CN101677516A - 用于选择抗疫霉根腐病的大豆植物的方法和组合物 - Google Patents

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Abstract

本发明涉及植物育种和抗病性领域。更具体地说，本发明包括培育含有抵抗大豆疫霉导致的疫霉根腐病(PRR)的数量性状基因座(QTL)的大豆植物的方法。本发明进一步包括分子标记在PRR抗性QTL渗入大豆植物中的用途。

Description

用于选择抗疫霉根腐病的大豆植物的方法和组合物
相关申请的交叉引用
本申请根据35 U.S.C.§119(e)要求对于2007年4月20日提交的美国临时申请60/925,475的优先权，在此引入该临时申请的全部公开内容作为参考。
序列表的引入
序列表于2008年4月7日创建，包含52,115字节(在Microsoft
Figure A20088001578700081
测量)的名为“Sequence Listing.txt”的文件，包括116个核苷酸序列，并且在这里全部引入作为参考。
发明领域
本发明属于植物育种和抗病性的领域。更具体地说，本发明包括培育大豆属(Glycine)植物的方法，该植物含有与病原体大豆疫霉(Phytophthora sojae)(Kauffman & Gerdemann)的抗病性相关的数量性状基因座(QTL)。本发明涉及遗传标记在确定抗病性的QTL中的的用途。本发明进一步涉及遗传标记在育种计划中用于将大豆疫霉抗性渗入优良种质中的用途。
发明背景
大豆疫霉(Kauffman & Gerdemann)是一种对大豆植物(Glycinemax)的根和茎造成广泛破坏的卵菌纲病原体(Zhang等人，MPMI，19：1302-1310(2006))。由大豆疫霉导致的疫霉根腐病(PRR)的症状包括叶的发黄和萎蔫及较低的茎和枝的褐变(Demirbas等人，Crop Sci.41：1220-1227(2001))。PRR导致每年全球范围的大豆农作物损失10亿至20亿美元(Zhang等人，MPMI，19：1302-1310(2006))。大豆PRR抗性或易感性取决于病原体和宿主之间的信号系统。某些数量性状基因座(QTL)可赋予PRR抗性。病原体的无毒性(Avr)和宿主的抗性(Rps)数量性状基因座确定不同的大豆疫霉生理小种(race)和大豆栽培种之间的相互作用(Valer等人，FEMS Microbiol Lett.，265：60-68(2006))。已经确定了8个基因座提供生理小种特异性的PRR抗性，而且这些基因座中的两个-Rps1和Rps3-被鉴定为具有多个等位基因，这些等位基因按照基因座编号用字母命名(Ferro等人，Crop Sci，46：2427-2436(2006))。Rps1基因座包括，例如，Rps1a、Rps1b、Rps1c、Rps1d和Rps1k，且Rps3基因座包括，例如，Rps3a、Rps3b和Rps3c。曾经尝试用图位克隆(Map-based cloning)表征Rps1k区域(Bhattacharyya，M.K.等人，Theor Appl Genet，111：75-86(2005)，美国专利7,256,323)。种植具有生理小种特异性的抗性基因的大豆栽培种是控制PRR的主要方法(Ferro等人，Crop Sci.，46：2427-2436(2006))。已经确定了超过50种大豆疫霉生理小种，且Rps基因座可以提供对超过一种的大豆疫霉生理小种的抗性。例子包括但不仅限于以下：Rps1k可以提供对大豆疫霉生理小种1和4的抗性，Rps1c可以提供对大豆疫霉生理小种1和3的抗性，且Rps8可以提供对大豆疫霉生理小种1、4、7和25的抗性。植物育种者能够使用分子标记作为选择具有有关PRR生理小种抗性等位基因的植物的间接手段(Demirbas等人，CropSci.41：1220-1227(2001))。
可以通过使用对PRR抗性等位基因的标记辅助的选择大大促进PRR抗性大豆的培育。在大豆育种计划中用于检测、选择和渗入PRR抗性植物的遗传标记包括简单序列重复(SSRs)、限制性片段长度多态性(RFLPs)和单核苷酸多态性(SNPs)。已经提供了SSR和SNP标记用于连锁群B1、G、K和M上的PRR抗性基因座(美国专利申请11/199,819(2005年8月8日提交))。提供了RFLP标记、SSR标记和同工酶标记用于连锁群A2上的PRR抗性基因座(美国专利申请10/436,376(2003年5月12日提交))。提供了SSR标记用于连锁群F上的PRR抗性基因座(美国专利申请10/778,018(2004年2月12日提交))。Cregan等人(Crop Sci.39：1464-1490(1999))描述了连锁群。迄今为止，缺乏用于连锁群N上的Rps1、连锁群F上的Rps3和连锁群F上的Rps8的基于SNP的标记组。
在各类标记中，SNPs具有的特征使得它们在检测、选择和向大豆植物中渗入PRR抗性方面优于其它遗传标记。优选SNPs，因为可以获得用于SNP标记的自动化、高通量筛选的技术，其可以减少选择和向大豆植物中渗入PRR抗性的时间。此外，SNP标记是理想的，因为特定的SNP等位基因源自特定物种的现存群体中的独立来源的可能性非常低。因此，SNP标记可用于跟踪和协助PRR抗性等位基因的基因渗入，特别是在PRR抗性单元型的情况下。需要用于筛选农艺学上重要的PRR生理小种抗性的基于SNP的标记。Rps1、Rps3和Rps8提供对作为大豆作物损害的重要来源的PRR生理小种的抗性。本发明提供了用于连锁群N上的Rps1、连锁群F上的Rps3和连锁群F上的Rps8的基于SNP的标记。
本发明提供并包括用于筛选和选择包含至少一种PRR抗性QTL的大豆植物的方法。本发明包括用于检测、选择和渗入来自PRR抗性大豆植物的PRR抗性QTL的SNP标记。
发明概述
本发明包括选择和将等位基因渗入大豆植物的方法，包括：(A)使至少一种PRR抗性大豆植物与至少一种其它大豆植物杂交以形成群体；(B)用至少一种选自SEQ ID NO：1-SEQ ID NO：16和SEQ ID NO：81-SEQ ID NO：84的核酸标记筛选所述群体；(C)从所述群体中选择一种或多种包含至少一种对应于PRR抗性大豆植物的基因型的大豆植物。
本发明进一步包括通过这种方法产生的优良大豆植物。
本发明包括将等位基因渗入(introgressing)大豆植物的方法，包括：(A)使至少一种PRR抗性大豆植物与至少一种其它大豆植物杂交以形成群体；(B)用至少一种核酸标记筛选所述群体；(C)从所述群体中选择一种或多种包含与PRR抗性相关的单元型(haplotype)的大豆植物，其中，所述PRR抗性单元型选自1、2或3个PRR抗性基因座，其中，在一个或多个基因座上的一种或多种单元型选自Rps1、Rps3和Rps8，且基于所述PRR抗性大豆植物的单元型选择该一种或多种单元型。
本发明进一步包括通过所述方法产生的优良大豆植物。
本发明包括包含选自SEQ ID NO：1-SEQ ID NO：116的核酸序列的基本上纯化的核酸分子。
此外，本发明提供了用于检测PRR抗性QTL——Rps1、Rps3和Rps8的试验。
核酸序列的简要说明
SEQ ID NO：1是源自大豆的与PRR抗性基因座Rps1相关的基因组序列。
SEQ ID NO：2是源自大豆的与PRR抗性基因座Rps1相关的基因组序列。
SEQ ID NO：3是源自大豆的与PRR抗性基因座Rps1相关的基因组序列。
SEQ ID NO：4是源自大豆的与PRR抗性基因座Rps1相关的基因组序列。
SEQ ID NO：5是源自大豆的与PRR抗性基因座Rps1相关的基因组序列。
SEQ ID NO：6是源自大豆的与PRR抗性基因座Rps1相关的基因组序列。
SEQ ID NO：7是源自大豆的与PRR抗性基因座Rps1相关的基因组序列。
SEQ ID NO：8是源自大豆的与PRR抗性基因座Rps1相关的基因组序列。
SEQ ID NO：9是源自大豆的与PRR抗性基因座Rps1相关的基因组序列。
SEQ ID NO：10是源自大豆的与PRR抗性基因座Rps1相关的基因组序列。
SEQ ID NO：11是源自大豆的与PRR抗性基因座Rps3和Rps8相关的基因组序列。
SEQ ID NO：12是源自大豆的与PRR抗性基因座Rps3和Rps8相关的基因组序列。
SEQ ID NO：13是源自大豆的与PRR抗性基因座Rps3和Rps8相关的基因组序列。
SEQ ID NO：14是源自大豆的与PRR抗性基因座Rps3和Rps8相关的基因组序列。
SEQ ID NO：15是源自大豆的与PRR抗性基因座Rps3和Rps8相关的基因组序列。
SEQ ID NO：16是源自大豆的与PRR抗性基因座Rps3和Rps8相关的基因组序列。
SEQ ID NO：17是用于扩增SEQ ID NO：1的正向PCR引物。
SEQ ID NO：18是用于扩增SEQ ID NO：1的反向PCR引物。
SEQ ID NO：19是用于扩增SEQ ID NO：2的正向PCR引物。
SEQ ID NO：20是用于扩增SEQ ID NO：2的反向PCR引物。
SEQ ID NO：21是用于扩增SEQ ID NO：3的正向PCR引物。
SEQ ID NO：22是用于扩增SEQ ID NO：3的反向PCR引物。
SEQ ID NO：23是用于扩增SEQ ID NO：4的正向PCR引物。
SEQ ID NO：24是用于扩增SEQ ID NO：4的反向PCR引物。
SEQ ID NO：25是用于扩增SEQ ID NO：5的正向PCR引物。
SEQ ID NO：26是用于扩增SEQ ID NO：5的反向PCR引物。
SEQ ID NO：27是用于扩增SEQ ID NO：6的正向PCR引物。
SEQ ID NO：28是用于扩增SEQ ID NO：6的反向PCR引物。
SEQ ID NO：29是用于扩增SEQ ID NO：7的正向PCR引物。
SEQ ID NO：30是用于扩增SEQ ID NO：7的反向PCR引物。
SEQ ID NO：31是用于扩增SEQ ID NO：8的正向PCR引物。
SEQ ID NO：32是用于扩增SEQ ID NO：8的反向PCR引物。
SEQ ID NO：33是用于扩增SEQ ID NO：9的正向PCR引物。
SEQ ID NO：34是用于扩增SEQ ID NO：9的反向PCR引物。
SEQ ID NO：35是用于扩增SEQ ID NO：10的正向PCR引物。
SEQ ID NO：36是用于扩增SEQ ID NO：10的反向PCR引物。
SEQ ID NO：37是用于扩增SEQ ID NO：11的正向PCR引物。
SEQ ID NO：38是用于扩增SEQ ID NO：11的反向PCR引物。
SEQ ID NO：39是用于扩增SEQ ID NO：12的正向PCR引物。
SEQ ID NO：40是用于扩增SEQ ID NO：12的反向PCR引物。
SEQ ID NO：41是用于扩增SEQ ID NO：13的正向PCR引物。
SEQ ID NO：42是用于扩增SEQ ID NO：13的反向PCR引物。
SEQ ID NO：43是用于扩增SEQ ID NO：14的正向PCR引物。
SEQ ID NO：44是用于扩增SEQ ID NO：14的反向PCR引物。
SEQ ID NO：45是用于扩增SEQ ID NO：15的正向PCR引物。
SEQ ID NO：46是用于扩增SEQ ID NO：15的反向PCR引物。
SEQ ID NO：47是用于扩增SEQ ID NO：16的正向PCR引物。
SEQ ID NO：48是用于扩增SEQ ID NO：16的反向PCR引物。
SEQ ID NO：49是用于检测SEQ ID NO：1的PRR抗性基因座的探针。
SEQ ID NO：50是用于检测SEQ ID NO：1的PRR抗性基因座的第二探针。
SEQ ID NO：51是用于检测SEQ ID NO：2的PRR抗性基因座的探针。
SEQ ID NO：52是用于检测SEQ ID NO：2的PRR抗性基因座的第二探针。
SEQ ID NO：53是用于检测SEQ ID NO：3的PRR抗性基因座的探针。
SEQ ID NO：54是用于检测SEQ ID NO：3的PRR抗性基因座的第二探针。
SEQ ID NO：55是用于检测SEQ ID NO：4的PRR抗性基因座的探针。
SEQ ID NO：56是用于检测SEQ ID NO：4的PRR抗性基因座的第二探针。
SEQ ID NO：57是用于检测SEQ ID NO：5的PRR抗性基因座的探针。
SEQ ID NO：58是用于检测SEQ ID NO：5的PRR抗性基因座的第二探针。
SEQ ID NO：59是用于检测SEQ ID NO：6的PRR抗性基因座的探针。
SEQ ID NO：60是用于检测SEQ ID NO：6的PRR抗性基因座的第二探针。
SEQ ID NO：61是用于检测SEQ ID NO：7的PRR抗性基因座的探针。
SEQ ID NO：62是用于检测SEQ ID NO：7的PRR抗性基因座的第二探针。
SEQ ID NO：63是用于检测SEQ ID NO：8的PRR抗性基因座的探针。
SEQ ID NO：64是用于检测SEQ ID NO：8的PRR抗性基因座的第二探针。
SEQ ID NO：65是用于检测SEQ ID NO：9的PRR抗性基因座的探针。
SEQ ID NO：66是用于检测SEQ ID NO：9的PRR抗性基因座的第二探针。
SEQ ID NO：67是用于检测SEQ ID NO：10的PRR抗性基因座的探针。
SEQ ID NO：68是用于检测SEQ ID NO：10的PRR抗性基因座的第二探针。
SEQ ID NO：69是用于检测SEQ ID NO：11的PRR抗性基因座的探针。
SEQ ID NO：70是用于检测SEQ ID NO：11的PRR抗性基因座的第二探针。
SEQ ID NO：71是用于检测SEQ ID NO：12的PRR抗性基因座的探针。
SEQ ID NO：72是用于检测SEQ ID NO：12的PRR抗性基因座的第二探针。
SEQ ID NO：73是用于检测SEQ ID NO：13的PRR抗性基因座的探针。
SEQ ID NO：74是用于检测SEQ ID NO：13的PRR抗性基因座的第二探针。
SEQ ID NO：75是用于检测SEQ ID NO：14的PRR抗性基因座的探针。
SEQ ID NO：76是用于检测SEQ ID NO：14的PRR抗性基因座的第二探针。
SEQ ID NO：77是用于检测SEQ ID NO：15的PRR抗性基因座的探针。
SEQ ID NO：78是用于检测SEQ ID NO：15的PRR抗性基因座的第二探针。
SEQ ID NO：79是用于检测SEQ ID NO：16的PRR抗性基因座的探针。
SEQ ID NO：80是用于检测SEQ ID NO：16的PRR抗性基因座的第二探针。
SEQ ID NO：81是源自大豆的与PRR抗性基因座Rps1相关的基因组序列。
SEQ ID NO：82是源自大豆的与PRR抗性基因座Rps1相关的基因组序列。
SEQ ID NO：83是源自大豆的与PRR抗性基因座Rps1相关的基因组序列。
SEQ ID NO：84是源自大豆的与PRR抗性基因座Rps1相关的基因组序列。
SEQ ID NO：85是用于扩增SEQ ID NO：81的正向PCR引物。
SEQ ID NO：86是用于扩增SEQ ID NO：81的反向PCR引物。
SEQ ID NO：87是用于扩增SEQ ID NO：82的正向PCR引物。
SEQ ID NO：88是用于扩增SEQ ID NO：82的反向PCR引物。
SEQ ID NO：89是用于扩增SEQ ID NO：83的正向PCR引物。
SEQ ID NO：90是用于扩增SEQ ID NO：83的反向PCR引物。
SEQ ID NO：91是用于扩增SEQ ID NO：84的正向PCR引物。
SEQ ID NO：92是用于扩增SEQ ID NO：84的反向PCR引物。
SEQ ID NO：93是用于检测SEQ ID NO：81的PRR抗性基因座的探针。
SEQ ID NO：94是用于检测SEQ ID NO：81的PRR抗性基因座的第二探针。
SEQ ID NO：95是用于检测SEQ ID NO：82的PRR抗性基因座的探针。
SEQ ID NO：96是用于检测SEQ ID NO：82的PRR抗性基因座的第二探针。
SEQ ID NO：97是用于检测SEQ ID NO：83的PRR抗性基因座的探针。
SEQ ID NO：98是用于检测SEQ ID NO：83的PRR抗性基因座的第二探针。
SEQ ID NO：99是用于检测SEQ ID NO：84的PRR抗性基因座的探针。
SEQ ID NO：100是用于检测SEQ ID NO：84的PRR抗性基因座的第二探针。
SEQ ID NO：101是用于检测SEQ ID NO：8的PRR抗性基因座的第三探针。
SEQ ID NO：102是用于检测SEQ ID NO：8的PRR抗性基因座的第四探针。
SEQ ID NO：103是用于检测SEQ ID NO：10的PRR抗性基因座的第三探针。
SEQ ID NO：104是用于检测SEQ ID NO：10的PRR抗性基因座的第四探针。
SEQ ID NO：105是用于检测SEQ ID NO：14的PRR抗性基因座的第三探针。
SEQ ID NO：106是用于检测SEQ ID NO：14的PRR抗性基因座的第四探针。
SEQ ID NO：107是用于检测SEQ ID NO：15的PRR抗性基因座的第三探针。
SEQ ID NO：108是用于检测SEQ ID NO：15的PRR抗性基因座的第四探针。
SEQ ID NO：109是用于检测SEQ ID NO：8的PRR抗性基因座的第五探针。
SEQ ID NO：110是用于检测SEQ ID NO：8的PRR抗性基因座的第六探针。
SEQ ID NO：111是用于检测SEQ ID NO：10的PRR抗性基因座的第五探针。
SEQ ID NO：112是用于检测SEQ ID NO：10的PRR抗性基因座的第六探针。
SEQ ID NO：113是用于检测SEQ ID NO：14的PRR抗性基因座的第五探针。
SEQ ID NO：114是用于检测SEQ ID NO：14的PRR抗性基因座的第六探针。
SEQ ID NO：115是用于检测SEQ ID NO：15的PRR抗性基因座的第五探针。
SEQ ID NO：116是用于检测SEQ ID NO：15的PRR抗性基因座的第六探针。
发明详述
本文提供的定义和方法规定本发明，并指导本领域的技术人员实施本发明。除非另有说明，可以根据相关领域的普通技术人员的常规用法来理解术语。在分子生物学中的常用术语的定义也可以在以下文献中找到：Alberts等人，Molecular Biology of The Cell，第3版，GarlandPublishing，Inc.：New York，1994；Rieger等人，Glossary of Genetics：Classical and Molecular，第5版，Springer-Verlag：New York，1991；和Lewin，Genes V，Oxford University Press：New York，1994。使用如37CFR§1.822所述的DNA碱基命名法。
“等位基因”指特定的基因座处的替代序列；等位基因的长度可以小到1个核苷酸碱基，但通常较大。
“基因座”是在通常由参照点发现的基因组序列上的位置；例如，作为基因或基因部分或基因间区域的短DNA序列。本发明的基因座在群体中包含一种或多种多态性，即，在一些个体中存在的替代的等位基因。
如本文所用，“多态性”是指在一个或多个个体的群体中存在一个或多个基因座处的核酸序列的一种或多种变异。变异可以包括但不限于一个或多个碱基的变化、一个或多个核苷酸的插入或一个或多个核苷酸的缺失。多态性的产生可能是由于核酸复制中的随机过程，通过诱变，由于移动的基因组元件，拷贝数变异，和减数分裂过程，如不等交换、基因组复制和染色体断裂和融合。在群体中，变异经常可能被发现或可能以低频率存在，前者在普通植物育种中具有更大的效用，而后者则可能与罕见但重要的表型变异有关。有用的多态性可包括单核苷酸多态性(SNPs)、DNA序列的插入或缺失(Indels)、DNA序列的简单序列重复(SSRs)、限制性片段长度多态性以及标签SNP。遗传标记、基因、DNA衍生序列、单元型、RNA衍生序列、启动子、基因的5′非翻译区、基因的3′非翻译区、microRNA、siRNA、QTL、卫星标记、转基因、mRNA、ds mRNA、转录概况以及甲基化模式可能包括多态性。
如本文所用，“标记”指多态的核酸序列或核酸特征。标记可由一个或多个特定的变异序列或共有序列代表。在另一种意义上，“标记”是分离的变异体或这种序列的共有序列。在更广泛的方面，“标记”可以是可检测的特征，可用于区别生物体之间的遗传差异。这样的特征的例子可包括遗传标记、蛋白质组成、蛋白质水平、油组成、油水平、碳水化合物组成、碳水化合物水平、脂肪酸组成、脂肪酸水平、氨基酸组成、氨基酸水平、生物聚合物、药品、淀粉组成、淀粉水平、可发酵的淀粉、发酵产量、发酵效率、能量产量、次生化合物、代谢物、形态特征和农艺学特征。
如本文所用，“标记试验”指使用特定方法检测特定基因座处的多态性的方法，例如，至少一种表型的测量(如种子颜色、花的颜色或其它视觉可检测的性状)、限制性片段长度多态性(RFLP)、单碱基延伸、电泳、序列比对、等位基因特异性寡核苷酸杂交(ASO)、随机扩增的多态性DNA(RAPD)、基于微阵列的技术和核酸测序技术等。
如本文所用，“分型”(“typing”)指确定给定的大豆基因组多态性的特定等位基因形式的任何方法。例如，通过确定存在哪些核苷酸(即，A、G、T或C)，对单核苷酸多态性(SNP)进行分型。通过确定是否存在Indel来确定插入/缺失(Indels)。通过包括但不仅限于标记分析的各种试验可以对Indels分型。
如本文所用，术语“相邻的”，当用来描述与包含多态性的DNA杂交的核酸分子时，指的是与直接紧靠多态性核苷酸碱基位置的DNA序列杂交的核酸。例如，可在单碱基延伸试验中使用的核酸分子是与多态性“相邻的”。
