BR112019015633A2 - Métodos, matrizes e utilizações dos mesmos - Google Patents

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Abstract

a presente invenção proporciona um método para diagnosticar ou determinar um estado de doença associado ao câncer pancreático compreendendo ou consistindo nas etapas de: (a) proporcionar uma amostra de um indivíduo a ser testado; e (b) determinar uma assinatura de biomarcador da amostra de teste medindo a presença e/ou quantidade na amostra de teste de um ou mais biomarcadores selecionados do grupo definido na tabela a; em que a presença e/ou quantidade na amostra de teste de um ou mais biomarcadores selecionados do grupo definido na tabela a é indicativa da doença associada ao câncer pancreático no indivíduo; usos e métodos para determinar um estado de doença associado ao câncer de pâncreas, e métodos de tratamento do câncer de pâncreas, juntamente com matrizes e kits para uso no mesmo.

Description

MATRIZES E UTILIZAÇÕES DOS MESMOS
CAMPO DA INVENÇÃO [0001] A presente invenção proporciona modos in vitro para determinar um estado patológico associado a câncer pancreático (tal como presença de câncer pancreático, risco de câncer pancreático, estágio de câncer pancreático e/ou presença de lesões relacionadas tais como neoplasmas mucinos papilares intraductais), assim coma matrizes e kits para uso em tais métodos.
ANTECEDENTES [0002] A incidência de adenocarcinoma ductal do pâncreas (PDAC) está aumentando e foi a causa da morte em 330.400 pacientes em todo o mundo1. PDAC é um dos cânceres mais letais com uma sobrevida de cinco anos de menos de 10%2~4. Em 2030, considera-se que PDAC se tornará a segunda principal causa de morte de câncer5. Um fator por trás desta ocorrência terrível é sintomas difusos que resultam em diagnóstico tardio, quando apenas cerca de 15% dos pacientes apresentam um tumor ressecável2 4, 6' 7.
Consequentemente, uma vez que a resseção cirúrgica é o único tratamento potencialmente curativo para o PDAC, a detecção inicial é necessária. De acordo com isso, se os tumores localizados pudessem ser ressecionados, a sobrevida de cinco anos aumentaria de 43% (estágio II) para mais de
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50% (estágio I)8. Tumores pancreáticos foram, além disso, relatados como operáveis em uma fase assintomática, seis meses antes do diagnóstico clinico9, 10. Um estudo de vigilância recente de pacientes de alto risco, assintomáticos, que transportam a mutação CDKN2A, resultou em uma taxa de resseção de 75% e uma sobrevivência de 24% de cinco anos, o que é muito melhorado em comparação com pacientes PDAC esporádicos11. Tomados em conjunto, é razoável acreditar que o diagnóstico inicial resultaria em aumento da sobrevida para pacientes com PDAC12, 13 e que pacientes de alto risco assintomáticos se beneficiariam de vigilância efetiva14.
[0003] O biomarcador mais avaliado para o PDAC até o momento, o CA19-9 sérico, sofre de especificidade inadequada, com níveis elevados em várias outras indicações, bem como uma ausência completa em pacientes que são genotipicamente Lewis a~b~ (5% da população). Consequentemente, o uso de CA19-9 por si só não é recomendado para varredura15, ou como evidência de recorrência16, mas é recomendado para monitoramento da doença após, por exemplo, resseção cirúrgica17. Por conseguinte, o campo do diagnóstico de câncer é concentrando cada vez mais na análise multiparamétrica18, 19 de marcadores tanto em amostras de diagnóstico20, 21 e prédiagnóstico 22, 23, tendo em vista que essa abordagem rende
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3/269 sensibilidade e especificidade melhoradas, também em combinação com CA19-924, 25 . Na verdade, foi demonstrado que as combinações de biomarcadores de proteína imunorreguladoras e associadas a câncer pode discriminar entre pacientes de fase tardia III/IV PDAC e controles saudáveis26, 27 .
[0004] No entanto, persiste a necessidade de melhores métodos de diagnóstico de câncer pancreático, como o PDAC, particularmente nos estágios iniciais da doença.
SUMARIO DA INVENÇÃO [0005] Por conseguinte, um primeiro aspecto da invenção proporciona um método para diagnosticar ou determinar um estado de doença associado a um câncer pancreático compreendendo ou consistindo nas etapas de:
[0006] (a) fornecer uma amostra de um indivíduo a ser testado; e [0007] (b) determinar a assinatura de um biomarcador da amostra de teste, medindo a presença e/ou quantidade na amostra de teste de um ou mais biomarcadores selecionados do grupo definido na Tabela A;
[0008] em que a presença e/ou quantidade na amostra de teste de um ou mais biomarcadores selecionados do grupo definido na Tabela A é indicativa do estado de doença associado ao câncer pancreático no indivíduo.
TABELA A
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PARTE (I) [0009] Homólogo 1 de disks large (DLG1; por exemplo, UniProt ID Q12959) [0010] Tipo de proteína cinase C zeta (PRKCZ; por exemplo, UniProt ID Q05513)
PARTE (11) [0011] Fator de crescimento endotelial vascular (VEGF; por exemplo, UniProt ID P15692) [0012] Complemento C3 (C3; por exemplo, UniProt ID P01024) [0013] Inibidor da protease plasmática Cl (C1INH; por exemplo, UniProt ID P05155) [0014] Interleucina-4 (IL-4; por exemplo, UniProt ID P05112) [0015] Interferon gama (ΙΕΝγ; por exemplo, UniProt ID P01579) [0016] Complemento C5 (C5; por exemplo, UniProt ID P01031) [0017] Protelna-tirosina quinase 6 (PTK6; por exemplo, UniProt ID Q13882)
PARTE (111) [0018] Proteína homóloga à calcinina B 1 (CHP1; por exemplo, UniProt ID Q99653) [0019] Proteína de ligação ao GTP GEM (GEM; por exemplo, UniProt ID P55040)
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5/269 [0020] Aprataxina e fator semelhante ao PNK (APLF;
por exemplo, ID do UniProt Q8IW19) [0021] Proteína quinase dependente de cálcio/calmodulina tipo IV (CAMK4; por exemplo, UniProt ID
Q16566) [0022] Guanilato quinase associada à membrana, proteína 1 contendo o domínio WW e PDZ (MAGI; por exemplo, UniProt ID Q96QZ7) [0023] Serina/treonina-proteína quinase MARK1 (MARK1; por exemplo, UniProt ID Q9P0L2) [0024] Proteína 8 de dedo de zinco do domínio PR (PRDM8; por exemplo, UniProt ID Q9NQV8)
PARTE (IV) [0025] Apolipoproteína Al (APOA1; por exemplo, UniProt ID P02647) [0026] Quinase 2 dependente de ciclina (CDK2; por exemplo, UniProt ID P24941) [0027] Proteína HADH2 (HADH2; por exemplo, UniProt ID Q6IBS9) [0028] Interleucina-6 (IL-6; por exemplo, UniProt ID P05231) [0029] Complemento C4 (C4; por exemplo, UniProt ID POCOL4/5) [0030] Sistema visual homeobox 2 (VSX2/CHX10; por exemplo, UniProt ID P58304)
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6/269 [0031] Molécula de adesão intercelular 1 (ICAM-1; por exemplo, UniProt ID P05362) [0032] Interleucina-13 (IL-13; por exemplo, UniProt ID P35225) [0033] Lewis x (Lewis x/CD15) [0034] Miomesina-2 (MYOM2; por exemplo, UniProt ID P54296) [0035] Properdina (Fator P; por exemplo, UniProt ID P27918) [0036] Sialila Lewis x (Sialila Lewis x) [0037] Linfotoxina-alfa (TNFp; por exemplo, UniProt ID P01374) [0038] Assim, em uma modalidade, o método compreende a determinação de uma assinatura de biomarcador da amostra de teste, a qual permite que um diagnóstico seja alcançado em relação ao indivíduo a partir do qual a amostra é obtida.
[0039] Os métodos da invenção são adequados para testar uma amostra de qualquer indivíduo que seja suspeito de ter, ou em risco de desenvolver, um estado de doença associado ao câncer pancreático. Por exemplo, o indivíduo pode pertencer a um dos seguintes grupos com risco elevado de ter ou desenvolver câncer pancreático:
[0040] (i) Indivíduos com histórico familiar de câncer de pâncreas (por exemplo, dentro de uma ou duas
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7/269 gerações do lado materno ou paterno);
[0041] (11) Indivíduos diagnosticados com diabetes de inicio recente (por exemplo, tipo II), especialmente aqueles com 50 anos ou mais; e [0042] (iii) Indivíduos com sintomas sugestivos ou consistentes com câncer pancreático, por exemplo, dor na parte superior do abdômen ou parte superior das costas, perda de apetite, perda de peso, icterícia (pele e olhos amarelos e urina escura), indigestão, náuseas, vômitos e/ou cansaço extremo (fadiga)).
[0043] Por estado de doença associado ao câncer de pâncreas, incluímos a presença de câncer pancreático per se, o risco de desenvolver ou desenvolver câncer de pâncreas, estágio de câncer pancreático e presença de lesões relacionadas, como neoplasias mucinosas papilares intraductais (ver abaixo). Em particular, incluímos a presença e/ou estágio do adenocarcinoma ductal pancreático (PDAC).
[0044] Assim, em uma modalidade, os métodos da invenção proporcionam um resultado qualitativo para a detecção de anomalias pancreáticas em indivíduos com risco aumentado de desenvolvimento de PDAC. Em uma modalidade especifica, os métodos da invenção permitem:
[0045] (a) o diagnóstico e/ou estadiamento do câncer pancreático inicial; e
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8/269 [0046] (b) o diagnóstico e/ou estadiamento do câncer pancreático tardio.
[0047] Vantajosamente, os métodos da invenção também permitem a diferenciação entre câncer pancreático e pancreatite crônica em um indivíduo.
[0048] Em uma outra modalidade, os métodos da invenção podem ser utilizados para detectar a presença em um indivíduo de neoplasmas mucinosos papilares intraductais (IPMN). Tais lesões, se não forem tratadas, podem evoluir para câncer invasivo. Consequentemente, é importante detectar essas lesões, pois isso pode proporcionar uma oportunidade de remover uma lesão pré-maligna. Em uma modalidade, as lesões de IPMN são malignas.
[0049] Por biomarcador, incluímos qualquer molécula biológica natural, ou componente ou fragmento desta, cuja medição possa fornecer informações úteis no diagnóstico do câncer pancreático. Assim, no contexto da Tabela A, o biomarcador pode ser a proteína, ou um fragmento polipeptídico ou porção de carboidrato desta (ou, no caso de sialil Lewis x, uma porção de carboidrato per se) . Alternativamente, o biomarcador pode ser uma molécula de ácido nucleico, tal como um mRNA, cDNA ou molécula de DNA de tumor em circulação, que codifica a proteína ou parte da mesma.
[0050] Por diagnóstico, incluímos determinar a
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9/269 presença ou ausência de um estado de doença em um indivíduo (por exemplo, determinar se um indivíduo está ou não sofrendo de câncer pancreático em estágio inicial ou câncer pancreático em estágio avançado).
[0051] Por estadiamento, incluímos a determinação do estágio de um câncer pancreático, por exemplo, determinar se o câncer pancreático é estágio I, estágio II, estágio III ou estágio IV (por exemplo, estágio I, estágio II, estágio I-II, estágio III -IV ou estágio I-IV).
[0052] Por câncer de pâncreas inicial (ou câncer de pâncreas em estágio inicial), incluímos ou entendemos câncer pancreático compreendendo ou consistindo em câncer pancreático em estágio I e/ou estágio II, por exemplo, conforme determinado pelo Comitê Conjunto Americano sobre Câncer (AJCC) TNM. sistema (por exemplo, ver: http://www. cancer .org/cancer/pancreaticcancer/detailedguide /pancreatic-cancer-staging e AJCC Cancer Staging Manual (7a ed.), 2011, Edge et al., Springer que são aqui incorporados por referência).
[0053] O sistema de estadiamento do câncer TNM é baseado em três partes principais de informações:
[0054] • T descreve o tamanho do tumor principal
(primário) e se cresceu fora do pâncreas e em órgãos
próximos.
[0055] • N descreve a propagação para os gânglios
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10/269 (nódulos) linfáticos próximos (regionais).
[0056] · M indica se o câncer fez metástase (disseminação) para outros órgãos do corpo. (Os locais mais comuns de disseminação do câncer pancreático são o fígado, os pulmões e o peritônio - o espaço ao redor dos órgãos digestivos).
[0057] Números ou letras aparecem após T, N e M para fornecer mais detalhes sobre cada um desses fatores.
CATEGORIAS T [0058] TX: O tumor principal não pode ser avaliado.
[0059] TO: Nenhuma evidência de um tumor primário.
[0060] Tis: Carcinoma in situ (o tumor está confinado às camadas superiores das células do duto pancreático). (Muito poucos tumores pancreáticos são encontrados nesta fase.) [0061] TI: O câncer ainda está dentro do pâncreas e tem 2 centímetros (cm) (aproximadamente à de polegada) ou menos de diâmetro.
[0062] T2: O câncer ainda está dentro do pâncreas, mas tem mais de 2 cm de diâmetro.
[0063] T3: O câncer cresceu fora do pâncreas para os tecidos adjacentes, mas não para os principais vasos sanguíneos ou nervos.
[0064] T4: O câncer cresceu além do pâncreas para grandes vasos sanguíneos ou nervos próximos.
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11/269 [0065] Categorias N [0066] NX: Os linfonodos próximos (regionais) não podem ser avaliados.
[0067] NO: 0 câncer não se espalhou para os nódulos
linfáticos próximos •
[0068] NI: 0 câncer se espalhou para os nódulos
linfáticos próximos •
CATEGORIAS M
[0069] MO: 0 câncer não se espalhou para linfonodos
distantes (exceto aqueles próximos ao pâncrea s) ou para
órgãos distantes, como fígado, pulmões, cérebro, etc.
[0070] Ml: 0 câncer se : espalhou para linfonodos
distantes ou para órgãos distantes.
[0071] Depois de determinadas as categorias T, N e M, essas informações são combinadas para atribuir um estágio
geral de 0, I, II, III ou IV (às vezes seguido por uma
letra) . Esse processo é chamado de agrupamento de estágios.
)0072] Estágio 0 (Tis, NO, MO) : 0 tumor está
confinado às camadas superiores das células do duto pancreático e não invadiu tecidos mais profundos. O mesmo não se espalhou para fora do pâncreas. Estes tumores são por vezes referidos como carcinoma pancreático in situ.
[0073] Estágio IA (Tl, NO, MO) : O tumor está confinado ao pâncreas e tem 2 cm de diâmetro ou menos (Tl). Não se espalhou para os gânglios linfáticos próximos (N0)
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12/269 ou para locais distantes (MO).
[0074] Estágio IB (T2, NO, MO) : O tumor está confinado ao pâncreas e tem mais de 2 cm de diâmetro (T2) . Não se espalhou para os gânglios linfáticos próximos (NO) ou para locais distantes (MO).
[0075] Estágio IIA (T3, NO, MO) : O tumor está crescendo fora do pâncreas, mas não nos principais vasos sanguíneos ou nervos (T3). Não se espalhou para os gânglios linfáticos próximos (NO) ou para locais distantes (MO).
[0076] Fase IIB (Tl-3, NI, MO) : O tumor está confinado ao pâncreas ou crescendo fora do pâncreas, mas não nos principais vasos sanguíneos ou nervos (T1-T3). Ele se espalhou para os nódulos linfáticos próximos (Nl), mas não para locais distantes (M0).
[0077] Estágio III (T4, Qualquer N, MO): O tumor está crescendo fora do pâncreas para os principais vasos sanguíneos ou nervos próximos (T4) . Pode ou não ter se espalhado para os nódulos linfáticos próximos (Qualquer N). Não se espalhou para locais distantes (M0).
[0078] Estágio IV (Qualquer T, Qualquer N, Ml): O câncer se espalhou para locais distantes (Ml).
[0079] Alternativamente ou adicionalmente, por câncer de pâncreas inicial (ou câncer de pâncreas em estágio inicial), incluímos ou entendemos um câncer pancreático assintomático. Os sintomas comuns de câncer de
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13/269 pâncreas incluem icterícia (para tumores da cabeça do pâncreas), dor abdominal, perda de peso, esteatorreia e diabetes de início recente. Por exemplo, o câncer pancreático pode estar presente pelo menos 1 semana antes de os sintomas (por exemplo, sintomas comuns) serem observados ou observáveis, por exemplo, >2 semanas, >3 semanas, >4 semanas, >5 semanas, >6 semanas, > 7 semanas, >8 semanas, >3 meses, >4 meses, >5 meses, >6 meses, >7 meses, >8 meses, >9 meses, >10 meses, >11 meses, >12 meses, >18 meses, >2 anos, >3 anos, >4 anos ou >5 anos, antes dos sintomas serem observados ou observáveis.
[0080] Assim, por câncer de pâncreas inicial (ou câncer de pâncreas em estágio inicial), incluímos cânceres pancreáticos de tamanho e/ou estágio de desenvolvimento insuficientes para serem diagnosticados por métodos clínicos convencionais. Por exemplo, por câncer de pâncreas inicial ou câncer de pâncreas em estágio inicial, incluímos ou significamos cânceres pancreáticos presentes pelo menos 1 semana antes de o câncer de pâncreas ser diagnosticado ou diagnosticado por métodos clínicos
convencionais, por exemplo, >2 semanas, >3 semanas. >4
semanas, >5 semanas, >6 semanas, >7 semanas, >8 semanas, >3
meses, >4 meses, >5 meses, >6 meses, >7 meses, >8 meses, >9
meses, > 10 meses, >11 me se s, >12 meses, >18 meses, >2
anos, >3 anos, >4 anos, ou >5 anos, antes de o câncer
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14/269 pancreático ser diagnosticado ou diagnosticável por métodos clínicos convencionais.
[0081] A melhor prática contemporânea para o diagnóstico clinico de câncer de pâncreas será bem conhecida do especialista na técnica, entretanto, para uma revisão detalhada, ver Ducreux et al., 2015, 'Cancer of the pancreas: ESMO Clinical Practice Guidelines for diagnosis, treatment and follow-up' Anais de Oncologia, 26 (Suplemento 5): v56-v68 que é aqui incorporado por referência.
[0082] Os diagnósticos clínicos convencionais (por exemplo, diagnosticados por métodos clínicos convencionais) incluem tomografia computadorizada, ultrassonografia, ultrassonografia endoscópica, biópsia (histopatologia) e/ou exame físico (por exemplo, do abdome e, possivelmente, linfonodos locais). Em uma modalidade por diagnósticos clínicos convencionais (e semelhantes), incluímos os procedimentos de diagnóstico de câncer pancreático estabelecidos em Ducreux et al., 2015, supra.
[0083] Os diagnósticos clínicos convencionais (e similares) podem incluir ou excluir o uso de biomarcadores moleculares presentes nos fluidos corporais (como sangue, soro, liquido intersticial, linfa, urina, muco, saliva, expectoração, suor) e/ou tecidos.
[0084] Será observado pelos versados na técnica que o câncer pancreático inicial pode ser um câncer pancreático
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15/269 ressecável.
[0085] Por câncer pancreático ressecável, incluímos ou entendemos que o câncer de pâncreas é composto ou consiste em tumores que são (e/ou são considerados) capazes de serem removidos por cirurgia (ou seja, são ressecáveis). Por exemplo, o câncer de pâncreas pode estar limitado ao pâncreas (isto é, não se estende além do pâncreas e/ou não metastatizou).
[0086] Em uma modalidade, o câncer pancreático inicial compreende tumores de 30 mm ou menos em todas as dimensões (isto é, nesta modalidade os indivíduos com câncer pancreático inicial não compreendem tumores de câncer pancreático superiores a 30 mm em qualquer dimensão), por exemplo, igual a ou inferior a 29 mm, 28 mm,
27 mm, 2 6 mm, 25 mm, 24 mm, 22 mm, 21 mm, 2 0 mm, 19 mm, 18
mm, 17 mm, 16 mm, 15 mm, 14 mm, 13 mm, 12 mm, 11 mm, 10 mm,
9 mm, 8 mm, 7 mm, 6 mm, 5 mm, 4 mm, 3 mm, 2 mm, 1 mm ou
igual a ou 0,1 mm em todas as dimensões. Alternativamente ou adicionalmente, os tumores de câncer de pâncreas de 30 mm ou menos em todas as dimensões são pelo menos 2 mm em uma dimensão. Alternativamente ou adicionalmente, os tumores de câncer pancreático de 30 mm ou menos em todas as dimensões têm pelo menos 2 mm de todas as dimensões.
[0087] Será observado por versados na técnica que os métodos da invenção serão tipicamente utilizados para
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16/269 fornecer um diagnóstico inicial, por exemplo, para identificar um indivíduo em risco de ter ou desenvolver câncer pancreático, após o que mais investigações clínicas (tal como testes de biópsia, imagens ín vivo e similares) podem ser realizados para confirmar o diagnóstico.
[0088] Alternativamente, no entanto, os métodos da
invenção podem ser utilizados como um teste de diagnóstico
autônomo.
[0089] Por amostra a ser testada , amostra de
teste ou amostra de controle incluímos uma amostra de tecido ou fluido retirada ou derivada de um indivíduo, em que a amostra compreende proteínas endógenas e/ou moléculas de ácido nucleico e/ou porções de carboidrato. De preferência, a amostra a ser testada é fornecida a partir de um mamífero. 0 mamífero pode ser qualquer animal doméstico ou agrícola. De preferência, o mamífero é um rato, ratinho, cobaia, gato, cão, cavalo ou um primata. Mais preferencialmente, o mamífero é humano.
[0090] A amostra a ser testada nos métodos da invenção pode ser uma amostra de células, tecidos ou fluidos (ou seus derivados) compreendendo ou consistindo em sangue (fracionado ou não fracionado), plasma, células de plasma, soro, células de tecido ou proteínas igualmente preferidas ou ácido nucleico derivado de uma amostra de células ou tecido. Será observado que as amostras de teste
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17/269 e controle devem ser derivadas da mesma espécie. De preferência, amostras de teste e controle são combinadas quanto a idade, gênero e/ou estilo de vida.
[0091] Em uma modalidade, a amostra é uma amostra de tecido pancreático. Em uma modalidade alternativa ou adicional, a amostra é uma amostra de células pancreáticas.
[0092] Alternativamente, a amostra pode ser uma amostra de sangue ou soro.
[0093] Nos métodos da invenção, a etapa (b) compreende ou consiste em medir a presença e/ou quantidade
de um c >u mais biomarcadores listados na Tabela A, por
exemplo, pelo menos 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13,
14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28
ou todos os 2 9 biomarcadores listados na Tabela A.
[0094] Assim, a etapa (b) pode compreender, consistir em ou excluir medir a expressão de Homólogo 1 de disks large (DLG1) . Alternativamente ou adicionalmente, a etapa (b) compreende, consiste em ou exclui a medição da expressão do tipo de proteína quinase C zeta (PRKCZ) . Alternativamente ou adicionalmente, a etapa (b) compreende, consiste em ou exclui a medição da expressão do fator de crescimento endotelial vascular (VEGF). Alternativamente ou adicionalmente, a etapa (b) compreende, consiste em ou exclui medir a expressão do complemento C3 (C3). Alternativamente ou adicionalmente, a etapa (b) compreende,
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18/269 consiste em ou exclui a medição da expressão do inibidor da protease Cl do plasma (C1INH). Alternativamente ou adicionalmente, a etapa (b) compreende, consiste em ou exclui a medição da expressão de Interleucina-4 (IL-4). Alternativamente ou adicionalmente, a etapa (b) compreende, consiste em ou exclui a medição da expressão de Interferon gama (ΙΕΝγ). Alternativamente ou adicionalmente, a etapa (b) compreende, consiste em ou exclui a medição da expressão do complemento C5 (C5). Alternativamente ou adicionalmente, a etapa (b) compreende, consiste em ou exclui a medição da expressão da proteina-tirosina quinase 6 (PTK6). Alternativamente ou adicionalmente, a etapa (b) compreende, consiste em ou exclui a medição da expressão da proteína homóloga 1 de Calcineurina B (CHP1). Alternativamente ou adicionalmente, a etapa (b) compreende, consiste em ou exclui a medição da expressão da proteína de ligação ao GTP GEM (GEM) . Alternativamente ou adicionalmente, a etapa (b) compreende, consiste em ou exclui a medição da expressão de Aprataxina e fator semelhante a PNK (APLF). Alternativamente ou adicionalmente, a etapa (b) compreende, consiste em ou exclui a medição da expressão da cinase de proteína dependente de cálcio/calmodulina do tipo IV (CAMK4). Alternativamente ou adicionalmente, a etapa (b) compreende, consiste em ou exclui a medição da expressão da guanilato
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19/269 quinase associada à membrana, a proteína 1 contendo o domínio WW e PDZ (MAGI) . Alternativamente ou adicionalmente, a etapa (b) compreende, consiste em ou exclui a medição da expressão de Serina/treonina-proteína quinase MARK1 (MARK1). Alternativamente ou adicionalmente, a etapa (b) compreende, consiste em ou exclui a medição da expressão do domínio da proteína 8 do dedo de zinco (PRDM8). Alternativamente ou adicionalmente, a etapa (b) compreende, consiste em ou exclui a medição da expressão da Apolipoproteína Al (AP0A1). Alternativamente ou adicionalmente, a etapa (b) compreende, consiste em ou exclui a medição da expressão da cinase 2 dependente de ciclina (CDK2). Alternativamente ou adicionalmente, a etapa (b) compreende, consiste em ou exclui a medição da expressão da proteína HADH2 (HADH2). Alternativamente ou adicionalmente, a etapa (b) compreende, consiste em ou exclui a medição da expressão de Interleucina-6 (IL-6). Alternativamente ou adicionalmente, a etapa (b) compreende, consiste em ou exclui a medição da expressão do Complemento C4 (C4) . Alternativa ou adicionalmente, a etapa (b) compreende, consiste em ou exclui a medição da expressão do sistema visual homeobox 2 (VSX2/CHX10). Alternativamente ou adicionalmente, a etapa (b) compreende, consiste em ou exclui a medição da expressão da molécula de adesão intercelular 1 (ICAM-1). Alternativamente ou
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20/269 adicionalmente, a etapa (b) compreende, consiste em ou exclui a medição da expressão de Interleucina-13 (IL-13). Alternativamente ou adicionalmente, a etapa (b) compreende, consiste em ou exclui a medição da expressão de Lewis x (Lewis x/CD15). Alternativamente ou adicionalmente, a etapa (b) compreende, consiste em ou exclui a medição da expressão de Miomesina-2 (MYOM2). Alternativamente ou adicionalmente, a etapa (b) compreende, consiste em ou exclui a medição da expressão de Properdina (Factor P) . Alternativa ou adicionalmente, a etapa (b) compreende, consiste em ou exclui a medição da expressão de Sialila Lewis x (Sialila Lewis x). Alternativamente ou adicionalmente, a etapa (b) compreende, consiste em ou exclui a medição da expressão de Limfotoxina-alfa (TNFp).
[0095] Assim, a etapa (b) pode compreender ou consistir em medir a presença e/ou quantidade de um ou mais biomarcadores listados em:
[0096] (i) Tabela A, parte (1), por exemplo, ambos os biomarcadores listados na Tabela A (1); e/ou [0097] (ii) Tabela A, parte (ii), por exemplo, pelo menos, 2, 3, 4, 5, 6, 7 ou todos os biomarcadores listados na Tabela A (ii); e/ou [0098] (iii) Tabela A, parte (iii), por exemplo, pelo menos, 2, 3, 4, 5, 6 ou todos os biomarcadores listados na Tabela A (iii); e/ou
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21/269 [0099] (iv) Tabela A, parte (iv), por exemplo, pelo menos, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12 ou todos os biomarcadores listados na Tabela A (iv).
[00100] Em uma outra modalidade preferida, a etapa (b) pode compreender ou consistir em medir a presença e/ou quantidade de um ou mais dos seguintes biomarcadores:
[00101] (i) os biomarcadores listados na Tabela A e o Complemento Clq (Clq; por exemplo, Uniprot ID P02745, 2746 e/ou 2747);
[00102] (ii) os biomarcadores listados na Tabela A, excluindo a Interleucina-6 (IL-6) e/ou proteína de ligação ao GTP GEM (GEM); e/ou [00103] (iii) os biomarcadores listados na Tabela A (excluindo IL-6 e GEM) e Clq.
[00104] Nesse sentido, o Complemento Clq pode ser considerado como um biomarcador adicional dentro da Tabela A, parte (iv) e/ou IL-6, e o GEM pode ser considerado como biomarcador dentro da Tabela B (em vez da Tabela A).
[00105] Assim, em modalidades alternativas de todos os aspectos da invenção, as referências aqui aos biomarcadores na Tabela A podem ser consideradas como sendo referências aos biomarcadores listados na Tabela A (excluindo IL-6 e GEM) e Clq. Do mesmo modo, as referências aqui feitas aos biomarcadores na Tabela B podem ser consideradas referências a biomarcadores listados na Tabela B mais IL-6
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22/269 e GEM, mas excluindo Clq.
[00106] Vantajosamente, nos métodos do primeiro aspecto da invenção, a etapa (b) compreende ou consiste em determinar uma assinatura de biomarcador da amostra de
teste medindo a presença e/ou quantidade na amostra de
teste de todos os biomarcadores seguintes:
)00107] DLG1, PRKCZ, VEGF, C3, C1INH, IL-4, ΙΕΝγ, C5,
PTK6, CHP1, APLF, CAMK4, MAGI, MARK1, PRDM8, APOA1, CDK2,
HADH2, C4, VSX2/CHX10, ICAM-1, IL- 13, Lewis x/CD15, MYOM2, Fator P, Sialila Lewis x, ΤΝΕβ e Complemento Clq (opcionalmente incluindo um ou mais biomarcadores da Tabela B e/ou IL-6 e/ou GEM; ver abaixo), [00108] em que a presença e/ou quantidade na amostra de teste dos referidos biomarcadores é indicativa do estado de doença associado ao câncer pancreático no indivíduo.
[00109] Será observado que a etapa (b) pode adicionalmente compreender a medição da presença e/ou quantidade de um ou mais biomarcadores adicionais não listados na Tabela A, em que os biomarcadores adicionais podem fornecer informação diagnostica adicional.
[00110] Por exemplo, a etapa (b) pode compreender ou consistir em medir a presença e/ou quantidade de um ou mais biomarcadores listados na Tabela B.
TABELA B
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Nome curto Nome completo
AKT3 Serina RAC-gama/treonina-proteína quinase
Angiomotina Angiomotina
ANM5 Proteína Arginina N-Metiltransferase 5
AP0A4 Apolipoproteína A4
ApoB-100 Apolipoproteína B-100 Fator de troca de nucleotídeo de guanina
ARHGC Rho 12
B-galactosidase Beta-galactosidase Proteína 2 contendo repetição IAP
BIRC2 baculoviral
BTK Tirosina-proteina-quinase BTK
Clq Complemento Clq
CA 19-9 CA 19-9
CD40 CD40 Arf-GAP com GTPase, repetição ANK e
CENTG1 proteína 2 contendo o domínio PH
CSNK1E Caseina quinase I isoforma epsilon
Cistatina C Cistatina C
DCNL1 Proteína semelhante a DCN1 1
DLG2 Homólogo 2 de disks large
DLG4 Homólogo 4 de disks large
DPOLM DNA/RNA polimerase de DNA dirigido
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Proteína fosfatase de dupla especificidade
DUSP7 7
Eotaxina Eotaxina
FASN Proteína FASN
FER Tirosina-proteína quinase Fer
GAK Proteína GAK Receptor do peptídeo 1 semelhante ao
GLP-1R glucagon
GM-CSF GM-CSF Proteína de ligação ao nucleotídeo guanina
GNAI3 G (k) subunidade alfa Proteína de empilhamento de remontagem de
G0RS2 Golgi 2
GPRK5 Receptor quinase acoplado à proteína G 5 Receptor de tirosina-proteína quinase
Her2/ErbB2 erbB-2
HLA-DR/DP HLA-DR/DP
IgM IgM
IL-10 Interleucina-10
IL-11 Interleucina-11
IL-12 Interleucina-12
IL-16 Interleucina-16
IL-18 Interleucina-18
IL-la Interleucina-la
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IL-lb Interleucina-lb
IL-lra Interleucina-lra
IL-2 Interleucina-2
IL-3 Interleucina-3
IL-5 Interleucina-5
IL-7 Interleucina-7
IL-8 Interleucina-8
IL-9 Interleucina-9
Integrina α-10 Integrina alfa-10 homólogo Itchy de ligase proteinaCOCEIRA ubiquitina E3
JAK3 Tirosina-proteína quinase JAK3
Queratina 19 Queratina tipo I citoesquelética 19
KIAA0882 Membro da família do domínio TBC1 9
Proteína quinase dependente de
KKCC1 cálcio/calmodulina 1
KSYK Tirosina-proteína quinase SYK
Leptina Leptina
Lewis y Lewis y
LIN7A Proteína lin-7 homólogo A Proteína quinase 2
MAP2K2 ativada por mitógeno de dupla especificidade
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Proteína quinase ativada por mitógeno 6 de
MAP2K6 dupla especificidade
MAPK1 Proteína quinase ativada por mitógeno 1
MAPK8 Proteína quinase ativada por mitógeno 8
MCP-1 Quimiocina 2 do motivo C-C
MCP-4 Quimiocina 13 do motivo C-C
Mucina-1 Mucina-1
N0S1 Sintase de óxido nítrico, cérebro Proteína relacionada à proteína de ligação
OSBPL3 ao oxiesterol 3
0TU6B Proteína 6B contendo domínio OTU
0TUB1 Tioesterase de ubiquitina OTUB1
OTUB2 Tioesterase de ubiquitina OTUB2
PAK4 Serina/treonina-proteína quinase PAK 4
PAK5 Serina/treonina-proteína quinase PAK 7
PARP6 Particionamento defeituoso 6 homólogo beta Serina/treonina-proteína fosfatase PGAM5,
PGAM5 mitocondrial
PRKG2 Proteína quinase 2 dependente de cGMP
Procatepsina W Catepsina W
PSA Antígeno específico da próstata Tirosina-proteína fosfatase não-receptor
PTN13 tipo 13
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Tirosina-proteina fosfatase não-receptor
PTPN1 tipo 1
Tipo-receptor de fosfato tirosinaPTPRD fosfatase delta
PTPRJ
PTPRK
PTPRN2
PTPRT
Tirosina-proteina fosfatase eta tipo
receptor
Tirosina-proteina fosfatase kappa tipo
receptor
Tirosina-proteina fosfatase N2 tipo
receptor
Tirosina-proteina fosfatase T tipo
receptor
RANTES Quimiocina 5 do motivo C-C
RPS6KA2
Proteína ribossômica S6 quinase alfa-2
SHC1
Proteína transformadora de SHC 1
Soxlla
Fator de transcrição SOX-11
SPDLY Proteína Spindly
TGF-bl
Fator de crescimento transformador beta-1
TNF-a Fator de necrose tumoral Membro da superfamilia do receptor do
TNFRSF14 fator de necrose tumoral 14 Membro da superfamilia do receptor do
TNFRSF3 fator de necrose tumoral 3
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UBP7
UCHL5
Hidrolase ubiquitina 7
Hidrolase de de terminal terminal carboxila carboxila de de ubiquitina isozima L5
UPF3B
Regulador de transcrições não senso 3B [00111] Por exemplo, a etapa (b) pode compreender ou consistir em medir a presença e/ou quantidade de pelo menos 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25, 30, 35, 40, 45, 50, 55, 60, 65, 70, 75, 80, 85, 90 ou todos os biomarcadores da Tabela B.
[00112] Em uma modalidade da invenção, o método é para o diagnóstico de câncer pancreático em estágio inicial (por exemplo, PDAC de estágio I e/ou estágio II versus saudável).
[00113] Por exemplo, a etapa (b) pode compreender ou consistir em medir a presença e/ou quantidade de um ou mais biomarcadores listados na Tabela A, por exemplo, pelo menos 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28 ou todos os biomarcadores da Tabela A.
[00114] Alternativamente, ou adicionalmente, a etapa (b) pode compreender ou consistir em medir a presença e/ou quantidade de um ou mais biomarcadores listados na Tabela C, por exemplo, pelo menos 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11,
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12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24 ou todos os biomarcadores da Tabela C.
TABELA C [00115] Biomarcadores selecionados para classificação entre estágios não cancerosos e PDAC I e II
Classificaç ão de Pontuação Nome da Proteína
1 Inibidor Cl de plasma protease
2 Interleucina-4
3 Proteína-tirosina quinase 6
4 Complemento C3
5 Serina/treonina-proteína quinase MARK1
6 Proteína HADH2
7 Properdina
8 Complemento C4
9 Quinase 2 dependente de ciclina
10 Interferon Gama
11 Proteína quinase quinase 1 dependente de cálcio/calmodulina
12 Complemento C5
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Classificaç ão de Pontuação Nome da Proteína
13 Fator de crescimento endotelial vascular
14 Sistema visual homeobox 2
15 Proteína de dedo de zinco domínio PR 8
16 Molécula de adesão intercelular 1
17 Hidrolase de terminal carboxila de ubiquitina isozima L5
18 Interleucina-6
19 Miomesina-2
20 Aprataxina e fator similar a PNK
21 Apolipoproteína Al
22 Regulador de transcrições não senso 3B
23 Lumicano
24 Interleucina-9
25 Quimiocina 13 do motivo C-C
[00116] Em uma modalidade alternativa da invenção, o método é para o diagnóstico de câncer pancreático de fase tardia (por exemplo, PDAC estágio III e/ou de fase IV
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31/269 versus saudável).
[00117] Por exemplo, a etapa (b) pode compreender ou consistir em medir a presença e/ou quantidade de um ou mais biomarcadores listados na Tabela D, por exemplo, pelo menos 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23 ou todos os biomarcadores da Tabela D.
TABELA D [00118] Biomarcadores selecionados para classificação entre não cancerosos e PDAC estágios III e IV
Classificação de Pontuação Nome da Proteína
1 Inibidor Cl de plasma protease
2 Interleucina-4
3 Complemento C3
4 Properdina
5 Complemento C4
6 Sialila Lewis X
7 Proteína homóloga de calcineurina B 1
8 Proteína HADH2
9 Proteína-tirosina quinase 6
10 Apolipoproteína Al
11 Quimiocina 13 do motivo C-C
12 Guanilato cinase associada à membrana, proteína 1 contendo o domínio WW e PDZ
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13 Linfotoxina-alfa
14 Disks large homolog 1
15 Proteína quinase C tipo zeta
16 Interleucina-13
17 Complemento C5
18 Serina/treonina-proteína quinase MARK1
19 Proteína de ligação a GTP GEM
20 IgM
21 Interleucina-8
22 Fator de crescimento endotelial vascular
23 Interleucina-6
24 Interleucina-9
[00119] Em uma outra modalidade da invenção, o método é para diferenciar o câncer pancreático da pancreatite crônica.
[00120] Por exemplo, a etapa (b) pode compreender ou consistir em medir a presença e/ou quantidade de um ou mais biomarcadores listados em:
[00121] (i) Tabela A, parte (i), por exemplo, ambos os biomarcadores listados na Tabela A (i); e/ou [00122] (ii) Tabela A, parte (ii), por exemplo, pelo menos, 2, 3, 4, 5, 6, 7 ou todos os biomarcadores listados na Tabela A (ii); e/ou
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33/269 [00123] (iii) Tabela A, parte (iii), por exemplo, pelo menos, 2, 3, 4, 5, 6 ou todos os biomarcadores listados na Tabela A (iii); e/ou [00124] (iv) Tabela A, parte (iv), por exemplo, pelo menos, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12 ou todos os biomarcadores listados na Tabela A (iv).
[00125] Será observado que a etapa (b) pode adicionalmente compreender a medição da presença e/ou quantidade de um ou mais biomarcadores adicionais não listados na Tabela A, em que os biomarcadores adicionais podem fornecer informação diagnostica adicional.
[00126] Por exemplo, a etapa (b) pode compreender ou consistir em medir a presença e/ou quantidade de um ou mais biomarcadores selecionados a partir do grupo que consiste em IL-4, C4, MAPK9, C1INH, VEGF, PTPRD, KCC4, TNF-α, Clq e BTK.
[00127] Em uma outra modalidade da invenção, o método é para detecção de neoplasmas mucinosos papilares intraductais (IPMN) em um indivíduo. Em outras palavras, os métodos podem permitir que um paciente com IPMN seja diferenciado de um indivíduo sem IPMN, por exemplo, um indivíduo saudável. Em uma modalidade, as lesões de IPMN são malignas.
[00128] Por exemplo, a etapa (b) pode compreender ou consistir em medir a presença e/ou quantidade de um ou mais
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34/269 biomarcadores listados em:
[00129] (i) Tabela A, parte (i), por exemplo, ambos os biomarcadores listados na Tabela A (i); e/ou [00130] (ii) Tabela A, parte (ii), por exemplo, pelo menos, 2, 3, 4, 5, 6, 7 ou todos os biomarcadores listados na Tabela A (ii); e/ou [00131] (iii) Tabela A, parte (iii), por exemplo, pelo menos, 2, 3, 4, 5, 6 ou todos os biomarcadores listados na Tabela A (iii); e/ou [00132] (iv) Tabela A, parte (iv), por exemplo, pelo menos, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12 ou todos os biomarcadores listados na Tabela A (iv).
[00133] Entender-se-á que a etapa (b) pode adicionalmente compreender a medição da presença e/ou quantidade de um ou mais biomarcadores adicionais, tais como os listados nas Tabelas B, C e/ou D, em que os biomarcadores adicionais podem fornecer informação diagnostica adicional.
[00134] Em uma modalidade preferida do primeiro aspecto da invenção, a etapa (b) compreende medir a presença e/ou quantidade de todos os biomarcadores listados na Tabela A, por exemplo, no nível de proteína. O uso desta assinatura completa de biomarcador de consenso permite o diagnóstico de câncer de pâncreas (por exemplo, PDAC) em qualquer estágio, incluindo os estágios iniciais da doença.
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35/269 [00135] Será observado pelos versados na técnica que, para além da medição dos biomarcadores em uma amostra de um indivíduo a ser testado, os métodos da invenção podem também compreender a medição desses mesmos biomarcadores em uma ou mais amostras de controle.
[00136] Assim, em uma modalidade, o método compreende ou consiste ainda nas etapas de:
[00137] (c) fornecer uma ou mais amostras de controle (negativo) de:
[00138] (i) um indivíduo não afligido com câncer pancreático; e/ou [00139] (ii) um indivíduo que sofre de câncer pancreático, em que a amostra era de um estágio diferente do da amostra de teste; e/ou [00140] (iii) um indivíduo que sofre de pancreatite crônica; e [00141] (d) determinar uma assinatura de biomarcador de uma ou mais amostras de controle, medindo a presença e/ou quantidade na amostra de controle de um ou mais biomarcadores medida na etapa (b);
[00142] em que o estado de doença associado a câncer pancreático é identificado no caso em que a presença e/ou quantidade na amostra de teste do um ou mais biomarcadores medidos na etapa (b) é diferente da presença e/ou quantidade na amostra de controle do um ou mais
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36/269 biomarcadores medidos na etapa (d).
