.584  -5.923  1.0028.40  A 
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原子  337  CG2 THRA  40  14.952 -5.924  -4.770  1.0030.14  A
原子  338  C   THRA  40  17.721 -6.737  -5.127  1.0028.69  A
原子  339  O   THRA  40  17.849 -6.681  -3.891  1.0028.36  A
原子  340  N   HISA 41  18.020 -7.802  -5.860  1.0027.91 A
原子  341  CA  HISA 41  18.545 -9.034  -5.294  1.0028.27 A
原子  342  CB  HISA 41  18.352-10.176  -6.279  1.0025.16 A
原子  343  CG  HISA 41  19.159-11.381  -5.946  1.0022.38 A
原子  344  CD2 HISA 41  19.019-12.294  -4.962  1.0023.88 A
原子  345  ND1 HISA 41  20.273-11.745  -6.665  1.0023.29 A
原子  346  CE1 HISA 41  20.785-12.841  -6.137  1.0024.39 A
原子  347  NE2 HISA 41  20.045-13.195  -5.102  1.0024.18 A
原子  348  C   HISA 41  19.997 -8.903  -5.000  1.0025.95 A
原子  349  O   HISA 41  20.539 -9.524  -4.112  1.0026.54 A
原子  350  N   LEUA 42  20.653 -8.131  -5.825  1.0032.18 A
原子  351  CA  LEUA 42  22.056 -7.915  -5.612  1.0035.76 A
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原子  354  CD1 LEUA 42  24.264 -6.385  -8.295  1.0033.98 A
原子  355  CD2 LEUA 42  25.023 -7.909  -6.497  1.0035.49 A
原子  356  C   LEUA 42  22.067 -7.094  -4.313  1.0037.40 A
原子  357  O   LEUA 42  22.800 -7.388  -3.382  1.0043.72 A
原子  358  N   GLUA 43  21.177 -6.109  -4.222  1.0039.03 A
原子  359  CA  GLUA 43  21.116 -5.258  -3.027  1.0040.12 A
原子  360  CB  GLUA 43  20.155 -4.058  -3.216  1.0043.45 A
原子  361 CG   GLUA 43  20.610 -2.802  -2.429  1.0048.40 A
原子  362  CD  GLUA 43  19.638 -1.623  -2.508  1.0051.64 A
原子  363  OE1 GLUA 43  19.272 -1.182  -3.622  1.0056.54 A
原子  364  OE2 GLUA 43  19.245 -1.114  -1.440  1.0052.79 A
原子  365  C   GLUA 43  20.745 -6.007  -1.746  1.0039.87 A
原子  366  O   GLUA 43  21.152 -5.596  -0.659  1.0041.49 A
原子  367  N   VALA 44  20.005 -7.110  -1.839  1.0038.37 A
原子  368  CA  VALA 44  19.654 -7.826  -0.604  1.0035.53 A
原子  369  CB  VALA 44  18.491 -8.828  -0.800  1.0035.23 A
原子  370  CG1 VALA 44  18.304 -9.657   0.456  1.0035.78 A
原子  371  CG2 VALA 44  17.204 -8.095  -1.116  1.0036.61 A
原子  372  C   VALA 44  20.858 -8.621  -0.123  1.0036.04 A
原子  373  O   VALA 44  21.116 -8.729   1.080  1.0033.16 A
原子  374  N   CYSA 45  21.583 -9.172  -1.090  1.0034.25 A
原子  375  CA  CYSA 45  22.764 -9.963  -0.819  1.0035.83 A
原子  376  CB  CYSA 45  23.336-10.476  -2.141  1.0035.02 A
原子  377  SG  CYSA 45  22.362-11.813  -2.936  1.0040.03 A
原子  378  C   CYSA 45  23.787 -9.106  -0.048  1.0036.91 A
原子  379  O   CYSA 45  24.556 -9.603   0.785  1.0033.76 A
原子  380  N   PHEA 46  23.792 -7.804  -0.316  1.0038.49 A
原子  381  CA  PHEA 46  24.700 -6.931   0.405  1.0037.16 A
原子  382  CB  PHEA 46  25.031 -5.660  -0.376  1.0039.49 A
原子  383  CG  PHEA 46  25.779 -5.902  -1.646  1.0043.99 A
原子  384  CD1 PHEA 46  26.892 -6.738  -1.676  1.0046.57 A
原子  385  CD2 PHEA 46  25.390 -5.274  -2.815  1.0046.19 A
原子  386  CE1 PHEA 46  27.603 -6.938  -2.856  1.0044.28 A
原子  387  CE2 PHEA 46  26.097 -5.473  -3.992  1.0045.67 A
原子  388  CZ  PHEA  46  27.203 -6.307 -4.010  1.0040.31 A
原子  389  C   PHEA  46  24.116 -6.529  1.749  1.0037.48 A
原子  390  O   PHEA  46  24.830 -6.485  2.745  1.0037.98 A
原子  391  N   META  47  22.825 -6.242  1.813  1.0036.87 A
原子  392  CA  META  47  22.283 -5.836  3.111  1.0038.47 A
原子  393  CB  META  47  20.777 -5.631  3.039  1.0037.55 A
原子  394  CG  META  47  20.355 -4.487  2.128  1.0042.04 A
原子  395  SD  META  47  18.766 -3.804  2.560  1.0043.14 A
原子  396  CE  META  47  17.614 -4.743  1.404  1.0043.24 A
原子  397  C   META  47  22.590 -6.942  4.117  1.0040.63 A
原子  398  O   META  47  23.003 -6.697  5.257  1.0042.62 A
原子  399  N   TYRA  48  22.404 -8.163  3.623  1.0039.69 A
原子  400  CA  TYRA  48  22.594 -9.432  4.320  1.0037.34 A
原子  401  CB  TYRA  48  21.958-10.517  3.409  1.0038.09 A
原子  402  CG  TYRA  48  21.451-11.799  4.049  1.0035.80 A
原子  403  CD1 TYRA  48  22.324-12.657  4.697  1.0036.18 A
原子  404  CE1 TYRA  48  21.878-13.877  5.243  1.0034.95 A
原子  405  CD2 TYRA  48  20.096-12.162  3.969  1.0038.08 A
原子  406  CE2 TYRA  48  19.635-13.373  4.497  1.0037.87 A
原子  407  CZ  TYRA  48  20.533-14.219  5.144  1.0036.76 A
原子  408  OH  TYRA  48  20.080-15.407  5.657  1.0035.00 A
原子  409  C   TYRA  48  24.027 -9.820  4.775  1.0037.15 A
原子  410  O   TYRA  48  24.174-10.424  5.839  1.0034.29 A
原子  411  N   SERA  49  25.074 -9.510  3.995  1.0039.36 A
原子  412 CA   SERA  49  26.449 -9.886  4.415  1.0043.91 A
原子  413  CB  SERA  49  27.481 -9.839  3.253  1.0045.79 A
原子  414  OG  SERA  49  27.049 -9.073  2.141  1.0048.61 A
原子  415  C   SERA  49  27.017 -9.082  5.580  1.0044.28 A
原子  416  O   SERA  49  27.129 -7.865  5.505  1.0045.47 A
原子  417  N   ARGA  75  31.819-11.861  8.497  1.0041.95 A
原子  418  CA  ARGA  75  31.154-13.133  8.780  1.0042.91 A
原子  419  CB  ARGA  75  29.935-12.969  9.675  1.0040.89 A
原子  420  CG  ARGA  75  29.152-14.320  9.740  1.0046.35 A
原子  421  CD  ARGA  75  27.688-14.191 10.184  1.0048.00 A
原子  422  NE  ARGA  75  26.961-15.466 10.264  1.0049.52 A
原子  423  CZ  ARGA  75  25.854-15.613 10.985  1.0049.57 A
原子  424  NH1 ARGA  75  25.400-14.572 11.660  1.0049.18 A
原子  425  NH2 ARGA  75  25.187-16.762 11.026  1.0047.00 A
原子  426  C   ARGA  75  30.618-13.816  7.544  1.0044.58 A
原子  427  O   ARGA  75  30.443-15.035  7.517  1.0042.56 A
原子  428  N   PHEA  76  30.286-13.001  6.559  1.0044.38 A
原子  429  CA  PHEA  76  29.735-13.473  5.325  1.0045.14 A
原子  430  CB  PHEA  76  28.437-12.736  5.047  1.0042.47 A
原子  431  CG  PHEA  76  27.315-13.232  5.848  1.0040.56 A
原子  432  CD1 PHEA  76  26.734-12.455  6.832  1.0039.54 A
原子  433  CD2 PHEA  76  26.892-14.547  5.672  1.0039.84 A
原子  434  CE1 PHEA  76  25.719-12.987  7.623  1.0038.10 A
原子  435  CE2 PHEA  76  25.900-15.082  6.431  1.0038.89 A
原子  436  CZ  PHEA  76  25.312-14.311  7.428  1.0038.25 A
原子  437  C   PHEA  76  30.707-13.170  4.244  1.0047.00 A
原子  438  O   PHEA  76  31.500-12.255  4.383  1.0047.41 A
原子  439  N   GLUA  77  30.653-13.914  3.149  1.0048.93 A
原子  440  CA  GLUA  77  31.534-13.617  2.026  1.0051.25 A
原子  441  CB  GLUA  77  32.574-14.744  1.834  1.0048.93 A
原子  442  CG  GLUA  77  33.329-14.713  0.502  1.0053.34 A
原子  443  CD  GLUA  77  34.294-13.538  0.364  1.0058.18 A
原子  444  OE1 GLUA  77  35.426-13.613  0.895  1.0057.63 A
原子  445  OE2 GLUA  77  33.919-12.531 -0.278  1.0061.59 A
原子  446  C   GLUA  77  30.592-13.497  0.827  1.0052.25 A
原子  447  O   GLUA  77  29.837-14.440  0.569  1.0052.35 A
原子  448  N   ILEA  78  30.588-12.347  0.126  1.0054.08 A
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原子  452  CG1 ILEA  78  30.100 -9.676 -0.803  1.0055.99 A
原子  453  CD1 ILEA  78  29.107 -8.842 -0.067  1.0055.00 A
原子  454  C   ILEA  78  30.313-12.941 -2.216  1.0051.21 A
原子  455  O   ILEA  78  31.487-12.754 -2.543  1.0053.03 A
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原子  457  CA  ILEA  79  29.812-14.518 -4.032  1.0043.50 A
原子  458  CB  ILEA  79  29.273-15.927 -3.845  1.0040.48 A
原子  459  CG2 ILEA  79  29.778-16.847 -4.937  1.0044.90 A
原子  460  CG1 ILEA  79  29.666-16.427 -2.453  1.0037.21 A
原子  461  CD1 ILEA  79  30.545-17.632 -2.466  1.0037.28 A
原子  462  C   ILEA  79  29.115-13.846 -5.215  1.0043.40 A
原子  463  O   ILEA  79  29.698-13.684 -6.277  1.0042.18 A
原子  464  N   GLUA  80  27.864-13.441 -4.994  1.0044.19 A
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原子  467  CG  GLUA  80  24.668-11.886 -6.439  1.0045.12 A
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原子  469  OE1 GLUA  80  25.298-12.648 -8.597  1.0043.73 A
原子  470  OE2 GLUA  80  23.506-13.529 -7.683  1.0045.10 A
原子  471  C   GLUA  80  27.613-11.404 -6.368  1.0043.67 A
原子  472  O   GLUA  80  28.053-10.674 -5.494  1.0046.02 A
原子  473  N   GLYA  81  27.591-11.048 -7.647  1.0043.11 A
