WO2023083704A1 - Vorrichtung und verfahren zur durchführung mikrofluidischer prozessschritte - Google Patents
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Definitions
- the present invention relates to a microfluidic device, a method for operating the same, and a cartridge comprising the microfluidic device according to the preamble of the independent claims.
- DE 102017204195 A1 discloses a method for processing viruses and bacteria in a sample using a microfluidic device.
- the sample is flushed over a retaining element, with the viruses and bacteria from the sample being fixed on the retaining element and being detached from it again in subsequent steps.
- the DE 102018111834 A1 relates to a microfluidic device and a method for using the same for separating, purifying and concentrating components of fluidic media and in particular blood samples.
- the microfluidic device includes a porous functional element and a microfluidic channel system.
- DE 102011005932 A1 discloses a microfluidic system with a filter chamber with an adjustable ventilation channel and a method for filtering liquids.
- the filter chamber has an inlet channel, a filter and an outlet channel.
- WO 00/06702 A1 describes a method and a kit for isolating cancer cells from a body fluid using a sieve or membrane filter.
- the liquid is passed through the sieve, which retains the cancer cells because of their size.
- the isolated cells can then be examined after filtration and used further.
- the separation and identification of various sample components such as cells or cell agglomerates from suitable liquids and their cultivation are important steps for the research, diagnosis and treatment of diseases such as tumor diseases.
- microfluidics offers advantages such as smaller sample volumes and reagents required, shorter analysis times and analysis processes running in parallel.
- tumor organoids are used, for example, to research tumor diseases.
- One possibility for the production of tumor organoids is the removal of individual cells or tissue fragments from the primary tumor of a cancer patient and their subsequent cultivation. Here, a differentiation and multiplication of these cells or tissue fragments takes place, which finally self-organize into three-dimensional structures.
- the resulting tumor organoids are thus 3D cell agglomerates, which have a similar composition and architecture to the patient's primary tumor tissue.
- the conditions in vivo can be well represented by means of tumor organoids.
- the main process steps here are the cultivation of the removed cells or tissue fragments from the primary material and the subsequent expansion of the resulting tumor organoids. Upon expansion, the tumor organoids are enzymatically and/or mechanically dissociated into multicellular fragments or single cells.
- the present invention addresses processes for the expansion of cell agglomerates, such as tumor organoids, which are to be regarded as very critical for a microfluidic implementation, and describes a technical solution for the microfluidic implementation of the separation steps, washing steps and exchange processes of liquids relevant for the expansion of the cell agglomerates .
- a microfluidic device with a retaining element in particular with a microfilter and/or a microsieve with pores, and a method for operating the same with the characterizing features of the independent patent claims are provided.
- the microfluidic device comprises at least four microfluidic channels, each with a fluidic connection, with a first microfluidic channel and a second microfluidic channel forming a first channel system which passes through the retaining element and with a third microfluidic channel and a fourth microfluidic Form a channel, in particular fluidly connected to the first channel system, second channel system, which leads along a first side of the retaining element.
- the microfluidic device according to the invention is used to select a size with regard to a desired minimum size of the retained sample components. Sample components with a diameter smaller than the pore diameter of the retaining element can thus be separated in a targeted manner.
- a redetachment of the sample components that have accumulated on the surface of the retaining element can be made more difficult by the fact that the sample components partially protrude into the pores of the retaining element and become lodged in the pores.
- microfluidic device it allows an improved flow-induced detachment of, in particular living, components of a sample that have accumulated on the surface of the retaining element.
- a fluidic flow can be generated in the second channel system between the third fluidic connection and the fourth fluidic connection along the first side of the retaining element. This flow parallel to the surface of the first side of the retaining element acts on the sample components stuck in the pores of the retaining element and loosens their connection with the retaining element. In this way, a detachment process induced by a flow between the second fluidic connection and the first fluidic connection through the retaining element can also be supported and improved.
- the device according to the invention offers advantages in particular when transferring, in particular living, sample components from a first medium to a second medium.
- the detachment process takes place faster and more reliably in comparison to devices without a corresponding second channel system, through which a flow can be generated parallel to the surface of the first side of the retaining element. Separation steps, washing steps and exchange processes of liquids are therefore simpler, more reliable and faster to implement compared to conventional microfluidic approaches.
- Another advantage of a quick and reliable detachment process is that less buffer and reagents are required and consumed, since the time it takes for the retained sample components to detach is shorter.
- sample components in particular those that are living, remain viable and can be cultivated.
- the device according to the invention also makes it possible to automate process steps, in particular separation and dissociation steps, which are required, for example, in the expansion of tumor organoids or other organoid types.
- automating process steps their standardization is possible, which offers great advantages in particular for clinical and industrial applications, for example in the field of drug testing and personalized medicine.
- sample can be understood to mean any type of liquid with, in particular living, sample components.
- body fluids in particular blood, lymph, saliva or urine, or liquid mixtures of substances, in particular culture media, buffer solutions or suspensions.
- dissociation is understood to mean a particularly induced dissolution of connections between cells in a cell agglomerate and the resulting division of the cell agglomerate into multicellular fragments or individual cells. Further advantageous embodiments of the microfluidic device emerge from the dependent claims.
- the pores of the retaining element have a pore diameter of 50-1000 ⁇ m, preferably 75-500 ⁇ m. Pore diameters of this type are particularly advantageous, for example, for the retention of, in particular living, sample components such as cell agglomerates, in particular tumor organoids, on the retaining element. The passage of cell agglomerates with a diameter larger than the diameter of the pores of the retaining element is prevented. Cell agglomerates, fragments or cells with a diameter smaller than the diameter of the pores of the retaining element can pass through it. In this way, size selection is achieved, with only cell agglomerates with the desired minimum size being obtained, which is advantageous for subsequent process steps.
- the pores of the retaining element can have a different pore diameter adapted to the respective application.
- the retaining element comprises a metal, in particular gold, copper, stainless steel, titanium, molybdenum and/or aluminum.
- metals are their robustness and high resilience, as well as the ability to produce different pore diameters or pore shapes.
- Gold is advantageously characterized by its high corrosion stability and biocompatibility.
- Aluminum also offers the advantage of being light, inexpensive and available in large quantities. Copper and stainless steel are advantageous in terms of their corrosion resistance, which means, among other things, a long service life. In addition, copper is easy to process and malleable even at low temperatures.
- the retaining element advantageously comprises silicon, a plastic, a ceramic and/or a composite material.
- the retaining element has an area of 1-500 mm 2 , and preferably 3-100 mm 2 , that can be exposed to a sample.
- the thickness of the retaining element comprises 0.5-20 ⁇ m, and preferably 1-15 ⁇ m.
- the advantage here is that with such a selected thickness of the retaining element, the sample components settle less deeply in the pores of the retaining element and can be removed from the retaining element more easily.
- the retaining element can be integrated into the microfluidic device by means of gluing, overmolding or laser welding.
- gluing is that this can be done quickly and thus saves time and the sealing function of the adhesive can also be used.
- the advantage of laser welding is that due to the low heat influence during laser welding and a precise energy input, there are hardly any structural changes in the material, which means that the connection is very stable.
- the advantage of overmoulding is that the retaining element can be integrated at the same time as the injection molding of the microfluidic device or components thereof, and no additional process step is required.
- microfluidic channels have dimensions of 100-1000 ⁇ m, and preferably 300-600 ⁇ m.
- dimension is understood to mean the height and/or width of the microfluidic channels.
- microfluidic channels are suitable for realizing advantageous flow conditions within the microfluidic device, in particular with regard to the control of the occurring shear forces that act on the sample components, an optimal fluidic transport of the sample components in the microfluidic channels, a flow over the entire surface of the Retaining element and an optimal fluidic detachment of sample components from the retaining element.
- the microfluidic channels comprise a polymer, in particular a polycarbonate (PC), a polypropylene (PP), a polyethylene (PE), a cycloolefin polymer (COP), a cycloolefin copolymer COC), polymethyl methacrylate (PMMA) and/or polydimethylsiloxane (PDMS) with a wall thickness of 0.6 - 30 mm, and preferably 1 - 10 mm.
- PC polycarbonate
- PP polypropylene
- PE polyethylene
- COP cycloolefin polymer
- COC cycloolefin copolymer
- PMMA polymethyl methacrylate
- PDMS polydimethylsiloxane
- polyolefins are robust and flexible at the same time and have high mechanical and chemical stability.
- PP for example, has high toughness, low water absorption and water vapor permeability, as well as high resistance to chemicals and is also easy to process and inexpensive.
- PE has low water absorption, is chemically stable, easy to process and inexpensive.
- COC has a very high optical transparency and is chemically inert and biocompatible.
- microfluidic channels can be closed, in particular by means of a valve and/or by means of a deformation of the microfluidic channel.
- microfluidic channels can be closed and opened individually, so that the flow through the microfluidic channels can be defined individually. In this way, different options for the flow of a sample through the microfluidic channels can be easily implemented.
- the valve is arranged inside the microfluidic device, in particular between two fluidic connections, which serve as inlet and outlet. In an alternative embodiment, the valve is arranged outside of the microfluidic device.
- At least one of the microfluidic channels of the microfluidic device can be closed by means of a deformation.
- a deformation can be understood, for example, as a change, in particular a reduction, in the channel cross section.
- the microfluidic channel can be pressed shut, for example within the microfluidic device, in particular by means of a movable plunger.
- the subject of the invention is also a method for the microfluidic transfer of, in particular living, sample components from a first medium into a second medium using the microfluidic device according to the invention with the following steps: a) supplying a first medium with sample components of a sample via the first fluidic connection as b) Fluidic conveying of the first medium through the retaining element via the first channel system from a first side of the retaining element to a second side of the retaining element, wherein the sample components with a diameter greater than the pore diameter of the retaining element are retained.
- Sample components with a diameter smaller than the pore diameter of the retaining element can pass through it.
- Such a method offers the advantage of a simplified and improved transfer of, in particular, living sample components from a first medium to a second medium in a microfluidic system.
- Such a microfluidic method allows an improved flow-induced detachment of, in particular living, components of a sample that have accumulated on the surface of the retaining element.
- a fluidic flow is generated in the second channel system between the third fluidic connection and the fourth fluidic connection along the first side of the retaining element. This flow parallel to the surface of the first side of the retaining element acts on the sample components stuck in the pores of the retaining element and breaks their connection with the retaining element.
- a detachment process can also be carried out induced by a flow between the second fluidic connection and the first fluidic connection can be supported and improved by the retaining element.
- the detachment process takes place faster and more reliably compared to methods without a corresponding second channel system, which generates a flow parallel to the surface of the first side of the retaining element. Separation steps, washing steps and exchange processes of liquids are therefore simpler, more reliable and faster to implement compared to conventional microfluidic approaches.
- Another advantage of a quick and reliable detachment process is that less buffer and reagents are required and consumed, since the time it takes for the retained sample components to detach is shorter.
- sample components remain viable and culturable by means of the proposed method and can be further processed by means of the microfluidic device.
- the method according to the invention makes it possible to automate process steps, in particular separation and dissociation steps, which are required, for example, in the expansion of tumor organoids or other organoid types.
- automating process steps their standardization is possible, which offers great advantages in particular for clinical and industrial applications, for example in the field of drug testing and personalized medicine.
- step d) the second medium is supplied via the third or fourth fluidic connection at the same time as the second medium is supplied via the second fluidic connection.
- step e) the fluidic conveying of the second medium via the second channel system along the first side of the retaining element takes place at the same time as the fluidic conveying of the second medium via the second microfluidic channel through the retaining element from a second side of the retaining element to a first side of the retaining element. It is advantageous here that the second medium is supplied and/or conveyed through the second channel system at the same time as the second medium is supplied and/or conveyed via the second microfluidic channel or via the first channel system.
- step d) the second medium is supplied via the third or fourth fluidic connection with a time delay in relation to the supply of the second medium via the second fluidic connection.
- step e) the fluidic conveyance of the second medium via the second channel system along the first side of the retaining element takes place at a later time than the fluidic conveyance of the second medium via the second microfluidic channel through the retaining element from a second side of the retaining element to a first side of the retaining element.
- a redetachment of the sample components collected on the surface of the retaining element is improved.
