CA2302865A1 - Mecanismes de resistance aux bacteriophages r/m de type ic de bacteries lactiques - Google Patents
Mecanismes de resistance aux bacteriophages r/m de type ic de bacteries lactiques Download PDFInfo
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Abstract
L'invention est relative à des polypeptides constituant des sous-unités d'un mécanisme de résistance aux bactériophages R/M de type Ic, actif contre les phages des bactéries lactiques, et aux séquences d'acide nucléique codant pour ces polypeptides. L'expression de ces polypeptides dans une bactérie lactique permet d'augmenter sa résistance aux attaques des bactériophages.
Description
MÉCANISMES DE RÉSISTANCE AUX BACTÉRIOPHAGES R/M DE TYPE
Ic DE BACTÉRIES LACTIQUES.
L'Invention est relative à des systèmes de résistance aux bactério-phages R/M de type Ic, actifs sur les bactériophages des bactéries lactiques.
L'obtention de bactéries lactiques résistantes à fatta.que par les bac-tériophages, est d'un grand intérêt dans le domaine des fermentations industrielles.
Dans ce but, il est généralement proposé
- soit de sélectionner des mutants, naturels ou obtenus par mutage-nèse, résistants aux bactériophages ;
- soit d'utiliser des vecteurs portant des gènes codant pour des méca-nismes de résistance aux phages pour transférer ceux-ci chez des souches initialement non-résistantes.
Les mécanismes de résistance aux phages sont regroupés en 3 clas ses principales, selon l'étape du cycle de reproduction des bactériophages avec laquelle ils interfèrent - les mécanismes regroupés sous la dénomination "mécanismes d'interférence avec l'adsorption", retardent Yadsorption du phage sur la bactérie ;
- les mécanismes dénommés "mécanismes d'infection abortive"
(Abi), bloquent la multiplication des phages, et provoquent la mort de la bactérie in fectée avant que celle-ci ne produise des particules virales capables d'infecter d'autres cellules ;
- les mécanismes dénommés "mécanismes de restric-tion/modification" (R/M), dégradent l'ADN du phage dès son entrée dans la bactérie.
Ces mécanismes associent une endonucléase de restriction, et une méthylase, qui a
Ic DE BACTÉRIES LACTIQUES.
L'Invention est relative à des systèmes de résistance aux bactério-phages R/M de type Ic, actifs sur les bactériophages des bactéries lactiques.
L'obtention de bactéries lactiques résistantes à fatta.que par les bac-tériophages, est d'un grand intérêt dans le domaine des fermentations industrielles.
Dans ce but, il est généralement proposé
- soit de sélectionner des mutants, naturels ou obtenus par mutage-nèse, résistants aux bactériophages ;
- soit d'utiliser des vecteurs portant des gènes codant pour des méca-nismes de résistance aux phages pour transférer ceux-ci chez des souches initialement non-résistantes.
Les mécanismes de résistance aux phages sont regroupés en 3 clas ses principales, selon l'étape du cycle de reproduction des bactériophages avec laquelle ils interfèrent - les mécanismes regroupés sous la dénomination "mécanismes d'interférence avec l'adsorption", retardent Yadsorption du phage sur la bactérie ;
- les mécanismes dénommés "mécanismes d'infection abortive"
(Abi), bloquent la multiplication des phages, et provoquent la mort de la bactérie in fectée avant que celle-ci ne produise des particules virales capables d'infecter d'autres cellules ;
- les mécanismes dénommés "mécanismes de restric-tion/modification" (R/M), dégradent l'ADN du phage dès son entrée dans la bactérie.
Ces mécanismes associent une endonucléase de restriction, et une méthylase, qui a
2 5 pour fonction de protéger le génome bactérien, en modifiant les séquences de celui-ci qui pourraient constituer des séquences cible de l'endonucléase.
3 types principaux de mécanismes R/M (types I. II, et III) ont été dé
crits [pour revue, cf. par exemple BICKLE et KRUGER, Microbiological Reviews, 57, pp. 434-450 (1993)]. Les caractéristiques des mécanismes R/M des types I
et II
3 0 sont brièvement rappelées ci-après Les mécanismes R/M de type II sont les plus fréquents ; ils sont constitués de deux enzymes distinctes, une méthylase et une endonucléase, qui sont actives séparément, et qui reconnaissent une séquence-cible commune.
Les mécanismes R/M de type I ont été principalement découverts 3 5 chez des entérobactéries, puis ont également été mis en évidence chez quelques bacté
ries Gram' (Bacillus subtilis, et Mycobacterium pulmonis), et chez des archaebacté
nes.
Dans ces mécanismes, ia méthylase (sous-unité M, ou HsdM) et l'endonucléase (sous-unité R, ou HsdR) forment chacune une sous-unité d'un com.
plexe enzymatique multifonctionnel où elles sont associées avec une troisième pro téine (sous-unité S, ou HsdS), qui est responsable de la reconnaissance de séquences spécifiques par le complexe enzymatique.
Ces trois protéines sont les produits de gènes respectivement dé
nommés hsdM, hsdR et hsdS. Des expérimentations de complémentation génétique, et la comparaison des séquences de ces gènes ont permis de répartir les mécanismes R/M
de type I en 4 familles distinctes n'ayant qu'une très faible homologie entre elles : Ia, Ib, Ic, et Id.
D'autre part, il a été observé que les mécanismes R/M de type I pou-vaient acquérir une nouvelle spécificité à la suite de recombinaisons dans le gène hsdS
[FULLER-PACE et MURRAY, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 83, pp. 9368-9372, (1986) ; SHARP et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 89, pp. 9836-9840 (1992) ;
GU-BLER et al. EMBO J., 11, pp. 233-240, {1992)].
Les mécanismes R/M caractérisés jusqu'à présent chez les bactéries lactiques, et dont l'utilisation a été proposée pour rendre celles-ci plus résistantes aux bactériophages sont des mécanismes R/M de type II [FITZGERALD et al. Nucleic Acids Research, 10, pp. 8171-8 i 79, (1982) ; NYENGAARD et al., Gene, 136, pp.
371-372 (1993) ; TOWNEY et al. Gene, 136, pp. 205-209, (1993) ; DAVIS et al., Appl. Environ. Microbiol., 59, pp. 777-785, (1995) ; NYENGAARD et al., Gene, 157, pp. 13-18 (1995) ; O'SULLIVAN et al., J. Bactériol., 177, pp. 134-143 (1995) ;
MOI-NEAU et al., Appl. Environ. MicrobioL. 61, pp. 2193-2202, (1995)].
Un des inconvénients principaux de l'utilisation de ce type de méca nismes est l'apparition de phages résistants, due en particulier au fait que la méthylase du système R/M reconnaît et modifie une certaine proportion des molécules de l'ADN
des phages, qui peuvent ensuite échapper à l'action de l'endonucléase. Ce phénomène apparaît en particulier lors d'utilisation prolongée en conditions de fermentation in dustrielle. Pour le limiter, il a été proposé d'associer plusieurs mécanismes R/M re 3 0 connaissant des séquences-cible variées [JOSEPHSEN et Iü,AENHAMMER, Plas-mid, 23, 71-75 (1989)] ; il est donc particulièrement souhaitable d'isoler de nouveaux mécanismes, de spécificité différente de celle des mécanismes déjà connus.
Les Inventeurs ont maintenant isolé de nouveaux mécanismes R/M
de type Ic, actifs chez des bactéries lactiques, et ont exprimé les gènes codant pour 3 5 leurs différents constituants.
La présente invention a pour objet un polypeptide constituant l'une des sous-unités HsdR, HsdM, ou HsdS d'un mécanisme de résistance aux bactério-WO 99/11803 PCT/F1t98/01873 pliages R/M de type Ic, caractérisé en ce que ledit mécanisme est actif contre les plia-ges des bactéries lactiques.
Selon un mode de réalisation préféré d'un polypeptide constituant une sous-unité HsdR conforme à la présente invention, iI comprend la séquence (I) suivante (représentée en code 1-lettre):
KRLARK
Selon un mode de réalisation préféré d'un polypeptide constituant une sous-unité HsdM conforme à la présente invention, il comprend au moins l'une des séquences suivantes (représentées en code 1-lettre) - la séquence (II):
dans laquelle X 1 représente I ou L, - la séquence (III):
dans laquelle X2 représente Y ou F
Selon un mode de réalisation préféré d'un polypeptide constituant une sous-unité HsdS conforme à la présente invention, il comprend * un domaine N-terminal d'environ 150 à 180 acides aminés, com-prenant la séquence (IV) suivante dans laquelle X3 représente E ou Q, X4 représente E, P, D, ou K, XS
représente N ou D, X6 représente L ou F ;
* un domaine central, d'environ 50 à 80 acides aminés, comprenant la séquence (V) suivante 2 5 EQX~KIGXBFFKXgLDXI0TIX11LHQRKLDLLKEQKKGYXI2Qit~~lE'PiQ~QCI3KX19 ~'~15~~16~
dans laquelle X~ représente R ou Q, Xg représente S. N, ou L, X9 représente E, H, ou Q, X 10 représente A, D, ou N, X 11 représente A, ou V, X
12 re-présente L ou F, X 13 représente A ou S, X 14 représente I ou V, X 15 représente E ou G, X 16 représente D ou E ;
* un domaine C-terminal, d'environ 160 à 200 acides aminés, com-prenant la séquence (VI) suivante EQX15X16IGSFFKQLDX1~TIX1$LHQRKLX19 dans laquelle X 15 représente K ou Q, X 16 représente K ou Q, X 1 ~
représente N ou D, X 1 g représente T. A, ou V, X 1 g représente A, ou D ;
et/ou la séquence (VII)suivante dans laquelle X20 représente V ou H.
WO 99/11803 PCT/FR98/018'73
crits [pour revue, cf. par exemple BICKLE et KRUGER, Microbiological Reviews, 57, pp. 434-450 (1993)]. Les caractéristiques des mécanismes R/M des types I
et II
3 0 sont brièvement rappelées ci-après Les mécanismes R/M de type II sont les plus fréquents ; ils sont constitués de deux enzymes distinctes, une méthylase et une endonucléase, qui sont actives séparément, et qui reconnaissent une séquence-cible commune.
Les mécanismes R/M de type I ont été principalement découverts 3 5 chez des entérobactéries, puis ont également été mis en évidence chez quelques bacté
ries Gram' (Bacillus subtilis, et Mycobacterium pulmonis), et chez des archaebacté
nes.
Dans ces mécanismes, ia méthylase (sous-unité M, ou HsdM) et l'endonucléase (sous-unité R, ou HsdR) forment chacune une sous-unité d'un com.
plexe enzymatique multifonctionnel où elles sont associées avec une troisième pro téine (sous-unité S, ou HsdS), qui est responsable de la reconnaissance de séquences spécifiques par le complexe enzymatique.
Ces trois protéines sont les produits de gènes respectivement dé
nommés hsdM, hsdR et hsdS. Des expérimentations de complémentation génétique, et la comparaison des séquences de ces gènes ont permis de répartir les mécanismes R/M
de type I en 4 familles distinctes n'ayant qu'une très faible homologie entre elles : Ia, Ib, Ic, et Id.
D'autre part, il a été observé que les mécanismes R/M de type I pou-vaient acquérir une nouvelle spécificité à la suite de recombinaisons dans le gène hsdS
[FULLER-PACE et MURRAY, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 83, pp. 9368-9372, (1986) ; SHARP et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 89, pp. 9836-9840 (1992) ;
GU-BLER et al. EMBO J., 11, pp. 233-240, {1992)].
Les mécanismes R/M caractérisés jusqu'à présent chez les bactéries lactiques, et dont l'utilisation a été proposée pour rendre celles-ci plus résistantes aux bactériophages sont des mécanismes R/M de type II [FITZGERALD et al. Nucleic Acids Research, 10, pp. 8171-8 i 79, (1982) ; NYENGAARD et al., Gene, 136, pp.
371-372 (1993) ; TOWNEY et al. Gene, 136, pp. 205-209, (1993) ; DAVIS et al., Appl. Environ. Microbiol., 59, pp. 777-785, (1995) ; NYENGAARD et al., Gene, 157, pp. 13-18 (1995) ; O'SULLIVAN et al., J. Bactériol., 177, pp. 134-143 (1995) ;
MOI-NEAU et al., Appl. Environ. MicrobioL. 61, pp. 2193-2202, (1995)].
Un des inconvénients principaux de l'utilisation de ce type de méca nismes est l'apparition de phages résistants, due en particulier au fait que la méthylase du système R/M reconnaît et modifie une certaine proportion des molécules de l'ADN
des phages, qui peuvent ensuite échapper à l'action de l'endonucléase. Ce phénomène apparaît en particulier lors d'utilisation prolongée en conditions de fermentation in dustrielle. Pour le limiter, il a été proposé d'associer plusieurs mécanismes R/M re 3 0 connaissant des séquences-cible variées [JOSEPHSEN et Iü,AENHAMMER, Plas-mid, 23, 71-75 (1989)] ; il est donc particulièrement souhaitable d'isoler de nouveaux mécanismes, de spécificité différente de celle des mécanismes déjà connus.
Les Inventeurs ont maintenant isolé de nouveaux mécanismes R/M
de type Ic, actifs chez des bactéries lactiques, et ont exprimé les gènes codant pour 3 5 leurs différents constituants.
La présente invention a pour objet un polypeptide constituant l'une des sous-unités HsdR, HsdM, ou HsdS d'un mécanisme de résistance aux bactério-WO 99/11803 PCT/F1t98/01873 pliages R/M de type Ic, caractérisé en ce que ledit mécanisme est actif contre les plia-ges des bactéries lactiques.
Selon un mode de réalisation préféré d'un polypeptide constituant une sous-unité HsdR conforme à la présente invention, iI comprend la séquence (I) suivante (représentée en code 1-lettre):
KRLARK
Selon un mode de réalisation préféré d'un polypeptide constituant une sous-unité HsdM conforme à la présente invention, il comprend au moins l'une des séquences suivantes (représentées en code 1-lettre) - la séquence (II):
dans laquelle X 1 représente I ou L, - la séquence (III):
dans laquelle X2 représente Y ou F
Selon un mode de réalisation préféré d'un polypeptide constituant une sous-unité HsdS conforme à la présente invention, il comprend * un domaine N-terminal d'environ 150 à 180 acides aminés, com-prenant la séquence (IV) suivante dans laquelle X3 représente E ou Q, X4 représente E, P, D, ou K, XS
représente N ou D, X6 représente L ou F ;
* un domaine central, d'environ 50 à 80 acides aminés, comprenant la séquence (V) suivante 2 5 EQX~KIGXBFFKXgLDXI0TIX11LHQRKLDLLKEQKKGYXI2Qit~~lE'PiQ~QCI3KX19 ~'~15~~16~
dans laquelle X~ représente R ou Q, Xg représente S. N, ou L, X9 représente E, H, ou Q, X 10 représente A, D, ou N, X 11 représente A, ou V, X
12 re-présente L ou F, X 13 représente A ou S, X 14 représente I ou V, X 15 représente E ou G, X 16 représente D ou E ;
* un domaine C-terminal, d'environ 160 à 200 acides aminés, com-prenant la séquence (VI) suivante EQX15X16IGSFFKQLDX1~TIX1$LHQRKLX19 dans laquelle X 15 représente K ou Q, X 16 représente K ou Q, X 1 ~
représente N ou D, X 1 g représente T. A, ou V, X 1 g représente A, ou D ;
et/ou la séquence (VII)suivante dans laquelle X20 représente V ou H.
WO 99/11803 PCT/FR98/018'73
4 La présente invention englobe en particulier - les polypeptides HsdR répondant à l'une des séquences respecti-vement représentées dans la liste de séquences en annexe sous les numéros SEQ ID N0:2 et SEQ ID N0:4 ;
- les polypeptides HsdM répondant à l'une des séquences respecti-vement représentées dans la liste de séquences en annexe sous les numéros SEQ ID N0:6 , et SEQ ID N0:8 ;
- les polypeptides HsdS répondant à l'une des séquences respective ment représentées dans la liste de séquences en annexe sous les numéros SEQ ID NO:10, SEQ ID N0:12, SEQ ID N0:14, SEQ ID N0:16.
L'association de l'un quelcônque des polypeptides HsdR, avec l'un quelconque des polypeptides HsdM et l'un quelconque des polypeptides HsdS con-formes à l'invention permet d'obtenir un complexe enzymatique constituant un méca-nisme R/M de type Ic actif chez les bactéries lactiques. La spécificité
d'action de ce mécanisme est conditionnée par le polypeptide HsdS. Les séquences (IV), (V), (VI) et (VIT) représentent des régions conservées des polypeptides HsdS chez les bactéries lactiques (et en particulier chez les lactocoques), qui sont probablement impliquées dans l'association de ces polypeptides avec les polypeptides HsdR et HsdM ;
ces ré-gions conservées sont séparées par des régions variables impliquées dans la reconnais-2 0 sauce de séquences nucléotidiques spécifiques.
La présente invention a également pour objet les séquences d'acide nucléique codant pour les polypeptides définis ci-dessus, ainsi que leurs complémen-taires.
Des séquences d'ADN conformes à l'invention sont par exemple re-2 5 présentées par - les séquences hsdR SEQ ID NO:1, et SEQ ID N0:3, qui codent respectivement pour les polypeptides SEQ ID N0:2, et SEQ ID N0:4;
- les séquences hsdM SEQ ID NO:S, et SEQ ID N0:7, qui codent respectivement pour les polypeptides SEQ ID N0:6, et SEQ ID N0:8 ;
30 - les séquences hsdS SEQ ID N0:9, SEQ ID NO:11, SEQ ID N0:13, et SEQ ID NO:15 qui codent respectivement pour les polypeptides SEQ ID NO:10, SEQ ID N0:12, SEQ ID N0:14 et SEQ ID N0:16 .
La présente invention a également pour objet des fragments d'acide nucléique d'au moins 18 pb, homologues ou complémentaires de tout ou partie d'une 35 séquence d'acide nucléique codant pour un polypeptide HsdR, HsdM, ou HsdS
con forme à l'invention.
Ces fragments peuvent en particulier être utilisés comme sondes d'hybridation, et/ou amorces d'amplification, pour détecter et sélectionner des souches de bactéries lactiques, ou des plasmides hébergés par ces souches, contenant au moins une séquence codant pour un polypeptide HsdR, HsdM, ou HsdS conforme à l'inven-
- les polypeptides HsdM répondant à l'une des séquences respecti-vement représentées dans la liste de séquences en annexe sous les numéros SEQ ID N0:6 , et SEQ ID N0:8 ;
- les polypeptides HsdS répondant à l'une des séquences respective ment représentées dans la liste de séquences en annexe sous les numéros SEQ ID NO:10, SEQ ID N0:12, SEQ ID N0:14, SEQ ID N0:16.
L'association de l'un quelcônque des polypeptides HsdR, avec l'un quelconque des polypeptides HsdM et l'un quelconque des polypeptides HsdS con-formes à l'invention permet d'obtenir un complexe enzymatique constituant un méca-nisme R/M de type Ic actif chez les bactéries lactiques. La spécificité
d'action de ce mécanisme est conditionnée par le polypeptide HsdS. Les séquences (IV), (V), (VI) et (VIT) représentent des régions conservées des polypeptides HsdS chez les bactéries lactiques (et en particulier chez les lactocoques), qui sont probablement impliquées dans l'association de ces polypeptides avec les polypeptides HsdR et HsdM ;
ces ré-gions conservées sont séparées par des régions variables impliquées dans la reconnais-2 0 sauce de séquences nucléotidiques spécifiques.
La présente invention a également pour objet les séquences d'acide nucléique codant pour les polypeptides définis ci-dessus, ainsi que leurs complémen-taires.
Des séquences d'ADN conformes à l'invention sont par exemple re-2 5 présentées par - les séquences hsdR SEQ ID NO:1, et SEQ ID N0:3, qui codent respectivement pour les polypeptides SEQ ID N0:2, et SEQ ID N0:4;
- les séquences hsdM SEQ ID NO:S, et SEQ ID N0:7, qui codent respectivement pour les polypeptides SEQ ID N0:6, et SEQ ID N0:8 ;
30 - les séquences hsdS SEQ ID N0:9, SEQ ID NO:11, SEQ ID N0:13, et SEQ ID NO:15 qui codent respectivement pour les polypeptides SEQ ID NO:10, SEQ ID N0:12, SEQ ID N0:14 et SEQ ID N0:16 .
La présente invention a également pour objet des fragments d'acide nucléique d'au moins 18 pb, homologues ou complémentaires de tout ou partie d'une 35 séquence d'acide nucléique codant pour un polypeptide HsdR, HsdM, ou HsdS
con forme à l'invention.
Ces fragments peuvent en particulier être utilisés comme sondes d'hybridation, et/ou amorces d'amplification, pour détecter et sélectionner des souches de bactéries lactiques, ou des plasmides hébergés par ces souches, contenant au moins une séquence codant pour un polypeptide HsdR, HsdM, ou HsdS conforme à l'inven-
5 tion, et pour isoler et/ou cloner ladite séquence à partir d'une souche ou d'un plasmide sélectionné de la sorte.
Des sous-fragments préférés sont ceux qui sont situés dans des sé-quences codant pour des régions conservées entre les sous-unités HsdR, entre les sous-unités HsdM ou entre les sous-unités HsdS des mécanismes R/M de type Ic conformes à l'invention.
Par exemple - pour sélectionner des souches de bactéries lactiques contenant une séquence codant pour une sous-unité HsdR, et/ou pour cloner ladite séquence, on utili-sera avantageusement au moins un oligonucléotide homologue ou complémentaire d'une séquence codant pour au moins 6 acides aminés consécutifs de l'un des peptides suivants (représentés en code 1-lettre):
TGSGKT
KRLARK
LLTGFDS
2 0 qui correspondent à des régions conservées des sous-unités HsdR
chez L. lattis, identifiées par les Inventeurs à partir des séquences SEQ ID
N0:2 et SEQ ID N0:4 - pour sélectionner des souches de bactéries lactiques contenant une séquence codant pour une sous-unité HsdM, et/ou pour cloner ladite séquence.
on uti-2 5 lisera avantageusement au moins un oligonucléotide homologue ou complémentaire d'une séquence codant pour au moins 6 acides aminés consécutifs de l'un des peptides smvants FYKYLS
LARMNL
NLNIPRYVDTFEEEE
qui correspondent à des régions conservées des sous-unités HsdM
chez L. lattis, identifiées par les Inventeurs en alignant les séquences SEQ
ID N0:6 et SEQ ID N0:8 ;
35 - pour sélectionner des souches de bactéries lactiques contenant une séquence codant pour une sous-unité HsdS, et/ou pour isoler et cloner ladite séquence, on utilisera avantageusement au moins un oligonucléotide homologue ou complé-
Des sous-fragments préférés sont ceux qui sont situés dans des sé-quences codant pour des régions conservées entre les sous-unités HsdR, entre les sous-unités HsdM ou entre les sous-unités HsdS des mécanismes R/M de type Ic conformes à l'invention.
Par exemple - pour sélectionner des souches de bactéries lactiques contenant une séquence codant pour une sous-unité HsdR, et/ou pour cloner ladite séquence, on utili-sera avantageusement au moins un oligonucléotide homologue ou complémentaire d'une séquence codant pour au moins 6 acides aminés consécutifs de l'un des peptides suivants (représentés en code 1-lettre):
TGSGKT
KRLARK
LLTGFDS
2 0 qui correspondent à des régions conservées des sous-unités HsdR
chez L. lattis, identifiées par les Inventeurs à partir des séquences SEQ ID
N0:2 et SEQ ID N0:4 - pour sélectionner des souches de bactéries lactiques contenant une séquence codant pour une sous-unité HsdM, et/ou pour cloner ladite séquence.
on uti-2 5 lisera avantageusement au moins un oligonucléotide homologue ou complémentaire d'une séquence codant pour au moins 6 acides aminés consécutifs de l'un des peptides smvants FYKYLS
LARMNL
NLNIPRYVDTFEEEE
qui correspondent à des régions conservées des sous-unités HsdM
chez L. lattis, identifiées par les Inventeurs en alignant les séquences SEQ
ID N0:6 et SEQ ID N0:8 ;
35 - pour sélectionner des souches de bactéries lactiques contenant une séquence codant pour une sous-unité HsdS, et/ou pour isoler et cloner ladite séquence, on utilisera avantageusement au moins un oligonucléotide homologue ou complé-
6 mentaire d'une séquence codant pour au moins 6 acides aminés consécutifs de l'un des peptides suivants DDWEERK
LHQRKLDLLKEQKKGY
QKMFPKNG
PELRFA
FADDWE
IGSFFKQLD
GFLQKMF
qui correspondent à des régions conservées des sous-unités HsdS
chez L. lactis, identifiées par les Inventeurs à partir des séquences SEQ ID
NO:10, SEQ ID N0:12, SEQ ID N0:14 et SEQ ID N0:16.
Les séquences d'ADN conformes à l'invention peuvent être utilisées pour exprimer dans une bactérie lactique un ou plusieurs mécanismes R/M de type Ic, afin d'augmenter sa résistance aux bactériophages.
Conformément à l'invention, pour permettre l'expression dans une bactérie, en particulier une bactérie lactique, d'au moins un mécanisme de résistance aux bactériophages R/M de type Ic de bactérie lactique, on procède à la transformation de ladite bactérie avec au moins une séquence d'ADN conforme à l'invention.
2 0 Le procédé conforme à l'invention peut être mis en oeuvre de diffé-rentes manières. Par exemple, si la bactérie-hôte ne contient naturellement aucune séquence codant pour l'une des sous-unités HsdR, HsdM ou HsdS, elle devra être transformée par au moins trois séquences d'ADN, dont chacune code pour l'un de ces polypeptides. Si, en revanche, la bactérie-hôte contient déjà au moins une séquence (portée par le chromosome bactérien ou par un plasmide, codant pour l'une des sous-unités HsdR. HsdM, ou HsdS, il suffira de la transformer avec une ou des séquences) codant pour la ou les sous-unités) manquante(s).
Avantageusement, à partir d'une même souche de bactérie-hôte qui contient au moins une séquence codant pour une sous-unité HsdR et au moins une 3 0 séquence codant pour une sous-unité HsdM, on peut, par transformation avec diffé
rentes séquences codant pour des sous-unités HsdS de spécificité différentes, obtenir des souches présentant des caractéristiques de résistance différentes, et limiter l'émergence de phages échappant au mécanisme de résistance.
Avantageusement, pour élargir le spectre de résistance aux bactério 3 5 phages, on pourra utiliser simultanément, dans une même bactérie-hôte des séquences codant pour des sous-unités HsdS de spécificité différentes ; on pourra également, dans le même but, exprimer dans la bactérie transformée un mécanisme de résistance
LHQRKLDLLKEQKKGY
QKMFPKNG
PELRFA
FADDWE
IGSFFKQLD
GFLQKMF
qui correspondent à des régions conservées des sous-unités HsdS
chez L. lactis, identifiées par les Inventeurs à partir des séquences SEQ ID
NO:10, SEQ ID N0:12, SEQ ID N0:14 et SEQ ID N0:16.
Les séquences d'ADN conformes à l'invention peuvent être utilisées pour exprimer dans une bactérie lactique un ou plusieurs mécanismes R/M de type Ic, afin d'augmenter sa résistance aux bactériophages.
Conformément à l'invention, pour permettre l'expression dans une bactérie, en particulier une bactérie lactique, d'au moins un mécanisme de résistance aux bactériophages R/M de type Ic de bactérie lactique, on procède à la transformation de ladite bactérie avec au moins une séquence d'ADN conforme à l'invention.
2 0 Le procédé conforme à l'invention peut être mis en oeuvre de diffé-rentes manières. Par exemple, si la bactérie-hôte ne contient naturellement aucune séquence codant pour l'une des sous-unités HsdR, HsdM ou HsdS, elle devra être transformée par au moins trois séquences d'ADN, dont chacune code pour l'un de ces polypeptides. Si, en revanche, la bactérie-hôte contient déjà au moins une séquence (portée par le chromosome bactérien ou par un plasmide, codant pour l'une des sous-unités HsdR. HsdM, ou HsdS, il suffira de la transformer avec une ou des séquences) codant pour la ou les sous-unités) manquante(s).
