TW202227109A - 用於消退炎症之組成物及方法 - Google Patents

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艾奴普里亞 杜塔
安德烈 義塔諾
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Abstract

本文提供了與抗炎細菌例如普雷沃菌或小韋榮氏球菌細菌相關的方法和組成物，用於在消退受試者的炎症中使用。

Description

用於消退炎症之組成物及方法
炎症可為對有害刺激（例如入侵病原體、受損細胞、有毒化合物或癌細胞）的保護性響應。但是，過度炎症響應或無法消退的炎症響應會導致嚴重的不利影響，包括組織損傷甚至死亡。
因此，需要用於消退炎症之新組成物和方法。
本文提供了與在受試者中使用抗炎細菌用於消退炎症響應（例如，消退持續性炎症響應）有關的方法和組成物。在一些實施方式中，本文提供的方法和組成物消退炎症響應，例如，如本文所述。例如，在本文所述之測定中，例如，如果細菌降低（例如，顯著降低）促炎性細胞介素（例如IL-8、IL-6、IL-1β和/或TNFα）的水平，則該細菌具有抗炎性。例如，在本文所述之測定中，例如，如果促炎性細胞介素（例如IL-8、IL-6、IL-1β和/或TNFα）的水平降低（例如，顯著降低），則炎症響應消退。在一些實施方式中，本文提供的方法和組成物用於降低炎性細胞介素表現（例如IL-8、IL-6、IL-1β和/或TNFα表現）。在一些實施方式中，本文提供的方法和組成物用於降低IL-8、IL-6和/或TNFα的表現。在一些實施方式中，本文提供的方法和組成物用於降低從骨髓細胞中產生IL-6、IL-8和/或TNFα（例如，在本文所述之測定中）。在一些實施方式中，本文提供的方法和組成物用於降低從骨髓細胞而非T-細胞中產生IL-6、IL-8和/或TNFα（例如，在本文所述之測定中）。
在一些實施方式中，本文提供的方法和組成物不降低（例如，不顯著降低或抑制）I型干擾素響應，例如，不降低（例如，不顯著降低或抑制）IFNα和/或IFNβ水平，例如，如在本文所述之測定中所確定的。在一些實施方式中，本文提供的方法和組成物不降低（例如，不顯著降低或抑制）IFNα和/或IFNβ水平，例如，如在本文所述之測定中所確定的。
在一些實施方式中，本文提供的方法和組成物消退炎症響應（例如，持續性炎症響應）並且不降低（例如，不顯著降低或抑制）I型干擾素響應，例如，不降低（例如，不顯著降低或抑制）IFNα和/或IFNβ水平。
在一些實施方式中，本文提供的方法和組成物不改變（例如，不顯著改變）抗病毒TLR3介導的1型干擾素（α和β）響應，例如，如在本文所述之測定中所確定的。
在一些實施方式中，本文提供的方法和組成物消退炎症響應（例如，持續性炎症響應）並且不改變（例如，不顯著改變）抗病毒TLR3介導的1型干擾素（α和β）響應。
在一些實施方式中，本文提供的方法和組成物不改變（例如，不顯著改變）免疫細胞產生的干擾素γ（IFNγ），例如，如在本文所述之測定中所確定的。
在一些實施方式中，本文提供的方法和組成物消退炎症響應（例如，持續性炎症響應）並且不改變（例如，不顯著改變）免疫細胞產生的干擾素γ（IFNγ）。
在一些實施方式中，本文提供的方法和組成物不改變（例如，不顯著改變）免疫細胞亞群（例如，如由絕對數量和/或百分比確定的），其中免疫細胞亞群係CD8 T淋巴球、B淋巴球和/或骨髓系細胞，例如，如在本文所述之測定中所確定的。
在一些實施方式中，本文提供的方法和組成物消退炎症響應（例如，持續性炎症響應）並且不改變（例如，不顯著改變）免疫細胞亞群（例如，如由絕對數量和/或百分比確定的），其中免疫細胞亞群係CD8 T淋巴球、B淋巴球和/或骨髓系細胞。
在一些實施方式中，本文提供的方法和組成物不降低（例如，不顯著降低）抗原特異性抗體響應，例如，如在本文所述之測定中所確定的。
在一些實施方式中，本文提供的方法和組成物消退炎症響應（例如，持續性炎症響應）並且不降低（例如，不顯著降低）抗原特異性抗體響應。
在某些實施方式中，該抗炎細菌係棲組織普雷沃菌（ Prevotella histicola）菌株。在某些實施方式中，該抗炎細菌係與棲組織普雷沃菌菌株B（NRRL登錄號B 50329）的核苷酸序列包含至少99%基因組、16S和/或CRISPR序列同一性的棲組織普雷沃菌菌株。在一些實施方式中，該棲組織普雷沃菌菌株係棲組織普雷沃菌菌株B（NRRL登錄號B 50329）。
在一些實施方式中，該抗炎細菌例如棲組織普雷沃菌菌株以藥物組成物和/或固體劑型（例如，片劑或膠囊）投與。
在一些實施方式中，將包含抗炎細菌的藥物組成物製備成固體劑型（例如，片劑或膠囊）。在一些實施方式中，該等藥物組成物包含約3 x 10 10至約1.5 x 10 12個總細胞的抗炎細菌。在一些實施方式中，該等藥物組成物包含約8 x 10 10至約1.3 x 10 12個總細胞的抗炎細菌。在一些實施方式中，該等藥物組成物包含約4.5 x 10 10至約1.5 x 10 12個總細胞的抗炎細菌。在一些實施方式中，該固體劑型包含腸溶包衣。在一些實施方式中，該固體劑型係片劑，例如腸溶包衣的片劑。在一些實施方式中，該固體劑型係膠囊，例如腸溶包衣的膠囊。
在一些實施方式中，該抗炎細菌係棲組織普雷沃菌菌株。在一些實施方式中，該棲組織普雷沃菌菌株係棲組織普雷沃菌菌株B（NRRL登錄號B 50329）。在本文提供的方法的某些實施方式中，每天向受試者投與至少4 x 10 10個細胞的棲組織普雷沃菌菌株。在一些實施方式中，每天向受試者投與至少4 x 10 10個細胞、5 x 10 10個細胞、6 x 10 10個細胞、7 x 10 10個細胞、8 x 10 10個細胞、9 x 10 10個細胞、1.0 x 10 11個細胞、1.1 x 10 11個細胞、1.2 x 10 11個細胞、1.3 x 10 11個細胞、1.4 x 10 11個細胞、1.5 x 10 11個細胞、1.6 x 10 11個細胞、1.7 x 10 11個細胞、1.8 x 10 11個細胞、1.9 x 10 11個細胞、2.0 x 10 11個細胞、2.1 x 10 11個細胞、2.2 x 10 11個細胞、2.3 x 10 11個細胞、2.4 x 10 11個細胞、2.5 x 10 11個細胞、2.6 x 10 11個細胞、2.7 x 10 11個細胞、2.8 x 10 11個細胞、2.9 x 10 11個細胞、3.0 x 10 11個細胞、3.1 x 10 11個細胞、3.2 x 10 11個細胞、3.3 x 10 11個細胞、3.4 x 10 11個細胞、3.5 x 10 11個細胞、3.6 x 10 11個細胞、3.7 x 10 11個細胞、3.8 x 10 11個細胞、3.9 x 10 11個細胞、4.0 x 10 11個細胞、4.1 x 10 11個細胞、4.2 x 10 11個細胞、4.3 x 10 11個細胞、4.4 x 10 11個細胞、4.5 x 10 11個細胞、4.6 x 10 11個細胞、4.7 x 10 11個細胞、4.8 x 10 11個細胞、4.9 x 10 11個細胞、5.0 x 10 11個細胞、5.1 x 10 11個細胞、5.2 x 10 11個細胞、5.3 x 10 11個細胞、5.4 x 10 11個細胞、5.5 x 10 11個細胞、5.6 x 10 11個細胞、5.7 x 10 11個細胞、5.8 x 10 11個細胞、5.9 x 10 11個細胞、6.0 x 10 11個細胞、6.1 x 10 11個細胞、6.2 x 10 11個細胞、6.3 x 10 11個細胞、6.4 x 10 11個細胞、6.5 x 10 11個細胞、6.6 x 10 11個細胞、6.7 x 10 11個細胞、6.8 x 10 11個細胞、6.9 x 10 11個細胞、7.0 x 10 11個細胞、7.1 x 10 11個細胞、7.2 x 10 11個細胞、7.3 x 10 11個細胞、7.4 x 10 11個細胞、7.5 x 10 11個細胞、7.6 x 10 11個細胞、7.7 x 10 11個細胞、7.8 x 10 11個細胞、7.9 x 10 11個細胞或8.0 x 10 11個細胞的棲組織普雷沃菌菌株。在一些實施方式中，每天向受試者投與4 x 10 10個細胞至1.6 x 10 12個細胞的棲組織普雷沃菌菌株。在某些實施方式中，每天向受試者投與4 x 10 10個細胞至8 x 10 11個細胞的棲組織普雷沃菌菌株。在某些實施方式中，每天向受試者投與8 x 10 10個細胞至8 x 10 11個細胞的棲組織普雷沃菌菌株。在某些實施方式中，每天向受試者投與1.6 x 10 11個細胞至8 x 10 11個細胞的棲組織普雷沃菌菌株。在一些實施方式中，每天向受試者投與約8 x 10 10個細胞的棲組織普雷沃菌菌株。在一些實施方式中，每天向受試者投與約1.6 x 10 11個細胞的棲組織普雷沃菌菌株。在一些實施方式中，每天向受試者投與約3.2 x 10 11個細胞的棲組織普雷沃菌菌株。在一些實施方式中，每天向受試者投與約8 x 10 11個細胞的棲組織普雷沃菌菌株。在一些實施方式中，每天一次向受試者投與約1.6 x 10 11個細胞的棲組織普雷沃菌菌株。在一些實施方式中，每天兩次向受試者投與約1.6 x 10 11個細胞的棲組織普雷沃菌菌株。在一些實施方式中，每天兩次向受試者投與約1.6 x 10 11個細胞的棲組織普雷沃菌菌株（例如，持續1-7天、3天、7天、10天或14天），然後每天一次向受試者投與約1.6 x 10 11個細胞的棲組織普雷沃菌菌株，例如，持續整個治療期（例如整個治療長達14天）。
在某些實施方式中，本文提供了包含棲組織普雷沃菌細菌的固體劑型。在一些實施方式中，該固體劑型包含腸溶包衣。在一些實施方式中，該固體劑型係片劑，例如腸溶包衣的片劑。在一些實施方式中，每個片劑包含約3.2 x 10 11個總細胞的棲組織普雷沃菌細菌。在一些實施方式中，該固體劑型係膠囊，例如腸溶包衣的膠囊。在一些實施方式中，每個膠囊包含約8 x 10 10個總細胞的棲組織普雷沃菌細菌。在一些實施方式中，每個膠囊包含約1.6 x 10 11個總細胞的棲組織普雷沃菌細菌。在一些實施方式中，每個膠囊包含約3.2 x 10 11個總細胞（例如，3.35 x 10 11總細胞）的棲組織普雷沃菌細菌。
在某些實施方式中，每天向受試者投與1.6 x 10 10個細胞至16 x 10 11個細胞的棲組織普雷沃菌菌株，例如，呈固體劑型。在某些實施方式中，每天向受試者投與8 x 10 11個細胞至16 x 10 11個細胞的棲組織普雷沃菌菌株，例如，呈固體劑型。在某些實施方式中，每天向受試者投與8 x 10 10個細胞至8 x 10 11個細胞的棲組織普雷沃菌菌株，例如，呈固體劑型。在某些實施方式中，每天向受試者投與8 x 10 10個細胞至1.6 x 10 11個細胞的棲組織普雷沃菌菌株，例如，呈固體劑型。在某些實施方式中，每天向受試者投與1.6 x 10 11個細胞至8 x 10 11個細胞的棲組織普雷沃菌菌株，例如，呈固體劑型。在一些實施方式中，每天向受試者投與約8 x 10 10個細胞的棲組織普雷沃菌菌株，例如，呈固體劑型。在一些實施方式中，每天向受試者投與約1.6 x 10 11個細胞的棲組織普雷沃菌菌株，例如，呈固體劑型。在一些實施方式中，每天向受試者投與約3.2 x 10 11個細胞的棲組織普雷沃菌菌株，例如，呈固體劑型。在一些實施方式中，每天向受試者投與約6.4 x 10 11個細胞的棲組織普雷沃菌菌株，例如，呈固體劑型。在一些實施方式中，每天向受試者投與約8 x 10 11個細胞的棲組織普雷沃菌菌株，例如，呈固體劑型。在一些實施方式中，每天一次向受試者投與約1.6 x 10 11個細胞的棲組織普雷沃菌菌株，例如，呈固體劑型。在一些實施方式中，每天兩次向受試者投與約1.6 x 10 11個細胞的棲組織普雷沃菌菌株，例如，呈固體劑型。在一些實施方式中，每天兩次向受試者投與約1.6 x 10 11個細胞的棲組織普雷沃菌菌株（例如，持續1-7天、3天、7天、10天或14天），然後每天一次向受試者投與約1.6 x 10 11個細胞的棲組織普雷沃菌菌株，例如，持續整個治療期（例如整個治療長達14天），例如，呈固體劑型。
在一些實施方式中，每天向受試者投與約9.6 x 10 11個總細胞的棲組織普雷沃菌菌株（例如，呈固體劑型）。
在一些實施方式中，每天向受試者投與約12.8 x 10 11個總細胞的棲組織普雷沃菌菌株（例如，呈固體劑型）。
在一些實施方式中，每天向受試者投與約16 x 10 11個總細胞的棲組織普雷沃菌菌株（例如，呈固體劑型）。
在一些實施方式中，每天向受試者投與約9.6 x 10 11至約16 x 10 11個總細胞的棲組織普雷沃菌菌株（例如，呈固體劑型）。
在一些實施方式中，每天向受試者投與約9.6 x 10 11至約12.8 x 10 11個總細胞的棲組織普雷沃菌菌株。
在一些實施方式中，每天向受試者投與約12.8 x 10 11至約16 x 10 11個總細胞的棲組織普雷沃菌菌株（例如，呈固體劑型）。
在一些實施方式中，該藥物組成物包含約1.6 x 10 10個總細胞的棲組織普雷沃菌，例如普雷沃菌屬菌株B 50329（例如，呈固體劑型）。
在一些實施方式中，該藥物組成物包含約8 x 10 10個總細胞的棲組織普雷沃菌，例如普雷沃菌屬菌株B 50329（例如，呈固體劑型）。
在一些實施方式中，該藥物組成物包含約1.6 x 10 11個總細胞的棲組織普雷沃菌，例如普雷沃菌屬菌株B 50329（例如，呈固體劑型）。
在一些實施方式中，該藥物組成物包含約3.2 x 10 11個總細胞的棲組織普雷沃菌，例如普雷沃菌屬菌株B 50329（例如，呈固體劑型）。
在一些實施方式中，該藥物組成物包含約6.4 x 10 11個總細胞的棲組織普雷沃菌，例如普雷沃菌屬菌株B 50329（例如，呈固體劑型）。
在一些實施方式中，該藥物組成物包含約8 x 10 11個總細胞的棲組織普雷沃菌，例如普雷沃菌屬菌株B 50329（例如，呈固體劑型）。
在一些實施方式中，該抗炎細菌例如棲組織普雷沃菌菌株，以藥物組成物（例如，本文提供的藥物組成物）投與。在某些實施方式中，該藥物組成物係本文提供的固體劑型。在一些實施方式中，該藥物組成物包含抗炎細菌（例如棲組織普雷沃菌）的凍乾粉劑和賦形劑（例如本文提供的抗炎細菌，例如棲組織普雷沃菌菌株的囊封的凍乾粉劑和賦形劑）的共混物。在一些實施方式中，該藥物組成物包含膠囊中抗炎細菌的凍乾（freeze-dried）（例如，凍乾（lyophilized））粉劑。在一些實施方式中，該膠囊包含明膠或HPMC。在一些實施方式中，該膠囊係腸溶包衣的。在一些實施方式中，該藥物組成物包含棲組織普雷沃菌菌株B的配製物，該配製物包含棲組織普雷沃菌的凍乾粉劑和賦形劑。在一些實施方式中，賦形劑包含甘露醇、硬脂酸鎂、和膠態二氧化矽。在一些實施方式中，每個膠囊含有約8.0 × 10 10個細胞的本文提供的棲組織普雷沃菌菌株（例如，棲組織普雷沃菌菌株B）。在一些實施方式中，每天向受試者投與1、2、3、4、5、6、7、8、9或10個含有粉劑的膠囊。在一些實施方式中，每天一次向受試者投與1、2、3、4、5、6、7、8、9或10個含有粉劑的膠囊（例如，每個膠囊含有約8.0 × 10 10個細胞的本文提供的棲組織普雷沃菌菌株（例如，棲組織普雷沃菌菌株B））。在一些實施方式中，每天兩次向受試者投與1、2、3、4、5、6、7、8、9或10個含有粉劑的膠囊（例如，每個膠囊含有約8.0 × 10 10個細胞的本文提供的棲組織普雷沃菌菌株（例如，棲組織普雷沃菌菌株B））。在一些實施方式中，每天向受試者投與2個含有粉劑的膠囊。在一些實施方式中，每天向受試者投與1個含有粉劑的膠囊。在一些實施方式中，每個含有粉劑的膠囊含有約8.0 × 10 10個細胞的本文提供的棲組織普雷沃菌菌株（例如，棲組織普雷沃菌菌株B）。在一些實施方式中，每天向受試者投與1、2、3、4、5、6、7、8、9或10個含有粉劑的膠囊。在一些實施方式中，每天向受試者投與2個含有粉劑的腸溶包衣的膠囊（例如，每個膠囊含有約8.0 × 10 10個細胞的本文提供的棲組織普雷沃菌菌株（例如，棲組織普雷沃菌菌株B））。在一些實施方式中，每天向受試者投與4個含有粉劑的腸溶包衣的膠囊（例如，每個膠囊含有約8.0 × 10 10個細胞的本文提供的棲組織普雷沃菌菌株（例如，棲組織普雷沃菌菌株B））。在一些實施方式中，每天一次向受試者投與2個含有粉劑的腸溶包衣的膠囊（例如，每個膠囊含有約8.0 × 10 10個細胞的本文提供的棲組織普雷沃菌菌株（例如，棲組織普雷沃菌菌株B））。在一些實施方式中，每天兩次向受試者投與2個含有粉劑的腸溶包衣的膠囊（例如，每個膠囊含有約8.0 × 10 10個細胞的本文提供的棲組織普雷沃菌菌株（例如，棲組織普雷沃菌菌株B））。在一些實施方式中，每天兩次向受試者投與2個含有粉劑的腸溶包衣的膠囊（例如，每個膠囊含有約8.0 × 10 10個細胞的本文提供的棲組織普雷沃菌菌株（例如，棲組織普雷沃菌菌株B））（例如，持續1-7天、3天、7天、10天或14天），然後每天一次向受試者投與2個含有粉劑的腸溶包衣的膠囊（例如，每個膠囊含有約8.0 × 10 10個細胞的本文提供的棲組織普雷沃菌菌株（例如，棲組織普雷沃菌菌株B）），例如，持續整個治療期（例如整個治療長達14天）。在一些實施方式中，每天向受試者投與1個含有粉劑的腸溶包衣的膠囊（例如，含有約8.0 × 10 10個細胞的本文提供的棲組織普雷沃菌菌株（例如，棲組織普雷沃菌菌株B））。
在一些實施方式中，該藥物組成物配製成填充到膠囊中的抗炎細菌（例如棲組織普雷沃菌）藥物產品的多重腸溶包衣的微型片劑。在一些實施方式中，該藥物組成物配製成填充到膠囊中的抗炎細菌（例如棲組織普雷沃菌）藥物產品的多重腸溶包衣的微型片劑（膠囊中微型片劑（MIC））。在一些實施方式中，該膠囊包含明膠或HPMC。在一些實施方式中，該藥物組成物包含賦形劑（例如，藥學上可接受的賦形劑）。在一些實施方式中，該藥物組成物包含甘露醇、膠態二氧化矽、羥丙基纖維素、交聚維酮和硬脂酸鎂。在一些實施方式中，每個膠囊含有約8.0 × 10 10個細胞的本文提供的棲組織普雷沃菌菌株（例如，棲組織普雷沃菌菌株B）。在一些實施方式中，每天向受試者投與1、2、3、4、5、6、7、8、9或10個膠囊。在一些實施方式中，每天向受試者投與2個膠囊。在一些實施方式中，每天向受試者投與1個膠囊。在一些實施方式中，每個MIC含有約8.0 × 10 10個細胞的本文提供的棲組織普雷沃菌菌株（例如，棲組織普雷沃菌菌株B）。在一些實施方式中，每天向受試者投與1、2、3、4、5、6、7、8、9或10個MIC。在一些實施方式中，每天向受試者投與2個MIC。在一些實施方式中，每天向受試者投與1個MIC。
在一些實施方式中，該棲組織普雷沃菌菌株係與棲組織普雷沃菌菌株B（NRRL登錄號B 50329）的核苷酸序列（例如，基因組序列、16S序列、CRISPR序列）包含至少99%序列同一性（例如，至少99.5%序列同一性、至少99.6%序列同一性、至少99.7%序列同一性、至少99.8%序列同一性、至少99.9%序列同一性）的菌株。在一些實施方式中，該棲組織普雷沃菌菌株係棲組織普雷沃菌菌株B（NRRL登錄號B 50329）。
在一些方面，本揭露提供了本文提供的抗炎細菌例如棲組織普雷沃菌菌株和/或本文所述之藥物組成物（例如，藥物組成物和/或固體劑型）（例如，以本文所述之量）用於製備執行本文提供的治療方法的藥物之用途。在一些方面，本揭露提供了本文提供的抗炎細菌例如棲組織普雷沃菌菌株和/或本文所述之藥物組成物（例如，藥物組成物和/或固體劑型）（例如，以本文所述之量）用於在執行本文提供的治療方法中使用。
在某些實施方式中，該抗炎細菌係小韋榮氏球菌（Veillonella parvula）菌株。在某些實施方式中，該抗炎細菌係與小韋榮氏球菌菌株A（ATCC保藏號PTA-125691）的核苷酸序列包含至少99%基因組、16S和/或CRISPR序列同一性的小韋榮氏球菌菌株。在一些實施方式中，該小韋榮氏球菌菌株係小韋榮氏球菌菌株A（ATCC保藏號PTA-125691）。
在一些實施方式中，該抗炎細菌例如小韋榮氏球菌菌株以藥物組成物和/或固體劑型投與。
在一些實施方式中，該抗炎細菌係小韋榮氏球菌菌株。在一些實施方式中，該小韋榮氏球菌菌株係小韋榮氏球菌菌株A（ATCC保藏號PTA-125691）。在一些實施方式中，該細菌組成物包含至少約3 x 10 10個總細胞的小韋榮氏球菌，例如，小韋榮氏球菌菌株A（ATCC保藏號PTA-125691）。
在一些實施方式中，該細菌組成物包含約3 x 10 10個總細胞的小韋榮氏球菌，例如，小韋榮氏球菌菌株A（ATCC保藏號PTA-125691）。
在一些實施方式中，該細菌組成物包含約4.5 x 10 10個總細胞的小韋榮氏球菌，例如，小韋榮氏球菌菌株A（ATCC保藏號PTA-125691）。
在一些實施方式中，該細菌組成物包含約1.5 x 10 11個總細胞的小韋榮氏球菌，例如，小韋榮氏球菌菌株A（ATCC保藏號PTA-125691）。
在一些實施方式中，該細菌組成物包含約7.5 x 10 11個總細胞的小韋榮氏球菌，例如，小韋榮氏球菌菌株A（ATCC保藏號PTA-125691）。
在一些實施方式中，該細菌組成物包含約1.5 x 10 12個總細胞的小韋榮氏球菌，例如，小韋榮氏球菌菌株A（ATCC保藏號PTA-125691）。
在一些實施方式中，該細菌組成物包含約3 x 10 10至約1.5 x 10 12個總細胞的小韋榮氏球菌，例如，小韋榮氏球菌菌株A（ATCC保藏號PTA-125691）。
