WO2000037647A1 - Abc transporter and genes encoding the same - Google Patents

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WO2000037647A1
WO2000037647A1 PCT/JP1999/007079 JP9907079W WO0037647A1 WO 2000037647 A1 WO2000037647 A1 WO 2000037647A1 JP 9907079 W JP9907079 W JP 9907079W WO 0037647 A1 WO0037647 A1 WO 0037647A1
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WO
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amino acid
seq
protein
dna
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PCT/JP1999/007079
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Japanese (ja)
Inventor
Sohei Kanno
Eiichiro Kimura
Kazuhiko Matsui
Tsuyoshi Nakamatsu
Original Assignee
Ajinomoto Co., Inc.
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    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C07ORGANIC CHEMISTRY
    • C07KPEPTIDES
    • C07K14/00Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
    • C07K14/195Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from bacteria
    • C07K14/345Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from bacteria from Brevibacterium (G)

Definitions

  • the present invention relates to a novel ABC transporter and a gene encoding a protein which is a component thereof.
  • the gene can be used for breeding microorganisms having altered cell membrane transport of amino acids.
  • One of them is the ATP binding cassette, a superfamily one (ABC transporter). It is known (CF Higgins, Ann. Rev. Cell Biol., 8, 67 (1992)).
  • the ATP-binding cassette is a group of proteins having an ATP-binding domain including a transmembrane domain, and its physiological function is mainly the uptake of substances into cells, but it is also involved to some extent in the excretion of substances.
  • Is believed to be Bacteria often contain membrane proteins (membrane components), proteins that are inside the membrane and have ATPase activity, and binding proteins that are outside the membrane and bind to transported substances.
  • the membrane protein and the protein having ATase activity form a multimeric complex. It is said that the substance emission system lacks a binding protein that binds to the substance to be transported (Reizer, J. et al., Prot. Sci. 1, 1326 (1992)).
  • the present invention relates to proteins that are components of the ABC transporter, and DNAs that encode them.
  • the first component of the ABC transporter of the present invention is a protein represented by the following (A) or (B).
  • the amino acid sequence comprises one or several amino acid substitutions, deletions, insertions, additions, or inversions, and comprises an ABC transporter.
  • the second component of the ABC transporter of the present invention is a protein represented by the following (C) or (D).
  • the third component of the ABC transporter of the present invention is a protein represented by the following (E) or (F).
  • the present invention also provides a DNA encoding a protein that is a component of each of the above ABC transporters.
  • the invention further provides an operon encoding the ABC transporter.
  • the present invention will be described in detail.
  • the DNA of the present invention has been found as an ORF existing in the vicinity of the g1tBD gene from Brevibacterium and Lactophamentum, and can be obtained as follows.
  • Brevibacterium lactofermentum such as Brevibacterium lactobacillus ATCC13869 chromosomal DNA
  • Escherichia coli K — 12 Gene, Vol. 60, 1: L: 1 1987
  • yeast Sacharomyces' Celepiche, GenBank accession No. X89221.
  • a DNA fragment of about 1.4 kb is obtained by PCR (polymerase chain reaction) using a primer having the nucleotide sequence shown in SEQ ID NO: 2 in the sequence listing.
  • Pre-Bacterium 'Lacto Amentum ATCC13869 is available from the ATCC (American Type Culture Collection: 20852, United States, Maryland 20852, Rockville, Park Live 10301) be able to.
  • the PCR-amplified fragment obtained as described above was used as a probe, and a colony hybridization of the chromosomal DNA library of Brevibacterium 'lactofermentum ATCC13869 was performed.
  • the DNA fragment to be hybridized to the probe was subjected to colony hybridization.
  • the DNA of the present invention can be obtained together with the gitBD gene.
  • the above-mentioned DNA fragment can be obtained as a fragment having a size of about 14 kb.
  • the above DNA fragment contains the g1tBD gene, downstream of which g There are two open reading frames (ORFs) opposite to the 1 t BD gene. These ORFs correspond to the second and third ORFs in the base sequence shown in SEQ ID NO: 7.
  • the two ORFs form an operon together with another ORF existing upstream of these two ORFs.
  • This ORF corresponds to the first ORF in ⁇ RF contained in the nucleotide sequence shown in SEQ ID NO: 7.
  • the first ORF has a chromosomal DNA of Brevibacterium lactofamentum, for example, Brevibacterium lactofamentum ATCC13869, and has a base sequence having the nucleotide sequence shown in SEQ ID NO: 5 in the sequence listing and the sequence in the sequence listing. It can be obtained as a DNA fragment of about 1.8 kb by PCR using a primer having the nucleotide sequence shown in No. 6. This DNA fragment has a region presumed to be a promoter region upstream of the target ORF.
  • the nucleotide sequence shown in SEQ ID NO: 7 links the above-described nucleotide sequence (1.3 kb) in the approximately 14 kb DNA fragment with the nucleotide sequence (1.1 kb) in the approximately 1.8 kb DNA fragment. It was done.
  • nucleotide sequence and the nucleotide sequence of the adjacent region of each ORF have been clarified, it can also be obtained by PCR using oligonucleotides prepared based on those nucleotide sequences as primers. .
  • the second ORF and the amino acid sequence encoded thereby were compared with a known sequence for homology.
  • the databases used were EMBL and SWISS-PR0T. As a result, these sequences were found to have homology to the previously reported ATPase protein constituting the ABC transporter responsible for amino acid transport and the gene encoding the same, as shown in Table 1.
  • the three ORFs including this are operons May form, Table 1
  • genes encoding the components of the ABC transporter of the present invention may be substituted or deleted by one or several amino acids at one or more positions, as long as the properties of each encoded protein are not impaired.
  • ATP binding tan with insertion, addition or inversion It may be one that encodes protein.
  • "several" differs depending on the position and type of the amino acid residue in the three-dimensional structure of the protein. It is derived from the fact that some amino acids, such as isocyanate isine and palin, have highly related amino acids, and such amino acid differences do not significantly affect the three-dimensional structure of the protein.
  • DNA encoding a protein substantially the same as the components of the ABC transporter as described above can be obtained by substituting, deleting, inserting, adding, or substituting an amino acid residue at a specific site by, for example, site-directed mutagenesis. Alternatively, it can be obtained by modifying the nucleotide sequence to include an inversion. The modified DNA as described above can also be obtained by conventionally known mutation treatment.
  • Examples of the mutation treatment include a method in which DNA encoding each protein is treated in vitro with hydroxylamine, etc., and a method in which a microorganism having a DNA encoding each protein, such as a bacterium belonging to the genus Escherichia, is irradiated with ultraviolet light or Examples of the method include treatment with a mutagen that is commonly used for mutagenesis, such as N, -nitro-N-nitrosoguanidine (NTG) or nitrous acid.
  • NTG -nitro-N-nitrosoguanidine
  • substitutions, deletions, insertions, additions, or inversions of bases as described above include mutations that occur naturally, such as those based on individual differences of microorganisms carrying each component and differences in species and genera. mutant or variant) is also included.
  • a DNA encoding a protein substantially identical to the components of the ABC transporter can be obtained.
  • stringent conditions refers to conditions under which a so-called specific hybrid is formed and a non-specific hybrid is not formed. Say. Although it is difficult to quantify these conditions clearly, one example is that DNAs with high homology, for example, DNAs with homology of 40% or more, hybridize and have lower homology 60 ° C, 1 XSSC, 0.1% SDS, preferably 0.1 lxSSC, 0.1% SDS, which is the condition under which DNA does not hybridize with each other, or the conditions for washing ordinary Southern hybridizations. Conditions for hybridization at the corresponding salt concentration are mentioned.
  • genes that hybridize under these conditions include those with a stop codon in the middle and those that have lost their activity due to mutations in the active center, but these are expressed using a commercially available activity expression vector. It can be easily removed by characterizing the product.
  • the DNA encoding the components of the ABC transporter of the present invention and the operon of the ABC transpouse are used for breeding coryneform bacteria. Can be used for That is, since the ABC transport protein of the present invention or its component is considered to be involved in amino acid transport, the expression of these genes is modified to modify the properties of cells for amino acid transport. It is thought that it can be done.
  • Coryneform bacteria to which the present invention can be applied include bacteria that were previously classified into the genus Brevipacterium, but are now integrated into the genus Corynebacterium (Int. J. Syst. Bacteriol., 1, 255 ( 1981)), and also includes bacteria of the genus Brevibacterium closely related to the genus Corynebacterium. Examples of such coryneform bacteria include the following.
  • Corynebacterium lilium Corynebacterium .gulpus micam
  • Corynebacterium Jumiumium (Corynebacterium glutamicum) AT C C 15990
  • Previbacterium divaricatum (Corynebacterium glutamicum) AT CC 14020
  • Brevipacterium 'Flavum (Corynebacterium' glutamicum) AT CC 13826, ATCC 14067 Brevipacterium immariophyllum ATCC 14068 Brevipacterium lactofermentum (corynebacterium glutamicum): AT CC 13665, AT CC 13869,
  • Methods for modifying the genes encoding the ABC transporter or its components include amplification or disruption of these genes.
