TW202333757A - 用於長新冠的益生菌組合物 - Google Patents

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Abstract

本發明提供了用於治療長新冠症狀或降低發展這些症狀的風險的組合物和方法。

Description

用於長新冠的益生菌組合物
本發明涉及用於長新冠的益生菌組合物。 相關申請
本申請要求2021年10月27日提交的美國臨時專利申請第63/272,608號的優先權，將所述美國臨時專利申請的內容在此出於所有目的通過引用以其整體併入。
近年來，病毒感染和細菌感染在全世界變得越來越普遍，並呈現嚴重的公共健康威脅。例如，由嚴重急性呼吸綜合症冠狀病毒2(SARS-CoV-2)引起的呼吸疾病，2019冠狀病毒病(COVID-19)全球大流行，已經影響全世界超過43500萬人(包括近600萬人死亡)，並且由於缺乏官方批准的治療以及缺乏經徹底測試證明安全且有效的疫苗而加劇。目前正在積極地研究和開發幾種有希望的治療劑，用於COVID-19治療的預防用途或治療用途，以預防或改善其對患病患者的損害作用，同時實驗疫苗廣泛地分發給一般人群。
因此，迫切需要一種新的有意義的方法以通過預防或治療從疾病中康復的患者(包括成人和兒童)中的長新冠或新冠肺炎長期綜合後遺症(PACS)的症狀來補充治療和疫苗接種工作，從而實現減輕或消除長期持續的臨床症狀及其相關影響。本研究的目的是鑒定有潛力可提供預防或治療PACS的有益效果的腸道微生物物種，以及鑒定可在處於活躍期的COVID患者中被監測以指示個體將來發展PACS症狀的可能性，並可相應地以預防方式給予治療的腸道微生物物種。直接補充這些有益的腸道微生物物種是在減少或消除諸如COVID-19的感染性疾病的長期不良影響的工作中實現這些目標的潛在有效的手段。本發明通過鑒定有益的腸道微生物以允許配製新的組合物和應用新的方法來有效解決在COVID康復者中長期持續的臨床症狀，以及通過鑒定可用作指示具有增加的發展PACS的風險的COVID患者的標誌物的腸道微生物以允許預防性治療這些患者來防止長新冠症狀的發作來滿足這種和其它相關的需要。
本申請的發明人在他們的研究中發現某些腸道微生物物種及其代謝產物可以幫助預防和治療已經被診斷為COVID-19的患者，包括已經從疾病中康復的那些患者(例如，已經具有至少一份SARS-COV2(引起感染的病毒)陰性試驗報告)中長新冠或新冠肺炎長期綜合後遺症(PACS)的症狀，從而在促進患者從疾病中完全康復和消除由這種致病菌引起的潛在遺留不良影響方面提供了重要的效用。這樣鑒定的微生物現在用於提供作為COVID-19治療和長期管理的組成部分的新方法和組合物。
在第一方面，本發明提供了可用於治療受試者中的PACS的用途的組合物，其包含有效量的(1)選自表1以及長雙歧桿菌( Bifidobacterium longum)、韋氏布勞特氏菌( Blautia wexlerae)和假小鏈雙歧桿菌( Bifidobacterium pseudocatenulatum)的一種或多種有益細菌物種；以及(2)生理學上可接受的賦形劑。在一些實施方案中，所述組合物還包含選自表3的一種或多種有益細菌物種。在一些實施方案中，所述組合物包含總共約10 6至約10 12個菌落形成單位(CFU)的有益細菌物種。在一些實施方案中，所述組合物不包含可檢測量的表4中的任何細菌物種，包括韋格斯卡多維亞菌( Scardovia wiggsiae)和解木聚糖擬桿菌( Bacteroides xylanisolvens)。在一些實施方案中，所述組合物包含有效量的以下一種或多種不同的有益細菌物種：長雙歧桿菌、韋氏布勞特氏菌、假小鏈雙歧桿菌、普氏棲糞桿菌( Faecalibacterium prausnitzii)和 Fusicatenibacter saccharivorans。在一些實施方案中，所述組合物包含有效量的以下一種或多種不同的產丁酸鹽細菌物種：食葡糖羅斯拜瑞氏菌( Roseburia inulinivorans)、普氏棲糞桿菌和人羅斯拜瑞氏菌( Roseburia hominis)。在一些實施方案中，所述組合物基本上由有效量的(1)選自表1以及長雙歧桿菌、韋氏布勞特氏菌和假小鏈雙歧桿菌的一種或多種有益細菌物種；(2)一種或多種生理學上可接受的賦形劑組成。在一些實施方案中，所述組合物被配製用於口服攝取，如呈食品或飲料物品的形式。在一些實施方案中，所述組合物被配製用於直接遞送到受試者的胃腸道。任選地，所述組合物還可以包含已知增強免疫力，例如，有效抑制感染因子，如SARS-CoV-2，以及降低疾病嚴重程度的一種或多種試劑(例如，伊維菌素、羥氯喹、鋅、維生素C、維生素D、槲皮素、褪黑激素、氟伏沙明或氟西汀、普克魯胺(proxalutamide)、阿奇黴素、多西環素或其任意組合)。
在第二方面，本發明提供了通過向受試者施用有效量的上文和本文所述的組合物用於治療或預防所述受試者中的PACS的方法。在一些實施方案中，所述受試者已經出現了PACS。在一些實施方案中，所述受試者已被診斷為COVID但尚未出現PACS。在一些實施方案中，施用步驟包括向受試者施用包含一種或多種有益細菌物種的一種組合物。在一些實施方案中，施用步驟包括向受試者施用兩種或更多種組合物，其各自包含一種或多種有益細菌物種。在一些實施方案中，施用步驟包括口服攝取組合物，其可以在食物攝取之前或與食物攝取一起，或在食物攝取後不久(例如，進餐或小吃)。在一些實施方案中，施用步驟包括直接遞送到受試者的胃腸道。例如，使用被稱為腸道微生物移植(FMT)的技術，其中由含有所需量的有益細菌物種的經處理的合適供體糞便材料製成的組合物可用於將細菌引入COVID或PACS患者的胃腸道。任選地，所述方法還包括以含有有益細菌的相同組合物施用至受試者，所述組合物還可以包括已知增強免疫力，例如，有效抑制感染因子，如SARS-CoV-2，以及降低疾病嚴重程度的一種或多種試劑(例如，伊維菌素、羥氯喹、鋅、維生素C、維生素D、槲皮素、褪黑激素、氟伏沙明或氟西汀、普克魯胺、阿奇黴素、多西環素或其任意組合)。
在相關方面，本發明提供了組合物在治療或預防受試者中的PACS的新用途。所述組合物包含有效量的(1)選自表1以及長雙歧桿菌、韋氏布勞特氏菌和假小鏈雙歧桿菌的一種或多種有益細菌物種；以及(2)生理學上可接受的賦形劑。在一些實施方案中，所述組合物還包含選自表3的一種或多種有益細菌物種。在一些實施方案中，所述組合物包含總共約10 6至約10 12個菌落形成單位(CFU)的有益細菌物種。在一些實施方案中，所述組合物不包含可檢測量的表4中的任何細菌物種，包括韋格斯卡多維亞菌和解木聚糖擬桿菌。在一些實施方案中，所述組合物包含有效量的以下一種或多種不同的有益細菌物種：長雙歧桿菌、韋氏布勞特氏菌、假小鏈雙歧桿菌、普氏棲糞桿菌和 Fusicatenibacter saccharivorans。在一些實施方案中，所述組合物包含有效量的以下一種或多種不同的產丁酸鹽細菌物種：食葡糖羅斯拜瑞氏菌、普氏棲糞桿菌和人羅斯拜瑞氏菌。在一些實施方案中，所述組合物基本上由有效量的(1)選自表1以及長雙歧桿菌、韋氏布勞特氏菌和假小鏈雙歧桿菌的一種或多種有益細菌物種；(2)一種或多種生理學上可接受的賦形劑組成。在一些實施方案中，所述組合物被配製用於口服攝取，如呈食品或飲料物品的形式。在一些實施方案中，所述組合物被配製用於直接沉積到受試者的胃腸道。任選地，所述組合物還可以包含已知增強免疫力，例如，有效抑制感染因子，如SARS-CoV-2，以及降低疾病嚴重程度的一種或多種試劑(例如，伊維菌素、羥氯喹、鋅、維生素C、維生素D、槲皮素、褪黑激素、氟伏沙明或氟西汀、普克魯胺、阿奇黴素、多西環素或其任意組合)。
在第三方面，本發明提供了用於治療或預防受試者中的PACS的試劑盒。所述試劑盒包括多個容器，其各自含有包含有效量的選自表1以及長雙歧桿菌、韋氏布勞特氏菌和假小鏈雙歧桿菌的一種或多種有益細菌物種的不同組合物。在一些實施方案中，所述試劑盒包括多個容器，其各自含有包含有效量的一種或多種不同的有益細菌物種的不同組合物，所述有益細菌物種選自：長雙歧桿菌、韋氏布勞特氏菌、假小鏈雙歧桿菌、普氏棲糞桿菌和 Fusicatenibacter saccharivorans。在一些實施方案中，所述試劑盒包括多個容器，其各自含有包含有效量的以下一種或多種不同的產丁酸鹽細菌物種的不同組合物：食葡糖羅斯拜瑞氏菌、普氏棲糞桿菌和人羅斯拜瑞氏菌。在一些實施方案中，所述組合物呈粉劑、液體、糊劑、霜劑、片劑或膠囊的形式。所述試劑盒還可以包括一個或多個另外的容器，其各自含有已知有效抑制感染因子如SARS-CoV-2和/或降低疾病嚴重程度或促進患者從COVID-19康復的一種或多種試劑(例如，伊維菌素、維生素C、維生素D、槲皮素、褪黑激素、鋅、阿奇黴素、多西環素、羥氯喹、氟伏沙明或氟西汀、普克魯胺或其任何組合)。此外，試劑盒中可包括用戶說明手冊，以正確使用試劑盒，提供諸如合適治療受試者和時間、給藥等資訊。
在第四方面，本發明提供了用於評估受試者中PACS風險的方法。所述方法包括以下這些步驟：(1)在來自所述受試者的糞便樣品中測定表2中列出的一種或多種細菌物種的水準或相對豐度；(2)在來自包含最終會或不會發展PACS的COVID-19患者的參考群組初始診斷COVID-19時(如COVID-19首次陽性檢測報告時或入院時)獲得的糞便樣品中測定相同細菌物種的水準或相對豐度；(3)使用從步驟(2)獲得的數據通過隨機森林模型生成決策樹，並將來自步驟(1)的一種或多種細菌物種的水準或相對豐度沿著所述決策樹運行以生成評分；以及(4)將評分大於0.5的受試者確定為具有增加的PACS風險，並且將評分不大於0.5的受試者確定為不具有增加的PACS風險。在一些實施方案中，步驟(1)和(2)中的每一個都包括宏基因組測序。在一些實施方案中，步驟(1)和(2)中的每一個都包括聚合酶鏈式反應(PCR)，例如定量PCR(qPCR)。在一些實施方案中，細菌物種包括以下的一種或多種：長雙歧桿菌、韋氏布勞特氏菌、假小鏈雙歧桿菌、普氏棲糞桿菌和 Fusicatenibacter saccharivorans。
I. 引言
本發明描述了用於預防或治療受試者中的PACS症狀的特定細菌物種及其組合(例如，表1和表3中列出的有益細菌物種加上長雙歧桿菌、韋氏布勞特氏菌和假小鏈雙歧桿菌)，尤其是當受試者是患有COVID-19但從COVID-19康復的成人或兒童時。本發明的實際應用包括開發和製造可以單獨服用或添加到食品或飲料中的例如呈粉劑、片劑、膠囊或液體形式的商業食品或保健品以及適用於糞便微生物群移植(FMT)的任何其它製劑。 II. 藥物組合物和施用
本發明提供了包含有效量的表1和表3中列出的加上長雙歧桿菌、韋氏布勞特氏菌和假小鏈雙歧桿菌的一種或多種有益細菌物種的藥物組合物，其用於治療COVID-19患者以降低發展PACS症狀的風險或改善症狀(如果已經存在的話)。本發明的藥物組合物適用於多種藥物遞送系統。用於本發明的合適製劑可見於 Remington's Pharmaceutical Sciences, Mack Publishing Company, Philadelphia, PA, 第17版(1985)。關於藥物遞送方法的回顧，參見Langer, Science 249: 1527-1533(1990)。
本發明的藥物組合物可以通過各種途徑施用，例如經由口服攝取的全身施用或使用直腸栓劑的局部遞送。對於表1和表3中列出的所有有益細菌物種加上長雙歧桿菌、韋氏布勞特氏菌和假小鏈雙歧桿菌的組合，施用藥物組合物的較佳途徑是以約10 6至約10 12CFU的日劑量口服施用。當向受試者施用多種細菌物種時，它們可以在一種單一組合物中或在多種組合物中施用。適當的劑量可以以單一日劑量或以適當的間隔提供的分劑量，例如以每天兩個、三個、四個或更多個亞劑量施用。隨著相關症狀的持續存在，施用的持續時間範圍可以是約1周至約8周，例如約2周至約4周，或持續更長的時間(例如，長達6個月)。
為了製備含有在本公開內容中鑒定的有益細菌的藥物組合物，使用一種或多種惰性和藥學上可接受的載體。藥物載體可以是固體或液體。固體形式製劑包括，例如，粉劑、片劑、可分散顆粒、膠囊、扁囊劑和栓劑。固體載體可以是一種或多種還可以充當稀釋劑、調味劑、增溶劑、潤滑劑、助懸劑、黏合劑或片劑崩解劑的物質；它也可以是封裝材料。
在粉劑中，載體通常是細碎的固體，其與細碎的活性組分，例如，表1和表3中列出的有益細菌物種中的任何一種或多種加上長雙歧桿菌、韋氏布勞特氏菌和假小鏈雙歧桿菌混合。在片劑中，將活性成分與具有所需結合特性的載體以合適的比例混合，並壓製成所需的形狀和大小。
為了製備栓劑形式的藥物組合物，首先將低熔點蠟，如脂肪酸甘油酯和可可脂的混合物熔化，並通過例如攪拌將活性成分分散在其中。然後將熔融的均勻混合物倒入合適尺寸的模具中並使其冷卻和固化。
粉劑和片劑較佳含有約5%至約100%重量的活性成分(例如，表1和表3中列出的加上長雙歧桿菌、韋氏布勞特氏菌和假小鏈雙歧桿菌的一種或多種有益細菌物種)。合適的載體包括，例如，碳酸鎂、硬脂酸鎂、滑石、乳糖、糖、果膠、糊精、澱粉、黃蓍膠、甲基纖維素、羧甲基纖維素鈉、低熔點蠟、可可脂等。
藥物組合物可以包括活性成分，例如，表1和表3中列出的加上長雙歧桿菌、韋氏布勞特氏菌和假小鏈雙歧桿菌的一種或多種有益細菌物種，以及封裝材料作為載體的製劑，提供膠囊，其中活性成分(具有或沒有其它載體)被載體包圍，使得載體從而與活性成分結合。以類似的方式，也可以包括小藥囊。片劑、粉劑、小藥囊和膠囊可用作適於口服施用的固體劑型。
液體藥物組合物包括，例如，適於口服施用或局部遞送的溶液、懸浮液和適於口服施用的乳液。活性組分(例如，表1和表3中列出的加上長雙歧桿菌、韋氏布勞特氏菌和假小鏈雙歧桿菌的一種或多種有益細菌物種)的無菌水溶液或活性組分在包含水、緩衝水、鹽水、PBS、乙醇或丙二醇在內的溶劑中的無菌溶液是適於口服施用或局部遞送(例如通過直腸栓劑)的液體或半液體組合物的實例。所述組合物可以含有接近生理條件所需的藥學上可接受的輔助物質，例如pH調節劑和緩衝劑、張力調節劑、潤濕劑、洗滌劑等。
無菌溶液可以通過將活性組分(例如，表1和表3中列出的加上長雙歧桿菌、韋氏布勞特氏菌和假小鏈雙歧桿菌的一種或多種有益細菌物種)溶解在所需的溶劑系統中，然後使所得溶液通過膜濾器以對其進行滅菌，或者可選地通過在無菌條件下將無菌活性組分溶解在預先滅菌的溶劑中來製備。可以將所得水溶液包裝以原樣使用或凍乾，在施用前將凍乾製劑與無菌水性載體組合。製劑的pH通常為3至11，更佳5至9，最佳7至8。
組合物的單次或多次施用可以由治療醫師選擇劑量水準和模式來進行。在任何情況下，藥物製劑應提供足以有效增強疫苗功效和/或減少或消除疫苗的不良副作用的量的活性劑。
