TWI670498B - 一種用以評估大腸直腸癌肝轉移病患之預後的方法 - Google Patents

Abstract

本揭示內容是關於一種藉由檢測特定基因的套數變異來評估大腸直腸癌肝轉移病患之預後的方法。本發明方法包含測量特定基因的套數變異，由測得的基因套數變異計算一風險指數，以及由該風險指數進行評估。

Description

一種用以評估大腸直腸癌肝轉移病患之預後的方法

本揭示內容是關於預斷癌症的領域。更具體來說，本揭示內容是關於一種用以評估癌症病患之術後預後的方法。

許多研究指出，DNA的基因套數變異(copy number alteration, CNA)會改變細胞的基因表現，進而造成大腸直腸癌(colorectal cancer, CRC)的產生。癌症轉移為一複雜的過程，其中的分子機制仍有待釐清。多數研究目前仍著重於探討大腸直腸癌的同源性起始點(clonal origin)及基因異質性(genetic heterogeneity)，對於癌症的起源，以及原位癌與其遠端轉移之間的基因異質性則缺乏明確的共識。

大腸直腸癌是全球最常見的惡性腫瘤之一，其於美國造成的死亡率高居十大癌症之第三位。隨著生活及飲食習慣西方化，台灣罹患大腸直腸癌的人數亦日益增加，分別為台灣男性及女性癌症死亡率的第一及第二位。隨著醫療技術的進步，目前已可診斷出早期的大腸直腸癌，然而，約有20到25%的大腸直腸癌病患於診斷時發現伴隨著腫瘤轉移，該些病患的5年存活率通常小於10%。肝臟是大腸直腸癌最常轉移的器官。若不投予治療，該些大腸直腸癌肝轉移(colorectal cancer with liver metastasis, CRLM)病患的平均存活率約為5-10個月，且低於0.5%的病患可存活超過5年。迄今，肝切除術仍為治療CRLM病患的主要策略，唯僅有15到25%的病患可為治癒，且具有70%的高復發機率。經肝切除術後的CRLM病患通常會再接受全身性治療，以期望增加治療功效。然而，大規模之隨機性對照試驗卻發現相較於僅接受肝切除術之病患，合併治療並不會顯著改善病患的5年總存活率(分別為48%與51%)。研究亦指出，約有30%的病患會在手術後2年內死於癌症。因此，對罹患轉移性大腸直腸癌的病患而言，如何選擇最佳治療方式是一極為複雜的課題。

有鑑於此，相關領域亟需一種可準確評估CRLM病患之術後預後的方法，藉以對有需要的病患投予即時的治療。

發明內容旨在提供本揭示內容的簡化摘要，以使閱讀者對本揭示內容具備基本的理解。此發明內容並非本揭示內容的完整概述，且其用意並非在指出本發明實施例的重要/關鍵元件或界定本發明的範圍。

本發明之一態樣係有關於一種利用一罹患大腸直腸癌肝轉移(colorectal cancer with liver metastasis, CRLM)之個體的檢體來評估該CRLM個體之術後預後的方法。依據本揭示內容實施方式，該方法包含： (a) 分別決定該檢體相對於一健康個體之CSMD2 (全名為CUB and sushi multiple domain protein 2)、TGFBI (全名為transforming growth factor beta induced)及S100PBP (全名為S100P binding protein)基因的CNA； (b) 將步驟(a)之CSMD2、TGFBI及S100PBP基因的CNA相加，以得到一風險指數；以及 (c) 由步驟(b)之風險指數來進行預後評估；其中，若該風險指數小於-0.2時，表示該個體的術後預後較差；若該風險指數大於-0.2時，表示該個體的術後預後較佳。

依據本揭示內容某些實施方式，術後預後較差係指該個體無復發存活期(relapse-free survival)小於等於24個月，且該術後預後較佳係指該個體無復發存活期大於24個月

依據本揭示內容一實施方式，該CRLM個體為接受部分肝切除術之CRLM個體，且該檢體係取自肝臟。

本發明所屬技術領域中具有通常知識者可藉由任何檢測方法，來測量CSMD2、TGFBI及S100PBP基因的CNA；舉例來說，比較式基因雜合法(comparative genomic hybridization, CGH)、原位雜合法(in situ hybridization, ISH)及聚合酶連鎖反應(polymerase chain reaction, PCR)。在一特定實施例中，是利用CGH來測量CSMD2、TGFBI及S100PBP基因的CNA。