在一些實施方式中，該細菌組成物包含約4.5 x 10 10至約1.5 x 10 12個總細胞的小韋榮氏球菌，例如，小韋榮氏球菌菌株A（ATCC保藏號PTA-125691）。
在一些實施方式中，該細菌組成物包含約3 x 10 10至約1.5 x 10 11個總細胞的小韋榮氏球菌，例如，小韋榮氏球菌菌株A（ATCC保藏號PTA-125691）。
在一些實施方式中，該細菌組成物包含約4.5 x 10 10至約1.5 x 10 11個總細胞的小韋榮氏球菌，例如，小韋榮氏球菌菌株A（ATCC保藏號PTA-125691）。
在一些實施方式中，該細菌組成物包含約1.5 x 10 11至約1.5 x 10 12個總細胞的小韋榮氏球菌，例如，小韋榮氏球菌菌株A（ATCC保藏號PTA-125691）。
在一些實施方式中，該細菌組成物包含約1.5 x 10 11至約7.5 x 10 11個總細胞的小韋榮氏球菌，例如，小韋榮氏球菌菌株A（ATCC保藏號PTA-125691）。
在一些實施方式中，該細菌組成物包含約7.5 x 10 11至約1.5 x 10 12個總細胞的小韋榮氏球菌，例如，小韋榮氏球菌菌株A（ATCC保藏號PTA-125691）。
在某些實施方式中，該藥物組成物（例如，如每天一次或兩次投與的總劑量的組成物）包含約1 x 10 10個總細胞、約2 x 10 10個總細胞、約3 x 10 10個總細胞、約4 x 10 10個總細胞、約4.5 x 10 10個總細胞、約5 x 10 10個總細胞、約6 x 10 10個總細胞、約7 x 10 10個總細胞、約8 x 10 10個總細胞、約9 x 10 10個總細胞、約1 x 10 11個總細胞、約1.5 x 10 11個總細胞、約2 x 10 11個總細胞、約3 x 10 11個總細胞、約4 x 10 11個總細胞、約5 x 10 11個總細胞、約6 x 10 11個總細胞、約7 x 10 11個總細胞、約7.5 x 10 11個總細胞、約8 x 10 11個總細胞、約9 x 10 11個總細胞、約1 x 10 12個總細胞、約1.5 x 10 12個總細胞、約2 x 10 12個總細胞的小韋榮氏球菌細菌 。
在某些實施方式中，該藥物組成物（例如，如每天一次或兩次投與的總劑量的組成物）包含至少1 x 10 10個總細胞（例如，至少1 x 10 10個總細胞、至少2 x 10 10個總細胞、至少3 x 10 10個總細胞、至少4 x 10 10個總細胞、至少4.5 x 10 10個總細胞、至少5 x 10 10個總細胞、至少6 x 10 10個總細胞、至少7 x 10 10個總細胞、至少8 x 10 10個總細胞、至少9 x 10 10個總細胞、至少1 x 10 11個總細胞、至少1.5 x 10 11個總細胞、至少2 x 10 11個總細胞、至少3 x 10 11個總細胞、至少4 x 10 11個總細胞、至少5 x 10 11個總細胞、至少6 x 10 11個總細胞、至少7 x 10 11個總細胞、至少7.5 x 10 11個總細胞、至少8 x 10 11個總細胞、至少9 x 10 11個總細胞、至少1 x 10 12個總細胞、至少1.5 x 10 12個總細胞、至少2 x 10 12個總細胞）的小韋榮氏球菌細菌 。在一些實施方式中，該藥物組成物包含約3 x 10 10個總細胞的小韋榮氏球菌細菌。在一些實施方式中，該藥物組成物包含約4.5 x 10 10個總細胞的小韋榮氏球菌細菌。在一些實施方式中，該藥物組成物包含約1.5 x 10 11個總細胞的小韋榮氏球菌細菌。在一些實施方式中，該藥物組成物包含約7.5 x 10 11個總細胞的小韋榮氏球菌細菌。在一些實施方式中，該藥物組成物包含約1.5 x 10 12個總細胞的小韋榮氏球菌細菌。在一些實施方式中，該藥物組成物包含約3 x 10 10至約1.5 x 10 12個總細胞的小韋榮氏球菌細菌。在一些實施方式中，該藥物組成物包含約4.5 x 10 10至約1.5 x 10 12個總細胞的小韋榮氏球菌細菌。在一些實施方式中，該藥物組成物包含約3 x 10 10至約1.5 x 10 11個總細胞的小韋榮氏球菌細菌。在一些實施方式中，該藥物組成物包含約4.5 x 10 10至約1.5 x 10 11個總細胞的小韋榮氏球菌細菌。在一些實施方式中，該藥物組成物包含約1.5 x 10 11至約1.5 x 10 12個總細胞的小韋榮氏球菌細菌。在一些實施方式中，該藥物組成物包含約1.5 x 10 11至約7.5 x 10 11個總細胞的小韋榮氏球菌細菌。在一些實施方式中，該藥物組成物包含約7.5 x 10 11至約1.5 x 10 12個總細胞的小韋榮氏球菌細菌。
在某些實施方式中，本文提供了包含小韋榮氏球菌細菌的固體劑型。在一些實施方式中，該固體劑型包含腸溶包衣。在一些實施方式中，該固體劑型係膠囊，例如腸溶包衣的膠囊。在一些實施方式中，每個膠囊包含約3 x 10 10個總細胞的小韋榮氏球菌細菌。在一些實施方式中，向受試者投與1、2、3、4、5、6、7、8、9或10個膠囊，例如每天一次或兩次。在一些實施方式中，向受試者投與1個膠囊（例如，包含約3 x 10 10個總細胞），例如每天一次或兩次。在一些實施方式中，向受試者投與2個膠囊（例如，每個膠囊包含約3 x 10 10個總細胞），例如每天一次或兩次。在一些實施方式中，向受試者投與4個膠囊（例如，每個膠囊包含約3 x 10 10個總細胞），例如每天一次或兩次。在一些實施方式中，向受試者投與10個膠囊（例如，每個膠囊包含約3 x 10 10個總細胞），例如每天一次或兩次。在一些實施方式中，每個膠囊包含約4.5 x 10 10個總細胞的小韋榮氏球菌細菌。在一些實施方式中，向受試者投與1、2、3、4、5、6、7、8、9或10個膠囊，例如每天一次或兩次。在一些實施方式中，向受試者投與1個膠囊（例如，包含約4.5 x 10 10個總細胞），例如每天一次或兩次。在一些實施方式中，向受試者投與2個膠囊（例如，每個膠囊包含約4.5 x 10 10個總細胞），例如每天一次或兩次。在一些實施方式中，向受試者投與4個膠囊（例如，每個膠囊包含約4.5 x 10 10個總細胞），例如每天一次或兩次。在一些實施方式中，向受試者投與10個膠囊（例如，每個膠囊包含約4.5 x 10 10個總細胞），例如每天一次或兩次。在一些實施方式中，向受試者投與1個膠囊（例如，包含約1.5 x 10 11個總細胞），例如每天一次或兩次。在一些實施方式中，向受試者投與2個膠囊（例如，每個膠囊包含約1.5 x 10 11個總細胞），例如每天一次或兩次。在一些實施方式中，向受試者投與5個膠囊（例如，每個膠囊包含約1.5 x 10 11個總細胞），例如每天一次或兩次。在一些實施方式中，向受試者投與10個膠囊（例如，每個膠囊包含約1.5 x 10 11個總細胞），例如每天一次或兩次。在一些實施方式中，將膠囊中的小韋榮氏球菌細菌凍乾（例如，呈粉劑）。在一些實施方式中，將膠囊中的小韋榮氏球菌細菌凍乾成粉劑形式，並且該粉劑進一步包含甘露醇、硬脂酸鎂、和/或膠態二氧化矽。在一些實施方式中，該小韋榮氏球菌細菌被γ照射。
在一些實施方式中，該固體劑型包含膠囊。在一些實施方式中，該膠囊係腸溶包衣的膠囊。在一些實施方式中，該膠囊包含約3 x 10 10個總細胞的小韋榮氏球菌細菌（例如，一個膠囊或多個膠囊的總劑量）。在一些實施方式中，該膠囊包含約4.5 x 10 10個總細胞的小韋榮氏球菌細菌（例如，一個膠囊或多個膠囊的總劑量）。在一些實施方式中，該膠囊包含約1.5 x 10 11個總細胞的小韋榮氏球菌細菌（例如，一個膠囊或多個膠囊的總劑量）。在一些實施方式中，將膠囊中的小韋榮氏球菌細菌凍乾（例如，呈粉劑）。在一些實施方式中，將膠囊中的小韋榮氏球菌細菌凍乾成粉劑形式，並且該粉劑進一步包含甘露醇、硬脂酸鎂、和/或膠態二氧化矽。在一些實施方式中，該小韋榮氏球菌細菌被γ照射。
在一些實施方式中，該固體劑型包含片劑。在一些實施方式中，該片劑係腸溶包衣的片劑。在一些實施方式中，該腸溶包衣的片劑的直徑為5 mm至18 mm。在一些實施方式中，該片劑包含約3 x 10 10個總細胞的小韋榮氏球菌細菌（例如，一個片劑或多個片劑的總劑量）。在一些實施方式中，該片劑包含約4.5 x 10 10個總細胞的小韋榮氏球菌細菌（例如，一個片劑或多個片劑的總劑量）。在一些實施方式中，該片劑包含約1.5 x 10 11個總細胞的小韋榮氏球菌細菌（例如，一個片劑或多個片劑的總劑量）。在一些實施方式中，將該片劑中的小韋榮氏球菌細菌凍乾。在一些實施方式中，該片劑的小韋榮氏球菌細菌被γ照射。
在一些實施方式中，該固體劑型包含微型片劑。在一些實施方式中，該微型片劑係腸溶包衣的。在一些實施方式中，該微型片劑的直徑為1 mm至4 mm。在一些實施方式中，該微型片劑（例如腸溶包衣的微型片劑）係1 mm的微型片劑、1.5 mm的微型片劑、2 mm的微型片劑、3 mm的微型片劑或4 mm的微型片劑。在一些實施方式中，該固體劑型包含微型片劑，該微型片劑包含約3 x 10 10個總細胞的小韋榮氏球菌細菌（例如，多個微型片劑的總劑量）。在一些實施方式中，該固體劑型包含微型片劑，該微型片劑包含約1.5 x 10 11個總細胞的小韋榮氏球菌細菌（例如，多個微型片劑的總劑量）。在一些實施方式中，將該微型片劑中的小韋榮氏球菌細菌凍乾。在一些實施方式中，該微型片劑中的小韋榮氏球菌細菌被γ照射。
在一些實施方式中，該等微型片劑（例如腸溶包衣的微型片劑）包含在膠囊中。在一些實施方式中，該膠囊續00號、0號、1號、2號、3號、4號或5號膠囊。在一些實施方式中，該膠囊包含非腸溶包衣（例如，明膠）（例如，用非腸溶包衣來包衣）。在一些實施方式中，該膠囊包含非腸溶包衣。在一些實施方式中，該膠囊包含明膠或HPMC。在一些實施方式中，該膠囊包含明膠或HPMC。在一些實施方式中，該包含約3 x 10 10個總細胞的小韋榮氏球菌細菌的微型片劑（例如，腸溶包衣的微型片劑）包含在一或多個膠囊中，其中視需要，該膠囊包含明膠或HPMC。在一些實施方式中，該包含約4.5 x 10 10個總細胞的小韋榮氏球菌細菌的微型片劑（例如，腸溶包衣的微型片劑）包含在一或多個膠囊中，其中視需要，該膠囊包含明膠或HPMC。在一些實施方式中，該包含約1.5 x 10 11個總細胞的小韋榮氏球菌細菌的微型片劑（例如，腸溶包衣的微型片劑）包含在一或多個膠囊中，其中視需要，該膠囊包含明膠或HPMC。在一些實施方式中，微型片劑的小韋榮氏球菌細菌被γ照射。
在一些實施方式中，將包含小韋榮氏球菌細菌的藥物組成物製備成粉劑（例如，用於重懸或用於以固體劑型（如膠囊）使用）或固體劑型，如片劑、微型片劑、膠囊、丸劑或粉劑；或該等形式的組合（例如，膠囊中包含的微型片劑）。粉劑可以包含凍乾細菌。在一些實施方式中，粉劑進一步包含甘露醇、硬脂酸鎂、和/或膠態二氧化矽。在一些實施方式中，該小韋榮氏球菌細菌被γ照射。
在一些實施方式中，該小韋榮氏球菌菌株係與小韋榮氏球菌菌株A（ATCC保藏號PTA-125691）的核苷酸序列（例如，基因組序列、16S序列、CRISPR序列）包含至少99%序列同一性（例如，至少99.5%序列同一性、至少99.6%序列同一性、至少99.7%序列同一性、至少99.8%序列同一性、至少99.9%序列同一性）的菌株。在一些實施方式中，該小韋榮氏球菌菌株係小韋榮氏球菌菌株A（ATCC保藏號PTA-125691）。
在一些方面，本揭露提供了本文提供的抗炎細菌例如小韋榮氏球菌菌株和/或本文所述之藥物組成物（例如，藥物組成物和/或固體劑型）（例如，以本文所述之量）用於製備執行本文提供的治療方法的藥物之用途。在一些方面，本揭露提供了本文提供的抗炎細菌例如小韋榮氏球菌菌株和/或本文所述之藥物組成物（例如，藥物組成物和/或固體劑型）（例如，以本文所述之量）用於在執行本文提供的治療方法中使用。
在一些實施方式中，本文提供的方法進一步包括向受試者投與另外的療法。在一些實施方式中，另外的療法包括對所治療疾病（例如，炎性病症）的標準護理。在一些實施方式中，另外的療法以比其作為單一療法投與的劑量更低的劑量投與。在一些實施方式中，本文提供的方法進一步包括向受試者投與抗炎藥物。在一些實施方式中，該方法進一步包括口服投與抗炎劑，例如NSAID或抗炎類固醇。在一些實施方式中，該方法進一步包括投與（例如，口服或靜脈內投與）地塞米松。在一些實施方式中，該方法進一步包括投與BTK抑制劑例如依魯替尼。在一些實施方式中，該方法進一步可以包括投與JAK抑制劑，例如巴瑞替尼、盧梭替尼、托法替尼和/或帕利替尼。
在一些實施方式中，該方法進一步包括向受試者投與對IL-6和/或IL-6受體具有特異性的抗體。在一些實施方式中，該方法包括向受試者投與托珠單抗（Actemra®）。在一些實施方式中，該方法包括向受試者投與薩瑞魯單抗（Kevzara®）。
相關申請的交叉引用本申請要求以下具有下列序號的美國臨時申請的權益：2020年9月3日提交的63/074,433；2020年9月28日提交的63/084,433；2020年10月6日提交的63/088,335；2020年11月6日提交的63/110,705和2020年11月11日提交的63/112,320，該等申請中的每一個的全部內容藉由引用併入本文。 概述
炎症存在於多種疾病中，無論是急性還是慢性的。不受控制的炎症係病理學和發病的主要原因。
當前的抗炎劑可以抑制I型IFN響應，但保留I型IFN響應對宿主抗病毒響應係重要的。
I型IFN在促進免疫穩態方面具有重要的抗炎功能。參見，例如：Perry等人, Cell Research [細胞研究] 15:407-422 (2005)；Teijaro, Current Opinion Virology [病毒學新見] 16:31-40 (2016)；Oh等人, Cancer Immunology Res. [癌症免疫學研究] 7:584-599 (2019)。
有缺陷的I型IFN免疫響應與加劇的COVID 19炎症響應相關。參見，例如Hadjadj等人, Science [科學] 369:718-724 (2020)。
I型IFN傳訊減少導致病毒清除延遲，嗜中性球浸潤增強。參見，例如Channappanavar等人, J. Clin. Investigation [臨床研究雜誌] 129:3625-3639 (2019)。
出乎意料地，正在開發具有抗炎作用但不抑制I型IFN響應的細菌（例如，抗炎細菌）。這種新類型抗炎劑可以產生炎症的功能性消退（部分或完全），而沒有與當前抗炎藥有關的不良的副作用（例如抑制I型IFN響應）。這類新型抗炎劑可以誘導炎症消退的生理過程而不是抑制炎症的介質。這類藥劑可以單獨使用或者與其它抗炎劑組合使用（例如，其可以以比單獨使用時更低的劑量投與）以達到有益效果並減少不良副作用。
與全身性免疫抑制性藥物（例如地塞米松）需要連續給藥來維持其抗炎效果相比，用抗炎細菌例如棲組織普雷沃菌菌株B治療可以使得藥效動力學作用延長，這種作用在不連續給藥的情況下保持。
在某些方面，本文提供了消退免疫響應之方法，該方法包括向受試者投與抗炎細菌（例如，組成物，例如，含有抗炎細菌的藥物組成物）。可以使用本文揭露的方法鑒定抗炎細菌（例如，藉由在本文所述之測定中確定它們是否降低（例如，顯著降低）促炎性細胞介素（例如IL-8、IL-6、IL-1β和/或TNFα）的水平）。在一些實施方式中，該抗炎細菌係棲組織普雷沃菌菌株。在一些實施方式中，該抗炎細菌係與棲組織普雷沃菌菌株B（NRRL登錄號B 50329）的核苷酸序列包含至少99%基因組、16S和/或CRISPR序列同一性的棲組織普雷沃菌菌株。在一些實施方式中，該棲組織普雷沃菌菌株以藥物組成物（例如，藥物組成物和/或固體劑型）投與。在一些實施方式中，該棲組織普雷沃菌菌株係棲組織普雷沃菌菌株B（NRRL登錄號B 50329）。在一些實施方式中，該抗炎細菌係小韋榮氏球菌菌株。在一些實施方式中，該抗炎細菌係與小韋榮氏球菌菌株A（ATCC保藏號PTA-125691）的核苷酸序列包含至少99%基因組、16S和/或CRISPR序列同一性的小韋榮氏球菌菌株。在一些實施方式中，該小韋榮氏球菌菌株以藥物組成物（例如，藥物組成物和/或固體劑型）投與。在一些實施方式中，該小韋榮氏球菌菌株係小韋榮氏球菌菌株A（ATCC保藏號PTA-125691）。在一些實施方式中，該小韋榮氏球菌菌株被γ照射。在一些實施方式中，該藥物組成物包含一種抗炎菌株。在一些實施方式中，該藥物組成物包含一種細菌菌株，其中該菌株係抗炎菌株。
非活棲組織普雷沃菌菌株B藥物組成物的藥效動力學作用係通過與小腸內的免疫細胞相互作用且沒有全身性吸收。然後該等在小腸內的局部相互作用下調全身性炎症。尚未觀察到它在腸道中定植或持續存在或影響微生物組。在迄今為止的臨床研究中，它具有良好的耐受性，其副作用與安慰劑類似。
已經證明非活棲組織普雷沃菌菌株B藥物組成物在三個臨床群組中具有優異的安全性和耐受性的抗炎活性。一個群組係人類志願者遲發型超敏反應的免疫藥理學研究，這係對靶向人類小腸軸作用機制的形式證明。其他兩個群組係牛皮癬患者群組，其顯示出對皮膚病變和下調全身性炎性細胞介素生產兩者的益處。在臨床前和臨床研究中，棲組織普雷沃菌菌株B抑制炎症的多種途徑，並具有安慰劑樣安全性。在臨床前研究中，它具有與地塞米松相似的抗炎功效，但具有另外的益處，即對宿主抗病毒響應所需的1型干擾素沒有負面影響。
藉由靶向小腸軸提供的炎症控制似乎導致在沒有免疫抑制情況下協同下調多種炎症途徑，這模擬了炎症消退的身體正常生理過程。
小腸軸的炎症控制機制導致炎症消退，這恢復了無炎症穩態而未誘導明顯的免疫抑制。藉由協同下調多種炎症途徑（包括那些已經用靶向抗體療法驗證過的那些）實現這一點，但是沒有抗體組合或廣泛起作用的口服激酶抑制劑所見到的副作用。
在人類和小鼠細胞測定和體內模型中進行的棲組織普雷沃菌菌株B的體外研究支持其在治療免疫炎性疾病（包括牛皮癬）中之用途。棲組織普雷沃菌菌株B增加了人類免疫細胞（例如介白素（IL）-10和IL-27）分泌抗炎細胞介素，同時誘導產生最少的促炎性細胞介素例如IL-6，腫瘤壞死因子（TNF）和干擾素γ（IFNγ）。
在臨床前模型中，抗炎細菌（例如棲組織普雷沃菌菌株B）至少與抗體和口服藥物一樣有效。在小鼠和人類中均觀察到沒有完全抑制的功能性炎症消退。
向小鼠口服投與棲組織普雷沃菌菌株B導致了顯著的對遲發型超敏反應（DTH）、咪喹莫特引發的皮膚炎症、螢光異硫氰酸鹽（FITC）皮膚超敏反應、膠原誘導的關節炎（CIA）和實驗性急性腦脊髓炎（EAE）體內模型的治療效果。效果和劑量的一致性顯示，棲組織普雷沃菌菌株B協同消退TH1、TH2和TH17途徑的全身性炎症。這表明在多種病症和群體中的臨床益處的潛力。在該等實驗中使用的每天給藥長達3週或隔天給藥超過7週的動物中，未見潛在的相關不良反應。在該等模型中的離體免疫表型顯示出脾臟和腸系膜淋巴結中的調節性T細胞數量和調節性樹突細胞（DC）增加，以及促炎性細胞介素（例如IL-23p40、IL-17和IL-13）減少。該等離體實驗中，棲組織普雷沃菌菌株B並未抑制1型干擾素的表現，這表明不破壞對避免癌症和病原體至關重要的免疫監視機制的情況下，實現了廣譜的抗炎作用。治療還導致腸道腸屏障完整性的增強，而腸道腸屏障完整性在患有炎症疾病的患者中經常被破壞。 定義
「投與」在廣義上係指組成物在受試者中的投與途徑。投與途徑的實例包括口服投與、直腸投與、局部投與、吸入（經鼻）或注射。注射投與包括靜脈內（IV）、肌內（IM）、腫瘤內（IT）及皮下（SC）投與。本文所述之藥物組成物可以任一形式藉由任一有效途徑來投與，該等途徑包括但不限於：腫瘤內、口服、非經腸、經腸、靜脈內、腹膜內、局部、經皮（例如使用任一標準貼劑）、真皮內、眼部、經鼻（內）、局部、非經口（例如氣溶膠、吸入、皮下、肌內、經頰、舌下、（經）直腸、陰道、動脈內及鞘內）、經黏膜（例如舌下、經舌、（經）頰、（經）尿道、陰道（例如經陰道及經陰道周圍）、膀胱內、肺內、十二指腸內、胃內及支氣管內。在較佳的實施方式中，藉由以下形式投與本文所述之藥物組成物：經口、經直腸、經腫瘤內、經局部、經膀胱內、藉由注射至引流淋巴結中或毗鄰引流淋巴結處、經靜脈內、藉由吸入或氣溶膠或經皮下。在較佳的實施方式中，口服投與本文所述之藥物組成物或固體劑型。
術語「降低」或「消耗」或「減少」意指變化，從而治療後與治療前狀態相比的差異（視情況而定）為至少10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、1/100、1/1000、1/10,000、1/100,000、1/1,000,000或不可檢測。可被降低的性質包括免疫細胞（例如特定免疫細胞類型）、細菌細胞、基質細胞、髓源性抑制細胞、成纖維細胞、代謝產物的數量和細胞介素（例如促炎性細胞介素）的水平。
術語「增加」意指變化，從而治療後與治療前狀態相比的差異（視情況而定）為至少高10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、2倍、4倍、10倍、100倍、10^3倍、10^4倍、10^5倍、10^6倍和/或10^7倍。可被增加的性質包括免疫細胞（例如特定免疫細胞類型）、細菌細胞、基質細胞、髓源性抑制細胞、成纖維細胞、代謝產物的數量和細胞介素（例如，促炎性細胞介素）的水平。
術語「受試者」或「患者」係指任何動物。描述為「有需要」的受試者或患者係指需要治療疾病的人。哺乳動物（即哺乳類動物）包括人類、實驗室動物（例如靈長類動物、大鼠、小鼠）、家畜（例如牛、綿羊、山羊、豬）及家庭寵物（例如狗、貓、齧齒類動物）。例如，受試者可為非人類哺乳動物，包括但不限於：狗、貓、牛、馬、豬、驢、山羊、駱駝、小鼠、大鼠、天竺鼠、綿羊、駱馬、猴、大猩猩或黑猩猩。受試者或患者可為健康的，或者可以患有在任何發展階段的免疫障礙（或有該免疫障礙發展的增加的風險），或患有感染（或有該感染發展的增加的風險）。
