WO2024111504A1 - スプライシング機能を調節するがん治療薬の被験者に対する奏功を予測する方法 - Google Patents

スプライシング機能を調節するがん治療薬の被験者に対する奏功を予測する方法 Download PDF

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WO2024111504A1
WO2024111504A1 PCT/JP2023/041306 JP2023041306W WO2024111504A1 WO 2024111504 A1 WO2024111504 A1 WO 2024111504A1 JP 2023041306 W JP2023041306 W JP 2023041306W WO 2024111504 A1 WO2024111504 A1 WO 2024111504A1
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WO
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cancer therapeutic
splicing function
homologous recombination
group
regulates
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真路 高阪
博行 間野
哲暢 濱田
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国立研究開発法人国立がん研究センター
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    • C12Q1/6886—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material for cancer

Definitions

  • the present disclosure relates to a method for predicting the efficacy of a cancer therapeutic drug that modulates splicing function in a subject.
  • Drugs that regulate splicing function are expected to be used as cancer treatment drugs for a wide range of cancer types, regardless of classification, including hematopoietic tumors and other myeloid tumors, lymphatic tumors, and solid tumors.
  • Indisulam also known as E7070
  • E7820 and NSC 339004
  • CQS chloroquinoxaline sulfonamide, CQS
  • Homologous recombination repair-related genes are a collective term for genes that code for a group of proteins responsible for repairing broken DNA double strands in a manner that does not result in crossover. Mutations in homologous recombination repair genes are known to occur frequently in cancer, and DNA damaging drugs, which are a type of cancer treatment, are known to be highly effective in cancers accompanied by mutations in homologous recombination repair genes.
  • Patent Document 1 describes that inhibition of the base excision repair (BER) pathway using an inhibitor that targets components of base excision repair is selectively lethal to cells that are deficient in HR-dependent DNA double strand break repair, and lists cancer cells with a phenotype that is deficient in BRCA1 or BRCA2 as specific examples of cells that are deficient in HR-dependent DNA double strand break repair.
  • BER base excision repair
  • the present disclosure aims to provide a method for predicting the efficacy of a cancer therapeutic drug that modulates splicing function, and a method for selecting patients who can be expected to benefit from the therapeutic effects of a cancer therapeutic drug that modulates splicing function.
  • the inventors investigated the relationship between the efficacy of E7820 and gene mutations in patient-derived xenograft (PDX) model mice, and found that E7820 showed a high tumor shrinkage effect in model mice transplanted with tumors that had mutations in homologous recombination repair-related genes.
  • PDX patient-derived xenograft
  • cell lines with mutations in homologous recombination repair-related genes exhibit high drug sensitivity to various cancer therapeutic drugs that regulate splicing functions, including but not limited to E7820, thereby completing the present disclosure.
  • a method for predicting the efficacy of a cancer therapeutic drug that regulates splicing function in a subject comprising: determining the presence or absence of a mutation in a homologous recombination repair-related gene using a sample collected from the subject; and predicting the efficacy of the cancer therapeutic drug that regulates splicing function in the subject based on the presence or absence of the mutation.
  • a method for selecting a patient who is expected to benefit from a cancer therapeutic drug that modulates splicing function comprising the steps of: determining the presence or absence of a mutation in a homologous recombination repair-related gene using a sample collected from the subject; and, if one or more of the genes are mutagenized, providing an indication that the subject is a patient who should be administered a cancer therapeutic drug that modulates splicing function.
  • the cancer therapeutic drug that regulates the splicing function comprises one or more compounds selected from the group consisting of an RBM39 degradation inducer, an SF3b complex inhibitor, a PRMT5 inhibitor, and a type I PRMT inhibitor.
  • cancer therapeutic agent that regulates the splicing function comprises one or more compounds selected from the group consisting of an RBM39 degradation inducer, an SF3b complex inhibitor, and a PRMT5 inhibitor.
  • cancer therapeutic agent that regulates the splicing function comprises one or more compounds selected from the group consisting of E7820, E7070, NSC339004, pladienolide B, E7107, splicostatin A, GSK3326596, PF-06939999, JNJ-64619178 and GSK3368715.
  • the homologous recombination repair-related gene comprises one or more genes selected from the group consisting of BRCA1, BRCA2, ATM, ATR, BAP1, BLM, CHEK1, CHEK2, FANCA, FANCM, MRE11A, PALB2, RAD51, RAD54, BRIP1, CDK12 and HDAC2.
  • the homologous recombination repair-related gene comprises one or more genes selected from the group consisting of BRCA1, BRCA2, ATM, ATR and BAP1.
  • the homologous recombination repair-related gene comprises one or more genes selected from the group consisting of BRCA1 and BRCA2.
  • the present disclosure provides a method for predicting the efficacy of a cancer therapeutic drug that modulates splicing function, and a method for selecting patients who can be expected to benefit from a cancer therapeutic drug that modulates splicing function.
  • FIG. 1 shows the relationship between the therapeutic effect of the cancer therapeutic drug E7820, which regulates splicing function, on a PDX mouse model and gene mutation in Example 1.
  • FIG. 1 shows the results of evaluating the sensitivity of cultured cell lines to E7820, a cancer therapeutic drug that regulates splicing function, depending on the presence or absence of a mutation and knockout of a homologous recombination repair-related gene in Example 2.
  • FIG. 1 shows the results of evaluating the sensitivity of cultured cell lines to Indisulam (E7070), a cancer therapeutic drug that regulates splicing function, depending on the presence or absence of a mutation and knockout of a homologous recombination repair-related gene in Example 2.
  • FIG. 1 shows the relationship between the therapeutic effect of the cancer therapeutic drug E7820, which regulates splicing function, on a PDX mouse model and gene mutation in Example 1.
  • FIG. 1 shows the results of evaluating the sensitivity of cultured cell lines to E7820,
  • FIG. 1 shows the results of evaluating the sensitivity of cultured cell lines to pladienolide B, a cancer therapeutic drug that regulates splicing function, depending on the presence or absence of a mutation and knockout of a homologous recombination repair-related gene in Example 2.
  • FIG. 1 shows the results of evaluating the sensitivity of cultured cell lines to JNJ-64619178, a cancer therapeutic drug that regulates splicing function, depending on the presence or absence of a mutation and knockout of a homologous recombination repair-related gene in Example 2.
  • FIG. 1 shows the results of evaluating the sensitivity of cultured cell lines to JNJ-64619178, a cancer therapeutic drug that regulates splicing function, depending on the presence or absence of a mutation and knockout of a homologous recombination repair-related gene in Example 2.
  • FIG. 1 shows the results of evaluating the sensitivity of cultured cell lines to olaparib depending on the presence or absence of a mutation and the presence or absence of a knockout of a homologous recombination repair-related gene in Example 2.
  • FIG. 1 shows the results of evaluation of the sensitivity of cultured cell lines to cisplatin depending on the presence or absence of a mutation and knockout of a homologous recombination repair-related gene in Example 2.
  • FIG. 13 shows the results of evaluating the sensitivity of cultured cell lines to cancer therapeutic drugs that regulate splicing function, depending on the presence or absence of knockout and knock-in of homologous recombination repair-related genes in Example 3.
  • This figure shows the results of evaluating the presence or absence of induction of DNA double-strand breaks by cancer therapeutic drugs that regulate splicing function, depending on the presence or absence of knockout and knock-in of homologous recombination repair-related genes in Example 4.
  • One aspect of the present disclosure is a method for predicting the efficacy of a cancer therapeutic drug that modulates splicing function in a subject, comprising the steps of: using a sample collected from the subject to determine the presence or absence of a mutation in a homologous recombination repair-related gene; and predicting the efficacy of the cancer therapeutic drug that modulates splicing function in the subject based on the presence or absence of the mutation.
  • this aspect may be a method for assisting in predicting the efficacy of a cancer therapeutic drug that modulates splicing function in a subject, comprising these steps.
  • this aspect may be a method for obtaining data for predicting the efficacy of a cancer therapeutic drug that modulates splicing function in a subject, comprising these steps.
  • this aspect may be a method for treating cancer in a subject, comprising the steps of: using a sample collected from the subject to determine the presence or absence of a mutation in a homologous recombination repair-related gene; and administering a cancer therapeutic drug that modulates splicing function to the subject if one or more of the genes have the mutation.
  • a cancer therapeutic drug that regulates splicing function is a drug that exhibits antitumor activity by inhibiting the function, decomposing, or suppressing the expression (hereinafter also referred to as "regulation, etc.") of a biomolecule or molecular complex that promotes splicing in cancer cells.
  • the biomolecule or molecular complex include a splicing factor (SF), a pre-mRNA binding protein, a pre-mRNA binding nucleic acid, and a pre-mRNA binding protein-nucleic acid complex.
  • the splicing factor may be a mutated splicing factor (mutated splicing factor).
  • pre-mRNA pre-mRNA
  • Splicing factors that cause mutations and are subject to regulation by cancer therapeutic drugs that regulate splicing function include, for example, SF3B1 (Splicing Factor 3B Subunit 1), SRSF2 (Serine and Arginine Rich Splicing Factor 2), U2AF1 (U2 Small Nuclear RNA Auxiliary Factor 1), and SRSF2 (Serine and Arginine Rich Splicing Factor 2).
  • SF3B1 Splicing Factor 3B Subunit 1
  • SRSF2 Serine and Arginine Rich Splicing Factor 2
  • U2AF1 U2 Small Nuclear RNA Auxiliary Factor 1
  • SRSF2 Serine and Arginine Rich Splicing Factor 2
  • examples of such proteins include RNA-binding protein 1 (RNA-binding motif 10), RNA-binding motif 10 (RNA-binding motif 10), and RNA-binding protein 1 (RNA-binding motif 10).
  • examples of biomolecules or molecular complexes that promote splicing in cancer cells and are subject to regulation by cancer therapeutic drugs that regulate splicing function include RBM39 (RNA-binding motif protein 39, also known as CAPER ⁇ , HCC1, FSAP59, and RNPC2), PRMT5/MEP50 complex (Protein Arginine Methyltransferase e 5/Methylosome Protein 50 complex), PRMT5, type I PRMT, CLK (Cdc2-like kinase), SRPK (SR Protein Kinase), DYRK (Dual-specificity Tyrosine-(Y)-Phosphorylation-regulated Kinase), SR protein, or hnRNP (heterogeneous nuclear RNA), etc.
  • RBM39 RNA-binding motif protein 39, also known as CAPER ⁇ , HCC1, FSAP59, and RNPC2
  • PRMT5/MEP50 complex Protein Arginine Methyltransferase
  • the cancer therapeutic agent that regulates the splicing function may include, for example, one or more compounds selected from the group consisting of an RBM39 degradation inducer, an SF3b complex inhibitor, a PRMT5 inhibitor, a type I PRMT inhibitor, a PRMT5/MEP50 inhibitor, a CLK inhibitor, and an SRPK inhibitor, may include one or more compounds selected from the group consisting of an RBM39 degradation inducer, an SF3b complex inhibitor, a PRMT5 inhibitor, and a type I PRMT inhibitor, may include one or more compounds selected from the group consisting of an RBM39 degradation inducer, an SF3b complex inhibitor, and a PRMT5 inhibitor.
