WO2009065863A1 - Maïs presentant une tolerance accrue aux maladies fongiques - Google Patents

Abstract

La présente invention se rapporte au domaine de l'amélioration de la digestibilité et de la tolérance du maïs aux pathogènes fongiques et notamment à la fusariose par l'introgression de l'allèle G2092.

Description

MAIS PRESENTANT UNE TOLERANCE ACCRUE AUX MALADIES

FONGIQUES

La présente invention se rapporte au domaine de l'amélioration du maïs, en particulier l'amélioration de la digestibilité du maïs, et de la tolérance du maïs aux pathogènes fongiques et notamment à la fusariose.

La présente invention concerne plus précisément la mise au point d'un allèle particulier du gène CCoAOMT2 chez le maïs. La présence de cet allèle a pour conséquence une amélioration de la digestibilité (digestibilité accrue) et de la tolérance à la fusariose par rapport à un maïs isogénique ne possédant pas l'allèle.

La quantité de lignine présente dans la plante est également diminuée.

La lignine est l'un des deux composants majoritaires de la paroi végétale avec la cellulose. La paroi végétale principalement constituée de cellulose, hémicellulose et de lignine offre à la cellule une barrière naturelle contre l'extérieur. De nombreuses études ont démontré que l'une des réponses aux stress biotiques (attaques pathogènes) ou abiotiques (sécheresse, vent...) consiste en un renforcement de la paroi végétale en particulier en une teneur supérieure en lignines. Par ailleurs, de nombreux secteurs agronomiques ou industriels voient leurs rendements directement liés à la teneur et/ou à la composition en lignine de la paroi, notamment l'industrie papetière, la production de combustibles (notamment la biomasse destinée aux biocarburants) ou la production d'ensilage.

Par exemple, on peut améliorer la qualité du maïs d'ensilage en diminuant la teneur en lignine ou en en modifiant la composition. L'ensilage de maïs est un aliment intéressant : le rendement au champ est relativement élevé, la récolte et le stockage sont aisés, les qualités nutritionnelles sont stables et peuvent aisément être complémentées en protéines par d'autres ensilages de fourrage ou par des tourteaux de soja. Une expérimentation menée par Emile (1995, Annales de zootechnie) démontre qu'alimenter du bétail avec un maïs plus digestible permet d'augmenter la production laitière jour et la prise de poids par rapport à une alimentation avec un maïs moins digestible. L'optimisation des qualités de l'ensilage de maïs consiste ainsi à augmenter l'énergie nette fournie par ce type d'alimentation en améliorant sa digestibilité et donc en diminuant la teneur en lignine.

Ainsi, la sélection ou l'obtention de plantes de maïs plus digestibles, notamment dont la voie de biosynthèse des lignines est modifiée est un des axes privilégiés d'amélioration du maïs. Il convient toutefois que les plantes sélectionnées possèdent de bons rendements et soient peu sensibles aux divers stress

(mécanique, hydrique...).

Par ailleurs, les maïs sont soumis aux attaques de nombreux pathogènes. Parmi ceux-ci, on peut citer les virus, bactéries, mais aussi les pathogènes fongiques, responsables de nombreuses maladies, et parfois de la présence de mycotoxines.

Ainsi, le maïs peut être attaqué par des champignons responsables de fusarioses (due aux Fusarium, dont F. roseum, F. gramninearum, F. liseola, F. monoliformé), de charbon (commun ou des inflorescences, du à Ustilago zeae, Ustilago maydis), d'anthracnose (Colletotrichum graminicold), de kabatiellose, d'helminthosporiose (Helminthosporium turcicum), de rouille (Puccinia maydis), de mildiou. D'une façon générale, les attaques fongiques sont responsables de dessèchement et/ou de pourriture des plantes, qui sont localisées différemment selon le pathogène. Les champignons du genre Fusarium sont responsables de la fusariose. On peut citer les espèces F. graminearum, et F. moniliforme pathogènes du maïs et dont l'importance varie suivant les conditions climatiques et la précocité des variétés de maïs. On peut distinguer la fusariose de l'épi de la fusariose de la tige, les processus infectieux étant très différents. Certains agents pathogènes sont cependant communs aux deux types de fusariose. Plusieurs modes de contamination de la plante par le champignon sont connus, comme la pénétration du mycélium infectieux dans la plante par des lésions imputables aux insectes et aux oiseaux, ou bien la pénétration directe au niveau des soies de l'épi aboutissant à l'infection des grains. Dans le cas de la fusariose de la tige, la contamination peut également avoir lieu via les semences ou plus rarement les racines.

