WO2024029523A1 - コロナウイルス感染症の評価項目を判断するための情報を提供する方法 - Google Patents

コロナウイルス感染症の評価項目を判断するための情報を提供する方法 Download PDF

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WO2024029523A1
WO2024029523A1 PCT/JP2023/028094 JP2023028094W WO2024029523A1 WO 2024029523 A1 WO2024029523 A1 WO 2024029523A1 JP 2023028094 W JP2023028094 W JP 2023028094W WO 2024029523 A1 WO2024029523 A1 WO 2024029523A1
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antibody titer
binding affinity
antigen
coronavirus
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博 木戸
悦久 高橋
貴子 澤淵
宏一 鈴木
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応用酵素医学研究所株式会社
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    • GPHYSICS
    • G01MEASURING; TESTING
    • G01NINVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N33/00Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
    • G01N33/48Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
    • G01N33/50Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
    • G01N33/53Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor
    • GPHYSICS
    • G01MEASURING; TESTING
    • G01NINVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
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    • G01N33/53Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor
    • G01N33/569Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor for microorganisms, e.g. protozoa, bacteria, viruses

Definitions

  • the present invention relates to a method for providing information for determining evaluation items for coronavirus infection, and more specifically, a method for providing information for determining evaluation items for coronavirus infection, and more specifically, using antibody titer and antigen-binding affinity antibody titer as indicators.
  • the present invention relates to a method of providing information for determining two or more evaluation items.
  • coronavirus disease 2019 also referred to as "coronavirus disease 2019”
  • new coronavirus severe acute respiratory syndrome coronavirus 2; SARS-CoV-2
  • SARS-CoV-2 severe acute respiratory syndrome coronavirus 2
  • the development and vaccination of vaccines to prevent the spread of COVID-19 is progressing in each country, but the criteria for evaluating the effectiveness of the vaccines actually injected and the prevention of infection in those ingested have not yet been finalized. We are in a difficult situation. For example, it has been reported that even vaccine recipients with high antibody titers measured after vaccination may be reinfected.
  • the method of numerically evaluating vaccine effectiveness involves measuring the amount of antibodies (IgG, IgM, IgA, etc.) that specifically recognize pathogen antigens induced in the blood of vaccine recipients. Accordingly, it has been evaluated as "antibody amount (titer)".
  • the infection protection of antibodies produced in the body is generally evaluated based on virus neutralizing activity (see, for example, Non-Patent Document 1).
  • virus neutralizing activity see, for example, Non-Patent Document 1.
  • cells expressing ACE-2 (Angiotensin-converting enzyme 2), a virus receptor that specifically binds to the SARS-CoV-2 virus when it invades cells as a pathogen see, for example, Non-Patent Document 2).
  • Samples containing the pathogen SARS-CoV-2 virus (or pseudovirus) and anti-viral antibodies are prepared and added to various concentrations, cells are infected with the virus, and then cell culture is performed.
  • a method of displaying the degree of cell damage caused by virus invasion into cells using an IC50 value, and virus neutralization activity such as a method to use various labeled viruses to monitor virus invasion into cells in a short time and with high sensitivity.
  • Measurement methods are known.
  • Another method is to create a mock infection system by extracting factors that act in the infection process without using a virus that is infectious to humans, and to investigate the degree of infection suppression and use this instead of measuring virus neutralization activity. be.
  • the binding between Recombinant ACE2, a cellular receptor protein, and SARS-CoV-2 spike S1, a viral protein, which is a factor that acts in SARS-CoV-2 virus infection was diluted to various concentrations.
  • a measurement kit (BPS Bioscience) (see Non-Patent Document 3) that monitors the reaction inhibited by a sample containing an anti-virus antibody and displays it as an IC50 value is commercially available as an alternative to the virus neutralization activity measurement method.
  • antibody titer As mentioned above, conventionally, when evaluating the effectiveness of vaccines numerically, it has mainly been done based on the amount of antibodies that specifically recognize antigens (antibody titer).
  • the current method of measuring antibody titers in the field of infectious diseases is a method that measures only the "amount" of antibody molecules using a secondary antibody that recognizes the constant region (C region) of antibody molecules.
  • C region constant region
  • the objectives of the present invention are to determine the necessity of vaccination against coronavirus infection, to identify high-risk individuals who will become seriously ill due to infection, to predict the prognosis of those infected with coronavirus infection, and to achieve herd immunity against coronavirus infection.
  • the purpose of this invention is to provide a method for providing information for determining evaluation items such as the evaluation of coronavirus infections and the evaluation of the effectiveness of vaccines for coronavirus infections.
  • the amino acid sequence of the antigen-binding site of the variable region (V region) of an antibody molecule can change due to somatic hypermutation, and at a certain stage an antibody with low antigen binding affinity As the number of antigen exposures increases, antibodies with high antigen binding affinity may be substituted, and affinity maturation of antibodies occurs, which differs for each vaccine recipient, but the effectiveness of the vaccine may vary. This point has not been taken into consideration in the evaluation of gender. Therefore, in addition to the antibody titer, the present inventors used other parameters such as the IC50 value, which indicates the binding affinity of the antibody to the antigen, to predict the susceptibility to infection, pathological condition, and prognosis of vaccine recipients.
  • the cutoff values determined by the ROC analysis based on the values are written parallel to the Based on the graph divided into regions, (1) determining the necessity of vaccination against coronavirus infection, (2) identifying high-risk individuals who will become seriously ill due to infection, and (3) prognosis of those infected with coronavirus infection.
  • We have completed the present invention by confirming that it is possible to predict, (4) evaluate the degree of achievement of herd immunity against coronavirus infections, and (5) evaluate the effectiveness of vaccines for coronavirus infections.
  • the present invention is as follows.
  • Antibody titer (BUg/mL) and antigen binding affinity antibody titer (antibody titer (BUg/mL)/IC50 (nM)) of antibodies against the coronavirus antigen protein in the sample derived from the subject are used as indicators
  • the present invention is as follows. [4] The method according to [1] or [2] above, wherein the coronavirus is SARS-CoV-2. [5] The method according to [4] above, wherein the coronavirus antigen protein is SARS-CoV-2 spike protein. [6] The method according to [5] above, wherein the antibody binding site is a receptor binding site of SARS-CoV-2 spike protein.
  • the present invention it is possible to determine whether a subject needs to be vaccinated against a coronavirus infection, identify high-risk individuals who will become seriously ill if infected with the new coronavirus, and We will formulate specific treatment policies and predict prognosis, determine the risk of infection among uninfected people, evaluate the extent to which herd immunity has been achieved, and develop various vaccines for coronavirus infections. be able to evaluate the effectiveness and performance of
  • the sample number of each subject is plotted on the X axis
  • the IC50 value representing the antigen binding affinity for SAR S-CoV-2 virus S1 protein is expressed on the Y axis
  • the IC50 value of each subject's sample was plotted to show the change in IC50 value for each sample: (a) blood sample after the first vaccination, (b) blood sample after the second vaccination, and (c) blood sample after the third vaccination. It is a group of graphs. Blood was collected 3 to 4 weeks after each vaccination.
  • the antibody titer is expressed on the X axis and the IC50 value representing the antigen binding affinity for the SARS-CoV-2 virus S1 protein is expressed on the Y axis, and the antibody titer and IC50 value of each subject's sample are plotted.
  • the antigen binding affinity antibody titer (ABAT) is represented on the Y axis
  • the antibody amount of each sample is represented on the X axis.
  • the regression line of the antibody titer and antigen-binding affinity antibody titer and 95% of its predicted value is a graph showing the distribution of confidence intervals.
  • the regression line of the antibody titer and antigen binding affinity antibody titer and 95% of its predicted value is a graph showing the distribution of confidence intervals.
  • Antibody titers and antigen binding affinities for specimens from specimen group 1 obtained from a graph showing the distribution of antibody titers and antigen binding affinities of blood specimens collected after the 1st to 3rd vaccinations. It is a graph showing regression lines and 95% confidence intervals of each predicted value for the antibodies of the group and the antibodies of the initial antigen binding affinity group.
  • (a) cut-off value of antibody titer, (b) cut-off value of IC50 (nM), (c) cut-off value of antigen-binding affinity antibody titer between hospitalized (+) subject group and hospitalized (-) subject group It is a chart showing the ROC analysis result for.
  • mild
  • moderate I
  • moderate II
  • x severe
  • FIG. 8 (a) the cut-off value for antibody titer (X-axis) and (c) the cut-off value for antigen-binding affinity antibody titer (Y-axis) are added to this graph.
  • FIG. 8(a) Cutoff value for antibody titer (X axis) and (c) Cutoff value for antigen binding affinity antibody titer (Y axis) are added to this graph.
  • the antibody titer in the sample against the coronavirus antigen protein and the antigen binding affinity antibody titer (antibody amount x antigen binding affinity; BUg/
  • the above evaluation items include (1) determination of the necessity of vaccination for coronavirus infection, (2) ) Identification of people at high risk of becoming seriously ill due to infection, (3) Prediction of prognosis for people infected with coronavirus infection, (4) Testing for formulating treatment policies, (5) Achievement of herd immunity against coronavirus infection.
  • the treatment policy determined by the above-mentioned treatment policy testing includes the addition of vaccines if the total value of infection-protective antibodies (sum of antigen-binding affinity antibody titers, ABAT) is determined to be insufficient. These include vaccination, isolation from areas where there is a risk of infection, and administration of antiviral drugs such as remdesivir or favipiravir.
  • the sample used in the present invention is not particularly limited as long as it is a sample collected from a subject (human) and may contain antibodies, but when IgG antibodies are to be detected, blood samples such as serum and plasma are used. preferable.
  • the sample preparation method is to collect blood from the brachial vein of a person suffering from a coronavirus infection or a person who has received a vaccine, leave the blood at 4°C overnight, centrifuge it, and then A method of using the serum as serum can be mentioned.
  • a minimally invasive method can be used in which a minute amount of blood of 50 to 100 ⁇ L is obtained by puncturing an earlobe or fingertip with a needle for collecting a small amount of blood, collected in a microcapillary tube, and used as is.
  • coronavirus is a general term for viruses in which a "solar corona"-like shape can be confirmed around the virus particle
  • human coronavirus is a human coronavirus.
  • Alpha-type coronaviruses such as virus 229E (HCoV-229E), human coronavirus NL63 (HCoV-NL63); human coronavirus OC43 (HCoV-OC43), human coronavirus HKU-1 (HCoV-HKU1), severe pneumonia Severe Acute Respiratory Syndrome (SARS) coronavirus that occurred in 2002, which causes the disease; Middle East Respiratory Syndrome Coronavirus (MERS-CoV) that occurred in 2012 and caused a virus that causes cold symptoms in camels to infect humans; Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2, which causes the so-called new coronavirus infection, is a respiratory disease that was confirmed to have occurred in Wuhan, China, and is the cause of the COVID-19 (also known as "corona
  • Beta-type coronaviruses such as (SARS-CoV-2) and its mutant viruses; examples include Omicron strain viruses, which can cause symptoms such as high fever, cough, headache, muscle pain, arthralgia, pneumonia, shortness of breath, and fatigue.
  • SARS-CoV-2 which causes respiratory infections accompanied by strong systemic symptoms such as fatigue and sore throat.
  • the above-mentioned SARS-CoV-2 and its mutant strains include B. virulence, which has been classified as a variant of concern (VOC). 1.1.7 strain (alpha strain), B. 1.351 strain (beta strain), P. 1 strain (gamma strain), B. 1.617.2 variant strain (delta strain); R. 1 (mutant strain with E484K), B. 1.427/B. 1.429 strain (Epsilon strain), P. Three strains of mutant strains (theta strain), B. A mutant strain of the BA.1.617.1 strain (kappa strain); 2.12.1 strain, BA. 2.3 strains, BA. 2.75 strain (Centaur) and BA. 4 strains, BA. All subtypes of Omicron strains classified into five strains, as well as descendant strains (subtypes) derived from these or that will be derived and mutated in the future, can be included.
  • the coronavirus antigen protein is not particularly limited as long as it is a protein that is recognized by an antibody and allows the calculation of the antibody titer and the antigen binding affinity antibody titer, and Nucleocapsid protein (N protein), which has the role of promoting the formation of a helical nucleocapsid; Membrane protein (M protein); Envelope protein (E protein); When the virus attaches to and fuses with the membrane of the host cell, the virus enters the cell.
  • N protein Nucleocapsid protein
  • M protein Membrane protein
  • E protein Envelope protein
  • S protein spike protein
  • S protein is a protein that enables invasion.
  • Antibodies against the antigen protein of the coronavirus include IgG; IgA; IgD; IgE; IgM; all of which can be tested; however, in the present invention, antibodies against the antigen protein of the coronavirus As antibodies, it is preferable to test mainly IgG antibodies present in blood and IgA antibodies present in blood, nasal secretions, and saliva.
  • the antibody titer of the antibody against the coronavirus antigen protein is not particularly limited as long as it represents the quantitatively measured amount of the antibody against the coronavirus antigen protein in the sample;
  • anti-coronavirus antibodies are captured on a carrier on which coronavirus antigen protein is immobilized, and the captured antibodies are detected by antigen-antibody reaction using a labeled secondary antibody, which binds to the antigen.
  • Preferred examples include a method of measuring by ELISA, which is detected by immunoassay in which the amount of antibody is measured from a calibration curve of the fluorescence intensity of a standard antibody and evaluated as an antibody titer.
  • the antigen binding affinity antibody titer of the antibody against the coronavirus antigen protein in the sample is obtained by multiplying the above antibody titer by "1/IC50" which is the reciprocal of the IC50 value of the antibody against the coronavirus antigen protein. It is a numerical value, that is, a value expressed by antibody titer (BUg/mL)/IC50 (nM).
  • the above IC50 (nM) is a parameter used to express the binding affinity of an antibody to an antigen, and is a value conventionally called a competitive binding inhibition activity value.
  • IC50 IC50
  • a method for measuring the antigen binding affinity of an antibody by a biochemical assay using a known antibody competitive antigen binding inhibition reaction method can be mentioned.
  • a suitable example is the ELISA competitive binding inhibition method, which quantitatively and comparatively analyzes the binding affinity of an antibody to a coronavirus antigen protein using competitive antigen binding inhibition in an antibody reaction.
  • the specific procedure is to apply a sample containing antibodies that bind to antigen proteins from a concentration of 0 (no antigen protein exists in the sample) to a concentration sufficient to allow antigen proteins to bind to all antibodies in a certain period of time.
  • Antigen protein of known concentration prepared in stages is added as a competitive binding inhibitor and allowed to react for a certain period of time (pre-stage reaction).
  • pre-stage reaction In a solution containing a specific concentration of antigen protein, antibodies with greater affinity for the antigen protein bind to the added antigen protein at a higher rate, and antibodies with lower affinity bind to the added antigen protein. The proportion of people who do so will be lower.
  • a concentration appropriately determined by a person skilled in the art based on the amount of antibody present in the sample etc. can be used, but for example, adding to a sample such as serum or plasma.
  • graded concentrations (final concentrations) of competitive binding inhibitors used for competitive inhibition include 0 nM, 0.1 nM, 1.0 nM, 10 nM, 100 nM, a combination of 1000 nM, 0 nM, 0.1 nM, 1.0 nM. , 10 nM, 100 nM, 200 nM, etc., but the concentration is not limited to these.
  • the reaction time in the pre-stage reaction is, for example, 15 minutes to 2 hours, preferably 30 minutes to 1 hour.
  • the solution after the above pre-step reaction is applied to a carrier with high binding sensitivity such as a DCP chip on which antigen protein is immobilized, and the free antibody is bound to the antigen protein (immobilized antigen protein) immobilized on the carrier.
  • the reaction may be carried out under equilibrium conditions, for example, from 15 minutes to 3 hours, preferably from 30 minutes to 1.5 hours.
  • the amount of labeled antibody bound to the immobilized antigen protein is calculated.
  • the amount of free primary antibody present in the solution after the pre-step reaction will be greater, and the amount of antibody binding to the immobilized antigen protein will be greater.
  • the amount of free primary antibody present in the solution after the pre-step reaction will be smaller, so the amount of antibody that binds to the immobilized antigen protein will be lower. becomes less.
