BRPI0815650B1

BRPI0815650B1 - Métodos para identificar plantas de soja compreendendo um alelo que confere resistência a afídeo de soja em uma planta de soja

Info

Publication number: BRPI0815650B1
Application number: BRPI0815650-6A
Authority: BR
Inventors: Vergel Concibido; James Narvel; Jennifer Yates; Henry Roger Boerma
Original assignee: Monsanto Technology Llc; University Of Georgia Research Foundation, Inc.
Priority date: 2007-08-08
Filing date: 2008-08-08
Publication date: 2018-08-14
Also published as: WO2009021153A3; CA3071513A1; WO2009021153A2; US10238062B2; CA3071513C; BRPI0815650A8; US20130160155A1; US8389797B2; BRPI0815650A2; CN101801175B; CA3023625A1; CA2695610C; CA3023625C; US20160021841A1; US20140259207A1; US20180092323A1; EP2178357A2; US9844196B2; ZA201000887B; US9119364B2

Description

(54) Título: MÉTODOS PARA IDENTIFICAR PLANTAS DE SOJA COMPREENDENDO UM ALELO QUE CONFERE RESISTÊNCIA A AFÍDEO DE SOJA EM UMA PLANTA DE SOJA (51) lnt.CI.: A01H 1/04; C12Q 1/68; A01H 5/10; A01H 5/00 (30) Prioridade Unionista: 08/08/2007 US 60/963,936 (73) Titular(es): MONSANTO TECHNOLOGY LLC. UNIVERSITY OF GEÓRGIA RESEARCH FOUNDATION, INC.

(72) Inventor(es): VERGEL CONCIBIDO; JAMES NARVEL; JENNIFER YATES; HENRY ROGER BOERMA (85) Data do Início da Fase Nacional: 05/02/2010

Relatório Descritivo da Patente de Invenção para MÉTODOS PARA IDENTIFICAÇÃO DE PLANTAS DE SOJA COMPREENDENDO UM ALELO QUE CONFERE RESISTÊNCIA A AFÍDEOS E DE UM ALELO QUE CONFERE RESISTÊNCIA A AFÍDEO EM UMA PLANTA DE SOJA .

Referência Cruzada a Pedidos Relacionados

O presente pedido reivindica o benefício sob 35 U.S.C. § 119(e) do Pedido de Patente Provisório U. S. N° 60/963936 depositado em 8 de agosto de 2007. O pedido em sua totalidade é aqui incorporado a título de referência.

Incorporação da Listagem de Sequência

Uma listagem de sequência está contida no arquivo nomeado 53776seqlisting.txt que tem 80.088 bytes (medido em MS-Windows) e foi criado em 7 de agosto de 2008. Esta listagem de sequência eletrônica é eletronicamente depositada em anexo e é incorporada aqui a título de referência.

Campo da Invenção

A presente invenção está no campo de produção de planta. Mais especificamente, a invenção inclui métodos e composições para avaliação de plantas do gênero Glycine com marcadores associados com loci de característica quantitativa que estão relacionados com a resistência a afídeo nas plantas Glycine. A invenção inclui ainda métodos e composições de regiões genômicas para avaliação de plantas do gênero Glycine associadas com resistência a afídeo.

Antecedentes da Invenção

Soja, Glycine Max (L.) Merril, é uma grande cultura econômica em todo o mundo e é a fonte principal de óleo e proteína vegetais (Sinclair e Backman, Compendium of Soybean Diseases, 3^a Ed., APS Press, St. Paul, MN, p. 106 (1989). A crescente demanda quanto a dietas com pouco colesterol e alto teor de fibra também aumentou a importância da soja como um alimento saudável.

As variedades de soja cultivadas nos Estados Unidos têm uma base genética estreita. Seis introduções, ‘Mandarin’, ‘Manchu’, ‘Mandarin’ (Ottawa), ‘Richland’, ‘AK’ (Harrow) e ‘Mukden’, contribuíram para quase 70%

Petição 870180045939, de 29/05/2018, pág. 7/16 do germoplasma apresentado em 136 lançamentos de cultivar. Até agora, cultivares modernas podem ser rastreadas a partir dessas seis linhagens de soja da China. Em um estudo conduzido por Cox e outros, Crop Sei. 25:529532 (1988), o germoplasma de soja é compreendido de 90% de materiais adaptados, 9% de não-adaptados e apenas 1% de espécies exóticas. A base genética de soja cultivada poderia ser ampliada através de espécies exóticas. Ainda, espécies exóticas podem possuir tais características-chave como resistência a doenças, estresse e inseto.

Afídeo de soja, Aphis Glycines Matsumura, foi identificado como nova peste de inseto de sojas em 2001 e se espalhou por 21 estados nos Estados Unidos e 3 províncias no Canadá em 2003 (Vennette e outros, Ann. Entomol. Soc. Am., 97217-226 (2004)). Rendimentos altos são críticos para a margem de lucro de um fazendeiro. Afídeo de soja pode causar mais de 50% de perdas em rendimento (Wang e outros, Plant Protect 20:12-13 (1994)). Em adição à diminuição em rendimento, um aumento em uso de inseticida pode também diminuir a margem de lucro do fazendeiro. Mais de 7 milhões de acres de soja no Norte Central dos Estados Unidos foram pulverizados com inseticida para controlar afídeos de soja em 2003; o custo estimado dos tratamento com inseticida era $84-$105 apenas na região Norte Central em 2003 (Landis e outros, NCR-125 Arthropod biological control: State reports for 2003; Li e outros, Mol. Breeding 19:25-34 (2007)).

Afídeos de soja podem diretamente prejudicar a planta através da remoção de quantidades significantes de água e nutrientes fazendo com que as folhas fiquem amarelas e murchem. Ainda, afídeos excretam honeydew, uma substância pegajosa rica em açúcar, nas folhas e plantas. Honeydew frequentemente leva ao desenvolvimento de fumagina, que afeta a fotossíntese resultando em perdas de rendimento significantes (Gomez e outros, Environ. Exp. Bot. 55:77-86 (2006)). Afídeos de soja são vetores de vários vírus que podem tolher o crescimento da planta, distorcer folhas, causar manchas de folhas e caule, reduzir o número de vagem e causar descoloração na semente. Vírus transmitidos através de afídeo de soja incluem vírus do mosaico da soja, vírus do mosaico amarelo, vírus etch do tabaco e vírus da mancha do veio do tabaco (Wang e outros, Plant Dis. 90:920-926 (2006)).

Resistência da planta hospedeiro a inseto são frequentemente características quantitativamente herdadas e não gene de resistência principal. Acúmulo de resistências quantitativas é mais durável do que um gene principal para resistência, mas é difícil identificar e incorporar resistências quantitativas múltiplas a uma variedade de soja única. Marcadores moleculares associados com resistência a inseto oferecem aos produtores um método mais eficiente para trabalhar com características quantitativas e resistência a inseto. Genes de resistência a afídeo e QTLs em soja são conhecidos. Exemplos dos mesmos incluindo Rag1 foram identificados na variedade de soja Dowling e mapeados para grupo de ligação M (Pedido de Patente U.S. N² 11/158.307). Adicionalmente, loci de característica quantitativa associados com resistência a afídeo foram identificados em Plant Introduction (Pl) 567598B e grupos de ligação mapeados B2, D1b, J e K (PCT/US2006/019200).

Há uma necessidade na técnica de produção de planta em identificar loci de característica quantitativa adicionais associados à resistência a afídeo em soja. Adicionalmente, há a necessidade de um método de custo eficiente, rápido, para testar a ausência ou presença de loci de resistência a afídeo em soja. A presente invenção provê um método para avaliação e seleção de uma planta de soja compreendendo um loci de característica quantitativa com resistência a afídeo usando tecnologia de polimorfismo de nucleotídeo único (SNP) (Single Nucleotide Polymorphism). Sumário da Invenção

A presente invenção provê métodos para produção de resistência a afídeo em plantas de soja. A presente invenção refere-se a métodos para determinar a presença ou ausência de loci de característica quantitativa conferindo resistência a afídeo em plantas de soja, incluindo, mas não limitado a, germoplasma exótico, populações, linhagens, linhagens de elite, cultivares e variedades. A presente invenção não é limitada a nenhum tipo de característica resistente a afídeo, tal como antibiose, antixenose ou repelência. Mais particularmente, a invenção refere-se a métodos envolvendo identificação de marcadores moleculares associados com toei de característica quantitativa de resistência a afídeo (QTL). A presente invenção refere-se ao uso de marcadores moleculares para avaliar e selecionar resistência a afídeo dentro de plantas de soja, incluindo, mas não limitado a, germoplasma exótico, populações, linhagens, linhagens de elite e variedades.

Em uma modalidade preferida, a presente invenção provê ainda loci de característica quantitativa associados a resistência a um ou mais artrópodes incluindo, mas não limitado a, Coleópteros, exemplos incluindo Cerotoma sp., tal como besouro da folha do feijão (Cerotoma trifurcata), Diabrotica sp. tal como besouro do pepino pintado (Diabrotica undecimpunctata howardi), Epicauta sp. tal como besouro-de-bolha (Epicauta pestífera), Popilli sp. tal como besouro Japonês (PopiHia japonica), Dectes sp. tal como broca do caule da soja (Dectes texanus texanus) e Colaspis sp. tal como vaquinha-da-videira (Colaspis brunnea),etc.·, Ortópteros, exemplos incluindo Melanoplus sp. tal como lagarta da perna vermelha (Melanoplus femurrubrum), e Shistocerca sp. tal como gafanhoto Americano (Shistocerca Americana), etc.; Lepidópteros, exemplos incluindo Plathypen sp. tal como green cloverworm (Plathypena scabra), Pseudoplusia sp tal como lagarta-falsa-medideira (Pseudoplusia includens), Anticarsia sp. tal como lagarta-da-soja (Anticarsia gemmatalis), Epargyreus sp. tal como Silverspotted skipper (Epargyreus clarus), Estigmene sp. tal como saltmarsh Caterpillar (Estigmene acrea), Spodoptera sp. tal como lagarta-do-cartucho (Spodoptera exigua), Heliothis sp. tal como lagarta-da-espiga (Heliothis zea) e Matsumuraeses sp. tal como bean podworm (Matsumuraeses phaseoli)·, Hemípteros, exemplos incluindo Acrosternum sp. tal como percevejo-verde (Acrosternum hilare), Euschistus sp. tal como percevejo marrom (Euschistus servus), Nezara sp. tal como percevejo da soja (Nezara viridula)·, Homópteros, exemplos incluindo Spissistilus sp. tal como threecornered alfalfa hopper (Spissistilus festinus) e Aphis sp. tal como afídeo da soja (Aphis Glycines); Tisanóptero, exemplos incluindo Sericothrips sp. tal como tripés da soja (Sericothrips variabilis).

Em uma modalidade preferida, a presente invenção provê ainda loci associados à resistência a nematoides, incluindo, mas não limitado a, Heterodera sp. tal como nematoide de cisto da soja (Heterodera Glycines), Belonolaimus sp, tal como nematoide picador (Belonolaimus longicaudatus), Rotylenchulus sp. tal como nematoide reniforme (Rotylenchulus reniformis), Meloidogyne sp. tal como nematoide da galha da raiz (Meloidogyne incógnita), nematoide da galha da raiz do amendoim (Meloidogyne arenaria) e nematoide da raiz galha Javanês (Meloidogyne javanica).

A presente invenção refere-se à produção de plantas, populações, linhagens, linhagens de elite e variedades resistentes a afídeo. Mais particularmente, a presente invenção inclui um método de introgressão de um alelo resistente a afídeo em uma planta de soja compreendendo (A) cruzamento de pelo menos uma primeira planta de soja compreendendo uma sequência de ácido nucleico selecionada do grupo consistindo em SEQ ID N^s: 81 a SEQ ID N⁹:120 com pelo menos uma segunda planta de soja a fim de formar uma população de segregação, (B) avaliação da população de segregação com um ou mais marcadores de ácido nucleico para determinar se uma ou mais plantas de soja da população de segregação contêm a sequência de ácido nucleico e (C) seleção a partir da população de segregação de uma ou mais plantas de soja compreendendo uma sequência de ácido nucleico selecionada do grupo consistindo nas SEQ ID N⁹:81 a SEQ ID N⁹:120.

A presente invenção inclui um método de introgressão de um alelo em uma planta de soja compreendendo: (A) cruzamento de pelo menos uma planta de soja resistente a afídeo com pelo menos uma planta de soja suscetível a afídeo a fim de formar uma população de segregação; (B) avaliação da dita população de segregação com um ou mais marcadores de ácido nucleico para determinar se uma ou mais plantas de soja da dita população de segregação contêm um alelo resistente a afídeo, em que o dito alelo de resistência a afídeo é um alelo selecionado do grupo consistindo em alelo de resistência a afídeo 1, alelo de resistência a afídeo 2, alelo de resistência a afídeo 3, alelo de resistência a afídeo 4, alelo de resistência a afídeo 5, alelo de resistência a afídeo 6, alelo de resistência a afídeo 7, alelo de resistência a afídeo 8, alelo de resistência a afídeo 9, alelo de resistência a afídeo 10, alelo de resistência a afídeo 11, alelo de resistência a afídeo 12, alelo de resistência a afídeo 13, alelo de resistência a afídeo 14, alelo de resistência a afídeo 15, alelo de resistência a afídeo 16, alelo de resistência a afídeo 17, alelo de resistência a afídeo 18, alelo de resistência a afídeo 19, alelo de resistência a afídeo 20, alelo de resistência a afídeo 21, alelo de resistência a afídeo 22, alelo de resistência a afídeo 23, alelo de resistência a afídeo 24, alelo de resistência a afídeo 25, alelo de resistência a afídeo 26, alelo de resistência a afídeo 27, alelo de resistência a afídeo 28, alelo de resistência a afídeo 29, alelo de resistência a afídeo 30, alelo de resistência a afídeo 31, alelo de resistência a afídeo 32, alelo de resistência a afídeo 33, alelo de resistência a afídeo 34, alelo de resistência a afídeo 35, alelo de resistência a afídeo 36, alelo de resistência a afídeo 37 e alelo de resistência a afídeo 38, alelo de resistência a afídeo 39 e alelo de resistência a afídeo 40.

A presente invenção inclui uma planta de soja de elite compreendendo uma sequência de ácido nucleico selecionada do grupo consistindo em SEQ ID N⁹:81 a SEQ ID N⁹:120.

Breve Descrição das Sequências de Ácido Nucleico

SEQ ID N²: 1 é um iniciador de PCR avançado para a amplificação de SEQ ID N⁹: 81.

SEQ ID N⁹: 2 é um iniciador de PCR reverso para a amplificação de SEQ ID N²: 81.

SEQ ID N⁹: 3 é um iniciador de PCR avançado para a amplificação de SEQ ID N⁹: 82.

SEQ ID N⁹: 4 é um iniciador de PCR reverso para a amplificação de SEQ ID N⁹: 82.

SEQ ID N⁹: 5 é um iniciador de PCR avançado para a amplificação de SEQ ID N⁹: 83.

SEQ ID N⁹: 6 é um iniciador de PCR reverso para a amplificação de SEQ ID N⁹: 83.

SEQ ID N^s: 7 é um iniciador de PCR avançado para a amplificação de SEQ ID N^s: 84.

SEQ ID N^s: 8 é um iniciador de PCR reverso para a amplificação de SEQ ID N⁹: 84.

SEQ ID N⁹: 9 é um iniciador de PCR avançado para a amplificação de SEQ SEQ ID amplificação de SEQ

SEQ ID amplificação de SEQ SEQ ID amplificação de SEQ

SEQ ID amplificação de SEQ

SEQ ID amplificação de SEQ SEQ ID amplificação de SEQ

SEQ ID amplificação de SEQ

SEQ ID amplificação de SEQ SEQ ID amplificação de SEQ

ID N⁹: 85.

N⁹: 10 é um iniciador de PCR reverso para a ID N⁹: 85.

N⁹: 11 é um iniciador de PCR avançado para a ID N⁹: 86.

N⁹: 12 é um iniciador de PCR reverso para a ID N⁹: 86.

N⁹: 13 é um iniciador de PCR avançado para a ID N⁹: 87.

N⁹: 14 é um iniciador de PCR reverso para a ID N⁹: 87.

N⁹: 15 é um iniciador de PCR avançado para a ID N⁹: 88.

N⁹: 16 é um iniciador de PCR reverso para a ID N⁹: 88.

N⁹: 17 é um iniciador de PCR avançado para a ID N⁹: 89.

N⁹: 18 é um iniciador de PCR reverso para a ID N⁹: 89.

N⁹: 19 é um iniciador de PCR avançado para a ID N⁹: 90.

N⁹: 20 é um iniciador de PCR reverso para a ID N⁹: 90.

N⁹: 21 é um iniciador de PCR avançado para a

ID N⁹: 91.

N⁹: 22 é um iniciador de PCR reverso para a

ID N⁹: 91.

SEQ ID N⁹: 23 é um iniciador de PCR avançado para a amplificação de SEQ ID N⁹: 92.

SEQ ID N⁹: 24 é um iniciador de PCR reverso para a amplificação de SEQ ID N⁹: 92.

SEQ ID N⁹: 25 é um iniciador de PCR avançado para a amplificação de SEQ ID N⁹: 93.

SEQ ID N⁹: 26 é um iniciador de PCR reverso para a amplificação de SEQ ID N⁹: 93.

SEQ ID N⁹: 27 é um iniciador de PCR avançado para a 10 amplificação de SEQ ID N⁹: 94.

SEQ ID N⁹: 28 é um iniciador de PCR reverso para a amplificação de SEQ ID N⁹: 94.

SEQ ID N⁹: 29 é um iniciador de PCR avançado para a amplificação de SEQ ID N⁹: 95.

SEQ ID N⁹: 30 é um iniciador de PCR reverso para a amplificação de SEQ ID N⁹: 95.

SEQ ID N⁹: 31 é um iniciador de PCR avançado para a amplificação de SEQ ID N⁹: 96.

SEQ ID N⁹: 32 é um iniciador de PCR reverso para a 20 amplificação de SEQ ID N⁹: 96.

SEQ ID N⁹: 33 é um iniciador de PCR avançado para a amplificação de SEQ ID N⁹: 97.

SEQ ID N⁹: 34 é um iniciador de PCR reverso para a amplificação de SEQ ID N⁹: 97.

SEQ ID N⁹: 35 é um iniciador de PCR avançado para a amplificação de SEQ ID N⁹: 98.

SEQ ID N⁹: 36 é um iniciador de PCR reverso para a amplificação de SEQ ID N⁹: 98.

SEQ ID N⁹: 37 é um iniciador de PCR avançado para a amplificação de SEQ ID N⁹: 99.

SEQ ID N⁹: 38 é um iniciador de PCR reverso para a amplificação de SEQ ID N⁹: 99.

SEQ ID N⁹: 39 é amplificação de SEQ ID N⁹: 100.

SEQ ID N⁹: 40 é amplificação de SEQ ID N⁹: 100.

SEQ ID N⁹: 41 é amplificação de SEQ ID N⁹: 101.

SEQ ID N⁹: 42 é amplificação de SEQ ID N⁹: 101.

SEQ ID N⁹: 43 é amplificação de SEQ ID N⁹: 102.

SEQ ID N⁹: 44 é amplificação de SEQ ID N⁹: 102.