La fusariose de l'épi qui entraîne une destruction des grains diminue le rendement des cultures de maïs. Les agents pathogènes en cause sont par ailleurs très dommageables car ils accumulent dans les grains détruits ou non différentes mycotoxines (Zéaralenone, Deoxynivalénol, Fumonisines), qui présentent des niveaux de toxicité variables suivant les espèces animales et sont difficiles à éliminer. Les traitements fongicides sont difficiles d'utilisation et n'ont qu'un effet limité à l'encontre des Fusarium. La meilleure façon de combattre la fusariose de l'épi est l'utilisation de la résistance génétique. Peu d'hybrides possèdent actuellement une telle résistance, qui, quand elle existe, est une résistance partielle qui reste modérée. II apparaît donc important d'identifier des méthodes pour augmenter la tolérance aux maladies fongiques chez le maïs.

La présente demande montre que la présence de l'allèle G2092 du gène CCoAOMT2 de maïs permet d'obtenir un maïs à la fois plus digestible et présentant une meilleure tolérance aux maladies fongiques, et notamment à la fusariose. Ce maïs présente également une résistance aux maladies fongiques causées par des pathogènes fongiques tels que ceux décrits ci-avant.

L'allèle G2092 est un mutant d'insertion dans le gène CCoAOMT2 de la voie des phénylpropanoïdes, et plus particulièrement la voie de biosynthèse de la lignine. Cette voie des phénylpropanoïdes conduit, à partir de la phénylalanine, à la synthèse d'une grande variété de substances telles que les anthocyanes, les isoflavonoïdes, les stilbènes, des ester d'acides hydroxycinnamiques, ou encore à la lignine. La lignine assure rigidité aux parois cellulaires et imperméabilité aux tissus conducteurs.

La Caffeoyl Coenzyme-A O-Méthyl Transférase (CCoAOMT) est une enzyme importante de la voie de bio synthèse des monolignols et plus particulièrement des sous-unités G. La CCoAOMT semble intervenir au cours de plusieurs étapes de la voie de biosynthèse des lignines. Ainsi, elle serait impliquée dans une voie alternative de méthylation de la biosynthèse des lignines chez les zinnia, et la voie de méthylation médiée par la CCoAOMT serait probablement une des voies générales de la biosynthèse des lignines pendant la croissance et le développement de la plante.

Chez le maïs, deux gènes codent pour la CCoAOMT : le gène CCoAOMTl (GenBank AJ242980), situé sur le chromosome 6 et le gène CCoAOMT2 (GenBank AJ242981, SEQ ID N° 2), situé sur le chromosome 9.

Les demandes de brevet WO9910498 et WOO 134817 concernent entre autres, le gène de la CCoAOMTl de maïs.

Dans la demande WO 03/054229, les inventeurs ont mis en évidence la colocalisation du gène CCoAOMT2, situé sur le chromosome 9, avec un QTL de digestibilité et un QTL de teneur en lignine des parois. Ils ont en outre identifié des mutations du gène CCoAOMT2 créant des allèles polymorphes associés à la digestibilité du maïs. L'utilisation de la variation allélique de CCoAOMT2 pour contrôler la digestibilité de maïs ensilage est également décrite dans Guillet-Claude et al. (Theor Appl Genêt. 2004 Dec;l 10(1): 126-35).