  • the above-mentioned immobilized antigen protein is not particularly limited as long as it is an antigen protein that can perform competitive binding reaction measurement of the antibody to be detected, but if the coronavirus antigen protein is a spike protein, S1 spike protein In this case, the receptor-binding domain (RBD) of the spike protein, which binds to Angiotensin-converting enzyme 2 (ACE2) on the surface of human cells and initiates virus entry, was selected. It can be preferably mentioned as an antigen protein for competitive binding affinity measurement.
  • the labeled secondary antibodies include fluorescently labeled secondary antibodies such as HiLyte Fluor 555, Atto532, Cy3, Alexa Fluor 555, Cy5, FITC, and rhodamine, enzyme-labeled secondary antibodies such as peroxidase and alkaline phosphatase, and magnetic bead-labeled secondary antibodies. Examples include antibodies, infrared-labeled secondary antibodies, and the like.
  • the binding affinity of the antibody to the antigen protein detected as the amount of label of the labeled secondary antibody is determined to be higher if the detected amount is smaller, and lower if the detected amount is larger.
  • the binding affinity of an antibody to an antigen protein can be quantified using the following formula, when the amount of labeled secondary antibody detected in a solution with a concentration of 0 in which no competing antigen-binding protein is present in the pre-stage reaction is taken as 100%.
  • the antigen concentration at which the amount of label becomes 50% (for example, (nM) in the above example) can be expressed as an IC50 value.
  • the information for determining each of the above-mentioned evaluation items for coronavirus infection includes the antibody titer and antigen binding affinity antibody titer (antibody Information for determining one or more of the following evaluation items (1) to (5) for coronavirus infection using the value (BUg/mL)/IC50 (nM)) as an index.
  • the antibody titer or the logarithm of the antibody titer [ln (BUg/mL)] is plotted on the X axis, and the antigen-binding affinity antibody titer or the logarithm of the antigen-binding affinity antibody titer [ln (BUg/mL)] )/IC50 (nM)] is expressed on the Y axis, the cutoff value for antibody titer is written parallel to the Y axis, and the cutoff value for antigen binding affinity antibody titer is written parallel to the X axis (determination graph) On the top, the relationship between the numerical value of the antibody titer in the subject's sample and the numerical value of the antigen-binding affinity antibody titer is plotted, and the lower left area, lower right area, Based on the graph divided into four areas, the upper left area and the upper right area, information for determining the above evaluation items can be preferably listed.
  • ROC is a term that can be translated as receiver operating characteristics or receiver operating characteristics, and is used to compare the predictive ability of independent variables for outcomes that are dichotomous variables, and to set cutoffs for independent variables for outcomes. This method is used for
  • a method for comparing the predictive ability of independent variables for the outcome which is a dichotomous variable, for example, by changing the setting of the threshold for coronavirus infection for each of n different parameters
  • the true positive rate and false positive rate for coronavirus infected people will change.
  • n types of ROC curves are created by plotting the true positive rate and false positive rate on the vertical axis with the true positive rate on the horizontal axis and the false positive rate on the horizontal axis, the larger the area under the curve (AUC), the better.
  • AUC area under the curve
  • the method of setting the cutoff value in the above ROC analysis is not particularly limited as long as it can improve the predictive ability, but the method of determining the maximum value of sensitivity - (1 - specificity) as the cutoff value
  • the setting of such a cutoff value can be determined by a known procedure using the ROC analysis device shown below or commercially available software. Prism ver. 5.4 (GraphPad), JMP14 (jmp.Statistical Discovery.TM ), and the like.
  • the above cutoff value is a quantitative test that is a boundary value that separates positive and negative tests for the purpose of distinguishing between two groups, and can be determined based on a large amount of data that clearly indicates the diagnosis. preferable.
  • a test results in a positive result even though the patient does not have a specific disease (false positive).
  • the test may be negative even though symptoms of a specific disease are observed (false negative). This is the value set at one possible point.
  • a 95% confidence interval means that if a test is conducted 100 times, the true value may not be included about 5 times out of 100 times.
  • the subject (human) in the present invention is any person who can collect a sample from which the antibody titer and antigen binding affinity antibody titer of antibodies against the coronavirus antigen protein can be calculated.
  • a person who is judged to be required to evaluate one or more of the evaluation items (1) to (5) above such as a vaccinated person or an infected person.
  • This could be an asymptomatic person who may not have developed symptoms even if they have been infected, or an affected person who developed symptoms due to infection, or a person who developed symptoms due to infection but has been determined to have disappeared from the body, or a person who has developed symptoms. It is also possible for people to be infected with the coronavirus after it has disappeared from their bodies, but who still have after-effects.
  • the following method can be exemplified as a method for determining the necessity of vaccination for coronavirus infection as evaluation item (1).
  • Revaccination is recommended after 6 months, 1 year, or even longer. 3) If the area where the antibody titer and antigen binding affinity antibody titer in the blood sample of interest are plotted falls under the lower right, the antibody titer is high according to conventional standards, and there is no need for additional vaccination. Even if it is determined that the antigen-binding affinity of the antibody is not high enough, the vaccine may be administered after the period specified by public institutions, medical institutions, etc. after the previous vaccination, or Revaccination is recommended, preferably after one month, two months, three months, four months, six months, one year, or even more.
  • the antigen-binding affinity antibody titer of the antibody is sufficiently high and the quality of the antibody is good.
  • prompt vaccination is recommended. For those who have already been vaccinated, after the period specified by public institutions, medical institutions, etc. after the previous vaccination, or preferably one month, two months, three months, or four months after the previous vaccination. Revaccination is recommended after 6 months, 1 year, or even longer.
  • the above-mentioned vaccines for coronavirus infectious diseases include vaccines that are inoculated for the purpose of preventing infectious diseases caused by coronaviruses, and in particular, vaccines for preventing COVID-19 can be preferably mentioned.
  • the information for determining the necessity of the above-mentioned vaccination can include information for determining whether a subject who has been vaccinated with a coronavirus vaccine once or twice or more needs to be vaccinated with the coronavirus vaccine again. .
  • the following methods can be exemplified as methods for identifying high-risk individuals who develop severe symptoms according to evaluation item (2) above. 1) If the area where the antibody titer and antigen-binding affinity antibody titer in the blood sample of the subject are plotted corresponds to the upper right, if the subject has no underlying disease, there is a possibility that the patient will become seriously ill even if infected with the coronavirus. It can be judged that the quality is low. On the other hand, if the subject has an underlying disease or is infected with the coronavirus, it can be determined that there is a possibility of the condition becoming moderate I, II or severe, and hospitalization at a medical institution can be recommended. .
  • the level is not high enough, it can be determined that there is a possibility that the subject will become moderately ill, moderately ill, or severely ill when infected with the coronavirus. 4) If the area where the antibody titer and antigen-binding affinity antibody titer in the blood sample of interest are plotted corresponds to the upper left, the antigen-binding affinity antibody titer of the antibody is sufficiently high and the quality of the antibody is good. However, because the amount of antibodies is insufficient, it can be determined that if infected with the coronavirus, there is a possibility that the disease will develop into moderate I, II, or severe.
  • Non-Patent Document 4 The method of classifying patients into those with mild symptoms, moderate symptoms I, II, or severe symptoms is based on the "New Coronavirus Infection COVID-19 Medical Treatment Guide, 5th Edition" (Non-Patent Document 4), and the following four categories are used: There are several methods of classification.
  • ⁇ Mild No respiratory symptoms or only cough and no difficulty in breathing. There were no signs of pneumonia on the chest image, and the oxygen saturation was 96% on room air. Patients with moderate illness I: There is evidence of pneumonia on the chest image, and the oxygen saturation is 94% on room air. Patients with ⁇ 95% and no need for oxygen administration / Moderate II: Patients whose oxygen saturation is 93% or less in room air and need oxygen administration / Severe: Admission to the intensive care unit (ICU), or Patients requiring mechanical ventilation If there is a difference in severity between oxygen saturation and clinical status, classify the patient into the higher category.
  • ICU intensive care unit
  • the above-mentioned high-risk individuals for severe illness include not only mild symptoms with no respiratory symptoms or only cough but no difficulty in breathing, but also those with moderate symptoms with pneumonia and moderate symptoms requiring oxygen administration. II, or patients who are likely to become seriously ill and require admission to the intensive care unit (ICU) or a ventilator.
  • ICU intensive care unit
  • the following methods may be exemplified as methods for predicting the prognosis of a person suffering from a coronavirus infection in evaluation item (3) above. can.
  • the subject's prognosis is basically good. If the subject has no underlying disease, the risk of becoming seriously ill is low, so in times of crisis at medical institutions, it may be possible to consider switching to home treatment. If there is an underlying disease, it is not possible to predict a good prognosis, and it is necessary to monitor the progress of the underlying disease as well as the presence or absence of sequelae.
  • the after-effects mentioned above include symptoms that persist for a certain period of time after being infected with the coronavirus and appearing during the onset of symptoms or after it is determined that the patient has recovered; for example, symptoms that persist even after the end of treatment for the coronavirus infection.
  • symptoms include taste disorders, anosmia, coughs, fatigue, dizziness, headaches, depressive symptoms, memory disorders, insomnia, muscle pain, joint pain, etc., and include symptoms that cannot be explained as symptoms of other diseases. be able to.
  • the following method can be exemplified as an evaluation of the degree of achievement of herd immunity against coronavirus infection in the above evaluation item (4). That is, 1,000 to 10,000 people, preferably 10,000 to 50,000 people, more preferably 50,000 to 200,000 people, even more preferably 200,000 to 1,000,000 people, particularly preferably can be determined as follows when plotting the antibody titer and antigen binding affinity antibody titer of blood samples from more than 1,000,000 subjects.
  • Herd immunity is an example of a situation in which when a certain percentage of the population has immunity, even if an infected patient appears, it becomes difficult for the patient to infect others, and the spread of the infectious disease will no longer occur. be able to.
  • Examples of evaluation of the effectiveness and performance of various vaccines for coronavirus infectious diseases in evaluation item (5) above include the following. 1) Vaccinations of various vaccines for coronavirus infections are given twice at 3-4 week intervals to people who have not been vaccinated and whose antibody titer is almost zero. If the area where the antibody titer and antigen binding affinity antibody titer of the target blood sample are plotted corresponds to the upper right area for 90% or more, it can be judged that the vaccine is significantly effective; If the vaccine falls under the above areas, it can be judged that the vaccine is highly effective, and the third vaccination should be administered 1 to 3 months after the last vaccination for those who fall under the upper left area, lower left area, and upper right area. can be recommended.
  • evaluation item (5) is an example of a combination of two doses of initial vaccination and booster vaccination for people who have never been infected with coronavirus and have not been vaccinated.
  • the subject is a subject with a history of antigen sensitization, such as a history of coronavirus infection or a history of vaccination
  • "vaccination administered twice at 3-4 week intervals” may be replaced with “vaccinated once.” If the area where the antibody titer and antigen binding affinity antibody titer of the blood sample from the subject are plotted 3 to 4 weeks after vaccination corresponds to the upper right area for 90% or more, it is considered to be significantly effective. It can be determined that it is a vaccine. Similarly, regarding 2) and 3), "vaccination administered twice at 3-4 week intervals” should be read as “vaccine administered once", and "third vaccination” should be replaced with "second vaccination”. ” and make a decision.
  • the substrate of the carrier includes metals such as gold, silver, copper, aluminum, tungsten, molybdenum, chromium, platinum, titanium, and nickel; alloys such as stainless steel and duralumin; laminates of the above metals and ceramics; glass; silicon; Examples include fiber; wood; paper; polycarbonate, plastic; and mixtures of plastic and the above-mentioned metals, ceramics, and the like.
  • the carbon layer formed on the surface of the carrier includes diamond, diamond-like carbon (DLC), amorphous carbon, graphite, hafnium carbide, niobium carbide, silicon carbide, tantalum carbide, thorium carbide, titanium carbide, uranium carbide, and carbide.
  • DLC diamond-like carbon
  • Examples include layers made of tungsten, zirconium carbide, molybdenum carbide, chromium carbide, vanadium carbide, and the like.
  • Examples of the chemical modification group introduced into the surface of the carrier or the carbon layer formed on the surface of the carrier include an amino group, a carboxyl group, an epoxy group, a formyl group, a hydroxyl group, and the like.
  • the above amino groups can be introduced by irradiating the surface of the chip carrier or the carbon layer with ultraviolet rays in ammonia gas, or by chlorinating the surface of the chip carrier or the carbon layer with ultraviolet rays in chlorine gas.
  • the surface of the chlorinated chip carrier and the carbon layer are irradiated with ultraviolet rays in ammonia gas, and polyvalent amines such as methylene diamine and ethylene diamine are reacted with the surface of the chlorinated chip carrier and the carbon layer.
  • polyvalent amines such as methylene diamine and ethylene diamine
  • dicarboxylic acid such as oxalic acid, malonic acid, succinic acid, maleic acid, fumaric acid, phthalic acid, etc.
  • polyacrylic acid may be introduced into the surface of the aminated chip carrier or the carbon layer. Examples include a method of reacting an acid, a polyhydric carboxylic acid such as polymethacrylic acid, trimellitic acid, butanetetracarboxylic acid, and the like.
  • Examples of methods for introducing the epoxy group include a method of reacting an appropriate polyvalent epoxy compound with the surface of the aminated chip carrier or carbon layer, or a method of reacting an appropriate polyvalent epoxy compound with the surface of the aminated chip carrier or the carbon layer, or A method of reacting a heavy bond with an organic peracid can be mentioned.
  • Examples of the organic peracid include peracetic acid, perbenzoic acid, diperoxyphthalic acid, performic acid, trifluoroperacetic acid, and the like.
  • Examples of the method for introducing the formyl group include a method in which the surface of the aminated chip carrier or carbon layer is reacted with glutaraldehyde.
  • the chip into which the chemical modification group has been introduced can also be activated with an activation reagent and then immobilized with an antigenic protein or an antigenic peptide.
  • a method for immobilizing these antigens is to use carboxyl groups (-COOH groups) introduced on the substrate surface to immobilize antigenic proteins etc. with amino groups (-NH 2 groups) into 1-Etyl-3-(3 -dimethylamino propyl)-carbodiimide hydrochloride (WSCD/HCl: Water-Soluble Carbodiimide Hydrochloride), N-Hydroxy-succinimide (NHS), and other chemical cross-linking agents may be used for immobilization by covalent bonds.
  • the DCP chip is a silicon substrate whose surface is DLC-treated with a carbon layer, or a glass slide whose surface is coated with an electrostatic layer treated with an amino group-containing compound or its polymer and/or copolymer, and further Chips activated with N-hydroxysuccinimide and/or galbodiimides after repeated treatments with dicarboxylic acids or polycarboxylic acids, chips with chemically modified groups introduced into the surface of the carrier or the carbon layer, and chips with further activation. Examples include chips that have undergone chemical processing.
  • spotting additives can also be used by being dissolved in a buffer such as a CAPS (N-Cyclohexyl-3-aminopropanesulfonic acid) buffer or a phosphate buffer.
  • a buffer such as a CAPS (N-Cyclohexyl-3-aminopropanesulfonic acid) buffer or a phosphate buffer.
  • blocking process After the coronavirus antigen protein is immobilized on the chip, it is preferable to perform a blocking treatment.
  • Such blocking treatment can reduce the background and at the same time relatively increase the fluorescence intensity and coloring intensity, thereby improving the measurement sensitivity.
  • protein-free blocking buffers such as Pierce Protein-Free Blocking Buffer (Thermo Fisher), bl ⁇ k Noise Canceling Reagent (Merck Millipore), Pro-Block (ScyTec), and Blockmaster (JSR) are listed. be able to. It is preferable to add these blocking agents without diluting them, perform a blocking reaction overnight, and then wash the blocking agents to remove moisture.
  • the method for quantitatively measuring the antibody titer using the above-mentioned chip is not particularly limited as long as it is a known immunoassay that can detect at least an antibody against an antigen protein in a sample and quantitatively measure the antibody titer, as described above.
  • ELISA method using a labeled secondary antibody performed on the above-mentioned chip can be preferably mentioned.
