TW201938179A

TW201938179A - 用於治療或預防癌症之組合療法

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Publication number: TW201938179A
Application number: TW108101920A
Authority: TW
Inventors: 亞力山卓史蒂芬森
Original assignee: 英商4D製藥研究有限公司
Priority date: 2018-01-19
Filing date: 2019-01-18
Publication date: 2019-10-01
Also published as: CA3088333A1; BR112020014595A2; IL275860A; SG11202006870XA; MX2020007681A; MA51614A; JP2021510688A; EP3740219A1; CN111629740A; AU2019210003A1; US20210060093A1; WO2019141997A1; KR20200110341A

Abstract

本發明提供一種包含細菌菌株之組合療法，其係用於治療或預防癌症。

Description

用於治療或預防癌症之組合療法

本發明係在用於治療或預防癌症之組合療法的領域中：包含細菌菌株之組成物與CTLA-4抑制劑的組合，其係用於治療或預防癌症。

認為人類之腸在子宮內為無菌的，但在出生後立即暴露於多種多樣之母體及環境微生物。此後，微生物移生及演替之動態期發生，其受諸如分娩方式、環境、飲食、及宿主基因型之因素影響，所有該等因素皆影響腸微生物區之組成，特別是在生命早期。隨後，微生物區穩定，且變得像成人一樣[1]。人類腸微生物區含有多於500-1000種不同的演化型，其基本上屬於兩個主要細菌分類(擬桿菌門(Bacteroidetes )及厚壁菌門(Firmicutes ))[2]。由人類腸之細菌移生引起的成功共生關係已經產生廣泛多種代謝、結構、保護、及其他有益功能。經移生之腸之代謝活動增強確保否則難消化之膳食組分降解，同時伴有副產物之釋放，由此提供用於宿主之重要營養源。類似地，腸微生物區之免疫學重要性為公認的，且在免疫系統受損之無菌動物中例證，該免疫系統在引入共生細菌後在功能上復原[3-,[4],5]。

已在胃腸病症諸如發炎性腸病(IBD)中記錄微生物區組成之顯著變化。例如，在IBD患者中，梭菌(Clostridium )群集XIVa細菌之水準降低，而大腸桿菌(E.coli)之數目增加，提示腸內共生生物與致病生物(pathobiont)之平衡的偏移[6-,[7],[8],9]。令人感興趣地，此微生物生態失調亦與T效應細胞群中之失衡有關。

鑒於某些細菌菌株可對動物腸具有潛在的積極作用，已提出將各種菌株用於治療各種疾病(參見，例如[10-,[11],[12],13])。亦已提出將某些菌株(包括大多數乳桿菌(Lactobacillus )及雙叉桿菌(Bifidobacterium )菌株)用於治療各種與腸無直接關聯的炎性及自體免疫疾病(參見[14]及[15]之綜述)。然而，不同疾病與不同細菌菌株之間的關係，以及具體細菌菌株對腸及在全身水準下且對任何具體類型疾病之確切作用尚未充分表徵。例如，某些腸球菌屬(Enterococcus )物種牽涉於引起癌症[16]。相比之下，物種雞腸球菌(Enterococcus gallinarum )之菌株亦已揭示用於治療及預防癌症[54]。

由於癌症之各種性質，開發不同治療模式以便治療不同的患者組。已經證實有效的一種治療模式為使用免疫檢查點抑制劑(ICI)。ICI為抑制癌細胞防止宿主免疫細胞攻擊癌細胞之能力的化合物。ICI可為例如已針對跨膜受體程式性細胞死亡1蛋白(稱為PDCD1、PD-1、PD1或CD279)與其配位體、亦即PD-1配位體1(稱為PD-L1、PDL1或CD274)之間的相互作用開發之治療性抗體。

儘管用ICI治療癌症患者當有效時可產生長效且顯著之臨床作用，但仍有相當大百分比之患者對ICI治療無反應或僅有部分反應。因此，在此項技術中需要預防及治療癌症之新穎及改良的治療模式，且尤其是可改善CTLA-4抑制劑之治療效果的治療模式。

本發明係關於用於治療及預防癌症之新穎組合療法。具體而言，本發明係關於經改良之療法，其中物種雞腸球菌之細菌菌株及CTLA-4抑制劑之順序及/或部分同時投與產生比用該細菌菌株或該CTLA-4抑制劑單獨之治療更有效的癌症治療。

包含物種雞腸球菌之細菌菌株的組成物一般而言在療法中係有效的，且尤其有效治療或預防癌症，如在下文及[54]中所示。本發明進一步部分地基於在投與CTLA-4抑制劑及包含物種雞腸球菌之細菌菌株的組成物兩者之後達成的意外效果。如本文所用，術語「本發明之組合」、「本發明之治療組合」及「治療組合」可互換使用並且指代以下治療組合：(a)包含物種雞腸球菌之細菌菌株的組成物；與(b)CTLA-4抑制劑。應理解，治療組合之情境中之術語「組合」不指代有必要在相同組成物中及/或同時投與之組合之組分(a)及(b)。根據較佳實施例，治療組合之(a)與(b)係在單獨的組成物中。根據一些實施例，本文提供本發明之組合，其係用於治療或預防受檢者之癌症的方法中。根據一些實施例，本文提供一種用於治療或預防受檢者之癌症的方法，其包含向該受檢者投與本發明之治療組合。

根據一些實施例，在治療組合之情境中細菌組成物之投與使得能夠治療對在無細菌組成物下投與的免疫檢查點抑制劑之治療無反應或顯示反應不足之癌症患者。根據一些實施例，對ICI療法無反應或部分反應之患者可為ICI初次治療的(亦即，其先前未曾接受ICI療法)或其可在先前成功投與ICI之後變為無反應者或部分反應者。

不希望受理論或機制之約束，此效果可經由調節改良CTLA-4抑制劑之效率的介質，諸如經由增加浸潤腫瘤之CD8⁺ T細胞或增加浸潤腫瘤之CD8⁺ T細胞與FoxP3+細胞之比率實現。

根據一態樣，本文提供一種治療組合，其係用於治療或預防受檢者之癌症的方法中，其中該治療組合包含：(a)包含物種雞腸球菌之細菌菌株的組成物；與(b)CTLA-4抑制劑。

根據一些實施例，本文提供一種包含物種雞腸球菌之細菌菌株的組成物，其係用於治療或預防受檢者之癌症的方法中，其中該組成物與CTLA-4抑制劑組合使用。

根據一些實施例，本文提供一種包含物種雞腸球菌之細菌菌株的第一組成物，其係與包含CTLA-4抑制劑的第二組成物組合用於治療或預防受檢者之癌症的方法中，視情況其中該第一組成物在首次投與該第二組成物之前及/或與投與該第二組成物同時投與，視情況其中該受檢者對使用免疫檢查點抑制劑單獨之先前治療無反應。

根據另一態樣，本文提供一種治療或預防有此需要之受檢者之癌症的方法(在本文中亦稱為「本發明之方法」)，該方法包含：(a)向該受檢者投與包含物種雞腸球菌之細菌菌株的組成物；及(b)向該受檢者投與CTLA-4抑制劑。

根據另一態樣，本文提供一種套組，其包含：(a)包含物種雞腸球菌之細菌菌株的組成物；與(b)包含CTLA-4抑制劑之組成物。

根據一些實施例，癌症選自由下列各物組成之群：乳腺癌、肺癌、結腸癌、腎癌、肝癌、淋巴瘤(諸如非霍奇金式淋巴瘤)、肝細胞瘤及神經內分泌癌。根據一些實施例，該治療組合係用於治療或預防肺癌、乳腺癌、腎癌、肝癌、淋巴瘤、肝細胞瘤、神經內分泌癌或結腸癌之方法中。根據一些實施例，癌症係選自由下列各物組成之群：黑色素瘤、非小細胞肺癌、膀胱癌及頭頸癌。在某些實施例中，本發明之治療組合或方法在癌症治療中係用於減小腫瘤尺寸或防止腫瘤生長。根據一些實施例，本發明之治療組合或方法係用於以下至少一者：減小腫瘤尺寸、減慢腫瘤生長、預防轉移或預防血管生成。

根據一些實施例，術語「組成物」、「細菌組成物」及「本發明之組成物」可互換使用並且係指包括在本發明之治療組合中的組成物，其包含物種雞腸球菌之細菌菌株。根據一些實施例，包含物種雞腸球菌之細菌菌株的組成物不含來自任何其他物種之細菌或僅包含微量或生物學不相關量之來自另一物種之細菌。根據一些實施例，雞腸球菌之密切相關菌株亦可用作治療組合之一部分，諸如具有與雞腸球菌之細菌菌株之16s rRNA序列至少95%、96%、97%、 98%、99%、99.5%或99.9%相同之16s rRNA序列的細菌菌株。較佳地，細菌菌株具有與SEQ ID NO：1或2至少95%、96%、97%、98%、99%、99.5%或99.9%相同之16s rRNA序列。較佳地，序列一致性係針對SEQ ID NO：2。較佳地，用於本發明之治療組合中的細菌菌株具有由SEQ ID NO：2表示之16s rRNA序列。

因此，本發明之治療組合可包含含有細菌菌株之組成物，該細菌菌株具有與雞腸球菌之細菌菌株之16s rRNA序列(視情況與SEQ ID NO：2)至少95%相同的16s rRNA序列，所述組成物係用於治療或預防癌症之方法中。雞腸球菌在一些實施例中，組成物中之細菌菌株不為雞腸球菌的，但為密切相關之菌株。

在某些實施例中，本發明之組成物係用於經口投與。本發明菌株之經口投與可有效用於治療癌症，特別是當作為本發明之治療組合之一部分投與時。再者，經口投藥對於患者及開業者係方便的且容許遞送至及/或部分或完全移生於腸。根據一些實施例，靜脈內投與用作本發明之治療組合之一部分的CTLA-4抑制劑。根據一些實施例，治療組合之細菌組成物與CTLA-4抑制劑各自存在於單獨的組成物中，其各自可能包含適於其投與模式之載劑及/或賦形劑。在某些實施例中，本發明之組成物包含一或多種醫藥學上可接受之賦形劑或載劑。在某些實施例中，CTLA-4抑制劑係在包含一或多種醫藥學上可接受之賦形劑或載劑的組成物中。

在某些實施例中，本發明之細菌組成物包含已經凍乾之細菌菌株。冷凍乾燥為用於製備容許遞送細菌之穩定組成物的有效及適宜技術。根據一些實施例，在組成物中之細菌菌株能夠部分或完全移生於腸。

在某些實施例中，細菌組成物係包括在食物產品內。在某些實施例中，細菌組成物係包括在疫苗內。

根據一些實施例，細菌組成物包含雞腸球菌之單一菌株。根據一些實施例，細菌組成物包含雞腸球菌細菌菌株作為微生物共生體之一部分。較佳地，細菌組成物包含在登錄號NCIMB 42488下寄存之雞腸球菌菌株。

根據一些實施例，CTLA-4抑制劑為易普利單抗。根據一些實施例，CTLA-4抑制劑係選自由下列各物組成之群：易普利單抗、替西木單抗(tremelimumab)、RebMab 600、AGEN1884、RebMab 600、MK-1308及其組合。

根據本發明方法之一些實施例，在向受檢者首次投與CTLA-4抑制劑之前向受檢者投與細菌組成物。根據本發明方法之一些實施例，在首次投與CTLA-4抑制劑之前至少一週、兩週、三週或四週向受檢者投與細菌組成物。應理解，在本發明方法之情境下，CTLA-4抑制劑之首次投與係指作為本發明之治療組合之一部分的首次投與。在投與本發明之治療組合之前，可能已向受檢者投與CTLA-4抑制劑，而在投與CTLA-4抑制劑期間/之前不投與本發明之細菌組成物。根據一些實施例，在投與本發明之治療組合與先前投與CTLA-4抑制劑單獨或細菌組成物單獨之間過去了至少一週、兩週、三週或四週。

根據本發明方法之一些實施例，與向受檢者投與CTLA-4抑制劑至少部分同時向受檢者投與細菌組成物。在細菌組成物與CTLA-4抑制劑之投與時間的情境下，至少部分同時投與係指可完全(例如，兩種組分都在12個月之過程中投與)或部分(例如，一種組分在12個月之過程中投與且第二種組分在8個月之過程中投與，其可與12個月時期完全或部分重疊)重疊地投與。應理解，兩種組分之同時投與不意味著兩種組分必須使用相同的給藥方案投與。根據本發明方法之一些實施例，在首次投與CTLA-4抑制劑之前及/或與向受檢者投與CTLA-4抑制劑至少部分同時向該受檢者投與細菌組成物。根據某些實施例，在首次投與CTLA-4抑制劑之前至少一週、兩週、三週或四週向受檢者投與細菌組成物，接著在至少兩週、四週或六週期間至少部分同時投與細菌組成物與CTLA-4抑制劑。

