CN101400794A - 赋予植物提高的氮利用效率特征的核苷酸序列和相应的多肽 - Google Patents

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CN101400794A CNA2007800089371A CN200780008937A CN101400794A CN 101400794 A CN101400794 A CN 101400794A CN A2007800089371 A CNA2007800089371 A CN A2007800089371A CN 200780008937 A CN200780008937 A CN 200780008937A CN 101400794 A CN101400794 A CN 101400794A
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Abstract

本发明涉及能够在植物中赋予提高的氮利用效率的性状的核酸分子和它们的相应的编码多肽。本发明还涉及这些核酸分子和多核苷酸用于产生具有提高的氮利用效率的转基因植物、植物细胞、植物材料或植物的种子的用途，其中所述氮利用效率的提高导致植物大小、营养生长、生长速度、幼苗活力和/或生物量的提高，即，与在正常和/或异常氮条件下生长的野生型植物相比发生改变。

Description

赋予植物提高的氮利用效率特征的核苷酸序列和相应的多肽
技术领域
本发明涉及能够在植物中提高氮利用效率的分离的核酸分子和它们的相应的编码的多肽。本发明还涉及使用该核酸分子和多肽产生与生长在相似的正常和/或异常氮条件下的野生型植物相比具有提高的氮利用效率的转基因植物、植物细胞、植物材料或植物的种子。本申请要求2006年3月1日提交的美国申请60/778,568和2006年1月13日提交的美国申请60/758,831的优先权。
背景技术
可以使用分子技术获得在农艺、园艺、生物质的转化和其他工业(例如造纸工业、作为蛋白质或其他化合物的生产工厂的植物)方面获得专门改进的植物。例如，可通过增强植物在低氮条件下的生长获得巨大的农艺学价值。
氮是最常见的作物生产的限速矿质营养物，所有田间作物从根本上都依赖于外源氮源。通常以硝酸铵、硝酸钾或尿素的形式供应的氮肥通常占据了与集约农作物例如玉米和小麦相关的成本的40％。植物氮利用效率的提高使得能够以现有的肥料投入量产生更高的产量、使得能够以更低的肥料投入量获得现有的作物产量、或使得能够从土质更贫瘠的土壤获得更好的收成(Good等人(2004)Trends Plant Sci.9：57-605)。还可更为成本有效地在作物中产生更大量的蛋白质。
有趣地，已知高浓度的氮对植物是有害的，特别是在幼苗期(Brenner和Krogmeier(1989)PNAS 86：8185-8188)。这里，异常高的氮浓度产生毒性氮效应(“烧苗(burning)”)和/或导致萌发的抑制，结果减少产量。这是尿素和其他基于铵的肥料应用过程中的特定的问题，因为栽植区(plantingfield)的不同区段在存在的可利用氮上可以有极大的变化而高铵水平对植物具有毒害。大多数作物植物会受到高氮条件的严重损害，从而产量可显著减少。
植物具有许多方法应付氮营养物缺乏例如不良的氮可获得性。一个重要的机制感应土壤中氮的可获得性并且相应地通过调节基因表达作出反应，在高丰度时第二机制将隔离(sequester)或贮藏氮以待将来使用。然而这些机制的细节和它们如何相互作用从而在竞争环境(即低和/或高氮)中控制氮利用效率仍然远没有答案。
氮感应机制依赖于受调节的基因表达，其使得能够通过响应改变的环境条件而调节氮的吸收、还原、分配(partitioning)、再动员和运输来对土壤中无机氮的供应的变化作出快速生理和代谢反应。硝酸盐可以用作信号起始许多可对植物的代谢、生理学和发育重编程的反应(Redinbaugh等人(1991)Physiol.Plant.82，640-650.；Forde(2002)Annual Review of PlantBiology 53，203-224)。已较详细地就许多基因表征了氮诱导型基因表达。这些基因包括硝酸还原酶、亚硝酸还原酶、6-磷酸葡萄糖酸脱氢酶以及硝酸盐和铵转运蛋白(Redinbaugh等人(1991)Physiol.Plant.82，640-650；Huber等人(1994)Plant Physiol 106，1667-1674；Hwang等人(1997)PlantPhysiol.113，853-862；Redinbaugh等人(1998)Plant Science 134，129-140；Gazzarrini等人(1999)Plant Cell 11，937-948；Glass等人(2002)J.Exp.Bot.53，855-864；Okamoto等人(2003)Plant Cell Physiol.44，304-317)。
对参与硝酸盐调控的基因表达的顺式作用控制元件和DNA结合因子的研究已集中在来自烟草和菠菜的硝酸还原酶基因上，且已鉴定了几个假定的调控元件(Rastogi等人(1993)Plant J 4，317-326；Lin等人(1994)PlantPhysiol.106，477-484；Hwang等人(1997)Plant Physiol.113，853-862)。有关硝酸盐调控的基因表达的转录谱制作，提供了有关由硝酸盐的可获得性调控的基因和过程的知识，还鉴定了许多具有不同的空间和时间表达模式的基因(Ceres未出版；Wang等人(2000)Plant Cell 12，1491-1510；Wang等人(2003)Plant Physiol.132，556-567)。
可通过使用氮调控的基因表达来修饰响应氮可获得性的变化而出现的限速酶和代谢途径的反应，以克服氮利用效率(NUE)低下的问题。这些途径和过程的综述可见于：Derlot等人(2001)氨基酸转运，Plant Nitrogen(编者Lea和Morot-Gaudry)，pp.167-212.Springer-Verlag，Berlin，Heidelberg；Glass等人(2002)J.Exp.Bot.53：855-864；Krapp等人(2002)氮及信号传导，Photosynthetic Nitrogen Assimilation and AssociatedCarbon Respiratory Metabolism(编者Foyer和Noctor)，pp.205-225.Kluwer Academic Publisher，Dordrecht，The Netherlands；和Touraine等人(2001)氮的摄入及其调节，Plant Nitrogen(编者Lea和Morot-Gaudry)，pp.1-36.Springer-Verlag，Berlin，Heidelberg。通过克服氮同化、运输和代谢中的限速步骤，具有增加在氮限制条件下生长的植物的产量，减少氮含量和减少蛋白质含量的作用。
人和家畜的食物和饲料流的可获得性和持续性在整个人类文明史中一直是高度优先的并且是农业的起因。农艺科学、农业、作物科学、园艺学和森林科学领域内的专家和研究者即使在今天仍然持续努力地寻找和产生具有增加的生长势(growth potential)的植物以喂养不断增加的世界人口和保证可再生原料的供应。在这些科学领域内的研究的强度水平表明在世界范围的每一个地理环境和气候中领导者对提供可持续的食物、饲料和能源来源的重视程度。
通过植物育种已常规地进行作物的性能操作数个世纪。然而，育种过程费时费力。此外，对于每一个相关植物物种，必须专门地设计合适的育种程序。
另一方面，在使用分子遗传学方法操作植物以提供更好的作物方面已获得了巨大的进步。通过在植物中导入和表达重组核酸分子，研究人员现已准备为大众提供与独特的地理和/或气候环境无关适应于更有效率地生长和生产更多产品的植物物种。这些新方法具有不受限于一个植物物种，相反地可用于多个不同的植物物种的额外的有利方面(Zhang等人(2004)Plant Physiol.135：615；Zhang等人(2001)Pro.Natl.Acad.Sci.USA98：12832)。
尽管取得该进步，今天仍然极为需要可以根据特定的环境条件提高森林植物或农业植物的生长以满足特定需要的普遍适用的方法。为此，本发明涉及根据作物必须在其中生长的特定环境提高氮利用效率以使各种作物的植物生长最大化的方法，其特征在于重组DNA分子在植物中的表达。这些分子可来自植物本身并只是以更高或更低的水平表达，或分子可来源于不同的植物物种。
发明概述
因此本发明涉及分离的核酸分子和多肽以及它们在制备与在相似或相同的正常和/或异常氮条件下生长的野生型植物相比具有提高的NUE的转基因植物、植物细胞、植物材料或植物的种子中的用途。
本发明还涉及用于通过NUE而增加植物的生长势的方法、用于这些方法的重组核酸分子和多肽以及由于提高的NUE而具有增加的生长势的植物。短语“增加的生长势”是指在低或高氮条件下持续的生长、在暴露于低或高氮条件后更好的土壤恢复以及增加的对变化的氮条件的耐受性。这样的生长势的增加优选由NUE的增加导致。
除非另外定义，此处所使用的所有技术和科学术语具有和本发明所属的领域普通技术人员通常理解的意义相同的意义。
附图简述
图1.Lead 82(ME02507)，SEQ ID NO：81的同源物的氨基序列比对。保守区域在框内。共有序列显示于比对下方。
图2.Lead 92(ME08309)，SEQ ID NO：107的同源物的氨基酸序列比对。保守区域在框中。共有序列示于比对下方。
图3.ME03926，SEQ ID NO：201的同源物的氨基酸序列比对。保守区域在框中。共有序列示于比对下方。
图4.Lead ME07344，SEQ ID NO：140的同源物的氨基酸序列比对。保守区域在框中。共有序列示于比对下方。
图5.Lead 93(ME10822)，SEQ ID NO：114的同源物的氨基酸序列比对。保守区域在框中。共有序列示于比对下方。
发明详述
1.发明
可通过(但不必限于)下列示例性实施方案描述本申请的发明。
本发明公开了新的分离的核酸分子、干扰这些核酸分子的核酸分子、与这些核酸分子杂交的核酸分子以及由于DNA密码的简并性而编码相同蛋白质的分离的核酸分子。本申请的另外的实施方案还包括由本发明的分离的核酸分子编码的多肽。
更特别地，本发明的核酸分子包括：(a)编码与分别相应于SEQ ID NO：81、105、107、114、116、201、140、84、112和200的Leads 82、92、93、98、ME07344、ME05213、ME02730和ME24939中的任一个具有至少85％的同一性的氨基酸序列的核苷酸序列，(b)与(a)中的任一个核苷酸序列互补的核苷酸序列，(c)SEQ ID Nos.NO：80、104、106、113、115、127、139、202、203和204中的任一个的核苷酸序列，(d)能够干扰(a)中的任一个核苷酸序列的核苷酸序列，(e)能够在低于杂交的核酸双链体的解链温度大约40℃至大约48℃的温度下与(a)-(e)之任一项的核酸形成杂交的核酸双链体的核苷酸序列，和(f)编码分别相应于SEQ ID NOS：81、105、107、114、116、201、140、84、112和200的Leads 82、85、92、93、98、112、ME07344、ME05213、ME02730和ME24939的氨基酸序列中的任一个的核苷酸序列。
本发明的另外的实施方案包括SEQ ID NOS：80、81、104、105、106、107、113、114、115、116、127、128、139、140、84、112和200-204中公开的多肽和核酸分子序列。
本发明还涉及包含第一核酸(所述核酸具有编码植物转录和/或翻译信号的核苷酸序列)和第二核酸(所述核酸具有根据本发明的分离的核酸分子的核苷酸序列)的载体。更特别地，可以有效地连接第一和第二核酸。甚至更特别地，第二核酸对于第一生物可以是内源性的，载体中的任何其他核酸对于第二生物可以是内源性的。更特别地，第一和第二生物可以是不同的物种。
在本发明的其他实施方案中，宿主细胞可以包含本发明的分离的核酸分子。更特别地，存在于本发明的宿主细胞中的本发明的分离的核酸分子对于第一生物可以是内源性的并可以在侧翼连接对于第二生物是内源性的核苷酸序列。此外，第一和第二生物可以是不同的物种。甚至更特别地，本发明的宿主细胞可包含本发明的载体，所述载体本身包含本发明的核酸分子。
在本发明的另一个实施方案中，本发明的分离的多肽可额外地包含与分别相应于SEQ ID NOS：81、105、107、114、116、201、140、84、112和200的Leads 82、85、92、93、98、112、ME07344、ME05213、ME02730和ME24939中的任一个具有至少85％同一性的氨基酸序列。
本发明的其他实施方案包括将本发明的分离的核酸导入宿主细胞的方法。更特别地，可将本发明的分离的核酸分子与宿主细胞在允许分离的核酸转运入宿主细胞的条件下接触。甚至更特别地，可通过相同的方法将本发明的前述实施方案中描述的载体导入宿主细胞。
还可以获得作为本发明的实施方案的检测方法。特别地，用于在样品中检测本发明的核酸分子的方法。更特别地，可在允许本发明的分离的核酸分子的核苷酸序列与样品中的核酸的核苷酸序列比较的条件下将本发明的分离的核酸分子与样品接触。然后考虑该分析的结果以确定本发明的分离的核酸分子是否是可检测到的并因此是存在于样品中的。
本发明的其他实施方案包括包含本发明的分离的核酸分子和/或载体的植物、植物细胞、植物材料或植物的种子。更特别地，本发明的分离的核酸分子对于该植物、植物细胞、植物材料或植物的种子可以是外源性的。
本发明的其他实施方案包括从本发明的植物细胞或种子再生的植物。更特别地，来源于本发明的植物、植物细胞、植物材料或植物的种子的植物优选具有与在相同的正常和/或异常氮条件下种植的野生型植物相比，提高的NUE、增加的大小(整个地或部分地)、增加的营养生长和/或增加的生物量(有时在下文中统称为增加的生物量)特征。此外，转基因植物可包含本发明的第一分离的核酸分子(所述分子编码参与调节NUE、生长和表型特征的蛋白)和第二分离的核酸分子(所述分子编码能够在植物中驱动表达的启动子)，其中将该生长和表型的调节组分与该启动子有效地连接。更特别地，可在本发明的转基因植物中异常表达(mis-expressed)第一分离的核酸，并且当在相同的正常和/或异常氮环境条件下种植转基因植物和不含该多核苷酸的祖先植物时，与祖先植物相比，转基因植物展示经调节的特征。在本发明的另一个实施方案中，经调节的NUE、生长和表型特征可归因于使用例如干扰RNA导致的特定序列的失活。
进一步的实施方案为包含本发明的分离的核酸分子的本发明植物、植物细胞、植物材料或植物的种子，其中来源于该植物、植物细胞、植物材料或植物的种子的植物与在相同的正常和/或异常氮条件下种植的野生型植物相比，具有经调节的NUE、生长和表型特征。
可在本发明的转基因植物中异常表达能赋予提高的NUE、生物量或活力的多核苷酸，当在相同的正常和/或异常氮环境条件下种植该转基因植物和不含该多核苷酸的祖先植物时，转基因植物与祖先植物相比，展示增加的NUE、生物量或活力。在本发明的另一个实施方案中，在正常和/或异常的氮环境条件下展示的提高的NUE、生物量或活力表型可归因于使用例如干扰RNA导致的特定序列的失活。
另一个实施方案为包含本发明的分离的核酸分子的本发明植物、植物细胞、植物材料或植物的种子，其中来源于该植物、植物细胞、植物材料或植物的种子的植物与在相同的正常和/或异常氮条件下种植的野生型植物相比，具有增加的NUE、生物量或活力。
本发明的另一个实施方案包括在植物中增加NUE、生物量或活力(vigor)的方法。更特别地，这些方法包括用本发明的分离的核酸分子转化植物。优选，方法是在转化的植物中增加NUE、生物量或活力的方法，其中用编码本发明的多肽的核酸分子转化植物。
本发明的多肽包括共有序列。共有序列是图1-5中显示的序列。
2.定义
在整个本申请中使用下列术语：
异常氮条件：土壤的氮水平可在10个数量级上变化，因此植物物种在它们耐受特定氮条件的能力方面是不同的。氮敏感型植物物种，包括许多农艺学上重要的物种，可被与正常生长所需的氮范围相比较高或较低的氮条件损伤。在高于或低于正常生长所需的范围的氮条件下，大多数植物物种将受到损伤或出现减少的生长势。因此，“异常氮条件”可定义为这样的氮浓度，即在该氮浓度下，如通过症状例如减少的叶绿素(例如，通过叶绿素a/b的吸光率所测量的)、减少的光合作用(例如，通过CO2固定所测量的)、膜破坏(例如，通过电解质渗漏所测量的)、缺绿症(例如，通过目检)、生物量或种子产量的损失所证明的，给定的植物物种受到不利的影响。因为植物物种在它们耐受异常氮条件的能力方面是不同的，因此无法概括出引起氮胁迫的精确环境条件。然而，耐受氮的植物的特征在于它们能够保持它们的正常外观或能够从异常氮条件中快速恢复。这样的耐受氮的植物比不耐受氮的植物产生更高的生物量和产量。可使用熟知的测量和分析方法定量和统计分析物理外观、恢复和产量上的差异。
不同植物幼苗在异常氮条件下生长的能力有相当大不同。通常，许多植物物种的幼苗在低于大约1ppm或高于大约750ppm的氮浓度下不能良好生长。高浓度的氨氮对于种子萌发和幼苗生长也是抑制性的且会出现于使用基于铵的肥料时(Brenner和Krogmeier(1989)PNAS 86：8185-8188)。
一旦种子已吸胀水后，它们变得对疾病、水和化学损伤非常易感。在萌发过程中耐受氮胁迫的种子和幼苗可在氮浓度对于正常生长来说太高或太低的情况下存活相对长的时间。因为植物物种在萌发过程中耐受异常氮条件的能力是不同的，从而无法概括出在萌发过程中引起氮胁迫的精确环境条件。然而，在萌发过程中耐受氮的种子和幼苗的特征在于它们能够保持存活或能够从低或高氮条件中快速地恢复。这样的耐受氮的植物比不耐受氮的植物将更快速地萌发，定植(established)，生长，最终产生更多生物量和产量。可使用熟知的测量和分析方法定量和统计分析萌发速率、外观、恢复和产量的差异。
功能相当的蛋白质或功能性同源物(homologs)：该短语描述了在生物中实行相似功能的一组蛋白质。根据定义，预期对该组内的一个个体蛋白质的干扰(例如，通过异常表达或突变)与对任何其他个体蛋白的干扰都将导致相似的表型。此类蛋白质典型地具有序列相似性，从而导致相似的生物化学活性。在该定义内，同源物、直系同源物(ortholog)或旁系同源物(paralog)被认为是功能相当的。
功能相当的蛋白质将产生程度相似但不一定相同的相同特征。通常，相当的蛋白质产生相同的特征，其中由所述相当的蛋白质之一导致的定量测量结果是另一个的至少20％，更常见地30至40％；甚至更常见地，50至60％；甚至更常见地70至80％；更常见地90至100％。
异源序列：“异源序列”是在天然状况下相互之间不有效连接的或不相邻的序列。例如，认为来自玉米的启动子对于拟南芥属(Arabidopsis)编码区序列是异源的。同样，认为来自玉米的编码生长因子的基因的启动子对于编码玉米生长因子受体的序列是异源的。天然不来源于与编码序列相同的基因的调控元件序列例如UTR或3′末端终止序列被认为对于所述编码序列是异源的。天然有效连接的和相互之间相邻的元件对于彼此而言不是异源的。在另一方面，对于这些相同的元件，如果将其他填充序列置于它们之间，则它们虽可以保持有效连接，但将变成异源的。因此，表达氨基酸转运蛋白的玉米基因的启动子和编码序列之间不是异源的，但以新的方式有效连接的玉米基因的启动子和编码序列是异源的。
高氮条件：该短语是指由于离子的或渗透的胁迫将导致生长迟缓或组织损伤的总氮浓度。不能概括出将导致氮胁迫的生长培养基氮浓度。然而，使萌发速率减少超过20％、25％、30％、35％、40％、45％或50％的氮浓度被认为是高的和过度的。
低氮条件：术语“低氮条件”是指导致氮缺乏症状例如灰绿叶色、缺绿症和减少的生长和活力的氮浓度。在土壤硝酸盐试验中，这样的氮浓度通常低于10ppm硝酸盐。一般地，低氮条件导致生长和/或活力减少至少20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、60％、70％、80％或90％。
异常表达：术语“异常表达”是指与野生型相比，编码区至互补RNA序列的转录的增加或减少。该术语还包括与野生型相比，在不同的时期和/或从植物基因组中的非天然位置、表达和/或翻译基因或编码区和/或抑制该转录和/或翻译。
氮利用效率：植物利用无机氮产生生物量和种子的效率称为氮利用效率(NUE)。用于测量NUE、和NUE的组分的许多不同方法是科学家常规使用的。NUE通常测量为每单位用于土壤的氮产生的生物量或种子产量的量。NUE还可表示为2个因子，即摄取效率和利用效率，的乘积。氮摄取效率测量植物从土壤移取氮的效率而利用效率测量从每单位被植物吸收的氮获得的产量。许多不同的生物过程参与确定特定植物的NUE并可独立地影响涉及摄取效率和利用效率的过程。可以对这些过程中的许多过程进行遗传学确定并可通过对负责确定这些性状的基因进行遗传或生物技术操作来对所述过程进行改良。
正常氮条件：植物物种在它们耐受特定氮条件的能力方面是不同的。氮敏感型植物物种，包括许多农艺学上重要的物种，可受到与正常生长所需要的氮范围相比低或高的氮条件的伤害。在高于或低于正常生长所需的范围的氮条件下，大多数植物物种将受到损伤或出现减少的生长势。因此，“正常氮条件”可定义为给定的植物物种在其下可生长而不受损伤的氮浓度。因为植物物种在它们耐受氮条件的能力方面是不同的，因此不能概括出提供正常氮条件的精确环境条件。然而，由不耐受氮的植物展示的正常生长具有不能保持正常外观或从异常氮条件中快速恢复的特征。这样的不耐受氮的植物产生比耐受氮的植物低的生物量和产量。可使用熟知的测量和分析方法定量和统计分析物理外观、恢复和产量上的差异。
不同植物幼苗在异常氮条件下生长的能力有相当大不同。通常，许多植物物种的幼苗在低于大约1ppm或高于大约750ppm的氮浓度下将不能良好地生长。高浓度的氨氮也抑制种子萌发和幼苗生长，这在使用基于铵的肥料时可发生(Brenner和Krogmeier(1989)PNAS 86：8185-8188)。
一旦种子已吸胀水，它们就变得对疾病、水和化学损伤非常易感。在萌发过程中耐受氮胁迫的种子和幼苗可在氮浓度对于正常生长而言太高或太低的条件下存活相对长的时间。因为植物物种在萌发过程中耐受氮条件的能力是不同的，因此不能概括出在萌发过程中引起氮胁迫的精确环境条件。然而，与不耐受氮的种子相关的正常生长具有不能保持存活或不能从低或高氮条件中快速恢复的特征。这样的不耐受氮的种子与耐受氮的种子相比不能萌发，不能够定植，并且即使有生长也生长更慢，且最终死亡更快或产生更少的生物量和产量。可使用熟知的测量和分析方法定量和统计分析萌发速率、外观、恢复和产量的差异。
序列同一性百分数：术语“百分数序列同一性”是指任何给定的查询序列例如SEQ ID NO：102和目标序列(subject sequence)之间的同一性程度。目标序列的长度通常为查询序列的长度的大约80％至200％，例如为查询序列的长度的82、85、87、89、90、93、95、97、99、100、105、110、115或120、130、140、150、160、170、180、190或200％。可如下确定任何目标核酸或多肽相对于查询核酸或多肽的百分数同一性。使用允许核酸或蛋白质序列在它们的整个长度上进行比对(全局比对)的计算机程序ClustalW(版本1.83，缺省参数)将查询序列(例如核酸或氨基酸序列)与一个或多个目标核酸或氨基酸序列进行比对。Chenna等人(2003)NucleicAcids Res.31(13)：3497-500。
ClustalW计算查询序列和一个或多个目标序列之间的最佳匹配，使它们对齐以便可以确定同一性、相似性和差异。可将一个或多个残基的空位插入查询序列、目标序列或两者，以使序列的对齐最大化。对于核酸序列的快速成对比对，使用下列缺省参数：字长：2；窗口大小：4；评分方法：百分数；最佳对角线(Top Diagonals)的数目：4；和空位罚分：5。对于核酸序列的多重比对，使用下列参数：空位开放罚分(gap openingpenalty)：10.0；空位延伸罚分：5.0；和权重转换(weight transitions)：有。对于蛋白质序列的快速成对比对，使用下列参数：字长：1；窗口大小：5；评分方法：百分数；最佳对角线的数目：5；空位罚分：3。对于蛋白质序列的多重比对，使用下列参数：权重矩阵(weight matrix)：blosum；空位开放罚分：10.0；空位延伸罚分：0.05；亲水空位(hydrophilic gap)：开放；亲水残基：Gly、Pro、Ser、Asn、Asp、Gln、Glu、Arg和Lys；残基特异性空位罚分：开放。ClustalW的输出是反映序列之间的关系的序列比对。可以例如在Baylor College of Medicine Search Launcher网站和国际互联网上的European Bioinformatics Institute网站(ebi.ac.uk/clustalw)上运行ClustalW。
为确定目标或核酸或氨基酸序列与查询序列的百分数同一性，使用Clustal W比对序列，比对中的相同匹配的数目除以查询序列的长度，将结果乘以100。应注意，百分数同一性值可以四舍五入到小数点后一位。例如，将78.11、78.12、78.13和78.14四舍五入至78.1，而78.15、78.16、78.17、78.18和78.19四舍五入至78.2。
光合效率：通过Fm(最大荧光信号)和可变荧光Fv之间的关系估计光合效率或通过光系统II进行的电子传递。此处，最佳量子产额(optimumquantum yield)(Fv/Fm)的减少表明存在胁迫，其可用于监测转基因植物与非转基因植物相比在低氮条件下的性能。
调控区：术语“调控区”是指当与序列有效连接时影响所述序列的转录起始或翻译起始或转录终止及所述过程的速度和/或转录或翻译产物的稳定性和/或移动性的核苷酸序列。如此处所使用的，术语“有效连接”是指放置调控区和所述序列以使能够产生所述影响。调控区包括，但不限于，启动子序列、增强子序列、应答元件、蛋白质识别位点、诱导型元件、蛋白质结合序列、5’和3’非翻译区(UTR)、转录起始位点、终止序列、多腺苷酸化序列和内含子。调控区可分为两类，启动子和其他调控区。
幼苗面积(Seedling area)：大约2周龄的幼小植物的总叶面积。
幼苗活力或活力(vigor)：如此处所使用的，“幼苗活力”或“活力”是指这样的植物特征，当在相似的条件下生长时与在相似条件下的野生型或对照相比，植物凭借所述特征从土壤中更快速冒出，具有增加的萌发速率(即，更快速地萌发)，具有更快速和更大的幼苗或成株生长，和/或萌发更快速。幼苗活力经常定义为包括如下种子性质，该性质决定“在广泛的田间条件下正常幼苗的快速、均一出苗和发育的潜能”。
严紧性：此处使用的“严紧性”是核酸分子探针长度、核酸分子探针组成(G+C含量)、盐浓度、有机溶剂浓度以及杂交的温度和/或洗涤条件的函数。通常通过参数Tm，根据与Tm的温度差来测量严紧性，所述Tm是杂交试验中50％的互补核酸分子发生杂交时所处的温度。高严紧性条件提供Tm-5℃至Tm-10℃的条件。中等或适度的严紧性条件是提供Tm-20℃至Tm-29℃的条件。低严紧性条件是提供Tm-40℃至Tm-48℃的条件。在以下数学公式中表达了杂交条件和Tm(以℃表示)之间的关系：
Tm＝81.5-16.6(log10[Na+])+0.41(％G+C)-(600/N)  (I)
其中N是核酸分子探针的核苷酸的数目。该公式适用于长度为14至70个核苷酸的与靶序列相同的探针。下面的公式，针对DNA-DNA杂交体的Tm，可用于具有50至大于500个核苷酸的长度的探针和包括无机溶剂(甲酰胺)的条件：
Tm＝81.5+16.6 log{[Na+]/(1+0.7[Na+])}+0.41(％G+C)-500/L 0.63(％甲酰胺)   (II)