原子  474  CA  GLYA  81  28.110 -9.745 -8.030  1.0044.72 A
原子  475  C   GLYA  81  29.525 -9.816 -8.563  1.0045.52 A
原子  476  O   GLYA  81  29.956 -8.954 -9.325  1.0047.39 A
原子  477  N   ARGA  82  30.247-10.855 -8.160  1.0045.70 A
原子  478  CA  ARGA  82  31.614-11.067 -8.613  1.0045.43 A
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原子  480  CG  ARGA  82  32.606-11.555 -6.199  1.0046.17 A
原子  481  CD  ARGA  82  33.412-12.624 -5.390  1.0048.12 A
原子  482  NE  ARGA  82  33.592-12.256 -3.983  1.0051.12 A
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原子  505  C    ARGA  84  33.537-16.421 -12.337  1.0040.76 A
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原子  507  N    THRA  85  34.650-15.987 -12.915  1.0039.50 A
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原子  509  CB   THRA  85  36.968-16.060 -13.754  1.0036.42 A
原子  510  OG1  THRA  85  36.763-16.742 -15.008  1.0042.11 A
原子  511  CG2  THRA  85  38.377-16.230 -13.298  1.0038.23 A
原子  512  C    THRA  85  36.421-16.350 -11.242  1.0038.76 A
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原子  514  N    META  86  36.121-15.162 -10.720  1.0041.86 A
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原子  517  CG   META  86  36.667-12.633  -7.861  1.0057.79 A
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原子  519  CE   META  86  39.057-11.836  -6.502  1.0064.38 A
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原子  525  C    ALAA  87  33.651-17.849  -7.671  1.0040.41 A
原子  526  O    ALAA  87  33.531-18.352  -6.556  1.0039.41 A
原子  527  N    TRPA  88  34.058-18.543  -8.725  1.0042.61 A
原子  528  CA   TRPA  88  34.441-19.936  -8.564  1.0042.23 A
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原子  530  CG   TRPA  88  33.008-21.102 -10.366  1.0040.99 A
原子  531  CD2  TRPA  88  32.153-22.081  -9.739  1.0042.30 A
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原子  686  CG  ASPA108  22.812-15.439  -4.052  1.0040.14 A
原子  687  OD1 ASPA108  23.251-15.265  -5.204  1.0040.70 A
原子  688  OD2 ASPA108  21.613-15.719  -3.826  1.0040.82 A
原子  689  C   ASPA108  26.073-15.495  -2.064  1.0040.30 A
原子  690  O   ASPA108  26.755-14.477  -2.128  1.0044.69 A
原子  691  N   LEUA109  26.087-16.330  -1.037  1.0040.01 A
原子  692  CA  LEUA109  26.888-16.070   0.139  1.0038.75 A
原子  693  CB  LEUA109  26.047-15.364   1.209  1.0035.61 A
原子  694  CG  LEUA109  25.554-13.924   1.152  1.0034.93 A
原子  695  CD1 LEUA109  24.761-13.642   2.434  1.0036.76 A 
原子  696  CD2 LEUA109  26.717-12.976   1.062  1.0038.70 A 
原子  697  C   LEUA109  27.456-17.298   0.795  1.0039.03 A 
原子  698  O   LEUA109  27.100-18.430   0.500  1.0038.99 A
原子  699  N   TYRA110  28.331-17.035   1.739  1.0038.65 A
原子  700  CA  TYRA110  28.902-18.103   2.481  1.0039.37 A
原子  701  CB  TYRA110  30.202-18.558   1.852  1.0041.64 A
原子  702  CG  TYRA110  30.828-19.646   2.667  1.0040.06 A
原子  703  CD1 TYRA110  30.519-20.991   2.465  1.0040.71 A
原子  704  CE1 TYRA110  31.081-21.976   3.276  1.0040.45 A 
原子  705  CD2 TYRA110  31.694-19.314   3.688  1.0040.36 A
原子  706  CE2 TYRA110  32.231-20.248   4.507  1.0042.36 A
原子  707  CZ  TYRA110  31.938-21.581   4.305  1.0043.06 A
原子  708  OH  TYRA110  32.517-22.476   5.166  1.0049.40 A
原子  709  C   TYRA110  29.055-17.592   3.903  1.0041.72 A
原子  710  O   TYRA110  29.552-16.478   4.142  1.0039.70 A
原子  711  N   ASPA111  28.541-18.410   4.825  1.0043.66 A
原子  712  CA  ASPA111  28.511-18.149   6.263  1.0045.72 A
原子  713  CB  ASPA111  27.109-18.533   6.770  1.0048.49 A
原子  714  CG  ASPA111  26.789-18.025   8.186  1.0050.22 A
原子  715  OD1 ASPA111  25.596-18.106   8.569  1.0052.51 A
原子  716  OD2 ASPA111  27.690-17.547   8.906  1.0051.41 A
原子  717  C   ASPA111  29.537-19.067   6.902  1.0048.87 A
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原子  719  N   TYRA112  30.606-18.540   7.487  1.0050.31 A
原子  720  CA  TYRA112  31.533-19.457   8.130  1.0053.30 A
原子  721  CB  TYRA112  33.024-19.112   7.809  1.0055.43 A
原子  722  CG  TYRA112  33.269-17.699   7.375  1.0054.66 A
原子  723  CD1 TYRA112  33.744-17.367   6.090  1.0053.25 A
原子  724  CE1 TYRA 112  33.870-16.021   5.717  1.0057.26 A
原子  725  CD2 TYRA 112  32.979-16.685   8.253  1.0058.61 A
原子  726  CE2 TYRA 112  33.113-15.398   7.913  1.0060.19 A
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原子  729  C   TYRA 112  31.189-19.587   9.643  1.0055.08 A
原子  730  O   TYRA 112  31.837-20.331  10.372  1.0056.73 A
原子  731  N   LYSA 113  30.120-18.900  10.072  1.0055.29 A
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原子  745  OE1 GLUA 114  25.059-21.295  13.095  1.0059.01 A
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原子  755  C   ASNA 115  29.105-23.488   6.615  1.0052.00 A
原子  756  O   ASNA 115  29.221-24.712   6.461  1.0049.66 A
原子  757  N   ARGA 116  28.338-22.720   5.831  1.0047.90 A
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原子  759  CB  ARGA 116  26.143-23.602   5.110  1.0043.12 A
原子  760  CG  ARGA 116  25.551-22.664   6.126  1.0040.16 A
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原子  795  O    GLUA 119  19.518-18.156  -0.6201.0037.77 A
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原子  849  OE1GLUA 126  1.409-15.269  -3.570 1.0061.97 A
原子  850  OE2GLUA 126  1.410-16.571  -1.815 1.0065.58 A
原子  851  C  GLUA 126  5.818-17.599  -3.336 1.0041.81 A
原子  852  O  GLUA 126  6.426-18.332  -4.126 1.0039.90 A
原子  853  N  VALA 127  6.297-17.293  -2.111 1.0040.69 A
原子  854  CA VALA 127  7.632-17.811  -1.702 1.0040.14 A
原子  855  CB VALA 127  8.269-17.174  -0.334 1.0039.75 A
原子  856  CG1VALA 127  8.103-15.655  -0.285 1.0041.88 A
原子  857  CG2VALA 127  7.720-17.840   0.930 1.0038.77 A
原子  858  C  VALA 127  7.828-19.322  -1.612 1.0036.68 A
原子  859  O  VALA 127  8.921-19.806  -1.821 1.0035.98 A
原子  860  N  HISA 128  6.792-20.078  -1.284 1.0039.04 A
原子  861  CA HISA 128  6.954-21.533  -1.208 1.0041.10 A
原子  862  CB HISA 128  5.657-22.197  -0.665 1.0048.32 A
原子  863  CG HISA 128  5.896-23.237   0.404 1.0053.52 A
原子  864  CD2HISA 128  6.767-24.271   0.473 1.0054.99 A
原子  865  ND1HISA 128  5.136-23.301   1.555 1.0056.78 A
原子  866  CE1HISA 128  5.526-24.333   2.283 1.0058.24 A
原子  867  NE2HISA 128  6.513-24.939   1.653 1.0057.75 A
原子  868  C  HISA 128  7.348-22.068 -2.596  1.0039.17 A
原子  869  O  HISA 128  8.143-22.990 -2.729  1.0042.64 A
原子  870  N  THRA 129  6.804-21.450 -3.630  1.0037.95 A
原子  871  CA THRA 129  7.088-21.809 -5.028  1.0038.32 A
原子  872  CB THRA 129  6.207-20.942 -5.947  1.0037.58 A
原子  873  OG1THRA 129  4.871-21.002 -5.459  1.0040.76 A
原子  874  CG2THRA 129  6.214-21.420 -7.380  1.0036.21 A
原子  875  C  THRA 129  8.549-21.562 -5.354  1.0036.95 A
原子  876  O  THRA 129  9.306-22.477 -5.695  1.0039.92 A
原子  877  N  TYRA 130  8.927-20.306 -5.187  1.0034.37 A
原子  878  CA TYRA 130 10.269-19.867 -5.434  1.0030.60 A
原子  879  CB TYRA 130 10.333-18.377 -5.151  1.0031.20 A
原子  880  CG TYRA 130 11.530-17.730 -5.745  1.0033.62 A
原子  881  CD1TYRA 130 11.485-17.164 -7.020  1.0035.12 A
原子  882  CE1TYRA 130 12.629-16.671 -7.620  1.0037.12 A
原子  883  CD2TYRA 130 12.738-17.769 -5.081  1.0034.62 A
原子  884  CE2TYRA 130 13.877-17.301 -5.663  1.0035.73 A
原子  885  CZ TYRA 130 13.825-16.744 -6.932  1.0035.96 A
原子  886  OH TYRA 130 14.972-16.285 -7.525  1.0033.23 A
原子  887  C  TYRA 130 11.267-20.653 -4.595  1.0031.28 A
原子  888  O  TYRA 130 12.294-21.071 -5.094  1.0034.85 A
原子  889  N  TYRA 131 10.940-20.887 -3.331  1.0031.94 A
原子  890  CA TYRA 131 11.820-21.659 -2.454  1.0031.28 A
原子  891  CB TYRA 131 11.223-21.776 -1.029  1.0030.28 A
原子  892  CG TYRA 131 12.129-22.520 -0.054  1.0030.07 A
原子  893  CD1TYRA 131 13.057-21.838  0.734  1.0029.22 A
原子  894  CE1TYRA 131 13.949-22.516  1.546  1.0029.21 A
原子  895  CD2TYRA 131 12.102-23.914  0.023  1.0030.39 A