藥物組合物中細菌的不同組合可以根據表1選擇以靶向特定類別的症狀。例如， Agathobaculum butyriciproducens、假小鏈雙歧桿菌、人羅斯拜瑞氏菌、 Anaerostipes hadrus、小類桿菌 CAG:357、直腸真桿菌( Eubacterium rectale)可用於預防或緩解疲勞； Agathobaculum butyriciproducens、假小鏈雙歧桿菌、人羅斯拜瑞氏菌、 Asaccharobacter celatus可用於預防或緩解胃腸道症狀； Agathobaculum butyriciproducens、人羅斯拜瑞氏菌、 Anaerostipes hadrus、伴生糞球菌( Coprococcus comes)可用於預防或緩解神經症狀； Agathobaculum butyriciproducens、假小鏈雙歧桿菌、人羅斯拜瑞氏菌、 Anaerostipes hadrus、腐爛別樣桿菌( Alistipes putredinis)可用於預防或緩解呼吸症狀； Agathobaculum butyriciproducens、 Anaerostipes hadrus、真桿菌 CAG:274、產甲酸多爾氏菌( Dorea formicigenerans)可用於預防或緩解肌肉骨骼症狀；以及 Agathobaculum butyriciproducens、人羅斯拜瑞氏菌、直腸真桿菌、甲酸芽殖菌( Gemmiger formicilis)、凸腹真桿菌( Eubacterium ventriosum)、產甲酸多爾氏菌可用於預防或緩解脫髮。 III. 另外的治療劑
出於治療或預防COVID-19康復患者中的PACS症狀的目的，另外已知的一種或多種治療劑可以與活性劑，例如表1和表3中列出的加上長雙歧桿菌、韋氏布勞特氏菌和假小鏈雙歧桿菌的一種或多種有益細菌物種，組合用於本發明的實踐中。在此類應用中，一種或多種先前已知的有效預防劑/治療劑可以與有效量的活性劑一起在單一組合物中或者分別在兩種或更多種不同組合物中同時施用至患者。
例如，已知有效用於預防或治療COVID-19的藥物和補充劑包括伊維菌素、維生素C、維生素D、褪黑激素、槲皮素、鋅、羥氯喹、氟伏沙明/氟西汀、普克魯胺、多西環素和阿奇黴素。它們可以與本發明的活性劑(例如表1和表3中列出的有益細菌物種中的任何一種或多種加上長雙歧桿菌、韋氏布勞特氏菌和假小鏈雙歧桿菌)組合使用，以促進患有SARS-COV2感染的患者安全和完全康復，降低潛在的疾病嚴重程度(包括發病率和死亡率)，並確保消除疾病的任何殘留的長期不良影響。特別地，鋅、羥氯喹和阿奇黴素的組合以及伊維菌素、氟伏沙明或氟西汀、普克魯胺、多西環素、維生素C、維生素D、褪黑激素、槲皮素和鋅的組合在COVID預防和治療中都顯示出高功效。因此，這些已知的藥物/補充劑或營養組合可以與表1和表3中列出的加上長雙歧桿菌、韋氏布勞特氏菌和假小鏈雙歧桿菌的一種或多種有益細菌物種的活性成分一起用於本發明的方法中。 IV. 試劑盒
本發明還提供了根據本文公開的方法治療和預防從COVID-19康復的患者中的PACS症狀的試劑盒。所述試劑盒通常包括多個容器，每個容器含有組合物，所述組合物包含表1和表3中列出的加上長雙歧桿菌、韋氏布勞特氏菌和假小鏈雙歧桿菌的一種或多種有益細菌物種。此外，已知治療上有效預防和/或治療疾病，包括改善疾病的症狀和減輕疾病的嚴重程度，以及促進從疾病中恢復的另外的藥劑或藥物(例如在最後一節中描述的那些或相關技術領域中已知的那些)可以包括在試劑盒中。試劑盒的多個容器可以各自含有不同的活性劑/藥物或者兩種或更多種活性劑或藥物的不同組合。試劑盒還可以包括提供關於如何分配藥物組合物的說明的資訊材料，包括對可以治療的患者類型(例如，已經診斷為COVID-19，現在處於康復的過程中，並且因此試圖消除疾病的殘留症狀或降低此類症狀變為持續存在和連續不斷的風險的人類患者、成人或兒童)、施用的劑量、頻率和方式等的描述。 V. 風險評估和治療
本申請的發明人還發現某些細菌物種的水準改變可指示COVID患者隨後發展PACS症狀的前景或可能性，因此可提供預防性治療的基礎：他們揭示了當使用某些指定的數學工具適當計算時可以分析某些細菌物種(例如表2所示的一種或多種物種)的水準或相對豐度以指示個體患者隨後發展PACS症狀的風險或可能性。
例如，當分析從正在測試的COVID患者中取出的糞便樣品時，例如通過PCR，尤其是定量PCR來確定表2中細菌物種在樣品中的水準或相對豐度。同時，包括COVID-19患者的參考群組，其中一些COVID-19患者將最終發展PACS，而其它COVID-19患者將不發展PACS，相同細菌物種的水準或相對豐度，通過與從這些COVID-19患者中初始診斷COVID-19時取自各個COVID患者的糞便樣品中存在細菌物種的相同方法測定。然後使用從參考群組獲得的數據通過隨機森林模型生成決策樹，並且來自被測試的個體患者的一種或多種細菌物種的水準或相對豐度沿著決策樹運行以生成評分。當患者的評分大於0.5時，該患者被認為具有增加的發展PACS的風險。相反，當患者的評分不大於0.5時，認為該患者沒有增加的PACS的風險。
一旦進行PACS風險評估，例如，已經被診斷為患有COVID-19(例如，基於針對SARS-COV2的陽性PCR或抗體測試)並且已經處於從疾病中恢復的過程的個體被認為以後具有增加的發展PACS的風險，可以採取適當的治療步驟作為實現預防PACS症狀發作或降低其嚴重程度或完全消除它們的目標的措施。例如，可以通過FMT或通過經由口服或局部遞送的替代施用方法給予患者包含有效量的表1和表3中列出的加上長雙歧桿菌、韋氏布勞特氏菌和假小鏈雙歧桿菌的一種或多種有益細菌物種的組合物，使得患者胃腸道中的細菌譜將被修改為有利於預防、減輕、消除或逆轉PACS症狀的結果的細菌譜。 實施例
以下實施例僅通過示例方式而非通過限制性方式被提供。本領域技術人員將容易地認識到可改變或修改以產生基本上相同或類似結果的各種非關鍵參數。 背景
2019冠狀病毒病(COVID-19)在急性感染過程中的臨床特點得到了很好地描述，但對COVID-19的長期併發症知之甚少。以COVID-19發作後超過4周的長期併發症和/或持續性症狀為特點的急性COVID-19後綜合症(PACS)越來越多地被認識到 1-3。多達四分之三的患者在康復後六個月描述了至少一種症狀，並且通常報導了包括疲勞、肌無力和睡眠困難在內的多系統症狀 4。
PACS發展的潛在原因在很大程度上是不清楚的。免疫和炎性反應的擾動、急性病毒感染引起的細胞損傷或危重疾病後的後遺症可導致COVID-19感染後的長期症狀 5。由於胃腸道是體內最大的免疫器官，因此對由駐留微生物誘導的COVID-19感染的異常免疫應答可能影響恢復過程。新出現的證據支持腸道菌群失調在COVID-19感染的嚴重程度中的潛在作用 6。本申請的發明人在此研究了腸道微生物群組成是否影響以及在多大程度上影響具有不同嚴重程度的COVID-19感染的康復患者的持續性症狀的風險。 補充有益細菌以降低 PACS 的風險或緩解 PACS 的症狀
在6個月時檢查腸道微生物組組成和與不同症狀的關聯。基於置換多變數方差分析(PERMANOVA)，消化道組成與住院期間的藥物治療或疾病嚴重程度無關(圖2A，表14)。PACS的症狀分為呼吸症狀(咳嗽、痰、鼻塞/流鼻涕、氣短)，神經精神症狀(頭痛、頭暈、味覺喪失、嗅覺喪失、焦慮、注意力集中困難、睡眠困難、悲傷、記憶力差、視力模糊)，胃腸症狀(噁心、腹瀉、腹痛、上腹痛)，皮膚病學症狀(脫髮)、肌肉骨骼症狀(關節痛、肌肉痛)和疲勞。使用線性模型的多變數關聯(MaAsLin)來測試具有不同類別症狀的單個細菌分類群的關聯。不同的症狀與不同的腸道微生物組模式相關(圖2B，表15)。
總共81種細菌物種與不同類別的PACS相關，並且許多細菌物種與多於兩種類別的持續性症狀相關(圖2C，表16)。在6個月時，具有持續呼吸症狀的患者的腸道微生物組組成與許多機會致病菌正相關，所述機會致病菌包括咽峽炎鏈球菌群( Streptococcus anginosus group)、前庭鏈球菌( Streptococcus vestibularis)、格氏鏈球菌( Streptococcus gordonii)和雙孢梭菌( Clostridium disporicum)，而與機會性感染相關的醫院致病菌(包括無害芽孢桿菌( Clostridium innocuum)和內氏放線菌( Actinomyces naeslundii))的豐度與神經精神症狀和疲勞相關。與非COVID-19對照相比，產丁酸鹽的物種，例如食葡糖羅斯拜瑞氏菌 、普氏棲糞桿菌和人羅斯拜瑞氏菌在6個月時持續脫髮的患者(n=23)中顯著減少(P＜0.05，表16)。此外，已知對宿主免疫有益的多種細菌物種(包括假小鏈雙歧桿菌、普氏棲糞桿菌、食葡糖羅斯拜瑞氏菌和人羅斯拜瑞氏菌)的相對豐度在6個月時顯示出與PACS的最大負相關性(圖2C，表16，表17)。
發現非常少的患者進入重症監護病房或需要機械通氣，但許多患者發展PACS，表明持續性症狀不太可能是病危後綜合症的結果。已知具有免疫調節功能的幾種共生體(包括雙歧桿菌屬、羅斯拜瑞氏菌屬和糞桿菌屬)的喪失尤其與康復的COVID-19患者中的持續性症狀相關。後兩種細菌是重要的短鏈酸(SCFA)生產者和維持免疫穩態的主要參與者。SCFA已經顯示出改變趨化性和吞噬作用，誘導活性氧物質，改變細胞增殖和功能，並具有抗微生物作用和抗炎作用。
因此，提供了通過補充表1和表3中列出的這些有益細菌來預防和緩解這些症狀的方法。由於這些症狀也可以在包括沒有COVID-19病史的人在內的任何人中出現，因此這種方法可以應用於涉及這些症狀的任何人。 預測 PACS 風險的機器學習模型
在表2中列出的物種，較佳長雙歧桿菌(NCBI:txid216816)、韋氏布勞特氏菌(NCBI:txid418240)、假小鏈雙歧桿菌(NCBI:txid28026)、普氏棲糞桿菌(NCBI:txid853)、 Fusicatenibacter saccharivorans(NCBI:txid1150298)，可以以不同的組合使用以建立風險評估模型來確定一個人在針對COVID-19測試呈陽性後是否處於COVID-19的PACS的風險中。
為了確定受試者中PACS的風險，將進行以下步驟： (1)通過在初始診斷COVID-19時(例如在入院時)在具有和沒有PACS的COVID-19患者的群組中測定選自表12的物種的相對豐度，獲得一組訓練數據； (2)測定正在測試PACS風險的受試者中這些物種的相對豐度； (3)使用隨機森林模型將受試者中這些物種的相對豐度與訓練數據進行比較； (4)將由隨機森林根據訓練數據生成決策樹。相對豐度將沿著決策樹運行並生成風險評分。如果模型中至少50%的樹(可能性＞0.5)認為受試者是具有PACS的COVID-19患者，則被測試的受試者被認為具有增加的PACS風險。如果模型中少於50%的樹(可能性＜0.5)認為受試者是不具有PACS的COVID-19患者，則被測試的受試者被認為不具有增加的PACS風險。 補充有益細菌以提高功能能力
6分鐘步行試驗(6MWT)經常用於測定患者的功能能力 4。先前的工作已經顯示，具有較低微生物群豐富度的康復期後患者具有受損的肺功能 6，然而，COVID-19後6分鐘步行距離減少的原因仍然未知。在6個月隨訪時已經提供了糞便樣品的68名COVID-19患者中，其中52名患者在6個月時進行了6分鐘步行試驗評估。在具有PACS的患者中6分鐘的中值步行距離顯著低於沒有PACS的患者(平均464米對比382米，P＜0.001，圖10A)。所述步行距離與腸道微生物組的幾種短鏈脂肪酸(SCFA)和丁酸鹽的生產者(包括假小鏈雙歧桿菌 7 、食葡糖羅斯拜瑞氏菌 8 和卵形擬桿菌( Bacteroides ovatus) 9 )呈正相關，意味著清除病毒後人與腸道-肺-微生物組軸之間的有益共生關係。因此，補充這些SCFA和丁酸鹽的生產者(假小鏈雙歧桿菌、食葡糖羅斯拜瑞氏菌和卵形擬桿菌)可以提高功能能力。
還觀察到步行距離與致病菌物種(例如，無害芽孢桿菌、梭狀芽孢桿菌( Clostridium bolteae))顯著負相關，這可賦予致病性或與不同群體中的疾病風險相關(P＜0.05，圖10B)。減少圖10B中列出的細菌也可以提高功能能力。 補充有益細菌以預防或緩解總體 PACS
在具有PACS的患者中檢測到的腸道細菌物種中，在基線和隨訪樣品中，28種細菌物種減少，14種細菌物種富集(圖9D，9E，表11，表12)。在6個月時，與非COVID-19對照相比，具有PACS的患者顯示出顯著較低水準的產氣柯林斯菌( Collinsella aerofaciens)、普氏棲糞桿菌、卵形布勞特氏菌( Blautia obeum)和較高水準的活潑瘤胃球菌( Ruminococcus_gnavus)、普通擬桿菌( Bacteroides_vulgatus)(P＜0.05，線性判別分析效應大小＞2，LefSe)(圖1D，表12)。沒有PACS的受試者在入院時僅有22種細菌物種改變，其到6個月時完全恢復(圖9D，表13)。
發現細菌物種例如小克里斯滕森氏菌( Christensenella minuta)、細枝真桿菌( Eubacterium ramulus)、青春雙岐桿菌( Bifidobacterium adolescentis)在6個月時發展PACS的患者的基線樣品中被耗盡(P＜0.05，LefSe＞2，圖9E，表11)。在入院時總共13種細菌物種(包括韋氏布勞特氏菌和長雙歧桿菌)與6個月時的PACS呈負相關，表明這些物種在從SARS-CoV-2感染的康復中具有推定的保護作用(圖11B，圖11C)；而放線菌 S6_Spd3、約翰森放線菌( Actinomyces_johnsonii)和極小奇異菌( Atopobium_parvulum)與PACS呈正相關。發現細菌物種例如活潑瘤胃球菌、無害芽孢桿菌、 Erysipelatous ramosum的重疊，其從基線到隨訪保持改變並表現出與幾種PACS症狀的關聯(圖11D)，這進一步暗示了COVID-19患者中改變的腸道微生物組與康復過程之間的聯繫。這些發現共同表明在入院時個體的腸道微生物組結構可能影響受試者對COVID-19的長期併發症的易感性。
組合物包含選自表3或圖9E(灰色，非COVID-19對照)、表11(組別=非COVID-19對照)、圖1D(橙色，非COVID-19對照)、表12(組別=非COVID-19對照)、圖11B(係數(coef)＜0)的一種或多種有益細菌。這些細菌可以聯合施用或作為單一益生菌施用以預防或緩解受試者中PACS的症狀。較佳地，所述細菌選自長雙歧桿菌(NCBI:txid216816)、韋氏布勞特氏菌(NCBI:txid418240)、唾液鏈球菌( Streptococcus salivarius)(NCBI:txid1304)、 Fusicatenibacter_saccharivorans(NCBI:txid 1150298)、厚壁菌門細菌 CAG_83(NCBI:txid 1262992)、血孿生球菌( Gemella_sanguinis)(NCBI:txid 84135)、澳洲鏈球菌( Streptococcus_australis)(NCBI:txid 113107)、霍氏真桿菌 (Eubacterium_hallii)(NCBI:txid411469)、普氏棲糞桿菌(NCBI:txid 853)、 Anaerostipes_hadrus(NCBI:txid 649756)。 方法 研究群體
