BR112013011035A2 - predição in silico de combinações gênicas de elevada expressão e outras combinações de componentes biológicos - Google Patents

predição in silico de combinações gênicas de elevada expressão e outras combinações de componentes biológicos

Info

Publication number
BR112013011035A2
BR112013011035A2 BR112013011035A BR112013011035A BR112013011035A2 BR 112013011035 A2 BR112013011035 A2 BR 112013011035A2 BR 112013011035 A BR112013011035 A BR 112013011035A BR 112013011035 A BR112013011035 A BR 112013011035A BR 112013011035 A2 BR112013011035 A2 BR 112013011035A2
Authority
BR
Brazil
Prior art keywords
combinations
candidate
components
biological
biological components
Prior art date
Application number
BR112013011035A
Other languages
English (en)
Inventor
Potter Laura
Nuccio Michael
Dwyer Rex
Original Assignee
Syngenta Participations Ag
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Syngenta Participations Ag filed Critical Syngenta Participations Ag
Publication of BR112013011035A2 publication Critical patent/BR112013011035A2/pt

Links

Classifications

    • G—PHYSICS
    • G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
    • G16B—BIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
    • G16B20/00—ICT specially adapted for functional genomics or proteomics, e.g. genotype-phenotype associations
    • G—PHYSICS
    • G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
    • G16B—BIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
    • G16B20/00—ICT specially adapted for functional genomics or proteomics, e.g. genotype-phenotype associations
    • G16B20/20—Allele or variant detection, e.g. single nucleotide polymorphism [SNP] detection
    • G—PHYSICS
    • G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
    • G16B—BIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
    • G16B25/00—ICT specially adapted for hybridisation; ICT specially adapted for gene or protein expression
    • G—PHYSICS
    • G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
    • G16B—BIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
    • G16B35/00—ICT specially adapted for in silico combinatorial libraries of nucleic acids, proteins or peptides
    • G16B35/20—Screening of libraries
    • G—PHYSICS
    • G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
    • G16B—BIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
    • G16B35/00—ICT specially adapted for in silico combinatorial libraries of nucleic acids, proteins or peptides
    • G—PHYSICS
    • G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
    • G16C—COMPUTATIONAL CHEMISTRY; CHEMOINFORMATICS; COMPUTATIONAL MATERIALS SCIENCE
    • G16C20/00—Chemoinformatics, i.e. ICT specially adapted for the handling of physicochemical or structural data of chemical particles, elements, compounds or mixtures
    • G16C20/60—In silico combinatorial chemistry

Landscapes

  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • Medical Informatics (AREA)
  • Theoretical Computer Science (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Bioinformatics & Computational Biology (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Evolutionary Biology (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Spectroscopy & Molecular Physics (AREA)
  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Library & Information Science (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
  • Apparatus Associated With Microorganisms And Enzymes (AREA)
  • Management, Administration, Business Operations System, And Electronic Commerce (AREA)
  • Agricultural Chemicals And Associated Chemicals (AREA)

Abstract

predição in silico de combinações gênicas de elevada expressão e outras combinações de componentes biológicos. a presente invenção refere-se a sistemas e métodos para selecionar componentes biológicos candidatos e/ou combinações de componentes biológicos que afetam um processo biológico. por exemplo, um dispositivo de computação pode usar um modelo computacional para simular o processo biológico e prever um resultado fenótípico. dessa maneira, o impacto de componentes candidatos e combinações candidatas podem ser determinado utilizando o modelo computacional. o dispositivo de computação pode determinar características ótimas tais como níveis de expressão de componentes biológicos que resultam em um resultado fenotípico desejável do processo biológico conforme previsto pelo modelo computacional. o dispositivo de computação pode realizar uma análise de sensibilidade em relação às características ótimas. a análise de sensibilidade pode ser usada para determinar se as combinações candidatas são robustas numa faixa das características ótimas. o dispositivo de computação pode selecionar vários componentes candidatos e combinações candidatas com base na análise de sensibilidade e no resultado fenotípico previsto.
BR112013011035A 2010-11-04 2011-11-03 predição in silico de combinações gênicas de elevada expressão e outras combinações de componentes biológicos BR112013011035A2 (pt)

Applications Claiming Priority (2)

