CN101121933A - 用于激酶基因过表达相关疾病的siRNA - Google Patents
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Abstract
本发明属于生物技术领域,公开了一种用于激酶基因过表达相关疾病的siRNA,所述的siRNA对于相应的激酶基因的抑制效率为50-100%。所述的siRNA不仅可抑制相关激酶基因过表达所导致的疾病,而且还可用于作为基因组研究的有效工具,研究相关的激酶基因的功能。
Description
技术领域
本发明属于生物技术领域,涉及一组用于激酶基因过表达相关疾病的siRNA。
背景技术
近年来,研究人员已经初步绘出对调节人体细胞活动起重要作用的蛋白激酶的完整图谱。借助人类基因组草图,目前共识别出了518种人体蛋白激酶的基因,从而在本领域中引申出激酶组(Kinome)的概念。
已有的分析表明,蛋白激酶基因的数量在人类基因大家族中占据的份额约为1.7%,人体细胞中约30%蛋白质受到蛋白激酶的调控。激酶参与真核细胞中大多数信号通路,并在其中起关键的调节作用。如在Wnt信号通路中,有CK1α、CK1ε、GSK3β等多种激酶的参与;在ERK信号通路中,有Raf、MEK1、MEK2、ERK1、ERK2等激酶的参与。通过对底物活性的调节,激酶还控制了许多其它的细胞过程,包括代谢、转录、细胞周期进程、细胞骨架重排、以及细胞的迁移、凋亡和分化。蛋白质的磷酸化在发育,生理应答,神经和免疫系统的功能方面也起着决定性的作用。
激酶的过表达往往会影响到各种信号通路以及其它细胞过程中正常信号传导、底物活性调节等功能,从而导致细胞的生长、分化等机制发生异常,进而导致疾病的发生。因此找到抑制激酶过表达的物质,从而为治疗相关疾病提供有效途径是非常有意义的。
干扰激酶的过表达,从而中和掉部分或全部的激酶活性,是解决上述问题的一种有效途径。近年出现的RNAi技术可实现这一需求,但是,要找到合适的且可高效地干扰相关激酶过表达的siRNA并非是易事,也是本领域目前尚未实现的。
发明内容
本发明的目的在于提供一组用于激酶基因过表达相关疾病的siRNA,所述的siRNA对于相应的激酶基因的抑制效率为50-100%。
在本发明的第一方面,提供一种小干扰RNA(siRNA),所述的小干扰RNA抑制激酶基因的表达,且表达抑制率为50-100%。
在本发明的另一优选例中,所述的小干扰RNA抑制激酶基因的过表达。
在本发明的另一优选例中,所述的表达抑制率为51-99.99%,如所述的表达抑制率可以是51%,52%,53%,54%,55%,……,95%,96%,97%,98%,99%,99.9%。
在本发明的另一优选例中,所述的激酶基因选自:丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶基因、酪氨酸蛋白激酶基因、组氨酸蛋白激酶基因、色氨酸蛋白激酶基因、或天冬氨酰基/谷氨酰基蛋白激酶基因。
在本发明的另一优选例中,所述的小干扰RNA的序列选自下组:SEQ ID NO:1-463任一所示的序列。
在本发明的第二方面,提供一种载体,所述的载体含有所述的小干扰RNA。
在本发明的第三方面,提供一种遗传工程化的细胞,它是选自下组的细胞:
(a)用所述的载体转化或转染的细胞;或
(b)用所述的小干扰RNA转化或转染的细胞。
在本发明的第四方面,提供所述的小干扰RNA的用途,用于制备抑制激酶基因过表达的组合物。
在本发明的另一优选例中,所述的组合物还用于预防或治疗与激酶基因过表达相关的疾病。
在本发明的另一优选例中,所述的激酶基因过表达相关疾病包括但不限于:肿瘤、炎症、神经或免疫系统紊乱。
在本发明的第五方面,提供一种抑制激酶基因过表达的组合物,含有0.0001-20wt%的所述的小干扰RNA,以及与所述小干扰RNA相容的载体。
在本发明的另一优选例中,所述的组合物为药物组合物(载体为药学上可接受的载体)。
在本发明的第六方面,提供一种试剂盒,所述的试剂盒中含有容器,以及位于容器内的至少一种所述的小干扰RNA。
在本发明的另一优选例中,所述试剂盒含有SEQ ID NO:1-463所示的序列中的一种或多种(如1,2,3,4,……,461,462,463)。
在本发明的另一优选例中,每个容器中含有一种小干扰RNA。
在本发明的另一优选例中,所述的试剂盒可用于抑制激酶基因的过表达或用于鉴定激酶基因的功能。
在本发明的第七方面,提供一种鉴定激酶基因的功能的方法,包括步骤:在体外,使用所述的一种小干扰RNA在细胞内干扰所述的激酶基因,使之降低表达,观察该激酶基因降低表达的细胞的变化,并与所述激酶基因表达正常的细胞进行比较,从而确定所述激酶基因的功能。
在本发明的另一优选例中,所述的细胞变化包括但不限于:细胞内蛋白的变化(包括但不限于蛋白的表达情况、磷酸化情况),细胞信号通路的变化,细胞周期的变化,或细胞代谢、转录、骨架重排、迁移、凋亡、分化的变化。
本发明的其它方面由于本文的公开内容,对本领域的技术人员而言是显而易见的。
附图说明
图1显示了进行目的基因功能筛选的流程示意图。
图2显示了LK456-3对于LOC149420(CLIK1L)激酶基因的抑制情况。其中,Ctr表示细胞中转染不含相应的寡聚核苷酸的空载体的情况(以下各图中同)。
图3显示了LK304-1对于CAMKK2激酶基因的抑制情况。
图4显示了LK010-1对于CSNK1G3激酶基因的抑制情况。
图5显示了LK009-1、LK009-2、LK009-3、LK009-4对于CSNK1G2激酶基因的抑制效率。
图6显示了LK193-1、LK193-2、LK193-3对于STK10激酶基因激酶基因的抑制效率。
图7显示了LK475-1、LK475-2、LK475-3、LK475-4对于MGC8407激酶基因的抑制效率。
图8显示了pAS载体的结构。
图9显示了表达siRNA的质粒。
图10显示了pAPT载体的两种结构。
图11显示了pHA载体的两种结构。
具体实施方式
本发明人经过广泛而深入的研究和试验,找到一些可预防或治疗相关激酶基因过表达所导致的相关疾病的小干扰RNA(siRNA),本发明所述的siRNA对于相应的激酶基因的表达抑制效率约在50-100%之间。所述的siRNA还可用于作为基因组研究的有效工具,研究相关的激酶基因的功能。基于此完成了本发明。
如本文所用,所述的“表达抑制率”是指采用本发明的siRNA干扰以后,对激酶基因表达的抑制效率,作为本发明的的一种优选方式,所述的表达抑制率的计算公式如下:
RNA干扰和siRNA
如本文所用,“RNA干扰(RNA interference,RNAi)”是指一些小的双链RNA可以高效、特异地阻断体内特定基因表达,促使mRNA降解,诱使细胞表现出特定基因缺失的表型,其也称为RNA干预或者干涉。RNA干扰是高度特异的在mRNA水平上的基因沉默机制。
RNAi的作用过程包括两个步骤——起始步骤和效应步骤。在起始步骤中,导入的dsRNA被特异性识别dsRNA的RNaseIII家族成员Dicer消化成21~23nt大小的小干扰RNA(small interfering RNA,siRNA),每个siRNA的3’端都有2~3个突出核苷酸,5’端带磷酸基团。在效应步骤中,siRNA与核酸酶复合物(包括核酸外切酶,核酸内切酶,解旋酶和类RecA蛋白等)结合形成RNA诱导的沉默复合物(RNA induced silence complex,RISC),RISC在ATP存在的情况下将siRNA解链成单链从而激活RISC,激活后的RISC通过碱基配对特异性识别目的基因的mRNA,继而将mRNA降解。
介导RNAi效应的双链RNA具有极强活性,少量的双链RNA就足以很大程度地抑制其同源基因的表达。在最近的一两年时间里,国际上有一些报道利用siRNA进行功能筛选的研究,但是这些研究大多不是以哺乳动物细胞为基础建立的;并且不能明确地鉴定出每一条siRNA是否能够有效抑制目的基因。
siRNA设计和合成
在设计siRNA时,本发明人选择人鼠同源的mRNA开放阅读框作为作用靶点,然后借鉴国际上采用的一些规则来设计约19nt大小的靶点序列。在确定前可以搜索BLAST数据库,保证无其它与靶基因同源的基因存在,避免引起对其它相似基因的沉寂作用。
在本发明的优选方式中,对于一种激酶基因,设计针对其不同靶区域的几个siRNA序列,通过转染细胞以选出效果最好的序列。
本发明对所述siRNA的合成方法没有特别的限制,比如可采用人工合成的方法。在本发明的优选方式中,采用体内DNA载体合成法。
在体内DNA载体合成法中,质粒载体设计的基本思路是:细胞内存在RNA聚合酶III,它可以识别H1启动子,从而使启动子后的基因转录成RNA,而遇到3~5个连续的“T”碱基时就终止转录。
根据上述的机制,可以设计一种能表达RNA的质粒,其组成包括四部分:①常用质粒的基本序列(如可采用pAS载体,pAS载体结构见图8);②H1启动子,位于克隆位点的上游;③克隆位点;④siRNA模板序列(DNA)。
在本发明的优选方式中,所述的表达RNA的质粒见图9。④部分的序列包括两端的酶切位点,19nt的siRNA编码序列、9nt的间隔序列、反向的19ntsiRNA序列靶序列以及5个“T”的转录终止序列。将具有如上结构的质粒导入细胞内,体内的RNA聚合酶III就可以合成一条RNA链,这条RNA链可以通过两端的19个核苷酸反向互补特性而形成发夹样双链结构,最终被Dicer加工成3’端有2nt突出的21nt的siRNA产物,从而产生RNAi效应。
在本发明的优选方式中,可采用常规的方法,将编码siRNA的序列及其两端编码siRNA所需的功能序列克隆入pAS载体的BamHI/HindIII酶切位点内。
siRNA的有效性检测
可采用多种方法来检测本发明所获得的各siRNA的有效性。
作为本发明的一种优选方式,激酶基因的功能的检测可采用如图1所示的过程:首先将激酶基因构建入合适的基因表达质粒,将设计的RNAi序列构建入RNAi表达质粒(可表达本发明的siRNA),两种表达质粒共转染细胞,从而检测RNAi的有效性,经检测有效的siRNA则可用于功能筛选、或用于相关激酶基因过表达所导致的疾病。
在本发明的更优选方式中,本发明人将目的激酶基因构建在pAPT载体或pHA载体上,将siRNA构建在pAS载体上,将两种载体共转染细胞,使s iRNA和目的激酶基因在所述细胞中表达,检测其中表达的siRNA对于目的激酶基因的干扰情况。
在本发明的更优选的方式中,针对pAPT载体或pHA载体,对应地有以下两种不同的检测手段:
1.pAPT载体上含有碱性磷酸酶(AP)基因,在其后面有一终止密码子,而激酶基因是插入到终止密码子之后,如果转入的siRNA可以抑制目的激酶基因,那么AP的转录后水平也会降低,这样通过检测AP的活性就可以判断RNAi的效果,这种检测方法灵敏度很高。
在本发明的优选方式中,代表性的pAPT载体可有两种,如pAPTa可用NheI/XhoI酶切以插入基因(参见图10A),pAPTb可用EcoRI/NotI酶切以插入基因(参见图10B)。当然,根据所需抑制的激酶的特点,还可采用一些其它的酶切位点。
2.pHA载体上含有HA tag,基因插入到HA tag前面或后面,如果转入的siRNA可以抑制目的基因,那么带有HA tag的基因的表达水平会降低,这样通过Western Blot用anti-HA检测蛋白的表达量就可以判断RNAi的效果。
在本发明的优选方式中,代表性的pHA载体可有两种,如pHAc可用XbaI/XhoI酶切以插入基因(参见图11A,外源基因插在HA前面),pHAd可用XhoI/NotI酶切以插入基因(参见图11B,外源基因插在HA后面)。当然,根据所需抑制的激酶的特点,还可采用一些其它的酶切位点。
siRNA的用途
(1)用于抑制激酶基因过表达
本发明的siRNA可用于抑制激酶基因的过表达,因而可用于预防或治疗相关激酶基因过表达所导致的疾病。
本领域人员均了解,激酶的过表达会影响到各种信号通路以及其它细胞过程中正常信号传导、底物活性调节等功能,从而导致细胞的生长、分化等机制发生异常,进而导致疾病的发生或发展。而本发明的siRNA可通过抑制相关激酶基因的活性,来治疗由于相关激酶基因过表达所导致的疾病。
这些siRNA可构成一个筛选库,以便于最终可以从中筛选出能够对于调节相应的细胞通道、调节细胞的生长、分化等机制特别有用的药物。
本发明获得的siRNA或含有siRNA的载体可集合在一起,制备成一种鉴定激酶基因的功能的检测试剂盒,便于快捷地鉴定相关的激酶活性。
(2)研究激酶基因的功能
在另一方面,本发明的siRNA可用于研究相关激酶基因的功能。
更具体的,可利用本发明的siRNA针对性地对生物基因组中相关的激酶基因进行干扰,使之降低表达或不表达,观察细胞或生物个体所出现的功能或个体表型的改变,从而鉴定出所述激酶在该生物基因组中的功能。
所述的细胞或生物个体所出现的功能或个体表型的改变包括但不限于:细胞内其它蛋白的变化(包括但不限于蛋白的表达情况、磷酸化情况),细胞信号通路的变化,细胞周期的变化,或细胞代谢、转录、骨架重排、迁移、凋亡、分化的变化。
药物组合物
本发明还提供了一种药物组合物,所述的药物组合物含有有效量的所述的siRNA,以及药学上可接受的载体。
所述“药学上可接受的”的成分是适用于人和/或动物而无过度不良副反应(如毒性、刺激和变态反应)的,即有合理的效益/风险比的物质。
所述“有效量”是指可对人和/或动物产生功能或活性的且可被人和/或动物所接受的量。在本发明中,所述的有效量一般为0.0001-20wt%siRNA。
所述“药学上可接受的载体”指用于治疗剂给药的载体,包括各种赋形剂和稀释剂。该术语指这样一些药剂载体:它们本身并不是必要的活性成分,且施用后没有过分的毒性。合适的载体是本领域普通技术人员所熟知的。在Remington’s Pharmaceutical Sciences(Mack Pub.Co.,N.J.1991)中可找到关于药学上可接受的赋形剂的充分讨论。在组合物中药学上可接受的载体可含有液体,如水、盐水、甘油和乙醇。另外,这些载体中还可能存在辅助性的物质,如填充剂、润滑剂、助流剂、润湿剂或乳化剂、pH缓冲物质等。
本发明所述的siRNA的有效量可随给药的模式和待治疗的疾病的严重程度等而变化。优选的有效量的选择可以由本领域普通技术人员根据各种因素来确定(例如通过临床试验)。所述的因素包括但不限于:所述的siRNA的药代动力学参数例如生物利用率、代谢、半衰期等;患者所要治疗的疾病、患者的体重、患者的免疫状况、给药的途径等。通常,当本发明的反义核苷酸每天以约0.0001-100mg/kg(优选的为0.001-50mg/kg)动物体重的剂量给予时,能得到令人满意的效果,较佳地每天以2-4次分开的剂量给予,或以缓释形式给药。对大部分大型哺乳动物而言,每天的总剂量约为0.001-100mg,较佳地约为0.005-50mg。可调节此剂量方案以提供最佳治疗应答。例如,由治疗状况的迫切要求,可每天给予若干次分开的剂量,或将剂量按比例地减少。
任何适用的给药途径都是可以的,包括但不限于:口服、静脉内注射、皮下注射、肌肉给予、局部给予、植入、缓释给予、肿瘤内给予等;优选的,所述给药方式是非肠道给予的。
可选择地,可将所述的siRNA克隆到合适的表达载体中,直接转染于动物体的相应细胞或组织进行给药。
本发明的主要优点在于:通过大量的研究,找到一系列可预防或治疗相关激酶基因过表达所导致的相关疾病的siRNA,所述的siRNA均可显著抑制相应的激酶基因的表达。
下面结合具体实施例,进一步阐述本发明。应理解,这些实施例仅用于说明本发明而不用于限制本发明的范围。下列实施例中未注明具体条件的实验方法,通常按照常规条件如Sambrook等人,分子克隆:实验室指南(New York:Cold SpringHarbor Laboratory Press,1989)中所述的条件,或按照制造厂商所建议的条件。除非另外说明,否则百分比和份数按重量计算。
以下实施例中所用到的一些培养基或缓冲液的配方如下:
(1)Luria Bertani(LB)培养基
Bacto-胰蛋白胨10g/L;Bacto-酵母抽提物5g/L;NaCl 10g/L;灭菌。
(2)RbCl化学感受态所需S.O.B培养液
Bacto-胰蛋白胨20g/L;Bacto-酵母抽提物5g/L;NaCl 0.6g/L;KCl0.5g/L;灭菌,使用前加入灭菌的MgCl2、MgSO4至终浓度10mM。
(3)感受态细胞缓冲液1
RbCl 12g/L;MnCl2·4H2O 9.9g/L;CaCl2·2H2O 1.5g/L;甘油150g/L;Kac 2.94g/L;由10%HAc调至pH5.8,过滤除菌,4℃保存。
(4)感受态细胞缓冲液2
0.5M pH6.8MOPS 20mL;RbCl 1.2g/L;CaCl2·2H2O 11g/L;甘油150g/L;过滤除菌,4℃保存。