SEQ ID N⁹: 45 é amplificação de SEQ ID N⁹: 103.

SEQ ID N⁹: 46 é amplificação de SEQ ID N⁹: 103.

SEQ ID N⁹: 47 é amplificação de SEQ ID N⁹: 104.

SEQ ID N⁹: 48 é amplificação de SEQ ID N⁹: 104.

SEQ ID N⁹: 49 é amplificação de SEQ ID N⁹: 105.

SEQ ID N⁹: 50 é amplificação de SEQ ID N⁹: 105.

SEQ ID N⁹: 51 é amplificação de SEQ ID N⁹: 106.

SEQ ID N⁹: 52 é amplificação de SEQ ID N⁹:106.

SEQ ID N⁹: 53 é amplificação de SEQ ID N⁹: 107.

SEQ ID N⁹: 54 é amplificação de SEQ ID N⁹: 107.

um iniciador de PCR avançado um iniciador de PCR reverso um iniciador de PCR avançado um iniciador de PCR reverso um iniciador de PCR avançado um iniciador de PCR reverso um iniciador de PCR avançado um iniciador de PCR reverso um iniciador de PCR avançado um iniciador de PCR reverso um iniciador de PCR avançado um iniciador de PCR reverso um iniciador de PCR avançado um iniciador de PCR reverso um iniciador de PCR avançado um iniciador de PCR reverso para a para a para a para a para a para a para a para a para a para a para a para a para a para a para a para a

SEQ ID N⁹: 55 é um iniciador de PCR avançado para a amplificação de SEQ ID N⁹: 108.

SEQ ID N⁹: 56 é um iniciador de PCR reverso para a amplificação de SEQ ID N⁹: 108.

SEQ ID N⁹: 57 é um iniciador de PCR avançado para a amplificação de SEQ ID N⁹: 109.

SEQ ID N⁹: 58 é um iniciador de PCR reverso para a amplificação de SEQ ID N⁹: 109.

SEQ ID N⁹: 59 é um iniciador de PCR avançado para a 10 amplificação de SEQ ID N⁹: 110.

SEQ ID N⁹: 60 é um iniciador de PCR reverso para a amplificação de SEQ ID N⁹: 110.

SEQ ID N⁹: 61 é um iniciador de PCR avançado para a amplificação de SEQ ID N⁹: 111.

SEQ ID N⁹: 62 é um iniciador de PCR reverso para a amplificação de SEQ ID N⁹: 111.

SEQ ID N⁹: 63 é um iniciador de PCR avançado para a amplificação de SEQ ID N⁹: 112.

SEQ ID N⁹: 64 é um iniciador de PCR reverso para a 20 amplificação de SEQ ID N⁹: 112.

SEQ ID N⁹: 65 é um iniciador de PCR avançado para a amplificação de SEQ ID N⁹: 113.

SEQ ID N⁹: 66 é um iniciador de PCR reverso para a amplificação de SEQ ID N⁹: 113

SEQ ID N⁹: 67 é um iniciador de PCR avançado para a amplificação de SEQ ID N⁹: 114.

SEQ ID N⁹: 68 é um iniciador de PCR reverso para a amplificação de SEQ ID N⁹: 114.

SEQ ID N⁹: 69 é um iniciador de PCR avançado para a amplificação de SEQ ID N⁹: 115.

SEQ ID N⁹: 70 é um iniciador de PCR reverso para a amplificação de SEQ ID N⁹: 115.

SEQ ID N⁹: 71 é um iniciador de PCR avançado para a amplificação de SEQ ID N^s: 116.

SEQ ID N⁹: 72 é um iniciador de PCR reverso para a amplificação de SEQ ID N⁹: 116.

SEQ ID N⁹: 73 é um iniciador de PCR avançado para a amplificação de SEQ ID N⁹:117.

SEQ ID N⁹: 74 é um iniciador de PCR reverso para a amplificação de SEQ ID N⁹:117.

SEQ ID N⁹: 75 é um iniciador de PCR avançado para a amplificação de SEQ ID N⁹: 118.

SEQ ID N⁹: 76 é um iniciador de PCR reverso para a amplificação de SEQ ID N⁹:118.

SEQ ID N⁹: 77 é um iniciador de PCR avançado para a amplificação de SEQ ID N⁹:119.

SEQ ID N⁹: 78 é um iniciador de PCR reverso para a amplificação de SEQ ID N⁹:119.

SEQ ID N⁹: 79 é um iniciador de PCR avançado para a amplificação de SEQ ID N⁹:120.

SEQ ID N⁹: 80 é um iniciador de PCR reverso para a amplificação de SEQ ID N⁹:120.

SEQ ID N⁹: 82 é uma sequência genômica derivada de Glycine Max correspondendo ao locus de resistência a afídeo 1.

SEQ ID N⁹: 83 é uma sequência genômica derivada de Glycine Max correspondendo ao locus de resistência a afídeo 1.

SEQ ID N⁹: 84 é uma sequência genômica derivada de Glycine Max correspondendo ao locus de resistência a afídeo 1.

SEQ ID N⁹: 85 é uma sequência genômica derivada de Glycine Max correspondendo ao locus de resistência a afídeo 2.

SEQ ID N⁹: 86 é uma sequência genômica derivada de Glycine

Max correspondendo ao locus de resistência a afídeo 3.

SEQ ID N⁹: 87 é uma sequência genômica derivada de Glycine

Max correspondendo ao locus de resistência a afídeo 4.

SEQ ID N²: 88 é uma sequência genômica derivada de Glycine Max correspondendo ao locus de resistência a afídeo 5.

SEQ ID N²: 89 é uma sequência genômica derivada de Glycine Max correspondendo ao locus de resistência a afídeo 6.

SEQ ID N^s: 90 é uma sequência genômica derivada de Glycine

Max correspondendo ao locus de resistência a afídeo 7.

SEQ ID N^s: 91 é uma sequência genômica derivada de Glycine Max correspondendo ao locus de resistência a afídeo 8.

SEQ ID N²: 92 é uma sequência genômica derivada de Glycine 10 Max correspondendo ao locus de resistência a afídeo 8.

SEQ ID N²: 93 é uma sequência genômica derivada de Glycine Max correspondendo ao locus de resistência a afídeo 9.

SEQ ID N²: 94 é uma sequência genômica derivada de Glycine Max correspondendo ao locus de resistência a afídeo 10.

SEQ ID N²: 95 é uma sequência genômica derivada de Glycine

Max correspondendo ao locus de resistência a afídeo 11.

SEQ ID N²: 96 é uma sequência genômica derivada de Glycine Max correspondendo ao locus de resistência a afídeo 12.

SEQ ID N²: 97 é uma sequência genômica derivada de Glycine 20 Max correspondendo ao locus de resistência a afídeo 13.

SEQ ID N²: 98 é uma sequência genômica derivada de Glycine Max correspondendo ao locus de resistência a afídeo 14.

SEQ ID N²: 99 é uma sequência genômica derivada de Glycine Max correspondendo ao locus de resistência a afídeo 15.

SEQ ID N²: 100 é uma sequência genômica derivada de Glycine

Max correspondendo ao locus de resistência a afídeo 16.

SEQ ID N²: 101 é uma sequência genômica derivada de Glycine Max correspondendo ao locus de resistência a afídeo 16.

SEQ ID N²: 102 é uma sequência genômica derivada de Glycine

Max correspondendo ao locus de resistência a afídeo 16.

SEQ ID N²: 103 é uma sequência genômica derivada de Glycine

Max correspondendo ao locus de resistência a afídeo 17.

SEQ ID N²: 104 é uma sequência genômica derivada de Glycine Max correspondendo ao locus de resistência a af ideo 18.

SEQ ID N²: 105 é uma sequência genômica derivada de Glycine Max correspondendo ao locus de resistência a afídeo 19.

SEQ ID N²: 106 é uma sequência genômica derivada de Glycine Max correspondendo ao locus de resistência a afídeo 20.

SEQ ID N²: 107 é uma sequência genômica derivada de Glycine Max correspondendo ao locus de resistência a afídeo 21.

SEQ ID N²: 108 é uma sequência genômica derivada de Glycine Max correspondendo aò locus de resistência a afídeo 21.

SEQ ID N²: 109 é uma sequência genômica derivada de Glycine Max correspondendo ao locus de resistência a afídeo 22.

SEQ ID N²: 110 é uma sequência genômica derivada de Glycine Max correspondendo ao locus de resistência a afídeo 23.

SEQ ID N²: 111 é uma sequência genômica derivada de Glycine Max correspondendo ao locus de resistência a afídeo 23.

SEQ ID N²: 112 é uma sequência genômica derivada de Glycine Max correspondendo ao locus de resistência a afídeo 24.

SEQ ID N²: 113 é uma sequência genômica derivada de Glycine /Wax correspondendo ao locus de resistência a afídeo 25.

SEQ ID N²: 114 é uma sequência genômica derivada de Glycine Max correspondendo ao locus de resistência a afídeo 26.

SEQ ID N²: 115 é uma sequência genômica derivada de Glycine Max correspondendo ao locus de resistência a afídeo 26.

SEQ ID N²: 116 é uma sequência genômica derivada de Glycine Max correspondendo ao locus de resistência a afídeo 27.

SEQ ID N²: 117 é uma sequência genômica derivada de Glycine Max correspondendo ao locus de resistência a afídeo 28.

SEQ ID N²: 118 é uma sequência genômica derivada de Glycine

Max correspondendo ao locus de resistência a afídeo 28.

SEQ ID N²: 119 é uma sequência genômica derivada de Glycine

Max correspondendo ao locus de resistência a afídeo 28.

	SEQ ID N⁹:
Max correspondendo ao
	SEQ ID N⁹:
ID N⁹: 81.	SEQ ID N⁹:
ID N⁹: 81.	SEQ ID N⁹:
ID N⁹: 82.	SEQ ID N⁹:
ID N⁹: 82.	SEQ ID N⁹:
ID N⁹: 83.	SEQ ID N⁹:
ID N⁹: 83.	SEQ ID N⁹:
ID N⁹: 84.	SEQ ID N⁹:
ID N⁹: 84.	SEQ ID N⁹:
ID N⁹: 85.	SEQ ID N⁹:
ID N⁹: 85.	SEQ ID N⁹:
ID N⁹: 86.	SEQ ID N⁹:
ID N⁹: 86.	SEQ ID N⁹:
ID N⁹: 87.	SEQ ID N⁹:
ID N⁹: 87.	SEQ ID N⁹:

ID N⁹: 88

		SEQ	ID	N⁹:
ID	N⁹: 88.
		SEQ	ID	N⁹:
ID	N⁹: 89.
		SEQ	ID	N⁹:
ID	N⁹: 89.
		SEQ	ID	N⁹:
ID	N⁹: 90.
		SEQ	ID	N⁹:

ID Ν⁹: 90.

		SEQ	ID	N⁹:
ID	N⁹: 91.
		SEQ	ID	N⁹:
ID	N⁹: 91.
		SEQ	ID	N⁹:
ID	N⁹: 92.
		SEQ	ID	N⁹:

ID N⁹: 92.

	SEQ ID N⁹:
ID N⁹: 93.	SEQ ID N⁹:
ID N⁹: 93.	SEQ ID N⁹:

ID N⁹: 94.

		SEQ	ID	N⁹:
ID	N⁹: 94.
		SEQ	ID	N⁹:
ID	N⁹: 95.
		SEQ	ID	N⁹:
ID	N⁹: 95.
		SEQ	ID	N⁹:

136 é uma sonda para a

137 é uma sonda para a

138 é uma sonda para a

139 é uma sonda para a

140 é uma sonda para a

141 é uma sonda para a

142 é uma sonda para a

143 é uma sonda para a

144 é uma sonda para a

145 é uma sonda para a

146 é uma sonda para a

147 é uma sonda para a

148 é uma sonda para a

149 é uma sonda para a

150 é uma sonda para a

151 é uma sonda para a detecção do SNP da SEQ detecção do SNP da SEQ detecção do SNP da SEQ detecção do SNP da SEQ detecção do SNP da SEQ detecção do SNP da SEQ detecção do SNP da SEQ detecção do SNP da SEQ detecção do SNP da SEQ detecção do SNP da SEQ detecção do SNP da SEQ detecção do SNP da SEQ detecção do SNP da SEQ detecção do SNP da SEQ detecção do SNP da SEQ detecção do SNP da SEQ

ID N⁹: 96

			SEQ	ID	N⁹: 152	é	uma
	ID	N⁹: 96.
*			SEQ	ID	N⁹: 153	é	uma
	ID	N⁹: 97.
5			SEQ	ID	N⁹: 154	é	uma
	ID	N⁹: 97.
			SEQ	ID	N⁹: 155	é	uma
	ID	N⁹: 98.
			SEQ	ID	N⁹: 156	é	uma
10	ID	N⁹: 98.
			SEQ	ID	N⁹: 157	é	uma
	ID	N⁹: 99.
			SEQ	ID	N⁹: 158	é	uma
	ID	N⁹: 99.
15			SEQ	ID	N⁹: 159	é	uma
	ID	N⁹: 100.
			SEQ	ID	N⁹: 160	é	uma
	ID	N⁹: 100.
			SEQ	ID	N⁹: 161	é	uma
20	ID	N⁹: 101.
			SEQ	ID	N⁹: 162	é	uma
	ID	N⁹: 101.
			SEQ	ID	N⁹: 163	é	uma
	ID	N⁹: 102.
25			SEQ	ID	N⁹: 164	é	uma
	ID	N⁹: 102.
			SEQ	ID	N⁹: 165	é	uma
	ID	N⁹: 103.
			SEQ	ID	N⁹: 166	é	uma
30	ID	N⁹: 103.
			SEQ	ID	N⁹: 167	é	uma

sonda para a detecção do SNP da SEQ sonda para a detecção do SNP da SEQ sonda para a detecção do SNP da SEQ sonda para a detecção do SNP da SEQ sonda para a detecção do SNP da SEQ sonda para a detecção do SNP da SEQ sonda para a detecção do SNP da SEQ sonda para a detecção do SNP da SEQ sonda para a detecção do SNP da SEQ sonda para a detecção do SNP da SEQ sonda para a detecção do SNP da SEQ sonda para a detecção do SNP da SEQ sonda para a detecção do SNP da SEQ sonda para a detecção do SNP da SEQ sonda para a detecção do SNP da SEQ sonda para a detecção do SNP da SEQ

ID N⁹: 104,

		SEQ	ID	N⁹:
ID	N⁹: 104.
		SEQ	ID	N⁹:
ID	N⁹: 105.
		SEQ	ID	N⁹:
ID	N⁹: 105.
		SEQ	ID	N⁹:
ID	N⁹: 106.
		SEQ	ID	N⁹:
ID	N⁹: 106.
		SEQ	ID	N⁹:
ID	N⁹: 107.
		SEQ	ID	N⁹:
ID	N⁹: 107.
		SEQ	ID	N⁹:
ID	N⁹: 108.
		SEQ	ID	N⁹:
ID	N⁹: 108.
		SEQ	ID	N⁹:
ID	N⁹: 109.
		SEQ	ID	N⁹:
ID	N⁹: 109.
		SEQ	ID	N⁹:
ID	N⁹: 110.
		SEQ	ID	N⁹:
ID	N⁹: 110.
		SEQ	ID	N⁹:
ID	N⁹: 111.
		SEQ	ID	N⁹:
ID	N⁹: 111.
		SEQ	ID	N⁹:

168 é uma sonda para a

169 é uma sonda para a

170 é uma sonda para a

171 é uma sonda para a

172 é uma sonda para a

173 é uma sonda para a

174 é uma sonda para a

175 é uma sonda para a

176 é uma sonda para a

177 é uma sonda para a

178 é uma sonda para a

179 é uma sonda para a

180 é uma sonda para a

181 é uma sonda para a

182 é uma sonda para a

183 é uma sonda para a detecção do SNP da SEQ detecção do SNP da SEQ detecção do SNP da SEQ detecção do SNP da SEQ detecção do SNP da SEQ detecção do SNP da SEQ detecção do SNP da SEQ detecção do SNP da SEQ detecção do SNP da SEQ detecção do SNP da SEQ detecção do SNP da SEQ detecção do SNP da SEQ detecção do SNP da SEQ detecção do SNP da SEQ detecção do SNP da SEQ detecção do SNP da SEQ

ID N⁹: 112.

		SEQ	ID	N²:
ID	N²: 112.
		SEQ	ID	N²:
ID	N²: 113.
		SEQ	ID	N²:

ID N²: 113.

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		SEQ	ID	N²:
ID	N²: 114.
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ID	N²: 115.
		SEQ	ID	N²:

ID N²: 115.

		SEQ	ID	N²:
ID	N²: 116.
		SEQ	ID	N²:
ID	N²: 116.
		SEQ	ID	N²:

ID N²: 117.

		SEQ	ID	N²:
ID	N²: 117.
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		SEQ	ID	N²:
ID	N²: 118.
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ID	N²: 119.
		SEQ	ID	N²:
ID	N²: 119.
		SEQ	ID	N²:
ID	N²: 120.

184 é uma sonda para a

185 é uma sonda para a

186 é uma sonda para a

187 é uma sonda para a

188 é uma sonda para a

189 é uma sonda para a

190 é uma sonda para a

191 é uma sonda para a

192 é uma sonda para a

193 é uma sonda para a

194 é uma sonda para a

195 é uma sonda para a

196 é uma sonda para a

197 é uma sonda para a

198 é uma sonda para a

199 é uma sonda para a detecção do SNP da SEQ detecção do SNP da SEQ detecção do SNP da SEQ detecção do SNP da SEQ detecção do SNP da SEQ detecção do SNP da SEQ detecção do SNP da SEQ detecção do SNP da SEQ detecção do SNP da SEQ detecção do SNP da SEQ detecção do SNP da SEQ detecção do SNP da SEQ detecção do SNP da SEQ detecção do SNP da SEQ detecção do SNP da SEQ detecção do SNP da SEQ

		SEQ	ID	N²:
ID	N²: 120.
		SEQ	ID	N²:
ID	N²: 82.
		SEQ	ID	N²:

ID N²: 82.

		SEQ	ID	N²:
ID	N²: 83.
		SEQ	ID	N²:
ID	N²: 83.
		SEQ	ID	N²:

ID N²: 84.

		SEQ	ID N²:
ID	N²: 84.
		SEQ	ID N²:
ID	N²: 100.
		SEQ	ID N²:

ID N²: 100.

		SEQ	ID N²:
ID	N²: 111.
		SEQ	ID N²:
ID	N²: 111.
		SEQ	ID N²:

ID N²: 117.

		SEQ	ID	N²:
ID	N²: 117.
		SEQ	ID	N²:
ID	N²: 119.
		SEQ	ID	N²:
ID	N²: 119.
		SEQ	ID	N²:

200 é uma sonda para a

201 é uma sonda para a

202 é uma sonda para a

203 é uma sonda para a

204 é uma sonda para a

205 é uma sonda para a

206 é uma sonda para a

207 é uma sonda para a

208 é uma sonda para a

209 é uma sonda para a

210 é uma sonda para a

211 é uma sonda para a

212 é uma sonda para a

213 é uma sonda para a

214 é uma sonda para a

215 é uma sonda para a detecção do SNP da SEQ detecção do SNP da SEQ detecção do SNP da SEQ detecção do SNP da SEQ detecção do SNP da SEQ detecção do SNP da SEQ detecção do SNP da SEQ detecção do SNP da SEQ detecção do SNP da SEQ detecção do SNP da SEQ detecção do SNP da SEQ detecção do SNP da SEQ detecção do SNP da SEQ detecção do SNP da SEQ detecção do SNP da SEQ detecção do SNP da SEQ

ID N²: 120,

SEQ ID N⁹: 216 é uma sonda para a detecção do SNP da SEQ

ID N⁹: 120.

