CN101365481B - 犬流感病毒及相关组合物和使用方法 - Google Patents
犬流感病毒及相关组合物和使用方法 Download PDFInfo
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Abstract
本发明提供了一种分离的H3N8亚型犬流感病毒，包含具有SEQID NO：4的氨基酸序列的HA，或包含氨基酸序列与SEQ ID NO：4具有大于99％同一性、且其中第94和233位氨基酸与SEQ ID NO：4相同的HA；一种包含减毒或灭活病毒的组合物；分离或纯化的HA、NM、NP、M1、NS1、PA、PB1和PB2蛋白及其片段和包含所述蛋白及其片段或任选地作为载体一部分的编码所述蛋白及其片段的核酸的组合物；以及一种在动物中诱导针对犬流感病毒的免疫应答的方法，包括给予动物上述组合物。
Description
相关专利申请的交叉引用
本专利申请要求2005年10月18日提交的美国临时专利申请号60/727,808和2006年10月5日提交的美国实用专利申请号11/539,123的权益，上述专利申请的全部内容在此并入作为参考。
发明的技术领域
本发明涉及病毒学、分子生物学和免疫学领域。具体来说，本发明涉及犬流感病毒以及用于在动物中诱导免疫应答的相关组合物和方法。
发明背景
流感病毒是一种属于正黏病毒科的RNA病毒。病毒RNA由8个独立的节段组成，在流感病毒之间这8个独立的节段易于重组产生新亚型。
核蛋白(NP)，其是核壳体的主要成分，由第5节段编码。NP和基质蛋白用于将流感病毒分类为组A、B或C。由于NP是一种内部蛋白，因此其不受宿主免疫系统的选择压力。其结合RNA，作为转录酶复合物的一部分，并与病毒RNA(vRNA)的细胞核-细胞质的转运有关。
神经氨酸酶(NM)，其裂解连接末端唾液酸和相邻的糖残基的α-酮基键，由此使病毒后代从受感染细胞中释放出来，由第6节段编码。已鉴定了该酶的9种亚型(N1-N9)。所有亚型都具有两个结构区，茎区和头部区。所有N8蛋白都具有470个氨基酸，最初的8个氨基酸是高度保守的。之后的区域富含疏水氨基酸并被认为是跨膜域。接下去的51个氨基酸组成茎区，头部区开始于Cys91。最后的区域包含该酶的催化部位。头部区和茎区中的半胱氨酸残基趋向于高度保守。存在6-8个推定的N-糖基化位点。
血凝素(HA)，其是一种负责病毒吸附进入宿主细胞中的膜糖蛋白，是中和抗体所针对的主要抗原。其抗原性变异是流行性感冒流行的主要原因。其由第4节段编码。已鉴定了16种不同的亚型(H1-H16)。HA具有16个氨基酸的信号肽，并且两条多肽(HA1和HA2)通过二硫键连接。HA1具有氨基末端，而HA2则具有羧基末端。HA2中的疏水区将HA锚定在病毒膜上。半胱氨酸残基趋向于高度保守。存在6个推定的糖基化位点，能使病毒掩蔽其抗原性部位(Skehel等，PNAS USA 81：1779(1984))。
其他蛋白包括基质蛋白(M或M1和M2)、非结构蛋白(NS或NS1和NS2)、PA、PB1和PB2。M1蛋白是病毒体的主要成分，其通过位于该蛋白N-末端的两个疏水区结合受感染细胞的细胞膜，而M2则是一种离子通道，因此其是一种整合膜蛋白。NS1蛋白见于细胞核中并影响细胞RNA转运、剪接和翻译。NS2蛋白见于细胞核和细胞质中并具有未知的功能。PA蛋白是一种转录酶并可具有蛋白酶活性，而PB1蛋白在转录延伸中起作用，PB2蛋白在转录加帽结合中起作用。
从全球范围来看，在人、猪、马和家禽中流行性感冒是经济学上最重要的呼吸系统疾病(Wright等，Orthomyxoviruses.In：Fields Virology.Knipe等，编.Lippincott Williams & Wilkins，Philadelphia，2001.pp.1533-1579.)。已知流感病毒会连续不断地进行遗传和抗原改变，阻碍了对该病毒的有效控制(Wright等(2001)，同上；Webster等，Microbiol.Rev.56：152-179(1992))。对于流行病和大流行病预防具有关注意义的是由于基因重排列或种间感染所致病毒新亚型的突现(Wright等(2001)，同上)。
最近，在如猫和犬等物种中出现了流行性感冒爆发，在历史上这些物种并不携带流感病毒(Keawcharoen等，Emerg.Infect.Dis.10：2189-2191(2004)；Crawford等，Science 310：398-485(2005年10月21日，在线公布于2005年9月29日)；Dubovi等，Isolation of equineinfluenza virus from racing greyhounds with fatal hemorrhagicpneumonia.In：Proceedings of the 47th Annual Meeting of AmericanAssociation of Veterinary Laboratory Diagnosticians，Greensboro，NC，2005年10月.p.158；和Yoon等，Emerg.Infect.Dis.11(12)：1974-1976(2005年12月))。因此，流感病毒的宿主范围扩大了。
在2004年于佛罗里达州、在2005年4月于东和西衣阿华州以及在2005年于德克萨斯州出现了由流感病毒传染所致的灰猎犬赛狗呼吸系统疾病爆发。该疾病具有快速发作的发热和咳嗽、喘促以及出血性鼻分泌物的特征。尽管死亡率不到5％，但在衣阿华州的两个赛马场地发病率几乎是100％。虽然大部分受感染的狗都痊愈了，但许多仍死于出血性肺炎。广谱抗生素的治疗给药缓解了该疾病的严重性但无法对其进行控制。
鉴于上述内容，本发明的一个目的是提供感染犬的流感病毒。本发明的另一个目的是提供用于在犬中诱导针对流感病毒的免疫应答的物质和方法。这些和其他目的和优点，以及额外的发明特征，将体现在本发明的下述详细描述。
发明概述
本发明提供了一种分离的H3N8亚型犬流感病毒，包含具有SEQ ID NO：4的氨基酸序列的HA，或包含氨基酸序列与SEQ IDNO：4具有大于99％同一性、且其中第94和233位氨基酸与SEQ IDNO：4相同的HA。特别是，本发明提供了一种以专利保藏号PTA-7694、在2006年6月29日保藏于美国典型培养物保藏中心(Manassas，VA)的分离的H3N8亚型犬流感病毒。因此，本发明还提供了包含减毒病毒的组合物以及包含灭活病毒的组合物。
本发明还提供了分离或纯化的蛋白。在一个实施方案中，本发明提供了一种分离或纯化的HA，其(i)具有SEQ ID NO：4的氨基酸序列，或(ii)来源于流感病毒并且具有如下的氨基酸序列，即：与SEQ ID NO：4具有大于99％同一性、且其中第94和233位氨基酸与SEQ ID NO：4相同的氨基酸序列，或(i)或(ii)的片段，其中所述片段包含至少9个连续的氨基酸，且其中至少1个与SEQ ID NO：4的第94或233位氨基酸相同。
在另一个实施方案中，本发明提供了一种分离或纯化的NM，其(i)包含SEQ ID NO：2的氨基酸序列，或(ii)来源于流感病毒并包含如下氨基酸序列，即：与SEQ ID NO：2具有大于99％同一性、且其中第68和134位的氨基酸与SEQ ID NO：2相同的氨基酸序列，或(i)或(ii)的片段，其中所述片段包含至少9个连续的氨基酸，且其中至少1个与SEQ ID NO：2的第68或134位氨基酸相同。
在又一个实施方案中，本发明提供了一种分离或纯化的NP，其(i)具有SEQ ID NO：6的氨基酸序列，或(ii)来源于流感病毒并且具有如下的氨基酸序列，即：与SEQ ID NO：6具有大于99％同一性、且其中第402位的氨基酸与SEQ ID NO：6相同的氨基酸序列，或(i)或(ii)的片段，其中所述片段包含至少9个连续的氨基酸，且其中至少1个与SEQ ID NO：6的第402位氨基酸相同。
在又一个实施方案中，本发明提供了一种分离或纯化的M1，其(i)具有SEQ ID NO：8的氨基酸序列，或(ii)来源于流感病毒并且具有如下的氨基酸序列，即：与SEQ ID NO：8具有大于99％同一性、且其中第111位的氨基酸与SEQ ID NO：8相同的氨基酸序列，或(i)或(ii)的片段，其中所述片段包含至少9个连续的氨基酸，且其中至少1个与SEQ ID NO：8的第111位氨基酸相同。
还提供了一种分离或纯化的NS1，其具有SEQ ID NO：10的氨基酸序列。
进一步提供的是一种分离或纯化的PA蛋白，其(i)具有SEQ ID NO：12的氨基酸序列，或(ii)来源于流感病毒并且具有如下的氨基酸序列，即：与SEQ ID NO：12具有大于98％(或99％)同一性、且其中第233、256、327和561位的氨基酸与SEQ ID NO：12相同的氨基酸序列，或(i)或(ii)的片段，其中所述片段包含至少9个连续的氨基酸，且其中至少1个与SEQ ID NO：12的第233、256、327和561位氨基酸相同。
更进一步提供的是一种分离或纯化的PB1，其(i)具有SEQID NO：14的氨基酸序列，或(ii)来源于流感病毒并且具有如下的氨基酸序列，即：与SEQ ID NO：14具有大于99％同一性、且其中第200和213位的氨基酸与SEQ ID NO：14相同的氨基酸序列，或(i)或(ii)的片段，其中所述片段包含至少9个连续的氨基酸，且其中至少1个与SEQ ID NO：14的第200或213位氨基酸相同。
甚至还进一步提供的是一种分离或纯化的PB2，其(i)具有SEQ ID NO：16的氨基酸序列，或(ii)来源于流感病毒并且具有如下的氨基酸序列，即：与SEQ ID NO：16具有大于99％同一性、且其中第107、221、292和661位的氨基酸与SEQ ID NO：16相同的氨基酸序列，或(i)或(ii)的片段，其中所述片段包含至少9个连续的氨基酸，且其中至少1个与SEQ ID NO：16的第107、221、292或661位氨基酸相同。
鉴于上述内容，本发明进一步提供了一种组合物，包含以在动物中足以诱导免疫应答的量存在的上述蛋白如HA或NM或其片段和生物学上可接受的载体。
还鉴于上述内容，本发明提供了一种在动物中诱导针对犬流感病毒的免疫应答的方法。该方法包括给予动物包含蛋白或其片段的组合物。
还提供了一种任选地作为载体一部分的编码上述蛋白或其片段的分离或纯化的核酸，以及一种组合物，包含表达以在动物中足以诱导免疫应答的量存在的蛋白如HA或NM或其片段的所述分离或纯化的核酸和生物学上可接受的载体。
因此，本发明还提供了另一种在动物中诱导针对犬流感病毒的免疫应答的方法。该方法包括给予动物包含核酸的组合物。
附图简述
图1是H3N8亚型犬流感病毒NM基因编码区序列(CDS)的部分核苷酸序列(SEQ ID NO：1；还参见GenBank登录号DQ146420)。根据惯例，该序列从左到右、从上到下显示。
图2是SEQ ID NO：1编码的氨基酸序列(SEQ ID NO：2；还参见GenBank登录号DQ146420)。根据惯例，该序列以单字母格式从左到右、从上到下显示。
图3是H3N8亚型犬流感病毒HA基因CDS的完整核苷酸序列(SEQ ID NO：3；还参见GenBank登录号DQ146419)。
图4是SEQ ID NO：3编码的氨基酸序列(SEQ ID NO：4；还参见GenBank登录号DQ146419)。
图5是H3N8亚型犬流感病毒NP基因CDS的完整核苷酸序列(SEQ ID NO：5)。
图6是推定的SEQ ID NO：5编码的氨基酸序列(SEQ IDNO：6)。
图7是H3N8亚型犬流感病毒M1蛋白基因CDS的完整核苷酸序列(SEQ ID NO：7)。
图8是推定的SEQ ID NO：7编码的氨基酸序列(SEQ IDNO：8)。
图9是H3N8亚型犬流感病毒NS1蛋白基因CDS的完整核苷酸序列(SEQ ID NO：9)。
图10是推定的SEQ ID NO：9编码的氨基酸序列(SEQ IDNO：10)。
图11是H3N8亚型犬流感病毒PA蛋白基因CDS的完整核苷酸序列(SEQ ID NO：11)。
图12是推定的SEQ ID NO：11编码的氨基酸序列(SEQ IDNO：12)。
图13是H3N8亚型犬流感病毒PB1蛋白基因CDS的完整核苷酸序列(SEQ ID NO：13)。
图14是推定的SEQ ID NO：13编码的氨基酸序列(SEQ IDNO：14)。
图15是H3N8亚型犬流感病毒PB2蛋白基因CDS的完整核苷酸序列(SEQ ID NO：15)。
图16是推定的SEQ ID NO：15编码的氨基酸序列(SEQ IDNO：16)。
发明详述
本发明基于犬流感病毒株的发现。该毒株分离自东和西衣阿华州的灰猎犬赛狗。业已将该毒株分类为H3N8亚型，并命名为A/犬/衣阿华/13628/2005(A/canine/Iowa/13628/2005)。因此，本发明提供了一种病毒，包含具有SEQ ID NO：4的氨基酸序列的HA，或包含氨基酸序列与SEQ ID NO：4具有大于99％同一性、且其中第94和233位氨基酸与SEQ ID NO：4相同的HA。该病毒可进一步包含NM，该NM包含SEQ ID NO：2的氨基酸序列，或包含如下的氨基酸序列，即：与SEQ ID NO：2具有大于99％同一性，且其中第68和134位氨基酸与SEQ ID NO：2相同的氨基酸序列。单独包含上述HA或进一步与上述NM结合的该病毒可进一步包含下列至少之一：具有SEQ ID NO：6的氨基酸序列的核蛋白(NP)，或具有如下氨基酸序列的核蛋白(NP)，即：与SEQ ID NO：6具有大于99％同一性、且其中第402位氨基酸与SEQ ID NO：6相同的氨基酸序列；具有SEQ ID NO：8的氨基酸序列的基质1蛋白(M1)，或具有如下氨基酸序列的基质1蛋白(M1)，即：与SEQ ID NO：8具有大于99％同一性、且其中第111位氨基酸与SEQID NO：8相同的氨基酸序列；具有SEQ ID NO：10的氨基酸序列的非结构蛋白1(NS1)；具有SEQ ID NO：12的氨基酸序列的PA蛋白，或具有如下氨基酸序列的PA蛋白，即：与SEQ ID NO：12具有大于98％同一性、且其中第233、256、327和561位氨基酸与SEQ ID NO：12相同的氨基酸序列；具有SEQ ID NO：14的氨基酸序列的PB1，或具有如下氨基酸序列的PB1，即：与SEQ ID NO：14具有大于99％同一性、且其中第200和213位氨基酸与SEQ ID NO：14相同的氨基酸序列；和/或具有SEQ ID NO：16的氨基酸序列的PB2，或具有如下氨基酸序列的PB2，即：与SEQ ID NO：16具有大于99％同一性、且其中第107、221、292和661位氨基酸与SEQ ID NO：16相同的氨基酸序列。特别是，本发明提供了一种以专利保藏号PTA-7694、在2006年6月29日保藏于美国典型培养物保藏中心，10801 University Blvd.，Manassas，VA 20110-2209，U.S.A.，的分离的H3N8亚型犬流感病毒。
可通过使处于水介质中的病毒进行一个或多个降低可溶性的步骤，所述步骤由存在按重量计高达5％的具有3,000-20,000分子量的聚乙二醇(PEG)，或以相当于PEG溶解能力的量存在的其他线性丝状、不带电聚合物进行，将不溶解的级分与溶解的级分分离，并从不溶解的级分之一中回收病毒，从而沉淀流感病毒(参见如美国专利号3,989,818)。优选地，温度不超过35℃，pH为6-9，以及水介质的离子强度低于病毒的盐析点。在降低可溶性之前，水介质中的病毒浓度相应于至少1/32的血细胞凝集效价。收获聚集的病毒颗粒，由于接种后病毒颗粒的缓慢释放，因此认为其提供了更好的抗原效应。然而，如果需要非聚集的或较少聚集的颗粒，则可使用任何适合的方法如超声处理来解离它们。
病毒可在细胞系统中通过传代减毒直至该病毒丧失其引起疾病的能力，同时完全保留其免疫原性特征。例如，病毒可在约37℃的温度下，在来源于犬物种或其他适合物种的细胞培养物中连续传代。在每一代，根据本领域已知的方法从一培养物上收获病毒并接种于含有新鲜细胞培养物的培养基中。例如，病毒可收集自组织细胞培养液和/或细胞。任选地，在收获期间，可对细胞培养物进行超声处理以促进病毒释放。参见如美国专利号5,698,433和6,455,298。
如果需要的话，可在血清的存在下于如鸡蛋等含胚卵的尿囊腔中传代流感病毒株至少一次，以获得血清抗性病毒(参见如美国专利号3,953,592；Kilbourne等，J.Exp.Med.111：387(1960)；Kilbourne，Science 160：74-75(1968年4月)；和Laver等，Virology 30：493-501(1966))。可通过用乙酸丁酯和乙酸乙酯连续处理浓缩的含有减毒病毒的尿囊液，之后通过闪蒸获得具有低致热原性及低内毒性的高效价流感疫苗(参见如美国专利号4,000,257)。这样的病毒可作为疫苗鼻内给药。
接种于宿主中之后，病毒就会增殖直至达到一定程度，因此只需要少量的初始接种物。病毒应当是无害的，并且易感接触者的传染应保持在最小程度。
或者，可通过消除复制和毒力灭活病毒。可通过化学或物理手段来进行病毒灭活。可通过用酶、甲醛、β-丙内酯或其衍生物、二甲亚胺或其衍生物、有机溶剂(如卤化烃)和/或去污剂(如 去氧胆酸钠、磺基甜菜碱(sulfobetain)或十六烷基三甲基铵盐)处理病毒进行化学灭活。如果需要的话，可中和化学活性组合物。例如，如果甲醛用于去活化组合物，则可用硫代硫酸盐中和该组合物。如果需要的话，pH随后可回到约7。或者，病毒可用乙醚和乙醇混合物萃取，可分离水相和有机相，并在减压下从病毒悬浮液中除去残留的乙醚(参见如美国专利号4,431,633)。通过对病毒进行高能辐射如紫外线辐射、γ-辐射或X-射线辐射可方便地进行物理灭活。灭活形式的病毒需要相对高量的接种物，因此肯定要制造、测试并分配相对大量的抗原物质。
鉴于上述内容，本发明还提供了一种包含减毒或灭活病毒的组合物。所述病毒应以足以诱导免疫应答的量存在，并且，理想地对激发作用提供保护。一般来说，将佐剂如
弗氏完全佐剂、皂角苷、小型棒状杆菌(Corynebacterium parvum)
磷酸铝、氢氧化铝或它们的混合物添加到组合物中，特别是在该组合物包含灭活病毒的情况下。可添加蛋白水解物和/或氨基酸以稳定组合物(参见如美国专利号4,537,769)。或者，可使用油剂如Marcol和/或Arlacel如将组合物配制为水包油乳剂。
还可制备重组流感病毒株，例如由如A2等“过减毒的”(即减毒传代数基本上大于除去病原性正常所需的传代数)流感病毒A亲株和在本文中提供的流感病毒强毒株的组合来制备(参见如美国专利号3,991,179；也参见美国专利号4,009,258；4,278,662；4,318,903；4,338,296和4,693,893)。重组毒株优选具有过减毒毒株的生长特性外加强毒株的抗原特性，如HA和NM蛋白。用于疫苗配制的流感病毒株的选择描述于美国专利号5,162,112中。重组毒株可配制为用于诱导免疫应答的组合物。
蔗糖、精氨酸一氢氯化物、谷氨酸一钠一水合物，和水解明胶可用于稳定在电冰箱中贮藏的流感病毒组合物。参见如美国专利申请公开号2006/0110406。
鉴于上述内容，本发明还提供了一种分离或纯化的HA。该HA具有SEQ ID NO：4的氨基酸序列，或来源于流感病毒并具有如下的氨基酸序列，即：与SEQ ID NO：4具有大于99％同一性、且其中第94和233位的氨基酸与SEQ ID NO：4相同的氨基酸序列。还提供了包含至少9个(例如9、12、15、18、21或24个)连续的氨基酸，其中至少1个与SEQ ID NO：4的第94或233位氨基酸相同的HA片段。
还提供了一种分离或纯化的NM。该NM包含SEQ ID NO：2的氨基酸序列，或来源于流感病毒并包含如下氨基酸序列，即：与SEQ ID NO：2具有大于99％同一性、且其中第68和134位的氨基酸与SEQ ID NO：2相同的氨基酸序列。还提供了包含至少9个连续的氨基酸，且其中至少1个与SEQ ID NO：2的第68或134位氨基酸相同的NM片段。
进一步提供了一种分离或纯化的NP。该NP具有SEQ IDNO：6的氨基酸序列，或来源于流感病毒并具有如下的氨基酸序列，即：与SEQ ID NO：6具有大于99％同一性、且其中第402位的氨基酸与SEQ ID NO：6相同的氨基酸序列。还提供了包含至少9个连续的氨基酸，且其中至少1个与SEQ ID NO：6的第402位氨基酸相同的NP片段。
更进一步提供了一种分离或纯化的M1。该M1具有SEQID NO：8的氨基酸序列，或来源于流感病毒并具有如下的氨基酸序列，即：与SEQ ID NO：8具有大于99％同一性、且其中第111位的氨基酸与SEQ ID NO：8相同的氨基酸序列。还提供了包含至少9个连续的氨基酸，且其中至少1个与SEQ ID NO：8的第111位氨基酸相同的M1片段。
甚至更进一步提供了一种分离或纯化的NS1，其具有SEQID NO：10的氨基酸序列。
还提供了一种分离或纯化的PA蛋白。该PA具有SEQ IDNO：12的氨基酸序列，或来源于流感病毒并具有如下的氨基酸序列，即：其氨基酸序列与SEQ ID NO：12具有大于98％(或99％)同一性、且其中第233、256、327和561位的氨基酸与SEQ ID NO：12相同。还提供了包含至少9个连续的氨基酸，且其中至少1个与SEQ ID NO：12的第233、256、327或561位氨基酸相同的PA片段。
提供了一种分离或纯化的PB1。该PB1具有SEQ ID NO：14的氨基酸序列，或来源于流感病毒并具有如下的氨基酸序列，即：与SEQ ID NO：14具有大于99％同一性、且其中第200和213位的氨基酸与SEQ ID NO：14相同的氨基酸序列。还提供了包含至少9个连续的氨基酸，且其中至少1个与SEQ ID NO：14的第200或213位氨基酸相同的PB1片段。
还提供了一种分离或纯化的PB2。该PB2具有SEQ ID NO：16的氨基酸序列，或来源于流感病毒并具有如下的氨基酸序列，即：与SEQ ID NO：16具有大于99％同一性、且其中第107、221、292和661位的氨基酸与SEQ ID NO：16相同的氨基酸序列。还提供了包含至少9个连续的氨基酸，且其中至少1个与SEQ ID NO：16的第107、221、292或661位氨基酸相同的PB2片段。
根据本领域已知方法可纯化(外加化学或物理裂解以产生片段)或合成上述蛋白及其片段。对于固相蛋白合成，参见如Meienhofer，Hormonal Proteins and Peptides 2：46，Academic Press，NY(1973)，以及对于液相蛋白合成参见如Schroder等，The Peptides，vol.1，Academic Press，NY(1965)。根据厂商使用说明，可使用自动化系统执行这样的技术。可重组产生并纯化治疗量的上述蛋白及其片段。