  • the cancer therapeutic agent that regulates the splicing function may be, for example, an RBM39 degradation inducer, an SF3b complex inhibitor, a PRMT5 inhibitor, or a type I PRMT inhibitor, may be an RBM39 degradation inducer, an SF3b complex inhibitor, or a PRMT5 inhibitor, or may be an RBM39 degradation inducer.
  • RBM39 degradation inducers induce the degradation of RBM39, a protein that promotes splicing in cancer cells. Typically, they promote the degradation of RBM39 by the proteasome via polyubiquitination by mediating the binding between the E3 ubiquitin ligase DCAF15 (DDB1 and CUL4 associated factor 15)-CRL4 (Cullin-RING Finger Ligase 4) complex (CRL DCAF15 ) as a molecular glue.
  • DDB1 and CUL4 associated factor 15 E3 ubiquitin ligase DCAF15
  • CDL4 Cullin-RING Finger Ligase 4
  • SF3b complex inhibitors exert an antitumor effect by inhibiting the binding of the SF3b (Splice Factor 3b) complex, which contains mutant splicing factors, to the intron region of pre-mRNA.
  • PRMT5 inhibitors directly inhibit phosphorylation by kinases of biomolecules or molecular complexes that promote splicing in cancer cells, or indirectly inhibit phosphorylation by inhibiting methylation of arginine residues in kinases, thereby regulating splicing in cancer cells and exerting antitumor effects.
  • the cancer therapeutic agent that regulates splicing function may include, for example, one or more compounds selected from the group consisting of E7820, E7070, NSC339004, pladienolide B, E7107, splicostatin A, GSK3326596, PF-06939999, JNJ-64619178, and GSK3368715, may include one or more compounds selected from the group consisting of E7820, E7070, GSK3326596, PF-06939999, JNJ-64619178, and GSK3368715, or may include one or more compounds selected from the group consisting of E7820 and E7070.
  • the cancer therapeutic agent that regulates splicing function may be E7820 or E7070, or may be E7820.
  • E7820 is a compound whose chemical name is N-(3-cyano-4-methyl-1H-indol-7-yl)-3-cyanobenzenesulfonamide, and its structure and synthesis method are described in Patent Document 2, etc.
  • E7820 is a small molecule drug of the sulfonamide family, and exerts an antitumor effect as an RBM39 decomposition inducer (Non-Patent Document 1).
  • E7070 (also known as Indisulam) is a compound whose chemical name is N-(3-chloro-1H-indol-7-yl)-4-sulfamoylbenzenesulfonamide, and its structure and synthesis method are described in Patent Document 3, etc.
  • E7070 is a small molecule drug of the sulfonamide family, and exerts an antitumor effect as an RBM39 decomposition inducer (Non-Patent Document 1).
  • NSC339004 (also known as chloroquinoxaline sulfonamide, CQS) is a compound whose chemical name is 4-amino-N-(5-chloroquinoxaline-2-yl)benzenesulfonamide.
  • E7070 is a small molecule drug of the sulfonamide family that exerts antitumor effects as an RBM39 degradation inducer (Non-Patent Document 1).
  • Pladienolide B is a compound whose chemical name is (4R,7R,8S,9E,11S,12S)-8-(acetyloxy)-4,7-dihydroxy-12-[(1E,3E,5S)-6-[(2R,3R)-3-[(1R,2S)-2-hydroxy-1-methylbutyl]-2-oxiranyl]-1,5-dimethyl-1,3-oxacyclododec-9-en-2-one, and its structure and synthesis method are described in Patent Document 4, etc. Pladienolide B exerts an antitumor effect as an SF3b complex inhibitor (Non-Patent Document 2).
  • E7107 has the chemical name [(2S,3S,4E,6S,7R,10R)-7,10-dihydroxy-2-[(2E,4E,6R)-6-hydroxy-7-[(2R,3R)-3-[(2R,3S)-3-hydroxypentan-2-yl]oxiran-2-yl]-6-methylhepta-2,4-dien-2-yl]-3,7-dimethyl-12-oxo-1-oxacyclododec-4-en-6-yl]-4-cyclo It is a compound that is heptylpiperazine-1-carboxylate or (8E,12E,14E)-7-((4-cycloheptylpiperazin-1-yl)carbonyl)oxy-3,6,16,21-tetrahydroxy-6,10,12,16,20-pentamethyl-18,19-epoxytricosa-8,12,14-trien-11-olide, and its structure and synthesis method are described
  • Spliceostatin A is a compound with the chemical name [(2S,3Z)-4-[[(2R,3R,5S,6S)-6-[(2E,4E)-5-[(3R,4R,5R,7s)-4-hydroxy-7-methoxy-7-methyl-1,6-dioxaspiro[2.5]octan-5-yl]-3-methylpenta-2,4-dien-1-yl]-2,5-dimethyloxan-3-yl]carbamoyl]but-3-en-2-yl]acetate, and its structure and synthesis method are described in Non-Patent Document 3, etc. Splicostatin A exerts an antitumor effect as an SF3b complex inhibitor (Non-Patent Document 4).
  • GSK3326596 (also known as EPZ015938) is a compound whose chemical name is 6-[(1-acetylpiperidin-4-yl)amino]-N-[(2S)-3-(3,4-dihydro-1H-isoquinolin-2-yl)-2-hydroxypropyl]pyrimidine-4-carboxamide, and its structure and synthesis method are described in Patent Document 7, etc.
  • GSK3326596 exerts an antitumor effect as a PRMT5/MEP50 inhibitor (Patent Document 7).
  • PF-06939999 is a compound whose chemical name is (1S,2S,3S,5R)-3-[(6-[difluoromethyl]-5-fluoro-1,2,3,4-tetrahydroisoquinolin-8-yl)oxy]-5-(4-methyl-7H-pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-7-yl)cyclopentane-1,2-diol, and its structure and synthesis method are described in Patent Documents 8 and 9, etc.
  • PF-06939999 exerts an antitumor effect as a PRMT5 inhibitor (Patent Document 8).
  • JNJ-64619178 (also known as Onametostat) is a compound with the chemical name (1S,2R,3S,5R)-3-[2-(2-amino-3-bromoquinolin-7-yl)ethyl]-5-(4-amino-7H-pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-7-yl)cyclopentane-1,2-diol, and its structure and synthesis method are described in Patent Document 10, etc. JNJ-64619178 exerts an antitumor effect as a PRMT5 inhibitor (Patent Document 10).
  • GSK3368715 also known as EPZ019997
  • EPZ019997 The structure and synthesis method of GSK3368715 (also known as EPZ019997) are described in Non-Patent Document 5, etc.
  • GSK3368715 exerts an antitumor effect as a type I PRMT inhibitor (Non-Patent Document 5).
  • a subject may be a human subject who is a cancer patient or who may be suffering from cancer.
  • the sample is not particularly limited as long as it can be collected from a subject and can potentially be used to determine the presence or absence of a mutation in a homologous recombination repair-related gene of the subject, and may be, for example, whole blood, plasma, serum, bone marrow fluid, saliva, sputum, nipple secretion, urine, sweat, or pancreatic juice, or may be a biological sample obtained by scraping the uterine mucosa or collecting tumor tissue or lymph nodes.
  • a homologous recombination repair-related gene is a gene that encodes a group of proteins that directly or indirectly promote repair in a manner that does not result in crossover of the broken DNA double strands, i.e., homologous recombination repair.
  • Examples of homologous recombination repair-related genes include BRCA1 (Breast Cancer Cusceptibility Gene 1), BRCA2 (Breast Cancer Cusceptibility Gene 2), ATM (Ataxia Telangiectasia Mutated), ATR (Ataxia Telangiectasia Mutated), and BRCA3 (Breast Cancer Cusceptibility Gene 3).
  • BAP1 BRCA1-associated Protein 1
  • BLM Bloom Syndrome
  • CHEK1 Checkpoint Kinase 1
  • CHEK2 Checkpoint Kinase 2
  • FANCA Feanconi Ane mia Complementation Group A
  • FANCM Feanconi Anemia Complementation Group M
  • MRE11A Meiotic Recombination 11 Homolog A
  • PALB2 Partner and Localizer of BRCA2
  • RAD51 RAD51 Recombinase
  • RAD54L RAD54 Like
  • BRIP1 BRCA1 Interacting Protein
  • CDK12 Cyclin-dependent Kinase 12
  • HDAC2 Histone Deacetylase 2
  • the homologous recombination repair-related genes disclosed herein may include one or more genes selected from the group consisting of BRCA1, BRCA2, ATM, ATR, BAP1, BLM, CHEK1, CHEK2, FANCA, FANCM, MRE11A, PALB2, RAD51, RAD54, BRIP1, CDK12 and HDAC2, may include one or more genes selected from the group consisting of BRCA1, BRCA2, ATM, ATR and BAP1, or may include one or more genes selected from the group consisting of BRCA1 and BRCA2.
  • the homologous recombination repair-related gene may be one or more genes selected from the group consisting of BRCA1, BRCA2, ATM, ATR, BAP1, BLM, CHEK1, CHEK2, FANCA, FANCM, MRE11A, PALB2, RAD51, RAD54, BRIP1, CDK12, and HDAC2, may be one or more genes selected from the group consisting of BRCA1, BRCA2, ATM, ATR, and BAP1, may be one or more genes selected from the group consisting of BRCA1 and BRCA2, or may be BRCA1 or BRCA2.
  • the type of mutation occurring in the homologous recombination repair-related gene is not particularly limited, and may be, for example, a missense mutation, an in-frame insertion, an in-frame deletion, a frameshift mutation, a splice site mutation, or a nonsense mutation.
  • the method for determining the presence or absence of a mutation in a homologous recombination repair-related gene is not particularly limited as long as it is a method capable of determining the presence or absence of a mutation in a homologous recombination repair-related gene, and may be, for example, a method using a sequencer such as a Next Generation Sequencer (NGS), a method of analyzing genes amplified by a polymerase chain reaction (PCR) or a reverse transcription polymerase chain reaction (RT-PCR), an invader assay method, a FISH (Fluorescence In Situ Hybridization) method, or an immunostaining method.
  • NGS Next Generation Sequencer
  • PCR polymerase chain reaction
  • RT-PCR reverse transcription polymerase chain reaction
  • invader assay method a FISH (Fluorescence In Situ Hybridization) method
  • FISH Fluorescence In Situ Hybridization
  • Methods for analyzing genes amplified by PCR may include, for example, PCR-RFLP (Restriction Fragment Length Polymorphism), PCR-SSCP (Single Strand Conformation Polymorphism), TaqMan, MLPA (Multiplex Ligation-dependent Probe Amplification), or digital PCR.
