CN101173313A - 乳腺癌转移和预后分子分型基因群及其基因芯片制备和应用方法 - Google Patents

Abstract

本发明公开了三组可以对乳腺癌进行转移和预后分子分型的基因群；公开了由这些基因群的特异性cDNA或寡核苷酸以点阵形式点样于固相支持物表面制备的乳腺癌转移和预后分子分型的基因芯片；公开了基于乳腺癌患者的原发癌组织标本的cDNA或其扩增产物荧光标记后与乳腺癌转移和预后分子分型的基因芯片杂交得到的基因表达谱对患者进行转移和预后分子分型的非监督聚类图谱；公开了利用乳腺癌转移和预后分子分型的基因芯片和基因表达谱对乳腺癌患者转移和预后分子分型的方法。

Description

乳腺癌转移和预后分子分型基因群及其基因芯片制备和应用方法

技术领域

本发明涉及功能基因组学及基因芯片制备、杂交和分析技术。具体而言是在人功能基因组表达谱范围内筛选可用于乳腺癌转移和预后分子分型的基因群，并制备成基因芯片，应用于乳腺癌患者的转移和预后预测。

背景技术

乳腺癌是女性最常见的恶性肿瘤之一，我国近年来发病率逐年上升，且呈年轻化趋势，成为妇女健康的重大威胁。尽管临床诊断和治疗措施不断改进，但乳腺癌患者的死亡率仍得不到有效控制，复发和转移是导致乳腺癌患者死亡的主要原因。提高乳腺癌患者的生存率、改善预后的关键在于早期对乳腺癌患者的转移潜能及预后进行准确评估，从而指导临床进行及时、有效的治疗。

乳腺癌是全身性疾病，肿瘤细胞的淋巴道和血道播散导致的全身转移是乳腺癌患者治疗失败和死亡的关键所在。目前临床仍然采用肿瘤大小，临床分期、组织学分级、淋巴结受累状况及激素受体表达等作为常规预后因素，并用于指导术式和放疗的局部治疗范围的选择，以及化疗和激素治疗的全身控制方案的制定。但临床资料显示20-30％淋巴结阳性患者在15-30年内不会发生远处转移，而大约30％淋巴结阴性乳腺癌患者在术后5-10年内可能发生远处转移。转移有些发生在肿瘤进展的晚期，但也可能出现在肿瘤发生的早期。对于前者的患者群，目前临床常规的预后指标可以比较准确的预测患者的预后，而国内外各种治疗方案的制定策略也是针对于这部分患者；但对于后者的患者群，由于依据临床常规的预后指标不能预测患者的高转移潜能，因此使这部分患者往往失去综合治疗的有利时机，无转移生存期和总生存期大大缩短。

组织细胞转移表型的获得是以涉及转移生物学过程的基因型改变为基础，转移生物学过程的复杂性和乳腺癌组织细胞生长的异质性，决定了这种基因型并非是单基因或少数几个基因的异常改变，因此目前已知的转移预后相关基因c-erbB-2、p53等并不能实现对临床患者的预后预测。而功能基因组学的技术方法如消减杂交、mRNA差异显示、代表性差异分析、RNA指纹技术、抑制性削减杂交和基因表达序列分析等是在基因组表达谱范围内筛选新的转移相关基因的有效方法。基因芯片技术则以高通量平行筛选疾病相关基因的技术优势，为研究肿瘤发生发展中多基因改变的分子机制提供了有力的工具，特别在转移基因群的筛选和预后分子分型中具有特殊优势。

本发明利用人表达谱基因芯片，通过比较乳腺原发癌与淋巴结转移癌，以及淋巴结转移阴性与转移阳性患者的原发癌，筛选乳腺癌转移和预后预测基因群，用于乳腺癌患者预后的分子分型，筛选高危转移和亚临床转移患者，以期指导临床实施个体化治疗，延长患者无病生存期和总生存期。

发明内容

本发明利用人表达谱基因芯片筛选得到由79个基因组成的“淋巴结阳性乳腺癌预后预测基因群”，它们在多病例淋巴结转移阳性乳腺的原发癌与配对的淋巴结转移癌间有相同的差异表达趋势，不但可以区分乳腺原发癌和淋巴结转移癌，而且可以预测淋巴结阳性乳腺癌患者的预后；利用人表达谱基因芯片筛选得到由56个基因组成的“乳腺癌淋巴结转移诊断基因群”，它们是淋巴结转移阳性病例与转移阴性病例的乳腺原发癌间差异表达的基因群，能准确判断乳腺癌患者的腋窝淋巴结的转移状态；在原发癌与配对淋巴结转移癌筛选得到的79个差异表达基因和淋巴结转移阴性与转移阳性乳腺原发癌间的56个差异表达基因的基础上，筛选得到由32个基因组成的“淋巴结阴性乳腺癌转移预测基因群”，基于这一基因群可以筛选淋巴结阴性乳腺癌中的高危转移患者。以上三组基因群可以制备成“乳腺癌转移预报基因芯片”，用于通过乳腺癌患者原发癌或针吸活检组织样本进行转移和预后分子分型，即用“乳腺癌淋巴结转移诊断基因群”判断患者的腋窝淋巴结转移状态，淋巴结转移阳性者用“淋巴结阳性乳腺癌预后预测基因群”预测患者预后，淋巴结转移阴性者用“淋巴结阴性乳腺癌转移预测基因群”筛选高危转移患者。由此，为临床患者的转移预后预测和适时个体化治疗提供客观依据。

附图说明

图1是基于26例淋巴结转移阳性乳腺原发癌“淋巴结阳性乳腺癌预后预测基因群”的基因表达谱对病例的聚类结果。

图2是基于20例乳腺原发癌“乳腺癌淋巴结转移诊断基因群”的基因表达谱对病例的聚类结果。

图3是基于49例常规病理诊断转移阴性乳腺原发癌“淋巴结阴性乳腺癌转移预测基因群”的基因表达谱对病例的聚类结果。

图4是基于“淋巴结阳性乳腺癌预后预测基因群”分类9例验证病例的聚类结果。

图5是基于“淋巴结阳性乳腺癌预后预测基因群”对淋巴结转移阳性乳腺癌患者预后分子分型的Kaplan-Meier生存分析结果。

图6是基于“乳腺癌淋巴结转移诊断基因群”对29例验证样本聚类结果。

图7是基于包括“淋巴结阳性乳腺癌预后预测基因群”和“乳腺癌淋巴结转移诊断基因群”的134个基因对49例乳腺原发癌的k-mean聚类结果。

图8是转移组和非转移组Kaplan-Meier生存分析结果。

具体实施方式

通过以下实施例详细说明本发明，但不以任何形式限制本发明。

表1是淋巴结阳性乳腺癌预后预测基因群。

表2是乳腺癌淋巴结转移诊断基因群。

表3是淋巴结阴性乳腺癌转移预测基因群。

实施例1、淋巴结阳性乳腺癌预后预测基因群筛选和应用

材料方法

1.病例选择及标本处理

所有标本均取自2002年1月至2003年12月天津医科大学附属肿瘤医院乳腺科收治的行乳腺根治术的淋巴结转移阳性乳腺癌患者，病理类型为浸润性导管癌，有2个以上转移阳性淋巴结。每一病例分别取乳腺原发癌和淋巴结转移癌样本，经组织切片HE染色证实淋巴结转移癌中癌细胞占75％以上，组织样本经液氮速冻后-80℃保存。以26例淋巴结阳性乳腺癌病例作为训练病例(training cases)，平均随访43个月，其中11例发生远处转移；另外9例淋巴结阳性乳腺癌病例作为验证病例(testingcases)，平均随访43个月，其中5例发生远处转移。病例资料见表4。