  • Amplification of a gene or the like can be performed by transforming a coryneform bacterium with a recombinant vector obtained by ligating a gene to a vector such as a plasmid. At that time, the efficiency of amplification can be increased by using a multi-copy type vector. Examples of such vectors include plasmids that can autonomously replicate in coryneform bacteria, such as the following.
  • Transformation of a coryneform bacterium can be performed by an electric pulse method (see Japanese Patent Application Laid-Open No. 2-207791).
  • Gene amplification can also be achieved by allowing the gene of the present invention to exist in multiple copies on the chromosomal DNA of the host.
  • Target on chromosome DNA of coryneform bacteria In order to introduce a gene in multiple copies, homologous recombination is performed by utilizing a sequence present in multiple copies on chromosomal DNA (Experiments in Molecular Genetics, Cold Spring Harbor Laboratory press (1972); Matsuyama, S and Mizushima, S., J. BacterioL, 162, 1196 (1985)).
  • a sequence present in multiple copies on chromosomal DNA it is possible to use reactive DNA and inverted repeats present at the end of a transposable element.
  • a gene of interest can be mounted on a transposon, transferred and transfected into chromosomal DNA in multiple copies.
  • the expression of a gene that is originally present on a chromosome can also be modified by replacing an expression control sequence such as a promoter with a strong or weak function.
  • chromosomal DNA of Brevipacterium 'lactofermentum AT CC 13869 was prepared using the Bacterial Genomic DNA Purification Kit (manufactured by Advanced Genetic Technologies Corp.). Using this chromosomal DNA as type I, PCR was performed under standard reaction conditions described on page 8 of PCR Technology (Henry and Erich, Stockton Press, 1989) using the oligonucleotide as a primer. Was done. Agarose gel electrophoresis of the PCR product revealed that a DNA fragment of approximately 1.4 kb had been amplified. Was.
  • the nucleotide sequences at both ends of the obtained DNA were determined using the oligonucleotides shown in SEQ ID NO: 1 and SEQ ID NO: 2.
  • the agarose gel electrophoresis of the Hindi II fragment of brevipacterium 'lactofermentum ATCC 13869 chromosomal DNA prepared by a standard method was performed, and a DNA fragment of about 10 kilobases or more was recovered using glass powder, and the recovered DNA fragment was recovered.
  • PMW219 (manufactured by Takara Shuzo) digested with restriction enzyme Hindlll (manufactured by Takara Shuzo) was ligated using a ligation kit (manufactured by Takara Shuzo) to obtain Escherichia coli KM.
  • the obtained transformant was prepared by the alkaline method (Biotechnology Experiment Book, edited by the Society of Biotechnology, Japan, 1
  • SEQ ID No. 3 and SEQ ID No. 3 were prepared based on the portion of the DNA sequence used as the probe whose base sequence was determined. PCR was performed under the above conditions using the above-mentioned plasmid as a primer and a synthetic oligonucleotide having the nucleotide sequence shown in SEQ ID NO: 4 as a primer. Using this primer, Brevipacterium, Lactofamentum ATCC 13869 A transformant having a plasmid capable of obtaining an amplified fragment having a size of about 1.3 kilobases, which is the same as the DNA fragment amplified when PCR was performed using the chromosome as type I, was selected. (2) Determination of the entire nucleotide sequence of the DNA fragment containing the Brevibacterium lactofermentum ATCC 13869 1 tBD gene and isolation of the ABC transporter overnight gene
  • Plasmid DNA prepared from the transformant obtained in the above (1) by an alkaline method contained a DNA fragment of about 14 kilobases derived from the chromosome of Brevibacterium lactofermentum ATCC 13869.
  • the entire nucleotide sequence of a DNA fragment of about 14 kilobases derived from the chromosome of Brevipacterium lactofermentum ATCC 13869 of the obtained plasmid was determined.
  • the obtained DNA fragment contained the entire length of the g1 tBD gene, but an open reading frame of 500 bp or more was directed downstream from the end of the g1 tBD gene. It was found that there was a sequence that was presumed to be one minute and one minute downstream of these open reading frames. However, since the open reading frame lacked the promoter region, the upstream portion was cloned as follows.
  • these three open reading 'frames could be operons.
  • the nucleotide sequence of these open reading frames is as shown in SEQ ID NO: 7 in the sequence listing.
  • the sequence of SEQ ID NO: 7 also shows the amino acid sequence of the product deduced from the nucleotide sequence.
  • base numbers 1 to 1101 are the first open reading frame
  • 1117 to 1725 are the second open reading frame
  • 1759 to 2367 are the third open reading frame.
  • the methionine residue at the N-terminus of the protein encoded by each open 'reading' frame is derived from the initiation codon ATG, and is often unrelated to the original function of the protein.
  • the homology was compared with the known sequence for each of the nucleotide sequence and the amino acid sequence.
  • the data bases used were EMBL and SWISS-PR0T.
  • the DNA shown in SEQ ID No. in the sequence listing and each protein encoded therewith were novel genes and proteins in the genus Corynebacterium.
  • the second open reading frame and the protein encoded by it have high homology to the previously reported ATP-binding protein of ABC transporter and the gene encoding it, and coryneforms.
  • Pacterium bacteria it was found to be a gene encoding a novel ATP binding protein.
  • INDUSTRIAL APPLICABILITY The present invention provides the components of the ABC transporter of Brevipacterium lactofarmentum and the DNA encoding them.
  • the gene of the present invention can be used for breeding coryneform bacteria.

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Abstract

ABC transporter constituents of Brevibacterium lactofermentum having the amino acid sequences represented by SEQ ID NOS: 8, 9 and 10; and DNAs encoding the same. These DNAs are usable in breeding corynebacteria.

Description

明細書  Specification
AB Cトランスポ一夕一及びそれをコ一ドする遺伝子 技術分野 本発明は、 新規な ABCトランスポ一夕一及びその構成成分であるタンパク質 をコードする遺伝子に関する。 該遺伝子は、 アミノ酸の細胞膜輸送が改変された 微生物の育種等に利用することができる。 景技術 アミノ酸やイオン等の物質が細胞膜を透過するための機構としていくつか知ら れているが、 その一つとして A TP結合カセット (ATP binding cassette) ス一 パーファミリ一 (AB Cトランスポーター) が知られている (C. F. Higgins, A nn. Rev. Cell Biol., 8, 67 (1992)) 。 TECHNICAL FIELD The present invention relates to a novel ABC transporter and a gene encoding a protein which is a component thereof. The gene can be used for breeding microorganisms having altered cell membrane transport of amino acids. There are several known mechanisms by which substances such as amino acids and ions can penetrate cell membranes. One of them is the ATP binding cassette, a superfamily one (ABC transporter). It is known (CF Higgins, Ann. Rev. Cell Biol., 8, 67 (1992)).
A TP結合カセットは、 膜貫通ドメインを含む A TP結合ドメインを有する一 群のタンパク質であり、 その生理的機能は主として物質の細胞内への取り込みで あるが、 物質の排出にもある程度関与していると考えられている。 細菌では多く の場合、 膜タンパク質 (膜成分) 、 膜の内側にあり ATP a s e活性を有する夕 ンパク質、 及び膜の外側にあり輸送される物質に結合する結合タンパク質を構成 成分として含んでおり、 膜タンパク質と AT P a s e活性を有するタンパク質は 多量体複合体を形成している。 尚、 物質の排出システムは、 輸送される物質に結 合する結合タンパク質を欠いているといわれている (Reizer, J. et al., Prot. Sci. 1, 1326 (1992)) 。  The ATP-binding cassette is a group of proteins having an ATP-binding domain including a transmembrane domain, and its physiological function is mainly the uptake of substances into cells, but it is also involved to some extent in the excretion of substances. Is believed to be Bacteria often contain membrane proteins (membrane components), proteins that are inside the membrane and have ATPase activity, and binding proteins that are outside the membrane and bind to transported substances. The membrane protein and the protein having ATase activity form a multimeric complex. It is said that the substance emission system lacks a binding protein that binds to the substance to be transported (Reizer, J. et al., Prot. Sci. 1, 1326 (1992)).
AB Cトランスポーター又はその構成成分は物質の輸送に関与しているため、 これらの遺伝子の発現を改変することによって、 細胞の物質輸送に関する特性を 改変させることができると考えられる。  Since the ABC transporter or its components are involved in the transport of substances, it is thought that by modifying the expression of these genes, it is possible to modify the properties of the cells relating to the substance transport.