SEQ ID N⁹: 217 é uma sonda para a detecção do SNP da SEQ

ID N⁹: 82.

SEQ ID N⁹: 218 é uma sonda para a detecção do SNP da SEQ

ID N⁹: 83.

SEQ ID N⁹: 219 é uma sonda para a detecção do SNP da SEQ

ID N⁹: 84.

SEQ ID N⁹: 220 é uma sonda para a detecção do SNP da SEQ

IDN⁹:100.

SEQ ID N⁹: 221 é uma sonda para a detecção do SNP da SEQ

IDN⁹:111.

SEQ ID N⁹: 222 é uma sonda para a detecção do SNP da SEQ

IDN⁹:117.

SEQ ID N⁹: 223 é uma sonda para a detecção do SNP da SEQ

ID N⁹: 119.

SEQ ID N⁹: 224 é uma sonda para a detecção do SNP da SEQ

ID N⁹: 120.

Descrição Detalhada da Invenção

A presente invenção provê 28 loci de resistência a afídeo que estão localizados em grupo de ligação A1, B1, B2, C1, D1a, D1b, E, F, G, H, I e O no genoma da soja que não eram anteriormente associados com resistência a afídeo (Tabela 1). A presente invenção também provê alelos de loci de característica quantitativa (QTL) capazes de conferir resistência a afídeo de soja. Os alelos que estão localizados nos locus de resistência a afídeo 1, locus de resistência a afídeo 2, locus de resistência a afídeo 3, locus de resistência a afídeo 4, locus de resistência a afídeo 5, locus de resistência a afídeo 6, locus de resistência a afídeo 7, locus de resistência a afídeo 8, locus de resistência a afídeo 9, locus de resistência a afídeo 10, locus de resistência a afídeo 11, locus de resistência a afídeo 12, locus de resistência a afídeo 13, locus de resistência a afídeo 14, locus de resistência a afídeo 15, locus de resistência a afídeo 16, locus de resistência a afídeo

17, locus de resistência a afídeo 18, locus de resistência a afídeo 19, locus de resistência a afídeo 20, locus de resistência a afídeo 21, locus de resistência a afídeo 22, locus de resistência a afídeo 23, locus de resistência a afídeo 24, locus de resistência a afídeo 25, locus de resistência a afídeo 26, locus de resistência a afídeo 27 e locus de resistência a afídeo 28 são providos.

Na presente invenção, o locus de resistência a afídeo 1 está localizado no grupo de ligação J. Marcadores SNP usados para monitorar a introgressão de locus de resistência a afídeo 1 são SEQ ID N²: 81 até SEQ ID N²: 84. Sequências de DNA de marcador SNP associadas a locus de resistência a afídeo 1 (SEQ ID N^s: 81 até SEQ ID N²: 84) podem ser amplificadas usando os iniciadores indicados como SEQ ID N²:1 até SEQ ID N²: 8 e detectadas com sondas indicadas como SEQ ID N²: 121 até SEQ ID N²: 128, SEQ ID N²: 201 até SEQ ID N²: 206 e SEQ ID N²: 217 até SEQ ID N²: 219.

Na presente invenção, o locus de resistência a afídeo 2 está localizado no grupo de ligação Ε. O marcador SNP usado para monitorar a introgressão de locus de resistência a afídeo 2 é SEQ ID N²: 85. Sequências de DNA de marcador SNP associadas a locus de resistência a afídeo 2 (SEQ ID N²: 85) podem ser amplificadas usando os iniciadores indicados como SEQ ID N²: 9 até SEQ ID N²: 10 e detectadas com sondas indicadas como SEQ ID N²:129 até SEQ ID N²: 130.

Na presente invenção, o locus de resistência a afídeo 3 está localizado no grupo de ligação Ε. O marcador SNP usado para monitorar a introgressão de locus de resistência a afídeo 3 é SEQ ID N²: 86. Sequências de DNA de marcador SNP associadas a locus de resistência a afídeo 3 (SEQ ID N²: 86) podem ser amplificadas usando os iniciadores indicados como SEQ ID N²: 11 até SEQ ID N²: 12 e detectadas com sondas indicadas como SEQ ID N²: 131 até SEQ ID N²: 132.

Na presente invenção, o locus de resistência a afídeo 4 está localizado no grupo de ligação Ε. O marcador SNP usado para monitorar a introgressão de locus de resistência a afídeo 4 é SEQ ID N²: 87. Sequências de DNA de marcador SNP associadas a locus de resistência a afídeo 4 (SEQ ID N^s: 87) podem ser amplificadas usando os iniciadores indicados como SEQ ID N⁹: 13 até SEQ ID N⁹: 14 e detectadas com sondas indicadas como SEQ ID N⁹: 133 até SEQ ID N⁹: 134.

Na presente invenção, o locus de resistência a afídeo 5 está localizado no grupo de ligação B1. O marcador SNP usado para monitorar a introgressão de locus de resistência a afídeo 5 é SEQ ID N⁹: 88. Sequências de DNA de marcador SNP associadas a locus de resistência a afídeo 5 (SEQ ID N⁹: 88) podem ser amplificadas usando os iniciadores indicados como SEQ ID N⁹: 15 até SEQ ID N⁹: 16 e detectadas com sondas indicadas como SEQ ID N⁹: 135 até SEQ ID N⁹: 136.

Na presente invenção, o locus de resistência a afídeo 6 está localizado no grupo de ligação N. O marcador SNP usado para monitorar a introgressão de locusde resistência a afídeo 6 é SEQ ID N⁹: 89. Sequências de DNA de marcador SNP associadas a locus de resistência a afídeo 6 (SEQ ID N⁹: 89) podem ser amplificadas usando os iniciadores indicados como SEQ ID N⁹: 17 até SEQ ID N⁹: 18 e detectadas com sondas indicadas como SEQ ID N⁹: 137 até SEQ ID N⁹: 138.

Na presente invenção, o locus de resistência a afídeo 7 está localizado no grupo de ligação G. O marcador SNP usado para monitorar a introgressão de locus de resistência a afídeo 7 é SEQ ID N⁹: 90. Sequências de DNA de marcador SNP associadas a locus de resistência a afídeo 7 (SEQ ID N⁹: 90) podem ser amplificadas usando os iniciadores indicados como SEQ ID N⁹: 19 até SEQ ID N⁹: 20 e detectadas com sondas indicadas como SEQ ID N⁹: 139 até SEQ ID N⁹: 140.

Na presente invenção, o locus de resistência a afídeo 8 está localizado no grupo de ligação N. Marcadores SNP usados para monitorar a introgressão de locus de resistência a afídeo 8 são SEQ ID N⁹: 91 até SEQ ID NO 92. Sequências de DNA de marcador SNP associadas a locus de resistência a afídeo 8 (91 até SEQ ID NO 92) podem ser amplificadas usando os iniciadores indicados como SEQ ID N⁹: 21 até SEQ ID N⁹: 24 e detectadas com sondas indicadas como SEQ ID N⁹: 141 até SEQ ID N⁹: 144.

Na presente invenção, o locus de resistência a afídeo 9 está localizado no grupo de ligação Ν. O marcador SNP usado para monitorar a introgressão de locus de resistência a afídeo 9 é SEQ ID N⁹: 93. Sequências de DNA de marcador SNP associadas a locus de resistência a afídeo 9 (SEQ ID N⁹: 93) podem ser amplificadas usando os iniciadores indicados como SEQ ID N^s: 25 até SEQ ID N^s: 26 e detectadas com sondas indicadas como SEQ ID N⁹: 145 até SEQ ID N⁹: 146.

Na presente invenção, o locus de resistência a afídeo 10 está localizado no grupo de ligação A1. O marcador SNP usado para monitorar a introgressão de locus de resistência a afídeo 10 é SEQ ID N⁹: 94. Sequências de DNA de marcador SNP associadas a locus de resistência a afídeo 10 (SEQ ID N⁹: 94) podem ser amplificadas usando os iniciadores indicados como SEQ ID N⁹: 27 até SEQ ID N⁹: 28 e detectadas com sondas indicadas como SEQ ID N⁹: 147 até SEQ ID N⁹:148.

Na presente invenção, o locus de resistência a afídeo 11 está localizado no grupo de ligação A1. O marcador SNP usado para monitorar a introgressão de locus de resistência a afídeo 11 é SEQ ID N⁹: 95. Sequências de DNA de marcador SNP associadas a locus de resistência a afídeo 11 (SEQ ID N⁹: 95) podem ser amplificadas usando os iniciadores indicados como SEQ ID N⁹: 29 até SEQ ID N⁹: 30 e detectadas com sondas indicadas como SEQ ID N⁹: 149 até SEQ ID N⁹:150.

Na presente invenção, o locus de resistência a afídeo 12 está localizado no grupo de ligação D1a. O marcador SNP usado para monitorar a introgressão de locus de resistência a afídeo 12 é SEQ ID N⁹: 96. Sequências de DNA de marcador SNP associadas a locus de resistência a afídeo 12 (SEQ ID N⁹: 96) podem ser amplificadas usando os iniciadores indicados como SEQ ID N⁹: 31 até SEQ ID N⁹: 32 e detectadas com sondas indicadas como SEQ ID N⁹:151 até SEQ ID N⁹:152.

Na presente invenção, o locus de resistência a afídeo 13 está localizado no grupo de ligação C2. O marcador SNP usado para monitorar a introgressão de locus de resistência a afídeo 13 é SEQ ID N⁹: 97. Sequências de DNA de marcador SNP associadas a locus de resistência a afídeo 13 (SEQ ID N⁹: 97) podem ser amplificadas usando os iniciadores indicados como SEQ ID N⁹: 33 até SEQ ID N²: 34 e detectadas com sondas indicadas como SEQ ID N⁹: 153 até SEQ ID N⁹: 154.

Na presente invenção, o locus de resistência a afídeo 14 está localizado no grupo de ligação Η. O marcador SNP usado para monitorar a introgressão de locus de resistência a afídeo 14 é SEQ ID N²: 98. Sequências de DNA de marcador SNP associadas a locus de resistência a afídeo 14 (SEQ ID N⁹: 98) podem ser amplificadas usando os iniciadores indicados como SEQ ID N^s: 35 até SEQ ID N²: 36 e detectadas com sondas indicadas como SEQ ID N²: 155 até SEQ ID N²: 156.

Na presente invenção, o locus de resistência a afídeo 15 está localizado no grupo de ligação Η. O marcador SNP usado para monitorar a introgressão de locus de resistência a afídeo 15 é SEQ ID N²: 99. Sequências de DNA de marcador SNP associadas a locus de resistência a afídeo 15 (SEQ ID N⁹: 99) podem ser amplificadas usando os iniciadores indicados como SEQ ID N⁹: 37 até SEQ ID N⁹: 38 e detectadas com sondas indicadas como SEQ ID N⁹: 157 até SEQ ID N⁹: 158.

Na presente invenção, o locus de resistência a afídeo 16 está localizado no grupo de ligação D2. O marcador SNP usado para monitorar a introgressão de locus de resistência a afídeo 16 é SEQ ID N⁹: 100 até SEQ ID N⁹: 102. Sequências de DNA de marcador SNP associadas a locus de resistência a afídeo 16 (SEQ ID N⁹: 100 até SEQ ID N⁹: 102) podem ser amplificadas usando os iniciadores indicados como SEQ ID N⁹: 39 até SEQ ID N⁹: 44 e detectadas com sondas indicadas como SEQ ID N⁹:159 até SEQ ID N⁹: 162, SEQ ID N⁹: 207 até SEQ ID N⁹: 208, e SEQ ID N⁹: 220.

Na presente invenção, o locus de resistência a afídeo 17 está localizado no grupo de ligação F. O marcador SNP usado para monitorar a introgressão de locus de resistência a afídeo 17 é SEQ ID N⁹: 103. Sequências de DNA de marcador SNP associadas a locus de resistência a afídeo 17 (SEQ ID N⁹: 103) podem ser amplificadas usando os iniciadores indicados como SEQ ID N⁹: 45 até SEQ ID N⁹: 46 e detectadas com sondas indicadas como SEQ ID N⁹: 165 até SEQ ID N⁹: 166.

Na presente invenção, o locus de resistência a afídeo 18 está localizado no grupo de ligação F. O marcador SNP usado para monitorar a introgressão de locus de resistência a afídeo 18 é SEQ ID N²: 104. Sequências de DNA de marcador SNP associadas a locus de resistência a afídeo 18 (SEQ ID N^e: 104) podem ser amplificadas usando os iniciadores indicados como SEQ ID N⁹: 47 até SEQ ID N⁹: 48 e detectadas com sondas indicadas como SEQ ID N⁹: 167 até SEQ ID N^s: 168.

Na presente invenção, o locus de resistência a afídeo 19 está localizado no grupo de ligação I. O marcador SNP usado para monitorar a introgressão de locus de resistência a afídeo 19 é SEQ ID N⁹: 105. Sequências de DNA de marcador SNP associadas a locus de resistência a afídeo 19 (SEQ ID N⁹: 105) podem ser amplificadas usando os iniciadores indicados como SEQ ID N⁹: 49 até SEQ ID N²: 50 e detectadas com sondas indicadas como SEQ ID N²:169 até SEQ ID N²:170.

Na presente invenção, o locus de resistência a afídeo 20 está localizado no grupo de ligação D1b. O marcador SNP usado para monitorar a introgressão de locus de resistência a afídeo 20 é SEQ ID N²: 106. Sequências de DNA de marcador SNP associadas a locus de resistência a afídeo 20 (SEQ ID N^s: 106) podem ser amplificadas usando os iniciadores indicados como SEQ ID N²: 51 até SEQ ID N²: 52 e detectadas com sondas indicadas como SEQ ID N²:171 até SEQ ID N^s: 172.

Na presente invenção, o locus de resistência a afídeo 21 está localizado no grupo de ligação D1b. Marcadores SNP usados para monitorar a introgressão de locus de resistência a afídeo 21 são SEQ ID N^s: 107 até SEQ ID N² 108. Sequências de DNA marcadores SNP associadas a locus de resistência a afídeo 21 (SEQ ID N²: 107 até SEQ ID N^s 108) podem ser amplificadas usando os iniciadores indicados como SEQ ID N²: 53 até SEQ ID N²: 56 e detectadas com sondas indicadas como SEQ ID N²: 173 até SEQ IDN⁹:176.

Na presente invenção, o locus de resistência a afídeo 22 está localizado no grupo de ligação O. O marcador SNP usado para monitorar a introgressão de locus de resistência a afídeo 22 é SEQ ID N²: 109.

Sequências de DNA de marcador SNP associadas a locus de resistência a afídeo 22 (SEQ ID N⁹: 109) podem ser amplificadas usando os iniciadores indicados como SEQ ID N⁹: 57 até SEQ ID N⁹: 58 e detectadas com sondas

- indicadas como SEQ ID N⁹: 177 até SEQ ID N⁹: 178.

Na presente invenção, o locus de resistência a afídeo 23 está localizado no grupo de ligação O. Marcadores SNP usados para monitorar a introgressão de locus de resistência a afídeo 23 são SEQ ID N⁹: 110 até SEQ ID N⁹: 111. Sequências de DNA de marcador SNP associadas a locus de resistência a afídeo 23 (SEQ ID N⁹: 110 até SEQ ID N⁹: 111) podem ser amplificadas usando os iniciadores indicados como SEQ ID N⁹: 59 até SEQ ID N⁹: 62 e detectadas com sondas indicadas como SEQ ID N⁹: 179 até SEQ ID N⁹: 182, SEQ ID N⁹: 209 até SEQ ID N⁹: 210, e SEQ ID N⁹: 221..

Na presente invenção, o locus de resistência a afídeo 24 está localizado no grupo de ligação C1. O marcador SNP usado para monitorar a introgressão de locus de resistência a afídeo 24 é SEQ ID N⁹: 112. Sequências de DNA de marcador SNP associadas a locus de resistência a afídeo 24 (SEQ ID N⁹: 112) podem ser amplificadas usando os iniciadores indicados como SEQ ID N⁹: 63 até SEQ ID N⁹: 64 e detectadas com sondas indicadas como SEQ ID N⁹: 183 até SEQ ID N⁹: 184.

Na presente invenção, o locus de resistência a afídeo 25 está localizado no grupo de ligação C1. O marcador SNP usado para monitorar a introgressão de locus de resistência a afídeo 25 é SEQ ID N⁹: 113. Sequências de DNA de marcador SNP associadas a locus de resistência a afídeo 25 (SEQ ID N⁹: 113) podem ser amplificadas usando os iniciadores indicados como SEQ ID N⁹: 65 até SEQ ID N⁹: 66 e detectadas com sondas indicadas como SEQ ID N⁹: 185 até SEQ ID N⁹: 186.

Na presente invenção, o locus de resistência a afídeo 26 está localizado no grupo de ligação C1. Marcadores SNP usados para monitorar a introgressão de locus de resistência a afídeo 26 são SEQ ID N⁹: 114 até

SEQ ID N⁹: 115. Sequências de DNA de marcador SNP associadas a locus de resistência a afídeo 26 (SEQ ID N⁹: 114 até SEQ ID N⁹: 115) podem ser amplificadas usando os iniciadores indicados como SEQ ID N⁹: 67 até SEQ

ID N^s: 70 e detectadas com sondas indicadas como SEQ ID N⁹: 187 até SEQ ID N⁹: 190.

Na presente invenção, o locus de resistência a afídeo 27 está localizado no grupo de ligação K. O marcador SNP usado para monitorar a introgressão de locus de resistência a afídeo 27 é SEQ ID N⁹: 116. Sequências de DNA de marcador SNP associadas a locus de resistência a afídeo 27 (SEQ ID N⁹: 116) podem ser amplificadas usando os iniciadores indicados como SEQ ID N⁹: 71 até SEQ ID N⁹: 72 e detectadas com sondas indicadas como SEQ ID N⁹: 191 até SEQ ID N⁹: 192.

Na presente invenção, o locus de resistência a afídeo 28 está localizado no grupo de ligação B2. Marcadores SNP usados para monitorar a introgressão de locus de resistência a afídeo 28 são SEQ ID N⁹: 117 até SEQ ID N⁹: 120. Sequências de DNA de marcador SNP associadas a locus de resistência a afídeo 28 (SEQ ID N⁹: 117 até SEQ ID N⁹: 120) podem ser amplificadas usando os iniciadores indicados como SEQ ID N⁹: 73 até SEQ ID N⁹: 80 e detectadas com sondas indicadas como SEQ ID N⁹: 193 até SEQ ID N⁹: 200, SEQ ID N⁹: 211 - 216 e SEQ ID N⁹: 222-223.

Na presente invenção é também provida uma planta de soja compreendendo uma sequência de ácido nucleico selecionada do grupo consistindo em SEQ ID N⁹:81 a SEQ ID N^e:120 e seus complementos. Em um aspecto, a planta de soja compreende 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27 ou 28 sequências de ácido nucleico selecionadas do grupo consistindo em SEQ ID N⁹:81 até SEQ ID N⁹:120, fragmentos das mesmas e complementos das mesmas.