  • Example 1 [Sample group 1] The study in this example was approved by the Tokushima University Hospital Life Science and Medical Research Ethics Review Committee, and sufficient informed consent was obtained under approval numbers #4067-1 and #4068-1. The obtained serum of the subject was used as a sample for analysis. Furthermore, subjects infected with human immunodeficiency virus were excluded. If a research subject (and representative consenter) requests to refuse participation, or if the research director or researcher determines that the inclusion/exclusion criteria are violated, it is determined that it is appropriate to discontinue the research. The criteria for discontinuation and dropout were as follows:
  • the blood specimens collected during the regular health checkup in 2020 up to 3 months before the first vaccination were used as the pre-vaccination blood specimens. Then, 3 to 4 weeks after the vaccination when the antibody titer reached its peak after the first vaccination, blood was collected after the first vaccination and used as a blood sample after the first vaccination. Thereafter, a second vaccination was performed, and 3 to 4 weeks after vaccination when the antibody titer reached its peak, blood was collected after the second vaccination and used as a blood sample after the second vaccination. The third vaccine was administered 6 to 8 months after the second vaccination, and 3 to 4 weeks after vaccination when the antibody titer reached its peak, blood was collected after the third vaccination and used as a blood sample after the third vaccination. Furthermore, in sample group 1, it has been confirmed that there were no cases of COVID-19 infection or hospitalization among those vaccinated during the period up to the end of October 2021, when the survey was conducted.
  • SARS-CoV-2 spike protein 1 (manufactured by Acro) as an antigen protein was added to a HEPES (4-(2-hydroxyethyl)-1-piperazine ethanesulfonic acid) solution containing 10% DMSO at a concentration of 0.6 mg/mL. It was dissolved to prepare an antigen protein solution.
  • the prepared antigen protein solution was dispensed into a 384-well plate with a flat bottom (manufactured by Corning), and 8 nL was spotted on the activation chip using a microarray production device (OmniGridAccent, manufactured by DIGILAB), and then heated to 15°C to 30°C. After drying for 1 to 18 hours, the SARS-CoV-2 spike protein 1 antigen protein was immobilized on the DCP chip.
  • Blockmaster (Blocking reaction of unreacted active groups) Blockmaster (JSR), a blocking reagent, was added to the reaction well of the chip on which SARS-CoV-2 spike protein 1 was immobilized as the antigen protein, and the mixture was left undisturbed in a refrigerator (4°C) protected from light. The reaction was allowed to proceed overnight. After removing the blocking reagent by suction using an aspirator (ASPIRATOR (SAP-102) (manufactured by SANSYO), the chip was transferred to a washing case and rocked with purified water (MilliQ water) for 1 minute (MULTI SHAKER (manufactured by EYELA)).
  • ASPIRATOR SAP-102
  • MilliQ water purified water
  • EYELA purified water
  • washing solution was removed by suction using an aspirator.Washing was performed in the same manner three times.Centrifugal water droplets were removed using a tabletop centrifuge (2000 rpm for 1 minute) to remove water droplets on the chip surface, and the SARS-CoV-2 spike protein 1 An immobilized DCP chip was produced.
  • sample diluent (20 mM phosphate buffer, pH 7.4/0.3 M KCl/0.05% Tween 20).
  • sample diluent (20 mM phosphate buffer, pH 7.4/0.3 M KCl/0.05% Tween 20).
  • a serum dilution solution (primary antibody solution) was prepared. 8 ⁇ L of this primary antibody solution was added to the reaction well tank, and the mixture was left standing at 37° C. for 90 minutes in the dark.
  • a fluorescently labeled secondary antibody (HiLyte Fluor (trademark) (secondary antibody dilution solution, 20mM phosphate buffer, pH 7.4/0.3M KCl/0.05% Tween20/1% BSA, final dilution concentration 30 ng/mL) ) was prepared as a secondary antibody solution. 8 ⁇ L of this secondary antibody solution was dispensed into each reaction well on the slide, and the mixture was left standing at 37° C. for 1 hour in the dark.
  • HiLyte Fluor trademark
  • the measurement unit for the antibody titer is the binding unit (BUg), which is the IgG antibody titer bound to the antigen by antigen-antibody reaction, and the fluorescence of each standard antibody at a known concentration immobilized on the chip is expressed as the binding unit (BUg). It is expressed as measured from the intensity calibration curve. Expressed as 1BUg ⁇ 1 ⁇ g.
  • [Calculation of antibody antigen binding affinity antibody titer] In addition to conventional parameters such as antibody titer and antigen affinity (IC50), we decided to calculate the antigen binding affinity antibody titer of the antibody as a new parameter. That is, using SARS-CoV-2 spike protein 1 as an antigen protein, the antigen binding affinity antibody titer (antibody amount x antigen binding affinity; BUg/IC50) of the antibody against the coronavirus antigen protein was calculated.
  • the unit of measurement is the amount of IgG antibody bound to the antigen by antigen-antibody reaction, and the unit of measurement of the amount of antibody is the fluorescence intensity value shown by a fluorescence scanner (Innoscan, manufactured by Scram), and the serum sample for measuring the IC50 value. The dilution rate was calculated.
  • Serum samples from each subject were diluted with sample diluent (20mM phosphate buffer, pH 7.4/0.3MKCl/0.05% Tween20) so that the fluorescence intensity value ranged from 8000 to 35000, and serum dilution solution ( A primary antibody solution) was prepared.
  • SARS-CoV-2 spike protein 1RBD which is a recombinant protein of RBD present in SARS-CoV-2 spike protein 1
  • the RBD recombinant protein solution was added at 0 ng/16 ⁇ L (0 nM).
  • 200 ng/16 ⁇ L (472 nM) were adjusted with the above sample diluent and used as a competitive inhibitor solution.
  • 8 ⁇ L of SARS-CoV-2 spike protein 1RBD solutions at three different concentrations were added to the above serum dilution solution (8 ⁇ L) (total 16 ⁇ L), and the mixture was allowed to stand at 25° C. for 30 minutes.
  • a fluorescently labeled secondary antibody (HiLyte FluorTM (diluent, 20mM phosphate buffer, pH 7.4/0.3MKCl/0.05% Tween 20/1% BSA, final dilution concentration 300 ng/mL)) was applied as a secondary antibody.
  • HiLyte FluorTM dimethyl methacrylate (diluent, 20mM phosphate buffer, pH 7.4/0.3MKCl/0.05% Tween 20/1% BSA, final dilution concentration 300 ng/mL)
  • 8 ⁇ L of this secondary antibody solution was dispensed into each reaction well on the slide, and the mixture was left standing at 37° C. for 1 hour in the dark.
  • the chip was removed by suction using an aspirator, the chip was transferred to a washing case, 10 mL of washing solution (50mM TTBS) was added, and the washing process was repeated 3 times for 5 minutes using a shaker, and then purified water (MilliQ water) was added. In addition, it was washed three times for 1 minute.
  • the water droplets on the chip surface were removed by centrifugation using the above centrifuge (2000 rpm for 1 minute).
  • the fluorescence intensity of the spot obtained from each chip was quantified by measuring the residual fluorescence amount using a fluorescence scanner (Innoscan, manufactured by SCRAM Co., Ltd.) (Ex: 532 nm, Em: 570 nm).
  • the RBD protein concentration exhibits a fluorescence intensity of 50% when the fluorescence intensity in a solution in which SARS-CoV-2 spike protein 1 is not present, that is, the competitive antigen binding inhibitor concentration is 0, is 100%.
  • IC50 a unit for expressing antigen binding affinity.
  • the IC50 (ng) values after the first vaccination were widely distributed between subjects, ranging from low values indicating high antigen binding affinity to high values indicating low antigen binding affinity antibodies, with a maximum difference of about 100 times. It has been found that the degree of acquisition of antigen-binding affinity (maturation) of antibodies after the first vaccination varies greatly among individuals.
  • the IC50 value began to converge to a low value, and 84.3% of the subjects had high antigen affinity antibodies with an IC50 value of around 10 ng, but some (15. The antibodies of 7% of the subjects still showed high IC50 values, and the antigen-binding affinity maturation of the antibodies was low.
  • Non-Patent Document 3 states that human serum Clone: 414-2 and Clone: AM0014144, which showed strong virus neutralizing activity (viral infection protection ability), had an IC50 value of RBD antigen binding affinity of 15.77 to 28. 58 nM, which is almost the same as the IC 50 value of the third vaccine recipient, 30.2 ⁇ 2.9 nM (RBD protein value, 12.8 ⁇ 1.2 ng) ( Figure 1), indicating that RBD antigen binding It is thought that the affinity has matured and it has reached the point where it shows strong virus neutralizing activity.
  • IC50 (nM) values after the first vaccination were widely distributed among subjects, ranging from low values indicating high antigen binding affinity to high values indicating low antigen binding affinity antibodies, with a maximum of about 100 times higher. It has been found that there are large individual differences in the degree to which antibodies acquire antigen-binding affinity (maturation) after the first vaccination.
  • the antibody titers in the blood samples collected after the first inoculation were widely distributed from low values indicating high antigen binding affinity to high values indicating low antigen binding affinity antibodies.
  • IC50 (nM) values are distributed over a wide range from low to high values, and there are up to 100-fold differences between subjects, and after the first vaccination, both the antibody titer and IC50 value are It turned out that there was a big difference.
  • FIG. 2(b) in the blood samples collected after the second vaccination, the IC50 values began to converge to low values, but some samples remained at high values. Antibody titers are on the rise, but there are large individual differences.
  • the average IC50 value converged to a low value of 30.2 ⁇ 2.9 nM, and a high antibody titer was observed. Ta.
  • FIG. 3 The graphs shown in Figures 3(a) to (c) show the antibody amount and IC50 for blood samples collected after each of the 1st to 3rd vaccinations of 163 people (sample group 1) who were vaccinated with Pfizer's mRNA vaccine three times in total.
  • the X-axis represents the antibody amount (BUg/mL) multiplied by the reciprocal of (nM), and the Y-axis represents the antigen-binding affinity antibody titer [(BUg/mL)/IC50 (ng)]. It is a graph in which the amount (BUg/mL) is expressed on the X axis and the antigen binding affinity antibody titer and antibody amount of each specimen are plotted.
  • Figures 3(a) to (c) show the initial antigen binding affinity antibody titer group, the low antigen binding affinity antibody titer group, and the high antigen binding affinity antibody titer group observed from the first to third vaccination of the vaccine. A regression line with a distribution of is shown.
  • the initial antigen-binding affinity antibody titer group, low antigen-binding affinity antibody titer group, and high antigen-binding affinity antibody titer group confirmed in the blood sample after the first vaccination shown in Figure 3(a).
  • Antibodies from three groups of antigen-binding affinity antibody titer group become antibodies of two groups, low antigen-binding affinity antibody titer group and high antigen-binding affinity antibody titer group, in the blood sample collected after the second vaccination, and the antibodies from blood specimens collected after the third vaccination.
  • the sample contained only one group of antibodies with high antigen binding affinity antibody titers. We further investigated how antibodies in each group could be used as powerful evaluation criteria.
  • the group that first appeared as a group different from the high antigen binding affinity group among those vaccinated for the second time was the low antigen binding affinity antibody titer group. It was used to define the area of the group. Since this group is in the process of transitioning to the final high antigen binding affinity group, the 95% confidence interval is wide.
  • the regression line for the high antigen binding affinity group seen here is similar to the regression line for the blood sample collected after the second vaccination and the blood sample collected after the third vaccination, and the high antigen binding affinity group is It was assumed that the antibody titer would increase over the course of the first vaccination.
  • a region similar to the regression line and the 95% confidence interval of its predicted value for the group defined as the low antigen binding affinity group in the blood sample collected after the first vaccination is on the left (region with low antibody titer). ) was estimated to be the area of the low antigen binding affinity group of the blood samples collected after the first vaccination.
  • Figure 7 shows the high antigen binding affinity group obtained from the blood specimen collected after the third vaccination, the low antigen binding affinity group obtained from the blood specimen collected after the second vaccination, and the initial antigen binding affinity group obtained from the blood specimen collected after the first vaccination.
  • the regression line in the graph plotting the logarithmically expressed antibody titer ln (BUg/mL) and the antigen binding affinity antibody titer ln (BUg/mL)/IC50 (nM) and its predicted value. 95% confidence intervals are shown.
  • the antibody titer (BUg/mL) of the SARS-CoV-2 virus S1 protein-specific antibody was determined for the blood sample collected after the first vaccination (1 post), the blood sample collected after the second vaccination (2 posts), and the blood sample collected after the third vaccination (3 posts). ), IC50 (nM) value, and new antigen affinity antibody titer expressed in the unit of (BUg/mL)/IC50 (nM).
  • Data were natural log transformed for analysis and summarized by the geometric mean (GM) and geometric SD (GSD) obtained by taking the nth root of the total power.
  • GM value geometric mean value
  • GM SD geometric mean SD value
  • the increase rate of the geometric mean value of the antibody titer in the blood sample collected after the second vaccination was approximately 3.9 times, and compared to the blood sample collected after the first vaccination, the increase rate in the geometric mean value of the antibody titer in the blood sample collected after the third vaccination was approximately 3.9 times.
  • the geometric mean value increase rate of the antibody titer of the sample was about 5 times. Therefore, it was found that the second inoculation effect was particularly large.
  • the increase rate of the geometric mean value of the antigen binding affinity antibody titer in the blood sample collected after the second vaccination was approximately 14.88 times that in the blood sample collected after the first vaccination.
  • the increase rate of the geometric mean value of the antigen binding affinity antibody titer in the blood sample collected after the third vaccination was 32 times, and the increase rate increased as the number of vaccinations increased. Therefore, it has been suggested that it may be useful to use the antigen-binding affinity antibody titer [(BUg/mL)/IC50nM] as an indicator of the ability to prevent infection, the effect of preventing hospitalization, or the ability to prevent the severity of infection.
  • Example 2 Antigen-specific affinity antibody titer survey of SARS-CoV-2 infected persons revealed that SARS-CoV-2 infection was suspected during the period from March 2020 to the end of June 2021, and PCR tests confirmed SARS-CoV-2 infection.
  • the subjects of the survey were unvaccinated patients admitted to Showa University Hospital, Ryukyu University Hospital, and National Hospital Organization Okinawa Hospital. Sera from subjects whose informed consent was obtained were used as samples for analysis. Therefore, these subjects are all COVID-19 vaccine naive.
  • IC50 (nM) value of antigen binding affinity parameter for RBD classified into four categories regarding severity
  • IC50 (nM) value of antigen binding affinity parameter for RBD classified into four categories regarding severity
  • IC50 (nM) value of antigen binding affinity parameter for RBD IC50 (nM) value of antigen binding affinity parameter for RBD
  • the values of binding affinity antibody titer [(BUg/mL)/IC50nM] are shown in Table 3 below.
  • the increasing tendency was weaker compared to the antigen binding affinity antibody titer [(BUg/mL)/IC50nM], and the antibody titer and IC50 value at discharge of patients with moderate disease II, who had the largest increasing tendency and improved their ability to protect against infection, were as follows: It was close to the value after the first vaccination in sample group 1. The antibody titers, IC50 values, and antigen binding affinity antibody titers at 2-3 weeks after onset of symptoms in other mild, moderate I, and severe patients were not as high as the values after the first vaccination in sample group 1.
  • Example group 2 hospitalization (+) group
  • the antibody titer (BUg/mL), the IC50 (nM) value of the antigen binding affinity parameter, the antigen binding affinity antibody titer [ (BUg/mL)/IC50nM] the Receiver Operating Characteristic Curve (ROC curve, JMP from SAS analysis) was measured using GraphPad Prism Ver. 5.4 (GraphPad Inc.) and JMP14 (JMP.Statistical Discovery TM ) were used to calculate the cutoff values that do not require hospitalization for the antigen binding affinity antibody titer, IC50 value, and antibody titer. .
  • the cutoff value of the antibody titer was calculated as 2421.0 (BUg/mL) (7.8 ln (BUg/mL)), and AUC: 0 .975, sensitivity: 0.959, and specificity: 1.0 ( Figure 8(a)). Further, the cutoff value of IC50 (nM) was 40.6 nM, AUC: 0.987, sensitivity: 0.959, and specificity: 0.994 (FIG. 8(b)).