ェシエリヒア · コリ等の細菌では種々の AB Cトランスポー夕一遺伝子の構造 が解析され、 AB Cトランスポーターの構成成分をコードする各遺伝子は、 オペ ロンを形成していることが知られている。 しかし、 コリネ型細菌ではアミノ酸の 膜輸送に関する AB Cトランスポーターやその構成成分をコードする遺伝子は未 知のものが多い。 発明の開示 本発明者は、 コリネ型 L一グルタミン酸生産菌の育種を目的として、 L—グル 夕ミン酸生合成経路のうちの一つに関与する酵素グル夕ミンーォキソグル夕ル酸 ァミノ トランスフェラーゼ (グルタミン酸シン夕ーゼとも呼ばれる。 以下 「GO GAT」 と略す) をコードする遺伝子をクローニングした。 その過程において、 GOGATをコードする遺伝子 (gl tBD) を含む DNA断片が、 アミノ酸の 輸送に関わると考えられる A B Cトランスポー夕一をコードする遺伝子を含むこ とを偶然見出し、 本発明を完成するに至った。 In bacteria such as Escherichia coli, the structure of various ABC transport genes has been analyzed, and it is known that each gene encoding a component of the ABC transporter forms an operon. However, in coryneform bacteria, amino acids Many of the genes encoding the ABC transporter and its components related to membrane transport are unknown. DISCLOSURE OF THE INVENTION The present inventors aimed to breed coryneform L-glutamic acid-producing bacteria by using an enzyme involved in one of the L-glucaminic acid biosynthesis pathways, such as glumine-mino-oxoglurate-aminotransferase (glutamate The gene coding for “GO GAT” was cloned. In the process, they accidentally found that the DNA fragment containing the gene encoding the GOGAT (gltBD) contained the gene encoding the ABC transporter, which is thought to be involved in amino acid transport. Reached.
すなわち本発明は、 AB Cトランスポーターの構成成分であるタンパク質、 及 びそれらをコードする DN Aである。  That is, the present invention relates to proteins that are components of the ABC transporter, and DNAs that encode them.
本発明の ABCトランスポ一夕一の第 1の構成成分は、 下記 (A) 又は (B) に示すタンパク質である。  The first component of the ABC transporter of the present invention is a protein represented by the following (A) or (B).
(A) 配列表の配列番号 8に記載のァミノ酸配列を有する夕ンパク質。  (A) A protein having the amino acid sequence described in SEQ ID NO: 8 in the sequence listing.
(B) 配列表の配列番号 8に記載のアミノ酸配列において、 1若しくは数個のァ ミノ酸の置換、 欠失、 挿入、 付加、 又は逆位を含むアミノ酸配列からなり、 かつ、 ABCトランスポ一夕一を構成するタンパク質。  (B) In the amino acid sequence of SEQ ID NO: 8 in the sequence listing, the amino acid sequence comprises one or several amino acid substitutions, deletions, insertions, additions, or inversions, and comprises an ABC transporter. The proteins that make up one.
本発明の ABCトランスポ一夕一の第 2の構成成分は、 下記 (C) 又は (D) に示すタンパク質である。  The second component of the ABC transporter of the present invention is a protein represented by the following (C) or (D).
(C)配列表の配列番号 9に記載のァミノ酸配列を有する夕ンパク質。  (C) A protein having the amino acid sequence described in SEQ ID NO: 9 in the sequence listing.
(D) 配列表の配列番号 9に記載のアミノ酸配列において、 1若しくは数個のァ ミノ酸の置換、 欠失、 挿入、 付加、 又は逆位を含むアミノ酸配列からなり、 AB Cトランスポー夕一の ATPa s e活性を有するタンパク質。  (D) an amino acid sequence represented by SEQ ID NO: 9 in the sequence listing, which comprises an amino acid sequence containing substitution, deletion, insertion, addition, or inversion of one or several amino acids; A protein having an ATPase activity.
本発明の ABCトランスポーターの第 3の構成成分は、 下記 (E) 又は (F) に示すタンパク質である。  The third component of the ABC transporter of the present invention is a protein represented by the following (E) or (F).
(E) 配列表の配列番号 10に記載のアミノ酸配列を有するタンパク質。  (E) a protein having the amino acid sequence of SEQ ID NO: 10 in the sequence listing,
(F) 配列表の配列番号 10に記載のアミノ酸配列において、 1若しくは数個の アミノ酸の置換、 欠失、 挿入、 付加、 又は逆位を含むアミノ酸配列からなり、 か つ、 ABCトランスポ一夕一を構成するタンパク質。 (F) In the amino acid sequence of SEQ ID NO: 10 in the sequence listing, one or several A protein comprising an amino acid sequence containing amino acid substitutions, deletions, insertions, additions, or inversions, and constituting an ABC transporter.
本発明はまた、 上記 ABCトランスポーターの各構成成分であるタンパク質を コードする DN Aを提供する。  The present invention also provides a DNA encoding a protein that is a component of each of the above ABC transporters.
さらに本発明は、 ABCトランスポ一夕一をコードするオペロンを提供する。 以下、 本発明を詳細に説明する。  The invention further provides an operon encoding the ABC transporter. Hereinafter, the present invention will be described in detail.
本発明の DN Aは、 ブレビバクテリゥム ,ラクトファ一メンタムから g 1 t B D遺伝子の近傍に存在する OR Fとして見い出されたものであり、 次のようにし て取得することができる。  The DNA of the present invention has been found as an ORF existing in the vicinity of the g1tBD gene from Brevibacterium and Lactophamentum, and can be obtained as follows.
ブレビバクテリゥム .ラクトファ一メンタム、 例えばブレビバクテリゥム - ラ ク トファ一メン夕ム ATCC13869の染色体 DNAを銪型とし、 ェシエリヒア 'コリ K — 12 (Gene, 第 60卷、 1〜: L 1頁、 1987年) 及び酵母 (サッカロマ イセス 'セレピシェ、 GenBank accession No.X89221) の g 1 t BD遺伝子間で相 同性の高い領域の塩基配列、 例えば配列表の配列番号 1に示す塩基配列を有する プライマ一及び配列表の配列番号 2に示す塩基配列を有するプライマーを用いた PCR (ポリメラーゼ ·チェイン · リアクション) により、 約 1. 4kbのDNA断 片を取得する。 プレビパクテリゥム 'ラク トフアーメンタム ATCC13869は、 ATCC (ァメリカン ·タイプ ·カルチャー ·コレクション(American Type Culture Col lection):アメリカ合衆国、 メリ一ランド 20852、 ロックビル、 パ一クロ一ンド ライブ 10301) から入手することができる。  Brevibacterium lactofermentum, such as Brevibacterium lactobacillus ATCC13869 chromosomal DNA, is Escherichia coli K — 12 (Gene, Vol. 60, 1: L: 1 1987) and yeast (Saccharomyces' Celepiche, GenBank accession No. X89221). A DNA fragment of about 1.4 kb is obtained by PCR (polymerase chain reaction) using a primer having the nucleotide sequence shown in SEQ ID NO: 2 in the sequence listing. Pre-Bacterium 'Lacto Amentum ATCC13869 is available from the ATCC (American Type Culture Collection: 20852, United States, Maryland 20852, Rockville, Park Live 10301) be able to.
次に、 上記のようにして得られる PCR増幅断片をプロ一ブとし、 ブレビパクテリ ゥム 'ラクトフアーメンタム ATCC13869の染色体 DNAライブラリ一のコロニー ハイプリダイゼーシヨンを行い、 前記プローブにハイプリダイズする DNA断片 を取得することにより、 gi t BD遺伝子とともに本発明の DNAを取得するこ とができる。 染色体 DN Aライブラリ一の調製に、 Hindi IIで切断した染色体 DN Aを用いると、 上記 DN A断片は約 14 kbの大きさを持つ断片として得ること ができる。  Next, the PCR-amplified fragment obtained as described above was used as a probe, and a colony hybridization of the chromosomal DNA library of Brevibacterium 'lactofermentum ATCC13869 was performed.The DNA fragment to be hybridized to the probe was subjected to colony hybridization. By obtaining, the DNA of the present invention can be obtained together with the gitBD gene. When chromosomal DNA cut with Hindi II is used for preparing a chromosomal DNA library, the above-mentioned DNA fragment can be obtained as a fragment having a size of about 14 kb.
上記の DNA断片には g 1 t BD遺伝子が含まれ、 その下流には、 末端から g 1 t BD遺伝子と逆向きに 2つのオープンリーディングフレーム (ORF) が存 在する。 これらの ORFは、 配列番号 7に示す塩基配列に含まれる ORFのうち、 2番目及び 3番目の OR Fにそれそれ相当する。 The above DNA fragment contains the g1tBD gene, downstream of which g There are two open reading frames (ORFs) opposite to the 1 t BD gene. These ORFs correspond to the second and third ORFs in the base sequence shown in SEQ ID NO: 7.
後記実施例に示すように、 上記 2つの ORFは、 これらの上流に存在する他の 一つの ORFとともに、 オペロンを形成している可能性がある。 この ORFは、 配列番号 7に示す塩基配列に含まれる〇RFのうち 1番目の OR Fに相当する。 この 1番目の ORFは、 ブレビバクテリウム ·ラクトフアーメンタム、 例えばブ レビパクテリゥム ·ラクトフアーメンタム ATCC13869の染色体 DNAを铸型とし、 配列表の配列番号 5に示す塩基配列を有するブラィマ一及び配列表の配列番号 6 に示す塩基配列を有するプライマ一を用いた PCRにより、 約 1. 8kbの DNA断 片として取得することができる。 この DNA断片には、 目的とする ORFの上流 に、 プロモーター領域と推定される領域が存在する。  As shown in Examples described later, there is a possibility that the two ORFs form an operon together with another ORF existing upstream of these two ORFs. This ORF corresponds to the first ORF in ΔRF contained in the nucleotide sequence shown in SEQ ID NO: 7. The first ORF has a chromosomal DNA of Brevibacterium lactofamentum, for example, Brevibacterium lactofamentum ATCC13869, and has a base sequence having the nucleotide sequence shown in SEQ ID NO: 5 in the sequence listing and the sequence in the sequence listing. It can be obtained as a DNA fragment of about 1.8 kb by PCR using a primer having the nucleotide sequence shown in No. 6. This DNA fragment has a region presumed to be a promoter region upstream of the target ORF.
