CN101694696A - 动植物描述和甄别的分子条码系统的制备方法及其用途 - Google Patents
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Abstract
本发明公开了一种动植物描述和甄别的分子条码系统的制备方法，包括以下步骤：1)对采用单一或多种分子标记技术获得的动植物材料的单态性或多态性条带数据进行采集，形成标记集合，作为区别物种、亚种、变种、品种、自交系或变异单株的分子标记集合；2)对上述动植物材料获得的分子标记集合，采用二维条码技术，将其名称、分子标记中所用引物、单态性或多态性标记及其分析结果进行转换和储存，以条形码的形式表达。本发明还同时公开了利用上述制备方法获得的分子条码系统的用途：用于物种、亚种、变种、品种、自交系或变异单株的鉴定、甄别、标识或审定；或者将上述数据通过计算机、网络等形式储存和更新。
Description
技术领域
本发明属于生物技术领域，特别涉及一种动植物(物种、亚种、变种、品种、自交系或变异单株)描述和甄别的分子条码系统的制备方法，以及该分子条码系统的用途。
背景技术
对农作物品种进行有效鉴定和甄别，在哪个时期也没变得像今天这样重要。这除了传统的农作物种类繁多，品种资源十分丰富的原因以外，还由下列诸多因素引起。首先，随着农业生产的发展，在育种成效愈来愈大的同时，许多种类的遗传基础却变得越来越狭窄。其次，出于制种技术和经营利润的原因，目前市场上存在很多伪劣品种，包括纯度低的杂交种和以次充好、冒充良种的滞销积压品种等。第三，用市场占有率较高优良杂交种进行分离提纯，非法经营偷盗品种等不良现象也屡见不鲜等。同时，出于一些品种很难用肉眼识别，同物异名、同名异物现象又普遍存在以及商业品种间的遗传相似性高等原因，使得品种甄别也变的越来越困难。
分子生物学理论和技术的迅速发展，为物种鉴别提供了愈加直接和精确的方法。最大的贡献来自于加拿大科学家Herbert提出的DNA条码。他利用线粒体基因，细胞色素C亚基I的一段长度约为600碱基对的序列作为DNA“条码”去区分动物物种。但该片段不适合用于植物物种的区分，因为相对于动物基因组，植物基因组结构变化更快并且具有更低的突变率。因此，用植物基因组中的哪一段DNA序列或哪几段DNA序列作为区分植物物种的候选序列至今还存在广泛的争议，例如使用细胞质中matK编码区序列、rbcL编码区序列、trnH和psbA基因间的非编码序列、还是使用rbcL编码区序列和trnH与psbA基因间的非编码序列组合等类似多片段组合都还未达成一致。无论是对动物还是植物，DNA条码研究最大的挑战都是该方法能否区分近缘或近期分化的物种。然而，生产实践中，我们需要区分很多具有相近遗传关系的品种。例如，世界各地广泛种植的十字花科芸薹种中有芜菁、日本水菜、中国白菜等亚种，其中中国白菜亚种又包括普通白菜、塌菜、菜心、紫菜薹、分蘖菜、薹菜等变种，而每个变种下面还有变型之分，商品化品种更不计其数，应用现有的植物分类中DNA条码系统来区分如此近缘的类群显得无能为力。因此，为了能有效地对亚种、变种、品种或个体进行描述和甄别，需要更多的基因组水平的信息，此时常规分子标记信息量大的优势就显现出来了，例如限制性片段长度多态(RFLP)，随机扩增多态DNA(RAPD)，短串联重复序列(SSR)，扩增片段长度多态(AFLP)等分子标记。分子标记虽然也被用于生物进化与系统发育及动植物分类等方面的研究，但目前所用的分子标记种类单一，个数也不多，因此只能局限在某一类群少数物种的分类或品种的甄别上，而尚未广泛用于较大范围的动植物分类和甄别。并且，大多数分子标记区分物种的缺陷是用于数据分析的都是定性数据，使用的标记种类及数目没有一套标准，无法为研究者对新物种、近缘或近期分化的品种分类或甄别提供直接可用并可共享的数据信息，因此也就未被研究者列入上述区分物种的DNA“条码”的范畴。实际上，目前公认的DNA条码是基于DNA序列特征的一段碱基序列，并非真正意义上的由多个元素构成的可扫描的条码。鉴于现有的DNA条码在鉴别物种尤其是近缘物种中的局限性，有必要建立一套新的可普遍采用的鉴别亲缘关系较近的物种的、实现真正意义上可读的分子条码，为生物群体甚至个体，尤其是栽培作物以及家养动物的品种鉴定、甄别、标识和审定，以及新品种权保护等建立一套统一、稳定的、可普遍采用且分子标记结果可共享和更新的技术体系。
主要参考文献：
Hebert PDN，Ratnasingham S，de Waard JR(2003)Barcoding animal life：cytochrome coxidase subunit l divergences among closely related species.Proc R Soc Lond B Biol Sci 270：S596-S599.(Hebert PDN，Ratnasingham S，de Waard JR。生物条码在动物中的应用：细胞色素c氧化酶亚基1在动物近缘物种中的差异。伦敦皇家学会会议录B：生物科学，2003，270：S596-S599)
Pennisi E(2007)Taxonomy.Wanted：a barcode for plants.Science 318：190-191.(PennisiE。分类学需要植物条形码。科学，2007，318：190-191)