該前瞻性群組研究在中國香港的三個地區醫院(威爾斯親王醫院、基督教聯合醫院和仁濟醫院)進行。從2020年2月1日至2020年8月31日招募所有確診為COVID-19的患者，如通過在鼻咽拭子、鼻拭子、深喉唾液、痰、氣管吸出物或糞便中的逆轉錄酶聚合酶鏈式反應試驗為陽性SARS-CoV-2所證明的。根據當地政府的政策，所有確診COVID-19的患者都必須住院。如果患者符合以下標準中的任一個，則可以出院：至少相隔24小時採取的兩個相同類型的臨床樣本(即呼吸道或糞便)通過RT-PCR測試SARS-CoV-2核酸呈陰性或SARS-CoV-2抗體測試呈陽性。如果患者在隨訪前無法聯繫到，拒絕參加研究或死亡，則將其排除在外。從香港醫院管理局臨床管理系統的電子病歷中提取包括人口統計資料、臨床和實驗室數據在內的數據。COVID-19感染的嚴重程度被分類為(1)輕度(如果沒有肺炎的影像學證據)；(2)中度(如果肺炎與發熱和呼吸道症狀一起存在)；(3)重度(如果呼吸速率≥30/min，當呼吸環境空氣時氧飽和度≤93%，或PaO2/FiO2≤300mmHg (1mmHg=0.133kPa))；或(4)危重(如果存在需要機械通氣的呼吸衰竭、休克或需要重症監護的器官衰竭) 12。從入院開始，在出院後1個月和6個月連續收集糞便樣品。住院患者的糞便樣品由醫院工作人員收集，而出院患者在出院後1個月和6個月的隨訪當天提供糞便，或者在家中自採樣並在收集24小時內快遞到醫院。將所有樣品都收集在含有保護介質(cat. 63700, Norgen Biotek Corp, Ontario Canada)的收集管中並立即儲存在-80℃直至處理。先前已經顯示，使用該保護介質收集的糞便產生的腸道微生物群組成的數據與從立即儲存在-80°C的樣品中獲得的數據是相當的 13。在疾病發作後3個月和6個月評估COVID後30種最常見的報告症狀 14,15的存在(表19)。新冠肺炎長期綜合後遺症(PACS)被定義為在SARS-CoV-2清除後4周無法用替代診斷解釋的至少一種持續性症狀。在出院後6個月對COVID-19康復患者的子集進行6分鐘步行距離試驗(6MWT)，其是一種簡單的功能評估，用於評估有氧能力和耐力。6MWT距離數據與腸道微生物群分析相關。在COVID-19大流行之前(2019年至2020年)通過廣告從社區以及從威爾斯親王醫院的內窺鏡檢查中心具有正常結腸鏡檢查(腸道準備前收集的糞便)的受試者中招募對照。選擇具有類似並存病和標準飲食模式的年齡和性別匹配的對照，用於比較具有和沒有COVID-19感染的受試者之間的腸道微生物群組成。對照的人口統計資料和並存病列於表8中。非COVID-19對照的排除標準是(1)在最近3個月內使用過瀉藥或止瀉藥；(2)最近的飲食變化(例如，變成素食主義者/純素食者)；(3)已知的複合感染或敗血症；(4)已知的嚴重器官衰竭的病史(包括失代償期肝硬化、惡性疾病、腎衰竭、癲癇、活動性嚴重感染、獲得性免疫缺陷綜合症)；(5)最近6個月的腸道手術(不包括結腸鏡檢查/與肛周疾病相關的手術)；(6)回腸造口/造口的存在；以及(7)當前懷孕。鑒於已知飲食影響腸道微生物組，在住院期間記錄所有COVID-19患者的飲食記錄。每日標準化膳食由各醫院的醫院餐飲服務部提供，膳食成分和模式與香港華人通常食用的習慣性飲食一致。出院後，建議COVID-19患者繼續採用與香港華人食用的每日習慣性飲食一致的多樣化和標準化中國飲食。根據赫爾辛基宣言進行研究。所有患者都提供了書面知情同意書。該研究由聯合的香港中文大學-新界東聯網臨床研究倫理委員會(the Joint Chinese University of Hong Kong –New Territories East Cluster Clinical Research Ethics Committee)批准(CREC參考號：2020.076)。 糞便 DNA 提取和測序
詳細方法描述在Zuo等人的文獻中 16。簡而言之，使用Maxwell RSC PureFood GMO and Authentication Kit和Maxwell RSC Instrument核酸提取平臺(Promega, Wisconsin, USA)根據製造商的說明從0.1g勻漿化的糞便樣品中提取DNA。使用Nextera DNA Flex Library Prep Kit (Illumina, California, USA)從提取的DNA製備測序文庫，並在香港中文大學的腸道微生物群研究中心的Illumina NovaSeq 6000系統(2×150 bp)上測序。針對該研究生成的原始序列數據可在BioProject登記號PRJNA714459的序列讀取檔案(Sequence Read Archive)中獲得。 生物資訊學
使用Trimmomatic V.39對原始序列數據進行品質過濾，以去除適配子和低品質序列，並通過Kneaddata(V.0.7.2 https://bitbucket.org/biobakery/kneaddata/ wiki/Home)對人類基因組(參考：hg38)進行淨化。在此之後，使用MetaPhlAn3，版本3.0.5從品質過濾的正向讀取中推斷微生物群組成分佈。GNU Parallel 17用於並行分析工作以加速數據處理。 統計分析和推斷腸道微生物群組成
連續變數以中值(四分位距)表示，而分類變數以數字(百分比)表示。使用卡方或費希爾精確檢驗(對於分類參數而言)和曼-惠特尼檢驗(對於連續參數而言)分析亞組之間的定性和定量差異，視情況而定。使用Logistic回歸估計具有95%置信區間(CI)的優勢比和調整的優勢比(aOR)以檢查與PACS發展相關的臨床參數。將按物種計數的站點和相對豐度表輸入R V.3.5.1中進行統計分析。主座標分析(PCoA)用於基於樣品的物種水準組成分佈來視覺化樣品的聚類。使用置換多變數方差分析(PERMANOVA)評估腸道群落組成與患者參數之間的關聯。使用線性判別分析效應大小(LEfSe)和通過在Huttenhower Lab Galaxy實例(網站：huttenhower.sph.harvard.edu/galaxy/)中實施的線性模型(MaAsLin)統計框架的多變數分析來鑒定特定微生物物種與患者參數的關聯。在vegan R包V.2.5–7中實施PCoA、PERMANOVA和Procrustes分析。 基於隨機森林的機器學習方法
執行隨機森林以使用入院時的腸道微生物組組成建立PACS的預測模型。機器學習模型分析了通過MetaPhlAn3，版本3.0.5推斷的微生物組分類學物種水準的相對豐度。機器學習實驗使用隨機森林，因為該演算法已經被證明優於微生物組數據的其他學習工具 18。對於該模型的實施，使用了scikit-learn實現 19。使用2,000個估計器樹(estimator trees)的集合和香農熵來評價在樹的每個節點處分裂的品質。如別處所示，將每片葉子的最小樣品數和每棵樹的特徵數的兩個超參數分別設置為5%和30%。經由10倍交叉驗證使精確度最大化來優化所有方法的超參數。
本申請中引用的所有專利、專利申請和其它出版物,包括GenBank登錄號和等同物，出於所有目的通過引用整體併入。 表1：用於預防和緩解不同類別的症狀的有益細菌列表
編號 物種 NCBI:txid 疲勞 胃腸 神經 呼吸 肌肉骨骼 脫髮
1 Agathobaculum_butyriciproducens 1628085 1 1 1 1 1 1
2 假小鏈雙歧桿菌 28026 1 1 0 1 0 0
3 人羅斯拜瑞氏菌 301301 1 1 1 1 1 1
4 Anaerostipes_hadrus 649756 1 0 1 1 1 1
5 小類桿菌CAG_357 1262869 1 0 1 1 1 1
6 直腸真桿菌 39491 1 0 1 1 1 1
7 產氣柯林斯菌 74426 1 1 0 1 0 0
8 甲酸芽殖菌 745368 1 1 1 1 1 1
9 厚壁菌門細菌CAG_83 1262992 1 0 1 1 0 0
10 伴生糞球菌 410072 1 0 1 0 0 0
11 普氏棲糞桿菌 853 1 1 1 1 1 1
12 真桿菌CAG_274 1262888 1 0 1 1 1 0
13 Ruthenibacterium_lactatiformans 1550024 1 0 1 1 0 0
14 柔嫩梭菌 1535 1 1 0 1 0 0
15 腐爛別樣桿菌 28117 1 0 0 1 1 0
16 凸腹真桿菌 39496 1 0 1 1 1 1
17 顫桿菌克57_20 1897011 1 1 1 1 1 0
18 Fusicatenibacter_saccharivorans 1150298 1 0 0 0 0 0
19 霍氏真桿菌 39488 1 0 0 0 0 0
20 產甲酸多爾氏菌 39486 1 0 0 0 1 1
21 Asaccharobacter_celatus 394340 0 1 1 0 1 0
22 產液阿德勒克羅伊茨菌(Adlercreutzia_equolifaciens) 446660 0 1 1 1 1 0
23 扭鏈瘤胃球菌(Ruminococcus_torques) 33039 0 1 0 0 0 0
24 食葡糖羅斯拜瑞氏菌 360807 0 0 0 0 1 1
25 酸奶瘤胃球菌(Ruminococcus_lactaris) 46228 0 0 0 0 1 1
26 Ruminococcus bicirculans 1160721 0 0 1 0 0 0
27 腸道巴恩斯氏菌(Barnesiella_intestinihominis) 487174 0 0 1 0 0 0
28 細枝真桿菌 39490 0 0 1 0 0 0
29 小牛乳球菌(Lactococcus_petauri) 1940789 0 0 1 0 0 0
“1”表示細菌可用於預防和減輕相應類別的症狀。 表2：按重要性降序構建風險評估模型的細菌物種
物種 評分 NCBI:txid
s__韋氏布勞特氏菌 0.044853018 418240
s__長雙歧桿菌 0.039271434 216816
s__唾液鏈球菌 0.036930763 1304
s__Fusicatenibacter_saccharivorans 0.026351186 1150298
s__厚壁菌門細菌CAG_83 0.021478871 1262992
s__血孿生球菌 0.021051858 84135
s__澳洲鏈球菌 0.019761804 113107
s__霍氏真桿菌 0.018000532 39488
s__普氏棲糞桿菌 0.016089614 853
s__Anaerostipes_hadrus 0.015924345 649756
s__巴氏桿菌(Intestinibacter_bartlettii) 0.014674211 261299
s__Dorea_longicatena 0.014600968 88431
s__多枝丹毒梭菌(Erysipelatoclostridium_ramosum) 0.01335624 1547
s__假小鏈雙歧桿菌 0.01314953 28026
s__糞考拉桿菌(Phascolarctobacterium_faecium) 0.012391813 33025
s__解木聚糖擬桿菌 0.012266979 371601
s__糞羅斯拜瑞氏菌(Roseburia_faecis) 0.012191856 301302
s__Agathobaculum_butyriciproducens 0.011140696 1628085
s__產甲酸多爾氏菌 0.010857435 39486
s__食葡糖羅斯拜瑞氏菌 0.010290666 360807
s__產氣柯林斯菌 0.010238569 74426
s__內氏放線菌 0.010154623 1655
s__大腸桿菌(Escherichia_coli) 0.010118598 562
表3：用於預防或緩解PACS症狀的有益細菌物種
   物種 NCBI:txid
1 小克里斯滕森氏菌 626937
2 細枝真桿菌 39490
3 青春雙岐桿菌 1680
4 產氣柯林斯菌 74426
5 假小鏈雙歧桿菌 28026
6 直腸真桿菌 39491
7 普氏棲糞桿菌 853
8 潰瘍梭桿菌(Fusobacterium ulcerans) 861
9 小類桿菌CAG:357 1262869
10 Fusicatenibacter saccharivorans 1150298
11 咽峽炎鏈球菌群 671232
12 小牛乳球菌 1940789
13 金黃色葡萄球菌(Staphylococcus aureus) 1280
14 空間羅氏菌(Rothia aeria) 172042
15 糞便柯林斯菌(Collinsella stercoris) 147206
16 卵形布勞特氏菌 40520
17 糞羅斯拜瑞氏菌 301302
18 Lawsonibacter asaccharolyticus 2108523
19 扭鏈瘤胃球菌 33039
20 伴生糞球菌 410072
21 Dorea longicatena 88431
22 發酵乳桿菌(Lactobacillus fermentum) 1613
23 齲齒放線菌(Actinomyces odontolyticus) 1660
24 產液阿德勒克羅伊茨菌 446660
25 Agathobaculum butyriciproducens 1628085
26 Ruminococcus bicirculans 1160721
27 埃氏巨型球菌(Megasphaera elsdenii) 907
28 Romboutsia ilealis 1115758
29 軟弱貧養菌(Abiotrophia defective) 46125
30 產甲酸多爾氏菌 39486
31 奇特龍梭菌(Clostridium citroniae) 358743
32 厚壁菌門細菌CAG:83 1262992
33 酸奶瘤胃球菌 46228
34 真桿菌CAG:38 1262889
35 貧養菌HMSC24B09 1581061
36 甲酸芽殖菌 745368
37 真桿菌CAG:251 1262886
38 柔嫩梭菌(Clostridium leptum) 1535
39 共生梭菌(Clostridium symbiosum) 1512
40 腸道羅斯拜瑞氏菌(Roseburia intestinalis) 166486
41 放線菌口腔分類群(Actinomyces sp. oral taxon)180 651609
42 Phascolarctobacterium succinatutens 626940
43 腸道巴恩斯氏菌 487174
44 優桿菌科細菌(Eubacteriaceae bacterium) CHKCI005 1780381
45 Asaccharobacter celatus 394340
46 人羅斯拜瑞氏菌 301301
47 Enterorhabdus caecimuris 671266
48 鳥腸球菌(Enterococcus avium) 33945
49 食葡糖羅斯拜瑞氏菌 360807
50 副擬桿菌CAG:409 1262913
51 戈氏副擬桿菌(Parabacteroides goldsteinii) 328812
52 靈巧糞球菌(Coprococcus catus) 116085
53 顫桿菌克(Oscillibacter sp.)57_20 1897011
54 放線菌口腔分類群181 712121
55 韋氏布勞特氏菌 418240