A presente invenção também provê uma planta de soja compreendendo 1,2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 15, 16,17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27 ou 28 loci de resistência a afídeo em que um ou mais alelos em um ou mais de seus loci são selecionados do grupo consistindo em alelo de resistência a afídeo 1, alelo de resistência a afídeo 2, alelo de resistência a afídeo 3, alelo de resistência a afídeo 4, alelo dê resistência a afídeo 5, alelo de resistência a afídeo 6, alelo de resistência a afídeo 7, alelo de resistência a afídeo 8, alelo de resistência a afídeo 9, alelo de resistência a afídeo 10, alelo de resistência a afídeo 11, alelo de resistência a afídeo 12, alelo de resistência a afídeo 13, alelo de resistência a afídeo 14, alelo de resistência a afídeo 15, alelo de resistência a afídeo 16, alelo de resistência a afídeo 17, alelo de resistência a afídeo 18, alelo de resistência a afídeo 19, alelo de resistência a afídeo 20, alelo de resistência a afídeo 21, alelo de resistência a afídeo 22, alelo de resistência a afídeo 23, alelo de resistência a afídeo 24, alelo de resistência a afídeo 25, alelo de resistência a afídeo 26, alelo de resistência a afídeo 27, alelo de resistência a afídeo 28, alelo de resistência a afídeo 29, alelo de resistência a afídeo 30, alelo de resistência a afídeo 31, alelo de resistência a afídeo 32, alelo de resistência a afídeo 33, alelo de resistência a afídeo 34, alelo de resistência a afídeo 35, alelo de resistência a afídeo 36, alelo de resistência a afídeo 37, alelo de resistência a afídeo 38, alelo de resistência a afídeo 39 e alelo de resistência a afídeo 40. Tais alelos podem ser homozigotos ou heterozigotos.

Conforme aqui usado, afídeo refere-se a qualquer um de vários insetos sugadores de planta, de corpo macio, pequenos, da Ordem Homoptera, ainda da família Aphididae, em que exemplos de Aphididae incluem, mas não estão limitados aos gêneros Acyrthosiphon, Allocotaphis, Amphorophora, Anoecia, Anuraphis, Aphidounguis, Aphidura, Aphis, Asiphonaphis, Astegopteryx, Aulacorthum, Betacallis, Betulaphis, Boemerína, Brachycaudus, Brachycoryne/la, Brevicoryne, Caiaphis, Callipterínella, Callipterus, Cavariella, Cerataphis, Ceratovacuna, Chaetomyzus, Chaetosiphon, Chaitophorus, Chaitoregma, Chromaphis, Cinara, Clethrobius, Clydesmithia, Coloradoa, Cornaphis, Cryptomyzus, Crypturaphis, Doralis, Doraphis, Drepanaphis, Drepanosiphoniella, Drepanosiphum, Dysaphis, Eomacrosiphum, Epipemphigus, Erícolophium, Eriosoma, Essigella, Euceraphis, Eulachnus, Eumyzus, Eutrichosiphum, Fimbríaphis, Fullawaya, Geopemphigus, Glyphina, Gootiella, Greenidea, Grylloprociphilus, Hamamelistes, Hannabura, Hormaphis, Hyadaphis, Hyalomyzus, Hyalopterus, Hyperomyza, Hyperomyzus, Hysteroneura, lllinoia, Indiaphis, Indomasonaphis, Kakimia, Lachnus, Laingia,

Lambersaphis, Latgerina, Longicaudus, Longistigma, Macromyzus, Macrosiphoniella, etc., ainda qualquer uma ou mais das espécies do gênero abaixo Aphididae, exemplos incluindo afídeo de soja Aphis Glycines, Piolhonegro-da-fava Aphis fabae, Afídeo do algodão Aphis gossypii, Afídeo da rosa Macrosiphun rosae, Afídeo da pereira verde Myzus persicae, Afídeo da folha do milho fíhopalosiphum maidis, Afídeo pintado da alfafa Theríoaphis maculata, pulgão lanígero da macieira Eriosoma lanigerum e similar.

Conforme aqui usado, afídeo da soja, Aphis Glycine e Aphis Glycines Matasamura, refere-se a um afídeo que se alimenta de soja. No entanto, qualquer afídeo que é encontrado em e se alimenta de uma planta de soja, tal como o piolho-negro-da-fava Aphis fabae, é um alvo para resistência a afídeo em soja e está dentro do escopo da invenção. Uma planta de soja da presente invenção pode ser resistente a um ou mais afídeos que infestam uma planta de soja. Em um aspecto, a presente invenção provê plantas resistentes a afídeos bem como métodos e composições para avaliação de plantas de soja quanto à resistência ou susceptibilidade a afídeos, causada pelo gênero Aphis. Em um aspecto preferido, a presente invenção provê métodos e composições para avaliação de plantas de soja quanto à resistência ou susceptibilidade a Aphis Glycines.

Em um aspecto, a planta é selecionada do gênero Glycine. Plantas Glycine, incluindo, mas não limitado a, germoplasma exótico, populações, linhagens, linhagens de elite, cultivares e variedades.

Conforme aqui usado, planta de soja refere-se a uma planta da família Fabaceae, aqui usada no sentido mais amplo e inclui, mas não está limitada a, qualquer espécie de soja, exemplos incluem espécies Glycine. Uma planta de soja pode ser uma Glycine arenaría, Glycine argyrea, Glycine canescens, Glycine clandestine, Glycine curvata, Glycine cyrtoloba, Glycine falcate, Glycine latifolia, Glycine latrobeana, Glycine Max, Glycine microphylla, Glycine pescadrensis, Glycine pindanica, Glycine rubiginosa, Glycine soja, Glycine sp., Glycine stenophita, Glycine tabacina e Glycine tomentella.

As plantas da presente invenção podem ser uma planta de soja que é muito resistente, resistente, substancialmente resistente, de resistência média, comparativamente resistente, parcialmente resistente, médio suscetível ou suscetível.

Conforme aqui usado, os termos resistente, resistência e resistência da planta hospedeiro referem-se à habilidade de uma planta hospedeiro em prevenir ou reduzir infestação e dano de uma peste do grupo compreendendo insetos, nematoides, patógenos, fungos, vírus e doenças.

Conforme aqui usado, o termo antixenose ou resistência de nãopreferência refere-se à habilidade de uma planta em repelir insetos, causando uma redução em deposição de ovo e alimentação.

Conforme aqui usado, o termo antibiose refere-se à habilidade de uma planta em reduzir a sobrevivência, crescimento ou reprodução de insetos que se alimentam dela.

Conforme aqui usado, o termo tolerância refere-se à habilidade da planta hospedeiro em produzir um rendimento maior de boa qualidade do que as outras plantas quando sendo sugada por números similares de insetos.

Em um aspecto preferido, a presente invenção provê uma planta de soja a ser ensaiada quanto à resistência ou susceptibilidade a afídeos através de qualquer método para determinar se uma planta de soja é muito resistente, resistente moderadamente resistente, moderadamente suscetível ou suscetível.

Neste aspecto, uma planta é ensaiada quanto à resistência ou susceptibilidade a afídeo através de estimativa visual do número de afídeos em uma planta (Mensah e outros, Crop. Sei. 25:2228-2233 (2005)).

Conforme aqui usado, resistência a afídeo refere-se à prevenção ou inibição da habilidade de afídeos em causar dano, tal como redução da alimentação, retardo no crescimento e desenvolvimento, redução da fecundidade e similar, a uma planta hospedeiro.

Em outro aspecto, a planta de soja pode mostrar uma resistência comparativa comparado com uma planta de soja controle não-resístente. Neste aspecto, uma planta de soja controle será preferivelmente geneticamente similar exceto pelo alelo ou alelos resistentes a afídeo em questão. Tais plantas podem ser cultivadas sob condições similares com exposição equivalente ou quase equivalente à peste. Neste aspecto, a planta ou plantas resistentes têm significantemente menos afídeos por planta ou dano por planta em plantas resistentes comparado com plantas suscetíveis conhecidas, e número equivalente de afídeos ou dano por planta comparado com plantas resistentes conhecidas.

Conforme aqui usado, os termos loci de característica quantitativa e QTL referem-se a uma região genômica que afeta a variação fenotípica em características continuamente variáveis tal como rendimento ou resistência. Um QTL pode compreender genes múltiplos ou outros fatores genéticos mesmo dentro de uma região genômica ou grupo de ligação contíguo.

Conforme aqui usado, os termos polimorfismo de nucleotídeo único e SNP referem-se a uma diferença de base única entre duas sequências de DNA.

Conforme aqui usado, o termo oligonucleotídeo refere-se a uma molécula compreendida de dois ou mais desoxirribonucleotídeos ou ribonucleotídeos.

Conforme aqui usado, o termo iniciador refere-se a um oligonucleotídeo complementar a uma dada sequência de nucleotídeo e que é necessário para iniciar replicação por uma polimerase.

Conforme aqui usado, o termo sonda refere-se a um oligonucleotídeo que é capaz de hibridizar para outro nucleotídeo de interesse. Uma sonda pode ser um oligonucleotídeo de filamento simples ou filamento duplo. As sondas são úteis para detecção, identificação ou isolamento de sequência de nucleotídeo particular.

Conforme aqui usado, o termo gene refere-se a uma sequência de ácido nucleico que compreende íntrons, regiões não-traduzidas e regiões controle, e sequências de codificação necessárias para a produção de RNA, um polipeptídeo ou um precursor de um polipeptídeo.

Conforme aqui usado, o termo marcador, marcador de DNA e marcador genético refere-se a uma característica, incluindo características genéticas, tal como isozima que destaca cromossomo de alelos de loci de sequências de DNA, e características morfológicas que podem ser usadas para detectar a presença ou localização de um gene ou característica em um indivíduo ou em uma população.

Conforme aqui usado, um marcador de diagnóstico refere-se a um marcador genético que pode detectar ou identificar uma característica, cujos exemplos incluem resistência a afídeo, resistência à ferrugem e rendimento.

Um QTL de resistência da presente invenção pode ser introduzido em uma linhagem de soja de elite. Aqui, linhagem refere-se a um grupo de plantas individuais de um parentesco similar com características similares. Uma linhagem de elite é qualquer linhagem que tenha resultado da produção e seleção quanto a desempenho agronômico superior. Adicionalmente, uma linhagem de elite é suficientemente homogênea e homozigota para ser usada para produção comercial. Linhagens de elite podem ser usadas nos esforços de produção adicionais para desenvolver novas linhagens de elite.

Um QTL de resistência a afídeo da presente invenção pode ser também introduzido em uma linhagem de soja compreendendo um ou mais transgenes conferindo planta transgênica que contém um ou mais genes para tolerância a herbicida, rendimento maior, controle de inseto, resistência à doença fúngica, resistência a vírus, resistência a nematoide, resistência à doença bacteriana, resistência à doença por micoplasma, produção de óleos modificados, produção de óleo alta, produção de proteína alta, controle de germinação e crescimento de muda, maior nutrição para animal e ser humano, baixo teor de rafinose, resistência a estresse ambiental, maior digestibilidade, enzimas industriais, proteínas farmacêuticas, peptídeos e moléculas pequenas, características de processamento aperfeiçoadas, sabor melhor, fixação de nitrogênio, produção de semente híbrida, alergenicidade reduzida, biopolímeros e biocombustiveis dentre outros. Essas características agronômicas podem ser providas através dos métodos de biotecnologia de planta como transgenes em soja.

Um alelo ou alelos de QTL resistentes a afídeo podem ser introduzidos a partir de qualquer planta que contenha este alelo (doador) em qualquer planta de soja recipiente. Em um aspecto, a planta de soja recipiente pode conter loci resistentes a afídeo adicionais. Em outro aspecto, a planta de soja recipiente pode conter um transgene. Em outro aspecto, enquanto mantendo o QTL introduzido, a contribuição genética da planta provendo o QTL resistente a afídeo pode ser reduzida através de retrocruzamento ou outras abordagens adequadas. Em um aspecto, o material genético nuclear derivado do material doador na planta de soja pode ser menos do que ou cerca de 50%, menos do que ou cerca de 25%, menos do que ou cerca de 13%, menos do que ou cerca de 5%, 3%, 2% ou 1 %, mas este material genético contém o locus ou loci resistentes a afídeo de interesse.

Plantas contendo um ou mais loci resistentes a afídeo descritos podem ser plantas doadoras. Plantas de afídeo contendo loci resistentes podem ser, exemplos incluindo as avaliadas usando uma molécula de ácido nucleico capaz de detectar um polimorfismo marcador associado a resistência. Em um aspecto, uma planta doadora é PI 594427C. Em um aspecto preferido, uma planta doadora é a fonte de loci de resistência a afídeo 1, 2, 4, 6, 7, 8, 9, 11, 13, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 27 e 28. Em outro aspecto, uma planta doadora é a variedade de soja MV0031. Em outro aspecto preferido, uma planta doadora é a fonte para loci de resistência a afídeo 2, 5, 8, 10, 25 e 26. Em outro aspecto, uma planta doadora é uma variedade de soja CNS (PI 548445). Em outro aspecto preferido, uma planta doadora é a fonte para loci de resistência a afídeo 3, 12, 14 e 24. Uma planta doadora pode ser uma linhagem suscetível. Em um aspecto, uma planta doadora pode ser também uma planta de soja recipiente.

Conforme aqui usado, um grupo de maturidade refere-se a uma divisão industrial de grupos de variedades de faixa baseada em latitude que a planta se adapta melhor e é mais produtiva. Variedades de soja são classificadas em 13 grupos de maturidade reconhecidos com as designações variando de grupos de maturidade 000, 00, 0 e I a X, em que 000 representa a variedade de maturação mais cedo e X representa a variedade de maturação mais tarde. Plantas de soja nos grupos de maturidade 000 a IV têm hábito de planta indeterminado, enquanto plantas de soja nos grupos de maturidade V a X têm hábito de planta determinado. Aqui, hábito de crescimento determinado refere-se à cessação de um crescimento vegetativo após o caule principal terminar em um grupo de vagens maduras. Aqui, hábito de crescimento indeterminado refere-se ao desenvolvimento de folhas e flores simultaneamente em uma porção do seu período reprodutivo, com uma a três vagens no ápice terminal. Variedades de maturidade mais cedo (000 a IV) são adaptadas a latitudes norte com comprimentos do dia mais longos com a designação de maturidade aumentando em latitudes sul com comprimentos do dia mais curtos.

Aqui, maturidade relativa refere-se a um grupo de maturidade de planta de soja subdividindo um grupo de maturidade em décimos, por exemplo, III.5. Maturidade relativa proveu uma maturidade mais exata. O número que segue a vírgula decimal refere-se à capacidade relativa de ser mais cedo ou tarde com um grupo de maturidade, com exemplos incluindo IV.2 em uma variedade de grupo mais cedo IV e IV.9 é um grupo IV mais tarde.

É ainda compreendido que uma planta de soja da presente invenção pode exibir as características de qualquer grupo de maturidade relativa. Em um aspecto, o grupo de maturidade relativa é selecionado do grupo consistindo em 000,1-000,9, 00,1-00,9, 0,1-0,9, 1,1-1,9, 11,1-11,9, 111,1III,9, IV,1 -IV,9, V,1-V,9, VI,1-VI,9, VII, 1-VII,9, VIII,1 -VIII,9, IX, 1 -IX,9 e X,1-X,9. O pólen para a planta de soja selecionada pode ser criopreservado e usado em cruzamentos com linhagens de soja de outros grupos de maturidade para introgredir um locus de resistência a afídeo em uma linhagem que não estaria normalmente disponível para cruzamento na natureza. Técnicas de criopreservação de pólen são bem-conhecidas no campo (Tyagi e Hymowitz, Cryo letters 24: 119-124 (2003), Liang e outros, Acta Botanica Sinica, 35: 733-738 (1993)).

O efeito de resistência a afídeo do QTL pode variar com base no genótipo de origem e nos fatores ambientais em que a resistência a afídeo é medida. Está dentro da habilidade daqueles versados na técnica de produção de planta e sem experimentação indevida usar métodos descritos aqui para selecionar de populações de plantas ou de uma coleção de genótipos de origem aqueles que quando contendo um locus de resistência a afídeo resultam em resistência a afídeo aumentada com relação ao genótipo de origem. Aqui, uma infestação pode ser causada por insetos, fungos, vírus, bactéria ou animal invertebrado.

Vários mapas genéticos moleculares de Glycine foram relatados (Mansur e outros, Crop Sei. 36: 1327-1336 (1996), Shoemaker e outros, Genetics 144:329-338 (1996); Shoemaker e outros, Crop Science 32:10911098 (1992), Shoemaker e outros, Crop Science 35:436-446 (1995); Tinley e Rafalski, J. Cell Biochem. Suppl. 14E\ 291 (1990),); Cregan e outros, Crop

Science 39:1464-1490 (1999). Glycine Max, Glycine soja e Glycine Maxx. Glycine soja compartilham grupos de ligação (Shoemaker e outros, Genetics 144:329-338 (1996). Um grupo de ligação (LG) é um conjunto de genes que tendem a ser herdados juntos de geração para geração. Conforme aqui usado, referência aos grupos de ligação (LG), ), J, Ε, B1, N, A1, D1a_Q, H,

D1, F, I D1b+W, O C1 e B2 de Glycine Max refere-se ao grupo de ligação que corresponde aos grupos de ligação J, Ε, B1, N, A1, D1a_Q, H, D1, F, I D1b+W, O C1 e B2 do mapa genético de Glycine Max (Mansur e outros, Crop Science 36: 1327-1336 (1996); Cregan e outros, Crop Science 39:1464-1490 (1999) e Soybase, Agricultural Research Service, United

States Department of Agriculture).

Um alelo de QTL pode, com certeza, compreender genes múltiplos ou outros fatores genéticos mesmo dentro de uma região genômica ou grupo de ligação contíguo, tal como um haplotipo. Um grupo de ligação é um loci de grupo carregado no mesmo cromossomo. Um haplotipo e conjunto de marcadores genéticos associados a segmentos de DNA intimamente ligados no cromossomo e tendem a ser herdados como uma unidade. Conforme aqui usado, um alelo de um locus de resistência pode então compreender mais de um gene ou outro fator genético em que cada gene ou componente genético individual é também capaz de exibir variação alélica e em que cada gene ou fator genético é também capaz de elicitar um efeito fenotípico sobre a característica quantitativa em questão. Em um aspecto da presente invenção o alelo de um QTL compreende um ou mais genes ou outros fatores genéticos que são também capazes de exibir variação alélica. O uso do termo um alelo de um QTL não pretende então excluir um QTL que compreende mais de um gene ou outro fator genético. Especificamente, um alelo de QTL na presente invenção pode significar um haplotipo dentro de uma janela de haplotipo em que um fenótipo pode ser resistente à peste. Uma janela de haplotipo é uma região genômica contígua que pode ser definida, e rastreada, com um conjunto de um ou mais marcadores polimórficos em que os polimorfismos indicam identidade por origem. Um haplotipo dentro desta janela pode ser definido pela impressão digital única de alelos em cada marcador. Conforme aqui usado, um alelo é uma de várias formas alternativas de um gene ocupando um dado locus em um cromossomo. Quando todos os alelos presentes em um dado locus em um cromossomo são iguais, a planta é homozigota neste local. Se os alelos presentes em um dado locus em um cromossomo diferirem, esta planta é heterozigota neste local. As plantas da presente invenção podem ser homozigotas ou heterozigotas em qualquer locus de resistência a afídeo particular ou para um marcador polimórfico particular.