实施例1构建RNAi表达质粒
1.寡聚核苷酸的制备
采用常规的方法,人工合成针对目的激酶基因靶点的寡聚核苷酸序列(合成的序列是如图9中所示的两条链,表1中提供的序列是激酶基因的靶点序列,也即同图9中上面那条链的正向链部分)(见表1),并溶解(溶解于水中)至终浓度50μM。
表1
LiLABNo. | 激酶基因 | Unigene | GenBank登录号 | ORF长度 | SiRNA核苷酸序列号 | 序列 | SEQ IDNO: | 抑制效率 |
LK001 | MAP4K4-3 | Hs.3628 | NM_145687(V3) | 3639 | LK001-2 | GTAGCACACTCCAGAAACA | 1 | 65%~70% |
LK004 | NLK(LOC51701) | Hs.3532 | NM_016231* | 1548 | LK004-4 | GAACCTCAGTTCTGTCCGA | 2 | 85%~90% |
LK004-5 | CACCATCACTGGAAGCAAT | 3 | 70%~75% | |||||
LK006 | CSNK1A1 | Hs.318381 | NM_001892 | 1014 | LK006-1 | AGTACAGAGACAACAGGAC | 4 | 65%~70% |
LK006-2 | TGTTAGCTGACCAGATGAT | 5 | 65%~70% | |||||
LK006-3 | CAGGCAAGCAAACTGACAA | 6 | 70%~75% | |||||
LK010 | CSNK1G3 | Hs.129206 | NM_004384 | 1344 | LK010-1 | GGCTTAAAGGCTGACACA | 7 | 85%~90% |
LK010-2 | GGTTGTAAGTTCTACAAAT | 8 | 80%~85% | |||||
LK011 | CSNK2A1 | Hs.446484 | NM_001895 | 1176 | LK011-1 | GCAATTGTACCAGACGTTA | 9 | 85%~90% |
LK011-2 | CCAGACGTTAACAGACTAT | 10 | 75%~80% | |||||
LK012 | CSNK2A2 | Hs.82201 | NM_001896 | 1053 | LK012-1 | AGCTCTGGATTACTGCCAC | 11 | 65%~70% |
LK016 | MAP2K2 | Hs.72241 | NM_030662 | 1203 | LK016-1 | GAGAAGCACCAGATCATGC | 12 | 55%~60% |
LK016-2 | CTCCGAGAGAAGCACCAGA | 13 | 55%~60% | |||||
LK016-4 | AGCGGTCCGAGGTGGAAGA | 14 | 65%~70% | |||||
LK017 | MAP2K3(MKK3A) | Hs.180533 | L36719 | 957 | LK017-1 | GTTCTACCGGAAGGTGCTG | 15 | 70%~75% |
LK018 | MAP2K4 | Hs.75217 | NM_003010 | 1200 | LK018-2 | GCAACTGTGAAAGCACTAA | 16 | 85%~90% |
LK018-3 | CTGCAGAGGACTTGAAAGA | 17 | 80%~85% | |||||
LK019 | MAP2K5 | Hs.250870 | NM_145160 | 1347 | LK019-2 | GCCAAGACGTATGTTGGAA | 18 | 80%~85% |
LK020 | MAP2K6-1 | Hs.118825 | NM_002758(v1) | 1005 | LK020-2 | GACGTCAAGCCTTCTAATG | 19 | 85%~90% |
LK020-3 | CGGTGGACTGTCCATTCAC | 20 | 60%~65% | |||||
LK023 | MAP3K2 | Hs.28827 | NM_006609 | 1863 | LK023-2 | TGAGCGAATTGTTCAGTAT | 21 | 80%~85% |
LK024 | MAP3K3 | Hs.29282 | NM_002401 | 1881 | LK024-2 | GCACAAATGGCGAGAACAT | 22 | 75%~80% |
LK024-3 | AGCTGCCAATCCTTGGACA | 23 | 50%~55% | |||||
LK028 | MAP3K7(TAK1) | Hs.7510 | NM_003188 | 1740 | LK028-1 | TGACTCACTTGATGCGGTA | 24 | 75%~80% |
LK028-2 | TGGACATTGCTTCTACAAA | 25 | 75%~80% | |||||
LK036 | MAP4K1 | Hs.95424 | NM_007181 | 2502 | LK036-2 | CCAAGATGCTCAGTCATCA | 26 | 60%~65% |
LK038 | MAP4K3 | Hs.399752 | NM_003618 | 2685 | LK038-2 | TGAACTTCATGAAACATCA | 27 | 70%~75% |
LK040 | MAPK1(ERK2) | Hs.458104 | Z11694 | 1083 | LK040-1 | CGTTCTGCACCGTGACCTC | 28 | 70%~75% |
LK040-2 | TCCATTCAGCTAACGTTCT | 29 | 75%~80% | |||||
LK042 | MAPK4 | Hs.269222 | NM_002747 | 1674 | LK042-5 | GAAGATCCTGACCTTTAAC | 30 | 60%~65% |
LK042-6 | GCCATCGACTTTCTGGAGA | 31 | 50%~55% | |||||
LK043 | MAPK6 | Hs.271980 | NM_002748 | 2166 | LK043-2 | GTGCACATGAACTTGAACA | 32 | 85%~90% |
LK043-3 | TTATTCCCATAAGGGTCAT | 33 | 50%~55% | |||||
LK044 | MAPK7 | Hs.3080 | NM_139033 | 2451 | LK044-1 | TGAGAACTGTGAGCTCAAG | 34 | 75%~80% |
LK044-2 | AGAACTGTGAGCTCAAGAT | 35 | 70%~75% | |||||
LK045 | MAPK8(JNK1) | Hs.267445 | NM_002750 | 1155 | LK045-2 | TGTCCTACCTTCTCTATCA | 36 | 65%~70% |
LK045-3 | TGGAGCTCATGGATGCAAA | 37 | 70%~75% | |||||
LK046 | MAPK9(JNK2) | Hs.246857 | L31951 | 1275 | LK046-1 | TGGATGCTAACTTATGTCA | 38 | 75%~80% |
LK046-2 | GCCAGAGATCTGTTATCAA | 39 | 85%~90% | |||||
LK047 | MAPK10 | Hs.151051 | NM_002753 | 1269 | LK047-1 | TGTGGCCATTAAGAAGCTC | 40 | 80%~85% |
LK047-2 | TGAAGTGTGTGAACCATAA | 41 | 90%~95% | |||||
LK048 | MAPK11 | Hs.57732 | NM_002751(v1) | 1095 | LK048-2 | GCCATAGACCTCCTTGGAA | 42 | 60%~65% |
LK048-3 | GCCCTGAGGTTCTGGCAAA | 43 | 60%~65% | |||||
LK049 | MAPK12 | Hs.55039 | NM_002969 | 1104 | LK049-2 | CCAGCTGAAGGAGATCATG | 44 | 75%~80% |
LK051 | MAPK14 | Hs.79107 | NM_001315 | 1083 | LK051-1 | GTTTCCTGGTACAGACCAT | 45 | 65%~70% |
LK054 | CAMK2D | Hs.111460 | NM_001221 | 1500 | LK054-2 | GCTGATGCCAGTCATTGTA | 46 | 80%~85% |
LK056 | STK22C | Hs.379372 | NM_052841 | 807 | LK056-1 | GCATGGGTGTGGTCCTGTA | 47 | 50%~55% |
LK056-2 | TGCAGGGCTTCAACCTGAA | 48 | 65%~70% | |||||
LK062 | STK35 | Hs.100057 | NM_080836 | 1206 | LK062-3 | GCTACGGCGTGGTTTATGA | 49 | 65%~70% |
LK063 | MGC42105 | Hs.25845 | NM_153361 | 1311 | LK063-2 | CTGGATCCCAAACATTTGT | 50 | 60%~65% |
LK067 | ALK7 | Hs.352338 | NM_145259 | 1482 | LK067-1 | TGCTTGATGATACAATGAA | 51 | 70%~75% |
LK067-2 | TGACATGGTGCCTTCAGAT | 52 | 70%~75% | |||||
LK071 | MAK | Hs.148496 | NM_005906 | 1872 | LK071-2 | GCAGCTGCAACCATTAGAA | 53 | 75%~80% |
LK071-3 | GGAGCAATGCAGGAAATCT | 54 | 70%~75% | |||||
LK074 | PRKCB1 | Hs.349845 | NM_002738 | 2022 | LK074-3 | GGAATATTGACCAATCAGA | 55 | 80%~85% |
LK077 | SNF1LK | Hs.380991 | NM_173354 | 2352 | LK077-1 | CATGTCTCAAGACTGTGAG | 56 | 65%~70% |
LK077-2 | GGATTTGGGAATTTCTACA | 57 | 85%~90% | |||||
LK083 | CASK | Hs.288196 | NM_003688 | 2766 | LK083-2 | TGAAGTTTACAGTGATGAA | 58 | 55%~60% |
LK085 | KIAA0781 | none | NM_015191 | 2781 | LK085-2 | GTTCTCCTATCAGACTTGT | 59 | 65%~70% |
LK085-3 | GATGCAGATAGCAGAGAGC | 60 | 65%~70% | |||||
LK088 | PRP4 | Hs.198891 | NM_003913 | 3024 | LK088-2 | GTGGCTGTAAAGATCATCA | 61 | 65%~70% |
LK088-3 | GTTGTTCCTGGCATTGAAA | 62 | 70%~75% | |||||
LK089 | TIF1 | Hs.183858 | NM_003852 | 3048 | LK089-1 | GTAGCCAATGCTGGTATAA | 63 | 80%~85% |
LK089-2 | GTAATCGAGGATAAAGAGA | 64 | 65%~70% | |||||
LK090 | KIAA1804 | Hs.50883 | NM_032435 | 3111 | LK090-1 | GAGAGCTTCATAAAGCACA | 65 | 55%~60% |
LK090-2 | GATTTCCAGCACAAGATAA | 66 | 65%~70% | |||||
LK091 | TRIM33 | Hs.287414 | NM_015906 | 3384 | LK091-1 | AGATGATGACCCAAATGAA | 67 | 70%~75% |
LK091-3 | GGGACAAACCACATTAGTA | 68 | 55%~60% | |||||
LK092 | LATS1 | Hs.324925 | NM_004690 | 3393 | LK092-1 | GTCACTCTGCTAATTCTCA | 69 | 80%~85% |
LK092-2 | GAACTTACCTGTGCAGTTG | 70 | 85%~90% | |||||
LK094 | PRKWNK4 | Hs.105448 | NM_032387 | 3696 | LK094-1 | GGTGAAGGAGATCATTGAA | 71 | 50%~55% |
LK101 | MELK | Hs.184339 | NM_014791 | 1956 | LK101-1 | GAGGCAGATGTTTGGAGCA | 72 | 90%~95% |
LK101-2 | AAGAAACGGATTTCTATGA | 73 | 70%~75% | |||||
LK102 | VRK2 | Hs.82771 | NM_006296 | 1527 | LK102-1 | CCACAAACAGTATCAGGAA | 74 | 80%~85% |
LK102-2 | GATATTGTCCCAATGGGAA | 75 | 85%~90% | |||||
LK103 | SUDD | Hs.209061 | NM_003831 | 1560 | LK103-2 | GAATGTGCCATCAAGGTAT | 76 | 70%~75% |
LK105 | PINK1 | Hs.6163 | NM_032409* | 1746 | LK105-2 | GCGAGAGGCCAGCAAGAGA | 77 | 55%~60% |
LK105-4 | GAGAAGTGTTGTGTGGAAA | 78 | 70%~75% | |||||
LK107 | PASK | Hs.79337 | NM_015148* | 1989 | LK107-1 | GTGGTGGTGAAGTTTATTA | 79 | 75%~80% |
LK108 | HSA250839 | Hs.58241 | NM_018401 | 1245 | LK108-1 | GAGACATCAAGCCAGACAA | 80 | 80%~85% |
LK108-2 | GAATCCAAGCCACTTCACA | 81 | 80%~85% | |||||
LK110-2 | GACTTCTTATCTGACTGAA | 82 | 80%~85% | |||||
LK110-3 | GAAGACTTCTTATCTGACT | 83 | 85%~90% | |||||
LK112 | KIAA0999 | none | NM_025164 | 1518 | LK112-1 | GCAGCTACAGCCCTTCAAC | 84 | 70%~75% |
LK113 | RIPK1 | Hs.296327 | NM_003804 | 2016 | LK113-1 | GGGCAACCTGATGCACGTG | 85 | 80%~85% |
LK113-3 | GTACATGGAGAAGGGCAAC | 86 | 80%~85% | |||||
LK128 | STK29 | Hs.170819 | NM_003957 | 2007 | LK128-1 | CGCTAGAGCACATTCAGAA | 87 | 75%~80% |
LK158 | ULK2 | Hs.151406 | NM_014683 | 3111 | LK158-1 | GGAGCTTAATGCCTAGTAT | 88 | 85%~90% |
LK158-2 | GCAAGAACTCTTCTTGTGA | 89 | 85%~90% | |||||
