CN101121933A - 用于激酶基因过表达相关疾病的siRNA - Google Patents

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CN101121933A CNA200610029988XA CN200610029988A CN101121933A CN 101121933 A CN101121933 A CN 101121933A CN A200610029988X A CNA200610029988X A CN A200610029988XA CN 200610029988 A CN200610029988 A CN 200610029988A CN 101121933 A CN101121933 A CN 101121933A
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李林
丁昱
贾佩林
陈婷
叶央尔
席莹
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Abstract

本发明属于生物技术领域,公开了一种用于激酶基因过表达相关疾病的siRNA,所述的siRNA对于相应的激酶基因的抑制效率为50-100%。所述的siRNA不仅可抑制相关激酶基因过表达所导致的疾病,而且还可用于作为基因组研究的有效工具,研究相关的激酶基因的功能。

Description

用于激酶基因过表达相关疾病的siRNA
技术领域
本发明属于生物技术领域,涉及一组用于激酶基因过表达相关疾病的siRNA。
背景技术
近年来,研究人员已经初步绘出对调节人体细胞活动起重要作用的蛋白激酶的完整图谱。借助人类基因组草图,目前共识别出了518种人体蛋白激酶的基因,从而在本领域中引申出激酶组(Kinome)的概念。
已有的分析表明,蛋白激酶基因的数量在人类基因大家族中占据的份额约为1.7%,人体细胞中约30%蛋白质受到蛋白激酶的调控。激酶参与真核细胞中大多数信号通路,并在其中起关键的调节作用。如在Wnt信号通路中,有CK1α、CK1ε、GSK3β等多种激酶的参与;在ERK信号通路中,有Raf、MEK1、MEK2、ERK1、ERK2等激酶的参与。通过对底物活性的调节,激酶还控制了许多其它的细胞过程,包括代谢、转录、细胞周期进程、细胞骨架重排、以及细胞的迁移、凋亡和分化。蛋白质的磷酸化在发育,生理应答,神经和免疫系统的功能方面也起着决定性的作用。
激酶的过表达往往会影响到各种信号通路以及其它细胞过程中正常信号传导、底物活性调节等功能,从而导致细胞的生长、分化等机制发生异常,进而导致疾病的发生。因此找到抑制激酶过表达的物质,从而为治疗相关疾病提供有效途径是非常有意义的。
干扰激酶的过表达,从而中和掉部分或全部的激酶活性,是解决上述问题的一种有效途径。近年出现的RNAi技术可实现这一需求,但是,要找到合适的且可高效地干扰相关激酶过表达的siRNA并非是易事,也是本领域目前尚未实现的。
发明内容
本发明的目的在于提供一组用于激酶基因过表达相关疾病的siRNA,所述的siRNA对于相应的激酶基因的抑制效率为50-100%。
在本发明的第一方面,提供一种小干扰RNA(siRNA),所述的小干扰RNA抑制激酶基因的表达,且表达抑制率为50-100%。
在本发明的另一优选例中,所述的小干扰RNA抑制激酶基因的过表达。
在本发明的另一优选例中,所述的表达抑制率为51-99.99%,如所述的表达抑制率可以是51%,52%,53%,54%,55%,……,95%,96%,97%,98%,99%,99.9%。
在本发明的另一优选例中,所述的激酶基因选自:丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶基因、酪氨酸蛋白激酶基因、组氨酸蛋白激酶基因、色氨酸蛋白激酶基因、或天冬氨酰基/谷氨酰基蛋白激酶基因。
在本发明的另一优选例中,所述的小干扰RNA的序列选自下组:SEQ ID NO:1-463任一所示的序列。
在本发明的第二方面,提供一种载体,所述的载体含有所述的小干扰RNA。
在本发明的第三方面,提供一种遗传工程化的细胞,它是选自下组的细胞:
(a)用所述的载体转化或转染的细胞;或
(b)用所述的小干扰RNA转化或转染的细胞。
在本发明的第四方面,提供所述的小干扰RNA的用途,用于制备抑制激酶基因过表达的组合物。
在本发明的另一优选例中,所述的组合物还用于预防或治疗与激酶基因过表达相关的疾病。
在本发明的另一优选例中,所述的激酶基因过表达相关疾病包括但不限于:肿瘤、炎症、神经或免疫系统紊乱。
在本发明的第五方面,提供一种抑制激酶基因过表达的组合物,含有0.0001-20wt%的所述的小干扰RNA,以及与所述小干扰RNA相容的载体。
在本发明的另一优选例中,所述的组合物为药物组合物(载体为药学上可接受的载体)。
在本发明的第六方面,提供一种试剂盒,所述的试剂盒中含有容器,以及位于容器内的至少一种所述的小干扰RNA。
在本发明的另一优选例中,所述试剂盒含有SEQ ID NO:1-463所示的序列中的一种或多种(如1,2,3,4,……,461,462,463)。
在本发明的另一优选例中,每个容器中含有一种小干扰RNA。
在本发明的另一优选例中,所述的试剂盒可用于抑制激酶基因的过表达或用于鉴定激酶基因的功能。
在本发明的第七方面,提供一种鉴定激酶基因的功能的方法,包括步骤:在体外,使用所述的一种小干扰RNA在细胞内干扰所述的激酶基因,使之降低表达,观察该激酶基因降低表达的细胞的变化,并与所述激酶基因表达正常的细胞进行比较,从而确定所述激酶基因的功能。
在本发明的另一优选例中,所述的细胞变化包括但不限于:细胞内蛋白的变化(包括但不限于蛋白的表达情况、磷酸化情况),细胞信号通路的变化,细胞周期的变化,或细胞代谢、转录、骨架重排、迁移、凋亡、分化的变化。
本发明的其它方面由于本文的公开内容,对本领域的技术人员而言是显而易见的。
附图说明
图1显示了进行目的基因功能筛选的流程示意图。
图2显示了LK456-3对于LOC149420(CLIK1L)激酶基因的抑制情况。其中,Ctr表示细胞中转染不含相应的寡聚核苷酸的空载体的情况(以下各图中同)。
图3显示了LK304-1对于CAMKK2激酶基因的抑制情况。
图4显示了LK010-1对于CSNK1G3激酶基因的抑制情况。
图5显示了LK009-1、LK009-2、LK009-3、LK009-4对于CSNK1G2激酶基因的抑制效率。
图6显示了LK193-1、LK193-2、LK193-3对于STK10激酶基因激酶基因的抑制效率。
图7显示了LK475-1、LK475-2、LK475-3、LK475-4对于MGC8407激酶基因的抑制效率。
图8显示了pAS载体的结构。
图9显示了表达siRNA的质粒。
图10显示了pAPT载体的两种结构。
图11显示了pHA载体的两种结构。
具体实施方式
本发明人经过广泛而深入的研究和试验,找到一些可预防或治疗相关激酶基因过表达所导致的相关疾病的小干扰RNA(siRNA),本发明所述的siRNA对于相应的激酶基因的表达抑制效率约在50-100%之间。所述的siRNA还可用于作为基因组研究的有效工具,研究相关的激酶基因的功能。基于此完成了本发明。
如本文所用,所述的“表达抑制率”是指采用本发明的siRNA干扰以后,对激酶基因表达的抑制效率,作为本发明的的一种优选方式,所述的表达抑制率的计算公式如下:
Figure A20061002998800061
RNA干扰和siRNA
如本文所用,“RNA干扰(RNA interference,RNAi)”是指一些小的双链RNA可以高效、特异地阻断体内特定基因表达,促使mRNA降解,诱使细胞表现出特定基因缺失的表型,其也称为RNA干预或者干涉。RNA干扰是高度特异的在mRNA水平上的基因沉默机制。
RNAi的作用过程包括两个步骤——起始步骤和效应步骤。在起始步骤中,导入的dsRNA被特异性识别dsRNA的RNaseIII家族成员Dicer消化成21~23nt大小的小干扰RNA(small interfering RNA,siRNA),每个siRNA的3’端都有2~3个突出核苷酸,5’端带磷酸基团。在效应步骤中,siRNA与核酸酶复合物(包括核酸外切酶,核酸内切酶,解旋酶和类RecA蛋白等)结合形成RNA诱导的沉默复合物(RNA induced silence complex,RISC),RISC在ATP存在的情况下将siRNA解链成单链从而激活RISC,激活后的RISC通过碱基配对特异性识别目的基因的mRNA,继而将mRNA降解。
介导RNAi效应的双链RNA具有极强活性,少量的双链RNA就足以很大程度地抑制其同源基因的表达。在最近的一两年时间里,国际上有一些报道利用siRNA进行功能筛选的研究,但是这些研究大多不是以哺乳动物细胞为基础建立的;并且不能明确地鉴定出每一条siRNA是否能够有效抑制目的基因。
siRNA设计和合成
在设计siRNA时,本发明人选择人鼠同源的mRNA开放阅读框作为作用靶点,然后借鉴国际上采用的一些规则来设计约19nt大小的靶点序列。在确定前可以搜索BLAST数据库,保证无其它与靶基因同源的基因存在,避免引起对其它相似基因的沉寂作用。
在本发明的优选方式中,对于一种激酶基因,设计针对其不同靶区域的几个siRNA序列,通过转染细胞以选出效果最好的序列。
本发明对所述siRNA的合成方法没有特别的限制,比如可采用人工合成的方法。在本发明的优选方式中,采用体内DNA载体合成法。
在体内DNA载体合成法中,质粒载体设计的基本思路是:细胞内存在RNA聚合酶III,它可以识别H1启动子,从而使启动子后的基因转录成RNA,而遇到3~5个连续的“T”碱基时就终止转录。
根据上述的机制,可以设计一种能表达RNA的质粒,其组成包括四部分:①常用质粒的基本序列(如可采用pAS载体,pAS载体结构见图8);②H1启动子,位于克隆位点的上游;③克隆位点;④siRNA模板序列(DNA)。
在本发明的优选方式中,所述的表达RNA的质粒见图9。④部分的序列包括两端的酶切位点,19nt的siRNA编码序列、9nt的间隔序列、反向的19ntsiRNA序列靶序列以及5个“T”的转录终止序列。将具有如上结构的质粒导入细胞内,体内的RNA聚合酶III就可以合成一条RNA链,这条RNA链可以通过两端的19个核苷酸反向互补特性而形成发夹样双链结构,最终被Dicer加工成3’端有2nt突出的21nt的siRNA产物,从而产生RNAi效应。
在本发明的优选方式中,可采用常规的方法,将编码siRNA的序列及其两端编码siRNA所需的功能序列克隆入pAS载体的BamHI/HindIII酶切位点内。
siRNA的有效性检测
可采用多种方法来检测本发明所获得的各siRNA的有效性。
作为本发明的一种优选方式,激酶基因的功能的检测可采用如图1所示的过程:首先将激酶基因构建入合适的基因表达质粒,将设计的RNAi序列构建入RNAi表达质粒(可表达本发明的siRNA),两种表达质粒共转染细胞,从而检测RNAi的有效性,经检测有效的siRNA则可用于功能筛选、或用于相关激酶基因过表达所导致的疾病。
在本发明的更优选方式中,本发明人将目的激酶基因构建在pAPT载体或pHA载体上,将siRNA构建在pAS载体上,将两种载体共转染细胞,使s iRNA和目的激酶基因在所述细胞中表达,检测其中表达的siRNA对于目的激酶基因的干扰情况。
在本发明的更优选的方式中,针对pAPT载体或pHA载体,对应地有以下两种不同的检测手段:
1.pAPT载体上含有碱性磷酸酶(AP)基因,在其后面有一终止密码子,而激酶基因是插入到终止密码子之后,如果转入的siRNA可以抑制目的激酶基因,那么AP的转录后水平也会降低,这样通过检测AP的活性就可以判断RNAi的效果,这种检测方法灵敏度很高。
在本发明的优选方式中,代表性的pAPT载体可有两种,如pAPTa可用NheI/XhoI酶切以插入基因(参见图10A),pAPTb可用EcoRI/NotI酶切以插入基因(参见图10B)。当然,根据所需抑制的激酶的特点,还可采用一些其它的酶切位点。
2.pHA载体上含有HA tag,基因插入到HA tag前面或后面,如果转入的siRNA可以抑制目的基因,那么带有HA tag的基因的表达水平会降低,这样通过Western Blot用anti-HA检测蛋白的表达量就可以判断RNAi的效果。
在本发明的优选方式中,代表性的pHA载体可有两种,如pHAc可用XbaI/XhoI酶切以插入基因(参见图11A,外源基因插在HA前面),pHAd可用XhoI/NotI酶切以插入基因(参见图11B,外源基因插在HA后面)。当然,根据所需抑制的激酶的特点,还可采用一些其它的酶切位点。
siRNA的用途
(1)用于抑制激酶基因过表达
本发明的siRNA可用于抑制激酶基因的过表达,因而可用于预防或治疗相关激酶基因过表达所导致的疾病。
本领域人员均了解,激酶的过表达会影响到各种信号通路以及其它细胞过程中正常信号传导、底物活性调节等功能,从而导致细胞的生长、分化等机制发生异常,进而导致疾病的发生或发展。而本发明的siRNA可通过抑制相关激酶基因的活性,来治疗由于相关激酶基因过表达所导致的疾病。
这些siRNA可构成一个筛选库,以便于最终可以从中筛选出能够对于调节相应的细胞通道、调节细胞的生长、分化等机制特别有用的药物。
本发明获得的siRNA或含有siRNA的载体可集合在一起,制备成一种鉴定激酶基因的功能的检测试剂盒,便于快捷地鉴定相关的激酶活性。
(2)研究激酶基因的功能
在另一方面,本发明的siRNA可用于研究相关激酶基因的功能。
更具体的,可利用本发明的siRNA针对性地对生物基因组中相关的激酶基因进行干扰,使之降低表达或不表达,观察细胞或生物个体所出现的功能或个体表型的改变,从而鉴定出所述激酶在该生物基因组中的功能。
所述的细胞或生物个体所出现的功能或个体表型的改变包括但不限于:细胞内其它蛋白的变化(包括但不限于蛋白的表达情况、磷酸化情况),细胞信号通路的变化,细胞周期的变化,或细胞代谢、转录、骨架重排、迁移、凋亡、分化的变化。
药物组合物
本发明还提供了一种药物组合物,所述的药物组合物含有有效量的所述的siRNA,以及药学上可接受的载体。
所述“药学上可接受的”的成分是适用于人和/或动物而无过度不良副反应(如毒性、刺激和变态反应)的,即有合理的效益/风险比的物质。
所述“有效量”是指可对人和/或动物产生功能或活性的且可被人和/或动物所接受的量。在本发明中,所述的有效量一般为0.0001-20wt%siRNA。
所述“药学上可接受的载体”指用于治疗剂给药的载体,包括各种赋形剂和稀释剂。该术语指这样一些药剂载体:它们本身并不是必要的活性成分,且施用后没有过分的毒性。合适的载体是本领域普通技术人员所熟知的。在Remington’s Pharmaceutical Sciences(Mack Pub.Co.,N.J.1991)中可找到关于药学上可接受的赋形剂的充分讨论。在组合物中药学上可接受的载体可含有液体,如水、盐水、甘油和乙醇。另外,这些载体中还可能存在辅助性的物质,如填充剂、润滑剂、助流剂、润湿剂或乳化剂、pH缓冲物质等。
本发明所述的siRNA的有效量可随给药的模式和待治疗的疾病的严重程度等而变化。优选的有效量的选择可以由本领域普通技术人员根据各种因素来确定(例如通过临床试验)。所述的因素包括但不限于:所述的siRNA的药代动力学参数例如生物利用率、代谢、半衰期等;患者所要治疗的疾病、患者的体重、患者的免疫状况、给药的途径等。通常,当本发明的反义核苷酸每天以约0.0001-100mg/kg(优选的为0.001-50mg/kg)动物体重的剂量给予时,能得到令人满意的效果,较佳地每天以2-4次分开的剂量给予,或以缓释形式给药。对大部分大型哺乳动物而言,每天的总剂量约为0.001-100mg,较佳地约为0.005-50mg。可调节此剂量方案以提供最佳治疗应答。例如,由治疗状况的迫切要求,可每天给予若干次分开的剂量,或将剂量按比例地减少。
任何适用的给药途径都是可以的,包括但不限于:口服、静脉内注射、皮下注射、肌肉给予、局部给予、植入、缓释给予、肿瘤内给予等;优选的,所述给药方式是非肠道给予的。
可选择地,可将所述的siRNA克隆到合适的表达载体中,直接转染于动物体的相应细胞或组织进行给药。
本发明的主要优点在于:通过大量的研究,找到一系列可预防或治疗相关激酶基因过表达所导致的相关疾病的siRNA,所述的siRNA均可显著抑制相应的激酶基因的表达。