「菌株」係指具有基因簽名的細菌物種的成員，從而其可與相同細菌物種的密切相關成員區分開來。基因簽名可為不存在至少一種基因的全部或一部分、不存在至少一個調控區（例如啟動子、終止子、核糖開關、核糖體結合位點）的全部或一部分、不存在（「消除」）至少一種天然質體、存在至少一種重組基因、存在至少一種突變基因、存在至少一種外來基因（衍生自另一物種的基因）、存在至少一種突變調控區（例如啟動子、終止子、核糖開關、核糖體結合位點）、存在至少一種非天然質體、存在至少一種抗生素抗性盒或其組合。可藉由PCR擴增且視需要隨後進行一或多個目的基因組區域或全基因組的DNA定序來鑒別不同菌株之間的基因簽名。如果一種菌株（與相同物種的另一種菌株相比）已獲得或失去抗生素抗性或獲得或失去生物合成能力（例如營養缺陷型菌株），則可藉由選擇或反選擇分別使用抗生素或營養物/代謝物來區分菌株。
如本文所用，術語「治療」受試者疾病或「治療」患有或懷疑患有疾病的受試者係指對受試者實施醫藥治療（例如投與一或多種藥劑），從而降低至少一種疾病症狀或預防其惡化。例如，如與治療前的水平相比，「治療」可以降低受試者中IL-8、IL-6、IL-1β和/或TNFα的水平；與標準相比，例如與治療前的水平相比，「治療」可以防止受試者中IL-8、IL-6、IL-1β和/或TNFα的水平升高（或引起降低）；如與標準相比，例如與未接受治療的一組受試者的特定疾病時間或持續時間相比，「治療」可以減少臨床因素，例如該特定疾病的臨床評分。 抗炎細菌
本文提供了與在受試者中使用抗炎細菌用於消退炎症響應有關的方法和組成物。例如，在本文所述之測定中，例如，如果細菌降低（例如，顯著降低）促炎性細胞介素（例如IL-8、IL-6、IL-1β和/或TNFα）的水平，則該細菌具有抗炎性。在一些實施方式中，該抗炎細菌（例如，當口服投與時）可以降低受試者中（例如，在受試者的骨髓細胞中）炎性細胞介素的表現（例如，IL-8、IL-6、IL-1β和/或TNFα的表現）。在一些實施方式中，在本文所述之測定中，該抗炎細菌可以降低炎性細胞介素表現（例如，IL-8、IL-6、IL-1β和/或TNFα表現）。在一些實施方式中，該抗炎細菌（例如，當口服投與時）可以降低受試者中（例如，在受試者的骨髓細胞中）炎性細胞介素的表現（例如，IL-8、IL-6和/或TNFα的表現）。在一些實施方式中，在本文所述之測定中，該抗炎細菌可以降低炎性細胞介素表現（例如，IL-8、IL-6和/或TNFα的表現）。在一些實施方式中，該抗炎細菌（例如，當口服投與時）可以降低受試者中（例如，在受試者的骨髓細胞中，但不是受試者的T細胞中）炎性細胞介素的表現（例如，IL-8、IL-6和/或TNFα的表現）。在一些實施方式中，在本文所述之測定中，該抗炎細菌可以降低炎性細胞介素例如在離體刺激的骨髓細胞中而不是在離體刺激的T細胞中的表現（例如，IL-8、IL-6和/或TNFα的表現）。在一些實施方式中，該抗炎細菌（例如，當口服投與時）不降低（例如，不顯著降低）I型干擾素響應，例如，不降低（例如，不顯著降低）受試者中IFNα和/或IFNβ水平。在一些實施方式中，在本文所述之測定中，該抗炎細菌不降低（例如，不顯著降低）I型干擾素響應，例如，不降低（例如，不顯著降低）IFNα和/或IFNβ水平。在一些實施方式中，該抗炎細菌（例如，當口服投與時）不降低（例如，不顯著降低）受試者中IFNα和/或IFNβ水平。在一些實施方式中，在本文所述之測定中，抗炎細菌不降低（例如，不顯著降低）IFNα和/或IFNβ水平。
棲組織普雷沃菌。抗炎細菌可為普雷沃菌屬的菌株。可以使用本文揭露的方法來鑒定普雷沃菌屬的抗炎菌株（例如，藉由在本文所述之測定中確定它們是否降低（例如，顯著降低）促炎性細胞介素（例如IL-8、IL-6、IL-1β和/或TNFα）的水平）。在一些實施方式中，該普雷沃菌屬菌株係棲組織普雷沃菌的菌株 。在一些實施方式中，該普雷沃菌屬菌株係棲組織普雷沃菌菌株B（NRRL登錄號B 50329）。在一些實施方式中，該普雷沃菌屬菌株係與棲組織普雷沃菌菌株B（NRRL登錄號B 50329）的核苷酸序列（例如，基因組、16S或CRISPR核苷酸序列）包含至少95%、至少96%、至少97%、至少98%或至少99%序列同一性（例如，至少99.5%序列同一性、至少99.6%序列同一性、至少99.7%序列同一性、至少99.8%序列同一性、至少99.9%序列同一性）的菌株。在一些實施方式中，該普雷沃菌屬菌株係棲組織普雷沃菌菌株B（NRRL登錄號B 50329）。
根據用於專利程序目的的國際承認的微生物保藏的布達佩斯條約（Budapest Treaty on the International Recognition of the Deposit of Microorganisms for the Purpose of Patent Procedure）的條款，將棲組織普雷沃菌菌株B在2018年10月11日保藏於美國典型培養物保藏中心（American Type Culture Collection，ATCC）（美國維吉尼亞州馬納薩斯大學大道10801號，20110-2209（10801 University Boulevard, Manassas, Va. 20110-2209 USA））並且指定ATCC登錄號PTA-125368。
申請人表示，ATCC係保藏地，如果授予專利，則可永久保藏且公眾可隨時訪問。在授予專利後，將不可撤銷地取消對如此保藏材料的公眾可獲得性的所有限制。該材料可在專利申請未決期間提供給由有資格的專員依據37 CFR 1.14及35 U.S.C. 122所決定的人。在謹慎需要保持存活及無污染的情況下將保藏材料在最新請求提供保藏質體樣本之後維持至少五年的時間段，且在任一情形下在保藏日期之後維持至少三十（30）年的時間段或維持專利的可實施壽命（以較長時間段為準）。申請人確認，如果保藏處因保藏條件而不能在請求時提供樣本，則其有責任更換保藏地。
可以根據本領域已知的方法培養棲組織普雷沃菌菌株B。例如，可以使用例如在Caballero等人, 2017中揭露的方法，在ATCC培養基2722、ATCC培養基1490或其他培養基中培養棲組織普雷沃菌。“Cooperating Commensals Restore Colonization Resistance to Vancomycin-Resistant Enterococcus faecium [合作共生生物可恢復對耐萬古黴素的糞腸球菌的定植抗性]” Cell Host & Microbe[細胞宿主與微生物] 21:592-602，將其藉由引用以其整體特此併入。
小韋榮氏球菌：可以使用本文揭露的方法鑒定 小韋榮氏球菌的抗炎菌株（例如，藉由在本文所述之測定中確定它們是否降低（例如，顯著降低）促炎性細胞介素（例如的IL-8、IL-6、IL-1β和/或TNFα）的水平）。在一些實施方式中，該小韋榮氏球菌係小韋榮氏球菌菌株A（ATCC保藏號PTA-125691）（也稱為“小韋榮氏球菌菌株A”）。在一些實施方式中，小韋榮氏球菌菌株係與小韋榮氏球菌菌株A（ATCC保藏號PTA-125691）的核苷酸序列（例如基因組序列、16S序列、CRISPR序列）包含至少至少85%、至少86%、至少87%、至少88%、至少89%、至少90%、至少91%、至少92%、至少93%、至少94%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%或至少99%序列同一性（例如至少99.5%序列同一性、至少99.6%序列同一性、至少99.7%序列同一性、至少99.8%序列同一性、至少99.9%序列同一性）的菌株。
根據用於專利程序目的的國際承認的微生物保藏的布達佩斯條約（Budapest Treaty on the International Recognition of the Deposit of Microorganisms for the Purpose of Patent Procedure）的條款，將小韋榮氏球菌菌株A在2019年1月25日保藏於美國典型培養物保藏中心（American Type Culture Collection，ATCC）（美國維吉尼亞州馬納薩斯大學大道10801號，20110-2209（10801 University Boulevard, Manassas, Va. 20110-2209 USA））並且指定ATCC登錄號PTA-125691。
申請人表示，ATCC係保藏地，如果授予專利，則可永久保藏且公眾可隨時訪問。在授予專利後，將不可撤銷地取消對如此保藏材料的公眾可獲得性的所有限制。該材料可在專利申請未決期間提供給由有資格的專員依據37 CFR 1.14及35 U.S.C. 122所決定的人。在謹慎需要保持存活及無污染的情況下將保藏材料在最新請求提供保藏質體樣本之後維持至少五年的時間段，且在任一情形下在保藏日期之後維持至少三十（30）年的時間段或維持專利的可實施壽命（以較長時間段為準）。申請人確認，如果保藏處因保藏條件而不能在請求時提供樣本，則其有責任更換保藏地。
也可以根據本領域已知的方法培養小韋榮氏球菌菌株A。例如，小韋榮氏球菌菌株A可以在厭氧條件下在補充有0.05g/L FeSO 4和0.5g/L L-半胱胺酸-HCL作為還原劑的PM11+5g/L Na-L-乳酸鹽液體培養基中在37攝氏度下生長。
在一些實施方式中，該細菌組成物包含完整小韋榮氏球菌細菌（例如，活細菌、被殺死的細菌、減毒細菌）。
在一些實施方式中，該細菌組成物包含完整小韋榮氏球菌細菌（例如，γ照射的細菌）。 藥物組成物
在某些實施方式中，本文提供了包含抗炎細菌的藥物組成物（例如，固體劑型）。
在一些實施方式中，該藥物組成物包含一種抗炎細菌菌株。
在一些實施方式中，該藥物組成物包含一種細菌菌株，其中該菌株係抗炎菌株。
在一些實施方式中，將該藥物組成物配製成固體劑（例如，固體劑型），例如膠囊或片劑。在一些實施方式中，該藥物組成物包含腸溶包衣或微膠囊。在一些實施方式中，將該藥物組成物製備成膠囊。在一些實施方式中，該膠囊係腸溶包衣的膠囊。在一些實施方式中，將該藥物組成物製備成片劑。在一些實施方式中，該片劑係腸溶包衣的片劑。在一些實施方式中，該腸溶包衣允許該藥物組成物在小腸（例如，在小腸上段（例如，在十二指腸））中釋放。
在一些實施方式中，該藥物組成物，例如，藥物組成物（例如，如每天一次或兩次投與的總劑量的組成物）包含約3 x 10 10至約1.5 x 10 12個總細胞的抗炎細菌。在一些實施方式中，該藥物組成物，例如，藥物組成物（例如，如每天一次或兩次投與的總劑量的組成物）包含約8 x 10 10至約1.3 x 10 12個總細胞的抗炎細菌。在一些實施方式中，該藥物組成物，例如，藥物組成物（例如，如每天一次或兩次投與的總劑量的組成物）包含約4.5 x 10 10至約1.5 x 10 12個總細胞的抗炎細菌。
在一些實施方式中，向受試者投與1、2、3、4、5、6、7、8、9或10個固體劑型，例如每天一次或兩次。
在一些實施方式中，每天投與（例如，用於投與）約3 x 10 10至約1.5 x 10 12個總細胞的抗炎細菌的劑量。在一些實施方式中，每天投與（例如，用於投與）約8 x 10 10至約1.3 x 10 12個總細胞的抗炎細菌的劑量。在一些實施方式中，每天投與（例如，用於投與）約4.5 x 10 10至約1.5 x 10 12個總細胞的抗炎細菌的劑量。
在一些實施方式中，將包含抗炎細菌的藥物組成物製備成粉劑（例如，用於重懸或用於以固體劑型（如膠囊）使用）或固體劑型，如片劑、微型片劑、膠囊、丸劑或粉劑；或該等形式的組合（例如，膠囊中包含的微型片劑）。粉劑可以包含凍乾細菌。在一些實施方式中，粉劑進一步包含甘露醇、硬脂酸鎂、和/或膠態二氧化矽。
在一些實施方式中，該固體劑型係片劑。在一些實施方式中，該片劑係腸溶包衣的片劑。在一些實施方式中，該腸溶包衣的片劑直徑為5 mm至18 mm（尺寸係指應用腸溶包衣之前的尺寸）。在一些實施方式中，將該片劑中的抗炎細菌凍乾。
在一些實施方式中，該固體劑型係膠囊。在一些實施方式中，該膠囊係腸溶包衣的膠囊。在一些實施方式中，該腸溶包衣的膠囊係00號、0號、1號、2號、3號、4號或5號膠囊。在一些實施方式中，該膠囊係0號膠囊。在一些實施方式中，將該膠囊中的抗炎細菌凍乾。在一些實施方式中，該膠囊包含明膠。在一些實施方式中，該膠囊包含HPMC。
在某些實施方式中，本文提供了包含抗炎細菌的固體劑型。在一些實施方式中，該固體劑型係片劑，例如腸溶包衣的片劑。在一些實施方式中，該固體劑型係膠囊，例如腸溶包衣的膠囊。在一些實施方式中，該腸溶包衣包含基於聚甲基丙烯酸酯的共聚物。在一些實施方式中，該腸溶包衣包含甲基丙烯酸丙烯酸乙酯（MAE）共聚物（1:1）。在一些實施方式中，該腸溶包衣包含甲基丙烯酸丙烯酸乙酯（MAE）共聚物（1:1）（例如Kollicoat MAE 100P或Eudragit L30-D55）。
在一些實施方式中，該等藥物組成物包含完整抗炎細菌，例如棲組織普雷沃菌（例如，活細菌、被殺死的細菌、減毒細菌）。
在一些實施方式中，該等藥物組成物包含活的抗炎細菌，例如棲組織普雷沃菌細菌。
在一些實施方式中，該等藥物組成物包含存活的抗炎細菌，例如棲組織普雷沃菌細菌。
在某些實施方式中，該等藥物組成物包含無活性的抗炎細菌，例如棲組織普雷沃菌細菌。
在一些實施方式中，該棲組織普雷沃菌係棲組織普雷沃菌菌株B（NRRL登錄號B 50329）。在一些實施方式中，該棲組織普雷沃菌菌株係與棲組織普雷沃菌菌株B的核苷酸序列（例如基因組序列、16S序列、CRISPR序列）包含至少90%、至少91%、至少92%、至少93%、至少94%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%或至少99%序列一致性（例如，至少99.5%序列一致性、至少99.6%序列一致性、至少99.7%序列一致性、至少99.8%序列一致性、至少99.9%序列一致性）的菌株。
在一些實施方式中，該藥物組成物包含約50 mg至約3 g的棲組織普雷沃菌。
在一些實施方式中，該藥物組成物包含約55 mg、約550 mg、或約2.76 g的棲組織普雷沃菌。
在一些實施方式中，該藥物組成物包含約2x10 10、2.1x10 10、2.2x10 10、2.3x10 10、2.4x10 10、2.5x10 10、2.6x10 10、2.7x10 10、2.8x10 10、2.9x10 10、3x10 10、3.1x10 10、3.2x10 10、3.3x10 10、3.4x10 10、3.5x10 10、3.6x10 10、3.7x10 10、3.8x10 10、3.9x10 10、4x10 10、5x10 10、6x10 10、7x10 10、8x10 10、9x10 10、1x10 11、1.1x10 11、1.2x10 11、1.3x10 11、1.4x10 11、1.5x10 11、1.6x10 11、1.7x10 11、1.8x10 11、1.9x10 11、2x10 11、2.1x10 11、2.2x10 11、2.3x10 11、2.4x10 11、2.5x10 11、2.6x10 11、2.7x10 11、2.8x10 11、2.9x10 11、3x10 11、3.1x10 11、3.2x10 11、3.3x10 11、3.4x10 11、3.5x10 11、3.6x10 11、3.7x10 11、3.8x10 11、3.9x10 11、4x10 115x10 11、6x10 11、7x10 11、8x10 11、9x10 11、1x10 12、1.5x10 12個總細胞的棲組織普雷沃菌。在一些實施方式中，該藥物組成物包含約8x10 10個總細胞的棲組織普雷沃菌。在一些實施方式中，該藥物組成物包含約1.6x10 11個總細胞的棲組織普雷沃菌。在一些實施方式中，該藥物組成物包含約8x10 11個總細胞的棲組織普雷沃菌。本文中，總細胞由總細胞計數確定（例如，由庫爾特計數器確定）。
在一些實施方式中，該藥物組成物包含至少約2x10 10、2.1x10 10、2.2x10 10、2.3x10 10、2.4x10 10、2.5x10 10、2.6x10 10、2.7x10 10、2.8x10 10、2.9x10 10、3x10 10、3.1x10 10、3.2x10 10、3.3x10 10、3.4x10 10、3.5x10 10、3.6x10 10、3.7x10 10、3.8x10 10、3.9x10 10、4x10 10、5x10 10、6x10 10、7x10 10、8x10 10、9x10 10、1x10 11、1.1x10 11、1.2x10 11、1.3x10 11、1.4x10 11、1.5x10 11、1.6x10 11、1.7x10 11、1.8x10 11、1.9x10 11、2x10 11、2.1x10 11、2.2x10 11、2.3x10 11、2.4x10 11、2.5x10 11、2.6x10 11、2.7x10 11、2.8x10 11、2.9x10 11、3x10 11、3.1x10 11、3.2x10 11、3.3x10 11、3.4x10 11、3.5x10 11、3.6x10 11、3.7x10 11、3.8x10 11、3.9x10 11、4x10 11、5x10 11、6x10 11、7x10 11、8x10 11、9x10 11、1x10 12、1.5 x10 12個總細胞的棲組織普雷沃菌。
在一些實施方式中，該藥物組成物包含至多約2x10 10、2.1x10 10、2.2x10 10、2.3x10 10、2.4x10 10、2.5x10 10、2.6x10 10、2.7x10 10、2.8x10 10、2.9x10 10、3x10 10、3.1x10 10、3.2x10 10、3.3x10 10、3.4x10 10、3.5x10 10、3.6x10 10、3.7x10 10、3.8x10 10、3.9x10 10、4x10 10、5x10 10、6x10 10、7x10 10、8x10 10、9x10 10、1x10 11、1.1x10 11、1.2x10 11、1.3x10 11、1.4x10 11、1.5x10 11、1.6x10 11、1.7x10 11、1.8x10 11、1.9x10 11、2x10 11、2.1x10 11、2.2x10 11、2.3x10 11、2.4x10 11、2.5x10 11、2.6x10 11、2.7x10 11、2.8x10 11、2.9x10 11、3x10 11、3.1x10 11、3.2x10 11、3.3x10 11、3.4x10 11、3.5x10 11、3.6x10 11、3.7x10 11、3.8x10 11、3.9x10 11、4x10 11、5x10 11、6x10 11、7x10 11、8x10 11、9x10 11、1x10 12、1.5 x10 12個總細胞的棲組織普雷沃菌。
在一些實施方式中，該藥物組成物包含約50 mg至約3 g的棲組織普雷沃菌，例如，普雷沃菌屬菌株B 50329。
在一些實施方式中，該藥物組成物包含約55 mg、約550 mg、或約2.76 g的棲組織普雷沃菌，例如普雷沃菌屬菌株B 50329。
在一些實施方式中，該藥物組成物包含約2x10 10、2.1x10 10、2.2x10 10、2.3x10 10、2.4x10 10、2.5x10 10、2.6x10 10、2.7x10 10、2.8x10 10、2.9x10 10、3x10 10、3.1x10 10、3.2x10 10、3.3x10 10、3.4x10 10、3.5x10 10、3.6x10 10、3.7x10 10、3.8x10 10、3.9x10 10、4x10 10、5x10 10、6x10 10、7x10 10、8x10 10、9x10 10、1x10 11、1.1x10 11、1.2x10 11、1.3x10 11、1.4x10 11、1.5x10 11、1.6x10 11、1.7x10 11、1.8x10 11、1.9x10 11、2x10 11、2.1x10 11、2.2x10 11、2.3x10 11、2.4x10 11、2.5x10 11、2.6x10 11、2.7x10 11、2.8x10 11、2.9x10 11、3x10 11、3.1x10 11、3.2x10 11、3.3x10 11、3.4x10 11、3.5x10 11、3.6x10 11、3.7x10 11、3.8x10 11、3.9x10 11、4x10 11、5x10 11、6x10 11、7x10 11、8x10 11、9x10 11、1x10 12、1.5x10 12個總細胞的棲組織普雷沃菌，例如普雷沃菌屬菌株B 50329。在一些實施方式中，該藥物組成物包含約8x10 10個總細胞的棲組織普雷沃菌，例如普雷沃菌屬菌株B 50329。在一些實施方式中，該藥物組成物包含約1.6x10 11個總細胞的棲組織普雷沃菌，例如普雷沃菌屬菌株B 50329。在一些實施方式中，該藥物組成物包含約3.2x10 11個總細胞的棲組織普雷沃菌，例如普雷沃菌屬菌株B 50329。在一些實施方式中，該藥物組成物包含約6.4x10 11個總細胞的棲組織普雷沃菌，例如普雷沃菌屬菌株B 50329。在一些實施方式中，該藥物組成物包含約8x10 11個總細胞的棲組織普雷沃菌，例如普雷沃菌屬菌株B 50329。在一些實施方式中，該藥物組成物包含約9.6x10 11個總細胞的棲組織普雷沃菌，例如普雷沃菌屬菌株B 50329。在一些實施方式中，該藥物組成物包含約12.8x10 11個總細胞的棲組織普雷沃菌，例如普雷沃菌屬菌株B 50329。在一些實施方式中，該藥物組成物包含約16x10 11個總細胞的棲組織普雷沃菌，例如普雷沃菌屬菌株B 50329。在一些實施方式中，該藥物組成物包含約1.6 x 10 10至約1.6 x 10 11個總細胞的棲組織普雷沃菌，例如普雷沃菌屬菌株B 50329。在一些實施方式中，該藥物組成物包含約1.6 x 10 10至約16 x 10 11個總細胞的棲組織普雷沃菌，例如普雷沃菌屬菌株B 50329。在一些實施方式中，該藥物組成物包含約8 x 10 10至約8 x 10 11個總細胞的棲組織普雷沃菌，例如普雷沃菌屬菌株B 50329。在一些實施方式中，該藥物組成物包含約8 x 10 10至約1.6 x 10 11個總細胞的棲組織普雷沃菌，例如普雷沃菌屬菌株B 50329。在一些實施方式中，該藥物組成物包含約1.6 x 10 11至約8 x 10 11個總細胞的棲組織普雷沃菌，例如普雷沃菌屬菌株B 50329。在一些實施方式中，該藥物組成物包含約9.6 x 10 11至約16 x 10 11個總細胞的棲組織普雷沃菌，例如普雷沃菌屬菌株B 50329。在一些實施方式中，該藥物組成物包含約9.6 x 10 11至約12.8 x 10 11個總細胞的棲組織普雷沃菌，例如普雷沃菌屬菌株B 50329。在一些實施方式中，該藥物組成物包含約12.8 x 10 11至約16 x 10 11個總細胞的棲組織普雷沃菌，例如普雷沃菌屬菌株B 50329。本文中，總細胞由總細胞計數確定（例如，由庫爾特計數器確定）。