可接受本發明方法評估之CRLM個體為一哺乳動物，例如人類。依據本揭示內容一特定實施方式，該CRLM個體為華人(Chinese)。依據本揭示內容另一實施方式，該CRLM個體是高加索人(Caucasian race或Caucasoid)；較佳地，該CRLM個體是源自北歐；更佳地，該CRLM個體為挪威人(Norwegian)。

在參閱下文實施方式後，本發明所屬技術領域中具有通常知識者當可輕易瞭解本發明之基本精神及其他發明目的，以及本發明所採用之技術手段與實施態樣。

為了使本揭示內容的敘述更加詳盡與完備，下文針對了本發明的實施態樣與具體實施例提出了說明性的描述；但這並非實施或運用本發明具體實施例的唯一形式。實施方式中涵蓋了多個具體實施例的特徵以及用以建構與操作這些具體實施例的方法步驟與其順序。然而，亦可利用其他具體實施例來達成相同或均等的功能與步驟順序。

雖然用以界定本發明較廣範圍的數值範圍與參數皆是約略的數值，此處已盡可能精確地呈現具體實施例中的相關數值。然而，任何數值本質上不可避免地含有因個別測試方法所致的標準偏差。在此處，「約」通常係指實際數值在一特定數值或範圍的正負10%、5%、1%或0.5%之內。或者是，「約」一詞代表實際數值落在平均值的可接受標準誤差之內，視本發明所屬技術領域中具有通常知識者的考量而定。除了實驗例之外，或除非另有明確的說明，當可理解此處所用的所有範圍、數量、數值與百分比(例如用以描述材料用量、時間長短、溫度、操作條件、數量比例及其他相似者)均經過「約」的修飾。因此，除非另有相反的說明，本說明書與附隨申請專利範圍所揭示的數值參數皆為約略的數值，且可視需求而更動。至少應將這些數值參數理解為所指出的有效位數與套用一般進位法所得到的數值。在此處，將數值範圍表示成由一端點至另一段點或介於二端點之間；除非另有說明，此處所述的數值範圍皆包含端點。

除非本說明書另有定義，此處所用的科學與技術詞彙之含義與本發明所屬技術領域中具有通常知識者所理解與慣用的意義相同。此外，在不和上下文衝突的情形下，本說明書所用的單數名詞涵蓋該名詞的複數型；而所用的複數名詞時亦涵蓋該名詞的單數型。

在本揭示內容中，「預後」(prognosis)一詞係指預測癌症患者出現與癌症相關的死亡或疾病進展的可能性。譬如出現腫瘤的復發(recurrence)、轉移性擴散(metastatic spread)與抗藥性。當可理解，「預後」一詞並非指能夠百分之百準確地預測一病症的進程或結果的能力。相反地，本發明所述技術領域中具有通常知識者當可理解，「預後」一詞係指某一進程或結果可能發生的機率較高；亦即，在個體符合特定情況(如，風險指數較高)的前提下，一特定進程或結果較有可能發生(相較於風險指數較低的個體)。通常在評估預後時，會考量與較佳或較差的疾病進程或結果相關的因素或病徵。有多種方式可用來表示患者的預後，譬如：總存活期(overall survival，簡稱OS)、無復發存活期(relapse-free survival，簡稱RFS)及/或疾病特定存活期(disease-specific survival，簡稱DSS)等。總存活期係指由診斷或治療起，到死亡為止的時間。疾病特定存活期則是指由完全緩解(complete remission)到因為癌症而死亡為止的時間；而無復發存活期是指由完全緩解到癌症復發或因任何理由死亡(以先發生的為準)為止的時間。

「復發」(relapse)一詞是指治療時疾病症狀已完全緩解或痊癒，但於治療後的追蹤期內症狀又出現。在本揭示內容中，「復發」一詞是指經抗癌治療(例如手術切除、化學治療、免疫治療及放射線治療等)完全緩解或治癒的癌症/腫瘤，在經過一段時間後，重新出現於個體體內。癌症/腫瘤復發的位置可以是局部復發，亦可以是遠端轉移。一般來說，癌症/腫瘤復發的位置不必然與初始癌症/腫瘤發生的位置相同；舉例來說，CRLM病患的癌症復發位置可以是淋巴結、肺部、骨頭、頭頸部、脾臟及腎臟等不同器官/組織。