原子  896  CE2TYRA 131 12.988-24.606  0.841  1.0031.90 A
原子  897  CZ TYRA 131 13.900-23.912  1.602  1.0035.09 A
原子  898  OH TYRA 131 14.740-24.663  2.399  1.0030.92 A
原子  899  C  TYRA 131 12.119-23.069 -2.992  1.0034.16 A
原子  900  O  TYRA 131 13.269-23.533 -2.957  1.0036.26 A
原子  901  N  LEUA 132 11.072-23.743 -3.484  1.0033.40 A
原子  902  CA LEUA 132 11.187-25.115 -4.031  1.0034.56 A
原子  903  CB LEUA 132  9.806-25.766 -4.192  1.0033.83 A
原子  904  CG LEUA 132  8.995-25.957 -2.901  1.0035.27 A
原子  905  CD1LEUA 132  7.591-26.500 -3.170  1.0036.00 A
原子  906  CD2LEUA 132  9.773-26.880 -2.004  1.0034.65 A
原子  907  C  LEUA 132 11.876-25.118 -5.392  1.0034.21 A
原子  908  O  LEUA 132 12.743-25.953 -5.671  1.0035.75 A
原子  909  N  GLUA 133 11.455-24.191 -6.242  1.0035.35 A
原子  910  CA GLUA 133 12.030-24.081 -7.562  1.0036.07 A
原子  911  CB GLUA 133 11.568-22.783 -8.223  1.0037.15 A
原子  912  CG GLUA 133 10.190-22.875 -8.794  1.0045.06 A
原子  913  CD GLUA 133  9.806-21.632 -9.588  1.0047.69 A
原子  914  OE1GLUA 133  8.828-21.741-10.347  1.0047.66 A
原子  915  OE2GLUA 133 10.465-20.564 -9.474  1.0050.69 A
原子  916  C  GLUA 133  13.518-24.053  -7.347  1.0034.84 A
原子  917  O  GLUA 133  14.304-24.677  -8.057  1.0033.55 A
原子  918  N  LYSA 134  13.897-23.281  -6.342  1.0034.95 A
原子  919  CA LYSA 134  15.296-23.128  -6.000  1.0031.11 A
原子  920  CB LYSA 134  15.490-21.914  -5.081  1.0035.38 A
原子  921  CG LYSA 134  16.923-21.663  -4.697  1.0039.02 A
原子  922  CD LYSA 134  17.735-21.209  -5.897  1.0043.95 A
原子  923  CE LYSA 134  17.143-19.959  -6.530  1.0045.28 A
原子  924  NZ LYSA 134  17.554-18.700  -5.848  1.0049.58 A
原子  925  C  LYSA 134  15.855-24.384  -5.342  1.0030.23 A
原子  926  O  LYSA 134  16.933-24.842  -5.717  1.0029.89 A
原子  927  N  ALAA 135  15.152-24.938  -4.359  1.0029.17 A
原子  928  CA ALAA 135  15.653-26.144  -3.728  1.0034.89 A
原子  929  CB ALAA 135  14.718-26.585  -2.635  1.0033.35 A
原子  930  C  ALAA 135  15.811-27.249  -4.788  1.0037.09 A
原子  931  O  ALAA 135  16.720-28.064  -4.697  1.0040.46 A
原子  932  N  ASNA 136  14.957-27.264  -5.801  1.0035.69 A
原子  933  CA ASNA 136  15.057-28.284  -6.816  1.0037.09 A
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原子  935  CG ASNA 136  12.688-29.077  -6.548  1.0036.71 A
原子  936  OD1ASNA 136  11.656-28.483  -6.252  1.0044.58 A
原子  937  ND2ASNA 136  13.001-30.264  -6.052  1.0032.42 A
原子  938  C  ASNA 136  16.154-28.034  -7.826  1.0038.19 A
原子  939  O  ASNA 136  16.685-28.972  -8.429  1.0039.68 A
原子  940  N  LYSA 137  16.501-26.770  -8.017  1.0037.96 A
原子  941  CA LYSA 137  17.558-26.462  -8.951  1.0035.93 A
原子  942  CB LYSA 137  17.616-24.967  -9.275  1.0037.08 A
原子  943  CG LYSA 137  18.803-24.647 -10.182  1.0037.10 A
原子  944  CD LYSA 137  18.758-23.264 -10.762  1.0042.03 A
原子  945  CE LYSA 137  19.888-22.445 -10.211  1.0043.50 A
原子  946  NZ LYSA 137  19.408-21.776  -8.995  1.0048.74 A
原子  947  C  LYSA 137  18.898-26.886  -8.383  1.0037.04 A
原子  948  O  LYSA 137  19.649-27.619  -9.028  1.0038.14 A
原子  949  N  ILEA 138  19.188-26.434  -7.167  1.0036.36 A
原子  950  CA ILEA 138  20.470-26.724  -6.539  1.0038.55 A
原子  951  CB ILEA 138  20.780-25.645  -5.460  1.0036.80 A
原子  952  CG2ILEA 138  20.795-24.255  -6.113  1.0035.37 A
原子  953  CG1ILEA 138  19.714-25.669  -4.358  1.0038.81 A
原子  954  CD1ILEA 138  20.181-25.052  -3.056  1.0042.15 A
原子  955  C  ILEA 138  20.784-28.128  -5.986  1.0039.85 A
原子  956  O  ILEA 138  21.942-28.407  -5.714  1.0039.25 A
原子  957  N  LYSA 139  19.794-29.005  -5.822  1.0043.92 A
原子  958  CA LYSA 139  20.048-30.372  -5.332  1.0046.91 A
原子  959  CB LYSA 139  20.527-31.259  -6.468  1.0049.26 A
原子  960  CG LYSA 139  19.444-32.124  -7.030  1.0050.15 A
原子  961  CD LYSA 139  18.661-31.420  -8.093  1.0048.99 A
原子  962  CE LYSA 139  19.265-31.698  -9.438  1.0050.64 A
原子  963  NZ LYSA 139  18.217-31.552 -10.468  1.0054.26 A
原子  964  C  LYSA 139  21.041-30.481  -4.190  1.0049.33 A
原子  965  O  LYSA 139  22.111-31.081  -4.293  1.0050.85 A
原子  966  N  SERA 140  20.606-29.875  -3.104  1.0052.79 A
原子  967  CA SERA 140  21.293-29.677  -1.838  1.0055.20 A
原子  968  CB SERA 140  20.597-28.599  -1.110  1.0060.55 A
原子  969  OG SERA 140  19.530-29.261  -0.414  1.0060.32 A
原子  970  C  SERA 140  21.401-30.715  -0.728  1.0056.75 A
原子  971  O  SERA 140  20.803-31.795  -0.681  1.0060.15 A
原子  972  N  GLUA 141  22.114-30.279   0.282  1.0054.73 A
原子  973  CA GLUA 141  22.270-31.105   1.443  1.0055.75 A
原子  974  CB GLUA 141  23.477-32.062   1.268  1.0059.79 A
原子  975  CG GLUA 141  23.889-32.376  -0.198  1.0063.01 A
原子  976  CD GLUA 141  25.427-32.432  -0.421  1.0066.92 A
原子  977  OE1GLUA 141  26.129-33.236   0.239  1.0068.56 A
原子  978  OE2GLUA 141  25.956-31.681  -1.277  1.0067.21 A
原子  979  C  GLUA 141  22.590-30.068   2.471  1.0054.83 A
原子  980  O  GLUA 141  21.943-29.935   3.515  1.0051.66 A
原子  981  N  LYSA 142  23.532-29.244   2.054  1.0052.85 A
原子  982  CA LYSA 142  24.096-28.255   2.922  1.0053.68 A
原子  983  CB LYSA 142  25.571-28.624   2.996  1.0052.79 A
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原子  985  CD LYSA 142  26.895-30.882   3.069  1.0054.74 A
原子  986  CE LYSA 142  28.080-30.632   3.978  1.0053.87 A
原子  987  NZ LYSA 142  28.873-29.477   3.497  1.0054.33 A
原子  988  C  LYSA 142  23.888-26.764   2.704  1.0051.28 A
原子  989  O  LYSA 142  24.042-25.967   3.641  1.0054.13 A
原子  990  N  THRA 143  23.530-26.375   1.488  1.0048.14 A
原子  991  CA THRA 143  23.320-24.958   1.187  1.0043.32 A
原子  992  CB THRA 143  23.413-24.748  -0.311  1.0043.87 A
原子  993  OG1THRA 143  22.397-25.528  -0.941  1.0050.19 A
原子  994  CG2THRA 143  24.768-25.233  -0.803  1.0037.06 A
原子  995  C  THRA 143  21.975-24.502   1.728  1.0037.30 A
原子  996  O  THRA 143  20.967-25.149   1.495  1.0032.21 A
原子  997  N  HISA 144  21.988-23.378   2.440  1.0032.95 A
原子  998  CA HISA 144  20.795-22.817   3.049  1.0029.49 A
原子  999  CB HISA 144  21.207-21.900   4.197  1.0031.84 A
原子  1000 CG HISA 144  20.315-22.004   5.389  1.0036.42 A
原子  1001 CD2HISA 144  19.538-21.080   5.999  1.0034.47 A
原子  1002 ND1HISA 144  20.098-23.193   6.051  1.0038.07 A
原子  1003 CE1HISA 144  19.213-23.000   7.014  1.0040.13 A
原子  1004 NE2HISA 144  18.856-21.729   7.002  1.0041.00 A
原子  1005 C  HISA 144  20.007-22.032   1.994  1.0030.28 A
原子  1006 O  HISA 144  20.553-21.598   0.978  1.0029.35 A
原子  1007 N  ILEA 145  18.716-21.865   2.200  1.0028.99 A
原子  1008 CA ILEA 145  17.964-21.103   1.227  1.0031.65 A
原子  1009 CB ILEA 145  17.007-21.979   0.374  1.0032.45 A
原子  1010 CG2ILEA 145  16.054-21.064  -0.344  1.0032.11 A
原子  1011 CG1ILEA 145  17.776-22.830  -0.654  1.0032.64 A
原子  1012  CD1ILEA 145  17.012-24.055 -1.210  1.0030.51 A
原子  1013  C  ILEA 145  17.147-20.105  2.003  1.0030.21 A
原子  1014  O  ILEA 145  16.550-20.447  3.011  1.0032.21 A
原子  1015  N  HISA 146  17.128-18.871  1.530  1.0032.11 A
原子  1016  CA HISA 146  16.391-17.855  2.215  1.0032.60 A
原子  1017  CB HISA 146  17.329-17.142  3.184  1.0033.23 A
原子  1018  CG HISA 146  16.600-16.325  4.186  1.0034.21 A
原子  1019  CD2HISA 146  15.421-15.653  4.113  1.0032.02 A
原子  1020  ND1HISA 146  17.048-16.161  5.476  1.0035.12 A
原子  1021  CE1HISA 146  16.181-15.438  6.157  1.0032.54 A
原子  1022  NE2HISA 146  15.183-15.118  5.350  1.0033.53 A
原子  1023  C  HISA 146  15.745-16.890  1.199  1.0030.33 A
原子  1024  O  HISA 146  16.430-16.174  0.476  1.0030.09 A
原子  1025  N  ILEA 147  14.416-16.886  1.145  1.0031.29 A
原子  1026  CA ILEA 147  13.697-16.045  0.207  1.0031.65 A
原子  1027  CB ILEA 147  12.805-16.933 -0.753  1.0033.25 A
原子  1028  CG2ILEA 147  11.833-16.092 -1.608  1.0032.35 A
原子  1029  CG1ILEA 147  13.746-17.774 -1.652  1.0032.01 A
原子  1030  CD1ILEA 147  13.564-19.300 -1.437  1.0037.64 A
原子  1031  C  ILEA 147  12.911-14.977  0.936  1.0032.33 A
