TW202342766A - 用於癌症治療之精準療法 - Google Patents

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Abstract

本發明提供治療實體腫瘤之供組合使用的RAF抑制劑與MEK抑制劑，且本發明係以以下本文中詳細描述內容為基礎：鑑別特定的RAS突變、用於鑑別罹患實體腫瘤患者對於用RAF抑制劑與MEK抑制劑組合治療之適合性的方法、相應的治療方法及相關本發明態樣或實施例。該等RAS突變呈密碼子Q61或G13R突變。

Description

用於癌症治療之精準療法
本發明提供治療實體腫瘤之供組合使用之RAF抑制劑與MEK抑制劑，且本發明係基於鑑別充當對某種既定療法之反應性之預後標記的某些RAS突變，用於鑑別罹患如本文中所描述之實體腫瘤之患者對於用RAF抑制劑(諸如那波拉非尼(naporafenib)或貝伐拉非尼(belvarafenib))及MEK抑制劑(諸如曲美替尼(trametinib)或考比替尼(cobimetinib))組合治療之反應性的方法，相應的治療方法及相關本發明態樣或實施例，如下文中詳細描述。
特定言之，本發明提供RAF抑制劑與MEK抑制劑之組合，以用於治療具有RAS密碼子Q61突變或具有G13R突變之實體腫瘤。
在一個態樣中，待治療之實體腫瘤係具有RAS密碼子Q61突變或具有G13R突變之非黑色素瘤或並非NRAS突變黑色素瘤的實體腫瘤。在另一態樣中，待治療之實體腫瘤為具有RAS密碼子Q61突變或具有G13R突變之非橫紋肌肉瘤的實體腫瘤。在另一態樣中，待治療之實體腫瘤為在NRAS中具有密碼子Q61突變之黑色素瘤或在NRAS中具有G13R突變之黑色素瘤。
RAS 突變癌RAS為癌症中最常突變之基因家族。除NRAS以外，KRAS及更小程度上的HRAS原致癌基因在多種不同類型之人類癌症中頻繁突變。RAS突變之出現在不同癌症中變化很大；然而，KRAS中之活化突變卻頻繁發現於肺癌、大腸直腸癌及胰臟癌中(Cox等人,2014; Nat. Rev. Drug Discov. 13, 828-851)。
絕大部分情況下，KRAS、NRAS及HRAS基因中之活化突變改變各別蛋白質中之胺基酸G12、G13及Q61。然而，各胺基酸改變、特定胺基酸取代及RAS同種同源物改變之頻率在癌症類型之間顯著變化。譬如，在肺腺癌中，G12C變異體占總RAS變異體之40%以上，而G12C分別占發現於大腸直腸癌及胰臟癌中之KRAS變異體的約6%及2% (CooK等人,2021)。此KRAS變異體不平衡有些係源於組織類型之間的誘變壓力差異(例如，肺癌中之吸菸)。然而，僅誘變壓力差異似乎不能解釋大部分此等對偶基因不平衡，此表明不同RAS變異體可具有與不同癌症類型之病源學交織的獨特生物特性(Cook等人,2021)。
儘管RAS為癌症中最頻繁突變之基因家族且與不良結果相關，但當前僅存在一種靶向RAS突變之審批通過的療法。索托拉西布(Sotorasib)為KRAS G12C抑制劑，其在患有攜帶KRAS密碼子G12C突變之局部晚期或轉移性NSCLC的患者中顯示抗癌活性且由FDA於2021年授予加速批准。對於其他實體腫瘤類型及RAS變異體，對於在可用照護標準時已進展或無標準治療選擇可利用之患有晚期癌症的患者仍存在顯著未滿足的需求。
黑色素瘤黑色素瘤為所有皮膚癌之最具攻擊性形式。黑色素瘤之整體發病率為每年約324,635例新病例，57,043例死亡(Sung等人,2020；Global Cancer Statistics 2020: GLOBOCAN Estimates of Incidence and Mortality Worldwide for 36 Cancers in 185 Countries。可在：https://doi.org/10.3322/ caac.21660(於2021年8月2日存取)獲得)。在40歲以下之患者中的癌症中，黑色素瘤之發病率對於女性僅次於乳癌及對於男性僅次於前列腺癌，位居第二。大多數黑色素瘤患者在早期被診斷出，在早期手術切除可治癒且存活率極佳(在5年時大致為90%)。相比之下，患有遠端癌轉移之患者的預後在5年時很差且存活率大致為27% (美國癌症協會2021 (American Cancer Society 2021)；Cancer facts and figures 2021。ACS網站https://www.nccn.org/professionals/physician_gls/ pdf/cutaneous_melanoma.pdf。2021年發表)。
用於患有不可切除性或轉移性黑色素瘤之患者的主要全身性療法包括抗計劃性細胞死亡蛋白-1 (抗PD-1)單藥療法(亦即，納武利尤單抗(nivolumab)或帕博利珠單抗(pembrolizumab))或抗PD-1與抗CTLA-4療法(亦即，伊匹單抗(ipilimumab))結合。在患有攜帶發生於約40%-60%病例中(Robert等人,2019; The Lancet Oncology, 第20卷, 第9期.,KEYNOTE-006)之BRAF V600突變之黑色素瘤的患者中，治療亦包括用BRAF抑制劑與MEK抑制劑(例如達拉非尼(dabrafenib)及曲美替尼)組合之靶向療法(NCCN Guidelines ®Melanoma 第2版, 2021, https://www.nccn.org/professionals/physician_gls/ pdf/colon.pdf;ESMO guidelines Michielin等人,2019; Ann Oncol;30(12):1884-1901)。
除BRAF突變以外，黑色素瘤中第二最常見促分裂原活化蛋白激酶(MAPK)路徑畸變為NRAS突變。相比於其他黑色素瘤亞型，具有NRAS突變之黑色素瘤與較差預後相關(Devitt等人,2011)。
NRAS之選擇性藥理學抑制在技術上仍具挑戰性，因為其GTP酶活性使得迄今無法成功設計出特異性小分子拮抗劑。許多臨床試驗在進行中以評估替代性策略，該等策略組合NRAS下游之分子的抑制劑，諸如BRAF及MEK抑制劑組合及PI3K路徑抑制劑與抑制ERK路徑之藥物的組合。此等各種方法之功效尚未確定。
實際上，目前無靶向療法審批通過用於NRAS突變黑色素瘤，且患有轉移性疾病之患者通常接受抗PD-1單藥療法或抗PD-1與抗CTLA4 (伊匹單抗)之組合作為第一線治療。此外，相較於抗PD-1單藥療法，與抗PD-1組合之作為LAG-3阻斷抗體的瑞拉利單抗(relatlimab)最近在3期試驗中在患有轉移性黑色素瘤之患者中已顯示統計顯著PFS益處。若由衛生當局審批通過，則此方案可變為此患者群體之新照護標準。對於用PD-1抑制劑(有或無伊匹單抗)治療而惡化或難以治療之罹患NRAS突變不可切除性或轉移性黑色素瘤的患者，不存在已確立之照護標準。
當前NCCN指南建議各種第二及後續線全身性療法在對先前抗PD(L)1治療失敗的罹患轉移性黑色素瘤之患者中作為單藥療法或與伊匹單抗結合，包括伊匹單抗單藥療法、高劑量IL-2及細胞毒性劑，諸如達卡巴嗪(dacarbazine)、奈米白蛋白結合型紫杉醇、替莫唑胺(temozolomide)或紫杉醇加卡鉑(NCCN，上述引文)。ESMO指南承認第二線NRAS突變轉移性黑色素瘤治療選擇非常有限。建議包括用MEK抑制劑治療(儘管已知活性有限)、納入臨床試驗中或免疫療法再攻擊(例如伊匹單抗，若先前未給予的話)。若臨床試驗或新穎化合物不可用，則可投與諸如達卡巴嗪或替莫唑胺之細胞毒性藥物(ESMO指南,Michielin等人,2019，上述引文)。
伊匹單抗已在一項回溯研究中被評估為單藥療法，該研究涉及162名患有對抗PD(L)-1療法具有抗性之不可切除性III/IV期轉移性黑色素瘤的患者，無關於突變狀態且證明客觀反應率(ORR)有限，為13%，中值無進展存活期(PFS)為2.6個月且中值總存活期(mOS)為8.8個月(Da Silva等人,2021;Lancet Oncol;22(6):836-847)-在兩項較小回溯研究中亦觀測到伊匹單抗單藥療法之功效有限。一項隨機、對照、3期研究對達卡巴嗪相對於MEK抑制劑比美替尼(binimetinib)在患有NRAS突變黑色素瘤之402名患者，包括未經治療(約79%)及此前經免疫療法治療(約21%)之患者中進行評估。ORR分別為7%及15%，mPFS分別為1.7及2.8個月且mOS分別為10.1及11個月(Dummer等人,2017; Lancet Oncol 2017;18:435-45)。其他治療僅展示有限成功。
除使用可用療法功效有限以外，照護標準及審批通過療法之缺乏亦突出患有NRAS突變黑色素瘤，且尤其NRAS突變不可切除性或轉移性皮膚黑色素瘤之患者的未滿足醫療需求。
本發明現提供治療攜帶除KRAS G12以外，例如除KRAS G12C以外及/或除KRAS G12D以外之RAS突變之實體腫瘤的方法。
現已發現RAS密碼子Q61之突變及/或RAS G31R之突變，無論突變是否出現於HRAS、KRAS或NRAS中，可預測攜帶該(等)突變之實體腫瘤對用RAF抑制劑與MEK抑制劑組合治療的反應性。此發現因此提供任何腫瘤，特定言之實體腫瘤之治療，只要腫瘤攜帶RAS密碼子Q61突變或尤其RAS G13R突變即可，且因此使得能夠滿足一種主要需求，從而提供預測對治療之反應性及治療所鑑別腫瘤的精準方式。因此，待治療之腫瘤不一定必須為器官或組織特異性的(例如肺癌或胰臟癌或大腸直腸癌或乳癌)。
換言之，在獲自罹患腫瘤之患者中的腫瘤或腫瘤樣本中，且無論獲自罹患腫瘤(例如實體腫瘤)之患者的樣本中之腫瘤的組織來源如何，RAS密碼子Q61之突變及/或RAS G31R之突變的偵測和存在，無論突變是否發生在HRAS、KRAS或NRAS中，都允許對罹患此類腫瘤之患者是否將受益於並因此對用RAF抑制劑與MEK抑制劑組合療法(例如，那波拉非尼和曲美替尼之組合，或貝伐拉非尼和考比替尼之組合)起反應預後。本發明因此提供攜帶此類突變之實體腫瘤的治療。
現已自臨床前資料之新製及非深度分析回顧及自用那波拉非尼及其他作用於MPAK路徑之藥劑之臨床研究的過往及當前新興臨床研究資料發現，RAF抑制劑與MEK抑制劑之組合可尤其有益於治療罹患泛RAS密碼子Q61或G13R突變實體腫瘤之患者。
例如，患有攜帶KRAS密碼子Q61或G13R突變之腫瘤的四名非小細胞肺癌(NSCLC)患者中之三名對用那波拉非尼及曲美替尼組合治療起反應，而患有攜帶除密碼子Q61或G13R突變以外之KRAS突變之腫瘤的43名NSCLC患者中則有1名。此外，如LXH254首次人類研究(CLXH254X2101)之臨床資料所示，發現患有攜帶泛RAS密碼子Q61或G13R突變之實體腫瘤(唾液腺腫瘤及NSCLC)的患者為對LXH254單一藥劑療法之非凡反應者。此外，非臨床模型已顯示LXH254作為單一藥劑或與曲美替尼組合在不同腫瘤類型(NSCLC、黑色素瘤、PDAC、橫紋肌肉瘤)之泛RAS密碼子Q61/G13R突變體模型中的一致活性，與特定突變RAS基因(泛RAS)及腫瘤組織來源(不定組織類型)無關。總體而言，此全部資料表明泛RAS密碼子Q61/G13R突變可代表對RAF抑制劑與MEK抑制劑組合之反應的預測性生物標記。
此資料連同臨床前證據及使用作為另一RAF抑制劑之貝伐拉非尼的臨床資料，使得密碼子Q61/G13R (泛)RAS突變代表對RAF抑制劑(諸如那波拉非尼或貝伐拉非尼)與MEK抑制劑(諸如曲美替尼或考比替尼)組合反應的預測性生物標記似乎是具有合理性的。
另外，在諾華(Novartis)執行之分子動態模擬分析中，發現G13R與Q61重疊且動態表現類似且大概採用與Q61類似之構形。因此，RAS基因，無論其為選自 HRAS、 KRAS、 NRAS基因及其組合之RAS基因中的突變RAS Q61及G13R，均為允許鑑別係強MAPK依賴性且可能得益於組合療法之腫瘤亞型的適當生物標記。一旦活化MAPK路徑，則RAF之均二聚體或異二聚體活化作為主下游傳訊節點之MEK1及MEK2。鑒於RAF及MEK垂直整合於同一路徑中，此等兩個節點之組合抑制可提供路徑之更有效抑制且延緩抗性之發展。
因此，本發明之基礎為藉由使用RAS密碼子Q61或尤其RAS G13R突變作為藉由RAF抑制劑與MEK抑制劑組合治療可治療之實體腫瘤的預測性生物標記，有可能選擇及治療患有攜帶此(類)突變之腫瘤的患者。已發現G13R突變在此處為重要的預測性生物標記。