- the force of the fluidic flow in the second channel system along the surface of the first side of the retaining element and the force of the fluidic flow in the first channel system between the second fluidic connection and the first fluidic connection through the retaining element act at different times on the sample components stuck in the pores of the retaining element a.
- a force from below and a lateral force from the right and/or left act on the stuck sample components one after the other, causing the sample components to be loosened more and more until they finally detach from the retaining element.
- the detachment process is therefore simple, quick and reliable.
- washing steps take place simultaneously with step c) and/or after step c): c') supplying a buffer solution or a first medium without sample components via the first fluidic connection and/or via the third or fourth fluidic connection as inlet c ") Fluidic conveyance of the buffer solution or the first medium without sample components via the first channel system through the
- washing steps can be integrated into the microfluidic system and can therefore be carried out automatically and do not have to be carried out manually.
- step c) the following steps take place simultaneously with step c) and/or after step c) or after step c"): c'") Supplying an enzyme solution for dissociating the retained sample components and/or a lysis buffer for lysing the retained sample components and/or a staining reagent for staining the retained sample components via the first fluidic port as inlet and/or via the third or fourth fluidic port as inlet. c"") Fluidic conveyance of the enzyme solution and/or the lysis buffer and/or the staining reagent through the retaining element via the first channel system from a first side of the retaining element to a second side of the retaining element and/or via the second channel system along the first side of the retaining element .
- an enzyme solution for example, is used for the enzymatic dissociation of cell agglomerates, in particular tumor organoids or other organoids.
- a lysis buffer for lysis of retained sample components in particular the cells or cell agglomerates, is that they can be lysed directly on the retaining element for a subsequent molecular analysis, which saves working time and additional work steps. It is also advantageous that method steps for the lysis can be integrated into the microfluidic system and can be carried out automatically.
- the advantage of supplying and fluidically conveying a staining reagent for staining the retained sample components is that in this way additional analysis steps, such as immunocytochemical staining steps, can be integrated into the microfluidic system and carried out automatically.
- additional analysis steps such as immunocytochemical staining steps
- sequential staining methods and washing steps can also be carried out, such as dead/live staining or staining of surface proteins, such as the surface protein EpCAM (epithelial cell adhesion molecule).
- the microfluidic device can also be sequentially supplied and conveyed by several media with in particular living sample components, in particular suspensions with cell agglomerates such as tumor organoids.
- the sample components with a diameter greater than the pore diameter of the retaining element are then retained by the retaining element and transferred together into a second medium using the method described according to the invention or accumulated on the retaining element for subsequent analysis.
- step f) is followed by the following rinsing step: g) flushing through at least two of the microfluidic channels with a rinsing agent, so that the rinsing agent is guided through the retaining element and/or along the first side of the retaining element.
- the flow rate of the media guided through the microfluidic channels is between 0.01 pl/s and 200 pl/s, and preferably between 0.2 pl/s and 5 pl/s, and the flow rate is constant or varying , especially pulsating.
- Such a flow rate is set sufficiently high to detach the sample components retained by the retaining element.
- the detachment process can be further supported and optimized by varying the flow rate. It is particularly advantageous to choose a pulsating flow rate or to generate a single or multiple flow or pressure pulse. In this way, sample components stuck in the pores of the retaining element are detached particularly efficiently.
- a further advantageous embodiment provides in step e) to temporarily change the conveying direction of the second medium by successively conveying the second medium forwards and backwards.
- the media, buffers and reagents are supplied and removed and/or the media, buffers and reagents are conveyed fluidly by at least one microfluidic pump unit.
- the microfluidic pump unit can be, for example, at least one pressure-operated elastomer membrane pump.
- the components of the elastomer diaphragm pump are, for example, thermoplastic elastomers (TPE) such as polyurethane (TPU) or styrene block copolymer (TPS).
- TPE thermoplastic elastomers
- TPU polyurethane
- TPS styrene block copolymer
- the thickness of the polymer membrane can be 50 ⁇ m to 500 ⁇ m, and preferably 80 ⁇ m to 300 ⁇ m, and particularly preferably 100 ⁇ m.
- microfluidic pump unit The advantage of a microfluidic pump unit is that the complex and expensive fluidic connection of the microfluidic device to an external pump is no longer necessary. In this way, the fluidic supply, discharge and conveying processes can be implemented simply and easily, and the microfluidic device can be space-saving and portable and run on mobile. Furthermore, the at least one microfluidic pump unit can be designed and operated in a suitable functional manner for the fluidic processes and sequences to be implemented.
- a volume flow is generated by a pump chamber with an inlet and outlet valve and/or by at least three active pump elements, which are activated in a peristaltic sequence.
- the flow rate is set here by the size of the active pump elements, the membrane properties and the control frequency. Furthermore, several pump units can be integrated in the direction of different fluidic connections or the volume flow is adjusted by suitably placed valves.
- a syringe pump or a peristaltic pump can also be used, for example.
- the microfluidic pump unit can be arranged outside of the microfluidic device.
- the microfluidic pump unit is then configured as a module, for example, which forms a further microfluidic device.
- the sample components, in particular living ones are cells or cell agglomerates, in particular tumor organoids.
- the sample components, in particular living ones are cells or cell agglomerates enclosed by a gel structure, in particular tumor organoids.
- the sample components are tumor fragments, nucleic acids, proteins and/or beads (microspheres).
- Such beads have, for example, a carrier function and can be used in particular for magnetic separation.
- their surface can be functionalized, for example, in particular with antibodies.
- the advantage of using living sample components such as cells or cells in a composite such as cell agglomerates, in particular tumor organoids, is that the viability of these is well preserved and further cultivation and process steps are therefore possible.
- the gel structure may be an extracellular matrix such as a hydrogel.
- the relevant properties of the retaining element can be adapted and designed for the sample components to be retained, for example cells or cell agglomerates.
- the retaining element is chosen appropriately with regard to the pore diameter, porosity, pore shape, filter area, filter thickness and filter material.
- the subject matter of the invention is also a cartridge, in particular a microfluidic cartridge, as described for example in DE102016222072A1 or DE102016222075A1, comprising the microfluidic device according to the invention.
- FIG. 2 the schematic representation of a top view of the microfluidic device according to the invention according to FIG. 1, and
- Fig. 3 the schematic representation of a cross section through a cartridge according to the invention in a side view comprising a microfluidic device according to Figures 1 and 2.
- FIG. 1 shows a microfluidic device 10 according to the invention with a retaining element 7 and four microfluidic channels 1, 2, 3, 4.
- the retaining element 7 is in particular a microfilter and/or a microsieve with pores.
- the pores of the retaining element 7 have, for example, a pore diameter of 50-1000 ⁇ m, and preferably 75-500 ⁇ m.
- the retaining element 7 comprises, for example, a metal, in particular gold, copper, stainless steel, titanium, molybdenum and/or Aluminum.
- the retaining element 7 comprises, for example, silicon, a plastic, a ceramic and/or a composite material.
- the retaining element 7 has, for example, an area of 1-500 mm 2 that can be exposed to a sample.
- the retaining element 7 has, for example, a thickness of 0.5-20 ⁇ m, and preferably 1-15 ⁇ m.
- the retaining element 7 can be integrated into the microfluidic device 10 by means of gluing, overmolding or laser welding, for example.
- the microfluidic device 10 comprises a first microfluidic channel 1 with a first fluidic connection la, a second microfluidic channel 2 with a second fluidic connection 2a, a third microfluidic channel 3 with a third fluidic connection 3a and a fourth microfluidic channel 4 with a fourth fluidic Connection 4a.
- the retaining element 7 has a first side 7a, which faces the first microfluidic channel 1, and a second side 7b, which faces the second microfluidic channel.
- the first microfluidic channel 1 and the second microfluidic channel 2 form a first channel system, which leads through the retaining element 7 .
- the third microfluidic channel 3 and the fourth microfluidic channel 4 form a second channel system, in particular fluidically connected to the first channel system, which runs along a first side 7a of the retaining element 7 .
- the microfluidic channels 1, 2, 3, 4 include, for example, dimensions of 100-1000 ⁇ m, and preferably 300-600 ⁇ m.
- the microfluidic channels 1, 2, 3, 4 include, for example, a polymer, in particular a polycarbonate (PC), a polypropylene (PP), a polyethylene (PE), a cycloolefin polymer (COP), a cycloolefin copolymer COC), Polymethyl methacrylate (PMMA) and/or polydimethylsiloxane (PDMS) with a wall thickness of 0.6 - 30 mm, and preferably 1 - 10 mm.
- a polymer in particular a polycarbonate (PC), a polypropylene (PP), a polyethylene (PE), a cycloolefin polymer (COP), a cycloolefin copolymer COC), Polymethyl methacrylate (PMMA) and/or polydimethylsiloxane (PDMS) with a wall thickness of 0.6 - 30 mm, and preferably 1 - 10 mm.
- the channel systems form a cavity above the first side 7a of the retaining element 7 and/or below the second side 7b of the retaining element 7.
- At least one of the microfluidic channels 1, 2, 3, 4 can be closed, in particular by means of a valve and/or by means of a deformation of the microfluidic channel 1, 2, 3, 4.
- this is Valve arranged, for example, within the microfluidic device 10, in particular in the immediate vicinity of the retaining element 7.
- the valve is arranged outside of the microfluidic device 10 .
- at least one of the microfluidic channels 1, 2, 3, 4 of the microfluidic device 10 can be closed by means of a deformation.
- the microfluidic channel 1, 2, 3, 4 can be pressed shut, for example within the microfluidic device 10, in particular by means of a movable plunger.
- the plunger can be actuated, for example, piezoelectrically, pneumatically or hydraulically.
- a motor-driven ram can also be used.
- microfluidic device 10 is designed to carry out a method for the microfluidic transfer of, in particular living, sample components from a first medium to a second medium.
- the tumor organoids are suspended in a first liquid medium.
- the first medium is fed to the microfluidic device 10 via a first fluidic connection 1a, which serves as an inlet here, and conveyed fluidly through the retaining element 7 via the first channel system from a first side 7a of the retaining element 7 to a second side 7b of the retaining element 7.
- Tumor organoids with a larger diameter than the pore diameter of the retaining element 7 are retained by it on the first side 7a of the retaining element 7 .
- Tumor organoids with a smaller diameter than the pore diameter of the retaining element 7 and other sample components located in the first medium, such as cells or fragments, with a smaller diameter than the pore diameter of the retaining element 7 can pass through it.
- the first medium without the tumor organoids retained by the retaining element 7 is discharged via a second fluidic connection 2a, which serves as an outlet here.
- the first medium is fed to the microfluidic device 10 via the third fluidic connection 3a or via the fourth fluidic connection 4a, which each serve as an inlet here, and fluidly through the retaining element 7 from a first side 7a of the retaining element 7 to a second side 7b of the retaining element 7 and discharged accordingly via the second fluidic connection 2a, which serves as an outlet here.
- An optional washing step occurs simultaneously with the removal of the first medium or after the step of removing the first medium.
- a buffer solution or the first medium without tumor organoids via the first fluid connection la as Inlet supplied and conveyed fluidly via the first channel system through the retaining element 7 from a first side 7a of the retaining element 7 to a second side 7b of the retaining element 7 and discharged via the second fluidic connection 2a, which serves as an outlet here.
- a buffer solution or the first medium without tumor organoids is fed in via the third 3a or via the fourth fluidic connection 4a as an inlet and conveyed fluidly via the second channel system along the first side 7a of the retaining element 7 and via the fourth fluidic connection 4a or via the third fluidic connection 3a, which serves as an outlet here.
- the buffer solution supplied via the third 3a or via the fourth fluidic connection 4a or the first medium without tumor organoids can also be removed via the second fluidic connection 2a, which serves as an outlet here.
- a second medium, into which the tumor organoids retained on the retaining element 7 are to be transferred or suspended, is supplied via the second fluidic connection 2a, which serves as an inlet here, and the second medium is conveyed via the second microfluidic channel 2 through the retaining element 7 from a second side 7b of the retaining element 7 to a first side 7a of the retaining element 7 until all or as many tumor organoids as possible have detached from the retaining element 7 and have thus passed into the second medium.