  • Methods for analyzing genes amplified by RT-PCR may include, for example, DNA microarray. The presence or absence of a mutation in these homologous recombination repair-related genes can be determined by using devices and reagents that are commonly used by those skilled in the art in a manner that is commonly used by those skilled in the art.
  • the step of predicting the efficacy of a cancer therapeutic drug that modulates splicing function for a subject is performed based on the presence or absence of a mutation in a homologous recombination repair-related gene. That is, if a sample collected from a subject has a mutation in a homologous recombination repair-related gene, it can be predicted that the cancer therapeutic drug that modulates splicing function will be highly effective for the subject.
  • a criterion for predicting that a cancer therapeutic drug that modulates splicing function will be highly effective, for example, it may be predicted that the efficacy will be high when a number of genes that have been examined for the presence or absence of mutations are mutated at a reference value or more, and the reference value is not limited and may be, for example, one or two.
  • the reference rate is not limited and may be, for example, 5%, 10%, 15%, or 20%.
  • Another aspect of the present disclosure is a method for selecting patients who are expected to benefit from a cancer therapeutic drug that modulates splicing function, comprising the steps of: determining the presence or absence of a mutation in a homologous recombination repair-related gene using a sample collected from the subject; and, if the mutation is present in the gene, providing an indication that the subject is a patient who should be administered a cancer therapeutic drug that modulates splicing function.
  • the selection of patients who can be expected to benefit from the therapeutic effect of a cancer therapeutic drug that modulates splicing function is performed based on the presence or absence of a mutation in a homologous recombination repair-related gene. That is, by determining the presence or absence of a mutation using a sample collected from a subject, an indicator is provided that a subject determined to have a mutation in a homologous recombination repair-related gene is a patient to whom a cancer therapeutic drug that modulates splicing function should be administered, thereby making it possible to select a patient to whom a therapeutic effect of a cancer therapeutic drug that modulates splicing function can be expected.
  • an indicator that a patient should be administered a cancer therapeutic drug that modulates splicing function for example, when a number of genes that have been examined for the presence or absence of mutations are equal to or greater than a reference value, an indicator that a patient should be administered a cancer therapeutic drug that modulates splicing function may be provided, and the above reference value is not limited, and may be, for example, one or two.
  • an indicator that a patient should be administered a cancer therapeutic drug that modulates splicing function may be provided, and the above reference ratio is not limited, and may be, for example, 5%, 10%, 15%, or 20%.
  • one possible reason why the method disclosed herein can predict the efficacy of a cancer therapeutic drug that modulates splicing function in a subject or select patients who can be expected to benefit from a cancer therapeutic drug that modulates splicing function is that the cancer therapeutic drug that modulates splicing function induces DNA double-strand breaks.
  • Example 1 Relationship between the therapeutic effect of cancer therapeutic drugs that regulate splicing function and gene mutations in a PDX mouse model
  • the therapeutic effect of E7820, a cancer treatment drug that regulates splicing function, and the presence or absence of various gene mutations were evaluated in 30 patient-derived xenograft (PDX) mouse models.
  • PDX model mice were created by subcutaneously transplanting 2-3 mm square PDX tumor pieces into the back of test animals and allowing them to grow.
  • the test animals used were female NOD.Cg-PrkdcscidIl2rgtm1Sug/ShiJic (NOG mice), aged 6 weeks or older.
  • Tumor tissues were obtained from a total of 30 patients, including 9 cases of bile duct cancer, 9 cases of pancreatic cancer, 6 cases of gastric cancer, 3 cases of uterine cancer, and 3 cases of uterine sarcoma.
  • E7820 was orally administered once a day at a dose of 100 mg/kg to 30 PDX model mice prepared in 1-1. Before drug administration and during the observation period up to the 21st day, starting from the day drug administration was started as day 0, the body weight and tumor volume were measured twice a week. The tumor volume was measured by measuring the long and short diameters of the tumor using a caliper, and calculated according to the following formula. For animals without tumors, the tumor volume was set to 0.00 mm3 .
  • Tumor volume ( mm3 ) 1/2 x major axis (mm) x minor axis (mm) x minor axis (mm)
  • the tumor volume was smaller on day 21 than on day 0, demonstrating a tumor shrinkage effect.
  • Example 2 Evaluation of the sensitivity of cultured cell lines to cancer therapeutic drugs that regulate splicing function, with or without mutations and knockouts of homologous recombination repair-related genes.
  • Cells of various cultured cell lines were seeded at 500 cells per well of a 96-well microplate and left to stand under conditions of 37°C and 5% CO2 . After removing the medium, medium containing no drug or 100 nM, 300 nM, or 1 ⁇ M of drug was added and cultured under conditions of 37°C and 5% CO2 . The day on which the drug-containing medium was added was set as day 0, and the medium was replaced with fresh medium containing the same concentration of drug on days 3, 6, and 9. On day 10, cell viability was determined by PrestoBlue assay.
  • Table 1 shows the type and origin of the cultured cell lines used, and the presence or absence of pathological mutations in the homologous recombination repair-related genes evaluated for the presence or absence of mutations in Example 1.
  • a cell line in which the homologous recombination repair-related gene BRCA2 was knocked out (DLD-1-BRCA2 KO)
  • a cell line in which wild-type BRCA2 was expressed in DLD-1-BRCA2 KO DLD-1-BRCA2 KO + BRCA2 WT
  • cell lines with mutations in homologous recombination repair-related genes showed a tendency to show a decrease in cell viability even at low concentrations compared to cell lines without mutations in homologous recombination repair-related genes.
  • cell lines with mutations in homologous recombination repair-related genes showed high sensitivity to cancer therapeutic drugs that regulate splicing function.
  • DLD-1-BRCA2 KO showed high sensitivity to all drugs compared to wild-type DLD-1, and DLD-1-BRCA2 KO + BRCA2 WT showed lower sensitivity than DLD-1-BRCA2 KO.
  • Example 3 Evaluation of the sensitivity of cultured cell lines to cancer therapeutic drugs that regulate splicing function with and without knockout and knock-in of homologous recombination repair-related genes
  • DLD-1 cells parental
  • DLD-1-BRCA2 KO BRCA2 KO
  • DLD-1-BRCA2 KO+BRCA2 WT BRCA2 KO+WT
  • medium containing no drug or containing 100 nM of E7820, 1 ⁇ M of E7820, 1 ⁇ M of Indisulam (E7070) or 1 ⁇ M of Olaparib was added and cultured under conditions of 37 ° C. and 5% CO 2.
  • the day on which the medium containing the drug was added was set as day 0, and the medium was replaced with fresh medium containing the same concentration of the drug on days 3, 6 and 9.
  • the cells were photographed and the sensitivity of the cells to each drug was evaluated. The results are shown in FIG. 8.
  • DLD-1 cells In DLD-1 cells (parental), no growth inhibitory effect was observed under any of the following conditions: E7820 100nM, E7820 1 ⁇ M, Indisulam (E7070) 1 ⁇ M, or Olaparib 1 ⁇ M.
  • DLD-1-BRCA2 KO BRCA2 KO
  • all conditions: E7820 1 ⁇ M, Indisulam (E7070) 1 ⁇ M, or Olaparib 1 ⁇ M showed significant growth inhibitory effects and induced cell death, with almost no remaining cells.
  • DLD-1 cells Parental
  • DLD-1-BRCA2 KO BRCA2 KO
  • DLD-1-BRCA2 KO + BRCA2 WT BRCA2 KO + WT
  • a medium containing no drug or 1 ⁇ M of E7820, 1 ⁇ M of Indisulam (E7070) or 1 ⁇ M of Olaparib was added and cultured for 72 hours under conditions of 37 ° C. and 5% CO 2.
  • the cells were washed with PBS, cooled on ice, and RIPA buffer (containing protease and phosphatase inhibitors, Proteintech) was added, and the cells were collected using a cell scraper. The collected sample was left on ice for 30 minutes, then centrifuged at 12,000 ⁇ g, 4° C. for 15 minutes to precipitate cell debris. The supernatant was transferred to a new microtube without touching the pellet to obtain a lysate.
  • the obtained lysate was used for SDS-PAGE, membrane transfer, and Western blotting to evaluate the induction of DNA double-strand breaks.
  • Anti-phospho-Histone H2A.X (Ser139) Antibody anti- ⁇ H2AX antibody, cat#05-636, Sigma-Aldrich
  • GAPDH 14C10
  • Rabbit mAb anti-GAPDH antibody, cat#2118, Cell Signaling Technology

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Abstract

スプライシング機能を調節するがん治療薬の被験者に対する奏功を予測する方法であって、前記被験者から採取した試料を用いて、相同組換え修復関連遺伝子における変異の有無を決定する工程、及び前記変異の有無に基づいて、前記被験者に対する前記スプライシング機能を調節するがん治療薬の奏功を予測する工程、を備える方法が開示される。

Description

スプライシング機能を調節するがん治療薬の被験者に対する奏功を予測する方法
　本開示は、スプライシング機能を調節するがん治療薬の被験者に対する奏功を予測する方法に関する。
　スプライシングに係る生体高分子に変異又は発現量の変化等が生ずると、ＲＮＡスプライシングにおいて、ｍＲＮＡ前駆体（ｐｒｅ－ｍＲＮＡ）からの適切な成熟ｍＲＮＡの産生を行うことができず、タンパク量の減少又は異常タンパク質の発現が生じ、結果として細胞ががん化しうることが知られている。細胞のがん化を引き起こす、スプライシングに係る生体高分子における変異として、ＳＦ３Ｂ１、ＳＲＳＦ２及びＵ２ＡＦ１等のスプライシング因子をコードする遺伝子群の変異が知られている。
　造血器腫瘍等の骨髄系腫瘍、リンパ系腫瘍及び固形腫瘍等の分類を問わない幅広いがん種において、スプライシング機能を調節する薬剤のがん治療薬としての利用が期待されており、例えば、血液がん及び固形がんに対するがん治療薬の候補化合物として知られていたスルホンアミド系小分子薬剤Ｉｎｄｉｓｕｌａｍ（Ｅ７０７０としても知られている。）、Ｅ７８２０及びＮＳＣ　３３９００４（ｃｈｌｏｒｏｑｕｉｎｏｘａｌｉｎｅ　ｓｕｌｆｏｎａｍｉｄｅ、ＣＱＳ）について、がん細胞におけるスプライシングを促進するタンパク質の１つであるＲＢＭ３９（ＣＡＰＥＲαとしても知られている。）のプロテアソームによる分解の促進がその作用機序であることが明らかとなっている（非特許文献１）。
　相同組換え修復関連遺伝子（以下では、「ＨＲ修復関連遺伝子」とも記載する。）は、切断されたＤＮＡ二本鎖を乗換えが生じない態様で修復することを担うタンパク質群をコードする遺伝子の総称である。がんにおいては相同組換え修復遺伝子の変異が好発することが知られており、また相同組換え修復遺伝子の変異を伴うがんにおいては、がん治療薬の一種であるＤＮＡ傷害性薬剤の奏功が高いことが知られている。例えば、特許文献１には、塩基除去修復の成分を標的とする阻害剤を用いた塩基除去修復(ＢＥＲ)経路の阻害が、ＨＲ依存的ＤＮＡ二本鎖切断修復を欠損する細胞に選択的に致死性があることが記載されており、ＨＲ依存的ＤＮＡ二本鎖切断修復を欠損する細胞の具体的な例として、ＢＲＣＡ１又はＢＲＣＡ２を欠損する表現型を有するがん細胞が挙げられている。
国際公開第２００５／０５３６６２号 国際公開第２００１／０５６６０７号 国際公開第９５／００７２７６号 国際公開第２００７／０４３６２１号 国際公開第２００４／０１１４５９号 国際公開第２０１８／３６０５５９号 国際公開第２０１４／１００７１９号 国際公開第２０１７／２１２３８５号 国際公開第２０２０／１５２５５７号 国際公開第２０１７／０３２８４０号
Taisuke Uehara et al., "Selective degradation of splicing factor CAPERα by anticancer sulfonamides.", Nat. Chem. Biol. 13, 675-680 (2017). Kotake Y. et al., "Splicing factor SF3b as a target of the antitumor natural product pladienolide.", Nat. Chem. Biol. 3, 570-575 (2017). Arun K. Ghosh and Zhi-Hua Chen, "Enantioselective Syntheses of FR901464 and Spliceostatin A: Potent Inhibitors of Spliceosome.", Org. Lett. 15, 5088-5091 (2013). Kaida D. et al., "Spliceostatin A targets SF3b and inhibits both splicing and nuclear retention of pre-mRNA.", Nat. Chem. Biol. 3, 576-583 (2007). Andrew Fedoriw et al., "Anti-tumor Activity of the Type I PRMT Inhibitor, GSK3368715, Synergizes with PRMT5 Inhibition through MTAP Loss.", Cancer Cell 36, 100-114.E25 (2019).