本發明因此提供以下實施例： 實施例1。一種選擇性治療罹患實體腫瘤之患者之方法，其包含基於具有RAS密碼子Q61突變或G13R突變之腫瘤向患者選擇性地投與治療有效量之RAF抑制劑與MEK抑制劑的醫藥組合。 實施例2。一種用RAF抑制劑與MEK抑制劑之醫藥組合選擇性治療罹患具有RAS密碼子Q61突變或G13R突變之實體腫瘤的患者之方法，其包含： a)      基於具有RAS密碼子Q61突變或G13R突變之腫瘤選擇患者以用RAF抑制劑與MEK抑制劑之醫藥組合進行治療；及 b)      其後，向患者投與治療有效量之RAF抑制劑與MEK抑制劑之醫藥組合。 實施例3。一種選擇性治療罹患具有RAS密碼子Q61突變或G13R突變之實體腫瘤的患者之方法，其包含： a)檢定來自患者之生物樣本或腫瘤樣本中實體腫瘤中RAS密碼子Q61突變或G13R突變之存在；及 b)其後，向患者選擇性投與： i.當存在RAS密碼子Q61突變或G13R突變時，治療有效量之RAF抑制劑與MEK抑制劑之醫藥組合；或 ii.基於在來自患者之生物或腫瘤樣本中不存在或未偵測到RAS密碼子Q61突變或G13R突變，治療有效量之除RAF抑制劑與MEK抑制劑之醫藥組合以外的藥物。 實施例4。一種用RAF抑制劑與MEK抑制劑之醫藥組合選擇性治療罹患具有RAS密碼子Q61突變或G13R突變之實體腫瘤的患者之方法，其包含： a)檢定來自患者之生物樣本或腫瘤樣本中RAS密碼子Q61突變或G13R突變之存在； b)其後，基於來自具有RAS密碼子Q61突變或G13R突變之患者的生物或腫瘤樣本選擇患者以用RAF抑制劑與MEK抑制劑之醫藥組合進行治療；及 c)其後，向患者投與治療有效量之RAF抑制劑與MEK抑制劑之醫藥組合。 實施例5。如實施例3或4中任一項之方法，其中生物樣本選自由以下組成之群：滑液、血液、血清、糞便、血漿、尿液、淚液、唾液、腦脊髓液、白血球樣本及腫瘤樣本(亦稱為腫瘤活體組織切片)。 實施例6。如實施例3至5中任一項之方法，其中檢定步驟包含選自由以下組成之群的技術：北方墨點分析、聚合酶鏈反應(PCR)、反轉錄聚合酶鏈反應(RT-PCR)、基於塔克曼之檢定(TaqMan-based assays)、直接定序、動態對偶基因特異性雜交(dynamic allele-specific hybridization)、高密度寡核苷酸SNP陣列、限制性片段長度多型性(RFLP)檢定、引子延伸檢定、寡核苷酸接合酶檢定、單股構形多型性分析、溫度梯度凝膠電泳(TGGE)、變性高效液相層析、高解析度融熔分析、DNA錯配結合蛋白檢定、SNPLex®、毛細電泳法、南方墨點法、免疫檢定、免疫組織化學、ELISA、流式細胞分析技術、西方墨點法、HPLC及質譜法。 實施例7。一種RAF抑制劑與MEK抑制劑之醫藥組合，以用於治療罹患具有RAS密碼子Q61突變或G13R突變之實體腫瘤的患者，其特徵在於基於該患者具有RAS密碼子Q61突變或G13R突變之實體腫瘤向患者投與RAF抑制劑與MEK抑制劑之醫藥組合。 實施例8。一種RAF抑制劑與MEK抑制劑之醫藥組合，以用於治療罹患具有RAS密碼子Q61突變或G13R突變之實體腫瘤的患者，其包含 a)檢定來自患者之樣本， b)確定樣本是否顯示存在具有RAS密碼子Q61突變或G13R突變之實體腫瘤，及 c)若存在RAS密碼子Q61突變或G13R突變，則向患者投與治療有效量之RAF抑制劑與MEK抑制劑之醫藥組合。 實施例9。一種RAF抑制劑與MEK抑制劑之醫藥組合，以用於治療罹患具有RAS密碼子Q61突變或G13R突變之實體腫瘤的患者，其特徵在於： a)基於罹患攜帶RAS密碼子Q61突變或G13R突變之實體腫瘤的患者對患者選擇以用RAF抑制劑與MEK抑制劑之醫藥組合治療；及 b)其後，向患者投與治療有效量之RAF抑制劑與MEK抑制劑之醫藥組合。 實施例10。一種RAF抑制劑與MEK抑制劑之醫藥組合，以用於治療罹患具有RAS密碼子Q61突變或G13R突變之實體腫瘤的患者，其特徵在於： a)來自患者之生物樣本被檢定是否具有RAS密碼子Q61突變或G13R突變；及 b)基於來自具有RAS密碼子Q61突變或G13R突變之患者的生物樣本，將治療有效量之RAF抑制劑與MEK抑制劑之醫藥組合向患者選擇性地投與。 實施例11。一種RAF抑制劑與MEK抑制劑之醫藥組合，以用於治療罹患具有RAS密碼子Q61突變或G13R突變之實體腫瘤的患者，其特徵在於： a)來自患者之生物樣本或腫瘤樣本被檢定是否存在RAS密碼子Q61突變或G13R突變； b)基於來自具有RAS密碼子Q61突變或G13R突變之患者的生物樣本對患者選擇以用RAF抑制劑與MEK抑制劑之醫藥組合治療；及 c)將治療有效量之RAF抑制劑與MEK抑制劑之醫藥組合向患者選擇性地投與。 實施例12。一種預測罹患攜帶RAS密碼子Q61突變或G13R突變之實體腫瘤的患者對用RAF抑制劑與MEK抑制劑之醫藥組合治療起反應之可能性的方法，其包含檢定來自患者之生物樣本或腫瘤樣本中RAS密碼子Q61突變或G13R突變之存在或不存在，其中： a)RAS密碼子Q61突變或G13R突變之存在指示患者對用RAF抑制劑與MEK抑制劑之醫藥組合治療起反應之可能性增加；及 b)RAS密碼子Q61突變或G13R突變之不存在指示患者將對用RAF抑制劑與MEK抑制劑之醫藥組合治療起反應之可能性降低。 實施例13。如實施例12之方法，其進一步包含自患者獲得生物樣本之步驟，其中獲得步驟係在偵測步驟之前進行。 實施例14。如實施例12至13中任一項之方法，其中生物樣本選自由以下組成之群：滑液、血液、血清、糞便、血漿、尿液、淚液、唾液、腦脊髓液、白血球樣品、組織樣本及腫瘤樣本。 實施例15。如實施例12至14中任一項之方法，其中檢定步驟包含選自由以下組成之群的技術：北方墨點分析、聚合酶鏈反應(PCR)、反轉錄聚合酶鏈反應(RT-PCR)、基於塔克曼之檢定、直接定序、動態對偶基因特異性雜交、高密度寡核苷酸SNP陣列、限制性片段長度多型性(RFLP)檢定、引子延伸檢定、寡核苷酸接合酶檢定、單股構形多型性分析、溫度梯度凝膠電泳(TGGE)、變性高效液相層析、高解析度融熔分析、DNA錯配結合蛋白檢定、SNPLex®、毛細電泳法、南方墨點法、免疫檢定、免疫組織化學、ELISA、流式細胞分析技術、西方墨點法、HPLC及質譜法。 實施例16。一種用於產生用於預測罹患實體腫瘤之患者對用RAF抑制劑與MEK抑制劑之醫藥組合治療之反應性的資訊之可傳輸形式之方法，其包含： a)基於腫瘤中之RAS密碼子Q61突變或G13R突變的存在確定患者對用RAF抑制劑與MEK抑制劑之醫藥組合治療起反應之可能性增加；及 b)記錄該確定步驟結果於在傳輸中使用之有形或無形媒體形式。 實施例17。一種用於預測罹患實體腫瘤之患者將對用RAF抑制劑與MEK抑制劑之醫藥組合治療起反應之可能性的套組，其包含， a)至少一個能夠偵測存在具有RAS密碼子Q61突變或G13R突變之探針；及 b)使用探針檢定來自患者之生物樣本中密碼子Q61突變或G13R突變之存在的說明書，其中存在RAS密碼子Q61突變或G13R突變指示患者將對用RAF抑制劑與MEK抑制劑之醫藥組合治療起反應的可能性增加且不存在具有RAS密碼子Q61突變或G13R突變指示患者將對用RAF抑制劑與MEK抑制劑之醫藥組合治療起反應的可能性降低。 實施例18。一種用於治療罹患實體腫瘤之患者之套組，其包含， a)治療有效量之RAF抑制劑與MEK抑制劑之醫藥組合； b)至少一個能夠偵測實體腫瘤中存在RAS密碼子Q61突變或G13R突變之探針； c)使用探針以檢定來自患者之生物樣本或腫瘤樣本中RAS密碼子Q61突變或G13R突變之存在的說明書； d)若來自患者之生物樣本或腫瘤樣本指示存在RAS密碼子Q61突變或G13R突變則向患者投與RAF抑制劑與MEK抑制劑之醫藥組合的說明書；及 e)視情況，用於向患者投與RAF抑制劑與MEK抑制劑之醫藥組合的構件。 實施例19。如實施例17或18中任一項之套組，其中探針為與編碼RAS密碼子Q61突變或G13R突變之核酸區特異雜合的寡核苷酸、偵測RAS密碼子Q61突變或G13R突變之多肽產物的抗體，或與編碼RAS密碼子Q61突變或G13R突變之等效遺傳標記之核酸區特異雜合的寡核苷酸。
在上述實施例中，攜帶RAS密碼子Q61突變或攜帶G13R突變之實體腫瘤可選自： 不為黑色素瘤或不為NRAS突變黑色素瘤的實體腫瘤； 不為橫紋肌肉瘤的實體腫瘤； 為在NRAS中攜帶密碼子Q61突變之黑色素瘤或在NRAS中攜帶G13R突變之黑色素瘤的實體腫瘤； 選自非小細胞肺癌、胰臟癌、甲狀腺癌及大腸直腸癌的實體腫瘤。
交叉參考本申請案主張2022年3月2日申請之美國臨時申請案第63/315,763號之權利，其以全文引用之方式併入本文中。
在一個實施例中，本發明提供能夠鑑別RAS密碼子Q61及/或尤其G13R突變之藥劑或探針，其用於(或尤其用於)診斷實體腫瘤，尤其是除黑色素瘤以外之實體腫瘤，又更佳為除黑色素瘤以外或除橫紋肌肉瘤以外之實體腫瘤，用於確定與Raf抑制劑與MEK抑制劑之組合治療的適合性，該診斷包含施用藥劑以檢定該實體腫瘤之樣本是否攜帶RAS密碼子Q61或RAS G13R突變作為針對該適合性之生物標記。
在一個實施例中，本發明提供鑑別罹患實體腫瘤，尤其除黑色素瘤以外之實體腫瘤，又更佳除黑色素瘤以外之實體腫瘤或除橫紋肌肉瘤以外之實體腫瘤之患者的方法，其用於確定對用Raf抑制劑與MEK抑制劑之組合治療之反應的可能性提高，該方法包含： (a)用如前一段落之藥劑檢定獲自患者之腫瘤樣本中RAS密碼子Q61或RAS G13R突變之存在；及 (b)將在(a)下針對該RAS密碼子Q61或RAS G13R突變之存在而腫瘤樣本經檢定呈陽性的患者選擇為該組合治療之候選者。
在另一實施例中，本發明提供為罹患實體腫瘤之患者選擇治療之方法，該方法包括針對RAS密碼子Q61或RAS G13R突變篩檢來自患者的腫瘤樣本，其中腫瘤樣本中存在該(等)突變則鑑別該患者為可能有望受益於包括Raf抑制劑與MEK抑制劑之治療的患者。
在另一實施例中，本發明提供治療罹患實體腫瘤之患者之方法，該方法包含 (a)檢查來自罹患腫瘤之患者的腫瘤樣本是否攜帶RAS密碼子Q61或RAS G13R突變，及 (b)當已確定腫瘤樣本攜帶該突變時，以治療有效量之組合治療投與Raf抑制劑與MEK抑制劑。
本發明之另一實施例提供治療罹患實體腫瘤，尤其除黑色素瘤以外、需要此類治療之患者之方法，其包含當實體腫瘤經鑑別為攜帶RAS密碼子Q61或RAS G13R突變時以有效量向該患者投與RAF抑制劑與MEK抑制劑的組合。
本發明之另一實施例提供套組，其包含用於鑑別RAS密碼子Q61或RAS G13R突變的藥劑及用於如前述段落中任一項之方法的試劑。
本發明之另一實施例提供用於組合用途之Raf抑制劑與MEK抑制劑，其用於治療腫瘤已經測試呈陽性且鑑別為攜帶RAS密碼子Q61或RAS G13R突變的患者中之攜帶NRAS密碼子Q61突變的實體腫瘤，尤其除黑色素瘤及/或橫紋肌肉瘤以外之實體腫瘤。
本發明之另一實施例提供如前一段落之用於組合用途之Raf抑制劑與MEK抑制劑，其中Raf抑制劑係選自由以下組成之群：康奈非尼(encorafenib)；索拉非尼(sorafenib)、維羅非尼(vemurafenib)、達拉非尼(dabrafenib)、GDC-0879、PLX-4720、PLX8394、貝伐拉非尼、CCT3833/BAL3833、LY3009120、LSN3074753、利拉非尼(lifirafenib)、BGB659、RO5126766、AZ-628、MLN2480、BeiGene-283、RXDX-105、BAL3833、INU152、瑞伐非尼(regorafenib)、妥拉非尼(tovorafenib)、Day101、TAK580、MLN 2480、TAK632及尤其那波拉非尼(LXH254；II型)；或對應地其醫藥學上可接受之鹽、水合物或溶劑合物。
本發明之另一實施例提供根據前述兩個段落中任一者之用於組合用途之Raf抑制劑與MEK抑制劑，其中Raf抑制劑為那波拉非尼或其醫藥學上可接受之鹽、水合物或溶劑合物。
本發明之另一實施例提供如前述段落中任一者之用於組合用途之Raf抑制劑與MEK抑制劑，其中MEK抑制劑係選自由以下組成之群：比美替尼、曲美替尼、司美替尼(selumetinib)、考比替尼、CI-1040、U0126-EtOH、PD198306、PD98059、BIX 02189、TAK-733、和厚樸酚(Honoliol)、AZD8330、PD318088、BIX 02188、匹馬司替(pimasertib)、美達米替尼(mirdametinib)、瑞法替尼(refametinib)、BI-847325、GDC0623、G-573、曲美替格魯(trametiglue)、RO5126766及匹米司替(pimisertib)，或其醫藥學上可接受之鹽、水合物或溶劑合物。
較佳MEK抑制劑包括曲美替尼、比美替尼及考比替尼。
本發明之另一實施例提供如前述四個段落中任一者之用於組合用途之Raf抑制劑與MEK抑制劑，其中MEK抑制劑為曲美替尼或其醫藥學上可接受之鹽、水合物或溶劑合物。
本發明之另一實施例提供如前述段落中任一者之用於組合用途之Raf抑制劑與MEK抑制劑，其中實體腫瘤已經測試呈攜帶RAS G13R突變陽性。
本發明之另一實施例提供Raf抑制劑與MEK抑制劑在治療患者中之實體腫瘤中之組合用途，Raf抑制劑與MEK抑制劑尤其如在本文中更詳細地定義，尤其那波拉非尼及曲美替尼或對應地其醫藥學上可接受之鹽、水合物或溶劑合物，其中腫瘤已經測試呈攜帶RAS密碼子Q61或RAS G13R突變陽性。
本發明之另一實施例提供Raf抑制劑與MEK抑制劑在製備用於組合治療患者中之實體腫瘤的(尤其組合)藥劑之用途，Raf抑制劑與MEK抑制劑尤其對應地如本文中更詳細地定義，尤其那波拉非尼及曲美替尼或對應地其醫藥學上可接受之鹽、水合物或溶劑合物，藥劑例如為用於包含此二者活性成分之用於組合用途之套組或固定組合調配物，其中實體腫瘤已經確定為攜帶RAS密碼子Q61或RAS G13R突變。
本發明之另一實施例提供一種呈單獨調配物或套組或固定調配物形式之組合物，其包含Raf抑制劑與MEK抑制劑，尤其對應地如本文中更詳細地定義，尤其那波拉非尼及曲美替尼或對應地其醫藥學上可接受之鹽、水合物或溶劑合物，及醫藥學上可接受之載劑，組合物用於治療選自以下之實體腫瘤：經鑑別為攜帶RAS G13R突變之橫紋肌肉瘤的實體腫瘤，或經鑑別為攜帶RAS密碼子Q61或RAS G13R突變之另一實體腫瘤，尤其除黑色素瘤以外的實體腫瘤；或相應之治療方法，其包含向需要此類治療之罹患該橫紋肌肉瘤或其他實體腫瘤之患者以組合治療有效量投與所提到之Raf抑制劑與MEK抑制劑。
本文中所用之更特定定義，尤其以下定義可用於替換本文中之本發明實施例之一個、多個或所有較寬術語、特徵或表達，由此定義其他本發明實施例。
對組合/組合治療之適合性指示預期對腫瘤疾病可有積極效應-對於此類疾病之定義，參見下文。換言之，其意謂患者可得益於此類治療，從而允許改善預後。
RAS在本文中係指HRAS、NRAS及KRAS。
RAF抑制劑 如本文中所提及之Raf抑制劑包括任何RAF抑制劑，亦例如特異性(例如ARAF、BRAF或CRAF特異性)抑制劑，但主要為用於ARAF、BRAF及CRAF中之兩者或全部三者之抑制劑。較佳類別之RAF抑制劑包括I型抑制劑、1.5型抑制劑(包括所謂反常阻斷劑(paradox breakers))及II型抑制劑。
反常阻斷劑為1.5型抑制劑之亞種。在細胞中1.5型抑制劑，諸如康奈非尼、維羅非尼及達拉非尼藉由野生型而非BRAFV600E突變體BRAF活化傳訊。藉由抑制劑之此驚人的活化稱為反常活化。「反常阻斷劑」為不誘導此反常活化的一種類型之1.5抑制劑。
較佳RAF抑制劑為所謂II型抑制劑。