配列番号 7に示した塩基配列は、 上記の約 14 kbの DNA断片中の塩基配列 (1. 3 kb) と、 約 1. 8 kbの DNA断片中の塩基配列 (1. lkb) を連 結したものである。  The nucleotide sequence shown in SEQ ID NO: 7 links the above-described nucleotide sequence (1.3 kb) in the approximately 14 kb DNA fragment with the nucleotide sequence (1.1 kb) in the approximately 1.8 kb DNA fragment. It was done.
上記の各 OR Fは、 その塩基配列及び隣接する領域の塩基配列が明らかになつ たので、 それらの塩基配列に基づいて作製したオリゴヌクレオチドをプライマー に用いた P CRによっても、 取得することができる。  Since the nucleotide sequence and the nucleotide sequence of the adjacent region of each ORF have been clarified, it can also be obtained by PCR using oligonucleotides prepared based on those nucleotide sequences as primers. .
染色体 DN Aの調製、 染色体 DN Aライプラリーの作製、 ハイブリダィゼ一シ ヨン、 PCR、 プラスミ ド DNAの調製、 DNAの切断及び連結、 形質転換、 プ ライマーとして用いるオリゴヌクレオチドの設定等の方法は、 当業者によく知ら れている通常の方法を採用することができる。 これらの方法は、 Sambrook,J.,Fr itsch,E.F. ,Maniatis,T. , Molecular Cloning, Cold Spring Harbor Laboratory Press, 1.21(1989)等に記載されている。  Methods for preparing chromosomal DNA, preparing chromosomal DNA libraries, hybridization, PCR, preparing plasmid DNA, cutting and ligating DNA, transforming, and setting oligonucleotides used as primers are known to those skilled in the art. The usual methods well known in the art can be employed. These methods are described in Sambrook, J., Frisch, E.F., Maniatis, T., Molecular Cloning, Cold Spring Harbor Laboratory Press, 1.21 (1989) and the like.
上記の第二の ORF及びそれによつてコードされるアミノ酸配列について、 既 知の配列と相同性比較を行った。 用いたデータベースは、 EMBLおよび SWISS- PR0T である。 その結果、 これらの配列は、 表 1に示す既に報告されているアミノ酸の 輸送を司る AB Cトランスポーターを構成する AT P a s eタンパク質及びそれ をコ一ドする遺伝子と相同性が認められた。 これを含む 3つの OR Fはオペロン を形成している可能性がある, 表 1The second ORF and the amino acid sequence encoded thereby were compared with a known sequence for homology. The databases used were EMBL and SWISS-PR0T. As a result, these sequences were found to have homology to the previously reported ATPase protein constituting the ABC transporter responsible for amino acid transport and the gene encoding the same, as shown in Table 1. The three ORFs including this are operons May form, Table 1
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本発明の A B C トランスポーターの構成成分をコードする遺伝子は、 コードさ れる各タンパク質の特性が損なわれない限り、 1若しくは複数の位置での 1若し くは数個のアミノ酸の置換、 欠失、 挿入、 付加、 又は逆位を含む A T P結合タン パク質をコードするものであってもよい。 ここで、 「数個」 とは、 アミノ酸残基 のタンパク質の立体構造における位置や種類によっても異なる。 それは、 イソ口 イシンとパリンのように、 アミノ酸によっては、 類縁性の高いアミノ酸が存在し、 そのようなアミノ酸の違いが、 蛋白質の立体構造に大きな影響を与えないことに 由来する。 The genes encoding the components of the ABC transporter of the present invention may be substituted or deleted by one or several amino acids at one or more positions, as long as the properties of each encoded protein are not impaired. ATP binding tan with insertion, addition or inversion It may be one that encodes protein. Here, "several" differs depending on the position and type of the amino acid residue in the three-dimensional structure of the protein. It is derived from the fact that some amino acids, such as isocyanate isine and palin, have highly related amino acids, and such amino acid differences do not significantly affect the three-dimensional structure of the protein.
上記のような AB Cトランスポーターの構成成分と実質的に同一のタンパク質 をコードする DNAは、 例えば部位特異的変異法によって、 特定の部位のァミノ 酸残基が置換、 欠失、 挿入、 付加、 又は逆位を含むように塩基配列を改変するこ とによって得られる。 また、 上記のような改変された DN Aは、 従来知られてい る変異処理によっても取得され得る。 変異処理としては、 各タンパク質をコード する DNAをヒドロキシルアミン等でィンビトロ処理する方法、 及び各々のタン パク質をコードする DN Aを保持する微生物、 例えばェシエリヒア属細菌を、 紫 外線照射または N—メチルー N,—ニトロ一 N—ニトロソグァ二ジン (NTG) もしくは 亜硝酸等の通常変異処理に用いられている変異剤によつて処理する方法が挙げら れる。  DNA encoding a protein substantially the same as the components of the ABC transporter as described above can be obtained by substituting, deleting, inserting, adding, or substituting an amino acid residue at a specific site by, for example, site-directed mutagenesis. Alternatively, it can be obtained by modifying the nucleotide sequence to include an inversion. The modified DNA as described above can also be obtained by conventionally known mutation treatment. Examples of the mutation treatment include a method in which DNA encoding each protein is treated in vitro with hydroxylamine, etc., and a method in which a microorganism having a DNA encoding each protein, such as a bacterium belonging to the genus Escherichia, is irradiated with ultraviolet light or Examples of the method include treatment with a mutagen that is commonly used for mutagenesis, such as N, -nitro-N-nitrosoguanidine (NTG) or nitrous acid.
また、 上記のような塩基の置換、 欠失、 挿入、 付加、 又は逆位等には、 各構成 成分を保持する微生物の個体差、 種ゃ属の違いに基づく場合などの天然に生じる 変異 (mutant又は variant) も含まれる。  In addition, such substitutions, deletions, insertions, additions, or inversions of bases as described above include mutations that occur naturally, such as those based on individual differences of microorganisms carrying each component and differences in species and genera. mutant or variant) is also included.
上記のような変異を有する DNAを、 適当な細胞で発現させ、 発現産物の性質 を調べることにより、 ABCトランスポーターの構成成分と実質的に同一のタン パク質をコードする DNAが得られる。 また、 変異を有する各タンパク質をコ一 ドする DNAまたはこれを保持する細胞から、 各構成成分をコードする塩基配列 又は同塩基配列から調製されるプローブ、 例えば、 ATPa s eにあっては、 酉己 列番号 7の塩基番号 1 1 17〜 1725からなる塩基配列又は同塩基配列から調 製されるプローブと、 ストリンジェン卜な条件下でハイブリダィズし、 かつ、 各 構成成分の特性を有するタンパク質をコードする DN Aを単離することによって も、 AB Cトランスポ一夕一の構成成分と実質的に同一のタンパク質をコ一ドす る DNAが得られる。 ここでいう 「ストリンジェン卜な条件」 とは、 いわゆる特 異的なハイプリッ ドが形成され、 非特異的なハイプリッ ドが形成されない条件を いう。 この条件を明確に数値化することは困難であるが、 一例を示せば、 相同性 が高い DNA同士、 例えば 40 %以上の相同性を有する DNA同士がハイブリダ ィズし、 それより相同性が低い DNA同士がハイブリダィズしない条件、 あるい は通常のサザンハイプリダイゼーシヨンの洗いの条件である 60°C、 1 X S S C, 0. 1%SDS、 好ましくは、 0. l xSSC、 0. 1%SDSに相当する塩濃 度でハイブリダィズする条件が挙げられる。 By expressing the DNA having the above mutation in an appropriate cell and examining the properties of the expression product, a DNA encoding a protein substantially identical to the components of the ABC transporter can be obtained. In addition, a DNA encoding each protein having a mutation or a cell carrying the same, or a base sequence encoding each component or a probe prepared from the same base sequence. A nucleotide sequence consisting of nucleotide numbers 1117 to 1725 in SEQ ID NO: 7 or a probe prepared from the nucleotide sequence, which encodes a protein that hybridizes under stringent conditions and has properties of each component. Isolation of DNA also provides DNA that encodes a protein substantially identical to the components of the ABC transporter. The term “stringent conditions” used herein refers to conditions under which a so-called specific hybrid is formed and a non-specific hybrid is not formed. Say. Although it is difficult to quantify these conditions clearly, one example is that DNAs with high homology, for example, DNAs with homology of 40% or more, hybridize and have lower homology 60 ° C, 1 XSSC, 0.1% SDS, preferably 0.1 lxSSC, 0.1% SDS, which is the condition under which DNA does not hybridize with each other, or the conditions for washing ordinary Southern hybridizations. Conditions for hybridization at the corresponding salt concentration are mentioned.