　これまでに、相同組換え修復関連遺伝子の変異と、スプライシング機能を調節するがん治療薬の奏功との関係性は知られていない。
　本開示は、スプライシング機能を調節するがん治療薬の奏功を予測する方法、及びスプライシング機能を調節するがん治療薬の治療効果を期待できる患者を選択する方法を提供することを目的とする。
　本発明者らは、患者腫瘍組織移植（Ｐａｔｉｅｎｔ－ｄｅｒｉｖｅｄ　ｘｅｎｏｇｒａｆｔｓ、ＰＤＸ）モデルマウスにおいて、Ｅ７８２０の奏功と遺伝子変異の関係について検討したところ、相同組換え修復関連遺伝子に変異をきたした腫瘍が移植されたモデルマウスにおいて、Ｅ７８２０が高い腫瘍縮小効果を示すことを見出した。
　さらに、本発明者らは、相同組換え修復関連遺伝子に変異を有する細胞株が、Ｅ７８２０に限らない種々のスプライシング機能を調節するがん治療薬に対する高い薬剤感受性を示すことを見出して、本開示を完成させた。
　すなわち、本開示は、以下の［１］～［８］に関する。
［１］スプライシング機能を調節するがん治療薬の、被験者に対する奏功を予測する方法であって、上記被験者から採取した試料を用いて、相同組換え修復関連遺伝子における変異の有無を決定する工程、及び上記変異の有無に基づいて、上記被験者に対する上記スプライシング機能を調節するがん治療薬の奏功を予測する工程、を備える方法。
［２］スプライシング機能を調節するがん治療薬の治療効果を期待できる患者を選択する方法であって、被験者から採取した試料を用いて、相同組換え修復関連遺伝子における変異の有無を決定する工程、及び１つ以上の前記遺伝子に前記変異がある場合、上記被験者が、スプライシング機能を調節するがん治療薬を投与すべき患者であるとの指標を提供する工程、を備える、方法。
［３］上記スプライシング機能を調節するがん治療薬が、ＲＢＭ３９分解誘導剤、ＳＦ３ｂ複合体阻害剤、ＰＲＭＴ５阻害剤及びＩ型ＰＲＭＴ阻害剤からなる群より選択される１以上の化合物を含む、［１］又は［２］に記載の方法。
［４］上記スプライシング機能を調節するがん治療薬が、ＲＢＭ３９分解誘導剤、ＳＦ３ｂ複合体阻害剤及びＰＲＭＴ５阻害剤からなる群より選択される１以上の化合物を含む、［１］又は［２］に記載の方法。
［５］上記スプライシング機能を調節するがん治療薬が、Ｅ７８２０、Ｅ７０７０、ＮＳＣ３３９００４、プラジエノライドＢ、Ｅ７１０７、スプライソスタチンＡ、ＧＳＫ３３２６５９６、ＰＦ－０６９３９９９９、ＪＮＪ－６４６１９１７８及びＧＳＫ３３６８７１５からなる群より選択される１以上の化合物を含む、［１］又は［２］に記載の方法。
［６］上記相同組換え修復関連遺伝子が、ＢＲＣＡ１、ＢＲＣＡ２、ＡＴＭ、ＡＴＲ、ＢＡＰ１、ＢＬＭ、ＣＨＥＫ１、ＣＨＥＫ２、ＦＡＮＣＡ、ＦＡＮＣＭ，ＭＲＥ１１Ａ、ＰＡＬＢ２、ＲＡＤ５１、ＲＡＤ５４、ＢＲＩＰ１、ＣＤＫ１２及びＨＤＡＣ２からなる群より選択される１つ以上の遺伝子を含む、［１］～［５］のいずれか１つに記載の方法。
［７］上記相同組換え修復関連遺伝子が、ＢＲＣＡ１、ＢＲＣＡ２、ＡＴＭ、ＡＴＲ及びＢＡＰ１からなる群より選択される１つ以上の遺伝子を含む、［１］～［５］のいずれか１つに記載の方法。
［８］上記相同組換え修復関連遺伝子が、ＢＲＣＡ１及びＢＲＣＡ２からなる群より選択される１つ以上の遺伝子を含む、［１］～［５］のいずれか１つに記載の方法。
　本開示によれば、スプライシング機能を調節するがん治療薬との奏功を予測する方法、及びスプライシング機能を調節するがん治療薬の治療効果を期待できる患者を選択する方法を提供することができる。
実施例１における、ＰＤＸマウスモデルに対するスプライシング機能を調節するがん治療薬Ｅ７８２０の治療効果と遺伝子変異との関係を示す図である。 実施例２における、相同組換え修復関連遺伝子の変異有無及びノックアウト有無に応じた、スプライシング機能を調節するがん治療薬Ｅ７８２０に対する培養細胞株の感受性の評価の結果を示す図である。 実施例２における、相同組換え修復関連遺伝子の変異有無及びノックアウト有無に応じた、スプライシング機能を調節するがん治療薬Ｉｎｄｉｓｕｌａｍ（Ｅ７０７０）に対する培養細胞株の感受性の評価の結果を示す図である。 実施例２における、相同組換え修復関連遺伝子の変異有無及びノックアウト有無に応じた、スプライシング機能を調節するがん治療薬プラジエノライドＢに対する培養細胞株の感受性の評価の結果を示す図である。 実施例２における、相同組換え修復関連遺伝子の変異有無及びノックアウト有無に応じた、スプライシング機能を調節するがん治療薬ＪＮＪ－６４６１９１７８に対する培養細胞株の感受性の評価の結果を示す図である。 実施例２における、相同組換え修復関連遺伝子の変異有無及びノックアウト有無に応じた、オラパリブに対する培養細胞株の感受性の評価の結果を示す図である。 実施例２における、相同組換え修復関連遺伝子の変異有無及びノックアウト有無に応じた、シスプラチンに対する培養細胞株の感受性の評価の結果を示す図である。 実施例３における、相同組換え修復関連遺伝子のノックアウト及びノックインの有無に応じた、スプライシング機能を調節するがん治療薬に対する培養細胞株の感受性評価の結果を示す図である。 実施例４における、相同組換え修復関連遺伝子のノックアウト及びノックインの有無に応じた、スプライシング機能を調節するがん治療薬によるＤＮＡ２本鎖切断の誘導有無の評価の結果を示す図である。
　以下、本開示を実施するための形態について詳細に説明するが、本開示は以下の実施形態に限定されるものではない。
　本開示の一側面は、スプライシング機能を調節するがん治療薬の、被験者に対する奏功を予測する方法であって、上記被験者から採取した試料を用いて、相同組換え修復関連遺伝子における変異の有無を決定する工程、及び上記変異の有無に基づいて、上記被験者に対する上記スプライシング機能を調節するがん治療薬の奏功を予測する工程、を備える方法である。また、本側面は、一実施形態において、これらの工程を備える、スプライシング機能を調節するがん治療薬の、被験者に対する奏功の予測を補助する方法でありうる。また、本側面は、一実施形態において、これらの工程を備える、スプライシング機能を調節するがん治療薬の、被験者に対する奏功の予測のためのデータを取得する方法でもありうる。また、本側面は、一実施形態において、被験者から採取した試料を用いて、相同組換え修復関連遺伝子における変異の有無を決定する工程、及び１つ以上の上記遺伝子に上記変異がある場合、上記被験者にスプライシング機能を調節するがん治療薬を投与する工程、を備える、被験者のがんの治療方法でもありうる。
　本開示において、スプライシング機能を調節するがん治療薬とは、がん細胞におけるスプライシングを促進する生体分子又は分子複合体の機能阻害、分解又は発現抑制（以下では、「調節等」とも記載する。）によって、抗腫瘍活性を示す薬剤である。上記生体分子又は分子複合体としては、スプライシング因子（Ｓｐｌｉｃｉｎｇ　ｆａｃｔｏｒ、ＳＦ）、ｍＲＮＡ前駆体結合性タンパク質、ｍＲＮＡ前駆体結合性核酸及びｍＲＮＡ前駆体結合性タンパク質－核酸複合体が挙げられる。スプライシング因子は、変異を生じたスプライシング因子（変異スプライシング因子）であってもよい。スプライシング因子に変異が生じると、ｍＲＮＡ前駆体（ｐｒｅ－ｍＲＮＡ）からの適切なイントロンの除去及び適切なエクソンの結合を行うことができず、適切な成熟ｍＲＮＡの産生を行うことができなくなることを通じて細胞のがん化が生じうることが知られている。
　スプライシング機能を調節するがん治療薬による調節等の対象となる、変異を生ずるスプライシング因子としては、例えば、ＳＦ３Ｂ１（Ｓｐｌｉｃｉｎｇ　Ｆａｃｔｏｒ　３Ｂ　Ｓｕｂｕｎｉｔ　１）、ＳＲＳＦ２（Ｓｅｒｉｎｅ　ａｎｄ　Ａｒｇｉｎｉｎｅ　Ｒｉｃｈ　Ｓｐｌｉｃｉｎｇ　Ｆａｃｔｏｒ　２）、Ｕ２ＡＦ１（Ｕ２　Ｓｍａｌｌ　Ｎｕｃｌｅａｒ　ＲＮＡ　Ａｕｘｉｌｉａｒｙ　Ｆａｃｔｏｒ　１）、ＺＲＳＲ２（Ｚｉｎｃ　Ｆｉｎｇｅｒ　ＣＣＣＨ－ｔｙｐｅ，ＲＮＡ　Ｂｉｎｄｉｎｇ　Ｍｏｔｉｆ　ａｎｄ　Ｓｅｒｉｎｅ／Ａｒｇｉｎｉｎｅ　Ｒｉｃｈ　２）、ＲＢＭ１０（ＲＮＡ－Ｂｉｎｄｉｎｇ　Ｍｏｔｉｆ　１０）又はＦＵＢＰ１（Ｆａｒ　Ｕｐｓｔｒｅａｍ　Ｅｌｅｍｅｎｔ－Ｂｉｎｄｉｎｇ　Ｐｒｏｔｅｉｎ　１）等を挙げることができる。また、スプライシング機能を調節するがん治療薬による調節等の対象は、変異スプライシング因子を含む複合体であってもよく、例えば変異スプライシング因子を含むＳＦ３ｂ複合体であってもよい。