下面结合具体实施例,进一步阐述本发明。应理解,这些实施例仅用于说明本发明而不用于限制本发明的范围。下列实施例中未注明具体条件的实验方法,通常按照常规条件如Sambrook等人,分子克隆:实验室指南(New York:Cold SpringHarbor Laboratory Press,1989)中所述的条件,或按照制造厂商所建议的条件。除非另外说明,否则百分比和份数按重量计算。
以下实施例中所用到的一些培养基或缓冲液的配方如下:
(1)Luria Bertani(LB)培养基
Bacto-胰蛋白胨10g/L;Bacto-酵母抽提物5g/L;NaCl 10g/L;灭菌。
(2)RbCl化学感受态所需S.O.B培养液
Bacto-胰蛋白胨20g/L;Bacto-酵母抽提物5g/L;NaCl 0.6g/L;KCl0.5g/L;灭菌,使用前加入灭菌的MgCl2、MgSO4至终浓度10mM。
(3)感受态细胞缓冲液1
RbCl 12g/L;MnCl2·4H2O 9.9g/L;CaCl2·2H2O 1.5g/L;甘油150g/L;Kac 2.94g/L;由10%HAc调至pH5.8,过滤除菌,4℃保存。
(4)感受态细胞缓冲液2
0.5M pH6.8MOPS 20mL;RbCl 1.2g/L;CaCl2·2H2O 11g/L;甘油150g/L;过滤除菌,4℃保存。
实施例1构建RNAi表达质粒
1.寡聚核苷酸的制备
采用常规的方法,人工合成针对目的激酶基因靶点的寡聚核苷酸序列(合成的序列是如图9中所示的两条链,表1中提供的序列是激酶基因的靶点序列,也即同图9中上面那条链的正向链部分)(见表1),并溶解(溶解于水中)至终浓度50μM。
表1
LiLABNo. 激酶基因 Unigene GenBank登录号 ORF长度   SiRNA核苷酸序列号 序列   SEQ IDNO: 抑制效率
  LK001 MAP4K4-3 Hs.3628   NM_145687(V3) 3639 LK001-2 GTAGCACACTCCAGAAACA 1 65%~70%
  LK004   NLK(LOC51701)   Hs.3532   NM_016231   1548   LK004-4   GAACCTCAGTTCTGTCCGA   2   85%~90%
  LK004-5   CACCATCACTGGAAGCAAT   3   70%~75%
  LK006   CSNK1A1   Hs.318381   NM_001892   1014   LK006-1   AGTACAGAGACAACAGGAC   4   65%~70%
  LK006-2   TGTTAGCTGACCAGATGAT   5   65%~70%
  LK006-3   CAGGCAAGCAAACTGACAA   6   70%~75%
  LK010   CSNK1G3   Hs.129206   NM_004384   1344   LK010-1   GGCTTAAAGGCTGACACA   7   85%~90%
  LK010-2   GGTTGTAAGTTCTACAAAT   8   80%~85%
  LK011   CSNK2A1   Hs.446484   NM_001895   1176   LK011-1   GCAATTGTACCAGACGTTA   9   85%~90%
  LK011-2   CCAGACGTTAACAGACTAT   10   75%~80%
  LK012   CSNK2A2   Hs.82201   NM_001896   1053   LK012-1   AGCTCTGGATTACTGCCAC   11   65%~70%
  LK016   MAP2K2   Hs.72241   NM_030662   1203   LK016-1   GAGAAGCACCAGATCATGC   12   55%~60%
  LK016-2   CTCCGAGAGAAGCACCAGA   13   55%~60%
  LK016-4   AGCGGTCCGAGGTGGAAGA   14   65%~70%
  LK017   MAP2K3(MKK3A)   Hs.180533   L36719   957   LK017-1   GTTCTACCGGAAGGTGCTG   15   70%~75%
  LK018   MAP2K4   Hs.75217   NM_003010   1200   LK018-2   GCAACTGTGAAAGCACTAA   16   85%~90%
  LK018-3   CTGCAGAGGACTTGAAAGA   17   80%~85%
  LK019   MAP2K5   Hs.250870   NM_145160   1347   LK019-2   GCCAAGACGTATGTTGGAA   18   80%~85%
  LK020 MAP2K6-1 Hs.118825   NM_002758(v1) 1005 LK020-2 GACGTCAAGCCTTCTAATG 19 85%~90%
  LK020-3   CGGTGGACTGTCCATTCAC   20   60%~65%
  LK023   MAP3K2   Hs.28827   NM_006609   1863   LK023-2   TGAGCGAATTGTTCAGTAT   21   80%~85%
  LK024   MAP3K3   Hs.29282   NM_002401   1881   LK024-2   GCACAAATGGCGAGAACAT   22   75%~80%
  LK024-3   AGCTGCCAATCCTTGGACA   23   50%~55%
  LK028   MAP3K7(TAK1)   Hs.7510   NM_003188   1740   LK028-1   TGACTCACTTGATGCGGTA   24   75%~80%
  LK028-2   TGGACATTGCTTCTACAAA   25   75%~80%
  LK036   MAP4K1   Hs.95424   NM_007181   2502   LK036-2   CCAAGATGCTCAGTCATCA   26   60%~65%
  LK038   MAP4K3   Hs.399752   NM_003618   2685   LK038-2   TGAACTTCATGAAACATCA   27   70%~75%
  LK040   MAPK1(ERK2)   Hs.458104   Z11694   1083   LK040-1   CGTTCTGCACCGTGACCTC   28   70%~75%
  LK040-2   TCCATTCAGCTAACGTTCT   29   75%~80%
  LK042   MAPK4   Hs.269222   NM_002747   1674   LK042-5   GAAGATCCTGACCTTTAAC   30   60%~65%
  LK042-6   GCCATCGACTTTCTGGAGA   31   50%~55%
  LK043   MAPK6   Hs.271980   NM_002748   2166   LK043-2   GTGCACATGAACTTGAACA   32   85%~90%
  LK043-3   TTATTCCCATAAGGGTCAT   33   50%~55%
  LK044   MAPK7   Hs.3080   NM_139033   2451   LK044-1   TGAGAACTGTGAGCTCAAG   34   75%~80%
  LK044-2   AGAACTGTGAGCTCAAGAT   35   70%~75%
  LK045   MAPK8(JNK1)   Hs.267445   NM_002750   1155   LK045-2   TGTCCTACCTTCTCTATCA   36   65%~70%
  LK045-3   TGGAGCTCATGGATGCAAA   37   70%~75%
  LK046   MAPK9(JNK2)   Hs.246857   L31951   1275   LK046-1   TGGATGCTAACTTATGTCA   38   75%~80%
  LK046-2   GCCAGAGATCTGTTATCAA   39   85%~90%
  LK047   MAPK10   Hs.151051   NM_002753   1269   LK047-1   TGTGGCCATTAAGAAGCTC   40   80%~85%
  LK047-2   TGAAGTGTGTGAACCATAA   41   90%~95%
  LK048 MAPK11 Hs.57732   NM_002751(v1) 1095 LK048-2 GCCATAGACCTCCTTGGAA 42 60%~65%
  LK048-3   GCCCTGAGGTTCTGGCAAA   43   60%~65%
  LK049   MAPK12   Hs.55039   NM_002969   1104   LK049-2   CCAGCTGAAGGAGATCATG   44   75%~80%
  LK051   MAPK14   Hs.79107   NM_001315   1083   LK051-1   GTTTCCTGGTACAGACCAT   45   65%~70%
  LK054   CAMK2D   Hs.111460   NM_001221   1500   LK054-2   GCTGATGCCAGTCATTGTA   46   80%~85%
  LK056   STK22C   Hs.379372   NM_052841   807   LK056-1   GCATGGGTGTGGTCCTGTA   47   50%~55%
  LK056-2   TGCAGGGCTTCAACCTGAA   48   65%~70%
  LK062   STK35   Hs.100057   NM_080836   1206   LK062-3   GCTACGGCGTGGTTTATGA   49   65%~70%
  LK063   MGC42105   Hs.25845   NM_153361   1311   LK063-2   CTGGATCCCAAACATTTGT   50   60%~65%
  LK067   ALK7   Hs.352338   NM_145259   1482   LK067-1   TGCTTGATGATACAATGAA   51   70%~75%
  LK067-2   TGACATGGTGCCTTCAGAT   52   70%~75%
  LK071   MAK   Hs.148496   NM_005906   1872   LK071-2   GCAGCTGCAACCATTAGAA   53   75%~80%
  LK071-3   GGAGCAATGCAGGAAATCT   54   70%~75%
  LK074   PRKCB1   Hs.349845   NM_002738   2022   LK074-3   GGAATATTGACCAATCAGA   55   80%~85%
  LK077   SNF1LK   Hs.380991   NM_173354   2352   LK077-1   CATGTCTCAAGACTGTGAG   56   65%~70%
  LK077-2   GGATTTGGGAATTTCTACA   57   85%~90%
  LK083   CASK   Hs.288196   NM_003688   2766   LK083-2   TGAAGTTTACAGTGATGAA   58   55%~60%
  LK085   KIAA0781   none   NM_015191   2781   LK085-2   GTTCTCCTATCAGACTTGT   59   65%~70%
  LK085-3   GATGCAGATAGCAGAGAGC   60   65%~70%
  LK088   PRP4   Hs.198891   NM_003913   3024   LK088-2   GTGGCTGTAAAGATCATCA   61   65%~70%
  LK088-3   GTTGTTCCTGGCATTGAAA   62   70%~75%
  LK089   TIF1   Hs.183858   NM_003852   3048   LK089-1   GTAGCCAATGCTGGTATAA   63   80%~85%
  LK089-2   GTAATCGAGGATAAAGAGA   64   65%~70%
  LK090   KIAA1804   Hs.50883   NM_032435   3111   LK090-1   GAGAGCTTCATAAAGCACA   65   55%~60%
  LK090-2   GATTTCCAGCACAAGATAA   66   65%~70%
  LK091   TRIM33   Hs.287414   NM_015906   3384   LK091-1   AGATGATGACCCAAATGAA   67   70%~75%
  LK091-3   GGGACAAACCACATTAGTA   68   55%~60%
  LK092   LATS1   Hs.324925   NM_004690   3393   LK092-1   GTCACTCTGCTAATTCTCA   69   80%~85%
  LK092-2   GAACTTACCTGTGCAGTTG   70   85%~90%
  LK094   PRKWNK4   Hs.105448   NM_032387   3696   LK094-1   GGTGAAGGAGATCATTGAA   71   50%~55%
  LK101   MELK   Hs.184339   NM_014791   1956   LK101-1   GAGGCAGATGTTTGGAGCA   72   90%~95%
  LK101-2   AAGAAACGGATTTCTATGA   73   70%~75%
  LK102   VRK2   Hs.82771   NM_006296   1527   LK102-1   CCACAAACAGTATCAGGAA   74   80%~85%
  LK102-2   GATATTGTCCCAATGGGAA   75   85%~90%
  LK103   SUDD   Hs.209061   NM_003831   1560   LK103-2   GAATGTGCCATCAAGGTAT   76   70%~75%
  LK105   PINK1   Hs.6163   NM_032409   1746   LK105-2   GCGAGAGGCCAGCAAGAGA   77   55%~60%
  LK105-4   GAGAAGTGTTGTGTGGAAA   78   70%~75%
  LK107   PASK   Hs.79337   NM_015148   1989   LK107-1   GTGGTGGTGAAGTTTATTA   79   75%~80%
  LK108   HSA250839   Hs.58241   NM_018401   1245   LK108-1   GAGACATCAAGCCAGACAA   80   80%~85%
  LK108-2   GAATCCAAGCCACTTCACA   81   80%~85%
  LK110-2   GACTTCTTATCTGACTGAA   82   80%~85%
  LK110-3   GAAGACTTCTTATCTGACT   83   85%~90%