Kress WJ，Wurdack KJ，Zimmer EA，Weigt LA，Janzen DH(2005)Use of DNA barcodesto identify flowering plants.Proc Natl Acad Sci U S A 102：8369-8374.(Kress WJ，WurdackKJ，Zimmer EA，Weigt LA，Janzen DH。应用DNA条码区分开花植物。美国科学院院报，2005，102：8369-8374)
Newmaster SG，Fazekas AJ，Ragupathy S(2006)DNA barcoding in land plants：evaluationof rbcL in a multigene tiered approach.Can J Bot 84：335-341.(Newmaster SG，Fazekas AJ，Ragupathy S。陆生植物的DNA条码：rbcL基因片段在多基因片段组合条码中的应用评估。加拿大植物学报，2006，84：335-341)
Lahaye R，van der Bank M，Bogarin D，Warner J，Pupulin F，et al.(2008)DNA barcodingthe floras of biodiversity hotspots.Proc Natl Acad Sci U S A 105：2923-2928.(Lahaye R，vander Bank M，Bogarin D，Warner J，Pupulin F等。DNA条码区分生物群落热点。美国科学院院报，2008，105：2923-2928)
Newmaster SG，Fazekas AJ，Steeves RAD，Janovec J(2008)Testing candidate plantbarcode regions in the Myristicaceae.Mol Ecol Resour 8：480-490.(Newmaster SG，FazekasAJ，Steeves RAD，Janovec J。区分肉豆蔻科植物的候选DNA条码片段。分子生态学资源，2008，8：480-490)
Bernardi G，Alva-Campbell YR，Gasparini JL，Floeter SR(2008)Molecular ecology，speciation，and evolution of the reef fish genus Anisotremus.Mol Phylogenet Evol 48(3)：929-935.(Bernardi G，Alva-Campbell YR，Gasparini JL，Floeter SR。暗礁鱼属异孔石鲈的分子生态、种形成和进化。分子系统学与进化，2008，48(3)：929-935)
Nguyen NH，Driscoll HE，Specht CD(2008)A molecular phylogeny of the wild onions(Allium；Alliaceae)with a focus on the western North American center of diverslty.MolPhylogenet Evol 47(3)：1157-1172.(Nguyen NH，Driscoll HE，Specht CD。西北美地区野生洋葱的系统发育。分子系统学与进化，2008，47(3)：1157-1172)
Lay HL，Liu HJ，Liao MH，Chen CC，Liu SY，et al.(2001)Genetic identification of Chinese drugmaterials in yam(Dioscorea spp.)by RAPD analysis.J Food Drug Anal 9(3)：132-138.(Lay HL，Liu HJ，Liao MH，Chen CC，Liu SY等。利用RAPD方法进行薯蓣属中国药用材料的遗传鉴定。药物食品分析，2001，9(3)：132-138)
Zhang KYB，Leung H W，Yeung H W，Wong RNS(2001)Differentiation of Lyciumbarbarum from its related Lycium species using random amplified polymorphic DNA.PlantaMed 67：379-381.(zhang KYB，Leung Hw，Yeung Hw，Wong RNS。利用随机扩增多态DNA方法区分枸杞属中的相近种。药用植物，2001，67：379-381)
Bless C，Palmeter H，Wallace MM(2006)Identification of Acer rubrum Using AmplifiedFragment Length Polymorphism.J Forensic Sci 51(1)：31-38.(Bless C，Palmeter H，WallaceMM。利用扩增片段长度多态性方法区分红枫树种。司法鉴定，2006，51(1)：31-38)
Rekik I，Salimonti A，Kamoun NG，Muzzalupo I，Lepais O，et al.(2008)Characterizationand identification of Tunisian olive tree varieties by microsatellite markers.Hortscience 43(5)：1371-1376.(Rekik I，Salimonti A，Kamoun NG，Muzzalupo I，Lepais O等。利用微卫星标记描述和区分突尼斯橄榄树变种。园艺科学，2008，43(5)：1371-1376)