在一些實施方式中，該藥物組成物包含約1.6 x 10 10個總細胞的棲組織普雷沃菌，例如普雷沃菌屬菌株B 50329。
在一些實施方式中，該藥物組成物包含約8 x 10 10個總細胞的棲組織普雷沃菌，例如普雷沃菌屬菌株B 50329。
在一些實施方式中，該藥物組成物包含約1.6 x 10 11個總細胞的棲組織普雷沃菌，例如普雷沃菌屬菌株B 50329。
在一些實施方式中，該藥物組成物包含約3.2 x 10 11個總細胞的棲組織普雷沃菌，例如普雷沃菌屬菌株B 50329。
在一些實施方式中，該藥物組成物包含約6.4 x 10 11個總細胞的棲組織普雷沃菌，例如普雷沃菌屬菌株B 50329。
在一些實施方式中，該藥物組成物包含約8 x 10 11個總細胞的棲組織普雷沃菌，例如普雷沃菌屬菌株B 50329。
在一些實施方式中，該藥物組成物包含約1.6 x 10 10至約8 x 10 11個總細胞的棲組織普雷沃菌，例如普雷沃菌屬菌株B 50329。
在一些實施方式中，該藥物組成物包含約1.6 x 10 10至約1.6 x 10 11個總細胞的棲組織普雷沃菌，例如普雷沃菌屬菌株B 50329。
在一些實施方式中，該藥物組成物包含約1.6 x 10 11至約8 x 10 11個總細胞的棲組織普雷沃菌，例如普雷沃菌屬菌株B 50329。
在一些實施方式中，該藥物組成物包含約8 x 10 10至約8 x 10 11個總細胞的棲組織普雷沃菌，例如普雷沃菌屬菌株B 50329。
在一些實施方式中，該藥物組成物，例如，藥物組成物（例如，如每天一次或兩次投與的總劑量的組成物）包含約8 x 10 10個總細胞的棲組織普雷沃菌，例如普雷沃菌屬菌株B 50329。
在一些實施方式中，該藥物組成物，例如，藥物組成物（例如，如每天一次或兩次投與的總劑量的組成物）包含約1.6 x 10 11個總細胞的棲組織普雷沃菌，例如普雷沃菌屬菌株B 50329。
在一些實施方式中，該藥物組成物，例如，藥物組成物（例如，如每天一次或兩次投與的總劑量的組成物）包含約3.2 x 10 11個總細胞的棲組織普雷沃菌，例如普雷沃菌屬菌株B 50329。
在一些實施方式中，該藥物組成物，例如，藥物組成物（例如，如每天一次或兩次投與的總劑量的組成物）包含約6.4 x 10 11個總細胞的棲組織普雷沃菌，例如普雷沃菌屬菌株B 50329。
在一些實施方式中，該藥物組成物，例如，藥物組成物（例如，如每天一次或兩次投與的總劑量的組成物）包含約8 x 10 11個總細胞的棲組織普雷沃菌，例如普雷沃菌屬菌株B 50329。
在一些實施方式中，該藥物組成物，例如，藥物組成物（例如，如每天一次或兩次投與的總劑量的組成物）包含約9.6 x 10 11個總細胞的棲組織普雷沃菌，例如普雷沃菌屬菌株B 50329。
在一些實施方式中，該藥物組成物，例如，藥物組成物（例如，如每天一次或兩次投與的總劑量的組成物）包含約12.8 x 10 11個總細胞的棲組織普雷沃菌，例如普雷沃菌屬菌株B 50329。
在一些實施方式中，該藥物組成物，例如，藥物組成物（例如，如每天一次或兩次投與的總劑量的組成物）包含約16 x 10 11個總細胞的棲組織普雷沃菌，例如普雷沃菌屬菌株B 50329。
在一些實施方式中，該藥物組成物，例如，藥物組成物（例如，如每天一次或兩次投與的總劑量的組成物）包含約9.6 x 10 11至約16 x 10 11個總細胞的棲組織普雷沃菌，例如普雷沃菌屬菌株B 50329。
在一些實施方式中，該藥物組成物，例如，藥物組成物（例如，如每天一次或兩次投與的總劑量的組成物）包含約9.6 x 10 11至約12.8 x 10 11個總細胞的棲組織普雷沃菌，例如普雷沃菌屬菌株B 50329。
在一些實施方式中，該藥物組成物，例如，藥物組成物（例如，如每天一次或兩次投與的總劑量的組成物）包含約12.8 x 10 11至約16 x 10 11個總細胞的棲組織普雷沃菌，例如普雷沃菌屬菌株B 50329。
在一些實施方式中，將包含普雷沃菌屬細菌的藥物組成物製備成粉劑（例如，用於重懸或用於以固體劑型（如膠囊）使用）或固體劑型，如片劑、微型片劑、膠囊、丸劑或粉劑；或該等形式的組合（例如，膠囊中包含的微型片劑）。粉劑可以包含凍乾細菌。在一些實施方式中，粉劑進一步包含甘露醇、硬脂酸鎂、和/或膠態二氧化矽。
在一些實施方式中，向受試者投與1、2、3、4、5、6、7、8、9或10個固體劑型，例如每天一次或兩次。
在一些實施方式中，向受試者投與（例如，用於投與）1個固體劑型（例如，片劑或膠囊），例如每天一次或兩次，其中固體劑型包含約1.6 x 10 10個總細胞的細菌劑量。在一些實施方式中，向受試者投與（例如，用於投與）2個固體劑型（例如，片劑或膠囊），例如每天一次或兩次，其中固體劑型（例如，每個固體劑型）包含約1.6 x 10 10個總細胞的細菌劑量。在一些實施方式中，向受試者投與（例如，用於投與）3個固體劑型（例如，片劑或膠囊），例如每天一次或兩次，其中固體劑型包含約1.6 x 10 10個總細胞的細菌劑量。在一些實施方式中，向受試者投與（例如，用於投與）4個固體劑型（例如，片劑或膠囊），例如每天一次或兩次，其中固體劑型包含約1.6 x 10 10個總細胞的細菌劑量。在一些實施方式中，向受試者投與（例如，用於投與）5個固體劑型（例如，片劑或膠囊），例如每天一次或兩次，其中固體劑型包含約1.6 x 10 10個總細胞的細菌劑量。在一些實施方式中，向受試者投與（例如，用於投與）6個固體劑型（例如，片劑或膠囊），例如每天一次或兩次，其中固體劑型包含約1.6 x 10 10個總細胞的細菌劑量。在一些實施方式中，向受試者投與（例如，用於投與）8個固體劑型（例如，片劑或膠囊），例如每天一次或兩次，其中固體劑型包含約1.6 x 10 10個總細胞的細菌劑量。在一些實施方式中，向受試者投與（例如，用於投與）10個固體劑型（例如，片劑或膠囊），例如每天一次或兩次，其中固體劑型包含約1.6 x 10 10個總細胞的細菌劑量。
在一些實施方式中，向受試者投與（例如，用於投與）1個固體劑型（例如，片劑或膠囊），例如每天一次或兩次，其中固體劑型包含約8 x 10 10個總細胞的細菌劑量。在一些實施方式中，向受試者投與（例如，用於投與）2個固體劑型（例如，片劑或膠囊），例如每天一次或兩次，其中固體劑型（例如，每個固體劑型）包含約8 x 10 10個總細胞的細菌劑量。在一些實施方式中，向受試者投與（例如，用於投與）3個固體劑型（例如，片劑或膠囊），例如每天一次或兩次，其中固體劑型包含約8 x 10 10個總細胞的細菌劑量。在一些實施方式中，向受試者投與（例如，用於投與）4個固體劑型（例如，片劑或膠囊），例如每天一次或兩次，其中固體劑型包含約8 x 10 10個總細胞的細菌劑量。在一些實施方式中，向受試者投與（例如，用於投與）5個固體劑型（例如，片劑或膠囊），例如每天一次或兩次，其中固體劑型包含約8 x 10 10個總細胞的細菌劑量。在一些實施方式中，向受試者投與（例如，用於投與）6個固體劑型（例如，片劑或膠囊），例如每天一次或兩次，其中固體劑型包含約8 x 10 10個總細胞的細菌劑量。在一些實施方式中，向受試者投與（例如，用於投與）8個固體劑型（例如，片劑或膠囊），例如每天一次或兩次，其中固體劑型包含約8 x 10 10個總細胞的細菌劑量。在一些實施方式中，向受試者投與（例如，用於投與）10個固體劑型（例如，片劑或膠囊），例如每天一次或兩次，其中固體劑型包含約8 x 10 10個總細胞的細菌劑量。
在一些實施方式中，向受試者投與（例如，用於投與）1個固體劑型（例如，片劑或膠囊），例如每天一次或兩次，其中固體劑型包含約1.6 x 10 11個總細胞的細菌劑量。在一些實施方式中，向受試者投與（例如，用於投與）2個固體劑型（例如，片劑或膠囊），例如每天一次或兩次，其中固體劑型（例如，每個固體劑型）包含約1.6 x 10 11個總細胞的細菌劑量。在一些實施方式中，向受試者投與（例如，用於投與）3個固體劑型（例如，片劑或膠囊），例如每天一次或兩次，其中固體劑型包含約1.6 x 10 11個總細胞的細菌劑量。在一些實施方式中，向受試者投與（例如，用於投與）4個固體劑型（例如，片劑或膠囊），例如每天一次或兩次，其中固體劑型包含約1.6 x 10 11個總細胞的細菌劑量。在一些實施方式中，向受試者投與（例如，用於投與）5個固體劑型（例如，片劑或膠囊），例如每天一次或兩次，其中固體劑型包含約1.6 x 10 11個總細胞的細菌劑量。在一些實施方式中，向受試者投與（例如，用於投與）6個固體劑型（例如，片劑或膠囊），例如每天一次或兩次，其中固體劑型包含約1.6 x 10 11個總細胞的細菌劑量。在一些實施方式中，向受試者投與（例如，用於投與）8個固體劑型（例如，片劑或膠囊），例如每天一次或兩次，其中固體劑型包含約1.6 x 10 11個總細胞的細菌劑量。在一些實施方式中，向受試者投與（例如，用於投與）10個固體劑型（例如，片劑或膠囊），例如每天一次或兩次，其中固體劑型包含約1.6 x 10 11個總細胞的細菌劑量。
在一些實施方式中，向受試者投與（例如，用於投與）1個固體劑型（例如，片劑或膠囊），例如每天一次或兩次，其中固體劑型包含約3.2 x 10 11個總細胞的細菌劑量。在一些實施方式中，向受試者投與（例如，用於投與）2個固體劑型（例如，片劑或膠囊），例如每天一次或兩次，其中固體劑型（例如，每個固體劑型）包含約3.2 x 10 11個總細胞的細菌劑量。在一些實施方式中，向受試者投與（例如，用於投與）3個固體劑型（例如，片劑或膠囊），例如每天一次或兩次，其中固體劑型包含約3.2 x 10 11個總細胞的細菌劑量。在一些實施方式中，向受試者投與（例如，用於投與）4個固體劑型（例如，片劑或膠囊），例如每天一次或兩次，其中固體劑型包含約3.2 x 10 11個總細胞的細菌劑量。在一些實施方式中，向受試者投與（例如，用於投與）5個固體劑型（例如，片劑或膠囊），例如每天一次或兩次，其中固體劑型包含約3.2 x 10 11個總細胞的細菌劑量。在一些實施方式中，向受試者投與（例如，用於投與）6個固體劑型（例如，片劑或膠囊），例如每天一次或兩次，其中固體劑型包含約3.2 x 10 11個總細胞的細菌劑量。在一些實施方式中，向受試者投與（例如，用於投與）8個固體劑型（例如，片劑或膠囊），例如每天一次或兩次，其中固體劑型包含約3.2 x 10 11個總細胞的細菌劑量。在一些實施方式中，向受試者投與（例如，用於投與）10個固體劑型（例如，片劑或膠囊），例如每天一次或兩次，其中固體劑型包含約3.2 x 10 11個總細胞的細菌劑量。為清楚起見，約3.2 x 10 11個總細胞包括在3.2 x 10 11個總細胞±5%的範圍內的細胞計數，例如，3.35 x 10 11個總細胞。
在一些實施方式中，將該藥物組成物製備成固體劑型。在某些實施方式中，本文提供了包含棲組織普雷沃菌細菌的固體劑型。在一些實施方式中，該固體劑型包含腸溶包衣。在一些實施方式中，該固體劑型係片劑，例如腸溶包衣的片劑。在一些實施方式中，每個片劑包含約8 x 10 10個總細胞的棲組織普雷沃菌細菌。在一些實施方式中，每個片劑包含約1.6 x 10 11個總細胞的棲組織普雷沃菌細菌。在一些實施方式中，每個片劑包含約3.2 x 10 11個總細胞的棲組織普雷沃菌細菌。在一些實施方式中，該固體劑型係膠囊，例如腸溶包衣的膠囊。在一些實施方式中，每個膠囊包含約8 x 10 10個總細胞的棲組織普雷沃菌細菌。在一些實施方式中，每個膠囊包含約1.6 x 10 11個總細胞的棲組織普雷沃菌細菌。在一些實施方式中，每個膠囊包含約3.2 x 10 11個總細胞的棲組織普雷沃菌細菌。
在一些實施方式中，該藥物組成物，例如，藥物組成物係粉劑。可以將該粉劑重懸（例如，例如，在液體中，如溶液、緩衝液、水或其他飲料或食物中），例如，用於向受試者投與。
在一些實施方式中，每天投與（例如用於投與）約8 x 10 10個總細胞的棲組織普雷沃菌細菌的劑量。
在一些實施方式中，每天投與（例如用於投與）約1.6 x 10 11個總細胞的棲組織普雷沃菌細菌的劑量。
在一些實施方式中，每天投與（例如用於投與）約3.2 x 10 11個總細胞的棲組織普雷沃菌細菌的劑量。
在一些實施方式中，每天投與（例如用於投與）約6.4 x 10 11個總細胞的棲組織普雷沃菌細菌的劑量。
在一些實施方式中，每天投與（例如用於投與）約8 x 10 11個總細胞的棲組織普雷沃菌細菌的劑量。
在一些實施方式中，每天投與（例如用於投與）約9.6 x 10 11個總細胞的棲組織普雷沃菌細菌的劑量。
在一些實施方式中，每天投與（例如用於投與）約12.8 x 10 11個總細胞的棲組織普雷沃菌細菌的劑量。
在一些實施方式中，每天投與（例如，用於投與）約16 x 10 11個總細胞的棲組織普雷沃菌細菌的劑量。
在一些實施方式中，該固體劑型係片劑。在一些實施方式中，該片劑係腸溶包衣的片劑。在一些實施方式中，該腸溶包衣的片劑直徑為5 mm至18 mm（尺寸係指應用腸溶包衣之前的尺寸）。在一些實施方式中，該片劑包含約8 x 10 10個總細胞的普雷沃菌屬細菌。在一些實施方式中，該片劑包含約1.6 x 10 11個總細胞的普雷沃菌屬細菌。在一些實施方式中，該片劑包含約3.2 x 10 11個總細胞的普雷沃菌屬細菌。在一些實施方式中，將該片劑中的普雷沃菌屬細菌凍乾。
在一些實施方式中，該固體劑型係膠囊。在一些實施方式中，該膠囊係腸溶包衣的膠囊。在一些實施方式中，該腸溶包衣的膠囊係00號、0號、1號、2號、3號、4號或5號膠囊。在一些實施方式中，該膠囊係0號膠囊。在一些實施方式中，該膠囊包含約8 x 10 10個總細胞的普雷沃菌屬細菌。在一些實施方式中，該膠囊包含約1.6 x 10 11個總細胞的普雷沃菌屬細菌。在一些實施方式中，該膠囊包含約3.2 x 10 11個總細胞的普雷沃菌屬細菌。在一些實施方式中，將該膠囊中的普雷沃菌屬細菌凍乾。在一些實施方式中，該膠囊包含明膠。在一些實施方式中，該膠囊包含HPMC。
在某些實施方式中，本文提供了包含普雷沃菌屬細菌的固體劑型。在一些實施方式中，該固體劑型係片劑，例如腸溶包衣的片劑。在一些實施方式中，該固體劑型係膠囊，例如腸溶包衣的膠囊。在一些實施方式中，該腸溶包衣包含基於聚甲基丙烯酸酯的共聚物。在一些實施方式中，該腸溶包衣包含甲基丙烯酸丙烯酸乙酯（MAE）共聚物（1:1）。在一些實施方式中，該腸溶包衣包含甲基丙烯酸丙烯酸乙酯（MAE）共聚物（1:1）（例如Kollicoat MAE 100P或Eudragit L30-D55）。
在一些實施方式中，每個片劑包含約8 x 10 10個總細胞的普雷沃菌屬細菌。在一些實施方式中，向受試者投與1、2、3、4、5、6、7、8、9或10個片劑，例如每天一次或兩次。在一些實施方式中，向受試者投與1個片劑（例如，包含約8 x 10 10個總細胞），例如每天一次或兩次。在一些實施方式中，向受試者投與2個片劑（例如，每個片劑包含約8 x 10 10個總細胞），例如每天一次或兩次。在一些實施方式中，向受試者投與3個片劑（例如，每個片劑包含約8 x 10 10個總細胞），例如每天一次或兩次。在一些實施方式中，向受試者投與4個片劑（例如，每個片劑包含約8 x 10 10個總細胞），例如每天一次或兩次。在一些實施方式中，向受試者投與5個片劑（例如，每個片劑包含約8 x 10 10個總細胞），例如每天一次或兩次。在一些實施方式中，向受試者投與6個片劑（例如，每個片劑包含約8 x 10 10個總細胞），例如每天一次或兩次。在一些實施方式中，向受試者投與8個片劑（例如，每個片劑包含約8 x 10 10個總細胞），例如每天一次或兩次。在一些實施方式中，向受試者投與10個片劑（例如，每個片劑包含約8 x 10 10個總細胞），例如每天一次或兩次。
在一些實施方式中，每個片劑包含約1.6 x 10 11個總細胞的普雷沃菌屬細菌。在一些實施方式中，向受試者投與1、2、3、4、5、6、7、8、9或10個片劑，例如每天一次或兩次。在一些實施方式中，向受試者投與1個片劑（例如，包含約1.6 x 10 11個總細胞），例如每天一次或兩次。在一些實施方式中，向受試者投與2個片劑（例如，每個片劑包含約1.6 x 10 11個總細胞），例如每天一次或兩次。在一些實施方式中，向受試者投與3個片劑（例如，每個片劑包含約1.6 x 10 11個總細胞），例如每天一次或兩次。在一些實施方式中，向受試者投與4個片劑（例如，每個片劑包含約1.6 x 10 11個總細胞），例如每天一次或兩次。在一些實施方式中，向受試者投與5個片劑（例如，每個片劑包含約1.6 x 10 11個總細胞），例如每天一次或兩次。在一些實施方式中，向受試者投與6個片劑（例如，每個片劑包含約1.6 x 10 11個總細胞），例如每天一次或兩次。在一些實施方式中，向受試者投與8個片劑（例如，每個片劑包含約1.6 x 10 11個總細胞），例如每天一次或兩次。在一些實施方式中，向受試者投與10個片劑（例如，每個片劑包含約1.6 x 10 11個總細胞），例如每天一次或兩次。
在一些實施方式中，每個片劑包含約3.2 x 10 11個總細胞的普雷沃菌屬細菌。在一些實施方式中，向受試者投與1、2、3、4、5、6、7、8、9或10個片劑，例如每天一次或兩次。在一些實施方式中，向受試者投與1個片劑（例如，包含約3.2 x 10 11個總細胞），例如每天一次或兩次。在一些實施方式中，向受試者投與2個片劑（例如，每個片劑包含約3.2 x 10 11個總細胞），例如每天一次或兩次。在一些實施方式中，向受試者投與3個片劑（例如，每個片劑包含約3.2 x 10 11個總細胞），例如每天一次或兩次。在一些實施方式中，向受試者投與4個片劑（例如，每個片劑包含約3.2 x 10 11個總細胞），例如每天一次或兩次。在一些實施方式中，向受試者投與5個片劑（例如，每個片劑包含約3.2 x 10 11個總細胞），例如每天一次或兩次。在一些實施方式中，向受試者投與6個片劑（例如，每個片劑包含約3.2 x 10 11個總細胞），例如每天一次或兩次。在一些實施方式中，向受試者投與8個片劑（例如，每個片劑包含約3.2 x 10 11個總細胞），例如每天一次或兩次。在一些實施方式中，向受試者投與10個片劑（例如，每個片劑包含約3.2 x 10 11個總細胞），例如每天一次或兩次。
在一些實施方式中，每個膠囊包含約1.6 x 10 10個總細胞的普雷沃菌屬細菌。在一些實施方式中，向受試者投與1、2、3、4、5、6、7、8、9或10個膠囊，例如每天一次或兩次。在一些實施方式中，向受試者投與1個膠囊（例如，包含約1.6 x 10 10個總細胞），例如每天一次或兩次。在一些實施方式中，向受試者投與2個膠囊（例如，每個膠囊包含約1.6 x 10 10個總細胞），例如每天一次或兩次。在一些實施方式中，向受試者投與3個膠囊（例如，每個膠囊包含約1.6 x 10 10個總細胞），例如每天一次或兩次。在一些實施方式中，向受試者投與4個膠囊（例如，每個膠囊包含約1.6 x 10 10個總細胞），例如每天一次或兩次。在一些實施方式中，向受試者投與5個膠囊（例如，每個膠囊包含約1.6 x 10 10個總細胞），例如每天一次或兩次。在一些實施方式中，向受試者投與6個膠囊（例如，每個膠囊包含約1.6 x 10 10個總細胞），例如每天一次或兩次。在一些實施方式中，向受試者投與8個膠囊（例如，每個膠囊包含約1.6 x 10 10個總細胞），例如每天一次或兩次。在一些實施方式中，向受試者投與10個膠囊（例如，每個膠囊包含約1.6 x 10 10個總細胞），例如每天一次或兩次。
在一些實施方式中，每個膠囊包含約8 x 10 10個總細胞的普雷沃菌屬細菌。在一些實施方式中，向受試者投與1、2、3、4、5、6、7、8、9或10個膠囊，例如每天一次或兩次。在一些實施方式中，向受試者投與1個膠囊（例如，包含約8 x 10 10個總細胞），例如每天一次或兩次。在一些實施方式中，向受試者投與2個膠囊（例如，每個膠囊包含約8 x 10 10個總細胞），例如每天一次或兩次。在一些實施方式中，向受試者投與3個膠囊（例如，每個膠囊包含約8 x 10 10個總細胞），例如每天一次或兩次。在一些實施方式中，向受試者投與4個膠囊（例如，每個膠囊包含約8 x 10 10個總細胞），例如每天一次或兩次。在一些實施方式中，向受試者投與5個膠囊（例如，每個膠囊包含約8 x 10 10個總細胞），例如每天一次或兩次。在一些實施方式中，向受試者投與6個膠囊（例如，每個膠囊包含約8 x 10 10個總細胞），例如每天一次或兩次。在一些實施方式中，向受試者投與8個膠囊（例如，每個膠囊包含約8 x 10 10個總細胞），例如每天一次或兩次。在一些實施方式中，向受試者投與10個膠囊（例如，每個膠囊包含約8 x 10 10個總細胞），例如每天一次或兩次。