  LK112   KIAA0999   none   NM_025164   1518   LK112-1   GCAGCTACAGCCCTTCAAC   84   70%~75%
  LK113   RIPK1   Hs.296327   NM_003804   2016   LK113-1   GGGCAACCTGATGCACGTG   85   80%~85%
  LK113-3   GTACATGGAGAAGGGCAAC   86   80%~85%
  LK128   STK29   Hs.170819   NM_003957   2007   LK128-1   CGCTAGAGCACATTCAGAA   87   75%~80%
  LK158   ULK2   Hs.151406   NM_014683   3111   LK158-1   GGAGCTTAATGCCTAGTAT   88   85%~90%
  LK158-2   GCAAGAACTCTTCTTGTGA   89   85%~90%
  LK159   SNK   Hs.3838   NM_006622   2058   LK159-1   ACATTTACATTCTCTTGGA   90   65%~70%
  LK159-2   GCAGAGTAGCTAAACCTCA   91   85%~90%
  LK162   HUNK   Hs.109437   NM_014586   2145   LK162-1   GCGCTATTTGTCAGGGAAA   92   60%~65%
  LK162-4   ATAGAGAATTTGCTACTAG   93   65%~70%
  LK163   CLK4   Hs.406557   NM_020666   1446   LK163-1   GTCTGACTATGTAGTCAAA   94   80%~85%
  LK163-3   AAGAGCACCTGGCAATGAT   95   80%~85%
  LK166   C8FW(Trb1)   Hs.444947   NM_025195   1119   LK166-1   GGAGAGAACCCAGCTTAGA   96   80%~85%
  LK166-2   CTCAGAAATAGGAACTTCA   97   70%~75%
  LK169   PRKCN   Hs 434387   NM_005813   2673   LK169-2   TGTGAAGGCTGTGGATTAA   98   85%~90%
  LK169-3   TGATGCTCGCTGGGAAATA   99   75%~80%
  LK170   IRAK2   Hs.249175   NM_001570   1773   LK170-2   GCAACGTCAAGAGCTCTAA   100   60%~65%
  LK171   RPS6KA5   Hs.109058   NM_004755   2430   LK171-1   GAGAGCGTTTCACAGAGCA   101   75%~80%
  LK174   STK17A   Hs 9075   NM_004760   1245   LK174-2   GGAATCCATTGTAACCGAA   102   70%~75%
  LK175   ARK5   Hs.200598   NM_014840   1986   LK175-1   TCTGCAGCAAGCTCAACTA   103   65%~70%
  LK177   IRAK1   Hs.182018   NM_001569   2139   LK177-1   GAGCCACCGCAGATTATCA   104   80%~85%
  LK177-2   GGTTTCGTCACCCAAACAT   105   65%~70%
  LK178-2   ACACATCCTTCATCGAGAT   106   75%~80%
  LK178-3   GTTTATCGGATTATTGAAG   107   80%~85%
  LK179   RIPK2   Hs.103755   NM_003821   1623   LK179-1   TGCCAAATGGATCATTAAA   108   90%~95%
  LK179-2   ATACATGCCAAATGGATCA   109   90%~95%
  LK183   PRKCQ   Hs.408049   NM_006257   2121   LK183-1   GGCCGAATGCTAATGAATG   110   55%~60%
  LK183-2   TGCTAATGAATGCAAGATA   111   70%~75%
  LK183-3   GAAATATGGTTAGAGCTGA   112   75%~80%
  LK185   STK6   Hs.250822   NM_003600   1212   LK185-1   CATTAAGCCAGAGAACTTA   113   80%~85%
  LK185-3   GTGGAGCATCAGCTCAGAA   114   80%~85%
  LK187   TESK2   Hs.8980   NM_007170   1668   LK187-1   TCATCCTCTGCGAGATCAT   115   70%~75%
  LK187-3   CTCGAAGCCAGTCAGATAT   116   70%~75%
  LK189   NTRK2   Hs.47860   NM_006180   2517   LK189-1   CCTGCAGATACCCAATTGT   117   60%~65%
  LK189-2   CTGGTGCATTCCATTCACT   118   60%~65%
  LK189-3   GGAGAAGATCAAGATTCTG   119   75%~80%
  LK192   DYRK1B   Hs.130988   NM_004714   1890   LK192-1   TCAAGATCATCAAGAACAA   120   60%~65%
  LK192-2   GACCTACAAGCACATCAAT   121   65%~70%
  LK194   RNASEL   Hs.404277   NM_021133   2226   LK194-1   GGAGCAAATGTGAATTTGA   122   75%~80%
  LK194-2   GTCACTTGGTGACATTCTA   123   60%~65%
  LK202   PAK2   Hs.406154   NM_002577   1578   LK202-1   GTGATCCACAGAGACATCA   124   75%~80%
  LK202-3   GGAGGTTGCTATCAAACAA   125   85%~90%
  LK205   AKT3   Hs.161189   NM_005465   1440   LK205-1   GGATGAAGTGGCACACACT   126   75%~80%
  LK205-2   GATTGTGTACCGTGATCTC   127   75%~80%
  LK208   DYRK1A   Hs.75842   NM_001396   2292   LK208-1   GGATATACCAGTATATTCA   128   75%~80%
  LK208-2   GCAAGAAAGTTCTTTGAGA   129   70%~75%
  LK213   PRKY   Hs.56336   NM_002760   834   LK213-1   GGGATTTGAAGCCGGAGAA   130   80%~85%
  LK216   PRKCL2   Hs.69171   NM_006256   2955   LK216-1   TGATGAATTTACCTCAGAA   131   75%~80%
  LK216-2   CAGGTCACGTGAACTGGAA   132   65%~70%
  LK217   EPHA5   Hs.201920   NM_004439   3114   LK217-1   GTCGAAGATTTGAGTTTGA   133   75%~80%
  LK217-2   ACAGTAACCTTGTGTGCAA   134   80%~85%
  LK217-3   GAATTACCTGTGGCTATCA   135   90%~95%
  LK218   HIPK3   Hs.30148   NM_005734   3648   LK218-1   CAGAGCTCCAGAGATTATA   136   70%~75%
  LK218-2   CAGGAATGAAGTCTAAAGA   137   70%~75%
  LK220   PKU-β(TLK1)   Hs.18895(TLK1)   AB004885   2364   LK220-1   GAATCTTGTGAAGCAACAA   138   70%~75%
  LK220-2   CTTAGACTAGGACATCTCA   139   60%~65%
  LK222   FLT1   Hs.347713   NM_002019   4017   LK222-1   GCACGCTGTTTATTGAAAG   140   70%~75%
  LK222-2   TGAGCCTGGAAAGAATCAA   141   60%~65%
  LK226   SRPK1   Hs.75761   NM_003137   1965   LK226-1   GAAGCGCCAGGCAGAATTA   142   80%~85%
  LK226-2   AATGGTTGTTCAACTACTA   143   80%~85%
  LK230   MAPKAPK2   Hs.75074   NM_004759   1113   LK230-1   GACCAGGCATTCACAGAAA   144   70%~75%
  LK231   JAK3   Hs.99877   NM_000215   3375   LK231-3   ACGAGCTCTTCACCTACTG   145   65%~70%
  LK233   TXK   Hs.29877   NM_003328   1584   LK233-1   ATGAAGGCTTAATCCCAAG   146   70%~75%
  LK233-2   GTGGTATGTGGCTGAAAGA   147   75%~80%
  LK235   NTRK3   Hs.26776   NM_002530   2478   LK235-2   GTAACCGGCTCACCACACT   148   65%~70%
  LK241   PRKG1   Hs.2689   NM_006258   2061   LK241-1   GCGACCGTCAAGACTCTTG   149   60%~65%
  LK247   ITK   Hs.211576   NM_005546   1863   LK247-1   CCTATGAGTGGTACAATAA   150   75%~80%
  LK249   BRAF   Hs.162967   NM_004333   2298   LK249-2   CGTGAAAGCCTTACAGAAA   151   75%~80%
  LK252   AKT1   Hs.368861   NM_005163   1443   LK252-1   CCATGAACGAGTTTGAGTA   152   65%~70%
  LK253   RPS6KA1   Hs.149957   NM_002953   2208   LK253-1   TGAGGAGGGCCACATCAAA   153   80%~85%
  LK253-2   GCCTGGGCATTCTGCTGTA   154   65%~70%
  LK253-3   CTCCACCATTGACTGGAAT   155   75%~80%
  LK254   PRKACB   Hs.87773   NM_002731   1056   LK254-1   GAACCTGCTGCAGGTGGAT   156   80%~85%
  LK254-2   AATTGGAAGGTTCAGTGAG   157   65%~70%
  LK256   PRKACA   Hs.77271   NM_002730   1056   LK256-1   GTAACTTTGACGACTATGA   158   60%~65%
  LK256-3   CCAAGCGCTTTGGGAACCT   159   70%~75%
  LK257   ADRBK2   Hs.13944   NM_005160   2067   LK257-1   CTCAAAGCAAGCTGTAGAA   160   65%~70%
  LK257-3   GGAACTTCTTTCCTGTTCA   161   75%~80%
  LK259   PRKCA   Hs.169449   NM_002737   2019   LK259-2   GGAGCAAGCACAAGTTCAA   162   85%~90%
  LK260   STK38   Hs.8724   NM_007271   1398   LK260-1   CAGTTTGTGGGTTGTGAAA   163   80%~85%
  LK260-2   AGCTAAACCTCTACCTAAT   164   80%~85%
 LK261   PRKCI   Hs.355476   NM_002740   1764   LK261-2   CAGACAGTAATTCCATATA   165   75%~80%
  LK261-3   TGAGCGAGGGATAATTTAT   166   85%~90%
 LK263   SGK   Hs.296323   NM_005627   1296   LK263-1   CATCGTTTATAGAGACTTA   167   75%~80%
  LK263-2   GAATGTGAAGCACCCTTTC   168   75%~80%
 LK264   PRKG2   Hs.41749   NM_006259   2289   LK264-1   CCAAATGATGACCTACAAT   169   80%~85%
  LK264-2   GAAAGGCTGGGAAATCTGA   170   80%~85%
 LK265   PDPK1   Hs.154729   NM_002613   1671   LK265-1   GCAACATAGAGCAGTACAT   171   70%~75%
  LK265-2   GGGTTTATTTGCAAGACGA   172   85%~90%
 LK266   RPS6KA2   Hs.301664   NM_021135   2202   LK266-4   GATCAAGCCACCGTTCAAA   173   60%~65%
  LK267-2   CTATGATTCTTAAAGCCAA   174   75%~80%
 LK270   STK38L(NDR2)   Hs.184523   BC028603   1395   LK270-1   GGCCATATCTATGCAATGA   175   75%~80%
  LK270-2   GAAAGTCTGATATGCTTGA   176   80%~85%
 LK271   SGK2   Hs.62863   NM_016276   1284   LK271-1   GAACTACGGGAAGGTCCTA   177   70%~75%
 LK272   RPS6KL1   Hs.194286   NM_031464   1626   LK272-2   GGAGATCTTCAACTGCCAC   178   55%~60%