- the second medium with the tumor organoids is then discharged via the first fluidic connection 1a, which serves as an outlet here.
- the second medium with the tumor organoids is discharged via the third fluidic connection 3a or via the fourth fluidic connection 4a or via a combination of the fluidic connections 1a, 3a, 4a, which serve as an outlet here.
- the retained tumor organoids are detached from the first side 7a of the retaining element 7 and merge into the second medium.
- the second medium with the tumor organoids is then discharged via the third fluidic connection 3a or via the fourth fluidic connection 4a, which serve as an outlet here.
- the supply of the second medium via the third 3a or fourth fluidic connection 4a takes place, for example, at the same time as the supply of the second medium via the second fluidic connection 2a and/or the fluidic conveyance of the second medium via the second channel system takes place at the same time as the fluidic conveyance of the second medium via the first canal system.
- the second medium supplied to the second fluidic connection 2a can also be guided through the retaining element 7 and discharged again via the third 3a or fourth fluidic connection 4a.
- the second medium is supplied via the third fluidic connection 3a or fourth fluidic connection 4a with a time delay in relation to the supplying of the second medium via the second fluidic connection 2a and/or the fluidic delivery of the second medium via the second channel system takes place with a time delay in relation to the fluidic delivery of the second medium the first canal system.
- the second medium supplied to the second fluidic connection 2a can also be guided through the retaining element 7 and discharged again via the third 3a or fourth fluidic connection 4a.
- tumor organoids with a desired minimum diameter are transferred from the first to the second medium.
- the detachment of the tumor organoids from the retaining element 7 is supported and improved by the transverse flow in the second channel system between the third fluidic connection 3a and the fourth fluidic connection 4a.
- an enzyme solution is added to dissociate the retained tumor organoids and/or a lysis buffer to lyse the retained tumor -Organoids and/or a staining reagent for staining the retained tumor organoids via the first fluidic connection la as an inlet and/or via the third 3a or fourth fluidic connection 4a as an inlet and the fluidic conveying of the enzyme solution and/or the lysis buffer and/or the staining reagent through the retention element 7 via the first channel system from a first side 7a of the retention element 7 to a second side 7b of the retention element 7 and/or via the second channel system along the first side 7a of the retention element 7 or via other combinations of the microfluidic channels 1, 2, 3, 4.
- the enzyme solution and/or the lysis buffer and/or the staining reagent are finally removed via the second fluidic connection 2a and/or via the third 3a or fourth fluidic connection 4a.
- a rinsing step to clean the microfluidic device 10.
- at least two microfluidic channels 1, 2, 3, 4 are rinsed with a rinsing agent, so that the rinsing agent flows through the retaining element 7 and/or along the first side 7a of the retaining element 7 is guided.
- the flow rate of the media, buffers and reagents guided through the microfluidic channels 1, 2, 3, 4 is between 0.01 pl/s and 200 pl/s, for example, and preferably between 0.2 pl/s and 5 pl/s. In this case, the flow rate is constant or varying, in particular pulsating.
- the flow between the fluid connections 1a, 2a, 3a, 4a can also be modulated, for example, by temporarily changing the conveying direction of the second medium by successively conveying the second medium forwards and backwards.
- a combined modulation of the flows between the first 1a, the second 2a, the third 3a and the fourth fluidic connection 4a is also possible.
- the media, buffers and reagents are supplied and removed and/or the media, buffers and reagents are conveyed fluidly, for example, by at least one microfluidic pump unit and in particular by at least one pressure-operated elastomer membrane pump.
- a volume flow is generated, for example, by a pump chamber with an inlet and outlet valve and/or by at least three active pump elements, which are activated in a peristaltic sequence.
- FIG. 2 shows a plan view of the microfluidic device 10 according to the invention as shown in FIG. 1 with an advantageous arrangement of the microfluidic channels 1, 2, 3, 4.
- the first channel system is formed by the first microfluidic channel 1 and the second microfluidic channel 2 .
- the second microfluidic channel 2 runs in an offset plane in the same direction as the first microfluidic channel 1.
- the second channel system is formed by the third microfluidic channel 3 and the fourth microfluidic channel 4, and runs in a direction offset by 90° to the first channel system.
- the fourth microfluidic channel 4 runs in the same direction as the third microfluidic channel 3.
- FIG. 3 shows a cross section through a cartridge 100 according to the invention, in particular a microfluidic cartridge, which includes a microfluidic device 10 according to FIG.
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Abstract
Es wird eine Mikrofluidische Vorrichtung (10) beschrieben, umfassend ein Rückhalteelement (7), insbesondere einen Mikrofilter und/oder ein Mikrosieb mit Poren, wobei die mikrofluidische Vorrichtung (10) zumindest vier mikrofluidische Kanäle (1, 2, 3, 4) mit je einem fluidischen Anschluss (1a, 2a, 3a, 4a) umfasst, wobei der erste mikrofluidische Kanal (1) und der zweite mikrofluidische Kanal (2) ein erstes Kanalsystem bilden, welches durch das Rückhalteelement (7) hindurchführt und wobei der dritte mikrofluidische Kanal (3) und der vierte mikrofluidische Kanal (4) ein, insbesondere fluidisch mit dem ersten Kanalsystem verbundenes, zweites Kanalsystem bilden, welches entlang einer ersten Seite (7a) des Rückhalteelements (7) führt.
Description
Beschreibung
Titel
Vorrichtung und Verfahren zur Durchführung mikrofluidischer Prozessschritte
Die vorliegende Erfindung bezieht sich auf eine mikrofluidische Vorrichtung, ein Verfahren zum Betrieb derselben sowie auf eine die mikrofluidische Vorrichtung umfassende Kartusche nach dem Oberbegriff der unabhängigen Ansprüche.
Stand der Technik
Die DE 102017204195 Al offenbart ein Verfahren zur Prozessierung von Viren und Bakterien einer Probe mit einer mikrofluidischen Vorrichtung. Hierbei wird die Probe über ein Rückhalteelement gespült, wobei die Viren und Bakterien aus der Probe auf dem Rückhalteelement fixiert werden, und in anschließenden Schritten wieder von diesem abgelöst werden.
Die DE 102018111834 Al bezieht sich auf eine mikrofluidische Vorrichtung und auf ein Verfahren zur Nutzung derselben zur Trennung, Aufreinigung und Konzentration von Komponenten fluidischer Medien und insbesondere von Blutproben. Die mikrofluidische Vorrichtung umfasst ein poröses Funktionselement und ein mikrofluidisches Kanalsystem.
Die DE 102011005932 Al offenbart ein mikrofluidisches System mit einer Filterkammer mit regulierbarem Entlüftungskanal sowie ein Verfahren zum Filtern von Flüssigkeiten. Hierbei weist die Filterkammer einen Einlasskanal, einen Filter und einen Auslasskanal auf.
Die WO 00/06702 Al beschreibt ein Verfahren und ein Set zur Isolierung von Krebszellen aus einer Körperflüssigkeit mittels eines Siebs oder Membranfilters. Die Flüssigkeit wird durch das Sieb geführt, das die Krebszellen aufgrund ihrer Größe zurückhält. Die isolierten Zellen können dann im Anschluss an die Filtrierung untersucht und weiterverwendet werden.
Für die Erforschung, Diagnose und Behandlung von Krankheiten wie beispielsweise Tumorerkrankungen, sind die Separierung und Identifizierung verschiedener Probenbestandteile wie beispielsweise Zellen oder Zellagglomerate aus geeigneten Flüssigkeiten, sowie deren Kultivierung wichtige Schritte. Hierbei bietet die Mikrofluidik im Vergleich zu herkömmlichen Labortests Vorteile wie beispielsweise geringere benötigte Probenvolumina und Reagenzien, verkürzte Analysezeiten sowie parallel ablaufende Analysevorgänge. Bei der Implementierung erforderlicher Prozessschritte in einem mikrofluidischen System gibt es jedoch aufgrund deren Komplexität zahlreiche Herausforderungen die es zu meistern gilt, wie beispielsweise Separationsschritte zur effektiven Abtrennung relevanter Probenbestandteile aus verschiedenen Flüssigkeiten, Waschschritte und Austauschvorgänge von Flüssigkeiten.
Offenbarung der Erfindung
Zur Erforschung von Tumorerkrankungen kommen zum Beispiel sogenannte Tumor- Organoide zum Einsatz. Eine Möglichkeit zur Herstellung von Tumor-Organoiden ist die Entnahme einzelner Zellen oder Gewebefragmente aus dem Primärtumor eines Krebspatienten und deren anschließende Kultivierung. Hierbei erfolgt eine Differenzierung und Vermehrung dieser Zellen oder Gewebefragmente, die sich schließlich zu dreidimensionalen Strukturen selbstorganisieren. Die daraus entstehenden Tumor- Organoide sind somit 3D-Zellagglomerate, welche eine ähnliche Zusammensetzung und Architektur aufweisen wie das primäre Tumorgewebe des Patienten. Mittels Tumor- Organoiden können die Gegebenheiten in vivo gut repräsentiert werden.
Für die Herstellung von Organoiden bzw. Tumor-Organoiden werden aktuell etablierte Methoden der 3D-Zellkultivierung verwendet.
Hauptprozessschritte hierbei sind die Kultivierung der entnommenen Zellen oder Gewebefragmente aus dem Primärmaterial sowie die anschließende Expansion der entstandenen Tumor-Organoide. Bei der Expansion werden die Tumor-Organoide enzymatisch und/oder mechanisch in multizelluläre Fragmente oder einzelne Zellen dissoziiert.
Bei der Expansion von Zellagglomeraten wie beispielsweise von Organoiden, sind mehrere Separationsschritte zur Trennung der Zellagglomerate bzw. Agglomerat- Fragmente von verschiedenen Flüssigkeiten, wie beispielsweise Kulturmedien, Enzymlösungen oder Waschpuffern mit anschließender Resuspension in weiteren Flüssigkeiten erforderlich. Im
Labormaßstab werden hierfür die Gefäße gewechselt sowie Zentrifugationsschritte und visuell zu überwachende Pipettiervorgänge realisiert. Diese Prozessschritte zur Kultivierung und Expansion sind sehr arbeits- und zeitintensiv und können nur von ausgebildetem und erfahrenem Fachpersonal in geeignet ausgestatteten Laboren durchgeführt werden.
Die vorliegende Erfindung adressiert Prozesse zur Expansion von Zellagglomeraten, wie beispielsweise Tumor-Organoiden, die für eine mikrofluidische Implementierung als sehr kritisch anzusehen sind, und beschreibt eine technische Lösung für die mikrofluidische Umsetzung der für die Expansion der Zellagglomerate relevanten Separationsschritte, Waschschritte und Austauschvorgänge von Flüssigkeiten.
Erfindungsgemäß werden eine mikrofluidische Vorrichtung mit einem Rückhalteelement, insbesondere mit einem Mikrofilter und/oder einem Mikrosieb mit Poren sowie ein Verfahren zum Betrieb derselben mit den kennzeichnenden Merkmalen der unabhängigen Patentansprüche bereitgestellt.
Dies beruht insbesondere darauf, dass die mikrofluidische Vorrichtung zumindest vier mikrofluidische Kanäle mit je einem fluidischen Anschluss umfasst, wobei ein erster mikrofluidischer Kanal und ein zweiter mikrofluidischer Kanal ein erstes Kanalsystem bilden, welches durch das Rückhalteelement hindurchführt und wobei ein dritter mikrofluidischer Kanal und ein vierter mikrofluidischer Kanal ein, insbesondere fluidisch mit dem ersten Kanalsystem verbundenes, zweites Kanalsystem bilden, welches entlang einer ersten Seite des Rückhalteelements führt.
Auf der Oberfläche des Rückhalteelements sind, insbesondere lebende, Bestandteile einer Probe, mit einem Durchmesser größer als der Porendurchmesser des Rückhalteelements, rückhaltbar. Vorteilhaft hierbei ist, dass mittels der erfindungsgemäßen mikrofluidischen Vorrichtung eine Größenselektion bezüglich einer gewünschten Mindestgröße der zurückgehaltenen Probenbestandteile erfolgt. Probenbestandteile mit einem Durchmesser kleiner als der Porendurchmesser des Rückhalteelements können somit gezielt abgetrennt werden.