Avantageusement, à partir d'une même souche de bactérie-hôte qui contient au moins une séquence codant pour une sous-unité HsdR et au moins une 3 0 séquence codant pour une sous-unité HsdM, on peut, par transformation avec diffé
rentes séquences codant pour des sous-unités HsdS de spécificité différentes, obtenir des souches présentant des caractéristiques de résistance différentes, et limiter l'émergence de phages échappant au mécanisme de résistance.
Avantageusement, pour élargir le spectre de résistance aux bactério 3 5 phages, on pourra utiliser simultanément, dans une même bactérie-hôte des séquences codant pour des sous-unités HsdS de spécificité différentes ; on pourra également, dans le même but, exprimer dans la bactérie transformée un mécanisme de résistance
7 aux bactériophages choisi parmi les mécanismes Abi, et les mécanismes R/M de type II. Dans ce cas" il est possible d'utiliser une bactérie-hôte comprenant déjà
au moins une séquence codant pour un mécanisme Abi et/ou au moins une séquence codant pour un mécanisme R/M de type II, ou d'introduire à la fois dans la bactérie-hôte, la ou les séquences codant pour le(s) mécanismes) Abi et/ou R/M de type II, et la ou les séquences) codant pour la ou les sous-unités) HsdR, HsdM ou HsdS.
Dans des bactéries transformées obtenues conformément à
l'invention, Ies séquences codant pour les mécanismes de résistance aux bactériopha-ges et en particulier celles codant pour les sous-unités HsdR, HsdM, ou HsdS
confor-mes à l'invention; peuvent être portées par une même molécule d'ADN
(chromosome bactérien ou plasmide), ou par des molécules d'ADN différentes. Plusieurs séquences portées par une même molécule d'ADN, peuvent faire partie d'une même unité de transcription, ou bien d'unités de transcription différentes. Elles peuvent être placées sous contrôle de leur propres séquences de régulation de la transcription. ou sous con-trôle de séquences hétérologues, actives dans la bactérie-hôte.
On peut par exemple exprimer les séquences codant pour les sous-unités HsdR, HsdM, ou HsdS à sous contrôle de séquences promoteur permettant une expression constitutive, ou, avantageusement, sous contrôle de séquences promoteur permettant une expression inductible, par exemple un promoteur inductible par le froid tel que celui décrit dans la Demande FR 9615731 au nom de l'INSTITUT
NATIONAL DE LA RECHERCHE AGRONOMIQUE.
Pour mettre en aeuvre le procédé selon l'invention, on peut utiliser des plasmides naturels, préalablement sélectionnés à l'aide de sondes d'acide nucléi-que conformes à l'invention, et contenant au moins une séquence codant pour une sous-unité HsdR, HsdM, ou HsdS d'un mécanisme R/M de type Ic de bactérie lacti-que.
La présente invention a également pour objet des vecteurs recornbi-nants, caractérisés en ce qu'ils résultent de l'insertion d'au moins une séquence d'acide nucléique conforme à l'invention dans un vecteur approprié, et en particulier des vec-3 0 teurs recombinants utilisables pour transformer des bactéries conformément à (inven-tion.
Selon l'utilisation envisagée, on peut choisir soit des vecteurs capa-bles de se répliquer et de se maintenir dans la bactérie-hôte sous forme de plasmide, tel que par exemple les plasmides pIL252 et pIL253 décrits par SIMON et CHOPIN, [Biochimie, 70, p. 559-566, (1988)], soit des vecteurs permettant l'intégration des in-serts qu'il portent dans l'ADN chromosomique de la bactérie-hôte, tels que par exem-ple les vecteurs décrits dans la Demande PCT WO 94/16086 au nom de WO 99/11803 PC1'/FR98/01873
au moins une séquence codant pour un mécanisme Abi et/ou au moins une séquence codant pour un mécanisme R/M de type II, ou d'introduire à la fois dans la bactérie-hôte, la ou les séquences codant pour le(s) mécanismes) Abi et/ou R/M de type II, et la ou les séquences) codant pour la ou les sous-unités) HsdR, HsdM ou HsdS.
Dans des bactéries transformées obtenues conformément à
l'invention, Ies séquences codant pour les mécanismes de résistance aux bactériopha-ges et en particulier celles codant pour les sous-unités HsdR, HsdM, ou HsdS
confor-mes à l'invention; peuvent être portées par une même molécule d'ADN
(chromosome bactérien ou plasmide), ou par des molécules d'ADN différentes. Plusieurs séquences portées par une même molécule d'ADN, peuvent faire partie d'une même unité de transcription, ou bien d'unités de transcription différentes. Elles peuvent être placées sous contrôle de leur propres séquences de régulation de la transcription. ou sous con-trôle de séquences hétérologues, actives dans la bactérie-hôte.
On peut par exemple exprimer les séquences codant pour les sous-unités HsdR, HsdM, ou HsdS à sous contrôle de séquences promoteur permettant une expression constitutive, ou, avantageusement, sous contrôle de séquences promoteur permettant une expression inductible, par exemple un promoteur inductible par le froid tel que celui décrit dans la Demande FR 9615731 au nom de l'INSTITUT
NATIONAL DE LA RECHERCHE AGRONOMIQUE.
Pour mettre en aeuvre le procédé selon l'invention, on peut utiliser des plasmides naturels, préalablement sélectionnés à l'aide de sondes d'acide nucléi-que conformes à l'invention, et contenant au moins une séquence codant pour une sous-unité HsdR, HsdM, ou HsdS d'un mécanisme R/M de type Ic de bactérie lacti-que.
La présente invention a également pour objet des vecteurs recornbi-nants, caractérisés en ce qu'ils résultent de l'insertion d'au moins une séquence d'acide nucléique conforme à l'invention dans un vecteur approprié, et en particulier des vec-3 0 teurs recombinants utilisables pour transformer des bactéries conformément à (inven-tion.
Selon l'utilisation envisagée, on peut choisir soit des vecteurs capa-bles de se répliquer et de se maintenir dans la bactérie-hôte sous forme de plasmide, tel que par exemple les plasmides pIL252 et pIL253 décrits par SIMON et CHOPIN, [Biochimie, 70, p. 559-566, (1988)], soit des vecteurs permettant l'intégration des in-serts qu'il portent dans l'ADN chromosomique de la bactérie-hôte, tels que par exem-ple les vecteurs décrits dans la Demande PCT WO 94/16086 au nom de WO 99/11803 PC1'/FR98/01873
8 BIOTEKNOLOGISK INSTITUT et CHR. HASSEN'S LABORATORIUM
DANMARK A/S, ou bien le plasmide pG+host5 décrit par BISWAS et al. [J. Bact., I75, p. 3628-3635, (1995)].
De manière plus générale, des vecteurs plasmidiques ainsi que des vecteurs d'intégration utilisables chez les lactocoques sont décrits dans la revue de LEENHOUTS K.J. and VENEMA G. (1993). Lactococal plasmid vectors, In : K.G.
HARDY (ed) Plasmids. A practical approach. Second Edition. IRL Press, Oxford, p.
65-94.
Si plusieurs vecteurs sont utilisés pour introduire dans la bactérie-hôte les différentes sous-unités HsdR, HsdM, et HsdS, et éventuellement d'autres mé-canismes de résistance aux bactériophage, oh choisira des vecteurs compatibles entre eux.
La présente invention peut être avantageusement mise en oeuvre dans tous les domaines où intervient une fermentation industrielle, et en particulier dans l'industrie laitière et fromagère. Des souches bactériennes possédant une résistance accrue aux bactériophages peuvent être obtenues conformément à l'invention, à
partir de souches de bactéries lactiques d'intérêt industriel, soit par sélection de bactéries possédant naturellement un système R/M de type Ic grâce aux sondes d'acide nucléi-que conformes à l'invention, soit par transformation de bactéries-hôte à
l'aide de sé-2 0 quences d'acide nucléique conformes à l'invention.
La présente Invention sera mieux comprise à l'aide du complément de description qui va suivre, qui se réfère à des exemples de clonage de séquences codant pour des sous-unités de mécanismes R/M de type Ic, et d'utilisation de ces sé-quences pour accroître la résistance de bactéries hôte aux attaques des bactériophages.
2 5 EXEMPLE 1 : OBTENTION DE FRAGMENTS D'ADN CODANT POUR DES
SOUS-UNITES HsdS DE MECANISMES R/M DE TYPE Ic La manipulation de l'ADN, le clonage et la transformation de cellu-les bactériennes sont, en l'absence de précisions contraires, effectués selon les proto-coles décrits par SAMBROOK et al. ((Molecular cloning : a laboratory manual., Cold 30 Spring Harbor Laboratory, Cold Spring Harbor N.Y.(1989)].
GRUTIER et CHOPIN [App. Environ. Microbiol. 53, 923-927 (1987)], et CHOPIN et al., [Plasmid. 11, pp.260-263, (1984)) ont décrit l'existence de mécanismes de résistance aux phages de type R/M, respectivement associés aux plas-mides pIL 103 et pIL7.
35 L'ADN de pIL 103 a été digéré par EcoRI, et les fragments obtenus ont été ligaturés au site EcoRI du vecteur pIL204 [SIMON et CHOPIN, Biochimie 70, WO 99/11803 PCT/FR9$/01873
DANMARK A/S, ou bien le plasmide pG+host5 décrit par BISWAS et al. [J. Bact., I75, p. 3628-3635, (1995)].
De manière plus générale, des vecteurs plasmidiques ainsi que des vecteurs d'intégration utilisables chez les lactocoques sont décrits dans la revue de LEENHOUTS K.J. and VENEMA G. (1993). Lactococal plasmid vectors, In : K.G.
HARDY (ed) Plasmids. A practical approach. Second Edition. IRL Press, Oxford, p.
65-94.
Si plusieurs vecteurs sont utilisés pour introduire dans la bactérie-hôte les différentes sous-unités HsdR, HsdM, et HsdS, et éventuellement d'autres mé-canismes de résistance aux bactériophage, oh choisira des vecteurs compatibles entre eux.
La présente invention peut être avantageusement mise en oeuvre dans tous les domaines où intervient une fermentation industrielle, et en particulier dans l'industrie laitière et fromagère. Des souches bactériennes possédant une résistance accrue aux bactériophages peuvent être obtenues conformément à l'invention, à
partir de souches de bactéries lactiques d'intérêt industriel, soit par sélection de bactéries possédant naturellement un système R/M de type Ic grâce aux sondes d'acide nucléi-que conformes à l'invention, soit par transformation de bactéries-hôte à
l'aide de sé-2 0 quences d'acide nucléique conformes à l'invention.
La présente Invention sera mieux comprise à l'aide du complément de description qui va suivre, qui se réfère à des exemples de clonage de séquences codant pour des sous-unités de mécanismes R/M de type Ic, et d'utilisation de ces sé-quences pour accroître la résistance de bactéries hôte aux attaques des bactériophages.
2 5 EXEMPLE 1 : OBTENTION DE FRAGMENTS D'ADN CODANT POUR DES
SOUS-UNITES HsdS DE MECANISMES R/M DE TYPE Ic La manipulation de l'ADN, le clonage et la transformation de cellu-les bactériennes sont, en l'absence de précisions contraires, effectués selon les proto-coles décrits par SAMBROOK et al. ((Molecular cloning : a laboratory manual., Cold 30 Spring Harbor Laboratory, Cold Spring Harbor N.Y.(1989)].
GRUTIER et CHOPIN [App. Environ. Microbiol. 53, 923-927 (1987)], et CHOPIN et al., [Plasmid. 11, pp.260-263, (1984)) ont décrit l'existence de mécanismes de résistance aux phages de type R/M, respectivement associés aux plas-mides pIL 103 et pIL7.
35 L'ADN de pIL 103 a été digéré par EcoRI, et les fragments obtenus ont été ligaturés au site EcoRI du vecteur pIL204 [SIMON et CHOPIN, Biochimie 70, WO 99/11803 PCT/FR9$/01873
9 559-566, (1988)]. Le mélange de ligation a été utilisé pour transformer des bactéries L.
Lattis ssp lattis de la souche IL1403. Les colonies bactériennes ont été
sélectionnées sur la base de leur résistance au phage bIL67. Un plasmide recombinant portant un insert de 3,7 kb environ a été obtenu à partir de clones bactériens résistant à l'attaque phagique. Ce plasmide recombinant a été dénommé pIL261.
De manière surprenante, le séquencage de l'insert de 3,7 kb du plasmide pIL261 n'a fait apparaître aucune séquence présentant une homologie avec celles des mécanismes R/M connus chez les lactocoques.
Cependant, 2 cadres de lecture orfl et orfl ont été localisés sur ce fragment de 3,7 kb ;
Le cadre de lecture orfl code pour une protéine présentant une forte homologie avec des protéines RepB déjà identifiées chez les lactocoques.
La séquence de la protéine codée par le cadre de lecture orfl ne pré
sente aucune homologie avec des séquences connues de protéines de bactéries lacti ques ; toutefois, la région centrale et la région N-terminale de cette protéine contien nent des séquences répétées possédant une certaine homologie avec des séquences consensus répétées des sous-unités HsdS de systèmes R/M de type Ic des entérobacté-ries et des mycoplasmes.
Une séquence d'acide nucléique contenant le cadre de lecture orf2, 2 0 et la séquence du polypeptide correspondant sont respectivement représentées dans la liste de séquences en annexe sous les numéros SEQ ID NO : 13 et SEQ ID NO :
14.
De manière similaire, ie séquencage du plasmide pIL7 a permis de mettre en évidence un cadre de lecture codant pour une protéine présentant une ho-mologie importante avec celle codée par le cadre de lecture orf2 du plasmide pIL261, 2 5 et possédant également des séquences répétées rappelant celles des sous-unités HsdS
des systèmes R/M de type I.
Une séquence d'acide nucléique contenant ce troisième cadre de lecture, et la séquence du polypeptide correspondant sont respectivement représentées dans la liste de séquences en annexe sous les numéros SEQ ID NO : 15 et SEQ ID
30 NO : 16.
Des sondes oligonucléotidiques, dérivées des séquences codant pour des régions conservées entre les séquences SEQ ID NO : 14 et SEQ ID NO :16 ont été
utilisées pour rechercher l'existence d'autres séquences homologues de type hsdS. Ces sondes ont permis la mise en évidence de séquences de ce type, sur l'ADN
chromo-35 somique de la souche IL1403, ainsi que sur un plasmide issu de la souche de L. lattis ssp. lattis IL420, hébergé par IL403.
La séquence de type hsdS obtenue à partir de l'ADN chromosomi-que de la souche IL 1403, et la séquence du polypeptide. correspondant sont respecti-vement représentées dans la liste de séquences en annexe sous les numéros SEQ
ID
NO : 9 et SEQ ID NO : 10 5 La séquence de type hsdS obtenue à partir du plasmide issu de la souche de L. lattis ssp. lattis IL420, et la séquence du polypeptide correspondant sont respectivement représentées dans la liste de séquences en annexe sous les numéros SEQ ID NO : 11 et SEQ ID NO : 12.
EXEMPLE 2 : OBTENTION DE FRAGMENTS D'ADN CODANT POUR DES
Lattis ssp lattis de la souche IL1403. Les colonies bactériennes ont été
sélectionnées sur la base de leur résistance au phage bIL67. Un plasmide recombinant portant un insert de 3,7 kb environ a été obtenu à partir de clones bactériens résistant à l'attaque phagique. Ce plasmide recombinant a été dénommé pIL261.
De manière surprenante, le séquencage de l'insert de 3,7 kb du plasmide pIL261 n'a fait apparaître aucune séquence présentant une homologie avec celles des mécanismes R/M connus chez les lactocoques.
Cependant, 2 cadres de lecture orfl et orfl ont été localisés sur ce fragment de 3,7 kb ;
Le cadre de lecture orfl code pour une protéine présentant une forte homologie avec des protéines RepB déjà identifiées chez les lactocoques.
La séquence de la protéine codée par le cadre de lecture orfl ne pré
sente aucune homologie avec des séquences connues de protéines de bactéries lacti ques ; toutefois, la région centrale et la région N-terminale de cette protéine contien nent des séquences répétées possédant une certaine homologie avec des séquences consensus répétées des sous-unités HsdS de systèmes R/M de type Ic des entérobacté-ries et des mycoplasmes.
Une séquence d'acide nucléique contenant le cadre de lecture orf2, 2 0 et la séquence du polypeptide correspondant sont respectivement représentées dans la liste de séquences en annexe sous les numéros SEQ ID NO : 13 et SEQ ID NO :
14.
De manière similaire, ie séquencage du plasmide pIL7 a permis de mettre en évidence un cadre de lecture codant pour une protéine présentant une ho-mologie importante avec celle codée par le cadre de lecture orf2 du plasmide pIL261, 2 5 et possédant également des séquences répétées rappelant celles des sous-unités HsdS
des systèmes R/M de type I.
Une séquence d'acide nucléique contenant ce troisième cadre de lecture, et la séquence du polypeptide correspondant sont respectivement représentées dans la liste de séquences en annexe sous les numéros SEQ ID NO : 15 et SEQ ID
30 NO : 16.
Des sondes oligonucléotidiques, dérivées des séquences codant pour des régions conservées entre les séquences SEQ ID NO : 14 et SEQ ID NO :16 ont été
utilisées pour rechercher l'existence d'autres séquences homologues de type hsdS. Ces sondes ont permis la mise en évidence de séquences de ce type, sur l'ADN
chromo-35 somique de la souche IL1403, ainsi que sur un plasmide issu de la souche de L. lattis ssp. lattis IL420, hébergé par IL403.
La séquence de type hsdS obtenue à partir de l'ADN chromosomi-que de la souche IL 1403, et la séquence du polypeptide. correspondant sont respecti-vement représentées dans la liste de séquences en annexe sous les numéros SEQ
ID
NO : 9 et SEQ ID NO : 10 5 La séquence de type hsdS obtenue à partir du plasmide issu de la souche de L. lattis ssp. lattis IL420, et la séquence du polypeptide correspondant sont respectivement représentées dans la liste de séquences en annexe sous les numéros SEQ ID NO : 11 et SEQ ID NO : 12.
EXEMPLE 2 : OBTENTION DE FRAGMENTS D'ADN CODANT POUR DES
10 SOUS-UNITES HsdR ET HsdM DE MECANISMES R/M DE TYPE Ic Les régions du chromosome de la souche IL 1403, et du plasmide is-su de la souche IL420 sur lesquelles ont été localisées les séquences de type hsdS ont été entièrement séquencées.
Ce séquencage a permis de mettre en évidence, dans les 2 cas, di rectement en amont de la séquence hsdS, 2 cadres de lecture ouverte, codant pour des protéines contenant respectivement des régions présentant une homologie importante avec des domaines conservés des sous-unités R et M des systèmes R/M de type Ic d'entérobactéries et de mycoplasmes. Ces 2 cadres de lecture ouverte ont été
respecti vement dénommés, du fait de cette homologie, hsdR et hsdM.
2 0 Sur le chromosome de la souche IL 1403, comme sur le plasmide is-su de la souche IL420, l'ordre des cadres de lecture ouverte est, d'amont en aval hsdR, hsdM et hsdS.
La séquence de type hsdR obtenue à partir de l'ADN chromosomi-que de la souche IL1403, et la séquence du polypeptide correspondant sont respecti-2 5 vement représentées dans la liste de séquences en annexe sous les numéros SEQ ID
NO : 1 et SEQ ID NO : 2.
La séquence de type hsdM obtenue à partir de l'ADN chromosomi-que de la souche IL1403, et la séquence du polypeptide correspondant sont respecti vement représentées dans la liste de séquences en annexe sous les numéros SEQ
ID
3 0 NO : 5 et SEQ ID NO : 6.
La séquence de type hsdR obtenue à partir du plasmide issu de la souche de L. lattis ssp. lattis IL420, et la séquence du polypeptide correspondant sont respectivement représentées dans la liste de séquences en annexe sous les numéros SEQ ID NO : 3 et SEQ ID NO : 4 3 5 La séquence de type hsdM obtenue à partir du plasmide issu de la souche de L. lattis ssp. lattis IL420, et la séquence du polypeptide correspondant sont
Ce séquencage a permis de mettre en évidence, dans les 2 cas, di rectement en amont de la séquence hsdS, 2 cadres de lecture ouverte, codant pour des protéines contenant respectivement des régions présentant une homologie importante avec des domaines conservés des sous-unités R et M des systèmes R/M de type Ic d'entérobactéries et de mycoplasmes. Ces 2 cadres de lecture ouverte ont été
respecti vement dénommés, du fait de cette homologie, hsdR et hsdM.
2 0 Sur le chromosome de la souche IL 1403, comme sur le plasmide is-su de la souche IL420, l'ordre des cadres de lecture ouverte est, d'amont en aval hsdR, hsdM et hsdS.
La séquence de type hsdR obtenue à partir de l'ADN chromosomi-que de la souche IL1403, et la séquence du polypeptide correspondant sont respecti-2 5 vement représentées dans la liste de séquences en annexe sous les numéros SEQ ID
NO : 1 et SEQ ID NO : 2.
La séquence de type hsdM obtenue à partir de l'ADN chromosomi-que de la souche IL1403, et la séquence du polypeptide correspondant sont respecti vement représentées dans la liste de séquences en annexe sous les numéros SEQ
ID
3 0 NO : 5 et SEQ ID NO : 6.
La séquence de type hsdR obtenue à partir du plasmide issu de la souche de L. lattis ssp. lattis IL420, et la séquence du polypeptide correspondant sont respectivement représentées dans la liste de séquences en annexe sous les numéros SEQ ID NO : 3 et SEQ ID NO : 4 3 5 La séquence de type hsdM obtenue à partir du plasmide issu de la souche de L. lattis ssp. lattis IL420, et la séquence du polypeptide correspondant sont
11 respectivement représentées dans la liste de séquences en annexe sous les numéros SEQ ID NO : 7 et SEQ ID NO : 8.
EXEMPLE 3 : UTILISATION D'OLIGONUCLEOTIDES DERIVES DES SE-QUENCES HSDR, HSDM ET HSDS POUR LA DETECTION DE SOUCHES
BACTERIENNES POSSEDANT DES SOUS-UNITES DE SYSTEMES R/M DE
TYPE Ic.
Des régions des séquences hsdM du plasmide issu de la souche IL420, et du chromosome de la souche IL 1403, codant pour les mêmes séquences peptidiques ont été identifiées.
Les oligonucléotides suivants * oligo 66 . TTä GCA CGT ATG AAC TTA
* oligo 67 . TTG GCT CGA ATG AAT TTA
représentent des séquences qui codent respectivement dans le plas mide de la souche IL420, et dans le chromosome de la souche IL1403, pour la sé
quence peptidique (code I lettre) LARMNL.
Les oligonucléotides suivants * oligo 68 . GTC TTC AAA GGT ATC CAC
* oligo 69 . TTC CTC AAA GGT ATC TAC
représentent des séquences complémentaires des séquences codant respectivement, dans le chromosome de la souche IL1403, et dans le plasmide de la souche IL420, pour la séquence peptidique (code 1 lettre) VDTFEE.
Ces oligonucléotides sont utilisés comme amorces d'amplification par PCR (couples 66/69 et 67/68) sur 16 souches différentes de lactocoques.
Les conditions d'amplification utilisées sont les suivantes : l'ADN
2 5 extrait de chacune des souches est mis en présence de désoxyribonucléotides triphos phate (0,2 mM de chaque), de 0,1 pM de chaque amorce, et de 2,5 Unités de Taq po lymérise (PROMEGA) dans un tampon standard pour Taq polymérise (PROMEGA).
La réaction s'effectue dans un volume final de 100 Vil.
Après dénaturation (94°C, 5 minutes), on effectue 30 cycles alter nant une étape de fixation des amorces à 50°C pendant 30 secondes. une étape d'extension à 72°C pendant 30 secondes, et une étape de dénaturation à
94°C pendant 30 secondes.
Comme le montre le Tableau I ci-dessous, pour 8 des 16 souches testées (IL582, IL858, IL910. IL993, IL964, IL827, IL854, MG1363) on observe, avec l'un ou l'autre des 2 couples d'amorces la présence d'un produit d'amplification de la longueur attendue (environ 670 pb).
EXEMPLE 3 : UTILISATION D'OLIGONUCLEOTIDES DERIVES DES SE-QUENCES HSDR, HSDM ET HSDS POUR LA DETECTION DE SOUCHES
BACTERIENNES POSSEDANT DES SOUS-UNITES DE SYSTEMES R/M DE
TYPE Ic.
Des régions des séquences hsdM du plasmide issu de la souche IL420, et du chromosome de la souche IL 1403, codant pour les mêmes séquences peptidiques ont été identifiées.
Les oligonucléotides suivants * oligo 66 . TTä GCA CGT ATG AAC TTA
* oligo 67 . TTG GCT CGA ATG AAT TTA
représentent des séquences qui codent respectivement dans le plas mide de la souche IL420, et dans le chromosome de la souche IL1403, pour la sé
quence peptidique (code I lettre) LARMNL.
Les oligonucléotides suivants * oligo 68 . GTC TTC AAA GGT ATC CAC
* oligo 69 . TTC CTC AAA GGT ATC TAC
représentent des séquences complémentaires des séquences codant respectivement, dans le chromosome de la souche IL1403, et dans le plasmide de la souche IL420, pour la séquence peptidique (code 1 lettre) VDTFEE.
Ces oligonucléotides sont utilisés comme amorces d'amplification par PCR (couples 66/69 et 67/68) sur 16 souches différentes de lactocoques.
Les conditions d'amplification utilisées sont les suivantes : l'ADN
2 5 extrait de chacune des souches est mis en présence de désoxyribonucléotides triphos phate (0,2 mM de chaque), de 0,1 pM de chaque amorce, et de 2,5 Unités de Taq po lymérise (PROMEGA) dans un tampon standard pour Taq polymérise (PROMEGA).
La réaction s'effectue dans un volume final de 100 Vil.
Après dénaturation (94°C, 5 minutes), on effectue 30 cycles alter nant une étape de fixation des amorces à 50°C pendant 30 secondes. une étape d'extension à 72°C pendant 30 secondes, et une étape de dénaturation à
94°C pendant 30 secondes.
Comme le montre le Tableau I ci-dessous, pour 8 des 16 souches testées (IL582, IL858, IL910. IL993, IL964, IL827, IL854, MG1363) on observe, avec l'un ou l'autre des 2 couples d'amorces la présence d'un produit d'amplification de la longueur attendue (environ 670 pb).
12 TAI31.RAT 1 T
SOUCHE AMO RCES
66/69 _ _ 67/68 ' IL827 (D) +
IL910 (L) ++ _ IL2967(L) _ _ CNRZ194 (C) _ CNRZ340 (D) _ _ CNRZ106 (C) _ _ IL2034 _ IL8S4 (C) +/_ IL993 (C) _ .f.+
IL8S8 (C) +
CNRZ 1 OS (C) _ _ CNRZ269 (D) _ _ ILS82 (L) +/- ++
IL960 (L) _ _ IL964 {C) +/-MG1363 (L) +
/T 1 _ 1 .
'L~ . JJ~.J. Lf.fIrüJ
(D) ssp. lattis biovar. diacetylactis (C) ssp. cremoris ++ produit d'amplification nettement détectable ;
+ produit d'amplification détectable ;
+/- produit d'amplification faiblement détectable ;
- pas de produit d'amplification détectable.
Les produits d'amplification obtenus à partir des souches ILS82, IL8S8, IL910, IL993, MG1363, IL827, IL8S4, IL964, ont été séquencés. Chez les sou-ches ILS82, IL8S8, IL993, IL827, IL8S4, IL964, la séquence est très semblable à la séquence hsdM du chromosome de la souche IL1403, et chez les souches IL910 et MG1363 la séquence est très semblable à la séquence hsdM du plasmide de la souche IL420.
EXEMPLE 4 : RESISTANCE A L'ATTAQUE PHAGIQUE CONFEREE PAR
LES SOUS-UNITES HsdR, HsdM ET HsdS.
Les souches utilisées sont : les souches MG1363, et ILS82 qui pos-sèdent chacune une séquence codant pour la sous-unité M d'un système R/M de type Ic, et la souche IL 1403, qui possède sur son chromosome des séquences codant pour 2 0 les 3 sous-unités R, M et S d'un système R/M de type Ic.