表426例训练样本和9例验证样本病例资料

临床资料	训练病例(26例)	验证病例(9例)
			临床分期(UICC肿瘤分期)
IIIIIIIV	47123	1350
			肿瘤大小(cm)
≤22-5＞5	7136	342
			淋巴结阳性数
1-34-9≥10	10313	531
			组织学分级
IIIIII	1169	054
			ER
阳性阴性	1412	54
			43个月内远处转移
阳性阴性	1115	54

2.样本的荧光标记

细胞RNA提取及纯化：采用Trizol Reagent(Invitrogen公司，美国)提取样本组织细胞总RNA，方法按照试剂说明。用无RNA酶水溶解RNA，紫外分光光度法检测RNA浓度，琼脂糖凝胶电泳检测RNA质量，RNeasymidi kit(Qiagen公司，美国)纯化。

双链cDNA合成：取10μg纯化的细胞总RNA，以T7-Oligo(dT)15

(5′-AAACGACGGCCAGTGAATTGTAATACGACTCACTATAGGCGCTTTTTTTTTTTTTTTTV-3，V为G、C和A，上海博亚生物技术有限公司)为引物，用cDNA Synthesis Kit(大连宝生物有限公司，中国)合成双链cDNA，QIAquick PCR Purification Kit(Qiagen)纯化合成的双链cDNA。

以cDNA为模板体外转录合成cRNA：用T7 RiboMAX Express LargeScale RNA Production System(Promega公司，美国)进行体外转录，转录产物用RNeasy midi kit(Qiagen公司，美国)纯化。

以cRNA为模板体外反转录：使用SuperScript^TM II反应体系和9mer随机引物进行反转录。反转录产物用QIAquick PCR Purification Kit纯化。

随机引物标记：使用随机引物标记试剂盒(大连宝生物有限公司，中国)，以cRNA的体外反转录产物为模板，进行随机引物标记。Cy3标记乳腺原发癌样本，Cy5标记转移癌样本。标记产物用QIAquick PCRPurification Kit纯化。标记产物离心浓缩抽干并溶于16.8μl去离子水中，准备用于芯片杂交。

3.基因芯片杂交

人表达谱基因芯片为北京博奥生物芯片有限公司制备的人Oligo芯片。芯片上所有基因取自Qiagen公司的人类基因70mer Oligo库，点样在一张75mm×25mm、经过化学修饰的载玻片上，含约23232个基因点，包括21329个人功能基因，以12个看家基因作为阳性对照，12个人工合成的与人基因没有同源性的70mer Oligo DNA作为阴性对照，以及拟南芥的3个基因作为外标。整个点阵分成48个亚阵，每个亚阵有22行，22列。点间距为185μm，点的直径约为140μm。基因芯片经60℃水合，250mJ紫外交联，0.5％SDS及无水乙醇清洗后用于杂交。将原发癌与转移癌样本的荧光标记产物溶于30μL杂交液(3×SSC，0.2％SDS，5×Denhart’s，25％甲酰胺)中，与基因芯片在42℃杂交过夜。基因芯片在含0.2％SDS的2×SSC中42℃洗5min，在0.2×SSC中室温洗5min，离心甩干玻片。

4.杂交芯片的扫描及生物信息学分析

杂交芯片的扫描及数据初步提取：杂交后荧光标记的基因芯片用ScanArray Express双通道激光扫描仪(Packard Bioscience公司，美国)扫描。采用GenePix Pro 4.0图像分析软件(Axon公司，美国)对芯片图像进行分析，荧光强度采用Lowess方法进行标准化^[1]。Cy3和Cy5的荧光强度值同时小于100的基因为无效基因，Cy3或Cy5之一的荧光强度值大于100的为有效表达基因，从其中筛选差异表达基因。

共同差异表达基因筛选：计算Lowess方法标准化后Cy5与Cy3的比值为ratio值，ratio值大于1.5或小于0.67为1.5倍差异表达基因。筛选26例中14例以上有1.5倍共同差异表达、Cy3与Cy5荧光强度值之差大于500、且配对t检验P＜0.05的基因为共同差异表达基因。

样本聚类：采用Cluster软件和Treeview软件基于表1中的差异表达基因对乳腺原发癌进行平均聚类分析。

5.统计学分析

采用Kaplan-Meier法和COX比例风险回归对基于差异基因分组的患者的43个月的随访结果进行生存期分析。

结果判断

1.差异表达基因筛选

有79个基因在26例训练病例中的14例，存在原发癌与转移癌达1.5倍以上共同差异表达趋势(上调或下调)，且配对t检验P＜0.05，见表1。其中包括58个基因在转移癌中较原发癌上调和21个在转移癌中较原发癌基因下调。这些基因涉及细胞粘附运动、细胞外基质成分、细胞生长代谢、信号传导、转录调节等与肿瘤转移相关的生物学过程。

2.基于原发癌差异基因表达的预后分型

用79个差异表达基因对26例训练病例的原发癌进行平均聚类分析，结果可以将患者分两组(18例和8例)，43个月内发生远处转移的病例分别为9/18和2/8，统计学分析P＜0.05，分别称为转移“高危组”和“低危组”两个亚组，见图1。由此认为由79个差异基因组成的基因群可以预测淋巴结阳性乳腺癌患者的预后。

为了验证该基因群对预后分型的准确性，在26例训练病例中加入9例验证病例重新聚类。结果验证病例中，5例有远处转移病例均被分类到“高危组”；4例无远处转移病例中，3例分类到“低危组”，1例分类到“高危组”，见图4。Kaplan-Meier生存分析表明“低危组”43个月无转移生存期高于“高危组”，差异有显著性(P＝0.026)，见图5。

