PHYTOCYSTATINE
La présente invention se rapporte à une nouvelle cystatine issue de Vigna unguiculata (Cystavine), ainsi qu'à ses applications dans la pharmacie, la cosmétique et l'agronomie, notamment pour la transgenèse végétale, pour la production de plantes résistantes à certains stress dont la sécheresse.
Le terme générique « Cystatine » est utilisé pour désigner les inhibiteurs des cystéines protéinases. Les cystatines sont des inhibiteurs très puissants et réversibles des protéinases de la classe des cystéines protéinases (« papaïne-like »). Ces endoprotéases sont caractérisées par la présence d'un résidu cystéine au site actif.
Les cystéines protéinases regroupent la papaïne, les cathepsines B, H, L, la protéinase A virale de l'hépatite, les cystéines protéinases (certaines caspases) impliquées dans la mort cellulaire programmée : apoptose, et les cystéines protéinases des plantes dont certaines sont également impliquées dans l' apoptose.
Leurs inhibiteurs, les cystatines, constituent une super-famille qui comprend plusieurs familles : les stefines, les cystatines, les kininogènes, les cathelines (cat L) et les phytocystatines (Turk et Bode, 1991).
Les Stefines sont constituées d'une chaîne simple dont la masse moléculaire est d'environ 11 kDa, elles ne présentent pas de ponts disulfores et ne sont pas glycosylées. On peut nommer les stefine A et B humaine, cystatines α et β de rat, orycystatine I et II de riz.
Les cystatines proprement dites sont caractérisées par la présence de deux ponts disulfores en C terminal, une taille d'environ 110 - 115 acides aminés et une masse moléculaire d'environ 13 kDa. On cite par exemple la Cystatine C humaine et la cystatine de blanc d'oeuf. les Kininogènes ont une masse moléculaire comprise entre 68 et 120 kDa en une seule chaîne protéique. Elles inhibent fortement la papaïne et la Cat L et faiblement les Cat B et H. leur propriété inhibitrice de la papaïne en font des inhibiteurs multi-fonctionnels. ils contiennent plusieurs domaines (souvent trois) « cystatin-like » dont les substrats diffèrent. Leur séquence possède des régions sensibles aux protéases et en particulier à l'aspartic protéinase (cathepsine D). Les kininogènes proviendraient des cystatines par triplication du gène.
Du fait de leur potentiel inhibiteur de protéases, les cystatines sont potentiellement très intéressantes pour des applications variées impliquant les protéases, et notamment pour des applications thérapeutiques dans le domaine des maladies liées aux phénomènes inflammatoires. Certaines applications cosmétiques sont également envisageables pour ces protéines.
La présente invention a pour objet une nouvelle cystatine, issue de l'espèce Vigna inguiculata, ainsi que la protéine recombinante correspondante. Cette nouvelle cystatine semble être une stefïne double. L'isolement de cette protéine a été effectué à partir d'un modèle de résistance au stress hydrique chez cette espèce végétale. L'obtention d'une nouvelle cystatine s'avère donc intéressante pour des applications pharmaceutiques et cosmétiques. De plus, le mode d'isolement de la protéine permet de prévoir des applications de cette protéine dans la transgenèse végétale, afin d'améliorer la résistance de plantes à la sécheresse. Enfin, les cystatines peuvent aussi être utiles dans la lutte contre les virus et insectes par les plantes transgéniques les contenant.
Ainsi, la présente invention a pour objet un acide nucléique purifié ou isolé, caractérisé en ce qu'il comprend une séquence nucléique choisie dans le groupe de séquences suivantes : a) SEQ ID N° 1 ; b) la séquence d'un fragment d'au moins 15 nucléotides consécutifs de SEQ ID N° 1 ; c) une séquence nucléique présentant un pourcentage d'identité d'au moins 80 %, après alignement optimal avec une séquence définie en a) ou b) ; d) une séquence nucléique s'hybridant dans des conditions de forte stringence avec une séquence nucléique définie en a) ou b) ; e) la séquence complémentaire ou la séquence de l'ARN correspondant à une séquence telle que définie en a), b), c) ou d). La séquence d'acides nucléiques selon l'invention définie en c) présente un pourcentage d'identité d'au moins 80 % après alignement optimal avec une séquence telle que définie en a) ou b) ci-dessus, de préférence 90 %, de façon plus préférée 95 %, de façon la plus préférée 98 %, ou 99 %.
Par acide nucléique, séquence nucléique ou d'acide nucléique, polynucléotide, oligonucléotide, séquence de polynucléotide, séquence nucléotidique, termes qui seront employés indifféremment dans la présente description, on entend désigner un enchaînement précis de nucléotides, modifiés ou non, permettant de définir un fragment ou une région d'un acide nucléique, comportant ou non des nucléotides non naturels, et pouvant correspondre aussi bien à un ADN double brin, un ADN simple brin que des produits de transcription desdits ADNs. Ainsi, les séquences nucléiques selon l'invention englobent également les PNA (Peptid Nucleic Acid), ou analogues. II doit être compris que la présente invention ne concerne pas les séquences nucléotidiques dans leur environnement chromosomique naturel, c'est-à-dire à l'état naturel. Il s'agit de séquences qui ont été isolées et/ou purifiées, c'est-à-dire qu'elles ont été prélevées directement ou indirectement, par exemple par copie, leur environnement ayant été au moins partiellement modifié. On entend ainsi également désigner les acides nucléiques obtenus par synthèse chimique.
De préférence, les séquences selon l'invention codent pour une protéine ou un polypeptide ayant une activité d'inhibition de la papaïne, et/ou des caspases, notamment la caspase 3, et ou de la calpaïne, et/ou de toute autre cystéine protéinase végétale. Le fragment selon l'invention contient au moins 15, 25, 50, 75, 100, 150,
200, 300, 500 nucléotides consécutifs de SEQ ID N° 1.
Par « pourcentage d'identité » entre deux séquences d'acides nucléiques ou d'acides aminés au sens de la présente invention, on entend désigner un pourcentage de nucléotides ou de résidus d'acides aminés identiques entre les deux séquences à comparer, obtenu après le meilleur alignement, ce pourcentage étant purement statistique et les différences entre les deux séquences étant réparties au hasard et sur toute leur longueur. On entend désigner par "meilleur alignement" ou "alignement optimal", l'alignement pour lequel le pourcentage d'identité déterminé comme ci-après est le plus élevé. Les comparaisons de séquences entre deux séquences d'acides nucléiques ou d'acides aminés sont traditionnellement réalisées en comparant ces séquences après les avoir alignées de manière optimale, ladite comparaison étant réalisée par segment ou par « fenêtre de comparaison » pour
identifier et comparer les régions locales de similarité de séquence. L'alignement optimal des séquences pour la comparaison peut être réalisé, outre manuellement, au moyen de l'algorithme d'homologie locale de Smith et aterman (1981), au moyen de Palgorith e d'homologie locale de Neddleman et unsch (1970), au moyen de la méthode de recherche de similarité de Pearson et Lipman (1988), au moyen de logiciels informatiques utilisant ces algorithmes (GAP, BESTFIT, BLAST P, BLAST N, FASTA et TFASTA dans le Wisconsin Genetics Software Package, Genetics Computer Group, 575 Science Dr., Madison, WI). Afin d'obtenir l'alignement optimal, on utilise de préférence le programme BLAST, avec la matrice BLOSUM 62. On peut également utiliser les matrices PAM ou PAM250.
Le pourcentage d'identité entre deux séquences d'acides nucléiques ou d'acides aminés est déterminé en comparant ces deux séquences alignées de manière optimale, la séquence d'acides nucléiques ou d'acides aminés à comparer pouvant comprendre des additions ou des délétions par rapport à la séquence de référence pour un alignement optimal entre ces deux séquences. Le pourcentage d'identité est calculé en déterminant le nombre de positions identiques pour lesquelles le nucléotide ou le résidu d'acide aminé est identique entre les deux séquences, en divisant ce nombre de positions identiques par le nombre total de positions comparées et en multipliant le résultat obtenu par 100 pour obtenir le pourcentage d'identité entre ces deux séquences.