このような条件でハイブリダィズする遺伝子の中には途中にストップコドンが 発生したものや、 活性中心の変異により活性を失ったものも含まれるが、 それら については、 市販の活性発現ベクターを用いて発現産物の特性を調べることによ り、 容易に取り除くことができる。  Some of the genes that hybridize under these conditions include those with a stop codon in the middle and those that have lost their activity due to mutations in the active center, but these are expressed using a commercially available activity expression vector. It can be easily removed by characterizing the product.
本発明の AB Cトランスポーターの構成成分をコ一ドする DNA及び AB Cト ランスポ一夕一のオペロン (以下、 これらを単に 「本発明の遺伝子」 ということ がある) は、 コリネ型細菌の育種に利用することができる。 すなわち、 本発明の AB Cトランスポー夕一又はその構成成分は、 アミノ酸の輸送に関与していると 考えられるため、 これらの遺伝子の発現を改変することによって、 細胞のァミノ 酸輸送に関する特性を改変させることができると考えられる。  The DNA encoding the components of the ABC transporter of the present invention and the operon of the ABC transpouse (hereinafter, these may be simply referred to as “genes of the present invention”) are used for breeding coryneform bacteria. Can be used for That is, since the ABC transport protein of the present invention or its component is considered to be involved in amino acid transport, the expression of these genes is modified to modify the properties of cells for amino acid transport. It is thought that it can be done.
本発明を適用し得るコリネ型細菌は、 従来ブレビパクテリゥム属に分類されて いたが現在コリネバクテリウム属に統合された細菌を含み (Int. J. Syst. Bact eriol., 1, 255 (1981)) 、 またコリネパクテリゥム属と非常に近縁なブレビバ クテリゥム属細菌を含む。 このようなコリネ型細菌の例として以下のものが挙げ られる。  Coryneform bacteria to which the present invention can be applied include bacteria that were previously classified into the genus Brevipacterium, but are now integrated into the genus Corynebacterium (Int. J. Syst. Bacteriol., 1, 255 ( 1981)), and also includes bacteria of the genus Brevibacterium closely related to the genus Corynebacterium. Examples of such coryneform bacteria include the following.
コリネバクテリゥム ·ァセトァシドフィラム  Corynebacterium acetoacidophilum
コリネバクテリゥム ■ァセトグル夕ミカム  Corynebacterium
コリネバクテリゥム ·アルカノリティカム  Corynebacterium alkanolicam
コリネバクテリゥム ·カルナェ  Corynebacterium carnaye
コリネバクテリゥム · グル夕ミカム  Corynebacterium guru mimic
コリネバクテリゥム · リリウム (コリネバクテリゥム .グル夕ミカム) コリネバクテリゥム ·メラセコーラ  Corynebacterium lilium (Corynebacterium .gulpus micam) Corynebacterium melasecola
コリネバクテリゥム ■サーモアミノゲネス コリ不バクテリゥム ハーキュリス Corynebacterium ■ Thermoaminogenes Escherichia coli Herculis
ブレビバクテ )ゥム ディバリカタム (コリネバクテリゥム ·グルタミカム) ブレビバクテリゥム フラバム (コリネバクテリゥム -グル夕ミカム) ブレビバクテ )ゥム ィンマリオフィラム  Brevibacte) um Divaricatam (Corynebacterium glutamicum) Brevibacterium flavum (Corynebacterium -Guruyumicam) Brevibacte) ゥ mimmariofilam
ブレビバクテ ')ゥム ラクトファ一メン夕ム (コリネバクテリゥム ·グル夕ミ カム)  Brevibacte ') lactofermentum (corynebacterium gulumicum)
ブレビバクテ Jゥム ロゼゥム  Brevi Bacte J. Rosem
ブレビバクテリゥム サッカロリティカム  Brevibacterium Saccharolyticum
ブレビバクテリゥム チォゲ二夕リス  Brevibacterium choge squirrel
ブレビバクテ 'Jゥム アルバム  Brevi Bacte 'J ゥ Album
ブレビバクテリゥム セリヌム  Brevibacterium Serinum
ミクロバクテリゥム アンモニアフィラム  Microbacterium Ammonia Filam
具体的には、 下記のような菌株を例示することができる。  Specifically, the following strains can be exemplified.
コリネバクテ 'Jゥム ァセトァシドフィラム ATCC 13870  Corynebacte 'J-Amcetacetofilam ATCC 13870
コリネバクテリゥム ァセトグルタミカム ATCC 15806  Corynebacterium acetoglutamicum ATCC 15806
コ )ゥム アル力ノリティカム ATCC2 15 1 1  ア ル ア ル ア ル ア ル 力 力 CC ATCC2 15 1 1
リゥム カルナェ AT C C 1599 1  Dream Carnaye AT C C 1599 1
コリネバクテリゥム グルタミカム ATCC 13020、 13032、 3 Corynebacterium glutamicum ATCC 13020, 13032, 3
060 060
コリネバクテ Jゥム リリウム (コリネバクテリゥム ·グルタミカム) AT C C 1 5990  Corynebacterium Jumiumium (Corynebacterium glutamicum) AT C C 15990
コリネバクテ Jゥム メラセコーラ ATCC 17965  Corynebacte J ゥ me Merasecora ATCC 17965
π 'Jゥム サーモアミノゲネス AJ 1 2340 (FERM BP π 'J ゥ m Thermoaminogenes AJ 1 2340 (FERM BP
- 1539 ) -1539)
コリネバクテリウム ,ハーキユリス ATCC 13868  Corynebacterium, Hercullis ATCC 13868
プレビバクテリウム .ディバリカタム (コリネバクテリゥム .グルタミカム) AT CC 14020  Previbacterium divaricatum (Corynebacterium glutamicum) AT CC 14020
ブレビパクテリゥム ' フラバム (コリネバクテリゥム ' グルタミカム) AT C C 13826, ATCC 14067 ブレビパクテリゥム ·インマリオフィラム ATCC 14068 ブレビパクテリゥム ·ラクトフエルメンタム (コリネバクテリゥム ·グルタミ カム:) AT C C 13665、 AT C C 13869、 Brevipacterium 'Flavum (Corynebacterium' glutamicum) AT CC 13826, ATCC 14067 Brevipacterium immariophyllum ATCC 14068 Brevipacterium lactofermentum (corynebacterium glutamicum): AT CC 13665, AT CC 13869,
ブレビパクテリゥム · 口ゼゥム ATCC 13825  Brevi pacificum / mouth theme ATCC 13825
ブレビパクテリゥム ·サッカロリティカム A T C C 14066  Brevi Pacterium Saccharolity Cam A T C C 14066
ブレビパクテリゥム ·チォゲ二夕リス ATCC 19240  Brevi Pacterium Choge Niyu Squirrel ATCC 19240
ブレビバクテリゥム ·アルバム AT C C 15 1 1 1  Brevibacterium · Album AT C C 15 1 1 1
ブレビパクテリゥム ·セリヌム ATCC 15 1 12  Brevi Pacterium Serinum ATCC 15 1 12
ミクロパクテリゥム,アンモニアフィラム ATCC 15354  Micropacterium, ammonia phyllum ATCC 15354
AB Cトランスポー夕一又はその構成成分をコードする遺伝子を改変する方法 としては、 これらの遺伝子の増幅又は破壊が挙げられる。 遺伝子等の増幅は、 遺 伝子をプラスミ ド等のベクターに連結して得られる組換えべクタ一でコリネ型細 菌を形質転換することによって行うことができる。 その際、 マルチコピー型のベ クタ一を用いることによって、 増幅の効率を高めることができる。 そのようなべ クタ一としては、 コリネ型細菌で自律複製出来るプラスミ ド、 例えば以下のもの が挙げられる。  Methods for modifying the genes encoding the ABC transporter or its components include amplification or disruption of these genes. Amplification of a gene or the like can be performed by transforming a coryneform bacterium with a recombinant vector obtained by ligating a gene to a vector such as a plasmid. At that time, the efficiency of amplification can be increased by using a multi-copy type vector. Examples of such vectors include plasmids that can autonomously replicate in coryneform bacteria, such as the following.
AM 330 特開昭 58— 67699号公報参照  AM 330 See JP-A-58-67699.
p HM 15 1 9 特開昭 58— 77895号公報参照  p HM 15 19 See JP-A-58-77895
p A J 655 特閧昭 58— 192900号公報参照  p A J 655 Special Edition 58—See 192900
p A J 6 1 1 同 上  p A J 6 1 1 Same as above
p A J 1844 同 上  p A J 1844 Same as above
pCG 1 特開昭 57— 134500号公報参照  pCG 1 See JP-A-57-134500
pCG 2 特閧昭 58— 35 197号公報参照  See pCG 2 Special Publication 58-35197
pCG 4 特閧昭 57— 183799号公報参照  See pCG 4 Special Publication 57-183799
pCG 1 1 同 上  pCG 1 1 Same as above
コリネ型細菌の形質転換は、 電気パルス法 (特開平 2— 20779 1号公報参 照) により行うことができる。  Transformation of a coryneform bacterium can be performed by an electric pulse method (see Japanese Patent Application Laid-Open No. 2-207791).