根據一些實施例，物種雞腸球菌之細菌菌株與CTLA-4抑制劑係在單獨的組成物中，較佳其中細菌組成物經調配用於經口投與，而CTLA-4抑制劑係在經調配用於靜脈內投與之調配物中。

根據一些實施例，本發明之治療組合係用於治療或預防對使用免疫檢查點抑制劑單獨之先前治療無反應的受檢者之癌症。如本文所用，對免疫檢查點抑制劑之治療無反應的受檢者係指根據RECIST(Response Evaluation Criteria In Solid Tumours)準則或根據irRECIST(immune-related Response Evaluation Criteria In Solid Tumours)準則無反應之受檢者。

根據一些實施例，本發明之治療組合係用於治療或預防受檢者之癌症，其中CTLA-4抑制劑或細菌組成物單獨不能在受檢者中提供有效的癌症治療或預防。根據一些實施例，受檢者中之癌症的有效治療包含以下至少一者：減小腫瘤尺寸、減慢腫瘤生長及/或預防轉移，至將造成受檢者中之癌症的完全或部分緩解之程度。

根據一些實施例，本發明之治療組合能夠減小腫瘤尺寸及/或減慢腫瘤生長及/或預防轉移及/或預防血管生成至比CTLA-4抑制劑或細菌組成物單獨更高之程度。

根據一些實施例，本發明之治療組合係用於治療受檢者之癌症，以使得受檢者之癌症完全緩解，較佳在比使用CTLA-4抑制劑或細菌組成物單獨之治療所達成的更短之時段內。

本發明亦提供一種包含CTLA-4抑制劑之組成物，其係用於治療或預防先前接受投與包含物種雞腸球菌之細菌菌株(較佳在登錄號NCIMB 42488下寄存之菌株)的組成物之受檢者之癌症的方法中。

本發明亦提供一種組成物，其包含物種雞腸球菌之細菌菌株，較佳在登錄號NCIMB 42488下寄存之菌株，其係用於治療或預防經診斷需要用CTLA-4抑制劑治療之受檢者的癌症之方法中。

圖1A： 乳腺癌之小鼠模型-腫瘤體積。

圖1B： 上圖：在EMT6腫瘤中之壞死區域(未經治療n=6，媒劑n=6，MRx0518n=8)。下圖：EMT6腫瘤中之分裂細胞的百分比。P=0.019(未經治療n=4，計數的細胞總數=37201，載體n=6，計數的細胞總數=64297，MRx0518n=6，計數的細胞總數=33539)。

圖1C： 乳腺癌之小鼠模型-免疫細胞浸潤。散佈圖表示來自各治療組之個別動物的不同免疫標誌物之細胞計數。

圖1D： 乳腺癌之小鼠模型-在腫瘤裂解物中之細胞介素產生。柱表示來自各治療組之總蛋白之平均值pg/ml。*p<0.05，介於各組之間，使用單向ANOVA，繼之以Dunnett多重比較檢定。

圖1E： 乳腺癌之小鼠模型-在血漿中之細胞介素產生。柱表示來自各治療組之平均值pg/ml(+/- SEM)。

圖1F： 用針對CD8α之抗體免疫標記(下圖)並用DAPI對比染色(上圖)之來自媒劑、MRx0518及CTLA-4治療之小鼠的回腸低溫切片之代表性圖像。

圖1G： 定量每視野具有多於3個CD8α+細胞之動物研究子集的繪圖，細胞取自用媒劑、MRx0518或CTLA-4治療之小鼠的回腸隱窩區。

圖2： 肺癌之小鼠模型-腫瘤體積。

圖3A： 肝癌之小鼠模型-肝臟重量。

圖3B： 腎癌之小鼠模型-腫瘤體積。

圖4A： 在未成熟的樹突細胞(無細菌)中之細胞介素水準(pg/ml)。

圖4B： 在添加LPS之後的未成熟的樹突細胞中之細胞介素水準(pg/ml)。

圖4C： 在添加MRX518之後的未成熟的樹突細胞中之細胞介素水準(pg/ml)。

圖4D： 在添加MRX518及LPS之後的未成熟的樹突細胞中之細胞介素水準(pg/ml)。

圖5A： 在THP-1細胞(無細菌)中之細胞介素水準。

圖5B： 在添加細菌沉積物之後的THP-1細胞中之細胞介素水準。

圖5C： 在添加MRX518單獨或與LPS組合之後的THP-1細胞中之細胞介素水準。

圖6： 描繪在各種治療之後的增殖CD8+細胞之百分比的條形圖(NCD-無細胞分裂，1RCD-一次細胞分裂，2RCD-兩次細胞分裂，3RCD-三次細胞分裂，4RCD-四次細胞分裂)。

圖7A： 下文所述之實例6中使用的不同組之治療方案的示意圖。

圖7B： 在帶有由EMT-6細胞形成之腫瘤的小鼠中之平均腫瘤體積。小鼠係未經治療的或用以下治療：YCFA媒劑(媒劑)、在YCFA培養基中之MRx518細菌(MRx518)、抗PD1抗體及YCFA培養基(抗PD1)、抗CTLA-4抗體及YCFA培養基(抗CTLA-4)、MRx518與抗PD1抗體之組合或MRx518與抗CTLA-4抗體之組合。

細菌菌株

本發明之組成物包含物種雞腸球菌之細菌菌株。該等實例論證包含此物種之細菌的治療組合適用於治療或預防癌症。

根據一些實施例，本文提供一種治療組合，其係用於治療或預防受檢者之癌症的方法中，其中該治療組合包含：(a)包含物種雞腸球菌之細菌菌株的組成物；與(b)CTLA-4抑制劑

根據一些實施例，包含具有與雞腸球菌之細菌菌株之16s rRNA序列至少95%相同的16s rRNA序列之細菌菌株的組成物可用於本發明之治療組合及方法中。根據某些實施例，本發明亦提供一種組成物，其包含具有與SEQ ID NO：2至少95%相同的16s rRNA序列之細菌菌株，其與CTLA-4抑制劑組合用於治療或預防癌症。在一些實施例中，組成物中之細菌菌株不為雞腸球菌，但為密切相關之菌株。

在某些實施例中，本發明之組成物包含具有與SEQ ID NO：2至少95%相同的16s rRNA序列之細菌菌株，例如，其為雞腸球菌，且不含任何其他細菌屬。在某些實施例中，本發明之組成物包含具有與SEQ ID NO：2至少95%相同的16s rRNA序列之細菌菌株的單一菌株，例如，其為雞腸球菌，且不含任何其他細菌菌株或物種。

雞腸球菌形成球菌細胞，大部分為成對的或短鏈。其為不動的且在血液瓊脂或營養瓊脂上之菌落為環形且光滑的。雞腸球菌與藍斯費氏D群抗血清反應。雞腸球菌之模式菌株為F87/276=PB21=ATCC 49573=CCUG 18658=CIP 103013=JCM 8728=LMG 13129=NBRC 100675=NCIMB 702313(舊稱NCDO 2313)=NCTC 12359[17]。雞腸球菌之16S rRNA基因序列的GenBank登錄號為AF039900(本文揭示為SEQ ID NO：1)。示範性雞腸球菌菌株描述於[17]中。

在登錄號NCIMB 42488下寄存之雞腸球菌細菌在實例中進行測試並且在本文中亦稱為菌株MRX518。MRX518與MRx0518可互換使用。所測試之 MRX518菌株之16S rRNA序列提供於SEQ ID NO：2中。菌株MRX518係在2015年11月16日由4D Pharma Research Ltd.(Life Sciences Innovation Building,Aberdeen,AB25 2ZS,Scotland)之國際寄存機構NCIMB,Ltd.(Ferguson Building,Aberdeen,AB219YA,Scotland)寄存為「腸道球菌物種」並且分配登錄號NCIMB 42488。

菌株MRX518之基因組包含染色體及質體。菌株MRX518之染色體序列提供於SEQ ID NO：3中。菌株MRX518之質體序列提供於SEQ ID NO：4中。使用PacBio RS II平台生成此等序列。

亦預期與實例中測試之菌株密切相關之細菌菌株有效用於本發明之治療組合中的癌症治療或預防。在某些實施例中，用於本發明之治療組合中的細菌菌株具有與雞腸球菌之細菌菌株之16s rRNA序列至少95%、96%、97%、98%、99%、99.5%或99.9%相同的16s rRNA序列。較佳地，用於本發明之治療組合中的細菌菌株具有與SEQ ID NO：1或2至少95%、96%、97%、98%、99%、99.5%或99.9%相同之16s rRNA序列。較佳地，序列一致性係針對SEQ ID NO：2。較佳地，用於本發明之治療組合中的細菌菌株具有由SEQ ID NO：2表示之16s rRNA序列。

作為在登錄號42488下寄存之細菌之生物型的細菌菌株亦預期在本發明之治療組合之情境下有效用於治療或預防癌症。生物型為具有相同或極其相似之生理及生物化學特徵的密切相關之菌株。

作為在登錄號NCIMB 42488下寄存之細菌的生物型且適用於本發明之治療組合中的菌株可藉由為在登錄號NCIMB 42488下寄存之細菌的其他核苷酸序列定序來鑒別。例如，可為實質上整個基因組定序並且用於本發明之治療組合中的生物型菌株可在至少80%其整個基因組上(例如在至少85%、90%、95%或99%上，或在其整個基因組上)具有至少95%、96%、97%、98%、99%、99.5% 或99.9%序列一致性。例如，在一些實施例中，生物型菌株在至少98%其基因組上具有至少98%序列一致性或在99%其基因組上具有至少99%序列一致性。用於鑒別生物型菌株中之其他合適的序列可包括hsp60或重複序列，諸如BOX、ERIC、(GTG)₅ 、或REP或[18]。生物型菌株可具有與在登錄號NCIMB 42488下寄存之細菌之相應序列擁有至少95%、96%、97%、98%、99%、99.5%或99.9%序列一致性的序列。在一些實施例中，生物型菌株具有與在登錄號NCIMB 42488下寄存之菌株MRX518之相應序列擁有至少95%、96%、97%、98%、99%、99.5%或99.9%序列一致性的序列並且包含與SEQ ID NO：2至少99%相同(例如，至少99.5%或至少99.9%相同)的16S rRNA序列。在一些實施例中，生物型菌株具有與在登錄號NCIMB 42488下寄存之菌株MRX518之相應序列擁有至少95%、96%、97%、98%、99%、99.5%或99.9%序列一致性的序列並且具有SEQ ID NO：2之16S rRNA序列。

在某些實施例中，用於本發明之治療組合中的細菌菌株具有與SEQ ID NO：3擁有序列一致性之染色體。在較佳實施例中，用於本發明之治療組合中的細菌菌株具有與SEQ ID NO：3在至少60%(例如，至少65%、70%、75%、80%、85%、95%、96%、97%、98%、99%或100%)之SEQ ID NO：3上擁有至少90%序列一致性(例如，至少92%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列一致性)之染色體。舉例而言，用於本發明之治療組合中的細菌菌株可具有以下染色體：與SEQ ID NO：3在70%之SEQ ID NO：3上擁有至少90%序列一致性、或與SEQ ID NO：3在80%之SEQ ID NO：3上擁有至少90%序列一致性、或與SEQ ID NO：3在90%之SEQ ID NO：3上擁有至少90%序列一致性、或與SEQ ID NO：3在100%之SEQ ID NO：3上擁有至少90%序列一致性、或與SEQ ID NO：3在70%之SEQ ID NO：3上擁有至少95%序列一致性、或與SEQ ID NO：3在80%之SEQ ID NO：3上擁有至少95%序列一致性、或與SEQ ID NO：3在90%之SEQ ID NO：3 上擁有至少95%序列一致性、或與SEQ ID NO：3在100%之SEQ ID NO：3上擁有至少95%序列一致性、或與SEQ ID NO：3在70%之SEQ ID NO：3上擁有至少98%序列一致性、或與SEQ ID NO：3在80%之SEQ ID NO：3上擁有至少98%序列一致性、或與SEQ ID NO：3在90%之SEQ ID NO：3上擁有至少98%序列一致性、或與SEQ ID NO：3在95%之SEQ ID NO：3上擁有至少98%序列一致性、或與SEQ ID NO：3在100%之SEQ ID NO：3上擁有至少98%序列一致性、或與SEQ ID NO：3在90%之SEQ ID NO：3上擁有至少99.5%序列一致性、或與SEQ ID NO：3在95%之SEQ ID NO：3上擁有至少99.5%序列一致性、或與SEQ ID NO：3在98%之SEQ ID NO：3上擁有至少99.5%序列一致性、或與SEQ ID NO：3在100%之SEQ ID NO：3上擁有至少99.5%序列一致性。