Par séquences nucléiques présentant un pourcentage d'identité d'au moins 80 %, de préférence 90 %, de façon plus préférée 98 %, après alignement optimal avec une séquence de référence, on entend désigner les séquences nucléiques présentant, par rapport à la séquence nucléique de référence, certaines modifications comme en particulier une délétion, une troncation, un allongement, une fusion chimérique, et/ou une substitution, notamment ponctuelle, et dont la séquence nucléique présente au moins 80 %, de préférence 90 %, de façon plus préférée 98 %, d'identité après alignement optimal avec la séquence nucléique de référence. Il s'agit de préférence de séquences dont les séquences complémentaires sont susceptibles de s'hybrider spécifiquement avec les séquences SEQ ID N° 1 de l'invention. De préférence, les conditions d'hybridation spécifiques ou de forte stringence seront telles qu'elles assurent au moins 80 %, de préférence 90 %, de
façon plus préférée 98 % d'identité après alignement optimal entre l'une des deux séquences et la séquence complémentaire de l'autre.
Une hybridation dans des conditions de forte stringence signifie que les conditions de température et de force ionique sont choisies de telle manière qu'elles permettent le maintien de l'hybridation entre deux fragments d'ADN complémentaires. A titre d'illustration, des conditions de forte stringence de l'étape d'hybridation aux fins de définir les fragments polynucléotidiques décrits ci-dessus, sont avantageusement les suivantes.
L'hybridation ADN-ADN ou ADN-ARN est réalisée en deux étapes : (1) préhybridation à 42°C pendant 3 heures en tampon phosphate (20 mM, pH 7,5) contenant 5 x SSC (1 x SSC correspond à une solution 0,15 M NaCl + 0,015 M citrate de sodium), 50 % de formamide, 7 % de sodium dodécyl sulfate (SDS), 10 x Denhardt's, 5 % de dextran sulfate et 1 % d'ADN de sperme de saumon ; (2) hybridation proprement dite pendant une nuit à une température dépendant de la taille de la sonde (i.e. : 42°C, pour une sonde de taille > 100 nucléotides) suivie éventuellement de lavages non stringents et de 2 lavages stringents de 15 minutes à 42°C en 0,1 x SSC + 0,1 % SDS. Les conditions d'hybridation de forte stringence décrites ci-dessus pour un polynucléotide de taille définie, peuvent être adaptées par l'homme du métier pour des oligonucléotides de taille plus grande ou plus petite, selon l'enseignement de Sambrook et al., 1989.
Parmi les séquences nucléiques présentant un pourcentage d'identité d'au moins 80 %, de préférence 90 %, de façon plus préférée 98 %, ou 99 % après alignement optimal avec la séquence selon l'invention, on préfère également les séquences nucléiques variantes de SEQ ID N° 1, ou de ses fragments, c'est-à-dire l'ensemble des séquences nucléiques correspondant à des variants alléliques, c'est- à-dire des variations individuelles de la séquence SEQ ID N° 1. Ces séquences mutées naturelles correspondent à des polymorphismes présents chez les mammifères, en particulier chez l'être humain et, notamment, à des polymorphismes pouvant conduire à la survenue d'une pathologie, comme par exemple une dégénérescence cellulaire. De préférence, la présente invention concerne les séquences nucléiques variantes dans lesquelles les mutations conduisent à une modification de la séquence d'acides aminés du polypeptide, ou de ses fragments, codés par la séquence normale de SEQ ID N° 1.
On entend également désigner par séquence nucléique variante tout ARN ou ADNc résultant d'une mutation et/ou variation d'un site d'épissage de la séquence nucléique génomique dont l' ADNc a pour séquence SEQ ID N° 1.
L'invention concerne de préférence un acide nucléique purifié ou isolé selon la présente invention, caractérisé en ce qu'il comprend ou est constitué de la séquence SEQ ID N° 1, de sa séquence complémentaire ou de la séquence de l'ARN correspondant à SEQ ID N° 1.
L'invention concerne également un acide nucléique purifié ou isolé caractérisé en ce qu'il code pour un polypeptide possédant un fragment continu d'au moins 50, 75, de façon plus préférée 100, 150, de façon la plus préférée 175 acides aminés de la protéine SEQ ID N° 2, et présentant une activité d'inhibition de la papaïne, et/ou des caspases, notamment la caspase 3, et/ou de la calpaïne et/ou de toute autre cystéine protéinase végétale.
De préférence, on préfère les fragments de SEQ ID N° 1 qui comprennent les sites actifs situés aux acides aminés 53 à 57 ou 148 à 152 de SEQ ID N° 2. Un site putatif de coupure par une aspartic protéinase a également été identifié aux acides aminés 91 à 94 de SEQ ID N° 2. Ainsi, certains polypeptides préférés dans la présente invention consistent dans les polypeptides 1-90, ou 95-195 de SEQ ID N° 2. Ces deux fragments contiennent en effet un site actif d'inhibition des cystéine protéinases. L'existence de ces deux sites, et de deux fragments polypeptidiques dans Cystavine permet donc de définir cette protéine comme une stefine double.
Les amorces ou sondes, caractérisées en ce qu'elles comprennent une séquence d'un acide nucléique selon l'invention, font également partie de l'invention. Ainsi, la présente invention concerne également les amorces ou les sondes selon l'invention qui peuvent permettre en particulier de mettre en évidence ou de discriminer les séquences nucléiques variantes, ou d'identifier la séquence génomique des gènes dont l'ADNc est représenté par SEQ ID N° 1, en utilisant notamment une méthode d'amplification telle que la méthode PCR, ou une méthode apparentée.
L'invention concerne également l'utilisation d'une séquence d'acide nucléique selon l'invention comme sonde ou amorce, pour la détection, l'identification, le dosage ou l'amplification de séquence d'acide nucléique.
Selon l'invention, les polynucléotides pouvant être utilisés comme sonde ou comme amorce dans des procédés de détection, d'identification, de dosage ou d'amplification de séquence nucléique, présentent une taille minimale de 15 bases, de préférence de 20 bases, ou mieux de 25 à 30 bases. Les sondes et amorces selon l'invention peuvent être marquées directement ou indirectement par un composé radioactif ou non radioactif par des méthodes bien connues de l'homme du métier, afin d'obtenir un signal détectable et/ou quantifiable.
Les séquences de polynucléotides selon l'invention non marquées peuvent être utilisées directement comme sonde ou amorce.
Les séquences sont généralement marquées pour obtenir des séquences utilisables pour de nombreuses applications. Le marquage des amorces ou des sondes selon l'invention est réalisé par des éléments radioactifs ou par des molécules non radioactives. Parmi les isotopes radioactifs utilisés, on peut citer le P, le P, le S, le H ou le 125I. Les entités non radioactives sont sélectionnées parmi les ligands tels la biotine, l'avidine, la streptavidine, la dioxygénine, les haptènes, les colorants, les agents luminescents tels que les agents radioluminescents, chémoluminescents, bioluminescents, fluorescents, phosphorescents. Les polynucléotides selon l'invention peuvent ainsi être utilisés comme amorce et/ou sonde dans des procédés mettant en oeuvre notamment la technique de PCR (amplification en chaîne par polymérase) (Rolfs et al., 1991). Cette technique nécessite le choix de paires d'amorces oligonucléotidiques encadrant le fragment qui doit être amplifié. On peut, par exemple, se référer à la technique décrite dans le brevet américain U.S. N° 4,683,202. Les fragments amplifiés peuvent être identifiés, par exemple après une électrophorèse en gel d'agarose ou de polyacrylamide, ou après une technique chromatographique comme la filtration sur gel ou la chromatographie échangeuse d'ions, puis séquences. La spécificité de l'amplification peut être contrôlée en utilisant comme amorces les séquences nucléotidiques de polynucléotides de l'invention et comme matrices, des plasmides contenant ces séquences ou encore les produits d'amplification dérivés. Les fragments nucléotidiques amplifiés peuvent être utilisés comme réactifs dans des réactions d'hybridation afin de mettre en évidence la présence, dans un échantillon
biologique, d'un acide nucléique cible de séquence complémentaire à celle desdits fragments nucléotidiques amplifiés.