[00143] Por é diferente da presença e/ou quantidade em uma amostra de controle, incluímos que a presença e/ou quantidade de um ou mais biomarcadores na amostra de teste difere daquela de uma ou mais amostras de controle (ou para valores de referência predefinidos representando o mesmo). De preferência, a presença e/ou quantidade na amostra de teste difere da presença ou quantidade em uma ou mais amostras de controle (ou média das amostras de controle) em pelo menos ± 5%, por exemplo, pelo menos ± 6%., ± 7%, ± 8%, ± 9%, ± 10%, ± 11%, ± 12%, ± 13%, ± 14%, ± 15%, ± 16%, ± 17%, ± 18%, ± 19%, ± 20%, ± 21%, ± 22%, ± 23%, ± 24%, ±
25%, ± 26%, ± 27%, ± 28%, ± 29%, ± 30%, ± 31%, ± 32%,±
33%, ± 34%, ± 35%, ± 36%, ± 37%, ± 38%, ± 39%, ± 40%,±
41%, ± 42%, ± 43%, ± 44% ± 45% ± 41% ± 42% ± 43% ± 44%±
55% ± 60% ± 65% ± 66% ± 67% ± 68% ± 69% ± 70% ± 71% ± 72% ± 73% ± 74% ± 75% ± 76% ± 77% ± 78% ± 79% ± 80% ± 81% ± 82%, ± 83%, ± 84%, ± 85%, ± 86%, ± 87%, ± 88%, ± 89%, ± 90%, ± 91%, + 92%, + 93%, + 94%, + 95%, + 96%, + 97%, + 98%, + 99%, ± 100%, ± 125%, ± 150%, ± 175%, ± 200%, ± 225%, ± 250%, ± 275%, ± 300%, ± 350%, ± 400%, ± 500% ou pelo menos ± 1.000% de uma ou mais amostras de controle (por exemplo, a amostra de controle negativo).
[00144] Alternativa ou adicionalmente, a presença ou quantidade na amostra de teste difere da presença ou
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37/269 quantidade média nas amostras de controle em pelo menos > 1 desvio padrão da presença ou quantidade média nas amostras
de controle, por exemplo, >1.5, >2 , -3, >4, >5, >6, >7, >8,
>9, >10, >11, >12, >13, >14 ou >15 desvios padrão da
presença ou quantidade média nas amostras controle.
Qualquer meio adequado pode ser usado para determinar o desvio padrão (por exemplo, direto, soma de quadrado, de Welford), no entanto, em uma modalidade, o desvio padrão é determinado usando o método direto (isto é, a raiz quadrada de [a soma dos quadrados do amostras menos a média, dividido pelo número de amostras]).
[00145] Alternativa ou adicionalmente, por é diferente da presença e/ou quantidade em uma amostra de controle, incluímos que a presença ou quantidade na amostra de teste não se correlaciona com a quantidade na amostra de controle de maneira estatisticamente significativa. Por não se correlaciona com a quantidade na amostra de controle de maneira estatisticamente significativa queremos dizer ou incluir que a presença ou quantidade na amostra de teste se correlaciona com aquela da amostra de controle com um p- valor de> 0,001, por exemplo, > 0,002, > 0,003, > 0,004, > 0,005, > 0,01, > 0,02, > 0,03, > 0,04, > 0,05, > 0,06, > 0,07, > 0,08, > 0,09, ou > 0,1. Quaisquer meios apropriados para a determinação do valor de p conhecido ao versado na técnica
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38/269 pode ser utilizado, incluindo teste z, teste t, teste t de Student, test f, teste de Mann-Whitney (7, teste de Wilcoxon de postos sinalizados e teste de chi quadrado de Pearson.
[00146] Em uma modalidade, o método da invenção pode ainda compreender ou consistir nas etapas de:
[00147] (e) fornecer uma ou mais amostras de controle
(positivas) de;
[00148] (i) um indivíduo afligido com câncer
pancreático (isto é, um controle ' positivo); e/ou
[00149] (ii) um indivíduo que sofre de câncer
pancreático, em que a amostra foi do mesmo estágio que o da
referida amostra de teste; e [00150] (f) determinar uma assinatura de biomarcador da amostra de controle medindo a presença e/ou quantidade na amostra de controle de um ou mais biomarcadores medidos na etapa (b);
[00151] em que o estado de doença associado a câncer pancreático é identificado no caso de a presença e/ou
quantidade na amostra de teste do um ou mais biomarcadores
medidos na etapa (b) corresponder à presença e/ou
quantidade na amostra de controle do um ou mais
biomarcadores medidos na etapa (f).
[00152] Assim, os métodos da invenção podem
compreender as etapas (c) + (d) e/ou as etapas (e) + (f) .
[00153] Por corresponde à presença e/ou quantidade em
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39/269 uma amostra de controle, incluímos que a presença e/ou quantidade é idêntica à de uma amostra de controle positiva; ou mais próxima à de uma ou mais amostras de controle positivo do que a uma ou mais amostras de controle negativo (ou a valores de referência predefinidos representando os mesmos). De preferência, a presença e/ou
quantidade está dentro de ± 40% da de uma ou mais amostras
de controle (ou média das amostras de controle] i , por
exemplo, dentro de ± 39% , ± 38%, ± 37%, ± 36%, ± 35%, ±
34%, ± 33%, ± 32%, ± 31% ± 30%, ± 29%, ± 28%, ± 27%, ±
26%, ± 25%, ± 24%, ± 23 %, ± 22%, ± 21%, ± 20%, ± 19%, ±
18%, ± 17%, ± 16%, ± 15%, ± 14%, ± 13 %, ± 12 %, 11' /, ± 10%,
± 9%, ± 8%, ± 7%, ± 6%, ± 5%, ± 4%, ± 3% ’ l ± 2%, ± 1%, ±
0,05% ou dentro de 0% de um ou mais amostra de controle (por exemplo, a amostra de controle positivo).
[00154] Alternativa ou adicionalmente, a diferença na presença ou quantidade na amostra de teste é <5 desvio padrão da presença ou quantidade média nas amostras de controle, por exemplo, <4,5, <4, <3,5, <3, <2,5, < 2, <1,5, <1,4, <1,3, <1,2, <1,1, <1, <0,9, <0,8, <0,7, <0,6, <0,5, <0,4, <0,3, <0,2, <0,1 ou 0 desvios padrão a partir da presença ou quantidade média nas amostras de controle, desde que os intervalos de desvio padrão para diferentes e correspondentes expressões de biomarcadores não se sobreponham (por exemplo, encostem, mas não se
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40/269 sobreponham).
[00155] Alternativamente ou adicionalmente, por corresponde à presença e/ou quantidade em uma amostra de controle, incluímos que a presença ou quantidade na amostra de teste se correlaciona com a quantidade na amostra de controle de uma maneira estatisticamente significativa. Por correlaciona-se com a quantidade na amostra de controle de maneira estatisticamente significativa entendemos ou incluímos que a presença ou quantidade na amostra de teste se correlaciona com a da amostra de controle com um valor p de <0,05, por exemplo, <0,04, <0,03, <0,02, <0,01, <0,005, <0,004, <0,003, <0,002, <0,001, <0,0005 ou <0,0001.
[00156] A expressão diferencial (regulação positiva ou regulação negativa) de biomarcadores, ou falta dela, pode ser determinada por qualquer meio adequado conhecido por um especialista. A expressão diferencial determinada para um valor de p de pelo menos de 0,05 (p = <0,05), por exemplo, pelo menos <0,04, <0,03, <0,02, <0,01, <0,009, <0,005, <0,001, <0,0001, <0,00001 ou pelo menos <0,000001. Por exemplo, a expressão diferencial pode ser determinada usando uma máquina de vetores de suporte (SVM).
[00157] Em uma modalidade, o SVM é ou é derivado do SVM descrito na Tabela 6, abaixo.
[00158] Será observado pelos versados na técnica que a
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41/269 expressão diferencial pode estar relacionada com um único biomarcador ou com múltiplos biomarcadores considerados em combinação (isto é, como uma assinatura de biomarcador). Assim, um valor de p pode estar associado a um único biomarcador ou a um grupo de biomarcadores. Com efeito, as proteínas que possuem um valor de p expressão diferencial de maior do que 0,05 quando consideradas individualmente, no entanto, podem ainda ser úteis como marcadores de acordo com a invenção, quando os seus níveis de expressão são considerados em combinação com um ou mais outros biomarcadores.
[00159] Como exemplificado no Exemplo acompanhante, a expressão de certas proteínas em uma amostra de teste de tecido, sangue, soro ou plasma pode ser indicativa de câncer pancreático em um indivíduo. Por exemplo, a expressão relativa de certas proteínas séricas em uma única amostra de teste pode ser indicativa da presença de câncer pancreático em um indivíduo.
[00160] Em uma modalidade alternativa ou adicional, a presença e/ou quantidade na amostra de teste de um ou mais biomarcadores medidos na etapa (b) pode ser comparada com valores de referência predeterminados representativos das medições nas etapas (d) e/ou (f), ou seja, valores de referência negativos e/ou positivos.
[00161] Como detalhado acima, os métodos da invenção
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42/269 podem também compreender a medição, em uma ou mais amostras de controle positivas ou negativas, da presença e/ou quantidade de um ou mais biomarcadores medidos na amostra de teste na etapa (b).
[00162] Por exemplo, uma ou mais amostras de controle negativo podem ser de um indivíduo que não estava, no momento em que a amostra foi obtida, afligido com:
[00163] (a) um câncer pancreático, por exemplo, adenocarcinoma (por exemplo, adenocarcinoma ductal pancreático ou adenocarcinoma papilar pancreático tubular), sarcoma pancreático, cistadenoma seroso maligno, carcinoma adenoescamoso, carcinoma de células em anel de sinete, carcinoma hepatoide, carcinoma coloide, carcinoma indiferenciado e carcinomas indiferenciados com osteoclastos. como células gigantes; e/ou [00164] (b) uma doença ou afecção pancreática não cancerosa, por exemplo, pancreatite aguda, pancreatite crônica e pancreatite autoimune; e/ou [00165] (c) qualquer outra doença ou afecção.
[00166] Assim, a amostra de controle negativo pode ser obtida de um indivíduo saudável.
[00167] Da mesma forma, uma ou mais amostras de controle positivo podem ser de um indivíduo que, no momento em que a amostra foi obtida, sofria de câncer pancreático, por exemplo, adenocarcinoma (por exemplo, adenocarcinoma
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43/269 ductal pancreático ou adenocarcinoma pancreático papilar tubular), sarcoma pancreático, cistadenoma seroso maligno, carcinoma adenoescamoso, carcinoma de células anelares de sinete, carcinoma hepatoide, carcinoma coloidal, carcinoma indiferenciado e carcinomas indiferenciados com células gigantes semelhantes a osteoclastos; e/ou uma doença ou afecção pancreática não cancerosa, por exemplo, pancreatite aguda, pancreatite crônica e pancreatite autoimune; e/ou
qualquer outra doença ou afecção.
[00168] Em uma modalidade preferida do primeiro
aspecto da invenção, o método é repetido no indivíduo.
Assim, as etapas (a) e (b) podem ser repetidos usando uma
amostra do mesmo indivíduo tomada em tempo diferente da amostra original testada (ou a repetição do método anterior). Esse teste repetido pode permitir que a progressão da doença seja avaliada, por exemplo, para determinar a eficácia do regime de tratamento selecionado e (se apropriado) selecionar um regime alternativo a ser adotado.
[00169] Assim, em uma modalidade, o método é repetido utilizando uma amostra de teste tomada entre 1 dia e 104
semanas antes da (s) amostra(s) anterior(es) utilizada( s) ,
por exemplo, entre 1 semana a 100 semanas, 1 semana a 90
semanas, 1 semana a 80 semanas, 1 semana a 70 semanas , 1
semana a 60 semanas, 1 semana a 50 semanas, 1 semana a 40
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44/269 semanas, 1 semana a 30 semanas, 1 semana a 20 semanas,1 semana a 10 semanas, 1 semana a 9 semanas, 1 semana a8 semanas, 1 semana a 7 semanas, 1 semana a 6 semanas,1 semana a 5 semanas, 1 semana a 4 semanas, 1 semana a3 semanas ou 1 semana a 2 semanas.
[00170] Alternativamente ou adicionalmente, o método pode ser repetido usando uma amostra de teste tirada a cada período do grupo que consiste em: 1 dia, 2 dias, 3 dias, 4
dias, 5 dias, 6 dias , 7 dias, 10 dias, 2 semanas, 3
semanas, 4 semanas, 5 semanas, 6 semanas, 7 semanas, 8
semanas, 9 semanas, 10 semanas, 15 semanas, 20 semanas, 25
semanas, 30 semanas, 35 semanas, 40 semanas, 45 semanas, 50
semanas, 55 semanas, 60 semanas, 65 semanas, 70 semanas, 75
semanas, 80 semanas, 8 5 semanas, 90 semana s, 95 semanas,
100 semanas , 104, semanas, 105 semanas, 110 semanas, 115
semanas, 120 semanas, 125 semanas e 130 semanas.
[00171] Alternativamente ou adicionalmente, o método pode ser repetido pelo menos uma vez, por exemplo, 2 vezes,
3 veze s, 4 vezes r 5 vezes, 6 vezes, 7 vezes, 8 vezes, 9
vezes, 10 vezes, 11 vezes, 12 vezes, 13 vezes, 14 vezes, 15
vezes, 16 vezes, 17 vezes, 18 vezes, 19 vezes, 20 vezes, 21
vezes, 22 vezes, 23 , 24 vezes ou 25 vezes.
[00172] Alternativamente ou adicionalmente, o método é repetido continuamente.
[00173] Em uma modalidade, o método é repetido até que
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45/269 o câncer pancreático seja diagnosticado e/ou encenado no indivíduo utilizando os métodos da presente invenção e/ou métodos clínicos convencionais (isto é, até a confirmação do diagnóstico ser feita).
[00174] Métodos clínicos convencionais adequados são bem conhecidos na técnica. Por exemplo, os métodos descritos em Ducreux et al., 2015, 'Cancer of the pancreas: ESMO Clinical Practice Guidelines for diagnosis, treatment and follow-up' Annals of Oncology, 26 (Suplemento 5): v56 v68 e/ou Freelove & Walling, 2006, Pancreatic Cancer: Diagnosis and Managemen American Family Physician, 73 (3): 485 a 492, que são aqui incorporados por referência. Assim, o diagnóstico do câncer pancreático pode ser confirmado utilizando um ou mais métodos selecionados do grupo que consiste em tomografia computorizada (preferencialmente tomografia helicoidal de fase dupla); ultrassonografia transabdominal; aspiração endoscópica por agulha fina guiada por ultrassonografia; colangiopancreatografia retrógrada endoscópica; tomografia por emissão de positrões; imagem de ressonância magnética; exame físico; e biópsia.
[00175] Alternativamente e/ou adicionalmente, o diagnóstico de câncer pancreático pode ser confirmado usando assinaturas de biomarcadores conhecidos para o diagnóstico de câncer pancreático. Por exemplo, o câncer
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46/269 pancreático pode ser diagnosticado com um ou mais biomarcadores ou métodos de diagnóstico descritos no grupo que consiste em: WO 2008/117067 A9; Documento WO 2012/120288 A2; e WO 2015/067969 A2.
[00176] Em uma modalidade preferida dos modos da invenção, a etapa (a) compreende fornecer uma amostra de soro de um indivíduo a ser testado e/ou a etapa (b) compreende medir na amostra a expressão da proteína ou polipeptídeo de um ou mais biomarcador (es) . Assim, uma assinatura de biomarcador para a amostra pode ser determinada ao nível da proteína.
[00177] Em uma tal modalidade, a etapa (b) , (d) e/ou
etapa (f) pode ser realizada utilizando um ou mais
primeiros agentes de ligação capazes de se ligar a um
biomarcado r (isto é, proteína) listado na Tabela A. Será
observado por especialistas na técnica que o primeiro agente de ligação pode compreender ou consistir em uma espie única com especificidade para um dos biomarcadores de proteína ou uma pluralidade de espécies diferentes, cada uma com especificidade para um biomarcador de proteína diferente.
[00178] Agentes de ligação adequados (também referidos como moléculas de ligação) podem ser selecionados de uma biblioteca, com base na sua capacidade de se ligarem a uma dada molécula-alvo, como discutido abaixo.
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47/269 [00179] Em uma modalidade preferida, pelo menos um tipo de agente de ligação, e mais tipicamente todos os tipos, pode compreender ou consistir em um anticorpo ou fragmento de ligação ao antígeno da mesma, ou uma sua variante.
[00180] Os métodos para a produção e utilização de anticorpos são bem conhecidos na técnica, por exemplo, ver Antibodies: A Laboratory Manual, 1988, Harlow & Lane, Cold Spring Harbor Press, ISBN 13: 978-0879693145, Using Antibodies: A Laboratory Manual, 1998, Harlow & Lane, Cold Spring Harbor Press, ISBN-13: 978-0879695446 e Making and Using Antibodies: A Practical Handbook, 2006, Howard e Kaser, CRC Press, ISBN-13: 978-0849335280 (cujas revelações são incorporadas aqui por referência).
[00181] Assim, um fragmento pode conter um ou mais dos domínios variáveis pesados (Vh) ou variáveis leves (Vl) . Por exemplo, o termo fragmento de anticorpo inclui moléculas semelhantes a Fab (Better et al. (1988) Science 240, 1041); moléculas de Fv (Skerra et al. (1988) Science 240, 1038); moléculas de Fv de cadeia simples (scFv) em que os domínios parceiros Vh e Vl estão ligados através de um oligopeptídeo flexível (Bird et al (1988) Science 242, 423; Huston et al (1988) Proc. Natl. Acad. Scl. USA 85, 5879) e anticorpos de domínio único (cLAbs) compreendendo domínios V isolados (Ward et al (1989) Nature 341, 544) .
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48/269 [00182] Por exemplo, o(s) agente(s) de ligação pode(m) ser moléculas scFv.
[00183] O termo variante de anticorpo inclui quaisquer anticorpos sintéticos, anticorpos recombinantes ou híbridos de anticorpos, tais como, mas não limitados a, uma molécula de anticorpo de cadeia única produzida por exibição de fagos de regiões variáveis e/ou constantes de cadeia leve e/ou imunoglobulina, ou outra molécula imunointerativa capaz de se ligar a um antígeno em um formato de imunoensaio que é conhecido dos especialistas na técnica.
[00184] Uma revisão geral das técnicas envolvidas na síntese de fragmentos de anticorpos que retêm os seus locais de ligação específicos pode ser encontrada em Winter & Milstein (1991) Nature 349, 293 a 299.
[00185] Bibliotecas moleculares, tais como bibliotecas de anticorpos (Clackson et ai, 1991, Nature 352, 624 a 628; Marks et al, 1991, J Mol Biol 222 (3) : 581 a 597) , bibliotecas de pépeptídeos (Smith, 1985, Science 228 (4705): 1.315 a 1.317), bibliotecas de cDNA expressas (Santi et al. (2000) J Mol Biol 296 (2) : 497 a 508) , bibliotecas de esqueletos diferentes da estrutura de anticorpo tal como os afins (Gunneriusson et al, 1999, Appl Environ Microbiol 65 (9): 4.134 a 4.140) ou bibliotecas baseadas em aptâmeros (Kenan et al., 1999, Methods Mol Biol
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118, 217 a 231) podem ser utilizadas como uma fonte a partir da qual moléculas de ligação que são especificas para um dado motivo são selecionados para utilização nos métodos da invenção.
[00186] Convenientemente, o(s) agente(s) de ligação pode(m) ser imobilizado(s) em uma superfície (por exemplo,
em uma placa ou matriz de poços múltiplos); veja o exemplo
abaixo •
[ 00187] Em uma modalidade dos métodos da invenção, a
etapa (b) , (d) e/ou etapa (f) é realizada utilizando um
ensaio compreendendo um segundo agente de ligação capaz de se ligar ao um ou mais biomarcadores, compreendendo o segundo agente de ligação uma porção detectável. Por exemplo, um agente de ligação imobilizado (primeiro) pode ser utilizado inicialmente para capturar o biomarcador de proteína na superfície de uma micromatriz e, depois, pode ser utilizado um segundo agente de ligação para detectar a proteína aprisionada.
[00188] O segundo agente de ligação pode ser como descrito acima em relação ao (primeiro) agente de ligação, tal como um anticorpo ou seu fragmento de ligação ao antígeno.
[00189] Será observado por pessoa especializada que o um ou mais biomarcadores (por exemplo, proteínas) na amostra de teste podem ser marcados com uma porção
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50/269 detectável, antes de realizar a etapa (b) . Do mesmo modo, um ou mais biomarcadores na(s) amostra(s) de controle podem ser marcados com uma porção detectável.
[00190] Alternativamente, ou adicionalmente, o primeiro e/ou segundo agentes de ligação podem ser marcados com uma porção detectável.
[00191] Por uma porção detectável, incluímos o significado de que a porção é uma que pode ser detectada e a quantidade relativa e/ou a localização da fração (por exemplo, a localização em uma matriz) podem ser determinadas.
[00192] Porções detectáveis adequadas são bem conhecidas na técnica. Por exemplo, a porção detectável pode ser selecionada do grupo que consiste em: uma porção fluorescente; uma porção luminescente; uma porção quimioluminescente; uma porção radioativa; uma porção enzimática.
[00193] Em uma modalidade preferida, a porção detectável é biotina.
[00194] Assim, a porção detectável pode ser uma porção fluorescente e/ou luminescente e/ou quimioluminescente que, quando exposta a condições específicas, pode ser detectada. Por exemplo, uma porção fluorescente pode necessitar de ser exposta a radiação (isto é, luz) a um comprimento de onda e intensidade específicos para causar excitação da porção
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51/269 fluorescente, permitindo deste modo emitir fluorescência detectável a um comprimento de onda específico que pode ser detectado.
[00195] Alternativamente, a porção detectável pode ser uma enzima que é capaz de converter um substrato (preferivelmente indetectável) em um produto detectável que pode ser visualizado e/ou detectado. Exemplos de enzimas adequadas são discutidos em maior detalhe abaixo em relação, por exemplo, a ensaios de ELISA.
[00196] Em uma outra alternativa, a porção detectável pode ser um átomo radioativo que é útil em imagiologia. Átomos radioativos adequados incluem 99mTc e 123I para estudos cintilográficos. Outras porções facilmente detectáveis incluem, por exemplo, marcadores de spin para imagiologia de ressonância magnética (MRI), tais como 123I, novamente, 131I, 171Ιη, 19F, 13C, 15N, 170, gadolínio, manganês ou ferro. Claramente, o agente a ser detectado (tal como, por exemplo, o um ou mais biomarcadores na amostra de teste e/ou amostra de controle aqui descrita e/ou uma molécula de anticorpo para uso na detecção de uma proteína selecionada) deve ter o suficiente dos isótopos atômicos apropriados para que a porção detectável seja facilmente detectável.
[00197] Ensaios preferidos para a detecção de proteínas séricas ou plasmáticas incluem ensaios imunoenzimátgicos (ELISA), radioimunoensaio (RIA), ensaios
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52/269 imunoradiométricos (IRMA) e ensaios imunoenzimáticos (IEMA), incluindo ensaios em sanduíche utilizando anticorpos monoclonais e/ou policlonais. Exemplos de ensaios em sanguíche são descritos por David et al. Nas Patentes números US 4.376.110 e 4.486.530, aqui incorporadas por referência. A coloração de anticorpos de células em lâminas pode ser utilizada em modos bem conhecidos em testes de diagnóstico laboratoriais de citologia, bem conhecidos dos especialistas na técnica.
[00198] Convenientemente, o ensaio é um ELISA (Ensaio de Imunoadsorção Enzimática) que envolve tipicamente o uso de enzimas dando um produto de reação colorido, usualmente em ensaios de fase sólida. Enzimas como a peroxidase de rábano e a fosfatase têm sido amplamente empregadas. Uma maneira de amplificar a reação da fosfatase é usar o NADP como substrato para gerar o NAD, que agora atua como uma coenzima para um segundo sistema enzimático. A pirofosfatase de Escherichia coii fornece um bom conjugado porque a enzima não está presente nos tecidos, é estável e dá uma boa cor de reação. Sistemas quimiluminescentes baseados em enzimas como a luciferase também podem ser usados.
[00199] Os métodos de ELISA são bem conhecidos na técnica, por exemplo, ver The ELISA Guidebook (Methods in Molecular Biology), 2000, Crowther, Humana Press, ISBN-13:
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978-0896037281 (cuja revelação é incorporada por referência).
[00200] Alternativamente, a conjugação com a vitamina biotina é frequentemente utilizada, uma vez que esta pode ser prontamente detectada pela sua reação com a avidina ou estreptavidina ligada à enzima à qual se liga com grande especificidade e afinidade.
[00201] Em uma modalidade preferida, a etapa (b) , (d) e/ou a etapa (f) pode ser realizada utilizando uma matriz.
[00202] As matrizes, per se, são bem conhecidas na técnica. Tipicamente, eles são formados por uma estrutura linear ou bidimensional tendo regiões (pontos) separadas (isto é, distintas) cada uma tendo uma área finita, formada na superfície de um suporte sólido. Uma matriz também pode ser uma estrutura de esferas, onde cada esfera pode ser identificada por um código molecular ou código de cores ou identificada em um fluxo contínuo. A análise também pode ser realizada sequencialmente, onde a amostra é passada por uma série de pontos, cada um absorvendo a classe de moléculas da solução. O suporte sólido é tipicamente vidro ou um polímero, sendo os polímeros mais vulgarmente utilizados celulose, poliacrilamida, nylon, poliestireno, cloreto de polivinila ou polipropileno. Os suportes sólidos podem estar na forma de tubos, esferas, discos, chips de silício, microplacas, membrana de difluoreto de
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54/269 polivinilideno (PVDF), membrana de nitrocelulose, membrana de nylon, outra membrana porosa, membrana não porosa (por exemplo, plástico, polímero, perspex, silício entre outros), uma pluralidade de pinos poliméricos, ou uma pluralidade de poços de microtitulação, ou qualquer outra superfície adequada para imobilizar proteínas, polinucleotídeos e outras moléculas adequadas e/ou conduzir um imunoensaio. Os processos de ligação são bem conhecidos na técnica e consistem geralmente em reticulação de ligação covalente ou adsorção física de uma molécula de proteína, polinucleotídeo ou semelhante ao suporte sólido. Utilizando técnicas bem conhecidas, como impressão de contato ou sem contato, mascaramento ou fotolitografia, a localização de cada ponto pode ser definida. Para revisões, veja Jenkins, RE, Pennington, SR (2001, Proteomics, 2, 13-29) e Lal et al (2002, Drug Discov Today 15; 7 (18 Suppl): S143-9).
[00203] Normalmente, a matriz é uma micromatriz. Por micromatriz inclui-se o significado de uma matriz de regiões que têm uma densidade de regiões distintas de, pelo menos, cerca de 100/cm2, e de preferência pelo menos cerca de 1.000/cm2. As regiões em uma micromatriz têm dimensões típicas, por exemplo, diâmetros, na faixa de cerca de 10 a 250 pm, e são separadas de outras regiões na matriz por aproximadamente a mesma distância. A matriz também pode ser um macromatriz ou um nanomatriz.
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55/269 [00204] Uma vez que as moléculas de ligação adequadas (discutidas acima) tenham sido identificadas e isoladas, o perito pode fabricar uma matriz utilizando métodos bem conhecidos na técnica da biologia molecular.
[00205] Exemplos de formatos de matriz são descritos abaixo no Exemplo e nas referências ai citadas; por exemplo, ver Steinhauer et al., 2002; Wingren e Borrebaeck, 2008; Wingren et al. , 2005, Delfani et al. , 2016 (cuja divulgação é aqui incorporada por referência).
[00206] Assim, em uma modalidade exemplificativa , o
método compreende:
[00207] (i) marcar biomarcadores presentes na amostra
(por exemplo, soro) com biotina;
[00208] (ii) contatar as proteínas marcadas com
biotina com uma matriz compreendendo uma pluralidade de
scFv imobilizados em locais distintos sobre a sua
superfície, o scFv possuindo especificidade para uma ou mais das proteínas na Tabela A;
[00209] (iii) contatar as proteínas marcadas com biotina (imobilizadas sobre o scFv ligado à superfície), com um conjugado de estreptavidina que compreende um corante fluorescente; e [00210] (iv) detectar a presença do corante em locais distintos na superfície da matriz [00211] em que a expressão do corante na superfície da
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56/269 matriz é indicativa da expressão de um biomarcador da Tabela A na amostra.
[00212] Em uma modalidade alternativa, a etapa (b) , (d) e/ou (f) compreende medir a expressão de uma molécula de ácido nucleico que codifica o um ou mais biomarcadores.
[00213] A molécula de ácido nucleico pode ser um intermediário de expressão genética ou um seu derivado, tal como um mRNA ou cDNA.
[00214] Assim, a medição da expressão de um ou mais biomarcadores na etapa (b), (d) e/ou (f) pode ser realizada utilizando um modo selecionado do grupo consistindo em hibridização Southern, hibridização Northern, reação em cadeia pela polimerase. (PCR), PCR de transcriptase reversa (RT-PCR), PCR quantitativo em tempo real (qRT-PCR), nanomatriz, micromatriz, macromatriz, autorradiografia e hibridização in sítu.
[00215] Por exemplo, a medição da expressão de um ou mais biomarcadores na etapa (b) , (d) e/ou (f) pode ser realizada utilizando uma ou mais porções de ligação, cada uma individualmente capaz de se ligar seletivamente a uma molécula de ácido nucleico que codifica um dos biomarcadores identificados na Tabela A.
[00216] Convenientemente, cada uma dentre a uma ou mais porções de ligação compreende ou consiste em uma molécula de ácido nucleico, tal como DNA, RNA, PNA, LNA,
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GNA, TNA ou PMO.
[00217] Vantajosamente, a uma ou mais porções de ligação têm 5 a 100 nucleótidos de comprimento. Por exemplo, 15 a 35 nucleotídeos de comprimento.
[00218] Será observado que as porções de ligação baseadas em ácido nucleico podem compreender uma porção detectável.
[00219] Assim, a porção detectável pode ser selecionada do grupo que consiste em: uma porção fluorescente; uma porção luminescente; uma porção quimioluminescente; uma porção radioativa (por exemplo, um átomo radioativo); ou uma porção enzimática.
[00220] Alternativamente ou adicionalmente, a porção detectável pode compreender ou consistir em um átomo radioativo, por exemplo, selecionado do grupo que consiste em tecnécio-99m, iodo-123, iodo-125, iodo-131, índio-111, flúor-19, carbono-13, nitrogênio-15, oxigênio-17, fósforo32, enxofre-35, deutério, trítio, rênio-186, rênio-188 e ítrio-90.
[00221] Alternativamente ou adicionalmente, a porção detectável da porção de ligação pode ser uma porção fluorescente.
[00222] Em uma outra modalidade, a molécula de ácido nucleico é uma molécula de DNA tumoral circulante (ctDNA).
[00223] Os métodos adequados para detectar o ctDNA
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58/269 estão agora bem estabelecidos; por exemplo, ver Lewis et al. , 2016, Mundo J Gastroenterol. 22(32): 7.175 a 7.185 e referências citadas no mesmo (cujas divulgações são aqui incorporadas por referência).
[00224] Como detalhado acima, a amostra fornecida na etapa (a) (e/ou na etapa (c) e/ou (e)) pode ser selecionada do grupo consistindo em sangue não fracionado, plasma, soro, fluido tecidular, tecido pancreático, leite, bile e urina.
[00225] Convenientemente, a amostra fornecida na etapa (a), (c) e/ou (e) é soro.
[00226] Por seleção apropriada de alguns ou de todos os biomarcadores na Tabela A, opcionalmente em conjunção com um ou mais biomarcadores adicionais, os métodos da invenção exibem alta precisão preditiva para o diagnóstico de câncer pancreático.
[00227] Assim, a precisão preditiva do método, conforme determinado por um valor ROC AUC, pode ser pelo menos 0,50, por exemplo, pelo menos 0,55, 0,60, 0,65, 0,70, 0,75, 0, 80, 0, 85, 0, 90, 0, 95, 0, 96, 0, 97, 0, 98 ou pelo menos 0,99.
[00228] Assim, em uma modalidade, a precisão preditiva do método, conforme determinado por um valor ROC AUC, é pelo menos 0,90.
[00229] Nos métodos da invenção, os dados brutos
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59/269 obtidos na etapa (b) (e/ou na etapa (d) e/ou (e) ) são submetidos a um ou mais etapas de análise antes de o diagnóstico ser alcançado. Por exemplo, os dados brutos podem precisar ser padronizados em relação a um ou mais valores de controle (isto é, normalizados).
[00230] Normalmente, o diagnóstico é realizado usando uma máquina de vetor de suporte (SVM), como as disponíveis em http://cran.r-project.org/web/packages/el071/index.html (por exemplo, el071 1.5-24) . Contudo, qualquer outro meio adequado pode também ser usado.
[00231] Máquinas de vetores de suporte (SVMs) são um conjunto de métodos de aprendizado supervisionados relacionados usados para classificação e regressão. Dado um conjunto de exemplos de treinamento, cada um marcado como pertencente a uma das duas categorias, um algoritmo de treinamento de SVM constrói um modelo que prevê se um novo exemplo se enquadra em uma ou outra categoria. Intuitivamente, um modelo de SVM é uma representação dos exemplos como pontos no espaço, mapeados de forma que os exemplos das categorias separadas sejam divididos por uma lacuna clara que seja o mais ampla possível. Novos exemplos
são então mapeados no mesmo espaço e previstos para
pertencer a uma categoria com base em qual lado da lacuna
eles caem.
[00232] Mais formalmente, uma máquina de vetores de
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60/269 suporte constrói um hiperplano ou conjunto de hiperplanos em um espaço de alta ou infinita dimensão, que pode ser usado para classificação, regressão ou outras tarefas. Intuitivamente, uma boa separação é alcançada pelo hiperplano que possui a maior distância até os pontos de dados de treinamento mais próximos de qualquer classe (a chamada margem funcional), pois em geral quanto maior a margem menor o erro de generalização do classificador. Para obter mais informações sobre SVMs, consulte, por exemplo, Burges, 1998, Data Mining e Knowledge Discovery, 2: 121 a 167 .
[00233] Em uma modalidade da invenção, o SVM é 'treinado' antes de executar os métodos da invenção usando perfis de biomarcadores de indivíduos com estado de doença conhecido (por exemplo, indivíduos conhecidos por terem câncer pancreático, indivíduos conhecidos por terem pancreatite inflamatória aguda, indivíduos conhecido por ter pancreatite crônica ou indivíduos conhecidos por serem saudáveis). Ao executar essas amostras de treinamento, o SVM é capaz de aprender quais perfis de biomarcadores estão associados ao câncer de pâncreas. Uma vez concluído o processo de treinamento, o SVM pode então determinar se a amostra do biomarcador testada é ou não de um indivíduo com câncer pancreático.
[00234] No entanto, este procedimento de treinamento
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61/269 pode ser ignorado pré-programando o SVM com os parâmetros de treinamento necessários. Por exemplo, os diagnósticos podem ser realizados de acordo com os parâmetros conhecidos da SVM usando o algoritmo SVM detalhado na Tabela 6, com base na medição de qualquer um ou de todos os biomarcadores listados na Tabela A.
[00235] Será observado por pessoas habilitadas que os parâmetros SVM adequados podem ser determinados para qualquer combinação dos biomarcadores listados na Tabela A através do treino de uma máquina SVM com a seleção apropriada de dados (isto é, medições de biomarcadores de indivíduos com estado de câncer pancreático conhecido). Alternativamente, os dados dos Exemplos e Figuras podem ser utilizados para determinar um estado particular de doença associada a câncer pancreático de acordo com qualquer outro método estatístico adequado conhecido na técnica.
[00236] De preferência, o método da invenção tem uma
precisão de pelo menos 60%, por exemplo, 61%, 62%, 63%,
64%, 65%, 66%, 67%, 68%, 69%, 70%, 71%, 72%, 73%, 74%, 75%,
76%, 77%, 78%, 79%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%,
88 %, 89% , 90%, 91%, 92% , 93%, 94% , 95%, 96% , 97% , 98%, 99%
ou 100% de precisão.
[00237] De um modo preferido, o modo da invenção tem uma sensibilidade de pelo menos 60%, por exemplo, 61%, 62%, 63%, 64%, 65%, 66%, 67%, 68%, 69%, 70%, 71%., 72%, 73%,
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74%, 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%
86%, 87%, 88 %, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%
97%, 98%, 99% ou 100% de sensibilidade.
[00238] Preferivelmente, o método da invenção tem uma
especificidade de pelo menos 60%, por exemplo, 61%, 62%
63%, 64%, 65%, 66%, 67%, 68%, 69%, 70%, 71%, 72%, 73%, 74%
75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%
87%, 88 %, 89% , 90%, 91%, 92 %, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%
98%, 99% ou 100 % de especifici dade.
[00239] Po r precisão entende-se a proporção d
resultados corretos de um método, por sensibilidade entendemos a proporção de todas as amostras positivas para câncer pancreático que são corretamente classificadas como positivas e por especificidade entendemos a proporção de todas as amostras negativas para câncer pancreático que são corretamente classificadas como negativas.
[00240] Intensidades de sinal podem ser quantificadas utilizando qualquer meio adequado conhecido pelo perito, por exemplo, utilizando Matriz-Pro (Media Cybernetics). Os dados de intensidade de sinal podem ser normalizados (isto é, para ajustar a variação técnica). A normalização pode ser realizada utilizando qualquer método adequado conhecido do especialista. Alternativamente ou adicionalmente, os dados são normalizados usando o algoritmo Bayes empírico ComBat (Johnson et al., 2007).
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63/269 [00241] Uma análise estatística adicional dos dados refinados pode ser realizada utilizando métodos bem conhecidos na técnica, tais como PCA, cálculo de valor q por ANOVA e/ou cálculo de alteração de dobragem no Qlucore Omics Explorer.
[00242] Como descrito acima, um primeiro conjunto de dados ('treinamento') pode ser usado para identificar uma combinação de biomarcadores, por exemplo, da Tabela A, para servir como uma assinatura de biomarcador para o diagnóstico de câncer de pâncreas. A análise matemática do conjunto de dados de treinamento pode ser realizada usando algoritmos conhecidos (como um algoritmo de eliminação retrógrada ou BE) para determinar as assinaturas de biomarcadores mais adequadas. A precisão preditiva de uma determinada combinação de biomarcador (assinatura) pode então ser verificada em relação a um novo conjunto de dados ('verificação'). Tal metodologia é descrita em detalhes no Exemplo.
[00243] Será observado pelos versados na técnica que o(s) indivíduo(s) testado(s) pode(m) ser de qualquer etnia ou origem geográfica. Alternativamente, o(s) indivíduo(s) testado(s) pode(m) ser de uma subpopulação definida, por exemplo, com base na etnia e/ou origem geográfica. Por exemplo, o(s) indivíduo(s) testado(s) pode(m) ser caucasiano(s) e/ou chinês(es) (por exemplo, etnia Han).
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64/269 [00244] Tipicamente, a(s) amostra(s) fornecida(s) na etapa (a) , (c) e/ou (e) são fornecidas antes do tratamento do câncer pancreático (por exemplo, resseção, quimioterapia, radioterapia).
[00245] Em uma modalidade, o(s) indivíduo(s) a ser(em) testado(s) sofrem de uma ou mais condições selecionadas do grupo consistindo em pancreatite crônica, adenocarcinoma ductal pancreático hereditário e síndrome de Peutz-Jeghers.
[00246] O câncer pancreático a ser diagnosticado pode ser selecionado do grupo que consiste em adenocarcinoma, carcinoma adeno-escamoso, carcinoma de células em anel de sinete, carcinoma hepatoide, carcinoma coloide, carcinoma indiferenciado e carcinomas indiferenciados com células gigantes semelhantes a osteoclastos. De preferência, o câncer pancreático é um adenocarcinoma pancreático. Mais preferencialmente, o câncer pancreático é o adenocarcinoma do duto pancreático, também conhecido como câncer pancreático exócrino.
[00247] Uma modalidade preferida do primeiro aspecto da invenção inclui a etapa adicional, após o diagnóstico positivo do indivíduo com um câncer pancreático, de fornecer ao indivíduo uma terapia de câncer pancreático.
[00248] Assim, um aspecto relacionado da invenção proporciona um método de tratamento de um indivíduo com um câncer pancreático compreendendo as seguintes etapas:
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65/269 [00249] (a) diagnosticar um indivíduo como tendo um câncer pancreático utilizando um modo de acordo com o primeiro aspecto da invenção; e [00250] (b) tratar o indivíduo assim diagnosticado com uma terapia de câncer pancreático (por exemplo, ver Thota et al., 2014, Oncology 28 (1): 70-4, cujas revelações são aqui incorporadas por referência).
[00251] A terapia do câncer pancreático pode ser selecionada do grupo que consiste em cirurgia, quimioterapia, imunoterapia, quimioimunoterapia, termochemoterapia, radioterapia e combinações destas. Por exemplo, a terapia do câncer pancreático pode ser quimioterapia AC; Quimioterapia com capecitabina e docetaxel (Taxotere ®); Quimioterapia CMF; Ciclofosfamida; Quimioterapia com EC; Quimioterapia com ECF; Quimioterapia E-CMF (Epi-CMF); Eribulina (Halaven®); Quimioterapia EEC; Quimioterapia com FEC-T; Fluorouracil (5FU); Quimioterapia GemCarbo; Gemcitabina (Gemzar ®) ; Quimioterapia com gemcitabina e cisplatina (GemCis ou GemCisplat); Quimioterapia com GemTaxol; Idarubicina (Zavedos ®) ; Doxorrubicina lipossomal (DaunoXome ®) ; Mitomicina (Mitomicina C Kyowa®); Mitoxantrona; Quimioterapia MM; Quimioterapia MMM; Paclitaxel (Taxol®); Quimioterapia com TAC; Taxoterapia e quimioterapia com ciclofosfamida (TC) ; Vinblastina (Velbe ®) ; Vincristina (Oncovin ®) ; Vindesina
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66/269 (Eldisine ®); e Vinorelbina (Navelbine ®).
[00252] Consequentemente, um outro aspecto da invenção proporciona um agente antineoplásico (ou uma sua combinação) para utilização no tratamento do câncer pancreático em que o seu regime de dosagem é determinado com base nos resultados do método do primeiro aspecto da invenção.
[00253] Um aspecto relacionado da invenção proporciona a utilização de um agente antineoplásico (ou combinação destes) no tratamento do câncer pancreático em que o seu regime de dosagem é determinado com base nos resultados do método do primeiro aspecto da invenção.
[00254] Um outro aspecto relacionado da invenção proporciona a utilização de um agente antineoplástico (ou sua combinação) na fabricação de um medicamento para o tratamento do câncer pancreático em que o seu regime de dosagem é determinado com base nos resultados do modo do primeiro aspecto da invenção.
[00255] Assim, a presente invenção também proporciona um método de tratamento do câncer pancreático compreendendo administrar a um paciente uma quantidade eficaz de um agente antineoplástico (ou sua combinação) em que a quantidade de agente antineoplástico (ou sua combinação) eficaz para tratar o câncer pancreático é determinada com base nos resultados do método do primeiro aspecto da
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67/269 invenção .