較佳Raf抑制化合物係選自由以下組成之群(其中一些已知類型在括弧中提及)： 索拉非尼(BAY43-9006)、貝伐拉非尼(HM95573)、CCT3833/BAL3833、LY3009120、LSN3074753、利拉非尼(BGB-283)、BGB659、RO5126766、AZ-628、MLN2480、BeiGene-283 (BGB283)、RXDX-105、BAL3833、INU152、瑞伐非尼、妥拉非尼、Day101、TAK580、MLN 2480、TAK632及尤其那波拉非尼(LXH254)或對應地其醫藥學上可接受之鹽、水合物溶劑合物。
更佳地，RAF抑制劑化合物可選自索拉非尼(BAY43-9006；II型)、貝伐拉非尼(HM95573；II型；較佳)、CCT3833/BAL3833、LSN3074753、利拉非尼(BGB-283；II型)、BGB659、RO5126766、AZ-628、MLN2480 (II型)、BeiGene-283 (BGB283)、RXDX-105、BAL3833、INU152瑞伐非尼(II型)、妥拉非尼、Day101、TAK580、MLN 2480、TAK632及尤其那波拉非尼(LXH254；II型)；或對應地其醫藥學上可接受之鹽、水合物或溶劑合物。
較佳RAF抑制劑包括如下。
那波拉非尼(LXH254) 那波拉非尼具有式I 。
此化合物亦被稱為N-(3-(2-(2-羥基乙氧基)-6-𠰌啉基吡啶-4-基)-4-甲基苯基)-2-(三氟甲基)異菸鹼醯胺或N-{3-[2-(2-羥基乙氧基)-6-(𠰌啉-4-基)吡啶-4-基]-4-甲基苯基}-2-(三氟甲基)吡啶-4-甲醯胺。無論在本文中何處提及那波拉非尼，此係指自由化合物本身，但另外在本文中進一步定義為包括其醫藥學上可接受之鹽、水合物及/或溶劑合物。尤其較佳為呈自由形式或呈單水合物形式，諸如單水合物形式H A之那波拉非尼，其特徵在於當使用CuKα輻射量測時具有x射線粉末繞射圖案，其中至少一個、兩個、三個、四個或五個峰具有選自7.3、10.7、16.3、16.7、17.4、23.0、24.3、25.3、28.3、32.0之折射率2θ值，其中該等值為加或減0.2° 2θ。那波拉非尼之單水合物形式H A進一步描述於WO/2020/230028中且可如其中所描述來製備。
那波拉非尼為主要為BRAF及CRAF蛋白激酶之三磷酸腺苷(ATP)競爭性抑制劑。因為那波拉非尼可抑制單體及二聚BCRF及CRAF，所以其誘發最少反常活化且有效地阻斷突變體RAS驅動傳訊及細胞增生。那波拉非尼在廣泛範圍之MAPK路徑驅動人類癌細胞株及 活體內腫瘤異種移植物包括攜帶KRAS、NRAS及BRAF致癌基因中之活化病變的模型中已證明功效。
式(I)化合物及其醫藥學上可接受之鹽描述於WO2014/151616中，其以全文引用之方式併入本文中，且其製備方法已描述於例如其中之實例1156中。那波拉非尼亦可作為其多晶型形式使用，例如，如WO/2020/230028中所描述。
在基於細胞之檢定中，式(I)化合物在含有各種可活化MAPK傳訊之突變的細胞株中已證明抗增生活性。 活體內，用式(I)化合物治療在若干KRAS突變模型中會產生腫瘤消退。總體而言，觀測到在良好耐受劑量下之式(I)化合物的 活體外及 活體內MAPK路徑具有抑制及抗增生活性，使得式(I)化合物可能在MAPK路徑攜帶活化病灶之腫瘤的患者中具有抗腫瘤活性似乎是具有合理性的。此外，式(I)化合物係B-RAF與C-RAF兩者之2型ATP競爭性抑制劑，其使激酶口袋保持在不活化構形，藉此阻斷突變體RAS驅動傳訊及細胞增生。式(I)化合物在許多MAPK驅動人類癌症細胞株及代表攜帶KRAS、NRAS及BRAF致癌基因中之人類病灶之模型腫瘤的異種移植腫瘤中已展現功效(參見例如WO/2018/203219，其全文併入本文中)。
本發明之效用的其他證據可能源於獲自LXH254之臨床資料，例如 •  CLXH254X2101：那波拉非尼是以作為單一藥劑在患有攜帶MAPK路徑更改之晚期實體腫瘤之患者中及與檢查點抑制劑斯巴達珠單抗(PDR001)組合在患有晚期或轉移性KRAS突變體非小細胞肺癌或NRAS突變體黑色素瘤之患者中的首次人類研究。 •  CLXH254X2102：那波拉非尼與LTT462組合在患有晚期或轉移性KRAS或BRAF突變體非小細胞肺癌之成年患者中、或與曲美替尼在患有晚期或轉移性KRAS或BRAF突變體非小細胞肺癌或NRAS突變體黑色素瘤之成年患者中、或與瑞博西尼(ribociclib)在患有晚期或轉移性NRAS突變體黑色素瘤之成年患者中的Ib期、開放標記、多中心研究。 •  CLXH254C12201：評估多種那波拉非尼組合在患有先前治療之不可切除性或轉移性BRAF V600或NRAS突變體黑色素瘤之患者中之功效及安全性的隨機、開放標記、多臂、兩部分II期研究。
貝伐拉非尼 貝伐拉非尼(HM95573、GDC5573、RG6185)具有式 。
貝伐拉非尼之名稱為4-胺基-N-(1-((3-氯-2-氟苯基)胺基)-6-甲基異喹啉-5-基)噻吩[3,2-d]嘧啶-7-甲醯胺且為強效泛RAF抑制劑，具有抗腫瘤活性，尤其對於BRAF、BRAF V600E及CRAF。其合成描述於WO2013/100632 A1中。該化合物對BRAF突變體及CRAF激酶展示出高選擇性。貝伐拉非尼與考比替尼組合在患有晚期實體腫瘤之患者中的Ib期試驗正在進行中：https://ascopubs.org/doi/abs/10.1200/ JCO.2021.39.15_suppl.3007。
MEK抑制劑 本文所定義之術語「MEK抑制劑(MEK inhibitor)」係指靶向、減少或抑制MAP/ERK激酶1及2 (MEK1/2)之至少一種活性的化合物。MEK表示「促分裂原活化蛋白激酶」。
如本文中所提及之MEK抑制劑包括MEK及MEK/RAF雜二聚體複合物之抑制劑。
較佳MEK抑制化合物係選自由以下組成之群： Arry-162=MEK162 (比美替尼)、AZD6244 (司美替尼)、XL518=GDC0973 (考比替尼)、CI-1040=PD184352、U0126-EtOH、PD198306、PD98059、BIX 02189、TAK-733、和厚樸酚、AZD8330、PD318088、BIX 02188、AS703026=MSC1936369B (匹馬司替)、SL327、PD-325901=PD0325901 (美達米替尼)、TAK-733、BAY86-9766 (瑞法替尼)、BI-847325、GDC0623、G-573、RAF/MEK雜二聚體阻斷劑、曲美替格魯(RAF/MEK複合物抑制劑)、CH4987655=RO 4987655、WX-554、HL-o85、CH5126766=RO5126766 (RAF/MEK複合物抑制劑)(較佳)，及尤其曲美替尼(GSK1120212；進階RAF抑制劑；以商標Mekinist®出售)。
較佳MEK抑制劑包括曲美替尼、比美替尼及考比替尼。
較佳地，MEK抑制劑為曲美替尼或其醫藥學上可接受之鹽或溶劑合物。在一些實施例中，曲美替尼呈鈉鹽之形式。適合地，曲美替尼呈選自以下之溶劑合物形式：水合物、乙酸、乙醇、硝基甲烷、氯苯、1-戊醇、異丙醇、乙二醇及3-甲基-1-丁醇。在一些較佳實施例中，曲美替尼呈二甲亞碸溶劑合物之形式。此等溶劑合物及鹽形式可由熟習此項技術者根據WO 2005/121142中之描述製備。
曲美替尼具有式II 。
此化合物亦因其名稱而已知，即(N-(3-{3-環丙基-5-[(2-氟-4-碘苯基)胺基]-6,8-二甲基-2,4,7-三側氧基-3,4,6,7-四氫吡啶并[4,3-d]嘧啶-1(2H)-基}苯基)乙醯胺)，且亦稱為JPT-74057或GSK1120212或TMT212。
曲美替尼揭示於PCT公開案第WO 2005/121142號中之實例4-1中，該公開案以全文引用方式併入本文中。
不論本發明揭示內容中何處提到「曲美替尼」，此係指自由形式本身，但在本文中亦定義為包括其醫藥學上可接受之鹽、水合物及/或溶劑合物，尤其二甲亞碸溶劑合物。
RO5126766具有式III， 。
該化合物之名稱為N-(3-氟-4-((4-甲基-2-側氧基-7-7-(2-嘧啶氧基)-2H-1-苯并哌喃-3-基)甲基-2-吡啶基)-N'-甲基-磺醯胺。RO5126766為雙RAF/MEK抑制劑，其IC50對於BRAF V600E、BRAF、CRAF及MEK1分別為8.2 nM、19 nM、56 nM及160 nM。
「此外(Furthermore)」或「其他(further)」指示此等字組之後的特徵欠佳於不具有此屬性之特徵。
除非另外規定或與上下文明顯矛盾，否則如本文中所使用，使用術語「一(a/an)」及「該(the)」以及類似指代應理解為涵蓋單數及複數。在複數形式用於化合物、鹽及其類似者時，此亦意謂單個化合物、鹽或其類似者。
除非上下文另外明確指示，否則術語「或(or)」在本文中用於意謂術語「及/或」且可與其互換使用，例如指代化合物或其醫藥學上可接受之鹽提供自由化合物、醫藥學上可接受之鹽或自由化合物與一或其他多種其鹽之混合物。
「約(About)」及「大致(approximately)」一般應意謂鑒於量測值之性質或精確度，所量測之數量的可接受誤差程度。例示性誤差程度在既定值或值範圍之百分之20 (20%)內，通常在10%內，且更通常在5%內。當在本文中將劑量描述為「約」指定量時，實際劑量可較之所陳述量變化至多10%：此「約」之用法認為既定劑型中之精準量可由於各種原因而略微不同於預期量而實質上不影響所投與化合物之活體內效應。
應理解，當給出數值時，在其前無術語「約」之情況下，將存在與彼既定值相關之變化程度，如此項技術中通常所接受；例如，變化可分別為既定數值之±10%，例如±5%，尤其±1%。
除非另外說明，否則術語「包含(comprising)」、及「包括(including)」或「具有(with)」在本文中以其開放性及非限制性意義使用，而「由...組成(consisting of)」將化合物或組分限於特定提及之彼等者。由(a)那波拉非尼或其醫藥學上可接受之鹽、水合物或溶劑合物及(b)曲美替尼或其醫藥學上可接受之鹽、水合物或溶劑合物組成的醫藥組合係指以下組合療法：其中此兩種組分為僅有醫藥活性成分；具有或不具有一或多種醫藥學上可接受之載劑材料。
「一種組合(a combination)」或「一種醫藥組合(a pharmaceutical combination)」(若未另外提出，此等術語為同義的)或「與...組合(in combination with)」或「組合療法(combination therapy)」不僅意欲暗示療法或治療劑必須同時以物理方式混合或同時投與及/或經調配以一起遞送，儘管此等遞送方法在本文中所描述之範圍內。在本文中，在此等組合中之治療劑(此術語本文中主要係指RAF抑制劑及/或MEK抑制劑，尤其那波拉非尼及/或曲美替尼)可另外與一或多種其他額外療法或額外治療劑同時、在其之前或在其之後，或尤其在無此類額外療法或額外治療劑(活性成分)之情況下投與。治療劑可按任何次序投與。一般而言，各藥劑將以根據彼藥劑所確定的劑量及/或時程來投與。應進一步瞭解，此組合中所用之額外治療劑可以單一組合物形式一起投與及/或以不同組合物形式分開投與，尤其在此等時間間隔使得組合搭配物顯示協同，例如複合效應時，尤其基於布利斯資料(Bliss data)或證實綜效之其他資料。一般而言，預期組合中所用之額外治療劑的使用量不超過其單獨使用量。在一些實施例中，組合中所用之各涉及治療劑即藥物亦即活性醫藥成分(API)之含量將低於用作單一藥劑療法之含量。
如本文中所使用之術語「協同效應」係指RAF抑制劑，尤其那波拉非尼或其醫藥學上可接受之鹽、水合物及/或溶劑合物，與MEK抑制劑，尤其曲美替尼、其醫藥學上可接受之鹽、水合物及/或溶劑合物的作用產生某一效應，例如延緩癌症或其症狀之症狀性進展，此效應大於各藥物本身投與之效應的單純相加或需要較低劑量之任何一種或其兩者治療劑之情況。
術語「組合療法(combination therapy)」較佳係指投與兩種或兩種以上治療劑以治療本發明中所描述之腫瘤病況或病症。此類投與涵蓋以基本上同步之方式，諸如以具有固定比率之活性成分的單一調配物形式，或以各活性成分之單獨調配物(例如，膠囊、錠劑及/或其他靜脈內調配物)形式共同投與此等治療劑。另外或可替代地，此類投與亦涵蓋在大致相同時間或在不同時間以依序或獨立方式使用各類型之治療劑。不管活性成分是否以單一調配物形式或以獨立調配物形式投與，該等藥物作為同一療程之一部分投與同一患者。在任何情況下，治療方案將在治療本文中所描述之腫瘤病況或病症方面提供有益效應。
在本發明之含義中，同步治療使用尤其意謂藉由相同途徑且同時或基本上同時投與至少兩種活性成分。
在本發明之含義中，獨立使用尤其意謂藉由不同途徑或調配物同時或基本上同時投與至少兩種活性成分。
依序治療使用尤其意謂在不同時間投與至少兩種活性成分，投與途徑或調配物可相同或不同。更特定言之，投與方法意謂據此活性成分中之一者在另一者(或其他者)開始投與之前全部投與。
如本文中所使用之同義術語「固定組合(fixed combination)」、「固定劑量(fixed dose)」及「單一調配物(single formulation)」較佳係指經調配以向患者遞送對治療癌症係聯合治療有效量之兩種治療劑的一種劑型。單一媒劑經設計以遞送一定量之各藥劑及任何醫藥學上可接受之載劑(賦形劑)。在一些實施例中，媒劑為錠劑、膠囊、丸劑、藥囊或貼劑。在其他實施例中，媒劑為溶液或懸浮液。
術語組合亦或替代地包括「非固定組合」及「分裝部分之套組」，此意謂本發明之組合的治療劑均以單獨實體形式同步、並行或依序在無特定時間限制之情況下投與患者，尤其因此其係聯合治療活性的，其中此類投與在對其有需要之患者之體內提供治療有效量之兩種化合物。後者亦進一步適用於雞尾酒療法，例如投與三種或三種以上活性成分。
如本文中所使用之術語「醫藥學上可接受之(pharmaceutically acceptable)」係指在合理醫療判斷範圍內適合於與患者(例如，成年患者或人類患者)之組織接觸而無過度毒性、刺激、過敏性反應及其他問題或併發症且具有合理且可容忍之效益/風險比的彼等化合物、物質、賦形劑、組合物及/或劑型。