发明内容
本发明要解决的技术问题是提供一种用于动植物描述和甄别的分子条码系统的制备方法，采用本发明方法所得的分子条码系统是具有真正条码形态的、能甄别具有较近遗传关系的动植物物种、亚种、变种、品种、自交系或变异单株。
为了解决上述技术问题，本发明提供一种动植物描述和甄别的分子条码系统的制备方法，包括以下步骤：
1)、对采用单一或多种分子标记技术获得的动植物材料的单态性或多态性条带数据进行采集，形成标记集合，作为区别物种、亚种、变种、品种、自交系或变异单株的分子标记集合；
2)、对上述动植物材料获得的分子标记集合，采用二维条码技术，将其名称、分子标记中所用引物、单态性或多态性标记及其分析结果进行转换和储存，以条形码的形式表达。
作为本发明的动植物描述和甄别的分子条码系统的制备方法的改进：动植物材料为物种、亚种、变种、品种、自交系或变异单株。
本发明还同时提供了利用上述制备方法获得的分子条码系统的用途：用于物种、亚种、变种、品种、自交系或变异单株的鉴定、甄别、标识或审定；或者将上述数据通过计算机、网络等形式储存和更新。
在本发明中，对经分子标记技术获得的条带采集形成可区别、可拓展的标记集合，这些标记集合结合其名称等信息通过采用计算机软件获得分子条码。
在本发明中，当动植物品种为未知种属，先将所得的分子信息数据与数据库中已有的信息进行聚类，从而确定所述动植物品种所属的种属；当动植物品种为已知种属，可用此方法获得其相关分子信息数据等信息，从而充实数据库。在本发明中，只要使用该动植物品种的单个样品，就能制备出相应的分子条码系统。
本发明采用分子标记技术用一种分子标记或多种分子标记的组合获得动植物物种、亚种、变种、品种、自交系或变异单株的基因组信息；利用相关软件基于以上信息进行聚类或建立系统发生树对测试样品进行甄别；应用条形码转换工具或其他的信息储存方法对品种名或个体名、所用标记和标记实验结果信息转换成条形码或其他储存形态，用于特异地以条形码的形式描述动植物物种、亚种、变种、品种、自交系或变异单株。该条码能被方便的解码，并以数据库或网络等介质对以上信息进行上传、储存、查询、下载、解码、共享或更新(图1)。因此采用本发明方法所得的用于动植物描述和甄别的分子条码系统是具有真正条码形态的分子条码系统。
综上所述，本发明可普遍应用于鉴别亲缘关系较近的物种，为生物群体甚至个体，尤其是栽培作物以及家养动物的品种鉴定、甄别、标识和审定，以及新品种权保护等建立了一套统一的、稳定的、可普遍采用且分子标记数据可共享和更新的、真正意义上可读写的分子条码系统。
附图说明
下面结合附图对本发明的具体实施方式作进一步详细说明。
图1动植物(物种、亚种、变种、品种、自交系或变异单株)描述和甄别的分子条码系统流程图；
图2植物品种‘油冬儿’用M5E1引物组合F-AFLP检测结果图；
横坐标代表F-AFLP扩增片段具有的碱基数目，纵坐标代表多态性片段的荧光信号强度；
图3基于荧光AFLP分析结果采用非加权组平均法对74份十字花科作物品种进行聚类分析结果图；
图4植物品种‘油冬儿’分子条形码；
图5植物品种‘矮脚黄’分子条形码；
图6植物品种‘长梗’分子条形码；
图7植物品种‘上海青’分子条形码；
图8动物品种‘玉山’猪用M5E1引物组合F-AFLP检测结果图；
横坐标代表F-AFLP扩增片段具有的碱基数目，纵坐标代表多态性片段的荧光信号强度；
图9基于荧光AFLP数据采用非加权组平均法对17个中国地方猪种和1个野猪品种进行聚类分析结果图。
图10动物品种‘玉山’猪分子条形码；
图11动物品种‘兰塘’猪分子条形码；
图12动物品种‘上高’猪分子条形码。
具体实施方式
实施例1、十字花科作物的甄别和分子条码构建
选用芸薹(Brassica rapa)、甘蓝(B.oleracea)、芥菜(B.juncea)和萝卜(Raphanussativus)作物的74份品种材料(表1)进行分子条码构建和品种甄别。
表1、74份十字花科作物品种信息
| 种/变种(拉丁名) | 品种 | 种/变种(拉丁名) | 品种 |
| Brassica rapa ssp.chinensis var.pekinensis | 黄芽菜 | Brassica rapa ssp.rapifera | 玉环盘菜 |
| Brassica rapa ssp.chinensis var.pekinensis | 黄芽14 | Brassica rapa ssp.rapifera | 楠溪盘菜 |
| Brassica rapa ssp.chinensis var.pekinensis | 浙白4号 | Brassica rapa ssp.rapifera | 温抗1号 |
| Brassica rapa ssp.chinensis var.pekinensis | 浙白6号 | Brassica rapa ssp.rapifera | 温盘1号 |
| Brassica rapa ssp.chinensis var.pekinensis | 早熟5号 | Brassicajuncea var.tumida | 金丝芥 |
| Brassica rapa ssp.chinensis var.pekinensis | 浙白8号 | Brassicajuncea var.tumida | 瘤芥菜 |
| Brassica rapa ssp.chinensis var.communis | 油冬儿 | Brassicajuncea var.tumida | 鄞雪18 |