[00256] Em uma modalidade, o agente antineoplásico compreende ou consiste em um agente alquilante (código ATC LOla), um antimetabólito (código ATC LOlb), um alcalóide vegetal ou outro produto natural (códio ATC LOlc), um antibiótico citotóxico ou uma substância relacionada (ATC código LOld) , ou outro agente antineoplásico (código ATC LOlx) .
[00257] Assim, em uma modalidade, o agente antineoplástico compreende ou consiste em um agente alquilante selecionado do grupo consistindo em um análogo de mostarda de nitrogênio (por exemplo, ciclofosfamida, clorambucila, melfalano, clormetina, ifosfamida, trofosfamida, prednimustina ou bendamustina) um sulfonato de alquila (por exemplo, busulfan, treosulfan ou manosulfan) uma etilenimina (por exemplo, tiotepa, triaziquona ou carboquona) uma nitrosoureia (por exemplo, carmustina, lomustina, semustina, estreptozocina, fotemustina, nimustina ou ranimustina) , epóxidos (por exemplo, etoglucido) ou outro agente alquilante (Código ATC LOlax, por exemplo, mitobronitol, pipobroman, temozolomida ou dacarbazina).
[00258] Em outra modalidade, o agente antineoplástico compreende ou consiste em um antimetabolito selecionado do grupo consistindo em um análogo de ácido fólico (por
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68/269 exemplo, metotrexato, raltitrexedo, pemetrexedo ou pralatrexato), um análogo de purina (por exemplo, mercaptopurina, tioguanina, cladribina, fludarabina, clofarabina ou nelarabina) ou um análogo de pirimidina (por exemplo, citarabina, fluorouracilo (5-FU), tegafur, carmofur, gemcitabina, capecitabina, azacitidina ou decitabina).
[00259] Ainda em uma outra modalidade, o agente antineoplásico compreende ou consiste em um alcalóide de planta ou outro produto natural selecionado do grupo consistindo em um alcalóide de vinca ou um análogo de alcalóide de vinca (por exemplo, vinblastina, vincristina, vindesina, vinorelbina ou vinflunina), um derivado de podofilotoxina (por exemplo, etoposido ou teniposido) um derivado de colquicina (por exemplo, demecolcina), um taxano (por exemplo, paclitaxel, docetaxel ou paclitaxel poliglumex) ou outros alcalóides de plantas ou produto natural (código ATC LOlcx, por exemplo, trabectedina).
[00260] Em uma modalidade, o agente antineoplástico compreende ou consiste em um antibiótico citotóxico ou substância relacionada selecionada do grupo consistindo em uma actinomicina (por exemplo, dactinomicina), uma antraciclina ou substância relacionada (por exemplo, doxorrubicina, daunorrubicina, epirrubicina, aclarubicina, zorubicina, idarrubicina, mitoxantrona, pirarubicina,
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69/269 valrubicina, amrubicina ou pixantrona) ou outra (cigo ATC LOldc, por exemplo, bleomicina, plicamicina, mitomicina ou ixabepilona).
[00261] Em uma modalidade adicional, o agente antineoplástico compreende ou consiste em um agente antineoplástico selecionado do grupo que consiste em um composto de platina (por exemplo, cisplatina, carboplatina, oxaliplatina, satetraplatina ou poliplatileno) uma metilhidrazina (por exemplo, procarbazina) um anticorpo monoclonal (por exemplo, edrecolomab rituximabe, trastuzumabe, alemtuzumabe, gantuzumabe, cetuximabe, bevacizumabe, panitumumabe, catumaxomabe ou ofatumumabe) um sensibilizador usado em terapia fotodinâmica/radioterapia (por exemplo, porfímero sódico, metilaminolevulinato, ácido aminolevulínico, temoporfina ou efaproxiral) ou um inibidor de proteína quinase (por exemplo: imatinib, gefitinib, erlotinib, sunitinib, sorafenib, dasatinib, lapatinib, nilotinib, temsirolimus, everolimus, pazopanib, vandetanib, afatinib, masitinib ou toceranib).
[00262] Ainda em uma outra modalidade, o agente antineoplásico compreende ou consiste em um agente antineoplásico selecionado do grupo que consiste em amsacrina, asparaginase, altretamina, hidroxicarbamida, lonidamina, pentostatina, miltefosina, masoprocol, estramustina, tretinoína, mitoguazona, topotecano,
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70/269 tiazofurina, irinotecano (camptosar), alitretinoina, mitotano, pegaspargase, bexaroteno, trióxido de arsênio, denileucina diftitox, bortezomib, celecoxib, anagrelida, oblimersen, ceradenovec sitimagene, vorinostat, Romidepsin, mepesuccinato omacetaxina, eribulina ou ácido folinico.
[00263] Em uma modalidade, o agente antineoplástico compreende ou consiste em uma combinação de um ou mais agentes antineoplásticos, por exemplo, um ou mais agentes antineoplásticos aqui definidos. Um exemplo de uma terapia combinada usada no tratamento do câncer de pâncreas é o FOLFIRINOX, que é composto das quatro drogas a seguir:
[00264] · FOL - ácido folinico (leucovorina);
[00265] · F - fluorouracila (5-FU);
[00266] · IRIN - irinotecano (Camptosar); e [00267] · OX - oxaliplatina (Eloxatin).
[00268] Assim, combinando certas modalidades opcionais dos métodos acima descritos, a invenção pode proporcionar um método para diagnosticar e tratar o adenocarcinoma pancreático (por exemplo, estágio I ou II) em um indivíduo, o referido método compreendendo:
[00269] (a) obtenção ou fornecimento de uma amostra de soro ou plasma para um paciente humano;
[00270] (b) detectar se um ou mais (por exemplo, todos) dos biomarcadores de proteína da Tabela A está/estão presentes na amostra (por exemplo, pondo em contato a
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71/269 amostra com um ou mais anticorpos, ou seus fragmentos de ligação ao antígeno, cada um tendo especificidade para um dos biomarcadores e detecção da ligação dos referidos anticorpos ou fragmentos aos referidos biomarcadores);
[00271] (c) diagnosticar o paciente com adenocarcinoma pancreático (por exemplo, estágio I ou II) com base na quantidade de um ou mais biomarcadores de proteína na amostra; e [00272] (d) administrar uma quantidade eficaz de um agente quimioterapêutico (por exemplo, gemcitabina) ao doente diagnosticado e/ou remover cirurgicamente o pâncreas, no todo ou em parte, e/ou administrar radioterapia.
[00273] Será observado que a etapa (b) pode, por exemplo, compreender a determinação da presença e/ou quantidade na amostra de todos os biomarcadores listados na Tabela A (excluindo IL-6 e GEM) juntamente com Clq. Esta etapa pode compreender a utilização de uma matriz, como aqui descrito, por exemplo, compreendendo uma pluralidade de scFv possuindo especificidade os biomarcadores imobilizados na superfície de uma placa de matriz.
[00274] Será observado que a etapa (c) pode compreender uma ou mais investigações clínicas adicionais (tais como testar uma amostra de biopsia e/ou imagiologia in vivo do paciente) para confirmar ou estabelecer o
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72/269 diagnóstico .
[00275] Será observado que a etapa (d) pode compreender a administração de combinações de agente quimioterapêutico e/ou cirurgia e/ou radioterapia.
[00276] Em uma modalidade preferida, o doente é diagnosticado com adenocarcinoma pancreático ressecável (por exemplo, estágio I ou II) e a etapa (d) compreende a remoção cirúrgica do pâncreas total ou parcialmente (por exemplo, utilizando o procedimento de Whipple para remover a cabeça do pâncreas ou pancreatectomia total) combinada com quimioterapia (por exemplo, gemcitabina e/ou 5fluorouracila). Será observado que a quimioterapia pode ser administrada antes e/ou após a cirurgia.
[00277] Em uma modalidade, tais métodos permitem o diagnóstico de adenocarcinoma pancreático em estágio inicial antes da apresentação fenotípica da doença (isto é, antes que ocorram sintomas clínicos observáveis). Assim, os métodos podem ser usados para diagnosticar o adenocarcinoma de pâncreas em pacientes assintomáticos, especialmente aqueles com alto risco de desenvolver câncer de pâncreas, tais como aqueles com histórico familiar da doença, fumantes, obesos, diabéticos e indivíduos com pancreatite crônica, infecção crônica por hepatite B, colelitíase e/ou uma predisposição genética associada (por exemplo, síndrome de Peutz-Jeghers, síndroma familiar múltiplo atípico de
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73/269 melanoma molecular, sindrome de Lynch, mutações no BRCA1 e/ou mutações no BRCA2). 0 monitoramento efetivo desses indivíduos de alto risco pode permitir o diagnóstico inicial do adenocarcinoma pancreático e, assim, aumentar consideravelmente as chances de sobrevivência.
[00278] Outro aspecto da invenção proporciona um método para tratar um estado de doença associado a câncer pancreático em um indivíduo compreendendo ou consistindo em administrar uma terapia de câncer pancreático a um indivíduo, em que o referido indivíduo tem uma assinatura de biomarcador da presente invenção, indicando a presença do estado de doença associado ao câncer pancreático no indivíduo. A terapia do câncer pancreático pode ser resseção, quimioterapia e/ou radioterapia. Em uma modalidade, a terapia do câncer pancreático compreende a administração de pelo menos um agente antineoplástico, como aqui descrito acima.
[00279] O método pode ainda compreender (por exemplo, antes do tratamento) medir a presença e/ou quantidade em uma amostra de teste de um ou mais biomarcadores selecionados do grupo definido na Tabela A (por exemplo, todos os biomarcadores na Tabela A). O método pode compreender a determinação de uma assinatura de biomarcador de uma amostra de teste do indivíduo (por exemplo, antes do tratamento), como descrito acima.
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74/269 [00280] Outro aspecto da invenção fornece um método para a detecção de uma assinatura biomarcador de significado clinico /por exemplo, de valor de diagnóstico e/ou prognóstico) ou de uma amostra biológica (por exemplo, uma amostra de soro), o método compreendendo as etapas (a) e (b) como definido acima em relação ao primeiro aspecto da invenção. De preferência, a assinatura do biomarcador compreende ou consiste em todos os biomarcadores na Tabela A.
[00281] Um outro aspecto da invenção proporciona uma matriz para diagnóstico ou determinação de um estado de doença associado a câncer pancreático em um indivíduo compreendendo um agente ou agentes (tal como qualquer um dos agentes de ligação acima descritos) para detectar a presença em uma amostra de um ou mais dos biomarcadores definidos na Tabela A.
[00282] Assim, o conjunto é adequado para realizar um método de acordo com o primeiro aspecto da invenção.
[00283] A série compreende um ou mais agentes de ligação capazes (individual ou coletivamente) de ligação a um ou mais dos biomarcadores definidos na Tabela A, quer ao nível da proteína quer ao nível do ácido nucleico.
[00284] Em uma modalidade preferida, a série compreende um ou mais anticorpos, ou seus fragmentos de ligação ao antígeno, capazes (individual ou coletivamente)
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75/269 de ligação a um ou mais dos biomarcadores definidos na Tabela A ao nível da proteína. Por exemplo, a matriz pode compreender moléculas scFv capazes (coletivamente) de se ligarem a todos os biomarcadores definidos na Tabela A ao nível da proteína.
[00285] Em uma modalidade alternativa, o conjunto compreende um ou mais anticorpos, ou seus fragmentos de ligação ao antígeno, capazes (individual ou coletivamente) de ligação aos seguintes biomarcadores:
[00286] DLG1, PRKCZ, VEGF, C3, C1INH, IL-4, ΙΕΝγ, C5, PTK6, CHP1, APLF, CAMK4, MAGI, MARK1, PRDM8, APOA1, CDK2, HADH2, C4, VSX2/CHX10, ICAM-1, IL-13, Lewis x/CD15, MYOM2, Fator P, Sialila Lewis x, ΤΝΕβ e Complemento Clq [00287] (opcionalmente incluindo um ou mais biomarcadores da Tabela B e/ou IL-6 e/ou GEM).
[00288] Será observado que o conjunto pode compreender uma ou mais amostras de controle positivas e/ou negativas. Por exemplo, convenientemente a série compreende albumina de soro bovino como uma amostra de controle positiva e/ou solução salina tamponada com fosfato como uma amostra de controle negativo.
[00289] Convenientemente, o conjunto compreende um ou mais, por exemplo, todos os anticorpos da Tabela 7.
[00290] Vantajosamente, o conjunto compreende um ou mais, por exemplo, todos os anticorpos da Tabela 8.
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76/269 [00291] Um outro aspecto da invenção proporciona a utilização de um ou mais biomarcadores selecionados do grupo definido na Tabela A como um biomarcador para determinar estados de doença associados a câncer pancreático em um indivíduo.
[00292] Por exemplo, todos os biomarcadores (por exemplo, proteínas) definidos na Tabela A podem ser usados juntos como uma assinatura diagnostica para determinar a presença de câncer pancreático em um indivíduo.
[00293] Um outro aspecto da invenção fornece um kit para diagnosticar ou determinar um estado de doença associado ao câncer pancreático em um indivíduo compreendendo:
[00294] (a) uma matriz de acordo com a invenção, ou componentes para fazer a mesma; e [00295] (b) instruções para realizar o modo como definido acima (por exemplo, no primeiro aspecto da invenção).
[00296] Um outro aspecto da invenção proporciona uma utilização de uma ou mais porções de ligação a um biomarcador como aqui descrito (por exemplo, na Tabela A) na preparação de um kit para diagnosticar ou determinar um estado de doença associado a câncer pancreático em um indivíduo. Assim, múltiplas porções de ligação diferentes podem ser utilizadas, cada uma destinada a um biomarcador
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77/269 diferente, na preparação de tal como o kit. Em uma modalidade, a porção de ligação é um anticorpo ou seu fragmento de ligação ao antígeno (por exemplo, scFv), como aqui descrito.
[00297] Um outro aspecto da invenção proporciona um método de tratamento do câncer pancreático em um indivíduo, compreendendo as etapas de:
[00298] (a) determinar um estado de doença associado ao câncer pancreático de acordo com o método definido em qualquer um dos primeiros aspectos da invenção; e [00299] (b) fornecer ao indivíduo terapia do câncer pancreático.
[00300] Por exemplo, a terapia do câncer pancreático pode ser selecionada do grupo que consiste em cirurgia (por exemplo, resseção), quimioterapia, imunoterapia, quimioimunoterapia e termoquimioterapia (ver acima).
[00301] Um outro aspecto da invenção proporciona um programa de computador para operar os métodos da invenção, por exemplo, para interpretar os dados de expressão da etapa (c) (e subsequentes etapas de medição da expressão) e assim diagnosticar ou determinar um estado de doença associado ao câncer pancreático. O programa de computador pode ser um SVM programado. O programa de computador pode ser gravado em um transportador adequado para leitura por computador, conhecido pelos versados na técnica. Portadores
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78/269 adequados legíveis por computador podem incluir discos compactos (incluindo CD-ROMs, DVDs, Blu-ray e similares), disquetes, unidades de memória flash, ROM ou unidades de disco rígido. 0 programa de computador pode ser instalado em um computador adequado para executar o programa de computador.
[00302] Exemplos preferenciais sem limitação, que incorporam determinados aspectos da invenção, serão descritos agora, com referência às seguintes Figuras:
FIGURA 1. CLASSIFICAÇÃO DAS ETAPAS INDIVIDUAIS DO PDAC NA COORTE ESCANDINAVA [00303] Os dados mostrados são derivados quando todos os 349 anticorpos foram usados para classificar a NC de amostras de pacientes de diferentes estágios de PDAC, usando a validação cruzada SVM LOO. Os resultados são apresentados com curvas ROC e seus correspondentes valores de AUG para (A) estágio I, (B) estágio II, (C) estágio III e (D) estágio IV PDAC.
FIGURA 2. CLASSIFICAÇÃO DAS ETAPAS DO PDAC NA COORTE ESCANDINAVA, USANDO ASSINATURAS DE BIOMARCADORES [00304] Utilizando dados do estudo escandinavo, modelos preditivos baseados em SVM congelado foram construídos. Duas assinaturas de biomarcadores foram definidas, usando o algoritmo de eliminação retrógrada, para classificar amostras de (A) NC de PDAC estágio I/II, e
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79/269 (B) estágio PDAC III/IV, respectivamente. Os resultados são apresentados como curvas ROC e seus correspondentes valores de AUC.
FIGURA 3. VALIDAÇÃO DA ASSINATURA DE CONSENSO NO ESTÁGIO I/II PDAC DA COORTE DOS EUA.
[00305] A assinatura consensual gerada a partir da coorte escandinava foi validada na coorte independente dos EUA, classificando (A) pacientes NC vs PDAC fase I/II, e (B) pacientes PDAC fase I/II versus pacientes com pancreatite crônica. Os resultados são apresentados como curvas ROC representativas e seus correspondentes valores de AUC.
FIGURA 4. MARCADORES SÉRICOS QUE SÃO DIFERENCIALMENTE EXPRESSOS ENTRE DIFERENTES ESTÁGIOS DO PDAC [00306] Os marcadores séricos que foram diferencialmente expressos ao longo da progressão do estágio I para ο IV foram identificados por ANOVA multigrupo. Apresentados são os marcadores mais significativos. Algarismos romanos indicam estágio de PDAC. *: p < 0,05, q > 0,05 e **: p < 0,05, q < 0,05
FIGURA 5. INFLUÊNCIA DO DIABETES NA PRECISÃO DA CLASSIFICAÇÃO NO VS PDAC
[00307] Valores de decisão de um modelo SVM que foi
treinado em NC vs. PDAC foram usados para analisar as
diferenças entre amostras de PDAC diabéticos e não
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80/269 diabéticos na coorte de descoberta. Valores de significância foram calculados usando o teste de postos sinalizados de Wilcoxon.
FIGURA 6 CLASSIFICAÇÃO DOS ESTÁGIOS DO IPMN DE AMOSTRAS NC [00308] A assinatura consensual foi usada para classificar a NC em relação aos diferentes estágios do IPMN. Todas as amostras IPMN da coorte dos EUA foram alimentadas em um modelo SVM que foi treinado em NC vs. PDAC. Os valores de significância foram calculados usando o teste de Wilcoxon de postos sinalizados. Os valores de p gerados foram: NC vs. PDAC: 2,23 x 1CU18; PDAC vs IPMN benigna: 0,029; PDAC vs IPMN limítrofe: 0,284; PDAC vs malignant IPMN: 0,401.
EXEMPLO
RESUMO
ANTECEDENTES [00309] O adenocarcinoma ductal pancreático (PDAC) tem um mau prognóstico, com uma sobrevida de 5 anos inferior a 10% devido a sintomas difusos que levam ao diagnóstico tardio. A sobrevivência pode aumentar significativamente se os tumores localizados puderem ser detectados mais cedo. A análise multiparamétrica de amostras de sangue foi usada para derivar uma nova assinatura de biomarcador de PDAC em estágio inicial. A assinatura foi desenvolvida a partir de
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81/269 uma grande coorte de pacientes PDAC em estágio inicial (I/II) bem definidos e subsequentemente validados em uma coorte independente de pacientes.
MÉTODOS [00310] Utilizou-se uma plataforma de micromatriz de anticorpo recombinante para decifrar uma assinatura de soro de biomarcador associada a PDAC. O estudo de descoberta foi um estudo de caso/controle da Escandinávia, consistindo em 16 pacientes em estágio I, 132 estágio II, 65 estágio III, 230 pacientes IV e 888 controles. A assinatura do biomarcador identificada foi subsequentemente validada em uma coorte independente de estudo de caso/controle nos Estados Unidos, com 15 pacientes nos estágios I, 75, II, 15, III, 38 e IV e 219 controles.
RESULTADOS [00311] Usando o estudo caso/controle escandinavo, assinaturas foram criadas discriminando amostras derivadas de pacientes no estágio I/II e estágio III/IV versus controles com valores ROC-AUC de 0,96 e 0,98, respectivamente. Posteriormente, uma assinatura de consenso consistindo em 29 biomarcadores foi gerada com base em todas as etapas do PDAC e amostras de controle. Essa assinatura foi então validada em um estudo independente de caso/controle nos EUA e produziu um valor de ROC-AUC de 0,96 usando amostras coletadas de pacientes no estágio I/II
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82/269 da PDAC.
CONCLUSÃO [00312] A assinatura do soro validada detectou PDAC localizado no estágio inicial com alta sensibilidade e especificidade, abrindo assim o caminho para o diagnóstico inicial.
ABREVIATURAS [00313] ANOVA, análise de variância (Analysis of variance); AUC, Área sob a curva (Area under the curve); BE, eliminação para trás (Backward elimination) ; CP, pancreatite crônica (Chronic pancreatitis); CV, coeficiente de variância (Coefficient of variance); GO, ontologia genética (gene ontology); IPMN, neoplasias mucinosas papilares intraductais (Intraductal papillary mucinous neoplasms); LOO, Deixar um fora (Leave-one-out); MT-PBS, solução salina tamponada com fosfato com 1% de leite e 1% de Tween-20 (Phosphate buffered saline with 1% milk and 1% Tween-20); NC, controles normais (Normal controls); PBS, solução salina tamponada com fosfato (Phosphate buffered saline); NPV, valor preditivo negativo (negative predictive value); PPV, valor preditivo positivo (positive predictive value); PBST, solução salina tamponada com fosfato com Tween-20 a 1% (Phosphate buffered saline with 1% Tween-20); PCA, análise de componentes principais (principal component analysis); PDAC, adenocarcinoma ductal pancreático
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83/269 (Pancreatic ductal adenocarcinoma); ROC, característica de operação do receptor (Receiver operating characteristic) ; RT, temperatura ambiente (Room temperature); scFv, variável de fragmento de cadeia única (Single-chain fragment variable); SVM, máquina de vetores de suporte (Support vector machine)
INTRODUÇÃO [00314] Neste estudo, os pacientes do estágio I-IV da PDAC foram analisados em uma grande coorte retrospectiva da Escandinávia, seguida de validação em uma coorte independente dos EUA, com o objetivo de identificar biomarcadores PDAC associados ao estágio I/II em uma amostra de sangue simples.
MÉTODOS
PROJETOS DE ESTUDO [00315] Os dois estudos retrospectivos, realizados em amostras de soro recolhidas PDAC na Escandinávia e nos EUA, foram conduzidos de acordo com as normas para a comunicação de estudos precisão do diagnóstico (STARD)28. O estadiamento do PDAC foi realizado de acordo com as diretrizes do American Joint Committee on Cancer (AJCC). Amostras de sangue de pacientes com câncer pancreático foram coletadas e processadas no momento do diagnóstico, antes da operação ou início da quimioterapia. Amostras de sangue dos controles normais (NC) foram coletadas, usando o
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84/269 mesmo procedimento operacional padrão (SOP). Em ambos os casos, 5 μΐ das amostras de soro foram subsequentemente utilizados para análise, utilizando uma plataforma de micromatriz de anticorpo recombinante compreendendo 349 scFv recombinantes humanos dirigidos contra 156 antígenos (Tabela 5) (ver Métodos Complementares, abaixo). 0 raciocínio foi direcionar a resposta sistêmica à doença, bem como o secretoma do tumor. Consequentemente, os biomarcadores selecionados estavam envolvidos principalmente na imunorregulação.
DEMOGRAFIA DAS COORTES DE ESTUDO [00316] A coorte escandinava compreendeu 443 casos de PDAC, 888 CN e 8 neoplasias mucinosas papilares intraductais (IPMN) (Tabela 1). Os casos foram diagnósticos e a taxa geral de resseção foi em torno de 15%. Dezesseis amostras de PDAC eram do estágio I, 132 eram do estágio II, 65 eram do estágio III e 230 eram de pacientes no estágio IV (Tabela 1) . Das oito amostras do IPMN, cinco eram benignas e três eram malignas.
[00317] A coorte dos EUA compreendeu 143 casos de PDAC, 57 pancreatite crônica (PC) e 20 casos de MIPP, bem como 219 NE (Tabela 1). Quinze das amostras de PDAC eram do estágio I, 75 eram do estágio II, 15 eram do estágio III e 38 eram de pacientes no estágio IV (Tabela 1). Dos 20 casos de IPMN, oito eram benignos, cinco eram limítrofes e sete
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85/269 eram malignos. Os casos foram diagnósticos e a taxa geral de resseção foi de 18 a 20%.
RESULTADOS [00318] A proteômica de afinidade oferece alguns recursos atraentes, como a entrega de um ensaio altamente sensível usando volumes minúsculos de amostra. A presente abordagem baseou-se em uma plataforma de micromatriz de anticorpo recombinante composta por 349 scFv recombinantes humanos dirigidos contra 156 antígenos (Tabela 5) . Como o foco era interrogar a resposta sistêmica ao PDAC, assim como seu secretoma, os anticorpos selecionados tinham como alvo principalmente antígenos envolvidos na imunorregulação. Duas coortes de pacientes - uma escandinava e outra norte-americana - incluindo PDAC de estágio inicial bem definido foram utilizadas para identificar e validar uma assinatura de biomarcador para detecção de câncer em estágio I/II.
[00319] Primeiro, para interrogar a robustez do conjunto de dados no estudo escandinavo de descoberta de casos/controles, amostras de soro derivadas de pacientes com diferentes estágios de PDAC foram comparadas a controles saudáveis pareados, usando uma estratégia de validação cruzada de LOO. Os resultados demonstraram que os diferentes estágios do PDAC poderíam ser discriminados com alta precisão. Os valores de AUG para NC vs. os estágios
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ΙΑ, IB, ΙΙΑ, ΙΙΒ, III e IV foram 0,91, 1, 0, 0, 99, 0, 98, 0,99 e 0,98, respectivamente (Figura 1). É importante ressaltar que, ao usar informações derivadas de todos os anticorpos na matriz, os níveis de AUC resultantes, exceto no estágio IA, atingiram 0,98 ou mais.
CLASSIFICAÇÃO DO ESTÁGIO I/II DO PDAC COM UMA ASSINATURA DE BIOMARCADOR DEFINIDA [00320] A fim de identificar a assinatura de biomarcador menor, discriminando fase PDAC I/II de NC com o poder preditivo optima, o algoritmo de eliminação retrógrada baseado no SVM foi aplicado sobre a amostra coorte escandinavo26, 29 . Usando essa abordagem, os biomarcadores que não melhoram a classificação são eliminados, resultando na identificação da assinatura, fornecendo o mais alto poder preditivo possível, separando o estágio I/II versus NC. Esta análise resultou em uma assinatura compreendendo apenas os biomarcadores individuais de classificação mais alta (Tabela 4) e o valor de AUC obtido para estágio I/II versus NC foi de 0,96 (Figura 2A), correlacionando a uma combinação de especificidade/sensibilidade de 94/95% para NC vs. estágio I/II. Por razões comparativas, o valor de AUC obtido para o estágio III/IV vs NC foi de 0,98 (Figura 2B). Estes valores são baseados em uma investigação da robustez estatística e estabilidade do modelo de classificação, onde quatro
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87/269 conjuntos de treinamento/teste gerados aleatoriamente foram utilizados, resultando em um valor médio AUC de 0,963 (intervalo 0,94 - 0,98) para a classificação do estágio NC vs PDAC I/II. O valor correspondente para NC vs. estágio III/IV foi de 0,985 (variação de 0,98 a 0,99). É digno de nota que a maior assinatura preditiva não incluiu, por exemplo, CA19-9, um antígeno Sialila Lewis A comumente envolvido na análise de PDAC, uma vez que não contribuiu com informações ortogonais suficientes.
VALIDAÇÃO DA DETECÇÃO DE PDAC EM ESTÁGIO INICIAL I/II EM UMA COORTE INDEPENDENTE DE PACIENTES [00321] Para obter a maior precisão preditiva no estudo de validação, os biomarcadores mais bem classificados (Tabela 4) foram combinados para obter uma assinatura de consenso, consistindo em 29 biomarcadores (Tabela 2) . Para validar a assinatura de consenso para a detecção de pacientes com PDAC em estágio inicial I/II, essa assinatura foi testada em um estudo de validação consecutivo, usando amostras derivadas de uma coorte americana completamente independente. Esta análise de validação demonstrou uma discriminação altamente precisa do estágio PDAC I/II vs. NC, com um valor ROC-AUC de 0,963 (variação de 0, 94-0, 98), com base nos três conjuntos de treinamento (Figura 3A). Isso se correlaciona com uma combinação ótima de especificidade/sensibilidade de 95/93%
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88/269 para o estágio I/II. 0 valor ROC-AUC ótimo correspondente para o estágio III/IV foi de 0,97 e para o estágio I-IV foi de 91/91%.
[00322] A capacidade de discriminar pancreatite crônica de PDAC também foi analisada, uma vez que o diagnóstico diferencial de pancreatite vs. PDAC é um fator clinico potencialmente confundidor. A análise de classificação de pancreatite crônica de amostras de estágio I/II da PDAC resultou em um valor ótimo de ROC-AUC de 0,84 (Figura 3B) .
INFLUÊNCIA DO DIABETES E ICTERÍCIA NA CLASSIFICAÇÃO DO ESTÁGIO INICIAL DO PDAC [00323] A influência do diabetes na acurácia da classificação também foi investigada. Na coorte escandinava, 103 (23,3%) dos pacientes com PDAC eram diabéticos (Tabela 3), enquanto 38 (26,6%) dos pacientes com PDAC na coorte dos EUA tinham diabetes, no momento da coleta da amostra (Tabela 3). O diabetes de início recente (NOD), compreendeu 26,2% dos pacientes diabéticos (n = 37), em ambas as coortes. Valores de decisão do modelo SVM foram usados para analisar quaisquer diferenças significativas entre amostras de PDAC diabéticos e não diabéticos na coorte de descoberta. Esta análise indicou que o diabetes, incluindo o NOD, não é um fator de confusão na classificação de NC vs. PDAC (p = 0,47 e 0,96,
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89/269 respectivamente) (Figura 3) . A mesma abordagem aplicada na coorte de validação indicou que a icterícia não é um fator de confusão (p = 0,21).
MARCADORES SÉRICOS INDIVIDUAIS ASSOCIADOS A DIFERENTES ESTÁGIOS DA PDAC [00324] Biomarcadores individuais exibindo um padrão de expressão temporal associado à progressão do estágio I para ο IV também foram analisados. Ao interrogar os dados com ANOVA multigrupos, identificaram-se vários biomarcadores que foram expressos diferencialmente em pacientes PDAC iniciais vs. tardios. Estes incluíram homólogo 1 de disks large, PRDM8, e MAGI-1, todos com expressão aumentada em estágios posteriores, enquanto
properdina, linfotoxina alfa e IL-2 foram mais altamente
expressos nos estágios iniciais de PDAC (Figura 4) . É
importante ressaltar que todos esses biomarcadores, exceto
IL-2, também estavam presentes na assinatura do consenso (Tabela 2).
CLASSIFICAÇÃO DE NEOPLASIA MUCINOSA PAPILAR
INTRADUCTAL COM A ASSINATURA DO BIOMARCADOR VALIDADO [00325] IPMNs frequentemente progridem para câncer invasivo se não forem tratados. Consequentemente, é de interesse clínico detectar tais lesões, de modo que elas possam ser monitoradas por exames de imagem, uma vez que isso pode apresentar uma oportunidade para a resseção
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90/269 inicial de lesões pré-malignas. Consequentemente, a assinatura do consenso foi testada quanto à sua aplicabilidade para discriminar diferentes estágios do IPMN vs. NC. Vinte amostras de IPMN derivadas da coorte de pacientes nos EUA (Tabela 1) foram classificadas usando a assinatura de biomarcador validado. É digno de nota que a assinatura classificou os IPMNs limítrofes e malignos como tendo um perfil de câncer, enquanto os IPMNs benignos foram classificados como não-PDAC (p = 0,029) (Figura 6).
DISCUSSÃO [00326] O achado chave deste estudo é que uma análise multiparamétrica proteômica, usando volumes minúsculos de soro, podería discriminar pacientes com PDAC I/II em estágio inicial de controles com alta precisão. A utilidade clínica e o uso pretendido de tal abordagem diagnostica seria potencialmente várias vezes, por exemplo, vigilância de (i) pacientes de alto risco, como pacientes com síndrome de Huntington, hereditária, pancreatite crônica e síndrome de Peutz-Jeghers; (ii) pacientes diabéticos de início tardio com idade superior a 50 anos, gue têm até oito vezes maior risco para a aquisição de PDAC nos primeiros três anos de diabetes30, 31, e (iii) pacientes com sintomas abdominais vagos, dor nas costas e perda de peso.
[00327] A OMS propôs que milhões de pacientes com câncer poderíam ser salvos da morte prematura se
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91/269 diagnosticados e tratados mais cedo. Para conseguir isso, abordagens diagnosticas mais avançadas devem ser desenvolvidas e aplicadas para a detecção inicial de cânceres particularmente letais, como o PDAC. Apesar do fato de que a trajetória evolutiva de progressão da doença PDAC é discutida32-34, os dados clínicos disponíveis hoje permite concluir que o diagnóstico inicial leva a um benefício de sobrevida global de pacientes assintomáticos, devido a um aumento da frequência de tumores ressecáveis4, 8-11, 35. Para demonstrar a utilidade clínica para o diagnóstico inicial de PDAC, o teste tem que exibir uma baixa frequência de falsos positivos, uma vez que isso inevitavelmente levaria a consequências indesejáveis para o paciente, incluindo ansiedade, sobretratamento e aumento de custos. Com esse risco em mente, realizamos um grande estudo proteômico no PDAC, incluindo mais de 1.700 amostras de casos/controles, e analisamos 156 proteínas séricas derivadas do septomatoso tumoral ou de uma resposta imune sistêmica. Para determinar a utilidade clínica da assinatura de um biomarcador em uma população, a prevalência de PDAC afeta tanto o valor preditivo positivo (PPV) (a probabilidade de um teste positivo indicar doença) quanto o valor preditivo negativo (NPV) (a probabilidade de um teste negativo indica ausência de doença). Em nossa coorte de validação nos EUA, os resultados sugerem que, com
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92/269 uma especificidade de até 99%, em pacientes com um risco maior do que o público geral para PDAC, por exemplo, parentes de primeiro grau (prevalência 3,75%) e pacientes diabéticos com mais de 55 anos anos de idade (prevalência l,0%)36, o PPV/NPV seria de 0,75/0, 99 e 0,46/1,0, respectivamente. Essa assinatura, que produz a mais alta especificidade/sensibilidade para discriminar o estágio I/II dos controles, não incluiu o CA19-9, um antígeno comumente envolvido na análise do PDAC, isoladamente ou em combinação com outros marcadores 18. De fato, o CA19-9 foi analisado no micromatriz do anticorpo, mas não foi selecionado, uma vez que não contribuiu com informações ortogonais suficientes durante o processo de eliminação retrógrada.
[00328] Como o diabetes de início recente em pacientes com mais de 55 anos de idade tem um risco significativamente aumentado de adquirir PDAC37, isso pode ser considerado uma indicação inicial de câncer, o que podería levar à detecção inicial de PDAC assintomático em estágio inicial 38. O diagnóstico de pacientes diabéticos com PDAC seria, consequentemente, importante, uma vez que contribuiría para aumentar a ressecabilidade e aumentar a sobrevida desses pacientes. Consequentemente, testamos a assinatura do biomarcador de consenso quanto à sua capacidade de discriminar entre pacientes diabéticos com
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PDAC e PDAC sem diabetes diagnosticado. Uma análise de máquina de vetores de suporte, com base no total de 141 pacientes diabéticos com PDAC de ambas as coortes, dos quais 26,2% apresentaram diabetes de início recente, não demonstrou diferença significativa entre amostras derivadas de pacientes diabéticos versus não-diabéticos (Figura 5) . Isso implica que a assinatura do biomarcador validado pode contribuir potencialmente para descartar clinicamente o PDAC em pacientes diabéticos, embora isso deva ser demonstrado em um estudo clínico com foco em pacientes diabéticos.
[00329] O diagnóstico diferencial de PDAC vs pancreatite é às vezes difícil, mas em um estudo anterior, demonstramos que PDAC estágio final podería ser distinguido de diferentes indicações inflamatórias pancreáticas27. Um estudo de seguimento foi previamente realizado em diferentes subtipos de pancreatite, como pancreatite aguda, crônica e autoimune, onde os biomarcadores associados a esses subtipos puderam ser identificados e diferenciados do PDAC39. Embora o número de amostras de pancreatite crônica seja limitado no estudo atual, podemos demonstrar que a pancreatite crônica pode ser discriminada do estágio inicial I/II PDAC, agora com uma AUG ROC de 0,84 (Figura 3B) . Além disso, a classificação correta de lesões prémalignas do pâncreas (IPMN) representa um considerável
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94/269 valor clínico. A presente assinatura de consenso biomarcador podería discriminar amostras derivadas de pacientes com IPMN benignos patologicamente estadiados de pacientes com PDAC de estágio I/II (Figura 6), enquanto IPMNs encenados limítrofes e malignos foram classificados como associados a câncer e, portanto, não poderíam ser discriminados de PDAC. A limitação é que esses resultados são baseados em um número razoavelmente baixo de amostras clínicas, mas poderíam contribuir potencialmente para a detecção dessas lesões difíceis de diagnosticar, quando validadas em um estudo maior de caso/controle de IPMN.
[00330] Relevantes para a progressão do câncer são mudanças graduais no microambiente tumoral que podem refletir sobre o teor de biomarcadores no sangue. Consequentemente, os dados adquiridos aqui foram utilizados para identificar marcadores cujo padrão de expressão variou com a progressão do estágio, ou seja, mostraram níveis diferentes em amostras derivadas de pacientes com PDAC em estágio inicial ou tardio. Curiosamente, todas as proteínas apresentadas na Figura 4, exceto IL-2, estavam presentes na assinatura do consenso (Tabela 2) . Entre os marcadores que apresentaram expressão significativamente mais elevada do PDAC inicial para o tardio, estava o DLG1 (homólogo 1 de disks large), uma proteína multifuncional que interage com, por exemplo, APC, β-catenina e PTEN para regular a
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95/269 proliferação celular, citocinese, migração e adesão. Embora tenha sido referido que um candidato a supressor de tumores DLG1 exibe funções oncogênicas40, potencialmente apoiado pela presente regulação positiva na fase tardia de PDAC. 0 MAGI-1 (guanilato cinase associada à membrana, proteína 1 contendo o domínio WW e PDZ), também exibiu uma expressão aumentada em amostras derivadas de pacientes com PDAC em estágio avançado e é uma proteína de suporte com funções propostas na adesão célula-célula epitelial. As informações relacionadas ao câncer na literatura são escassas, mas o MAGI-1 tem sido relatado como inibidor da apoptose e estimula a proliferação celular na malignidade induzida pelo HPV41. 0 PRDM8 (proteína 8 de dedo de zinco do domínio PR), também conhecido como BLIMP-1, foi aumentado em amostras de pacientes em estágio avançado. Essa proteína de ligação ao DNA regula, por exemplo, a transcrição neural e relacionada ao esteroide, e é um regulador da tumorigênese em adenomas hipofisários, onde muito provavelmente contribui para o aumento da invasividade do tumor42. Isso é consistente com nossa observação de sua expressão aumentada em amostras de pacientes em estágio final. Além disso, a linfotoxina alfa apresentou menor expressão em amostras de estágio tardio. A linfotoxina alfa é produzida pelas células T do tipo TH1 para induzir a ligação do fagócito às células endoteliais. Alguns polimorfismos dessa proteína
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96/269 contribuem para o aumento do risco de desenvolvimento de adenocarcinoma43, embora o mapeamento tenha mostrado anteriormente baixa expressão proteica no câncer de pâncreas, achado que podería explicar sua diminuição da expressão durante a progressão da PDAC em nosso estudo44. 0 regulador positivo do properorreceptor também mostrou expressão diminuída em amostras de pacientes com PDAC em fase tardia. Properdina suporta inflamação e fagocitose através do reforço da via alternativa do complemento. Embora inerentemente complexa, a ativação do complemento é geralmente reconhecida como protetora contra o câncer. Não só a inibição da ativação do complemento tipicamente promover evasão imune de células de câncer, também tem sido demonstrado para dificultar a eficácia da imunoterapia do câncer45, 46 . A diminuição da expressão de properdina é consistente com a evasão imunitária observada no PDAC. A interleucina-2 (IL-2) exibiu expressão diminuída em amostras de pacientes em estágio final. A IL-2 estimula o crescimento e a resposta de células T ativadas e é usada em imunoterapia contra, por exemplo, carcinoma renal e melanoma maligno. Vários estudos mostram que o tratamento com IL-2 em combinação com a terapia convencional pode atenuar a progressão do câncer pancreático47, 48 . Estudos adicionais de proteínas séricas associadas à progressão da PDAC poderíam revelar informações mecanisticas sobre a
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97/269 biologia da progressão da doença.
[00331] Em resumo, este estudo conseguiu identificar e validar uma assinatura de biomarcador com base em dois grandes estudos de caso/controle de pacientes com PDAC. Os achados mostram que essa assinatura de biomarcadores pode detectar amostras derivadas de pacientes com PDAC de estágio I/II com alta precisão, indicando a possibilidade de diagnosticar câncer de pâncreas em um estágio anterior, usando uma assinatura de biomarcador sérico.
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TABELA 1. DEMOGRAFIA DAS COORTES ESCANDINAVAS E NORTE-AMERICANAS
Figure BR112019015633A2_D0001
Maligno 3 - 3 2/1 70 (64 a 70) 3/0 (100) 0/3 (0)
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Figure BR112019015633A2_D0002
8/7 66 (24
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Figure BR112019015633A2_D0003
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TABELA 2. ASSINATURA DE VALIDAÇÃO DE CONSENSO
Proteína
Apolipoproteína Al
Aprataxina e fator semelhante ao PNK
Proteína homóloga de calcineurina B 1
Proteína quinase dependente de cálcio/calmodulina tipo IV
Complemento C3
Complemento C4
Complemento C5
Quinase 2 dependente de ciclina
Homólogo 1 de disks large
Proteína de ligação a GTP GEM
Proteína HADH2
Molécula de adesão intercelular 1
Interferon gama
Interleucina-13
Interleucina-4
Interleucina-6
Lewis x
Linfotoxina-alfa
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Guanilato quinase associada à membrana, proteína 1 contendo o domínio WW e PDZ
Miomesina-2
Inibidor da protease plasmática Cl
Proteína de dedo de zinco domínio PR 8
Properdina
Proteína zeta C tipo zeta
Proteína-tirosina quinase 6
Serina/treonina-proteína quinase MARK1
Sialila Lewis x
Fator de crescimento endotelial vascular
Sistema visual homeobox 2
INFORMAÇÃO COMPLEMENTAR
MÉTODOS
DEMOGRAFIA DAS COORTES DE ESTUDO [00380] Os controles para a coorte escandinava foram obtidos do Copenhagen General Population Study e foram pareados por gênero, idade, hábitos tabágicos, ingestão de álcool e data da coleta de sangue. Dois controles foram combinados por caso. Nenhum dos controles desenvolveu câncer pancreático durante um acompanhamento de 5 anos. O equilíbrio de gênero foi de 57:43 (%) homens vs. mulheres
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110/269 em pacientes com PDAC e 58:42 (%) homens versus mulheres na NC. A mediana de idade dos sujeitos do PDAC e do NC foi de 68 anos. O uso de tabaco foi definido como uso regular atual ou passado, enquanto abuso de álcool foi definido como abuso atual ou passado. Com base nas orientações da Autoridade de Saúde dinamarquesa, os limites para abuso de álcool foram fixados em 168 g e 252 g de álcool por semana para mulheres e homens, respectivamente. A proporção de usuários de tabaco no grupo PDAC, grupo controle e todos os participantes combinados foi de 66%, 60% e 62%, respectivamente. Os valores correspondentes para abuso de álcool foram de 22%, 24% e 23%, respectivamente (Tabela 1). De todos os pacientes com PDAC na coorte escandinava, 23,3% sofriam de diabetes no momento da coleta da amostra, enquanto 25,0%, 28,7%, 26,2% e 19,1% dos estágios I, II, TIT e IV pacientes com PDAC, respectivamente, tinham diabetes conhecida no momento da coleta de sangue (Tabela 3). Independentemente do estado diabético, 70% dos tumores estavam localizados na cabeça, 20% no corpo e 10% na cauda do pâncreas (Tabela 3). Estas proporções correspondem bem aos dados comumente relatados na localização do tumor1. Todos os outros parâmetros, incluindo valores do fígado e contagem do tipo de células sanguíneas, foram comparáveis entre os estágios da doença (Tabela 3). O estadiamento para a coorte escandinava foi baseado no estado patológico do
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111/269 tumor ressecionado e linfonodos e exames de tomografia computadorizada (abdominal e tórax) nos pacientes ressecionados e em biópsia e tomografia computadorizada para os pacientes não ressecionados.