Eine Wiederablösung der auf der Oberfläche des Rückhalteelements angesammelten Probenbestandteile kann dadurch erschwert sein, dass die Probenbestandteile in die Poren des Rückhalteelements teilweise hineinragen und sich in den Poren festsetzen.
Vorteilhaft bei der erfindungsgemäßen mikrofluidischen Vorrichtung ist es, dass diese eine verbesserte strömungsinduzierte Ablösung von auf der Oberfläche des Rückhalteelements angesammelten, insbesondere lebenden, Bestandteilen einer Probe erlaubt. Im zweiten Kanalsystem ist eine fluidische Strömung zwischen dem dritten fluidischen Anschluss und dem vierten fluidischen Anschluss entlang der ersten Seite des Rückhalteelements erzeugbar. Diese Strömung parallel zur Oberfläche der ersten Seite des Rückhalteelements
wirkt auf die in den Poren des Rückhalteelements festsitzenden Probenbestandteile ein und löst deren Verbindung mit dem Rückhalteelement. Auf diese Weise kann zudem ein Ablöseprozess, induziert durch eine Strömung zwischen dem zweiten fluidischen Anschluss und dem ersten fluidischen Anschluss durch das Rückhalteelement, unterstützt und verbessert werden. Die erfindungsgemäße Vorrichtung bietet insbesondere bei der Überführung von, insbesondere lebenden, Probenbestandteilen von einem ersten Medium in ein zweites Medium Vorteile.
Der Ablöseprozesse erfolgt schneller und zuverlässiger im Vergleich zu Vorrichtungen ohne ein entsprechendes zweites Kanalsystem, durch welches eine Strömung parallel zur Oberfläche der ersten Seite des Rückhalteelements erzeugbar ist. Separationsschritte, Waschschritte und Austauschvorgänge von Flüssigkeiten sind somit einfacher, zuverlässiger und schneller realisierbar im Vergleich zu herkömmlichen mikrofluidischen Ansätzen. Desweiteren vorteilhaft bei einem schnellen und zuverlässigen Ablöseprozess ist, dass weniger Puffer und Reagenzien benötigt und verbraucht werden, da die Zeitdauer bis zur Ablösung der rückgehaltenen Probenbestandteile kürzer ist.
Weiterhin vorteilhaft ist, dass die, insbesondere lebenden, Probenbestandteile hierbei viabel und kultivierbar bleiben.
Dadurch, dass die Prozessschritte innerhalb der mikrofluidischen Vorrichtung ablaufen, ist zudem die Gefahr von unerwünschten bzw. problematischen Verunreinigungen der Probe reduziert.
Auch ist mittels der erfindungsgemäßen Vorrichtung eine Automatisierung von Prozessschritten möglich, insbesondere von Separations- und Dissoziationsschritten, welche beispielsweise bei der Expansion von Tumor-Organoiden oder anderen Organoid-Typen erforderlich sind. Durch die Automatisierung von Prozessschritten, ist wiederum deren Standardisierung möglich, welche insbesondere für klinische und industrielle Anwendungen, beispielsweise im Bereich der Wirkstofftestung und personalisierten Medizin große Vorteile bietet.
„Unter dem Begriff „Probe“ kann im Sinne der vorliegenden Erfindung jegliche Art von Flüssigkeit mit, insbesondere lebenden, Probenbestandteilen verstanden werden. Beispiele hierfür sind Körperflüssigkeiten, insbesondere Blut, Lymphe, Speichel oder Urin oder flüssige Stoffgemische, insbesondere Kulturmedien, Pufferlösungen oder Suspensionen.
Unter dem Begriff „Dissoziation“ wird im Sinne der vorliegenden Erfindung eine insbesondere induzierte Auflösung von Verbindungen zwischen Zellen eines Zellagglomerats und die dadurch entstehende Aufteilung des Zellagglomerats in multizelluläre Fragmente bzw. einzelne Zellen verstanden.
Weitere vorteilhafte Ausführungsformen der mikrofluidischen Vorrichtung ergeben sich aus den Unteransprüchen.
Es ist von Vorteil, wenn die Poren des Rückhalteelements einen Porendurchmesser von 50 - 1000 pm, bevorzugt von 75 - 500 pm, aufweisen. Derartige Porendurchmesser sind beispielsweise für die Rückhaltung von, insbesondere lebenden, Probenbestandteilen wie Zellagglomeraten, insbesondere Tumor-Organoiden auf dem Rückhalteelement besonders vorteilhaft. Der Durchtritt von Zellagglomeraten mit einem Durchmesser größer als der Durchmesser der Poren des Rückhalteelements wird verhindert. Zellagglomerate, Fragmente oder Zellen mit einem Durchmesser kleiner als der Durchmesser der Poren des Rückhalteelements können dieses passieren. Auf diese Weise wird eine Größenselektion erreicht wobei nur Zellagglomerate mit der gewünschten Mindestgröße erhalten werden, was für nachfolgende Prozessschritte von Vorteil ist.
Alternativ können die Poren des Rückhalteelements einen anderen, auf die jeweilige Anwendung angepassten Porendurchmesser aufweisen.
In einer weiteren vorteilhaften Ausführungsform umfasst das Rückhalteelement ein Metall, insbesondere Gold, Kupfer, Edelstahl, Titan, Molybdän und/oder Aluminium.
Vorteilhaft bei der Verwendung von Metallen ist deren Robustheit und hohe Belastbarkeit, sowie Fertigbarkeit unterschiedlicher Porendurchmesser bzw. Porenformen. Gold zeichnet sich vorteilhaft durch seine hohe Korrosionsstabilität und Biokompatibilität aus. Aluminium bietet außerdem den Vorteil, dass es leicht und kostengünstig ist und zudem in großen Mengen verfügbar. Kupfer und Edelstahl sind vorteilhaft bezüglich ihrer Korrosionsbeständigkeit, was unter anderem eine hohe Lebensdauer mit sich bringt. Zudem ist Kupfer gut zu verarbeiten und auch bei niedrigen Temperaturen verformbar.
Alternativ oder zusätzlich umfasst das Rückhalteelement vorteilhafterweise Silizium, einen Kunststoff, eine Keramik und/oder einen Verbundwerkstoff.
Vorteilhaft bei der Verwendung eines Kunststoffs sind dessen geringes Gewicht und vielfältige Optionen der chemischen Zusammensetzung. Zudem können Bauteile aus Kunststoff sehr einfach und kostengünstig hergestellt und wiederverwertet werden.
Desweiteren ist es von Vorteil, wenn das Rückhalteelement eine einer Probe aussetzbare Fläche von 1-500 mm2, und bevorzugt von 3-100 mm2, aufweist.
Vorteilhaft hierbei ist, dass so eine möglichst vollflächige Anströmung des Rückhalteelements erfolgt.
In einer weiteren vorteilhaften Ausführungsform umfasst die Dicke des Rückhalteelements 0,5-20 pm, und bevorzugt 1-15 pm. Vorteilhaft hierbei ist, dass sich bei einer derart gewählten Dicke des Rückhaltelements die Probenbestandteile weniger tief in den Poren des Rückhaltelements festsetzen und einfacher wieder vom Rückhaltelement entfernbar sind.
In einer weiteren vorteilhaften Ausführungsform ist das Rückhalteelement mittels Kleben, Umspritzen oder Laserschweißen in die mikrofluidische Vorrichtung integrierbar.
Vorteilhaft beim Kleben ist, dass dies schnell erfolgen kann und somit zeitsparend und zusätzlich die dichtende Funktion des Klebstoffes ausgenutzt werden kann.
Vorteilhaft beim Laserschweißen ist, dass aufgrund des geringen Wärmeeinflusses beim Laserschweißen und eines punktgenauen Energieeintrags kaum Gefügeveränderungen des Materials erfolgen, wodurch die Verbindung sehr stabil ist.
Vorteilhaft beim Umspritzen ist, dass die Integration des Rückhaltelements gleichzeitig mit der Spritzgussfertigung der mikrofluidischen Vorrichtung oder Komponenten davon erfolgen kann und kein zusätzlicher Prozessschritt erforderlich ist.
Zudem vorteilhaft ist es, wenn die mikrofluidischen Kanäle Abmessungen von 100 - 1000 pm, und bevorzugt 300 - 600 pm, aufweisen.
Unter dem Begriff Abmessung wird im Sinne der vorliegenden Erfindung die Höhe und/oder Breite der mikrofluidischen Kanäle verstanden.
Derartige Abmessungen der mikrofluidischen Kanäle sind geeignet, um vorteilhafte Strömungsverhältnisse innerhalb der mikrofluidischen Vorrichtung zu realisieren, insbesondere im Hinblick auf die Kontrolle der auftretenden Scherkräfte, die auf die Probenbestandteile einwirken, einen optimalen fluidischen Transport der Probenbestandteile in den mikrofluidischen Kanälen, eine möglichst vollflächigen Anströmung des Rückhalteelements und eine optimale fluidische Wiederablösung von Probenbestandteilen vom Rückhalteelement.
In einer weiteren vorteilhaften Ausführungsform umfassen die mikrofluidischen Kanäle ein Polymer, insbesondere ein Polycarbonat (PC), ein Polypropylen (PP), ein Polyethylen (PE), ein Cycloolefin-Polymer (COP), ein Cycloolefin-Copolymer COC), Polymethylmethacrylat (PMMA) und/oder Polydimethylsiloxan (PDMS) mit einer Wandstärke von 0,6 - 30 mm, und bevorzugt von 1 - 10 mm.
Vorteilhaft bei der Verwendung von Polyolefinen ist, dass diese gleichzeitig robust und flexibel sind und eine hohe mechanische und chemische Stabilität aufweisen.
Von diesen weist beispielsweise PP eine hohe Zähigkeit, eine geringe Wasseraufnahme und Wasserdampfdurchlässigkeit, sowie eine hohe Beständigkeit gegen Chemikalien auf und ist zudem gut zu verarbeiten und kostengünstig.
PE weist eine geringe Wasseraufnahme auf, ist chemisch beständig sowie gut zu verarbeiten und kostengünstig.
Vorteilhaft bei der Verwendung eines COCs ist, dass es eine sehr hohe optische Transparenz aufweist, sowie chemisch inert und biokompatibel ist.
Desweiteren ist es vorteilhaft, wenn zumindest einer der mikrofluidischen Kanäle schließbar ist, insbesondere mittels eines Ventils und/oder mittels einer Verformung des mikrofluidischen Kanals.
Zudem ist es vorteilhaft, wenn zumindest einer der mikrofluidischen Kanäle individuell schließ- und öffenbar ist, sodass der Fluss durch die mikrofluidischen Kanäle individuell festlegbar ist. Auf diese Weise sind verschiedene Möglichkeiten des Durchflusses einer Probe durch die mikrofluidischen Kanäle einfach realisierbar.
Es ist vorteilhaft, wenn zumindest einer der Kanäle mittels eines Ventils schließbar ist. In einer Ausführungsform ist das Ventil innerhalb der mikrofluidischen Vorrichtung angeordnet, insbesondere zwischen zwei fluidischen Anschlüssen, welche als Ein- bzw. Auslass dienen. In einer alternativen Ausführungsform ist das Ventil außerhalb der mikrofluidischen Vorrichtung angeordnet.
Weiterhin alternativ oder zusätzlich ist zumindest einer der mikrofluidischen Kanäle der mikrofluidischen Vorrichtung mittels einer Verformung schließbar. Unter einer Verformung kann beispielsweise eine Veränderung, insbesondere eine Verkleinerung, des Kanalquerschnitts verstanden werden. Hierzu ist der mikrofluidische Kanal beispielsweise innerhalb der mikrofluidischen Vorrichtung, insbesondere mittels eines bewegbaren Stößels, zudrückbar.
Gegenstand der Erfindung ist weiterhin ein Verfahren zur mikrofluidischen Überführung von, insbesondere lebenden, Probenbestandteilen von einem ersten Medium in ein zweites Medium unter Verwendung der erfindungsgemäßen mikrofluidischen Vorrichtung mit nachfolgenden Schritten: a) Zuführen eines ersten Mediums mit Probenbestandteilen einer Probe über den ersten fluidischen Anschluss als Einlass b) Fluidisches Fördern des ersten Mediums durch das Rückhalteelement über das
erste Kanalsystem von einer ersten Seite des Rückhalteelements auf eine zweite Seite des Rückhalteelements, wobei die Probenbestandteile mit einem Durchmesser größer der Porendurchmesser des Rückhalteelements zurückgehalten werden.