原子  1032  O  ILEA 147  12.326-15.192  2.012  1.0034.92 A
原子  1033  N  PHEA 148  12.971-13.796  0.344  1.0032.27 A
原子  1034  CA PHEA 148  12.293-12.612  0.842  1.0034.34 A
原子  1035  CB PHEA 148  13.275-11.454  0.955  1.0031.26 A
原子  1036  CG PHEA 148  14.182-11.564  2.113  1.0031.50 A
原子  1037  CD1PHEA 148  15.494-12.028  1.973  1.0031.86 A
原子  1038  CD2PHEA 148  13.711-11.248  3.367  1.0031.72 A
原子  1039  CE1PHEA 148  16.322-12.178  3.098  1.0033.44 A
原子  1040  CE2PHEA 148  14.509-11.394  4.491  1.0033.54 A
原子  1041  CZ PHEA 148  15.813-11.855  4.355  1.0032.39 A
原子  1042  C  PHEA 148  11.322-12.255 -0.249  1.0035.27 A
原子  1043  O  PHEA 148  11.538-12.587 -1.412  1.0036.54 A
原子  1044  N  SERA 149  10.251-11.574  0.098  1.0037.34 A
原子  1045  CA SERA 149   9.374-11.15  -0.964  1.0039.57 A
原子  1046  CB SERA 149   8.029-11.91  -0.927  1.0037.31 A
原子  1047  OG SERA 149   7.225-11.569  0.184  1.0040.03 A
原子  1048  C  SERA 149   9.203-9.661  -0.831  1.0040.29 A
原子  1049  O  SERA 149   9.898-9.013  -0.056  1.0040.76 A
原子  1050  N  PHEA 150   8.290-9.113  -1.611  1.0039.73 A
原子  1051  CA PHEA 150   8.039-7.700  -1.536  1.0039.89 A
原子  1052  CB PHEA 150   7.684-7.121  -2.916  1.0038.54 A
原子  1053  CG PHEA 150   8.884-6.726  -3.720  1.0038.70 A
原子  1054  CD1PHEA 150   9.452-7.615  -4.612  1.0036.91 A
原子  1055  CD2PHEA 150   9.486-5.490  -3.540  1.0039.59 A
原子  1056  CE1PHEA 150  10.599-7.290  -5.317  1.0031.97 A
原子  1057  CE2PHEA 150  10.629-5.153  -4.229  1.0039.19 A
原子  1058  CZ PHEA 150  11.193-6.048  -5.118  1.0040.87 A
原子  1059  C  PHEA 150   6.898-7.503  -0.561  1.0042.11 A
原子  1060  O  PHEA 150  6.594 -6.368 -0.185  1.0044.70 A
原子  1061  N  THRA 151  6.260 -8.605 -0.162  1.0042.86 A
原子  1062  CA THRA 151  5.125 -8.539  0.760  1.0044.07 A
原子  1063  CB THRA 151  4.074 -9.63  20.488  1.0046.05 A
原子  1064  OG1THRA 151  4.525-10.860  1.077  1.0044.09 A
原子  1065  CG2THRA 151  3.847 -9.849 -0.994  1.0041.69 A
原子  1066  C  THRA 151  5.446 -8.722  2.256  1.0044.86 A
原子  1067  O  THRA 151  4.556 -8.545  3.095  1.0046.27 A
原子  1068  N  GLYA 152  6.677 -9.117  2.589  1.0043.05 A
原子  1069  CA GLYA 152  7.044 -9.337  3.989  1.0040.46 A
原子  1070  C  GLYA 152  7.266-10.801  4.377  1.0040.98 A
原子  1071  O  GLYA 152  7.975-11.110  5.329  1.0040.02 A
原子  1072  N  GLUA 153  6.634-11.702  3.628  1.0041.20 A
原子  1073  CA GLUA 153  6.733-13.152  3.819  1.0041.06 A
原子  1074  CB GLUA 153  5.662-13.851  2.916  1.0042.73 A
原子  1075  CG GLUA 153  5.596-15.398  2.897  1.0049.73 A
原子  1076  CD GLUA 153  4.321-15.947  2.199  1.0053.42 A
原子  1077  OE1GLUA 153  3.235-15.928  2.822  1.0053.34 A
原子  1078  OE2GLUA 153  4.396-16.381  1.024  1.0053.84 A
原子  1079  C  GLUA 153  8.162-13.615  3.464  1.0040.34 A
原子  1080  O  GLUA 153  8.727-13.183  2.454  1.0040.91 A
原子  1081  N  GLUA 154  8.754-14.454  4.316  1.0038.52 A
原子  1082  CA GLUA 154 10.087-15.021  4.056  1.0038.65 A
原子  1083  CB GLUA 154 11.161-14.414  4.997  1.0038.03 A
原子  1084  CG GLUA 154 10.812-14.493  6.483  1.0040.42 A
原子  1085  CD GLUA 154 11.724-13.639  7.399  1.0046.82 A
原子  1086  OE1GLUA 154 11.247-13.272  8.498  1.0049.40 A
原子  1087  OE2GLUA 154 12.895-13.349  7.036  1.0041.06 A
原子  1088  C  GLUA 154  9.951-16.515  4.317  1.0038.83 A
原子  1089  O  GLUA 154  8.947-16.936  4.878  1.0040.73 A
原子  1090  N  META 155 10.965-17.284  3.921  1.0037.18 A
原子  1091  CA META 155 11.032-18.726  4.113  1.0036.04 A
原子  1092  CB META 155 10.267-19.483  3.025  1.0039.30 A
原子  1093  CG META 155 10.196-20.994  3.256  1.0038.48 A
原子  1094  SD META 155  9.133-21.658  1.959  1.0046.96 A
原子  1095  CE META 155  7.927-22.561  2.850  1.0045.52 A
原子  1096  C  META 155 12.506-19.039  4.006  1.0034.02 A
原子  1097  O  META 155 13.144-18.708  3.023  1.0033.65 A
原子  1098  N  ALAA 156 13.035-19.673  5.038  1.0035.17 A
原子  1099  CA ALAA 156 14.428-20.063  5.098  1.0033.80 A
原子  1100  CB ALAA 156 15.163-19.173  6.088  1.0030.33 A
原子  1101  C  ALAA 156 14.520-21.515  5.536  1.0033.74 A
原子  1102  O  ALAA 156 13.726-21.968  6.334  1.0034.63 A
原子  1103  N  THRA 157 15.490-22.231  4.996  1.0035.03 A
原子  1104  CA THRA 157 15.696-23.631  5.318  1.0038.19 A
原子  1105  CB THRA 157 17.050-24.124  4.722  1.0038.78 A
原子  1106  OG1THRA 157 17.081-23.841  3.311  1.0037.14 A
原子  1107  CG2THRA 157 17.245-25.620  5.002  1.0037.68 A
原子 1108 C  THRA 157 15.667-23.958  6.819  1.0039.97 A
原子 1109 O  THRA 157 16.353-23.307  7.618  1.0042.20 A
原子 1110 N  LYSA 158 14.851-24.969  7.162  1.0040.33 A
原子 1111 CA LYSA 158 14.640-25.518  8.524  1.0039.35 A
原子 1112 CB LYSA 158 15.925-26.236  9.007  1.0038.81 A
原子 1113 CG LYSA 158 16.525-27.227  7.985  1.0040.96 A
原子 1114 CD LYSA 158 17.319-28.414  8.631  1.0044.46 A
原子 1115 CE LYSA 158 18.852-28.325  8.494  1.0046.71 A
原子 1116 NZ LYSA 158 19.488-29.675  8.357  1.0052.72 A
原子 1117 C  LYSA 158 14.157-24.539  9.598  1.0041.30 A
原子 1118 O  LYSA 158 14.186-24.843 10.802  1.0043.06 A
原子 1119 N  ALAA 159 13.679-23.396  9.101  1.0040.51 A
原子 1120 CA ALAA 159 13.191-22.227  9.837  1.0039.68 A
原子 1121 CB ALAA 159 12.063-22.568 10.842  1.0039.56 A
原子 1122 C  ALAA 159 14.373-21.576 10.534  1.0042.06 A
原子 1123 O  ALAA 159 14.208-20.808 11.476  1.0041.19 A
原子 1124 N  ASPA 160 15.579-21.906 10.079  1.0040.07 A
原子 1125 CA ASPA 160 16.759-21.289 10.652  1.0037.14 A
原子 1126 CB ASPA 160 17.979-22.216 10.507  1.0037.65 A
原子 1127 CG ASPA 160 19.289-21.576 10.984  1.0037.80 A
原子 1128 OD1ASPA 160 20.315-22.285 10.990  1.0036.92 A
原子 1129 OD2ASPA 160 19.302-20.383 11.361  1.0036.44 A
原子 1130 C  ASPA 160 16.898-20.031  9.809  1.0034.50 A
原子 1131 O  ASPA 160 17.428-20.039  8.709  1.0035.45 A
原子 1132 N  TYRA 161 16.381-18.941 10.343  1.0035.75 A
原子 1133 CA TYRA 161 16.399-17.672  9.645  1.0035.81 A
原子 1134 CB TYRA 161 15.222-16.829 10.138  1.0036.43 A
原子 1135 CG TYRA 161 13.912-17.387  9.582  1.0038.98 A
原子 1136 CD1TYRA 161 13.272-18.467 10.189  1.0039.18 A
原子 1137 CE1TYRA 161 12.199-19.112  9.573  1.0040.53 A
原子 1138 CD2TYRA 161 13.422-16.950  8.349  1.0038.32 A
原子 1139 CE2TYRA 161 12.348-17.580  7.725  1.0043.06 A
原子 1140 CZ TYRA 161 11.746-18.669  8.345  1.0041.69 A
原子 1141 OH TYRA 161 10.719-19.330  7.719  1.0043.09 A
原子 1142 C  TYRA 161 17.718-16.911  9.656  1.0035.75 A
原子 1143 O  TYRA 161 17.812-15.795  9.135  1.0036.99 A
原子 1144 N  THRA 162 18.737-17.513 10.259  1.0034.74 A
原子 1145 CA THRA 162 20.084-16.942 10.242  1.0036.95 A
原子 1146 CB THRA 162 20.648-16.977  8.794  1.0038.13 A
原子 1147 OG1THRA 162 20.577-18.320  8.290  1.0038.14 A
原子 1148 CG2THRA 162 22.079-16.506  8.770  1.0035.32 A
原子 1149 C  THRA 162 20.377-15.553 10.806  1.0037.26 A
原子 1150 O  THRA 162 21.253-15.407 11.651  1.0039.21 A
原子 1151 N  LEUA 163 19.681-14.534 10.322  1.0036.85 A
原子 1152 CA LEUA 163 19.887-13.159 10.783  1.0038.57 A
原子 1153 CB LEUA 163 19.614-12.191  9.630  1.0037.58 A
原子 1154 CG LEUA 163 20.561-12.306  8.435  1.0038.70 A
原子 1155 CD1LEUA 163 20.251-11.180  7.469  1.0034.90 A
原子  1156  CD2LEUA 163  22.010-12.225   8.918  1.0028.99 A
原子  1157  C  LEUA 163  18.947-12.835  11.923  1.0040.92 A
原子  1158  O  LEUA 163  17.986-13.576  12.139  1.0038.21 A
原子  1159  N  ASPA 164  19.142-11.740  12.651  1.0042.96 A
原子  1160  CA ASPA 164  18.149-11.600  13.693  1.0046.57 A
原子  1161  CB ASPA 164  18.766-11.125  15.028  1.0049.46 A
原子  1162  CG ASPA 164  18.961 -9.623  15.122  1.0054.46 A
原子  1163  OD1ASPA 164  19.617 -9.008  14.239  1.0050.17 A
原子  1164  OD2ASPA 164  18.444 -9.051  16.111  1.0055.96 A
原子  1165  C  ASPA 164  16.919-10.842  13.234  1.0047.50 A
原子  1166  O  ASPA 164  16.843-10.436  12.072  1.0049.49 A
原子  1167  N  GLUA 165  15.924-10.691  14.094  1.0047.07 A
原子  1168  CA GLUA 165  14.710-10.044  13.625  1.0048.29 A
