CN101443046A

CN101443046A - 治疗多囊病的方法和组合物

Info

Publication number: CN101443046A
Application number: CNA2005800276190A
Authority: CN
Inventors: J·M·麦克弗森; O·别斯克罗夫那娅
Original assignee: Genzyme Corp
Current assignee: Genzyme Corp
Priority date: 2004-06-23
Filing date: 2005-06-23
Publication date: 2009-05-27

Abstract

本发明涉及通过抑制目前与多囊病表现相关的基因来诊断和治疗该疾病的组合物和方法。仅作为举例说明，组织生长因子α基因(TGF－α)即为这样的基因之一。本发明还涉及治疗或改善异常囊肿机能障碍和与组织中囊肿形成相关的疾病的方法和组合物。所述方法和组合物通过抑制或增加基因表达或该基因表达产物或其受体的生物活性来治疗和改善组织中病态囊肿形成。

Description

治疗多囊病的方法和组合物

技术领域

本发明涉及多囊疾病领域及涉及该疾病的诊断和治疗。

背景技术

常染色体显性遗传性多囊肾病(ADPKD)是最常见的遗传性肾病，发病率为1：1000个体，其特征表现为在所有肾小管中的病灶囊肿形成(Friedman，J.Cystic Diseases of the Kidney，In PRINCIPLES ANDPRACTICE of MEDICAL GENETICS(A.Emery and D.Rimoin，Eds.)pp.1002-1010，Churchill Livingston，Edinburgh，U.K.(1983)；Striker &Striker(1986)Am.J.Nephrol.6：161-164.肾外症状包括肝和胰腺囊肿，及心血管并发症。Gabow & Grantham(1997)Polycystic Kidney Disease，in DISEASES OF THE KIDNEY(R.Schrier & C.Gottschalk，Eds.)，PP.521-560，Little Brown，Boston；Welling & Grantham(1996)CysticDiseases of the kidney，in RENAL PATHOLOGY(C.Tisch & B.Brenner，Eds.)pp：1828-1863，Lippincott，Philadelphia。

目前为止，仅PKD1和PKD2被认为是与这些细胞异常有关的分子。据报道，PKD1和PKD2分别占导致这些疾病的原因的85％和15％。Burn，et al.(1995)Hum.Mol.Genet.4：575-582。尽管在对ADPKD在遗传性和病理生理方面的了解已经取得了显著的进步，但是对于疾病形成基因引发囊肿形成的突变如何进行和其它分子在囊肿表型中起到什么样的重要作用仍然是不清楚的。

因此，需要表征参与囊肿表型的生物化学途径，并能找出另外的治疗靶点。本发明可以满足这样的需要，并能提供相关改进。

发明内容

本发明通过修饰下述表2到6中所列的至少一个基因的生物活性来诊断和治疗肾囊肿病的组合物和方法。这里使用的术语“肾囊肿病”包括(但不限于)大量疾病，包括多囊肾病、vonHippel-Lindau、结节性硬化(tuberosclerosis)、肾消耗病、常染色体显性遗传多囊肾病(ADPKD)、常染色体隐性遗传多囊肾病(ARPKD)和获得性肾囊肿(ACKD)。

仅作为举例说明，组织生长因子α(TGF-α)基因或其表达产物为下述表2到6中所列基因中的一个例子。因此，尽管下面要进行的讨论和实施例大多数是涉及TGF-α基因和其生物等同物，但本发明并不限于此。该申请涉及的发明包括表2到6中所列的任一个基因，将它们作为治疗和药物干预的靶点；TGF-α仅是这些靶点中的一个。因此，应该理解的是，尽管没有详细说明，表2到6中所列的任何一个基因都可代替本发明使用的术语“TGF-α”。

一方面，本发明提供了一种修饰表2到6中所列的至少一个基因的生物活性的方法，通过将有效量的修饰剂和分子与需要治疗的细胞或组织接触。该方法中使用的合适的修饰剂包括但不限于小分子、核酶(ribozyme)、反义寡核苷酸、双链RNA、双链干扰RNA(SiRNA)、三链RNA、RNA适配物，和结合到基因产物上并抑制其活性的抗体分子的至少一部分。所述这样抗体部分的例子包括但不限于完整的抗体分子、单链可变区(ScFv)、单克隆抗体、多克隆抗体、嵌合抗体、人源化抗体或人抗体。所述抗体可以在任何合适的体内或体外系统中产生，如猿、小鼠、大鼠或人。合适的抗TGF-α抗体可从Sigma(E3138)、Calbiochem(Ab-2)、Oncogene Science(GF10或Clone213-9.4)和Peninsula Laboratories(IHC8040)商业获得。所述抗体可任选地结合到：细胞毒素部分、治疗部分、可检测部分或抗囊肿制剂上。一方面，所述制剂或分子先被分离，然后再被传递。

本发明还提供了治疗或改善异常囊机能障碍和与组织中囊形成相关的疾病的组合物和方法。所述方法和组合物通过抑制如TGF-α基因表达、TGF-α受体基因表达或其基因表达产物的生物活性来治疗和改善组织中病理性胆囊的形成。

根据本发明的另一实施方案，本发明还提供了治疗、抑制或改善与常染色体显性遗传多囊肾病(ADPKD)相关的症状的方法。该方法需要向需要治疗的病人给药有效量的抑制剂或分子，如抗TGF-α抗体，以抑制TGF-α基因、其受体或其表达产物的多囊生物学活性。一方面，所述药物或分子先被分离，然后再被传递。另一方面，在由于基因低表达而导致疾病或症状发生的部位，向该部位给药能增强表达的基因或其表达产物(多肽)。这种药物是本领域已知的，包括但不限于，编码肽或多肽本身的多聚核苷酸。

本发明还提供了通过检测基因表达水平或其表达产物来帮助诊断存在于组织中的囊异常的方法。该方法可用于帮助诊断ADPKD相关肾囊肿和其它器官中存在的囊性异常(这些症状通常在ADPKD中出现)，所述器官包括肝、胰腺、脾和卵巢。此外，通过在异常囊肿形成之前检测蛋白质或多聚核苷酸的过表达或低表达，人们可预测患ADPKD的倾向，并及早诊断和/或治疗。

本发明进一步提供的是实施所述诊断和预测方法的组合套装(kit)。该组合套装含有用于这些方法的组合物和使用说明。

本发明还提供了用于所述治疗和诊断方法的组合物。一方面，该组合物含有包含抗体可变区的分子，所述抗体可变区特异性地结合到TGF-α蛋白质(如，SEQ ID NO：2)上或其细胞表面受体上。表皮生长因子受体(EGFR)是已知的TGF-α受体。Solari等人(2004)Ped.Surg.Int.20：243-247。SEQ ID NO：3和4分别表明了EGFR的多聚核苷酸和多肽序列。

在治疗和诊断使用中，分子可为例如，完整的抗体分子、单链可变区(ScFv)、单克隆抗体、嵌合的或人源化抗体。抗体可在细胞培养物、在噬菌体中或在各种动物中产生，所述动物包括但不限于牛、兔、山羊、小鼠、大鼠、仓鼠、豚鼠、绵羊、狗、猫、猴子、黑猩猩、猿，等等。所述分子可任选地结合到：细胞毒素部分、治疗部分、可检测部分或抗囊肿制剂上。

在另一方面，本发明提供了抑制TGF-α基因或受体基因表达的核酸分子。这里所述的核酸包括但不限于核酶、反义寡核苷酸、双链RNA、iRNA、三链RNA、RNA适配物。一方面，所述核酸以分离的形式被传递。所述核酸可从动物中分离出来，或者，可在任何合适的重组系统中经重组性产生，所述重组系统为例如细菌、酵母菌、杆状病毒(baculoviral)或哺乳动物。

另一方面，本发明提供了能提高、支持、增强或增加基因表达或其转录和/或翻译产物核酸分子。这里所述的核酸分子包括但不限于核酶、反义寡核苷酸、双链RNA、iRNA、三链RNA或RNA适配物。一方面，所述核酸以分离的被传递。所述核酸可从动物中分离出来，或者，可在任何合适的重组系统中经重组产生，所述重组系统为例如细菌、酵母菌、杆状病毒或哺乳动物。

本发明的又一方面是提供了一种鉴定参与TGF-α相关囊肿形成的TGF-α结合配体的方法。将测试化合物或药物，如抗体或抗体衍生物与在合适样品中的TGF-α蛋白或其片段在有利于与TGF-α结合的条件下接触。如果发生配体结合，则将被检测出。与蛋白结合的测试化合物或药物被认为是TGF-α囊肿调节中的配体。抑制TGF-α与其受体结合的测试化合物或药物被认为是可参与TGF-α囊肿调节并可作为治疗剂的候选者。

一方面，所述治疗和诊断药用于与其它制剂联合使用。这些制剂或分子与其它药物或治疗剂的共同给药可收到出人意料的协同治疗益处。在这个共同给药方法中，所述制剂或分子通过减少剂量也用于减小已知疗法和治疗药的有害副作用，及那些待发现的疗法和治疗药的有害副作用。一方面，这种有效组合的使用是要提供这样的治疗组合：该组合所需的每种成分的总剂量比单独使用每个治疗方法、化合物或药物时所使用的剂量要低，从而减少有害副作用。因此，本发明也包括涉及本发明所述化合物与一种或多种其它活性制剂或方法共同给药的方法。实际上，本发明的另一方面是提供通过共同给药本发明化合物来提高其它疗法和/或药物组合物的疗效的方法。在共同给药方法中，制剂可以被同时给药或先后给药。在一个实施方案中，本发明所述化合物在给药其它活性制剂物、进行其它一种或多种治疗进行给药。药物剂型和给药模式可以是本发明所描述的或本领域技术人员已知的那些中的任何一个。

本发明的另一实施方案是确定用来治疗囊肿性损伤的候选药物的方法，该方法是通过将表达TGF-α基因或其受体配体基因的细胞与测试化合物或药物接触。如果某测试化合物减少TGF-α基因或编码其受体配体的基因的表达，则该化合物就被认为是用来治疗囊肿异常的候选药物。可以通过本领域已知的任何方法来检测和量化表达，如通过将细胞或组织的mRNA与核酸探针杂交，所述核酸探针与TGF-α或受体配体mRNA是互补的。能减少表达的测试化合物或制剂被认为是用来治疗异常囊肿形成的候选药物。

发明人还提供了一种组合套装用来测定病态细胞或病人是否适合于用本发明描述的一种或多种治疗剂进行治疗。此外，还提供了能实施测试的组合套装。这些药盒含有本发明所述的至少一种组合物及使用说明书。

附图说明

图1是12组表明多克隆中和抗TGF-α抗体在体外抑制囊肿形成的图。

表的简要说明

表1是筛选到的SAGE文库的汇总。其总结了全部的测序标记和单独标记。

表2列出了在囊肿性肝脏(CL)中前20个上-和下-调基因。

其中给出了这20个下-(顶部)或上调(底部)标记(10个碱基长)及它们在正常肝脏(NL)或囊肿性肝脏(CL)上皮细胞的文库中的数量、Genebank注册号、基因命名和HUGO分配。标签的第11个碱基的给出是为了当10碱基的标记具有数个Unigene相配物时来帮助区别这些基因。

表3列出了在囊肿性肾脏(CK)中的前20个上-和下-调基因。这20个下-或上-调标记及它们在正常肾脏(NL)或囊肿性肾脏脏(CK)中的数量及其它的内容，如表2中所列。

表4列出了在肝脏和肾脏上皮细胞中的大于常见的5倍的(>5xcommon)上调基因。在CK和CL中上调的常见基因也在此给出，以及10个碱基标记序列、第11个碱基、CL/NL和CK/NK比率、Genebank注册号、基因描述和相应的HUGO命名。

表5A和5B列出了在囊肿疾病中过度表达基因的功能组。表5A列出了在CL中上调基因的功能组。表5B列出了在CK中上调基因的功能组。

表6列出了在CL中过度表达的其余的基因。

具体实施方式

在整个公开中，各种出版物、专利和公开的专利说明书通过引用作为参考。这些出版物、专利和公开的专利说明书所公开的内容在此通过参考并入本发明中以便更充分地描述本发明相关的技术状态。

定义

除非另有说明，本发明的实施将采用免疫学、分子生物学、微生物学、细胞生物学和重组DNA中常用的技术，这些技术在本领域的技术范畴之内。见，例如，Sambrook，Fritsch and Maniatis，MOLECULARCLONING：A LARBORATORY MANUAL，2nd edition(1989)；CURRENT PROTOCOLS IN MOLECULAR BIOLOGY(F.M.Ausubel，et al.eds.，(1987))；the series METHODS IN ENZYMOLOGY(AcademicPress，Inc.)：PCR2：A PRACTICAL APPROACH(M.J.MacPherson，B.D.Hames and G.R.Taylor eds.(1995))，Harlow and Lane，eds，(1988)ANTIBODIES，A LABORATORY MANUAL，Harlow and Lane，eds.(1999)USING ANTIBODIES，A LABORATORY MANUAL和ANIMALCELL CULTURE(R.I.Freshney，ed.(1987))。

这里所使用的某些术语具有下述定义的含义。

除非上下文中清楚地说明，否则在说明书和权利要求书中所使用的单数形式的和特指形式的名词包括其复数形式。例如，术语“细胞”包括多个细胞，包括这些细胞的混合物。

这里所使用的术语“包含”是指所述组合物和方法包括所叙述的成份，但是不排除还包括其它成份。当使用“基本由...组成”来定义组合物和方法时，其是指排除对组合来说非常明显的其它成份。因此，基本由本发明定义的成分组成的组合物不排除来自分离和纯化方法中的痕量污染物和药学可接受的载体，如磷酸盐缓冲的食盐水、防腐剂，等等。“由...组成”是指排除其它成分和用以给药本发明组合物的主要方法步骤中的痕量物质。经这些过渡术语中的每一个确定的具体实例在本发明的范围内。

所有数字形式的定义，如pH、温度、时间、浓度和分子量，包括范围都是近似值，以变量0.1(+)或(-)变化。尽管没有总是明确说明，但是应当理解的是所有的数字形式的定义都应在其前面加上术语“约”。尽管没有总是明确说明，但是应当理解的是，本发明中公开的试剂仅仅是举例说明，其等同物是本领域已知的。

术语“多肽”以其最广泛的含义加以使用，是指两个或多个亚单元氨基酸化合物、氨基酸类似物或仿肽(peptidomimetics)。所述亚单元可以通过肽键连接。在另一个实施方案中，所述亚单元可以通过其它键连接，如酯、醚，等等。本发明所用术语“氨基酸”是指天然和/或非天然或合成氨基酸，包括甘氨酸和D或L光学异构体，和氨基酸类似物和仿肽。三个或多个氨基酸的肽，如果肽链短则通常被称为寡肽。如果肽链长，则该肽通常被称为多肽或蛋白质。

术语“分离”是指从组分、细胞或其它中分离出来，其中的多聚核苷酸、肽、多肽、蛋白质、抗体或它们的片段天然状态时通常是结合在一起的。本发明的一方面，将分离的多聚核苷酸从3′和5′个相邻核苷中分离出来，该多聚核苷酸与这些核苷在其固有或天然环境中通常是结合在一起的，所述环境为如在染色体中。本领域技术人员显而易见的是，非天然生成的多聚核苷酸、肽、多肽、蛋白质、抗体或它们的片段不需要进行“分离”以区别于天然生成的对应物。此外，“浓缩的”、“分离的”或“稀释的”多聚核苷酸、肽、多肽、蛋白质、抗体或它们的片段区别于其天然生成的相应物，因为每体积中的分子浓度或数目比其天然生成的对应物“浓缩的”大或比“分离的”小。在一级序列方面或例如其糖基化模式不同于其天然生成相应物的多聚核苷酸、肽、多肽、蛋白质、抗体或它们的片段不需要以其分离形式存在，因为它们由于其一级序列，或者其它特征如糖基化模式而不同于其天然生成的相应物而能与后者区别开来。因此，非天然生成的多聚核苷酸作为单独的不同于经分离出的天然生成的多聚核苷酸的实施方案给出。在细菌细胞中产生的蛋白质作为单独的实施方案给出，不同于从真核细胞中分离出的天然生成的蛋白质，在真核细胞中所述蛋白质天然产生。

术语“多聚核苷酸”和“寡聚核苷酸”可相互交换使用，是指任何长度的核苷酸的聚合形式，脱氧核糖核苷酸或核糖核苷酸，或它们的类似物。多聚核苷酸可以有任何三维结构，可以完成已知的或未知的任何功能。下述为多聚核苷酸的非限定性例子：基因或基因片段、外显子、内含子、信使RNA(mRNA)、转移RNA、核糖体RNA、核酶、cDNA、重组多聚核苷酸、支链多聚核苷酸、质粒、载体、任何序列的分离的DNA、任何序列的分离的RNA、核酸探针和引物。多聚核苷酸可以包含经修饰的核苷酸，如甲基化核苷酸和核苷酸类似物。如果要对核苷酸结构进行修饰，该修饰可以在聚合物聚集之前或之后进行。核苷酸的序列可经非核苷酸成分断开。多聚核苷酸可以在聚合之后进一步经修饰，如通过与标记组分结合而得到修饰。这个术语也指双链和单链分子。除非特别提到或需要，本发明涉及多聚核苷酸的任何实施方案包括双链形式和两个互补单链形式中的每一个，该互补单链形式已知或被预测为能形成(make up)双链形式。

多聚核苷酸由四个核苷酸碱基的特定序列组成：腺嘌呤(A)；胞嘧啶(C)；鸟嘌呤(G)；胸腺嘧啶(T)；当多聚核苷酸为RNA时，对应鸟嘌呤的为尿嘧啶(U)。因此，术语“多聚核苷酸序列”为多聚核苷酸分子的字母表示形式。这个字母表示形式可输入到具有中心处理单元的电脑数据库中，并用于生物信息应用如功能基因学和同源检索。

“基因”是指含有至少一个开放阅读框的多聚核苷酸，其能够在经转录和翻译后编码特定多肽或蛋白质。这里所述的多聚核苷酸的任何一个可以用来识别与之相关的基因的更大片段或全长编码序列。分离更大片段序列的方法是本领域技术人员已知的，其中一些在本发明中也进行了描述。

“基因产物”或“表达产物”是指当基因经转录和翻译后产生的氨基酸(如，肽或多肽)。

“在转录的控制下”是本领域熟知的术语，表明多聚核苷酸序列(通常为DNA序列)的转录取决于其与能有助于引发起始(或启动)转录的元件进行可操作连接。“可操作连接”是指并列，其中所述要素位于能使它们起作用的位置。

“基因传递载体”定义为能携带插入多聚核苷酸进入宿主细胞的任何分子。基因传递载体的例子是脂质体、生物相容性聚合物，包括天然聚合物和合成聚合物；脂蛋白；多肽、多糖；脂多糖；人工病毒囊膜；金属粒子；和细菌，或病毒，如杆状病毒、腺病毒和反转录病毒、噬菌体、粘粒、质粒、真菌载体和其它常用于本领域的重组载体，它们被公开用于在各种真核和原核宿主中表达，并可用于基因治疗和简单的蛋白质表达。