La présente demande a pour objet de fournir à l'homme du métier un maïs qui possède effectivement une digestibilité améliorée et une tolérance accrue aux pathogènes fongiques, par la mise au point d'un allèle favorable de la CCoAOMT2 (appelé G2092), l'insertion d'un transposon ayant été effectuée après le nucléotide 1186 dans le gène représenté par SEQ ID N° 1, qui correspond à l'ADN génomique pour cette enzyme. La demande décrit également une méthode pour obtenir un maïs ayant une tolérance accrue à un pathogène fongique, comprenant l'introgression de l'allèle G2092 ainsi identifié dans ledit maïs.

La séquence d'un ADNc (GenBank AJ24981) est représentée par SEQ ID N° 2, la partie codante s'étendant des nucléotides 70 à 865 pour cette séquence. Il est clair que ces séquences ne sont données qu'à titre d'exemples, et que l'homme du métier est à même d'identifier lui-même les séquences génomique et/ou d'ARNm de la CCoAOMT2 pour différentes variétés de maïs, notamment dans la base de données GenBank (séquences AY279004 à AY279035) ou dans Guillet- Claude et al (2004, op. cit.) Le maïs selon l'invention présente une altération quantitative et/ou qualitative de la synthèse de la lignine, ainsi qu'une meilleure tolérance aux pathogènes fongiques.

Par « altération quantitative de la synthèse de lignine », on entend désigner une diminution de la quantité de lignine dans le maïs modifié selon l'invention par rapport à un maïs normal (témoin non modifié selon l'invention), évalué, par exemple par mesure de la lignine de Klason ou de la lignine obtenue par détergent acid (acid détergent lignin) selon des méthodes bien connues dans l'art (voir par exemple Jung et al., J Agric Food Chem. 1999 May;47(5):2005-8 ; Jung et al, J Dairy Sci. 1997 Aug;80(8): 1622-8).

Par « altération qualitative de la synthèse de lignine », on entend désigner une modification dans la composition de la lignine de la plante modifiée selon l'invention par rapport à une plante témoin (non modifiée selon l'invention), par exemple une variation du rapport des sous unités S/G, ou une modification de la qualité d'acide férulique. Les méthodes d'analyse qualitative de la lignine sont également connues dans l'art. On peut notamment citer la RMN.

Parmi les pathogènes fongiques, on peut citer en particulier le genre

Fusarium, préférentiellement choisi parmi F. graminearum, F. liseola, F. rosβum et

F. monoliforme. Le maïs présente également une tolérance aux autres pathogènes fongiques cités plus avant et notamment aux pathogènes du genre

Helminthosporium, en particulier H. turcicum.

Des graines possédant l'allèle G2092 ont été déposées au NCIMB Limited, Ferguson Building, Craibstone Estate, Bucksburn, Aberdeen, Scotland, AB21 9YA, UK, le 14 novembre 2007, selon les dispositions du Traité de Budapest, sous le numéro NCIMB 41518.

L'invention concerne notamment une plante de maïs, ou un grain de maïs possédant ledit allèle G2092.

L'invention se rapporte également à un maïs ou un grain de maïs possédant à la fois l'allèle G2092 et un allèle du gène CCRl, appelé Δ3318, ledit allèle Δ3318 étant présent dans un échantillon représentatif de graines déposées au NCIMB sous le numéro NCIMB 41236 le 23 juillet 2004, selon les dispositions du traité de Budapest. Cet allèle Δ3318 est décrit dans la demande WO 2006/035045.

L'invention se rapporte également à un maïs ou un grain de maïs possédant à la fois l' allèle G2092 et un allèle du gène C4H, appelé D1938, ledit allèle D1938 étant présent dans un échantillon représentatif de graines déposées au NCIMB sous le numéro NCIMB 41507 le 15 octobre 2007, selon les dispositions du traité de

Budapest.

L'invention se rapporte également à un maïs ou un grain de maïs possédant à la fois l'allèle G2092, l'allèle du gène CCRl appelé Δ3318 et l'allèle du gène C4H appelé D1938.