其中L表示杂交体中探针的核苷酸的数目(21)。公式II的Tm受杂交体的性质影响：对于DNA-RNA杂交体，Tm比计算的高10-15℃；对于RNA-RNA杂交体，Tm高20-25℃。因为当使用长探针时，同源性每降低1％则Tm减少大约1℃(Frischauf等人(1983)J.Mol Biol，170：827-842)，因此可调整严紧性条件以有利于相同基因或相关家族成员的检测。
公式II是在假定反应处于平衡态的情况下得出的。因此，最优选在探针过量和允许足够时间达到平衡的条件下进行本发明的杂交。可通过使用包含杂交加速剂例如硫酸葡聚糖或另一种丰量聚合物(high volumepolymer)的杂交缓冲液来缩短达到平衡所需的时间。.
可在杂交反应中，或在已发生杂交后，通过改变洗涤溶液的盐和温度条件来控制严紧性。当用于计算洗涤溶液的严紧性时，上面显示的公式同样有效。优选的洗涤溶液严紧性在上述范围之内；高严紧性比Tm低5-8℃，中等或适度的严紧性比Tm低26-29℃以及低严紧性比Tm低45-48℃。
高严紧性杂交通常包括杂交和洗涤步骤。可在63℃至70℃的温度下，更优选，在65℃至68℃的温度下和最优选在65℃的温度下在水性杂交溶液中进行杂交步骤。可选择地，可在40℃至46℃的温度下，在41℃至44℃的温度下和最优选42℃的温度下在甲酰胺杂交溶液中进行高严紧性杂交步骤。
在杂交后进行洗涤步骤，在25℃或37℃下用洗涤溶液1进行初洗涤。在初洗涤后，在63℃至70℃的温度下，更优选在65℃至68℃的温度下和最优选在65℃的温度下使用洗涤溶液1进行再洗涤。再洗涤步骤的数目可以是1、2、3、4、5或更多。初洗涤步骤和再洗涤步骤的时间可以是5分钟、10分钟、15分钟、20分钟、25分钟、30分钟、45分钟、1小时、1.5小时、2小时或更多。
杂交和洗涤溶液的组成以及它们的组分示于下面。本领域技术人员将认识到这些溶液是常见的和示例性的高严紧性杂交溶液。
水性杂交溶液：6X SSC或6X SSPE
              0.05％ Blotto或5X Denhardt’s试剂
              100μg/ml变性的鲑精DNA
              0.05％SDS
甲酰胺杂交溶液：50％甲酰胺
                6X SSC或6X SSPE
                0.05％ Blotto或5X Denhardt’s试剂
                100μg/ml变性的鲑精DNA
                0.05％ SDS
洗涤溶液1：2X SSC或SSPE
           0.1％ SDS
洗涤溶液2：0.1X SSC或SSPE
           0.5％ SDS
20X SSC：175.3g NaCl
         88.2g柠檬酸纳
         用H2O加至800ml
         用10n NaOH调节至pH 7
         用H2O加至1L
20X SSPE：175.3g NaCl
          27.6g NaH2PO4
          用H2O·H2O加至800ml
          7.4g EDTA
          用10n NaOH调节至pH 7.4
          用H2O加至1L
1X BLOTTO：5％脱脂奶粉
           0.02％叠氮化纳
50X Denhardts’s试剂： 5g Ficoll
                       5g聚乙烯吡咯烷酮，
                       5g BSA
                       用H2O调整至500ml
超级库(Superpool)：如本发明的上下文中所使用的，“超级库”包含来自500个不同事件的等量的种子，代表100种不同的外源核苷酸序列。事件是带有独特外源序列的独特插入并异常表达该序列的植物。单个多核苷酸序列的转化可导致多个事件，因为对于每一个转化，序列可插入基因组的不同部分。
T0：术语“T0”是指接种了转化培养基的完整植物、植物外植体或愈伤组织。
T1：术语T1在完整植物转化的情况下是指T0植物的后代，或在外植体或愈伤组织转化的情况下是指再生的幼苗。
T2：术语T2是指T1植物的后代。T2后代是T1植物自体受精或异花授粉的结果。
T3：术语T3是指作为转化实验的直接结果的植物的第二代后代。T3后代是T2植物的自体受精或异花授粉的结果。
转化：下面描述可借以实现转化的方法的实例，所述实例包括农杆菌(Agrobacterium)介导的转化(对于双子叶植物(Needleman和Wunsch(1970)J.Mol.Biol.48：443；Pearson和Lipman(1988)Proc.Natl.Acad.Sci.(USA)85：2444)，对于单子叶植物(Yamauchi等人(1996)Plant Mol Biol.30：321-9；Xu等人(1995)Plant Mol.Biol.27：237；Yamamoto等人(1991)Plant Cell 3：371)，和生物轰击法(biolistic method)(P.Tijessen，“Hybridization with Nucleic Acid Probes”In Laboratory Techniques inBiochemistry and Molecular Biology，P.C.vand der Vliet，ed.，c.1993，Elsevier，Amsterdam)、电穿孔、in planta技术等。这样的包含外源核酸的植物在此处对于原代转基因植物(primary transgenic plant)称为T0，对于第一代称为T1。
变化的氮条件：在本发明的上下文中，短语“变化的氮条件”是指可获得的氮的浓度在正常范围内和外波动的生长条件。该短语包括其中可获得的氮浓度开始时低，但增加至正常或高水平的情况和其中初始可获得的氮浓度高，但之后下降至正常或低水平的情况。该术语还包括涉及可获得的氮浓度的多个改变的情况，例如从低至高至低水平的波动。这些可获得的氮浓度的改变可以逐渐地或以间断的方式发生。
3.本发明的多核苷酸和多肽的重要特征
本发明的核酸分子和多肽是有意义的，因为当该核酸分子异常表达时(即，当相对于野生型，在非天然位置或以增加的或减少的量表达时)它们导致与在正常和/或异常氮条件下生长的野生型植物相比展示提高的NUE的植物(如由下面公开的各种实验的结果所证明的)。该性状可用于开发或使植物产物最大化。例如，本发明的核酸分子和多肽可以用于增加能导致植物具有经调节的NUE、生物量、生长速度或幼苗活力的基因的表达。
因为公开的序列和方法增加在正常和/或异常氮条件下的NUE、营养生长和生长速度，公开的方法可用于增加生物量生产。例如，营养生长的植物具有增加的NUE，从而导致，当在正常和/或异常氮条件下生长时，与在相同条件下生长的未进行遗传改变的相同物种的植物相比，提高的生物量生产。生物量生产增加的实例包括当与在相同的正常和/或异常氮条件下生长的相同物种的植物产生的生物量的量相比时，至少5％，至少20％，或甚至至少50％的增加。
优选，通过比较生长大约14天的转化的植物和对照植物的幼苗面积或光合效率，就期望的低氮耐受性表型评估转化的植物。可以选择或筛选在统计学上与对照具有显著差异的转化事件。
开花植物的生活史一般可分为三个生长期：营养期、开花期(inflorescence phase)和花期(floral phase)(开花后期，late inflorescencephase)。在营养期中，茎端分生组织(SAM)产生叶，其在后来将确保产生能育后代所必需的资源。在接受适当的环境和发育信号后，植物转换至生殖生长，SAM进入开花期(I)，并且产生具有花原基的花序。在该期，在叶子的叶腋中产生的副梢(secondary shoot)和SAM的命运由一套分生组织决定基因(meristem identity gene)决定，其中的一些分生组织决定基因阻止花分生组织的发育，其中的一些分生组织决定基因促进花分生组织的发育。一旦确立，植物就进入产生花器官的开花后期。如果中断植物转换至花生长或生殖生长所需要的适当的环境和发育信号，那么植物将不能进入生殖生长，从而维持营养生长。
幼苗活力是可极大地影响植物例如作物的成功生长的重要特征。不利的环境条件，例如贫乏或过度的氮可获得性、干旱、潮湿、冷或热条件，可影响植物的生长周期及幼苗的活力(即在所述条件下的生活力和强度可以区分出成功的和失败的作物生长)。幼苗活力通常定义为包括决定“在广泛的田间条件下正常幼苗的快速、均一的出苗和发育的潜能”的种子性质。因此，有利的是开发具有增加的活力的植物种子。
例如，增加的幼苗活力对于谷类植物例如稻、玉米、小麦等的产量是有利的。对于这些作物，生长通常会因种植季节期间的冷环境温度或有限的氮可获得性而减慢或停止。此外，稻的快速出苗和分蘖允许种植者开始较早的漫灌，从而可节约水并抑制弱势生长。一直在寻找与增加的种子活力和/或冷耐受性和/或氮耐受性相关的基因用于产生改良的作物品种。(Walia等人(2005)Plant Physiology 139：822-835)。
本发明的氮应答核酸也下调导致对氮摄取和还原的反馈抑制的基因。此类基因的实例是编码阻抑硝酸还原酶的14-3-3蛋白质的基因(Swiedrych等人(2002)J Agric Food Chem 50(7)：2137-41)。
转基因植物中这些基因的反义表达将导致种子和/或叶中的氨基酸含量和蛋白质含量的增加。这样的植物特别适合用于家畜饲料。例如，紫苜蓿中氨基酸和/或蛋白质含量的增加可导致饲草质量的增加，从而提供增强的营养。
4.本发明的多肽/多核苷酸
本发明的多核苷酸和通过这些多核苷酸的翻译表达的蛋白质示于序列表中，具体地SEQ ID NOS：80-153和155-204中。序列表也包括功能相当的蛋白质。由共有序列内的序列组成的和由共有序列之一定义的多肽可用于本发明的目的，即产生当在正常和/或异常的氮条件下生长时，具有提高的NUE、经调节的和提高的生物量、生长速度和/或幼苗活力的转基因植物。
5.多肽用于产生转基因植物的用途
为使用本发明的序列或它们的组合或它们的部分和/或突变体和/或融合物和/或变体，制备重组DNA构建体，所述构建体包含已插入载体的本发明的多核苷酸序列并适合用于植物细胞的转化。可使用标准重组DNA技术(参见，Sambrook等人，Molecular Cloning：A Laboratory Manual，Second Edition，Cold Spring Harbor Laboratory Press，1989，New York.)制备构建体，并可通过例如农杆菌介导的转化或通过例如下面公开的其他转化方法将所述构建体导入目的植物物种。
载体主链可以是通常用于本领域的任何载体主链例如质粒、病毒、人工染色体BAC、YAC、PAC和载体例如细菌-酵母穿梭载体、λ噬菌体载体、T-DNA融合载体和质粒载体(参见，Shizuya等人(1992)Proc.Natl.Acad.Sci.USA，89：8794-8797；Hamilton等人(1996)Proc.Natl.Acad.Sci.USA，93：9975-9979；Burke等人(1987)Science，236：806-812；Sternberg N.等人(1990)Proc Natl Acad Sci U S A.，87：103-7；Bradshaw等人(1995)Nucl Acids Res，23：4850-4856；Frischauf等人(1983)J.Mol Biol，170：827-842；Huynh等人，Glover NM(ed)DNA Cloning：A practicalApproach，第1卷，Oxford：IRL Press(1985)；Walden等人(1990)MolCell Biol 1：175-194)。
通常，构建体包括含有本发明的核酸分子和任何期望的转录和/或翻译调控序列例如，启动子、UTR和3′末端终止序列的载体。载体还可包含例如复制起点、支架附着区(scaffold attachment region)(SAR)、标记、同源序列和内含子。载体还可包含赋予植物细胞可选择表型的标记基因。标记可优选编码杀生物剂抗性性状，特别是抗生素抗性例如对例如卡那霉素、博来霉素或潮霉素的抗性，或除草剂抗性例如对例如草甘膦、氯磺隆或膦丝菌素的抗性。
将理解，多个调控区可存在于重组多核苷酸中，例如内含子、增强子、上游激活区、转录终止子和可诱导元件。因此，可将多个调控区与所述序列有效连接。
为了将启动子与序列“有效连接”，所述序列的翻译读框的翻译起始位点通常位于启动子下游的1至大约50个核苷酸之间。然而，启动子也可位于翻译起始位点上游多达5,000个核苷酸的位置，或转录起始位点上游大约2,000个核苷酸的位置。启动子通常包含至少核心(基础)启动子。启动子还可包括至少一个控制元件，例如增强子序列、上游元件或上游激活区(UAR)。例如，合适的增强子是来自章鱼碱合酶(ocs)基因上游区的顺式调控元件(-212至-154)(Fromm等人(1989)The Plant Cell 1：977-984)。
基础启动子是转录起始所需的转录复合物的装配所必需的最小序列。基础启动子通常包括可位于离转录起始位点大约15至大约35个核苷酸的上游的“TATA盒”元件。基础启动子还可包括可位于离转录起始位点大约40至大约200个核苷酸，通常大约60至大约120个核苷酸的上游的“CCAAT盒”元件(通常为序列CCAAT)和/或GGGCG序列。
对被包含的启动子的选择依赖于几个因素，包括，但不限于，效率、选择性、诱导性、希望的表达水平以及细胞或组织优先表达。通过相对于序列恰当地选择和放置启动子和其他调控区来调控所述序列的表达，对于本领域技术人员来说是常规的事情。
一些合适的启动子只在或主要在某些细胞类型中启动转录。例如，可使用主要在生殖组织(例如，果实、胚珠、花粉、雌蕊、雌配子体、卵细胞、中央细胞、珠心、胚柄(suspensor)、助细胞、花、胚胎组织、胚囊、胚、合子、胚乳、，珠被或种皮)中具有活性的启动子。因此，如此处所使用的，细胞类型或组织优先启动子是优先在靶组织中驱动表达，但也还可以在其他细胞类型或组织中导致一些表达的启动子。用于鉴定和表征植物基因组DNA中的启动子区域的方法包括，例如，下列参考资料中描述的方法：Jordano等人(1989)Plant Cell 1：855-866；Bustos等人(1989)PlantCell 1：839-854；Green等人(1988)EMBO J.7：4035-4044；Meier等人(1991)Plant Cell 3：309-316；和Zhang等人(1996)Plant Physiology 110：1069-1079。
下面描述不同类型的启动子的实例。下面指出的一些启动子更详细地描述于美国专利申请系列号60/505,689、60/518,075、60/544,771、60/558,869、60/583,691、60/619,181、60/637,140、10/950,321、10/957,569、11/058,689、11/172,703、11/208,308和PCT/US05/23639。应认识到，启动子可基于其在一种植物物种中的活性而满足一种类别的标准，并基于其在另一种植物物种中的活性而满足一种不同的类别的标准。
其他调控区：此处公开的核酸构建体可包含5’非翻译区(UTR)。5’UTR被转录，但不被翻译，其位于转录起始位点和翻译起始密码子之间，可包含+1核苷酸。3’UTR可位于翻译终止密码子和转录物的末端之间。UTR可具有特定的功能例如增加mRNA的稳定性或衰减翻译。3’UTR的实例包括但不限于多腺苷酸化信号和转录终止序列，例如，胭脂碱合酶终止序列。
不同启动子可用于驱动本发明的多核苷酸的表达。此类启动子的核苷酸序列示于SEQ ID NOS：1-79。它们中的一些可以是广泛表达的启动子，其他可以是更具组织优先性的。
当启动子在许多但不一定所有的植物组织或植物细胞中启动转录时，启动子可以被认为是“广泛表达的”。例如，广泛表达的启动子可启动有效连接的序列在枝条(shoot)、茎尖(苗端)(shoot tip(apex))和叶中的一种或多种中转录，但在组织例如根或茎中微弱地或根本不启动表达。作为另一个例子，广泛表达的启动子可启动有效连接的序列在茎、枝条、茎尖(苗端)和叶的一种或多种中表达，但可微弱地或根本不在组织例如花和发育中的种子的生殖组织中启动转录。此处提供的核酸构建体中可以包括的广泛表达的启动子的非限定性实例包括p326(SEQ ID NO：76)、YP0144(SEQ IDNO：55)、YP0190(SEQ ID NO：59)、p13879(SEQ ID NO：75)、YP0050(SEQ ID NO：35)、p32449(SEQ ID NO：77)、21876(SEQ ID NO：1)、YP0158(SEQ ID NO：57)、YP0214(SEQ ID NO：61)、YP0380(SEQ ID NO：70)、PT0848(SEQ ID NO：26)和PT0633(SEQ ID NO：7)。另外的实例包括花椰菜花叶病毒(CaMV)35S启动子、甘露碱合酶(MAS)启动子、来源于根癌农杆菌(Agrobacterium tumefacien)的T-DNA的1’或2’启动子、玄参花叶病毒34S启动子、肌动蛋白启动子例如稻肌动蛋白启动子和遍在蛋白启动子例如玉米遍在蛋白-1启动子。在一些情况下，广泛表达的启动子的类别中不包括CaMV 35S启动子。
根活性启动子(Root-active promoter)在根组织例如根内皮层、根表皮或根维管组织中驱动转录。在一些实施方案中，根活性启动子是根优先启动子，即只在或主要在根组织中驱动转录。根优先启动子包括YP0128(SEQ ID NO：52)、YP0275(SEQ ID NO：63)、PT0625(SEQ ID NO：6)、PT0660(SEQ ID NO：9)、PT0683(SEQ ID NO：14)和PT0758(SEQ ID NO：22)。其他根优先启动子包括PT0613(SEQ ID NO：5)、PT0672(SEQ ID NO：11)、PT0688(SEQ ID NO：15)和PT0837(SEQ ID NO：24)，所述启动子主要在根组织中驱动转录并以较低的程度在胚珠和/或种子中驱动转录。根优先启动子的一个实例包括CaMV 35S启动子的根特异性亚区(Lam等人(1989)Proc.Natl.Acad.Sci.USA 86：7890-7894)、由Conkling等人(1990)Plant Physiol.93：1203-1211报导的根细胞特异性启动子和烟草RD2基因启动子。
在一些实施方案中，在成熟中的胚乳中驱动转录的启动子可以是有用的。自成熟中胚乳启动子(maturing endosperm promoter)的转录通常在受精后开始并主要在种子发育期间在胚乳组织中发生并通常在细胞化(cellularization)期间最高。最合适的是主要在成熟中的胚乳中具有活性的启动子，尽管有时可使用在其他组织中也具有活性的启动子。此处提供的核酸构建体中可包含的成熟中胚乳启动子的非限定性实例包括napin启动子、Arcelin-5启动子、菜豆蛋白基因启动子(Bustos等人(1989)Plant Cell1(9)：839-853)、大豆胰蛋白酶抑制剂启动子(Riggs等人(1989)Plant Cell1(6)：609-621)、ACP启动子(Baerson等人(1993)Plant Mol Biol，22(2)：255-267)、硬脂酰ACP脱饱和酶基因(Slocombe等人(1994)PlantPhysiol104(4)：167-176)、大豆β-conglycininα′亚基启动子(Chen等人(1986)Proc Natl Acad Sci USA 83：8560-8564)、油质蛋白启动子(Hong等人(1997)Plant Mol Biol 34(3)：549-555)和玉米醇溶蛋白启动子例如15kD玉米醇溶蛋白启动子、16kD玉米醇溶蛋白启动子、19kD玉米醇溶蛋白启动子、22kD玉米醇溶蛋白启动子和27kD玉米醇溶蛋白启动子。来自稻谷蛋白-1基因的Osgt-1启动子(Zheng等人(1993)Mol.Cell Biol.13：5829-5842)、β-淀粉酶基因启动子和大麦的大麦醇溶蛋白基因启动子也是合适的。其他成熟中胚乳启动子包括YP0092(SEQ ID NO：38)、PT0676(SEQ ID NO：12)和PT0708(SEQ ID NO：17)。
在子房组织例如胚珠壁和中果皮中驱动转录的启动子也可以是有用的，例如多聚半乳糖醛酸糖苷酶启动子、香蕉TRX启动子和甜瓜肌动蛋白启动子。优先在胚珠中驱动基因表达的其他此类启动子是YP0007(SEQID NO：30)、YP0111(SEQ ID NO：46)、YP0092(SEQ ID NO：38)、YP0103(SEQ ID NO：43)、YP0028(SEQ ID NO：33)、YP0121(SEQ ID NO：51)、YP0008(SEQ ID NO：31)、YP0039(SEQ ID NO：34)、YP0115(SEQ ID NO：47)、YP0119(SEQ ID NO：49)、YP0120(SEQ ID NO：50)和YP0374(SEQID NO：68)。
在本发明的一些其他实施方案中，胚囊/早期胚乳启动子可用于在极核和/或中央细胞中或在极核的前体中但不在卵细胞或卵细胞的前体中驱动目的序列的转录。最合适的是只在或主要在极核或其前体和/或中央细胞中驱动表达的启动子。从极核延伸至早期胚乳发育的转录模式也可见于胚囊/早期胚乳优先启动子，尽管转录通常在细胞化期间和细胞化期之后在晚期胚乳发育中显著减少。胚囊/早期胚乳启动子通常不在合子或发育中的胚中表达。
可以是合适的启动子包括来源于下列基因的启动子：拟南芥属viviparous-1(参见，GenBank No.U93215)、拟南芥属atmycl(参见，Urao(1996)Plant Mol.Biol.，32：571-57；Conceicao(1994)Plant，5：493-505)、拟南芥属FIE(GenBank No.AF129516)、拟南芥属MEA、拟南芥属FIS2(GenBank No.AF096096)和FIE1.1(美国专利6,906,244)。可以是合适的其他启动子包括来源于下列基因的启动子：玉米MAC1(参见，Sheridan(1996)Genetics，142：1009-1020)、玉米Cat3(参见，GenBank No.L05934；Abler(1993)Plant Mol.Biol.，22：10131-1038)。其他的启动子包括下列拟南芥属启动子：YP0039(SEQ ID NO：34)、YP0101(SEQ ID NO：41)、YP0102(SEQ ID NO：42)、YP0110(SEQ ID NO：45)、YP0117(SEQ ID NO：48)、YP0119(SEQ ID NO：49)、YP0137(SEQ ID NO：53)、DME、YP0285(SEQID NO：64)和YP0212(SEQ ID NO：60)。可使用的其他启动子包括下列稻启动子：p530c10、pOsFIE2-2、pOsMEA、pOsYp102和pOsYp285。
在受精后优先在合子细胞中驱动表达的启动子可提供胚优先表达并可用于本发明。最合适的是在心期之前优先在早期胚中驱动转录的启动子，但在晚期和成熟中的胚中的表达也是合适的。胚优先启动子包括大麦脂质转移蛋白(Ltp1)启动子(Plant Cell Rep(2001)20：647-654、YP0097(SEQID NO：40)、YP0107(SEQ ID NO：44)、YP0088(SEQ ID NO：37)、YP0143(SEQ ID NO：54)、YP0156(SEQ ID NO：56)、PT0650(SEQ ID NO：8)、PT0695(SEQ ID NO：16)、PT0723(SEQ ID NO：19)、PT0838(SEQ ID NO：25)、PT0879(SEQ ID NO：28)和PT0740(SEQ ID NO：20)。
在光合组织中具有活性以致可以在绿色组织例如叶和茎中驱动转录的启动子对于本发明是特别有意义的。最合适的启动子是只在或主要在此类组织中驱动表达的启动子。此类启动子的实例包括核酮糖-1，5-二磷酸羧化酶(RbcS)启动子例如来自落叶松的RbcS启动子(落叶松(Larixlaricina))、松树cab6启动子(Yamamoto等人(1994)Plant Cell Physiol.35：773-778)、来自小麦的Cab-1基因启动子(Fejes等人(1990)Plant Mol.Biol.15：921-932)、来自菠菜的CAB-1启动子(Lubberstedt等人(1994)Plant Physiol.104：997-1006)、来自稻的cab1R启动子(Luan等人(1992)Plant Cell4：971-981)、来自玉米的丙酮酸磷酸双激酶(PPDK)启动子(Matsuoka等人(1993)Proc Natl Acad.Sci USA 90：9586-9590)、烟草Lhcb1＊2启动子(Cerdan等人(1997)Plant Mol.Biol.33：245-255)、拟南芥(Arabidopsis thaliana)SUC2蔗糖-H+共运蛋白(symporter)启动子(Truernit等人(1995)Planta 196：564-570)和来自菠菜的类囊体膜蛋白启动子(psaD、psaF、psaE、PC、FNR、atpC、atpD、cab、rbcS)。在茎、叶和绿色组织中驱动转录的其他启动子是PT0535(SEQ ID NO：3)、PT0668(SEQ ID NO：2)、PT0886(SEQ ID NO：29)、PR0924(SEQ IDNO：78)、YP0144(SEQ ID NO：55)、YP0380(SEQ ID NO：70)和PT0585(SEQ ID NO：4)。
在本发明的一些实施方案中，诱导型启动子可能是想要的。诱导型启动子响应外部刺激例如化学试剂或环境刺激而驱动转录。例如，诱导型启动子可响应激素例如赤霉素或乙烯，或响应光或干旱而提供转录。干旱诱导型启动子的实例是YP0380(SEQ ID NO：70)、PT0848(SEQ ID NO：26)、YP0381(SEQ ID NO：71)、YP0337(SEQ ID NO：66)、YP0337(SEQ ID NO：66)、PT0633(SEQ ID NO：7)、YP0374(SEQ ID NO：68)、PT0710(SEQ IDNO：18)、YP0356(SEQ ID NO：67)、YP0385(SEQ ID NO：73)、YP0396(SEQ ID NO：74)、YP0384(SEQ ID NO：72)、YP0384(SEQ ID NO：72)、PT0688(SEQ ID NO：15)、YP0286(SEQ ID NO：65)、YP0377(SEQ ID NO：69)和PD1367(SEQ ID NO：79)。由氮诱导的启动子的实例是PT0863(SEQID NO：27)、PT0829(SEQ ID NO：23)、PT0665(SEQ ID NO：10)和PT0886(SEQ ID NO：29)。遮光诱导型启动子(shade inducible promoter)的实例是PR0924(SEQ ID NO：78)，由氮缺乏诱导的启动子的实例是PT0959(SEQ ID NO：154)。
其他启动子：其他类型的启动子包括，但不限于，叶优先、茎/枝条优先、愈伤组织优先、保卫细胞优先例如PT0678(SEQ ID NO：13)和衰老优先启动子。也可使用上面提及的专利申请中描述的称为YP0086(SEQ IDNO：36)、YP0188(SEQ ID NO：58)、YP0263(SEQ ID NO：62)、PT0758(SEQ ID NO：22)、PT0743(SEQ ID NO：21)、PT0829(SEQ ID NO：23)、YP0119(SEQ ID NO：49)和YP0096(SEQ ID NO：39)的启动子。