Les bactéries sont cultivées et infectées par les phages dans les con-ditions décrites par TERZAGHI et SANDINE, [Appl. Microbiol., 29, 807-81 S, (1975)]
WO 99/11803 PGT/I~R98/01873
SOUCHE AMO RCES
66/69 _ _ 67/68 ' IL827 (D) +
IL910 (L) ++ _ IL2967(L) _ _ CNRZ194 (C) _ CNRZ340 (D) _ _ CNRZ106 (C) _ _ IL2034 _ IL8S4 (C) +/_ IL993 (C) _ .f.+
IL8S8 (C) +
CNRZ 1 OS (C) _ _ CNRZ269 (D) _ _ ILS82 (L) +/- ++
IL960 (L) _ _ IL964 {C) +/-MG1363 (L) +
/T 1 _ 1 .
'L~ . JJ~.J. Lf.fIrüJ
(D) ssp. lattis biovar. diacetylactis (C) ssp. cremoris ++ produit d'amplification nettement détectable ;
+ produit d'amplification détectable ;
+/- produit d'amplification faiblement détectable ;
- pas de produit d'amplification détectable.
Les produits d'amplification obtenus à partir des souches ILS82, IL8S8, IL910, IL993, MG1363, IL827, IL8S4, IL964, ont été séquencés. Chez les sou-ches ILS82, IL8S8, IL993, IL827, IL8S4, IL964, la séquence est très semblable à la séquence hsdM du chromosome de la souche IL1403, et chez les souches IL910 et MG1363 la séquence est très semblable à la séquence hsdM du plasmide de la souche IL420.
EXEMPLE 4 : RESISTANCE A L'ATTAQUE PHAGIQUE CONFEREE PAR
LES SOUS-UNITES HsdR, HsdM ET HsdS.
Les souches utilisées sont : les souches MG1363, et ILS82 qui pos-sèdent chacune une séquence codant pour la sous-unité M d'un système R/M de type Ic, et la souche IL 1403, qui possède sur son chromosome des séquences codant pour 2 0 les 3 sous-unités R, M et S d'un système R/M de type Ic.
Les bactéries sont cultivées et infectées par les phages dans les con-ditions décrites par TERZAGHI et SANDINE, [Appl. Microbiol., 29, 807-81 S, (1975)]
WO 99/11803 PGT/I~R98/01873
13 Les résultats de l'infection sont exprimés en PFU/ml, et l'efficacité
de propagation (eop) est déterminée, pour chaque essai, par le rapport entre le nombre de PFU/ml pour la souche bactérienne testée, et le nombre de PFU/mI pour une souche bactérienne choisie comme témoin.
Le tableau II ci-dessous montre les résultats obtenus avec le phage c2 sur la souche MG1363, choisie comme témoin, et la souche IL1403.
TART.RAT1 TT
SOUCHE NOMBRE DE PHAGES (PFU/ML) ~ EOP
MG i 363 ~~~ 0 1 IL 1403 2,8 x 10 3 x 10' 1,e tableau lIl ci-dessous montre les résultats obtenus avec le phage bIL67 (préalablement propagé sur la souche IL 1403) sur - la souche IL 1403 sans plasmides ( 1 ), et - la souche IL582 (5) choisies comme témoins, - la souche IL1403 transformée avec le plasmide issu de la souche IL420, portant des séquences hsdR, hsdM et hsdS (2).
- ia souche IL1403 transformée avec le plasmide piL7, portant une séquence hsdS (3) - la souche IL 1403 transformée avec le plasmide pIL261 portant une séquence hsdS (4) - la souche IL582 transformée avec le plasmide pIL261 portant une 2 0 séquence hsdS (6) TAR1.RAT T 1TT
SOUCHE NOMBRE DE PHAGES (PFU/ML) EOP
1 6x10y 1 2 3x10 5x10_ 4 __ 4 10 6x 10~
5 4x10 1 6 _ 3 10 1 8 10~
Les résultats montrent que * Les sous-unités HsdS des différents mécanismes de résistance ont effectivement une spécificité différente : le mécanisme porté par le chromosome de la 2 5 souche IL 1430 est faiblement efficace contre le phage bIL67 , alors qu'en revanche les sous-unités HsdS portées par les plasmides augmentent, à un degré plus ou moins. éle-vé, la résistance à ce phage.
de propagation (eop) est déterminée, pour chaque essai, par le rapport entre le nombre de PFU/ml pour la souche bactérienne testée, et le nombre de PFU/mI pour une souche bactérienne choisie comme témoin.
Le tableau II ci-dessous montre les résultats obtenus avec le phage c2 sur la souche MG1363, choisie comme témoin, et la souche IL1403.
TART.RAT1 TT
SOUCHE NOMBRE DE PHAGES (PFU/ML) ~ EOP
MG i 363 ~~~ 0 1 IL 1403 2,8 x 10 3 x 10' 1,e tableau lIl ci-dessous montre les résultats obtenus avec le phage bIL67 (préalablement propagé sur la souche IL 1403) sur - la souche IL 1403 sans plasmides ( 1 ), et - la souche IL582 (5) choisies comme témoins, - la souche IL1403 transformée avec le plasmide issu de la souche IL420, portant des séquences hsdR, hsdM et hsdS (2).
- ia souche IL1403 transformée avec le plasmide piL7, portant une séquence hsdS (3) - la souche IL 1403 transformée avec le plasmide pIL261 portant une séquence hsdS (4) - la souche IL582 transformée avec le plasmide pIL261 portant une 2 0 séquence hsdS (6) TAR1.RAT T 1TT
SOUCHE NOMBRE DE PHAGES (PFU/ML) EOP
1 6x10y 1 2 3x10 5x10_ 4 __ 4 10 6x 10~
5 4x10 1 6 _ 3 10 1 8 10~
Les résultats montrent que * Les sous-unités HsdS des différents mécanismes de résistance ont effectivement une spécificité différente : le mécanisme porté par le chromosome de la 2 5 souche IL 1430 est faiblement efficace contre le phage bIL67 , alors qu'en revanche les sous-unités HsdS portées par les plasmides augmentent, à un degré plus ou moins. éle-vé, la résistance à ce phage.
14 * Les sous-unités HsdS codées par les plasmides pIL7 et pIL261 peuvent s'associer avec les sous-unités HsdR et HsdM codées par le chromosome de IL 1430 pour reconstituer un complexe R/M de type Ic fonctionnel.
LISTAGE DE SQUENCE
<110> CHOPIN, Marie-Christine CLIER, Florence EHRLICH, Dusko GAUTIER, Michel SCHOULER, Catherine INSTITUT NATIONAL DE LA AGRONOMIQUE
RECHERCHE
<120> MCANISMES DE RSISTANCE AUXBACTRIO PHAGES /M PE
R DE
TY
Ic DE BACTRIES LACTI QUES.
<130> MJPrm539/75 <140>
<141>
<150> FR 9710885 <151> 1997-02-09 <160> 16 <170> PatentIn Vers.
2.0 <210> 1 <2i1> 3050 <212> ADN
<213> Lactococcus lactis <220>
<221> CDS
<222> (44)..(3031) <400> 1 aaagataaca aaaatcatgc a gagaaaaa ggaatg gcagaagca 55 attattgag gg Met AlaGluAla aaa ttt gaa gct gct ttg aaaaaacta gaagcagaa ggatggacc 103 atc Lys Phe Glu Ala Ala Leu LysLysLeu GluAlaGlu GlyTrpThr Ile tat cgt aaa gat tta tct gtctc~att aaggtctta gagggacac 151 tat Tyr Arg Lys Asp Leu Ser ValSerIle LysValLeu GluGlyHis Tyr tgg cgt gag gtg ctt aat aataatgct tataaatta aatggcaaa 199 gaa Trp Arg Glu Val Leu Asn AsnAsnAla TyrLysLeu AsnGlyLys Glu cct ttg tct gat gtt gaa ggcttagtg atgcaagaa gttcaaagg 247 ttt Pro Leu Ser Asp Val Glu GlyLeuVal MetGlnGlu ValGlnArg Phe att aaa acg cct tat gat caact~tta ttggtaggg gcaggaggt 295 gct Ile Lys Thr Prc Tyr Asp GlnLesLeu LeuValGly AlaGlyGly Ala gtc ggc tct att cct ata cgagatgac ggctctaac ttagaagta 343 aca Val Gly Ser Ile Pro Ile ArgAsoAsp GlySerAsn LeuGluVal Thr gag att ttt tat gaa gat gtggc~ggt ggtcggtca cgctatgaa 391 gat Glu Ile Phe Tyr Glu Asp ValAa Gly GlyArgSer ArgTyrGlu Asp gtcgtcagc caagtgatt tttgatgag ctccctcat ggactagcg agc 439 ValValSer GlnValIle PheAspGlu LeuProHis GlyLeuAla Ser aaaagaatt attgattta gccttgctt attaacgga atcccagta gcg 487 LysArgIle IleAspLeu AlaLeuLeu IleAsnGly IleProVal Ala catattgaa gaaaaagat gaacactta caaaaccaa tggggcgct ttt 535 HisIleGlu GluLysAsp GluHisLeu GlnAsnGln TrpGlyAla Phe gagcaatta aaagggtat cacggagaa ggcttatat gagggatta ttt 583 GluGlnLeu LysGlyTyr HisGlyGlu GlyLeuTyr GluGlyLeu Phe gcttttgtt caagttcaa tttatcttg agtcaacac tctgccaac tat 631 AlaPheVal GlnValGln PheIleLeu SerGlnHis SerAlaAsn Tyr tttgcccgt cctaatcgt cttgaaaat tataacaaa acttttgtt ttt 679 PheAlaArg ProAsnArg LeuGluAsn TyrAsnLys ThrPheVal Phe ggttggcga gatgagcaa cagaaagat atcactgat gcgtttgtc ttt 727 GlyTrpArg AspGluGln GlnLysAsp IleThrAsp AlaPheVal Phe gcccatcaa gtgttagga atccctgca cttcatcga ctagtgact gtg 775 AlaHisGln ValLeuGly IleProAla LeuHisArg LeuValThr Val aacatgatt ccagatgct tccaatagt aatttgatg gtgatgaga agt 823 AsnMetIle ProAspAla SerAsnSer AsnLeuMet ValMetArg Ser tatcaaatt caagccaca agagcgatt ttacagcgt atgaaagaa atg 871 TyrGlnIle GlnAlaThr ArgAlaIle LeuGlnArg MetLysGlu Met gaacataac gactacatt caaaaggaa gggggctat atctggcat acc 919 GluHisAsn AspTyrIle GlnLysGlu GlyGlyTyr IleTrpHis Thr actgggtcg ggtaaaacg gtgacttct tttaaagta gcccagcta cta 967 ThrGlySer GlyLysThr ValThrSer PheLysVal AlaGlnLeu Leu gcggctgcc cctaaagta aaaaatgtt ttatttatt gttgatcgt gtg 1015 AlaAlaAla ProLysVal LysAsnVal LeuPheIle ValAspArg Val gacttagtg gatcaaacg ttagaaaac tttaaagat tttgcttac att 1063 AspLeuVal AspGlnThr LeuGluAsn PheLysAsp PheAiaTyr Ile caatttaaa aatagaatt aaaaaagta aatggtagg gagt'.aaaa cga 1111 GlnPheLys AsnArgIle LysLysVal AsnGlyArg GluLeuLys Arg gagttgagc capaaaggt gcttcacag atcttatta atttctgtc caa 1159 GluLeuSer HisLysGly AlaSerGln IleLeuLeu IleSerVal Gln ggt ttaacaaaa gccgttaaa aatgggcta aaaaatacc gatcgaaat 1207 Gly LeuThrLys AlaValLys AsnGlyLeu LysAsnThr AspArgAsn gtc attattatg gatgaagca catcgaagt gctaatgga gaatcggtt 1255 Val IleIleMet AspGluAla HisArgSer AlaAsnGly GluSerVal cag cttattaaa agtgccttt caaaaaacg acttggttt gggtttaca 1303 Gln LeuIleLys SerAlaPhe GlnLysThr ThrTrpPhe GlyPheThr gga actcctaat ttttatagt gacgagatt aatgacgtt caaaccact 1351 Gly ThrProAsn PheTyrSer AspGluIle AsnAspVal GlnThrThr cga gacatttca acccatgat atttttggg aagagactc cattcttat 1399 Arg AspIleSer ThrHisAsp IlePheGly LysArgLeu HisSerTyr acc atcaaggat gcgattgga gatggaaac gtgttaggg tttgatatt 1447 Thr IleLysAsp AlaIleGly AspGlyAsn ValLeuGly PheAspIle act tactttaat cccacgatt gaaattgaa tcacttbac gaagaacat 1995 Thr TyrPheAsn ProThrIle GluIleGlu SerLeuAsp GluGluHis tcc gaaaaagat tatgaaaaa gaagtttat caaagtcat gtttatcga 1543 Ser GluLysAsp TyrGluLys GluValTyr GlnSerHis ValTyrArg gaa caagtggtg caagacatt ttaaacctt tgggataaa acgtcaagt 1591 Glu GlnValVal GlnAspIle LeuAsnLeu TrpAspLys ThrSerSer ggg gctttggtc gctggcaaa cgagaaaag aatgttttt caggcgatg 1639 Gly AlaLeuVal AlaGlyLys ArgGluLys AsnValPhe GlnAlaMet tta gctgtttca ggaaagcaa gccgtggtt cattactac aatcttttt 1687 Leu AlaValSer GlyLysGln AlaValVal HisTyrTyr AsnLeuPhe aaa 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MetLysSer Phe gtagaaaat gcccttcgg atttataca cgagggggg aatgatacg ctt 2167 ValGluAsn AlaLeuArg IleTyrThr ArgGlyGly AsnAspThr Leu cagggagca gatgaagac tccaaaaat gaagatatc caatcctta gaa 2215 GlnGlyAla AspGluAsp SerLysAsn GluAspIle GlnSerLeu Glu gacgagcat atcctggca gaaccccaa agtcatcaa atcccaaaa tta 2263 AspGluHis IleLeuAla GluProGln SerHisGln IleProLys Leu acacccgct gttcaagaa ctaaaagcc tttgcggga gaagatttt agt 2311 ThrProAla ValGlnGlu LeuLysAla PheAlaGly GluAspPhe Ser caaattcct cgtggtgag aaagattta aaacaattt gtaaggcta ggg 2359 GlnIlePro ArgGlyGlu LysAspLeu LysGlnPhe ValArgLeu Gly ctagaaaca caaaatcag attcaacaa ttggttcaa caaggctat gaa 2407 LeuGluThr GlnAsnGln IleGlnGin LeuValGln GlnGlyTyr Glu ttagggaac gaaattgac ctattagat gctcaagga gagt~cact ggt 2455 LeuGlyAsn GluIleAsp LeuLeuAsp AlaGlnGly GluSerThr Gly gaaaaagtt cgacttgat atttctagt tttgaggag tttggggct ttg 2503 GluLysVal ArgLeuAsp IleSerSer PheGluGlu PheGlyAla Leu caagcaagg cttaatgat gctagagaa aaattgccc gaagaggag cgt 2551 GlnAlaArg LeuAsnAsp 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<213> Lactococcus lactis <400> 2 Met Ala Glu Ala Lys Phe Glu Ala Ala Leu Ile Lys Lys Leu Glu Ala Glu Gly Trp Thr Tyr Arg Lys Asp Leu Ser Tyr Val Ser Ile Lys Val Leu Glu Gly His Trp Arg Glu Val Leu Asn Glu Asn Asn Ala Tyr Lys Leu Asn Gly Lys Pro Leu Ser Asp Val Glu Phe Gly Leu Val Met Gln Glu Val Gln Arg Ile Lys Thr Pro Tyr Asp Ala Gln Leu Leu Leu Val Gly Ala Gly Gly Val Gly Ser Ile Pro Ile Thr Arg Asp Asp Gly Ser Asn Leu Glu Val Glu Ile Phe Tyr Glu Asp Asp Val Ala Gly Gly Arg Ser Arg Tyr Glu Val Val Ser Gln Val Ile Phe Asp Glu Leu Pro His Gly Leu Ala Ser Lys Arg Ile Ile Asp Leu Ala Leu Leu Ile Asn Gly Ile Pro Val Ala His Ile Glu Glu Lys Asp Glu His Leu G'_n Asn Gln Trp Gly Ala Phe Glu Gln Leu Lys Gly Tyr His Gly Glu Gly Leu Tyr Glu Gly Leu Phe Ala Phe Val Gln Val Gln Phe Ile Leu Ser Gln His Ser Ala Asn Tyr Phe Ala Arg Pro Asn Arg Leu Glu Asn Tyr Asn Lys Thr Phe Val Phe Gly Trp Arg Asp Glu Gln Gln Lys Asp Ile Thr Asp Ala Phe Val Phe Ala His Gln Val Leu Gly Ile Pro Ala Leu His Arg Leu Val Thr Val Asn Met Ile Pro Asp Ala Ser Asn Ser Asn Leu Met Val Met Arg Ser Tyr Gln Ile Gln Ala Thr Arg Ala Ile Leu Gln Arg Met Lys Glu Met Glu His Asn Asp Tyr Ile Gln Lys Glu Gly Gly Tyr Ile Trp His Thr Thr Gly Ser Gly Lys Thr Val Thr Ser Phe Lys Val Ala Gln Leu Leu Ala Ala Ala Pro Lys Val Lys Asn Val Leu Phe Ile Val Asp Arg Val Asp Leu Val Asp Gln Thr Leu Glu Asn Phe Lys Asp Phe Ala Tyr Ile Gln Phe Lys Asn Arg Ile Lys Lys Val Asn Gly Arg Glu Leu Lys Arg Glu Leu Ser His Lys Gly Ala Ser Gln Ile Leu Leu Ile Ser Val Gln Gly Leu Thr Lys Ala Val Lys Asn Gly Leu Lys Asn Thr Asp Arg Asn Val Ile Ile Met Asp Glu Ala His Arg Ser Ala Asn Gly Glu Ser Val Gln Leu Ile Lys Ser Ala Phe Gln Lys Thr Thr Trp Phe Gly Phe Thr Gly Thr Pro Asn Phe Tyr Ser Asp Glu Ile Asn Asp Val Gln Thr Thr Arg Asp Ile Ser Thr His Asp Ile Phe Gly Lys Arg Leu His Ser Tyr Thr Ile Lys Asp Ala Ile Gly Asp Gly Asn Val Leu Gly Phe Asp Ile Thr Tyr Phe Asn Pro Thr Ile Glu Ile Glu Ser Leu Asp Glu Glu His Ser Glu Lys Asp Tyr Glu Lys Glu Val Tyr Gln Ser His Val Tyr Arg Glu Gln Val Val Gln Asp Ile Leu Asn Leu Trp Asp Lys Thr Ser Ser Gly Ala Leu Val Ala Gly Lys Arg Glu Lys Asn Val Phe Gln Ala Met Leu Ala Val Ser Gly Lys Gln Ala Val Val His Tyr Tyr Asn Leu Phe Lys Glu Lys Ala Pro His Leu Arg Val Ala Met Thr Phe Ser Arg Asp Glu Ser Asn Gln Pro Gly Thr Lys Glu Gln Asn Glu Ala Leu Lys Lys Ala Ile Lys Glu Tyr Ser Ser Cys Phe Asn Val Pro Ser Leu Leu Asn Ala Gln Glu Pro Ala Arg Ala Tyr Met Ile Asp Ile Thr Lys Arg Leu Ala Arg Lys Lys Pro Tyr Asn Gln Gly Lys Asp Glu Asp Arg Leu Asp Leu Val Ile Val Ser Asp Gln Leu Leu Thr Gly Phe Asp Ser Lys Tyr Ile Asn Thr Ile Tyr Met Asp Lys Gln Leu Arg Glu Gly Met Leu Ile Gln Ala Met Ser Arg Thr Asn Arg Thr Phe His Leu Asn Ser Lys Pro His Gly Lys Val Arg Phe Tyr Arg Gln Gly Glu Gln Met Lys Ser Phe Val Glu Asn Ala Leu Arg Ile Tyr Thr Arg Gly Gly Asn Asp Thr Leu Gln Gly Ala Asp Glu Asp Ser Lys Asn Glu Asp Ile Gln Ser Leu Glu Asp Glu His Ile Leu Ala Glu Pro Gln Ser His Gln Ile Pro Lys Leu Thr Pro Ala Val Gln Glu Leu Lys Ala Phe Ala Gly Glu Asp Phe Ser Gln Ile Pro Arg Gly Glu Lys Asp Leu Lys Gln Phe Val Arg Leu Gly Leu Glu Thr Gln Asn Gln Ile Gln Gln Leu Val Gln Gln Gly Tyr Glu Leu Gly Asn Glu Ile Asp Leu Leu Asp Ala Gln Gly Glu Ser Thr Gly Glu Lys Val Arg Leu Asp Ile Ser Ser Phe Glu Glu Phe Gly Ala Leu Gln Ala Arg Leu Asn Asp Ala Arg Glu Lys Leu Pro Glu Glu Glu Arg Pro Asp Leu Thr Glu Ile Arg Val Gly Leu Ser Leu 835 840 gq5 Tyr Asp His Glu Ile Ile Asp Tyr Asp Trp Leu Val Asp Leu Leu Asn Leu Phe Met Asp Gln Lys Thr Pro Glu Asn Lys Ala Ser Ile Glu Lys His Ile Leu Pro Leu Asp Glu Met Ser Gln Gln Glu Ile Lys Asp Ile Ile Val Asp Ile Glu Ser Gly Glu Ile Lys Glu His Phe Thr Lys Ala Thr Leu Glu Asp Gln Arg Lys His Lys Arg Ser Asp Arg Gln Glu Leu Lys Ile Arg Arg Trp Ala Ala Asn Gln Lys Val Asn Gly Asn Arg Ile Val Gln Ala Phe Asp Leu Phe Leu Pro Gly His Ser Leu Val Asp Asn Ser Gln Leu Ser Ala Leu Val Ser Glu Ile Glu Ala Glu Glu Asn Leu Ser Phe Phe Gly Ala Ser Glu Phe Glu Thr Ala Leu Met Ser Phe Phe Asn Ser Leu <210> 3 <211> 3150 <212> ADN
<213> Lactococcus lactis <220>
<221> CDS
<222> (39)..(3116) <400> 3 taaaaaatgg tggcaactat ggaaatgagg gggatcaa atg agt cat tcg gaa caa 56 Met Ser His Ser Glu Gln atg att gaa aac cag ttc ata cag atc tta agt gag aaa gaa aat cag 104 Met Ile Glu Asn Gln Phe Ile Gln Ile Leu Ser Glu Lys Glu Asn Gln
LISTAGE DE SQUENCE
<110> CHOPIN, Marie-Christine CLIER, Florence EHRLICH, Dusko GAUTIER, Michel SCHOULER, Catherine INSTITUT NATIONAL DE LA AGRONOMIQUE
RECHERCHE
<120> MCANISMES DE RSISTANCE AUXBACTRIO PHAGES /M PE
R DE
TY
Ic DE BACTRIES LACTI QUES.
<130> MJPrm539/75 <140>
<141>
<150> FR 9710885 <151> 1997-02-09 <160> 16 <170> PatentIn Vers.