A presente invenção também provê partes das plantas da presente invenção. Partes de planta, sem limitação, incluem semente, endosperma, óvulo e pólen. Em um aspecto partícularmente preferido da presente invenção, a parte da planta é uma semente.

Plantas ou partes das mesmas da presente invenção podem ser cultivadas em cultura e regeneradas. Métodos para a regeneração de plantas de Glycine Max a partir de vários tipos de tecido e métodos para cultura de tecido de Glycine Max são conhecidos na técnica (vide, exemplos dos mesmos incluem Widholm e outros, In Vitro Selection and Cultureinduced Variation in Soybean, Em Soybean: Genetics, Molecular Biology and

Biotechnology, Eds. Verma e Shoemaker, CAB International, Wallingford, Oxon, England (1996). Técnicas de regeneração para plantas tal como Glycine Max podem usar como o material de partida uma variedade de tipos

- de tecido ou célula. Com Glycine Max em particular, foram desenvolvidos processos de regeneração que começam com certos tipos de tecido diferenciados tais como meristemas, Cartha e outros, Can. J. Bot. 59:16711679 (1981), seções de hipocotil, Cameya e outros, Plant Science Letters 21: 289-294 (1981) e segmentos de nó de caule, Saka e outros, Plant Science Letters, 19: 193-201 (1980); Cheng e outros, Plant Science Letters,

19: 91-99 (1980). Regeneração de plantas de Glycine Max sexualmente maduras inteiras a partir de embriões somáticos gerados a partir de explantes de embriões de Glycine Max imaturos foi relatada (Ranch e outros, In Vitro Cellular& Developmental Biology 21: 653-658 (1985).

Regeneração de plantas maduras de Glycine Max a partir de cultura de tecido através de organogênese e embriogênese foi também relatada (Barwale e outros, Planta 167: 473-481 (1986); Wright e outros, Plant Cell Reports 5: 150-154 (1986).

A presente invenção provê também uma planta de soja resistente a afídeo selecionada para avaliação quanto à resistência ou susceptibilidade a afídeo na planta de soja, a seleção compreendendo interrogação de ácidos nucleicos genômicos quanto à presença de uma molécula marcadora que é geneticamente ligada a um alelo de um QTL associado com resistência a afídeo na planta de soja, em que o alelo de um QTL está também localizado em um grupo de ligação associado com soja resistente a afídeo.

A presente invenção inclui um método de introgressão de um alelo resistente a afídeo em uma planta de soja compreendendo (A) cruzamento de pelo menos uma primeira planta de soja compreendendo uma sequência de ácido nucleico selecionada do grupo consistindo em SEQ

ID N^s: 81 a SEQ ID N⁹:120 com pelo menos uma segunda planta de soja a fim de formar uma população de segregação, (B) avaliação da população de segregação com um ou mais marcadores de ácido nucleico para determinar se uma ou mais plantas de soja da população de segregação contêm a sequência de ácido nucleico e (C) seleção a partir da população de segregação de uma ou mais plantas de soja compreendendo uma sequência de ácido nucleico selecionada do grupo consistindo em SEQ ID N^Q:81 a SEQ ID N^Q: 120.

A presente invenção inclui um método de introgressão de um alelo em uma planta de soja compreendendo: (A) cruzamento de pelo menos uma planta de soja resistente a afídeo com pelo menos uma planta de soja sensível a afídeo a fim de formar uma população de segregação; (B) avaliação da dita população de segregação com um ou mais marcadores de ácido nucleico para determinar se uma ou mais plantas de soja da dita população de segregação contém um alelo resistente a afídeo, em que o dito alelo de resistência a afídeo é um alelo selecionado do grupo consistindo em alelo de resistência a afídeo 1, alelo de resistência a afídeo 2, alelo de resistência a afídeo 3, alelo de resistência a afídeo 4, alelo de resistência a afídeo 5, alelo de resistência a afídeo 6, alelo de resistência a afídeo 7, alelo de resistência a afídeo 8, alelo de resistência a afídeo 9, alelo de resistência a afídeo 10, alelo de resistência a afídeo 11, alelo de resistência a afídeo 12, alelo de resistência a afídeo 13, alelo de resistência a afídeo 14, alelo de resistência a afídeo 15, alelo de resistência a afídeo 16, alelo de resistência a afídeo 17, alelo de resistência a afídeo 18, alelo de resistência a afídeo 19, alelo de resistência a afídeo 20, alelo de resistência a afídeo 21, alelo de resistência a afídeo 22, alelo de resistência a afídeo 23, alelo de resistência a afídeo 24, alelo de resistência a afídeo 25, alelo de resistência a afídeo 26, alelo de resistência a afídeo 27, alelo de resistência a afídeo 28, alelo de resistência a afídeo 29, alelo de resistência a afídeo 30, alelo de resistência a afídeo 31, alelo de resistência a afídeo 32, alelo de resistência a afídeo 33, alelo de resistência a afídeo 34, alelo de resistência a afídeo 35, alelo de resistência a afídeo 36, alelo de resistência a afídeo 37, alelo de resistência a afídeo 38, alelo de resistência a afídeo 39 e alelo de resistência a afídeo 40.

A presente invenção inclui moléculas de ácido nucleico. Tais moléculas incluem aquelas moléculas de ácido nucleico capazes de detectar um polimorfismo geneticamente ou fisicamente ligado a loci de resistência a afídeo. Tais moléculas podem ser referidas como marcadores. Marcadores adicionais podem ser obtidos que são ligados ao locus de resistência a afídeo 1, locus de resistência a afídeo 2, locus de resistência a afídeo 3, locus de resistência a afídeo 4, locus de resistência a afídeo 5, locus de resistência a afídeo 6, locus de resistência a afídeo 7, locus de resistência a afídeo 8, locus de resistência a afídeo 9, locus de resistência a afídeo 10, locus de resistência a afídeo 11, locus de resistência a afídeo 12, locus de resistência a afídeo 13, locus de resistência a afídeo 14, locus de resistência a afídeo 15, locus de resistência a afídeo 16, locus de resistência a afídeo 17, locus de resistência a afídeo 18, locus de resistência a afídeo 19, locus de resistência a afídeo 20, locus de resistência a afídeo 21, locus de resistência a afídeo 22, locus de resistência a afídeo 23, locus de resistência a afídeo 24, locus de resistência a afídeo 25, locus de resistência a afídeo 26, locus de resistência a afídeo 27 e locus de resistência a afídeo 28 através de técnicas disponíveis. Em um aspecto, a molécula de ácido nucleico é capaz de detectar a presença ou ausência de um marcador localizado menos do que 50, 40, 30, 20, 10, 5, 2 ou 1 centimorgan de um loci de resistência a afídeo. Em outro aspecto, um marcador exibe um score LOD de 2 ou mais, 3 ou mais ou 4 ou mais com resistência a afídeo, medindo usando MapManager ou QGene Versão 3 e parâmetros default. Em outro aspecto, a molécula de ácido nucleico é capaz de detectar um marcador em um locus selecionado do grupo de locus de resistência a afídeo 1, locus de resistência a afídeo 2, locus de resistência a afídeo 3, locus de resistência a afídeo 4, locus de resistência a afídeo 5, locus de resistência a afídeo 6, locus de resistência a afídeo 7, locus de resistência a afídeo 8, locus de resistência a afídeo 9, locus de resistência a afídeo 10, locus de resistência a afídeo 11, locus de resistência a afídeo 12, locus de resistência a afídeo 13, locus de resistência a afídeo 14, locus de resistência a afídeo 15, locus de resistência a afídeo 16, locus de resistência a afídeo 17, locus de resistência a afídeo 18, locus de resistência a afídeo 19, locus de resistência a afídeo 20, locus de resistência a afídeo 21, locus de resistência a afídeo 22, locus de resistência a afídeo 23, locus de resistência a afídeo 24, locus de resistência a afídeo 25, locus de resistência a afídeo 26, locus de resistência a afídeo 27 e locus de resistência a afídeo 28. Em um aspecto adicional, uma molécula de ácido nucléico é selecionada do grupo consistindo em SEQ ID N²: 81 a SEQ ID N^s:126, fragmentos da mesma, complementos da mesma e moléculas de ácido nucléico capazes de especifícamente hibridizar para uma ou mais dessas moléculas de ácido nucléico.

Em um aspecto preferido, uma molécula de ácido nucléico da presente invenção inclui aquelas que vão especificamente hibridizar para uma ou mais das moléculas de ácido nucléico mostradas na SEQ ID N²:81 a SEQ ID N°- 120 ou complementos da mesma ou fragmentos de qualquer uma sob condições moderadamente adstringentes, por exemplo, em cerca de 2,0 x SSC e cerca de 65°C. Em um aspecto particularmente preferido, um ácido nucléico da presente invenção vai especificamente hibridizar para uma ou mais das moléculas de ácido nucléico mostradas na SEQ ID N^s:81 a SEQ ID N²:120 ou complementos ou fragmentos da mesma sob condições de alta adstringência. Em um aspecto da presente invenção, uma molécula de ácido nucléico marcadora preferida da presente invenção tem a sequência de ácido nucléico mostrada na SEQ ID N²:81 a SEQ ID N²:120 ou complementos da mesma ou fragmentos de qualquer uma. Em outro aspecto da presente invenção, uma molécula de ácido nucléico marcadora preferida da presente invenção compartilha entre 80% e 100% ou 90% e 100% de identidade de sequência com a sequência de ácido nucléico mostrada na SEQ ID N²:81 a SEQ ID N²:120 ou complemento das mesmas ou fragmentos de qualquer uma. Em um aspecto adicional da presente invenção, uma molécula de ácido nucléico marcadora preferida da presente invenção compartilha entre 95% e 100% de identidade de sequência com a sequência mostrada na SEQ ID N²:81 até a SEQ ID N²:120 ou complemento das mesmas ou fragmentos de qualquer uma. Em um aspecto mais preferido da presente invenção, uma molécula de ácido nucléico marcadora preferida da presente invenção compartilha entre 98% e 100% de identidade de sequência com a sequência de ácido nucleico mostrada na SEQ ID N^e:81 até a SEQ ID N^õ:120 ou complemento da mesma ou fragmentos de qualquer uma.

Moléculas de ácido nucleico ou fragmentos das mesmas são capazes de hibridizar especificamente para outras moléculas de ácido nucleico sob certas circunstâncias. Conforme aqui usado, duas moléculas de ácido nucleico são capazes de especificamente hibridizar uma para a outra se as duas moléculas forem capazes de formar uma estrutura de ácido nucleico de filamento duplo, antiparalela. Uma molécula de ácido nucleico é o complemento de outra molécula de ácido nucleico se ela exibir complementaridade completa. Conforme aqui usado, moléculas exibem complementaridade completa quando cada nucleotídeo de uma das moléculas é complementar a um nucleotídeo da outra. Duas moléculas são minimamente complementares se elas puderem hibridizar uma para a outra com estabilidade suficiente para permitir que elas permaneçam aneladas uma à outra sob condições pelo menos de baixa adstringência convencionais. Similarmente, as moléculas são complementares se elas puderem hibridizar uma para a outra com estabilidade suficiente para permitir que elas permaneçam aneladas uma à outra sob condições de alta adstringência convencionais. Condições de adstringência convencionais são descritas por Sambrook e outros, Em: Molecular Cloning, A Laboratory Manual, 2- Edição, Cold Spríng Harbor Press, Cold Spring Harbor, New York (1989) e por Haymes e outros, Em: Nucleic Acid Hybridization, A Practical Approach, IRL Press, Washington, DC (1985). Afastamentos de complementaridade completa são então permissíveis, contanto que tais afastamentos não precludam completamente a capacidade das moléculas em formar uma estrutura de filamento duplo. A fim de que a molécula de ácido nucleico sirva como um iniciador ou sonda ela precisa apenas ser suficientemente complementar em sequência para ser capaz de formar uma estrutura de filamento duplo estável sob as concentrações de solvente e sal particulares empregadas.

Conforme aqui usado, uma sequência substancialmente homóloga é uma sequência de ácido nucleico que vai especificamente hibridizar para o complemento da sequência de ácido nucleico à qual ela está sendo comparada sob condições de alta adstringência. As sondas e iniciadores de ácido nucleico da presente invenção podem hibridizar sob condições adstringentes para uma sequência de DNA alvo. O termo condições de hibridização adstringentes é definido como condições sob as quais uma sonda ou iniciador hibridiza especificamente com uma(s) sequência(s) alvo e não com sequências não-alvo, como pode ser determinado empiricamente. O termo condições adstringentes é funcionalmente definido com relação à hibridização dê uma sonda de ácido nucleico para um ácido nucleico alvo (isto é, para uma sequência de ácido nucleico particular de interesse) através do procedimento de hibridização específico discutido em Sambrook e outros, 1989, em 9.52-9.55. Vide também Sambrook e outros, 1989 em 9.47-9.52, 9.56-9.58; Kanehisa 1984 Nucl. Acids Res. 12: 203-213; e Wetmur e outros 1968 J. Mol. Biol. 37:349370. Condições de adstringência apropriadas que promovem hibridização de DNA são, exemplos incluindo 6,0 x de cloreto de sódio/citrato de sódio (SSC) em cerca de 45°C, seguido por uma lavagem de 2,0 x SSC a 50°C, conhecidas daqueles versados na técnica ou podem ser encontradas em Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley & Sons, N.Y., 1989, 6.3.1-6.3.6. Exemplos das quais incluem a concentração de sal na etapa de lavagem podem ser selecionados a partir de uma adstringência baixa de cerca de 2,0 x SSC a 50°C a uma adstringência alta de cerca de 0,2 x SSC a 50°C. Ainda, a temperatura na etapa de lavagem pode ser aumentada a partir de condições de baixa adstringência em temperatura ambiente, cerca de 22°C, a condições de alta adstringência em cerca de 65°C. Ambos a temperatura e o sal podem ser variados, ou a temperatura ou a concentração de sal pode ser mantido constante enquanto a outra variável é mudada.

Exemplos delas incluindo hibridização usando sondas ou iniciadores de DNA ou RNA podem ser realizados a 65°C em 6X SSC, SDS 0,5%, 5x Denhardt, 100 pg/mL de DNA não-específico (por exemplo, DNA de esperma de salmão sonificado) com lavagem a 0,5x SSC, SDS 0,5% a 65°C, para alta adstringência.

É compreendido que condições de hibridização de baixa adstringência tal como temperaturas de hibridização e/ou lavagem menores podem ser usadas para identificar sequências relacionadas tendo um grau menor de similaridade de sequência se especificidade de ligação da sonda ou iniciador para a(s) sequência(s) alvo for preservada. Deste modo, as sequências de nucleotídeo da presente invenção podem ser usadas pela sua habilidade em formar seletivamente moléculas duplex com extensões complementares de fragmentos de DNA, RNA ôu cDNA.

Um fragmento de uma molécula de ácido nucleico pode ser fragmento de qualquer tamanho e fragmentos ilustrativos incluem fragmentos de sequências de ácido nucleico mostradas nas SEQ ID N^Q:80 a SEQ ID N^s:120 e complementos das mesmas. Em um aspecto, um fragmento pode ser entre 15 e 25, 15 e 30, 15 e 40, 15 e 50, 15 e 100, 20 e 25, 20 e 30, 20 e 40, 20 e 50, 20 e 100, 25 e 30, 25 e 40, 25 e 50, 25 e 100, 30 e 40, 30 e 50 e 30 e 100. Em outro aspecto, o fragmento pode ser maior do que 10, 15, 20, 25, 30, 35, 40, 50 1 00 ou 250 nucleotídeos.

Marcadores genéticos adicionais podem ser usados para selecionar plantas com um alelo de um QTL associado a resistência a afídeo de soja da presente invenção. Exemplos de bancos de dados de marcador públicos incluem, por exemplo, Soybase, Agricultural Research Service, United States Department of Agriculture.

Um marcador genético é uma sequência de DNA que tem uma localização conhecida em um cromossomo e associado com uma característica ou gene particular. Marcadores genéticos associados com resistência a afídeo podem ser usados para determinar se uma planta individual é resistente a afídeos.

Os marcadores genéticos da presente invenção incluem marcadores dominantes ou codominantes. Marcadores codominantes revelam a presença de dois ou mais alelos (dois por indivíduo diploide). Marcadores dominantes revelam a presença de apenas um único alelo.

A presença do fenótipo de marcador dominante (por exemplo, uma faixa de DNA) é uma indicação que um alelo está presente ou na condição homozigota ou heterozigota. A ausência do fenótipo marcador dominante

- (por exemplo, ausência de uma faixa de DNA) é apenas evidência que algum outro alelo não-definido está presente. No caso de populações em que os indivíduos são predominantemente homozigotos e loci são predominantemente dimórficos, marcadores dominantes e codominantes podem ser igualmente valiosos. Conforme a população se torna mais heterozigota e multialélica, marcadores codominantes frequentemente se tornam mais informativos do genótipo dos marcadores dominantes.

Marcadores, tais como marcadores de repetição de sequência única (SSR), marcadores AFLP, marcadores RFLP, marcadores RAPD, marcadores fenotípicos, SNPs, marcadores isozima, perfis de transcrição de microdisposição que são geneticamente ligados a ou relacionados a alelos de um QTL da presente invenção podem ser utilizados (Walton, 1993; Burow e outros, 1988). Métodos para isolar tais marcadores são conhecidos na técnica.

A detecção de sítios polimórficos em uma amostra de DNA, RNA ou cDNA pode ser facilitada através do uso de métodos de amplificação de ácido nucleico. Tais métodos aumentam especificamente a concentração de polinucleotídeos que se espalham pelo sítio polimórfico, ou incluem aqueles sítio e sequências localizados ou distais ou proximais a ele. Tais moléculas amplificadas podem ser prontamente detectadas através de eletroforese em gel, métodos de detecção por fluorescência ou outros meios.

Um método para atingir tal amplificação emprega a reação em cadeia da polimerase (PCR) (Mullis e outros, 1986, (Mullis e outros 1986 Cold Spring Harbor Symp. Quant. Biol. 51:263-273', Patente Europeia N^s50.424; Patente Europeia N^s 84.796; Patente Europeia N⁹ 258.017; Patente Europeia N⁹ 237.362; Patente Europeia N⁹ 201.184; Patente U.S. N⁹

4.683.202; Patente U.S. 4.582.788; e Patente U.S. N⁹ 4.683.194), usando pares de iniciador que são capazes de hibridizar para as sequências proximais que definem um polimorfismo em sua forma de filamento duplo.

Para o propósito de mapeamento de QTL, os marcadores incluídos devem ser diagnóstico de origem a fim de que inferências sejam feitas sobre populações subsequentes. Marcadores SNP são ideais para mapeamento porque a probabilidade de que um alelo de SNP particular seja derivado de origens independentes nas populações explantes de uma espécie particular é muito baixa. Desta maneira, marcadores SNP são úteis para rastreamento e auxílio na introgressão de QTLs, particularmente no caso de haplótipos.