LK159 | SNK | Hs.3838 | NM_006622 | 2058 | LK159-1 | ACATTTACATTCTCTTGGA | 90 | 65%~70% |
LK159-2 | GCAGAGTAGCTAAACCTCA | 91 | 85%~90% | |||||
LK162 | HUNK | Hs.109437 | NM_014586 | 2145 | LK162-1 | GCGCTATTTGTCAGGGAAA | 92 | 60%~65% |
LK162-4 | ATAGAGAATTTGCTACTAG | 93 | 65%~70% | |||||
LK163 | CLK4 | Hs.406557 | NM_020666 | 1446 | LK163-1 | GTCTGACTATGTAGTCAAA | 94 | 80%~85% |
LK163-3 | AAGAGCACCTGGCAATGAT | 95 | 80%~85% | |||||
LK166 | C8FW(Trb1) | Hs.444947 | NM_025195 | 1119 | LK166-1 | GGAGAGAACCCAGCTTAGA | 96 | 80%~85% |
LK166-2 | CTCAGAAATAGGAACTTCA | 97 | 70%~75% | |||||
LK169 | PRKCN | Hs 434387 | NM_005813 | 2673 | LK169-2 | TGTGAAGGCTGTGGATTAA | 98 | 85%~90% |
LK169-3 | TGATGCTCGCTGGGAAATA | 99 | 75%~80% | |||||
LK170 | IRAK2 | Hs.249175 | NM_001570 | 1773 | LK170-2 | GCAACGTCAAGAGCTCTAA | 100 | 60%~65% |
LK171 | RPS6KA5 | Hs.109058 | NM_004755 | 2430 | LK171-1 | GAGAGCGTTTCACAGAGCA | 101 | 75%~80% |
LK174 | STK17A | Hs 9075 | NM_004760 | 1245 | LK174-2 | GGAATCCATTGTAACCGAA | 102 | 70%~75% |
LK175 | ARK5 | Hs.200598 | NM_014840 | 1986 | LK175-1 | TCTGCAGCAAGCTCAACTA | 103 | 65%~70% |
LK177 | IRAK1 | Hs.182018 | NM_001569 | 2139 | LK177-1 | GAGCCACCGCAGATTATCA | 104 | 80%~85% |
LK177-2 | GGTTTCGTCACCCAAACAT | 105 | 65%~70% | |||||
LK178-2 | ACACATCCTTCATCGAGAT | 106 | 75%~80% |
LK178-3 | GTTTATCGGATTATTGAAG | 107 | 80%~85% | |||||
LK179 | RIPK2 | Hs.103755 | NM_003821 | 1623 | LK179-1 | TGCCAAATGGATCATTAAA | 108 | 90%~95% |
LK179-2 | ATACATGCCAAATGGATCA | 109 | 90%~95% | |||||
LK183 | PRKCQ | Hs.408049 | NM_006257 | 2121 | LK183-1 | GGCCGAATGCTAATGAATG | 110 | 55%~60% |
LK183-2 | TGCTAATGAATGCAAGATA | 111 | 70%~75% | |||||
LK183-3 | GAAATATGGTTAGAGCTGA | 112 | 75%~80% | |||||
LK185 | STK6 | Hs.250822 | NM_003600 | 1212 | LK185-1 | CATTAAGCCAGAGAACTTA | 113 | 80%~85% |
LK185-3 | GTGGAGCATCAGCTCAGAA | 114 | 80%~85% | |||||
LK187 | TESK2 | Hs.8980 | NM_007170 | 1668 | LK187-1 | TCATCCTCTGCGAGATCAT | 115 | 70%~75% |
LK187-3 | CTCGAAGCCAGTCAGATAT | 116 | 70%~75% | |||||
LK189 | NTRK2 | Hs.47860 | NM_006180* | 2517 | LK189-1 | CCTGCAGATACCCAATTGT | 117 | 60%~65% |
LK189-2 | CTGGTGCATTCCATTCACT | 118 | 60%~65% | |||||
LK189-3 | GGAGAAGATCAAGATTCTG | 119 | 75%~80% | |||||
LK192 | DYRK1B | Hs.130988 | NM_004714 | 1890 | LK192-1 | TCAAGATCATCAAGAACAA | 120 | 60%~65% |
LK192-2 | GACCTACAAGCACATCAAT | 121 | 65%~70% | |||||
LK194 | RNASEL | Hs.404277 | NM_021133 | 2226 | LK194-1 | GGAGCAAATGTGAATTTGA | 122 | 75%~80% |
LK194-2 | GTCACTTGGTGACATTCTA | 123 | 60%~65% | |||||
LK202 | PAK2 | Hs.406154 | NM_002577 | 1578 | LK202-1 | GTGATCCACAGAGACATCA | 124 | 75%~80% |
LK202-3 | GGAGGTTGCTATCAAACAA | 125 | 85%~90% | |||||
LK205 | AKT3 | Hs.161189 | NM_005465 | 1440 | LK205-1 | GGATGAAGTGGCACACACT | 126 | 75%~80% |
LK205-2 | GATTGTGTACCGTGATCTC | 127 | 75%~80% | |||||
LK208 | DYRK1A | Hs.75842 | NM_001396 | 2292 | LK208-1 | GGATATACCAGTATATTCA | 128 | 75%~80% |
LK208-2 | GCAAGAAAGTTCTTTGAGA | 129 | 70%~75% | |||||
LK213 | PRKY | Hs.56336 | NM_002760 | 834 | LK213-1 | GGGATTTGAAGCCGGAGAA | 130 | 80%~85% |
LK216 | PRKCL2 | Hs.69171 | NM_006256 | 2955 | LK216-1 | TGATGAATTTACCTCAGAA | 131 | 75%~80% |
LK216-2 | CAGGTCACGTGAACTGGAA | 132 | 65%~70% | |||||
LK217 | EPHA5 | Hs.201920 | NM_004439 | 3114 | LK217-1 | GTCGAAGATTTGAGTTTGA | 133 | 75%~80% |
LK217-2 | ACAGTAACCTTGTGTGCAA | 134 | 80%~85% | |||||
LK217-3 | GAATTACCTGTGGCTATCA | 135 | 90%~95% | |||||
LK218 | HIPK3 | Hs.30148 | NM_005734 | 3648 | LK218-1 | CAGAGCTCCAGAGATTATA | 136 | 70%~75% |
LK218-2 | CAGGAATGAAGTCTAAAGA | 137 | 70%~75% | |||||
LK220 | PKU-β(TLK1) | Hs.18895(TLK1) | AB004885 | 2364 | LK220-1 | GAATCTTGTGAAGCAACAA | 138 | 70%~75% |
LK220-2 | CTTAGACTAGGACATCTCA | 139 | 60%~65% | |||||
LK222 | FLT1 | Hs.347713 | NM_002019 | 4017 | LK222-1 | GCACGCTGTTTATTGAAAG | 140 | 70%~75% |
LK222-2 | TGAGCCTGGAAAGAATCAA | 141 | 60%~65% | |||||
LK226 | SRPK1 | Hs.75761 | NM_003137 | 1965 | LK226-1 | GAAGCGCCAGGCAGAATTA | 142 | 80%~85% |
LK226-2 | AATGGTTGTTCAACTACTA | 143 | 80%~85% | |||||
LK230 | MAPKAPK2 | Hs.75074 | NM_004759 | 1113 | LK230-1 | GACCAGGCATTCACAGAAA | 144 | 70%~75% |
LK231 | JAK3 | Hs.99877 | NM_000215 | 3375 | LK231-3 | ACGAGCTCTTCACCTACTG | 145 | 65%~70% |
LK233 | TXK | Hs.29877 | NM_003328 | 1584 | LK233-1 | ATGAAGGCTTAATCCCAAG | 146 | 70%~75% |
LK233-2 | GTGGTATGTGGCTGAAAGA | 147 | 75%~80% | |||||
LK235 | NTRK3 | Hs.26776 | NM_002530 | 2478 | LK235-2 | GTAACCGGCTCACCACACT | 148 | 65%~70% |
LK241 | PRKG1 | Hs.2689 | NM_006258 | 2061 | LK241-1 | GCGACCGTCAAGACTCTTG | 149 | 60%~65% |
LK247 | ITK | Hs.211576 | NM_005546 | 1863 | LK247-1 | CCTATGAGTGGTACAATAA | 150 | 75%~80% |
LK249 | BRAF | Hs.162967 | NM_004333 | 2298 | LK249-2 | CGTGAAAGCCTTACAGAAA | 151 | 75%~80% |
LK252 | AKT1 | Hs.368861 | NM_005163 | 1443 | LK252-1 | CCATGAACGAGTTTGAGTA | 152 | 65%~70% |
LK253 | RPS6KA1 | Hs.149957 | NM_002953 | 2208 | LK253-1 | TGAGGAGGGCCACATCAAA | 153 | 80%~85% |
LK253-2 | GCCTGGGCATTCTGCTGTA | 154 | 65%~70% | |||||
LK253-3 | CTCCACCATTGACTGGAAT | 155 | 75%~80% | |||||
LK254 | PRKACB | Hs.87773 | NM_002731 | 1056 | LK254-1 | GAACCTGCTGCAGGTGGAT | 156 | 80%~85% |
LK254-2 | AATTGGAAGGTTCAGTGAG | 157 | 65%~70% | |||||
LK256 | PRKACA | Hs.77271 | NM_002730 | 1056 | LK256-1 | GTAACTTTGACGACTATGA | 158 | 60%~65% |
LK256-3 | CCAAGCGCTTTGGGAACCT | 159 | 70%~75% | |||||
LK257 | ADRBK2 | Hs.13944 | NM_005160 | 2067 | LK257-1 | CTCAAAGCAAGCTGTAGAA | 160 | 65%~70% |
LK257-3 | GGAACTTCTTTCCTGTTCA | 161 | 75%~80% | |||||
LK259 | PRKCA | Hs.169449 | NM_002737 | 2019 | LK259-2 | GGAGCAAGCACAAGTTCAA | 162 | 85%~90% |
LK260 | STK38 | Hs.8724 | NM_007271 | 1398 | LK260-1 | CAGTTTGTGGGTTGTGAAA | 163 | 80%~85% |
LK260-2 | AGCTAAACCTCTACCTAAT | 164 | 80%~85% | |||||
LK261 | PRKCI | Hs.355476 | NM_002740 | 1764 | LK261-2 | CAGACAGTAATTCCATATA | 165 | 75%~80% |
LK261-3 | TGAGCGAGGGATAATTTAT | 166 | 85%~90% | |||||
LK263 | SGK | Hs.296323 | NM_005627 | 1296 | LK263-1 | CATCGTTTATAGAGACTTA | 167 | 75%~80% |
LK263-2 | GAATGTGAAGCACCCTTTC | 168 | 75%~80% | |||||
LK264 | PRKG2 | Hs.41749 | NM_006259 | 2289 | LK264-1 | CCAAATGATGACCTACAAT | 169 | 80%~85% |
LK264-2 | GAAAGGCTGGGAAATCTGA | 170 | 80%~85% | |||||
LK265 | PDPK1 | Hs.154729 | NM_002613 | 1671 | LK265-1 | GCAACATAGAGCAGTACAT | 171 | 70%~75% |
LK265-2 | GGGTTTATTTGCAAGACGA | 172 | 85%~90% | |||||
LK266 | RPS6KA2 | Hs.301664 | NM_021135 | 2202 | LK266-4 | GATCAAGCCACCGTTCAAA | 173 | 60%~65% |
LK267-2 | CTATGATTCTTAAAGCCAA | 174 | 75%~80% | |||||
LK270 | STK38L(NDR2) | Hs.184523 | BC028603 | 1395 | LK270-1 | GGCCATATCTATGCAATGA | 175 | 75%~80% |
LK270-2 | GAAAGTCTGATATGCTTGA | 176 | 80%~85% | |||||
LK271 | SGK2 | Hs.62863 | NM_016276 | 1284 | LK271-1 | GAACTACGGGAAGGTCCTA | 177 | 70%~75% |
LK272 | RPS6KL1 | Hs.194286 | NM_031464 | 1626 | LK272-2 | GGAGATCTTCAACTGCCAC | 178 | 55%~60% |
LK277 | PRKAA1 | Hs.9247 | NM_006251 | 1653 | LK277-1 | CGAAGGAAGAATCCTGTGA | 179 | 80%~85% |
LK277-2 | GCCAAATCAGGGACTGCTA | 180 | 75%~80% | |||||
LK278 | GS3955 | Hs.155418 | NM_021643 | 1032 | LK278-1 | GGAAATTCTGGACCATCCT | 181 | 70%~75% |
LK278-2 | AGTGCCTCATCCGAAGCAT | 182 | 75%~80% | |||||
LK281 | STK17B | Hs.120996 | NM_004226 | 1119 | LK281-1 | GCAACAGATATGTGGAATA | 183 | 85%~90% |
LK281-2 | GATGTTATCAGACTCATTA | 184 | 95%~100% | |||||