在某些實施例中，用於本發明之治療組合中的細菌菌株具有與SEQ ID NO：4擁有序列一致性之質體。在較佳實施例中，用於本發明之治療組合中的細菌菌株具有與SEQ ID NO：4在至少60%(例如，至少65%、70%、75%、80%、85%、95%、96%、97%、98%、99%或100%)之SEQ ID NO：4上擁有至少90%序列一致性(例如，至少92%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列一致性)之質體。舉例而言，用於本發明之治療組合中的細菌菌株可具有以下質體：與SEQ ID NO：4在70%之SEQ ID NO：4上擁有至少90%序列一致性、或與SEQ ID NO：4在80%之SEQ ID NO：4上擁有至少90%序列一致性、或與SEQ ID NO：4在90%之SEQ ID NO：4上擁有至少90%序列一致性、或與SEQ ID NO：4在100%之SEQ ID NO：4上擁有至少90%序列一致性、或與SEQ ID NO：4在70%之SEQ ID NO：4上擁有至少95%序列一致性、或與SEQ ID NO：4在80%之SEQ ID NO：4上擁有至少95%序列一致性、或與SEQ ID NO：4在90%之SEQ ID NO：4上擁有至少95%序列一致性、或與SEQ ID NO：4在100%之SEQ ID NO：4上擁有至少95%序列一致性、或與SEQ ID NO：4在70%之SEQ ID NO：4上擁有至少98% 序列一致性、或與SEQ ID NO：4在80%之SEQ ID NO：4上擁有至少98%序列一致性、或與SEQ ID NO：4在90%之SEQ ID NO：4上擁有至少98%序列一致性、或與SEQ ID NO：4在100%之SEQ ID NO：4上擁有至少98%序列一致性。

在某些實施例中，用於本發明之治療組合中的細菌菌株可具有與SEQ ID NO：3擁有序列一致性之染色體及與SEQ ID NO：4擁有序列一致性之質體。

在某些實施例中，用於本發明之治療組合中的細菌菌株具有擁有與SEQ ID NO：3(例如如上所述)之序列一致性的染色體，及擁有與SEQ ID NO：1或2(例如如上所述)之任一者的序列一致性之16S rRNA序列，較佳具有與SEQ ID NO：2至少99%相同的16s rRNA序列，更佳地，其包含SEQ ID NO：2之16S rRNA序列，且視情況包含具有與SEQ ID NO：4(如上所述)之序列一致性的質體。

在某些實施例中，用於本發明之治療組合中的的細菌菌株具有擁有與SEQ ID NO：3(例如如上所述)之序列一致性的染色體，且視情況包含擁有與SEQ ID NO：4(如上所述)之序列一致性的質體，且有效用於治療或預防癌症。

在某些實施例中，用於本發明之治療組合中的細菌菌株具有擁有與SEQ ID NO：3(例如如上所述)之序列一致性的染色體，及擁有與SEQ ID NO：1或2(例如如上所述)之任一者的序列一致性之16S rRNA序列，且視情況包含具有與SEQ ID NO：4(如上所述)之序列一致性的質體，並且有效用於治療或預防癌症。

在某些實施例中，用於本發明之治療組合中的細菌菌株具有與由SEQ ID NO：2表示之16s rRNA序列至少99%、99.5%或99.9%相同的16s rRNA序列(例如，其包含SEQ ID NO：2之16S rRNA序列)及與SEQ ID NO：3在至少90%之SEQ ID NO：3上擁有至少95%序列一致性之染色體，且視情況包含擁有與SEQ ID NO：4(如上所述)之序列一致性的質體，並且其有效用於治療或預防癌症。

在某些實施例中，用於本發明之治療組合中的細菌菌株具有與由SEQ ID NO：2表示之16s rRNA序列至少99%、99.5%或99.9%相同的16s rRNA序列(例如，其包含SEQ ID NO：2之16S rRNA序列)及與SEQ ID NO：3在至少98%(例如在至少99%或至少99.5%)之SEQ ID NO：3上擁有至少98%序列一致性(例如至少99%或至少99.5%序列一致性)之染色體，且視情況包含擁有與SEQ ID NO：4(如上所述)之序列一致性的質體，並且其有效用於治療或預防癌症。

在某些實施例中，用於本發明之治療組合中的細菌菌株為雞腸球菌且具有與由SEQ ID NO：2表示之16s rRNA序列至少99%、99.5%或99.9%相同的16s rRNA序列(例如，其包含SEQ ID NO：2之16S rRNA序列)及與SEQ ID NO：3在至少98%(例如在至少99%或至少99.5%)之SEQ ID NO：3上擁有至少98%序列一致性(例如至少99%或至少99.5%序列一致性)之染色體，且視情況包含擁有與SEQ ID NO：4(如上所述)之序列一致性的質體，並且其有效用於治療或預防癌症。

或者，作為在登錄號NCIMB 42488下寄存之細菌之生物型且適用於本發明之治療組合中的菌株可藉由使用登錄號NCIMB 42488寄存物及限制片段分析及/或PCR分析，例如藉由使用螢光擴增片段長度多型性(FAFLP)及重複DNA元件(rep)-PCR指紋分析、或蛋白質剖析、或部分16S或23s rDNA定序來鑒別。在較佳實施例中，此類技術可用於鑒別其他雞腸球菌菌株。

在某些實施例中，作為在登錄號NCIMB 42488下寄存之細菌之生物型且適用於本發明之治療組合中的菌株為提供與在登錄號NCIMB 42488下寄存之細菌相同的模式之菌株，當藉由擴增核糖體DNA限制分析(ARDRA)所分析時，例如當使用Sau3AI限制酶時(關於示範性方法及指導，參見例如[19])。或者，生物型菌株經鑒定為具有與在登錄號NCIMB 42488下寄存之細菌相同的碳水化合物發酵模式之菌株。在一些實施例中，使用API 50 CHL板(bioMérieux)確定碳水化合物發酵模式。在一些實施例中，用於本發明之治療組合中的細菌菌株為： (i)對於以下中之至少一種(例如，至少2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17種或所有)之發酵呈陽性：L-阿拉伯糖、D-核糖、D-木糖、D-半乳糖、D-葡萄糖、D-果糖、D-甘露糖、N-乙醯葡萄胺糖、苦杏仁苷、熊果苷、水楊苷、D-纖維二糖、D-麥芽糖、蔗糖、D-海藻糖、龍膽二糖、D-塔格糖及葡萄糖酸鉀；及/或(ii)作為以下中之至少一種(例如，至少2、3、4種或所有)之發酵的中間體：D-甘露糖醇、甲基-αD-哌喃葡糖苷、D-乳糖、澱粉、及L-海藻糖；較佳如藉由API 50 CHL分析(較佳使用來自bioMérieux之API 50 CHL板)所確定。

適用於本發明之組成物及方法中的其他雞腸球菌菌株(諸如在登錄號NCIMB 42488下寄存之細菌之生物型)可使用任何適當方法或策略(包括在實例中所述之檢定)來鑒別。例如，用於本發明之治療組合中的菌株可藉由以下步驟來鑒別：在厭氧性YCFA中培養及/或向II型膠原誘發之關節炎小鼠模型投與細菌，接著評估細胞介素水準。具體而言，與在登錄號NCIMB 42488下寄存之細菌具有相似的生長模式、代謝類型及/或表面抗原之細菌菌株可適用於本發明之治療組合中。有用的菌株將與NCIMB 42488菌株具有相當的免疫調節活性。具體而言，生物型菌株將對癌症疾病模型引發與實例中所示之作用相當的作用，此可藉由使用實例中所述之培養及投藥方案來鑒別。根據一些實施例，可用於本發明之治療組合中的生物型菌株為當在本發明之治療組合或方法中投與時能夠對癌症疾病模型引發與實例中所示相同之作用的菌株。

在一些實施例中，用於本發明之治療組合中的細菌菌株為：(i)對以下中之至少一種(例如，至少2、3、4、5、6、7種或所有)呈陽性：甘露糖發酵、麩胺酸脫羧酶、精胺酸芳基醯胺酶、苯丙胺酸芳基醯胺酶、焦麩胺酸芳基醯胺酶、酪胺酸芳基醯胺酶、組胺酸芳基醯胺酶及絲胺酸芳基醯胺酶；及/或(ii)作為以下中之至少一種(例如至少2種或所有)的中間體：β-半乳糖苷酶-6-磷酸、β-葡萄糖苷酶及N-乙醯基-β-胺基葡萄糖苷酶；及/或(iii)對以下中之至少一種(例如，至少2、3、4、5、6種或所有)呈陰性：棉子糖發酵、脯胺酸芳基醯胺酶、白胺醯基甘胺酸芳基醯胺酶、白胺酸芳基醯胺酶、丙胺酸芳基醯胺酶、甘胺酸芳基醯胺酶及麩胺醯基麩胺酸芳基醯胺酶，較佳如藉由碳水化合物、胺基酸及硝酸鹽代謝之檢定且視情況鹼性磷酸酶活性之檢定所確定，更佳如藉由快速ID 32A分析(較佳使用來自bioMérieux之快速ID 32A系統)所確定。

在一些實施例中，用於本發明之治療組合中的細菌菌株為：(i)對以下中之至少一種(例如，至少2、3種或所有4種)呈陰性：甘胺酸芳基醯胺酶、棉子糖發酵、脯胺酸芳基醯胺酶及白胺酸芳基醯胺酶，例如，如藉由碳水化合物、胺基酸及硝酸鹽代謝之檢定所確定，較佳如藉由快速ID 32A分析(較佳使用來自bioMérieux之快速ID 32A系統)所確定；及/或(ii)對L-海藻糖之發酵呈陽性之中間體，較佳如藉由API 50 CHL分析(較佳使用來自bioMérieux之API 50 CHL板)所確定。

在一些實施例中，用於本發明之治療組合中的細菌菌株為胞外ATP生產者，例如產生6-6.7ng/μl(例如，6.1-6.6ng/μl或6.2-6.5ng/μl或6.33±0.10ng/μl)ATP之菌株，如使用ATP檢定套組(Sigma-Aldrich,MAK190)所量測。細菌胞外ATP可具有多效性作用，包括激活T細胞受體介導之訊息傳導(Schenk等人，2011)、促進腸Th17細胞分化(Atarashi等人，2008)以及藉由激活NLRP3炎性體誘導促炎介質IL-1β之分泌(Karmarkar等人，2016)。因此，作為胞外ATP生產者之細菌菌株在本發明之治療組合及方法的情境中適用於治療或預防癌症。

在一些實施例中，用於本發明之治療組合中的細菌菌株包含以下三個基因中之一或多個：移動因子蛋白；木糖ABC運輸蛋白，亦即通透酶組分；及FIG00632333：假設蛋白。例如，在某些實施例中，用於本發明之治療組合中的細菌菌株包含編碼以下各物之基因：移動因子蛋白及木糖ABC運輸蛋白，亦即通透酶組分；移動因子蛋白及FIG00632333：假設蛋白；木糖ABC運輸蛋白，亦即通透酶組分及FIG00632333：假設蛋白；或移動因子蛋白、木糖ABC運輸蛋白，亦即通透酶組分及FIG00632333：假設蛋白。

本發明之治療組合之尤其較佳菌株為在登錄號NCIMB 42488下寄存之雞腸球菌菌株。此為實例中測試之示範性MRX518菌株且顯示有效用於治療疾病。根據一些實施例，本發明提供作為本發明之治療組合之一部分的細菌組成物，其包含在登錄號NCIMB 42488下寄存之雞腸球菌菌株或其衍生物之細胞。在登錄號NCIMB 42488下寄存之菌株之衍生物可為子菌株(子代)或由原始培養(次選殖)之菌株。

包含在本發明之治療組合中的組成物之菌株之衍生物可例如在遺傳層面下經修飾，而不會消除生物活性。具體而言，本發明之治療組合之衍生菌株具有治療活性。衍生菌株將與原始NCIMB 42488菌株具有相當的免疫調節活性。具體而言，衍生菌株當與CTLA-4抑制劑組合時將對癌症疾病模型引發與實例中所示之作用相當的作用，此可藉由使用實例中所述之培養及投藥方案來鑒別。NCIMB 42488菌株之衍生物通常將為NCIMB 42488菌株之生物型。

提及在登錄號NCIMB 42488下寄存之雞腸球菌菌株之細胞涵蓋具有與在登錄號NCIMB 42488下寄存之菌株相同的安全性及治療功效特徵之任何細胞，並且此類細胞係由本發明之治療組合所涵蓋。因此，在一些實施例中，提及在登錄號NCIMB 42488下寄存之雞腸球菌菌株之細胞僅係指在NCIMB 42488下寄存之MRX518菌株且不指代未在NCIMB 42488下寄存之細菌菌株。在一些實施例中，提及在登錄號NCIMB 42488下寄存之雞腸球菌菌株之細胞係指具有與在登錄號NCIMB 42488下寄存之菌株相同的安全性及治療功效特徵之細胞，但其不為在NCIMB 42488下寄存之菌株。