如本文中所使用，術語「醫藥學上可接受之賦形劑(pharmaceutically acceptable excipient)」或「醫藥學上可接受之載劑(pharmaceutically acceptable carrier)」包括任何及所有溶劑、分散介質、包衣、界面活性劑、抗氧化劑、防腐劑(例如抗菌劑、抗真菌劑)、等張劑、吸收延遲劑、鹽、防腐劑、藥物、藥物穩定劑、黏合劑、稀釋劑、崩解劑、助滑劑(glidant)、潤滑劑、甜味劑、調味劑、染料及其類似物及其組合，如熟習此項技術者已知。除非任何習知載劑與活性成分不相容，否則包含其在治療性或醫藥組合物中之用途。
術語「醫藥組合物(pharmaceutical composition)」(=醫藥調配物)在本文中定義為係指含有至少一種待向患者,例如哺乳動物或人類投與之治療劑的混合物或溶液，以便治療影響患者之特定疾病或病狀。本發明醫藥組合可調配於適合經腸或進一步非經腸投與之醫藥組合物中，諸如薄膜(例如糖)包衣錠劑、錠劑、膠囊或栓劑、藥囊或安瓿。若未另外指明，則此等者以本身已知之方式製備，例如藉助於熟習此項技術者容易顯而易知之各種習知混合、粉碎、直接壓縮、造粒、(例如糖)包衣、溶解、凍乾製程或製造技術。應瞭解，各劑型之個別劑量中所含之組合搭配物(治療劑)之單位含量本身不必構成有效量，因為可藉由投與複數個劑量單位達成所需有效量。在固定組合總計達0.2%至70%之量的情況下，醫藥組合物可含有約0.1%至約99.9%，較佳約0.1%至約60%之任一單一或每一種治療劑。一般熟習此項技術者可針對於藉由常規實驗之劑型之特定所需特性選擇一或多種前述載劑而無任何不當負擔。所使用之各載劑之量可在此項技術中所習知之範圍內變化。以下參考文獻揭示用於調配口服劑型之技術及賦形劑：醫藥賦形劑之手冊(The Handbook of Pharmaceutical Excipients),第4版,Rowe等人編,美國藥協會(American Pharmaceuticals Association)(2003)；及Remington:藥學之科學及實踐(the Science and Practice of Pharmacy),第20版,Gennaro編,Lippincott Williams & Wilkins (2003)。此等視情況選用之其他習知載劑可藉由以下方法併入至口服劑型種：藉由在造粒之前或期間將一或多種習知載劑併入至初始混合物中或藉由將一或多種習知載劑與包含呈口服劑型之治療劑組合或治療劑組合之個別治療劑的顆粒組合。在後者實施例中，組合混合物可進一步摻合，例如經由V型摻合器，且隨後壓縮或模製成錠劑，例如單塊錠劑，由膠囊囊封或經填充至藥囊中。
當提及「%」時，若未另外規定，則此係指重量百分比。
特定調配物係關於本發明組合治療中所用之單獨或其他固定組合製劑中活性成分之薄膜包衣錠劑。
本發明之醫藥組合及組合物可包括「治療有效量」或「有效量」之RAF抑制劑，尤其那波拉非尼與MEK抑制劑，尤其曲美替尼。術語「醫藥學上有效量(pharmaceutically effective amount)」、「治療有效量(therapeutically effective amount)」或「臨床上有效量(clinically effective amount)」之治療劑組合係在必需劑量下且持續必需時間段下為足夠量，以提供優於臨床上可觀測到之病症之病徵及症狀之基線的可觀測或臨床上顯著之改善。治療有效量可能因諸如個人之疾病狀態、年齡、性別及體重之因素而不同。治療有效量亦為治療有益效應超過治療劑之任何有毒性或有害效應的量。「治療有效劑量」較佳以所需方式調節可量測之參數，諸如腫瘤生長率或疾病進展。治療劑調節可量測參數之能力可在預測人類肉瘤中之功效的動物模型系統中評估以幫助建立適合之給藥量及時程。或者，組合物之此特性可藉由利用熟習此項技術者已知之活體外檢定或尤其在患者，尤其需要治療之患者的臨床研究中檢查化合物調節非所要參數之能力來評估。
較佳地，根據本發明在治療人類患者之情況下，在組合中使用之RAF抑制劑，尤其那波拉非尼或其醫藥學上可接受之鹽、水合物及/或溶劑合物與MEK抑制劑尤其曲美替尼或其醫藥學上可接受之鹽、水合物及/或溶劑合物的以下劑量在各情況下係指對應API之自由形式。
活性成分之單位劑量可每天一次、或每天兩次、或每天三次、或每天四次投與，其總和得到適當每日劑量，例如，如下文所指示，其中藉由諸如以下之標準確定實際投與劑量及時序：患者年齡、體重及性別；待治療之癌症的程度及嚴重性；及治療醫師之判斷。口服劑型，尤其(較佳薄膜包衣)錠劑較佳。
當在本文中提及給藥量或劑量時，所提及之量係指治療劑(活性成分，在本文中呈自由形式)之量。例如，當投與2 mg劑量之曲美替尼，且曲美替尼係以含有曲美替尼二甲亞碸之錠劑形式投與時，該錠劑將含有等效於2 mg自由形式之曲美替尼的曲美替尼二甲亞碸。對應推理對於那波拉非尼單水合物有效。
較佳地經口投與RAF抑制劑。在一較佳實施例中，RAF抑制劑，尤其那波拉非尼或對應地其醫藥學上可接受之鹽對應地以約100 mg至約1200 mg之每日總劑量(TTD)投與。每日總劑量之那波拉非尼以每日一或多次劑量單位投與。較佳地，每日總劑量之那波拉非尼以每日兩次投與。因此，那波拉非尼可每日兩次以約100 mg至約600 mg投與。
在一些實施例中，那波拉非尼以每日一次(QD)約分別為100 mg、125 mg、150 mg、175 mg、200 mg (較佳)、225 mg、250 mg、275 mg、300 mg、325 mg、350 mg、375 mg或尤其400 mg之劑量投與(較佳地經口)。
在一特定實施例中，以自由形式計，那波拉非尼或其醫藥學上可接受之鹽、水合物及/或溶劑以每日兩次(BID或bid)約200 mg或400 mg之劑量經口投與。
作為根據本發明之組合或組合治療之一部分的MEK抑制劑將以治療有效量投與對其有需要之個體。
在一較佳實施例中，在對其有需要之個體中作為根據本發明之組合之一部分投與的MEK抑制劑曲美替尼或其醫藥學上可接受之鹽、水合物或溶劑合物的量將選自每天約0.125 mg至約10 mg；適合地，該量將選自每天約0.5 mg至約2 mg；適合地，該量將為每天約1 mg或2 mg。在一較佳實施例中，曲美替尼、曲美替尼或其醫藥學上可接受之鹽或溶劑合物係以每天0.5 mg或1 mg，尤其以每天1 mg之每日劑量投與。較佳地，每天劑量(每日劑量)係以每日一次(qd)投與。
最佳地，以對應自由形式計，RAF抑制劑，尤其那波拉非尼或其醫藥學上可接受之鹽、水合物及/或溶劑合物係以400 mg BID之劑量投與且MEK抑制劑，尤其曲美替尼或其醫藥學上可接受之鹽、水合物及/或溶劑合物係以0.5 mg QD之劑量投與；或又更佳地，RAF抑制劑，尤其那波拉非尼或其醫藥學上可接受之鹽、水合物及/或溶劑合物係以200 mg BID之劑量投與且MEK抑制劑，尤其曲美替尼或其醫藥學上可接受之鹽、水合物及/或溶劑合物係以1.0 mg QD之劑量投與
在一些實施例中，曲美替尼或其醫藥學上可接受之鹽或溶劑合物經口投與。在一個實施例中，曲美替尼製備為用於經由口遞送而投與且可以二甲亞碸中之溶劑合物化形式使用。在一些實施例中，該化合物製備為用於經口投與之錠劑形式，尤其為薄膜衣錠劑形式。錠劑可製備為用於靈活投與之各種劑量。
單位劑量之曲美替尼或其醫藥學上可接受之鹽或溶劑合物可每日一次、或每日兩次、或每日三次、或每日四次投與。每日總劑量之曲美替尼或其醫藥學上可接受之鹽或溶劑合物，例如二甲亞碸溶劑合物可一天一次或進一步一天兩次投與。
例如，作為組合療法之一部分，式(I)化合物或其醫藥學上可接受之鹽，例如呈單水合物或較佳自由形式之該化合物可以約200 mg、約300 mg、約400 mg或約500 mg之每日總劑量投與且曲美替尼，例如呈二甲亞碸溶劑合物形式可以約0.5或1.0 mg之每日總劑量投與。每日劑量之式(1)化合物可每天一次或兩次投與。因此，可每天兩次投與約200 mg劑量之式(I)化合物(且每日總劑量約400 mg)且可每天一次投與約1.0 mg或約2.0 mg劑量之曲美替尼。替代地，可每天兩次投與約200 mg劑量之式(I)化合物(且每日總劑量約400 mg)且可每天兩次投與約0.5 mg或約1.0 mg劑量之曲美替尼。
其他效益可為可使用較低劑量之本發明之組合的治療劑，例如劑量不僅可通常較小且亦可施用頻率較低，或可用於減小在單獨使用組合搭配物中之一者之情況中觀測到之副作用的發生率。此符合待治療之患者的需求及要求。
如本文中所使用之術語「聯合治療活性(jointly therapeutically active)」或「聯合療效(joint therapeutic effect)」意謂治療劑可以使得待治療之患者，尤其人類仍展示(較佳地協同)互動作用(共同治療效應)之此類時間間隔聯合地、單獨地或依序給予。情況是否為此可尤其藉由以下確定：藉由遵循化合物之血液含量，其顯示至少在一定時間間隔期間二者化合物均存在於待治療人類之血液中，或藉由後續治療引起與用僅一種活性成分的單一治療相比更好的結果。
術語「活性成分(active ingredient)」或「治療劑(therapeutic agent)」包含如根據本發明實施例之組合所定義的RAF抑制劑與MEK抑制劑。
在一個實施例中，適於用或待用根據本發明之組合治療來治療的疾病或病症為癌症。術語「癌症(cancer)」在本文中用於意謂選自包括所有實體腫瘤之廣泛範圍腫瘤的腫瘤。癌症可處於早期、中期或晚期。癌症可為局部晚期或轉移性的。在本文中，「癌症」或「腫瘤」同義地使用且此等標識符相當於「腫瘤疾病」或「癌症疾病」，且在實體腫瘤之情況下，尤其為晚期腫瘤/腫瘤疾病。
待藉由本文中所描述之組合療法來治療的癌症可能在遵循護理標準或對於不存在有效標準療法之患者之情況下已進展。
在一個實施例中，實體腫瘤為非良性的。在一個實施例中，實體腫瘤係選自包含以下之群：黑色素瘤，或更特定言之除黑色素瘤以外之任何實體腫瘤，此類腫瘤選自由以下組成之群：肺癌，尤其非小細胞肺癌(NSCLC)；大腸直腸癌(CRC)，諸如大腸直腸腺癌；胰臟癌，諸如胰管腺癌(PADC)，或其他頭頸癌，諸如頭頸部鱗狀細胞癌；膀胱尿道上皮癌； MUTYH相關性息肉病(MAP)；宮頸癌及卵巢癌；食道癌；腎癌；間皮瘤；甲狀腺癌；前列腺癌；神經膠母細胞瘤；宮頸癌；胸腺癌；梅克爾細胞癌(Merkel cell cancer)或其他肉瘤，例如橫紋肌肉瘤。
在一個實施例中，腫瘤為黑色素瘤。
在一個實施例中，腫瘤為肺癌，例如非小細胞肺癌(NSCLC)。
在一個實施例中，腫瘤為大腸直腸癌。
在一個實施例中，腫瘤為胰臟癌。
在一個實施例中，腫瘤為頭頸癌。
在一個實施例中，腫瘤為膀胱尿道上皮癌。
在一個實施例中，增生性疾病為大腸直腸癌(CRC)，包括MUTYH相關性息肉病(MAP)。
在一個實施例中，腫瘤為宮頸癌。
在一個實施例中，癌症為卵巢癌。
在一個實施例中(尤其對於G13R突變)，腫瘤為橫紋肌肉瘤。
待治療之實體腫瘤包括NRAS突變黑色素瘤。當提及黑色素瘤時，此尤其關於「NRAS突變黑色素瘤」。除非上下文另外明確指示，否則當提及「NRAS突變黑色素瘤」時，此尤其關於眼或皮膚黑色素瘤。較佳地，此術語係指皮膚黑色素瘤，尤其係指不可切除性及/或轉移性皮膚黑色素瘤。
本發明提供用於治療患者中之黑色素瘤的醫藥組合，其中黑色素瘤此前已例如藉由手術移除或其他療法治療且在此類療法之後進展。
待藉由組合治療之黑色素瘤可為難以由用另一療法之先前治療來治療或對其具有抗性的黑色素瘤。因此，本發明之組合可適用作黑色素瘤之第二線、第三線或第四線治療。
黑色素瘤患者之先前治療包括： -用塔里穆尼拉赫帕雷普韋克(talimogene laherparepvec)(亦以商標T-Vec、Imlygic或Oncovex已知)治療，其為治療不可切除性黑色素瘤之生物醫藥藥物且其直接注射至轉移性病變之子集中； -標準照護化學療法(例如達卡巴平(dacarzabine))； -用諸如亞硝基脲及/或絲裂黴素C之細胞毒性劑治療； -免疫療法(例如帕博利珠單抗、伊匹單抗或納武利尤單抗及其組合)； -靶向療法(例如達拉非尼與曲美替尼、維羅非尼與考比替尼，及康奈非尼與比美替尼)。
因此，待治療之患者包括罹患NRAS突變黑色素瘤之患者，尤其已接受先前療法且在先前療法時已進展之患者，該類先前療法包括標準照護化學療法(例如達卡巴嗪)、免疫療法(例如帕博利珠單抗、伊匹單抗或納武利尤單抗及其組合)、靶向療法(例如達拉非尼與曲美替尼、維羅非尼與考比替尼，及康奈非尼與比美替尼)。患者可為罹患NRAS突變黑色素瘤之患者，尤其其中黑色素瘤為不可切除性及/或轉移性皮膚黑色素瘤。
在另一實施例中，NRAS突變黑色素瘤對標準照護具有抗性或難治性。
在另一個實施例中，NRAS突變黑色素瘤對使用達卡巴嗪之標準照護具有抗性或難治性。
在另一實施例中，黑色素瘤對用諸如亞硝基脲及/或絲裂黴素C之細胞毒性劑治療具有抗性或難治性。
在另一實施例中，黑色素瘤對包括用一或多種免疫檢查點抑制劑之療法的免疫療法治療來治療具有抗性或難治性。
因此，在一個實施例中，待藉由本發明之組合治療的黑色素瘤為對單獨或與抗CTLA4 (細胞毒性T淋巴細胞相關蛋白)抗體(例如伊匹單抗)組合之免疫治療PD-1 (程式化細胞死亡1受體)或PD-L1 (PD-1之配位體)治療具有抗性的NRAS突變黑色素瘤。參見例如Tsai等人，Human Vaccines & Immunotherapeutics 10:11,3111--3116;2014年11月。
因此，在一個實施例中，待治療之黑色素瘤(包括NRAS突變黑色素瘤)對用一或多種選自伊匹單抗、斯巴達珠單抗、納武利尤單抗、帕博利珠單抗、匹地利珠單抗(pidizilumab)、BMS-9365559、MEDI4736及MSB0010718C之治療劑治療具有抗性或難治性。
因此，待藉由本發明組合治療之黑色素瘤包括對抗PD-1單藥療法(諸如帕博利珠單抗或納武利尤單抗)或抗PD-1藥劑與伊匹單抗之組合具有抗性的NRAS突變黑色素瘤。