56 長雙歧桿菌 216816
57 霍氏真桿菌 39488
58 腸道塞利單胞菌(Sellimonas intestinalis) 1653434
59 布氏瘤胃球菌(Ruminococcus bromii) 40518
60 布勞特氏菌CAG:257 1262756
61 螺旋梭菌(Clostridium spiroforme) 29348
上述組合物通常不包含可檢測量的表4中的任何細菌物種。 表4：用於預防或緩解PACS症狀的組合物中應最小化的不利細菌物種
   物種 NCBI:txid
1 裂果膠毛螺菌(Lachnospira pectinoschiza) 28052
2 韋格斯卡多維亞菌 230143
3 顫桿菌克CAG:241 1262911
4 前庭鏈球菌 1343
5 格氏乳球菌(Lactococcus garvieae) 1363
6 多枝丹毒梭菌 1547
7 長口腔桿菌(Stomatobaculum longum) 796942
8 表皮葡萄球菌(Staphylococcus epidermidis) 1282
9 絲狀霍爾德曼氏菌(Holdemania filiformis) 61171
10 毛螺菌科細菌(Lachnospiraceae bacterium)2 1 46FAA 2683689
11 無害芽孢桿菌 1522
12 棲牙雙歧桿菌(Parascardovia denticolens) 78258
13 梭狀芽孢桿菌CAG 59 1263064
14 變形梭桿菌(Fusobacterium varium) 856
15 梭狀芽孢桿菌 208479
16 罕見斯卡多維氏菌(Scardovia inopinata) 78259
17 糞便擬桿菌(Bacteroides caccae) 47678
18 黏滑羅氏菌(Rothia mucilaginosa) 43675
19 變異鏈球菌(Streptococcus mutans) 1309
20 活潑瘤胃球菌 33038
21 格雷費尼茨放線菌(Actinomyces graevenitzii) 55565
22 狄氏副擬桿菌(Parabacteroides distasonis) 823
23 普通擬桿菌 821
24 Anaeromassilibacillus sp. An250 1965604
25 Massiliomicrobiota timonensis 1776392
26 嗜酸乳桿菌(Lactobacillus acidophilus) 1579
27 厭氧消化鏈球菌 (Peptostreptococcus anaerobius) 1261
28 丁酸弧菌(Butyrivibrio sp.)CAG:318 1262761
29 植物乳桿菌(Lactobacillus plantarum) 1590
30 拉羅謝爾巨單胞菌(Megamonas rupellensis) 491921
31 約氏乳桿菌(Lactobacillus johnsonii) 33959
32 動物雙歧桿菌(Bifidobacterium animalis) 28025
33 摩氏摩根菌(Morganella morganii) 582
34 毛螺菌科細菌口腔分類群(Lachnospiraceae bacterium oral taxon) 096 712982
35 德氏乳桿菌(Lactobacillus delbrueckii) 1584
36 生產布勞特氏菌(Blautia producta) 33035
37 Turicimonas muris 1796652
38 梭菌目細菌梭菌目細菌1_7_47FAA 457421
39 多形擬桿菌(Bacteroides thetaiotaomicron) 818
40 擬桿菌CAG:144 1262736
41 巴黎鏈球菌(Streptococcus lutetiensis) 150055
42 Butyricicoccus pullicaecorum 501571
43 類球布勞特氏菌(Blautia coccoides) 1532
44 Anaerotignum lactatifermentans 160404
45 Megasphaera micronuciformis 187326
46 解木聚糖擬桿菌 371601
47 梭狀梭菌(Clostridium clostridioforme) 1531
48 嗜酸小球菌(Pediococcus acidilactici) 1254
49 酪黃腸球菌(Enterococcus casseliflavus) 37734
50 巴氏桿菌 261299
51 珀氏解黃酮菌(Flavonifractor plautii) 292800
52 約翰森放線菌 544581
53 極小奇異菌 1382
表5：106名COVID-19康復患者的臨床特點
女性，n(%) 56(52.9)
年齡，歲(IQR) 61(33 – 62)
非吸煙者，n(%) 62(75.6)
存在任何並存病，n(%) 45(42.5)
並存病的類型   
糖尿病 16(15.7)
   高血壓 18(17.0)
   高脂血症 12(11.3)
住院天數，天(IQR) 17(10 - 25)
COVID-19的嚴重程度，n(%)   
   無症狀 4(3.8)
   輕度 31(29.3)
   中度 55(51.8)
   重度 10(9.4)
   危重 6(5.7)
CXR上的肺炎變化，n(%) 67(63.2)
入住ICU，n(%) 6(5.7)
需要氧氣補充，n(%) 16(15.1)
需要機械通氣，n(%) 3(2.8)
針對COVID-19的任何治療，n(%) 54(50.9)
針對COVID-19的治療，n(%)   
   克力芝(Kaletra) 39(36.8)
   利巴韋林 30(28.3)
   干擾素 36(34.0)
   瑞德西韋(Remedesvir) 5(4.7)
   抗生素 25(23.6)
到3個月時持續性症狀的數目，n(%) 86(81.1)
   1 21(19.8)
   2-3 26(24.5)
   ＞3 39(36.8)
到6個月時持續性症狀的數目，n(%) 81(76.4)
   1 17(16.0)
   2-3 29(27.4)
   ＞3 35(33)
IQR：四分位距；CXR：胸部X光片 表6：與PACS發展相關的因素的單變數分析和多變數分析
   單變數分析 多變數分析
   優勢比(95% CI) p值 調整的OR(95% CI) p值
年齡 1.002(0.975-1.029) 0.894 0.999(0.961-1.039) 0.976
性別-男性 2.405(0.950-6.091) 0.064 2.567(0.934-7.100) 0.067
並存病 0.688(0.272-1.739) 0.429 0.493(0.140-1.736) 0.271
在活躍的COVID-19期間使用的藥物            
   抗生素 0.594(0.2-1.766) 0.349 2.681(0.644-11.166) 0.175
   瑞德西韋 3.545(0.668-18.811) 0.137 7.030(0.711-69.528) 0.095
  洛匹那韋/利托那韋 0.533(0.214-1.328) 0.177 0.360(0.113-1.152) 0.085
   干擾素 0.922(0.370 – 2.298) 0.861 1.229(0.394-3.837) 0.722
三氮唑核苷(Ribavarin) 1.276(0.519-3.319) 0.596 2.024(0.630-6.496) 0.236
COVID-19的嚴重程度 1.095(0.319-3.756) 0.885 2.056(0.337-12.534) 0.435
表7：從68名COVID-19患者收集的糞便樣品的收集時間和標籤名稱
患者 入院時 1 個月 6 個月 9 個月
COV1 AC1 M1C1 M6C1 M9C1
COV2 AC2 M1C2 M6C2   
COV3    M1C3 M6C3   
COV4 AC4 M1C4 M6C4   
COV5 AC5 M1C5 M6C5   
COV6 AC6 M1C6 M6C6   
COV7 AC7    M6C7   
COV8    M1C8 M6C8   
COV9 AC9    M6C9   
COV10 AC10 M1C10 M6C10   
COV11 AC11 M1C11 M6C11   
COV12    M1C12 M6C12   
COV13 AC13 M1C13 M6C13   
COV14    M1C14 M6C14 M9C14
COV15 AC15 M1C15 M6C15 M9C15
COV16    M1C16 M6C16   
COV17    M1C17 M6C17   
COV18 AC18 M1C18 M6C18   
COV19    M1C19 M6C19 M9C19
COV20    M1C20 M6C20   
COV21    M1C21 M6C21   
COV22 AC22 M1C22 M6C22 M9C22
COV23 AC23 M1C23 M6C23   
COV24 AC24 M1C24 M6C24   
COV25 AC25 M1C25 M6C25   
COV26 AC26 M1C26 M6C26   
COV27    M1C27 M6C27   
COV28 AC28 M1C28 M6C28 M9C28
COV29 AC29 M1C29 M6C29 M9C29
COV30 AC30 M1C30 M6C30 M9C30
COV31    M1C31 M6C31   
COV32 AC32 M1C32 M6C32   
COV33 AC33 M1C33 M6C33   
COV34 AC34 M1C34 M6C34   
COV35 AC35 M1C35 M6C35   
COV36 AC36    M6C36 M9C36
COV37 AC37 M1C37 M6C37   
COV38 AC38 M1C38 M6C38   
COV39 AC39 M1C39 M6C39   
COV40    M1C40 M6C40   
COV41 AC41 M1C41 M6C41   
COV42 AC42 M1C42 M6C42   
COV43 AC43 M1C43 M6C43   
COV44 AC44 M1C44 M6C44   
COV45 AC45 M1C45 M6C45   
COV46 AC46 M1C46 M6C46   
COV47 AC47 M1C47 M6C47   
COV48    M1C48 M6C48   
COV49 AC49 M1C49 M6C49   
COV50 AC50 M1C50 M6C50   
COV51 AC51 M1C51 M6C51   
COV52 AC52    M6C52   
COV53    M1C53 M6C53 M9C53
COV54    M1C54 M6C54   
COV55 AC55 M1C55 M6C55   
COV56    M1C56 M6C56   
COV57       M6C57   
COV58 AC58 M1C58 M6C58   
COV59 AC59 M1C59 M6C59   
COV60    M1C60 M6C60 M9C60
COV61 AC61 M1C61 M6C61   
COV62 AC62 M1C62 M6C62   
COV63 AC63 M1C63 M6C63   
COV64 AC64 M1C64 M6C64   
COV65    M1C65 M6C65   
COV66    M1C66 M6C66   
COV67    M1C67 M6C67   
COV68    M1C68 M6C68   
表8：COVID-19和非COVID-19群組的特點
群組 COVID-19 非COVID-19
數目，n 68 68
女性，n(%) 34(50%) 36(52.9%)
中值年齡，平均值±SD* 49 ± 17.7 47.2 ± 16.8
並存病，n(%)
      高血壓 12(17.6%) 11(16.2%)
      高脂血症 7(10.3%) 10(14.7%)
      糖尿病 9(13.23%) 9(13.23%)
抗生素治療，n(%) 18(26.5%) 0
抗病毒治療，n(%)
      洛匹那韋/利托那韋 40(58.8%) 0
      利巴韋林 33(48.6%) 0
      干擾β-1B 21(30.9%) 0
疾病嚴重程度類別，n(%)
      輕度 18(26.5%) NA
      中度 34(50%) NA
      重度 10(14.7%) NA
      危重 6(8.8%) NA
PACS，n(%) 50(73.5 %) NA
*p=0.796 縮寫：NA，沒有 表10：來自病毒清除後的COVID-19患者的1個月隨訪至6個月隨訪之間在門、屬和種水準上的腸道微生物群組成差異。
物種 在 1 個月時隨訪的平均相對豐度 在 6 個月時隨訪的平均相對豐度 p
青春雙岐桿菌 6.318359516 7.120534259 0.054428
活潑瘤胃球菌 6.416870484 4.807582037 0.463656
假小鏈雙歧桿菌 5.021357903 4.526993148 0.77484
產氣柯林斯菌 4.800161613 3.325205 0.206583
長雙歧桿菌 4.130408871 4.380152407 0.853731
普通擬桿菌 3.979818065 4.877217963 0.593539
Anaerostipes_hadrus 3.662100645 2.227491852 0.054936
Fusicatenibacter_saccharivorans 3.023687581 3.775144074 0.369943
大腸桿菌 2.768972419 2.672876296 0.953224
單形擬桿菌(Bacteroides_uniformis) 2.64162371 3.174495556 0.488834
韋氏布勞特氏菌 2.418245645 2.803695556 0.705193
直腸真桿菌 2.232464194 2.892056481 0.47049
普氏棲糞桿菌 2.108901613 2.289432593 0.719759
Dorea_longicatena 1.908688548 1.625454815 0.49127
肺炎克雷伯菌(Klebsiella_pneumoniae) 1.734108065 0.973925556 0.359312
食葡糖羅斯拜瑞氏菌 1.724062258 1.163785741 0.386555
布氏瘤胃球菌 1.531714677 2.301826111 0.269612
唾液鏈球菌 1.440257258 1.542684259 0.822009