本研究同时采用Kaplan-Meier方法分析了组织学分级、肿瘤大小、雌激素受体(ER)状态、临床分期和阳性淋巴结数与乳腺癌预后的关系，结果组织学分级(P＝0.002)、肿瘤大小(P＝0.018)和ER(P＝0.008)与乳腺癌预后相关，而临床分期(P＝0.059)和阳性淋巴结数(P＝0.138)与乳腺癌预后无关。随后，79个差异基因组成的基因表达谱、组织学分级、肿瘤大小和ER状态被引入Cox’s风险比例回归模型中，结果通过基因表达谱分类的“高危组”淋巴结阳性乳腺癌患者43个月内发生远处转移的危险度较“低危组”高4.65倍(95％CI 1.02-21.13，P＝0.047)，优于组织学分级(OR＝3.015，95％CI 1.01-9.02)和ER(OR＝2.95，95％CI0.97-9.01)，而肿瘤大小被从回归方程中剔除。

技术优势

腋窝淋巴结状态是临床乳腺癌患者预后预测及制定治疗方案的重要依据。淋巴结转移阳性患者的预后较差，生存期显著低于无淋巴结转移者。根据现行的乳腺癌系统治疗原则，所有淋巴结阳性患者都需要接受乳房(或肿物)切除、腋窝淋巴结清扫、和/或胸大肌、胸小肌切除、辅助化疗和术后放疗(临床T3或T4期；N2或N3期；锁上、锁下或内乳淋巴结浸润；4个以上阳性淋巴结的患者)。但是。临床资料显示，有20-30％淋巴结阳性患者在15-30年内不会发生远处转移，这些患者不能为常规病理学方法识别而接受不必要的过度治疗，患者并不能从辅助治疗中获益，反而遭受其潜在的副作用。

基因芯片技术可以实现在基因表达谱范围内对疾病相关基因进行比较研究，特别是对肿瘤发生、发展中涉及复杂生物学过程的多基因异常改变的研究具有特殊的优势。利用基因表达谱芯片筛选乳腺癌转移相关基因和进行预后分型的研究已有报道。Van’t Veer等^[2]使用包含25,000个基因的cDNA芯片对78例淋巴结阴性55岁以下乳腺癌患者的基因表达谱进行分析，并根据每个差异表达基因与随访预后的相关性对其中78例肿瘤进行监督系统聚类(supervised hierarchical clustering)分析，筛选到一组包含70个基因的基因群，基于原发癌该基因群的表达谱可以对患者预后进行准确的分类，其中，“预后不良组”(poor prognosis)5年内发生远处转移的概率是“预后良好组”(good prognosis)的28倍。Wang等^[3]也筛选到一个由76个基因组成的基因群可以预测5年内淋巴结转移阴性乳腺癌患者的预后。这些研究表明乳腺原发癌的基因表达谱可以预测患者预后。也有一些研究^[4-7]比较乳腺原发癌和配对转移癌的基因表达谱差异，但由于样本量小或随访时间短，未能对这些差异基因的预后预测能力进行分析。

本研究将淋巴结转移癌作为乳腺原发癌的高转移亚克隆，采用表达谱基因芯片筛选在多病例中乳腺原发癌与配对的淋巴结转移癌有共同差异表达趋势的基因。筛选得到一组包括79个基因的基因群，基于该基因群不但可以区分淋巴结转移癌和原发癌，而且可以将乳腺原发癌聚类为“高危组”和“低危组”两个亚组，“高危组”患者43个月内发生远处转移的风险高于“低危组”4.65倍(95％CI 1.02-21.13)，表明基于乳腺原发癌和淋巴结转移癌间的差异基因群的基因表达谱可以预测淋巴结阳性乳腺癌患者的预后，且是独立的预后预测指标。根据本组预后分子分型的结果，大约30％淋巴结阳性患者将不发生远处转移，因此，手术前可以针吸活检患者的原发癌组织，通过检测预测基因群的表达谱可以预测患者预后，从而指导临床缩小手术切除范围，降低放、化疗的过度治疗。

本组研究筛选得到的在乳腺原发癌和淋巴结转移癌中差异表达的基因群，不仅可以区分乳腺原发癌和淋巴结转移癌，同时还可以对淋巴结阳性乳腺癌患者的预后进行预测，指导临床实施个体化治疗。

实施例2、乳腺癌淋巴结转移诊断基因群筛选和应用

材料和方法

1.病例选择和标本处理

本组49例乳腺癌原发癌组织均取自2002年1月至2003年12月天津医科大学附属肿瘤医院乳腺科收治的行乳腺根治术的乳腺癌患者，经病理组织切片的HE染色证实为浸润性导管癌(WHO分类)，平均随访时间43个月。随机选取10例淋巴结阴性乳腺癌患者和10例淋巴结阳性乳腺癌患者作为训练病例，19例淋巴结阴性患者和10例淋巴结阳性患者作为验证病例，病例资料见表5。另外，取32例乳腺肿瘤患者的正常乳腺组织提取RNA后等量混合作为对照样本。所有组织样本均经液氮速冻后于-80℃保存备用。

表520例训练样本和29例验证样本病例资料

临床资料	训练病例(20例)	验证病例(29例)
			临床分期(UICC肿瘤分期)
IIIIIIIV	51320	41861
			肿瘤大小(cm)
≤22-5	1010	1217
			淋巴结状态
阴性阳性	1010	1910
			组织学分级
IIIIII	2162	4196
			ER
阳性阴性	173	1514
			43个月内远处转移
阳性阴性失访	1172	9191

2.组织样本标记

总RNA提取、双链cDNA合成、体外转录合成cRNA、cRNA的反转录、cDNA的荧光标记和基因芯片杂交的方法同实施例1。各实验样本标记Cy5，正常对照样本标记Cy3。

3.基因芯片杂交

每一Cy5标记的49例乳腺癌样本与Cy3标记的由32例正常乳腺组织混合而成的正常对照样本在同一芯片上杂交，方法同实施例1。

4.生物信息学分析

数据初步提取：杂交的基因芯片扫描后得到的荧光强度值采用Lowess方法进行标准化^[1]，计算各实验样本与对照样本的比值。Cy3或Cy5之一的荧光强度值大于100的为有效表达基因。

差异表达基因筛选：筛选在80％病例中表达、淋巴结转移阳性与转移阴性组间t检验P＜0.05且与淋巴结状态的相关系数大于0.55的基因作为淋巴结转移阳性组与淋巴结转移阴性组间的差异表达基因。

样本聚类：采用Cluster软件和Treeview软件基于差异基因的表达谱对训练病例和验证病例进行平均聚类。

结果判断

1.淋巴结转移阳性与转移阴性乳腺原发癌的差异表达基因

本组筛选得到56个在淋巴结转移阳性和转移阴性乳腺癌原发癌间差异表达的基因。其中43个在淋巴结转移阳性乳腺癌中较转移阴性乳腺癌表达上调，13个基因在淋巴结转移阳性乳腺癌中较转移阴性乳腺癌表达表达下调。这些基因涉及细胞粘附运动、细胞生长代谢、信号传导等与乳腺癌转移相关的生物学过程，见表2。