LK282 | CHEK1 | Hs.24529 | NM_001274 | 1431 | LK282-1 | TGAAAGGGATAACCTCAAA | 185 | 70%~75% |
LK282-2 | CAGGGATATTAAACCAGAA | 186 | 90%~95% | |||||
LK284 | STK11 | Hs.301772 | NM_000455 | 1302 | LK284-2 | GTATATGGTGATGGAGTAC | 187 | 75%~80% |
LK284-3 | GGCCAACGTGAAGAAGGAA | 188 | 60%~65% | |||||
LK285 | MARK1 | Hs.12808 | NM_018650 | 2388 | LK285-1 | GAAGTACGAATAATGAAGA | 189 | 85%~90% |
LK285-2 | GTCTGGGCGTCATTCTCTA | 190 | 85%~90% | |||||
LK285-3 | CGAATAATGAAGATACTGA | 191 | 85%~90% | |||||
LK286 | MARKL1 | Hs.118843 | NM_031417 | 2067 | LK286-1 | GGTCACAAGTTGCCATCTA | 192 | 70%~75% |
LK286-4 | AGACAAATGGATCAACATC | 193 | 60%~65% | |||||
LK287 | CAMK1G | Hs.199068 | NM_020439 | 1431 | LK287-2 | ATGGCATCGTCCACAGAGA | 194 | 75%~80% |
LK287-3 | TGATCACTGACTTTGGTCT | 195 | 60%~65% | |||||
LK287-4 | AGTGGAGGCAAGCCTTCAA | 196 | 65%~70% | |||||
LK287-5 | CCCACTACTACCTGGTCAT | 197 | 50%~55% | |||||
LK289 | RAGE | Hs.104119 | NM_014226 | 1260 | LK289-2 | GGGATCAGGAATACCTCTA | 198 | 70%~75% |
LK289-3 | GTAAATGAACTGGACCAAA | 199 | 65%~70% | |||||
LK290 | MAPKAPK5 | Hs.30327 | NM_003668 | 1416 | LK290-1 | GAAGCAAGCCAGCCAAGTA | 200 | 75%~80% |
LK290-3 | GAGCTATTTCACAGAATCA | 201 | 65%~70% | |||||
LK291 | MKNK1 | Hs.5591 | NM_003684 | 1398 | LK291-1 | GCACTTCAATGAGCGAGAA | 202 | 70%~75% |
LK291-2 | GCCAGAACAAGCTGTTTGA | 203 | 60%~65% | |||||
LK291-3 | CACTTCAATGAGCGAGAAG | 204 | 85%~90% | |||||
LK292 | CHEK2 | Hs.146329 | NM_007194 | 1632 | LK292-1 | AGATGATCAGTCAGTTTAT | 205 | 75%~80% |
LK292-2 | TCAGTCAGTTTATCCTAAG | 206 | 70%~75% | |||||
LK293 | CKLiK | Hs.130065 | NM_020397 | 1074 | LK293-1 | GGACAGTTCAAATGCAAGT | 207 | 75%~80% |
LK293-2 | GAGGGCAAAGGAGATGTGA | 208 | 55%~60% | |||||
LK295 | C20orf97(Trb3) | Hs.344378 | BC027484 | 1077 | LK295-1 | GCTGTGTCGCTTTGTCTTC | 209 | 85%~90% |
LK295-2 | GCTGGTGCTAGAGAACCTG | 210 | 65%~70% | |||||
LK295-3 | GATGATTCCCTGTGGGACA | 211 | 70%~75% | |||||
LK295-4 | GCACTGAGTATACCTGCAA | 212 | 75%~80% | |||||
LK297 | MYLK2 | Hs.86092 | NM_033118* | 1791 | LK297-3 | GGTCATGAACCAGCTGAAC | 213 | 60%~65% |
LK297-5 | GGAGATTGAGGTCATGAAC | 214 | 75%~80% | |||||
LK297-6 | CGGGATCCTCTTCATGCAC | 215 | 60%~65% | |||||
LK298 | ACVR2B | Hs.23994 | NM_001106 | 1539 | LK298-1 | AGGGCTCCCTCACGGATTA | 216 | 65%~70% |
LK298-2 | TGTCACGAGGCCTCTCATA | 217 | 75%~80% | |||||
LK301 | PTK6 | Hs.51133 | NM_005975 | 1356 | LK301-1 | TGAAGAAGCTGCGGCACAA | 218 | 65%~70% |
LK304 | CAMKK2 | Hs.297343 | AF140507 | 1767 | LK304-1 | CTTCCAGGATCTGATCAAA | 219 | 65%~70% |
LK304-2 | TGAGGACCATCTGTACATG | 220 | 70%~75% | |||||
LK304-3 | AATTGGAAAGGGCTCCTAT | 221 | 75%~80% | |||||
LK305-2 | GTTCATGCTTGTTTACAAA | 222 | 65%~70% | |||||
LK306 | LYN | Hs.80887 | NM_002350 | 1539 | LK306-1 | GTCTGGATGGGTTACTATA | 223 | 80%~85% |
LK306-2 | TCGAGCGGAAGAACTACAT | 224 | 75%~80% | |||||
LK306-3 | CTGCCCAGATGAGCTCTAT | 225 | 65%~70% | |||||
LK307 | AMHR2 | Hs.437877 | NM_020547 | 1722 | LK307-2 | GAATGTGCTCATTCGGGAA | 226 | 70%~75% |
LK307-4 | CTGACTTCTGCAATGCCAA | 227 | 65%~70% | |||||
LK308 | PKMYT1 | Hs.77783 | NM_004203 | 1500 | LK308-3 | GAGTCCTTCTTCCAGCAGA | 228 | 70%~75% |
LK312-3 | AGTGGGTTGACTACTCCAA | 229 | 70%~75% | |||||
LK313 | TEK | Hs.89640 | NM_000459 | 3375 | LK313-1 | GAAGATGCAGTGATTTACA | 230 | 90%~95% |
LK313-2 | TGATGAGGTGTATGATCTA | 231 | 80%~85% | |||||
LK314 | YES1 | Hs.194148 | NM_005433 | 1632 | LK314-1 | TGAAAGACCAACATTTGAA | 232 | 75%~80% |
LK314-2 | CTACACAGAACATGCTGAT | 233 | 75%~80% | |||||
LK315 | FRK | Hs.89426 | NM_002031 | 1518 | LK315-1 | GATAGACCGCAACTCCATA | 234 | 65%~70% |
LK315-2 | GAGTTGATGAGACATGGAA | 235 | 70%~75% | |||||
LK316 | PTK2B | Hs.20313 | NM_004103 | 3030 | LK316-2 | GCATAGAGTCAGACATCTA | 236 | 70%~75% |
LK316-3 | CTCATTCAAGGATGGAACA | 237 | 65%~70% | |||||
LK317 | OSR1 | Hs.95220 | NM_005109 | 1584 | LK317-1 | GCTGCTAAGTGGAGGTTCT | 238 | 75%~80% |
LK317-2 | CTGGTGTTCAAGATAAAGA | 239 | 80%~85% | |||||
LK319 | C20orf64 | Hs.440263 | NM_033550 | 762 | LK319-2 | CACCACCTCCAACATGCTC | 240 | 80%~85% |
LK319-3 | CCTCTATGTCCTGGAGAAG | 241 | 75%~80% | |||||
LK320 | topK | Hs.104741 | NM_018492 | 969 | LK320-2 | GTGATGTAGGAGTCTCTCT | 242 | 90%~95% |
LK320-4 | GCCATGGAAACCCAAAGAA | 243 | 85%~90% | |||||
LK322 | PTK9 | Hs.82643 | NM_002822 | 1053 | LK322-1 | GAGAGCGGATGCTGTATTC | 244 | 70%~75% |
LK322-3 | GTGCAGTTGGAAATAGATA | 245 | 80%~85% | |||||
LK323 | BCKDK | Hs.20644 | NM_005881 | 1239 | LK323-1 | GAGCCACAATGGAGAGTCA | 246 | 75%~80% |
LK323-2 | GACGCCTGTGTGAGCACAA | 247 | 65%~70% | |||||
LK325 | PDK3 | Hs.193124 | NM_005391 | 1221 | LK325-1 | TGAACAGTATTACCTGGTA | 248 | 85%~90% |
LK325-2 | GTATTACCTGGTAGCTCCA | 249 | 80%~85% | |||||
LK325-3 | GTTGAAGAATTCAATGCCA | 250 | 90%~95% | |||||
LK326 | PDK4 | Hs.8364 | NM_002612 | 1236 | LK326-1 | AGTCAGCCTTCAAACATTA | 251 | 80%~85% |
LK326-2 | GAGATCTGAATCTCTACT | 252 | 80%~85% | |||||
LK327 | CABC1 | Hs.273186 | NM_020247 | 1107 | LK327-2 | ATCCATAGAGATGAAGTTC | 253 | 65%~70% |
LK327-3 | TGTGCCTGAGATTGTGGAT | 254 | 55%~60% | |||||
LK328 | BRD3 | Hs.86896 | NM_007371 | 2181 | LK328-1 | TGCAGGACTTCAACACCAT | 255 | 80%~85% |
LK328-3 | CTGGAGAGATATGTCAAGT | 256 | 85%~90% | |||||
LK329 | H11 | Hs.111676 | NM_014365 | 591 | LK329-1 | GAGGAGTTGATGGTGAAGA | 257 | 75%~80% |
LK329-2 | GGTGGATCCTGTGACAGTA | 258 | 70%~75% | |||||
LK331 | ARAF1 | Hs.423807 | NM_001654 | 1821 | LK331-1 | CAAGTTCCACCAGCATTGT | 259 | 75%~80% |
LK331-3 | ACCGGGACTCAGGCTATTA | 260 | 65%~70% | |||||
LK332 | BMPR1A | Hs.2534 | NM_004329 | 1599 | LK332-1 | GGATGAAGCATTTATTCCA | 261 | 75%~80% |
LK332-2 | CTATTGCCAAACAGATTCA | 262 | 70%~75% | |||||
LK333 | BMPR1B | Hs.87223 | NM_001203 | 1509 | LK333-3 | GTGGCTTATGTCATTTACA | 263 | 65%~70% |
LK333-4 | GTTGGCACCAAACGCTATA | 264 | 70%~75% | |||||
LK334 | BMX | Hs.27372 | NM_001721 | 2028 | LK334-4 | GACTGGTGGCAAGTAAGAA | 265 | 70%~75% |
LK335 | BTK | Hs.159494 | NM_000061 | 1980 | LK335-1 | GAACAGGAATGGAAGCTTA | 266 | 90%~95% |
LK335-2 | TCCCTGAGCTCATTAACTA | 267 | 60%~65% | |||||
LK335-3 | GAAGCCAAAGTCATGATGA | 268 | 85%~90% | |||||
LK336 | BUB1 | Hs.287472 | NM_004336 | 3258 | LK336-1 | GAAGGCTTCCTCATTTGGA | 269 | 75%~80% |
LK336-2 | GGCTTCCTCATTTGGATAT | 270 | 75%~80% | |||||
LK337 | CAMKK1 | Hs.8417 | NM_172206 | 1518 | LK337-2 | CAGACACTATGCAATGAAA | 271 | 75%~80% |
LK337-3 | GAAGTTACTGAAGCAGTAT | 272 | 70%~75% | |||||
LK338 | CCRK | Hs.26322 | NM_012119 | 1359 | LK338-1 | AGAGCTACCTGCAGATGCT | 273 | 60%~65% |
LK338-5 | GGAGAAGTGCAGAGAGTAA | 274 | 65%~70% | |||||
LK339 | CDC2 | Hs.334562 | NM_001786 | 894 | LK339-1 | TTGATGACAAAGGAACAAT | 275 | 70%~75% |
LK339-2 | CAATCAGATTAAGAAGATG | 276 | 50%~55% |
LK339-3 | GGACAATCAGATTAAGAAG | 277 | 70%~75% | |||||
LK340 | CDK2 | Hs.19192 | NM_001798 | 897 | LK340-3 | CGGAGCTTGTTATCGCAAA | 278 | 80%~85% |
LK340-4 | TCCCTGGAGATTCTGAGAT | 279 | 70%~75% | |||||
LK343 | CDK5 | Hs.166071 | NM_004935 | 879 | LK343-1 | CCAAGCTGCCAGACTATAA | 280 | 80%~85% |
LK343-2 | AGCTGTACTCCACGTCCAT | 281 | 80%~85% | |||||
LK344 | CDK6 | Hs.38481 | NM_001259 | 981 | LK344-2 | GCAAAGACCTACTTCTGAA | 282 | 80%~85% |
LK344-3 | GACCACTTACTTGGATAAA | 283 | 55%~60% | |||||
LK345 | CDK7 | Hs.184298 | NM_001799 | 1041 | LK345-1 | CCTACATGTTGATGACTCT | 284 | 65%~70% |