De façon préférée, le maïs selon l'invention est un maïs « élite ». L'homme du métier connaît bien la définition d'un maïs élite. Par maïs élite, on entend un maïs destiné à générer des hybrides destinés à être commercialisés par croisement avec un autre maïs élite. Un maïs élite est défini comme tel en relation avec le territoire envisagé pour la commercialisation, ainsi que le(s) caractère(s) agronomique(s) recherché(s) pour la descendance hybride. Il s'agit notamment d'un maïs pouvant être inscrit dans un catalogue de référence.

Ainsi, selon que la descendance est destinée à l'alimentation humaine ou animale, on recherchera par exemple respectivement un rendement en grains ou un rendement à l'hectare et une bonne digestibilité, lorsque l'on évalue la nature « élite du maïs ».

Afin de déterminer le caractère élite d'un maïs, on compare des hybrides obtenus à partir de celui-ci aux hybrides commerciaux de référence (vendus pour le même objectif dans la même région), par des essais en champs, par relevé et mesures de caractères agronomiques appropriés à l'objectif recherché. Un maïs est défini comme élite si les résultats obtenus paramètres étudiés pour un hybride obtenu par croisement dudit maïs sont supérieurs à 90 % aux résultats relevés pour les mêmes paramètres des hybrides de référence.

Ainsi, un maïs élite est un maïs rassemblant le maximum de caractéristiques agronomiques nécessaires pour une pénétration économique du marché visé. Le marché du maïs étant aujourd'hui un marché d'hybrides, l'évaluation du caractère élite d'un maïs s'effectue également par l'aptitude dudit maïs à la combinaison/production d'hybrides.

Ainsi, la présente invention se rapporte préférentiellement à un maïs élite destiné à la commercialisation d'hybrides pour l'alimentation animale et l'ensilage, présentant l'allèle G2092. Ce maïs élite est donc homozygote pour Pallèle G2092.

Dans un autre mode de réalisation, l'invention se rapporte à un maïs hybride obtenu par croisement de deux lignées parentes homozygotes, ledit maïs hybride présentant un allèle G2092. Ce maïs hybride peut être homozygote (si chaque parent homozygote présente l'allèle G2092) ou hétérozygote pour l'allèle G2092.

L'invention se rapporte également à un maïs ou un grain de maïs, contenant un ou plusieurs transgènes en plus de l'allèle G2092. On peut citer des transgènes conférant une stérilité mâle, une fertilité mâle, la résistance à un herbicide (notamment le glyphosate, le glufosinate, Pimidazolinone, la sulfonylurée, la L- phosphinotricine, la triazine, le benzonitrile), la résistance aux insectes (notamment un transgène codant pour une toxine de Bacillus thuήngiensis), la tolérance au stress hydrique. Ces maïs peuvent être obtenus en croisant un maïs contenant l'allèle G2092 avec un maïs contenant ledit transgène. La mise en œuvre de rétrocroisements suivi d'une autofécondation permet d'obtenir un maïs élite homozygote pour l'allèle G2092 et le trangène. Toutefois, un maïs hybride contenant à la fois l'allèle G2092 et le transgène est également compris dans la portée de l'invention.

La présente invention fournit également à l'homme du métier les moyens permettant de sélectionner les plantes de maïs possédant des caractéristiques de tolérance aux pathogènes fongiques améliorées. Il suffit en effet d'effectuer une PCR, ou un Southern Blot (hybridation de l'ADN génomique sur membrane) pour suivre la présence de l'insertion dans le dernier exon du gène codant pour la CCoAOMT2. L'homme du métier peut aisément déterminer les amorces et sondes permettant d'identifier la présence de l'allèle G2092. L'invention se rapporte ainsi également à une méthode de suivi de l'allèle G2092, par des techniques de biologie moléculaires, et notamment via la PCR en utilisant les amorces mentionnées dans les exemples. L'invention fait également l'objet d'un procédé d'obtention de plantes de maïs possédant une tolérance aux pathogènes fongiques améliorée grâce à Pallèle G2092.