这里使用的“基因传递”、“基因转移”等术语是指向宿主细胞中引入外源性多聚核苷酸(有时也称作“转基因”)，不管引入的方法是什么。这些方法包括各种已知技术，如载体-介导的基因转移(通过，例如病毒感染/转染，或各种其它基于蛋白或基于脂的基因转运复合体)和能促进“裸”多聚核苷酸传递的技术(如电穿孔、“基因枪”传递和各种其它用于引入多聚核苷酸的技术)。引入的多聚核苷酸可以稳定地或短暂地停留在宿主细胞中。稳定停留往往需要引入的多聚核苷酸含有与宿主细胞相容的复制原点或者结合进入宿主细胞的复制子中，如染色体外复制子(如，质粒)或核的或线粒体的染色体。许多载体已知可以介导基因转运到哺乳动物细胞中，正如本领域所熟知的那样，并在本发明中有所描述。

“病毒载体”定义为在体内、间接体内(ex vivo)或体外重组生产的病毒或病毒颗粒，其含有要传递到宿主细胞中的多聚核苷酸。病毒载体的例子包括逆转录病毒表达载体、腺病毒载体、腺相关病毒载体、α-病毒载体等。α-病毒载体，如塞姆利基森林病毒基载体和辛德毕斯病毒基载体已经被开发出来用于基因治疗和免疫治疗。见，Schlesinger andDubensky，Curr.Opin.Biotechnol.(1999)5：434-439和Ying，et al.，Nat.Med.(1999)5(7)：823-827。在基因转移由逆转录病毒载体介导的情况下，载体构件体(vector construct)是指含有逆转录病毒基因组或该基因组一部分的多聚核苷酸，以及治疗基因。这里使用的“逆转录病毒介导的基因转移”或“逆转录病毒转导”含义相同，是指凭借进入细胞的病毒将其基因组整合入宿主细胞基因组中而将基因或核酸序列稳定转移进入宿主细胞的方法。所述病毒可通过正常的感染机制进入宿主细胞，或经过修饰使其能与不同的宿主细胞表面受体或配体结合而进入宿主细胞。这里使用的逆转录病毒载体是指能通过病毒或病毒样进入机制将外源核酸引入到细胞中的病毒颗粒。

逆转录病毒以RNA形式携带它们的基因信息；然而，一旦病毒感染了细胞，所述RNA就反转录成DNA形式，该DNA整合进入被感染细胞的基因组DNA中。经整合的DNA形式被称为前病毒。

在基因转移由DNA病毒载体介导的情况下，如腺病毒(Ad)或腺相关病毒(AAV)，载体构件体是指含有病毒基因组或该基因组一部分的多聚核苷酸，和转基因多聚核苷酸。腺病毒(Ads)为病毒经相对较好特征化的同源组，包括超过50个血清型。见，例如，国际PCT申请No.WO95/27071。Ads很容易生长，不需要整合到宿主细胞基因组中。已经构建得到重组的Ad衍生的载体，特别是能减少野生型病毒重组和生成的可能性的那些载体。见，国际PCT申请Nos.WO 95/00655和WO95/11984。野生型AAV具有高度的感染性和特异地整合到宿主细胞基因组。见，Hermonat和Muzyczka，(1984)，Proc.Natl.Acad.Sci.USA81：6466-6470和Lebkowski，et al.，(1988)，Mol.Cell.Biol.8：3988-3996。

含有启动子和克隆位点的载体是本领域已知的，其中在所述克隆位点多聚核苷酸可以有效连接。这样的载体能够体外或体内转录RNA，并且可以提供者处商业上购得，如Stratagen(La Jolla，CA)和PromegaBiotech(Madison，WI)。为了优化表达和/或体外转录，可能需要除去、加入或改变克隆物5′和/或3′未翻译的部分以除去额外的、可能不合适的替代翻译启动密码或其它可能在转录水平或翻译水平干扰或减少表达的序列。或者，共有的核糖体结合位点可被直接插入到启动密码的5′以提高表达。

基因传递载体也包括若干非病毒载体，包括DNA/脂质体复合体和靶向病毒蛋白质-DNA复合体。也含有靶向抗体或其片段的脂质体也可用在本发明的方法中。为了提高向细胞的传递，本发明的核酸或蛋白质可结合到抗体或其结合片段上，该抗体或其结合片段结合细胞表面抗原，如TCR、CD3或CD4上。

当用于多聚核苷酸操纵这一情况中，“探针“是指寡核苷酸，该寡核苷酸用作试剂，通过与靶点杂交来检测存在在待测的样品中的潜在的靶点。通常，探针包括标记(label)或媒介，通过该媒介，标记可以在杂交反应前或杂交后进行连接。合适的标记包括但不限于放射性同位素、荧光染料、化学发光的化合物、染料和蛋白质，包括酶。

“引物”是短的、通常具有游离的3′-OH基团的多聚核苷酸，其通过与靶点杂交而结合到存在在待测的样品中潜在的靶点或“模板”上，然后促进与靶点互补的多聚核苷酸的聚合。“聚合酶链式反应”(“PCR”)为一种反应，其中复制品(replicate copies)由靶点多聚核苷酸制备，通过使用“引物对”或“一套引物”，该“一套引物”由“上游”和“下游”引物组成，和聚合反应催化剂，如DNA聚合酶，和典型的热稳定聚合酶。进行PCR的方法是本领域已知的，公开在例如，“PCR：A PRACTICALAPPROACH”(M.MacPherson et al.，IRL Press at Oxford University Press(1991))。所有生产多聚核苷酸复制品的方法，如PCR或基因克隆在本发明中统称为“复制”。引物也可在杂交反应中用作探针，所述杂交反应如Southern or Northern blot分析(Sambrook et al.，上述的)。

“数据库”这一词表示一组储存的数据，该数据代表序列的集合，该序列反过来代表生物相关材料的集合。

术语“cDNAs”是指互补DNA，即存在在细胞或有机体中的利用酶如逆转录酶合成cDNA的mRNA分子。“cDNA库”是所有存在在细胞或有机体中的mRNA的集合，所有mRNA通过逆转录酶转变成cDNA分子，然后被插入到“载体”中(其它在加入外来DNA后能继续复制的DNA分子)。用于文库的载体的例子包括噬菌体(也称作“噬菌体”)、感染细菌的病毒，例如，λ噬菌体。该文库然后可针对待测的具体的cDNA(即mRNA)而被探针化。

当“差异表达”用于基因时，其是指从基因转录的mRNA或由基因编码的蛋白质产物的不同产物。与正常的或对照细胞的表达水平相比，差异表达的基因可以是被过表达的或低表达的。一方面，其是指比在对照样品中探测到的表达水平高或低2.5倍的差异，或5倍差异，或10倍差异。术语“差异表达”也指细胞或组织中的核苷酸序列，其在对照细胞中是沉默的而表达的或在对照细胞中被表达的地方是没有被表达的。

如这里使用的，“固相载体”或“固体载体”是可相互替换的，该定义并不限于具体的载体类型。而许多是可购得的或本领域技术人员已知的载体。固相载体包括硅胶、树脂、衍生的塑料薄膜、玻璃珠、棉花、塑料珠、氧化铝胶。这里使用的“固体载体”也包括合成的存在抗原的基质、细胞和脂质体。合适的固体载体可以根据最终用途和对各种实验方案的适合性进行选择。例如，对于肽合成，固体载体可以指树脂如聚苯乙烯(如，PAM-树脂，从Bachem Inc.，Peninsula Laboratories，etc获得)，

树脂(从Aminotech，Canada获得)、聚酰胺树脂(从Peninsula Laboratories获得)、接枝了聚乙二醇的聚苯乙烯树脂

Rapp Polymere，Tubingen，Germany)或聚二甲基丙烯酰胺树脂(从Milligen/Biosearch，Galifornia获得)。

多聚核苷酸也可被连到固体载体上以用于高通量筛选分析。例如，国际PCT申请No WO97/10365公开了高密度寡聚核苷酸芯片的构建。也参见美国专利Nos.5,405,783、5,412,087和5,445,934。利用这个方法，在衍生的玻璃表面(也被称作芯片阵列(chip arrays))上合成探针。将光保护的亚磷酸胺核苷偶合到玻璃表面，利用光解作用通过光刻掩膜选择性地去保护，并与另一个经保护的亚磷酸胺核苷反应。该偶合/脱保护过程重复进行直到完成得到所需的探针。

本发明使用的“表达”是指一个过程，通过该过程多聚核苷酸被转录成mRNA和/或一个过程，通过该过程被转录的mRNA接下来被翻译成肽、多肽或蛋白质。如果所述多聚核苷酸衍生自基因组DNA，则表达可包括mRNA在真核细胞中的拼接。用于基因的“过表达”是指从基因转录的mRNA的过生产，或由基因编码的蛋白质产物的过生产，比在对照样品中探测到的表达水平要高2.5倍、或者高5倍，或者高10倍。

“杂交“是指一个反应，其中一种或多种多聚核苷酸反应形成通过氢键稳定的复合体，该氢键在核苷酸残基碱基的之间形成。所述氢键可以通过Watson-Crick碱基配对、Hoogstein结合产生，或采用任何其它序列特异性方式产生。所述复合体可以包括两个链(形成双链结构)，三个或更多个链(形成多链结构)，单一自杂交链，或它们的任意组合。杂交反应可以是一个更大的方法的一个步骤，如PCR反应的引发，或通过核酶进行的多聚核苷酸的酶断裂反应。

杂交反应可以在具有不同“严谨性”的条件下进行。通常，低严谨性杂交反应在约40℃在10×SSC中进行，或在等价离子强度/温度的溶液中进行。适中的严谨性杂交典型的是在约50℃，在6×SSC中进行，高严谨性杂交反应通常是在约60℃，在1×SSC中反应。

当杂交以反式平行构型在两个单链聚核苷酸之间发生时，该反应被称为“退火”，这些多聚核苷酸被称为“互补体”。如果杂交能在第一多聚核苷酸链中的一个与第二之间发生时，则双链多聚核苷酸可以是另一个多聚核苷酸的“互补体”或“同源体”。“互补度”或“同源性”(一个多聚核苷酸与另一个核苷酸互补的程度)可以根据碱基在相对链(被认为根据普遍接受的碱基配对原则会相互之间形成氢键)中的比例进行量化。

多聚核苷酸或多聚核苷酸区(或多肽或多肽区)与另一个序列具有一定的“序列相似性”百分比是指经比对后，在比较这两个序列时，相同的碱基(或氨基酸)的百分比，例如80％、85％、90％、95％。这种序列比对和同源百分比或序列同一性可以通过本领域已知的软件程序确定，例如，在CURRENT PROTOCOLS IN MOLECULARBIOLOGY(F.M.Ausubel et al.，eds.，1987)增刊30，7.7.18节，表7.7.1中描述的那些。优选地，缺省参数可以用于序列比对。优选的序列比对程序为使用缺省参数的BLAST。特别地，优选程序为BLASTN和BLASTP，使用下列缺省参数：遗传密码(genetic code)＝标准(standard)；过滤器(filter)＝无(none)；链(strand)＝两个都有(both)；截止值(cutoff)＝60；期望值(expect)＝10；序列号(Matrix)＝BLOSUM62；定义(Descriptions)＝50个序列；sort by(按...序列)＝(高分值)HIGH SCORE；数据库(Databases)＝不冗余(non-redundant)，GenBank+EMBL+DDBJ+PDB+GenBankCDStranslations+SwissProtein+SPupdate+PIR。这些程序的详细内容可以在下述网址内找到：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/cgi-bin/BLAST。

“抑制”细胞生长是指下列状态的任何一种或所有情况：缓慢、推迟和阻止肿瘤生长，和肿瘤萎缩。细胞和组织的生长可以通过本领域已知的任何方法进行评估，包括但不限于测量囊肿大小、利用³H-胸腺嘧啶脱氧苷整合实验法判定细胞是否增生，或细胞计数。

“组合物”是指活性剂与另一个化合物或组合物(惰性的(例如，可检测的试剂或标记)或活性的，如佐剂)的组合。

“药物组合物”包括活性剂和载体(惰性或活性的)的组合，使该组合物适用于体外、体内或间接体内诊断或治疗用途。

这里所使用的术语“药学可接受的载体”包括任何一个标准的药学可接受的载体，如磷酸盐缓冲的食盐溶液、水，和乳液，如油/水或水/油乳液，和各种类型的润湿剂。所述组合物还可以包括稳定剂和防腐剂。载体、稳定剂和佐剂的例子参见Martin，REMINGTON’s PHARM.SCI.，15^th Ed.(Mack Publ.Co.，Easton(1975))。

“有效量”是足以引起有益的或所希望的结果的量。有效量可以分一次或多次给药，或一次或多次施用，或一个或多个剂量给药。

“受试者”“个体”或“病人”在本发明中可以互换使用，是指脊椎动物，优选哺乳动物，更优选为人类。哺乳动物包括，但不限于，小鼠、大鼠、猿、人、农畜、工作动物(sport animals)和宠物。

“对照”是指实验中对比用的受试者或样品。对照可以是“阳性的”或“阴性的”。例如，如果一个实验的目的是确定基因改变的表达水平与癌特定类型症的关系，则通常优选使用阳性对照(受试者或受试者的样品携带这样的改变和表现出那种疾病的症状特征)，和阴性对照(受试者或来自受试者的样品缺少经改变的表达和那种疾病的临床症状)。

表皮生长因子(EGF)和转化生长因子(TGF-α)通过他们共同的受体-表皮生长因子受体(EGFR)的活性在多囊肾疾病(PKD)中起着重要的病理作用。

EGF和TGF-α是结构相关的酪氨酸激酶受体，即ErbB受体家族的EGF相关肽配体大家族中最有名的两个。Klapper L等人(2000)Adv.Cancer Res.77：25-79。EGFR，也称为ErbB-1，是EGF和TGF-α的受体。EGF类肽结合至ErbB受体的细胞外部分，导致受体的二聚作用，酪氨酸激酶被激活，和自体磷酸化。大部分包括磷酸酪氨酸结合基序的胞浆蛋白，，参与激活ErbB受体。特定生长因子触发的反应包括各种细胞内信号级联反应和特定转录因子的激活，其导致了依赖于细胞基质和细胞-细胞间相互作用的细胞增殖或分化。Moghal N Neel B(1998)Mol.Cell Biol.18：6666-6678。

尽管EGF mRNA和蛋白质的表达在cpk和pcy小鼠以及Han：SPRD大鼠的肾中显著下调(Gattone VH(1990)Dev.Biol.138：225-230；Cowley BJ，Rupp J(1995)J.Am.Soc.Nephrol.6：1679-1681)，来自ADPKD，ARPKD和小鼠以及大鼠PKD模型的肾囊肿液体中含有促有丝分裂浓度的多种EGF或EGF类肽，这些EGF肽以可诱导细胞增殖的量被分泌到囊肿腔中。Wilson P等人(1993)Eur.J.Cell Biol.61：131-138；Lee DC等人(1998)J.Urol.159：291-296。

TGF-αmRNA和蛋白质的表达在ADPKD肾中增加。Lee DC等人(1998)J.Urol.159：291-296。过度表达TGF-α的转基因小鼠发生肾囊肿疾病，作为转基因的TGF-α的肾表达加速了pcy小鼠的PKD的进展(Lowden D等人(1994)J.Lab.Clin.Med.124：386-394；GattoneVH等人(1996)J.Lab.Clin.Med.127：214-222)。EGF和TGF-α是各种体外系统中促囊肿生成(Avner E，Sweeney W(1990)Pediatr.Nephrol.4：372-377；Neufeld T.等人(1992)Kidney Int.41：1222-1236)。

在人ADPKD和ARPKD以及PKD的cpk、bpk、orpk小鼠模型中，EGFR被过度表达并错误定位到囊肿上皮细胞的顶(腔)表面(Du J，Wilson P(1995)Am.J.Physiol.269：C487-C495；Sweeney W等人(2000)Kidney Int.57：33-40)。EGFR在囊肿列上皮的顶(腔)表面的过度表达和异常定位产生了持续的囊肿中的增生自分泌-旁分泌刺激循环。DuJ.Wilson PD(1995)supra.。顶部表达的EGFR表现了对EGF的高亲和的结合性，对EGF反应的自体磷酸化和当被适当的受体刺激时传送促有丝分裂信号。

治疗方法

本发明提供了治疗和/或改善与存在在组织中的囊肿异常有关的症状的方法。一方面，所述囊肿为常染色体显性遗传性多囊肾病(ADPKD)的症状。该疾病的主要表现为肾小管渐进式囊肿增大，并最终导致感染的病人中的一半肾衰竭。美国专利No.5,891,628和Gabow，P.A.，Am.J.Kidney Dis.(1990)16：403-413。ADPKD相关的肾囊肿可能会增大，以至含有几升液体，并且肾脏由于渐进式增大而导致疼痛。其它异常如血尿、肾和泌尿器官感染、肾癌、盐水失横和通常由肾缺陷导致的高血压。在其它器官中的囊肿异常也经常在ADPKD中发现，所述其它器官包括肝、胰腺、脾脏和卵巢。严重的肝肿大有时会导致门静脉高血压和肝衰竭。在ADPKD中也观察到贲门瓣异常和蛛网膜下和其它颅内出血频率增加。美国专利No.5,891,628。已经观察到的生化异常涉及蛋白质分选、细胞膜标识在肾上皮细胞中的分配、细胞外基质、离子传递、上皮细胞翻转，和上皮细胞增生。这些发现中记载最详细的是管状上皮细胞组成异常，和细胞膜蛋白正常极化分布的反转，如Na⁺/K⁺ATPase。Carone，F.A.et al.，Lab.Inv.(1994)70：437-448。因此，本发明提供了抑制、减少或改善上述与ADPKD相关的生化的、结构的和生理异常的方法。

该方法需要向需要治疗的细胞或组织传递有效量的试剂或分子，该试剂或分子能在感染的组织中修饰(抑制或增加)表2到6所列基因的表达或其表达产物。一方面，申请人出人意料地发现，TGF-α基因在组织中的过表达与囊肿异常有关，并且该基因或其表达产物的向下调节能治疗或改善与囊肿异常有关的症状。抑制TGF-α与细胞表面受体的结合也可治疗或改善与囊肿异常有关的症状。

在感染的细胞或组织中，TGF-α的受体是EGF受体，其在ADPKD和ARPKD囊肿的顶膜中过渡表达和异常定位。在ADPKD的早期，肾囊肿与肾单位连接，从其伸展，从而，抗体可以很容易接近这些囊肿。可是，当囊肿增大至2-3mm时，其中大多数从肾单元分离。在ADPKD中，27％的囊肿保持其与肾单元的连接，而大约73％的囊肿分离。Grantham JJ，(1996)Am J Kidney Dis.28：788。目标为中和囊肿内TGF-α的抗体治疗方法能治疗从肾单元分离的囊肿并不是显而易见的。真的没想到抑制TGF-α信号能够抑制囊肿形成及其相关疾病。