LK345-2 | AGCCTACATGTTGATGACT | 285 | 80%~85% | |||||
LK347 | CDKL2 | Hs.143241 | NM_003948 | 1482 | LK347-2 | CAGTCACAATATCATACAC | 286 | 65%~70% |
LK349 | CLK3 | Hs.73987 | NM_003992 | 1473 | LK349-1 | ACACCTTTGAGTTCCTGAA | 287 | 65%~70% |
LK349-2 | TGATCCACCGTACCAGGAA | 288 | 60%~65% | |||||
LK350-2 | GGAGGTGTACTTTGAGAAC | 289 | 70%~75% | |||||
LK351 | DDR2 | Hs.71891 | NM_006182 | 2568 | LK351-3 | AGGTCCACTGCAACAACAT | 290 | 70%~75% |
LK351-4 | GATCATGTTTGAATTTGAC | 291 | 75%~80% | |||||
LK352 | DYRK2 | Hs.173135 | NM_006482 | 1806 | LK352-1 | CAGCCTTCGAACACCATGA | 292 | 55%~60% |
LK353 | DYRK3 | Hs.164267 | NM_003582 | 1662 | LK353-1 | GTTATTGGTGGTCCCAATA | 293 | 75%~80% |
LK353-2 | GAGACCAGTTGGCCTGCAT | 294 | 70%~75% | |||||
LK355 | EPHB1 | Hs.272311 | NM_004441 | 2955 | LK355-1 | AGGAGACCTTCAACTTGTA | 295 | 85%~90% |
LK357-3 | ACGGGAAGGAGTTTAAGCA | 296 | 70%~75% | |||||
LK358 | FGR | Hs.1422 | NM_005248 | 1590 | LK358-1 | AGTTCCACATCCTGAACAA | 297 | 80%~85% |
LK358-2 | GGGCATGGCCTACATGGAA | 298 | 75%~80% | |||||
LK360 | HRI | Hs.258730 | NM_014413 | 1893 | LK360-2 | GGATAGAACATGTTCATGT | 299 | 70%~75% |
LK360-3 | GCAAGCCAAGTATATCCAG | 300 | 70%~75% | |||||
LK361 | ICK | Hs.108850 | NM_016513 | 1899 | LK361-1 | GGGACCAGAACTTGTGAAA | 301 | 75%~80% |
LK361-2 | CTGACTGGCCTGAAGGCTA | 302 | 65%~70% | |||||
LK362 | IRAK4 | Hs.142295 | NM_016123 | 1383 | LK362-1 | AGAAATAACACCCAAATCT | 303 | 75%~80% |
LK363 | LIMK1 | Hs.36566 | NM_002314 | 1944 | LK363-2 | GACCGGATCTTGGAAATCA | 304 | 65%~70% |
LK363-4 | GACCTCAACTCCCACAACT | 305 | 65%~70% | |||||
LK364 | LIMK2a | Hs.278027 | NM_005569 | 1917 | LK364-1 | GAAGGTCAGGTTTGCCAAA | 306 | 70%~75% |
LK364-2 | TCGTTCTCTGTGAGATCAT | 307 | 70%~75% | |||||
LK365 | NEK2 | Hs.153704 | NM_002497 | 1338 | LK365-1 | CGAGTGATGACTCAGTTGA | 308 | 75%~80% |
LK365-3 | GGCGAATTCCATACCGTTA | 309 | 90%~95% | |||||
LK366 | NEK6 | Hs.9625 | NM_014397 | 942 | LK366-1 | CTATGGAGATAAGATGAAT | 310 | 65%~70% |
LK366-2 | GATAAGATGAATCTCTTCT | 311 | 75%~80% | |||||
LK367 | PAK1 | Hs.64056 | NM_002576* | 1638 | LK367-1 | GATGAGCTGTGGGTTGTTA | 312 | 80%~85% |
LK367-2 | GCTGTGGGTTGTTATGGAA | 313 | 80%~85% | |||||
LK368 | PAK3 | Hs.152663 | NM_002578 | 1635 | LK368-1 | GAATCCTGAGAGACTGTCA | 314 | 80%~85% |
LK368-2 | GGACAGATAGCAGCTGTCT | 315 | 80%~85% | |||||
LK369 | PAK6 | Hs.21420 | NM_020168 | 2046 | LK369-2 | GCAGATTGCCACTGTGTGT | 316 | 80%~85% |
LK369-3 | TCAAGGCTGCGCTCAGGAT | 317 | 75%~80% | |||||
LK370 | PDGFRB | Hs.76144 | NM_002609 | 3321 | LK370-3 | AGCTGGTCAAGATCTGTGA | 318 | 65%~70% |
LK371 | PDK1 | Hs.61712 | NM_002610 | 1311 | LK371-2 | CATTGGAAGCATAAATCCA | 319 | 75%~80% |
LK371-3 | CAAGTGGTTTATGTACCAT | 320 | 65%~70% | |||||
LK373 | PHKG2 | Hs.196177 | NM_000294 | 1221 | LK373-3 | AGGAAACCAGGTCCATCAT | 321 | 70%~75% |
LK373-5 | GAGCTGTTTGACTATCTCA | 322 | 70%~75% | |||||
LK374-3 | TGAATACAGTATTCCCAAG | 323 | 60%~65% | |||||
LK375 | PRKR | Hs.274382 | NM_002759 | 1656 | LK375-1 | ATGGAATTCTGTGATAAAG | 324 | 80%~85% |
LK375-3 | GTCCCAAAGCAACTCTTTA | 325 | 80%~85% | |||||
LK376 | RAF1 | Hs.349650 | NM_002880 | 1947 | LK376-1 | TGAGCACTGTAGCACCAAA | 326 | 80%~85% |
LK376-2 | GCACCAAAGTACCTACTAT | 327 | 85%~90% | |||||
LK377 | SLK | Hs.105751 | NM_014720 | 3459 | LK377-1 | GCAGCTTAAAGATCAGTAT | 328 | 65%~70% |
LK377-2 | GTTTGCTGCACAAGAAGAA | 329 | 70%~75% | |||||
LK379 | SRPK2 | Hs.221688 | NM_182691 | 2061 | LK379-1 | TCATCAAATCCAACTATCA | 330 | 60%~65% |
LK379-2 | CGTTGTGTGAAGAGTATCA | 331 | 80%~85% | |||||
LK381-2 | GAGATTTACTATCAGTTCA | 332 | 85%~90% | |||||
LK384 | TIE | Hs.78824 | NM_005424 | 3417 | LK384-1 | GGCACTTGTGACCGGTTCA | 333 | 80%~85% |
LK384-3 | ACATGTCGCTGTTTGAGAA | 334 | 65%~70% | |||||
LK385 | TTK | Hs.169840 | NM_003318 | 2574 | LK385-1 | GAATGCTAAAGCTAATTGA | 335 | 70%~75% |
LK385-2 | ACTTGTTGGTCTGAATTCT | 336 | 65%~70% | |||||
LK386 | TYK2 | Hs.75516 | NM_003331 | 3664 | LK386-1 | CCACAAGCGCTATTTGAAA | 337 | 75%~80% |
LK389 | VRK1 | Hs.422789 | NM_003384 | 1191 | LK389-1 | GCTTAAGAATTCTGGATAT | 338 | 85%~90% |
LK389-2 | AGACGTGGTGATTTGGAAA | 339 | 95%~100% | |||||
LK391 | CDC7L1 | Hs.28853 | NM_003503 | 1725 | LK391-1 | GTGGTCTGCAGGTGTCATA | 340 | 90%~95% |
LK391-2 | TACACAGCTCCATTTCACA | 341 | 85%~90% | |||||
LK392 | STK12 | Hs.180655 | NM_004217 | 1035 | LK392-1 | ACTTGGCTCGGGAGAAGAA | 342 | 75%~80% |
LK392-3 | GGAGTTGGCAGATGCTCTA | 343 | 75%~80% | |||||
LK393 | STK13 | Hs.98338 | NM_003160* | 828 | LK393-2 | GCGCACAGCCACGATAATA | 344 | 80%~85% |
LK393-3 | GGGGAGAACATATGATGAA | 345 | 75%~80% | |||||
LK397 | STK22D | Hs.333138 | NM_032028* | 1104 | LK397-3 | GCCGTCGACTATGGAGACA | 346 | 65%~70% |
LK397-4 | GGCGTGATCCTCTACATCA | 347 | 75%~80% | |||||
LK398 | STK23 | Hs.104865 | NM_014370 | 1602 | LK398-1 | GGAAGAAGATGAGGCGCAA | 348 | 60%~65% |
LK399 | STK25 | Hs.155206 | NM_006374 | 1281 | LK399-1 | AGGAGCTCCTGAAGCACAA | 349 | 70%~75% |
LK399-2 | TTCCTGATTCCCAAGAACA | 350 | 60%~65% | |||||
LK400 | STK4 | Hs.35140 | NM_006282 | 1464 | LK400-1 | GAAGATGAAATAGCTACAA | 351 | 85%~90% |
LK400-2 | GTGCCAAAGGAGTGTCAAT | 352 | 85%~90% | |||||
LK405 | DAPK2 | Hs.129208 | NM_014326 | 1113 | LK405-1 | GAAGATGGAGTTGAATTTA | 353 | 70%~75% |
LK405-2 | CGACTTTGATGAGGAATTC | 354 | 70%~75% | |||||
LK406 | CDK11 | Hs.129836 | NM_015076 | 1509 | LK406-1 | GACTGGGAAGATATTAGAA | 355 | 70%~75% |
LK406-2 | GGTCAAGCCTGACAGCAAA | 356 | 80%~85% | |||||
LK407 | ADCK4(FLJ 12229) | Hs.130712 | NM_024876 | 1635 | LK407-2 | GGCTTTGAAACCAAGGCAT | 357 | 75%~80% |
LK407-3 | GATGCTGAGAGTTCTTGAA | 358 | 80%~85% | |||||
LK409 | ABL1-a | Hs.446504 | NM_005157 | 3393 | LK409-2 | ATCCACCAAGCCTTTGAAA | 359 | 60%~65% |
LK409-3 | CCAGGAATCCAGTATCTCA | 360 | 80%~85% | |||||
LK409-5 | CCTTGAAGGAGGACACCAT | 361 | 70%~75% | |||||
LK410 | STK33 | Hs.148135 | NM_030906 | 1545 | LK410-1 | TGTGGGACTCCTATCTATA | 362 | 80%~85% |
LK410-2 | GTAGATCCTGCTCACAGAA | 363 | 95%~100% | |||||
LK412 | CDK9 | Hs.150423 | NM_001261 | 1119 | LK412-2 | CGGCCTCTACTACATCCAC | 364 | 65%~70% |
LK413 | PSKH1 | Hs.150601 | AJ272212 | 1275 | LK413-2 | AGGACTTCATTGACCGCCT | 365 | 70%~75% |
LK413-3 | GAGCTCTTTGACCGCATCA | 366 | 75%~80% | |||||
LK414 | LOC57143 | Hs.15251 | NM_020421 | 1368 | LK414-2 | GTGAGATGATCTTCGTCAA | 367 | 85%~90% |
LK414-3 | GAAGAAGAATACCTGTTCA | 368 | 85%~90% | |||||
LK418 | PRKCD | Hs.155342 | L07861 | 2031 | LK418-3 | CTGGTGAAGCAGGGATTAA | 369 | 60%~65% |
LK419 | PRKACG | Hs.158029 | M34182 | 1083 | LK419-3 | GCTGGATCGCCATCTATGA | 370 | 60%~65% |
LK419-4 | GCTCCGGATCTCCATCAAT | 371 | 65%~70% | |||||
LK422 | STK3 | Hs.166684 | NM_006281 | 1476 | LK422-1 | ACCTCCTTATGCTGATATA | 372 | 80%~85% |
LK422-2 | TGGACTACTTTGATAAGCA | 373 | 80%~85% | |||||
LK425 | DYRK4 | Hs.439530 | BC031244 | 1563 | LK425-1 | GGTGGCCAAGTGCTTGGAT | 374 | 70%~75% |
LK425-2 | GCTGTTATGAACACCAGAA | 375 | 85%~90% | |||||
LK426 | FLJ32685 | Hs.174379 | NM_152534 | 1455 | LK426-2 | GATATCAGATGTCATGATG | 376 | 85%~90% |
LK426-3 | GATGCAGACTGTGATTGAA | 377 | 80%~85% | |||||
LK427 | LCK | Hs.1765 | U07236 | 1539 | LK427-1 | AACATTACAAGATCCGTAA | 378 | 70%~75% |
LK427-2 | ACGGTGGCTTCTACATCTC | 379 | 70%~75% | |||||