 LK277   PRKAA1   Hs.9247   NM_006251   1653   LK277-1   CGAAGGAAGAATCCTGTGA   179   80%~85%
  LK277-2   GCCAAATCAGGGACTGCTA   180   75%~80%
 LK278   GS3955   Hs.155418   NM_021643   1032   LK278-1   GGAAATTCTGGACCATCCT   181   70%~75%
  LK278-2   AGTGCCTCATCCGAAGCAT   182   75%~80%
 LK281   STK17B   Hs.120996   NM_004226   1119   LK281-1   GCAACAGATATGTGGAATA   183   85%~90%
LK281-2 GATGTTATCAGACTCATTA 184   95%~100%
 LK282   CHEK1   Hs.24529   NM_001274   1431   LK282-1   TGAAAGGGATAACCTCAAA   185   70%~75%
  LK282-2   CAGGGATATTAAACCAGAA   186   90%~95%
 LK284   STK11   Hs.301772   NM_000455   1302   LK284-2   GTATATGGTGATGGAGTAC   187   75%~80%
  LK284-3   GGCCAACGTGAAGAAGGAA   188   60%~65%
 LK285   MARK1   Hs.12808   NM_018650   2388   LK285-1   GAAGTACGAATAATGAAGA   189   85%~90%
  LK285-2   GTCTGGGCGTCATTCTCTA   190   85%~90%
  LK285-3   CGAATAATGAAGATACTGA   191   85%~90%
 LK286   MARKL1   Hs.118843   NM_031417   2067   LK286-1   GGTCACAAGTTGCCATCTA   192   70%~75%
  LK286-4   AGACAAATGGATCAACATC   193   60%~65%
 LK287   CAMK1G   Hs.199068   NM_020439   1431   LK287-2   ATGGCATCGTCCACAGAGA   194   75%~80%
  LK287-3   TGATCACTGACTTTGGTCT   195   60%~65%
  LK287-4   AGTGGAGGCAAGCCTTCAA   196   65%~70%
  LK287-5   CCCACTACTACCTGGTCAT   197   50%~55%
 LK289   RAGE   Hs.104119   NM_014226   1260   LK289-2   GGGATCAGGAATACCTCTA   198   70%~75%
  LK289-3   GTAAATGAACTGGACCAAA   199   65%~70%
 LK290   MAPKAPK5   Hs.30327   NM_003668   1416   LK290-1   GAAGCAAGCCAGCCAAGTA   200   75%~80%
  LK290-3   GAGCTATTTCACAGAATCA   201   65%~70%
 LK291   MKNK1   Hs.5591   NM_003684   1398   LK291-1   GCACTTCAATGAGCGAGAA   202   70%~75%
  LK291-2   GCCAGAACAAGCTGTTTGA   203   60%~65%
  LK291-3   CACTTCAATGAGCGAGAAG   204   85%~90%
 LK292   CHEK2   Hs.146329   NM_007194   1632   LK292-1   AGATGATCAGTCAGTTTAT   205   75%~80%
  LK292-2   TCAGTCAGTTTATCCTAAG   206   70%~75%
 LK293   CKLiK   Hs.130065   NM_020397   1074   LK293-1   GGACAGTTCAAATGCAAGT   207   75%~80%
  LK293-2   GAGGGCAAAGGAGATGTGA   208   55%~60%
 LK295   C20orf97(Trb3)   Hs.344378   BC027484   1077   LK295-1   GCTGTGTCGCTTTGTCTTC   209   85%~90%
  LK295-2   GCTGGTGCTAGAGAACCTG   210   65%~70%
  LK295-3   GATGATTCCCTGTGGGACA   211   70%~75%
  LK295-4   GCACTGAGTATACCTGCAA   212   75%~80%
 LK297   MYLK2   Hs.86092   NM_033118   1791   LK297-3   GGTCATGAACCAGCTGAAC   213   60%~65%
  LK297-5   GGAGATTGAGGTCATGAAC   214   75%~80%
  LK297-6   CGGGATCCTCTTCATGCAC   215   60%~65%
 LK298   ACVR2B   Hs.23994   NM_001106   1539   LK298-1   AGGGCTCCCTCACGGATTA   216   65%~70%
  LK298-2   TGTCACGAGGCCTCTCATA   217   75%~80%
 LK301   PTK6   Hs.51133   NM_005975   1356   LK301-1   TGAAGAAGCTGCGGCACAA   218   65%~70%
 LK304   CAMKK2   Hs.297343   AF140507   1767   LK304-1   CTTCCAGGATCTGATCAAA   219   65%~70%
  LK304-2   TGAGGACCATCTGTACATG   220   70%~75%
  LK304-3   AATTGGAAAGGGCTCCTAT   221   75%~80%
  LK305-2   GTTCATGCTTGTTTACAAA   222   65%~70%
 LK306   LYN   Hs.80887   NM_002350   1539   LK306-1   GTCTGGATGGGTTACTATA   223   80%~85%
  LK306-2   TCGAGCGGAAGAACTACAT   224   75%~80%
  LK306-3   CTGCCCAGATGAGCTCTAT   225   65%~70%
 LK307   AMHR2   Hs.437877   NM_020547   1722   LK307-2   GAATGTGCTCATTCGGGAA   226   70%~75%
  LK307-4   CTGACTTCTGCAATGCCAA   227   65%~70%
 LK308   PKMYT1   Hs.77783   NM_004203   1500   LK308-3   GAGTCCTTCTTCCAGCAGA   228   70%~75%
  LK312-3   AGTGGGTTGACTACTCCAA   229   70%~75%
 LK313   TEK   Hs.89640   NM_000459   3375   LK313-1   GAAGATGCAGTGATTTACA   230   90%~95%
  LK313-2   TGATGAGGTGTATGATCTA   231   80%~85%
 LK314   YES1   Hs.194148   NM_005433   1632   LK314-1   TGAAAGACCAACATTTGAA   232   75%~80%
  LK314-2   CTACACAGAACATGCTGAT   233   75%~80%
 LK315   FRK   Hs.89426   NM_002031   1518   LK315-1   GATAGACCGCAACTCCATA   234   65%~70%
  LK315-2   GAGTTGATGAGACATGGAA   235   70%~75%
 LK316   PTK2B   Hs.20313   NM_004103   3030   LK316-2   GCATAGAGTCAGACATCTA   236   70%~75%
  LK316-3   CTCATTCAAGGATGGAACA   237   65%~70%
 LK317   OSR1   Hs.95220   NM_005109   1584   LK317-1   GCTGCTAAGTGGAGGTTCT   238   75%~80%
  LK317-2   CTGGTGTTCAAGATAAAGA   239   80%~85%
 LK319   C20orf64   Hs.440263   NM_033550   762   LK319-2   CACCACCTCCAACATGCTC   240   80%~85%
  LK319-3   CCTCTATGTCCTGGAGAAG   241   75%~80%
 LK320   topK   Hs.104741   NM_018492   969   LK320-2   GTGATGTAGGAGTCTCTCT   242   90%~95%
  LK320-4   GCCATGGAAACCCAAAGAA   243   85%~90%
 LK322   PTK9   Hs.82643   NM_002822   1053   LK322-1   GAGAGCGGATGCTGTATTC   244   70%~75%
  LK322-3   GTGCAGTTGGAAATAGATA   245   80%~85%
 LK323   BCKDK   Hs.20644   NM_005881   1239   LK323-1   GAGCCACAATGGAGAGTCA   246   75%~80%
  LK323-2   GACGCCTGTGTGAGCACAA   247   65%~70%
 LK325   PDK3   Hs.193124   NM_005391   1221   LK325-1   TGAACAGTATTACCTGGTA   248   85%~90%
  LK325-2   GTATTACCTGGTAGCTCCA   249   80%~85%
  LK325-3   GTTGAAGAATTCAATGCCA   250   90%~95%
 LK326   PDK4   Hs.8364   NM_002612   1236   LK326-1   AGTCAGCCTTCAAACATTA   251   80%~85%
  LK326-2   GAGATCTGAATCTCTACT   252   80%~85%
 LK327   CABC1   Hs.273186   NM_020247   1107   LK327-2   ATCCATAGAGATGAAGTTC   253   65%~70%
  LK327-3   TGTGCCTGAGATTGTGGAT   254   55%~60%
 LK328   BRD3   Hs.86896   NM_007371   2181   LK328-1   TGCAGGACTTCAACACCAT   255   80%~85%
  LK328-3   CTGGAGAGATATGTCAAGT   256   85%~90%
 LK329   H11   Hs.111676   NM_014365   591   LK329-1   GAGGAGTTGATGGTGAAGA   257   75%~80%
  LK329-2   GGTGGATCCTGTGACAGTA   258   70%~75%
 LK331   ARAF1   Hs.423807   NM_001654   1821   LK331-1   CAAGTTCCACCAGCATTGT   259   75%~80%
  LK331-3   ACCGGGACTCAGGCTATTA   260   65%~70%
 LK332   BMPR1A   Hs.2534   NM_004329   1599   LK332-1   GGATGAAGCATTTATTCCA   261   75%~80%
  LK332-2   CTATTGCCAAACAGATTCA   262   70%~75%
 LK333   BMPR1B   Hs.87223   NM_001203   1509   LK333-3   GTGGCTTATGTCATTTACA   263   65%~70%
  LK333-4   GTTGGCACCAAACGCTATA   264   70%~75%
 LK334   BMX   Hs.27372   NM_001721   2028   LK334-4   GACTGGTGGCAAGTAAGAA   265   70%~75%
 LK335   BTK   Hs.159494   NM_000061   1980   LK335-1   GAACAGGAATGGAAGCTTA   266   90%~95%
  LK335-2   TCCCTGAGCTCATTAACTA   267   60%~65%
  LK335-3   GAAGCCAAAGTCATGATGA   268   85%~90%
 LK336   BUB1   Hs.287472   NM_004336   3258   LK336-1   GAAGGCTTCCTCATTTGGA   269   75%~80%
  LK336-2   GGCTTCCTCATTTGGATAT   270   75%~80%
 LK337   CAMKK1   Hs.8417   NM_172206   1518   LK337-2   CAGACACTATGCAATGAAA   271   75%~80%
  LK337-3   GAAGTTACTGAAGCAGTAT   272   70%~75%
 LK338   CCRK   Hs.26322   NM_012119   1359   LK338-1   AGAGCTACCTGCAGATGCT   273   60%~65%
  LK338-5   GGAGAAGTGCAGAGAGTAA   274   65%~70%
 LK339   CDC2   Hs.334562   NM_001786   894   LK339-1   TTGATGACAAAGGAACAAT   275   70%~75%
  LK339-2   CAATCAGATTAAGAAGATG   276   50%~55%
  LK339-3   GGACAATCAGATTAAGAAG   277   70%~75%
 LK340   CDK2   Hs.19192   NM_001798   897   LK340-3   CGGAGCTTGTTATCGCAAA   278   80%~85%
  LK340-4   TCCCTGGAGATTCTGAGAT   279   70%~75%
 LK343   CDK5   Hs.166071   NM_004935   879   LK343-1   CCAAGCTGCCAGACTATAA   280   80%~85%
  LK343-2   AGCTGTACTCCACGTCCAT   281   80%~85%