或者，可通过选择性溶解，同时弃去残留的、由包封所有其他非必需病毒成分的完整的脂质/蛋白膜组成的亚病毒颗粒，分离蛋白，特别是HA和NM。溶解的蛋白和残留的亚病毒颗粒之间大小/密度上的差异使得通过梯度离心和分级分离、沉降、分子筛色谱或通过超速离心机沉淀，由此进行基于物理性质差异的分离。可通过用阳离子去污剂(参见如美国专利号4,140,762；‘762专利)处理病毒实现HA和NM的选择性溶解。可用DNA-消化酶处理获得自细胞培养物的含完整病毒的液体，然后添加阳离子去污剂并分离表面抗原蛋白(参见如美国专利号5,948,410)。可使所述液体进行几次超速离心步骤，或在两亲非离子去污剂存在下破裂病毒，然后过滤除去不需要的物质(参见如美国专利号6,048,537)。或者，通过膜过滤和化学分解可获得病毒蛋白(参见如美国专利号4,327,182)。其他方法描述于美国专利号4,064,232和4,057,626中。优选地，如‘762专利中(第2栏11.10以及下列等等)所述，在处理之前增殖病毒。
可进行作图以鉴定病毒蛋白的免疫应答诱导表位，即“表位作图”。这样的作图包括将蛋白切割为重叠肽(如包含9、12、15、18、21或24个氨基酸的肽)。可用蛋白水解酶切割蛋白。然后对单个的肽测试它们与天然蛋白所引发的抗体结合或诱导T-细胞或B-细胞活化的能力。或者，可选择蛋白的亲水区，因为亲水残基通常位于蛋白表面上使抗体能够接近。还可进行抗原抗体复合物的X-射线结晶学分析。可由蛋白的氨基酸序列鉴定潜在的HLA锚结合基序，其是已知可能结合MHC分子的肽序列。优选地，所选择的表位是与待施用包含或表达蛋白片段的组合物的动物中广泛存在的序列享有很小序列同一性乃至于没有序列同一性的表位。
还提供了一种可选择地作为载体一部分的编码上述蛋白或其片段的分离或纯化的核酸。编码HA的核酸可包含SEQ ID NO：3的核苷酸序列或编码至少9个(9、12、15、18、21或24个)连续的氨基酸的其片段。如果需要的话，可制备基于HA的三价疫苗，其中HA之一包含SEQ ID NO：4的氨基酸序列(参见如美国专利号5,762,939和6,245,532；对于四价疫苗参见如美国专利号6,740,325)。编码NM的核酸可具有SEQ ID NO：1的核苷酸序列或编码至少9个连续的氨基酸的其片段(参见如美国专利号6,605,457和美国专利申请公开号2003/0129197)，而编码NP的核酸可具有SEQ ID NO：5的核苷酸序列或编码至少9个连续的氨基酸的其片段，编码M1蛋白的核酸可具有SEQ ID NO：7的核苷酸序列或编码至少9个连续的氨基酸的其片段，编码NS 1蛋白的核酸可具有SEQ ID NO：9的核苷酸序列，编码PA的核酸可具有SEQ ID NO：11的核苷酸序列或编码至少9个连续的氨基酸的其片段，编码PB1的核酸可具有SEQ ID NO：13的核苷酸序列或编码至少9个连续的氨基酸的其片段以及编码PB2的核酸可具有SEQID NO：15的核苷酸序列或编码至少9个连续的氨基酸的其片段。然而，本领域技术人员应理解由于遗传密码的简并性，存在许多其他能编码上述氨基酸序列的核苷酸序列。
可合成上述核酸(其可以是DNA或RNA)及其片段(参见如Oligonucleotide Synthesis，Gait，编，1984)。这样的分子可包括编码所需氨基酸序列的非天然存在的核苷酸/碱基。例如，可甲基化碱基或糖。此外，可修饰核酸分子的骨架，如硫代磷酸酯、甲基膦酸酯、甲基硫代磷酸酯、二硫代磷酸酯和它们的组合。
或者，可用逆转录酶处理分离的vRNA以产生RNA/DNA杂化物，RNA从该杂化物中被消化，并处理所残留的DNA以产生具有发夹末端的dsDNA，用单链特异性核酸酶处理该dsDNA以产生vRNA的双分子双链拷贝(参见如美国专利号4,357,421)。对于在不存在辅助病毒情况下使用串联转录表达盒制备流感病毒参见如美国专利申请公开号2006/0166321。
核酸任选地为包含至少一个启动子的DNA载体的一部分，在这种情况下每条核苷酸序列可操作地连接有启动子，所述启动子可以是相同的或不同的。除启动子之外，其他控制序列如终止信号等等可以是DNA载体的一部分。
例如，可将核酸导入适合的重组表达载体中，如那些适合细菌如大肠杆菌(E.coli)和伤寒沙门氏菌(Salmonella typhi)，酵母如酿酒酵母(Saccharomyces cervisiae)或毕赤酵母(Pichia pastoris)，或丝状真菌如构巢曲霉(Aspergillus nidulans)的重组表达载体。细菌、酵母或真菌可在连续培养物中生长。然后，可分离纯化在培养期间产生的多肽。或者，可将核酸分子导入痘病毒(如基于禽痘的载体)、疱疹病毒(如基于伪狂犬病毒的载体、基于土耳其疱疹病毒的载体、基于猫疱疹病毒的载体、基于传染性鸟喉气管炎病毒的载体和基于牛疱疹病毒的载体)、腺病毒(如牛腺病毒(如血清型3)、人腺病毒(如血清型4或7)和犬腺病毒(如血清型2；CAV2；参见如美国专利号6,090,393))，或昆虫病毒表达载体如重组杆状病毒(如苜蓿银纹夜蛾(Autographacalifornica)核型多角体病毒(AcNPV))中，然后可将病毒载体用于感染易感的培养的SF9细胞，该SF9细胞来源于昆虫草地贪夜蛾(Spodoterafrugiperda)。其他病毒载体包括牛痘病毒(参见如美国专利号4,722,848)、腺病毒、腺样病毒、腺伴随病毒、逆转录病毒和天花病毒(参见如Hruby，Vet.Parasitol.29：281-282(1988)；Uiu，″AIDS ResearchReviews，″Dekker，Inc.，1991，1：403-416)，其可通过皮肤划痕或注射、任选地作为脂质体配方给予。其他载体包括卡介苗(BCG；Stover等，Nature 351：456-460(1991))、去毒炭疽毒素载体等等。哺乳动物细胞如中国仓鼠卵巢(CHO)细胞以及甚至是植物细胞都可用于由适合的构建体来表达多肽。本领域技术人员应当理解宿主细胞的选择会影响翻译后加工(如糖基化、折叠等等)的性质，其反过来能影响多肽的免疫原性，以及随后的纯化技术。
可在用表达载体转化/转染的任何适合的宿主细胞中实现表达。适合的宿主细胞的例子包括但不限于上述那些宿主细胞。因此，本发明还提供了用表达载体转化/转染的宿主细胞。
来自将蛋白或其片段分泌入培养基中的宿主/载体系统的上清液可施加于纯化基质如亲和柱或离子交换柱上。一个或多个反相HPLC步骤可用于进一步纯化重组蛋白或其片段。
蛋白或其片段作为融合蛋白产生可稳定地产生。其可通过将编码两个或更多个蛋白(或其片段)的多核苷酸序列插入带或不带肽类接头的适合的表达载体中从而实现。理想地，多核苷酸序列的读框是同向的，以便产生保留每个蛋白(或其片段)生物活性的单一融合蛋白。可用1个-约50个氨基酸的肽类接头分隔所产生的蛋白(或其片段)，以便确保每个蛋白(或其片段)正确地折叠为其天然的二级、三级和四级结构(参见如Maratea等，Gene 49：39-46(1985)；Murphy等，PNAS USA 83：8258-8262(1986)；美国专利号4,935,233；和美国专利号4,751,180)。选择肽接头时要考虑的因素包括：采取柔性延伸构象的能力、无法采取能与其中一个蛋白或两个蛋白上的功能氨基酸相互作用的二级结构的能力以及缺少能与其中一个蛋白或两个蛋白反应的疏水或荷电残基。当要连接的蛋白末端不含有必需的区域时不需要接头，这样该末端就能用于分离功能域并阻止位阻妨碍。优选的肽接头序列包含Gly、Asn和Ser残基。还可使用其他几乎是中性的残基如Thr和Ala。
可选择其他额外的氨基酸序列来增加蛋白或其片段的表达和/或免疫原性。例如，蛋白或其片段可融合至免疫球蛋白G(IgG)的重链或抗原呈递细胞(APC)结合蛋白或树突细胞结合蛋白，如IL-D、GM-CSF、IL-1、TNF、IL-4、CD40L、CTLA4、CD28或FLT-3配体。可使用诸如使用脱水剂如二环己基碳二亚胺(DCCI)或在巯基、ε氨基、羧基等等之间产生键合的技术。如果需要的话，可将切割位点导入融合蛋白中以使蛋白(或其片段)能与非天然存在的序列相分离。切割位点的例子包括蛋白水解酶的靶序列，或如果甲硫氨酸不存在于蛋白(或其片段)中，则反过来导入被溴化氰切割的甲硫氨酸。这样的方法是本领域已知的。还根据本领域已知的方法，可通过糖基化或其他衍生化(如乙酰化或羧基化)修饰蛋白或其片段。
可由适合的表达系统原位表达蛋白(或其片段)。任何于期望环境中，产生编码蛋白或其片段有效的DNA构建体都可用于表达上述蛋白或其片段。
或者，当作为“裸DNA”注射入动物中时，核酸分子可在原位起有效的表达系统的作用(参见如Ulmer等，Science 259：1745-1749(1993)；和Cohen，Science 259：1691-1692(1993))。通过使用布比卡因(bupivicaine)、聚合物和肽也可利于DNA递送；或者，可使用阳离子脂质复合物、颗粒或加压(参见如美国专利号5,922,687)。
与SEQ ID NO：2、4、6、8、10、12、14或16具有至少约等于或者大于95％的同一性，如至少约等于或者大于96％、97％、98％或99％同一性的氨基酸序列的例子包括含有一个或多个取代、插入、添加和/或缺失的氨基酸序列。可通过比对多肽序列并应用公众可得到的计算机算法BLASTP确定序列同一性(Pearson等，PNAS USA85：2444-2448(1988)；Pearson，Methods Enzymol.183：63-98(1990)；和Altschul等，Nucl.Acids Res.25：3389-3402(1997))。用于BLASTP的软件可获得自美国国立生物技术信息中心(NCBI)或NCBI，美国国立药物实验室(National Library of Medicine)，Building 38A，Room8N8O5，Bethesda，MD 20894的FTP服务器。一旦比对了多肽序列，就确定了在跨越比对部分的相同的氨基酸的数目，将相同的氨基酸的数目除以目标多肽的氨基酸总数目，并将结果乘以100以确定序列同一性百分数。
在这点上，本领域技术人员应当理解所给定的氨基酸序列的片段可与氨基酸序列具有至少约等于或者大于95％的同一性，例如96％、97％、98％或99％的同一性。因此，所述片段包含于“与SEQ IDNO：2、4、6、8、10、12、14或16具有至少约等于或者大于95％(或96％、97％、98％或99％)的同一性的氨基酸序列”所述的范围内。理想地，这样的片段保留有全长蛋白的免疫原性。可通过对编码蛋白的核酸进行突变分析、然后表达所得到的突变蛋白或通过蛋白自身的化学/酶消化产生功能片段。
根据本领域已知的方法，可将取代、插入、添加和/或缺失等修饰导入核酸或蛋白(或其片段)中(对于寡核苷酸定点诱变，参见如Adelman等，DNA 2：183(1983))。理想地，该修饰基本上不降低蛋白片段的免疫原性；相反地，优选相对于未修饰的蛋白，基本上保留相同的免疫原性或增加了免疫原性。
“保守取代”是一氨基酸被具有类似特性(即类似的二级结构和亲水特性)的另一氨基酸所取代。可基于残基的极性、荷电、溶解性、疏水性、亲水性和/或两亲特性中的相似性进行氨基酸取代。例如，带负电荷的氨基酸如天冬氨酸和谷氨酸可互换，而带正电荷的氨基酸如赖氨酸和精氨酸亦可互换，具有类似亲水值的带有不带电极性首基的氨基酸可互换。在这点上，亮氨酸、异亮氨酸和缬氨酸可互换，甘氨酸和丙氨酸可互换，天冬酰胺和谷氨酰胺可互换，另外丝氨酸、苏氨酸、苯丙氨酸和酪氨酸可互换。其他可互换的氨基酸组包括：(1)ala、pro、gly、glu、asp、gln、asn、ser和thr；(2)cys、ser、tyr和thr；(3)val、ile、leu、met、ala和phe；(4)lys、arg和his；以及(5)phe、tyr、trp和his。
鉴于上述内容，还提供了一种组合物，其包含分离或纯化的蛋白/核酸或前述任一项的片段以及生物学上可接受的载体。所述核酸或其片段可以是载体的一部分。参见例如美国专利号4,029,763，其涉及一种包含作为活性成分的NM的流感疫苗，和美国专利号4,140,762，其涉及一种包含作为活性成分的HA和NM的流感疫苗。美国专利号4,826,687描述了添加胞壁酰二肽到包含HA和NM的疫苗中。如果需要的话，可将基本上相应于M1的氨基酸148-162、163-166和/或215-239的多肽添加到蛋白核酸或其片段的组合物中(参见如美国专利号5,136,019；5,616,327和5,741,493)。任何适合的生物学上可接受的载体皆可用于所述组合物中。例如，蛋白/核酸/其片段可重悬于稀释剂如0.9％氯化钠溶液中，其任选地用磷酸盐缓冲液缓冲。可通过透析减少任何在病毒纯化中残留的蔗糖。透析或凝胶色谱可用于除去任何残留的阳离子去污剂。优选地，蛋白或其片段以足以在动物中诱导免疫应答(即细胞应答或体液应答)的量存在。对于药物和抗原常选用的载体为聚(d，l丙交酯-共-乙交酯)(PLGA)。PLGA是一种生物可降解的聚酯，并可用于抗原的控制释放(Eldridge等，Curr.Topics Micro.Immuno.146：59-66(1989)；也参见美国专利号6,090,393)。业已显示当口服给药时，抗原在直径1-10μ的PLGA微球中的包埋具有显著的佐剂效应。
如果需要的话，可添加防腐剂或灭活剂如甲醛。防腐/灭活剂的常规用量为每10,000份用1份。
如果需要的话，一种或多种蛋白(或其免疫原性片段)如上述HA可与蛋白体组合。参见如美国专利号6,743,900和美国专利申请公开号2004/0156867。
可通过包含常用免疫佐剂如氢氧化铝(如约0.2％)或磷酸铝、铝(参见如美国专利号6,372,223，6,635,246，6,861,244和7,052,701以及美国专利申请公开号2004/0096464和2006/0147468)，壳聚糖(参见如美国专利号6,136,606和6,534,065)，明矾如以氢氧化铝、磷酸铝或氧化铝形式的明矾，矿物油(如
和
)，弗氏完全佐剂，弗氏不完全佐剂，胞壁酰二肽，单磷酰脂质A和皂甙包括QuilA成分改善免疫原性。也可通过添加细胞因子如白介素或通过缀合蛋白或其片段改善免疫原性。优选地，蛋白或其片段与大分子载体如蛋白(如血清白蛋白、匙孔血蓝蛋白、免疫球蛋白、甲状腺球蛋白(throglobulin)和卵清蛋白)、多糖(如乳胶官能化的琼脂糖、琼脂糖、纤维素珠等等)、磷脂、聚氨基酸(如多聚谷氨酸、聚赖氨酸等等)或氨基酸共聚物缀合(参见如美国专利号5,136,019和5,612,037)。或者，可用蛋白磷脂体或脂肪囊包囊蛋白或其片段。
可以悬浮液形式制备或冷冻干燥能诱导免疫应答的组合物。如果进行冷冻干燥，优选添加一种或多种稳定剂。适合的稳定剂为例如蔗糖、磷酸盐、谷氨酸盐和白蛋白(SPGA；Bovarnick，J.Bacterid.59：509(1950))、糖类(如山梨糖醇、甘露糖醇、淀粉、葡聚糖和葡萄糖)、蛋白(如白蛋白和酪蛋白)或其降解产物、含蛋白试剂(如牛血清或脱脂乳)以及缓冲剂(如碱金属磷酸盐)。
或者，组合物可配制为控释组合物。减毒/灭活的病毒活重组载体可用聚合物如聚碳酸酯、聚酯、聚氨基甲酸酯、聚原酸酯类和聚酰胺微囊包封。所选择的特定聚合物取决于多种因素包括聚合物合成和微囊包封的再现性、原料和加工成本、毒理学分布图、可变释放动力学的需要以及聚合物与病毒/载体的物理化学相容性。
本文中所描述的组合可单独使用或与其他活性成分/组合物联合使用。例子包括能诱导针对犬瘟热、犬传染性肝炎(CAV-1和CAV-2)、狂犬病、副流感、犬冠状病毒、麻疹、钩端螺旋体病和博德特氏菌(Bordetella)的免疫应答的组合物。业已披露了多酚抑制人中的流感传染(参见如美国专利号5,173,922；‘922专利)。因此，添加多酚如表儿茶素棓酸盐、表儿茶酸棓酸盐、表焙儿茶素、表儿茶酸、游离的茶黄素、茶黄素单棓酸盐A、茶黄素单棓酸盐B和/或茶黄素二棓酸盐可能是有益的(参见‘922专利)。NM的抑制剂披露于美国专利号5,453,533中。细胞因子用作为免疫增强剂以及脂质体包囊披露于美国专利号5,919,480中。
组合物中核酸的量可在很大程度上改变。例如，按重量计算浓度可为小于约0.1％-约20-50％或更大，通常为至少约2％。组合物中蛋白的浓度也可在很大程度上改变。例如，按重量计算浓度可为小于约0.1％-约20-50％或更大，通常为至少约2％。当测定终浓度时，要考虑液体的体积和粘度。
因此，还提供了一种在动物中诱导针对犬流感病毒的免疫应答的方法。可使用噬菌斑减少中和试验(美国专利号4,315,073)或血细胞凝集试验评估动物对感染的易感性。该方法包括给予动物包含分离或纯化的蛋白/核酸或其片段的上述组合物。如果所述组合物包含作为载体一部分的核酸(或其片段)，则优选地在动物中以足以诱导免疫应答的良表达蛋白(或其片段)。例如，可给予约9-约43国际单位/公斤动物体重的单次剂量。对于较大的哺乳动物，单次剂量可包含约600-约3,000国际单位/公斤体重。对于通过在受精卵尿囊腔中培养病毒，收获病毒，以及如果需要的话，用稳定剂如蛋白胨或蔗糖稳定所收收获的病毒，然后分配到玻璃管形瓶中用于随后的冷冻干燥所制备的疫苗组合物，有效的疫苗剂量单位可含有至少107EID50(50％卵感染剂量)的病毒。在后一种情况下，在给药前通过添加水或另一种药学上可接受的稀释剂重建冻干疫苗，例如以鼻腔喷雾剂或定鼻剂的形式重建。如果需要的话，疫苗可以一周间隔以分成一半的剂量相继给药。
组合物可作为单次剂量给予12周龄幼犬，或从6周龄开始重复给药(如在第6、9和12周)，或从4周龄开始每周给药一次。有效剂量和给药途径取决于组合物的特性，表达产物的特性，LD50，如果使用重组载体的话，还要考虑载体的表达水平，以及狗的品种及其年龄、性别、体重和状况。表达产物的剂量可为几微克-几百微克，如5-500μg。优选的病毒或重组载体的剂量可为约103-约106pfu。对于活减毒株，剂量可为至少约103TCID50。
组合物可肠胃外(即通过注射(如真皮内、皮下或肌内)或通过感染途径如经鼻)或肠内(即通过口服给药)给药。使用胶凝剂和粘膜粘着剂或生物体粘着剂增加针对皮内给予的免疫原性组合物的免疫应答描述于美国专利申请公开号2005/0255121中。如果需要的话，根据Chu等(美国专利申请公开号2006/0171960，公布于2006年8月3日)，用于诱导免疫应答的组合物可通过饮用水或糖浆给予。口服给药优点在于其避免了耗时耗力的肌内注射，肌内注射会对动物产生应激和不适。不适又会影响赛狗的表现。或者，包含表达至少一种诱导免疫应答的表位的重组载体的组合物可直接施用于皮肤用于局部表达和免疫应答诱导。
可通过将幼犬暴露于犬流感病毒强毒株中来证明能诱导免疫应答的组合物的有效性。未处理的狗会发展为特征在于犬流感病毒感染的临床体征，而处理的狗则不会。
根据本领域已知方法，重组载体及它们的表达产物可用于产生抗体如多克隆抗体(pAb)和单克隆抗体(mAb)(Harlow和Lane，Antibodies：A Laboratory Manual，Cold Spring Harbor Laboratory Press，Cold Spring Harbor，NY(1988)；Harlow和Lane，Using Antibodies：ALaboratory Manual(1998)，Cold Spring Harbor Laboratory Press，ColdSpring Harbor，NY(1998)；Shepherd和Dean，Monoclonal Antibodies：APractical Approach，Oxford University Press，U.S.A.(2000))；以及Harris和Adair，Antibody Therapeutics，CRC Press，Inc.，Boca Raton，FL(1997))。抗体特别是单克隆抗体可用于结合试验和诊断试剂盒/检验中，以确定犬流感病毒抗原存在与否或是否已刺激了针对该病毒的免疫应答。抗体还可通过免疫吸附层析用于回收物质。
抗体还可提供被动免疫。例如，可将来自宿主动物或来自杂交瘤细胞系的部分纯化的免疫血清注射入动物中。抗体通过与有传染性的流感病毒结合并将其中和从而提供了治疗效果。
还提供了包含具有上述蛋白表位的内影像(internal image)的抗独特型抗体的组合物，所述蛋白例如由氨基酸序列SEQ ID NO：1或SEQ ID NO：3组成的蛋白。
本领域技术人员应当理解可以制备带有表位如本文中所述的那些表位的内影像的抗独特型抗体。参见如Herlyn等，Science232：100-102(1986))。制备单克隆和多克隆抗独特型抗体(其带有多肽的内影像)的方法描述于例如美国专利号5,053,224中。简言之，可通过用针对多肽并经筛选以确认可与该多肽具有反应性的单克隆独特型抗体免疫动物，然后筛选与针对所述多肽的独特型抗体反应的抗血清，从而产生多克隆抗独特型抗体。还可使用无限增殖化动物的抗体分泌细胞，然后用独特型抗体筛选与多肽竞争的培养物的标准技术由上述动物制备单克隆抗体(mAbs)。虽然单克隆抗体是优选的，但也可使用在多种哺乳动物系统中制备的多克隆抗体(pAbs)。
还提供了另一种用于在犬中诱导针对CIV的免疫应答的方法。该方法包括给予犬有效量的包含上述抗独特型抗体的组合物。
分离或纯化的核酸分子或包含它们的载体可用于产生用作探针/引物的DNA，所述探针/引物可用于检测能杂交的DNA存在与否，或可用于扩增DNA如cDNA。
标记的蛋白或其片段，以及标记的核酸或其片段可用于测定法中。测定方法包括荧光免疫测定(smith等，Ann.Clin.Biochem.18：253-275(1981))、放射性免疫测定(RIA)、酶联免疫吸附测定(ELISA)和酶放大免疫分析技术(EMIT；参见Enzyme Immunoassay，Maggio，ed.，CRC Press，Inc.，Boca Raton，FL，1980.pp.141-150；234-235，and242-243).这样的方法可用来检测病毒的存在并诊断感染状态。
病毒自身可用作为载体。病毒作为载体的应用处于本领域技术范围之内。
实施例
下列实施例用来举例说明本发明。实施例并不旨在以任何形式限制本发明的范围。实施例描述了的犬流感病毒鉴定和部分特性。
在2005年4月，在位于东和西衣阿华州的两个赛马场地的灰猎犬中出现了以咳嗽、发热、喘促和出血性鼻分泌物为特征的急性呼吸道疾病爆发。虽然大部分受感染的狗痊愈了，但许多仍死于出血性肺炎。