可选择地，可使用双组分系统(two component system)实现异常表达，其中第一组分由包含与启动子有效连接的转录激活因子的转基因植物组成，第二组分由包含与转录激活因子的靶结合序列/区域有效连接的本发明的核酸分子的转基因植物组成。将两个转基因植物杂交，在植物的后代中表达本发明的核酸分子。在本发明的另一个可选择的实施方案中，可通过将双组分系统的序列转化入一个转基因植物系中，实现异常表达。
另一个可选方案为在目的植物物种中抑制生物量或活力调节性多肽的表达。术语“表达”是指通过多核苷酸的转录(即，通过RNA聚合酶的酶促作用)将多核苷酸中编码的遗传信息转化成RNA，和通过mRNA的翻译转化成蛋白质的过程。“上调”或“激活”是指与基态或天然状态相比增加表达产物的产量的调控，而“下调”或“阻抑”是指相对于基态或天然状态减少产量的调控。
许多基于核酸的方法，包括反义RNA、核酶指导的RNA断裂和干扰RNA(RNAi)，可用于在植物中抑制蛋白质的表达。反义技术是熟知的方法。在该方法中，克隆来自内源基因的核酸片段，将其与启动子有效连接以使RNA的反义链被转录。然后如上所述将重组载体转化入植物，产生RNA的反义链。核酸片段不必是待抑制的内源性基因的完整序列，但通常与待抑制的内源性基因的至少一个部分基本上相同。通常，可用较高的同源性补偿较短序列的使用。一般地，使用至少30个核苷酸的序列(例如，至少40、50、80、100、200、500个核苷酸或更多)。
因此，例如，此处提供的分离的核酸可以是前述编码生物量调节性多肽的核酸中的一个的反义核酸。减少编码生物量调节性多肽的基因的转录或翻译产物的水平的核酸被转录成反义核酸，所述反义核酸与该调节生物量或生长速度的多肽的有义编码序列相似或相同。可选择地，分离的核酸的转录产物可与调节生物量生长速度的多肽的有义编码序列相似或相同，但为未被多腺苷酸化、缺乏5’帽结构或包含不可剪接的内含子的RNA。
在另一个方法中，可将核酸转录成影响mRNA的表达的核酶或催化性RNA。(参见，美国专利6,423,885)。可设计核酶以与实际上任何的靶RNA特异性配对和在特定的位置切割磷酸二酯主链，从而使靶RNA功能性地失活。异源性核酸可编码设计用于切割特定mRNA转录物的核酶，从而阻止多肽的表达。锤头状核酶可以用于破坏特定的mRNA，但也可使用在位点特异性识别序列上切割mRNA的不同核酶。锤头状核酶在由侧翼区域规定的位置上切割mRNA，其中所述侧翼区与靶mRNA形成互补碱基对。唯一的要求是靶RNA包含5′-UG-3′核苷酸序列。锤头状核酶的构建和产生在本领域内是已知的。参见，例如，美国专利5,254,678和WO02/46449以及其中引用的参考资料。锤头状核酶序列可嵌入稳定的RNA例如转运RNA(tRNA)中以增加体内切割效率。Perriman等人(1995)Proc.Natl.Acad.Sci.USA，92(13)：6175-6179；de Feyter和Gaudron，Methods inMolecular Biology，第74卷，Chapter 43，＂Expressing Ribozymes inPlants＂，Turner，P.C编，Humana Press Inc.，Totowa，NJ。RNA核糖核酸内切酶例如可在嗜热四膜虫(Tetra hymena thermophila)中天然发生的并已由Cech及合作者详尽描述的RNA核糖核酸内切酶可以是有用的。参见，例如，美国专利4,987,071。
可使用基于RNA干扰(RNAi)的方法。RNA干扰是调控基因的表达和病毒的复制的细胞机制。该机制据认为是由双链小干扰RNA分子介导的。细胞通过破坏具有与双链RNA相同的序列的内源mRNA来响应所述双链RNA。用于设计和制备干扰RNA的方法对于本领域技术人员来说是已知的；参见，例如，WO 99/32619和WO 01/75164。例如，可制备包含待转录成干扰RNA的序列的构建体。这样的RNA可以是能发生自身退火的RNA，例如具有茎-环结构的双链RNA。双链RNA的茎部分的一条链包含与目的多肽的有义编码序列相似或相同的、长度为大约10个核苷酸至大约2,500个核苷酸的序列。与有义编码序列相似或相同的序列的长度可以为10个核苷酸至500个核苷酸、15个核苷酸至300个核苷酸、20个核苷酸至100个核苷酸或25个核苷酸至100个核苷酸。双链RNA的茎部分的另一条链包含目的生物量调节性多肽的反义序列，并可具有与有义序列的相应长度相比较短的、相同的或较长的长度。双链RNA的环部分可以从10个核苷酸至5,000个核苷酸，例如，从15个核苷酸至1,000个核苷酸，从20个核苷酸至500个核苷酸，或从25个核苷酸至200个核苷酸。RNA的环部分可包括内含子。参见，例如，WO99/53050。
在一些用于在植物中抑制基因表达的基于核酸的方法中，合适的核酸可以是核酸类似物。核酸类似物可在碱基部分、糖部分或磷酸主链上具有修饰以提高例如核酸的稳定性、杂交性或溶解度。碱基部分上的修饰包括针对脱氧胸苷的脱氧尿苷以及针对脱氧胞苷的5-甲基-2’-脱氧胞苷和5-溴-2’-脱氧胞苷。糖部分的修饰包括对核糖的糖的2’羟基进行修饰以形成2’-O-甲基或2’-O-烯丙基糖。可修饰脱氧核糖磷酸酯主链以产生吗啉核酸(其中各碱基部分与6元吗啉环连接)或肽核酸(其中脱氧磷酸主链被假肽(pseudopeptide)主链取代，但四个碱基保留)。参见，例如，Summerton和Weller(1997)Antisense Nucleic Acid Drug Dev.，7：187-195；Hyrup等人(1996)Bioorgan.Med.Chem.，4：5-23。此外，可用例如硫代磷酸酯或二硫代磷酸酯主链、亚磷酰胺或烷基磷酸三酯主链取代脱氧磷酸酯主链。
转化
可通过各种技术将本发明的核酸分子导入合适的宿主植物的细胞或基因组。能够转化许多种类的高等植物物种的这些技术是熟知的且描述于技术和科学文献中(参见，例如，Weising等人(1988)Ann.Rev.Genet.，22：421和Christou(1995)Euphytica，85：13-27)。
可获得本领域内已知的许多技术用于将DNA导入植物宿主细胞。这些技术包括例如通过注射(Newell(2000))、显微注射(Griesbach(1987)Plant Sci.50：69-77)、DNA的电穿孔(Fromm等人(1985)Proc.Natl.Acad.Sci.USA 82：5824)、PEG(Paszkowski等人(1984)EMBO J.3：2717)、生物轰击的使用(Klein等人(1987)Nature 327：773)、细胞或原生质体的融合(Willmitzer，L.(1993)Transgenic Plants.In：Iotechnology，AMulti-Volume Comprehensive treatise(H.J.Rehm，G.Reed，A.Püler，P.Stadler，eds.，Vol.2，627-659，VCH Weinheim-New York-Basel-Cambridge)以及使用根癌农杆菌(Crit.Rev.Plant.Sci.4：1-46；Fromm等人(1990)Biotechnology8：833-844)或发根农杆菌(Agrobacterium rhizogenes)(Cho等人(2000)Planta 210：195-204)或其他细菌宿主(Brootghaerts等人(2005)Nature 433：629-633)通过T-DNA进行的植物细胞的转化。
此外，对于本发明来说，本领域技术人员熟知的许多非稳定转化方法也可能是期望的。此类方法包括，但不限于，瞬时表达(Lincoln等人(1998)Plant Mol.Biol.Rep.16：1-4)和病毒转染(Lacomme等人(2001)，“Genetically Engineered Viruses”(C.J.A.Ring and E.D.Blair，Eds).Pp.59-99，BIOS Scientific Publishers，Ltd.Oxford，UK)。
从转化的植物获得种子，并且将其用于进行稳定性和遗传性的检测。通常，种植两代或两代以上以确保表型特征得到稳定地保持和传递。
本领域技术人员将意识到在将表达盒稳定地整合入转基因植物并且确认其有效后，可通过有性杂交将其导入其他植物。取决于待杂交的物种，可使用许多标准育种技术中的任一种。
本发明的核酸分子可用于赋予提高的NUE的性状，包括提高的对高或低氮条件的耐受性。本发明可用于改良作物植物的重要农艺学特征，例如使得能够以较低的氮肥输入量和在氮贫瘠的土壤上进行植物的生产性栽培。如上面所指出的，展示出过表达本发明的多核苷酸的转化的植物在低氮条件下生长良好且展示增加的对变化的氮条件的耐受性。这些植物需要较少的肥料，从而导致可以节约农民的成本并减少对地下水的硝酸盐污染。
在涉及产生转基因植物的方面，常见步骤包括例如就功能性载体的存在(如通过选择标记的表达所证明的)对转化植物进行选择或筛选。可使用选择标记基因例如除草剂抗性基因在受体细胞群体中进行选择或筛选以鉴定转化体。可使用物理和生物化学方法鉴定转化体。这些方法包括用于多核苷酸的检测的Southern分析或PCR扩增；用于检测RNA转录物的Northern印迹法、S1RNA酶保护法、引物延伸法或RT-PCR扩增；用于检测多肽和多核苷酸的酶或核酶活性的酶测定法；和用于检测多肽的蛋白质凝胶电泳、Western印迹法、免疫沉淀法和酶联免疫测定法。还可使用其他技术例如原位杂交、酶染色和免疫染色检测多肽和/或多核苷酸的存在或表达。用于进行所有提及的技术的方法是已知的。
可筛选和/或选择转基因植物群体，以寻找具有通过转基因的表达赋予的希望的性状或表型的群体成员。例如，可从单个转化事件的后代群体中筛选具有异源性NUE调节性多肽或核酸的期望表达水平的植物。作为另一选择，可以从一群包含独立转化事件的植物中筛选具有期望性状，例如NUE的植物。可在一代或多代上进行选择和/或筛选。这可用于鉴定与对照植物中相应的水平相比，在蛋白质水平上具有统计学上显著的差异的植物。还可在多个地理区域进行选择和/或筛选。在一些情况下，可在诱导希望的表型的条件下或在对转基因植物产生希望的表型所必需的条件下种植和选择转基因植物。此外，可在预期植物展示表型的特定发育阶段期间进行选择和/或筛选。可进行选择和/或筛选以选择与缺乏转基因的对照植物相比在NUE上具有统计学上显著的差异的转基因植物。如上面部分“本发明的多核苷酸的重要特征”中所描述的，选择的或筛选的转基因植物与相应的对照植物相比具有改变的表型。
通常，当植物在亚最适的、正常的或异常的氮条件下生长时，本发明的多核苷酸和多肽可用于改良植物性能。例如，取决于所使用的启动子或启动子控制元件，可在包含比特定植物物种/作物正常所需的氮少至少1、2、3、4或5％的氮、更优选少至少5、10、20、30、40或50％的氮、更优选少至少60、70或80％的氮和最优选少至少90或95％的氮的土壤或溶液中种植本发明的转基因植物而无损伤。类似地，取决于所使用的启动子或启动子控制元件，可在包含比特定植物物种/作物正常耐受的氮多至少1、2、3、4或5％的氮、更优选多至少5、10、20、30、40或50％的氮、更优选多至少60、70或80％的氮和最优选多至少90或95％的氮的土壤或溶液中种植本发明的转基因植物而无损伤。
本发明的核酸分子可以编码来自任何生物的合适的蛋白质，但优选是植物、真菌、细菌或动物中发现的。
转基因植物表型
此处公开的多肽能调节氮利用效率的信息可以用于作物植物的育种中。基于公开的多肽对氮利用效率的影响，可搜寻和鉴定与所述多肽的基因座连锁的多态性。可鉴定的多态性包括简单序列重复(SSR)、扩增片段长度多态性(AFLP)和限制性片段长度多态性(RFLP)。
如果鉴定到多态性，可以分析其在群体中的存在和频率以确定其在统计学上与氮利用效率的增加是否显著相关。可将与氮利用效率的增加相关的多态性整合入标记辅助育种程序中以利于具有希望的增加的氮利用效率的株系的开发。通常，将以该方式鉴定的多态性与其他基因座上的多态性(所述多态性也与希望的氮利用效率增加或其他希望的性状相关)结合使用。
本发明的方法可用于任何植物，优选属于被子植物门(Angiospermae)和裸子植物门(Gymnospermae)的高等植物。双子叶子植物纲(Dicotylodenae)和单子叶植物纲(Monocotyledonae)的植物是特别适宜的。例如，属于木兰目(Magniolales)、八角目(Illiciales)、樟目(Laurales)、胡椒目(Piperales)、马兜铃目(Aristochiales)、睡莲目(Nymphaeales)、毛茛目(Ranunculales)、Papeverales、瓶子草科(Sarraceniaceae)、昆栏树目(Trochodendrales)、金缕梅目(Hamamelidales)、Eucomiales、塞子木目(Leitneriales)、杨梅目(Myricales)、壳斗目(Fagales)、木麻黄目(Casuarinales)、石竹目(Caryophyllales)、肉穗果目(Batales)、蓼目(Polygonales)、白花丹目(Plumbaginales)、五桠果目(Dilleniales)、山茶目(Theales)、锦葵目(Malvales)、荨麻目(Urticales)、玉蕊目(Lecythidales)、堇菜目(Violales)、杨柳目(Salicales)、白花菜目(Capparales)、杜鹃花目(Ericales)、Diapensales、柿树目(Ebenales)、报春花目(Primulales)、蔷薇目(Rosales)、豆目(Fabales)、川苔草目(Podostemales)、小二仙草目(Haloragales)、桃金娘目(Myrtales)、山茱萸目(Cornales)、山龙眼目(Proteales)、檀香目(Santales)、大花草目(Rafflesiales)、卫矛目(Celastrales)、大戟目(Euphorbiales)、鼠李目(Rhamnales)、无患子目(Sapindales)、胡桃目(Juglandales)、牻牛儿苗目(Geraniales)、远志目(Polygalales)、伞形目(Umbellales)、龙胆目(Gentianales)、花葱目(Polemoniales)、唇形目(Lamiales)、车前目(Plantaginales)、玄参目(Scrophulariales)、桔梗目(Campanulales)、Rubiales、山萝卜目(Dipsacales)和菊目(Asterales)的双子叶植物也是合适的。属于泽泻目(Alismatales)、水鳖目(Hydrocharitales)、茨藻目(Najadales)、霉草目(Triuridales)、鸭跖草目(Commelinales)、谷精草目(Eriocaulales)、帚灯草目(Restionales)、Poales(Poales)、灯心草目(Juncales)、莎草目(Cyperales)、香蒲目(Typhales)、凤梨目(Bromeliales)、姜目(Zingiberales)、棕榈目(Arecales)、巴拿马草目(Cyclanthales)、露兜树目(Pandanales)、天南星目(Arales)、百合目(Lilliales)和兰目(Orchidales)的单子叶植物也可用于本发明的实施方案中。其他示例包括但不限于，属于裸子植物门的植物是松杉目(Pinales)、银杏目(Ginkgoales)、苏铁目(Cycadales)和买麻藤目(Gnetales)。
本发明的方法优选用于对于农业、园艺、生物质的生物转化和/或林业是重要的或有意义的植物。非限定性实例包括例如烟草、油料种子油菜、甜菜、马铃薯、番茄、黄瓜、胡椒、菜豆、豌豆、柑橘类水果、鳄梨、桃子、苹果、梨、浆果、李、甜瓜、茄子、棉花、大豆、向日葵、玫瑰、猩猩木、矮牵牛、银胶菊、卷心菜、菠菜、紫花苜蓿、朝鲜蓟、甘蔗、含羞草、Servicea lespedera、玉米、小麦、稻、黑麦、大麦、高梁和草类例如柳枝稷、芦竹、狗牙根、约翰逊草或草坪草、粟、大麻、香蕉、白杨、桉树和针叶树。种植以用于能量生产的植物，所谓的能源作物例如阔叶树植物如紫苜蓿、大麻、菊芋和草例如高梁、柳枝稷、约翰逊草等，是有意义的。因此，所述材料和方法可用于改变生物质的特征，例如生物质可再生能源植物的特征。生物质可再生能源植物是具有或产生包含可转化成燃料的贮存的太阳能的材料(原始的或加工的)。在上位术语中，此类植物包括专用的能源作物以及农业和木材植物。生物质可再生能源植物的实例包括：柳枝稷、象草、五节芒(giant chinese silver grass)、能源蔗(energycane)、芦竹(也称为野生蔗)、苇状羊茅、狗牙根、高梁、紫狼尾草，也称为乌干达草、小黑麦、黑麦、冬小麦、灌木白杨(shrub poplar)、灌木柳(shrubwillow)、大须芒草、虉草和玉米。
本发明包括的同源物
在本领域内已知序列中的一个或多个氨基酸可以用电荷和极性与被置换的氨基酸相似的其他氨基酸置换，即保守性氨基酸置换，从而导致生物学/功能上沉默的改变。多肽序列内的氨基酸的保守性置换可选自所述氨基酸所属类别的其他成员。可将氨基酸分成下列4类：(1)酸性(带负电荷的)氨基酸例如天冬氨酸和谷氨酸；(2)碱性(带正电荷的)氨基酸例如精氨酸、组氨酸和赖氨酸；(3)中性极性氨基酸例如丝氨酸、苏氨酸、酪氨酸、天冬酰胺和谷氨酰胺；和(4)中性非极性(疏水性)氨基酸例如甘氨酸、丙氨酸、亮氨酸、异亮氨酸、缬氨酸、脯氨酸、苯丙氨酸、色氨酸、半胱氨酸和甲硫氨酸。
本发明的核酸分子可以包括与编码选自Leads 82、85、92、93、98、112、ME07344、ME05213、ME02730和ME24939(分别相应于SEQ ID NOS：81、105、107、114、116、201、140、84、112和200)的蛋白质或其片段的序列不同的序列，因为事实上这些不同的核酸序列可以编码具有一个或多个保守氨基酸改变的蛋白质。
本发明的多肽或其片段的生物功能等同物可具有大约10个或更少的保守性氨基酸改变，更优选大约7个或更少的保守性氨基酸改变，和最优选大约5或更少的保守性氨基酸改变。在本发明的优选实施方案中，多肽具有大约5至大约500个保守性改变，更优选大约10至大约300个保守性改变，甚至更优选大约25至大约150个保守性改变，和最优选大约5至25个保守性改变或1至大约5个保守性改变。
有用的核酸分子和它们的相应的核苷酸序列的鉴定
可以通过使用多种筛选方法(所述筛选预测在异常氮条件下生长时能够赋予植物提高的NUE、营养生长、生长速度和/或生物量的核苷酸序列)，鉴定本发明的核酸分子和其核苷酸序列。因此可以使用一个或多个下列筛选方法鉴定本发明的核苷酸(和氨基酸)序列。
通过下面的实施例进一步举例说明本发明。实施例不希望以任何方式限定本申请和其应用的范围。
6.验证本发明的多核苷酸和多肽的有用性的实验
一般方案
农杆菌介导的拟南芥属植物转化
用以有义方向(相地于35S启动子而言)包含克隆的Ti质粒转化野生型拟南介Wassilewskija(WS)植物。用于这些构建体的Ti质粒载体CRS338包含赋予转化的植物除草剂抗性的、Ceres构建的、植物选择标记基因膦丝菌素乙酰转移酶(PAT)。
通常就T1代中的定性表型选择和评估10个独立转化事件。
土壤混合物的制备：将24L SunshineMix #5土壤(Sun GroHorticulture，(Ltd.，(Bellevue，(WA)与16L Therm-O-Rock蛭石(Therm-O-Rock West，(Inc.，(Chandler，(AZ)在水泥搅拌器中混合以产生60∶40的土壤混合物。向土壤混合物中加入2汤匙Marathon1％颗粒(Hummert，(Earth City，(MO)、3汤匙
Figure A200780008937D0041092247QIETU
14-14-14(Hummert，(Earth City，(MO)和1汤匙Peters肥料20-20-20(J.R.Peters，(Inc.，(Allentown，(PA)(它们被首先加入3加仑水，然后再加入土壤并充分混合)。通常，用土壤混合物装填4英寸直径的花盆。然后用8平方英寸的尼龙网覆盖花盆。
种植：使用60mL注射器，吸取35mL种子混合物。向每花盆中各加入25滴。将干净的繁殖罩(propagation dome)置于花盆顶部，然后将所述花盆置于55％的遮光布下，通过添加1英寸水进行浸润灌。
植物维持：在种植后3至4天，移走盖子和遮光布。按需给植物浇水。在7至10天后，使用摄子将花盆变稀至每花盆20株植物。在2周后，用Peters肥料以每加仑水1汤匙的速度浸润灌溉所有植物。当花苔(bolt)为大约5-10cm长时，将它们修剪在第一结和茎的基部之间以诱导次生花苔(secondary bolt)。在修剪后6至7天进行浸渍渗透。
农杆菌的制备：向150mL新鲜YEB中加入羧苄青霉素、壮观霉素和利福平各0.1mL(各自为100mg/ml原液浓度)。获得农杆菌起子block(具有培养至大约1.0的OD600的农杆菌培养物的96孔block)，通过从起子block的适当孔转移1mL以每构建体接种一个培养瓶。然后将培养物在27℃下进行振荡温育。在获得大约1.0的OD600后(大约24小时)离心沉淀培养物。向重悬浮的农杆菌沉淀中加入200mL渗透培养基(infiltrationmedia)。通过向900ml水中加入2.2g MS盐、50g蔗糖和5 μl 2mg/ml苄氨基嘌呤来制备渗透培养基。
浸渍渗透：将花盆倒转并且浸没5分钟以使植物的地上部分在农杆菌悬浮液中。然后让植物正常生长，收集种子。
T1异常表达突变体的高通量表型筛选
将种子均匀分散在花盆的用水饱和的土壤中，然后置于黑暗的4℃冷箱中2个晚上以促进一致的萌发。然后将花盆从冷箱取出，用55％的遮光布覆盖4至5天。在该阶段子叶完全展开。将
Figure A200780008937D0042092348QIETU
(Sanofi Aventis，(Paris，(France)喷施在植物上(3ml稀释入48盎斯水中的
Figure A200780008937D0042092446QIETU
)，每3至4天重复一次直至只有转化体保留下来为止。
筛选：在4个阶段：幼苗、簇生(rosette)、开花和衰老期常规地进行筛选。
○幼苗-在子叶出土后，但在第3片真叶开始形成前的时间。
○簇生-从第3片真叶出现至恰好在主花苔(primary bolt)开始伸长之前的时间。
○开花-从主花苔出现至衰老开始的时间(除了记录开花时间本身外，应当在大约50％的花已开放的阶段进行大部分观察)。
○衰老-衰老开始后的时间(除了“延迟的衰老”外，应当在植物已完全变干之后进行大部分观察)。然后收集种子。
就对低硝酸盐生长条件的耐受性筛选超级库
产生超级库，将来自10个超级库的各两千粒种子混合在一起，使用在琼脂上进行的低硝酸盐筛选法对其进行测定。低硝酸盐生长培养基，pH5.7，如下：0.5X MS无N(PhytoTech)、0.5％蔗糖(Sigma)、300μM KNO3(Sigma)，0.5g MES水合物(Sigma)、0.8％Phytagar(EM Science)。使用每平方板45ml培养基。
在具有0.01％Triton X-100(v/v)的50％CloroxTM中对拟南芥栽培品种WS种子灭菌5分钟，用无菌蒸馏去离子水洗涤4次，在使用之前在黑暗处于4℃下贮存3天。
将种子以每板100粒种子的密度种板。野生型种子用作对照。将板在ConvironTM生长室中在22℃下进行温育，其中使用16：8小时光：暗周期(来自发射大约100μEinstein光强度的白炽灯和荧光灯的组合)和70％的湿度。
14天后，每天筛选幼苗。候选幼苗比野生型对照更大或保持更深的绿色更长时间。从各候选植物分离DNA并且对其进行测序以确定存在何种转基因。
在琼脂上进行的幼苗低硝酸盐测定
如上所述预备培养基和种子。
将来自5个异常表达系事件(各自包含相同的多核苷酸)的种子播种在两行中，每行10粒种子。每板包含5个事件，总共100粒种子。也制备包含野生型种子的对照板。然后将板在4℃下温育至少2天。
在数天的4℃冷处理后，将板在ConvironTM生长室中在22℃下进行温育，使用16：8小时光：黑周期(来自发射大约100μ Einstein光强度的白炽灯和荧光灯的组合)和70％的湿度。
14天后，每天在45分钟暗适应的条件下，使用CF成像仪(Technologica Ltd.)扫描板。CF成像仪用于定量幼苗的最佳量子产额(Fv/Fm)作为光合健康的量度(详情参见下面)。为了定量幼苗的大小，在氮胁迫表现后和野生型幼苗生长停滞后1天，也用flatbed photo扫描仪(Epson)扫描板。在所有野生型植物完全变黄后结束图像捕获。在最后的扫描当天，揭开板，用
Figure A200780008937D0044092636QIETU
(10ml于48盎斯Murashige & Skoog液体培养基中)随意喷雾，然后再将其返回培养室。
在喷雾后2天，将板置于密闭的盒中45分钟进行适应以预备通过CF成像仪进行荧光显像。抗
Figure A200780008937D0044092636QIETU
的植物显现红色，而敏感性植物显现蓝色。在图像捕获后，将植物定为转基因(抗性)或非转基因(敏感性)状态。非转基因植物(即非转基因分离子)用作内部对照。
通过Fm(最大荧光信号)和可变荧光Fv之间的关系估计幼苗光合效率或通过光系统II进行的电子传递。此处，最佳量子产额(Fv/Fm)的减少表明存在胁迫，从而其可用于监测与非转基因植物相比转基因植物在氮协迫条件下的性能。因为大量的氮被投入到光合器的维持中，因此氮缺乏可导致反应中心的分解和导致光合效率的降低。因此，从图像捕获收集的开始直至植物死亡，使用FluroImager 2软件(Kevin Oxborough和JohnBartington)确定每个幼苗的Fv/Fm比率。
也通过使用WinRHIZO软件(Regent Instruments)分析Epson flatbed扫描捕获的图像来分析每株植物的簇生面积。
低硝酸盐确认试验
如上所述预备培养基和种子。
对于通过上述低硝酸盐试验的异常表达系，将事件的T2和T3代种子和野生型种子一起以每板100粒种子的最终密度种板。板包含10粒种子/行，具有4行10粒T2种子，接着2行野生型种子，然后4行T3种子。然后将板在4℃下温育至少2天。
在数天4℃冷处理后，将板在ConvironTM生长室中在22℃下进行温育，使用16：8小时光：暗周期(来自发射大约100μ Einstein光强度的白炽灯和荧光灯的组合)和70％的湿度。
14天后，每天在45分钟暗适应下使用CF成像仪(Technologica Ltd.)扫描板。CF成像仪用于定量幼苗的最佳量子产额(Fv/Fm)作为光合健康的量度。为了定量幼苗的大小，在氮胁迫明显且野生型幼苗生长停滞后1天，也用flatbed photo扫描仪(Epson)扫描板。在所有野生型植物完全变黄后结束图像捕获。在最后的扫描当天，揭开板，用
Figure A200780008937D0044092636QIETU
(10ml于48盎斯Murashige&Skoog液体培养基中)随意地喷雾，然后再将其返回培养室。
在喷雾后2天，将板置于密闭的盒中45分钟以适应从而预备通过CF成像仪进行荧光显像。抗
Figure A200780008937D0044092636QIETU
的植物显现红色，而敏感性植物显现蓝色。在图像捕获后，将植物定为转基因(抗性)或非转基因(敏感性)状态。非转基因植物(即，非转基因分离子)用作内部对照。
使用FluroImager 2软件(Kevin Oxborough和John Bartington)确定每个幼苗的Fv/Fm比率。
也通过使用WinRHIZO软件(Regent Instruments)分析Epson flatbed扫描捕获的图像来分析每株植物的簇生面积。
结果：
如上所述，就经调节的生长和表型特征，筛选用目的基因转化的植物。观察结果包括有关全株植物以及植物的部分例如根和叶的观察结果。
总结
 