据报道，人TGF-α的cDNA含有起始点位于位置1的4119个核苷酸的开放阅读框。CDNA编码160个氨基酸的肽。mRNA序列也可以在GenBank No：NM_003236中获取，其在SEQ ID NO：1中表明。从这个序列中表达的160个氨基酸的多肽可在GenBank No：NP_003227中获取，其在SEQ ID NO：2中表明。

本发明使用的术语“治疗”或类似词语是指获得所希望的药理和/或生理效果。该效果就完全或部分预防疾病或体症或其症状方面是预防性的，和/或就部分或完全治愈疾病和/或由于该疾病导致的副反应时是治疗性的。

“治疗”也包括所有对哺乳动物疾病的治疗，包括：(a)防止疾病在可能感染该疾病(但是还没有被诊断感染了该疾病)的受试者体内发生；(b)抑制疾病，即阻止疾病的发展；或(c)减轻或改善疾病，如使疾病(如ADPKD)消退。

这里使用的进行“治疗“包括与病理相关的症状的全身性改善和/或症状发作的推迟。“治疗”的临床和亚临床证据会因病理、个体和治疗的变化而改变。

表2到6中所列基因的过度表达或在某些情况下的低表达导致细胞和/或组织的病理状态，然后该细胞和/或组织就可以用本发明的方法进行治疗。这些细胞或组织可以通过本领域已知的任何方法进行识别，这些方法可以对基因的不同表达或其表达产物进行识别。实例性方法在本文给出。

治疗剂可以给药到合适的细胞、组织或个体，或此外给药到可能会感染或具有囊异常患病危险的个体。当将治疗剂给药到受试者如小鼠、大鼠或病人时，可以将该治疗剂加到药学可接受的载体中，并全身性地或局部地给药到受试者。为了判定病人能收到有益治疗，需要检验囊肿得到了消退。治疗量可以凭经验判断，并根据进行治疗的病症、进行治疗的受试者和治疗的效果和毒性而变化。

体内给药可以在整个治疗过程中连续或间歇以一个剂量起作用。确定最有效的给药途径和剂量的方法是本领域技术人员已知的，并根据用于治疗的组合物、治疗目的、进行治疗的靶细胞和进行治疗的受试者而变化。根据主治医师选择的剂量和形式也可进行单一或多次给药。进行治疗剂给药的合适的剂量制剂和方法是本领域已知的。

本发明的药剂和组合物通过按照常规步骤给药(如作为在药物组合物中的活性成分)而用于制备用于治疗人和其它动物的药物。

本发明的药剂可以通过任何合适的途径进行给药治疗，所述途径包括经鼻、局部、(包括透皮、气雾剂、口腔和舌下)，parental(包括皮下、肌内、静脉内和皮内)和经肺。可以理解的是，优选的途径将随接受者的身体状况和年龄，及进行治疗的疾病而变化。

用于本发明方法的多聚核苷酸可以利用PCR复制。PCR技术是美国专利Nos.4,683,195；4,800,159；4,754,065和4,683,202的发明主题，并在PCR中描述：THE POLYMERASE CHAIN REACTION(Mullis etal.eds，Birkhauser Press，Boston(1994))，及其中引用的参考文献中。

或者，本领域技术人员可以利用本发明提供的序列和购得的DNA合成仪来复制DNA。相应地，本发明还提供了通过给出多聚核苷酸线性序列、合适的引物分子、化学制品(如酶)和对它们复制的说明，和化学复制或将该核苷酸以正确的方向连接来获得本发明多聚核苷酸的方法。在单独的实施方案中，这些多聚核苷酸被进一步分离。而且，本领域技术人员可以将多聚核苷酸插入到合适的复制载体中，并将该载体插入到合适的宿主细胞中(原核或真核)以进行复制和放大。如此经过放大的DNA可通过本领域技术人员已知的方法从细胞中分离出来。本发明进一步涉及用于通过这个方法得到多聚核苷酸的步骤，和由此得到的多聚核苷酸。

RNA可以通过首先将DNA多聚核苷酸插入到合适的宿主细胞中获得。该DNA可以通过任何合适的方法插入，如通过使用合适的基因传递媒介(如，脂质体、质粒或载体)或通过电穿孔。当细胞复制和DNA被转录为RNA时；该RNA可以随之通过本领域技术人员已知的方法分离出来，如在Sambrook等(1989)supra中描述的那样。例如，mRNA可以根据Sambrook，等(1989)supra中描述的步骤使用各种细胞溶解性酶或化学溶液分离出来，或按照生产商提供的说明用核酸结合树脂提取出来。

反义核酸是DNA或RNA分子，它们与特定转录RNA分子的至少一部分是互补的。在细胞中，该反义核酸杂交到相应的转录本RNA中，形成双链分子，从而干扰mRNA的翻译，因为细胞不翻译双链mRNA。约15个核苷酸的反义寡聚体是优选的，因为它们容易合成，而且与较大分子相比，它们较少可能地产生问题。使用反义方法抑制基因体外翻译是本领域已知的。Marcus-Sakura，Anal.Biochem.(1988)172：289和De Mesmaeker，等，Curr.Opin.Struct.Biol.(1995)5：343-355。这些出版物中公开的信息是本领域技术人员已知的，它们与本发明的说明书结合就可以使本领域技术人员了解和使用反义DNA或RNA分子作为治疗剂。

用低聚核苷酸阻止转录是已知的三螺旋策略(triplex trategy)，因为该低聚物围绕在双螺旋DNA周围，形成三链螺旋。三螺旋化合物被设计成能识别所选基因上的唯一位点。Maher，等，Antisense Res.AndDev.(1991)1(3)：227，Helene，C.，Anticancer Drug Design(1991)6(6)：569。

核酶是具有专一性切断其它单链RNA能力的RNA分子，采取的方式类似于DNA限制性内切酶。通过修饰编码这些RNAs的核苷酸序列就可能设计出能识别RNA分子中的专一核苷酸序列的分子，并将其切断。该方法的主要优点是仅具有特定序列的mRNA因其序列专一性而被失活。

美国专利No.6,458,559公开了如何生产和使用RNA适配体分子来抑制基因表达。该专利中公开的内容和本发明的说明书结合可以使本领域技术人员制备和使用适配体作为TGF-α抑制分子。

美国公开的专利文件US20030180744公开了生产和使用对生长因子具有高亲和力的低聚核苷酸配体的方法。该专利中公开的内容和本发明的说明书结合可以使本领域技术人员制备和使用低聚核苷酸配体作为治疗分子。

美国公开的专利文件US20030051263公开了将双链RNA引入到活细胞中从而在该细胞中抑制靶基因基因表达的方法。抑制是序列专一性的，因为RNA的双螺旋区的核苷酸序列和靶基因的一部分的核苷酸序列是相同的。该专利中公开的内容和本发明的说明书结合可以使本领域技术人员制备并使用双链RNA分子作为治疗剂。见，如Elbashir，S.M等，Nature(2001)411：494。

当治疗剂是核酸时，可以通过本领域已知的方法将其加入细胞培养物中，所述方法包括但不限于磷酸钙沉淀、微注射或电穿孔法。它们可以单独加入或与合适的载体(如药学可接受的载体如磷酸盐缓冲的食盐水)一起加入。或者或此外，可以将该核酸整合到表达或插入载体中以整合进入细胞中。即含有启动子又含有克隆位点(其中多聚核苷酸可以有效地与该位点连接)的载体是本领域已知的。这样的载体可以体外或体内转录RNA，并可从如Stratagen(La Jolla，CA)和Promega Biotech(Madison，WI)这样的供源处购得。为了使表达和/或体外转录最优化，有必要在转录水平或翻译水平除去、加入或改变克隆物中5′和/或3′未翻译部分，以排除另外的、潜在的不合适的替代翻译起始密码或其它可能会干扰或减少表达的序列。或者，共有的核糖体结合位点可以被紧邻插入到起始密码的5′中以提高表达。载体的例子为病毒，如杆状病毒和反转录病毒、噬菌体、腺病毒、腺相关病毒、粘粒、质粒、真菌载体和其它常用于本领域的重组载体，它们已经被公开在各种真核和原核宿主中进行表达，并可以用于基因治疗和用于简单的蛋白质表达。

在这些载体中，有一些非病毒载体，包括DNA/脂质体复合物，及靶向的病毒蛋白DNA复合物。为了提高向细胞的传递，本发明的核酸和蛋白质可以共轭到结合细胞表面抗原的抗体上或其结合片段上。脂质体(也包括靶向抗体或其片段)可以用在本发明的方法中。本发明还涉及用于本发明公开的方法中的靶向复合物。

使用本领域已知的方法将多聚核苷酸插入载体基因组中。例如，插入物和载体DNA可以在合适的条件下与限制酶接触以在每个分子(可以相互配对，并通过连接酶连在一起)上产生互补端。或者，可以将合成的核酸连接子(linker)连接在被限制的多聚核苷酸的末端。这些合成的连接子含有对应于载体DNA中特定限制位点的核酸序列。此外，含有终止编码子和合适的限制位点的低聚核苷酸可经连接以用于插入载体中，该载体含有，例如，下述中的一些或全部：可选择的标记基因，如用于在哺乳动物细胞中进行稳定或瞬时转染选择的新霉素基因；用于高水平转录的来自人类CMV立即早期基因的增强子/启动子序列；用于mRNA稳定的来自SV40的转录终止序列和RNA加工信号；用于合适的附加型复制的复制SV40多起源点和ColE1；通用的多克隆位点；和用于体外正义和反义RNA转录的T7和SP6RNA启动子。其它方法是本领域已知的，可以得到。

本发明还涉及被分离的由表2到表6所列基因(如，TGF-α基因)编码的多肽。一方面，所述TGF-α多肽具有SEQ ID NO：2所示的氨基酸序列。另一方面，该多肽通过用保守氨基酸取代得到修饰。另一方面，通过使用后面给出的实施例可以确定该多肽具有与SEQ ID NO：2多肽相同的功能，并且该多肽经在合适的条件下运行的序列比对程序如BLAT确定，其与SEQ ID NO：2的序列同源性大于80％，或者大于85％，或者大于90％，或者大于95％，或者大于97％，或者大于98％或99％。一方面，该程序是在默认参数的条件下进行的。本发明还涉及这些实施方案中的活性片段。

本发明方法中使用的肽通过任何常用的方法获得。例如，肽可以通过使用标准技术的化学合成来制备。特别方便的方法是固相肽合成技术。自动的肽合成仪可以购得，它们用途所需的试剂也可以购得。

在一个实施方案中，本发明经分离的肽可以使用合适的固相合成方法进行合成。Steward and Young，eds.(1968)SOLID PHASE PEPTIDESYNTHESIS，Freemantle，San Francisco，Calif.一个方法就是Merrifield方法。Merrifield，Recent Progress in Hormone Res.(1967)23：451。一旦得到本发明经分离的肽，其可以通过标准方法进行纯化，这些方法包括色谱法(如，离子交换、亲和及体积柱色谱(sizing columnchromatography))、离心、溶解度差异或通过任何其它用于蛋白质分离的常规技术。对于免疫亲和色谱，抗原决定表位的分离可以是通过与含有抗体(该抗体用于对抗该肽，或本发明中的相关肽)的亲和柱结合进行的，并且所述抗体附在固定的载体物上。

或者，可以将亲和标签，如hexa-His(Invitrogen)、Maltose结合结构域(New England Biolabs)、流感壳序列(Kolodziej等，MethodsEnzymol.(1991)194：508-509)和谷胱甘肽-S-转移酶与本发明的肽相连，从而能使肽在通过合适的亲和柱后较容易地得到纯化。经分离的肽也可以利用诸如蛋白质水解、核磁共振和X射线结晶等方法进行物理性表征。

或者，所述多聚核苷酸可以通过PCR或基因克隆技术进行复制。这样，本发明还涉及有效连接在某些元件上的本发明的多聚核苷酸，这些对于这些多聚核苷酸在宿主细胞中的转录和/或翻译是必需的。一方面，所述多聚核苷酸是用于插入到宿主细胞中的基因传递媒介物的组分。用于将表达重组体(expression construct)转化细胞的方法包括但不限于微注射、电穿孔、转导、转染、脂质转染、磷酸钙颗粒轰击介导的基因转移或者直接注射核酸序列，或其它本领域技术人员已知的方式(Sambrook等，(1989)supra)。转化哺乳动物细胞的各种技术参见，如Keown等，Methods in Enzmology(1990)185：527-537。

宿主细胞包括真核细胞和原核细胞，如细菌细胞、酵母菌细胞、猿细胞、鼠细胞和人细胞。这些细胞可以是培养的或临时从受试者分离的。宿主细胞在多肽重组生产或多聚核苷酸重组复制所必需的条件下培养。本发明进一步涉及重组生产的多聚核苷酸和/或多聚核苷酸。

本发明在其范围内还包括在翻译期间或翻译后经不同修饰的多肽，例如通过磷酸化、糖基化、交联、乙酰化、蛋白裂解、与抗体分子，膜分子或其它配体相连。Ferguson等，Ann.Rev.Biochem.(1988)57：285-320。这可以通过各种化学方法实现，或通过在不同的宿主细胞中表达多聚核苷酸实现，所述宿主细胞例如，细菌、哺乳动物、酵母菌或昆虫细胞。

本发明还提供了单独的或与载体结合的肽片段，如免疫原或抗原部分。本发明的抗原肽可以以各种制剂形式使用，制剂形式根据使用目的而变化。

本发明的抗原肽可以共价或非共价连接(复合)到各种其它分子上，其类型可以根据具体目的而变化。例如，本发明的肽可以共价或非共价复合到大分子载体上，该载体包括但不限于天然和合成的聚合物、蛋白质、多糖、多(氨基酸)、聚乙烯醇、聚乙烯吡咯烷酮，和脂质。肽可以偶联到脂肪酸上以用于引入到脂质体中。美国专利No.5,837,249。本发明的合成肽可以共价地或非共价地与固相载体物复合，许多固相载体物是本领域已知的。本发明的抗原肽表位可以与含有或不含有共刺激分子的抗原递呈基质(antigen-presenting)相连，这一点下面要详细描述。

蛋白质载体物的例子包括但不限于超抗原、血清蛋白、破伤风类毒素、卵蛋白素、甲状腺球蛋白、肌球蛋白和免疫球蛋白。

肽蛋白载体聚合物可以使用常用的交联剂形成，所述交联剂为如碳二酰亚胺。碳二酰亚胺的例子为1-环己基-3-(2-吗啉基-(4-乙基)碳二酰亚胺(CMC)、1-乙基-3-(3-二甲基氨基丙基)碳二酰亚胺(EDC)和1-乙基-3-(4-氮鎓(azonia)-44-二甲基戊基)碳二酰亚胺。

其它合适的交联剂为溴化氰、戊二醛和丁二酸酐。通常，可以使用同双官能试剂中的任何一个，所述同双官能试剂包括同双官能乙醛、同双官能环氧化物、同双官能亚氨酸酯、同双官能N-羟基琥珀酰亚胺酯、同双官能马来酰亚胺、同双官能烷基卤代物、同双官能吡啶基二硫化物、同双官能芳基卤代物、同双官能酰肼、同双官能重氮衍生物和同双官能光反应化合物。还包括杂双官能化合物，如具有胺反应基团和巯基反应基团的化合物和具有胺反应基团和光反应基团的化合物，和具有羰基反应基团和巯基反应基团的化合物。

这样的同双官能交联剂的具体例子包括双官能N-羟基琥珀酰亚胺酯(N-hydroxysuccinimide esters)，二硫代双(琥珀酰亚胺基丙酸酯)(dithiobis(succinimidylpropionate)、二琥珀酰亚胺基辛二酸酯(disuccinimidyl suberate)和二琥珀酰亚胺基酒石酸酯(disuccinimidyltartarate)；双官能酰亚胺酯二甲基己二酰亚胺酯(imidoesters dimethyladipimidate)、二甲基庚二酰亚胺酯(dimethyl pimelimidate)和二甲基亚胺(dimethyl suberimidate)；双官能巯基反应交联剂1，4-二-[3′-(2′-吡啶二硫代)戊酮(propion)-酰亚胺]丁烷、双马来酰亚胺己烷(bismaleimidohexane)和双-N-马来酰亚胺-1，8-辛烷；双官能芳基卤代物1，5-二氟-2，4-二硝基苯和4，4′-二氟-3，3′-二硝基苯基砜(1，5-difluoro-2，4-dinitrobenzene and 4，4′-difluoro-3，3′-dinitrophenylsulfone)；双官能光反应试剂如双-[b-(4-叠氮基水扬基氨基)乙基]二硫化物；双官能醛类，甲醛、丙二醛、琥珀醛、戊二醛和己二醛(adipaldehyde)；双官能环氧化物，如1，4-丁二醇(butaneodiol)二缩水甘油醚、双官能酰肼脂肪酸二酰肼(dihydrazide)，羰酰肼(carbohydrazide)和琥珀酸二酰肼；双官能二氮鎓(diazoniums)邻甲基苯胺、二氮化的和双二氮化的对二氨基联苯；双官能卤代烷基，N1N′-亚乙基-双(碘代乙酰胺)，N1N′-环己基-双(碘代乙酰胺)，N1N′-十一亚甲基-双(碘代乙酰胺)，和卤代苯甲烷(benzylhalides)和卤代芥子气(halomustards)，分别如a1a′-二碘代-对二甲苯磺酸和三(2-氯乙基)胺。

其它常见的能使蛋白质结合到肽上的杂双官能交联剂的例子包括但不限于SMCC琥珀酰亚胺基-4-(N-马来酰亚胺甲基)(maleimidomethyl)环己烷-1-羧酸酯、MBS(间马来酰亚胺基苯甲酰基N-羟基琥珀酰亚胺酯)、SIAB(N-琥珀酰亚胺基(4-碘代乙酰基)氨基苯甲酸酯)、SMPB(琥珀酰亚胺基-4-(对马来酰亚胺基苯基)丁酸酯)、GMBS(N-(γ-马来酰亚胺基丁酰氧基)琥珀酰亚胺酯)、MPBH(4-(4-N-马来酰亚胺基苯基)丁酸酰肼、M2C2H(4-(N-马来酰亚胺基甲基)环己烷-1-羧基-酰肼)、SMPT(琥珀酰亚胺基氧基羰基-α-甲基-α-(2-吡啶基二硫代)甲苯)和SPDP(N-琥珀酰亚胺基3-(2-吡啶基二硫代)丙酸酯)。