L'invention se rapporte également à une méthode pour obtenir une lignée de maïs présentant une meilleure tolérance aux maladies fongiques, comprenant l'étape d'introgression de l'allèle G2092, dans une lignée de référence, présentant un caractère agronomique de qualité. L'introgression du caractère est notamment réalisée par sélection, selon les méthodes connues dans l'art (croisements et autofécondation). On sélectionne notamment les plantes à l'aide de marqueurs moléculaires.

Le principe en est rappelé ci-dessous :

On réalise une série de rétrocroisements (back-cross) entre la lignée élite et la lignée portant l'allèle G2092.

Au cours des rétrocroisements, on peut sélectionner les individus porteurs de l'allèle G2092, et ayant recombiné le plus petit fragment de la lignée donneuse autour de cet allèle. En effet, grâce aux marqueurs moléculaires, on sélectionne les individus ayant pour les marqueurs proches du gène, le génotype de la lignée élite.

De plus, il est également possible d'accélérer le retour vers le parent élite grâce aux marqueurs moléculaires répartis sur l'ensemble du génome. A chaque rétrocroisement, seront choisis les individus ayant le plus de fragments issus du parent élite récurrent.

Avec une bonne mise en œuvre, dès la quatrième génération, on peut obtenir une lignée quasi isogénique de la lignée élite, c'est-à-dire identique à la lignée élite de départ, mais ayant intégré le locus portant l'allèle G2092. Dans un premier mode de réalisation de l'invention, pour le maïs, celle-ci se rapporte à une méthode pour obtenir un maïs présentant une tolérance aux pathogènes fongiques, consistant à : a) croiser une première lignée de maïs présentant l'allèle G2092 avec une seconde lignée de maïs ne présentant pas ledit allèle, b) effectuer un génotypage de la descendance obtenue et sélectionner les descendants présentant l'allèle G2092 ayant le meilleur génome ratio pour ce qui est de ladite seconde lignée, c) effectuer un rétrocroisement desdits descendants avec ladite seconde lignée de maïs, d) répéter si nécessaire les étapes b) et c) jusqu'à obtenir une lignée isogénique de ladite seconde lignée de maïs, présentant l'allèle G2092, e) de façon optionnelle, effectuer une auto-fécondation afin d'obtenir une plante homozygote pour l'allèle G2092.

Dans un autre mode de réalisation, l'invention se rapporte à une méthode pour obtenir un maïs présentant une digestibilité accrue, comprenant l'introgression de l'allèle G2092 dans ledit maïs, comprenant les étapes consistant à : a) croiser une première lignée de maïs présentant l'allèle G2092 avec un second maïs ne présentant pas ledit allèle, b) effectuer un génotypage de la descendance obtenue et sélectionner les descendants présentant l'allèle G2092, et ayant le meilleur génome ratio pour ce qui est dudit second maïs, c) effectuer un rétrocroisement desdits descendants avec ladite seconde lignée de maïs élite utilisable pour la production d'hybrides, d) répéter si nécessaire les étapes b) et c) jusqu'à obtenir une lignée isogénique dudit second maïs, présentant l'allèle G2092, e) de façon optionnelle, effectuer une auto-fécondation afin d'obtenir une plante homozygote pour l'allèle G2092.

Le génotypage de l'étape b) est effectué préférentiellement en utilisant des marqueurs moléculaires (marqueurs microsatellites par exemple), permettant de définir la part de chacun des deux parents dans la descendance. On sélectionne également, dans la descendance, les maïs qui possèdent le caractère génétique approprié pour ce qui est de l'allèle G2092, de façon classique, par les méthodes de biologie moléculaire (telles que PCR ou Southern Blot).

Les tolérance et/ou digestibilité accrues du maïs selon la présente invention le sont par rapport à un maïs quasi-isogénique ne comprenant pas l'allèle G2092.

