TW202321286A - 抗p75ntr嵌合抗原受體 - Google Patents

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Abstract

本發明係關於嵌合抗原受體(CAR),特定言之在免疫細胞(例如Treg)中表現之CAR,及其等在療法中之用途。特定言之,本發明提供一種包含特異性結合於p75NTR之抗原識別域之CAR。

Description

抗P75NTR嵌合抗原受體
本發明大體上係關於嵌合抗原受體、p75NTR生物學及諸如治療特徵在於神經元損傷、神經發炎或神經退化之神經病症的相關療法的領域。更特定言之,本發明提供包含結合至p75NTR之抗原識別域且在免疫細胞(例如Treg)中表現之嵌合抗原受體(CAR)。該等免疫細胞在與p75NTR表現細胞及/或可溶p75NTR之積聚相關之疾病及病狀中具有治療性用途。本發明進一步提供編碼該等CAR之核酸分子及含有該等核酸分子之載體,其可用於修飾例如免疫細胞之宿主細胞以表現CAR。
免疫療法新興作為治療多種病狀之有益方法,該等病狀範圍為癌症、自體免疫及發炎疾病至預防實體器官移植排斥。特定言之,過繼性細胞免疫療法(ACT)領域之臨床活性有所增加,尤其在調節T細胞(Treg)細胞療法中,跨越自體免疫及發炎空間。
對於許多與發炎相關之諸如神經退化之疾病,目前治療方法極少,且預後不佳。舉例而言,肌萎縮性側索硬化(ALS),亦稱為運動神經元疾病或Lou Gehrig疾病,為一種破壞性神經退化性疾病,其特徵在於上層(自皮層投射至腦幹之神經元)及下層(自腦幹或脊髓投射至肌肉之神經元)運動神經元均退化,導致肌無力及最終的呼吸衰竭。
ALS被定義為一種『孤兒病』,在北美及歐洲每年的發病率約為每100,000人有1.5-5人。中值存活期為症狀出現後的2-5年,死亡通常由呼吸衰竭引起。平均發病年齡為56歲,但ALS可影響任何年齡的人,且在男性中更為常見,男女比約為3比2。
當前對ALS患者之標準護理為藉由藥理學及非藥理學干預來管理症狀及提高生活品質的多學科方法。儘管已評估超過五十種具有不同作用機制之藥物來治療ALS,但僅有兩種化合物,亦即利魯唑(Riluzole)及依達拉奉(Edaravone)在美國上市,療效非常有限(利魯唑在治療18個月後與安慰劑相比將存活期延長了約3個月(Bensimon等人, 1994, N Engl J Med, 330:585-591)),且僅利魯唑獲准在英國使用,留下了相當大的未滿足需求。
該情況與諸如額顳葉型失智症(FTD)、進行性核上麻痹(PSP)、帕金森氏症(Parkinson's disease)、阿茲海默氏症(Alzheimer's disease)、杭丁頓氏症(Huntington's Disease)及多發性硬化症之與發炎相關之其他神經退化性疾病類似,且對可減緩此等疾病之進展且延長存活期的產品的需求極大。
儘管此等疾病之病因尚未經完全瞭解,但神經系統發炎(「神經發炎」)為疾病之常見病理標誌,且可能尤其有害,尤其在長期持續時。舉例而言,在ALS中,神經元損傷部位最重要的臨床發現為神經發炎,此係由小神經膠質細胞(CNS內之常駐巨噬細胞)、星形膠質細胞的活化以及單核球及T細胞浸潤引起(Zhao, Beers, & Appel, 2013, Journal of Neuroimmune Pharmacology, 8(4), 888-899)。此已藉由檢查ALS患者樣品(脊髓、大腦、CSF樣品)以及使用基因轉殖小鼠疾病模型得到證實,其中最突出的模型為mSOD1模型。
CD4+Foxp3+調節T細胞(Treg)係一種淋巴細胞亞群,其藉由抑制包括諸如巨噬細胞及樹突狀細胞之骨髓細胞之各種效應免疫細胞亞群的功能,對維持顯性免疫耐受性至關重要。另外,亦已知Treg促進組織修復及再生。Treg能夠藉由多種接觸依賴及非依賴性機制賦予免疫耐受性。此等機制包括諸如IL-10、TGF-β及IL-35之抗炎可溶性介質之產生、IL-2之消耗、諸如CTLA-4之負調節細胞表面受體之表現及直接或間接藉由APC靶向T細胞。重要的是,一旦活化,Treg可以非抗原特異性方式(旁觀者抑制)抑制免疫反應,即一旦活化,Treg具有調節局部免疫微環境及抑制發炎的能力。此外,它們可賦予免疫系統之其他細胞抑制表型,此過程稱為「感染耐受」。
ALS中之Treg與疾病之進展速率相關。在正常的CNS中,靜息的小神經膠質細胞及Treg提供對神經元環境的免疫監視。在ALS之早期階段,具有M2表型之小神經膠質細胞具有神經保護作用。然而,隨著疾病進展,神經元釋放錯誤摺疊的蛋白質(通常歸因於蛋白質編碼中之基因突變而錯誤摺疊),包括突變體SOD1、突變體FUS、突變體TDP-43及衍生自擴展C9orf72之二肽重複蛋白(DPR)(Ferrara等人, 2018, Front Neurosci, 12: 574)。此等蛋白質誘導具有M1表型之小神經膠質細胞活化。M1小神經膠質細胞產生促炎細胞介素,釋放活性含氧物(ROS)且活化星形膠質細胞,它們的作用相同。在疾病之早期階段,Treg可將此等M1小神經膠質細胞極化回保護性M2表型,且它們亦可抑制T效應細胞(Teff)之誘導。然而,在後期,Treg之免疫反應轉移至T輔助(Th)1/Th17細胞,且M1小神經膠質細胞不再極化為M2表型(Machhi等人, 2020, Mol. Neurodegener., 15:32)。此最終導致更多的發炎及神經元損傷(Zhao, Beers, & Appel, 2013, Journal of Neuroimmune Pharmacology, 8(4), 888-899)。此外,隨著ALS進展,Treg數量顯著減少,且細胞逐漸失去其調節功能(Henkel等人, 2013, EMBO Molecular Medicine, 5(1), 64-79;Beers等人, 2017, JCI Insight, 2(5);Sheean等人, 2018, JAMA Neurology, 75(6), 681-689)。
非特異性多株Treg已被證明可用於治療自體免疫性疾病、發炎性疾病及神經退化性疾病,包括ALS (Thonhoff等人, 2018, Neurol Neuroimmunol Neuroinflamm, 18;5(4):e465),但此等多株細胞可能與諸如全身免疫抑制之非所需影響相關。
改善免疫病理學及重建發炎疾病耐受性之前景促使人們對基於Treg之免疫療法的臨床研發愈加感興趣。然而,為使Treg免疫療法取得成功,必須制定促進Treg遷移至組織損傷部位並誘導其原位活化的策略。此對於治療與CNS相關之神經退化性病狀尤其具有挑戰性。
p75神經滋養素受體(p75NTR,又名NGFR (神經生長因子受體))或LNGFR(低親和力神經生長因子受體),係腫瘤壞死因子受體(TNFR)超家族之跨膜蛋白。p75NTR之胞外部分帶有四個富含半胱胺酸之胞外域,它們結合其配體,亦即所有四種低親和力之神經滋養素(NGF、BDNF、NT-3、NT-4/5),及高親和力之其前驅體(神經滋養素前體,例如proNGF) (Barker, 1998, Cell Death Differ., 5(5):346-56;Shamovsky等人, 1999, Protein Science, 8:2223-2233)。髓磷脂及類澱粉β及其聚集寡聚物亦結合且活化p75NTR信號傳導(Gentry等人, 2004, Progress in Brain Research, 146:25-39)。
重要的是,P75NTR在CNS中表現,其在此在神經元發育中具有至關重要的作用,且調節重要的神經元過程,如退化、細胞凋亡及細胞存活(Goncharuk等人, 2020, Scientific Reports, 10: 13686)。其在腦之許多細胞中表現,包括運動神經元、寡樹突細胞及許旺氏(Schwann)細胞。其配體,神經滋養素,主要由運動神經元及小神經膠質細胞表現,且因此亦在CNS中表現(Riley等人, 2004, Journal of mol. Histol., 35, 771-783)。p75NTR在成人腦中之表現通常較低(Meeker & Williams, 2014, J Neuroimmune. Pharmacol., 9(5):615-28),但會因損傷/創傷/壓力而上調,且數項研究指出p75NTR及神經滋養素在對CNS損傷之反應中具有很強的作用(舉例而言,Shi等人, 2013, Stem Cells, 31, 2561-2574)。
已在多種神經退化性疾病及衰老相關之神經退化中偵測到p75NTR表現增加。舉例而言,阿茲海默氏症患者海馬組織樣品中p75NTR及proBDNF含量升高,且腦脊髓液中proBDNF/BDNF比率更高,此可能導致死亡及生存機制失衡(Fleitas等人, 2018, Mol. Brain, 11, 68)。在多發性硬化斑塊中,寡樹突細胞及巨噬細胞/小神經膠質細胞表現含量升高的p75NTR (Dowling等人, 1999, Neurology, 53(8):1676-82)。亦已報導杭丁頓氏症患者之表現增加(Brito等人, 2014, J Clin Invest., 124(10):4411-28)。p75NTR在神經退化性病狀下之表現不限於神經元,因為在神經系統內之所有細胞類型(例如小神經膠質細胞及免疫細胞)中均觀察到了增加。另外,在ALS患者之脊髓中觀察到p75NTR表現增加,且SOD1突變小鼠中p75NTR之反義介導之基因減弱延遲了疾病進展(Turner等人, 2003, Journal of Neurochem., 87(3): 752-763)。另一項研究表明,p75NTR之裂解之細胞外域可充當ALS之生物標記。與健康對照相比時,ALS患者尿液中之p75NTR胞外域濃度極大地增加,且p75NTR胞外域之高濃度與ALS疾病的進展相關(Shepheard等人, 2014, PLoS ONE, 9, e87398)。第二項研究證實了此點,其中尿液p75NTR含量歷經時間隨著疾病進展而增加(Shepheard等人, 2017, Neurology, 88(12):1137-1143)。另外,已在ALS之SOD1小鼠模型中觀測到,表現p75NTR之運動神經元的數量隨著疾病進展到末期而增加(Smith等人, 2015, The Journal of Comparative Neurology, 523:1164-1682)。
P75NTR具有許多共受體,且配體結合之下游效應(即神經滋養素及其前驅體之結合)視此等共受體中之哪一個存在而定。因此,p75NTR受體之活化可導致截然不同的功能,例如細胞存活或細胞死亡。
p75NTR在其胞內尾部含有死亡域,但缺乏催化域,且因此依賴與轉接蛋白之相互作用以誘導細胞凋亡且活化NF-κB、Akt及JNK路徑。
p75NTR與cis中發現之諸如肌旋蛋白激酶相關之酪胺酸受體激酶(TrkA、TrkB及TrkC)、分揀蛋白或Nogo受體之其他跨膜受體相互作用。p75NTR介導之對神經元細胞之影響視配體以及與此等共受體之結合及共同信號傳導而定(Roux等人, 2002, Prog Neurobiol., 67(3):203-33) (Meeker & Williams, 2015, Neural Regen Res., 10(5):721-5)。舉例而言,proNGF之結合及與分揀蛋白作為共受體之相互作用表明可在神經元、寡樹突細胞、許旺氏細胞及角質細胞中誘導促凋亡信號傳導(Al-Shawi等人, 2007, Ann. N.Y. Acad. Sci., 1119:208-215) (Truzzi等人, 2011, Cell Death Differ., 18(6):948-58) (Fahnestock & Shekari, 2019, Front Neurosci, 22;13:129)。
另外,p75NTR與細胞內轉接蛋白相關,該等轉接蛋白同樣對其信號傳導發揮重要作用:發現參與FAP-1、RIP2及TRAF6促進細胞存活,而與NRAGE、NADE及NRIF之相互作用似乎與誘導細胞凋亡相關(Roux等人, 2002, Prog. Neurobiol., 67(3):203-33)。
此外,最近的一項研究提出,p75NTR之整體表現量以及p75NTR之寡聚化為另一難題,受體之三聚化降低其活性,且主要受體單體允許神經滋養素配體結合(Anastasia等人, 2015, J. Neurosci., 35(34); 11911-11920)。
然而,已表明聚集的Aβ寡聚物與p75NTR單體以及三聚體相互作用,導致神經元細胞死亡(Yaar等人 1997, J. Clin. Invest., 1;100(9):2333-40) (Yaar等人, 2002, J. Biol. Chem., 8;277(10):7720-5) (Gentry等人, 2004, Prog. Brain. Res., 146:25-39) (Knowles等人, 2009, J. Neurosci., 29(34):10627-10637)。
有趣地,p75NTR信號傳導之另一態樣涉及p75NTR之裂解以進一步調節神經滋養素誘導之信號傳導。Trk受體TrkA及TrkB在與p75NTR結合期間經由NGF活化可導致p75NTR經γ-分泌酶及ADAM17裂解,該裂解移除p75NTR之配體結合細胞外域且將具有生物活性之胞內片段釋放至細胞質中,此可誘導藉由例如與Trk受體之相互作用或NF-κB路徑之活化的下游信號傳導(Jung等人, 2003, J. Biol. Chem., 24;278(43):42161-9) (Kanning等人, 2003, J. Neurosci., 2;23(13):5425-36) (Ceni等人, 2010, J. Cell. Sci., 1:123(Pt 13):2299-307) (Kommaddi等人, 2011) (Matusica等人, 2016)。
諸位發明人已確定,可藉由提供具有包含對p75NTR具有特異性之抗原識別域之嵌合受體的免疫細胞亞群來研發用於治療神經退化性疾病及其他與p75NTR路徑相關(即與p75NTR表現細胞或與可溶性p75NTR之積聚相關)之病狀的通用療法。
特定言之,諸位發明人已發現對p75NTR具有特異性之CAR-Treg在抗原存在下活化。
鑒於熟知之Treg之旁觀者效應及其一經活化,降低免疫反應且調節骨髓細胞及其他免疫細胞亞群的活化狀態的能力,Treg表面上該CAR之表現提供了一種通用療法,其可用於治療與發炎相關之病狀,其中p75NTR在疾病部位局部表現。
舉例而言,在ALS中,對p75NTR具有特異性之CAR-Treg可遷移至CNS中上部及下部運動神經元周圍的發炎性病變,在此處其可調節局部免疫環境,尤其小神經膠質細胞表型。
因此,在一個態樣中,本發明提供一種嵌合抗原受體(CAR),其包含特異性結合於p75NTR (例如結合於人類p75NTR)之抗原識別域。
就此而言,本文提供一種CAR,其包含: a. 包含抗原識別域之胞外域; b. 跨膜域;及 c. 包含胞內信號傳導域之胞內域。
CAR可進一步包含鉸鏈域及/或一或多個共刺激域。術語『鉸鏈域』可與術語『莖域(stalk domain)』互換。鉸鏈域可選自CD28、CD8α、CD4、CD7、CH2CH3、免疫球蛋白或其部分或變異體之鉸鏈區。較佳地,CAR可包含CD8α或CH2CH3鉸鏈域。共刺激域可選自CD28、ICOS、CD134 (OX40)、CD137 (4-1BB)、CD27、或TNFRSF25或其部分或變異體之胞內域。較佳地,CAR可包含CD28共刺激域。
CAR可包含一或多個跨膜域,其可選自CD28、ICOS、CD8α、CD4、CD134 (OX40)、CD137 (4-1BB)、CD3 ζ、CD45、CD9、CD16、CD22、CD33、CD64、CD80、CD86、CD154、CH2CH3或其部分或變異體之跨膜域。較佳地,CAR可包含CD8α或CH2CH3跨膜域。
CAR可包含一或多個選自由以下組成之群的胞內信號傳導域:CD3 ζ信號傳導域或其任何同系物、CD3多肽、syk家族酪胺酸激酶、src家族酪胺酸激酶、CD2、CD5及CD8、或其變異體之部分。較佳地,CAR可包含CD3 ζ信號傳導域。
在一個實施例中,CAR可包含CD8α或CH2CH3鉸鏈域(即來源於CD8α或CH2CH3之鉸鏈域);CD8α或CH2CH3跨膜域(即來源於CD8α或CH2CH3之跨膜域);CD28共刺激域(即來源於CD28之共刺激域);及CD3 ζ信號傳導域(即來源於CD3 ζ之信號傳導域),其中當鉸鏈域為CD8α時,跨膜域為CD8α,且當鉸鏈域為CH2CH3時,跨膜域為CH2CH3。替代地看,在一個實施例中,CAR可包含CD8α鉸鏈域、CD8α跨膜域、CD28共刺激域及CD3 ζ信號傳導域。在一獨立實施例中,CAR可包含CH2CH3鉸鏈域、CH2CH3跨膜域、CD28共刺激域及CD3 ζ信號傳導域。此外,CAR可包含CD28跨膜域(即來源於CD28之跨膜域),尤其與CD28共刺激域組合。
本發明之CAR可包含信號肽及/或報導肽。在一個實施例中,編碼本發明之CAR之聚核苷酸序列可包含編碼藉由自裂解或裂解域連接之報導肽的另一聚核苷酸序列。
此外,CAR之胞內域可包含STAT5關聯基序,JAK1及/或JAK 2結合基序及視情況存在之JAK 3結合基序,較佳地其中CAR之胞內域包含一或多個來自介白素受體(IL)受體之胞內域的序列。
本發明之CAR可包含: (i)        抗原結合域,其包含分別如SEQ ID NO: 3、4及5中所示之VH CDR1、2及3序列及分別如SEQ ID NO: 6、7及8中所示之VL CDR1、2及3序列, (ii)       抗原結合域,其包含分別如SEQ ID NO: 9、10及11中所示之VH CDR1、2及3序列及分別如SEQ ID NO: 12、13及14中所示之VL CDR1、2及3序列, (iii)     抗原結合域,其包含分別如SEQ ID NO: 56、57及58中所示之VH CDR1、2及3序列及分別如SEQ ID NO: 59、60及61中所示之VL CDR1、2及3序列, (iv)     抗原結合域,其包含分別如SEQ ID NO: 66、67及68中所示之VH CDR1、2及3序列及分別如SEQ ID NO: 69、70及71中所示之VL CDR1、2及3序列, (v)       抗原結合域,其包含分別如SEQ ID NO: 84、85及86中所示之VH CDR1、2及3序列及分別如SEQ ID NO: 87、88 (ADN)及89中所示之VL CDR1、2及3序列, (vi)     抗原結合域,其包含分別如SEQ ID NO: 95、96及97中所示之VH CDR1、2及3序列及分別如SEQ ID NO: 98、99 (DDS)及100中所示之VL CDR1、2及3序列,或 (vii)    抗原結合域,其包含分別如SEQ ID NO: 105、106及107中所示之VH CDR1、2及3序列及分別如SEQ ID NO: 108、109 (TSN)及110中所示之VL CDR1、2及3序列, 其中(i)或(ii)之該等CDR序列中之一或多者可視情況包含相對於前述CDR序列之1至3個胺基酸修飾,特定言之其中該等CDR序列中之一或多者可視情況藉由取代、添加或缺失1至3個胺基酸而被修飾。
同樣就此而言,CAR之抗原結合域可包含: (i) 包含如SEQ ID NO: 15中所示之序列或與其具有至少70%序列一致性之序列的VH域,及包含如SEQ ID NO: 16中所示之序列或與其具有至少70%一致性之序列的VL域; (ii) 包含如SEQ ID NO: 17中所示之序列或與其具有至少70%序列一致性之序列的VH域,及包含如SEQ ID NO: 18中所示之序列或與其具有至少70%一致性之序列的VL域, (iii) 包含如SEQ ID NO: 62中所示之序列或與其具有至少70%序列一致性之序列的VH域,及包含如SEQ ID NO: 63中所示之序列或與其具有至少70%一致性之序列的VL域; (iv) 包含如SEQ ID NO: 72中所示之序列或與其具有至少70%序列一致性之序列的VH域,及包含如SEQ ID NO: 73中所示之序列或與其具有至少70%一致性之序列的VL域; (v) 包含如SEQ ID NO: 76中所示之序列或與其具有至少70%序列一致性之序列的VH域,及包含如SEQ ID NO: 77中所示之序列或與其具有至少70%一致性之序列的VL域; (vi) 包含如SEQ ID NO: 90中所示之序列或與其具有至少70%序列一致性之序列的VH域,及包含如SEQ ID NO: 91中所示之序列或與其具有至少70%一致性之序列的VL域; (vii) 包含如SEQ ID NO: 101中所示之序列或與其具有至少70%序列一致性之序列的VH域,及包含如SEQ ID NO: 102中所示之序列或與其具有至少70%一致性之序列的VL域;或 (viii) 包含如SEQ ID NO: 111中所示之序列或與其具有至少70%序列一致性之序列的VH域,及包含如SEQ ID NO: 112中所示之序列或與其具有至少70%一致性之序列的VL域。
此外,CAR之抗原結合域可包含: (i) 如SEQ ID NO: 19中所示之序列或與其具有至少80%一致性之序列; (ii) 如SEQ ID NO: 20中所示之序列或與其具有至少80%一致性之序列; (iii) 如SEQ ID NO: 64中所示之序列或與其具有至少80%一致性之序列; (iv) 如SEQ ID NO: 74中所示之序列或與其具有至少80%一致性之序列; (v) 如SEQ ID NO: 78中所示之序列或與其具有至少80%一致性之序列; (vi) 如SEQ ID NO: 92中所示之序列或與其具有至少80%一致性之序列; (vii) 如SEQ ID NO: 103中所示之序列或與其具有至少80%一致性之序列;或 (viii) 如SEQ ID NO: 113中所示之序列或與其具有至少80%一致性之序列。
在第二態樣中,本發明提供一種編碼根據本發明之CAR之核酸分子。
在一第三態樣中,本發明提供一種包含根據本發明之核酸之載體。載體可進一步包含一種編碼FOXP3多肽或其衍生物或變異體之核酸分子。
在另一態樣中,本發明提供一種包含根據本發明之CAR、核酸分子或載體之細胞。細胞可為免疫細胞或其祖細胞或前驅體。較佳地,細胞可為T細胞或其前驅體,或幹細胞。特定言之,細胞可為Treg或其前驅體,或iPSC細胞。可在細胞群中提供細胞,其形成本發明之另一態樣。細胞可為生產宿主細胞。在一特定實施例中,本發明提供一種包含CAR之Treg,其中CAR之抗原識別域特異性結合於p75NTR。
本發明亦提供一種包含根據本發明之細胞、細胞群或載體之醫藥組合物。
在另一態樣中,本發明提供一種根據本發明之細胞、細胞群或醫藥組合物,其用於療法(例如用於治療及/或預防神經疾病、病症或損傷,諸如神經退化性疾病,或自體免疫或發炎疾病,或用於誘導免疫抑制,或用於促進組織修復及/或組織再生)。療法可為過繼細胞輸入療法。
替代地看,本發明提供一種用於治療及/或預防神經疾病、病症或損傷(諸如神經退化性疾病)或自體免疫或發炎疾病,或用於誘導免疫抑制,或用於促進組織修復及/或組織再生的方法,其中該方法包含投與特定言之包含根據本發明之Treg之細胞,特定言之Treg細胞、細胞群或醫藥組合物。
就此而言,該方法包含以下步驟: (i)        自個體分離或提供富含Treg之細胞樣品; (ii)       向Treg細胞中引入本發明之核酸分子或載體;及 (iii)     向個體投與來自(ii)之Treg細胞。
神經退化性疾病可為肌肉萎縮性側索硬化(ALS)、額顳葉型失智症(FTD)、進行性核上麻痹(PSP)、帕金森氏症或阿茲海默氏症。較佳地,疾病可為ALS。
本發明亦提供根據本發明之細胞、細胞群或醫藥組合物之用途,其用於製造用於在個體中治療及/或預防神經疾病、病症或損傷(諸如神經退化性疾病)或自體免疫或發炎疾病,或用於誘導免疫抑制,或用於促進組織修復及/或組織再生的藥物,特定言之其中該細胞為Treg細胞。
在另一態樣中,本發明提供一種製備根據本發明之細胞之方法,其包含向細胞中引入根據本發明之核酸分子或載體(例如用該核酸分子或載體轉導或轉染細胞)之步驟。細胞可為Treg細胞,且該方法可包含在將核酸分子或載體引入至細胞中之步驟之前或之後分離或提供包含Treg之含有細胞的樣品,及/或自含有細胞之樣品中富集Treg或產生Treg。本發明亦提供一種可藉由此方法獲得之細胞,其形成本發明之另一態樣。
在另一態樣中,本發明提供CAR-Treg之用途,其用於誘導抗發炎小神經膠質細胞表型。替代地看,本發明提供CAR-Treg之用途,其用於誘導M2小神經膠質細胞表型。CAR可為本發明之CAR,亦即,其可包含特異性結合於p75NTR (例如結合於人類p75NTR)之抗原識別域,且其可具有如本文所揭示之CAR之特徵中之任一者。
在另一態樣中,本發明提供CAR-Treg之用途,其用於增加表現抗發炎標記物精胺酸酶-1 (ARG1)之小神經膠質細胞的數量。CAR可為本發明之CAR,亦即,其可包含特異性結合於p75NTR (例如結合於人類p75NTR)之抗原識別域,且其可具有如本文所揭示之CAR之特徵中之任一者。