[00381] Os controles para a coorte dos EUA foram coletados durante uma campanha de sangue visando controles saudáveis, sem câncer ou durante uma visita a um escritório de indivíduos sem câncer e combinados com pacientes com PDAC quanto ao sexo e idade no momento da coleta da amostra. Nenhum dos controles desenvolveu câncer pancreático durante um acompanhamento de 5 anos. O equilíbrio de gênero foi de 56:44 (%) homens vs. mulheres em pacientes com PDAC, 53:47 (%) homens vs. mulheres na CN, 48:52 (%) homens vs. mulheres em pacientes com pancreatite crônica (PC) e 40:60 (%) homens vs. mulheres em pacientes com IPMN. A idade mediana para os indivíduos com PDAC, NC, CP e IPMN foi de 67, 63, 56 e 69 anos, respectivamente. O estadiamento para a coorte norte-americana baseou-se no estado patológico, exceto no caso em que não houve resseção, ou seja, doença tipicamente tardia. Para esses pacientes, o estadiamento foi baseado em biópsia ou imagem, dependendo do curso clínico. De todos os pacientes com PDAC na coorte dos EUA, 26,6% sofriam de diabetes no momento da coleta da amostra, enquanto 26,7%, 26,7%, 20,0% e 28,9% dos pacientes nos estágios I, II, III e IV, respectivamente,
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112/269 tinham diabetes conhecido no momento da coleta de sangue (Tabela 3) . 0 diagnóstico de IPMN em ambas as coortes foi baseado em patologia obtida cirurgicamente. Além disso, o diagnóstico de pancreatite crônica foi feito por: 1) sintomas, ou seja, dor e/ou insuficiência pancreática determinada pela elastase pancreática, após episódios de pancreatite aguda confirmados bioquimicamente com determinações de amilase e lipase e exames abdominais com tomografia computadorizada; mostraram inflamação pancreática e aperopancreática, e 2) exames de imagem todos os pacientes tinham CPRE que mostrava alterações ductais pancreáticas consistentes com pancreatite crônica e todos tinham imagens de TC e/ou ressonância magnética. Todos os pacientes foram à cirurgia para procedimentos de drenagem.
COLEÇÃO DE AMOSTRAS [00382] O estudo escandinavo, denotando o estudo BIOPAC BlOmarkers in patients with PAncreatic Cancer - can they provide new information of the disease and improve diagnosis and prognosis of the patients, foi aprovado pelos Comitês Regionais de Ética de Copenhagen (VEK ref. KA-2006-0113) e da Agência Dinamarquesa de Proteção de Dados (jr. 2006-41-6848, jr. No. 2012-58-004 e HGH-2015027, I-suite 03960). As amostras de soro foram coletadas entre 2008 e 2014 no Hospital Herlev e Rigshospitalet,
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Copenhagen, Dinamarca. No momento do diagnóstico, o sangue foi recolhido e deixado coagular durante pelo menos 30 minutos e depois centrifugado a 2.330 g durante 10 minutos a 4 °C. O soro foi dividido em alíquotas e armazenado a -80 °C até nova análise. Todas as amostras foram coletadas e processadas, usando o mesmo SOP e analisadas para o CA19-9 sérico, enzimas hepáticas e contagem de células sanguíneas. Os dados clínicos foram coletados no momento da coleta da amostra.
[00383] O estudo dos EUA foi aprovado pelo Institutional Review Board da Oregon Health and Science University. Recolheu-se sangue antes de qualquer tratamento, deixou-se coagular durante pelo menos 30 minutos e centrifugou-se a 1.500 g durante 10 minutos a 4 °C. Todas as amostras foram coletadas e processadas, utilizando o mesmo SOP. O soro foi dividido em alíquotas e armazenado a -80 °C até nova análise.
AQUISIÇÃO DE DADOS, CONTROLE DE QUALIDADE E PRÉPROCESSAMENTO [00384] Intensidades de sinal do micromatriz de anticorpo foram quantificadas, usando o software Matriz-Pro Analyzer (Media Cybernetics, Rockville, MD, EUA) . Os valores locais de fundo foram subtraídos, e os valores de intensidade ajustados foram então usados para análise de dados subsequente. A aquisição de dados foi realizada por
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114/269 membros treinados da equipe de pesquisa que desconheciam a classificação da amostra e os dados clínicos. Cada ponto de dados representou uma média de sinal subtração de fundo de três pontos replicados por clone de anticorpo, a menos que o coeficiente de variação de replicação (CV) tenha excedido 15%. Em tais casos, o ponto replicado mais distante do valor médio foi omitido e o sinal médio das duas réplicas restantes foi usado. Os CV médios das réplicas foram 8,4% e 6,7% no estudo escandinavo e americano, respectivamente.
[00385] Os dados brutos das amostras de controle de qualidade foram avaliados em um nível de anticorpo individual para variância entre lâminas e entre dias por análise de valor CV, plotagem de caixa e análise de componentes principais 3D (PCA) com filtragem de análise de variância (ANOVA) (Qlucore Omics Explorer, Qlucore AB, Lund, Suécia). Uma vez assegurada a homogeneidade do conjunto de dados, as amostras de controle de qualidade foram removidas de análises posteriores. Os dados das amostras de PDAC e controle foram transformados por log2, seguido de ajuste e normalização em duas etapas para reduzir a variação técnica entre dias e lâminas. Na primeira etapa, a variação do dia-a-dia foi abordado através da aplicação de combate (pacote SVA no ambiente de software estatístico R) , um método para regular os efeitos do lote, utilizando quadros empíricos Bayes, onde a
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115/269 covariável de lote é conhecido2, 3. A covariável usada foi o dia do ensaio de micromatriz. Em uma segunda etapa, a variação de matriz para matriz foi minimizada, calculando um fator de escala para cada matriz. Este fator foi baseado nos 20% de anticorpos com o menor desvio padrão de todas as amostras e foi calculado dividindo a soma da intensidade destes anticorpos em cada matriz com a soma média de todas as matrizes4. Os dados estão disponíveis no autor correspondente, mediante solicitação.
ANÁLISE DE DADOS [00386] As classificações de dois grupos foram realizadas, usando a análise da máquina de vetor de suporte (SVM) em R. PCA, cálculo do valor q por ANOVA, e cálculo de mudança de dobra foram realizados, usando o Qlucore Omics Explorer. O Multigroup ANOVA foi usado para analisar a expressão diferencial de marcadores de proteínas individuais em amostras dos vários estágios do PDAC incluídos na coorte escandinava. O desempenho dos marcadores individuais foi avaliado com o teste t de
Student, o procedimento de Benjamini-Hochberg para o controle falso da taxa de descoberta (valores q) e as alterações de dobra. Sensibilidades, especificidades foram calculadas a partir dos valores de decisão SVM. Valores preditivos positivo (PPV) e negativo (NPV) foram calculados em relação à prevalência e ao risco de vida para grupos de
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116/269 risco, como pacientes com diabetes de inicio recente (NOD) com mais de 55 anos e parentes de primeiro grau de pacientes com PDAC.
[00387] Antes de definir a assinatura de um biomarcador que discriminava NO do PDAC Stage I/II, o poder de classificar os estágios individuais do PDAC foi avaliado, usando uma abordagem de validação cruzada deixar um fora out (LOO) em R baseada em todos os anticorpos5. Em suma, foi projetado um SVM no qual um ponto de dados foi particionado em um subconjunto separado (conjunto de testes) e os pontos de dados restantes foram usados como o conjunto de treinamento. O processo foi repetido uma amostra de cada vez, os resultados foram usados para criar uma curva de característica de operação de receptor (ROC),
e o valor da área sob a curva (AUC) correspondente foi
calculado.
[00388 ] Em seguida, para decifrar uma assinatura de
biomarcador condensado, os dados foram divididos em um
conjunto de treinamento incluindo 3/4 das amostras (aproximadamente 1.000 amostras) e um conjunto de teste incluindo 1/4 das amostras (aproximadamente 340 amostras). A proporção de casos versus amostras de controle dentro dos conjuntos de dados foi mantida, mas os conjuntos foram gerados aleatoriamente. Quatro conjuntos únicos de teste/treinamento foram gerados, usando essa abordagem. Uma
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117/269 amostra individual foi incluída apenas uma vez em um conjunto de testes. Para identificar as assinaturas dos biomarcadores, um algoritmo de eliminação inversa (Backward Elimination - BE) foi aplicado a cada conjunto de treinamento em R, excluindo um anticorpo de cada vez. Para cada iteração de BE, o anticorpo com o maior valor de divergência de Kullback-Leibler (KL) obtido na análise de classificação foi eliminado. Com base na análise do valor de divergência de KL, as combinações de anticorpos que expressam os valores mais baixos foram usadas para projetar a assinatura do biomarcador preditivo. Consequentemente, o BE permite uma seleção imparcial de marcadores que contribuem com informações ortogonais, em comparação com outros biomarcadores6. É digno de nota que o processo de BE às vezes resulta em marcadores tumorais previamente definidos, como CA19-9 e Sialila Lewis A no caso de PDAC, não incluídos na assinatura, uma vez que não contribuem com informações ortogonais suficientes. A assinatura do biomarcador identificada foi então usada para construir um modelo de predição por SVM congelado em R, usando apenas o conjunto de dados de treinamento5. Além disso, para evitar sobreajuste, o modelo foi testado no conjunto de testes correspondente e seu desempenho foi avaliado, usando curvas ROC e valores de AUC. Para minimizar ainda mais a interpretação excessiva e garantir robustez, esse processo
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118/269 foi realizado em todos os quatro conjuntos de treinamento e teste. Dessa forma, construiu-se um modelo de predição classificando os pacientes NC vs PDAC fase I/II e avaliouse seu desempenho, utilizando curvas ROC e valores de AUC. Como comparação, isto foi repetido também para amostras derivadas de pacientes com NC vs. PDAC no estágio III/IV.
[00389] Finalmente, para obter uma assinatura de consenso com a mais alta precisão de classificação preditiva, os dados de todas as classificações de pacientes estágio I/II PDAC vs. NC, bem como estágio III/IV PDAC vs. NC foram combinados. A precisão preditiva da assinatura do consenso foi então validada em uma coorte de amostra independente dos EUA.
[00390] No estudo norte-americano usado para validação, os dados foram divididos em três conjuntos de treinamento/teste de aproximadamente 280 amostras (treinamento) e aproximadamente 140 amostras (teste). A proporção de casos versus amostras de controle dentro dos conjuntos de dados foi mantida, mas os conjuntos foram gerados aleatoriamente. A assinatura de consenso do estudo escandinavo foi usada para criar modelos de previsão, usando apenas os conjuntos de treinamento dos EUA. O modelo foi então testado no correspondente conjunto de teste US e o desempenho foi avaliado, usando curvas ROC e valores de AUC. Para minimizar ainda mais a interpretação excessiva e
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119/269 garantir a robustez, esse processo foi executado em todos os três conjuntos de treinamento e teste. A mesma abordagem foi utilizada para a classificação de pancreatite crônica versus amostras de PDAC, usando uma SVM congelada e o valor de ROC-AUC foi calculado. Por fim, a assinatura do consenso foi usada para classificar os pacientes com NC versus IPMN. Todas as amostras IPMN na coorte de validação foram alimentadas em um modelo SVM que foi treinado em NC vs. PDAC. Para investigar se os níveis de bilirrubina ou diabetes eram fatores de confusão na análise de micromatrizs de anticorpos, pacientes com icterícia (49,7%) e diabetes (26,6%) foram comparados com pacientes sem icterícia ou sem diabetes, respectivamente.
MARCAÇÃO DE AMOSTRA [00391] Em ambos os estudos, as amostras de soro foram marcadas com biotina, utilizando um protocolo otimizado para os proteomas séricos6-8. Resumidamente, amostras de soro de 5 μΐ foram diluídas 1:45 em PBS para ~ 2 mg de proteína/ml e marcadas com EZ-Link Sulfo-NHS-LC-Biotina 0,6 mM (Thermo Fisher Scientific, Waltham, MA, EUA) . A biotina não ligada foi removida por diálise contra PBS durante 72 horas usando uma membrana de diálise com MWCO de 3,5 kDa (Thermo Fisher Scientific, Waltham, MA, EUA), mudando ο tampão a cada 24 horas. As amostras de soro marcadas foram divididas em alíquotas e armazenadas a -20 °C. Para
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120/269 controlar a qualidade da marcação, amostras de soro de referência (LGC Standards, Teddington, Reino Unido) foram marcadas ao lado de amostras de pacientes durante cada ciclo de biotinilação. Os sinais destas amostras de controle de qualidade (QC) foram comparados com os sinais de um lote de soro de referência previamente marcado idêntico (ver seção sobre ensaio de micromatriz) para verificar se o processo funcionou como pretendido.
PRODUÇÃO DE MICROMATRIZ DE ANTICORPOS [00392] Micromatrizs de anticorpos idênticos foram utilizados em ambos os estudos. As matrizes compreendiam 339 scFv recombinantes humanos dirigidos contra 156 antigenos conhecidos (Tabela 5) . Os scFvs, selecionados e gerados a partir de bibliotecas de exibição de fagos, já foram mostrados anteriormente para exibir a funcionalidade robusta no chip7, 9-12. Juntamente com os scFvs, dois anticorpos monoclonais de comprimento total contra CA19-9 (Meridian Life Science, Memphis, TN, EUA) foram impressos nas lâminas. A maioria dos anticorpos foi previamente testada em aplicações de matriz10-12, e sua especificidade validada, usando soros de controle bem caracterizados. Além disso, métodos ortogonais tais como espectrometria de massa, ELISA, ensaio de citoquinas MesoScaleDiscovery, ensaio de esferas citométricas e ELISA de pico e bloqueio foram utilizados para avaliar as especificidades dos
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121/269 anticorpos13-15. Os scFvs selecionados eram contra proteínas do soro principalmente envolvidas na regulação imunológica e/ou biologia do câncer.
[00393] Os scFvs marcados com His foram produzidos em E. coli e purificados a partir do periplasma, utilizando um sistema de purificação de proteínas de partículas magnéticas de Ni (MagneHis, Promega, Madison, WI, EUA) . O tampão de eluição foi trocado por PBS, utilizando placas de rotação de 96 poços Zeba (Pierce, Rockford, IL, EUA) . Ο rendimento de proteína foi medido utilizando o espectrofotômetro NanoDrop (Thermo Fisher Scientific, Waltham, MA, EUA). A pureza proteica foi verificada por 10% de Bis-Tris SDS-PAGE (Invitrogen, Carlsbad, CA, EUA). Os micromatrizs de anticorpo foram produzidos em lâminas MaxiSorp pretas (NUNC, Roskilde, Dinamarca), usando uma impressora sem contato (SciFlexmatrizer Sll, Scienion, Berlim, Alemanha). Antes da impressão, a concentração ótima de impressão foi definida para cada clone scFv9. Para permitir as funções subsequentes do QC, adicionou-se 0,1 mg/ml de Cadaverina Alexa Fluor-555 (Life Technologies, Carlsbad, CA, EUA) ao tampão de impressão. Quatorze matrizes idênticas foram impressas em cada lâmina em duas colunas de sete matrizes. Cada matriz consistiu de 34x36 pontos com 200 m de distância entre pontos e um diâmetro de ponto de 140 m. Cada matriz consistia em três segmentos
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122/269 idênticos separados por filas de manchas BSA-biotina. Cada
anticorpo foi impresso em três repetições com uma réplica
em cada segmento. Duas filas adicionais de manchas de
biotina-BSA flanquearam cada submatriz, uma acima do
submatriz e uma abaixo dela. Nove pontos de controle
negativo (PBS) foram impressos em cada segmento replicado. Dez lâminas (140 micromatrizes) foram impressas, para cada rodada de análise. No estudo de descoberta escandinava, um total de 152 lâminas foram impressos em 16 dias de impressão. No estudo de validação, um total de 48 lâminas foram impressas em cinco dias de impressão. As lâminas foram armazenadas por oito dias em temperatura ambiente (RT) antes do ensaio de micromatriz.
ENSAIO DE MICROMATRIZ [00394] Dez amostras foram analisadas em cada lâmina.
O posicionamento das amostras foi aleatorizado, mas a proporção de amostras saudáveis e PDAC em cada lâmina foi aproximadamente a mesma para a coorte como um todo. Quatro posições em cada lâmina foram usadas para amostras de QC; três para soros de referência (dois da LGC Standards, Teddington, Reino Unido e um da SeraCare Life Sciences, Milford, MA, EUA) e um para uma amostra contendo uma mistura de alíquotas de amostras saudáveis e de câncer incluídas no estudo. Cada lâmina de micromatriz foi montada em uma gaxeta de hibridação (Schott, Mainz, Alemanha) e
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bloqueada com leite a 1% p/v, Tween-20 a 1% v/v em D- PBS
estéril (MT-PBS) à temperatura ambiente por 1 hora com
agitação constante. Entretanto, alíquotas de amostras de
soro marcadas foram descongeladas em gelo e
subsequentemente diluídas 1:10 em MT-PBS. As lâminas foram lavadas quatro vezes com Tween-20 a 0,05% em D-PBS estéril (PBST) seguindo-se a adição de amostras de soro diluídas aos poços da junta. As amostras foram incubadas nas lâminas à temperatura ambiente por 2 horas com agitação constante. Em seguida, as lâminas foram lavadas guatro vezes com PBST, incubadas com 1 g/ml de Streptavidin Alexa-647 (Life Technologies Carlsbad, CA, USA) em MT-PBS à temperatura ambiente por 1 hora com agitação constante e novamente lavadas quatro vezes com PBST. Finalmente, as lâminas foram desmontados a partir das juntas de hibridação, imersas em dH2Ü e secas sob uma corrente de N2. As lâminas foram imediatamente escaneadas com um virtualizados de micromatriz confocal (LS Reloaded, Tecan, Mãnnedorf, Suíça) a uma resolução de 10 m, primeiro a 635 nm, depois a 532 nm. A primeira imagem de varredura detectou o sinal Alexa647 (estreptavidina) e foi utilizada para quantificação das intensidades dos sinais pontuais. A segunda imagem de varredura mediu o sinal Alexa-555 (cadaverina) e foi usada para fins de controle de qualidade.
REFERÊNCIAS (PARA INFORMAÇÕES SUPLEMENTARES)
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13. Borrebaeck CA, Wingren C. Recombinant antibodies for the generation of antibody arrays. Methods Mol Biol
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TABELA 3. DADOS CLÍNICOS
DIABETES E ICTERÍCIA NAS COORTES ESCANDINAVO E DOS ESTADOS UNIDOS
Estágio AJCC Diabetes Diabetes Icterícia
Coorte Coorte dos Coorte dos
Escandinava (%) EUA (%) EUA (%)
IA 2/10 (20,0) 1/5 (20,0) 1/5 (20,0)
IB 2/6 (33,3) 3/10 (30,0) 4/10 (40,0)
IIA 7/32 (21,9) 8/27 (29, 6) 13/27 (48,1)
IIB 31/100 (31,0) 12/48 (25, 0) 32/48 (66,7)
III 17/65 (26, 2) 3/15 (20,0) 6/15 (40,0)
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IV
I a IV
44/230 (19,1)
103/443 (23,3)
11/38 (28,9) 15/38 (39, 5)
38/143 (26,6) 71/143 (49,7)
TABELA 3 (CONTINUAÇÃO)
LOCALIZAÇÃO TUMORAL NA COORTE ESCANDINAVA
Estágio Cabeça Corpo Cauda Difusa Desconhecid
AJCC (%) (%) (%) (%) a (%)
IA 6 ( 60) 3 ( 30) - - 1 (10
IB 5 ( 83) 1 ( 17) - - -
IIA 25 (78) 1 ( 3) 4 ( 13) 2 ( 6) -
IIB 84 (84) 10 (10) 3 ( 3) 2 ( 2) 1 (D
III 43 (66) 18 (28) 1 ( 2) 2 ( 3) 1 (2)
IV 136 (59) 46 (20) 34 (15) 5 ( 2) 9 (4)
TABELA 3 (CONTINUAÇÃO)
PARÂMETROS CLÍNICOS NAS COORTES ESCANDINAVOS
Estág CA BASF Bilirru AI AT AS AT Plaquet Eeucóci Neutrof
io 19-9 (U/l bina (U/l (IU/ as to ilo
AJCC (U/m 2 (UM) 2 22 (PIT/nl (WBC/nl (ANC/nl
1)_ 2 2 2
IA 59 77 8 15 29 284 12,2 18,7
IB 36 107 8 22 36, 5 375 6, 6 9
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IIA 458 209 28 94 72 300 10 10
IIB 217 183 20 59 38 268 10 7
III 601 120 13 35 34,5 282,5 7,7 5, 4
IV 1.98 0 175 13 35 39 314 9 6, 3
TABELA 4.
ASSINATURAS DE BIOMARCADORES QUE DISCRIMINAM OS
ESTÁGIOS I/II E III/IV DO PDAC DO NC
NC vs. PDAC estágio I/II
1. Inibidor da protease plasmática Cl
2. Interleucina-4
3. Proteina-tirosina quinase 6
4. Complemento C3
5. Serina/treonina-proteina quinase MARK1
6. Proteína HADH2 . Properdina
8. Complemento C4
9. Quinase 2 dependente de ciclina
10. Interferon gama
11. Proteína quinase dependente de cálcio/calmodulina 1
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12. Complemento C5
13. Fator de crescimento endotelial vascular
14. Sistema visual homeobox 2
15. Proteína de dedo de zinco domínio PR 8
16. Molécula de adesão intercelular 1
17. Hidrolase de terminal carboxila de ubiquitina isozima
L5
18. Interleucina-6
19. Miomesina-2
20. Aprataxina e fator semelhante ao PNK
21. Apolipoproteína Al
22. Regulador de transcrições não senso 3B
23. Lumican
24. Interleucina-9
25. Quimiocina 13 do motivo C-C
TABELA 4 (CONTINUAÇÃO)
Figure BR112019015633A2_D0004
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4 . Properdina
5. Complemento C4
6. Sialila Lewis X
7. Proteína homóloga de calcineurina B 1
8 . Proteína HADH2
9. Proteína-tirosina quinase 6
10. Apolipoproteína Al
11. Quimiocina 13 do motivo C-C
12. Guanilato quinase associada à membrana, proteína contendo o domínio WW e PDZ 1
13. Linfotoxina-alfa
14. Homólogo 1 de disks large
15. Proteína zeta C tipo zeta
16. Interleucina-13
17. Complemento C5
18. Serina/treonina-proteína quinase MARK1
19. Proteína de ligação a GTP GEM
20. IgM
21. Interleucina-8
22. Fator de crescimento endotelial vascular
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23. Interleucina-6
24. Interleucina-9
TABELA 5
ESPECIFICIDADES DO SCFV
Antígeno Nome completo
N° de scFvs
Serina RAC-gama/treonina-proteína
AKT3 2
quinase
Angiomotina Angiomotina 2
ANM5 Proteína Arginina N-Metiltransferase 52
APLF
Aprataxina e fator semelhante ao PNK
AP0A4 Apolipoproteína A4
AP0A1 Apolipoproteína Al3
Fator de troca de nucleotídeo de
ARHGC1 guanina Rho 12
Subunidade beta da ATP sintase,
ATP5B2 mitocondrial βgalactosidas
Beta-galactosidase
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132/269
Proteína 2 contendo repetição IAP
BIRC22 baculoviral
BTK Tirosina-proteína-quinase BTK3
Inibidor da
Inibidor da protease plasmática Cl3
Cl esterase
Clq Complemento Clq1
Cls Complemento Cls1
C3 Complemento C34
C4 Complemento C43
C5 Complemento C53
CBPP22 Proteína homóloga de calcineurina BI2
CD40 Proteína CD404
CD40L Ligando CD401
CDK2 Quinase 2 dependente de ciclina2
Arf-GAP com GTPase, repetição ANK e
CENTG12 proteína 2 contendo o domínio PH
CHEK2 Serina/treonina-proteína cinase Chk22
CHX10 Sistema visual homeobox 22
CSNK1E Caseína quinase I isoforma epsilon2
Cistatina C Cistatina-C2
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DCNL1 Proteína semelhante a DCN1 1 2
Digoxina Digoxina 1
DLG1 Homólogo 1 de disks large 2
DLG2 Homólogo 2 de disks large 2
DLG4 Homólogo 4 de disks large 2
DPOLM DNA/RNA polimerase de DNA dirigido 2
Proteína fosfatase de dupla
DUSP7 2
especificidade 7
Proteína fosfatase de dupla
DUSP9 1
especificidade 9
Receptor do fator de crescimento
EGFR 1
epidérmico
Eotaxina Eotaxina 3
Fator B Fator de complemento B 2
FASN Proteína FASN 2
FER Tirosina-proteína quinase Fer 2
CA-19-9 (JHo
CA-19-9 (Ab completo) 2
completo)
GAK Proteína GAK 2
GEMA Proteína de ligação a GTP GEM 2
GLP-1 Peptideo semelhante ao glucagon-1 1
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Receptor do peptídeo 1 semelhante ao
GLP-1R 1 glucagon Fator estimulante de colônias de
GM-CSF 4 granulócitos e macrófagos Proteína de ligação ao nucleotídeo
GNAI3 2 guanina G (k) subunidade alfa Proteína de empilhamento de remontagem
G0RS2 2 de Golgi 2 Receptor quinase acoplado à proteína G
GPRK5 1 5 Proteína de interação com o receptor
GRIP2 3 de glutamato 2
HADH2 Proteína HADH2 2 Receptor de tirosina-proteína quinase
Her2/ErbB2 2 erbB-2
HLA-DR/DP HLA-DR/DP 1
ICAM-1 Molécula de adesão intercelular 1 1
IFN-γ Interferon gama 3
IgM IgM 4
IL-10 Interleucina-10 3
IL-11 Interleucina-11 3
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135/269
IL-12 Interleucina-12 4
IL-13 Interleucina-13 3
IL-16 Interleucina-16 3
IL-18 Interleucina-18 3
Proteína antagonista do receptor de
IL-l-ra 3
interleucina-1
IL-la Interleucina-1 alfa 3
IL-Ιβ interleucina-1 beta 3
IL-2 Interleucina-2 3
IL-3 Interleucina-3 3
IL-4 Interleucina-4 4
IL-5 Interleucina-5 3
IL-6 Interleucina-6 5
IL-7 Interleucina-7 2
IL-8 Interleucina-8 3
IL-9 Interleucina-9 3
INADL Proteína semelhante a InaD 2
Integrina α-
Integrina alfa-10 1
10
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136/269
Integrina αIntegrina alfa-111 homólogo Itchy de ligase proteinaCOCEIRA2 ubiquitina E3
JAK3 Tirosina-proteína quinase JAK31
Proteína quinase dependente de
KCC2B cálcio/calmodulina tipo II subunidade2 beta
Proteína quinase dependente de
KCC42 cálcio/calmodulina tipo IV
Queratina 19 Queratina tipo I citoesquelética 192
KIAA0882 Membro da família do domínio TBC1 93
Proteína quinase dependente de
KKCC12 cálcio/calmodulina 1
KRASB GTPase KRas1
KSYK Tirosina-proteína quinase SYK2
LDL Apolipoproteina B-1002
Leptina Leptina1
Lewis x Lewis x2
Lewis y Lewis y1
LIN7A Proteína lin-7 homólogo A2
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137/269
LUM Lumican 1 Guanilato quinase associada à
MAGI1 membrana, proteína contendo o domínio 2 WW e PDZ 1 Proteína quinase 2 ativada por
MAP2K2 2 mitógeno de dupla especificidade Proteína quinase ativada por mitógeno
MAP2K6 2 6 de dupla especificidade Proteína quinase ativada por mitógeno
MAPK9 3 9
MARKl Serina/treonina-proteína quinase MARKl 2 Tirosina-proteína quinase associada ao
MATK 2 megacariócito
MCP-1 Quimiocina 2 do motivo C-C 5
MCP-3 Quimiocina 7 do motivo C-C 3
MCP-4 Quimiocina 13 do motivo C-C 3 Proteína de ponto de verificação de
MD2L1 2 montagem de fuso mitótico MAD2A Proteína quinase ativada por mitógeno
MK01 2 1
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MK0 8
Proteína quinase ativada por mitógeno
Mucina-1 Mucina-14
MY0M2 Miomesina-22
NDC80 Homólogo de proteína Kinetochore NDC80 2
NOS1 Sintase de óxido nítrico, cérebro2
Proteína relacionada à proteína de
OSBPL32 ligação ao oxiesterol 3
OSTP Osteopontina2
OTU6B Proteína 6B contendo domínio OTU2
OTUB1
Tioesterase de ubiquitina OTUB1
OTUB2 Tioesterase de ubiquitina OTUB2 2
Subunidade alfa reguladora de
P85A 2 fosfatidilinositol 3-quinase
PAK 4 Serina/treonina-proteína quinase PAK 4 2
PAK5 Serina/treonina-proteína quinase PAK 7 2
PARP1 Poli[ADP-ribose] polimerase 1 1
Particionamento defeituoso 6 homólogo
PARP6B 2 beta
Serina/treonina-proteína fosfatase
PGAM5 2
PGAM5, mitocondrial
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139/269
Proteína de dedo de zinco domínio PR
PRD143
PRDM8 Proteína de dedo de zinco domínio PR 82
PRKCZ Proteína zeta C tipo zeta2
PRKG2 Proteína quinase 2 dependente de cGMP2
Procatepsina
Catepsina W1
W
Properdina Properdina1
PSA Antígeno específico da próstata1
PTK6 Proteína-tirosina quinase 61
Tirosina-proteína fosfatase nãoPTN132 receptor tipo 13
Tirosina-proteína fosfatase nãoPTPN12 receptor tipo 1
Tipo-receptor de fosfato tirosinaPTPRD2 fosfatase delta
Tirosina-proteína fosfatase eta tipo
PTPRJ3 receptor
Tirosina-proteína fosfatase kappa tipo
PTPRK3 receptor
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140/269
PTPRN2 Tirosina-proteina receptor fosfatase N2 tipo 2
Tirosina-proteina fosfatase 0 tipo
PTPRO 2
receptor
Tirosina-proteina fosfatase T tipo
PTPRT 2
receptor
RANTES Quimiocina 5 do motivo C-C 3
RPS6KA2 Proteína ribossômica S6 quinase alfa-2 2
SHC1 Proteína transformadora de SHC 12
Sialila
Sialila Lewis x1
Lewis x
Alfa-l-sintrofina
SNTA1
Soxlla Fator de transcrição SOX- -11 1
SPDLY Proteína Spindly 2
Proteína adaptadora de transdução de
STAP1 2
sinal 1
Proteína adaptadora de transdução de
STAP2 2
sinal 2
Transdutor de sinal e ativador da
STAT12 transcrição 1-alfa/beta
TENS4 Tensina-41
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Fator de crescimento transformador
TGF-βΙ3 beta-1
Membro da superfamilia do receptor do
TNFRSF142 fator de necrose tumoral 14
Membro da superfamilia do receptor do
TNFRSF32 fator de necrose tumoral 3
ΤΝΕ-α Fator de necrose tumoral3
TNF-β Linfotoxina-alfa4
Proteína 1 de ligação da topoisomerase
TOPB12 do DNA
UBC9 Enzima UBC9 de conjugação a SUMO2
UBE2C Enzima Conjugadora de Ubiquitina E2 C 2
Hidrolase de terminal carboxila de
UBP72 ubiquitina 7
Hidrolase de terminal carboxila de
UCHL51 ubiquitina isozima L5
UPF3B Regulador de transcrições não senso 3B 2
Fator de crescimento endotelial
VEGF4 vascular
TABELA 6: SCRIPT DO SVM (A) LOO (DEIXE UM FORA) rawfile <- read.delim(filnamn)
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142/269 samplenames <- as . character (rawfile[,1]) groups <- rawfile[,2] data <- t(rawfile[,-c(1:2)])
ProteinNames <- read.delim(filnamn,header=FALSE)
ProteinNames <- as . character(as.matrix(ProteinNames) [1,]) ProteinNames <- ProteinNames[-(1:2)] rownames(data) <- ProteinNames colnames(data) <- samplenames
PairWiseGroups<as.matrix(read.delim(Test. txt, header=FALSE) ) wilcoxtest <- function(prot,subsetl, subset!) { res <- wilcox. test(prot[subset1],prot[subset!]) res$p. value }
foldchange <- function(prot,subsetl, subset!) {
2Λ(mean(prot[subsetl] ) - mean(prot[subset!])) }
BenjaminiHochberg <- function(pvalues){ # This function takes a vector of p-values as input and outputs # their q-values. No reordering of the values is performed NAindices <- is .na(pvalues)
Aindices <- (NAindices
Apvalues <- pvalues[Aindices]
N <- length(Apvalues)
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143/269 orderedindices <- order(Apvalues)
OrdValues <- Apvalues[orderedindices]
CorrectedValues <- OrdValues * N /(1:N)
MinValues <- CorrectedValues for (1 in 1:N){MinValues[1] <- min(CorrectedValues[1:N])}
Aqvalues <- numeric(N)
Aqvalues[orderedindices] <- MinValues
Qvalues <- pvalues
Qvalues[Aindices] <- Aqvalues return(Qvalues) }
library(MASS) library(gplots) redgreen <- function(n) {
c( hsv(h=0/6, v=c( rep ( seq(1,0.3,length=5), c(13,10,8,6,4) ),
0)), hsv(h=2/6, v=c( 0, rep ( seq ( 0.3,1,length=5) , c(3,5,7,9,11) pal <- rev (redgreen(100) ) ;
library (el071)
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144/269 source (NaiveBayesian) svmLOOvalues <- function(data, fac){ nl <- sum (fac==levels(fac) [1]) n2 <- sum (fac==levels(fac) [2]) nsamples <- nl+n2 ngenes <- nrow(data)
Sampleinformation <- paste (levels (fac) [1], ,nl, , levels(fac) [2], ,n2,sep=) res <- numeric(nsamples) sign <- numeric(nsamples) for (i in l:nsamples){ svmtrain <- svm(t(data[,-i]), fac[-i], kernel=linear ) pred <- predict (svmtrain, t(data[,i]) decision.values=TRUE) res[i] <- as .numeric (attributes(pred)$decision. values) facnames <- colnames(attributes(pred)$decision.values) [1] if (facnames = paste (levels (fac) [1],/, levels (fac) [2],sep=)) {sign[i] < 1} if (facnames paste (levels (fac) [2],/, levels (fac) [ 1],sep=)) {sign[i] <
-1} }
if (length(unique (sign) ) >1) {print (error) } res <- sign * res
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145/269 names <- colnames(data, do .NULL=FALSE) orden <- order(res, decreasing=TRUE)
Samples <- data . frame(names[orden], res[orden],fac[orden]) ROCdata <- myROC(res,fac)
SenSpe <- Sensitivityspecificity(res,fac) return (list (SampleInformation=SampleInformation,ROCarea=ROC data[1],p.value=ROCdata[2],SenSpe <SenSpe,samples=Samples)) }
Analysera<- function (groupl,group2) { outputfiletxt <- paste (groupl, versus , group2,. txt,sep=) outputfilepdf <- paste (groupl, versus , group2,. pdf,sep=) subsetl <- is . element (groups, strsplit (groupl,,) [[1]]) subset! <- is . element (groups, strsplit (group!,,) [[1]]) wilcoxpvalues <- apply(data, 1, wilcoxtest, subsetl, subset!) foldchange <- apply(data, 1, foldchange, subsetl, subset!) QvaluesAll <- BenjaminiHochberg(wilcoxpvalues)
HugeTable <cbind(ProteinNames, foldchange,wilcoxpvalues,QvaluesAll) write . table(HugeTable, file=outputfiletxt, quote=FALSE, sep=\t, row.names=FALSE) color <- rep('black', length (subset1))
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146/269 color[subset1] <- 'red' color[subset!] <- 'blue' pdf(outputfilepdf)
Sam <- sammon(dist (t(data[, subset1|subset2])), k=2) plot (Sam$points, type=n, xlab = NA, ylab=NA, main=All proteins,asp=l) text(Sam$point, labels = colnames(data[,subsetl|subset!]) , col=color[subsetl|subset!]) heatmap .2(data[,subsetlI subset!], labRow = row.names(data), trace=none, labCol = , ColSideColors= color[subset1 I subset!],col=pal, na.color= grey, key=FALSE, symkey =FALSE, tracecol = black, main =, dendrogram= 'both', scale =row,cexRow=0.2) svmfac <factor(rep ('rest',ncol(data)),levels=c(groupl,group!, 'rest' svmfac[subset1] <- groupl svmfac[subset!] <- group!