如本文所用，“探询位置”是指固体载体上的物理位置，可以对其进行查询以获取一个或多个预定的基因组多态性的基因分型数据。
如本文所用，“共有序列”是指构建的DNA序列，其确定基因座处等位基因的SNP和Indel多态性。共有序列可以基于基因座处DNA的任一链，并且表示基因座中的每种SNP的任一个的核苷酸碱基及基因座中的所有Indels的核苷酸碱基。因此，虽然共有序列可能不是一个实际的DNA序列的拷贝，但共有序列可用于精确设计用于基因座中的实际多态性的引物和探针。
如本文所用，术语“单核苷酸多态性”，也缩写为“SNP”，是指单个位点上的多态性，其中，所述多态性构成单碱基对改变、一个或多个碱基对的插入或一个或多个碱基对的缺失。
如本文所用，术语“单元型”是指由至少一种多态性分子标记限定的单元型窗口内的染色体区域。每个单元型窗口中的独特的标记指纹组合限定该窗口的各个单元型。此外，例如重组导致的单元型的变化可能导致单元型的修饰，使其只包含与性状可操作地关联的初始(亲本)单元型，例如，通过与基因、QTL或转基因的物理连锁。单元型中的任何这样的变化都包括在我们对于构成单元型的内容的定义中，只要该基因组区域的功能完整性不变或改善。
如本文所用，术语“单元型窗口”是指通过本领域技术人员已知的统计分析建立的，且处于连锁不平衡的染色体区域。因此，将位于该区域内的一个或多个分子标记基因座处的两个近交个体(或两个配子)之间的状态同一性(identity by state)作为整个区域的谱系同一性(identity-by-descent)的证据。每个单元型窗口包含至少一个多态性分子标记。可以沿基因组中的每个染色体绘制单元型窗口。单元型窗口本身不是固定不变的，且考虑到逐渐增加的分子标记密度，本发明预计单元型窗口的数目和大小将会发展，窗口数目逐渐增加，其各自的大小逐渐减小，从而导致在根据标记基因座的状态同一性确定谱系同一性方面的置信度逐渐增加。
如本文所用，“基因型”是指表型的遗传部分，且可以使用标记间接表征，或通过核酸测序直接表征。适当的标记包括表型特性、代谢谱、遗传标记或一些其它类型的标记。基因型可以构成至少一个遗传标记基因座的等位基因或至少一个单元型窗口的单元型。在某些实施方案中，基因型可以代表单个基因座，而在其它实施方案中，它可以代表整个基因组宽的一组基因座。在另一种实施方案中，基因型可以反映染色体的一部分、整个染色体、基因组的一部分和整个基因组的序列。
如本文所用，“基因型”是指可能受基因表达影响的细胞或生物体的可检测的特征。
如本文所用，“连锁”是指杂交产生配子类型的相对频率。例如，如果基因座A具有基因“A”或“a”，基因座B具有基因“B”或“b”，具有AABB的亲本I与具有aabb的亲本B之间的杂交将产生4种可能的配子，其中基因分离为AB、Ab、aB和ab。不能预期会有独立相等地分离成4个可能的基因型中的每一个，即，如果没有连锁，每个基因型将会有1/4的配子。配子分离成不同于1/4的基因型是由于连锁。
如本文所用，“连锁不平衡”，在上下文中定义为一代的许多个体的群体中配子类型的相对频率。如果等位基因A的频率是p，a是p′，B是q，b是q′，那么基因型AB的预期频率(没有连锁不平衡)是pq，Ab是pq’，aB是p’q和ab是p’q’。相对于预期频率的任何偏差称为连锁不平衡。当两个基因座处于连锁不平衡时，它们被称为是“基因连锁的”。
如本文所用，“数量性状基因座(QTL)”指通常连续分布的、在一定程度上控制可用数字表示的性状的基因座。
如本文所用，“抗性等位基因”指包括与PRR抗性相关的多态性等位基因的分离的核酸序列。
如本文所用，术语“大豆”是指大豆(Glycine max)，且包括可用包括野生大豆种的大豆培育的所有植物品种。
如本文所用，术语“包括”指“包括但不限于”。
如本文所用，术语“优良株系”指通过育种和选择较好的农艺学性能产生的任何株系。优良植物是来自优良株系的任何植物。农民或大豆育种员可以买到的优良大豆品种的非限制性的例子包括AG00802、A0868、AG0902、A1923、AG2403、A2824、A3704、A4324、A5404、AG5903和AG6202(Asgrow Seeds，Des Moines，Iowa，USA)；BPR0144RR、BPR 4077NRR和BPR 4390NRR(Bio Plant Research，CampPoint，Illinois，USA)；DKB 17-51和DKB37-51(DeKalb Genetics，DeKalb，Illinois，USA)；及DP 4546 RR和DP 7870 RR(Delta & Pine Land Company，Lubbock，Texas，USA)；JG 03R501、JG 32R606C ADD和JG 55R503C(JGL Inc.，Greencastle，Indiana，USA)；NKS 13-K2(NK Division ofSyngenta Seeds，Golden Valley，Minnesota，USA)；90M01、91M30、92M33、93M11、94M30、95M30和97B52(Pioneer Hi-BredInternational，Johnston，Iowa，USA)；SG4771NRR和SG5161NRR/STS(Soygenetics，LLC，Lafayette，Indiana，USA)；S00-K5、S11-L2、S28-Y2、S43-B1、S53-A1、S76-L9和S78-G6(Syngenta Seeds，Henderson，Kentucky，USA)。优良植物是来自优良品种的代表性的植物。
本发明提供了可用于筛选和选择位于连锁群N(LG N)上的Rps1基因座处的PRR抗性的SNP遗传标记(Cregan，等人Crop Sci.39：1464-1490(1999))。本发明也提供了可用于筛选和选择位于连锁群F(LGF)上的Rps3基因座处和位于连锁群F(LG F)上的Rps8基因座处的PRR抗性的SNP DNA标记(Cregan，等人Crop Sci.39：1464-1490(1999))。SNP标记可用于监测来自PRR抗性源的PRR抗性基因座的选择和基因渗入。如本文所用，Rps1基因座包括，例如，Rps1a、rps1b、Rps1c、Rps1d和Rps1k。此外，如本文所用，Rps3基因座包括，例如，Rps3a、Rps3b和Rps3c。
本发明也包括选择PRR抗性等位基因或将其渗入大豆植物的方法，包括：(A)使至少一种PRR抗性大豆植物与至少一种其它大豆植物杂交以形成群体；(B)用一种或多种核酸标记筛选该群体，以确定来自该群体的一种或多种大豆植物是否包含PRR抗性源的等位基因。
用于监测PRR抗性基因座1(Rps1)的选择或其基因渗入的SNP标记包括：那些选自NS0099413、NS0102174、NS0118166、NS0102920、NS0114258、NS0118976、NS0119981、NS0119335、NS0201536、NS0138011、NS0202603、NS0203225、NS0129030和NS0127084的SNP标记。Rps1的来源包括登记种质(accessiongermplasm)如植物引入和优良种质。来源包括但不限于Williams 82、L75-3735和证明有PRR抗性的优良品种。可以使用如SEQ ID NO：17至36与SEQ ID NO：85至92所示的引物扩增PRR抗性SNP标记DNA序列(SEQ ID NO：1至10与SEQ ID NO：81至84)，并用如SEQ IDNO：49至68与SEQ ID NO：93至100所示的探针检测，其中，相应的引物和探针组提供检测大豆中的PRR抗性或易感性的试验。植物对特定病原体的抗性或易感性的测定对于本领域的技术人员来说是显而易见的。
在本发明中，PRR抗性基因座3(Rps3)位于连锁群F上(Cregan，等人Crop Sci.39：1464-1490(1999))。用于监测Rps3的基因渗入的SNP标记可以选自NS0114683、NS0101324、NS0102483、NS0119333、NS0102262和NS0116265。Rps3的来源包括登记种质和优良种质。Rps3的来源包括但不限于L83-570、L89-1541、L92-7857、Ivory和证明有PRR抗性的优良品种。在本发明中，PRR抗性基因座8(Rps8)位于连锁群F上(Cregan，等人Crop Sci.39：1464-1490(1999))。用于监测PRR抗性基因座8的基因渗入的SNP标记可以选自NS0114683、NS0101324、NS0102483、NS0119333、NS0102262和NS0116265。Rps8的来源包括登记种质。Rps8的来源包括但不限于PI399703和具有已知的PRR抗性的其它品种。
一方面，本发明提供了针对由大豆疫霉种引起的PRR的抗性或易感性筛选大豆植物的方法和组合物。另一方面，本发明提供了选择PRR抗性植物的方法和组合物。在优选的方面，本发明提供了用于选择和将PRR抗性渗入大豆植物的方法和组合物。可以将本发明的PRR抗性等位基因引入优良大豆株系。
如本文所用，PRR指任何PRR生理小种、变种或分离种(isolate)。本发明的大豆植物可以对一种或多种能够引起或诱导PRR的卵菌有抗性。一方面，本发明提供了抗大豆疫霉生理小种1至55的植物，及针对对大豆疫霉生理小种1至55的抗性或易感性筛选大豆植物的方法和组合物。另一方面，本发明提供了抗大豆疫霉生理小种1的植物，及针对对大豆疫霉生理小种1的抗性或易感性筛选大豆植物的方法和组合物。在另外的方面，本发明提供了抗大豆疫霉生理小种3的植物，及针对对大豆疫霉生理小种3的抗性或易感性筛选大豆植物的方法和组合物。在更进一步的方面，本发明提供了抗大豆疫霉生理小种4的植物，及针对对大豆疫霉生理小种4的抗性或易感性筛选大豆植物的方法和组合物。本发明进一步提供了抗大豆疫霉生理小种7的植物，及针对对大豆疫霉生理小种7的抗性或易感性筛选大豆植物的方法和组合物。本发明进一步提供了抗大豆疫霉生理小种17的植物，及针对对大豆疫霉生理小种17的抗性或易感性筛选大豆植物的方法和组合物。本发明进一步提供了抗大豆疫霉生理小种25的植物，及针对对大豆疫霉生理小种25的抗性或易感性筛选大豆植物的方法和组合物。
本发明的PRR抗性等位基因也可以被引入优良大豆转基因植物，该植物包含一种或多种以下基因：除草剂耐受性、产量增加、控制昆虫、真菌病抗性、病毒抗性、线虫抗性、细菌病抗性、支原体病抗性、改变的油产生、高产油量、高蛋白质产量、发芽和幼苗生长的控制、增强的动物和人类营养、低棉子糖、环境应激抗性、提高的可消化性、工业酶、药用蛋白、肽和小分子、改善的加工性状、改善的风味、固氮、杂种种子的产生、降低的变应原性、生物聚合物和生物燃料等。这些农艺学性状可通过如转基因的植物生物技术方法在大豆中提供。
一种或多种抗病性等位基因可以从任何包含等位基因的植物(供体)引入到任何接受体大豆植物中。一方面，接受体大豆植物可以包含另外的PRR抗性基因座。另一方面，接受体大豆植物可以包含转基因。另一方面，在保持引进的PRR抗性等位基因的同时，可以通过回交或其它合适的方法来减少提供抗病性等位基因的植物的遗传贡献。一方面，来自大豆植物中的供体材料的核遗传物质少于或是大约50％、少于或是大约25％、少于或是大约13％、少于或是大约5％、3％、2％或1％，但该遗传物质包含一种或多种感兴趣的PRR抗性基因座。
进一步可以理解：本发明的大豆植物可能显示任何相对成熟的组的特征。一方面，成熟组选自组000、00、0、1、2、3、4、5、6、7、8、9和10。
本发明也提供了本发明的植物的部分。植物部分包括但不限于，种子、胚乳、胚珠和花粉。在本发明的特别优选的方面，植物部分是种子。
可以在培养基中培养和再生本发明的植物或其部分。从各种组织类型再生大豆植物的方法和大豆的组织培养方法是本领域已知的(参见，例如，Widholm等人，In Vitro Selection and Culture-induced Variationin Soybean，In Soybean：Genetics，Molecular Biology and Biotechnology，Verma和Shoemaker编，CAB International，Wallingford，Oxon，England(1996))。如大豆的植物的再生技术可以使用多种组织或细胞类型作为起始原料。尤其是对于大豆，已经开发了再生方法，其开始于某些分化的组织类型，如，分生组织(Cartha等人，Can.J.Bot.59：1671-1679(1981))、下胚轴节(Cameya等人，Plant Science Letters 21：289-294(1981))和茎节点段(Saka等人，Plant Science Letters，19：193-201(1980)；Cheng等人，Plant Science Letters，19：91-99(1980))。已报道了由未成熟大豆胚的外植体产生的体细胞胚再生完整的性成熟的大豆植物(Ranch等人，In Vitro Cellular & Developmental Biology 21：653-658(1985))。也已报道了通过器官发生和胚发生从组织培养物再生成熟大豆植物(Barwale等人，Planta 167：473-481(1986)；Wright等人，PlantCell Reports 5：150-154(1986))。
含有所述的一个或多个PRR抗性基因座的植物可以是供体植物。例如，可以通过使用能够检测与每个抗性等位基因相关或与其遗传连锁的标记多态性的核酸分子，筛选含有抗性基因座的大豆植物。
如本文所用，抗病性基因座的等位基因可以包含一个以上的基因或其它遗传因素，其中，每个单独的基因或遗传组分也能够显示等位基因变异，并且其中每个基因或遗传因素也能够引发对所述数量性状的表型效应。在本发明的一方面，抗性等位基因包含也能够显示等位基因变异的一个或多个基因或其它遗传因素。术语“抗性等位基因”的使用并不排除包含一个以上的基因或其它遗传因素的基因组区域。具体而言，本发明中的“抗病性等位基因”可以表示单元型窗口或基因组区域中的单元型等位基因，其中与所述单元型等位基因相关的表型可以是抗病性。单元型窗口是可以用一组一个或多个多态性标记定义和示踪的连续的基因组区域，其中，多态性表示谱系同一性。可以通过每个标记处的等位基因的独特指纹确定该窗口中的单元型。当染色体上的给定基因座处存在的所有等位基因相同时，该植物在该基因座处是纯合的。如果染色体上的给定基因座处存在的等位基因不同，该植物在该基因座处是杂合的。本发明的植物在任何特定的PRR抗性基因座处或对于特定的多态性标记，可能是纯合或杂合的。
本发明包括分离的核酸分子。这些分子包括那些能够检测与PRR抗性基因座遗传或物理连锁的多态性的核酸分子。可以通过现有技术获得与Rps1、Rps3和Rps8遗传连锁的另外的标记。一方面，核酸分子能够检测是否存在位于距离PRR抗性基因座小于30、25、20、10、5、2或1厘摩(centimorgans)的标记。另一方面，核酸分子能够检测选自Rps1、Rps3和Rps8的基因座中的标记。在另一方面，核酸分子选自SEQ ID NO：1-SEQ ID NO：116、其片段、其互补分子及能够特异性地与这些核酸分子中的一个或多个杂交的核酸分子。
在优选的一方面，本发明的核酸分子包括那些在中度严格条件(例如，大约2.0x SSC和大约65℃)下特异性地与SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：116所示的一个或多个核酸分子或其互补分子或其中任一个的片段杂交的核酸分子。在特别优选的一方面，本发明的核酸在高严格条件下特异性地与SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：116所示的一个或多个核酸分子或互补分子或其中任一个的片段杂交。在本发明的一方面，本发明的优选的标记核酸分子具有SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：116所示的核酸序列或其互补序列或其中任一个的片段。在本发明的另一方面，本发明的优选的标记核酸分子与SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：116所示的核酸序列或其互补序列或其中任一个的片段共有80％-100％或90％-100％的序列同一性。在本发明的进一步的一方面，本发明的优选的标记核酸分子与SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：116所示的核酸序列或其互补序列或其中任一个的片段共有95％-100％的序列同一性。在本发明的更优选的一方面，本发明的优选的标记核酸分子与SEQ ID NO：1至SEQID NO：116所示的核酸序列或其互补序列或其中任一个的片段共有98％-100％的序列同一性。
核酸分子或其片段在某些情况下能够特异性地与其它核酸分子杂交。如本文所用，如果两个核酸分子能够形成反平行双链核酸结构，那么这两个分子能够特异性地彼此杂交。如果它们表现出完全的互补性，一核酸分子与另一核酸分子“互补”。如本文所用，当一个分子的每个核苷酸都与另一分子的核苷酸互补时，这两个分子显示“完全互补”。如果两个分子在至少常规的“低严格”的条件下能互相杂交，具有足够的稳定性，从而允许它们保持彼此退火，那么这两个分子是“最低限度互补的”。类似地，如果两个分子在常规的“高严格”的条件下能互相杂交，具有足够的稳定性，从而允许它们保持彼此退火，那么这两个分子是“互补的”。Sambrook等人，In：Molecular Cloning，A LaboratoryManual，2nd Edition，Cold Spring Harbor Press，Cold Spring Harbor，NewYork(1989)与Haymes等人，In：Nucleic Acid Hybridization，A PracticalApproach，IRL Press，Washington，DC(1985)描述了常规的严格条件。因而偏离完全互补性是允许的，只要这种偏离没有完全消除该分子形成双链结构的能力。为了使核酸分子作为引物或探针，只需要在序列上充分互补，以在所采用的特定的溶剂和盐浓度下能够形成稳定的双链结构。
如本文所用，基本上同源的序列是在高严格条件下与所比较的核酸序列的互补序列特异性杂交的核酸序列。本发明的核酸探针和引物可以在严格条件下与靶DNA序列杂交。术语“严格的杂交条件”是指在该条件下，探针或引物特异性地与靶序列杂交且不与非靶序列杂交，这可以根据经验确定。术语“严格的条件”是功能上的定义，涉及通过Sambrook等人，1989，at 9.52-9.55所述的具体的杂交程序，核酸探针与靶核酸(即，与感兴趣的特定核酸序列)的杂交。也参见Sambrook等人，1989 at 9.47-9.52，9.56-9.58；Kanehisa 1984 Nucl.Acids Res.12：203-213；Wetmur等人1968 J.Mol.Biol.31：349-370。促进DNA杂交的合适的严格条件是，例如，大约45℃、6.0x氯化钠/柠檬酸钠(SSC)，接着50℃、2.0xSSC洗涤，这是本领域的技术人员已知的，或可以在Current Protocols in Molecular Biology，John Wiley & Sons，N.Y.，1989，6.3.1-6.3.6中找到。例如，洗涤步骤中的盐浓度可以从大约2.0xSSC、50℃的低严格条件到大约0.2xSSC、50℃的高严格条件中选择。另外，洗涤步骤中的温度可以从低严格条件的室温大约22℃增加到高严格条件的大约65℃。温度和盐都可以变化，或者，温度或盐浓度可以保持不变，而另一个变量发生变化。
例如，可以在高严格条件下，在65℃和6xSSC、0.5％SDS、5xDenhardt’s、100μg/mL非特异性DNA(例如，超声处理的鲑精DNA)下，经0.5xSSC、0.5％SDS在65℃下洗涤，进行利用DNA或RNA探针或引物的杂交。
本发明考虑：如果保持探针或引物与靶序列结合的特异性，可以使用如较低的杂交和/或洗涤温度的较低严格杂交条件，来确认具有较低的序列相似性的相关的序列。因此，本发明的核苷酸序列可用于选择性地与DNA、RNA或cDNA片段的互补延伸形成双链分子的能力。
核酸分子片段可以是任何大小的片段，且示例性的片段包括SEQID NO：1-SEQ ID NO：116所示的核酸序列及其互补序列的片段。一方面，片段可以是15-25、15-30、15-40、15-50、15-100、20-25、20-30、20-40、20-50、20-100、25-30、25-40、25-50、25-100、30-40、30-50及30-100。另一方面，片段可以是大于10、15、20、25、30、35、40、50、100或250个核苷酸。
另外的遗传标记可以用来选择具有与本发明大豆的抗病性相关的QTL等位基因的植物。公共标记数据库的例子包括，例如，Soybase，美国农业部的农业研究局(Agricultural Research Service，United StatesDepartment of Agriculture)。
本发明的遗传标记包括“显性”或“共显性”标记。“共显性标记”揭示两个或多个等位基因的存在(每个二倍体个体中有两个)。“显性标记”揭示只存在一个等位基因。显性标记表型(例如，DNA带)的存在表明在纯合或杂合条件下存在一个等位基因。不存在显性标记表型(例如，不存在DNA带)仅能证明存在“某些其它”不明确的等位基因。在群体中的个体主要是纯合的且基因座主要是二态性(dimorphic)的情况下，显性和共显性标记可能具有同样的价值。随着群体变得越来越杂合和多等位基因化(multiallelic)，共显性标记往往比显性标记提供更多的基因型信息。
在另一种实施方案中，可以利用以下各种标记，如单序列重复标记(SSR)、AFLP标记、RFLP标记、RAPD标记、表型标记、同工酶标记、单核苷酸多态性(SNPs)、插入或缺失(Indels)、单特征多态性(SFPs，例如，如Borevitz等人2003 Gen.Res.13：513-523所述)、微阵列转录概况、DNA衍生的序列和RNA衍生的序列，它们与本发明的QTL的等位基因遗传连锁或相关。