在一些實施方式中，每個膠囊包含約1.6 x 10 11個總細胞的普雷沃菌屬細菌。在一些實施方式中，向受試者投與1、2、3、4、5、6、7、8、9或10個膠囊，例如每天一次或兩次。在一些實施方式中，向受試者投與1個膠囊（例如，包含約1.6 x 10 11個總細胞），例如每天一次或兩次。在一些實施方式中，向受試者投與2個膠囊（例如，每個膠囊包含約1.6 x 10 11個總細胞），例如每天一次或兩次。在一些實施方式中，向受試者投與3個膠囊（例如，每個膠囊包含約1.6 x 10 11個總細胞），例如每天一次或兩次。在一些實施方式中，向受試者投與4個膠囊（例如，每個膠囊包含約1.6 x 10 11個總細胞），例如每天一次或兩次。在一些實施方式中，向受試者投與5個膠囊（例如，每個膠囊包含約1.6 x 10 11個總細胞），例如每天一次或兩次。在一些實施方式中，向受試者投與6個膠囊（例如，每個膠囊包含約1.6 x 10 11個總細胞），例如每天一次或兩次。在一些實施方式中，向受試者投與8個膠囊（例如，每個膠囊包含約1.6 x 10 11個總細胞），例如每天一次或兩次。在一些實施方式中，向受試者投與10個膠囊（例如，每個膠囊包含約1.6 x 10 11個總細胞），例如每天一次或兩次。
在一些實施方式中，每個膠囊包含約3.2 x 10 11個總細胞的普雷沃菌屬細菌。在一些實施方式中，向受試者投與1、2、3、4、5、6、7、8、9或10個膠囊，例如每天一次或兩次。在一些實施方式中，向受試者投與1個膠囊（例如，包含約3.2 x 10 11個總細胞），例如每天一次或兩次。在一些實施方式中，向受試者投與2個膠囊（例如，每個膠囊包含約3.2 x 10 11個總細胞），例如每天一次或兩次。在一些實施方式中，向受試者投與3個膠囊（例如，每個膠囊包含約3.2 x 10 11個總細胞），例如每天一次或兩次。在一些實施方式中，向受試者投與4個膠囊（例如，每個膠囊包含約3.2 x 10 11個總細胞），例如每天一次或兩次。在一些實施方式中，向受試者投與5個膠囊（例如，每個膠囊包含約3.2 x 10 11個總細胞），例如每天一次或兩次。在一些實施方式中，向受試者投與6個膠囊（例如，每個膠囊包含約3.2 x 10 11個總細胞），例如每天一次或兩次。在一些實施方式中，向受試者投與8個膠囊（例如，每個膠囊包含約3.2 x 10 11個總細胞），例如每天一次或兩次。在一些實施方式中，向受試者投與10個膠囊（例如，每個膠囊包含約3.2 x 10 11個總細胞），例如每天一次或兩次。
在一些實施方式中，將膠囊中的普雷沃菌屬細菌凍乾（例如，呈粉劑）。在一些實施方式中，將膠囊中的普雷沃菌屬細菌凍乾成粉劑形式，並且該粉劑進一步包含甘露醇、硬脂酸鎂、和/或膠態二氧化矽。
在一些實施方式中，該組成物中至少10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%或99%的細菌係普雷沃菌屬菌株。該組成物中10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%或99%的細菌係普雷沃菌屬菌株。在一些實施方式中，該組成物中至少99%的細菌係普雷沃菌屬菌株。在一些實施方式中，該組成物中的細菌基本上（例如，約100%）是普雷沃菌屬菌株。
在一些實施方式中，該組成物中約1%、2%、3%、4%、5%、6%、7%、8%、9%、10%、11%、12%、13%、14%、15%、16%、17%、18%、19%、20%、21%、22%、23%、24%、25%、26%、27%、28%、29%、30%、31%、32%、33%、34%、35%、36%、37%、38%、39%、40%、41%、42%、43%、44%、45%、46%、47%、48%、49%、50%、51%、52%、53%、54%、55%、56%、57%、58%、59%、60%、61%、62%、63%、64%、65%、66%、67%、68%、69%、70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%的蛋白質係普雷沃菌屬菌株細菌蛋白質。
在一些實施方式中，該等藥物組成物包含完整小韋榮氏球菌細菌（例如，活細菌、被殺死的細菌、減毒細菌）。在一些實施方式中，該小韋榮氏球菌細菌係無活性的。在一些實施方式中，該小韋榮氏球菌細菌已被γ照射（例如，根據本文所述之方法）。在一些實施方式中，該小韋榮氏球菌細菌係活的。
在一些實施方式中，該藥物組成物僅包含一種細菌的菌株，例如，小韋榮氏球菌。
在一些實施方式中，該小韋榮氏球菌係小韋榮氏球菌菌株A（ATCC保藏號PTA-125691）。在一些實施方式中，該小韋榮氏球菌菌株係與小韋榮氏球菌菌株A（ATCC保藏號PTA-125691）的核苷酸序列（例如基因組序列、16S序列、CRISPR序列）包含至少85%、至少86%、至少87%、至少88%、至少89%、至少90%、至少91%、至少92%、至少93%、至少94%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%或至少99%序列同一性（例如至少99.5%序列同一性、至少99.6%序列同一性、至少99.7%序列同一性、至少99.8%序列同一性、至少99.9%序列同一性）的菌株。
在一些實施方式中，該等藥物組成物包含完整小韋榮氏球菌細菌（例如，活細菌、被殺死的細菌、減毒細菌）。
在一些實施方式中，該等藥物組成物包含完整小韋榮氏球菌細菌（例如，γ照射的細菌）。
在某些實施方式中，該等藥物組成物（例如，如每天一次或兩次投與的總劑量的組成物）包含約1 x 10 10個總細胞、約2 x 10 10個總細胞、約3 x 10 10個總細胞、約4 x 10 10個總細胞、約4.5 x 10 10個總細胞、約5 x 10 10個總細胞、約6 x 10 10個總細胞、約7 x 10 10個總細胞、約8 x 10 10個總細胞、約9 x 10 10個總細胞、約1 x 10 11個總細胞、約1.5 x 10 11個總細胞、約2 x 10 11個總細胞、約3 x 10 11個總細胞、約4 x 10 11個總細胞、約5 x 10 11個總細胞、約6 x 10 11個總細胞、約7 x 10 11個總細胞、約7.5 x 10 11個總細胞、約8 x 10 11個總細胞、約9 x 10 11個總細胞、約1 x 10 12個總細胞、約1.5 x 10 12個總細胞、約2 x 10 12個總細胞的小韋榮氏球菌細菌。
在某些實施方式中，該藥物組成物（例如，如每天一次或兩次投與的總劑量的組成物）包含至少1 x 10 10個總細胞（例如，至少1 x 10 10個總細胞、至少2 x 10 10個總細胞、至少3 x 10 10個總細胞、至少4 x 10 10個總細胞、至少4.5 x 10 10個總細胞、至少5 x 10 10個總細胞、至少6 x 10 10個總細胞、至少7 x 10 10個總細胞、至少8 x 10 10個總細胞、至少9 x 10 10個總細胞、至少1 x 10 11個總細胞、至少1.5 x 10 11個總細胞、至少2 x 10 11個總細胞、至少3 x 10 11個總細胞、至少4 x 10 11個總細胞、至少5 x 10 11個總細胞、至少6 x 10 11個總細胞、至少7 x 10 11個總細胞、至少7.5 x 10 11個總細胞、至少8 x 10 11個總細胞、至少9 x 10 11個總細胞、至少1 x 10 12個總細胞、至少1.5 x 10 12個總細胞、至少2 x 10 12個總細胞）的小韋榮氏球菌細菌。在一些實施方式中，該藥物組成物包含約3 x 10 10個總細胞的小韋榮氏球菌細菌。在一些實施方式中，該藥物組成物包含約4.5 x 10 10個總細胞的小韋榮氏球菌細菌。在一些實施方式中，該藥物組成物包含約1.5 x 10 11個總細胞的小韋榮氏球菌細菌。在一些實施方式中，該等藥物組成物包含約7.5 x 10 11個總細胞的小韋榮氏球菌細菌。在一些實施方式中，該藥物組成物包含約1.5 x 10 12個總細胞的小韋榮氏球菌細菌。在一些實施方式中，該藥物組成物包含約3 x 10 10至約1.5 x 10 12個總細胞的小韋榮氏球菌細菌。在一些實施方式中，該藥物組成物包含約4.5 x 10 10至約1.5 x 10 12個總細胞的小韋榮氏球菌細菌。在一些實施方式中，該藥物組成物包含約3 x 10 10至約1.5 x 10 11個總細胞的小韋榮氏球菌細菌。在一些實施方式中，該藥物組成物包含約4.5 x 10 10至約1.5 x 10 11個總細胞的小韋榮氏球菌細菌。在一些實施方式中，該藥物組成物包含約1.5 x 10 11至約1.5 x 10 12個總細胞的小韋榮氏球菌細菌。在一些實施方式中，該藥物組成物包含約1.5 x 10 11至約7.5 x 10 11個總細胞的小韋榮氏球菌細菌。在一些實施方式中，該藥物組成物包含約7.5 x 10 11至約1.5 x 10 12個總細胞的小韋榮氏球菌細菌。
在一些實施方式中，該組成物中至少10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%或99%的細菌係小韋榮氏球菌菌株。該組成物中10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%或99%的細菌係小韋榮氏球菌菌株。在一些實施方式中，該組成物中至少99%的細菌係小韋榮氏球菌菌株。在一些實施方式中，該組成物中的細菌基本上（例如，約100%）是小韋榮氏球菌菌株。
在一些實施方式中，該藥物組成物中約1%、2%、3%、4%、5%、6%、7%、8%、9%、10%、11%、12%、13%、14%、15%、16%、17%、18%、19%、20%、21%、22%、23%、24%、25%、26%、27%、28%、29%、30%、31%、32%、33%、34%、35%、36%、37%、38%、39%、40%、41%、42%、43%、44%、45%、46%、47%、48%、49%、50%、51%、52%、53%、54%、55%、56%、57%、58%、59%、60%、61%、62%、63%、64%、65%、66%、67%、68%、69%、70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%的蛋白為小韋榮氏球菌菌株細菌蛋白。
在一些實施方式中，將該藥物組成物配製成膠囊或片劑或微型片劑。在一些實施方式中，該藥物組成物包含腸溶包衣或微膠囊。在一些實施方式中，該膠囊係腸溶包衣的膠囊。
在一些實施方式中，為定量細菌樣本中存在的抗炎細菌（例如棲組織普雷沃菌細菌或小韋榮氏球菌細菌）的數量，可使用電子顯微術（例如，超薄冷凍切片的EM）以觀測細菌並計數它們的相對數量。可替代地，可使用奈米顆粒跟蹤分析（NTA）、庫爾特計數及動態光散射（DLS）的組合或這類技術的組合。NTA及庫爾特計數器計數顆粒並顯示它們的尺寸。DLS給出顆粒的粒度分佈，而非濃度。細菌通常具有1至2 um的直徑。完整範圍係0.2至20 um。來自庫爾特計數及NTA的組合結果可揭示給定樣本中的細菌數量。庫爾特計數揭示具有0.7至10 um的直徑的顆粒的數量。NTA揭示具有50至1400 nm的直徑的顆粒的數量。就大多數細菌樣本而言，庫爾特計數器單獨可揭示樣本中的細菌數量。在一些實施方式中，總細胞（總細胞計數）由庫爾特計數確定。
在一些實施方式中，可以基於總細胞，例如總細胞計數（TCC）（例如，由庫爾特計數器確定）對抗炎細菌進行定量。
在某些方面，本文提供用於向受試者投與的藥物組成物。在一些實施方式中，該等藥物組成物與其他活性和/或惰性材料組合以產生最終產品，該最終產品可呈單一劑量單位或多劑量形式。在一些實施方式中，該等藥物組成物與佐劑例如免疫佐劑（例如，STING促效劑、TLR促效劑、NOD促效劑）組合。
在一些實施方式中，該組成物包含至少一種碳水化合物。「碳水化合物」係指糖或糖聚合物。術語「糖」、「多糖」、「碳水化合物」及「寡糖」可互換使用。大部分碳水化合物係具有許多羥基的醛或酮，通常在分子的每一碳原子上具有一個羥基。碳水化合物通常具有分子式C nH 2nO n。碳水化合物可為單糖、二糖、三糖、寡糖或多糖。最基本的碳水化合物係單糖，例如葡萄糖、蔗糖、半乳糖、甘露糖、核糖、阿拉伯糖、木糖及果糖。二糖係兩個接合的單糖。示例性二糖包括蔗糖、麥芽糖、纖維二糖及乳糖。通常，寡糖包含三至六個單糖單元（例如棉子糖、水蘇糖），且多糖包含六或更多個單糖單元。示例性多糖包括澱粉、糖原及纖維素。碳水化合物可含有經修飾糖單元，例如2’-去氧核糖，其中去除羥基，2’-氟核糖，其中羥基經氟代替；或N-乙醯基葡萄糖胺，其為葡萄糖的含氮形式（例如2’-氟核糖、去氧核糖及己糖）。碳水化合物可以許多不同形式存在，例如構象異構物、環狀形式、非環狀形式、立體異構物、互變異構物、變旋異構物及異構物。
在一些實施方式中，該組成物包含至少一種脂質。如本文所用，「脂質」包括脂肪、油、三酸甘油酯、膽固醇、磷脂質、任何形式的脂肪酸（包括游離脂肪酸）。脂肪、油及脂肪酸可為飽和、不飽和（順式或反式）或部分不飽和（順式或反式）。在一些實施方式中，脂質包括至少一種選自以下的脂肪酸：月桂酸（12:0）、肉豆蔻酸（14:0）、棕櫚酸（16:0）、棕櫚油酸（16:1）、十七酸（17:0）、十七碳烯酸（17:1）、硬脂酸（18:0）、油酸（18:1）、亞麻油酸（18:2）、蘇子油酸（18:3）、十八碳四烯酸（18:4）、花生酸（20:0）、二十碳烯酸（20:1）、二十碳二烯酸（20:2）、二十碳四烯酸（20:4）、二十碳五烯酸（20:5）（EPA）、二十二烷酸（22:0）、二十二碳烯酸（22:1）、二十二碳五烯酸（22:5）、二十二碳六烯酸（22:6）（DHA）及二十四烷酸（24:0）。在一些實施方式中，該組成物包含至少一種經修飾脂質，例如已藉由蒸煮修飾的脂質。
在一些實施方式中，該組成物包含至少一種補充礦物或礦物源。礦物質的實例包括但不限於：氯化物、鈉、鈣、鐵、鉻、銅、碘、鋅、鎂、錳、鉬、磷、鉀及硒。任一前述礦物質的合適形式包括可溶性礦物質鹽、微溶性礦物質鹽、不溶性礦物質鹽、螯合礦物質、礦物質複合物、非反應性礦物質（例如羰基礦物質及經還原礦物質）及其組合。
在一些實施方式中，該組成物包含至少一種補充維生素。至少一種維生素可為脂肪可溶性或水可溶性維生素。合適維生素包括但不限於維生素C、維生素A、維生素E、維生素B12、維生素K、核黃素、菸鹼酸（niacin）、維生素D、維生素B6、葉酸、吡哆醇（pyridoxine）、硫胺素、泛酸及生物素。任一前述物質的合適形式係維生素鹽、維生素衍生物、與維生素具有相同或類似活性的化合物及維生素代謝物。
在一些實施方式中，該組成物包含賦形劑。合適賦形劑的非限制性實例包括緩衝劑、防腐劑、穩定劑、黏合劑、壓實劑、潤滑劑、分散增強劑、崩散劑、矯味劑、甜味劑及著色劑。
在一些實施方式中，該賦形劑係緩衝劑。合適緩衝劑的非限制性實例包括檸檬酸鈉、碳酸鎂、碳酸氫鎂、碳酸鈣及碳酸氫鈣。
在一些實施方式中，該賦形劑包含防腐劑。合適防腐劑的非限制性實例包括抗氧化劑（例如α-生育酚及抗壞血酸鹽）及抗微生物劑（例如對羥基苯甲酸酯、氯丁醇及苯酚）。
在一些實施方式中，該組成物包含作為賦形劑的黏合劑。合適黏合劑的非限制性實例包括澱粉、預膠凝澱粉、明膠、聚乙烯基吡咯啶酮、纖維素、甲基纖維素、羧甲基纖維素鈉、乙基纖維素、聚丙烯醯胺、聚乙烯基㗁唑烷酮、聚乙烯醇、C 12-C 18脂肪酸醇、聚乙二醇、多元醇、糖、寡糖及其組合。
在一些實施方式中，該組成物包含作為賦形劑的潤滑劑。合適潤滑劑的非限制性實例包括硬脂酸鎂、硬脂酸鈣、硬脂酸鋅、氫化植物油、氫化蓖麻油、聚氧乙烯單硬脂酸酯、滑石粉、聚乙二醇、苯甲酸鈉、月桂基硫酸鈉、月桂基硫酸鎂及輕質礦物油。
在一些實施方式中，該組成物包含作為賦形劑的分散增強劑。合適分散劑的非限制性實例包括澱粉、海藻酸、聚乙烯基吡咯啶酮、瓜爾膠、高嶺土、膨潤土、經純化木質纖維素、羥乙酸澱粉鈉、同晶型矽酸鹽及微晶纖維素（作為高HLB乳化劑表面活性劑）。
在一些實施方式中，該組成物包含作為賦形劑的崩散劑。在一些實施方式中，崩散劑係非泡騰崩散劑。合適非泡騰崩散劑的非限制性實例包括澱粉（例如玉米澱粉、馬鈴薯澱粉、其預膠凝及改性澱粉）、甜味劑、黏土（例如膨潤土）、微晶纖維素、海藻酸鹽、羥乙酸澱粉鈉、樹膠（例如瓊脂、瓜爾膠、刺槐豆膠、刺梧桐膠、果膠及黃蓍膠）。在一些實施方式中，崩散劑係泡騰崩散劑。合適泡騰崩散劑的非限制性實例包括碳酸氫鈉與檸檬酸的組合，以及碳酸氫鈉與酒石酸的組合。
在一些實施方式中，組成物係食物產品（例如食物或飲料），例如健康食物或飲料、嬰兒用食物或飲料、用於孕婦、運動員、老年人或其他特定人群的食物或飲料、功能食物、飲料、用於指定健康應用的食物或飲料、膳食補充劑、患者用食物或飲料或動物飼料。食物及飲料的具體實例包括多種飲料，例如果汁、清涼飲料、茶飲料、飲料製劑、果凍飲料及功能飲料；酒精性飲料，例如啤酒；含有碳水化合物的食物，例如大米食品、麵條、麵包及麵團；膏產品，例如魚火腿、香腸、海鮮膏產品；蒸煮袋產品，例如咖喱、敷有厚澱粉醬的食品及中國燉湯；湯；乳製產品，例如乳液、乳製飲料、冰淇淋、乾酪及酸酪乳；發酵產品，例如發酵豆瓣醬膏、酸酪乳、發酵飲料及泡菜；豆產品；多種糖果產品，包括餅乾、小甜餅等；糖果、口香糖、軟糖；冷甜點，包括果膠、焦糖布丁及冷凍點心；速食食品，例如即速食湯及速食大豆湯；可微波食物；等等。另外，實例還包括以粉劑、粒劑、片劑、膠囊、液體、膏及果膠的形式製得的健康食物及飲料。
在一些實施方式中，該組成物係用於動物（包括人類）的食品。除人類外的動物無特定限制，且該組成物可用於各種牲畜、家禽、寵物、實驗動物，及類似物。動物的具體實例包括豬、牛、馬、綿羊、山羊、雞、野鴨、鴕鳥、家鴨、狗、貓、兔、倉鼠、小鼠、大鼠、猴，及類似物，但該等動物不限於此。 固體劑型組成物
在某些實施方式中，本文提供了包含抗炎細菌和藥學上可接受的載體的固體劑型。
在某些實施方式中，本文提供了包含抗炎細菌（例如普雷沃菌屬菌株，例如棲組織普雷沃菌菌株，例如棲組織普雷沃菌菌株B（NRRL登錄號B 50329））和藥學上可接受的載體的固體劑型。
在某些實施方式中，本文提供了包含抗炎細菌（例如小韋榮氏球菌菌株，例如小韋榮氏球菌的一種菌株，例如小韋榮氏球菌菌株A（ATCC保藏號PTA-125691））和藥學上可接受的載體的固體劑型。
在一些實施方式中，本文所述之固體劑型可為膠囊，例如，腸溶包衣的膠囊。在一些實施方式中，該膠囊係腸溶包衣的，例如，用於pH 5.5下的十二指腸釋放。該膠囊可為例如00號、0號、1號、2號、3號、4號或5號膠囊。在一些實施方式中，該膠囊係0號膠囊。在一些實施方式中，該膠囊包含含有抗炎細菌例如普雷沃菌屬菌株的凍乾粉劑。在一些實施方式中，該膠囊包含含有抗炎細菌例如小韋榮氏球菌菌株的凍乾粉劑。
在一些實施方式中，本文所述之固體劑型可為例如片劑或微型片劑。在一些實施方式中，多個微型片劑可以在膠囊中（例如，裝入其中）。
在一些實施方式中，該固體劑型包含片劑（＞ 4 mm）（例如5 mm-17 mm）。例如，該片劑係5 mm、6 mm、7 mm、8 mm、9mm、10 mm、11 mm、12 mm、13 mm、14 mm、15 mm、16 mm、17 mm或18 mm的片劑。
在一些實施方式中，該固體劑型包含微型片劑。該微型片劑的尺寸範圍可為1 mm-4 mm。例如，該微型片劑可為1 mm微型片劑、1.5 mm微型片劑、2 mm微型片劑、3 mm微型片劑或4 mm微型片劑。
該等微型片劑可以在膠囊中。該膠囊可為00號、0號、1號、2號、3號、4號或5號膠囊。包含微型片劑的膠囊可以包含單層包衣，例如非腸溶衣，如HPMC（羥丙基甲基纖維素）或明膠。該微型片劑可以放在膠囊內：膠囊內的微型片劑的數量將取決於膠囊的尺寸和微型片劑的尺寸。例如，0號膠囊可容納31-35（平均33）個3 mm的微型片劑。
本文所述之固體劑型（例如片劑或微型片劑）可為腸溶包衣的。 另外的療法
在一些實施方式中，向受試者投與另外的療法。在一些實施方式中，另外的療法包括抗炎劑，例如NSAID或抗炎類固醇。在一些實施方式中，另外的療法包括地塞米松。在一些實施方式中，另外的療法以比其作為單一療法投與的劑量更低的劑量投與。在一些實施方式中，本文提供的方法進一步包括向受試者投與抗炎劑。在一些實施方式中，該方法進一步包括口服投與抗炎劑，例如NSAID或抗炎類固醇。在一些實施方式中，該方法進一步包括投與（例如，口服或靜脈內投與）地塞米松。
在一些實施方式中，另外的療法包括對IL-6和/或IL-6受體具有特異性的抗體。在一些實施方式中，另外的療法包括托珠單抗（Actemra®）。在一些實施方式中，另外的療法包括薩瑞魯單抗（Kevzara®）。
在一些實施方式中，另外的療法可以包括抗炎療法。例如，該抗炎療法可以包括皮質類固醇；西羅莫司；阿那白滯素；filamod；或抗體。在一些實施方式中，抗體可以包括GMSF抑制劑，例如侖茲魯單抗或瑾司魯單抗；抗IL1 β抑制劑，例如卡那單抗；IL-6抑制劑，例如托珠單抗或司妥昔單抗；IL-6R抑制劑，例如薩瑞魯單抗；和/或CCR5拮抗劑，例如來羅單抗（leronlimab）。
在一些實施方式中，另外的療法可以包括JAK抑制劑，例如巴瑞替尼、盧梭替尼、托法替尼和/或帕利替尼。