副性状(sub-trait)区 低氮耐受性——在生长限制性氮条件下增加的植物生长速度、生物量、结籽、光合作用或收获指数
编码序列/来源物种      1：相应于克隆154343-ME02507的载体构建体序列标识符14300854编码来自拟南芥属的266个氨基酸的Myb样蛋白。
 
2：相应于克隆346992-ME10738的载体构建体序列标识符21992407编码来自玉米的假定的47个氨基酸的未知蛋白质。3：相应于克隆560731-ME08309的载体构建体序列标识符22796530编码来自大豆的128个氨基酸的锌指C3HC4转录因子。4：相应于基因组座位At4g24700-ME10822的载体构建体序列标识符21993270编码来自拟南芥属的143个氨基酸的未知功能的蛋白。5：相应于克隆150823-ME03926的载体构建体序列标识符14300796编码来自拟南芥属的516个氨基酸的糖基水解酶家族9蛋白。6：相应于克隆14432-ME07523的载体构建体序列标识符14297694编码来自拟南芥属的156个氨基酸的bZIP转录因子。7：相应于克隆101255-ME07344的载体构建体序列标识符14300163编码来自拟南芥属的359个氨基酸的CCCH型锌指转录因子。                                       
下面的实施例讨论的所有植物在萌发速率方面与野生型植物相比没有可观察到的或统计学上的差异。在35S启动子的控制之下，实施例3只显示了在到达开花的天数上以及在抽苔后7天簇生的面积上的轻微差异。
实施例1：Lead概述：Lead82-ME02507(SEQ ID NO：81)
 