在一种实施方案中，对于遗传多态性存在与否的基于核酸的分析可用于在增育群体中选择种子。用于遗传多态性分析的各种遗传标记对于本领域的技术人员来说是可用且已知的。该分析可以用于选择包含遗传标记或与之连接的基因、QTL、等位基因或基因组区域(单元型)。
在本文中，核酸分析方法是本领域已知的，包括但不限于：基于PCR的检测方法(例如，TaqMan分析)、微阵列方法和核酸测序方法。在一种实施方案中，可通过使用核酸扩增方法促进DNA、RNA或cDNA样品中的多态性位点的检测。这些方法特异性地增加跨越多态性位点或包含位于其远端或近端的位点和序列的多核苷酸的浓度。这些扩增的分子可以通过凝胶电泳、荧光检测方法或其它方法很容易地检测。
实现这种扩增的一种方法采用聚合酶链反应(PCR)(Mullis等人Cold Spring Harbor Symp.Quant.Biol.51：263-273(1986)；欧洲专利50,424；欧洲专利84,796；欧洲专利258,017；欧洲专利237,362；欧洲专利201,184；美国专利4,683,202；美国专利4,582,788；和美国专利4,683,194)，使用能够与以双链形式限定多态性的近端序列杂交的引物对。
通过本领域熟知的各种有效方法可以检测DNA序列多态性或对其进行分型，包括但不限于那些在美国专利5,468,613和5,217,863、5,210,015、5,876,930、6,030,787、6,004,744、6,013,431、5,595,890、5,762,876、5,945,283、5,468,613、6,090,558、5,800,944和5,616,464中公开的方法，本文完整引入这些专利作为参考。然而，本发明的组合物和方法可以与任一种多态性分型方法结合使用，以对大豆基因组DNA样品中的多态性进行分型。所用的这些大豆基因组DNA样品包括但不限于直接从大豆植物分离出的大豆基因组DNA、克隆的大豆基因组DNA或扩增的大豆基因组DNA。
例如，如美国专利5,468,613和5,217,863所公开的，通过与等位基因特异性的寡核苷酸(ASO)探针杂交可以检测DNA序列的多态性。美国专利5,468,613公开了等位基因特异性的寡核苷酸的杂交，其中，在核酸中通过以下程序可以检测核酸序列中的一个或多个核苷酸的变异，其中，扩增含有核苷酸变异的序列，点样到膜上，并用标记的序列特异性寡核苷酸探针进行处理。
也可以通过美国专利5,800,944公开的探针连接方法检测靶核酸序列，其中，扩增感兴趣的序列，并将其与探针杂交，接着通过连接以检测探针的标记的部分。
微阵列也可用于多态性检测，其中，以重叠的方式组装寡核苷酸探针组以代表一种序列，这样，在一个点的靶序列的差异会导致部分探针杂交(Borevitz等人，Genome Res.13：513-523(2003)；Cui等人，Bioinformatics 21：3852-3858(2005))。在任何一个微阵列上，预计会有多个靶序列，其可以代表基因和/或非编码区，其中每个靶序列由一系列重叠的寡核苷酸，而不是由一个探针所代表。该平台提供高通量筛选多种多态性。单特征多态性(SFP)是通过寡核苷酸阵列中的单个探针检测的多态性，其中，特征是是阵列中的探针。美国专利6,799,122、6,913,879和6,996,476公开了通过基于微阵列的方法对靶序列分型。
也可以通过美国专利5,616,464公开的探针连接方法检测靶核酸序列，该方法采用至少一对探针，该探针具有与靶核酸序列的相邻部分同源的序列且具有侧链，所述侧链在所述探针与所述靶核酸序列碱基配对时非共价结合以形成茎。至少一个侧链具有光可活化的基团，该基团可以与茎的其它侧链成员形成共价交联。
检测SNPs和Indels的其它方法包括单碱基延伸(SBE)方法。SBE方法的例子包括但不仅限于：那些在美国专利6,004,744、6,013,431、5,595,890、5,762,876和5,945,283中公开的方法。SBE方法基于核苷酸引物的延伸，该引物邻近多态性以在引物延伸后掺入可检测的核苷酸残基。在某些实施方案中，SBE合成方法使用三种合成的核苷酸。其中两种寡核苷酸作为PCR引物，且与位于含有待测多态性的区域两侧的大豆基因组DNA的基因座序列互补。在对含有多态性的大豆基因组区域扩增后，PCR产物与第三寡核苷酸(称为延伸引物)混合，所述第三寡核苷酸设计用来在DNA聚合酶和两种差异标记的双脱氧核苷三磷酸的存在下，与邻近多态性的扩增的DNA杂交。如果模板上存在多态性，可以在单碱基链延伸中将一个标记的双脱氧核苷三磷酸添加到引物中。然后通过确定两个差别标记中的哪一个添加到延伸引物中推断存在的等位基因。纯合的样品将导致两个标记的碱基中只有一个被掺入，因此两个标记中只有一个被检测到。杂合的样品存在两个等位基因，因此直接掺入两个标记(进入延伸引物中的不同的分子)，因此这两个标记都被检测到。
在一种优选的检测多态性的方法中，可以通过美国专利5,210,015、5,876,930和6,030,787中公开的方法检测SNPs和Indels，其中，寡核苷酸探针具有与探针的5′和3′端共价连接的5′荧光报告染料3′淬灭染料。当探针完整时，报告染料接近淬灭染料导致报告染料荧光被抑制，例如通过由福斯特型能量转移(Forster-type energytransfer)。在PCR正向和反向引物与位于多态性两侧的靶DNA的特定序列杂交过程中，杂交探针与位于扩增的PCR产物中的含有多态性的序列杂交。在随后的PCR循环中，具有5’→3’核酸外切酶活性的DNA聚合酶切开探针，并分离报告染料与淬灭染料，导致报告染料的荧光增强。
为了QTL绘图，包括的标记应当是来源特征性的，以对随后的群体作出推断。SNP标记对于绘图是理想的，因为特定的SNP等位基因源自特定物种的现存群体中的独立来源的可能性较低，尤其是如果串联使用多个SNPs确定单元型。因此，SNP标记可用于示踪和协助QTLs的渗入，特别是在单元型的情况下。
可以通过基因作图模型建立另外的标记分子的遗传连锁，所述基因作图模型例如，但不限于，Lander等人(Lander等人，Genetics，121：185-199(1989))报道的侧翼标记模型，和区间作图(intervalmapping)，其基于其中所述的最大似然法，并用软件包MAPMAKER/QTL执行(Lincoln和Lander，Mapping Genes ControllingQuantitative Traits Using MAPMAKER/QTL，Whitehead Institute forBiomedical Research，Massachusetts，(1990))。另外的软件包括Qgene，Version 2.23(1996)，Department of Plant Breeding and Biometry，266Emerson Hall，Cornell University，Ithaca，NY。使用Qgene软件是一种特别优选的方法。
对于标记的存在，计算最大似然估计值(MLE)，以及假设没有QTL效应的MLE，以避免假阳性。然后计算优势率的log10(LOD)：LOD＝log10(假定没有相关的QTL，对于QTL/MLE的存在的MLE)。LOD得分基本上指示，假定存在QTL，相对于不存在QTL，获得数据的可能性增大多少。为了避免比如95％的给定置信度时的假阳性的LOD阈值取决于标记的数量和基因组的长度。Lander等人(1989)说明了显示LOD阈值的曲线图，且Arús和Moreno-González，Plant Breeding，Hayward，Bosemark，Romagosa(编)Chapman & Hall，London，第314-331页(1993)进一步对其描述。
可以使用另外的模型。已经报导了对于区间作图的许多修改和可供选择的方法，包括使用非参数法(Kruglyak等人，Genetics，139：1421-1428(1995))。也可以使用多元回归方法或模型，其中，在大量标记上对性状进行回归(Jansen，Biometrics in Plant Breed，van Oijen，Jansen(编辑)Proceedings of the Ninth Meeting of the Eucarpia Section Biometrics inPlant Breeding，The Netherlands，第116-124页(1994)；Weber和Wricke，Advances in Plant Breeding，Blackwell，Berlin，16(1994))。Jansen等人(Jansen等人，Genetics，136：1447-1455(1994))和Zeng(Zeng，Genetics136：1457-1468(1994))报道了组合了区间作图与回归分析的程序，由此将表型回归到给定的标记区间的单个假定的QTL上，且同时回归到作为′辅助因素′的标记数量上。一般来说，辅助因素的使用减少了估计的QTL位置的偏差和抽样误差(Utz和Melchinger，Biometrics in PlantBreeding，van Oijen，Jansen(编)Proceedings of the Ninth Meeting of theEucarpia Section Biometrics in Plant Breeding，The Netherlands，第195-204页(1994))，从而提高QTL绘图的精度和效率(Zeng 1994)。这些模型可以扩展到多环境实验，以分析基因型-环境的相互作用(Jansen等人，Theor.Appl.Genet.91：33-3(1995))。
合适的绘图群体的选择对于图谱的构建是重要的。合适的绘图群体的选择取决于所用的标记系统的类型(Tanksley等人，Molecularmapping in plant chromosomes.chromosome structure and function：Impactof new concepts J.P.Gustafson和R.Appels(编).Plenum Press，New York，第157-173页(1988))。必须考虑在绘图群体中所用的亲本的来源(适合的相对于外来的)。染色体配对和重组率在远缘杂交(适合的与外来的)中会受到严重干扰(抑制)，且一般产生大大降低的连锁距离。当与近缘杂交(适合的与适合的)的后代相比，远缘杂交通常会提供具有相对较大的多态性阵列的分离群体。
重组近交系(RIL)(遗传相关的系，通常是＞F5，从继续自交的F2株系向纯合性发展)可以作为绘图群体使用。通过使用RIL可以将从显性标记获得的信息最大化，因为所有的基因座都是纯合的或接近纯合。在紧密连锁的条件下(即，大约＜10％的重组)，对于每个个体，在RIL群体中评估的显性和共显性标记比在回交群体中的每个标记类型提供更多的信息(Reiter等人，Proc.Natl.Acad.Sci.(USA)89：1477-1481(1992))。然而，由于标记之间的距离增大(即，基因座变得更加独立)，RIL群体中的信息明显减少。
回交群体(例如，通过成功的品种(轮回亲本)和携带前者不具有的性状的另一品种(供体亲本)之间杂交产生)可作为绘图群体来使用。可以与轮回亲本进行一系列回交，以恢复大部分其需要的性状。因此，产生由几乎类似于轮回亲本的个体组成的群体，但每个个体携带不同量的或嵌合的来自供体亲本的基因组区域。如果轮回亲本中的所有基因座都是纯合的，且供体亲本和轮回亲本具有截然不同的多态性标记等位基因，回交群体可以用于对显性标记作图(Reiter等人(1992))。使用共显性或显性标记分析从回交群体获得的信息少于从F2群体获得的信息，因为从每株植物采集一个而不是两个重组配子。然而，与RILs相比，回交群体提供更多的信息(在低标记饱和度时)，因为RIL群体中的连锁的基因座之间的距离增加(即，大约0.15％的重组)。增加的重组对于紧密连锁的分析是有益的，但在构建具有低标记饱和度的图时可能是不需要的。
为了产生除了接受探询的性状或基因组区域之外在遗传组成上几乎相同的个体的阵列，通过多次回交产生的接近等基因的株系(NIL)可用作绘图群体。在用NILs绘图时，预计仅有一部分多态性基因座将作图于选定的区域。
集群分离分析法(BSA)是为快速鉴定标记和感兴趣的性状之间的联系而开发的方法(Michelmore等人1991 Proc.Natl.Acad.Sci.(U.S.A.)88：9828-9832)。在BSA中，从一次杂交产生的分离群体中抽取两个集群DNA样品。这些集群包含对于特定性状(对特定疾病具有抗性或易感性)或基因组区域相同但在非连锁的区域是任意的(即，杂合的)个体。与靶区域不连锁的区域在BSA中的许多个体的集群样品之间没有差异。
本发明的植物可以是育种计划的一部分或由育种计划产生。育种方法的选择取决于植物繁殖方式、待改善的性状的遗传性以及商业使用的栽培种的类型(例如，F1杂种栽培种、纯系栽培种等)。栽培种是已经产生或有意挑选并通过栽培维持的植物种的生理小种或品种。
下文提出用于培育本发明的植物的选择的、非限制性的方法。对任何杂交的后代使用标记辅助的选择(MAS)可以提高育种计划。可以理解：本发明核酸标记可以用于MAS(育种)计划。进一步可以理解：可以在育种计划中使用任何商业和非商业的栽培种。例如，如发芽活力、植物生长活力、应激抗性、抗病性、分枝、开花、结实、种子的大小、种子密度、直立性(standability)和脱粒性(threshability)等的各种因素通常指导选择。
对于高度遗传性状，在单一位置评估优良的单株的选择是有效的，然而，对于具有低遗传性的性状，选择应该基于从相关植物的科的反复评估获得的平均值。流行的选择方法通常包括系谱选择、修改的系谱选择、混合选择(mass selection)和轮回选择。在优选的一方面，采取回交或轮回育种计划。
遗传的复杂性影响育种方法的选择。回交育种可以用来将对于高度遗传的性状的一个或一些有利的基因转移到理想的栽培种中。这种方法已被广泛用于培育抗病品种。各种轮回选择技术用于改善受许多基因控制的数量遗传性状。
育种系可以进行测试，且可以与环境中代表商业靶区域的合适的标准比较两代或更多代。最好的株系是新的商业栽培种的候选株系；那些仍缺乏性状的株系可用作亲本，以产生新的群体用于进一步选择。
系谱育种和轮回选择育种方法可用于从育种群体中开发栽培种。育种计划将来自两个或多个栽培种或各种广泛的来源的理想性状组合为育种池，从其通过自交和所需的表型的选择来开发栽培种。可以评估新栽培种以确定哪些具有商业潜力。
回交育种已被用来将对于简单遗传、高度遗传的性状的基因转移到作为轮回亲本的需要的纯合栽培种或自交系中。待转移的性状的来源称为供体亲本。在初始杂交后，选择具有供体亲本的表型的个体，并与轮回亲本反复杂交(回交)。产生的植物预计具有轮回亲本(例如，栽培种)的大部分属性，此外，还有从供体亲本转移来的理想的性状。
严格意义上说，单种子遗传程序是指种植分离群体，每株植物收获一个种子的样品，并使用一个种子样品种植下一代。当群体已从F2提高到近交的理想水平时，产生该株系的植物均回溯到不同的F2个体。由于一些种子不能发芽或一些植物不能产生至少一个种子，种群中的植物数量每一代都在下降。结果，当完成了世代进步时，并非全部原先在群体中取样的F2植物都有后代代表。
对于通常用于不同性状和农作物的其它育种方法的描述可在以下几种参考书中找到(Allard，Principles of Plant Breeding，John Wiley &Sons，NY，U.of CA，Davis，CA，50-98(1960)；Simmonds，Principles ofcrop improvement，Longman，Inc.，NY，369-399(1979)；Sneep和Hendriksen，Plant breeding perspectives，Wageningen(编)，Center forAgricultural Publishing and Documentation(1979)；Fehr，In：Soybeans：Improvement，Production and Uses，2nd Edition，Manograph.，16：249(1987)；Fehr，“Principles of variety development，”Theory and Technique，(Vol.1)and Crop Species Soybean(Vol.2)，Iowa State Univ.，MacmillanPub.Co.，NY，360-376(1987))。
传统的QTL作图的替代方法包括通过相对于个体标记测绘单元型实现更高的分辨率(Fan等人2006 Genetics 172：663-686)。这种方法跟踪已知作为单元型的DNA的模块，其由多态性标记所定义，它被假定为与作图群体的来源一致。这一假设导致较大的有效样本量，提供更大的QTL的分辨率。用于确定表型和基因型的相关性的统计显著性的方法，在这种情况下对于单元型，可以通过本领域已知且具有任何可接受的需要的统计显著性极限的任何统计测试来确定。特定的统计方法和显著性极限的应用是本领域的普通技术人员所熟知的。
进一步可以理解：本发明提供了包含本发明的核酸分子的细菌、病毒、微生物、昆虫、哺乳动物和植物细胞。
如本文所用，“核酸分子”，无论是自然产生的分子还是以其它方式“基本上纯化的”分子，如果需要的话，指的是从基本上全部其它与其天然状态正常相关的分子中分离的分子。更优选地，基本上纯化的分子是制剂中存在的主要的种类。基本上纯化的分子可以是在天然混合物中存在的大于60％、优选75％、更优选90％且最优选95％的不含其它分子(不包括溶剂)的分子。术语“基本上纯化的”并非意在包括其天然状态存在的分子。
本发明的材料优选是“生物活性的”，无论是在结构属性方面，如核酸与另一种核酸分子杂交的能力，还是在蛋白质被抗体结合的能力方面(或与另一种分子竞争这种结合)。或者，这种属性可以是催化性的，因此涉及该材料介导化学反应或应答的能力。
本发明的材料也可以是重组的。如本文所用，术语重组是指通过核酸分子的人工操作间接产生的任何材料(例如，DNA、肽等)。
本发明的材料可以用便于检测该材料的试剂标记，例如荧光标记(Prober等人，Science 238：336-340(1987)；Albarella等人，欧洲专利144914)、化学标记(Sheldon等人，美国专利4,582,789；Albarella等人，美国专利4,563,417)、修饰的碱基(Miyoshi等人，欧洲专利119448)。
已经描述了高通量、非破坏性的种子取样仪器和方法，其通过允许单个种子分析而克服了统计样本的障碍。例如，美国专利申请11/213,435(2005年8月26日提交)和美国专利申请11/680,611(2007年3月2日提交)，本文完整引入作为参考，公开了用于种子自动取样的仪器和系统以及取样、测试和增体(bulking)种子的方法。
QTL的抗病性效应可以根据亲本基因型和在其中测量抗病性效应的环境条件而改变。植物育种领域的技术人员了解并且不需过多的实验就可以使用本文所述的方法，从植物群体或从亲本基因型的集合中选择那些当含有病害基因座时，产生相对于亲本基因型增强的抗病性的植物或基因型。
现已一般性地描述了本发明，通过参考以下的由举例的方式提供的，并且除非另外指定，不限制本发明的实施例，会更容易理解本发明。
实施例
实施例1.当与已知抗性来源的单元型一起使用时，用于渗入PRR抗性基因座的SNP标记的变异
大豆疫霉是疫霉根腐病(PRR)的病原菌，且造成美国的大豆产量的重大损失。种植抗性品种是控制PRR的有效方法。通过使用标记辅助的对于PRR抗性等位基因的选择，可以大大促进PRR抗性大豆的育种。产生分离群体以证实可用于检测、选择和将PRR抗性基因座渗入植物的SNP标记。
表1包括本文中用于下面的实施例的表型评定等级和定义。使用大豆疫霉接种后存活的植物的百分比进行分类。这种评定等级为下面的实施例中的所有疾病的评级和抗性或易感性的确定提供了基础。
表1：用于PRR表型分型的评定标准的描述。
  表型结果   评定等级
  0-25％死亡   抗性(R)
  26-49％死亡   杂合的(H)
  ≥50％死亡   易感的(S)
开发涉及易感栽培种和一系列包含Rps抗性等位基因的相同株系(isoline)之间的杂交的分离群体用于2004年夏天的遗传图谱绘制(表2)。对各株F2植物进行组织取样，并用与抗性来源有关的Rps抗性基因座多态性的标记筛选。分析收获的F2植物的F2:3种子的PRR反应。表3至10提供了证明标记的实用性的验证实验的结果。
表2：针对PRR反应筛选群体
  抗性亲本   抗性基因座   易感性亲本
  L75-3735   Rps1c   MV0030
  Williams 82   Rps1k   MV0030
  L83-570   Rps3a   MV0030
  L89-1541   Rps3b   MV0030
  L92-7857   Rps3c   MV0030
  PI399703   Rps8   Williams
L75-3735是Rps1c的已知来源。对来自L75-3735/MV0030群体的总计322株F2植物进行组织取样用于标记筛选。使用从每株植物收获的种子进行种植并根据对PRR的反应对来自每个F2产生的家族的各个F3植物进行表型分型。当用遗传标记NS0102174、NS0118976、NS0118166、NS0099413和NS0119335筛选时，发现显示抗性反应的植物具有与易感植物不同的单元型。来自与抗性亲本具有相同单元型的L75-3735/MV0030群体的家族的总数为41个，而且当进行表型分型时，这些家族中的全部41个都具有抗性反应。从每个家族中取平均10个F2产生的F3植物(F2家族)进行表型分型。表3提供了来自L75-3735/MV0030群体的两个家族的PRR反应和单元型的例子。
表3.与已知Rps1c来源的单元型一起使用的SNP标记的验证。
  家族   植物总数   易感植物   反应   谱系  NS-0102174  NS-0118976  NS-0118166  NS-0099413  NS-0119335