原子  1169  CB GLUA 165  13.667 -9.989  14.755  1.0048.51 A
原子  1170  CG GLUA 165  13.298-11.398  15.296  1.0048.39 A
原子  1171  CD GLUA 165  12.493-12.279  14.331  1.0044.35 A
原子  1172  OE1GLUA 165  12.658-13.520  14.392  1.0047.15 A
原子  1173  OE2GLUA 165  11.699-11.733  13.543  1.0045.32 A
原子  1174  C  GLUA 165  14.975 -8.678  13.005  1.0049.83 A
原子  1175  O  GLUA 165  14.554 -8.422  11.880  1.0052.91 A
原子  1176  N  GLUA 166  15.712 -7.833  13.719  1.0051.49 A
原子  1177  CA GLUA 166  16.056 -6.481  13.264  1.0052.53 A
原子  1178  CB GLUA 166  16.910 -5.776  14.332  1.0058.32 A
原子  1179  CG GLUA 166  17.552 -6.766  15.329  1.0068.45 A
原子  1180  CD GLUA 166  18.695 -6.182  16.171  1.0072.20 A
原子  1181  OE1GLUA 166  19.324 -6.961  16.920  1.0075.71 A
原子  1182  OE2GLUA 166  18.974 -4.959  16.109  1.0075.05 A
原子  1183  C  GLUA 166  16.775 -6.418  11.918  1.0050.96 A
原子  1184  O  GLUA 166  16.453 -5.598  11.062  1.0052.34 A
原子  1185  N  SERA 167  17.745 -7.287  11.704  1.0048.84 A
原子  1186  CA SERA 167  18.456 -7.222  10.441  1.0045.30 A
原子  1187  CB SERA 167  19.671 -8.169  10.461  1.0045.62 A
原子  1188  OG SERA 167  20.102 -8.407  11.805  1.0044.09 A
原子  1189  C  SERA 167  17.529 -7.538   9.269  1.0045.26 A
原子  1190  O  SERA 167  17.585 -6.837   8.246  1.0045.82 A
原子  1191  N  ARGA 168  16.667 -8.553   9.422  1.0042.96 A
原子  1192  CA ARGA 168  15.723 -8.969   8.359  1.0042.75 A
原子  1193  CB ARGA 168  15.112-10.335   8.667  1.0040.44 A
原子  1194  CG ARGA 168  16.095-11.495   8.686  1.0041.40 A
原子  1195  CD ARGA 168  15.332-12.799   8.886  1.0039.12 A
原子  1196  NE ARGA 168  14.595-12.707  10.137  1.0042.95 A
原子  1197  CZ ARGA 168  13.813-13.639  10.658  1.0043.70 A
原子  1198  NH1ARGA 168  13.618-14.794  10.059  1.0051.29 A
原子  1199  NH2ARGA 168  13.221-13.395  11.806  1.0044.89 A
原子  1200  C  ARGA 168  14.556 -8.004   8.140  1.0042.76 A
原子  1201  O  ARGA 168  13.972 -7.946   7.054  1.0041.68 A
原子  1202  N  ALAA 169  14.199 -7.271   9.186  1.0041.68 A
原子  1203  CA ALAA 169  13.107 -6.329   9.076  1.0040.10 A
原子  1204  CB ALAA169  12.705  -5.857 10.456  1.0038.29 A
原子  1205  C  ALAA169  13.583  -5.169  8.186  1.0040.34 A
原子  1206  O  ALAA169  12.786  -4.571  7.456  1.0043.06 A
原子  1207  N  ARGA170  14.890  -4.883  8.248  1.0039.23 A
原子  1208  CA ARGA170  15.555  -3.832  7.449  1.0037.75 A
原子  1209  CB ARGA170  17.045  -3.708  7.796  1.0043.50 A
原子  1210  CG ARGA170  17.458  -2.529  8.679  1.0045.63 A
原子  1211  CD ARGA170  18.068  -3.021  9.977  1.0052.14 A
原子  1212  NE ARGA170  19.411  -3.586  9.839  1.0054.49 A
原子  1213  CZ ARGA170  20.109  -4.083 10.861  1.0055.83 A
原子  1214  NH1ARGA170  19.591  -4.086 12.091  1.0054.07 A
原子  1215  NH2ARGA170  21.331  -4.567 10.666  1.0053.98 A
原子  1216  C  ARGA170  15.503  -4.226  5.985  1.0036.96 A
原子  1217  O  ARGA170  15.237  -3.407  5.091  1.0035.36 A
原子  1218  N  ILEA171  15.801  -5.494  5.733  1.0035.75 A
原子  1219  CA ILEA171  15.778  -5.987  4.356  1.0036.28 A
原子  1220  CB ILEA171  16.164  -7.514  4.266  1.0033.74 A
原子  1221  CG2ILEA171  15.671  -8.072  2.918  1.0031.00 A
原子  1222  CG1ILEA171  17.696  -7.708  4.421  1.0031.27 A
原子  1223  CD1ILEA171  18.159  -9.075  4.983  1.0028.02 A
原子  1224  C  ILEA171  14.357  -5.792  3.827  1.0037.91 A
原子  1225  O  ILEA171  14.154  -5.266  2.744  1.0039.81 A
原子  1226  N  LYSA172  13.366  -6.164  4.629  1.0041.11 A
原子  1227  CA LYSA172  11.956  -6.054  4.207  1.0041.82 A
原子  1228  CB LYSA172  11.054  -6.714  5.232  1.0040.00 A
原子  1229  CG LYSA172  11.229  -8.181  5.261  1.0040.92 A
原子  1230  CD LYSA172  10.422  -8.741  6.387  1.0037.55 A
原子  1231  CE LYSA172  10.533  -10.239 6.371  1.0037.65 A
原子  1232  NZ LYSA172   9.777  -10.875 7.484  1.0039.09 A
原子  1233  C  LYSA172  11.382  -4.672  3.956  1.0043.47 A
原子  1234  O  LYSA172  10.349  -4.516  3.285  1.0043.21 A
原子  1235  N  THRA173  12.069  -3.708  4.558  1.0043.02 A
原子  1236  CA THRA173  11.802  -2.274  4.564  1.0042.68 A
原子  1237  CB THRA173  12.612  -1.689  5.732  1.0043.55 A
原子  1238  OG1THRA173  11.748  -1.524  6.850  1.0045.32 A
原子  1239  CG2THRA173  13.314  -0.386  5.365  1.0044.51 A
原子  1240  C  THRA173  12.252  -1.635  3.257  1.0041.04 A
原子  1241  O  THRA173  11.614  -0.734  2.670  1.0041.45 A
原子  1242  N  ARGA174  13.397  -2.114  2.828  1.0036.80 A
原子  1243  CA ARGA174  13.981  -1.632  1.632  1.0036.51 A
原子  1244  CB ARGA174  15.457  -1.916  1.704  1.0032.48 A
原子  1245  CG ARGA174  16.180  -1.698  0.424  1.0030.15 A
原子  1246  CD ARGA174  15.897  -0.342 -0.151  1.0028.41 A
原子  1247  NE ARGA174  16.480  -0.276 -1.482  1.0031.49 A
原子  1248  CZ ARGA174  16.432   0.791 -2.272  1.0033.25 A
原子  1249  NH1ARGA174  15.824   1.900 -1.868  1.0034.92 A
原子  1250  NH2ARGA174  16.990   0.746 -3.473  1.0035.00 A
原子  1251  C  ARGA174  13.275  -2.280  0.435  1.0038.19 A
原子  1252  O  ARGA174 13.325  -1.731  -0.657  1.0040.56 A
原子  1253  N  LEUA175 12.582  -3.407   0.617  1.0035.85 A
原子  1254  CA LEUA175 11.853  -3.975  -0.517  1.0036.58 A
原子  1255  CB LEUA175 11.576  -5.462  -0.317  1.0038.36 A
原子  1256  CG LEUA175 12.915  -6.146  -0.352  1.0039.31 A
原子  1257  CD1LEUA175 12.784  -7.475   0.334  1.0041.82 A
原子  1258  CD2LEUA175 13.424  -6.249  -1.788  1.0037.56 A
原子  1259  C  LEUA175 10.569  -3.190  -0.692  1.0035.84 A
原子  1260  O  LEUA175 10.157  -2.944  -1.810  1.0035.67 A
原子  1261  N  PHEA176  9.959  -2.753   0.412  1.0039.94 A
原子  1262  CA PHEA176  8.728  -1.956   0.293  1.0040.95 A
原子  1263  CB PHEA176  8.043  -1.659   1.649  1.0044.71 A
原子  1264  CG PHEA176  7.575  -2.872   2.401  1.0048.93 A
原子  1265  CD1PHEA176  8.031  -3.100   3.694  1.0051.16 A
原子  1266  CD2PHEA176  6.714  -3.797   1.822  1.0052.76 A
原子  1267  CE1PHEA176  7.642  -4.238   4.405  1.0051.40 A
原子  1268  CE2PHEA176  6.322  -4.941   2.526  1.0050.53 A
原子  1269  CZ PHEA176  6.792  -5.156   3.820  1.0049.67 A
原子  1270  C  PHEA176  9.078  -0.610  -0.333  1.0041.73 A
原子  1271  O  PHEA176  8.349  -0.092  -1.179  1.0042.21 A
原子  1272  N  THRA177 10.207  -0.049   0.085  1.0041.28 A
原子  1273  CA THRA177 10.647   1.246  -0.422  1.0040.40 A
原子  1274  CB THRA177 11.960   1.650   0.288  1.0040.67 A
原子  1275  OG1THRA177 11.698   1.711   1.692  1.0041.64 A
原子  1276  CG2THRA177 12.489   3.010  -0.189  1.0040.44 A
原子  1277  C  THRA177 10.815   1.117  -1.939  1.0039.16 A
原子  1278  O  THRA177 10.282   1.917  -2.704  1.0041.59 A
原子  1279  N  ILEA178 11.525   0.083  -2.370  1.0038.59 A
原子  1280  CA ILEA178 11.718  -0.144  -3.791  1.0035.84 A
原子  1281  CB ILEA178 12.508  -1.444  -4.021  1.0033.29 A
原子  1282  CG2ILEA178 12.799  -1.617  -5.492  1.0035.02 A
原子  1283  CG1ILEA178 13.829  -1.367  -3.281  1.0031.61 A
原子  1284  CD1ILEA178 14.772  -2.564  -3.518  1.0026.17 A
原子  1285  C  ILEA178 10.335  -0.216  -4.498  1.0035.91 A
原子  1286  O  ILEA178 10.149   0.345  -5.574  1.0034.03 A
原子  1287  N  ARGA179  9.377  -0.903  -3.880  1.0035.48 A
原子  1288  CA ARGA179  8.035  -1.072  -4.429  1.0038.94 A
原子  1289  CB ARGA179  7.250  -2.061  -3.563  1.0039.57 A
原子  1290  CG ARGA179  5.834  -2.235  -4.018  1.0044.04 A
原子  1291  CD ARGA179  4.938  -2.360  -2.811  1.0044.75 A
原子  1292  NE ARGA179  4.823  -3.724  -2.331  1.0048.81 A
原子  1293  CZ ARGA179  4.209  -4.087  -1.197  1.0050.19 A
原子  1294  NH1ARGA179  3.630  -3.200  -0.367  1.0043.50 A
原子  1295  NH2ARGA179  4.152  -5.376  -0.890  1.0043.74 A
原子  1296  C  ARGA179  7.207   0.207  -4.609  1.0036.86 A
原子  1297  O  ARGA179  6.714   0.467  -5.693  1.0036.37 A
原子  1298  N  GLNA180  7.037   1.016  -3.572  1.0039.38 A
原子  1299  CA GLNA180  6.228   2.205  -3.769  1.0042.17 A
原子  1300  CB GLNA180  5.671  2.715  -2.430  1.0044.33 A
原子  1301  CG GLNA180  6.438  2.274  -1.222  1.0046.62 A
原子  1302  CD GLNA180  7.251  3.400  -0.687  1.0051.32 A