在一些實施方式中，另外的療法可以包括BTK抑制劑，例如依魯替尼。 投與
在某些方面，本文提供了向受試者遞送本文所述之藥物組成物之方法。在一些實施方式中，受試者係哺乳動物。在一些實施方式中，受試者係人類。
在一些實施方式中，口服投與該藥物組成物。在一些實施方式中，向受試者投與一天，隨後是洗脫期，然後進行下一個劑量。在一些實施方式中，該洗脫期為至少12小時、24小時、36小時、48小時、50小時、60小時或72小時。
在一些實施方式中，在洗脫期之後，每天投與一次藥物組成物，持續14天、15天、16天、17天、18天、19天、20天、21天、22天、23天、24天、25天、26天、27天或28天。
在一些實施方式中，在洗脫期之後，每天投與兩次藥物組成物，持續14天、15天、16天、17天、18天、19天、20天、21天、22天、23天、24天、25天、26天、27天或28天。
在一些實施方式中，投與藥物組成物，持續14天、15天、16天、17天、18天、19天、20天、21天、22天、23天、24天、25天、26天、27天或28天。
在一些實施方式中，每天投與兩次藥物組成物，持續14天、15天、16天、17天、18天、19天、20天、21天、22天、23天、24天、25天、26天、27天或28天。
在一些實施方式中，每天投與一次藥物組成物，持續2天、3天、4天、5天、6天、7天、8天、9天、10天、11天、12天、13天、14天、15天、16天、17天、18天、19天、20天、21天、22天、23天、24天、25天、26天、27天、28天、29天、30天、31天、32天、33天、34天、35天、36天、37天、38天、39天、40天、41天或42天。
在一些實施方式中，每天投與兩次藥物組成物，持續2天、3天、4天、5天、6天、7天、8天、9天、10天、11天、12天、13天、14天、15天、16天、17天、18天、19天、20天、21天、22天、23天、24天、25天、26天、27天、28天、29天、30天、31天、32天、33天、34天、35天、36天、37天、38天、39天、40天、41天或42天。
在一些實施方式中，每天投與一次藥物組成物，持續1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、或16週。在一些實施方式中，每天投與一次藥物組成物，持續至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、或16週。在一些實施方式中，每天投與一次藥物組成物，持續至少8週。在一些實施方式中，每天投與一次藥物組成物，持續至少12週。在一些實施方式中，每天投與一次藥物組成物，持續至少16週。
在一些實施方式中，每天投與兩次藥物組成物，持續1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、或16週。在一些實施方式中，每天投與兩次藥物組成物，持續至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、或16週。在一些實施方式中，每天投與兩次藥物組成物，持續至少8週。在一些實施方式中，每天投與兩次藥物組成物，持續至少12週。在一些實施方式中，每天投與兩次藥物組成物，持續至少16週。
在一些實施方式中，每天投與兩次藥物組成物，持續三天，然後對於剩下的治療，每天投與一次（例如，直到第14天）。
在一些實施方式中，將該藥物組成物配製成膠囊（例如，含有微型片劑或粉劑）或片劑。在一些實施方式中，該細菌配製物包含腸溶包衣或微膠囊。在一些實施方式中，該膠囊係腸溶包衣的膠囊。在一些實施方式中，該膠囊係HPMC膠囊。在一些實施方式中，該膠囊係明膠膠囊。
在一些實施方式中，受試者係哺乳動物。在一些實施方式中，受試者係人類。
在本文提供的方法的一些實施方式中，該藥物組成物與另外的治療劑的投與聯合投與。在一些實施方式中，該藥物組成物包含與另外的治療劑共配製的抗炎細菌，例如棲組織普雷沃菌細菌或小韋榮氏球菌細菌。在一些實施方式中，該藥物組成物與另外的治療劑共投與。在一些實施方式中，該另外的治療劑在投與藥物組成物之前（例如，約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、15、20、25、30、35、40、45、50或55分鐘之前，約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22或23小時之前，或約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13或14天之前）向受試者投與。在一些實施方式中，該另外的治療劑在投與藥物組成物之後（例如，約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、15、20、25、30、35、40、45、50或55分鐘之後，約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22或23小時之後，或約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13或14天之後）向受試者投與。在一些實施方式中，使用相同遞送模式以遞送藥物組成物及另外的治療劑兩者。在一些實施方式中，使用不同遞送模式以投與藥物組成物及另外的治療劑。例如，在一些實施方式中，口服投與該藥物組成物，而另外的治療劑經由注射投與（例如，靜脈內、和/或肌內注射）。
在一些實施方式中，口服投與該藥物組成物。在一些實施方式中，向受試者投與一天，隨後是間隔期，然後進行下一個劑量。在一些實施方式中，該間隔期為至少3天、4天、5天、6天或7天。
在一些實施方式中，在間隔期後，每天投與一次藥物組成物，持續14天、15天、16天、17天、18天、19天、20天、21天、22天、23天、24天、25天、26天、27天或28天。
在一些實施方式中，將該藥物組成物配製成膠囊或片劑。在一些實施方式中，該細菌配製物包含腸溶包衣或微膠囊。在一些實施方式中，該膠囊係腸溶包衣的膠囊。
在一些實施方式中，受試者係哺乳動物。在一些實施方式中，受試者係人類。
在某些實施方式中，本文所述之藥物組成物、劑型和套組（kit）可以與任何其他常規治療聯合投與。該等治療可在需要和/或指示時施加且可發生於投與本文所述之藥物組成物、劑型及套組之前、同時或之後。
劑量方案可為各種方法及量中的任一者，且可藉由本領域技術者根據已知臨床因素來確定。如醫學技術中已知，任一患者的劑量可取決於許多因素，包括受試者物種、大小、體表面積、年齡、性別、免疫活性及總體健康狀況、有待投與的特定微生物、持續時間及投與途徑、疾病種類及階段及其他化合物（例如同時投與的藥物）。除上述因素外，該等水平可受微生物感染性及微生物性質影響，如可由本領域技術者所測定。在本發明之方法中，微生物的適當最小劑量程度可為足夠使微生物存活、生長及複製的程度。可根據劑型、投與途徑、靶疾病的程度或階段及諸如此類來適當地設定或調節本文所述藥物組成物的劑量。例如，藥劑的一般有效劑量範圍可為0.01 mg/kg體重/天至1000 mg/kg體重/天、0.1 mg/kg體重/天至1000 mg/kg體重/天、0.5 mg/kg體重/天至500 mg/kg體重/天、1 mg/kg體重/天至100 mg/kg體重/天或5 mg/kg體重/天至50 mg/kg體重/天。有效劑量可為0.01、0.05、0.1、0.5、1、2、3、5、10、20、30、40、50、60、70、80、90、100、200、500或1000 mg/kg體重/天或更高，但劑量並不限於此。
在一些實施方式中，向受試者投與的劑量足以預防疾病（例如，自體免疫病、炎性疾病、代謝疾病）、延遲其發作或減緩或停止其進展。本領域技術者將認識到，劑量將取決於多種因素，包括所採用特定化合物的強度以及受試者的年齡、物種、病症及體重。還根據以下因素來確定劑量大小：投與途徑、時機及頻率以及可伴隨投與特定化合物的任何不良副作用的存在、性質及程度及期望的生理學效果。
可藉由本領域技術者已知的常規範圍探測技術來確定合適的劑量及劑量方案。通常，以較小劑量開始治療，該劑量小於化合物的最佳劑量。然後，以小增量增加劑量直至達到該狀況下的最佳效果為止。有效劑量及治療方案可藉由常規及常規方式來確定，例如，其中在實驗室動物中以低劑量開始且然後增加劑量，同時監測效果，且還系統地改變劑量方案。通常使用動物研究來測定每公斤重量的生物活性藥劑的最大可耐受劑量（「MTD」）。本領域技術者通常在其他物種（包括人）中外推劑量以達到功效，同時避免毒性。
根據上文，在治療應用中，與影響所選劑量的其他因素相比，用於本發明的活性劑的劑量尤其取決於以下因素有所變化：活性劑、年齡、體重及接受患者的臨床狀況及投與療法的臨床醫師或從業人員的經歷及判斷。
分開投與可包括任何數量的兩次或更多次投與，包括二、三、四、五或六次投與。本領域技術者可容易地根據本領域中已知的用於監測治療方法之方法及本文提供的其他監測方法確定進行投與的次數或進行一或多次另外的投與的期望。因此，本文提供的方法包括向受試者提供藥物組成物的一或多次投與之方法，其中投與次數可藉由監測受試者確定，且基於監測的結果，判定是否需提供一或多次另外投與。可基於各種監測結果決定是否需提供一或多次另外投與。
投與間的時間段可為各個時間段中的任一者。投與間的時間段可隨各種因素中的任一者而變化，包括監測步驟（如關於投與數量所描述）、受試者建立免疫響應的時間段和/或受試者自正常組織清除細菌的時間段。在一個實例中，時間段可隨受試者建立免疫響應的時間段而變化；例如，時間段可大於受試者建立免疫響應的時間段，例如大於約一週、大於約10天、大於約兩週或大於約一個月；在另一個實例中，時間段可小於受試者建立免疫響應的時間段，例如小於約一週、小於約十天、小於約兩週或小於約一個月。在另一個實例中，時間段可隨受試者自正常組織清除細菌的時間段而變化；例如，時間段可大於受試者自正常組織清除細菌的時間段，例如大於約一天、大於約兩天、大於約三天、大於約五天或大於約一週。
在一些實施方式中，另外的治療劑與本文所述之藥物組成物的組合的遞送減少另外的治療劑的不良反應和/或改善另外的治療劑的功效。
本文所述之另外的治療劑的有效劑量係針對特定患者、組成物及投與模式有效達成所需治療劑響應且對患者的毒性最小的治療劑的量。可使用本文所述之方法來鑒別有效劑量水平且將取決於多種藥物動力學因素，包括所投與特定組成物的活性、投與途徑、投與時間、所採用特定化合物的排泄速率、治療持續時間、與所採用特定組成物組合使用的其他藥物、化合物和/或材料、所治療患者的年齡、性別、體重、病症、總體健康狀況及先前醫學史以及醫學技術中熟知的類似因素。一般而言，另外的療法的有效劑量將是治療劑的量，其為有效產生治療效應的最低劑量。通常這樣的有效劑量將取決於上文所述之該等因素。
另外的療法的毒性係受試者在治療期間及治療之後經受的不良反應的水平。與另外的療法毒性相關的不良事件包括但不限於：腹痛、酸消化不良、酸反流、過敏反應、禿髮、全身性過敏性反應、貧血、焦慮、食欲不振、關節痛、無力、運動失調、高氮血症、失去平衡、骨痛、出血、血凝塊、低血壓、血壓升高、呼吸困難、支氣管炎、淤血、白血球計數降低、紅血球計數降低、血小板計數降低、心臟毒性、膀胱炎、出血性膀胱炎、心律不整、心瓣膜疾病、心肌病、冠狀動脈疾病、白內障、中樞神經毒性、認知障礙、意識模糊、結膜炎、便秘、咳嗽、痙攣、膀胱炎、深層靜脈栓塞、脫水、抑鬱、腹瀉、眩暈、口乾、皮膚乾燥、消化不良、呼吸困難（dyspnea）、水腫、電解質不平衡、食道炎、疲乏、生育力喪失、發燒、胃腸積氣、面紅、胃逆流、胃食道逆流病、生殖器疼痛、顆粒球減少症、男子女乳症、青光眼、脫髮、手足綜合症、頭痛、聽覺損失、心臟衰竭、心悸、胃灼熱、血腫、出血性膀胱炎、肝毒性、高澱粉酶血症、高鈣血症、高氯血症、高糖血症、高鉀血症、高脂血症、高鎂血症、高鈉血症、高磷酸鹽血症、色素過多、高三酸甘油酯血症、高尿酸血症、低白蛋白血症、低鈣血症、低氯血症、低血糖症、低鉀血症、低鎂血症、低鈉血症、低磷酸鹽血症、陽萎、感染、注射部位反應、失眠、缺鐵、搔癢、關節痛、腎衰竭、白血球減少症、肝功能障礙、記憶喪失、閉經、口瘡、黏膜炎、肌肉痛、肌痛、骨髓抑制、心肌炎、嗜中性白血球減少性發熱、噁心、腎毒性、嗜中性白血球減少症、流鼻血、麻木、耳毒性、疼痛、手足綜合症（palmar-plantar erythrodysesthesia）、全部血球減少症、心包炎、周邊神經病變、咽炎、畏光、光敏感、肺炎（pneumonia）、局限性肺炎（pneumonitis）、蛋白尿、肺血栓、肺部纖維化、肺毒性、皮疹、心跳加快、直腸出血、坐立不安、鼻炎、癲癇、呼吸短促、鼻竇炎、血小板減少症、耳鳴、泌尿道感染、陰道出血、陰道乾燥、眩暈、水分保持（water retention）、無力、體重減輕、體重增加及口乾症（xerostomia）。一般而言，如果經由療法所達到的受試者益處勝過受試者因療法所經歷的不良事件，則毒性係可接受的。
在某些實施方式中，該等口服遞送的藥物的治療效果來自它們對小腸內壁免疫細胞上的模式識別受體的作用。該等細胞反過來調節遍及全身的免疫細胞。該等藥物係微生物，但不靶向微生物組。在一些實施方式中，單株微生物不定植或停留在腸道中並且不改變結腸微生物組。在一些實施方式中，它們係腸道限制的微生物。
在某些實施方式中，本文提供的方法導致在受試者根據本文提供的方法治療設定的時間間隔後，與治療前和/或治療開始時相比，血清發生變化和/或一或多種細胞介素（或一或多種細胞因子（cellular factors））的表現水平發生變化（例如，升高或降低）。在某些實施方式中，該一或多種細胞介素包括TNF-α、IL-1β、IL-6、和IL-8。在一些實施方式中，該時間間隔長達28天。在某些實施方式中，該時間間隔為約3天、約4天、約5天、約6天、約7天、約8天、約9天、約10天、約11天、約12天、約13天、約14天、約15天、約16天、約17天、約18天、約19天、約20天、約21天、約22天、約23天、約24天約25天、約26天、約27天、和/或約28天。 受試者
在某些實施方式中，本文提供的方法在有需要的受試者中消退炎症（例如，如與標準相比）。在一些實施方式中，有需要的受試者患有IL-8、IL-6、IL-1β、和/或TNFα介導的疾病或病症。
在某些方面，本文提供了在有需要的受試者中消退炎症響應之方法，其中該方法抑制（例如降低）從骨髓細胞產生IL-6、IL-8和/或TNFα。
在某些方面，本文提供了在有需要的受試者中消退炎症響應之方法，其中該方法抑制（例如降低）從骨髓細胞而非T-細胞產生IL-6、IL-8和/或TNFα。
在某些方面，本文提供了在有需要的受試者中消退炎症響應之方法，其中I型干擾素（IFN）響應未降低，例如，如藉由IFNα或IFNβ的水平所確定的。
在某些方面，本文提供了在有需要的受試者中消退炎症響應之方法，其中IFNα或IFNβ的水平未降低。
在一些實施方式中，有需要的受試者患有感染，例如，病毒感染。
在一些實施方式中，有需要的受試者係兒童（例如，不超過10、9、8、7、6、5、4、3、2或1歲的兒童）。在某些實施方式中，該受試者係不超過12、11、10、9、8、7、6、5、4、3、2或1個月齡的嬰兒。
在某些實施方式中，該受試者係老年人。在某些實施方式中，該受試者至少50、55、60、65、70、75、80、80或90歲。
在一些實施方式中，該受試者係孕婦。在一些實施方式中，該受試者係育齡期女性。
在某些實施方式中，該受試者係免疫受損的（例如，已經經歷放射療法、免疫療法，已經接受移植，正在服用抗排斥藥物，正在服用免疫抑制劑藥物，感染HIV等的受試者）。 另外的細胞介素
如本文所述，本文提供的藥物組成物和方法可以用於降低受試者中炎性細胞介素表現（例如，IL-8、IL-6、IL-1β、和/或TNFα表現）。例如，本文提供的藥物組成物和方法可以用於治療與其相關的疾病和病症。
本文提供的藥物組成物和方法可以用於降低IL-8、IL-6、IL-1β、和/或TNFα的水平。本文提供的藥物組成物和方法可以用於降低來自骨髓細胞的IL-8、IL-6和/或TNFα的水平。本文提供的藥物組成物和方法可以用於降低來自骨髓細胞而非T細胞的IL-8、IL-6和/或TNFα的水平。 與炎症相關的障礙
在一些實施方式中，本文所述之方法和藥物組成物關於治療或預防與炎症相關的疾病或障礙。在一些實施方式中，疾病或障礙係炎性腸病（例如，克羅恩氏病或潰瘍性結腸炎）。在一些實施方式中，疾病或障礙係牛皮癬。在一些實施方式中，疾病或障礙係特應性皮炎。在一些實施方式中，疾病或障礙係感染，例如，病毒感染。
本文所述之方法可用以治療有需要的任何受試者。如本文所用，「有需要的受試者」包括具有炎症的任何受試者，以及具有獲得這種疾病或障礙的增加的可能性的任何受試者。該受試者可能已經具有適當的炎症響應，例如免疫響應，但該受試者仍可能需要治療以消退炎症。
本文所述之藥物組成物可以（例如）用作藥物化合物，該藥物化合物用於預防或治療（部分或完全減少與以下疾病相關的炎症的不利影響）與以下疾病相關的炎症：自體免疫性疾病，例如慢性炎性腸病、全身性紅斑狼瘡、牛皮癬、穆-韋二氏綜合症（Muckle-Wells syndrome）、類風濕性關節炎、多發性硬化或橋本氏病（Hashimoto's disease）；過敏性疾病，如食物過敏、花粉熱或氣喘；傳染性疾病，如困難梭狀芽孢桿菌感染；炎性疾病，如TNF介導的炎性疾病（例如，胃腸道炎性疾病，如結腸袋炎（pouchitis）；心血管炎性疾病，如動脈粥樣硬化；或炎性肺病，如慢性阻塞性肺疾病）；用作用於抑制器官移植中的排斥或其中可能發生組織排斥的其他情況的藥物組成物；用作用於改善免疫功能的補充劑、食物或飲料；或用作用於抑制免疫細胞的增殖或功能的試劑。
在一些實施方式中，本文提供的方法適用於治療炎症。在某些實施方式中，身體的任何組織及器官的炎症，包括肌肉骨骼炎症、血管炎症、神經炎症、消化系統炎症、眼部炎症、生殖系統炎症及其他炎症，如下文討論。
本文所述之藥物組成物可以（例如）用作預防或治療（部分或完全減少肌肉骨骼系統的免疫障礙相關的炎症的不利影響）與肌肉骨骼系統的免疫障礙相關的炎症的藥物組成物。肌肉骨骼系統的免疫障礙包括但不限於那些影響骨骼關節（包括手、手腕、肘部、肩部、下巴、脊柱、頸部、臀部、膝蓋、踝部及足部的關節）的病症，及影響將肌肉連接至骨頭的組織（如肌腱）的病症。可用本文所述之方法及組成物治療的這類免疫障礙的實例包括但不限於關節炎（包括，例如，骨關節炎、類風濕性關節炎、牛皮癬關節炎、關節黏連性脊椎炎、急性及慢性感染性關節炎、與痛風和假痛風相關的關節炎及幼年特發性關節炎）、肌腱炎、滑膜炎、腱鞘炎、滑囊炎、纖維組織炎（纖維肌痛）、上髁炎、肌炎及骨炎（包括，例如，佩吉特氏病（Paget's disease）、恥骨炎及囊性纖維性骨炎）。
本文所述之藥物組成物可以（例如）用作預防或治療（部分或完全減少與眼部免疫障礙相關的炎症的不利影響）與眼部免疫障礙相關的炎症的藥物組成物。眼部免疫障礙係指影響眼睛的任何結構（包括眼瞼）的免疫障礙。可用本文所述之方法及組成物治療的眼部免疫障礙的實例包括但不限於瞼緣炎、眼瞼皮膚松垂症、結膜炎、淚腺炎、角膜炎、乾燥性角膜結膜炎（乾眼症）、鞏膜炎、倒睫及眼色素層炎。
本文所述之藥物組成物可以（例如）用作預防或治療（部分或完全減少與神經系統免疫障礙相關的炎症的不利影響）與神經系統免疫障礙相關的炎症的藥物組成物。可用本文所述之方法及組成物治療的神經系統免疫障礙的實例包括但不限於腦炎、格巴二氏症候群（Guillain-Barre syndrome）、腦膜炎、神經性肌強直、發作性睡病、多發性硬化、脊髓炎及精神分裂症。
本文所述之藥物組成物可以（例如）用作預防或治療（部分或完全減少與脈管系統或淋巴系統相關的炎症的不利影響）與脈管系統或淋巴系統相關的炎症的藥物組成物。可用本文所述之方法及組成物治療的脈管系統或淋巴系統炎症的實例包括但不限於關節硬化、關節炎、靜脈炎、血管炎及淋巴管炎。
本文所述之藥物組成物可以（例如）用作預防或治療（部分或完全減少與消化系統免疫障礙相關的炎症的不利影響）與消化系統免疫障礙相關的炎症的藥物組成物。可用本文所述之方法及藥物組成物治療的消化系統免疫障礙的實例包括但不限於膽管炎、膽囊炎、腸炎、小腸結腸炎、胃炎、腸胃炎、炎性腸病、迴腸炎及直腸炎。炎性腸病包括（例如）一組相關病症的某些本領域公認的形式。已知炎性腸病的幾種主要形式，這類障礙中最常見的為克羅恩氏病（區域性腸病，例如，非活性及活性形式）及潰瘍性結腸炎（例如，非活性及活性形式）。另外，炎性腸病涵蓋腸躁症候群、顯微鏡下結腸炎、淋巴球性-漿細胞性腸炎、乳糜瀉、膠原性結腸炎、淋巴球性結腸炎及嗜酸性小腸結腸炎。IBD的其他不常見形式包括不確定性結腸炎、假膜性結腸炎（壞死性結腸炎）、缺血性炎性腸病、白塞氏病（Behcet’s disease）、類肉瘤病、硬皮病、IBD相關性發育不良、與發育不良相關的腫塊或病變及原發性硬化性膽管炎。
本文所述之藥物組成物可以（例如）用作預防或治療（部分或完全減少與生殖系統免疫障礙相關的炎症的不利影響）與生殖系統免疫障礙相關的炎症的藥物組成物。可用本文所述之方法及藥物組成物治療的生殖系統免疫障礙的實例包括但不限於子宮頸炎、絨毛膜羊膜炎、子宮內膜炎、附睪炎、臍炎、卵巢炎、睪丸炎、輸卵管炎、輸卵管卵巢膿腫、尿道炎、陰道炎、外陰炎及外陰痛。