| Brassica rapa ssp.chinensis var.communis | 矮脚黄 | Brassicajuncea var.tumida | 惠圆早 |
| Brassica rapa ssp.chinensis var.communis | 长梗 | Brassicajuncea var.tumida | 潮丰1号 |
| Brassica rapa ssp.chinensis var.communis | 上海青 | Brassicajuncea var.tumida | 九头鸟 |
| Brassica rapa ssp.chinensis var.communis | 矮抗青 | Brassicajuncea var.tumida | 桐农1号 |
| Brassica rapa ssp.chinensis var.communis | 五月蔓 | Brassicajuncea var.tumida | 香螺种 |
| Brassica rapa ssp.chinensis var.communis | 抗热605 | Brassicajuncea var.tumida | 甬丰1号 |
| 种/变种(拉丁名) | 品种 | 种/变种(拉丁名) | 品种 |
| Brassica rapa ssp.chinensis var.communis | 特选半高白 | Brassicajuncea var.tumida | 余姚缩头种 |
| Brassica rapa ssp.chinensis var.communis | 金华早生 | Brassicajuncea var.tumida | 上虞缩头种 |
| Brassica rapa ssp.chinensis var. | 蚕白 | Brassicajuncea var. | 浙丰3号 |
| communis | tumida | ||
| Brassica rapa ssp.chinensis var.communis | 粉皮菜 | Brassica juncea var.foliosa | 杭州雪里蕻 |
| Brassica rapassp.chinensisvar.communis | 仙居小青菜 | Brassicajuncea var.foliosa | 落汤青 |
| Brassica rapa ssp.chinensis var.rosularis | 小八叶 | Brassicajuncea var.foliosa | 泗门雪里蕻 |
| Brassica rapa ssp.chinensis var.purpurea | 紫菜薹 | Brassica juncea var.foliasa | 台州小芥 |
| Brassica rapa ssp.chinensis var.multiceps | 马耳头 | Brassica.oleracea var.capitata | 争春 |
| Brassica rapa ssp.nippsinica | 千筋菜 | Brassica.oleracea var.capitata | 春丰 |
| Brassica rapa ssp.rapifera | 温农自选 | Brassica.oleracea var.capitata | 中甘21 |
| Brassica rapa ssp.rapifera | 温盘2号 | Brassica.oleracea var.capitata | 浙甘14号 |
| Brassica rapa ssp.rapifera | 白玉 | Brassica.oleracea var.capitata | 蓝宝玉 |
| Brassica.oleracea var.capitata | 北国之春 | Brassica oleracea var.botrytis | 神农特大 |
| Brassica oleracea var.capitata | 浙甘7号 | Brassica oleracea var.botrytis | 富士白4号 |
| 种/变种(拉丁名) | 品种 | 种/变种(拉丁名) | 品种 |
| Brassica.oleraceavar.capitata | 早春1号 | Brassica oleracea var.botrytis | 雪王120 |
| Brassica.oleracea var.capitata | 春丰007 | Brassica oleracea var.botrytis | 清江60 |
| Brassica oleraceavar.botrytis | 白露80天 | Brassica oleracea var.botrytis | 瑞雪45 |
| Brassica oleracea var.botrytis | 成功14号 | Brassica oleracea var.botrytis | 瑞雪100 |
| Brassica oleracea var.botrytis | 青农65天 | Brassica oleracea var.italica | 四季绿 |
| Brassica oleracea var.botrytis | 白马王子 | Brassica oleracea var.italica | 优秀 |
| Brassica oleracea var.italica | 绿雄90 | Raphanus sativus | 大红袍 |