在較佳實施例中，在本發明之組成物中的細菌菌株為活的並且能夠部分或完全移生於腸。

治療癌症

在較佳實施例中，本發明之治療組合係用於治療或預防癌症。該等實例論證投與本發明之治療組合可造成腫瘤生長之減慢。

在某些實施例中，用本發明之治療組合之治療造成腫瘤尺寸減小或腫瘤生長減慢。在某些實施例中，本發明之治療組合係用於減小腫瘤尺寸或減慢腫瘤生長。本發明之治療組合可有效用於減小腫瘤尺寸或減慢其生長。在某些實施例中，本發明之治療組合係用於患有實體腫瘤之患者中。在某些實施例中，本發明之治療組合在癌症之治療中用於減少或預防血管生成。本發明之治療組合可對免疫或炎症系統有作用，該等系統在血管生成中發揮重要作用。在某些實施例中，本發明之治療組合係用於預防轉移。

在某些實施例中，本發明之治療組合係用於治療或預防乳腺癌。該等實例論證本發明之治療組合可有效用於治療乳腺癌。在某些實施例中，本發明之治療組合在乳腺癌之治療中用於減小腫瘤尺寸、減慢腫瘤生長或減少血管生成。在較佳實施例中，癌症為乳腺癌。在較佳實施例中，癌症為IV期乳腺癌。

在某些實施例中，本發明之治療組合係用於治療或預防肺癌。該等實例論證本發明之治療組合可有效用於治療肺癌。在某些實施例中，本發明之治療組合在肺癌之治療中用於減小腫瘤尺寸、減慢腫瘤生長或減少血管生成。在較佳實施例中，癌症為肺癌。

在某些實施例中，本發明之治療組合係用於治療或預防肝癌。該等實例論證本發明之治療組合可有效用於治療肝癌。在某些實施例中，本發明之治療組合在肝癌之治療中用於減小腫瘤尺寸、減慢腫瘤生長或減少血管生成。在較佳實施例中，癌症為肝細胞瘤(肝細胞癌)。

在某些實施例中，本發明之治療組合係用於治療或預防結腸癌。該等實例論證本發明之治療組合對結腸癌細胞有作用並且可有效用於治療結腸癌。在某些實施例中，本發明之治療組合在結腸癌之治療中用於減小腫瘤尺寸、減慢腫瘤生長或減少血管生成。在較佳實施例中，癌症為結腸直腸腺癌。

在某些實施例中，本發明之治療組合係用於治療或預防腎癌(在本文中亦稱為「腎臟癌症」)。該等實例論證本發明之治療組合對腎癌細胞有作用並且可有效用於治療腎臟癌症。在某些實施例中，本發明之治療組合在腎臟癌症之治療中用於減小腫瘤尺寸、減慢腫瘤生長或減少血管生成。在較佳實施例中，癌症為腎細胞癌或移行細胞癌。

在某些實施例中，本發明之治療組合係用於治療或預防黑色素瘤。根據一些實施例，本發明之治療組合對黑素細胞有作用並且可有效用於治療黑色素瘤。在某些實施例中，本發明之治療組合在黑色素瘤之治療中用於減小腫瘤尺寸、減慢腫瘤生長或減少血管生成。

在一些實施例中，癌症為腸的。在一些實施例中，癌症為不為腸的身體之一部分。在一些實施例中，癌症不為腸癌。在一些實施例中，癌症不為結腸直腸癌。在一些實施例中，癌症不為小腸癌。在一些實施例中，治療或預防發生在除腸以外之部位處。在一些實施例中，治療或預防發生在腸處以及除腸以外之部位處。

在某些實施例中，本發明之治療組合係用於治療或預防癌。該等實例論證本發明之治療組合可有效用於治療許多類型之癌。在某些實施例中，本發明之治療組合係用於治療或預防非免疫原性癌。該等實例論證本發明之治療組合可有效用於治療非免疫原性癌。

在本發明之治療組合的情境中，本發明之細菌組成物對癌症的治療作用可藉由促炎機制介導。實例2、4及5論證許多促炎細胞介素之表現可在投與MRX518之後增加。炎症可具有癌症抑制效應[20]且促炎細胞介素諸如TNFα經研究作為癌症療法[21]。實例中所示的基因諸如TNF之上調可表明本發明之細菌組成物可經由相似機制適用於治療癌症。CXCR3配位體(CXCL9、CXCL10)及IFNγ誘導型基因(IL-32)之上調可表明本發明之細菌組成物引發IFNγ型反應。IFNγ為可刺激殺腫瘤活性之有效的巨噬細胞活化因子[22]，並且CXCL9及CXCL10例如亦具有抗腫瘤作用[23-2425]。因此，在某些實施例中，本發明之細菌組成物當在本發明之治療組合的情境中使用時係用於在癌症治療中促進炎症。在較佳實施例中，本發明之組成物當在本發明之治療組合的情境中使用時係用於在癌症治療中促進Th1炎症。Th1細胞產生IFNγ且具有有效的抗癌效應[20]。在某些實施例中，本發明之組成物當在本發明之治療組合的情境中使用時係用於治療早期癌症，諸如未轉移之癌症或0期或1期癌症。促進炎症對早期癌症可更為有效[20]。在某些實施例中，本發明之組成物當在本發明之治療組合的情境中使用時係用於促進炎症以增強CTLA-4抑制劑的效果。在某些實施例中，癌症之治療或預防包含提高一或多種細胞介素之表現水準。例如，在某些實施例中，癌症之治療或預防包含提高IL-1β、IL-6及TNF-α中之一或多者的表現水準，例如IL-1β與IL-6、IL-1β與TNF-α、IL-6與TNF-α、或IL-1β、IL-6及TNF-α之所有三者。已知IL-1β、IL-6及TNF-α中任一者之表現水準的提高指示癌症治療中之功效。

實例4及5論證當如本文所述之細菌菌株與脂多醣(LPS)組合使用時，在IL-1β中存在協同增加。已知LPS引發促炎效應。因此，在某些實施例中，癌症之治療或預防包含使用如本文所述之細菌菌株與上調IL-1β之試劑的組合。在某些實施例中，癌症之治療或預防包含使用如本文所述之細菌菌株與LPS的組合。因此，本發明之治療組合可另外包含上調IL-1β之試劑。因此，本發明之細菌組成物可另外包含LPS。

在某些實施例中，本發明之治療組合係用於治療先前接受化學療法之患者。在某些實施例中，本發明之治療組合係用於治療不耐受化學療法治療之患者。本發明之治療組合可尤其適用於此類患者。在其他實施例中，本發明之治療組合係用於治療對免疫檢查點抑制劑之先前治療無反應的癌症患者。在其他實施例中，本發明之治療組合係用於治療對PD-1抑制劑之先前治療無反應的癌症患者。不希望受理論或機制約束，咸信本發明之細菌組成物能夠經由與CTLA-4抑制劑不同的機制刺激受檢者之免疫系統，由此提供治療對免疫檢查點抑制劑無反應之患者的補充機制。

根據一些實施例，使用本發明之治療組合的癌症治療比單獨使用CTLA-4抑制劑更有效，如藉由RECIST(Response Evaluation Criteria In Solid Tumours)準則或irRECIST(immune-related Response Evaluation Criteria In Solid Tumours)準則所量測。根據一些實施例，使用本發明之治療組合的癌症治療比單獨使用細菌組成物更有效，如藉由RECIST(ResponseEvaluation Criteria In Solid Tumours)準則或irRECIST(immune-related Response Evaluation Criteria In Solid Tumours)準則所量測。根據一些實施例，使用本發明之治療組合的癌症治療與CTLA-4抑制劑單獨或細菌組成物單獨之治療相比產生協同的臨床作用，如藉由RECIST(Response Evaluation Criteria In Solid Tumours)準則或irRECIST(immune-related Response Evaluation Criteria In Solid Tumours)準則所量測。

根據一些實施例，治療組合之CTLA-4抑制劑為抗體。根據一些實施例，治療組合之CTLA-4抑制劑為靶向CTLA-4之抗體。在某些實施例中，本發明之治療組合係用於預防復發。在本發明之治療組合的情境中，細菌組成物可適於長期投與。在某些實施例中，本發明之治療組合係用於預防癌症之進展。

在某些實施例中，本發明之治療組合係用於治療非小細胞肺癌(NSCLC)。在某些實施例中，本發明之治療組合係用於治療小細胞肺癌。在某些實施例中，本發明之治療組合係用於治療鱗狀細胞癌。在某些實施例中，本發明之治療組合係用於治療腺癌。在某些實施例中，本發明之治療組合係用於治療腺腫瘤、類癌瘤、或未分化癌。

在某些實施例中，本發明之治療組合係用於治療肝胚細胞瘤、膽管癌、膽管細胞囊腺癌或由病毒感染引起之肝癌。

在某些實施例中，本發明之治療組合係用於治療侵襲性乳管癌、原位乳管癌或侵襲性小葉癌。

在另外的實施例中，本發明之治療組合係用於治療或預防急性淋巴母細胞性白血病(ALL)、急性骨髓性白血病、腎上腺皮質癌、基底細胞癌、膽管癌、膀胱癌、骨腫瘤、骨肉瘤/惡性纖維組織細胞瘤、腦幹神經膠質瘤、腦腫瘤、小腦星形細胞瘤、大腦星形細胞瘤/惡性神經膠質瘤、室管膜瘤、成神經管細胞瘤、幕上原始神經外胚層腫瘤、乳腺癌、支氣管腺瘤/類癌、柏基特氏淋巴瘤(Burkitt's lymphoma)、類癌瘤、子宮頸癌、慢性淋巴細胞性白血病、慢性髓性白血病、慢性脊髓增生病、結腸癌、皮膚T細胞淋巴瘤、子宮內膜癌、室管膜瘤、食道癌、尤因氏肉瘤(Ewing's sarcoma)、眼內黑色素瘤、成視網膜細胞瘤、膽囊癌、胃癌、胃腸道類癌瘤、胃腸基質腫瘤(GIST)、生殖細胞腫瘤、神經膠質瘤、兒童期視覺路徑及下丘腦、霍奇金氏淋巴瘤(Hodgkin lymphoma)、黑色素瘤、胰島細胞癌、卡波西氏肉瘤(Kaposi sarcoma)、腎細胞癌、喉癌、白血病、淋巴瘤、間皮瘤、神經母細胞瘤、非霍奇金氏淋巴瘤、口咽癌、骨肉瘤、卵巢癌、胰腺癌、甲狀旁腺癌、咽癌、垂體腺瘤、漿細胞瘤形成、前列腺癌、腎細胞癌、成視網膜細胞瘤、肉瘤、睾丸癌、甲狀腺癌、或子宮癌。

根據一些實施例，該治療組合係用於治療或預防選自由下列各物組成之群的癌症：黑色素瘤、NSCLC、膀胱癌及頭頸癌。

在某些實施例中，本發明之治療組合包含另外的抗癌劑。根據一些實施例，另外的抗癌劑係選自：標靶抗體免疫療法、CAR-T細胞療法、溶瘤病毒、或細胞生長抑制藥物。

投與模式

較佳地，向胃腸道投與本發明之細菌組成物以便能夠實現本發明之細菌菌株遞送至及/或部分或完全移生於腸。一般而言，本發明之細菌組成物係經口投與，但其可直腸、鼻內或經由頰內或舌下途徑投與。

在某些實施例中，本發明之細菌組成物可作為泡沫劑、噴霧劑或凝膠來投與。

在某些實施例中，本發明之細菌組成物可作為栓劑(諸如直腸栓劑，例如呈可可油(可可脂)、合成硬脂肪(例如，suppocire、witepsol)、甘油-明膠、聚乙二醇或皂甘油組成物之形式)來投與。

在某些實施例中，本發明之細菌組成物經由管(諸如鼻胃管、口胃管、胃管、空腸管(J管))、經皮內窺鏡胃造口術(PEG)或口(諸如提供胃、空腸之進入的胸壁口及其他合適進入口)來向胃腸道投與。