A ligação genética de moléculas marcadoras adicionais pode ser estabelecida por um modelo de mapeamento de gene tal como, sem limitação, o modelo de marcador de flanqueamento relatado por Lander e outros (Lander e outros 1989 Genetics, 727:185-199) e o mapeamento de intervalo, com base em métodos de probabilidade máxima descritos nele, e implementada no pacote de software MAPMAKER/QTL (Lincoln e Lander, Mapping Genes Controlling Quantitative Traits Using MAPMAKER/QTL, Whitehead Institute for Biomedical Research, Massachusetts, (1990). Softwares adicionais incluem Qgene, Version 3, Department of Plant Breeding e Biometry, 266 Emerson Hall, Cornell University, Ithaca, NY). Uso do software Qgene é uma abordagem particularmente preferida.

Uma estimativa da probabilidade máxima (MLE) da presença de um marcador é calculada, junto com uma MLE supondo nenhum efeito de QTL, para evitar falsos positivos. Um logio de um risco relativo (LOD) (logw odds ratio) é então calculado como: LOD = logio (MLE quanto à presença de um QTL/MLE dado nenhum QTL ligado). O score de LOD indica essencialmente qual a probabilidade dos dados terem surgido supondo a presença de um QTL versus sua ausência. O valor limiar de LOD para evitar um falso positivo com uma dada segurança, diga-se 95%, depende do número de marcadores e do comprimento do genoma. Gráficos indicando limiares de LOD são mostrados em Lander e outros (1989) e descritos mais por Arús e Moreno-González, Plant Breeding, Hayward, Bosemark, Romagosa (eds.) Chapman & Hall, Londres, pp. 314-331 (1993).

Modelos adicionais podem ser usados. Muitas modificações e abordagens alternativas para mapeamento de intervalo foram descritas, incluindo o uso de métodos não-paramétricos (Kruglyak e outros 1995 Genetics, /39:1421-1428). Métodos ou modelos de regressão múltipla podem ser também usados, em que a característica é regredida em um grande número de marcadores (Jansen, Biometrícs in Plant Breed, van Oijen, Jansen (eds.) Proceedings of the Ninth Meeting of the Eucarpia Section Biometrícs in Plant Breeding, Países Baixos, pp. 116-124 (1994); Weber e Wricke, Advances in Plant Breeding, Blackwell, Berlin, 16 (1994)). Procedimentos combinando mapeamento de intervalo com análise de regressão, com o qué o fenótipo é regredido em um único QTL putativo em um dado intervalo de marcador, e ao mesmo tempo em vários marcadores que servem como ‘cofatores’, foram relatados por Jansen e outros (Jansen e outros 1994 Genetics, /33:1447-1455) e Zeng (Zeng 1994 Genetics /33:1457-1468). Geralmente, o uso de cofatores reduz o desvio e erro de amostram das posições de QTL estimadas (Utz e Melchinger, Biometrícs in Plant Breeding, van Oijen, Jansen (eds.) Proceedings of the Ninth Meeting of the Eucarpia Section Biometrícs in Plant Breeding, Países Baixos, pp.195204 (1994), deste modo melhorando a precisão e a eficiência de mapeamento de QTL (Zeng, 1994). Esses modelos podem ser estendidos a experimentos multiambientais para analisar interações genótipo-ambiente (Jansen e outros 1995 Theor. Appl. Genet. 91:33-3).

Seleção de populações de mapeamento apropriadas é importante para mapear a construção. A escolha de uma população de mapeamento apropriada depende do tipo de sistemas marcadores empregados (Tanksley e outros, Molecular mapping in plant chromosomes. chromosome structure and function: Impact of new concepts J.P. Gustafson e R. Appels (eds.). Plenum Press, New York, pp. 157-173 (1988)). A fonte de origens usada (adaptada vs. exótica) deve ser levada em consideração na população de mapeamento. Emparelhamento de cromossomo e taxas de recombinação podem ser severamente perturbados (suprimidas) em cruzamentos afastados (adaptada vs. exótica) e geralmente dão distâncias de ligação muito reduzidas. Cruzamentos distantes vão geralmente prover populações de segregação com uma disposição relativamente grande de polimorfismos quando comparado com progênie em cruzamento próximo (adaptada x adaptada).

Uma população F₂ é a primeira geração de autofecundação após a semente híbrida ser produzida. Geralmente uma planta Fi única é autofecundada para gerar uma população de segregação para todos os genes de maneira Mendeliana (1:2:1). Informação genética máxima é obtida de uma população F₂ completamente classificada usando um sistema marcador codominante (Mather, Measurement of Linkage in Heredity. Methuen and Co., (1938)). No caso de marcadores dominantes, testes de progênie (por exemplo, F₃, BCF₂) são necessários para identificar os heterozigotos, então tornando equivalente a uma população F₂completamente classificada. No entanto, este procedimento é frequentemente proibitivo por causa do custo e do tempo envolvidos em teste de progênie. Teste de progênie de indivíduos F₂ é frequentemente usado em construção de mapa em que fenótipos não refletem consistentemente genótipo (por exemplo, resistência à peste) ou em que a expressão da característica é controlada por um QTL. Dados de segregação de populações de teste de progênie (por exemplo, F₃ ou BCF₂) podem ser usados em construção de mapa. Seleção assistida por marcador pode ser então aplicada para cruzar progênie com base em associação de marcadormapa de característica (F₂, F₃), em que grupos de ligação não foram completamente dissociados por eventos recombinantes (isto é, desequilíbrio máximo).

Linhagens endogâmicas recombinantes (RIL) (linhagens geneticamente relacionadas; geralmente >F₅, se desenvolveram de linhagens F2 continuamente autopolinadas em direção à homozigosidade) podem ser usadas como uma população de mapeamento. Informação obtida de marcadores dominantes pode ser maximizada usando RIL porque todos os loci são homozigotos ou quase. Sob condições de ligação firme (isto é, cerca de <10% recombinante), marcadores dominantes e codominantes avaliados em populações RIL proveram mais informação por indivíduo do que qualquer tipo de marcador em populações retrocruzadas (Reiter e oufros1992 Proc. Natl. Acad. Sci.(USA) 89:1477-1481). No entanto, conforme a distância entre os marcadores se torna maior (isto é, os loci ficam mais independentes), a informação em populações RIL diminui drasticamente.

Populações retrocruzadas (por exemplo, geradas a partir de um cruzamento entre uma variedade bem sucedida (origem recorrente) e outra variedade (origem doadora) carregando uma característica que não está presente na primeira) podem ser utilizadas como uma população de mapeamento. Uma série de retrocruzamentos com a origem recorrente pode ser feita para recuperar a maioria de suas características desejáveis. Então uma população é criada compreendendo indivíduos quase iguais à origem recorrente, mas cada indivíduo carrega quantidades variáveis ou mosaico de regiões genômicas da origem doadora. Populações de retrocruzamento podem ser úteis para mapeamento de marcadores dominantes se todos os loci na origem recorrente forem homozigotos e as origens doadora e recorrente tiverem alelos marcadores polimórficos contrastantes (Reiter e outros, 1992). Informação obtida de populações de retrocruzamento usando marcadores ou codominantes ou dominantes é menos do que aquela obtida de populações F₂ porque um, ao invés de dois, gameta recombinante é amostrado por planta. Populações de retrocruzamento, no entanto, são mais informativas (em saturação de marcador baixa) quando comparadas com RILs uma vez que a distância entre os loci ligados aumenta em populações RIL (isto é, cerca de 0,15% recombinante). Recombinação maior pode ser benéfica para separação de ligações firmes, mas pode ser indesejável na construção de mapas com saturação de marcador baixa.

Linhagens quase isogênicas (NIL) criadas por muitos retrocruzamentos para produzir uma disposição de indivíduos que são quase idênticos em composição genética exceto pela característica ou região genômica sob interrogação podem ser usadas como uma população de mapeamento. Em mapeamento com NILs, apenas uma porção dos loci polimórficos é esperada mapear para uma região selecionada.

Análise por blocos segregantes é um método desenvolvido para a identificação rápida de ligação entre marcadores e características de interesse (Michelmore e outros 1991 Proc. Natl. Acad. Sei. (U.S.A.) 88:98289832). Em BSA, duas amostras de DNA agrupadas são retiradas de uma população de segregação se originando de um cruzamento único. Esses agrupamentos contêm indivíduos que são idênticos para uma característica particular (resistente ou suscetível a pestes particulares) ou região genômica, mas arbitrários em regiões não-ligadas (isto é, heterozigotos). Regiões não-ligadas à região alvo não vão diferir entre as amostras agrupadas de muitos indivíduos em BSA.

Uma alternativa para o mapeamento de QTL tradicional envolve atingir separação maior através de mapeamento de haplotipos, versus marcadores individuais (Fan e outros, 2006 Genetics 172:663-686). Esta abordagem rastreia blocos de DNA conhecidos como haplotipos, conforme definido por marcadores polimórficos, que são supostos ser idênticos por origem na população de mapeamento. Esta suposição resulta em um tamanho de amostra eficaz maior, oferecendo maior separação de QTL. Métodos para determinação da significância estatística de uma correlação entre um fenótipo e um genótipo, neste caso um haplotipo, podem ser determinados através de qualquer teste estatístico conhecido na técnica e com qualquer limiar aceito de significância estatística sendo necessário. A aplicação de métodos e limiares de significância particulares está dentro da habilidade do praticante comum da técnica.

As plantas da presente invenção podem ser parte de ou geradas a partir de um programa de produção. A escolha do método de produção depende do modo de reprodução da planta, da capacidade de herança da(s) característica(s) sendo aperfeiçoada(s) e do tipo de cultivar usada comercialmente (por exemplo, cultivar híbrida Fi, cultivar de linhagem pura, etc). Uma cultivar é uma raça ou variedade de uma espécie de planta que foi criada ou selecionada intencionalmente e mantida através de produção.

Abordagens não-limitantes, selecionadas, para produção das plantas da presente invenção são mostradas abaixo. Um programa de produção pode ser aperfeiçoado usando seleção assistida por marcador (MAS) na progênie de qualquer cruzamento. É compreendido que marcadores de ácido nucleico da presente invenção podem ser usados em um programa de MAS (produção). É ainda compreendido que quaisquer cultivares comerciais e não-comerciais podem ser utilizadas em um programa de produção. Fatores tais como, por exemplo, vigor de emergência, vigor vegetativo, tolerância a estresse, resistência à doença, ramificação, florescência, fixação de semente, tamanho da semente, densidade da semente, capacidade em ficar erétil e capacidade de descascamento, etc, vão geralmente ditar a escolha.

Para características altamente herdadas, uma escolha de plantas individuais superiores avaliadas em um local único será eficaz, enquanto para características com baixa capacidade de herança, seleção deve ser baseada em valores médios obtidos de avaliações em réplica de famílias de plantas relacionadas. Métodos de seleção populares geralmente incluem seleção por pedigree, seleção por pedigree modificado, seleção por massa e seleção recorrente. Em um aspecto preferido, um programa de produção de retrocruzamento ou recorrente é escolhido.

A complexidade de herança influencia a escolha do método de produção. Produção retrocruzada pode ser usada para transferir um ou alguns genes favoráveis para uma característica altamente herdável para um cultivar desejado. Esta abordagem tem sido usada extensivamente para produção de cultivares resistentes à doença e inseto. Várias técnicas de seleção recorrente são usadas para melhorar características quantitativamente herdadas controladas por vários genes.

Linhagens de produção podem ser testadas e comparadas com padrões apropriados em ambientes representativos da(s) área(s) alvo(s) comerciais por duas ou mais gerações. As melhores linhagens são candidatas para cultivares comerciais novas; aquelas ainda deficientes em características podem ser usadas como origens para produzir novas populações para seleção adicional.

O desenvolvimento de novos híbridos de soja de elite requer o desenvolvimento e a seleção de linhagens de cruzamento entre a mesma espécie de elite, o cruzamento dessas linhagens e a seleção de cruzamentos híbridos superiores. A semente híbrida pode ser produzida através de cruzamentos manuais entre origens macho-férteis selecionadas ou usando sistemas de esterilidade masculina. Dados adicionais sobre linhagens de origem, bem como o fenótipo do híbrido, influenciam a decisão do cultivador se continua com o cruzamento híbrido específico.

Métodos de produção por pedigree e produção por seleção recorrente podem ser usados para desenvolver cultivares de populações de produção. Programas de produção combinam características desejáveis de duas ou mais cultivares ou várias fontes de base ampla em grupos para produção dos quais cultivares são desenvolvidas através de autopolinação e seleção de fenótipos desejados. Novas cultivares podem ser avaliadas para determinar quais têm potencial comercial.

Produção retrocruzada tem sido usada para transferir genes para uma característica altamente herdável, unicamente herdada, para uma cultivar ou linhagem de cruzamento entre a mesma espécie homozigota desejável, que é a origem recorrente. A fonte da característica a ser transferida é chamada a origem doadora. Após o cruzamento inicial, indivíduos possuindo o fenótipo da origem doadora são selecionados e repetidamente cruzados (retrocruzados) com a origem recorrente. A planta resultante é esperada ter a maioria dos atributos da origem recorrente (por exemplo, cultivar) e, ainda, a característica desejável transferida da origem doadora.

O procedimento de origem de semente única no sentido estrito refere-se ao plantio de uma população de segregação, colheita de uma amostra de uma semente por planta e uso da amostra de uma semente para plantar a próxima geração. Quando a população avançou da F2 para 0 nível desejado de cruzamento entre a mesma espécie, as plantas das quais as linhagens são derivadas vão cada uma traçar para indivíduos F₂ diferentes. O número de plantas em uma população declina cada geração devido à falha de algumas sementes em germinar ou algumas plantas em produzir pelo menos uma semente. Como resultado, nem todas as plantas F₂originalmente amostradas na população serão representadas por uma progênie quando o avanço da geração estiver completo.

Descrições de outros métodos de produção que são geralmente usados para características e culturas diferentes podem ser encontradas em um de vários livros de referência (Allard, Principies of Plant Breeding, John Wiley & Sons, NY, U. of CA, Davis, CA, 50-98, 1960; Simmonds, Principies of crop improvement, Longman, Inc., NY, 369-399, 1979; Sneep e Hendriksen, Plant breeding perspectives, Wageningen (ed), Center for Agricultural Publishing e Documentation, 1979; Fehr, In: Soybeans: Improvement, Production e Uses, 2nd Edition, Manograph., 16:249, 1987; Fehr, Principies of variety development, Theory e Technique, (Vol. 1) e Crop Species Soybean (Vol. 2), lowa State Univ., Macmillan Pub. Co., NY, 360-376, 1987).

É ainda compreendido que a presente invenção provê células bacterianas, virais, microbianas, de inseto, mamíferas e de planta compreendendo as moléculas de ácido nucleico da presente invenção.

Conforme aqui usado, uma molécula de ácido nucleico, seja uma molécula de ocorrência natural ou de outro modo, pode ser substancialmente purificada, se desejado, referindo-se a uma molécula separada de substancialmente todas as outras moléculas normalmente associadas a ela em seu estado nativo. Mais preferivelmente uma molécula substancialmente purificada é a espécie predominante presente em uma preparação. Uma molécula substancialmente purificada pode ser mais do que 60% livre, preferivelmente 75% livre, mais preferivelmente 90% livre e mais preferivelmente ainda 95% livre das outras moléculas (exclusiva de solvente) presentes na mistura natural. O termo substancialmente purificada não pretende compreender moléculas presentes em seu estado nativo.

Os agentes da presente invenção serão preferivelmente biologicamente ativos com relação a ou um atributo estrutural, tal como a capacidade de um ácido nucleico em hibridizar para outra molécula de ácido nucleico, ou à habilidade de uma proteína em ser ligada por um anticorpo (ou competir com outra molécula para tal ligação). Alternativamente, tal atributo pode ser catalítico, e então envolver a capacidade do agente em mediar uma reação ou resposta química.

Os agentes da presente invenção podem ser também recombinantes. Conforme aqui usado, o termo recombinante significa qualquer agente (por exemplo, DNA, peptídeo, etc), isto é, ou resultados, mesmo que indiretos, de manipulação humana de uma molécula de ácido nucleico.

Os agentes da presente invenção podem ser marcados com reagentes que facilitam a detecção do agente (por exemplo, marcadores fluorescentes (Prober e outros 1987 Science 238:336-340; Albarella e outros, Patente Européia N⁹ 144914), marcadores químicos (Sheldon e outros, Patente U.S. N⁹ 4.582.789; Albarella e outros, Patente U.S. N⁹4,563,417), bases modificadas (Miyoshi e outros, Patente Européia N⁹119448).

Tendo agora descrito a invenção, a mesma será mais prontamente compreendida através de referência aos exemplos que seguem que são providos a título de ilustração, e não pretendem ser limitantes da presente invenção, a menos que especificado.

EXEMPLOS

Exemplo 1: Identificação de resistência a afídeo do tipo antixenose em

P1594427C

Produtores de soja avaliaram germoplasma de soja quanto a características genéticas que conferem resistência a ataque e dano por afídeos. Resistência da planta hospedeiro é classificada como antixenose, antibiose ou tolerância. Antixenose, também referida como não-preferência, é a capacidade de uma planta em repelir insetos, causando uma redução em deposição de ovo ou alimentação. Dowling, CNS (PI 548445). Jackson, PI 597727C, PI 594403 e Williams foram avaliadas quanto à resistência do tipo antixenose. A resistência antixenose é escolha de avaliação típica em experimentos em que os insetos podem selecionar entre pelo menos duás plantas hospedeiro.

A Pl 594427C foi identificada ter resistência a afídeo em testes de campo de escolha conduzidos na Universidade do Estado de Michigan durante três temporadas. Nos testes de campo de escolha, Dowling, CNS, Jackson, Pl 597727C, Pl 594403 e Williams foram cultivadas e postas em uma gaiola única. Dois afídeos coletados no campo foram postos em cada planta. Os afídeos eram capazes de se mover livremente de planta para planta, então o estudo avaliou a preferência de planta do afídeo. As plantas foram individualmente classificadas em 2, 3, 4 ou 5 semanas após a infestação, dependendo de quanto os sintomas foram primeiro observados. As plantas receberam uma classificação visual de 0 a 4 (Tabela 1).

Tabela 1: Descrição de escala de classificação usada para fenotipificação de resistência a afídeo

Classificação		Sintomas
0	Muito Resistente	Sem afídeos
1	Resistente	Menos de 100 afídeos
2	Moderadamente Resistente	101-300 afídeos
3	Moderadamente Suscetível	300-800 afídeos
4	Suscetível	>800 afídeos

A cada semana, as plantas receberam também um índice de dano (Dl), que é calculado usando a fórmula que segue:

Dl =L(cada escala X N^s de plantas na escala) X 100 4 X total N^Q de plantas avaliadas

Um índice de dano maior corresponde a uma planta mais suscetível.

Durante três anos de testes de campo, Pl 594427C mostrou consistentemente classificações de afídeo e índices de dano equivalentes ou menores do que as variedades resistentes a afídeo, Jackson e Dowling (Tabela 2). CNS e Williams eram sensíveis à infestação por afídeo.