  1   12   0   R   L75-3735/MV0030   GG   TT   TT   CC   TT
  2   11   10   S   L75-3735/MV0030   CC   CC   CC   TT   AA
Williams 82是Rps1k的已知来源。从Williams82/MV0030群体选总计205株F2植物进行组织取样用于标记筛选。使用从每株植物收获的种子进行种植并根据对对PRR的反应对来自每个F2产生的家族的各个F3植物进行表型分型。当用遗传标记NS0118166、NS0102920、NS0114258、NS0102174、NS0119981和NS0201536筛选时，发现显示抗性反应的植物具有与易感植物不同的单元型。来自与抗性亲本具有相同单元型的Williams 82/MV0030群体的家族总数为24个，而且当进行表型分型时，这些家族中的全部24个具有抗性反应。表4提供了来自Williams82/MV0030群体的两个家族的PRR反应和单元型的例子。
表4.与已知Rps1k来源的单元型一起使用的SNP标记的验证(“*”表示单核苷酸缺失)。
  家族   植物总数   易感植物   反应   谱系  NS-0118166  NS-0102920  NS-0114258  NS-0118976  NS-0102174  NS-0119981  NS-0201536
  1   12   0   R   Williams82/MV0030   TT   CC   TT   TT   GG   CC   CGAG
  2   10   10   S   Williams82/MV0030   CC   TT   CC   CC   CC   AA   ****
L83-570是Rps3a的已知来源。从L83-570/MV0030群体中总共选297株F2植物进行组织取样用于标记筛选。使用从每株植物收获的种子进行种植并根据对PRR的反应对来自每个F2产生的家族的各个F3植物进行表型分型。当用遗传标记NS0101324和NS0116265筛选时，发现显示抗性反应的植物具有与易感植物不同的单元型。来自与抗性亲本具有相同单元型的L83-570/MV0030群体的家族总数为64个，而且当进行表型分型时，这些家族中的58个具有抗性反应。表5提供了来自L83-570/MV0030群体的两个家族的PRR反应和单元型的例子。
表5.与已知Rps3a来源一起使用的单元型的SNP标记的验证。
  家族   植物总数   易感植物   反应   谱系   NS-0101324   NS-0116265
  1   11   0   R   L83-570/MV0030   AA   GG
  2   10   9   S   L83-570/MV0030   GG   TT
L89-1541是Rps3b的已知来源。从L89-1541/MV0030群体中总计选345株F2植物进行组织取样用于标记筛选。使用从每株植物收获的种子进行种植并根据对PRR的反应对来自每个F2产生的家族的各个F3植物进行表型分型。当用遗传标记NS0114683、NS0102483、NS0119333和NS0102262筛选时，发现显示抗性反应的植物具有与易感植物不同的单元型。来自与抗性亲本具有相同单元型的L89-1541/MV0030群体的家族总数为88个，而且当进行表型分型时，这些家族中的47个具有抗性反应。表6提供了来自L89-1541/MV0030群体的两个家族的PRR反应和单元型的例子。
表6.与已知的Rps3b来源一起使用的单元型的SNP标记的验证。
  家族   植物总数   易感植物   反应   谱系  NS-0114683  NS-0102483  NS-0119333  NS-0102262
  1   12   0   R   L89-1541/MV0030   AA   GG   AA   AA
  2   12   12   S   L89-1541/MV0030   CC   AA   CC   GG
L92-7857是Rps3c的已知来源。从L92-7857/MV0030群体中总共选340株F2植物进行组织取样用于标记筛选。使用从每株植物收获的种子进行种植并根据对PRR的反应对来自每个F2产生的家族的各个F3植物进行表型分型。当用遗传标记NS0114683、NS0102483、NS0119333和NS0102262筛选时，发现显示抗性反应的植物具有与易感植物不同的单元型。来自与抗性亲本具有相同单元型的L92-7857/MV0030群体的家族总数为112个，而且当进行表型分型时，这些家族中的87个具有抗性反应。表7提供了来自L92-7857/MV0030群体的两个家族的PRR反应和单元型的例子。
表7.与已知的Rps3c来源的单元型一起使用的SNP标记的验证。
  家族   植物总数   易感植物   反应   谱系   NS-0114683  NS-0102483  NS-0119333  NS-0102262
  1   11   0   R   L92-7857/MV0030   AA   GG   AA   AA
  2   12   11   S   L92-7857/MV0030   AC   AG   AC   AG
PI399703是Rps8的已知来源。从PI399703/Williams群体中总计选223株F2植物进行组织取样用于标记筛选。使用从每株植物收获的种子进行种植并根据对PRR的反应对来自每个F2产生的家族的各个F3植物进行表型分型。当用遗传标记NS0114683、NS0102483、NS0119333和NS0102262筛选时，发现显示抗性反应的植物具有与易感植物不同的单元型。来自与抗性亲本具有相同单元型的PI399703/Williams群体的家族总数为39个，而且当进行表型分型时，这些家族中的全部39个具有抗性反应。表8提供了来自PI399703/Williams群体的两个家族的PRR反应和单元型的例子。
表8.与已知的Rps8来源的单元型一起使用的SNP标记的验证。
  家族   总的植物   易感性植物   反应   谱系  NS-0101324  NS-0102262  NS-0102483  NS-0114683  NS-0116265  NS-0119333
  1   6   0   R   PI399703/Williams   AA   GG   AA   CC   GG   CC
  2   4   4   S   PI399703/Williams   GG   AA   GG   AA   TT   AA
确认另外一种SNP标记NS0138011用于Rps1c基因座的检测。检查100个大豆种系的基因分型结果，已知它们具有Rps1a、Rps1k、Rps1c或对PRR易感。当用标记NS0138011筛选时，发现有Rps1c的株系具有AA等位基因。其它85个株系，它们或者具有PRR抗性基因座Rps1a、Rps1k，或者对PRR易感，具有表9提供的CC等位基因。因此，用遗传标记NS0138011筛选可用于在大豆育种计划中检测Rps1c基因座。
表9.SNP标记NS0138011在检测Rps1c中的验证。
  等位基因   株系的数量   基因座
  CC   85   Rps1a，Rps1k或易感
  AA   15   Rps1c
表10总结了验证实验，包括发现可用于在大豆育种计划中监测包括Rps1c和Rps1k等位基因的PRR抗性基因座Rps1的选择或其向大豆植株中的渗入的SNP标记。已知抗性来源的单元型用来确定选择哪种Rps1等位基因用于育种计划。表10还包括可用于在大豆育种计划中监测PRR抗性基因座Rps3和Rps8向大豆植株中的渗入的SNP标记。PRR抗性基因座Rps3包括Rps3a、Rps3b和Rps3c。已知抗性来源的单元型用来确定选择哪些Rps3等位基因用于育种计划。发现可用于筛选Rps1的SNP标记包括NS0099413、NS0102174、NS0118166、NS0102920、NS0114258、NS0118976、NS0119981、NS0119335、NS0201536、NS0138011、NS0127084、NS0129030、NS0202603和NS0203225。发现可用于筛选Rps3和Rps8的SNP标记包括NS0114683、NS010324、NS0102483、NS0119333、NS0102262和NS0116265。在大豆育种计划中，可以选择对于抗性亲本等位基因而言基因型为纯合或杂合的植物进行改进。
Figure A20088001578700441
实施例2：使用SNP标记选择赋予PRR生理小种4抗性的Rps1k基因座。
利用对PRR抗性种质的了解，使用SNP标记培育PRR抗性(表11)。用两个SNP标记筛选两种PPR抗性来源-AG3602(Rps1c的来源)和AG3505(Rps1k的来源)-杂交产生的F3群体。筛选总共466个个体。SNP标记NS0119335和NS0118166用来选择基于AG3505的单元型的Rps1k(PRR生理小种4抗性的来源)。Rps1抗性的来源包括但不限于AG3602、AG3505和DKB28-53。
表11.两种PRR抗性来源的单元型。
  标记1   标记2
  来源   NS0119335   NS0118166
  AG3602(Rps1c)   TT   CC
  AG3505(Rps1k)   AA   TT
实施例3.使用SNP标记监测PRR抗性基因座Rps1k的基因渗入。
将两种大豆株系AG3602(Rps1c)和AG3505(Rps1k)杂交产生的F3个体进行基因分型。Rps1k基因座提供对PRR生理小种4的抗性。用两个SNP标记NS0119335和NS0118160筛选总计466株F3植物。表12报告了对于PRR生理小种4的基因型筛选的表型验证结果。用NS0119335筛选可85.7％地预测PRR反应。用NS0118160筛选可83.8％地预测PRR反应。
表12.基于抗性来源单元型选择后的表型筛选结果。
  标记   有利的单元型   基于单元型选择的个体   具有抗性反应的个体   抗性％   来源
  NS0119335   AA   182   156   85.7   AG3602/AG3505
  NS0118160   TT   185   155   83.8   AG3602/AG3505
实施例4.使用SNP标记选择赋予PRR生理小种25抗性的Rps3或Rps8。
用SNP标记NS0114683对源自下面的育种群体的F3植物进行基因分型。Rps3和Rps8提供对PRR生理小种25的抗性。该育种群体包括Rps3或Rps8的来源。表13报告了对PRR生理小种25的基因型筛选的表型验证结果。用NS0114683对Rps3的筛选可96.4-100％地预测PRR反应。用NS0114683对Rps8筛选可72.4-80.8％地预测PRR反应。
表13.使用SNP标记NS-0114683选择具有匹配抗性来源的单元型的植物。随后用PRR生理小种25进行表型筛选。
  标记   基于单元型选择的个体   具有抗性反应的个体   抗性％   Rps   来源
  CC   17   17   100.0   Rps3   Ivory/DKB28-53
  CC   48   47   97.9   Rps3   MV0033/CFN3303E3R
  CC   28   27   96.4   Rps3   Ivory/MV0036
  CC   26   21   80.8   Rps8   DKB28-53/((Darby/OX-98317)/AG2703))
  CC   29   21   72.4   Rps8   MV0039/((Darby/OX-98317)/MV0028))
实施例5.使用SNP标记，生理小种特异性PRR抗性的渗入。
在本实施例中，L75-3735是PRR抗性基因座Rps1c的来源。分析L75-3735与MV0030(对PRR生理小种3敏感的株系)杂交产生的群体。使用两个标记NS0099413和NS0119335选择具有匹配抗性亲本的单元型的个体。选择对于PRR抗性来源(L75-3735)中存在的等位基因而言为纯合的个体进行改进(表14)。
表14.使用两个SNP标记筛选对PRR生理小种3的抗性或易感性。
  谱系   死亡数   总数   易感的％   反应  NS0099413   NS0119335
  L75-3735(Rps1c)   0   11   0   R   CC   TT
  MV0030   9   10   90   S   TT   AA
  MV0030   5   10   50   S   TT   AA
  L75-3735/MV0030   0   10   0   R   CC   TT
  L75-3735/MV0030   10   10   100   S   TT   AA
  L75-3735/MV0030   5   10   50   S   CT   AT
  L75-3735/MV0030   4   10   40   H   CT   AT
实施例6.使用SNP标记选择PRR抗性
鉴定位于标记NS0138011的两侧的其它SNP标记。NS0138011的等位基因与Rps1c有关。已证明，“A”等位基因表明存在Rps1c，且“C”等位基因表明不存在Rps1c。标记NS0202603、NS0138011和NS0203225的组合证明可用于区分在包括rps(易感性)、Rps1a、Rps1c和Rps1k的Rps1基因座处的多个等位基因。在239个大豆株系的研究中，3个标记的单元型可在88-100％的时间里有效预测PRR反应(表15)。在大豆育种计划中，这3个标记可以用来识别具有Rps1a、Rps1c和Rps1k抗性的植物，从而允许标记辅助的选择。
表15.NS0202603、NS0138011和NS0203225的标记单元型预测对于PRR抗性的Rps1等位基因构型的能力。
  预测的Rps1等位基因   单元型NS0202603-NS0138011-NS0203225   具有单元型的株系的数目   显示预测的等位基因表型的株系的数目*   一致性％
  rps   GG CC AA   9   9   100
  Rps1a   AA CC TT   9   8   89
  Rps1c   AA AA AA   189   186   98
  Rps1k   GG CC TT   32   28*   88
*基于表型，3个是杂合的。
实施例7.使用SNP标记和对亲本基因型的了解鉴定Rps1c抗性植物
NS0129030可用于选择具有Rps1c且与易感的成熟组4亲本杂交的晚熟组3亲本的群体中的Rps1c等位基因。例如，当AG3802、AG3905、AOX3903B0C、CFN3802A1X或AG3602用作与PRR易感性株系MV0097、MV0098、MV0099或MV0022杂交的Rps1c供体时，所有的抗性亲本在NS0129030处具有“C”等位基因；而所有易感性亲本具有“A”等位基因。对抗性来源的基因型的了解是重要的，因为“C”等位基因与Rps1c的关联在所有其它株系中并不存在，而易感性株系MV0101、MV0102和MV0103在这个基因座处也具有“C”等位基因。因此，在大豆育种计划中，在了解抗性来源的基因型之后，可以使用标记NS0129030选择抗性植物。
NS0127084也可用于许多相同的群体中。例如，Rps1c供体AG3802、AG3905、AOX3903B0C、CFN3802C1X或AG3602在NS0127084基因座处都具有“C”等位基因，而易感性株系MV0097、MV0099和MV0100则都具有“T”等位基因。但是，MV0098也具有“C”等位基因，但缺乏Rps1c。因此，在大豆育种计划中，在了解抗性来源的基因型之后，可以使用标记NS0127084选择抗性植物。
实施例8.使用SNP标记选择Rps3c
通过MV0031/BFN3205A0R与作为Rps3c杂合源的BFN3205A0R的杂交提供群体，所述Rps3c赋予大豆疫霉生理小种25的抗性。表16提供了亲本的单元型和CFN3303E3R(BFN3205A0R的纯合姐妹株系)的单元型。对总计4,224个F2种子非破坏性地取样并进行基因分型。选择各个对Rps3c有利的纯合的种子。总计1018个种子在标记基因座NS0119333、NS0102262、NS0116265处具有单元型CCGGGG，并选择它们进行种植。在2006年春季种植基因型是对Rps3c有利的纯合的F2种子。在2006-2007年作为后代行列种植来自选择的植物的F2:3种子。在2007年，在产量试验中种植来自选择的后代行列集群的F2:4种子。评估为高产量而选择的4种株系的PRR生理小种25抗性，以确认Rps3c的存在。表18提供病理数据。病理检验证实对于大豆疫霉生理小种25抗性的标记辅助的选择。从本实施例中，提供的标记已显示用于大豆疫霉生理小种25的PRR抗性的标记辅助的选择的用途。
表16.MV0031、BFN3205A0R和CFN3303E3R的单元型。
  株系   NS0119333   NS0102262   NS0116265
  MV0031   AA   AA   GG
  BFN3205A0R   AC   AG   TT
  CFN3303E3R   CC   GG   GG
表17.用大豆疫霉生理小种25对于Rps3的病理筛选
  株系   复制   植物总数   易感性植物
  1   3   24   0
  2   3   24   0
  3   3   24   0
  4   3   24   0
实施例9.用于检测具有PRR抗性基因座的大豆植物的寡核苷酸杂交探针
通过基于杂交的SNP检测方法，寡核苷酸也可用于检测本文所公开的与PRR抗性相关的多态性或对其进行分型。本发明提供了能够与包含多态性的分离的核酸序列杂交的寡核苷酸。本领域的技术人员能够设计具有经实验确定的严格性的试验，以区别本文提出的多态性的等位基因状态。示例性的试验包括Southern印迹、Northern印迹、原位杂交和其它基于杂交的多态性检测方法。表18提供了示例性的用于基于杂交的SNP检测的寡核苷酸。可以用放射性标记、荧光团或其它化学发光手段可检测地标记这些寡核苷酸，以有助于使用本领域已知的方法，检测与源自一种或多种大豆植物的基因组或扩增核酸的样品的杂交。
表18.寡核苷酸探针杂交*
  标记  标记SEQID   SNP位置   杂交探针   SEQ ID探针
  NS0119335   8   310   TCTCAGAGTGGGTAGA   101
  NS0119335   8   310   TCTCAGTGTGGGTAGA   102
  NS0138011   10   385   GAATGAAAAATCTACT   103
  NS0138011   10   385   GAATGACAAATCTACT   104
  NS0119333   14   607   TAAGAACCCTCTCCAA   105
  NS0119333   14   607   TAAGAAACCTCTCCAA   106
  NS0102262   15   131   AAGCCTGACAATTGAT   107
  NS0102262   15   131   AAGCCTAACAATTGAT   108
*跨越SNP的16mer
实施例10.用于通过单碱基延伸方法检测具有PRR抗性基因座的大豆植株的寡核苷酸探针
通过基于单碱基延伸的SNP检测方法，寡核苷酸也可用于检测本文所公开的与PRR抗性相关的多态性或对其进行分型。表19提供了示例性的用于基于SBE的SNP检测的寡核苷酸。SBE方法基于核酸引物的延伸，该引物与邻近多态性的序列杂交，以在引物延伸时掺入可检测的核苷酸残基。也预期SBE方法可以使用3种合成的寡核苷酸。其中两种寡核苷酸作为PCR引物发挥作用，并与位于包含待测多态性的区域两翼的基因座的序列互补。在表10的标为“正向引物SEQ ID”和“反向引物SEQ ID”的栏中提供了可用于对本发明公开的多态性分型的示例性的PCR引物。在包含多态性的区域扩增之后，将PCR产物与延伸引物杂交，该延伸引物与邻近多态性的扩增的DNA退火。然后提供了DNA聚合酶和两个差别标记的双脱氧核苷三磷酸。如果模板上存在多态性，可以在单碱基链延伸中将一个标记的双脱氧核苷三磷酸添加到引物中。然后通过确定两个差别标记中的哪一个添加到延伸引物中推断存在的等位基因。纯合的样品将导致两个标记的碱基中只有一个被掺入，因此两个标记中只有一个被检测到。杂合的样品存在两个等位基因，因此将直接掺入两个标记(进入延伸引物的不同的分子)，因此这两个标记都被检测到。
表19.用于单碱基延伸(SBE)分析的探针(延伸引物)。
  标记   标记SEQ ID   SNP位置   SBE探针   SEQ ID探针
  NS0119335   8   310   AGACTCTCTCTCTCAGA   109
  NS0119335   8   310   ATTGGATTTCTACCCAC   110
  NS0138011   10   385   AAATTCCTGTGAATGAA   111
  NS0138011   10   385   TTATTCAAAGTAGATTT   112
  NS0119333   14   607   TTTTTTAAATTAAGAAC   113
  NS0119333   14   607   TGAAAGTGTTGGAGAGG   114
  NS0102262   15   131   AAGTACTCCCAAGCCTG   115
  NS0102262   15   131   ACAAGACAATCAATTGT   116
已经说明和描述了本发明的原理，本领域的技术人员应该明白，在不背离这些原理的情况下，可以在排列和细节上修改本发明。我们要求保护在所附的权利要求书的精神和范围之内的所有修改。
本说明书中提到的所有出版物和分布的专利文件都引入本文作为参考，如同每一单独出版物或专利申请具体且单独地引入作为参考。
序列表
<110>Behm，James