患者中BRAF、NRAS及NF1突變之基因評估可根據此項技術中已知之方法進行，例如使用如先前所描述之SNaPshot或DFCI Oncopanel (Sholl LM等人,JCI Insight 2016;1:e87062; Zheng Z等人,Nat Med 2014;20:1479-84)。兩種檢定之當前迭代利用次世代定序，而SNaPshot之較早版本依賴於多重PCR。當前版本之SNaPshot詢問BRAF之外顯子11及15、KRAS及NRAS之外顯子2至5，及NF1之外顯子1至58。Oncopanel偵測涉及BRAF、KRAS、NRAS及NF1之所有外顯子的更改。
罹患癌症/腫瘤之個體定義為在用一或多種藥劑之治療上已進展或不再對該治療作出反應，或當他或她罹患之癌症已進展時對用一或多種藥劑之治療不耐受。癌症之進展可藉由熟習此項技術者熟知之方法監測。例如，進展可藉助於癌症之目視檢查，諸如藉助於X射線、CT掃描或MRI或藉由腫瘤生物標記偵測來監測。例如，癌症之生長增加指示癌症之進展。諸如NSCLC之癌症或腫瘤的進展可藉由偵測到新腫瘤或偵測到腫瘤縮小之轉移或停止來指示。腫瘤評估可基於RECIST標準(Therasse等人,2000),評估對實體腫瘤治療之反應的新指南(New Guidelines to Evaluate the Response to Treatment in Solid Tumors)，國家癌症研究所期刊(Journal of National Cancer Institute),第92卷;205-16及經修訂RECIST指南(1.1版)(Eisenhauer等人,2009)歐洲癌症期刊(European Journal of Cancer);45:228-247。例如，為了顯示療效，可使用根據實體腫瘤反應評估標準(RECIST v1.1)之總反應率(ORR)或任何其他參數。
完全反應定義為所有非結節目標病變消失。另外，指定為目標病變之任何病理學淋巴結短軸必須減少至＜10 mm 1。
部分反應定義為所有目標病變之直徑總和減少至少30%，採用直徑基線總和作為參考。
其他反應標準可自下表推導(根據RECIST v1.1)：
反應標準 目標病變之評估
進行性疾病(PD)： 所有經量測目標病變之直徑總和至少增加20%，採用在基線時或之後所記錄的所有目標病變之最小直徑總和作為參考。除20%之相對增加以外，總和必須亦展現至少5 mm 2之絕對增加。
穩定疾病(SD)： 既無符合PR或CR之足夠收縮又無將符合PD的病變增加。
未知(UNK) 尚未記錄進展且一或多個目標病變尚未評估或已使用與基線不同之方法評估。
腫瘤之進展、腫瘤負荷增加或減少及對用本發明之抑制劑組合治療之反應可藉由熟習此項技術者熟知之方法監測。因此，進展及對治療之反應可藉助於癌症之目視檢查，諸如藉助於X射線、CT掃描或MRI或藉由腫瘤生物標記偵測來監測。
腫瘤進展可藉由比較在治療已開始後之時間點之間的腫瘤狀態或藉由比較治療已開始後的時間點與相關治療開始前之時間點之間的腫瘤狀態來確定。
根據本發明之組合及組合治療尤其適用於治療具有一或多種促分裂原活化蛋白激酶(MAPK)路徑更改之癌症，包括HRAS或尤其KRAS突變腫瘤及/或NRAS突變腫瘤，且尤其表現至少一種RAS、尤其KRAS或NRAS之功能獲得型突變的腫瘤，如本文中所描述，選自密碼子Q61，諸如Q61H、Q61K突變，或(尤其)G13R突變，不限於亦在至少一種RAF之功能獲得型突變之情況下。
在另一實施例中，癌症對用MEK抑制劑，例如曲美替尼治療具有抗性或難治性。
如已提及，本發明基於以下重要發現：某種RAS突變，尤其在密碼子Q61或突變G13R處係腫瘤患者對用RAF及MEK抑制劑組合治療之適合性的恰當生物標記。
當本文中提及RAS，例如KRAS、HRAS或NRAS (密碼子)突變時，一方面此係關於聚核苷酸(例如基因、cDNA或mRNA)中之對應點突變，另一方面此係關於在所提及位置(Q61或G13R)處具有改變之胺基酸序列的相應突變蛋白。
允許篩檢、檢查或鑑別RAS，例如KRAS、密碼子Q61或G13R突變之存在的恰當檢定、方法及藥劑(尤其結合至待鑑別之生物標記的結合試劑)原則上為已知的且可供熟習此項技術者使用。
「KRAS活化突變」為 KRAS基因之任何突變(亦即核酸突變)或Kras蛋白之任何突變(亦即胺基酸突變)，其藉由有助於Kras蛋白之活性GTP結合狀態引起與提高及/或持續性活性相關之異常Kras蛋白功能。突變係在促進GTP結合及持續性活性Kras蛋白的保守位點。根據本發明之用途的突變在編碼KRAS之 KRAS基因的某些密碼子處，KRAS包含KRAS-G13R (尤其較佳)或KRAS-Q61E、KRAS-Q61P、KRAS-Q61H、KRAS-Q61K (較佳)、KRAS-Q61L (較佳)或KRAS-Q61R (較佳)。
「NRAS活化突變」為 NRAS基因之任何突變(亦即核酸突變)或Nras蛋白之任何突變(亦即胺基酸突變)，其藉由有助於Nras蛋白之活性GTP結合狀態引起與提高及/或持續性活性相關之異常Nras蛋白功能。突變係在促進GTP結合及持續性活性Nras蛋白的保守位點。根據本發明之用途的突變在編碼NRAS之 NRAS基因的某些密碼子處，突變包含NRAS-G13R突變(尤其較佳)或NRAS-Q61E、NRAS-Q61P、NRAS-Q61H、NRAS-Q61K (較佳)、NRAS-Q61L (較佳)或NRAS-Q61R (較佳)突變。
鑑別RAS密碼子Q61或RAS G13R突變之方法為此項技術中已知的，例如藉由使用「次世代定序」。能夠鑑別RAS密碼子Q61或RAS G13R突變之藥劑或探針為此項技術中已知的且可較佳選自抗體及聚核苷酸，其各自能夠在表現之蛋白中或較佳在編碼其之基因DNA、cDNA或mRNA中結合至突變位點。
術語「抗體(antibody)」在本文中以最廣泛意義使用且涵蓋各種抗體結構，包括(但不限於)單株抗體、多株抗體、多特異性抗體(例如雙特異性抗體)、單鏈抗體及抗體片段，只要其表現所需抗原結合活性即可。
「聚核苷酸(Polynucleotide)」或「核酸(nucleic acid)」(該等術語在本文中用作同義詞)係指任何長度之核苷酸的聚合物且包括DNA及RNA中之一者或兩者。核苷酸可為去氧核糖核苷酸、核糖核苷酸、經修飾之核苷酸或鹼基，及/或其類似物，或可藉由DNA或RNA聚合酶或藉由合成反應併入聚合物中之任何受質。因此，譬如，該類術語包括(但不限於)單股及雙股DNA、包括單股及雙股區域之DNA、單股及雙股RNA及包括單股及雙股區域之RNA、包含可為單股或更通常為雙股或包括單股及雙股區域之DNA及RNA的雜交分子。對於根據本發明之用途的核酸或聚核苷酸突變(=允許對腫瘤(及因此患者)對用RAF抑制劑及MEK抑制劑成功組合治療之適合性進行預後的突變)，DNA及RNA較佳，尤其cDNA或mRNA。
若存在，尤其在根據本發明用於鑑別來自腫瘤樣本RAS DNA或RNA中本發明之用途的突變(例如作為探針或引子)的聚核苷酸(尤其寡核苷酸)或核酸之情況下，則可在聚合物組裝之前或之後對核苷酸結構進行修飾。核苷酸序列可間雜有非核苷酸組分。此類聚核苷酸可在合成之後進一步修飾，諸如藉由與(例如螢光或同位素)標記結合。其他類型的修飾包括例如「封蓋(cap)」、用類似物取代一或多個天然存在之核苷酸、核苷酸間修飾，例如具有不帶電鍵聯(例如，膦酸甲酯、磷酸三酯、胺基磷酸酯或胺基甲酸鹽)及/或帶電鍵聯(例如，硫代磷酸酯或二硫代磷酸酯)之彼等者、含有(共價或以其他方式結合)附接部分之彼等者，例如蛋白(例如，核酸酶、毒素、抗體、信號肽或聚-l-離胺酸)、具有嵌入劑(例如吖啶或補骨脂素)之彼等者、含有螯合劑(例如金屬、放射性金屬、酉朋或氧化金屬)之彼等者，含有烷基化劑之彼等者、具有經修飾鍵聯之彼等者(例如α變旋異構核酸)，及未修飾形式之聚核苷酸。通常存在於核苷酸主鏈之糖中的任何一或多個羥基可例如由膦酸酯基、磷酸鹽基取代，由慣用保護基保護，或經活化以製備與額外核苷酸之額外鍵聯，或可結合至固體或半固體載體。末端OH可磷酸化或經胺或1至20個碳原子之有機封端基團部分取代。其他羥基亦可衍生成標準保護基。此等聚核苷酸亦可含有此項技術中通常已知之類似形式的核糖或去氧核糖，包括例如2'-O甲基-、2'-O-烯丙基-、2'-氟-、或2'-疊氮基-核糖、碳環糖類似物、a-變旋異構糖、差向異構糖諸如阿拉伯糖、木糖來蘇糖、哌喃醣、呋喃醣、景天庚酮糖、非環類似物及基本核苷類似物諸如甲基核糖苷。一或多個磷酸二酯鍵可藉由替代性鍵聯基團替換。此等替代鍵聯基團包括(但不限於)其中磷酸酯經P(O)S(「硫代酸酯」)、P(S)S(「二硫代酸酯」)、「(O)NR2(「醯胺化物」)、P(O)R、P(O)OR'、CO或CH2(「甲縮醛」)替代之實施例，其中各R或R'獨立地為H或視情況含有醚(-0-)鍵聯、芳基、烯基、環烷基、環烯基或芳烷基之經取代或未經取代之烷基(1-20 C)。聚核苷酸中所有的鍵不需要均一致。此類聚核苷酸可含有一或多種不同類型的如本文所描述修飾及/或相同類型的多種修飾。前述描述適用於本文所提及之所有聚核苷酸，包括RNA及DNA。
如本文中所使用，「寡核苷酸(Oligonucleotide)」通常係指短單股聚核苷酸，其長度通常小於但不一定小於約250個核苷酸，例如長度為2至80個，諸如2至50個核苷酸。寡核苷酸(尤其在用作探針，例如引子時)可為合成的。
術語「引子(primer)」係指單股寡核苷酸或聚核苷酸，其能夠與核酸(尤其來自腫瘤樣本之DNA或RNA)雜交且允許互補核酸聚合，通常藉由提供自由3'-OH基團。
如本文中所使用之術語「生物標記(biomarker)」係指患者中提供 RASG13R (尤其較佳)、Q61E、Q61P、Q61H、Q61K、Q61L或Q61R突變之證明的分子之任何部分。生物標記可為預測性生物標記且充當患有具有攜帶所提到RAS突變之一者之腫瘤的實體腫瘤疾病之患者之適合性(=敏感度或益處)可能性的指標，其允許預測患者適於用RAF，例如Raf抑制劑，例如Raf二聚體與MEK抑制劑組合來治療。生物標記包括(但不限於)聚核苷酸(例如DNA及/或RNA (例如mRNA))、聚核苷酸拷貝數更改(例如DNA拷貝數)、多肽(例如相應Ras多肽)、經修飾之多肽或聚核苷酸(例如具有轉譯後修飾)。在一些實施例中，如上文或下文所提及，生物標記為攜帶所關注突變之基因(例如 KRAS或 NRAS基因)。
尤其在需檢查來自實體腫瘤或患者之DNA或RNA中存在生物標記(根據本發明之所關注的突變)之情況下，在分離DNA或RNA之後，較佳進行至少含有所關注突變之其序列(模板序列)之區域的擴增。
患者中RAS突變之前瞻性或回溯性基因評估可根據此項技術中已知之方法進行，例如使用如先前所描述之SNaPshot或DFCI Oncopanel (Sholl LM等人,JCI Insight 2016;1:e87062; Zheng Z等人,Nat Med 2014;20:1479-84)。兩種檢定之當前迭代使用次世代定序(參見例如Boland GM等人,鑑別I期項目中之可操作畸變的臨床次世代定序(Clinical next generation sequencing to identify actionable aberrations in a phase I program). Oncotarget.2015;6(24):20099-20110)，而SNaPshot之較早版本依賴於多重PCR。當前版本之SNaPshot詢問KRAS及NRAS之外顯子2至5，Oncopanel偵測涉及RAS，尤其KRAS、NRAS之所有外顯子的更改。
如本文中所使用之「擴增(Amplifying)或(amplification)」通常係指產生所需核苷酸序列之多個拷貝的製程。「拷貝(copy)」通常與模板序列具有(但進一步不一定需要具有)完美的序列互補性或一致性。例如，拷貝可包括核苷酸類似物，諸如去氧肌苷、有意序列更改(諸如經由包含與模板可雜交但不互補之序列的引子而引入之序列更改)及/或在擴增期間出現之序列誤差。
鑑別根據本發明之所關注突變的較佳變異體包括聚合酶鏈反應步驟。
如本文中所使用之「聚合酶鏈反應(polymerase chain reaction)」或「PCR」之(本文中最重要且較佳)技術通常係指擴增微量特異性核酸區段、RNA及/或DNA之過程，如例如在美國專利第4,683,195號,Schuller M.等人(編),「PCR for Clinical Microbiology - an Australian and International Perspective」,Springer 2010；B.Y. Chan及H.W. Janes (編), PCR Cloning Protocols,第2版,Humana press 2002；或Mullis等人, Cold Spring Harbor Symp. Quant. Biol.51 :263 (1987)及Erlich編, PCR Technology, (Stockton Press, NY, 1989)中所描述。一般而言，需要來自所關注區域之序列資訊，從而可設計寡核苷酸引子，其序列與待擴增之模板的相對股一致或類似。該兩個引子之5'末端核苷酸可與擴增材料之末端一致。PCR可用於擴增特異性RNA序列、來自總基因體DNA之特異性DNA序列及自總細胞RNA轉錄之cDNA、噬菌體或質體序列等。可使用用於擴增核酸測試樣本之任何核酸聚合酶反應方法，包含使用已知核酸(DNA或RNA)作為引子且利用核酸聚合酶來擴增或產生特定核酸片段或來擴增或產生與特定核酸互補之特定核酸片段。
術語「多重PCR (multiplex-PCR)」係指出於在單一反應中擴增兩個或兩個以上DNA序列之目的而使用超過一個引子組對獲自單一來源(例如，一個個體之實體腫瘤樣本)之核酸進行的單一PCR反應。
「定量即時聚合酶鏈反應(Quantitative real-time polymerase chain reaction)」或「qRTPCR」係指允許視需要量測PCR反應中各步驟處之PCR產物之量的特定形式之PCR。此技術已描述於各種公開案中，包括例如Cronin等人, Am. J. Pathol.164(1 ):35-42 (2004)及Ma等人, Cancer Ce//5:607-616 (2004)。