2.0 <210> 1 <2i1> 3050 <212> ADN
<213> Lactococcus lactis <220>
<221> CDS
<222> (44)..(3031) <400> 1 aaagataaca aaaatcatgc a gagaaaaa ggaatg gcagaagca 55 attattgag gg Met AlaGluAla aaa ttt gaa gct gct ttg aaaaaacta gaagcagaa ggatggacc 103 atc Lys Phe Glu Ala Ala Leu LysLysLeu GluAlaGlu GlyTrpThr Ile tat cgt aaa gat tta tct gtctc~att aaggtctta gagggacac 151 tat Tyr Arg Lys Asp Leu Ser ValSerIle LysValLeu GluGlyHis Tyr tgg cgt gag gtg ctt aat aataatgct tataaatta aatggcaaa 199 gaa Trp Arg Glu Val Leu Asn AsnAsnAla TyrLysLeu AsnGlyLys Glu cct ttg tct gat gtt gaa ggcttagtg atgcaagaa gttcaaagg 247 ttt Pro Leu Ser Asp Val Glu GlyLeuVal MetGlnGlu ValGlnArg Phe att aaa acg cct tat gat caact~tta ttggtaggg gcaggaggt 295 gct Ile Lys Thr Prc Tyr Asp GlnLesLeu LeuValGly AlaGlyGly Ala gtc ggc tct att cct ata cgagatgac ggctctaac ttagaagta 343 aca Val Gly Ser Ile Pro Ile ArgAsoAsp GlySerAsn LeuGluVal Thr gag att ttt tat gaa gat gtggc~ggt ggtcggtca cgctatgaa 391 gat Glu Ile Phe Tyr Glu Asp ValAa Gly GlyArgSer ArgTyrGlu Asp gtcgtcagc caagtgatt tttgatgag ctccctcat ggactagcg agc 439 ValValSer GlnValIle PheAspGlu LeuProHis GlyLeuAla Ser aaaagaatt attgattta gccttgctt attaacgga atcccagta gcg 487 LysArgIle IleAspLeu AlaLeuLeu IleAsnGly IleProVal Ala catattgaa gaaaaagat gaacactta caaaaccaa tggggcgct ttt 535 HisIleGlu GluLysAsp GluHisLeu GlnAsnGln TrpGlyAla Phe gagcaatta aaagggtat cacggagaa ggcttatat gagggatta ttt 583 GluGlnLeu LysGlyTyr HisGlyGlu GlyLeuTyr GluGlyLeu Phe gcttttgtt caagttcaa tttatcttg agtcaacac tctgccaac tat 631 AlaPheVal GlnValGln PheIleLeu SerGlnHis SerAlaAsn Tyr tttgcccgt cctaatcgt cttgaaaat tataacaaa acttttgtt ttt 679 PheAlaArg ProAsnArg LeuGluAsn TyrAsnLys ThrPheVal Phe ggttggcga gatgagcaa cagaaagat atcactgat gcgtttgtc ttt 727 GlyTrpArg AspGluGln GlnLysAsp IleThrAsp AlaPheVal Phe gcccatcaa gtgttagga atccctgca cttcatcga ctagtgact gtg 775 AlaHisGln ValLeuGly IleProAla LeuHisArg LeuValThr Val aacatgatt ccagatgct tccaatagt aatttgatg gtgatgaga agt 823 AsnMetIle ProAspAla SerAsnSer AsnLeuMet ValMetArg Ser tatcaaatt caagccaca agagcgatt ttacagcgt 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caaaaaacg acttggttt gggtttaca 1303 Gln LeuIleLys SerAlaPhe GlnLysThr ThrTrpPhe GlyPheThr gga actcctaat ttttatagt gacgagatt aatgacgtt caaaccact 1351 Gly ThrProAsn PheTyrSer AspGluIle AsnAspVal GlnThrThr cga gacatttca acccatgat atttttggg aagagactc cattcttat 1399 Arg AspIleSer ThrHisAsp IlePheGly LysArgLeu HisSerTyr acc atcaaggat gcgattgga gatggaaac gtgttaggg tttgatatt 1447 Thr IleLysAsp AlaIleGly AspGlyAsn ValLeuGly PheAspIle act tactttaat cccacgatt gaaattgaa tcacttbac gaagaacat 1995 Thr TyrPheAsn ProThrIle GluIleGlu SerLeuAsp GluGluHis tcc gaaaaagat tatgaaaaa gaagtttat caaagtcat gtttatcga 1543 Ser GluLysAsp TyrGluLys GluValTyr GlnSerHis ValTyrArg gaa caagtggtg caagacatt ttaaacctt tgggataaa acgtcaagt 1591 Glu GlnValVal GlnAspIle LeuAsnLeu TrpAspLys ThrSerSer ggg gctttggtc gctggcaaa cgagaaaag aatgttttt caggcgatg 1639 Gly AlaLeuVal AlaGlyLys ArgGluLys AsnValPhe GlnAlaMet tta gctgtttca ggaaagcaa gccgtggtt cattactac aatcttttt 1687 Leu AlaValSer GlyLysGln AlaValVal HisTyrTyr AsnLeuPhe aaa 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AlaArgGlu LysLeuPro GluGluGlu Arg ccagacctc acagaaatt agagtgggc ttatcttta tatgaccat gag 2599 ProAspLeu ThrGluIle ArgValGly LeuSerLeu TyrAspHis Glu attattgac tacgattgg ctggttgat ctcttaaac ctcticatg gat 2647 IleIleAsp TyrAspTrp LeuValAsp LeuLeuAsn LeuPheMet Asp cagaaaact cctgaaaac aaagcttca attgagaaa catattctc cca 2695 GlnLysThr ProGluAsn LysAlaSer IleGluLys HisIleLeu Pro ttggatgaa atgagc caacaagag atcaaggatatt atcgta gatata 2743 LeuAspGlu MetSer GlnGlnGlu IleLysAspIle IleVal AspIle gaatctggg gaaatt aaggaacac tttacgaaagca accttg gaagat 2791 GluSerGly GluIle LysGluHis PheThrLysAla ThrLeu GluAsp caaagaaag cacaaa cgctcggat cgacaagagtta aaaatc cgtcga 2839 GlnArgLys HisLys ArgSerAsp ArgGlnGluLeu LysIle ArgArg tgggcggcc aatcaa aaagtcaat ggcaatcgtatt gtccaa gccttc 2887 TrpAlaAla AsnGln LysValAsn GlyAsnArgIle ValGln AlaPhe gatcttttc ttacca ggtcacagc ttagtagacaat tctcaa ttatca 2935 AspLeuPhe LeuPro GlyHisSer LeuValAspAsn SerGln LeuSer gcgcttgtt tcagaa attgaagca gaggaaaactta agcttt tttgga 2983 AlaLeuVal SerGlu IleGluAla GluGluAsnLeu SerPhe PheGly gcctcagaa tttgag actgcatta atgagcttcttc aattca ctataa 3031 AlaSerGlu PheGlu ThrAlaLeu MetSerPhePhe AsnSer Leu aaaaataaaa atactcgca 3050 <210> 2 <211> 995 <212> PRT
<213> Lactococcus lactis <400> 2 Met Ala Glu Ala Lys Phe Glu Ala Ala Leu Ile Lys Lys Leu Glu Ala Glu Gly Trp Thr Tyr Arg Lys Asp Leu Ser Tyr Val Ser Ile Lys Val Leu Glu Gly His Trp Arg Glu Val Leu Asn Glu Asn Asn Ala Tyr Lys Leu Asn Gly Lys Pro Leu Ser Asp Val Glu Phe Gly Leu Val Met Gln Glu Val Gln Arg Ile Lys Thr Pro Tyr Asp Ala Gln Leu Leu Leu Val Gly Ala Gly Gly Val Gly Ser Ile Pro Ile Thr Arg Asp Asp Gly Ser Asn Leu Glu Val Glu Ile Phe Tyr Glu Asp Asp Val Ala Gly Gly Arg Ser Arg Tyr Glu Val Val Ser Gln Val Ile Phe Asp Glu Leu Pro His Gly Leu Ala Ser Lys Arg Ile Ile Asp Leu Ala Leu Leu Ile Asn Gly Ile Pro Val Ala His Ile Glu Glu Lys Asp Glu His Leu G'_n Asn Gln Trp Gly Ala Phe Glu Gln Leu Lys Gly Tyr His Gly Glu Gly Leu Tyr Glu Gly Leu Phe Ala Phe Val Gln Val Gln Phe Ile Leu Ser Gln His Ser Ala Asn Tyr Phe Ala Arg Pro Asn Arg Leu Glu Asn Tyr Asn Lys Thr Phe Val Phe Gly Trp Arg Asp Glu Gln Gln Lys Asp Ile Thr Asp Ala Phe Val Phe Ala His Gln Val Leu Gly Ile Pro Ala Leu His Arg Leu Val Thr Val Asn Met Ile Pro Asp Ala Ser Asn Ser Asn Leu Met Val Met Arg Ser Tyr Gln Ile Gln Ala Thr Arg Ala Ile Leu Gln Arg Met Lys Glu Met Glu His Asn Asp Tyr Ile Gln Lys Glu Gly Gly Tyr Ile Trp His Thr Thr Gly Ser Gly Lys Thr Val Thr Ser Phe Lys Val Ala Gln Leu Leu Ala Ala Ala Pro Lys Val Lys Asn Val Leu Phe Ile Val Asp Arg Val Asp Leu Val Asp Gln Thr Leu Glu Asn Phe Lys Asp Phe Ala Tyr Ile Gln Phe Lys Asn Arg Ile Lys Lys Val Asn Gly Arg Glu Leu Lys Arg Glu Leu Ser His Lys Gly Ala Ser Gln Ile Leu Leu Ile Ser Val Gln Gly Leu Thr Lys Ala Val Lys Asn Gly Leu Lys Asn Thr Asp Arg Asn Val Ile Ile Met Asp Glu Ala His Arg Ser Ala Asn Gly Glu Ser Val Gln Leu Ile Lys Ser Ala Phe Gln Lys Thr Thr Trp Phe Gly Phe Thr Gly Thr Pro Asn Phe Tyr Ser Asp Glu Ile Asn Asp Val Gln Thr Thr Arg Asp Ile Ser Thr His Asp Ile Phe Gly Lys Arg Leu His Ser Tyr Thr Ile Lys Asp Ala Ile Gly Asp Gly Asn Val Leu Gly Phe Asp Ile Thr Tyr Phe Asn Pro Thr Ile Glu Ile Glu Ser Leu Asp Glu Glu His Ser Glu Lys Asp Tyr Glu Lys Glu Val Tyr Gln Ser His Val Tyr Arg Glu Gln Val Val Gln Asp Ile Leu Asn Leu Trp Asp Lys Thr Ser Ser Gly Ala Leu Val Ala Gly Lys Arg Glu Lys Asn Val Phe Gln Ala Met Leu Ala Val Ser Gly Lys Gln Ala Val Val His Tyr Tyr Asn Leu Phe Lys Glu Lys Ala Pro His Leu Arg Val Ala Met Thr Phe Ser Arg Asp Glu Ser Asn Gln Pro Gly Thr Lys Glu Gln Asn Glu Ala Leu Lys Lys Ala Ile Lys Glu Tyr Ser Ser Cys Phe Asn Val Pro Ser Leu Leu Asn Ala Gln Glu Pro Ala Arg Ala Tyr Met Ile Asp Ile Thr Lys Arg Leu Ala Arg Lys Lys Pro Tyr Asn Gln Gly Lys Asp Glu Asp Arg Leu Asp Leu Val Ile Val Ser Asp Gln Leu Leu Thr Gly Phe Asp Ser Lys Tyr Ile Asn Thr Ile Tyr Met Asp Lys Gln Leu Arg Glu Gly Met Leu Ile Gln Ala Met Ser Arg Thr Asn Arg Thr Phe His Leu Asn Ser Lys Pro His Gly Lys Val Arg Phe Tyr Arg Gln Gly Glu Gln Met Lys Ser Phe Val Glu Asn Ala Leu Arg Ile Tyr Thr Arg Gly Gly Asn Asp Thr Leu Gln Gly Ala Asp Glu Asp Ser Lys Asn Glu Asp Ile Gln Ser Leu Glu Asp Glu His Ile Leu Ala Glu Pro Gln Ser His Gln Ile Pro Lys Leu Thr Pro Ala Val Gln Glu Leu Lys Ala Phe Ala Gly Glu Asp Phe Ser Gln Ile Pro Arg Gly Glu Lys Asp Leu Lys Gln Phe Val Arg Leu Gly Leu Glu Thr Gln Asn Gln Ile Gln Gln Leu Val Gln Gln Gly Tyr Glu Leu Gly Asn Glu Ile Asp Leu Leu Asp Ala Gln Gly Glu Ser Thr Gly Glu Lys Val Arg Leu Asp Ile Ser Ser Phe Glu Glu Phe Gly Ala Leu Gln Ala Arg Leu Asn Asp Ala Arg Glu Lys Leu Pro Glu Glu Glu Arg Pro Asp Leu Thr Glu Ile Arg Val Gly Leu Ser Leu 835 840 gq5 Tyr Asp His Glu Ile Ile Asp Tyr Asp Trp Leu Val Asp Leu Leu Asn Leu Phe Met Asp Gln Lys Thr Pro Glu Asn Lys Ala Ser Ile Glu Lys His Ile Leu Pro Leu Asp Glu Met Ser Gln Gln Glu Ile Lys Asp Ile Ile Val Asp Ile Glu Ser Gly Glu Ile Lys Glu His Phe Thr Lys Ala Thr Leu Glu Asp Gln Arg Lys His Lys Arg Ser Asp Arg Gln Glu Leu Lys Ile Arg Arg Trp Ala Ala Asn Gln Lys Val Asn Gly Asn Arg Ile Val Gln Ala Phe Asp Leu Phe Leu Pro Gly His Ser Leu Val Asp Asn Ser Gln Leu Ser Ala Leu Val Ser Glu Ile Glu Ala Glu Glu Asn Leu Ser Phe Phe Gly Ala Ser Glu Phe Glu Thr Ala Leu Met Ser Phe Phe Asn Ser Leu <210> 3 <211> 3150 <212> ADN
<213> Lactococcus lactis <220>
<221> CDS
<222> (39)..(3116) <400> 3 taaaaaatgg tggcaactat ggaaatgagg gggatcaa atg agt cat tcg gaa caa 56 Met Ser His Ser Glu Gln atg att gaa aac cag ttc ata cag atc tta agt gag aaa gaa aat cag 104 Met Ile Glu Asn Gln Phe Ile Gln Ile Leu Ser Glu Lys Glu Asn Gln
15 20 tgg act tat cgt ccg gac ttg aag tcg gaa gaa gca ctt tgc caa aac 152 Trp Thr Tyr Arg Pro Asp Leu Lys Ser Glu Glu Ala Leu Cys Gln Asn ttt aga ggc cat ttg aac cga ata aat tta gca gta ttg gaa gag caa 200 Phe Arg Gly His Leu Asn Arg Ile Asn Leu Ala Val Leu Glu Glu Gln cta tta acg gac aaa gaa ttt aag caa gtc aaa gtc gag ttt tca cgt 248 Leu Leu Thr Asp Lys Glu Phe Lys Gln Val Lys Val Glu Phe Ser Arg ttg acc gga aca cct ttt tta gct tct caa tgg ctt aga gga gaa aac 296 Leu Thr Gly Tri Pro Phe Leu Ala Ser Gln Trp Leu Arg Gly Glu Asn ggg gtg gct caa gtt tta tta gag cga gaa gat ggg gaa aaa gtg act 344 Gly Val Ala Gln Val Leu Leu Glu Arg Glu Asp Gly Glu Lys Val Thr tta gaa gcc ttt aga aat aag gat atc tca gga gga act tct tct tàt 392 Leu Glu Ala Phe Arg Asn Lys Asp Ile Ser Gly Gly Thr Ser Ser Tyr gag gta gtt cac caa gtg gtc cca gat tcc tct aga gta gat cgt gga 440 Glu Val Val His Gln Val Val Pro Asp Ser Ser Arg Val Asp Arg Gly gat gtg agc ttg ctg att aat ggg ctc cca atc att cat att gag ctc 488 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cct tac caa att cat gct att cgt aag att cgt cca aaa 872 Ala Leu Arg Pro Tyr Gln Ile His Aia Ile Arg Lys Ile Arg Pro Lys gcg gca cag cat gaa gga gga ttc att tgg cat gcg aca ggt tca gga 920 Ala Ala Gln His Glu Gly Gly Phe Ile Trp His Ala Thr Gly Ser Gly aag acc att acc agt ttt gtc gca acg aaa tta tta gca caa aat gcg 968 Lys Thr Ile Thr Ser Phe Val Ala Thr Lys Leu Leu Ala Gln Asn Ala atc ggt gtc gat cgt acg gtc atg gtt gtt gat aga aca gàc tta gat 1016 Ile Gly Val Asp Arg Thr Val Met Val Val Asp Arg Thr Asp Leu Asp gct caa acg cag gat gag ttt acg aag ttt gcc tcg gaa tac cat acc 1064 Ala Gln Thr Gln Asp Glu Phe Thr Lys Phe Ala Ser Glu Tyr His Thr gga caa acg acc gga aat tcg gta gcc aat act ttg att gtt ggg atc 1112 Gly Gln Thr Thr Gly Asn Ser Val Ala Asn Thr Leu Ile Val Gly Ile WO 99/11803 10 pCT/FR98/01873 aaa aat caa aaa cag ttg gct cga aac ctc cta tca tca aaa aat aat 1160 Lys Asn Gln Lys Gln Leu Ala Arg Asn Leu Leu Ser Ser Lys Asn Asn aat acg att tta gtg acc acg att caa aaa ctc tct gcg gct atg cga 1208 Asn Thr Ile Leu Val Thr Thr Ile Gln Lys Leu Ser Ala Ala Met Arg agt gcc caa caa gag agt gaa gaa aaa ggc tcg aat caa ttt gag aag 1256 Ser Ala Gln Gln Glu Ser Glu Glu Lys Gly Ser Asn Gln Phe Glu Lys ctg cgg caa gaa cat att gtt ttt att gtt gat gag gct cat cgt gcg 1304 Leu Arg Gln Glu His Ile Val Phe Ile Val Asp Glu Ala His Arg Ala gtt agt gat gag gaa atg aaa cga att aag aaa ata tta ccc aat tct 1352 Val Ser Asp Glu Glu Met Lys Arg Ile Lys Lys Ile Leu Pro Asn Ser acc tgg ttt gga tta acg ggg acg cct att ttt gaa gca aat aaa aag 1400 Thr Trp Phe Gly Leu Thr Gly Thr Pro Ile Phe Glu Ala Asn Lys Lys caa gaa aat gga acc ttt gcc aga acg acg agc cag caa tac ggg cca 1448 Gln Glu Asn Gly Thr Phe Ala Arg Thr Thr Ser Gln Gln Tyr Gly Pro ctc ctt cac tcc tat aca acc aaa aat gcc atg gat gat ggg gct gtg 1496 Leu Leu His Ser Tyr Thr Thr Lys Asn Ala Met Asp Asp Gly Ala Val tta ggc ttt caa gtc gag tat cat tcg ctg att tca gaa gag gat cta 1544 Leu Gly Phe Gln Val Glu Tyr His Ser Leu Ile Ser Glu Glu Asp Leu gag gtg att gtc acc caa ctc aat aaa gga aag ttg cca ggc gat gcc 1592 Glu Val Ile Val Thr Gln Leu Asn Lys Gly Lys Leu Pro Gly Asp Ala ctc caa caa gag gaa tta ttg cct gcg gaa ctt tat gaa aaa gat gaa 1690 Leu Gln Gln Glu Glu Leu Leu Pro Ala Glu Leu Tyr Glu Lys Asp Glu cat att cgt acc atg tta caa aaa atc ttt aat cgg agg agt gtg gtc 1688 His Ile Arg Thr Met Leu Gln Lys Ile Phe Asn Arg Arg Ser Val Val aaa aag ttc aag gta aag aat ggt ttt cct acg atg tca gcc att ctt 1736 Lys Lys Phe Lys Val Lys Asn Gly Phe Pro Thr Met Ser Ala Ile Leu acc act cac tcg att gct caa gcc aaa cat att tac cgg att tta aag 1784 Thr Thr His Ser Ile Ala Gln Ala Lys His Ile Tyr Arg Ile Leu Lys gaa atg aaa gat aat ggg aca ctc ttg aat ggt cga caa ttt gat gaa 1832 Glu Met Lys Asp Asn Gly Thr Leu Leu Asn Gly Arg Gln Phe Asp Glu cgt cat cga ctg att gat aaa gat ttc cca aga gta gct att acc ttc 1880 Arg His Arg Leu Ile Asp Lys Asp Phe Pro Arg Val Ala Ile Thr Phe tca acc aat ccg gat cga tta gaa aaa aat gaa caa gac gat 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<211> 025 <212>
PRT
<213>
Lactococcus lactis <400>
Met HisSer GluGln MetIleGlu AsnGlnPhe IleGlnIle Leu Ser Ser LysGlu AsnGln TrpThrTyr ArgProAsp LeuLysSer Glu Glu Glu LeuCys GlnAsn PheArgGly HisLeuAsn ArgIleAsn Leu Ala Ala LeuGlu GluGln LeuLeuThr AspLysGlu PheLysGln Val Val Lys GluPhe SerArg LeuThrGly ThrProPhe LeuAlaSer Gln Val Trp ArgGly GluAsn GlyValAla GlnValLeu LeuGluArg Glu Leu Asp Gly Glu Lys Val Thr Leu Glu Ala Phe Arg Asn Lys Asp Ile.Ser Gly Gly Thr Ser Ser Tyr Glu Val Val His Gln Val Val Pro Asp Ser Ser Arg Val Asp Arg Gly Asp Val Ser Leu Leu Ile Asn Gly Leu Pro Ile Ile His Ile Glu Leu Gln Lys Glu Ser Ala Lys Asp Gly Phe Met Gln Ala Tyr Tyr Gln Ile Gln Arg Tyr Ala Glu Asp Gly Phe Phe Lys Gly Ile Tyr Ala Thr Thr Gln Ile Met Val Ile Pro Asn Lys Val Asp Thr Arg Tyr Phe Ala Arg Pro Ser Glu Asp Thr Ala Glu Ala Tyr Ala Arg Met Lys Lys Phe Leu Phe Asn Trp Arg Thr Glu Asp Asn Gln Thr Val Ser Asp Leu Phe Asp Phe Thr Arg Thr Val Leu Arg Ile Pro Asp Ala His Glu Leu Ile Ser Gln Tyr Thr Ile Leu Val Asp Asp Pro Lys Asn Pro Lys Phe Leu Met Ala Leu Arg Pro Tyr Gln Ile His Ala Ile Arg Lys Ile Arg Pro Lys Ala Ala Gln His Glu Gly Gly Phe Ile Trp His Ala Thr Gly Ser Gly Lys Thr Ile Thr Ser Phe Val Ala Thr Lys Leu Leu Ala Gln Asn Ala Ile Gly Val Asp Arg Thr Val Met Val Val Asp Arg Thr Asp Leu Asp Ala Gln Thr Gln Asp Glu Phe Thr Lys Phe Ala Ser Glu Tyr His Thr Gly Gln Thr Thr Gly Asn Ser Val Ala Asn Thr Leu Ile Val Gly Ile Lys Asn Gln Lys Gln Leu Ala Arg Asn Leu Leu Ser Ser Lys Asn Asn Asn Thr Ile Leu Val Thr Thr Ile Gln Lys Leu Ser Ala Ala Met Arg Ser Ala Gln Gln Glu Ser Glu Glu Lys Gly Ser Asn Gln Phe Glu Lys Leu Arg Gln Glu His Ile Val Phe Ile Val Asp Glu Ala His Arg Ala Val Ser Asp Glu Glu Met Lys Arg Ile Lys Lys Ile Leu Pro Asn Ser Thr Trp Phe Gly Leu Thr Gly Thr Pro Ile Phe Glu Ala Asn Lys Lys Gln Glu Asn Gly Thr Phe Ala Arg Thr Thr Ser Gln Gln Tyr Gly Pro Leu Leu His Ser Tyr Thr Thr Lys Asn Ala Met Asp Asp Gly Ala Val Leu Gly Phe Gln Val Glu Tyr His Ser Leu Ile Ser Glu Glu Asp Leu Glu Val Ile Val Thr Gln Leu Asn Lys Gly Lys Leu Pro Gly Asp Ala Leu Gln Gln G.lu Glu Leu Leu Pro Ala Glu Leu Tyr Glu Lys Asp Glu His Tle Arg Thr Met Leu Gln Lys Ile Phe Asn Arg Arg Ser Val Val Lys Lys Phe Lys dal Lys Asn Gly Phe Pro Thr Met Ser Ala Ile Leu Thr Thr His Ser Ile Ala Gln Ala Lys His Ile Tyr Arg Ile Leu Lys Glu Met Lys Asp Asn Gly Thr Leu Leu Asn Gly Arg Gln Phe Asp Glu Arg His Arg Leu Ile Asp Lys Asp Phe Pro Arg Val Ala Ile Thr Phe Ser Thr Asn Pro Asp Arg Leu Glu Lys Asn Glu Gln Asp Asp Glu Leu Val Glu Ile Met Lys Glu Tyr Ala Lys Gln Phe Asp Ala Ser Pro Tyr Gln Asp Glu Lys Leu Tyr Asn Gln Asn Ile Asn Lys Arg Leu Ala Arg Lys Glu Lys Gln Tyr Gln Ser Asp Gly Gln Trp Leu Asp Phe Val Ile Val Val Asp Arg Leu Leu Thr Gly Phe Asp Ser Pro Ala Ile Leu Thr Leu Tyr Ile Asp Arg Glu Met Asn Tyr Gln Lys Leu Leu Gln Ala Phe Ser Arg Thr Asn Arg Ile Tyr Thr Gly Lys 7os 710 71s 7zo Asp Ser Gly Leu Ile Val Ser Phe Arg Lys Pro Phe Thr Met Lys Glu Asn Val Gln Asn Thr Phe Arg Leu Phe Ser Asn Glu Asn Gln Asn Phe Asp Gln Leu Ile Pro Arg Glu Tyr Glu Glu Val Lys Lys Glu Phe Ile Glu Cys Ser Thr Leu Tyr Lys Gln Ser Glu Ala Asp Leu Ser Asp Asn Pro His Asp Leu Lys Thr Met Ile Ala Gln Val Ser Ala Tyr Gln Lys WO 99/11803 15 PCT/P'R98/018'73 Leu Gly Lys Ser Tyr Lys Ala Phe Arg Ser Tyr Asp Gln Tyr Glu Glu Asp Phe Glu Ala Phe Ser Glu Val Val Glu Gln Leu Pro Gln Tyr Arg Gly Lys Thr Glu Asn Val Lys Thr Lys Ile Lys Glu Met Ile Glu Asp Glu Glu His Pro Glu Glu Asp Phe Glu Lys Leu Leu Gln Glu Ile Ala Phe Ser Ser Gln Leu Asn Ala Thr His Lys Asp Val Val Asp Ser Phe Tyr Ile Asn Gln Leu Leu Lys Ala Ile Gln Leu Asn Glu Ala Gly Ala Val Glu Lys Phe Glu Lys Glu Ile Gln Gln Lys Asp Pro Gln Ile Gln Lys Met Tyr His Thr Leu Lys Asp Gln Leu Val Asn Thr Thr Glu Glu Ile Asp Val Ala Gln Leu Lys Glu Thr Ser Ile Gln Asn Glu Ile Gln Arg Leu Leu Gln Lys Glu Ala Glu Glu Phe Gly Leu Ser Phe Asp Phe Leu Gln Ser Ala Met Asn Glu Tyr Gln Gly Asp Lys Lys Ala Ile Pro Tyr Leu Thr His Leu Leu Asp Ser Met Thr Leu Ser Lys Glu Glu Phe Glu Pro Lys Ala Gly Glu Lys Tyr Arg Arg Arg Pro Lys Val Leu Glu Glu Arg Leu Arg Gln Asn Phe Glu Gln Ile Gln Lys Trp Lys Glu Glu Leu <210> 5 <211> 1600 <212> ADN
<213> Lactococcus lactis <220>
<221> CDS
<222> (21)..(1568) <400> 5 agaaataagg agcgaataaa atg gca tta tca aat gaa caa aaa aat aaa atg 53 Met Ala Leu Ser Asn Glu Gln Lys Asn Lys Met tgg gcc ctc tta aat caa acc cga gga cag att ggt tta acc gcc tat 101 Trp Ala Leu Leu Asn Gln Thr Arg Gly Gln Ile Gly Leu Thr A1a Tyr
<211> 025 <212>
PRT