De manière surprenante, il a été montré que la répétition des rétrocroisements entre les lignées sélectionnées à l'étape b) et le second maïs permet d'obtenir l'apparition d'un phénotype bien plus marqué au sein dudit second maïs. Par ailleurs, il est surprenant d'observer un tel phénotype alors que l'insertion est située dans le codon stop du gène codant pour la CCoAOMT2, et que la protéine devrait ainsi être produite et opérationnelle.

L'invention se rapporte également à une méthode dans laquelle on introgresse également l'allèle Δ3318 dans le maïs dans lequel on introgresse l'allèle G2092. L'introgression de Δ3318 est notamment effectuée selon les enseignements de WO 2006/035045, en utilisant notamment les amorces décrites dans les exemples de cette demande.

L'introgression de l'allèle D 1938 peut également être envisagée en parallèle avec l'introgression de l'allèle G2092 ou bien des deux allèles G2092 et D 1938. Par ailleurs, les résultats agronomiques observés après de multiples rétrocroisements (5 rétrocroisements et 2 auto-fécondations) ne montrent pas de différence entre les lignées isogéniques présentant la mutation et les plantes témoins.

Enfin, l'invention se rapporte à l'utilisation d'un maïs selon l'invention, pour la préparation d'une composition destinée à l'alimentation animale, à une méthode pour la préparation d'une composition destinée à l'alimentation animale comprenant l'ensilage d'un maïs selon l'invention, ainsi qu'à la composition destinée à l'alimentation animale, ainsi obtenue. En particulier, ledit maïs est particulièrement utile pour l'alimentation du bétail.

DESCRIPTION DES FIGURES

Figure 1 : représentation schématique de l'insertion de l'élément transposable

Mutator dans le dernier exon du gène CCoAOMT2. Les blocs gris correspondent aux exons, les traits correspondent aux introns.

EXEMPLES

Exemple 1. Identification d'un maïs présentant une insertion dans le gène

CCoAOMT2

Une lignée de maïs présentant une insertion d'un élément transposable à la position 1186 de la séquence de référence SEQ ID N°l est isolée (figure 1). L'allèle ainsi obtenu est appelé G2092. L'insertion de l'élément transposable se situe dans le triplet TGA (codant pour le codon stop de la protéine CCoAOMT2) dans le dernier exon du gène CCoAOMT2 (figure 1). Il est possible que cette insertion joue sur la conformation et/ou la stabilité de l'ARNm. Afin de déterminer si l'insertion est sous forme homozygote ou hétérozygote, un couple d'amorces a été défini : amorce sens CCoA2-intspé-21 de séquence SEQ ID N° 3 : GACCTCGTGGCGGACAAG et une amorce antisens CCoA2_16 de séquence SEQ ID N° 4 : CCAAGAAAGAGCCAGAGCCG.

En plus de ces deux amorces l'amorce OMuA (SEQ ID N° 5) : CTTCGTCCATAATGGCAATTATCTC spécifique de l'élément transposable endogène est utilisée. Cette amorce est dirigée vers l'extrémité du transposon.

Ces trois amorces peuvent être utilisées simultanément dans une expérience d'amplification PCR à partir d'ADN génomique (Température d'hybridation = 58°C). Le dépôt sur gel des produits d'amplification révèle : - l'obtention d'une seule bande d'environ 500 pb de long pour des plantes dites sauvages à ce locus (c'est à dire n'ayant pas la mutation) ;

- l'obtention de deux bandes d'environ 200 pb et 400 pb pour des plantes homozygotes mutantes, correspondant aux amplifications obtenues avec les amorces présentes dans le gène et dans le transposon (du fait de l'insertion, l'amplification avec les amorces CCoA2-intspé-21 et CCoA2_16 est impossible car trop longue) ;

- ou l'obtention de l'ensemble des trois bandes pour des plantes hétérozygotes.