遺伝子の増幅は、 本発明の遺伝子を上記宿主の染色体 DN A上に多コピー存在 させることによつても達成できる。 コリネ型細菌の染色体 DN A上に目的とする 遺伝子を多コピーで導入するには、 染色体 D N A上に多コピー存在する配列を標 的に利用して相同組換えにより行う (Experiments in Molecular Genetics, Col d Spring Harbor Laboratory press (1972); Matsuyama, S. and Mizushima, S. , J. BacterioL, 162, 1196(1985)) 。 また、 染色体 D N A上に多コピー存在する 配列としては、 レぺッティブ DNA、 転移因子の端部に存在するインバ一テイツ ド · リピートが利用できる。 あるいは、 特開平 2— 109985号公報に開示さ れているように、 目的遺伝子をトランスポゾンに搭載してこれを転移させて染色 体 D N A上に多コピ一導入するこども可能である。 Gene amplification can also be achieved by allowing the gene of the present invention to exist in multiple copies on the chromosomal DNA of the host. Target on chromosome DNA of coryneform bacteria In order to introduce a gene in multiple copies, homologous recombination is performed by utilizing a sequence present in multiple copies on chromosomal DNA (Experiments in Molecular Genetics, Cold Spring Harbor Laboratory press (1972); Matsuyama, S and Mizushima, S., J. BacterioL, 162, 1196 (1985)). In addition, as a sequence present in multiple copies on chromosomal DNA, it is possible to use reactive DNA and inverted repeats present at the end of a transposable element. Alternatively, as disclosed in Japanese Patent Application Laid-Open No. 2-109985, a gene of interest can be mounted on a transposon, transferred and transfected into chromosomal DNA in multiple copies.
また、 染色体上にもともと存在する遺伝子のプロモ一夕一等の発現調節配列を 強力なもの又は機能の弱いものに置換することによつても、 該遺伝子の発現を改 変させることができる。  In addition, the expression of a gene that is originally present on a chromosome can also be modified by replacing an expression control sequence such as a promoter with a strong or weak function.
一方、 遺伝子の破壊は、 相同組換による遺伝子破壊法が既に確立しており、 直 鎖 DN Aを用いる方法や温度感受性プラスミ ドを用いる方法などによって、 行う ことができる。 発明を実施するための最良の形態 以下、 本発明を実施例によりさらに具体的に説明する。  On the other hand, gene disruption by homologous recombination has already been established, and can be performed by a method using linear DNA or a method using temperature-sensitive plasmid. BEST MODE FOR CARRYING OUT THE INVENTION Hereinafter, the present invention will be described more specifically with reference to examples.
( 1) ブレビバクテリウム ·ラクトフアーメンタム ATCC 13869の g l t BD遺伝子のクロ一ニング (1) Cloning of gltBD gene of Brevibacterium lactofermentum ATCC 13869
大腸菌と酵母の g 1 t B遺伝子産物間でアミノ酸配列の相同性の高い領域を選 び、 その配列から塩基配列を推定し、 配列番号 1および配列番号 2に示すォリゴ ヌクレオチドを合成した。 一方、 Bacterial Genomic DNA Purification Kit (Ad vanced Genetic Technologies Corp.製) を用いて、 ブレビパクテリゥム 'ラクト フアーメンタム AT CC 13869の染色体 DNAを調製した。 この染色体 D NAを錶型とし、 前記オリゴヌクレオチドをプライマーに用いて、 PCRテクノ ロジ一 (ヘンリ一ェ一リヅヒ編、 ストック トンプレス、 1989年) 8頁に記載 されている標準反応条件で P CRを行った。 P CR産物をァガロースゲル電気泳 動したところ、 約 1. 4キロベースの DN A断片が増幅されていることが判明し た。 A region with high amino acid sequence homology was selected between the g1tB gene products of Escherichia coli and yeast, the nucleotide sequence was deduced from the sequence, and the oligonucleotides shown in SEQ ID NO: 1 and SEQ ID NO: 2 were synthesized. Separately, chromosomal DNA of Brevipacterium 'lactofermentum AT CC 13869 was prepared using the Bacterial Genomic DNA Purification Kit (manufactured by Advanced Genetic Technologies Corp.). Using this chromosomal DNA as type I, PCR was performed under standard reaction conditions described on page 8 of PCR Technology (Henry and Erich, Stockton Press, 1989) using the oligonucleotide as a primer. Was done. Agarose gel electrophoresis of the PCR product revealed that a DNA fragment of approximately 1.4 kb had been amplified. Was.
得られた D N Aは、 配列番号 1および配列番号 2に示すォリゴヌクレオチドを 用いて両端の塩基配列の決定を行った。 塩基配列の決定は、 DNA Sequencing Kit The nucleotide sequences at both ends of the obtained DNA were determined using the oligonucleotides shown in SEQ ID NO: 1 and SEQ ID NO: 2. For DNA sequencing, use the DNA Sequencing Kit
(Applied Biosystems社製) を用いて Sangerの方法 (J. Mol. Biol., 143, 161(Applied Biosystems) using the method of Sanger (J. Mol. Biol., 143, 161).
(1980) ) に従って行った。 決定された塩基配列をアミノ酸配列に翻訳して、 大 腸菌と酵母の g 1 t B遺伝子から予想されるアミノ酸配列と比較したところ、 相 同性が高かったので、 P CRにより増幅した DNA断片はブレビバクテリゥム ·ラク トフアーメンタム ATCC 13869の gl t B遺伝子の一部であると判断し た。 この PCR増幅 DNA断片をプローブとし、 上記の方法で調製したブレビバクテ リウム 'ラクトフアーメンタム ATCC 13869の染色体 DN Aを定法によ り EcoRI、 BamHK Hindll Pstl、 Sail (宝酒造社製) で切断した断片について、 DIG DNA Labeling and Detection Kit (ベ一リンガー ·マンハイム社製) を用い てサザンハイプリダイゼーシヨンを行った。 その結果、 Hindlllで切断された約 1 4キロベースの切断断片がプロ一ブ DNAとハイプリダイズすることが判明した。 そこで、 定法により調製したブレビパクテリゥム ' ラクトフアーメンタム A T C C 13869染色体 DNAの Hindi II断片をァガロース電気泳動し、 約 10キロ ベース以上の DNA断片をガラスパウダーを用いて回収し、 回収された DNA断片と制 限酵素 Hindlll (宝酒造社製) で切断したベクター pMW219 (二ヅポンジーン製) は ライゲーシヨンキッ ト (宝酒造社製) を用いて連結し、 ェシエリヒア 'コリ JM(1980)). When the determined nucleotide sequence was translated into an amino acid sequence, and compared with the amino acid sequence expected from the g1tB gene of E. coli and yeast, the homology was high. It was determined to be part of the gltB gene of Brevibacterium lactofermentum ATCC 13869. Using this PCR-amplified DNA fragment as a probe, a fragment obtained by cutting the chromosome DNA of Brevibacterium 'lactofarmentum ATCC 13869 prepared by the above method with EcoRI, BamHK Hindll Pstl, Sail (Takara Shuzo) by a standard method, Southern hybridization was performed using DIG DNA Labeling and Detection Kit (manufactured by Behringer Mannheim). As a result, it was found that a fragment of about 14 kb cut with Hindlll hybridized with probe DNA. Therefore, the agarose gel electrophoresis of the Hindi II fragment of brevipacterium 'lactofermentum ATCC 13869 chromosomal DNA prepared by a standard method was performed, and a DNA fragment of about 10 kilobases or more was recovered using glass powder, and the recovered DNA fragment was recovered. PMW219 (manufactured by Takara Shuzo) digested with restriction enzyme Hindlll (manufactured by Takara Shuzo) was ligated using a ligation kit (manufactured by Takara Shuzo) to obtain Escherichia coli KM.
109のコンビテントセル (宝酒造社製) を用いて形質転換を行った。 形質転換 株を I PTG (イソプロピル一/?— D—チォガラクトピラノシド) 10〃g/mTransformation was performed using 109 combi-tent cells (Takara Shuzo). Transformants were treated with I PTG (isopropyl-I /?-D-thiogalactopyranoside) 10〃g / m
1、 X— Gal (5—ブロモ一4—クロ口一 3—インドリル一/?— D—ガラクト シド) 40 zg/ml及びカナマイシン 25 /g/mlを含む L培地 (パクト トリ プトン 10g/l、 パクトイ一ストエキストラクト 5 g/l、 NaC15 g/l、 寒天 15 g/l、 pH7. 2) に塗布し、 一晩培養後、 出現した白色のコロニー を釣り上げ、 単コロニー分離し、 約 1,000個の形質転換体を得た。 1, X-Gal (5-bromo-14-cloth-3-indolyl /?-D-galactoside) L medium containing 40 zg / ml and kanamycin 25 / g / ml (pact tryptone 10 g / l, Pactoist extract 5 g / l, NaC 15 g / l, agar agar 15 g / l, pH 7.2) After culturing overnight, the white colonies that appear are picked up, separated into single colonies, and approximately 1,000 Was obtained.