<213>
Lactococcus lactis <400>
Met HisSer GluGln MetIleGlu AsnGlnPhe IleGlnIle Leu Ser Ser LysGlu AsnGln TrpThrTyr ArgProAsp LeuLysSer Glu Glu Glu LeuCys GlnAsn PheArgGly HisLeuAsn ArgIleAsn Leu Ala Ala LeuGlu GluGln LeuLeuThr AspLysGlu PheLysGln Val Val Lys GluPhe SerArg LeuThrGly ThrProPhe LeuAlaSer Gln Val Trp ArgGly GluAsn GlyValAla GlnValLeu LeuGluArg Glu Leu Asp Gly Glu Lys Val Thr Leu Glu Ala Phe Arg Asn Lys Asp Ile.Ser Gly Gly Thr Ser Ser Tyr Glu Val Val His Gln Val Val Pro Asp Ser Ser Arg Val Asp Arg Gly Asp Val Ser Leu Leu Ile Asn Gly Leu Pro Ile Ile His Ile Glu Leu Gln Lys Glu Ser Ala Lys Asp Gly Phe Met Gln Ala Tyr Tyr Gln Ile Gln Arg Tyr Ala Glu Asp Gly Phe Phe Lys Gly Ile Tyr Ala Thr Thr Gln Ile Met Val Ile Pro Asn Lys Val Asp Thr Arg Tyr Phe Ala Arg Pro Ser Glu Asp Thr Ala Glu Ala Tyr Ala Arg Met Lys Lys Phe Leu Phe Asn Trp Arg Thr Glu Asp Asn Gln Thr Val Ser Asp Leu Phe Asp Phe Thr Arg Thr Val Leu Arg Ile Pro Asp Ala His Glu Leu Ile Ser Gln Tyr Thr Ile Leu Val Asp Asp Pro Lys Asn Pro Lys Phe Leu Met Ala Leu Arg Pro Tyr Gln Ile His Ala Ile Arg Lys Ile Arg Pro Lys Ala Ala Gln His Glu Gly Gly Phe Ile Trp His Ala Thr Gly Ser Gly Lys Thr Ile Thr Ser Phe Val Ala Thr Lys Leu Leu Ala Gln Asn Ala Ile Gly Val Asp Arg Thr Val Met Val Val Asp Arg Thr Asp Leu Asp Ala Gln Thr Gln Asp Glu Phe Thr Lys Phe Ala Ser Glu Tyr His Thr Gly Gln Thr Thr Gly Asn Ser Val Ala Asn Thr Leu Ile Val Gly Ile Lys Asn Gln Lys Gln Leu Ala Arg Asn Leu Leu Ser Ser Lys Asn Asn Asn Thr Ile Leu Val Thr Thr Ile Gln Lys Leu Ser Ala Ala Met Arg Ser Ala Gln Gln Glu Ser Glu Glu Lys Gly Ser Asn Gln Phe Glu Lys Leu Arg Gln Glu His Ile Val Phe Ile Val Asp Glu Ala His Arg Ala Val Ser Asp Glu Glu Met Lys Arg Ile Lys Lys Ile Leu Pro Asn Ser Thr Trp Phe Gly Leu Thr Gly Thr Pro Ile Phe Glu Ala Asn Lys Lys Gln Glu Asn Gly Thr Phe Ala Arg Thr Thr Ser Gln Gln Tyr Gly Pro Leu Leu His Ser Tyr Thr Thr Lys Asn Ala Met Asp Asp Gly Ala Val Leu Gly Phe Gln Val Glu Tyr His Ser Leu Ile Ser Glu Glu Asp Leu Glu Val Ile Val Thr Gln Leu Asn Lys Gly Lys Leu Pro Gly Asp Ala Leu Gln Gln G.lu Glu Leu Leu Pro Ala Glu Leu Tyr Glu Lys Asp Glu His Tle Arg Thr Met Leu Gln Lys Ile Phe Asn Arg Arg Ser Val Val Lys Lys Phe Lys dal Lys Asn Gly Phe Pro Thr Met Ser Ala Ile Leu Thr Thr His Ser Ile Ala Gln Ala Lys His Ile Tyr Arg Ile Leu Lys Glu Met Lys Asp Asn Gly Thr Leu Leu Asn Gly Arg Gln Phe Asp Glu Arg His Arg Leu Ile Asp Lys Asp Phe Pro Arg Val Ala Ile Thr Phe Ser Thr Asn Pro Asp Arg Leu Glu Lys Asn Glu Gln Asp Asp Glu Leu Val Glu Ile Met Lys Glu Tyr Ala Lys Gln Phe Asp Ala Ser Pro Tyr Gln Asp Glu Lys Leu Tyr Asn Gln Asn Ile Asn Lys Arg Leu Ala Arg Lys Glu Lys Gln Tyr Gln Ser Asp Gly Gln Trp Leu Asp Phe Val Ile Val Val Asp Arg Leu Leu Thr Gly Phe Asp Ser Pro Ala Ile Leu Thr Leu Tyr Ile Asp Arg Glu Met Asn Tyr Gln Lys Leu Leu Gln Ala Phe Ser Arg Thr Asn Arg Ile Tyr Thr Gly Lys 7os 710 71s 7zo Asp Ser Gly Leu Ile Val Ser Phe Arg Lys Pro Phe Thr Met Lys Glu Asn Val Gln Asn Thr Phe Arg Leu Phe Ser Asn Glu Asn Gln Asn Phe Asp Gln Leu Ile Pro Arg Glu Tyr Glu Glu Val Lys Lys Glu Phe Ile Glu Cys Ser Thr Leu Tyr Lys Gln Ser Glu Ala Asp Leu Ser Asp Asn Pro His Asp Leu Lys Thr Met Ile Ala Gln Val Ser Ala Tyr Gln Lys WO 99/11803 15 PCT/P'R98/018'73 Leu Gly Lys Ser Tyr Lys Ala Phe Arg Ser Tyr Asp Gln Tyr Glu Glu Asp Phe Glu Ala Phe Ser Glu Val Val Glu Gln Leu Pro Gln Tyr Arg Gly Lys Thr Glu Asn Val Lys Thr Lys Ile Lys Glu Met Ile Glu Asp Glu Glu His Pro Glu Glu Asp Phe Glu Lys Leu Leu Gln Glu Ile Ala Phe Ser Ser Gln Leu Asn Ala Thr His Lys Asp Val Val Asp Ser Phe Tyr Ile Asn Gln Leu Leu Lys Ala Ile Gln Leu Asn Glu Ala Gly Ala Val Glu Lys Phe Glu Lys Glu Ile Gln Gln Lys Asp Pro Gln Ile Gln Lys Met Tyr His Thr Leu Lys Asp Gln Leu Val Asn Thr Thr Glu Glu Ile Asp Val Ala Gln Leu Lys Glu Thr Ser Ile Gln Asn Glu Ile Gln Arg Leu Leu Gln Lys Glu Ala Glu Glu Phe Gly Leu Ser Phe Asp Phe Leu Gln Ser Ala Met Asn Glu Tyr Gln Gly Asp Lys Lys Ala Ile Pro Tyr Leu Thr His Leu Leu Asp Ser Met Thr Leu Ser Lys Glu Glu Phe Glu Pro Lys Ala Gly Glu Lys Tyr Arg Arg Arg Pro Lys Val Leu Glu Glu Arg Leu Arg Gln Asn Phe Glu Gln Ile Gln Lys Trp Lys Glu Glu Leu <210> 5 <211> 1600 <212> ADN
<213> Lactococcus lactis <220>
<221> CDS
<222> (21)..(1568) <400> 5 agaaataagg agcgaataaa atg gca tta tca aat gaa caa aaa aat aaa atg 53 Met Ala Leu Ser Asn Glu Gln Lys Asn Lys Met tgg gcc ctc tta aat caa acc cga gga cag att ggt tta acc gcc tat 101 Trp Ala Leu Leu Asn Gln Thr Arg Gly Gln Ile Gly Leu Thr A1a Tyr
16 PCT/FR98/01873 aaa gac tac att ttt ggc tta cta ttt tat aaa tat tta tca gaa aag 149 Lys Asp Tyr Ile Phe Gly Leu Leu Phe Tyr Lys Tyr Leu Ser Glu Lys gcc aca caa tgg ctg gga gaa gtt tta cga gga gac act tgg gaa aat 197 Ala Thr Gln Trp Leu Gly Glu Val Leu Arg Gly Asp Thr Trp Glu Asn gtt tat gat caa gat cct gta aga gcc tta gac tat atg aaa caa aag 245 Val Tyr Asp Gln Asp Pro Val Arg Ala Leu Asp Tyr Met Lys Gln Lys ctc ggt tat gcc atc caa ccg aag gaa ttt ttt aaa gat tgg gaa gct 293 Leu Gly Tyr Ala Ile Gln Pro Lys Glu Phe Phe Lys Asp Trp Glu Ala gcc att cat gaa gaa cga ttt aac att cca atg att tca gat aca ttt 341 Ala Ile His Glu Glu Arg Phe Asn Ile Pro Met Ile Ser Asp Thr Phe ggc cat ttt aat cag caa att gct ttt gaa gct aaa gat gat ttt gaa 389 Gly His Phe Asn Gln Gln Ile Ala Phe Glu Ala Lys Asp Asp Phe Glu ggc atc ttt gat ggg atg cgt ttt gat agt tca gat tta gga agt aat 937 Gly Ile Phe Asp Gly Met Arg Phe Asp Ser Ser Asp Leu Gly Ser Asn gcg caa gct cga gca agt gtg atg atc tcg atg att gag tta ctc tct 485 Ala Gln Ala Arg Ala Ser Val Met Ile Ser Met Ile Glu Leu Leu Ser gcc cct gag ttt gat ctc tct aca gga ggg gac acc gtt tca gat atc 533 Ala Pro Glu Phe Asp Leu Ser Thr Gly Gly Asp Thr Val Ser Asp Ile tac gaa tac ttg tta gaa aag ttt gcg acc gta ttg gcc tca gac atg 581 Tyr Glu Tyr Leu Leu Glu Lys Phe Ala Thr Val Leu Ala Ser Asp Met gga caa tac tat act ccc aaa gaa att tca gag gtc atg gct cgt att 629 Gly Gln Tyr Tyr Thr Pro Lys Glu Ile Ser Glu Val Met Ala Arg Ile ttg act ttt ggt aaa gcc gac gaa gac aat ttt tct att tat gat ccc 677 Leu Thr Phe Gly Lys Ala Asp Glu Asp Asn Phe Ser Ile Tyr Asp Pro gcg gtc ggt tca gct tct ctc tta att act acc gcc agt cat atg aaa 725 Ala Val Gly Ser Ala Ser Leu Leu Ile Thr Thr Ala Ser His Met Lys cat tcc aat caa agg gga gcg att aaa tac ttt ggt caa gaa aaa gat 773 His Ser Asn Gln Arg Gly Ala Ile Lys Tyr Phe Gly Gln Glu Lys Asp gcc acc cct tac cga ttg gct cga atg aat tta atg atg cat aac att 821 Ala Thr Pro Tyr Arg Leu Ala Arg Met Asn Leu Met Met His Asn Ile gaa tac aat gat att cag atc cat cat gcg gat act ttg gaa agc gat 869 Glu Tyr Asn Asp Ile Gln Ile His His Ala Asp Thr Leu Glu Ser Asp tggcctgac ggagtcattgaa gggaaa gatacgcct cgaatgttt gac 917 TrpProAsp GlyValIleGlu GlyLys AspThrPro ArgMetPhe Asp gcagtgatg gctaatccacct tattct gcccattgg aataataag gat 965 AlaValMet AlaAsnProPro TyrSer AlaHisTrp AsnAsnLys Asp cgggaagat gaccctcgattt cgtgaa tatggcatt gcgccaaaa act 1013 ArgGluAsp AspProArgPhe ArgGlu TyrGlyIle AlaProLys Thr aaagcggac tattctttcttg ttgcat tgtttgtac cataccaaa gag 1061 LysAlaAsp TyrSerPheLeu LeuHis CysLeuTyr HisThrLys Glu agtggccgt gtggccattatt ctccca cacggggtc ttgtttaga ggc 1109 SerGlyArg ValAlaIleIle LeuPro HisGlyVal LeuPheArg Gly gctgcggaa ggacggattcga aaagct ttgattgat aaacatcaa att 1157 AlaAlaGlu GlyArgIleArg LysAla LeuIleAsp LysHisGln Ile gaagcggta attggttttcca gataaa ctctttttg aacacaggc att 1205 GluAlaVal IleGlyPhePro AspLys LeuPheLeu AsnThrGly Ile cccgtttgt gtcttaattctt aaaaag aatcgagca aactctgat att 1253 ProValCys ValLeuIleLeu LysLys AsnArgAla AsnSerAsp Ile ctttttgtg gacgccagtcaa ggcttt gaaaagatg aagaatcaa aaa 1301 LeuPheVal AspAlaSerGln GlyPhe GluLysMet LysAsnGln Lys caattgcgc ccagaagatatt gacaag atcactgaa acagtcatt cat 1349 GlnLeuArg ProGluAspIle AspLys IleThrGlu ThrValIle His cgcaaggcg gttgataaatat agccac ttagcaacg cttgaggaa gtc 1397 ArgLysAla ValAspLysTyr SerHis LeuAlaThr LeuGluGlu Val attgagaat gattacaactta aatatt ccgcgttat gtggatacc ttt 1445 IleGluAsn AspTyrAsnLeu AsnIle ProArgTyr ValAspThr Phe gaagaggaa gaatcgattgac ttagcg gatattcaa ggtcaaata gat 1493 GluGluGlu GluSerIleAsp LeuAla AspIleGln GlyGlnIle Asp gaagtagac gcagagattgcg aaagct aatcaaacc ttagcaaac tac 541 GluValAsp AlaGluIleAla LysAla AsnGlnThr LeuAlaAsn Tyr tttaaggaa ctgggagtgcta aaatga aggaaagatt aaggctcca 1588 a PheLysGlu LeuGlyValLeu Lys gaattaaggt t 1600 t <210>
<211> 5 <212>
PRT
<213> Lactococcus lactis <400> 6 Met Ala Leu Ser Asn Glu Gln Lys Asn Lys Met Trp Ala Leu Leu Asn Gln Thr Arg Gly Gln Ile Gly Leu Thr Ala Tyr Lys Asp Tyr Ile Phe Gly Leu Leu Phe Tyr Lys Tyr Leu Ser Glu Lys Ala Thr Gln Trp Leu Gly Glu Val Leu Arg Gly Asp Thr Trp Glu Asn Vai Tyr Asp Gln Asp Pro Val Arg Ala Leu Asp Tyr Met Lys Gln Lys Leu Gly Tyr Ala Ile Gln Pro Lys Glu Phe Phe Lys Asp Trp Glu Ala Ala Ile His Glu Glu 85 90 ~ 95 Arg Phe Asn Ile Pro Met Ile Ser Asp Thr Phe Gly His Phe Asn Gln Gln Ile Ala Phe Glu Ala Lys Asp Asp Phe Glu Gly Ile Phe Asp Gly Met Arg Phe Asp Ser Ser Asp Leu Gly Ser Asn Ala Gln Ala Arg Ala Ser Val Met Ile Ser Met Ile Glu Leu Leu Ser Ala Pro Glu Phe Asp Leu Ser Thr Gly Gly Asp Thr Val Ser Asp Ile Tyr Glu Tyr Leu Leu Glu Lys Phe Ala Thr Val Leu Ala Ser Asp Met Gly Gln Tyr Tyr Thr Pro Lys Glu Ile Ser Glu Val Met Ala Arg Ile Leu Thr Phe Gly Lys Ala Asp Glu Asp Asn Phe Ser Ile Tyr Asp Pro Ala Val Gly Ser Ala Ser Leu Leu Ile Thr Thr Ala Ser His Met Lys His Ser Asn Gln Arg Gly Ala Ile Lys Tyr Phe Gly Gln Glu Lys Asp Ala Thr Pro Tyr Arg Leu Ala Arg Met Asn Leu Met Met His Asn Ile Glu Tyr Asn Asp Ile Gln Ile His His Ala Asp Thr Leu Glu Ser Asp Trp Pro Asp Gly Val Ile Glu Gly Lys Asp Thr Pro Arg Met Phe Asp Ala Val Met Ala Asn Pro Pro Tyr Ser Ala His Trp Asn Asn Lys Asp Arg Glu Asp Asp Pro Arg Phe Arg Glu Tyr Gly Ile Ala Pro Lys Thr Lys Ala Asp Tyr Ser Phe Leu Leu His Cys Leu Tyr His Thr Lys G1u Ser Gly Arg Val Ala Ile Ile Leu Pro His Gly Val Leu Phe Arg Gly Ala Ala Glu Gly Arg Ile Arg Lys Ala Leu Ile Asp Lys His Gln Ile Glu Ala Val Ile Gly Phe Pro Asp Lys Leu Phe Leu Asn Thr Gly Ile Pro Val Cys Val Leu Ile Leu Lys Lys Asn Arg Ala Asn Ser Asp Ile Leu Phe Val Asp Ala Ser Gln Gly Phe Glu Lys Met Lys Asn Gln Lys Gln Leu Arg Pro Glu Asp Ile Asp Lys Ile Thr Glu Thr Val Ile His Arg Lys Ala Val Asp Lys Tyr Ser His Leu Ala Thr Leu Glu Glu Val Ile Glu Asn Asp Tyr Asn Leu Asn Ile Pro Arg Tyr Val Asp Thr Phe Glu Glu Glu Glu Ser Ile Asp Leu Ala Asp Ile Gln Gly Gln Ile Asp Glu Val Asp Ala Glu Ile Ala Lys Ala Asn Gln Thr Leu Ala Asn Tyr Phe Lys Glu Leu Gly Val Leu Lys <210> 7 <211> 1700 <212> ADN
<213> Lactococcus actis l <220>
<221> CDS
<222> (48)..(1661) <400> 7 aaagttttagaagaacgact ttcaaaa atg gaaaga 56 acgacaaaac tttgaacaaa Met GluArg aga att atggcg acaggttta aatcaacaa ctatgggct tctgcg 104 ata Arg Ile MetAla ThrGlyLeu AsnGlnGln LeuTrpAa SerAla Ile gat atc cgtggg aagatggat gcaagtgag tacaaaaac tattta 152 tta Asp Ile ArgGly LysMetAsp la SerGlu TyrLysAsn TyrLeu Leu ctg gga attttc tataagtac ttgtctgat gcgcagctg agagaa 200 tta Leu.Gly IlePhe TyrLysTyr LeuSerAsp AlaGlnLeu ArgGlu Leu gtt tat caagaa aatgggaag acagatacc ttcccagaa cgttcc 248 gaa Val Tyr GlnGlu AsnGlyLys T:~rAspThr PheProGlu ArgSer Glu act cag tat gca ggc ttc atg gaa tgg tac gaa gaa gac aaa gac gat 296 Thr Gln Tyr Ala Gly Phe Met Glu Trp Tyr Glu Glu Asp Lys Asp Asp tta atc gaa aat atc caa ccc aaa caa ggt tac ttt atc caa ccc gat 344 Leu Ile Glu Asn Ile G1n Pro Lys Gln Gly Tyr Phe Ile Gln Pro Asp caa ttg ttt tat agt tac cgc atc aaa gca gac aac tat gaa ttt aat 392 Gln Leu Phe Tyr Ser Tyr Arg Ile Lys Ala Asp Asn Tyr Glu Phe Asn ttg acc gat tta caa gca ggt ttt aat gag ttg gaa cgt caa gga gaa 490 Leu Thr Asp Leu Gln Ala Gly Phe Asn Glu Leu Glu Arg Gln Gly Glu gaa ttc agt gga ttg ttt gcg gac att gat tta aac tcc aca aaa tta 988 Glu Phe Ser Gly Leu Phe Ala Asp Ile Asp Leu Asn Ser Thr Lys Leu gga tca aat gca cta cta cgt aat gtg acg atc act gag gtt ttg cgt 536 Gly Ser Asn Ala Leu Leu Arg Asn Val Thr Ile Thr Glu Val Leu Arg gcc tta gat gag att gat tta ttt gaa cac aat ggc gat gtg att ggg 584 Ala Leu Asp Glu Ile Asp Leu Phe Glu His Asn Gly Asp Val Ile Gly gac gct tat gag tat ttg att gga gaa ttc gcg tca agt gca ggt aaa 632 Asp Ala Tyr Glu Tyr Leu Ile Gly Glu Phe Ala Ser Ser Ala Gly Lys aaa gcc ggt gag ttt tat acg cct caa gct gtt tcg aaa atc atg tca 680 Lys Ala Gly Glu Phe Tyr Thr Pro Gln Ala Val Ser Lys Ile Met Ser gaa att acg tcg att gga caa gaa acc cgt gcg cct.ttt cat att tat 728 Glu Ile Thr Ser Ile Gly Gln Glu Thr Arg Ala Pro Phe His Ile Tyr gat cct gcg atg ggg tca ggt tct ttg atg ctt aat atc cgt cgg tat 776 Asp Pro Ala Met Gly Ser Gly Ser Leu Met Leu Asn Iie Arg Arg Tyr ctc aat aat cca gat caa gtg cac tat cat gga caa gag tta aat acg 824 Leu Asn Asn Pro Asp Gln Val His Tyr His Gly Gln Glu Leu Asn Thr acg acc ttt aac tta gca cgt atg aac tta att ctt cat gga ata gat 872 Thr Thr Phe Asn Leu Ala Arg Met Asn Leu Ile Leu His Gly Ile Asp aaa gaa cgc atg aac ctg aat aac gga gat act tta gat gcc gat tgg 920 Lys Glu Arg Met Asn Leu Asn Asn Gly Asp Thr Leu Asp Ala Asp Trp ccc tca gaa gaa ccg tat cag ttt gat tcc gta tgc atg aac cct cct 968 Pro Ser Glu Glu Pro Tyr Gln Phe Asp Ser Val Cys Met Asn Pro Pro tat tct gcg aaa tgg tca gcg gca gat caa ttt ctc tct gac cct cgt 1016 Tyr Ser Ala Lys Trp Ser Ala Ala Asp Gln Phe Leu Ser Asp Pro Arg WO 99/11803 21 PCT/lTR98/01873 ttt gag cgt ttt gga aaa tta gcg cct aaa tct aaa gcg gac ttt gcc 1064 Phe Glu Arg Phe Gly Lys Leu Ala Pro Lys Ser Lys Ala Asp Phe Ala ttt ctc ctt cac ggt ttt tac cat ttg aaa gaa tcg gga aca atg ggg 1112 Phe Leu Leu His Gly Phe Tyr His Leu Lys Glu Ser Gly Thr Met Gly att gtc ctg cct cat ggc gtt ctc ttt aga gga gcc gcg gaa gga acc 1160 Ile Val Leu Pro His Gly Val Leu Phe Arg Gly Ala Ala Glu Gly Thr atc cgt caa gcc ctt tta gaa atg gga gct att gat gcg gtc att ggc 1208 Ile Arg Gln Ala Leu Leu Glu Met Gly Ala Ile Asp Ala Val Ile Gly ttg ccg gcc aat atc ttt ttt gga acg agt att ccg aca acg gtt att 1256 Leu Pro Ala Asn Ile Phe Phe Gly Thr Ser Ile Pro Thr Thr Val Ile att ttg aag aga aac cgc tct cgt cgt gat gtc tta ttt atc gat gct 1304 Ile Leu Lys Arg Asn Arg Ser Arg Arg Asp Val Leu Phe Ile Asp Ala tct caa gac ttt gaa aaa cga aaa aat caa aat gtc ctg ttg gat gaa 1352 Ser Gln Asp Phe Glu Lys Arg Lys Asn Gln Asn Val Leu Leu Asp Glu cat att gat aaa att gtt tct atc cac aaa aaa cga gaa gat att gaa 1400 His Ile Asp Lys Ile Val Ser Ile His Lys Lys Arg Glu Asp Ile Glu aga tat gct cat gtt gca agt ttt gat gag atc caa gaa aat gac ttt 1948 Arg Tyr Ala His Val Ala Ser Phe Asp Glu Ile Gln Glu Asn Asp Phe aac tta aat atc cct cgt tat gta gat acc ttt gag gaa gag gaa ccg 1496 Asn Leu Asn Ile Pro Arg Tyr Val Asp Thr Phe Glu Glu Glu Glu Pro gtt gat ttg gtt gca gta aat acc aat ctc ctt aag atc aat gaa gaa 1544 Val Asp Leu Val Ala Val Asn Thr Asn Leu Leu Lys Ile Asn Glu Glu tta gtt caa caa gag caa gtg ctc tta tcg atg att gac aat ttt gca 1592 Leu Val Gln Gln Glu Gln Val Leu Leu Ser Met Ile Asp Asn Phe Ala gaa agt gaa gag aat caa gcc ttg att gaa tcg atg cgt ctt ctt ttg 1690 Glu Ser Glu Glu Asn Gln Ala Leu Ile Glu Ser Met Arg Leu Leu Leu aga ggc ggt cat gat gag taa aaagagtcca caattaaggt ttgaaggttt 1691 Arg Gly Gly His Asp Glu tacggatga 1700 <210> 8 <211> 537 <212> PRT
<213> Lactococcus lactis <400> B
Met Glu Arg Arg Ile Ile Met Ala Thr Gly Leu Asn Gln Gln Leu Trp Ala Ser Ala Asp Ile Leu Arg Gly Lys Met Asp Ala Ser Glu Tyr Lys Asn Tyr Leu Leu Gly Leu Ile Phe Tyr Lys Tyr Leu Ser Asp Ala Gln Leu Arg Glu Val Tyr Glu Gln Glu Asn Gly Lys Thr Asp Thr Phe Pro Glu Arg Ser Thr Gln Tyr Ala Gly Phe Met Glu Trp Tyr Glu Glu Asp 65 ?0 75 80 Lys Asp Asp Leu Ile Glu Asn Ile Gln Pro Lys Gln Gly Tyr Phe Ile Gln Pro Asp Gln Leu Phe Tyr Ser Tyr Arg Ile Lys Ala Asp Asn Tyr 100 105 ~ 110 Glu Phe Asn Leu Thr Asp Leu Gln Ala Gly Phe Asn Glu Leu Glu Arg Gln Gly Glu Glu Phe Ser Gly Leu Phe Ala Asp Ile Asp Leu Asn Ser Thr Lys Leu Gly Ser Asn Ala Leu Leu Arg Asn Val Thr Ile Thr Glu Val Leu Arg Ala Leu Asp Glu Ile Asp Leu Phe Glu His Asn Gly Asp Val Ile Gly Asp Ala Tyr Glu Tyr Leu Ile Gly Glu Phe Ala Ser Ser Ala Gly Lys Lys Ala Gly Glu Phe Tyr Thr Pro Gln Ala Val Ser Lys Ile Met Ser Glu Ile Thr Ser Ile Gly Gln Glu Thr Arg Ala Pro Phe His Ile Tyr Asp Pro Ala Met Gly Ser Gly Ser Leu Met Leu Asn Ile Arg Arg Tyr Leu Asn Asn Pro Asp Gln Val His Tyr His Gly Gln Glu Leu Asn Thr Thr Thr Phe Asn Leu Ala Arg Met Asn Leu Ile Leu His Gly Ile Asp Lys Glu Arg Met Asn Leu Asn Asn Gly Asp Thr Leu Asp Ala Asp Trp Pro Ser Glu Glu Pro Tyr Gln Phe Asp Ser Val Cys Met Asn Pro Pro Tyr Ser Ala Lys Trp Ser Ala Ala Asp Gln Phe Leu Ser Asp Pro Arg Phe Glu Arg Phe Gly Lys Leu Ala Pro Lys Ser Lys Ala Asp Phe Ala Phe Leu Leu His Gly Phe Tyr His Leu Lys Glu Ser Gly Thr Met Gly Ile Val Leu Pro His Gly Val Leu Phe Arg Gly Ala Ala Glu Gly Thr Ile Arg Gln Ala Leu Leu Glu Met Gly Ala Ile Asp Ala Val Ile Gly Leu Pro Ala Asn Ile Phe Phe Gly Thr Ser Ile Pro Thr Thr Val Ile Ile Leu Lys Arg Asn Arg Ser Arg Arg Asp Val Leu Phe Ile Asp Ala Ser Gln Asp Phe Glu Lys Arg Lys Asn Gln Asn Val Leu Leu Asp Glu His Ile Asp Lys Ile Val Ser Ile His Lys Lys Arg Glu Asp Ile Glu Arg Tyr Ala His Val Ala Ser Phe Asp Glu Ile Gln Glu Asn Asp Phe Asn Leu Asn Ile Pro Arg Tyr Val Asp Thr Phe Glu Glu Glu Glu Pro Val Asp Leu Val Ala Val Asn Thr Asn Leu Leu Lys Ile Asn Glu Glu Leu Val Gln Gln Glu Gln Val Leu Leu Ser Met Ile Asp Asn Phe Ala Glu Ser Glu Glu Asn Gln Ala Leu Ile Glu Ser Met Arg Leu Leu Leu Arg Gly Gly His Asp Glu <210>
<211>
<212>
ADN
<213> coccus Lacto lactis <220>
<221>
CDS
<222> .(1385) (15).