　スプライシング機能を調節するがん治療薬による調節等の対象となる、がん細胞におけるスプライシングを促進する生体分子又は分子複合体としては、上述したスプライシング因子に加えて、例えば、ＲＢＭ３９（ＲＮＡ－ｂｉｎｄｉｎｇ　Ｍｏｔｉｆ　Ｐｒｏｔｅｉｎ　３９、ＣＡＰＥＲα、ＨＣＣ１、ＦＳＡＰ５９、ＲＮＰＣ２としても知られている。）、ＰＲＭＴ５／ＭＥＰ５０複合体（Ｐｒｏｔｅｉｎ　Ａｒｇｉｎｉｎｅ　Ｍｅｔｈｙｌｔｒａｎｓｆｅｒａｓｅ　５／Ｍｅｔｈｙｌｏｓｏｍｅ　Ｐｒｏｔｅｉｎ　５０複合体）、ＰＲＭＴ５、Ｉ型ＰＲＭＴ、ＣＬＫ（Ｃｄｃ２－ｌｉｋｅ　Ｋｉｎａｓｅ）、ＳＲＰＫ（ＳＲ　Ｐｒｏｔｅｉｎ　Ｋｉｎａｓｅ）、ＤＹＲＫ（Ｄｕａｌ－ｓｐｅｃｉｆｉｃｉｔｙ　Ｔｙｒｏｓｉｎｅ－（Ｙ）－Ｐｈｏｓｐｈｏｒｙｌａｔｉｏｎ－ｒｅｕｌａｔｅｄ　Ｋｉｎａｓｅ）、ＳＲタンパク質又はｈｎＲＮＰ（ｈｅｔｅｒｏｇｅｎｅｏｕｓ　ｎｕｃｌｅａｒ　ＲＮＡ）等を挙げることができる。
　本開示に係るスプライシング機能を調節するがん治療薬は、例えば、ＲＢＭ３９分解誘導剤、ＳＦ３ｂ複合体阻害剤、ＰＲＭＴ５阻害剤、Ｉ型ＰＲＭＴ阻害剤、ＰＲＭＴ５／ＭＥＰ５０阻害剤、ＣＬＫ阻害阻害剤及びＳＲＰＫ阻害剤からなる群より選択される１以上の化合物を含んでもよく、ＲＢＭ３９分解誘導剤、ＳＦ３ｂ複合体阻害剤、ＰＲＭＴ５阻害剤及びＩ型ＰＲＭＴ阻害剤からなる群より選択される１以上の化合物を含んでもよく、ＲＢＭ３９分解誘導剤、ＳＦ３ｂ複合体阻害剤及びＰＲＭＴ５阻害剤からなる群より選択される１以上の化合物を含んでもよい。また、本開示に係るスプライシング機能を調節するがん治療薬は、例えば、ＲＢＭ３９分解誘導剤、ＳＦ３ｂ複合体阻害剤、ＰＲＭＴ５阻害剤又はＩ型ＰＲＭＴ阻害剤であってもよく、ＲＢＭ３９分解誘導剤、ＳＦ３ｂ複合体阻害剤又はＰＲＭＴ５阻害剤であってもよく、ＲＢＭ３９分解誘導剤であってもよい。
　ＲＢＭ３９分解誘導剤は、がん細胞におけるスプライシングを促進するタンパク質ＲＢＭ３９の分解を誘導する。典型的には、Ｅ３ユビキチンリガーゼＤＣＡＦ１５（ＤＤＢ１　ａｎｄ　ＣＵＬ４　ａｓｓｏｃｉａｔｅｄ　ｆａｃｔｏｒ　１５）－ＣＲＬ４（Ｃｕｌｌｉｎ－ＲＩＮＧ　Ｆｉｎｇｅｒ　Ｌｉｇａｓｅ　４）複合体（ＣＲＬＤＣＡＦ１５）との間の結合を分子のり（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ　ｇｌｕｅ）として媒介することで、ＲＢＭ３９のポリユビキチン化を介したプロテアソームによる分解を促進する。
　ＳＦ３ｂ複合体阻害剤は、変異スプライシング因子を含んだＳＦ３ｂ（Ｓｐｌｉｃｉｎｇ　Ｆａｃｔｏｒ　３ｂ）複合体がｍＲＮＡ前駆体のイントロン領域との間の結合を阻害することにより、抗腫瘍効果を示す。
　ＰＲＭＴ５阻害剤、Ｉ型ＰＲＭＴ阻害剤、ＰＲＭＴ５／ＭＥＰ５０阻害剤、ＣＬＫ阻害阻害剤及びＳＲＰＫ阻害剤は、がん細胞におけるスプライシングを促進する生体分子若しくは分子複合体のキナーゼによるリン酸化を直接的に阻害する、又はキナーゼのアルギニン残基のメチル化阻害によって間接的に阻害することにより、がん細胞におけるスプライシングを調節等して抗腫瘍効果を示す。
　本開示に係るスプライシング機能を調節するがん治療薬は、例えば、Ｅ７８２０、Ｅ７０７０、ＮＳＣ３３９００４、プラジエノライドＢ、Ｅ７１０７、スプライソスタチンＡ、ＧＳＫ３３２６５９６、ＰＦ－０６９３９９９９、ＪＮＪ－６４６１９１７８及びＧＳＫ３３６８７１５からなる群より選択される１以上の化合物を含んでもよく、Ｅ７８２０、Ｅ７０７０、ＧＳＫ３３２６５９６、ＰＦ－０６９３９９９９、ＪＮＪ－６４６１９１７８及びＧＳＫ３３６８７１５からなる群より選択される１以上の化合物を含んでもよく、Ｅ７８２０及びＥ７０７０からなる群より選択される１以上の化合物を含んでもよい。一実施形態において、スプライシング機能を調節するがん治療薬は、Ｅ７８２０又はＥ７０７０であってもよく、Ｅ７８２０であってもよい。
　Ｅ７８２０は、化学名がＮ－（３－シアノ－４－メチル－１Ｈ－インドール－７－イル）－３－シアノベンゼンスルホンアミドである化合物であり、構造及び合成方法等については、特許文献２等に記載されている。Ｅ７８２０はスルホンアミド系の小分子薬剤であり、ＲＢＭ３９分解誘導剤として抗腫瘍効果を奏する（非特許文献１）。
　Ｅ７０７０（Ｉｎｄｉｓｕｌａｍとしても知られている。）は、化学名がＮ－（３－クロロ－１Ｈ－インドール－７－イル）－４－スルファモイルベンゼンスルホンアミドである化合物であり、構造及び合成方法等については、特許文献３等に記載されている。Ｅ７０７０はスルホンアミド系の小分子薬剤であり、ＲＢＭ３９分解誘導剤として抗腫瘍効果を奏する（非特許文献１）。
　ＮＳＣ３３９００４（ｃｈｌｏｒｏｑｕｉｎｏｘａｌｉｎｅ　ｓｕｌｆｏｎａｍｉｄｅ、ＣＱＳとしても知られている。）は、化学名が４－アミノ－Ｎ－（５－クロロキノサリン－２－イル）ベンゼンスルホンアミドである化合物である。Ｅ７０７０はスルホンアミド系の小分子薬剤であり、ＲＢＭ３９分解誘導剤として抗腫瘍効果を奏する（非特許文献１）。
　プラジエノライドＢは、化学名が（４Ｒ，７Ｒ，８Ｓ，９Ｅ，１１Ｓ，１２Ｓ）－８－（アセチルオキシ）－４，７－ジヒドロキシ－１２－［（１Ｅ，３Ｅ，５Ｓ）－６－［（２Ｒ，３Ｒ）－３－［（１Ｒ，２Ｓ）－２－ヒドロキシ－１－メチルブチル］－２－オキシラニル］－１，５－ジメチル－１，３－オキサシクロドデカ－９－エン－２－オンである化合物であり、構造及び合成方法については、特許文献４等に記載されている。プラジエノライドＢは、ＳＦ３ｂ複合体阻害剤として抗腫瘍効果を奏する（非特許文献２）。
　Ｅ７１０７は、化学名が［（２Ｓ，３Ｓ，４Ｅ，６Ｓ，７Ｒ，１０Ｒ）－７，１０－ジヒドロキシ－２－［（２Ｅ，４Ｅ，６Ｒ）－６－ヒドロキシ－７－［（２Ｒ，３Ｒ）－３－［（２Ｒ，３Ｓ）－３－ヒドロキシペンタン－２－イル］オキシラン－２－イル］－６－メチルヘプタ－２，４－ジエン－２－イル］－３，７－ジメチル－１２－オキソ－１－オキサシクロドデカ－４－エン－６－イル］－４－シクロヘプチルピペラジン－１－カルボキシレートあるいは（８Ｅ，１２Ｅ，１４Ｅ）－７－（（４－シクロヘプチルピペラジン－１－イル）カルボニル）オキシ－３，６，１６，２１－テトラヒドロキシ－６，１０，１２，１６，２０－ペンタメチル－１８，１９－エポキシトリコサ－８，１２，１４－トリエン－１１－オリドである化合物であり、構造及び合成方法については、特許文献５及び６等に記載されている。Ｅ７１０７は、ＳＦ３ｂ複合体阻害剤として抗腫瘍効果を奏する（非特許文献２）。
　スプライソスタチンＡ（Ｓｐｌｉｃｅｏｓｔａｔｉｎ　Ａ）は、化学名［（２Ｓ，３Ｚ）－４－［［（２Ｒ，３Ｒ，５Ｓ，６Ｓ）－６－［（２Ｅ，４Ｅ）－５－［（３Ｒ，４Ｒ，５Ｒ，７ｓ）－４－ヒドロキシ－７－メトキシ－７－メチル－１，６－ジオキサスピロ［２．５］オクタン－５－イル］－３－メチルペンタ－２，４－ジエン－１－イル］－２，５－ジメチルオキサン－３－イル］カルバモイル］ブタ－３－エン－２－イル］アセタートである化合物であり、構造及び合成方法については、非特許文献３等に記載されている。スプライソスタチンＡは、ＳＦ３ｂ複合体阻害剤として抗腫瘍効果を奏する（非特許文献４）。
　ＧＳＫ３３２６５９６（ＥＰＺ０１５９３８としても知られている。）は、化学名が６－［（１－アセチルピペリジン－４－イル）アミノ］－Ｎ－［（２Ｓ）－３－（３，４－ジヒドロ－１Ｈ－イソキノリン－２－イル）－２－ヒドロキシプロピル］ピリミジン－４－カルボキサミドである化合物であり、構造及び合成方法については、特許文献７等に記載されている。ＧＳＫ３３２６５９６は、ＰＲＭＴ５／ＭＥＰ５０阻害剤として抗腫瘍効果を奏する（特許文献７）。