构建体 事件/世代 植物阶段 测定 结果
35S::154343 -11/T2分离植物 幼苗 低硝酸盐耐受性 在p≤.05上显著
35S::154343 -13/T2分离植物 幼苗 低硝酸盐耐受性 在p≤.05上显著
35S::154343 -11/T3分离植物 幼苗 低硝酸盐耐受性 在p≤.05上显著
35S::154343 -13/T3分离植物 幼苗 低硝酸盐耐受性 在p≤.05上显著
在35S启动子控制下克隆154343的异位表达诱导下列表型：
在包含低硝酸盐的培养基上14天后，与对照相比，增加的光合作用。
就对低硝酸盐条件的耐受性从超级库筛选中鉴定了ME02507。
从超级库2-11和22-31中筛选在低硝酸盐生长培养基(300μM KNO3MS)上比对照更大或更绿的幼苗。获得来自超级库2-11的17个候选幼苗的转基因序列。当使用BLAST分析时，17个候选序列中的2个与ME02507对齐。还获得来自超级库22-31的39个候选幼苗的转基因序列。当使用BLAST分析时，39个候选序列中的8个与ME02507对齐(align)。
ME02507的2个事件在
Figure A200780008937D0044092636QIETU
抗性方面显示3∶1的分离。
在T2代中，事件11和13就
Figure A200780008937D0044092636QIETU
抗性呈3∶1(R∶S)分离(数据未显示)。
ME02507的2个事件在两代中在低硝酸盐生长条件下均显示显著增加的光合效率。
将来自T2和T3代之每一代的代表ME02507的3个事件的种子播种在低硝酸盐生长培养基(300μM KNO3MS)上。当使用单尾t检验并假定异方差(unequal variance)进行测量时，在p＝0.05，两个事件11和13在两代中均显示了光合效率的显著增加(表1-1).
Figure A200780008937D00471
T1植物的定性分析：
与对照相比，24株植物中有22株在物理外观上不存在可观察的差异。在剩余的两株中，一株来自事件02的植物较大且较迟开花，一株来自事件13的植物绿色更深。
T2植物的定性和定量分析：
ME02507的事件11和13在所有情况下显示与野生型相似至稍微更深的绿色。
通过将植物种植在具有低量氮的土壤中，然后在开始开花后测量生物量的产量来检测Lead 82对NUE的影响。将植物在ConvironTM Model TCR生长室中在长日照条件下种植在由3∶2 metromix 200：蛭石组成的未补充任何氮的土壤混合物中。
在发育的开花中期(mid flowering stage)测量ME2507事件11、事件13和转基因对照(无Lead 82 cDNA的载体)植物的总叶面积，收获所有的植物枝条，对其进行干燥和称重以确定枝条干重。结果表明对于事件11和13，与转基因对照植物相比Lead 82分别显著地增加簇生面积45％和57％(通过t检验，在p<0.05的水平上显著)。对于事件13，与转基因对照植物相比(通过t检验，在p<0.05的水平上显著)，簇生的面积大小的变化转化成45％的生物量产量的增加。尽管事件11也显示生物量的增加，但该增加在统计学上不显著。该数据表明低硝酸盐耐受性Lead 82可显著增加氮利用效率，从而增加簇生面积的产量和生物量的产量。转录因子通常在途径中控制多个基因的表达。例如，碱性螺旋-环-螺旋(bHLH)和Myb转录因子据认为参与控制途径例如通过TCA循环的碳流中的几个基因的表达(Yanagisawa等人，(2004)。已显示几个Myb基因调控几个途径例如花青苷途径(Sainz等人，(1997；Hernandez等人，(2004)的结构基因。此外，Myb基因已经被提示通过氮调节基因表达(Todd等，2004)。
克隆154343编码在低硝酸盐测定条件下赋予“持绿”表型的Myb转录因子。异常表达克隆154343的植物在低硝酸盐生长条件下与野生型对照和转基因负姊妹相比也显示提高的光系统II电子传递。正如通过在限制性氮肥条件下增加的叶面积和生物量产量所证实的，当在土壤中生长时，异常表达克隆154343的植物也显示提高的氮利用效率。
实施例2：Lead概述：Lead85-ME10738(SEQ ID NO：105)
 
构建体 事件/世代 植物阶段 测定 结果
35S::346992 -03/T2分离的植物 幼苗 低硝酸盐耐受性 在p≤.05上显著
35S::346992 -05/T2分离的植物 幼苗 低硝酸盐耐受性 在p≤.05上显著
35S::346992 -03/T3分离的植物 幼苗 低硝酸盐耐受性 在p≤.05上显著
35S::346992 -05/T3分离的植物 幼苗 低硝酸盐耐受性 在p≤.05上显著
在35S启动子控制下克隆346992的异位表达诱导下列表型：
在包含低硝酸盐的培养基上生长14天后与对照相比增加的光合作用。
就对低硝酸盐条件的耐受性通过超级库筛选鉴定了ME10738。
从超级库72-81筛选在低硝酸盐生长培养基(300μM KNO3MS)上比对照更大或更绿的幼苗。获得23个候选幼苗的转基因序列。当用BLAST分析时，23个候选序列中的一个与ME10738对齐。
ME10738的1个事件就
Figure A200780008937D00491
抗性显示3∶1的分离。
事件03在T2代中就
Figure A200780008937D00492
抗性呈3∶1(R∶S)分离(数据未显示)，事件05就
Figure A200780008937D00493
抗性呈1∶1(18∶17；R∶S)分离。
ME10738的2个事件在两代中在低硝酸盐生长条件下都显示显著增加的光合效率。
在低硝酸盐测定试验中播种来自T2和T3代各代的代表ME10738的5个事件的种子。当使用单尾t检验并假定异方差进行测量时，在p＝0.05，两个事件03和05在两代中都显示了光合作用的显著增加(表2-1)。
Figure A200780008937D00501
T1植物的定性分析：
与对照相比所有10个事件的物理外观没有可观察到的差异。
T2植物的定性和定量分析：
ME10738的事件03和05在所有情况下均显示与野生型相似至稍微更深的绿色。
玉米克隆346992编码与任何已知蛋白没有显著序列同一性的短多肽。序列作图定位于一个经甲基过滤选择的(methyl-filtration selected)玉米基因组序列上，说明其是低甲基化的并是居于玉米基因组的表达区域中的候选物(ZmGSStuc11-12-04.257770.1)。异常表达克隆346992的植物与野生型对照和转基因负姊妹相比，在低硝酸盐生长条件下也显示提高的光系统II电子传递。该短的多肽可能是在营养物信号转导中具有作用的新肽。或者，该cDNA可能来源于非蛋白质编码RNA，所述非蛋白质编码RNA可通过基于RNA的机制而具有基因调控作用(Marker等人(2002)Curr Biol12：2002-2013；Tang等人(2005)Mol Microbiol 55：469-481)。
实施例3：Lead概述：Lead 92-ME08309(SEQ ID NO：107)
 
构建体 事件/世代 植物阶段 测定 结果
35S::560731 -02/T2分离的植物 幼苗 低硝酸盐耐受性 在p≤.05上显著
35S::560731 -05/T2分离的植物 幼苗 低硝酸盐耐受性 在p≤.05上显著
35S::560731 -02/T3分离的植物 幼苗 低硝酸盐耐受性 在p≤.05上显著
35S::560731 -05/T3分离的植物 幼苗 低硝酸盐耐受性 在p≤.05上显著
在35S启动子控制下克隆560731的异位表达诱导下列表型：
在包含低硝酸盐的培养基上生长14天后与对照相比增加的光合作用。
簇生叶和茎生叶在标准的生长条件下比对照保持更长时间的绿色。
就对低硝酸盐条件的耐受性通过超级库筛选鉴定了ME08309。
从超级库62-71中筛选在低硝酸盐生长培养基(300μM KNO3MS)上比对照更大或更绿的幼苗。对于超级库62-71，获得20个候选幼苗的转基因序列。当用BLAST分析时，20个候选序列中的一个与ME08309对齐。
ME08309的2个事件就
Figure A200780008937D00511
抗性呈3∶1分离。
在T2代中，事件02和05就
Figure A200780008937D00512
抗性呈3∶1(R∶S)分离(数据未显示)。
ME08309的2个事件在两代中在低硝酸盐生长条件下都显示显著增加的光合效率。
将来自T2和T3代各代的代表ME08309的2个事件的种子播种在低硝酸盐培养基(300μM KNO3MS)上。当使用单尾t检验并假定异方差进行测量时，在p＝0.05，两个事件02和05在两代中都显示了光合效率的显著增加(表3-1)。
Figure A200780008937D00521
ME08309叶子比对照持绿更长
ME08309的事件02和05，当与对照相比时，具有保持绿色(即“持绿”表型)的簇生叶和茎生叶。这些植物可能积累细胞分裂素，该细胞分裂素将促成“持绿”表型并也可能在低硝酸培养基上造成增加的光合作用。或者，它们可能在正常生长期间积累显著更多的硝酸盐，这些硝酸盐不能被完全再动员(remobilize)，从而叶子良好地持绿直至衰老。
T1植物的定性分析：
与对照相比，T1植物的物理外观不存在可观察到的差异。
T2植物的定性和定量分析：
就萌发或生育力(如通过长角果数目和种子饱满度测量的)而言，ME08309的事件02和05与野生型植物之间没有可观察到的或统计学意义上的差异。
一般形态/结构：簇生叶和茎生叶显现比对照更长时间地保持更深的绿色。
开花日期：植物可比对照稍微晚些开花。
抽苔后7天簇生面积：簇生可比对照稍微小一些。
克隆560731编码128个氨基酸的来自锌指C3HC4蛋白家族的环指蛋白。环指是结合两个Zn原子的特化锌指蛋白结构域，其可能参与蛋白质-蛋白质相互作用。许多环域蛋白质在蛋白质降解途径中起着重要作用，E3遍在蛋白-蛋白质连接酶活性据认为是该结构域的一般功能(Lorick等人(1999)Proc Natl Acad Soc USA 96：11364-11369)。C3HC4结构域也存在于一些转录因子中，在所述转录因子中其可能参与蛋白质相互作用或调控作用(Hakli等人(2004)FEBS Lett 560：56-62)。因为蛋白质周转/降解的调控是许多生物学过程中的关键调控步骤(Hellmann和Estelle(2002)Science297：793-797)，克隆560731的异常表达可能影响参与氮代谢的蛋白质的周转，从而赋予对低硝酸盐的耐受性。
实施例4：Lead概述：Lead 93-ME10822(SEQ ID NO：114)
 
构建体 事件/世代 植物阶段 测定 结果
35S::At4g24700 -01/T2分离的植物 幼苗 低硝酸盐耐受性 在p≤.05上显著
35S::At4g24700 -02/T2分离的植物 幼苗 低硝酸盐耐受性 在p≤.05上显著
35S::At4g24700 -03/T2分离的植物 幼苗 低硝酸盐耐受性 在p≤.05上显著
35S::At4g24700 -01/T3分离的植物 幼苗 低硝酸盐耐受性 在p≤.05上显著
35S::At4g24700 -02/T3分离的植物 幼苗 低硝酸盐耐受性 在p≤.05上显著
35S::At4g24700 -03/T3分离的植物 幼苗 低硝酸盐耐受性 在p≤.05上显著
在35S启动子控制下At4g24700异位表达诱导下列表型：
在包含低硝酸盐的培养基上生长14天后与对照相比增加的生长。
就对低硝酸盐条件的耐受性通过超级库筛选鉴定ME10822。
从超级库72-81筛选在低硝酸盐生长培养基上比对照更大或更绿的幼苗。对于超级库72-81，获得24个候选幼苗的转基因序列。当用BLAST分析时，24个候选序列中的一个与ME10822对齐。
ME10822的2个事件就
Figure A200780008937D00531
抗性显示3∶1的分离。一个事件就抗性显示15∶1的分离。
事件01和03在T2代中就抗性呈3∶1(R∶S)分离，事件02呈15∶1分离(数据未显示)。
ME10822的3个事件在两代中在低硝酸盐生长条件下都显示显著增加的生长。
如低硝酸盐测定试验中所述播种来自T2和T3代的各代的代表ME10822的3个事件的种子。事件01、02和03的两代在p<0.05的置信水平上都具有与增强的生长表型连锁的转基因(表4-1)。
Figure A200780008937D00543
T1植物的定性分析：
与对照相比4株T1植物的物理外观没有可观察到的差异。
T2植物的定性和定量分析：
ME10822的事件01、02和03具有与对照相比稍微更呈矩圆的叶子。
At4g24700编码143个氨基酸的功能未知的蛋白质。微阵列数据(未显示)表明该序列在昼夜循环中受到光的正调控。该序列可能参与可能影响氮代谢和分配的光合相关过程。
实施例5：Lead概述：Lead98-ME07523(SEQ ID NO：116)
 
构建体 事件/世代 植物阶段 测定 结果
35S：：14432 -02/T3分离的植物 幼苗 低硝酸盐耐受性 在p≤.05上显著
35S：：14432 -04/T2分离的植物 幼苗 低硝酸盐耐受性 在p≤.05上显著
35S：：14432 -02/T4分离的植物 幼苗 低硝酸盐耐受性 在p≤.05上显著
35S：：14432 -04/T3分离的植物 幼苗 低硝酸盐耐受性 在p≤.05上显著
在包含低硝酸盐的培养基上培养14天后，与对照相比，在35S启动子控制下克隆14432的异位表达导致增强的光合作用。
就幼苗对低硝酸盐条件的耐受性从超级库筛选中鉴定ME07523。
从超级库52-61筛选在低硝酸盐生长培养基(Ceres SOP 45-琼脂上的低硝酸盐筛选)上比对照更大或更绿的幼苗。对于超级库52-61，获得23个候选幼苗的转基因序列。23个候选序列中的2个通过BLAST与ME07523对齐。
ME07523的2个事件就
Figure A200780008937D00551
抗性呈3∶1分离。
在T2代中，事件02和04就
Figure A200780008937D00552
抗性呈3∶1(R∶S)分离(数据未显示)。
ME07523的2个事件在两代中在低硝酸盐生长条件下都显示显著增加的光合效率。
在T2和T3代(或对于事件02，T3和T4代)中，如低硝酸盐测定试验中所述播种ME07523的2个事件。在该研究中，将幼苗光合效率测量为Fv/Fm，从而将事件内的转基因植物与相同板上混合的非转基因分离子相比较。通过使用单尾t检验并假定异方差，以p＝0.05，两个事件02和04在两代中都是显著的(表5-1)。
Figure A200780008937D00561
T1植物的定性分析：
事件03显现亮绿色具有弱的开花(weak inflorescence)。与野生型相比，所有其他事件在物理外观上不存在可观察的差异。
T2植物的定性和定量分析：
与对照相比，ME07523的事件02和04的物理外观中不存在可观察的差异。
克隆14432编码156个氨基酸的具有未知功能的bZIP转录因子。已知bZIP转录因子调控许多过程，包括光和胁迫信号转导、种子成熟、花的发育以及病原体防御(Jakoby等，(2002)Trends Plant Sci 7：106-111)。控制参与氮和/或碳代谢的过程的转录因子的异常表达可调节对低氮环境的耐受力，例如针对Dof1转录因子所观察到的那样(Yanagisawa等，2004)。
实施例6：Lead概述：Lead112-ME03926(SEQ ID NO：201)
 
构建体 事件/世代 植物阶段 测定 结果
35S::150823 -01/T2分离的植物 幼苗 低硝酸盐耐受性 在p≤.05上显著
35S::150823 -03/T2分离的植物 幼苗 低硝酸盐耐受性 在p≤.05上显著
35S::150823 -01/T3分离的植物 幼苗 低硝酸盐耐受性 在p≤.05上显著
35S::150823 -03/T3分离的植物 幼苗 低硝酸盐耐受性 在p≤.05上显著
在35S启动子控制下的克隆150823的异位表达导致在包含低硝酸盐的培养基上生长14天后与对照相比增加的生长。
就幼苗对低硝酸盐条件的耐受性从超级库筛选中鉴定ME03926。
从超级库22-31筛选在低硝酸盐生长培养基(Ceres SOP 45-琼脂上的低硝酸盐筛选)中比对照更大或更绿的幼苗。对于超级库22-31，获得40个候选幼苗的转基因序列。40个候选序列中的3个被BLAST到ME03926。
ME03926的2个事件就单个插入物分离。
在T2代中，事件01和03就
Figure A200780008937D00571
抗性呈3∶1(R∶S)分离(数据未显示)。
ME03926的2个事件在两代中在低硝酸盐条件下都显示显著增加的生长。
在T2和T3代中，除了2个稍微不同之处外，如低硝酸盐测定试验中所述播种ME03926的2个事件。一个不同之处是使用100μM KNO3培养基而非标准的300μM KNO3。另一个不同是每板播种10粒种子而非标准的100粒种子。在该研究中，记录植物的定性生长。在其他植物的生长停滞后，这些植物中的大部分植物仍继续在板上生长并开花。进行卡方比较检验，从而将转基因对非转基因分离子(内部对照)就增强的生长相对于停滞的生长表型进行比较以确定增加的生长是否与转基因连锁。对于2个事件01和03，在两代中，转基因均与增强的生长表型连锁，置信水平为p<0.05(表6-1).
Figure A200780008937D00581
T1植物的定性分析：
与对照相比，4株T1植物的物理外观没有可观察的差异。
T2植物的定性和定量分析：
与对照相比，事件01的物理外观没有可观察的差异。事件03与对照相比，具有稍微小一点的簇生和稍微更呈矩圆的叶子。
克隆150823编码516个氨基酸的糖基水解酶家族9蛋白。糖基水解酶和低氮耐受性之间的直接关系仍然不清楚。必需进行额外的工作以确定该基因的作用模式和其对氮利用的影响。
实施例7：Lead概述：ME07344(SEQ ID NO：140)
 