受感染的狗的肺部显示出带有中度至重度可触及的硬化的广泛性红色至红黑色变色以及轻度纤维蛋白性胸膜炎。肺切片具有重度出血性间质性肺炎到支气管性间质性肺炎(bronchointerstitialpneumonia)的特征。明显可见具有肺泡间隔增厚的片状间质改变、肺泡内碎屑凝块以及相关的肺膨胀不全。观察到由于退化细胞和碎屑所致的带有气道扩张的、局灶性广泛的、脓性肉芽肿性、支气管性肺炎(Focally extensive pyogranulomatous bronchointerstitial pneumonia)。星散分布的血管炎和血管血栓症也明显可见。
对常规病毒和细菌媒介物的微生物学检验除马链球菌兽疫亚种(Streptococcus equi subsp.Zooepidemicus)之外，没有揭示任何有效的病原体，该马链球菌兽疫亚种存在于所有受检动物的肺组织中。使用实时逆转录酶-聚合酶链式反应(RT-PCR；Harmon等，Development of a PCR-based differential test for H1N1 and H3N2 swineinfluenza viruses.In：Proceedings of the 42nd Annual Meeting ofAmerican Association of Veterinary Laboratory Diagnosticians.SanDiego，CA.1999年10月.p.44.)，四份肺样本中有两份经检验对流感病毒阳性。与对样本的抗原捕获ELISA(DirectgenTM Flu A，Becton/Dickinson，Sparks，MD)检验一样，在这两个肺的病毒性肺炎病损中，使用特异于流感病毒NP的单克隆抗体(mAb)(Vincent等，J.Vet.Diagn.Invest.9：191-195(1997))的免疫组织化学也是阳性的。来自这两个阳性肺的支气管肺泡灌洗(Bronchioalveolar lavage)样本经PCR检验对于流感病毒也是阳性的。
由于狗流感病毒感染仅有单例报告(Dubovi等，Isolationof equine influenza virus from racing greyhounds with fatal hemorrhagicpneumonia.In：Proceedings of the 47th Annual Meeting of AmericanAssociation of Veterinary Laboratory Diagnosticians.Greensboro，NC.2004年10月.p.158.)，因此在犬肺中检测道流感病毒是意外的发现，故尝试进行病毒分离。在来自两只其中经免疫组织化学(IHC)试验和PCR检测到流感病毒的动物之一的肺和支气管肺泡灌洗液的马-达二氏犬肾(MDCK)细胞中，分离能凝集公鸡红细胞的病毒。经PCR确定分离株为H3亚型流感病毒。使用HA-抑制和NM-抑制试验确定病毒分离株为H3N8亚型。病毒分离株为针对多种H3马流感病毒包括迈阿密(Miami)((A/Eq/MI/1/63-H3N8)640-1280)、AK((A/Eq/AK/29759/91-H3N8)320-640)和肯塔基(Kentucky)((A/Eq/Kentucky/81-H3N8)160-320)的抗血清所识别。
对这两株分离株的HA和NA基因的测序揭示在这两株分离株之间分别具有100％和99.8％的同一性。从种系发生的角度来看，分离株的HA基因与新近H3N8马流感病毒(Macken等，The valueof a database in surveillance and vaccine selection.In：Options for the.Control of Influenza IV.Osterhaus等，编.Elsevier Science，Amsterdam.2001.pp.103-106.)的HA基因在起源上接近(96-98％核苷酸同源性)。分离株的NA基因也显示与新近H3N8马流感病毒的NA基因具有96-98％的同源性。由于在衣阿华州地理距离遥远的两个不同赛马场的灰猎犬同时死于疾病，而不涉及患病的马，因此表明该流感病毒分离株是能在犬中保存并传播的适应于犬的毒株。在许多不同的动物物种中，马链球菌兽疫亚种(S.zooepidemicus)牵涉呼吸系统疾病及败血症相关的问题(Wood等，J.Clin.Microbiol.43：120-126(2005)；和Gillespie等，The General Staphylococcus and Streptococcus.In：Haganand Bruner′s Infectious Diseases of Domestic Animals.第7版.Comstock/Cornell University Press.Ithaca，NY.1981.pp.164-180))，很可能促进疾病的严重性。
包括本文引用的出版物、专利申请和专利在内的所有参考文献均在此并入作为参考，如同每篇参考文献单独并明确地被指示并入作为参考及其全文列于本文中一样。
除非本文另有指示或上下文清楚地提出相反的说法，在描述本发明的上下文中(特别是在下列权利要求的上下文中)，所使用的术语“a”、“an”、“the”以及类似的讨论对象应被解释为涵盖了单数和复数。除非本文另有指示，本文中数值范围的列举仅意在作为一种单独涉及每个落入该范围中的分离值的简略的表达方法，并且每个分离值都并入说明书中，如同其单独在本文中被列举一样。除非本文另有指示或上下文清楚地提出相反的说法，所有本文中描述的方法都可以任何适合的顺序执行。除非另有主张，本文中所提供的任何或所有实施例或例证性语言(如“例如”)的使用仅意在更好地阐明本发明，并不造成对本发明范围的限制。说明书中的语言文字不应解释为指示任何非主张的作为本发明实施所必需的要素。
本发明优选的实施方案描述于此，包括本发明人所知的用于执行本发明的最佳实施方案。很清楚所举例说明的实施方案仅作为例证，而不应被视为对本发明范围的限制。
序列表
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<211>1450
<212>DNA
<213>流感病毒
<220>
<221>CDS
<222>(9)..(1418)
<400>1
agtttaaa atg aat cca aat caa aag ata ata gca att gga ttt gca tca 50
Met Asn Pro Asn Gln Lys Ile Ile Ala Ile Gly Phe Ala Ser
1 5 10
ttg ggg ata tta atc att aat gtc att ctc cat gta gtc agc att ata 98
Leu Gly Ile Leu Ile Ile Asn Val Ile Leu His Val Val Ser Ile Ile
15 20 25 30
gta aca gta ctg gtc ctc aat aac aat aga aca gat ctg aac tgc aaa 146
Val Thr Val Leu Val Leu Asn Asn Asn Arg Thr Asp Leu Asn Cys Lys
35 40 45
ggg acg atc ata aga gaa tac aat gaa aca gta aga gta gaa aaa ctt 194
Gly Thr Ile Ile Arg Glu Tyr Asn Glu Thr Val Arg Val Glu Lys Leu
50 55 60
act caa tgg tat aat acc agt aca att aag tac ata gag aga cct tca 242
Thr Gln Trp Tyr Asn Thr Ser Thr Ile Lys Tyr Ile Glu Arg Pro Ser
65 70 75
aat gaa tac tac atg aat aac act gaa cca ctt tgt gag gcc caa ggc 290
Asn Glu Tyr Tyr Met Asn Asn Thr Glu Pro Leu Cys Glu Ala Gln Gly
80 85 90
ttt gca cca ttt tcc aaa gat aat gga ata cga att ggg tcg aga ggc 338
Phe Ala Pro Phe Ser Lys Asp Asn Gly Ile Arg Ile Gly Ser Arg Gly
95 100 105 110
cat gtt ttt gtg ata aga gaa cct ttt gta tca tgt tcg ccc tca gaa 386
His Val Phe Val Ile Arg Glu Pro Phe Val Ser Cys Ser Pro Ser Glu
115 120 125
tgt aga acc ttt ttc ctc aca cag ggc tca tta ctc aat gac aaa cat 434
Cys Arg Thr Phe Phe Leu Thr Gln Gly Ser Leu Leu Asn Asp Lys His
130 135 140
tct aac ggc aca ata aag gat cga agc ccg tat agg act ttg atg agt 482
Ser Asn Gly Thr Ile Lys Asp Arg Ser Pro Tyr Arg Thr Leu Met Ser
145 150 155
gtc aaa ata ggg caa tca ccc aat gta tat caa gct agg ttt gaa tcg 530
Val Lys Ile Gly Gln Ser Pro Asn Val Tyr Gln Ala Arg Phe Glu Ser
160 165 170
gtg gca tgg tca gca aca gca tgc cat gat gga aaa aaa tgg atg aca 578
Val Ala Trp Ser Ala Thr Ala Cys His Asp Gly Lys Lys Trp Met Thr
175 180 185 190
gtt gga gtc aca ggg ccc gac aat caa gca att gca gta gtg aac tat 626
Val Gly Val Thr Gly Pro Asp Asn Gln Ala Ile Ala Val Val Asn Tyr
195 200 205
gga ggt gtt ccg gtt gat act att aat tca tgg gca ggg gat att tta 674
Gly Gly Val Pro Val Asp Thr Ile Asn Ser Trp Ala Gly Asp Ile Leu
210 215 220
aga acc caa gaa tca tca tgc acc tgc att aaa gga gac tgt tat tgg 722
Arg Thr Gln Glu Ser Ser Cys Thr Cys Ile Lys Gly Asp Cys Tyr Trp
225 230 235
gta atg act gat gga ccg gca aat agg caa gct aaa tat agg ata ttc 770
Val Met Thr Asp Gly Pro Ala Asn Arg Gln Ala Lys Tyr Arg Ile Phe
240 245 250
aaa gca aaa gat gga aga gta att gga caa act gat ata agt ttc aat 818
Lys Ala Lys Asp Gly Arg Val Ile Gly Gln Thr Asp Ile Ser Phe Asn
255 260 265 270
ggg gga cac ata gag gag tgt tct tgt tac ccc aat gaa ggg aag gtg 866
Gly Gly His Ile Glu Glu Cys Ser Cys Tyr Pro Asn Glu Gly Lys Val
275 280 285
gaa tgc ata tgc agg gac aat tgg act gga aca aat aga cca att ctg 914
Glu Cys Ile Cys Arg Asp Asn Trp Thr Gly Thr Asn Arg Pro Ile Leu
290 295 300
gta ata tct tct gat cta tcg tac aca gtt gga tat ttg tgt gct ggc 962
Val Ile Ser Ser Asp Leu Ser Tyr Thr Val Gly Tyr Leu Cys Ala Gly
305 310 315
att ccc act gac act cct agg gga gag gat agt caa ttc aca ggc tca 1010
Ile Pro Thr Asp Thr Pro Arg Gly Glu Asp Ser Gln Phe Thr Gly Ser
320 325 330
tgt aca agt cct ttg gga aat aaa gga tac ggt gta aaa ggc ttc ggg 1058
Cys Thr Ser Pro Leu Gly Asn Lys Gly Tyr Gly Val Lys Gly Phe Gly
335 340 345 350
ttt cga caa gga act gac gta tgg gcc gga agg aca att agt agg act 1106
Phe Arg Gln Gly Thr Asp Val Trp Ala Gly Arg Thr Ile Ser Arg Thr
355 360 365
tca aga tca gga ttc gaa ata ata aaa atc agg aat ggt tgg aca cag 1154
Ser Arg Ser Gly Phe Glu Ile Ile Lys Ile Arg Asn Gly Trp Thr Gln
370 375 380
aac agt aag gac caa atc agg agg caa gtg att atc gat gac cca aat 1202
Asn Ser Lys Asp Gln Ile Arg Arg Gln Val Ile Ile Asp Asp Pro Asn
385 390 395
tgg tca gga tat agc ggt tct ttc aca ttg ccg gtt gaa ctg aca aaa 1250
Trp Ser Gly Tyr Ser Gly Ser Phe Thr Leu Pro Val Glu Leu Thr Lys
400 405 410
aag gga tgt ttg gtc ccc tgt ttc tgg gtt gaa atg att aga ggt aaa 1298
Lys Gly Cys Leu Val Pro Cys Phe Trp Val Glu Met Ile Arg Gly Lys
415 420 425 430
cct gaa gaa aca aca ata tgg acc tct agc agc tcc att gtg atg tgt 1346
Pro Glu Glu Thr Thr Ile Trp Thr Ser Ser Ser Ser Ile Val Met Cys
435 440 445
gga gta gat cat aaa att gcc agt tgg tca tgg cac gat gga gct att 1394
Gly Val Asp His Lys Ile Ala Ser Trp Ser Trp His Asp Gly Ala Ile
450 455 460
ctt ccc ttt gac atc gat aag atg taatttacga aaaaaactcc ttgtttctac 1448
Leu Pro Phe Asp Ile Asp Lys Met
465 470
ta 1450
<210>2
<211>470
<212>PRT
<213>流感病毒
<400>2
Met Asn Pro Asn Gln Lys Ile Ile Ala Ile Gly Phe Ala Ser Leu Gly
1 5 10 15
Ile Leu Ile Ile Asn Val Ile Leu His Val Val Ser Ile Ile Val Thr
20 25 30
Val Leu Val Leu Asn Asn Asn Arg Thr Asp Leu Asn Cys Lys Gly Thr
35 40 45
Ile Ile Arg Glu Tyr Asn Glu Thr Val Arg Val Glu Lys Leu Thr Gln
50 55 60
Trp Tyr Asn Thr Ser Thr Ile Lys Tyr Ile Glu Arg Pro Ser Asn Glu
65 70 75 80
Tyr Tyr Met Asn Asn Thr Glu Pro Leu Cys Glu Ala Gln Gly Phe Ala
85 90 95
Pro Phe Ser Lys Asp Asn Gly Ile Arg Ile Gly Ser Arg Gly His Val
100 105 110
Phe Val Ile Arg Glu Pro Phe Val Ser Cys Ser Pro Ser Glu Cys Arg
115 120 125
Thr Phe Phe Leu Thr Gln Gly Ser Leu Leu Asn Asp Lys His Ser Asn
130 135 140
Gly Thr Ile Lys Asp Arg Ser Pro Tyr Arg Thr Leu Met Ser Val Lys
145 150 155 160
Ile Gly Gln Ser Pro Asn Val Tyr Gln Ala Arg Phe Glu Ser Val Ala
165 170 175
Trp Ser Ala Thr Ala Cys His Asp Gly Lys Lys Trp Met Thr Val Gly
180 185 190
Val Thr Gly Pro Asp Asn Gln Ala Ile Ala Val Val Asn Tyr Gly Gly
195 200 205
Val Pro Val Asp Thr Ile Asn Ser Trp Ala Gly Asp Ile Leu Arg Thr
210 215 220
Gln Glu Ser Ser Cys Thr Cys Ile Lys Gly Asp Cys Tyr Trp Val Met
225 230 235 240
Thr Asp Gly Pro Ala Asn Arg Gln Ala Lys Tyr Arg Ile Phe Lys Ala
245 250 255
Lys Asp Gly Arg Val Ile Gly Gln Thr Asp Ile Ser Phe Asn Gly Gly
260 265 270
His Ile Glu Glu Cys Ser Cys Tyr Pro Asn Glu Gly Lys Val Glu Cys
275 280 285
Ile Cys Arg Asp Asn Trp Thr Gly Thr Asn Arg Pro Ile Leu Val Ile
290 295 300
Ser Ser Asp Leu Ser Tyr Thr Val Gly Tyr Leu Cys Ala Gly Ile Pro
305 310 315 320
Thr Asp Thr Pro Arg Gly Glu Asp Ser Gln Phe Thr Gly Ser Cys Thr
325 330 335
Ser Pro Leu Gly Asn Lys Gly Tyr Gly Val Lys Gly Phe Gly Phe Arg
340 345 350
Gln Gly Thr Asp Val Trp Ala Gly Arg Thr Ile Ser Arg Thr Ser Arg
355 360 365
Ser Gly Phe Glu Ile Ile Lys Ile Arg Asn Gly Trp Thr Gln Asn Ser
370 375 380
Lys Asp Gln Ile Arg Arg Gln Val Ile Ile Asp Asp Pro Asn Trp Ser
385 390 395 400
Gly Tyr Ser Gly Ser Phe Thr Leu Pro Val Glu Leu Thr Lys Lys Gly
405 410 415
Cys Leu Val Pro Cys Phe Trp Val Glu Met Ile Arg Gly Lys Pro Glu
420 425 430
Glu Thr Thr Ile Trp Thr Ser Ser Ser Ser Ile Val Met Cys Gly Val
435 440 445
Asp His Lys Ile Ala Ser Trp Ser Trp His Asp Gly Ala Ile Leu Pro
450 455 460
Phe Asp Ile Asp Lys Met
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<210>3
<211>1762
<212>DNA
<213>流感病毒
<220>
<221>CDS
<222>(30)..(1724)
<400>3
agcaaaagca ggggatattt ctgtcaatc atg aag aca acc att att tta ata 53
Met Lys Thr Thr Ile Ile Leu Ile
1 5
cta ctg acc cat tgg gcc tac agt caa aac cca atc agt ggc aat aac 101
Leu Leu Thr His Trp Ala Tyr Ser Gln Asn Pro Ile Ser Gly Asn Asn
10 15 20
aca gcc aca ctg tgt ctg gga cac cat gca gta gca aat gga aca ttg 149
Thr Ala Thr Leu Cys Leu Gly His His Ala Val Ala Asn Gly Thr Leu
25 30 35 40
gta aaa aca atg agt gat gat caa att gag gtg aca aat gct aca gaa 197
Val Lys Thr Met Ser Asp Asp Gln Ile Glu Val Thr Asn Ala Thr Glu