  • the cutoff value for antigen binding affinity antibody titer [(BUg/mL)/IC50nM] is 74.4[(BUg/mL)/IC50(nM)]4.3ln[(BUg/mL)/IC50nM].
  • the calculated area under the curve (AUC) was 0.980, sensitivity: 0.974, and specificity: 1.0 (FIG. 8(c)).
  • the X-axis shows the antibody titer [ln (BUg/mL)] and the Y-axis shows the antigen-binding affinity antibody titer [ln ( BUg/mL)/IC50 (nM)], and the cutoff value of the antibody titer (7.8ln(BUg/mL)) obtained by the above ROC is plotted in parallel to the Y axis.
  • a graph was prepared in which the cutoff value of the binding affinity antibody titer (4.3 ln [(BUg/mL)/IC50 (nM)]) was written in parallel to the X axis.
  • the high antigen binding affinity group, the low antigen binding affinity group, the initial antigen binding affinity The regression line of the sex group and the 95% confidence interval of its predicted value are overlaid, and for the blood sample collected at admission in sample group 2, patients who were classified by severity at admission are classified as mild ( ⁇ ), moderate I ( ⁇ ), and moderate II. ( ⁇ ) and severe ( ⁇ ).
  • the X axis shows the antibody titer [ln (BUg/mL)] and the Y axis shows the antigen binding affinity antibody titer [ln ( BUg/mL)/IC50 (nM)], and the cutoff value of the antibody titer obtained by the above ROC is plotted parallel to the Y axis, and the cutoff value of the antigen binding affinity antibody titer is plotted in parallel with the Y axis.
  • a graph written parallel to the axis was created.
  • the high antigen binding affinity group, the low antigen binding affinity group, the initial antigen binding affinity The regression line of the sex group and the 95% confidence interval of its predicted value are overlaid, and for the blood sample collected at the time of discharge from sample group 2, the severity of the patients at the time of discharge was classified as mild ( ⁇ ), moderate I ( ⁇ ), and moderate II. ( ⁇ ) and severe ( ⁇ ).
  • Virus infection of cells was measured using a Lenti-X GoStix Plus (manufactured by Takara Bio Inc.) kit, and as shown on the Y axis in FIG. 11, infected cells were stained and the number of infected cells was measured.
  • the IC50 (nM) shown on the X axis in FIG. 11 is the same as the IC50 (nM) at the time of measurement in FIG.

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Abstract

コロナウイルス感染症用ワクチン接種の必要性の判定、感染で重症化するハイリスク者の同定、コロナウイルス感染症罹患者の予後予測、コロナウイルス感染症の集団免疫の達成度の評価、コロナウイルス感染症用ワクチンの有効性の評価等の評価項目を判断するための情報を提供することを課題とする。 対象由来の試料中のコロナウイルスの抗原タンパク質に対する抗体の抗体価と、抗原結合親和性抗体価とをプロットしたグラフにおいて、抗体の抗体価に基づくROC解析により決定されたカットオフ値をY軸と平行に記載し、抗原結合親和性抗体価に基づくROC解析により決定されたカットオフ値をX軸と平行に記載した四つの領域に分割されたグラフに基づき評価項目を判断するための情報を提供することができることを確認した。

Description

コロナウイルス感染症の評価項目を判断するための情報を提供する方法
 本発明は、コロナウイルス感染症の評価項目を判断するための情報を提供する方法に関し、より詳細には、抗体価と、抗原結合親和性抗体価とを指標として、コロナウイルス感染症の1又は2以上の評価項目を判断するための情報を提供する方法に関する。
 いわゆる新型コロナウイルス(Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2;SARS-CoV-2)を主因とする感染症COVID-19(「コロナウイルス病2019」ともいう)の世界的蔓延に伴い、感染を予防し、重症化を防ぐためのワクチンの開発、そして接種は、各国において進んでいるが、実際に接種されるワクチンの有効性評価、及び、摂取された対象の感染予防に関する判断基準については確定したとは言い難い状況にある。例えば、接種後に測定された抗体価が高いワクチン接種者であっても再感染する場合があることが報告されている。
 従来、ワクチンの有効性を数値により評価する方法としては、ワクチン接種者の血液中に誘導される病原体抗原を特異的に認識する抗体(IgG、IgM、IgA等)の「量」を測定することにより、「抗体量(価)」として評価することが行われてきた。
 具体的には、体内で産生される抗体の感染防御評価はウイルス中和活性(例えば、非特許文献1参照)による評価が一般的に行われている。例えば、SARS-CoV-2ウイルスが病原体として細胞内に侵入する際に特異的に結合するウイルスレセプターのACE-2(Angiotensin-converting enzyme 2)(例えば非特許文献2参照)を発現している細胞に、病原体のSARS-CoV-2ウイルス(又は、疑似ウイルス)と抗ウイルス抗体を含有する検体を様々な濃度に調製して添加し、細胞にウイルス感染を起こさせてから、細胞培養を実施し、ウイルスの細胞内侵入によって生じる細胞障害の程度の強さをIC50値で表示する方法や、各種標識ウイルスを用いてウイルスの細胞内侵入を短時間・高感度にモニターする等のウイルス中和活性測定法が知られている。あるいはヒトへの感染性のあるウイルスを使用することなく、感染過程で作用する因子を取り出して模擬感染システムを作成し、感染抑制の程度を調査してこれをウイルス中和活性測定に代える方法がある。具体的には、SARS-CoV-2ウイルス感染で作用する因子としての、細胞側レセプタータンパク質のRecombinant ACE2とウイルス側タンパク質のSARS-CoV-2スパイクS1間の結合を、様々な濃度に希釈調製した抗ウイルス抗体を含む検体で阻害する反応をモニターしてIC50値で表示する測定キット(BPS Bioscience社)(非特許文献3参照)が、ウイルス中和活性測定法に代わる方法として市販されている。
 したがって、多数の者が感染する状況が長期間継続する場合、ワクチンの複数回接種を推奨するとともに、個々人においても自分の感染しやすさを把握するより優れた指標が必要である。また、新型コロナウイルス自体の症状が治まった後においても、嗅覚障害や頭痛等特異的症状が長期間持続する場合も多いことも問題として挙げられている。しかし、現時点では、感染防御の点において、ワクチン接種の必要性の判断基準やワクチン接種と予後との関係等について十分な知見があるとはいえない。
Muruato AE, Fontes-Garfias CR, Ren P, Garcia-Blanco MA, Menachery VD, Xie X, Shi P-Y., Nat Commun. 2020;11:4059. Hoffmann M, Kleine-Weber H, Schroeder S, Kruger N, Herrler T, Erichsen S, Schiergens TS, Herrler G, Wu N-H, Nitsche A, Muller MA, Drosten C,Pohlmann S., Cell. 2020;181:271-280. www.bpsbioscience.com, ACE2: Spike S1 RBD(SARS-CoV-2) Inhibitor Screening Assay Kit. 新型コロナウイルス感染症COVID-19診療の手引き第5版https://www.ajha.or.jp/topics/admininfo/pdf/2020/200519_1.pdf
 上述のとおり、従来、ワクチンの有効性を数値により評価する際には、主として抗原を特異的に認識する抗体の量(抗体価)によって行われてきた。感染症領域における現行の抗体価の測定は、抗体分子の定常部(C領域)を認識する2次抗体を用いて抗体分子の「量」のみを測定する方法であって、抗体価の多寡がワクチンの感染防御性の優劣と必ずしも結び付くわけではないということが経験的に明らかになっていた。
 本発明の課題は、コロナウイルス感染症用ワクチン接種の必要性の判定、感染で重症化するハイリスク者の同定、コロナウイルス感染症罹患者の予後予測、コロナウイルス感染症の集団免疫の達成度の評価、コロナウイルス感染症用ワクチンの有効性の評価等の評価項目を判断するための情報を提供する方法を提供することにある。
 抗体分子の可変部(V領域)の抗原結合部位のアミノ酸配列は、体細胞高頻度突然変異(Somatic hypermutation)によって変化しうるのであって、ある時期に低抗原結合親和性抗体である抗体が、抗原暴露回数の増加に伴って高抗原結合親和性抗体に置き換わることもあり、個々のワクチン接種者毎に相違する抗体の抗原結合親和性の成熟(Affinity maturation)が起こるのであるが、ワクチンの有効性の評価において、その点について考慮されてこなかった。そのため、本発明者らは、抗体価に加え、抗体の抗原に対する結合親和性を表すIC50値等、他のパラメーターを使用することにより、ワクチン接種者の感染のしやすさや病態や予後の予測等を行うことができないかということについて検討をしてきたが、対象由来の試料中のコロナウイルスの抗原タンパク質に対する抗体の抗体価と、抗体価にIC50(nM)の逆数とを乗じた抗原結合親和性抗体価とをプロットしたグラフにおいて、コロナウイルス抗原タンパク質に対する抗体の抗体価に基づくROC解析により決定されたカットオフ値をY軸と平行に記載し、抗体のコロナウイルス抗原タンパク質に対する抗原結合親和性抗体価に基づくROC解析により決定されたカットオフ値をX軸と平行に記載し、それぞれのカットオフ値を表す二本の直交する直線により左下エリア、右下エリア、左上エリア、右上エリアに四つの領域に分割されたグラフに基づき、(1)コロナウイルス感染症用ワクチン接種の必要性の判定、(2)感染で重症化するハイリスク者の同定、(3)コロナウイルス感染症罹患者の予後予測、(4)コロナウイルス感染症の集団免疫の達成度の評価、(5)コロナウイルス感染症用ワクチンの有効性の評価を行うことができることを確認し、本発明を完成するに至った。
 すなわち、本発明は以下のとおりである。
[1]対象由来の試料中のコロナウイルスの抗原タンパク質に対する抗体の、抗体価(BUg/mL)と、抗原結合親和性抗体価(抗体価(BUg/mL)/IC50(nM))とを指標として、以下に示すコロナウイルス感染症の(1)~(5)の評価項目の1又は2以上の情報を提供する方法。
(1)コロナウイルス感染症用ワクチン接種の必要性の判定
(2)感染で重症化するハイリスク者の同定
(3)コロナウイルス感染症罹患者の予後予測
(4)コロナウイルス感染症の集団免疫の達成度の評価
(5)コロナウイルス感染症用ワクチンの有効性の評価
[2]抗体がIgG抗体であることを特徴とする上記[1]記載の方法。
[3]指標が、コロナウイルス抗原タンパク質に対する抗体の抗体価に基づくROC解析により決定されたカットオフ値と、抗体のコロナウイルス抗原タンパク質に対する抗原結合親和性抗体価に基づくROC解析により決定されたカットオフ値とに基づき作成されることを特徴とする上記[1]又は[2]記載の方法。
 また、本発明は、以下のとおりである。
[4]コロナウイルスが、SARS-CoV-2であることを特徴とする上記[1]又は[2]記載の方法。
[5]コロナウイルスの抗原タンパク質がSARS-CoV-2スパイクタンパク質であることを特徴とする上記[4]記載の方法。
[6]抗体の結合部位が、SARS-CoV-2スパイクタンパク質の受容体結合部位であることを特徴とする上記[5]記載の方法。
 本発明によると、対象がコロナウイルス感染症用ワクチンを接種することが必要であるかを判定し、新型コロナウイルスに感染した場合に重症化するハイリスク者を同定し、コロナウイルス感染症罹患者について、具体的な治療方針を策定するとともに予後予測をおこない、未感染者の感染リスクを判定し、コロナウイルス感染症の集団免疫がどれほど達成されているかを評価し、コロナウイルス感染症用各種ワクチンの有効性・性能の評価をすることができる。