交联可以通过还原氨化将羰基偶联到胺基团或酰肼基团上完成。

本发明的肽可以作为单体的非共价附属物通过离子的、吸附的或生物专一性的相互作用进行配制。具有高正电荷或负电荷分子的肽复合物可以在低离子强度的环境中(如在去离子水中)通过形成盐桥来制备。大的复合物可以使用带电荷的聚合物如分别带有大量负电荷和正电荷的聚-(L-谷氨酸)或聚-(L-赖氨酸)制备。肽也可被吸附到诸如微粒、乳胶粒或其它疏水聚合物的表面，形成能有效模拟交联的或化学聚合的蛋白质的非共价连接的肽-超抗原复合物。最后，肽可以通过利用与其它分子之间的生物专一性相互作用进行非共价连接。例如，利用生物素对蛋白质(如抗生物素蛋白或链霉亲和素或它们的衍生物)的强亲和力可以形成肽复合物。这些生物素结合蛋白质含有四个结合位点，这些位点可以在溶液中与生物素相互作用，或可以经共价连接到另一分子上。Wilchek，Anal Biochem.(1988)171：1-32。可以使用常见的生物素(酰)化试剂对肽进行修饰以使其拥有生物素基团，所述生物素(酰)化试剂为如D-生物素(NHS-生物素)的N-羟基琥珀酰亚胺酯，该试剂与蛋白质上的胺基团反应。然后，生物素(酰)化的肽可以与抗生物素蛋白或链霉亲和素一起孵育以产生大的复合物。这样得到的聚合物的分子量可以通过仔细控制生物素(酰)化的肽对抗生物素蛋白或链霉亲和素的摩尔比率进行调节。

本发明还提供了共轭连接到用于诊断方法中的可检测试剂上的本发明描述的肽和多肽。例如，经可检测标记的肽和多肽可以结合到柱上，并用于检测和纯化抗体。它们也可以用作免疫原用来生产抗体，如下所述。

本发明的肽也可以与各种液相载体结合，所述液相载体为如无菌的或含水溶液，药学可接受的载体、悬浮液和乳液。非水溶剂的例子包括丙基乙二醇、聚乙二醇和植物油。当被用于制备抗体时，这些载体也可以包括佐剂以用于非专一性增加特定免疫反应。熟练技术人员可以很容易地判定是否需要佐剂，和选择哪一种佐剂。然而，为了说明目的，合适的佐剂包括但不限于弗氏完全或不完全佐剂(Freund′sComplete and Incomplete)，矿物盐和多聚核苷酸。

本发明的蛋白质和多肽可以通过利用商业可购得的自动合成仪进行的化学合成获得，所述合成仪为如由Perkin Elmer/Applied BiosystemsInc，430A或431A型，Foster City，CA，USA制造的那些。经合成的蛋白质或多肽可以经沉淀和进一步纯化，例如通过高效液相色谱法(HPLC)。相应地，本发明还提供通过提供蛋白质序列和试剂(如氨基酸和酶)，并将所述氨基酸按正确的方向连接来化学合成该蛋白质的方法，及线性序列。

人们可以通过细胞分裂、细胞分化或TGF-α过表达减少来判断本发明的方法的目的(即，细胞或组织的病理状态得到逆转)是否完成。细胞分化可以通过组织学方法进行监测，或通过某些细胞表面标记是否存在或丢失而监测。人体内病理状态的逆转可以例如通过使用NMR来测量膀胱(cystic)(或肾)的体积的减小而检测。

该方法也可以通过向感染的组织传递有效量的治疗剂(如阻断或抑制抗体或其衍生物或小分子)来实施。实例性抗体在下文中将提到。它们可以单独传递或与载体如药学可接受的载体结合传递。

本领域技术人员通过使用本发明的蛋白质可以很容易地生产另外的能专一性结合到蛋白质或其片段上的抗体。这样的抗体可以是单克隆或多克隆的。它们可以是嵌合的、人源化的或完全人类抗体。可以使用抗体的任何功能片段或衍生物，包括Fab，Fab′，Fab2，Fab′2，和任何单链可变区。抗体可以在细胞培养物中、在噬菌体中或在各种动物体内产生，所述动物包括但不限于牛、兔、山羊、小鼠、大鼠、仓鼠、豚鼠、绵羊、狗、猫、猴子、猩猩、猿等。只要所述片段或衍生物对蛋白质或其片段保持结合专一性，其就可以使用。抗体的结合专一性可以通过在给定的一组条件下将其与合适抗原结合和其与不相关抗原或抗原混合物的结合进行比较来测试。如果抗体与合适抗原的结合比其与不相关抗原或抗原混合物的结合多2、5、7，优选10倍，则该抗体被认为是专一性的。

制备这种从部分到完全人抗体的技术是本领域已知的，任何这样的技术都可以使用。根据一个实施方案，完全人类抗体序列是在转基因小鼠体内制备的，该转基因小鼠已经被改造来表达人类重或轻链抗体基因。已经制备了这种转基因小鼠的多个品系，其可以产生不同种类的抗体。能产生所需抗体的来自转基因小鼠的B细胞可经融合后制备杂交瘤细胞系用于所需抗体的连续生产。见，例如，Russel，N.D.等，Infection and Immunity(2000)2000 4月：1820-1826；Gallo，M.L.等，European J.of Immun.(2000)30：534-540；Green，L.L.，J.of Immun.Methods(1999)231：11-23；Yang，X-D等，J.of Leukocyte Biology(1999A)66：401-410；Yang，X-D，Cancer Research(1999B)59(6)：1236-1243；Jakobovits，A.，Advanced Drug Delivery Reviews(1998)31：33-42；Green，L.and Jakobovits，A.，J.Exp.Med.(1998)188(3)：483-495；Jakobovits，A.，Exp.Opin.Invest.Drugs(1998)7(4)：607-614；Tsuda，H.等，Genomics(1997)42：413-421；Sherman-Gold，R.，Genetic EngineeringNews(1997)17(14)；Mendez，M.等，Nature Genetics(1997)15：146-156；Jakobovits，A.，WEIR′S HANDBOOK OF EXPERIMENTALIMMUNOLOGY，THE INTEGRATED IMMUNE SYSTEM VOL.IV，(1996)194.1-194.7；Jakobovits，A.，Current Opinion in Biotechnology(1995)6：561-566；Mendez，M.等.，Genomics(1995)26：294-307；Jakobovits，A.，Current Biology(1994)4(8)：761-763；Arbones，M.等，Immunity(1994)1(4)：247-260；Jakobovits，A.，Nature(1993)362(6417)：255-258；Jakobovits，A.等，Proc.Natl.Acad.Sci.USA(1993)90(6)：2551-2555；Kucherlapati，等，美国专利No.6,075,181。

抗体还可以通过噬菌体展示技术进行制备。这样的技术用于分离起始抗体或用于产生具有不同专一性或亲和力特征的变体。也可以使用单链Fv，其是方便的。如果需要，它们可以从经接种的转基因小鼠制备。抗体也可以在细胞培养物、噬菌体或在各种动物中生产，所述动物包括但不限于牛、兔、山羊、小鼠、大鼠、仓鼠、豚鼠、绵羊、狗、猫、猴子、猩猩、猿等。

抗体可以用可检测部分进行标记，所述可检测部分为如放射性原子、发色团、荧光团等。这种经标记的抗体可以用于在体内或在分离的测试样品中进行的诊断技术。抗体也可以共轭连接到例如药物中(如化学治疗药物或毒素)。它们可以连接到细胞因子、配体或另一个抗体上。用于结合到抗体上以获得抗肿瘤效果的合适的制剂包括细胞因子，如白细胞介素2(IL-2)和肿瘤坏死因子(TNF)；用在光动力治疗中的光敏剂，包括四磺酸酞菁铝(III)、血卟啉和酞菁；放射性核素，如碘-131(¹³¹I)、钇-90(⁹⁰Y)、铋-212(²¹²Bi)、铋-213(²¹³Bi)、锝-99m(^99mTc)、铼-186(¹⁸⁶Re)和铼-188(¹⁸⁸Re)；抗生素类，如阿霉素(doxorubicin)、阿霉素(adriamycin)、柔红霉素(daunorubicin)、甲氨喋呤、道诺霉素(daunomycin)、新抑癌蛋白和卡铂(carboplatin)；细菌、植物和其它毒素，如白喉毒素、假单胞菌外毒素A、葡萄菌外毒素A、相思豆A毒素、蓖麻毒蛋白A(去糖基化蓖麻毒蛋白A和天然蓖麻毒蛋白A)、TGF-α毒素、来自中国眼镜蛇的细胞毒素(浙江眼镜蛇(najanaja atra)和白树毒素(gelonin)(植物毒素)；来自植物、细菌和真菌的核糖体失活蛋白质，如局限曲菌素(restrictocin)(由局限曲霉产生的核糖体失活蛋白质)、皂草素(saporin)(来自石碱花的核糖体失活蛋白质)和RNase；酪氨酸激酶抑制剂；ly207702(二氟化(difluprednate)嘌呤核苷酸)；含有抗囊肿剂的脂质体(如，反义低聚核苷酸、编码毒素的质粒、甲氨喋呤，等)；和其它抗体或抗体片段，如F(ab)。

诊断方法

一方面，本发明提供了一种有助于诊断存在组织中的囊肿异常的方法。通过TGF-α基因、针对其受体(EGFR)的基因或它们的表达产物的差异表达来识别细胞或组织的病理状态。通常，基因表达是通过关注测试系统中基因表达的量(如果有，例如发生改变)进行判断的，例如，表达差异是通过从基因转录过来的mRNA水平的增加(或在某些方面减少)至少2.5倍，优选5倍，更优选10倍来判断的。在单独的实施方案中，由基因编码的多肽或蛋白质水平的增加说明细胞存在病理状态。该方法可以用于帮助诊断ADPKD相关的肾囊肿和在其它器官(包括肝脏、胰腺、脾脏和卵巢)中通常会在ADPKD中发现的囊肿异常。

此外，通过在异常囊肿形成之前检测蛋白质或基因表达异常，人们就可以预测患囊肿异常的可能性和/或可以较早进行诊断和治疗。

用于本发明的细胞或组织样品包括体液、实体组织样品、组织培养物或从它们衍生得到的细胞和它们的子代，及从这些来源中的任何一个制备的切片或涂片，或任何其它可能含有具有表达异常细胞的样品。优选的样品是从受试者肾小管中制备得到的样品。

利用重组DNA技术和生物信息学的诊断方法

一方面，本发明提供了通过测定TGF-α基因的表达水平或其受体，并将测定的表达水平和疾病或其进展联系起来进行诊断或监测囊肿异常(如与ADPKD疾病相关的那些)的组合物和方法。已知有许多方法可以用来量化感兴趣的基因的表达，所述方法包括但不限于杂交分析(RNA印记分析)和基于PCR的杂交分析。

在分析mRNA水平变化时，首先要将样品中的核酸根据本领域的标准方法提取出来。例如，根据上述Sambrook等(1989)描述的步骤利用各种细胞溶酶或化学溶液将mRNA分离出来，或者通过核酸结合树脂按照制造商提供的说明提取出来。作为例子，在提取的核酸样品中的TGF-α mRNA可以接着按照标准步骤分别通过使用核酸探针和/或引物的通过杂交(如，RNA印记分析)和/或扩增程序进行检测。

在诊断方法中，具有至少10个核苷酸的、对TGF-α表现出序列互补或同源性的核酸分子可用作TGF-α杂交探针或TGF-α PCR引物。本领域已知的是，特定杂交不需要“完美相配”的探针。由于取代、消除或插入少量数目的碱基而导致的探针序列的细小变化不会影响杂交专一性。通常，可以允许多达20％的碱基对错配(当最佳比对时)。例如，用于检测TGF-α mRNA的探针与含在在先识别的序列(如，见SEQ ID NO：1)中的相同大小的同源区中的至少80％相同。或者，在与同源区比对后，所述探针与相应基因序列的至少85％，或至少90％相同。片段的总长度，和互补序列段的长度依赖于特定核酸片段的应用用途。基因的更小片段通常可以用于杂交方案中，其中根据人们希望检测的互补序列，互补区的长度会发生变化，如从约10个到约100核苷酸，或甚至是全长。

具有在长度上多于10个核苷酸的互补序列段的核苷酸探针能增加稳定性和杂交的选择性，从而提高所得特定杂交分子的专一性。人们可以设计含有在长度上具有大于约25个甚至更多，优选多于约50个核苷酸的基因互补序列段的核酸分子，或者根据需要该互补序列段可以更长。这样的片段可以很容易进行制备，例如，通过化学方法经由通过核酸复制技术直接合成该片段，所述核酸复制技术为如在美国专利No.4,603,102中公开的具有两个引物低聚核苷酸的PCR技术，或者将选择的序列引入到重组载体中以进行重组生产。

在特定实施方案中，有利的是采用本发明的核酸序列，并与合适的手段相结合，如标签，用于检测杂交并由此得到的互补序列。许多种合适的指示方式是本领域已知的，包括荧光的、放射性的、酶的或其它配体，如抗生物素蛋白/生物素，它们可以提供可检测的信号。也可以使用荧光标签或酶标志(如脲酶、碱性磷酸酶或过氧化酶)以代替放射性的或其它对环境不利的试剂。在使用酶标志的情况下，比色指示剂物质是已知的，可以采用该物质以提供一种人眼可视或通过分光光度计能检测的方法以识别含有互补核酸的样品的特定杂环。

杂交反应可以在不同“严谨”的条件下进行。相关的条件包括温度、离子强度、孵育时间、反应混合物中其它溶质的存在(如甲酰胺)，和洗涤步骤。较高严谨的条件是如较高的温度和较低钠离子浓度，这样的条件需要杂交元素之间较高的最低互补度以形成稳定的杂环复合体。增加杂交反应严谨的条件是公知的，并公开在现有技术中。见，上述Sambrook等，(1989)。

人们也可以使用定量PCR或利用高通量分析如在Velculescu，V.等，Science(1995)270：484-487中描述的基因表达系列分析进行检测并量化mRNA水平或其表达。简言之，该方法包括从被认为含有该转录本的细胞或组织样品中分离多mRNAs。任选地，所述基因转录本可以被转化为cDNA。基因转录的样品经序列专一性分析和量化。将这些基因转录本序列的丰度与参考数据库序列丰度(包括患病的和健康病人的正常数据组)对比。病人患有与病人的数据组大多数紧密相关的疾病，并且对于本申请而言包括转录差异。

本发明的核苷酸探针也可用作引物用于基因或基因转录本的增殖和检测。用于检测差异表达的mRNA的引物与相同长度的基因或多聚核苷酸的同源区有至少约80％相同。为了本发明的目的，增殖是指采用能够以合理可信度复制靶序列的引物依赖型聚合酶的任何方法。增殖可以通过天然或重组DNA-聚合酶如T7DNA聚合酶、E.coli DNA聚合酶的Klenow片段和反转录酶进行。

PCR的常用步骤在MacPherson等，PCR：A P_RACTICAL A_PPROACH，(IRL Press at Oxford University Press(1991))中公开。然而，针对每个反应所使用的PCR条件要根据经验进行判断。许多参数影响反应的成功。其中，退火温度和时间、持续时间、Mg²⁺ATP浓度、pH和引物的相对浓度、模板和脱氧核苷酸。

在增殖后，所得DNA片段可以通过凝胶电泳，然后溴化乙锭着色和紫外光照进行检测。感兴趣的差异表达基因的特定增殖可以通过证明该增殖的DNA片段具有预测的长度、具有预期的限制性消化图谱和/或杂交到正确的经克隆的DNA序列上得到证实。

探针也可以利用本领域已知的方法连接到固体载体上以用在高通量筛选分析中。例如，国际PCT申请No.W O97/10365和美国专利号5,405,783、5,412,087和5,445,934公开了含有一个或多个序列的高密度低聚核苷酸芯片的构建。该芯片可以在衍生的玻璃表面上利用美国专利Nos.5,405,783、5,412,087和5,445,934中公开的方法进行合成。可以将光保护的亚磷酸核苷酸结合到玻璃表面上，利用光刻掩膜通过光解进行选择性地脱保护，并与另一种经保护的亚磷酸核苷酸反应重复进行。重复该结合/脱保护过程直到得到所需要的探针。

基因表达水平可以通过将被猜测含有多聚核苷酸的样品暴露在探针修饰的芯片上来检测。对提取出的核酸优选在增殖步骤进行标记，例如，用荧光标签。经标记的样品的杂交是在合适的严谨水平进行的。探针-核酸杂交的程度利用检测设备(如共聚焦显微镜)定量测量。见，美国专利Nos.5,578,832和5,631,734。将所得的测量结果直接与基因表达水平联系起来。

所述探针和高密度低聚核酸酸探针阵列也提供了监测基因多样性表达的有效方法，其中之一就包括该基因。因此，该表达监测方法可以用在许多情况中，包括疾病的检测、鉴别从同一病人经一段时间间隔分离得到的样品之间的差异基因表达或筛选在同一时间(或者相反，在一段时间内)上调或下调基因表达的组合物。

杂交的探针和样品核酸可以通过本领域已知的各种方法进行检测。例如，经杂交的核酸可以通过检测与样品核酸相连的一个或多个标记进行检测。该标记可以通过本领域技术人员已知的众多方法中的任何一个进行结合。一方面，该标记是在制备样品核酸中在增殖步骤中同时结合的。这样，例如，与经标记的引物或经标记的核苷酸进行的聚合酶链反应(PCR)将提供经标记的增殖产物。在单独的实施方案中，如上所述，使用经标记的核苷酸(如，荧光标记的UTP和/或CTP)的转录增殖将标记结合进入到转录核酸中。

或者，可以将标记直接加到起始核酸样品中(如，mRNA、polyA、mRNA、cDNA，等)或在增殖完成后直接加到增殖产物中。将标记连接到核酸上的方法是本领域技术人员已知的，包括例如，通过核酸激酶进行的缺口平移或末端标记(如，使用标记的RNA)，然后将连接样品核酸的连接子与标记(如，荧光团)相连。

适用于本发明的可检测标记包括任何通过分光镜的、光化学的、生物化学的、免疫化学的、电学的、光学的或化学方法可检测的任何组合物。本发明有用的标记包括用标记的链霉素亲和素共轭物着色的生物素、磁珠(如，Dynabeads^TM)、荧光染料(如，荧光素、德克萨斯红、罗丹明、绿色荧光蛋白质等等)、放射标记物(如，³H、¹²⁵I、³⁵S、¹⁴C或³²P)酶(如，辣根过氧化酶、生物碱磷酸酶和其它ELISA中常使用的酶)和比色标记，如胶体金或彩色玻璃或塑料(如，聚苯乙烯、聚丙烯、橡胶，等等)珠。公开这些标记的用途的专利包括美国专利Nos.3,817,837；3,850,752；3,939,350；3,996,345；4,277,437；4,275,149；和4,366,241。

检测这些标记的方法是本领域技术人员已知的。因此，例如，放射标记可以使用胶卷或闪烁计数器进行检测，荧光标记物可以使用光电探测器来检测发射出的光。酶标记通过将酶与底物接触，并对酶在底物上作用时产生的反应产物进行检测，比色标记可以通过简单观察彩色标记进行检测。

专利公开WO97/10365公开了在杂交之前，或在杂交之后将标记加到靶(样品)核酸中的方法。这些是在杂交之前直接连接到或结合进入靶(样品)核酸中的可检测的标记。相反，“非直接标记“是在杂交之后连接到杂环双链上。通常，所述非直接标记是与在杂交之前已经连接到靶核酸上的结合部分相连。这样，例如，靶核酸可能在杂交之前经生物素化。在杂交之后，抗生物素蛋白-共轭的荧光团将结合到含有杂交双链的生物素上，从而得到可很容易检测到的标记。有关标记核酸和检测经标记的杂交核酸的方法的详细综述参见LABORATORY TECHNIQUES IN BIOCHEMISTRY ANDMOLECULAR BIOLOGY，24卷：Hybridization with Nucleic AcidProbes，P.Tijssen，ed.Elsevier，N.Y.(1993)。