糞便普雷沃氏菌(Prevotella_copri) 1.398804355 2.404542407 0.400338
霍氏真桿菌 1.370099677 1.441855741 0.863033
其它 41.27332661 37.64653648 0.21548
表11：與非COVID-19對照相比，來自具有PACS的COVID-19患者的基線樣品的微生物群落的LEfSe分析
物種 ra 組別 LDA p
裂果膠毛螺菌 2.662066 入院時基線 2.041103 0.02917
韋格斯卡多維亞菌 2.366584 入院時基線 2.061504 0.042077
顫桿菌克CAG_241 2.060583 入院時基線 2.104827 0.013277
前庭鏈球菌 2.388228 入院時基線 2.119491 0.001698
格氏乳球菌 1.222595 入院時基線 2.144591 0.02392
多枝丹毒梭菌 2.540561 入院時基線 2.149007 0.001679
長口腔桿菌 2.016039 入院時基線 2.171035 0.006196
表皮葡萄球菌 2.368067 入院時基線 2.175591 0.002597
絲狀霍爾德曼氏菌 1.337645 入院時基線 2.202201 0.014375
毛螺菌科細菌_2_1_46FAA 2.457545 入院時基線 2.243613 0.001085
無害芽孢桿菌 2.674212 入院時基線 2.248737 0.0425
棲牙雙歧桿菌 1.301043 入院時基線 2.263001 0.006196
梭狀芽孢桿菌CAG_59 2.620008 入院時基線 2.364587 0.036732
Ruthenibacterium_lactatiformans 3.118544 入院時基線 2.512153 0.029686
變形梭桿菌 2.933172 入院時基線 2.56629 0.000202
產組胺亞利氏菌(Allisonella_histaminiformans) 0.777189 入院時基線 2.615677 0.001258
真桿菌CAG_274 2.370278 入院時基線 2.634039 0.047203
梭狀芽孢桿菌 2.907103 入院時基線 2.645922 0.000133
罕見斯卡多維氏菌 0.031558 入院時基線 2.667949 0.01479
產甲酸草酸桿菌(Oxalobacter_formigenes) 1.658304 入院時基線 2.74345 0.025495
糞便擬桿菌 3.23481 入院時基線 2.81153 0.047984
黏滑羅氏菌 1.767019 入院時基線 2.816374 0.027913
厚壁菌門細菌CAG_110 1.761268 入院時基線 2.994536 0.025286
變異鏈球菌 1.007893 入院時基線 3.089457 0.047071
活潑瘤胃球菌 3.707892 入院時基線 3.165713 0.016031
格雷費尼茨放線菌 1.736821 入院時基線 3.187091 0.013242
狄氏副擬桿菌 3.693748 入院時基線 3.328771 6.49E-07
普通擬桿菌 4.07972 入院時基線 3.595267 2.16E-05
Anaeromassilibacillus_sp_An250 1.107616 入院時基線 4.311554 0.012597
小克里斯滕森氏菌 1.227747 非COVID-19對照 -4.31155 0.009708
細枝真桿菌 2.567403 非COVID-19對照 -3.67379 0.003202
Hungatella_hathewayi 2.286886 非COVID-19對照 -3.65849 0.003409
青春雙岐桿菌 3.938295 非COVID-19對照 -3.45699 0.016984
產氣柯林斯菌 4.011515 非COVID-19對照 -3.44447 0.007536
假小鏈雙歧桿菌 4.018657 非COVID-19對照 -3.39601 0.002948
直腸真桿菌 3.775804 非COVID-19對照 -3.26529 5.98E-05
普氏棲糞桿菌 3.799575 非COVID-19對照 -3.22697 2.19E-05
潰瘍梭桿菌 1.64475 非COVID-19對照 -3.09619 0.019634
小類桿菌CAG_357 3.424291 非COVID-19對照 -3.08881 0.006483
Fusicatenibacter_saccharivorans 3.614425 非COVID-19對照 -3.06289 1.28E-05
咽峽炎鏈球菌群 1.508137 非COVID-19對照 -3.03595 0.030618
小牛乳球菌 1.502136 非COVID-19對照 -3.01067 0.002497
金黃色葡萄球菌 1.575224 非COVID-19對照 -3.00731 0.035582
黏膜乳桿菌(Lactobacillus_mucosae) 0.514818 非COVID-19對照 -3.00731 0.035582
空間羅氏菌 1.812678 非COVID-19對照 -3.00731 0.037819
糞便柯林斯菌 2.050498 非COVID-19對照 -2.99846 0.033138
卵形布勞特氏菌 3.446459 非COVID-19對照 -2.92977 0.000421
糞羅斯拜瑞氏菌 3.372277 非COVID-19對照 -2.88697 4.37E-05
Lawsonibacter_asaccharolyticus 1.339051 非COVID-19對照 -2.82111 0.004664
扭鏈瘤胃球菌 3.530717 非COVID-19對照 -2.79736 0.004323
伴生糞球菌 3.293897 非COVID-19對照 -2.78332 0.00011
Dorea_longicatena 3.465248 非COVID-19對照 -2.77819 0.001453
發酵乳桿菌 1.541037 非COVID-19對照 -2.76014 0.000823
齲齒放線菌 2.12128 非COVID-19對照 -2.68134 0.030841
產液阿德勒克羅伊茨菌 3.027229 非COVID-19對照 -2.67334 6.71E-08
Agathobaculum_butyriciproducens 3.190823 非COVID-19對照 -2.66275 1.66E-05
Ruminococcus bicirculans 3.114601 非COVID-19對照 -2.62201 0.007377
埃氏巨型球菌 2.294488 非COVID-19對照 -2.58938 0.001417
Romboutsia_ilealis 0.888059 非COVID-19對照 -2.5261 0.034551
軟弱貧養菌 0.976659 非COVID-19對照 -2.496 0.041632
奧德氏梭菌(Clostridium_aldenense) 1.307197 非COVID-19對照 -2.49401 0.006784
產甲酸多爾氏菌 3.226203 非COVID-19對照 -2.4677 0.005998
奇特龍梭菌 2.008986 非COVID-19對照 -2.46299 0.009102
厚壁菌門細菌CAG_83 3.011101 非COVID-19對照 -2.41462 0.00253
酸奶瘤胃球菌 2.949404 非COVID-19對照 -2.40823 0.000232
真桿菌CAG_38 2.271021 非COVID-19對照 -2.37595 0.002106
拉瓦梭菌(Clostridium_lavalense) 1.094742 非COVID-19對照 -2.35217 0.002053
貧養菌HMSC24B09 1.754694 非COVID-19對照 -2.33505 0.040479
甲酸芽殖菌 2.763414 非COVID-19對照 -2.306 0.000873
真桿菌CAG_251 2.760954 非COVID-19對照 -2.30195 0.009485
柔嫩梭菌 2.569503 非COVID-19對照 -2.23689 1.17E-05
共生梭菌 2.253018 非COVID-19對照 -2.21048 0.008256
腸道羅斯拜瑞氏菌 2.627094 非COVID-19對照 -2.20585 0.002538
放線菌口腔分類群180 1.030178 非COVID-19對照 -2.20159 0.009463
Phascolarctobacterium_succinatutens 2.540848 非COVID-19對照 -2.20014 0.030488
凸腹真桿菌 2.300968 非COVID-19對照 -2.18057 0.000131
腸道巴恩斯氏菌 2.400284 非COVID-19對照 -2.17332 0.022432
優桿菌科細菌_CHKCI005 0.126146 非COVID-19對照 -2.16971 0.037375
Asaccharobacter_celatus 2.511319 非COVID-19對照 -2.15192 5.85E-07
人羅斯拜瑞氏菌 2.573063 非COVID-19對照 -2.14533 0.000324
Enterorhabdus_caecimuris 0.813749 非COVID-19對照 -2.09028 1.98E-05
表12：與非COVID-19對照相比，來自具有PACS的COVID-19患者的6個月隨訪的微生物群落的LEfSe分析。
物種 ra 組別 LDA p
產甲酸草酸桿菌 2.503402 非COVID-19對照 2.261669 0.047088
糞便柯林斯菌 2.895596 非COVID-19對照 2.347592 0.045724
真桿菌CAG_274 3.215376 非COVID-19對照 2.583104 0.045596
鳥腸球菌 3.419383 非COVID-19對照 3.051719 0.04196
食葡糖羅斯拜瑞氏菌 3.947197 非COVID-19對照 3.241366 0.040309
副擬桿菌CAG_409 2.558447 非COVID-19對照 2.508434 0.031885
Dorea_longicatena 4.310346 非COVID-19對照 3.412411 0.030127
放線菌S6_Spd3 1.699661 非COVID-19對照 2.790593 0.030057
戈氏副擬桿菌 2.880034 非COVID-19對照 2.456916 0.029656
酸奶瘤胃球菌 3.794502 非COVID-19對照 3.041964 0.018042
靈巧糞球菌 3.395037 非COVID-19對照 2.529098 0.013888
真桿菌CAG_251 3.606052 非COVID-19對照 3.311248 0.013264
產組胺亞利氏菌 1.622287 非COVID-19對照 2.578857 0.012195
Enterorhabdus_caecimuris 1.658847 非COVID-19對照 2.477651 0.009605
顫桿菌克57_20 3.235984 非COVID-19對照 2.60015 0.009002
Ruthenibacterium_lactatiformans 3.837198 非COVID-19對照 3.231341 0.008749
糞羅斯拜瑞氏菌 4.217375 非COVID-19對照 3.534599 0.007139
細枝真桿菌 3.412501 非COVID-19對照 2.59505 0.006471
直腸真桿菌 4.620902 非COVID-19對照 3.853853 0.006085
柔嫩梭菌 3.414602 非COVID-19對照 2.940181 0.005082
放線菌口腔分類群181 1.632622 非COVID-19對照 2.607737 0.005041
產甲酸多爾氏菌 4.071301 非COVID-19對照 3.347256 0.004481
腸道巴恩斯氏菌 3.245382 非COVID-19對照 2.81273 0.002924
產氣柯林斯菌 4.856613 非COVID-19對照 4.277675 0.002545
Ruminococcus bicirculans 3.959699 非COVID-19對照 3.559165 0.002258
厚壁菌門細菌CAG_110 2.606366 非COVID-19對照 2.407199 0.001425
厚壁菌門細菌CAG_83 3.856199 非COVID-19對照 3.391538 0.00052
Asaccharobacter_celatus 3.356417 非COVID-19對照 2.905801 0.000369
Agathobaculum_butyriciproducens 4.035921 非COVID-19對照 3.363939 0.000261
人羅斯拜瑞氏菌 3.418161 非COVID-19對照 3.051324 0.000179
產液阿德勒克羅伊茨菌 3.872327 非COVID-19對照 3.44168 8.29E-05
伴生糞球菌 4.138995 非COVID-19對照 3.441481 6.56E-05
卵形布勞特氏菌 4.291557 非COVID-19對照 3.811778 4.25E-05
甲酸芽殖菌 3.608512 非COVID-19對照 3.20193 3.06E-05
扭鏈瘤胃球菌 4.375815 非COVID-19對照 3.751223 2.69E-05
普氏棲糞桿菌 4.644673 非COVID-19對照 4.085711 1.89E-05
Massiliomicrobiota_timonensis 1.410744 PACS，6個月隨訪 2.291138 0.04833
嗜酸乳桿菌 2.700508 PACS，6個月隨訪 3.083063 0.041631
厭氧消化鏈球菌 1.994231 PACS，6個月隨訪 2.486531 0.041631
丁酸弧菌_CAG_318 2.287376 PACS，6個月隨訪 2.18923 0.041631
植物乳桿菌 1.452155 PACS，6個月隨訪 2.649174 0.041631
拉羅謝爾巨單胞菌 2.534971 PACS，6個月隨訪 2.557236 0.041631
約氏乳桿菌 2.468542 PACS，6個月隨訪 2.823628 0.041631
動物雙歧桿菌 2.335044 PACS，6個月隨訪 2.565207 0.041631
摩氏摩根菌 3.2669 PACS，6個月隨訪 3.125486 0.041631
毛螺菌科細菌口腔分類群_096 1.211174 PACS，6個月隨訪 3.52759 0.041631
德氏乳桿菌 1.289946 PACS，6個月隨訪 3.186949 0.041631