| Brassica oleracea var.italica | 绿雄95 | Raphanus sativus | 圆白 |
| Brassica oleracea var.italica | 圣绿 | Raphanus sativus | 勾白 |
| Raphanus sativus | 一点红 | Raphanus sativus | 一刀种 |
对表1中的每份品种材料，均分别进行如下步骤的内容：
(1)基因组DNA序列的获得
取各材料叶片0.5g，以CTAB法提取基因组DNA。
(2)利用荧光AFLP分子标记获得各材料基因组信息
酶切基因组DNA：取250ng基因组DNA，采用EcoR I和Mse I进行双酶切；酶切体系：2.5U EcoR I 0.125μL，2.5U Mse I 0.25μL，10×Y+/Tango Buffer(含10×BSA)5.0μL，加ddH2O至酶切体系为25μL；37℃温育6h，后用70℃水浴处理15min灭酶活性；得酶切产物。
DNA片段连接：在25μL酶切产物中加ddH2O 0.6μL，10×连接Buffer 3.0μL，EcoRI接头0.5μL(接头序列见序列表：SEQ ID No：1和SEQ ID No：2所示)，Mse I接头0.5μL(接头序列见序列表：SEQ ID No：3和SEQ ID No：4所示)，T4DNA连接酶0.4μL，终体系为30μL；20℃或室温连接过夜；得连接后DNA模板。
预扩：预扩体系25μL：ddH2O16.1μL，连接后DNA模板2.5μL，EcoR I预扩引物(50ng·μL-1)0.7μL(序列见序列表：SEQ ID No：5所示)，Mse I预扩引物(50ng·μL-1)0.7μL(序列见序列表：SEQ ID No：6所示)，dNTPs(10mmo1·L-1)0.5μL，10×PCR reaction buffer(含Mg2+)2.0μL，2U Taq Polymerase 2.5μL。预扩增的PCR反应程序为94℃，30s；56℃，30s；72℃，60s；18个循环，得预扩产物；取5μl预扩产物在1.2％琼脂糖凝胶上进行电泳，拍照观察结果。预扩产物4℃保存备用于选择性扩增。
选择性扩增：AFLP选择性扩增体系20μL：模板(预扩产物稀释100倍)1μL，EcoRI选扩引物(3.3ng·μL)1.5μL(序列见序列表：SEQ ID No：7所示)，Mse I选扩荧光引物(20ng·μL-1)1.5μL(序列见序列表：SEQ ID No：8所示)，dNTPs(10mmo1·L)0.4μL，10×PCR reaction buffer(含Mg2+)2.0μL，Taq Polymerase 0.5μL，ddH2O 13.1μL。94℃预变性120s，94℃，30s；65℃，30s；72s，60s，每个循环退火温度降低0.7℃，经13个循环后，退火温度降至56℃，再进行30个以下循环的扩增：94℃，30s；56℃，30s：72℃，60s后72℃延伸7min。用灭菌ddH2O将选择性扩增产物稀释20倍，取少量(如5μL)稀释产物，加入等量的上样缓冲液，94℃变性5min，后立即放置于冰上。变性的PCR产物用4.5％的聚丙烯酰胺凝胶在ABI3100序列分析仪1500V，35mA，150W，50℃条件下电泳2h，收集胶图像。注：SEQ ID No：7和No：8是Mse I选扩荧光引物和EcoR I选扩引物的通称，术尾N表示A、T、G、C四碱基中的任一个。
应用GENEMAPPER软件进行数据收集，检测结果以“油冬儿”用M5E1引物组合F-AFLP检测结果为例说明，如图2。
从选择性扩增引物中选出扩增成功率为100％且扩增结果多态程度最高的8对引物：M5E2(序列见序列表：SEQ ID No：9和SEQ ID No：10所示)、M6E1(序列见序列表：SEQID No：11和SEQ ID No：12所示)、M3E2(序列见序列表：SEQ ID No：13和SEQ ID No：14所示)、M5E1(序列见序列表：SEQ ID No：15和SEQ ID No：16所示)、M6E(序列见序列表：SEQ ID No：17和SEQ ID No：18所示)、M4E7(序列见序列表：SEQ ID No：19和SEQ ID No：20所示)、M1E2(序列见序列表：SEQ ID No：21和SEQ ID No：22所示)、M8E3
(序列见序列表：SEQ ID No：23和SEQ ID No：24所示)用于74份十字花科植物的甄别和描述。
(3)74份十字花科植物的甄别
对上述8对引物选择性扩增结果利用NTSYSpc2.1软件采用非加权组平均法进行聚类分析，74份十字花科植物被一一区分开(图3)。
由此证明本发明采用上述8对引物就能把这74个遗传关系很近的植物区分开来，而常规的DNA条码所用的那些基因序列无法实现上述区分。
利用本发明的方法，当有若干个样品被混杂时，可利用此步骤区分出样品中有几类，即实现了聚类分析。
(4)分子条码构建
利用PDF417软件把各品种的品种名、荧光AFLP所用的选择性扩增引物序列碱基组成、选择性扩增产物按碱基数大小顺序排列的信息转换成二维条码。
上述顺序可按照各引物名称上的数字从小到大进行排列(例如先按照M1、M2……，然后再按照E1、E2……)。
该条码的大小根据储存信息的多少而变化，以‘油冬儿’、‘矮脚黄’、‘长梗’和‘上海青’为例，把品种名、所用的荧光AFLP选择性扩增引物组合M5E1和M5E2序列，扩增产物大小排列结果应用PDF417软件转换成二维条码分别如图4、图5、图6和图7。