検体群1(n=163)の検体について、各被検者の検体番号をX軸にプロットし、SAR S-CoV-2ウイルスS1タンパク質に対する抗原結合親和性を表すIC50値をY軸に表し、各被験者の検体のIC50値についてプロットし、(a)1回目接種後採血検体(b)2回目接種後採血検体、(c)3回目接種後採血検体の各検体のIC50値の推移を示したグラフ群である。採血時期は各ワクチンの接種後3-4週後とした。 検体群1の検体について、抗体価をX軸に、SARS-CoV-2ウイルスS1タンパク質に対する抗原結合親和性を表すIC50値をY軸に表し、各被験者の検体の抗体価とIC50値についてプロットし、(a)1回目接種後採血検体、(b)2回目接種後採血検体、(c)3回目接種後採血検体の各検体の抗体価とIC50値の推移(対応)を示したグラフ群である。 検体群1の検体について、抗原結合親和性抗体価(Antigen Binding -avidity Antibody Titer:ABAT)をY軸に表し、各検体の抗体量をX軸に表し、(a)1回目接種後採血検体、(b)2回目接種後採血検体、(c)3回目接種後採血検体の抗原結合親和性抗体価と抗体量とについてプロットしたグラフである。 検体群1の検体(n=163)について、3回目接種後採血検体の、抗体価と抗原結合親和性抗体価とをプロットしたグラフにおいて、抗体価と抗原結合親和性抗体価の回帰直線とその予測値の95%信頼区間の分布を示すグラフである。横軸のS1-specific Ab(SAR S-CoV-2ウイルスS1タンパク質に対する抗原結合親和性抗体価)は、X軸について、ABATを対数で表示したものである。 検体群1の検体について、2回目接種後採血検体の、抗体価と抗原結合親和性抗体価とをプロットしたグラフにおいて、抗体価と抗原結合親和性抗体価の回帰直線とその予測値の95%信頼区間の分布を示すグラフである。 検体群1の検体について、1回目接種後採血検体の、抗体価と抗原結合親和性抗体価とをプロットしたグラフにおいて、抗体価と抗原結合親和性抗体価の回帰直線とその予測値の95%信頼区間の分布を示すグラフである。 検体群1の検体について、1~3回目接種後採血検体の、抗体価と抗原結合親和性抗体価の分布を示すグラフから得られた、高抗原結合親和性群の抗体と低抗原結合親和性群の抗体と、初期抗原結合親和性群の抗体とのそれぞれの回帰直線と各予測値の95%信頼区間を示すグラフである。 入院(+)被験者群と入院(-)被験者群間の(a)抗体価のカットオフ値、(b)IC50(nM)のカットオフ値、(c)抗原結合親和性抗体価のカットオフ値についてのROC解析結果を示す図表である。 検体群2の入院時採血検体(n=339)について、各被験者の抗体価と抗原結合親和性抗体価とをプロットし、入院時に重症度分類した患者を軽症(△)、中等症I(■)、中等症II(□)、重症(×)に分類して表記したグラフである。図8(a)抗体価のカットオフ値(X軸)と(c)抗原結合親和性抗体価のカットオフ値(Y軸)とを、このグラフに追記している。 退院時又は入院後2-3週間経過した患者から採血した検体群2の検体について、各被験者の抗体価と抗原結合親和性抗体価とをプロットし、退院時に重症度分類した患者を軽症(△)、中等症I(■)、中等症II(□)、重症(×)に分類して表記したグラフである。さらに図8(a)抗体価のカットオフ値(X軸)と(c)抗原結合親和性抗体価のカットオフ値(Y軸)とを、このグラフに追記している。 抗コロナウイルスS1抗原タンパク質に対する疑似ウイルスを用いたウイルス中和活性(Y軸)と、DCPチップ法を用いたRBDに対する抗ウイルス抗体の競合的結合阻害活性IC50(nM)(X軸)との相関を示すグラフである。
 本発明において、評価項目を判断するための情報を提供する方法としては、コロナウイルスの抗原タンパク質に対する、試料中の抗体価と、抗原結合親和性抗体価(抗体量×抗原結合親和性;BUg/IC50)とを指標として、評価項目を判断するための情報を提供する方法であれば特に制限されず、上記評価項目は、(1)コロナウイルス感染症用ワクチン接種の必要性の判定、(2)感染で重症化するハイリスク者の同定、(3)コロナウイルス感染症罹患者の予後予測、(4)治療方針策定のための検査、(5)コロナウイルス感染症の集団免疫の達成度の評価、(6)コロナウイルス感染症用ワクチンの有効性の評価の1又は2以上であり、上記抗原結合親和性抗体価は、抗体の「抗原結合親和性の総和」を表す概念であって、パラメーターの一つとして使用される。上記治療方針策定のための検査により策定される治療の方針としては、感染防御抗体の総和値(抗原結合親和性抗体価の総和値、ABAT)が不十分と判定された場合に、ワクチンの追加接種をするか、感染リスクのある場所からの隔離、レムデシビル(remdesivir)やファビピラビル(favipiravir)等の抗ウイルス剤の投与などを挙げることができる。
 本発明における試料としては、対象(ヒト)から採取された、抗体を含む可能性のある試料であれば特に制限されないが、IgG抗体を検出対象とする場合は、血清、血漿等の血液試料が好ましい。試料の調製方法としては、コロナウイルス感染症罹患者やワクチン接種者等の対象の上腕静脈より採血を行い、得られた血液を4℃にて一晩静置した後、遠心分離し、その上清を血清として用いる方法を挙げることができる。あるいは、低侵襲的に耳朶や指先を微量採血針等で穿刺して得られる50~100μLの微量血液をマイクロキャピラリーチューブで採取してそのまま用いる方法を挙げることができる。
 本発明におけるコロナウイルスとは、ウイルス粒子の周囲に「太陽コロナ(光冠)」様の形態を確認することができるウイルスの総称であり、ヒトコロナウイルス(Human Coronavirus:HCoV)としては、ヒトコロナウイルス229E(HCoV-229E)、ヒトコロナウイルスNL63(HCoV-NL63)等のアルファ型コロナウイルス;ヒトコロナウイルスOC43(HCoV-OC43)、ヒトコロナウイルスHKU-1(HCoV-HKU1)、重篤な肺炎を引き起こす2002年に発生した重症急性呼吸器症候群(SARS)コロナウイルス、2012年に発生し、ラクダに風邪症状を起こすウイルスがヒトに感染した中東呼吸器症候群コロナウイルス(MERS-CoV)、及び、中国・武漢で発生が確認され、COVID-19(「コロナウイルス病2019」ともいう)パンデミックの原因となった呼吸器疾患である、いわゆる新型コロナウイルス感染症を引き起こす重症急性呼吸器症候群コロナウイルス2(SARS-CoV-2)及びその変異株のウイルス等のベータ型コロナウイルス;とりわけオミクロン株ウイルス等を例示することができ、高熱、せき、頭痛、筋肉痛、関節痛、肺炎、息切れ、倦怠感、疲労、のどの痛み等の強い全身症状を伴う呼吸器感染症を引き起こすSARS-CoV-2を好適に挙げることができる。
 上記SARS-CoV-2及びその変異株としては、懸念される変異株(Variant of Concern : VOC)に分類されてきたB.1.1.7系統の変異株(アルファ株)、B.1.351系統の変異株(ベータ株)、P.1系統の変異株(ガンマ株)、B.1.617.2系統の変異株(デルタ株);感染性や重篤度・ワクチン効果などに影響を与える可能性が示唆される株に分類されるR.1(E484Kがある変異株)、B.1.427/B.1.429系統の変異株(イプシロン株)、P.3系統の変異株(シータ株)、B.1.617.1系統の変異株(カッパ株);並びに、BA.2.12.1株、BA.2.3株、BA.2.75株(ケンタウロス)及び、BA.4系統、BA.5系統の株に分類されるオミクロン株亜系統、並びにこれらから派生した又は今後派生して変異する子孫系統(亜型)をすべて含めることができる。
 本発明におけるコロナウイルスの抗原タンパク質としては、抗体が認識するタンパク質であって、抗体価と、抗原結合親和性抗体価を算出することができるタンパク質であれば特に制限されず、ウイルス粒子形成中にらせん状のヌクレオカプシド形成を促進する役割を有するヌクレオカプシドタンパク質(Nタンパク質);膜タンパク質(Mタンパク質);エンベロープタンパク質(Eタンパク質);ウイルスが宿主細胞の膜に付着して融合することで細胞へのウイルス侵入を可能にするタンパク質であるスパイクタンパク質(Sタンパク質);を挙げることができる。
 上記コロナウイルスの抗原タンパク質に対する抗体としては、IgG;IgA;IgD;IgE;IgM;の各抗体等があり、いずれも検査の対象とすることができるが、本発明において、コロナウイルスの抗原タンパク質に対する抗体としては、主として血液中に存在するIgG抗体や、血液、鼻汁、唾液に存在するIgA抗体を検査の対象とすることが好ましい。
 本発明において、コロナウイルスの抗原タンパク質に対する抗体の抗体価としては、試料中のコロナウイルスの抗原タンパク質に対する抗体を定量的に測定した量を表す値であれば特に制限されず、抗体の抗体価を定量的に測定する方法としては、コロナウイルス抗原タンパク質を固定化した担体上に抗コロナウイルス抗体を捕捉させ、捕捉抗体を、標識二次抗体を用いて抗原抗体反応により検出し、抗原と結合した抗体の量を標準抗体の蛍光強度の検量線から測定して抗体価として評価するイムノアッセイにより検出するELISA法により測定する方法を好適に挙げることができる。
 本発明において、試料中のコロナウイルスの抗原タンパク質に対する抗体の抗原結合親和性抗体価は、上記抗体価と、コロナウイルスの抗原タンパク質に対する抗体のIC50値の逆数である「1/IC50」を乗じた数値、すなわち抗体価(BUg/mL)/IC50(nM)により表現される値である。上記IC50(nM)は、抗体の抗原への結合親和性を表すために用いられる一つのパラメーターであり、従来、競合的結合阻害活性値と呼ばれてきた値である。
 上記IC50(nM)を測定する方法としては、公知の抗体の競合的抗原結合阻害反応法を用いた生化学的アッセイにより、抗体の抗原結合親和性を測定する方法を挙げることができるが、抗原抗体反応における競合的抗原結合阻害を利用して、コロナウイルスの抗原タンパク質に対する抗体の結合親和性を定量的に比較解析する、ELISA競合的結合阻害法を好適に例示することができる。具体的手順としては、抗原タンパク質に結合する抗体を含む試料に、濃度0(試料中に抗原タンパク質が存在しない)から、一定時間にすべての抗体に抗原タンパク質が結合できる十分な濃度に至るまで、段階的に調製された既知の濃度の抗原タンパク質を競合的結合阻害物質として添加し、一定時間反応させる(前段階反応)。特定の濃度の抗原タンパク質を含む溶液において、抗原タンパク質に対する親和性のより大きい抗体が、添加された抗原タンパク質に結合する割合はより高く、親和性のより小さい抗体が、添加された抗原タンパク質に結合する割合はより低くなる。
 上記段階的に調製された既知の濃度としては、試料中に存在する抗体量等に基づき、当業者が適宜決定した濃度を用いることができるが、例えば、血清や血漿等の試料に添加する、競合阻害に用いる段階的な競合的結合阻害物質の濃度(最終濃度)の例としては、0nM、0.1nM、1.0nM、10nM、100nM、1000nMの組合せ、0nM、0.1nM、1.0nM、10nM、100nM、200nMの組合せ等を挙げることができるがこれらの濃度に限定されるものではない。また、上記前段階反応における反応時間としては、例えば、15分~2時間、好ましくは30分~1時間を挙げることができる。
 上記前段階反応後の溶液を、抗原タンパク質が固定化されているDCPチップ等の結合感度の高い担体に供し、担体に固定化されている抗原タンパク質(固定化抗原タンパク質)に遊離抗体を結合させる平衡条件下の反応を、例えば、15分~3時間、好ましくは30分~1.5時間行うことを挙げることができる。上記の方法により反応させ、その後未反応抗体を洗浄により除去した後、さらに標識二次抗体と反応させた後に、固定化抗原タンパク質に結合した抗体の標識量を算出する。上記のように、結合親和性のより低い抗体については、前段階反応後の溶液中に存在する遊離一次抗体の量はより多くなり、固定化されている抗原タンパク質に結合する抗体量は多くなる。一方、上記のように、結合親和性のより高い抗体については、前段階反応後の溶液中に存在する遊離一次抗体の量はより少なくなるので、固定化されている抗原タンパク質に結合する抗体量は少なくなる。
 上記固定化抗原タンパク質としては、検出対象となる抗体の競合的結合反応測定を実施することができる抗原タンパク質であれば特に制限されないが、コロナウイルスの抗原タンパク質がスパイクタンパク質である場合、S1スパイクタンパク質が選択され、この場合ヒト細胞表面のアンジオテンシン変換酵素-2(Angiotensin-converting enzyme 2:ACE2)に結合して、ウイルス侵入を開始させるスパイクタンパク質の受容体結合ドメイン(Receptor-binding domain:RBD)を競合的結合親和性測定抗原タンパク質として好適に挙げることができる。
 前記標識二次抗体としては、HiLyte Fluor 555、Atto532、Cy3、Alexa Fluor 555、Cy5、FITC、ローダミン等の蛍光標識二次抗体、ペルオキシダーゼ、アルカリホスファターゼ等の酵素標識二次抗体、磁気ビーズ標識二次抗体、赤外標識二次抗体などを挙げることができる。
 標識二次抗体の標識量として検出される抗体の抗原タンパク質に対する結合親和性は、検出量がより少なければより高く、検出量がより多ければより低いと判定される。抗体の抗原タンパク質との結合親和性の数値化は、前段階反応において、競合抗原結合タンパク質の存在しない濃度0の溶液について、検出される標識二次抗体の標識量を100%とした場合に、標識量が50%となる抗原濃度(例えば上記の例では(nM))をIC50値として表現することができる。
 本発明における、コロナウイルス感染症の、前記各評価項目を判断するための情報としては、対象者由来の試料中のコロナウイルスの抗原タンパク質に対する抗体の、抗体価と抗原結合親和性抗体価(抗体価(BUg/mL)/IC50(nM))とを指標として、以下に示すコロナウイルス感染症の(1)~(5)の評価項目の1又は2以上の評価項目を判断するための情報であれば特に制限されないが、抗体価又は抗体価の対数値[ln(BUg/mL)]をX軸に、抗原結合親和性抗体価又は抗原結合親和性抗体価の対数値[ln(BUg/mL)/IC50(nM)]をY軸に表し、抗体価のカットオフ値をY軸と平行に、抗原結合親和性抗体価のカットオフ値をX軸と平行に記載したグラフ(判定用グラフ)上に、被験者の検体中の抗体価の数値と抗体価の抗原結合親和性抗体価の数値との関係をプロットし、カットオフ値を表す二本の直交する直線により左下エリア、右下エリア、左上エリア、右上エリアに四つの領域に分割されたグラフに基づき、上記評価項目を判断するための情報を好適に挙げることができる。
 上記ROCとは、受信者操作特性又は受信者動作特性などと訳される用語であって、二分変数であるアウトカムに対する独立変数の予測能の比較や、アウトカムに対する独立変数のカットオフを設定するために利用される方法である。
 本発明において、上記二分変数であるアウトカムに対する独立変数の予測能の比較を行う方法としては、例えば異なるn種類のパラメーターにおいて、それぞれコロナウイルス感染者となる閾値の設定を変化させると、それに応じてコロナウイルス感染者に対する真陽性率及び偽陽性率が変化する。真陽性率及び偽陽性率を、縦軸に真陽性率、横軸を偽陽性率としてプロットして、n種類のROC曲線が作成された場合に、その曲線下面積(AUC)が大きいほど優れたパラメーターであって、予測能が高いと評価する方法を挙げることができる。
 上記ROC解析においてカットオフ値を設定する方法としては、予測能を高めることができる方法であれば特に限定されないが、感度-(1-特異度)が最大の値をカットオフ値として決定する方法を例示することができ、かかるカットオフ値の設定は、以下に示すROC解析装置や市販のソフトウェアを用いて公知の手順により決定することができ、公知の市販の解析装置としては、例えば、GraphPad Prism ver.5.4(GraphPad社)、JMP14(jmp.Statistical Discovery.TM)等のソフトウェアを挙げることができる。
 上記カットオフ値とは、定量的検査で、二群を識別する目的で定めた検査の陽性、陰性を分ける境界値のことをいい、診断の明らかな多数のデータを元にして決定することが好ましい。診断の実際の現場においては、カットオフ値をどのように決めても、例外ができるのが通常であり、特定の疾患に罹患していないのに検査を行うと陽性となる場合(偽陽性)や、特定の疾患の症状が認められるのに検査が陰性となる場合(偽陰性)となる場合があり、ある範囲に一部重なり合って分布している二群を分別するために、最も適当と考えられる一点に設定される値である。
 本願明細書において、95%信頼区間とは、仮に100回試験をした場合、100回中5回くらいは真値を含まないことがある、ということを意味する。
 本発明における対象(ヒト)としては、採取された試料について、コロナウイルスの抗原タンパク質に対する抗体の、抗体価と、抗原結合親和性抗体価とを算出することができる試料を採取できる対象者であれば特に制限されず、上記(1)~(5)の評価項目の1又は2以上の評価項目を判断することが必要であると判断された者が好ましく、例えば、ワクチン接種者や、感染していても発症していない可能性がある未発症者や、感染により発症した罹患者でもよいし、感染により発症したが、コロナウイルスは体内から消失して判断された治癒者でもよいし、発症後コロナウイルスは体内から消失したが、後遺症が残る者でもよい。
 なお、コロナウイルスに感染しているか否かについては、公知のPCR検査や抗原検査により陽性と判定された場合に感染した旨判断することができ、陰性と判定された場合に感染していない(未感染)と判断することができる。また、治癒したか否かは、発熱や咳等の症状が消失し、鼻腔や気管等からコロナウイルスが検出されなくなっているか否かで判定することができるが、具体的にはPCR検査で陰性と判定された場合に治癒したと判断することができ、陽性と判定された場合には未だ治癒に至っていないと判断することができる。
 本発明の評価項目を判断するための情報を提供する方法における、評価項目(1)のコロナウイルス感染症用ワクチン接種の必要性の判定の方法としては、以下の方法を例示することができる。