原子  1303  OE1GLNA180  7.562  4.335  -1.421  1.0051.48 A
原子  1304  NE2GLNA180  7.589  3.345   0.597  1.0049.06 A
原子  1305  C  GLNA180  6.937  3.283  -4.584  1.0041.42 A
原子  1306  O  GLNA180  6.285  4.181  -5.103  1.0040.99 A
原子  1307  N  GLUA181  8.259  3.197  -4.734  1.0040.46 A
原子  1308  CA GLUA181  8.923  4.189  -5.587  1.0039.31 A
原子  1309  CB GLUA181 10.402  4.416  -5.258  1.0039.74 A
原子  1310  CG GLUA181 11.123  5.312  -6.292  1.0048.32 A
原子  1311  CD GLUA181 10.506  6.702  -6.418  1.0055.12 A
原子  1312  OE1GLUA181 10.419  7.222  -7.553  1.0055.57 A
原子  1313  OE2GLUA181 10.114  7.287  -5.384  1.0060.29 A
原子  1314  C  GLUA181  8.799  3.613  -6.981  1.0038.08 A
原子  1315  O  GLUA181  8.983  4.311  -7.968  1.0038.22 A
原子  1316  N  META182  8.506  2.324  -7.085  1.0034.65 A
原子  1317  CA META182  8.316  1.825  -8.426  1.0035.64 A
原子  1318  CB META182  8.424  0.302  -8.511  1.0038.04 A
原子  1319  CG META182  9.709 -0.195  -9.101  1.0034.28 A
原子  1320  SD META182  9.540 -1.927  -8.944  1.0037.19 A
原子  1321  CE META182 11.071 -2.505  -9.329  1.0015.46 A
原子  1322  C  META182  6.921  2.260  -8.777  1.0036.85 A
原子  1323  O  META182  6.656  2.685  -9.896  1.0039.65 A
原子  1324  N  ALAA183  6.042  2.169  -7.783  1.0036.57 A
原子  1325  CA ALAA183  4.629  2.532  -7.929  1.0037.16 A
原子  1326  CB ALAA183  3.890  2.241  -6.635  1.0036.36 A
原子  1327  C  ALAA183  4.402  4.002  -8.307  1.0038.95 A
原子  1328  O  ALAA183  3.592  4.310  -9.186  1.0036.70 A
原子  1329  N  SERA184  5.104  4.904  -7.628  1.0039.45 A
原子  1330  CA SERA184  4.940  6.310  -7.894  1.0039.46 A
原子  1331  CB SERA184  5.861  7.128  -6.968  1.0042.13 A
原子  1332  OG SERA184  7.245  7.022  -7.298  1.0048.29 A
原子  1333  C  SERA184  5.186  6.627  -9.376  1.0039.78 A
原子  1334  O  SERA184  4.575  7.561  -9.927  1.0040.91 A
原子  1335  N  ARGA185  6.030  5.816 -10.024  1.0038.10 A
原子  1336  CA ARGA185  6.421  5.972 -11.441  1.0038.54 A
原子  1337  CB ARGA185  7.836  5.500 -11.615  1.0039.60 A
原子  1338  CG ARGA185  8.731  5.856 -10.482  1.0043.85 A
原子  1339  CD ARGA185  9.582  7.003 -10.872  1.0043.92 A
原子  1340  NE ARGA185 10.579  7.214  -9.845  1.0043.92 A
原子  1341  CZ ARGA185 11.846  7.508 -10.096  1.0047.56 A
原子  1342  NH1ARGA185 12.275  7.629 -11.352  1.0047.14 A
原子  1343  NH2ARGA185 12.687  7.676  -9.088  1.0049.32 A
原子  1344  C  ARGA185  5.566  5.135 -12.384  1.0038.55 A
原子  1345  O  ARGA185  5.744  5.186 -13.599  1.0036.63 A
原子  1346  N  GLYA186  4.634  4.382 -11.792  1.0038.35 A
原子  1347  CA GLYA186  3.734  3.494 -12.522  1.0034.39 A
原子  1348  C  GLYA186  4.432   2.251 -13.066  1.0035.47 A
原子  1349  O  GLYA186  4.024   1.662 -14.078  1.0036.52 A
原子  1350  N  LEUA187  5.492   1.824 -12.388  1.0035.09 A
原子  1351  CA LEUA187  6.306   0.688 -12.866  1.0032.71 A
原子  1352  CB LEUA187  7.783   1.027 -12.652  1.0031.96 A
原子  1353  CG LEUA187  8.565   1.941 -13.597  1.0032.36 A
原子  1354  CD1LEUA187  7.682   2.592 -14.629  1.0031.78 A
原子  1355  CD2LEUA187  9.283   2.993 -12.769  1.0030.26 A
原子  1356  C  LEUA187  6.061  -0.685 -12.234  1.0031.58 A
原子  1357  O  LEUA187  6.466  -1.714 -12.767  1.0031.78 A
原子  1358  N  TRPA188  5.412  -0.673 -11.084  1.0036.15 A
原子  1359  CA TRPA188  5.106  -1.850 -10.311  1.0037.72 A
原子  1360  CB TRPA188  4.373  -1.402  -9.053  1.0037.80 A
原子  1361  CG TRPA188  4.114  -2.500  -8.138  1.0036.87 A
原子  1362  CD2TRPA188  5.103  -3.321  -7.522  1.0037.71 A
原子  1363  CE2TRPA188  4.417  -4.281  -6.735  1.0033.19 A
原子  1364  CE3TRPA188  6.509  -3.311  -7.518  1.0036.97 A
原子  1365  CD1TRPA188  2.901  -2.994  -7.751  1.0037.59 A
原子  1366  NE1TRPA188  3.075  -4.073  -6.912  1.0032.23 A
原子  1367  CZ2TRPA188  5.106  -5.266  -6.000  1.0033.55 A
原子  1368  CZ3TRPA188  7.180  -4.280  -6.794  1.0034.26 A
原子  1369  CH2TRPA188  6.484  -5.225  -6.022  1.0033.13 A
原子  1370  C  TRPA188  4.249  -2.882 -11.023  1.0039.20 A
原子  1371  O  TRPA188  4.586  -4.058 -11.075  1.0039.44 A
原子  1372  N  ASPA189  3.118  -2.425 -11.534  1.0038.97 A
原子  1373  CA ASPA189  2.177  -3.327 -12.160  1.0041.46 A
原子  1374  CB ASPA189  1.049  -2.526 -12.801  1.0046.52 A
原子  1375  CG ASPA189 -0.320  -3.012 -12.338  1.0052.18 A
原子  1376  OD1ASPA189 -0.956  -3.753 -13.112  1.0055.99 A
原子  1377  OD2ASPA189 -0.760  -2.700 -11.198  1.0058.95 A
原子  1378  C  ASPA189  2.808  -4.329 -13.119  1.0038.34 A
原子  1379  O  ASPA189  2.495  -5.508 -13.064  1.0036.45 A
原子  1380  N  SERA190  3.727  -3.867 -13.955  1.0036.70 A
原子  1381  CA SERA190  4.426  -4.704 -14.914  1.0034.73 A
原子  1382  CB SERA190  4.870  -3.787 -16.073  1.0033.57 A
原子  1383  OG SERA190  5.732  -4.428 -17.013  1.0038.08 A
原子  1384  C  SERA190  5.593  -5.430 -14.185  1.0032.59 A
原子  1385  O  SERA190  5.790  -6.625 -14.377  1.0034.63 A
原子  1386  N  PHEA191  6.323  -4.736 -13.309  1.0033.95 A
原子  1387  CA PHEA191  7.405  -5.388 -12.571  1.0028.50 A
原子  1388  CB PHEA191  8.073  -4.406 -11.567  1.0027.70 A
原子  1389  CG PHEA191  9.249  -4.993 -10.836  1.0023.40 A
原子  1390  CD1PHEA191 10.401  -5.349 -11.527  1.0025.35 A
原子  1391  CD2PHEA191  9.185  -5.247  -9.468  1.0024.51 A
原子  1392  CE1PHEA191 11.480  -5.952 -10.862  1.0020.84 A
原子  1393  CE2PHEA191 10.280  -5.859  -8.799  1.0025.42 A
原子  1394  CZ PHEA191 11.416  -6.204  -9.517  1.0020.19 A
原子  1395  C  PHEA191  6.876  -6.612 -11.810  1.0031.16 A
原子  1396  O  PHEA191  7.412  -7.710  11.937  1.0034.37 A
原子  1397  N  ARGA192  5.830  -6.408 -11.013  1.0034.99 A
原子  1398  CA ARGA192  5.228  -7.460 -10.166  1.0037.91 A
原子  1399  CB ARGA192  4.086  -6.895  -9.305  1.0040.34 A
原子  1400  CG ARGA192  3.368  -8.059  -8.558  1.0044.54 A
原子  1401  CD ARGA192  1.914  -7.822  -8.135  1.0051.54 A
原子  1402  NE ARGA192  0.899  -7.580  -9.176  1.0056.19 A
原子  1403  CZ ARGA192  0.617  -6.373  -9.656  1.0056.73 A
原子  1404  NH1ARGA192  1.285  -5.317  -9.212  1.0057.21 A
原子  1405  NH2ARGA192 -0.391  -6.198 -10.496  1.0057.91 A
原子  1406  C  ARGA192  4.634  -8.712 -10.808  1.0037.29 A
原子  1407  O  ARGA192  4.408  -9.729 -10.147  1.0040.15 A
原子  1408  N  GLNA193  4.346  -8.632 -12.087  1.0035.81 A
原子  1409  CA GLNA193  3.698  -9.742 -12.738  1.0038.48 A
原子  1410  CB GLNA193  2.308  -9.281 -13.182  1.0038.50 A
原子  1411  CG GLNA193  2.315  -7.988 -14.036  1.0045.90 A
原子  1412  CD GLNA193  0.912  -7.541 -14.446  1.0050.22 A
原子  1413  OE1GLNA193  0.678  -6.373 -14.786  1.0052.52 A
原子  1414  NE2GLNA193 -0.029  -8.477 -14.418  1.0054.59 A
原子  1415  C  GLNA193  4.477 -10.298 -13.916  1.0038.28 A
原子  1416  O  GLNA193  3.931 -11.008 -14.775  1.0037.58 A
原子  1417  N  SERA194  5.768 -10.004 -13.935  1.0038.41 A
原子  1418  CA SERA194  6.643 -10.447 -15.004  1.0038.20 A
原子  1419  CB SERA194  7.221  -9.227 -15.719  1.0039.28 A
原子  1420  OG SERA194  7.771  -8.306 -14.784  1.0047.74 A
原子  1421  C  SERA194  7.762 -11.358 -14.526  1.0038.11 A
原子  1422  O  SERA194  8.751 -11.549 -15.248  1.0035.39 A
原子  1423  N  GLUA195  7.612 -11.922 -13.327  1.0035.72 A
原子  1424  CA GLUA195  8.631 -12.827 -12.850  1.0036.50 A
原子  1425  CB GLUA195  8.720 -12.875 -11.351  1.0036.67 A
原子  1426  CG GLUA195  9.600 -14.015 -10.888  1.0035.54 A
原子  1427  CD GLUA195  9.744 -13.962  -9.413  1.0037.06 A
原子  1428  OE1GLUA195  9.984 -12.849  -8.907  1.0040.23 A
原子  1429  OE2GLUA195  9.622 -15.003  -8.749  1.0033.08 A
原子  1430  C  GLUA195  8.287 -14.210 -13.335  1.0037.87 A
原子  1431  O  GLUA195  7.201 -14.718 -13.097  1.0038.80 A
原子  1432  N  ARGA196  9.270 -14.818 -13.962  1.0036.44 A
原子  1433  CA ARGA196  9.146 -16.103 -14.561  1.0037.25 A
原子  1434  CB ARGA196  9.495 -15.865 -16.017  1.0035.97 A
原子  1435  CG ARGA196 10.220 -16.869 -16.774  1.0035.63 A
原子  1436  CD ARGA196 10.115 -16.310 -18.145  1.0042.73 A
原子  1437  NE ARGA196  9.641 -17.309 -19.071  1.0048.88 A
原子  1438  CZ ARGA196  9.164 -17.028 -20.272  1.0051.24 A