svmResAll <- svmLOOvalues(data[,subsetl|subset!], factor(as.character (svmfac[subsetl|subset!]),levels=c(group 1, group!) ) )
ROCplot(svmResAll, sensspecnumber=4) write(, file=outputfiletxt, append=TRUE) write(All proteins, file=outputfiletxt, append=TRUE)
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147/269 writefile=outputfiletxt, append=TRUE) for (i in 1:5) {write . table (svmResAll[[i]] file=outputfiletxt, append=TRUE, sep=\t, quote=FALSE) write ( file=outputfiletxt, append=TRUE) }
dev.off() }
TABELA 6: SCRIPT DO SVM (CONTINUAÇÃO ) (B) BE (ELIMINAÇÃO INVERSA) getWorstAb <- function (errors, abNames, sortDe) {
return(abNames[order(errors, decreasing = sortDe)[1]]) }
testModels <- function(models, elimData, averages, svmfac cvSplitTrn, cvSplitVal, nKfold, nRep, sortDe) {
nsamples <- ncol(elimData) dO <- as .numeric (svmfac)-1
E <- numeric(nsamples) analytes <- nrow(elimData) errors <- numeric(nrow(elimData)) nSplits <- length (cvSplitTrn) for(k in l:analytes){ backup <- elimData[k,]
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148/269 elimData[k,] <- averages[k] nM <- 1 aveE <- 0 aveAuc <- 0 for (nr in l:nRep){ y <- numeric (0) d <- numeric (0) for (nk in l:nKfold){ idx <-cvSplitVal[[nM]] pred <- predict(models[[nM]], t(elimData[,idx]), decision.values=TRUE) d <- c(d, dO[idx]) y <- c(y, as .numeric (attributes(pred)$decision. values)) nM <- nM + 1 }
if (length(d) != nsamples || length(y) != nsamples) { stop(Error: Lengths of prediction and target vector are wrong!) }
y = 1-(1/(1 + exp (-y) ) ) for (i in l:nsamples){
E[i] <- -(d[i]* log (y[i]) + (1-d[i]) * log (1-y[i]) ) }
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149/269 aveE <- aveE + sum(E) if (sortDe) { auroc <- roc(d,y) aveAuc <- aveAuc + auroc$auc }
} if (sortDe) { errors[k] <- aveAuc / nRep } else { errors[k] <- aveE / nRep }
elimData[k,] <- backup }
return ( errors ) }
getNewElimData <- function (errors, elimData, sortDe) { tasBort <- order (errors, decreasing = sortDe) [1] return(elimData[-tasBort, ]) }
getSmallestError <- function (errors, sortDe) { if (sortDe) { return(max(errors)) } else { return(min(errors))
Petição 870190072807, de 30/07/2019, pág. 167/333
150/269 }
} getNewAverages <- function (errors, averages, sortDe) { tasBort <- order (errors, decreasing = sortDe) [1] return(averages[-tasBort] ) }
backElim <- function (filename, resfile, plotfile, groupl, group2, nKfold, nRep, nKOut, nRepOut, sortDe){ rawfile <- read.delim( filename) groups <- rawfile[,2] samplenames <- as . character (rawfile[,1]) data <- t(rawfile[,-c(1,2)])
ProteinNames <- read.delim( filename,header=FALSE)
ProteinNames <- as . character(as.matrix(ProteinNames) [1,])
ProteinNames <- ProteinNames[-(1:2)] antal <- length (ProteinNames) print(ProteinNames) rownames(data) <- ProteinNames colnames(data) <- samplenames subsetl <- is . element (groups, strsplit (groupl,,) [[1]]) subset2 <- is . element (groups, strsplit (group2,,) [[1]]) svmfac <factor(rep ('rest',ncol(data)),levels=c(groupl,group2, 'rest'
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151/269 svmfac[subset1 ] <- groupl svmfac[subset! ] <- group2 svmfac <- svmfac[subset1|subset!] smallestErrorPerLength <- rep(NA,antal) averages <- apply(data, 1, mean) abOrder <- rep(NA,antal) elimData <- data[, subset1|subset!] nsamples <- ncol(elimData) subsetl <- svmfac==groupl subset! <- svmfac==group2 print(paste(nsamples, samples),quote=F) print(paste ( , sum (subset1), in, groupl),quote=F) print(paste ( , sum (subset!), in, group!),quote=F) models <- numeric(nsamples) borttagna <- 0 wrst <- 0 proc <- 0 m <- 0 for(i in 1:(antal-1)){ m <- m+(antal-i) *sqrt(antal-i) control <- as .numeric (svmfac) checkGrK- svmfac [ subset 1 ]
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152/269 if (sum (control[checkGrl]) != sum (control[subset1]) ) { stop(ERROR: Change the order of groupl and group2 in the data file! ! ! ) }
checkGr2<- svmfac[subset!] if (2*(sum (control[checkGr2]) ) != sum (control[subset!]) ) { stop(ERROR: Change the order of groupl and group! in the data file!!!) }
cvSplitOuter <- createMultiFolds(svmfac, k=nKOut, times=nRepOut) abOrderRank <- vector ('numeric', antal) names(abOrderRank) <- ProteinNames avePerf <- vector ('numeric', antal) for(no in 1:(nKOut * nRepOut)){ idxW <- cvSplitOuter[[no]] elimDataW <- elimData[,idxW] averagesW <- apply (elimDataW, 1, mean) svmfacW <- svmfac[idxW] nsamplesW <- ncol(elimDataW) print(nKfold) print(nRep) cvSplitTrn createMultiFolds(svmfacW, k=nKfold, times=nRep)
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153/269 nSplits <- length (cvSplitTrn) if (nSplits != nKfold * nRep) { stop(Error: Failure in cvSplits) } cvSplitVal <- vector (list, length = nSplits) idxO <- c(1:nsamplesW) for (i in l:nSplits) { idx <- cvSplitTrn[[i]] cvSplitVal[[i]] = idxO[-idx] }
abOrder <- rep(NA,antal) smallestErrorPerLength <- rep(NA,antal) for(j in 1:(antal-1)){ start.time <- Sys.time () models <- vector ('list' , 0) for (nM in l:nSplits){ idx <- cvSplitTrn[[nM]] models[nM] <- list(svm(t(elimDataW[,idx]) , svmfacW[idx] kernel=linear)) errors <- testModels(models, elimDataW, averagesW
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154/269 svmfacW, cvSplitTrn, cvSplitVal, nKfold, nRep, sortDe) wrst<-getWorstAb(errors, row.names (elimDataW), sortDe) abOrder[j] <- wrst smallestErrorPerLength[j] <- getSmallestError(errors sortDe) averagesW <- getNewAverages(errors, averagesW, sortDe) elimDataW <- getNewElimData(errors, elimDataW, sortDe) borttagna <- borttagna + 1 proc <- proc + (antal-j) *sqrt(antal-j) end.time <- Sys.time () time.taken <- end.time - start.time ans <- sprintf((%d): %-30s eliminated, last pert: %.2f time: %.2f, j, wrst, smallestErrorPerLength[j], time.taken) print (ans)
Petição 870190072807, de 30/07/2019, pág. 172/333
155/269 abOrder[length(abOrder)] <- setdiff(ProteinNames, abOrder) for (ii in l:antal) { abOrderRank[abOrder[ii]] <- abOrderRank[abOrder[ii]] log (ii) avePerf[ii] <- avePerf[ii] + smallestErrorPerLength[ii] }
} avePerf <- avePerf / (nKOut*nRepOut) abOrderRank <- abOrderRank / (nKOut*nRepOut) abOrderRank <- abOrderRank[order(abOrderRank)] abOrderRank <- exp (abOrderRank) write . table ( cbind(avePerf, abOrderRank, names(abOrderRank) ) , file=resfile, sep=\t, quote=F, row.names=F) pdf(plotfile) plot (avePerf, type =b, ylab = K-L Error, xlab Eliminations) library (el071, quietly = TRUE) library(caret, quietly = TRUE) library(pROC, quietly = TRUE) doArgs <- FALSE
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156/269 useROC <- FALSE sortDe <- FALSE if (useROC) { sortDe <- TRUE if ( doArgs ) { args <- commandArgs(trailingOnly = TRUE) dataFile <- args[l] resultFile <- args[2] plotFile <- args[3] nKfold <- as . numeric (args[4] ) nRep <- as . numeric(args[5]) nKOut <- as . numeric(args[6] ) nRepOut <- as . numeric(args[7] ) backElim(dataFile, resultFile, plotFile, 1, 0, nKfold, nRep nKOut, nRepOut, sortDe) } else { dataFile <- 'Herlev Raw NC & PDAC RF.txt' resultFile <- 'rnd rankRes.txt' plotFile <- 'rnd rankPlot.pdf' nKfold <- 10 nRep <- 5 nKOut <- 5 nRepOut <- 1 backElim(dataFile, resultFile, plotFile, Normal, PDAC nKfold, nRep, nKOut, nRepOut, sortDe) }
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157/269
TABELA 7 - SEQUÊNCIAS DE AMINOÁCIDOS DOS ANTICORPOS SCFV UTILIZADOS NOS EXEMPLOS
EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSSYAMHWVRQAPGKGLEWVSGVSWNGSRTHYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARSSGYYSWAFDIWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSQSVLTQPPSASGTPGQRVTISCSGSSSNIGRNTV NWYQQLPGTAPKLLIYGNSNRPSXVPDRFSGSKSGTSASLAISGLRSEDEADYYCAAWDDSLNGWAFGGXTKLTVLGEQKLISXXXL SGSAA [SEQ ID NO: 1] EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSSYSMNWVRQAPGKGLEWVALISYDGSQKYYADSMKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCAKGHTSGTKAYYFDSWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSQSVLTQPPSASGTPGQRVTISCTGTSSNIGAG YSVHWYQQLPGTAPKLLIYGNSNRPSGVPDRFSGSKSGTSASLAISGLRSEDXADYYCQSYDSSLSGWVFGGXTKLTVLGEQKLISE EDLSGSAA [SEQ ID NO: 2] EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFGDYAMSWVRQAPGKGLEWVSSISSRGSYIYFADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCAKKKTGYYGLDAWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSQSVLTQPPSASGTPGQRVTISCTGSSSNIGAGYDV HWYQQLPGTAPKLLIYGNSNRPSGVPDRFSGSKSGTSASLAISGLRSEDEADYYCSSYAGSNNLVFGGXTKLTXLGEQKLISXXDLS GSAA [SEQ ID NO: 3]
L-la (D L-la (2) L-2 (D
Petição 870190072807, de 30/07/2019, pág. 175/333
158/269
EVXXLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFGDYAMSWVRQAPGKGLEWVSSISSRGSYIYFADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCAKKKTGYYGLDAWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSQSVLTQPPSASGTPGQRVTISCTGSSSNIGAGYDV HWYQQLPGTAPKLLIYGNSNRPSGVPDRFSGSKSGTSASLAISGLRSEDEADYYCSSYAGSNNLVFGGXXKLTVLGEQKLISEXXLS GSAA [SEQ ID NO: 4] EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFGDYAMSWVRQAPGKGLEWVSSISSRGSYIYFADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCAKKKTGYYGLDAWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSQSVLTQPPSASGTPGQRVTISCTGSSSXIGAGYDV HWYQQLPGTAPKLLIYGNSNRP [SEQ ID NO: 5] EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFGRYTMHWVRQAPGKGLEWVSSISSSSSYIYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARHFFESSGGYFDYWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSQSVLTQPPSASGTPGQRVTISCSGSSSNIGSNT VNWYQQLPGTAPKLLIYRNNQRPSGVPDRFSGSKSGTSASLAISGLRSEDXADYYCAAWDDSLNGWVFGGXXKLTVLGEQKLISXXX LSGXAA [SEQ ID NO: 6]
L-2 (2) L-2 (3) L-3 (D
Petição 870190072807, de 30/07/2019, pág. 176/333
159/269
EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSSYAMSWVRQAPGKGLEWVSAISGSGGSTYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARGGARYDYWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSQSVLTQPPSASGTPGQRVTISCSGSSSNIGSNTVNWYQ QLPGTAPKLLIYDNNKRPSGVPDRFSGSKSGTSASLAISGLRSEDEADYYCQSYDNILRGWFGGGTKLTVLXEQKLISEXDLSGSA A [SEQ ID NO: 7] EVXXXESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSSYAMSWVRQAPGKGLEWVSAISGRGEYTYYAGSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCATGATRFGYWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSQSVLTQPPSASGTPGQRVTISCTGSSSNIGAGYGVQWY QQLPGTAPKLLIYRNNQRPSGVPDRFSGSKSGTSXSLAISGLRSEDEADYYCQSYDSSLSYSVFGGXTKLTVLGEQKLISXXDLSGS AA [SEQ ID NO: 8] EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSNAWMSWVRQAPGKGLEWVSSLHGGGDTFYTDSVKGRFTISRDNSKNTLYLQM NSLRAEDTAVYYCASLYGSGSYYYYYYGMDVWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSQSVLTQPPSASGTPGQRVTISCSGNNSNTG NNAVNWYQQLPGTAPKLLIYDNNKRPSGVPDRFSGSKSGTSASLAISGLRSEDEADYYCCSYAGSYIWVFGGXTKLTVLGEQKLISX EXLSGSAA [SEQ ID NO: 9]
L-3 (2) L-3 (3) L-4 (D
Petição 870190072807, de 30/07/2019, pág. 177/333
160/269
EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSDYGMHWVRQAPGKGLEWVSGISWNGGKTHYVDSVKGQFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARDRGYCSNGVCYTILDYWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSQSVLTQPPSASGTPGQRVTISCSGSSSNI GSNTINWYQQLPGTAPKLLIYGNSNRPSGVPDRFSGSKSGTSASLAISGLRSEDEADYYCQSYDSSLSGWVFGGXTKLXVLXEQKLI SXXDLSGSAA [SEQ ID NO: 10] EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSSYAMSWVRQAPGKGLEWVSSISSRSNYIYYSDSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCRNAFRFFDKWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSQSVLTQPPSASGTPGQRVTISCSGGSSXIGANPVSWYQ QLPGTAPKLLIYGNSNRP [SEQ ID NO: 11] EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSSYAMSWVRQAPGKGLEWVSSISSRSNYIYYSDSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCRNAFRFFDKWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSQSVLTQPPSASGTPGQRVTISCSGGSSNIGANPVSWYQ QLPGTAPKLLIYGNSNRPSGVPDRFSGSKSGTSASLAISGLRSEDEADYYCQSYDSSLSGSVFGGXTKLTVLXEQKLISEXXLSGSA A [SEQ ID NO: 12]
L-4 (2) L-5 (D L-5 (2)
Petição 870190072807, de 30/07/2019, pág. 178/333
161/269
EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSSYAMSWVRQAPGKGLEWVSSISSRSNYIYYSDSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCRNAFRFFDKWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSQSVLTQPPSASGTPGQRVTISCSGGSSNIGANPVSWYQ QLPGTAPKLLIYGNSNRPSGVPDRFSGSKSGTSASLAISGLRSEDEADYYCQSYDSSLSGSVFGGXTKLTVLGEQKLISXEDLSGSA A [SEQ ID NO: 13] EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSSYGMHWVRQAPGKGLEWVSGINWNGGSTGYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCRNARGSSLYYGMDVWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSQSVLTQPPSASGTPGQRVTISCAGSSSNIGSKS VHWYQQLPGTAPKLLIYRNNRRPSGVPDRFSGSXSGTSXSLAIXGLRSXDXADYYCXXWDDRVNXXXFGGXTXLTVLXXQKLISXXX LSGSXXXPSSSXXLIXXGXXXXLX-XXLXFTGRXFXTX-LXXX [SEQ ID NO: 14] EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSNYGMHWVRQAPGKGLEWVSSITSSGDGTYFADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARAGGIAAAYAFDIWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSQSVLTQPPSASGTPGQRVTISCSGSSSNVGSNY VYWYQQLPGTAPKLLIYDNNKRPSGVPDRFSGSKSGTSASLAISGLRSEDEADYYCQSYDSSRWVFGGXTKLTVLGEQXLISEEXLS GSAA [SEQ ID NO: 15]
L-5 (3) L-6 (D L-6 (2)
Petição 870190072807, de 30/07/2019, pág. 179/333
162/269
EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSSYGMHWVRQAPGKGLEWVSGITWNSGSIGYVDSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARGPSVAARRIGRHWYNWFDPWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSQSVLTQPPSASGTPGQRVTISCSGSS SNIGSNSVYWYQQLPGTAPKLLIYDNNKRPSGVPDRFSGSKSGTSASLAISGLRSEXXADYYCQSYDSSLSGSVFGGXXKLXVLGEQ KLISEXXLSGSAA [SEQ ID NO: 16] EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSDYNIHWVRQPPGKGLEWVSGVSWNGSRTHYADSVKGQFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARDPAMVRGWLPNYYGLDVWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSQSVLTQPPSASGTPGQRVTISCTGSSS NIGAGYDVHWYQQLPGTAPKLLIYGHSNRPSGVPDRFSGSKSGTSASLAISGLRSEXXADYYCQSYDSSLSYPVFGGXTKLTVLGEQ [SEQ ID NO: 17] EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFDDYGMSWVRQAPGKGLEWVSLISWDGGSTYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARDDLYGMDVWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSQSVLTQPPSASGTPGQRVTISCTGSSSNIGAGYDVHW YQQLPGTAPKLLIYDNNKRPSXVPDRFSGSKSGTSASLAISGLRSEDEADYYCAAWDDSLSGWVFGGXTKLTVLXEQKLISEXXLSG SAA [SEQ ID NO: 18]
L-7 (D 1 04 — L-8 (D
Petição 870190072807, de 30/07/2019, pág. 180/333
163/269
EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSSYEMNWVRQAPGKGLEWVSSISSSSSYIFYADSMKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCRNAESVDPLGGQYFQHWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSQSVLTQPPSASGTPGQRVTISCTGSSSNIGA GYDVHWYQQLPGTAPKLLIYDNNKRPSGVPDRFSGSKSGTSASLAISGLRSEDEADYYCSAWDDNLDGPVFGGXTKLTVLXEQKLIS XXXLSGSAA [SEQ ID NO: 19] EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSSYAMSWVRQAPGKGLEWVSSISSSSSYIYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCTTFGHWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSQSVLTQPPSASGTPGQRVTISCSGSGSNIGDNSVNWYQQLPG TAPKLLIYGNNNRPSGVPDRFSGSKSGTSASLAISGLRSEDEADYYCSSYTSSSWFGGXTKLTVLXEQKLISEXDLSGSAA [SEQ ID NO: 20] EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSSYGMHWVRQAPGKGLEWVAVISYDGSNKYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCAKSPGGSPYYFDYWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSQSVLTQPPSASGTPGQRVTISCSGSVSNIGSNW SWYQQLPGTAPKLLIYDNNKRPS [SEQ ID NO: 21]
L-8 (2) L-9 (D L-9 (2)
Petição 870190072807, de 30/07/2019, pág. 181/333
164/269
EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSSYGMHWVRQAPGKGLEWVAVISYDGSNKYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCAKSPGGSPYYFDYWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSQSVLTQPPSASGTPGQRVTISCSGSVSNIGSNW SWYQQLPGTAPKLLIYDNNKRPSGVPDRFSGSKSGTSASLAISGLRSEDEADYYCQSYDSSLGGWVFGGXTKLTVLGEQKLISEXDL SGSAA [SEQ ID NO: 22] EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFRSYVMSWVRQAPGKGLEWVSAISGSGGSTYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARGKGRWAFDIWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSQSVLTQPPSASGTPGQRVTISCTGSSSNVGAGYDVH WYQQLPGTAPKLLIYRNNQRPSGVPDRFSGSKSGTSASLAISGLRSXDXADYYCAAWDDSLSAHWFGGXTKLTVLGEQKLISXXDL SGSAA [SEQ ID NO: 23] EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFRSYVMSWVRQAPGKGLEWVSAISGSGGSTYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARGKGRWAFDIWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSQSVLTQPPSASGTPGQRVTISCTGSSSNVGAGYDVH WYQQLPGTAPKLLIYRNNQRPSGVPDRFSGSKSGTSASLAISGLRSEDEADYYCAAWDDSLSAHWFGGXTKLTVLGEQKLISEXDL SGSAA [SEQ ID NO: 24]
L-9 (3) L-10 (D 1 C4 —
Petição 870190072807, de 30/07/2019, pág. 182/333
165/269
EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSSYAMSWVRQAPGKGLEWVSAISGSGGSTYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARGKGRWAFDIWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSQSVLTQPPSASGTPGQRVTISCTGSSSNIGAGYGVH WYQQLPGTAPKLLIYGNSNRPSGVPDRFSGSKSGTSASLAISGLRSEDXADYYCAAWDDSLSGLVFGGXTKLTVLXEQKLISEXXLS GSAA [SEQ ID NO: 25] EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSNFGMHWVRQAPGKGLEWVAFIRYDGSNKYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARHYYYSETSGHPGGFDPWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSQSVLTQPPSASGTPGQRVTISCSGSSSNI GSYPVNWYQQLPGTAPKLLIYGNSNRPSGVPDRFSGSKSGTSASLAISGLRSEDEADYYCQXWGTGVFGGXTKLTVLGEQKLISXEX LSGSAA [SEQ ID NO: 26] EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSSYGMHWVRQAPGKGLEWVAVISYDGSNKYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARHYYDVSYRGQQDAFDIWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSQSVLTQPPSASGTPGQRVTISCTGSSSNL GSPYDVHWYQQLPGTAPKLLIYRNDQRASGVPDRFSGSXSGTSASLAISGLRSEDEADYYCAAWDDSLNAWVFGGXTKLTVLGEQKL ISEXXLSGSAA [SEQ ID NO: 27]
1 CO bà — L-ll (D 1 C4 —
Petição 870190072807, de 30/07/2019, pág. 183/333
166/269
EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSDYYMSWIRQAPGKGLEWVAYISGISGYTNYADSVRGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCAKSKDWVNGGEMDVWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSQSVLTQPPSASGTPGQRVTISCTGSSSNIGAGY WHWYQQLPGTAPKLLIYSNNQRPSGVPDRFSGSKSGTSASLAISGLRSEDEADYYCAAWDDSLRGWVFGGXTKLTVLGEQKLISEE DLSGSAA [SEQ ID NO: 28] EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSSYSMNWVRQAPGKGLEWVSAIGTGGGTYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQM NSLRAEDTAVYYCARAFRAFDIWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSQSVLTQPPSASGTPGQRVTISCSGSRSNIGNNFVSWYQQ LPGTAPKLLIYGNSNRPSGVPDRFSGSKSGTSASLAISGLRSEDEADYYCAAWDDSLSGPVFGGXTKLTVLGEQKLISEXDLSGSAA [SEQ ID NO: 29] EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSDYYMSWVRQAPGKGLEWVSGVSWNGSRTHYADSVKGQFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARGSRSSPDAFDIWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSQSVLTQPPSASGTPGQRVTISCTGSSSNIGAGYD VHWYQQLPGTAPKLLIYGNSNRPSGVPDRFSGSKSGTSASLAISGLRSEDEADYYCAAWDDRVNGRVFGGGTKLTVLGEQKLISEXX LSGSAA [SEQ ID NO: 30]
1 CO ι-q — L-12 (D L-12 (2)
Petição 870190072807, de 30/07/2019, pág. 184/333
167/269
EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSSYSMNWVRQAPGKGLEWVSSISSGSSYIYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARSQGWWTYYYGMDVWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSQSVLTQPPSASGTPGQRVTISCSGSSSNIGSN TVNWYQQLPGTAPKLLIYSNNQRPSGVPDRFSGSKSGTSASLAISGLRSEDEADYYCETWGQ [SEQ ID NO: 31] EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSSYSMNWVRQAPGKGLEWVSSISSGSSYIYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARSQGWWTYYYGMDVWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSQSVLTQPPSASGTPGQRVTISCSGSSSNIGSN TVNWYQQLPGTAPKLLIYSNNQRPSGVPDRFSGSKSGTSASLAISGLRSEDXADYYCETXDSNTQIFGGXTKLTVLGEQKLISEEXL SGSAXAHHHHHH-SXRXPIXXIVSXITIHXXSFXNWTGKXXALPXXXALQHIPXXXAXXXX [SEQ ID NO: 32] EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSSYSMNWVRQAPGKGLEWVSSISSGSSYIYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARSQGWWTYYYGMDVWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSQSVLTQPPSASGTPGQRVTISCSGSSSNIGSN TVNWYQQLPGTAPKLLIYSNNQRPSGVPDRFSGSKSGTSASLAISGLRSEDEADYYCETWDSNTQIFGGXTKLTVLGEQKLISEXDL SGSAA [SEQ ID NO: 33]
L-13 (D L-13 (2) L-13 (3)
Petição 870190072807, de 30/07/2019, pág. 185/333
168/269
EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSSNEMSWIRQAPGKGLEWVSSISGSGGFTYYADSVKGRYTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARETTVRGNAFDIWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSQSVLTQPPSASGTPGQRVTISCTGGSSNIGAGYD VHWYQQLPGTAPKLLIYRNNQRPSGVPDRFSGSXSGTSASLAISGLRSEDEADYYCAAWDDSLSVPMFGGXTKLTVLGEQKLISEXD LSGSAA [SEQ ID NO: 34] EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSSYSMNWVRQAPGKGLEWVSGINWNGGSTGYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCASSVGGWYEGDNWFDPWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSQSVLTQPPSASGTPGQRVTISCTGSSSNIGA GYDVHWYQQLPGTAPKLLIYGNSNRPSXVPDRFSGSXSGTSASLAISGLRSEXEADYYCQSYDGSLSGSVFGGXTKLTVLGEXKLIS EXXLSGSAA [SEQ ID NO: 35] EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSTYAMSWVRQAPGKGLEWVAVVSIDGGTTYYGDPVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCTRGPTLTYYFDYWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSQSVLTQPPSASGTPGQRVTISCSGSSSNIGSNTVN WYQQLPGTAPKLLIYSNNQRPSGVPDRFSGSKSGTSASLAISGLRSEDEADYYCQSYDSSLSGWVFGGXTKLXVLGEQKLISEEDLS GSAA [SEQ ID NO: 36]
EGF (D EGF (2) 1 — [1| i—1 i—1 U cn -
Petição 870190072807, de 30/07/2019, pág. 186/333
169/269
EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFGDYAMSWFRQAPGKGLEWVSGVSWNGSRTHYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARDGNRPLDYWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSQSVLTQPPSASGTPGQRVTISCTGSSSNIGAGYDVHW YQQLPGTAPKLLIYGNSNRPSGVPDRFSGSKSGTSASLAISGLRSEDEADYYCAAWDDRLNGWVFGGGTKLXVLGEQKLISEXDLSG SAA [SEQ ID NO: 37] EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSDYYIGWIRQAPGKGLEWVSGINWNGGSTGYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARRSTPSSSWALPDFFDYWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSQSVLTQPPSASGTPGQRVTISCTGSSSNI GANYDVHWYQQLPGTAPKLLIYSNNQRPSGVPDRFSGSKSGTSASLAISGLRSEDXADYYCQSYDSSLSGWVFGGXTKLTVLGEQKL ISXXXLSGSAA [SEQ ID NO: 38] EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFYSSGMYWVRQAPGKGLEWVSAISGSGGSTYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARHGYSYSFDYWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSDIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQSISSYLNWY QQKPGKAPKLLIYAASSLQSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQGVFYPHTFXQGTKLEIKRLXDYKDHDGDYKDHD IDYKDDDXKAA [SEQ ID NO: 39]
1 — [xi i—1 CN U cn — 1 — [xj ,-1 00 U cn — δ 1 — [1 1—1
Petição 870190072807, de 30/07/2019, pág. 187/333
170/269
EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSSYAMSWVRQAPGKGLEWVSAISGSGGSTYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARYVSHYTAHWYAYFDYWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSDIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQSIS SYLNWYQQKPGKAPKLLIYAASSLQSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQAGYHPLTFGQGTKLEIKRLXDYKDHDX DYKDHDIDYXXXXDXAAXHHHHHH-SPRWXXXFAL—VXLRALXXXXFXXXXXX [SEQ ID NO: 40] EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFGSYSMSWVRQAPGKGLEWVSSISSYYGGTSYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARGAYLDYWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSDIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQSISSYLNWYQQK PGKAPKLLIYAASSLQSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQYYFPFTFGQGTKLEIKRLXXYKDHDGDYKDHDIDYK DDDDKAA [SEQ ID NO: 41] EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSSYGMHWVRQAPGKGLEWVAVISYDGSNKYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARVGGMSAPVDYWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSQSVLTQPPSASGTPGQRVTISCSGSSSNIGSNTVN WYQQLPGTAPKLLIYDNNKRPSGVPDRXSGSKSGTSASLAISGLRSEDEADYYCAAWDDSLIGLWFGGXTKLTVLGEQKLISEXXL SGSAA [SEQ ID NO: 42]
δ 1 — h CM δ 1 — h oo M- CSF (D
Petição 870190072807, de 30/07/2019, pág. 188/333
171/269
EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSSYAMSWVRQAPGKGLEWVAVISYDGSNEDSADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARGPSLRGVSDYWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSQSVLTQPPSASGTPGQRVTISCTGSSSNIGAGYDV HWYQQLPGTAPKLLIYNDNQRPSXVPDRFSGSKSGTSASLAISGLRSEDEADYYCQTWGTGINVIFGGXTKLXVLGEQKLISXEDLS GSAA [SEQ ID NO: 43] EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSSYAMSWVRQAPGKGLEWVAVISYDGSNEDSADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARGPSLRGVSDYWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSQSVLTQPPSASGTPGQRVTISCTGSSSNIGAGYDV HWYQQLPGTAPKLLIYNDNQRPSGVPDRFSGSKSGTSASLAISGLRSEDXADYYCQTWGTGINVIFGGXTKLTVLGEXKLISEXXLS GSAA [SEQ ID NO: 44] EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFGSSYMYWVRQAPGKGLEWVSSIYGSSSSTSYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARGYYWDYMDYWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSDIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQSISSYLNWY QQKPGKAPKLLIYAASSLQSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQAWDLPTFGQGTKLEIKRLXXYKDHDGDYKDHDI DXXXTMTRRP [SEQ ID NO: 45]
i ω C4 SO — i ω co S ω ΝΕ-β (D
Petição 870190072807, de 30/07/2019, pág. 189/333
172/269
EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFDDYGMSWVRQAPGKGLEWVAVISYDGSNKYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCTRHLGSAMGYWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSQSVLTQPPSASGTPGQRVTISCTGSSSNIGAGYDVHW YQQLPGTAPKLLIYGNSNRPSXVPDRFSGSXSGTSASLAISGLRSEDEADYYCQSYDSSLSGWVFGGXTKLTVLXEQKLISXXDLSG SAA [SEQ ID NO: 46] EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFDTHWMSWVRQAPGKGLEWVSAISGSGGSTYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARHDYGDYRAFDIWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSQSVLTQPPSASGTPGQRVTISCTGSSSNIGAGYV VHWYQQLPGTAPKLLIYGNNNRPSGVPDRFSGSKSGTSASLAISGLRSEDEADYYCQSYDSSLSGWFGGXTKLXVLXEQKLISXED LSGSAA [SEQ ID NO: 47] EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSKYAMTWVRQAPGKGLEWVSAISGSGGNTYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARLVRGLYYGMDVWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSQSVLTQPPSASGTPGQRVTISCSGSSSNIGNNAV NWYQQLPGTAPKLLIYGNSNRPSGVPDRFSGSKSGTSASLAISGLRSXDEADYYCQTXGTGPWFGGXTKLTVLGEQKLISXXXXSG SAA [SEQ ID NO: 48]
ΝΕ-β (2) L- Ira (D nj — 1 Cl C4 -
Petição 870190072807, de 30/07/2019, pág. 190/333
173/269
EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAVSGFTFSSYSMNWVRQAPGKGLEWVAGIGGRGATTYYVDSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARLRWPAARFDYWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSQSVLTQPPSASGTPGQRVTISCSGSSSNIGSNTV NWYQQLPGTAPKLLIYGNSNRPSGVPDRFSGSKSGTSASLAISGLRSEDEADYYCQSYDSSLSGPPWVFGGXXKLXVLXEQKLISEE DLSGSAA [SEQ ID NO: 49] EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSNHAMSWVRQAPGKGLEWVSGVSWNGSRTHYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARAALVQGVKHAFEIWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSQSVLTQPPSASGTPGQRVTISCSGSSSNIGSN TVNWYQQLPGTALKLLIYRNNQRPSGVPDRFSGSKSGTSASLAISGLRSEDEADYYCASWDDRLSGLVFGGXTKLTVLGEQKLISEX DLSGSAA [SEQ ID NO: 50] EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSNHAMSWVRQAPGKGLEWVSGVSWNGSRTHYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARAALVQGVKHAFEIWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSQSVLTQPPSASGTPGQRVTISCSGSSSNIGSN TVNWYQQLPGTALKLLIYRNNQRPSGVPDRFSGSXSGTSASLAISGLRSEXEADYYCASWDDRLSGLVFGGXTKLTVLXEQKLISEE DLSGSAA [SEQ ID NO: 51]
<T5 — 1 Ci oo — L-16 (D L-16 (2)
Petição 870190072807, de 30/07/2019, pág. 191/333
174/269
EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSSYGMHWVRQAPGKGLEWVSGINWNGGSTGYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARDLRGGRFDPWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSQSVLTQPPSASGTPGQRVTISCTGSSSNIGAGYWH WYQQLPGTAPKLLIYRNNQRPSGVPDRFSGSXSGTSASLAISGLRSEDEADYYCSSXAGSKNLIFGGXTKLTVLGEQKLISXXXLSG SAA [SEQ ID NO: 52] EVQLLESGRGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSSYGMHWVRQAPGKGLEWVSAIGTGGDTYYADSVMGRFTISRDNSKNTLYLQM NSLRAEDTAVYYCARSPRRGATAGTFDYWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSQSVLTQPPSASGTPGQRVTISCSGSSSNIGSNI VNWYQQLPGTAPKLLIYRNNQRPSGVPDRFSGSKSGTSASLAISGLRSEDEADYYCXSYDNSLSGWVFGGXXKLXVLGEXKLISEXD LSGSAA [SEQ ID NO: 53] EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSSYGMHWVRQAPGKGLEWVSGISWNGGKTHYVDSVKGQFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARGGYSSGWAFDYWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSQSVLTQPPSASGTPGQRVTISCSGRSSNIESNTV NWYQQLPGTAPKLLIYGNSNRPSGVPDRFSGSKSGTSASLAISGLRSEDEADYYCAAWDDRLNAWFGGXTKLTVLGEQKLISEXDL SGSAA [SEQ ID NO: 54]
L-18 (D L-18 (2) CP-4 (D
Petição 870190072807, de 30/07/2019, pág. 192/333
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EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSSYGMHWVRQAPGKGLEWVSGVSWNGSRTHYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARGRTGHGWKYYFDLWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSQSVLTQPPSASGTPGQRVTISCSGSSSNIGNN AVNWYQQLPGTAPKLLIYGNSNRPSXVPDRFSGSXSGTSASLAISGLRSEDEADYYCQXWGTGLGVFGGXTKLTVLGEXKLISEEXL SGSAAv [SEQ ID NO: 55] EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSRHGFHWVRQGPGKGLEWVSGVSWNGSRTHYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARGNWYRAFDIWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSQSVLTQPPSASGTPGQRVTISCSGGSSHIGRNFISW YQQLPGTAPKLLIYAGNSRP [SEQ ID NO: 56] EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSSYAMSWVRQAPGKGLEWVSYISSSGSTIYYADSVKGRSTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARVRQNSGSYAYWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSQSVLTQPPSASGTPGQRVTISCTGTSSNIGAPYDV HWYQQLPGTAPKLLIYGNSNRPSGVPDRFSGSKSGTSASLAISGLRSEDXADYYCQSYDSSLSAWFGGXTKLTVLGEQKLISEXXL SGSAA [SEQ ID NO: 57]
ΕΝ-γ (D ΕΝ-γ (2) L-lb (D
Petição 870190072807, de 30/07/2019, pág. 193/333
176/269
EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSRYVMTWVRQAPGKGLEWVSLISGGGSATYYADSMKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCAKRVPYDSSGYYPDAFDIWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSQSVLTQPPSASGTPGQRVTISCTGSSSNI GAGYDVHWYQQLPGTAPKLLIYGNSNRPSGVPDQFSGSKSGTSASLAISGLRSEDEADYYCAAWDDSLNGPVFGGXTXLTXLXEQKL ISEEXLSGSAA [SEQ ID NO: 58] EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSSYWMSWVRQAPGKGLEWVAWSYDGNNKYYADSRKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAMYYCASYWYTSGWYPYGMDVWGQGTLGTVSSGGGGSGGGGSGGGGSQSVLTQPPSASGTPGQRVTISCTGSSSNIGA GYDLHWYQQLPGTAPKLLIYRNNQRPSGVPDRFSGSKSGTSASLAISGLRSEDEADYYCSSYVDNNNLVFGGXTKLTVLXEQKLISE XXLSGSAA [SEQ ID NO: 59] EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSSYWMSWVRQAPGKGLEWVSGVSWNGSRTHYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCVKGKGTIAMPGRARVGWWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSQSVLTQPPSASGTPGQRVTISCSGSSSNIG NNAVNWYQQLPGTAPKLLIYANSNRPSGVPDRFSGSXSGTSASLAISGLRSEDEADYYCAAWDDSLSGPVFGGXTKLTVLGEQKLIS XXDLSXSAA [SEQ ID NO: 60]
L-lb (2) L-lb (3) otax in (D
Petição 870190072807, de 30/07/2019, pág. 194/333
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EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSAYWMTWVRQAPGKGLEWVSVIYSGGSTYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQM NSLRAEDTAVYYCARQTQQEYFDYWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSQSVLTQPPSASGTPGQRVTISCFGSNSNIGSSTVNWY QQLPGTAPKLLIYDNDKRPSGVPDRFSGSXSGTSASLAISGLRSEDEADYYCAAWDDSLNGPVFGGXTKLTVLGEQKLISXXXLSGS XAAHHHHHH-SPRXPIRPIVSXXTIHWPSFYNVXTGKXXXLPNXIXXXHIPLSPAXXIXXXPXXXXX [SEQ ID NO: 61] EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFRGYAMSWVRQAPGKGLEWVSGVSWNGSRTHYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARAPAVAGWFDPWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSQSVLTQPPSASGTPGQRVTISCSGSSSNIGSHTVN WYQQLPGTAPKLLIYRNNQRPSGVPDRFSGSKSGTSASLAISGLRSEDXADYYCAAWDDSLSGRVXGGGXKLTVLGEQKLISEEDLS GSAA [SEQ ID NO: 62] EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSSYGMHWVRQAPGKGLEWVAVISNDGTKKDYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARDASGYDDYYFDYWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSQSVLTQPPSASGTPGQRVTISCTGSSSNIGAGS DVHWYQQLPGTAPKLLIYRDDQRSSGVPDRFSGSKSGTSAFLAISGLRSEDEADYYCQSYDNSLSGWVFGGXTKLTVLGEQKLISEX XLSGSAA [SEQ ID NO: 63]
<T5 — +-> S cn Ο Ή <T5 — -P £ 00 O -H ANTE S (D
Petição 870190072807, de 30/07/2019, pág. 195/333
178/269
EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSSYAMSWVRQAPGKGLEWVSAISGSGGSTYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARDNDYSSDTFDYWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSQSVLTQPPSAFGTPGQRVTISCSGSSSNIGSDYV YWYQQLPGTAPKLLIYSDNQRP [SEQ ID NO: 64] EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSNYGMNWVRQAPGKGLEWVSGVSWNGSRTHYVDSVKRRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARPRLRSHNYYGMDVWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSQSVLTQPPSASGTPGQRVTISCSGSSFKSGKN YVSWYQQLPGTAPKLLIYRNNQRPSGVPDRFSGSKSGTSASLAISGLRSEDEADYYCAAWDVRVKGVIFGGXTKLTVLGEQKLISEX DLSGSAA [SEQ ID NO: 65] EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSSYAMSWVRQAPGKGLEWVSGVSWNGSRTHYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARGGHQQLGQWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSQSVLTQPPSASGTPGQRVTISCSGSSSNIGNNYVSWY QQLPGTAPKLLIYRDSRRPSGVPDRFSGSKSGTSASLAISGLRSEXEADYYCAAWDDSLKGWLFGGXTKLTVLXEQKLISEXXLSGS AA [SEQ ID NO: 66]
ω ft ω — ω ft ω — CP-1 (D
Petição 870190072807, de 30/07/2019, pág. 196/333
179/269
EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSSYAMSWVRQAPGKGLEWVSYISSSSSYTNYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARFRYNSGKMFDYWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSQSVLTQPPSASGTPGQRVTISCSGSSSNIGRNTV NWYQQLPGTAPKLLIYGNSNRRSGVPDRFSGSKSGTSASLAISGLRSEDEADYYCAAWDDSLSGWFGGXTKLTVLXEQKLISEXDL SGSAA [SEQ ID NO: 67] EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSNYGMHWVRQAPGKGLEWVAVISYDGSNKYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCAKSHYYDTTSFDYWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSQSVLTQPPSASGTPGQRVTISCSGSSSNIGTNPV NWYQQLPGTAPKLLIYDNNKRPSGVPDRFSGSKSGTSASLAISGLRSEDXADYYCAAWDDSLSGWFGGXTKLTVLGEQKLISXEDL SGSAA [SEQ ID NO: 68] EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSTYGMHWVRQAPGKGLEWVSGVSWNGSRTHYVNSVKRRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARVAPGSGKRLRAFDIWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSQSVLTQPPSASGTPGQRVTISCSGSSSNIGN NAVNWYQQLPGTAPKLLIYEVSKRPPGVPDRFSGSKSGTSASLAISGLRSEDXADYYCSSYAGSSKWVFGGXTKLTVLGEQKLISEE DLSGSAA [SEQ ID NO: 69]
CP-1 (2) CP-1 (3) CP-3 (D
Petição 870190072807, de 30/07/2019, pág. 197/333
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EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTLSSNYMSWVRQAPGKGLEWVSGISASGHSTHYADSGKARFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARGKSLAYWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSQSVLTQPPSASGTPGQRVTISCSGSSSNIGNNAVNWYQQ LPGTAPKLLIYRNNQRPSGVPDRFSGSKSGTSASLAISGLRSEDEADYYCAAWDDSLSVWFGGXTKLTVLGEQKLISXXXLSGSAA [SEQ ID NO: 70] EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSIYWMSWVRQAPGKGLEWVAYIGGISNTVSYSDSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCAKAPGYSSGWGWFDPWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSQSVLTQPPSASGTPGQRVTISCSGSSSNIGTN SVFWYQQLPGTAPKLLIYGNNNRPSGVPDRFSGSKSGTSASLAISGLRSEDXADYYCMIWHSSASVFGXXTKLTVLGEQKLISEXXL SGSAA [SEQ ID NO: 71] EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSSYAMHWVRQAPGKGLEWVAVIAYDGINEYYGDSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARGGIYHGFDIWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSQSVLTQPPSASGTPGQRVTISCSGSSSNIGSNYVYW YQQLPGTAPKLLIYDNHKRPSGVPDRFSGSXSGTSASLAISGLRSEDEADYYCAAWDDNSWVFGGXTKLTVLGXYKDDDDKAA [SEQ ID NO: 72]
CP-3 (2) CP-3 (3) <t5 ω ω .-Η Ο Φ +-> Ό ι υ -η φ
Petição 870190072807, de 30/07/2019, pág. 198/333
181/269
EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSDHYMDWVRQAPGKGLEWVSGVSWNGSRTHYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARDTWAYGAFDIWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSQSVLTQPPSASGTPGQRVTISCSGSNSNIGRNTVN WYQQLPGTAPKLLIYRDNQRPSGVPDRFSGSXSGTPASLAISGLRSEDXADYYCAAWDVSLNGWVFGGXTKLTVLGDYXDHDGDYKD HDIDXXDDDDXXAAHHHHHH-SPRWXIRPIVSRITIXWXXFYXVXXXKXX [SEQ ID NO: 73] EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFNDYYMTWIRQAPGKGLEWVSYISSSGSTIYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARERLPDVFDVWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSQSVLTQPPSASGTPGQRVTISCSGSGSNIGTNSVSW YQQLPGTAPKLLIYFDDLLPSGVPDRFSGSKSGTSASLAISGLRSEDEADYYCAAWDDSLSGWFGGXTKLTVLGXYKDHDGDYKDH DIDYKDDDXKAXAHHHHHH-SPRXXXRXIVSXIXIHXXXFYNXXTGKTXXXXXXIXXAAXXXFXX [SEQ ID NO: 74] EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFGDFAMSWVRQAPGKGLEWVANIKQDGSVKYYVDSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARFLAGFYYGMDVWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSQSVLTQPPSASGTPGQRVTISCSGSDSNIGGNTV NWYQQLPGMAPKLLIYYDDLLPSGVPDRFSGSKSGTSASLAISGLRSEDEADYYCAAYDDTMNGWGFGGXTKLTVLGXYKDXDDKAA [SEQ ID NO: 75]
O -H H -P — O 1 s g s — O -H H -P — tyi o 04 S g S — epti n
Petição 870190072807, de 30/07/2019, pág. 199/333
182/269
EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSTYNMNWVRQAPGKGLEWVSTISGSGGRTYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARDRVATLDAFDIWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSQSVLTQPPSASGTPGQRVTISCSGSSSNIGSNSV SWYQQLPGTAPKLLIYSNNQRPSGVPDRFSGSKSGTSASLAISGLRSEDEADYYCAAWDDSLSGWFGGXTKLTVLGEQKLISEXDL SGSAA [SEQ ID NO: 76] EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFRRDWMSWVRQVPGKGLEWVSVISGSDGSTYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCASYSPLGNWFDSWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSQSVLTQPPSASGTPGQRVTISCTGSSSNIGAGYDV HWYQQLPGTAPKLLIYSDTYRPSGVPDRFSGSXSGTSASLAISGLRSEDEADYYCQSYDSSLXGFWFGGXTKLTVLXEQKLISEXX LSGSAA [SEQ ID NO: 77] EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSDYYMSWIRQAPGKGLEWVSAIGSGPYYAHSVRDRFTISRDNSKNTLYLQMNS LRAEDTAVYYCARGGVEASFDYWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSQSVLTQPPSASGTPGQRVTISCTGSSSNIGAGYDVHWYQ QLPGTAPKLLIYGNTNRPSGVPNRFSGSKSGTSASLAISGLRSEDEADYYCQSYDNDLSGWVFGGXTKLXVLGEQKLISXXXLSGSA A [SEQ ID NO: 78]
Φ S o -P -H i—1 S P Φ d) S i—i -P -H i—1 S P Φ &Ί —
Petição 870190072807, de 30/07/2019, pág. 200/333
183/269
EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSDYYMSWVRQAPGKGLEWVSGVSWNGSRTHYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARAARYSYYYYGMDVWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSQSVLTQPPSASGTPGQRVTISCSGSSSNIGNN AVNWYQQLPGTAPKLLIYGNDRRPSGVPDRFSGSKSGTSASLAISGLRSEDEADYYCQTWGTGRGVFGGGTKLTVLGEQKLISEXXL SGSAA [SEQ ID NO: 79] EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSNAWMSWVRQAPGKGLEWVSSISTSSNYIYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARVKKYSSGWYSNYAFDIWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSQSVLTQPPSASGTPGQRVTISCSGSSSSI GNNFVSWYQQLPGTAPKLLIYDNNKRPSXVPDRFSGSXSGTSASLAISGLRSEDXADYYCAAWDDSLNGWVFGGXTKLTVLXXYKDH DGDYXDHDIDYKDXXDKAA [SEQ ID NO: 80] EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFRSYEMNWVRQAPGKGLEWVAVIGGNGVDTDYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCVREEVDFWSGYYSYGMDVWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSQSVLTQPPSASGTPGQRVTISCSGSSSNI GDNFVSWYQQLPGTAPKLLIYRTNGRPSGVPDRFSGSXSGTSASLAISGLRSEDEADYYCATWDDNLNGRWFGGXTKLTVLGDYKD XXDKAA [SEQ ID NO: 81]
DL (D 1-4 C4 Q — SA
Petição 870190072807, de 30/07/2019, pág. 201/333
184/269
EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSNYWMHWVRQAPGKGLEWVANIKEDGSEKYYVDSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCAREGETSFGLDVWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSQSVLTQPPSASGTPGQRVTISCSGSSSNIGSNTVN WYQQLPGTAPKLLIYSNNQRPSGVPDRFSGSKSGTSASLAISGLRSEDEADYYCASWDDSLSGWVFGGXTKLTVLGDYKDDDDKAA [SEQ ID NO: 82] EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSRYWMHWVRQAPGKGLEWVANIKPDGSEQYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCAREGLSSGWSYGMDVWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSQSVLTQPPSASGTPGQRVTISCSGSNSNIGSN TVNWYQQLPGTAPKLLIYTNINRPSGVPDRFSGSKSGTSASLAISGLRSXDEADYYCATWDDSLSGWVFGGXTKLTVLGXYKDXXDK AA [SEQ ID NO: 83] EVQLLESGGGLVQSGGSLRLSCAASGFTFSSYTLHWVRQAPGKGLEYVSAISSNGGSTYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCASDVYGDYPRGLDYWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSQSVLTQPPSASGTPGQRVTISCSGTTSNIGSNY VHWYQQLPGTAPKLLIYGNNNRPSGVPDRFSGSKSGTSASLAISGLRSEDXADYYCQSYDRSLGGLRVFGGXTKLTVLXDYKXDDDK AA [SEQ ID NO: 84]
ewis X (D ω 1—1 <: CM Φ X ewis y
Petição 870190072807, de 30/07/2019, pág. 202/333
185/269
EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTLSSYAMSWVRQAPGKGLEWVSSISSGNSYIYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARGRGRGGGFELWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSQSVLTQPPSASGTPGQRVTISCSGSSSNIGTYTVN WYQQLPGTAPKLLIYSNNQRPSGVPDRFSGSKSGTSASLAISGLRSEXEADYYCSSNAGIDNILFGGXTKLTVLGEQKLISEXDLSG SXAAHHHHXXXXXXXXIXXXXXXXXXXXXXXXXXXLXX [SEQ ID NO: 85] EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSSYAMSWVRQAPGKGLEWVSSMSASGGSTYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARDRGSYGMDVWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSQSVLTQPPSASGTPGQRVTISCSGSTSNIGSYAVNW YQQLPGTAPKLLIYGNNNRPSGVPDRFSGSXSGTSASLAISGPRSEDEADYYCAAWDDSLNGGVFGGXTKLTVLGXYKXDDDKAA [SEQ ID NO: 86] EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSNYAMSWVRQAPGKGLEWVSGINWNGGSTGYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCAKHLKRYSGSSYLFDYWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSQSVLTQPPSASGTPGQRVTISCSGSSSXIGS NYVYWYQQLPGTAPKLLIY [SEQ ID NO: 87]
ialy 1 x fb a υ o 5 Ο -η p -p ω s H —
Petição 870190072807, de 30/07/2019, pág. 203/333
186/269
EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSSYAMSWVRQAPGKGLEWVAVIWHDGSSKYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARATGDGFDYWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSQSVLTQPPSASGTPGQRVTISCSGSSSNIGSNYVYWY QQLPGTAPKLLIYRNNQRPSGVPDRFSGSKSGTSASLAISGLRSEDEADYYCAAWDDSLNGWFGGXTKLTVLGEQKLISXXXLSXS AA [SEQ ID NO: 88] EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFRSYGMHWVRQAPGKGLEWVSGLSWNSAGTGYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCAKEMGNNWDHIDYWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSQSVLTQPPSASGTPGQRVTISCTGSSSNIGAGYD VHWYQQLPGTAPKLLIYGNSNRPSGVPDRFSGSKSGTSASLAISGLRSEDEADYYCAAWDDGLSGPVFGGGTKLTXLGEQKLISEED LSGSAA [SEQ ID NO: 89] EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFNSYGMHWVRQAPGKGLEWVSAISGSGGSTYYAESVKGRSTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCVTRNAVFGFDVWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSQSVLTQPPSASGTPGQRVTISCTGSSSNIGAGFDVH WYQQLPGTAPKLLIYDNNKRPSGVPDRFSGSKSGTSASLAISGLRSEDEADYYCQSFDSSLSGWFGGXTKLTVLXEQKLISXEXLS GSAA [SEQ ID NO: 90]
igox in LP-1 R LP-1
Petição 870190072807, de 30/07/2019, pág. 204/333
187/269
EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFDDYGMSWVRQVPGKGLEWVSAISGSGATTFYAHSVQGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARGGRGYDWPSGAFDIWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSQSVLTQPPSASGTPGQRVTISCTGSSSNIGA GYDVHWYQQLPGTAPKLLIYENNKRPSXVPDRFSGSKSGTSASLAISGLRSEDXADYYCAAWDDSVNGYWFGGXTKLTVLGEQKLI SEXXLSGSAAXXHHHHH-SPRWPIRPIXSRXTIXXPSFYXXXXXXTXXLPXXIXXXHXPXXXXXX [SEQ ID NO: 91] EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSSYAMSWVRQAPGKGLEWVSGVSWNGSRTHYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARHMKAAAYVFEIWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSQSVLTQPPSASGTPGQRVTISCSGSSSNIGSTAV NWYQQLPGTAPKLLIYSNNKRPSGVPDRFSGSXSGTSASLAISGLRSEDEADYYCAAWDDRLNGNVLFGGXXKLTVLXEQXLISXXX LSGSAA [SEQ ID NO: 92] EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSSYAMSWVRQAPGKGLEWVSSVTGSGGGTYYADSVEGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARYRWFGNDAFDIWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSQSVLTQPPSASGTPGQRVTISCSGSASNLGMHFV SWYQQLPGTAPKLLIYGNSNRPSGVPDRFSGSKSGTSASLAISGLRSEDEADYYCAAWDDTLNIWVFGGXTKLTVLGEQKLISXXXL SGSAA [SEQ ID NO: 93]
tr ω 00
Petição 870190072807, de 30/07/2019, pág. 205/333
188/269
EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSTYRMIWVRQAPGKGLEWVSSISGSNTYIHYADSVRGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARDRHPLLPSGMDVWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSQSVLTQPPSASGTPGQRVTISCSGSSSNIGKHP VNWYQQLPGTAPKLLIYRNDQRPSGVPDRFSGSKSGTSASLAISGLRSEDXADYYCQSYDSSLSGSWVFGGXTKLTVLGXQKLISEE DLSGSAA [SEQ ID NO: 94] EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSSYPMSWVRQAPGKGLEWVSTLYAGGWTSYADSVWGRFTISRDNSKNTLYLQM NSLRAEDTAVYYCARPKVESLSRYGMDVWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSQSVLTQPPSASGTPGQRVTISCTGSSSNIGAGY WHWYQQLPGTAPKLLIYDNSKRPSGVPDRFSGSKSGTSASLAISGLRSEDEADYYCQSYDSSLSGWFGGXTKLTVLXEQKLISEX XLSGSAA [SEQ ID NO: 95] EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSSYRMNWVRQAPGKGLEWVSAISGSGGSTYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARGGGWFSGHYYFDYWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSQSVLTQPPSASGTPGQRVTISCTGATSNIGAG YDVHWYQQLPGTAPKLLIYRNNQRPSXVPDRFSGSXSGTSASLAIXGLRSEDXADYYCQSYDSSLRHWVFXGXXKLTVLXEQKLISE XXLSGSXA [SEQ ID NO: 96]
CN CO — ' LO —
Petição 870190072807, de 30/07/2019, pág. 206/333
189/269
EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSAYSMNWVRQAPGKGLEWVSGVSWNGSRTHYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARENSGFFDYWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSQSVLTQPPSASGTPGQRVTISCTGSSSNIGSNTVNWY QQLPGTAPKLLIYGNSNRPSGVPDRFSGSKSGTSASLTISGLRSEDXADYYCAAWDDSLSGWVFGGXTKLTVLXEQKLISEEXLSGS AA [SEQ ID NO: 97] EVQLLESGGGLVQPGGSLXLSCAASGFTFSDYYMSWIRQAPGKGLEWVSGISRGGEYTFYVDSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARDPGGLDAFDIWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSQSVLTQPPSASGTPGQRVTISCTGSSSNIGARYDV QWYQQLPGTAPKLLIYGNSNRPSGVPDRFSGSKSGTSASLAISGLRSEXXADYYCASWDDSLSGPVFGGXTKLTVLXEQKLISEXXL SXSAA [SEQ ID NO: 98] EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSSYSMNWVRQAPGKGLEWVAVISYDGRFIYYSDSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARSYGGNLAMDVWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSQSVLTQPPSASGTPGQRVTISCTGSSSNIGAGYDV HWYQQLPGTAPKLLIYDNNKRPSGVPDRFSGSNSGTSASLAISGLRSEDXADYYCAAWDDRLNGRWFGGXTKLTVLGEQKLISEXD LSGSAA [SEQ ID NO: 99]
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Petição 870190072807, de 30/07/2019, pág. 207/333
190/269
EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSRYGMHWVRQAPGKGLEWVASIRGNARGSFYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCAKGDSSGWYFFDYWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSQSVLTQPPSASGTPGQRVTISCTGSDSXIGAGFD VHWYQQLPGTAPKLLIYGNNNRPSGVPDRFSGSKSGTSASLAISGLRSEDXADYYCQSYDTSLSGVLFGGXXKLTVLGEQKLISEXD LSGSAA [SEQ ID NO: 100] EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSDYGMHWVRQAPGKGLEWVSTVSGSGDNTYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCTTTWRYWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSQSVLTQPPSASGTPGQRVTISCSGSSSNIGSNTVNWYQQLP GTAPKLLIYGNSNRPSGVPDRFSGSKSGTSASLAISGLRSEDEADYYCQSYDSSLSGWVFGGXTKLTVLXEQKLISXEDLSGSAA [SEQ ID NO: 101] EVXLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSSYGMHWVRQAPGKGLEWVSGINWNGGSTGYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARERGDAFDIWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSQSVLTQPPSASGTPGQRVTISCSGSSSNIGSNTVNWY QQLPGTAPKLLIYSDNQRPSGVPDRFSGSKSGTSASLAISGLRSXXEADYYCAAWXDSLNGPWVFGGXTKLXVLGEQKLISEEDLSG SAA [SEQ ID NO: 102]
L-12 (3) L-12 (4) L-16 (3)
Petição 870190072807, de 30/07/2019, pág. 208/333
191/269
EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSRYGMHWVRQAPGKGLEWVAVISYDGSNKYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARHGYGDSRSAFDIWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSQSVLTQPPSASGTPGQRVTISCTGSSSNIGAGY DVHWYQQLPGTAPKLLIYRNNQRPSGVPDRFSGSXSGTSASLAISGLRSEXXADYYCQSYDSSLSRWVFGGXTKLXVLGEQKLISXX XLSXSAA [SEQ ID NO: 103] EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSSYSMNWVRQAPGKGLEWVSYISSSSSYTNYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARSVTRRAGYYYYYSGMDVWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSQSVLTQPPSASGTPGQRVTISCSGSSSX IGSNTVNWYQQLPGTAPKLLIYRNNQRPSXVPDRFSGSXSGTSASLAISGLRSEDEAXYYCSSXAGSNSXVFGGXTKLTVLGEQKLI SXXXLSGSAA [SEQ ID NO: 104] EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSNYGMHWVRQAPGKGLEWVSSITSSGDGTYFADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARAGGIAAAYAFDIWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSQSVLTQPPSASGTPGQRVTISCSGSSSNVGSNY VYWYQQLPGTAPKLLIYDNNKRPSGVPDRFSGSKSGTSASLAISGLRSEXEADYYCQSYDSSRWVFGGXTKLTVLGEQKLISEXXLS GSAA [SEQ ID NO: 105]
L-18 (3) L-la (3) L-6 (3)
Petição 870190072807, de 30/07/2019, pág. 209/333
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EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSSNYMSWVRQAPGKGLEWVSSISSSSTIYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQM NSLRAEDTAVYYCARQPASGTYDAFDIWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSQSVLTQPPSXSGTPGQRVTISCTGSSSNIGAGYD VHWYQQLPGTAPKLLIYYDDLLPSGVPDRFSGSKSGTSASLAISXLRSEDEADYYCAVWDDSLSGWVFGGXTKLTVLXEQKLISXXD LSGSAXAHHHHHHXSPRXXIRPIVSXITIHXXWLXRRDWEXPXXTQLNXXXAHXPFXXXXNX [SEQ ID NO: 106] EVQXLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFDDYGMSWVRQAPGKGLEWVSLISWDGGSTYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARDDLYGMDVWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSQSVLTQPPSASGTPGQRVTISCTGSSSNIGAGYDVHW YQQLPGTAPKLLIYDNNKRPSGVPDRFSGSKSGTSASLAISGLRSXDEADYYCAAWDDSLSGWVFGGXTKLTVLGEQKLISEXXLSG SAA [SEQ ID NO: 107] EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSSYGMHWVRQAPGKGLEWVSGISWNGGKTHYVDSVKGQFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARGGYSSGWAFDYWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSQSVLTQPPSASGTPGQRVTISCSGRSSNIESNTV NWYQQLPGTAPKLLIYGNSNRPSGVPDRFSGSKSGTSASLAISGLRSEXEADYYCAAWDDRLNAWFGGXTKLXVLXEQKLISEXXL SGSAA [SEQ ID NO: 108]
L-6 (4) L-8 (3) CP-4 (3)
Petição 870190072807, de 30/07/2019, pág. 210/333
193/269
EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSSNYMSWVRQAPGKGLEWVSAISGSGGSTYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCAKGGSGWYDYFDYWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSQSVLTQPPSASGTPGQRVTISCTGSSSNIGAGYD VHWYQQLPGTAPKLLIYRNNQRPSGVPDRFSGSKSGTSASLAISGLRSEDEAXYYCAAXDDGLNSPVFGGGTKLXVLXEQKLISEED LSGSAXAHHHHHH-SPRXXIRPIVSRITIHWXXFXXXXXGKTXXXPXLXXXXXXPPFX [SEQ ID NO: 109] EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSSYGMHWVRQAPGKGLEWVSAISGSGGSTYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARGGWGPRSAFDIWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSQSVLTQPPSASGTPGQRVTISCSGSSSNIGSNTV TWYQQLPGTAPKLLIYGNTNRLSGVPDRFSGSKSGTSASLAISGLRSEDEADYYCEAWDDKLFGPVFGGXTXLTVLXEQKLISEXXL SGSAA [SEQ ID NO: 110] EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSSYWMSWVRQAPGKGLEWVSGVNWNGSRTHYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCASIRANYYYGMDVWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSQSVLTQPPSASGTPGQRVTISCSGGSSNIGSHPV NWYQQLPGTAPKLLIYGNSNRPSGVPDRFSGSKSGTSASLAISGLRSEDEADYYCAAWDASLSGWVFGGGXKLTVLXEXKLISXXXL SGSAA [SEQ ID NO: 111]
rope rdin ΝΕ-β (3) 1 — h ν’ S —
Petição 870190072807, de 30/07/2019, pág. 211/333
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EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSSYEMNWVRQAPGKGLEWVSGISGSGGFTYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAMYYCAREGYQDAFDIWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSQSVLTQPPSASGTPGQRVTISCTGSSSNIGAGYDVH WYQQLPGTAPKLLIYSNNQRPSXVPDRFSGSXSGTSASLAISGLRSEDXADYYCAAWDDSLSGPPWVFGGGXKLXVLXEQKLISXXX LSGSXAAHHHHHH-SPRXPIRPIVSXIXIHWPXFYNVXXXXTXXXPXLX [SEQ ID NO: 112] EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFXXXYXSWVRQAPGKGLEWVSXISWXXGSIGYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCXXXXXXXXNYFDYWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSQSVLTQPPSASGTPGQRVTISCSGSNSNIGGNFV YWYQQLPGTAPKLLIYENSKRPSXVPDRFSGSXSGTSASLAISGLRSEDXADYYCAAWDDSLXXWFGGXTKLTVLGEQKLISXXXL SGSAA [SEQ ID NO: 113] EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSNAWMSWVRQAPGKGLEWVSAISGSGGSTYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARAIAARPFDYWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSQSVLTQPPSASGTPGQRVTISCTGATSNIGAGYDIH WYQQLPGTAPKLLIYSTNNRPSGVPDRFSGSKSGTSASLAISGLRSEDXADYYCAAWDDSLNGPVFGGXXKLTVLGEQKLISEXDLS GSAA [SEQ ID NO: 114]
EGF (3) Ο ν’ ω — L-4 (3)
Petição 870190072807, de 30/07/2019, pág. 212/333
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EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSAYWMHWVRQAPGKGLEWVSGISGGGGSTYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARMTPWYYGMDVWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSQSMLTQPPSASGTPGQRVTISCSGSTS [SEQ ID NO: 115] EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSTYGMHWVRQAPGKGLEWLSYISGGSSYIFYADSVRGRFTISRDNSENALYLQ MNSLRAEDTAVYYCARILRGGSGMDLWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSQSVLTQPPXXSGTPGQRVTISC [SEQ ID NO: 116] EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSTYGMHWVRQAPGKGLEWLSYISGGSSYIFYADSVRGRFTISRDNSENALYLQ MNSLRAEDTAVYYCARILRGGSGMDLWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSQSVLTQPPSASGTPGQRVTISCTGSSSNIGAGYDV YWYQQLPGTAPKLLIYGNINRPSGVPDRFSGSKSGTSASLAISGLRSEDXADYYCAAWDDSLXGLVFGGXXKLTVLXXYKDDDDKAA [SEQ ID NO: 117] EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSSYAMSWVRQAPGKGLEWVSGISWNSGSIGYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARGDYSSSPGGYYYYMDVWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSQSVLTQPPSASGTPGQRVTISCSGSSSXI GSNTVNWYQQLPGTAPKLLIYGNSNRPSXVPDRFSGXXSGTSASLAIXGLRSXDXADYYCSSXXSTNTVIFGGXTKLTVLGEQKLIS XXDLSGSAA [SEQ ID NO: 118]
cm Q — Q — Q — &Ί —
Petição 870190072807, de 30/07/2019, pág. 213/333
196/269
EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFGSYEMNWVRQAPGKGLEWVSVIYSGGSTYYADSVEGRFTISRDNSKNTLYLQM NSLRAEDTAVYYCARDTNPYYYYGMDVWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSQSVLTQPPSASGTPGQRVTISCSGSSSNIGNNAV NWYQQLPGTAPKLLIYRNNQRPSXVPDRFSGSXSGTSASLAISGLRSEDEADYYCQSYDSSLNGQVFGGXTKLTVLXEQKLISXEXL SGSAA [SEQ ID NO: 119] EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSSYAMSWVRQAPGKGLEWVSAISGSGGSTYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARDGLLPLDYWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSQSVLTQPPSASGTPGQRVTISCSGGSSNIGGNAVNWY QQLPGTAPKLLIYENNKRPSXVPDRFSGSXSGTSASLAISGLRSEDXADYYCSSYAVSNNFEVLFGGXTKLTVLXEQKLISXXDLSG SAA [SEQ ID NO: 120] EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSNAWMSWVRQAPGKGLEWVAFIWYDGSNKYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARYSGWYFDYWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSQSVLTQPPSASGTPGQRVTISCTGSSSXIGAGYDVHW YQQLPGTAPKLLIYDNNNRPSXVPDRFSGSXSGTSASLAISGLRSEDEADYYCQSYDSSLSAWLFGGXTKLTVLGEQKLISXXDLSG SXAAHHHHHH-SPRWPIRXIVSXXTIXXPXFYXVXXXKPXXTXLXRXXAHPXX [SEQ ID NO: 121]
&Ί — Q h4 Q O-, § ω
Petição 870190072807, de 30/07/2019, pág. 214/333
197/269
EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSDYYMSWIRQAPGKGLEWVSAIGSGPYYAHSVRDRFTISRDNSKNTLYLQMNS LRAEDTAVYYCARGGVEASFDYWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSQSVLTQPPSASGTPGQRVTISCTGSSSNIGAGYDVHWYQ QLPGTAPKLLIYGNTNRPSXVPNRFSGSXSGTSASLAISGLRSEDEADYYCQSYDNDLSGWVFGGXTKLTVLGEQKLISEEXLSGSA A [SEQ ID NO: 122] EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFKNYWMSWVRQAPGKGLEWVSDISGGGGTTYIADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARIHSGSYYFDYWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSQSVLTQPPSASGTPGQRVTISCTGSSSNIGAGYDV HWYQQLPGTAPKLLIYKNNQRPSGVPDRFSGSKSGTSASLAIXGLRSEDEADYYCA [SEQ ID NO: 123] EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFKNYWMSWVRQAPGKGLEWVSDISGGGGTTYIADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARIHSGSYYFDYWGQGTLVTVSSGGGGSVGGGSGGGGSQSVLTQPPSASGTSGQRVTISCTGSSSNIGAGYDV HWYQQLPGTAPKLLIYKNNQRPSGVPDRFSGSXSGTSASLAISGLRSEDEADYYCAAXDDSLNGPVFGGXTKLTVLGDYKDHDGDYX DHDIDXXDXDXKAA [SEQ ID NO: 124]
S CM &Ί — uc-i (2) UC-1 (4)
Petição 870190072807, de 30/07/2019, pág. 215/333
198/269
EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFKNYWMSWVRQAPGKGLEWVSDISGGGGTTYIADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARIHSGSYYFDYWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSQSVLTQPPSASGTPGQRVTISCTGSSSNIGADYDV HWYQQLPGTAPKLLIYKNNQRPSGVPDRFSGSKSGTSASLAISGLRSEDXADYYCAVWDDSLNGPXFGGXTKLTVLXDYKXHDGDYK DHDIDXKDDDDKAA [SEQ ID NO: 125] EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFKNYWMSWVRQAPGKGLEWVSDISGGGGTTYIADSVKGRFTISRDNSRNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARIHSGSYYFDYWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSQSVLTQPPSASGTPGQKVTISCTGSSSNIGAGYDV HWYQQLPGTAPKLLIYKNNQRPSGVPDRFSGSRSGTSASLAISGLRSEDEADYYCAAWDDSLNGPVFGGXXKLTVLXDYXDHDGDYK DHDIDYKXXDDKAA [SEQ ID NO: 126] QSVLTQPASASGTPGQRVTISCTGNSSNIGAGYDVHWYQQLPGTAPKLLIYRNNQRPSGVPDRFSGSKSGTSASLAISGLLS EDEADYYCAAWDYSLNGWVFGGGTKLTVLG [SEQ ID NO: 127] QSVLTQPSSASGTPGQRVTISCTGNSSNIGAGYDVHWYQQLPGTAPNLLIYRNNQRPSGVPDRFSGSKSGTSASLAISGLRS EDEADYYCAAWDDSLNGWVFGGGTKLTVLGQ [SEQ ID NO: 128]
UC-1 (5) UC-1 (6) CP-1 (5) CP-1 (6)
Petição 870190072807, de 30/07/2019, pág. 216/333
199/269
EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSSYAMNWVRQAPGKGLEWVGLISYDGRTTYYADSVKGRSTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCATTTGTTLDYWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSQSVLTQPPSASGTPGQRVTISCTGSSSNIGAGYDVHW YQQLPGTAPKLLIYGNTNRPSXVPDRFSGSXSGTSASLAISGLRSEDEADYYCAAWDDSLYGWVFGGXTKLTVLGDYXDHDGDYXDH DIDXXDDDDKAA [SEQ ID NO: 129] EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSSYAMNWVRQAPGKGLEWVGLISYDGRTTYYADSVKGRSTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCATTTGTTLDYWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSQSVLTQPPSASGTPGQRVTISCTGSSSNIGAGYDVHW YQQLPGTAPKLLIYGNTNRPSXVPDRFSGSXSGTSXSLAISGLRSXDEADYYCAAWDDSLYGWVFGG [SEQ ID NO: 130] EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSNNGMHWVRQAPGKGLEWVSAISASGGSTYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCATHGGSSYDAFDIWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSQSVLTQPPSASGTPGQRVTISCTGSSSNIGAGYV VHWYQQLPGTAPKLLIYG [SEQ ID NO: 131]
tá -P £ — ω -η t-ι > +_) u — tá -P P — ω -η > +_) U — (I) IV -od
Petição 870190072807, de 30/07/2019, pág. 217/333
200/269
EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFRDYYMSWIRQAPGKGLEWVAVTSYDGSKKYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCAKDYADDSIAAPAFDIWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSQSVLTQPPSASGTPGQRVTISCTGSSSXIGA GYDVHWYQQLPGTAPKLLIYGNSNRPS [SEQ ID NO: 132] EVXXLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFRDYYMSWIRQAPGKGLEWVAVTSYDGSKKYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCAKDYADDSIAAPAFDIWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSQSVLTQPPSASGTPGQRVTISCTGSSSNIGA GYDVHWYQQLPGTAPKLLIYGNSNRPSGVPDRFSGSKSGTSASLAISGLRSXDEAXYYCQSYDSSLSWFGGGTKLTVLXXYXDHDG DYKDHDIDYXDDXXXAXAHHHHHH-SPXXXIRXXXSXXTIHXXXXXXXXDWXXXXXXXXX [SEQ ID NO: 133] EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSSYSMNWVRQAPGKGLEWVAVISYDGRFIYYSDSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARSYGGNLAMDVWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSQSVLTQPPSASGTPGQRVTISCTGSSSNIGAGYDV HWYQQLPGTAPKLLIYDNNKRPSGVPDRFSGSNSGTSASLAISGLRSEDEADYYCAAWDDRLNGRWFGGXTKLTVLGDYXDHDGDY KDHDIDXKDDDXKAA [SEQ ID NO: 134]
1 — O r-l 04 F< — 1 — O >—1 00 F< — acto r B (2)
Petição 870190072807, de 30/07/2019, pág. 218/333
201/269
EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSNAWMSWVRQAPGKGLEWVSAISGSGGSTYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCRNARGNWGTYYFDYWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSQSVLTQPPSASGTPGQRVTISCSGSSSNIGSNY VSWYQQLPGTAPKLLIYGSSNRPSGVPDRFSGSXSGTSASLAISGLRSEDEADYYCQSYDSSLSDHWFGGXTKLTVLXDYXDHDGD YKDHDIDXXDDDDXAA [SEQ ID NO: 135] EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSNAWMSWVRQAPGKGLEWVSAISGSGGSTYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCRNARGNWGTYYFDYWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSQSVLTQPPSASGTPGQRVTISCSGSSSXIGSNY VSWYQQLPGTAPKLLIYGSSNRPSXVPDRFSGSXSGTSASLAISGLRSEDXADYYCQSYDSSLSDHWFGGXTKLTVLGDYXDHDGD YKDHDXDXXDDXXXAA [SEQ ID NO: 136] EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSSYGMHWVRQAPGKGLEWVSYISSSGSTIYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCLTLGGYWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSQSVLTQPPSASGTPGQRVTISCSGSSSNIGSNTVNWYQQLP GTAPKLLIYSNNQRPSGVPDRFSGSKSGTSASLAISGLRSXDEADYYCQSYDSSLSGWVFGGXTKLTVLXDYKXHDGDYKDHDIDXK DDDXXAA [SEQ ID NO: 137]
1 inh. (2) (£) ‘ NUT τ CO i_O -'
Petição 870190072807, de 30/07/2019, pág. 219/333
202/269
EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSSYAMSWVRQAPGKGLEWVSAISGSGGSTYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARGWSTSSFDYWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSQSVLTQPPSASGTPGQRVTISCSGSSSXIGNHYVSW YQQLPGTATKLLIYXDDLLPSXVPDRFSGSXSGTSASLAIXGLRSEDEADYYCAAWDDRSGQVLFGGXTKLTVLGDYXDHDGDYXDH DIDXXDDDXKAXAHHHHHH-XXRWPIRPXVSXXTIHXXXFXXXXXXKT [SEQ ID NO: 138] EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSSYSMNWVRQAPGKGLEWVSGISGSGGSTYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCAKHSGYGFDIWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSQSVLTQPPSASGTPGQRVTISCSGGASXLGMHFVSWY QQLPGTAPKLLIYYDDLLPSGVPDRFSGXXSGTSASLAISGLRSEDEADYYCAAWDDSLNGWVFGGXTKLXVLGDYXDXXGDYKDHD IDXKDXXXXAXAHXHHHH-SPXWXXRPIVXXITXXXXVXLQRXDWXXPXVXXXXXXXXXXPX [SEQ ID NO: 139] EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSSYAMNWVRQAPGKGLEWVANINQDGSTKFYVDSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARDTGGNYLGGYYYYGMDVWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSQSVLTQPPSASGTPGQRVTISCSGSSSN IGSNYVYWYQQLPGTAPKLLIYRNDQRPSXVPDRFSGSXSGTSASLAISGLRSXDXADYYCSSYAGNNNLVFGGXTKLTVLGDYXDH DGDYKDHDIDYXDXDXXAA [SEQ ID NO: 140]
CO ' co CO —
Petição 870190072807, de 30/07/2019, pág. 220/333
203/269
EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSDHYMDWVRQAPGKGLEWVSGISGNGATIDYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARPSITAAGSEDAFDLWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSQSVLTQPPSASGTPGQRVTISCSGSSSNIGS NYVYWYQQLPGTAPKLLIYGNSNRPSGVPDRFSGSKSGTSASLAISGLRSXDGADYYCQSYDSSLSGWVFGGXTKLTVLGXYXDHDG DYKDXDIDYKDDXXKAA [SEQ ID NO: 141] EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSSYAMSWVRQAPGKGLEWVSGISGSGGSTYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARGWAGSWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSQSVLTQPPSASGTPGQRVTISCSGSSSXIGNNAVNWYQQ LPGTAPKLLIYDNNKRPSXVPDRFSGXXSGTSXSLAIXGLRSEDEADYYCA [SEQ ID NO: 142] EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSNEWMAWVRQAPGKGLEWVSSISSSSSYIYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCAGTYHDFWSATYWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSQSVLTQPPSASGTPGQRVTISCSGSSSNIGSNTVN WYQQLPGTAPKLLIYGNSNRPSXVPDRFSGSXSGTSASLAISGLRSEDXADYYCAAWDDSLNGWVFGGXTKLTVLGD [SEQ ID NO: 143]
00 Y0M2 (D Y0M2 (2)
Petição 870190072807, de 30/07/2019, pág. 221/333
204/269
EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSSNYMSWVRQAPGKGLEWVSAISASGTYTYYTDSVNGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARVNTVGLGTPFDNWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSQSVLTQPPSASGTPGQRVTISCSGSSSNIGSNT VNWYQQLPGTAPKLLIYGNRNRPSGVPDRFSGSXSGTSASLAISGLRSEDEADYYCAAWDDSLSGWVFGGXTKLTVLXDYXDHDGDY KDHDIDXXXDDXXAA [SEQ ID NO: 144] EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSSYGFHWVRQAPGKGLEWVAVISYDGSNKYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARGEFGVYWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSQSVLTQPPSASGTPGQRVTISCSGSSSNIGSNYVYWYQQ LPGTAPKLLIYGNRNRPSGVPDRFSGSXSGTSASLAISGLRSEDEADYYCSSYAGSNNFEWFGGXTKLTVLGDYXDHDGDYKDHDI DYKDDDXKAA [SEQ ID NO: 145] EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSSYAMSWVRQAPGKGLEWVAVISYDGSNKYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCRNAYGDSINWFDPWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSQSVLTQPPSASGTPGQRVTISCSGSSSXIRSNTV NWYQQLPGTAPKLLIYGNSNRPSXVPDRFSGXXSGTSXSLAISGLRSEDXADYYCAXWDDSLN [SEQ ID NO: 146]
§ Q-i ω X 00 m —
Petição 870190072807, de 30/07/2019, pág. 222/333
205/269
EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSSYAMHWVRQAPGKGLEWVAVISYDGSKTYHADSVEGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARHLRPYYFDYWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSQSVLTQPPSASGTPGQRVTISCSGSSSXIGSNTVNW YQQLPGTAPKLLIYGNSNRPSXVPDRFSGXXSGTSASLAISGLRSEDXADYYCSAWDDRLRGRVFGG [SEQ ID NO: 147] EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSSYGMHWVRQAPGKGLEWVSLISSASSYIYHADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARAGRVCTNGVCHTTFDYWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSQSVLTQPPSASGTPGQRVTISCSGDRSNI GSNTVNWYQQLPGTAPKLLIYGNSNRPSGVPXRFSGSXSGTSXSLAISGLRSEDEADYYCQSYDSSLSAWFGGXTKLTVLGDYXXH DXXYKDHDIDYXXDXDXAXAHXHHHH-SPRXXXXPIVSXXXXXXXXXXXXXXLXKXXXXPTXXXXXXXX [SEQ ID NO: 148] EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSDFWMSWVRQAPGKGLEWVSSISGGGGTAFYVDSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTALYYCARMTDLESGDAFDIWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSQSVLTQPPSASGTPGQRVTISCSGSSSNIGSNY VNWYQQLPGTAPKLLIYNDNVRPSGVPDRFSGSXSGTSASLAISGLRSEDXADYYCQXWGTGVFGGXTKLTVLXDYXDHDGDXXDHD IDXKDXDXKAA [SEQ ID NO: 149]
TP- 5B (D 1 — o., m cn H LO — o cb
Petição 870190072807, de 30/07/2019, pág. 223/333
206/269
EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSSYSMSWVRQAPGKGLEWVAVISYDGSNKYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARDRTRGSTALDIWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSQSVLTQPPSASGTPGQRVTISCSGSSSYIGSNYV YWYQQLPGTAPKLLIYRNNQRPXXVPDRFSGXXSGTSASLAISGLRSEDEADYYCAAWDDSLSGWVFGGXTKLTVLGD [SEQ ID NO: 150] EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSDYYMTWIRQAPGKGLEWVSDISWNGSRTHYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCSSHLVYWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSQSVLTQPPSASGTPGQRVTISCTGSSSNIGAGYDVHWYQQL PGTAPKLLIYDNNKRPSXVPDRFSGSXSGTSASLAIXGLRSEXXADYYCQTYDSSLSGSWFGGXTKLTVLGDYXDHDXDY [SEQ ID NO: 151] EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSSYAMSWVRQAPGKGLEWVSYISSSSSYANYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARLGVYSGTYLFAFDIWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSQSVLTQPPSASGTPGQRVTISCTGSSSXIGA GYDVHWYQQLPGTAPKLLIYGNSNRPSXVPDRFSGSXSGTSASLAISGLRSXDEADYYCQSRDSSLSGWVFGGXTKLTVLGD [SEQ ID NO: 152]
BC1D 9 (D PF3B (D PF3B (2)
Petição 870190072807, de 30/07/2019, pág. 224/333
207/269
EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSDYYMSWVRQAPGKGLEWVSGVSWNGSRTHYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARVAYDIDAFDMWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSQSVLTQPPSASGTPGQRVTISCSGSFSNIGSNYVY WYQQLPGTAPKLLIYENNKRPSGVPDRFSGSXSGTSASLAISGLRSEDEADYYCAAWDDSLNGPMFGGXTKLTVLXDYKDHDGDYKD HDIDYKDDXXXXAAHHHHHH-SPRWXIRPXXSXXTIHXXXXLXXXD [SEQ ID NO: 153] EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSSYSMNWVRQAPGKGLEWVSAITGSGNATFYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCTTGATTRWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSQSVLTQPPSASGTPGQRVTISCSGSRSNIGSNHVFWYQQL PGTAPKLLIYENNKRPSGVPDRFSGSXSGTSASLAISGLRSEDXADYYCAAWDDSLSGWVFGG [SEQ ID NO: 154] EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSNAWMSWVRQAPGKGLEWVSFISSSSSYIYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARVNLVGCTNGVCNGHDYWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSQSVLTQPPSASGTPGQRVTISCSGSSSXI GSNTVNWYQQLPGTAPKLLIYDNNKRP [SEQ ID NO: 155]
1 — Ο V1 CM h ft 1 — Ο V1 CO h ft Q U> cm m οί —
Petição 870190072807, de 30/07/2019, pág. 225/333
208/269
EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFGDYAMSWVRQAPGKGLEWVSAISGSGGSTYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCAKGRTMASHWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSQSVLTQPPSASGTPGQRVTISCSGSSSXIGNNHVSWYQ QLPGTAPKLLIYGNSNRPSXVPDRFSGSXSGTSASLAISGLRSEDXADYYCAAWDNSLKVWMFGG [SEQ ID NO: 156] EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSSNYMSWVRQAPGKGLEWVSYISGNSGYTNYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARHAGSYDMYGMDVWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSQSVLTQPPSASGTPGQRVTISCSGSTSXIGSHY VYWYQQLPGTAPKLLIYGNSNRPXXVPDRFSGXXSGTSXSLAISGLRSEDXADYYCQSYDSRLSGWVFGG [SEQ ID NO: 157] EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSSYAMHWVRQAPGKGLEWVAVISYDGSNKYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARKSSLDVWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSQSVLTQPPSASGTPGQRVTISCSGSSSXIGNNYVSWYQQ LPGTAPKLLIYDDNKRPSGVPDRFSGSXSDTSASLAISGLRSEDEADYYCAAWDDSLXGRVFGGXTKLTVLG [SEQ ID NO: 158]
Q U> oo m — RP-3 (D RP-3 (2)
Petição 870190072807, de 30/07/2019, pág. 226/333
209/269
EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFGSSYMSWVRQAPGKGLEWVSSISSGGSYTYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARYHASWGRYLDYWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSDIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQSISSYLN WYQQKPGKAPKLLIYAASSLQSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQVSSWLSTFGQGTKLEIKRLGDYKDHDGDYKD HDIDYKDDDDKAAAHHHHHH* [SEQ ID NO: 159] EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSYSGMGWVRQAPGKGLEWVSYISSGSYYTGYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARYSGWRHGFDYWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSDIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQSISSYLNW YQQKPGKAPKLLIYAASSLQSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQATVSPSTFGQGTKLEIKRLGDYKDHDGDYKDH DIDYKDDDDKAAAHHHHHH* [SEQ ID NO: 160] EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSSYAMSWVRQAPGKGLEWVSAISGSGGSTYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARGYYGMDYWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSDIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQSISSYLNWYQQ KPGKAPKLLIYAASSLQSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQTWYLPTFGQGTKLEIKRLGDYKDHDGDYKDHDIDY KDDDDKAAAHHHHHH* [SEQ ID NO: 161]
i m t 1-3 tn co i M tá cn δϊ tá
Petição 870190072807, de 30/07/2019, pág. 227/333
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EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSSYAMSWVRQAPGKGLEWVSAISGSGGSTYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARGYYGLDYWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSDIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQSISSYLNWYQQ KPGKAPKLLIYAASSLQSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQSGAVPPTFGQGTKLEIKRLGDYKDHDGDYKDHDID YKDDDDKAAAHHHHHH* [SEQ ID NO: 162] EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSSYAMSWVRQAPGKGLEWVSGISSYYGYTYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARVYGYYMDYWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSDIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQSISSYLNWYQ QKPGKAPKLLIYAASSLQSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQSSSLYTFGQGTKLEIKRLGDYKDHDGDYKDHDID YKDDDDKAAAHHHHHH* [SEQ ID NO: 163] EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFGSSYMGWVRQAPGKGLEWVSSIYGSSSYTSYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARWYWSWSSFDYWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSDIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQSISSYLNW YQQKPGKAPKLLIYAASSLQSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQGGWPYTFGQGTKLEIKRLGDYKDHDGDYKDHD IDYKDDDDKAAAHHHHHH* [SEQ ID NO: 164]
H — DK-2 (D DK-2 (2)
Petição 870190072807, de 30/07/2019, pág. 228/333
211/269
EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSSYGMSWVRQAPGKGLEWVSYIGSGYYYTSYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARGGYFDYWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSDIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQSISSYLNWYQQK PGKAPKLLIYAASSLQSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQGYHLPTFGQGTKLEIKRLGDYKDHDGDYKDHDIDYK DDDDKAAAHHHHHH* [SEQ ID NO: 165] EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFGYSGMSWVRQAPGKGLEWVSYIGGGYGSTSYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARWSWHHGSYTMDYWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSDIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQSISSYL NWYQQKPGKAPKLLIYAASSLQSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQGYSWFLPTFGQGTKLEIKRLGDYKDHDGDY KDHDIDYKDDDDKAAAHHHHHH* [SEQ ID NO: 166] EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSGSSMSWVRQAPGKGLEWVSSIYYGSGYTYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARGTYLDYWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSDIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQSISSYLNWYQQK PGKAPKLLIYAASSLQSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQHTWWSSYLHTFGQGTKLEIKRLGDYKDHDGDYKDHD IDYKDDDDKAAAHHHHHH* [SEQ ID NO: 167]
i ω v1 SO — ASN (D ASN (2)
Petição 870190072807, de 30/07/2019, pág. 229/333
212/269
EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFGSSYMSWVRQAPGKGLEWVSSISSSSYGTYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCRNAPGFDYWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSDIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQSISSYLNWYQQK PGKAPKLLIYAASSLQSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQHYWLPTFGQGTKLEIKRLGDYKDHDGDYKDHDIDYK DDDDKAAAHHHHHH* [SEQ ID NO: 168] EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFGSSYMSWVRQAPGKGLEWVSGISSSGYGTYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARGYYHYGYAGFYFDYWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSDIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQSISS YLNWYQQKPGKAPKLLIYAASSLQSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQSAYLFTFGQGTKLEIKRLGDYKDHDGDY KDHDIDYKDDDDKAAAHHHHHH* [SEQ ID NO: 169] EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSSYYMSWVRQAPGKGLEWVSSISSGGYGTGYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARSYGWGPLDYWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSDIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQSISSYLNWY QQKPGKAPKLLIYAASSLQSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQGYNWPYTFGQGTKLEIKRLGDYKDHDGDYKDHD IDYKDDDDKAAAHHHHHH* [SEQ ID NO: 170]
AK (D x; to — ADH2 (D
Petição 870190072807, de 30/07/2019, pág. 230/333
213/269
EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFGSSYMSWVRQAPGKGLEWVSSISSYGYYTGYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARSYGSWYFDYWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSDIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQSISSYLNWY QQKPGKAPKLLIYAASSLQSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQGFVGPSTFGQGTKLEIKRLGDYKDHDGDYKDHD IDYKDDDDKAAAHHHHHH* [SEQ ID NO: 171] EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFGYSSMGWVRQAPGKGLEWVSGISSYGYGTYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARYHSGWGMDYWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSDIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQSISSYLNWY QQKPGKAPKLLIYAASSLQSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQSFAYLHTFGQGTKLEIKRLGDYKDHDGDYKDHD IDYKDDDDKAAAHHHHHH* [SEQ ID NO: 172] EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFGYYYMYWVRQAPGKGLEWVSSIGSSGSSTSYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARGHAFFDYWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSDIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQSISSYLNWYQQ KPGKAPKLLIYAASSLQSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQVWYWPPTFGQGTKLEXKRLXDYKDHDGDYKXHDID YKDDDDKAA [SEQ ID NO: 173]
ADH2 (3) L-6 (7) nj — Cl S ΟΊ i—1 <D -H ,-1 —
Petição 870190072807, de 30/07/2019, pág. 231/333
214/269
EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFYGSSMSWVRQAPGKGLEWVSYIGSDSSYTSYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARSYWSVFDYWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSDIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQSISSYLNWYQ QKPGKAPKLLIYAASSLQSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQSYWSWLPTFGQGXKLEIKRLXDYKDHDGDYKDHD IDYKDDDDKAA [SEQ ID NO: 174] EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSSYAMSWVRQAPGKGLEWVSGISSGYYYTYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARVGWYWNGLDYWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSDIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQSISSYLNW YQQKPGKAPKLLIYAASSLQSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQSSVLPTFGQGTKLEIKRLGDYKDHDGDYKDHD IDYKDDDDKAAAHHHHHH* [SEQ ID NO: 175] EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSSYAMSWVRQAPGKGLEWVSAISGSGGSTYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARGYYGLDYWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSDIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQSISSYLNWYQQ KPGKAPKLLIYAASSLQSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQSGAVPPTFGQGTKLEIKRLGDYKDHDGDYKDHDID YKDDDDKAAAHHHHHH* [SEQ ID NO: 176]
Φ — P £ C4 φ Ή i—l SYK (D SYK (2)
Petição 870190072807, de 30/07/2019, pág. 232/333
215/269
EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFYGYSMYWVRQAPGKGLEWVSYIGSYSGSTSYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARYYHYYHTWLDYWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSDIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQSISSYLN WYQQKPGKAPKLLIYAASSLQSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQGFYPFTFGQGTKLEIKRLGDYKDHDGDYKDH DIDYKDDDDKAAAHHHHHH* [SEQ ID NO: 177] EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSSYAMSWVRQAPGKGLEWVSAISGSGGSTYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARYPFYDYSWGGRWPSYGIDYWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSDIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRA SQSISSYLNWYQQKPGKAPKLLIYAASSLQSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQWNSGVWLHTFGQGTKLEIKRLG DYKDHDGDYKDHDIDYKDDDDKAAAHHHHHH* [SEQ ID NO: 178] EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSSSYMYWVRQAPGKGLEWVSSISGGGYGTYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARAYPYVGSGIDYWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSDIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQSISSYLN WYQQKPGKAPKLLIYAASSLQSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQGYSLPTFGQGTKLEIKRLGDYKDHDGDYKDH DIDYKDDDDKAAAHHHHHH* [SEQ ID NO: 179]
ATK (2) ATK (3) APK1 (D
Petição 870190072807, de 30/07/2019, pág. 233/333
216/269
EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFYYSYMGWVRQAPGKGLEWVSSISGSSYGTSYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARGTGSVIDYWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSDIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQSISSYLNWYQ QKPGKAPKLLIYAASSLQSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQSYSTPYTFGQGTKLEIKRLGDYKDHDGDYKDHDI DYKDDDDKAAAHHHHHH* [SEQ ID NO: 180] EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFYGSSMSWVRQAPGKGLEWVSGISGYGYYTSYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARYSASGFYFDYWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSDIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQSISSYLNW YQQKPGKAPKLLIYAASSLQSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQSYVYPLTFGQGTKLEIKRLGDYKDHDGDYKDH DlDYKDDDDKAAAHHHHHH* [SEQ ID NO: 181] EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSSYSMGWVRQAPGKGLEWVSGISSYGYYTYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARHYTTGYYIDYWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSDIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQSISSYLNW YQQKPGKAPKLLIYAASSLQSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQGFNVPYTFGQGTKLEIKRLGDYKDHDGDYKDH DlDYKDDDDKAAAHHHHHH* [SEQ ID NO: 182]
APK1 (2) APK8 (D APK8 (2)
Petição 870190072807, de 30/07/2019, pág. 234/333
217/269
EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSGSGMYWVRQAPGKGLEWVSYISGSGSYTDYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARSGSFDYWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSDIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQSISSYLNWYQQK PGKAPKLLIYAASSLQSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQVSSSLYTFGQGTKLEIKRLGDYKDHDGDYKDHDIDY KDDDDKAAAHHHHHH* [SEQ ID NO: 183] EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSSYAMSWVRQAPGKGLEWVSAISGSGGSTYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARAYSWFDYWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSDIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQSISSYLNWYQQ KPGKAPKLLIYAASSLQSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQVAGYYHYPFTFGQGTKLEIKRLGDYKDHDGDYKDH DIDYKDDDDKAAAHHHHHH* [SEQ ID NO: 184] EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSSYAMSWVRQAPGKGLEWVSAISGSGGSTYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARYHYNYYMDYWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSDIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQSISSYLNWY QQKPGKAPKLLIYAASSLQSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQYSYLLTFGQGTKLEIKRLGDYKDHDGDYKDHDI DYKDDDDKAAAHHHHHH* [SEQ ID NO: 185]
APK8 (3) O -P φ G — -P o S ΐ—i ω -η O -P φ G — -P O G CM ω -H
Petição 870190072807, de 30/07/2019, pág. 235/333
218/269
EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFYSSSMSWVRQAPGKGLEWVSGISSSYSYTYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARYSSYGSFDYWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSDIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQSISSYLNWY QQKPGKAPKLLIYAASSLQSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQSSAFPSTFGQGTKLEIKRLGDYKDHDGDYKDHD IDYKDDDDKAAAHHHHHH* [SEQ ID NO: 186] EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSSYSMGWVRQAPGKGLEWVSYIGYSSGSTYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARDRYSYFDYWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSDIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQSISSYLNWYQ QKPGKAPKLLIYAASSLQSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQWSYGPLTFGQGTKLEIKRLGDYKDHDGDYKDHDI DYKDDDDKAAAHHHHHH* [SEQ ID NO: 187] EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSSYAMSWVRQAPGKGLEWVSAISGSGGSTYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARGGHGLDYWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSDIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQSISSYLNWYQQ KPGKAPKLLIYAASSLQSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQGSDVPFTFGQGTKLEIKRLGDYKDHDGDYKDHDID YKDDDDKAAAHHHHHH* [SEQ ID NO: 188]
8 5A (D 8 5A (2) TK6
Petição 870190072807, de 30/07/2019, pág. 236/333
219/269
EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFGYSSMSWVRQAPGKGLEWVSSISYSGSGTGYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARGWYPHPGHWYIDYWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSDIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQSISSY LNWYQQKPGKAPKLLIYAASSLQSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQHFSLPTFGQGTKLEIKRLGDYKDHDGDYK DHDIDYKDDDDKAAAHHHHHH* [SEQ ID NO: 189] EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSYYSMSWVRQAPGKGLEWVSSISSSGGGTSYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARWFSSAFDYWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSDIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQSISSYLNWYQ QKPGKAPKLLIYAASSLQSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQGVPPYTFGQGTKLEIKRLGDYKDHDGDYKDHDID YKDDDDKAAAHHHHHH* [SEQ ID NO: 190] EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSSYAMSWVRQAPGKGLEWVSAISGSGGSTYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARRYSGYFDYWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSDIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQSISSYLNWYQ QKPGKAPKLLIYAASSLQSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQNWWGLPTFGQGTKLEIKRLGDYKDHDGDYKDHDI DYKDDDDKAAAHHHHHH* [SEQ ID NO: 191]
TPN1 (D S — (P oo PS6K A2 (D
Petição 870190072807, de 30/07/2019, pág. 237/333
220/269
EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFYGSYMYWVRQAPGKGLEWVSGISPYSSSTYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARGFPFIDYWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSDIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQSISSYLNWYQQ KPGKAPKLLIYAASSLQSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQNGVGLLTFGQGTKLEIKRLGDYKDHDGDYKDHDID YKDDDDKAAAHHHHHH* [SEQ ID NO: 192] EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFYGGSMYWVRQAPGKGLEWVSSISSGGSYTYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARVGYDTMDYWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSDIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQSISSYLNWYQ QKPGKAPKLLIYAASSLQSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQRWYWWYLFTFGQGTKLEIKRLGDYKDHDGDYKDH DIDYKDDDDKAAAHHHHHH* [SEQ ID NO: 193] EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFYYGGMSWVRQAPGKGLEWVSSIYYSSGSTSYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARHGWDDNGFDYWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSDIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQSISSYLNW YQQKPGKAPKLLIYAASSLQSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQVYSYLFTFGQGTKLEIKRLGDYKDHDGDYKDH DIDYKDDDDKAAAHHHHHH* [SEQ ID NO: 194]
X ÇO ω co co Q-ι i< TAP 2 (D TAP 2 (4)
Petição 870190072807, de 30/07/2019, pág. 238/333
221/269
EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFGYYGMSWVRQAPGKGLEWVSGIYGSYYSTYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARHSWDYYFDYWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSDIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQSISSYLNWY QQKPGKAPKLLIYAASSLQSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQYHYGYGSPYTFGQGTKLEIKRLGDYKDHDGDYK DHDIDYKDDDDKAAAHHHHHH* [SEQ ID NO: 195] EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSYSSMYWVRQAPGKGLEWVSSISSYGHSTYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARSWGYYHYLDYWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSDIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQSISSYLNW YQQKPGKAPKLLIYAASSLQSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQTWHPYPSTFGQGTKLEIKRLGDYKDHDGDYKD HDIDYKDDDDKAAAHHHHHH* [SEQ ID NO: 196] EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSGYSMSWVRQAPGKGLEWVSSISSGYYSTYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARVYWGSPWFNPAMDYWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSDIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQSISS YLNWYQQKPGKAPKLLIYAASSLQSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQWYYWVPPTFGQGTKLEIKRLGDYKDHDG DYKDHDIDYKDDDDKAAAHHHHHH* [SEQ ID NO: 197]
TAT1 (D ENS4
Petição 870190072807, de 30/07/2019, pág. 239/333
222/269
EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSSFAMHWVRQAPGKGLEWVSAISGSGGSTYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCASRSTLYYYYGMDVWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSQSVLTQPPSASGTPGQRVTISCSGSTSNIGNSH VYWYQQLPGTAPKLLIYGNSNRPSXVPDRFSGSXSGTSASLAISGLRSEDEADYYCSSXAGSNNLVFGGXTKLTVLGEQKLISXXDL SGSAA [SEQ ID NO: 198] EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSSYAMSWVRQAPGKGLEWVSAISGSGGSTYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARSPYYGMDVWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSQSVLTQPPSASGTPGQRVTISCTGSSSNIGAGYDVHW YQQLPGTAPKLLIYRNDQRPSGVPDRFSGSKSGTSASLAISGLRSEDEADYYCSSYGGRDNWFGGXTKLTVLXEQKLISXXXLSGS AA [SEQ ID NO: 199] EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSDYYMSWIRQAPGKGLEWVSGLSGSAGRTHYADSVRGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAMYYCASSLFDYWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSQSVLTQPPSASGTPGQRVTISCSGSSSNIGSNYVYWYQQL PGTAPKLLIYSNNQRPSGVPDRFSGSKSGTSASLAISGLRSEDXADYYCAAWDDSLNAWFGGXTKLTVLGEQKLISEXDLSGSAA [SEQ ID NO: 200]
NFRS F14 (D ω íE — h >—1 CM S h — NFRS F3 (D
Petição 870190072807, de 30/07/2019, pág. 240/333
223/269
EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSDYYMNWVRQAPGKGLEWVSGINWNSDDIDYVDSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAMYYCAIDSRYSSGWSFEYWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSQSVLTQPPSASGTPGQRVTISCSGSTSNIGNSH VYWYQQLPGTAPKLLIYSNNQRPSGVPDRFSGSKSGTSASLAISGLRSEDEADYYCQSYDSSLSGWFGGXTKLTVLGEQKLISXXX LSGSAA [SEQ ID NO: 201] EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFGYGSMSWVRQAPGKGLEWVSSISYYGSSTGYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARGWWLDYWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSDIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQSISSYLNWYQQ KPGKAPKLLIYAASSLQSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQGPYPPTFGQGTKLEIKRLGDYKDHDGDYKDHDIDY KDDDDKAAAHHHHHH* [SEQ ID NO: 202] EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFYGSSMSWVRQAPGKGLEWVSGISYSSSYTSYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARATSYWFTYFGVIDYWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSDIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQSISS YLNWYQQKPGKAPKLLIYAASSLQSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQSWSPHTFGQGTKLEIKRLGDYKDHDGDY KDHDIDYKDDDDKAAAHHHHHH* [SEQ ID NO: 203]