本文所述之方法及藥物組成物可用以治療具有發炎成分的自體免疫性疾病。此病症包括但不限於全身性急性播散性禿頭症、白塞氏病、Chagas氏病（Chagas' disease）、慢性疲勞綜合症、自主神經障礙、腦脊髓炎、關節黏連性脊椎炎、再生不良性貧血、化膿性汗腺炎、自體免疫性肝炎、自體免疫性卵巢炎、乳糜瀉、克羅恩氏病、1型糖尿病、2型糖尿病、巨細胞動脈炎、Goodpasture氏症候群、格雷氏病、格巴二氏症候群、橋本氏病、Henoch-Schonlein二氏紫斑病（Henoch-Schonlein purpura）、川崎病（Kawasaki's disease）、紅斑狼瘡、顯微鏡下結腸炎、顯微鏡下多動脈炎、混合結締組織病、穆-韋二氏綜合症、多發性硬化、重症肌無力、眼陣攣肌陣攣綜合症、視神經炎、奧德氏甲狀腺炎、天皰瘡、結節性多動脈炎、多肌痛、類風濕性關節炎、Reiter's syndrome（Reiter's syndrome）、鳩氏症候群（Sjogren's syndrome）、顳動脈炎、華格納氏肉芽病（Wegener's granulomatosis）、溫熱自體免疫性溶血性貧血、間質性膀胱炎、萊姆病（Lyme disease）、侷限性硬皮病、牛皮癬、類肉瘤病、硬皮病、潰瘍性結腸炎及白斑病。
本文所述之方法及藥物組成物可用以治療具有發炎成分的T細胞介導的超敏性疾病。此類病症包括但不限於接觸性超敏反應、接觸性皮炎（包括由於野葛引起的接觸性皮炎）、蕁麻疹、皮膚過敏、呼吸道過敏（花粉熱、過敏性鼻炎、屋塵蟎過敏）及麩膠敏感性腸病（乳糜瀉）。
可能具有炎性成分並且可以用本發明之方法及藥物組成物治療的其他免疫障礙包括（例如）闌尾炎、皮炎、皮肌炎、心內膜炎、纖維組織炎、齒齦炎、舌炎、肝炎、化膿性汗腺炎、虹膜炎、喉炎、乳腺炎、心肌炎、腎炎、耳炎、胰臟炎、腮腺炎、心包炎、腹膜炎（peritonoitis）、咽炎、胸膜炎、局限性肺炎、前列腺增生症（prostatistis）、腎盂腎炎及口炎（stomatisi）、移植排斥（涉及如腎、肝、心臟、肺、胰臟（例如，胰島細胞）、骨髓、角膜、小腸的器官，同種異體皮膚移植、皮膚同種移植物及心臟瓣膜異種移植、血清病及移植物抗宿主病）、急性胰臟炎、慢性胰臟炎、急性呼吸窘迫綜合症、西紮利氏綜合症（Sexary's syndrome）、先天性腎上腺增生、非化膿性甲狀腺炎、高鈣血症相關癌症、天皰瘡、大皰性皰疹樣皮炎、重度多形紅斑、剝脫性皮炎、脂溢性皮炎、季節性或常年性過敏性鼻炎、支氣管氣喘、接觸性皮炎、特應性皮炎、藥物超敏反應、過敏性結膜炎、角膜炎、眼帶狀皰疹、虹膜炎及虹膜睫狀體炎、脈絡膜視網膜炎、視神經炎、症狀性類肉瘤病、暴發性或散播性肺結核化學療法、成人特發性血小板減少性紫癜、成人繼發性血小板減少症、獲得性（自體免疫性）溶血性貧血症、局部性腸炎、自體免疫性血管炎、多發性硬化、慢性阻塞性肺疾病、實體器官移植排斥反應、敗血症。較佳的治療包括以下的治療：移植排斥、類風濕性關節炎、牛皮癬關節炎、多發性硬化、1型糖尿病、氣喘、炎性腸病、全身性紅斑狼瘡、牛皮癬、慢性阻塞性肺疾病及伴隨感染病症的炎症（例如，敗血症）。 實例 實例 1：健康參與者和患有輕度至中度牛皮癬或輕度至中度特應性皮炎的參與者中的棲組織普雷沃菌菌株B
最近，棲組織普雷沃菌菌株B（NRRL登錄號B 50329）已完成人類志願者和牛皮癬患者的1b期研究中的一系列群組。
主要終點係安全性和耐受性。棲組織普雷沃菌菌株B（NRRL登錄號B 50329）具有安慰劑樣特性，這與全身吸收的缺乏相一致。28天每日給藥期後不再持續，並且患者糞便樣本的16S RNA定序未改變結腸微生物組。
每天用低劑量（每天1.6x10 11個細胞）和高劑量（每天8x10 11個細胞）的棲組織普雷沃菌菌株B（NRRL登錄號B 50329）治療兩組輕度至中度牛皮癬患者，持續28天。藉由小鼠炎症模型中的合理最大有效劑量的異速比例來估算出較低的劑量。高劑量高出5倍。
從每名受試者獲得全血樣本。使用次優LPS刺激進行全血刺激測定。從12名受試者中收集新鮮的肝素鈉抗凝血液，並在環境溫度下運送。收到樣本後，使用血液設立以下條件：(a) 不受刺激的，和 (b) 在24 h時受LPS刺激的（10 ng/ml）。
孵育後，藉由離心分離血漿，並儲存在-80°C。使用Luminex評估所有儲存的樣本的IL-6、IL-1β、IL-8、TNFα、IL-10和IFNγ。共進行四次Luminex分析。在比較基線和最後劑量樣本時，將來自單個受試者的所有樣本在相同的Luminex分析板上一起進行，以避免分析間的差異。圖1至圖4提供了瀑布圖，展示了受試者在用棲組織普雷沃菌菌株B（右）或安慰劑（左）治療28天後，IL-6、IL-1β、IL-8、TNFα細胞介素表現的百分比變化。未觀察到IL-10或IFNγ的結果係相似的。 實例 2：在治療性給藥模型中棲組織普雷沃菌菌株B和地塞米松的組合研究
地塞米松係皮質類固醇，常用於治療多種炎症和自體免疫性病症，包括風濕性疾病、皮膚病、嚴重過敏症和氣喘。雖然全身性地塞米松對該等疾病中的許多有效，但皮質類固醇對大部分身體系統（心臟、免疫、肌肉和骨骼、內分泌和神經系統）產生影響，因此用地塞米松慢性治療可導致多種不良副作用，包括攻擊性、焦慮、失眠、體重增加、腹瀉、肌肉萎縮和疲勞。此外，因為地塞米松係廣譜的免疫抑制性藥物，它可能抑制保護性免疫響應的產生，例如在抗病毒響應中至關重要的1型干擾素的分泌。我們進行了一項研究，以瞭解棲組織普雷沃菌菌株B與全身性地塞米松作為單獨治療或組合治療，在消退炎症和對促炎性細胞介素以及1型干擾素的影響方面的比較情況。這項研究也係在KLH致敏後6天開始，按治療方案進行短療程（3天）的給藥。
缺乏免疫抑制的證據來自對1型干擾素的影響，如圖5中所示。從用棲組織普雷沃菌菌株B或地塞米松治療的動物中取出脾細胞。藉由用聚(I:C)（雙鏈RNA的類似物）處理細胞來模擬治療對干擾素的病毒誘導性生產的影響。與抑制IFNa（IFNα）和IFNb（IFNβ）兩者的地塞米松不一樣，即使在此亞治療劑量下，棲組織普雷沃菌菌株B對IFNα或IFNβ也沒有影響。值得注意的是，儘管地塞米松在脾細胞刺激試驗中顯著抑制干擾素α（IFNα）和干擾素β（IFNβ）的產生（圖5），但棲組織普雷沃菌菌株B單一療法對該等1型干擾素沒有影響。這表明，棲組織普雷沃菌菌株B可以選擇性地抑制炎症和促炎性細胞介素，同時保留保護性的1型干擾素響應。
該組合顯著降低了脾細胞中IL-6和TNFα的產生（圖6）。
用棲組織普雷沃菌菌株B、兩個劑量之一的地塞米松、以及棲組織普雷沃菌菌株B與地塞米松的組合給藥三天，均抑制了耳部炎症（圖7）。觀察到地塞米松的劑量-響應關係，並且棲組織普雷沃菌菌株B與較低的0.1 mg/kg劑量的地塞米松的組合比單獨的棲組織普雷沃菌菌株B或0.1 mg/kg的地塞米松更有效。此結果表明，棲組織普雷沃菌菌株B可以提高較低劑量的皮質類固醇的功效，從而減少與使用類固醇有關的不良副作用。
方法：藉由皮下注射完全弗氏佐劑乳化的KLH來免疫小鼠。在致敏後的第6天，給小鼠口服給藥棲組織普雷沃菌菌株B持續3天，腹膜內給予地塞米松（0.1 mg/kg或0.4 mg/kg）或棲組織普雷沃菌菌株B與地塞米松的組合。在第8天，藉由皮內耳部注射KLH來激發小鼠。激發後24小時評估了DTH響應。對於離體細胞介素分析，將經治療小鼠的脾細胞體外孵育48小時，然後用LPS或聚肌苷酸-聚胞苷酸（聚I:C）（Toll樣受體3的強效配位基）刺激，這誘導免疫細胞產生干擾素α（IFNα）和干擾素β（IFNβ）。 實例 3 ：棲組織普雷沃菌菌株B免疫藥理學研究
使用抗原激發方法進行免疫藥理學研究，以表明棲組織普雷沃菌菌株B的抗炎作用。十二名志願者用匙孔血藍蛋白（KLH）進行免疫並每天用棲組織普雷沃菌菌株B治療持續28天。皮內KLH激發後24小時，炎症可以藉由使用雷射散斑對比成像在皮內激發部位測量基礎血流量來確定。還測試了一組20名安慰劑受試者，作為一系列檢查條件的一部分。棲組織普雷沃菌菌株B將基礎血流量降低至接近激發前基線的水平，這與等效臨床前小鼠模型中觀察到的作用類似。
本研究使用雷射散斑對比成像、循環細胞介素和炎症響應的其他測量，評估了棲組織普雷沃菌菌株B對KLH激發的免疫響應的影響。
在群組1中，十二名志願者用KLH進行免疫並用棲組織普雷沃菌菌株B（使用膠囊中粉劑型（powder-in-capsule）配製物）（8.0x10 11個細胞，每天一次）治療持續28天。皮內KLH激發後24小時，可以藉由使用雷射散斑對比成像（LCSI）測量基礎流量來確定炎症。圖8顯示了與合併的安慰劑組（24名志願者）相比，棲組織普雷沃菌菌株B的作用。棲組織普雷沃菌菌株B將基礎血流量降低至接近激發前基線，這與在等效DTH臨床前小鼠模型中觀察到的作用相當。 實例 4：健康參與者和患有輕度至中度牛皮癬或輕度至中度特應性皮炎的參與者中的棲組織普雷沃菌菌株B
如實例1所述，最近，棲組織普雷沃菌菌株B（NRRL登錄號B 50329）已完成人類志願者和牛皮癬患者的1b期研究中的一系列群組。
每天用低劑量（每天1.6x10 11個細胞）和高劑量（每天8x10 11個細胞）的棲組織普雷沃菌菌株B（NRRL登錄號B 50329）治療兩組輕度至中度牛皮癬患者，持續28天。
從每名受試者獲取全血樣本並進行全血刺激測定。
藉由在基線和治療28天後對從患者採集的全血樣本進行體外刺激來測量對全身性炎症的生物標誌物的影響。
對第28天採集的全血樣本使用了兩種刺激條件： •   LPS刺激用於棲組織普雷沃菌菌株B對來自骨髓細胞的炎性細胞介素的影響。 •   CD3/CD28刺激用於棲組織普雷沃菌菌株B對來自T細胞的炎性細胞介素的影響。
用棲組織普雷沃菌菌株B治療抑制了從骨髓細胞而非T-細胞產生IL-6、IL-8和TNFα。 •   在兩個牛皮癬患者群組中觀察到炎症生物標誌物減少 •   用棲組織普雷沃菌菌株B治療後，沒有患者顯示出該等炎性細胞介素的過量產生的峰值 •   棲組織普雷沃菌菌株B似乎是藉由誘導炎症消退的生理過程而不是藉由抑制炎症的介質而起作用
如圖9至圖13的瀑布圖所示，棲組織普雷沃菌菌株B（菌株B）治療未顯著影響藉由CD3/CD28刺激牛皮癬患者全血所測得的細胞介素的產生。瀑布圖係從基線至第28天的百分比變化。對來自每天用低（1X）劑量（每天1.6x10 11個細胞）和高（5X）劑量（每天8x10 11個細胞）的棲組織普雷沃菌菌株B（NRRL登錄號B 50329）治療持續28天的患者的樣本進行分析。圖9顯示了IL-8的水平。圖10顯示了IL-6的水平。圖11顯示了TNF-a的水平。圖12顯示了IFN-g的水平。圖13顯示了IL-17A的水平。 實例 5：棲組織普雷沃菌菌株B對炎症起作用而不影響介導宿主抗病毒響應的先天性免疫響應和適應性免疫響應
病毒感染之後會迅速激活抗病毒響應，以控制和預防病毒的傳播。病毒感染導致兩種一般類型的免疫響應。第一種係針對病毒的快速起效的先天性免疫響應，它涉及合成1型干擾素和刺激自然殺手（NK）細胞。如果感染超過了最初幾輪的病毒複製，先天性免疫響應將觸發適應性免疫響應。適應性免疫響應本身有兩個組成部分，即體液響應（藉由B淋巴球合成病毒特異性免疫球蛋白）和細胞介導的響應（合成特異性CD8+ 細胞毒性T淋巴球，其通過分泌干擾素γ（IFNγ）殺死受感染的細胞）。適應性免疫響應的這兩個組成部分還導致產生長壽命記憶細胞，該等長壽命記憶細胞允許對隨後的同一病毒感染作出更快速的響應。因此，具有免疫能力的宿主應該能夠同時啟動先天性免疫響應和適應性免疫響應。
在本實例呈現的研究中，棲組織普雷沃菌菌株B係口服投與的並且係腸道限制性的。因此，棲組織普雷沃菌菌株B通過接合腸道細胞（包括小腸上皮細胞和固有層的免疫細胞）對外周組織發揮抗炎作用。
在臨床前小鼠炎症模型中，棲組織普雷沃菌菌株B已經表現出減少炎症相關的抗原特異性T細胞響應，而不影響介導宿主抗病毒響應的先天性免疫響應和適應性免疫響應。藉由以下證明這一點： •   完整的抗病毒TLR3介導的1型干擾素（α和β）響應 •   由免疫細胞產生的正常干擾素γ（IFNγ） •   完整的免疫細胞亞群成員（絕對數量和百分比），包括CD8 T淋巴球、B淋巴球和骨髓系細胞 •   沒有減少抗原特異性抗體響應（KLH特異性IgG和總IgG1和花生特異性IgG1）
在人類免疫細胞體外測定中，棲組織普雷沃菌菌株B未改變人樹突細胞誘導記憶CD8 T細胞響應於病毒肽池（peptide pool）（巨細胞病毒、愛潑斯坦-巴爾（Epstein-Bar）病毒和流感病毒）而產生IFNγ的能力，這係抗病毒響應的重要組成部分。
臨床上，用棲組織普雷沃菌菌株B治療顯示減少特異性炎症骨髓細胞的細胞介素（例如IL-6和IL-8），同時不影響藉由循環外周血單核細胞的產生的T細胞細胞介素（例如干擾素γ）的水平。
總之，數據表明用棲組織普雷沃菌菌株B治療未導致多種免疫途徑的普遍免疫抑制，而是通過選擇性恢復免疫穩態而有效。
在KLH遲發型超敏反應模型中，TLR3介導的1型干擾素的誘導
來自人類研究的新數據已將1型干擾素鑒定為關鍵細胞介素，其對宿主抵抗SARS-CoV-2感染和疾病嚴重程度很重要。Toll樣受體3（TLR3）係人類免疫細胞表現的受體，該受體介導病毒識別和隨後產生的1型干擾素。測量通過TLR3刺激的細胞中的1型干擾素係測量抗病毒響應的強度的方法。
方法：藉由皮下注射完全弗氏佐劑乳化的KLH來免疫小鼠。在致敏後的第6天，對小鼠持續3天口服給藥棲組織普雷沃菌菌株B或腹膜內給予地塞米松。在第8天，藉由皮內耳部注射KLH來激發小鼠。激發後24小時評估了DTH響應。對於離體細胞介素分析，將經治療小鼠的脾細胞體外孵育48小時並用聚肌苷酸-聚胞苷酸（聚I:C）（模擬病毒雙鏈RNA的分子，且係Toll樣受體3的強效配位基）刺激，這誘導免疫細胞產生干擾素α（IFNα）和干擾素β（IFNβ）。
結果：用棲組織普雷沃菌菌株B或地塞米松給藥三天顯著抑制了耳部炎症（圖14）。另外，如圖15A和圖15B中所示，雖然在脾細胞刺激測定中地塞米松顯著抑制IFNα（圖15A）和IFNβ（圖15B）的產生，但口服棲組織普雷沃菌菌株B對該等1型干擾素沒有影響。這表明棲組織普雷沃菌菌株B選擇性抑制組織炎症同時保留保護性抗病毒1型干擾素響應。
淋巴球體內產生干擾素γ
干擾素γ（IFNγ）係對控制病毒感染很重要的另一種細胞介素。藉由在多個水平發揮細胞作用來實現這一點。首先，IFNγ與其配位基的相互作用以及隨後誘導多種基因和基因產物導致病毒複製下調。另外地，IFNγ激活由T細胞、單核細胞和駐留細胞產生細胞介素，並藉由誘導例如顆粒酶B或主要組織相容性複合物（MHC）I類的分子來增強細胞毒性T淋巴球（CTL）以及自然殺手（NK）細胞的殺傷，以及它藉由誘導MHC II類分子來增強免疫反應性。因此，抗病毒能力的另一個關鍵量度係穩健產生IFNγ。
方法：在上述同一研究中，用PMA和離子黴素刺激脾細胞。PMA激活蛋白激酶C，而離子黴素係鈣離子載體，用該等化合物刺激可繞過T細胞膜受體複合物，並且將會導致幾種細胞內傳訊途徑的激活，這導致T細胞激活並產生多種細胞介素。
結果：用PMA/離子黴素刺激誘導脾細胞穩健產生IFNγ，並且用棲組織普雷沃菌菌株B或地塞米松治療未降低全身性干擾素γ的產生，這表明抗病毒免疫的CTL/NK軸係完整的。參見圖16。
棲組織普雷沃菌菌株B給藥後免疫細胞亞群定量
除IFN產生之外，對SARS-CoV-2的保護性免疫響應涉及細胞介導的免疫和抗體產生。針對SARS-CoV-2刺突蛋白的T細胞響應已經得到表徵，並與COVID-19患者的IgG抗體滴度密切相關。CD8+ T細胞係主要炎性細胞，在病毒清除中起重要的作用。總淋巴球、CD4+ T細胞、CD8+ T細胞、B細胞和自然殺手（NK）細胞顯示與COVID-19的炎性狀態顯著相關，尤其是CD8+ T細胞和CD4+/CD8+比率。在輕度病例和重度病例中都觀察到CD4+ T細胞和CD8+ T細胞減少，但在重度病例中更加突出。在多變數分析中，治療後CD8+ T細胞和B細胞的減少和增加被指示為治療結果不佳的獨立預測因子。因此，保持完整的免疫細胞（尤其是T細胞和B細胞）對於維持病毒抗性很重要。其它有助於激活適應性免疫抗病毒響應的主要細胞類型係NK細胞、嗜中性球、巨噬細胞和單核細胞。
方法：在如上所述進行的遲發型超敏反應研究結束時，將排出小腸的腸系膜淋巴結去除。腸系膜淋巴結（MLN）代表外周淋巴組織，所有的免疫細胞類型都駐留在其中或在其中流動。因此，細胞數量的任何變化都將反映在MLN的細胞組成中。此外，由於MLN排出腸道相關組織，因此可能會在MLN中首先觀察到與口服給藥棲組織普雷沃菌菌株B相關的任何變化。由淋巴結製得單細胞懸浮液，使用針對相關細胞表面標誌物的抗體進行染色，以確定單個細胞類型，並藉由流動式細胞測量術進行量化。
結果：用棲組織普雷沃菌菌株B治療5天未改變任何免疫細胞亞群，包括在淋巴結中的T細胞、NK細胞、B細胞、嗜中性球、巨噬細胞和單核細胞（圖17A和圖17B）。該等結果表明棲組織普雷沃菌菌株B不影響免疫系統的適應性臂，這表明在棲組織普雷沃菌菌株B治療後沒有降低抗病毒T細胞和B細胞響應。
除了臨床前數據，對用棲組織普雷沃菌菌株B治療28天的健康志願者的血細胞進行的表型分析表明血液中的免疫細胞亞群（包括調節性B細胞和調節性T細胞）在研究結束時沒有改變。（數據未示出）
兩種皮膚炎症模型的抗原特異性抗體和總IgG抗體的產生
抗體係抗原觸發的針對病毒的適應性免疫的基本特徵之一，需要抗原呈現細胞（例如樹突細胞、抗原特異性輔助T細胞和抗原特異性B細胞）之間的協同響應。在使用模型抗原（例如KLH）誘導免疫響應的臨床前模型中，還會產生抗原特異性抗體。從DTH研究中測量KLH特異性IgG，並從花生過敏的小鼠模型中測量總IgG1和花生特異性IgG1。
方法：如上所述進行DTH。在研究結束時收集血液用於測量KLH特異性IgG。對於花生過敏模型，使用輕膠帶剝離去除表皮的外層死皮，然後藉由應用花生蛋白誘導對花生抗原的過敏響應對小鼠的剃毛背部致敏。膠帶剝離和花生蛋白應用發生在第0天、第3天和第6天。從第0天至第21天對小鼠每天給藥。在第35天收集血液以測量花生特異性IgG1和總IgG1。
結果：即使在KLH遲發型超敏反應模型中用棲組織普雷沃菌菌株B治療引起外周炎症明顯降低，但未觀察到KLH特異性IgG減少。類似地，對於花生過敏模型，棲組織普雷沃菌菌株B給藥21天後，未觀察到花生特異性IgG1或總IgG1方面的差異。結果示出於圖18中。該等數據表明口服給藥棲組織普雷沃菌菌株B不會損害抗體對外源抗原的響應。該等數據也與棲組織普雷沃菌菌株B未導致B細胞或CD4+ T細胞（該等細胞係產生抗體響應所必需的）減少的觀察結果密切相關。
人樹突細胞和CD8 T細胞共培養的體外測定
使用原發性人DC和自體CD8+ T細胞進行體外測定，以測量棲組織普雷沃菌菌株B對調節抗原特異性CD8+ T細胞響應的能力。
方法：將來自3個健康供體的原發性人DC在體外分化7天。為了評估棲組織普雷沃菌菌株B的免疫調節特性，將DC與棲組織普雷沃菌菌株B或與不表現出抗炎活性的產黑普雷沃菌菌株一起在體外孵育24小時。微生物調節24小時後，從DC培養物和自體人CD8+ T細胞中去除微生物，並添加CEF I類肽池。CEF肽池由巨細胞病毒、愛潑斯坦-巴爾病毒和流感病毒組成，大多數人類群體都曾暴露於該等病原體。用CEF肽刺激24小時後，收集DC-CD8+ T細胞上清液並測定IFNγ。
結果：與DC-CD8 T細胞共培養物對照相比，與棲組織普雷沃菌菌株B一起孵育沒有抑制樹突細胞誘導CD8 T細胞對CEF病毒肽的IFNγ響應的能力（既未增強也未降低）。作為屬對照，還在模型中測試了產黑普雷沃菌的菌株並且與棲組織普雷沃菌菌株B相比，該產黑普雷沃菌的菌株誘導IFNγ水平增加。結果示出於圖19中。該等數據表明棲組織普雷沃菌菌株B既不會損害CD8+ T細胞對病毒抗原的響應，也不會加劇響應。
結論
體外、體內和離體數據的組合表明，棲組織普雷沃菌菌株B不會廣泛損害先天性免疫響應或適應性免疫響應。棲組織普雷沃菌菌株B係口服遞送的並且係腸道限制性的，因此其通過與小腸細胞的局部相互作用來發揮作用，然後該等小腸細胞從腸道轉移到外周以消退炎症。抗病毒響應例如細胞毒性T細胞產生的干擾素γ、先天性抗病毒產生的干擾素-α和干擾素-β、以及高親和力抗體的產生，在用棲組織普雷沃菌菌株B治療後都得以保留。
數據表明，用棲組織普雷沃菌菌株B治療導致多種炎症途徑消退，而沒有導致宿主響應的免疫抑制。 實例 6：小韋榮氏球菌菌株A對炎症起作用而不影響介導宿主抗病毒響應的先天性免疫響應和適應性免疫響應
小韋榮氏球菌菌株A- G.I.係小韋榮氏球菌（小韋榮氏球菌菌株A）的單一菌株的藥物製劑，最初是從處於緩解期的IBD患者的新鮮迴腸切截術樣本中分離出來的，其已被γ-照射（G.I.）。小韋榮氏球菌菌株A- G.I.係口服投與的並且係腸道限制性的。因此，小韋榮氏球菌菌株A- G.I.通過接合腸道細胞（包括小腸上皮細胞和固有層的免疫細胞）對外周組織發揮抗炎作用。
在臨床前小鼠炎症模型中，小韋榮氏球菌菌株A- G.I.已經表現出可以減少炎症相關的抗原特異性T細胞響應，而不影響介導宿主抗病毒響應的先天性免疫響應和適應性免疫響應。藉由以下證明這一點： •   完整的抗病毒TLR3介導的1型干擾素（IFNα和IFNβ）響應 •   由免疫細胞產生的正常干擾素γ（IFNγ） •   完整的免疫細胞亞群成員（絕對數量和百分比），包括CD8 T淋巴球、B淋巴球和骨髓系細胞 •   用模型抗原（匙孔血藍蛋白（KLH））免疫後，抗原特異性IgG響應或總IgG響應沒有降低
在人類免疫細胞體外測定中，小韋榮氏球菌菌株A- G.I.未改變人樹突細胞誘導記憶CD8 T細胞響應於病毒肽池（巨細胞病毒、愛潑斯坦-巴爾病毒和流感病毒）而產生IFNg的能力，這係抗病毒響應的重要組成部分。
總之，數據表明用小韋榮氏球菌菌株A- G.I.治療未導致多種免疫途徑的普遍免疫抑制，而是通過選擇性恢復免疫穩態而有效。
在KLH遲發型超敏反應模型中，TLR3介導的1型干擾素的誘導
來自人類研究的新數據已將1型干擾素鑒定為關鍵細胞介素，其對宿主抵抗SARS-CoV-2感染和疾病嚴重程度很重要。Toll樣受體3（TLR3）係人類免疫細胞表現的受體，該受體介導病毒識別和隨後產生的1型干擾素。測量通過TLR3刺激的細胞中的1型干擾素係測量抗病毒響應的強度的方法。