45 50 55
tta gtt cag agc att tca atg ggg aaa ata tgc aac aaa tca tat aga 245
Leu Val Gln Ser Ile Ser Met Gly Lys Ile Cys Asn Lys Ser Tyr Arg
60 65 70
att cta gat gga aga aat tgc aca tta ata gat gca atg cta gga gac 293
Ile Leu Asp Gly Arg Asn Cys Thr Leu Ile Asp Ala Met Leu Gly Asp
75 80 85
ccc cac tgt gac gcc ctt cag tat gag agt tgg gac ctc ttt ata gaa 341
Pro His Cys Asp Ala Leu Gln Tyr Glu Ser Trp Asp Leu Phe Ile Glu
90 95 100
aga agc agc gct ttc agc aat tgc tac cca tat gac atc cct gac tat 389
Arg Ser Ser Ala Phe Ser Asn Cys Tyr Pro Tyr Asp Ile Pro Asp Tyr
105 110 115 120
gca tcg ctc cga tcc att gta gca tcc tca gga aca gtt gaa ttc aca 437
Ala Ser Leu Arg Ser Ile Val Ala Ser Ser Gly Thr Val Glu Phe Thr
125 130 135
gca gag gga ttc aca tgg aca ggt gta act caa aac gga aga agt gga 485
Ala Glu Gly Phe Thr Trp Thr Gly Val Thr Gln Asn Gly Arg Ser Gly
140 145 150
gcc tgc aaa agg gga tca gcc gat agt ttc ttt agc cga ctg aat tgg 533
Ala Cys Lys Arg Gly Ser Ala Asp Ser Phe Phe Ser Arg Leu Asn Trp
155 160 165
cta aca aaa tct gga agc tct tac ccc aca ttg aat gtg aca atg cct 581
Leu Thr Lys Ser Gly Ser Ser Tyr Pro Thr Leu Asn Val Thr Met Pro
170 175 180
aac aat aaa aat ttc gac aag cta tac atc tgg ggg att cat cac ccg 629
Asn Asn Lys Asn Phe Asp Lys Leu Tyr Ile Trp Gly Ile His His Pro
185 190 195 200
agc tca aat caa gag cag aca aaa ttg tac atc caa gaa tca gga cga 677
Ser Ser Asn Gln Glu Gln Thr Lys Leu Tyr Ile Gln Glu Ser Gly Arg
205 210 215
gta aca gtc tca aca aaa aga agt caa caa aca ata atc cct aac atc 725
Val Thr Val Ser Thr Lys Arg Ser Gln Gln Thr Ile Ile Pro Asn Ile
220 225 230
gaa tct aga ccg ttg gtc aga ggt caa tca ggc agg ata agc ata tac 773
Glu Ser Arg Pro Leu Val Arg Gly Gln Ser Gly Arg Ile Ser Ile Tyr
235 240 245
tgg acc att gta aaa cct gga gat atc cta atg ata aac agt aat ggc 821
Trp Thr Ile Val Lys Pro Gly Asp Ile Leu Met Ile Asn Ser Asn Gly
250 255 260
aac tta gtt gca ccg cgg gga tat ttt aaa ttg aac aca ggg aaa agc 869
Asn Leu Val Ala Pro Arg Gly Tyr Phe Lys Leu Asn Thr Gly Lys Ser
265 270 275 280
tct gta atg aga tcc gat gta ccc ata gac att tgt gtg tct gaa tgt 917
Ser Val Met Arg Ser Asp Val Pro Ile Asp Ile Cys Val Ser Glu Cys
285 290 295
att aca cca aat gga agc atc tcc aac gac aag cca ttc caa aat gtg 965
Ile Thr Pro Asn Gly Ser Ile Ser Asn Asp Lys Pro Phe Gln Asn Val
300 305 310
aac aaa gtt aca tat gga aaa tgc ccc aag tat atc agg caa aac act 1013
Asn Lys Val Thr Tyr Gly Lys Cys Pro Lys Tyr Ile Arg Gln Asn Thr
315 320 325
tta aag ctg gcc act ggg atg agg aat gta cca gaa aag caa acc aga 1061
Leu Lys Leu Ala Thr Gly Met Arg Asn Val Pro Glu Lys Gln Thr Arg
330 335 340
gga atc ttt gga gca ata gcg gga ttc atc gaa aac ggc tgg gaa gga 1109
Gly Ile Phe Gly Ala Ile Ala Gly Phe Ile Glu Asn Gly Trp Glu Gly
345 350 355 360
atg gtt gat ggg tgg tat ggg ttc cga tat caa aac tct gaa gga aca 1157
Met Val Asp Gly Trp Tyr Gly Phe Arg Tyr Gln Asn Ser Glu Gly Thr
365 370 375
ggg caa gct gca gat cta aag agc act caa gca gcc att gac cag att 1205
Gly Gln Ala Ala Asp Leu Lys Ser Thr Gln Ala Ala Ile Asp Gln Ile
380 385 390
aat gga aag tta aac aga gtg att gaa aga acc aat gag aaa ttc cat 1253
Asn Gly Lys Leu Asn Arg Val Ile Glu Arg Thr Asn Glu Lys Phe His
395 400 405
caa ata gag aag gaa ttc tca gaa gta gaa gga aga att cag gac ttg 1301
Gln Ile Glu Lys Glu Phe Ser Glu Val Glu Gly Arg Ile Gln Asp Leu
410 415 420
gag aaa tat gta gaa gac acc aaa ata gac cta tgg tcc tac aat gca 1349
Glu Lys Tyr Val Glu Asp Thr Lys Ile Asp Leu Trp Ser Tyr Asn Ala
425 430 435 440
gaa ttg ctg gtg gct cta gaa aat caa cat aca att gac tta aca gat 1397
Glu Leu Leu Val Ala Leu Glu Asn Gln His Thr Ile Asp Leu Thr Asp
445 450 455
gca gaa atg aat aaa tta ttt gag aag act aga cgc cag tta aga gaa 1445
Ala Glu Met Asn Lys Leu Phe Glu Lys Thr Arg Arg Gln Leu Arg Glu
460 465 470
aac gca gaa gac atg gga ggt gga tgt ttc aag att tac cac aaa tgt 1493
Asn Ala Glu Asp Met Gly Gly Gly Cys Phe Lys Ile Tyr His Lys Cys
475 480 485
gat aat gca tgc att gaa tca ata aga act ggg aca tat gac cat tac 1541
Asp Asn Ala Cys Ile Glu Ser Ile Arg Thr Gly Thr Tyr Asp His Tyr
490 495 500
ata tac aga gat gaa gca tta aac aac cga ttt cag atc aaa ggt gta 1589
Ile Tyr Arg Asp Glu Ala Leu Asn Asn Arg Phe Gln Ile Lys Gly Val
505 510 515 520
gag ttg aaa tca ggc tac aaa gat tgg ata ctg tgg att tca ttc gcc 1637
Glu Leu Lys Ser Gly Tyr Lys Asp Trp Ile Leu Trp Ile Ser Phe Ala
525 530 535
ata tca tgc ttc tta att tgc gtt gtt cta ttg ggt ttc att atg tgg 1685
Ile Ser Cys Phe Leu Ile Cys Val Val Leu Leu Gly Phe Ile Met Trp
540 545 550
gct tgc caa aaa ggc aac atc aga tgc aac att tgc att tgagtaaact 1734
Ala Cys Gln Lys Gly Asn Ile Arg Cys Asn Ile Cys Ile
555 560 565
gatagttaaa aacacccttg tttctact 1762
<210>4
<211>565
<212>PRT
<213>流感病毒
<400>4
Met Lys Thr Thr Ile Ile Leu Ile Leu Leu Thr His Trp Ala Tyr Ser
1 5 10 15
Gln Asn Pro Ile Ser Gly Asn Asn Thr Ala Thr Leu Cys Leu Gly His
20 25 30
His Ala Val Ala Asn Gly Thr Leu Val Lys Thr Met Ser Asp Asp Gln
35 40 45
Ile Glu Val Thr Asn Ala Thr Glu Leu Val Gln Ser Ile Ser Met Gly
50 55 60
Lys Ile Cys Asn Lys Ser Tyr Arg Ile Leu Asp Gly Arg Asn Cys Thr
65 70 75 80
Leu Ile Asp Ala Met Leu Gly Asp Pro His Cys Asp Ala Leu Gln Tyr
85 90 95
Glu Ser Trp Asp Leu Phe Ile Glu Arg Ser Ser Ala Phe Ser Asn Cys
100 105 110
Tyr Pro Tyr Asp Ile Pro Asp Tyr Ala Ser Leu Arg Ser Ile Val Ala
115 120 125
Ser Ser Gly Thr Val Glu Phe Thr Ala Glu Gly Phe Thr Trp Thr Gly
130 135 140
Val Thr Gln Asn Gly Arg Ser Gly Ala Cys Lys Arg Gly Ser Ala Asp
145 150 155 160
Ser Phe Phe Ser Arg Leu Asn Trp Leu Thr Lys Ser G1y Ser Ser Tyr
165 170 175
Pro Thr Leu Asn Val Thr Met Pro Asn Asn Lys Asn Phe Asp Lys Leu
180 185 190
Tyr Ile Trp Gly Ile His His Pro Ser Ser Asn Gln Glu Gln Thr Lys
195 200 205
Leu Tyr Ile Gln Glu Ser Gly Arg Val Thr Val Ser Thr Lys Arg Ser
210 215 220
Gln Gln Thr Ile Ile Pro Asn Ile Glu Ser Arg Pro Leu Val Arg Gly
225 230 235 240
Gln Ser Gly Arg Ile Ser Ile Tyr Trp Thr Ile Val Lys Pro Gly Asp
245 250 255
Ile Leu Met Ile Asn Ser Asn Gly Asn Leu Val Ala Pro Arg Gly Tyr
260 265 270
Phe Lys Leu Asn Thr Gly Lys Ser Ser Val Met Arg Ser Asp Val Pro
275 280 285
Ile Asp Ile Cys Val Ser Glu Cys Ile Thr Pro Asn Gly Ser Ile Ser
290 295 300
Asn Asp Lys Pro Phe Gln Asn Val Asn Lys Val Thr Tyr Gly Lys Cys
305 310 315 320
Pro Lys Tyr Ile Arg Gln Asn Thr Leu Lys Leu Ala Thr Gly Met Arg
325 330 335
Asn Val Pro Glu Lys Gln Thr Arg Gly Ile Phe Gly Ala Ile Ala Gly
340 345 350
Phe Ile Glu Asn Gly Trp Glu Gly Met Val Asp Gly Trp Tyr Gly Phe
355 360 365
Arg Tyr Gln Asn Ser Glu Gly Thr Gly Gln Ala Ala Asp Leu Lys Ser
370 375 380
Thr Gln Ala Ala Ile Asp Gln Ile Asn Gly Lys Leu Asn Arg Val Ile
385 390 395 400
Glu Arg Thr Asn Glu Lys Phe His Gln Ile Glu Lys Glu Phe Ser Glu
405 410 415
Val Glu Gly Arg Ile Gln Asp Leu Glu Lys Tyr Val Glu Asp Thr Lys
420 425 430
Ile Asp Leu Trp Ser Tyr Asn Ala Glu Leu Leu Val Ala Leu Glu Asn
435 440 445
Gln His Thr Ile Asp Leu Thr Asp Ala Glu Met Asn Lys Leu Phe Glu
450 455 460
Lys Thr Arg Arg Gln Leu Arg Glu Asn Ala Glu Asp Met Gly Gly Gly
465 470 475 480
Cys Phe Lys Ile Tyr His Lys Cys Asp Asn Ala Cys Ile Glu Ser Ile
485 490 495
Arg Thr Gly Thr Tyr Asp His Tyr Ile Tyr Arg Asp Glu Ala Leu Asn
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Asn Arg Phe Gln Ile Lys Gly Val Glu Leu Lys Ser Gly Tyr Lys Asp
515 520 525
Trp Ile Leu Trp Ile Ser Phe Ala Ile Ser Cys Phe Leu Ile Cys Val
530 535 540
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545 550 555 560
Cys Asn Ile Cys Ile
565
<210>5
<211>1585
<212>DNA
<213>流感病毒
<220>
<221>CDS
<222>(51)..(1544)
<400>5
cagggagcaa aagcagggta gataatcact cactgagtga catcaaagtc atg gcg 56
Met Ala
1
tct caa ggc acc aaa cga tcc tat gaa cag atg gaa act gat ggg gaa 104
Ser Gln Gly Thr Lys Arg Ser Tyr Glu Gln Met Glu Thr Asp Gly Glu
5 10 15
cgc cag aat gca act gaa atc aga gca tct gtc gga agg atg gtg gga 152
Arg Gln Asn Ala Thr Glu Ile Arg Ala Ser Val Gly Arg Met Val Gly
20 25 30
gga atc gga cgg ttt tat gtc cag atg tgt act gag ctt aaa cta aac 200
Gly Ile Gly Arg Phe Tyr Val Gln Met Cys Thr Glu Leu Lys Leu Asn
35 40 45 50
gac cat gaa ggg cgg ctg att cag aac agc ata aca ata gaa agg atg 248
Asp His Glu Gly Arg Leu Ile Gln Asn Ser Ile Thr Ile Glu Arg Met
55 60 65
gta ctt tca gca ttc gac gaa aga aga aac aag tat ctc gag gag cat 296
Val Leu Ser Ala Phe Asp Glu Arg Arg Asn Lys Tyr Leu Glu Glu His
70 75 80
ccc agt gct ggg aaa gac cct aag aaa acg gga ggc ccg ata tac aga 344
Pro Ser Ala Gly Lys Asp Pro Lys Lys Thr Gly Gly Pro Ile Tyr Arg
85 90 95
aga aaa gat ggg aaa tgg atg agg gaa ctc atc ctc cat gat aaa gaa 392
Arg Lys Asp Gly Lys Trp Met Arg Glu Leu Ile Leu His Asp Lys Glu
100 105 110
gaa atc atg aga atc tgg cgt cag gcc aac aat ggt gaa gac gct act 440
Glu Ile Met Arg Ile Trp Arg Gln Ala Asn Asn Gly Glu Asp Ala Thr
115 120 125 130
gct ggt ctt act cat atg atg atc tgg cac tcc aat ctc aat gac acc 488
Ala Gly Leu Thr His Met Met Ile Trp His Ser Asn Leu Asn Asp Thr
135 140 145
aca tac caa aga aca agg gct ctt gtt cgg act ggg atg gat ccc aga 536
Thr Tyr Gln Arg Thr Arg Ala Leu Val Arg Thr Gly Met Asp Pro Arg
150 155 160
atg tgc tct ctg atg caa ggc tca acc ctc cca cgg aga tct gga gcc 584
Met Cys Ser Leu Met Gln Gly Ser Thr Leu Pro Arg Arg Ser Gly Ala
165 170 175
gct ggt gct gca gta aaa ggt gtt gga aca atg gta atg gaa ctc atc 632
Ala Gly Ala Ala Val Lys Gly Val Gly Thr Met Val Met Glu Leu Ile
180 185 190
agg atg atc aaa cgc gga ata aat gat cgg aat ttc tgg aga ggt gaa 680
Arg Met Ile Lys Arg Gly Ile Asn Asp Arg Asn Phe Trp Arg Gly Glu
195 200 205 210
aat ggt cga aga acc aga att gct tat gaa aga atg tgc aat atc ctc 728
Asn Gly Arg Arg Thr Arg Ile Ala Tyr Glu Arg Met Cys Asn Ile Leu
215 220 225
aaa ggg aaa ttt cag aca gca gca caa cgg gct atg atg gac cag gtg 776
Lys Gly Lys Phe Gln Thr Ala Ala Gln Arg Ala Met Met Asp Gln Val
230 235 240