所揭示之方法及檢定提供便利、高效及可能的有效方式以獲得評定用於治療40名患者之適當或有效療法的有用資料及資訊。例如，患者可在用RAF抑制劑之組合治療，例如RAF抑制劑與MEK抑制劑組合被視為一種治療選擇之前將腫瘤樣本提供為組織樣本(例如，腫瘤活體組織切片)，且可藉助於各種活體外檢定來檢查樣本以確定患者細胞是否對該組合治療敏感。
在前述方法中之任一者中，獲自個體樣本中的HRAS，或 尤其 KRAS及/或 NRAS基因、mRNA或蛋白產物之特定突變狀態可藉由熟習此項技術者熟知的任何一或多種方法來進行。例如，突變之鑑別可藉由選殖 HRAS、尤其 KRAS及/或尤其 NRAS基因或其部分，且使用此項技術中熟知之技術對其定序來實現。或者，基因序列可自基因體DNA或cDNA擴增，例如使用PCR，且將產物定序。下文描述用於分析給定基因座處之突變之患者DNA的若干非限制性方法。
DNA微陣列技術，例如用於高處理量篩檢應用之DNA晶片裝置及高密度微陣列及低密度微陣列可用於例如DNA微陣列雜交。其他方法包括干擾RNA微陣列及微陣列之組合及其他方法，諸如雷射擷取顯微切割(LCM)、比較基因體雜交(CGH)及染色體免疫沈澱(Chip)。參見例如He等人(2007) Adv. Exp. Med. Biol.593:117-133及Heller (2002) Annu. Rev. Biomed. Eng.4:129-153。
其他方法包括PCR、xMAP、侵入物檢定、質譜法及焦磷酸定序(Wang等人(2007) 593:105-106)。
另一偵測方法為施用探針之對偶基因特異性雜交，該等探針與多晶型位點重疊且在查看突變位點之區域周圍具有約5個、或替代地10個、或替代地20個、或替代地25個、或替代地30個核苷酸。例如，能夠與特定突變變異體(例如KRAS-G13R，其對應於 KRASc.38G＞A核苷酸取代點突變)特異性雜交之若干探針附接至固相載體，例如「晶片」。
寡核苷酸可藉由包括微影之各種製程結合至固態載體。使用亦稱為「DNA探針陣列」之此等包含寡核苷酸之晶片的突變偵測分析描述於例如Cronin等人(1996) Human Mutation7:244中。
在其他偵測方法中，有必要在鑑別突變變異體之前首先擴增基因之至少一部分。擴增可例如藉由PCR及/或LCR或此項技術中熟知之其他方法進行。
在一些情況下，個體DNA中特異性突變之存在可以藉由限制酶分析顯示。例如，特異性突變會產生包含限制位點之核苷酸序列，而該限制位點不存在於基因之另一突變變異體或野生型版本之核苷酸序列中。
在另一實施例中，免受裂解劑(諸如核酸酶、羥胺或四氧化鋨及與哌啶)之保護可用於偵測RNA/RNA、DNA/DNA或RNA/DNA異雙螺旋中之錯配鹼基(參見例如Myers等人(1985) Science230:1242)。一般而言，「錯配裂解」之技術首先先提供藉由以下而形成之異雙螺旋：使包含基因的對偶基因變異體之核苷酸序列的視情況經標記之對照核酸(例如RNA或DNA)與獲自腫瘤樣本之樣本核酸(例如RNA或DNA)進行雜交。雙股雙螺旋經裂解雙螺旋，以諸如基於對照股與樣本股之間的鹼基對錯配而形成的雙螺旋之單股區域的試劑處理。譬如，RNNDNA雙螺旋可用RN酶處理且DNNDNA雜交體經S1核酸酶處理以酶促消化錯配區域。或者，DNA/DNA或RNNDNA雙螺旋可用羥胺或四氧化鋨及與哌啶處理以便消化錯配區域。在消化錯配區域之後，然後將所得物質用變性聚丙烯醯胺凝膠上膠而分離，以確定對照及樣本核酸是否具有一致核苷酸序列或它們的哪些核苷酸不同。參見例如美國專利第6,455,249號，Cotton等人(1988) Proc. Natl. Acad. Sci. USA85:4397；Saleeba等人(1992) Meth. Enzymol.217:286-295。
此外，電泳遷移率之改變亦可用於鑑別特定對偶基因變異體。例如，單股構形多型性(SSCP)可用於偵測突變體與野生型核酸之間的電泳遷移率差異(Orita等人(1989) Proc Natl. Acad. Sci USA86:2766；Cotton (1993) Mutat. Res.285:125-144及Hayashi (1992) Genet. Anal. Tech. Appl.9:73-79)。樣本及對照核酸之單股DNA片段經變性且使復性(renature)。單股核酸之二級結構會根據序列而改變，由此產生之電泳遷移率的改變甚至能夠偵測到單一鹼基的變化。DNA片段可用經標記探針來標記或偵測。可藉由使用二級結構對序列變化更敏感之RNA(而非DNA)提高檢定之靈敏度。在另一實施例中，本發明方法利用異雙螺旋分析以基於電泳遷移率之變化來分離雙股異雙螺旋分子(Keen等人(1991) Trends Genet.7:5)。
突變變異體之一致性亦可藉由分析包含多型性區域之核酸在含有變性劑梯度之聚丙烯醯胺凝膠中之移動來確定，該移動使用變性梯度凝膠電泳(DGGE)檢定(Myers等人(1985) Nature313:495)。當DGGE用作分析方法時，DNA將經修飾以確保其不完全變性，例如藉由添加大致40 bp之高熔點的富含GC之DNA的GC夾用PCR。在另一實施例中，使用溫度梯度代替變性劑梯度以鑑別對照及樣本DNA之遷移率差異(Rosenbaum及Reissner (1987) Biophys. Chem.265:1275)。
用於偵測兩種核酸分子(例如DNA或RNA分子)之間至少一個核苷酸之差異的技術之實例包括(但不限於)選擇性寡核苷酸雜交、選擇性擴增或選擇性引子延伸。例如，可製備如下寡核苷酸探針，其中已知多型性核苷酸位於中心(對偶基因特異性探針)，且隨後在僅當完美匹配為40實驗值時允許雜交之條件下雜交至目標DNA (Saiki等人(1986) Nature324:163)；Saiki等人(1989) Proc. Natl. Acad. Sci. USA86:6230)。此類對偶基因特異性寡核苷酸雜交技術可用於偵測基因之多型性區域中的核苷酸變化。例如，具有特異性對偶基因變異體之核苷酸序列的寡核苷酸附接至雜交膜且此膜隨後與經標記樣本核酸雜交。對雜交信號之分析將隨後揭示樣本核酸之核苷酸的5一致性。
或者，視選擇性PCR擴增而定，對偶基因特異性擴增技術可與本發明結合使用。
用作特異性擴增之引子的寡核苷酸可在分子中心(從而使得擴增視差異雜交而定)(Gibbs等人(1989) Nucl. Acids Res.17:2437-2448)或在一個引子之3'最末端攜帶所關注之對偶基因變異體，其中在適當條件下錯配可防止或減少聚合酶擴展(Prossner (1993) Tibtech 11 :238及Newton等人(1989) Nucl. Acids Res.17:2503)。此技術亦稱為「PROBE」，代表探針寡核苷酸鹼基延伸。另外，可能需要在突變區域中引入新穎限制位點以建立基於裂解之偵測(Gasparini等人(1992) Mot. Cell. Probes6:1)。
在另一實施例中，使用如例如美國專利第4,998,617號中及Laridegren, U.等人, Science241:1077-1080 (1988)中所描述之寡核苷酸連接檢定(OLA)進行突變變異體之鑑別。OLA方案使用經設計以能夠與目標之單股的鄰接序列雜交的兩個寡核苷酸。寡核苷酸中之一者鍵聯至分離標記(例如生物素化標記)，且另一者以可偵測方式經標記。若在目標分子中發現精準互補序列，則寡核苷酸將雜交從而使得其末端鄰接且產生接合受質。然後，接合允許使用抗生物素蛋白或另一生物素配位體回收經標記寡核苷酸。Nickerson等人已描述組合PCR及OLA屬性之核酸偵測檢定(Nickerson, D. A.等人(1990) Proc. Natl. Acad. Sci. USA87:8923-8927)。在此方法中，PCR用於實現目標DNA之指數擴增，然後使用OLA偵測目標DNA。
本發明描述用於偵測給定基因，例如 RAS基因，諸如 KRAS基因或 NRAS基因或 HRAS基因中之單核苷酸突變的方法。因為單核苷酸變化側接恆定序列之區域，所以其分析只需要確定單一變異體核苷酸之一致性，且不必測定各患者之完整基因序列。已研發出若干方法以便於此類突變之分析。
單鹼基突變可藉由使用如例如美國專利第4,656,127號中所揭示之特定核酸外切酶抗性核苷酸來偵測。根據該方法，准許與緊接經突變位點之3'的突變序列互補之引子與獲自特定動物或人類之目標分子雜交。若目標分子上之多型性位點含有與所存在之特定核酸外切酶抗性核苷酸衍生物互補的核苷酸，則彼衍生物將併入於雜交引子之末端上。此類併入賦予引子核酸外切酶抗性，且藉此准許其偵測。因為樣本之核酸外切酶抗性衍生物之一致性已知，所以引子已對核酸外切酶具有抗性之發現揭示目標分子之突變位點中存在的核苷酸與反應中所用之核苷酸衍生物之核苷酸互補。此方法之優點在於其不需要確定大量無關序列資料。
基於溶液之方法亦可用於確定突變位點之核苷酸之一致性(WO 91/02087)。如上所述，採用與緊接經突變位點之3'的突變序列互補的引子。該方法使用經標記雙去氧核苷衍生物確定彼位點之核苷酸的一致性，該等衍生物若與突變位點之核苷酸互補，則將會併入至引子之末端上。
替代方法描述於WO 92/15712中。此方法使用經標記終止子與引子之混合物，該引子與經突變或多型性位點之3'序列互補。所併入之經標記終止子因此藉由所評估之目標分子之突變位點中所存在的核苷酸確定且與其互補。該方法通常為異質相檢定，其中將引子或目標分子固定至固相中。
用於檢定DNA中之突變位點的許多其他引子引導之核苷酸併入程序已經描述(Komher, J. S.等人(1989) Nucl. Acids. Res.17:7779-7784；Sokolov, B. P. (1990) Nucl. Acids Res.18:3671；Syvanen, A.-C.,等人(1990) Genomics 8:684-692；Kuppuswamy, M. N.等人(1991) Proc. Natl. Acad. Sci. USA88:1143-1147；Prezant, T. R.等人(1992) Hum. Mutat.1: 159-164；Ugozzoli, L.等人(1992) GA TA9:107-112；Nyren, P.等人(1993) Anal. Biochem.208:171-175)。此等方法全部依賴於併入經標記去氧核苷酸來區分突變位點處之鹼基。
一般而言，本文中所描述之生物標記基因之存在及/或量可藉由多種方法分析，該等方法包括上文所描述之彼等方法及此項技術中已知且熟習此項技術者理解之許多其他方法，諸如南方分析、北方分析、全基因體定序、聚合酶鏈反應(PCR)(包括定量即時PCR (qRT-PCR)、次世代定序及其他擴增型偵測方法，諸如分支鏈DNA、SISBA、TMA及其類似方法)、RNA-Seq、微陣列分析、奈米串、基因表現圖譜及/或基因表現之系列分析(「SAGE」)，及可藉由蛋白、基因及/或組織陣列檢定進行之廣泛種類檢定中之任一者。用於評估基因及基因產物狀態之典型方案見於例如Ausubel等人編,1995, Current Protocols In Molecular Biology,第2單元(北方墨點法)、第4單元(南方墨點法)、第15單元(免疫墨點法)及第18單元(PCR分析)中。
亦可使用多重免疫檢定，諸如可購自Rules Based Medicine或Meso Scale Discovery (「MSD」)之彼等免疫檢定。
另外，本文中所描述之生物標記蛋白(亦即基因產物)之存在及/或量可藉由多種方法分析，包括免疫組織化學(「IHC」)、西方墨點分析、免疫沈澱、光譜法、分子結合分析、HPLC、酶聯免疫吸附檢定(ELISA)、酶聯免疫過濾檢定(ELIFA)、螢光活化細胞分選(「FAGS」)、MassARRAY、蛋白質體學、基於血液之定量檢定(例如血清ELISA)、生物化學酶活性檢定、原位雜交、螢光原位雜交(FISH)及蛋白定序。在某些個例中，方法包含使來自個體之生物樣本與特異性結合於本文中所描述之蛋白生物標記的抗體在容許結合生物標記之條件下接觸，及偵測抗體與生物標記之間是否形成複合物。此方法可為活體外或活體內方法。在一些個例中，測定在腫瘤細胞(例如來自活體組織切片)中之生物標記(例如KRAS-G13R蛋白或具有活化突變之NRAS蛋白，諸如上文所描述之一者)的蛋白表現量。
此外，應理解，用於偵測基因或基因產物中之突變的以上方法中之任一者亦可用於監測治療或療法(例如，包括RAF抑制劑，例如Raf抑制劑與MEK抑制劑之組合治療)。
本文中所描述之方法可例如藉由利用預封裝診斷套組進行，諸如下文所描述之彼等診斷套組，其包含至少一個探針或引子核酸，該探針或引子核酸可方便地用於例如確定個體是否有可能受益於包括RAF抑制劑，例如Raf抑制劑與MEK或Pl3K抑制劑之組合治療。
在以上所描述之或本文中所提及之所有篩檢方法中，一或多種RAS基因(例如 HRAS、 KRAS或 NRAS)或其蛋白產物中之突變通常可藉由確定獲自個體(=患者)之腫瘤樣本中的核酸序列(例如DNA或RNA序列)或蛋白序列(亦即胺基酸序列)及比較該序列與參考序列(例如野生型序列)來鑑別。在某些個例中，參考含量、參考樣本、參考細胞、參考組織、對照樣本、對照細胞或對照組織係在相較於獲得測試樣本之時間的一或多個不同時間點而獲得的來自同一個體或個人的單一樣本或多個樣本之組合。例如，參考含量、參考樣本、參考細胞、參考組織、對照樣本、對照細胞或對照組織在比獲得測試樣品更早的時間點獲自同一個體或個人。若參考樣本係在癌症初始診斷期間獲得且測試樣本係隨後在癌症變成轉移性之時獲得，則此類參考含量、參考樣本、參考細胞、參考組織、對照樣本、對照細胞或對照組織可能適用。
本發明之其他特徵、目標及優點將自實施方式及圖式及自申請專利範圍顯而易知。
關於圖式中所表示之資料及資訊的其他細節，亦參考實例。
以下實例例示以上所描述之本發明；然而，它們並不意欲以任何方式限制本發明之範圍。本發明之醫藥組合之有利效應亦可藉由熟習相關技術者所已知之其他測試模型來確定。
實例 闡述以下實例以幫助理解本發明，但不意欲且不應理解為以任何方式限制其範圍。