Exemple 2 : Analyse phénotypique du mutant G2092 pour le caractère de résistance aux maladies fongiques

On dispose d'une plante mutante homozygote et d'un contrôle homozygote sauvage pour chaque événement d'insertion. Etant donné les stades avancés d'introgression de la mutation, on peut considérer que le mutant et le sauvage ne diffèrent que par la présence ou non de la mutation. L'expérimentation est réalisée selon le protocole suivant : • 2 lieux • 3 répétitions par lieu

• Inoculation artificielle de Fusarium monoliforme

• Notation des symptômes observés sur épis (note de 1 à 7). Il s'agit d'une notation visuelle d'intensité d'attaque sur épis : la note d'intensité d'attaque est calculée à partir du pourcentage de la surface de l'épi attaqué par le pathogène (Reid et alAgriculture and Agri-Food Canada, Ottawa, Ont. Technical Bulletin 1996-5E. 40 pp). Les notes correspondent à : 1 = 0% attaqué ; 2 = 1-3% ; 3 = 4-10% ; 4 = 11-25% ; 5 = 26-50% ; 6 = 51-75% ; 7 = 76-100%.

• Eventuellement dosage des mycotoxines (fumonisines)

Dans les exemples ci-dessous, les répétitions « lieux » ont été converties en « répétitions simples » de façon à réaliser une analyse statistique simple. L'analyse statistique a été réalisée sur chaque mutant de façon à savoir s'il existe une différence entre mutant (M) et sauvage ou témoin (S). Les résultats démontrent que l'insertion d'un transposon dans le gène CCoAOMT2, impliqués dans la voie du métabolisme des phénylpropanoïdes et de la lignine augmente la tolérance à une infection par Fusarium monoliforme. Cet effet est reproductible selon les lieux de culture. Mutant G2092 CCoAOMT2

* différence statistiquement significative.

Mutant plus résistant que sauvage ; effet modéré

Exemple 3 : Analyse phénotypique du mutant G2092 pour le caractère digestibilité Afin d'étudier plus précisément l'effet de l'insertion observée dans le gène CCoAOMT2 dans un maïs élite, on effectue des back-cross (rétrocroisements) successifs avec une lignée élite de maïs.

Cette méthode permet très rapidement d'obtenir des lignées quasi isogéniques ne différant que par le locus portant Pallèle modifié, les descendants étant testés pour posséder un ratio génome le plus proche possible de celui du parent élite tout en ayant l'allèle que l'on désire introgresser. Ces tests sont assistés par marqueurs moléculaires (techniques bien connues, microsatellites, AFLP...). Pour essayer d'apprécier l'effet de l'insertion au plus tôt (obtention de plantes homozygotes), des auto fécondations sont réalisées aux différents stades intermédiaires de back cross.

L'introgression de l'allèle G2092 permet d'obtenir une baisse de la quantité de lignine (Acid Détergent Lignin) après isolement des parois (Neutral Détergent Fibers), selon les méthodes connues de l'homme du métier.

Exemple 4 : Utilisation de l'allèle G2092 en sélection variétale

L'allèle G2092 est utilisé en sélection variétale. Le brassage génétique entre la variété résistante et des variétés présentant d'autres qualités agronomiques telles que des rendements élevés, de fort taux en protéines, une aptitude à la résistance à la germination sur pied, permet de sélectionner de nouvelles variétés regroupant l'ensemble des caractères souhaités. L'allèle G2092 conférant la résistance à la fusariose est suivi par marquage moléculaire au cours de ce processus de sélection variétale.

Ce schéma de sélection variétale peut également comprendre la sélection de variétés comprenant également l'allèle du gène CCRl, appelé Δ3318, ledit allèle étant présent dans un échantillon représentatif de graines déposées au NCIMB sous le numéro NCIMB 41236 et/ou, un allèle du gène C4H, appelé D1938, ledit allèle étant présent dans un échantillon représentatif de graines déposées au NCIMB sous le numéro NCIMB 41507.

Claims

Revendications

1. Maïs présentant un allèle du gène CCoAOMT2, appelé G2092 comprenant une insertion d'un transposon dans le dernier exon du gène CCoAOMT2, ledit allèle étant présent dans un échantillon représentatif de graines déposées au NCIMB sous le numéro NCIMB 41518.