本發明提供對p75NTR具有特異性之CAR-Treg,其在CNS中表現之p75NTR抗原存在下活化。因此,此等CAR-Treg在治療神經退化性、自體免疫及發炎疾病中具有治療潛能。特定言之,此等經工程改造之Treg對ALS具有治療潛能。
因此,本發明提供一種包含結合至p75NTR之抗原識別域之嵌合抗原受體(CAR)、一種表現CAR之細胞或細胞群(例如Treg)及該細胞或細胞群在治療某些疾病中之用途,該等疾病例如神經退化性疾病,諸如ALS。
「嵌合抗原受體」、「CAR」或「CAR構築體」係指經工程改造之受體,其可賦予細胞(例如免疫細胞,諸如Treg)抗原特異性。特定言之,CAR使得細胞能夠特異性結合於特定抗原,例如諸如靶蛋白之靶分子,因此由CAR之胞內域(包含胞內信號傳導域)產生信號,例如引起細胞活化之信號。CAR亦稱為人工T細胞受體、嵌合T細胞受體或嵌合免疫受體。
CAR之結構為此項技術中熟知的且已生成數代CAR。舉例而言,作為最小CAR可含有胞外抗原特異性靶向區;抗原結合域;靶標結合域或配體結合域,其為CAR之胞外域(亦稱為細胞外域或胞外區域)或形成CAR之胞外域之部分;跨膜域;及胞內信號傳導域(其為胞內域或包含於胞內域內)。然而,CAR可含有其他域以改良其功能,例如一或多個共刺激域以改良T細胞增殖、細胞介素分泌、細胞凋亡抗性及活體內持久性。
因此,嵌合受體或CAR構築體一般包含結合域(其可被視為抗原(亦即靶標)或配體結合域,且術語結合域、抗原結合域及配體結合域在本文中可互換使用);視情況存在之鉸鏈域,其充當間隔子以使結合域延伸遠離表現其之細胞(例如免疫細胞)之質膜;跨膜域;胞內信號傳導域(例如來自TcR錯合物或等效物之CD3分子之ζ鏈(CD3ζ)的信號傳導域);及視情況存在之一或多個共刺激域,其可幫助表現CAR之細胞的信號傳導或功能性。CAR亦可包含信號或前導序列或域,其用以將蛋白質靶向膜且可形成CAR之胞外域之一部分。不同域可直接鍵聯或藉由連接子鍵聯,及/或可存在於不同多肽內,例如彼此連接之二個多肽內。
當CAR結合其靶抗原(亦即p75NTR)時,此導致活化信號穿透表現靶抗原之細胞。因此,CAR引導經工程改造細胞之特異性朝向p75NTR,特定言之朝向表現p75NTR之細胞。
術語「朝向」或「針對」與「對...具有特異性」或「抗」同義。換言之,CAR識別p75NTR靶分子。因此,其意謂CAR能夠特異性結合p75NTR。特定言之,CAR之抗原結合域能夠特異性結合p75NTR (更特定言之當CAR在細胞,尤其免疫效應細胞之表面上表現時)。特異性結合可區別於非特異性結合非靶分子或抗原。因此,表現CAR之細胞經引導或重引導特異性結合表現p75NTR之靶細胞,特定言之在其細胞表面上表現p75NTR之靶細胞。如上所述,CAR能夠結合p75NTR且能夠將信號轉導至表現其之細胞中。細胞可隨後經活化且可在局部環境內發揮抑制效果。抗原結合後之表現CAR之細胞的活化可藉由與不存在抗原之情況下表現CAR之相同細胞相比增加的CD69含量來確定。舉例而言,CD69增加至少10、20、30、40、50、60、70、80或90%。CD69之表現量可使用例如FACS之標準技術使用市售抗體(例如FITC抗人類CD69抗體,Biolegend)來確定。因此,細胞內之CAR功能可藉由表現CAR之細胞之活化狀態來確定,例如藉由確定CD69表現。
「p75NTR」(p75神經滋養素受體)亦稱為NGFR (神經生長因子受體)、TNFRSF16 (腫瘤壞死因子受體超家族,成員16)及CD271。其為腫瘤壞死因子受體(TNFR)超家族之跨膜蛋白。人類p75NTR之胺基酸序列展示於SEQ ID NO: 1中,且小鼠p75NTR之胺基酸序列展示於SEQ ID NO: 2中。
p75NTR之胞外部分帶有四個富含半胱胺酸之胞外域,它們結合其配體,所有四種低親和力的神經滋養素(NGF,BDNF,NT-3,NT-4/5),及高親和力之其前驅體(神經滋養素前體,例如proNGF),(Barker, 1998, Cell Death Differ., 5(5):346-56;Shamovsky等人, 1999, Protein Science, 8:2223-2233)。髓磷脂及類澱粉β及其聚集寡聚物亦結合且活化p75NTR信號傳導(Gentry等人, 2004, Progress in Brain Research, 146:25-39)。熟習此項技術者將理解,表現此等配體中之任一者或其部分之CAR可用以靶向p75NTR。
在一個實施例中,CAR包含以低親和力靶向p75NTR之配體或其部分。換言之,CAR之抗原識別域以低親和力結合至p75NTR。舉例而言,親和力低於100 nM,例如約10 nM、20 nM、30 nM、40 nM、50 nM、60 nM、70 nM、80 nM或90 nM。特定言之,親和力可介於1 nM與5 nM之間、5 nM與10 nM之間、10 nM與20 nM之間、20 nM與30 nM之間或30 nM與40 nM之間。本文所提及之親和力值係藉由表面電漿子共振光譜儀(Biacore)來量測。「親和力」亦可稱為「結合動力學」。因此,在CAR之抗原識別域為針對p75NTR之scFv之情況下,scFv之親和力可低於100 nM,例如約10 nM、20 nM、30 nM、40 nM、50 nM、60 nM、70 nM、80 nM或90 nM。特定言之,親和力可介於1 nM與5 nM之間、5 nM與10 nM之間、10 nM與20 nM之間、20 nM與30 nM之間或30 nM與40 nM之間。
如上所述,結合p75NTR之細胞外域之配體可由γ-分泌酶及ADAM17裂解。當表現本發明之CAR之細胞結合至p75NTR時,其可具有穩定p75NTR受體及預防細胞外域裂解之能力。
p75NTR為多功能受體且調節神經滋養素對神經元發展、存活及可塑性以及細胞凋亡之多種影響。p75NTR之複雜信號傳導之整體尚待闡明,但明顯其反向影響(例如細胞存活及細胞凋亡)由其與多種不同結合搭配物之協同信號傳導引起。
p75NTR在與自體免疫疾病及發炎疾病相關之細胞上表現(例如在ALS中在運動神經元細胞上表現)。熟習此項技術者將理解,當經工程改造以表現本發明之CAR之細胞為Treg細胞或其前驅體時,歸因於Treg細胞之旁觀者效應,抗原可簡單地在發炎或疾病部位存在及/或表現。
ALS之SOD1小鼠模型中已展示,p75NTR之表現隨增加的疾病進展而增加(Smith等人, 2015, The Journal of Comparative Neurology, 523:1164-1682)。
CAR之抗原結合域可衍生自或獲自結合p75NTR (亦即對其具有親和力)之任何蛋白質或多肽。此可為例如如上所述之p75NTR之配體,或p75NTR之生理結合蛋白或其部分,或合成的或衍生的蛋白質。靶分子(亦即p75NTR)可通常在細胞,例如靶細胞(例如運動神經元)或靶細胞附近的細胞(由於旁觀者效應)表面上表現,但不必要。視抗原結合域之性質及特異性而定,CAR可識別可溶分子,亦即p75NTR之經裂解細胞外域。
抗原結合域最常衍生自抗體可變鏈(例如其通常採用scFv之形式),但亦可產生自其他分子,諸如配體或其他結合分子。
CAR通常表現為亦包含信號序列(亦稱為前導序列)且尤其將CAR靶向細胞之質膜之信號序列的多肽。該信號序列將一般位於緊鄰抗原結合域或附近,一般在抗原結合域之上游。CAR之細胞外域或胞外域可因此包含信號序列及抗原結合域。
如上所指出,抗原結合域可為具有特異性識別及結合p75NTR之能力之任何蛋白質或肽。抗原結合域包括p75NTR之任何天然存在、合成、半合成或以重組方式產生之結合搭配物。說明性抗原特異性靶向域包括可溶性或膜結合p75NTR之抗體或抗體片段或衍生物,或配體。
在一實施例中,抗原結合域為抗體或衍生自抗體。抗體衍生結合域可為抗體之片段或抗體之一或多個片段之基因工程改造產物,該片段參與與抗原結合。實例包括可變區(Fv)、互補決定區(CDR)、Fab或F(ab') 2,或輕鏈可變區及重鏈可變區可在單鏈中接合在一起(例如作為scFv)且呈任一方向(例如V L-V H或V H-V L)。V L及/或V H序列可經修飾。特定言之構架區可經修飾(例如經取代,例如以使抗原結合域人類化)。其他實例包括重鏈可變區(VH)、輕鏈可變區(VL)、駱駝抗體(VHH)及單域抗體(sAb)。
在一較佳實施例中,結合域為單鏈抗體(scFv)。scFv可為鼠類、人類或人類化scFv。
關於抗體或其抗原結合片段之「互補決定區」或「CDR」係指抗體之重鏈或輕鏈之可變區中之極可變環。CDR可與抗原構形相互作用且極大程度上決定與抗原之結合(儘管已知一些構架區涉及結合)。重鏈可變區及輕鏈可變區各含有3個CDR。「重鏈可變區」或「VH」係指含有三個插入於被稱為構架區之側接鏈段之間的CDR的抗體的重鏈的片段,該等構架區比CDR更加極度保守且形成骨架以支援CDR。「輕鏈可變區」或「VL」係指含有三個插入於構架區之間的CDR的抗體的輕鏈的片段。
「Fv」係指抗體承載完整抗原結合位點之最小片段。Fv片段由結合至單一重鏈之可變區的單一輕鏈之可變區組成。「單鏈Fv抗體」或「scFv」係指由在任一方向直接或經由肽連接子序列彼此連接之輕鏈可變區及重鏈可變區組成的經工程改造的抗體。
可使用此項技術中熟知之方法製備特異性結合預定抗原亦即p75NTR之抗體。該等方法包括噬菌體呈現、產生人類或人類化抗體之方法、或使用經工程改造以產生人類抗體之基因轉殖動物或植物的方法。可利用部分或完整合成抗體之噬菌體呈現文庫且可針對可結合於靶分子亦即p75NTR之抗體或其片段進行篩選。亦可利用人類抗體之噬菌體呈現文庫。一旦鑑別,可分離及/或確定針對抗體之胺基酸序列或聚核苷酸序列編碼。
抗原識別域可結合,宜特異性結合p75NTR內之一或多個區或抗原決定基。抗原決定基,亦稱為抗原決定子,係由抗原識別域(例如抗體)識別之抗原的部分。換言之,抗原決定基係抗體所結合之抗原的特異片。適合地,抗原識別域結合,宜特異性結合p75NTR內之一個區或抗原決定基。
抗原識別域可包含至少一個CDR (例如CDR3),其可由結合至抗原亦即p75NTR之抗體預測(或該經預測CDR之變異體(例如具有一個、二個或三個胺基酸取代之變異體))。應瞭解,含有三個或更少CDR區(例如單個CDR或甚至其部分)之分子可能夠保持衍生CDR之抗體之抗原結合活性。含有二個CDR區之分子在此項技術中描述為能夠例如採用微型抗體之形式結合於靶抗原(Vaughan及Sollazzo, 2001, Combinational Chemistry & High Throughput Screening, 4, 417-430)。已描述含有單個CDR之分子,其可顯示對靶標之強結合活性(Nicaise等人, 2004, Protein Science, 13: 1882-91)。
就此而言,抗原結合域可包含一或多個可變重鏈CDR,例如一個、兩個或三個可變重鏈CDR。替代地或另外,抗原結合域可包含一或多個可變輕鏈CDR,例如一個、兩個或三個可變輕鏈CDR。抗原結合域可包含三個重鏈CDR及/或三個輕鏈CDR (且更特定言之包含三個CDR之重鏈可變區及/或包含三個CDR之輕鏈可變區),其中至少一個CDR,較佳地所有CDR可來自結合至p75NTR之抗體。
抗原結合域可包含可變重鏈及輕鏈CDR之任何組合,例如一個可變重鏈CDR以及一個可變輕鏈CDR,二個可變重鏈CDR以及一個可變輕鏈CDR,二個可變重鏈CDR以及二個可變輕鏈CDR,三個可變重鏈CDR以及一或二個可變輕鏈CDR,一個可變重鏈CDR以及二個或三個可變輕鏈CDR,或三個可變重鏈CDR以及三個可變輕鏈CDR。較佳地,抗原結合域包含三個可變重鏈CDR (CDR1、CDR2及CDR3)及/或三個可變輕鏈CDR (CDR1、CDR2及CDR3)。
抗原結合域內存在之一或多個CDR可不全來自相同抗體,只要域具有所需結合活性。因此,一個CDR可經預測來自結合至p75NTR之抗體之重鏈或輕鏈,而存在之另一CDR可經預測來自結合至p75NTR之不同抗體。可使用來自不同抗體之CDR之組合,特定言之來自結合至相同所需區或抗原決定基之抗體。
在一尤其較佳實施例中,抗原結合域包含三個經預測來自結合至p75NTR之抗體之可變重鏈序列的CDR及/或三個經預測來自結合至p75NTR之抗體(較佳為相同抗體)之可變輕鏈序列的CDR。
在一實施例中,抗原結合域包含分別如SEQ ID NO. 3、4及5中所示之VH CDR1、2及3序列及分別如SEQ ID NO. 6、7及8中所示之VL CDR1、2及3序列,或CDR在前述序列中任一者可含有1至3個、或更特定言之1或2個胺基酸序列修飾。
更特定言之,在該實施例中,CAR之抗原結合域包含VH域及VL域,該VH域包含如SEQ ID NO. 15中所示之序列或與其具有至少70%序列一致性之序列,該VL域包含如SEQ ID NO. 16中所示之序列或與其具有至少70%序列一致性之序列。
在另一實施例中,抗原結合域包含分別如SEQ ID NO. 9、10及11中所示之VH CDR1、2及3序列及分別如SEQ ID NO. 12、13及14中所示之VL CDR1、2及3序列,或CDR在前述序列中任一者可含有1至3個、或更特定言之1或2個胺基酸序列修飾。
更特定言之,在該實施例中,CAR之抗原結合域包含VH域及VL域,該VH域包含如SEQ ID NO. 17中所示之序列或與其具有至少70%序列一致性之序列,該VL域包含如SEQ ID NO. 18中所示之序列或與其具有至少70%序列一致性之序列。
替代地,在該實施例中,CAR之抗原結合域包含VH域及VL域,該VH域包含如SEQ ID NO. 76中所示之序列或與其具有至少70%序列一致性之序列,該VL域包含如SEQ ID NO. 77中所示之序列或與其具有至少70%序列一致性之序列。
在一實施例中,抗原結合域包含分別如SEQ ID NO. 56、57及58中所示之VH CDR1、2及3序列及分別如SEQ ID NO. 59、60及61中所示之VL CDR1、2及3序列,或CDR在前述序列中任一者可含有1至3個、或更特定言之1或2個胺基酸序列修飾。
更特定言之,在該實施例中,CAR之抗原結合域包含VH域及VL域,該VH域包含如SEQ ID NO. 62中所示之序列或與其具有至少70%序列一致性之序列,該VL域包含如SEQ ID NO. 63中所示之序列或與其具有至少70%序列一致性之序列。
在一實施例中,抗原結合域包含分別如SEQ ID NO. 66、67及68中所示之VH CDR1、2及3序列及分別如SEQ ID NO. 69、70及71中所示之VL CDR1、2及3序列,或CDR在前述序列中任一者可含有1至3個、或更特定言之1或2個胺基酸序列修飾。
更特定言之,在該實施例中,CAR之抗原結合域包含VH域及VL域,該VH域包含如SEQ ID NO. 72中所示之序列或與其具有至少70%序列一致性之序列,該VL域包含如SEQ ID NO. 73中所示之序列或與其具有至少70%序列一致性之序列。
在一實施例中,抗原結合域包含分別如SEQ ID NO. 84、85及86中所示之VH CDR1、2及3序列及分別如SEQ ID NO. 87、88 (ADN)及89中所示之VL CDR1、2及3序列,或CDR在前述序列中任一者可含有1至3個、或更特定言之1或2個胺基酸序列修飾。
更特定言之,在該實施例中,CAR之抗原結合域包含VH域及VL域,該VH域包含如SEQ ID NO. 90中所示之序列或與其具有至少70%序列一致性之序列,該VL域包含如SEQ ID NO. 91中所示之序列或與其具有至少70%序列一致性之序列。
在一實施例中,抗原結合域包含分別如SEQ ID NO. 95、96及97中所示之VH CDR1、2及3序列及分別如SEQ ID NO. 98、99 (DDS)及100中所示之VL CDR1、2及3序列,或CDR在前述序列中任一者可含有1至3個、或更特定言之1或2個胺基酸序列修飾。
更特定言之,在該實施例中,CAR之抗原結合域包含VH域及VL域,該VH域包含如SEQ ID NO. 101中所示之序列或與其具有至少70%序列一致性之序列,該VL域包含如SEQ ID NO. 102中所示之序列或與其具有至少70%序列一致性之序列。
在一實施例中,抗原結合域包含分別如SEQ ID NO. 105、106及107中所示之VH CDR1、2及3序列及分別如SEQ ID NO. 108、109 (TSN)及110中所示之VL CDR1、2及3序列,或CDR在前述序列中任一者可含有1至3個、或更特定言之1或2個胺基酸序列修飾。
更特定言之,在該實施例中,CAR之抗原結合域包含VH域及VL域,該VH域包含如SEQ ID NO. 111中所示之序列或與其具有至少70%序列一致性之序列,該VL域包含如SEQ ID NO. 112中所示之序列或與其具有至少70%序列一致性之序列。
在一實施例中,抗原結合域包含分別如SEQ ID NO. 115、116及117中所示之VH CDR1、2及3序列及分別如SEQ ID NO. 118、119及120中所示之VL CDR1、2及3序列,或CDR在前述序列中任一者可含有1至3個、或更特定言之1或2個胺基酸序列修飾。
更特定言之,在該實施例中,CAR之抗原結合域包含VH域及VL域,該VH域包含如SEQ ID NO. 121中所示之序列或與其具有至少70%序列一致性之序列,該VL域包含如SEQ ID NO. 122中所示之序列或與其具有至少70%序列一致性之序列。
在一實施例中,抗原結合域包含分別如SEQ ID NO. 126、127及128中所示之VH CDR1、2及3序列及分別如SEQ ID NO. 129、130及131中所示之VL CDR1、2及3序列,或CDR在前述序列中任一者可含有1至3個、或更特定言之1或2個胺基酸序列修飾。
更特定言之,在該實施例中,CAR之抗原結合域包含VH域及VL域,該VH域包含如SEQ ID NO. 132中所示之序列或與其具有至少70%序列一致性之序列,該VL域包含如SEQ ID NO. 133中所示之序列或與其具有至少70%序列一致性之序列。
在一實施例中,抗原結合域包含分別如SEQ ID NO. 137、138及139中所示之VH CDR1、2及3序列及分別如SEQ ID NO. 140、141及142中所示之VL CDR1、2及3序列,或CDR在前述序列中任一者可含有1至3個、或更特定言之1或2個胺基酸序列修飾。
更特定言之,在該實施例中,CAR之抗原結合域包含VH域及VL域,該VH域包含如SEQ ID NO. 143中所示之序列或與其具有至少70%序列一致性之序列,該VL域包含如SEQ ID NO. 144中所示之序列或與其具有至少70%序列一致性之序列。
在一實施例中,抗原結合域包含分別如SEQ ID NO. 148、149及150中所示之VH CDR1、2及3序列及分別如SEQ ID NO. 151、152及153中所示之VL CDR1、2及3序列,或CDR在前述序列中任一者可含有1至3個、或更特定言之1或2個胺基酸序列修飾。
更特定言之,在該實施例中,CAR之抗原結合域包含VH域及VL域,該VH域包含如SEQ ID NO. 154中所示之序列或與其具有至少70%序列一致性之序列,該VL域包含如SEQ ID NO. 155中所示之序列或與其具有至少70%序列一致性之序列。
在一實施例中,抗原結合域包含分別如SEQ ID NO. 159、160及161中所示之VH CDR1、2及3序列及分別如SEQ ID NO. 162、163及164中所示之VL CDR1、2及3序列,或CDR在前述序列中任一者可含有1至3個、或更特定言之1或2個胺基酸序列修飾。
更特定言之,在該實施例中,CAR之抗原結合域包含VH域及VL域,該VH域包含如SEQ ID NO. 165中所示之序列或與其具有至少70%序列一致性之序列,該VL域包含如SEQ ID NO. 166中所示之序列或與其具有至少70%序列一致性之序列。
在一實施例中,抗原結合域包含分別如SEQ ID NO. 170、171及172中所示之VH CDR1、2及3序列及分別如SEQ ID NO. 173、174及175中所示之VL CDR1、2及3序列,或CDR在前述序列中任一者可含有1至3個、或更特定言之1或2個胺基酸序列修飾。
更特定言之,在該實施例中,CAR之抗原結合域包含VH域及VL域,該VH域包含如SEQ ID NO. 176中所示之序列或與其具有至少70%序列一致性之序列,該VL域包含如SEQ ID NO. 177中所示之序列或與其具有至少70%序列一致性之序列。
在一實施例中,抗原結合域包含分別如SEQ ID NO. 181、182及183中所示之VH CDR1、2及3序列及分別如SEQ ID NO. 184、185及186中所示之VL CDR1、2及3序列,或CDR在前述序列中任一者可含有1至3個、或更特定言之1或2個胺基酸序列修飾。
更特定言之,在該實施例中,CAR之抗原結合域包含VH域及VL域,該VH域包含如SEQ ID NO. 187中所示之序列或與其具有至少70%序列一致性之序列,該VL域包含如SEQ ID NO. 188中所示之序列或與其具有至少70%序列一致性之序列。
在一實施例中,抗原結合域包含分別如SEQ ID NO. 192、193及194中所示之VH CDR1、2及3序列及分別如SEQ ID NO. 195、196及197中所示之VL CDR1、2及3序列,或CDR在前述序列中任一者可含有1至3個、或更特定言之1或2個胺基酸序列修飾。
更特定言之,在該實施例中,CAR之抗原結合域包含VH域及VL域,該VH域包含如SEQ ID NO. 198中所示之序列或與其具有至少70%序列一致性之序列,該VL域包含如SEQ ID NO. 199中所示之序列或與其具有至少70%序列一致性之序列。
在一實施例中,抗原結合域包含分別如SEQ ID NO. 203、204及205中所示之VH CDR1、2及3序列及分別如SEQ ID NO. 206、207及208中所示之VL CDR1、2及3序列,或CDR在前述序列中任一者可含有1至3個、或更特定言之1或2個胺基酸序列修飾。
更特定言之,在該實施例中,CAR之抗原結合域包含VH域及VL域,該VH域包含如SEQ ID NO. 209中所示之序列或與其具有至少70%序列一致性之序列,該VL域包含如SEQ ID NO. 210中所示之序列或與其具有至少70%序列一致性之序列。
在一實施例中,抗原結合域包含分別如SEQ ID NO. 214、215及216中所示之VH CDR1、2及3序列及分別如SEQ ID NO. 217、218及219中所示之VL CDR1、2及3序列,或CDR在前述序列中任一者可含有1至3個、或更特定言之1或2個胺基酸序列修飾。
更特定言之,在該實施例中,CAR之抗原結合域包含VH域及VL域,該VH域包含如SEQ ID NO. 220中所示之序列或與其具有至少70%序列一致性之序列,該VL域包含如SEQ ID NO. 221中所示之序列或與其具有至少70%序列一致性之序列。
在一實施例中,抗原結合域包含分別如SEQ ID NO. 225、226及227中所示之VH CDR1、2及3序列及分別如SEQ ID NO. 228、229及230中所示之VL CDR1、2及3序列,或CDR在前述序列中任一者可含有1至3個、或更特定言之1或2個胺基酸序列修飾。
更特定言之,在該實施例中,CAR之抗原結合域包含VH域及VL域,該VH域包含如SEQ ID NO. 231中所示之序列或與其具有至少70%序列一致性之序列,該VL域包含如SEQ ID NO. 232中所示之序列或與其具有至少70%序列一致性之序列。
在一實施例中,抗原結合域包含分別如SEQ ID NO. 236、237及238中所示之VH CDR1、2及3序列及分別如SEQ ID NO. 239、240及241中所示之VL CDR1、2及3序列,或CDR在前述序列中任一者可含有1至3個、或更特定言之1或2個胺基酸序列修飾。
更特定言之,在該實施例中,CAR之抗原結合域包含VH域及VL域,該VH域包含如SEQ ID NO. 242中所示之序列或與其具有至少70%序列一致性之序列,該VL域包含如SEQ ID NO. 243中所示之序列或與其具有至少70%序列一致性之序列。
在一實施例中,抗原結合域包含分別如SEQ ID NO. 247、248及249中所示之VH CDR1、2及3序列及分別如SEQ ID NO. 250、251及252中所示之VL CDR1、2及3序列,或CDR在前述序列中任一者可含有1至3個、或更特定言之1或2個胺基酸序列修飾。
更特定言之,在該實施例中,CAR之抗原結合域包含VH域及VL域,該VH域包含如SEQ ID NO. 253中所示之序列或與其具有至少70%序列一致性之序列,該VL域包含如SEQ ID NO. 254中所示之序列或與其具有至少70%序列一致性之序列。