「較佳預後」(favorable prognosis)一詞在本揭示內容係指針對一CRLM病患所決定的預後優於(即，結果較佳)針對一名或一群罹患相同疾病之參考患者所決定的預後；舉例來說，相較於參考患者，預後較佳的患者可望具有較長的總存活期或無復發存活期。相反地，「較差預後」(unfavorable prognosis)一詞在本揭示內容係指針對一CRLM病患所決定的預後比起針對一名或一群罹患相同疾病之參考患者所決定的預後來得差；舉例來說，相較於參考患者，預後較差的患者可望具有較短的總存活期或無復發存活期。

在本揭示內容中，「相對」(compare)一詞是指檢測二或多種物質(例如二分子、狀態、蛋白、核酸、胜肽、抗體或片段)以分析該些物質之相似度及/或差異性。基本上，可將「相對」(compare)一詞解釋為「計算二者之間的差異」(calculating a difference between)。依據本揭示內容之實施方式，是藉由決定待測檢體(例如本發明CRLM病患之肝腫瘤檢體)及對照檢體(例如健康個體之血液檢體)的CSMD2、TGFBI及S100PBP平均基因套數，再計算得到相對於對照檢體，待測檢體之CSMD2、TGFBI及S100PBP的CNA。

「個體」(subject)一詞是指包含人類的動物，其係依據本揭示內容之方法，能接受本揭示內容之融合蛋白的治療。除非特定指出，否則「個體」(subject)一詞同時意指男性及女性。

有鑑於相關領域亟需一種可準確且有效評估CRLM病患之術後預後的方法，並藉此對病患投予適當的治療，本揭示內容的主要目的是提供一組與癌症復發相關的基因組。由該些基因的CNA可計算出一風險指數，本發明所屬技術領域具有通常知識者可依據該風險指數來預斷一CRLM病患的術後狀況，進而給予病患適當的治療。

據此，本揭示內容提供了一種利用一罹患CRLM之個體的檢體來評估該CRLM個體之術後預後的方法。該方法包含以下步驟： (a) 分別決定該檢體相對於一健康個體之CSMD2、TGFBI及S100PBP基因的CNA； (b) 將步驟(a)之CSMD2、TGFBI及S100PBP基因的CNA相加，以得到一風險指數；以及 (c) 由步驟(b)之風險指數來進行預後評估；其中，若該風險指數小於-0.2時，表示該個體的術後預後較差；若該風險指數大於-0.2時，表示該個體的術後預後較佳。

基本上，可接受本發明方法評估的CRLM個體為一哺乳動物，例如人類。依據一特定實施方式，該CRLM個體為華人。依據本揭示內容另一實施方式，該CRLM個體是高加索人；較佳地，該CRLM個體是源自北歐；更佳地，該CRLM個體為挪威人。

依據本揭示內容某些實施方式，該CRLM個體為接受部分肝切除術之CRLM個體。

在步驟(a)中，先由取自CRLM個體之檢體來決定檢體相對於一健康個體之CSMD2、TGFBI及S100PBP基因的CNA，其中CSMD2基因是位於第一號染色體之Chr1p: 34246394-34308819區塊，TGFBI基因是位於第五號染色體之Chr5q: 135384652-135447279區塊，且S100PBP基因是位於第一號染色體之Chr1p: 33283801-33339989區塊。

依據本揭示內容一操作實施例，檢體為係取自於個體的肝臟；較佳地，該檢體為一肝腫瘤檢體。

習知技藝人士可利用任何已知檢測方法來測量該些基因的CNA；舉例來說，CGH、ISH (包含銀染原位雜合法(silver in situ hybridization)、顯色原位雜合法(chromogenic in situ hybridization)、螢光原位雜合法(fluorescent in situ hybridization)及其組合)或PCR。依據本揭示內容一特定實施方式，是藉由CGH來測量CSMD2、TGFBI及S100PBP基因的CNA。CGH是一種快速檢測基因CNA的分子技術。一般來說，CGH包含以下步驟：(1)由特定組織(例如腫瘤組織)及正常對照組織(作為參照組)萃取其DNA；(2)以不同偵測標誌(例如不同螢光團等)分別標記特定組織DNA及參照組DNA；(3)將該些經標記的DNA與正常人類中期染色體進行雜合反應；以及(4)利用顯微鏡(例如螢光顯微鏡)來分析表現訊號，藉以觀察特定DNA套數的變異量(包含套數的增加、減少或缺失)。