 LK344   CDK6   Hs.38481   NM_001259   981   LK344-2   GCAAAGACCTACTTCTGAA   282   80%~85%
  LK344-3   GACCACTTACTTGGATAAA   283   55%~60%
 LK345   CDK7   Hs.184298   NM_001799   1041   LK345-1   CCTACATGTTGATGACTCT   284   65%~70%
  LK345-2   AGCCTACATGTTGATGACT   285   80%~85%
 LK347   CDKL2   Hs.143241   NM_003948   1482   LK347-2   CAGTCACAATATCATACAC   286   65%~70%
 LK349   CLK3   Hs.73987   NM_003992   1473   LK349-1   ACACCTTTGAGTTCCTGAA   287   65%~70%
  LK349-2   TGATCCACCGTACCAGGAA   288   60%~65%
  LK350-2   GGAGGTGTACTTTGAGAAC   289   70%~75%
 LK351   DDR2   Hs.71891   NM_006182   2568   LK351-3   AGGTCCACTGCAACAACAT   290   70%~75%
  LK351-4   GATCATGTTTGAATTTGAC   291   75%~80%
 LK352   DYRK2   Hs.173135   NM_006482   1806   LK352-1   CAGCCTTCGAACACCATGA   292   55%~60%
 LK353   DYRK3   Hs.164267   NM_003582   1662   LK353-1   GTTATTGGTGGTCCCAATA   293   75%~80%
  LK353-2   GAGACCAGTTGGCCTGCAT   294   70%~75%
 LK355   EPHB1   Hs.272311   NM_004441   2955   LK355-1   AGGAGACCTTCAACTTGTA   295   85%~90%
  LK357-3   ACGGGAAGGAGTTTAAGCA   296   70%~75%
 LK358   FGR   Hs.1422   NM_005248   1590   LK358-1   AGTTCCACATCCTGAACAA   297   80%~85%
  LK358-2   GGGCATGGCCTACATGGAA   298   75%~80%
 LK360   HRI   Hs.258730   NM_014413   1893   LK360-2   GGATAGAACATGTTCATGT   299   70%~75%
  LK360-3   GCAAGCCAAGTATATCCAG   300   70%~75%
 LK361   ICK   Hs.108850   NM_016513   1899   LK361-1   GGGACCAGAACTTGTGAAA   301   75%~80%
  LK361-2   CTGACTGGCCTGAAGGCTA   302   65%~70%
 LK362   IRAK4   Hs.142295   NM_016123   1383   LK362-1   AGAAATAACACCCAAATCT   303   75%~80%
 LK363   LIMK1   Hs.36566   NM_002314   1944   LK363-2   GACCGGATCTTGGAAATCA   304   65%~70%
  LK363-4   GACCTCAACTCCCACAACT   305   65%~70%
 LK364   LIMK2a   Hs.278027   NM_005569   1917   LK364-1   GAAGGTCAGGTTTGCCAAA   306   70%~75%
  LK364-2   TCGTTCTCTGTGAGATCAT   307   70%~75%
 LK365   NEK2   Hs.153704   NM_002497   1338   LK365-1   CGAGTGATGACTCAGTTGA   308   75%~80%
  LK365-3   GGCGAATTCCATACCGTTA   309   90%~95%
 LK366   NEK6   Hs.9625   NM_014397   942   LK366-1   CTATGGAGATAAGATGAAT   310   65%~70%
  LK366-2   GATAAGATGAATCTCTTCT   311   75%~80%
 LK367   PAK1   Hs.64056   NM_002576   1638   LK367-1   GATGAGCTGTGGGTTGTTA   312   80%~85%
  LK367-2   GCTGTGGGTTGTTATGGAA   313   80%~85%
 LK368   PAK3   Hs.152663   NM_002578   1635   LK368-1   GAATCCTGAGAGACTGTCA   314   80%~85%
  LK368-2   GGACAGATAGCAGCTGTCT   315   80%~85%
 LK369   PAK6   Hs.21420   NM_020168   2046   LK369-2   GCAGATTGCCACTGTGTGT   316   80%~85%
  LK369-3   TCAAGGCTGCGCTCAGGAT   317   75%~80%
 LK370   PDGFRB   Hs.76144   NM_002609   3321   LK370-3   AGCTGGTCAAGATCTGTGA   318   65%~70%
 LK371   PDK1   Hs.61712   NM_002610   1311   LK371-2   CATTGGAAGCATAAATCCA   319   75%~80%
  LK371-3   CAAGTGGTTTATGTACCAT   320   65%~70%
 LK373   PHKG2   Hs.196177   NM_000294   1221   LK373-3   AGGAAACCAGGTCCATCAT   321   70%~75%
  LK373-5   GAGCTGTTTGACTATCTCA   322   70%~75%
  LK374-3   TGAATACAGTATTCCCAAG   323   60%~65%
 LK375   PRKR   Hs.274382   NM_002759   1656   LK375-1   ATGGAATTCTGTGATAAAG   324   80%~85%
  LK375-3   GTCCCAAAGCAACTCTTTA   325   80%~85%
 LK376   RAF1   Hs.349650   NM_002880   1947   LK376-1   TGAGCACTGTAGCACCAAA   326   80%~85%
  LK376-2   GCACCAAAGTACCTACTAT   327   85%~90%
 LK377   SLK   Hs.105751   NM_014720   3459   LK377-1   GCAGCTTAAAGATCAGTAT   328   65%~70%
  LK377-2   GTTTGCTGCACAAGAAGAA   329   70%~75%
 LK379   SRPK2   Hs.221688   NM_182691   2061   LK379-1   TCATCAAATCCAACTATCA   330   60%~65%
  LK379-2   CGTTGTGTGAAGAGTATCA   331   80%~85%
  LK381-2   GAGATTTACTATCAGTTCA   332   85%~90%
 LK384   TIE   Hs.78824   NM_005424   3417   LK384-1   GGCACTTGTGACCGGTTCA   333   80%~85%
  LK384-3   ACATGTCGCTGTTTGAGAA   334   65%~70%
 LK385   TTK   Hs.169840   NM_003318   2574   LK385-1   GAATGCTAAAGCTAATTGA   335   70%~75%
  LK385-2   ACTTGTTGGTCTGAATTCT   336   65%~70%
 LK386   TYK2   Hs.75516   NM_003331   3664   LK386-1   CCACAAGCGCTATTTGAAA   337   75%~80%
 LK389   VRK1   Hs.422789   NM_003384   1191   LK389-1   GCTTAAGAATTCTGGATAT   338   85%~90%
LK389-2 AGACGTGGTGATTTGGAAA 339   95%~100%
 LK391   CDC7L1   Hs.28853   NM_003503   1725   LK391-1   GTGGTCTGCAGGTGTCATA   340   90%~95%
  LK391-2   TACACAGCTCCATTTCACA   341   85%~90%
 LK392   STK12   Hs.180655   NM_004217   1035   LK392-1   ACTTGGCTCGGGAGAAGAA   342   75%~80%
  LK392-3   GGAGTTGGCAGATGCTCTA   343   75%~80%
 LK393   STK13   Hs.98338   NM_003160   828   LK393-2   GCGCACAGCCACGATAATA   344   80%~85%
  LK393-3   GGGGAGAACATATGATGAA   345   75%~80%
 LK397   STK22D   Hs.333138   NM_032028   1104   LK397-3   GCCGTCGACTATGGAGACA   346   65%~70%
  LK397-4   GGCGTGATCCTCTACATCA   347   75%~80%
 LK398   STK23   Hs.104865   NM_014370   1602   LK398-1   GGAAGAAGATGAGGCGCAA   348   60%~65%
 LK399   STK25   Hs.155206   NM_006374   1281   LK399-1   AGGAGCTCCTGAAGCACAA   349   70%~75%
  LK399-2   TTCCTGATTCCCAAGAACA   350   60%~65%
 LK400   STK4   Hs.35140   NM_006282   1464   LK400-1   GAAGATGAAATAGCTACAA   351   85%~90%
  LK400-2   GTGCCAAAGGAGTGTCAAT   352   85%~90%
 LK405   DAPK2   Hs.129208   NM_014326   1113   LK405-1   GAAGATGGAGTTGAATTTA   353   70%~75%
  LK405-2   CGACTTTGATGAGGAATTC   354   70%~75%
 LK406   CDK11   Hs.129836   NM_015076   1509   LK406-1   GACTGGGAAGATATTAGAA   355   70%~75%
  LK406-2   GGTCAAGCCTGACAGCAAA   356   80%~85%
 LK407   ADCK4(FLJ 12229)   Hs.130712   NM_024876   1635   LK407-2   GGCTTTGAAACCAAGGCAT   357   75%~80%
  LK407-3   GATGCTGAGAGTTCTTGAA   358   80%~85%
 LK409   ABL1-a   Hs.446504   NM_005157   3393   LK409-2   ATCCACCAAGCCTTTGAAA   359   60%~65%
  LK409-3   CCAGGAATCCAGTATCTCA   360   80%~85%
  LK409-5   CCTTGAAGGAGGACACCAT   361   70%~75%
 LK410   STK33   Hs.148135   NM_030906   1545   LK410-1   TGTGGGACTCCTATCTATA   362   80%~85%
LK410-2 GTAGATCCTGCTCACAGAA 363   95%~100%
 LK412   CDK9   Hs.150423   NM_001261   1119   LK412-2   CGGCCTCTACTACATCCAC   364   65%~70%
 LK413   PSKH1   Hs.150601   AJ272212   1275   LK413-2   AGGACTTCATTGACCGCCT   365   70%~75%
  LK413-3   GAGCTCTTTGACCGCATCA   366   75%~80%
 LK414   LOC57143   Hs.15251   NM_020421   1368   LK414-2   GTGAGATGATCTTCGTCAA   367   85%~90%
  LK414-3   GAAGAAGAATACCTGTTCA   368   85%~90%
 LK418   PRKCD   Hs.155342   L07861   2031   LK418-3   CTGGTGAAGCAGGGATTAA   369   60%~65%
 LK419   PRKACG   Hs.158029   M34182   1083   LK419-3   GCTGGATCGCCATCTATGA   370   60%~65%
  LK419-4   GCTCCGGATCTCCATCAAT   371   65%~70%
 LK422   STK3   Hs.166684   NM_006281   1476   LK422-1   ACCTCCTTATGCTGATATA   372   80%~85%
  LK422-2   TGGACTACTTTGATAAGCA   373   80%~85%
 LK425   DYRK4   Hs.439530   BC031244   1563   LK425-1   GGTGGCCAAGTGCTTGGAT   374   70%~75%
  LK425-2   GCTGTTATGAACACCAGAA   375   85%~90%
 LK426   FLJ32685   Hs.174379   NM_152534   1455   LK426-2   GATATCAGATGTCATGATG   376   85%~90%
  LK426-3   GATGCAGACTGTGATTGAA   377   80%~85%
 LK427   LCK   Hs.1765   U07236   1539   LK427-1   AACATTACAAGATCCGTAA   378   70%~75%
  LK427-2   ACGGTGGCTTCTACATCTC   379   70%~75%