L'invention vise également les acides nucléiques susceptibles d'être obtenus par amplification à l'aide d'amorces selon l'invention. D'autres techniques d'amplification de l'acide nucléique cible peuvent être avantageusement employées comme alternative à la PCR (PCR-like) à l'aide de couple d'amorces de séquences nucléotidiques selon l'invention. Par PCR-like on entend désigner toutes les méthodes mettant en œuvre des reproductions directes ou indirectes des séquences d'acides nucléiques, ou bien dans lesquelles les systèmes de marquage ont été amplifiés, ces techniques sont bien entendu connues. En général il s'agit de l'amplification de l'ADN par une polymérase ; lorsque l'échantillon d'origine est un ARN il convient préalablement d'effectuer une transcription reverse. Il existe actuellement de très nombreux procédés permettant cette amplification, comme par exemple la technique SDA (Strand Displacement Amplification) ou technique d'amplification à déplacement de brin (Walker et al., 1992), la technique TAS (Transcription-based Amplification System) décrite par Kwoh et al. (1989), la technique 3SR (Self-Sustained Séquence Replication) décrite par Guatelli et al. (1990), la technique NASBA (Nucleic Acid Séquence Based Amplification) décrite par Kievitis et al. (1991), la technique TMA (Transcription Mediated Amplification), la technique LCR (Ligase Chain Reaction) décrite par Landegren et al. (1988), la technique de RCR (Repair Chain Reaction) décrite par Segev (1992), la technique CPR (Cycling Probe Reaction) décrite par Duck et al. (1990), la technique d'amplification à la Q-béta-réplicase décrite par Miele et al. (1983). Certaines de ces techniques ont depuis été perfectionnées. Dans le cas où le polynucléotide cible à détecter est un ARNm, on utilise avantageusement, préalablement à la mise en oeuvre d'une réaction d'amplification à l'aide des amorces selon l'invention ou à la mise en œuvre d'un procédé de détection à l'aide des sondes de l'invention, une enzyme de type transcriptase inverse afin d'obtenir un ADNc à partir de l'ARNm contenu dans l'échantillon biologique. L'ADNc obtenu servira alors de cible pour les amorces ou les sondes mises en oeuvre dans le procédé d'amplification ou de détection selon l'invention.
La technique d'hybridation de sondes peut être réalisée de manières diverses (Matthews et al., 1988). La méthode la plus générale consiste à immobiliser l'acide
nucléique extrait des cellules de différents tissus ou de cellules en culture sur un support (tels que la nitrocellulose, le nylon, le polystyrène) et à incuber, dans des conditions bien définies, l'acide nucléique cible immobilisé avec la sonde. Après l'hybridation, l'excès de sonde est éliminé et les molécules hybrides formées sont détectées par la méthode appropriée (mesure de la radioactivité, de la fluorescence ou de l'activité enzymatique liée à la sonde).
Selon un autre mode de mise en œuvre des sondes nucléiques selon l'invention, ces dernières peuvent être utilisées comme sondes de capture. Dans ce cas, une sonde, dite « sonde de capture », est immobilisée sur un support et sert à capturer par hybridation spécifique l'acide nucléique cible obtenu à partir de l'échantillon biologique à tester et l'acide nucléique cible est ensuite détecté grâce à une seconde sonde, dite « sonde de détection », marquée par un élément facilement détectable.
Parmi les fragments d'acides nucléiques intéressants, il faut ainsi citer en particulier les oligonucléotides anti-sens, c'est-à-dire dont la structure assure, par hybridation avec la séquence cible, une inhibition de l'expression du produit correspondant. Il faut également citer les oligonucléotides sens qui, par interaction avec des protéines impliquées dans la régulation de l'expression du produit correspondant, induiront soit une inhibition, soit une activation de cette expression. De tels oligonucléotides peuvent être utilisés en tant que produits thérapeutiques et médicaments pour réguler les phénomènes d'inflammation et de répression tumorale. L'utilisation de ses séquences sens ou antisens peut également être mise en œuvre in vitro, pour définir de nouveaux moyens de modèle et d'étude de la résistance au stress, notamment hydrique.
La présente invention concerne également un polypeptide isolé caractérisé en ce qu'il comprend un polypeptide choisi parmi : a) un polypeptide de séquence SEQ ID N° 2 ; b) un fragment d'au moins 5 acides aminés consécutifs d'un polypeptide défini en a) ; c) un fragment biologiquement actif d'un polypeptide défini en a) ; d) un polypeptide comportant au moins 80 % d'identité avec le polypeptide de a), b) ou c).
Par « polypeptide », on entend, au sens de la présente invention, désigner des protéines ou des peptides.
Un fragment selon l'invention présente de préférence au moins 5, 7, 8, 10, 15, 20, 25, 50 acides aminés consécutifs de SEQ ID N° 2. Par « fragment biologiquement actif », on entend un fragment possédant la même activité biologique que le fragment peptidique dont il est déduit, de préférence dans le même ordre de grandeur (à un facteur 10 près). Il présente de préférence au moins 5, 7, 8, 10, 15, 20, 25, 50 acides aminés consécutifs de SEQ ID N° 2. On note ainsi notamment les fragments contenant les sites actifs 53-57 et/ou
148-152 de SEQ ID N° 2, ainsi que les fragments contenant les acides aminés 1-90 ou 95-195 de SEQ ID N° 2.
De préférence une protéine ou un polypeptide selon l'invention présente une activité d'inhibition de la papaïne, et/ou des caspases, notamment la caspase 3, et/ou de la calpaïne et/ou de toute autre cystéine protéinase végétale.
De préférence un polypeptide selon l'invention est un polypeptide constitué de la séquence SEQ ID N° 2 (correspondant à la protéine codée par le gène Cystavine) ou d'une séquence possédant au moins 80 % d'identité avec SEQ ID N° 2 après alignement optimal. La séquence du polypeptide présente un pourcentage d'identité d'au moins
80 % après alignement optimal avec les séquences SEQ ID N° 2 ou les acides aminés 1-90 ou 95-195 de SEQ ID N° 2, de préférence 90 ou 95 %, de façon plus préférée 98 %, ou 99 %, et a de préférence une activité d'inhibition de la papaïne, et/ou de la caspase 3, et/ou de la calpaïne et/ou de toute autre cystéine protéinase végétale.
Par polypeptide dont la séquence d'acides aminés présentant un pourcentage d'identité d'au moins 80 %, de préférence 90 %, de façon plus préférée 98 %, après alignement optimal avec une séquence de référence, on entend désigner les polypeptides présentant certaines modifications par rapport au polypeptide de référence, comme en particulier une ou plusieurs délétions, troncations, un allongement, une fusion chimérique, et/ou une ou plusieurs substitutions.
Parmi les polypeptides dont la séquence d'acides aminés présentant un pourcentage d'identité d'au moins 80 %, de préférence 90 %, de façon plus préférée
98 %, après alignement optimal avec la séquence SEQ ID N° 2 ou avec l'un de ses fragments selon l'invention, on préfère les polypeptides variants codés par les séquences nucléiques variantes telles que précédemment définies, en particulier les polypeptides dont la séquence d'acides aminés présente au moins une mutation correspondant notamment à une troncation, délétion, substitution et/ou addition d'au moins un résidu d'acide aminé par rapport à la séquence SEQ ID N° 2 ou avec l'un de ses fragments. L'invention comprend aussi les polypeptides glycosylés.