agg gaa ggc cgc aat cct gga aac gct gag att gag gat ctc att ttc 824
Arg Glu Gly Arg Asn Pro Gly Asn Ala Glu Ile Glu Asp Leu Ile Phe
245 250 255
ttg gca cga tca gca ctt att ttg aga gga tca gta gcc cat aaa tca 872
Leu Ala Arg Ser Ala Leu Ile Leu Arg Gly Ser Val Ala His Lys Ser
260 265 270
tgc cta cct gcc tgt gtt tat ggc ctt gca gta acc agt ggg tat gac 920
Cys Leu Pro Ala Cys Val Tyr Gly Leu Ala Val Thr Ser Gly Tyr Asp
275 280 285 290
ttt gag aag gaa gga tac tct ctg gtt gga att gat cct ttc aaa cta 968
Phe Glu Lys Glu Gly Tyr Ser Leu Val Gly Ile Asp Pro Phe Lys Leu
295 300 305
ctc cag aac agt caa att ttc agt cta atc aga cca aaa gaa aac cca 1016
Leu Gln Asn Ser Gln Ile Phe Ser Leu Ile Arg Pro Lys Glu Asn Pro
310 315 320
gca cac aaa agc cag ttg gtg tgg atg gca tgc cat tct gca gca ttt 1064
Ala His Lys Ser Gln Leu Val Trp Met Ala Cys His Ser Ala Ala Phe
325 330 335
gag gat ctg aga gtt tta aat ttc att aga gga acc aaa gta atc cca 1112
Glu Asp Leu Arg Val Leu Asn Phe Ile Arg Gly Thr Lys Val Ile Pro
340 345 350
aga gga cag tta aca acc aga gga gtt caa att gct tca aat gaa aac 1160
Arg Gly Gln Leu Thr Thr Arg Gly Val Gln Ile Ala Ser Asn Glu Asn
355 360 365 370
atg gag aca ata aat tct agc aca ctt gaa ctg aga agc aaa tat tgg 1208
Met Glu Thr Ile Asn Ser Ser Thr Leu Glu Leu Arg Ser Lys Tyr Trp
375 380 385
gca ata agg acc aga agc gga gga aac acc agt caa cag aga gca ttt 1256
Ala Ile Arg Thr Arg Ser Gly Gly Asn Thr Ser Gln Gln Arg Ala Phe
390 395 400
gca gga cag ata agt gtg caa cct act ttc tca gta cag aga aat ctt 1304
Ala Gly Gln Ile Ser Val Gln Pro Thr Phe Ser Val Gln Arg Asn Leu
405 410 415
ccc ttt gag aga gca acc att atg gct gca ttc act ggt aac act gaa 1352
Pro Phe Glu Arg Ala Thr Ile Met Ala Ala Phe Thr Gly Asn Thr Glu
420 425 430
ggg agg act tcc gac atg aga acg gaa atc ata agg atg atg gaa aat 1400
Gly Arg Thr Ser Asp Met Arg Thr Glu Ile Ile Arg Met Met Glu Asn
435 440 445 450
gcc aaa tca gaa gat gtg tct ttc cag ggg cgg gga gtc ttc gag ctc 1448
Ala Lys Ser Glu Asp Val Ser Phe Gln Gly Arg Gly Val Phe Glu Leu
455 460 465
tcg gac gaa aag gca acg aac ccg atc gtg cct tcc ttt gac atg agc 1496
Ser Asp Glu Lys Ala Thr Asn Pro Ile Val Pro Ser Phe Asp Met Ser
470 475 480
aat gaa ggg tct tat ttc ttc gga gac aat gct gag gag ttt gac agt 1544
Asn Glu Gly Ser Tyr Phe Phe Gly Asp Asn Ala Glu Glu Phe Asp Ser
485 490 495
taaagaaaaa tacccttgtt tctactaata cgagacgata t 1585
<210>6
<211>498
<212>PRT
<213>流感病毒
<400>6
Met Ala Ser Gln Gly Thr Lys Arg Ser Tyr Glu Gln Met Glu Thr Asp
1 5 10 15
Gly Glu Arg Gln Asn Ala Thr Glu Ile Arg Ala Ser Val Gly Arg Met
20 25 30
Val Gly Gly Ile Gly Arg Phe Tyr Val Gln Met Cys Thr Glu Leu Lys
35 40 45
Leu Asn Asp His Glu Gly Arg Leu Ile Gln Asn Ser Ile Thr Ile Glu
50 55 60
Arg Met Val Leu Ser Ala Phe Asp Glu Arg Arg Asn Lys Tyr Leu Glu
65 70 75 80
Glu His Pro Ser Ala Gly Lys Asp Pro Lys Lys Thr Gly Gly Pro Ile
85 90 95
Tyr Arg Arg Lys Asp Gly Lys Trp Met Arg Glu Leu Ile Leu His Asp
100 105 110
Lys Glu Glu Ile Met Arg Ile Trp Arg Gln Ala Asn Asn Gly Glu Asp
115 120 125
Ala Thr Ala Gly Leu Thr His Met Met Ile Trp His Ser Asn Leu Asn
130 135 140
Asp Thr Thr Tyr Gln Arg Thr Arg Ala Leu Val Arg Thr Gly Met Asp
145 150 155 160
Pro Arg Met Cys Ser Leu Met Gln Gly Ser Thr Leu Pro Arg Arg Ser
165 170 175
Gly Ala Ala Gly Ala Ala Val Lys Gly Val Gly Thr Met Val Met Glu
180 185 190
Leu Ile Arg Met Ile Lys Arg Gly Ile Asn Asp Arg Asn Phe Trp Arg
195 200 205
Gly Glu Asn Gly Arg Arg Thr Arg Ile Ala Tyr Glu Arg Met Cys Asn
210 215 220
Ile Leu Lys Gly Lys Phe Gln Thr Ala Ala Gln Arg Ala Met Met Asp
225 230 235 240
Gln Val Arg Glu Gly Arg Asn Pro Gly Asn Ala Glu Ile Glu Asp Leu
245 250 255
Ile Phe Leu Ala Arg Ser Ala Leu Ile Leu Arg Gly Ser Val Ala His
260 265 270
Lys Ser Cys Leu Pro Ala Cys Val Tyr Gly Leu Ala Val Thr Ser Gly
275 280 285
Tyr Asp Phe Glu Lys Glu Gly Tyr Ser Leu Val Gly Ile Asp Pro Phe
290 295 300
Lys Leu Leu Gln Asn Ser Gln Ile Phe Ser Leu Ile Arg Pro Lys Glu
305 310 315 320
Asn Pro Ala His Lys Ser Gln Leu Val Trp Met Ala Cys His Ser Ala
325 330 335
Ala Phe Glu Asp Leu Arg Val Leu Asn Phe Ile Arg Gly Thr Lys Val
340 345 350
Ile Pro Arg Gly Gln Leu Thr Thr Arg Gly Val Gln Ile Ala Ser Asn
355 360 365
Glu Asn Met Glu Thr Ile Asn Ser Ser Thr Leu Glu Leu Arg Ser Lys
370 375 380
Tyr Trp Ala Ile Arg Thr Arg Ser Gly Gly Asn Thr Ser Gln Gln Arg
385 390 395 400
Ala Phe Ala Gly Gln Ile Ser Val Gln Pro Thr Phe Ser Val Gln Arg
405 410 415
Asn Leu Pro Phe Glu Arg Ala Thr Ile Met Ala Ala Phe Thr Gly Asn
420 425 430
Thr Glu Gly Arg Thr Ser Asp Met Arg Thr Glu Ile Ile Arg Met Met
435 440 445
Glu Asn Ala Lys Ser Glu Asp Val Ser Phe Gln Gly Arg Gly Val Phe
450 455 460
Glu Leu Ser Asp Glu Lys Ala Thr Asn Pro Ile Val Pro Ser Phe Asp
465 470 475 480
Met Ser Asn Glu Gly Ser Tyr Phe Phe Gly Asp Asn Ala Glu Glu Phe
485 490 495
Asp Ser
<210>7
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<212>DNA
<213>流感病毒
<220>
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tattcgtctc agggagcaaa agcaggtaga tatttaaag atg agt ctt cta acc 54
Met Ser Leu Leu Thr
1 5
gag gtc gaa acg tac gtt ctc tct atc gta cca tca ggc ccc ctc aaa 102
Glu Val Glu Thr Tyr Val Leu Ser Ile Val Pro Ser Gly Pro Leu Lys
10 15 20
gcc gag atc gcg cag aga ctt gaa gat gtc ttt gcg gga aag aac acc 150
Ala Glu Ile Ala Gln Arg Leu Glu Asp Val Phe Ala Gly Lys Asn Thr
25 30 35
gat ctt gag gca ctc atg gaa tgg cta aag aca aga cca atc ctg tca 198
Asp Leu Glu Ala Leu Met Glu Trp Leu Lys Thr Arg Pro Ile Leu Ser
40 45 50
cct ctg act aaa ggg att tta gga ttt gta ttc acg ctc acc gtg ccc 246
Pro Leu Thr Lys Gly Ile Leu Gly Phe Val Phe Thr Leu Thr Val Pro
55 60 65
agt gag cga gga ctg cag cgt aga cgc ttt gtc caa aat gcc ctt agt 294
Ser Glu Arg Gly Leu Gln Arg Arg Arg Phe Val Gln Asn Ala Leu Ser
70 75 80 85
gga aac gga gat cca aac aac atg gac aga gca gta aaa ctg tac agg 342
Gly Asn Gly Asp Pro Asn Asn Met Asp Arg Ala Val Lys Leu Tyr Arg
90 95 100
aag ctt aaa aga gaa ata aca ttc cat gag gca aaa gag gtg gca ctc 390
Lys Leu Lys Arg Glu Ile Thr Phe His Glu Ala Lys Glu Val Ala Leu
105 110 115
agc tat tcc act ggt gca cta gcc agc tgc atg gga ctc ata tac aac 438
Ser Tyr Ser Thr Gly Ala Leu Ala Ser Cys Met Gly Leu Ile Tyr Asn
120 125 130
aga atg gga act gtt aca acc gaa gtg gca ttt ggc ctg gta tgc gcc 486
Arg Met Gly Thr Val Thr Thr Glu Val Ala Phe Gly Leu Val Cys Ala
135 140 145
aca tgt gaa cag att gct gat tcc cag cat cga tct cac agg cag atg 534
Thr Cys Glu Gln Ile Ala Asp Ser Gln His Arg Ser His Arg Gln Met
150 155 160 165
gtg aca aca acc aac cca tta atc aga cat gaa aac aga atg gta tta 582
Val Thr Thr Thr Asn Pro Leu Ile Arg His Glu Asn Arg Met Val Leu
170 175 180
gcc agt acc acg gct aaa gcc atg gaa cag atg gca gga tcg agt gag 630
Ala Ser Thr Thr Ala Lys Ala Met Glu Gln Met Ala Gly Ser Ser Glu
185 190 195
cag gca gca gag gcc atg gag gtt gct agt agg gct agg cag atg gta 678
Gln Ala Ala Glu Ala Met Glu Val Ala Ser Arg Ala Arg Gln Met Val
200 205 210
cag gca atg aga acc att ggg acc cac cct agc tcc agt gcc ggt ttg 726
Gln Ala Met Arg Thr Ile Gly Thr His Pro Ser Ser Ser Ala Gly Leu
215 220 225
aaa gat gat ctc ctt gaa aat tta cag gcc tac cag aaa cgg atg gga 774
Lys Asp Asp Leu Leu Glu Asn Leu Gln Ala Tyr Gln Lys Arg Met Gly
230 235 240 245
gtg caa atg cag cga ttc aag tgatcctctc gttattgcag caagtatcat 825
Val Gln Met Gln Arg Phe Lys
250
tggaatcttg cacttgatat tgtggattct tgatcgtctt ttcttcaaat tcatttatcg 885
tcgccttaaa tacgggttga aaagagggcc ttctacggaa ggagtacctg agtctatgag 945
ggaagaatat cggcaggaac agcagaatgc tgtggatgtt gacgatggtc attttgtcaa 1005
catagagctg gagtaaaaaa ctaccttgtt tctactaata cgagacgata t 1056
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<212>PRT
<213>流感病毒
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Met Ser Leu Leu Thr Glu Val Glu Thr Tyr Val Leu Ser Ile Val Pro
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Ser Gly Pro Leu Lys Ala Glu Ile Ala Gln Arg Leu Glu Asp Val Phe
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35 40 45
Arg Pro Ile Leu Ser Pro Leu Thr Lys Gly Ile Leu Gly Phe Val Phe
50 55 60
Thr Leu Thr Val Pro Ser Glu Arg Gly Leu Gln Arg Arg Arg Phe Val
65 70 75 80
Gln Asn Ala Leu Ser Gly Asn Gly Asp Pro Asn Asn Met Asp Arg Ala
85 90 95
Val Lys Leu Tyr Arg Lys Leu Lys Arg Glu Ile Thr Phe His Glu Ala
100 105 110
Lys Glu Val Ala Leu Ser Tyr Ser Thr Gly Ala Leu Ala Ser Cys Met
115 120 125
Gly Leu Ile Tyr Asn Arg Met Gly Thr Val Thr Thr Glu Val Ala Phe
130 135 140
Gly Leu Val Cys Ala Thr Cys Glu Gln Ile Ala Asp Ser Gln His Arg
145 150 155 160
Ser His Arg Gln Met Val Thr Thr Thr Asn Pro Leu Ile Arg His Glu
165 170 175
Asn Arg Met Val Leu Ala Ser Thr Thr Ala Lys Ala Met Glu Gln Met
180 185 190
Ala Gly Ser Ser Glu Gln Ala Ala Glu Ala Met Glu Val Ala Ser Arg
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Gln Lys Arg Met Gly Val Gln Met Gln Arg Phe Lys
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<213>流感病毒
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1 5
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Phe Gln Val Asp Cys Phe Leu Trp His Val Arg Lys Arg Phe Ala Asp
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Gln Glu Leu Gly Asp Ala Pro Phe Leu Asp Arg Leu Arg Arg Asp Gln
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Lys Ser Leu Arg Gly Arg Gly Ser Thr Leu Gly Leu Asp Ile Glu Thr
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gcc act cat gca gga aag cag ata gtg gag cag att ctg gaa aag gaa 244
Ala Thr His Ala Gly Lys Gln Ile Val Glu Gln Ile Leu Glu Lys Glu
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tca gat gag gca ctt aaa atg acc att gcc tct gtt cct gct tca cgc 292
Ser Asp Glu Ala Leu Lys Met Thr Ile Ala Ser Val Pro Ala Ser Arg
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tac tta act gac atg act ctt gat gag atg tca aga gac tgg ttc atg 340
Tyr Leu Thr Asp Met Thr Leu Asp Glu Met Ser Arg Asp Trp Phe Met