方法：藉由皮下注射完全弗氏佐劑乳化的KLH來免疫小鼠。在致敏後的第5天，對小鼠持續4天口服給藥小韋榮氏球菌菌株A- G.I.。在第8天，藉由皮內耳部注射KLH來激發小鼠。激發後24小時評估了DTH響應。對於離體細胞介素分析，將經治療小鼠的脾細胞體外孵育48小時並用聚肌苷酸-聚胞苷酸（聚I:C）（模擬病毒雙鏈RNA的分子，且係Toll樣受體3的強效配位基）刺激，這誘導免疫細胞產生干擾素α（IFNα）和干擾素β（IFNβ）。
結果：用小韋榮氏球菌菌株A- G.I.給藥四天顯著抑制了耳部炎症（圖20A）。此外，口服小韋榮氏球菌菌株A- G.I.對誘導1型干擾素IFNα（圖20B）和IFNβ（圖20C）沒有影響。這表明小韋榮氏球菌菌株A- G.I.選擇性抑制組織炎症同時保留保護性抗病毒1型干擾素響應。
淋巴球體內產生干擾素γ
干擾素γ（IFNγ）係對控制病毒感染很重要的另一種細胞介素。藉由在多個水平發揮細胞作用來實現這一點。首先，IFNγ與其配位基的相互作用以及隨後誘導多種基因和基因產物導致病毒複製下調。另外地，IFNγ激活由T細胞、單核細胞和駐留細胞產生細胞介素，並藉由誘導例如顆粒酶B或主要組織相容性複合物（MHC）I類的分子來增強細胞毒性T淋巴球（CTL）以及自然殺手（NK）細胞的殺傷，以及它藉由誘導MHC II類分子來增強免疫反應性。因此，抗病毒能力的另一個關鍵量度係穩健產生IFNγ。
方法：在上述同一研究中，用PMA和離子黴素刺激脾細胞。PMA激活蛋白激酶C，而離子黴素係鈣離子載體，用該等化合物刺激可繞過T細胞膜受體複合物，並且將會導致幾種細胞內傳訊途徑的激活，這導致T細胞激活並產生多種細胞介素。
結果：用PMA/離子黴素刺激誘導脾細胞穩健產生IFNγ，並且用小韋榮氏球菌菌株A- G.I.治療未降低全身性干擾素γ的產生，這表明抗病毒免疫的CTL/NK軸係完整的（圖21）。
小韋榮氏球菌菌株A- G.I.給藥後免疫細胞亞群定量
除IFN產生之外，對SARS-CoV-2的保護性免疫響應涉及細胞介導的免疫和抗體產生。針對SARS-CoV-2刺突蛋白的T細胞響應已經得到表徵，並與COVID-19患者的IgG抗體滴度密切相關。CD8+ T細胞係主要炎性細胞，在病毒清除中起重要的作用。總淋巴球、CD4+ T細胞、CD8+ T細胞、B細胞與COVID-19的炎性狀態顯著相關，尤其是CD8+ T細胞和CD4+/CD8+比率。在輕度病例和重度病例中都觀察到CD4+ T細胞和CD8+ T細胞減少，但在重度病例中更加突出。在多變數分析中，治療後CD8+ T細胞和B細胞的減少被指示為治療結果不佳的獨立預測因子。因此，保持完整的免疫細胞（尤其是T細胞和B細胞）對於維持病毒抗性很重要。其它有助於激活適應性免疫抗病毒響應的主要細胞類型係嗜中性球、巨噬細胞和單核細胞。在對小鼠給藥小韋榮氏球菌菌株A- G.I.5天後定量該等免疫細胞群體。淋巴球係大多數健康野生型小鼠品系的主要白血球，占白血球分類計數的70%至80%。存在於黏膜組織（如小腸內壁）的骨髓細胞形成了抵抗病原體的第一道防禦。因此，在反映血液細胞組成的脾中和排出小腸的腸系膜淋巴結中的骨髓細胞中測定淋巴球。由於MLN排出腸道相關組織，因此可能會在MLN中首先觀察到與口服給藥小韋榮氏球菌菌株A- G.I.相關的任何變化。
方法：在如上所述進行的遲發型超敏反應研究結束時，將脾和排出小腸的腸系膜淋巴結去除。在這項研究中，藉由口服管飼對小鼠持續5天給藥小韋榮氏球菌菌株A- G.I.。由脾和淋巴結製得單細胞懸浮液，使用針對相關細胞表面標誌物的抗體進行染色，以確定單個細胞類型，並藉由流動式細胞測量術進行量化。
結果：與用媒介物治療相比，用小韋榮氏球菌菌株A- G.I.治療5天未改變任何免疫細胞亞群，包括在淋巴結中的T細胞、B細胞、嗜中性球、巨噬細胞和單核細胞（圖22A至圖22B）。該等結果表明小韋榮氏球菌菌株A- G.I.不影響免疫系統的適應性臂，這表明在小韋榮氏球菌菌株A- G.I.治療後沒有降低抗病毒T細胞和B細胞響應。
兩種皮膚炎症模型的抗原特異性抗體和總IgG抗體的產生
抗體係抗原觸發的針對病毒的適應性免疫的基本特徵之一，需要抗原呈現細胞（例如樹突細胞、抗原特異性輔助T細胞和抗原特異性B細胞）之間的協同響應。在使用模型抗原（例如KLH）誘導免疫響應的臨床前模型中，還會產生抗原特異性抗體。
方法：如上所述進行DTH。在研究結束時收集血液用於測量總IgG和KLH特異性IgG。
結果：即使在KLH遲發型超敏反應模型中用小韋榮氏球菌菌株A- G.I.治療引起外周炎症明顯降低，但未觀察到總IgG或KLH特異性IgG減少（圖23）。該等數據表明口服給藥小韋榮氏球菌菌株A- G.I.不會損害抗體對外源抗原的響應。該等數據也與小韋榮氏球菌菌株A- G.I.未導致B細胞或CD4+ T細胞（該等細胞係產生抗體響應所必需的）減少的觀察結果密切相關。
人樹突細胞和CD8 T細胞共培養的體外測定
用原發性人DC和自體CD8+ T細胞進行體外測定，以測量小韋榮氏球菌菌株A- G.I.對調節抗原特異性CD8+ T細胞響應的能力。
方法：將來自3個健康供體的原發性人DC在體外分化7天。為了評估小韋榮氏球菌菌株A- G.I.的免疫調節特性，將DC與小韋榮氏球菌菌株A- G.I.體外孵育24小時。微生物調節24小時後，從DC培養物和自體人CD8+ T細胞中去除小韋榮氏球菌菌株A- G.I.，並添加CEF I類肽池。CEF肽池由巨細胞病毒、愛潑斯坦-巴爾病毒和流感病毒組成，大多數人類群體都曾暴露於該等病原體。用CEF肽刺激24小時後，收集DC-CD8+ T細胞上清液並測定IFNγ。
結果：與DC-CD8 T細胞共培養物對照相比，與小韋榮氏球菌菌株A- G.I.一起孵育沒有抑制樹突細胞誘導CD8 T細胞對CEF病毒肽的IFNγ響應的能力（既未增強也未降低）（圖24）。該等數據表明小韋榮氏球菌菌株A- G.I.不會損害CD8+ T細胞對病毒抗原的響應。
結論
體外、體內和離體數據的組合表明，小韋榮氏球菌菌株A- G.I.不會損害先天性免疫響應或適應性免疫響應。小韋榮氏球菌菌株A- G.I.係口服遞送的並且係腸道限制性的，因此其通過與小腸細胞的局部相互作用來發揮作用，然後該等小腸細胞從腸道轉移到外周以消退炎症。抗病毒響應例如細胞毒性T細胞產生的干擾素γ、先天性抗病毒產生的IFNα和IFNβ、以及高親和力抗體的產生，在用小韋榮氏球菌菌株A- G.I.治療後都得以保留。
數據表明，用小韋榮氏球菌菌株A- G.I.治療導致多種炎症途徑消退，而沒有導致宿主響應的明顯的免疫抑制。COVID-19相關的併發症（例如缺氧）已經顯示出與對病毒的免疫響應相關的過度炎症有關。因此，理論上小韋榮氏球菌菌株A- G.I.也可能藉由降低這種炎症過度而致使COVID-19患者的結果改善，而不損害宿主免疫響應。 實例 7 ：粉劑製備樣本方案
在達到所需水平的細菌培養物生長後，離心培養物，棄去上清液，使沈澱盡可能乾燥。將沈澱重懸於所需的冷凍保護劑溶液中，製成配製的細胞糊。冷凍保護劑可包括例如麥芽糊精、抗壞血酸鈉、麩胺酸鈉和/或氯化鈣。將配製的細胞糊裝載到不銹鋼託盤上，然後裝載到冷凍乾燥機中，例如以定義的循環參數以自動模式運行。將冷凍乾燥的產品送入銑床中，並收集所得的粉劑。
將粉劑在2-8攝氏度（例如在4攝氏度）下，儲存於例如乾燥器中（例如真空密封袋中）。 實例 8：γ-照射：樣本方案：
粉劑可以在環境溫度下以17.5 kGy輻射單位進行γ照射。冷凍生物量可以在乾冰存在下以25 kGy輻射單位進行γ照射。 實例 9 ：包含棲組織普雷沃菌的膠囊
製備根據以下表i中的配方的膠囊： [ 表 i] ：棲組織普雷沃菌膠囊組成
一或多種成分的名稱 功能 8.0x10 10 個細胞 （ A’ ） 1.6x10 11 個細胞 （ A2 ）
% w/w % w/w
棲組織普雷沃菌（凍乾）粉劑 活性成分 90.22 b 50
甘露醇 稀釋劑 8.28 b 48.5
硬脂酸鎂 潤滑劑 1.0 1.0
膠態二氧化矽 助流劑 0.5 0.5
總填充重量    100 100
膠囊 a，0號 膠囊殼 1單位 1單位
a由羥丙基甲基纖維素和二氧化鈦組成。 b根據原料藥的效力進行調整以確保目標強度。
上面提到的棲組織普雷沃菌菌株已被保藏為棲組織普雷沃菌菌株B（NRRL登錄號B 50329）。將膠囊用基於HPMC的封口溶液（banding solution）封口。將封口的膠囊用聚(甲基丙烯酸-共-丙烯酸乙酯)共聚物進行腸溶包衣。 實例 10 ：包含棲組織普雷沃菌的膠囊
製備根據以下表ii中的配方的膠囊： [ 表 ii] ：棲組織普雷沃菌膠囊組成
一或多種成分的名稱 功能 3.35x10 11 個細胞
% w/w
棲組織普雷沃菌（凍乾）粉劑 活性成分 50
甘露醇（Pearlitol SD200） 稀釋劑 48.5
硬脂酸鎂（Ligamed MF-2-V） 潤滑劑 1.0
膠態二氧化矽（Aerosil 200P） 助流劑 0.5
總填充重量    100
膠囊 a，0號 膠囊殼 1單位
a瑞典橙Vcap膠囊
上面提到的棲組織普雷沃菌菌株已被保藏為棲組織普雷沃菌菌株B（NRRL登錄號B 50329）。
將膠囊用基於HPMC的封口溶液封口。
將封口的膠囊用Eudragit L30-D55（一種聚(甲基丙烯酸-共-丙烯酸乙酯)共聚物）進行腸溶包衣。 實例 11 ：包含棲組織普雷沃菌的片劑
作為另一個實例，製備表iii中的以下配方。 [ 表 iii] ：棲組織普雷沃菌片劑組成
材料 活性劑量（ % w/w ）
棲組織普雷沃菌菌株B（NRRL登錄號B 50329）粉劑 23.0
甘露醇200 SD 21.5
L-HPC（LH-B1） 32.0
交聚維酮（Kollidon CL-F） 15.0
交聯羧甲基纖維素鈉（Ac-Di-Sol SD-711） 6.0
膠態二氧化矽（Aerosil 200） 1.0
硬脂酸鎂 1.5
總計 100.0
將該片劑製備成17.4 mm x 7.1 mm的片劑。該片劑係腸溶包衣的。該片劑包含3.2 x 10 11TCC的棲組織普雷沃菌菌株B（NRRL登錄號B 50329）。上面提到的棲組織普雷沃菌菌株已被保藏為棲組織普雷沃菌菌株B（NRRL登錄號B 50329）。 實例 12 ：製備包含小韋榮氏球菌的膠囊
製備根據以下表iv中的配方的膠囊： [ 表 iv] ：小韋榮氏球菌膠囊組成
低劑量 % w/w 高劑量 % w/w
小韋榮氏球菌菌株A粉劑 5.0 60.0
甘露醇 93.0 38.0
二氧化矽 0.5 0.5
硬脂酸鎂 1.5 1.5
總計 100.00 100.00
小韋榮氏球菌已被保藏為小韋榮氏球菌菌株A（ATCC保藏號PTA-125691）。
在此膠囊中的小韋榮氏球菌菌株A細菌係經γ照射的。
將膠囊用基於HPMC的封口溶液封口。將封口的膠囊用聚(甲基丙烯酸-共-丙烯酸乙酯)共聚物進行腸溶包衣。 實例 13 ：製備包含小韋榮氏球菌的片劑
製備表v中的以下配方： [ 表 v] ：片劑的組分（ 400 mg ）
材料 高劑量 低劑量
% w/w mg/ 片 % w/w mg/ 片
小韋榮氏球菌（DS（原料藥）/粉劑） 33.0 132 6.6 26.4
矽化微晶纖維素（PROSOLV ® SMCC HD90） 50.0 200 76.4 305.6
交聚維酮 15.0 60 15.0 60
硬脂酸鎂 1.0 4 1.0 4
膠態二氧化矽 1.0 4 1.0 4
表v中的小韋榮氏球菌菌株係小韋榮氏球菌菌株A（ATCC保藏號PTA-125691）。
該片劑用Kollidon MAE 100P進行腸溶包衣。 實例 14 ：炎症消退 檢查棲組織普雷沃菌菌株B對消退持續性炎症的作用： 藉由皮下注射完全弗氏佐劑乳化的KLH來免疫在‘免疫後’組中的小鼠。在致敏後的第5天，對小鼠持續4天口服（PO）給藥凍乾的棲組織普雷沃菌菌株B粉劑或腹膜內（IP）給藥地塞米松（0.1 mg/kg或0.4 mg/kg）。在第8天，使用卡尺測量基線耳厚度，然後藉由皮內耳部注射KLH來激發小鼠。24小時後，評估耳厚度的變化並與基線測量值比較。 檢查預給藥棲組織普雷沃菌菌株B對抑制炎症的作用： 對『免疫前』組中的小鼠持續4天或8天PO給藥凍乾的棲組織普雷沃菌菌株B粉劑。然後藉由皮下注射完全弗氏佐劑乳化的KLH來免疫所有小鼠。在第8天，使用卡尺測量基線耳厚度，然後藉由皮內耳部注射KLH來激發小鼠。24小時後，評估耳厚度的變化並與基線測量值比較。 該等結果（顯示於圖25）表明在DTH模型中棲組織普雷沃菌菌株B需要預先存在的炎症以消退KLH激發誘導的炎症。在DTH模型中，如果在炎症誘發前投與棲組織普雷沃菌菌株B，那麼棲組織普雷沃菌菌株B不能抑制隨後誘發的炎症。 實例 15 ：效果持續時間 藉由皮下注射完全弗氏佐劑乳化的KLH來免疫小鼠。在致敏後的第1天，對小鼠持續8天口服給藥棲組織普雷沃菌菌株B（1.82 mg或10 mg 劑量；粉劑形式）或腹膜內給予地塞米松（0.1 mg/kg或0.4 mg/kg）。在第8天，藉由皮內耳部注射KLH來激發小鼠。激發後24小時評估了DTH響應。將小鼠再維持兩週。在此期間不投與棲組織普雷沃菌菌株B或地塞米松。在第23天，藉由皮內耳部注射KLH來激發小鼠。激發後24小時評估了DTH響應。 結果示出於圖26A和圖26B中。未給藥2週後，地塞米松的功效下降（在第8天激發時71%抑制相比於在第23天激發時55%抑制），而棲組織普雷沃菌菌株B對炎症的效果相對於媒介物增加（劑量為10 mg時，在第8天激發時32%抑制相比於在第23天激發時48%抑制；在第8天激發時22%抑制相比於在第23天激發時32%抑制）。 該等結果表明與全身性免疫抑制性藥物（例如地塞米松）需要連續給藥來維持其抗炎效果相比，用棲組織普雷沃菌菌株B治療使得藥效動力學作用延長，這種作用在不連續給藥的情況下保持。 藉由引用併入
在本文中提及的所有出版物和專利申請都藉由引用以其整體特此併入，如同各個單獨的出版物或專利申請被確切地並且單獨地指明為藉由引用併入。如果出現衝突，則以本申請（包括本文的任何定義）為準。 等效形式
本領域技術者僅使用常規實驗將認識到或能確定本文所述本發明之具體實例的許多等效形式。此類等效形式旨在為下列請求項所涵蓋。
無
[圖1]示出了瀑布圖，展示了受試者用棲組織普雷沃菌菌株B（右）或安慰劑（左）治療28天後，IL-8表現的百分比變化。
[圖2]示出了瀑布圖，展示了受試者用棲組織普雷沃菌菌株B（右）或安慰劑（左）治療28天後，IL-6表現的百分比變化。
[圖3]示出了瀑布圖，展示了受試者用棲組織普雷沃菌菌株B（右）或安慰劑（左）治療28天後，TNFα表現的百分比變化。
[圖4]示出了瀑布圖，展示了受試者用棲組織普雷沃菌菌株B（右）或安慰劑（左）治療28天後，IL-1β表現的百分比變化。
[圖5]係兩個小圖，示出了從用棲組織普雷沃菌菌株B（「菌株B」）或地塞米松或其組合治療的動物中取出的脾細胞中的IFNα（左小圖）和IFNβ（右小圖）水平。藉由用聚(I:C)處理細胞來模擬治療對該等干擾素的病毒誘導性生產的影響。
[圖6]係兩個小圖，示出了從用棲組織普雷沃菌菌株B（「菌株B」）或地塞米松或其組合治療的動物中取出的脾細胞中的IL6（左小圖）和TNFα（右小圖）水平。
[圖7]係顯示棲組織普雷沃菌菌株B（「菌株B」）或地塞米松或其組合對KLH DTH模型中的耳部炎症的影響之圖。
[圖8]係顯示皮內KLH激發（challenge）後24小時，與合併的安慰劑組相比，在用棲組織普雷沃菌菌株B治療的受試者中，如藉由使用雷射散斑對比成像（LCSI）測量基礎流量確定的炎症之圖。
[圖9]示出了瀑布圖，展示了受試者用低（1X）劑量的棲組織普雷沃菌菌株B（「菌株B」）（中）；高（5X）劑量的棲組織普雷沃菌菌株B（右）；或安慰劑（左）治療28天後，IL-8表現的百分比變化。
[圖10]示出了瀑布圖，展示了受試者用低（1X）劑量的棲組織普雷沃菌菌株B（「菌株B」）（中）；高（5X）劑量的棲組織普雷沃菌菌株B（右）；或安慰劑（左）治療28天後，IL-6表現的百分比變化。
[圖11]示出了瀑布圖，展示了受試者用低（1X）劑量的棲組織普雷沃菌菌株B（「菌株B」）（中）；高（5X）劑量的棲組織普雷沃菌菌株B（右）；或安慰劑（左）治療28天後，TNF-a（TNF-α）表現的百分比變化。
[圖12]示出了瀑布圖，展示了受試者用低（1X）劑量的棲組織普雷沃菌菌株B（「菌株B」）（中）；高（5X）劑量的棲組織普雷沃菌菌株B（右）；或安慰劑（左）治療28天後，IFN-g（IFN-γ）表現的百分比變化。
[圖13]示出了瀑布圖，展示了受試者用低（1X）劑量的棲組織普雷沃菌菌株B（「菌株B」）（中）；高（5X）劑量的棲組織普雷沃菌菌株B（右）；或安慰劑（左）治療28天後，IL-17A表現的百分比變化。
[圖14]係顯示棲組織普雷沃菌菌株B或地塞米松對耳部炎症的影響之圖。
[圖15A和15B]係顯示在脾細胞刺激測定中，棲組織普雷沃菌菌株B或地塞米松對IFNα（圖15A）和IFNβ（圖15B）的產生的影響之圖。
[圖16]係顯示棲組織普雷沃菌菌株B或地塞米松對全身性干擾素γ產生的影響之圖。
[圖17A和圖17B]係一系列圖，其顯示了棲組織普雷沃菌菌株B對免疫細胞亞群的影響。
[圖18]係一系列圖，其顯示在花生過敏模型中，棲組織普雷沃菌菌株B對KLH特異性IgG和花生特異性IgG1或總IgG1的影響。
[圖19]係一系列圖，其顯示了與DC-CD8 T細胞共培養對照相比，棲組織普雷沃菌菌株B或產黑普雷沃菌菌株（「屬對照（genus ctrl）」）對CD8 T細胞對CEF病毒肽的IFNγ響應的影響。
[圖20A至圖20C]係一系列圖，其顯示了在脾細胞刺激測定中，小韋榮氏球菌菌株A- G.I.對耳部炎症（圖20A）的影響和小韋榮氏球菌菌株A- G.I.對IFNα（圖20B）和IFNβ（圖20C）的產生的影響。
[圖21]係顯示小韋榮氏球菌菌株A- G.I.對全身性干擾素γ（IFNγ）產生的影響之圖。
[圖22A和圖22B]係一系列圖，其顯示了小韋榮氏球菌菌株A- G.I.對免疫細胞亞群的影響。
[圖23]係顯示在KLH遲發型超敏反應模型中，小韋榮氏球菌菌株A- G.I.對KLH特異性IgG的影響之圖。
[圖24]係顯示與DC-CD8 T細胞共培養對照相比，小韋榮氏球菌菌株A- G.I.對CD8 T細胞對CEF病毒肽的IFNγ響應的影響之圖。
[圖25]係顯示棲組織普雷沃菌菌株B的能力是消退持續性炎症而不是抑制免疫系統對隨後的炎症誘導回應的能力之圖。
[圖26A和圖26B]係顯示棲組織普雷沃菌菌株B對炎症抑制的影響的持續時間之圖。圖26A顯示了在第8天激發後棲組織普雷沃菌菌株B對耳部炎症的影響。圖26B顯示了在第23天激發後棲組織普雷沃菌菌株B對耳部炎症的影響。
國外寄存美國；American Type Culture Collection (ATCC)；2019/01/25；PTA-125691 國內寄存食品工業發展研究所；108年5月7日；BCRC910892

Claims (23)

  1. 包含抗炎細菌之藥物組成物在製造藥物中之用途，該藥物用於消退有需要的人類受試者中之炎症，其中該藥物口服投與至該受試者。
  2. 如請求項1所述之用途，其中該藥物組成物包含劑量為約3 x 10 10至約1.5 x 10 12個總細胞的該抗炎細菌。
  3. 如請求項1所述之用途，其中該投與導致炎性細胞介素水平的降低。
  4. 如請求項3所述之用途，其中該炎性細胞介素係IL-8、IL-6、IL-1β和/或TNFα。
  5. 如請求項1至4中的任一項所述之用途，其中該投與不降低I型干擾素響應。
  6. 如請求項1至4中的任一項所述之用途，其中該投與不降低IFNα和/或IFNβ水平。
  7. 如請求項1至4中任一項所述之用途，其中該抗炎細菌係棲組織普雷沃菌菌株。
  8. 如請求項7所述之用途，其中該抗炎細菌棲組織普雷沃菌菌株係棲組織普雷沃菌菌株B（NRRL登錄號B 50329）。
  9. 如請求項7所述之用途，其中該藥物組成物包含劑量為約8 x 10 10至約1.3 x 10 12個總細胞的該棲組織普雷沃菌細菌。
  10. 如請求項1至4中任一項所述之用途，其中該抗炎細菌係小韋榮氏球菌菌株。
  11. 如請求項10所述之用途，其中該抗炎細菌小韋榮氏球菌菌株係小韋榮氏球菌菌株A（ATCC保藏號PTA-125691）。
  12. 如請求項10所述之用途，其中該抗炎細菌小韋榮氏球菌菌株被γ照射。
  13. 如請求項10所述之用途，其中該藥物組成物包含劑量為約4.5 x 10 10至約1.5 x 10 12個總細胞的該小韋榮氏球菌細菌。
  14. 如請求項1至4中任一項所述之用途，其中該抗炎細菌以一或多個腸溶包衣的膠囊的形式投與。
  15. 如請求項14所述之用途，其中該膠囊包含對pH敏感的腸溶包衣，這使得該膠囊中的內容物釋放到該人類受試者的十二指腸和/或空腸中。
  16. 如請求項1至4中任一項所述之用途，其中該抗炎細菌以一或多個腸溶包衣的片劑的形式投與。
  17. 如請求項1至4中任一項所述之用途，其中該抗炎細菌以一或多個腸溶包衣的微型片劑的形式投與。
  18. 如請求項17所述之用途，其中該一或多個腸溶包衣的微型片劑以一或多個非腸溶包衣的膠囊的形式投與。
  19. 如請求項1至4中任一項所述之用途，其中向該受試者口服投與多個劑量的該抗炎細菌。
  20. 如請求項19所述之用途，其中向該人類受試者投與日劑量的該抗炎細菌。
  21. 如請求項19所述之用途，其中向該人類受試者投與兩次日劑量的該抗炎細菌。
  22. 如請求項1至4中任一項所述之用途，該方法進一步包括向該受試者投與抗炎劑。
  23. 如請求項22所述之用途，其中該抗炎劑係NSAID或抗炎類固醇。
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