　ＰＦ－０６９３９９９９は、化学名が（１Ｓ，２Ｓ，３Ｓ，５Ｒ）－３－［（６－［ジフルオロメチル］－５－フルオロ－１，２，３，４－テトラヒドロイソキノリン－８－イル）オキシ］－５－（４－メチル－７Ｈ－ピロロ［２，３－ｄ］ピリミジン－７－イル）シクロペンタン－１，２－ジオールである化合物であり、構造及び合成方法については、特許文献８及び９等に記載されている。ＰＦ－０６９３９９９９は、ＰＲＭＴ５阻害剤として抗腫瘍効果を奏する（特許文献８）。
　ＪＮＪ－６４６１９１７８（Ｏｎａｍｅｔｏｓｔａｔとしても知られている。）は、化学名（１Ｓ，２Ｒ，３Ｓ，５Ｒ）－３－［２－（２－アミノ－３－ブロモキノリン－７－イル）エチル］－５－（４－アミノ－７Ｈ－ピロロ［２，３－ｄ］ピリミジン－７－イル）シクロペンタン－１，２－ジオールである化合物であり、構造及び合成方法については、特許文献１０等に記載されている。ＪＮＪ－６４６１９１７８は、ＰＲＭＴ５阻害剤として抗腫瘍効果を奏する（特許文献１０）。
　ＧＳＫ３３６８７１５（ＥＰＺ０１９９９７としても知られている。）の構造及び合成方法については、非特許文献５等に記載されている。ＧＳＫ３３６８７１５は、Ｉ型ＰＲＭＴ阻害剤として抗腫瘍効果を奏する（非特許文献５）。
　本開示において、被験者とは、がん患者又はがんを患っている可能性のあるヒト対象であってよい。
　本開示において、試料は、被験者から採取可能であって、上記被験者の相同組換え修復関連遺伝子における変異の有無の決定に用いることができる可能性があるものであれば特に限定されず、例えば全血、血漿、血清、骨髄液、唾液、痰、乳頭分泌液、尿、汗又は膵液等であってよく、子宮粘膜の擦過又は腫瘍組織若しくはリンパ節の採取により取得される生体試料等であってもよい。
　本開示において、相同組換え修復関連遺伝子とは、切断されたＤＮＡ二本鎖の乗換えが生じない態様での修復、すなわち相同組換え修復を、直接的又は間接的に促進するタンパク質群をコードする遺伝子である。相同組換え修復関連遺伝子としては、例えばＢＲＣＡ１（Ｂｒｅａｓｔ　Ｃａｎｃｅｒ　Ｃｕｓｃｅｐｔｉｂｉｌｉｔｙ　Ｇｅｎｅ　１）、ＢＲＣＡ２（Ｂｒｅａｓｔ　Ｃａｎｃｅｒ　Ｃｕｓｃｅｐｔｉｂｉｌｉｔｙ　Ｇｅｎｅ　２）、ＡＴＭ（Ａｔａｘｉａ　Ｔｅｌａｎｇｉｅｃｔａｓｉａ　Ｍｕｔａｔｅｄ）、ＡＴＲ（Ａｔａｘｉａ　Ｔｅｌａｎｇｉｅｃｔａｓｉａ　ａｎｄ　Ｒａｄ３－ｒｅｌａｔｅｄ）、ＢＡＰ１（ＢＲＣＡ１－ａｓｓｏｃｉａｔｅｄ　Ｐｒｏｔｅｉｎ　１）、ＢＬＭ（Ｂｌｏｏｍ　Ｓｙｎｄｒｏｍｅ）、ＣＨＥＫ１（Ｃｈｅｃｋｐｏｉｎｔ　Ｋｉｎａｓｅ　１）、ＣＨＥＫ２（Ｃｈｅｃｋｐｏｉｎｔ　Ｋｉｎａｓｅ　２）、ＦＡＮＣＡ（Ｆａｎｃｏｎｉ　Ａｎｅｍｉａ　Ｃｏｍｐｌｅｍｅｎｔａｔｉｏｎ　Ｇｒｏｕｐ　Ａ）、ＦＡＮＣＭ（Ｆａｎｃｏｎｉ　Ａｎｅｍｉａ　Ｃｏｍｐｌｅｍｅｎｔａｔｉｏｎ　Ｇｒｏｕｐ　Ｍ）、ＭＲＥ１１Ａ（Ｍｅｉｏｔｉｃ　Ｒｅｃｏｍｂｉｎａｔｉｏｎ　１１　Ｈｏｍｏｌｏｇ　Ａ）、ＰＡＬＢ２（Ｐａｒｔｎｅｒ　ａｎｄ　Ｌｏｃａｌｉｚｅｒ　ｏｆ　ＢＲＣＡ２）、ＲＡＤ５１（ＲＡＤ５１　Ｒｅｃｏｍｂｉｎａｓｅ）、ＲＡＤ５４Ｌ（ＲＡＤ５４　Ｌｉｋｅ）、ＢＲＩＰ１（ＢＲＣＡ１　Ｉｎｔｅｒａｃｔｉｎｇ　Ｐｒｏｔｅｉｎ）、ＣＤＫ１２（Ｃｙｃｌｉｎ－ｄｅｐｅｎｄｅｎｔ　Ｋｉｎａｓｅ　１２）及びＨＤＡＣ２（Ｈｉｓｔｏｎｅ　Ｄｅａｃｅｔｙｌａｓｅ　２）等を挙げることができる。
　本開示に係る相同組換え修復関連遺伝子は、ＢＲＣＡ１、ＢＲＣＡ２、ＡＴＭ、ＡＴＲ、ＢＡＰ１、ＢＬＭ、ＣＨＥＫ１、ＣＨＥＫ２、ＦＡＮＣＡ、ＦＡＮＣＭ，ＭＲＥ１１Ａ、ＰＡＬＢ２、ＲＡＤ５１、ＲＡＤ５４、ＢＲＩＰ１、ＣＤＫ１２及びＨＤＡＣ２からなる群より選択される１つ以上の遺伝子を含んでもよく、ＢＲＣＡ１、ＢＲＣＡ２、ＡＴＭ、ＡＴＲ及びＢＡＰ１からなる群より選択される１つ以上の遺伝子を含んでもよく、ＢＲＣＡ１及びＢＲＣＡ２からなる群より選択される１つ以上の遺伝子を含んでもよい。また、本開示に係る相同組換え修復関連遺伝子は、ＢＲＣＡ１、ＢＲＣＡ２、ＡＴＭ、ＡＴＲ、ＢＡＰ１、ＢＬＭ、ＣＨＥＫ１、ＣＨＥＫ２、ＦＡＮＣＡ、ＦＡＮＣＭ，ＭＲＥ１１Ａ、ＰＡＬＢ２、ＲＡＤ５１、ＲＡＤ５４、ＢＲＩＰ１、ＣＤＫ１２及びＨＤＡＣ２からなる群より選択される１つ以上の遺伝子であってもよく、ＢＲＣＡ１、ＢＲＣＡ２、ＡＴＭ、ＡＴＲ及びＢＡＰ１からなる群より選択される１つ以上の遺伝子であってもよく、ＢＲＣＡ１及びＢＲＣＡ２からなる群より選択される１つ以上の遺伝子であってもよく、ＢＲＣＡ１又はＢＲＣＡ２であってもよい。
　本開示に係る、相同組換え修復関連遺伝子に生じる変異の種類は特に限定されず、例えばミスセンス変異（Ｍｉｓｓｓｅｎｓｅ　ｍｕｔａｔｉｏｎ）、インフレーム挿入（Ｉｎｆｒａｍｅ　ｉｎｓｅｒｔｉｏｎ）、インフレーム欠失（Ｉｎｆｒａｍｅ　ｄｅｌｅｔｉｏｎ）、フレームシフト変異（Ｆｒａｍｅｓｈｉｆｔ　ｍｕｔａｔｉｏｎ）、スプライス部位変異（Ｓｐｌｉｃｅ　ｓｉｔｅ　ｍｕｔａｔｉｏｎ）又はナンセンス変異（Ｎｏｎｓｅｎｓｅ　ｍｕｔａｔｉｏｎ）であってもよい。
　本開示に係る、相同組換え修復関連遺伝子における変異の有無を決定する方法は、相同組換え修復関連遺伝子における変異の有無が決定可能な方法であれば特に限定されず、例えば次世代シーケンサー（Ｎｅｘｔ　Ｇｅｎｅｒａｔｉｏｎ　Ｓｅｑｕｅｎｃｅｒ、ＮＧＳ）等のシーケンサーを用いる方法、ポリメラーゼ連鎖反応（Ｐｏｌｙｍｅｒａｓｅ　Ｃｈａｉｎ　Ｒｅａｃｔｉｏｎ、ＰＣＲ）若しくは逆転写ポリメラーゼ連鎖反応（Ｒｅｖｅｒｓｅ　Ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎ　Ｐｏｌｙｍｅｒａｓｅ　Ｃｈａｉｎ　Ｒｅａｃｔｉｏｎ、ＲＴ－ＰＣＲ）により増幅した遺伝子を解析する方法、インベーダーアッセイ法、ＦＩＳＨ（Ｆｌｕｏｒｅｓｃｅｎｃｅ　Ｉｎ　Ｓｉｔｕ　Ｈｙｂｒｉｄｉｚａｔｉｏｎ）法又は免疫染色法等であってもよい。ＰＣＲにより増幅した遺伝子を解析する方法としては、例えばＰＣＲ－ＲＦＬＰ（Ｒｅｓｔｒｉｃｔｉｏｎ　Ｆｒａｇｍｅｎｔ　Ｌｅｎｇｔｈ　Ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍ、制限酵素断片長多型）法、ＰＣＲ－ＳＳＣＰ（Ｓｉｎｇｌｅ　Ｓｔｒａｎｄ　Ｃｏｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ　Ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍ）法、ＴａｑＭａｎ法、ＭＬＰＡ（Ｍｕｌｔｉｐｌｅｘ　Ｌｉｇａｔｉｏｎ－ｄｅｐｅｎｄｅｎｔ　Ｐｒｏｂｅ　Ａｍｐｌｉｆｉｃａｔｉｏｎ）法又はｄｉｇｉｔａｌ　ＰＣＲ法等であってもよい。ＲＴ－ＰＣＲにより増幅した遺伝子を解析する方法としては、例えばＤＮＡマイクロアレイ法であってもよい。これらの相同組換え修復関連遺伝子における変異の有無を決定する方法は、当業者が通常用いる装置及び試薬等を、当業者が通常用いる方法で用いることによって、相同組換え修復関連遺伝子における変異の有無を決定することができる。
　一側面に係る、被験者に対するスプライシング機能を調節するがん治療薬の奏功を予測する工程は、相同組換え修復関連遺伝子における変異の有無に基づいて行われる。すなわち、被験者から採取した試料について、相同組換え修復関連遺伝子における変異を有する場合に、被験者に対してスプライシング機能を調節するがん治療薬の奏功が高いと予測することができる。スプライシング機能を調節するがん治療薬の奏功が高いと予測する際の基準としては、例えば変異の有無を調べた遺伝子のうち基準値以上の数の遺伝子に変異がある場合に奏功が高いと予測してもよく、上記基準値は限定されず、例えば１つ又は２つであってもよい。また、スプライシング機能を調節するがん治療薬の奏功が高いと予測する際の別の基準としては、例えば変異の有無を調べた遺伝子のうち基準割合以上の割合の遺伝子に変異がある場合に奏功が高いと予測してもよく、上記基準割合は限定されず、例えば５％、１０％、１５％又は２０％であってもよい。