2.差异基因预测淋巴结转移状态

基于乳腺原发癌的56个差异基因的表达谱对20例训练病例进行平均聚类分析，结果将淋巴结阳性和阴性患者完全分开，即分为淋巴结转移阴性和淋巴结转移阳性两组，见图2。

为了验证56个基因的基因群对淋巴结转移的预测能力，将29例验证病例原发癌的差异基因表达谱加入训练病例中，结果10例淋巴结阳性验证病例全部分类正确，而19例淋巴结阴性病例中的18例分类正确，仅1例错分到淋巴结阳性组中，而该病例在2年内发生脑转移。见图6。

技术优势

乳腺癌患者的腋窝淋巴结转移状态是临床预后预测和治疗方案制定的重要参考指标。在预后判断上，淋巴结转移阳性患者的预后较转移阴性患者差，且淋巴结转移阳性数与患者预后反向相关。在治疗上，随着乳腺癌早期诊断率的不断提高，手术范围由大趋小，因此，对于临床早期(I、II期)乳腺癌患者，保乳手术已逐渐成为首选术式。前哨淋巴结(sentinellymph nodes，SLN)活检后的病理诊断成为判断早期乳腺癌淋巴结转移状态是决定接受保乳手术者是否实施腋淋巴结清扫(axillary lymph nodesdissection，ALND)的依据。但常规病理诊断往往不能检出＜2mm的微转移灶，而前哨淋巴结微转移阳性者发生局部淋巴结复发和远处转移的概率显著高于无微转移者；同时，5.5～19.2％的跳跃性转移(skip metastases)也是SLN诊断的技术盲点，影响淋巴结转移患者的正确检出，而得不到根治性治疗^[8]。

本组研究采用基因芯片技术筛选得到由56个基因组成的基因群，可以准确分类淋巴结转移阳性和转移阴性的原发癌，仅有1例(C31-3)淋巴结阴性患者被错分到淋巴结转移阳性组。但临床资料表明，该病例患者在术后2年内发生脑转移。由此推测其在手术时可能已存在淋巴和/或血行的微转移。基于该乳腺原发癌组织的该基因群的表达谱可以准确判断患者的腋窝淋巴结转移状态，因此，将该组基因群命名为“淋巴结转移诊断基因群”。

该基因群经大样本临床病例验证后，有望用于通过针吸获得乳腺原发癌样本对淋巴结状态进行预测，指导临床实施个体化局部治疗和全身化疗，既可避免淋巴结阴性患者ALND的过度治疗，又可避免存在淋巴结微转移或高危转移的患者由于术式选择和综合治疗的姑息治疗引起的复发和转移。

实施例3、淋巴结阴性乳腺癌转移预测基因群筛选及其应用

乳腺癌具有组织细胞异质性的生物学特性，肿瘤细胞发生、进展直至转移的过程，既有在原发部位克隆性生长的量变的积累，也随时伴发选择性生长的高转移潜能细胞获得了逃逸和播散的能力，在腋窝淋巴结和远处脏器形成继发的转移癌。因此，转移癌有些是发生在肿瘤进展的晚期的所谓“异质性转移”，但也可能是出现在肿瘤发生早期的所谓“同质性转移”。本研究第一部分筛选得到79个基因在多病例乳腺原发癌和配对淋巴结转移癌间有共同差异趋势，这些基因表达改变是异质性转移的生物学基础，由于同质性转移的原发癌与配对的转移癌具有相同的基因的特征，而不能被筛选出来；本研究第二部分筛选得到的56个基因是在淋巴结转移阳性患者和转移阴性患者乳腺原发癌间有共同差异趋势，这些基因表达的差异是不同病例的原发癌具有不同转移能力的同质性转移的生物学基础。由于两种转移模式同时存在，因此认为两组基因的组合更能全面反映肿瘤细胞转移生物学基础，可能会更好地对患者进行分子分型和转移预后预测。本组研究将实施例1和实施例2的差异基因合并和优化用于乳腺原发癌分子分型和转移预后预测。

数据来源

1.候选基因群：包括实施例1筛选得到的在原发癌与配对转移癌之间差异表达的基因79个和实施例2筛选得到的在淋巴结转移阴性和转移阳性原发癌之间差异表达的基因56个，其中NEFL为两组基因中重合的基因，共计134个基因。

2.验证病例及候选基因表达：第二部分中全部49例乳腺癌病例及其基因芯片杂交结果中候选基因群基因表达量的全部数据作为该组研究的验证病例和这些病例原发癌的候选基因的相对表达量。

结果判定

基于49例乳腺原发癌的134个候选基因群的基因表达谱对病例进行k-mean聚类，聚类参数设为基因4类，样本4类。k-mean聚类结果发现A组基因群(见表3)在不同淋巴结状态及不同预后病例的原发癌间表达量有显著改变。结果见图7。

进一步基于A组的32个基因的原发癌表达谱对49例病例进行平均聚类分析。结果淋巴结转移阳性病例和平均随访43个月发生远处转移的病例均分布在右侧“转移组”，见图3。“转移组”中肿瘤分期高(P＝0.003)、组织学分级差(P＝0.006)、淋巴结转移阳性(P＝0.012)和43个月内发生远处转移(P＝0.033)的病例多于“非转移组”，差异均有显著性(P＜0.05)，而两组间肿瘤大小和雌激素受体状态无统计学差异(P＞0.05)，见表6。Kaplan-Meier生存分析结果表明，“转移组”与“无转移组”无瘤生存期差异具有显著性，P＝0.02，见图8。

表6基于转移预测基因群的分子分组与临床因素的关系

临床资料	非转移组	转移组	P
				临床分期(UICC肿瘤分期)
I+IIIII+IV	220	189	0.003
				肿瘤大小(cm)
≤22-5	1012	1215	0.944
				淋巴结状态
阴性阳性	220	207	0.012
				组织学分级
I+IIIII	220	198	0.006
				ER
阳性阴性	517	1215	0.112
				43个月内远处转移
阴性阳性失访	2112	1891	0.033

本组研究联合第一部分和第二部分筛选得到的差异基因对乳腺原发癌进行分类，K-mean聚类结果提示，其中32个基因可以将远处转移和淋巴结转移的病例聚类在一起，组成“转移组”，只有一例淋巴结转移阴性而远处转移阳性病例分类在“非转移组”，因此该基因群可以作为“乳腺癌转移预测基因群”。另外，根据该基因群对病例的聚类，在“转移组”中有部分淋巴结转移阴性病例，预示这些病例已经存在或即将发生淋巴结或血行转移，是转移的高危患者。