Probenbestandteile mit einem Durchmesser kleiner der Porendurchmesser des Rückhalteelements können dieses passieren. c) Abführen des ersten Mediums ohne die rückgehaltenen Probenbestandteile über den zweiten fluidischen Anschluss als Auslass. d) Zuführen eines zweiten Mediums, in welches die auf dem Rückhalteelement rückgehaltenen Probenbestandteile überführt werden sollen, über den zweiten fluidischen Anschluss als Einlass und/oder über den dritten oder vierten fluidischen Anschluss als Einlass e) Fluidisches Fördern des zweiten Mediums über den zweiten mikrofluidischen Kanal durch das Rückhalteelement von einer zweiten Seite des Rückhalteelements auf eine erste Seite des Rückhalteelements und/oder fluidsches Fördern des zweiten Mediums über das zweite Kanalsystem entlang der ersten Seite des Rückhalteelements, wobei die rückgehaltenen Probenbestandteile vom Rückhalteelements abgelöst werden f) Abführen des zweiten Mediums mit den Probenbestandteilen über den ersten fluidischen Anschluss als Auslass und/oder über den dritten oder vierten fluidischen Anschluss als Auslass
Ein derartiges Verfahren bietet den Vorteil einer erleichterten und verbesserten Überführung von insbesondere lebenden, Probenbestandteilen von einem ersten Medium in ein zweites Medium in einem mikrofluidischen System.
Vorteilhaft hierbei ist, dass ein derartiges mikrofluidisches Verfahren eine verbesserte strömungsinduzierte Ablösung von auf der Oberfläche des Rückhalteelements angesammelten, insbesondere lebenden, Bestandteilen einer Probe erlaubt. Im zweiten Kanalsystem wird eine fluidische Strömung zwischen dem dritten fluidischen Anschluss und dem vierten fluidischen Anschluss entlang der ersten Seite des Rückhalteelements erzeugt. Diese Strömung parallel zur Oberfläche der ersten Seite des Rückhalteelements wirkt auf die in den Poren des Rückhalteelements festsitzenden Probenbestandteile ein und löst deren Verbindung mit dem Rückhalteelement. Auf diese Weise kann zudem ein Ablöseprozess
induziert durch eine Strömung zwischen dem zweiten fluidischen Anschluss und dem ersten fluidischen Anschluss durch das Rückhalteelement unterstützt und verbessert werden. Der Ablöseprozesse erfolgt schneller und zuverlässiger im Vergleich zu Verfahren ohne ein entsprechendes zweites Kanalsystem, welches eine Strömung parallel zur Oberfläche der ersten Seite des Rückhalteelements erzeugt. Separationsschritte, Waschschritte und Austauschvorgänge von Flüssigkeiten sind somit einfacher, zuverlässiger und schneller realisierbar im Vergleich zu herkömmlichen mikrofluidischen Ansätzen.
Desweiteren vorteilhaft bei einem schnellen und zuverlässigen Ablöseprozess ist, dass weniger Puffer und Reagenzien benötigt und verbraucht werden, da die Zeitdauer bis zur Ablösung der rückgehaltenen Probenbestandteile kürzer ist.
Weiterhin vorteilhaft ist, dass die Probenbestandteile mittels des vorgeschlagenen Verfahrens viabel und kultivierbar bleiben und mittels der mikrofluidischen Vorrichtung weiter verarbeitbar sind.
Auch vorteilhaft ist, dass mittels des erfindungsgemäßen mikrofluidischen Verfahrens eine Größenselektion bezüglich einer gewünschten Mindestgröße der zurückgehaltenen Probenbestandteile erfolgt. Probenbestandteile mit einem Durchmesser kleiner als der Porendurchmesser des Rückhalteelements können somit gezielt abgetrennt werden. Dadurch, dass die Prozessschritte schnell und zuverlässig innerhalb der mikrofluidischen Vorrichtung ablaufen, ist zudem die Gefahr von unerwünschten bzw. problematischen Verunreinigungen der Probe reduziert.
Zudem ist mittels des erfindungsgemäßen Verfahrens eine Automatisierung von Prozessschritten möglich, insbesondere von Separations- und Dissoziationsschritten, welche beispielsweise bei der Expansion von Tumor-Organoiden oder anderen Organoid-Typen erforderlich sind. Durch die Automatisierung von Prozessschritten, ist wiederum deren Standardisierung möglich, welche insbesondere für klinische und industrielle Anwendungen, beispielsweise im Bereich der Wirkstofftestung und personalisierten Medizin große Vorteile bietet.
Weitere vorteilhafte Ausführungsformen des erfindungsgemäßen Verfahrens ergeben sich aus den Unteransprüchen.
In einer vorteilhaften Ausführungsform erfolgt in Schritt d) das Zuführen des zweiten Mediums über den dritten oder vierten fluidischen Anschluss zeitgleich zum Zuführen des zweiten Mediums über den zweiten fluidischen Anschluss. Zudem oder alternativ erfolgt in Schritt e) das fluidischen Fördern des zweiten Mediums über das zweite Kanalsystem entlang der ersten Seite des Rückhalteelements zeitgleich zum fluidischen Fördern des
zweiten Mediums über den zweiten mikrofluidischen Kanal durch das Rückhalteelement von einer zweiten Seite des Rückhalteelements auf eine erste Seite des Rückhalteelements. Vorteilhaft hierbei ist, dass das Zuführen und/oder Fördern des zweiten Mediums durch das zweite Kanalsystem zur gleichen Zeit erfolgt wie das Zuführen und/oder Fördern des zweiten Mediums über den zweiten mikrofluidischen Kanal oder über das erste Kanalsystem. Auf diese Weise ist eine Wiederablösung der auf der Oberfläche des Rückhalteelements angesammelten Probenbestandteile verbessert. Die durch die fluidische Strömung im zweiten Kanalsystem entlang der Oberfläche der ersten Seite des Rückhalteelements induzierte Kraft und die Kraft der fluidischen Strömung im ersten Kanalsystem zwischen dem zweiten fluidischen Anschluss und dem ersten fluidischen Anschluss durch das Rückhalteelement wirken gleichzeitig auf die in den Poren des Rückhalteelements festsitzenden Probenbestandteile ein und unterstützen sich gegenseitig bei der Ablösung dieser vom Rückhalteelement. Somit erfolgt der Ablöseprozess einfach, schnell und zuverlässig.
In einer alternativen vorteilhaften Ausführungsform erfolgt in Schritt d) das Zuführen des zweiten Mediums über den dritten oder vierten fluidischen Anschluss zeitversetzt zum Zuführen des zweiten Mediums über den zweiten fluidischen Anschluss. Zudem oder alternativ erfolgt in Schritt e) das fluidischen Fördern des zweiten Mediums über das zweite Kanalsystem entlang der ersten Seite des Rückhalteelements zeitversetzt zum fluidischen Fördern des zweiten Mediums über den zweiten mikrofluidischen Kanal durch das Rückhalteelement von einer zweiten Seite des Rückhalteelements auf eine erste Seite des Rückhalteelements.
Auch in dieser Ausführungsform ist eine Wiederablösung der auf der Oberfläche des Rückhalteelements angesammelten Probenbestandteile verbessert. Die Kraft der fluidischen Strömung im zweiten Kanalsystem entlang der Oberfläche der ersten Seite des Rückhalteelements und die Kraft der fluidischen Strömung im ersten Kanalsystem zwischen dem zweiten fluidischen Anschluss und dem ersten fluidischen Anschluss durch das Rückhalteelement wirken zeitlich versetzt auf die in den Poren des Rückhalteelements festsitzenden Probenbestandteile ein. Hierbei wirkt auf die festsitzenden Probenbestandteile nacheinander eine Kraft von unten und eine seitliche Kraft von rechts und/oder links ein, wodurch die Probenbestandteile immer weiter gelockert werden, bis sie sich schließlich vom Rückhalteelement ablösen. Der Ablöseprozess erfolgt somit einfach, schnell und zuverlässig.
In einer weiteren Ausführungsform erfolgen gleichzeitig mit Schritt c) und/oder nach Schritt c) folgende Waschschritte: c') Zuführen einer Pufferlösung oder eines ersten Mediums ohne Probenbestandteile über den ersten fluidischen Anschluss und/oder über den dritten oder vierten fluidischen Anschluss als Einlass c") Fluidisches Fördern der Pufferlösung oder des ersten Mediums ohne Probenbestandteile über das erste Kanalsystem durch das
Rückhalteelement von einer ersten Seite des Rückhalteelements auf eine zweite Seite des Rückhalteelements und/oder über das zweite Kanalsystem entlang der ersten Seite des Rückhalteelements
Vorteilhaft hierbei ist, dass somit Waschschritte ins mikrofluidische System integrierbar und somit automatisiert durchführbar sind und nicht händisch ausgeführt werden müssen.
In einer zusätzlichen oder alternativen Ausführungsform erfolgen gleichzeitig mit Schritt c) und/oder nach Schritt c) oder nach Schritt c") folgende Schritte: c'") Zuführen einer Enzymlösung zur Dissoziation der rückgehaltenen Probenbestandteile und/oder eines Lysepuffers zur Lyse der rückgehaltenen Probenbestandteile und/oder einer Färbereagenz zum Anfärben der rückgehaltenen Probenbestandteile über den ersten fluidischen Anschluss als Einlass und/oder über den dritten oder vierten fluidischen Anschluss als Einlass. c"") Fluidisches Fördern der Enzymlösung und/oder des Lysepuffers und/oder der Färbereagenz durch das Rückhalteelement über das erste Kanalsystem von einer ersten Seite des Rückhalteelements auf eine zweite Seite des Rückhalteelements und/oder über das zweite Kanalsystem entlang der ersten Seite des Rückhalteelements.
Vorteilhaft bei der Zuführung und fluidischen Förderung einer Enzymlösung ist, dass auf diese Weise enzymatische Verfahrensschritte ins mikrofluidische System integrierbar und automatisiert durchführbar sind. Zur enzymatischen Dissoziation von Zellagglomeraten, insbesondere Tumor-Organoiden oder anderen Organoiden wird beispielsweise eine Enzymlösung eingesetzt.
Vorteilhaft bei der Zuführung und fluidischen Förderung eines Lysepuffers zur Lyse der
rückgehaltenen Probenbestandteile, insbesondere der Zellen oder Zellagglomerate ist, dass diese so direkt auf dem Rückhalteelement lysiert werden können für eine nachfolgende molekulare Analyse, was Arbeitszeit und zusätzliche Arbeitsschritte erspart. Weiterhin vorteilhaft ist, dass Verfahrensschritte zur Lyse ins mikrofluidische System integrierbar und automatisiert durchführbar sind.
Vorteilhaft bei der Zuführung und fluidischen Förderung einer Färbereagenz zum Anfärben der rückgehaltenen Probenbestandteile ist, dass auf diese Weise zusätzliche Analyseschritte, wie zum Beispiel immunozytochemische Färbeschritte ins mikrofluidische System integrierbar und automatisiert durchführbar sind. So sind beispielsweise auch sequenzielle Färbemethoden und Waschschritte durchführbar, wie beispielsweise eine Tod/Lebend-Färbung oder eine Anfärbung von Oberflächenproteinen, wie beispielsweise dem Oberflächenprotein EpCAM (epitheliales Zelladhäsionsmolekül, engl. epithelial cell adhesion molecule).
In einer weiteren vorteilhaften Ausführungsform des erfindungsgemäßen Verfahrens können der mikrofluidischen Vorrichtung auch sequenziell mehrere Medien mit insbesondere lebenden Probenbestandteilen, insbesondere Suspensionen mit Zellagglomeraten wie beispielsweise Tumor-Organoiden, zugeführt und durch diese gefördert werden. Die Probenbestandteile mit einem Durchmesser größer der Porendurchmesser des Rückhalteelements werden dann durch das Rückhalteelement zurückgehalten und mittels des erfindungsgemäß beschriebenen Verfahrens gemeinsam in ein zweites Medium überführt oder auf dem Rückhalteelement für nachfolgende Analysen akkumuliert.