核酸样品也可利用在国际PCT申请No.WO97/10365中公开的方法在杂交之前经修饰成高密度探针阵列，以减少样品复杂度，从而减少背景信号和提高测量敏感度。

从芯片分析得到的结果通过利用计算机软件进行分析。见，例如，EP 0 717 113A2和WO 95/20681。将杂交数据读进程序，其会计算靶基因的表达水平。将该图与现存的针对患病的和健康的个体的基因表达数据组对比。所得数据和患病个体数据之间的关联说明疾病已经在受试病人体内发生。

检测和量化蛋白质或多肽的诊断方法

另一方面，本发明提供了通过检测和/或量化经下面表2到6中所列的存在在样品中的基因表达所得的蛋白质或多肽或其受体来诊断或检测囊肿异常(如与ADPKD疾病相关的那些)的方法和组合物。本领域有许多技术可用于蛋白质分析，包括但不限于放射免疫分析、ELISA(酶连免疫放射性分析)、“三明治”免疫分析、免疫放射性分析，原位免疫分析(使用例如，胶体金、酶或放射同位素标记)、western印记分析、免疫沉淀分析、免疫荧光分析和PAGE-SDS。

在诊断由基因差异表达表征的疾病时，人们通常进行受试者与合适的对照物之间的比较分析。优选地，诊断测试包括衍生自受试者的对照样品(下面统称为“阳性对照”)，其表现出病理的或异常的基因表达水平。有用的，还要包括“阴性对照”，该对照缺少病理状态的临床特征，并且其基因表达水平在正常的范围内。受试者与阳性对照之间在经确定的改变方面具有阳性关系，则说明患有或可能会患有疾病。受试者和阴性对照之间缺少关联则肯定了诊断结果。

人们也可以改变已知的免疫分析方法以检测和量化表达。基因产品的确定需要测量发生在对抗体基因产品的反应之间的免疫专一性结合的量。为了检测和量化免疫专一性结合，或在杂交或增殖步骤产生的信号，可以采用数字影像分析系统，其包括但不限于使用检测探针放射性或化学发光的数字影像分析系统。

确定治疗剂的方法

本发明还提供了用于确定先导药物(leads)的筛选和逆转细胞或组织病理状态的方法，或选择性抑制细胞或组织生长或增生的方法。一方面，所述筛选确定了能用于治疗囊肿异常或治疗或改善与ADPKD相关的症状的先导化合物或生物制剂。该筛选可以在体外或体内进行。

一方面，需要确定能结合到本发明可溶TGF-α的候选药物。在某些应用中，希望得到能够抑制蛋白质与其受体结合的候选药物。对于某些应用，能够结合受体的候选药物的确定可能用作传递治疗剂或诊断剂或阻止TGF-α与其受体结合的方法。对于其它应用，希望得到能模拟天然配体活性的候选药物。这样，通过操纵结合：配体复合体的结合，人们就可以促进或抑制囊肿病灶的发展。

用于筛选的实验物质可以通过各种来源获得。它们可以来自天然产物库、组合化学库、通过重组库得到的生物产品，等等。实验物质的来源对于本发明来说并不是重要的。本发明提供了筛选化合物和组合物的方法，所述化合物和组合物可能在先前的其它筛选方案中被忽略了。

为了进行体外筛选和分析，首先要得到合适的细胞培养物或组织培养物。所述细胞可能是经培养的细胞或经基因修饰的差异表达基因的细胞。或者，所述细胞可以来自组织切片。美国专利No.5,789,189公开了生产多囊肾病细胞(来自体外囊肿)培养物的方法。该细胞在一定条件(温度、生长或培养介质和气体(CO₂))下培养足够的时间以获得指数增生而没有密度依赖型限制的细胞。也希望保留另外的单独的细胞培养物；没有给予待测试药物的培养物作为对照。

本领域技术人员可以显然易见的是，将合适的细胞在微孔板上培养，几个制剂可以通过观察遗传型变化、表型变化和/或细胞死亡而同时测试。一方面，所述筛选使用了下文中要提到的组合物和MDCK囊肿分析方法。

当制剂是组合物而不是DNA或RNA核酸分子时，可以将合适的条件直接施用到细胞培养物上或加到培养介质中以进行添加。本领域技术人员已知的是，“有效”量必须根据经验确定。

所述筛选包括将制剂与差异表达基因的测试细胞接触，然后分析细胞的基因表达水平。在某些方面，可能需要在分析之前确定基因的表达水平。这提供一个基线以对比在向细胞培养物给予所述制剂之后的表达。在另一实施方案中，测试细胞是从已建立的差异表达TGF-α基因的细胞系得到的经培养的细胞。如果一个制剂能将基因表达恢复(减少和增加)到正常细胞中存在的状态，则该制剂就是治疗剂。

再一方面，将测试细胞或组织样品从要进行治疗的受试者中分离出来，筛选出一个或多个有潜能的制剂来针对那个病人确定最佳治疗和/或疗程。例如，肾或肝组织适合这种分析。

为了实现本发明的目的，“制剂”包括但不限于生物或化学化合物如简单的或复杂的有机或无机分子、肽、蛋白质或低聚核苷酸。可以合成大量的化合物，例如，低聚体如寡肽和寡核苷酸，和基于各种核心结构的合成有机化合物也包括在术语“制剂”中。此外，各种天然来源也能为筛选提供化合物，如植物或动物提取物，等等。应该可以理解的是，尽管没有总是详细说明，但是所述制剂可以单独使用或与其它用本发明筛选确定的具有相同或不同生物活性的制剂一起使用。这些制剂和方法也可与其它治疗结合使用。它们可以同时给药或顺序给药。

所述筛选在动物如大鼠或小鼠中的应用，该方法提供了一种方便的动物模型系统，该系统可以在治疗剂临床实验前使用或者用于先导物优化。在这个系统中，如果基因表达与未经处理的具有病理细胞的动物相比恢复到正常水平或与含有TGF-α基因差异表达的细胞的存在相关的症状得到改善，则该候选药物是具有潜力的药物，可能适合进一步开发。在该筛选中使用单独的健康的和未经处理的细胞或动物的阴性对照组也是有用的，可以提供另一个比较基准。

已经描述了许多具有非常类似人PKD(如，囊肿的形态学、囊肿位置、疾病进展)的突变型的多囊肾疾病的(PKD)鼠类模型。例如，参见Greta N.等人(1996)Nephrol.Dial.Transplant 11：46-51；Schieren G.等人(1996)Nephrol.Dial.Transplant 11：38-45；Guay-Woodford L.(2003)Am.J.Renal Physiol.285：F1034-F1049。这些PKD鼠类模型包括，但不局限于下面描述的那些。

先天多囊肾小鼠(cpk)是自发突变中首次被描述的模型。PremingerC等人(1982)J.Urol.127：556-560；Fry J.等人(1985)J.Urol.134：828-833。突变诱发了巨大的肾囊肿疾病以及进行性肾功能不全，其模式非常类似人ARPKD。

幼年囊肿肾小鼠(jck)突变发生在具有MMTV/c-myc转基因的小鼠系。AtalaA.等人(1993)Kidney Int.43：1081-1085。在感染的小鼠中，病灶肾囊肿最早在生后3天明显，肾囊肿疾病进展很慢。

多囊肿肾疾病(pcy)突变首先发生在糖尿病易感KK小鼠株。Takahashi H.等人(1986)J.Urol.135：1280-1283；Takahashi H.等人(1991)J.Am.Soc.Nephral.1：980-989。在肾囊肿位置和缓慢的疾病进展方面表现型类似人的ADPKD。突变在生后8周诱发肾增大，生后18周发生进展的氮血症和间质纤维化。-由于肾衰而导致的死亡发生在出生后30-36周。

Han：SPRD大鼠已被很详细的描述并作为ADPKD模型被广泛研究。Cowley B.等人(1993)Kidney Int.49：522-534；Gretz N.等人(1996)Nephrol.Dial.Transplant 11：46-51；Kaspareit-Rittinghausen J.等人(1990)Transpl.Proc.22：2582-2583；Schafer K.等人(1994)Kidney Int.46：134-152。突变在Sprague-Dawley系中自发产生，早期分析表明其作为常染色体显性遗传。在杂合子中，肾囊肿损伤在生后前几周内明显，主要涉及近端小管，且进展缓慢。在疾病表现中具有性别二态性。肾增大和囊肿改变在雄性杂合子中比同龄的雌性杂合子中发展更快。Cowley B.等人(1997)Am.J.Kidney Dis.29：265-272；Gretz N.等人(1995)Kidney Int.48：496-500。

诊断和治疗性抗体组合物

本发明也提供了一种能专一性地与本发明的蛋白质或多肽形成复合体的抗体，其可用于本发明的诊断和治疗方法中。术语“抗体”包括多克隆抗体和单克隆抗体及它们的衍生物(如上所述)。抗体包括但不限于小鼠、大鼠、兔或人抗体。抗体可以在细胞培养物、噬菌体或各种动物中产生，所述动物包括但不限于牛、兔、山羊、小鼠、大鼠、仓鼠、豚鼠、绵羊、狗、猫、猴子、黑猩猩、猿等等。该抗体还可用于识别和纯化治疗性和/或诊断用多肽。

制备多克隆抗体和单克隆抗体的实验室方法，和推导出它们相应的核酸序列的方法是本领域已知的，见上述Harlow和Lane(1988)和(1999)和上述Sambrook等，(1989)。本发明的单克隆抗体可以通过将蛋白质或其片段引入到动物(如小鼠或兔)体内进行生物性生产。将在动物体内生产抗体的细胞分离出来，并与骨髓瘤细胞或异骨髓瘤细胞融合产生杂交细胞或杂交瘤细胞。因此，本发明还提供了产生单克隆抗体的杂交瘤细胞。

为了进行说明，抗TGF-α抗体是可以购得的，结合已知的方法，本领域技术人员可以生成和筛选本发明的杂交瘤细胞和具有结合TGF-α或其受体能力的抗体。

如果经测试的单克隆抗体与蛋白质或多肽结合，则该经测试的抗体和本发明杂交瘤细胞提供的抗体是等价的。也可以不进行过多实验就确定一个抗体是否与本发明的单克隆抗体具有相同的专一性，方式是通过确定经测试的抗体是否阻止本发明单克隆抗体与蛋白质或多肽结合(通常，所述的单克隆抗体对蛋白质和多肽是有反应的)。如果进行测试的抗体与本发明的单克隆抗体进行竞争(表现为本发明的单克隆抗体的结合降低)，则说明可能两种抗体结合到相同的或非常相似的表位上。或者，人们可以预先将本发明的单克隆抗体与通常该抗体会对其有反应的蛋白质一起，并确定进行测试的单克隆抗体与抗原结合的能力是否受收到抑制。如果进行测试的单克隆抗受到抑制，则非常有可能的是，该抗体与本发明的单克隆抗体具有相同或非常相关的表位专一性。

术语“抗体”也包括所有同型抗体。单克隆抗体特定的同型可以直接通过从起始融合中选择进行制备，或其次，从分泌不同同型单克隆抗体的亲本杂交瘤通过使用同系选择技术(sib selection technique)来分离类别转换变体(class switch variants)，使用Steplewski，等，Proc.Natl.Acad.Sci.USA(1985)82：8653或Spira等，J.Immunol.Methods(1984)74：307中描述的方法。

本发明还提供了上述多克隆和单克隆抗体的生物活性片段。这些“抗体片段”保留了某些选择性地与其抗原或免疫抗原结合的能力。这样的抗体片段包括但不限于Fab；Fab′；F(ab′)₂；Fv，和SCA。

“生物活性抗体片段”的具体例子是抗体的CDR区。制备这些片段的方法是本领域已知的，见例如，上述Harlow和上述的Lane(1988)和(1999)。

本发明的抗体可以经修饰后产生嵌合抗体和人化抗体。Oi，等，BioTechniques(1986)4(3)：214。嵌合抗体是那些其中抗体的各种重和轻链结构域是由来自一种以上种类的DNA编码的。

能分泌具有本发明单克隆抗体专一性的单克隆抗体的其它杂交瘤细胞的分离也可以由本领域技术人员通过产生抗独特型抗体来完成。Herlyn，等，Science(1986)232：100。抗独特型抗体是能识别存在在单克隆抗体(由感兴趣的杂交瘤细胞产生)上的唯一决定簇的抗体。

两个杂交瘤细胞单克隆抗体之间的独特性识别说明两个单克隆抗体在对相同的表位决定簇识别方面是一样的。因此，通过使用针对存在在单克隆抗体上的表位决定簇抗体就可以识别其它表达具有相同表位专一性的单克隆抗体的杂交瘤细胞。

也可以使用抗独特型抗体技术生产能模拟表位的单克隆抗体。例如，针对第一个单克隆抗体制备的抗独特型单克隆抗体将在高变区具有结合结构域，该高变区是由第一个单克隆抗体结合的表位的镜像。这样，在这种情况下，所述抗独特型单克隆抗体可以用于免疫作用以生产这些抗体。

在本发明中所使用的术语“表位”包括对本发明的单克隆抗体具有专一亲和力的任何决定簇。表位决定簇通常由分子如氨基酸或糖侧链的化学活性表面基团组成，并通常具有专门的三维结构特征，和专门的电荷特征。

本发明的抗体可以连接到可检测的制剂或标记上。有许多本领域技术人员已知的不同的标记和标记方法。

将抗体结合到小分子量的半抗原上会增加分析的敏感度。然后，通过另一个反应对所述半抗原进行专一性检测。例如，通常使用半抗原如生物素，其会与抗生物素蛋白反应，或者二硝基苯酚、吡哆醛和荧光素，它们会与专门的抗半抗原抗体反应。见上述Harlow和上述的Lane(1988)和(1999)。

本发明的抗体也可与许多不同的载体结合。因此，本发明还提供组合物，该组合物含有所述抗体和另一种活性或惰性物质。已知的载体的例子包括玻璃、聚苯乙烯、聚丙烯、聚乙烯、葡聚糖、尼龙、淀粉酶、天然和改性的纤维素、聚丙烯酰胺、琼脂糖和磁铁石。这些载体的性质可以是可溶的或不可溶的，根据发明的目的决定。本领域技术人员会了解用于结合单克隆抗体的其它合适的载体，或能够根据常规实验进行判断。

含有抗体、其片段或产生该抗体的细胞系的组合物也在本发明的保护范围内。当这些组合物用于药物用途时，它们也可以与药学可接受的载体结合。

下面实施例用于解释而不是限制本发明。

实验方法

1.EGFR被过度表达并错定位至在jck小鼠肾和cpk小鼠肾的囊肿上皮的顶膜。

A.免疫组化分析：jck(50天)或cpk(10天)4％多聚甲醛/PBS固定/石蜡包埋小鼠肾切片(5μm)在100％二甲苯溶液中孵育5分钟，两次，在100％乙醇中孵育5分钟，两次，在95％乙醇中孵育5分钟，两次，在80％乙醇中孵育5分钟，两次，在蒸馏水中孵育5分钟，两次，在磷酸盐缓冲液(PBS)中孵育5分钟，两次。在含有3％(重量/体积)牛血清白蛋白(PBS/BSA)的PBS中封闭(block)30分钟。根据厂家推荐，在室温下在胰蛋白酶溶液(Sigma/Aldrich，St Louis，MO)将切片孵育30分钟，暴露抗原，随后将每片切片在5PBS中清洗5分钟。将兔抗EGFR(Cell Signaling，Beverly，MA)在12.5μg/mlPBS/BSA中在室温下孵育2小时，随后用5PBS清洗5分钟。将抗-兔Cy3抗体(Sigma/Aldrich)在1：100稀释度(vol/vol)的PBS/BSA中孵育1小时，随后用5PBS清洗5分钟。

B.Western Blot分析：使用组织均质化仪器，将来自于野生型、jck(20和50天)或cpk(20天)(小鼠来自于Jackson Laboratory，BarHarbor，ME)在冰上在7倍体积的含有250mM的蔗糖、1mM PMSF和完全的蛋白酶抑制剂混合物(Roche，Basel，Switzerland)的pH7.4的10mM的Hepes缓冲液中均质化。1000g离心后除去大的细胞碎片。用BCA蛋白分析试剂盒(Pierce，Rockford，IL)测量蛋白浓度。使用SDS-PAGE(3-12％梯度)分离蛋白(100μg)，并根据Sambrook等人，1989中的描述在20mM Tris、150mM甘氨酸和20％甲醇中用2小时将分离的蛋白转移至Immobilon^TM P膜上(Millipore，Bedford，MA)。在封闭缓冲液(含有0.05％ Tween20/5％无脂干奶的Tris盐缓冲液(TBS))中，在室温下将膜饱和2小时，而后，用山羊抗EGFR抗体(Santa Cruz Biotechnology，Santa Cruz，CA)在室温下在封闭缓冲液中标记2小时。然后在含有0.05％Tween20(TBS-T)的TBS中清洗膜。将驴抗山羊辣根过氧化物酶(HRP)偶联抗体(Santa CruzBiotechnology)以1：10000的稀释度在封闭缓冲液中在室温下孵育1小时，随后在TBS-T中清洗3次。使用增强的化学荧光(Amersham/Pharmacia Biotech，Little Chalfont Buckinghamshire，England)检测免疫反应的蛋白质。

II.在jck囊肿上皮和cpk囊肿上皮中表达TGF-α

免疫组化分析：jck(50天)或cpk(10天)4％多聚甲醛/PBS固定/石蜡包埋小鼠肾切片(5μm)在100％二甲苯溶液中孵育5分钟，两次，在100％乙醇中孵育5分钟，两次，在95％乙醇中孵育5分钟，两次，在80％乙醇中孵育5分钟，两次，在蒸馏水中孵育5分钟，两次，在磷酸盐缓冲液(PBS)中孵育5分钟，两次。在含有3％(重量/体积)牛血清白蛋白(PBS/BSA)的PBS中阻断30分钟。根据厂家推荐，在室温下在胰蛋白酶溶液(Sigma/Aldrich，St Louis，MO)将切片孵育30分钟，暴露抗原，随后将每片切片在5PBS中清洗5分钟。将小鼠抗TGF-α(Calbiochem，San Diego，CA)在5μg/ml PBS/BSA中在室温下孵育2小时，随后用5PBS清洗5分钟。将抗小鼠FITC抗体(Sigma/Aldrich)在1：100稀释度(vol/vol)的PBS/BSA中孵育1小时，随后用5PBS清洗5分钟。

III.在jck和pcy小鼠的囊肿液中分泌TGF-α

收集50天的jck小鼠(Jackson Laboratory，Bar Harbor，ME)和100天的pcy小鼠(V.H.Gattone II，Ph.D.，Indiana University School ofMedicine)的被CO₂窒息处死的动物的肾，并快速切碎以收集囊肿液。通过200g离心除去细胞碎片。用心内穿刺法收集血液，根据厂家推荐(Becton Dickinson，Franklin Lakes，NJ)使用BD