生產布勞特氏菌 3.006427 PACS，6個月隨訪 2.645113 0.040141
拉瓦梭菌 1.320479 PACS，6個月隨訪 2.989671 0.037157
Turicimonas_muris 2.065453 PACS，6個月隨訪 2.081054 0.036666
梭菌目細菌_1_7_47FAA 1.556881 PACS，6個月隨訪 2.883858 0.036102
多形擬桿菌 4.208205 PACS，6個月隨訪 3.73705 0.034879
擬桿菌_CAG_144 2.00843 PACS，6個月隨訪 2.521743 0.018155
巴黎鏈球菌 3.275533 PACS，6個月隨訪 3.059707 0.018155
Butyricicoccus_pullicaecorum 1.933932 PACS，6個月隨訪 2.189865 0.018155
類球布勞特氏菌 3.300568 PACS，6個月隨訪 2.934761 0.016613
奧德氏梭菌 1.948256 PACS，6個月隨訪 2.471031 0.015847
Anaerotignum_lactatifermentans 2.981355 PACS，6個月隨訪 2.443348 0.014595
Megasphaera_micronuciformis 2.615489 PACS，6個月隨訪 2.342229 0.011551
解木聚糖擬桿菌 3.754041 PACS，6個月隨訪 3.349487 0.009557
梭狀梭菌 3.145469 PACS，6個月隨訪 2.78469 0.008496
嗜酸小球菌 2.708659 PACS，6個月隨訪 2.404562 0.008217
酪黃腸球菌 2.023796 PACS，6個月隨訪 2.484483 0.007987
狄氏副擬桿菌 3.909731 PACS，6個月隨訪 3.344174 0.005963
Hungatella_hathewayi 2.982291 PACS，6個月隨訪 2.536142 0.005292
普通擬桿菌 4.709232 PACS，6個月隨訪 4.205795 0.004589
凸腹真桿菌 3.18131 PACS，6個月隨訪 2.556534 0.003931
巴氏桿菌 3.275179 PACS，6個月隨訪 2.729117 0.003585
無害芽孢桿菌 3.773594 PACS，6個月隨訪 3.315425 0.002504
毛螺菌科細菌_2_1_46FAA 3.0353 PACS，6個月隨訪 2.760839 0.001547
珀氏解黃酮菌 3.867593 PACS，6個月隨訪 3.262406 0.001544
變形梭桿菌 2.560112 PACS，6個月隨訪 2.361968 0.001015
黏膜乳桿菌 3.307126 PACS，6個月隨訪 2.948678 0.000676
活潑瘤胃球菌 4.748382 PACS，6個月隨訪 4.24838 0.000412
變異鏈球菌 2.293884 PACS，6個月隨訪 2.423506 0.000273
梭狀芽孢桿菌 3.030018 PACS，6個月隨訪 2.626561 1.31E-05
多枝丹毒梭菌 3.532908 PACS，6個月隨訪 3.144547 7.61E-08
表13：與非COVID-19對照相比，來自沒有PACS的患者的基線樣品的微生物群落的LEfSe分析。
物種 ra 組別 LDA p
Asaccharobacter_celatus 3.589301 非COVID-19對照 3.187274 0.007646
產酸丙酸桿菌(Propionibacterium_acidifaciens) 2.259488 非COVID-19對照 2.543664 0.042236
肺炎克雷伯菌 3.664402 非COVID-19對照 3.211935 0.030184
約翰森放線菌 1.687132 非COVID-19對照 2.788892 0.006817
Enterorhabdus_caecimuris 2.05471 非COVID-19對照 2.535265 0.014033
放線桿菌口腔分類群(Actinobaculum_sp_oral_taxon)_183 2.159574 非COVID-19對照 2.598551 0.017777
Gemella_morbillorum 1.962751 非COVID-19對照 2.636828 0.00499
卵形布勞特氏菌 4.649692 非COVID-19對照 4.216888 0.022228
類肺炎克雷伯氏菌(Klebsiella_quasipneumoniae) 2.773263 非COVID-19對照 2.408263 0.035876
緩症鏈球菌(Streptococcus_mitis) 3.042367 非COVID-19對照 2.769942 0.04122
真桿菌CAG_38 2.056515 非COVID-19對照 2.624635 0.042236
齒齦歐氏菌(Olsenella_uli) 1.171401 非COVID-19對照 3.074099 0.042236
酸奶瘤胃球菌 3.622477 非COVID-19對照 3.292806 0.03181
嵴鏈球菌(Streptococcus_cristatus) 2.35577 非COVID-19對照 2.466158 0.012874
產液阿德勒克羅伊茨菌 4.112556 非COVID-19對照 3.7258 0.001849
香港觸酶桿菌(Catabacter_hongkongensis) 2.345458 非COVID-19對照 2.551125 0.020275
放線菌S6_Spd3 2.026612 非COVID-19對照 2.7594 0.015406
多枝丹毒梭菌 3.332633 無PACS，入院時基線 3.049787 0.008409
狄氏副擬桿菌 4.374644 無PACS，入院時基線 4.003809 0.001028
潰瘍梭桿菌 2.846614 無PACS，入院時基線 2.723018 0.03517
普通擬桿菌 4.635411 無PACS，入院時基線 4.249452 0.008503
多形擬桿菌 4.345324 無PACS，入院時基線 3.924016 0.04972
珀氏解黃酮菌 3.838596 無PACS，入院時基線 3.345743 0.014055
脆弱類桿菌(Bacteroides_fragilis) 4.298785 無PACS，入院時基線 3.920648 0.033927
拉瓦梭菌 2.262086 無PACS，入院時基線 2.639733 0.013386
表14：利用多因素PERMANOVA(Adonis)檢驗對6個月隨訪的腸道微生物組群落的顯著性和相對貢獻的因素
特點 SumsOfSqs MeanSqs F.Model R2 p_值 p.adjust
嚴重程度 0.424432225 0.424432225 1.329145565 0.029322096 0.126 0.886
性別 0.316257309 0.316257309 0.982819831 0.021848782 0.486 0.886
年齡 0.300906112 0.300906112 0.934100764 0.020788238 0.553 0.886
三氮唑核苷 0.29601955 0.29601955 0.918614743 0.020450648 0.562 0.886
抗生素 0.271017263 0.271017263 0.839546648 0.018723354 0.671 0.886
並存病 0.2708723 0.2708723 0.839089022 0.018713338 0.655 0.886
干擾素 0.246286249 0.246286249 0.761609803 0.0170148 0.78 0.886
洛匹那韋/利托那韋 0.219978857 0.219978857 0.679002024 0.015197342 0.886 0.886
表15：6個月隨訪的不同PACS亞組與腸道微生物組群落的關聯的多因素PERMANOVA(Adonis)檢驗
特點 SumsOfSqs MeanSqs F.Model R2 p_值 p.adjust
胃腸 0.6247 0.62466 2.2083 0.06856 0.006 0.0072
呼吸 0.7862 0.78624 2.699 0.06176 0.002 0.004
疲勞 0.776 0.77605 2.5627 0.05751 0.001 0.003
肌肉骨骼 0.6622 0.66217 2.252 0.05737 0.004 0.006
脫髮 0.5152 0.51515 1.8087 0.04914 0.013 0.013
神經 0.7493 0.74931 2.54 0.04414 0.001 0.003
表16：使用MaAsLin分析在6個月隨訪時不同PACS亞組與腸道微生物群組成之間的關聯
編號 物種 疲勞 胃腸 神經 呼吸 肌肉骨骼 脫髮
1 齲齒放線菌 1 1 1 1 1 1
2 Agathobaculum_butyriciproducens 1 1 1 1 1 1
3 普氏棲糞桿菌 1 1 1 1 1 1
4 甲酸芽殖菌 1 1 1 1 1 1
5 巴氏桿菌 1 1 1 1 1 1
6 人羅斯拜瑞氏菌 1 1 1 1 1 1
7 內氏放線菌 1 1 1 1 1 0
8 多枝丹毒梭菌 1 1 1 1 1 0
9 顫桿菌克57_20 1 1 1 1 1 0
10 放線桿菌口腔分類群_183 1 1 1 1 0 0
11 假小鏈雙歧桿菌 1 1 0 1 0 0
12 柔嫩梭菌 1 1 0 1 0 0
13 產氣柯林斯菌 1 1 0 1 0 0
14 唾液乳桿菌(Lactobacillus_salivarius) 1 1 0 0 0 0
15 黏性放線菌(Actinomyces_oris) 1 0 1 1 1 1
16 放線菌口腔分類群414 1 0 1 1 1 1
17 Anaerostipes_hadrus 1 0 1 1 1 1
18 齒雙歧桿菌(Bifidobacterium_dentium) 1 0 1 1 1 1
19 小類桿菌CAG_357 1 0 1 1 1 1
20 直腸真桿菌 1 0 1 1 1 1
21 凸腹真桿菌 1 0 1 1 1 1
22 齒齦歐氏菌 1 0 1 1 1 1
23 咽峽炎鏈球菌群 1 0 1 1 1 1
24 放線菌口腔分類群448 1 0 1 1 1 0
25 真桿菌CAG_274 1 0 1 1 1 0
26 黏滑羅氏菌 1 0 1 1 1 0
27 嬰兒鏈球菌(Streptococcus_infantis) 1 0 1 1 1 0
28 前庭鏈球菌 1 0 1 1 1 0
29 馬賽放線菌(Actinomyces_massiliensis) 1 0 1 1 0 0
30 堅硬棒狀桿菌(Corynebacterium_durum) 1 0 1 1 0 0
31 厚壁菌門細菌CAG_83 1 0 1 1 0 0
32 Ruthenibacterium_lactatiformans 1 0 1 1 0 0
33 格氏鏈球菌 1 0 1 1 0 0
34 伴生糞球菌 1 0 1 0 0 0
35 Faecalicoccus_pleomorphus 1 0 0 1 1 1
36 腐爛別樣桿菌 1 0 0 1 1 0
37 放線菌口腔分類群897 1 0 0 1 0 0
38 產酸丙酸桿菌 1 0 0 1 0 0
39 產甲酸多爾氏菌 1 0 0 0 1 1
40 黏膜乳桿菌 1 0 0 0 1 0
41 糞厭氧棒桿菌(Anaerostipes_caccae) 1 0 0 0 0 0
42 霍氏真桿菌 1 0 0 0 0 0
43 Fusicatenibacter_saccharivorans 1 0 0 0 0 0
44 Megasphaera_micronuciformis 1 0 0 0 0 0
45 副血鏈球菌(Streptococcus_parasanguinis) 1 0 0 0 0 0
46 產液阿德勒克羅伊茨菌 0 1 1 1 1 0
47 無害芽孢桿菌 0 1 1 0 1 1
48 Asaccharobacter_celatus 0 1 1 0 1 0
49 活潑瘤胃球菌 0 1 1 0 1 0
50 塔伊艾森伯格菌(Eisenbergiella_tayi) 0 1 0 0 1 1
51 黏液真桿菌(Eubacterium_limosum) 0 1 0 0 1 1
52 布勞特氏菌_CAG_257 0 1 0 0 0 0
53 扭鏈瘤胃球菌 0 1 0 0 0 0
54 生產布勞特氏菌 0 0 1 1 1 0
55 變異鏈球菌 0 0 1 1 1 0
56 放線菌ICM47 0 0 1 1 0 0
57 雙孢梭菌 0 0 1 1 0 0
58 梭狀芽孢桿菌 0 0 1 0 1 1
59 馬賽擬桿菌(Bacteroides_massiliensis) 0 0 1 0 0 0
60 普通擬桿菌 0 0 1 0 0 0
61 腸道巴恩斯氏菌 0 0 1 0 0 0
62 細枝真桿菌 0 0 1 0 0 0
63 小牛乳球菌 0 0 1 0 0 0
64 Romboutsia_ilealis 0 0 1 0 0 0
65 Ruminococcus bicirculans 0 0 1 0 0 0
66 格雷費尼茨放線菌 0 0 0 1 0 0
67 丙酸丙酸桿菌(Pseudopropionibacterium_propionicum) 0 0 0 1 0 0
68 嵴鏈球菌 0 0 0 1 0 0
69 小韋榮球菌(Veillonella_parvula) 0 0 0 1 0 0
70 Hungatella_hathewayi 0 0 0 0 1 1
71 食葡糖羅斯拜瑞氏菌 0 0 0 0 1 1
72 酸奶瘤胃球菌 0 0 0 0 1 1
73 多形擬桿菌 0 0 0 0 1 0
74 卡氏真桿菌(Eubacterium_callanderi) 0 0 0 0 1 0
75 副流感嗜血桿菌(Haemophilus_parainfluenzae) 0 0 0 0 1 0
76 馬賽艾森伯格菌(Eisenbergiella_massiliensis) 0 0 0 0 0 1
77 Faecalitalea_cylindroides 0 0 0 0 0 1
78 厚壁菌門細菌CAG_94 0 0 0 0 0 1
79 Lactonifactor_longoviformis 0 0 0 0 0 1
80 Massiliomicrobiota_timonensis 0 0 0 0 0 1
81 Pseudoflavonifractor_sp_An184 0 0 0 0 0 1
1=顯著相關 0=不顯著相關 表17：與不同COVID後的後遺症正相關的細菌物種(P＜0.05，來自MaAsLin的線性混合模型)
症狀 受影響患者的 數目 與 PACS 正相關的細菌物種 ( P＜ 0.05)