本發明之細菌組成物可投與一次，或其可作為治療方案之一部分依次投與。在某些實施例中，本發明之細菌組成物有待每天投與。

在本發明之某些實施例中，根據本發明之治療伴隨著對患者腸道微生物區之評估。若未達成本發明之細菌組成物的菌株之遞送及/或用本發明之細菌組成物的菌株進行的部分或完全移生以致於未觀察到功效，則重複治療，或者若遞送及/或部分或完全移生成功且觀察到功效，則可停止治療。根據一些實施例，在首次投與本發明之治療組合的CTLA-4抑制劑之前向受檢者投與本發明之細菌組成物。根據一些實施例，在投與細菌組成物之後且在首次投與CTLA-4抑制劑之前評估受檢者之腸道微生物區，以便僅在達成組成物中之細菌菌株的菌株之遞送及/或部分或完全移生之後投與CTLA-4抑制劑。在某些實施例中，可向懷孕動物(例如哺乳動物，諸如人類)投與本發明之治療組合以降低在其子宮內的兒童中發展及/或在該兒童出生後發展之癌症的可能性。

本發明之治療組合可向已診斷患有癌症或已鑒別為處於癌症之風險的患者投與。該治療組合亦可作為防治性措施投與，以防止在健康患者中發展癌症。

本發明之治療組合可向已經鑒別為具有異常腸道微生物區之患者投與。例如，患者可具有減少的或不存在雞腸球菌之移生。

本發明之細菌組成物可作為食物產品諸如營養補充劑投與。

通常，本發明之治療組合係用於治療人類，但其可用於治療包括單胃哺乳動物(諸如家禽、豬、貓、狗、馬或兔)之動物。本發明之治療組合可適用於增強動物之生長及表現。若向動物投與細菌組成物，則可使用口服管飼法。

根據一些實施例，CTLA-4抑制劑係靜脈內投與。根據一些實施例，靜脈內投與的CTLA-4抑制劑係在組成物中，該組成物視情況進一步包含至少一種醫藥學上相容的載劑或賦形劑。根據一些實施例，CTLA-4抑制劑係大致每週、每兩週、每三週或每四週，較佳每三週靜脈內投與。

根據一些實施例，本發明之治療組合之細菌組成物及CTLA-4抑制劑係使用不同投藥途徑來投與。根據一些實施例，細菌組成物係經口投與，而本發明之治療組合之CTLA-4抑制劑係使用不同的途徑來投與。根據一些實施例，治療組合之CTLA-4抑制劑係靜脈內投與，而細菌組成物係經口投與。

根據一些實施例，在向受檢者首次投與CTLA-4抑制劑之前向該受檢者投與細菌組成物。根據一些實施例，在向受檢者首次投與CTLA-4抑制劑之前向該受檢者投與細菌組成物；其中投與細菌組成物直至達成組成物中之細菌菌株的菌株之遞送及/或部分或完全移生。根據一些實施例，在向受檢者首次投與CTLA-4抑制劑之前向該受檢者投與細菌組成物；其中投與細菌組成物直至發生生物標誌物之充分調節，以使得CTLA-4抑制劑能夠治療先前對ICI治療無反應之癌症患者。根據一些實施例，在首次投與CTLA-4抑制劑之前至少一週、兩週、三週或四週向受檢者投與細菌組成物。根據一些實施例，在首次投與CTLA-4抑制劑之前約兩週向受檢者投與細菌組成物。根據一些實施例，在首次投與CTLA-4抑制劑之前至少一週、兩週、三週或四週向受檢者投與細菌組成物，且不與CTLA-4抑制劑的投與同時向受檢者投與。

根據一些實施例，本發明之治療組合中的細菌組成物之首次投與係在CTLA-4抑制劑的首次投與之前。根據一些實施例，CTLA-4抑制劑的首次投與係在投與細菌組成物之後不超過約1、2、3、4、5、6或7天進行。

根據本發明之方法及治療組合之一些實施例，在向受檢者投與CTLA-4抑制劑的至少部分同時向該受檢者投與細菌組成物。根據一些實施例，在第一時間段向受檢者投與細菌組成物，繼之在第二時間段向受檢者投與CTLA-4抑制劑；其中在該第二時間段之至少一部分視情況進一步向受檢者投與細菌組成物，視情況貫穿整個第二時間段。根據某些實施例，在第一時間段(諸如但不限於約兩週)向受檢者投與細菌組成物，繼之在第二時間段(諸如但不限於約三週)向受檢者投與CTLA-4抑制劑。根據某些實施例，在第一時間段(諸如但不限於約兩週)向受檢者投與細菌組成物，繼之在第二時間段(諸如但不限於約三週)向受檢者投與CTLA-4抑制劑；其中在該第二時間段之至少一部分進一步向受檢者投與細菌組成物，較佳貫穿整個第二時間段。。

根據一些實施例，細菌組成物與CTLA-4抑制劑係不在相同的頻率下投與。在一非限制性實例中，CTLA-4抑制劑係每三周靜脈內投與，而細菌組成物係每天或每隔一天經口投與。根據一些實施例，在第一時間段向受檢者投與細菌組成物，繼之在第二時間段向受檢者投與CTLA-4抑制劑；其中在該第二時間段之至少一部分期間視情況進一步向受檢者投與細菌組成物；且其中細菌組成物之投與頻率在第一時間段與第二時間段上係不同的。

本發明之治療組合的細菌組成物

一般而言，包含在本發明之治療組合中的組成物包含細菌。在本發明之較佳實施例中，細菌組成物係以冷凍乾燥形式調配。例如，本發明之細菌組成物可包含顆粒劑或明膠膠囊，例如硬明膠膠囊，其含有本發明之細菌菌株。

較佳地，本發明之細菌組成物包含經凍乾之細菌。細菌之凍乾為一種良好確立的程序，且相關指導可在例如參考文獻[26-2728]中獲得。

或者，本發明之細菌組成物可包含活的、活性細菌培養物。

在一些實施例中，本發明之細菌組成物中的細菌菌株未經滅活，例如未經熱滅活。在一些實施例中，本發明之細菌組成物中的細菌菌株未經殺滅，例如未經熱殺滅。在一些實施例中，本發明之細菌組成物中的細菌菌株未經減毒，例如未經熱減毒。例如，在一些實施例中，本發明之細菌組成物中的細菌菌株未經殺滅、滅活及/或減毒。例如，在一些實施例中，本發明之細菌組成物中的細菌菌株為活的。例如，在一些實施例中，本發明之細菌組成物中的細菌菌株為有活力的。例如，在一些實施例中，本發明之細菌組成物中的細菌菌株能夠部分或完全移生於腸。例如，在一些實施例中，本發明之細菌組成物中的細菌菌株為有活力的且能夠部分或完全移生於腸。

在一些實施例中，細菌組成物包含活細菌菌株與已經殺滅之細菌菌株的混合物。

在較佳實施例中，本發明之治療組合之細菌組成物經封裝以使細菌菌株能夠遞送至腸。封裝保護細菌組成物免受降解直至經由例如用化學或物理刺激(諸如壓力、酶活性或物理崩解(其可由pH值變化觸發))破裂來在目標位置處遞送。可使用任何適當封裝方法。示範性封裝技術包括包埋在多孔基質內、附著或吸附在固體載劑表面上、藉由絮凝或用交聯劑進行自聚集、及機械容納在微孔膜或微膠囊後面。關於可適用於製備本發明之組成物之封裝的指導可在例如參考文獻[29]及[30]中獲得。

細菌組成物可經口投與且可為錠劑、膠囊、或散劑之形式。封裝產品為較佳的，因為雞腸球菌為厭氧菌。可包括其他成分(例如，諸如維生素C)作為氧清除劑及益生元受質以改善活體內遞送及/或部分或完全移生及存活。或者，本發明之益生菌組成物可作為食物或營養產品(諸如基於乳或乳清之發酵乳產品)或作為醫藥產品經口投與。

細菌組成物可經調配為益生菌。

本發明之細菌組成物包括治療有效量之本發明之細菌菌株。治療有效量之細菌菌株足以對患者發揮有益作用。治療有效量之細菌菌株可足以實現遞送至及/或部分或完全移生於患者之腸。

細菌用於例如成年人類之合適的日劑量可為約1 x 10³ 至約1 x 10¹¹ 個菌落形成單位(CFU)；例如，約1 x 10⁷ 至約1 x 10¹⁰ CFU；在另一實例中，約1 x 10⁶ 至約1 x 10¹⁰ CFU。

在某些實施例中，相對於組成物之重量，細菌組成物含有約1 x 10⁶ 至約1 x 10¹¹ CFU/g之量的細菌菌株；例如，約1 x 10⁸ 至約1 x 10¹⁰ CFU/g。劑量可為例如1g、3g、5g、及10g。

益生菌(諸如本發明之細菌組成物)可視情況與至少一種合適的益生元化合物組合。益生元化合物通常為不可消化之碳水化合物，諸如寡醣或多糖或糖醇，其不會在上消化道中降解或吸收。已知的益生元包括商業產品，諸如菊糖及反式半乳寡醣。

在某些實施例中，相對於總重量組成物，本發明之益生菌細菌組成物包括約1重量%至約30重量%(例如，5重量%至20重量%)之量的益生元化合物。碳水化合物可選自由以下各物組成之群：果寡醣(或FOS)、短鏈果寡醣、菊糖、異麥芽寡醣、果膠、木寡醣(或XOS)、幾丁聚糖-寡醣(或COS)、β-葡聚糖、阿拉伯膠、經改質及耐受性澱粉、聚葡萄糖、D-塔格糖、阿拉伯膠纖維、角豆樹、燕麥、及柑橘纖維。在一態樣中，益生元為短鏈果寡醣(為簡單起見，在下文中示為FOSs-c.c)；該FOSs-c.c.為不可消化之碳水化合物，一般藉由甜菜糖之轉化獲得，且包括三個葡萄糖分子所鍵結之蔗糖分子。

本發明之細菌組成物可包含醫藥學上可接受之賦形劑或載劑。此等合適賦形劑之實例可見於參考文獻[31]中。用於治療用途的可接受之載劑或稀釋劑為醫藥技術領域中熟知的，且描述於例如參考文獻[32]中。合適載劑之實例包括乳糖、澱粉、葡萄糖、甲基纖維素、硬脂酸鎂、甘露醇、山梨醇及其類似物。合適稀釋劑之實例包括乙醇、甘油、及水。醫藥載劑、賦形劑、或稀釋劑之選擇可關於預期投與途徑及標準醫藥實踐來選擇。醫藥組成物可包含任何合適的一種(或多種)黏合劑、潤滑劑、懸浮劑、塗佈劑、增溶劑作為載劑、賦形劑或稀釋劑，或包含除了任何合適的一種(或多種)黏合劑、潤滑劑、懸浮劑、塗佈劑、增溶劑以外的載劑、賦形劑或稀釋劑。合適黏合劑之實例包括澱粉、明膠、天然糖(諸如葡萄糖、無水乳糖、自由流動乳糖、β-乳糖)、玉米甜味劑、天然及合成膠(諸如阿拉伯膠、黃蓍膠或海藻酸鈉)、羧甲基纖維素、及聚乙二醇。合適潤滑劑之實例包括油酸鈉、硬脂酸鈉、硬脂酸鎂、苯甲酸鈉、乙酸鈉、氯化鈉及類似物。可在醫藥組成物中提供防腐劑、穩定劑、染料、及甚至調味劑。防腐劑之實例包括苯甲酸鈉、山梨酸、及對羥基苯甲酸酯。亦可使用抗氧化劑及懸浮劑。

本發明之細菌組成物可經調配為食物產品。例如，除了本發明之治療作用外，食物產品亦可諸如在營養補充劑中提供營養益處。類似地，可調配食物產品以增強本發明組成物之味道，或藉由更加類似於普通食物而非醫藥組成物來使組成物更具消費吸引力。在某些實施例中，本發明之組成物經調配成乳基產品。術語「乳基產品」意指具有不同脂肪含量的基於任何液體或半固體乳或乳清之產品。乳基產品可為例如牛乳、山羊乳、綿羊乳、脫脂乳、全乳、不經任何加工而由乳粉及乳清重組之乳、或加工產品諸如酸奶、凝結乳(curdled milk)、凝乳、酸乳、酸全乳、黃油乳、及其他酸乳產品。另一重要群包括乳飲料，諸如乳清飲料、發酵乳、濃縮乳、嬰兒或幼兒乳；調味乳、冰淇淋；含乳食物，諸如糖果。

在某些實施例中，本發明之細菌組成物含有單個細菌菌株或種，且不含有任何其他細菌菌株或種。此類細菌組成物可僅包含微量或生物學不相關量的其他細菌菌株或種。此類細菌組成物可為實質上不含其他種類有機體之培養物。因此，在一些實施例中，治療組合之細菌組成物包含物種雞腸球菌之一或多個菌株，且不含有來自任何其他物種之細菌，或僅包含微量或生物學不相關量的來自另一物種之細菌。