得られた形質転換体は、 アルカリ法 (生物工学実験書、 日本生物工学会編、 1 The obtained transformant was prepared by the alkaline method (Biotechnology Experiment Book, edited by the Society of Biotechnology, Japan, 1
05頁、 培風館、 1992年) を用いてプラスミ ドを調製した。 プローブとして 用いた DNA配列の中で塩基配列が決定している部分をもとに作製した配列番号 3お よび配列番号 4に示す塩基配列を有する合成オリゴヌクレオチドをプライマーと して、 上記プラスミ ドを鍊型として上記の条件で PCRを行い、 このプライマー を用いてブレビパクテリゥム , ラクトフアーメンタム ATCC 13869の染 色体を鍊型として P CRを行った時に増幅される DNA断片と同じ約 1. 3キロべ一 スの大きさの増幅断片が得られるプラスミ ドを保持する形質転換体を選択した。 (2) ブレビバクテリウム ·ラクトフエルメンタム ATCC 13869 1 t BD遺伝子を含む DNA断片の全塩基配列の決定及び A B Cトランスポ一夕一遺伝 子の単離 (P. 05, Baifukan, 1992). SEQ ID No. 3 and SEQ ID No. 3 were prepared based on the portion of the DNA sequence used as the probe whose base sequence was determined. PCR was performed under the above conditions using the above-mentioned plasmid as a primer and a synthetic oligonucleotide having the nucleotide sequence shown in SEQ ID NO: 4 as a primer. Using this primer, Brevipacterium, Lactofamentum ATCC 13869 A transformant having a plasmid capable of obtaining an amplified fragment having a size of about 1.3 kilobases, which is the same as the DNA fragment amplified when PCR was performed using the chromosome as type I, was selected. (2) Determination of the entire nucleotide sequence of the DNA fragment containing the Brevibacterium lactofermentum ATCC 13869 1 tBD gene and isolation of the ABC transporter overnight gene
上記 ( 1) により得られた形質転換体からアルカリ法により調製したプラスミ ド DNAは、 ブレビバクテリウム ·ラクトフエルメンタム ATCC 13869染色 体由来の約 14キロベースの DNA断片を含んでいた。 上記の方法と同様にして、 得 られたプラスミ ドのブレビパクテリゥム · ラクトフエルメンタム ATCC 13 869染色体由来の約 14キロベースの DNA断片の全塩基配列決定を行った。 その 結果、 得られた DNA断片中には、 g 1 t BD遺伝子の全長が含まれていたが、 50 0 b p以上のオープン · リーディング · フレームが g 1 t BD遺伝子の下流に末 端から逆向きに 2個存在し、 これらのオープン · リ一ディング · フレームの下流 には夕一ミネ一夕一と推定される配列も存在することが明らかとなった。 ただし、 このオープン · リーディング ' フレームは、 プロモーター領域が欠けていたので、 この上流部分を、 下記のようにしてクローニングを行った。  Plasmid DNA prepared from the transformant obtained in the above (1) by an alkaline method contained a DNA fragment of about 14 kilobases derived from the chromosome of Brevibacterium lactofermentum ATCC 13869. In the same manner as described above, the entire nucleotide sequence of a DNA fragment of about 14 kilobases derived from the chromosome of Brevipacterium lactofermentum ATCC 13869 of the obtained plasmid was determined. As a result, the obtained DNA fragment contained the entire length of the g1 tBD gene, but an open reading frame of 500 bp or more was directed downstream from the end of the g1 tBD gene. It was found that there was a sequence that was presumed to be one minute and one minute downstream of these open reading frames. However, since the open reading frame lacked the promoter region, the upstream portion was cloned as follows.
ブレビパクテリゥム ·ラクトフエルメンタム AT CC 13869染色体を制 限酵素 BamHIで消化した DNA断片から、 配列表配列番号 5および配列番号 6に示し たプライマ一を使い、 LA PCR in vitro cloning Kit (宝酒造製) を用いてクロー ニングを行った。 上記プライマ一を用いて PCRを行った結果、 約 1.8キロベースの MA断片が増幅されたので、 この DNA断片を上記と同様の方法での塩基配列の決定 を行った。 その結果、 増幅された DNA断片には、 上記の 2つのオープン · リーディ ング . フレームの上流に位置する、 約 350アミノ酸のオープン · リーディング . フ レームが含まれており、 さらにその上流にはプロモーター領域と推定される領域 が存在することも明らかとなった。 したがって、 この 3個のオープン · リーディ ング ' フレームは、 オペロンである可能性がある。 これらのオープン · リーディング · フレームの塩基配列は、 配列表配列番号 7 に示す通りである。 配列表配列番号 7の配列には、 その塩基配列から推定される 産物のアミノ酸配列も示した。 このうち、 塩基番号 1〜; 1101が 1番目のオープン • リーディング ' フレームで、 1117〜1725が 2番目のオープン ' リーディング ' フレームで、 さらに 1759〜2367が 3番目のオープン ' リーディング 'フレームで ある。 なお、 それそれのオープン ' リーディング ' フレームによりコードされる タンパク質の N末端にあるメチォニン残基は開始コドンである ATGに由来するため、 タンパク質本来の機能とは無関係であることが多く、 翻訳後べプチダーゼの働き により除去されることがよく知られており、 上記の各タンパク質の場合にもメチ ォニン残基の除去が生じている可能性がある。 また、 ここで推定されたプロモー 夕一領域や夕一ミネ一夕一配列は、 あくまでもコンピューターを使った解析の結 果であるので、 実際にはこの上流もしくは下流にオープン ' リーディング ' フレ —ムが存在し、 それらも一緒に発現している可能性もある。 Brevipacterium lactofermentum ATCC 13869 LA PCR in vitro cloning Kit (Takara Shuzo) from a DNA fragment digested with the restriction enzyme BamHI using the primers shown in SEQ ID NO: 5 and SEQ ID NO: 6. Cloning was performed using). As a result of performing PCR using the above primer, a MA fragment of about 1.8 kilobases was amplified. The nucleotide sequence of this DNA fragment was determined in the same manner as described above. As a result, the amplified DNA fragment contains an open reading frame of about 350 amino acids located upstream of the above two open reading frames, and a promoter region further upstream. It was also found that there was an area estimated to be. Thus, these three open reading 'frames could be operons. The nucleotide sequence of these open reading frames is as shown in SEQ ID NO: 7 in the sequence listing. The sequence of SEQ ID NO: 7 also shows the amino acid sequence of the product deduced from the nucleotide sequence. Of these, base numbers 1 to 1101 are the first open reading frame, 1117 to 1725 are the second open reading frame, and 1759 to 2367 are the third open reading frame. The methionine residue at the N-terminus of the protein encoded by each open 'reading' frame is derived from the initiation codon ATG, and is often unrelated to the original function of the protein. It is well known that it is removed by the action of a peptidase, and it is possible that methionine residues have been removed also in the case of each of the above proteins. In addition, since the promoted evening area and the evening / mine / one-night sequence estimated here are the result of analysis using a computer, an open 'reading' frame is actually upstream or downstream. Exists and may be expressed together.
塩基配列、 アミノ酸配列おのおのについて既知の配列と相同性比較を行った。 用いたデ一夕ベースは、 EMBLおよび SWISS- PR0Tである。 その結果、 配列表配列番 号 Ίに示される DNAおよびそれにコ一ドされる各夕ンパク質は、 コリネバクテリゥ ム属細菌では新規の遺伝子及びタンパク質であることが明らかとなった。 このう ち 2番目のオープン · リ一ディング · フレームおよびそれにコードされるタンパ ク質は、 すでに報告されている ABCトランスポ一ターの ATP結合タンパク質及びそ れをコードする遺伝子と相同性が高く、 コリネパクテリゥム属細菌では新規な AT P結合タンパク質をコードする遺伝子であることが判明した。 産業上の利用可能忤 本発明により、 ブレビパクテリゥム ·ラクトフアーメンタムの A B Cトランス ポ—夕一の構成成分、 及びそれらをコードする D N Aが提供される。 本発明の遺 伝子は、 コリネ型細菌の育種に利用することができる。  The homology was compared with the known sequence for each of the nucleotide sequence and the amino acid sequence. The data bases used were EMBL and SWISS-PR0T. As a result, it was revealed that the DNA shown in SEQ ID No. in the sequence listing and each protein encoded therewith were novel genes and proteins in the genus Corynebacterium. Of these, the second open reading frame and the protein encoded by it have high homology to the previously reported ATP-binding protein of ABC transporter and the gene encoding it, and coryneforms. In Pacterium bacteria, it was found to be a gene encoding a novel ATP binding protein. INDUSTRIAL APPLICABILITY The present invention provides the components of the ABC transporter of Brevipacterium lactofarmentum and the DNA encoding them. The gene of the present invention can be used for breeding coryneform bacteria.

Claims

請求の範囲 The scope of the claims
1. 下記 (A) 又は (B) に示すタンパク質。 1. A protein shown in (A) or (B) below.