原子  1439  NH1ARGA196  8.759 -18.012 -21.064  1.0052.08 A
原子  1440  NH2ARGA196  9.068 -15.764 -20.667  1.0051.19 A
原子  1441  C  ARGA196 10.057 -17.072 -13.842  1.0040.12 A
原子  1442  O  ARGA196 10.944 -16.620 -13.107  1.0039.42 A
原子  1443  N  GLYA197  9.856 -18.380 -14.001  1.0038.00 A
原子  1444  CA GLYA197   10.760 -19.285 -13.313  1.0036.72 A
原子  1445  C  GLYA197   11.962 -19.318 -14.228  1.0035.38 A
原子  1446  O  GLYA197   13.088 -19.505 -13.801  1.0038.62 A
原子  1447  MG MGA999    23.785 -15.925  -7.227  1.0040.31 A
原子  1448  OH2TIPA1001  25.989 -16.102  -7.182  1.0038.07 A
原子  1449  OH2TIPA1002  21.329 -15.908  -6.882  1.0048.60 A
原子  1450  OH2TIPA1003  23.416 -18.109  -6.644  1.0029.11 A
结束
对来源于禽H5N1型流感病毒株(A/goose/Guangdong/1/96)聚合酶亚基PA蛋白与1918年欧洲爆发的大范围流感的A型流感病毒株A/Brevig Mission/1/1918、以及两种分别属于B型流感病毒株B/Ann Arbor/1/1966和C型流感病毒株C/JJ/1950的PA蛋白序列进行了比较，结果如图1和图4。
本发明人将PA分成两部分，分别克隆了多个不同长度的PA基因两部分的片段，并在大肠杆菌中进行表达。其中PA分成的N端1-256残基(参见图1及图2)和257-716残基(参见图4A)通过与GST(谷胱甘肽硫酰基转移酶Glutathione S-Transferase)的融合都获得了良好的表达纯化。其中纯化的PA氨基端(PA_N)获得了良好衍射的母体晶体。
体外结合实验表明，按比例混合PA及PB1相应多肽的表达菌，然后经过Glutathione亲和柱及凝胶排阻层析等共纯化这两个蛋白，可以看到两者可以获得共纯化，表明纯化的PA羧基端460氨基酸可以与GST-PB1多肽形成稳定复合体。
同时，体外结合实验表明，获得了PA氨基端PA_N多肽的表达菌，并纯化获得了PA氨基端PA_N多肽。并用于结晶实验，结果在多个条件下获得了良好衍射的结晶。
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序列表
<110>中国科学院生物物理研究所
<120>流感病毒聚合酶亚基PA氨基端多肽的表达纯化及PA氨基端多肽的晶体结构
<130>P24383IBP
 
<210>1
<211>716
<212>PRT
 
Met Glu Asp Phe Val Arg Gln Cys Phe Asn Pro Met Ile Val Glu Leu
1               5                   10                  15
Ala Glu Lys Ala Met Lys Glu Tyr Gly Glu Asp Pro Lys Ile Glu Thr
Asn Lys Phe Ala Ala Ile Cys Thr His Leu Glu Val Cys Phe Met Tyr
        35                  40                  45
Ser Asp Phe His Phe Ile Asp Glu Arg Gly Glu Ser Thr Ile Ile Glu
Ser Gly Asp Pro Asn Ala Leu Leu Lys His Arg Phe Glu Ile Ile Glu
Gly Arg Asp Arg Thr Met Ala Trp Thr Val Val Asn Ser Ile Cys Asn
Thr Thr Gly Val Glu Lys Pro Lys Phe Leu Pro Asp Leu Tyr Asp Tyr
Lys Glu Asn Arg Phe Ile Glu Ile Gly Val Thr Arg Arg Glu Val His
Thr Tyr Tyr Leu Glu Lys Ala Asn Lys Ile Lys Ser Glu Lys Thr His
    130                 135                 140
Ile His Ile Phe Ser Phe Thr Gly Glu Glu Met Ala Thr Lys Ala Asp
Tyr Thr Leu Asp Glu Glu Ser Arg Ala Arg Ile Lys Thr Arg Leu Phe
Thr Ile Arg Gln Glu Met Ala Ser Arg Gly Leu Trp Asp Ser Phe Arg
Gln Ser Glu Arg Gly Glu Glu Thr Ile Glu Glu Arg Phe Glu Ile Thr
Gly Thr Met Cys Arg Leu Ala Asp Gln Ser Leu Pro Pro Asn Phe Ser
Ser Leu Glu Lys Phe Arg Ala Tyr Val Asp Gly Phe Glu Pro Asn Gly
225                 230                 235                 240
Cys Ile Glu Gly Lys Leu Ser Gln Met Ser Lys Glu Val Asn Ala Arg
Ile Glu Pro Phe Leu Lys Thr Thr Pro Arg Pro Leu Arg Leu Pro Asp
            260                 265                 270
Gly Pro Pro Cys Ser Gln Arg Ser Lys Phe Leu Leu Met Asp Ala Leu
Lys Leu Ser Ile Glu Asp Pro Ser His Glu Gly Glu Gly Ile Pro Leu
Tyr Asp Ala Ile Lys Cys Met Lys Thr Phe Phe Gly Trp Lys Glu Pro
305                 310                 315                 320
Asn Ile Val Lys Pro His Glu Lys Gly Ile Asn Pro Asn Tyr Leu Leu
Ala Trp Lys Gln Val Leu Ala Glu Leu Gln Asp Ile Glu Asn Glu Glu
            340                 345                 350
Lys Ile Pro Lys Thr Lys Asn Met Arg Lys Thr Ser Gln Leu Lys Trp
        355                 360                 365
Ala Leu Gly Glu Asn Met Ala Pro Glu Lys Val Asp Phe Glu Asp Cys
Lys Asp Val Ser Asp Leu Arg Gln Tyr Asp Ser Asp Glu Pro Lys Pro
Arg Ser Leu Ala Ser Trp Ile Gln Ser Glu Phe Asn Lys Ala Cys Glu
Leu Thr Asp Ser Ser Trp Ile Glu Leu Asp Glu Ile Gly Glu Asp Val
            420                 425                 430
Ala Pro Ile Glu His Ile Ala Ser Met Arg Arg Asn Tyr Phe Thr Ala
Glu Val Ser His Cys Arg Ala Thr Glu Tyr Ile Met Lys Gly Val Tyr
Ile Asn Thr Ala Leu Leu Asn Ala Ser Cys Ala Ala Met Asp Asp Phe
465                 470                 475                 480
Gln Leu Ile Pro Met Ile Ser Lys Cys Arg Thr Lys Glu Gly Arg Arg
Lys Thr Asn Leu Tyr Gly Phe Ile Ile Lys Gly Arg Ser His Leu Arg
Asn Asp Thr Asp Val Val Asn Phe Val Ser Met Glu Phe Ser Leu Thr
Asp Pro Arg Leu Glu Pro His Lys Trp Glu Lys Tyr Cys Val Leu Glu
Ile Gly Asp Met Leu Leu Arg Thr Ala Ile Gly Gln Val Ser Arg Pro
Met Phe Leu Tyr Val Arg Thr Asn Gly Thr Ser Lys Ile Lys Met Lys
Trp Gly Met Glu Met Arg Arg Cys Leu Leu Gln Ser Leu Gln Gln Ile
Glu Ser Met Ile Glu Ala Glu Ser Ser Val Lys Glu Lys Asp Met Thr
        595                 600                 605
Lys Glu Phe Phe Glu Asn Lys Ser Glu Thr Trp Pro Ile Gly Glu Ser
    610                 615                 620
Pro Lys Gly Met Glu Glu Gly Ser Ile Gly Lys Val Cys Arg Thr Leu
625                 630                 635                 640
Leu Ala Lys Ser Val Phe Asn Ser Leu Tyr Ala Ser Pro Gln Leu Glu
                645                 650                 655
Gly Phe Ser Ala Glu Ser Arg Lys Leu Leu Leu Ile Val Gln Ala Leu
            660                 665                 670
Arg Asp Asn Leu Glu Pro Gly Thr Phe Asp Leu Gly Gly Leu Tyr Glu
        675                 680                 685
Ala Ile Glu Glu Cys Leu Ile Asn Asp Pro Trp Val Leu Leu Asn Ala
    690                 695                 700
Ser Trp Phe Asn Ser Phe Leu Thr His Ala Leu Lys
 
<210>2
<211>757
<212>PRT
<213>流感病毒聚合酶亚基PB1蛋白
<400>2
Met Asp Val Asn Pro Thr Leu Leu Phe Leu Lys Val Pro Ala Gln Asn
Ala Ile Ser Thr Thr Phe Pro Tyr Thr Gly Asp Pro Pro Tyr Ser His
Gly Thr Gly Thr Gly Tyr Thr Met Asp Thr Val Asn Arg Thr His Gln
Tyr Ser Glu Lys Gly Lys Trp Thr Thr Asn Thr Glu Thr Gly Ala Pro
Gln Leu Asn Pro Ile Asp Gly Pro Leu Pro Glu Asp Asn Glu Pro Ser
Gly Tyr Ala Gln Thr Asp Cys Val Leu Glu Ala Met Ala Phe Leu Glu
                85                  90                  95
Lys Ser His Pro Gly Ile Phe Glu Asn Ser Cys Leu Glu Thr Met Glu
            100                 105                 110
Ile Val Gln Gln Thr Arg Val Asp Lys Leu Thr Gln Gly Arg Gln Thr
        115                 120                 125
Tyr Asp Trp Thr Leu Asn Arg Asn Gln Pro Ala Ala Thr Ala Leu Ala
    130                 135                 140
Asn Thr Ile Glu Val Phe Arg Ser Asn Gly Leu Thr Ala Asn Glu Ser
145                 150                 155                 160
Gly Arg Leu Ile Asp Phe Leu Lys Asp Val Met Glu Ser Met Asp Lys
                165                 170                 175
Gly Glu Met Glu Ile Ile Thr His Phe Gln Arg Lys Arg Arg Val Arg
            180                 185                 190
Asp Asn Met Thr Lys Lys Met Val Thr Gln Arg Thr Ile Gly Lys Lys
        195                 200                 205
Lys Gln Arg Leu Asn Lys Arg Ser Tyr Leu Ile Arg Ala Leu Thr Leu
    210                 215                 220
Asn Thr Met Thr Lys Asp Ala Glu Arg Gly Lys Leu Lys Arg Arg Ala
225                 230                 235                 240
Ile Ala Thr Pro Gly Met Gln Ile Arg Gly Phe Val Tyr Phe Val Glu
                245                 250                 255
Thr Leu Ala Arg Ser Ile Cys Glu Lys Leu Glu Gln Ser Gly Leu Pro
            260                 265                 270
Val Gly Gly Asn Glu Lys Lys Ala Lys Leu Ala Asn Val Val Arg Lys
        275                 280                 285
Met Met Thr Asn Ser Gln Asp Thr Glu Leu Ser Phe Thr Ile Thr Gly
    290                 295                 300
Asp Asn Thr Lys Trp Asn Glu Asn Gln Asn Pro Arg Met Phe Leu Ala
305                 310                 315                 320
Met Ile Thr Tyr Ile Thr Arg Asn Gln Pro Glu Trp Phe Arg Asn Val
Leu Ser Ile Ala Pro Ile Met Phe Ser Asn Lys Met Ala Arg Leu Gly
                340                 345                 350
Lys Gly Tyr Met Phe Glu Ser Lys Ser Met Lys Leu Arg Thr Gln Ile