构建体 事件/世代 植物阶段 测定 结果
35S::101255 -02/T2分离的植物 成熟 土壤上的低N耐受性 在p≤.05上显著
35S::101255 -03/T2分离的植物 成熟 土壤上的低N耐受性 在p≤.05上显著
35S::101255 -02/T3分离的植物 成熟 土壤上的低N耐受性 在p≤.05上显著
35S::101255 -03/T3分离的植物 成熟 土壤上的低N耐受性 在p≤.05上显著
在35S启动子控制下的克隆101255的异位表达诱导下列表型：
与对照相比，在萌发后38天，在氮耗尽的土壤上的增强的光合效率。
就幼苗对低硝酸盐和低硝酸铵条件的耐受性从超级库筛选中鉴定ME07344。
从超级库52-61和后来的56-65中筛选在低硝酸盐和低硝酸铵生长培养基上与对照相比更大、更绿或具有更高的光合效率的幼苗。当使用BLAST进行分析时，72个低硝酸盐耐受性候选物中的8个和1个低硝酸铵候选物与ME07344对齐。
ME07344的2个事件就单个插入物分离。
事件02和03在T2代就
Figure A200780008937D0044092636QIETU
抗性呈3∶1(R∶S)分离(数据未显示)。
ME07344的2个事件在两代中在低氮条件下都显示显著增加的光合效率。
在T2和T3代中都将ME07344的2个事件播种在Sunshine LP#5土壤上。在本研究中，在第38天收集来自每株植物的第4片真叶，在CF图象仪上就其Fv/Fm值对它们进行分析。将事件内的转基因植物与所有非转基因植物(包括非转基因分离子和外部对照)比较。通过使用单尾t检验并假定异方差，事件02和03是显著的，p≤0.05(表7.1)。
Figure A200780008937D00591
T1植物的定性分析：
事件01和04是墨绿色的并具有矩圆的簇生叶。事件10是墨绿色的。剩余的事件表现为野生型。
T2植物的定性和定量分析：
就萌发或生育力(如通过长角果数目和种子饱满度测量的)而言，ME07344的事件02和03与野生型植物之间没有可观察的或统计学意义上的差异。
克隆101255编码359个氨基酸的来自拟南芥属的CCCH型锌指转录因子。如上所述，转录因子可在途径中控制多个基因的表达，并可最终影响植物的氮利用效率和对低氮生长条件的耐受性。
来自下列实施例8至10的结果验证了，当在上述测定试验中进行测定时，上述Lead的同源物显示提高的NVE。
实施例8：ME24939 SEQ ID NO：200(幼苗面积和光合效率(P.E.))-ME10822(SEQ ID NO：201)的同源物
Figure A200780008937D00601
Figure A200780008937D00611
实施例9：ME02730(SEQ ID NO：112)(只有P.E.)-ME08309(SEQ ID NO：107)的同源物
Figure A200780008937D00612
实施例10：ME05213(1个事件的P.E.和幼苗数据)SEQ ID NO：84-ME02507(SEQ ID NO：81)的同源物
Figure A200780008937D00622
实施例11-功能性同源物序列的确定
上面实施例中描述的“Lead”序列可以用于鉴定lead序列的功能性同源物，并与这些序列一起用于确定一组给定的lead和功能性同源物序列的共有序列。
如果目标序列和查询序列编码具有相似功能和/或活性的蛋白质，那么目标序列被认为是查询序列的功能性同源物。称为交互式BLAST(reciprocal BLAST)的方法(Rivera等人，(1998)Proc.Natl Acad.Sci.USA 95：6239-6244)用于从数据库鉴定潜在的功能性同源物序列，所述数据库由所有可获得的公共和专利的肽序列组成，包括来自NCBI的NR和来自Ceres克隆的肽翻译物。
在开始交互式BLAST方法之前，使用BLAST将特定的查询多肽对来自其来源物种的所有肽进行搜寻，以鉴定与查询多肽具有80％或更大的序列同一性并在比对中沿着较短序列具有85％或更大的对齐长度的多肽。查询多肽和前述鉴定的多肽中的任何多肽被定为簇(cluster)。
使用来自Washington University(Saint Louis，Missouri，USA)的BLASTP版本2.0程序确定BLAST序列同一性和E值。BLASTP版本2.0程序包括下列参数：1)1.0e-5的E值截断值；2)5的字长；和3)-postsw选项。基于已鉴定的潜在功能性同源物和/或直向同源序列与特定查询多肽的的第一BLAST HSP(高分值片段对)的比对，计算序列同一性。将BLASTHSP比对中的完全匹配的残基的数目除以HSP长度，然后乘以100，从而获得BLAST序列同一性。HSP长度通常包括比对中的空位，但在一些情况下可以排除空位。
主是的交互式BLAST法由2轮BLAST搜寻组成；正向搜寻和反向搜寻。在正向搜寻步骤中，查询多肽序列(来自源物种SA的“多肽A”)用于对来自目的物种的所有蛋白质序列进行BLAST分析。使用10-5的E值截断值和35％的同一性截断值确定最高命中事件(Top hit)。在最高命中事件中，具有最低E值的序列称为最佳命中事件，且被认为是潜在的功能性同源物。具有与最佳命中事件或与原始查询多肽具有80％或更大的序列同一性的任何其他最高命中事件同样被认为是潜在的功能性同源物。对所有目的物种重复该方法。
在反向搜寻轮次中，来自所有物种的在正向搜寻中鉴定的最高命中事件用于对来自源物种SA的所有蛋白质或多肽序列进行BLAST搜寻。当来自正向搜寻的最高命中事件将来自上述簇的多肽返回为其最佳命中事件时，该最高命中事件则也被认为是潜在的功能同源物。
通过人工检查潜在功能性同源物序列鉴定功能性同源物。代表性功能同源物示于图1-5。这些图分组显示与相应的鉴定到的功能性同源物目标序列比对的lead/查询序列。将Lead序列和它们的相应的功能性同源物的序列进行比对以鉴定保守的氨基酸和确定共有序列，所述共有序列包含在比对的序列中在特定位点上频繁出现的氨基酸残基，如图1-5中显示的。
因此每个共有序列由鉴定的和编号的保守区或结构域组成，其中一些保守区在保守区之间由一个或多个以破折号(-)表示的氨基酸分开。
因此，本发明的有用的多肽包括图1-5中所示的lead和功能性同源物序列中的每个序列以及图中所示的共有序列。本发明还包括基于共有序列和鉴定的保守区构建的其他有用的多肽。因此，有用的多肽包括包含图1-5各比对表中一个或多个编号的保守区的多肽，其中保守区可被破折号分隔。有用的多肽也包括包含图1-5中所有编号的保守区的多肽，或者以图1-5中所示的顺序包含在单个比对表中的所有编号的保守区的多肽。有用的多肽也包括按照图1-5中所描述的顺序包含比对表中所有编号的保守区的多肽，其中保守区由破折号分隔，其中两个相邻保守区之间的每一个破折号由比对表中显示的、lead和/或功能性同源物序列在确定该特定破折号的位置上的氨基酸组成。共有序列中的该破折号的长度可以是破折号在比对序列之一中的最少数目至不超过在比对序列之一中的最大数目。
此类有用的多肽的长度(氨基酸残基的总数)还可以等于针对共有序列鉴定到的长度，或者可以是任何给定的Lead和功能同源物序列家族(图1-5中所鉴定到的家族)中的最短序列的长度至最长序列的长度。
本发明还包括编码上述多肽的核酸以及其互补序列，包括基于遗传密码子简并性的该核酸的可变形式。
由此描述了本发明，但是对于本领域技术人员来说明显地可对实施本发明的材料和方法进行多种变化。此类改变被认为落入下列权利要求所定义的本发明的范围之内。
在说明书中引用下列参考资料。来自此处引用的专利和期刊文献的各参考资料通过该引用以其全文明确地包含入本文。
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序列表
<110>塞瑞斯公司
<120>赋予植物提高的氮利用效率特征的核苷酸序列和相应的多肽
<130>2750-1668PUS2
<140>
<141>
<150>60/758,831
<151>2006-01-13
<150>60/778,568
<151>2006-03-01
<160>204
<210>1
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<212>DNA
<213>拟南芥(Arabidopsis thaliana)
<220>
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<223>Ceres启动子21876
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<220>
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<223>Ceres启动子PT0708
<400>17
Figure A200780008937Q00802
<210>18
<211>1000
<212>DNA
<213>拟南芥
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(1000)
<223>Ceres启动子PT0710
<400>18
Figure A200780008937Q00803
Figure A200780008937Q00811
<210>19
<211>1002
<212>DNA
<213>拟南芥
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(1002)
<223>Ceres启动子PT0723
<400>19
Figure A200780008937Q00812
<210>20
<211>1001
<212>DNA
<213>拟南芥
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(1001)
<223>Ceres启动子PT0740
<400>20
Figure A200780008937Q00822
<210>21
<211>1024
<212>DNA
<213>拟南芥
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(1024)
<223>Ceres启动子PT0743
<400>21
Figure A200780008937Q00823
Figure A200780008937Q00831
<210>22
<211>1000
<212>DNA
<213>拟南芥
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(1000)
<223>Ceres启动子PT0758
<400>22
Figure A200780008937Q00832
Figure A200780008937Q00841
<210>23
<211>921
<212>DNA
<213>拟南芥
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(921)
<223>Ceres启动子PT0829
<400>23
<210>24
<211>763
<212>DNA
<213>拟南芥
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(763)
<223>Ceres启动子PT0837
<400>24
Figure A200780008937Q00843
Figure A200780008937Q00851
<210>25
<211>751
<212>DNA
<213>拟南芥
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(751)
<223>Ceres启动子PT0838
<400>25
Figure A200780008937Q00852
<210>26
<211>669
<212>DNA
<213>拟南芥
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(669)
<223>Ceres启动子PT0848
<400>26
Figure A200780008937Q00861
<210>27
<211>702
<212>DNA
<213>拟南芥
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(702)
<223>Ceres启动子PT0863
<400>27
Figure A200780008937Q00862
<210>28
<211>435
<212>DNA
<213>拟南芥
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(435)
<223>Ceres启动子PT0879
<400>28
<210>29
<211>397
<212>DNA
<213>拟南芥
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(397)
<223>Ceres启动子PT0886
<400>29
Figure A200780008937Q00872
<210>30
<211>1024
<212>DNA
<213>拟南芥
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(1024)
<223>Ceres启动子YP0007
<400>30
Figure A200780008937Q00881
<210>31
<211>1000
<212>DNA
<213>拟南芥
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(1000)
<223>Ceres启动子YP0008
<400>31
Figure A200780008937Q00882
Figure A200780008937Q00891
<210>32
<211>999
<212>DNA
<213>拟南芥
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(999)
<223>Ceres启动子YP0019
<400>32
Figure A200780008937Q00892
<210>33
<211>1024
<212>DNA
<213>拟南芥
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(1024)
<223>Ceres启动子YP0028
<400>33
Figure A200780008937Q00901
<210>34
<211>1024
<212>DNA
<213>拟南芥
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(1024)
<223>Ceres启动子YP0039
<400>34
Figure A200780008937Q00902
Figure A200780008937Q00911
<210>35
<211>1024
<212>DNA
<213>拟南芥
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(1024)
<223>Ceres启动子YP0050
<400>35
Figure A200780008937Q00912
<210>36
<211>999
<212>DNA
<213>拟南芥
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(999)
<223>Ceres启动子YP0086
<400>36
Figure A200780008937Q00921
<210>37
<211>1024
<212>DNA
<213>拟南芥
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(1024)
<223>Ceres启动子YP0088
<400>37
Figure A200780008937Q00922
Figure A200780008937Q00931
<210>38
<211>1024
<212>DNA
<213>拟南芥
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(1024)
<223>Ceres启动子YP0092
<400>38
Figure A200780008937Q00932
<210>39
<211>1020
<212>DNA
<213>拟南芥
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(1020)
<223>Ceres启动子YP0096
<400>39
Figure A200780008937Q00941
<210>40
<211>1000
<212>DNA
<213>拟南芥
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(1000)
<223>Ceres启动子YP0097
<400>40
Figure A200780008937Q00942
Figure A200780008937Q00951
<210<41
<211>1004
<212>DNA
<213>拟南芥
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(1004)
<223>Ceres启动子YP0101
<400>41
<210>42
<211>1000
<212>DNA
<213>拟南芥
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(1000)
<223>Ceres启动子YP0102
<400>42
Figure A200780008937Q00961
<210>43
<211>1004
<212>DNA
<213>拟南芥
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(1004)
<223>Ceres启动子YP0103
<400>43
Figure A200780008937Q00971
<210>44
<211>1003
<212>DNA
<213>拟南芥
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(1003)
<223>Ceres启动子YP0107
<400>44
Figure A200780008937Q00972
<210>45
<211>1024
<212>DNA
<213>拟南芥
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(1024)
<223>Ceres启动子YP0110
<400>45
Figure A200780008937Q00981
<210>46
<211>1024
<212>DNA
<213>拟南芥
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(1024)
<223>Ceres启动子YP0111
<400>46
Figure A200780008937Q00982
Figure A200780008937Q00991
<210>47
<211>996
<212>DNA
<213>拟南芥
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(996)
<223>Ceres启动子YP0115
<400>47
Figure A200780008937Q00992
<210>48
<211>1024
<212>DNA
<213>拟南芥
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(1024)
<223>Ceres启动子YP0117
<400>48
Figure A200780008937Q01001
<210>49
<211>1000
<212>DNA
<213>拟南芥
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(1000)
<223>Ceres启动子YP0119
<400>49
Figure A200780008937Q01002
Figure A200780008937Q01011
<210>50
<211>999
<212>DNA
<213>拟南芥
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(999)
<223>Ceres启动子YP0120
<400>50
Figure A200780008937Q01012
<210>51
<211>999
<212>DNA
<213>拟南芥
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(999)
<223>Ceres启动子YP0121
<400>51
Figure A200780008937Q01021
<210>52
<211>1004
<212>DNA
<213>拟南芥
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(1004)
<223>Ceres启动子YP0128
<400>52
Figure A200780008937Q01022
Figure A200780008937Q01031
<210>53
<211>1001
<212>DNA
<213>拟南芥
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(1001)
<223>Ceres启动子YP0137
<400>53
<210>54
<211>1001
<212>DNA
<213>拟南芥
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(1001)
<223>Ceres启动子YP0143
<400>54
Figure A200780008937Q01041
<210>55
<211>1003
<212>DNA
<213>拟南芥
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(1003)
<223>Ceres启动子YP0144
<400>55
Figure A200780008937Q01042
Figure A200780008937Q01051
<210>56
<211>1004
<212>DNA
<213>拟南芥
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(1004)
<223>Ceres启动子YP0156
<400>56
Figure A200780008937Q01052
<210>57
<211>1000
<212>DNA
<213>拟南芥
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(1000)
<223>Ceres启动子YP0158
<400>57
Figure A200780008937Q01061
<210>58
<211>1005
<212>DNA
<213>拟南芥
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(1005)
<223>Ceres启动子YP0188
<400>58
Figure A200780008937Q01062
Figure A200780008937Q01071
<210>59
<211>1002
<212>DNA
<213>拟南芥
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(1002)
<223>Ceres启动子YP0190
<400>59
Figure A200780008937Q01072
<210>60
<211>995
<212>DNA
<213>拟南芥
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(995)
<223>Ceres启动子YP0212
<400>60
Figure A200780008937Q01081
<210>61
<211>1024
<212>DNA
<213>拟南芥
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(1024)
<223>Ceres启动子YP0214
<400>61
Figure A200780008937Q01082
Figure A200780008937Q01091
<210>62
<211>911
<212>DNA
<213>拟南芥
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(911)
<223>Ceres启动子YP0263
<400>62
Figure A200780008937Q01092
<210>63
<211>999
<212>DNA
<213>拟南芥
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(999)
<223>Ceres启动子YP0275
<400>63
Figure A200780008937Q01101
<210>64
<211>981
<212>DNA
<213>拟南芥
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(981)
<223>Ceres启动子YP0285
<400>64
Figure A200780008937Q01102
Figure A200780008937Q01111
<210>65
<211>996
<212>DNA
<213>拟南芥
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(996)
<223>Ceres启动子YP0286
<400>65
Figure A200780008937Q01112
<210>66
<211>1000
<212>DNA
<213>拟南芥
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(1000)
<223>Ceres启动子YP0337
<400>66
Figure A200780008937Q01121
<210>67
<211>1000
<212>DNA
<213>拟南芥
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(1000)
<223>Ceres启动子YP0356
<400>67
Figure A200780008937Q01131
<210>68
<211>1000
<212>DNA
<213>拟南芥
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(1000)
<223>Ceres启动子YP0374
<400>68
Figure A200780008937Q01132
<210>69
<211>998
<212>DNA
<213>拟南芥
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(998)
<223>Ceres启动子YP0377
<400>69
Figure A200780008937Q01141
<210>70
<211>999
<212>DNA
<213>拟南芥
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(999)
<223>Ceres启动子YP0380
<400>70
Figure A200780008937Q01142
Figure A200780008937Q01151
<210>71
<211>1000
<212>DNA
<213>拟南芥
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(1000)
<223>Ceres启动子YP0381
<400>71
<210>72
<211>999
<212>DNA
<213>拟南芥
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(999)
<223>Ceres启动子YP0384
<400>72
Figure A200780008937Q01153
<210>73
<211>998
<212>DNA
<213>拟南芥
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(998)
<223>Ceres启动子YP0385
<400>73
<210>74
<211>1000
<212>DNA
<213>拟南芥
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(1000)
<223>Ceres启动子YP0396
<400>74
Figure A200780008937Q01171
<210>75
<211>1514
<212>DNA
<213>拟南芥
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(1514)
<223>Ceres启动子p13879
<400>75
Figure A200780008937Q01172
Figure A200780008937Q01181
<210>76
<211>1954
<212>DNA
<213>拟南芥
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(1954)
<223>Ceres启动子p326
<400>76
Figure A200780008937Q01182
Figure A200780008937Q01191
<210>77
<211>2016
<212>DNA
<213>拟南芥
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(2016)
<223>Ceres启动子p32449
<400>77
Figure A200780008937Q01201
<210>78
<211>1024
<212>DNA
<213>拟南芥
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(1024)
<223>Ceres启动子PR0924
<400>78
Figure A200780008937Q01202
<210>79
<211>667
<212>DNA
<213>拟南芥
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(667)
<223>Ceres启动子PD1367
<400>79
Figure A200780008937Q01212
<210>80
<211>1153
<212>DNA
<213>拟南芥
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(1153)
<223>Ceres克隆ID no.154343
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(1153)
<223>也称作Ceres ME02507
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(1153)
<223>也称作Ceres LEAD Number 82
<220>
<221>
<222>(1)..(1153)
<223>通过SEQ ID NO：81提及
<220>
<221>misc_feature
<222>(136)..(934)
<223>CDS
<400>80
Figure A200780008937Q01221
<210>81
<211>266
<212>PRT
<213>拟南芥
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(266)
<223>Ceres克隆ID no.154343
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(266)
<223>也称作Ceres ME02507
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(266)
<223>也称作Ceres LEAD Number 82
<220>
<221>misc_feature
<222>(14)..(61)
<223>Pfam名称：Myb_DNA-结合；Pfam描述：Myb-样DNA-结合域
<400>81
Figure A200780008937Q01231
Figure A200780008937Q01241
<210>82
<211>127
<212>PRT
<213>大豆(Glycine max)
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(127)
<223>Ceres克隆ID no.643885
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(127)
<223>SEQ ID NO：81的Ceres克隆ID no.154343的功能同源物，具有2.19E-63的E值和
90.5％的BLAST序列同一性
<400>82
Figure A200780008937Q01242
<210>83
<211>121
<212>PRT
<213>大豆
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(121)
<223>Ceres克隆ID no.590304
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(121)
<223>SEQ ID NO：81的Ceres克隆ID no.154343的功能同源物，具有8.30E-57的E值和
87.5％的BLAST序列同一性
<220>
<221>misc_feature
<222>(121)..(121)
<223>Xaa是任何aa，未知，或其它
<400>83
Figure A200780008937Q01252
Figure A200780008937Q01261
<210>84
<211>103
<212>PRT
<213>大豆
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(103)
<223>Ceres克隆ID no.658946
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(103)
<223>也称作ME05213
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(103)
<223>SEQID NO：81的Ceres克隆ID no.154343的功能同源物，具有5.19E-48的E值和
87.3％的BLAST序列同一性
<400>84
Figure A200780008937Q01262
<210>85
<211>273
<212>PRT
<213>玉蜀黍(Zea mays)
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(273)
<223>Ceres克隆ID no.280394
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(273)
<223>SEQ ID NO：81的Ceres克隆ID no.154343的功能同源物，具有1.99E-62的E值和
82.9％的BLAST序列同一性
<400>85
Figure A200780008937Q01281
<210>86
<211>100
<212>PRT
<213>玉蜀黍
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(100)
<223>Ceres克隆ID no.237195
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(100)
<223>SEQ ID NO：81的Ceres克隆ID no.154343的功能同源物，具有1.49E-43的E值和
82.0％的BLAST序列同一性
<400>86
Figure A200780008937Q01282
<210>87
<211>149
<212>PRT
<213>玉蜀黍
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(149)
<223>Ceres克隆ID no.1490210
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(149)
<223>SEQ ID NO：81的Ceres克隆ID no.154343的功能同源物，具有1.79E-61的E值和
80.5％的BLAST序列同一性
<400>87
<210>88
<211>309
<212>PRT
<213>陆地棉(Gossypium hirsutum)
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(309)
<223>Public GI no.13346188
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(309)
<223>SEQ ID NO：81的Ceres克隆ID no.154343的功能同源物，具有1.40E-54的E值和
70.3％的BLAST序列同一性
<400>88
Figure A200780008937Q01301
Figure A200780008937Q01311
<210>89
<211>106
<212>PRT
<213>欧洲油菜(Brassica napus)
<220>
>221>misc_feature
<222>(1)..(106)
<223>Ceres克隆ID no.971474
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(106)
<223>SEQ ID NO：81的Ceres克隆ID no.154343的功能同源物，具有4.70E-38的E值和
69.8％的BLAST序列同一性
<400>89
Figure A200780008937Q01312
<210>90
<211>112
<212>PRT
<213>欧洲油菜
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(112)
<223>Ceres克隆ID no.1069120
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(112)
<223>SEQ ID NO：81的Ceres克隆ID no.154343的功能同源物，具有1.20E-41的E值和
69.6％的BLAST序列同一性
<400>90
<210>91
<211>125
<212>PRT
<213>欧洲油菜
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(125)
<223>Ceres克隆ID no.970455
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(125)
<223>SEQ ID NO：81的Ceres克隆ID no.154343的功能同源物，具有4.60E-47的E值和
69.6％的BLAST序列同一性
<400>91
Figure A200780008937Q01322
Figure A200780008937Q01331
<210>92
<211>121
<212>PRT
<213>普通小麦(Triticum aestivum)
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(121)
<223>Ceres克隆ID no.919950
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(121)
<223>SEQ ID NO：81的Ceres克隆ID no.154343的功能同源物，具有8.90E-44的E值和
68.5％的BLAST序列同一性
<400>92
Figure A200780008937Q01332
Figure A200780008937Q01341
<210>93
<211>139
<212>PRT
<213>普通小麦
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(139)
<223>Ceres克隆ID no.1020930
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(139)
<223>SEQ ID NO：81的Ceres克隆ID no.154343的功能同源物，具有3.60E-47的E值和
68.2％的BLAST序列同一性
<400>93
Figure A200780008937Q01342
<210>94
<211>132
<212>PRT
<213>欧洲油菜
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(132)
<223>Ceres克隆ID no.1122673
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(132)
<223>SEQ ID NO：81的Ceres克隆ID no.154343的功能同源物，具有4.49E-49的E值和
67.9％的BLAST序列同一性
<220>
<221>misc_feature
<222>(129)..(129)
<223>Xaa是任何aa，未知，或其它
<400>94
Figure A200780008937Q01351
<210>95
<211>274
<212>PRT
<213>番茄(Lycopersicon esculentum)
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(274)
<223>Public GI no.1430846
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(274)
<223>SEQ ID NO：81的Ceres克隆ID no.154343的功能同源物，具有2.49E-64的E值和
67.7％的BLAST序列同一性
<400>95
<210>96
<211>114
<212>PRT
<213>普通小麦
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(114)
<223>Ceres克隆ID no.764797
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(114)
<223>SEQ ID NO：81的Ceres克隆ID no.154343的功能同源物，具有5.09E-41的E值和
67.5％的BLAST序列同一性
<400>96
<210>97
<211>118
<212>PRT
<213>普通小麦
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(118)
<223>Ceres克隆ID no.576284
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(118)
<223>SEQ ID NO：81的Ceres克隆ID no.154343的功能同源物，具有1.89E-41的E值
和65.8％的BLAST序列同一性
<400>97
Figure A200780008937Q01381
<210>98
<211>265
<212>PRT
<213>普通小麦
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(265)
<223>Public GI no.47680445
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(265)
<223>SEQ ID NO：81的Ceres克隆ID no.154343的功能同源物，具有9.69E-47的E值
和65.4％的BLAST序列同一性
<400>98
Figure A200780008937Q01391
<210>99
<211>813
<212>DNA
<213>Populus balsamifera subsp.trichocarpa
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(813)
<223>Ceres ANNOT ID no.1500277
<400>99
Figure A200780008937Q01401
<210>100
<211>270
<212>PRT
<213>Populus balsamifera subsp.trichocarpa
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(270)
<223>Ceres ANNOT ID no.1500277
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(270)
<223>SEQ ID NO：81的Ceres克隆ID no.154343的功能同源物，具有1.19E-78的E值
和63.2％的BLAST序列同一性
<400>100
Figure A200780008937Q01402
<210>101
<211>294
<212>PRT
<213>Petunia x hybrida
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(294)
<223>Public GI no.68052409
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(294)
<223>SEQ ID NO：81的Ceres克隆ID no.154343的功能同源物，具有6.49E-73的E值
和59.6％的BLAST序列同一性
<400>101
Figure A200780008937Q01412
<210>102
<211>262
<212>PRT
<213>粳稻(Oryza sativa subsp.Japonica)
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(262)
<223>Public GI no.50948253
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(262)
<223>SEQ ID NO：81的Ceres克隆ID no.154343的功能同源物，具有1.60E-62的E值
和58.4％的BLAST序列同一性
<400>102
Figure A200780008937Q01431
Figure A200780008937Q01441
<210>103
<211>285
<212>PRT
<213>粳稻
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(285)
<223>Public GI no.50725788
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(285)
<223>SEQ ID NO：81的Ceres克隆ID no.154343的功能同源物，具有1.30E-65的E值
和57.2％的BLAST序列同一性
<400>103
Figure A200780008937Q01442
Figure A200780008937Q01451
<210>104
<211>933
<212>DNA
<213>玉蜀黍
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(933)
<223>Ceres克隆ID no.346992
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(933)
<223>也称作Ceres ME10738
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(933)
<223>也称作Ceres LEAD Number 85
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(933)
<223>通过SEQ ID NO：105提及
<220>
<221>misc_feature
<222>(378)..(519)
<223>CDS
<400>104
<210>105
<211>47
<212>PRT
<213>玉蜀黍
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(47)
<223>Ceres克隆ID no.346992
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(47)
<223>也称作Ceres ME10738
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(47)
<223>也称作Ceres LEAD Number 85
<400>105
<210>106
<211>585
<212>DNA
<213>大豆
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(585)
<223>Ceres克隆ID no.560731
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(585)
<223>也称作Ceres ME08309
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(585)
<223>也称作Ceres LEAD Number 92
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(585)
<223>通过SEQ ID NO：107提及
<220>
<221>misc_feature
<222>(128)..(512)
<223>CDS
<400>106
Figure A200780008937Q01471
<210>107
<211>128
<212>PRT
<213>大豆
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(128)
<223>Ceres克隆ID no.560731
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(128)
<223>也称作Ceres ME08309
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(128)
<223>也称作Ceres LEAD Number 92
<220>
<221>misc_feature
<222>(71)..(112)
<223>Pfam名称：zf-C3HC4；Pfam描述：锌指，C3HC4型(环指)
<400>107
Figure A200780008937Q01481
<210>108
<211>405
<212>DNA
<213>Populus balsamifera subsp.trichocarpa
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(405)
<223>Ceres ANNOT ID no.1506045
<400>108
Figure A200780008937Q01491
<210>109
<211>119
<212>PRT
<213>Populus balsamifera subsp.trichocarpa
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(119)
<223>Ceres ANNOT ID no.1506045
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(119)
<223>SEQ ID NO：107的Ceres克隆ID no.560731的功能同源物，具有4.70E-38的E值
和63.3％的BLAST序列同一性
<400>109
Figure A200780008937Q01492
<210>110
<211>402
<212>DNA
<213>Populus balsamifera subsp.trichocarpa
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(402)
<223>Ceres ANNOT ID no.1495397
<400>110
Figure A200780008937Q01502
<210>111
<211>118
<212>PRT
<213>Populus balsamifera subsp.trichocarpa
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(118)
<223>Ceres ANNOT ID no.1495397
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(118)
<223>SEQ ID NO：107的Ceres克隆ID no.560731的功能同源物，具有1.59E-37的E值
和62.5％的BLAST序列同一性
<400>111
Figure A200780008937Q01503
Figure A200780008937Q01511
<210>112
<211>136
<212>PRT
<213>拟南芥
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(136)
<223>Ceres克隆ID no.4267
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(136)
<223>也称作Ceres ME02730
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(136)
<223>SEQ ID NO：107的Ceres克隆ID no.560731的功能同源物，具有2.20E-31的E值
和50.7％的BLAST序列同一性
<400>112
Figure A200780008937Q01512
<210>113
<211>432
<212>DNA
<213>拟南芥
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(432)
<223>Ceres ANNOT ID no.566305
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(432)
<223>也称作Ceres ME10822
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(432)
<223>也称作Ceres LEAD Number 93
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(432)
<223>通过SEQ ID NO：114提及
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(429)
<223>CDS
<400>113
Figure A200780008937Q01531
<210>114
<211>143
<212>PRT
<213>拟南芥
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(143)
<223>Ceres ANNOT ID no.566305
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(143)
<223>也称作Ceres ME10822
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(143)
<223>也称作Ceres LEAD Number 93
<400>114
Figure A200780008937Q01532
Figure A200780008937Q01541
<210>115
<211>777
<212>DNA
<213>拟南芥
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(777)
<223>Ceres克隆ID no.14432
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(777)
<223>也称作Ceres ME07523
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(777)
<223>也称作Ceres LEAD Number 98
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(777)
<223>通过SEQ ID NO：116提及
<220>
<221>misc_feature
<222>(85)..(553)
<223>CDS
<400>115
Figure A200780008937Q01542
<210>116
<211>156
<212>PRT
<213>拟南芥
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(156)
<223>Ceres克隆ID no.14432
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(156)
<223>也称作Ceres ME07523
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(156)
<223>也称作Ceres LEAD Number 98
<220>
<221>misc_feature
<222>(68)..(132)
<223>Pfam名称：bZIP_1；Pfam描述：bZIP转录因子
<400>116
Figure A200780008937Q01561
<210>117
<211>552
<212>DNA
<213>Populus balsamifera subsp.trichocarpa
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(552)