现行的淋巴结阴性乳腺癌患者行辅助治疗的适应征大都以St.Gallen标准(肿瘤直径≥2cm，ER阴性，组织学分级2-3级，年龄＜35岁)^[16]和NIH标准(肿瘤直径≥1cm，ER阴性，组织学分级2-3级，年龄＜35岁)^[17]作为指导原则。根据这些原则，90％以上的淋巴结阴性的年轻乳腺癌患者应接受系统的辅助治疗。但这些患者中70-80％不发展为远处转移，所以这些患者不仅不能从治疗中获益，反而遭受潜在的副作用。基于乳腺原发癌的“乳腺癌转移预测基因群”的基因表达谱可以筛选常规诊断为淋巴结和血行转移阴性患者中的高危转移者和非转移者，为个体化治疗提供了客观依据。

综上所述，本发明共筛选得到三组可用于乳腺癌分子分型的基因群：由79个基因组成的“淋巴结阳性乳腺癌预后预测基因群”，由56个基因组成的“乳腺癌淋巴结转移诊断基因群”，由32个基因组成的“淋巴结阴性乳腺癌转移预测基因群”。这三组基因群可以分别以及合并制备成“乳腺癌转移预报基因芯片”，用于乳腺癌患者原发肿瘤针吸组织样本的分子分型，用“乳腺癌淋巴结转移诊断基因群”判断患者的腋窝淋巴结转移状态，淋巴结转移阳性者用“淋巴结阳性乳腺癌预后预测基因群”预测患者预后，淋巴结阴性者用“淋巴结阴性乳腺癌转移预测基因群”筛选高危转转移患者，由此，为临床转移预后预测和实现个体化治疗提供客观依据。本发明是从中国人乳腺癌病例标本中筛选得到适于中国人乳腺癌转移和预后预测的基因群。

参考文献

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3.Wang Y，Klijn JG，Zhang Y，Gene-expression profiles to predict distantmetastasis of lymph-node-negative primary breast cancer.Lancet，2005，365：671-9.

4.Weigelt B，Glas AM，Wessels LF，et al.Gene expression profiles ofprimary breast tumors maintained in distant metastases.Proc Natl AcadSci，2003，100：15901-15905.

5.Weigelt B，Wessels LF，Bosma AJ，et al.No common denominator forbreast cancer lymph node metastasis.Br J Cancer，2005，93：924-932.

6.Hao X，Sun B，Hu L，et al.Differential gene and protein expression inprimary breast malignancies and their lymph node metastases as revealedby combined cDNA microarray and tissue microarray analysis.Cancer，2004，100：1110-1122.

7.Montel V，Huang TY，Mose E，et al.Expression profiling of primarytumors and matched lymphatic and lung metastases in a xenogeneticbreast cancer model.Am J Pathol，2005，166：1565-1579.

8.Ivens D，Hoe AL，Podd TJ，et al.Assessment of morbidity from completeaxillary dissection.Br J Cancer，1992，66：136-138.

表1淋巴结阳性乳腺癌预后预测基因群

基因名称	GB.accession序列号	基因描述	基因描述
				SPON1	AB018305	Spondin 1，(f-spondin)extracellular matrix protein	Spondin1，(f-spondin)细胞外基质蛋白
BIRC3	AF070674	Baculoviral IAP repeat-containing 3	杆状病毒IAP包含重复序列3
				SFRP2	AF311912	Secreted frizzled-related protein 2	分泌性卷曲相关蛋白2
PDK4	AF334710	Homo sapiens pyruvate dehydrogenase kinase 4 mRNA，3′untranslated region，partial sequence	人类丙酮酸脱氢酶激酶4mRNA，3′端非翻译区部分序列
				AF343666	Homo sapiens translocation associated fusion proteinIRTA1/IGA1(IRTA1/IGHA1)mRNA，complete cds	人类易位相关融合蛋白IRTA1/IGA1(IRTA1/IGHA1)mRNA全序列
	RIS1	AF438313	Ras-induced senescence 1				Ras诱导的衰老因子1
AK022342				Homo sapiens cDNA FLJ12280 fis，clone MAMMA1001744	人类cDNAFLJ12280，MAMMA1001744克隆
		PIGR	AK026320			Homo sapiens cDNA：FLJ22667 fis，clone HSI08385	人类cDNAFLJ22667，HSI08385克隆
AL359052	Homo sapiens mRNA full length insert cDNA cloneEUROIMAGE 1968422			插入人类mRNA全长的cDNA克隆EUROIMAGE1968422
			RUNX2		AW469546	ESTs	ESTs
HTRA3	AY040094	Serine protease HTRA3		丝氨酸蛋白酶HTRA3
			CTHRC1		BC014245	Homo sapiens，Similar to RIKEN cDNA 1110014B07 gene，clone MGC：20766 IMAGE：4586039，mRNA，complete c	人类，与RIKEN cDNA1110014B07基因相似，MGC20766克隆，mRNA全序列
SNAI2	BC014890	Slug homolog，zinc finger protein(chicken)		Slug同源的锌指蛋白(鸡)
			RAFTLI		D42043	KIAA0084 protein	KIAA0084蛋白

N
				FCGR3A	J04162	Fc fragment of IgG，low affinity IIIb，receptor for(CD16)	IgG的Fc段，低亲和区IIIb，CD16的受体
TRA@	M12959	T cell receptor alpha locus	T细胞受体α区
				COL1A2	NM_000089	Collagen，type I，alpha 2	I型胶原α2
COL3A1	NM_000090	Collagen，type III，alpha 1(Ehlers-Danlos syndrome type IV，autosomal dominant)	III型胶原α1(埃勒斯-当洛综合征IV型，常染色体显性遗传)
				COL5A1	NM_000093	Collagen，type V，alpha 1	V型胶原α1
FBN1	NM_000138	Fibrillin 1(Marfan syndrome)	原纤维蛋白(马凡氏综合症)
				COL5A2	NM_000393	Collagen，type V，alpha 2	V型胶原α2
CTSK	NM_000396	Cathepsin K(pycnodysostosis)	组织蛋白酶K(致密性成骨不全症)
				HBB	NM_000518	Hemoglobin，beta	血红蛋白β
KRT14	NM_000526	Keratin 14(epidermolysis bullosa simplex，Dowling-Meara，Koebner)	角蛋白14(单纯性大疱性表皮松解症)
				C7	NM_000587	Complement component 7	补体成分7
SELL	NM_000655	Selectin L(lymphocyte adhesion molecule 1)	L选择素(淋巴细胞粘附分子1)
				CALU	NM_001219	Calumenin	Calumenin
CD48	NM_001778	CD48 antigen(B-cell membrane protein)	CD48抗原(B细胞膜蛋白)
				COL6A1	NM_001848	Collagen，type VI，alpha 1	VI型胶原α1
COL11A1	NM_001854	Collagen，type XI，alpha 1	XI型胶原α1
				CR2	NM_001877	Complement component(3d/Epstein Barr virus)receptor 2	补体成分(3d/EB病毒)受体2
FOXO1A	NM_002015	Forkhead box O1A(rhabdomyosarcoma)	Forkhead盒01A(横纹肌肉瘤)