     Wu，Kunsheng
     Tamulonis，John P
     Concibido，Vergel
     Yates，Jennifer
<120>用于选择抗疫霉根腐病的大豆植物的方法和组合物
<130>46-21(54585)B
<140>60/925,475
<141>2007-04-20
<160>116
<210>1
<211>845
<212>DNA
<213>大豆
<220>
<221>不确定的
<222>(786)..(786)
<223>″n＝a，t，c或g″
<220>
<221>不确定的
<222>(1)..(845)
<223>″n＝a，t，c或g″
<400>1
tctaatacag aaagaactca tacaaaattg ctaatatagg ataagttatt ttctatcaca   60
tacactccta ataataattg cctccaatcc atcaatggat ttttcctaac ccacttggat  120
ctcaaatccc atctgatcca catcatacat caatctatac taaaagatta taaagtgtac  180
aagaaattat catgatgcca attgcacaat tggtcaaata ttagatgaaa aaatgagtta  240
tcgctggtat gcaaattttc atcagaacct ggagattaaa ctatagaatg aaaattcaat  300
catacacaaa attttgatcc tttagattga taataagaca aatgtgtagc aacagattta  360
ccttctggca tttatgcaga gaaatttatg agagtgagat ccaatgaaca aataaatgtc  420
tgtgccttta aacacaagta ttggggaagc atcaacacaa gattccatgt aaactttcca  480
aaagttgttc atgtgacctc tgctgcctct tggaacattt gcagaccaag ttgtttggtt  540
tgtatcaatt actgcctgct tccctttata caacaccttg ttgcatcggc taaatgagaa  600
tgataatagt gaaggggaat accacgggaa ggattcatca ccccatgatg taacatctat  660
caaacccctc tttaagcgtt tagaaggaaa agaatcatga tcattatctt tcaaaatcat  720
ccttgactca agaggactag aattttcagc atgattcata gaaatatggt tatcttggct  780
ggctgngttt atttgcctac aacaatccag ccttgtatgc aaagagcatg atcctttttt  840
ctggg                                                              845
<210>2
<211>834
<212>DNA
<213>大豆
<220>
<221>不确定的
<222>(796)..(796)
<223>″n＝a，t，c或g″
<220>
<221>不确定的
<222>(1)..(834)
<223>″n＝a，t，c或g″
<400>2
tccatccagg caactcccat tgcttcagta atattccatc ttttaacccg ctccatatca  60
ctagcactcc ttcgctgttc agatgtagcc attgcaacag cactaagacc tcttccagaa 120
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ttgttgggca tgtattattg gagggcaagc aaacaaatac aagtgttcca cttttgatta 600
agttaatgaa aaaatttatt atttgaaaat ggtagcagaa agtgttgaaa tgtgatcaag 660
aaaattgaat ttattcttgt aattaggttg aagatttatt cctataatta ggttattttc 720
atttcttaga ataaggaata tttaatgtga tgtggtgtga tttgacttgt cttactaaga 780
gaatgttttg accatntagg aaaaaaaaca aaacaataac tcttgtacaa aacc       834
<210>3
<211>654
<212>DNA
<213>大豆
<400>3
gccagcttgc atgcctgcag cagctagtgc gcttgccggt gaaggtacgg cacacatgcc  60
aaggctattc agttttttat ctgctgataa ccagggtata gaggcttatt ttcatgctca 120
atttttggtt gttgaaattg gttgtggaaa gggaaagaaa tccgctttac attttactta 180
tggttttaga ccgcaatgct ggtacttcat tggtcttgaa catacaagca agaatgcaga 240
aagtgaaatt agattatacg tagacgggtc tttatatgaa attcgtcctt tcgagtttcc 300
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gagcaaggca gaggaaagtg ttcttttgga tgcagaaatt ggagatttca ttcacctact 600
ctatcatcct agtttgctta gtgggcgttt ctgcccagat gcttcacctt ctgg       654
<210>4
<211>807
<212>DNA
<213>大豆
<400>4
aagatgctat tggactgttc ctgaaaaaga ttcagtaaat aatttttcac taattggatc  60
aacaagaccg gtgggtgaga tcaatgcttt ggttgacgaa ctcttagtgg taattgaact 120
tctaatagtg gcaggatctc cttcattggt ctcggatgat gtccgatgtt tacttggatt 180
cgtgattgac tgtcgacaac caggtcaggt atgtagtgag atgggatgct tttattctct 240
cttttttgtg ggatagtgaa aataaagtaa aatcttagga aagatgctaa tgatgcacac 300
aaatacaaca ttttagaata tattattatg tcatataata gagaaatact ggatttctaa 360
gtaacatcct tctaatttta aaacccaaat tgatatcata aaagtcaatg gttttgttct 420
tttaggctag tcctgttgtc gttatccaaa ttccagaggt taatcacttt gcttgtgtat 480
ttcttgttta tgacgggttt ctcttgtaat tttttatttt ctactttagt tttgtgtttg 540
aagatttttt agtaagtttt ttatttttta attctctgtt ttcatattgt tttctatttc 600
taaagtttat acagtaaaaa caactgataa attattttaa acgtttatta taaagatagt 660
cttgcaattt taagagaaga aaatgatctt tcttattagt gattgatcag aattacgtga 720
gagttatata ggaagaaatg gtaaggagag atcctaacca cctgtgcctg aacacaaatt 780
taatgatctt tcttattatt ctgctgg                                     807
<210>5
<211>919
<212>DNA
<213>大豆
<400>5
gccattgata caaagtcggt gtacgagaaa gatttcaatg ctttgtcata taaatttatt   60
gctgttcttg ttgccagttt tgccctagca aggaatatgc agcgatctga ggtttgcctg  120
ctaacttttt ctatggtttt cagattatat tgagataaca tagtatgtta aattcttttt  180
tttttttcca gattgacagg catgctcgtg caaatataat atgtcagcat cacatcagca  240
ctggaattca tgcatggcgc aaacttattc gccagttaat cgagatgaga agtctttttg  300
ggccttttgc ggattatttg taccgcccac ttcgtgtatg tatgatatga ctgtctacat  360
tgttgctacc aactggcgct ctttgttgct actcatctat ttcttgcctt aaattctcta  420
atttgttgag tatatgaaaa aactctagga agatgcatat attgattgct gttctttggt  480
gtatatatat gcctgggaaa aaaaatctaa gaattcaaaa ccaactagtg tagccttttt  540
gtgcttgtgt tcctagcatt atgtaagggg cttttggctt tgcaaaagag ttagattgct  600
cttttgaact tatgctcctg tttttctgtt tatgttttct tttccttttg gggatgttct  660
tggaggattt tttatctatc caactcatgc tttctgatat taaaatcttg ccaaaataat  720
tttttttaat gattcaatcc accaagctga ttattttcta attttctcta ggttttctgg  780
aagctagatt ttacggaaag ttcttcccgg atgagaagat gtatgagaag gaattatcaa  840
ggctctgatc atttaggttt cgctgcgaat tatgaggatt attcagggga gaacaatgat  900
cacaccactc cagttttat                                               919
<210>6
<211>771
<212>DNA
<213>大豆
<400>6
aaccgtagct gtatttagtg cgtcggcaaa tgattcaatg tagatccaag ttgcaaatgc  60
atacccatgg acgaatggcc agcggccctc acctggacca agcaaaccag aactttcgcc 120
atcaaactcg aaagtgcaag ctggtccaat tgattcctta tcacttactg ctttttccaa 180
cgcaagcacc aagcgaggtg cccaaattgt ggtaagtgtt cttgtaatga cttgaaacca 240
tctatgaaga tcactaacac tgagagaatg tgcagccaag tattgtatgc agcggcacaa 300
aggagttcca tcccacctta tttggccatt taagccaaca tctactgtga aaattttttc 360
tgctgttctc aacagtattc ccaacaaacc agccatcgag cacatggctc tgtttcgagt 420
gcatgcccgt aatatggcaa gtagtcccct taccattcgc gtcctgggcg acattgcaac 480
atctgaatca cctacataag gaagccaagg aatcagttca cccgacacaa tggccgcccg 540
agagttcagc attacactag gaggattatc accgtcatct tcaaaacttt caacgccacc 600
cattgttgca agaagcgaat ccactattaa gaaagacact ctctccattt cttcaccatt 660
cccgaaaaat tctacaccgc tcgcaatgtt cttcagtttc tccatacctt caggtttccc 720
catgatagct gaatcaatta agtgcaataa ttctgcaggt cgactctaga g          771
<210>7
<211>667
<212>DNA
<213>大豆
<400>7
aaaataacca gattgtttga catgtataca ctgtaatagg actcgggaga aaacaggaat  60
gaacttacca aaagagtctg ctcaaattga gcacttcgtt taccatctgc tgtaacagca 120
gtccatccat caggccacat tcgatcccgc cagacaccta ttaataaaca ataatattag 180
agctgccaca tgtatctatc aaagttatct atttaagaga tattataaag aagtataccg 240
gcattgatca taggttcaat tgtaaaggtc tgtccggcct tcatcacacc aactgcttta 300
tttcctgaca gtgattaagg tgtatacatt ccatatgttc tcgttctact ttctagcaac 360
ctttgttctt tgttaggggg tacgggtaga aaagctagag gtgcacgttg ggaaagaaag 420
tttggtttaa gaaaaaatgg cacatatgaa tgaggaagct ggctgcttct agcaagtaat 480
ggtatgtata acagaattgt caataggaag tgaatatata gaatcattcc tagttttgta 540
agtcatttta tgcgtaaaca aaacaattgg ttgcttagta ttaaaagaga agtatatact 600
gtgctgaatg ttaaagatca aaacattaga ggatgcaaaa agaaaatttc caaatatttt 660
tttcaat                                                           667
<210>8
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<212>DNA
<213>大豆
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tcaaaggaaa ctagaagatt tagcctttca acttaatata aaaatttatc aataaaggat  60
aatttgttaa tttttgttaa aaatgtcagg aagatttgaa ctttttattc tttcactctt 120
tcccaactta ccactgaatt aaccttatat ttccttaata gactcatgga atttcactaa 180
aaactgcata ggatcaaaat tttcattctg attattttct tgcttgctac tttttaaaac 240
tctggagaag aaaagaataa atatccgaac acgtctgtca tatatattca ctcagactct 300
ctctctcaga gtgggtagaa atccaataaa gatgacattt atggagctat cactgttttg 360
acatttatgt tcgcctggag cctttgtaca gccctactgt aacacaagaa cgtacatgct 420
gcgtagttgg tcctcggcta ccattaccat acaaaactac ctaagaaacc ctactgctct 480
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tgtcctcctc ctctttcctg cttcta                                      626
<210>9
<211>1760
<212>DNA
<213>大豆
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tgtttttgga attttcctgg ttagaacttg ataggtccat aatgaaggta tataaaagga   60
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agtttctcca gctttagatt ccagcaatta ccattcatgg agtaggtaca tgataacggc  540
attgagcgcc aagaacaaag tagaattcgt aaacggaaaa gcacccgagc cattgaagtc  600
tgatagaact tacggggcat ggcgtcgctg caacaacatg gtggtatcct ggttagttca  660
ttcagtatcc atctccatta gacaaagtgt cttgtggatg gacaaagcgg aagaaatttg  720
gaatgacttg aaatctcgat acgcacaagg ggaccttttg agagtttctg aactccaaca  780
agaagcttca tccatcaagc aaggatctct ttctattacg gagtatttta caaagctgcg  840
agtcatatgg gacgagatcg aaaacttcat acctgatccc atatgttcat gcactgtcaa  900
gtgtacttgc ttagtactca ccaccatagc tcaacgaaag cgagaagacc gagctatgca  960
gttcctgcaa gggttgaacg aacagtatag caatatatgt tctcatgtgt tgctcatgga 1020
cccaataccc acaataccga aaatcttctc gtacgtggca cagcaggaaa gacaacttac 1080
aggtaacaac tctttatcaa gctttaatct cgaaactaaa gagggacctt ccattaacgc 1140
tgtcaaaagt gtttgtgaat tcggtggacg cattgaccat aatgaaagcg tttgttataa 1200
gaagcacgga ctacctcaga attacgatgg gaaagggaaa agatacaaca caagaaagac 1260
atgtgcctac tgcagaaaac ttggacacac aattgatgtt tgctacaaga aacaagggta 1320
tcccccagga ttcaaattca acaatggcaa agcaatagct aacaatgtag tggcagtaga 1380
aggaaaagcc acagatgacc agatactacc ccaagaatct caagaactgg tttgtttctc 1440
accggagcaa tacaaggcac tgctagcttt aatacaacag ccatcggccg gaaactcagc 1500
acccatcaag ccataggtcg cctttatttc atcttgttcc aataacgatg caacaggtat 1560
aattctatct tgcgaaaaag ccaattctac ctcctggatc ttagattcag gagccactga 1620
tcatgtttcc tcctctctaa caaattttca ctcatatcat caaattaatc ccatcacagt 1680
taaactacca aatggtcatc ttgtctatgc tacccactca ggcacaatac aactttctgc 1740
attcattaca ctaaatgatg                                             1760
<210>10
<211>742
<212>DNA
<213>大豆
<400>10
gcgatatgat tcctttttct ccagctaaat gataattacc ttctttacag cattgatcca  60
attcacatag atgatcctct ttttccaaca aataatgtgg gaaggaattg cttccgaata 120
catcaatgta ttaaggtatt gattaccaac atgttttcca tatttcagtt ctcatacttg 180