LK429   KIAA1765(DCAMKL3) Hs.207617 AB051552 1828 LK429-1 GCATGTGGTGAGACCTATA 380 70%~75%
 LK430   CLK1   Hs.433732   NM_004071   1455   LK430-2   TGTGATGTCTGGAGCATAG   381   85%~90%
  LK430-3   GTACTTACGACTTCATTAA   382   75%~80%
 LK434   NEK3   Hs.2236   NM_002498   1521   LK434-1   TTATTATGTGCCTCCAGAA   383   75%~80%
  LK434-3   AAGTGACATCTGGTCCTTG   384   65%~70%
 LK436   TR IM28   Hs.228059   NM_005762   2508   LK436-1   GATCATGAAGGAGCTGAAT   385   70%~75%
  LK436-3   AAGACATCGTGGAGAATTA   386   70%~75%
 LK437   ZAP70   Hs.234569   NM_001079   1860   LK437-1   GTGACTGCTGGATCTACAA   387   70%~75%
 LK439   PACE-1   Hs.24243   NM_020423   2067   LK439-1   GGAGGAGAACGAACCAAGA   388   75%~80%
  LK439-2   GCCTACGTGGAGCACTTCA   389   70%~75%
 LK440   DKFZp761P1010   Hs.24979   NM_018423   1269   LK440-3   GCTGCACACATACCATGTA   390   75%~80%
  LK440-4   GTTCTGGAGCAGATTTGCA   391   65%~70%
 LK441   BC064422   none   BC064422   726   LK441-2   GTGAGCAGATCCGGAAGAA   392   65%~70%
 LK442   LOC203806   Hs.256916   XM_114973   1644   LK442-1   GATCTCACATACAGTGTAA   393   80%~85%
  LK442-2   AGTTGTGTTGCTTGATACA   394   90%~95%
 LK443   ACVR2   Hs.389846   NM_001616   1542   LK443-1   GGAAGTTGTTGTGCATAAA   395   75%~80%
  LK443-2   TGTGTAGGTGAAAGAATTA   396   70%~75%
 LK445   RIOK2   Hs.27021   NM_018343   1659   LK445-1   TCAGTATATGATGAAGCTA   397   60%~65%
  LK445-2   AGGAATTTGCCTATATGAA   398   65%~70%
 LK447   NRBP   Hs.272736   NM_013392   1608   LK447-1   CAACAGCAGTGGACATCTA   399   65%~70%
  LK447-3   GTGACCTGATGCCAAATGA   400   60%~65%
LK449   LOC340371(NRBP2) Hs.274401 AF318376 882 LK449-1 TCCAGCACCAGTACCTCAT 401 65%~70%
 LK450   FLJ23356   Hs.277431   NM_032237   1053   LK450-1   CACTAAACCTTTCAAAGTA   402   80%~85%
  LK450-2   AAACCTTTCAAAGTACCAA   403   65%~70%
 LK451   BRD4   Hs.278675   NM_014299   2169   LK451-1   TGAGCACAATCAAGTCTAA   404   80%~85%
  LK451-2   AGCTGAACCTCCCTGATTA   405   85%~90%
  LK451-3   AGGAGATGTTTGCCAAGAA   406   60%~65%
 LK462   HUMCALMODU   Hs.348   L17000   1422   LK462-1   CATGTGGTCTGTAGGAATA   407   65%~70%
  LK462-2   AACGGCTGACTACATTTCA   408   70%~75%
LK464   MGC22688(YANK1) Hs.352370 BC021666 501 LK464-1 TCATTCACAGGGATATGAA 409 80%~85%
  LK464-2   GTGAAGCTCTTCATCTGTG   410   85%~90%
 LK465   BUB1B   Hs.36708   NM_001211   3153   LK465-4   GGCAGGTCCTTGGAACACA   411   75%~80%
  LK465-5   GCTGAGCCCAATTATTGAA   412   70%~75%
 LK467   SGKL   Hs.380877   NM_013257   1290   LK467-1   GCTGTCAAAGTGTTACAGA   413   85%~90%
  LK467-2   CCAGATGATATCAGAAACT   414   80%~85%
 LK468   TNK1   Hs.406138   BC035782   1986   LK468-2   GAGGTATCGGTCATGATGA   415   80%~85%
  LK468-3   GAAGGCAAATCTTTGGGAT   416   60%~65%
 LK469   LOC91461   Hs.433279   XM_038576   1053   LK469-1   GGGAGGATCGATTCCGAAT   417   80%~85%
  LK469-3   GTACCGAGTACCAGTGTAT   418   85%~90%
 LK472   TLK2   Hs.57553   NM_006852   2250   LK472-2   GGTTTCAGTGAAGTTTACA   419   70%~75%
  LK472-3   TGATGATAGCTACAATTCA   420   75%~80%
 LK473   ALS2CR2   Hs.259230   NM_018571   1257   LK473-1   GGGTTATTTCTCCATTTAT   421   80%~85%
  LK473-2   GTGAAGTCAGATATTTACA   422   80%~85%
 LK474   ILK   Hs.6196   NM_004517   1359   LK474-1   TCAACCGTATTCCATACAA   423   70%~75%
  LK474-2   GCCTGAAGACACAAACAGA   424   75%~80%
 LK476   DustyPK   none   NM_015375   2790   LK476-2   TGAATATTGCCAACCGAAA   425   80%~85%
 LK477   FLJ10074   Hs.71573   NM_017988   1341   LK477-1   ACTAAGGACTTGACAGACA   426   80%~85%
  LK477-3   AAAGCCAGCAGCCTCTTAA   427   70%~75%
 LK480   FASTK   Hs.75087   X86779   1650   LK480-1   GTCAGCTCATCATCCGAAA   428   80%~85%
  LK480-3   GTACAGTCACAAGGACATA   429   80%~85%
 LK481   WEE1   Hs.75188   NM_003390   1941   LK481-1   CTGTCAGCCTTACTATATA   430   85%~90%
  LK481-3   CATGGAAGCCAGTGATTAT   431   90%~95%
 LK483   CAK(DDR1)   Hs.423573   L20817   2742   LK483-1   AGATGGAGTTTGAGTTTGA   432   75%~80%
 LK486   SNRK   Hs.79025   NM_017719   2298   LK486-1   GATAGTTCATGCTATATCT   433   90%~95%
  LK486-2   GAAGCCCTGGAAACCAACA   434   85%~90%
 LK490   PIK3R4   Hs.83050   NM_014602   4077   LK490-1   GACAAGTTGATCTTGTTAA   435   80%~85%
 LK491   RPS6KB1   Hs.86858   NM_003161   1578   LK491-1   GTATCTCAGTGGAGGAGAA   436   85%~90%
 LK500   LOC51231(VRK3   Hs.98289   NM_016440   1425   LK500-2   GGACAAATTGCCTTCCCAA   437   85%~90%
  LK500-3   TGTTCATGGAAATGTGACA   438   70%~75%
 LK501   FLJ20574   Hs.123427   NM_017886   1629   LK501-1   CCTCTGGTCTTTGGGCTGT   439   70%~75%
  LK501-3   GATCTCAGTCTCAGCAGAA   440   85%~90%
 LK519   NJMU-R1   Hs.9800   NM_022344   1101   LK519-1   AGGGCTGGGTAATGTTGCA   441   80%~85%
  LK519-2   CCGAGTTGGTTGTTATTAC   442   60%~65%
 LK520   PRKAR2A   Hs.365523   NM_004157   1215   LK520-2   TCAGGAACAGCTTTCTCAA   443   70%~75%
  LK520-3   GAACTAGCTCTGATGTACA   444   70%~75%
 LK521   PHKA2   Hs.54941   NM_000292   3708   LK521-1   CATAGAAGCTGCATATAAA   445   75%~80%
 LK193   STK10   Hs.16134   NM_005990   2907   LK193-1   AGGACTACATCGTGGAGAT   446   80~85%
  LK193-2   AGAGGATCATCCACCGAGA   447   55%~60%
  LK193-3   CGCGCATGGCCATGTACAA   448   85%~90%
 LK475   MGC8407   Hs.6262   NM_024046   1506   LK475-1   AGAATCTCTTCCGCAAGAT   449   70%~75%
  LK475-4   GGGAGGTGTTTGACTGGAT   450   65%~70%
 LK394   STK16   Hs.153003   NM_003691   933   LK394-1   GACTTGAAGCCCACCAATA   451   65%~70%
  LK394-3   GGTACGCTGTGGAATGAGA   452   80%~85%
  LK394-5   ATGAGATAGAAAGGCTGAA   453   50%~55%
 LK452   PKE(YANK3)   Hs.27888   NM_173575   1461   LK452-1   GAGATGTCAAGCCTGACAA   454   80~85%
  LK452-2   CCTTTGAGCTGGAGGAGAT   455   80~85%
LK456  LOC149420(CLIK1L) Hs.29911 AF411102 1026 LK456-1 ACACCAGCTTCATGCTTCA 456 65%~70%
  LK456-2   GAAGAACCTGTCAGTGTAA   457   70%~75%
  LK456-3   TGAATGGGCGAATGAAACA   458   50%~55%
  LK456-4   GAACCTGTCAGTGTAAACA   459   90%~95%
 LK079   LTK   Hs.210   NM_002344   2412   LK079-3   GCCAATGTTACTCTGCTCA   460   60%~65%
 LK275   CAMK1   Hs.434875   NM_003656   1113   LK275-1   CATCTCTGACTCTGCCAAA   461   50%~55%
  LK275-2   CCCATGGATTGCAGGAGAT   462   70%~75%
  LK275-3   AGCCCTACAGCAAGGCTGT   463   60%~65%
人工合成的一些对照序列如表2,并溶解(溶解于水中)至终浓度50μM:
表2
  激酶基因  SiRNA核苷酸序列号   序列  SEQ ID NO:   抑制效率
  LOC149420(CLIK1L)   LK456-3   TGAATGGGCGAATGAAACA   464   21%
  CSNK1G2   LK009-1   GACGGTGCTGATGATCGCC   465   40%
  LK009-2   TCCAGCTGATCACGCGCAT   466   13%
  LK009-3   TGATCGCCATCCAGCTGAT   467   25%
  LK009-4   CGGTGCTGATGATCGCCAT   468   13%
  EEF2K   LK324-1   TCAGCCAAGACCATCTTGA   469   4%
  LK324-2   CAATCAGCCAAGACCATCT   470   -2%
  LK324-3   TGTCTCTCTGAAGGAGACA   471   -49%
  LK324-4   ATCAGCCAAGACCATCTTG   472   16%
  MGC8407   LK475-2   GGCTCCACCCTCTAGTAAA   473   42%
  LK475-3   TCCTGGCTGGTGACTATGA   474   19%
  STK16   LK394-2   GAGCTCTTCTCTGTGCAGA   475   28%
  LK394-4   GCTCCTGGCCAACATACTA   476   26%
  LK394-6   GAGACTTGAAGCCCACCAA   477   -5%
  LTK   LK079-1   GGCACCTCAACTGCAGTCA   478   -21%
  LK079-2   GCTTCGAACCTCTGCCATC   479   -20%
2.复性
建立10μl的复性体系,也即依次加入1μl的10×复性缓冲液(10×复性缓冲液配方:1M Kac;20mM MgAc;300mM HEPES-KOH pH7.4),4.5μl寡聚核苷酸的正向序列,4.5μl寡聚核苷酸的反向序列,在PCR仪(Eppendorf)上按照“95℃5分钟→75℃5分钟→每30s降1℃,直到10℃→4℃保持”的程序复性。