依據本揭示內容一實施方式，是以Cy5螢光團標記源自CRLM個體之檢體，且以Cy3螢光團標記源自健康個體之檢體；之後進行雜合分析，計算Cy5螢光訊號與Cy3螢光訊號(作為參照值)之差異，據以得到相較於健康個體，CRLM個體之CSMD2、TGFBI及S100PBP基因的CNA。

在步驟(b)中，是將步驟(a)測得之特定基因(即CSMD2、TGFBI及S100PBP基因)的CNA相加，以得到一風險指數。

之後，步驟(c)係依據步驟(b)得到之風險指數來評估CRLM個體的術後預後狀況。依據本揭示內容實施方式，當一個體之風險指數小於-0.2時，則該個體為術後預後較差的高風險個體；反之，當一個體之風險指數大於-0.2時，則該個體為術後預後較佳的低風險個體。依據本揭示內容一特定實施方式，高風險個體的無復發存活期小於等於24個月，而低風險個體的無復發存活期則大於24個月。

下文提出多個實驗例來說明本發明的某些態樣，以利本發明所屬技術領域中具有通常知識者實作本發明，且不應將這些實驗例視為對本發明範圍的限制。據信習知技藝者在閱讀了此處提出的說明後，可在不需過度解讀的情形下，完整利用並實踐本發明。此處所引用的所有公開文獻，其全文皆視為本說明書的一部分。 實施例

材料及方法

CRLM 病患

本研究是依據經馬偕紀念醫院人體試驗委員會許可的流程(13MMHIS009)對CRLM病患進行相關分析試驗。

I. 測試族群

自2009年12月到2011年12月，共有21位CRLM病患參與本研究，包含12位大腸癌病患及9位直腸癌病患。病患年齡分布界於39到83歲之間(平均年齡為60.9歲)，包含12位男性及9位女性病患。追蹤期為14.5到55.7個月(平均為30.2個月)。初始大腸直腸腫瘤約為1.2到8公分。共有8位病患為異時性CRLM (metachronous CRLM)，包含3位初始二期病患及5位三期病患，以及13位同時性CRLM (synchronous CRLM)病患。所有的異時性CRLM病患皆於肝切除術後接受輔助性化學治療(adjuvant chemotherapy)。在3位初始二期的異時性CRLM病患中，有2位發生復發；而在5位原來大腸直腸癌為二期的異時性CRLM病患中，則觀察到4位有復發的狀況。13位同時性CRLM病患中，有8位先接受前導性化學治療 (neoadjuvant chemotherapy)後再接受肝腫瘤切除手術，另外5位則接受先接受肝切除術。所有的13位同時性CRLM病患皆於接受肝切除術後接受輔助性化學治療。8位肝切除術前接受前導性化學治療的同時性CRLM病患皆有復發的狀況(其中6位復發僅於肝臟，4位發生遠端轉移)，而於5位於肝切除術前未接受前導性化學治療的同時性CRLM病患則無復發情況。21病患中有13位死亡。 表1　測試族群之臨床診斷分析 編號 性別年齡同時性轉移復發有無多發性CEA評估LNTMN期原發位置 1 F 73 有 有 無 有 3 IVA 橫結腸 2 M 43 無 有 無 無 2 IIIB 直腸 3 M 50 有 有 無 無 1 IVA 降結腸 4 M 83 有 無 有 有 0 IVA 直腸乙狀結腸處 5 M 71 無 無 無 無 1 IIIB 盲腸 6 M 69 無 有 無 無 0 IIA 直腸 7 F 69 有 有 有 無 12 IVA 橫結腸 8 M 67 有 有 有 有 7 IVA 直腸 9 F 60 有 無 有 有 0 IVA 升結腸 10 M 61 無 無 有 有 7 IIIC 直腸 11 F 45 有 有 有 有 4 IVA 乙狀結腸 12 F 70 有 無 有 有 7 IVA 直腸乙狀結腸處 13 F 57 有 有 無 有 5 IVA 升結腸 14 M 66 有 無 有 有 0 IVA 乙狀結腸 15 M 46 無 無 有 無 0 IIA 直腸 17 F 47 有 無 無 無 4 IVA 直腸 18 F 39 有 有 無 無 1 IVA 直腸 19 M 58 有 有 無 有 15 IVA 直腸 20 M 73 無 有 無 無 0 IIA 升結腸 22 M 63 無 有 無 無 3 IIIB 直腸 23 F 69 無 有 無 有 3 IIIB 乙狀結腸