在一實施例中,抗原結合域包含分別如SEQ ID NO. 258、259及260中所示之VH CDR1、2及3序列及分別如SEQ ID NO. 261、262及263中所示之VL CDR1、2及3序列,或CDR在前述序列中任一者可含有1至3個、或更特定言之1或2個胺基酸序列修飾。
更特定言之,在該實施例中,CAR之抗原結合域包含VH域及VL域,該VH域包含如SEQ ID NO. 264中所示之序列或與其具有至少70%序列一致性之序列,該VL域包含如SEQ ID NO. 265中所示之序列或與其具有至少70%序列一致性之序列。
在一實施例中,抗原結合域包含分別如SEQ ID NO. 269、270及271中所示之VH CDR1、2及3序列及分別如SEQ ID NO. 272、273及274中所示之VL CDR1、2及3序列,或CDR在前述序列中任一者可含有1至3個、或更特定言之1或2個胺基酸序列修飾。
更特定言之,在該實施例中,CAR之抗原結合域包含VH域及VL域,該VH域包含如SEQ ID NO. 275中所示之序列或與其具有至少70%序列一致性之序列,該VL域包含如SEQ ID NO. 276中所示之序列或與其具有至少70%序列一致性之序列。
在一實施例中,抗原結合域包含分別如SEQ ID NO. 280、281及282中所示之VH CDR1、2及3序列及分別如SEQ ID NO. 283、284及285中所示之VL CDR1、2及3序列,或CDR在前述序列中任一者可含有1至3個、或更特定言之1或2個胺基酸序列修飾。
更特定言之,在該實施例中,CAR之抗原結合域包含VH域及VL域,該VH域包含如SEQ ID NO. 286中所示之序列或與其具有至少70%序列一致性之序列,該VL域包含如SEQ ID NO. 287中所示之序列或與其具有至少70%序列一致性之序列。
在一實施例中,抗原結合域包含分別如SEQ ID NO. 291、292及293中所示之VH CDR1、2及3序列及分別如SEQ ID NO. 294、295及296中所示之VL CDR1、2及3序列,或CDR在前述序列中任一者可含有1至3個、或更特定言之1或2個胺基酸序列修飾。
更特定言之,在該實施例中,CAR之抗原結合域包含VH域及VL域,該VH域包含如SEQ ID NO. 297中所示之序列或與其具有至少70%序列一致性之序列,該VL域包含如SEQ ID NO. 298中所示之序列或與其具有至少70%序列一致性之序列。
在一實施例中,抗原結合域包含分別如SEQ ID NO. 302、303及304中所示之VH CDR1、2及3序列及分別如SEQ ID NO. 305、306及307中所示之VL CDR1、2及3序列,或CDR在前述序列中任一者可含有1至3個、或更特定言之1或2個胺基酸序列修飾。
更特定言之,在該實施例中,CAR之抗原結合域包含VH域及VL域,該VH域包含如SEQ ID NO. 308中所示之序列或與其具有至少70%序列一致性之序列,該VL域包含如SEQ ID NO. 309中所示之序列或與其具有至少70%序列一致性之序列。
在一實施例中,抗原結合域包含分別如SEQ ID NO. 313、314及315中所示之VH CDR1、2及3序列及分別如SEQ ID NO. 316、317及318中所示之VL CDR1、2及3序列,或CDR在前述序列中任一者可含有1至3個、或更特定言之1或2個胺基酸序列修飾。
更特定言之,在該實施例中,CAR之抗原結合域包含VH域及VL域,該VH域包含如SEQ ID NO. 319中所示之序列或與其具有至少70%序列一致性之序列,該VL域包含如SEQ ID NO. 320中所示之序列或與其具有至少70%序列一致性之序列。
在一實施例中,抗原結合域包含分別如SEQ ID NO. 324、325及326中所示之VH CDR1、2及3序列及分別如SEQ ID NO. 327、328及329中所示之VL CDR1、2及3序列,或CDR在前述序列中任一者可含有1至3個、或更特定言之1或2個胺基酸序列修飾。
更特定言之,在該實施例中,CAR之抗原結合域包含VH域及VL域,該VH域包含如SEQ ID NO. 330中所示之序列或與其具有至少70%序列一致性之序列,該VL域包含如SEQ ID NO. 331中所示之序列或與其具有至少70%序列一致性之序列。
在一實施例中,抗原結合域包含分別如SEQ ID NO. 335、336及337中所示之VH CDR1、2及3序列及分別如SEQ ID NO. 338、339及340中所示之VL CDR1、2及3序列,或CDR在前述序列中任一者可含有1至3個、或更特定言之1或2個胺基酸序列修飾。
更特定言之,在該實施例中,CAR之抗原結合域包含VH域及VL域,該VH域包含如SEQ ID NO. 341中所示之序列或與其具有至少70%序列一致性之序列,該VL域包含如SEQ ID NO. 342中所示之序列或與其具有至少70%序列一致性之序列。
在一實施例中,抗原結合域包含分別如SEQ ID NO. 346、347及348中所示之VH CDR1、2及3序列及分別如SEQ ID NO. 349、350及351中所示之VL CDR1、2及3序列,或CDR在前述序列中任一者可含有1至3個、或更特定言之1或2個胺基酸序列修飾。
更特定言之,在該實施例中,CAR之抗原結合域包含VH域及VL域,該VH域包含如SEQ ID NO. 352中所示之序列或與其具有至少70%序列一致性之序列,該VL域包含如SEQ ID NO. 353中所示之序列或與其具有至少70%序列一致性之序列。
在一實施例中,抗原結合域包含分別如SEQ ID NO. 357、358及359中所示之VH CDR1、2及3序列及分別如SEQ ID NO. 360、361及362中所示之VL CDR1、2及3序列,或CDR在前述序列中任一者可含有1至3個、或更特定言之1或2個胺基酸序列修飾。
更特定言之,在該實施例中,CAR之抗原結合域包含VH域及VL域,該VH域包含如SEQ ID NO. 363中所示之序列或與其具有至少70%序列一致性之序列,該VL域包含如SEQ ID NO. 364中所示之序列或與其具有至少70%序列一致性之序列。
在一實施例中,抗原結合域包含分別如SEQ ID NO. 368、369及370中所示之VH CDR1、2及3序列及分別如SEQ ID NO. 371、372及373中所示之VL CDR1、2及3序列,或CDR在前述序列中任一者可含有1至3個、或更特定言之1或2個胺基酸序列修飾。
更特定言之,在該實施例中,CAR之抗原結合域包含VH域及VL域,該VH域包含如SEQ ID NO. 374中所示之序列或與其具有至少70%序列一致性之序列,該VL域包含如SEQ ID NO. 375中所示之序列或與其具有至少70%序列一致性之序列。
在一實施例中,抗原結合域包含分別如SEQ ID NO. 379、380及381中所示之VH CDR1、2及3序列及分別如SEQ ID NO. 382、383及384中所示之VL CDR1、2及3序列,或CDR在前述序列中任一者可含有1至3個、或更特定言之1或2個胺基酸序列修飾。
更特定言之,在該實施例中,CAR之抗原結合域包含VH域及VL域,該VH域包含如SEQ ID NO. 385中所示之序列或與其具有至少70%序列一致性之序列,該VL域包含如SEQ ID NO. 386中所示之序列或與其具有至少70%序列一致性之序列。
在一實施例中,抗原結合域包含分別如SEQ ID NO. 390、391及392中所示之VH CDR1、2及3序列及分別如SEQ ID NO. 393、394及395中所示之VL CDR1、2及3序列,或CDR在前述序列中任一者可含有1至3個、或更特定言之1或2個胺基酸序列修飾。
更特定言之,在該實施例中,CAR之抗原結合域包含VH域及VL域,該VH域包含如SEQ ID NO. 396中所示之序列或與其具有至少70%序列一致性之序列,該VL域包含如SEQ ID NO. 397中所示之序列或與其具有至少70%序列一致性之序列。
當CDR確實含有胺基酸序列修飾時,此可為上述SEQ ID NO.中所示之CDR序列之胺基酸殘基的刪除、添加或取代。更特定言之,修飾可為胺基酸取代,例如保守胺基酸取代,例如,如上文所闡述。較長的CDR可容許更多胺基酸殘基修飾。在CDR為5或7個胺基酸殘基長度之情況下,修飾可為0、1、2或3個殘基之修飾,例如2個殘基之修飾。一般而言,對於任何特定CDR序列可存在0、1、2或3個修飾。此外,在一實施例中,CDR 1及2可經修飾,且CDR3可未經修飾。在另一實施例中所有3個CDR可經修飾。在另一實施例中,CDR未經修飾。
抗原結合域可呈以任一順序包含如上文所闡述之VH及VL域序列,例如VH-VL的scFV形式。VH及VL序列可藉由連接子序列連接。
就此而言,在一個實施例中,CAR之抗原結合域包含如SEQ ID NO: 19中所示之序列或與其具有至少80%一致性之序列。
在另一實施例中,CAR之抗原結合域包含如SEQ ID NO: 20中所示之序列或與其具有至少80%一致性之序列。
在另一實施例中,CAR之抗原結合域包含如SEQ ID NO: 78中所示之序列或與其具有至少80%一致性之序列。
在另一實施例中,CAR之抗原結合域包含如SEQ ID NO: 64中所示之序列或與其具有至少80%一致性之序列。
在另一實施例中,CAR之抗原結合域包含如SEQ ID NO: 74中所示之序列或與其具有至少80%一致性之序列。
在另一實施例中,CAR之抗原結合域包含如SEQ ID NO: 74中所示之序列或與其具有至少80%一致性之序列。
在另一實施例中,CAR之抗原結合域包含如SEQ ID NO: 92中所示之序列或與其具有至少80%一致性之序列。
在另一實施例中,CAR之抗原結合域包含如SEQ ID NO: 103中所示之序列或與其具有至少80%一致性之序列。
在另一實施例中,CAR之抗原結合域包含如SEQ ID NO: 113中所示之序列或與其具有至少80%一致性之序列。
適合的連接子可容易地選擇,且可為任何適合的長度,諸如1個胺基酸(例如Gly)至30個胺基酸,例如2、3、4、5、6、7、8、9或10個胺基酸中之任一者至12、15、18、20、21、25、30個胺基酸中之任一者,例如5-30、5-25、6-25、10-15、12-25、15至25個等等。
連接子可為例如如下文參考安全開關多肽所論述之連接子。例示性可撓性連接子包括甘胺酸聚合物(G),甘胺酸-絲胺酸聚合物,其中n為至少一的整數,甘胺酸-丙胺酸聚合物,丙胺酸-絲胺酸聚合物及此項技術中已知的其他可撓性連接子,如上文所論述。連接子可包含1或更多個如上文所論述之「GS」域。
因此,在一個實施例中,抗原結合域可包含以下或由以下組成:如SEQ ID NO. 15中所示之序列,其經由序列(X)n之連接子與SEQ ID NO. 16之VL序列連接,其中X為任何胺基酸且n為介於15與25之間的整數。抗原結合域可包含與SEQ ID NO. 19具有至少70%序列一致性之變異體之序列或由其組成。
在另一實施例中,抗原結合域可包含以下或由以下組成:如SEQ ID NO. 17中所示之序列,其經由序列(X)n之連接子與SEQ ID NO. 18之VL序列連接,其中X為任何胺基酸且n為介於15與25之間的整數。抗原結合域可包含與SEQ ID NO. 20具有至少70%序列一致性之變異體之序列或由其組成。
在另一實施例中,抗原結合域可包含以下或由以下組成:如SEQ ID NO. 76中所示之序列,其經由序列(X)n之連接子與SEQ ID NO. 77之VL序列連接,其中X為任何胺基酸且n為介於15與25之間的整數。抗原結合域可包含與SEQ ID NO. 78具有至少70%序列一致性之變異體之序列或由其組成。
在另一實施例中,抗原結合域可包含以下或由以下組成:如SEQ ID NO. 62中所示之序列,其經由序列(X)n之連接子與SEQ ID NO. 63之VL序列連接,其中X為任何胺基酸且n為介於15與25之間的整數。抗原結合域可包含與SEQ ID NO. 64具有至少70%序列一致性之變異體之序列或由其組成。
在另一實施例中,抗原結合域可包含以下或由以下組成:如SEQ ID NO. 72中所示之序列,其經由序列(X)n之連接子與SEQ ID NO. 73之VL序列連接,其中X為任何胺基酸且n為介於15與25之間的整數。抗原結合域可包含與SEQ ID NO. 74具有至少70%序列一致性之變異體之序列或由其組成。
在另一實施例中,抗原結合域可包含以下或由以下組成:如SEQ ID NO. 90中所示之序列,其經由序列(X)n之連接子與SEQ ID NO. 91之VL序列連接,其中X為任何胺基酸且n為介於15與25之間的整數。抗原結合域可包含與SEQ ID NO. 92具有至少70%序列一致性之變異體之序列或由其組成。
在另一實施例中,抗原結合域可包含以下或由以下組成:如SEQ ID NO. 101中所示之序列,其經由序列(X)n之連接子與SEQ ID NO. 102之VL序列連接,其中X為任何胺基酸且n為介於15與25之間的整數。抗原結合域可包含與SEQ ID NO. 103具有至少70%序列一致性之變異體之序列或由其組成。
在另一實施例中,抗原結合域可包含以下或由以下組成:如SEQ ID NO. 111中所示之序列,其經由序列(X)n之連接子與SEQ ID NO. 112之VL序列連接,其中X為任何胺基酸且n為介於15與25之間的整數。抗原結合域可包含與SEQ ID NO. 113具有至少70%序列一致性之變異體之序列或由其組成。
在另一實施例中,CAR構築體可包含如SEQ ID NO. 93、94、104或114中所示之序列或由其組成。
本文所揭示及描述之包括變異體VH、VL及抗原結合域序列之變異序列可與指定SEQ ID NO.具有至少75%、80%、85%、90%、92%、95%、96%、97%、98%或99%序列一致性。
CAR亦較佳包含鉸鏈域以保持胞外域特定言之抗原結合域遠離細胞表面,且包含跨膜域。鉸鏈域及跨膜域可包含來自任何具有鉸鏈域及/或跨膜域之蛋白質之鉸鏈及跨膜序列,該蛋白質包括I型、II型或III型跨膜蛋白中之任一者。鉸鏈域可選自CD28、CD8α、CD4、CD7、CH2CH3、免疫球蛋白或其部分或變異體之鉸鏈區。通常,鉸鏈可來源於CD8,特定言之CD8α,或來自CH2CH3。在一個實施例中,鉸鏈可包含一或多個半胱胺酸殘基例如以允許二硫鍵鍵結。舉例而言,CD8鉸鏈可包含一或多個半胱胺酸殘基,例如一個半胱胺酸殘基、二個半胱胺酸殘基或三個半胱胺酸殘基。
CAR之跨膜域亦可包含人工疏水性序列。CAR之跨膜域可經選擇以免二聚。其他跨膜域對熟習此項技術者而言將為顯而易見。CAR構築體中使用之跨膜(TM)區之實例係:1) CD28 TM區(Pule等人, Mol Ther, 2005, 11月;12(5):933-41;Brentjens等人, CCR, 2007, 9月15日;13(18 Pt 1):5426-35;Casucci等人, Blood, 2013, 11月14日;122(20):3461-72.);2) OX40 TM區(Pule等人, Mol Ther, 2005, 11月;12(5):933-41);3) 41BB TM區(Brentjens等人, CCR, 2007, 9月15日;13(18 Pt 1):5426-35);4). CD3 ζ TM區(Pule等人, Mol Ther, 2005, 11月;12(5):933-41;Savoldo B, Blood, 2009, 6月18日;113(25):6392-402.);5) CD8α TM區(Maher等人, Nat Biotechnol, 2002, 1月;20(1):70-5.;Imai C, Leukemia, 2004, 4月;18(4):676-84;Brentjens等人, CCR, 2007, 9月15日;13(18 Pt 1):5426-35;Milone等人, Mol Ther, 2009, 8月;17(8):1453-64.)。可使用之其他跨膜域包括來自ICOS、CD4、CD45、CD9、CD16、CD22、CD33、CD64、CD80、CD86、CD154或CH2CH3之彼等跨膜域。較佳地,跨膜域可來源於CD8α或CH2CH3。
在一個實施例中,CAR可不包含結合至調節分子之二聚體形成域。調節分子係可結合至CAR中之至少一個二聚體形成域且可阻礙相互作用,或引起一對二聚體形成域之相互作用的任何分子。調節分子之實例包括可溶蛋白質(例如細胞介素、TGF-β、VEGF)或小分子。在另一實施例中,當發生與其他CAR分子之二聚體形成時,二聚體形成可能不受控制。在另一實施例中,CAR與抗原之單價結合可允許表現CAR之細胞之活化。
鉸鏈域宜可與跨膜域獲自相同蛋白質。在一個實施例中,當跨膜域來源於CD8α跨膜域時,鉸鏈域來源於CD8α鉸鏈域。在一替代實施例中,當跨膜域來源於CH2CH3跨膜域時,鉸鏈域來源於CH2CH3鉸鏈域。
舉例而言,跨膜域可來源於CD8α跨膜域且可包含展示為SEQ ID NO: 30之胺基酸序列,其表示人類CD8α之胺基酸183至203,或與SEQ ID NO: 30至少80%一致的變異體。適宜地,變異體可與SEQ ID NO: 30至少85%、90%、95%、97%、98%或99%一致。
替代地,跨膜域可來源於CH2CH3跨膜域且與來源於CH2CH3鉸鏈域之鉸鏈組合。因此,在一實施例中CAR包含展示為SEQ ID NO. 25之CH2CH3跨膜及鉸鏈域序列,或與SEQ ID NO. 25至少80%一致的變異體。變異體可與SEQ ID NO: 25至少80%、85%、90%、95%、97%、98%或99%一致。
CD8α跨膜域可與CD8α鉸鏈域組合。在一實施例中,CAR包含如SEQ ID NO. 31中示出之組合之CD8α鉸鏈及跨膜域序列,或與其具有至少80%序列一致性之其變異體。變異體可與SEQ ID NO: 31至少85%、90%、95%、97%、98%或99%一致。SEQ ID NO. 31包含經修飾鉸鏈域,其相對於野生型CD8α鉸鏈序列包含2個半胱胺酸殘基之胺基酸取代。經修飾CD8α鉸鏈域序列在SEQ ID NO. 28中展示。野生型CD8α鉸鏈域序列在SEQ ID NO. 29中展示。可使用該等鉸鏈序列與SEQ ID NO. 28或29具有至少80%序列一致性之變異體。
在另一實施例中,可使用包含一或多個半胱胺酸殘基之CD8α鉸鏈序列。舉例而言,包含一個、二個、三個、四個或四個以上半胱胺酸殘基之CD8α鉸鏈序列。
可使用之CH2CH3鉸鏈及跨膜序列之實例係SEQ ID NO. 25或與SEQ ID NO. 25至少80%一致的其變異體。變異體可與SEQ ID NO: 25至少85%、90%、95%、97%、98%或99%一致。
替代地,可使用之CD28鉸鏈及跨膜序列之實例係SEQ ID NO. 32或與SEQ ID NO. 32至少80%一致的其變異體。變異體可與SEQ ID NO: 32至少85%、90%、95%、97%、98%或99%一致。
藉助於其他實例,CAR可包含天然或經修飾CD8α鉸鏈域及CD28跨膜域,或CD28鉸鏈域及CD8α跨膜域,例如基於上文給出之序列。
在一個實施例中,可使用包含一或多個半胱胺酸殘基之CH2CH3鉸鏈序列。舉例而言,包含一個、二個、三個、四個或四個以上半胱胺酸殘基之CH2CH3鉸鏈序列。可使用之其他鉸鏈域包括來自CD4、CD7、或免疫球蛋白或其部分或變異體之彼等鉸鏈域。此等鉸鏈域可包含一或多個半胱胺酸殘基,例如一個、二個、三個、四個或四個以上半胱胺酸殘基。
CAR可進一步包含信號(或替代地被稱為前導)序列,該序列將其靶向內質網路徑以在細胞表面上表現。說明性信號/前導序列係如SEQ ID NO. 33中示出之MALPVTALLLPLALLLHAAAP。此與如SEQ ID NO. 24中示出之野生型CD8α序列MALPVTALLLPLALLLHAARP相比包含單個胺基酸取代。可使用此序列或與其具有至少70%序列一致性之變異序列。
如本文所描述之CAR之胞內域包含轉導效應功能信號且引導表現CAR之細胞在抗原結合時執行其特定功能所必需的基序。特定言之,胞內域可包含一或多個(例如二個或三個)基於免疫受體酪胺酸之活化基序(ITAM),通常包含YXXL/I之胺基酸序列,其中X可為任何胺基酸。胞內信號傳導域之實例包括但不限於:T細胞受體之ζ鏈胞內域或其同系物(例如η鏈、FcεR1γ及β鏈、MB1 (Igα)鏈、B29 (Igβ)鏈等)中之任一者;CD3多肽域(Δ、δ及ε);syk家族酪胺酸激酶(Syk、ZAP 70等);src家族酪胺酸激酶(Lck、Fyn、Lyn等);及涉及T細胞轉導之其他分子,諸如CD2、CD5及CD28。胞內信號傳導域可包含人類CD3 ζ鏈胞內域、FcyRIII、FcsRI、Fc受體之細胞質尾、攜帶基於免疫受體酪胺酸之活化基序(ITAM)之細胞質受體,或其組合。
通常,胞內信號傳導域包含人類CD3 ζ鏈之胞內信號傳導域。人類CD3 ζ鏈之胞內信號傳導域之序列在SEQ ID NO. 27中示出。CAR可包含CD3ζ信號傳導域,其包含以下或由以下組成:如SEQ ID NO. 27中所示之序列或與SEQ ID NO: 27具有至少80%、85%、90%、95%、97%、98%或99%一致性的序列。在一實施例中信號傳導域包含SEQ ID NO. 27或由其組成。
可使用之其他信號傳導域包括CD28或CD27或其變異體之信號傳導域。其他胞內信號傳導域將對於熟習此項技術者而言為顯而易見的,且可與本發明之替代實施例結合使用。在一個實施例中,本CAR在胞內域內可不包含來源於41BB之共刺激域。
本CAR可包含複合胞內域,其包含T細胞共刺激分子之胞內部分與例如CD3ζ之胞內部分的融合物。該複合胞內域可被稱為第二代CAR,其可在抗原識別後同步傳輸活化及共刺激信號。最常用之共刺激域係CD28之共刺激域。此提供最強力的共刺激信號-即免疫信號2,其觸發T細胞增殖。CAR胞內域亦可包含一或多個TNF受體家族信號傳導域,諸如ICOS、(CD134) OX40、4-1BB、CD27或TNFRSF25或其部分或變異體之信號傳導域,但CAR較佳可不包含包含CD28及41BB二者之信號傳導域的胞內域。
可被用作共刺激域之CD28之胞內信號傳導域在SEQ ID NO. 26中展示。替代地,可使用如SEQ ID NO. 80中展示之CD28之胞內信號傳導域,其為SEQ ID NO. 26中展示之序列之截短型。OX40、4-1BB、ICOS及TNFRSF25信號傳導域之說明性序列在SEQ ID NO: 34至37中展示。CAR可包含一或多個共刺激域,其包含以下或由以下組成:SEQ ID NO: 26、80、34、35、26或37中之任一者之序列,或與其具有至少80%、85%、90%、95%、97%、98%或99%序列一致性之其變異體。
在一實施例中,CAR包含包含SEQ ID NO. 26或由其組成之共刺激域。
在另一實施例中,CAR包含包含SEQ ID NO. 80或由其組成之共刺激域。
在一個實施例中,CAR包含人類CD8鉸鏈域或其變異體及人類CD8跨膜域。替代地或另外,CAR包含包含人類CD28共刺激域及人類CD3ζ信號傳導域之胞內域。
在一個較佳實施例中,CAR包含如下之鉸鏈、跨膜及胞內(或內)域: (i)        包含以下或由以下組成之CH2CH3鉸鏈及跨膜域序列:如SEQ ID NO. 25中所示之序列,或與其具有至少80%序列一致性之序列; (ii)       包含以下或由以下組成之CD28共刺激域:如SEQ ID NO. 26中所示之序列,或與其具有至少80%序列一致性之序列; (iii)     包含以下或由以下組成之CD3ζ信號傳導域:如SEQ ID NO. 27中所示之序列,或與其具有至少80%序列一致性之序列。
在一替代性較佳實施例中,CAR包含如下之鉸鏈、跨膜及胞內(或內)域: (i)        包含以下或由以下組成之CD8α鉸鏈及跨膜域序列:如SEQ ID NO. 31中所示之序列,或與其具有至少80%序列一致性之序列; (ii)       包含以下或由以下組成之CD28共刺激域:如SEQ ID NO. 26或SEQ ID NO. 80中所示之序列,或與其具有至少80%序列一致性之序列; (iii)     包含以下或由以下組成之CD3ζ信號傳導域:如SEQ ID NO. 27中所示之序列,或與其具有至少80%序列一致性之序列。
在另一較佳實施例中,CAR包含如下之鉸鏈、跨膜及胞內(或內)域: (i)        包含以下或由以下組成之CD8α鉸鏈及跨膜域序列:如SEQ ID NO. 29中所示之序列,或與其具有至少80%序列一致性之序列; (ii)       包含以下或由以下組成之CD28共刺激域:如SEQ ID NO. 26或SEQ ID NO. 80中所示之序列,或與其具有至少80%序列一致性之序列; (iii)     包含以下或由以下組成之CD3ζ信號傳導域:如SEQ ID NO. 27中所示之序列,或與其具有至少80%序列一致性之序列。
如所編碼及表現之CAR可進一步包含包含以下或由以下組成之前導序列:如SEQ ID NO. 24中所示之序列,或與其具有至少80%序列一致性之序列。