實例 1 ： 分析獲自研究 CLXH254X2102 之資料 ( 參見 https://clinicaltrials.gov/ct2/show/NCT02974725)截至2021年5月，已在研究CLXH254X2102中對94名患有KRAS/BRAF突變體非小細胞肺癌及NRAS突變體黑色素瘤之患者用基於bid時程之那波拉非尼結合基於qd時程之曲美替尼按以下劑量治療：200 mg那波拉非尼與1 mg曲美替尼(39名患者)、400 mg那波拉非尼與1 mg曲美替尼(5名患者)、200 mg那波拉非尼與0.5 mg曲美替尼(7名患者)、400 mg那波拉非尼與0.5 mg曲美替尼(37名患者)及2週投與、2週不投與400 mg那波拉非尼與1 mg曲美替尼(6名患者)。那波拉非尼與曲美替尼之組合的RDE確定為那波拉非尼400 mg bid+曲美替尼0.5 mg qd及那波拉非尼200 mg bid+曲美替尼1 mg qd。
截至2021年9月1日，可獲得在擴增部分中30名患者之NRAS突變黑色素瘤的功效資料；15名經那波拉非尼200 mg bid與曲美替尼1 mg qd治療且15名患者經那波拉非尼400 mg bid與曲美替尼0.5 mg qd治療。總體而言，患者接受至多7次先前療法線，6名(40%)患者在200 mg/1 mg組中接受一次先前療法線，而4名(26.7%)患者在400 mg/0.5 mg組中接受至多一次先前療法線。在200 mg/1 mg及400 mg/0.5 mg組中，經確認ORR分別為46.7%與13.3%且mPFS分別為5.52個月與4.44個月。30名NRAS突變黑色素瘤患者中僅3名不具有經確認Q61或G13R密碼子突變；此等3名患者不存在經確認完全或部分反應。參見表1： 表 1 ：根據RECIST 1.1基於研究人員評定及藉由群組、LXH254(LXH)+曲美替尼(TMT)NRAS黑色素瘤擴增期患者全分析集的最佳總體反應
LXH200mg BID + TMT 1mg QD N=15 n (%) LXH400mg BID + TMT 0.5mg QD N=15 n (%) 所有患者 N=30 n (%)
最佳總體反應         
        完全反應(CR) 0 0 0
        部分反應(PR) 7 ( 46.7) 2 ( 13.3) 9 ( 30.0)
        穩定疾病(SD) 5 ( 33.3) 8 ( 53.3) 13 ( 43.3)
        進行性疾病(PD) 3 ( 20.0) 3 ( 20.0) 6 ( 20.0)
        非CR/非PD (NCRNPD) 0 0 0
        未知(UNK) 0 2 ( 13.3) 2 (  6.7)
總體反應率(ORR：CR+PR) 7 ( 46.7) 2 ( 13.3) 9 ( 30.0)
95% CI ORR ( 21.3, 73.4) (  1.7, 40.5) ( 14.7, 49.4)
疾病控制率(DCR：CR+PR+SD) 12 ( 80.0) 10 ( 66.7) 22 ( 73.3)
95% CI ORR ( 51.9, 95.7) ( 38.4, 88.2) ( 54.1, 87.7)
N：治療組中之個體的總數目(百分比(%)計算之分母) n：處於對應類別之患者的數目。 Bid=一天兩次 Qd=每日一次 ORR=客觀反應率 DCR=疾病控制率 DOR=反應持續時間 mDOR=中值反應持續時間 mPFS=平均無進展存活期 CR=完全緩解 PR=部分緩解 SD=穩定疾病 mOS=平均總存活期 OSR=總存活率 各變數之頻率分佈的95% CI係使用克洛珀-皮爾森法(Clopper-Pearson)計算。
截至2021年11月24日，亦可獲得49名患有KRAS突變NSCLC之患者的功效資料；27名經那波拉非尼200 mg bid與曲美替尼1 mg qd治療且22名患者經那波拉非尼400 mg bid與曲美替尼0.5 mg qd治療。那波拉非尼與曲美替尼組合亦在攜帶密碼子Q61或G13R突變之KRAS突變NSCLC患者中展示更大功效；4名患有攜帶密碼子Q61或G13R突變之腫瘤的NSCLC患者中之3名對那波拉非尼與曲美替尼組合有反應(CR或PR)，而45名患有攜帶KRAS突變而非密碼子Q61或G13R突變之腫瘤的NSCLC患者中則有1名。
此未公開之資料加之以上先前技術部分中所描述之臨床前證據及用另一Raf抑制劑貝伐拉非尼(參見以下實例X)之臨床資料、使得密碼子Q61/G13R泛RAS突變代表對那波拉非尼與曲美替尼組合之反應的預測性生物標記似乎合理。一個假設為在NRAS突變體黑色素瘤中所見之那波拉非尼與曲美替尼組合之活性可歸因於密碼子Q61突變之天然富集而非NRAS突變本身之存在。使用次世代定序(NGS)鑑別突變之存在。
實例 2 ： 對 RAS 之 G13R 突變相對於密碼子 Q61 突變之效應的相似性在諾華進行之分子動態模擬分析中，發現G13R與Q61重疊且動態表現類似且可能採用與Q61類似之構形/休止(RAF-1功能正常)。
使用Amber20封裝進行分子動態模擬(Case等人,AMBER 2020, University of California,San Francisco,2020)。GMPPNP結合之KRAS-G13D (PDB碼6XGV)之x射線晶體結構用於G13R模擬。GMPPNP結合之KRAS-Q61R (PDB碼6XGU)之x射線晶體結構用於Q61R模擬。CCG MOE分子編輯器用於製備起始座標，且在G13R之情況下，突變D13至R13(Inc., C.C.G.「Molecular Operating Environment (MOE)」, 101 Sherbooke St. West, Suite #910, Montreal, QC, Canada, H3A 2R7, 2015)。所有模擬均具有GTP核苷酸及配價Mg2+離子結合。將該系統嵌入含有電荷中和Na+離子之具有12 Å緩衝液的水箱中。蛋白用Amber力場ff19SB (Tian, C.等人, J. Chem. Theory Comput. 2020, 16, 528-552)模型化，水用TIP3P模型化(Jorgensen等人, J. Chem. Phys 1983, 79, 926-935)且離子用JC參數模型化(Joung等人, J. Phys. Chem.  B 2008, 112, 9020-9041)。在起始1 µs NPT生產運作之前，各系統在NPT總體中首次平衡於100 ns。一式四份進行模擬，相當於每KRAS突變體4 µs生產時間。
用CPPTRAJ進行分子動態軌跡之分析(Roe等人, J. Chem. Theory Comput 2013, 9, 3084-3095)。計算每生產運作之每殘基均方根波動(RMSF)，且最終結果視為跨越每個突變體之四輪運作的平均值。
在對RMSF資料之分析時，發現G13R及Q61R在模擬期間展示類似動態，二者具有行動「開關-I」迴路及更受限制之「開關-II」區域。由此可得出結論，G13R及Q61R突變體動態重疊且可能採用類似構形。
圖1展示對應結果且證實KRAS G13R蛋白動態重疊KRAS Q61R但不重疊G13D。
實例 3 ： 藉由那波拉非尼及曲美替尼之組合治療攜帶密碼子 Q61 或 G13R 突變之實體腫瘤的研究可進行以下臨床試驗：開放標記、非隨機II期研究以評估那波拉非尼與曲美替尼組合在以下個體中之功效及安全性：患有攜帶密碼子Q61或G13R NRAS突變之不可切除性或轉移性黑色素瘤的個體，該等個體已接受有或無抗CTLA-4或抗LAG-3之先前抗PD(L)-1治療，及患有攜帶RAS密碼子Q61或G13R突變之晚期實體腫瘤的個體，該等個體在可用照護標準下已進展或對其無標準治療選擇可用。ORR作為主要指標可基於盲態獨立評審委員會(BIRC)使用實體腫瘤反應評估標準(RECIST)版本1.1。PFS、OS以及DoR為次要指標。患有NRAS突變體黑色素瘤之患者可經由單一中心診斷測試選擇而入選臨床研究。此研究性臨床試驗檢定意欲為註冊成伴隨診斷之測試。
個體可如下分配： •  第1群組：患有密碼子Q61或G13R NRAS突變體不可切除性或轉移性黑色素瘤之成人(≥18歲)個體，其在用鈀-(L)-1抑制劑單獨或與CTLA4或LAG 3抑制劑組合治療時進展。 •  第2群組：患有密碼子Q61或G13R RAS突變體晚期轉移性實體腫瘤之成人(≥18歲)個體，其在可用照護標準時已發展或無可用標準治療選擇，如局部/區域性標準實踐及治療醫師判斷所確定。
個體可每日兩次經口接受那波拉非尼200 mg且每日一次經口接受曲美替尼1 mg，直至達到根據RECIST 1.1之進行性疾病，不可接受之毒性或死亡，失訪或撤回同意書。
此研究設計旨在進一步評估在Ib期研究CLXH254X2102 (參見實例1)中已在患有不良預後及高度未滿足之醫學需要之特徵在於所提及突變的群體中顯示令人鼓舞活性及可接受毒性的那波拉非尼(naporafenib)與曲美替尼之新穎組合。
臨床研究及內部未公開資料表明當單獨向患有NRAS突變黑色素瘤之患者時曲美替尼與那波拉非尼之活性有限(Falchook等人,2012;Lancet Oncol.13(8): 782-9)。單一藥劑MEK抑制劑，諸如來自NEMO研究之比美替尼(Dummer等人,2017; Lancet Oncol. 19, 1315-27)在NRAS突變體黑色素瘤中亦展現有限抗腫瘤活性。
然而，鑒於本文中之資料及資訊，那波拉非尼與曲美替尼之組合顯示治療實體腫瘤(且亦(尤其不可切除性)黑色素瘤)之潛能。
NRAS中之突變經由多種路徑包括RAS-RAF-MAPK路徑活化胞內傳訊。亦已知此等突變使MAP激酶路徑活化至與BRAF V600突變相同之程度。鑒於RAF及MEK垂直整合於同一路徑中，此等兩個節點之組合抑制可提供更有效抑制，如由臨床前及臨床資料所支撐。此研究評估那波拉非尼(RAF抑制劑)與曲美替尼(MEK抑制劑)組合在以下個體中之功效：患有密碼子Q61或G13R NRAS突變體不可切除性或轉移性黑色素瘤之個體，該等個體在用PD-(L)-1抑制劑單獨及/或與CTLA-4或LAG 3抑制劑組合治療時進展，及尤其患有密碼子Q61或G13R RAS突變體晚期轉移性實體腫瘤之個體，該等個體在可用照護標準下進展或無標準治療選擇可用。
主要個體群體特性為： 關鍵入選標準 第 1 群組：•  使用AJCC第8版在組織學上確認之不可切除性IIIB/C/D期或轉移性/IV期黑色素瘤 •  先前經過不可切除性或轉移性黑色素瘤治療。個體必須已接受使用在具有或不具有抗CTLA-4或抗LAG之情況下的抗PD-(L)-1藥劑(不超過第2線之基於抗PD(L)-1的方案)針對不可切除性或轉移性黑色素瘤的先前全身性療法。 •  在實驗室中確認之腫瘤組織中的密碼子Q61或G13R NRAS突變，即使在本端測試結果可獲得時。所有個體必須提供來自轉移性環境之新鮮或歸檔腫瘤樣本用於NRAS突變測試。
第 2 群組：•  在組織學上確認之晚期疾病之實體腫瘤(AJCC第8版)且無可用的標準治療選擇，如藉由局部/區域性照護標準及治療醫師判斷所確定。 •  在諾華指定實驗室確認腫瘤組織中之密碼子Q61或G13R RAS (包括HRAS、KRAS及NRAS)突變，即使在本端測試結果可獲得時。所有個體必須提供來自轉移性環境之新鮮腫瘤或歸檔樣本用於NRAS突變測試。
所有群組：•  在知情同意時年齡(男性或女性)18歲或以上 •  ECOG效能狀態0、1或2 •  在隨機化之前，先前療法之最後一次劑量必須已接受超過四週 •  必須具有至少一種根據RECIST v1.1之可量測病變。
關鍵排除標準 第 1 群組：•  患有葡萄膜或黏膜黑色素瘤之個體 •  使用任何研究用藥劑，或使用除抗PD-(L)-1單藥療法或抗PD-(L)-1與抗CTLA-4或抗LAG-3組合針對不可切除性或轉移性黑色素瘤的先前全身性療法
第 2 群組：•  攜帶NRAS黑色素瘤突變之個體 •  先前在入選之前4週內用化學療法、免疫療法、生物療法或化學輻射治療且具有緩發毒性。在入選之前4週內或5個半衰期(以較長者為準)內使用研究用產品之先前治療
所有個體：•  BRAF抑制劑及/或MEK抑制劑之先前全身性療法 •  先前實體器官移植或幹細胞移植 •  在開始研究治療之前不超過4週內曾接受放射治療(注意：允許用於骨骼病灶之緩解性放射治療)或在開始研究治療之前不超過2週內活性CTCAE級別不低於2級放射治療相關毒性 •  在入選之前14天曾做過大手術。任何手術相關AE必須在入選之前已消退 •  原發性CNS腫瘤或在篩檢時存在臨床上活性或不穩定腦癌轉移；或症狀性或未治療的軟腦膜或脊髓壓迫症。注意：患有已確實藉由立體定向放射治療、手術或γ刀療法確定治療之先前不穩定腦病變的個體符合條件。 •  未治療(包括篩檢期間新近發現之腦病變)或接受顱內放射的患有腦病變之個體必須記錄穩定疾病，如相隔2週不少於兩次連續評估所評估，且在隨機化/入選之前持續至少不少於4週不需要高劑量類固醇。 •  包括血液科惡性疾病之另一惡性疾病病史 •  注意：若患有另一惡性腫瘤之個體符合以下要求，則其符合條件： •  3年無疾病或 •  具有完全切除之非黑色素瘤皮膚癌的病史，及/或 •  任何類型之經完全切除之原位癌 •  可改變吸收之臨床上顯著GI異常，諸如吸收障礙症候群或胃或靜脈之主要切除 •  視網膜靜脈栓塞(RVO)或中樞漿液性視網膜病變之病史或當前證據/風險 •  在計劃研究治療第一次給藥日期之前7天全身性慢性類固醇療法(每天≥10 mg普賴松(prednisone)或等效物)或任何免疫抑制療法。允許外用、吸入、鼻及眼用類固醇。 •  當前使用禁止藥物或在研究期間有禁用藥物之要求 •  心臟病或心臟再極化異常，包括以下中之任一者： •  需要治療之充血性心臟衰竭(紐約心臟協會級別≥2)，如藉由多次閘控採集(MUGA)掃描或心動迴聲圖(ECHO)所測定之LVEF＜50%，或由即使醫學治療之情況下休息時(3個連續讀數之平均值)血壓≥140 (收縮)/90 (舒張)mmHg定義之不受控高血壓。 •  在開始研究治療之前6個月內有心肌梗塞、心絞痛、冠狀動脈繞道移植病史 •  臨床上顯著之心律不整(例如心室性心搏過速)、完整左束支傳導阻滯、進階別AV阻滯(例如，雙束支阻滯、Mobitz II型及第三程度AV阻滯)之歷史或存在 •  長QT症候群、特發性猝死或先天性長QT症候群之家族病史，或以下中之任一者： •  包括未校正之低鉀血症或低鎂血症之多型性心室心搏過速(Torsades de Pointe)的風險因素、心臟衰竭病史或臨床上顯著/症狀性心動過緩病史 •  對多型性心室心搏過速具有已知風險之伴隨藥物，其在治療開始之前7天內無法停止或替代為安全替代藥物 •  不能確定QTcF時間間隔 •  異常ECG，如藉由一式三份ECG之平均值確定且在篩檢時藉由中央實驗室評估： •  靜息心跳速率＜60或＞90 bpm •  篩檢時之QTcF≥450毫秒(男性)或≥460毫秒(女性)(使用弗里德里恰氏校正(Fridericia's correction))。