呼吸症狀
咳嗽 9 內氏放線菌 巴氏桿菌 黏性放線菌 放線菌ICM47 齲齒放線菌 咽峽炎鏈球菌群 前庭鏈球菌 格氏鏈球菌 黏滑羅氏菌 雙孢梭菌 放線桿菌口腔分類群_183 多枝丹毒梭菌 小韋榮球菌 變異鏈球菌 嬰兒鏈球菌 黏膜乳桿菌 齒雙歧桿菌 格雷費尼茨放線菌 齒齦歐氏菌 Faecalicoccus_pleomorphus 生產布勞特氏菌 產酸丙酸桿菌 放線菌口腔分類群448 丙酸丙酸桿菌 馬賽放線菌 放線菌口腔分類群897 嵴鏈球菌 放線菌口腔分類群414 堅硬棒狀桿菌   
痰 13
鼻塞/流鼻涕 15
呼吸短促 18
  
胃腸症狀
噁心 3 活潑瘤胃球菌 內氏放線菌 無害芽孢桿菌 布勞特氏菌CAG_257 巴氏桿菌 黏液真桿菌 齲齒放線菌 放線桿菌口腔分類群_183 唾液乳桿菌 塔伊艾森伯格菌 多枝丹毒梭菌   
腹瀉 5
上腹部痛(Epi pain) 6
腹痛 3
  
神經精神症狀
頭痛 12 多枝丹毒梭菌 活潑瘤胃球菌 無害芽孢桿菌 放線菌ICM47 巴氏桿菌 內氏放線菌 黏性放線菌 普通擬桿菌 齲齒放線菌 梭狀芽孢桿菌 變異鏈球菌 咽峽炎鏈球菌群 黏滑羅氏菌 格氏鏈球菌 馬賽擬桿菌 前庭鏈球菌 齒雙歧桿菌 放線桿菌口腔分類群_183 嬰兒鏈球菌 雙孢梭菌 生產布勞特氏菌 Romboutsia_ilealis 放線菌口腔分類群448 放線菌口腔分類群414 齒齦歐氏菌 堅硬棒狀桿菌 馬賽放線菌
頭暈 9
味覺喪失 5
嗅覺喪失 9
注意力集中困難 15
睡眠困難 22
焦慮 22
悲傷 15
記憶力差 30
視力模糊 19
  
皮膚症狀
脫髮 23 巴氏桿菌 無害芽孢桿菌 咽峽炎鏈球菌群 馬賽艾森伯格菌 Hungatella_hathewayi Faecalitalea_cylindroides 黏液真桿菌 齒雙歧桿菌 梭狀芽孢桿菌 Pseudoflavonifractor_sp_An184 Faecalicoccus_pleomorphus 齲齒放線菌 黏性放線菌 塔伊艾森伯格菌 Lactonifactor_longoviformis 厚壁菌門細菌CAG_94 齒齦歐氏菌 Massiliomicrobiota_timonensis 放線菌口腔分類群414   
     
肌肉骨骼症狀
關節痛 11 巴氏桿菌 Hungatella_hathewayi 咽峽炎鏈球菌群 無害芽孢桿菌 黏液真桿菌 黏性放線菌 活潑瘤胃球菌 梭狀芽孢桿菌 齒雙歧桿菌 多枝丹毒梭菌 多形擬桿菌 齲齒放線菌 變異鏈球菌 前庭鏈球菌 塔伊艾森伯格菌 副流感嗜血桿菌 卡氏真桿菌 嬰兒鏈球菌 內氏放線菌 生產布勞特氏菌 齒齦歐氏菌 放線菌口腔分類群448 黏滑羅氏菌 Faecalicoccus_pleomorphus 黏膜乳桿菌 放線菌口腔分類群414
肌肉痛 16
疲勞 32   
   內氏放線菌 無害芽孢桿菌 黏性放線菌 巴氏桿菌 齲齒放線菌 副血鏈球菌 齒雙歧桿菌 多枝丹毒梭菌 咽峽炎鏈球菌群 Megasphaera_micronuciformis 黏滑羅氏菌 前庭鏈球菌 糞厭氧棒桿菌 格氏鏈球菌 放線桿菌口腔分類群_183 黏膜乳桿菌 產酸丙酸桿菌 放線菌口腔分類群448 齒齦歐氏菌 嬰兒鏈球菌 放線菌口腔分類群414 Faecalicoccus_pleomorphus 放線菌口腔分類群897 唾液乳桿菌 馬賽放線菌 堅硬棒狀桿菌
表18：在6個月時與急性COVID-19後綜合症相關的基線細菌物種
物種# 門 平均相對豐度(%) 關聯群組
長雙歧桿菌 放線菌門 5.00 無症狀
假小鏈雙歧桿菌 放線菌門 4.68 無症狀
韋氏布勞特氏菌 厚壁菌門 4.67 無症狀
普氏棲糞桿菌 厚壁菌門 4.51 無症狀
Fusicatenibacter_saccharivorans 厚壁菌門 4.43 無症狀
Anaerostipes_hadrus 厚壁菌門 4.30 無症狀
霍氏真桿菌 厚壁菌門 4.29 無症狀
食葡糖羅斯拜瑞氏菌 厚壁菌門 4.16 無症狀
Dorea_longicatena 厚壁菌門 4.13 無症狀
伴生糞球菌 厚壁菌門 3.94 無症狀
厚壁菌門細菌CAG_83 厚壁菌門 3.94 無症狀
唾液鏈球菌 厚壁菌門 3.85 無症狀
Agathobaculum_butyriciproducens 厚壁菌門 3.82 無症狀
糞羅斯拜瑞氏菌 厚壁菌門 3.76 無症狀
腸道塞利單胞菌 厚壁菌門 3.44 無症狀
細枝真桿菌 厚壁菌門 3.19 無症狀
雙孢梭菌 厚壁菌門 2.50 無症狀
內氏放線菌 厚壁菌門 2.28 無症狀
絲狀霍爾德曼氏菌 厚壁菌門 2.05 無症狀
糞考拉桿菌 厚壁菌門 3.77 PACS#
*在任一群組中，平均相對豐度＞1% #PACS：急性COVID-19後綜合症 #按線性判別分析效應大小報告的對數判別分析評分排序 表19：用於症狀評估的調查問卷
症狀 3 個月 6 個月
發燒                                    
發冷                                            
咳嗽                                          
痰液產生                                         
咽喉痛                                
鼻塞或流鼻涕    
疲勞                                         
關節痛                                  
肌肉痛                           
呼吸短促        
頭痛                                  
頭暈                                    
噁心                                      
嘔吐                                     
腹瀉                                   
味覺喪失                              
嗅覺喪失                        
腹痛                         
上腹部痛                        
注意力集中困難    
不能鍛煉           
睡眠困難                  
焦慮                                      
悲傷                                       
記憶問題          
胸痛                                
心悸                             
盜汗                          
脫髮                                       
視力模糊                           
任何其它症狀              
參考文獻
[圖1]：在6個月時具有和沒有PACS的COVID-19患者中的腸道微生物群組成。圖1A：在6個月時具有和沒有PACS的COVID-19患者的腸道微生物群組成的主座標分析。圖1B：細菌多樣性和豐富度。圖1C：具有和沒有PACS的患者的腸道微生物群組成的分析。圖1D：在6個月時具有PACS的患者的腸道微生物群中判別分類群的線性判別分析效應大小(LEfSe)分析。
[圖2]：在清除病毒後影響患者的隨訪糞便中腸道微生物群的因素。圖2A：通過PERMANOVA檢驗確定的受試者中繼資料對腸道微生物組成的效應大小。圖2B：通過PERMANOVA檢驗確定的腸道微生物群組成與PACS的不同亞組之間的總體關聯。圖2C：6個月時細菌物種與不同種類的PACS的關聯。
[圖3]：在病毒清除後的新冠肺炎長期綜合後遺症(PACS)。圖3A：急性COVID-19後3個月和6個月時30種症狀的比例。圖3B：與PACS發展相關的因素的多變數分析。中心點表示平均值，方框表示上四分位距和下四分位距。
[圖4]：COVID-19患者中的PACS比例。圖4A：在3個月和6個月隨訪時106名患者中的COVID-19嚴重程度在不同亞組的PACS比例。圖4B：在3個月和6個月隨訪時具有糞便樣品的68名患者中的COVID-19嚴重程度在不同亞組的PACS比例。
[圖5]：住院患者和在陰性SARS-CoV-2後他們的隨訪糞便以及非COVID-19個體中腸道微生物群的組成差異。圖5A：與非COVID-19受試者相比，在陰性SARS-CoV-2之前和之後，對患有COVID-19的患者的腸道微生物組成的主座標分析。圖5B：多樣性和豐富度。圖5C：在病毒清除後1個月和6個月時COVID-19患者的腸道微生物群的分析。圖5D：前5個門和前10個微生物屬的平均相對豐度。圖5E：在來自住院患者以及在陰性SARS-CoV-2後的1個月和長於6個月內他們的隨訪的糞便中檢測到的前5個門和前10個微生物屬。
[圖6]：使用抗生素的住院患者和對於鼻咽拭子中病毒RNA的陰性RT-qPCR後他們的隨訪糞便以及非COVID-19個體的腸道微生物群的組成差異。圖6A：與非COVID-19受試者相比，在針對SARS-CoV-2的RT-qPCR呈陰性之前和之後，有使用抗生素的COVID-19患者的腸道微生物群組成的主座標分析。圖6B：與非COVID-19受試者相比，在針對SARS-CoV-2的RT-qPCR呈陰性後6個月，使用或未用抗生素的COVID-19患者的腸道微生物群組成的主座標分析。
[圖7]：在病毒清除後不同時間點隨訪樣品的腸道微生物群的組成差異。圖7A：在1個月和6個月的隨訪樣品中差異最大的前7個門。圖7B：在1個月和6個月的隨訪樣品中差異最大的前10個屬。圖7C：在1個月和6個月的隨訪樣品中差異最大的前20個物種。圖7D：在針對SARS-CoV-2的RT-qPCR呈陰性後1個月、6個月和9個月時COVID-19患者的腸道微生物群組成的主座標分析。圖7E：在1個月、6個月和9個月時COVID-19患者中腸道微生物群的多樣性和豐富度。圖7F：在1個月、6個月和9個月時COVID-19患者中腸道微生物群的分析。
[圖8]：在68名具有連續糞便樣品的患者中病毒清除後的新冠肺炎長期綜合後遺症(PACS)。圖8A：在急性COVID-19後6個月時前16種症狀的發病率。圖8B：與PACS發展相關的因素的多變數分析。中心點表示平均值，方框表示上四分位距和下四分位距。
[圖9]：在基線和病毒清除後不同時間點的隨訪樣品的腸道微生物群的組成差異。圖9A：與非COVID-19受試者相比，在針對SARS-CoV-2的RT-qPCR呈陰性之前和之後具有或沒有PACS的COVID-19患者的腸道微生物群組成的主座標分析。圖9B：與非COVID-19受試者相比，在基線時COVID-19患者中腸道微生物群的多樣性和豐富度分析。圖9C：與非COVID-19受試者相比，在6個月隨訪時COVID-19患者中腸道微生物群的多樣性和豐富度分析。圖9D：在具有或沒有PACS的COVID-19患者中從基線至病毒清除後6個月隨訪中腸道微生物群組成變化。圖9E：在基線時具有PACS的康復患者的腸道微生物組的Lefse分析。
[圖10]：與腸道細菌組成相關的六分鐘步行距離(6MWD)。圖10A：具有或沒有PACS的COVID-19患者中的6MWD。圖10B：在6個月隨訪時COVID-19患者中的細菌物種與6MWD的關聯(來自MaAsLin的線性混合模型)。
[圖11]：在6個月時具有或沒有任何持續性症狀的COVID-19患者入院時的腸道微生物群組成。圖11A：在清除SARS-CoV-2後6個月時具有或沒有任何持續性症狀的COVID-19患者的腸道微生物群組成的主座標分析。圖11B：在住院期間確認針對SARS-CoV-2的陽性RT-qPCR後第一糞便樣品的腸道微生物群組成。圖11C：如通過MaAsLin和多變數線性模型測定的COVID-19康復患者的持續性症狀與基線微生物特徵之間的關聯(P＜0.05)。圖11D：腸道微生物組與PACS發展之間關聯的示意圖。 定義
如本文所用，術語“SARS-CoV-2或嚴重急性呼吸綜合症冠狀病毒2”是指引起冠狀病毒疾病2019(COVID-19)的病毒。它也被稱為“COVID-19病毒”。
術語“新冠肺炎長期綜合後遺症(PACS)”或“長新冠”用於描述這樣的醫學病況，其中已經從COVID康復的患者(如在至少2周之前(例如，至少3周或4周之前)由陰性PCR報告所指示的)仍持續且穩定地表現出疾病的一種或多種症狀而沒有任何顯著進展。所述症狀可包括呼吸症狀(咳嗽、痰、鼻塞/流鼻涕、氣促)，神經精神症狀(頭痛、頭暈、味覺喪失、嗅覺喪失、焦慮、注意力集中困難、睡眠困難、悲傷、記憶力差、視力模糊)，胃腸症狀(噁心、腹瀉、腹痛、上腹痛)，皮膚病學症狀(脫髮)或肌肉骨骼症狀(關節痛、肌肉痛)以及疲勞。
本文所用的術語“抑制(inhibiting)”或“抑制(inhibition)”是指對目標生物過程，例如目標基因的RNA/蛋白表達、目標蛋白的生物活性、細胞信號轉導、細胞增殖、有機體尤其是微生物的存在/水準、任何可測量的生物標誌物、生物參數或受試者中的症狀等的任何可檢測的負面影響。通常，抑制反映為當與對照相比時，目標過程(例如，受試者的體重，或血糖/膽固醇水準，或受試者中的任何可測量的症狀或生物標誌物，例如受試者中的致病性感染因子的感染率)，或者以上提及的下游參數中的任一個的至少10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%或更多的減少。“抑制”還包括100%的減少，即目標生物過程或信號的完全消除、預防或廢除。其它相關術語，例如“阻抑(suppressing)”、“阻抑(suppression)”、“減少(reducing)”和“減少(reduction)”在本公開內容中以類似的方式用於指不同水準的減少(例如，與對照水準相比至少10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%或更多的減少)，直至完全清除目標生物過程或信號。另一方面，術語，例如“啟動(activate)”、“啟動(activating)”、“啟動(activation)”、“增加(increase)”、“增加(increasing)”、“促進(promote)”、“促進(promoting)”、“提高(enhance)”、“提高(enhancing)”或“提高(enhancement)”在本公開內容中用於涵蓋目標過程、信號或參數的不同水準的正變化(例如，與對照水準相比至少約5%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、100%、200%或更大，例如3倍、5倍、8倍、10倍、20倍的增加)。
如本文所用，術語“治療(treatment)”或“治療(treating)”包括針對疾病或病況的存在或者以後發展此類疾病或病況的風險採取的治療性和預防性措施。其涵蓋用於緩解持續存在的症狀、抑制或減緩疾病進展、延遲症狀發作或消除或減少由此類疾病或病況引起的副作用的治療性或預防性措施。在本上下文中的預防措施及其變化不需要100%消除事件的發生；相反，它們是指阻抑或降低這種發生的可能性或嚴重性或者延遲這種發生。