FMO1	NM_002021	Flavin containing monooxygenase 1	黄素单氧化酶1
				FN1	NM_002026	Fibronectin 1	纤维粘连蛋白
GRP	NM_002091	Gastrin-releasing peptide	胃泌素释放肽
				KRT15	NM_002275	Keratin 15	角蛋白15
LGALS1	NM_002305	Lectin，galactoside-binding，soluble，1(galectin 1)	凝集素，半乳糖结合，可溶，1(半乳糖凝素)
				LTB	NM_002341	Lymphotoxin beta(TNF superfamily，member 3)	淋巴细胞毒素β(TNF超家族，成员3)
LUM	NM_002345	Lumican	Lumican
				MMP7	NM_002423	Matrix metalloproteinase 7(matrilysin，uterine)	基质金属蛋白酶7(基质溶解因子，子宫)
GPNMB	NM_002510	Glycoprotein(transmembrane)nmb	糖蛋白nmb(跨膜)
				PCOLCE	NM_002593	Procollagen C-endopeptidase enhancer	前胶原C端肽链内切酶增强子
PRG1	NM_002727	Proteoglycan 1，secretory granule	蛋白聚糖1，分泌颗粒
				PRSS11	NM_002775	Protease，serine，11(IGF binding)	丝氨酸蛋白酶11(IGF结合)
PTPRC	NM_002838	Protein tyrosine phosphatase，receptor type，C	蛋白酪氨酸磷酸酶，受体，C
				RGS1	NM_002922	Regulator of G-protein signalling 1	G蛋白信号调节因子1
TGFB3	NM_003239	Transforming growth factor，beta 3	转化生长因子β3
				CDC45L	NM_003504	CDC45 cell division cycle 45-like(S.cerevisiae)	CDC45细胞分裂周期素45样因子
CILP	NM_003613	Cartilage intermediate layer protein，nucleotidepyrophosphohydrolase	软骨中间层蛋白，核酸焦磷酸水解酶
				DUSP2	NM_004418	Dual specificity phosphatase 2	双特异性磷酸酶2
ECM1	NM_004425	Extracellular matrix protein 1	细胞外基质蛋白1
				MMP2	NM_004530	Matrix metalloproteinase 2(gelatinase A，72kD gelatinase，72kDtype IV collagenase)	基质金属蛋白酶2(明胶酶A，72kD明胶酶，IV型胶原酶)

SPOCK	NM_004598	Sparc/osteonectin，cwcv and kazal-like domains proteoglycan(testican)	Sparc/骨连素，cwcv和kazal样蛋白聚糖域(睾丸)
				ITGBL1	NM_004791	Integrin，beta-like 1(with EGF-like repeat domains)	整合素，β样因子1(含EGF样重复序列)
EBI2	NM_004951	Epstein-Barr virus induced gene 2(lymphocyte-specific Gprotein-coupled receptor)	EB病毒诱导的基因2(淋巴细胞特异性G蛋白偶连受体)
				ABCC1	NM_004996	ATP-bindingcassette，sub-family C(CFTR/MRP)，member 1	ATP结合盒，亚家族C(CFTR/MRP)，成员1
MRC2	NM_006039	Endocytic receptor(macrophage mannose receptor family)	包吞受体(巨噬细胞甘露糖受体家族)
				NEFL	NM_006158	Neurofilament，light polypeptide(68kD)	神经微丝，轻链多肽(68kD)
PDE6H	NM_006205	Phosphodiesterase 6H，cGMP-specific，cone，gamma	磷酸二酯酶6H，cGMP特异性，γ
				PDGFRL	NM_006207	Platelet-derived growth factor receptor-like	血小板源性生长因子受体样因子
CCL19	NM_006274	Small inducible cytokine subfamily A(Cys-Cys)，member 19	小的可诱导的细胞因子亚家族A(Cys-Cys)，成员19
				TNFAIP3	NM_006290	Tumor necrosis factor，alpha-induced protein 3	肿瘤坏死因子α诱导蛋白
TXNIP	NM_006472	Thioredoxin interacting protein	硫氧还蛋白作用蛋白
				OSF-2	NM_006475	Osteoblast specific factor 2(fasciclin I-like)	特异性成骨细胞因子2(成束蛋白I样)
CORO1A	NM_007074	Coronin，actin binding protein，1A	冠蛋白，肌动蛋白结合蛋白，1A
				TNFAIP6	NM_007115	Tumor necrosis factor，alpha-induced protein 6	肿瘤坏死因子α诱导蛋白6
STEAP	NM_012449	Six transmembrane epithelial antigen of the prostate	前列腺6次跨膜的上皮抗原
				CKTSF1B1	NM_013372	Cysteine knot superfamily 1，BMP antagonist 1	半胱氨酸超家族1，BMP拮抗剂1

HSPC022	NM_014029	HSPC022 protein	HSPC022蛋白
				KLF2	NM_016270	Kruppel-like factor 2(lung)	Krupple样因子2(肺)
ASPN	NM_017680	Asporin(LRR class 1)	Asporin(LRR 1类)
				MS4A1	NM_021950	Membrane-spanning 4-domains，subfamily A，member 2(Fcfragment of IgE，high affinity I，receptor	跨膜4区，亚家族A，成员2，(IgE的Fc段，高亲和区1，受体)
TCL1A	NM_021966	T-cell leukemia/lymphoma 1 A	T细胞白血病/淋巴瘤1A
				FREB	NM_032738	Hypothetical protein MGC4595	假想蛋白MGC4595
OGN	NM_033014	Osteoglycin(osteoinductive factor，mimecan)	骨诱导因子
				ZFP36L2	U07802	Zinc finger protein 36，C3H type-like 2	锌指蛋白36，C3H样因子2
CSPG2	U16306	Chondroitin sulfate proteoglycan 2(versican)	磷酸软骨素蛋白聚糖2(多功能聚糖)
				TRB@	X00437	T cell receptor beta locus	T细胞受体β区
CCL8	Y16645	Small inducible cytokine subfamily A(Cys-Cys)，member 8(monocyte chemotactic protein 2)	小的可诱导的细胞因子亚家族A(Cys-Cys)，成员8(单核细胞趋化蛋白2)