最终获得复性产物。
3.pAS载体的限制性酶切和片段回收
使用QIAEX II Agarose Gel Extraction Kit(Qiagen)进行。
(1)在20μl的酶切体系中加入2μg pAS载体DNA,1μlBgl II(Biolabs),1μl Hind III(Invitrogen)和相应的缓冲液(随同内切酶来自相应的公司)2μl,其余用水补足,37℃反应3小时。
(2)0.8%的琼脂糖(Invitrogen)凝胶电泳。
(3)用一把干净的解剖刀从琼脂糖凝胶上精确的切离DNA条带。
(4)测定DNA条带的质量,当100bp<DNA片段<4Kb时,加入3倍体积的Buffer QX1(Qiagen)(融解琼脂糖凝胶)。
(5)在振荡混匀器(华利达)上悬浮QIAEXII(吸附DNA的颗粒,购自Qiagen)1分钟,根据常规方法按照片段的质量加入相应量的QIAEXII。
(6)50℃温浴10分钟,融解琼脂糖凝胶并吸附DNA。期间每2分钟混匀一次,保持QIAEXII处于悬浮状态。
(7)5000rpm离心1分钟,小心吸去上清。用500μl Buffer QXI(Qiagen)洗一次。
(8)用500μl的Wash Buffer PE(Qiagen)清洗两次。
(9)室温放置10~15分钟,晾干。
(10)加入20μl TE,混匀,室温放置5分钟。
(11)5000rpm离心1分钟,小心的将上清转移至另一干净的1.5ml离心管中。
4.连接
将前述的复性产物(双链DNA)(复性产物中含有相应的Bgl II和Hind III位点)取1μl稀释1000倍。在10μl反应体系中加入合适量的经前述加工的pAS载体(20~30fmol)、复性产物(60~100fmol)以及1μlT4连接酶(Invitrogen)和2μl 5×连接缓冲液(购自Invitrogen),25℃反应3小时。
5.RbCl感受态细胞的制备
(1)将DH5α菌种划线到LB平板,37℃培养10~12小时。
(2)挑单克隆于30ml S.O.B(用前1∶100加入1M MgCl2,1∶100加入1M MgSO4)中,37℃,培养过夜。
(3)1∶100接过夜菌到200ml S.O.B(用前1∶100加入1M MgCl2,1∶100加入1M MgSO4)中,37℃培养至OD550=0.35。
(4)把菌液迅速转移至冰盐浴(-3~-5℃)中,预冷15分钟。
(5)4℃4500rpm×5min离心,弃上清。加入64ml感受态细胞缓冲液1,悬浮,冰盐浴15分钟。
(6)4℃4000rpm×5min离心,弃上清。加入16ml感受态细胞缓冲液2,在冰上悬浮菌体。
(7)立即分装成200μl/管(管预冷)。
(8)液氮速冻,-70℃保存。
6.RbCl转化
(1)将5μl连接产物加入200μl RbCl感受态DH5α细胞中,弹匀后冰上放置30分钟。
(2)42℃温浴2分钟,冰上放置2分钟。加入800μl LB,37℃温浴30~45分钟。
(3)8000rpm离心1分钟,倒去上清,用管底残留的100μl左右的液体将沉淀悬浮,全部铺盘。
(4)倒置放于37℃烘箱中12~15小时。
7.质粒的小量制备(碱裂解法)
(1)取1ml过夜菌于1.5ml的离心管中,8000rpm离心1分钟,去上清。
(2)加100μl H2O悬浮细胞。
(3)加100μl裂解液(H2O∶10%SDS∶2M NaOH∶500mM EDTA=7.3∶2∶0.5∶0.2)立即轻轻混匀。
(4)加入50μl 1M的MgCl2,混匀,冰上放置2分钟,13000rpm离心2分钟。
(5)加入50μl 5M的KAc,混匀,冰上放置2分钟,13000rpm离心3分钟。
(6)将上清移至另一干净的离心管中,加入0.6ml 100%乙醇,混匀,13000rpm离心3分钟。
(7)用0.5ml 70%乙醇洗两遍,超净台内晾干。
(8)20μl TE溶解。
8.质粒的限制性酶切鉴定
1)在10μl的反应体系中加入5μl质粒DNA,0.2μl EcoR I(Biolabs),0.2μl HindIII和相应的酶切反应缓冲液(随同内切酶来自相应的公司)3.6μl,37℃反应1小时。
2)0.8%的琼脂糖凝胶电泳。
9.转染用质粒DNA的小量制备(QIAprep Spin Miniprep Kit 250,Qiagen)
1)分次取3mL过夜菌于1.5mL的离心管中,8,000rpm离心1分钟,去上清。
2)加250μL Buffer P1(Qiagen),振荡器充分悬浮菌块。
3)加250μL Buffer P2(Qiagen),轻轻颠倒混匀4~6次,放置时间不要超过5分钟。
4)加350μL Buffer N3(Qiagen),轻轻颠倒混匀4~6次,置冰上10分钟。
5)13,000rpm离心10分钟,取上清到柱中。13,000rpm离心1分钟,弃穿出液。
6)加700μL Buffer PE(Qiagen),13,000rpm离心1分钟,弃穿出液。
7)13,000rpm离心2分钟,将柱子置于一干净离心管中,室温放置10分钟。
8)加Elution Buffer(Qiagen)50ul,放置2分钟。
9)13,000rpm离心2分钟,穿出液接在离心管中。
实施例2构建基因表达质粒
构建目的基因表达质粒的方法与实施例1类似,采用pAPT和pHA作为表达质粒。采用的基因如表1中对应的GenBank号所示。
构建基因表达质粒所用的内切酶以及鉴定时所用的内切酶视每个激酶基因的序列而定,这是本领域人员所熟知的。在得知了目的激酶基因序列后,本领域人员知道如何设计适当的内切酶位点,并考虑所用的表达质粒,从而将所述激酶基因克隆入质粒中。因此由于基因数目庞大,在此没有一一列举,表3所列是构建一些基因表达质粒时所用的内切酶的示例。
表3
  LiLABno 内切酶 LiLAB no 内切酶   LiLABno 内切酶   LiLABno 内切酶
  LK008   Not I   LK128   Xho I   LK204   Xho I   LK408   Not I
  LK008   EcoR I   LK128   Xba I   LK204   Xba I   LK408   EcoR I
  LK010   Not I   LK129   Xba I   LK205   Xba I   LK409   Not I.Bam H I
  LK010   Nsp V   LK129   Xho I   LK205   Xho I   LK409   EcoR I
  LK010   EcoR I   LK130   Sal I   LK205   Nsp V   LK414   Xho I
  LK021   Xho I   LK130   Not I   LK206   Xho I   LK414   Xba I
  LK021   EcoR I   LK131   Sal I   LK206   Xba I   LK415   Xba I
  LK022   Not I   LK131   Xba I   LK207   Xho I   LK415   EcoR I
  LK022   EcoR I   LK132   Not I   LK207   Xba I   LK416   Not I
  LK025   Not I   LK132   Sal I   LK208   Xba I   LK416   EcoR I
  LK025   Xho I   LK133   Not I   LK208   Xho I   LK417   Xba I
  LK026   Not I   LK133   EcoR I   LK209   Sal I   LK417   Sal I
  LK026   Sal I   LK134   Xho I   LK209   Not I   LK420   Not I
  LK027   Not I   LK134   Xba I   LK210   Xho I   LK420   Xho I
  LK027   EcoR I   LK135   Sal I   LK210   Xba I   LK423   Not I
  LK030   Not I   LK135   Xba I   LK211   Sal I   LK423   EcoR I
  LK030   Nsp V   LK136   Xho I   LK211   Not I   LK428   Sal I
  LK031   Xho I   LK136   Xba I   LK212   Sal I   LK428   Xba I
  LK031   EcoR I   LK137   Not I   LK212   Not I   LK429   Xho I
  LK033   Not I   LK137   EcoR I   LK213   Xho I   LK429   Xba I
  LK033   EcoR I   LK138   Xba I   LK213   Xba I   LK430   Xho I
  LK034   Not I   LK138   Not I   LK214   Sal I   LK430   Xba I
  LK034   Sal I   LK140   Not I   LK214   Not I   LK431   Xho I
  LK035   Not I   LK140   EcoR I   LK215   Not I   LK431   Xba I
  LK035   EcoR I   LK141   Sal I   LK215   Xba I,Nsp V   LK432   Xho I
  LK038   Not I   LK141   Xba I   LK216   EcoR I   LK432   Xba I
  LK038   Nsp V   LK142   Sal I   LK216   Not I   LK432   Xho I
  LK050   Not I   LK142   Not I   LK216   Nsp V   LK432   Xba I
  LK050   EcoR I   LK143   Sal I   LK217   Sal I   LK433   Not I
  LK052   Not I   LK143   Xba I   LK217   Not I   LK433   Not I
  LK052   EcoR I   LK144   Not I   LK218   Not I   LK438   Not I
  LK055   Not I   LK144   Sal I   LK218   EcoR I   LK438   EcoR I
  LK055   Nsp V   LK145   Sal I   LK219   Xho I   LK438   Not I
  LK058   Xho I   LK145   Xba I   LK219   Xba I   LK438   EcoR I
  LK058   Xba I   LK146   Xho I   LK220   Xho I   LK441   Xho I
  LK060   Xho I   LK146   Xba I   LK220   Xba I   LK441   Xba I
  LK060   EcoR I   LK147   Sal I   LK221   Sal I   LK441   Xho I
  LK062   Xho I   LK147   Not I   LK221   Not I   LK441   Xba I
  LK062   Xba I   LK147   EcoR I   LK222   EcoR I   LK442   Xho I
  LK064   Xho I   LK148   Not I   LK222   Bam HI,Not I   LK442   Xba I
  LK064   Xba I   LK148   Sal I   LK223   Sal I   LK442   Xho I
  LK065   Xho I   LK149   Not I   LK223   Bam HI,Not I   LK442   Xba I
  LK065   Xba I   LK149   Xho I   LK224   Not I   LK444   Xho I
  LK066   Xho I   LK150   Xba I   LK224   Xho I   LK444   Xba I
  LK066   Xba I   LK150   Not I   LK225   Sal I   LK446   Xba I
  LK068   Not I   LK151   Not I   LK225   Not I   LK446   Xho I
  LK068   Xho I   LK151   Xho I   LK226   Sal I   LK446   Xba I
  LK069   Xho I   LK152   Not I   LK226   Xba I   LK446   Xho I
  LK069   Xba I   LK152   Xho I   LK227   Xba I   LK449   Xho I
  LK070   Xho I   LK153   Xba I   LK227   Xho I   LK449   Xba I
  LK070   EcoR I   LK153   NotI   LK228   Not I,Hind III   LK449   Xho I
  LK071   Xho I   LK156   Not I   LK228   Xho I   LK449   Xba I
  LK071   Xba I   LK156   Sal I   LK229   Not I   LK451   Xho I
  LK072   Xba I   LK157   Xho I   LK229   Nsp V   LK451   Xba I
  LK072   Sal I   LK157   Xba I   LK229   Xho I   LK451   Xho I
  LK073   Xho I   LK159   Xho I   LK230   Xho I   LK451   Xba I
  LK073   Xba I   LK159   Xba I   LK230   Xba I   LK452   Xho I
  LK074   Xba I   LK160   Not I   LK231   Xho I   LK452   Xba I
  LK074   Xho I   LK160   Sal I   LK231   Xba I   LK452   Xho I
  LK076   Not I   LK161   Xho I   LK232   Sal I   LK452   Xba I
  LK076   Xho I   LK161   Xba I   LK232   Not I   LK453   Sal I
  LK077   Xho I   LK162   Xho I   LK232   Xba I   LK453   Xba I
  LK077   Xba I   LK162   Xba I   LK232   Sal I   LK454   Xho I
  LK078   Sal I   LK163   Xho I   LK233   Xho I   LK454   Xho I
  LK078   Xba I   LK163   Xba I   LK233   Xba I   LK454   Xba I
  LK079   Sal I   LK164   Not I   LK234   Sal I   LK454   Xba I
  LK079   Xba I   LK164   EcoR I   LK234   Not I   LK455   Xho I
  LK081   Not I   LK165   Xho I   LK235   Xho I   LK455   Xho I
  LK081   Xho I   LK165   Xba I   LK235   Xba I   LK455   Xba I