術語疾病的“嚴重程度”是指疾病進展以對患有該疾病的患者的福祉和健康造成有害影響的水準和程度，例如短期和長期的身體、精神和心理障礙，直到並且包括患者的死亡。疾病的嚴重程度可以反映在必需的治療和維持措施的性質和數量、患者康復所需的持續時間、可能康復的程度、患者完全康復的百分比、需要長期護理的患者的百分比和死亡率中。
接受本發明的組合物或治療方法的“患者”或“受試者”是已經被診斷患有COVID-19(例如，具有針對SARS-COV2的陽性核酸和/或抗體測試結果)並且需要被治療以解決PACS症狀或預防這種症狀發作的任何年齡、性別和種族背景的人，包括成人和青少年。通常，接受根據本發明的方法的治療以預防或治療長新冠症狀的患者或受試者不再另外需要相同治療劑的治療。例如，如果受試者正在接受根據所要求保護的方法的共生組合物，則該受試者不患有已知由相同治療劑治療的任何疾病。儘管患者可以是任何年齡，但在一些情況下，患者是至少20歲、30歲、40歲、45歲、50歲、55歲、60歲、65歲、70歲、75歲、80歲或85歲；在一些情況下，患者可以是20至30歲、30至40歲、40至45歲、或50至65歲、或65至85歲。“兒童”受試者是18歲以下的受試者，例如，約5-17歲、9歲或10-17歲、或12-17歲，包括小於約12個月，例如，小於約10個月、8個月、6個月、4個月或2個月的“嬰兒”，而“成人”受試者是18歲以上的受試者。
本文所用的術語“有效量”是指產生預期(例如，治療性或預防性)效果的施用物質的量。所述效果包括預防、校正或抑制特定疾病/病況的症狀和相關併發症進展至任何可檢測的程度，例如疾病的發生率、感染率、病毒或細菌感染的一種或多種症狀和相關病症(例如COVID-19)。確切的量將取決於治療的目的，並且將由本領域技術人員使用已知技術來確定(參見，例如，Lieberman, Pharmaceutical Dosage Forms(第1卷-第3卷, 1992)；Lloyd, The Art, Science and Technology of Pharmaceutical Compounding(1999)；以及Pickar, Dosage Calculations(1999))。
術語“約”在提及給定值使用時表示涵蓋該值的±10%的範圍。
“藥學上可接受的”或“藥理學上可接受的”賦形劑是這樣的物質，其不是生物學上有害的或在其他方面不合需要的，即賦形劑可以與生物活性劑一起施用至個體而不引起任何不合需要的生物效應。賦形劑也不會以有害的方式與包含它的組合物的任何組分相互作用。
術語“賦形劑”是指可存在於本發明組合物的最終劑型中的任何基本上的輔助物質。例如，術語“賦形劑”包括媒介物、黏合劑、崩解劑、填充劑(稀釋劑)、潤滑劑、助流劑(流動增強劑)、壓縮助劑、著色劑、甜味劑、防腐劑、懸浮劑/分散劑、成膜劑/包衣劑、調味劑和印刷用油墨。
當在描述含有一種活性成分或多種活性成分的組合物的上下文中使用時，術語“基本上由....組成”是指以下事實：所述組合物不含有具有活性成分的任何類似或相關生物活性或者能夠增強或阻抑活性的其它成分，而一種或多種非活性成分，例如生理學上或藥學上可接受的賦形劑可存在於組合物中。例如，有效治療受試者中的PACS的基本上由活性劑(例如，表1中的一種或多種細菌物種)組成的組合物是這樣的組合物，其不含有可以對同一目標過程(例如，PACS症狀中的任一種)具有任何可檢測的積極或消極作用，或者可以增加或降低接受受試者中的相關症狀的任何可測量程度的任何其它試劑。

Claims (28)

  1. 一種用於治療受試者中的新冠肺炎長期綜合後遺症(PACS)的組合物，其包含有效量的(1)選自表1以及長雙歧桿菌( Bifidobacterium longum)、韋氏布勞特氏菌( Blautia wexlerae)和假小鏈雙歧桿菌( Bifidobacterium pseudocatenulatum)的一種或多種有益細菌物種；以及(2)生理學上可接受的賦形劑。
  2. 如請求項1所述的組合物，其還包含選自表3的一種或多種有益細菌物種。
  3. 如請求項1或2所述的組合物，其包含總共約10 6至約10 12個菌落形成單位(CFU)的有益細菌物種。
  4. 如請求項1-3中任一項所述的組合物，其不包含可檢測量的表4中的任何細菌物種。
  5. 如請求項1-4中任一項所述的組合物，其包含有效量的以下一種或多種不同的有益細菌物種：長雙歧桿菌、韋氏布勞特氏菌、假小鏈雙歧桿菌、普氏棲糞桿菌( Faecalibacterium prausnitzii)和 Fusicatenibacter saccharivorans。
  6. 如請求項1-4中任一項所述的組合物，其包含有效量的 (i) Agathobaculum butyriciproducens、假小鏈雙歧桿菌、人羅斯拜瑞氏菌( Roseburia hominis)、 Anaerostipes hadrus、小類桿菌 CAG:357和直腸真桿菌( Eubacterium rectale)； (ii) Agathobaculum butyriciproducens、假小鏈雙歧桿菌、人羅斯拜瑞氏菌和 Asaccharobacter celatus； (iii) Agathobaculum butyriciproducens、人羅斯拜瑞氏菌、 Anaerostipes hadrus和伴生糞球菌( Coprococcus comes)； (iv) Agathobaculum butyriciproducens、假小鏈雙歧桿菌、人羅斯拜瑞氏菌、 Anaerostipes hadrus和腐爛別樣桿菌( Alistipes putredinis)； (v) Agathobaculum butyriciproducens、 Anaerostipes hadrus、真桿菌 CAG:274和產甲酸多爾氏菌( Dorea formicigenerans)；或 (vi) Agathobaculum butyriciproducens、人羅斯拜瑞氏菌、直腸真桿菌、甲酸芽殖菌( Gemmiger formicilis)、凸腹真桿菌( Eubacterium ventriosum)和產甲酸多爾氏菌。
  7. 如請求項1-4中任一項所述的組合物，其包含有效量的以下一種或多種不同的產丁酸鹽細菌物種：食葡糖羅斯拜瑞氏菌( Roseburia inulinivorans)、普氏棲糞桿菌和人羅斯拜瑞氏菌。
  8. 如請求項1-7中任一項所述的組合物，其基本上由有效量的(1)一種或多種有益細菌物種；(2)一種或多種生理學上可接受的賦形劑組成。
  9. 如請求項1-8中任一項所述的組合物，其被配製用於口服攝取。
  10. 如請求項9所述的組合物，其呈食品或飲料物品的形式。
  11. 如請求項1-8中任一項所述的組合物，其被配製用於直接沉積到所述受試者的胃腸道。
  12. 一種治療或預防受試者中的PACS的方法，其包括向所述受試者施用有效量的請求項1-11中任一項所述的組合物。
  13. 如請求項12所述的方法，其中所述受試者已經發展了PACS或尚未發展PACS。
  14. 如請求項12或13所述的方法，其中所述施用步驟包括向所述受試者施用包含有益細菌物種的一種組合物。
  15. 如請求項12-14中任一項所述的方法，其中所述施用步驟包括向所述受試者施用兩種或更多種組合物，每種組合物包含一種或多種所述有益細菌物種。
  16. 如請求項12-15中任一項所述的方法，其中所述施用步驟包括口服攝取所述組合物。
  17. 如請求項12-15中任一項所述的方法，其中所述施用步驟包括直接沉積到所述受試者的胃腸道。
  18. 如請求項12-17中任一項所述的方法，其中施用以下細菌物種的組合： (i) Agathobaculum butyriciproducens、假小鏈雙歧桿菌、人羅斯拜瑞氏菌、 Anaerostipes hadrus、小類桿菌 CAG:357、直腸真桿菌、產氣柯林斯菌( Collinsella aerofaciens)、甲酸芽殖菌、厚壁菌門細菌( Firmicutes bacterium) CAG:83、伴生糞球菌、普氏棲糞桿菌、真桿菌 CAG:274、 Ruthenibacterium lactatiformans、柔嫩梭菌( Clostridium leptum)、腐爛別樣桿菌、凸腹真桿菌、顫桿菌克 57_20( Oscillibacter sp. 57_20)、 Fusicatenibacter saccharivorans、厭氧丁酸菌( Anaerobutyricum hallii)和產甲酸多爾氏菌的一種或多種不同的有益細菌物種，用於預防或緩解疲勞； (ii) Agathobaculum butyriciproducens、假小鏈雙歧桿菌、人羅斯拜瑞氏菌、產氣柯林斯菌、甲酸芽殖菌、普氏棲糞桿菌、柔嫩梭菌、顫桿菌克 57_20、 Adlercreutzia equolifaciens subsp. celatus、產液阿德勒克羅伊茨菌( Adlercreutzia equolifaciens)和扭鏈瘤胃球菌( Ruminococcus torques)的一種或多種不同的有益細菌物種，用於預防或緩解胃腸症狀； (iii) Agathobaculum butyriciproducens、人羅斯拜瑞氏菌、 Anaerostipes hadrus、小類桿菌 CAG:357、直腸真桿菌、甲酸芽殖菌、厚壁菌門細菌 CAG:83、伴生糞球菌、普氏棲糞桿菌、真桿菌 CAG:274、 Ruthenibacterium lactatiformans、凸腹真桿菌、顫桿菌克 57_20、 Adlercreutzia equolifaciens subsp. celatus、產液阿德勒克羅伊茨菌、 Ruminococcus bicirculans、腸道巴恩斯氏菌( Barnesiella intestinihominis)、細枝真桿菌( Eubacterium ramulus)和小牛乳球菌( Lactococcus petauri)的一種或多種不同的有益細菌物種，用於預防或緩解神經症狀； (iv) Agathobaculum butyriciproducens、假小鏈雙歧桿菌、人羅斯拜瑞氏菌、 Anaerostipes hadrus、小類桿菌 CAG:357、直腸真桿菌、產氣柯林斯菌、甲酸芽殖菌、厚壁菌門細菌 CAG:83、普氏棲糞桿菌、真桿菌 CAG:274、 Ruthenibacterium lactatiformans、柔嫩梭菌、腐爛別樣桿菌、凸腹真桿菌、顫桿菌克 57_20和產液阿德勒克羅伊茨菌的一種或多種不同的有益細菌物種，用於預防或緩解呼吸症狀； (v) Agathobaculum butyriciproducens、人羅斯拜瑞氏菌、 Anaerostipes hadrus、小類桿菌 CAG:357、直腸真桿菌、甲酸芽殖菌、普氏棲糞桿菌、真桿菌 CAG:274、腐爛別樣桿菌、凸腹真桿菌、顫桿菌克 57_20、產甲酸多爾氏菌、 Adlercreutzia equolifaciens subsp. celatus、產液阿德勒克羅伊茨菌、食葡糖羅斯拜瑞氏菌和酸奶瘤胃球菌( Ruminococcus lactaris)的一種或多種不同的有益細菌物種，用於預防或緩解肌肉骨骼症狀；或者 (vi) Agathobaculum butyriciproducens、人羅斯拜瑞氏菌、 Anaerostipes hadrus、小類桿菌 CAG:357、直腸真桿菌、甲酸芽殖菌、普氏棲糞桿菌、凸腹真桿菌、產甲酸多爾氏菌、食葡糖羅斯拜瑞氏菌和酸奶瘤胃球菌的一種或多種不同的有益細菌物種，用於預防或緩解脫髮。
  19. 一種用於治療或預防受試者的PACS的試劑盒，其包含多種組合物，所述組合物各自包含有效量的選自表1和表3以及長雙歧桿菌、韋氏布勞特氏菌和假小鏈雙歧桿菌的一種或多種有益細菌物種。
  20. 如請求項19所述的試劑盒，其包含多種組合物，所述組合物各自包含有效量的一種或多種不同的有益細菌物種，所述有益細菌物種選自長雙歧桿菌、韋氏布勞特氏菌、假小鏈雙歧桿菌、普氏棲糞桿菌和 Fusicatenibacter saccharivorans。
  21. 如請求項19所述的試劑盒，其包含多種組合物，所述組合物各自包含有效量的以下組合中的任一種： (i) Agathobaculum butyriciproducens、假小鏈雙歧桿菌、人羅斯拜瑞氏菌、 Anaerostipes hadrus、小類桿菌 CAG:357和直腸真桿菌； (ii) Agathobaculum butyriciproducens、假小鏈雙歧桿菌、人羅斯拜瑞氏菌和 Asaccharobacter celatus； (iii) Agathobaculum butyriciproducens、人羅斯拜瑞氏菌、 Anaerostipes hadrus和伴生糞球菌； (iv) Agathobaculum butyriciproducens、假小鏈雙歧桿菌、人羅斯拜瑞氏菌、 Anaerostipes hadrus和腐爛別樣桿菌； (v) Agathobaculum butyriciproducens、 Anaerostipes hadrus、真桿菌 CAG:274和產甲酸多爾氏菌；或者 (vi) Agathobaculum butyriciproducens、人羅斯拜瑞氏菌、直腸真桿菌、甲酸芽殖菌、凸腹真桿菌和產甲酸多爾氏菌。
  22. 如請求項19所述的試劑盒，其包含多種組合物，所述組合物各自包含有效量的以下一種或多種不同的產丁酸鹽細菌物種：食葡糖羅斯拜瑞氏菌、普氏棲糞桿菌和人羅斯拜瑞氏菌。
  23. 如請求項19-22中任一項所述的試劑盒，其中所述組合物呈粉劑、液體、糊劑、霜劑、片劑或膠囊的形式。
  24. 一種用於評估受試者中的PACS的風險的方法，其包括： (1)在來自所述受試者的糞便樣品中測定表2中列出的一種或多種細菌物種的水準或相對豐度； (2)在來自包含具有和沒有PACS的COVID-19患者的參考群組在初始診斷COVID-19時的糞便樣品中測定相同細菌物種的水準或相對豐度； (3)使用從步驟(2)獲得的數據通過隨機森林模型生成決策樹，並將來自步驟(1)的一種或多種細菌物種的水準或相對豐度沿著所述決策樹運行以生成評分；以及 (4)將評分大於0.5的受試者確定為具有增加的PACS風險，並且將評分不大於0.5的受試者確定為不具有增加的PACS風險。
  25. 如請求項24所述的方法，其中步驟(1)和(2)中的每一個都包括宏基因組測序。
  26. 如請求項24所述的方法，其中步驟(1)和(2)中的每一個都包括聚合酶鏈式反應(PCR)。
  27. 如請求項26所述的方法，其中所述PCR是定量PCR(qPCR)。
  28. 如請求項24-27中任一項所述的方法，其中所述細菌物種包括以下的一種或多種：長雙歧桿菌、韋氏布勞特氏菌、假小鏈雙歧桿菌、普氏棲糞桿菌和 Fusicatenibacter saccharivorans。
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