CAR之抗原結合域可包含以下或由以下組成:如SEQ ID NO. 19、20、64、74、78、92、103或113中所示之序列,或與其具有至少80%序列一致性,能夠結合p75NTR之序列。
因此,在其整體中一個較佳代表性CAR可包含: (i)        包含以下或由以下組成之前導序列:如SEQ ID NO. 24中所示之序列,或與其具有至少80%序列一致性之序列; (ii)       包含以下或由以下組成之抗原結合域:如SEQ ID NO. 19、20、64、74、92、103或113中所示之序列,或與其具有至少80%序列一致性之序列; (iii)     包含以下或由以下組成之CH2CH3鉸鏈及跨膜域序列:如SEQ ID NO. 25中所示之序列,或與其具有至少80%序列一致性之序列; (iv)     包含以下或由以下組成之CD28共刺激域:如SEQ ID NO. 26中所示之序列,或與其具有至少80%序列一致性之序列; (v)       包含以下或由以下組成之CD3ζ信號傳導域:如SEQ ID NO. 27中所示之序列,或與其具有至少80%序列一致性之序列。
替代的較佳代表性CAR可包含: (i)        包含以下或由以下組成之前導序列:如SEQ ID NO. 24中所示之序列,或與其具有至少80%序列一致性之序列; (ii)       包含以下或由以下組成之抗原結合域:如SEQ ID NO. 78或92中所示之序列,或與其具有至少80%序列一致性之序列; (iii)     包含以下或由以下組成之CD8鉸鏈及跨膜域序列:如SEQ ID NO. 29中所示之序列,或與其具有至少80%序列一致性之序列; (iv)     包含以下或由以下組成之CD28共刺激域:如SEQ ID NO. 80中所示之序列,或與其具有至少80%序列一致性之序列; (v)       包含以下或由以下組成之CD3ζ信號傳導域:如SEQ ID NO. 27中所示之序列,或與其具有至少80%序列一致性之序列。
本發明之CAR可包含以下或由以下組成:如SEQ ID NO. 3-20、22、23、56-79或84-400中所示之序列中之任一者或多者。
CAR能夠結合p75NTR且能夠將信號轉導至表現其之細胞中。
細胞可僅表現一種CAR,亦即,當細胞表現超過一個CAR分子時,此等經表現分子中之每一個的胺基酸序列彼此相同。
本文之CAR之胞內域可含有其他域。舉例而言,其可包含包含STAT5關聯基序,JAK1及/或JAK 2結合基序及視情況存在之JAK 3結合基序的域。在該實施例中,胞內域可包含一或多個來自例如介白素受體(IL)受體之細胞介素受體之胞內域的序列。該等CAR描述於WO2020/044055 (亦以引用之方式併入本文中)。包括該等域賦予CAR向以抗原特異性方式表現其之細胞提供產生性IL信號的能力,無需投與外源性IL。舉例而言,IL-2對Treg細胞之存活、增殖及持久性至關重要,但在需要治療之患者中,IL-2含量可能經常較低或消減。因此,CAR可包含對應於IL受體或諸如IL2受體之其變異體之β鏈胞內域的全部或部分的序列,視情況與IL受體或諸如IL2受體之其變異體之γ鏈胞內域組合。
藉助於實例,CAR胞內域可包含包含來自人類IL-2受體β鏈或其變異體之序列的域,如下: 如SEQ ID NO. 38中所示之序列,其表示人類IL-2受體β鏈(NCBI REFSEQ: NP_000869.1)之胺基酸編號266至551,或與SEQ ID NO. 38具有至少80%序列一致性之序列;或 如SEQ ID NO. 39中所示之序列,其表示SEQ ID NO. 38之截短及序列經修飾變異體(取代Y510),或與SEQ ID NO. 39具有至少80%序列一致性之序列;或 如SEQ ID NO. 40中所示之序列,其表示SEQ ID NO. 38之截短及序列經修飾變異體(取代Y510及Y392),或與SEQ ID NO. 40具有至少80%序列一致性之序列。
如上所述,本發明之細胞或細胞群可進一步包含額外多肽,特定言之諸如FOXP3及/或安全開關多肽之外源性多肽。本發明之多肽,例如CAR、FOXP3及安全開關,可由單個核酸分子編碼。核酸分子可在經編碼之多肽之間包含編碼自裂解序列之核苷酸序列,允許多肽作為單獨的或離散的組分表現及/或產生。此意謂儘管多肽由單個核酸分子編碼,但藉由在經編碼裂解位點轉譯期間或之後的「裂解」,它們可作為單獨的多肽表現或產生,且因此在細胞中之蛋白質生產過程結尾,它們可作為單獨的實體或單獨的多肽鏈存在於細胞中。替代地,額外外源性多肽可由單獨的核酸分子或載體編碼。
「離散」或「單獨」的多肽意謂多肽彼此間不連接且物理上相異。實際上,在表現之後,它們位於不同的或單獨的細胞位點。因此,CAR、FOXP3及安全開關多肽最終表現為單一及單獨的組分。CAR表現為細胞表面分子。安全開關多肽可在細胞內部或細胞表面上表現。在一特定實施例中,安全開關多肽及CAR在意圖用於ACT之細胞表面表現。FOXP3在細胞內部表現,在此處其可發揮其作為轉錄因子之作用以調節細胞發育及/或活性,如下文進一步描述。
安全開關多肽向在細胞中或細胞上表現該多肽之細胞提供自殺部分。此可用作一種安全機制,若需要,或實際上更一般地,根據需求或需要,例如一旦細胞已執行或完成其療效,該機制允許刪除已向個體投與之細胞。
自殺部分具有導致細胞死亡或更一般而言消除或刪除細胞的誘導能力。自殺部分之一個實例為由自殺基因編碼之自殺蛋白,該自殺基因可在所需轉殖基因旁邊在細胞中或細胞上表現,在此情況下,CAR在經表現時允許刪除細胞以關閉轉殖基因(CAR)之表現。本文中之自殺部分係自殺多肽,亦即在允許的條件下,即經誘導或開啟的條件下,能夠導致細胞被刪除的多肽。
自殺部分可為多肽或胺基酸序列,其可藉由向個體投與之活化劑活化以執行細胞刪除活性,或在可向個體投與之受質存在下具有活性以執行細胞刪除活性。在一特定實施例中,自殺部分可表示向個體投與之單獨的細胞刪除劑之靶標。藉由結合自殺部分,細胞刪除劑可靶向待刪除之細胞。特定言之,自殺部分可被抗體識別,且抗體與在細胞表面上表現時之安全開關多肽的結合導致細胞被去除,或刪除。
自殺部分可為HSV-TK或iCasp9。然而,自殺部分較佳為由細胞刪除抗體或其他能夠引發細胞刪除之結合分子識別的抗原決定基,或包含該抗原決定基。在該實施例中,安全開關多肽在細胞表面上表現。
如本文細胞刪除之上下文中所使用之術語「刪除」與「移除」或「除去」或「去除」同義。該術語用於涵蓋細胞殺滅或抑制細胞增殖,使得個體體內之細胞數目可減少。100%完全移除可為理想的,但非必須達成。減少個體體內之細胞數目或抑制細胞增殖可足以產生有益效果。
特定言之,自殺部分可為由抗體利妥昔單抗(Rituximab)識別之CD20抗原決定基。因此,在安全開關多肽中,自殺部分可包含基於由抗體利妥昔單抗識別之CD20之抗原決定基的最小抗原決定基。可獲得且可使用利妥昔單抗之生物類似物。熟習此項技術者能夠容易地使用常規方法,使用利妥昔單抗之可用胺基酸序列製備具有利妥昔單抗之結合特異性的抗體。
使用抗體利妥昔單抗或具有利妥昔單抗結合特異性之抗體可選擇性殺死亦表現包含此序列之安全開關多肽之對p75NTR具有特異性的CAR細胞。安全開關多肽在細胞表面上表現,且當經表現多肽暴露於利妥昔單抗或具有相同結合特異性之抗體或與其接觸時,細胞之死亡隨之發生。
因此,可提供利妥昔單抗或具有其結合特異性之抗體以與本發明細胞組合用於ACT。細胞或用於產生細胞之核酸或載體或構築體及利妥昔單抗或等效抗體可在套組中或作為組合產品提供。
舉例而言,WO2013/153391或WO2021/239812 (二者以引用之方式併入本文中)之自殺構築體可用於如本文所描述之細胞或細胞群(例如Treg或Treg群)中。
本發明之核酸分子可設計成藉由將編碼FOXP3之核苷酸序列引入細胞中來增加細胞(例如Treg)中的FOXP3表現,該術語FOXP3與術語「FOXP3多肽」同義。因此,核酸分子,及含有其之構築體及載體提供一種用於增加細胞中,例如Treg或CD4+細胞中之FOXP3的方式。
「FOXP3」為叉頭框P3蛋白之簡稱。FOXP3為轉錄因子之FOX蛋白家族之成員,且充當調節T細胞之發育及功能中之調節路徑的主調節因子。如本文所用之「FOXP3」涵蓋FOXP3之變異體、同功異型物及功能片段。
「增加FOXP3表現」意謂與未藉由引入核酸分子、構築體或載體來修飾之相對應細胞(或細胞群)相比,增加細胞(或細胞群)中FOXP3 mRNA及/或蛋白質之含量。舉例而言,根據本發明修飾之細胞(或該等細胞之群)中之FOXP3 mRNA及/或蛋白質之含量可增加至比未根據本發明修飾之相對應細胞(或該等細胞之群)中之含量大至少1.5倍、至少2倍、至少5倍、至少10倍、至少50倍、至少100倍、至少150倍。較佳地,細胞為Treg,或細胞群為Treg群。
適合地,經修飾細胞(或該等細胞之群)中之FOXP3 mRNA及/或蛋白質之含量可增加至比未如此修飾之相對應細胞(或該等細胞之群)中之含量大至少1.5倍、大2倍或大5倍。較佳地,細胞為Treg,或細胞群為Treg群。
量測特定mRNA及蛋白質之含量之技術為此項技術中所熟知的。可藉由諸如Affymetrix ebioscience prime flow RNA分析、北方墨點法(Northern blotting)、基因表現系列分析(SAGE)或定量聚合酶鏈反應(qPCR)之技術量測諸如Treg之細胞群中的mRNA含量。可藉由諸如流式細胞術、高效液相層析(HPLC)、液相層析-質譜分析(LC/MS)、西方墨點法或酶聯免疫吸附分析(ELISA)之技術量測細胞群中之蛋白質含量。
「FOXP3多肽」為具有FOXP3活性之多肽,亦即能夠結合FOXP3靶DNA且充當轉錄因子調節Treg發育及功能的多肽。特定言之,FOXP3多肽可具有與野生型FOXP3 (SEQ ID NO. 41)相同或類似的活性,例如可具有野生型FOXP3多肽之活性的至少40%、50%、60%、70%、80%、90%、95%、100%、110%、120%、130%、140%或150%。因此,由本文所述之核酸、構築體或載體中之核苷酸序列編碼之FOXP3多肽與野生型FOXP3相比可具有增加或減少的活性。用於量測轉錄因子活性之技術為此項技術中所熟知的。舉例而言,可藉由ChIP量測轉錄因子DNA結合活性。轉錄因子之轉錄調節活性可藉由定量其所調節之基因之表現量來量測。可藉由使用諸如北方墨點法、SAGE、qPCR、HPLC、LC/MS、西方墨點法或ELISA之技術量測產生自基因之mRNA及/或蛋白質的含量來定量基因表現。由FOXP3調節之基因包括諸如IL-2、IL-4及IFN-γ之細胞介素(Siegler等人 Annu. Rev. Immunol. 2006, 24: 209-26,以引用之方式併入本文中)。如下文詳細論述,FOXP3或FOXP3多肽包括其功能片段、變異體及同功異型物,例如SEQ ID NO. 41之功能片段、變異體及同功異型物。
「FOXP3之功能片段」可指與全長FOXP3多肽或聚核苷酸具有相同或類似活性之FOXP3多肽或編碼FOXP3多肽之聚核苷酸(亦即核苷酸序列)的部分或區。功能片段可具有全長FOXP3多肽或聚核苷酸之活性的至少40%、至少50%、至少60%、至少70%、至少80%、至少90%、至少95%、或100%。熟習此項技術者將能夠基於FOXP3之已知結構及功能特性生成功能片段。此等描述於例如Song, X., 等人, 2012. Cell reports, 1(6), 第665-675頁;Lopes, J.E., 等人, 2006. The Journal of Immunology, 177(5), 第3133-3142頁;及Lozano, T., 等人, 2013. Frontiers in oncology, 3, 第294頁中。此外,N及C端截短FOXP3片段描述於WO2019/241549 (以引用之方式併入本文中)內,該片段例如具有如下文所論述之序列SEQ ID NO. 45。
「FOXP3變異體」可包括可與FOXP3多肽或編碼FOXP3多肽之聚核苷酸,例如與SEQ ID NO. 41至少50%、至少55%、至少65%、至少70%、至少75%、至少80%、至少85%或至少90%一致、較佳至少95%或至少97%或至少99%一致的胺基酸序列或核苷酸序列。FOXP3變異體可具有與野生型FOXP3多肽或聚核苷酸相同或類似的活性,例如可具有野生型FOXP3多肽或聚核苷酸之活性的至少40%、50%、60%、70%、80%、90%、95%、100%、110%、120%、130%、140%或150%。熟習此項技術者將能夠基於FOXP3之已知結構及功能特性及/或使用保守取代生成FOXP3變異體。相比於野生型FOXP3,FOXP3變異體在Treg細胞內可具有類似或相同的移轉時間(或降解速率),例如野生型FOXP3在Treg中之移轉時間(或降解速率)的至少40%、50%、60%、70%、80%、90%、95%、99%或100%。一些FOXP3變異體相比於野生型FOXP3可具有減少的移轉時間(或降解速率),例如在SEQ ID NO. 41之胺基酸418及/或422具有例如S418E及/或S422A之胺基酸取代的FOXP3變異體,如WO2019/241549 (以引用之方式併入本文中)中所描述,且在SEQ ID NO. 42至44中示出,其分別表示aa418、aa422及aa418及aa422突變。
適合地,由如本文所描述之核酸分子、構築體或載體編碼之FOXP3多肽可包含以下或由以下組成:諸如UniProtKB寄存Q9BZS1 (SEQ ID NO: 41)之人類FOXP3之多肽序列,或其功能片段或變異體。
在本發明之一些實施例中,FOXP3多肽包含或其組成為與SEQ ID NO: 41或其功能片段至少70%一致的胺基酸序列。適合地,FOXP3多肽包含以下或由以下組成:與SEQ ID NO: 41或其功能片段至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少98%或至少99%一致的胺基酸序列。在一些實施例中,FOXP3多肽包含或其組成為SEQ ID NO: 41或其功能片段。
在一些實施例中,如上文所論述,FOXP3多肽可包含SEQ ID NO. 41之殘基418及/或422之突變,如SEQ ID NO. 42、SEQ ID NO. 43或SEQ ID NO. 44中所示。
在本發明之一些實施例中,FOXP3多肽可在N及/或C端截短,導致產生功能片段。特定言之,FOXP3之N及C端截短功能片段可包含以下或由以下組成:SEQ ID NO. 45或與其具有至少80%、85%、90%、95%或99%一致性之其功能變異體的胺基酸序列。
適合地,FOXP3多肽可為SEQ ID NO: 41之變異體,例如天然變異體。適合地,FOXP3多肽為SEQ ID NO: 41之同功異型物。舉例而言,FOXP3多肽可包含相對於SEQ ID NO: 41之胺基酸位置72-106之缺失。替代地,FOXP3多肽可包含相對於SEQ ID NO: 41之胺基酸位置246-272之缺失。
適合地,FOXP3多肽包含SEQ ID NO: 46或其功能片段。SEQ ID NO: 46表示說明性FOXP3多肽。
適合地,FOXP3多肽包含或其組成為與SEQ ID NO: 46或其功能片段至少70%一致的胺基酸序列。適合地,FOXP3多肽包含與SEQ ID NO: 46或其功能片段至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少98%或至少99%一致的胺基酸序列。在一些實施例中,FOXP3多肽包含或其組成為SEQ ID NO: 46或其功能片段。
適合地,FOXP3多肽可為SEQ ID NO: 46之變異體,例如天然變異體。適合地,FOXP3多肽為SEQ ID NO: 46或其功能片段之同功異型物。舉例而言,FOXP3多肽可包含相對於SEQ ID NO: 46之胺基酸位置72-106之缺失。替代地,FOXP3多肽可包含相對於SEQ ID NO: 46之胺基酸位置246-272之缺失。
適合地,編碼FOXP3多肽之聚核苷酸包含或其組成為SEQ ID NO: 47中所示之核苷酸序列,其表示說明性FOXP3核苷酸序列。
在本發明之一些實施例中,編碼FOXP3多肽或變異體之聚核苷酸包含與編碼功能性FOXP3多肽之SEQ ID NO: 47或其片段至少70%一致的核苷酸序列。適合地,編碼FOXP3多肽或變異體之聚核苷酸包含與編碼功能性FOXP3多肽之SEQ ID NO: 47或其片段至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少98%或至少99%一致的聚核苷酸序列。在本發明之一些實施例中,編碼FOXP3多肽或變異體之聚核苷酸包含或其組成為編碼功能性FOXP3多肽之SEQ ID NO: 47或其片段。
適合地,編碼FOXP3多肽之聚核苷酸包含或其組成為SEQ ID NO: 48中所示之聚核苷酸序列,其表示另一個說明性FOXP3核苷酸。
在本發明之一些實施例中,編碼FOXP3多肽或變異體之聚核苷酸包含與編碼功能性FOXP3多肽之SEQ ID NO: 48或其片段至少70%一致的核苷酸序列。適合地,編碼FOXP3多肽或變異體之聚核苷酸包含與編碼功能性FOXP3多肽之SEQ ID NO: 48或其片段至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少98%或至少99%一致的聚核苷酸序列。在本發明之一些實施例中,編碼FOXP3多肽或變異體之聚核苷酸包含或其組成為編碼功能性FOXP3多肽之SEQ ID NO: 48或其片段。
熟習此項技術者將理解,可藉由將聚核苷酸引入細胞中間接增加Treg內的FOXP3表現,該聚核苷酸編碼增加FOXP3之轉錄及/或轉譯或增加FOXP3之半衰期(例如增加至少10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%或90%)或功能(例如藉由經轉導Treg之抑制能力所確定,以先前論述量測)的蛋白質。舉例而言,或許有可能將聚核苷酸引入Treg中,該聚核苷酸藉由與編碼區上游發現之內源FOXP3啟動子或非編碼序列(CNS,例如CNS1、2或3)相互作用,增加內源FOXP3的轉錄。
適合地,編碼FOXP3多肽或其功能片段或變異體之聚核苷酸可為密碼子經最佳化的。適合地,編碼FOXP3多肽或其功能片段或變異體之聚核苷酸可為密碼子經最佳化以在人類細胞中表現。
如上所述,核酸分子可包含編碼自裂解序列之核苷酸序列。特定言之,自裂解序列為自裂解肽。該等序列在蛋白質生產期間自裂解。可使用之自裂解肽係2A肽或2A樣肽,其在此項技術中已知且描述,例如在Donnelly等人, Journal of General Virology, 2001, 82, 1027-1041中,其以引用之方式併入本文中。咸信2A及2A樣肽引起核糖體跳躍且導致一種裂解形式,其中核糖體跳過2A肽末端與下游胺基酸序列之間的肽鍵形成。「裂解」在2A肽之C端之甘胺酸與脯胺酸殘基之間發生,意謂上游順反子將具有經添加至末端之少量額外殘基,而下游順反子將以脯胺酸開始。因此如本文所用之術語「裂解」包括跳過肽鍵形成。
適合的自裂解域包括分別如SEQ ID NO: 49-52中示出之P2A、T2A、E2A及F2A序列。序列可經修飾以在2A肽之N端包括胺基酸GSG。因此,亦包括作為可能選項的係對應於SEQ ID NO. 49-52之序列但在其N端具有GSG。該等經修飾之替代的2A序列在此項技術中已知且報導。可使用之替代的2A樣序列在Donnelly等人(前述)中展示,例如TaV序列。
核酸分子中包括之自裂解序列可能相同或不同。在一實施例中其皆為2A序列,尤其P2A及/或T2A序列。
自裂解序列可包括額外裂解位點,其可由細胞中存在之常見酶裂解。此可協助在轉譯後達成完全移除2A序列。該額外裂解位點可例如包含弗林裂解位點(Furin cleavage site) RXXR (SEQ ID NO: 53),例如RRKR (SEQ ID NO: 54)。
在一代表性實施例中,核酸分子可包含編碼針對p75NTR之CAR之具有SEQ ID NO. 22、23、65、75、79、93、94、104或114之序列的核苷酸序列;編碼安全開關之核苷酸序列;及編碼FOXP3之核苷酸序列。
在該實施例中,CAR可包含: (a)        包含以下或由以下組成之前導序列:如SEQ ID NO. 24中所示之序列,或與其具有至少80%序列一致性之序列; (b)       包含以下或由以下組成之抗原結合域:如SEQ ID NO. 79或92中所示之序列,或與其具有至少80%序列一致性之序列; (c)        包含以下或由以下組成之CD8α鉸鏈及跨膜域序列:如SEQ ID NO. 29中所示之序列,或與其具有至少80%序列一致性之序列; (d)       包含以下或由以下組成之C28共刺激域:如SEQ ID NO. 80中所示之序列,或與其具有至少80%序列一致性之序列; (e)        包含以下或由以下組成之CD3ζ信號傳導域:如SEQ ID NO. 27中所示之序列,或與其具有至少80%序列一致性之序列。
在一替代實施例中,CAR可包含: (a)        包含以下或由以下組成之前導序列:如SEQ ID NO. 24中所示之序列,或與其具有至少80%序列一致性之序列; (b)       包含以下或由以下組成之抗原結合域:如SEQ ID NO. 22、23、65、75、92、103或113中所示之序列,或與其具有至少80%序列一致性之序列; (c)        包含以下或由以下組成之CH2CH3鉸鏈及跨膜域序列:如SEQ ID NO. 25中所示之序列,或與其具有至少80%序列一致性之序列; (d)       包含以下或由以下組成之C28共刺激域:如SEQ ID NO. 26中所示之序列,或與其具有至少80%序列一致性之序列; (e)        包含以下或由以下組成之CD3ζ信號傳導域:如SEQ ID NO. 27中所示之序列,或與其具有至少80%序列一致性之序列。
正如自以上描述顯而易見,除本文提及之特定多肽及核苷酸序列外,亦涵蓋其變異體、衍生物及片段之用途。
如本文可互換使用之術語「衍生物」或「變異體」就本發明之蛋白質或多肽而言包括自序列或向序列之一個(或多個)胺基酸殘基之任何取代、變化、修飾、替代、缺失及/或添加,其限制條件為所得蛋白質或多肽保留所需功能(例如,當衍生物或變異體為抗原結合域時,所需功能可為抗原結合域結合其靶抗原之能力(例如,結合於p75NTR之抗原結合域之變異體保留結合p75NTR之能力),當衍生物或變異體為信號傳導域時,所需功能可為彼域傳信的能力(例如使下游分子活化或失活),當衍生物或變異體為轉錄因子(例如FOXP3)時,所需功能可為轉錄因子結合靶DNA及/或誘導轉錄之能力,或當衍生物或變異體為安全開關多肽時,所需功能可為彼多肽例如在其與分子結合後誘導細胞死亡之能力。替代地看,本文所提及之變異體或衍生物係功能變異體或衍生物。舉例而言,變異體或衍生物與相對應的參考序列相比可具有至少至少10%、至少20%、至少30%、至少40%、至少50%、至少60%、至少70%、至少80%或至少90%功能。變異體或衍生物與相對應的參考序列相比可具有類似或相同的功能水準,或可具有提高的功能水準(例如提高至少10%、至少20%、至少30%、至少40%或至少50%)。
通常,可由例如1、2或3至10個或20個取代進行胺基酸取代,其限制條件為經修飾序列保留所需活性或能力。胺基酸取代可包括使用非天然存在之類似物。舉例而言,變異體或衍生物與相對應的參考序列相比可具有至少10%、至少20%、至少30%、至少40%、至少50%、至少60%、至少70%、至少80%或至少90%活性或能力。變異體或衍生物與相對應的參考序列相比可具有類似或相同的活性或能力水準,或可具有提高的活性或能力水準(例如提高至少10%、至少20%、至少30%、至少40%或至少50%)。
蛋白質或肽亦可具有胺基酸殘基之缺失、插入或取代,此產生沉默的變化且產生功能等效的蛋白質。可基於殘基之極性、電荷、溶解性、疏水性、親水性及/或兩親性的相似性進行有意的胺基酸取代,只要保留內源功能即可。舉例而言,帶負電胺基酸包括天冬胺酸及麩胺酸;帶正電胺基酸包括離胺酸及精胺酸;且具有類似親水值之不帶電極性頭基之胺基酸包括天冬醯胺、麩醯胺酸、絲胺酸、蘇胺酸及酪胺酸。
可例如根據下表1進行保守性取代。 表1
脂族 非極性 GAP
ILV
極性-不帶電 CSTM
NQ
極性-帶電 DE
KR
芳族    HFWY
衍生物可為同系物。如本文所用,術語「同系物」意謂與野生型胺基酸序列及野生型核苷酸序列具有一定同源性的實體。術語「同源性」可等同於「一致性」。
同源或變異序列可包括與目標序列可為至少70%、75%、85%或90%一致、較佳至少95%、96%、97%、98%或99%一致的胺基酸序列。通常,變異體將與目標胺基酸序列包含相同活性位點等。儘管亦可根據類似性(亦即,具有類似化學性質/功能之胺基酸殘基)考慮同源性,但在本文之上下文中,較佳根據序列一致性來表示同源性。