Application Number Priority Date Filing Date Title
US12/939,586 US20120115734A1 (en) 2010-11-04 2010-11-04 In silico prediction of high expression gene combinations and other combinations of biological components
PCT/US2011/059123 WO2012061585A2 (en) 2010-11-04 2011-11-03 In silico prediction of high expression gene combinations and other combinations of biological components

Publications (1)

Publication Number Publication Date
BR112013011035A2 true BR112013011035A2 (pt) 2017-05-30

Family

ID=46020199

Family Applications (2)

Application Number Title Priority Date Filing Date
BR112013011035A BR112013011035A2 (pt) 2010-11-04 2011-11-03 predição in silico de combinações gênicas de elevada expressão e outras combinações de componentes biológicos
BR112014010642A BR112014010642A2 (pt) 2010-11-04 2012-11-02 polinucleotídeos, polipeptídeos e métodos para melhorar a fotoassimilação em plantas

Family Applications After (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
BR112014010642A BR112014010642A2 (pt) 2010-11-04 2012-11-02 polinucleotídeos, polipeptídeos e métodos para melhorar a fotoassimilação em plantas

Country Status (6)

Country Link
US (1) US20120115734A1 (pt)
EP (1) EP2652179A4 (pt)
CN (1) CN103189550A (pt)
AU (1) AU2011323311A1 (pt)
BR (2) BR112013011035A2 (pt)
WO (1) WO2012061585A2 (pt)

Families Citing this family (7)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
MX2014005375A (es) 2011-11-03 2014-10-17 Syngenta Participations Ag Polinucleotidos, polipeptidos y metodos para mejorar la fotoasimilacion en plantas.
US9665694B2 (en) 2013-01-31 2017-05-30 Codexis, Inc. Methods, systems, and software for identifying bio-molecules with interacting components
US9311504B2 (en) * 2014-06-23 2016-04-12 Ivo Welch Anti-identity-theft method and hardware database device
KR20190090081A (ko) * 2015-12-07 2019-07-31 지머젠 인코포레이티드 Htp 게놈 공학 플랫폼에 의한 미생물 균주 개량
US9988624B2 (en) 2015-12-07 2018-06-05 Zymergen Inc. Microbial strain improvement by a HTP genomic engineering platform
US11208649B2 (en) 2015-12-07 2021-12-28 Zymergen Inc. HTP genomic engineering platform
MX2019011623A (es) * 2017-03-30 2019-11-18 Monsanto Technology Llc Sistemas y metodos de uso para utilizar en la identificacion de multiples ediciones genomicas y predecir los efectos acumulados de las ediciones genomicas identificadas.

Family Cites Families (9)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US7127379B2 (en) * 2001-01-31 2006-10-24 The Regents Of The University Of California Method for the evolutionary design of biochemical reaction networks
US20040088116A1 (en) * 2002-11-04 2004-05-06 Gene Network Sciences, Inc. Methods and systems for creating and using comprehensive and data-driven simulations of biological systems for pharmacological and industrial applications
US20050086035A1 (en) * 2003-09-02 2005-04-21 Pioneer Hi-Bred International, Inc. Computer systems and methods for genotype to phenotype mapping using molecular network models
US20060229822A1 (en) * 2004-11-23 2006-10-12 Daniel Theobald System, method, and software for automated detection of predictive events
US7590456B2 (en) * 2005-02-10 2009-09-15 Zoll Medical Corporation Triangular or crescent shaped defibrillation electrode
WO2008060620A2 (en) * 2006-11-15 2008-05-22 Gene Network Sciences, Inc. Systems and methods for modeling and analyzing networks
EP2065821A1 (en) * 2007-11-30 2009-06-03 Pharnext Novel disease treatment by predicting drug association
WO2009151511A1 (en) * 2008-04-29 2009-12-17 Therasis, Inc. Systems and methods for identifying combinations of compounds of therapeutic interest
US20090326832A1 (en) * 2008-06-27 2009-12-31 Microsoft Corporation Graphical models for the analysis of genome-wide associations