II. 驗證族群

本研究驗證族群利用挪威歐思陸大學發表(PLoS Genet. 2016 Jul 29;12(7):e1006225. doi: 10.1371/journal.pgen.1006225.eCollection 2016 Jul.) 45位罹患轉移性大腸直腸癌之病患資料，他們利用Affymetrix SNP 6.0微陣列來分析45位病患的全基因套數值，藉以評估每位病患之基因CNA與其總存活期及無復發存活期的關聯性。

CGH 分析及數據

由測試族群之分離檢體萃取DNA後，先利用瓊脂精電泳進行分析，並以由健康男性及女性周邊血液單核球細胞萃取之DNA作為對照組，藉以確認萃出DNA之品質；之後利用包含385,806個探針(每個間距約6,000 bp)的全基因體NimbleGen CGH微陣列(NimbleGen®; NimbleGen Systems Inc, Madison, WI)進行CGH分析。以Digital sonifier (Branson Model#450, Branson, Danbury, CT)裂解DNA。依據使用操作說明來標記、雜合及洗滌裂解產物。利用GenePixTM讀取器(Personal 4000B, Axon Instruments, Molecular Devices, Sunnyvale, CA)及GenePix® Pro 6.0軟體來掃瞄微陣列，並拍攝影像。以2.4版之NimbleScan ^TM及1.9版之SignalMap ^TM軟體標準化分析結果後，可得到對數強度比數據。藉由組合10個連續的探針，由微陣列之385,806個初始探針得到訊號、簡化之統計推算流程及計算區塊。以GLAD 演算法(Bioconductor之R package)來圖形化CNA結果。計算於t-test中具有顯著性的探針密度後，以CIRCOS環來表示密度條狀圖。

統計分析

依據同質性將連續變異量表示為平均值±標準差或中位數(範圍)。以Fisher's精準檢測及多變量邏輯回歸得到人口統計及臨床變異量。當雙尾(two-tailed) P值＜0.05時，即視為具有統計顯著性。利用R 3.3.1版得到Fisher's精準檢測及邏輯回歸。

存活分析

分別由CRLM病患之肝腫瘤及健康個體(無罹患腫瘤之個體，作為對照組)之血液取得周邊血單核細胞(peripheral blood mononuclear cell, PBMC)後，萃取其DNA，以區塊平均法來計算基因套數。先設定好視窗尺寸W (window size)為10個連續探針，原來的385,806個探針的資料，將產生36,549個不相交區塊。依據每個區塊來計算了平均值和標準差。基因拷貝數是由區塊平均值來代表，以此方法來分析各檢體中CSMD2、TGFBI及S100PBP的平均基因套數。

可依據NimbleScan CGH微陣列(NimbleGen®; NimbleGen Systems Inc, Madison, WI)之使用操作說明來計算CRLM病患之特定基因(即CSMD2、TGFBI及S100PBP)的CNA。簡單來說，先以Cy5及Cy3螢光團分別標記源自CRLM病患及健康個體之DNA。利用NimbleScan 來分析Cy3及Cy5通道的螢光強度。進行以下標準化步驟來校正染劑效應及微陣列變異： (1)建立一參照數據：以所有檢體於Cy3通道之平均探針強度來得到參照數據之探針強度。基於源自健康個體之DNA應具有相同的基因套數值，參照數據中較高的數值反應出對應探針位置具有較強的雜合反應； (2)以參照數據進行LOWESS校正：依據參照數據來分析繪示Cy5通道的螢光數據，並利用統計軟體R進行LOWESS校正，藉以移除局部趨勢性。對Cy3通道的螢光數據進行相同校正流程。此步驟可控制因不均勻之探針雜合強度造成的反應偏差；以及 (3)得到標準化之CNA數值：經校正之Cy5與Cy3數值的線性回歸差值即為標準化之CNA數值。