同源性比較可藉由眼睛,或更通常藉助於容易獲得的序列比較程式進行。此等市售電腦程式可計算兩個或更多個序列之間的同源性或一致性百分比。
同源性或序列一致性百分比可在連續序列上計算,即一個序列與另一個序列對準,且一個序列中之各胺基酸直接與另一個序列中之相對應胺基酸進行比較,一次一個殘基。此稱作「無間隙(ungapped)」對準。通常,該等無間隙對準僅在相對較少的殘基上進行。
儘管此為一種極簡單且一致的方法,但其未考慮,例如在另一對相同的序列中,核苷酸序列中之一個插入或缺失可導致之後的密碼子未對準,因此在進行全域對準時可能導致同源性百分比大幅降低。因此,大多數序列比較方法經設計以產生最佳對準,其考慮可能的插入及缺失而不過度地使整體同源性得分不利。此藉由在序列對準中插入「間隙(gap)」來達成,以試圖最大化局部同源性。
然而,此等更複雜的方法將「間隙罰分(gap penalty)」分配給對準中出現之各間隙,使得對於相同數目的相同胺基酸,具有儘可能少的間隙的序列對準(反映兩個所比較序列之間的較高相關性)將獲得比具有許多間隙之序列對準更高的得分。「仿射間隙成本(Affine gap cost)」通常用於對間隙之存在收取相對較高的成本且對間隙中之各後續殘基收取較小的罰分。此為最常用的間隙評分系統。高間隙罰分當然將產生具有更少間隙之最佳化對準。大多數對準程式允許修改間隙罰分。然而,當使用該軟體進行序列比較時,較佳使用預設值。舉例而言,當使用GCG Wisconsin Bestfit套裝時,胺基酸序列之預設間隙罰分對於間隙為-12且對於各延伸部為-4。
因此,計算最大同源性/序列一致性百分比首先需要產生最佳對準,從而考慮間隙罰分。用於實現該對準之適合的電腦程式為GCG Wisconsin Bestfit套裝(University of Wisconsin, U.S.A.;Devereux等人 (1984) Nucleic Acids Res. 12: 387)。可進行序列比較之其他軟體之實例包括但不限於BLAST套裝(參見Ausubel等人, (1999) 同上-第18章)、FASTA (Atschul等人, (1990) J. Mol. Biol. 403-410)及GENEWORKS比較工具套件。BLAST及FASTA兩者可用於離線及在線檢索(參見Ausubel等人, (1999) 同上, 第7-58至7-60頁)。然而,對於一些應用,較佳使用GCG Bestfit程式。另一個被稱作BLAST 2 Sequences之工具亦可供用於比較蛋白質及核苷酸序列(參見FEMS Microbiol. Lett. (1999) 174: 247-50;FEMS Microbiol. Lett. (1999) 177: 187-8)。
儘管可根據一致性量測最終同源性百分比,但對準過程自身通常不基於全有或全無的(all-or-nothing)成對比較。相反,通常使用經縮放類似性得分矩陣,該矩陣基於化學類似性或進化距離向各成對比較分配得分。常用之該矩陣之實例為BLOSUM62矩陣-BLAST程式套件之預設矩陣。若供應,則GCG Wisconsin程式通常使用公開預設值或自定義符號比較表(其他細節參見使用者手冊)。對於一些應用,較佳使用GCG套裝之公開預設值,或在其他軟體之情況下,使用諸如BLOSUM62之預設矩陣。適合地,一致性百分比係在整個參考及/或查詢序列中確定的。
一旦軟體產生了最佳對準,有可能計算同源性百分比,較佳序列一致性百分比。軟體通常將此作為序列比較之部分且生成數值結果。
「片段」通常係指多肽或聚核苷酸之選定區,該區在功能上係所關注的,例如係功能性的或編碼功能片段。因此,「片段」係指作為全長多肽或聚核苷酸之一部分(或部分)的胺基酸或核酸序列。
該等變異體、衍生物及片段可使用諸如定點突變誘發之標準重組DNA技術製備。在要進行插入之情況下,可製得編碼插入之合成DNA以及對應於插入位點任一側的天然存在序列的5'及3'側接區。側接區將含有與天然存在之序列中位點相對應的便利限制位點,以便可用適當的酶切割序列且將合成DNA接合至切口。隨後根據本發明表現DNA以製得編碼蛋白質。此等方法僅說明此項技術中已知的用於操作DNA序列的眾多標準技術,且亦可使用其他已知技術。
如本文所定義之核酸分子及聚核苷酸/核酸序列可包含DNA或RNA。其可為單股或雙股。熟習此項技術者將理解由於遺傳密碼之簡併,若干不同核酸分子/聚核苷酸可編碼相同的多肽。另外,應理解,熟習此項技術者可使用常規技術進行不影響由本文所定義之核酸分子/聚核苷酸/核苷酸序列編碼之多肽序列的核苷酸取代,以反映本發明之多肽將在其中表現之任何特定宿主生物體之密碼子使用。
核酸分子/聚核苷酸可藉由此項技術中可獲得的任何方法修飾。可進行該等修飾以增強如本文所定義之核酸分子/聚核苷酸之活體內活性或壽命。
諸如DNA核酸分子/聚核苷酸/序列之核酸分子/聚核苷酸/核苷酸序列可以重組、合成或藉由熟習此項技術者可用的任何方式產生。其亦可藉由標準技術選殖。
較長的核酸分子/聚核苷酸/核苷酸序列將一般使用重組方式,例如使用聚合酶鏈反應(PCR)選殖技術生成。此將涉及製作一對側接意欲選殖之靶序列之引子(例如約15至30個核苷酸),使引子與自動物或人類細胞獲得之mRNA或cDNA接觸,在引起所需區擴增之條件下進行聚合酶鏈反應,分離擴增片段(例如藉由用瓊脂糖凝膠純化反應混合物)且回收擴增的DNA。引子可設計成含有適合的限制酶識別位點,以使得可將擴增的DNA選殖至適合載體中。
本發明核酸分子/聚核苷酸可進一步包含編碼可篩選標記之核酸序列。適合可篩選標記為此項技術中所熟知且包括但不限於螢光蛋白-諸如GFP。適合地,可篩選標記可為螢光蛋白,例如GFP、YFP、RFP、tdTomato、dsRed或其變異體。在一些實施例中螢光蛋白為GFP或GFP變異體。編碼可篩選標記之核酸序列可與本文中之核酸分子組合以核酸構築體的形式提供。該核酸構築體可在載體中提供。
適合地,可篩選標記/報導子域可為基於螢光素酶之報導子、PET報導子(例如碘化鈉同向運輸蛋白(NIS))或膜蛋白(例如CD34)。
編碼一或多種可篩選標記之核酸序列可藉由一或多個共表現位點與本發明核酸分子及/或彼此分開,該一或多個共表現位點使得各多肽能夠作為離散實體表現。適合的共表現位點為此項技術中已知的且包括例如內部核糖體進入位點(IRES)及自裂解位點,諸如本發明核酸分子及如上文所定義中包括之彼等位點。在一實施例中此可為2A裂解位點,如上文所論述。
可篩選標記之使用係有利的,因為其允許使用例如流式細胞術之常用方法自起始細胞群中選擇及分離已成功引入本發明之核酸分子、構築體或載體(因此表現經編碼p75NTR CAR及其他模組,例如FOXP3及安全開關多肽)的細胞(例如Treg)。
本發明中使用之核酸分子/聚核苷酸可為經密碼子最佳化的。密碼子最佳化先前已描述於WO1999/41397及WO2001/79518中。不同細胞不同之處在於其對特定密碼子之使用。此密碼子偏差對應於特定tRNA在細胞類型中之相對豐度的偏差。藉由改變序列中之密碼子使得其經定製以與相應的tRNA之相對豐度匹配,有可能增加表現。同樣地,有可能藉由故意選擇滿足以下條件之密碼子來降低表現:已知與其對應的tRNA在特定細胞類型中係罕見的。因此,可實現額外轉譯控制程度。
本發明之構築體可包含一或多個調節序列,例如啟動子。「啟動子」係引起基因轉錄起始的DNA區。啟動子位於基因轉錄起始位點附近,位於DNA上游(朝向有義股之5'區)。可使用任何適合的啟動子,啟動子之選擇可由熟習此項技術者容易地完成。啟動子可來自任何來源,且可為病毒啟動子或真核啟動子,包括哺乳動物或人類啟動子(即生理啟動子)。在一實施例中啟動子為病毒啟動子。特定啟動子包括LTR啟動子、EFS(或其功能截短)、SFFV、PGK及CMV。在一實施例中啟動子為SFFV或病毒LTR啟動子。特定言之,可在本發明之核酸分子、構築體或載體內使用SFFV啟動子以允許開始核苷酸序列之轉錄。因此啟動子可控制本發明之CAR之表現。當存在超過一個核苷酸序列時,各序列可與相同啟動子可操作地連接,例如編碼CAR、FOXP3及/或安全開關之核苷酸序列。
SFFV啟動子可包含如SEQ ID NO. 55中所示之核苷酸序列。
「與相同啟動子可操作地連接」意謂聚核苷酸序列之轉錄可自相同的啟動子開始(例如,第一、第二及第三聚核苷酸序列之轉錄自相同的啟動子開始),且核苷酸序列經定位及定向以便自啟動子開始轉錄。聚核苷酸在啟動子之轉錄調節下可操作地連接於啟動子。
在本發明之一些實施例中,聚核苷酸在表現載體內。如本文所用之術語「表現載體」意謂能夠表現CAR多肽及諸如FOXP3多肽或安全開關多肽之任何額外多肽的構築體。
載體係允許或促進實體自一個環境轉移至另一個環境的工具。如本文所用,且藉助於實例,重組核酸技術中使用之一些載體允許將諸如核酸片段(例如諸如異源cDNA片段之異源DNA片段)之實體轉移至靶細胞中。載體可為非病毒或病毒性。重組核酸技術中使用之載體之實例包括但不限於質體、mRNA分子(例如活體外經轉錄mRNA)、染色體、人工染色體及病毒。載體亦可為例如裸核酸(例如DNA)。在其最簡單形式中,載體自身可為所關注的核苷酸。
本文所用之載體可為例如質體、mRNA或病毒載體且可包括用於表現核酸分子/聚核苷酸之啟動子(如上文所描述)及視情況存在之啟動子之調節子。
在一實施例中,載體為病毒載體,例如反轉錄病毒,例如慢病毒載體或γ反轉錄病毒載體。
載體可進一步包含額外啟動子,舉例而言,在一個實施例中,啟動子可為LTR,例如反轉錄病毒LTR或慢病毒LTR。長末端重複序列(LTR)係相同的DNA序列,發現其在反轉錄轉位子或由反轉錄病毒RNA之反轉錄形成的前病毒DNA的任一端重複數百或數千次。病毒利用它們將其遺傳物質插入宿主基因體中。在LTR中發現基因表現信號:增強子、啟動子(可同時具有轉錄增強子或調節元件)、轉錄起始(諸如加帽)、轉錄終止子及聚腺苷酸化信號。
適合地,載體可包括5'LTR及3'LTR。
載體可包含一或多個額外的調節序列,其可在轉錄前或轉錄後發揮作用。「調節序列」係促進多肽表現之任何序列,例如用於增加轉錄物表現或增強mRNA穩定性。適合的調節序列包括例如增強子元件、轉錄後調控元件及聚腺苷酸化位點。適合地,LTR中可存在額外的調節序列。
適合地,載體可包含土拔鼠肝炎病毒轉錄後調節元件(WPRE),例如可操作地連接於啟動子。
可使用諸如轉形及轉導之此項技術中已知的多種技術將包含本發明核酸分子/聚核苷酸之載體引入細胞中。數種技術為此項技術中已知的,例如用諸如反轉錄病毒、慢病毒、腺病毒、腺相關病毒、桿狀病毒及單純疱疹病毒載體之重組病毒載體感染;直接注射核酸及基因槍轉形。
非病毒遞送系統包括但不限於DNA轉染方法。此處,轉染包括使用非病毒載體遞送基因至靶細胞之方法。非病毒遞送系統可包括脂質或兩親媒性的細胞穿透肽,較佳與核酸分子或構築體錯合。
典型的轉染方法包括電穿孔、DNA基因槍、脂質介導之轉染、壓縮DNA介導之轉染、脂質體、免疫脂質體、脂質體(lipofectin)、陽離子試劑介導之轉染、陽離子面部兩親分子(cationic facial amphiphiles;CFA) (Nat. Biotechnol. (1996) 14: 556)及其組合。
儘管本發明核酸分子被設計為用作單一構築體,且此將包含於單一載體中,但不排除它們與例如編碼其他多肽之其他載體一起被引入細胞中,亦可能希望將其引入細胞中。
工程改造細胞可藉由包括用病毒載體轉導及用DNA或RNA轉染之多種方法中的一種引入如本文所定義之核酸分子、構築體或載體來產生。
本發明細胞可藉由以下來製備:將如本文所定義之核酸分子/聚核苷酸、構築體或載體引入細胞(例如藉由轉導或轉染)。
適合的細胞在下文進一步論述,但細胞可來自分離自個體之樣品。個體可為供給個體或用於療法的個體(亦即,細胞可為自體細胞,或供體細胞,用於引入另一個受體,例如同種異體細胞)。
細胞可藉由包含以下步驟之方法來產生: (i) 自個體分離含有細胞之樣品或提供含有細胞之樣品;及 (ii) 將如本文所定義之核酸分子、構築體或載體引入(例如藉由轉導或轉染)含有細胞之樣品中,以提供工程改造細胞群。
在該方法之步驟(ii)之前及/或之後,可自含有細胞之樣品中分離、富集及/或產生富含靶細胞的樣品。舉例而言,可在步驟(ii)之前及/或之後進行分離、富集及/或產生Treg (或其他靶細胞)以分離、富集或產生富含Treg的樣品。可在步驟(ii)之後自含有細胞之樣品進行分離及/或富集,以富集包含如本文所描述之CAR、核酸分子/聚核苷酸、構築體及/或載體之細胞及/或Treg (或其他靶細胞)。
可藉由熟習此項技術者已知的任何方法分離或富集富含Treg的樣品,例如藉由FACS及/或磁珠分選。可藉由熟習此項技術者已知的任何方法自含有細胞之樣品產生富含Treg的樣品,例如,來自藉由引入編碼FOXP3之DNA或RNA的Tcon細胞及/或來自誘導型祖細胞或胚胎祖細胞之活體外分化。用於分離及/或富集其他靶細胞之方法為此項技術中已知的。
適合地,經工程改造之靶細胞可藉由包含以下步驟之方法產生: (i) 自個體分離富含靶細胞之樣品或提供富含靶細胞之樣品;及 (ii) 將如本文所定義之核酸、構築體或載體引入(例如藉由轉導或轉染)富含靶細胞之樣品中,以提供工程改造靶細胞群。
靶細胞可為Treg細胞,或其前驅體或祖細胞。
「工程改造細胞」意謂經修飾以包含或表現非該細胞天然編碼的聚核苷酸的細胞。用於工程改造細胞之方法為此項技術中已知的且包括但不限於細胞之基因修飾,例如藉由諸如反轉錄病毒或慢病毒轉導之轉導、包括脂質體轉染、聚乙二醇、磷酸鈣及電穿孔之轉染(諸如瞬時轉染-基於DNA或RNA),如上文所論述。可使用任何適合的方法將核酸序列引入細胞中。諸如兩親媒性細胞穿透肽之非病毒技術可用於引入核酸。
因此,如本文所描述之核酸分子並非由相應的未修飾細胞天然表現的。實際上,編碼CAR之核酸分子為人工構築體,且在一實施例中,安全開關多肽係人工構築體,因此其不能天然存在或表現。適合地,工程改造細胞為已例如藉由轉導或藉由轉染進行修飾的細胞。適合地,工程改造細胞為已例如藉由轉導或藉由轉染經修飾或其基因體已經修飾的細胞。適合地,工程改造細胞為已經修飾或其基因體已藉由反轉錄病毒轉導修飾的細胞。適合地,工程改造細胞為已經修飾或其基因體已藉由慢病毒轉導修飾的細胞。
如本文所使用,術語「引入」係指用於將例如DNA或RNA之外來核酸插入細胞中之方法。如本文所使用,術語引入包括轉導及轉染方法二者。轉染係藉由非病毒方法將核酸引入細胞中之方法。轉導係經由病毒載體將外來DNA或RNA引入細胞中之方法。工程改造細胞可藉由包括用病毒載體轉導、用DNA或RNA轉染之多種方式中的一種引入如本文所描述之核酸來產生。可在引入如本文所描述之核酸之前或之後活化及/或擴增細胞,例如藉由用抗CD3單株抗體或抗CD3及抗CD28單株抗體二者處理。細胞亦可在抗CD3及抗CD28單株抗體與IL-2組合存在下擴增。適合地,IL-2可經IL-15取代。細胞(例如Treg)擴增方案中可用之其他組分包括但不限於雷帕黴素(rapamycin)、全反式視黃酸(ATRA)及TGFβ。如本文所用,「活化」意謂細胞已被刺激,導致細胞增殖。如本文所用,「擴增」意謂細胞或細胞群已被誘導增殖。細胞群之擴增可例如藉由計算群體中存在的細胞數量來量測。細胞之表型可藉由諸如流式細胞術之此項技術中已知之方法確定。
細胞可為免疫細胞或其前驅體。前驅細胞可為祖細胞。因此,代表性免疫細胞包括T細胞,尤其細胞毒性T細胞(CTL;CD8+ T細胞)、輔助T細胞(HTL;CD4+ T細胞)及調節T細胞(Treg)。其他T細胞群在本文中亦為有用的,例如初始T細胞及記憶T細胞。其他免疫細胞包括NK細胞、NKT細胞、樹突狀細胞、MDSC、嗜中性白血球及巨噬細胞。免疫細胞之前驅體包括多能幹細胞,例如誘導性PSC (iPSC),或更多定向祖細胞,包括多能幹細胞,或定向於譜系之細胞。前驅細胞可經誘導以在活體內或活體外分化為免疫細胞。在一個態樣中,前驅細胞可為能夠轉分化為所關注免疫細胞之體細胞。
最值得注意地,免疫細胞可為NK細胞、樹突狀細胞、MDSC或T細胞,諸如細胞毒性T淋巴細胞(CTL)、輔助T細胞或Treg細胞。
在一較佳實施例中,免疫細胞為Treg細胞。「調節T細胞(Treg)或T調節細胞」為具有免疫抑制功能之免疫細胞,其控制細胞病變免疫反應且為維持免疫耐受性所必需的。如本文所用,術語Treg係指具有免疫抑制功能之T細胞。
如本文所用之T細胞為包括任何類型T細胞之淋巴細胞,諸如αβ T細胞(例如CD8或CD4+)、γδ T細胞、記憶T細胞、Treg細胞。
適合地,免疫抑制功能可指Treg減少或抑制由免疫系統回應於諸如病原體、同種異體抗原或自體抗原之刺激物所促進之許多生理及細胞效應中之一或多者的能力。此類效應之實例包括增加習知T細胞(Tconv)之增殖及促炎性細胞介素之分泌。任何此類效應均可用作免疫反應強度之指標。Tconv在Treg存在下之相對較弱的免疫反應表明Treg抑制免疫反應之能力。舉例而言,細胞介素分泌之相對減少將表明免疫反應較弱,且因此表明Treg抑制免疫反應之能力。Treg亦可藉由調節共刺激分子在諸如B細胞、樹突狀細胞及巨噬細胞之抗原呈現細胞(APC)上之表現來抑制免疫反應。CD80及CD86之表現量可用於評定共培養後活體外活化之Treg的抑制效力。
此項技術中已知用於量測免疫反應強度之指標且由此量測Treg之抑制能力的分析。特定言之,抗原特異性Tconv細胞可與Treg共培養,且將相應抗原之肽添加至共培養物中以刺激Tconv細胞之反應。Tconv細胞之增殖程度及/或其回應於肽添加而分泌之細胞介素IL-2的數量可用作共培養之Treg之抑制能力的指標。
與如本文所揭示之Treg共培養之抗原特異性Tconv細胞可比在無Treg存在下培養之相同Tconv細胞少增殖5%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、90%、95%或99%。舉例而言,與本發明Treg共培養之抗原特異性Tconv細胞可比在未經工程改造之Treg存在下培養之相同Tconv細胞少增殖5%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、90%、95%或99%。包含如本文所定義之核酸、表現構築體或載體之細胞,例如Treg,相比於未經工程改造之Treg可具有增加的抑制活性(例如抑制活性增加至少5%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%或90%)。
與本文中之Treg共培養之抗原特異性Tconv細胞可比在無該等Treg存在下(例如在未經工程改造之Treg存在下)培養之相對應Tconv細胞少表現至少10%、至少20%、至少30%、至少40%、至少50%或至少60%效應細胞介素。效應細胞介素可選自IL-2、IL-17、TNFα、GM-CSF、IFN-γ、IL-4、IL-5、IL-9、IL-10及IL-13。適合地,效應細胞介素可選自IL-2、IL-17、TNFα、GM-CSF及IFN-γ。
已鑑別可表現不同或不同含量之特定標記的數種不同Treg亞群。Treg一般為表現標記CD4、CD25及FOXP3 (CD4 +CD25 +FOXP3 +)之T細胞。
Treg亦可表現CTLA-4 (細胞毒性T淋巴細胞相關分子4)或GITR (糖皮質激素誘導之TNF受體)。
Treg細胞存在於外周血液、淋巴結及組織中,且本文中使用之Treg包括胸腺來源的天然Treg (nTreg)細胞、外周產生的Treg及誘導的Treg (iTreg)細胞。
Treg可使用細胞表面標記CD4及CD25在與表面蛋白CD127不存在或表現量低組合之情況下鑑別(CD4 +CD25 +CD127 或CD4 +CD25 +CD127 )。使用該等標記鑑別Treg為此項技術中已知的且描述於例如Liu等人 (JEM; 2006; 203; 7(10); 1701-1711)中。
Treg可為CD4 +CD25 +FOXP3 +T細胞、CD4 +CD25 +CD127 T細胞或CD4 +CD25 +FOXP3 +CD127 −/ T細胞。
適合地,Treg可為天然Treg (nTreg)。如本文所使用,術語「天然Treg」意謂胸腺來源的Treg。天然Treg係CD4 +CD25 +FOXP3 +Helios +神經纖毛蛋白1 +。與iTreg相比,nTreg具有較高的PD-1 (計劃性細胞死亡-1,pdcd1)、神經纖毛蛋白1 (Nrp1)、Helios (Ikzf2)及CD73表現。基於Helios蛋白或神經纖毛蛋白1 (Nrp1)各自的表現可區別nTreg與iTreg。
Treg可具有去甲基化之Treg特異性去甲基化區(TSDR)。TSDR為調節Foxp3表現之重要甲基化敏感元件(Polansky, J.K.等人, 2008. European journal of immunology, 38(6), 第1654-1663頁)。
其他適合的Treg包括但不限於Tr1細胞(其不表現Foxp3,且具有高IL-10產生);CD8 +FOXP3 +T細胞;及γδ FOXP3 +T細胞。
已知存在不同的Treg亞群,包括初始Treg (CD45RA +FoxP3 )、效應/記憶Treg (CD45RA -FoxP3 )及產生細胞介素之Treg (CD45RA -FoxP3 )。「記憶Treg」為表現CD45RO且視為CD45RO +之Treg。此等細胞與初始Treg相比,CD45RO含量增加(例如CD45RO多至少10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%或90%),且與初始Treg相比,較佳不表現或具有低含量之CD45RA (mRNA及/或蛋白質)(例如與初始Treg相比,CD45RA少至少80%、90%或95%)。「產生細胞介素之Treg」為與初始Treg相比不表現或具有極低含量之CD45RA (mRNA及/或蛋白質)(例如與初始Treg相比,CD45RA少至少80%、90%或95%),且與記憶Treg相比具有低含量之FOXP3 (例如與記憶Treg相比,少於50%、60%、70%、80%或90%之FOXP3)的Treg。產生細胞介素之Treg可產生干擾素γ且與初始Treg相比,活體外抑制性可能較低(例如與初始Treg相比,低於50%、60%、70%、80%或90%之抑制性)。本文中提及之表現量可指mRNA或蛋白質表現。特定言之,對於諸如CD45RA、CD25、CD4、CD45RO等之細胞表面標記,表現可指細胞表面表現,亦即在細胞表面上表現之標記蛋白的量或相對量。表現量可藉由此項技術之任何已知方法測定。舉例而言,mRNA表現量可藉由北方墨點法/陣列分析測定,且蛋白質表現可藉由西方墨點法或較佳藉由FACS使用針對細胞表面表現之抗體染色測定。
特定言之,Treg可為初始Treg。如本文中可互換使用之「初始調節T細胞、初始T調節細胞或初始Treg」係指表現CD45RA之Treg細胞(特定言之,其在細胞表面上表現CD45RA)。初始Treg因此描述為CD45RA +。初始Treg一般表示尚未經由其內源性TCR由肽/MHC活化之Treg,而效應/記憶Treg係關於已經由其內源性TCR刺激活化之Treg。通常,初始Treg可比非初始Treg細胞(例如記憶Treg細胞)多表現至少10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%或90%之CD45RA。替代地看,與非初始Treg細胞(例如記憶Treg細胞)相比,初始Treg細胞可表現至少2、3、4、5、10、50或100倍量之CD45RA。CD45RA之表現量可藉由此項技術之方法容易地測定,例如藉由使用市售抗體之流式細胞術。通常,非初始Treg細胞不表現CD45RA或CD45RA表現量低。
特定言之,初始Treg可不表現CD45RO,且可視為CD45RO -。因此,與記憶Treg相比,初始Treg可少表現至少10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%或90%之CD45RO,或替代地看,比記憶Treg細胞少至少2、3、4、5、10、50或100倍之CD45RO。
儘管如上文所論述,初始Treg表現CD25,但CD25表現量視初始Treg之來源而定,可低於記憶Treg之表現量。舉例而言,對於自外周血液分離之初始Treg,CD25之表現量可比記憶Treg低至少10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%或90%。此類初始Treg可視為表現中等至低含量之CD25。然而,熟習此項技術者應瞭解,自臍帶血分離之初始Treg可能不會顯示此差異。
通常,如本文所定義之初始Treg可為CD4 +、CD25 +、FOXP3 +、CD127 、CD45RA +
如本文所用,CD127之低表現係指與來自同一個體或供體之CD4 +非調節性或Tcon細胞相比,CD127之表現量較低。特定言之,與來自同一個體或供體之CD4 +非調節性或Tcon細胞相比,初始Treg可表現低於90%、80%、70%、60%、50%、40%、30%、20%或10%之CD127。CD127之含量可藉由此項技術中之標準方法來評定,包括藉由用抗CD127抗體染色之細胞的流式細胞術。