LK429 | KIAA1765(DCAMKL3) | Hs.207617 | AB051552 | 1828 | LK429-1 | GCATGTGGTGAGACCTATA | 380 | 70%~75% |
LK430 | CLK1 | Hs.433732 | NM_004071 | 1455 | LK430-2 | TGTGATGTCTGGAGCATAG | 381 | 85%~90% |
LK430-3 | GTACTTACGACTTCATTAA | 382 | 75%~80% | |||||
LK434 | NEK3 | Hs.2236 | NM_002498 | 1521 | LK434-1 | TTATTATGTGCCTCCAGAA | 383 | 75%~80% |
LK434-3 | AAGTGACATCTGGTCCTTG | 384 | 65%~70% | |||||
LK436 | TR IM28 | Hs.228059 | NM_005762 | 2508 | LK436-1 | GATCATGAAGGAGCTGAAT | 385 | 70%~75% |
LK436-3 | AAGACATCGTGGAGAATTA | 386 | 70%~75% | |||||
LK437 | ZAP70 | Hs.234569 | NM_001079 | 1860 | LK437-1 | GTGACTGCTGGATCTACAA | 387 | 70%~75% |
LK439 | PACE-1 | Hs.24243 | NM_020423 | 2067 | LK439-1 | GGAGGAGAACGAACCAAGA | 388 | 75%~80% |
LK439-2 | GCCTACGTGGAGCACTTCA | 389 | 70%~75% | |||||
LK440 | DKFZp761P1010 | Hs.24979 | NM_018423 | 1269 | LK440-3 | GCTGCACACATACCATGTA | 390 | 75%~80% |
LK440-4 | GTTCTGGAGCAGATTTGCA | 391 | 65%~70% | |||||
LK441 | BC064422 | none | BC064422 | 726 | LK441-2 | GTGAGCAGATCCGGAAGAA | 392 | 65%~70% |
LK442 | LOC203806 | Hs.256916 | XM_114973 | 1644 | LK442-1 | GATCTCACATACAGTGTAA | 393 | 80%~85% |
LK442-2 | AGTTGTGTTGCTTGATACA | 394 | 90%~95% | |||||
LK443 | ACVR2 | Hs.389846 | NM_001616 | 1542 | LK443-1 | GGAAGTTGTTGTGCATAAA | 395 | 75%~80% |
LK443-2 | TGTGTAGGTGAAAGAATTA | 396 | 70%~75% | |||||
LK445 | RIOK2 | Hs.27021 | NM_018343 | 1659 | LK445-1 | TCAGTATATGATGAAGCTA | 397 | 60%~65% |
LK445-2 | AGGAATTTGCCTATATGAA | 398 | 65%~70% | |||||
LK447 | NRBP | Hs.272736 | NM_013392 | 1608 | LK447-1 | CAACAGCAGTGGACATCTA | 399 | 65%~70% |
LK447-3 | GTGACCTGATGCCAAATGA | 400 | 60%~65% | |||||
LK449 | LOC340371(NRBP2) | Hs.274401 | AF318376 | 882 | LK449-1 | TCCAGCACCAGTACCTCAT | 401 | 65%~70% |
LK450 | FLJ23356 | Hs.277431 | NM_032237 | 1053 | LK450-1 | CACTAAACCTTTCAAAGTA | 402 | 80%~85% |
LK450-2 | AAACCTTTCAAAGTACCAA | 403 | 65%~70% | |||||
LK451 | BRD4 | Hs.278675 | NM_014299 | 2169 | LK451-1 | TGAGCACAATCAAGTCTAA | 404 | 80%~85% |
LK451-2 | AGCTGAACCTCCCTGATTA | 405 | 85%~90% | |||||
LK451-3 | AGGAGATGTTTGCCAAGAA | 406 | 60%~65% | |||||
LK462 | HUMCALMODU | Hs.348 | L17000 | 1422 | LK462-1 | CATGTGGTCTGTAGGAATA | 407 | 65%~70% |
LK462-2 | AACGGCTGACTACATTTCA | 408 | 70%~75% | |||||
LK464 | MGC22688(YANK1) | Hs.352370 | BC021666 | 501 | LK464-1 | TCATTCACAGGGATATGAA | 409 | 80%~85% |
LK464-2 | GTGAAGCTCTTCATCTGTG | 410 | 85%~90% | |||||
LK465 | BUB1B | Hs.36708 | NM_001211 | 3153 | LK465-4 | GGCAGGTCCTTGGAACACA | 411 | 75%~80% |
LK465-5 | GCTGAGCCCAATTATTGAA | 412 | 70%~75% | |||||
LK467 | SGKL | Hs.380877 | NM_013257 | 1290 | LK467-1 | GCTGTCAAAGTGTTACAGA | 413 | 85%~90% |
LK467-2 | CCAGATGATATCAGAAACT | 414 | 80%~85% | |||||
LK468 | TNK1 | Hs.406138 | BC035782 | 1986 | LK468-2 | GAGGTATCGGTCATGATGA | 415 | 80%~85% |
LK468-3 | GAAGGCAAATCTTTGGGAT | 416 | 60%~65% | |||||
LK469 | LOC91461 | Hs.433279 | XM_038576 | 1053 | LK469-1 | GGGAGGATCGATTCCGAAT | 417 | 80%~85% |
LK469-3 | GTACCGAGTACCAGTGTAT | 418 | 85%~90% | |||||
LK472 | TLK2 | Hs.57553 | NM_006852 | 2250 | LK472-2 | GGTTTCAGTGAAGTTTACA | 419 | 70%~75% |
LK472-3 | TGATGATAGCTACAATTCA | 420 | 75%~80% | |||||
LK473 | ALS2CR2 | Hs.259230 | NM_018571 | 1257 | LK473-1 | GGGTTATTTCTCCATTTAT | 421 | 80%~85% |
LK473-2 | GTGAAGTCAGATATTTACA | 422 | 80%~85% | |||||
LK474 | ILK | Hs.6196 | NM_004517 | 1359 | LK474-1 | TCAACCGTATTCCATACAA | 423 | 70%~75% |
LK474-2 | GCCTGAAGACACAAACAGA | 424 | 75%~80% | |||||
LK476 | DustyPK | none | NM_015375 | 2790 | LK476-2 | TGAATATTGCCAACCGAAA | 425 | 80%~85% |
LK477 | FLJ10074 | Hs.71573 | NM_017988 | 1341 | LK477-1 | ACTAAGGACTTGACAGACA | 426 | 80%~85% |
LK477-3 | AAAGCCAGCAGCCTCTTAA | 427 | 70%~75% | |||||
LK480 | FASTK | Hs.75087 | X86779 | 1650 | LK480-1 | GTCAGCTCATCATCCGAAA | 428 | 80%~85% |
LK480-3 | GTACAGTCACAAGGACATA | 429 | 80%~85% | |||||
LK481 | WEE1 | Hs.75188 | NM_003390 | 1941 | LK481-1 | CTGTCAGCCTTACTATATA | 430 | 85%~90% |
LK481-3 | CATGGAAGCCAGTGATTAT | 431 | 90%~95% | |||||
LK483 | CAK(DDR1) | Hs.423573 | L20817 | 2742 | LK483-1 | AGATGGAGTTTGAGTTTGA | 432 | 75%~80% |
LK486 | SNRK | Hs.79025 | NM_017719 | 2298 | LK486-1 | GATAGTTCATGCTATATCT | 433 | 90%~95% |
LK486-2 | GAAGCCCTGGAAACCAACA | 434 | 85%~90% | |||||
LK490 | PIK3R4 | Hs.83050 | NM_014602 | 4077 | LK490-1 | GACAAGTTGATCTTGTTAA | 435 | 80%~85% |
LK491 | RPS6KB1 | Hs.86858 | NM_003161 | 1578 | LK491-1 | GTATCTCAGTGGAGGAGAA | 436 | 85%~90% |
LK500 | LOC51231(VRK3 | Hs.98289 | NM_016440 | 1425 | LK500-2 | GGACAAATTGCCTTCCCAA | 437 | 85%~90% |
LK500-3 | TGTTCATGGAAATGTGACA | 438 | 70%~75% | |||||
LK501 | FLJ20574 | Hs.123427 | NM_017886 | 1629 | LK501-1 | CCTCTGGTCTTTGGGCTGT | 439 | 70%~75% |
LK501-3 | GATCTCAGTCTCAGCAGAA | 440 | 85%~90% | |||||
LK519 | NJMU-R1 | Hs.9800 | NM_022344* | 1101 | LK519-1 | AGGGCTGGGTAATGTTGCA | 441 | 80%~85% |
LK519-2 | CCGAGTTGGTTGTTATTAC | 442 | 60%~65% |
LK520 | PRKAR2A | Hs.365523 | NM_004157 | 1215 | LK520-2 | TCAGGAACAGCTTTCTCAA | 443 | 70%~75% |
LK520-3 | GAACTAGCTCTGATGTACA | 444 | 70%~75% | |||||
LK521 | PHKA2 | Hs.54941 | NM_000292 | 3708 | LK521-1 | CATAGAAGCTGCATATAAA | 445 | 75%~80% |
LK193 | STK10 | Hs.16134 | NM_005990 | 2907 | LK193-1 | AGGACTACATCGTGGAGAT | 446 | 80~85% |
LK193-2 | AGAGGATCATCCACCGAGA | 447 | 55%~60% | |||||
LK193-3 | CGCGCATGGCCATGTACAA | 448 | 85%~90% | |||||
LK475 | MGC8407 | Hs.6262 | NM_024046 | 1506 | LK475-1 | AGAATCTCTTCCGCAAGAT | 449 | 70%~75% |
LK475-4 | GGGAGGTGTTTGACTGGAT | 450 | 65%~70% | |||||
LK394 | STK16 | Hs.153003 | NM_003691 | 933 | LK394-1 | GACTTGAAGCCCACCAATA | 451 | 65%~70% |
LK394-3 | GGTACGCTGTGGAATGAGA | 452 | 80%~85% | |||||
LK394-5 | ATGAGATAGAAAGGCTGAA | 453 | 50%~55% | |||||
LK452 | PKE(YANK3) | Hs.27888 | NM_173575 | 1461 | LK452-1 | GAGATGTCAAGCCTGACAA | 454 | 80~85% |
LK452-2 | CCTTTGAGCTGGAGGAGAT | 455 | 80~85% | |||||
LK456 | LOC149420(CLIK1L) | Hs.29911 | AF411102 | 1026 | LK456-1 | ACACCAGCTTCATGCTTCA | 456 | 65%~70% |
LK456-2 | GAAGAACCTGTCAGTGTAA | 457 | 70%~75% | |||||
LK456-3 | TGAATGGGCGAATGAAACA | 458 | 50%~55% | |||||
LK456-4 | GAACCTGTCAGTGTAAACA | 459 | 90%~95% | |||||
LK079 | LTK | Hs.210 | NM_002344 | 2412 | LK079-3 | GCCAATGTTACTCTGCTCA | 460 | 60%~65% |
LK275 | CAMK1 | Hs.434875 | NM_003656 | 1113 | LK275-1 | CATCTCTGACTCTGCCAAA | 461 | 50%~55% |
LK275-2 | CCCATGGATTGCAGGAGAT | 462 | 70%~75% | |||||
LK275-3 | AGCCCTACAGCAAGGCTGT | 463 | 60%~65% |
人工合成的一些对照序列如表2,并溶解(溶解于水中)至终浓度50μM:
表2
激酶基因 | SiRNA核苷酸序列号 | 序列 | SEQ ID NO: | 抑制效率 |
LOC149420(CLIK1L) | LK456-3 | TGAATGGGCGAATGAAACA | 464 | 21% |
CSNK1G2 | LK009-1 | GACGGTGCTGATGATCGCC | 465 | 40% |
LK009-2 | TCCAGCTGATCACGCGCAT | 466 | 13% | |
LK009-3 | TGATCGCCATCCAGCTGAT | 467 | 25% | |
LK009-4 | CGGTGCTGATGATCGCCAT | 468 | 13% | |
EEF2K | LK324-1 | TCAGCCAAGACCATCTTGA | 469 | 4% |
LK324-2 | CAATCAGCCAAGACCATCT | 470 | -2% | |
LK324-3 | TGTCTCTCTGAAGGAGACA | 471 | -49% | |
LK324-4 | ATCAGCCAAGACCATCTTG | 472 | 16% | |
MGC8407 | LK475-2 | GGCTCCACCCTCTAGTAAA | 473 | 42% |
LK475-3 | TCCTGGCTGGTGACTATGA | 474 | 19% | |
STK16 | LK394-2 | GAGCTCTTCTCTGTGCAGA | 475 | 28% |
LK394-4 | GCTCCTGGCCAACATACTA | 476 | 26% | |
LK394-6 | GAGACTTGAAGCCCACCAA | 477 | -5% | |
LTK | LK079-1 | GGCACCTCAACTGCAGTCA | 478 | -21% |