在一些實施例中，本發明之細菌組成物包含一個以上細菌菌株或種。例如，在一些實施例中，本發明之細菌組成物包含來自同一物種內的一個以上菌株(例如，多於1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、15、20、25、30、35、40或45個菌株)，且視情況不含來自任何其他物種之細菌。在一些實施例中，本發明之細菌組成物包含來自同一物種內的少於50個菌株(例如，少於45、40、35、30、25、20、15、12、10、9、8、7、6、5、4或3個菌株)，且視情況不含來自任何其他物種之細菌。在一些實施例中，本發明之細菌組成物包含來自同一物種內的1-40、1-30、1-20、1-19、1-18、1-15、1-10、1-9、1-8、1-7、1-6、1-5、1-4、1-3、1-2、2-50、2-40、2-30、2-20、2-15、2-10、2-5、6-30、6-15、16-25或31-50個菌株，且視情況不含來自任何其他物種之細菌。在一些實施例中，本發明之細菌組成物包含來自同一屬內的一個以上物種(例如，多於1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、12、15、17、20、23、25、30、35或40個物種)，且視情況不含來自任何其他屬之細菌。在一些實施例中，本發明之細菌組成物包含來自同一屬內的少於50個物種(例如，少於50、45、40、35、30、25、20、15、12、10、8、7、6、5、4或3個物種)，且視情況不含來自任何其他屬之細菌。在一些實施例中，本發明之細菌組成物包含來自同一屬內的1-50、1-40、1-30、1-20、1-15、1-10、1-9、1-8、1-7、1-6、1-5、1-4、1-3、1-2、2-50、2-40、2-30、2-20、2-15、2-10、2-5、6-30、6-15、16-25或31-50個物種，且視情況不含來自任何其他屬之細菌。用於本發明之組合中的細菌組成物可包含上述之任何組合。

在一些實施例中，細菌組成物包含微生物共生體。例如，在一些實施例中，細菌組成物包含具有與SEQ ID NO：2至少95%相同的16s rRNA序列之細菌菌株，例如，其為雞腸球菌，作為微生物共生體之一部分。例如，在一些實施例中，該細菌菌株與來自其他屬之一或多個(例如，至少2、3、4、5、10、15或20個)其他細菌菌株組合存在於細菌組成物中，該細菌菌株可與其他細菌菌株在活體內共生生活於腸中。例如，在一些實施例中，細菌組成物包含具有與SEQ ID NO：2至少95%相同的16s rRNA序列之細菌菌株，例如，其為雞腸球菌，與來自不同屬之細菌菌株組合。在一些實施例中，微生物共生體包含兩個或兩個以上由單一生物(例如人)之糞便樣品獲得的細菌菌株。在一些實施例中，微生物共生體在自然界中未發現在一起。例如，在一些實施例中，微生物共生體包含由至少兩種不同生物之糞便樣品獲得的細菌菌株。在一些實施例中，兩種不同生物來自於同一物種，例如兩種不同人類，例如兩種不同人類嬰兒。在一些實施例中，兩種不同生物為人類嬰兒及成年人類。在一些實施例中，兩種不同生物為人類及非人類哺乳動物。

在一些實施例中，本發明之細菌組成物另外包含與菌株MRX518具有相同的安全性及治療功效特徵之細菌菌株，但其不為寄存為NCIMB 42488之MRX518或其不為雞腸球菌。

在一些實施例中，用於細菌組成物中之細菌菌株獲自人類嬰兒糞便。在細菌組成物包含多於一個細菌菌株之一些實施例中，所有細菌菌株皆獲自人類嬰兒糞便，或若存在其他細菌菌株，則該等其他細菌菌株僅以微量存在。細菌可在自人類嬰兒糞便中獲得之後培養，且在細菌組成物中使用。

如上所提及，在一些實施例中，具有與SEQ ID NO：2(例如其為雞腸球菌)至少95%相同的16s rRNA序列之一或多種細菌菌株為本發明之細菌組成物中唯一的一種(或多種)治療活性劑。在一些實施例中，細菌組成物中之一個(或多個)細菌菌株為組成物中唯一的一種(或多種)治療活性劑。

根據本發明使用之細菌組成物可需要或不需要行銷核可。

在某些實施例中，本發明提供以上細菌組成物，其中該細菌菌株為凍乾的。在某些實施例中，本發明提供以上細菌組成物，其中該細菌菌株為噴霧乾燥的。在某些實施例中，本發明提供以上細菌組成物，其中該細菌菌株為凍乾或噴霧乾燥的，且其中其為活的。在某些實施例中，本發明提供以上細菌組成物，其中該細菌菌株為凍乾或噴霧乾燥的，且其中其為有活力的。在某些實施例中，本發明提供以上細菌組成物，其中該細菌菌株為凍乾或噴霧乾燥的，且其中其能夠部分或完全移生於腸。在某些實施例中，本發明提供以上細菌組成物，其中該細菌菌株為凍乾或噴霧乾燥的，且其中其為有活力的且能夠部分或完全移生於腸。

在一些情況下，經凍乾或噴霧乾燥之細菌菌株在投與前經復原。在一些情況下，復原係藉由使用本文所述之稀釋劑來進行。

本發明之細菌組成物可包含醫藥學上可接受之賦形劑、稀釋劑或載劑。

在某些實施例中，細菌組成物為一種醫藥組成物，其包含：本發明中使用之細菌菌株；及醫藥學上可接受之賦形劑、載劑、或稀釋劑；其中該細菌菌株之量足以當與CTLA-4抑制劑組合向受檢者投與時治療病症；且其中該病症為乳癌。在較佳實施例中，癌症為乳腺癌。在較佳實施例中，癌症為IV期乳癌。

在某些實施例中，細菌組成物為一種醫藥組成物，其包含：本發明中使用之細菌菌株；及醫藥學上可接受之賦形劑、載劑、或稀釋劑；其中該細菌菌株之量足以當與CTLA-4抑制劑組合向受檢者投與時治療病症；且其中該病症為肺癌。在較佳實施例中，癌症為肺癌。

在某些實施例中，細菌組成物為一種醫藥組成物，其包含：本發明中使用之細菌菌株；及醫藥學上可接受之賦形劑、載劑、或稀釋劑；其中該細菌菌株之量足以當與CTLA-4抑制劑組合向受檢者投與時治療病症；且其中該病症為肝癌。在較佳實施例中，癌症為肝癌(肝細胞癌)。

在某些實施例中，細菌組成物為一種醫藥組成物，其包含：本發明之細菌菌株；及醫藥學上可接受之賦形劑、載劑、或稀釋劑；其中該細菌菌株之量足以當與CTLA-4抑制劑組合向受檢者投與時治療病症；且其中該病症為結腸癌。在較佳實施例中，癌症為結腸直腸腺癌

在某些實施例中，細菌組成物為一種醫藥組成物，其包含：本發明之細菌菌株；及醫藥學上可接受之賦形劑、載劑、或稀釋劑；其中該細菌菌株之量足以當與CTLA-4抑制劑組合向受檢者投與時治療病症；且其中該病症為癌。

在某些實施例中，細菌組成物為一種醫藥組成物，其包含：本發明之細菌菌株；及醫藥學上可接受之賦形劑、載劑、或稀釋劑；其中該細菌菌株之量足以當與CTLA-4抑制劑組合向受檢者投與時治療病症；且其中該病症為非免疫原性癌。

在某些實施例中，細菌組成物為一種醫藥組成物，其包含：本發明之細菌菌株；及醫藥學上可接受之賦形劑、載劑、或稀釋劑；其中該細菌菌株之量足以當與CTLA-4抑制劑組合向受檢者投與時治療病症；且其中該病症選自由下列各病組成之群：非小細胞肺癌、小細胞肺癌、鱗狀細胞癌、腺癌、腺腫瘤、類癌瘤、未分化癌。

在某些實施例中，細菌組成物為一種醫藥組成物，其包含：本發明之細菌菌株；及醫藥學上可接受之賦形劑、載劑、或稀釋劑；其中該細菌菌株之量足以當與CTLA-4抑制劑組合向受檢者投與時治療病症；且其中該病症選自由下列各病組成之群：肝胚細胞瘤、膽管癌、膽管細胞囊腺癌或由病毒感染引起之肝癌。

在某些實施例中，細菌組成物為一種醫藥組成物，其包含：本發明之細菌菌株；及醫藥學上可接受之賦形劑、載劑、或稀釋劑；其中該細菌菌株之量足以當與CTLA-4抑制劑組合向受檢者投與時治療病症；且其中該病症選自由下列各病組成之群：侵襲性乳管癌、乳管原位癌或侵襲性小葉癌。

在某些實施例中，細菌組成物為一種醫藥組成物，其包含：本發明之細菌菌株；及醫藥學上可接受之賦形劑、載劑、或稀釋劑；其中該細菌菌株之量足以當與CTLA-4抑制劑組合向受檢者投與時治療病症；且其中該病症選自由下列各病組成之群：急性淋巴母細胞性白血病(ALL)、急性骨髓性白血病、腎上腺皮質癌、基底細胞癌、膽管癌、膀胱癌、骨腫瘤、骨肉瘤/惡性纖維組織細胞瘤、腦幹神經膠質瘤、腦腫瘤、小腦星形細胞瘤、大腦星形細胞瘤/惡性神經膠質瘤、室管膜瘤、成神經管細胞瘤、幕上原始神經外胚層腫瘤、乳腺癌、支氣管腺瘤/類癌、柏基特氏淋巴瘤、類癌瘤、子宮頸癌、慢性淋巴細胞性白血病、慢性髓性白血病、慢性脊髓增生病、結腸癌、皮膚T細胞淋巴瘤、子宮內膜癌、室管膜瘤、食道癌、尤因氏肉瘤、眼內黑色素瘤、成視網膜細胞瘤、膽囊癌、胃癌、胃腸道類癌瘤、胃腸基質腫瘤(GIST)、生殖細胞腫瘤、神經膠質瘤、兒童期視覺路徑及下丘腦、霍奇金氏淋巴瘤、黑色素瘤、胰島細胞癌、卡波西氏肉瘤、腎細胞癌、喉癌、白血病、淋巴瘤、間皮瘤、神經母細胞瘤、非霍奇金氏淋巴瘤、口咽癌、骨肉瘤、卵巢癌、胰腺癌、甲狀旁腺癌、咽癌、垂體腺瘤、漿細胞瘤形成、前列腺癌、腎細胞癌、成視網膜細胞瘤、肉瘤、睾丸癌、甲狀腺癌、或子宮癌。

在某些實施例中，相對於組成物之重量，細菌組成物中的細菌菌株之量為每克約1×10³ 至約1×10¹¹ 個菌落形成單位。

在某些實施例中，細菌組成物係以1g、3g、5g、或10g之劑量投與。

在某些實施例中，細菌組成物藉由選自由以下所組成之群的方法來投與：經口、直腸、皮下、鼻、經頰及舌下。

在某些實施例中，細菌組成物包含選自由以下所組成之群的載劑：乳糖、澱粉、葡萄糖、甲基纖維素、硬脂酸鎂、甘露醇、及山梨醇。

在某些實施例中，本發明提供細菌組成物，其包含選自由以下所組成之群的稀釋劑：乙醇、甘油、及水。

在某些實施例中，細菌組成物包含選自由以下所組成之群的賦形劑：澱粉、明膠、葡萄糖、無水乳糖、自由流動乳糖、β-乳糖、玉米甜味劑、阿拉伯膠、黃蓍膠、海藻酸鈉、羧甲基纖維素、聚乙二醇、油酸鈉、硬脂酸鈉、硬脂酸鎂、苯甲酸鈉、乙酸鈉、及氯化鈉。

在某些實施例中，細菌組成物進一步包含防腐劑、抗氧化劑、及穩定劑中之至少一者。

在某些實施例中，細菌組成物包含選自由以下所組成之群的防腐劑：苯甲酸鈉、山梨酸、及對羥基苯甲酸酯。

在某些實施例中，當細菌組合物在約4℃或約25℃下儲存在密封容器中且將容器置於具有50%相對濕度之氣氛中時，如以菌落形成單位所量測，至少80%細菌菌株在至少約1個月、3個月、6個月、1年、1.5年、2年、2.5年或3年之時期後剩餘。

在一些實施例中，本發明之細菌組成物在密封容器中提供。在一些實施例中，密封容器為小袋或瓶子。在一些實施例中，本發明之細菌組成物在注射器中提供。

在一些實施例中，細菌組成物可作為醫藥調配物提供。例如，細菌組成物可作為錠劑或膠囊提供。在一些實施例中，膠囊為明膠膠囊(「凝膠帽」)。

在一些實施例中，本發明之細菌組成物係經口投與。在一些實施例中，本發明之細菌組成物係在適用於經口投與之醫藥調配物中調配。經口投與可涉及吞咽以使化合物進入胃腸道及/或經頰、經舌或舌下投與以使化合物直接從口腔進入血流。