Tabela 2. Classificação e índice de dano de afídeo de soja médios para genótipos de soja resistentes a afídeo e suscetíveis a afídeo testados em triplicata em gaiolas de campo durante 3 anos na Universidade Estadual de Michigan

Linhagem	Classificação de afídeo (0-4)	índice de dano (
Dowling	1,8	44
CNS	3,8	95
Jackson	1,9	48
PI 594427C	1,5	37
PI 594403	2,5	63
Williams	3,8	94

Exemplo 2: Identificação de resistência a afídeo do tipo antibiose em

PI594427C

Resistência da planta hospedeiro é classificada como antixenose, antibiose ou tolerância. A antibiose é a habilidade de uma planta em reduzir a sobrevivência, crescimento ou reprodução de insetos que se alimentam dela. A antibiose é frequentemente causada pela produção de agentes químicos tóxicos pela planta. A resistência da planta tipo antibiose é frequentemente avaliada em estudos sem escolha em que os insetos recebem uma fonte de alimento único. Pana, PI 594403, PI 71506, Williams,

PI594403, PI 594427C, CNS, Jackson e Dowling foram avaliadas quanto à resistência a antibiótico em experimentos sem escolha.

A resistência antibiose foi identificada em PI 594427C em sem escolha conduzido na Universidade de Illinois. As plantas foram cultivadas em gaiolas isoladas em uma situação de escolha. Três ninfas de afídeo foram postas em cada planta. O número de afídeos foi contado em 14, 17 e 21 dias após inoculação (Tabela 2). Quatro réplicas foram realizadas para cada registro. Os afídeos foram capazes de se reproduzir prontamente em CNS sob condições antixenose (Tabela 2), mas não sob condições de antibiose. O nível de infestação de afídeo era maior e a faixa de idade do afídeo era mais ampla sob a avaliação antixenose comparado com infestação de afídeo e faixa de idade sob a avaliação de antibiose. A diferença em nível de infestação de afídeo e maturidade de afídeo pode ser responsável pelas diferenças observadas em CNS nas avaliações de antibiose e antixenose. Ainda, biótipos de afídeo geográficos de Illinois e

Michigam podem ser responsáveis pela diferença em reação na CNS.

Tabela 3. Número médio de afídeo de soja para genótipos de soja resistentes a afídeo e suscetíveis a afídeo testados na Universidade de Illinois

	N^Q de afídeos por planta em:
Linhagem	14d	17d	21 d*
Pana	190	405	1076a
PI 594403	142	497	603a
PI 71506	200	316	294ab
Williams	126	251	236ab
PI 594403	36	83	59bc
PI 594427C	20	17	12cd
CNS	21	22	11cd
CNS	17	24	10cd
Jackson	14	5	6d
PI594427C	17	12	5d
Dowling	7	3	3d
Dowling	6	3	3d

*Médias seguidas por letras diferentes são significantemente diferentes em nível 0,05.

Exemplo 3: Estudos de mapeamento de afídeo

A fim de mapear QTL putativo para resistência a afídeo, uma linhagem resistente (PI 594427C) foi cruzada com uma CNS ou MV0031. Duas populações de mapeamento foram desenvolvidas para mapear QTLs putativos ligados com resistência a afídeo: PI594427C (resistente a afídeo) x

MV0031 e PI594427C (resistente a afídeo) x CNS. Populações F3:

PI594427CxMV0031 e F4: PI594427CxCNS foram avaliadas quanto ao fenótipo de resistência a afídeo em gaiolas fechadas em East Lansing, Ml. Três ninfas de afídeo foram postas por planta e a densidade de afídeo foi classificada em 3, 4, 5 semanas após a inoculação. A escala de classificação foi 0-5 (Tabela 1). Vinte e oito loci resistentes a afídeo foram identificados (Tabelas 6 e 7).

Os dados de fenótipo da avaliação da semana 4 foram usados de estudos de mapeamento de QTL (Tabelas 4 e 5). Na semana 4, a origem resistente a afídeo, PI594427C, foi classificada 1,5 e origens sensíveis a afídeo, MV0031 θ CNS, foram classificadas 3,5. Em adição à fenotipificação descrita acima, cada população foi genotipada com marcadores SNP: 181 SNP polimórficas com a população F3: PI594427CxMV0031 e 164 SNPs polimórficas com a F4: OI594427CxCNS. Análises de marcador único e regressão de marcador foram realizadas para determinar regiões de QTL condicionando resistência a afídeo. As Tabelas 6 e 7 listam associações significantes entre regiões genômicas e resistência a afídeo junto com marcadores de diagnóstico.

Tabela 4: Fenótipo de F₄: PI594427CxCNs na semana 4 após inoculação

Classificação do Afídeo	Número de Plantas
0,5	0
1	4
1,5	8
2	32
2,5	64
3	70
3,5	6
4	0
Total (n)	184

Tabela 5: Fenótipo de F< PI594427CxMV0031 na semana 4 após inoculação

Classificação de Afídeo	Número de Plantas
0,5	0
1	2
1,5	5
2	29
2,5	29
3	88
3,5	30
4	0
Total (n)	183

Tabela 6: Resultados de marcadores associados com resistência a afídeo determinada (ns = não-significante)____

População	Loci de Resistência a Afídeo	LG	Marcador	Alelo
PI 594427C x CNS	1	J	NS0115450	T
PI 594427C x MV0031	1	J	NS0122151	A
PI 594427C x MV0031	2	E	NS0126797	G
PI 594427C x CNS	2	E	NS0126797	A
PI 594427C x CNS	3	E	NS0098210	C
PI 594427C x CNS	4	E	NS0099483	C
PI 594427C x MV0031	5	B1	NS0100200	A
PI 594427C x CNS	6	N	NS0137720	C
PI 594427C x CNS	7	G	NS0118422	T
PI 594427C X MV0031	8	N	NS0125467	T
PI 594427C x CNS	8	N	NS0129030	c
PI 594427C x CNS	9	N	NS0098575	T
PI 594427C X MV0031	10	A1	NS0129617	c
PI 594427C x MV0031	11	A1	NS0130304	A
PI 594427C x CNS	12	D1a	NS0095317	I
PI 594427C x CNS	13	C2	NS0115731	A
PI 594427C x CNS	14	H	NS0120346	T
PI 594427C x CNS	15	H	NS0097165	A
PI 594427C x MV0031	16	D2	NS0092748	T
PI 594427C x MV0031	16	D2	NS0096662
PI 594427C x CNS	16	D2	NS0118525	T
Pl 594427C x MV0031	17	F	NS0099503	T
PI 594427C x CNS	18	F	NS0123719	A
Pl 594427C X MV0031	19	I	NS0130766	A
Pl 594427C X CNS	20	D1b	NS0121903	C
Pl 594427C X CNS	21	D1b	NS0098438	A
Pl 594427C X CNS	21	D1b	NS0114263	C
Pl 594427C X MV0031	22	0	NS0124919	C
Pl 594427C x CNS	23	0	NS0124051	C
Pl 594427C X CNS	24	C1	NS0124300	G
Pl 594427C x MV0031	25	C1	NS0093331	C
Pl 594427C X MV0031	26	C1	NS0097882	T
Pl 594427C X MV0031	26	C1	NS0136956	G
Pl 594427C X CNS	27	K	NS0098803	T
Pl 594427C X MV0031	28	B2	NS0092589	G
Pl 594427C x CNS	28	B2	NS0103077	D

População	Valor t*	Valor p ^*	Valor R-qd, ***	Intervalo do Marcador
Pl 594427C x CNS	3,36(P<0,05)	0,00118	8	38-58 cM
Pl 594427C x MV0031	5,51(P<0,05)	<0,0001	14	28-48 cM
Pl 594427C x MV0031	2,49(P<0,05)	0,04961	3	30-50 cM
Pl 594427C x CNS	2,01(P<0,05)	ns	3	30-50 cM
Pl 594427C x CNS	2,78(P<0,05)	0,00741	5	76-96 cM
Pl 594427C x CNS	2,64(P<0,05)	0,01348	5	111-131 cM
Pl 594427C x MV0031	2,04(P<0,05)	ns	2	44-64 cM
Pl 594427C x CNS	ns	0,02978	4	0-10 cM
Pl 594427C x CNS	ns	0,02406	4	77-97 cM
Pl 594427C x MV0031	2,03(P<0,05)	ns	3	26-46 cM
Pl 594427C x CNS	ns	0,04662	4	15-35 cM
Pl 594427C x CNS	2,03(P<0,05)	0,04894	3	97-117 cM
Pl 594427C x MV0031	2,06(P<0,05)	0,04753	4	0-15 cM
Pl 594427C x MV0031	2,2(P<0,05)	ns	3	33-53 cM
Pl 594427C x CNS	2,51(P<0,05)	0,00628	6	12-32 cM
Pl 594427C x CNS	ns	0,02083	4	54-74 cM
Pl 594427C x CNS	2,28(P<0,05)	ns	3	1-13 cM
Pl 594427C x CNS	2,03(P<0,05)	ns	3	62-82 cM
Pl 594427C x MV0031	4,44(P<0,05)	0,00008	10	0-18 cM
Pl 594427C x MV0031	4,44	0,00008		0-18 cM
Pl 594427C x CNS	2,37(P<0,05)	ns	3	0-10 cM
Pl 594427C x MV0031	3,21(P<0,05)	0,0049	6	0-18 cM
Pl 594427C x CNS	2,97(P<0,05)	0,0062	6	62-82 cM
Pl 594427C x MV0031	2,47(P<0,05)	0,02812	4	0-14 cM
Pl 594427C x CNS	3,23(P<0,05)	0,00633	6	30-50 cM
Pl 594427C x CNS	2,01(P<0,05)	ns	2	124-144 cM
Pl 594427C x CNS	ns	0,04948	3	91-111 cM
Pl 594427C x MV0031	2,06(P<0,05)	ns	4	50-70 cM
Pl 594427C x CNS	2,72(P<0,05)	0,00485	6	120-140 cM
Pl 594427C x CNS	2,64(P<0,05)	0,02273	4	0-15 cM
Pl 594427C x MV0031	2,04(P<0,05)	ns	3	28-48 cM
Pl 594427C x MV0031	2,02(P<0,05)	ns	3	113-133 cM
Pl 594427C x MV0031	ns	0,00561	6	72-92 cM
Pl 594427C x CNS	ns	0,02604	4	0-20 cM
Pl 594427C x MV0031	2,21(P<0,05)	0,03209	5	7-27 cM
Pl 594427C x CNS	2,18(P<0,05)	0,0415	4	0-10 cM

* Análise de marcador foi realizada usando um teste t. Valor p £0,05 é significante.

**Análise de marcador foi realizada usando regressão de marcador em MapManager QTX;

***Valor R-quadrado de regressão de marcador em MapManager QTX.

Tabela 7: Listagem de marcadores SNP para loci de resistência a afídeo 1-28

Loci de Resistência a Afídeo	Marcador	Alelo de Resistência	SEQ ID	SEQ ID Iniciador Avançado
1	NS0115450	T	81	1
1	NS0122151	A	82	3
1	NS0125096		83	5
1	NS0120948		84	7
2	NS0126797	G	85	9
3	NS0098210	C	86	11
4	NS0099483	C	87	13
5	NS0100200	A	88	15
6	NS0137720	C	89	17
7	NS0118422	T	90	19
8	NS0125467	T	91	21
8	NS0129030	c	92	23
9	NS0098575	T	93	25
10	NS0129617	c	94	27
11	NS0130304	A	95	29
12	NS0095317	I	96	31
13	NS0115731	A	97	33
14	NS0120346	T	98	35
15	NS0097165	A	99	37
16	NS0092748	T	100	39
16	NS0096662		101	41
16	NS0118525	T	102	43
17	NS0099503	T	103	45
18	NS0123719	A	104	47
19	NS0130766	A	105	49
20	NS0121903	C	106	51
21	NS0098438	A	107	53
21	NS0114263	C	108	55
22	NS0124919	C	109	57
23	NS0124051	C	110	59
23	NS0118907		111	61
24	NS0124300	G	112	63
25	NS0093331	C	113	65
26	NS0097882	T	114	67
27	NS0098803	T	116	71
28	NS0092589	G	117	73
28	NS0103077	D	118	75
28	NS0100457		119	77
28	NS0116259		120	79

Loci de Resistência a Afídeo	SEQ ID Iniciador Reverso	SEQ ID sonda VIC	SEQ ID sonda FAM
1	2	121	122
1	4	123	124
1	6	125	126
1	8	127	128
2	10	129	130
3	12	131	132
4	14	133	134
5	16	135	136
6	18	137	138
7	20	139	140
8	22	141	142
8	24	143	144
9	26	145	146
10	28	147	148
11	30	149	150
12	32	151	152
13	34	153	154
14	36	155	156
15	38	157	158
16	40	159	160
16	42	161	162
16	44	163	164
17	46	165	166
18	48	167	168
19	50	169	170
20	52	171	172
21	54	173	174
21	56	175	176
22	58	177	178
23	60	179	180
23	62	181	182
24	64	183	184
25	66	185	186
26	68	187	188
27	72	191	192
28	74	193	194
28	76	195	196
28	78	197	198
28	80	199	200

Marcadores SNP determinados estar associados à região 1 são SEQ ID N⁹: 81 até SEQ ID N⁹: 84. Marcadores SNP para a região 1 são mapeados para uma região no grupo de ligação J. A tabela 7 lista sequências para iniciadores de amplificação por PCR, indicadas como SEQ ID N^s: 1 até SEQ ID N⁹: 8 e sondas indicadas como SEQ ID N^s: 121 até SEQ ID N⁹: 128.

Um marcador SNP determinado estar associado à região 2 é SEQ ID N⁹: 85. Um marcador SNP para a região 2 é mapeado para uma região no grupo de ligação E. A tabela 7 lista sequências para iniciadores de amplificação por PCR, indicadas como SEQ ID N⁹: 9 até SEQ ID N⁹: 10 e sondas indicadas como SEQ ID N⁹: 129 até SEQ ID N⁹: 130.

Um marcador SNP determinado estar associado à região 3 é SEQ ID N⁹: 86. Um marcador SNP para a região 3 é mapeado para uma região no grupo de ligação E. A tabela 7 lista sequências para iniciadores de amplificação por PCR, indicadas como SEQ ID N⁹: 11 até SEQ ID N⁹: 12 e sondas indicadas como SEQ ID N⁹:131 até SEQ ID N⁹: 132.

Um marcador SNP determinado estar associado à região 4 é SEQ ID N⁹: 87. Um marcador SNP para a região 4 é mapeado para uma região no grupo de ligação E. A tabela 7 lista sequências para iniciadores de amplificação por PCR, indicadas como SEQ ID N⁹: 13 até SEQ ID N⁹: 14 e sondas indicadas como SEQ ID N⁹:133 até SEQ ID N⁹:134.

Um marcador SNP determinado estar associado à região 5 é SEQ ID N⁹: 88. Um marcador SNP para a região 5 é mapeado para uma região no grupo de ligação B1. A tabela 7 lista sequências para iniciadores de amplificação por PCR, indicadas como SEQ ID N⁹: 15 até SEQ ID N⁹: 16 e sondas indicadas como SEQ ID N⁹:135 até SEQ ID N⁹:136.

Um marcador SNP determinado estar associado à região 6 é SEQ ID N⁹: 89. Um marcador SNP para a região 6 é mapeado para uma região no grupo de ligação N. A tabela 7 lista sequências para iniciadores de amplificação por PCR, indicadas como SEQ ID N⁹: 17 até SEQ ID N⁹: 18 e sondas indicadas como SEQ ID N⁹:137 até SEQ ID N⁹:138.

Um marcador SNP determinado estar associado à região 7 é

SEQ ID N⁹: 90. Um marcador SNP para a região 7 é mapeado para uma região no grupo de ligação G. A tabela 7 lista sequências para iniciadores de amplificação por PCR, indicadas como SEQ ID N⁹: 19 até SEQ ID N⁹: 20 e sondas indicadas como SEQ ID N⁹:139 até SEQ ID N⁹: 140.

Marcadores SNP determinados estar associados à região 8 são SEQ ID N⁹: 91 até SEQ ID N^s: 92. Marcadores SNP para a região 8 são mapeados para uma região no grupo de ligação N. A tabela 7 lista sequências para iniciadores de amplificação por PCR, indicadas como SEQ ID N⁹: 21 até SEQ ID N⁹: 24 e sondas indicadas como SEQ ID N⁹: 141 até SEQ ID N⁹: 144.

Um marcador SNP determinado estar associado à região 9 é SEQ ID N⁹: 93. Um marcador SNP para a região 9 é mapeado para uma região no grupo de ligação N. A tabela 7 lista sequências para iniciadores de amplificação por PCR, indicadas como SEQ ID N⁹: 25 até SEQ ID N⁹: 26 e sondas indicadas como SEQ ID N⁹:145 até SEQ ID N⁹: 146.

Um marcador SNP determinado estar associado à região 10 é SEQ ID N⁹: 94. Um marcador SNP para a região 10 é mapeado para uma região no grupo de ligação A1. A tabela 7 lista sequências para iniciadores de amplificação por PCR, indicadas como SEQ ID N⁹: 27 até SEQ ID N⁹: 28 e sondas indicadas como SEQ ID N⁹:147 até SEQ ID N⁹:148.

Um marcador SNP determinado estar associado à região 11 é SEQ ID N⁹: 95. Um marcador SNP para a região 11 é mapeado para uma região no grupo de ligação A1. A tabela 7 lista sequências para iniciadores de amplificação por PCR, indicadas como SEQ ID N⁹: 29 até SEQ ID N⁹: 30 e sondas indicadas como SEQ ID N⁹: 149 até SEQ ID N⁹:150.

Um marcador SNP determinado estar associado à região 12 é SEQ ID N⁹: 96. Um marcador SNP para a região 12 é mapeado para uma região no grupo de ligação D1a. A tabela 7 lista sequências para iniciadores de amplificação por PCR, indicadas como SEQ ID N⁹: 31 até SEQ ID N⁹: 32 e sondas indicadas como SEQ ID N⁹:151 até SEQ ID N⁹:152.

Um marcador SNP determinado estar associado à região 13 é SEQ ID N⁹: 97. Um marcador SNP para a região 13 é mapeado para uma região no grupo de ligação C2. A tabela 7 lista sequências para iniciadores de amplificação por PCR, indicadas como SEQ ID N⁹: 33 até SEQ ID N⁹: 34 e sondas indicadas como SEQ ID N^s: 153 até SEQ ID N²:154.

Um marcador SNP determinado estar associado à região 14 é SEQ ID N^s: 98. Um marcador SNP para a região 14 é mapeado para uma região no grupo de ligação Η. A tabela 7 lista sequências para iniciadores de amplificação por PCR, indicadas como SEQ ID N²: 35 até SEQ ID N^s: 36 e sondas indicadas como SEQ ID N⁹:155 até SEQ ID N²:156.

Um marcador SNP determinado estar associado à região 15 é SEQ ID N⁹: 99. Um marcador SNP para a região 15 é mapeado para uma região no grupo de ligação Η. A tabela 7 lista sequências para iniciadores de amplificação por PCR, indicadas como SEQ ID N⁹: 37 até SEQ ID N⁹: 38 e sondas indicadas como SEQ ID N⁹:157 até SEQ ID N⁹:158.

Marcadores SNP determinados estar associados à região 16 são SEQ ID N⁹: 100 até SEQ ID N⁹: 102. Marcadores SNP para a região 16 são mapeados para uma região no grupo de ligação D2. A tabela 7 lista sequências para iniciadores de amplificação por PCR, indicadas como SEQ ID N⁹: 39 até SEQ ID N⁹: 42 e sondas indicadas como SEQ ID N⁹: 159 até SEQ ID N⁹: 164.