研究治療 此研究對那波拉非尼作為Raf抑制劑與曲美替尼作為MEK抑制劑之組合在患有不可切除性或轉移性密碼子Q61或G13R NRAS突變體黑色素瘤之患者中及患有密碼子Q61或G13R RAS突變晚期轉移性實體腫瘤之個體中評估。不同RAS變異體呈現與下游效應分子之不同互動作用模式。
那波拉非尼及曲美替尼之相當大的組合活性見於NRAS黑色素瘤細胞株中。那波拉非尼與曲美替尼之組合在所有測試線中為協同的，其中在MM127 (NRASG13R)、SK-MEL-2 (NRASQ61R)及MEL-JUSO (NRASQ61L)中觀測到最強綜效。在減少MEK1/2、ERK1/2及RSK3之磷酸化方面，那波拉非尼與曲美替尼之組合優於二者藥劑單獨使用。另外，低劑量曲美替尼與那波拉非尼之組合等效於或優於10倍高之單一藥劑劑量的那波拉非尼。在小鼠異種移植(PTX)模型中，那波拉非尼與MEK抑制劑(曲美替尼)之組合實現比各單獨藥物更好的腫瘤生長控制。
圖2表示那波拉非尼與曲美替尼在小鼠中之十名患者衍生之NRASmut黑色素瘤腫瘤異種移植模型中之抗腫瘤活性的結果。
臨床資料進一步支撐臨床前發現。曲美替尼在RASA驅動腫瘤中展示有限單一藥劑活性(亦即II期隨機分組試驗未能相對於照護標準多西他賽(docetaxel)在第二線KRAS G12、G13C及G13D突變體NSCLC中展現優越性-Blumenschein等人,2015, Ann. Oncol. 26(5), 894-901)。1期首次人類(FIH)劑量遞增研究對曲美替尼單一藥劑在患有晚期黑色素瘤之97名患者中評估，其中7名攜帶NRAS突變。在此等7名患者中，曲美替尼單藥療法(連續劑量2 mg、2.5 mg、3 mg；2週運作劑量增加為1/2 mg、0.5/2.5 mg及0.5/2.5 mg；3週停藥1週2 mg)展示有限活性，無反應且2名患者為穩定疾病(SD)(Falchook等人,2012; Lancet Oncol. 13(8), 789-9)。類似地，那波拉非尼單一藥劑在患有攜帶MAPK更改之實體腫瘤的患者中的1期FIH研究CLXH254X2101入選10名患有NRAS突變黑色素瘤之患者且在不同劑量(劑量400-1200 qd及200-800 bid)中未顯示反應且有4個SD (資料截至2021年5月31日)。此等研究表明當曲美替尼及那波拉非尼均單獨投與時活性有限，此與臨床前研究結果一致。
相比之下，在CLXH254X2102中在患有NRAS突變晚期或轉移性黑色素瘤之患者中探究了200 mg那波拉非尼與1 mg曲美替尼之組合。十六名患者經那波拉非尼200 mg與曲美替尼1 mg之組合治療。此組合產生43.8%之確認總反應率(ORR)、3.76個月之中值反應持續時間(DOR)、5.5個月之mPFS、8.8個月之mOS及48.9%之12個月OS比率(參見實例1中之表1)。
以上資料為那波拉非尼與曲美替尼之組合在患有NRAS突變體黑色素瘤之患者中相對於單獨各藥劑提供了支撐。
基於此資料基實例1中之資料，適用於本發明之方法中之尤其較佳給藥方案為那波拉非尼200 mg bid+曲美替尼1 mg qd。
指標及估計 藉由盲態獨立評審委員會(BIRC)根據RECIST 1.1 (實體腫瘤反應評估標準，版本1.1)評估之ORR為主要指標，以避免可能的研究人員偏差。
ORR選擇為主要指標是因為其為可在單臂試驗中評估之藥物抗腫瘤活性的直接量度(FDA行業指南(FDA Guidance for Industry),2018;用於批准癌症藥物及生物製劑之臨床試驗指標(Clinical Trial Endpoints for the Approval of Cancer Drugs and Biologics)(聯邦政府)。來源URL：https://www.fda.gov/media/71195/download)。
PFS、OS及反應持續時間(DOR)為次要指標。PFS定義為自隨機化之時直至藉由BIRC根據RECIST 1.1記錄之疾病進展或因任何原因所致死亡中最早時間。OS定義為隨機化直至因任何原因所致死亡的時間。
DOR亦為試驗結果評定中之重要因素，且對於具有藉由BIRC確認之整體反應的個體子集定義為自藉由BIRC確認之總體反應的第一放射證據之時直至藉由BIRC根據RECIST 1.1之記錄疾病進展或因任何原因所致死亡中之最早時間。
本發明提供治療實體腫瘤之方法，其中向以下個體投與那波拉非尼與曲美替尼之醫藥組合：患有不可切除性或轉移性Q61/G13R NRAS突變體黑色素瘤之個體，該等個體在抗PD-(L)-1 (單獨或與抗CTLA-4或抗LAG-3組合)下進展，或患有RAS Q61/G13突變體晚期轉移性實體腫瘤之個體，該等個體在可用照護標準時已進展或對於其無標準治療選擇可用。因此，藉由本發明之方法及本發明之醫藥組合治療的患者包括患有不可切除性或轉移性Q61/G13R NRAS突變體黑色素瘤之患者，該等患者在抗PD-(L)-1 (單獨或與抗CTLA-4或抗LAG-3組合)時已進展，或患有RAS Q61/G13突變體晚期轉移性實體腫瘤之患者，該等患者在可用照護標準時已進展或對於其無標準治療選擇可用。
此類患者之先前療法包括以下。
一般而言，不論在使用以下之抗PD-(L)-1進展之後NRAS突變如何，此等患者被視為轉移性黑色素瘤以2L/3L形式治療：伊匹單抗(ORR 13% Da Silva 2021; Lancet Oncol. 22(6), 836-847)、IL-2 (ORR 16%，Atkins等人,1999; J. Clin. Oncol. 17(7), 2105-16)、紫杉醇/卡鉑(ORR 26%, Rao等人2006; Cancer 106(2), 375-82)、達卡巴嗪(ORR 7-20% Dummer等人,2017, 上述引文；Serrone等人,2000; J. Exp. Clin. Cancer Res. 19(1), 21-34)及替莫唑胺(temazolamide) (ORR 13.5%, Rao等人,2006;上述引文)。用於其他實體腫瘤類型之審批通過替代治療對於RAS同功型而言不具有特異性，但除KRAS G12C抑制劑(索托拉西布(sotorasib))之外，其對NSCLC而言，ORR為36%且中值DoR為10個月。
參考文獻併入本文所提及之所有臨床試驗、公開案、專利及登錄號均以全文引用的方式特此併入本文中，如同各個別公開案或專利經特定及個別地指示以引用之方式併入一樣。
同等物儘管本發明之特定實施例已加以論述，但以上說明書為說明性而非限制性的。在檢閱本說明書及以下申請專利範圍後，本發明之多種變化將對於熟習此項技術者變得顯而易見。本發明之完整範圍以及其等效物之完整範圍，及說明書，以及此類變化形式，應參照申請專利範圍確定。因官方或法院異議引起的此段落之刪除不意謂削弱保護範圍包括等效性保護。
圖1為KRAS G13R蛋白與KRAS Q61R但非G13D動態重疊之圖形表示。 圖2為展示關於突變黑色素瘤及實體腫瘤患者之研究的研究設計概述之圖表。 圖3展示那波拉非尼及曲美替尼在十名患者衍生之小鼠NRASmut黑色素瘤腫瘤異種移植模型中之抗腫瘤活性。

Claims (15)

  1. 一種能夠鑑別RAS密碼子Q61及/或(尤其)G13R突變以用於(或尤其是用於)診斷實體腫瘤之藥劑或探針，以確定用Raf抑制劑與MEK抑制劑之組合治療的適合性，該實體腫瘤尤其是指黑色素瘤以外之實體腫瘤，又更佳為除黑色素瘤以外或除橫紋肌肉瘤(rhabdomyosarcoma)以外之實體腫瘤，該診斷包含施用該藥劑以檢定該實體腫瘤之樣本是否攜帶RAS密碼子Q61或RAS G13R突變作為針對該適合性之生物標記。
  2. 一種鑑別罹患實體腫瘤之患者的方法，該實體腫瘤尤其係指除黑色素瘤以外之實體腫瘤，又更佳除黑色素瘤以外或除橫紋肌肉瘤以外之實體腫瘤，該方法係用於確定用Raf抑制劑與MEK抑制劑之組合治療的適合性，該方法包含： (a)用如前項請求項之藥劑檢定獲自該患者腫瘤樣本中RAS密碼子Q61或RAS G13R突變之存在；及 (b)挑選出在(a)下針對該RAS密碼子Q61或RAS G13R突變之存在而腫瘤樣本經檢定呈陽性的患者為該組合治療之候選者。
  3. 一種針對罹患實體腫瘤患者選擇治療之方法，該方法包括篩檢該病患腫瘤樣品中針對RAS密碼子Q61或RAS G13R突變，其中該腫瘤樣本中存在該(等)突變時，則鑑別出該患者可能有望受益於包括Raf抑制劑與MEK抑制劑之治療的患者。
  4. 一種治療罹患實體腫瘤之患者的方法，該方法包含 (a)檢查該罹患腫瘤患者腫瘤樣本中是否攜帶RAS密碼子Q61或RAS G13R突變，及 (b)當該腫瘤樣本經判定攜帶該突變時，則投與呈組合治療之治療有效量之Raf抑制劑與MEK抑制劑。
  5. 一種治療罹患實體腫瘤(尤其除黑色素瘤以外)及需要此類治療之患者的方法，該方法包含當該實體腫瘤經鑑別為攜帶RAS密碼子Q61或RAS G13R突變時，則投與該患者分別為有效量之RAF抑制劑與MEK抑制劑的組合。
  6. 一種套組，其包含用於鑑別RAS密碼子Q61或RAS G13R突變的藥劑及用於如前述請求項中任一項之方法的試劑。
  7. 一種治療患者中實體腫瘤之供組合使用的Raf抑制劑及MEK抑制劑，該實體腫瘤尤其係指除黑色素瘤及/或橫紋肌肉瘤以外之攜帶NRAS Q61突變的實體腫瘤，其中該患者腫瘤經測試呈陽性且經鑑別攜帶RAS密碼子Q61或RAS G13R突變。
  8. 如請求項7之供組合使用之Raf抑制劑與MEK抑制劑，其中該Raf抑制劑係選自由以下組成之群：康奈非尼(encorafenib)；索拉非尼(sorafenib)、維羅非尼(vemurafenib)、達拉非尼(dabrafenib)、GDC-0879、PLX-4720、PLX8394、貝伐拉非尼(belvarafenib)、CCT3833/BAL3833、LY3009120、LSN3074753、利拉非尼(lifirafenib)、BGB659、RO5126766、AZ-628、MLN2480、BeiGene-283、RXDX-105、BAL3833、INU152、瑞伐非尼(regorafenib)、妥拉非尼(tovorafenib)、Day101、TAK580、MLN 2480、TAK632及尤其那波拉非尼(naporafenib)(LXH254；II型)；或對應地其醫藥學上可接受之鹽、水合物或溶劑合物。
  9. 如請求項7或8中任一項之供組合使用之Raf抑制劑與MEK抑制劑，其中該Raf抑制劑為那波拉非尼或其醫藥學上可接受之鹽、水合物或溶劑合物。
  10. 如請求項7至9中任一項之供組合使用之Raf抑制劑與MEK抑制劑，其中該MEK抑制劑係選自由以下組成之群：比美替尼(binimetinib)、曲美替尼(trametinib)、司美替尼(selumetinib)、考比替尼(cobimetinib)、CI-1040、U0126-EtOH、PD198306、PD98059、BIX 02189、TAK-733、和厚樸酚(Honoliol)、AZD8330、PD318088、BIX 02188、匹馬司替(pimasertib)、美達米替尼(mirdametinib)、瑞法替尼(refametinib)、BI-847325、GDC0623、G-573、曲美替格魯(trametiglue)、RO5126766及匹米司替(pimisertib)，或其醫藥學上可接受之鹽、水合物或溶劑合物。
  11. 如請求項7至10中任一項之供組合使用之Raf抑制劑與MEK抑制劑，其中該MEK抑制劑為曲美替尼或其醫藥學上可接受之鹽、水合物或溶劑合物。
  12. 如請求項7至11中任一項之供組合使用之Raf抑制劑與MEK抑制劑，其中該實體腫瘤經測試呈攜帶G13R突變陽性。
  13. 一種Raf抑制劑與MEK抑制劑在治療患者中實體腫瘤之組合用途，該Raf抑制劑與該MEK抑制劑尤其如在本文中更詳細地定義，尤其那波拉非尼及曲美替尼或對應地其醫藥學上可接受之鹽、水合物或溶劑合物，其中該腫瘤經測試呈攜帶RAS密碼子Q61或RAS G13R突變陽性。
  14. 一種Raf抑制劑與MEK抑制劑在製備用於組合治療患者實體腫瘤的(尤其組合)藥劑之用途，該Raf抑制劑與該MEK抑制劑尤其對應地如請求項8及10所定義，尤其那波拉非尼及曲美替尼或對應地其醫藥學上可接受之鹽、水合物或溶劑合物，該藥劑例如為包含此二者活性成分之用於組合用途之套組或固定組合調配物，其中該實體腫瘤經確定為攜帶RAS密碼子Q61或RAS G13R突變。
  15. 一種呈單獨調配物或套組或固定調配物形式之組合物，該組合物包含Raf抑制劑與MEK抑制劑，尤其對應地如請求項10及請求項12中更詳細地定義，尤其那波拉非尼及曲美替尼或對應地其醫藥學上可接受之鹽、水合物或溶劑合物，及醫藥學上可接受之載劑，該組合物用於治療選自以下之實體腫瘤：經鑑別為攜帶RAS密碼子G13R突變之橫紋肌肉瘤的實體腫瘤，或經鑑別為攜帶RAS密碼子Q61或RAS G13R突變之另一實體腫瘤，尤其除黑色素瘤以外的實體腫瘤；或一種相應之治療方法，該方法包含向需要此類治療之罹患該橫紋肌肉瘤或其他實體腫瘤之患者投與組合治療有效量所述之該Raf抑制劑與MEK抑制劑。
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