La présente invention concerne également les vecteurs de clonage et/ou d'expression comprenant un acide nucléique ou codant pour un polypeptide selon l'invention. Un tel vecteur peut également contenir les éléments nécessaires à l'expression et éventuellement à la sécrétion du polypeptide dans une cellule hôte.
Une telle cellule hôte est également un objet de l'invention. Un tel vecteur peut être réplicatif ou intégratif dans la cellule hôte. Les vecteurs caractérisés en ce qu'ils comportent une séquence de promoteur et/ou de régulateur selon l'invention, font également partie de l'invention.
Lesdits vecteurs comportent de préférence un promoteur, des signaux d'initiation et de terminaison de la traduction, ainsi que des régions appropriées de régulation de la transcription. Ils doivent pouvoir être maintenus de façon stable dans la cellule et peuvent éventuellement posséder des signaux particuliers spécifiant la localisation et/ou la sécrétion de la protéine traduite.
Ces différents signaux de contrôle sont choisis en fonction de l'hôte cellulaire utilisé. A cet effet, les séquences d'acide nucléique selon l'invention peuvent être insérées dans des vecteurs à réplication autonome au sein de l'hôte choisi, ou des vecteurs intégratifs de l'hôte choisi.
Parmi les systèmes à réplication autonome, on utilise de préférence en fonction de la cellule hôte, des systèmes de type plasmidique ou viral, les vecteurs viraux pouvant notamment être des adénovirus (Perricaudet et al., 1992), des rétrovirus, des lentivirus, des poxvirus ou des virus herpétiques (Epstein et al.,
1992). L'homme du métier connaît les technologies utilisables pour chacun de ces systèmes.
Lorsque l'on souhaite l'intégration de la séquence dans les chromosomes de la cellule hôte, on peut utiliser par exemple des systèmes de type plasmidique ou viral ; de tels virus sont, par exemple, les rétrovirus (Temin, 1986), ou les AAN (Carter, 1993). Parmi les vecteurs non viraux, on préfère les polynucléotides nus tels que l'ADΝ nu ou l'ARΝ nu selon la technique développée par la société VICAL, les chromosomes artificiels de bactérie (BAC, bacterial artificial chromosome), les chromosomes artificiels de levure (YAC, yeast artificial chromosome) pour l'expression dans la levure, les chromosomes artificiels de souris (MAC, mouse artificial chromosome) pour l'expression dans les cellules murines et de manière préférée les chromosomes artificiels d'homme (HAC, human artificial chromosome) pour l'expression dans les cellules humaines.
De tels vecteurs sont préparés selon les méthodes couramment utilisées par l'homme du métier, et les clones en résultant peuvent être introduits dans un hôte approprié par des méthodes standard, telles que par exemple la lipofection, l'électroporation, le choc thermique, la transformation après perméabilisation chimique de la membrane, la fusion cellulaire.
L'invention comprend en outre les cellules hôtes, notamment les cellules eucaryotes et procaryotes, transformées par les vecteurs selon l'invention ainsi que les végétaux et animaux transgéniques, de préférence les mammifères, excepté l'Homme, comprenant une desdites cellules transformées selon l'invention. Ces animaux peuvent être utilisés en temps que modèles, pour l'étude de l'étiologie de maladies inflammatoires et/ou immunes, ou pour l'étude de cancers. Parmi les cellules utilisables aux sens de la présente invention, on peut citer les cellules bactériennes (Olins et Lee, 1993), mais aussi les cellules de levure
(Buckholz, 1993), de même que les cellules animales, en particulier les cultures de cellules de mammifères (Edwards et Aruffo, 1993), et notamment les cellules d'ovaire de hamster chinois (CHO). On peut citer également les cellules d'insectes dans lesquelles on peut utiliser des procédés mettant par exemple en œuvre des baculovirus (Luckow, 1993). On cite aussi, et de manière préférée, les cellules végétales, notamment les cellules de végétaux monocotylédones ou dycotylédones
(angiospermes) ou gymnospermes. On peut notamment citer les cellules de tabac,
bananes, riz, luzerne, alfalfa, manioc, blé, coton, soja, haricot, chou, tomate, mais, pomme de terre, betterave... Il est toutefois plus intéressant de produire la protéine à partir de la plante complète transgénique régénérée à partir de ces cellules végétales. Une cellule végétale présentant un intérêt est aussi une cellule d'algue, notamment d'algue microscopique.
Parmi les mammifères selon l'invention, on préfère des animaux tels que les rongeurs, en particulier les souris, les rats ou les lapins, exprimant un polypeptide selon l'invention.
Parmi les mammifères selon l'invention, on préfère également des animaux tels que les souris, les rats ou les lapins, caractérisés en ce que le gène codant pour la protéine de séquence SEQ ID N° 2, ou dont la séquence est codée par le gène homologue chez ces animaux, n'est pas fonctionnel, est invalidé ou présente au moins une mutation.
Ces animaux transgéniques sont obtenus par exemple par recombinaison homologue sur cellules souches embryonnaires, transfert de ces cellules souches à des embryons, sélection des chimères affectées au niveau des lignées reproductrices, et croissance desdites chimères.
Les animaux transgéniques selon l'invention peuvent ainsi surexprimer le gène codant pour la protéine selon l'invention, ou exprimer ledit gène dans lequel est introduite une mutation. Ces animaux transgéniques peuvent aussi surexprimer, sous-exprimer le gène intrinsèque homologue correspondant à Cystavine. Il est même possible que ce gène homologue soit rendu silencieux par une mutation dans le génome de ces animaux transgéniques.
Ces animaux transgéniques, en particulier des souris, sont obtenus par exemple par transfection de copie de ce gène sous contrôle d'un promoteur fort de nature ubiquitaire, ou sélectif d'un type de tissu, ou après transcription virale.
Alternativement, les animaux transgéniques selon l'invention peuvent être rendus déficients pour le gène codant pour le polypeptide de la séquence SEQ ID
N° 2, ou son gène homologue, par inactivation à l'aide du système LOXP/CRE recombinase (Rohlmann et al., 1996) ou de tout autre système d'inactivation de l'expression de ce gène.
L'invention concerne également une plante, caractérisée en ce qu'elle contient une (ou plusieurs) séquence(s) nucléotidique(s) recombinante(s) selon l'invention, intégrée(s) de façon stable dans son génome, ladite plante étant choisies notamment parmi le colza, le tabac, le mais, le pois, la tomate, la carotte, le blé, l'orge, la pomme de terre, le soja, le haricot, le tournesol, la laitue, le riz, la luzerne, la betterave, la vigne, le coton, le chou, ou tout autre gymnosperme ou angiosperme mono ou dicotyledone. L'invention se rapporte également à un extrait de plante ou une partie de plante, notamment feuilles et/ou fruits et/ou semences et/ou cellules de plantes, transformés génétiquement, dérivés de ladite plante selon l'invention. De préférence, ladite séquence nucléotidique selon l'invention est intégrée de façon stable dans le génome de ladite plante, à un locus qui n'est pas le locus naturel.
Avantageusement, les séquences nucléotidiques recombinantes selon l'invention contiennent une (ou plusieurs) séquence(s) codant pour un peptide responsable de l'adressage des polypeptides recombinants dans un compartiment déterminé de la cellule végétale, notamment dans le réticulum endoplasmique, l'appareil de Golgi, les mitochondries, les chloroplastes ou dans les vacuoles de stockage ou les vacuoles lysosomales, ou bien même à l'extérieur de la cellule, dans la paroi pectocellulosique ou dans l'espace extracellulaire aussi appelé apoplasme.
Parmi les terminateurs de transcription susceptibles d'être utilisés pour la transformation de cellules de plantes dans le cadre de la présente invention, on peut citer le terminateur polyA 35S du virus de la mosaïque du chou-fleur (CaMV), ou le terminateur polyA NOS, qui correspond à la région en 3' non codante du gène de la nopaline synthase du plasmide Ti d'Agrobacterium tumefaciens souche à nopaline.