  LK082   Xho I   LK167   Not I   LK236   Xba I   LK455   Xba I
  LK082   EcoR I   LK167   Nsp V   LK236   Not I   LK458   Xho I
  LK082   EcoR I   LK168   Not I   LK237   Not I,Bam H I   LK458   Xba I
  LK083   Xho I   LK168   EcoR I   LK237   Xba I,Nsp V   LK461   Not I
  LK083   Xba I   LK169   Not I   LK238   Sal I   LK461   Sal I
  LK084   Sal I   LK169   Nsp V   LK238   Not I   LK463   Xba I
  LK084   Xba I   LK170   Xho I   LK239   Xho I   LK463   Not I
  LK085   Not I   LK170   Xba I   LK239   Not I   LK469   Xba I
  LK085   Xho I   LK172   Sal I   LK240   Sal I   LK469   Sal I
  LK086   Not I   LK172   Not I   LK240   Not I   LK470   Not I
  LK086   Xho I   LK177   Xho I   LK241   Xho I   LK470   Nso V
  LK087   Sal I   LK177   Xba I   LK241   Xba I   LK470   EcoR I
  LK087   Not I   LK178   Xho I   LK242   Sal I   LK471   Not I
  LK088   Sal I   LK178   Xba I   LK242   Not I   LK471   EcoR I
  LK088   Xba I   LK180   Xho I   LK243   Xho I   LK476   Xho I
  LK089   Xho I   LK180   Xba I   LK243   Xba I   LK476   Xba I
  LK089   Xba I   LK182   Sal I   LK244   Not I   LK478   Not I
  LK090   Xho I   LK182   Not I   LK244   Xba I   LK478   Xho I
  LK090   Xba I   LK185   Xho I   LK245   Xho I   LK484   Xho I
  LK091   Not I   LK185   Xba I   LK245   Not I,Kpn I   LK484   Xba I
  LK091   Xho I   LK186   Sal I   LK246   Xba I   LK485   Sal I
  LK092   Xho I   LK186   Not I   LK246   Sal I   LK485   Not I
  LK092   Xba I   LK187   Xho I   LK247   Xho I   LK491   Xho I
  LK093   Xho I   LK187   Xba I   LK247   Xba I   LK491   Xba I
  LK093   Xba I   LK188   Not I   LK248   Sal I   LK492   Sal I
  LK094   Not I   LK188   EcoR I   LK248   Not I   LK492   Not I
  LK094   Xho I   LK189   Xho I   LK249   Not I   LK493   Not I
  LK095   Not I   LK189   Xba I   LK249   Xba I   LK493   EcoR I
  LK095   Sal I   LK190   Xho I   LK250   Xho I   LK494   Sal I
  LK096   Not I   LK190   Xba I   LK250   Xba I   LK494   Not I
  LK096   Sal I   LK191   Sal I   LK251   Not I   LK496   Xho I
  LK097   Not I   LK191   Not I   LK251   Xba I   LK496   Xba I
  LK097   Nsp V   LK192   Xho I   LK255   Xba I   LK497   Not I
  LK098   Not I   LK192   Xba I   LK255   Xho I   LK497   EcoR I
  LK098   Xho I   LK193   Not I   LK296   Not I   LK498   Xho I
  LK099   Xho I   LK193   Nsp V   LK296   EcoR I   LK498   Not I
  LK099   Not I,Hind III   LK194   Not I   LK302   Xba I   LK499   Not I
  LK100   Xho I   LK194   Xho I   LK302   Sal I   LK499   Sal I
  LK100   Xba I   LK195   Xho I   LK313   Kpn I   LK502   Not I
  LK115   Not I   LK195   Xba I   LK313   EcoR I   LK502   Nsp V
  LK115   Xho I   LK196   Xho I   LK348   Xba I   LK508   SalI
  LK116   Xho I   LK196   EcoR I   LK348   Sal I   LK508   Xba I
  LK116   Xba I   LK197   Not I   LK356   Not I   LK509   Not I
  LK117   Not I   LK197   EcoR I   LK356   Xba I,Nsp V   LK509   EcoR I
  LK117   Sal I   LK198   Xho I   LK357   Xba I   LK511   Xho I
  LK118   Not I   LK198   Xba I   LK357   Bam HI   LK511   Xba I
  LK118   Sal I   LK199   Not I   LK370   Not I,Kpn I   LK512   Xho I
  LK119   Not I   LK199   EcoR I   LK370   EcoR I   LK512   Xba I
  LK119   Xho I   LK200   Not I   LK403   Not I   LK513   Not I
  LK122   Xba I   LK200   EcoR I   LK403   Sal I   LK513   EcoR I
  LK122   Xho I   LK201   Xho I   LK404   Xho I   LK514   Xho I
  LK124   Xho I   LK201   Xba I   LK404   Xba I   LK514   Xba I
  LK124   Xba I   LK202   Not I   LK405   Xho I   LK515   Xba I
  LK125   Xho I   LK202   Nsp V   LK405   Xba I   LK515   Xho I
  LK125   Xba I   LK203   Xho I   LK406   Xho I   LK516   Not I
  LK127   Not I   LK203   Xba I   LK406   Xba I   LK516   EcoR I
  LK127     EcoR I  LK407     Sal I
 LK407     Xba I
采用常规的方法,将基因通过合适的内切酶从原载体切下来或从HEK 293T细胞的cDNA库中通过PCR获得。
pAPT和pHA载体也用相应的内切酶酶切,回收获得表达载体。
采用如前述实施例1相似的方法进行连接。
采用如前述实施例1相似的方法进行转化。
采用如前述实施例1相似的方法进行质粒的小量制备。
采用如前述实施例1相似的方法进行质粒的限制性酶切鉴定。
采用如前述实施例1相似的方法进行转染用质粒DNA的小量制备。
实施例3转染细胞用于AP Assay
1.在1.5ml离心管中加入25ul Opti-MEM培养基,10ng荧光素酶表达质粒(作为内参),5ng前述制备的激酶基因表达质粒(构建在pAPT载体上),85ngRNAi表达质粒或空载体,混匀。
2.在另一1.5ml离心管中加入25ul Opti-MEM培养基和0.25ulLipofectamine 2000转染试剂(Invitrogen),混匀,放置5分钟。
3.将上述两者混匀,放置15分钟。
4.将混合液加到96孔盘中,再铺上HEK293T细胞(购自ATCC)100ul/孔(细胞密度220万个/盘),最终获得共转染了激酶基因表达质粒和RNAi表达质粒的细胞。
转染细胞用于Western Assay:
1.在1.5ml离心管中加入12.5ul DMEM培养基,3ng KLC(驱动蛋白轻链,kinesin light chain)表达质粒(作为内参,见图11B),20ng前述制备的激酶基因表达质粒,140ng RNAi表达质粒或空载体,再加入Plus0.5ul(Invitrogen),混匀,放置15分钟。
2.在另一1.5ml离心管中加入12.5ul DMEM培养基和0.5ul Lipofectamine转染试剂(Invitrogen),混匀。
3.将上述两者混匀,放置15分钟。
4.将混合液滴加到已铺有HEK293T细胞的48孔盘中。
实施例4通过碱性磷酸酶(AP)活性检测来测定抑制效率
碱性磷酸酶(AP)活性检测的步骤如下:
1.转染两天后取出HEK293T细胞,取上清50ul×2于黑色测活板×2中,66℃水浴中灭活30分钟。
2.余下上清用泵吸除,每孔加入100ul细胞裂解液(购自Roche)裂解细胞,稍晃动,放置5分钟。
3.白色测活板用作测荧光素酶活性。加入40ul细胞裂解液,再加入10ulLuc底物(Roche),混匀,酶标仪(EG&G,Berthold)上读OD值。
4.测碱性磷酸酶活性。将缓冲液(配方:去离子水80ml;二乙醇胺1.1ml;调节pH至9.5;MgCl20.02g;加入去离子水至100ml)和底物(Tropix)1∶1混匀,加20ul混合液到黑色测活板中,充分混匀了读数。
5.使用OD值获得抑制效率。
图2-4列举了部分的OD值的结果,从而反映了寡聚核苷酸抑制目的激酶基因的情况。
其中,图2表示LK456-3对于LOC149420(CLIK1L)激酶基因的抑制情况,其抑制率仅为21%,呈现较差的抑制效果。
图3显示了LK304-1对于CAMKK2激酶基因的抑制情况,其抑制率为63%,呈现较好的抑制效果。
图4显示了LK010-1对于CSNK1G3激酶基因的抑制情况,其抑制率为89%,呈现非常好的抑制效果。
此外,还检测了表1和表2中所列的其它寡聚核苷酸抑制目的激酶基因的情况,获得的抑制率提供在表1中。
实施例5通过免疫印迹(Western Blot)检测抑制效率
采用的步骤如下:
1)转染两天后取出HEK293T细胞,吸去上清,用2×SDS上样缓冲液(配方:0.1M Tris-HCl(加10ml 1M Tris-HCl母液);4%SDS(加40ml 10%SDS);β-Me 2ml;甘油25ml;溴酚兰0.04~0.05g;H2O 23ml)直接裂解细胞,收样。
2)将上述样品进行SDS-PAGE电泳。
3)转膜(湿式电转仪,Bio-Rad):把SDS-PAGE胶浸泡在常规的电转移缓冲液中30分钟。在电转移板上依次铺两层缓冲垫片和一层滤纸,把胶铺在滤纸上,再铺上硝酸纤维素膜(膜先在双蒸水中浸润),再铺一层滤纸和两层缓冲垫片。把电转移板夹好。接通恒流电源(250mA),转膜60分钟。
4)将转好的膜置5%脱脂牛奶中摇晃封闭1小时。用缓冲液(10×缓冲液的配方是:Tris 24.2g;NaCl 87.74g;Tween 5g;pH 8.0;加水至1L)漂洗5分钟共3次。
5)把膜浸在抗-HA的一抗(购白Babco)溶液中摇晃1小时。用缓冲液漂洗5分钟共3次。
6)再浸在抗小鼠的二抗(购自Rockland)溶液中摇晃0.5小时,用缓冲液漂洗5分钟共3次。
7)用红外荧光成像仪(Odyssey)观察结果。
8)使用灰度值获得抑制效率。结果列于表1中。
图5-7列举了部分Western Blot图的结果。
其中,图5显示了LK009-1、LK009-2、LK009-3、LK009-4对于CSNK1G2激酶基因的抑制效率,分别是40%、13%、25%、和13%,可见LK009-1、LK009-2、LK009-3、LK009-4的抑制效率都不理想。
图6显示了LK193-1、LK193-2、LK193-3对于STK10激酶基因的抑制效率,分别是80%、57%、和86%,可见LK193-1和LK193-3具有很好的抑制效率,LK193-2具有一定的抑制效率。
图7显示了LK475-1、LK475-2、LK475-3、LK475-4对于MGC8407激酶基因的抑制效率,分别是74%、42%、19%、和69%,可见LK475-1和LK475-4具有较好的抑制效率,LK193-2具有一定的抑制效率,然而LK193-3的抑制效率较低。
在本发明提及的所有文献都在本申请中引用作为参考,就如同每一篇文献被单独引用作为参考那样。此外应理解,在阅读了本发明的上述讲授内容之后,本领域技术人员可以对本发明作各种改动或修改,这些等价形式同样落于本申请所附权利要求书所限定的范围。

Claims (10)

1.一种小干扰RNA,其特征在于,所述的小干扰RNA抑制激酶基因的表达,且表达抑制率为50-100%。
2.如权利要求1所述的小干扰RNA,其特征在于,所述的激酶基因选自:丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶基因、酪氨酸蛋白激酶基因、组氨酸蛋白激酶基因、色氨酸蛋白激酶基因、或天冬氨酰基/谷氨酰基蛋白激酶基因。
3.如权利要求1所述的小干扰RNA,其特征在于,所述的小干扰RNA的序列选自下组:SEQ ID NO:1-463任一所示的序列。
4.一种载体,其特征在于,它含有权利要求1所述的小干扰RNA。
5.一种遗传工程化的细胞,其特征在于,它是选自下组:
(a)用权利要求4所述的载体转化或转染的细胞;或
(b)用权利要求1所述的小干扰RNA转化或转染的细胞。
6.权利要求1所述的小干扰RNA的用途,其特征在于,用于制备抑制激酶基因表达的组合物。
7.一种抑制激酶基因表达的组合物,其特征在于,含有0.0001-20wt%的权利要求1所述的小干扰RNA,以及与所述小干扰RNA相容的载体。
8.一种试剂盒,其特征在于,所述的试剂盒中含有容器,以及位于容器内的至少一种权利要求1所述的小干扰RNA。
9.一种鉴定激酶基因的功能的方法,其特征在于,包括步骤:在体外,使用权利要求1所述的一种小干扰RNA在细胞内干扰所述的激酶基因,使之降低表达,观察该激酶基因降低表达的细胞的变化,并与所述激酶基因表达正常的细胞进行比较,从而确定所述激酶基因的功能。
10.如权利要求9所述的方法,其特征在于,所述的细胞变化包括:细胞内蛋白的变化,细胞信号通路的变化,细胞周期的变化,或细胞代谢、转录、骨架重排、迁移、凋亡、分化的变化。
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