In einer weiteren vorteilhaften Ausführungsform folgt auf Schritt f) folgender Spülschritt: g) Durchspülen von zumindest zwei der mikrofluidischen Kanäle mit einem Spülmittel, sodass das Spülmittel durch das Rückhalteelement hindurch und/oder entlang der ersten Seite des Rückhalteelements geführt wird.
Vorteilhaft hierbei ist, dass in den zumindest zwei mikrofluidischen Kanälen der mikrofluidischen Vorrichtung sowie auf dem Rückhalteelement verbliebene Medien- und Probenreste durch das Spülmittel entfernt werden und die mikrofluidische Vorrichtung gereinigt wird. Hierbei können auf dem Rückhalteelement verbliebene oder in der mikrofluidischen Vorrichtung verbliebende Probenbestandteile, wie beispielsweise Zellen oder Zellagglomerate, lysiert werden, um so beispielsweise vom Rückhalteelement entfernt zu werden und vollständig aus der mikrofluidischen Vorrichtung herausgespült zu werden.
In einer weiteren vorteilhaften Ausführungsform liegt die Flussrate der durch die mikrofluidischen Kanäle geführten Medien zwischen 0,01 pl/s und 200 pl/s, und bevorzugt zwischen 0,2 pl/s und 5 pl/s, und die Flussrate ist konstant oder variierend, insbesondere pulsierend.
Vorteilhaft hierbei ist, dass eine derartige Flussrate ausreichend hoch eingestellt ist, um die vom Rückhalteelement zurückgehaltenen Probenbestandteile von diesem abzulösen. Durch eine variierend eingestellte Flussrate kann der Ablöseprozess weiter unterstützt und optimiert werden. Besonders vorteilhaft ist es hierbei eine pulsierende Flussrate zu wählen oder einen singulären bzw. mehrfachen Strömungs- bzw. Druckpuls zu generieren. Auf diese Weise werden in den Poren des Rückhalteelements festsitzende Probenbestandteile besonders effizient von diesem abgelöst.
Eine weitere vorteilhafte Ausführungsform sieht vor in Schritt e) die Förderrichtung des zweiten Mediums temporär zu wechseln durch aufeinanderfolgendes Vorwärts- und Rückwärtsfördern des zweiten Mediums.
Hierdurch werden in den Poren des Rückhalteelements festsitzende Probenbestandteile besonders effizient von diesem abgelöst. Zudem ist eine Kombination mit den vorhergehend genannten Flussmodulationen ebenso möglich, wie beispielsweise dem aufeinanderfolgenden Vorwärts- und Rückwärtsfördern in Kombination mit einer pulsierend eingestellten Flussrate.
Es ist desweiteren eine kombinierte Modulation der Strömungen zwischen dem ersten, zweiten, dritten und vierten fluidischen Anschluss möglich.
In einer weiteren vorteilhaften Ausführungsform erfolgt das Zu- und Abführen der Medien, Puffer und Reagenzien und/oder das fluidische Fördern der Medien, Puffer und Reagenzien durch zumindest eine mikrofluidische Pumpeinheit. Bei der mikrofluidischen Pumpeinheit kann es sich beispielsweise um zumindest eine druckbetriebene Elastomermembran-Pumpe handeln. Die Komponenten der Elastomermembran-Pumpe sind beispielsweise Thermoplastischen Elastomere (TPE) wie Polyurethan (TPU) oder Styrol- Blockcopolymer (TPS). Die Dicke der Polymermembran kann dabei 50 pm bis 500 pm, und bevorzugt 80 pm bis 300 pm, und besonders bevorzugt 100 pm umfassen.
Vorteilhaft bei einer mikrofluidischen Pumpeinheit ist, dass die komplexe und aufwändige fluidische Verbindung der mikrofluidischen Vorrichtung mit einer externen Pumpe entfällt. Auf diese Weise können die fluidischen Zu-, Abführ- und Förderprozesse einfach und unkompliziert realisiert werden und die mikrofluidische Vorrichtung platzsparend, portabel
und mobil ausgeführt werden. Desweiteren ist die zumindest eine mikrofluidische Pumpeinheiten für die umzusetzenden fluidischen Vorgänge und Abläufe geeignet funktional auslegbar und betreibbar.
In einer weiteren vorteilhaften Ausführungsform der mikrofluidischen Pumpeinheit wird ein Volumenstrom durch eine Pumpkammer mit Einlass- und Auslassventil und/oder durch mindestens drei aktive Pumpelemente, welche in einer peristaltischen Sequenz aktiviert werden, erzeugt.
Die Flussrate wird hierbei durch die Größe der aktiven Pumpelemente, durch die Membraneigenschaften, sowie der Ansteuerungsfrequenz eingestellt. Weiterhin können auch mehrere Pumpeinheiten in Richtung verschiedener fluidischer Anschlüsse integriert werden oder der Volumenstrom wird durch geeignet platzierte Ventile eingestellt.
In einer alternativen Ausführung können beispielsweise auch eine Spritzenpumpe oder eine peristaltische Pumpe eingesetzt werden.
In einer weiteren Ausführungsform kann die mikrofluidische Pumpeinheit außerhalb der mikrofluidischen Vorrichtung angeordnet sein. Die mikrofluidische Pumpeinheit ist dann beispielsweise als Modul ausgestaltet, welches eine weitere mikrofluidische Vorrichtung bildet.
In einer vorteilhaften Ausführungsform sind die, insbesondere lebenden, Probenbestandteile Zellen oder Zellagglomerate, insbesondere Tumor-Organoide. Alternativ oder zusätzlich sind die, insbesondere lebenden, Probenbestandteile von einer Gelstruktur umschlossene Zellen oder Zellagglomerate, insbesondere Tumor-Organoide. Weiterhin alternativ oder zusätzlich sind die Probenbestandteile Tumorfragmente, Nukleinsäuren, Proteine und/oder Kügelchen (engl.: beads, microspheres). Solche Kügelchen haben beispielsweise eine Trägerfunktion und können insbesondere zur magnetischen Separation verwendet werden. Desweiteren kann deren Oberfläche beispielsweise funktionalisiert werden, insbesondere mit Antikörpern.
Vorteilhaft bei der Verwendung von lebenden Probenbestandteilen wie beispielsweise von Zellen oder Zellen im Verbund wie Zellagglomeraten, insbesondere Tumor-Organoiden, ist, dass die Viabilität dieser gut erhalten bleibt und somit weitere Kultivierungs- und Prozessschritte möglich sind. Dies gilt auch für Zellen oder Zellagglomerate, insbesondere Tumor-Organoide, welche von einer Gelstruktur umschlossen sind. Die Gelstruktur kann beispielsweise eine extrazelluläre Matrix sein, wie beispielsweise ein Hydrogel.
Die relevanten Eigenschaften des Rückhalteelements können angepasst und auf die zurückzuhaltenden Probenbestandteile, beispielsweise Zellen oder Zellagglomerate, ausgelegt werden. Das Rückhalteelement wird dabei hinsichtlich des Porendurchmessers, Porosität, Porenform, Filterfläche, Filterdicke sowie Filtermaterial geeignet gewählt.
Gegenstand der Erfindung ist ferner eine Kartusche, insbesondere eine mikrofluidische Kartusche, wie beispielsweise in DE102016222072A1 oder DE102016222075A1 beschrieben, umfassend die erfindungsgemäße mikrofluidische Vorrichtung.
Kurze Beschreibung der Zeichnung
Ausführungsformen der vorliegenden Erfindung sind in der Zeichnung dargestellt und in der nachfolgenden Figurenbeschreibung näher erläutert. Es zeigt:
Fig. 1: die schematische Darstellung eines Querschnitts durch eine erfindungsgemäße mikrofluidische Vorrichtung in einer Seitenansicht mit einem Rückhalteelement und vier mikrofluidischen Kanälen mit je einem fluidischen Anschluss,
Fig. 2: die schematische Darstellung einer Draufsicht auf die erfindungsgemäße mikrofluidische Vorrichtung gemäß Figur 1, und
Fig. 3: die schematische Darstellung eines Querschnitts durch eine erfindungsgemäße Kartusche in einer Seitenansicht umfassend eine mikrofluidische Vorrichtung gemäß der Figuren 1 und 2.
Ausführungsformen der Erfindung
In Figur 1 ist eine erfindungsgemäße mikrofluidische Vorrichtung 10 mit einem Rückhalteelement 7 und vier mikrofluidischen Kanälen 1, 2, 3, 4 gezeigt. Das Rückhalteelement 7 ist insbesondere ein Mikrofilter und/oder ein Mikrosieb mit Poren. Die Poren des Rückhalteelements 7 weisen beispielsweise einen Porendurchmesser von 50- 1000 pm, und bevorzugt von 75-500 pm, auf. Das Rückhalteelement 7 umfasst beispielsweise ein Metall, insbesondere Gold, Kupfer, Edelstahl, Titan, Molybdän und/oder
Aluminium. Alternativ umfasst das Rückhalteelement 7 beispielsweise Silizium, einen Kunststoff, eine Keramik und/oder einen Verbundwerkstoff. Das Rückhalteelement 7 weist beispielsweise eine einer Probe aussetzbare Fläche von 1-500 mm2 auf. Desweiteren weist das Rückhalteelement 7 beispielsweise eine Dicke von 0,5-20 pm, und bevorzugt von 1-15 pm, auf.
Das Rückhalteelement 7 ist beispielsweise mittels Kleben, Umspritzen oder Laserschweißen in die mikrofluidische Vorrichtung 10 integrierbar.
Die mikrofluidische Vorrichtung 10 umfasst einen ersten mikrofluidischen Kanal 1 mit einem ersten fluidischen Anschluss la, einen zweiten mikrofluidischen Kanal 2 mit einem zweiten fluidischen Anschluss 2a, einen dritten mikrofluidischen Kanal 3 mit einem dritten fluidischen Anschluss 3a und einen vierten mikrofluidischen Kanal 4 mit einem vierten fluidischen Anschluss 4a. Das Rückhalteelement 7 weist eine erste Seite 7a auf, welche dem ersten mikrofluidischen Kanal 1 zugewandt ist und eine zweite Seite 7b, welche dem zweiten mikrofluidischen Kanal zugewandt ist.
Der erste mikrofluidische Kanal 1 und der zweite mikrofluidische Kanal 2 bilden ein erstes Kanalsystem, welches durch das Rückhalteelement 7 hindurchführt. Der dritte mikrofluidische Kanal 3 und der vierter mikrofluidische Kanal 4 bilden ein, insbesondere fluidisch mit dem ersten Kanalsystem verbundenes, zweites Kanalsystem, welches entlang einer ersten Seite 7a des Rückhalteelements 7 führt. Die mikrofluidischen Kanäle 1, 2, 3, 4 umfassen beispielsweise Abmessungen von 100 - 1000 pm, und bevorzugt von 300 - 600 pm. Desweiteren umfassen die mikrofluidischen Kanäle 1, 2, 3, 4 beispielsweise ein Polymer, insbesondere ein Polycarbonat (PC), ein Polypropylen (PP), ein Polyethylen (PE), ein Cycloolefin-Polymer (COP), ein Cycloolefin-Copolymer COC), Polymethylmethacrylat (PMMA) und/oder Polydimethylsiloxan (PDMS) mit einer Wandstärke von 0,6 - 30 mm, und bevorzugt von 1 - 10 mm.
In einer in Figur 1 dargestellten Ausführungsform bilden die Kanalsysteme oberhalb der ersten Seite 7a des Rückhalteelements 7 und/oder unterhalb der zweiten Seite 7b des Rückhalteelements 7 eine Kavität aus. In die Kavität oberhalb der ersten Seite 7a des Rückhalteelements 7 münden beispielsweise der erste, der dritte und der vierte mikrofluidische Kanal 1, 3, 4. In die Kavität unterhalb der zweiten Seite 7b des Rückhalteelements 7 mündet beispielsweise der zweite mikrofluidische Kanal 2.