血清分类管离心分离血清。根据厂家推荐(R&D Systems，Minneapolis，MN)使用抗TGF-α捕获和检测抗体通过ELISA测定在血清中和囊肿液中的TGF-α浓度。

IV.抗-TGF-α抗体在体外抑制囊肿形成

使用三维MDCK(Madin-Darby canine kidney)细胞培养分析检测抗-TGF-α阻断的抗体。MDCK细胞在补充有10％胎牛血清、100U/ml的青霉素、10μg/ml链霉素和1mM的丙酮酸纳(Gibco/Invitrogen，Carlsbad，CA)的高葡萄糖Dulbecco’s Modified Eagle Medium(DMEM)中生长。用Hanks’缓冲液冲洗亚融合的MDCK细胞单层两次，并用含有0.25％胰蛋白酶/1mM EDTA(Gibcol/Invitrogen)的Hanks’缓冲液分离。将细胞以4 X 10⁴个细胞/ml的密度分散于胶原质凝胶溶液(补充有10％胎牛血清、100U/ml的青霉素、10μg/ml链霉素和1mM的丙酮酸纳、2.8mM的NaOH、1.34mg/ml NaHCO₃和0.84mg/ml胶原质的高葡萄糖DMEM)中，并覆盖在无细胞的硬性胶原质凝胶溶液顶部。10分钟后在37℃下为使细胞/胶原质混合物变硬，加入MDCK培养基。在加入多克隆中和抗TGF-α抗体前，允许囊肿形成72小时。在不同浓度下以2倍稀释的增幅在MDCK生长培养基中从100μg至0.1μg/ml检测多克隆中和抗TGF-α抗体(R&D Systems，Minneapolis，MN)。

V.抗TGF-α抗体在Han：SPRD(cy/+)大鼠中抑制囊肿生成

A)早期处理(媒介、低剂量、高剂量)对新生(最大1周)Han：SPRD大鼠(B.Cowley，M.D.University of Kansas)腹腔注射低剂量抗TGF-α抗体(0.5mg/kg)、高剂量抗TGF-α抗体(5mg/kg)或无关的抗体媒介，每周2次。3周龄后，将动物分性别，称重，然后麻醉。测量血清肌氨酸酐水平。除去肾脏并进行组织学检测。移除肝脏，称重，粗测囊肿表达，而后定表现型。

处理A结果

对照(野生型)雄性：接受低剂量抗体治疗的大鼠身体重生长比接受高剂量或媒介治疗的大鼠高。肾的尺寸也增加，低剂量组中的肾重量明显超过高剂量组。肾：体重的比率在这些组中并无明显不同，尽管在高剂量组中有低的肾：体重比率的倾向。血清肌氨酸酐水平不受低剂量抗体的影响，但在接受高剂量治疗的组中增加。

对照(野生型)雌性：在身体或肾尺寸，或血清肌氨酸酐方面各组间无差别。

杂合子(cy/+)雄性：与高剂量组和媒介组相比，低剂量抗体组的身体重量增加。低剂量组中的总肾重量增加，尽管在一定程度上与体重增加成比例。与低剂量组相比，高剂量抗体组的身体重量、肾重量和肾：身体重量比率降低。各组中的血清肌氨酸酐无差别。

杂合子(cy/+)雌性：在低剂量组中身体和肾重量增加，但这种改变成比例所以肾：身体重量没有变化。各组的血清肌氨酸酐无差别。与低剂量组相比，高剂量抗体组的肾和身体重量降低，但肾：身体重量比例和血清肌氨酸酐相似。

纯合子(cy/cy)雄性和雌性：表现出非常增大的肾，以及肾：身体重量比例，和明显增加的血清肌氨酸酐。各组间无显著差别。

B)进一步分析处理起始天(1天及7天)的早期处理A(以上)结果的再分析

处理B结果

杂合子(cy/+)雄性：开始于第7天的低剂量治疗导致了身体和肾的生长，尽管血清肌氨酸酐不受影响。这些效果在从生后1天的处理大鼠中看不到。开始于生后7天的高剂量组，对身体或肾的尺寸没有显著影响。与媒介处理的大鼠相比，具有低的血清肌氨酸酐的趋势。无论是开始于生后1天或7天，高剂量抗体组的囊肿重量显著降低。

杂合子(cy/+)雌性：无论处理开始于生后1天或7天，低剂量与大的身体和肾尺寸相关，但在肾：身体重量比例上没有变化。开始于生后7天的高剂量处理增加了肾尺寸，而开始于生后1天的没有，肾：身体重量比例没有变化。在生后1天接受高剂量处理的大鼠与生后7天开始接受这些处理的大鼠相比，总肾重量显著降低，但肾：身体重量比例没有变化。在所有组中，血清肌氨酸酐值相似。在生后7天开始的高剂量抗体显著降低囊肿重量，甚至比开始于生后1天的更有效。

C)后期处理(媒介、低剂量、高剂量)向3周龄的雄性杂合(cy/+)Han:SPRD大鼠腹腔注射低剂量抗TGF-α抗体(0.5mg/kg)、高剂量抗TGF-α抗体(5mg/kg)或不相关抗体媒介，每周2次。在第6周龄，清醒测量所有大鼠的收缩血压、尾巴血血清肌氨酸酐水平。收集24小时尿测量蛋白和肌氨酸酐(用于计算肌氨酸酐清除)。用3％水杨磺酸沉淀尿蛋白并测量。用分光谱测量肌氨酸酐。在10周龄，重复测量血压和代谢笼收集物(metabolic cage collections)。然后将大鼠称重、麻醉。取出肾、称重、并进行组织学检测。取出肝，粗略检测囊肿表达，然后定基因型。

处理C结果

在所有组中，身体重量随时间的增加相似。在所有组中，收缩血压有增高的趋势，但仅在低剂量组中显著增加。蛋白尿在所有组中适度并相同的增加。肌氨酸酐清除值仅在接受媒介的组中显著增加。在研究最后，三组表现相同的身体重量、肾重量、肾：身体重量比例、收缩血压、肌氨酸酐清除和蛋白尿。

可以理解的是，尽管本发明结合上述实施方案进行说明，但是前述说明和实施例仅用于说明而不是限制本发明。本发明范围内的其它方面、优点及改变对于本领域技术人员来说是显而易见的，本发明也涉及这些内容。

表1.SAGE库的总结

环境标记/库唯一的(unique)标记
环境标记/库唯一的(unique)标记	NL 53,176 18,965CL 61,471 21,299NK 51,923 19,378CK 53,327 20,855

表2CL中前20个上-和下调基因

标记序列 11^th NL CL -NL/CL 登录号下调的基因(HUGO) P值
标记序列 11^th NL CL -NL/CL 登录号下调的基因(HUGO) P值	AATCTGCGCC 22 0. <-22 .M13755 干扰素-α可诱导 4.58E-07蛋白(G1P2)
GCCCAGCTGG A 19 0 <-19 Z21507 真核翻译延长因子 2.78E-061-δ(EEF1D)	AATCTGCGCC 22 0. <-22 .M13755 干扰素-α可诱导 4.58E-07蛋白(G1P2)
GCCCAGCTGG A 19 0 <-19 Z21507 真核翻译延长因子 2.78E-061-δ(EEF1D)	TCTGCACCTC 37 2 -18.5 X70940 真核翻译延长因子 1.26E-091-α2(EEF1A2)
TGCTGCCTGT T 18 1 -18 NM_004335 骨髓基质细胞 2.37E-05抗原2(BST2)	TCTGCACCTC 37 2 -18.5 X70940 真核翻译延长因子 1.26E-091-α2(EEF1A2)
TGCTGCCTGT T 18 1 -18 NM_004335 骨髓基质细胞 2.37E-05抗原2(BST2)	GGGCCCCCTG G 15 0 <-15 NM_002101 血型糖蛋白C 3.12E-05(GYPC)
GTGCAGGTCT 15 0 <-15 BI262403 假想蛋白MGC4022 3.12E-05(R321843)	GGGCCCCCTG G 15 0 <-15 NM_002101 血型糖蛋白C 3.12E-05(GYPC)
GTGCAGGTCT 15 0 <-15 BI262403 假想蛋白MGC4022 3.12E-05(R321843)	AGGCAGACGG 14 1 -14 AL566171 真核翻译延长因子 2.66E-041-α2(EEF1A2)
CTTGGGAGGC G 14 1 -14 NM_032158 KIAA0618基因产物 2.66E-04(WBSCR20C)	AGGCAGACGG 14 1 -14 AL566171 真核翻译延长因子 2.66E-041-α2(EEF1A2)
	TGGGACGTGA 14 1 -14 NM_004445 EphB6(EPHB6) 2.66E-04
AGGAGGGAGG C 12 0 <-12 M77836 吡咯啉-5-羧酸 1.96E-04还原酶1(PYCR1)	TGGGACGTGA 14 1 -14 NM_004445 EphB6(EPHB6) 2.66E-04
AGGAGGGAGG C 12 0 <-12 M77836 吡咯啉-5-羧酸 1.96E-04还原酶1(PYCR1)	GCTCCCAGAC 12 1 -12 BC029755 囊泡循环蛋白2 8.98E-04(Synaptogyrln)(SYNGR2)
GTGCTGATTC T 24 2 -12 L02870 胶原质，VII-α1型 2.65E-08(COL7A1)
GTGCTGATTC T 24 2 -12 L02870 胶原质，VII-α1型 2.65E-08(COL7A1)	TGTGCGCGGG 12 1 -12 AF124432 中间纤维样MGC： 8.98E-042625(DKFZP58612223)

TTCTCCCGCT 12 1. -12 NM_000308 用于β-半乳糖苷酶 8.98E-04的保护性蛋白(PPGB)
	ACTCGCTCTG 21 2 -10.5 NM_006560 层粘蛋白-α5 1.56E-05(LAMA5)
CCCTCAGCAC C 10 1 -10 BC004376 膜联蛋白A8 3.06E-03(ANXA8)	ACTCGCTCTG 21 2 -10.5 NM_006560 层粘蛋白-α5 1.56E-05(LAMA5)
CCCTCAGCAC C 10 1 -10 BC004376 膜联蛋白A8 3.06E-03(ANXA8)	CCGCTGCTTG 10 0 <-10 NM_006736 DnaJ(Hsp40)同源体 6.74E-04亚家族B，成员2(DNAJB2)
CCTCTGGAGG 10 1 -10 aM969091 P450(细胞色素) 3.06E-03氧化还原酶(POR)
CCTCTGGAGG 10 1 -10 aM969091 P450(细胞色素) 3.06E-03氧化还原酶(POR)	CTGACCCCCT 10 1 -10 NM_012200 β-1，3-葡萄糖醛酸 3.06E-03转移酶3(B3GAT3)
TTGACCCTGG 9 1 -9 NM_014338 磷脂酰丝氨酸脱羧酶 5.68E-03(PISD)
TTGACCCTGG 9 1 -9 NM_014338 磷脂酰丝氨酸脱羧酶 5.68E-03(PISD)	标记序列 11^th NL CL CL/CL 登录号上调的基因 P值
TCAGGCCTGT 0 118. >118 X038555 粒细胞集落刺激因子 <1.0E-16(CSF3)	标记序列 11^th NL CL CL/CL 登录号上调的基因 P值
TCAGGCCTGT 0 118. >118 X038555 粒细胞集落刺激因子 <1.0E-16(CSF3)	TTGGTTTTTG 0 88 >88 U81234 CXCL-6趋化因子 <1.0E-16(CXCL6)
AGGTCCTAGC 0 76 >76 U62589. 谷光苷肽-S-转移酶 <1.0E-16P1c(GSTP1)	TTGGTTTTTG 0 88 >88 U81234 CXCL-6趋化因子 <1.0E-16(CXCL6)
AGGTCCTAGC 0 76 >76 U62589. 谷光苷肽-S-转移酶 <1.0E-16P1c(GSTP1)	ACCGCCGTGG 0 63 >63 M21186 细胞色素b-245-α 1.54E-13多肽(CYBA)
GTTCACATTA 0 61 >61 X00497 HLA-DR抗原相关 3.73E-13恒定链(CD74)	ACCGCCGTGG 0 63 >63 M21186 细胞色素b-245-α 1.54E-13多肽(CYBA)
GTTCACATTA 0 61 >61 X00497 HLA-DR抗原相关 3.73E-13恒定链(CD74)	GACCTGGAGC C 0 34 >34 NM_004417 双特异性磷酸酶1 5.84E-08(DUSP1)
TGCCCTCAGG 0 34 >34 AA169874 脂质运载蛋白2 5.84E-08(LCN2)	GACCTGGAGC C 0 34 >34 NM_004417 双特异性磷酸酶1 5.84E-08(DUSP1)
TGCCCTCAGG 0 34 >34 AA169874 脂质运载蛋白2 5.84E-08(LCN2)	AGACCCCCAA C 0 32 >32 AI479224 脊椎/淋巴或混合 1.43E-07型白血病3(MLL3)
TGCAGTCACT G 0 25 >25 X54925 基质金属蛋白酶(MMP1) 3.31E-06	AGACCCCCAA C 0 32 >32 AI479224 脊椎/淋巴或混合 1.43E-07型白血病3(MLL3)
TGCAGTCACT G 0 25 >25 X54925 基质金属蛋白酶(MMP1) 3.31E-06	TGCCCTCAAA 0 23 >23 AA169874 脂质运载蛋白2 8.17E-06(LCN2)
GTCCCCACTG 1 23 23 AI870124 cDNA FLJ22487fls， 3.36E-05克隆HRC10931	TGCCCTCAAA 0 23 >23 AA169874 脂质运载蛋白2 8.17E-06(LCN2)
	TGAGTCCCTG 1 18 18 NM_004878 前列腺素E合成酶 3.25E-04
GAAAAGTTTC C 2 35 17.5 X78686 CXCL-5趋化因子 5.77E-07	TGAGTCCCTG 1 18 18 NM_004878 前列腺素E合成酶 3.25E-04

(CXCL5)
(CXCL5)	TGGAAGCACT T 1 17 17 M26383 CXCL-6趋化因子 5.14E-04(CXCL6)
TGACTGGCAG 1 16 16 BC001506 CD59抗原p18-20 8.12E-04(CD59)	TGGAAGCACT T 1 17 17 M26383 CXCL-6趋化因子 5.14E-04(CXCL6)
TGACTGGCAG 1 16 16 BC001506 CD59抗原p18-20 8.12E-04(CD59)	GGAAAAGTGG T 1 15 15 V00496 丝氨酸(或半胱氨酸)蛋白酶 1.29E-03抑制剂，分枝A1(SERPINA1)
TAGCAGCAAT 1 15 15 NM_022154 细胞中的BCG-诱导 1.29E-03的基因(BICM103)
	ATAGCTGGGG C 1 15 .15 L11284 丝分裂活化的蛋白 1.29E-03激酶激酶1(MAP2K1)
TTGAATCCCC 0 14 >14 Z18538 蛋白酶抑制剂(PI3) 5.01E-04	ATAGCTGGGG C 1 15 .15 L11284 丝分裂活化的蛋白 1.29E-03激酶激酶1(MAP2K1)
TTGAATCCCC 0 14 >14 Z18538 蛋白酶抑制剂(PI3) 5.01E-04	TTGAAACTTT A 0 14 >14 J03561CX CL-1趋化因子 5.01E-04(CXCLI)
GACATCAAGT C 0 14 >14 Y00503 角蛋白19(KPT19) 5.01E-04	TTGAAACTTT A 0 14 >14 J03561CX CL-1趋化因子 5.01E-04(CXCLI)

表3.CK中前20个上-和下调基因

标记序列 11^th NK CK-NK/CK 登录号下调的基因(HUGO) P值
标记序列 11^th NK CK-NK/CK 登录号下调的基因(HUGO) P值	GACCAGGCCC 33 1 -33 M12125 原肌球蛋白-1(TPM1) 2.60E-08
CCCGAGGCAG 15 0 <-15 AB012664 斯钙素(Stanniocalcin)-2(STC-2) 8.67E-05	GACCAGGCCC 33 1 -33 M12125 原肌球蛋白-1(TPM1) 2.60E-08
	TGCGGAGGCC 13 0 13 AB001740 干燥综合症/硬皮病 3.82E-03自身抗原1(SSSCA1)
GACTCGCTCC 13 0 <-13 BF718611 差异表达的CO16基因 2.58E-04的cDNA(HSJ001348)	TGCGGAGGCC 13 0 13 AB001740 干燥综合症/硬皮病 3.82E-03自身抗原1(SSSCA1)
	TGCAGCGCCT 11 1 -11 NM_003364 尿苷磷酸化酶(UP) 3.35E-03
ATGTGTGTTG 10 0 <-10 AF002697 BCL2/腺病毒E1B19kDa 1.35E-03相互作用蛋白(BNIP3)	TGCAGCGCCT 11 1 -11 NM_003364 尿苷磷酸化酶(UP) 3.35E-03
	GCAATAAATG G 10 1 -10 D17530 联脑蛋白(Drebrin)(BN1) 5.81E-03
GTGGCGGGAG 9 1 -9 X64002 通用转录因子IIF多肽1 1.00E-02(74kD亚单元)(GTF2F1)	GCAATAAATG G 10 1 -10 D17530 联脑蛋白(Drebrin)(BN1) 5.81E-03
	AAGGAAGCAA T 9 1 -9 Y64002 核糖体蛋白5A(具有KKE/D 1.00E-02重复序列的56kD)(NOL5A)
GGCGGCTGTG 8 0 <-8 AF014404 过氧化酶乙酰辅酶A 4.15E-03硫酯酶(PTE1)