LK079-2 | GCTTCGAACCTCTGCCATC | 479 | -20% |
2.复性
建立10μl的复性体系,也即依次加入1μl的10×复性缓冲液(10×复性缓冲液配方:1M Kac;20mM MgAc;300mM HEPES-KOH pH7.4),4.5μl寡聚核苷酸的正向序列,4.5μl寡聚核苷酸的反向序列,在PCR仪(Eppendorf)上按照“95℃5分钟→75℃5分钟→每30s降1℃,直到10℃→4℃保持”的程序复性。
最终获得复性产物。
3.pAS载体的限制性酶切和片段回收
使用QIAEX II Agarose Gel Extraction Kit(Qiagen)进行。
(1)在20μl的酶切体系中加入2μg pAS载体DNA,1μlBgl II(Biolabs),1μl Hind III(Invitrogen)和相应的缓冲液(随同内切酶来自相应的公司)2μl,其余用水补足,37℃反应3小时。
(2)0.8%的琼脂糖(Invitrogen)凝胶电泳。
(3)用一把干净的解剖刀从琼脂糖凝胶上精确的切离DNA条带。
(4)测定DNA条带的质量,当100bp<DNA片段<4Kb时,加入3倍体积的Buffer QX1(Qiagen)(融解琼脂糖凝胶)。
(5)在振荡混匀器(华利达)上悬浮QIAEXII(吸附DNA的颗粒,购自Qiagen)1分钟,根据常规方法按照片段的质量加入相应量的QIAEXII。
(6)50℃温浴10分钟,融解琼脂糖凝胶并吸附DNA。期间每2分钟混匀一次,保持QIAEXII处于悬浮状态。
(7)5000rpm离心1分钟,小心吸去上清。用500μl Buffer QXI(Qiagen)洗一次。
(8)用500μl的Wash Buffer PE(Qiagen)清洗两次。
(9)室温放置10~15分钟,晾干。
(10)加入20μl TE,混匀,室温放置5分钟。
(11)5000rpm离心1分钟,小心的将上清转移至另一干净的1.5ml离心管中。
4.连接
将前述的复性产物(双链DNA)(复性产物中含有相应的Bgl II和Hind III位点)取1μl稀释1000倍。在10μl反应体系中加入合适量的经前述加工的pAS载体(20~30fmol)、复性产物(60~100fmol)以及1μlT4连接酶(Invitrogen)和2μl 5×连接缓冲液(购自Invitrogen),25℃反应3小时。
5.RbCl感受态细胞的制备
(1)将DH5α菌种划线到LB平板,37℃培养10~12小时。
(2)挑单克隆于30ml S.O.B(用前1∶100加入1M MgCl2,1∶100加入1M MgSO4)中,37℃,培养过夜。
(3)1∶100接过夜菌到200ml S.O.B(用前1∶100加入1M MgCl2,1∶100加入1M MgSO4)中,37℃培养至OD550=0.35。
(4)把菌液迅速转移至冰盐浴(-3~-5℃)中,预冷15分钟。
(5)4℃4500rpm×5min离心,弃上清。加入64ml感受态细胞缓冲液1,悬浮,冰盐浴15分钟。
(6)4℃4000rpm×5min离心,弃上清。加入16ml感受态细胞缓冲液2,在冰上悬浮菌体。
(7)立即分装成200μl/管(管预冷)。
(8)液氮速冻,-70℃保存。
6.RbCl转化
(1)将5μl连接产物加入200μl RbCl感受态DH5α细胞中,弹匀后冰上放置30分钟。
(2)42℃温浴2分钟,冰上放置2分钟。加入800μl LB,37℃温浴30~45分钟。
(3)8000rpm离心1分钟,倒去上清,用管底残留的100μl左右的液体将沉淀悬浮,全部铺盘。
(4)倒置放于37℃烘箱中12~15小时。
7.质粒的小量制备(碱裂解法)
(1)取1ml过夜菌于1.5ml的离心管中,8000rpm离心1分钟,去上清。
(2)加100μl H2O悬浮细胞。
(3)加100μl裂解液(H2O∶10%SDS∶2M NaOH∶500mM EDTA=7.3∶2∶0.5∶0.2)立即轻轻混匀。
(4)加入50μl 1M的MgCl2,混匀,冰上放置2分钟,13000rpm离心2分钟。
(5)加入50μl 5M的KAc,混匀,冰上放置2分钟,13000rpm离心3分钟。
(6)将上清移至另一干净的离心管中,加入0.6ml 100%乙醇,混匀,13000rpm离心3分钟。
(7)用0.5ml 70%乙醇洗两遍,超净台内晾干。
(8)20μl TE溶解。
8.质粒的限制性酶切鉴定
1)在10μl的反应体系中加入5μl质粒DNA,0.2μl EcoR I(Biolabs),0.2μl HindIII和相应的酶切反应缓冲液(随同内切酶来自相应的公司)3.6μl,37℃反应1小时。
2)0.8%的琼脂糖凝胶电泳。
9.转染用质粒DNA的小量制备(QIAprep Spin Miniprep Kit 250,Qiagen)
1)分次取3mL过夜菌于1.5mL的离心管中,8,000rpm离心1分钟,去上清。
2)加250μL Buffer P1(Qiagen),振荡器充分悬浮菌块。
3)加250μL Buffer P2(Qiagen),轻轻颠倒混匀4~6次,放置时间不要超过5分钟。
4)加350μL Buffer N3(Qiagen),轻轻颠倒混匀4~6次,置冰上10分钟。
5)13,000rpm离心10分钟,取上清到柱中。13,000rpm离心1分钟,弃穿出液。
6)加700μL Buffer PE(Qiagen),13,000rpm离心1分钟,弃穿出液。
7)13,000rpm离心2分钟,将柱子置于一干净离心管中,室温放置10分钟。
8)加Elution Buffer(Qiagen)50ul,放置2分钟。
9)13,000rpm离心2分钟,穿出液接在离心管中。
实施例2构建基因表达质粒
构建目的基因表达质粒的方法与实施例1类似,采用pAPT和pHA作为表达质粒。采用的基因如表1中对应的GenBank号所示。
构建基因表达质粒所用的内切酶以及鉴定时所用的内切酶视每个激酶基因的序列而定,这是本领域人员所熟知的。在得知了目的激酶基因序列后,本领域人员知道如何设计适当的内切酶位点,并考虑所用的表达质粒,从而将所述激酶基因克隆入质粒中。因此由于基因数目庞大,在此没有一一列举,表3所列是构建一些基因表达质粒时所用的内切酶的示例。
表3
LiLABno | 内切酶 | LiLAB no | 内切酶 | LiLABno | 内切酶 | LiLABno | 内切酶 |
LK008 | Not I | LK128 | Xho I | LK204 | Xho I | LK408 | Not I |
LK008 | EcoR I | LK128 | Xba I | LK204 | Xba I | LK408 | EcoR I |
LK010 | Not I | LK129 | Xba I | LK205 | Xba I | LK409 | Not I.Bam H I |
LK010 | Nsp V | LK129 | Xho I | LK205 | Xho I | LK409 | EcoR I |
LK010 | EcoR I | LK130 | Sal I | LK205 | Nsp V | LK414 | Xho I |
LK021 | Xho I | LK130 | Not I | LK206 | Xho I | LK414 | Xba I |
LK021 | EcoR I | LK131 | Sal I | LK206 | Xba I | LK415 | Xba I |
LK022 | Not I | LK131 | Xba I | LK207 | Xho I | LK415 | EcoR I |
LK022 | EcoR I | LK132 | Not I | LK207 | Xba I | LK416 | Not I |
LK025 | Not I | LK132 | Sal I | LK208 | Xba I | LK416 | EcoR I |
LK025 | Xho I | LK133 | Not I | LK208 | Xho I | LK417 | Xba I |
LK026 | Not I | LK133 | EcoR I | LK209 | Sal I | LK417 | Sal I |
LK026 | Sal I | LK134 | Xho I | LK209 | Not I | LK420 | Not I |
LK027 | Not I | LK134 | Xba I | LK210 | Xho I | LK420 | Xho I |
LK027 | EcoR I | LK135 | Sal I | LK210 | Xba I | LK423 | Not I |
LK030 | Not I | LK135 | Xba I | LK211 | Sal I | LK423 | EcoR I |
LK030 | Nsp V | LK136 | Xho I | LK211 | Not I | LK428 | Sal I |
LK031 | Xho I | LK136 | Xba I | LK212 | Sal I | LK428 | Xba I |
LK031 | EcoR I | LK137 | Not I | LK212 | Not I | LK429 | Xho I |
LK033 | Not I | LK137 | EcoR I | LK213 | Xho I | LK429 | Xba I |
LK033 | EcoR I | LK138 | Xba I | LK213 | Xba I | LK430 | Xho I |
LK034 | Not I | LK138 | Not I | LK214 | Sal I | LK430 | Xba I |
LK034 | Sal I | LK140 | Not I | LK214 | Not I | LK431 | Xho I |
LK035 | Not I | LK140 | EcoR I | LK215 | Not I | LK431 | Xba I |
LK035 | EcoR I | LK141 | Sal I | LK215 | Xba I,Nsp V | LK432 | Xho I |
LK038 | Not I | LK141 | Xba I | LK216 | EcoR I | LK432 | Xba I |
LK038 | Nsp V | LK142 | Sal I | LK216 | Not I | LK432 | Xho I |
LK050 | Not I | LK142 | Not I | LK216 | Nsp V | LK432 | Xba I |
LK050 | EcoR I | LK143 | Sal I | LK217 | Sal I | LK433 | Not I |
LK052 | Not I | LK143 | Xba I | LK217 | Not I | LK433 | Not I |
LK052 | EcoR I | LK144 | Not I | LK218 | Not I | LK438 | Not I |
LK055 | Not I | LK144 | Sal I | LK218 | EcoR I | LK438 | EcoR I |
LK055 | Nsp V | LK145 | Sal I | LK219 | Xho I | LK438 | Not I |
LK058 | Xho I | LK145 | Xba I | LK219 | Xba I | LK438 | EcoR I |
LK058 | Xba I | LK146 | Xho I | LK220 | Xho I | LK441 | Xho I |
LK060 | Xho I | LK146 | Xba I | LK220 | Xba I | LK441 | Xba I |
LK060 | EcoR I | LK147 | Sal I | LK221 | Sal I | LK441 | Xho I |
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LK062 | Xba I | LK147 | EcoR I | LK222 | EcoR I | LK442 | Xho I |
LK064 | Xho I | LK148 | Not I | LK222 | Bam HI,Not I | LK442 | Xba I |
LK064 | Xba I | LK148 | Sal I | LK223 | Sal I | LK442 | Xho I |
LK065 | Xho I | LK149 | Not I | LK223 | Bam HI,Not I | LK442 | Xba I |
LK065 | Xba I | LK149 | Xho I | LK224 | Not I | LK444 | Xho I |
LK066 | Xho I | LK150 | Xba I | LK224 | Xho I | LK444 | Xba I |
LK066 | Xba I | LK150 | Not I | LK225 | Sal I | LK446 | Xba I |
LK068 | Not I | LK151 | Not I | LK225 | Not I | LK446 | Xho I |
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LK069 | Xba I | LK152 | Xho I | LK227 | Xba I | LK449 | Xho I |
LK070 | Xho I | LK153 | Xba I | LK227 | Xho I | LK449 | Xba I |
LK070 | EcoR I | LK153 | NotI | LK228 | Not I,Hind III | LK449 | Xho I |
LK071 | Xho I | LK156 | Not I | LK228 | Xho I | LK449 | Xba I |
LK071 | Xba I | LK156 | Sal I | LK229 | Not I | LK451 | Xho I |
LK072 | Xba I | LK157 | Xho I | LK229 | Nsp V | LK451 | Xba I |
LK072 | Sal I | LK157 | Xba I | LK229 | Xho I | LK451 | Xho I |
LK073 | Xho I | LK159 | Xho I | LK230 | Xho I | LK451 | Xba I |
LK073 | Xba I | LK159 | Xba I | LK230 | Xba I | LK452 | Xho I |
LK074 | Xba I | LK160 | Not I | LK231 | Xho I | LK452 | Xba I |
LK074 | Xho I | LK160 | Sal I | LK231 | Xba I | LK452 | Xho I |
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LK077 | Xho I | LK162 | Xho I | LK232 | Xba I | LK453 | Xba I |
LK077 | Xba I | LK162 | Xba I | LK232 | Sal I | LK454 | Xho I |
LK078 | Sal I | LK163 | Xho I | LK233 | Xho I | LK454 | Xho I |
LK078 | Xba I | LK163 | Xba I | LK233 | Xba I | LK454 | Xba I |
LK079 | Sal I | LK164 | Not I | LK234 | Sal I | LK454 | Xba I |
LK079 | Xba I | LK164 | EcoR I | LK234 | Not I | LK455 | Xho I |
LK081 | Not I | LK165 | Xho I | LK235 | Xho I | LK455 | Xho I |
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LK082 | EcoR I | LK167 | Nsp V | LK236 | Not I | LK458 | Xho I |
LK082 | EcoR I | LK168 | Not I | LK237 | Not I,Bam H I | LK458 | Xba I |