　本開示の他の一側面は、スプライシング機能を調節するがん治療薬の治療効果を期待できる患者を選択する方法であって、被験者から採取した試料を用いて、相同組換え修復関連遺伝子における変異の有無を決定する工程、及び上記遺伝子に上記変異がある場合、上記被験者が、スプライシング機能を調節するがん治療薬を投与すべき患者であるとの指標を提供する工程、を備える、方法である。
　一側面に係る、スプライシング機能を調節するがん治療薬の治療効果を期待できる患者の選択は、相同組換え修復関連遺伝子における変異の有無に基づいて行われる。すなわち、被験者から採取した試料を用いた変異の有無の決定により、相同組換え修復関連遺伝子における変異を有すると決定された被験者が、スプライシング機能を調節するがん治療薬を投与すべき患者である、との指標が提供されることによって、スプライシング機能を調節するがん治療薬の治療効果を期待できる患者を選択することができる。スプライシング機能を調節するがん治療薬を投与すべき患者であるとの指標の提供の基準としては、例えば変異の有無を調べた遺伝子のうち基準値以上の数の遺伝子に変異がある場合に、スプライシング機能を調節するがん治療薬を投与すべき患者であるとの指標を提供してもよく、上記基準値は限定されず、例えば１つ又は２つであってもよい。また、スプライシング機能を調節するがん治療薬を投与すべき患者であるとの指標の提供の別の基準としては、例えば変異の有無を調べた遺伝子のうち基準割合以上の割合の遺伝子に変異がある場合に、スプライシング機能を調節するがん治療薬を投与すべき患者であるとの指標を提供してもよく、上記基準割合は限定されず、例えば５％、１０％、１５％又は２０％であってもよい。
　いかなる理論にも拘束されることを望むものではないが、本開示に係る方法によって被験者に対するスプライシング機能を調節するがん治療薬の奏功の予測又はスプライシング機能を調節するがん治療薬の治療効果を期待できる患者の選択を行うことができる理由の可能性の１つとしては、スプライシング機能を調節するがん治療薬がＤＮＡ二本鎖の切断を誘導するためであることが考えられる。
　以下、本発明を実施例に基づきより具体的に説明する。ただし、本発明は以下の実施例に限定されるものではない。
［実施例１：ＰＤＸマウスモデルにおける、スプライシング機能を調節するがん治療薬の治療効果と遺伝子変異との関係］
　患者腫瘍組織移植（Ｐａｔｉｅｎｔ－ｄｅｒｉｖｅｄ　ｘｅｎｏｇｒａｆｔｓ、ＰＤＸ）マウスモデルの３０例において、スプライシング機能を調節するがん治療薬Ｅ７８２０の治療効果と、種々の遺伝子変異の有無を評価した。
［１－１：ＰＤＸモデルマウスの作成］
　２～３ｍｍ角のＰＤＸ腫瘍片を試験動物の背部皮下に移植し増殖させることで、ＰＤＸモデルマウスを作成した。試験動物は、ＮＯＤ．Ｃｇ－ＰｒｋｄｃｓｃｉｄＩｌ２ｒｇｔｍ１Ｓｕｇ／ＳｈｉＪｉｃ（ＮＯＧマウス）、メス、６週齢以降の個体を用いた。腫瘍組織としては、胆管がん９例、膵がん９例、胃がん６例、子宮体がん３例、子宮肉腫３例の計３０例の患者由来の腫瘍組織を用いた。１群構成がｎ＝３～５匹となるように、実験動物の平均腫瘍体積が群分けに適した大きさ（目安:２００ｍｍ３）に到達した時点で群分けを行った。
［１－２：Ｅ７８２０の治療効果の評価］
　群分けを行った日から、１－１で作成したＰＤＸモデルマウス３０例に対して、Ｅ７８２０を１００ｍｇ／ｋｇの用量で１日１回経口投与した。薬剤投与前、及び薬剤投与を開始した日を０日目として２１日目までの観察期間中、一週間に２回体重と腫瘍体積を測定した。腫瘍体積の測定は、ノギスを用いて腫瘍の長径及び短径を測定し、下記の計算式に従って腫瘍体積を算出した。腫瘍が認められない動物は，腫瘍体積を０．００ｍｍ３とした。
腫瘍体積（mm3）＝ 1/2 ×長径（mm）×短径（mm）×短径（mm）
　結果として、ＰＤＸモデルマウス３０例のうち１４例において、０日目よりも２１日目の腫瘍体積が小さくなり、腫瘍縮小効果が認められた。
［１－３：遺伝子変異の有無の評価］
　ＰＤＸから抽出したゲノムＤＮＡについて、次世代シーケンシングの１つである全エクソームシーケンシング（Ｗｈｏｌｅ　Ｅｘｏｓｏｍｅ　Ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ、ＷＥＳ）をＮｏｖａｓｅｑ６０００システム(Ｉｌｌｕｍｉｎａ)にて実施し、変異解析を行った。１－２で得られた０日目を基準として２１日目における腫瘍体積の変化率（％、上段）に基づいてマウスを降順で並べた場合の、それぞれのマウスにおける種々の遺伝子変異の有無の結果（下段）を図１に示す。
　結果として、Ｅ７８２０による腫瘍縮小効果が認められた１４例のうち、１１例（７９％）において、相同組換え修復関連遺伝子であるＢＲＣＡ１、ＢＲＣＡ２、ＡＴＭ、ＡＴＲ及びＢＡＰ１のうちの１つ以上に変異が認められた。これに対し、Ｅ７８２０による腫瘍縮小効果が認められなかった１６例では、３例（１９％）のみにおいてしか、上記５種類の遺伝子のうちの１つ以上に変異が認められなかった。
［実施例２：相同組換え修復関連遺伝子の変異有無及びノックアウト有無における、スプライシング機能を調節するがん治療薬に対する培養細胞株の感受性評価］
　種々の培養細胞株の細胞を、９６ウェルマイクロプレートの１ｗｅｌｌあたりに５００細胞で播種し、３７℃、５％ＣＯ２の条件下で静置した。培地を除去した後、薬剤を含有しない、又は１００ｎＭ、３００ｎＭ若しくは１μＭで含有する培地を添加し、３７℃、５％ＣＯ２の条件下で培養した。薬剤を含有する培地を添加した日を０日目として、３、６及び９日目に培地を同濃度の薬剤を含む新鮮な培地に交換した。１０日目に、ＰｒｅｓｔｏＢｌｕｅアッセイによって、細胞生存率を決定した。
　使用した培養細胞株の種類、起源、及び実施例１で変異の有無を評価した相同組換え修復関連遺伝子における病的変異の有無を表１に示す。なお、培養細胞株のうち、ＤＬＤ－１細胞については、野生型のＤＬＤ－１細胞に加えて、相同組換え修復関連遺伝子ＢＲＣＡ２をノックアウトした細胞株（ＤＬＤ－１－ＢＲＣＡ２　ＫＯ）及びＤＬＤ－１－ＢＲＣＡ２　ＫＯに野生型ＢＲＣＡ２を発現させた細胞株（ＤＬＤ－１－ＢＲＣＡ２　ＫＯ＋ＢＲＣＡ２　ＷＴ）についても使用した。
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　薬剤として、スプライシング機能を調節するがん治療薬であるＥ７８２０を用いた場合の結果を図２に、Ｉｎｄｉｓｕｌａｍ（Ｅ７０７０）を用いた場合の結果を図３に、プラジエノライドＢを用いた場合の結果を図４に、ＪＮＪ－６４６１９１７８を用いた場合の結果を図５にそれぞれ示す。また、相同組換え修復関連遺伝子の変異を有するがん細胞が高い感受性を示すことが知られている薬剤であるオラパリブ又はシスプラチンを用いた場合の結果を、それぞれ図６、図７に示す。
　結果として、全ての薬剤について、相同組換え修復関連遺伝子に変異を有しない細胞株と比べて、変異を有する細胞株において低濃度から細胞生存率の低下が見られる傾向にあった、すなわち、相同組換え修復関連遺伝子に変異を有する細胞株は、スプライシング機能を調節するがん治療薬に対して高い感受性を示した。また、全ての薬剤に対して、野生型のＤＬＤ－１と比較してＤＬＤ－１－ＢＲＣＡ２　ＫＯは高い感受性を示し、ＤＬＤ－１－ＢＲＣＡ２　ＫＯ＋ＢＲＣＡ２　ＷＴはＤＬＤ－１－ＢＲＣＡ２　ＫＯよりも低い感受性を示した。以上の結果から、相同組換え修復関連遺伝子に変異を有する細胞又は相同組換え修復関連遺伝子の発現を抑制した細胞、すなわち、機能が維持された相同組換え修復関連タンパク質の発現量が低下している細胞は、スプライシング機能を調節するがん治療薬に対して高い感受性を示すことが明らかとなった。
［実施例３：相同組換え修復関連遺伝子のノックアウト及びノックインの有無における、スプライシング機能を調節するがん治療薬に対する培養細胞株の感受性評価］