In einer in Figur 1 nicht dargestellten vorteilhaften Ausführungsform ist zumindest einer der mikrofluidischen Kanäle 1, 2, 3, 4 schließbar, insbesondere mittels eines Ventils und/oder mittels einer Verformung des mikrofluidischen Kanals 1, 2, 3, 4. In einer Ausführungsform ist das Ventil beispielsweise innerhalb der mikrofluidischen Vorrichtung 10 angeordnet, insbesondere in unmittelbarer Nähe des Rückhalteelements 7.
In einer alternativen Ausführungsform ist das Ventil außerhalb der mikrofluidischen Vorrichtung 10 angeordnet. Weiterhin alternativ oder zusätzlich ist zumindest einer der mikrofluidischen Kanäle 1, 2, 3, 4 der mikrofluidischen Vorrichtung 10 mittels einer Verformung schließbar. Hierzu ist der mikrofluidische Kanal 1, 2, 3, 4 beispielsweise innerhalb der mikrofluidischen Vorrichtung 10, insbesondere mittels eines bewegbaren Stößels, zudrückbar. Die Aktuierung des Stößels kann beispielsweise piezoelektrisch, pneumatisch oder hydraulisch erfolgen. Desweiteren ist auch ein motorbetriebener Stößel einsetzbar.
Desweiteren ist die mikrofluidische Vorrichtung 10 ausgebildet, ein Verfahren durchzuführen zur mikrofluidischen Überführung von, insbesondere lebenden, Probenbestandteilen von einem ersten Medium in ein zweites Medium.
Im Folgenden wird dieses beispielhaft für die Überführung von Tumor-Organoiden von einem ersten Medium in ein zweites Medium beschrieben.
Die Tumor-Organoide sind in einem ersten flüssigen Medium suspendiert. Das erste Medium wird der mikrofluidischen Vorrichtung 10 über einen ersten fluidischen Anschluss la, welcher hier als Einlass dient, zugeführt und fluidisch durch das Rückhalteelement 7 über das erste Kanalsystem von einer ersten Seite 7a des Rückhalteelements 7 auf eine zweite Seite 7b des Rückhalteelements 7 gefördert. Tumor-Organoide mit einem größeren Durchmesser als der Porendurchmesser des Rückhalteelements 7 werden von diesem auf der ersten Seite 7a des Rückhalteelements 7 zurückgehalten. Tumor-Organoide mit einem kleineren Durchmesser als der Porendurchmesser des Rückhalteelements 7 sowie andere sich in dem ersten Medium befindliche Probenbestandteile, wie beispielsweise Zellen oder Fragmente, mit einem kleineren Durchmesser als der Porendurchmesser des Rückhalteelements 7, können dieses passieren. Das erste Medium ohne die vom Rückhalteelement 7 rückgehaltenen Tumor-Organoide wird über einen zweiten fluidischen Anschluss 2a, welcher hier als Auslass dient, abgeführt.
Alternativ wird das erste Medium der mikrofluidischen Vorrichtung 10 über den dritten fluidischen Anschluss 3a oder über den vierten fluidischen Anschluss 4a, welche hier je als Einlass dienen, zugeführt und fluidisch durch das Rückhalteelement 7 von einer ersten Seite 7a des Rückhalteelements 7 auf eine zweite Seite 7b des Rückhalteelements 7 gefördert und entsprechend über den zweiten fluidischen Anschluss 2a, welcher hier als Auslass dient, abgeführt.
Gleichzeitig mit dem Abführen des ersten Mediums oder nach dem Schritt des Abführens des ersten Mediums erfolgt ein optionaler Waschschritt. Hierbei wird eine Pufferlösung oder das erste Medium ohne Tumor-Organoide über den ersten fluidischen Anschluss la als
Einlass zugeführt und fluidisch über das erste Kanalsystem durch das Rückhalteelement 7 von einer ersten Seite 7a des Rückhalteelements 7 auf eine zweite Seite 7b des Rückhalteelements 7 gefördert und über den zweiten fluidischen Anschluss 2a, welcher hier als Auslass dient, abgeführt. Alternativ oder zusätzlich wird, insbesondere gleichzeitig, eine Pufferlösung oder das erste Medium ohne Tumor-Organoide über den dritten 3a oder über den vierten fluidischen Anschluss 4a als Einlass zugeführt und fluidisch über das zweite Kanalsystem entlang der ersten Seite 7a des Rückhalteelements 7 gefördert und über den vierten fluidischen Anschluss 4a oder über den dritten fluidischen Anschluss 3a, welcher hier als Auslass dient, abgeführt. Alternativ kann die über den dritten 3a oder über den vierten fluidischen Anschluss 4a zugeführte Pufferlösung oder das erste Medium ohne Tumor- Organoide auch über den zweiten fluidischen Anschluss 2a, welcher hier als Auslass dient, abgeführt werden.
Im nächsten Schritt erfolgt das Zuführen eines zweiten Mediums, in welches die auf dem Rückhalteelement 7 zurückgehaltenen Tumor-Organoide überführt bzw. suspendiert werden sollen, über den zweiten fluidischen Anschluss 2a, welche hier als Einlass dient und Fördern des zweiten Mediums über den zweiten mikrofluidischen Kanal 2 durch das Rückhalteelement 7 von einer zweiten Seite 7b des Rückhalteelements 7 auf eine erste Seite 7a des Rückhalteelements 7 bis sich alle bzw. möglichst viele Tumor-Organoide vom Rückhalteelement 7 gelöst haben und somit in das zweite Medium übergegangen sind. Anschließend wird das zweite Medium mit den Tumor-Organoiden über den ersten fluidischen Anschluss la, welche hier als Auslass dient, abgeführt. Alternativ wird das zweite Medium mit den Tumor-Organoide über den dritten fluidischen Anschluss 3a oder über den vierten fluidischen Anschluss 4a oder über eine Kombination der fluidischen Anschlüsse la, 3a, 4a, welche hier als Auslass dienen, abgeführt.
Alternativ oder zusätzlich zum Zuführen des zweiten Mediums über den zweiten fluidischen Anschluss 2a und zum Fördern des zweiten Mediums über den zweiten mikrofluidischen Kanal 2 wird das zweite Medium, in welches die auf dem Rückhalteelement 7 zurückgehaltenen Tumor-Organoide überführt bzw. suspendiert werden sollen über den dritten fluidischen Anschluss 3a oder über den vierten fluidischen Anschluss 4a als Einlass zugeführt und über das zweite Kanalsystem entlang der ersten Seite 7a des Rückhalteelements 7 gefördert. Hierbei werden die zurückgehaltenen Tumor-Organoide von der ersten Seite 7a des Rückhalteelements 7 abgelöst und gehen in das zweite Medium über. Anschließend wird das zweite Medium mit den Tumor-Organoiden über den dritten fluidischen Anschluss 3a bzw. über den vierten fluidischen Anschluss 4a, welche hier als Auslass dienen, abgeführt.
Das Zuführen des zweiten Mediums über den dritten 3a oder vierten fluidischen Anschluss 4a erfolgt hierbei beispielsweise zeitgleich zum Zuführen des zweiten Mediums über den zweiten fluidischen Anschluss 2a und/oder das fluidische Fördern des zweiten Mediums über das zweite Kanalsystem erfolgt zeitgleich zum fluidischen Fördern des zweiten Mediums über das erste Kanalsystem. Alternativ kann hierbei auch das dem zweiten fluidischen Anschluss 2a zugeführte zweite Medium durch das Rückhalteelement 7 geführt werden und über den dritten 3a oder vierten fluidischen Anschluss 4a wieder abgeführt werden.
Alternativ erfolgt das Zuführen des zweiten Mediums über den dritten 3a oder vierten fluidischen Anschluss 4a zeitversetzt zum Zuführen des zweiten Mediums über den zweiten fluidischen Anschluss 2a und/oder das fluidische Fördern des zweiten Mediums über das zweite Kanalsystem erfolgt zeitversetzt zum fluidischen Fördern des zweiten Mediums über das erste Kanalsystem. Alternativ kann hierbei auch das dem zweiten fluidischen Anschluss 2a zugeführte zweite Medium durch das Rückhalteelement 7 geführt werden und über den dritten 3a oder vierten fluidischen Anschluss 4a wieder abgeführt werden.
Auf diese Weise werden Tumor-Organoide mit einem gewünschten Mindestdurchmesser vom ersten in das zweite Medium überführt. Durch die Querströmung in dem zweiten Kanalsystem zwischen dem dritten fluidischen Anschluss 3a und dem vierten fluidischen Anschluss 4a, wird die Ablösung der Tumor-Organoide vom Rückhalteelement 7 unterstützt und verbessert.
Optional erfolgt gleichzeitig oder nach dem Schritt des Abführens des ersten Mediums ohne Tumor-Organoide und/oder gleichzeitig mit dem oben beschriebenen Waschschritt oder nach jenem Waschschritt das Zuführen einer Enzymlösung zur Dissoziation der rückgehaltenen Tumor-Organoide und/oder eines Lysepuffers zur Lyse der rückgehaltenen Tumor-Organoide und/oder einer Färbereagenz zum Anfärben der rückgehaltenen Tumor- Organoide über den ersten fluidischen Anschluss la als Einlass und/oder über den dritten 3a oder vierten fluidischen Anschluss 4a als Einlass sowie das fluidische Fördern der Enzymlösung und/oder des Lysepuffers und/oder der Färbereagenz durch das Rückhalteelement 7 über das erste Kanalsystem von einer ersten Seite 7a des Rückhalteelements 7 auf eine zweite Seite 7b des Rückhalteelements 7 und/oder über das zweite Kanalsystem entlang der ersten Seite 7a des Rückhalteelements 7 oder über andere Kombinationen der mikrofluidischen Kanäle 1, 2, 3, 4. Die Enzymlösung und/oder der Lysepuffer und/oder das Färbereagenz werden schließlich über den zweiten fluidischen Anschluss 2a und/oder über den dritten 3a oder vierten fluidischen Anschluss 4a abgeführt.
Weiterhin optional erfolgt nach Beendigung der beschriebenen Verfahrensschritte ein Spülschritt zur Reinigung der mikrofluidischen Vorrichtung 10. Hierbei erfolgt das Durchspülen von zumindest zwei mikrofluidischen Kanälen 1, 2, 3, 4 mit einem Spülmittel, sodass das Spülmittel durch das Rückhalteelement 7 hindurch und/oder entlang der ersten Seite 7a des Rückhalteelements 7 geführt wird.
Die Flussrate der durch die mikrofluidischen Kanäle 1, 2, 3, 4 geführten Medien, Puffer und Reagenzien liegt beispielsweise zwischen 0,01 pl/s und 200 pl/s, und bevorzugt zwischen 0,2 pl/s und 5 pl/s. Hierbei ist die Flussrate konstant oder variierend, insbesondere pulsierend.
Die Strömung zwischen den fluidischen Anschlüssen la, 2a, 3a, 4a kann beispielsweise auch moduliert werden, indem die Förderrichtung des zweiten Mediums temporär gewechselt wird durch aufeinanderfolgendes Vorwärts- und Rückwärtsfördern des zweiten Mediums. Auch ist eine kombinierte Modulation der Strömungen zwischen dem ersten la, dem zweiten 2a, dem dritten 3a und dem vierten fluidischen Anschluss 4a möglich.
Das Zu- und Abführen der Medien, Puffer und Reagenzien und/oder das fluidische Fördern der Medien, Puffer und Reagenzien erfolgt beispielsweise durch zumindest eine mikrofluidische Pumpeinheit und insbesondere durch zumindest eine druckbetriebene Elastomermembran-Pumpe.
Ein Volumenstrom wird beispielsweise durch eine Pumpkammer mit Einlass- und Auslassventil und/oder durch mindestens drei aktive Pumpelemente, welche in einer peristaltischen Sequenz aktiviert werden, erzeugt.
In Figur 2 ist eine Draufsicht auf die erfindungsgemäße mikrofluidische Vorrichtung 10 gemäß Figur 1 dargestellt mit einer vorteilhaften Anordnung der mikrofluidischen Kanäle 1, 2, 3, 4.