gcctttgcta tgccatgatg acaggaaaaa gaaacctgtg gttgatatta tccacaagct 240
gttaaactat ctgtaattca aaccaataaa aaagaaaatc tttcgtttaa ttttggcagt 300
aaagcagctt ctaatgtctt tattaactga tcaaggtgtc tataactttt tatgcaataa 360
tgtgcctgaa attcctgtga atgaaaaatc tactttgaat aacaatgtgg catgtgtcag 420
cttgatattt tgagaggaaa tgtgttcttg aaagttgtag aggatggaca aattttgttg 480
gaagtctggc aagccttgtt aacttactgt tagaatttag gcttaggacc taattcaacc 540
ccagaaaact gaattgtaag gtgaggatta tccaagcttt ataagcttta tttaagccac 600
attccttgtc atgtgggact aaacacaccc tcaatgctgg aattaaggca gcccaaagat 660
gccacaacta aggtgctcta tgggtgacag caattaaggt ggttttccaa cacttatagc 720
ataattgact ctaaaagatt aa                                          742
<210>11
<211>878
<212>DNA
<213>大豆
<400>11
aaaattatgg tataatccga aaaaataata atgactacag gaccaccctt tttaatttga  60
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cagctacttc ttcaagggcc aatggagtgg tgaacggaaa aacaccaatt ccatatttga 240
aaactcaata ctcataagaa tgcttaagca taaaagatag tgcaaatcaa tgccagagca 300
aaaataattc aagttaaaga agccgataat attcagattt cagagtgacg gagaattcca 360
ttatttccac aactacacca ttcttattcc cttaaattgc taaaaggcaa accttccaaa 420
aaaatgtcaa ggaaaaccaa aaccaaaacc acaccaaacc ttttgcctag ctcttctaat 480
actttgacga gcatcttcac atgatttagc aaccaactta gtcatagcct gaaataaatg 540
tcaaacaaaa aggatatatc agcatgatat atgaaatgag atgtttaaag ggtaaacaat 600
aattaactgg agtgtaatga gtttacctgc atatgctctt tggtcaatct ggtcatttca 660
aggtgaagaa gtaaattagt taattaatat tgagcttgaa attcaagttc tttaatagct 720
attatatcca accaaattca ctcggacagg catgagtaac tgaatgtcaa tagaatacgt 780
gcttacggtg gaataacagc aatcaatctt tcaccatctg atttaggatt taaccccaat 840
ggagatgaaa caatagcatt ctctaattgt ttaagtgt                         878
<210>12
<211>1388
<212>DNA
<213>大豆
<400>12
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gccaactcca agtacccaga atcctgtaca ctatgcacaa cagctatact tctaacacca  300
ttcaagtcat tgcttgatct gcttcccggg cttggttttg agcaaaccca atcaccaact  360
tcaaatcctg gaagttgttc cacatctcca ggagaaacct tccacaagct cttcctacca  420
gggaccctca cctacaatga aaccaacaaa atcatttatg gccaatagtt taatgatgca  480
atcacaaata accttgttac caaaatgttg tatgtgaagt ttagcttttt gaacacacaa  540
gcagtggcca aaatttcatg tcagtataat tttcacatca tgatgagatc agaaaagaaa  600
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agctacacca ctaggatcag attgaataaa taggcaatca ataatttgca gtcatggttc  780
aattttgagc ttggcatcat tataattcaa tagactcata atctatttga agattacaat  840
agggtttcta tttgaaactt caactttagc gtataaggtg aaaaaaatga attgaatcag  900
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gcaaaaggca atacccatat cgccatcctc ctccaagcta tgaattactc caatgctgtt 1320
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atctccaa                                                          1388
<210>13
<211>814
<212>DNA
<213>大豆
<400>13
tctaattctt gcttgaattg attaattttg agaggaattt cttttttttt tcttcaaaag  60
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atgaagaaac ataacctatg aggttggcaa gtactactag caatataaca aagaccatgc 240
taggaacctt cctatgcttg atcatgcggg gaatgagata tcagatggac gaaaagggta 300
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taaagggggc acaaaaaggt tgagtgtagt tttggccttt tgggcagtga ggaagcaagc 420
cctctaagtg tctatagtgt ctctatcctt ttcttcttgt tatttctttt acttcttttt 480
acagtagctt ttaacccatt ttctggacta gaatcacact aatatttgat cagattcaga 540
aacatacaga gtatattcag tgaataatac atatttttaa ttccattttc aatcagtaat 600
aactgaatat agtgacaaga aaaggaaaag tcaatgaaag agattaaaca attagatctg 660
aaattgcttt ctgacaacaa cctacacaag ttatctttga atagcaaagg cagcactgca 720
ccatttgatg gagcatgaat ttcttgcacg caattattag cttattactt tcagtcgtgt 780
aagaacgtat aaacttactg tgggactccc tcct                             814
<210>14
<211>726
<212>DNA
<213>大豆
<400>14
atatcagagc ataaggatgt catattaaaa gcaaaaacag aaggaataat actgaaaatg  60
aatccaaaat aggtaggaaa atcttaccct tcatattgca tggtcaccgt gttaccaatg 120
tcagcaaact tacgatcctc aaagattaag aagttatgtt tttctgcaat cttcaacaga 180
aagaaacata tattgaaaca actaaaacag aaatgtacta aggttcctga gaactcagta 240
aacatgttct cataaactta taataggttc aaatgttagc aattcttata acatgctcaa 300
atgcatcaaa ttctactttc aataaatatt agaaaatcta ctcaagacta taaatgttag 360
gctgctttta gcactatacc aagcgaagct tagaaccgaa atcaggagta aaatcaggta 420
aaatatcaac gtgagttttc agcaagcata tctcaggtcc aacctgacat gaaagaacaa 480
ccaaattagt ttaaataatt tttataccag gagtaaactt ctaactataa gtccacaatc 540
tcactgatga taacaattca gggaacagga atctaacagt tttcaaccca ttttttaaat 600
taagaaccct ctccaacact ttcactgtga ataagtgatc aaacaaaatg ccatggacta 660
gttaaaaaaa ttcccacttt gtataaatac caagttctta ccttgtcagc aatttcaagc 720
aattca                                                            726
<210>15
<211>1337
<212>DNA
<213>大豆
<400>15
cttgcatgcc tgcacactag aattgaatat ctcacatgta ttgtttcata tgttgtgcac  60
tttgggtatt atactgaaat gggctttgtc catgcttgct tgggtcaatt attcaagtac 120
tcccaagcct gacaattgat tgtcttgtct tcaaatgagt aatatgacct tcaaactcag 180
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<210>16
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<213>大豆
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cattttgatt attgatttca ttcttgtgtg tttgacgctt ggagctgaag aagtcaaata 540
tgtgtgttgt ggcccttggg ccactttctg acattacaaa atgataattc tactgtaaat 600
tattgtagtg cttatgtggc tcatttttct gcattagctt cttgtcttct tgtcttcttg 660
ttttgatcaa acttggacaa tattttaatg agaaaaaagt tttttttttt ttggattttc 720
ctatacttgg tagtttctac tatcttcagt gatgtgtgtt tgacactggc acatccagtt 780
ttactttgtt tcaaatgttg gcaggtggat tggaactctt tgcagatctt ttacagcgct 840
tccctaataa tatacacata atacttgaga tggcaaaggt taggctt               887
<210>17
<211>26
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>其它信息：人工序列的描述：合成引物
<400>17
tgcacaattg gtcaaatatt agatga                                       26
<210>18
<211>23
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>其它信息：人工序列的描述：合成引物
<400>18
tccaggttct gatgaaaatt tgc                        23
<210>19
<211>28
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>其它信息：人工序列的描述：合成引物
<400>19
tactttaact aaactttgtt gggcatgt                   28
<210>20
<211>29
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>其它信息：人工序列的描述：合成引物
<400>20
cattaactta atcaaaagtg gaacacttg                  29
<210>21
<211>24
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>其它信息：人工序列的描述：合成引物
<400>21
caagcaagaa tgcagaaagt gaaa                       24
<210>22
<211>27
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>其它信息：人工序列的描述：合成引物
<400>22
tcgaaaggac gaatttcata taaagac                    27
<210>23
<211>20
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>其它信息：人工序列的描述：合成引物
<400>23
ggcaggatct ccttcattgg                           20
<210>24
<211>21
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>其它信息：人工序列的描述：合成引物
<400>24
cgacagtcaa tcacgaatcc a                         21
<210>25
<211>19
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>其它信息：人工序列的描述：合成引物
<400>25
tgggcctttt gcggattat                            19
<210>26
<211>28
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>其它信息：人工序列的描述：合成引物
<400>26
ggtagcaaca atgtagacag tcatatca                  28
<210>27
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>其它信息：人工序列的描述：合成引物
<400>27
cgtaatatgg caagtagtcc cctta                     25
<210>28
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>其它信息：人工序列的描述：合成引物
<400>28
aactgattcc ttggcttcct tatgt                     25
<210>29
<211>31
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>其它信息：人工序列的描述：合成引物
<400>29
gcttctagca agtaatggta tgtataacag a               31
<210>30
<211>29
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>其它信息：人工序列的描述：合成引物
<400>30
tacgcataaa atgacttaca aaactagga                  29
<210>31
<211>27
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>其它信息：人工序列的描述：合成引物
<400>31
ccgaacacgt ctgtcatata tattcac                    27
<210>32
<211>28
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>其它信息：人工序列的描述：合成引物
<400>32
cagtgatagc tccataaatg tcatcttt                   28
<210>33
<211>28
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>其它信息：人工序列的描述：合成引物
<400>33
gaagagttct gttgtgccac cgtcttta                   28
<210>34
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<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>其它信息：人工序列的描述：合成引物
<400>34
gtagtaacta gttcatggtg agaaaacgat                 30
<210>35
<211>30
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>其它信息：人工序列的描述：合成引物
<400>35
tttttatgca ataatgtgcc tgaaattcct                    30
<210>36
<211>23
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>其它信息：人工序列的描述：合成引物
<400>36
gctgacacat gccacattgt tat                           23
<210>37
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>其它信息：人工序列的描述：合成引物
<400>37
tcagatttca gagtgacgga gaatt                         25
<210>38
<211>28
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>其它信息：人工序列的描述：合成引物
<400>38
ttttagcaat ttaagggaat aagaatgg                      28
<210>39
<211>21
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>其它信息：人工序列的描述：合成引物
<400>39
gccaccttca cttctccatc a                             21
<210>40
<211>21
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>其它信息：人工序列的描述：合成引物
<400>40
ggagaggagc tcagcctgaa t                             21
<210>41
<211>28
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>其它信息：人工序列的描述：合成引物
<400>41
ctcaaggagt ttcattaaga tagttcca                28
<210>42
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>其它信息：人工序列的描述：合成引物
<400>42
tgccaacctc ataggttatg tttct                   25
<210>43
<211>26
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>其它信息：人工序列的描述：合成引物
<400>43
ggaatctaac agttttcaac ccattt                  26