1)対象の採血検体における抗体の抗体価と抗原結合親和性抗体価とをプロットした領域が、右上に該当する場合、当該対象は、当座において再度のワクチン接種の必要性はないと判定できる。
2)対象の採血検体における抗体の抗体価と抗原結合親和性抗体価とをプロットした領域が、左下に該当する場合、抗体価と抗原結合親和性抗体価ともに低いので、当該対象は、速やかにワクチンを接種することが強く推奨される。既にワクチンを接種した者の場合は、前回のワクチン接種ののち公的機関、医療機関等により定められた期間の後、又は、好ましくは1月後、2月後、3月後、4月後、6月後、1年後、又はそれ以上後であっても再度接種することが推奨される。
3)対象の採血検体における抗体の抗体価と抗原結合親和性抗体価とをプロットした領域が、右下に該当する場合、従来の基準により抗体価が高いので、ワクチンの追加接種の必要はないと判断された場合であっても、抗体の抗原結合親和性抗体価が十分に高くなっていないので、前回のワクチン接種ののち公的機関、医療機関等により定められた期間の後、又は、好ましくは1月後、2月後、3月後、4月後、6月後、1年後、又はそれ以上後であっても再度接種することが推奨される。
4)対象の採血検体における抗体の抗体価と抗原結合親和性抗体価とをプロットした領域が、左上に該当する場合、抗体の抗原結合親和性抗体価が十分に高く、抗体の質としてはよいのであるが、抗体の量が不十分であるので、速やかにワクチンを接種することが推奨される。既にワクチンを接種した者の場合は、前回のワクチン接種ののち公的機関、医療機関等により定められた期間の後、又は、好ましくは1月後、2月後、3月後、4月後、6月後、1年後、又はそれ以上後であっても再度接種することが推奨される。
 なお、上記コロナウイルス感染症用ワクチンとしては、コロナウイルスに起因する感染症を予防する目的で接種されるワクチンを挙げることができ、とりわけCOVID-19を予防するためのワクチンを好ましく挙げることができる。上記接種の必要を判定するための情報とは、1回又は2回以上コロナワクチンを接種した対象が、再度当該コロナワクチンを接種する必要があるか否か判断するための情報を挙げることができる。
 上記評価項目(2)の重症化するハイリスク者を同定する方法としては、以下の方法を例示することができる。
1)対象の採血検体における抗体の抗体価と抗原結合親和性抗体価とをプロットした領域が、右上に該当する場合、対象に基礎疾患がない場合、コロナウイルスに感染しても重症化する可能性は低いと判断することができる。一方、対象に基礎疾患がある場合、コロナウイルスに感染した場合、中等症I,II又は重症に重症化する可能性があると判断することができ、医療機関への入院を推奨することもできる。
2)対象の採血検体における抗体の抗体価と抗原結合親和性抗体価とをプロットした領域が、左下に該当する場合、抗体価と抗原結合親和性抗体価ともに低いので、該対象がコロナウイルスに感染した場合に中等症I,II又は重症に重症化する可能性が高いと判断することができる。
3)対象の採血検体における抗体の抗体価と抗原結合親和性抗体価とをプロットした領域が、右下に該当する場合、抗体価は高いが、抗原タンパク質に対する抗体の抗原結合親和性抗体価が十分に高くなっていないので、当該被検者が、コロナウイルスに感染したときに、中等症I,II又は重症に重症化する可能性があると判断することができる。
4)対象の採血検体における抗体の抗体価と抗原結合親和性抗体価とをプロットした領域が、左上に該当する場合、抗体の抗原結合親和性抗体価が十分に高く、抗体の質としてはよいのであるが、抗体の量が不十分であるので、コロナウイルスに感染したときに、中等症I,II又は重症に重症化する可能性があると判断することができる。
 上記軽症、中等症I,II又は重症の発症者に分類する方法としては、「新型コロナウイルス感染症COVID-19診療の手引き、第5版」(非特許文献4)に基づき、以下の4分類に分類する方法を挙げることができる。
・軽症 :  「呼吸器症状なし、又は咳のみで呼吸困難なし」の状態で、
       胸部画像上、肺炎所見がなく、酸素飽和度が室内気で96%
       以上ある患者
・中等症I:  胸部画像上、肺炎所見があり、酸素飽和度が室内気で94%
       ~95%あり、酸素投与の必要性がない患者
・中等症II: 酸素飽和度が室内気で93%以下であり、酸素投与が必要な
       患者
・重症:    集中治療室(ICU)に入室、又は人工呼吸器が必要な患者
 酸素飽和度と臨床状態で重症度に差がある場合、高い方に分類する。
 なお、上記重症化するハイリスク者としては、呼吸器症状なし、又は咳のみで呼吸困難なしの症状である軽症にとどまらず、肺炎所見がある中等症Iや、酸素投与が必要になる中等症II、又は集中治療室(ICU)に入室、又は人工呼吸器が必要になる重症になる可能性が高い対象をいう。
 対象がコロナウイルス感染症を既に発症した罹患者又は治癒した治癒者である場合、上記評価項目(3)のコロナウイルス感染症罹患者の予後予測の方法としては、以下の方法を例示することができる。
1)対象の採血検体における抗体の抗体価と抗原結合親和性抗体価とをプロットした領域が、右上に該当する場合、当該対象の予後は基本的には良好であると判断できる。当該対象に基礎疾患がない場合は、重症化リスクが低いので、医療機関におけるひっ迫時には、自宅での療養に切り替えることを考慮することができる。基礎疾患がある場合は、予後が良好であると予測することはできず、基礎疾患の経過観察とともに後遺症の有無についても観察が必要である。
2)対象の採血検体における抗体の抗体価と抗原結合親和性抗体価とをプロットした領域が、左下に該当する場合、抗体価と抗原結合親和性抗体価ともに低いので、当該対象が治癒に至るまでには長時間かかることが予想され、治癒した後にも後遺症が残る可能性があり、再感染の可能性が高いと判断できる。
3)対象の採血検体における抗体の抗体価と抗原結合親和性抗体価とをプロットした領域が、右下に該当する場合、抗体価は高いが、抗体の抗原結合親和性抗体価が十分に高くないので、治癒した後にも後遺症が残る可能性があり、再感染のおそれがあると判断することができる。
4)対象の採血検体における抗体の抗体価と抗原結合親和性抗体価とをプロットした領域が、左上に該当する場合、抗体の抗原結合親和性抗体価は高いが、抗体価が低いので、治癒した後にも後遺症が残る可能性があり、再感染のおそれがあると判断することができる。
 上記後遺症としては、コロナウイルスに感染し、発症している間又は回復したと判断された後に現れて、一定期間持続する症状を挙げることができ、例えば、コロナウイルス感染症療養終了後も続く症状として、味覚障害、嗅覚障害、咳、倦怠感、めまい、頭痛、抑鬱症状、記憶障害、不眠、筋肉痛、関節痛等、を例示することができ、他の疾患の症状として説明できない症状を含めることができる。
 上記評価項目(4)のコロナウイルス感染症の集団免疫の達成度の評価としては、以下の方法を例示することができる。すなわち、1,000~10,000人、好ましくは10,000~50,000人、より好ましくは50,000~200,000人、さらに好ましくは200,000~1,000,000人、特に好ましくは1,000,000人以上の被検者の採血検体の抗体価と抗原結合親和性抗体価とをプロットした場合に、以下のとおり判断することができる。なお、集団免疫としては、人口の一定割合以上の人が免疫を持つと、感染患者が出ても、他の人に感染しにくくなることで、感染症が流行しなくなる状態のことを例示することができる。
1)対象の採血検体の抗体価と抗原結合親和性抗体価とをプロットした領域が、90%以上右上エリアに該当する場合は、集団免疫が成立していると判断することができる。
2)対象の採血検体の抗体価と抗原結合親和性抗体価とをプロットした領域が、75%以上右上エリアに該当する場合は、集団免疫がほぼ成立していると判断することができる。
3)対象の採血検体の抗体価と抗原結合親和性抗体価とをプロットした領域が、50%以上右上エリアに該当する場合は、集団免疫が成立しつつあると判断することができる。
4)対象の採血検体の抗体価と抗原結合親和性抗体価とをプロットした領域が、50%未満右上エリアに該当する場合は、集団免疫が成立していないと判断することができる。
 上記評価項目(5)のコロナウイルス感染症用各種ワクチンの有効性・性能の評価としては、以下のとおり行うことを例示することができる。
1)コロナウイルス感染症用各種ワクチンを、ワクチン未接種者、かつ、抗体価がほぼゼロである者を対象としてワクチン接種を3~4週間隔で2回接種し、接種3~4週間後に当該対象の採血検体の抗体価と抗原結合親和性抗体価とをプロットした領域が、90%以上右上エリアに該当する場合は、顕著に有効なワクチンであると判断することができ、80%以上右上エリアに該当する場合は、非常に有効なワクチンであると判断することができ、左上エリア、左下エリア、及び右上エリアに該当する対象に対し、最後の接種から1~3月後に三回目の接種を推奨することができる。
2)コロナウイルス感染症用各種ワクチンを、対象をワクチン未接種者としてワクチン接種を3~4週間隔で2回接種し、接種3~4週間後に対象の採血検体の抗体価と抗原結合親和性抗体価とをプロットした領域が、40%~60%右上エリアに該当する場合は、有効なワクチンであるが免疫効果の達成が不十分と判定され、最後の接種から1~3月後に三回目の接種を強く推奨することが好ましいとすることができる。
3)コロナウイルス感染症用各種ワクチンを、対象をワクチン未接種者としてワクチン接種を3~4週間隔で2回接種し、接種3~4週間後対象の採血検体の抗体価と抗原結合親和性抗体価とをプロットした領域が、20%~40%右上エリアに該当する場合は、免疫効果の達成が不十分と判定され、最後の接種後も複数回追加接種して、90%以上の接種者が右上エリアに該当するまで、接種することが好ましいワクチンであると判断することができる。
 なお、評価項目(5)における上記記載は、これまでにコロナウイルスに感染したことが無く、ワクチン未接種者について実施する初回接種とブースター接種の二回接種の組合せ例であるが、これまでにコロナウイルスに感染したことがあったり、ワクチン接種歴等、抗原感作既往歴のある被験者が対象の場合、「ワクチン接種を3~4週間隔で2回接種し」を「ワクチンを一回接種し」と読み替え、ワクチン接種後3~4週間後に当該対象の採血検体の抗体価と抗原結合親和性抗体価とをプロットした領域が、90%以上右上エリアに該当する場合は、顕著に有効なワクチンであると判断することができる。2)、3)についても同様に、「ワクチン接種を3~4週間隔で2回接種し」を「ワクチンを一回接種し」と読み替え、ワクチン「三回目の接種」を「二回目の接種」と読み替えて判断することができる。
 前記結合感度の高い担体の作製方法としては、以下に示す方法を例示することができる。
 上記担体の基板としては、金、銀、銅、アルミニウム、タングステン、モリブデン、クロム、白金、チタン、ニッケル等の金属;ステンレス、ジュラルミン等の合金;上記金属とセラミックスとの積層体;ガラス;シリコン;繊維;木材;紙;ポリカーボネート、プラスチック;及びプラスチックと上記金属、セラミックス等との混合体を挙げることができる。
 上記担体の表面に形成されるカーボン層としては、ダイヤモンド、ダイヤモンドライクカーボン(DLC)、無定形炭素、グラファイト、炭化ハフニウム、炭化ニオブ、炭化珪素、炭化タンタル、炭化トリウム、炭化チタン、炭化ウラン、炭化タングステン、炭化ジルコニウム、炭化モリブデン、炭化クロム、炭化バナジウム等からなる層を挙げることができる。
 上記担体の表面又は担体の表面に形成されるカーボン層に導入される化学修飾基としては、アミノ基、カルボキシル基、エポキシ基、ホルミル基、ヒドロキシル基等を挙げることができる。
 上記アミノ基を導入する方法としては、チップの担体の表面やカーボン層をアンモニアガス中で紫外線照射する方法や、チップの担体の表面やカーボン層を塩素ガス中で紫外線を照射して塩素化し、かかる塩素化されたチップの担体の表面やカーボン層にアンモニアガス中で紫外線照射する方法や、メチレンジアミン、エチレンジアミン等の多価アミン類を、塩素化されたチップの担体の表面やカーボン層と反応させる方法を挙げることができる。
 上記カルボキシル基を導入する方法としては、例えば、上記アミノ化したチップの担体の表面やカーボン層に、シュウ酸、マロン酸、コハク酸、マレイン酸、フマル酸、フタル酸等のジカルボン酸又はポリアクリル酸、ポリメタクリル酸、トリメリット酸、ブタンテトラカルボン酸等の多価カルボン酸を反応させる方法を挙げることができる。
 上記エポキシ基を導入する方法としては、例えば、前記のようにアミノ化したチップの担体の表面やカーボン層に適当な多価エポキシ化合物を反応させる方法や、カーボン層が含有する炭素=炭素の二重結合に有機過酸を反応させる方法を挙げることができる。有機過酸としては、過酢酸、過安息香酸、ジペルオキシフタル酸、過ギ酸、トリフルオロ過酢酸等を挙げることができる。
 上記ホルミル基を導入する方法としては、上記アミノ化したチップの担体の表面やカーボン層に、グルタルアルデヒドを反応させる方法を挙げることができる。
 上記化学修飾基を導入したチップは、活性化試薬により活性化処理をした後に抗原タンパク質や抗原ペプチドを固定化させることもできる。これらの抗原を固定化する方法としては、基板表面に導入されたカルボキシル基(-COOH基)を利用し、アミノ基(-NH基)を持つ抗原タンパク質等を1-Etyl-3-(3-dimethylamino propyl)-carbodiimide hydrochloride(WSCD・HCl:Water-Soluble Carbodiimide Hydrochloride)や、N-Hydroxy-succinimide(NHS)やその他の化学架橋剤を用いて共有結合により固定化させる方法を挙げることができる。
 前記DCPチップとしては、シリコン基板表面にカーボン層をDLC処理した基板、あるいは、ガラススライドの表面に、アミノ基含有化合物かその重合体及び/又は共重合体を処理した静電層を施し、さらにジカルボン酸又は多価カルボン酸等を重ねて処理後、N-ヒドロキシスクシンイミド及び/又はガルボジイミド類で活性化したチップや、担体の表面や上記カーボン層に化学修飾基が導入されたチップや、さらに活性化処理が行われたチップなどを挙げることができる。
(担体へのコロナウイルス抗原タンパク質の固定化処理)
 コロナウイルス抗原タンパク質を担体(チップ)に固定化する際には、タンパク質機能を維持するため、及び/又は、タンパク質の基板への結合量を増加させるために、PEG(polyethylene glycol);DMSO(dimethyl sulfoxide);グリシン;PBS(リン酸緩衝化生理食塩水);グリセロール、グルコース、フルクトース、マンノース、ガラクトース、キシロース、イノシトール、ソルビトール、トレハロース、又はシクロデキストリン等の溶解液;から選ばれる1又は2以上をスポッティング添加剤として混合してスポッティングする方法を挙げることができる。これらのスポッティング添加剤は、CAPS(N-Cyclohexyl-3-aminopropanesulfonic acid)緩衝液、リン酸緩衝液等の緩衝液に溶解して用いることもできる。
(ブロッキング処理)
 上記コロナウイルス抗原タンパク質をチップに固定化した後には、ブロッキング処理を行うことが好ましい。かかるブロッキング処理は、バックグラウンドを低下させると同時に、相対的に蛍光強度や発色強度を上昇させ、測定感度を向上させることができる。具体的には、Pierce Protein-Free Blocking Buffer(サーモフィッシャー社)、blφkノイズキャンセリング試薬(メルクミリポア社)、Pro-Block(ScyTec社)、Blockmaster(JSR社)等のプロテインフリー・ブロッキングバッファーを挙げることができる。これらのブロッキング剤を希釈せずに添加後、一晩ブロッキング反応を行った後、ブロッキング剤を洗浄し、水分を除去することが好ましい。
 上記チップを用いて抗体価を定量測定する方法としては、少なくとも試料中の抗原タンパク質に対する抗体を検出し、抗体価を定量測定することができる公知のイムノアッセイであれば特に限定されず、前述のとおり、上記チップ上で行う標識二次抗体を用いるELISA法を好適に挙げることができる。
 以下、実施例により本発明を具体的に説明するが、本発明の技術的範囲はこれらの例示に限定されるものではない。
[実施例1]
[検体群1]
 本実施例における検討は、徳島大学病院・生命科学・医学系研究倫理審査委員会の承認を受け、承認番号#4067-1及び#4068-1の下、十分なインフォームドコンセントを行い、承諾が得られた被験者の血清を検体として解析に用いた。なお、ヒト免疫不全ウイルス感染者を除外した。研究対象者(及び代諾者)より参加拒否の申入があった場合や、その他、研究責任者又は研究者が選択除外基準に抵触していると判断した場合、研究の中止が妥当と判断した場合を、中止基準・脱落基準とした。