Parmi les promoteurs de transcription susceptibles d'être utilisés pour la transformation de cellules de plantes dans le cadre de la présente invention, on peut citer - le promoteur 35S (P35S), ou avantageusement le promoteur constitutif double 35S (Pd35S) du CaMV, ces promoteurs permettant l'expression des polypeptides recombinants de l'invention dans l'ensemble de la plante obtenue à partir de cellules transformées selon l'invention, et sont décrits dans l'article de Kay et al., (1987, Science, 236, 1299-1302), le promoteur PCRU du gène de la cruciférine de radis permettant l'expression des polypeptides recombinants de l'invention uniquement dans les semences (ou graines) de la plante obtenue à partir de cellules transformées selon l'invention, et décrit dans l'article de Depigny-This et
al., (1992, Plant. Mol. Biol., 20, 467-479 ), les promoteurs PGEAI et PGEA6 correspondant à la région 5' non codante des gènes de la protéine de réserve de graines, GEAI et GEAI, respectivement, d'Arabidopsis thaliana (Gaubier et al., 1993, Mol. Gen. Genêt., 238, 409-418), et permettant une expression spécifique dans les graines, le promoteur chimérique super-promoteur PSP (Ni M et al., 1995), constitué de la fosion d'une triple répétition d'un élément activateur transcriptionnel du promoteur du gène de l'octopine synthase d'Agrobacterium tumefaciens, d'un élément activateur transcriptionnel du promoteur du gène de mannopine synthase et du promoteur mannopine synthase d'Agrobacterium tumefaciens, - le promoteur actine du riz suivi de l'intron actine de riz (PAR-IAR) contenu dans le plasmide pActl-F4 décrit par McElroy et al. (1991, Mol Gen Genêt, 231, 150-160), - le promoteur HMGW (High Molecular Weight Glutenine) d'orge (Anderson et al, 1989, T.A.G., 77, 689-700), le promoteur du gène de zéine de mais (Pyzéine) contenu dans le plasmide py63 décrit dans Reina et al. (1990, Nucleic Acid Research, 18, 6426), et permettant l'expression dans l'albumen des semences de maïs. L'homme du métier connaît aussi les promoteurs permettant l'expression spécifique des gènes dans les feuilles ou les racines de la plante.
Les séquences codant pour un peptide d'adressage utilisées dans le cadre de la présente invention, peuvent être d'origine végétale, humaine ou animale, et on peut citer: la séquence nucléotidique de 69 nucléotides codant pour le prépeptide (peptide signal) de 23 acides aminés de la sporamine A chez la patate douce, ce peptide signal permettant l'entrée des polypeptides recombinants de l'invention dans le système de sécrétion des cellules végétales transformées selon l'invention (à savoir principalement dans le réticulum endoplasmique), la séquence nucléotidique de 42 nucléotides codant pour le propeptide N-terminal d'adressage vacuolaire de 14 acides aminés de la sporamine A chez la patate douce, permettant l'accumulation des polypeptides recombinants de l'invention dans les vacuoles des cellules végétales transformées selon l'invention, ou la séquence nucléotidique de 111 nucléotides codant pour le prépropeptide de 37 acides aminés de la sporamine A constitué de la partie N-terminale vers la partie C-terminale des 23 acides aminés du peptide signal susmentionné suivis par les 14 acides aminés du propeptide susmentionné, ce prépropeptide permettant l'entrée de polypeptides recombinants de l'invention dans le système de sécrétion et leur accumulation dans les vacuoles des
cellules végétales transformées selon l'invention (Murakami et al., 1986, Plant Mol. Biol., 7, 343-355 et Matsuoka et al, 1991 Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 88, 834-838). On peut aussi citer le propeptide carboxyterminal de la lectine d'orge décrit notamment dans les articles de Schroeder et al., 1993 (Plant Physiol., 101, 451- 458), et de Bednarek et al, 1991 (Plant Cell, 3, 1195-1206), et le PRS (Pathogenesis Related Protein, Cornelissen et al. 1986) permettant la sécrétion, ou les séquences codant pour les peptides KDEL, SEKDEL et HDEL et permettant un adressage dans le réticulum endoplasmique.
Les cellules, plantes et mammifères selon l'invention sont utilisables dans une méthode de production d'un polypeptide selon l'invention, comme décrit ci- dessous, et peuvent également servir à titre de modèle d'analyse.
Les cellules, plantes ou mammifères transformés tels que décrits précédemment peuvent aussi être utilisés à titre de modèles afin d'étudier les interactions entre les polypeptides selon l'invention, et les composés chimiques ou protéiques, impliqués directement ou indirectement dans les activités des polypeptides selon l'invention, ceci afin d'étudier les différents mécanismes et interactions mis enjeu.
Ils peuvent en particulier être utilisés pour la sélection de produits interagissant avec les polypeptides selon l'invention, notamment la protéine de séquence SEQ ID N° 2 ou ses variants selon l'invention, à titre de cofacteur, ou d'inhibiteur, notamment compétitif, ou encore ayant une activité agoniste ou antagoniste de l'activité des polypeptides selon l'invention.
L'invention concerne également l'utilisation d'une cellule, d'une plante, d'un mammifère ou d'un polypeptide selon l'invention pour le criblage de composés chimiques ou biochimiques pouvant interagir directement ou indirectement avec les polypeptides selon l'invention, et/ou capable de moduler l'expression ou l'activité de ces polypeptides.
Ainsi, l'invention se rapporte à un procédé de criblage de composés capables de se fixer à un polypeptide de séquence SEQ ID N° 2, caractérisé en ce qu'il comprend les étapes de mise en contact d'un polypeptide, d'une cellule, d'un mammifère, d'une plante selon l'invention, avec un composé candidat et de
détection de la formation d'un complexe entre ledit composé candidat et ledit polypeptide.
L'invention se rapporte également aux procédés de criblages permettant l'identification de composés diminuant ou inhibant la capacité d'un polypeptide selon l'invention à inhiber les activités cytéine protéinase, et notamment de la calpaïne, des caspases (en particulier la caspase 3) ou de la papaïne, dans lesquels on met en œuvre un protocole expérimental permettant la mise en évidence de l'activité inhibitrice ci-dessus énoncée, et l'on examine ladite activité en présence ou en absence du composé testé. De la même façon, l'invention concerne aussi un procédé de criblage de composés capables d'interagir in vitro ou in vivo avec un acide nucléique selon l'invention, en utilisant un acide nucléique, une cellule, une plante ou un mammifère selon l'invention, et en détectant la formation d'un complexe entre les composés candidats et l'acide nucléique selon l'invention. Les composés ainsi sélectionnés sont également objets de l'invention.
Un tel composé selon l'invention peut être un composé ayant une structure chimique (du type petite molécule organique), un lipide, un sucre, une protéine, un peptide, un composé hybride protéine-lipide, protéine-sucre, peptide-lipide, ou peptide-sucre, une protéine ou un peptide sur lequel on a ajouté des ramifications chimiques.
Parmi les composés chimiques envisagés, ils peuvent contenir un ou plusieurs cycles, aromatique(s) ou non, ainsi que plusieurs résidus de toute sorte
(notamment alkyle inférieur, c'est-à-dire présentant entre 1 à 6 atomes de carbones).
L'invention concerne également l'utilisation d'un composé interagissant avec un polypeptide ou un acide nucléique selon l'invention, pour la préparation d'un médicament destiné notamment au traitement du cancer ou d'une maladie inflammatoire, caractérisé en ce qu'il est identifié par un procédé selon l'invention.
L'invention concerne également l'utilisation d'un composé diminuant ou inhibant la capacité de la Cystavine à inhiber les activités cytéine protéinase, et notamment de la calpaïne, des caspases (en particulier la caspase 3) ou de la papaïne, pour la préparation d'un médicament destiné notamment au traitement du cancer ou d'une maladie inflammatoire, caractérisé en ce qu'il est identifié par un procédé selon l'invention.