　ＤＬＤ－１細胞（ｐａｒｅｎｔａｌ）、ＤＬＤ－１－ＢＲＣＡ２　ＫＯ（ＢＲＣＡ２　ＫＯ）又はＤＬＤ－１－ＢＲＣＡ２　ＫＯ＋ＢＲＣＡ２　ＷＴ（ＢＲＣＡ２　ＫＯ＋ＷＴ）を６ウェルプレートの１ウェルあたり３×１０３細胞で播種し、３７℃、５％ＣＯ２の条件下で静置した。培地を除去した後、薬剤を含有しない、又はＥ７８２０の１００ｎＭ、Ｅ７８２０の１μＭ、Ｉｎｄｉｓｕｌａｍ（Ｅ７０７０）の１μＭ若しくはオラパリブの１μＭを含有する培地を添加し、３７℃、５％ＣＯ２の条件下で培養した。薬剤を含有する培地を添加した日を０日目として、３、６及び９日目に培地を同濃度の薬剤を含む新鮮な培地に交換した。１２日目に、細胞を撮影し、細胞の各薬剤に対する感受性を評価した。結果を図８に示す。
　ＤＬＤ－１細胞（ｐａｒｅｎｔａｌ）においては、Ｅ７８２０の１００ｎＭ、Ｅ７８２０の１μＭ、Ｉｎｄｉｓｕｌａｍ（Ｅ７０７０）の１μＭ及びオラパリブの１μＭのいずれの条件においても増殖抑制効果は認めなかった。ＤＬＤ－１－ＢＲＣＡ２　ＫＯ（ＢＲＣＡ２　ＫＯ）においてはＥ７８２０の１μＭ、Ｉｎｄｉｓｕｌａｍ（Ｅ７０７０）の１μＭ及びオラパリブの１μＭのすべての条件において著しい増殖抑制効果、細胞死の誘導を認め残存した細胞はほとんど認めなかった。一方でＤＬＤ－１－ＢＲＣＡ２　ＫＯ＋ＢＲＣＡ２　ＷＴ（ＢＲＣＡ２　ＫＯ＋ＷＴ）においてはＥ７８２０の１μＭ、Ｉｎｄｉｓｕｌａｍ（Ｅ７０７０）の１μＭ及びオラパリブの１μＭのいずれの条件においても増殖抑制効果は認めたものの生存細胞の増殖を認めた。本実験においてオラパリブは相同組み換え修復能に異常のある細胞に効果を示す薬剤としてポジティブコントロールに該当する。
［実施例４：相同組換え修復関連遺伝子のノックアウト及びノックインの有無における、スプライシング機能を調節するがん治療薬によるＤＮＡ２本鎖切断の誘導有無の評価］
　ＤＬＤ－１細胞（ｐａｒｅｎｔａｌ）、ＤＬＤ－１－ＢＲＣＡ２　ＫＯ（ＢＲＣＡ２　ＫＯ）又はＤＬＤ－１－ＢＲＣＡ２　ＫＯ＋ＢＲＣＡ２　ＷＴ（ＢＲＣＡ２　ＫＯ＋ＷＴ）を６ウェルプレートの１ウェルあたり１×１０６細胞で播種し、３７℃、５％ＣＯ２の条件下で静置した。培地を除去した後、薬剤を含有しない、又はＥ７８２０の１μＭ、Ｉｎｄｉｓｕｌａｍ（Ｅ７０７０）の１μＭ若しくはオラパリブの１μＭを含有する培地を添加し、３７℃、５％ＣＯ２の条件下で７２時間培養した。培地を除去した後、ＰＢＳで洗浄し、氷上で冷やしながら、ＲＩＰＡバッファー（プロテアーゼ・フォスファターゼ阻害剤入り、Ｐｒｏｔｅｉｎｔｅｃｈ社製）を加え、セルスクレーパーを用いて細胞を回収した。回収したサンプルを３０分間氷上に静置した後に、１２，０００×ｇ、４℃で１５分間遠心し、細胞の破片を沈殿させた。ペレットに触れないように、上清を新しいマイクロチューブに移すことで、ライセートを得た。得られたライセートを用いてＳＤＳ－ＰＡＧＥ、メンブレン転写及びウエスタンブロッティングを行うことで、ＤＮＡ２本鎖切断の誘導有無を評価した。ウエスタンブロッティングの抗体としては、Ａｎｔｉ－ｐｈｏｓｐｈｏ－Ｈｉｓｔｏｎｅ　Ｈ２Ａ．Ｘ（Ｓｅｒ１３９）Ａｎｔｉｂｏｄｙ（抗γＨ２ＡＸ抗体、ｃａｔ＃０５－６３６、Ｓｉｇｍａ－Ａｌｄｒｉｃｈ社製）及びＧＡＰＤＨ（１４Ｃ１０）Ｒａｂｂｉｔ　ｍＡｂ（抗ＧＡＰＤＨ抗体、ｃａｔ＃２１１８、Ｃｅｌｌ　Ｓｉｇｎａｌｉｎｇ　Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ社製）を用いた。結果を図９に示す。
　結果として、野生型のＤＬＤ－１にスプライシング機能を調節するがん治療薬を添加した場合において、既知のＤＮＡ損傷の修復を阻害する薬剤であるオラパリブを添加した場合と同様に、γＨ２ＡＸ量の増加が見られ、ＤＮＡ２本鎖切断が誘導されたことが示唆された。また、全ての薬剤において、野生型のＤＬＤ－１と比較してＤＬＤ－１－ＢＲＣＡ２　ＫＯを用いた場合に、より顕著なγＨ２ＡＸ量の増加が見られ、かつ、その増加の程度はＤＬＤ－１－ＢＲＣＡ２　ＫＯ＋ＢＲＣＡ２　ＷＴを用いた場合に抑制された。以上の結果から、スプライシング機能を調節するがん治療薬は、ＤＮＡ二本鎖の切断を誘導することが強く示唆された。

Claims (14)

  1. 　スプライシング機能を調節するがん治療薬の、被験者に対する奏功を予測する方法であって、
    　前記被験者から採取した試料を用いて、相同組換え修復関連遺伝子における変異の有無を決定する工程、及び
    　前記変異の有無に基づいて、前記被験者に対する前記スプライシング機能を調節するがん治療薬の奏功を予測する工程、
    を備える方法。
  2. 　前記スプライシング機能を調節するがん治療薬が、ＲＢＭ３９分解誘導剤、ＳＦ３ｂ複合体阻害剤、ＰＲＭＴ５阻害剤及びＩ型ＰＲＭＴ阻害剤からなる群より選択される１以上の化合物を含む、請求項１に記載の方法。
  3. 　前記スプライシング機能を調節するがん治療薬が、ＲＢＭ３９分解誘導剤、ＳＦ３ｂ複合体阻害剤及びＰＲＭＴ５阻害剤からなる群より選択される１以上の化合物を含む、請求項１に記載の方法。
  4. 　前記スプライシング機能を調節するがん治療薬が、Ｅ７８２０、Ｅ７０７０、ＮＳＣ３３９００４、プラジエノライドＢ、Ｅ７１０７、スプライソスタチンＡ、ＧＳＫ３３２６５９６、ＰＦ－０６９３９９９９、ＪＮＪ－６４６１９１７８及びＧＳＫ３３６８７１５からなる群より選択される１以上の化合物を含む、請求項１に記載の方法。
  5. 　前記相同組換え修復関連遺伝子が、ＢＲＣＡ１、ＢＲＣＡ２、ＡＴＭ、ＡＴＲ、ＢＡＰ１、ＢＬＭ、ＣＨＥＫ１、ＣＨＥＫ２、ＦＡＮＣＡ、ＦＡＮＣＭ，ＭＲＥ１１Ａ、ＰＡＬＢ２、ＲＡＤ５１、ＲＡＤ５４、ＢＲＩＰ１、ＣＤＫ１２及びＨＤＡＣ２からなる群より選択される１つ以上の遺伝子を含む、請求項１～４のいずれか一項に記載の方法。
  6. 　前記相同組換え修復関連遺伝子が、ＢＲＣＡ１、ＢＲＣＡ２、ＡＴＭ、ＡＴＲ及びＢＡＰ１からなる群より選択される１つ以上の遺伝子を含む、請求項１～４のいずれか一項に記載の方法。
  7. 　前記相同組換え修復関連遺伝子が、ＢＲＣＡ１及びＢＲＣＡ２からなる群より選択される１つ以上の遺伝子を含む、請求項１～４のいずれか一項に記載の方法。
  8. 　スプライシング機能を調節するがん治療薬の治療効果を期待できる患者を選択する方法であって、
    　被験者から採取した試料を用いて、相同組換え修復関連遺伝子における変異の有無を決定する工程、及び
    　１つ以上の前記遺伝子に前記変異がある場合、前記被験者が、スプライシング機能を調節するがん治療薬を投与すべき患者であるとの指標を提供する工程、
    を備える、方法。
  9. 　前記スプライシング機能を調節するがん治療薬が、ＲＢＭ３９分解誘導剤、ＳＦ３ｂ複合体阻害剤、ＰＲＭＴ５阻害剤及びＩ型ＰＲＭＴ阻害剤からなる群より選択される１以上の化合物を含む、請求項８に記載の方法。
  10. 　前記スプライシング機能を調節するがん治療薬が、ＲＢＭ３９分解誘導剤、ＳＦ３ｂ複合体阻害剤及びＰＲＭＴ５阻害剤からなる群より選択される１以上の化合物を含む、請求項８に記載の方法。
  11. 　前記スプライシング機能を調節するがん治療薬が、Ｅ７８２０、Ｅ７０７０、ＮＳＣ３３９００４、プラジエノライドＢ、Ｅ７１０７、スプライソスタチンＡ、ＧＳＫ３３２６５９６、ＰＦ－０６９３９９９９、ＪＮＪ－６４６１９１７８及びＧＳＫ３３６８７１５からなる群より選択される１以上の化合物を含む、請求項８に記載の方法。
  12. 　前記相同組換え修復関連遺伝子が、ＢＲＣＡ１、ＢＲＣＡ２、ＡＴＭ、ＡＴＲ、ＢＡＰ１、ＢＬＭ、ＣＨＥＫ１、ＣＨＥＫ２、ＦＡＮＣＡ、ＦＡＮＣＭ，ＭＲＥ１１Ａ、ＰＡＬＢ２、ＲＡＤ５１、ＲＡＤ５４、ＢＲＩＰ１、ＣＤＫ１２及びＨＤＡＣ２からなる群より選択される１つ以上の遺伝子を含む、請求項８～１１のいずれか一項に記載の方法。
  13. 　前記相同組換え修復関連遺伝子が、ＢＲＣＡ１、ＢＲＣＡ２、ＡＴＭ、ＡＴＲ及びＢＡＰ１からなる群より選択される１つ以上の遺伝子を含む、請求項８～１１のいずれか一項に記載の方法。
  14. 　前記相同組換え修復関連遺伝子が、ＢＲＣＡ１及びＢＲＣＡ２からなる群より選択される１つ以上の遺伝子を含む、請求項８～１１のいずれか一項に記載の方法。
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