表2乳腺癌淋巴结转移诊断基因群

基因名称	GB.accession序列号	基因描述	基因描述
				LARP	AB018274	KIAA0731 protein	KIAA0731蛋白
PLCL2	AB029015	Phospholipase C，epsilon 2	磷脂酶C，ε2
				KIAA1671	AB051458	KIAA1671 protein	KIAA1671蛋白
MGC26885	AF070574	Homo sapiens clone 24819 mRNA sequence	人类24819克隆mRNA序列
				LOC168850	AF218032	Homo sapiens clone PP902 unknown mRNA	人类PP902克隆未知mRNA
GK003	AF226046	GK003 protein	GK0003蛋白
				DIAPH1	AK023345	Homo sapiens cDNA FLJ13283fis，clone OVARC1001113，highly similar to Homo sapiens diaphanous 1(HDI	人类FLJ13283cDNA，OVARC1001113克隆，与人类HDI高度同源
YWHAG	AK024230	Tyrosine 3-monooxygenase/tryptophan 5-monooxygenaseactivation protein，gamma polypeptide	酪氨酸3-单加氧酶/色氨酸5-单加氧酶激活蛋白，γ多肽
				AK024276	Homo sapiens clone TA40 untranslated mRNA，completesequence	人类TA40克隆非翻译mRNA，全序列
	AK024356	Homo sapiens cDNA FLJ14294 fis，clone PLACE1008181	人类FLJ14294cDNA，PLACE1008181克隆
				HSPC163	AK024569	HSPC163 protein	HAPC163蛋白
AK025316	Homo sapiens cDNA：FLJ21663 fis，clone COL08885	人类FLJ21663cDNA，COL08885克隆
			AK025902		Homo sapiens mRNA；cDNA DKFZp586H0324(from cloneDKFZp586H0324)	人类mRNA，DKFZp586H0324cDNA(源于DKFZp586H0324克隆)

	AK027107	Homo sapiens cDNA：FLJ23454 fis，clone HSI06959	人类FLJ23454cDNA，HSI06959克隆
				FILIP1	AK027705	KIAA1275 protein	KIAA1275蛋白
NID67	AK027847	Putative small membrane protein NID67	假想小膜蛋白
				AK055231	Homo sapiens cDNA FLJ30669 fis，clone FCBBF1000684	人类FLJ30669cDNA，FCBBF1000684克隆
	AK056651	Homo sapiens cDNA FLJ32089 fis，clone OCBBF2000712	人类FLJ32089cDNA，OCBBF2000712克隆
				ATP8A2	AL390129	ATPase，aminophospholipid transporter-like，Class I，type 8A，member2	ATP酶，氨基磷酸酯转移因子样基因，I类，8A型，成员2
BC003697	Homo sapiens，clone MGC：5564，mRNA，complete cds	人类MGC5564克隆，mRNA全序列
			ROXAN		BC004857	Homo sapiens，clone IMAGE：3690478，mRNA，partial cds	人类IMAGE3690478克隆，mRNA部分序列
H63	BC012124	Homo sapiens，clone MGC：20188 IMAGE：4564707，mRNA，complete cds		人类MGC20188，IMAGE4564707克隆，mRNA全序列
			GLI4		BC014165	Homo sapiens，Similar to zinc finger protein 16(KOX 9)，clone MGC：20886 IMAGE：4549240，mRNA，comple	人类，类似于锌指蛋白16(KOX9)，MGC：20886IMAGE：4549240克隆，mRNA全序列
EPHX1	NM_000120	Epoxide hydrolase 1，microsomal(xenobiotic)		环氧化物水解酶1，微粒体(异生素)
			ALB		NM_000477	Albumin	白蛋白
ATP2B1	NM_001682	ATPase，Ca++transporting，plasma membrane 1		ATP酶，Ca++转运，质膜1
			CDC25A		NM_001789	Cell division cycle 25A	细胞分裂周期25A
FCN1	NM_002003	Ficolin(collagen/fibrinogen domain containing)1		Ficolin(包括胶原/纤维蛋白原区域)1
			BECN1		NM_003766	Beclin 1(coiled-coil，myosin-like BCL2 interacting protein)	Beclin1(卷曲-螺旋，肌球蛋白样BCL2作用蛋白)
CNK	NM_004073	Cytokine-inducible kinase		细胞因子诱导的激酶
			FCGRT		NM_004107	Fc fragment of IgG，receptor，transporter，alpha	IgG的Fc段，受体，转运体，α
POU4F2	NM_004575	POU domain，class 4，transcription factor 2		POU区域，4类，转录因子2

MAGEA9	NM_005365	Melanoma antigen，family A，9	黑色素瘤抗原，家族A，9
				SOS1	NM_005633	Son of sevenless homolog 1(Drosophila)	sevenless基因类似物(果蝇)
ALKBH	NM_006020	Alkylation repair；alkB homolog	烷化修复，alkB类似物
				DNCLI2	NM_006141	Dynein，cytoplasmic，light intermediate polypeptide 2	动力蛋白，胞质，轻链中间多肽2
NEFL	NM_006158	Neurofilament，light polypeptide(68kD)	神经微丝，轻链多肽(68kD)
				DYRK2	NM_006482	Dual-specificity tyrosine-(Y)-phosphorylation regulatedkinase 2	双特异性酪氨酸-Y-磷酸化调节激酶2
DIAPH2	NM_006729	Diaphanous homolog 2(Drosophila)	Diaphanous类似物(果蝇)
				ZNF161	NM_007146	Zinc finger protein 161	锌指蛋白161
IKBKE	NM_014002	IKK-related kinase epsilon；inducible IkappaB kinase	IKK相关激酶ε，可诱导的NF-kB激酶
				GCAT	NM_014291	Glycine C-acetyltransferase(2-amino-3-ketobutyratecoenzyme A ligase)	甘氨酸C-乙酰转移酶(2-氨基-3-酮基丁酸辅酶A连接酶)
KIAA0133	NM_014777	KIAA0133 gene product	KIAA0133基因产物
				CDC42	NM_015858	Cell division cycle 42(GTP binding protein，25kD)	细胞分裂周期42(GTP结合蛋白，25kD)
LOC51685	NM_016171	Prothymosin a14	前胸腺素a14
				ZNF325	NM_016265	GIOT-3 for gonadotropin inducible transcription repressor-3	绒毛膜促性腺激素诱导的转录抑制因子3的GIOT-3
ALEX1	NM_016608	ALEX1 protein	ALEX1蛋白
				BM-005	NM_016620	Hypothetical protein	假想蛋白
FLJ11126	NM_018332	Hypothetical protein FLJ11126	假想蛋白FLJ11126
				AD24	NM_022451	Hypothetical protein FLJ12820	假想蛋白FLJ12820
MGC11279	NM_024326	Hypothetical protein MGC11279	假想蛋白MGC11279
				EMILIN3	NM_024756	EMILlN-like protein EndoGlyx-1	EMILIN样蛋白EndoGlyx-1

DKFZP586C1924	NM_032273	Hypothetical protein DKFZp586C1924	假想蛋白DKFZp586C1924
				PPP1R15B	NM_032833	Protein phosphatase 1，regulatory(inhibitor)subunit 15B	蛋白磷酸酶1，调节(抑制)亚单位15B
CYP51P1	U36926	Cytochrome P450，subfamily 51 pseudogene 1	细胞色素P450，亚家族51假基因1
				PAPOLA	X76770	Poly(A)polymerase alpha	Poly(A)多聚酶α