Les médicaments envisagés peuvent aussi servir pour le traitement d'autres maladies, telles celles mentionnées ci-dessous.
On peut aussi utiliser les composés selon l'invention pour la préparation de compositions à usage cosmétique. L'invention concerne aussi l'utilisation d'une séquence d'acide nucléique selon l'invention pour la synthèse de polypeptides recombinants.
La méthode de production d'un polypeptide de l'invention sous forme recombinante, elle-même comprise dans la présente invention, se caractérise en ce que l'on cultive les cellules transformées, notamment les cellules ou plantes de la présente invention, dans des conditions permettant l'expression d'un polypeptide recombinant codé par une séquence d'acide nucléique selon l'invention, et que l'on récupère ledit polypeptide recombinant. Une méthode tout à fait préférée consiste en l'utilisation de E. coli pour la production de la protéine recombinante.
Les polypeptides recombinants, caractérisés en ce qu'ils sont susceptibles d'être obtenus par ladite méthode de production, font également partie de l'invention.
Les polypeptides recombinants obtenus comme indiqué ci-dessus, peuvent aussi bien se présenter sous forme glycosylée que non glycosylée et peuvent présenter ou non la structure tertiaire naturelle. Les séquences des polypeptides recombinants peuvent être également modifiées afin d'améliorer leur solubilité, en particulier dans les solvants aqueux.
De telles modifications sont connues de l'homme du métier comme par exemple la délétion de domaines hydrophobes ou la substitution d'acides aminés hydrophobes par des acides aminés hydrophiles. Ces polypeptides peuvent être produits à partir des séquences d'acide nucléique définies ci-dessus, selon les techniques de production de polypeptides recombinants connues de l'homme du métier. Dans ce cas, la séquence d'acide nucléique utilisée est placée sous le contrôle de signaux permettant son expression dans un hôte cellulaire. Un système efficace de production d'un polypeptide recombinant nécessite de disposer d'un vecteur et d'une cellule hôte selon l'invention.
Ces cellules peuvent être obtenues par l'introduction dans des cellules hôtes d'une séquence nucléotidique insérée dans un vecteur tel que défini ci-dessus, puis
la mise en culture desdites cellules dans des conditions permettant la réplication et/ou l'expression de la séquence nucléotidique transfectée.
Les procédés utilisés pour la purification d'un polypeptide recombinant sont connus de l'homme du métier. Le polypeptide recombinant peut être purifié à partir de lysats et extraits cellulaires, du surnageant du milieu de culture, par des méthodes utilisées individuellement ou en combinaison, telles que le fractionnement, les méthodes de chromatographie, les techniques d'immunoaffinité à l'aide d'anticorps monoclonaux ou polyclonaux spécifiques, His-Tag, etc..
Les polypeptides selon la présente invention peuvent aussi être obtenus par synthèse chimique en utilisant l'une des nombreuses synthèses peptidiques connues, par exemple les techniques mettant en œuvre des phases solides (voir notamment
Stewart et al., 1984) ou des techniques utilisant des phases solides partielles, par condensation de fragments ou par une synthèse en solution classique.
Les polypeptides obtenus par synthèse chimique et pouvant comporter des acides aminés non naturels correspondants sont également compris dans l'invention.
Les anticorps mono- ou polyclonaux ou leurs fragments, anticorps chimériques ou immunoconjugués, caractérisés en ce qu'ils sont capables de reconnaître spécifiquement un polypeptide selon l'invention, font partie de l'invention. Des anticorps polyclonaux spécifiques peuvent être obtenus à partir d'un sérum d'un animal immunisé contre les polypeptides selon l'invention, notamment produit par recombinaison génétique ou par synthèse peptidique, selon les modes opératoires usuels.
On note notamment l'intérêt d'anticorps reconnaissant de façon spécifique certains polypeptides, variants, ou leurs fragments immunogènes, selon l'invention.
Les anticorps mono- ou polyclonaux ou leurs fragments, anticorps chimériques ou immunoconjugués, caractérisés en ce qu'ils sont capables de reconnaître spécifiquement le polypeptide de séquence SEQ ID N° 2 sont particulièrement préférés. Les anticorps monoclonaux spécifiques peuvent être obtenus selon la méthode classique de culture d'hybridomes décrite par Kohler et Milstein (1975).
Les anticorps selon l'invention sont, par exemple, des anticorps chimériques, des anticorps humanisés, des fragments Fab ou F(ab') . Ils peuvent
également se présenter sous forme d' immunoconjugués ou d'anticorps marqués afin d'obtenir un signal détectable et/ou quantifiable.
L'invention concerne également des méthodes pour la détection et/ou la purification d'un polypeptide selon l'invention, caractérisées en ce qu'elles mettent en œuvre un anticorps selon l'invention.
L'invention comprend en outre des polypeptides purifiés, caractérisés en ce qu'ils sont obtenus par une méthode selon l'invention.
Par ailleurs, outre leur utilisation pour la purification des polypeptides, les anticorps de l'invention, en particulier les anticorps monoclonaux, peuvent également être utilisés pour la détection de ces polypeptides dans un échantillon biologique (notamment pour des tests ELISA ou assimilés).
Ils constituent ainsi un moyen d'analyse immunocytochimique ou immuno- histochimique de l'expression des polypeptides selon l'invention, notamment le polypeptide de séquence SEQ ID N° 2 ou l'un de ses variants, par exemple par immunofluorescence, marquage à l'or, immuno-conjugués enzymatiques.
Ils peuvent permettre notamment de mettre en évidence une expression anormale de ces polypeptides dans les tissus ou prélèvements biologiques.
Plus généralement, les anticorps de l'invention peuvent être avantageusement mis en œuvre dans toute situation où l'expression d'un polypeptide selon l'invention, normal ou muté, doit être observée.
Les anticorps peuvent être obtenus directement à partir de sérum humain, ou à partir d'animaux immunisés avec des polypeptides selon l'invention, puis « humanisés ».
Ainsi, un procédé de détection d'un polypeptide selon l'invention dans un échantillon biologique, comprenant les étapes de mise en contact de l'échantillon biologique avec un anticorps selon l'invention et de mise en évidence du complexe antigène-anticorps formé est également un objet de l'invention, ainsi qu'une trousse permettant de mettre en œuvre un tel procédé. Une telle trousse contient en particulier : a) un anticorps monoclonal ou polyclonal selon l'invention ; b) éventuellement des réactifs pour la constitution d'un milieu propice à la réaction immunologique ;
c) les réactifs permettant la détection du complexe antigène- anticorps produit lors de la réaction immunologique. Les polypeptides ou les anticorps selon l'invention peuvent être utilisés dans le traitement des maladies inflammatoires, des cancers, ou pour lutter contre les effets du vieillissement chez un mammifère, en particulier chez l'homme.
On note notamment la protéinurie glomérulaire, la résorption des os, le métabolisme des métastases, l'invasion tumorale, l'infarctus du myocarde (notamment les dommages tissulaires), la maladie de Duchenne, toute maladie inflammatoire ou mettant en jeu des phénomènes inflammatoires (par exemple la spondylarthrite ankylosante, le rhumatisme psoriasique, la polyarthrite rhumatoïde, une maladie inflammatoire granulomateuse, telle le Syndrome de Blau ou la maladie de Crohn), la dystrophie musculaire, la maladie d'Alzeimer, les scléroses multiples, les maladies virales (y compris oculaires), les maladies dégénératives.