 国立病院機構三重病院の医療従事者について、2021年3月、4月、9月の間にファイザー社製のmRNAワクチン[BNT162b2(Pfizer-BioNTech)]を合計3回接種した163名(平均年齢=42.1歳、男性23.9%、女性76.1%)を被験者としてデータを解析した。
 上記被検者から採取した検体については、ワクチン初回接種3ヶ月前までの2020年度の定期健康診断時の採血検体をワクチン接種前採血検体とした。そして、1回目のワクチン接種後抗体価がピークに達する接種後3~4週後に1回目の接種後採血を実施し、1回目接種後採血検体とした。その後2回目のワクチンの接種を行い、抗体価がピークに達する接種後3~4週後に2回目の接種後採血を実施し、2回目接種後採血検体とした。3回目のワクチンは、2回目から6~8ヶ月目に接種し、抗体価がピークに達する接種後3~4週後に3回目の接種後採血を実施し、3回目接種後採血検体とした。なお、検体群1において、調査を実施した2021年10月末までの期間中に接種者の中にCOVID-19の感染事例や入院事例が無いことが確認されている。
 なお、上記ワクチン接種前採血検体については、従前にSARS-CoV-2感染も無いことから、抗体価、IC50値は共に検出限界以下を示した。そのため、データとしては、これ以降の表やグラフには含めていない。
[コロナウイルスタンパク質特異的IgG抗体の抗体価の算出]
 SARS-CoV-2スパイクタンパク質1抗原タンパク質をコロナウイルスの抗原タンパク質として用い、コロナウイルスの抗原タンパク質に対する、抗体の抗体価として、SARS-CoV-2ウイルスS1タンパク質特異抗体量(BUg/mL)を測定した。
(抗体価測定用DCPチップの作製)
 シリカガラス表面に、アミノ基含有静電層を施し、さらにポリアクリル酸による負の電荷を帯びるカルボキシル基を導入した基板を化学架橋剤(100mM WSC・HCl、100mM NHS、0.1Mリン酸カリウム緩衝液(pH6.0))中で、遮光した状態で室温にて30分間振盪しながら再活性化処理を行った。反応後の化学架橋剤を廃棄後、基板をMilliQ水で振盪しながら1分間の洗浄を2回行った後、直ちに卓上遠心機(PlateSpin3(商標) (KUBOTA社製))を用いて水分を除去し、活性化チップを調製した。
(抗原タンパク質のDCPチップへの固定化)
 10%DMSOを添加したHEPES (4-(2-hydroxyethyl)-1-piperazine ethanesulfonic acid)溶液に、抗原タンパク質としてSARS-CoV-2スパイクタンパク質1(Acro社製)を0.6mg/mLの濃度に溶解して、抗原タンパク質溶液を調製した。かかる調製された抗原タンパク質溶液を384穴プレート平底(コーニング社製)に分注し、マイクロアレイ作製装置(OmniGridAccent,DIGILAB社製)により、上記活性化チップ上に8nLスポット後、15℃~30℃にて1~18時間乾燥し、SARS-CoV-2スパイクタンパク質1抗原タンパク質をDCPチップ上に固定化した。
(未反応活性基のブロッキング反応)
 上記抗原タンパク質としてSARS-CoV-2スパイクタンパク質1が固定化されたチップにブロッキング試薬のBlockmaster(JSR社)を反応穴槽(ウェル)に添加し、遮光下冷蔵(4℃)にて静置し終夜反応させた。上記ブロッキング試薬をアスピレーター(ASPIRATOR(SAP-102)(SANSYO社製)で吸引除去後、チップを洗浄用ケースに移し、精製水(MilliQ水)で1分間揺動(MULTI SHAKER(EYELA社製))した後にアスピレーターで洗浄液を吸引除去した。同様に3回洗浄した。卓上遠心機で遠心水滴除去(2000rpmにて1分間)して、チップ表面の水滴を除去し、SARS-CoV-2スパイクタンパク質1固定化DCPチップを作製した。
(特異抗体の捕捉反応)
 サンプル希釈液(20mMphosphate buffer,pH7.4/0.3M KCl/0.05%Tween20)で各被験者の血清試料を100倍(測定限界値を超える血清試料については500倍又は1000倍)に希釈して、血清希釈溶液(一次抗体液)を調製した。かかる一次抗体液を、反応穴槽に8μL添加し、遮光下37℃にて90分間静置した。
(二次抗体との反応)
 上記の操作で得られた捕捉反応後の一次抗体液をアスピレーター(SAP-102)(SANSYO社製)で吸引除去後、チップを洗浄用ケースに移し、洗浄液(TTBS:50mM Tris-HCl pH7.5, 150mM NaCl,0.95%Tween20)を10mL添加後、振盪機(Multi Shaker(EYELA社製))を用いた洗浄作業を5分間3回繰り返した後、さらに精製水(MilliQ水)を加えて1分間3回洗浄した。上記遠心機で遠心水滴除去(2000rpmにて1分間)してチップ表面の水滴を除去した。次に蛍光標識した二次抗体(HiLyte Fluor(商標)(二次抗体希釈液、20mMphosphate buffer,pH7.4/0.3M KCl/0.05%Tween20/1%BSA、最終希釈濃度30ng/mL))を二次抗体液として調製した。かかる二次抗体液を、スライド上の各反応穴槽に8μL分注し、遮光下37℃にて1時間静置した。
(抗原に捕捉された抗体の検出)
 上記希釈二次抗体液をアスピレーターで吸引除去後、チップを洗浄用ケースに入れ振盪機を用いて洗浄作業を5分間3回繰返し行った。その後、精製水(MilliQ水)を加え1分間3回すすぎ、上記遠心機で水滴を除去し乾燥させた。蛍光スキャナー(InnoScan、スクラム社製)で蛍光強度を測定(Ex:532nm、Em:570nm)し、各チップから得られたスポットの蛍光強度の数値化を行った。
 蛍光強度の数値化にあたり、抗体価の測定単位は、抗原と抗原抗体反応により結合したIgG抗体価として、Binding Unit(BUg)で表し、チップに固定化した既知の濃度のそれぞれの標準抗体の蛍光強度の検量線から測定して表した。1BUg≒1μgとして表記する。
[抗体の抗原結合親和性抗体価の算出]
 従来の抗体価や抗原親和性(IC50)といったパラメーターに加え、新たなパラメーターとして、抗体の抗原結合親和性抗体価の算出を行うこととした。すなわち、SARS-CoV-2スパイクタンパク質1抗原タンパク質として用い、コロナウイルスの抗原タンパク質に対する抗体の抗原結合親和性抗体価(抗体量×抗原結合親和性;BUg/IC50)を算出した。
[コロナウイルスタンパク質特異的IgG抗体のIC50の算出]
 上記[コロナウイルスタンパク質特異的IgG抗体の抗体価の算出]における(抗体価測定用DCPチップの作製)、(抗原タンパク質のDCPチップへの固定化)、(未反応活性基のブロッキング反応)、(特異抗体との捕捉反応)、(二次抗体との反応)と同様の手順で抗体の検出を行った。
(抗体量の算出)
 希釈二次抗体液をアスピレーターで吸引除去後、チップを洗浄用ケースに入れ振盪機(MULTI SHAKER(EYELA社製))を用いて洗浄作業を5分間3回繰返し行った。その後、精製水(MilliQ水)を加え1分間3回すすぎ、上記遠心機で水滴を除去し乾燥させた。蛍光スキャナー(Innoscan、スクラム社製)で蛍光強度を測定(Ex:532nm、Em:570nm)し、各チップから得られたスポットの蛍光強度の数値化を行った。測定単位は、抗原と抗原抗体反応により結合したIgG抗体量として、抗体量の測定単位は、蛍光スキャナー(Innoscan、スクラム社製)が示す蛍光強度値で表し、IC50値を測定するための血清試料希釈率を算出した。
(競合的抗原結合阻害反応)
 サンプル希釈液(20mM phosphate buffer,pH7.4/0.3MKCl/0.05%Tween20)で各被験者の血清試料を蛍光強度値が8000から35000の範囲になるように希釈して、血清希釈溶液(一次抗体溶液)を調製した。
(前段階予備反応)
 競合的抗原結合阻害物質としては、SARS-CoV-2スパイクタンパク質1に存在するRBDのリコンビナントタンパク質であるSARS-CoV-2スパイクタンパク質 1RBDを使用し、RBDリコンビナントタンパク質溶液を、0ng/16μL(0nM)、20ng/16μL(47.2nM)、及び200ng/16μL(472nM)の3段階の濃度に上記サンプル希釈液で調整し、競合的阻害物質溶液として使用した。3種類の濃度のSARS- CoV-2スパイクタンパク質1RBD溶液を、1種類ずつ8μLを上記血清希釈溶液( 8μL)に添加し(合計16μL)、25℃にて30分間静置した。
(一次抗体反応)
 前段階予備反応後それぞれの反応液について8μLを採取して、上記SARS-CoV-2スパイクタンパク質1が固定化されたチップ反応穴槽に8μL添加し、遮光下37℃にて90分間静置した。
(二次抗体との反応)
 上記の操作で得られた競合反応後の一次抗体液をアスピレーター(ASPIRATOR(SAP-102、SANSYO社製))で吸引除去後、チップを洗浄用ケースに移し、洗浄液(TTBS:50mM Tris-HCl pH7.5, 150mM NaCl,0.95%Tween20)を10mL添加後、振盪機(Multi Shaker、EYELA社製)を用いた洗浄作業を5分間3回繰り返した後、さらに精製水(MilliQ水)を加えて1分間3回洗浄した。上記遠心機で遠心水滴除去(2000rpmにて1分間)してチップ表面の水滴を除去した。次に蛍光標識した二次抗体(HiLyte Fluor(商標)(希釈液、20mMphosphate buffer,pH7.4/0.3MKCl/0.05%Tween20/1%BSA、最終希釈濃度300ng/mL))を二次抗体液として調製した。かかる二次抗体液を、スライド上の各反応穴槽に8μL分注し、遮光下37℃にて1時間静置した。
 その後アスピレーターで吸引除去後、チップを洗浄用ケースに移し、洗浄液(50mM TTBS)を10mL添加後、振盪機を用いて洗浄作業を5分間3回繰り返し洗浄した後、さらに精製水(MilliQ水)を加えて1分間3回洗浄した。上記遠心機で遠心水滴除去(2000rpmにて1分間)してチップ表面の水滴を除去した。残存蛍光量を蛍光スキャナー(Innoscan、スクラム社製)で蛍光強度を測定(Ex:532nm、Em:570nm)することにより、各チップから得られたスポットの蛍光強度の数値化を行った。
 各検体において、SARS-CoV-2スパイクタンパク質1が存在しない溶液、すなわち競合的抗原結合阻害物質濃度が0の場合の蛍光強度を100%としたときに、蛍光強度が50%を示すRBDタンパク質濃度を「IC50」値として抗原結合親和性を表示する単位として示した。
[参考例1]
 図1(a)~(c)に示すグラフは、ファイザー社製のmRNAワクチンを合計3回接種した163名(検体群1)の1~3回目の各回の接種後採血検体について、各被検者の検体番号をX軸にプロットし、RBD抗原への結合親和性(Binding-Avidity:1/IC50)を示す、SARS-CoV-2ウイルスS1タンパク質の抗原結合親和性値としてのIC50値をY軸に表し、各被検者のワクチン接種後採血検体におけるIC50値の推移を示した。
 1回目ワクチン接種後のIC50(ng)値は、被験者間に高抗原結合親和性を示す低値から低抗原結合親和性抗体を示す高値まで幅広く分布し、最大で約100倍の違いがあり、一回目の接種による抗体の抗原結合親和性の獲得(成熟度)の程度は個人差が非常に大きいことが判明した。
 2回目のワクチン接種後ではIC50値が低値に収斂し始め84.3%の被検者が、IC50値が10ng前後である高抗原親和性抗体を保持していたが、一部(15.7%)の被験者の抗体は、未だIC50値が高値を示し、抗体の抗原結合親和性成熟度が低かった。
 3回目のワクチン接種後では被験者の検体に含まれる抗体がすべて高抗原結合親和性を示し、その平均値は12.8±1.2ng(30.2±2.9nM)であった。以上のとおり、ファイザー社製のmRNAワクチンは、3回目接種により被験者全員が、強いウイルス感染防御能を獲得したと推定された。
 上記非特許文献3には、強いウイルス中和活性(ウイルス感染防御能)を示したヒト血清のClone:414-2,Clone:AM0014144のRBD抗原結合親和性のIC50値が15.77~28.58nMであって、上記3回目ワクチン接種者のIC 50値、30.2±2.9nM(RBD蛋白値、12.8±1.2ng)(図1)とほぼ一致しており、RBD抗原結合親和性の成熟度が進み、強いウイルス中和活性を示すに至っていると考えられる。
[参考例2]
 図2(a)~(c)に示すグラフは、ファイザー社製のmRNAワクチンを合計3回接種した163名(検体群1)の1~3回目の各回の接種後採血検体について、各被検者の抗体価をX軸にプロットし、SARS-CoV-2ウイルスS1タンパク質RBD抗原の結合親和性の値としてIC50値をY軸に表し、各被検者のワクチン接種後採血検体におけるIC50値が示すRBD抗原結合親和性成熟度の推移を示した。
 1回目ワクチン接種後のIC50(nM)値は、被験者間に高抗原結合親和性を示す低値から、低抗原結合親和性抗体を有することを示す高値まで幅広く分布し、最大で約100倍の違いがあり、一回目の接種による抗体の抗原結合親和性の獲得(成熟度)の程度は個人差が非常に大きいことが判明した。
 図2(a)から明らかなとおり、1回目接種後採血検体における抗体の抗体価は高抗原結合親和性を示す低値から、低抗原結合親和性抗体を有することを示す高値まで幅広く分布した。また、上述のとおり、IC50(nM)値は、低値から高値まで広い範囲で分布し、被験者間に最大で100倍の違いがあり、1回目接種後においては、抗体価、IC50値ともに個人差の大きなことが判明した。図2(b)から明らかなとおり、2回目接種後採血検体においては、IC50値が低値に収斂し始めたが、一部の検体は高い値に留まっている。抗体価は、上昇傾向にはあるが、個人差が大きい状況である。図2(c)から明らかなとおり、3回目接種後3~4週間経過後に採血した検体において、IC50値の平均値は30.2±2.9nMと低値に収斂し高い抗体価が観察された。
[抗体の抗原結合親和性抗体価の算出]
 3回目接種後採血検体においては、IC50値の平均値は最も低くなり、抗体価は高値にまとまった。これまでの抗体価や抗原結合親和性(IC50)といったパラメーターに加え、新たなパラメーターとして、抗体の抗原結合親和性抗体価の算出を行うこととした。すなわち、SARS-CoV-2スパイクタンパク質1抗原タンパク質を用い、コロナウイルススパイクタンパク質1のRBD抗原に対する抗体の抗原結合親和性抗体価(抗体量×抗原結合親和性;[(BUg/mL)/IC50(ng)])を算出した。
[参考例3]
 図3(a)~(c)に示すグラフは、ファイザー社製のmRNAワクチンを合計3回接種した163名(検体群1)の1~3回目の各回の接種後採血検体について抗体量とIC50(nM)の逆数とを乗じた、抗体量(BUg/mL)をX軸に、抗原結合親和性抗体価[(BUg/mL)/IC50(ng)]をY軸に表し、各検体の抗体量(BUg/mL)をX軸に表し、各検体の抗原結合親和性抗体価と抗体量とをプロットしたグラフである。
 図3(a)から明らかなとおり、Yを目的変数、Xを説明変数として最小二乗法により回帰直線を算出することにより、高抗原結合親和性抗体の式(Y=0.0503X+1.293)と、低抗原結合親和性抗体の式(Y=0.0077X+0.722)と、初期抗原結合親和性抗体(Y=0.00079X+0.7)の式の三種類の式を得た。1回目接種後採血検体において、高い抗原結合親和性を示した検体は全体の34.4%で、低い抗原結合親和性を示した検体は全体の49.7%、初期抗原結合親和性を示した検体は16.0%であった。
 図3(b)から明らかなとおり、Yを目的変数、Xを説明変数として最小二乗法により回帰直線を算出することにより、高抗原結合親和性抗体の式(Y=0.0251X-5.772)と、低抗原結合親和性抗体の式(Y=0.0006X+0.9654)の式の二種類の式を得た。2回目接種後採血検体において、高い抗原結合親和性を示した検体は全体の 80.4%で、低い抗原結合親和性を示した検体は全体の19.6%であった。したがって、ワクチンの2回目の追加接種により抗原結合親和性(アフィニティ)の成熟が進んだことが示された。また、各検体における抗体価が増加しても、高抗原結合親和性、低抗原結合親和性の性質はそのまま維持される傾向があることが、それぞれの線上を抗体価の増加に伴って右に移動する様式で進展して行くことにより確認された。