表3淋巴结阴性乳腺癌转移预测基因群

基因名称	GB.accession序列号	基因描述	基因描述
				LARP	AB018274	KIAA0731 protein	KIAA0731蛋白
PLCL2	AB029015	Phospholipase C，epsilon 2	磷脂酶C，ε2
				MGC26885	AF070574	Homo sapiens clone 24819 mRNA sequence	人类24819克隆mRNA序列
LOC168850	AF218032	Homo sapiens clone PP902 unknown mRNA	人类PP902克隆未知mRNA
				DIAPH1	AK023345	Homo sapiens cDNA FLJ13283 fis，clone OVARC1001113，highly similar to Homo sapiens diaphanous 1(HDI	人类FLJ13283cDNA，OVARC1001113克隆，与人类HDI高度同源
YWHAG	AK024230	Tyrosine 3-monooxygenase/tryptophan 5-monooxygenaseactivation protein，gamma polypeptide	酪氨酸3-单加氧酶/色氨酸5-单加氧酶激活蛋白，γ多肽
				AK024356	Homo sapiens cDNA FLJ14294 fis，clone PLACE1008181	人类FLJ14294cDNA，PLACE1008181克隆
	AK025316	Homo sapiens cDNA：FLJ21663 fis，clone COL08885	人类FLJ21663cDNA，COL08885克隆
				AK027107	Homo sapiens cDNA：FLJ23454 fis，clone HSI06959	人类FLJ23454cDNA，HSI06959克隆
	AK055231	Homo sapiens cDNA FLJ30669 fis，clone FCBBF1000684	人类FLJ30669cDNA，FCBBF1000684克隆
				AK056651	Homo sapiens cDNA FLJ32089 fis，clone OCBBF2000712	人类FLJ32089cDNA，OCBBF2000712克隆
	BC003697	Homo sapiens，clone MGC：5564，mRNA，complete cds	人类MGC5564克隆，mRNA全序列
				H63	BC012124	Homo sapiens，clone MGC：20188 IMAGE：4564707，mRNA，complete cds	人类MGC20188，IMAGE4564707克隆，mRNA全序列
GLI4	BC0_14165	Homo sapiens，Similar to zinc finger protein 16(KOX9)，clone MGC：20886 IMAGE：4549240，mRNA，comple	人类，类似于锌指蛋白16(KOX 9)，MGC：20886IMAGE：4549240克隆，mRNA全序列
				EPHX1	NM_000120	Epoxide hydrolase 1，microsomal(xenobiotic)	环氧化物水解酶1，微粒体(异生素)

ATP2B1	NM_001682	ATPase，Ca++transporting，plasma membrane 1	ATP酶，Ca++转运，质膜1
				CDC25A	NM_001789	Cell division cycle 25A	细胞分裂周期25A
BECN1	NM_003766	Beclin 1(coiled-coil，myosin-like BCL2 interactingprotein)	Beclin1(卷曲-螺旋，肌球蛋白样BCL2作用蛋白)
				FCGRT	NM_004107	Fc fragment of IgG，receptor，transporter，alpha	IgG的Fc段，受体，转运体，α
MAGEA9	NM_005365	Melanoma antigen，family A，9	黑色素瘤抗原，家族A，9
				DNCLI2	NM_006141	Dynein，cytoplasmic，light intermediate polypeptide2	动力蛋白，胞质，轻链中间多肽2
ZNF161	NM_007146	Zinc finger protein 161	锌指蛋白161
				GCAT	NM_014291	Glycine C-acetyltransferase(2-amino-3-ketobutyratecoenzyme A ligase)	甘氨酸C-乙酰转移酶(2-氨基-3-酮基丁酸辅酶A连接酶)
LOC51685	NM_016171	Prothymosin a14	前胸腺素a14
				ZNF325	NM_016265	GIOT-3 for gonadotropin inducible transcriptionrepressor-3	绒毛膜促性腺激素诱导的转录抑制因子3的GIOT-3
BM-005	NM_016620	Hypothetical protein	假想蛋白
				FLJ11126	NM_018332	Hypothetical protein FLJ11126	假想蛋白FLJ11126
AD24	NM_022451	Hypothetical protein FLJ12820	假想蛋白FLJ12820
				MGC11279	NM_024326	Hypothetical protein MGC11279	假想蛋白MGC11279
CYP51P1	U36926	Cytochrome P450，subfamily 51 pseudogene 1	细胞色素P450，亚家族51假基因1
				PAPOLA	X76770	Poly(A)polymerase alpha	Poly(A)多聚酶α
CR2	NM_001877	Complement component(3d/Epstein Barr virus)receptor2	补体成分(3d/EB病毒)受体2

Claims (4)

1.三组可用于乳腺癌转移和预后分子分型的基因群：(1)由79个基因组成的“淋巴结转移阳性乳腺癌预后预测基因群”，见表1；(2)由56个基因组成的“乳腺癌淋巴结转移诊断基因群”，见表2；(3)由32个基因组成的“淋巴结阴性乳腺癌转移预测基因群”，见表3。

2.分别由权利要求书1所述的三组基因群的cDNA或寡核苷酸探针点样于固相支持物表面制备的三种基因芯片：(1)“淋巴结阳性乳腺癌预后预测基因芯片”，(2)“乳腺癌淋巴结转移诊断基因芯片”，(3)“淋巴结阴性乳腺癌转移预测基因芯片”；以及(4)由权利要求书1所述的三组基因群中所有基因的cDNA或寡核苷酸探针点样于固相支持物表面制备的“乳腺癌转移预后分子分型基因芯片”。基因芯片的特征为每个基因探针可以敏感且特异性地与来源于组织细胞样本中相应基因的cDNA或其扩增产物杂交。

3.三种分别基于乳腺原发癌组织通过权利要求1所述的基因群制备的权利要求2所述的基因芯片获得的(1)可以分类淋巴结阳性乳腺癌患者预后的非监督聚类基因图谱，见图1；(2)可以分类淋巴结转移阴性患者和淋巴结转移阳性患者的非监督聚类基因图谱，见图2；(3)可以分类淋巴结转移阴性乳腺癌高危转移患者和低危转移转移患者的非监督聚类基因图谱，见图3。非监督聚类基因图谱的特征为乳腺癌原发癌组织样本的cDNA或其扩增产物荧光标记后与权利要求2所述的基因芯片杂交，基于它们的权利要求1所述基因的荧光强度值，利用非监督聚类方法获得的基因表达谱。

4.一种使用权利要求2所述的基因芯片和权利要求3所述的基因图谱对乳腺癌患者转移和预后进行分子分型的方法，包括以下步骤：(1)从乳腺癌患者手术切除样本或针吸活检组织样本中提取总RNA并反转录为cDNA，(2)对样本的cDNA或其扩增产物进行荧光标记，(3)用标记后的样本与权利要求2中所述的基因芯片杂交。(4)用非监督聚类分析样本基因表达谱，与权利要求3中所述的基因图谱比较对样本进行转移和预后的分子分型。

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