適用於經口投與之醫藥調配物包括固體栓、固體微粒、半固體及液體(包括多相或分散系統)，諸如錠劑；含有多微粒或奈米微粒之軟膠囊或硬膠囊、液體(例如水溶液)、乳劑或散劑；口含錠(包括液體填充的)；咀嚼劑；凝膠；快速分散劑型；膜劑；卵形體；噴霧劑；及頰/黏膜黏附貼劑。

在一些實施例中，醫藥調配物為腸溶調配物，亦即適用於藉由經口投與來將本發明組成物遞送至腸的胃耐受性調配物(例如，耐受胃pH)。當組成物之細菌或另一組分為酸敏感性的(在胃條件下易於降解)時，腸溶調配物可尤其有用。

在一些實施例中，腸溶調配物包含腸溶包衣。在一些實施例中，調配物為腸溶包衣之劑型。例如，調配物可為腸溶包衣之錠劑或腸溶包衣之膠囊或其類似物。腸溶包衣可為習知腸溶包衣，例如用於錠劑、膠囊或其類似物以進行經口傳遞之習知包衣。調配物可包含膜包衣，例如腸溶聚合物(例如酸不溶性聚合物)之薄膜層。

在一些實施例中，腸溶調配物為固有腸溶的，例如胃耐受性的，而無需腸溶包衣。因此，在一些實施例中，調配物為不包含腸溶包衣之腸溶調配物。在一些實施例中，調配物為由熱膠凝材料製成之膠囊。在一些實施例中，熱膠凝材料為纖維質材料，諸如甲基纖維素、羥甲基纖維素或羥丙基甲基纖維素(HPMC)。在一些實施例中，膠囊包含不含任何成膜聚合物之殼。在一些實施例中，膠囊包含殼，且該殼包含羥丙基甲基纖維素且不包含任何成膜聚合物(例如，參見[33])。在一些實施例中，調配物為固有腸溶膠囊(例如，來自Capsugel之Vcaps®)。

在一些實施例中，調配物為軟膠囊。軟膠囊為可由於添加軟化劑(諸如例如膠囊殼中存在之甘油、山梨醇、麥芽糖醇、及聚乙二醇)而具有一定彈性及柔軟度之膠囊。軟膠囊可例如在明膠或澱粉之基礎上生產。基於明膠之軟膠囊可由不同供應商購得。視投與方法(諸如，例如經口或直腸)而定，軟膠囊可具有各種形狀，可為例如圓形、橢圓形、長方形、或魚雷形。軟膠囊可藉由習知方法，諸如例如藉由Scherer方法、Accogel方法或微滴或吹製方法來生產。

培養方法

用於本發明中之細菌菌株可使用如在例如參考文獻[34-3536]中所詳述之標準微生物學技術來培養。

用於培養之固體或液體培養基可為YCFA瓊脂或YCFA培養基。YCFA培養基可包括(每100ml，近似值)：酪腖(1.0g)、酵母提取物(0.25g)、NaHCO₃ (0.4g)、半胱胺酸(0.1g)、K₂ HPO₄ (0.045g)、KH₂ PO₄ (0.045g)、NaCl(0.09g)、(NH₄ )₂ SO₄ (0.09g)、MgSO₄ ．7H₂ O(0.009g)、CaCl₂ (0.009g)、刃天青(0.1mg)、氯高鐵血紅素(1mg)、生物素(1μg)、鈷胺素(1μg)、對胺基苯甲酸(3μg)、葉酸(5μg)、及吡哆胺(15μg)。

用於疫苗組成物之細菌菌株

本發明者已鑒別當本發明之細菌組成物的細菌菌株與CTLA-4抑制劑組合投與時適用於治療或預防癌症。此可能係由於本發明之細菌菌株對宿主免疫系統具有作用。在某些實施例中，細菌菌株為有活力的。在某些實施例中，細菌菌株能夠部分或完全移生於腸。在某些實施例中，細菌菌株為有活力的，且能夠部分或完全移生於腸。在其他某些實施例中，細菌菌株可為殺滅、滅活或減毒的。在某些實施例中，細菌組成物係經由注射，諸如經由皮下注射投與。

CTLA-4抑制劑

本發明之治療組合包含至少一種CTLA-4抑制劑。如上所述，CTLA-4抑制劑為抑制免疫檢查點，由此能夠使機體免疫系統攻擊經識別為機體自身細胞(包括癌細胞)之細胞的化合物。

已知的CTLA-4抑制劑包括例如抑制胞毒型T淋巴球相關蛋白4(CTLA-4或CD152)受體之化合物。根據一些實施例，CTLA-4抑制劑為減少或抑制由CTLA-4介導之訊息傳遞的試劑。根據一些實施例，CTLA-4抑制劑為能夠減少或抑制由CTLA-4介導之訊息傳遞的抗體、其抗原結合片段或拮抗劑。

根據一些實施例，CTLA-4抑制劑為抗體或其抗原結合片段。適用作本發明中之CTLA-4抑制劑的抗體或抗體片段可為人抗體、人源化抗體、嵌合抗體、非人抗體、或其抗原結合片段。根據較佳實施例，抗體或其抗原結合片段對CTLA-4具有高結合特異性。

根據一些實施例，CTLA-4抑制劑為特異性地結合至CTLA-4之抗體或其抗原結合片段。

根據一些實施例，CTLA-4抑制劑為特異性地結合至CTLA-4之抗體或其抗原結合片段。根據一些實施例，特異性地結合CTLA-4之抗體為易普利單抗，其係以商品名稱YERVOY®由Bristol-Myers Squibb市售。

術語「抗體」係指展現以下所需生物活性的任何形式之抗體：諸如抑制配位體與其受體之結合或抑制受體之配位體誘導的訊息傳導。因此，「抗體」係以最廣泛含義使用且特定地涵蓋但不限於單株抗體(包括全長單株抗體)、多株抗體、及多特異性抗體(例如雙特異性抗體)。根據一些實施例，用於本發明中之抗體(或其抗原結合片段)為經分離之抗體。

在本申請案通篇可互換使用之術語「抗體片段」、「抗原結合片段」及「抗體結合片段」意指抗原結合片段，通常包括親本抗體之抗原結合或可變區(例如，一或多個CDR)之至少一部分。抗體片段保留親本抗體之至少一些結合特異性。通常，當活性在莫耳基礎上表現時，抗體片段保留至少10%之親本結合活性。較佳地，抗體片段保留至少20%、50%、70%、80%、90%、95%或100%或更高的親本抗體對標靶之結合親和力。抗體片段之實例包括但不限於Fab、Fab'、F(ab')2及Fv片段；單鏈抗體分子，例如sc-Fv。

「Fab片段」包含一條輕鏈，及一條重鏈之CH1及可變區。Fab分子之重鏈不能與另一個重鏈分子形成二硫鍵。

「Fab'片段」包含一條輕鏈及一條重鏈之一部分，該部分含有V_H 域及CH1域且亦含有在CH1與CH2域之間的區，使得可在兩個Fab'片段之兩條重鏈之間形成鏈間二硫鍵以形成F(ab')₂ 分子。

「F(ab)₂ 片段」含有兩條輕鏈及兩條含有恆定區中在CH1與CH2域之間的部分之重鏈，以致在兩條重鏈之間形成鏈間二硫鍵。F(ab')₂ 片段因此由兩個Fab'片段構成，該等Fab'片段藉由兩條重鏈之間的二硫鍵保持在一起。

「Fv區」包含來自重鏈及輕鏈之可變區，但缺乏恆定區。

「單鏈Fv抗體」(或「scFv抗體」)係指包含抗體之VH及VL域之抗體片段，其中此等域存在於單一多肽鏈中。一般而言，Fv多肽進一步包含在V_H 與V_L 域之間的多肽連接子，其使得scFv能夠形成抗原結合所需之結構。

「經分離之」抗體為已由其天然環境之組分中分離及/或回收之抗體。在一些實施例中，如藉由洛瑞方法所測定，抗體將純化至大於95重量%之抗體，且最佳大於99重量%。

「人類抗體」為具有對應於由人類產生之抗體的胺基酸序列之抗體。此定義特定地排除了包含非人類抗原結合殘基之人源化抗體。

「嵌合」抗體係指以下抗體，其中一部分重鏈及/或輕鏈與來源於具體物種或屬具體抗體類別或亞類的抗體中之相應序列相同或同源，而其餘鏈與來源於另一物種或屬另一抗體類別或亞類的抗體以及此類抗體之片段中的相應序列相同或同源，只要其表現出所需的生物活性即可。

非人類(例如鼠類)抗體之「人源化」形式為含有源於非人類免疫球蛋白之最小序列的嵌合抗體。在大多數情況下，人源化抗體為人類免疫球蛋白(接受者抗體)，其中來自接受者之高變區之殘基由來自非人類物種(施體抗體)(諸如小鼠、大鼠、兔、或具有所要特異性、親和力及能力之非人類靈長動物)之高變區的殘基置換。在一些情況下，人類免疫球蛋白之Fv構架區(FR)殘基由相應的非人類殘基置換。此外，人源化抗體可包含未見於接受者抗體或施體抗體中之殘基。進行此等修飾以進一步改良抗體性能。一般而言，人源化抗體將包含實質上全部至少一個且通常兩個可變域，其中全部或實質上全部高變環對應於非人類免疫球蛋白之高變環且全部或實質上全部FR區為人類免疫球蛋白序列之FR區。人源化抗體視情況亦將包含至少一部分免疫球蛋白恆定區(Fc)，通常為人類免疫球蛋白之恆定區。

如本文所用，術語「高變區」係指負責抗原結合的抗體之胺基酸殘基。高變區包含來自「互補決定區」或「CDR」之胺基酸殘基。

如本文所用，術語「單株抗體」係指自實質上均質抗體之群體獲得之抗體，亦即，構成該群體之個別抗體除可以微量存在之可能天然存在的突變之外為相同的。單株抗體具有高度特異性，其針對單一抗原位點。此外，與通常包括針對不同決定子(抗原決定基)之不同抗體的習知(多株)抗體製劑形成對比，各單株抗體針對抗原上之單一決定子。術語「單株」指示抗體之特性為獲自實質上均質的抗體群體，且不應理解為需要藉由任何具體方法來產生抗體。例如，單株抗體可藉由融合瘤方法製得，或可藉由重組DNA方法製得。單株抗體亦可自噬菌體抗體文庫中分離。

如本文所用，術語「特異性結合」或「特異性地結合」係指兩種分子(亦即抗體與抗原)之間的非隨機締合。根據一些實施例，抗體或其抗原結合片段經由其抗原結合域以<10^"5 M之結合親和力(Kd)特異性地結合至抗原。或者，抗體或其抗原結合片段可經由其抗原結合域以<10^"6 M或<10^" M之Kd結合至抗原。如本文所用，Kd係指解離速率與結合速率之比率(k_解離 /k_結合 )，並且可使用此項技術中已知之任何合適的方法來測定。

根據一些實施例，治療組合之CTLA-4抑制劑係全身投與。根據一些實施例，CTLA-4抑制劑經調配用於全身投與。

根據另一實施例，全身投與係經由非經口途徑。根據一些實施例，用於非經口投與之本發明之CTLA-4抑制劑的製劑包括無菌水溶液或非水溶液、懸浮液或乳液，各自代表本發明之單獨的實施例。

根據一些實施例，非經口投與為靜脈內、動脈內、投與至血管壁中、肌內、腹膜內、真皮內、玻璃體內、經皮或皮下投與。上述投藥途徑各自代表本發明之單獨的實施例。根據一些實施例，治療組合之CTLA-4抑制劑係靜脈內投與。

根據一些實施例，CTLA-4抑制劑之全身投與係經由注射。對於經由注射之投與，CTLA-4抑制劑可在水溶液中調配，例如在生理相容的緩衝液中，包括但不限於漢克氏溶液、林格氏溶液或生理鹽緩衝液。用於注射之調配物可在添加防腐劑之情況下以單位劑型，例如在安瓿或多劑量容器中呈現。水性注射懸浮液可含有增加懸浮液之黏度的物質，諸如羧甲基纖維素鈉、山梨糖醇或聚葡萄糖。視情況，懸浮液亦可含有合適的穩定劑或增加活性成分之溶解度以允許製備高度濃縮溶液之試劑。

根據一些實施例，藉由彈丸注射進行非經口投藥。根據其他實施例，藉由連續輸注進行非經口投藥。根據一些實施例，CTLA-4抑制劑係在控制釋放系統中遞送並且經調配用於靜脈內輸注、可植入滲透泵、經皮貼劑、脂質體、或其他投藥模式。在一實施例中，使用泵。在又一實施例中，可將控制釋放系統置於治療目標之鄰近處，由此僅需要全身劑量之一小部分。