实施例2、猪属的甄别和分子条码构建
选用猪属17个中国地方猪种和1个野猪品种进行分子条码构建(表2)。
表2、17个中国地方猪种和1个野猪品种信息
对表2中的每份品种材料，均分别进行如下步骤的内容：
(1)基因组DNA序列的获得
猪前腔静脉采血5mL，EDTA抗凝冻臧。用传统酚/氯仿抽提法提取基因组DNA，产物纯度约在80％～97％左右，TE溶解后稀释到终浓度50ng/μL。
(2)利用荧光AFLP分子标记获得各材料基因组信息
酶切基因组DNA：取250ng基因组DNA，采用EcoR I和Mse I进行双酶切。酶切体系：2.5U EcoR I 0.125μL，2.5U Mse I 0.25μL，10×Y+/Tango Buffer(含10×BSA)5.0μL，加灭菌ddH2O至酶切体系为25μL。37℃温育6h，后用70℃水浴处理15min灭酶活性；得酶切产物。
DNA片段连接：在25μL酶切产物中加ddH2O 0.6μL，10×连接Buffer 3.0μL，EcoRI接头0.5μL(接头序列见序列表：SEQ ID No：1和SEQ ID No：2所示)，Mse I接头0.5μL(接头序列见序列表：SEQ ID No：3和SEQ ID No：4所示)，T4DNA连接酶0.4μL，终体系为30μL；20℃或室温连接过夜；得连接后DNA模板。
预扩：预扩体系25μL：ddH2O16.1μL，连接后DNA模板2.5μL，EcoR I预扩引物(50ng·μL-1)0.7μL(序列见序列表：SEQ ID No：5所示)，Mse I预扩引物(50ng·μL-1)0.7μL(序列见序列表：SEQ ID No：6所示)，dNTPs(10mmol·L-1)0.5μL，10×PCR reaction buffer(含Mg2+)2.0L，2U Taq Polymerase 2.5μL。预扩增的PCR反应程序为94℃，30s；56℃，30s；72℃，60s；18个循环，取5μl预扩产物在1.2％琼脂糖凝胶上进行电泳，拍照观察结果。4℃保存用于选择性扩增。
选择性扩增：AFLP选择性扩增体系20μL：模板(预扩产物稀释100倍)1μL，选择性扩增引物分别使用实例1中选出的8对引物：M5E2(序列见序列表：SEQ ID No：9和SEQ ID No：10所示)、M6E1(序列见序列表：SEQ ID No：11和SEQ ID No：12所示)、M3E2(序列见序列表：SEQ ID No：13和SEQ ID No：14所示)、M5E1(序列见序列表：SEQ IDNo：15和SEQ ID No：16所示)、M6E2(序列见序列表：SEQ ID No：17和SEQ ID No：18所示)、M4E7(序列见序列表：SEQ ID No：19和SEQ ID No：20所示)、M1E2(序列见序列表：SEQ ID No：21和SEQ ID No：22所示)、M8E3(序列见序列表：SEQ ID No：23和SEQID No：24所示)，引物各用1.5μL，dNTPs(10mmol·L)0.4μL，10×PCR reaction buffer(含Mg2+)2.0μL，Taq Polymerase 0.5μL，ddH2O 13.1μL。94℃预变性120s，94℃，30s；65℃，30s；72s，60s，每个循环退火温度降低0.7℃，经13个循环后，退火温度降至56℃，再进行30个以下循环的扩增：94℃，30s；56℃，30s；72℃，60s后72℃延伸7min。用灭菌ddH2O将选择性扩增稀释20倍，取少量(如5μL)稀释产物，加入等量的上样缓冲液，94℃变性5min，后立即放置于冰上。变性的PCR产物用4.5％的聚丙烯酰胺凝胶在ABI3100序列分析仪1500V，35mA，150W，50℃条件下电泳2h，收集胶图像。应用GENEMAPPER软件进行数据收集，检测结果以动物品种‘玉山’猪用M5E1引物组合F-AFLP检测结果为例，如图8。
(3)17个中国地方猪种及1个野猪品种的甄别
对上述8对引物选择性扩增结果利用NTSYSpc2.1软件采用非加权组平均法进行聚类分析，17个中国地方猪种被一一区分开(图9)。
(4)分子条码构建
利用PDF417软件把各品种的品种名、荧光AFLP所用的选择性扩增引物序列碱基组成、选择性扩增产物按碱基数大小顺序排列的信息转化成二维条码，该条码的大小根据储存信息的多少而变化，以‘玉山’、‘兰塘’和‘上高’三个地方猪种为例，把品种名、所用的荧光AFLP选择性扩增引物组合M5E1和M5E2序列，扩增产物大小排列结果应用PDF417软件转换成二维条码见图10、11和12。
最后，还需要注意的是，以上列举的仅是本发明的若干个具体实施例。显然，本发明不限于以上实施例，还可以有许多变形。本领域的普通技术人员能从本发明公开的内容直接导出或联想到的所有变形，均应认为是本发明的保护范围。
序列表
SEQ ID No：1
SEQ ID No：1的信息：
(i)序列特征：
(A)长度：17bp
(B)类型：核酸
(C)链型：单链
拓扑结构：线性
(ii)分子型：DNA
(xi)序列描述：EcoR I接头上游引物
(xii)CTCGTAGACTGCGTACC
SEQ ID No：2
SEQ ID No：2的信息：
(i)序列特征：
(D)长度：18bp
(E)类型：核酸
(F)链型：单链
拓扑结构：线性
(ii)分子型：DNA
(xi)序列描述：EcoR I接头下游引物
(xii)AATTGGTACGCAGTCTAC
SEQ ID No：3
SEQ ID No：3的信息：
(i)序列特征：