Les polypeptides ou les anticorps selon l'invention peuvent être utilisés tels quels ou dans la préparation d'un médicament destiné au traitement des maladies précitées. L'analyse peut être effectuée par séquence de tout ou partie du gène, ou par d'autres méthodes connues de l'homme du métier. On peut en particulier utiliser des méthodes basées sur la PCR, par exemple la PCR-SSCP qui permet de détecter des mutations ponctuelles. L'invention se rapporte également à une puce à ADN contenant une séquence selon l'invention. On peut utiliser une telle puce pour effectuer l'analyse de la présence et/ou de l'expression de l'acide nucléique selon l'invention par fixation d'une sonde selon l'invention correspondant à l'une des séquences SEQ ID N° 1 sur une puce à ADN et l'hybridation sur ces microplaques. De même, une puce à protéines contenant une séquence d'acides aminés selon l'invention est aussi un objet de l'invention. Une telle puce à protéines permet l'étude des interactions entre les polypeptides selon l'invention et d'autres protéines ou des composés chimiques, et peut ainsi être utile pour le criblage de composés interagissant avec les polypeptides selon l'invention. On peut également utiliser les puces à protéines selon l'invention pour détecter la présence d'anticorps dirigés contre les polypetides selon l'invention dans le sérum de patients. On peut aussi mettre en œuvre une puce à protéines contenant un anticorps selon l'invention.
L'invention concerne aussi l'utilisation de plantes, extraits de plantes ou parties de plantes selon l'invention, et/ou de polypeptides selon l'invention, pour la préparation de compositions pharmaceutiques, médicales, odontologiques, cosmétiques ou biotechnologiques, ainsi qu'une composition pharmaceutique, médicale, odontologique, cosmétique ou biotechnologique, caractérisée en ce qu'elle comprend des plantes, extraits de plante, parties de plantes ou des polypeptides selon l'invention
L'invention se rapporte également à un procédé de détection et/ou de dosage et/ou d'isolement d'un acide nucléique selon l'invention dans un échantillon biologique, comprenant les étapes suivantes de mise en contact d'une sonde selon l'invention avec un échantillon biologique et de détection et/ou dosage et/ou isolement de l'hybride formé entre ledit polynucléotide et l'acide nucléique de l'échantillon biologique. L'agent capable de détecter spécifiquement un acide nucléique codant pour la protéine Cystavine est avantageusement une sonde d' oligonucléotides selon l'invention, qui peut être formée d'ADN, d'ARN, de PNA, modifiés ou non. Les modifications peuvent inclure un marquage radioactif ou fluorescent, ou être dues à des modifications dans les liaisons entre les bases (phosphorothioates, ou méthylphosphonates par exemple). L'homme du métier connaît les protocoles permettant d'isoler une séquence spécifique d'ADN.
L'homme du métier sait mettre en œuvre un tel procédé, et peut en particulier utiliser une trousse de réactifs comprenant : a) un polynucléotide selon l'invention, utilisé en tant que sonde ; b) les réactifs nécessaires à la mise en œuvre d'une réaction d'hybridation entre ladite sonde et l'acide nucléique de l'échantillon biologique ; c) les réactifs nécessaires à la détection et/ou le dosage de l'hybride formé entre ladite sonde et l'acide nucléique de l'échantillon biologique ; qui est également un objet de l'invention.
Une telle trousse peut également contenir des contrôles positifs ou négatifs afin d'assurer la qualité des résultats obtenus.
Toutefois, afin de détecter et/ou doser et/ou isoler un acide nucléique selon l'invention, l'homme du métier peut également effectuer une étape d'amplification à l'aide d'amorces choisies parmi les séquences selon l'invention.
L'invention se rapporte également à un composé caractérisé en ce qu'il est choisi parmi a) un acide nucléique selon l'invention ; b) un polypeptide selon l'invention ; c) un vecteur selon l'invention ; d) une cellule selon l'invention ; e) un anticorps selon l'invention ; f) un composé selon l'invention, à titre de médicament, ainsi qu'à un de ces composés pour la prévention et/ou le traitement d'une maladie inflammatoire, d'un cancer, ou pour lutter contre les effets du vieillissement chez un mammifère, en particulier chez l'homme.
L'invention a également pour objet l'utilisation d'un acide nucléique selon l'invention pour la production d'une plante transgénique possédant des propriétés améliorées de résistance aux stress abiotiques, notamment le stress hydrique, et aux stress biotiques tels ceux induits par les virus et insectes, par rapport à la plante non transgénique. On peut aussi utiliser l'acide nucléique selon l'invention pour produire des plantes transgéniques plus résistantes au gel, ou à des conditions extrêmes de salinité. Les acides nucléiques selon l'invention peuvent également être utilisés pour lutter contre la sénescence cellulaire. On peut introduire l'acide nucléique selon l'invention dans la plante, soit par l'intermédiaire d'un vecteur réplicatif dans les cellules, soit par l'intermédiaire d'un vecteur intégratif dans le génome de la cellule. Les plantes transgéniques sont telles que décrites précédemment. De préférence, la cystatine selon l'invention sera exprimée dans les feuilles de la plante ainsi transformée. En effet, les travaux de la présente invention indiquent pour la première fois que le gène selon l'invention est fortement impliqué dans la réponse adaptative des plantes à la sécheresse : les plantes résistantes stimulent l'expression du gène codant la cystatine Cystavine ce qui n'est pas le cas des plantes sensibles. Il existe en effet
une corrélation entre la régulation du gène et la résistance membranaire et la résistance aux champs des plantes.
Cystavine est donc impliquée dans la protection cellulaire lors du stress via la modulation de l'activité des cystéines protéinases foliaires. En conséquence, une stratégie de transgenèse visant à induire ou surexprimer le transgène selon l'invention via un promoteur inductible par le stress et spécifique des feuilles peut aboutir à l'obtention de plantes plus résistantes au stress hydrique induit par la sécheresse, les fortes températures, le gel, la salinité, la sénescence cellulaire, la résistance aux insectes et/ou virus. Les études rapportées par la présente invention montrent que Cystavine inhibe l'activité de la caspase. Les membres de la famille des caspases sont des cystéine protéases qui présentent un clivage spécifiques de l'aspartate. Elles jouent un rôle significatif à la fois dans l'inflammation ( Leung et al, 2000, J. Médicinal Chem., 43 : 305-341) et l'apoptose. Les inhibiteurs de caspase sont des outils très importants car ils inhibent l'induction de l'apoptose dans des cellules tumorales diverses (Schlegel et al., 1996, J. Biol. Chem. 271 : 1841) et dans les cellules normales (Zaks et al., 1999, J Immunol. 162 : 3273-9).
EXEMPLES Exemple 1 : Caractérisation et clonage de PADNc codant une nouvelle cystatine putative
L'ADNc a été caractérisé après criblage d'une banque d'expression de feuille de haricot Niébé (Vigna unguiculata Vu, Cowpea).
La sonde d'ADN nécessaire au criblage a été obtenue par amplification PCR (Polymerase Chain Reaction) au moyen d'amorces oligonucléotidiques dégénérées déduites de deux séquences consensus déterminées par alignement de trois séquences de cystatines végétales publiées (BLAST) via Infobiogen (SEQ ID N° 3 et SEQ ID N° 4).
L'ADNc a été préparé à partir de 2mg d'ARNm de feuilles de Vu (kit Amersham) puis purifié (phénol, chloroforme, Appligène Oncor). L'amplification de la sonde a été réalisée par PCR en utilisant l'ADNc purifié comme matrice, les amorces dégénérées, l'ADN polymerase « Goldstar Red » (Eurogenetec), le tampon de réaction correspondant (Eurogenetec), des dNTP (5mM, Master Mix,
Eurogentec). L'amplification de l'ADN a été effectuée au moyen d'un thermocycler (Mastercycler 5330, Eppendorf).
Les ADN amplifiés ont été séparés par électrophorèse (Mupid, Eurogentec) sur gel d'agarose à 1% (Promega).