90 95 100
ctc atg ccc aag caa aaa gta aca ggc tcc cta tgt ata aga atg gac 388
Leu Met Pro Lys Gln Lys Val Thr Gly Ser Leu Cys Ile Arg Met Asp
105 110 115 120
caa gca atc atg gat aag aac atc ata ctt aaa gca aac ttt agt gtg 436
Gln Ala Ile Met Asp Lys Asn Ile Ile Leu Lys Ala Asn Phe Ser Val
125 130 135
att ttc gaa agg ctg gaa aca cta ata cta ctt aga gcc ttc acc gaa 484
Ile Phe Glu Arg Leu Glu Thr Leu Ile Leu Leu Arg Ala Phe Thr Glu
140 145 150
gaa gga gca gtc gtt ggc gaa att tca cca tta cct tct ctt cca gga 532
Glu Gly Ala Val Val Gly Glu Ile Ser Pro Leu Pro Ser Leu Pro Gly
155 160 165
cat act aat gag gat gtc aaa aat gca att ggg gtc ctc atc gga gga 580
His Thr Asn Glu Asp Val Lys Asn Ala Ile Gly Val Leu Ile Gly Gly
170 175 180
ctt aaa tgg aat gat aat acg gtt aga atc tct gaa act cta cag aga 628
Leu Lys Trp Asn Asp Asn Thr Val Arg Ile Ser Glu Thr Leu Gln Arg
185 190 195 200
ttc gct tgg aga agc agt cat gaa aat ggg aga cct tca ttc cct tca 676
Phe Ala Trp Arg Ser Ser His Glu Asn Gly Arg Pro Ser Phe Pro Ser
205 210 215
aag cag aaa cga aaa atg gag aga aca att aag cca gaa att 718
Lys Gln Lys Arg Lys Met Glu Arg Thr Ile Lys Pro Glu Ile
220 225 230
tgaagaaata agatggttga ttgaagaagt gcgacataga ttgaaaaata cagaaaatag 778
ttttgaacaa ataacattta tgcaagcctt acaactattg cttgaagtag aacaagagat 838
aagaactttc tcgtttcagc ttatttaatg at 870
<210>10
<211>230
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<213>流感病毒
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Met Asp Ser Asn Thr Val Ser Ser Phe Gln Val Asp Cys Phe Leu Trp
1 5 10 15
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Leu Asp Arg Leu Arg Arg Asp Gln Lys Ser Leu Arg Gly Arg Gly Ser
35 40 45
Thr Leu Gly Leu Asp Ile Glu Thr Ala Thr His Ala Gly Lys Gln Ile
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Val Glu Gln Ile Leu Glu Lys Glu Ser Asp Glu Ala Leu Lys Met Thr
65 70 75 80
Ile Ala Ser Val Pro Ala Ser Arg Tyr Leu Thr Asp Met Thr Leu Asp
85 90 95
Glu Met Ser Arg Asp Trp Phe Met Leu Met Pro Lys Gln Lys Val Thr
100 105 110
Gly Ser Leu Cys Ile Arg Met Asp Gln Ala Ile Met Asp Lys Asn Ile
115 120 125
Ile Leu Lys Ala Asn Phe Ser Val Ile Phe Glu Arg Leu Glu Thr Leu
130 135 140
Ile Leu Leu Arg Ala Phe Thr Glu Glu Gly Ala Val Val Gly Glu Ile
145 150 155 160
Ser Pro Leu Pro Ser Leu Pro Gly His Thr Asn Glu Asp Val Lys Asn
165 170 175
Ala Ile Gly Val Leu Ile Gly Gly Leu Lys Trp Asn Asp Asn Thr Val
180 185 190
Arg Ile Ser Glu Thr Leu Gln Arg Phe Ala Trp Arg Ser Ser His Glu
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Met Glu Asp Phe Val Arg Gln Cys Phe Asn Pro Met Ile Val Glu
1 5 10 15
ctt gcg gaa aag gca atg aaa gaa tat gga gag aac ccg aaa atc gaa 96
Leu Ala Glu Lys Ala Met Lys Glu Tyr Gly Glu Asn Pro Lys Ile Glu
20 25 30
aca aac aaa ttt gca gca ata tgc act cac ttg gaa gtc tgc ttc atg 144
Thr Asn Lys Phe Ala Ala Ile Cys Thr His Leu Glu Val Cys Phe Met
35 40 45
tac tcg gat ttc cac ttt ata aat gaa ctg ggt gag tca gtg gtc ata 192
Tyr Ser Asp Phe His Phe Ile Asn Glu Leu Gly Glu Ser Val Val Ile
50 55 60
gag tct ggt gac cca aat gct ctt ttg aaa cac aga ttt gaa atc att 240
Glu Ser Gly Asp Pro Asn Ala Leu Leu Lys His Arg Phe Glu Ile Ile
65 70 75
gag ggg aga gat cga aca atg gca tgg aca gta gta aac agc atc tgc 288
Glu Gly Arg Asp Arg Thr Met Ala Trp Thr Val Val Asn Ser Ile Cys
80 85 90 95
aac acc aca aga gct gaa aaa cct aaa ttt ctt cca gat tta tac gac 336
Asn Thr Thr Arg Ala Glu Lys Pro Lys Phe Leu Pro Asp Leu Tyr Asp
100 105 110
tat aag gag aac aga ttt gtt gaa att ggt gtg aca agg aga gaa gtt 384
Tyr Lys Glu Asn Arg Phe Val Glu Ile Gly Val Thr Arg Arg Glu Val
115 120 125
cac ata tac tac ctg gag aaa gcc aac aaa ata aag tct gag aaa aca 432
His Ile Tyr Tyr Leu Glu Lys Ala Asn Lys Ile Lys Ser Glu Lys Thr
130 135 140
cat atc cac att ttc tca ttt aca gga gaa gaa atg gct aca aaa gcg 480
His Ile His Ile Phe Ser Phe Thr Gly Glu Glu Met Ala Thr Lys Ala
145 150 155
gac tat act ctt gat gaa gag agt aga gcc agg atc aag acc aga cta 528
Asp Tyr Thr Leu Asp Glu Glu Ser Arg Ala Arg Ile Lys Thr Arg Leu
160 165 170 175
ttc act ata aga caa gaa atg gcc agt aga ggc ctc tgg gat tcc ttt 576
Phe Thr Ile Arg Gln Glu Met Ala Ser Arg Gly Leu Trp Asp Ser Phe
180 185 190
cgt cag tcc gag aga ggc gaa gag aca att gaa gaa aga ttt gaa atc 624
Arg Gln Ser Glu Arg Gly Glu Glu Thr Ile Glu Glu Arg Phe Glu Ile
195 200 205
aca gga acg atg cgc aag ctt gcc aat tac agt ctc cca ccg aac ttc 672
Thr Gly Thr Met Arg Lys Leu Ala Asn Tyr Ser Leu Pro Pro Asn Phe
210 215 220
tcc agc ctt gaa aat ttt aga gtc tat ata gat gga ttc gaa ccg aac 720
Ser Ser Leu Glu Asn Phe Arg Val Tyr Ile Asp Gly Phe Glu Pro Asn
225 230 235
ggc tgc att gag agt aag ctt tct caa atg tcc aaa gaa gta aat gcc 768
Gly Cys Ile Glu Ser Lys Leu Ser Gln Met Ser Lys Glu Val Asn Ala
240 245 250 255
aaa atc gaa cca ttt tca aag aca aca ccc cga cca ctc aaa atg cca 816
Lys Ile Glu Pro Phe Ser Lys Thr Thr Pro Arg Pro Leu Lys Met Pro
260 265 270
ggt ggt cca ccc tgc cat cag cga tcc aaa ttc ttg cta atg gat gct 864
Gly Gly Pro Pro Cys His Gln Arg Ser Lys Phe Leu Leu Met Asp Ala
275 280 285
ctg aaa ctg agc att gag gac cca agt cac gag gga gag ggg ata cca 912
Leu Lys Leu Ser Ile Glu Asp Pro Ser His Glu Gly Glu Gly Ile Pro
290 295 300
cta tat gat gca atc aaa tgc atg aaa act ttc ttt gga tgg aaa gag 960
Leu Tyr Asp Ala Ile Lys Cys Met Lys Thr Phe Phe Gly Trp Lys Glu
305 310 315
ccc agt att gtt aaa cca cat aaa aag ggt ata aac ccg aac tat ctc 1008
Pro Ser Ile Val Lys Pro His Lys Lys Gly Ile Asn Pro Asn Tyr Leu
320 325 330 335
caa act tgg aag caa gta tta gaa gaa ata caa gac ctt gag aac gaa 1056
Gln Thr Trp Lys Gln Val Leu Glu Glu Ile Gln Asp Leu Glu Asn Glu
340 345 350
gaa agg acc ccc aag acc aag aat atg aaa aaa aca agc caa ttg aaa 1104
Glu Arg Thr Pro Lys Thr Lys Asn Met Lys Lys Thr Ser Gln Leu Lys
355 360 365
tgg gca cta ggt gaa aat atg gca cca gag aaa gtg gat ttt gag gat 1152
Trp Ala Leu Gly Glu Asn Met Ala Pro Glu Lys Val Asp Phe Glu Asp
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tgt aaa gac atc aat gat tta aaa caa tat gac agt gat gag cca gaa 1200
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385 390 395
gca agg tct ctt gca agt tgg att caa agt gag ttc aac aag gct tgt 1248
Ala Arg Ser Leu Ala Ser Trp Ile Gln Ser Glu Phe Asn Lys Ala Cys
400 405 410 415
gag ctg aca gat tca agc tgg ata gag ctc gat gaa att ggg gag gat 1296
Glu Leu Thr Asp Ser Ser Trp Ile Glu Leu Asp Glu Ile Gly Glu Asp
420 425 430
gtc gcc cca ata gaa tac att gcg agc atg agg aga aat tat ttt act 1344
Val Ala Pro Ile Glu Tyr Ile Ala Ser Met Arg Arg Asn Tyr Phe Thr
435 440 445
gct gag att tcc cat tgt aga gca aca gaa tat ata atg aaa gga gta 1392
Ala Glu Ile Ser His Cys Arg Ala Thr Glu Tyr Ile Met Lys Gly Val
450 455 460
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480 485 490 495
agg aaa aca aat tta tat gga ttc ata ata aag gga agg tcc cat tta 1536
Arg Lys Thr Asn Leu Tyr Gly Phe Ile Ile Lys Gly Arg Ser His Leu
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aga aat gat act gac gtg gtg aac ttt gta agt atg gaa ttt tct ctc 1584
Arg Asn Asp Thr Asp Val Val Asn Phe Val Ser Met Glu Phe Ser Leu
515 520 525
act gat cca aga ttt gag cca cac aaa tgg gaa aaa tac tgc gtt cta 1632
Thr Asp Pro Arg Phe Glu Pro His Lys Trp Glu Lys Tyr Cys Val Leu
530 535 540
gaa att gga gac atg ctt cta aga act gct gta ggt caa gtg tca aga 1680
Glu Ile Gly Asp Met Leu Leu Arg Thr Ala Val Gly Gln Val Ser Arg
545 550 555
ccc ata ttt ttg tat gta agg aca aat gga acc tct aaa att aaa atg 1728
Pro Ile Phe Leu Tyr Val Arg Thr Asn Gly Thr Ser Lys Ile Lys Met
560 565 570 575
aaa tgg gga atg gaa atg aga cgc tgc ctc ctt cag tct ctg caa cag 1776
Lys Trp Gly Met Glu Met Arg Arg Cys Leu Leu Gln Ser Leu Gln Gln
580 585 590
att gaa agc atg atc gaa gct gag tcc tca gtc aaa gaa aag gac atg 1824
Ile Glu Ser Met Ile Glu Ala Glu Ser Ser Val Lys Glu Lys Asp Met
595 600 605
acc aaa gaa ttt ttt gag aac aaa tca gag aca tgg cct ata gga gag 1872
Thr Lys Glu Phe Phe Glu Asn Lys Ser Glu Thr Trp Pro Ile Gly Glu
610 615 620
tcc ccc aaa gga gtg gaa gag ggc tca atc ggg aag gtt tgc agg acc 1920
Ser Pro Lys Gly Val Glu Glu Gly Ser Ile Gly Lys Val Cys Arg Thr
625 630 635
tta tta gca aaa tct gtg ttt aac agt tta tat gca tct cca caa ctg 1968
Leu Leu Ala Lys Ser Val Phe Asn Ser Leu Tyr Ala Ser Pro Gln Leu
640 645 650 655
gaa gga ttt tca gct gaa tct agg aaa tta ctt ctc att gtt cag gct 2016
Glu Gly Phe Ser Ala Glu Ser Arg Lys Leu Leu Leu Ile Val Gln Ala
660 665 670
ctt aga gat gac ctg gaa cct gga acc ttt gat att ggg ggg tta tat 2064
Leu Arg Asp Asp Leu Glu Pro Gly Thr Phe Asp Ile Gly Gly Leu Tyr
675 680 685
gaa tca att gag gag tgc ctg att aat gat ccc tgg gtt ttg ctt aat 2112
Glu Ser Ile Glu Glu Cys Leu Ile Asn Asp Pro Trp Val Leu Leu Asn
690 695 700
gca tct tgg ttc aac tcc ttc ctc aca cat gca ctg aag tagttgtggc 2161
Ala Ser Trp Phe Asn Ser Phe Leu Thr His Ala Leu Lys
705 710 715
aatgctacta tttgttatcc atactgtcca 2191
<210>12
<211>716
<212>PRT
<213>流感病毒
<400>12
Met Glu Asp Phe Val Arg Gln Cys Phe Asn Pro Met Ile Val Glu Leu
1 5 10 15
Ala Glu Lys Ala Met Lys Glu Tyr Gly Glu Asn Pro Lys Ile Glu Thr
20 25 30
Asn Lys Phe Ala Ala Ile Cys Thr His Leu Glu Val Cys Phe Met Tyr
35 40 45
Ser Asp Phe His Phe Ile Asn Glu Leu Gly Glu Ser Val Val Ile Glu
50 55 60
Ser Gly Asp Pro Asn Ala Leu Leu Lys His Arg Phe Glu Ile Ile Glu
65 70 75 80
Gly Arg Asp Arg Thr Met Ala Trp Thr Val Val Asn Ser Ile Cys Asn
85 90 95
Thr Thr Arg Ala Glu Lys Pro Lys Phe Leu Pro Asp Leu Tyr Asp Tyr
100 105 110
Lys Glu Asn Arg Phe Val Glu Ile Gly Val Thr Arg Arg Glu Val His
115 120 125
Ile Tyr Tyr Leu Glu Lys Ala Asn Lys Ile Lys Ser Glu Lys Thr His
130 135 140
Ile His Ile Phe Ser Phe Thr Gly Glu Glu Met Ala Thr Lys Ala Asp
145 150 155 160
Tyr Thr Leu Asp Glu Glu Ser Arg Ala Arg Ile Lys Thr Arg Leu Phe
165 170 175
Thr Ile Arg Gln Glu Met Ala Ser Arg Gly Leu Trp Asp Ser Phe Arg
180 185 190