Pro Ala Glu Met Leu Ala Ser Ile Asp Leu Lys Tyr Phe Asn Glu Ser
            370                 375                 380
Thr Arg Lys Lys Ile Glu Lys Ile Arg Pro Leu Leu Ile Asp Gly Thr
385                 390                 395                 400
Ala Ser Leu Ser Pro Gly Met Met Met Gly Met Phe Asn Met Leu Ser
                405                 410                 415
Thr Val Leu Gly Val Ser Ile Leu Asn Leu Gly Gln Lys Arg Tyr Thr
            420                 425                 430
Lys Thr Thr Tyr Trp Trp Asp Gly Leu Gln Ser Ser Asp Asp Phe Ala
        435                 440                 445
Leu Ile Val Asn Ala Pro Asn His Glu Gly Ile Gln Ala Gly Val Asp
    450                 455                 460
Arg Phe Tyr Arg Thr Cys Lys Leu Val Gly Ile Asn Met Ser Lys Lys
465                 470                 475                 480
Lys Ser Tyr Ile Asn Arg Thr Gly Thr Phe Glu Phe Thr Ser Phe Phe
                485                 490                 495
Tyr Arg Tyr Gly Phe Val Ala Asn Phe Ser Met Glu Leu Pro Ser Phe
            500                 505                 510
Gly Val Ser Gly Ile Asn Glu Ser Ala Asp Met Ser Ile Gly Val Thr
        515                 520                 525
Val Ile Lys Asn Asn Met Ile Asn Asn Asp Leu Gly Pro Ala Thr Ala
    530                 535                 540
Gln Met Ala Leu Gln Leu Phe Ile Lys Asp Tyr Arg Tyr Thr Tyr Arg
545                 550                 555                 560
Cys His Arg Gly Asp Thr Gln Ile Gln Thr Arg Arg Ser Phe Glu Leu
                565                 570                 575
Lys Lys Leu Trp Glu Gln Thr Arg Ser Lys Ala Gly Leu Leu Val Ser
            580                 585                 590
Asp Gly Gly Pro Asn Leu Tyr Asn Ile Arg Asn Leu His Ile Pro Glu
        595                 600                 605
Val Cys Leu Lys Trp Glu Leu Met Asp Glu Asp Tyr Gln Gly Arg Leu
    610                 615                 620
Cys Asn Pro Leu Asn Pro Phe Val Ser His Lys Glu Ile Glu Ser Val
625                 630                 635                 640
Asn Asn Ala Val Val Met Pro Ala His Gly Pro Ala Lys Ser Met Glu
                645                 650                 655
Tyr Asp Ala Val Ala Thr Thr His Ser Trp Ile Pro Lys Arg Asn Arg
            660                 665                 670
Ser Ile Leu Asn Thr Ser Gln Arg Gly Ile Leu Glu Asp Glu Gln Met
        675                 680                 685
Tyr Gln Lys Cys Cys Asn Leu Phe Glu Lys Phe Phe Pro Ser Ser Ser
    690                 695                 700
Tyr Arg Arg Pro Val Gly Ile Ser Ser Met Val Glu Ala Met Val Ser
705                 710                 715                 720
Arg Ala Arg Ile Asp Ala Arg Ile Asp Phe Glu Ser Gly Arg Ile Lys
                725                 730                 735
Lys Glu Glu Phe Ala Glu Ile Met Lys Ile Cys Ser Thr Ile Glu Glu
Leu Arg Arg Gln Lys
        755

Claims (22)

1.一种流感病毒聚合酶亚基PA氨基端PA_N的晶体三维结构，其中所述流感病毒聚合酶亚基PA的氨基端PA_N为所述流感病毒聚合酶亚基PA的从约1～约50位氨基酸至在约150至300位范围内的氨基酸，其中所述晶体三维结构中的原子具有表1中所列的至少40％的原子坐标，或者流感病毒聚合酶亚基PA的氨基端的晶体三维结构中至少40％氨基酸的主链碳骨架的原子结构坐标与表1中的坐标的平均根方差(R.M.S.D，Root Mean Square Deviation)小于或等于1.7埃。
2.根据权利要求1所述的流感病毒聚合酶亚基PA的氨基端PA_N的晶体三维结构，其中所述流感病毒选自A、B、C型流感病毒，其中所述流感病毒优先选自A型流感病毒株：A/goose/Guangdong/1/96、A/Brevig Mission/1/1918；B型流感病毒株：B/Ann Arbor/1/1966或C型流感病毒株：C/JJ/1950。
3.根据权利要求1或2所述的流感病毒聚合酶亚基PA的氨基端PA_N的晶体三维结构，其中所述的母体晶体具有P1空间群，晶胞参数为约：a＝51.1埃，b＝59.8埃，c＝67.2埃，α＝96.6°，β＝96.8°，γ＝109.5°，重金属硒代甲硫氨酸的晶体具有P6(4)22的空间群，晶胞参数为约：α＝b＝73.8埃，c＝123.4埃，α＝β＝90°，γ＝120°。
4.根据权利要求1～3任一项所述的流感病毒聚合酶亚基PA的氨基端PA_N的晶体三维结构，其中所述A型流感病毒的聚合酶亚基PA的氨基端PA_N由所述流感病毒聚合酶PA的氨基端PA_N中的α螺旋1，即含2-9位的氨基酸区段，α螺旋2，即含11-22位的氨基酸区段，α螺旋3，即含32-48位的氨基酸区段，α螺旋4，即含84-92的氨基酸区段，α螺旋5，即含127-138位的氨基酸区段，α螺旋6，即含165-184位的氨基酸区段，α螺旋7，即含187-191位的氨基酸区段，以及五个主要的β折叠片，包括β片1，即含76-78位的氨基酸区段，β片2，即含109-111位的氨基酸区段，β片3，即含116-123位的氨基酸区段，β片4，即含144-149位的氨基酸区段，β片5，即含154-157位的氨基酸区段，共同构成所述PA的氨基端PA_N的主要部分，其中，由所述的平行的β片1-5组成一个扭曲的平面，其它所述的α螺旋围绕在这一平面周围，其中所述B型或C型流感病毒中与A型流感病毒相对应的区段的氨基酸分别如在图1中所示。
5.根据权利要求1～4任一项所述的流感病毒聚合酶亚基PA的氨基端PA_N的晶体三维结构，其中所述A型流感病毒的聚合酶亚基PA的氨基端PA_N中结合有一个选自镁、锰、锌、铜、钴、铁构成的组中的金属离子，该金属离子主要由三个水分子以及氨基酸残基Glu80以及Asp108至少之一提供配位，其中参与这一结合的氨基酸还有选自His41、Glu119、Leu106以及Pro107中的至少之一，其中所述B型或C型流感病毒中的与A型流感病毒相应的区段的氨基酸分别如在图1中所示，优选地，其中所述金属离子为镁离子。
6.根据权利要求1～5任一项所述的流感病毒聚合酶亚基PA的氨基端PA_N的晶体三维结构，其中所述A型流感病毒的聚合酶亚基PA的氨基端PA_N含有一个与其它内切核酸酶相似的(P)DXN(D/E)XK序列区域，其中在所述A型流感病毒的聚合酶亚基PA的氨基端PA_N中各氨基酸可以代表如下：P107D108X(11)E119X(15)K134，其中所述B型或C型流感病毒中与A型流感病毒相对应的区段的氨基酸分别如在图1中所示。
7.根据权利要求1～6任一项所述的流感病毒聚合酶亚基PA的氨基端PA_N的晶体三维结构，其中T157、E153、E154、K158、D160、E165、E166、R168、R170和Lys172位于β片层β4以及α7之间的序列中，其中所述B型或C型流感病毒中与所述A型流感病毒相对应的区段的氨基酸分别如在图1中所示。
8.根据权利要求1～7任一项所述的流感病毒聚合酶亚基PA的氨基端PA_N的晶体三维结构，其中至少二个，优选至少三个选自由流感病毒聚合酶亚基PA的氨基端PA_N中的Arg179、Asp189、Arg192、Gln193和Glu126等构成的组中的氨基酸位于一个临近的区域，参与与蛋白质或核苷酸的相互作用，其中所述B型或C型流感病毒中与所述A型流感病毒相对应的区段的氨基酸分别如在图1中所示。
9.根据权利要求1～8任一项所述的流感病毒聚合酶亚基PA的氨基端PA_N的晶体三维结构，其中所述A型流感病毒聚合酶亚基PA位于PA氨基端PA_N的所述α螺旋1以及α螺旋2形成一个发夹状结构，其中一些氨基酸残基共同组成一个邻近的带电荷的表面，包括氨基酸残基Glu2、Asp3、Arg6、Gln10、Glu15、Glu18、Lys19、Lys22、Asp27和Lys29，其中所述B型或C型流感病毒中与所述A型流感病毒相对应的区段的氨基酸分别如在图1中所示。
10.一种与流感病毒聚合酶亚基PA的氨基端PA_N中的至少二个，优选至少三个选自Glu80、Asp108、His41、Glu119、Leu106以及Pro107等构成的氨基酸组中的成员结合的多肽、蛋白质、无机或有机化合物、抗体或免疫结合物，其中所述流感病毒选自A、B、C型流感病毒，其中所述流感病毒优先选自A型流感病毒株：A/goose/Guangdong/1/96、A/Brevig Mission/1/1918；B型流感病毒株：B/Ann Arbor/1/1966或C型流感病毒株：C/JJ/1950，其中所述B型或C型流感病毒中与所述A型流感病毒相对应的区段的氨基酸分别如在图1中所示，其中所述多肽或蛋白质、抗体或免疫结合物与Glu80、Asp108、His41、Glu119、Leu106以及Pro107中至少二个，优选至少三个氨基酸残基的晶体三维结构坐标的主链碳骨架的原子结构坐标与表1中的坐标的平均根方差小于或等于1.7埃。
11.一种与流感病毒聚合酶亚基PA的氨基端PA_N中由Glu2、Asp3、Arg6、Gln10、Glu15、Glu18、Lys19、Lys22、Asp27和Lys29构成的组中的至少二个，优选至少三个氨基酸结合的多肽、蛋白质、无机或有机化合物、抗体或免疫结合物，其中所述B型或C型流感病毒中与所述A型流感病毒相对应的区段的氨基酸分别如在图1中所示，其中所述多肽或蛋白质、抗体或免疫结合物与Glu2、Asp3、Arg6、Gln10、Glu15、Glu18、Lys19、Lys22、Asp27和Lys29构成的组中的氨基酸中至少二个，优选至少三个氨基酸残基的晶体三维结构坐标的主链碳骨架的原子结构坐标与表1中的坐标的平均根方差小于或等于1.7埃。
12.一种与流感病毒聚合酶亚基PA的氨基端PA_N中由Arg179、Asp189、Arg192、Gln193和Glu126构成的组中的至少二个，优选至少三个氨基酸结合的多肽、蛋白质、无机或有机化合物、抗体或免疫结合物，其中所述B型或C型流感病毒中与所述A型流感病毒相对应的区段的氨基酸分别如在图1中所示，其中所述多肽或蛋白质、抗体或免疫结合物与Arg179、Asp189、Arg192、Gln193和Glu126构成的组中的氨基酸中至少二个，优选至少三个氨基酸残基的晶体三维结构坐标的主链碳骨架的原子结构坐标与表1中的坐标的平均根方差小于或等于1.7埃。
13.一种与流感病毒聚合酶亚基PA的氨基端PA_N中由T157、E153、E154、K158、D160、E165、E166、R168、R170和Lys172构成的组中的至少二个，优选至少三个氨基酸结合的多肽、蛋白质、无机或有机化合物、抗体或免疫结合物，其中所述B型或C型流感病毒中与所述A型流感病毒相对应的区段的氨基酸分别如在图1中所示，其中所述多肽或蛋白质、抗体或免疫结合物与T157、E153、E154、K158、D160、E165、E166、R168、R170和Lys172构成的组中的氨基酸中至少二个，优选至少三个氨基酸残基的晶体三维结构坐标的主链碳骨架的原子结构坐标与表1中的坐标的平均根方差小于或等于1.7埃。
14.一种包含权利要求10～13任一项所述的多肽、蛋白质、无机或有机化合物、抗体或免疫结合物的组合物，可选地包括载体或赋形剂。
15.权利要求14所述的组合物在制备治疗由流感病毒引起的疾病的药物中的应用。
16.权利要求1～10任一项所述的流感病毒聚合酶亚基PA的氨基端PA_N的晶体三维结构在设计和筛选用于治疗流感病毒感染引起的疾病的各种多肽、蛋白质、无机或有机化合物、抗体或免疫结合物中的应用，包括：
根据蛋白质三维结构坐标，通过计算机模拟来设计结合特定部位的多肽、蛋白质、无机或有机化合物、抗体或免疫结合物分子；
根据蛋白质三维结构坐标，通过计算机模拟来寻找可能结合特定部位的多肽、蛋白质、无机或有机化合物、抗体或免疫结合物分子；
将根据蛋白质三维结构坐标，设计或寻找的多肽、蛋白质或无机或有机化合物、抗体或免疫结合物分子结合到含有与所述的PA_N序列含有至少50％相同序列的任一亚型的流感病毒聚合酶蛋白中，进而分析结合情况；
根据蛋白质三维结构坐标，设计或寻找的多肽、蛋白质或无机或有机化合物、抗体或免疫结合物分子结合到含有与所述PA_N序列含有至少50％相同序列的任一亚型的流感病毒聚合酶蛋白中并结晶，从而通过晶体衍射分析三维结构的方法分析多肽及化合物分子与蛋白的结合情况；
其中与所述PA_N序列含有至少50％相同序列的任一亚型的流感病毒聚合酶蛋白结合的所述多肽、蛋白质或无机或有机化合物、抗体或免疫结合物分子即为候选化合物。
17.任一亚型的流感病毒聚合酶的三个亚基PA、PB1、PB2或者PA、PB1和PB2复合体的结构，其中所包含的一个蛋白质或其某一区段，与所述PA_N蛋白质具有至少40％的相同序列。
18.任一亚型的流感病毒聚合酶亚基PA、PB1、PB2或者PA、PB1和PB2复合体的三维立体结构，其中所包含的一个蛋白质或其某一区段的主链三维结构坐标，与所述的PA_N蛋白质具有与所述PA_N蛋白质序列至少40％的主链碳骨架的原子三维坐标的平均根方差小于等于1.7埃。
19.一种多肽或者小分子，其特征在于与所述流感病毒PA亚基上的任一氨基酸有相互作用。
20.根据权利要求1～10任一项所述的结构在药物筛选及药物设计方面的应用。
21.基于流感病毒聚合酶亚基PA氨基端PA_N蛋白质三维结构筛选与蛋白质结合的多肽、蛋白质、无机或有机化合物、抗体或免疫结合物的方法，包括：通过蛋白结晶方法获得含有PA_N的晶体，或者获得含有PA_N蛋白质晶体的三维结构坐标；其中所述三维结构包括任何与该坐标中至少含有40％氨基酸残基的主链碳骨架原子三维坐标的平均根方差小于等于1.7埃的结构。
22.基于流感病毒聚合酶亚基PA氨基端PA_N蛋白质三维结构筛选与蛋白质结合的多肽、蛋白质、无机或有机化合物、抗体或免疫结合物的方法，包括：使用的三维分子组合具有权利要求7～9任一项所述的流感病毒聚合酶亚基PA的氨基端PA_N的晶体三维结构或权利要求10～13任一项所述的多肽、蛋白质、无机或有机化合物、抗体或免疫结合物中的所述氨基酸残基的组中的至少3个具有主链碳骨架原子三维坐标的平均根方差小于等于1.7埃的结构在筛选多肽、蛋白质、无机或有机化合物、抗体或免疫结合物上的应用。
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