依據風險指數將病患分為具有高風險指數(風險指數小於-0.2)及低風險指數(風險指數大於-0.2)二群，以風險指數的中位數作為閾值。利用Kaplan-Meier法得到二分群的存活曲線，並以對數排序檢定(log-rank test)進行比對分析。以單變量及多變異Cox回歸模組來預測病患的存活期。對數排序檢定及Cox檢定皆為雙邊檢定，當P值＜ 0.05時即視為具有統計差異性。

實施例 1 篩選與 CRLM 復發相關之基因組

本發明是利用CGH技術來篩選與癌症復發相關之基因。第1圖闡述了用以篩選及分析特定基因的流程圖。

1.1 測試族群之全基因體 CNA 分析

首先針對取自21位測試族群(包含8位無復發及13位復發的病患)之分離檢體進行CGH分析。結果顯示，385,806個探針中共有38,574個探針是與癌症復發相關(第1圖之步驟1)，其中1,335個探針集中分布於染色體1及染色體5上(第1圖之步驟2)。

第2圖為依據CGH分析結果闡述之CNA分布頻率圖，其確認了與復發相關的CNA主要位於染色體1及染色體5 (Fisher's精準或然率檢測；p值分別為1.76E-17及4.32E-34)。

1.2 確認與 CRLM 復發相關的候選基因

利用Students’ t檢定分析二變異參數(有無復發狀況，以及有無同時性轉移)，據以確認於臨床變異間具有差異性CNA的探針。計算於t-test中具有顯著性的探針密度後，以CIRCOS環來表示密度條狀圖(第3圖)。為分析與CRLM復發相關的候選基因，選定具有較多與復發相關之探針分布的染色體進行分析。於染色體1及染色體5上共可發現542個與復發相關之探針(第1圖之步驟3)。

接著由542個探針中，二步驟篩選與同時性轉移相關的探針；分析結果顯示，共有273個探針與同時性轉移具有顯著的相關性(第1圖之步驟4)。

統計分析各探針對應之基因及其組合與CRLM復發之關連性，最後得到3個基因，分為S100PBP、CSMD2及TGFBI (第1圖之步驟5)。染色體1及染色體5上與基因CNA及病患復發狀況相關的熱圖進一步顯示，於復發族群僅可觀察到少數探針之訊號(第4A及4B圖)。

實施例 2 預斷 CRLM 病患的臨床結果

依據材料及方法所述之公式，利用3個基因(即S100PBP、CSMD2及TGFBI)的CNA計算病患的風險指數，將病患區分為高風險族群及低風險族群；其中當個體之風險指數小於-0.2時，則將該個體區分至高風險族群，反之，當個體之風險指數大於-0.2時，則將該個體區分至低風險族群。

結果發現在21位CRLM病患(即本研究測試族群)中，低風險族群病患的無復發存活期會顯著高於高風險族群病患的無復發存活期(P = 0.04，第5圖)，其中低風險族群病患的無復發存活期平均為45.2個月，而高風險族群病患的無復發存活期平均則為23.4個月。表2闡述了例示性之病患的風險指數及其無復發存活時間。 表2 例示性病患之風險指數及無復發存活時間 病患編號 基因 CNA 風險指數 無復發存活期 1 CSMD2 -0.13 -0.43 9個月 TGFBI -0.17 S100PBP -0.13 2 CSMD2 0.1239 TGFBI 0.183 0.9359 48.4個月 S100PBP 0.0629

相似地，在45位CRLM病患(即本研究驗證族群)中，低風險族群病患的無遠處復發存活期亦會顯著高於高風險族群病患的無遠處復發存活期(P = 0.02，第6圖)，其中低風險族群病患的無復發存活期平均為43.2個月，而高風險族群病患的無復發存活期平均則為18.9個月。