(G)长度：16bp
(H)类型：核酸
(I)链型：单链
拓扑结构：线性
(ii)分子型：DNA
(xi)序列描述：Mse I接头上游引物
(xii)GACGATGAGTCCTGAG
SEQ ID No：4
SEQ ID No：4的信息：
(i)序列特征：
(J)长度：14bp
(K)类型：核酸
(L)链型：单链
拓扑结构：线性
(ii)分子型：DNA
(xi)序列描述：Mse I接头下游引物
(xii)TACTCAGGACTCAT
SEQ ID No：5
SEQ ID No：5的信息：
(i)序列特征：
(M)长度：20bp
(N)类型：核酸
(O)链型：单链
拓扑结构：线性
(ii)分子型：DNA
(xi)序列描述：EcoR I预扩引物
(xii)ATTGATTTGGGCCGGTTCAG
SEQ ID No：6
SEQ ID No：6的信息：
(i)序列特征：
(P)长度：23bp
(Q)类型：核酸
(R)链型：单链
拓扑结构：线性
(ii)分子型：DNA
(xi)序列描述：Mse I预扩引物
(xii)ATTGGGCCCGACGTCGCATGCTC
SEQ ID No：7
SEQ ID No：7的信息：
(i)序列特征：
(S)长度：18bp
(T)类型：核酸
(U)链型：单链
拓扑结构：线性
(ii)分子型：DNA
(xi)序列描述：EcoR I选扩引物
(xii)GACTGCGTACCAATTCNN
SEQ ID No：8
SEQ ID No：8的信息：
(i)序列特征：
(V)长度：18bp
(W)类型：核酸
(X)链型：单链
拓扑结构：线性
(ii)分子型：DNA
(xi)序列描述：Mse I选扩引物
(xii)FAM-GATGAGTCCTGAGTAANN
SEQ ID No：9
SEQ ID No：9的信息：
(i)序列特征：
(Y)长度：18bp
(Z)类型：核酸
(AA)链型：单链
拓扑结构：线性
(ii)分子型：DNA
(xi)序列描述：M5E2上游引物
(xii)GATGAGTCCTGAGTAATA
SEQ ID No：10
SEQ ID No：10的信息：
(i)序列特征：
(BB)长度：18bp
(CC)类型：核酸
(DD)链型：单链
拓扑结构：线性
(ii)分子型：DNA
(xi)序列描述：M5E2下游引物
(xii)FAM-GATGAGTCCTGAGTAAAG
SEQ ID No：11
SEQ ID No：11的信息：
(i)序列特征：
(EE)长度：18bp
(FF)类型：核酸
(GG)链型：单链
拓扑结构：线性
(ii)分子型：DNA
(xi)序列描述：M6E1上游引物
(xii)GATGAGTCCTGAGTAATC
SEQ ID No：12
SEQ ID No：12的信息：
(i)序列特征：
(HH)长度：18bp
(II)类型：核酸
(JJ)链型：单链
拓扑结构：线性
(ii)分子型：DNA
(xi)序列描述：M6E1下游引物
(xii)FAM-GATGAGTCCTGAGTAAAC
SEQ ID No：13
SEQ ID No：13的信息：
(i)序列特征：
(KK)长度：18bp
(LL)类型：核酸
(MM)链型：单链
拓扑结构：线性
(ii)分子型：DNA
(xi)序列描述：M3E2上游引物
(xii)GATGAGTCCTGAGTAAAG
SEQ ID No：14
SEQ ID No：14的信息：
(i)序列特征：
(NN)长度：18bp
(OO)类型：核酸
(PP)链型：单链
拓扑结构：线性
(ii)分子型：DNA
(xi)序列描述：M3E2下游引物
(xii)FAM-GATGAGTCCTGAGTAAAG
SEQ ID No：15
SEQ ID No：15的信息：
(i)序列特征：
(QQ)长度：18bp
(RR)类型：核酸
(SS)链型：单链
拓扑结构：线性
(ii)分子型：DNA
(xi)序列描述：M5E1上游引物
(xii)GATGAGTCCTGAGTAATA
SEQ ID No：16
SEQ ID No：16的信息：
(i)序列特征：
(TT)长度：18bp
(UU)类型：核酸
(VV)链型：单链
拓扑结构：线性
(ii)分子型：DNA
(xi)序列描述：M5E1下游引物
(xii)FAM-GATGAGTCCTGAGTAAAC
SEQ ID No：17
SEQ ID No：17的信息：
(i)序列特征：
(WW)长度：18bp
(XX)类型：核酸
(YY)链型：单链
拓扑结构：线性
(ii)分子型：DNA
(xi)序列描述：M6E2上游引物
(xii)GATGAGTCCTGAGTAATC
SEQ ID No：18
SEQ ID No：18的信息：
(i)序列特征：
(ZZ)长度：18bp
(AAA)类型：核酸
(BBB)链型：单链
拓扑结构：线性
(ii)分子型：DNA
(xi)序列描述：M6E2下游引物
(xii)FAM-GATGAGTCCTGAGTAAAG
SEQ ID No：19
SEQ ID No：19的信息：
(i)序列特征：
(CCC)长度：18bp
(DDD)类型：核酸
(EEE)链型：单链
拓扑结构：线性
(ii)分子型：DNA
(xi)序列描述：M4E7上游引物
(xii)GATGAGTCCTGAGTAAAT
SEQ ID No：20
SEQ ID No：20的信息：
(i)序列特征：
(FFF)长度：18bp
(GGG)类型：核酸
(HHH)链型：单链
拓扑结构：线性
(ii)分子型：DNA
(xi)序列描述：M4E7下游引物
(xii)FAM-GATGAGTCCTGAGTAAGC