GGGCCCTTCC T 8 1 -8 AF055022 染色体20开链阅读框 1.00E-02188(C20orf188)
	GGCAGCAATG 8 0 <-8 X03212 角蛋白7(KPT7) 4.15E-03
CGGCACATGC 8 1 -8 U26401 半乳糖苷酶(GALKI) 1.00E-02	GGCAGCAATG 8 0 <-8 X03212 角蛋白7(KPT7) 4.15E-03
CGGCACATGC 8 1 -8 U26401 半乳糖苷酶(GALKI) 1.00E-02	TTCCCAAAGG C 8 1 -8 X91504 ADP核糖基化因子相关 1.00E-02蛋白1(ARFRP1)
AACCCTGCCC C 8 1 -8 U34683 谷光苷肽合成酶(GSS) 1.00E-02	TTCCCAAAGG C 8 1 -8 X91504 ADP核糖基化因子相关 1.00E-02蛋白1(ARFRP1)
AACCCTGCCC C 8 1 -8 U34683 谷光苷肽合成酶(GSS) 1.00E-02	CCGCTGATCC 22 3 -7.3 S73639 骨刺(多重)1(EXT1) 1.10E-04
GCCATAAAAT 7 0 <-7 X17042 蛋白多糖1，分泌颗粒 7.33E-03(PRG1)	CCGCTGATCC 22 3 -7.3 S73639 骨刺(多重)1(EXT1) 1.10E-04
GCCATAAAAT 7 0 <-7 X17042 蛋白多糖1，分泌颗粒 7.33E-03(PRG1)	GCAACGGGCC 14 2 -7 U91316 脑乙酰辅酶A水解酶 2.26E-03(BACH)
GCCGGGTGGG 13621 -6.5 D45131 基础免疫球蛋白(Basigin) <1.0E-16(OK血型)(BSG)	GCAACGGGCC 14 2 -7 U91316 脑乙酰辅酶A水解酶 2.26E-03(BACH)
	TGGACATCAT 6 0 <-6 NM_013334 GDP-甘露糖焦 1.00E-02磷酸酶B(GMPPB)
标记序列 11^th NK CK CK/NK 登录号上调的基因(HUGO) P值	TGGACATCAT 6 0 <-6 NM_013334 GDP-甘露糖焦 1.00E-02磷酸酶B(GMPPB)
标记序列 11^th NK CK CK/NK 登录号上调的基因(HUGO) P值	ATCTTGTTAC 1 56 56 X02761 纤维连接蛋白1(FN1) 6.68E-13
GAAAAATACA T 1 49 49 AL31902 FLJ30315fls， 2.15E-11克隆BRACE2003539(LOC162967)	ATCTTGTTAC 1 56 56 X02761 纤维连接蛋白1(FN1) 6.68E-13
	CCGCTATCCA 2 88 44 无相配标记 <1.0E-16
TTGGTTTTTG 0 29 >29 U81234CX CL-6趋化因子(CXCL6) 1.07E-07	CCGCTATCCA 2 88 44 无相配标记 <1.0E-16
TTGGTTTTTG 0 29 >29 U81234CX CL-6趋化因子(CXCL6) 1.07E-07	GTTGTCTTTG G 2 51 25.5 K02765 补体组分C3(C3) 7.36E-12
CTGAACCGGG 1 24 24 无相配标记 5.79E-06	GTTGTCTTTG G 2 51 25.5 K02765 补体组分C3(C3) 7.36E-12
CTGAACCGGG 1 24 24 无相配标记 5.79E-06	GCCCGGTGGG C 1 24 24 无相配标记 5.79E-06
CCGGCCCTAC 3 60 20 U21049 在癌症中上调的 1.47E-12上皮蛋白(DD96)	GCCCGGTGGG C 1 24 24 无相配标记 5.79E-06
CCGGCCCTAC 3 60 20 U21049 在癌症中上调的 1.47E-12上皮蛋白(DD96)	TCACCTTAGG T 1 17 17 NM_021999 完整膜蛋白2B(ITM2B) 4.73E-05
AAGAGTTTTG 1 17 17 X15414 醛酮还原酶家族1成员B1 2.03E-04(AKR1B1)具有由脂多糖诱导的联接蛋白重复序列的分子	TCACCTTAGG T 1 17 17 NM_021999 完整膜蛋白2B(ITM2B) 4.73E-05
	TTGCTGCCAG C 1 16 16 AW088077 (MAIL) 3.39E-04
CAATAAATGT T 0 16 >16 D23661 核糖体蛋白L37(RPL37) 7.91E-05	TTGCTGCCAG C 1 16 16 AW088077 (MAIL) 3.39E-04
CAATAAATGT T 0 16 >16 D23661 核糖体蛋白L37(RPL37) 7.91E-05	GCCACACCCA C 1 15 15 AW264297 C型凝血素 5.67E-04超级家族成员9(CLECSF9)

TGCCCTCAAA 0 15 >15 BE645920 脂质运载蛋白2(LCN2) 1.32E-04
TGCCCTCAAA 0 15 >15 BE645920 脂质运载蛋白2(LCN2) 1.32E-04	TGCCCTCAGG C 2 28 14 BE645920 脂质运载蛋白2(LCN2) 2.94E-06
ACACCTCTAA A 0 13 >13 BC001375 细胞质溶质非专一性 3.74E-04二肽酶(CN2)	TGCCCTCAGG C 2 28 14 BE645920 脂质运载蛋白2(LCN2) 2.94E-06
ACACCTCTAA A 0 13 >13 BC001375 细胞质溶质非专一性 3.74E-04二肽酶(CN2)	GTGCGAAGGA 1 13 13 无相配标记 1.59E-03
GTGCCGGAGG 0 12 >12 无相配标记 6.30E-04	GTGCGAAGGA 1 13 13 无相配标记 1.59E-03
GTGCCGGAGG 0 12 >12 无相配标记 6.30E-04	TAAGTGTGGT T 0 11 >11B U752045 闭合蛋白1(claudinl) 1.06E-03(CLDN1)
CCAGCTTCCT 1 12 12 X58840 转录因子2，肝(TCF2)2.67E-03

表4CK和CL中前20个比通常表达>5x的上调基因

标记 11^th CL/NL CK/NK 登录号# 描述(HUGO)
标记 11^th CL/NL CK/NK 登录号# 描述(HUGO)	AGTATCTGGG 6 5 AF006084 Arp2/3蛋白复合体亚基1B p41(ARPC1B)
AAGTTGCTAT 10 5 J03077 β-葡萄糖苷酶，prosaposin(PSAP)	AGTATCTGGG 6 5 AF006084 Arp2/3蛋白复合体亚基1B p41(ARPC1B)
AAGTTGCTAT 10 5 J03077 β-葡萄糖苷酶，prosaposin(PSAP)	TAGCAGCAAT 15 >5 NM_022154 单细胞中的BCG-诱导的基因(BICM103)
TATGAATGCT >6 10 NM_004385 硫酸软骨素蛋白聚糖(CSPG2)	TAGCAGCAAT 15 >5 NM_022154 单细胞中的BCG-诱导的基因(BICM103)
TATGAATGCT >6 10 NM_004385 硫酸软骨素蛋白聚糖(CSPG2)	GTCTTAAAGT 10 >10 BC016015 克隆IMAGE4711494
AGATGAGATG 5 6 AF001461 启动子核心元件结合蛋白(COPEB)	GTCTTAAAGT 10 >10 BC016015 克隆IMAGE4711494
AGATGAGATG 5 6 AF001461 启动子核心元件结合蛋白(COPEB)	GAAAAGTTTC C 17.5 9 X78686 CXCL-5趋化因子(CXCL5)
TTGGTTTTTG >88 >29 U81234 CXCL-6趋化因子(CXCL6)	GAAAAGTTTC C 17.5 9 X78686 CXCL-5趋化因子(CXCL5)
TTGGTTTTTG >88 >29 U81234 CXCL-6趋化因子(CXCL6)	CCGGCCCTAC. 7.3 20 U21049 膜相关的DD96(DD96)
CGCCCGTCGT G 8 5.5 AL390147 假定蛋白(DKZFp547D065	CCGGCCCTAC. 7.3 20 U21049 膜相关的DD96(DD96)
CGCCCGTCGT G 8 5.5 AL390147 假定蛋白(DKZFp547D065	GAAAAATACA T 7.4 .49 AL831902 假定蛋白(LOC162967)
ACAGAAGGGA G 6 >7 U28252 β1粘合素(ITGB1)	GAAAAATACA T 7.4 .49 AL831902 假定蛋白(LOC162967)
ACAGAAGGGA G 6 >7 U28252 β1粘合素(ITGB1)	TGCCCTCAAA A >23 >15 BE645920 脂质运载蛋白2(Lipocalin)(LCN2)
TGCCCTCAGG >34 14 BE645920 脂质运载蛋白2(LCN2)	TGCCCTCAAA A >23 >15 BE645920 脂质运载蛋白2(Lipocalin)(LCN2)
TGCCCTCAGG >34 14 BE645920 脂质运载蛋白2(LCN2)	GGGATTAAAG 5 8 M28882 肿瘤细胞粘附分子(MCAM)
TTCTATTTCA 7 6 M69066 膜突蛋白(MSN)	GGGATTAAAG 5 8 M28882 肿瘤细胞粘附分子(MCAM)
TTCTATTTCA 7 6 M69066 膜突蛋白(MSN)	CCTGAGGAAT >5 >5 NM_031419 含有由脂多糖诱导的联接蛋白重复序列的分子(MAIL)
TTGCTGCCAG C 12 16 NM_031419 含有由脂多糖诱导的联接蛋白重复序列的分子(MAIL)	CCTGAGGAAT >5 >5 NM_031419 含有由脂多糖诱导的联接蛋白重复序列的分子(MAIL)
TTGCTGCCAG C 12 16 NM_031419 含有由脂多糖诱导的联接蛋白重复序列的分子(MAIL)	GTCGAAGGAC >6 >5 无相配标记

GTGCCGGAGG 5.5 >12 无相配标记
GTGCCGGAGG 5.5 >12 无相配标记	GTGCGAAGGA >7 13 无相配标记
TCGCTGCTTT >381 6 无相配标记	GTGCGAAGGA >7 13 无相配标记
TCGCTGCTTT >381 6 无相配标记	TGGTGTTAAG 11 6 X69150 核糖体蛋白S18(RPS18)
CCTATGTAAG 6 >6 Z23064 RNA结合基序蛋白X染色体(RBMX)	TGGTGTTAAG 11 6 X69150 核糖体蛋白S18(RPS18)
CCTATGTAAG 6 >6 Z23064 RNA结合基序蛋白X染色体(RBMX)	GGAAAAGTGG T 15 10.5 X01683 丝氨酸(或半胱氨酸)蛋白酶抑制剂，分枝A1(SERPINA1)
GTGCGGAGGA C 5.1 9.3 M10906 血清淀粉样蛋白A1(SAA1)	GGAAAAGTGG T 15 10.5 X01683 丝氨酸(或半胱氨酸)蛋白酶抑制剂，分枝A1(SERPINA1)
GTGCGGAGGA C 5.1 9.3 M10906 血清淀粉样蛋白A1(SAA1)	TTGGGGGTTT 6.3 >7 NM_003599 Ty3同源体抑制子(SUPT3H)
TCTGCAAATT >5 >5 NM_032525 微管蛋白β5(TUBB-5)	TTGGGGGTTT 6.3 >7 NM_003599 Ty3同源体抑制子(SUPT3H)

表5-A CL中上调基因的功能基团

1-生长因子，趋化因子和炎症应答相关因子

Tag NL CL NK CK 登录号基因(HUGO)
Tag NL CL NK CK 登录号基因(HUGO)	TCAGGCCTGT. 0 118 0 0 X03655 粒细胞集落刺激因子(CSF3)GAAAAGTTTC 2 35 1 9 X78686 CXCL-5趋化因子(CXCL5)TTGAAACTTT 0 14 0 3 J03561 CXCL-1趋化因子(CXCL1)TGGAAGCACT 1 17 1 3 X78686 CXCL-8趋化因子(CXCL8)

2-受体和细胞表面抗原

Tag NL CL NK CK 登录号基因(HUGO)
Tag NL CL NK CK 登录号基因(HUGO)	GGAGGTAGGG 1 11 5 5 U40271 跨膜受体前体(PTK7)CTGTGAGACC 0 8 1 0 U12255 IgG受体的Fc片段，转运蛋白-α(FCGRT)TGGTCCAGCG. 1 7 0 0 M86511 单细胞抗原CD14(CD14)GTTCACATTA 0 61 0 2 X00497 HLA-DR抗原相关恒定链(CD74)TGACTGGCAG 1 16 6 10 BC001506 CD59抗原p18-20(CD59)GCAGTTCTGA 0 6 0 0 X00700 II级组织相容性抗原片段(HLA-DR)ACAGAAGGGA 0 6 2 14 U28252 β1粘含素(1TGB1)

3-转录因子和信号传导调节物

Tag NL CL NK CK 登录号基因(HUGO)
Tag NL CL NK CK 登录号基因(HUGO)	ATAGCTGGGG 1 15 0 1 L11284 丝裂原激活蛋白激酶激酶1(MAP2K1)ACTGAGGAAA 0 6 3 6 M31159 IGFBP3ATCAAATGCA 1 5 0 3 K02276 c-Myc(MYC)GGAGGTAGGG 1 11 5 5 U33635 蛋白质酪氨酸激酶7(PTK7)

GGATGCAAGG 1 5 0 0 U07349 丝裂原激活蛋白激酶激酶激酶激酶2(MAP4K2)GACCTCCTGC 1 5 2 4 L32976 丝裂原激活蛋白激酶激酶激酶11(MAP3K11)

5-细胞骨架

Tag NL CL NK CK 登录号基因(HUGO)
Tag NL CL NK CK 登录号基因(HUGO)	TTCTATTTCA 1 7 1 6 M69066 刺突蛋白(MSN)AGTATCTGGG 1 6 1 5 AF006084 Arp2/3蛋白复合体亚基1B p41(ARPC1B)CTGGCGCGAG 0 13 0 1 X69549 Rho-GDP解离抑制剂-β(GDI)(ARHGDIB)

6-细胞外基质

Tag NL CL NK CK 登录号基因(HUGO)
Tag NL CL NK CK 登录号基因(HUGO)	ACAGAGCACA 0 11 0 0 X91171 层粘蛋白α4(LAMA4)

7-蛋白酶

Tag NL CL NK CK 登录号基因(HUGO)
Tag NL CL NK CK 登录号基因(HUGO)	TGCAGTCACT 0 25 0 0 M13509 基质金属蛋白酶1(MMP1)GGAAAAGTGG 1 15 2 21 V00496 丝氨酸(或半胱氨酸)蛋白酶抑制剂，分枝A1(SERPINA1)TTTCCCTCAA 3 16 0 2 D87258 结合IGF的丝氨酸蛋白酶11(PRSS11)TTGATGCCCG 0 5 0 3 M93056 丝氨酸(或半胱氨酸)蛋白酶抑制剂，分枝B1(SERPINB1)

8-离子通道和转运蛋白

Tag NL CL NK CK 登录号基因(HUGO)
Tag NL CL NK CK 登录号基因(HUGO)	TATGACTTAA 1 7 2 2 AF031815 钾介导的/小电导钙激活的通道，亚家族N，成员3(KCNN3)

9-其它

Tag NL CL NK CK 登录号基因(HUGO)
Tag NL CL NK CK 登录号基因(HUGO)	AGGTTTCCTC 1 8 4 2 D67025 蛋白酶26s亚基，非-ATPpase，3(PSMD3)ATGGGATGGC 1 5 0 0 J02761 肺表面活性物质相关蛋白B(SFTPB)CCCAACGCGC 0 10 0 0 V00493 血红素-α2(HBA2)CCCGAGGCAG 1 9 15 0 AF055460 斯钙素2(STC2)

CTTTGAGTCC 0 9 0 0 U01101 子宫珠蛋白，家族1A，成员1(SCGB1A1)GATGCGAGGA 2 12 1 0 U38276 信号索3F(SEMA3F)GCAAGAAAGT 0 5 0 0 M25113 血红素-β(HBB)GCAGGCCAAG 4 24 1 0 U57092 B-因子，备解素(BF)GCCTTCCAAT 4 21 4 11 X52104 RNA解螺旋酶，68kDa(DDX5)GGGATTAAAG 1 5 1 8 M28882 肿瘤细胞粘附分子(MCAM)GTAATGACAG 1 6 1 0 U25997 斯钙素1(STC1)GTCTGGGGGA 0 7 3 8 U67963 甘油一酯脂肪酶(MGLL)GTGCGGAGGA 61 312 45 418 M23698 血清淀粉样蛋白A1(SAA1)GTGGTGGACA 1 5 12 3 U68041 乳腺癌1，早期发作因子(BRCA1)GTGTCTCGCA 2 12 3 7 L19605 膜联蛋白A11(ANXA11)TGGAAAGCTT 1 15 4 3 M64497 核受体亚家族2F2(NR2F2)TGGCTTGCTC 2 15 3 6 AF069250 中冈田(Okadaic)酸可诱导的磷蛋白(OA48-18)TTGAATCCCC 0 14 0 1 Z18538 蛋白酶抑制剂3，皮肤衍生的(PI3)

表5-B，CK中上调基因的功能基团

1-生长因子，趋化因子和炎症应答相关因子

Tag NL CL NK CK 登录号基因(HUGO)
Tag NL CL NK CK 登录号基因(HUGO)	GACGGCGCAG 13 3 0 6 M63193 内皮细胞生长因子1(ECGF1)TTTGCACCTT 2 7 10 2 X78947 结缔组织生长因子(CTGF)GAAAAGTTTC 2 35 1 9 X78686 CXCL-5趋化因子(CXCL5)TTGAAACTTT 0 14 0 3 J03561 CXCL-1趋化因子(CXCL1)

2-受体和细胞表面抗原

Tag NL CL NK CK 登录号基因(HUGO)

AAGATTGGGG 3 5 1 11 U40373 细胞表面糖蛋白CD44(CD44)GTACGGAGAT 0 0 0 9 M30257 血管细胞粘附分子1(VCAM1)TTCAGGAGGG 2 9 1 6 M17661 T细胞受体-α位点(TRA@)TCGAAGAACC 3 7 1 6 M59907 CD 63肿瘤1抗原(CD63)AAAACTGAGA 6 1 0 5 Z50022 垂体瘤转移1相互作用蛋白(PTTG1IP)ACAGAAGGGA 0 6 2 14 U28252 β1粘合素(ITGB1)CCAGGCTGCG 9 12 2 10 M35011 β5粘合素(ITGB5)GTACTGTAGC 5 22 4 20 M59911 α3粘合素(ITGA3)

3-转录因子和信号传导调节物

Tag NL CL NK CK 登录号基因(HUGO)
Tag NL CL NK CK 登录号基因(HUGO)	ATCAAATGCA 1 5 0 3 K02276 C-Myc(MYC)

GGAGGGATCA 10 8 1 8 U40282 粘合素相连的激酶(ILK)ATGGCCATAG 6 2 1 6 X99325 丝氨酸/苏氨酸激酶25(STK25)CAGCGCCACC 5 7 1 5 AF035625 丝氨酸/苏氨酸激酶11(STK11)

4-凋亡

Tag NL CL NK CK 登录号基因(HUGO)
Tag NL CL NK CK 登录号基因(HUGO)	ACCATCCTGC 3 11 1 5 AF039067 抗死亡蛋白IEX-1L(IER3)AAAGTCTAGA 0 3 0 5 M73554 bcl-1(CCND1)

5-细胞骨架

Tag NL CL NK CK 登录号基因(HUGO)
Tag NL CL NK CK 登录号基因(HUGO)	TTCCACTAAC 9 14 0 5 U53204 网格蛋白1中间纤丝(PLEC1)TTCTATTTCA 1 7 1 6 M69066 刺突蛋白(MSN)AGTATGTGGG 1 6 1 5 AF006084 Arp2/3蛋白复合体亚基1B p41(ARPC1B)

6-细胞外基质

Tag NL CL NK CK 登录号基因(HUGO)
Tag NL CL NK CK 登录号基因(HUGO)	ATCTTGTTAC 3 11 1 56 W47550 纤维连接蛋白1(FN1)