<223>Ceres ANNOT ID no.1470809
<400>117
Figure A200780008937Q01562
<210>118
<211>109
<212>PRT
<213>Populus balsamifera subsp.trichocarpa
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(109)
<223>Ceres ANNOT ID no.1470809
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(109)
<223>SEQ ID NO：201的Ceres克隆ID no.14432的功能同源物，具有9.40E-17的E值和
53.8％的BLAST序列同一性
<400>118
<210>119
<211>61
<212>PRT
<213>灰白银胶菊(Parthenium argentatum)
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(61)
<223>Ceres克隆ID no.1604429
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(61)
<223>SEQ ID NO：201的Ceres克隆ID no.14432的功能同源物，具有9.90E-6的E值和
52.5％的BLAST序列同一性
<400>119
<210>120
<211>426
<212>PRT
<213>珍珠粟(Pennisetum glaucum)
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(426)
<223>Public GI no.21435101
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(426)
<223>SEQ ID NO：116的Ceres克隆ID no.14432的功能同源物，具有4.79E-9的E值和
51.3％的BLAST序列同一性
<400>120
Figure A200780008937Q01582
Figure A200780008937Q01591
<210>121
<211>151
<212>PRT
<213>大豆
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(151)
<223>Ceres克隆ID no.648620
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(151)
<223>SEQ ID NO：116的Ceres克隆ID no.14432的功能同源物，具有4.90E-20的E值和
44.3％的BLAST序列同一性
<400>121
Figure A200780008937Q01601
<210>122
<211>193
<212>PRT
<213>菜豆(Phaseolus vulgaris)
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(193)
<223>Public GI no.13430400
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(193)
<223>SEQ ID NO：116的Ceres克隆ID no.14432的功能同源物，具有1.90E-9的E值和
41.7％的BLAST序列同一性
<400>122
Figure A200780008937Q01611
<210>123
<211>139
<212>PRT
<213>Craterostigma plantagineum
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(139)
<223>Public GI no.72398495
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(139)
<223>SEQ ID NO：116的Ceres克隆ID no.14432的功能同源物，具有5.10E-9的E值和
39.7％的BLAST序列同一性
<400>123
Figure A200780008937Q01621
<210>124
<211>139
<212>PRT
<213>Craterostigma plantagineum
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(139)
<223>Public GI no.72398497
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(139)
<223>SEQ ID NO：116的Ceres克隆ID no.14432的功能同源物，具有5.10E-9的E值和
39.7％的BLAST序列同一性
<400>124
Figure A200780008937Q01622
Figure A200780008937Q01631
<210>125
<211>193
<212>PRT
<213>Phaseolus acutifolius
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(193)
<223>Public GI no.12829956
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(193)
<223>SEQ ID NO：116的Ceres克隆ID no.14432的功能同源物，具有3.10E-9的E值和
39.0％的BLAST序列同一性
<400>125
Figure A200780008937Q01632
<210>126
<211>157
<212>PRT
<213>黑麦(Secale cereale)
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(157)
<223>Public GI no.40019253
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(157)
<223>SEQ ID NO：116的Ceres克隆ID no.14432的功能同源物，具有6.50E-9的E值和
39.0％的BLAST序列同一性
<400>126
Figure A200780008937Q01651
<210>127
<211>1894
<212>DNA
<213>拟南芥
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(1894)
<223>In planta针对Ceres克隆ID no.150823的序列
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(1894)
<223>也称作Ceres ME03926
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(1894)
<223>也称作Ceres LEAD Number 112
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(1894)
<223>通过SEQ ID NO：201提及
<220>
<221>misc_feature
<222>(80)..(1628)
<223>CDS
<400>127
Figure A200780008937Q01652
Figure A200780008937Q01661
<210>128
<211>516
<212>PRT
<213>拟南芥
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(516)
<223>Ceres克隆ID no.150823的理论序列翻译
<220>
<221>misc_feature
<222>(52)..(509)
<223>Pfam名称：Glyco_hydro_9；Pfam描述：糖基水解酶家族9
<220>
<221>misc_feature
<222>(105)..(105)
<223>Xaa是任何aa，未知，或其它
<400>128
Figure A200780008937Q01671
Figure A200780008937Q01681
<210>129
<211>1563
<212>DNA
<213>Populus balsamifera subsp.trichocarpa
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(1563)
<223>Ceres ANNOT ID no.1444694
<400>129
<210>130
<211>448
<212>PRT
<213>Populus balsamifera subsp.trichocarpa
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(448)
<223>Ceres ANNOT ID no.1444694
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(448)
<223>SEQ ID NO：201的Ceres克隆ID no.150823的功能同源物，具有1.59E-204的E值
和81.7％的同一性
<400>130
Figure A200780008937Q01692
Figure A200780008937Q01701
Figure A200780008937Q01711
<210>131
<211>1533
<212>DNA
<213>Populus balsamifera subsp.trichocarpa
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(1533)
<223>Ceres ANNOT ID no.1525054
<400>131
Figure A200780008937Q01712
<210>132
<211>425
<212>PRT
<213>Populus balsamifera subsp.trichocarpa
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(425)
<223>Ceres ANNOT ID no.1525054
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(425)
<223>SEQ ID NO：201的Ceres克隆ID no.150823的功能同源物，具有4.30E-195的E值
和80.4％的BLAST序列同一性
<400>132
Figure A200780008937Q01721
Figure A200780008937Q01731
<210>133
<211>1626
<212>DNA
<213>Populus balsamifera subsp.trichocarpa
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(1626)
<223>Ceres ANNOT ID no.1471639
<400>133
Figure A200780008937Q01732
Figure A200780008937Q01741
<210>134
<211>456
<212>PRT
<213>Populus balsamifera subsp.trichocarpa
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(456)
<223>Ceres ANNOT ID no.1471639
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(456)
<223>SEQ ID NO：201的Ceres克隆ID no.150823的功能同源物，具有8.70E-188的E值
和80.4％的BLAST序列同一性
<400>134
Figure A200780008937Q01742
<210>135
<211>506
<212>PRT
<213>豌豆(Pisum sativum)
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(506)
<223>Public GI no.6009979
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(506)
<223>SEQ ID NO：201的Ceres克隆ID no.150823的功能同源物，具有4.80E-219的E值
和79.O％的BLAST序列同一性
<400>135
Figure A200780008937Q01762
Figure A200780008937Q01771
Figure A200780008937Q01781
<210>136
<211>510
<212>PRT
<213>番茄
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(510)
<223>Public GI no.924622
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(510)
<223>SEQ ID NO：201的Ceres克隆ID no.150823的功能同源物，具有8.30E-215的E值
和77.1％的BLAST序列同一性
<400>136
Figure A200780008937Q01791
<210>137
<211>317
<212>PRT
<213>烟草(Nicotiana tabacum)
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(317)
<223>Public GI no.16903355
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(317)
<223>SEQ ID NO：201的Ceres克隆ID no.150823的功能同源物，具有6.59E-135的E值
和76.3％的BLAST序列同一性
<400>137
Figure A200780008937Q01801
Figure A200780008937Q01811
<210>138
<211>499
<212>PRT
<213>粳稻
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(499)
<223>Public GI no.34894544
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(499)
<223>SEQ ID NO：201的Ceres克隆ID no.150823的功能同源物，具有6.70E-197的E值
和74.3％的BLAST序列同一性
<400>138
Figure A200780008937Q01812
Figure A200780008937Q01831
<210>139
<211>1535
<212>DNA
<213>拟南芥
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(1535)
<223>Ceres克隆ID no.101255的理论序列
<400>139
Figure A200780008937Q01841
<210>140
<211>359
<212>PRT
<213>拟南芥
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(359)
<223>Ceres克隆ID no.101255
<400>140
Figure A200780008937Q01842
Figure A200780008937Q01851
<210>141
<211>206
<212>PRT
<213>玉蜀黍
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(206)
<223>Ceres克隆ID no.1233164
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(206)
<223>SEQ ID NO：140的Ceres克隆ID no.101255的功能同源物，具有1.20E-66的E值
和65.8％的BLAST序列同一性
<400>141
Figure A200780008937Q01852
Figure A200780008937Q01861
<210>142
<211>1024
<212>DNA
<213>Populus balsamifera subsp.trichocarpa
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(1395)
<223>Ceres ANNOT ID no.1455308
<400>142
Figure A200780008937Q01862
<210>143
<211>464
<212>PRT
<213>Populus balsamifera subsp.trichocarpa
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(464)
<223>Ceres ANNOT ID no.1455308
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(464)
<223>SEQ ID N0：140的Ceres克隆ID no.101255的功能同源物，具有1.30E-101的E值
和65.5％的BLAST序列同一性
<400>143
Figure A200780008937Q01872
Figure A200780008937Q01881
<210>144
<211>1024
<212>DNA
<213>Populus balsamifera subsp.trichocarpa
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(1170)
<223>Ceres ANNOT ID no.1508502
<400>144
Figure A200780008937Q01891
<210>145
<211>388
<212>PRT
<213>Populus balsamifera subsp.trichocarpa
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(388)
<223>Ceres ANNOT ID no.1508502
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(388)
<223>SEQ ID NO：140的Ceres克隆ID no.101255的功能同源物，具有1.59E-101的E值
和65.5％的BLAST序列同一性
<400>145
Figure A200780008937Q01892
Figure A200780008937Q01901
Figure A200780008937Q01911
<210>146
<211>349
<212>PRT
<213>大豆
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(349)
<223>Ceres克隆ID no.673872
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(349)
<223>SEQ ID NO：140的Ceres克隆ID no.101255的功能同源物，具有5.29E-103的E值
和65.0％的BLAST序列同一性
<400>146
Figure A200780008937Q01912
Figure A200780008937Q01921
<210>147
<211>246
<212>PRT
<213>Boechera drummondii
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(246)
<223>Public GI no.34013885
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(246)
<223>SEQ ID NO：140的Ceres克隆ID no.101255的功能同源物，具有1.50E-41的E值
和64.4％的BLAST序列同一性
<400>147
Figure A200780008937Q01922
Figure A200780008937Q01931
<210>148
<211>249
<212>PRT
<213>Capsella rubella
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(249)
<223>Public GI no.38260642
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(249)
<223>SEQ ID NO：140的Ceres克隆ID no.101255的功能同源物，具有3.49E-42的E值
和64.1％的BLAST序列同一性
<400>148
Figure A200780008937Q01932
Figure A200780008937Q01941
<210>149
<211>1024
<212>DNA
<213>Populus balsamifera subsp.trichocarpa
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(1083)
<223>Ceres ANNOT ID no.1530660
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(359)
<223>SEQ ID NO：140的Ceres克隆ID no.101255的功能同源物，具有1.10E-95的E值
和64.0％的BLAST序列同一性
<400>149
<210>150
<211>359
<212>PRT
<213>Populus balsamifera subsp.trichocarpa
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(359)
<223>SEQ ID NO：140的Ceres克隆ID no.101255的功能同源物，具有1.10E-95的E值
和64.0％的BLAST序列同一性
<400>150
Figure A200780008937Q01952
Figure A200780008937Q01961
<210>151
<211>353
<212>PRT
<213>大豆
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(353)
<223>Ceres克隆ID no.1239229
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(353)
<223>SEQ ID NO：140的Ceres克隆ID no.101255的功能同源物，具有8.39E-105的E
值和63.8％的BLAST序列同一性
<400>151
Figure A200780008937Q01971
Figure A200780008937Q01981
<210>152
<211>388
<212>PRT
<213>玉蜀黍
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(389)
<223>Ceres克隆ID no.287298
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(389)
<223>SEQ ID N0：140的Ceres克隆ID no.101255的功能同源物，具有1.30E-60的E值
和63.6％的BLAST序列同一性
<220>
<221>misc_feature
<222>(196)..(196)
<223>Xaa是任何aa，未知，或其它
<400>152
Figure A200780008937Q01982
Figure A200780008937Q01991
<210>153
<211>246
<212>PRT
<213>小拟南芥(Arabidopsis pumila)
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(246)
<223>Public GI no.38260661
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(246)
<223>SEQ ID NO：140的Ceres克隆ID no.101255的功能同源物，具有1.70E-42的E值
和62.2％的BLAST序列同一性
<400>153
Figure A200780008937Q02001
<210>154
<211>1000
<212>DNA
<213>拟南芥
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(1000)
<223>Ceres启动子PT0959
<400>154
Figure A200780008937Q02011
<210>155
<211>269
<212>PRT
<213>短果茴芹(Pimpinella brachycarpa)
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(269)
<223>Public GI no.6651292
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(269)
<223>SEQ ID NO：81的Ceres克隆ID no.154343的功能同源物，具有7.5E-76的E值和
68.2％的BLAST序列同一性
<400>155
Figure A200780008937Q02012
<210>156
<211>762
<212>DNA
<213>陆地棉
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(762)
<223>Ceres克隆ID no.100058160
<400>156
<210>157
<211>233
<212>PRT
<213>陆地棉
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(233)
<223>Ceres克隆ID no.100058160
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(233)
<223>SEQ ID NO：81的Ceres克隆ID no.154343的功能同源物，具有9.9E-74的E值和
67.8％的BLAST序列同一性
<400>157
Figure A200780008937Q02032
Figure A200780008937Q02041
<210>158
<211>251
<212>PRT
<213>Malus x domestica
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(251)
<223>Public GI no.71041094
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(251)
<223>SEQ ID NO：81的Ceres克隆ID no.154343的功能同源物，具有2.4E-70的E值和
62.8％的BLAST序列同一性
<400>158
Figure A200780008937Q02042
Figure A200780008937Q02051
<210>159
<211>275
<212>PRT
<213>玉蜀黍
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(275)
<223>Public GI no.42794336
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(275)
<223>SEQ ID NO：81的Ceres克隆ID no.154343的功能同源物，具有2.5E-68的E值和
62.1％的BLAST序列同一性
<400>159
Figure A200780008937Q02061
<210>160
<211>294
<212>PRT
<213>Petunia x hybrida
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(294)
<223>Public GI no.68052409
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(294)
<223>SEQ ID NO：81的Ceres克隆ID no.154343的功能同源物，具有8.9E-73的E值和
59.7％的BLAST序列同一性
<400>160
Figure A200780008937Q02071
<210>161
<211>1509
<212>DNA
<213>柳枝稷(Panicum virgatum)
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(1509)
<223>Ceres克隆ID no.1819618
<400>161
Figure A200780008937Q02081
<210>162
<211>274
<212>PRT
<213>柳枝稷
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(274)
<223>Ceres克隆ID no.1819618
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(274)
<223>SEQ ID NO：81的Ceres克隆ID no.154343的功能同源物，具有3.2E-68的E值和
57.6％的BLAST序列同一性
<400>162
Figure A200780008937Q02091
<210>163
<211>270
<212>PRT
<213>白花紫露(Tradescantia fluminensis)
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(270)
<223>Public GI no.42541167
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(270)
<223>SEQ ID NO：81的Ceres克隆ID no.154343的功能同源物，具有1.3E-48的E值和
55.4％的BLAST序列同一性
<400>163
Figure A200780008937Q02101
<210>164
<211>438
<212>DNA
<213>Populus balsamifera subsp.trichocarpa
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(438)
<223>Ceres ANNOT ID no.1527106
<400>164
<210>165
<211>145
<212>PRT
<213>Populus balsamifera subsp.trichocarpa
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(145)
<223>Ceres ANNOT ID no.1527106
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(145)
<223>SEQ ID NO：114的Ceres克隆ID no.566305的功能同源物，具有1.7E-23的E值和
53.9％的BLAST序列同一性
<400>165
Figure A200780008937Q02113
Figure A200780008937Q02121
<210>166
<211>144
<212>PRT
<213>大豆
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(144)
<223>Ceres克隆ID no.649648
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(144)
<223>SEQ ID NO：114的Ceres克隆ID no.566305的功能同源物，具有4.30E-18的E值
和45.5％的BLAST序列同一性
<400>166
Figure A200780008937Q02122
Figure A200780008937Q02131
<210>167
<211>1370
<212>DNA
<213>柳枝稷
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(1370)
<223>Ceres克隆ID no.1805502
<400>167
Figure A200780008937Q02132
<210>168
<211>146
<212>PRT
<213>柳枝稷
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(146)
<223>Ceres克隆ID no.1805502
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(146)
<223>SEQ ID NO：116的Ceres克隆ID no.14432的功能同源物，具有5.50E-09的E值和
36.0％的BLAST序列同一性
<400>168
Figure A200780008937Q02141
<210>169
<211>1738
<212>DNA
<213>陆地棉
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(1738)
<223>Ceres克隆ID no.1853116
<400>169
Figure A200780008937Q02151
<210>170
<211>510
<212>PRT
<213>陆地棉
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(510)
<223>Ceres克隆ID no.1853116
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(510)
<223>SEQ ID NO：201的Ceres克隆ID no.150823的功能同源物，具有6.2E-223的E值
和78.9％的BLAST序列同一性
<400>170
Figure A200780008937Q02161
Figure A200780008937Q02171
<210>171
<211>499
<212>PRT
<213>稻(Oryza sativa)
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(499)
<223>Public GI no.75272525
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(499)
<223>SEQ ID NO：201的Ceres克隆ID no.150823的功能同源物，具有4.5E-197的E值
和74.3％的BLAST序列同一性
<400>171
Figure A200780008937Q02181
Figure A200780008937Q02191
<210>172
<211>501
<212>PRT
<213>玉蜀黍
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(501)
<223>Ceres克隆ID no.351318
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(501)
<223>SEQ ID NO：201的Ceres克隆ID no.150823的功能同源物，具有2.8E-195的E值
和73.7％的BLAST序列同一性
<400>172
Figure A200780008937Q02201
<210>173
<211>475
<212>DNA
<213>柳枝稷
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(475)
<223>Ceres克隆ID no.1893261
<400>173
Figure A200780008937Q02212
<210>174
<211>501
<212>PRT
<213>柳枝稷
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(501)
<223>Ceres克隆ID no.1893261
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(501)
<223>SEQ ID NO：201的Ceres克隆ID no.150823的功能同源物，具有4.4E-190的E值
和72.2％的BLAST序列同一性
<400>174
Figure A200780008937Q02221
Figure A200780008937Q02231
<210>175
<211>510
<212>PRT
<213>辐射松(Pinus radiata)
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(510)
<223>Public GI no.3025468
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(510)
<223>SEQ ID NO：201的Ceres克隆ID no.150823的功能同源物，具有6.2E-191的E值
和69.0％的BLAST序列同一性
<400>175
Figure A200780008937Q02232
Figure A200780008937Q02241
Figure A200780008937Q02251
<210>176
<211>493
<212>PRT
<213>Atriplex lentiformis
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(493)
<223>Public GI no.12957206
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(493)
<223>SEQ ID NO：201的Ceres克隆ID no.150823的功能同源物，具有2.10E-167的E
值和65.2％的BLAST序列同一性
<400>176
Figure A200780008937Q02252
Figure A200780008937Q02261
Figure A200780008937Q02271
<210>177
<211>497
<212>PRT
<213>碧桃(Prunus persica)
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(497)
<223>Public GI no.1657374
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(497)
<223>SEQ ID NO：201的Ceres克隆ID no.150823的功能同源物，具有1.4E-163的E值
和64.5％的BLAST序列同一性
<400>177
Figure A200780008937Q02272
Figure A200780008937Q02281
<210>178
<211>497
<212>PRT
<213>辣椒(Capsicum annuum)
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(497)
<223>Public GI no.1655545
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(497)
<223>SEQ ID NO：201的Ceres克隆ID no.150823的功能同源物，具有3.8E-168的E值
和64.3％的BLAST序列同一性
<400>178
Figure A200780008937Q02291
Figure A200780008937Q02301
<210>179
<211>505
<212>PRT
<213>甜橙(Citrus sinensis)
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(505)
<223>Public GI no.2290681
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(505)
<223>SEQ ID NO：201的Ceres克隆ID no.150823的功能同源物，具有7.3E-165的E值
和63.6％的BLAST序列同一性
<400>179
Figure A200780008937Q02311
Figure A200780008937Q02321
<210>180
<211>494
<212>PRT
<213>鳄梨(Persea Americana)
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(494)
<223>Public GI no.121784
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(494)
<223>SEQ ID NO：201的Ceres克隆ID no.150823的功能同源物，具有6.8E-162的E值
和63.2％的BLAST序列同一性
<400>180
Figure A200780008937Q02331
Figure A200780008937Q02341
<210>181
<211>1485
<212>DNA
<213>银白杨(Populus alba)
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(1485)
<223>Public GI no.13383303
<400>181
Figure A200780008937Q02351
<210>182
<211>494
<212>PRT
<213>银白杨
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(494)
<223>Public GI no.13383303
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(494)
<223>SEQ ID NO：201的Ceres克隆ID no.150823的功能同源物，具有2.4E-166的E值
和63.0％的BLAST序列同一性
<400>182
Figure A200780008937Q02352
Figure A200780008937Q02371
<210>183
<211>496
<212>PRT
<213>Fragaria x ananassa
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(496)
<223>Public GI no.4972234
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(496)
<223>SEQ ID NO：201的Ceres克隆ID no.150823的功能同源物，具有9.9E-161的E值
和62.6％的BLAST序列同一性
<400>183
Figure A200780008937Q02372
Figure A200780008937Q02381
<210>184
<211>1461
<212>DNA
<213>Populus tremula x Populus tremuloides
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(1461)
<223>Public GI no.50346664
<400>184
Figure A200780008937Q02391
<210>185
<211>486
<212>PRT
<213>Populus tremula x Populus tremuloides
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(486)
<223>Public GI no.50346664
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(486)
<223>SEQ ID NO：201的Ceres克隆ID no.150823的功能同源物，具有7.2E-158的E值
和62.0％的BLAST序列同一性
<400>185
Figure A200780008937Q02401
Figure A200780008937Q02411
<210>186
<211>497
<212>PRT
<213>Malus x domestica
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(497)
<223>Public GI no.33943180
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(497)
<223>SEQ ID NO：201的Ceres克隆ID no.150823的功能同源物，具有3.4E-151的E值
和58.7％的BLAST序列同一性
<400>186
Figure A200780008937Q02412
Figure A200780008937Q02421
Figure A200780008937Q02431
<210>187
<211>490
<212>PRT
<213>麝香百合(Lilium longiflorum)
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(490)
<223>Public GI no.33350938
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(490)
<223>SEQ ID NO：201的Ceres克隆ID no.150823的功能同源物，具有3.4E-144的E值
和58.1％的BLAST序列同一性
<400>187
Figure A200780008937Q02432
Figure A200780008937Q02441
<210>188
<211>496
<212>PRT
<213>菜豆
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(496)
<223>Public GI no.1039431
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(496)
<223>SEQ ID NO：201的Ceres克隆ID no.150823的功能同源物，具有1.9E-132的E值
和54.7％的BLAST序列同一性
<400>188
Figure A200780008937Q02452
Figure A200780008937Q02461
<210>189
<211>483
<212>PRT
<213>蒺藜苜蓿(Medicago truncatula)
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(483)
<223>Public GI no.92873257
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(483)
<223>SEQ ID NO：201的Ceres克隆ID no.150823的功能同源物，具有7.8E-113的E值
和48.7％的BLAST序列同一性
<400>189
Figure A200780008937Q02471
Figure A200780008937Q02481
<210>190
<211>1330
<212>DNA
<213>陆地棉
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(1330)
<223>Ceres克隆ID no.1843695
<400>190
Figure A200780008937Q02491
<210>191
<211>392
<212>PRT
<213>陆地棉
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(392)
<223>Ceres克隆ID no.1843695
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(392)
<223>SEQ ID NO：140的Ceres克隆ID no.101255的功能同源物，具有7.8E-113的E值
和67.7％的BLAST序列同一性
<400>191
Figure A200780008937Q02501
Figure A200780008937Q02511
<210>192
<211>249
<212>PRT
<213>Capsella rubella
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(249)
<223>Public GI no.38260642
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(249)
<223>SEQ ID NO：140的Ceres克隆ID no.101255的功能同源物，具有4.8E-42的E值和
64.2％的BLAST序列同一性
<400>192
Figure A200780008937Q02521
<210>193
<211>386
<212>PRT
<213>粳稻
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(386)
<223>Public GI no.115435036
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(386)
<223>SEQ ID NO：140的Ceres克隆ID no.101255的功能同源物，具有8.5E-84的E值和
60.9％的BLAST序列同一性
<400>193
Figure A200780008937Q02522
<210>194
<211>381
<212>PRT
<213>蒺藜苜蓿
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(381)
<223>Public GI no.92893962
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(381)
<223>SEQ ID NO：140的Ceres克隆ID no.101255的功能同源物，具有7.4E-101的E值和
60.9％的BLAST序列同一性
<400>194
Figure A200780008937Q02541
Figure A200780008937Q02551
<210>195
<211>525
<212>DNA
<213>柳枝稷
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(525)
<223>Ceres克隆ID no.1858754
<400>195
<210>196
<211>381
<212>PRT
<213>柳枝稷
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(381)
<223>Ceres克隆ID no.1858754
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(381)
<223>SEQ ID NO：140的Ceres克隆ID no.101255的功能同源物，具有4.1E-84的E值和
59.8％的BLAST序列同一性
<400>196
Figure A200780008937Q02561
Figure A200780008937Q02571
<210>197
<211>391
<212>PRT
<213>玉蜀黍
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(391)
<223>Ceres克隆ID no.327364
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(391)
<223>SEQ ID NO：140的Ceres克隆ID no.101255的功能同源物，具有2.6E-82的E值和
58.4％的BLAST序列同一性
<400>197
Figure A200780008937Q02572
Figure A200780008937Q02581
<210>198
<211>307
<212>PRT
<213>黄瓜(Cucumis sativus)
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(307)
<223>Public GI no.56605376
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(307)
<223>SEQ ID NO：140的Ceres克隆ID no.101255的功能同源物，具有1.1E-69的E值和
52.7％的BLAST序列同一性
<400>198
Figure A200780008937Q02591
<210>199
<211>1024
<212>DNA
<213>拟南芥
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(1024)
<223>in planta针对ME07344的序列
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(1024)
<223>in planta针对Ceres克隆101255的序列
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(1024)
<223>通过SEQ ID NO：140提及
<400>199
Figure A200780008937Q02601
<210>200
<211>153
<212>PRT
<213>普通小麦
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(153)
<223>Ceres克隆770946
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(153)
<223>也称作Ceres ME24939
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(153)
<223>SEQ ID NO：114的Ceres克隆ID no.566305的功能同源物，具有5.5E-21的E值和
37.4％的BLAST序列同一性
<400>200
Figure A200780008937Q02611
<210>201
<211>516
<212>PRT
<213>拟南芥
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(516)
<223>Ceres克隆150823的in planta核苷酸序列的翻译
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(516)
<223>也称作Ceres ME03926
<220>
<221>misc_feature
<222>(52)..(509)
<223>Pfam名称：Glyco_hydro_9；Pfam描述：糖基水解酶家族9
<400>201
Figure A200780008937Q02631
<210>202
<211>470
<212>DNA
<213>大豆
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(470)
<223>Ceres克隆ID no.658946
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(470)
<223>也称作ME05213
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(470)
<223>通过SEQ ID NO：84提及
<400>202
Figure A200780008937Q02641
<210>203
<211>788
<212>DNA
<213>拟南芥
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(788)
<223>Ceres克隆ID no.4267
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(788)
<223>也称作ME02730
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(788)
<223>通过SEQ ID NO：112提及
<400>203
Figure A200780008937Q02642
<210>204
<211>773
<212>DNA
<213>普通小麦
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(773)
<223>Ceres克隆770946
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(773)
<223>也称作Ceres ME24939
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(773)
<223>通过SEQ ID NO：200提及
<400>204
Figure A200780008937Q02652
Figure A200780008937Q02661