Gln Ser Glu Arg Gly Glu Glu Thr Ile Glu Glu Arg Phe Glu Ile Thr
195 200 205
Gly Thr Met Arg Lys Leu Ala Asn Tyr Ser Leu Pro Pro Asn Phe Ser
210 215 220
Ser Leu Glu Asn Phe Arg Val Tyr Ile Asp Gly Phe Glu Pro Asn Gly
225 230 235 240
Cys Ile Glu Ser Lys Leu Ser Gln Met Ser Lys Glu Val Asn Ala Lys
245 250 255
Ile Glu Pro Phe Ser Lys Thr Thr Pro Arg Pro Leu Lys Met Pro Gly
260 265 270
Gly Pro Pro Cys His Gln Arg Ser Lys Phe Leu Leu Met Asp Ala Leu
275 280 285
Lys Leu Ser Ile Glu Asp Pro Ser His Glu Gly Glu Gly Ile Pro Leu
290 295 300
Tyr Asp Ala Ile Lys Cys Met Lys Thr Phe Phe Gly Trp Lys Glu Pro
305 310 315 320
Ser Ile Val Lys Pro His Lys Lys Gly Ile Asn Pro Asn Tyr Leu Gln
325 330 335
Thr Trp Lys Gln Val Leu Glu Glu Ile Gln Asp Leu Glu Asn Glu Glu
340 345 350
Arg Thr Pro Lys Thr Lys Asn Met Lys Lys Thr Ser Gln Leu Lys Trp
355 360 365
Ala Leu Gly Glu Asn Met Ala Pro Glu Lys Val Asp Phe Glu Asp Cys
370 375 380
Lys Asp Ile Asn Asp Leu Lys Gln Tyr Asp Ser Asp Glu Pro Glu Ala
385 390 395 400
Arg Ser Leu Ala Ser Trp Ile Gln Ser Glu Phe Asn Lys Ala Cys Glu
405 410 415
Leu Thr Asp Ser Ser Trp Ile Glu Leu Asp Glu Ile Gly Glu Asp Val
420 425 430
Ala Pro Ile Glu Tyr Ile Ala Ser Met Arg Arg Asn Tyr Phe Thr Ala
435 440 445
Glu Ile Ser His Cys Arg Ala Thr Glu Tyr Ile Met Lys Gly Val Tyr
450 455 460
Ile Asn Thr Ala Leu Leu Asn Ala Ser Cys Ala Ala Met Asp Glu Phe
465 470 475 480
Gln Leu Ile Pro Met Ile Ser Lys Cys Arg Thr Lys Glu Gly Arg Arg
485 490 495
Lys Thr Asn Leu Tyr Gly Phe Ile Ile Lys Gly Arg Ser His Leu Arg
500 505 510
Asn Asp Thr Asp Val Val Asn Phe Val Ser Met Glu Phe Ser Leu Thr
515 520 525
Asp Pro Arg Phe Glu Pro His Lys Trp Glu Lys Tyr Cys Val Leu Glu
530 535 540
Ile Gly Asp Met Leu Leu Arg Thr Ala Val Gly Gln Val Ser Arg Pro
545 550 555 560
Ile Phe Leu Tyr Val Arg Thr Asn Gly Thr Ser Lys Ile Lys Met Lys
565 570 575
Trp Gly Met Glu Met Arg Arg Cys Leu Leu Gln Ser Leu Gln Gln Ile
580 585 590
Glu Ser Met Ile Glu Ala Glu Ser Ser Val Lys Glu Lys Asp Met Thr
595 600 605
Lys Glu Phe Phe Glu Asn Lys Ser Glu Thr Trp Pro Ile Gly Glu Ser
610 615 620
Pro Lys Gly Val Glu Glu Gly Ser Ile Gly Lys Val Cys Arg Thr Leu
625 630 635 640
Leu Ala Lys Ser Val Phe Asn Ser Leu Tyr Ala Ser Pro Gln Leu Glu
645 650 655
Gly Phe Ser Ala Glu Ser Arg Lys Leu Leu Leu Ile Val Gln Ala Leu
660 665 670
Arg Asp Asp Leu Glu Pro Gly Thr Phe Asp Ile Gly Gly Leu Tyr Glu
675 680 685
Ser Ile Glu Glu Cys Leu Ile Asn Asp Pro Trp Val Leu Leu Asn Ala
690 695 700
Ser Trp Phe Asn Ser Phe Leu Thr His Ala Leu Lys
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<212>DNA
<213>流感病毒
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<220>
<221>misc_feature
<222>(547)..(547)
<223>Xaa表示Ala或Val
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gaaagcaggc aaaccatttg a atg gat gtc aat ccg act cta ctt ttc tta 51
Met Asp Val Asn Pro Thr Leu Leu Phe Leu
1 5 10
aag gtg cca gcg caa aat gct ata agc aca aca ttc cct tat act gga 99
Lys Val Pro Ala Gln Asn Ala Ile Ser Thr Thr Phe Pro Tyr Thr Gly
15 20 25
gat cct ccc tac agt cat gga aca ggg aca gga tac acc atg gat act 147
Asp Pro Pro Tyr Ser His Gly Thr Gly Thr Gly Tyr Thr Met Asp Thr
30 35 40
gtc aac aga aca cac caa tat tca gaa aaa ggg aaa tgg aca aca aac 195
Val Asn Arg Thr His Gln Tyr Ser Glu Lys Gly Lys Trp Thr Thr Asn
45 50 55
act gag att gga gca cca caa ctt aat cca atc gat gga cca ctt cct 243
Thr Glu Ile Gly Ala Pro Gln Leu Asn Pro Ile Asp Gly Pro Leu Pro
60 65 70
gaa gac aat gaa cca agt ggg tac gcc caa aca gat tgt gta ttg gaa 291
Glu Asp Asn Glu Pro Ser Gly Tyr Ala Gln Thr Asp Cys Val Leu Glu
75 80 85 90
gca atg gct ttc ctt gaa gaa tcc cat ccc gga atc ttt gaa aat tcg 339
Ala Met Ala Phe Leu Glu Glu Ser His Pro Gly Ile Phe Glu Asn Ser
95 100 105
tgt ctt gaa acg atg gag gtg att cag cag aca aga gtg gac aaa cta 387
Cys Leu Glu Thr Met Glu Val Ile Gln Gln Thr Arg Val Asp Lys Leu
110 115 120
aca caa ggc cga caa act tat gat tgg acc ttg aat agg aat caa cct 435
Thr Gln Gly Arg Gln Thr Tyr Asp Trp Thr Leu Asn Arg Asn Gln Pro
125 130 135
gcc gca aca gca ctt gct aat acg att gaa gta ttc aga tca aat ggt 483
Ala Ala Thr Ala Leu Ala Asn Thr Ile Glu Val Phe Arg Ser Asn Gly
140 145 150
ctg act tcc aat gaa tcg ggg aga ttg atg gac ttc ctc aaa gat gtc 531
Leu Thr Ser Asn Glu Ser Gly Arg Leu Met Asp Phe Leu Lys Asp Val
155 160 165 170
atg gag tcc atg aac aag gag gaa atg gaa ata aca aca cac ttc caa 579
Met Glu Ser Met Asn Lys Glu Glu Met Glu Ile Thr Thr His Phe Gln
175 180 185
cgg aag aga aga gta aga gac aac atg aca aag aga atg ata aca cag 627
Arg Lys Arg Arg Val Arg Asp Asn Met Thr Lys Arg Met Ile Thr Gln
190 195 200
aga acc ata ggg aag aaa aaa caa cga tta agc aga aag agc tat cta 675
Arg Thr Ile Gly Lys Lys Lys Gln Arg Leu Ser Arg Lys Ser Tyr Leu
205 210 215
atc aga aca tta acc cta aac aca atg acc aag gac gct gaa aga ggg 723
Ile Arg Thr Leu Thr Leu Asn Thr Met Thr Lys Asp Ala Glu Arg Gly
220 225 230
aaa ttg aaa cga cga gca atc gct acc cca ggg atg cag ata aga gga 771
Lys Leu Lys Arg Arg Ala Ile Ala Thr Pro Gly Met Gln Ile Arg Gly
235 240 245 250
ttt gta tat ttt gtt gaa aca cta gct cga aga ata tgt gaa aag ctt 819
Phe Val Tyr Phe Val Glu Thr Leu Ala Arg Arg Ile Cys Glu Lys Leu
255 260 265
gaa caa tca gga ttg cca gtt ggc ggt aat gag aaa aag gcc aaa ctg 867
Glu Gln Ser Gly Leu Pro Val Gly Gly Asn Glu Lys Lys Ala Lys Leu
270 275 280
gct aat gtc gtc aga aaa atg atg act aat tcc caa gac act gaa ctc 915
Ala Asn Val Val Arg Lys Met Met Thr Asn Ser Gln Asp Thr Glu Leu
285 290 295
tcc ttc acc atc act ggg gac aat acc aaa tgg aat gaa aat cag aac 963
Ser Phe Thr Ile Thr Gly Asp Asn Thr Lys Trp Asn Glu Asn Gln Asn
300 305 310
cca cgc ata ttc ctg gca atg atc aca tac ata act aga aat cag cca 1011
Pro Arg Ile Phe Leu Ala Met Ile Thr Tyr Ile Thr Arg Asn Gln Pro
315 320 325 330
gaa tgg ttc aga aat gtt cta agc att gca ccg att atg ttc tca aat 1059
Glu Trp Phe Arg Asn Val Leu Ser Ile Ala Pro Ile Met Phe Ser Asn
335 340 345
aaa atg gca aga ctg ggg aaa gga tat atg ttt gaa agc aaa agt atg 1107
Lys Met Ala Arg Leu Gly Lys Gly Tyr Met Phe Glu Ser Lys Ser Met
350 355 360
aaa ttg aga act caa ata cca gca gaa atg cta gca agc att gac cta 1155
Lys Leu Arg Thr Gln Ile Pro Ala Glu Met Leu Ala Ser Ile Asp Leu
365 370 375
aaa tat ttc aat gat tca aca aaa aag aaa att gaa aag ata cga cca 1203
Lys Tyr Phe Asn Asp Ser Thr Lys Lys Lys Ile Glu Lys Ile Arg Pro
380 385 390
ctc ctg gtt gac ggg act gct tca ctg agt cct ggc atg atg atg gga 1251
Leu Leu Val Asp Gly Thr Ala Ser Leu Ser Pro Gly Met Met Met Gly
395 400 405 410
atg ttc aac atg ttg agc act gtg ctg ggt gta tcc ata tta aac ctg 1299
Met Phe Asn Met Leu Ser Thr Val Leu Gly Val Ser Ile Leu Asn Leu
415 420 425
ggc cag agg aaa tat aca aag acc aca tac tgg tgg gat ggt ctg caa 1347
Gly Gln Arg Lys Tyr Thr Lys Thr Thr Tyr Trp Trp Asp Gly Leu Gln
430 435 440
tca tcc gat gac ttt gct ttg ata gtg aat gcg cct aat cat gaa gga 1395
Ser Ser Asp Asp Phe Ala Leu Ile Val Asn Ala Pro Asn His Glu Gly
445 450 455
ata caa gct gga gta gac aga ttc tat aga act tgc aaa ctg gtc ggg 1443
Ile Gln Ala Gly Val Asp Arg Phe Tyr Arg Thr Cys Lys Leu Val Gly
460 465 470
atc aac atg agc aaa aag aag tcc tac ata aat aga act gga aca ttc 1491
Ile Asn Met Ser Lys Lys Lys Ser Tyr Ile Asn Arg Thr Gly Thr Phe
475 480 485 490
gaa ttc aca agc ttt ttc tac cgg tat ggt ttt gta gcc aat ttc agc 1539
Glu Phe Thr Ser Phe Phe Tyr Arg Tyr Gly Phe Val Ala Asn Phe Ser
495 500 505
atg gaa cta ccc agt ttt ggg gtt tcc gga ata aat gaa tct gca gac 1587
Met Glu Leu Pro Ser Phe Gly Val Ser Gly Ile Asn Glu Ser Ala Asp
510 515 520
atg agc att gga gtg aca gtc atc aaa aac aac atg ata aat aat gat 1635
Met Ser Ile Gly Val Thr Val Ile Lys Asn Asn Met Ile Asn Asn Asp
525 530 535
ctc ggt cct gcc acg gca caa atg gya ctc caa ctc ttc att aag gat 1683
Leu Gly Pro Ala Thr Ala Gln Met Xaa Leu Gln Leu Phe Ile Lys Asp
540 545 550
tat cgg tac aca tac cgg tgc cat aga ggt gat acc cag ata caa acc 1731
Tyr Arg Tyr Thr Tyr Arg Cys His Arg Gly Asp Thr Gln Ile Gln Thr
555 560 565 570
aga aga tct ttt gag ttg aag aaa ctg tgg gaa cag act cga tca aag 1779
Arg Arg Ser Phe Glu Leu Lys Lys Leu Trp Glu Gln Thr Arg Ser Lys
575 580 585
act ggt cta ctg gta tca gat ggg ggt cca aac cta tat aac atc aga 1827
Thr Gly Leu Leu Val Ser Asp Gly Gly Pro Asn Leu Tyr Asn Ile Arg
590 595 600
aac cta cac atc ccg gaa gtc tgt tta aaa tgg gag cta atg gat gaa 1875
Asn Leu His Ile Pro Glu Val Cys Leu Lys Trp Glu Leu Met Asp Glu
605 610 615
gat tat aag ggg agg cta tgc aat cca ttg aat cct ttc gtt agt cac 1923
Asp Tyr Lys Gly Arg Leu Cys Asn Pro Leu Asn Pro Phe Val Ser His
620 625 630
aaa gaa att gaa tca gtc aac agt gca gta gta atg cct gcg cat ggc 1971
Lys Glu Ile Glu Ser Val Asn Ser Ala Val Val Met Pro Ala His Gly
635 640 645 650
cct gcc aaa agc atg gag tat gat gct gtt gca aca aca cat tct tgg 2019
Pro Ala Lys Ser Met Glu Tyr Asp Ala Val Ala Thr Thr His Ser Trp
655 660 665
atc ccc aag agg aac cgg tcc ata ttg aac aca agc caa agg gga ata 2067
Ile Pro Lys Arg Asn Arg Ser Ile Leu Asn Thr Ser Gln Arg Gly Ile
670 675 680
cta gaa gat gag cag atg tat cag aaa tgc tgc aac ctg ttt gaa aaa 2115
Leu Glu Asp Glu Gln Met Tyr Gln Lys Cys Cys Asn Leu Phe Glu Lys
685 690 695
ttc ttc ccc agc agc tca tac aga aga cca gtc gga att tct agt atg 2163
Phe Phe Pro Ser Ser Ser Tyr Arg Arg Pro Val Gly Ile Ser Ser Met
700 705 710
gtt gag gcc atg gta tcc agg gcc cgc att gat gca cga att gac ttc 2211
Val Glu Ala Met Val Ser Arg Ala Arg Ile Asp Ala Arg Ile Asp Phe
715 720 725 730
gaa tct gga cgg ata aag aag gat gag ttc gct gag atc atg aag atc 2259
Glu Ser Gly Arg Ile Lys Lys Asp Glu Phe Ala Glu Ile Met Lys Ile
735 740 745
tgt tcc acc att gaa gag ctc aga cgg caa aaa tagtgaa 2299
Cys Ser Thr Ile Glu Glu Leu Arg Arg Gln Lys
750 755
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<212>PRT
<213>流感病毒
<220>
<221>misc_feature
<222>(547)..(547)
<223>547位的’Xaa’表示Ala，或Val.