( A )配列表の配列番号 8に記載のアミノ酸配列を有するタンパク質。  (A) a protein having the amino acid sequence of SEQ ID NO: 8 in the sequence listing,
(B) 配列表の配列番号 8に記載のアミノ酸配列において、 1若しくは数個の アミノ酸の置換、 欠失、 挿入、 付加、 又は逆位を含むアミノ酸配列からなり、 か つ、 AB Cトランスポー夕一を構成するタンパク質。  (B) the amino acid sequence described in SEQ ID NO: 8 in the sequence listing, comprising an amino acid sequence containing substitution, deletion, insertion, addition, or inversion of one or several amino acids; and The proteins that make up one.
2. 下記 (A) 又は (B) に示すタンパク質をコードする DNA。 2. DNA encoding the protein shown in (A) or (B) below.
( A ) 配列表の配列番号 8に記載のァミノ酸配列を有するタンパク質。  (A) a protein having the amino acid sequence of SEQ ID NO: 8 in the sequence listing;
(B) 配列表の配列番号 8に記載のアミノ酸配列において、 1若しくは数個の アミノ酸の置換、 欠失、 挿入、 付加、 又は逆位を含むアミノ酸配列からなり、 か つ、 ABCトランスポー夕一を構成するタンパク質。  (B) the amino acid sequence described in SEQ ID NO: 8 in the sequence listing, comprising an amino acid sequence containing substitution, deletion, insertion, addition, or inversion of one or several amino acids; and Proteins that make up.
3. 下記 (a) 又は (b) に示す DNAである請求項 2記載の DNA。 3. The DNA according to claim 2, which is a DNA shown in (a) or (b) below.
(a)配列表の配列番号 7の塩基番号 1〜 1101からなる塩基配列を含む D NA。  (a) DNA containing a base sequence consisting of base numbers 1 to 1101 of SEQ ID NO: 7 in the sequence listing.
(b)配列表の配列番号 7の塩基番号 1〜 1101からなる塩基配列又は同塩 基配列から調製されるプローブとストリンジェントな条件下でハイブリダィズし、 かつ、 ABCトランスポーターを構成するタンパク質をコードする DNA。  (b) hybridizes under stringent conditions to a probe prepared from the base sequence consisting of base numbers 1 to 1101 or the base sequence of SEQ ID NO: 7 in the sequence listing, and encodes a protein constituting the ABC transporter DNA.
4. 前記ストリンジェン卜な条件が、 1 XSSC及び 0. 1%SDSに相当す る塩濃度で 60°Cで洗浄が行われる条件である請求項 3記載の DNA。 4. The DNA according to claim 3, wherein the stringent condition is a condition in which washing is performed at 60 ° C. at a salt concentration corresponding to 1 XSSC and 0.1% SDS.
5. 下記 (C) 又は (D) に示すタンパク質。 5. Protein shown in (C) or (D) below.
(C) 配列表の配列番号 9に記載のアミノ酸配列を有するタンパク質。  (C) a protein having the amino acid sequence of SEQ ID NO: 9 in the sequence listing;
(D)配列表の配列番号 9に記載のアミノ酸配列において、 1若しくは数個の アミノ酸の置換、 欠失、 挿入、 付加、 又は逆位を含むアミノ酸配列からなり、 A B Cトランスポー夕一の ATP a s e活性を有するタンパク質。  (D) In the amino acid sequence of SEQ ID NO: 9 in the sequence listing, the amino acid sequence comprises substitution, deletion, insertion, addition, or inversion of one or several amino acids, and comprises an ATPase of ABC transport A protein having activity.
6. 下記 (C) 又は (D) に示すタンパク質をコードする DNA。 ( C ) 配列表の配列番号 9に記載のァミノ酸配列を有するタンパク質。 6. DNA encoding the protein shown in (C) or (D) below. (C) a protein having the amino acid sequence of SEQ ID NO: 9 in the sequence listing;
(D) 配列表の配列番号 9に記載のアミノ酸配列において、 1若しくは数個の アミノ酸の置換、 欠失、 挿入、 付加、 又は逆位を含むアミノ酸配列からなり、 か つ、 AB Cトランスポ一夕一の AT P a s e活性を有するタンパク質。  (D) In the amino acid sequence of SEQ ID NO: 9 in the sequence listing, the amino acid sequence comprises one or several amino acid substitutions, deletions, insertions, additions, or inversions. A protein having one ATPase activity.
7. 下記 (c) 又は (d) に示す DNAである請求項 6記載の DNA。 ( c ) 配列表の配列番号 Ίの塩基番号 1 1 1 7〜 1 725からなる塩基配列を 含む DNA。 7. The DNA according to claim 6, which is a DNA shown in (c) or (d) below. (c) DNA containing a base sequence consisting of base numbers 1117 to 1725 of SEQ ID NO: in the sequence listing.
(d) 配列表の配列番号 7の塩基番号 1 1 17〜1 72 5からなる塩基配列又 は同塩基配列から調製されるプローブとストリンジェン卜な条件下でハイプリダ ィズし、 かつ、 AB Cトランスポーターの ATP a s e活性を有するタンパク質 をコ一ドする DNA。  (d) hybridizing under stringent conditions with a nucleotide sequence consisting of nucleotide numbers 11 17 to 1725 of SEQ ID NO: 7 in the sequence listing or a probe prepared from the nucleotide sequence, and DNA encoding a protein with ATPase activity of the transporter.
8. 前記ストリンジェン卜な条件が、 l x S S C及び 0. 1 %SD Sに相当す る塩濃度で 60°Cで洗浄が行われる条件である請求項 7記載の DNA。 8. The DNA according to claim 7, wherein the stringent condition is a condition in which washing is performed at 60 ° C. at a salt concentration corresponding to l × SSC and 0.1% SDS.
9. 下記 (E) 又は (F) に示すタンパク質。 9. A protein shown in (E) or (F) below.
(E) 配列表の配列番号 1 0に記載のアミノ酸配列を有するタンパク質。 (E) a protein having the amino acid sequence of SEQ ID NO: 10 in the sequence listing;
(F) 配列表の配列番号 1 0に記載のアミノ酸配列において、 1若しくは数個 のアミノ酸の置換、 欠失、 挿入、 付加、 又は逆位を含むアミノ酸配列からなり、 かつ、 AB Cトランスポー夕一を構成するタンパク質。 (F) In the amino acid sequence of SEQ ID NO: 10 in the sequence listing, the amino acid sequence comprises one or more amino acid substitutions, deletions, insertions, additions, or inversions, and the ABCC transport sequence is included. The proteins that make up one.
1 0. 下記 (E) 又は (F) に示すタンパク質をコードする DNA。 10. DNA encoding the protein shown in (E) or (F) below.
(E) 配列表の配列番号 10に記載のアミノ酸配列を有するタンパク質。 (E) a protein having the amino acid sequence of SEQ ID NO: 10 in the sequence listing,
(F) 配列表の配列番号 1 0に記載のアミノ酸配列において、 1若しくは数個 のアミノ酸の置換、 欠失、 挿入、 付加、 又は逆位を含むアミノ酸配列からなり、 かつ、 AB Cトランスポー夕一を構成するタンパク質。 (F) In the amino acid sequence of SEQ ID NO: 10 in the sequence listing, the amino acid sequence comprises one or several amino acid substitutions, deletions, insertions, additions, or inversions, and is an ABCC transport sequence. The proteins that make up one.
1 1. 下記 (e) 又は (f ) に示す DNAである請求項 1 0記載の DNA。 1 1. The DNA according to claim 10, which is a DNA represented by the following (e) or (f).
(e) 配列表の配列番号 7の塩基番号 1 75 9〜2367からなる塩基配列を 含む DNA。 ( f )配列表の配列番号 7の塩基番号 1759〜 2367からなる塩基配列又 は同塩基配列から調製されるプローブとストリンジェントな条件下でハイプリダ ィズし、 かつ、 ABCトランスポーターを構成するタンパク質をコードする DN A。 (e) DNA containing a base sequence consisting of base numbers 175 to 2367 of SEQ ID NO: 7 in the sequence listing. (f) a nucleotide sequence consisting of nucleotide numbers 1759 to 2367 of SEQ ID NO: 7 in the sequence listing or a probe prepared from the nucleotide sequence and hybridizing under stringent conditions, and constituting an ABC transporter DN A to code.
12. 前記ストリンジェン卜な条件が、 1 33〇及び0. 1%SDSに相当す る塩濃度で 60°Cで洗浄が行われる条件である請求項 11記載の DNA。 12. The DNA according to claim 11, wherein the stringent condition is a condition in which washing is performed at 60 ° C. at a salt concentration corresponding to 133 ° and 0.1% SDS.
13. 配列番号 8記載のァミノ酸配列を有するタンパク質をコードする塩基配 列と、 配列番号 9記載のアミノ酸配列を有するタンパク質をコードする塩基配列 と、 配列番号 10記載のァミノ酸配列を有するタンパク質をコードする塩基配列 とを含む DNA。 13. A base sequence encoding a protein having the amino acid sequence of SEQ ID NO: 8, a base sequence encoding a protein having the amino acid sequence of SEQ ID NO: 9, and a protein having the amino acid sequence of SEQ ID NO: 10. DNA containing a coding base sequence.
14. 配列番号 7記載の塩基配列を有する請求項 13記載の DNA。 14. The DNA according to claim 13, which has the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 7.
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