Claims (24)

1.用于提高氮利用效率、调节营养生长、幼苗活力和/或植物生物量的方法，所述方法包括向植物细胞导入包含核苷酸序列的分离的核酸，所述核苷酸序列选自：
(a)编码与分别相应于SEQ ID NO：81、105、107、114、116、201、140、84、112和200的Leads 82、85、92、93、98、112、ME07344、ME05213、ME02730和ME24939中的任一个具有至少85％同一性的氨基酸序列的核苷酸序列；
(b)与段落(a)的核苷酸序列中的任一个互补的核苷酸序列；
(c)SEQ ID Nos.NO：80、104、106、113、115、127、139、202、203和204中的任一个的核苷酸序列；
(d)作为段落(a)的核苷酸序列的干扰RNA的核苷酸序列；
(e)能够在低于杂交的核酸双链体的解链温度大约40℃至大约48℃的温度下与段落(a)-(d)之任一的核酸形成杂交的核酸双链体的核苷酸序列；
(f)编码标识为Lead 82、85、92、93、98、112、ME07344、ME05213、ME02730和ME24935，即，分别对应于SEQ ID NOS：81、105、107、114、116、201、140、84、112和200，的氨基酸序列中的任一个的核苷酸序列；或
(g)编码图1-5中的lead、功能性同源物或共有序列中的任一个的核苷酸序列，
其中从所述植物细胞产生的所述植物，与不含所述核酸的对照植物的组织中的相应水平相比，具有提高的氮利用效率、经调节的植物大小、经调节的营养生长、经调节的幼苗活力和/或经调节的生物量。
2.权利要求1的方法，其中所述共有序列包含一个或多个在图1-5之任一个比对表中鉴定的保守区。
3.权利要求2的方法，其中所述共有序列包含在图1-5的比对表中鉴定的所有保守区。
4.权利要求3的方法，其中所述共有序列以在图1-5的比对表中鉴定到的顺序包含图1-5的比对表中鉴定到的所有保守区。
5.权利要求4的方法，其中所述保守区被一个或多个氨基酸残基隔开。
6.权利要求5的方法，其中所述的一个或多个氨基酸中的每一个氨基酸都在于：比对表中针对lead和/或功能性同源物序列在确定该空位的相应位置上描述的氨基酸的数目和种类。
7.权利要求6的方法，其中所述共有序列就氨基酸的总数而言的长度等于图1-5中鉴定的共有序列的长度，或等于图1-5中的最短序列的长度至最长序列的长度。
8.权利要求1的方法，其中所述差异是氮利用效率、植物大小、营养生长、幼苗活性和/或生物量的水平增加。
9.权利要求1的方法，其中所述分离的核酸与调控区有效连接。
10.权利要求9的方法，其中所述调控区是选自以下的启动子：YP0092(SEQ ID NO：38)、PT0676(SEQ ID NO：12)、PT0708(SEQ ID NO：17)、PT0613(SEQ ID NO：5)、PT0672(SEQ ID NO：11)、PT0678(SEQ ID NO：13)、PT0688(SEQ ID NO：15)、PT0837(SEQ ID NO：24)、napin启动子、Arcelin-5启动子、菜豆蛋白基因启动子、大豆胰蛋白酶抑制剂启动子、ACP启动子、硬脂酰ACP脱饱和酶基因、大豆β-conglycinin的α′亚基启动子、油质蛋白启动子、15kD玉米醇溶蛋白启动子、16kD玉米醇溶蛋白启动子、19kD玉米醇溶蛋白启动子、22kD玉米醇溶蛋白启动子、27kD玉米醇溶蛋白启动子、Osgt-1启动子、β-淀粉酶基因启动子、大麦的大麦醇溶蛋白基因启动子、p326(SEQ ID NO：76)、YP0144(SEQ ID NO：55)、YP0190(SEQ ID NO：59)、p13879(SEQ ID NO：75)、YP0050(SEQ ID NO：35)、p32449(SEQ ID NO：77)、21876(SEQ ID NO：1)、YP0158(SEQ ID NO：57)、YP0214(SEQ ID NO：61)、YP0380(SEQ ID NO：70)、PT0848(SEQ IDNO：26)、和PT0633(SEQ ID NO：7)、花椰菜花叶病毒(CaMV)35S启动子、甘露碱合酶(MAS)启动子、来源于根癌农杆菌的T-DNA的1’或2’启动子、玄参花叶病毒34S启动子、肌动蛋白启动子例如稻肌动蛋白启动子、遍在蛋白启动子例如玉米遍在蛋白-1启动子、核酮糖-1，5--二磷酸羧化酶(RbcS)启动子例如来自落叶松(Larix laricina)的RbcS启动子、松cab6启动子、来自小麦的Cab-1基因启动子、来自菠菜的CAB-1启动子、来自稻的cab1R启动子、来自玉米的丙酮酸磷酸双激酶(PPDK)启动子、烟草Lhcb1＊2启动子、拟南芥SUC2蔗糖-H+共运蛋白启动子和来自菠菜的类囊体膜蛋白启动子(psaD、psaF、psaE、PC、FNR、atpC、atpD、cab、rbcS、PT0535(SEQ ID NO：3)、PT0668(SEQ ID NO：2)、PT0886(SEQ ID NO：29)、PR0924(SEQ ID NO：78)、YP0144(SEQ ID NO：55)、YP0380(SEQ ID NO：70)和PT0585(SEQ ID NO：4)。
11.包含含有核苷酸序列的分离的核酸的植物细胞，所述核苷酸序列选自：
(a)编码与分别相应于SEQ ID NO：81、105、107、114、116、201、140、84、112和120的Leads82、85、92、93、98、112、ME07344、ME05213、ME02730和ME24939中的任一个具有至少85％同一性的氨基酸序列的核苷酸序列；
(b)与段落(a)的核苷酸序列中的任一个互补的核苷酸序列；
(c)SEQ ID Nos.NO：80、104、106、113、115、127、139、202、203和204中的任一个的核苷酸序列；
(d)作为段落(a)的核苷酸序列的干扰RNA的核苷酸序列；
(e)能够在低于杂交的核酸双链体的解链温度大约40℃至大约48℃的温度下与段落(a)-(c)之任一的核酸形成杂交的核酸双链体的核苷酸序列；
(f)编码分别相应于SEQ ID NOS：81、105、107、114、116、201、140、84、112和200的、标识为Leads 82、85、92、93、98、112、ME07344、ME05213、ME02730和ME24935的氨基酸序列中的任一个的核苷酸序列；或
(g)编码图1-5中的lead、功能性同源物或共有序列中的任一个的核苷酸序列。
12.包含权利要求11的植物细胞的转基因植物。
13.权利要求12的植物的后代，其中所述后代与对照植物的组织中的相应水平相比，具有经调节的植物大小、经调节的营养生长、经调节的植物结构、经调节的幼苗活力和/或经调节的生物量，所述对照植物不包含所述核酸。
14.权利要求12的植物的后代，其中所述后代与不包含所述核酸的对照植物相比，具有提高的氮利用效率。
15.来自权利要求12的转基因植物的种子。
16.来自权利要求12的转基因植物的营养组织。
17.包含来自权利要求12的转基因植物的营养组织的食品。
18.包含来自权利要求12的转基因植物的营养组织的饲料产品。
19.包含来自权利要求12的转基因植物的营养组织的产品，所述产品用于转化成燃料或化学原料。
20.用于提高氮利用效率和/或植物的生物量的方法，所述方法包括在所述植物中改变包含选自以下的核苷酸序列的核酸分子的表达水平：
(a)编码与分别对应于SEQ ID NO：201、81、105、107、114、116、140、84、112和200的Leads 112、82、85、92、93、98、ME07344、ME05213、ME02730和ME24939中的任一个具有至少85％同一性的氨基酸序列的核苷酸序列；
(b)与段落(a)的核苷酸序列中的任一个互补的核苷酸序列；
(c)SEQ ID Nos.NO：80、104、106、113、115、127、139、202、203和204中的任一个的核苷酸序列；
(d)作为段落(a)的核苷酸序列的干扰RNA的核苷酸序列；
(e)能够在低于杂交的核酸双链体的解链温度大约40℃至大约48℃的温度下与段落(a)-(d)之任一的核酸形成杂交的核酸双链体的核苷酸序列；
(f)编码分别相应于SEQ ID NOS：81、105、107、114、116、201、140、84、112和200的、标识为Leads 82、85、92、93、98、112、ME07344、ME05213、ME02730和ME24935的氨基酸序列中的任一个的核苷酸序列；或
(g)编码图1-5中的lead、功能性同源物或共有序列中的任一个的核苷酸序列，
其中从所述植物细胞产生的所述植物与对照植物的组织中的相应水平相比，具有提高的氮利用效率、经调节的植物大小、经调节的营养生长、经调节的幼苗活力和/或经调节的生物量，所述对照植物不包含所述核酸。
21.用于检测样品中的核酸的方法，该方法包括：
提供权利要求1的分离的核酸；
在允许分离的核酸的核苷酸序列与样品中的核酸的核苷酸序列进行比较的条件下将所述分离的核酸与样品接触；和
分析所述比较。
22.用于在植物中引起提高的氮利用效率和/或增加的生物量的方法，该方法包括：
(a)用包含核苷酸序列的核酸分子转化植物，所述核苷酸序列编码图1-5中的lead、功能性同源物或共有序列中的任一个；和
(b)在所述转化的植物中表达所述核苷酸序列，其中所述转化的植物与未用所述核苷酸序列转化的植物相比，具有增加的氮利用效率和/或生物量或增加的幼苗活力。
23.一种分离的核酸分子，其包含：
(a)编码与分别对应于SEQ ID NO：81、105、107、114、116、201、140、84、112和200的Leads 82、85、92、93、98、112、ME07344、ME05213、ME02730和ME24939中的任一个具有至少85％同一性的氨基酸序列的核苷酸序列；
(b)与段落(a)的核苷酸序列中的任一个互补的核苷酸序列；
(c)SEQ ID Nos.NO：80、104、106、113、115、127、139、202、203和204中的任一个的核苷酸序列；
(d)作为段落(a)的核苷酸序列的干扰RNA的核苷酸序列；
(e)能够在低于杂交的核酸双链体的解链温度大约40℃至大约48℃的温度下与段落(a)-(c)之任一的核酸形成杂交的核酸双链体的核苷酸序列；
(f)编码分别相应于SEQ ID NOS：81、105、107、114、116、201、140、84、112和200的、标识为Leads 82、85、92、93、98、112、ME07344、ME05213、ME02730和ME24935的氨基酸序列中的任一个的核苷酸序列；或
(g)编码图1-5中的lead、功能性同源物或共有序列中的任一个的核苷酸序列。
24.一种载体，其包含：
a)具有编码植物转录和/或翻译信号的调控区的第一核酸；和
b)具有权利要求23的核苷酸序列中的任一个的核苷酸序列的第二核酸，其中所述第一核酸与第二核酸有效连接。
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