<210>44
<211>28
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>其它信息：人工序列的描述：合成引物
<400>44
gcattttgtt tgatcactta ttcacagt                28
<210>45
<211>23
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>其它信息：人工序列的描述：合成引物
<400>45
atgcttgctt gggtcaatta ttc                     23
<210>46
<211>26
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>其它信息：人工序列的描述：合成引物
<400>46
ctgttgctga gtttgaaggt catatt                  26
<210>47
<211>29
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>其它信息：人工序列的描述：合成引物
<400>47
gatcaaactt ggacaatatt ttaatgaga               29
<210>48
<211>29
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>其它信息：人工序列的描述：合成引物
<400>48
gtcaaacaca catcactgaa gatagtaga               29
<210>49
<211>13
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>其它信息：人工序列的描述：合成探针
<400>49
ccagcgataa ctc                                13
<210>50
<211>14
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>其它信息：人工序列的描述：合成探针
<400>50
accagcaata actc                               14
<210>51
<211>14
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>其它信息：人工序列的描述：合成探针
<400>51
ttggacggca agca                               14
<210>52
<211>15
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>其它信息：人工序列的描述：合成探针
<400>52
attggagggc aagca                              15
<210>53
<211>16
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>其它信息：人工序列的描述：合成探针
<400>53
cgtctacgta taatct                            16
<210>54
<211>16
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>其它信息：人工序列的描述：合成探针
<400>54
ccgtctacat ataatc                            16
<210>55
<211>15
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>其它信息：人工序列的描述：合成探针
<400>55
aacatcggac atcat                             15
<210>56
<211>15
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>其它信息：人工序列的描述：合成探针
<400>56
acatcgaaca tcatc                             15
<210>57
<211>15
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>其它信息：人工序列的描述：合成探针
<400>57
ttgtaccgcc cactt                             15
<210>58
<211>15
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>其它信息：人工序列的描述：合成探针
<400>58
tgtactgccc acttc                             15
<210>59
<211>14
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>其它信息：人工序列的描述：合成探针
<400>59
attcgcgtcc tggg                                14
<210>60
<211>15
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>其它信息：人工序列的描述：合成探针
<400>60
attcgtgtcc tgggc                               15
<210>61
<211>18
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>其它信息：人工序列的描述：合成探针
<400>61
caataggaag tgaatata                            18
<210>62
<211>19
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>其它信息：人工序列的描述：合成探针
<400>62
agtgaatcta tagaatcat                           19
<210>63
<211>17
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>其它信息：人工序列的描述：合成探针
<400>63
ctacccactc tgagaga                             17
<210>64
<211>15
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>其它信息：人工序列的描述：合成探针
<400>64
cccacactga gagag                               15
<210>65
<211>17
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>其它信息：人工序列的描述：合成探针
<400>65
ctcacgagtt tgccttt                                17
<210>66
<211>17
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>其它信息：人工序列的描述：合成探针
<400>66
ctcacgagtt tgccttt                                17
<210>67
<211>22
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>其它信息：人工序列的描述：合成探针
<400>67
tcaaagtaga tttttcattc ac                          22
<210>68
<211>19
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>其它信息：人工序列的描述：合成探针
<400>68
aagtagattt gtcattcac                              19
<210>69
<211>16
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>其它信息：人工序列的描述：合成探针
<400>69
agttgttgaa ataatg                                 16
<210>70
<211>15
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>其它信息：人工序列的描述：合成探针
<400>70
agttgtggaa ataat                                15
<210>71
<211>15
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>其它信息：人工序列的描述：合成探针
<400>71
atgccagtta aaaag                                15
<210>72
<211>14
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>其它信息：人工序列的描述：合成探针
<400>72
atgccggtta aaaa                                 14
<210>73
<211>16
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>其它信息：人工序列的描述：合成探针
<400>73
cctgctttct aacttg                               16
<210>74
<211>16
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>其它信息：人工序列的描述：合成探针
<400>74
tgctttctag cttgca                               16
<210>75
<211>17
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>其它信息：人工序列的描述：合成探针
<400>75
tggagaggtt tcttaat                              17
<210>76
<211>16
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>其它信息：人工序列的描述：合成探针
<400>76
tggagagggt tcttaa                            16
<210>77
<211>15
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>其它信息：人工序列的描述：合成探针
<400>77
caagcctaac aattg                             15
<210>78
<211>14
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>其它信息：人工序列的描述：合成探针
<400>78
agcctgacaa ttga                              14
<210>79
<211>15
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>其它信息：人工序列的描述：合成探针
<400>79
agtataggca aatcc                             15
<210>80
<211>16
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>其它信息：人工序列的描述：合成探针
<400>80
aagtatagga aaatcc                            16
<210>81
<211>369
<212>DNA
<213>大豆
<400>81
ggacctgctt tttctaatgt gccagctcga gtgcaaccac cagtaccacc acgtaaagtg  60
tgctgtgaaa tttgtaaggt tgagtgcaat agtccagaaa tcttggagca acacaaggtt 120
gggaggaaac atcagaagaa tatgagggtg catgaagaat cgcaaaggcg caatgctata 180
aatggacaac aaagtgggaa aattcctacc tctcaattga atttaacaga ccaacctaag 240
gaagttcagg agtccgagaa aaatgaatgc cccacagaaa atatgggctc gggggttata 300
atcaatagtc acaaggagga aatgctgctg cagaataatg taggaaacat ttctgaggtt 360
ccagctgaa                                                         369
<210>82
<211>299
<212>DNA
<213>大豆
<400>82
gtgcagctgg gccgaacagc ttgagcatga cgagtcttct tgaagaagca aatctcccgc  60
tggagaccta cctgaagcaa aatggcctta ctagcttgat aacagagcag caaacaaatt 120
cagcttcaaa tgtgcaggca cagacaacca atgatagtga ggtgaaacac aatgaggatt 180
gcggaaccgc tacggttatt catgcgcagg aaagcagccc tgaagagaac agtgggcaag 240
ataaagagca aaacaattaa ctcatgaaat cttgccagtt acattttctt ttttccttt  299
<210>83
<211>1008
<212>DNA
<213>大豆
<400>83
tgacactgct ttgtacttat tttcttcctt ctttctttgg tctatgaaag atattataat  60
tttaccttga tctcgatctt tccaattcaa ttgtactttc aatcaaatcg cgttttctat 120
gaaattaatt ctcaatattg tgatattata tatgctgagg tatgtgtgag atttttttta 180
tatttttttt tttgtaattt cagaaattct tgttagctca agaagtaccc agcagcaatt 240
cctagttatt ttgcaggaag taaaccactc acttaagtta tccttccttc gtcctctaac 300
aatgaaagta atatttttgg ggtatgcaca aagtctttca aaaacaaaca agatctcctg 360
gattgtactc ttattaatta atggagttct gtacatatac atggcatcac acttccaata 420
tagtccaaca aaatggcctt actcctcaat tgccctcttg taattaagat gaaagcacca 480
attgagaggt ggaagcatgg caaacttttt taggtatatg ttctttttga gaagaaattt 540
atgcatgaat atatgtcttt tatttttttt tttcctattt tcagactgcg aacaacatca 600
gtatatatga tggttttctc catacgatgt ttccagaagc tagagataca aatgaaaaaa 660
aggttcagga ctgcatatga agggataatt tgaaaagaag aataaaagag gaaaagatat 720
ttaagtaatt ttttttttct tgaagaaaaa gaaagaaagg aagatatata tatctttaga 780
taaatataat taagggacgt gtaaatatta ttaattgtca aaaaagtaaa gtagcagaga 840
actacatata gtattacatg caacaacaag cggagacaac taagggactc gcttaagtac 900
tagagtcctc atcgccctct ctttattttc attaatataa attttacaac attatgatat 960
atagtatcct gcgactgaaa aactgccctg caggcatgca agctggcg             1008
<210>84
<211>1153
<212>DNA
<213>大豆
<400>84
atggaacacg aaattatagt agaatcatgg tcctacgagg gtagatttcg ctagggttac  60
gaggatggcc aaagtgggtc caaaaggagc agttttgcat gcaagaatgc accaccttac 120
ttaattaatt gcaccttaat gtgggtctat ttgcacactt acctttcaca cgtgttatga 180
atagggccac ctagcagact ttgaactcac tatgaatttc gagttccttc gcgcagtcat 240
gatgaaactc aggtgctcca aattccttaa atttctcaca ctgcaattat aacaacacaa  300
acccaaatta atcatataga aattcgaccc agagatccat tagcaattag tgcaaatctt  360
tttccaagaa tttacaaaat taattaatcg gtgaaattga aagaagggga ttcataatct  420
tggaacgtaa tttagttaca aacattcttg ttccatgaaa gaaattaagg ttcttgattt  480
agaataaacg cataattaat tagtgtaaca cccacgttgg ttattttcac acaatttaat  540
attagaaagg ttttataata tgtgtatacc tgctggagat cgagatgctt gaatccatcc  600
atgtccacga cgatctttgc ctaatcctgg aaacaatctt gcaatcttca tctaaatcat  660
atgcaaagaa gaaaagaacg aaacaattaa aatagaatga gtttgtgtgt acctgagaaa  720
tgtacctctc ttcccctctc ctccctcgtc tccactcaga aaatagagca agggaccgtc  780
ctataccctg tagaattcac ctgttcattt attttggaag gctgatgtgt atgcttgatt  840
tgatattttg atagaaccgg tatcttaaca gcgagaaaga atgagttttt tatttaatga  900
aactagggag aagctccttg ggaactaata cactgctttg gatccactcc ttacaccgct  960
ttctcagttt ccaaaagtcc cctatactga ttacactttc cagttattcc tatttatagg 1020
cagcggttgg tttgcagaca taagcacacc cttaatgggc ttaatcagtt gcatgcctgg 1080
tccacttctt gactaacaaa actaaaaccc acaaatagga atgatacctg aaataagtag 1140
ggccatgaat gga                                                    1153
<210>85
<211>18
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>其它信息：人工序列的描述：合成引物
<400>85
ccagctcgag tgcaacca                                                18
<210>86
<211>26
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>其它信息：人工序列的描述：合成引物
<400>86
ttctggacta ttgcactcaa ccttac                                       26
<210>87
<211>26
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>其它信息：人工序列的描述：合成引物
<400>87
accaatgata gtgaggtgaa acacaa                                       26
<210>88