Das erste Kanalsystem wird durch den ersten mikrofluidischen Kanal 1 und den zweiten mikrofluidischen Kanal 2 gebildet. Der zweite mikrofluidische Kanal 2 verläuft in versetzter Ebene in die gleiche Richtung wie der erste mikrofluidische Kanal 1. Das zweite Kanalsystem wird durch den dritten mikrofluidischen Kanal 3 und den vierten mikrofluidischen Kanal 4 gebildet, und verläuft in eine Richtung 90° versetzt zum ersten Kanalsystem. Hierbei verläuft der vierte mikrofluidische Kanal 4 in die gleiche Richtung wie der dritte mikrofluidische Kanal 3.
Durch diese Anordnung der mikrofluidischen Kanäle 1, 2, 3, 4 ist ein optimaler Fluss durch die mikrofluidische Vorrichtung 10 gewährleistet.
Figur 3 zeigt einen Querschnitt durch eine erfindungsgemäße, insbesondere mikrofluidische, Kartusche 100, welche eine mikrofluidische Vorrichtung 10 gemäß Fig. 1 umfasst.
Claims
1. Mikrofluidische Vorrichtung (10) umfassend ein Rückhalteelement (7), insbesondere einen Mikrofilter und/oder ein Mikrosieb mit Poren, dadurch gekennzeichnet, dass die mikrofluidische Vorrichtung (10) zumindest vier mikrofluidische Kanäle (1, 2, 3, 4) mit je einem fluidischen Anschluss (la, 2a, 3a, 4a) umfasst, wobei ein erster mikrofluidischer Kanal (1) und ein zweiter mikrofluidischer Kanal (2) ein erstes Kanalsystem bilden, welches durch das Rückhalteelement (7) hindurchführt und wobei ein dritter mikrofluidischer Kanal (3) und ein vierter mikrofluidischer Kanal (4) ein, insbesondere fluidisch mit dem ersten Kanalsystem verbundenes, zweites Kanalsystem bilden, welches entlang einer ersten Seite (7a) des Rückhalteelements (7) führt.
2. Mikrofluidische Vorrichtung (10) nach Anspruch 1, dadurch gekennzeichnet, dass die Poren des Rückhalteelements (7) einen Porendurchmesser von 50 - 1000 pm, bevorzugt von 75 - 500 pm, aufweisen.
3. Mikrofluidische Vorrichtung (10) nach einem der vorhergehenden Ansprüche, dadurch gekennzeichnet, dass das Rückhalteelement (7) ein Metall, insbesondere Gold, Kupfer, Edelstahl, Titan, Molybdän und/oder Aluminium umfasst und/oder dass das Rückhalteelement (7) Silizium, einen Kunststoff, eine Keramik und/oder einen Verbundwerkstoff umfasst.
4. Mikrofluidische Vorrichtung (10) nach einem der vorhergehenden Ansprüche, dadurch gekennzeichnet, dass das Rückhalteelement (7) eine einer Probe aussetzbare Fläche von 1 - 500 mm2, bevorzugt von 3 - 100 mm2, aufweist.
5. Mikrofluidische Vorrichtung (10) nach einem der vorhergehenden Ansprüche, dadurch gekennzeichnet, dass das Rückhalteelement (7) eine Dicke von 0,5 - 20 pm, bevorzugt von 1 - 15 pm, aufweist.
6. Mikrofluidische Vorrichtung (10) nach einem der vorhergehenden Ansprüche, dadurch gekennzeichnet, dass das Rückhalteelement (7) mittels Kleben, Umspritzen oder Laserschweißen in die mikrofluidische Vorrichtung integrierbar ist.
7. Mikrofluidische Vorrichtung (10) nach einem der vorhergehenden Ansprüche, dadurch gekennzeichnet, dass die mikrofluidischen Kanäle (1, 2, 3, 4) Abmessungen
von 100 - 1000 pm, bevorzugt von 300 - 600 pm, umfassen. Mikrofluidische Vorrichtung (10) nach einem der vorhergehenden Ansprüche, dadurch gekennzeichnet, dass die mikrofluidischen Kanäle (1, 2, 3, 4) ein Polymer, insbesondere ein Polycarbonat (PC), ein Polypropylen (PP), ein Polyethylen (PE), ein Cycloolefin-Polymer (COP), ein Cycloolefin-Copolymer (COC), Polymethylmethacrylat (PMMA) und/oder Polydimethylsiloxan (PDMS) umfassen mit einer Wandstärke von 0,6 - 30 mm, bevorzugt von 1 - 10 mm. Mikrofluidische Vorrichtung (10) nach einem der vorhergehenden Ansprüche, dadurch gekennzeichnet, dass zumindest einer der mikrofluidischen Kanäle (1, 2, 3, 4) schließbar ist, insbesondere mittels eines Ventils und/oder mittels einer Verformung des mikrofluidischen Kanals (1, 2, 3, 4). Verfahren zur mikrofluidischen Überführung von, insbesondere lebenden, Probenbestandteilen von einem ersten Medium in ein zweites Medium unter Verwendung einer mikrofluidischen Vorrichtung (10) gemäß einem der Ansprüche 1-9 mit nachfolgenden Schritten: a) Zuführen eines ersten Mediums mit Probenbestandteilen einer Probe über einen ersten fluidischen Anschluss la als Einlass b) Fluidisches Fördern des ersten Mediums durch ein Rückhalteelement (7) über ein erstes Kanalsystem von einer ersten Seite (7a) des
Rückhalteelements (7) auf eine zweite Seite (7b) des Rückhalteelements (7), wobei die Probenbestandteile mit einem Durchmesser größer der Porendurchmesser des Rückhalteelements (7) zurückgehalten werden. c) Abführen des ersten Mediums ohne die rückgehaltenen Probenbestandteile über einen zweiten fluidischen Anschluss (2a) als Auslass. d) Zuführen eines zweiten Mediums in welches die auf dem Rückhalteelement (7) rückgehaltenen Probenbestandteile überführt werden sollen über den zweiten fluidischen Anschluss (2a) als Einlass und/oder über den dritten (3a) oder vierten fluidischen Anschluss (4a) als Einlass.
e) Fluidisches Fördern des zweiten Mediums über den zweiten mikrofluidischen Kanal (2) durch das Rückhalteelement (7) von einer zweiten Seite (7b) des Rückhalteelements (7) auf eine erste Seite (7a) des Rückhalteelements (7) und/oder fluidsches Fördern des zweiten Mediums über das zweite Kanalsystem entlang der ersten Seite (7a) des Rückhalteelements (7), wobei die rückgehaltenen Probenbestandteile vom Rückhalteelement (7) abgelöst werden. f) Abführen des zweiten Mediums mit den Probenbestandteilen über den ersten fluidischen Anschluss (la) als Auslass und/oder über den dritten (3a) oder vierten fluidischen Anschluss (4a) als Auslass. Verfahren nach Anspruch 10, wobei in Schritt d) das Zuführen des zweiten Mediums über den dritten (3a) oder vierten fluidischen Anschluss (4a) zeitgleich zum Zuführen des zweiten Mediums über den zweiten fluidischen Anschluss (2a) erfolgt und/oder wobei in Schritt e) das fluidische Fördern des zweiten Mediums über das zweite Kanalsystem entlang der ersten Seite (7a) des Rückhalteelements (7) zeitgleich zum fluidischen Fördern des zweiten Mediums über den zweiten mikrofluidischen Kanal (2) durch das Rückhalteelement (7) von einer zweiten Seite (7b) des Rückhalteelements (7) auf eine erste Seite (7a) des Rückhalteelements (7) erfolgt. Verfahren nach Anspruch 10, wobei in Schritt d) das Zuführen des zweiten Mediums über den dritten (3a) oder vierten fluidischen Anschluss (4a) zeitversetzt zum Zuführen des zweiten Mediums über den zweiten fluidischen Anschluss (2a) erfolgt und/oder wobei in Schritt e) das fluidische Fördern des zweiten Mediums über das zweite Kanalsystem entlang der ersten Seite (7a) des Rückhalteelements (7) zeitversetzt zum fluidischen Fördern des zweiten Mediums über den zweiten mikrofluidischen Kanal (2) durch das Rückhalteelement (7) von einer zweiten Seite (7b) des Rückhalteelements (7) auf eine erste Seite (7a) des Rückhalteelements (7) erfolgt. Verfahren nach einem der Ansprüche 10-12, wobei gleichzeitig mit Schritt c) und/oder nach Schritt c) folgende Waschschritte erfolgen: c') Zuführen einer Pufferlösung oder eines ersten Mediums ohne Probenbestandteile über den ersten fluidischen Anschluss (la) und/oder über den dritten (3a) oder
25 vierten fluidischen Anschluss (4a) als Einlass c") Fluidisches Fördern der Pufferlösung oder des ersten Mediums ohne Probenbestandteile über das erste Kanalsystem durch das Rückhalteelement (7) von einer ersten Seite (7a) des Rückhalteelements (7) auf eine zweite Seite (7b) des Rückhalteelements (7) und/oder über das zweite Kanalsystem entlang der ersten Seite (7a) des Rückhalteelements (7). Verfahren nach einem der Ansprüche 10-13, wobei gleichzeitig mit Schritt c) und/oder nach Schritt c) oder nach Schritt c") nachfolgende Schritte erfolgen: c'") Zuführen einer Enzymlösung zur Dissoziation der rückgehaltenen Probenbestandteile und/oder eines Lysepuffers zur Lyse der rückgehaltenen Probenbestandteile und/oder einer Färbereagenz zum Anfärben der rückgehaltenen Probenbestandteile über den ersten fluidischen Anschluss (la) als Einlass und/oder über den dritten fluidischen Anschluss (3a) oder den vierten fluidischen Anschluss (4a) als Einlass c"") Fluidisches Fördern der Enzymlösung und/oder des Lysepuffers und/oder der Färbereagenz durch das Rückhalteelement (7) über das erste Kanalsystem von einer ersten Seite (7a) des Rückhalteelements (7) auf eine zweite Seite (7b) des Rückhalteelements (7) und/oder über das zweite Kanalsystem entlang der ersten Seite (7a) des Rückhalteelements (7). Verfahren nach einem der Ansprüche 10-14, wobei auf Schritt f) folgender Spülschritt erfolgt: h) Durchspülen von zumindest zwei mikrofluidischen Kanälen (1, 2, 3, 4), mit einem Spülmittel, sodass das Spülmittel durch das Rückhalteelement (7) hindurch und/oder entlang der ersten Seite (7a) des Rückhalteelements (7) geführt wird. Verfahren nach einem der Ansprüche 10-15, wobei die Flussrate der durch die mikrofluidischen Kanäle (1, 2, 3, 4) geführten Medien, Puffer und Reagenzien zwischen 0,01 pl/s und 200 pl/s, bevorzugt zwischen 0,2 pl/s und 5 pl/s, liegt und wobei die Flussrate konstant oder variierend, insbesondere pulsierend ist.
26 Verfahren nach einem der Ansprüche 10-16 wobei in Schritt e) die Förderrichtung des zweiten Mediums temporär gewechselt wird durch aufeinanderfolgendes Vorwärts- und Rückwärtsfördern des zweiten Mediums Verfahren nach einem der Ansprüche 10-17 wobei das Zu- und Abführen der Medien, Puffer und Reagenzien und/oder das fluidische Fördern der Medien, Puffer und Reagenzien durch zumindest eine mikrofluidische Pumpeinheit erfolgt, insbesondere durch zumindest eine druckbetriebene Elastomermembran-Pumpe. Verfahren nach Anspruch 18, wobei ein Volumenstrom durch eine Pumpkammer mit Einlass- und Auslassventil und/oder durch mindestens drei aktive Pumpelemente, welche in einer peristaltischen Sequenz aktiviert werden, erzeugt wird. Verfahren nach einem der Ansprüche 10-19, wobei die, insbesondere lebenden, Probenbestandteile Zellen oder Zellagglomerate, insbesondere Tumor-Organoide und/ oder von einer Gelstruktur umschlossene Zellen oder Zellagglomerate, insbesondere Tumor-Organoide und/oder Nukleinsäuren, Proteine und/oder Kügelchen sind. Kartusche (100), insbesondere mikrofluidische Kartusche (100), umfassend eine mikrofluidische Vorrichtung (10) nach einem der Ansprüche 1-9.
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