通常,初始Treg不表現或表現低含量之CCR4、HLA-DR、CXCR3及/或CCR6。特定言之,初始Treg可比記憶Treg表現更低含量之CCR4、HLA-DR、CXCR3及CCR6,例如低至少10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%或90%之表現量。初始Treg可進一步表現額外標記,包括CCR7 +及CD31 +
經分離之初始Treg可藉由此項技術中已知的方法鑑別,包括藉由確定經分離細胞之細胞表面上是否存在一組上文所論述之標記中之任一或多者。舉例而言,CD45RA、CD4、CD25及CD127低可用於確定細胞是否為初始Treg。確定經分離細胞是否為初始Treg或具有所需表型之方法可如下文關於可進行的額外步驟所論述進行,且用於確定細胞標記之存在及/或表現量的方法為此項技術中眾所周知的,且包括例如使用市售抗體之流式細胞術。
適合地,自獲自個體之外周血液單核細胞(PBMC)分離諸如Treg之細胞。適合地,獲得PBMC之個體係哺乳動物,較佳人類。適合地,細胞與將投與工程改造細胞之個體匹配(例如HLA匹配)或為自體的。適合地,待治療之個體係哺乳動物,較佳人類。細胞可自患者自身外周血液(第1方)或在造血幹細胞移植的環境中自供體外周血液(第2方)或來自未連接供體的外周血液(第3方)中體外產生。適合地,該細胞對於將投與工程改造細胞之個體係自體的。
適合地,Treg係細胞群之一部分。適合地,Treg之群體包含至少70% Treg,諸如至少75%、85%、90%、95%、97%、98%或99% Treg。該群體可被稱為「富集之Treg群體」。
在一些態樣中,Treg可來源於誘導性祖細胞(例如iPSC)或胚胎祖細胞,於活體外分化成Treg。如本文所描述之核酸分子或載體可在誘導性祖細胞或胚胎祖細胞分化成Treg之前或之後引入其中。用於分化的適合方法為此項技術中已知且包括Haque等人, J Vis Exp., 2016, 117, 54720 (以引用之方式併入本文中)中所揭示的方法。
如本文所使用,術語「習知T細胞」或Tcon或Tconv (在本文中可互換使用)意謂表現αβ T細胞受體(TCR)以及可為分化叢集4 (CD4)或分化叢集8(CD8)且不具有免疫抑制功能之輔受體的T淋巴細胞。習知T細胞存在於外周血液、淋巴結及組織中。適合地,經工程改造之Treg可由藉由引入包括編碼FOXP3之序列之核酸的Tcon產生。替代地,經工程改造之Treg可藉由在IL-2及TGF-β存在下,於活體外培養CD4+CD25-FOXP3-細胞由Tcon產生。
在另一實施例中,引入核酸分子、構築體或載體之靶細胞不為意欲用於療法之細胞。在一實施例中細胞為生產宿主細胞。細胞可用於產生核酸,例如純系,或載體,或多肽。
本發明亦提供包含如本文所定義或描述之細胞之細胞群。應瞭解,細胞群可包括包含如本文所定義之核酸分子、表現構築體或載體之本發明細胞,及不包含本發明之核酸分子、表現構築體或載體之細胞,例如未經轉導或未經轉染之細胞。儘管在一較佳實施例中,群體中之所有細胞可包含本發明之核酸、表現構築體或載體,但提供具有至少10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、95%或99%之包含本發明之核酸、表現構築體或載體之細胞的細胞群。
亦提供包含如本文所定義或描述之細胞或細胞群、如本文所定義之載體的醫藥組合物。載體可用於基因療法。因此,不投與細胞,而可改投與載體,以修飾個體內之內源性細胞,以表現所引入的核酸分子。適合用於基因療法之載體為此項技術中已知的,且包括病毒載體。
因此,在另一態樣中,本發明提供一種如本文所定義之細胞、細胞群或醫藥組合物用於療法。
醫藥組合物為包含以下或由以下組成之組合物:治療有效量之醫藥活性劑,亦即細胞(例如Treg)、細胞群或載體。其較佳包括醫藥學上可接受之載劑、稀釋劑或賦形劑(包括其組合)。用於醫療用途之可接受之載劑或稀釋劑在醫藥學技術中為熟知的,且描述於例如Remington's Pharmaceutical Sciences, Mack Publishing Co. (A. R. Gennaro編. 1985)中。可關於預期投與途徑及標準醫藥實踐來選擇醫藥學載劑、賦形劑或稀釋劑之選擇。醫藥組合物可包含任何適合之黏合劑、潤滑劑、懸浮劑、塗佈劑或增溶劑作為載劑、賦形劑或稀釋劑,或作為除載劑、賦形劑或稀釋劑以外的部分。
「醫藥學上可接受」包括調配物為無菌及無熱原的。載劑、稀釋劑及/或賦形劑在與細胞或載體相容且對其接受者無害之意義上必須為「可接受的」。通常,載劑、稀釋劑及賦形劑將為生理鹽水或輸注介質,其將為無菌及無熱原的,然而,可使用其他可接受的載劑、稀釋劑及賦形劑。
醫藥學上可接受之載劑之實例包括例如水、鹽溶液、酒精、矽酮、蠟、石油膏、植物油、聚乙二醇、丙二醇、脂質體、糖、明膠、乳糖、直鏈澱粉、硬脂酸鎂、滑石、界面活性劑、矽酸、黏稠鏈烷烴、香料油、脂肪酸單甘油酸酯及二甘油酯、石油醚脂肪酸酯、羥甲基-纖維素、聚乙烯吡咯啶酮及其類似載劑。
細胞、細胞群或醫藥組合物可以適合於治療及/或預防所需疾病或病狀之方式投與。投與之數量及頻率將由諸如個體之狀況、及個體疾病或病狀之類型及嚴重程度等因素確定,但適當的劑量可藉由臨床試驗確定。可因此調配醫藥組合物。
如本文所描述之細胞、細胞群或醫藥組合物可非經腸投與,例如經靜脈內或鞘內,或其可藉由輸注技術投與。在一個實施例中,如本文所描述之細胞、細胞群或醫藥組合物經鞘內(例如經由大池(ICM)內或腰椎穿刺(LP)遞送)投與。細胞、細胞群或醫藥組合物可以無菌水溶液之形式投與,該無菌水溶液可含有其他物質,例如足夠的鹽或葡萄糖以使溶液與血液等張。可適當地緩衝水溶液(較佳達pH 3至9)。可因此調配醫藥組合物。在無菌條件下製備適合的非經腸調配物易於藉由熟習此項技術者所熟知的標準醫藥技術來實現。
醫藥組合物可在例如無菌等張溶液之輸注介質中包含細胞。可將醫藥組合物封裝於由玻璃或塑膠製成之安瓿、拋棄式注射器或多劑量小瓶中。
細胞、細胞群或醫藥組合物可以單劑量或多劑量形式投與。特定言之,細胞、細胞群或醫藥組合物可以單次一次性劑量形式投與。可因此調配醫藥組合物。
視待治療個體之疾病/病狀、以及投與途徑而定,可在疾病之特定階段投與細胞、細胞群或醫藥組合物。舉例而言,在ALS中,在小鼠模型中已觀測到表現p75NTR之運動神經元之數量隨疾病進展的增加而增加(Smith等人, 2015, The Journal of Comparative Neurology, 523:1164-1682)。因此,投與本發明之細胞、細胞群或醫藥組合物之最佳時間可在疾病中點,其中p75NTR表現量可能高於疾病早期,但對運動神經元之損傷可能未嚴重到細胞、細胞群或醫藥組合物無法產生療效。在一個實施例中,本發明之細胞、細胞群或醫藥組合物可在p75NTR之神經元表現量比無ALS之患者或比疾病開始時之相同患者(例如當患者之ALSFRS-R評分為48及/或身體功能正常時)高至少30%、40%、50%、60%或70%時投與。P75NTR表現量可藉由此項技術中已知之方法評估,例如藉由使用習知技術(例如北方墨點法)評估mRNA含量。經修訂之肌萎縮性側索硬化功能評定量表(ALSFRS-R)係一種用於監測ALS患者殘疾進展的評定量表,且因此與疾病嚴重程度相關。ALSFRS-R評分為48指示身體功能正常(且因此為輕度疾病),且評分為0指示嚴重身體損傷(且因此為重度疾病)。因此,在一個實施例中,可在中等ALSFRS-R評分亦即中等疾病嚴重程度之情況下向個體投與本發明之細胞、細胞群或醫藥組合物。替代地看,可在介於約20至30之間的ALSFRS-R評分之情況下,亦即在20、21、22、23、24、25、26、27、28、29或30之ALSFRS-R評分之情況下向個體投與本發明之細胞、細胞群或醫藥組合物。
醫藥組合物可進一步包含一或多種活性劑。醫藥組合物可進一步包含一或多種諸如以下之其他治療劑:淋巴耗竭劑(例如胸腺球蛋白(thymoglobulin)、campath-1H、抗CD2抗體、抗CD3抗體、抗CD20抗體、環磷醯胺、氟達拉賓(fludarabine))、mTOR之抑制劑(例如西羅莫司(sirolimus)、依維莫司(everolimus))、抑制共刺激路徑之藥物(例如抗CD40/CD40L、CTAL4Ig)及/或抑制特定細胞介素(IL-6、IL-17、TNFα、IL18)之藥物。
視待治療個體之疾病/病狀、以及投與途徑而定,可以變化的劑量(例如按細胞數/kg或細胞數/個體計量)投與細胞、細胞群或醫藥組合物。在任何情況下,醫師會確定將最適於任何個別個體之實際劑量,且其將隨特定個體之年齡、體重及反應而變化。然而,通常,對於本文中之細胞,可向每名個體投與5×10 7至3×10 9個細胞、或10 8至2×10 9個細胞的劑量。
細胞可恰當地經改性以用於醫藥組合物。舉例而言,在注入個體之前,可在適當的時間將細胞低溫保藏及解凍。
本發明進一步包含包含本文中之細胞、細胞群及/或醫藥組合物之套組的用途。較佳地該等套組用於如本文所描述之方法及用途中,例如本文所描述之治療方法。較佳地該等套組包含套組組分之使用說明書。
本發明之細胞、細胞群及醫藥組合物可特別用於治療與表現p75NTR或釋放可溶性p75NTR之細胞相關的疾病,或與可溶性p75NTR位於或靠近疾病部位之疾病相關的病症,尤其為將受益於本發明細胞之免疫抑制活性或靶向殺傷活性的病症。
本文中之細胞、細胞群、組合物及載體可用於治療、預防或降低個體內疾病或病狀之風險,尤其為可藉由CAR或用CAR治療之疾病或病狀。細胞及含有其之組合物用於過繼細胞療法(ACT)。可藉由投與細胞,包括特定言之表現根據本發明之CAR之Treg細胞來治療多種病狀。如上所指出,此可為對免疫抑制且尤其Treg細胞之免疫抑制效應有反應之病狀。因此本文所述之細胞、細胞群、組合物及載體可用於誘導或實現個體內之免疫抑制。所投與或活體內經修飾之Treg細胞可藉由CAR之表現來靶向。適合於該治療之病狀包括神經疾病或病症,諸如神經元損傷、神經發炎或神經退化,及自體免疫或發炎疾病(例如I型糖尿病),或更廣泛而言,與任何非所需或非吾人所樂見或不利的免疫反應相關的病狀。另外,本文中之細胞、細胞群、組合物及載體可用於促進組織修復及/或組織再生。
待治療或預防之病狀包括發炎,或替代而言,與發炎相關或涉及發炎之病狀。發炎可為慢性或急性。此外,發炎可為低層級或全身性發炎。舉例而言,發炎可為在神經退化或神經元損害/損傷之情況下產生之發炎。
發炎病症為與非吾人所樂見之發炎或發炎增加相關的任何病狀。發炎性病症包括諸如發炎性腸病之病狀。自體免疫或過敏性疾病可選自包括牛皮癬及皮膚炎(例如異位性皮膚炎)之發炎性皮膚病;與發炎性腸病(諸如克隆氏病(Crohn's disease)及潰瘍性結腸炎)相關之反應;皮膚炎;諸如食物過敏、濕疹及哮喘之過敏性病狀;類風濕性關節炎;全身性紅斑狼瘡(SLE)(包括狼瘡性腎炎、皮膚狼瘡);糖尿病(例如1型糖尿病或胰島素依賴性糖尿病);多發性硬化及青少年發病型糖尿病。
術語「靶細胞」係指任何表現p75NTR之細胞,本發明細胞將針對其發揮其治療作用。在一些實施例中,靶細胞充當疾病部位之標記,即吸引本發明之細胞以提供免疫抑制作用。在一些實施例中,靶細胞被本發明之細胞殺死或消除。如上所指出,在一些實施例中,靶細胞將為運動神經元細胞。熟習此項技術者將瞭解,p75NTR亦可被裂解且細胞外域自細胞中分泌,且因此本發明之細胞可針對不存在於細胞內或細胞上的分泌蛋白。
在一些實施例中,待治療之疾病或病症為神經疾病或病症/病狀。在一些實施例中,神經疾病或病症與發炎相關。因此,在一些實施例中,本發明可用於治療或預防(例如降低其風險)神經發炎或相關之疾病或病症。神經發炎可為慢性或急性的,較佳為慢性的。神經發炎可為中樞或周邊神經系統之神經發炎,較佳為中樞神經系統之神經發炎。
工程改造細胞,例如Treg,可向患有疾病之個體投與,以減輕、減少或改善諸如肌無力、肌肉抽搐、肌肉僵硬、肌肉萎縮、認知減退、失智、行為改變、疼痛及/或疲乏之疾病的至少一種症狀。該至少一種症狀可減輕、減少或改善至少10%、至少20%、至少30%、至少40%或至少50%,或該至少一種症狀可完全緩解。
工程改造細胞,例如Treg,可向患有疾病之個體投與,以減緩、減少或阻斷疾病進展。與其中未投與工程改造細胞之個體相比,疾病進展可減緩、減少或阻斷至少10%、至少20%、至少30%、至少40%或至少50%,或疾病進展可完全停止。
適合地,在待治療之個體罹患神經疾病、病症或損傷之情況下,神經疾病、病症或損傷可選自肌肉萎縮性側索硬化(ALS)、額顳葉型失智症(FTD)、進行性核上麻痹(PSP)、帕金森氏症、阿茲海默氏症、杭丁頓氏症、多發性硬化、血管性失智、混合型失智、庫賈氏病(Creutzfeldt-Jakob disease)、慢性發炎去髓鞘型多發性神經病變(CIDP)、滔蛋白病變(Taupathy)疾病、那須-哈科拉疾病(Nasu-Hakola disease)、中樞神經系統狼瘡、路易氏體失智症(dementia with Lewy bodies)、多發性系統萎縮症(夏伊-德爾格症候群(Shy-Drager syndrome))、進行性核上麻痹、皮質基底神經節退化、急性播散性腦脊髓炎、癲癇、脊髓損傷、創傷性腦損傷(例如局部缺血及創傷性腦損傷)、抑鬱及泛自閉症障礙。特定言之,神經疾病、病症或損傷可選自肌肉萎縮性側索硬化(ALS)、額顳葉型失智症(FTD)、進行性核上麻痹(PSP)、帕金森氏症、阿茲海默氏症、杭丁頓氏症或多發性硬化。如上所述,對p75NTR具有特異性之CAR-Treg可能夠經由其旁觀者效應轉移至p75NTR表現位點且控制發炎,以減緩此等疾病之神經退化速率。
在一個實施例中,個體可患有ALS。
適合地,個體為哺乳動物。適合地,個體為人類。
如本文所描述之「ALS」或肌萎縮性側索硬化(亦稱為運動神經元疾病或Lou Gehrig疾病)係一種進行性神經退化性病症,其主要涉及大腦皮層、腦幹及脊髓中之運動神經元,一種具有多種病因的衰弱性疾病,其特徵為快速進行性虛弱、肌肉萎縮及肌束震顫、肌肉痙攣、說話困難(發音困難)、吞咽困難(吞咽困難(dysphagia))及呼吸困難(呼吸困難(dyspnea))。
存在數種ALS及類ALS症候群,其皆可藉由本發明之細胞、細胞群或醫藥組合物治療。此等症候群包括例如散發性ALS、基因決定性(家族性、遺傳性)ALS、原發性側索硬化症(PLS)、進行性肌肉萎縮症(PMA)、ALS-Plus症候群、具有不確定意義之實驗室異常的ALS、ALS模擬症候群(包括後脊髓灰白質炎症候群、伴有或不伴有傳導阻滯的多灶性運動神經病變、內分泌病,尤其為甲狀旁腺功能亢進或甲亢狀態、鉛中毒、感染及副腫瘤症候群)(Brooks等人, 2000, ALS and other motor neuron disorders, 1, 293-299)。本發明之細胞、細胞群或醫藥組合物可用於治療或預防散發性ALS、家族性ALS、PLS、PMA、ALS-Plus症候群、具有不確定意義之實驗室異常的ALS、或ALS模擬症候群。較佳地,本發明之細胞、細胞群或醫藥組合物可用於治療或預防散發性或家族性ALS。
ALS亦可以幾種方法進行分類:如上所述,藉由為家族性的或散發性的;藉由受影響的運動神經元類型;藉由最先受影響的區域;以及藉由疾病進展的速度,此與發病年齡相關。再次,本發明之細胞、細胞群或醫藥組合物可用於治療或預防任何形式的ALS,無論其如何分類。應注意,本文所述之分類可重疊,且因此在聲明本發明之細胞、細胞群或醫藥組合物可治療或預防特定分類的ALS的情況下,此並不排除其他分類。舉例而言,患有經典ALS之個體亦可患有年輕發病的ALS;因此,本發明之細胞、細胞群或醫藥組合物可用於治療或預防經典ALS及年輕發病的ALS。
典型或「經典」ALS涉及大腦中之上運動神經元及脊髓中之下運動神經元。原發性側索硬化症(PLS)僅涉及上運動神經元,進行性肌肉萎縮(PMA)僅涉及下運動神經元。
經典ALS約占所有ALS病例之70%,且可細分為肢體發病型ALS(亦稱為脊髓發病型)及延髓發病型ALS。肢體發病型ALS始於手臂及腿部的虛弱,且約占所有經典ALS病例的三分之二。延髓發病型ALS始於言語、咀嚼及吞咽之肌肉無力,且占病例之另外三分之一。與肢體發病型ALS相比,延髓發病與更差的預後相關。一種罕見的變異為呼吸發病型ALS,約占所有ALS病例的3%,其中起始症狀為在勞累、休息或躺下( 端坐呼吸)時呼吸之困難( 呼吸困難)。在任何ALS變異型中,呼吸發病型ALS之預後最差,中值存活期為1.4年(Chio等人, 2011, Journal of Neurology, Neurosurgery, and Psychiatry, 82 (7): 740-46)。本發明之細胞、細胞群或醫藥組合物可用於治療或預防經典ALS、PLS或PMA。更具體而言,本發明之細胞、細胞群或醫藥組合物可用於治療或預防肢體發病型ALS、延髓發病型ALS、呼吸發病型ALS、PLS或PMA。
ALS之區域變異型具有僅限於單個脊髓區域至少一年之症狀;其進展比經典ALS慢,且與更長的存活期相關。實例包括連枷臂症候群、連枷腿症候群及孤立的延髓ALS。本發明之細胞、細胞群或醫藥組合物可用於治療或預防連枷臂症候群、連枷腿症候群或孤立的延髓ALS。
ALS亦可基於發病年齡分類。大多數散發性ALS患者在介於58至63歲之間發病,且大多數家族性ALS患者在介於47至52歲之間發病,且此被稱為成年發病型ALS。然而,10%的ALS病例在45歲之前開始,稱為年輕發病型ALS,且約1%的病例在25歲之前開始,稱為青少年ALS。超過70歲患者之病例被稱為遲發性ALS。本發明之細胞、細胞群或醫藥組合物可用於治療或預防青少年ALS、年輕發病型ALS、成年發病型ALS或遲發性ALS。
失智為非特異性症候群(亦即,一組體徵及症狀),其表現為先前未受損傷的人的整體認知能力的嚴重喪失,超出正常衰老所預期的。由於獨特的整體腦損傷,失智可為靜態的。替代地,失智可為進行性的,由於體內的損傷或疾病而導致長期惡化。雖然失智在老年人群中更為常見,但其亦可發生在65歲之前。受失智影響的認知區域包括但不限於記憶力、注意廣度、語言及問題解決。通常,在個體被診斷患有失智之前,症狀必須存在至少六個月。
失智之例示性形式包括額顳葉型失智症、阿茲海默氏症、血管性失智、混合型失智、詞義性失智及路易氏體失智症(dementia with Lewy bodies)。
如本文所描述之「FTD」或額顳葉型失智症(亦稱為額顳葉型退化疾病或額顳葉型神經認知障礙)涵蓋涉及額葉及顳葉惡化的幾種類型的失智。此等包括此前稱為皮克病(Pick's disease)之行為變異(bvTFD)、原發性進行性失語的兩種變異(語義變異(svPPA)及非流利變異(nfvPPA))及諸如具有ALS之FTD (亦稱為FTD-ALS或FTD-MND)的其他相關病症。FTD占預老年失智病例之20%。大部分FTD病例以體染色體顯性方式遺傳,但即使在一個家族中,症狀亦可覆蓋自伴有行為障礙之FTD至原發性進行性失語症至皮質基底核退化症的範圍。與大多數神經退化性疾病一樣,FTD之特徵可在於患病大腦中病理性存在特定的蛋白質聚集體(例如神經原纖維纏結或Pick小體(Pick bodies)中過磷酸化之Tau蛋白的神經元內積聚)。本發明之細胞、細胞群或醫藥組合物可用於治療或預防FTD。
「PSP」或進行性核上性麻痹(PSP)係一種罕見的腦部病症,由腦部神經細胞受損引起。PSP影響運動、步行控制(步態)、平衡、言語、吞咽、視力、情緒、行為、思維及眼動控制。PSP之症狀係由大腦中一些特定區域的腦細胞逐漸退化引起的,主要在稱為腦幹之區域。PSP之特徵在於大腦神經細胞中tau蛋白的異常沈積。
PSP有多種類型,包括經典理查森(Richardson)症候群(PSP-RS)、PSP-帕金森氏症(Parkinsonism)(PSP-P)、PSP-單純性運動不能伴步態凍結(PSP-PAGF)、額葉PSP、PSP-皮質基底症候群(PSP-CBS)、PSP-額顳葉型失智症之行為變異(PSP-bvFTD)、PSP-進行性非流利性失語症(PSP-PNFA)、PSP-C及番荔枝科(Annonaceae)誘導之PSP。本發明之細胞、細胞群或醫藥組合物可用於治療或預防PSP。
「帕金森氏症」可稱為特發性或原發性帕金森氏症、運動過弱型強直症候群(HRS)或震顫麻痺,為影響運動系統控制之神經退化性腦部病症。腦中產多巴胺細胞之進行性死亡引起帕金森氏症的主要症狀。帕金森氏症最常在年齡超過50歲之人中被診斷出。帕金森氏症在大多數人中為特發性的(沒有已知病因)。然而,遺傳因素亦在該疾病中發揮作用。
帕金森氏症之症狀包括手、手臂、腿、頜部及面部之震顫、四肢及軀幹肌肉僵硬、移動緩慢(動作遲緩)、姿勢不穩、行走困難、神經精神問題、說話或行為改變、抑鬱、焦慮、疼痛、精神病、失智、幻覺及睡眠問題。本發明之細胞、細胞群或醫藥組合物可用於治療或預防帕金森氏症。
「阿茲海默氏症」(AD)為最常見的失智形式。該疾病沒有治癒方法,其隨著疾病的進展而惡化,且最終導致死亡。AD最常在年齡超過65歲之人中被診斷出。然而,較不普遍的早發型阿茲海默氏可更早發生。
阿茲海默氏症之常見症狀包括行為症狀,諸如難以記住最近發生的事件;認知症狀、混淆、煩躁及攻擊性、情緒波動、語言障礙及長期記憶喪失。隨著疾病的進展,身體功能喪失,最終導致死亡。阿茲海默氏症在變得完全明顯之前需要一段未知且可變的時間來發展,且其可以在未確診的情況下進展多年。
1-2%的阿茲海默氏症病例係遺傳的,稱為早發性家族性阿茲海默氏症,但大多數病例不為遺傳的,且稱為散發性阿茲海默氏症。本發明之細胞、細胞群或醫藥組合物可用於治療或預防阿茲海默氏症。
「杭丁頓氏症」(HD)為由杭丁頓基因(HTT)中之體染色體顯性突變引起的遺傳性神經退化性疾病。在杭丁頓基因內細胞介素-腺嘌呤-鳥嘌呤(CAG)三聯體重複序列之擴增導致產生由該基因編碼之杭丁頓蛋白(Htt)之突變形式。此突變杭丁頓蛋白(mHtt)有毒且促使神經元死亡。杭丁頓氏症之症狀最常在35歲與44歲之間出現,儘管其亦可在任何年齡出現。
杭丁頓氏症之症狀包括但不限於運動控制問題、急動、隨機運動(舞蹈病)、異常眼球運動、平衡受損、癲癇、咀嚼困難、吞咽困難、認知問題、說話改變、記憶缺失、思考困難、失眠、疲勞、失智、人格改變、抑鬱、焦慮及強迫行為。本發明之細胞、細胞群或醫藥組合物可用於治療或預防杭丁頓氏症。
滔蛋白病變疾病或「Tau蛋白病」為由微管相關蛋白tau在腦內之聚集引起的一類神經退化性疾病。阿茲海默氏症(AD)為最熟知的滔蛋白病變疾病且涉及tau蛋白在神經元內以不溶性神經原纖維纏結(NFT)形式之積聚。其他滔蛋白病變疾病及病症包括進行性核上性麻痹、拳擊手型失智(慢性創傷性腦病)、額顳葉型失智及與17號染色體相關之帕金森氏症、利波氏病(Lytico-Bodig disease)(關島型帕金森氏症-失智症候群)、纏結為主型失智、神經節膠質細胞瘤及神經節瘤、腦膜血管瘤病、亞急性硬化性泛腦炎、鉛毒腦病、結節性硬化症、哈雷狛登-斯巴茲病(Hallervorden-Spatz disease)、脂褐質沈積症、皮克病、皮質基底核退化症、嗜銀性顆粒病(AGD)、杭丁頓氏症、額顳葉型失智症及額顳葉退化症。本發明之細胞、細胞群或醫藥組合物可用於治療或預防Tau蛋白病。
「多發性硬化症」(MS)亦可稱為播散性硬化症或播散性腦脊髓炎。MS為發炎性疾病,其中腦及脊髓之軸突周圍的脂肪髓鞘受損,導致脫髓鞘及瘢痕形成以及廣泛的體徵及症狀。MS影響腦及脊髓中之神經細胞有效地相互通信的能力。神經細胞藉由向稱為軸突之長纖維發送稱為動作電位之電信號進行通信,該等長纖維包含在稱為髓鞘之絕緣物質中。在MS中,身體自身的免疫系統攻擊並損害髓鞘。當髓鞘丟失時,軸突不再能夠有效地傳導信號。MS發病通常發生在青少年中,且在女性中更常見。
MS之症狀包括感覺的變化,諸如喪失敏感性或麻刺感;刺痛或麻木,諸如感覺遲鈍及感覺異常;肌肉無力;陣攣;肌肉痙攣;移動困難;協調及平衡方面的困難,諸如共濟失調;說話問題,諸如發音困難,或吞咽問題,諸如吞咽困難;視覺問題,諸如眼球震顫、包括光幻視在內的視神經炎及複視;疲勞;急性或慢性疼痛;及膀胱及腸道困難;不同程度的認知障礙;抑鬱或情緒不穩定的情緒症狀;烏托夫現象(Uhthoff's phenomenon),其為由於暴露於高於平時的環境溫度而導致現有症狀惡化;及拉密特氏徵象(Lhermitte's sign),其為在彎曲頸部時從背部向下蔓延的觸電樣感覺。
已在多發性硬化中鑑別四個疾病過程:臨床孤立症候群(CIS)、復發-緩解型MS (RRMS)、原發進行性MS (PPMS)及繼發進行性MS (SPMS)。本發明之細胞、細胞群或醫藥組合物可用於治療或預防多發性硬化。更特定言之,本發明之細胞、細胞群或醫藥組合物可用於治療或預防臨床孤立症候群(CIS)、復發-緩解型MS (RRMS)、原發進行性MS (PPMS)及繼發進行性MS (SPMS)。
庫賈氏病(CJD)為一種具有散發性、醫源性及家族性形式的普里昂疾病。CJD之特徵在於海綿狀改變(例如,大腦的微空化,通常在灰質中占主導地位)、神經元細胞丟失、與神經元丟失不相稱的星形膠質細胞增殖、及異常類澱粉生成蛋白之積聚,有時在腦中之離散斑塊中。普里昂為傳播此等疾病之傳染原,與病毒及類病毒明顯不同,因為在傳染性材料中無可重複偵測到核酸組分的化學或物理證據。本發明之細胞、細胞群或醫藥組合物可用於治療或預防CJD。