7-蛋白酶

Tag NL CL NK CK 登录号基因(HUGO)
Tag NL CL NK CK 登录号基因(HUGO)	GGAAAAGTGG 1 15 2 21 V00496 丝氨酸(或半胱氨酸)蛋白酶抑制剂，分枝A1(SERPINA1)GCACCTGTCG 19 22 0 12 X13276 氨基肽酶N CD13(ANPEP)GCAAAAAAAA 11 11 1 10 AF053944 主动脉羧肽酶样(AEBP1)

8-离子通道和转运蛋白

Tag NL CL NK CK 登录号基因(HUGO)
Tag NL CL NK CK 登录号基因(HUGO)	GATCCTGGAT 0 0 1 5 Y17975 ATPase，H+转运，溶酶体相互作用蛋白2(ATP6IP2)TTCACTGCCG 6 3 1 9 D49400 ATPase，H+转运，溶酶体14kDa，V1亚基F(ATP6V1F)ACAAACCCCC 2 6 0 2 W37827 ATPase，Na+/K+转运β1多肽(ATP1B1)CACAGTCAAA 1 5 0 1 R42029 B-3亚基电压依赖型钙通道(CACNB3)

9-其它

Tag NL CL NK CK 登录号基因(HUGO)

AAGCAGGAGG 0 3 1 8 U68019 MAD mothers against decapentaple同源体3(MADH3)AATGCTTGAT 1 3 1 6 U3514 3视网膜母细胞瘤结合蛋白7(RBBP7)ACAAATCCTT 4 13 1 6 M34539 FK506结合蛋白1A，12kDa(FKBP1A)ACTCAGCCCG 10 16 1 8 M92357 肿瘤坏死因子-α-诱导的蛋白2(TNFAIP2)CACACCCCTG 4 6 0 6 Y12711 孕激素受体膜组分1(PGRMC1)CGAGGGGAGA 2 3 0 6 X67325 干扰素-α可诱导蛋白27(IFI27)CGACCCCACG 13 2 0 5 K00396 阿朴酯蛋白(apollpoprotein)E(APOE)GCTGCCCGGC 6 9 1 7 AF069733 转录接头3(TADA3L)TAAAAATGTT 1 1 0 8 M14083 丝氨酸(或半胱氨酸)蛋白酶抑制剂，分枝E1(SERPINE1)

表6CL中其余的上调5倍的基因

Tag序列 CL单基因(Unigene)簇中的上调基因

AAACATCCTA 无相配标记

AAGGGCGCGG 膜联蛋白A3Hs.442733

ACAGCGCTGA 主要组织相容复合物II型，DR beta3Hs.308026

ACAGTGCTTG 蛋白磷酸酶2(以前的2A)催化亚单位，

β异构Hs.80350

ACATTTCCAA 公认的淋巴细胞G0/G1转化基因Hs.432132

ACCCCTAACA 无相配标记

ACCCGATGGC 无相配标记

ACTGTGGCGG 食道特异的正常粘膜1Hs.112242

ACTTTCCAAA 无相配标记

AGAAGACAGA 无相配标记

AGCACGACCC 联脑蛋白1HS.89434

AGCAGTCCCC 无相配标记

AGGCATTGAA 核转移因子2HS.356630

AGGCCTTGGT CMP-NeuAC：(β)-N-半乳糖乙酰基

(α)2，6-唾液酸转移酶Vl成员Hs.109672

ATCTTGAAAG 类核小体组装蛋白11Hs.419776

ATGGTGGGGG 锌指蛋白36，C3H型，同源(小鼠)Hs.343586

CAAGACGGTC 无相配标记

CACTACTTCA 无相配标记

CAGGCTCCTG 原纤维蛋白2(先天性挛缩性细长指(趾))Hs.79432

CCAAGGGTCC 假定蛋白LOC283680Hs.356494

CCATTGAAAC 层粘连蛋白，β3Hs.436983

CCCAGAGCTC 羟基类固醇(17-β)脱氢酶2Hs.155109

CCGGCCCTAC 膜相关蛋白17Hs.431099

CCTGGGTCTC 细胞球蛋白Hs.95120

CGCCCGTCGT 序列相似性20的家族，膜C Hs.134742

CGGAACACCG villin2(埃兹蛋白)Hs.403997

CTAATGCAAA PNAS-123Hs.40092

CTCCCCAGGC 无相配标记

CTGGCCCGAG Rho GDP分离抑制子(GDI)βHS.292738

CTGGCGCGAG Rho GDP分离抑制子(GDI)βHS.292738

CTGTGAGACC IgG的Fc片段，受体，运送子，αHs.111903

CTGTGCCAAT 接头相关蛋白复合物2，β1亚单位，Hs.370123

CTTCTGCTGG 脱氢酶/还原酶(SDR家族)成员3Hs.17144

GACCTGCGGC ARP1激动蛋白相关蛋白1同源物A，中心

体肌动蛋白α(酵母)Hs.153961

GAGCTTTTGA 假定的蛋白FLJ13081HS.180638

GAGGCAGCTG 类鸟嘌呤核苷酸结合蛋白1Hs.83147

GAGGCCTCAG 泛素结合酶E2R2.Hs.11184

GATGCGAGGA sema结构域、免疫球蛋白结构域(Ig)，短基

结构域，分泌的，(信号素)3F Hs.32981

GCAGTTCTGA II型主要组织相容复合物，DR β3Hs.308026

GCCCCTCAGC 泛素结合酶E2R 2.Hs.11184

GGAAGGCCCC 无相配标记

GGATCCCAAC 无相配标记

GGATTTCATC 睾丸特异的转录因子，Y-连接Hs.412918

GGCGCCGGG 激酶(PRKA)瞄定蛋白(gravin)12Hs.197081

GGCGGGACCA 无相配标记

GGGGAAGCGA 无相配标记

GGGGGCGCC 溶解载体家族25(线粒体载体；腺苷酸

移位子)，成员6Hs.350927

GGTGACCACC 人cDNA：FLJ21545fis，

克隆COL06195Hs.83623

GTACCTGTAG 无相配标记

GTCGAAGGAC 无相配标记

GTCTGGGGGA 单甘油酯脂酶Hs.409826

GTCTTAAAGT 过氧岐化酶2，线粒体Hs.384944

GTGCGAAGGA 无相配标记

GTGGAGGTGG 含有1的葡萄球菌核酸酶结构域Hs.511400

GTGGCTTCAT 含3的Rho相关的BTB结构域Hs.31653

GTTGGGAAGA 前列腺的六个跨膜抗原Hs.61635

GTTTCAGGAG 酪氨酸蛋白磷酸酶，非受体型底物1Hs.156114

TAGGAAACAC DEAD(Asp-Glu-Ala—Asp)盒多肽42Hs.8765

TAGTTGTAGG 假定的蛋白CL25022Hs.5324

TATGAATACT 软骨素硫酸盐蛋白多糖2(versican)Hs.434488

TCATTCATCT 人cDNA FLJ44489fis，

克隆UTERU2035114 Hs.307962

TCCGCTTCGG 无相配标记

TCGCTTGCTT 无相配标记

TCTGGCAGTA karyopherin(importin)β3Hs.113503

TGCCCTCAGA lipocalin2(致癌基因24p3)Hs.204238

TGGCTTGCTC 顺铂抗性相关过度表达蛋白Hs.130293

TGGTGTATGC 无相配标记

TGTATGCCGT 类核因子(红细胞衍生的2)1Hs.83469

TTCAGTGCCC 葡萄糖6磷酸酶催化亚单位3Hs.294005

TTGCTGCCAG 脂多糖诱导的具锚蛋白(ankyrin)重复的分

子(MAIL)，小鼠同源Hs.390476

TTGGGGGTT 与蛋白sp：P02794(人)FRIH_HUMAN铁蛋

重链非常类似的人转录序列(铁蛋白H亚单位

Hs.446345

TTGTGTTGAG 无相配标记

CCCTCCTGGG 染色体9开放阅读框16Hs.409585

GCACTGAATA 淀粉样蛋白β(A4)类前体蛋白2Hs.279518

GGAGTGTGCG 离子钙结合配体分子2Hs.4944

GTGCCGGAGG 无相配标记

CATTTGTAAT 与蛋白ref：NP_060312.1假定的蛋白

FLJ20489稍类似的人转录序列Hs.467256

ACTTTCCAAA 无相配标记

GCAATACCCC 无相配标记

GCCCTTTCTC 甘露糖受体，C型2Hs.7835

GTCTTAAAGT 过氧化岐化酶2，线粒体Hs.384944

TATGAATGCT 软骨素硫酸盐蛋白多糖2多功能蛋白聚糖

(versican)Hs.434488

TGGATATCAG claudin1Hs.7327

GAAAAATGGG 过氧化岐化酶2，线粒体Hs.384944

GAAAAGTTTC 趋化因子(C-X-C基序)配体5Hs.89714

GTACGGAGAT 血管细胞粘附分子1Hs.109225

GTGTCAGATA 纤维连接蛋白1Hs.418138

TATGTGCCAC 上皮细胞转化序列2癌基因Hs.293257

GCTTGCAAAA 过氧化岐化酶2，线粒体Hs.384944

CACGCGATAG 无相配标记

CCTCAGCCTG 无相配标记

GGGATTAAAG 黑素瘤细胞黏附分子Hs.511397

GTAAGTGTAC 无相配标记

TACCGCCCGT 染色体7开放阅读框21Hs.238513

TCACCGGTCA (肌动蛋白)凝溶胶蛋白(gelsolin)(淀粉样变

性病，芬兰型)Hs.446537

TCTGTCAAGA ATP合成酶，H+转运，线粒体F1复合物，O

亚单位(寡霉素敏感比照(conferring)蛋白

质)Hs.409140

AAAGTTCGTA destrin(激动蛋白解聚因子)Hs.408576

ACCAGCCAGA 无相配标记

AGTAGGTGGC 无相配标记

CAGTCTGTGA 钮蛋白Hs.75350

CCTGCCCCGC 溶解载体家族34(磷酸纳)，成员2Hs.441716

CTGGTGGGCC 碳酸酐酶XII Hs.279916

GAGCAAATCT 无相配标记

GAGTCATTGA 人cDNA FLJ37644 fis，

克隆BRHIP2000239.Hs.186582

GTCGGAGGAC 无相配标记

GTGCTATTCT B7同源3Hs.77873

TCTGTTCTGG 细胞分裂周期34Hs.423615

TTGGGGGTTT 与蛋白sp：P02794(人)FRIH_HUMAN铁

蛋白重链非常类似的人转录序列(铁蛋白H

亚单位)Hs.446345

TTTGAAATGA 亚精胺/精胺N1-酰基转移酶Hs.28491

TTTGCTGTAG 肿瘤坏死因子(配体)超家族，

成员10Hs.387871

AATGCTTGAT 视网膜母细胞瘤结合蛋白7Hs.406078

ACAAATCCTT FK506结合蛋白1A，12kDa Hs.374638

ACGGAAAGGA 纤维蛋白原，Bβ多肽Hs.300774

AGAGGTGTAG 无相配标记

CAAAGCAACG 丝氨酸(或半胱氨酸)蛋白酶抑制剂，clade

E(连接蛋白(nexin)，纤溶酶原激活物抑制

剂1型)成员2Hs.21858

CACACCCCTG 孕酮受体成员成分1Hs.90061

CCACTCCTCC 细胞死亡防御剂1Hs.82890

CCAGGGGAGA 干扰素，α诱导蛋白27Hs.278613

CCTAATGTGT lamin B2 Hs.76084

CTAAGACTTT 无相配标记

CTGATGCCCA KIAA0063基因产物Hs.3094

GAAAGAGCTG H2A组蛋白家族，成员X Hs.147097

GAAGAACAAG 亚精胺/精胺N1-酰基转移酶Hs.28491

GAGAAGGGCA 鞘氨醇激酶1Hs.68061

GCCGAGCCAG 无相配标记

GGCCGAGGAA 原纤维蛋白1(Marfan综合病症)Hs.750

TCGCTGCTTT 无相配标记

TGCCCTCAGA lipoca lin2(癌基因24p3)Hs.204238

TGGCCCGACG nudix(核苷酸二磷酸连接部分X)型

基序1Hs.413078

TTGACTCCGA TEA结构域家族成员1(SV40转录增强因

子)Hs.153408

AGGTGGCAAG 人转录序列Hs.526560

CGCCCGTCGT 具有序列相似性20的家族，成员C

Hs.134742

GACCCCTGTC 跨膜运输蛋白Hs.74137

GCGATTCCGG CTD(碳端结构域，RNA聚合酶II，多肽A)

小磷酸酶1Hs.444468

AAGAGGCAAG 无相配标记

AAGCCAGTTT 肿瘤坏死因子(配体)超家族，

成员10Hs.387871

ACGATTGATG 载脂蛋白A-I结合蛋白Hs.446535

ACTTATTATG 核心蛋白聚糖Hs.156316

ACTTGCGCTA 无相配标记

AGATCTCGTT POU结构域，族3，转录因子3Hs.248158

ATCACTTGGG 染色体3开框区6HS.55098

ATGAGTGATA 假定的蛋白FLJ12448 Hs.432996

ATGCCCAATG 类核因子(红细胞衍生的2)2Hs.155396

CCGGGCGCG 酪氨酸3-单氧化酶/色氨酸5-单氧化酶

激活蛋白，theta多肽Hs.74405

CCTACCAAGC 无相配标记

CCTCTGGAGG P450(细胞色素)氧化还原酶Hs.354056

CCTGAGGAAT 脂多糖诱导的具锚蛋白重复的分子(MAIL)，

小鼠同源Hs.390476

CGACCCCACG 载脂蛋白E Hs.110675

CGCGGCGGC C1q相关因子Hs.134012

CGGCTAGGAA 人cDNA克隆MGC：16614 IMAGE：

4111344，完整的cds Hs.406882

CTACTTTTAG KIAA1363蛋白Hs.22941

CTCATAAGGG 无相配标记

GGCCCAGCG 高尔基体(Agolgi)相关，含γ衔接蛋白耳结构

(gamma adaptin ear containing)的ARF结合

蛋白1HS.405689

GTCGAAGGAC 无相配标记

GTTTCTCTGG 假定的蛋白MGC14288Hs.388645

TAGCAGCAAT 溶解的载体家族39(锌运载体)，

成员8Hs.284205

TCAATCAAGA 酪氨酸3-单氧化酶/色氨酸5-单加氧酶

激活蛋白，eta多肽Hs.226755

TCTGCAAATT 微管蛋白βMGC4083Hs.274398

TGTGACCTCT 长萜基磷酸甘露糖基转移酶-多肽2，

调节亚单位Hs.108973

TTGATTGCGA 与蛋白ref：NP_055131.1稍微相似的人转录序

列，钙调热稳定蛋白(24kDa)Hs.513334

TTGGGGCTTC 促进细胞分裂后期复合物亚单位7Hs.270845

序列表

J·M·麦克弗森

<110>

0·别斯克罗夫那娅

<120>治疗多囊病的方法和组合物

<130>GZ 2129.40

<150>60/582,673

<151>2004-06-23

<150>60/582,875

<151>2004-06-25

<160>4

<170>FastSEQ for Windows Version 4.0

<210>1

<211>4119

<212>RNA

<213>人

<400>1

<210>2

<211>160

<212>PRT

<213>人

<400>2

<210>3

<211>2666

<212>RNA

<213>小鼠

<400>3

<210>4

<211>1210

<212>PRT

<213>小鼠

<400>4

Claims

1.在适当的组织中抑制囊肿疾病或异常的方法，该方法通过使组织与有效量的调节表2-6中的基因或多聚核苷酸的生物活性的试剂接触，从而抑制囊肿异常。

2.根据权利要求1所述的方法，其中该适当的组织选自管状肾组织、肝组织或胰腺组织。

3.根据权利要求2所述的方法，其中该适当的组织从患ADPKD的受试者中分离。

4.根据权利要求1所述的方法，其中该调节试剂是调节表2-6中列出的多聚核苷酸或基因的活性或表达的多聚核苷酸。

5.根据权利要求4所述的方法，其中该试剂是特异性结合基因或多聚核苷酸表达产物的抗体或配体。

6.根据权利要求4所述的方法，其中该试剂选自反义多聚核苷酸、核酶或多价RNA核酸适体。

7.根据权利要求5所述的方法，其中该试剂是抗体或抗体衍生物。

8.根据权利要求5所述的方法，其中该试剂是多克隆抗体或单克隆抗体。

9.根据权利要求7所述的方法，其中该抗体衍生物选自抗体片段、人源抗体或嵌合型抗体。

10.根据权利要求1所述的方法，其中该试剂是调节、阻断或增强该基因或多聚核苷酸的表达产物的翻译后修饰的小分子。

11.根据权利要求1所述的方法，其中该试剂是调节该多聚核苷酸或基因表达产物的前体的活性的小分子。

12.抑制受试者中多发囊肿损伤的形成的方法，包括向受试者投递有效剂量的调节表2-6中列出的基因的生物活性的试剂，从而抑制多发囊肿损伤的形成。

13.根据权利要求12所述的方法，其中该调节试剂是抑制或增强TGF-α多聚核苷酸的活性或表达的多聚核苷酸。

14.根据权利要求12所述的方法，其中该试剂是特异性结合该基因或该多聚核苷酸的表达产物的抗体或配体。

15.根据权利要求13所述的方法，其中该试剂选自反义多聚核苷酸、核酶或多价RNA核酸适体。

16.根据权利要求14所述的方法，其中该试剂是抗体或抗体衍生物。

17.根据权利要求14所述的方法，其中该试剂是多克隆抗体或单克隆抗体。

18.根据权利要求17所述的方法，其中该抗体衍生物选自抗体片段、人源抗体或嵌合型抗体。

19.根据权利要求12所述的方法，其中该试剂是调节、阻断或增强表2-6中列出的多聚核苷酸或基因的翻译后修饰的小分子。

20.根据权利要求12所述的方法，其中该试剂是调节表2-6列出的该多聚核苷酸或基因的表达产物的前体活性的分子。

21.预防或治疗适当的受试者的常染色体显性多囊肾疾病(ADPKD)的方法，包括向需要的受试者投递有效量的调节表2-6中列出的基因或其表达产物的多囊性生物活性的分离的分子。

22.根据权利要求21所述的方法，其中该分离的分子是调节TGF-α多聚核苷酸的活性或表达的多聚核苷酸。

23.根据权利要求21所述的方法，其中该分子是特异性结合该基因或该多聚核苷酸的表达产物的抗体。

24.根据权利要求22所述的方法，其中分子选自反义多聚核苷酸、小分子、核酶或多价RNA核酸适体。

25.根据权利要求22所述的方法，其中该分子是抗体或抗体衍生物。

26.根据权利要求22所述的方法，其中该试剂是多克隆抗体或单克隆抗体。

27.根据权利要求26所述的方法，其中该抗体衍生物是选自抗体片段、人源抗体或嵌合型抗体、

28.根据权利要求22所述的方法，其中该分子是调节、抑制或增强表2-6中列出的基因或多聚核苷酸或基因的表达产物的翻译后修饰的小分子。

29.根据权利要求22所述的方法，其中该分子是调节表2-6中列出的多聚核苷酸或基因的表达产物的前体的活性的分子。