2. Maïs selon la revendication 1, caractérisé en ce qu'il comprend également un allèle du gène CCRl , appelé Δ3318, ledit allèle étant présent dans un échantillon représentatif de graines déposées au NCIMB sous le numéro

NCIMB 41236 et/ou, un allèle du gène C4H, appelé D 1938, ledit allèle étant présent dans un échantillon représentatif de graines déposées au NCIMB sous le numéro NCIMB 41507.

3. Grain de maïs présentant un allèle du gène CCoAOMT2, appelé G2092 comprenant une insertion d'un transposon dans le dernier exon dudit gène, ledit allèle étant présent dans les graines déposées au NCIMB sous le numéro NCIMB 41518.

4. Grain de maïs selon la revendication 3, caractérisé en ce qu'il comprend également un allèle du gène CCRl, appelé Δ3318, ledit allèle étant présent dans un échantillon représentatif de graines déposées au NCIMB sous le numéro NCIMB 41236 et/ou, un allèle du gène C4H, appelé D1938, ledit allèle étant présent dans un échantillon représentatif de graines déposées au NCIMB sous le numéro NCIMB 41507.

5. Méthode pour obtenir un maïs présentant une tolérance accrue à un pathogène fongique, comprenant l'introgression de l' allèle G2092 du gène CCoAOMT2, présent dans un échantillon représentatif de graines déposées au NCIMB sous le numéro NCIMB 41518, dans ledit maïs, comprenant les étapes consistant à : a) croiser une première lignée de maïs présentant l'allèle G2092 avec un second maïs ne présentant pas ledit allèle, b) effectuer un génotypage de la descendance obtenue et sélectionner les descendants présentant l'allèle G2092, et ayant le meilleur génome ratio pour ce qui est dudit second maïs, c) effectuer un rétrocroisement desdits descendants avec ladite seconde lignée de maïs élite utilisable pour la production d'hybrides, d) répéter si nécessaire les étapes b) et c) jusqu'à obtenir une lignée isogénique dudit second maïs, présentant l'allèle G2092, e) de façon optionnelle, effectuer une auto-fécondation afin d'obtenir une plante homozygote pour l'allèle G2092.

6. Méthode pour obtenir un maïs présentant une digestibilité accrue, comprenant l'introgression de l'allèle G2092 du gène CCoAOMT2, présent dans un échantillon représentatif de graines déposées au NCIMB sous le numéro NCIMB 41518, dans ledit maïs, comprenant les étapes consistant à : a) croiser une première lignée de maïs présentant l'allèle G2092 avec un second maïs ne présentant pas ledit allèle, b) effectuer un génotypage de la descendance obtenue et sélectionner les descendants présentant l'allèle G2092, et ayant le meilleur génome ratio pour ce qui est dudit second maïs, c) effectuer un rétrocroisement desdits descendants avec ladite seconde lignée de maïs élite utilisable pour la production d'hybrides, d) répéter si nécessaire les étapes b) et c) jusqu'à obtenir une lignée isogénique dudit second maïs, présentant l'allèle G2092, e) de façon optionnelle, effectuer une auto-fécondation afin d'obtenir une plante homozygote pour l'allèle G2092.

7. Méthode selon la revendication 5, caractérisée en ce que ledit pathogène fongique est du genre Fusarium.

8. Méthode selon l'une des revendications 5 à 7, comprenant également l'introgression de Pallèle Δ3318 du gène CCRl, présent dans un échantillon représentatif de graines déposées au NCIMB sous le numéro NCIMB 41236, et/ou de l'allèle D 1938 du gène C4H, présent dans un échantillon représentatif de graines déposées au NCIMB sous le numéro NCIMB 41507, dans ledit maïs.

9. Utilisation d'un maïs selon la revendication 1 ou 2 pour la préparation d'une composition destinée à l'alimentation animale.

10. Méthode pour la préparation d'une composition destinée à l'alimentation animale comprenant l'ensilage d'un maïs selon la revendication 1 ou 2.