中樞神經系統(CNS)狼瘡為全身性紅斑狼瘡(SLE)的一種神經表現,為一種多系統自體免疫性結締組織病症。CNS狼瘡為一種具有神經症狀之嚴重疾病,該等症狀包括頭痛、精神錯亂、疲勞、抑鬱、癲癇、中風、視力問題、情緒波動及注意力集中困難。本發明之細胞、細胞群或醫藥組合物可用於治療或預防CNS狼瘡。
多發性系統萎縮症(MSA),亦稱為夏伊-德爾格症候群,為一種進行性神經退化性病症,其特徵為影響自主神經系統及運動之症狀。症狀為大腦及脊髓中不同類型的神經細胞逐漸喪失功能及死亡的結果,且包括昏厥、心率問題及膀胱控制。運動障礙包括震顫、僵硬、肌肉協調喪失及言語及步態困難。MSA包括歷史上被稱為夏伊-德爾格症候群、橄欖體腦橋小腦萎縮及紋狀體黑質退化的病症。MSA之一個顯著特徵為支援腦中神經細胞之神經膠質細胞中的蛋白質α-突觸核蛋白的積聚。本發明之細胞、細胞群或醫藥組合物可用於治療或預防MSA。
皮質基底神經節退化(CBGD)為一種罕見的進行性神經退化性疾病,涉及大腦皮質及基底神經節。CBGD症狀包括運動及認知功能障礙、帕金森氏症、異形手症候群及精神病症。CBGD病理學之特徵在於大腦內存在星形膠質細胞異常及tau蛋白的不當積聚。本發明之細胞、細胞群或醫藥組合物可用於治療或預防CBGD。
急性播散性腦脊髓炎(ADEM)或急性脫髓鞘性腦脊髓炎,為一種罕見的自體免疫疾病,其特徵在於大腦及脊髓的廣泛發炎。ADEM亦破壞CNS神經之髓鞘絕緣,破壞白質。ADEM之特徵在於大腦半球、小腦、腦幹及脊髓之皮質下及中央白質以及皮質灰白交界處的多發炎性病變。本發明之細胞、細胞群或醫藥組合物可用於治療或預防ADEM。
那須-哈科拉疾病(NHD),可替代地稱為多囊性脂膜性骨發育不良伴硬化性腦白質病(PLOSL),為一種罕見的遺傳性腦白質營養不良,其特徵在於進行性早老性失智,伴隨有歸因於下肢及上肢之多囊性骨性病變的反覆骨折。NHD病程一般分為四個階段:潛伏期、骨期、早期神經病學及晚期神經病學。在兒童期(潛伏期)正常發育後,NHD開始在青春期或青年期(典型發病年齡20-30歲)出現,伴有手部、手腕、腳踝及腳部疼痛。隨後,患者開始因四肢骨中之多囊性骨性及骨質疏鬆性病變而罹患反覆骨折(骨期階段)。在生命的第三個或第四個十年(早期神經病學階段),患者出現額葉症候群特徵之明顯人格變化(例如,欣快症、注意力不集中、判斷力喪失及社交抑制)。患者亦通常罹患進行性記憶障礙。亦經常觀測到癲癇發作。最後(晚期神經病學階段),患者進展為嚴重失智,無法說話及移動,且通常在50歲時死亡。本發明之細胞、細胞群或醫藥組合物可用於治療或預防NHD。
中風、急性創傷、慢性創傷、癲癇、脊髓損傷、創傷性腦損傷(TBI)、酗酒或維生素B缺乏可導致神經損傷。神經損傷可導致損傷或殘疾,包括神經認知缺陷、妄想、言語或運動問題、智能障礙、睡眠障礙、精神疲勞、性格改變、昏迷或持續植物人狀態。本發明之細胞、細胞群或醫藥組合物可用於治療或預防神經損傷。
p75NTR在與諸如神經退化之多種疾病及/或疾病部位相關之運動神經元細胞及諸如單核球、巨噬細胞及小神經膠質細胞的骨髓細胞中表現。因此,待治療之疾病或病症可為與表現p75NTR之運動神經元或與表現p75NTR之諸如單核球、巨噬細胞或小神經膠質細胞的骨髓細胞相關的疾病或病症/病狀。
適合地,細胞可為經工程改造之Treg細胞且細胞群可為經工程改造之Treg細胞群,其已經工程改造以表現如本文所描述之CAR。
適合地,CAR可包含能夠特異性結合於p75NTR之抗原結合域,亦即抗原係p75NTR。
一種用於治療疾病或病狀之方法係關於本文中細胞之醫療用途。就此而言,可向患有現存疾病或病狀之個體投與細胞以減輕、減少或改善與疾病或病狀相關之至少一種症狀,及/或減緩、減少或阻斷疾病進展。
適合地,治療及/或預防神經退化性、自體免疫或發炎性疾病可指投與有效量之細胞(例如Treg),使得患有該疾病之個體所需的現存藥物的量減少,或可使個體的現存藥物中止。
預防疾病或病狀係關於預防性使用本文中之細胞。就此而言,可向尚未感染或發展疾病或病狀及/或未展現出疾病或病狀之任何症狀的個體投與細胞,以預防疾病或病狀,或減少或預防與疾病或病狀相關之至少一種症狀的發展。個體可具有該疾病或病狀之易感性或被認為處於發生該疾病或病狀的風險。
如本文所使用,術語「治療」係指經設計以改變所治療之個體在臨床病理學之病程期間的天然病程的臨床介入。所需治療作用包括減小特定疾病、病症或病狀之發展速率,改善或減輕其病理狀態,及緩解或改善其預後。例如,若與特定疾病、病症或病狀相關之一或多種症狀得以減輕或消除,則個體被成功「治療」。
「有效量」係指在所需劑量及時間段下,至少可有效達成所需治療或預防結果之量。有效量可以一或多次投與提供。
「治療有效量」係影響特定疾病、病症或病狀之可量測改善所需的至少最小濃度。本文中之治療有效量可根據諸如患者之疾病病況、年齡、性別及體重以及嵌合受體在個體中引發所需反應的能力的因素而變化。治療有效量亦為細胞、細胞群或醫藥組合物之治療有益效應超過其任何毒性或有害效應的量。
術語「個體subject)」、「患者」及「個體(individual)」在本文中可互換使用且係指哺乳動物,較佳為人類。特定言之,術語個體、患者及個體係指患有如本文所定義之疾病或病症的需要治療的人類。
在本發明之一些實施例中,患者可在本發明之治療之前、同期或之後經受其他治療。舉例而言,在一些實施例中,患者可經其他程序治療以治療與疾病或病症相關之症狀。
本文中之醫療用途或方法可涉及以下步驟: (i) 分離含有細胞之樣品或提供含有細胞之樣品; (ii) 向細胞引入如本文所定義之核酸分子、構築體或載體;及 (iii) 向個體投與來自(ii)之細胞。
細胞可為如本文所定義之Treg。可在該方法之步驟(ii)之前及/或之後自含有細胞之樣品分離及/或產生富集的Treg群。舉例而言,可在步驟(ii)之前及/或之後進行分離及/或產生以分離及/或產生富集的Treg樣品。可在步驟(ii)之後進行富集,以富集包含如本文所描述之CAR、聚核苷酸及/或載體之細胞及/或Treg。
適合地,細胞可為自體的。適合地,細胞可為同種異體的。
適合地,細胞(例如經工程改造之Treg)可與諸如淋巴耗竭劑(例如上文所論述)之一或多種其他治療劑組合投與。工程改造細胞,例如Treg,可與該一或多種其他治療劑同時投與或連續(亦即之前或之後)投與。
細胞,例如Treg,可在引入如本文所描述之核酸分子之前或之後例如藉由用抗CD3單株抗體或抗CD3及抗CD28單株抗體二者處理來活化及/或擴增。擴增方案在上文描述。
細胞,例如Treg,可在該方法之各步驟之後,特定言之在擴增之後洗滌。
經工程改造之細胞,例如Treg細胞之群體,可藉由熟習此項技術者已知之任何方法,例如藉由FACS或磁珠分選進一步富集。
生產方法之步驟可在封閉及無菌的細胞培養系統中進行。
本發明亦可提供一種用於增加細胞之穩定性及/或抑制功能之方法,其包含將如本文所提供之核酸分子、表現構築體或載體引入至細胞中之步驟。可如上文所論述量測抑制功能的增加,例如藉由將活化的抗原特異性Tconv細胞與本發明細胞共培養,且例如量測由Tconv細胞產生的細胞介素的含量。抑制功能之增加可為相比於未經工程改造之Treg增加至少10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%或90%。
例如本文所定義之Treg之細胞的穩定性的增加係指與未經工程改造之Treg相比,彼等細胞之持久性或存活率增加,或在一段時間內保留Treg表型之細胞的比例增加(例如,保留諸如FOXP3及Helios之Treg標記之細胞)。
穩定性增加可為穩定性增加至少10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%或90%,且可藉由此項技術中已知之技術來量測,例如,細胞群內之Treg細胞標記之染色,且藉由FACS分析。
本發明亦提供CAR-Treg之用途,其用於誘導抗發炎小神經膠質細胞表型。「抗發炎小神經膠質細胞表型」可替代地被稱作M2小神經膠質細胞表型。在文獻中,傳統地已知小神經膠質細胞具有三個表型:M0 =穩態(或靜息)小神經膠質細胞,M1 =釋放諸如活性含氧物(ROS)及介白素(IL)-6及-8之促發炎分子且與神經毒性相關的活化小神經膠質細胞,且M2 =藉由釋放高含量之IL-4及IL-10促進組織重塑及修復之抗發炎小神經膠質細胞。在特定條件下小神經膠質細胞可自M1轉變為M2表型且促進神經保護。如本文所示,Treg細胞可促進此轉變為M2或抗發炎表型。因此,替代地看,本發明提供CAR-Treg之用途,其用於將小神經膠質細胞之表型自M1改變為M2。此外,本發明提供CAR-Treg之用途,其用於增加表現抗發炎標記物精胺酸酶-1 (ARG1)之小神經膠質細胞的數量。作為抗發炎標記物,ARG1之表現指示小神經膠質細胞具有M2表型。
小神經膠質細胞或細胞群可來自任何物種,但其較佳為人類或小鼠小神經膠質細胞或細胞群。
CAR可為本發明之CAR,亦即,其可包含特異性結合於p75NTR (例如結合於人類p75NTR)之抗原識別域,且其可具有如本文所揭示之CAR之特徵中之任一者。
本發明不受本文所揭示之例示性方法及材料限制,且任何與本文所描述之彼等方法及材料類似或等效之方法及材料可用於實踐或測試本發明之實施例。數值範圍包括限定該範圍之數字。除非另外指示,否則任何核酸序列以5'至3'定向自左至右書寫;胺基酸序列分別以胺基至羧基定向自左至右書寫。
在提供值之範圍下,應瞭解除非上下文另外明確規定,否則亦特別揭示在該範圍上限與下限之間的各插入值,精確至下限單位之十分位。本發明內涵蓋陳述範圍中之任何所陳述值或插入值之間的各較小範圍及所陳述範圍中之任何其他所陳述值或插入值。此等較小範圍之上限及下限可獨立地包括或不包括在該範圍內,且任一界限、無界限或兩個界限包括於較小範圍中之各範圍亦涵蓋於本發明內,受制於所陳述範圍中之任何特定排除之界限。當所陳述範圍包括界限中之一者或兩者時,排除彼等所包括之界限中之任一者或兩者之範圍亦包括於本發明中。
必須注意,除非上下文另外明確說明,否則如本文及隨附申請專利範圍所用之單數形式「一(a/an)」及「該(the)」包括複數個參照物。
如本文所使用之術語「包含(comprising/comprises)」及「由…構成(comprised of) 』與「包括(including/includes)」或「含有(containing/contains)」同義,且為包括性或開放性的,且不排除額外的未敍述的成員、元素或方法步驟。術語「包含(comprising/comprises)」及「由…構成(comprised of)』亦包括術語「由…組成』。
本文所論述之公開案僅提供其在本申請案之申請日之前的揭示內容。本文中之任何內容均不應解釋為承認此類公開案構成在此隨附之申請專利範圍之先前技術。
現將藉助於實例進一步描述本發明,該等實例意欲用於幫助一般熟習此項技術者進行本發明且不意欲以任何方式限制本發明之範疇。
材料及方法 選殖 構築體在內部設計,且整個序列經密碼子最佳化以在人類或鼠細胞中表現且製造。
將人類構築體(即構築體1至5及9至12)選殖至pcLV骨架中,且用質體轉形D5a高效能細菌且用選擇劑安比西林(ampicillin)生長。使用Megaprep套組(Qiagen)抽出DNA。藉由PCR選殖將插入物轉移至慢病毒骨架中。
將鼠構築體(即構築體6至8)選殖至反轉錄病毒骨架pMP71骨架中,且用質體轉形D5a高效能細菌且用選擇劑安比西林生長。使用Megaprep套組(Qiagen)抽出DNA。藉由PCR選殖將插入物轉移至反轉錄病毒骨架中。
構築體1至12表示如本文中所主張之本發明之構築體(亦即抗p75NTR CAR)。如本文所用之構築體亦含有GFP以評估轉導效率(除了為此目的使用CAR外)。
轉染及病毒粒子生產 慢病毒生產 HEK293FS細胞在LV MAX™培養基中接種及培養,且接種在深孔96孔盤中。將轉染試劑置於室溫且與所關注之DNA構築體/質體、輔助質體及病毒套膜混合。將DNA懸浮液加入細胞中,且48 h後收集病毒上清液且過濾。
反轉錄病毒生產 用相關質體DNA及包膜質體轉染GP2-293細胞。轉染後24 h更換培養基,且第3天自GP2-293細胞中收集含有反轉錄病毒之上清液且過濾。在第4天,濃縮病毒上清液。
Jurkat NFAT 細胞之轉導 使用上述病毒上清液轉導Jurkat NFAT細胞(即用編碼構築體1至12之病毒載體或用不包含抗p75NTR scFv之陰性對照構築體)且在轉導評估前培養5天。
Teff 之轉導 用如上文所描述生成之反轉錄病毒載體(即用編碼鼠構築體6或8之病毒載體)轉導鼠Teff。經模擬物轉導之細胞用作陰性對照。轉導後36 h,用新鮮培養基向Teff饋料。藉由隔日添加新鮮培養基來將經轉導的鼠Teff維持在培養中。
Treg 之轉導 用如上文所描述生成之反轉錄病毒載體(即用編碼鼠構築體6或8之病毒載體)轉導鼠Treg。經模擬物轉導之細胞用作陰性對照。轉導後24 h或48 h,用新鮮培養基向鼠Treg饋料。藉由隔日添加新鮮培養基來將經轉導的鼠Treg維持在培養中。
流式細胞術染色以確定 CAR 表現 使用編碼人類或小鼠NGFR/p75蛋白之細胞外域(ECD)、經人類IgG1-Fc及抗人類Fc抗體標記的肽與APC或PE結合作為二級抗體,針對抗p75NTR CAR之表現對Jurkat NFAT細胞、鼠Teff及鼠Treg進行染色,且藉由流式細胞術評估。亦針對GFP之表現對細胞染色。
亦針對FOXP3之表現對鼠Treg進行染色,因為此為CD4+調節T細胞之關鍵標記。
CAR 轉導之 Jurkat NFAT 細胞用 p75NTR 蛋白之活化分析 在第0天,用經純化之抗人類CD3抗體(317301,Biolegend. 純系:OKT3)作為陽性對照(50 μg/ml)或用p75NTR蛋白(10 μg/ml)塗覆盤,且在4℃下培育隔夜。
第1天,移除蛋白質且用PBS洗滌孔,隨後將經抗p75NTR CAR轉導之Jurkat NFAT細胞或未經轉導之細胞接種至各孔中。第2天,將細胞轉移至白色96孔盤且添加螢光素受質(ONE-Glo™ Luciferase Assay System, E6110, Promega)。短暫培育後,使用盤讀取器讀取樣品之發光。
CAR 轉導之鼠 Teff/Treg 細胞用 p75NTR 蛋白及 p75NTR 陽性細胞株之活化分析 在轉導後第5天,將鼠Treg或Teff再懸浮於新鮮培養基中(第0天)。同一天,將鼠及人類p75NTR胞外域蛋白固定在96孔非組織培養盤中,且在4℃下培育隔夜。另外,將表現人類p75NTR之野生型(WT) HEK293或HEK293細胞及鼠Neuro2A細胞(天然表現p75NTR)以與後來添加的Treg/Teff相同的密度鋪在組織培養處理之96孔盤中,且在37℃下在CO 2培育箱中培育隔夜。隔天上午(第1天),用PBS洗滌具有經固定p75NTR蛋白的盤兩次。將經轉導或經模擬物轉導之Treg/Teff接種於含有蛋白質或黏附細胞或THP-1懸浮細胞(亦天然表現p75NTR)之各孔中。用aCD3/aCD28珠粒活化之Treg/Teff用作陽性對照,而僅用培養基培養之Treg/Teff用作陰性對照。分析建立後24 h,藉由流式細胞術分析鼠Treg/Teff之活化標記亦即CD137、CD44、LAG-3及CD69之表現。
p75NTR CAR 轉導之 CD45.1 T 效應細胞在 SOD1 小鼠模型中之活體內遷移 / 活化 ( 方法結果展示於圖 12 ) 分離來自CD45.1小鼠脾臟及淋巴結之CD4 T效應細胞(Teff),且未經轉導(模擬物)、用根據本發明之CAR構築體(亦即表現GFP: p75NTR CAR1 (構築體8)或p75NTR CAR2 (構築體6)之抗p75NTR CAR構築體)轉導或用GFP對照轉導。隨後將細胞冷凍。
第0天,解凍細胞,且將1×10 6個經轉導的Teff細胞/小鼠藉由小腦延髓池內(ICM)注射注入SOD1小鼠及年齡匹配的野生型(WT) BL/6小鼠中(對於注射有p75NTR CAR1 (構築體8)之各組n=9,且對於注射有p75NTR CAR2 (構築體6)之各組n=6,且對於注射有經GFP轉導之對照之各組n=6)。將1×10 6個未經轉導的Teff細胞/小鼠注入SOD1及WT小鼠(對於各組n=3)中作為額外對照。
轉移後第6天,處死所有小鼠,且收集CNS組織。將組織處理成單細胞懸浮液,且準備用於藉由用CD45.1、及CD4及CD25抗體(CD25為T細胞活化之標記)染色之流式細胞術分析。
p75NTR CAR 轉導之 CD45.1 T 調節細胞在 SOD1 小鼠模型中之活體內遷移分析 ( 方法結果展示於圖 13a 及圖 13b ) 分離來自CD45.1小鼠脾臟及淋巴結之CD4 T調節細胞(Treg),且用根據本發明之CAR構築體(亦即表現GFP:p75NTR CAR1 (構築體8)之抗p75NTR CAR構築體)轉導,或未經轉導(模擬物)。隨後將細胞冷凍。
第0天,解凍細胞,且將1×10 6個經轉導的Treg細胞/小鼠藉由小腦延髓池內(ICM)注射注入SOD1小鼠及年齡匹配的野生型(WT) BL/6小鼠中(對於注射有p75NTR之各組n=3)。
轉移後第6天,處死所有小鼠,且收集CNS組織。將組織處理成單細胞懸浮液,且準備用於藉由用CD45.1及CD4抗體染色之流式細胞術分析。
評估CD45.1細胞在CNS中之存在(圖13a)且藉由GFP表現評估CAR表現(圖13b)。
P75NTR CAR 轉導之 CD45.1 T 調節細胞在 SOD1 小鼠模型中之活體內遷移分析 ( 方法結果展示於圖 16 ) 分離來自CD45.1小鼠脾臟及淋巴結之CD4 T調節細胞(Treg),且用根據本發明之CAR構築體(亦即表現GFP:p75NTR CAR1 (構築體8)之抗P75NTR CAR構築體)轉導,或用GFP對照(GFP模擬物)轉導。隨後將細胞冷凍。
第0天,解凍細胞,且將1×10 6個經轉導的Treg細胞/小鼠藉由小腦延髓池內(ICM)注射注入120天齡之SOD1小鼠及年齡匹配的野生型(WT) BL/6小鼠中(對於注射有P75NTR之各組n=3)。另外,無細胞轉移之野生型組(WT NCT)用作陰性對照。
轉移後第7天,處死所有小鼠,且收集腦組織。將組織處理成單細胞懸浮液,且準備用於藉由用CD45.1及CD4抗體染色之流式細胞術分析。
評估CD45.1細胞在腦中之存在且藉由GFP表現確定CAR表現(圖16)。
p75NTR CAR 轉導之 CD45.1 T 效應細胞在 EAE 小鼠模型中之活體內遷移及 EAE 之臨床進展 ( 方法結果展示於圖 14a 及圖 14b 及圖 15 ) 分離來自CD45.1小鼠脾臟及淋巴結之CD4 T效應細胞(Teff),且用GFP對照或根據本發明之CAR構築體(亦即表現GFP:p75NTR CAR1 (構築體8)之抗p75NTR CAR構築體)轉導。隨後將細胞冷凍。
9週齡之C57BL/6J雄性小鼠經免疫以誘導EAE。在EAE誘導後第11天,以每隻小鼠5×10 6個細胞經靜脈內投與經CAR轉導的Teff,且在第16天處死小鼠。收集脊髓組織且處理成單細胞懸浮液,且準備用於藉由用CD45.1及CD4抗體染色之流式細胞術分析。
如下文表中(表2)所描述每日記錄臨床評分。 表2. EAE臨床評分之評估網格
臨床評分 疾病演變
0 無臨床病徵
0.5 部分尾巴麻痹
1 尾巴麻痹或蹣跚步態
1.5 部分尾巴麻痹及蹣跚步態
2 尾巴麻痹及蹣跚步態
2.5 部分肢體麻痹
3 一個肢體麻痹
3.5 一個肢體麻痹及另一肢體部分麻痹
4 完全後肢麻痹
4.5 完全後肢麻痹及前肢虛弱
5 死亡
小鼠 Treg BV2 鼠小神經膠質細胞之共培養 將BV2鼠小神經膠質細胞株添加至24孔盤底部,且靜置2小時。將可滲透的0.4µm插入物中的鼠Treg細胞添加至24孔盤中,以使得細胞不直接接觸,而係使可溶因子可自Treg自由擴散至BV2細胞,且反之亦然(參見圖17中之圖)。將插入物添加至24孔盤後,用抗CD3/抗CD28珠粒及IL-2刺激Treg 24 h。將僅包含Treg培養基(RPMI)(但無Treg)或包含Treg培養基及IL-2 (但無Treg)之插入物添加至24孔盤中作為對照。24 h後,藉由流式細胞術評估表現抗發炎小神經膠質細胞標記ARG1之活BV2細胞的百分比,以及表現ARG1之活BV2細胞的數量。結果分別展示於圖18a及圖18b中。
實驗 1 流式細胞術染色以確定 CAR 表現 如上所述,藉由流式細胞術使用p75NTR ECD肽及抗人類Fc抗體評估經CAR轉導之Jurkat NFAT細胞之本發明之抗p75NTR CAR構築體(亦即構築體1或2)的表現。圖1顯示經轉導的細胞表現GFP及抗p75NTR CAR,表明轉導為成功的,且構築體1及2在此等細胞中均有效表現。
實驗 2 CAR 轉導之 Jurkat NFAT 細胞用 p75NTR 蛋白之活化分析 未經轉導之Jurkat NFAT細胞(『模擬物』)及經CAR轉導之Jurkat NFAT細胞未經刺激或用抗CD3抗體(OKT3)作為陽性對照活化或用p75NTR蛋白活化。圖2a顯示用構築體1或2轉導之Jurkat NFAT細胞由陽性對照及亦由p75NTR蛋白活化。圖2b再次顯示相同結果,其中移除陽性對照,以使得可更清楚地看出用p75NTR蛋白之活化。
實驗 3 流式細胞術染色以確定 CAR 表現實驗3與上文實驗1相同但亦包括三個額外CAR構築體3至5。圖3顯示經轉導的細胞表現GFP及抗p75NTR CAR,表明轉導為成功的,且構築體1至5在此等細胞中均有效表現。
實驗 4 CAR 轉導之 Jurkat NFAT 細胞用 p75NTR 蛋白之活化分析實驗4與上文實驗2相同但亦包括三個額外CAR構築體3至5。圖4a顯示用構築體1至5轉導之Jurkat NFAT細胞由陽性對照及亦由p75NTR蛋白活化。圖4b再次顯示相同結果,其中移除陽性對照,以使得可更清楚地看出用p75NTR蛋白之活化。
實驗 5 流式細胞術染色以確定 CAR 表現實驗5與上文實驗1及3相同,但評估Jurkat NFAT細胞中額外CAR構築體即鼠構築體6、7及8及人類構築體9、10、11及12之表現。圖5a及圖5b顯示經轉導的細胞表現GFP及抗p75NTR CAR,表明轉導為成功的,且構築體6至8及9至12在此等細胞中均有效表現。
實驗 6 CAR 轉導之 Jurkat NFAT 細胞用 p75NTR 蛋白 ( 人類構築體 ) 之活化分析實驗6與上文實驗2及4相同,但評估額外人類CAR構築體9至12之活化。圖6顯示用構築體9至12轉導之Jurkat NFAT細胞由陽性對照及亦由p75NTR蛋白活化。
實驗 7 CAR 轉導之 Jurkat NFAT 細胞用 p75NTR 蛋白及 p75NTR 陽性細胞株 ( 鼠構築體 ) 之活化分析 經鼠構築體6、7或8轉導之Jurkat NFAT細胞未經刺激,使其與野生型HEK293細胞接觸,用抗CD3抗體(OKT3)作為陽性對照活化,或用鼠p75NTR蛋白、人類p75NTR蛋白、THP-1細胞(其天然表現p75NTR)、Neuro2A細胞(其天然表現p75NTR)活化,或用經工程改造以過表現p75NTR之HEK293細胞活化。圖7顯示經構築體6、7或8轉導之Jurkat NFAT細胞由陽性對照及由所有其他『活化』條件活化,而未經刺激及WT HEK293條件下的活化低得多。
實驗 8 流式細胞術染色以確定鼠 Teff 中之 CAR 表現 如上所述,藉由流式細胞術使用p75NTR ECD肽及抗小鼠Fc抗體評估經CAR轉導之鼠Teff細胞之本發明之鼠抗p75NTR CAR構築體(亦即構築體6或8)的表現。圖8顯示經轉導的細胞表現GFP及抗p75NTR CAR,表明轉導為成功的,且構築體6及8在此等細胞中均有效表現。
實驗 9 CAR 轉導之鼠 Teff 細胞用 p75NTR 蛋白及 p75NTR 陽性細胞株之活化分析 經鼠構築體6或8轉導之鼠Teff細胞未經刺激,使其與野生型HEK293細胞接觸,用抗CD3/抗CD28珠粒作為陽性對照活化,或用鼠p75NTR蛋白、人類p75NTR蛋白、THP-1細胞(其天然表現p75NTR)、Neuro2A細胞(其天然表現p75NTR)活化,或用經工程改造以過表現p75NTR之HEK293細胞活化。圖9顯示經構築體6或8轉導之鼠Teff細胞由陽性對照及由大部分其他『活化』條件活化,而未經刺激及WT HEK293條件下的活化低得多。活化係藉由使用流式細胞術分析活化標記CD69、CD137及LAG-3來確定。
實驗 10 流式細胞術染色以確定鼠 Treg 中之 CAR 表現 如上所述,藉由流式細胞術使用p75NTR ECD肽及抗小鼠Fc抗體評估經CAR轉導之鼠Treg細胞之本發明之鼠抗p75NTR CAR構築體(亦即構築體6或8)的表現。圖10b顯示經轉導的細胞表現GFP及抗p75NTR CAR,表明轉導為成功的,且構築體6及8在此等細胞中均有效表現。另外,圖10a顯示經構築體6及8轉導之細胞為CD4+ Treg,因為其表現FOXP3。