Um marcador SNP determinado estar associado à região 17 é SEQ ID N⁹: 103. Um marcador SNP para a região 17 é mapeado para uma região no grupo de ligação F. A tabela 7 lista sequências para iniciadores de amplificação por PCR, indicadas como SEQ ID N⁹: 45 até SEQ ID N⁹: 46 e sondas indicadas como SEQ ID N⁹:165 até SEQ ID N⁹: 166.

Um marcador SNP determinado estar associado à região 18 é SEQ ID N⁹: 104. Um marcador SNP para a região 18 é mapeado para uma região no grupo de ligação F. A tabela 7 lista sequências para iniciadores de amplificação por PCR, indicadas como SEQ ID N⁹: 47 até SEQ ID N⁹: 48 e sondas indicadas como SEQ ID N⁹:167 até SEQ ID N⁹:168.

Um marcador SNP determinado estar associado à região 19 é SEQ ID N⁹: 105. Um marcador SNP para a região 19 é mapeado para uma região no grupo de ligação I. A tabela 7 lista sequências para iniciadores de amplificação por PCR, indicadas como SEQ ID N²: 49 até SEQ ID N²: 50 e sondas indicadas como SEQ ID N²: 169 até SEQ ID N²: 170.

Um marcador SNP determinado estar associado à região 20 é SEQ ID N²: 106. Um marcador SNP para a região 20 é mapeado para uma região no grupo de ligação D1b. A tabela 7 lista sequências para iniciadores de amplificação por PCR, indicadas como SEQ ID N²: 51 até SEQ ID N²: 52 e sondas indicadas como SEQ ID N²: 171 até SEQ ID N²: 172.

Marcadores SNP determinados estar associados à região 21 são SEQ ID N²: 107 até SEQ ID N²: 108. Marcadores SNP para a região 21 são mapeados para uma região no grupo de ligação D1b. A tabela 7 lista sequências para iniciadores de amplificação por PCR, indicadas como SEQ ID N²: 53 até SEQ ID N²: 56 e sondas indicadas como SEQ ID N²: 173 até SEQ ID N²: 176.

Um marcador SNP determinado estar associado à região 22 é SEQ ID N²: 109. Um marcador SNP para a região 22 é mapeado para uma região no grupo de ligação O. A tabela 7 lista sequências para iniciadores de amplificação por PCR, indicadas como SEQ ID N²: 57 até SEQ ID N²: 58 e sondas indicadas como SEQ ID N²: 177 até SEQ ID N²: 178.

Marcadores SNP determinados estar associados à região 23 são SEQ ID N²: 110 SEQ ID N²: 111. Um marcador SNP para a região 23 é mapeado para uma região no grupo de ligação O. A tabela 7 lista sequências para iniciadores de amplificação por PCR, indicadas como SEQ ID N²: 59 até SEQ ID N²: 62 e sondas indicadas como SEQ ID N²: 179 até SEQID N²: 180.

Um marcador SNP determinado estar associado à região 23 é SEQ ID N²: 111. Um marcador SNP para a região 23 é mapeado para uma região no grupo de ligação C1. A tabela 7 lista sequências para iniciadores de amplificação por PCR, indicadas como SEQ ID N²: 61 até SEQ ID N²: 62 e sondas indicadas como SEQ ID N²:181 até SEQ ID N²: 182.

Um marcador SNP determinado estar associado à região 24 é SEQ ID N²: 112. Um marcador SNP para a região 24 é mapeado para uma região no grupo de ligação C1. A tabela 7 lista sequências para iniciadores de amplificação por PCR, indicadas como SEQ ID N⁹: 63 até SEQ ID N⁹: 64 e sondas indicadas como SEQ ID N⁹:183 até SEQ ID N⁹:184.

Um marcador SNP determinado estar associado à região 25 é SEQ ID N⁹: 113. Um marcador SNP para a região 25 é mapeado para uma região no grupo de ligação C1. A tabela 7 lista sequências para iniciadores de amplificação por PCR, indicadas como SEQ ID N⁹: 65 até SEQ ID N⁹: 66 e sondas indicadas como SEQ ID N⁹:185 até SEQ ID N⁹:186.

Marcadores SNP determinados estar associados à região 26 são SEQ ID N⁹: 114 até SEQ ID N⁹: 116. Marcadores SNP para a região 26 são mapeados para uma região no grupo de ligação C1. A tabela 7 lista sequências para iniciadores de amplificação por PCR, indicadas como SEQ ID N⁹: 67 até SEQ ID N⁹: 70 e sondas indicadas como SEQ ID N⁹: 187 até SEQ ID N⁹: 190.

Um marcador SNP determinado estar associado à região 27 é SEQ ID N⁹: 116. Um marcador SNP para a região 27 é mapeado para uma região no grupo de ligação K. A tabela 7 lista sequências para iniciadores de amplificação por PCR, indicadas como SEQ ID N⁹: 71 até SEQ ID N⁹: 72 e sondas indicadas como SEQ ID N⁹: 191 até SEQ ID N⁹:192.

Um marcador SNP determinado estar associado à região 28 é SEQ ID N⁹: 117. Marcadores SNP para a região 28 são mapeados para uma região no grupo de ligação B2. A tabela 7 lista sequências para iniciadores de amplificação por PCR, indicadas como SEQ ID N⁹: 73 até SEQ ID N⁹: 80 e sondas indicadas como SEQ ID N⁹:193 até SEQ ID N⁹: 200.

Exemplo 4. Sondas de hibridização de oliqonucleotídeo úteis para detecção de plantas de soja com loci de resistência a afídeo

Oligonucleotídeos podem ser também usados para detectar ou tipificar os polimorfismos associados à resistência a afídeo descritos aqui através de métodos de detecção de SNP baseados em hibridização. Oligonucleotídeos capazes de hibridização para sequências de ácido nucleico isoladas que incluem o polimorfismo são providos. Está dentro da habilidade da técnica projetar ensaios com adstringência experimentalmente determinada para discriminar entre estados alélicos dos polimorfismos presentes aqui. Ensaios exemplares incluem Southern blots, Northern blots, microdisposições, hibridização in situ e outros métodos de detecção de polimorfismo com base em hibridização. Oligonucleotídeos exemplares para uso em detecção de SNP baseada em hibridização são providos na Tabela

8. Esses oligonucleotídeos podem ser detectavelmente marcados com marcadores radioativos, fluoróforos ou outros meios quimioluminescentes para facilitar a detecção de hibridização para amostras de ácidos nucleicos genômicos ou amplificados derivadas de uma ou mais plantas de soja usando métodos conhecidos na técnica.

Tabela 8. Sondas de Hibridização de 0	iqonucleotídeo
Marcador	Marcador SEQID	Posição da SNP	Sonda de Hibridização	SEQ ID
NS0122151	82	62	CCTTGCAAGTCATGCT	201
NS0122151	82	62	CCTTGCATGTCATGCT	202
NS0125096	83	139	AAGTTTATGATTTGAA	203
NS0125096	83	139	AAGTTTAAGATTTGAA	204
NS0120948	84	109	ATTCTTCAGCATGATC	205
NS0120948	84	109	ATTCTTCTGCATGATC	206
NS0092748	100	289	TACCTCTAAAACTTGT	207
NS0092748	100	289	TACCTCTTAAACTTGT	208
NS0118907	111	449	CTCCAACCTATGATTG	209
NS0118907	111	449	CTCCAACATATGATTG	210
NS0092589	117	126	AGCCATCACAAGGAAA	211
NS0092589	117	126	AGCCATCATAAGGAAA	212
NS0100457	119	34	TTGGTCCTGCCGGTAA	213
NS0100457	119	34	TTGGTCCCGCCGGTAA	214
NS0116259	120	216	TGATAATGACTCCTGA	215
NS0116259	120	216	TGATAATAACTCCTGA	216

Exemplo 5. Sondas de oligonucleotídeo úteis para detecção de plantas de soía com loci de resistência a afídeo através de métodos de extensão de base única

Oligonucleotídeos podem ser também usados para detectar ou tipificar polimorfismos associados à resistência a afídeo de soja descritos aqui através de métodos de detecção de SNP baseados em extensão de base única (SBE). Oligonucleotídeos exemplares para uso em detecção de SNP baseada em SBE são providos na Tabela 9. Métodos SBE são baseados em extensão de um iniciador de oligonucleotídeo que é hibridizado para sequências adjacentes a um polimorfismo para incorporar um resíduo de nucleotídeo detectável na extensão do iniciador. É também antecipado que o método SBE pode usar três oligonucleotídeos sintéticos. Dois dos oligonucleotídeos servem como iniciador de PCR e são complementares à sequência do locus que flanqueia uma região contendo o polimorfismo a ser ensaiado. Iniciadores de PCR exemplares que podem ser usados para tipificar polimorfismos descritos na presente invenção são providos na Tabela 7 nas colunas Iniciador Avançado SEQ ID e Iniciador Reverso SEQ ID. Seguindo a amplificação da região contendo o polimorfismo, o produto de PCR é hibridizado com um iniciador de extensão que anela para o DNA amplificado adjacente ao polimorfismo. Polimerase de DNA e dois trifosfatos de didesoxinucleotídeo diferencialmente marcados são então providos. Se o polimorfismo estiver presente no molde, um dos trifosfatos de didesoxinucleotídeo marcados pode ser adicionado ao iniciador em uma extensão de cadeia de base única. O alelo presente é então inferido através da determinação de quais dos dois marcadores diferenciais foi adicionado ao iniciador de extensão. Amostras homozigotas vão resultar em apenas uma das duas bases marcadas sendo incorporada e então apenas um dos dois marcadores será detectado. Amostras heterozigotas têm ambos os alelos presentes, e vai então direcionar a incorporação de ambos os marcadores (em moléculas diferentes do iniciador de extensão) e então ambos os marcadores serão detectados.

Tabela 9. Sondas (iniciadores de extensão) para ensaios de Extensão de

Base Única (SBE)

Marcador	Marcador SEQ ID	Posição da SNP	Sonda (SBE)	SEQID
NS0122151	82	62	AGTAGTTACTCCCTTGC	217
NS0125096	83	139	TTCCAAAACTCAAGTTT	218
NS0120948	84	109	GTCTGATTAATATTCTT	219
NS0092748	100	289	GCATTCCTCAATACCTC	220
NS0118907	111	449	AAAGAGAAAAGCTCCAA	221
NS0092589	117	126	GGCCAATAAAAAGCCAT	222
NS0100457	119	34	GGGAGCTAGATTTGGTC	223
NS0116259	120	216	TTTAATCAACATGATAA	224

Exemplo 6: Confirmação de Alelos de Resistência a Afídeo Selecionados

Quarenta linhagens de produção de soja foram avaliadas quanto à antibiose em um estudo de campo sem escolhas. Dez plantas de cada linhagem de produção foram plantadas em um lote. Lotes individuais foram cobertos por uma gaiola de inseto pequena. As gaiolas eram afídeos de soja inoculados quando as plantas de soja atingiram o estágio V1. As plantas foram classificadas semanalmente conforme descrito na Tabela 1. As plantas receberam um índice de dano (Dl) a cada semana. A Tabela 8 listou a classificação Dl média para linhagens de soja com vários alelos de resistência a afídeo.

Ainda, as quarenta linhagens foram avaliadas quanto à antibiose em um estudo de estufa sem escolha. Várias plantas de cada uma das quarenta linhagens de produção de soja foram cultivadas em uma estufa. As folhas foram excisadas de cada planta e inoculadas com 2 afídeos de soja em recipiente próximo. O número de afídeos em cada folha foi contado após sete dias. A Tabela 10 listou o número médio de afídeos em linhagens de soja com vários alelos de resistência a afídeo.

Tabela 10: Confirmação de alelos de resistência a afídeo 1, 16, 23 e 28. As linhagens de soja foram avaliadas quanto à antibiose para afídeo de soja em experimentos de estufa e campo sem escolha.

Afídeo	Homoziqoto para Alelo de Resistência	Homoziqoto para Alelo Suscetível
Locus de	N⁹ de	N⁹ Afídeos	de na	índice Dano	de no	N^a de	N⁹ Afídeos	de Na	índice de Dano no
Resistência	Plantas	Estufa		Campo		Plantas	Estufa		Campo
1	21	35		36		18	49		88
16	14	38	90	26	45	95
1+16	9	33	32	13	49	88
23	12	45	94	28	48	93
1+23	9	31	34	15	50	92
1+28	6	28,1	35.9	11	45	95
1+16+23	6	30	41	10	48	93
1+23+28	4	29	43	10	41	92
1+16+28	4	29	43	6	47	93
1+16+23+28	3	26	47	3	46	94
		N⁹	de
Variedades de	N⁹ de	Afídeos	na	índice	de	Dano no
Checaqem	Plantas	Estufa		Campo
CNS	25	28,2	100,0
PI594427C	19	20,8	25,0
Jackson	25	32,4	21,7
Dowling	9	20,8
Williams	16	59,4375

O alelo de resistência a afídeo 1 conferiu resistência a afídeos 5 em ambos os testes de campo sem escolha e de estufa. Ainda, o locus de resistência a afídeo 16 conferiu resistência em testes de campo sem escolha. Além disso, alelo de resistência a afídeo 23 aumentou a resistência a afídeo conferida pelo alelo de resistência a afídeo 1. Similarmente, o alelo de resistência a afídeo 28 aumentou a resistência a afídeo conferida pelo alelo de resistência a afídeo 1. Planta de soja com três alelos de resistência a afídeo tinha um nível maior de resistência a afídeo comparado com plantas de soja com um ou dois alelos de resistência. Ainda, plantas de soja com quatro alelos de resistência a afídeo possuíam o nível mais alto de resistência a afídeos.

Métodos de manejo de resistência de planta hospedeiro podem se encaixar em três categorias: (1) disposição de alelos de resistência únicos sequencialmente, (2) disposição de variedades múltiplas com alelos de resistência únicos diferentes em misturas de semente ou rotação de cultura, (3) acúmulo ou combinação de alelo de resistência diferente em uma linhagem de soja única. Plantas de soja podem ser produzidas para alelos de resistência a afídeo 1,2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28 sozinhos ou em combinação dependendo da pressão de afídeo da região geográfica e do plano de manejo de resistência de planta hospedeiro.

Tendo ilustrado e descrito os princípios da presente invenção, deve ser aparente a pessoas versadas na técnica que a invenção pode ser modificada em disposição e detalhe sem se afastar de tais princípios.

A requerente reivindica todas as modificações que estiverem dentro do espírito, escopo e conceito das reivindicações apensas.

Claims

REIVINDICAÇÕES

1. Método de identificação de uma planta de soja compreendendo um alelo que confere resistência a afídeos, caracterizado pelo fato de que compreende:

5 A) genotipagem de pelo menos uma planta de soja com um marcador de ácido nucleico genômico de soja selecionado do grupo consistindo em SEQ ID N°: 81 até a SEQ ID N°: 120, e

B) seleção com base na referida genotipagem de pelo menos uma planta de soja compreendendo pelo menos um alelo associado com

10 resistência a afídeo.
2. Método de acordo com a reivindicação 1, caracterizado pelo fato de que as ditas plantas de soja selecionadas exibem pelo menos resistência parcial a afídeos.
3. Método de acordo com a reivindicação 1, caracterizado pelo 15 fato de que as ditas plantas de soja selecionadas exibem resistência a afídeos.
4. Método de acordo com a reivindicação 1, caracterizado pelo fato de que o genótipo é determinado através de um ensaio que é selecionado do grupo consistindo em extensão de base única (SBE), sequencia20 mento de extensão de iniciador específico de alelo (ASPE), sequenciamento de DNA, sequenciamento de RNA, análises baseadas em microdisposição, PCR universal, extensão específica de alelo, hibridização, espectrometria de massa, ligação, extensão-ligação e ensaios mediados por FlapEndonuclease.

25
5. Método de acordo com a reivindicação 1, caracterizado pelo fato de que o marcador de ácido nucleico genômico de soja é selecionado do grupo consistindo em SEQ ID N°^s: 81-82.
6. Método de identificação de uma planta de soja compreendendo um alelo que confere resistência a afídeos, caracterizado pelo fato de que

30 compreende:

A) triagem de uma população segregante com um ou mais marcadores de ácido nucleico para determinar se uma ou mais plantas de soja

Petição 870180045939, de 29/05/2018, pág. 8/16 da dita população segregante contêm um alelo que confere resistência a afídeo associado com um ou mais de SEQ ID N°: 81 até a SEQ ID N°: 120, e

B) seleção com base na referida triagem de pelo menos uma planta de soja compreendendo pelo menos um alelo associado com resis5 tência a afídeos.
7. Método de acordo com a reivindicação 6, caracterizado pelo fato de que pelo menos um dos ditos um ou mais marcadores está localizado dentro de 30 cM do dito alelo que confere resistência.
8. Método de acordo com a reivindicação 6, caracterizado pelo 10 fato de que pelo menos um dos ditos um ou mais marcadores está localizado dentro de 20 cM do dito alelo que confere resistência.
9. Método de acordo com a reivindicação 6, caracterizado pelo fato de que pelo menos um dos ditos um ou mais marcadores está localizado dentro de 2 cM do dito alelo que confere resistência.

15
10. Método de acordo com a reivindicação 6, caracterizado pelo fato de que pelo menos um dos ditos um ou mais marcadores está localizado dentro de 1 cM do dito alelo que confere resistência.
11. Método de identificação de um alelo que confere resistência a afídeo em uma planta de soja, caracterizado pelo fato de que compreende

20 detecção de um locus associado a um marcador de SNP selecionado do grupo consistindo em SEQ ID N°: 81 a SEQ ID N°: 120.
12. Método de acordo com a reivindicação 11, caracterizado pelo fato de que a dita planta de soja exibe pelo menos resistência parcial a afídeos.

25
13. Método de acordo com a reivindicação 11, caracterizado pelo fato de que as plantas de soja exibem resistência a afídeos.
14. Método de acordo com a reivindicação 11, caracterizado pelo fato de que a detecção é realizada através de um ensaio que é selecionado do grupo consistindo em extensão de base única (SBE), sequenciamento

30 de extensão de iniciador específico de alelo (ASPE), sequenciamento de DNA, sequenciamento de RNA, análises baseadas em microdisposição, PCR universal, extensão específica de alelo, hibridização, espectrometria de

Petição 870180045939, de 29/05/2018, pág. 9/16 massa, ligação, extensão-ligação e ensaios mediados por FlapEndonuclease.
15. Método de acordo com a reivindicação 11, caracterizado pelo fato de que o marcador de ácido nucleico genômico de soja é selecionado do grupo consistindo em SEQ ID N°^s: 81-82.
16. Método de acordo com a reivindicação 11, caracterizado pelo fato de que pelo menos um dos ditos um ou mais marcadores está localizado dentro de 30 cM do dito alelo que confere resistência.
17. Método de acordo com a reivindicação 11, caracterizado pelo fato de que pelo menos um dos ditos um ou mais marcadores está localizado dentro de 20 cM do dito alelo que confere resistência.
18. Método de acordo com a reivindicação 11, caracterizado pelo fato de que pelo menos um dos ditos um ou mais marcadores está localizado dentro de 2 cM do dito alelo que confere resistência.
19. Método de acordo com a reivindicação 11, caracterizado pelo fato de que pelo menos um dos ditos um ou mais marcadores está localizado dentro de 1 cM do dito alelo que confere resistência.

Petição 870180045939, de 29/05/2018, pág. 10/16