<400>
ctgggagtgctaaaatgaag gaaaga ttaaaggct ccagaatta aggttt 50 MetLys GluArg LeuLysAla ProGluLeu ArgPhe gat ggt acg gatgat tgggaa gagcgtaag ttattagac aatgta 98 ttt Asp Gly Thr AspAsp TrpGlu GluArgLys LeuLeuAsp AsnVal Phe gaa aaa tta cattat cgtggt aaaagcccc gctaagt~t ggaatg 146 gta Glu Lys Leu HisTyr ArgGly LysSerPro AlaLysPhe GlyMet Val gaa tgg aca gaaggt tatctt gttctttct gctttgaat gttaaa 194 ggt Glu Trp Thr GluGly TyrLeu ValLeuSer AlaLeuAsn ValLys Gly aat gga att gataaa tctgtt gaagcaaag tatggggat catgaa 242 tac Asn Gly Ile AspLys SerVal GluAlaLys TyrGlyAsp HisGlu Tyr ttatttgac agatgg atggggaacaat cggttagaa aaaggagat gtt 290 LeuPheAsp ArgTrp MetGlyAsnAsn ArgLeuGlu LysGlyAsp Val gtttttaca acagaa gctcctttaggc aatgtagct caagtaccc gat 338 ValPheThr ThrGlu AlaProLeuGly AsnValAla GlnValPro Asp aataacgga tatata ttaaaccaaaga gcggttgca tttaaatct ttg 386 AsnAsnGly TyrIle LeuAsnGlnArg AlaValAla PheLysSer Leu caagaaaca gatgat aatttctttgcg caattacta cgaagtcct att 439 GlnGluThr AspAsp AsnPhePheAla GlnLeuLeu ArgSerPro Ile gttcaaaat acatta aaagctagttct tctggggga actgccaaa ggt 482 ValGlnAsn ThrLeu LysAlaSerSer SerGlyGly ThrAlaLys Gly attggaatg aaagaa tttgctaaactt aatgctcga gttcccgaa aca 530 IleGlyMet LysGlu PheAlaLysLeu AsnAlaArg ValProGlu Thr catgaagaa caacga aaaatagggtta ttcttcaaa cagctagac gac 578 HisGluGlu GlnArg LysIleGlyLeu PhePheLys GlnLeuAsp Asp actatcgtt cttcat caacgtaagtta gatcttctc aaagagcag aaa 626 ThrIleVal LeuHis GlnArgLysLeu AspLeuLeu LysGluGln Lys aaaggatac ttgcaa aaaatgttcccc aaaaatggt tcaaaaatt cct 679 LysGlyTyr LeuGln LysMetPhePro LysAsnGly SerLysIle Pro gaattgaga tttgcg gagtttgctgac gattgggaa gaacgtaag ttg 722 GluLeuArg PheAla GluPheAlaAsp AspTrpGlu GluArgLys Leu ggtgaagtt gcaaca tttctaaacgga cgagcatat aagcaagat gaa 770 GlyGluVal AlaThr PheLeuAsnGly ArgAlaTyr LysGlnAsp Glu ttactggat tcaggt aaatataaagtg cttcgcgtc ggcaatttt tat 818 LeuLeuAsp SerGly LysTyrLysVal LeuArgVal GlyAsnPhe Tyr accaatgat tcttgg tactactctaat atggagctt ggtgataaa tat 866 ThrAsnAsp SerTrp TyrTyrSerAsn MetGluLeu GlyAspLys Tyr tatgttgat aaaggt gatctagtttat acttggtca gcgacattt ggc 914 TyrValAsp LysGly AspLeuValTyr ThrTrpSer AlaThrPhe Gly ccacatatt tggagt ggcgaaaaag~~ atttaccat tatcacatc tgg 962 ProHisIle TrpSer GlyGluLysVal IleTyrHis TyrHisIle Trp aaagtcgag ctttct aaatttcttgat aggaatttt acattgcaa ctt 1010 LysValGlu LeuSer LysPheLeuAsp ArgAsnPhe ThrLeuG1n Leu WO 2 PCT/FIt98/01873 ttagaagcg gataaa gcaagattg ttatccagt acaaatggt tcaaca 1058 LeuGluAla AspLys AlaArgLeu LeuSerSer ThrAsnGly SerThr atgattcat gtaacc aagggagat atggaaagt aaaattgtt tctatt 1106 MetIleHis ValThr LysGlyAsp MetGluSer LysIleVal SerIle cctaatatt gatgag caaaaacaa attggttca ttcttcaaa caactc 1154 ProAsnIle AspGlu GlnLysGln IleGlySer PhePheLys GlnLeu gacaacact atcacc cttcatcaa cgtaagtta gatttgttg aaagag 1202 AspAsnThr IleThr LeuHisGln ArgLysLeu AspLeuLeu LysGlu cagaaaaaa ggattt ctacaaaaa atgtttcat ttaacaaat ttagga 1250 GlnLysLys GlyPhe LeuGlnLys MetPheHis LeuThrAsn LeuGly gccttcact atggaa actatacaa aaatattta aagataatt gttgaa 1298 AlaPheThr MetGlu ThrIleGln LysTyrLeu LysIleIle ValGlu agtaattat cttcat caacgtaag ttagacttg cttaaggag caaaaa 1346 SerAsnTyr LeuHis GlnArgLys LeuAspLeu LeuLysGlu GlnLys agaattatt acaaat aatgtttat tcatttttt gtataatataaagcga 1395 ArgIleIle ThrAsn AsnValTyr SerPhePhe Val tttaa 1400 <210> 10 <211> 456 <212> PRT
<213> Lactococcus lactis <400> 10 Met Lys Glu Arg Leu Lys Ala Pro Glu Leu Arg Phe Asp Gly Phe Thr Asp Asp Trp Glu Glu Arg Lys Leu Leu Asp Asn Val Glu Lys Val Leu His Tyr Arg Gly Lys Ser Pro Ala Lys Phe Gly Met Glu Trp Gly Thr Glu Gly Tyr Leu Val Leu Ser Ala Leu Asn Val Lys Asn Gly Tyr Ile Asp Lys Ser Val Glu Ala Lys Tyr Gly Asp His Glu Leu Phe Asp Arg Trp Met Gly Asn Asn Arg Leu Glu Lys Gly Asp Val Val Phe Thr Thr Glu Ala Pro Leu Gly Asn Val Ala Gln Val Pro Asp Asn Asn Gly Tyr Ile Leu Asn Gln Arg Ala Val Ala Phe Lys Ser Leu Gln Glu Thr Asp Asp Asn Phe Phe Ala Gln Leu Leu Arg Ser Pro Ile Val Gln Asn Thr Leu Lys Ala Ser Ser Ser Gly Gly Thr Ala Lys Gly Ile Gly Met Lys Glu Phe Ala Lys Leu Asn Ala Arg Val Pro Glu Thr His Glu Glu Gln 165 170 lî5 Arg Lys Ile Gly Leu Phe Phe Lys Gln Leu Asp Asp Thr Ile Val Leu His Gln Arg Lys Leu Asp Leu Leu Lys Glu Gln Lys Lys Gly Tyr Leu Gln Lys Met Phe Pro Lys Asn Gly Ser Lys Ile Pro Glu Leu Arg Phe Ala Glu Phe Ala Asp Asp Trp Glu Glu Arg Lys Leu Gly Glu Val Ala Thr Phe Leu Asn Gly Arg Ala Tyr Lys Gln Asp Glu Leu Leu Asp Ser Gly Lys Tyr Lys Val Leu Arg Val Gly Asn Phe Tyr Thr Asn Asp Ser Trp Tyr Tyr Ser Asn Met Glu Leu Gly Asp Lys Tyr Tyr Val Asp Lys Gly Asp Leu Val Tyr Thr Trp Ser Ala Thr Phe Gly Pro His Ile Trp Ser Gly Glu Lys Val Ile Tyr His Tyr His Ile Trp Lys Val Glu Leu Ser Lys Phe Leu Asp Arg Asn Phe Thr Leu Gln Leu Leu Glu Ala Asp Lys Ala Arg Leu Leu Ser Ser Thr Asn Gly Ser Thr Met Ile His Val Thr Lys Gly Asp Met Glu Ser Lys Ile Val Ser Ile Pro Asn Ile Asp Glu Gln Lys Gln Ile Gly Ser Phe Phe Lys Gln Leu Asp Asn Thr Ile Thr Leu His Gln Arg Lys Leu Asp Leu Leu Lys Glu Gln Lys Lys Gly Phe Leu Gln Lys Met Phe His Leu Thr Asn Leu Gly Ala Phe Thr Met Glu Thr Ile Gln Lys Tyr Leu Lys Ile Ile Val Glu Ser Asn Tyr Leu His Gln Arg Lys Leu Asp Leu Leu Lys Glu Gln Lys Arg Ile Ile Thr Asn Asn Val Tyr Ser Phe Phe Val <210> 11 <211> 1308 <212>
ADN
<213> coccus Lacto lactis <220>
<221>
CDS
<222> .(1258) (49).
<400>
gccttgattg aatcgatgcg atgatg agtaaa aag 55 tcttcttttg agaggcggtc Met SerLys Lys agtccacaatta aggttt gaaggtttt acggatgattgg gaagaa cgt 103 SerProGlnLeu ArgPhe GluGlyPhe ThrAspAspTrp GluGlu Arg aagtttggagaa gtttgg aaaaaatca agtgagcgcaat ttaaat tta 151 LysPheGlyGlu ValTrp LysLysSer SerGluArgAsn LeuAsn Leu gaatattcaccg aagcaa gttttatca gtggctcaaatg aaatta aat 199 GluTyrSerPro LysGln ValLeuSer ValAlaGlnMet LysLeu Asn ccatctaataga aatgaa caggatgat tatatgaaaaca tataat gtg 247 ProSerAsnArg AsnGlu GlnAspAsp TyrMetLysThr TyrAsn Val cttcataaaggt gatatt gcatttgaa ggtaacaagtca aagagt ttt 295 LeuHisLysGly AspIle AlaPheGlu GlyAsnLysSer LysSer Phe gcatttggtagg tttgtt ctagatgat ttacaggatggg atagtc tcg 343 AlaPheGlyArg PheVal LeuAspAsp LeuGlnAspGly IieVal Ser catgtattttat gtatat cgccctatt tgtaaaatggat acagat ttt 391 HisValPheTyr ValTyr ArgProIie CysLysMetAsp ThrAsp Phe atgatagtttat ataaat aatgaatct gtaatgaagtat ctttta gtt 439 MetIleValTyr IleAsn AsnGluSer ValMetLysTyr LeuLeu Val aaggcaactact aaaact ttgatgatg actactttaaat actaaa gat 987 LysAlaThrThr LysThr LeuMetMet ThrThrLeuAsn ThrLys Asp attgttaaacca aaacta aacttacct agtcttgaagaa caacaa aag 535 IleValLysPro LysLeu AsnLeuPro SerLeuGluGlu GlnGln Lys atcggttcattc ttcaaa cagttagat gccactatcgct cttcat caa 583 IleGlySerPhe PheLys GlnLeuAsp AlaThrIleAla LeuHis Gln cgtaagctagat ttgttg aaagaacag aaaaaaggctac ttccaa aaa 631 ArgLysLeuAsp LeuLeu LysGluG_n LysLysGlyTyr PheGln Lys atgttccctaaa aatggt gccaaag=t cctgaattgcga tttgcg ggg 679 MetPheProLys AsnGly AlaLysVal ProGluLeuArg PheAla Gly tttgctgac gattgggaa gatcgtaag ttaggtgaa ttagctagt ttt 727 PheAlaAsp AspTrpGlu AspArgLys LeuGlyGlu LeuAlaSer Phe tcaaaaggc aatggatat acaaaaaat gatttagtc gaatttgga gat 775 SerLysGly AsnGlyTyr ThrLysAsn AspLeuVal GluPheGly Asp ccaataatt ttatatggt cgcttatat acaaaatat gaaacagtt att 823 ProIleIle LeuTyrGly ArgLeuTyr ThrLysTyr GluThrVal Ile gagaaagta gatacattt gtaaataag aaagataaa tcaataatt agt 871 GluLysVal AspThrPhe ValAsnLys LysAspLys SerIleIle Ser ggaggatct gaagtcata gtgcctgca tcaggagaa tcttcagaa gat 919 GlyGlySer GluValIle ValProAla SerGlyGlu SerSerGlu Asp atttctaga gcttcagtt gttgggaaa tcaggtata attttaggc gga 967 IleSerArg AlaSerVal ValGlyLys SerGlyI1e IleLeuGly Gly gatttaaat ataattaaa ccagtaaat tatattgat tcta~tttt tta 1015 AspLeuAsn IleIleLys ProValAsn TyrIleAsp SerIlePhe Leu gctttaact atttctaat ggatctcaa caaaaagaa atgtctaag aga 1063 AlaLeuThr IleSerAsn GlySerGln GlnLysGlu MetSerLys Arg gctcaagga aaatctgta gttcatctg cataactct gatctaaaa caa 1111 AlaGlnGly LysSerVal ValHisLeu HisAsnSer AspLeuLys Gln gtaaatatt t~atatcca aaattagga gaacaacaa aaaarcggt tca 1159 ValAsnIle LeuTyrPro LysLeuGly GluGlnGln LysIleGly Ser ttcttcaaa caactagat aacactatc gttcttcat caacgtaag tta 1207 PhePheLys GlnLeuAsp AsnThrIle ValLeuHis GlnArgLys Leu gattttttg aaagagtag aaaaaaggc tttttacaa aagatgttt gtt 1255 AspPheLeu LysGluGln LysLysGly PheLeuGln LysMetPhe Val tagggtctata at a atcccattaa aatagcccct 1308 tagataata cccctcacaa <210>
<211> 4 <212>
PRT
<213> ctococcus ttis La la <400> 12 Met Ser Lys Lys Ser Pro Gln Leu Arg Phe Glu G1y Phe Tir Asp Asp Trp Glu Glu Arg Lys Phe Gly Glu Val Trp Lys Lys Ser Ser Glu Arg Asn Leu Asn Leu Glu Tyr Ser Pro Lys Gln Val Leu Ser Val Ala Gln Met Lys Leu Asn Pro Ser Asn Arg Asn Glu Gln Asp Asp Tyr Met Lys Thr Tyr Asn Val Leu His Lys Gly Asp Ile Ala Phe Glu Gly Asn Lys Ser Lys Ser Phe Ala Phe Gly Arg Phe Val Leu Asp Asp Leu Gln Asp Gly Ile Val Ser His Val Phe Tyr Val Tyr Arg Pro Ile Cys Lys Met Asp Thr Asp Phe Met Ile Val Tyr Ile Asn Asn Glu Ser Val Met Lys Tyr Leu Leu Val Lys Ala Thr Thr Lys Thr Leu Met Met Thr Thr Leu Asn Thr Lys Asp Ile Val Lys Pro Lys Leu Asn Leu Pro Ser Leu Glu Glu Gln Gln Lys Ile Gly Ser Phe Phe Lys Gln Leu Asp Ala Thr Ile Ala Leu His Gln Arg Lys Leu Asp Leu Leu Lys Glu Gln Lys Lys Gly Tyr Phe Gln Lys Met Phe Pro Lys Asn Gly Ala Lys Val Pro Glu Leu Arg Phe Ala Gly Phe Ala Asp Asp Trp Glu Asp Arg Lys Leu Gly Glu Leu Ala Ser Phe Ser Lys Gly Asn Gly Tyr Thr Lys Asn Asp Leu Val Glu Phe Gly Asp Pro Ile Ile Leu Tyr Gly Arg Leu Tyr Thr Lys Tyr Glu Thr Val Ile Glu Lys Val Asp Thr Phe Val Asn Lys Lys Asp Lys Ser Ile Ile Ser Gly Gly Ser Glu Val Ile Val Pro Ala Ser Gly Glu Ser Ser Glu Asp Ile Ser Arg Ala Ser Val Val Gly Lys Ser Gly Ile Ile Leu Gly Gly Asp Leu Asn Ile Ile Lys Pro Val Asn Tyr Ile Asp Ser Ile Phe Leu Ala Leu Thr Ile Ser Asn Gly Ser Gln Gln Lys Glu Met Ser Lys Arg Ala Gln Gly Lys Ser Val Val His Leu His Asn Ser Asp Leu Lys Gln Val Asn Ile Leu Tyr Pro Lys Leu Gly Glu Gln Gln Lys Ile Gly Ser Phe Phe Lys Gln Leu Asp Asn Thr Ile Val Leu His Gln Arg Lys Leu Asp Phe Leu Lys Glu Gln Lys Lys Gly Phe Leu Gln Lys Met Phe Val <210>
<211> 300 <212>
ADN
<213> coccus actis Lacto l <220>
<221>
CDS
<222> .(1288) (11).
<400>
ggtggggact atggcg aaaata gatgattcagtt aaaaag agagttcca 49 MetAla LysIle AspAspSerVal LysLys ValPro Arg gaattaaggtttccg ggattt acgaatgattgg gaagag cgtaagttt 97 GluLeuArgPhePro GlyPhe ThrAsnAspTrp GluGlu ArgLysPhe tttgaaagtatagct tcaaca atagattttaga ggtaga actcctaaa 195 PheGluSerIleAla SerThr IleAspPheArg GlyArg ThrProLys aagttaggcatggac tggagt gattctggatat ttagct ttatccgct 193 LysLeuGlyMetAsp TrpSer AspSerGlyTyr LeuAla LeuSerAla ttgaacgtaaaaaat ggatat attgatccgtta gctgat gctcactat 241 LeuAsnValLysAsn GlyTyr IleAspProLeu AlaAsp AlaHisTyr ggtgatgagaaatta tacaga aaatggatgtca ggaaga gaactaaaa 289 GlyAspGluLysLeu TyrArg LysTrpMetSer GlyArg GluLeuLys aaaggacaggttctc tttaca acagaggctcct atggga aatgtcgct 337 LysGlyGlnValLeu PheThr ThrGluAlaPro MetGly AsnValAla caagtacctgatgat aacgga tatattttaagt caaaga actgtagca 385 GlnValProAspAsp AsnGly TyrIleLeuSer GlnArg ThrValAla tttgagaccaaagaa gatatg atgactaatgac ttctta gctgtatta 933 PheGluThrLysGlu AspMet MetThrAsnAsp PheLeu AlaValLeu ttaaaatctccttta gttttc aataatttatca gcatta tcaagcggt 481 LeuLysSerProLeu ValPhe AsnAsnLeuSer AlaLeu SerSerGly ggaactgctaaaggg gttagt caaaaatcatta aaagga ctatctata 529 GlyThrAlaLysGly ValSer GlnLysSerLeu LysGly LeuSerIle actgtcccattggat attgac gagcaacaaaaa atcggt tcattcttc 577 ThrValProLeuAsp IleAsp GluGinGlnLys IleGly SerPhePhe aaa cat tta gat gac act atc gct ctt cat caa cgt aag ttg gat tta 625 Lys His Leu Asp Asp Thr Ile Ala Leu His Gln Arg Lys Leu Asp Leu ctc aag gaa cag aaa aaa ggc tac ttg caa aaa atg ttc cct aaa aat 673 Leu Lys Glu Gln Lys Lys Gly Tyr Leu Gln Lys Met Phe Pro Lys Asn ggt gcc aaa gtt cct gaa ttg cga ttt gcg ggg ttt gct gac gat tgg 721 Gly Ala Lys Val Pro Glu Leu Arg Phe Ala Gly Phe Ala Asp Asp Trp gaa gag cgt aag ttg ggt gat ata gct ccc tta cgt ggc ggt tat gca 769 Glu Glu Arg Lys Leu Gly Asp Ile Ala Pro Leu Arg Gly Gly Tyr Ala ttc aaa agc tct aaa ttc agg aaa act ggt gtg cca att gtt aga att 817 Phe Lys Ser Ser Lys Phe Arg Lys Thr Gly Val Pro Ile Val Arg Ile tca aat att ctt tcc agc ggg gag gta ggt gga gat ttt gca tat tat 865 Ser Asn Ile Leu Ser Ser Gly Glu Val Gly Gly Asp Phe Ala Tyr Tyr gat gaa cag gat aag gat gac aaa tat att ctt cca gat aaa tca gca 913 Asp Glu Gln Asp Lys Asp Asp Lys Tyr Ile Leu Pro Asp Lys Ser Ala gtc cta gcc atg tca ggt gca aca aca ggt aag gta tct ata cta tct 961 Val Leu Ala Met Ser Gly Ala Thr Thr Gly Lys Val Ser Ile Leu Ser caa act gat tat gac aag gtc tat caa aac cag cga gtt ggt tat ttt 1009 Gln Thr Asp Tyr Asp Lys Val Tyr Gln Asn Gln Arg Val Gly Tyr Phe cag tct gta gac tat att gac tac ggg ttt att tcc aca atc gtc cgt 1057 Gln Ser Val Asp Tyr Ile Asp Tyr Gly Phe Ile Ser Thr Ile Val Arg tca gaa tta ttc atg atg caa ctt gag tct gtt cta gtt tca ggc gct 1105 Ser Glu Leu Phe Met Met Gln Leu Glu Ser Val Leu Val Ser Gly Ala cag cca aat gta tcg tca aaa gaa att gat tcg ttt aat ttt atg att 1153 Gln Pro Asn Val Ser Ser Lys Glu Ile Asp Ser Phe Asn Phe Met Ile ccc ata tta gtt cag gag caa caa aaa atc ggt tca ttc ttc aaa cag 1201 Pro Ile Leu Val Gln Glu Gln Gln Lys Ile Gly Ser Phe Phe Lys Gln tta gat gac act atc gct ctt cat caa cgt aag cta gat ttg ttg aaa 1249 Leu Asp Asp Thr Ile Ala Leu His Gln Arg Lys Leu Asp Leu Leu Lys gaa cag aaa aaa ggc ttt tta caa aag atg ttt gtt tag ggtctataat ta 1300 Glu Gln Lys Lys Gly Phe Leu Gln Lys Met Phe Val <210> 14 <211> 425 <212> PRT
<213> Lactococcus lactis <400> 14 Met Ala Lys Ile Asp Asp Ser Val Lys Lys Arg Val Pro Glu Leu Arg Phe Pro Gly Phe Thr Asn Asp Trp Glu Glu Arg Lys Phe Phe Glu Ser Ile Ala Ser Thr Ile Asp Phe Arg Gly Arg Thr Pro Lys Lys Leu Gly Met Asp Trp Ser Asp Ser Gly Tyr Leu Ala-Leu Ser Ala Leu Asn Val Lys Asn Gly Tyr Ile Asp Pro Leu Ala Asp Ala His Tyr Gly Asp Glu Lys Leu Tyr Arg Lys Trp Met Ser Gly Arg Glu Leu Lys Lys Gly Gln Val Leu Phe Thr Thr Glu Ala Pro Met Gly Asn Val Ala Gln Val Pro Asp Asp Asn Gly Tyr Ile Leu Ser Gln Arg Thr Val Ala Phe Glu Thr Lys Glu Asp Met Met Thr Asn Asp Phe Leu Ala Val Leu Leu Lys Ser Pro Leu Val Phe Asn Asn Leu Ser Ala Leu Ser Ser Gly Gly Thr Ala Lys Gly Val Ser Gln Lys Ser Leu Lys Gly Leu Ser Ile Thr Val Pro Leu Asp Ile Asp Glu Gln Gln Lys Ile Gly Ser Phe Phe Lys His Leu Asp Asp Thr Ile Ala Leu His Gln Arg Lys Leu Asp Leu Leu Lys Glu Gln Lys Lys Gly Tyr Leu Gln Lys Met Phe Pro Lys Asn Gly Ala Lys Val Pro Glu Leu Arg Phe Ala Gly Phe Ala Asp Asp Trp Gïu Glu Arg Lys Leu Gly Asp Ile Ala Pro Leu Arg Gly Gly Tyr Ala Phe Lys Ser Ser Lys Phe Arg Lys Thr Gly Val Pro Ile Val Arg Ile Ser Asn Ile Leu Ser Ser Gly Glu Val Gly Gly Asp Phe Ala Tyr Tyr Asp Glu Gln Asp Lys Asp Asp Lys Tyr Ile Leu Pro Asp Lys Ser Ala Val Leu Ala Met Ser Gly Ala Thr Thr Gly Lys Val Ser Ile Leu Ser Gln Thr Asp Tyr Asp Lys Val Tyr Gln Asn Gln Arg Val Gly Tyr Phe Gln Ser Val Asp Tyr Ile Asp Tyr Gly Phe Ile Ser Thr Ile Val Arg Ser Glu Leu Phe Met Met Gln Leu Glu Ser Val Leu Val Ser Gly Ala Gln Pro Asn Val Ser Ser Lys Glu Ile Asp Ser Phe Asn Phe Met Ile Pro Ile Leu Val Gln Glu Gln Gln Lys Ile Gly Ser Phe Phe Lys Gln Leu Asp Asp Thr Ile Ala Leu His Gln Arg Lys Leu Asp Leu Leu Lys Glu Gln Lys Lys Gly Phe Leu Gln Lys Met Phe Val <210> 15 <211> 1250 <212> ADN
<213> Lactococcus lactis <220>
<221> CDS
<222> (46)..(1233) <900> 15 aaaaaggata gaagaacaag aaaaaccaag aaagtggtgg ggact atg gcg aaa ata 57 Met Ala Lys Ile gat gat tca gtt aaa aag aaa gtt cct gaa ttg cga ttt aaa gga ttt 105 Asp Asp Ser Val Lys Lys Lys Val Pro Glu Leu Arg Phe Lys Gly Phe acg aat gat tgg gaa gag cgt aag tta gga gaa tta tct aat att gtt 153 Thr Asn Asp Trp Glu Glu Arg Lys Leu Gly Glu Leu Ser Asn Ile Val ggt ggt gga aca cca agt aca tcg aac cct gaa tac tgg gac ggt gat 201 Gly Gly Gly Thr Pro Ser Thr Ser Asn Pro Glu Tyr Trp Asp Gly Asp att gat tgg tat gca cca gct gaa att gga gaa caa agt tat gtt agc 249 Ile Asp Trp Tyr Ala Pro Ala Glu Ile Gly Glu Gln Ser Tyr Val Ser aaa agt aaa aag act att act gaa cta ggt cta aag aag agt tca gct 297 Lys Ser Lys Lys Thr Ile Thr Glu Leu Gly Leu Lys Lys Ser Ser Ala cga att tta cca gta gga acc gtc tta ttt act tct cgt gct ggt atc 345 Arg Ile Leu Pro Val Gly Thr Val Leu Phe Thr Ser Arg Ala Gly Ile gga aac acc gct ata tta gcc aaa gaa gct aca act aat caa ggg ttt 393 Gly Asn Thr Ala Ile Leu Ala Lys Glu Ala Thr Thr Asn Gln Gly Phe caa tca att gtt cct gat caa aat aaa ctt gat agt tat ttt att ttt 441 Gln Ser Ile Val Pro Asp Gln Asn Lys Leu Asp Ser Tyr Phe Ile Phe tca aga act aat gag ctc aag cga tat ggg gaa gtc act ggt gca gga 489 Ser Arg Thr Asn Glu Leu Lys Arg Tyr Gly Glu Val Thr Gly Ala Gly WO 99/11803 39 PCT/P'R98/01873 tct act ttt gtt gag gtt tca ggt aag caa atg tcg aaa atg tcg att 537 Ser Thr Phe Val Glu Val Ser Gly Lys Gln Met Ser Lys Met Ser Ile atg gta cct gaa ctt tca gaa caa caa aaa att ggt aac ttc ttt aaa 585 Met Val Pro Glu Leu Ser Glu Gln Gln Lys Ile Gly Asn Phe Phe Lys gag tta gac aac act atc gct ctt cat cag cgt aag tta gat ttg ttg 633 Glu Leu Asp Asn Thr Ile Ala Leu His Gln Arg Lys Leu Asp Leu Leu aaa gaa cag aaa aaa ggc tac ttg caa aaa atg ttc cct aaa aat ggt 681 Lys Glu Gln Lys Lys Gly Tyr Leu Gln Lys Met Phe Pro Lys Asn Gly gcc aaa gtt cct gaa ttg cga ttt gcg ggg ttt gct gac gat tgg gaa 729 Ala Lys Val Pro Glu Leu Arg Phe Ala Gly Phe Ala Asp Asp Trp Glu 215 220 . 225 gag cgt aag tta gga gat att act aaa ata agc acc gga aaa tta gat 777 Glu Arg Lys Leu Gly Asp Ile Thr Lys Ile Ser Thr Gly Lys Leu Asp gca aat gca atg gtt gaa aat ggc aag tat gat ttt tat act tct gga 825 Ala Asn Ala Met Val Glu Asn Gly Lys Tyr Asp Phe Tyr Thr Ser Gly att aaa aaa tat agg atc gat gta gca gcg ttt gaa gga ccg tcc att 873 Ile Lys Lys Tyr Arg Ile Asp Val Ala Ala Phe Glu Gly Pro Ser Ile aca att gca ggt aat gga gca aca gtt gga tac atg cat tta gcg gat 921 Thr Ile Ala Gly Asn Gly Ala Thr Val Gly Tyr Met His Leu Ala Asp aat aag ttc aat gcc tat caa cga act tat gtg ctc caa gag ttt cta 969 Asn Lys Phe Asn Ala Tyr Gln Arg Thr Tyr Val Leu Gln Glu Phe Leu gta gat aga agc ttt ata ttt tca gaa att gga aat aag ctg cct aaa 1017 Val Asp Arg Ser Phe Ile Phe Ser Glu Ile Gly Asn Lys Leu Pro Lys aaa ata aaa cag gaa gct cgt aca gga aat att ccg tac att gtt atg 1065 Lys Ile Lys Gln Glu Ala Arg Thr Gly Asn Ile Pro Tyr Ile Val Met gac atg ttg act gaa ctg aag cta tcg att cct cag aat aat tca gag 1113 Asp Met Leu Thr Glu Leu Lys Leu Ser Ile Pro Gln Asn Asn Ser Glu caa caa aaa ata ggt tca ttc ttt aaa cag cta gat gac act atc gct 1161 Gln Gln Lys Ile Gly Ser Phe Phe Lys Gln Leu Asp Asp Thr Ile Ala ctt cat caa cgt aag tta gca ttt gtt gaa aga aca gaa aac aca ggc 1209 Leu His Gln Arg Lys Leu Ala Phe Val Glu Arg Thr Glu Asn Thr Gly ttt tta caa aag atg ttt gtt tag ggtctataat tagataa 1250 Phe Leu Gln Lys Met Phe Val <210> 16 <211> 395 <212> PRT
<213> Lactococcus lactis <400> 16 Met Ala Lys Ile Asp Asp Ser Val Lys Lys Lys Val Pro Glu Leu Arg Phe Lys Gly Phe Thr Asn Asp Trp Glu Glu Arg Lys Leu Gly Glu Leu Ser Asn Ile Val Gly Gly Gly Thr Pro Ser Thr Ser Asn Pro Glu Tyr Trp Asp Gly Asp Ile Asp Trp Tyr Ala Pro Ala Glu Ile Gly Glu Gln Ser Tyr Val Ser Lys Ser Lys Lys Thr Ile Thr Glu Leu Gly Leu Lys Lys Ser Ser Ala Arg Ile Leu Pro Val Gly Thr Val Leu Phe Thr Ser Arg Ala Gly Ile Gly Asn Thr Ala Ile Leu Ala Lys Glu Ala Thr Thr Asn Gln Gly Phe Gln Ser Ile Val Pro Asp Gln Asn Lys Leu Asp Ser Tyr Phe Ile Phe Ser Arg Thr Asn Glu Leu Lys Arg Tyr Gly Glu Val Thr Gly Ala Gly Ser Thr Phe Val Glu Val Ser Gly Lys Gln Met Ser Lys Met Ser Ile Met Val Pro Glu Leu Ser Glu Gln Gln Lys Ile Gly Asn Phe Phe Lys Glu Leu Asp Asn Thr Ile Ala Leu His Gln Arg Lys Leu Asp Leu Leu Lys Glu Gln Lys Lys Gly Tyr Leu Gln Lys Met Phe Pro Lys Asn Gly Ala Lys Val Pro Glu Leu Arg Phe Ala Gly Phe Ala Asp Asp Trp Glu Glu Arg Lys Leu Gly Asp Ile Thr Lys Ile Ser Thr Gly Lys Leu Asp Ala Asn Ala Met Val Glu Asn Gly Lys Tyr Asp Phe Tyr Thr Ser Gly Ile Lys Lys Tyr Arg Ile Asp Val Ala Ala Phe Glu Gly Pro Ser Ile Thr Ile Ala Gly Asn Gly Ala Thr Val Gly Tyr Met His Leu Ala Asp Asn Lys Phe Asn Ala Tyr Gln Arg Thr Tyr Val Leu Gln Glu Phe Leu Val Asp Arg Ser Phe Ile Phe Ser Glu Ile Gly Asn