SEQ ID No：21
SEQ ID No：21的信息：
(i)序列特征：
(III)长度：18bp
(JJJ)类型：核酸
(KKK)链型：单链
拓扑结构：线性
(ii)分子型：DNA
(xi)序列描述：M1E2上游引物
(xii)GATGAGTCCTGAGTAAAA
SEQ ID No：22
SEQ ID No：22的信息：
(i)序列特征：
(LLL)长度：18bp
(MMM)类型：核酸
(NNN)链型：单链
拓扑结构：线性
(ii)分子型：DNA
(xi)序列描述：M1E2下游引物
(xii)FAM-GATGAGTCCTGAGTAAAG
SEQ IDNo：23
SEQ ID No：23的信息：
(i)序列特征：
(OOO)长度：18bp
(PPP)类型：核酸
(QQQ)链型：单链
拓扑结构：线性
(ii)分子型：DNA
(xi)序列描述：M8E3上游引物
(xii)GATGAGTCCTGAGTAAAT
SEQ ID No：24
SEQ ID No：24的信息：
(i)序列特征：
(RRR)长度：18bp
(SSS)类型：核酸
(TTT)链型：单链
拓扑结构：线性
(ii)分子型：DNA
(xi)序列描述：M8E3下游引物
(xii)FAM-GATGAGTCCTGAGTAAGC
Claims (3)
1.一种动植物描述和甄别的分子条码系统的制备方法，其特征是包括以下步骤：
1)、对采用单一或多种分子标记技术获得的动植物材料的单态性或多态性条带数据进行采集，形成标记集合，作为区别物种、亚种、变种、品种、自交系或变异单株的分子标记集合；
2)、对上述动植物材料获得的分子标记集合，采用二维条码技术，将其名称、分子标记中所用引物、单态性或多态性标记及其分析结果进行转换和储存，以条形码的形式表达。
2.根据权利要求1所述的动植物描述和甄别的分子条码系统的制备方法，其特征是：所述动植物材料为物种、亚种、变种、品种、自交系或变异单株。
3.利用权利要求1或2所述制备方法获得的分子条码系统的用途：用于物种、亚种、变种、品种、自交系或变异单株的鉴定、甄别、标识或审定；或者将上述数据通过计算机、网络等形式储存和更新。
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Cited By (5)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| CN101916279A (zh) * | 2010-08-16 | 2010-12-15 | 刘文萍 | 基于图像分析技术的植物物种查询系统及方法 |
| CN102663269A (zh) * | 2012-04-12 | 2012-09-12 | 北京海华鑫安生物信息技术有限责任公司 | Dna分析中使用二维码进行基因数据交换的方法及装置 |
| CN102799795A (zh) * | 2011-05-25 | 2012-11-28 | 中国医学科学院药用植物研究所 | 物种移动鉴别系统、终端、服务器及方法 |
| CN105123504A (zh) * | 2015-08-31 | 2015-12-09 | 镇江瑞繁农艺有限公司 | 一种极早熟松散型花椰菜自交系的选育方法 |
| CN109472280A (zh) * | 2018-09-10 | 2019-03-15 | 广东数相智能科技有限公司 | 一种更新物种识别模型库的方法、存储介质及电子设备 |
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2009
- 2009-09-30 CN CN200910153514A patent/CN101694696A/zh active Pending
Cited By (7)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| CN101916279A (zh) * | 2010-08-16 | 2010-12-15 | 刘文萍 | 基于图像分析技术的植物物种查询系统及方法 |
| CN102799795A (zh) * | 2011-05-25 | 2012-11-28 | 中国医学科学院药用植物研究所 | 物种移动鉴别系统、终端、服务器及方法 |
| CN102799795B (zh) * | 2011-05-25 | 2016-08-17 | 中国医学科学院药用植物研究所 | 物种移动鉴别系统、终端、服务器及方法 |
| CN102663269A (zh) * | 2012-04-12 | 2012-09-12 | 北京海华鑫安生物信息技术有限责任公司 | Dna分析中使用二维码进行基因数据交换的方法及装置 |
| CN102663269B (zh) * | 2012-04-12 | 2015-02-04 | 北京海华鑫安生物信息技术有限责任公司 | Dna分析中使用二维码进行基因数据交换的方法及装置 |
| CN105123504A (zh) * | 2015-08-31 | 2015-12-09 | 镇江瑞繁农艺有限公司 | 一种极早熟松散型花椰菜自交系的选育方法 |
| CN109472280A (zh) * | 2018-09-10 | 2019-03-15 | 广东数相智能科技有限公司 | 一种更新物种识别模型库的方法、存储介质及电子设备 |
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