 図3(c)から明らかなとおり、3回目接種後採血検体において、Yを目的変数、Xを説明変数として最小二乗法により回帰直線を算出することにより、高抗原結合親和性抗体の式(Y=0.033X-2.018)を得た。そして、高い抗原結合親和性を示した検体は100%となったことが確認され、アフィニティの成熟はピークに達した。抗原結合親和性の成熟の速さに個人差はあるものの、ワクチン接種を3回繰り返すことで、接種者全員が感染防御能の高い高抗原結合親和性抗体を取得できることが明らかになった。図3(a)~(c)には、ワクチンの1回目から3回目接種で観察された初期抗原結合親和性抗体価群、低抗原結合親和性抗体価群、高抗原結合親和性抗体価群の分布する回帰直線が示されている。
 なお、2回目接種後採血検体の検査結果が図3(b)に示されているが、図にはデータを示していないが、その後3回目接種までの6-8ヶ月間に抗体価の減少がみられた。しかし、一度高抗原結合親和性を示すIC50値にまで成熟した抗体では、抗体量が減少しても抗原結合親和性には変化がないことが確認された。
 上述のとおり、ワクチンの接種回数の増加に伴って、図3(a)に示す1回目接種後採血検体で確認された初期抗原結合親和性抗体価群、低抗原結合親和性抗体価群、高抗原結合親和性抗体価群の3群の抗体が、2回目接種後採血検体で低抗原結合親和性抗体価群、高抗原結合親和性抗体価群の2群の抗体となり、3回目接種後採血検体で高抗原結合親和性抗体価群のみの1群の抗体となった。各群の抗体が、どのように有力な評価基準として使用できるかについてさらに検討を進めた。
 3回目接種後採血検体すべてにおける抗体が、高抗原結合親和性抗体価群のみの1群となったことから、X軸の抗体価(BUg/mL)とY軸の抗原結合親和性抗体価[(BU g/mL)/IC50nM]とを対数表示(ln)による分布を示すことにより、高抗原結合親和性抗体価の確定的分布領域設定が可能と考えて、この回帰直線(Y=-3.126+0.9669X)と95%信頼区間から算出して、これを高抗原結合親和性抗体価の分布領域とし、その回帰直線と予測値の95%信頼区間を図4に示した。
 図5では、2回目接種後採血検体抗体価(BUg/mL)と抗原結合親和性抗体価(BUg/mL)/IC50(nM)の対数表示による分布を示すことにより、高抗原結合親和性群の回帰直線と低抗原結合親和性群の回帰直線とそれぞれの予測値の95%信頼区間を示した。2回目接種後採血検体の高抗原結合親和性群の回帰直線は、3回目接種後採血検体の高抗原結合親和性群の回帰直線と近似しており、高抗原結合親和性群では2回目から3回目へとほぼ同じ領域を抗体価の高い右側に移行していると推定された。一方、図4との比較において、ワクチン2回目接種者で高抗原結合親和性群と異なる群として初めて出現した群が、低抗原結合親和性抗体価群であるため、低抗原結合親和性抗体価群の領域定義に用いた。この群は最終的な高抗原結合親和性群への移行途上群であることから、95%信頼区間は幅広い。
 図6では、1回目接種後採血検体の抗体価(BUg/mL)と抗原結合親和性抗体価(BUg/mL)/IC50(nM)の対数表示による分布を示すことにより、高抗原結合親和性群(Y=-3.807+1.018X)と低抗原結合親和性群(Y=-6.231+1.08X)、初期抗原結合親和性群(Y=-6.37+0.849X)のそれぞれの回帰直線とその予測値の95%信頼区間を示した。ここで見られる高抗原結合親和性群の回帰直線は、2回目接種後採血検体、3回目接種後採血検体についての回帰直線と類似しており、高抗原結合親和性群は1回目接種から3回目接種に渡って抗体価の増加に伴って進んで行くと想定された。一方、図5との比較において、1回目接種後採血検体で低抗原結合親和性群と定義した群の回帰直線とその予測値の95%信頼区間に類似する領域が左側(抗体価の低い領域)への延長線に1回目接種後採血検体の低抗原結合親和性群の領域が位置していると推定した。さらに、高抗原結合親和性群、低抗原結合親和性群には当てはまらない新たな極低親和性の抗体群の存在が確認され、これを初期抗原結合親和性群と定義した。この領域は親和性成熟の移行期の初期段階と想定され、予測値の95%信頼区間も最も広い。
 図7は、3回目接種後採血検体から得られた高抗原結合親和性群、2回目接種後採血検体から得られた低抗原結合親和性群、1回目接種後採血検体から得られた初期抗原結合親和性群のそれぞれの抗体について、対数表示抗体価 ln(BUg/mL)と抗原結合親和性抗体価 ln(BUg/mL)/IC50(nM)をプロットしたグラフにおける回帰直線とその予測値の95%信頼区間を示す。
(検体の統計処理)
 1回目接種後採血検体(1post)、2回目接種後採血検体(2post)、3回目接種後採血検体(3post)について、それぞれ、SARS-CoV-2ウイルスS1タンパク質特異抗体の抗体価(BUg/mL)と、IC50(nM)値、そして新たに(BUg/mL)/IC50(nM)の単位で示される抗原親和性抗体価を解析することとした。データは、解析のため自然対数変換され、総乗のn乗根をとることによって得られる幾何平均値(GM)と幾何SD(GSD)により要約された。接種後採血検体における抗体価、IC50、抗原親和性抗体価についての幾何平均値(GM value)と幾何平均SD値(GM SD)の推移をまとめた結果を以下の表1に示す。データは、統計ソフトウェアSPSS for Windows(version 22)(IBM,New York,NY)を用いて解析した。
(抗体価の推移)
 1回目接種後採血検体に比べて、2回目接種後採血検体の抗体価の幾何平均値の増加率は約3.9倍であり、1回目接種後採血検体に比べて、3回目接種後採血検体の抗体価の幾何平均値増加率は約5倍であった。したがって、2回目の接種効果が特に大きいことがわかった。
(抗原結合親和性抗体価の推移)
 1回目接種後採血検体に比べて2回目接種後採血検体の抗原結合親和性抗体価の幾何平均値の増加率は約14.88倍であった。1回目接種後採血検体に比べて、3回目接種後採血検体の抗原結合親和性抗体価の幾何平均値の増加率は32倍であり、接種回数が多くなるに伴い増加率が大きくなった。したがって、抗原結合親和性抗体価[(BUg/mL)/IC50nM]を感染防御能や入院予防効果、又は感染重症化阻止能の指標として用いることが有用である可能性が提示された。
[実施例2]
[検体群2]
 SARS-CoV-2感染者の抗原特異的親和性抗体価調査は、2020年3月から2021年6月末までの期間にSARS-CoV-2感染が疑われ、PCR検査でSARS-CoV-2感染が確認されたワクチン未接種者であって、昭和大学病院、琉球大学病院、国立病院機構沖縄病院に入院した患者を調査対象とした。インフォームドコンセントのもとに承諾が得られた被験者の血清を検体として解析に用いた。したがって、これらの被験者は、全員COVID-19ワクチン未接種者である。
 上記昭和大学病院の内科、呼吸器・アレルギー内科、琉球大学感染症・呼吸器・消化器内科、国立病院機構沖縄病院呼吸器内科へのSARS-CoV-2感染入院患者で、入院時検体と退院時の検体(退院時の検体の無い場合は、発症から2-3週目の検体)のそろっている合計339例を調査対象とすることとした。入院時の検体と、2-3週目に退院した患者(被験者)の退院時の検体、及び発症から2-3週目の検体を採取した被験者について、4分類の重症度(非特許文献4)の結果を以下の表2に示す。
 重症度について4分類された患者(n=339)の入院時と退院時の抗ウイルス抗体価(抗体量)(BUg/mL)と、RBDに対する抗原結合親和性パラメーターのIC50(nM)値、抗原結合親和性抗体価[(BUg/mL)/IC50nM]の値を以下の表3に示す。
 上記表3に示すように、入院時から、大多数の患者が退院する発症から2-3週目までの期間中に感染者は抗体価(BUg/mL)、抗原結合親和性パラメーターのIC50(nM)値、抗原結合親和性抗体価[(BUg/mL)/IC50nM]は共に増加の傾向を示したが、前記表1に示す1回目ワクチン接種後採血検体における抗体価、IC50(nM)値、抗原結合親和性抗体価[(BUg/mL)/IC50nM]と比べて増加傾向は弱く、最も増加傾向が大きく感染防御能の増進した中等症IIの患者の退院時抗体価とIC50値が、検体群1における初回のワクチン接種後の値に近似していた。その他の軽症者、中等症I、重症者の発症から2-3週目の抗体価、IC50値、抗原結合親和性抗体価は、検体群1における初回のワクチン接種後の値に及ばなかった。
[ROC解析]
 より精密な解析を行うために、ROC解析を行った。日本におけるコロナウイルスオミクロン株出現以前で、コロナウイルス感染環境の大きく変化していない2020年3月から2021年10月末までの期間で、2021年2月~9月の間に3回のワクチンを接種し、コロナウイルス感染が発症しておらず、抗体産生が相当程度なされていると考えられる前記163名(検体群1=入院(-)群)の3回目接種後採血検体における数値を陰性(非入院者陰性)とし、上記とほぼ同じ時期の2020年3月から2021年6月末までの期間にSARS-CoV-2感染がPCR検査で確認されて入院した上記339名のいわゆる新型コロナウイルス罹患した患者(検体群2=入院(+)群)の入院時採血検体における数値を陽性として、抗体価(BUg/mL)、抗原結合親和性パラメーターのIC50(nM)値、抗原結合親和性抗体価[(BUg/mL)/IC50nM]の値についてそれぞれReceiver Operating Characteristic Curve(ROC曲線、JMPfromSAS解析)をGraphPad Prism Ver.5.4(GraphPad社)、JMP14(jmp.Statistical DiscoveryTM)を用いて解析を行い、抗原結合親和性抗体価、IC50値、抗体価について、それぞれの入院を必要としないカットオフ値を算出した。
 上記ROC解析の結果、図8に示すとおり、抗体価(BUg/mL)のカットオフ値は、2421.0(BUg/mL)(7.8ln(BUg/mL))と計算され、AUC: 0.975、感度:0.959、特異度:1.0であった(図8(a))。さらにIC50(nM)のカットオフ値は、40.6nMで、AUC:0.987、感度:0.959、特異度:0.994であった(図8(b))。抗原結合親和性抗体価[(BUg/mL)/IC50nM]のカットオフ値は、74.4[(BUg/m L)/IC50(nM)]4.3ln[(BUg/mL)/IC50nM]と計算され、曲線下面積(AUC)は0.980、感度:0.974、特異度:1.0であった(図8(c))。
 図9に、上記SARS-CoV-2感染者(検体群2)の入院時採血検体について、X軸に抗体価[ln(BUg/mL)]でY軸に抗原結合親和性抗体価[ln(BUg/m L)/IC50(nM)]で表したグラフにプロットし、さらに上記ROCで得られた抗体価のカットオフ値(7.8ln(BUg/mL))をY軸と平行に、抗原結合親和性抗体価のカットオフ値(4.3ln[(BUg/mL)/IC50(nM)])をX軸と平行に記載したグラフを作製した。さらに、図7において作成したワクチン接種後採血検体の抗体価と抗原結合親和性抗体価の対数表示による分布を示すグラフにおいて、高抗原結合親和性群と低抗原結合親和性群、初期抗原結合親和性群の回帰直線とその予測値の95%信頼区間を重ね、検体群2の入院時採血検体について、入院時に重症度分類した患者を軽症(△)、中等症I(■)、中等症II(□)、重症(×)に分類して表記した。
 図9から明らかなとおり、入院時採血検体については、9名のみが、図7における高抗原結合親和性群が属する区画にプロットされたが、残りの330名(97.35%:330/339×100)が上記ROC解析によるカットオフ値74.4[(BUg/mL)/IC50nM]以下、及び/又は、4.3ln[(BUg/mL)/IC50nM]以下を示した。
 図10に、上記検体群2の退院時を含む発症2-3週後の採血検体について、X軸に抗体価[ln(BUg/mL)]でY軸に抗原結合親和性抗体価[ln(BUg/mL)/IC50(nM)]で表したグラフにプロットし、さらに上記ROCで得られた抗体価のカットオフ値をY軸と平行に、抗原結合親和性抗体価のカットオフ値をX軸と平行に記載したグラフを作製した。さらに、図7において作成したワクチン接種後採血検体の抗体価と抗原結合親和性抗体価の対数表示による分布を示すグラフにおいて、高抗原結合親和性群と低抗原結合親和性群、初期抗原結合親和性群の回帰直線とその予測値の95%信頼区間を重ね、検体群2の退院時採血検体について、退院時に重症度分類した患者を軽症(△)、中等症I(■)、中等症II(□)、重症(×)に分類して表記した。
 図10から明らかなとおり、退院時において、27名(8.0%)のみが、図7における高抗原結合親和性群が属する区画にプロットされたが、残りの92.0%は高抗原結合親和性群以外が属する区画にプロットされた。このように、入院期間内の患者の感染防御能は、抗体価、抗原親和性抗体価において、再感染防御を示唆する区画にまでの増加は認められなかった。しかし入院期間中に低抗原結合親和性群、初期抗原結合親和性群の区画にプロットされている症例が増加していることから、感染防御能の獲得に向けて進んでいることは確認された。
 以上のとおり、SARS-CoV-2感染者は、入院期間を経ても、再感染防御能を有する程度の抗原結合親和性の高い抗体をほとんど獲得していないことが確認され、ワクチン接種が推奨されることが確認できた。
 SARS-CoV-2ウイルスレセプター(ACE2)を発現しているhuman ACE2 293T細胞とLenti-X 293T細胞を用いて、Zhang S, Gao C, Das T, Luo S, Tang H, Yao X, et al., J Immunol Methods. 2022; 503:113244に記載されている疑似ウイルスを用いる方法に従い、Lenti-XTM SARS-CoV-2 Pachaging Single Shotsキット(D614G Spike,Truncated)(Takara Bio Inc,Japan)を使用して、SARS-CoV-2ウイルスの感染機序を保ちながら、ヒト細胞内で感染性ウイルスを産生しない疑似Lentiウイルスを作成して試験を実施した。ウイルスの細胞への感染測定は、Lenti-X GoStix Plus(タカラバイオ社製)のキットを用い、図11のY軸に示すとおり、感染細胞を染色して感染細胞数を測定した。図11のX軸に示すIC50(nM)は、図2の測定時のIC50(nM)と同じである。
 図11に示すように、低値のIC50(nM)値(高抗原結合親和性)を示す検体では、感染細胞数は0-10%の低値を示し、高値のIC50(nM)値(初期、低抗原結合親和性)を示す検体では、感染細胞数は50-90%の高値を示した。このように両者の測定値には高い相関(r=0.811)があることを確認した。このことから、IC50(nM)を用いたパラメーターの抗原結合親和性抗体価の総和値、ABATは、感染防御能の総和値として使用できることが示された。これによりRBDに対する抗ウイルス抗体のIC50(nM)が感染防御能を示している明確な根拠が示された。

Claims (6)

  1. 対象由来の試料中のコロナウイルスの抗原タンパク質に対する抗体の、抗体価(BUg/mL)と、抗原結合親和性抗体価(抗体価(BUg/mL)/IC50(nM))とを指標として、以下に示すコロナウイルス感染症の(1)~(5)の評価項目の1又は2以上の情報を提供する方法。
    (1)コロナウイルス感染症用ワクチン接種の必要性の判定
    (2)感染で重症化するハイリスク者の同定
    (3)コロナウイルス感染症罹患者の予後予測 
    (4)コロナウイルス感染症の集団免疫の達成度の評価
    (5)コロナウイルス感染症用ワクチンの有効性の評価
  2. 抗体がIgG抗体であることを特徴とする請求項1記載の方法。
  3. 指標が、コロナウイルス抗原タンパク質に対する抗体の抗体価に基づくROC解析により決定されたカットオフ値と、抗体のコロナウイルス抗原タンパク質に対する抗原結合親和性抗体価に基づくROC解析により決定されたカットオフ値とに基づき作成されることを特徴とする請求項1又は2記載の方法。
  4. コロナウイルスが、SARS-CoV-2であることを特徴とする請求項1又は2記載の方法。
  5. コロナウイルスの抗原タンパク質がSARS-CoV-2スパイクタンパク質であることを特徴とする請求項4記載の方法。
  6. 抗体の結合部位が、SARS-CoV-2スパイクタンパク質の受容体結合部位であることを特徴とする請求項5記載の方法。
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