Also Published As

Publication number Publication date
EP2652179A4 (en) 2015-07-08
US20120115734A1 (en) 2012-05-10
WO2012061585A2 (en) 2012-05-10
CN103189550A (zh) 2013-07-03
EP2652179A2 (en) 2013-10-23
BR112014010642A2 (pt) 2017-04-25
AU2011323311A1 (en) 2013-05-09
WO2012061585A3 (en) 2012-06-28

Similar Documents

Publication Publication Date Title
BR112013011035A2 (pt) predição in silico de combinações gênicas de elevada expressão e outras combinações de componentes biológicos
Chandrasekaran et al. Comprehensive mapping of pluripotent stem cell metabolism using dynamic genome-scale network modeling
Debold Recent insights into the molecular basis of muscular fatigue.
BR112021018005A2 (pt) Métodos e composições para imputação ou previsão de genótipo ou fenótipo
BR112019003704A2 (pt) métodos para a detecção de alterações na cópia genômica em amostras de dna
BR112018008357A2 (pt) mutações de ponto em câncer resistente a inibidor de trk e métodos relacionados às mesmas
BR112018003372A2 (pt) método para fornecer recomendações de barbeamento em estágios, programa de computador executável em uma unidade de processamento, sistema de cuidados pessoais, e aparelho de barbeamento
BR112018002848A2 (pt) método, aparelho, mídia de armazenamento não transitório, programa de computador, kit para medir níveis de expressão de seis ou mais genes-alvo da via de sinalização celular
Cristi-Montero et al. The paradox of being physically active but sedentary or sedentary but physically active
BR112014003572A2 (pt) método, aparelho e produto de programa de computador
EA201270020A1 (ru) Определение риска развития атеросклеротической болезни сердца
Shum et al. A micropatterned human pluripotent stem cell-based ventricular cardiac anisotropic sheet for visualizing drug-induced arrhythmogenicity.
BRPI1011025A8 (pt) Métodos para o diagnóstico de distúrbios metabólicos usando transferidores epimetabólicos, moléculas intracelulares multdimensionais ou influenciadores ambientais
BR112013031001A2 (pt) método, programa de computador e aparelho
BR112017016752A2 (pt) métodos para determinar o risco de recidiva de câncer de endométrio em um indivíduo, para predizer a recidiva em um indivíduo com câncer de endométrio, para orientar o tratamento em um indivíduo com câncer de endométrio, para detectar a instabilidade de microssatélites, e, para determinar subtipos de câncer
BR112015022977A2 (pt) métodos para predição de risco de metástase em melanoma cutâneo
DE602007001906D1 (de) System zur Vorhersage biologischer Reaktionen, Verfahren zur Vorhersage biologischer Reaktionen und Computerprogramm
Hung et al. In silico investigation of traditional Chinese medicine compounds to inhibit human histone deacetylase 2 for patients with Alzheimer’s disease
Alameda-Palacios et al. Suicide mortality in Andalusia, Spain: Geographical distribution and relationship with antidepressants, altitude and socioeconomic inequalities
Liu et al. Influence of mRNA features on siRNA interference efficacy
BR112019004920A2 (pt) sistemas, métodos e assinaturas de genes para prever um status biológico de um indivíduo
GB201012297D0 (en) A system and method for automated biological cell assay data analysis
BR112014006614A2 (pt) aparelho de simulação para previsão de comportamento de sistema de ponto de massa
Marucci et al. The status of the art of scientific articles in Italy between 2003-2009: an analysis of articles published by nursing Italian journals
BRPI0823183B8 (pt) método e sistema implementado por computador para otimizar previsões para intervenções personalizadas para um determinado usuário em processos cujo substrato é a plasticidade neuronal.

Legal Events

Date Code Title Description
B08F Application dismissed because of non-payment of annual fees [chapter 8.6 patent gazette]
B08K Patent lapsed as no evidence of payment of the annual fee has been furnished to inpi [chapter 8.11 patent gazette]

Free format text: EM VIRTUDE DO ARQUIVAMENTO PUBLICADO NA RPI 2435 DE 05-09-2017 E CONSIDERANDO AUSENCIA DE MANIFESTACAO DENTRO DOS PRAZOS LEGAIS, INFORMO QUE CABE SER MANTIDO O ARQUIVAMENTO DO PEDIDO DE PATENTE, CONFORME O DISPOSTO NO ARTIGO 12, DA RESOLUCAO 113/2013.