ω d — [xi 00 CM s h — BC9 (D BC9 (2)
Petição 870190072807, de 30/07/2019, pág. 241/333
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EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFGYYSMSWVRQAPGKGLEWVSAISGSGGSTYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARGGFWYGGYMDYWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSDIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQSISSYLN WYQQKPGKAPKLLIYAASSLQSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQSSGPHPFTFGQGTKLEIKRLGDYKDHDGDYK DHDIDYKDDDDKAAAHHHHHH* [SEQ ID NO: 204] EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSSYSMSWVRQAPGKGLEWVSSISGYSYGTYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARWHHPYYFDYWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSDIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQSISSYLNWY QQKPGKAPKLLIYAASSLQSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQGSVLSTFGQGTKLEIKRLGDYKDHDGDYKDHDI DYKDDDDKAAAHHHHHH* [SEQ ID NO: 205] EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSSYAMSWVRQAPGKGLEWVSAISGSGGSTYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARGWSLDYWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSDIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQSISSYLNWYQQK PGKAPKLLIYAASSLQSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQVHFLPTFGQGTKLEIKRLGDYKDHDGDYKDHDIDYK DDDDKAAAHHHHHH* [SEQ ID NO: 206]
BE2C (D BE2C (2) CHL5
Petição 870190072807, de 30/07/2019, pág. 242/333
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EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFNIKDTYIHWVRQAPGKGLEWVARIYPTNGYTRYADSVKGRFTISADTSKNTAYLQ MNSLRAEDTAVYYCSRWGGDGFYAMDYWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSDIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQDVNTAVA WYQQKPGKAPKLLIYSASFLYSGVPSRFSGSRSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQHYTTPPTFGQGTKVEIKRLGDYKDHDGDYKD HDIDYKDDDDKAAAHHHHHH* [SEQ ID NO: 207] QVQLKQSGPGLVQPSQSLSITCTVSGFSLTNYGVHWVRQSPGKGLEWLGVIWSGGNTDYNTPFTSRLSINKDNSKSQVFFKM NSLQSNDTAIYYCARALTYYDYEFAYWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSDILLTQSPVILSVSPGERVSFSCRASQSIGTNIHW YQQRTNGSPRLLIKYASESISGIPSRFSGSGSGTDFTLSINSVESEDIADYYCQQNNNWPTTFGAGTKLELKLGDYKDHDGDYKDHD IDYKDDDDKAAAHHHHHH* [SEQ ID NO: 208] EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFYYYGMSWVRQAPGKGLEWVSGIGYGYGTYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQMN SLRAEDTAVYYCARDSYSSPYYSLDYWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSDIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQSISSYLNW YQQKPGKAPKLLIYAASSLQSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQSYSTPYTFGQGTKLEIKRLGDYKDHDGDYKDH DIDYKDDDDKAAAHHHHHH* [SEQ ID NO: 209]
04 Λ — P P ν’ <D M 04 — GFR HP1 (D
Petição 870190072807, de 30/07/2019, pág. 243/333
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EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFYSYSMGWVRQAPGKGLEWVSSIGGSGYYTYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCRNAYNYYYGSYIDYWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSDIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQSISSYL NWYQQKPGKAPKLLIYAASSLQSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQSFYPHTFGQGTKLEIKRLGDYKDHDGDYKD HDIDYKDDDDKAAAHHHHHH* [SEQ ID NO: 210] EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFGSYSMHWVRQAPGKGLEWVSSISSYSYSTYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARGGAYYTNPFDYWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSDIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQSISSYLN WYQQKPGKAPKLLIYAASSLQSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQPGFYSLPTFGQGTKLEIKRLGDYKDHDGDYK DHDIDYKDDDDKAAAHHHHHH* [SEQ ID NO: 211] EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFGGYSMYWVRQAPGKGLEWVSYISSGSSSTYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARGGGWYDYDFFDYWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSDIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQSISSYL NWYQQKPGKAPKLLIYAASSLQSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQSYSTPYTFGQGTKLEIKRLGDYKDHDGDYK DHDIDYKDDDDKAAAHHHHHH* [SEQ ID NO: 212]
Q-ι 04 M — GAP- 2 (D 1 (4-i —- i< 00 U CN —
Petição 870190072807, de 30/07/2019, pág. 244/333
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EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSYGDMSWVRQAPGKGLEWVSGISSGGSSTYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARGYGYAWYFDYWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSDIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQSISSYLNW YQQKPGKAPKLLIYAASSLQSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQWWHPYTFGQGTKLEIKRLGDYKDHDGDYKDHD IDYKDDDDKAAAHHHHHH* [SEQ ID NO: 213] EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFGYGGMSWVRQAPGKGLEWVSSIYGSSSSTYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARHWRSVYFDYWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSDIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQSISSYLNWY QQKPGKAPKLLIYAASSLQSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQGWGSPLTFGQGTKLEIKRLGDYKDHDGDYKDHD IDYKDDDDKAAAHHHHHH* [SEQ ID NO: 214] EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSGSYMSWVRQAPGKGLEWVSSIYGYSSYTYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARGSYLDYWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSDIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQSISSYLNWYQQK PGKAPKLLIYAASSLQSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQYWYPYTFGQGTKLEIKRLGDYKDHDGDYKDHDIDYK DDDDKAAAHHHHHH* [SEQ ID NO: 215]
APK9 (D APK9 (2) σι ÍY — Q-ι tn —
Petição 870190072807, de 30/07/2019, pág. 245/333
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EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSGYSMSWVRQAPGKGLEWVSSISSSYSSTYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARGSFGFDYWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSDIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQSISSYLNWYQQ KPGKAPKLLIYAASSLQSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQYYYGVLXTFGQGTKLEIKRLGDYKDHDGDYKDHDI DYKDDDDKAAAHHHHHH* [SEQ ID NO: 216] EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFYYSSMSWVRQAPGKGLEWVSGISGGYSSTYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARGFGVMDYWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSDIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQSISSYLNWYQQ KPGKAPKLLIYAASSLQSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQSYSTPYTFGQGTKLEIKRLGDYKDHDGDYKDHDID YKDDDDKAAAHHHHHH* [SEQ ID NO: 217] EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFYYSYMYWVRQAPGKGLEWVSAISGSGGSTYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARFYYYGFNGSFDYWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSDIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQSISSYL NWYQQKPGKAPKLLIYAASSLQSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQSYSTPYTFGQGTKLEIKRLGDYKDHDGDYK DHDIDYKDDDDKAAAHHHHHH* [SEQ ID NO: 218]
AK-7 (D AK-7 (2) EM (D
Petição 870190072807, de 30/07/2019, pág. 246/333
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EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFYGSYMGWVRQAPGKGLEWVSGISSYSYSTYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARYSPFHWYFDYWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSDIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQSISSYLNW YQQKPGKAPKLLIYAASSLQSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQSFRDPPHTFGQGTKLEIKRLGDYKDHDGDYKD HDIDYKDDDDKAAAHHHHHH* [SEQ ID NO: 219] EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSSYAMSWVRQAPGKGLEWVSYISGGYGYTSYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARWYDSSYFDYWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSDIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQSISSYLNW YQQKPGKAPKLLIYAASSLQSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQAYYGFPSTFGQGTKLEIKRLGDYKDHDGDYKD HDIDYKDDDDKAAAHHHHHH* [SEQ ID NO: 220] EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSSSSMSWVRQAPGKGLEWVSGISGYGGGTGYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARSSYFVYFDYWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSDIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQSISSYLNWY QQKPGKAPKLLIYAASSLQSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQPYGYPYTFGQGTKLEIKRLGDYKDHDGDYKDHD IDYKDDDDKAAAHHHHHH* [SEQ ID NO: 221]
ω — NAI3 (D NAI3 (2)
Petição 870190072807, de 30/07/2019, pág. 247/333
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EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSSYAMSWVRQAPGKGLEWVSAISGSGGSTYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARSHTVYFDYWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSDIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQSISSYLNWYQ QKPGKAPKLLIYAASSLQSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQSYSTPYTFGQGTKLEIKRLGDYKDHDGDYKDHDI DYKDDDDKAAAHHHHHH* [SEQ ID NO: 222] EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSSYAMSWVRQAPGKGLEWVSGISSYGGSTSYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARFGHAFPAFDYWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSDIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQSISSYLNW YQQKPGKAPKLLIYAASSLQSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQSYSTPYTFGQGTKLEIKRLGDYKDHDGDYKDH DlDYKDDDDKAAAHHHHHH* [SEQ ID NO: 223] EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFGYYSMSWVRQAPGKGLEWVSSISSSSSYTYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARHYSSFDYWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSDIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQSISSYLNWYQQ KPGKAPKLLIYAASSLQSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQSYWYPFTFGQGTKLEIKRLGDYKDHDGDYKDHDID YKDDDDKAAAHHHHHH* [SEQ ID NO: 224]
CM — (J-i 00 i< CO CM — Q-ι V i< CO AP2K 2 (D
Petição 870190072807, de 30/07/2019, pág. 248/333
231/269
EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFYYSSMSWVRQAPGKGLEWVSSIYGGGGSTSYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARGPGHVIDYWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSDIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQSISSYLNWYQ QKPGKAPKLLIYAASSLQSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQSYYVPFTFGQGTKLEIKRLGDYKDHDGDYKDHDI DYKDDDDKAAAHHHHHH* [SEQ ID NO: 225] EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSGSYMYWVRQAPGKGLEWVSSIGSSYGYTYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARYGYFSFDYWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSDIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQSISSYLNWYQ QKPGKAPKLLIYAASSLQSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQDHYLSTFGQGTKLEIKRLGDYKDHDGDYKDHDID YKDDDDKAAAHHHHHH* [SEQ ID NO: 226] EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSYSGMGWVRQAPGKGLEWVSYISSYGYSTYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARSVSGGVIDYWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSDIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQSIXXYLNWY QQKPGKAPKLLIYAAXSLQSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQWVHYPYTFGQGTKLEIKRLGDYKDHDGDYKDHD IDYKDDDDKAAAHHHHHH* [SEQ ID NO: 227]
C4 — Q-ι C4 ft C4 — RAS TPRO (D
Petição 870190072807, de 30/07/2019, pág. 249/333
232/269
EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSGYYXSWVRQAPGKGLEWVSSISGGSYSKSYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARYSYYFDYWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSDIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQSISSYLNWYQQ KPGKAPKLLIYAASSLQSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQYAAYGLLTFGQGTKLEIKRLGDYKDHDGDYKDHDI DYKDDDDKAAAHHHHHH* [SEQ ID NO: 228] EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSSYAMSWVRQAPGKGLEWVSAISGSGGSTYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARWNVWGHWGGPYSGVGLDYWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSDIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQ SISSYLNWYQQKPGKAPKLLIYAASSLQSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQPYYPFTFGQGTKLEIKRLGDYKDH DGDYKDHDIDYKDDDDKAAAHHHHHH* [SEQ ID NO: 229] EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSYYYMYWVRQAPGKGLEWVSYIYSYYYGTYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARYAYYLDYWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSDIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQSISSYLNWYQQ KPGKAPKLLIYAASSLQSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQHWSYGLYTFGQGTKLEIKRLGDYKDHDGDYKDHDI DYKDDDDKAAAHHHHHH* [SEQ ID NO: 230]
TPRO (4) 1 — ík m ΐ—i l< V) 1 — m <ni to
Petição 870190072807, de 30/07/2019, pág. 250/333
233/269
EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFGSYGMSWVRQAPGKGLEWVSSIYSGYSYTYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARHGPYRGPGSMDYWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSDIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQSISSYL NWYQQKPGKAPKLLIYAASSLQSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQSWWLLTFGQGTKLEIKRLGDYKDHDGDYKD HDIDYKDDDDKAAAHHHHHH* [SEQ ID NO: 231] EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFYSGGMSWVRQAPGKGLEWVSSISGGYYYTYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARYVYGVGIDYWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSDIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQSISSYLNWY QQKPGKAPKLLIYAASSLQSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQGYWLFTFGQGTKLEIKRLGDYKDHDGDYKDHDI DYKDDDDKAAAHHHHHH* [SEQ ID NO: 232] EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSGYSMYWVRQAPGKGLEWVSSIYGYYGGTSYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARGHPWFYMDYWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSDIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQSISSYLNWY QQKPGKAPKLLIYAASSLQSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQSYWLYTFGQGTKLEIKRLGDYKDHDGDYKDHDI DYKDDDDKAAAHHHHHH* [SEQ ID NO: 233]
RD- 14 (D 1 — Q co Pb — 1 — Q ν’ 00 Pb —
Petição 870190072807, de 30/07/2019, pág. 251/333
234/269
EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSGSSMSWVRQAPGKGLEWVSSISSGGSSTGYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARFSWGHWSSFFDYWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSDIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQSISSYL NWYQQKPGKAPKLLIYAASSLQSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQVYDLLTFGQGTKLEIKRLGDYKDHDGDYKD HDIDYKDDDDKAAAHHHHHH* [SEQ ID NO: 234] EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFGSSSMSWVRQAPGKGLEWVSSISYGSSSTSYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARGGYGFDYWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSDIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASXXLNWYQQKPGK APKLLIYXXXXSLQSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQGXXXGXXTFGQGTKLEIKRLGDYKDHDGDYKDHDIDYK DDDDKAAAHHHHHH* [SEQ ID NO: 235] EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFGSSSMYWVRQAPGKGLEWVSSISYYGYSTYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARGSGIDYWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSDIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQSISSYLNWYQQK PGKAPKLLIYAASSLQSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQWSVYGLYTFGQGTKLEIKRLGDYKDHDGDYKDHDID YKDDDDKAAAHHHHHH* [SEQ ID NO: 236]
OPBP -1 (D (P m — Q-ι t—1 CM O 1 — SP-7 (D
Petição 870190072807, de 30/07/2019, pág. 252/333
235/269
EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSSYAMSWVRQAPGKGLEWVSAISGSGGSTYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARVYSYPGPSSWGYFSSIDYWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSDIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQ SISSYLNWYQQKPGKAPKLLIYAASSLQSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQSYGYPHTFGQGTKLEIKRLGDYKD HDGDYKDHDIDYKDDDDKAAAHHHHHH* [SEQ ID NO: 237] EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSGSGMGWVRQAPGKGLEWVSYIGYYSSGTYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARHHSFGYLDYWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSDIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQSISSYLNWY QQKPGKAPKLLIYAASSLQSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQGVHWSLHTFGQGTKLEIKRLGDYKDHDGDYKDH DIDYKDDDDKAAAHHHHHH* [SEQ ID NO: 238] EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSSYAMSWVRQAPGKGLEWVSAISGSGGSTYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARIHFYGLDYWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSDIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQSISSYLNWYQ QKPGKAPKLLIYAASSLQSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQSYSTPYTFGQGTKLEIKRLGDYKDHDGDYKDHDI DYKDDDDKAAAHHHHHH* [SEQ ID NO: 239]
1 — Q-ι ν’ ω — ΑΕΡ- Ι RIP- 2 (D
Petição 870190072807, de 30/07/2019, pág. 253/333
236/269
EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSSYAMSWVRQAPGKGLEWVSAISGSGGSTYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARGSYMDYWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSDIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQSISSYLNWYQQK PGKAPKLLIYAASSLQSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQSYGPPTFGQGTKLEIKRLGDYKDHDGDYKDHDIDYK DDDDKAAAHHHHHH* [SEQ ID NO: 240] EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSSYAMSWVRQAPGKGLEWVSAISGSGGSTYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARHSGPFFDYWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSDIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQSISSYLNWYQ QKPGKAPKLLIYAASSLQSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQGYSLHTFGQGTKLEIKRLGDYKDHDGDYKDHDID YKDDDDKAAAHHHHHH* [SEQ ID NO: 241] EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFGSSYMGWVRQAPGKGLEWVSGISGGGYGTYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARAPGGHYYGYFYFDYWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSDIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQSISS YLNWYQQKPGKAPKLLIYAASSLQSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQXXXXAHTFGQGTKLEIKRLGDYKDHDGD YKDHDIDYKDDDDKAAAHHHHHH* [SEQ ID NO: 242]
RIP- 2 (7) 1 (2L, 1—1 CO í2 CN — AD2L 1 (D
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237/269
EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFYYSSMYWVRQAPGKGLEWVSGISSGGSGTYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARSFSYSSYLDYWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSDIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQSISSYLNW YQQKPGKAPKLLIYAASSLQSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQGGXXPTFGQGTKLEIKRLGDYKDHDGDYKDHD IDYKDDDDKAAAHHHHHH* [SEQ ID NO: 243] EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSGSSMYWVRQAPGKGLEWVSGIGSYGGYTYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARDGTAVGSYFYFDYWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSDIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQSISSY LNWYQQKPGKAPKLLIYAASSLQSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQYYYYPHTFGQGTKLEIKRLGDYKDHDGDY KDHDIDYKDDDDKAAAHHHHHH* [SEQ ID NO: 244] EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSSYAMSWVRQAPGKGLEWVSGIGSGGYYTSYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARFYFVASPGGNLDYWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSDIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQSISSY LNWYQQKPGKAPKLLIYAASSLQSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQYSSPPTFGQGTKLEIKRLGDYKDHDGDYK DHDIDYKDDDDKAAAHHHHHH* [SEQ ID NO: 245]
fP cn — Q cn r-l — υ <D — M CN ω i-ι — υ <D M 00 ω i-ι —
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EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSSYYMSWVRQAPGKGLEWVSSIDYSSYYTGYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARGSYFDYWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSDIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQSISSYLNWYQQK PGKAPKLLIYAASSLQSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQGSPLYTFGQGTKLEIKRLGDYKDHDGDYKDHDIDYK DDDDKAAAHHHHHH* [SEQ ID NO: 246] EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFYSYYMGWVRQAPGKGLEWVSSISYSGSGTYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARASYGTSYYYGYTIDYWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSDIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQSIS SYLNWYQQKPGKAPKLLIYAASSLQSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQSYAGPSTFGQGTKLEIKRLGDYKDHDG DYKDHDIDYKDDDDKAAAHHHHHH* [SEQ ID NO: 247] EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSYSGMSWVRQAPGKGLEWVSSIGGSSSYTYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARYSWGYYDAIDYWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSDIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQSISSYLN WYQQKPGKAPKLLIYAASSLQSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQSWWGHALYTFGQGTKLEIKRLGDYKDHDGDY KDHDIDYKDDDDKAAAHHHHHH* [SEQ ID NO: 248]
S — 1—1 τ—1 a 1 — S — H > CM a -3 ~ TPRK (D
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TPRK (7) TPRK (8) TPRT (D
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— Q-I C4 O LO — § s O LO —
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TPRJ (D TPRJ (7) TPRJ (8)
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LO LO g - (I) NHd
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PLF (2) RHGC -1 (D IRC2 (D
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IRC2 (2) CNL1 (D CNL1 (2)
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LG1- 1 (D 1 U CN — LG2- 1 (D
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1 C4 — U CN h4 - POLM (D POLM (2)
Petição 870190072807, de 30/07/2019, pág. 264/333
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LG4- 2 (D 1 U CN CN — ORS2 -1 (D
Petição 870190072807, de 30/07/2019, pág. 265/333
248/269
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CM ω — y—1 CM O 1 — NADL -1 (D hP Q — i< ΐ—1 CM S 1
Petição 870190072807, de 30/07/2019, pág. 266/333
249/269
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m CM — O 00 CM O 1 — CC2B -3 (D TCH- 2 (D
Petição 870190072807, de 30/07/2019, pág. 267/333
250/269
EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFYSYGMYWVRQAPGKGLEWVSYIPGYGYSTSYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARSFGYGDFDYWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSDIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQSISSYLNWY QQKPGKAPKLLIYAASSLQSGVPSRFSGSGSGTXFTLTIXSLQPEDFATYYCQQYDYSPYTFGXGXKLEIXRLGXYKDHDGDYXXXD IDYXG-XXXXXXPXSSSXXIXXXXXSXXP [SEQ ID NO: 282] EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFGGGYMGWVRQAPGKGLEWVSYISGSGSYTYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARYSSVSSYSYFDYWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSDIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQSISSYL NWYQQKPGKAPKLLIYAASSLQSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQSVHLPTFGQGTKLEIKRLGDYXDHDGDYXD HDIXXXDXXXKAA [SEQ ID NO: 283] EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFPYSYMYWVRQAPGKGLEWVSAISGSGGSTYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARYASYSAIDYWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSDIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQSISSYLNWY QQKPGKAPKLLIYAASSLQSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEXFATYYCQQTGGLYTFGQGXKLXIKRLGXYKDHDXDYXXXDX DYXDDDXXAXXXXHHXXXSPRWXSXXPXSXSXXXRXX [SEQ ID NO:284]
1 m — ω cn Η ΟΝ — (I) too CC4 (2)
Petição 870190072807, de 30/07/2019, pág. 268/333
251/269
EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFYYSYMYWVRQAPGKGLEWVSAISGSGGSTYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARSYTPASYRFDYWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSDIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQSISSYLN WYQQKPGKAPKLLIYAASSLQSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQSYSTPYTFGQGXKLEIKRLGDYXDHDGDYKD HDXDXKDDDXXXXRPSXSSXLITXXXLXXALX-WLXALXXPXFYXVXTXKTXXXXXXXXXXXHPXXXXX [SEQ ID NO: 285] EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFGGSGMGWVRQAPGKGLEWVSSIGYGYSSTYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARYSYHYYPDFDYWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSDIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQSISSYLN WYQQKPGKAPKLLIYAASSLQSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQVFRYPLTFGQGXKLEIKRLXXYXDHDGXYXD HDIDYXDXXXXAA [SEQ ID NO: 826] EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSGYSMSWVRQAPGKGLEWVSSISSGSYSTSYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARGYSYFDRSFDYWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSDIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQSISSYLN WYQQKPGKAPKLLIYAASSLQSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQNPGPFTFGQGTKLEIKRLGXYKDHDGDYKDH DIDYXDDDDXAA [SEQ ID NO: 287]
KCC1 -1 (D U> — ω γη i - IN7A (D
Petição 870190072807, de 30/07/2019, pág. 269/333
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EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFYSYGMSWVRQAPGKGLEWVSSISSSYSYTYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARGYYGGFDYWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSDIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQSISSYLNWYQ QKPGKAPKLLIYAASSLQSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEXFATYYCQQSXYTPFTFGQGXKLEIKRLGDYKDHDGDYKDHDI DXKDDDDXAA [SEQ ID NO: 288] EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSSYSMSWVRQAPGKGLEWVSGIYGGGSSTYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARPSSSGSYVMDYWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSDIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQSISSYLN WYQQKPGKAPKLLIYAASSLQSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQSYSPHTFGQGXKLEIKRLGXYKDHDGXYKDH DXXXXDXDDXAA [SEQ ID NO: 289] EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSSYAMSWVRQAPGKGLEWVSAISGSGGSTYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARYPVYYYFDYWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSDIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQSISSYLNWY QQKPGKAPKLLIYAASSLQSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQSYVPLSTFGQGTKLEIKRLGXYKDHDGDYKDHD IDXXDDDDXAA [SEQ ID NO: 290]
IN7A (2) NTA1 (D NTA1 (2)
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253/269
EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSYSSMSWVRQAPGKGLEWVSGISGSGYSTYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARGYSGFDYWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSDIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQSISSYLNWYQQ KPGKAPKLLIYAASSLQSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQYGYATLPTFGQGXKLEIKRLGXYKDHDGDYKDHDI DYXXDDDXAA [SEQ ID NO: 291] EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSSYAMSWVRQAPGKGLEWVSGISGSYGYTSYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARGYYSYYDGPIDYWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSDIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQSISSYL NWYQQKPGKAPKLLIYAASSLQSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQSYSTPYTFXQGTKLEIKRLXDYKDHXGXYK DHDIDXXDDDXXAXAHXHXHXXSPRXXSXXPXSESXXXRXXAWXXXXDWENPXXXNXIAXXXXPXXXXXXXX [SEQ ID NO: 292] EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSGYGMGWVRQAPGKGLEWVSSISYYGGGTGYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARFDDFYASHYGIYIDYWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSDIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQSIS SYLNWYQQKPGKAPKLLIYAASSLQSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQASSLFTFGXXXKLEIKRLXDYKDHDXD YKDHDIDYKXDXDKAXXHHHHHX-SXXXXSXSPYSEXXYXRXLXXRFXTXXXGKPXVTXXXRXXXXPPFXXWXXXXXX [SEQ ID NO: 293]
5 Ft 1 - O 1 CM < 1 - ARK1 -1 (D
Petição 870190072807, de 30/07/2019, pág. 271/333
254/269
EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSSYAMSWVRQAPGKGLEWVSAISGSGGSTYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARYSYGSYFDYWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSDIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQSISSYLNWY QQKPGKAPKLLIYAASSLQSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQYHGWPPTFXQGTKLEIKRLGDYKDHDGDYKDHD IDXXDDDDKAAXHHHHHH-SPRXXSXXPYSESXYARXLAWLXVXTGKTXXYXXXSPXXXSPFXXLAXXRXXXXXXXX [SEQ ID NO: 294] EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFYSSSMYWVRQAPGKGLEWVSGISSYGSYTSYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARGPFFDYWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSDIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQSISSYLNWYQQK PGKAPKLLIYAASSLQSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQFPNPHTFGQGXRLEIKRLGDYKDHDGDYKDHDIXXX DXDDXAA [SEQ ID NO: 295] EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSSSGMSWVRQAPGKGLEWVSSISGSYGYTSYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARSYSYVYGFDYWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSDIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQSISSYLNW YQQKPGKAPKLLIYAASSLQSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQNVHLYTFGQGXKLEIKRLGDYKDHDGDYKDHD IDXXDDXDXAA [SEQ ID NO: 296]
Ít — ft CN < i - TU6B (D TU6B (2)
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255/269
EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFGSYYMYWVRQAPGKGLEWVSGISSYSGYTYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARSADSGGFDYWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSDIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQSISSYLNWY QQKPGKAPKLLIYAASSLQSGVPSRFSGSGSGXXFTLTISSLQPEXFATYYCQQSYFYGLPTFXQGTKLEIXRLXXYXDHDXDXXXH DIXYXD [SEQ ID NO: 297] EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSSYAMSWVRQAPGKGLEWVSAISGSGGSTYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARPGYYGAAYYRSFIDYWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSDIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQSIS SYLNWYQQKPGKAPKLLIYAASSLQSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEXFATYYCQQSYSTPYTFGQGXKLEIKRLGXYKDHDX XYKDHDIDXXXXDDKAA [SEQ ID NO: 298] EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFYSSSMSWVRQAPGKGLEWVSGISSSGYSTGYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARYGGYHTYLDYWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSDIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQSISSYLNW YQQKPGKAPKLLIYAASSLQSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQYSYTSLFTFXXGXXLXIKRXXXYKXHXXDYKD HDXXXXXDXXXAXXXHHXHX-SXX [SEQ ID NO: 299]
osi- 1 (D 1 ω 04 O - TUBI -1 (D
Petição 870190072807, de 30/07/2019, pág. 273/333
256/269
EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSSYAMSWVRQAPGKGLEWVSAISGSGGSTYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARYHYYAGFDYWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSDIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQSISSYLNWY QQKPGKAPKLLIYAASSLQSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEXFATYYCXQSGSFLPTFGQGXXXEIKRLGXYXXHXXXYKXHX IDXXMXMXRXXPIXXIXXXXXX [SEQ ID NO: 300] EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFGGYSMSWVRQAPGKGLEWVSGIYSYSYSTSYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARHPNWSYFDYWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSDIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQSISSYLNWY QQKPGKAPKLLIYAASSLQSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQXYSTPYTFGQGXKLXXXRLXDYKDHDXDYKDHD XDXXDDXXXXAAHXHHHX-XPRWXSXXPYXEXXYXRSLXXXFXXXXLGKPXXYXXXXXXXXSPFXXXX [SEQ ID NO: 301] EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFYGSYMYWVRQAPGKGLEWVSYISGSSGSTSYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARYGHASFDYWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSDIQMTQSPSSLXASVGDRVTITCRASXXISSYLNWYX XKPGKAPKLLIYAASXLQSGVPSRFXXSGSGTXFTLTIXXLXPXXFATYYCQXGSXLPXFGXXXXXXXXXXXXYKXXXXX [SEQ ID NO: 302]
m — [ZD 1 CM H I — TUB2 -1 (D CM m — [ZD 1 CM Η 1 —
Petição 870190072807, de 30/07/2019, pág. 274/333
257/269
EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSSYSMYWVRQAPGKGLEWVSSISGSGSYTYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARYYHRSHRFPLDYWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSDIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQSISSYL NWYQQKPGKAPKLLIYAASSLQSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQSSYPFTFGXXPSWRXNA- VIIKTMTVIIKIMTSIXXMTMXRRP [SEQ ID NO: 303] EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFGYYSMSWVRQAPGKGLEWVSSIYSYSSGTYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQM NSLRAEDTAVYYCARGSSVIDYWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSDIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQSISSYLNWYQQK PGKAPKLLIYAASSLQSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQSYSTPYTFGQGXKLEIKRLGXYKDHDGDYKDHDXDX XDDDXXAA [SEQ ID NO: 304] EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSGYGMSWVRQAPGKGLEWVSSIGGSYYSTGYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARSYSVHYPYYHDHFDYWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSDIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQSIS SYLNWYQQKPGKAPKLLIYAASSLQSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEXFATYYCQQYFYPYTFGQGXKLEIKRLGDYXDHDGD YKDHDIXXXDDXXXAA [SEQ ID NO: 305]
AK4- 1 (D 1 CM Γ-Ι — RDM 8 -1 (D
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258/269
EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSYSSMYWVRQAPGKGLEWVSYISGYGGYTSYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARDVGYYFWSGHSMDYWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSDIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQSIXS YLNWYQXKPXKAPKLLIYAASXLQSGVPSRFXXXGXXXXFTLTIXXLXPEXFXXXYCXXXSSXXTFXQXXXLXXXRX [SEQ ID NO: 306] EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSSYAMSWVRQAPGKGLEWVSGISGYSSYTYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARVYYPGHSMDYWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSDIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQSISSYLNW YQQKPGKAPKLLIYAASSLQSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQSVHYPHTFGQGTKLEIKRLGXYKXHXGDYKDH DXDXXXXXXXXAAXXHHHH-SPRXXXXXPYSXXXXXRXXXXXFXTXXXXKPXXXXX [SEQ ID NO: 307] EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFGSYYMSWVRQAPGKGLEWVSGIGSYSSYTGYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARGHSYYYSPPFDYWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSDIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQSISSYL NWYQQKPGKAPKLLIYAASSLQSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEXFATYYCQQDGYSPFTFXQGXKLXIKRLXXYKDXDGXYX XHDIDYKXDXXXXA [SEQ ID NO: 308]
CO S — Q i—l CM i — TN13 -1 (D oo S CM Η 1 —
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259/269
EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFGSYSMSWVRQAPGKGLEWVSGISGSYSSTYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARGDSWVFDYWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSDIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQSISSYLNWYQ QKPGKAPKLLIYAASSLQSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQSYSYPFTFGQGTKLEIKRLGXYKDHDGDYKDHDI DYXDDDXKAA [SEQ ID NO: 309] EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFYYSGMSWVRQAPGKGLEWVSGIGYSGYYTSYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARSSYYGTSGYVFDYWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSDIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQSISSY LNWYQQKPGKAPKLLIYAASSLQSGVPSRFXGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQADVYPLTFGQGXKLEXKRLGXYXDHDGXX KDHDIXXXDDXXXRP [SEQ ID NO: 310] EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFGSYSMSWVRQAPGKGLEWVSSISGGYSYTSYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARSFSYYYGVFLDYWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSDIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQSISSYL NWYQQKPGKAPKLLIYAASSLQSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQGYSSYPLTFGQGXKLEIKRLGDYKDHDGXY KDHDIDYXDDXDXAA [SEQ ID NO: 311]
HEK2 (D HEK2 (2) SNK1 E (D
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260/269
EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSSYAMSWVRQAPGKGLEWVSGIYSSYGGTYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARGVYMDYWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSDIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQSISSYLNWYQQK PGKAPKLLIYAASSLQSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEXFATYYCQQVIFPFTFGQGXKLEIKRLGXYKDHDGDYXDHDIXYX DDXXKAAXHHHHHH*SPRWXXXSPYSXSXYXRSLAXVLXRXXWXNPXXXXXIXXXHIXXXXXXX [SEQ ID NO: 312] EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSSYAMSWVRQAPGKGLEWVSAISGSGGSTYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARGGRGIDYWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSDIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQSISSYLNWYQQ KPGKAPKLLIYAASSLQSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQSYSTPYTFGXXXKLEIKRLXDYXDHDGDYXXHDXD XXMTXXXG [SEQ ID NO: 313] EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSSYAMSWVRQAPGKGLEWVSAISGSGGSTYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARXXXXXXYWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSDIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQSISSYLNWYQQ KPGKAPKLLIYAASSLQSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQSYSTPYTFXQGXKLXXXRXGXYXXXXX [SEQ ID NO: 314]
— ω ω — USP7 (D USP7 (2)
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EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFGYSYMHWVRQAPGKGLEWVSYISSYGGYTGYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARSSVDSWWYGGYIDYWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSDIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQSIS SYLNWYQQKPGKAPKLLIYAASSLQSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQSGFNSPHTFGQGXKLEIKRLGXYKDHD GXYKDHDIDXXDDDDXAXAXHHHHH*SPRWXSXSPYSESXYXRXLXXXXXXXDWEXXXXXXLXRXXXXPXFXXXXX [SEQ ID NO: 315] EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFGGYYMYWVRQAPGKGLEWVSGISYSGSYTYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARSYGPVYYSSSLDYWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSDIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQSISSY LNWYQQKPGKAPKLLIYAASSLQSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQSYSTPYTFXQGXKLEIKRLGXYKDHDXDY XDHDXXXXDXDXXRP [SEQ ID NO: 316] EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFYGYGMSWVRQAPGKGLEWVSSISGGGYGTYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARGYSYYSGYFDYWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSDIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQSISSYLN WYQQKPGKAPKLLIYAASSLQSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQSVGYLSTFGQGXKLEIKRLGXYKDHDGDYKD HDIDYXXDXXKAA [SEQ ID NO: 317]
ER (D lE CA ω — RK5 (D
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262/269
EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSSYAMSWVRQAPGKGLEWVSAISGSGGSTYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARGSHGLDYWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSDIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQSISSYLNWYQQ KPGKAPKLLIYAASSLQSGVPSRFSGSGSGTDFTLTIXXLQPEXFATYYCQQSYSTPYTFGQGXKLXIKRLXXYKDHDGDYKXHDXD XXMTXXRXPPXXXIXIDXXXWXXXXXYXEXXX [SEQ ID NO: 318] EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSSYAMSWVRQAPGKGLEWVSAISGSGGSTYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARGGHGIDYWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSDIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQSISSYLNWYQQ KPGKAPKLLIYAASSLQSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEXFATYYCQQSYSTPYTFGXGTKLEIXRLGXYKXHDGDXKDHDIX YXXDXXXXPPIIIIIXDHXGXXX [SEQ ID NO: 319] EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFGYSGMSWVRQAPGKGLEWVSYIYGSSGYTYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARSGPSYYYPPVYLDYWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSDIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQSISS YLNWYQQKPGKAPKLLIYAASSLQSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEXFATYYCQQSYSTPYTFGQGTKLEIKRXGXYXDHDGD YKXHDIXXXXDXXXAA [SEQ ID NO: 320]
RKCZ (D RKCZ (2) (I) ZONH
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263/269
EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSSSSMGWVRQAPGKGLEWVSYISGYSSSTYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARPTYGPGSARVYIDYWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSDIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQSISS YLNWYQQKPGKAPKLLIYAASSLQSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEXFATYYCQQSGYPFTFGQGXKLEIKRLGXYKDHDGDY XDHDIDYXDXDXKAA [SEQ ID NO: 321] EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSSYAMSWVRQAPGKGLEWVSAISGSGGSTYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARYGFVTYPYGGGYLDYWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSDIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQSIS SYLNWYQQKPGKAPKLLIYAASSLQSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEXFATYYCQQSYSTPYTFXQGXKLEIXRLGDYKXHDG DYKDHDXDXXXXXXXAXAHHHHHHXSPRXXSXSPXSESXYXRSLAWXXXXDWENXXVXXXXXXXXXPXXXXXXXXXXX [ SEQ ID NO: 322] EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFGYSDMYWVRQAPGKGLEWVSGIGYSGYYTSYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCRNAASGVYSYAYFDYWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSDIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQSISSY LNWYQQKPGKAPKLLIYAASSLQSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEXFATYYCQQYSYPFTFGQGTKLEXKRXXDYKDHDXDYX XHDXXXXXXXXXGXXSSSSSLXTAVXLXFXXXXVXXXXLXXXXFXXX*XXXPXLPXLIXXXXXPFXXXXXXXXXAXXXX [ SEQ ID NO: 323]
RKG2 (2) TPRD (D TPRD (2)
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264/269
EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSSYAMSWVRQAPGKGLEWVSAISGSGGSTYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARGPASSAYFDYWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSDIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQSISSYLNW YQQKPGKAPKLLIYAASSLQSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQSYSTPYTFXQGTKLEIKRLXDYKDHDGDYXDH DXDYKDDXXXAA [SEQ ID NO: 324] EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSGYSMSWVRQAPGKGLEWVSSISGSYGSTYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARYGYPYFGMDYWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSDIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQSISSYLNW YQQKPGKAPKLLIYAASSLQSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQSYSTPYTFGQGXKLEIKRLGDYKDHDGXYKDH DIDYKDXXDXAA [SEQ ID NQ: 325] EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSSYAMSWVRQAPGKGLEWVSYISYYSGYTYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARHYYGGFDYWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSDIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQSISSYLNWYQ QKPGKAPKLLIYAASSLQSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEXFATYYCQQGYTLYTFGQGXKLEIKRLGXYKDHDXDYKDHDXX XX*XXXAA [SEQ ID NQ: 326]
TPPR N2 (D ít (P — (2L| CN CN H S — HC1 (D
Petição 870190072807, de 30/07/2019, pág. 282/333
265/269
EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSSSYMSWVRQAPGKGLEWVSSIGGSGYSTYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARSYHYYIDYWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSDIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQSISSYLNWYQ QKPGKAPKLLIYAASSLQSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQPYFPPTFGXGTXLEXKRLGDYKXHDXDYKXHDIX XXMTMXRRP [SEQ ID NO: 327] EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSGYSMGWVRQAPGKGLEWVSGISSYYYGTSYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARSWTVGSSWDGDAFDYWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSDIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQSIS SYLNWYQQKPGKAPKLLIYAASSLQSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQSYWYPLTFGQGTKLEIKRLGDYKDHDG DYKDHDIDYKDDDDKAAAHHHHHH* [SEQ ID NO: 328] EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSSYAMSWVRQAPGKGLEWVSAISGSGGSTYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQ MNSLRAEDTAVYYCARGGGYFDYWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSDIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQSISSYLNWYQQ KPGKAPKLLIYAASSLQSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQSYSTPYTFGQGTKLEIKRLGDYKDHDGDYXDHDXD XXMXXXRRP [SEQ ID NO: 329]
ω cm m — TAP1 (D TAP 2 (2)
ς Tq
U (D o M cq
CD
P nJ P
C nJ
CD nJ
P cd
CD ω P
CD <u CD
P u ω
CD u c
CD
CD
CD
856, que é aqui incorporado por referência na sua totalidade.