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Met Asp Val Asn Pro Thr Leu Leu Phe Leu Lys Val Pro Ala Gln Asn
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Ala Ile Ser Thr Thr Phe Pro Tyr Thr Gly Asp Pro Pro Tyr Ser His
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Gly Thr Gly Thr Gly Tyr Thr Met Asp Thr Val Asn Arg Thr His Gln
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Tyr Ser Glu Lys Gly Lys Trp Thr Thr Asn Thr Glu Ile Gly Ala Pro
50 55 60
Gln Leu Asn Pro Ile Asp Gly Pro Leu Pro Glu Asp Asn Glu Pro Ser
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Gly Tyr Ala Gln Thr Asp Cys Val Leu Glu Ala Met Ala Phe Leu Glu
85 90 95
Glu Ser His Pro Gly Ile Phe Glu Asn Ser Cys Leu Glu Thr Met Glu
100 105 110
Val Ile Gln Gln Thr Arg Val Asp Lys Leu Thr Gln Gly Arg Gln Thr
115 120 125
Tyr Asp Trp Thr Leu Asn Arg Asn Gln Pro Ala Ala Thr Ala Leu Ala
130 135 140
Asn Thr Ile Glu Val Phe Arg Ser Asn Gly Leu Thr Ser Asn Glu Ser
145 150 155 160
Gly Arg Leu Met Asp Phe Leu Lys Asp Val Met Glu Ser Met Asn Lys
165 170 175
Glu Glu Met Glu Ile Thr Thr His Phe Gln Arg Lys Arg Arg Val Arg
180 185 190
Asp Asn Met Thr Lys Arg Met Ile Thr Gln Arg Thr Ile Gly Lys Lys
195 200 205
Lys Gln Arg Leu Ser Arg Lys Ser Tyr Leu Ile Arg Thr Leu Thr Leu
210 215 220
Asn Thr Met Thr Lys Asp Ala Glu Arg Gly Lys Leu Lys Arg Arg Ala
225 230 235 240
Ile Ala Thr Pro Gly Met Gln Ile Arg Gly Phe Val Tyr Phe Val Glu
245 250 255
Thr Leu Ala Arg Arg Ile Cys Glu Lys Leu Glu Gln Ser Gly Leu Pro
260 265 270
Val Gly Gly Asn Glu Lys Lys Ala Lys Leu Ala Asn Val Val Arg Lys
275 280 285
Met Met Thr Asn Ser Gln Asp Thr Glu Leu Ser Phe Thr Ile Thr Gly
290 295 300
Asp Asn Thr Lys Trp Asn Glu Asn Gln Asn Pro Arg Ile Phe Leu Ala
305 310 315 320
Met Ile Thr Tyr Ile Thr Arg Asn Gln Pro Glu Trp Phe Arg Asn Val
325 330 335
Leu Ser Ile Ala Pro Ile Met Phe Ser Asn Lys Met Ala Arg Leu Gly
340 345 350
Lys Gly Tyr Met Phe Glu Ser Lys Ser Met Lys Leu Arg Thr Gln Ile
355 360 365
Pro Ala Glu Met Leu Ala Ser Ile Asp Leu Lys Tyr Phe Asn Asp Ser
370 375 380
Thr Lys Lys Lys Ile Glu Lys Ile Arg Pro Leu Leu Val Asp Gly Thr
385 390 395 400
Ala Ser Leu Ser Pro Gly Met Met Met Gly Met Phe Asn Met Leu Ser
405 410 415
Thr Val Leu Gly Val Ser Ile Leu Asn Leu Gly Gln Arg Lys Tyr Thr
420 425 430
Lys Thr Thr Tyr Trp Trp Asp Gly Leu Gln Ser Ser Asp Asp Phe Ala
435 440 445
Leu Ile Val Asn Ala Pro Asn His Glu Gly Ile Gln Ala Gly Val Asp
450 455 460
Arg Phe Tyr Arg Thr Cys Lys Leu Val Gly Ile Asn Met Ser Lys Lys
465 470 475 480
Lys Ser Tyr Ile Asn Arg Thr Gly Thr Phe Glu Phe Thr Ser Phe Phe
485 490 495
Tyr Arg Tyr Gly Phe Val Ala Asn Phe Ser Met Glu Leu Pro Ser Phe
500 505 510
Gly Val Ser Gly Ile Asn Glu Ser Ala Asp Met Ser Ile Gly Val Thr
515 520 525
Val Ile Lys Asn Asn Met Ile Asn Asn Asp Leu Gly Pro Ala Thr Ala
530 535 540
Gln Met Xaa Leu Gln Leu Phe Ile Lys Asp Tyr Arg Tyr Thr Tyr Arg
545 550 555 560
Cys His Arg Gly Asp Thr Gln Ile Gln Thr Arg Arg Ser Phe Glu Leu
565 570 575
Lys Lys Leu Trp Glu Gln Thr Arg Ser Lys Thr Gly Leu Leu Val Ser
580 585 590
Asp Gly Gly Pro Asn Leu Tyr Asn Ile Arg Asn Leu His Ile Pro Glu
595 600 605
Val Cys Leu Lys Trp Glu Leu Met Asp Glu Asp Tyr Lys Gly Arg Leu
610 615 620
Cys Asn Pro Leu Asn Pro Phe Val Ser His Lys Glu Ile Glu Ser Val
625 630 635 640
Asn Ser Ala Val Val Met Pro Ala His Gly Pro Ala Lys Ser Met Glu
645 650 655
Tyr Asp Ala Val Ala Thr Thr His Ser Trp Ile Pro Lys Arg Asn Arg
660 665 670
Ser Ile Leu Asn Thr Ser Gln Arg Gly Ile Leu Glu Asp Glu Gln Met
675 680 685
Tyr Gln Lys Cys Cys Asn Leu Phe Glu Lys Phe Phe Pro Ser Ser Ser
690 695 700
Tyr Arg Arg Pro Val Gly Ile Ser Ser Met Val Glu Ala Met Val Ser
705 710 715 720
Arg Ala Arg Ile Asp Ala Arg Ile Asp Phe Glu Ser Gly Arg Ile Lys
725 730 735
Lys Asp Glu Phe Ala Glu Ile Met Lys Ile Cys Ser Thr Ile Glu Glu
740 745 750
Leu Arg Arg Gln Lys
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tattggtctc agggagcgaa agcaggtcaa atatattcaa t atg gag aga ata aaa 56
Met Glu Arg Ile Lys
1 5
gaa ctg aga gat ctg atg tta caa tcc cgc acc cgc gag ata cta aca 104
Glu Leu Arg Asp Leu Met Leu Gln Ser Arg Thr Arg Glu Ile Leu Thr
10 15 20
aaa act act gtg gac cac atg gcc ata atc aag aaa tac aca rca gga 152
Lys Thr Thr Val Asp His Met Ala Ile Ile Lys Lys Tyr Thr Ser Gly
25 30 35
aga caa gag aag aac cct gca ctt agg atg aaa tgg atg atg gca atg 200
Arg Gln Glu Lys Asn Pro Ala Leu Arg Met Lys Trp Met Met Ala Met
40 45 50
aaa tac cca att aca gca gat aag agg ata atg gag atg att cct gag 248
Lys Tyr Pro Ile Thr Ala Asp Lys Arg Ile Met Glu Met Ile Pro Glu
55 60 65
aga aat gaa cag gga caa acc ctt tgg agc aaa acg aac gat gct ggc 296
Arg Asn Glu Gln Gly Gln Thr Leu Trp Ser Lys Thr Asn Asp Ala Gly
70 75 80 85
tca gac cgc gta atg gta tca cct ctg gca gtg aca tgg tgg aat agg 344
Ser Asp Arg Val Met Val Ser Pro Leu Ala Val Thr Trp Trp Asn Arg
90 95 100
aat gga cca aca acg aac aca att cat tat ccg aaa gtc tac aaa act 392
Asn Gly Pro Thr Thr Asn Thr Ile His Tyr Pro Lys Val Tyr Lys Thr
105 110 115
tat ttt gaa aag gtt gaa aga ttg aaa cac gga acc ttt ggc ccc gtt 440
Tyr Phe Glu Lys Val Glu Arg Leu Lys His Gly Thr Phe Gly Pro Val
120 125 130
cat ttt agg aat caa gtc aag ata aga cga aga gtt gat gta aac cct 488
His Phe Arg Asn Gln Val Lys Ile Arg Arg Arg Val Asp Val Asn Pro
135 140 145
ggt cac gcg gac ctc agt gct aaa gaa gca caa gat gtg atc atg gaa 536
Gly His Ala Asp Leu Ser Ala Lys Glu Ala Gln Asp Val Ile Met Glu
150 155 160 165
gtt gtt ttc cca aat gaa gtg gga gcc aga att cta aca tca gaa tca 584
Val Val Phe Pro Asn Glu Val Gly Ala Arg Ile Leu Thr Ser Glu Ser
170 175 180
caa cta aca ata acc aaa gag aaa aag gaa gaa ctt cag gac tgc aaa 632
Gln Leu Thr Ile Thr Lys Glu Lys Lys Glu Glu Leu Gln Asp Cys Lys
185 190 195
att gct ccc ttg atg gta gca tac atg cta gaa aga gag ttg gtc cga 680
Ile Ala Pro Leu Met Val Ala Tyr Met Leu Glu Arg Glu Leu Val Arg
200 205 210
aaa aca agg ttc ctc cca gta gta ggc gga aca agc agt gta tac att 728
Lys Thr Arg Phe Leu Pro Val Val Gly Gly Thr Ser Ser Val Tyr Ile
215 220 225
gaa gtg ttg cat ctg act cag gga aca tgc tgg gag caa atg tac acc 776
Glu Val Leu His Leu Thr Gln Gly Thr Cys Trp Glu Gln Met Tyr Thr
230 235 240 245
cca gga gga gaa gtt aga aac gat gat att gat caa agt tta att att 824
Pro Gly Gly Glu Val Arg Asn Asp Asp Ile Asp Gln Ser Leu Ile Ile
250 255 260
gca gcc cgg aac ata gtg aga aga gca aca gta tca gca gat cca cta 872
Ala Ala Arg Asn Ile Val Arg Arg Ala Thr Val Ser Ala Asp Pro Leu
265 270 275
gca tcc cta ctg gaa atg tgc cac agt aca cag att ggt gga aca agg 920
Ala Ser Leu Leu Glu Met Cys His Ser Thr Gln Ile Gly Gly Thr Arg
280 285 290
atg gta gac atc ctt aag cag aac cca aca gag gaa caa gct gtg gat 968
Met Val Asp Ile Leu Lys Gln Asn Pro Thr Glu Glu Gln Ala Val Asp
295 300 305
ata tgc aaa gca gca atg gga ttg aga att agc tca tca ttc agc ttt 1016
Ile Cys Lys Ala Ala Met Gly Leu Arg Ile Ser Ser Ser Phe Ser Phe
310 315 320 325
ggt gga ttc acc ttc aaa agg aca agt gga tca tca gtc aag aga gaa 1064
Gly Gly Phe Thr Phe Lys Arg Thr Ser Gly Ser Ser Val Lys Arg Glu
330 335 340
gaa gaa atg ctt acg ggc aac ctt caa aca ttg aaa ata aga gtg cat 1112
Glu Glu Met Leu Thr Gly Asn Leu Gln Thr Leu Lys Ile Arg Val His
345 350 355
gag ggc tat gaa gaa ttc aca atg gtc gga aga aga gca aca gcc att 1160
Glu Gly Tyr Glu Glu Phe Thr Met Val Gly Arg Arg Ala Thr Ala Ile
360 365 370
atc aga aag gca acc aga aga ttg att caa ttg ata gta agt ggg aga 1208
Ile Arg Lys Ala Thr Arg Arg Leu Ile Gln Leu Ile Val Ser Gly Arg
375 380 385
gat gaa caa tca att gct gaa gca ata att gta gcc atg gtg ttt tcg 1256
Asp Glu Gln Ser Ile Ala Glu Ala Ile Ile Val Ala Met Val Phe Ser
390 395 400 405
caa gaa gat tgc atg ata aaa gca gtt cga ggc gat ttg aac ttt gtt 1304
Gln Glu Asp Cys Met Ile Lys Ala Val Arg Gly Asp Leu Asn Phe Val
410 415 420
aat aga gca aat cag cgt ttg aac ccc atg cat caa ctc ttg agg cat 1352
Asn Arg Ala Asn Gln Arg Leu Asn Pro Met His Gln Leu Leu Arg His
425 430 435
ttc caa aaa gat gca aaa gtg ctt ttc caa aat tgg gga att gaa ccc 1400
Phe Gln Lys Asp Ala Lys Val Leu Phe Gln Asn Trp Gly Ile Glu Pro
440 445 450
atc gac aat gta atg ggg atg att gga ata ttg cct gac atg acc cca 1448
Ile Asp Asn Val Met Gly Met Ile Gly Ile Leu Pro Asp Met Thr Pro
455 460 465
agc acc gag atg tca ttg aga gga gtg aga gtc agc aaa atg gga gtg 1496
Ser Thr Glu Met Ser Leu Arg Gly Val Arg Val Ser Lys Met Gly Val
470 475 480 485
gat gag tac tcc agc act gag aga gtg gtg gtg agc att gac cgt ttt 1544
Asp Glu Tyr Ser Ser Thr Glu Arg Val Val Val Ser Ile Asp Arg Phe
490 495 500
tta aga gtt cgg gat caa agg gga aac ata cta ctg tcc cct gaa gaa 1592
Leu Arg Val Arg Asp Gln Arg Gly Asn Ile Leu Leu Ser Pro Glu Glu
505 510 515
gtc agt gaa aca caa gga acg gaa aag ctg aca ata att tat tcg tca 1640
Val Ser Glu Thr Gln Gly Thr Glu Lys Leu Thr Ile Ile Tyr Ser Ser
520 525 530
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Ser Met Met Trp Glu Ile Asn Gly Pro Glu Ser Val Leu Val Asn Thr
535 540 545
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Tyr Gln Trp Ile Ile Arg Asn Trp Glu Ile Val Lys Ile Gln Trp Ser
550 555 560 565
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Gln Asp Pro Thr Met Leu Tyr Asn Lys Ile Glu Phe Glu Pro Phe Gln
570 575 580
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Ser Leu Val Pro Arg Ala Thr Arg Ser Gln Tyr Ser Gly Phe Val Arg
585 590 595
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Thr Leu Phe Gln Gln Met Arg Asp Val Leu Gly Thr Phe Asp Thr Ala
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Gln Ile Ile Lys Leu Leu Pro Phe Ala Ala Ala Pro Pro Glu Gln Ser
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Arg Met Gln Phe Ser Ser Leu Thr Val Asn Val Arg Gly Ser Gly Met
630 635 640 645
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Arg Ile Leu Val Arg Gly Asn Ser Pro Val Phe Asn Tyr Asn Lys Val
650 655 660
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Thr Lys Arg Leu Thr Val Leu Gly Lys Asp Ala Gly Ala Leu Thr Glu
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Asp Pro Asp Glu Gly Thr Ala Gly Val Glu Ser Ala Val Leu Arg Gly
680 685 690
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Phe Leu Ile Leu Gly Lys Glu Asn Lys Arg Tyr Gly Pro Ala Leu Ser
695 700 705
atc aat gaa ctt agc aaa ctt gca aaa ggg gag aaa gcc aat gta cta 2216
Ile Asn Glu Leu Ser Lys Leu Ala Lys Gly Glu Lys Ala Asn Val Leu
710 715 720 725
att ggg caa ggg gac gta gtg ttg gta atg aaa cgg aaa cgt gac tct 2264
Ile Gly Gln Gly Asp Val Val Leu Val Met Lys Arg Lys Arg Asp Ser
730 735 740
agc ata ctt act gac agc cag aca gcg acc aaa agg att cgg atg gcc 2312
Ser Ile Leu Thr Asp Ser Gln Thr Ala Thr Lys Arg Ile Arg Met Ala
745 750 755
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Ile Asn
<210>16
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<212>PRT
<213>流感病毒
<400>16
Met Glu Arg Ile Lys Glu Leu Arg Asp Leu Met Leu Gln Ser Arg Thr
1 5 10 15
Arg Glu Ile Leu Thr Lys Thr Thr Val Asp His Met Ala Ile Ile Lys
20 25 30
Lys Tyr Thr Ser Gly Arg Gln Glu Lys Asn Pro Ala Leu Arg Met Lys
35 40 45
Trp Met Met Ala Met Lys Tyr Pro Ile Thr Ala Asp Lys Arg Ile Met
50 55 60
Glu Met Ile Pro Glu Arg Asn Glu Gln Gly Gln Thr Leu Trp Ser Lys
65 70 75 80
Thr Asn Asp Ala Gly Ser Asp Arg Val Met Val Ser Pro Leu Ala Val
85 90 95
Thr Trp Trp Asn Arg Asn Gly Pro Thr Thr Asn Thr Ile His Tyr Pro
100 105 110
Lys Val Tyr Lys Thr Tyr Phe Glu Lys Val Glu Arg Leu Lys His Gly
115 120 125
Thr Phe Gly Pro Val His Phe Arg Asn Gln Val Lys Ile Arg Arg Arg
130 135 140
Val Asp Val Asn Pro Gly His Ala Asp Leu Ser Ala Lys Glu Ala Gln
145 150 155 160
Asp Val Ile Met Glu Val Val Phe Pro Asn Glu Val Gly Ala Arg Ile
165 170 175
Leu Thr Ser Glu Ser Gln Leu Thr Ile Thr Lys Glu Lys Lys Glu Glu
180 185 190
Leu Gln Asp Cys Lys Ile Ala Pro Leu Met Val Ala Tyr Met Leu Glu
195 200 205
Arg Glu Leu Val Arg Lys Thr Arg Phe Leu Pro Val Val Gly Gly Thr
210 215 220
Ser Ser Val Tyr Ile Glu Val Leu His Leu Thr Gln Gly Thr Cys Trp
225 230 235 240
Glu Gln Met Tyr Thr Pro Gly Gly Glu Val Arg Asn Asp Asp Ile Asp
245 250 255
Gln Ser Leu Ile Ile Ala Ala Arg Asn Ile Val Arg Arg Ala Thr Val
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Ser Ala Asp Pro Leu Ala Ser Leu Leu Glu Met Cys His Ser Thr Gln
275 280 285
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290 295 300
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Ser Ser Phe Ser Phe Gly Gly Phe Thr Phe Lys Arg Thr Ser Gly Ser
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Ser Val Lys Arg Glu Glu Glu Met Leu Thr Gly Asn Leu Gln Thr Leu
340 345 350
Lys Ile Arg Val His Glu Gly Tyr Glu Glu Phe Thr Met Val Gly Arg
355 360 365
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Arg Lys Arg Asp Ser Ser Ile Leu Thr Asp Ser Gln Thr Ala Thr Lys
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Arg Ile Arg Met Ala Ile Asn
755
Claims (15)
1.一种分离的H3N8亚型犬流感病毒，包含具有SEQ ID NO：4的氨基酸序列的血凝素(HA)，或具有如下氨基酸序列的血凝素(HA)，即：与SEQ ID NO：4具有大于99％的同一性，且其中第94和233位氨基酸与SEQ ID NO：4相同的氨基酸序列。
2.权利要求1的分离的犬流感病毒，其包含神经氨酸酶(NM)，该NM包含SEQ ID NO：2的氨基酸序列，或包含与SEQ ID NO：2具有大于99％同一性，且其中第68和134位氨基酸与SEQ ID NO：2相同的氨基酸序列。
3.权利要求1或2的分离的犬流感病毒，其进一步包含下列至少之一：
具有SEQ ID NO：6的氨基酸序列的核蛋白(NP)，或具有如下氨基酸序列的核蛋白(NP)，即：与SEQ ID NO：6具有大于99％同一性、且其中第402位氨基酸与SEQ ID NO：6相同的氨基酸序列；
具有SEQ ID NO：8的氨基酸序列的基质1蛋白(M1)，或具有如下氨基酸序列的基质1蛋白(M1)，即：与SEQ ID NO：8具有大于99％同一性、且其中第111位氨基酸与SEQ ID NO：8相同的氨基酸序列；
具有SEQ ID NO：10的氨基酸序列的非结构蛋白1(NS1)；
具有SEQ ID NO：12的氨基酸序列的PA蛋白，或具有如下氨基酸序列的PA蛋白，即：与SEQ ID NO：12具有大于98％同一性、且其中第233、256、327和561位氨基酸与SEQ ID NO：12相同的氨基酸序列；
具有SEQ ID NO：14的氨基酸序列的PB1，或具有如下氨基酸序列的PB1，即：与SEQ ID NO：14具有大于99％同一性、且其中第200和213位氨基酸与SEQ ID NO：14相同的氨基酸序列；和/或
具有SEQ ID NO：16的氨基酸序列的PB2，或具有如下氨基酸序列的PB2，即：与SEQ ID NO：16具有大于99％同一性、且其中第107、221、292和661位氨基酸与SEQ ID NO：16相同的氨基酸序列。
4.权利要求1的分离的犬流感病毒，其是减毒病毒。
5.一种组合物，其包含以足以诱导免疫应答的量存在的权利要求4的分离的犬流感病毒。
6.权利要求1的分离的犬流感病毒，其是灭活病毒。
7.一种组合物，其包含以足以诱导免疫应答的量存在的权利要求6的分离的犬流感病毒。
8.一种以专利保藏号PTA-7694保藏于美国典型培养物保藏中心的分离的H3N8亚型犬流感病毒。
9.一种分离或纯化的HA，其具有SEQ ID NO：4的氨基酸序列。
10.一种组合物，其包含以在动物中足以诱导免疫应答的量存在的权利要求9的分离或纯化的HA或其片段和生物学上可接受的载体。
11.权利要求10的组合物在制备用于在动物中诱导针对犬流感病毒的免疫应答的试剂中的用途。
12.一种分离或纯化的核酸，其编码权利要求9的HA或其片段，可选择地作为载体的一部分。
13.权利要求12的分离或纯化的核酸，其中编码HA的核酸具有SEQ ID NO：3的核苷酸序列或编码至少9个连续的氨基酸的其片段。
14.一种组合物，其包含表达以在动物中足以诱导免疫应答的量存在的HA或其片段的权利要求12或13的分离或纯化的核酸和生物学上可接受的载体。
15.权利要求14的组合物在制备用于在动物中诱导针对犬流感病毒的免疫应答的试剂中的用途。
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