LK083 | Xho I | LK168 | EcoR I | LK237 | Xba I,Nsp V | LK461 | Not I |
LK083 | Xba I | LK169 | Not I | LK238 | Sal I | LK461 | Sal I |
LK084 | Sal I | LK169 | Nsp V | LK238 | Not I | LK463 | Xba I |
LK084 | Xba I | LK170 | Xho I | LK239 | Xho I | LK463 | Not I |
LK085 | Not I | LK170 | Xba I | LK239 | Not I | LK469 | Xba I |
LK085 | Xho I | LK172 | Sal I | LK240 | Sal I | LK469 | Sal I |
LK086 | Not I | LK172 | Not I | LK240 | Not I | LK470 | Not I |
LK086 | Xho I | LK177 | Xho I | LK241 | Xho I | LK470 | Nso V |
LK087 | Sal I | LK177 | Xba I | LK241 | Xba I | LK470 | EcoR I |
LK087 | Not I | LK178 | Xho I | LK242 | Sal I | LK471 | Not I |
LK088 | Sal I | LK178 | Xba I | LK242 | Not I | LK471 | EcoR I |
LK088 | Xba I | LK180 | Xho I | LK243 | Xho I | LK476 | Xho I |
LK089 | Xho I | LK180 | Xba I | LK243 | Xba I | LK476 | Xba I |
LK089 | Xba I | LK182 | Sal I | LK244 | Not I | LK478 | Not I |
LK090 | Xho I | LK182 | Not I | LK244 | Xba I | LK478 | Xho I |
LK090 | Xba I | LK185 | Xho I | LK245 | Xho I | LK484 | Xho I |
LK091 | Not I | LK185 | Xba I | LK245 | Not I,Kpn I | LK484 | Xba I |
LK091 | Xho I | LK186 | Sal I | LK246 | Xba I | LK485 | Sal I |
LK092 | Xho I | LK186 | Not I | LK246 | Sal I | LK485 | Not I |
LK092 | Xba I | LK187 | Xho I | LK247 | Xho I | LK491 | Xho I |
LK093 | Xho I | LK187 | Xba I | LK247 | Xba I | LK491 | Xba I |
LK093 | Xba I | LK188 | Not I | LK248 | Sal I | LK492 | Sal I |
LK094 | Not I | LK188 | EcoR I | LK248 | Not I | LK492 | Not I |
LK094 | Xho I | LK189 | Xho I | LK249 | Not I | LK493 | Not I |
LK095 | Not I | LK189 | Xba I | LK249 | Xba I | LK493 | EcoR I |
LK095 | Sal I | LK190 | Xho I | LK250 | Xho I | LK494 | Sal I |
LK096 | Not I | LK190 | Xba I | LK250 | Xba I | LK494 | Not I |
LK096 | Sal I | LK191 | Sal I | LK251 | Not I | LK496 | Xho I |
LK097 | Not I | LK191 | Not I | LK251 | Xba I | LK496 | Xba I |
LK097 | Nsp V | LK192 | Xho I | LK255 | Xba I | LK497 | Not I |
LK098 | Not I | LK192 | Xba I | LK255 | Xho I | LK497 | EcoR I |
LK098 | Xho I | LK193 | Not I | LK296 | Not I | LK498 | Xho I |
LK099 | Xho I | LK193 | Nsp V | LK296 | EcoR I | LK498 | Not I |
LK099 | Not I,Hind III | LK194 | Not I | LK302 | Xba I | LK499 | Not I |
LK100 | Xho I | LK194 | Xho I | LK302 | Sal I | LK499 | Sal I |
LK100 | Xba I | LK195 | Xho I | LK313 | Kpn I | LK502 | Not I |
LK115 | Not I | LK195 | Xba I | LK313 | EcoR I | LK502 | Nsp V |
LK115 | Xho I | LK196 | Xho I | LK348 | Xba I | LK508 | SalI |
LK116 | Xho I | LK196 | EcoR I | LK348 | Sal I | LK508 | Xba I |
LK116 | Xba I | LK197 | Not I | LK356 | Not I | LK509 | Not I |
LK117 | Not I | LK197 | EcoR I | LK356 | Xba I,Nsp V | LK509 | EcoR I |
LK117 | Sal I | LK198 | Xho I | LK357 | Xba I | LK511 | Xho I |
LK118 | Not I | LK198 | Xba I | LK357 | Bam HI | LK511 | Xba I |
LK118 | Sal I | LK199 | Not I | LK370 | Not I,Kpn I | LK512 | Xho I |
LK119 | Not I | LK199 | EcoR I | LK370 | EcoR I | LK512 | Xba I |
LK119 | Xho I | LK200 | Not I | LK403 | Not I | LK513 | Not I |
LK122 | Xba I | LK200 | EcoR I | LK403 | Sal I | LK513 | EcoR I |
LK122 | Xho I | LK201 | Xho I | LK404 | Xho I | LK514 | Xho I |
LK124 | Xho I | LK201 | Xba I | LK404 | Xba I | LK514 | Xba I |
LK124 | Xba I | LK202 | Not I | LK405 | Xho I | LK515 | Xba I |
LK125 | Xho I | LK202 | Nsp V | LK405 | Xba I | LK515 | Xho I |
LK125 | Xba I | LK203 | Xho I | LK406 | Xho I | LK516 | Not I |
LK127 | Not I | LK203 | Xba I | LK406 | Xba I | LK516 | EcoR I |
LK127 | EcoR I | LK407 | Sal I | ||||
LK407 | Xba I |
采用常规的方法,将基因通过合适的内切酶从原载体切下来或从HEK 293T细胞的cDNA库中通过PCR获得。
pAPT和pHA载体也用相应的内切酶酶切,回收获得表达载体。
采用如前述实施例1相似的方法进行连接。
采用如前述实施例1相似的方法进行转化。
采用如前述实施例1相似的方法进行质粒的小量制备。
采用如前述实施例1相似的方法进行质粒的限制性酶切鉴定。
采用如前述实施例1相似的方法进行转染用质粒DNA的小量制备。
实施例3转染细胞用于AP Assay
1.在1.5ml离心管中加入25ul Opti-MEM培养基,10ng荧光素酶表达质粒(作为内参),5ng前述制备的激酶基因表达质粒(构建在pAPT载体上),85ngRNAi表达质粒或空载体,混匀。
2.在另一1.5ml离心管中加入25ul Opti-MEM培养基和0.25ulLipofectamine 2000转染试剂(Invitrogen),混匀,放置5分钟。
3.将上述两者混匀,放置15分钟。
4.将混合液加到96孔盘中,再铺上HEK293T细胞(购自ATCC)100ul/孔(细胞密度220万个/盘),最终获得共转染了激酶基因表达质粒和RNAi表达质粒的细胞。
转染细胞用于Western Assay:
1.在1.5ml离心管中加入12.5ul DMEM培养基,3ng KLC(驱动蛋白轻链,kinesin light chain)表达质粒(作为内参,见图11B),20ng前述制备的激酶基因表达质粒,140ng RNAi表达质粒或空载体,再加入Plus0.5ul(Invitrogen),混匀,放置15分钟。
2.在另一1.5ml离心管中加入12.5ul DMEM培养基和0.5ul Lipofectamine转染试剂(Invitrogen),混匀。
3.将上述两者混匀,放置15分钟。
4.将混合液滴加到已铺有HEK293T细胞的48孔盘中。
实施例4通过碱性磷酸酶(AP)活性检测来测定抑制效率
碱性磷酸酶(AP)活性检测的步骤如下:
1.转染两天后取出HEK293T细胞,取上清50ul×2于黑色测活板×2中,66℃水浴中灭活30分钟。
2.余下上清用泵吸除,每孔加入100ul细胞裂解液(购自Roche)裂解细胞,稍晃动,放置5分钟。
3.白色测活板用作测荧光素酶活性。加入40ul细胞裂解液,再加入10ulLuc底物(Roche),混匀,酶标仪(EG&G,Berthold)上读OD值。
4.测碱性磷酸酶活性。将缓冲液(配方:去离子水80ml;二乙醇胺1.1ml;调节pH至9.5;MgCl20.02g;加入去离子水至100ml)和底物(Tropix)1∶1混匀,加20ul混合液到黑色测活板中,充分混匀了读数。
5.使用OD值获得抑制效率。
图2-4列举了部分的OD值的结果,从而反映了寡聚核苷酸抑制目的激酶基因的情况。
其中,图2表示LK456-3对于LOC149420(CLIK1L)激酶基因的抑制情况,其抑制率仅为21%,呈现较差的抑制效果。
图3显示了LK304-1对于CAMKK2激酶基因的抑制情况,其抑制率为63%,呈现较好的抑制效果。
图4显示了LK010-1对于CSNK1G3激酶基因的抑制情况,其抑制率为89%,呈现非常好的抑制效果。
此外,还检测了表1和表2中所列的其它寡聚核苷酸抑制目的激酶基因的情况,获得的抑制率提供在表1中。
实施例5通过免疫印迹(Western Blot)检测抑制效率
采用的步骤如下:
1)转染两天后取出HEK293T细胞,吸去上清,用2×SDS上样缓冲液(配方:0.1M Tris-HCl(加10ml 1M Tris-HCl母液);4%SDS(加40ml 10%SDS);β-Me 2ml;甘油25ml;溴酚兰0.04~0.05g;H2O 23ml)直接裂解细胞,收样。
2)将上述样品进行SDS-PAGE电泳。
3)转膜(湿式电转仪,Bio-Rad):把SDS-PAGE胶浸泡在常规的电转移缓冲液中30分钟。在电转移板上依次铺两层缓冲垫片和一层滤纸,把胶铺在滤纸上,再铺上硝酸纤维素膜(膜先在双蒸水中浸润),再铺一层滤纸和两层缓冲垫片。把电转移板夹好。接通恒流电源(250mA),转膜60分钟。
4)将转好的膜置5%脱脂牛奶中摇晃封闭1小时。用缓冲液(10×缓冲液的配方是:Tris 24.2g;NaCl 87.74g;Tween 5g;pH 8.0;加水至1L)漂洗5分钟共3次。
5)把膜浸在抗-HA的一抗(购白Babco)溶液中摇晃1小时。用缓冲液漂洗5分钟共3次。
6)再浸在抗小鼠的二抗(购自Rockland)溶液中摇晃0.5小时,用缓冲液漂洗5分钟共3次。
7)用红外荧光成像仪(Odyssey)观察结果。
8)使用灰度值获得抑制效率。结果列于表1中。
图5-7列举了部分Western Blot图的结果。
其中,图5显示了LK009-1、LK009-2、LK009-3、LK009-4对于CSNK1G2激酶基因的抑制效率,分别是40%、13%、25%、和13%,可见LK009-1、LK009-2、LK009-3、LK009-4的抑制效率都不理想。
图6显示了LK193-1、LK193-2、LK193-3对于STK10激酶基因的抑制效率,分别是80%、57%、和86%,可见LK193-1和LK193-3具有很好的抑制效率,LK193-2具有一定的抑制效率。
图7显示了LK475-1、LK475-2、LK475-3、LK475-4对于MGC8407激酶基因的抑制效率,分别是74%、42%、19%、和69%,可见LK475-1和LK475-4具有较好的抑制效率,LK193-2具有一定的抑制效率,然而LK193-3的抑制效率较低。
在本发明提及的所有文献都在本申请中引用作为参考,就如同每一篇文献被单独引用作为参考那样。此外应理解,在阅读了本发明的上述讲授内容之后,本领域技术人员可以对本发明作各种改动或修改,这些等价形式同样落于本申请所附权利要求书所限定的范围。
Claims (10)
1.一种小干扰RNA,其特征在于,所述的小干扰RNA抑制激酶基因的表达,且表达抑制率为50-100%。
2.如权利要求1所述的小干扰RNA,其特征在于,所述的激酶基因选自:丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶基因、酪氨酸蛋白激酶基因、组氨酸蛋白激酶基因、色氨酸蛋白激酶基因、或天冬氨酰基/谷氨酰基蛋白激酶基因。
3.如权利要求1所述的小干扰RNA,其特征在于,所述的小干扰RNA的序列选自下组:SEQ ID NO:1-463任一所示的序列。
4.一种载体,其特征在于,它含有权利要求1所述的小干扰RNA。
5.一种遗传工程化的细胞,其特征在于,它是选自下组:
(a)用权利要求4所述的载体转化或转染的细胞;或
(b)用权利要求1所述的小干扰RNA转化或转染的细胞。
6.权利要求1所述的小干扰RNA的用途,其特征在于,用于制备抑制激酶基因表达的组合物。
7.一种抑制激酶基因表达的组合物,其特征在于,含有0.0001-20wt%的权利要求1所述的小干扰RNA,以及与所述小干扰RNA相容的载体。
8.一种试剂盒,其特征在于,所述的试剂盒中含有容器,以及位于容器内的至少一种权利要求1所述的小干扰RNA。
9.一种鉴定激酶基因的功能的方法,其特征在于,包括步骤:在体外,使用权利要求1所述的一种小干扰RNA在细胞内干扰所述的激酶基因,使之降低表达,观察该激酶基因降低表达的细胞的变化,并与所述激酶基因表达正常的细胞进行比较,从而确定所述激酶基因的功能。
10.如权利要求9所述的方法,其特征在于,所述的细胞变化包括:细胞内蛋白的变化,细胞信号通路的变化,细胞周期的变化,或细胞代谢、转录、骨架重排、迁移、凋亡、分化的变化。
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Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
C06 | Publication | ||
PB01 | Publication | ||
C10 | Entry into substantive examination | ||
SE01 | Entry into force of request for substantive examination | ||
C02 | Deemed withdrawal of patent application after publication (patent law 2001) | ||
WD01 | Invention patent application deemed withdrawn after publication |