實驗 11 CAR 轉導之鼠 Treg 細胞用 p75NTR 蛋白及 p75NTR 陽性細胞株之活化分析 經鼠構築體6或8轉導之鼠Treg細胞未經刺激,使其與野生型HEK293細胞接觸,用抗CD3/抗CD28珠粒作為陽性對照活化,或用鼠p75NTR蛋白、人類p75NTR蛋白、THP-1細胞(其天然表現p75NTR)、Neuro2A細胞(其天然表現p75NTR)活化,或用經工程改造以過表現p75NTR之HEK293細胞活化。圖11顯示經構築體6或8轉導之鼠Treg細胞由陽性對照及由大部分其他『活化』條件活化,而未經刺激及WT HEK293條件下的活化低得多。活化係藉由使用流式細胞術分析活化標記CD69、CD137及CD44來確定。
實驗 12 p75NTR CAR 轉導之 CD45.1 T 效應細胞在 SOD1 小鼠模型中之活體內遷移及活化 如上所述,分離來自CD45.1小鼠脾臟及淋巴結之CD4 T效應細胞(Teff),且未經轉導(模擬物)、用根據本發明之CAR構築體(亦即表現GFP: p75NTR CAR1 (構築體8)或p75NTR CAR2 (構築體6)之抗p75NTR CAR構築體)轉導或用GFP對照轉導,且隨後藉由ICM注入SOD1或WT小鼠中。
轉移後第6天,處死所有小鼠,且收集CNS組織。將組織處理成單細胞懸浮液,且準備用於藉由用CD45.1、CD4及CD25抗體染色之流式細胞術分析。
圖12顯示當經p75NTR CAR1及p75NTR CAR2構築體二者轉導時,在第6天CD45.1+ GFP+ (即經注射,經CAR轉導)細胞在CNS中積聚,且在CNS中由它們的靶標(即p75NTR)特異性活化(如Y軸上之CD25表現量所指示)。
實驗 13 p75NTR CAR 轉導之 CD45.1 T 調節細胞在 SOD1 小鼠模型中之活體內遷移及活化 如上所述,分離來自CD45.1小鼠脾臟及淋巴結之CD4 T調節細胞(Treg),且用根據本發明之CAR構築體(亦即表現GFP:p75NTR CAR1 (構築體8)之抗P75NTR CAR構築體)轉導或未經轉導(模擬物),且隨後藉由ICM注入SOD1或WT小鼠中。
轉移後第6天,處死所有小鼠,且收集CNS組織。將組織處理成單細胞懸浮液,且準備用於藉由用CD45.1及CD4抗體染色之流式細胞術分析。
圖13a顯示CD45.1+細胞(即經注射細胞)在第6天在SOD1小鼠之CNS中存在。圖13b展示來自圖13a之彼等CD45.1+細胞亦為GFP+ (即已成功經抗p75NTR CAR構築體轉導且因此對p75NTR靶標具有特異性)之百分比。
實驗 14 p75NTR CAR 轉導之 CD45.1 T 效應細胞在 EAE 小鼠模型中之活體內遷移及 EAE 之臨床進展 如上所述,分離來自CD45.1小鼠脾臟及淋巴結之CD4 T效應細胞(Teff),且用GFP對照或根據本發明之CAR構築體(亦即表現GFP: p75NTR CAR1 (構築體8)之抗p75NTR CAR構築體)轉導,且隨後經靜脈內注入EAE (「經免疫」)或WT (「未經免疫」)小鼠中。
轉移後第16天,處死所有小鼠,且收集脊髓組織。將組織處理成單細胞懸浮液,且準備用於藉由用CD45.1及CD4抗體染色之流式細胞術分析。亦如上文表2中所示每日記錄臨床評分。
圖14a顯示,在第16天,CD45.1+細胞(亦即經注射細胞)在EAE小鼠之脊髓中存在,但在WT小鼠之脊髓中不存在,且與對照細胞群相比,經p75NTR CAR轉導之細胞群中存在更多CD45.1+細胞。圖14b展示來自圖14a之彼等CD45.1+細胞亦為GFP+ (即已成功經抗p75NTR CAR構築體轉導且因此對p75NTR靶標具有特異性)之百分比。
圖15顯示在已經免疫以誘發EAE之小鼠中,與已接受媒劑或經GFP對照轉導之鼠Teff之小鼠相比,已接受經p75NTR CAR轉導之鼠Teff之小鼠具有顯著增加的疾病進展。此表明p75NTR CAR已活化且導致鼠Teff發揮其發炎作用,使疾病惡化。如所預期,WT小鼠在任意條件下未顯示疾病進展。
T效應細胞(Teff)常用於活體內研究,而非T調節細胞(Treg),因為Teff比Treg更容易產生且可獲得更多數量。然而,值得注意,Teff與Treg具有相反的效果,因為Teff增強發炎,而Treg抑制發炎。因此,預期在EAE模型中,經p75NTR CAR轉導之鼠Treg將減少疾病進展而非增強疾病進展。
實驗 15 P75NTR CAR 轉導之 CD45.1 T 調節細胞在 SOD1 小鼠模型中之活體內遷移分析 如上所述,分離來自CD45.1小鼠脾臟及淋巴結之CD4 T調節細胞(Treg),且用根據本發明之CAR構築體(亦即表現GFP: p75NTR CAR1 (構築體8)之抗P75NTR CAR構築體)轉導或用GFP對照轉導(GFP模擬物),且隨後藉由ICM注入120天齡之SOD1或WT小鼠中。另外,無細胞轉移之野生型組(WT NCT)用作陰性對照。
轉移後第7天,處死所有小鼠,且收集腦組織。將組織處理成單細胞懸浮液,且準備用於藉由用CD45.1及CD4抗體染色之流式細胞術分析。
圖16顯示與不積聚之經GFP對照轉導之Treg (GFP模擬物)相比,經p75NTR CAR1轉導之Treg在WT及SOD1小鼠之腦中積聚。細胞之轉導效率為23% (未展示)。在SOD1小鼠中,與經GFP對照轉導之Treg (GFP模擬物)相比,當小鼠被注射經p75NTR CAR1轉導之Treg時,達到統計顯著性(p<0.001)。結果來自n=6隻小鼠,且使用西達克氏(Sidak's)多重比較測試使用單向ANOVA進行統計分析。
實驗 16 小鼠 Treg BV2 鼠小神經膠質細胞之共培養 如上所述,在共培養實驗中使小鼠Treg細胞與鼠小神經膠質細胞一起培養,其中細胞不直接接觸,但使可溶因子可自Treg自由擴散至BV2細胞,且反之亦然(參見圖17中之圖)。將包含Treg細胞之可滲透插入物添加至包含BV2細胞之24孔盤,且隨後用抗CD3/抗CD28珠粒及IL-2刺激Treg細胞24 h。將僅包含Treg培養基(但無Treg)或包含Treg培養基及IL-2 (但無Treg)之插入物添加至24孔盤中作為對照。24 h後,藉由流式細胞術評估表現抗發炎小神經膠質細胞標記ARG1之活BV2細胞的百分比,以及表現ARG1之活BV2細胞的數量。結果來自n=3次實驗。
如圖18中可見,在24 h共培養後,與僅與Treg培養基及IL-2共培養之細胞相比,與Treg共培養之細胞中表現抗發炎小神經膠質細胞標記ARG1之活BV2細胞的百分比(%)(圖18a)及活BV2細胞的數量(#)(圖18b)增加。此增加在2:1及4:1之Treg:BV2共培養比率下顯著,p值分別為0.0259及0.0172 (使用普通單向ANOVA及Dunnett事後測試對RPMI + IL-2對照組及所有其他實驗組進行統計)。此表明小鼠Treg釋放促進誘導抗發炎BV2小神經膠質細胞表型之可溶因子,表明Treg可調節CNS中之發炎。
本說明書中引用之序列包括於序列表(其形成本申請之部分)中及/或在申請文本中明確敍述。為避免疑問,SEQ ID NO: 88係指胺基酸序列ADN,SEQ ID NO: 99係指胺基酸序列DDS,且SEQ ID NO: 109係指胺基酸序列TSN。
1展示構築體1及2在Jurkat NFAT細胞中表現。構築體1及2係本發明之構築體,其包含包含p75NTR scFv之CAR。收集經轉導的細胞且使用p75NTR蛋白及抗人類APC作為二級抗體進行流式細胞術染色。
2a 及圖 2b展示活化分析之結果,其中表現構築體1及2之Jurkat NFAT細胞未經刺激、用OKT3作為陽性對照活化(因為此活化Jurkat細胞)(僅圖2a中所示)或用p75NTR蛋白活化。圖2b展示無陽性對照之結果,以使得可更清楚地看出用p75NTR之活化。
3展示構築體1及2及三個額外構築體3至5在Jurkat NFAT細胞中表現。構築體3至5亦係本發明之構築體,其包含包含p75NTR scFv之CAR。收集經轉導的細胞且使用p75NTR蛋白及抗人類APC作為二級抗體進行流式細胞術染色。
4a 及圖 4b展示活化分析之結果,其中表現構築體1至5之Jurkat NFAT細胞未經刺激、用OKT3作為陽性對照活化(因為此活化Jurkat細胞)(僅圖4a中所示)或用p75NTR蛋白活化。圖4b展示無陽性對照之結果,以使得可更清楚地看出用p75NTR之活化。
5a 5b分別展示構築體6、7、8 (鼠構築體)及9、10、11、12 (人類構築體)在Jurkat NFAT細胞中表現。構築體6至12係本發明之構築體,其包含包含p75NTR scFv之CAR。收集經轉導的細胞且視構築體類型而定使用p75NTR蛋白及抗人類或抗小鼠APC作為二級抗體進行流式細胞術染色。
6展示活化分析之結果,其中表現人類構築體9至12之Jurkat NFAT細胞未經刺激、用OKT3作為陽性對照活化(因為此活化Jurkat細胞)或用p75NTR蛋白活化。
7展示活化分析之結果,其中表現小鼠構築體6至8之Jurkat NFAT細胞:未經刺激;用OKT3作為陽性對照活化(因為此活化Jurkat細胞);與野生型HEK293細胞(其不天然表現p75NTR)接觸;或用鼠p75NTR蛋白、人類p75NTR蛋白、人類THP-1細胞(其天然表現p75NTR)、鼠Neuro2A細胞(其天然表現p75NTR)或已經工程改造以表現p75NTR之HEK293細胞活化。
8展示構築體6及8 (鼠構築體)在鼠T效應細胞(Teff)中表現,在下文圖9中展示之24 h活化分析之前。收集經轉導的細胞且使用p75NTR蛋白及抗小鼠APC作為二級抗體進行流式細胞術染色。
9展示活化分析之結果,其中表現小鼠構築體6或8之鼠T效應細胞(Teff):未經刺激;用OKT3作為陽性對照活化(因為此活化Teff細胞);與野生型HEK293細胞(其不天然表現p75NTR)接觸;或用鼠p75NTR蛋白、人類p75NTR蛋白、人類THP-1細胞(其天然表現p75NTR)、鼠Neuro2A細胞(其天然表現p75NTR)或已經工程改造以表現p75NTR之HEK293細胞活化。隨後使用流式細胞術分析細胞之活化標記CD69、CD137及LAG-3之表現。
10a 10b:圖10a展示用鼠構築體6及8轉導之鼠調節T細胞(Treg)中FOXP3之百分比。圖10b展示構築體6及8在鼠Treg中表現,在下文圖11中展示之24 h活化分析之前。收集經轉導的細胞且分別針對FOXP3或使用p75NTR蛋白及抗小鼠APC作為二級抗體進行染色,且隨後藉由流式細胞術分析。
11展示活化分析之結果,其中表現小鼠構築體6或8之鼠T調節細胞(Treg):未經刺激;用OKT3作為陽性對照活化(因為此活化Treg細胞);與野生型HEK293細胞(其不天然表現p75NTR)接觸;或用鼠p75NTR蛋白、人類p75NTR蛋白、人類THP-1細胞(其天然表現p75NTR)、鼠Neuro2A細胞(其天然表現p75NTR)或已經工程改造以表現p75NTR之HEK293細胞活化。隨後使用流式細胞術分析細胞之活化標記CD69、CD137及CD44之表現。
12展示活體內遷移/活化分析之結果,其中未經轉導的CD45.1鼠T效應細胞(「模擬物」)、經轉導的CD45.1鼠T效應細胞(「p75NTR CAR1」或「p75NTR CAR2」,亦即根據本發明之表現GFP之二個抗p75NTR CAR構築體)及GFP對照(「GFP」)在SOD1小鼠及野生型(WT)小鼠之中樞神經系統(CNS)中的積聚及活化在鞘內遞送後第6天評估。CD45.1+/GFP+細胞為已用抗p75NTR CAR構築體成功轉導之經注射細胞,且因此對p75NTR靶標具有特異性。
13a 及圖 13b展示活體內遷移分析之結果,其中未經轉導的CD45.1鼠Treg細胞及經轉導的CD45.1鼠Treg細胞(「p75NTR CAR1 Treg」,亦即根據本發明之表現GFP之抗p75NTR CAR構築體)在SOD1小鼠及野生型(WT)小鼠之中樞神經系統中的積聚在鞘內遞送後第6天評估。圖13a展示CNS中CD45.1+細胞之百分比,而圖13b展示彼等CD45.1+細胞亦為GFP+ (亦即已用抗p75NTR CAR構築體成功轉導,且因此對p75NTR靶標具有特異性)之百分比。
14a 及圖 14b展示活體內遷移分析之結果,其中經轉導的CD45.1鼠T效應細胞(「p75NTR CAR T細胞」,亦即根據本發明之表現GFP之抗p75NTR CAR構築體)或GFP對照(「GFP+T-細胞」)在EAE小鼠(「經免疫」)及野生型小鼠(「未經免疫」)之脊髓中的積聚在靜脈內遞送後第16天評估。圖14a展示脊髓中CD45.1+細胞之百分比,而圖14b展示彼等CD45.1+細胞亦為GFP+ (亦即已用抗p75NTR CAR構築體成功轉導,且因此對p75NTR靶標具有特異性)之百分比。
15展示相比於野生型小鼠,EAE小鼠中實驗性自體免疫腦脊髓炎(EAE)疾病之進展,其中小鼠已注射有已經p75NTR CAR (亦即根據本發明之表現GFP之抗p75NTR CAR構築體(p75NTR CAR1或構築體8))或GFP對照轉導的鼠T效應細胞。EAE係針對多發性硬化亦即神經發炎性疾病最常使用之實驗模型。藉由臨床評分來量測疾病進展,其中0為無疾病且5為峰疾病/死亡(參見實例中之表2)。
16展示活體內遷移分析之結果,其中經GFP模擬物轉導CD45.1鼠Treg細胞(GFP模擬物)及經轉導的CD45.1鼠Treg細胞(「p75NTR CAR1 Treg」,亦即根據本發明之表現GFP之抗p75NTR CAR構築體)在SOD1小鼠及野生型(WT)小鼠之腦中的積聚在鞘內遞送後第7天評估。無細胞轉移之野生型組(WT NCT)用作陰性對照。亦為GFP+之經轉導的CD45.1+細胞係已用抗p75NTR CAR構築體成功轉導之細胞,且因此對p75NTR靶標具有特異性。
17為展示使用小鼠Treg細胞及小鼠BV2小神經膠質細胞株之無接觸共培養實驗之設置的圖。
18展示圖17中描繪之共培養實驗之結果。共培養24 h後,小鼠Treg促進誘導BV2鼠小神經膠質細胞中之抗發炎特性。藉由用Treg共培養之後ARG1+小神經膠質細胞之出現率(%)(圖18a)及數目(#)(圖18b)的增加來鑑別抗發炎表型。
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Claims (38)

  1. 一種嵌合抗原受體(CAR),其包含特異性結合於p75NTR之抗原識別域。
  2. 如請求項1之CAR,其中該抗原識別域結合至人類p75NTR。
  3. 如請求項1之CAR,其包含: a. 包含該抗原識別域之胞外域; b. 跨膜域;及 c. 包含胞內信號傳導域之胞內域。
  4. 如請求項3之CAR,其進一步包含鉸鏈域及/或一或多個共刺激域。
  5. 如請求項4之CAR,其中該鉸鏈域選自CD28、CD8α、CD4、CD7、CH2CH3、免疫球蛋白或其部分或變異體之鉸鏈區,較佳地其中該CAR包含CD8α或CH2CH3鉸鏈域。
  6. 如請求項3至5中任一項之CAR,其中該CAR包含一或多個選自以下之跨膜域:CD28、ICOS、CD8α、CD4、CD134 (OX40)、CD137 (4-1BB)、CD3 ζ、CD45、CD9、CD16、CD22、CD33、CD64、CD80、CD86、CD154、CH2CH3或其部分或變異體之跨膜域,較佳地其中該CAR包含CD8α或CH2CH3跨膜域。
  7. 如請求項4至6中任一項之CAR,其中該共刺激域選自CD28、ICOS、CD134 (OX40)、CD137 (4-1BB)、CD27、或TNFRSF25或其部分或變異體之胞內域,較佳地其中該CAR包含CD28共刺激域。
  8. 如請求項3至7中任一項之CAR,其中該CAR包含一或多個選自由以下組成之群的胞內信號傳導域:CD3 ζ信號傳導域或其任何同系物、CD3多肽、syk家族酪胺酸激酶、src家族酪胺酸激酶、CD2、CD5及CD8、或其變異體之部分,較佳地其中該CAR包含該CD3 ζ信號傳導域。
  9. 如請求項3至8中任一項之CAR,其中該CAR包含:CD8α或CH2CH3鉸鏈域;CD8α或CH2CH3跨膜域;CD28共刺激域;及該CD3 ζ信號傳導域,其中當該鉸鏈域係CD8α時,該跨膜域係CD8α,且當該鉸鏈域係CH2CH3時,該跨膜域係CH2CH3。
  10. 如請求項3至9中任一項之CAR,其中該CAR包含信號肽及/或報導肽。
  11. 如任一前述請求項之CAR,其中該胞內域包含STAT5相關基序,JAK1及/或JAK 2結合基序及視情況存在之JAK 3結合基序,較佳地其中該CAR之該胞內域包含一或多個來自介白素受體(IL)受體之胞內域的序列。
  12. 如任一前述請求項之CAR,其中該抗原識別域係抗體、抗體片段或衍生自抗體。
  13. 如任一前述請求項之CAR,其中該抗原識別域係單鏈抗體(scFv)。
  14. 如任一前述請求項之CAR,其中該抗原識別域包含: (i) 分別如SEQ ID NO: 3、4及5中所示之VH CDR1、2及3序列,及分別如SEQ ID NO: 6、7及8中所示之VL CDR1、2及3序列, (ii) 分別如SEQ ID NO: 9、10及11中所示之VH CDR1、2及3序列,及分別如SEQ ID NO: 12、13及14中所示之VL CDR1、2及3序列, (iii) 分別如SEQ ID NO: 56、57及58中所示之VH CDR1、2及3序列,及分別如SEQ ID NO: 59、60及61中所示之VL CDR1、2及3序列, (iv) 分別如SEQ ID NO: 66、67及68中所示之VH CDR1、2及3序列,及分別如SEQ ID NO: 69、70及71中所示之VL CDR1、2及3序列, (v) 分別如SEQ ID NO: 84、85及86中所示之VH CDR1、2及3序列,及分別如SEQ ID NO: 87、88 (ADN)及89中所示之VL CDR1、2及3序列, (vi) 分別如SEQ ID NO: 95、96及97中所示之VH CDR1、2及3序列,及分別如SEQ ID NO: 98、99 (DDS)及100中所示之VL CDR1、2及3序列,或 (vii) 分別如SEQ ID NO: 105、106及107中所示之VH CDR1、2及3序列,及分別如SEQ ID NO: 108、109 (TSN)及110中所示之VL CDR1、2及3序列, 其中(i)或(ii)之該等CDR序列中之一或多者可視情況包含相對於前述CDR序列之1至3個胺基酸修飾,特定言之其中該等CDR序列中之一或多者可視情況藉由取代、添加或缺失1至3個胺基酸而被修飾。
  15. 如請求項14之CAR,其中該抗原識別域包含: (i)     包含如SEQ ID NO: 15中所示之序列或與其具有至少70%序列一致性之序列的VH域,及包含如SEQ ID NO: 16中所示之序列或與其具有至少70%一致性之序列的VL域; (ii)    包含如SEQ ID NO: 17中所示之序列或與其具有至少70%序列一致性之序列的VH域,及包含如SEQ ID NO: 18中所示之序列或與其具有至少70%一致性之序列的VL域, (iii)   包含如SEQ ID NO: 62中所示之序列或與其具有至少70%序列一致性之序列的VH域,及包含如SEQ ID NO: 63中所示之序列或與其具有至少70%一致性之序列的VL域; (iv)   包含如SEQ ID NO: 72中所示之序列或與其具有至少70%序列一致性之序列的VH域,及包含如SEQ ID NO: 73中所示之序列或與其具有至少70%一致性之序列的VL域; (v)    包含如SEQ ID NO: 76中所示之序列或與其具有至少70%序列一致性之序列的VH域,及包含如SEQ ID NO: 77中所示之序列或與其具有至少70%一致性之序列的VL域; (vi)   包含如SEQ ID NO: 90中所示之序列或與其具有至少70%序列一致性之序列的VH域,及包含如SEQ ID NO: 91中所示之序列或與其具有至少70%一致性之序列的VL域; (vii)  包含如SEQ ID NO: 101中所示之序列或與其具有至少70%序列一致性之序列的VH域,及包含如SEQ ID NO: 102中所示之序列或與其具有至少70%一致性之序列的VL域;或 (viii) 包含如SEQ ID NO: 111中所示之序列或與其具有至少70%序列一致性之序列的VH域,及包含如SEQ ID NO: 112中所示之序列或與其具有至少70%一致性之序列的VL域。
  16. 如請求項14或15之CAR,其中該抗原識別域包含: (i)     如SEQ ID NO: 19中所示之序列或與其具有至少80%一致性之序列; (ii)    如SEQ ID NO: 20中所示之序列或與其具有至少80%一致性之序列; (iii)   如SEQ ID NO: 64中所示之序列或與其具有至少80%一致性之序列; (iv)   如SEQ ID NO: 74中所示之序列或與其具有至少80%一致性之序列;或 (v)    如SEQ ID NO: 78中所示之序列或與其具有至少80%一致性之序列; (vi)   如SEQ ID NO: 92中所示之序列或與其具有至少80%一致性之序列; (vii)  如SEQ ID NO: 103中所示之序列或與其具有至少80%一致性之序列;或 (viii) 如SEQ ID NO: 113中所示之序列或與其具有至少80%一致性之序列。
  17. 一種核酸分子,其編碼如任一前述請求項之CAR。
  18. 一種載體,其包含如請求項17之核酸分子。
  19. 如請求項18之載體,其進一步包含編碼FOXP3多肽之核酸分子。
  20. 一種細胞,其包含如請求項1至16中任一項之CAR、如請求項17之核酸分子或如請求項18或19之載體。
  21. 如請求項20之細胞,其中該細胞為生產宿主細胞。
  22. 如請求項20之細胞,其中該細胞為免疫細胞或其祖細胞或前驅體,較佳為T細胞或其前驅體,或幹細胞。
  23. 如請求項20或22之細胞,其中該細胞為Treg或其前驅體,或iPSC細胞。
  24. 一種細胞群,其包含如請求項20、22或23中任一項之細胞。
  25. 一種醫藥組合物,其包含如請求項20、22或23中任一項之細胞、如請求項24之細胞群或如請求項18或19之載體。
  26. 如請求項20、22或23中任一項之細胞、如請求項24之細胞群或如請求項25之醫藥組合物,其用於療法中。
  27. 如請求項26之細胞、細胞群或醫藥組合物,其中該療法係過繼細胞輸入療法。
  28. 如請求項20、22或23中任一項之細胞、如請求項24之細胞群或如請求項25之醫藥組合物,其用於治療神經疾病、病症或損傷,諸如神經退化性疾病,或自體免疫或發炎疾病,或用於誘導免疫抑制,或用於促進組織修復及/或組織再生。
  29. 如請求項28之細胞、細胞群或醫藥組合物,其中該神經退化性疾病係肌萎縮性側索硬化(ALS)、額顳葉型失智症(FTD)、進行性核上麻痹(PSP)、帕金森氏症(Parkinson's disease)、阿茲海默氏症(Alzheimer's disease)、杭丁頓氏症(Huntington's Disease)或多發性硬化,較佳地其中該疾病係ALS。
  30. 一種治療及/或預防神經疾病、病症或損傷,諸如神經退化性疾病,或自體免疫或發炎疾病;或誘導免疫抑制,或促進組織修復及/或組織再生的方法,其中該方法包含投與如請求項20、22或23中任一項之細胞,特定言之Treg細胞、如請求項24之細胞群或如請求項25之醫藥組合物,特定言之包含Treg。
  31. 如請求項30之方法,其包含以下步驟: (i)     自個體分離或提供富含Treg之細胞樣品; (ii)    向該等Treg細胞中引入如請求項17之核酸分子或如請求項18或19之載體;及 (iii)   向該個體投與來自(ii)之該等Treg細胞。
  32. 如請求項20、22或23中任一項之細胞、如請求項24之細胞群或如請求項25之醫藥組合物之用途,其用於製造用於在個體中治療及/或預防神經疾病、病症或損傷,諸如神經退化性疾病,或自體免疫或發炎疾病;或用於誘導免疫抑制,或用於促進組織修復及/或組織再生的藥物,特定言之其中該細胞為Treg。
  33. 一種製備如請求項20、22或23中任一項之細胞之方法,其包含向該細胞中引入如請求項17之核酸分子或如請求項18或19之載體(例如用該核酸分子或該載體轉導或轉染細胞)的步驟。
  34. 如請求項33之方法,其中該細胞為Treg細胞,且該方法包含在將該核酸分子或載體引入至該細胞中之該步驟之前或之後,分離或提供包含Treg之含有細胞的樣品,及/或自該含有細胞之樣品中富集Treg及/或產生Treg。
  35. 一種細胞,其可藉由如請求項33或34之方法獲得。
  36. 一種CAR-Treg之用途,其用於誘導抗發炎小神經膠質細胞表型。
  37. 一種CAR-Treg之用途,其用於增加表現抗發炎標記精胺酸酶-1 (ARG1)之小神經膠質細胞的數量。
  38. 如請求項36或37之用途,其中該CAR係如請求項1至16中任一項所述。
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