nJ
CM
IO m co co
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TABELA 8
Antígeno Nome da Publicação Exemplos de SEQ ID NO.
Interleucina-4 IL-4 (2) 10
Interleucina-13 IL-13 (2) 32
Fator de crescimento endotelial vascular VEGF (2) 35
Linfotoxina-alfa TNF-b (2) 46
Interferon gama ΙΕΝ-γ (3) 55 ou 56
Lewis X Lewis x (2) 83
Sialila Lewis X Sialila x 85
Complemento Clq Clq 91
Complemento C5 C5 (2) 97
Inibidor da protease plasmática Cl Cl inh. (1) 98
Properdina Properdina 109
Fator de crescimento endotelial vascular VEGF (3) 112
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Interleucina-4 IL-4 (3) 114
Molécula de adesão intercelular 1 ICAM-1 121
Apolipoproteína Al Apo-Al (2) 132
Apolipoproteína Al Apo-Al (3) 133
Inibidor da protease plasmática Cl Cl inh. (2) 135
Inibidor da protease plasmática Cl Cl inh. (3) 136
Complemento C4 C4 (3) 138
Complemento C3 C3 (3) 140
Miomesina-2 MY0M2 (2) 143
Sistema visual homeobox 2 CHX10 (3) 146
Quinase 2 dependente de ciclina CDK-2 (2) 164
Proteína HADH2 HADH2 (3) 171
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Proteína-tirosina quinase 6 PTK6 188
Proteína homóloga de calcineurina B 1 CHP1 (2) 210
Aprataxina e fator semelhante ao PNK APLF (2) 261
Homólogo 1 de disks large DLG1-1 (2) 268
Proteína quinase dependente de cálcio/calmodulina tipo IV KCC4 (1) 283
Guanilato quinase associada à membrana, proteína contendo o domínio WW e PDZ 1 MAGI1-1 (1) 291
Serina/treoninaproteína quinase MARK1 MARK1-1 (2) 292
Proteína de dedo de zinco domínio PR 8 PRDM8-1 (1) 305
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269/269
Proteína zeta C tipo zeta PRKCZ (2) 319
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Claims (25)

  1. REIVINDICAÇÕES
    1. Método caracterizado pelo fato de que é para diagnosticar ou determinar um estado de doença associado a um câncer pancreático compreendendo ou consistindo nas etapas de:
    (a) fornecer uma amostra de um indivíduo a ser testado; e (b) medir a presença e/ou quantidade na amostra de teste de um ou mais biomarcadores selecionados do grupo definido na Tabela A;
    em que a presença e/ou quantidade na amostra de teste de um ou mais biomarcadores selecionados do grupo definido na Tabela A é indicativa do estado de doença associado ao câncer pancreático no indivíduo.
  2. 2. Método, de acordo com a reivindicação 1, caracterizado pelo fato de que a amostra na etapa (a) é sangue ou soro.
  3. 3. Método, de acordo com a reivindicação 1 ou 2, caracterizado pelo fato de que a amostra na etapa (a) é de um doente em um dos seguintes grupos de risco:
    (a) Indivíduos com histórico familiar de câncer pancreático;
    (b) Indivíduos diagnosticados com diabetes de inicio recente do tipo II; ou (c) Indivíduos com sintomas sugestivos ou consistentes
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    2/25 com câncer pancreático.
  4. 4. Método, de acordo com qualquer uma das reivindicações anteriores, caracterizado pelo fato de que a etapa (b) compreende ou consiste em medir a presença e/ou quantidade de um ou mais biomarcadores listados na Tabela A, parte (1) e/ou parte (iii) .
  5. 5. Método, de acordo com qualquer uma das reivindicações anteriores, caracterizado pelo fato de que o método é para:
    (1) diagnóstico e/ou estadiamento do câncer pancreático inicial;
    (ii) identificação de indivíduos em risco de ter ou desenvolver câncer pancreático;
    (iii) diagnóstico e/ou estadiamento do câncer de pâncreas;
    (iv) diferenciação entre câncer pancreático e pancreatite crônica; e/ou (v) detectar a presença de neoplasias mucinosas papilares intraductais.
  6. 6. Método, de acordo com qualquer uma das reivindicações anteriores, caracterizado pelo fato de que o câncer pancreático é adenocarcinoma pancreático.
  7. 7. Método, de acordo com qualquer uma das reivindicações anteriores, caracterizado pelo fato de que a etapa (b) compreende ou consiste em medir a presença e/ou quantidade de um ou mais biomarcadores listados na Tabela A, por
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    3/25 exemplo, pelo menos 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, ou todos os 29 dos biomarcadores listados na Tabela A.
  8. 8. Método, de acordo com qualquer uma das reivindicações anteriores, caracterizado pelo fato de que a etapa (b) compreende ou consiste em medir a presença e/ou quantidade de.
    (1) os biomarcadores listados na Tabela A e Complemento Clq (Clq; por exemplo, Uniprot ID P02745, 2746 e/ou 2747);
    (ii) os biomarcadores listados na Tabela A, excluindo a Interleucina-6 (IL-6) e/ou proteína de ligação ao GTP GEM (GEM); ou (ill) os biomarcadores listados na Tabela A (excluindo IL-6 e GEM) e Clq.
  9. 9. Método, de acordo com qualquer uma das reivindicações anteriores, caracterizado pelo fato de que a etapa (b) compreende ou consiste em medir a presença e/ou quantidade dos seguintes biomarcadores:
    DLG1, PRKCZ, VEGF, C3, C1INH, IL-4, ΙΕΝγ, C5, PTK6, CHP1, APLF, CAMK4, MAGI, MARK1, PRDM8, APOA1, CDK2, HADH2, C4, VSX2/CHX10, ICAM-1, IL-13, Lewis x/CD15, MYOM2, Fator P, Sialila Lewis x, ΤΝΕβ e Complemento Clq (opcionalmente incluindo um ou mais biomarcadores da Tabela B e/ou IL-6 e/ou GEM).
  10. 10. Método, de acordo com qualquer uma das
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    4/25 reivindicações anteriores, caracterizado pelo fato de que a etapa (b) compreende ou consiste em medir a presença e/ou quantidade de um ou mais biomarcadores adicionais listados na Tabela B, por exemplo, pelo menos 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25, 30, 35, 40, 45, 50, 55, 60, 65, 70, 75, 80, 85, 90 ou todos os biomarcadores da Tabela B.
  11. 11. Método, de acordo com qualquer uma das reivindicações anteriores, caracterizado pelo fato de que o estado patológico associado a câncer pancreático é câncer pancreático em fase inicial.
  12. 12. Método, de acordo com a reivindicação 11, caracterizado pelo fato de que o método é para o diagnóstico de câncer pancreático no estágio I e/ou estágio II.
  13. 13. Método, de acordo com a reivindicação 12, caracterizado pelo fato de que a etapa (b) compreende ou consiste em medir a presença e/ou quantidade de um ou mais biomarcadores listados em:
    (i) Tabela A, parte (i), por exemplo, ambos os biomarcadores listados na Tabela A (1); e/ou (ii) Tabela A, parte (ii), por exemplo, pelo menos, 2,
    3, 4, 5, 6, 7 ou todos os biomarcadores listados na Tabela A (ü) ; e/ou (iii) Tabela A, parte (iii), por exemplo, pelo menos, 2, 3, 4,5,6 ou todos os biomarcadores listados na Tabela
    A (ill) ; e/ou
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    5/25 (iv) Tabela A, parte (iv), por exemplo, pelo menos, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12 ou todos os biomarcadores listados na Tabela A (iv).
  14. 14. Método, de acordo com a reivindicação 12 ou 13, caracterizado pelo fato de que a etapa (b) compreende ou consiste em medir a presença e/ou quantidade de um ou mais biomarcadores listados na Tabela C, por exemplo, pelo menos
    2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16 , 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24 ou todos os biomarcadores da Tabela C. 15. Método, de acordo com qualquer uma das
    reivindicações anteriores, caracterizado pelo fato de que o estado patológico associado a câncer pancreático é câncer pancreático em fase tardia.
    16. Método, de acordo com a reivindicação 15, caracterizado pelo fato de que o método é para o diagnóstico de câncer pancreático no estágio III e/ou estágio IV.
    17. Método, de acordo com a reivindicação 16, caracterizado pelo fato de que a etapa (b) compreende ou consiste em medir a presença e/ou quantidade de um ou mais biomarcadores listados em:
    (i) Tabela A, parte (1), por exemplo, ambos os biomarcadores listados na Tabela A (1); e/ou (ii) Tabela A, parte (ii), por exemplo, pelo menos, 2, 3, 4, 5, 6, 7 ou todos os biomarcadores listados na Tabela
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    A (ii); e/ou (iii) Tabela A, parte (ill), por exemplo, pelo menos,
    2, 3, 4, 5, 6 ou todos os biomarcadores listados na Tabela A (iii); e/ou (iv) Tabela A, parte (iv), por exemplo, pelo menos, 2,
    3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12 ou todos os biomarcadores listados na Tabela A (iv).
    18. Método, de acordo com a reivindicação 16 ou 17, caracterizado pelo fato de que a etapa (b) compreende ou consiste em medir a presença e/ou quantidade de um ou mais biomarcadores listados na Tabela D, por exemplo, pelo menos
    2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, ou todos os biomarcadores da Tabela D. 19. Método, de acordo com qualquer uma das
    reivindicações anteriores, caracterizado pelo fato de que o método é para diferenciar o câncer pancreático da pancreatite crônica.
    20. Método, de acordo com a reivindicação 19, caracterizado pelo fato de que a etapa (b) compreende ou consiste em medir a presença e/ou quantidade de um ou mais biomarcadores listados em:
    (i) Tabela A, parte (i), por exemplo, ambos os biomarcadores listados na Tabela A (1); e/ou (ii) Tabela A, parte (ii), por exemplo, pelo menos, 2, 3, 4, 5, 6, 7 ou todos os biomarcadores listados na Tabela
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    A (ii); e/ou (iii) Tabela A, parte (iii), por exemplo, pelo menos,
    2, 3, 4, 5, 6 ou todos os biomarcadores listados na Tabela A (iii); e/ou (iv) Tabela A, parte (iv), por exemplo, pelo menos, 2,
    3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12 ou todos os biomarcadores listados na Tabela A (iv).
    21. Método, de acordo com a reivindicação 19 ou 20, caracterizado pelo fato de que a etapa (b) compreende ou consiste em medir a presença e/ou quantidade de um ou mais biomarcadores selecionados a partir do grupo que consiste em IL-4, C4, MAPK9, C1INH, VEGF, PTPRD, KCC4, TNF-α, Clq e BTK.
    22. Método, de acordo com qualquer uma das reivindicações anteriores, caracterizado pelo fato de que o método é para detectar a presença de neoplasmas mucinosos papilares intraductais, por exemplo, IPMNs malignos.
    23. Método, de acordo com a reivindicação 22, caracterizado pelo fato de que a etapa (b) compreende ou consiste em medir a presença e/ou quantidade de um ou mais biomarcadores listados em:
    (i) Tabela A, parte (i), por exemplo, ambos os biomarcadores listados na Tabela A (i); e/ou (ii) Tabela A, parte (ii), por exemplo, pelo menos, 2, 3, 4, 5, 6, 7 ou todos os biomarcadores listados na Tabela A (ii); e/ou
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    8/25 (iii) Tabela A, parte (iii), por exemplo, pelo menos,
    2, 3, 4, 5, 6 ou todos os biomarcadores listados na Tabela A (iii); e/ou (iv) Tabela A, parte (iv), por exemplo, pelo menos, 2,
    3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12 ou todos os biomarcadores listados na Tabela A (iv).
    24. Método, de acordo com qualquer uma das reivindicações anteriores, caracterizado pelo fato de que a etapa (b) compreende medir a presença e/ou quantidade de todos os biomarcadores listados na Tabela A (por exemplo, ao nível de proteína, mRNA e/ou ctDNA).
    25. Método, de acordo com qualquer uma das reivindicações anteriores, caracterizado pelo fato de que a etapa (b) compreende a medição da presença e/ou quantidade de DLG1, PRKCZ, VEGF, C3, C1INH, IL-4, ΙΕΝγ, C5, PTK6, CHP1, APLF, CAMK4, MAGI, MARKl, PRDM8, AP0A1, CDK2, HADH2, C4, VSX2/CHX10, ICAM-1, IL-13, Lewis x/CD15, MYOM2, Factor P, Sialila Lewis x, ΤΝΕβ e Complemento Clq.
    26. Método, de acordo com qualquer uma das reivindicações anteriores, caracterizado pelo fato de que compreende ou consiste ainda nas etapas de:
    (c) fornecer uma ou mais amostras de controle de:
    1. um indivíduo não afligido com câncer pancreático; e/ou ii. um indivíduo afligido com câncer do pâncreas, em
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    9/25 que a amostra era de um estágio diferente do da amostra de teste; e/ou iii. um indivíduo afligido com pancreatite crônica; e (d) determinar uma assinatura de biomarcador de uma ou mais amostras de controle, medindo a presença e/ou quantidade na amostra de controle de um ou mais biomarcadores medida na etapa (b);
    em que o estado de doença associado a câncer pancreático é identificado no caso em que a presença e/ou quantidade na amostra de teste do um ou mais biomarcadores medidos na etapa (b) é diferente da presença e/ou quantidade na amostra de controle do um ou mais biomarcadores medidos na etapa (d).
    27. Método, de acordo com qualquer uma das reivindicações anteriores, caracterizado pelo fato de que compreende ou consiste ainda nas etapas de:
    (e) fornecer uma ou mais amostras de controle de;
    i. um indivíduo afligido com câncer pancreático; e/ou ii. um indivíduo que sofre de câncer do pâncreas, em que a amostra foi do mesmo estágio que a da referida amostra de teste;
    (f) determinar uma assinatura de biomarcador da amostra de controle medindo a presença e/ou quantidade na amostra de controle de um ou mais biomarcadores medidos na etapa (b);
    em que o estado de doença associado a câncer pancreático é identificado no caso de a presença e/ou quantidade na
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    10/25 amostra de teste do um ou mais biomarcadores medidos na etapa (b) corresponder à presença e/ou quantidade na amostra de controle do um ou mais biomarcadores medidos na etapa (f).
    28. Método, de acordo com a reivindicação 26, caracterizado pelo fato de que o indivíduo não afligido com câncer pancreático é um indivíduo saudável.
    29. Método, de acordo com as reivindicações 26 ou 27, caracterizado pelo fato de que o um ou mais indivíduos afligidos por câncer pancreático são afligidos com um câncer pancreático selecionado a partir do grupo que consiste em adenocarcinoma (por exemplo, adenocarcinoma ductal pancreático ou adenocarcinoma papilar pancreático tubular), sarcoma pancreático, cistadenoma seroso maligno, carcinoma adenoescamoso, carcinoma de células em anel de sinete, carcinoma hepatoide, carcinoma coloide, carcinoma indiferenciado e indiferenciados com células gigantes como osteoclastos.
    30. Método, de acordo com qualquer uma das reivindicações anteriores, caracterizado pelo fato de que o câncer pancreático é adenocarcinoma ductal pancreático.
    31. Método, de acordo com qualquer uma das reivindicações anteriores, caracterizado pelo fato de que o método é repetido.
    32. Método, de acordo com a reivindicação 31, caracterizado pelo fato de que o método é repetido utilizando
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    11/25 uma amostra de teste tirada do mesmo indivíduo em um período de tempo diferente daquele da(s) amostra (s) de teste anterior(es) utilizada(s).
    33. Método, de acordo com a reivindicação 32, sendo que o método é caracterizado pelo fato de que é repetido utilizando uma amostra de teste tomada entre 1 dia e 104 semanas antes da(s) amostra(s) anterior(es) utilizada(s), por exemplo, entre 1 semana a 100 semanas, 1 semana a 90 semanas, 1 semana a 80 semanas, 1 semana a 70 semanas, 1 semana a 60 semanas, 1 semana a 50 semanas, 1 semana a 40 semanas, 1 semana a 30 semanas, 1 semana a 20 semanas, 1 semana a 10 semanas, 1 semana a 9 semanas, 1 semana a 8 semanas, 1 semana a 7 semanas, 1 semana a 6 semanas, 1 semana a 5 semanas, 1 semana a 4 semanas, 1 semana a 3 semanas ou 1 semana a 2 semanas.
    34. Método, de acordo com a reivindicação 32 ou 33, sendo que o método é caracterizado pelo fato de que é repetido usando uma amostra de teste tirada a cada período
    do grupo que : consiste em: 1 dia, 2 dias, 3 dias , 4 dias, 5 dias, 6 dia s, 7 dia s, 10 dias, 2 semanas, 3 semanas, 4 semanas, 5 semanas, 6 semanas, 7 semanas, 8 semanas, 9 semanas, 10 semanas, 15 semanas, 20 semanas, 25 semanas, 30 semanas, 35 semanas, 40 semanas, 45 semanas, 50 semanas, 55 semanas, 60 semanas, 65 semanas, 70 semanas, 75 semanas, 80 semanas, 85 semanas, 90 semanas, 95 semanas , 100 semanas,
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    104, semanas, 105 semanas, 110 semanas, 115 semanas, 120 semanas, 125 semanas e 130 semanas.
    35. Método, de acordo com qualquer uma das reivindicações 32 a 34, sendo que o método é caracterizado pelo fato de que é repetido pelo menos uma vez, por exemplo,
    2 vezes, 3 vezes, 4 vezes, 5 vezes, 6 vezes, 7 vezes, 8 vezes, 9 vezes, 10 vezes, 11 vezes, 12 vezes, 13 vezes, 14 vezes, 15 vezes, 16 vezes, 17 vezes, 18 vezes, 19 vezes, 20 vezes, 21 vezes, 22 vezes, 23, 24 vezes ou 25 vezes. 36 Método r de acordo com qualquer uma das
    reivindicações 32 a 35, sendo que o método é caracterizado pelo fato de que é repetido até que o câncer pancreático seja diagnosticado no indivíduo utilizando métodos clínicos convencionais.
    37. Método, de acordo com qualquer uma das reivindicações anteriores, caracterizado pelo fato de que a etapa (b) compreende medir a expressão da proteína ou polipeptídeo de um ou mais biomarcadores.
    38. Método, de acordo com a reivindicação 37, caracterizado pelo fato de que a etapa (b) , (d) e/ou etapa (f) é realizada utilizando um ou mais primeiros agentes de ligação capazes de se ligar a uma proteína ou polipeptídeo biomarcador listado na Tabela A.
    39. Método, de acordo com a reivindicação 38, caracterizado pelo fato de que o primeiro agente de ligação
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    13/25 compreende ou consiste em um anticorpo ou em um seu fragmento de ligação ao antígeno.
    40. Método, de acordo com a reivindicação 39, caracterizado pelo fato de que o anticorpo ou um seu fragmento de ligação ao antígeno é um anticorpo recombinante ou seu fragmento de ligação ao antígeno.
    41. Método, de acordo com a reivindicação 39 ou 40, caracterizado pelo fato de que o anticorpo ou o seu fragmento de ligação ao antígeno é selecionado do grupo que consiste em: scFv; Fab; um domínio de ligação de uma molécula de
    imunoglobulina. 42. Método, de acordo com qualquer uma das reivindicações 38 a 41 , caracterizado pelo fato de que o primeiro agente de ligação está imobilizado em uma superfície. 43. Método, de acordo com qualquer uma das reivindicações 27 a 42, caracterizado pelo fato de que c i um ou mais biomarcadores na (s) amostra (s) de teste e/ou de controle estão marcados com uma unidade detectável • 44. Método, de acordo com a reivindicação 43,
    caracterizado pelo fato de que a porção detectável é selecionada do grupo consistindo em: uma porção fluorescente; uma porção luminescente; uma porção quimioluminescente; uma porção radioativa; uma porção enzimática.
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    45. Método, de acordo com a reivindicação 43 ou 44, caracterizado pelo fato de que a porção detectável é biotina.
    46. Método, de acordo com qualquer uma das reivindicações 41 a 45, caracterizado pelo fato de que a etapa (b) , (d) e/ou etapa (f) é realizada utilizando um ensaio compreendendo um segundo agente de ligação capaz de se ligar ao um ou mais biomarcadores, o segundo agente de ligação compreendendo uma porção detectável.
    47. Método, de acordo com a reivindicação 46, caracterizado pelo fato de que o segundo agente de ligação compreende ou consiste em um anticorpo ou em um seu fragmento de ligação ao antígeno.
    48. Método, de acordo com a reivindicação 47, caracterizado pelo fato de que o anticorpo ou um seu fragmento de ligação ao antígeno é um anticorpo recombinante ou seu fragmento de ligação ao antígeno.
    49. Método, de acordo com a reivindicação 47 ou 48, caracterizado pelo fato de que o anticorpo ou o seu fragmento de ligação ao antígeno é selecionado do grupo que consiste em: scFv; Fab; um domínio de ligação de uma molécula de imunoglobulina.
    50. Método, de acordo com a reivindicação 46 a 49, caracterizado pelo fato de que a porção detectável é selecionada do grupo consistindo em: uma porção fluorescente; uma porção luminescente; uma porção
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  15. 15/25 quimioluminescente; uma porção radioativa; uma porção enzimática.
    51. Método, de acordo com a reivindicação 50, caracterizado pelo fato de que a porção detectável é porção fluorescente (por exemplo, um corante Alexa Fluor, por exemplo, Alexa647).
    52. Método, de acordo com qualquer uma das reivindicações anteriores, caracterizado pelo fato de que o método compreende ou consiste em um ELISA (Ensaio Imunoabsorvente Ligado a Enzima).
    53. Método, de acordo com qualquer uma das reivindicações anteriores, caracterizado pelo fato de que a etapa (b) , (d) e/ou etapa (f) é realizada utilizando uma matriz.
    54. Método, de acordo com as reivindicações 53, caracterizado pelo fato de que o conjunto é selecionado do grupo que consiste em: macromatriz; micromatriz; nanomatriz.
    55. Método, de acordo com qualquer uma das reivindicações 37 a 54, sendo que o método é caracterizado pelo fato de que compreende:
    (1) marcar biomarcadores presentes na amostra com biotina;
    (ii) contatar as proteínas marcadas com biotina com uma matriz compreendendo uma pluralidade de scFv imobilizados em locais distintos sobre a sua superfície, o scFv possuindo
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  16. 16/25 especificidade para uma ou mais das proteínas na Tabela A;
    (iii) contatar as proteínas marcadas com biotina (imobilizadas sobre o scFv), com um conjugado de estreptavidina que compreende um corante fluorescente; e (iv) detectar a presença do corante em locais distintos na superfície da matriz em que a expressão do corante na superfície da matriz é indicativa da expressão de um biomarcador da Tabela A na amostra.
    56. Método, de acordo com qualquer uma das reivindicações 1 a 36, caracterizado pelo fato de que a etapa (b) , (d) e/ou (f) compreende medir a expressão de uma molécula de ácido nucleico que codifica o um ou mais biomarcadores.
    57. Método, de acordo caracterizado pelo fato de que é uma molécula de mRNA.
    58. Método, de acordo caracterizado pelo fato de que é uma molécula de DNA.
    59. Método, de acordo caracterizado pelo fato de que com a reivindicação 56, a molécula de ácido nucleico com a reivindicação 56, a molécula de ácido nucleico com a reivindicação 58, a molécula de ácido nucleico é uma molécula de cDNA ou ctDNA.
    60. Método, de acordo com qualquer uma das reivindicações 56 a 59, caracterizado pelo fato de que a
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  17. 17/25 medição da expressão de um ou mais biomarcadores na etapa (b), (d) e/ou (f) é realizada utilizando um método selecionado do grupo que consiste de hibridação Southern, hibridização Northern, reação em cadeia da polimerase (PCR), PCR de transcriptase reversa (RT-PCR), PCR quantitativo em tempo real (qRT-PCR), nanomatriz, micromatriz, macromatriz, autorradiografia e hibridização in sítu.
    61. Método, de acordo com qualquer uma das reivindicações 56 a 60, caracterizado pelo fato de que a medição da expressão de um ou mais biomarcadores na etapa (b) é determinada utilizando uma micromatriz de DNA.
    62. Método, de acordo com qualquer uma das reivindicações 56 a 61, caracterizado pelo fato de que a medição da expressão de um ou mais biomarcadores na etapa (b), (d) e/ou (f) é realizada utilizando uma ou mais porções de ligação, cada uma individualmente capaz de se ligar seletivamente a uma molécula de ácido nucleico que codifica um dos biomarcadores identificados na Tabela A.
    63. Método, de acordo com a reivindicação 62, caracterizado pelo fato de que cada uma dentre a uma ou mais porções de ligação compreende ou consiste em uma molécula de ácido nucleico.
    64. Método, de acordo com a reivindicação 63, caracterizado pelo fato de que cada uma dentre a uma ou mais porções de ligação compreende ou consiste em DNA, RNA, PNA,
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  18. 18/25
    LNA, GNA, TNA ou PMO.
    65. Método, de acordo com a reivindicação 63 ou 64, caracterizado pelo fato de que cada uma dentre a uma ou mais
    porções de ligação compreende ou consiste em DNA. 66. Método, de acordo com qualquer uma das reivindicações 63 a 65, caracterizado pelo fato de que a uma ou mais partes de ligação tem 5 a 100 nucleotídeos de comprimento, por exemplo, 15 a 35 nucleot ídeos de comprimento. 67. Método, de acordo com qualquer uma das
    reivindicações 63 a 66, caracterizado pelo fato de que a porção de ligação compreende uma porção detectável.
    68. Método, de acordo com a reivindicação 67, caracterizado pelo fato de que a porção detectável é selecionada do grupo consistindo em: uma porção fluorescente; uma porção luminescente; uma porção quimioluminescente; uma porção radioativa (por exemplo, um átomo radioativo); ou uma porção enzimática.
    69. Método, de acordo com a reivindicação 68, caracterizado pelo fato de que a porção detectável compreende ou consiste em um átomo radioativo.
    70. Método, de acordo com a reivindicação 69, caracterizado pelo fato de que o átomo radioativo é selecionado do grupo que consiste em tecnécio-99m, iodo-123, iodo-125, iodo-131, indio-111, flúor-19, carbono- 13,
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  19. 19/25 nitrogênio-15, oxigênio-17, fósforo-32, enxofre-35, deutério, tritio, rênio-186, rênio-188 e itrio-90.
    71. Método, de acordo com a reivindicação 68, caracterizado pelo fato de que a porção detectável da porção de ligação é uma porção fluorescente.
    72. Método, de acordo com qualquer uma das reivindicações anteriores, caracterizado pelo fato de que a amostra fornecida na etapa (a) (c) e/ou (e) é selecionada do grupo consistindo em sangue não fracionado, plasma, soro, fluido tecidular, tecido pancreático, leite, bile e urina.
    73. Método, de acordo com a reivindicação 72, caracterizado pelo fato de que a amostra fornecida na etapa (a) (c) e/ou (e) é selecionada do grupo consistindo em sangue não fracionado, plasma e soro.
    74. Método, de acordo com de acordo com a reivindicação 72 ou 73, caracterizado pelo fato de que a amostra fornecida na etapa (a) (c) e/ou (e) é soro.
    75. Método, de acordo com qualquer uma das reivindicações anteriores, caracterizado pelo fato de que a precisão preditiva do método, conforme determinado por um valor ROC AUC, é pelo menos 0,50, por exemplo, pelo menos 0,55, 0, 60, 0, 65, 0,70, 0,75, 0, 80, 0,85, 0, 90, 0, 95, 0, 96, 0,97, 0,98 ou pelo menos 0,99.
    76. Método, de acordo com a reivindicação 75, caracterizado pelo fato de que a precisão preditiva do
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  20. 20/25 método, conforme determinado por um valor ROC AUC, é pelo menos 0,70.
    77. Método, de acordo com qualquer uma das reivindicações anteriores, caracterizado pelo fato de que compreende uma ou mais investigações clinicas adicionais (tais como testar uma amostra de biopsia e/ou imagiologia ín vivo do paciente) para confirmar ou estabelecer o diagnóstico.
    78. Método, de acordo com qualquer uma das reivindicações anteriores, caracterizado pelo fato de que, no caso de o indivíduo ser diagnosticado com câncer pancreático, compreende a etapa (g) de proporcionar ao indivíduo uma terapia de câncer pancreático.
    79. Método, de acordo com a reivindicação 78, caracterizado pelo fato de que a terapia do câncer pancreático é selecionada do grupo que consiste em cirurgia, quimioterapia, radioterapia, imunoterapia, quimioimunoterapia, termoterapia e combinações destas.
    80. Método, de acordo com a reivindicação 78 ou 79, caracterizado pelo fato de que a terapia do câncer pancreático compreende ou consiste em remoção cirúrgica do pâncreas, total ou parcialmente (por exemplo, utilizando o procedimento de Whipple para remover a cabeça do pâncreas ou uma pancreatectomia total) combinada com quimioterapia (exemplo, gemcitabina e/ou 5-fluorouracila).
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  21. 21/25
    81. Matriz para determinar a presença ou risco de ter câncer pancreático em um indivíduo caracterizada pelo fato de que compreende um agente ou agentes para detectar a presença em uma amostra de proteína e/ou ácido nucleico do indivíduo de um ou mais dos biomarcadores definidos na Tabela A.
    82. Matriz, de acordo com a reivindicação 81, caracterizada pelo fato de que o agente ou agentes para detectar a presença em uma amostra de um ou mais dos biomarcadores definidos na Tabela A são um ou mais agentes de ligação de acordo com qualquer uma das reivindicações 39 a 42 ou 63 a 71.
    83. Matriz, de acordo com a reivindicação 81 ou 82, sendo que a matriz é caracterizada pelo fato de que compreende agentes capazes de se ligar a todos os biomarcadores definidos na Tabela A.
    84. Matriz, de acordo com a reivindicação 81 ou 82, sendo que a matriz é caracterizada pelo fato de que compreende agentes capazes de se ligar aos seguintes biomarcadores;
    DLG1, PRKCZ, VEGF, C3, C1INH, IL-4, IFNy, C5, PTK6, CHP1, APLF, CAMK4, MAGI, MARK1, PRDM8, AP0A1, CDK2, HADH2, C4, VSX2/CHX10, ICAM-1, IL- 13, Lewis x/CD15, MY0M2, Fator P, Sialila Lewis x, TNFp e Complemento Clq (opcionalmente incluindo um ou mais biomarcadores da
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  22. 22/25
    Tabela B e/ou IL-6 e/ou GEM) . 85. Matriz, de acordo com qualquer uma das reivindicações 81 a 84, caracterizada pelo fato de que o
    conjunto compreende anticorpos ou seus fragmentos de ligação ao antígeno, capazes de se ligar a todos os biomarcadores ao nível proteico.
    86. Matriz, de acordo com a reivindicação 85, sendo que a matriz é caracterizada pelo fato de que compreende um ou mais dos anticorpos identificados na Tabela 7.
    87. Matriz, de acordo com a reivindicação 85, caracterizada pelo fato de que o conjunto compreende ou consiste em todos os anticorpos na Tabela 8.
    88. Matriz, de acordo com qualquer uma das reivindicações 81 a 84, caracterizada pelo fato de que o conjunto compreende agentes capazes de se ligar a todos os biomarcadores ao nível de mRNA e/ou DNA.
    89. Matriz, de acordo com qualquer uma das reivindicações 81 a 88, caracterizada pelo fato de que compreende ainda uma amostra de controle positivo (tal como albumina de soro bovino).
    90. Matriz, de acordo com qualquer uma das reivindicações 81 a 89, caracterizada pelo fato de que compreende ainda uma amostra de controle negativo (tal como solução salina tamponada com fosfato).
    91. Uso de um ou mais biomarcadores selecionados do
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  23. 23/25 grupo definido na Tabela A caracterizado pelo fato de que é como biomarcadores para determinar a presença ou o risco de ter câncer pancreático em um indivíduo.
    92. Uso, de acordo com a reivindicação 91, caracterizado pelo fato de que o um ou mais biomarcadores compreende(m) os seguintes biomarcadores:
    DLG1, PRKCZ, VEGF, C3, C1INH, IL-4, ΙΕΝγ, C5, PTK6, CHP1, APLF, CAMK4, MAGI, MARK1, PRDM8, AP0A1, CDK2, HADH2, C4, VSX2/CHX10, ICAM-1, IL-13, Lewis x/CD15, MY0M2, Fator P, Sialila Lewis x, ΤΝΕβ e Complemento Clq
    (opcionalmente incluindo um ou mais biomarcadores da Tabela B mais IL-6 e GEM). 93. Uso, de acordo com a reivindicação 91 ou 92, caracterizado pelo fato de que todos os biomarcadores
    definidos na Tabela A são utilizados em conjunto como uma assinatura diagnostica para determinar a presença de câncer pancreático em um indivíduo.
    94 . Kit caracterizado pelo fato de que é para determinar a presença ou risco de ter câncer pancreático compreendendo:
    (a) uma matriz de acordo com qualquer uma das reivindicações 81 a 90, ou componentes para fazer a mesma; e (b) instruções para realizar o método de acordo com qualquer uma das reivindicações 1 a 80.
    95. Método de tratamento do câncer de pâncreas em um
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  24. 24/25 indivíduo caracterizado pelo fato de que compreende as etapas de:
    (a) diagnosticar câncer pancreático de acordo com o método de acordo com qualquer uma das reivindicações 1 a 80; e (b) proporcionar ao indivíduo a terapia do câncer pancreático.
    96. Método, de acordo com a reivindicação 95, caracterizado pelo fato de que a etapa (a) compreende ainda compreender uma ou mais investigações clínicas adicionais (tal como testar uma amostra de biopsia e/ou imagiologia ín vivo do doente) para confirmar ou estabelecer o diagnóstico.
    97. Método, de acordo com a reivindicação 95 ou 96, caracterizado pelo fato de que a terapia do câncer pancreático é selecionada do grupo que consiste em cirurgia (por exemplo, ressecção), quimioterapia, imunoterapia, quimioimunoterapia e termoquimioterapia.
    98. Método, de acordo com qualquer uma das reivindicações 95 a 97, caracterizado pelo fato de que a terapia do câncer pancreático compreende a remoção cirúrgica do pâncreas, total ou parcialmente (por exemplo, utilizando o procedimento de Whipple para remover a cabeça do pâncreas ou uma pancreatectomia total) combinada com quimioterapia (por exemplo, gemcitabina e/ou 5-fluorouracila).
    99. Método ou uso caracterizado pelo fato de que é para
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  25. 25/25 determinar a presença de câncer pancreático em um indivíduo substancialmente como aqui descrito.
    100. Matriz ou kit caracterizado pelo fato de que é para determinar a presença de câncer pancreático em um indivíduo substancialmente como aqui descrito.
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