<211> 5 <212>
PRT
<213> Lactococcus lactis <400> 6 Met Ala Leu Ser Asn Glu Gln Lys Asn Lys Met Trp Ala Leu Leu Asn Gln Thr Arg Gly Gln Ile Gly Leu Thr Ala Tyr Lys Asp Tyr Ile Phe Gly Leu Leu Phe Tyr Lys Tyr Leu Ser Glu Lys Ala Thr Gln Trp Leu Gly Glu Val Leu Arg Gly Asp Thr Trp Glu Asn Vai Tyr Asp Gln Asp Pro Val Arg Ala Leu Asp Tyr Met Lys Gln Lys Leu Gly Tyr Ala Ile Gln Pro Lys Glu Phe Phe Lys Asp Trp Glu Ala Ala Ile His Glu Glu 85 90 ~ 95 Arg Phe Asn Ile Pro Met Ile Ser Asp Thr Phe Gly His Phe Asn Gln Gln Ile Ala Phe Glu Ala Lys Asp Asp Phe Glu Gly Ile Phe Asp Gly Met Arg Phe Asp Ser Ser Asp Leu Gly Ser Asn Ala Gln Ala Arg Ala Ser Val Met Ile Ser Met Ile Glu Leu Leu Ser Ala Pro Glu Phe Asp Leu Ser Thr Gly Gly Asp Thr Val Ser Asp Ile Tyr Glu Tyr Leu Leu Glu Lys Phe Ala Thr Val Leu Ala Ser Asp Met Gly Gln Tyr Tyr Thr Pro Lys Glu Ile Ser Glu Val Met Ala Arg Ile Leu Thr Phe Gly Lys Ala Asp Glu Asp Asn Phe Ser Ile Tyr Asp Pro Ala Val Gly Ser Ala Ser Leu Leu Ile Thr Thr Ala Ser His Met Lys His Ser Asn Gln Arg Gly Ala Ile Lys Tyr Phe Gly Gln Glu Lys Asp Ala Thr Pro Tyr Arg Leu Ala Arg Met Asn Leu Met Met His Asn Ile Glu Tyr Asn Asp Ile Gln Ile His His Ala Asp Thr Leu Glu Ser Asp Trp Pro Asp Gly Val Ile Glu Gly Lys Asp Thr Pro Arg Met Phe Asp Ala Val Met Ala Asn Pro Pro Tyr Ser Ala His Trp Asn Asn Lys Asp Arg Glu Asp Asp Pro Arg Phe Arg Glu Tyr Gly Ile Ala Pro Lys Thr Lys Ala Asp Tyr Ser Phe Leu Leu His Cys Leu Tyr His Thr Lys G1u Ser Gly Arg Val Ala Ile Ile Leu Pro His Gly Val Leu Phe Arg Gly Ala Ala Glu Gly Arg Ile Arg Lys Ala Leu Ile Asp Lys His Gln Ile Glu Ala Val Ile Gly Phe Pro Asp Lys Leu Phe Leu Asn Thr Gly Ile Pro Val Cys Val Leu Ile Leu Lys Lys Asn Arg Ala Asn Ser Asp Ile Leu Phe Val Asp Ala Ser Gln Gly Phe Glu Lys Met Lys Asn Gln Lys Gln Leu Arg Pro Glu Asp Ile Asp Lys Ile Thr Glu Thr Val Ile His Arg Lys Ala Val Asp Lys Tyr Ser His Leu Ala Thr Leu Glu Glu Val Ile Glu Asn Asp Tyr Asn Leu Asn Ile Pro Arg Tyr Val Asp Thr Phe Glu Glu Glu Glu Ser Ile Asp Leu Ala Asp Ile Gln Gly Gln Ile Asp Glu Val Asp Ala Glu Ile Ala Lys Ala Asn Gln Thr Leu Ala Asn Tyr Phe Lys Glu Leu Gly Val Leu Lys <210> 7 <211> 1700 <212> ADN
<213> Lactococcus actis l <220>
<221> CDS
<222> (48)..(1661) <400> 7 aaagttttagaagaacgact ttcaaaa atg gaaaga 56 acgacaaaac tttgaacaaa Met GluArg aga att atggcg acaggttta aatcaacaa ctatgggct tctgcg 104 ata Arg Ile MetAla ThrGlyLeu AsnGlnGln LeuTrpAa SerAla Ile gat atc cgtggg aagatggat gcaagtgag tacaaaaac tattta 152 tta Asp Ile ArgGly LysMetAsp la SerGlu TyrLysAsn TyrLeu Leu ctg gga attttc tataagtac ttgtctgat gcgcagctg agagaa 200 tta Leu.Gly IlePhe TyrLysTyr LeuSerAsp AlaGlnLeu ArgGlu Leu gtt tat caagaa aatgggaag acagatacc ttcccagaa cgttcc 248 gaa Val Tyr GlnGlu AsnGlyLys T:~rAspThr PheProGlu ArgSer Glu act cag tat gca ggc ttc atg gaa tgg tac gaa gaa gac aaa gac gat 296 Thr Gln Tyr Ala Gly Phe Met Glu Trp Tyr Glu Glu Asp Lys Asp Asp tta atc gaa aat atc caa ccc aaa caa ggt tac ttt atc caa ccc gat 344 Leu Ile Glu Asn Ile G1n Pro Lys Gln Gly Tyr Phe Ile Gln Pro Asp caa ttg ttt tat agt tac cgc atc aaa gca gac aac tat gaa ttt aat 392 Gln Leu Phe Tyr Ser Tyr Arg Ile Lys Ala Asp Asn Tyr Glu Phe Asn ttg acc gat tta caa gca ggt ttt aat gag ttg gaa cgt caa gga gaa 490 Leu Thr Asp Leu Gln Ala Gly Phe Asn Glu Leu Glu Arg Gln Gly Glu gaa ttc agt gga ttg ttt gcg gac att gat tta aac tcc aca aaa tta 988 Glu Phe Ser Gly Leu Phe Ala Asp Ile Asp Leu Asn Ser Thr Lys Leu gga tca aat gca cta cta cgt aat gtg acg atc act gag gtt ttg cgt 536 Gly Ser Asn Ala Leu Leu Arg Asn Val Thr Ile Thr Glu Val Leu Arg gcc tta gat gag att gat tta ttt gaa cac aat ggc gat gtg att ggg 584 Ala Leu Asp Glu Ile Asp Leu Phe Glu His Asn Gly Asp Val Ile Gly gac gct tat gag tat ttg att gga gaa ttc gcg tca agt gca ggt aaa 632 Asp Ala Tyr Glu Tyr Leu Ile Gly Glu Phe Ala Ser Ser Ala Gly Lys aaa gcc ggt gag ttt tat acg cct caa gct gtt tcg aaa atc atg tca 680 Lys Ala Gly Glu Phe Tyr Thr Pro Gln Ala Val Ser Lys Ile Met Ser gaa att acg tcg att gga caa gaa acc cgt gcg cct.ttt cat att tat 728 Glu Ile Thr Ser Ile Gly Gln Glu Thr Arg Ala Pro Phe His Ile Tyr gat cct gcg atg ggg tca ggt tct ttg atg ctt aat atc cgt cgg tat 776 Asp Pro Ala Met Gly Ser Gly Ser Leu Met Leu Asn Iie Arg Arg Tyr ctc aat aat cca gat caa gtg cac tat cat gga caa gag tta aat acg 824 Leu Asn Asn Pro Asp Gln Val His Tyr His Gly Gln Glu Leu Asn Thr acg acc ttt aac tta gca cgt atg aac tta att ctt cat gga ata gat 872 Thr Thr Phe Asn Leu Ala Arg Met Asn Leu Ile Leu His Gly Ile Asp aaa gaa cgc atg aac ctg aat aac gga gat act tta gat gcc gat tgg 920 Lys Glu Arg Met Asn Leu Asn Asn Gly Asp Thr Leu Asp Ala Asp Trp ccc tca gaa gaa ccg tat cag ttt gat tcc gta tgc atg aac cct cct 968 Pro Ser Glu Glu Pro Tyr Gln Phe Asp Ser Val Cys Met Asn Pro Pro tat tct gcg aaa tgg tca gcg gca gat caa ttt ctc tct gac cct cgt 1016 Tyr Ser Ala Lys Trp Ser Ala Ala Asp Gln Phe Leu Ser Asp Pro Arg WO 99/11803 21 PCT/lTR98/01873 ttt gag cgt ttt gga aaa tta gcg cct aaa tct aaa gcg gac ttt gcc 1064 Phe Glu Arg Phe Gly Lys Leu Ala Pro Lys Ser Lys Ala Asp Phe Ala ttt ctc ctt cac ggt ttt tac cat ttg aaa gaa tcg gga aca atg ggg 1112 Phe Leu Leu His Gly Phe Tyr His Leu Lys Glu Ser Gly Thr Met Gly att gtc ctg cct cat ggc gtt ctc ttt aga gga gcc gcg gaa gga acc 1160 Ile Val Leu Pro His Gly Val Leu Phe Arg Gly Ala Ala Glu Gly Thr atc cgt caa gcc ctt tta gaa atg gga gct att gat gcg gtc att ggc 1208 Ile Arg Gln Ala Leu Leu Glu Met Gly Ala Ile Asp Ala Val Ile Gly ttg ccg gcc aat atc ttt ttt gga acg agt att ccg aca acg gtt att 1256 Leu Pro Ala Asn Ile Phe Phe Gly Thr Ser Ile Pro Thr Thr Val Ile att ttg aag aga aac cgc tct cgt cgt gat gtc tta ttt atc gat gct 1304 Ile Leu Lys Arg Asn Arg Ser Arg Arg Asp Val Leu Phe Ile Asp Ala tct caa gac ttt gaa aaa cga aaa aat caa aat gtc ctg ttg gat gaa 1352 Ser Gln Asp Phe Glu Lys Arg Lys Asn Gln Asn Val Leu Leu Asp Glu cat att gat aaa att gtt tct atc cac aaa aaa cga gaa gat att gaa 1400 His Ile Asp Lys Ile Val Ser Ile His Lys Lys Arg Glu Asp Ile Glu aga tat gct cat gtt gca agt ttt gat gag atc caa gaa aat gac ttt 1948 Arg Tyr Ala His Val Ala Ser Phe Asp Glu Ile Gln Glu Asn Asp Phe aac tta aat atc cct cgt tat gta gat acc ttt gag gaa gag gaa ccg 1496 Asn Leu Asn Ile Pro Arg Tyr Val Asp Thr Phe Glu Glu Glu Glu Pro gtt gat ttg gtt gca gta aat acc aat ctc ctt aag atc aat gaa gaa 1544 Val Asp Leu Val Ala Val Asn Thr Asn Leu Leu Lys Ile Asn Glu Glu tta gtt caa caa gag caa gtg ctc tta tcg atg att gac aat ttt gca 1592 Leu Val Gln Gln Glu Gln Val Leu Leu Ser Met Ile Asp Asn Phe Ala gaa agt gaa gag aat caa gcc ttg att gaa tcg atg cgt ctt ctt ttg 1690 Glu Ser Glu Glu Asn Gln Ala Leu Ile Glu Ser Met Arg Leu Leu Leu aga ggc ggt cat gat gag taa aaagagtcca caattaaggt ttgaaggttt 1691 Arg Gly Gly His Asp Glu tacggatga 1700 <210> 8 <211> 537 <212> PRT
<213> Lactococcus lactis <400> B
Met Glu Arg Arg Ile Ile Met Ala Thr Gly Leu Asn Gln Gln Leu Trp Ala Ser Ala Asp Ile Leu Arg Gly Lys Met Asp Ala Ser Glu Tyr Lys Asn Tyr Leu Leu Gly Leu Ile Phe Tyr Lys Tyr Leu Ser Asp Ala Gln Leu Arg Glu Val Tyr Glu Gln Glu Asn Gly Lys Thr Asp Thr Phe Pro Glu Arg Ser Thr Gln Tyr Ala Gly Phe Met Glu Trp Tyr Glu Glu Asp 65 ?0 75 80 Lys Asp Asp Leu Ile Glu Asn Ile Gln Pro Lys Gln Gly Tyr Phe Ile Gln Pro Asp Gln Leu Phe Tyr Ser Tyr Arg Ile Lys Ala Asp Asn Tyr 100 105 ~ 110 Glu Phe Asn Leu Thr Asp Leu Gln Ala Gly Phe Asn Glu Leu Glu Arg Gln Gly Glu Glu Phe Ser Gly Leu Phe Ala Asp Ile Asp Leu Asn Ser Thr Lys Leu Gly Ser Asn Ala Leu Leu Arg Asn Val Thr Ile Thr Glu Val Leu Arg Ala Leu Asp Glu Ile Asp Leu Phe Glu His Asn Gly Asp Val Ile Gly Asp Ala Tyr Glu Tyr Leu Ile Gly Glu Phe Ala Ser Ser Ala Gly Lys Lys Ala Gly Glu Phe Tyr Thr Pro Gln Ala Val Ser Lys Ile Met Ser Glu Ile Thr Ser Ile Gly Gln Glu Thr Arg Ala Pro Phe His Ile Tyr Asp Pro Ala Met Gly Ser Gly Ser Leu Met Leu Asn Ile Arg Arg Tyr Leu Asn Asn Pro Asp Gln Val His Tyr His Gly Gln Glu Leu Asn Thr Thr Thr Phe Asn Leu Ala Arg Met Asn Leu Ile Leu His Gly Ile Asp Lys Glu Arg Met Asn Leu Asn Asn Gly Asp Thr Leu Asp Ala Asp Trp Pro Ser Glu Glu Pro Tyr Gln Phe Asp Ser Val Cys Met Asn Pro Pro Tyr Ser Ala Lys Trp Ser Ala Ala Asp Gln Phe Leu Ser Asp Pro Arg Phe Glu Arg Phe Gly Lys Leu Ala Pro Lys Ser Lys Ala Asp Phe Ala Phe Leu Leu His Gly Phe Tyr His Leu Lys Glu Ser Gly Thr Met Gly Ile Val Leu Pro His Gly Val Leu Phe Arg Gly Ala Ala Glu Gly Thr Ile Arg Gln Ala Leu Leu Glu Met Gly Ala Ile Asp Ala Val Ile Gly Leu Pro Ala Asn Ile Phe Phe Gly Thr Ser Ile Pro Thr Thr Val Ile Ile Leu Lys Arg Asn Arg Ser Arg Arg Asp Val Leu Phe Ile Asp Ala Ser Gln Asp Phe Glu Lys Arg Lys Asn Gln Asn Val Leu Leu Asp Glu His Ile Asp Lys Ile Val Ser Ile His Lys Lys Arg Glu Asp Ile Glu Arg Tyr Ala His Val Ala Ser Phe Asp Glu Ile Gln Glu Asn Asp Phe Asn Leu Asn Ile Pro Arg Tyr Val Asp Thr Phe Glu Glu Glu Glu Pro Val Asp Leu Val Ala Val Asn Thr Asn Leu Leu Lys Ile Asn Glu Glu Leu Val Gln Gln Glu Gln Val Leu Leu Ser Met Ile Asp Asn Phe Ala Glu Ser Glu Glu Asn Gln Ala Leu Ile Glu Ser Met Arg Leu Leu Leu Arg Gly Gly His Asp Glu <210>
<211>
<212>
ADN
<213> coccus Lacto lactis <220>
<221>
CDS
<222> .(1385) (15).
<400>
ctgggagtgctaaaatgaag gaaaga ttaaaggct ccagaatta aggttt 50 MetLys GluArg LeuLysAla ProGluLeu ArgPhe gat ggt acg gatgat tgggaa gagcgtaag ttattagac aatgta 98 ttt Asp Gly Thr AspAsp TrpGlu GluArgLys LeuLeuAsp AsnVal Phe gaa aaa tta cattat cgtggt aaaagcccc gctaagt~t ggaatg 146 gta Glu Lys Leu HisTyr ArgGly LysSerPro AlaLysPhe GlyMet Val gaa tgg aca gaaggt tatctt gttctttct gctttgaat gttaaa 194 ggt Glu Trp Thr GluGly TyrLeu ValLeuSer AlaLeuAsn ValLys Gly aat gga att gataaa tctgtt gaagcaaag tatggggat catgaa 242 tac Asn Gly Ile AspLys SerVal GluAlaLys TyrGlyAsp HisGlu Tyr ttatttgac agatgg atggggaacaat cggttagaa aaaggagat gtt 290 LeuPheAsp ArgTrp MetGlyAsnAsn ArgLeuGlu LysGlyAsp Val gtttttaca acagaa gctcctttaggc aatgtagct caagtaccc gat 338 ValPheThr ThrGlu AlaProLeuGly AsnValAla GlnValPro Asp aataacgga tatata ttaaaccaaaga gcggttgca tttaaatct ttg 386 AsnAsnGly TyrIle LeuAsnGlnArg AlaValAla PheLysSer Leu caagaaaca gatgat aatttctttgcg caattacta cgaagtcct att 439 GlnGluThr AspAsp AsnPhePheAla GlnLeuLeu ArgSerPro Ile gttcaaaat acatta aaagctagttct tctggggga actgccaaa ggt 482 ValGlnAsn ThrLeu LysAlaSerSer SerGlyGly ThrAlaLys Gly attggaatg aaagaa tttgctaaactt aatgctcga gttcccgaa aca 530 IleGlyMet LysGlu PheAlaLysLeu AsnAlaArg ValProGlu Thr catgaagaa caacga aaaatagggtta ttcttcaaa cagctagac gac 578 HisGluGlu GlnArg LysIleGlyLeu PhePheLys GlnLeuAsp Asp actatcgtt cttcat caacgtaagtta gatcttctc aaagagcag aaa 626 ThrIleVal LeuHis GlnArgLysLeu AspLeuLeu LysGluGln Lys aaaggatac ttgcaa aaaatgttcccc aaaaatggt tcaaaaatt cct 679 LysGlyTyr LeuGln LysMetPhePro LysAsnGly SerLysIle Pro gaattgaga tttgcg gagtttgctgac gattgggaa gaacgtaag ttg 722 GluLeuArg PheAla GluPheAlaAsp AspTrpGlu GluArgLys Leu ggtgaagtt gcaaca tttctaaacgga cgagcatat aagcaagat gaa 770 GlyGluVal AlaThr PheLeuAsnGly ArgAlaTyr LysGlnAsp Glu ttactggat tcaggt aaatataaagtg cttcgcgtc ggcaatttt tat 818 LeuLeuAsp SerGly LysTyrLysVal LeuArgVal GlyAsnPhe Tyr accaatgat tcttgg tactactctaat atggagctt ggtgataaa tat 866 ThrAsnAsp SerTrp TyrTyrSerAsn MetGluLeu GlyAspLys Tyr tatgttgat aaaggt gatctagtttat acttggtca gcgacattt ggc 914 TyrValAsp LysGly AspLeuValTyr ThrTrpSer AlaThrPhe Gly ccacatatt tggagt ggcgaaaaag~~ atttaccat tatcacatc tgg 962 ProHisIle TrpSer GlyGluLysVal IleTyrHis TyrHisIle Trp aaagtcgag ctttct aaatttcttgat aggaatttt acattgcaa ctt 1010 LysValGlu LeuSer LysPheLeuAsp ArgAsnPhe ThrLeuG1n Leu WO 2 PCT/FIt98/01873 ttagaagcg gataaa gcaagattg ttatccagt acaaatggt tcaaca 1058 LeuGluAla AspLys AlaArgLeu LeuSerSer ThrAsnGly SerThr atgattcat gtaacc aagggagat atggaaagt aaaattgtt tctatt 1106 MetIleHis ValThr LysGlyAsp MetGluSer LysIleVal SerIle cctaatatt gatgag caaaaacaa attggttca ttcttcaaa caactc 1154 ProAsnIle AspGlu GlnLysGln IleGlySer PhePheLys GlnLeu gacaacact atcacc cttcatcaa cgtaagtta gatttgttg aaagag 1202 AspAsnThr IleThr LeuHisGln ArgLysLeu AspLeuLeu LysGlu cagaaaaaa ggattt ctacaaaaa atgtttcat ttaacaaat ttagga 1250 GlnLysLys GlyPhe LeuGlnLys MetPheHis LeuThrAsn LeuGly gccttcact atggaa actatacaa aaatattta aagataatt gttgaa 1298 AlaPheThr MetGlu ThrIleGln LysTyrLeu LysIleIle ValGlu agtaattat cttcat caacgtaag ttagacttg cttaaggag caaaaa 1346 SerAsnTyr LeuHis GlnArgLys LeuAspLeu LeuLysGlu GlnLys agaattatt acaaat aatgtttat tcatttttt gtataatataaagcga 1395 ArgIleIle ThrAsn AsnValTyr SerPhePhe Val tttaa 1400 <210> 10 <211> 456 <212> PRT
<213> Lactococcus lactis <400> 10 Met Lys Glu Arg Leu Lys Ala Pro Glu Leu Arg Phe Asp Gly Phe Thr Asp Asp Trp Glu Glu Arg Lys Leu Leu Asp Asn Val Glu Lys Val Leu His Tyr Arg Gly Lys Ser Pro Ala Lys Phe Gly Met Glu Trp Gly Thr Glu Gly Tyr Leu Val Leu Ser Ala Leu Asn Val Lys Asn Gly Tyr Ile Asp Lys Ser Val Glu Ala Lys Tyr Gly Asp His Glu Leu Phe Asp Arg Trp Met Gly Asn Asn Arg Leu Glu Lys Gly Asp Val Val Phe Thr Thr Glu Ala Pro Leu Gly Asn Val Ala Gln Val Pro Asp Asn Asn Gly Tyr Ile Leu Asn Gln Arg Ala Val Ala Phe Lys Ser Leu Gln Glu Thr Asp Asp Asn Phe Phe Ala Gln Leu Leu Arg Ser Pro Ile Val Gln Asn Thr Leu Lys Ala Ser Ser Ser Gly Gly Thr Ala Lys Gly Ile Gly Met Lys Glu Phe Ala Lys Leu Asn Ala Arg Val Pro Glu Thr His Glu Glu Gln 165 170 lî5 Arg Lys Ile Gly Leu Phe Phe Lys Gln Leu Asp Asp Thr Ile Val Leu His Gln Arg Lys Leu Asp Leu Leu Lys Glu Gln Lys Lys Gly Tyr Leu Gln Lys Met Phe Pro Lys Asn Gly Ser Lys Ile Pro Glu Leu Arg Phe Ala Glu Phe Ala Asp Asp Trp Glu Glu Arg Lys Leu Gly Glu Val Ala Thr Phe Leu Asn Gly Arg Ala Tyr Lys Gln Asp Glu Leu Leu Asp Ser Gly Lys Tyr Lys Val Leu Arg Val Gly Asn Phe Tyr Thr Asn Asp Ser Trp Tyr Tyr Ser Asn Met Glu Leu Gly Asp Lys Tyr Tyr Val Asp Lys Gly Asp Leu Val Tyr Thr Trp Ser Ala Thr Phe Gly Pro His Ile Trp Ser Gly Glu Lys Val Ile Tyr His Tyr His Ile Trp Lys Val Glu Leu Ser Lys Phe Leu Asp Arg Asn Phe Thr Leu Gln Leu Leu Glu Ala Asp Lys Ala Arg Leu Leu Ser Ser Thr Asn Gly Ser Thr Met Ile His Val Thr Lys Gly Asp Met Glu Ser Lys Ile Val Ser Ile Pro Asn Ile Asp Glu Gln Lys Gln Ile Gly Ser Phe Phe Lys Gln Leu Asp Asn Thr Ile Thr Leu His Gln Arg Lys Leu Asp Leu Leu Lys Glu Gln Lys Lys Gly Phe Leu Gln Lys Met Phe His Leu Thr Asn Leu Gly Ala Phe Thr Met Glu Thr Ile Gln Lys Tyr Leu Lys Ile Ile Val Glu Ser Asn Tyr Leu His Gln Arg Lys Leu Asp Leu Leu Lys Glu Gln Lys Arg Ile Ile Thr Asn Asn Val Tyr Ser Phe Phe Val <210> 11 <211> 1308 <212>
ADN
<213> coccus Lacto lactis <220>
<221>
CDS
<222> .(1258) (49).
<400>
gccttgattg aatcgatgcg atgatg agtaaa aag 55 tcttcttttg agaggcggtc Met SerLys Lys agtccacaatta aggttt gaaggtttt acggatgattgg gaagaa cgt 103 SerProGlnLeu ArgPhe GluGlyPhe ThrAspAspTrp GluGlu Arg aagtttggagaa gtttgg aaaaaatca agtgagcgcaat ttaaat tta 151 LysPheGlyGlu ValTrp LysLysSer SerGluArgAsn LeuAsn Leu gaatattcaccg aagcaa gttttatca gtggctcaaatg aaatta aat 199 GluTyrSerPro LysGln ValLeuSer ValAlaGlnMet LysLeu Asn ccatctaataga aatgaa caggatgat tatatgaaaaca tataat gtg 247 ProSerAsnArg AsnGlu GlnAspAsp TyrMetLysThr TyrAsn Val cttcataaaggt gatatt gcatttgaa ggtaacaagtca aagagt ttt 295 LeuHisLysGly AspIle AlaPheGlu GlyAsnLysSer LysSer Phe gcatttggtagg tttgtt ctagatgat ttacaggatggg atagtc tcg 343 AlaPheGlyArg PheVal LeuAspAsp LeuGlnAspGly IieVal Ser catgtattttat gtatat cgccctatt tgtaaaatggat acagat ttt 391 HisValPheTyr ValTyr ArgProIie CysLysMetAsp ThrAsp Phe atgatagtttat ataaat aatgaatct gtaatgaagtat ctttta gtt 439 MetIleValTyr IleAsn AsnGluSer ValMetLysTyr LeuLeu Val aaggcaactact aaaact ttgatgatg actactttaaat actaaa gat 987 LysAlaThrThr LysThr LeuMetMet ThrThrLeuAsn ThrLys Asp attgttaaacca aaacta aacttacct agtcttgaagaa caacaa aag 535 IleValLysPro LysLeu AsnLeuPro SerLeuGluGlu GlnGln Lys atcggttcattc ttcaaa cagttagat gccactatcgct cttcat caa 583 IleGlySerPhe PheLys GlnLeuAsp AlaThrIleAla LeuHis Gln cgtaagctagat ttgttg aaagaacag aaaaaaggctac ttccaa aaa 631 ArgLysLeuAsp LeuLeu LysGluG_n LysLysGlyTyr PheGln Lys atgttccctaaa aatggt gccaaag=t cctgaattgcga tttgcg ggg 679 MetPheProLys AsnGly AlaLysVal ProGluLeuArg PheAla Gly tttgctgac gattgggaa gatcgtaag ttaggtgaa ttagctagt ttt 727 PheAlaAsp AspTrpGlu AspArgLys LeuGlyGlu LeuAlaSer Phe tcaaaaggc aatggatat acaaaaaat gatttagtc gaatttgga gat 775 SerLysGly AsnGlyTyr ThrLysAsn AspLeuVal GluPheGly Asp ccaataatt ttatatggt cgcttatat acaaaatat gaaacagtt att 823 ProIleIle LeuTyrGly ArgLeuTyr ThrLysTyr GluThrVal Ile gagaaagta gatacattt gtaaataag aaagataaa tcaataatt agt 871 GluLysVal AspThrPhe ValAsnLys LysAspLys SerIleIle Ser ggaggatct gaagtcata gtgcctgca tcaggagaa tcttcagaa gat 919 GlyGlySer GluValIle ValProAla SerGlyGlu SerSerGlu Asp atttctaga gcttcagtt gttgggaaa tcaggtata attttaggc gga 967 IleSerArg AlaSerVal ValGlyLys SerGlyI1e IleLeuGly Gly gatttaaat ataattaaa ccagtaaat tatattgat tcta~tttt tta 1015 AspLeuAsn IleIleLys ProValAsn TyrIleAsp SerIlePhe Leu gctttaact atttctaat ggatctcaa caaaaagaa atgtctaag aga 1063 AlaLeuThr IleSerAsn GlySerGln GlnLysGlu MetSerLys Arg gctcaagga aaatctgta gttcatctg cataactct gatctaaaa caa 1111 AlaGlnGly LysSerVal ValHisLeu HisAsnSer AspLeuLys Gln gtaaatatt t~atatcca aaattagga gaacaacaa aaaarcggt tca 1159 ValAsnIle LeuTyrPro LysLeuGly GluGlnGln LysIleGly Ser ttcttcaaa caactagat aacactatc gttcttcat caacgtaag tta 1207 PhePheLys GlnLeuAsp AsnThrIle ValLeuHis GlnArgLys Leu gattttttg aaagagtag aaaaaaggc tttttacaa aagatgttt gtt 1255 AspPheLeu LysGluGln LysLysGly PheLeuGln LysMetPhe Val tagggtctata at a atcccattaa aatagcccct 1308 tagataata cccctcacaa <210>
<211> 4 <212>
PRT
<213> ctococcus ttis La la <400> 12 Met Ser Lys Lys Ser Pro Gln Leu Arg Phe Glu G1y Phe Tir Asp Asp Trp Glu Glu Arg Lys Phe Gly Glu Val Trp Lys Lys Ser Ser Glu Arg Asn Leu Asn Leu Glu Tyr Ser Pro Lys Gln Val Leu Ser Val Ala Gln Met Lys Leu Asn Pro Ser Asn Arg Asn Glu Gln Asp Asp Tyr Met Lys Thr Tyr Asn Val Leu His Lys Gly Asp Ile Ala Phe Glu Gly Asn Lys Ser Lys Ser Phe Ala Phe Gly Arg Phe Val Leu Asp Asp Leu Gln Asp Gly Ile Val Ser His Val Phe Tyr Val Tyr Arg Pro Ile Cys Lys Met Asp Thr Asp Phe Met Ile Val Tyr Ile Asn Asn Glu Ser Val Met Lys Tyr Leu Leu Val Lys Ala Thr Thr Lys Thr Leu Met Met Thr Thr Leu Asn Thr Lys Asp Ile Val Lys Pro Lys Leu Asn Leu Pro Ser Leu Glu Glu Gln Gln Lys Ile Gly Ser Phe Phe Lys Gln Leu Asp Ala Thr Ile Ala Leu His Gln Arg Lys Leu Asp Leu Leu Lys Glu Gln Lys Lys Gly Tyr Phe Gln Lys Met Phe Pro Lys Asn Gly Ala Lys Val Pro Glu Leu Arg Phe Ala Gly Phe Ala Asp Asp Trp Glu Asp Arg Lys Leu Gly Glu Leu Ala Ser Phe Ser Lys Gly Asn Gly Tyr Thr Lys Asn Asp Leu Val Glu Phe Gly Asp Pro Ile Ile Leu Tyr Gly Arg Leu Tyr Thr Lys Tyr Glu Thr Val Ile Glu Lys Val Asp Thr Phe Val Asn Lys Lys Asp Lys Ser Ile Ile Ser Gly Gly Ser Glu Val Ile Val Pro Ala Ser Gly Glu Ser Ser Glu Asp Ile Ser Arg Ala Ser Val Val Gly Lys Ser Gly Ile Ile Leu Gly Gly Asp Leu Asn Ile Ile Lys Pro Val Asn Tyr Ile Asp Ser Ile Phe Leu Ala Leu Thr Ile Ser Asn Gly Ser Gln Gln Lys Glu Met Ser Lys Arg Ala Gln Gly Lys Ser Val Val His Leu His Asn Ser Asp Leu Lys Gln Val Asn Ile Leu Tyr Pro Lys Leu Gly Glu Gln Gln Lys Ile Gly Ser Phe Phe Lys Gln Leu Asp Asn Thr Ile Val Leu His Gln Arg Lys Leu Asp Phe Leu Lys Glu Gln Lys Lys Gly Phe Leu Gln Lys Met Phe Val <210>
<211> 300 <212>
ADN
<213> coccus actis Lacto l <220>
<221>
CDS
<222> .(1288) (11).