在觀察到的復發狀況中，部分CRLM病患為局部復發(即復發位置為肝臟)，部分CRLM病患則為遠端轉移(包含淋巴結、骨頭及肺部等不同組織/器官)(結果未顯示)。

接著利用多變異Cox比例風險回歸分析來評估本發明基因標記(即S100PBP、CSMD2及TGFBI)與其他預斷因子(包含年齡、性別及腫瘤/癌症分期)於預斷CRLM復發之功效。結果顯示，本發明基因標記於預斷癌症復發具有顯著的功效性。對21位CRLM病患(即本研究測試族群)來說，調整風險比(adjusted hazard ratio, HR)為0.13 (P = 0.01)(表3)。由該結果可知，本發明基因組(即S100PBP、CSMD2及TGFBI之結合)可獨立預斷CRLM病患於肝切除術後之復發率。 表3　測試族群之多變異Cox比例風險回歸分析 　 風險比 95% CI P值 CRCLM(n=21) 3基因組 0.13 0.03到0.61 9.78E-03 AGE(截止點：60) 0.32 0.09到1.22 9.53E-02 期數(2與3,4) 0.82 0.15到4.53 8.19E-01 性別 2.84 0.71到11.29 1.38E-01

總結上述，本揭示內容提供了一種用以評估CRLM病患之術後預後的方法。具體來說，本發明方法是基於特定基因組(即S100PBP、CSMD2及TGFBI之結合)的基因CNA來計算復發風險值，據以評估CRLM病患的癌症復發風險。依據該評估結果，臨床醫護人員可更有效、準確且即時地對有需要之病患投予適當的治療。

然上文實施方式中揭露了本發明的具體實施例，然其並非用以限定本發明，本發明所屬技術領域中具有通常知識者，在不悖離本發明之原理與精神的情形下，當可對其進行各種更動與修飾，因此本發明之保護範圍當以附隨申請專利範圍所界定者為準。

無

為讓本發明的上述與其他目的、特徵、優點與實施例能更明顯易懂，所附圖式之說明如下： 第1圖為依據本揭示內容一實施方式所闡述之用以篩選本發明基因組的篩選流程圖； 第2圖為依據本揭示內容一實施方式所闡述之CNA分布頻率圖，其係關於與癌症復發相關之CNA於各染色體(染色體1-22)的分布位置及頻率； 第3圖為依據本揭示內容另一實施方式所闡述之密度條狀圖，其係關於與癌症復發相關之候選基因於各染色體(染色體1-22)的分布位置； 第4A及4B圖為依據本揭示內容另一實施方式所闡述之熱圖(heatmap)，其係關於與癌症復發相關之候選基因於染色體1及5上的表現量； 第5圖為依據本揭示內容一實施方式所繪示之存活曲線，其闡述了在本發明測試族群中，低風險病患的無復發存活期會高於高風險病患的無復發存活期；以及 第6圖為依據本揭示內容一實施方式所繪示之存活曲線，其闡述了在本發明驗證族群中，低風險病患的無復發存活期會高於高風險病患的無復發存活期。

Claims (7)

1. 一種利用一罹患大腸直腸癌肝轉移(colorectal cancer with liver metastasis,CRLM)之個體的分離檢體來評估該CRLM個體之術後預後的方法，包含：(a)分別決定該分離檢體相對於一健康個體之CSMD2、TGFBI及S100PBP基因的套數變異值(copy number alteration,CNA)；(b)將步驟(a)之CSMD2、TGFBI及S100PBP基因的CNA相加，以得到一風險指數；以及(c)由步驟(b)之風險指數來進行預後評估；其中，若該風險指數小於-0.2時，表示該個體的術後預後較差；若該風險指數大於-0.2時，表示該個體的術後預後較佳。
2. 如請求項1所述之方法，其中該術後預後較差係指該個體無復發存活期小於等於24個月，且該術後預後較佳係指該個體無復發存活期大於24個月。
3. 如請求項1所述之方法，其中該分離檢體係取自肝臟。
4. 如請求項1所述之方法，其中該CRLM個體為接受部分肝切除術之CRLM個體。
5. 如請求項1所述之方法，其中步驟(a)是利用比較式基因雜合法(comparative genomic hybridization,CGH)、原位雜合法(in situ hybridization,ISH)或聚合酶連鎖反應(polymerase chain reaction,PCR)來測量CSMD2、TGFBI及S100PBP基因的套數。
6. 如請求項5所述之方法，其中步驟(a)是利用CGH來測量CSMD2、TGFBI及S100PBP基因的套數。
7. 如請求項1所述之方法，其中該個體是華人或高加索人。