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>其它信息：人工序列的描述：合成引物
<400>88
ttatcttgcc cactgttctc ttcag                           25
<210>89
<211>27
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>其它信息：人工序列的描述：合成引物
<400>89
cactcactta agttatcctt ccttcgt                         27
<210>90
<211>31
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>其它信息：人工序列的描述：合成引物
<400>90
aattaataag agtacaatcc aggagatctt g                    31
<210>91
<211>24
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>其它信息：人工序列的描述：合成引物
<400>91
ggctgatgtg tatgcttgat ttga                            24
<210>92
<211>28
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>其它信息：人工序列的描述：合成引物
<400>92
aaataaaaaa ctcattcttt ctcgctgt                        28
<210>93
<211>18
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>其它信息：人工序列的描述：合成探针
<400>93
ccagtaccac cacgtaaa                                   18
<210>94
<211>17
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
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cagtaccacc gcgtaaa                               17
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ccgcttcggt tatt                                  14
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ttgtgcatac ccc                                   13
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tctcagtgtg ggtaga                                   16
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gaatgacaaa tctact                                   16
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agactctctc tctcaga                           17
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attggatttc tacccac                          17
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aaattcctgt gaatgaa                             17
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tgaaagtgtt ggagagg                            17
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aagtactccc aagcctg                            17
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acaagacaat caattgt                            17

Claims (46)

1.一种将等位基因渗入大豆植物的方法，包括：
a.使至少一种PRR抗性大豆植物与至少一种其它大豆植物杂交以形成群体；
b.用至少一种核酸标记筛选所述群体；
c.从所述群体中选择一种或多种包含与PRR抗性相关的单元型的大豆植物，其中，所述PRR抗性单元型选自1、2或3个PRR抗性基因座，其中，在一个或多个基因座上的一种或多种单元型选自Rps1、Rps3和Rps8，且基于所述PRR抗性大豆植物的单元型选择该一种或多种单元型。
2.如权利要求1所述的方法，其中，所述一种或多种标记中的至少一种位于所述抗性单元型的30cM之内。
3.如权利要求1所述的方法，其中，所述一种或多种标记中的至少一种位于所述抗性单元型的15cM之内。
4.如权利要求1所述的方法，其中，所述一种或多种标记中的至少一种位于所述抗性单元型的5cM之内。
5.如权利要求1所述的方法，其中，所述一种或多种标记中的至少一种位于所述抗性单元型的1cM之内。
6.如权利要求1所述的方法，其中，所述一种或多种标记中的至少一种位于所述抗性单元型的1Mb之内。
7.如权利要求1所述的方法，其中，所述一种或多种标记中的至少一种位于所述抗性单元型的100Kb之内。
8.如权利要求1所述的方法，其中，所述一种或多种标记中的至少一种位于所述抗性单元型的1Kb之内。
9.通过以下步骤产生的优良大豆植物：
a.使至少一种PRR抗性大豆植物与至少一种其它大豆植物杂交以形成群体；
b.用至少一种核酸标记筛选所述群体；
c.从所述群体中选择一种或多种包含与PRR抗性相关的单元型的大豆植物，其中，所述PRR抗性单元型选自1、2或3个PRR抗性基因座，其中，在一个或多个基因座上的一种或多种单元型选自Rps1、Rps3和Rps8，且基于所述PRR抗性大豆植物的单元型选择该一种或多种单元型。
10.如权利要求9所述的优良大豆植物，其中，所述优良大豆植物显示转基因性状。
11.如权利要求10所述的优良大豆植物，其中，所述转基因性状选自除草剂耐受性、产量增加、控制昆虫、真菌病抗性、病毒抗性、线虫抗性、细菌病抗性、支原体病抗性、改变的油产生、高产油量、高蛋白质产量、发芽和幼苗生长的控制、增强的动物和人类营养、低棉子糖、环境应激抗性、提高的可消化性、改进的加工性状、改善的风味、固氮、杂种种子的产生和降低的变应原性。
12.如权利要求11所述的优良大豆植物，其中，所述除草剂耐受性选自草甘膦、麦草畏、草丁膦、磺脲、溴苯腈、2，4-二氯苯氧基乙酸和达草灭除草剂。
13.如权利要求10所述的优良大豆植物，其中，所述优良大豆植物显示对大豆疫霉的至少一个生理小种的抗性。
14.如权利要求10所述的优良大豆植物，其中，所述生理小种选自大豆疫霉生理小种1至55。
15.如权利要求1所述的方法，其中，所述对应于Rps1基因座的PRR抗性单元型包括NS0099413、NS0102174、NS0118166、NS0102920、NS0114258、NS0118976、NS0119981、NS0119335、NS0201536、NS0138011、NS0202603、NS0203225、NS0129030、NS0127084和位于距离所述标记分子30厘摩或更近的距离内的任何标记分子。
16.如权利要求1所述的方法，其中，所述Rps1包括Rps1a、Rps1c和Rps1k。
17.如权利要求15所述的方法，其中，所述Rps1的来源是优良种质。
18.如权利要求15所述的方法，其中，所述Rps1的来源是登记种质。
19.如权利要求1所述的方法，其中，所述PRR抗性单元型对应于Rps3基因座，且包含NS0114683、NS010324、NS0102483、NS0119333、NS0102262、NS0116265和位于距离所述标记分子30厘摩或更近的距离内的任何标记分子。
20.如权利要求19所述的方法，其中，所述Rps3包括Rps3a、Rps3b和Rps3c。
21.如权利要求19所述的方法，其中，所述Rps3的来源是优良种质。
22.如权利要求19所述的方法，其中，所述Rps3的来源是登记种质。
23.如权利要求1所述的方法，其中，所述PRR抗性单元型对应于Rps8基因座，且包含NS0114683、NS010324、NS0102483、NS0119333、NS0102262、NS0116265和位于距离所述标记分子30厘摩或更近的距离内的任何标记分子。
24.如权利要求23所述的方法，其中，所述Rps8的来源是优良种质。
25.如权利要求23所述的方法，其中，所述Rps8的来源是登记种质。
26.将至少一种PRR抗性QTL渗入大豆植物的方法，包括：
a.使PRR抗性大豆植物与第二种大豆植物杂交以形成群体；
b.用至少一种选自SEQ ID NO：1-16和SEQ ID NO：80-84的核酸标记筛选所述群体；
c.从所述群体中选择一种或多种包含至少一种对应于所述PRR抗性大豆植物的基因型的大豆植物。
27.如权利要求26所述的方法，其中，所述选择的大豆植物中有至少51％显示对PRR的抗性反应。
28.如权利要求26所述的方法，其中，所述选择的大豆植物中有至少75％显示对PRR的抗性反应。
29.如权利要求26所述的方法，进一步包括步骤(d)：测定所述选择的大豆植物对PRR诱导性病原体的抗性。
30.如权利要求26所述的方法，其中，通过选自以下的试验确定所述基因型：单碱基延伸(SBE)、等位基因特异性引物延伸测序(ASPE)、DNA测序、RNA测序、基于微阵列的分析、通用PCR、等位基因特异性延伸、杂交、质谱法、连接、延伸-连接和瓣核酸内切酶介导的分析。
31.如权利要求26所述的方法，进一步包括步骤：使步骤(c)中选择的大豆植物与另一种大豆植物杂交。
32.如权利要求26所述的方法，进一步包括步骤：从在步骤(c)中选择的大豆植物获得种子。
33.通过以下步骤产生的优良大豆植物：
a.使PRR抗性大豆植物与第二种大豆植物杂交以形成群体；
b.用至少一种选自SEQ ID NO：1-16和SEQ ID NO：80-84的核酸标记筛选所述群体；
c.从所述群体中选择一种或多种包含至少一种对应于所述PRR抗性大豆植物的基因型的大豆植物。
34.如权利要求33所述的优良大豆植物，其中，所述优良大豆植物显示转基因性状。
35.如权利要求34所述的优良大豆植物，其中，所述转基因性状选自除草剂耐受性、产量增加、控制昆虫、真菌病抗性、病毒抗性、线虫抗性、细菌病抗性、支原体病抗性、改变的油产生、高产油量、高蛋白质产量、发芽和幼苗生长的控制、增强的动物和人类营养、低棉子糖、环境应激抗性、提高的可消化性、改进的加工性状、改善的风味、固氮、杂种种子的产生和降低的变应原性。
36.如权利要求35所述的优良大豆植物，其中，所述除草剂耐受性选自草甘膦、麦草畏、草丁膦、磺脲、溴苯腈、2，4-二氯苯氧基乙酸和达草灭除草剂。
37.如权利要求33所述的优良大豆植物，其中，所述优良大豆植物显示对大豆疫霉的至少一个生理小种的抗性。
38.如权利要求33所述的优良大豆植物，其中，所述大豆疫霉生理小种选自大豆疫霉生理小种1至55。
39.用于检测与PRR抗性相关的基因座的基本上纯化的核酸分子，包含选自SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：116的核酸序列及其互补序列。
40.一组寡核苷酸，包含：
a.一对寡核苷酸引物，其中，所述引物中的每一个包含至少12个连续核苷酸，且其中，所述引物对允许PCR扩增包含与PRR抗性基因座Rps1、Rps3和Rps8相关的大豆基因组DNA多态性的DNA片段；和
b.至少一种允许检测所述扩增的片段中的多态性的检测寡核苷酸，其中，所述检测寡核苷酸的序列与包含步骤(A)的所述多态性或与其直接相邻的大豆DNA片段的每一条链中的同样数目的连续核苷酸的序列至少95％相同。
41.一种将等位基因渗入大豆植物的方法，包括：
a.提供大豆植物群体；
b.针对选自SEQ ID NO：1-SEQ ID NO：16和SEQ ID NO：80-SEQID NO：84的大豆基因组核酸标记，对群体中的至少一个大豆植物进行基因分型；和
c.从所述群体中选择一种或多种包含与PRR抗性相关的单元型的大豆植物，其中，所述PRR抗性单元型选自1、2或3个PRR抗性基因座，其中，在一个或多个基因座上的一种或多种单元型选自Rps1、Rps3和Rps8，且基于PRR抗性大豆植物的单元型选择一种或多种单元型。
42.如权利要求41所述的方法，其中，所述提供群体包括使PRR抗性大豆植物与第二种大豆植物杂交以形成群体。
43.如权利要求41所述的方法，其中，相比缺乏PRR抗性基因座的大豆植物，所述选择的一种或多种大豆植物在PRR的存在下显示增加的谷物产量。
44.如权利要求43所述的方法，其中，相比缺乏PRR抗性基因座的大豆植物，所述选择的一种或多种大豆植物在PRR的存在下显示至少0.5Bu/A的谷物产量增加。
45.如权利要求43所述的方法，其中，相比缺乏PRR抗性基因座的大豆植物，所述选择的一种或多种大豆植物在PRR的存在下显示至少1.0Bu/A的谷物产量增加。
46.如权利要求43所述的方法，其中，相比缺乏PRR抗性基因座的大豆植物，所述选择的一种或多种大豆植物在PRR的存在下显示至少1.5Bu/A的谷物产量增加。
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Cited By (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN102965369A (zh) * 2012-11-23 2013-03-13 中国农业科学院作物科学研究所 与大豆抗疫霉根腐病候选基因RpsWD15-2共分离的分子标记及其应用
CN102994498A (zh) * 2012-11-23 2013-03-27 中国农业科学院作物科学研究所 与大豆抗疫霉根腐病候选基因RpsWD15-1共分离的分子标记及其应用
CN108366539A (zh) * 2015-06-03 2018-08-03 美国陶氏益农公司 与大豆的疫霉根腐病相关联的遗传基因座

Families Citing this family (9)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US20130198912A1 (en) * 2010-02-05 2013-08-01 The Board Of Trustees Of The University Of Illinois Dna sequence that confers aphid resistance in soybean
US9307707B2 (en) 2012-03-16 2016-04-12 Syngenta Participations Ag Soy gene cluster regions and methods of use
US9493843B2 (en) * 2012-12-20 2016-11-15 Pioneer Hi-Bred International, Inc. Genetic loci associated with Phytophthora tolerance in soybean and methods of use
UY35380A (es) 2013-03-12 2014-10-31 Dow Agrosciences Llc ?marcadores de soja vinculados a la resistencia a la phytophthora?.
WO2015061548A1 (en) 2013-10-25 2015-04-30 Pioneer Hi-Bred International, Inc. Stem canker tolerant soybeans and methods of use
CA3004914A1 (en) 2016-02-05 2017-08-10 Pioneer Hi-Bred International, Inc. Genetic loci associated with brown stem rot resistance in soybean and methods of use
US10253379B1 (en) 2016-03-04 2019-04-09 Syngenta Participations Ag Disease resistance alleles in soybean
CA3200892A1 (en) 2020-12-16 2022-06-23 Corteva Agriscience Llc Compositions and methods to increase resistance to phytophthora sojae in soybean
CN115097053B (zh) * 2022-06-21 2023-05-02 山东农业大学 用于鉴定大豆疫霉根腐病感抗情况的代谢标志物及其应用

Family Cites Families (8)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CA2269215A1 (en) * 1998-04-29 1999-10-29 The Samuel Roberts Noble Foundation, Inc. Genetic markers for rpsl-k gene and method of use
US6784351B2 (en) 2001-06-29 2004-08-31 Ball Horticultural Company Targetes erecta marigolds with altered carotenoid compositions and ratios
WO2003094601A1 (en) * 2002-05-10 2003-11-20 The Ohio State University Research Foundation Identification of soybeans having resistance to phytophthora sojae
US7435873B2 (en) 2002-05-10 2008-10-14 The Ohio State University Research Foundation Identification of soybeans having resistance to Phytophthora sojae
US6828490B1 (en) * 2003-01-31 2004-12-07 Pioneer Hi-Bred International, Inc. Soybean variety 91M40
US7256323B1 (en) 2003-08-01 2007-08-14 Iowa State University Research Foundation, Inc. RPSk-1 gene family, nucleotide sequences and uses thereof
WO2006017833A2 (en) * 2004-08-06 2006-02-16 Pioneer Hi-Bred International Inc. Genetic loci associated with phytophthora tolerance in soybean
US20060288444A1 (en) 2004-08-13 2006-12-21 Mccarroll Robert Soybean polymorphisms and methods of genotyping

Cited By (6)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN102965369A (zh) * 2012-11-23 2013-03-13 中国农业科学院作物科学研究所 与大豆抗疫霉根腐病候选基因RpsWD15-2共分离的分子标记及其应用
CN102994498A (zh) * 2012-11-23 2013-03-27 中国农业科学院作物科学研究所 与大豆抗疫霉根腐病候选基因RpsWD15-1共分离的分子标记及其应用
CN102994498B (zh) * 2012-11-23 2014-01-15 中国农业科学院作物科学研究所 与大豆抗疫霉根腐病候选基因RpsWD15-1共分离的分子标记及其应用
CN102965369B (zh) * 2012-11-23 2015-01-14 中国农业科学院作物科学研究所 与大豆抗疫霉根腐病候选基因RpsWD15-2共分离的分子标记及其应用
CN108366539A (zh) * 2015-06-03 2018-08-03 美国陶氏益农公司 与大豆的疫霉根腐病相关联的遗传基因座
CN108366539B (zh) * 2015-06-03 2022-04-19 美国陶氏益农公司 与大豆的疫霉根腐病相关联的遗传基因座

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CA2684271A1 (en) 2008-10-30
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