<400>
ggtggggact atggcg aaaata gatgattcagtt aaaaag agagttcca 49 MetAla LysIle AspAspSerVal LysLys ValPro Arg gaattaaggtttccg ggattt acgaatgattgg gaagag cgtaagttt 97 GluLeuArgPhePro GlyPhe ThrAsnAspTrp GluGlu ArgLysPhe tttgaaagtatagct tcaaca atagattttaga ggtaga actcctaaa 195 PheGluSerIleAla SerThr IleAspPheArg GlyArg ThrProLys aagttaggcatggac tggagt gattctggatat ttagct ttatccgct 193 LysLeuGlyMetAsp TrpSer AspSerGlyTyr LeuAla LeuSerAla ttgaacgtaaaaaat ggatat attgatccgtta gctgat gctcactat 241 LeuAsnValLysAsn GlyTyr IleAspProLeu AlaAsp AlaHisTyr ggtgatgagaaatta tacaga aaatggatgtca ggaaga gaactaaaa 289 GlyAspGluLysLeu TyrArg LysTrpMetSer GlyArg GluLeuLys aaaggacaggttctc tttaca acagaggctcct atggga aatgtcgct 337 LysGlyGlnValLeu PheThr ThrGluAlaPro MetGly AsnValAla caagtacctgatgat aacgga tatattttaagt caaaga actgtagca 385 GlnValProAspAsp AsnGly TyrIleLeuSer GlnArg ThrValAla tttgagaccaaagaa gatatg atgactaatgac ttctta gctgtatta 933 PheGluThrLysGlu AspMet MetThrAsnAsp PheLeu AlaValLeu ttaaaatctccttta gttttc aataatttatca gcatta tcaagcggt 481 LeuLysSerProLeu ValPhe AsnAsnLeuSer AlaLeu SerSerGly ggaactgctaaaggg gttagt caaaaatcatta aaagga ctatctata 529 GlyThrAlaLysGly ValSer GlnLysSerLeu LysGly LeuSerIle actgtcccattggat attgac gagcaacaaaaa atcggt tcattcttc 577 ThrValProLeuAsp IleAsp GluGinGlnLys IleGly SerPhePhe aaa cat tta gat gac act atc gct ctt cat caa cgt aag ttg gat tta 625 Lys His Leu Asp Asp Thr Ile Ala Leu His Gln Arg Lys Leu Asp Leu ctc aag gaa cag aaa aaa ggc tac ttg caa aaa atg ttc cct aaa aat 673 Leu Lys Glu Gln Lys Lys Gly Tyr Leu Gln Lys Met Phe Pro Lys Asn ggt gcc aaa gtt cct gaa ttg cga ttt gcg ggg ttt gct gac gat tgg 721 Gly Ala Lys Val Pro Glu Leu Arg Phe Ala Gly Phe Ala Asp Asp Trp gaa gag cgt aag ttg ggt gat ata gct ccc tta cgt ggc ggt tat gca 769 Glu Glu Arg Lys Leu Gly Asp Ile Ala Pro Leu Arg Gly Gly Tyr Ala ttc aaa agc tct aaa ttc agg aaa act ggt gtg cca att gtt aga att 817 Phe Lys Ser Ser Lys Phe Arg Lys Thr Gly Val Pro Ile Val Arg Ile tca aat att ctt tcc agc ggg gag gta ggt gga gat ttt gca tat tat 865 Ser Asn Ile Leu Ser Ser Gly Glu Val Gly Gly Asp Phe Ala Tyr Tyr gat gaa cag gat aag gat gac aaa tat att ctt cca gat aaa tca gca 913 Asp Glu Gln Asp Lys Asp Asp Lys Tyr Ile Leu Pro Asp Lys Ser Ala gtc cta gcc atg tca ggt gca aca aca ggt aag gta tct ata cta tct 961 Val Leu Ala Met Ser Gly Ala Thr Thr Gly Lys Val Ser Ile Leu Ser caa act gat tat gac aag gtc tat caa aac cag cga gtt ggt tat ttt 1009 Gln Thr Asp Tyr Asp Lys Val Tyr Gln Asn Gln Arg Val Gly Tyr Phe cag tct gta gac tat att gac tac ggg ttt att tcc aca atc gtc cgt 1057 Gln Ser Val Asp Tyr Ile Asp Tyr Gly Phe Ile Ser Thr Ile Val Arg tca gaa tta ttc atg atg caa ctt gag tct gtt cta gtt tca ggc gct 1105 Ser Glu Leu Phe Met Met Gln Leu Glu Ser Val Leu Val Ser Gly Ala cag cca aat gta tcg tca aaa gaa att gat tcg ttt aat ttt atg att 1153 Gln Pro Asn Val Ser Ser Lys Glu Ile Asp Ser Phe Asn Phe Met Ile ccc ata tta gtt cag gag caa caa aaa atc ggt tca ttc ttc aaa cag 1201 Pro Ile Leu Val Gln Glu Gln Gln Lys Ile Gly Ser Phe Phe Lys Gln tta gat gac act atc gct ctt cat caa cgt aag cta gat ttg ttg aaa 1249 Leu Asp Asp Thr Ile Ala Leu His Gln Arg Lys Leu Asp Leu Leu Lys gaa cag aaa aaa ggc ttt tta caa aag atg ttt gtt tag ggtctataat ta 1300 Glu Gln Lys Lys Gly Phe Leu Gln Lys Met Phe Val <210> 14 <211> 425 <212> PRT
<213> Lactococcus lactis <400> 14 Met Ala Lys Ile Asp Asp Ser Val Lys Lys Arg Val Pro Glu Leu Arg Phe Pro Gly Phe Thr Asn Asp Trp Glu Glu Arg Lys Phe Phe Glu Ser Ile Ala Ser Thr Ile Asp Phe Arg Gly Arg Thr Pro Lys Lys Leu Gly Met Asp Trp Ser Asp Ser Gly Tyr Leu Ala-Leu Ser Ala Leu Asn Val Lys Asn Gly Tyr Ile Asp Pro Leu Ala Asp Ala His Tyr Gly Asp Glu Lys Leu Tyr Arg Lys Trp Met Ser Gly Arg Glu Leu Lys Lys Gly Gln Val Leu Phe Thr Thr Glu Ala Pro Met Gly Asn Val Ala Gln Val Pro Asp Asp Asn Gly Tyr Ile Leu Ser Gln Arg Thr Val Ala Phe Glu Thr Lys Glu Asp Met Met Thr Asn Asp Phe Leu Ala Val Leu Leu Lys Ser Pro Leu Val Phe Asn Asn Leu Ser Ala Leu Ser Ser Gly Gly Thr Ala Lys Gly Val Ser Gln Lys Ser Leu Lys Gly Leu Ser Ile Thr Val Pro Leu Asp Ile Asp Glu Gln Gln Lys Ile Gly Ser Phe Phe Lys His Leu Asp Asp Thr Ile Ala Leu His Gln Arg Lys Leu Asp Leu Leu Lys Glu Gln Lys Lys Gly Tyr Leu Gln Lys Met Phe Pro Lys Asn Gly Ala Lys Val Pro Glu Leu Arg Phe Ala Gly Phe Ala Asp Asp Trp Gïu Glu Arg Lys Leu Gly Asp Ile Ala Pro Leu Arg Gly Gly Tyr Ala Phe Lys Ser Ser Lys Phe Arg Lys Thr Gly Val Pro Ile Val Arg Ile Ser Asn Ile Leu Ser Ser Gly Glu Val Gly Gly Asp Phe Ala Tyr Tyr Asp Glu Gln Asp Lys Asp Asp Lys Tyr Ile Leu Pro Asp Lys Ser Ala Val Leu Ala Met Ser Gly Ala Thr Thr Gly Lys Val Ser Ile Leu Ser Gln Thr Asp Tyr Asp Lys Val Tyr Gln Asn Gln Arg Val Gly Tyr Phe Gln Ser Val Asp Tyr Ile Asp Tyr Gly Phe Ile Ser Thr Ile Val Arg Ser Glu Leu Phe Met Met Gln Leu Glu Ser Val Leu Val Ser Gly Ala Gln Pro Asn Val Ser Ser Lys Glu Ile Asp Ser Phe Asn Phe Met Ile Pro Ile Leu Val Gln Glu Gln Gln Lys Ile Gly Ser Phe Phe Lys Gln Leu Asp Asp Thr Ile Ala Leu His Gln Arg Lys Leu Asp Leu Leu Lys Glu Gln Lys Lys Gly Phe Leu Gln Lys Met Phe Val <210> 15 <211> 1250 <212> ADN
<213> Lactococcus lactis <220>
<221> CDS
<222> (46)..(1233) <900> 15 aaaaaggata gaagaacaag aaaaaccaag aaagtggtgg ggact atg gcg aaa ata 57 Met Ala Lys Ile gat gat tca gtt aaa aag aaa gtt cct gaa ttg cga ttt aaa gga ttt 105 Asp Asp Ser Val Lys Lys Lys Val Pro Glu Leu Arg Phe Lys Gly Phe acg aat gat tgg gaa gag cgt aag tta gga gaa tta tct aat att gtt 153 Thr Asn Asp Trp Glu Glu Arg Lys Leu Gly Glu Leu Ser Asn Ile Val ggt ggt gga aca cca agt aca tcg aac cct gaa tac tgg gac ggt gat 201 Gly Gly Gly Thr Pro Ser Thr Ser Asn Pro Glu Tyr Trp Asp Gly Asp att gat tgg tat gca cca gct gaa att gga gaa caa agt tat gtt agc 249 Ile Asp Trp Tyr Ala Pro Ala Glu Ile Gly Glu Gln Ser Tyr Val Ser aaa agt aaa aag act att act gaa cta ggt cta aag aag agt tca gct 297 Lys Ser Lys Lys Thr Ile Thr Glu Leu Gly Leu Lys Lys Ser Ser Ala cga att tta cca gta gga acc gtc tta ttt act tct cgt gct ggt atc 345 Arg Ile Leu Pro Val Gly Thr Val Leu Phe Thr Ser Arg Ala Gly Ile gga aac acc gct ata tta gcc aaa gaa gct aca act aat caa ggg ttt 393 Gly Asn Thr Ala Ile Leu Ala Lys Glu Ala Thr Thr Asn Gln Gly Phe caa tca att gtt cct gat caa aat aaa ctt gat agt tat ttt att ttt 441 Gln Ser Ile Val Pro Asp Gln Asn Lys Leu Asp Ser Tyr Phe Ile Phe tca aga act aat gag ctc aag cga tat ggg gaa gtc act ggt gca gga 489 Ser Arg Thr Asn Glu Leu Lys Arg Tyr Gly Glu Val Thr Gly Ala Gly WO 99/11803 39 PCT/P'R98/01873 tct act ttt gtt gag gtt tca ggt aag caa atg tcg aaa atg tcg att 537 Ser Thr Phe Val Glu Val Ser Gly Lys Gln Met Ser Lys Met Ser Ile atg gta cct gaa ctt tca gaa caa caa aaa att ggt aac ttc ttt aaa 585 Met Val Pro Glu Leu Ser Glu Gln Gln Lys Ile Gly Asn Phe Phe Lys gag tta gac aac act atc gct ctt cat cag cgt aag tta gat ttg ttg 633 Glu Leu Asp Asn Thr Ile Ala Leu His Gln Arg Lys Leu Asp Leu Leu aaa gaa cag aaa aaa ggc tac ttg caa aaa atg ttc cct aaa aat ggt 681 Lys Glu Gln Lys Lys Gly Tyr Leu Gln Lys Met Phe Pro Lys Asn Gly gcc aaa gtt cct gaa ttg cga ttt gcg ggg ttt gct gac gat tgg gaa 729 Ala Lys Val Pro Glu Leu Arg Phe Ala Gly Phe Ala Asp Asp Trp Glu 215 220 . 225 gag cgt aag tta gga gat att act aaa ata agc acc gga aaa tta gat 777 Glu Arg Lys Leu Gly Asp Ile Thr Lys Ile Ser Thr Gly Lys Leu Asp gca aat gca atg gtt gaa aat ggc aag tat gat ttt tat act tct gga 825 Ala Asn Ala Met Val Glu Asn Gly Lys Tyr Asp Phe Tyr Thr Ser Gly att aaa aaa tat agg atc gat gta gca gcg ttt gaa gga ccg tcc att 873 Ile Lys Lys Tyr Arg Ile Asp Val Ala Ala Phe Glu Gly Pro Ser Ile aca att gca ggt aat gga gca aca gtt gga tac atg cat tta gcg gat 921 Thr Ile Ala Gly Asn Gly Ala Thr Val Gly Tyr Met His Leu Ala Asp aat aag ttc aat gcc tat caa cga act tat gtg ctc caa gag ttt cta 969 Asn Lys Phe Asn Ala Tyr Gln Arg Thr Tyr Val Leu Gln Glu Phe Leu gta gat aga agc ttt ata ttt tca gaa att gga aat aag ctg cct aaa 1017 Val Asp Arg Ser Phe Ile Phe Ser Glu Ile Gly Asn Lys Leu Pro Lys aaa ata aaa cag gaa gct cgt aca gga aat att ccg tac att gtt atg 1065 Lys Ile Lys Gln Glu Ala Arg Thr Gly Asn Ile Pro Tyr Ile Val Met gac atg ttg act gaa ctg aag cta tcg att cct cag aat aat tca gag 1113 Asp Met Leu Thr Glu Leu Lys Leu Ser Ile Pro Gln Asn Asn Ser Glu caa caa aaa ata ggt tca ttc ttt aaa cag cta gat gac act atc gct 1161 Gln Gln Lys Ile Gly Ser Phe Phe Lys Gln Leu Asp Asp Thr Ile Ala ctt cat caa cgt aag tta gca ttt gtt gaa aga aca gaa aac aca ggc 1209 Leu His Gln Arg Lys Leu Ala Phe Val Glu Arg Thr Glu Asn Thr Gly ttt tta caa aag atg ttt gtt tag ggtctataat tagataa 1250 Phe Leu Gln Lys Met Phe Val <210> 16 <211> 395 <212> PRT
<213> Lactococcus lactis <400> 16 Met Ala Lys Ile Asp Asp Ser Val Lys Lys Lys Val Pro Glu Leu Arg Phe Lys Gly Phe Thr Asn Asp Trp Glu Glu Arg Lys Leu Gly Glu Leu Ser Asn Ile Val Gly Gly Gly Thr Pro Ser Thr Ser Asn Pro Glu Tyr Trp Asp Gly Asp Ile Asp Trp Tyr Ala Pro Ala Glu Ile Gly Glu Gln Ser Tyr Val Ser Lys Ser Lys Lys Thr Ile Thr Glu Leu Gly Leu Lys Lys Ser Ser Ala Arg Ile Leu Pro Val Gly Thr Val Leu Phe Thr Ser Arg Ala Gly Ile Gly Asn Thr Ala Ile Leu Ala Lys Glu Ala Thr Thr Asn Gln Gly Phe Gln Ser Ile Val Pro Asp Gln Asn Lys Leu Asp Ser Tyr Phe Ile Phe Ser Arg Thr Asn Glu Leu Lys Arg Tyr Gly Glu Val Thr Gly Ala Gly Ser Thr Phe Val Glu Val Ser Gly Lys Gln Met Ser Lys Met Ser Ile Met Val Pro Glu Leu Ser Glu Gln Gln Lys Ile Gly Asn Phe Phe Lys Glu Leu Asp Asn Thr Ile Ala Leu His Gln Arg Lys Leu Asp Leu Leu Lys Glu Gln Lys Lys Gly Tyr Leu Gln Lys Met Phe Pro Lys Asn Gly Ala Lys Val Pro Glu Leu Arg Phe Ala Gly Phe Ala Asp Asp Trp Glu Glu Arg Lys Leu Gly Asp Ile Thr Lys Ile Ser Thr Gly Lys Leu Asp Ala Asn Ala Met Val Glu Asn Gly Lys Tyr Asp Phe Tyr Thr Ser Gly Ile Lys Lys Tyr Arg Ile Asp Val Ala Ala Phe Glu Gly Pro Ser Ile Thr Ile Ala Gly Asn Gly Ala Thr Val Gly Tyr Met His Leu Ala Asp Asn Lys Phe Asn Ala Tyr Gln Arg Thr Tyr Val Leu Gln Glu Phe Leu Val Asp Arg Ser Phe Ile Phe Ser Glu Ile Gly Asn
Claims (12)
1) Polypeptide, constituant l'une des sous-unités HsdR, HsdM, ou HsdS d'un mécanisme de résistance aux bactériophages R/M de type Ic, caractérisé en ce que ledit mécanisme est actif contre les phages des bactéries lactiques.
2) Polypeptide selon la revendication 1, caractérisé en ce qu'il est choisi dans le groupe constitué par:
- les polypeptides constituant une sous-unité HsdR comprenant la séquence (I) suivante:
KRLARK
- les polypeptides constituant une sous-unité HsdM comprenant au moins l'une des séquences suivantes:
- la séquence (II):
dans laquelle X1 représente I ou L, - la séquence (III):
dans laquelle X2 représente Y ou F
- les polypeptides constituant une sous-unité HsdS comprenant * un domaine N-terminal d'environ 150 à 180 acides aminés, comprenant la séquence (IV) suivante:
dans laquelle X3 représente E ou Q, X4 représente E, P, D, ou K, X5 représente N ou D, X6 représente L ou F ;
* un domaine central, d'environ 50 à 80 acides aminés, comprenant la séquence (V) suivante G
dans laquelle X7 représente R ou Q, X8 représente S, N, ou L, X9 représente E, H, ou Q, X10 représente A, D, ou N, X11 représente A, ou V, X 12 représente L ou F, X 13 représente A ou S, X 14 représente I ou V, X15 représente E ou G, X16 représente D ou E;
* un domaine C-terminal, d'environ 160 à 200 acides aminés, comprenant la séquence (VI) suivante dans laquelle X15 représente K ou Q, X16 représente K ou Q, X17 représente N ou D, X18 représente T, A, ou V, X19 représente A, ou D ;
et/ou la séquence (VII)suivante:
dans laquelle X20 représente V ou H.
- les polypeptides constituant une sous-unité HsdR comprenant la séquence (I) suivante:
KRLARK
- les polypeptides constituant une sous-unité HsdM comprenant au moins l'une des séquences suivantes:
- la séquence (II):
dans laquelle X1 représente I ou L, - la séquence (III):
dans laquelle X2 représente Y ou F
- les polypeptides constituant une sous-unité HsdS comprenant * un domaine N-terminal d'environ 150 à 180 acides aminés, comprenant la séquence (IV) suivante:
dans laquelle X3 représente E ou Q, X4 représente E, P, D, ou K, X5 représente N ou D, X6 représente L ou F ;
* un domaine central, d'environ 50 à 80 acides aminés, comprenant la séquence (V) suivante G
dans laquelle X7 représente R ou Q, X8 représente S, N, ou L, X9 représente E, H, ou Q, X10 représente A, D, ou N, X11 représente A, ou V, X 12 représente L ou F, X 13 représente A ou S, X 14 représente I ou V, X15 représente E ou G, X16 représente D ou E;
* un domaine C-terminal, d'environ 160 à 200 acides aminés, comprenant la séquence (VI) suivante dans laquelle X15 représente K ou Q, X16 représente K ou Q, X17 représente N ou D, X18 représente T, A, ou V, X19 représente A, ou D ;
et/ou la séquence (VII)suivante:
dans laquelle X20 représente V ou H.
3) Polypeptide selon la revendication 2, caractérisé en ce qu'il est choisi dans le groupe constitué par:
- un polypeptide HsdR répondant à l'une des séquences respectivement représentées dans la liste de séquences en annexe sous les numéros SEQ ID NO:2 et SEQ ID NO:4;
- un polypeptide HsdM répondant à l'une des séquences respectivement représentées dans la liste de séquences en annexe sous les numéros SEQ ID
NO:6, et SEQ ID NO:8;
- un polypeptide HsdS constitué par:
* un domaine N-terminal d'environ 150 à 180 acides aminés dont la séquence est celle du domaine N-terminal de l'une quelconque des séquences représentées dans la liste de séquences en annexe sous les numéros SEQ ID NO:10, SEQ ID NO:12, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:16 ;
* un domaine central, d'environ 50 à 80 acides aminés, dont la séquence est celle du domaine central de l'une quelconque des séquences représentées dans la liste de séquences en annexe sous les numéros SEQ ID NO:10. SEQ ID NO:12, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:16;
* un domaine C-terminal, d'environ 160 à 200 acides aminés, dont la séquence est celle du domaine C-terminal de l'une quelconque des séquences représentées dans la liste de séquences en annexe sous les numéros SEQ ID NO:10, SEQ ID NO:12, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:16.
- un polypeptide HsdR répondant à l'une des séquences respectivement représentées dans la liste de séquences en annexe sous les numéros SEQ ID NO:2 et SEQ ID NO:4;
- un polypeptide HsdM répondant à l'une des séquences respectivement représentées dans la liste de séquences en annexe sous les numéros SEQ ID
NO:6, et SEQ ID NO:8;
- un polypeptide HsdS constitué par:
* un domaine N-terminal d'environ 150 à 180 acides aminés dont la séquence est celle du domaine N-terminal de l'une quelconque des séquences représentées dans la liste de séquences en annexe sous les numéros SEQ ID NO:10, SEQ ID NO:12, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:16 ;
* un domaine central, d'environ 50 à 80 acides aminés, dont la séquence est celle du domaine central de l'une quelconque des séquences représentées dans la liste de séquences en annexe sous les numéros SEQ ID NO:10. SEQ ID NO:12, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:16;
* un domaine C-terminal, d'environ 160 à 200 acides aminés, dont la séquence est celle du domaine C-terminal de l'une quelconque des séquences représentées dans la liste de séquences en annexe sous les numéros SEQ ID NO:10, SEQ ID NO:12, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:16.
4) Séquence d'acide nucléique caractérisée en ce qu'elle code pour un polypeptide selon une quelconque des revendications 1 à 3.
5) Séquence d'acide nucléique selon la revendication 4 caractérisée en ce qu'elle est choisie dans le groupe constitué par:
- les séquences hsdR SEQ ID NO:1, et SEQ ID NO:3 ;
- les séquences hsdM SEQ ID NO:5, et SEQ ID NO:7 ;
- les séquences hsdS SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:11, SEQ ID NO:13, et SEQ ID NO:15.
- les séquences hsdR SEQ ID NO:1, et SEQ ID NO:3 ;
- les séquences hsdM SEQ ID NO:5, et SEQ ID NO:7 ;
- les séquences hsdS SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:11, SEQ ID NO:13, et SEQ ID NO:15.
6) Fragment d'acide nucléique d'au moins 18 pb homologue ou complémentaire de tout ou partie d'une séquence d'acide nucléique selon une quelconque des revendications 4 ou 5.
7) Fragment d'acide nucléique selon la revendication 6, choisi dans le groupe constitué par les oligonucléotides homologues ou complémentaires d'une séquence codant pour au moins 6 acides aminés consécutifs de l'un des peptides suivants;
TGSGKT
KRLARK
LLTGFDS
FYKYLS
LARMNL
LPHGVLFRGAAE
NLNIPRYVDTFEEEE
DDWEERK
LHQRKLDLLKEQKKGY
QKMFPKNG
PELRFA
FADDWE
IGSFFKQLD
GFLQKMF.
TGSGKT
KRLARK
LLTGFDS
FYKYLS
LARMNL
LPHGVLFRGAAE
NLNIPRYVDTFEEEE
DDWEERK
LHQRKLDLLKEQKKGY
QKMFPKNG
PELRFA
FADDWE
IGSFFKQLD
GFLQKMF.
8) Utilisation d'au moins un fragment d'acide nucléique selon une quelconque des revendications 6 ou 7 pour sélectionner des bactéries lactiques contenant une séquence d'acide nucléique codant pour au moins une sous-unité d'un mécanisme R/M de type Ic.
9) Utilisation d'au moins un fragment d'acide nucléique selon une quelconque des revendications 6 ou 7 pour isoler et/ou cloner un acide nucléique comprenant une séquence selon une quelconque des revendications 4 ou 5.
10) Utilisation d'au moins une séquence d'acide nucléique selon une quelconque des revendications 4 ou 5 pour permettre l'expression dans une bactérie lactique d'au moins un mécanisme de résistance aux bactériophages R/M de type Ic.
11) Bactérie transformée par au moins une séquence d'acide nucléique selon une quelconque des revendications 4 ou 5.
12) Bactérie transformée selon la Revendication 11, caractérisée en ce qu'elle est en outre capable d'exprimer un mécanisme de résistance aux bactériophages choisi parmi les mécanismes Abi, et les mécanismes R/M de type II.
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