Une sonde de 160 pb a été amplifiée, excisée du gel puis purifiée (QuiaexII, Quiagen). L'ADN a été clone dans le phagemid pBluscriptIISK (Stratagene). Des bactéries compétentes (Epicurian coli XL1 blue, Stratagene) ont été transformées par les plasmides recombinés. 12 clones ont été sélectionnés sur la base de la taille de l'insert puis en fonction de l'efficacité de leur amplification par PCR. Le plasmide correspondant au clone sélectionné a été purifié (kit Quia Prep Spin Miniprep, Quiagen) et l'insert a été séquence.
La séquence obtenue s'est avéré être caractéristique d'un partie de cystatine végétale. Après excision de l'insert du plasmide, on dispose donc de la sonde permettant de cribler une banque d'ADNc de feuilles de Vu réalisée dans le phagemid λ Zip Lox (Gibco BRL), au laboratoire.
Pour ce faire, la sonde a été marquée au 32P (Kit Megaprime, Amersham), purifiée par chromatographie (colonnes Nick, Pharmacia), incubée avec les empreintes lesquelles ont été autoradiographiées (film X OMAT, Kodak). Le criblage de la banque a permis de sélectionner un clone à partir duquel (plage de lyse) l'ADN phagique recombiné a été amplifié et introduit dans des bactéries E. coli DH 10B (Gibco BRL) capables à l'état recombiné de transformer (circularisation) les phages en plasmides.
L'ADN plasmidien recombiné a été extrait des bactéries et purifié (kit Wizard Plus Midiprep, Quiagen) puis séquence (ESGS).
La séquence nucléotidique obtenue est celle d'une nouvelle cystatine (SEQ ID N° 1). Dans ces conditions on a décidé de tenter d'obtenir la protéine in vitro par expression dans un système hétérologue.
Séquence en acides aminés de Cystavine (SEQ ID N° 2) :
MATATVTLGGITDVPGAANSVEIANLARFAVDDHNKK QNGVLEFVRVISAKQQVVSGILYYITLEAKDGETKKV YKTKVWVREWLNPKEVQEFNLNTDSAIGTKDGGVGD VPSDTLHIEΝLARFANDQYΝKΝEΝAΝLEFNRNIDAKE QV NEGFIYYITLEAKDGESKΝVYEAKVWERSWLΝSIE LLEFKPVDVAV
Exemple 2 : Expression de la cystatine dans E. coli
2.1 -Construction par PCR E coli a été choisi en raison de l'efficacité de son système d'expression .
L'ADNc de cystatine a été préparé par PCR de façon à éliminer le codon de départ de l'ORF et à insérer de part et d'autre deux sites de restriction, BamHI et
Sali, permettant de l'insérer dans le vecteur plasmidial. Celui-ci, pQE30 (QIA
Expressionist, Quiagen) contient les mêmes sites de restriction, l'ATG d'initiation de la traduction et le codage pour 6 Histidines de l'His-tag.
Le vecteur est préparé (coupure par Sali et BamHI, déphosphorylation par
CIAP (Calf Intestinal Alkaline Phosphatase, Promega et purification) et la ligation est effectuée (T4 DNA ligase, USB). Le plasmide recombinant obtenu est subcloné afin de conserver la construction dans E. coli (Xll-Blue (Subcloning-Grade compétent Cells, Stratagene).
2.2- Expression de la cystatine
Le vecteur recombinant pQE30 est utilisé (après extraction de la bactérie Xll Blue, purification et dosage) pour transformer les bactéries E. coli M15 (kit QIA expressionist, Quiagen). Les bactéries sont cultivées en milieu liquide (milieu LB, ampicilline) et l'induction de l'expression de la cystatine est initiée par ajout d'IPTG (ImM). Les bactérie sont ensuite collectées par centrifogation (JE-21ME, Bekman), les protéines sont extraites et analysées par électrophorèse automatique sur gel d'acrylamide, en conditions dénaturantes (SDS-PAGE, Phast system, Pharmacia). Une bande très majoritaire a été obtenue, dont la masse moléculaire correspond à la masse déduite de la séquence de l'ADNc de la cystatine putative.
Exemple 3 : Rôle du gène VuCystl et activité de la cystatine Cystavine
3.1- Expression (transcrits) du gène VuCystl
L'étude de l'expression du gène par Northern blotting ou RT-PCR (reverse transcriptase polymerase chain reaction) a été réalisée dans le cas de plantes dont la sensibilité à la sécheresse (expérimentale ou naturelle) diffère. 4 lots de plantes ont été étudiés : plantes témoins bien arrosées (T), plantes soumises à un déficit hydrique contrôlé. Les résultats obtenus montent que le gène n'est pas exprimé chez les plantes témoins, par contre les transcrits s'accumulent en fonction de l'intensité du stress. Cette réaction est, de plus, corrélée au degré de sensibilité de la plante à la sécheresse en champ. Donc Le gène VuCystl (codant pour la Cystavine) s'exprime en réponse à la contrainte hydrique d'autant plus que celle-ci est sévère et d'autant plus que la plante est sensible
Il ressort donc que l'ADNc VuCystl est un transgène candidat pour l'amélioration des plantes par transgenèse par une stratégie pour la résistance à la sécheresse. Sachant que la plupart des autres stress abiotiques : gel, salinité, floading, hautes températures, induisent à l'échelle cellulaire un stress hydrique, VuCystl est un transgène candidat pour l'amélioration des plantes pour la résistance à ces stress également.
3.2- Activité de la cystatine Cystavine L'activité de la protéine recombinante Cystavine a été testée sur trois substrats : la papaïne, la caspase, la calpaïne.
Cystavine, inhibiteur de la papaïne:
Le principe du test d'activité est le suivant : cette anti-cystéine protéinase doit bloquer la réaction d'hydrolyse qui se produit entre une cystéine protéinase végétale, la papaïne (Sigma) et son substrat l'azocaséine.
Le milieu réactionnel est le suivant : tampon Tris X5 200 μl (Tris 0,5M, βmercaptoethanol 25mM, pH 6,0), azocaséine 1% (Sigma), papaïne 250ng par μl, (Sigma), VuCYSTl purifiée 1,17 μg/μl, H2O qsp 500μl. La réaction se développe à 37°C pendant 15 min puis les protéines sont précipitées par traitement à l'acide trichloracétique à 10% pendant 30 min à 5°C. Le dosage des acides aminés libérés est effectué par spectrophotométrie par la mesure de l'absorbance (A) à λ34onm-
Les résultats obtenus sont les suivants :
Les résultats obtenus montrent clairement que la cystéine protéinase (papaïne) hydrolyse l'azocaséine (substrat), la libération des acides aminés abouti à l'isolement du groupe chromogène et donc à l'augmentation de l'absorbance.4 pour λ3 onm- En revanche ce phénomène est totalement inhibé en présence de l'inhibiteur Cystavine.
En conclusion, la cystatine de Vigna unguiculata Cystavine produite par expression de l'ADNc dans E. coli est bien fonctionnelle.
Cystavine inhibiteur de la caspase 3
Le test a été réalisé au moyen du kit "Caspase-3 Assay Kit colorimetric (Sigma). Le substrat utilisé est "Ac-DEVD-pNa" (acetyl-Asp-Glu-Val-Asp o- pnitrosanilide). Cystavine est utilisée à 24 mg/ml.
Ces résultats montrent que Cystavine est un inhibiteur de caspase. L'efficacité de l'inhibition dépend de la concentration en cystatine et d'une préincubation entre la cystéine protéinase (Caspase) et l'inhibiteur avant l'addition du substrat de l'enzyme. Une mise au point est en cours afin de déterminer les paramètres de l'inhibition afin d'optimiser le test
Cystavine inhibiteur de la calpaïne
Des expériences de cinétique d'inhibition enzymatique préliminaires ont été réalisées en utilisant un test adapté aux cystatines animales. Une inhibition par Cystavine de 40% de l'activité calpaïne a été obtenue sans aucune optimisation des paramètres. Dans ces conditions il est vraisemblable que l'optimisation des paramètres permettra d'augmenter l'efficacité de l'inhibition de la calpaïne par Cystavine.