治療組合

根據一些實施例，本文提供本發明之治療組合，其係用於治療或預防受檢者之癌症的方法中。根據一些實施例，本文提供本發明之治療組合，其係用於治療受檢者之癌症的方法中。

根據一些實施例，有待使用本發明之治療組合治療或預防的癌症係選自由下列各病組成之群：黑色素瘤、非小細胞肺癌、膀胱癌及頭頸癌。根據一些實施例，有待使用本發明之治療組合治療或預防的癌症係選自由下列各病組成之群：乳腺癌、肺癌、結腸癌及肝癌。

根據一些實施例，治療癌症係關於以下至少一者：在受檢者中減小腫瘤尺寸或預防腫瘤生長。根據一些實施例，本發明之治療組合或方法係用於以下至少一者：在患有癌症之受檢者中減小腫瘤尺寸、減慢腫瘤生長、預防轉移或預防血管生成。

根據一些實施例，本發明之治療組合包含：(a)包含物種雞腸球菌之細菌菌株的組成物；與(b)CTLA-4抑制劑。

根據一些實施例，治療組合之細菌組成物不含來自除雞腸球菌以外的任何其他物種之細菌或僅包含微量或生物學不相關量的來自另一物種之細菌。根據一些實施例，治療組合之細菌組成物僅含有物種雞腸球菌之單一菌株，且不含來自任何其他物種之細菌或僅包含微量或生物學不相關量的來自另一物種之細菌。根據一些實施例，治療組合之細菌組成物包含在登錄號NCIMB 42488下寄存之雞腸球菌菌株。根據一些實施例，治療組合之細菌組成物包含在登錄號NCIMB 42488下寄存的雞腸球菌物種之單一菌株，且不含來自任何其他物種之細菌或僅包含微量或生物學不相關量的來自另一物種之細菌。

根據一些實施例，CTLA-4抑制劑係在組成物中，該組成物可能包含至少一種醫藥學上可接受之載劑及/或賦形劑。根據一些實施例，CTLA-4抑制劑為抗體。根據一些實施例，CTLA-4抑制劑為抗體或其抗原結合片段。

根據一些實施例，本發明之治療組合包含：(a)包含物種雞腸球菌之細菌菌株的組成物，其中該組成物包含在登錄號NCIMB 42488下寄存之雞腸球菌物種之單一菌株，視情況其中該組成物不含來自任何其他物種之細菌或僅包含微量或生物學不相關量的來自另一物種之細菌；與(b)CTLA-4抑制劑。

較佳地，本發明之治療組合包含：(a)包含在登錄號NCIMB 42488下寄存之物種雞腸球菌的細菌菌株之組成物；與(b)CTLA-4抑制劑。根據一些實施例，本文提供一種治療組合，其係用於治療或預防受檢者之癌症的方法中，其中該治療組合包含：(a)包含在登錄號NCIMB 42488下寄存之物種雞腸球菌的細菌菌株之組成物；與(b)CTLA-4抑制劑。

根據一些實施例，本發明之治療組合包含：(a)包含物種雞腸球菌之細菌菌株的組成物；與(b)CTLA-4抑制劑，視情況其中該抑制劑為抗體或其抗原結合片段。

根據一些實施例，本發明之治療組合包含：(a)包含物種雞腸球菌之細菌菌株(視情況在登錄號NCIMB 42488下寄存之菌株)的組成物，視情況其中該組成物不含來自任何其他物種及/或菌株之細菌或僅包含微量或生物學不相關量的來自另一物種及/或菌株之細菌；與(b)CTLA-4抑制劑。

根據一些實施例，本文提供一種使用本文所揭示之治療組合中之任一種治療及/或預防受檢者之癌症的方法。根據一些實施例，本發明提供本文所揭示之治療組合中之任一種，其係用於治療及/或預防受檢者之癌症。

總則

除非另外指示，否則本發明之實踐將採用此技術之技能範圍內之化學、生物化學、分子生物學、免疫學、及藥理學之習知方法。此類技術在文獻中得到充分說明。參見，例如參考文獻[37]及[38- 39 40 41 42 43 44]等

術語「包含」涵蓋「包括」以及「由...組成」，例如「包含」X之組成物可僅由X組成，或可包括另外者，例如X+Y。

關於數值x 之術語「約」為可選的，且意指例如x +10%。

措辭「實質上」不排除「完全地」，舉例而言，「實質上不含」Y之組成物可為完全不含Y。必要時，措辭「實質上」可自本發明之定義中刪除。

對兩個核苷酸序列之間的序列一致性百分比之提及意指當比對時，核苷酸百分比在比較兩個序列方面為相同的。此比對及同源性或序列一致性百分比可使用此項技術中已知的軟體程式，例如參考文獻[45]之7.7.18節所述之彼等軟體程式來判定。較佳比對係藉由Smith-Waterman同源性搜索算法，使用空隙開放罰分為12且空隙延伸罰分為2、BLOSUM矩陣為62的仿射空隙搜索來判定。Smith-Waterman同源性搜索算法揭示於參考文獻[46]中。

除非特別說明，否則包含許多步驟之過程或方法可包含方法開始或結束時的另外步驟，或可包括另外的介入步驟。而且，若適當，則可將步驟組合、省略或以替代性順序執行。

本發明之各種實施例係描述於本文中。應當理解，各實施例中指定之特徵可與其他指定特徵組合，以提供進一步的實施例。具體而言，本文中強調為合適、一般或較佳的實施例可彼此組合(除了當該等實施例互相排斥時)。

進行本發明之方式

實例1-細菌接種物在小鼠癌症模型中之功效

概述

此項研究測試包含根據本發明之細菌菌株的組成物在四個腫瘤模型中之功效。

材料

測試物質 -細菌菌株#MiRX518。

參比物質 -抗CTLA-4抗體(純系：9H10，目錄：BE0131，同型：敘利亞倉鼠(Syrian Hamster)IgG1，Bioxcell)。

測試及參比物質媒劑 -細菌培養基(酵母提取物、酪腖、脂肪酸培養基(YCFA))。當每天注射至小鼠時，用PBS(參見：BE14-516F,Lonza,France)稀釋抗體。

治療劑量 -細菌：於200μL中2x10⁸ 個。a-CTLA-4係以10mg/kg/inj注射。根據小鼠最近的體重，以10mL/kg/adm之劑量體積(亦即，對於一隻稱重20g之小鼠，將投與200μL測試物質)投與抗CTLA-4。

投與途徑 -經由插管，藉由經口胃管灌食法(經口，PO)投與細菌接種物。每天淨化插管。將抗CTLA-4注射至小鼠之腹腔(腹膜內，IP)中。

細菌菌株之培養條件 -細菌菌株之培養條件如下：

●將10mL YCFA(由10mL E&O lab瓶製備)吸移至Hungate管中

●密封該等管並使用注射器輸入及排氣系統，用CO₂ 沖洗

●對Hungate管進行高壓釜處理

●當冷卻時，用1mL甘油儲備液接種Hungate管

●將該等管置於靜態37℃培養箱中約16小時

●次日，採集1mL此繼代培養物並接種10mL YCFA(再次預熱沖洗Hungate管，所有皆一式兩份)

●將其置於靜態37℃培養箱中5至6h

癌細胞株及培養條件 -

所用的細胞株在下表中詳述：

由在植入增生性乳腺泡結節之後的BALB/cCRGL小鼠中出現的可移植鼠類乳腺癌建立EMT-6細胞株[47]。

由帶有經由植入原發性路易斯(Lewis)肺癌產生的腫瘤之C57BL小鼠之肺建立LL/2(LLC1)細胞株[48]。

Hepa 1-6細胞株為在C57/L小鼠中出現的BW7756小鼠肝細胞瘤之衍生物[49]。

細胞培養條件 -所有細胞株在37℃下在濕潤氣氛(5% CO₂ ，95%空氣)中作為單層生長。培養基及補充劑在下表中示出：

關於實驗使用，藉由用胰蛋白酶-維耳新(參見：BE17-161E,Lonza)在無鈣或鎂之漢克氏培養基(參見：BE10-543F,Lonza)中處理5分鐘將黏附的腫瘤細胞自培養瓶處分開並且藉由添加完全培養基來中和。將細胞在血球計中計數並且藉由0.25%錐蟲藍排除檢定評估其活力。

動物之使用 -

體重及年齡匹配之健康雌性Balb/C(BALB/cByJ)小鼠係由CHARLES RIVER(L'Arbresles)獲得以用於EMT6及RENCA模型實驗。

體重及年齡匹配之健康雌性C57BL/6(C57BLl6J)小鼠係由CHARLES RIVER(L'Arbresles)獲得以用於LL/2(LLC1)及Hepa1-6模型實驗。

根據FELASA指導方針將動物在SPF健康狀態下飼養，並且遵循根據關於實驗室動物之護理及使用的法國及歐洲條例及NRC指導(the French and European Regulations and NRC Guide for the Care and Use of Laboratory Animals)的動物圈養及實驗程序[50,51]。將動物在圈養室中在受控環境條件下飼養：溫度：22±2℃、濕度55±10%、光週期(12h光/12h暗)、HEPA過濾空氣、15次換氣/小時而無再循環。動物圍欄提供有無菌及足夠的空間，如所述其中有墊褥材料、食物及水、環境及社會富集(組圈養)：在通風架中之900cm² 籠(參見：green,Tecniplast)、Epicea墊褥(SAFE)、10kGy照射膳食(A04-10,SAFE)、用於免疫活性齧齒動物之完全食品-R/M-H擠出物、來自水瓶之水。

實驗設計及治療

抗腫瘤活性，EMT6模型

治療方案-將首次給藥之開始視為D0。在D0，使用Vivo manager®軟體(Biosystemes,Couternon,France)將非移植小鼠根據其個別體重隨機分組，每組9/8只。在D0，小鼠接受媒劑(培養基)或細菌菌株。在D14，如下所述用EMT-6腫瘤細胞移植所有小鼠。在D24，來自陽性對照組之小鼠接受抗CTLA-4抗體治療。

治療方案概述於下表中：

如下所述進行動物之監測。

在動物中EMT6腫瘤之誘導-在D14，藉由將200μL RPMI 1640中之1x10⁶ 個EMT-6細胞皮下注射至小鼠之右脅腹中誘導腫瘤。

安樂死-當各小鼠達到如下所述之人道終點時或在給藥開始後最多6週之後對其施以安樂死。

抗腫瘤活性，LL/2(LLC1)模型

治療方案-將首次給藥之開始視為D0。在D0，使用Vivo manager®軟體(Biosystemes,Couternon,France)將非移植小鼠根據其個別體重隨機分成7組，每組9/8只。在D0，小鼠將接受媒劑(培養基)或細菌菌株。在D14，如下所述用LL/2腫瘤細胞移植所有小鼠。在D27，來自陽性對照組之小鼠接受抗CTLA-4抗體治療。

治療方案概述於下表中：

如下所述進行動物之監測。

在動物中LL/2(LLC1)腫瘤之誘導-在D14，藉由將200μL RPMI 1640中之1x10⁶ 個LL/2(LLC1)細胞皮下注射至小鼠之右脅腹中誘導腫瘤。

抗腫瘤活性，Hepa1-6模型

治療方案-將首次給藥之開始視為D0。在D0，使用Vivo manager®軟體(Biosystemes,Couternon,France)將非移植小鼠根據其個別體重隨機分成7組，每組9只。在D0，小鼠接受媒劑(培養基)或細菌菌株。在D14，如下所述用Hepa 1-6腫瘤細胞移植所有小鼠。在D16，來自陽性對照組之小鼠接受抗CTLA-4抗體治療。

治療方案概述於下表中：

如下所述進行動物之監測。

藉由脾內注射在動物中的Hepa 1-6腫瘤細胞之正位誘導-在D14，經由脾內注射至小鼠中移植50μL RPMI 1640培養基中之一百萬(1x10⁶ )個Hepa 1-6腫瘤細胞。簡言之，在左肋下脅腹做一小切口並將脾臟自腹內取出。將脾臟暴露在消毒紗布墊上，並且經由27號針在目測檢查下用細胞懸浮液注射。在細胞接種之後，切除脾臟。

安樂死-當各小鼠達到如下文部分中所述之人道終點時或在給藥開始後最多6週之後對其施以安樂死。

在安樂死時對腫瘤負荷之評估-在結束之時，採集肝臟並稱重。

抗腫瘤活性，RENCA模型

治療方案-將首次給藥之開始視為D0。在D0，使用Vivo manager®軟體(Biosystemes,Couternon,France)將非移植小鼠根據其個別體重隨機分到各組中，每組9只小鼠。在D0，小鼠接受媒劑(培養基)或細菌菌株(在200μL中2x10⁸ 個，PO)。在D14，如下所述用SC注射至下脅腹之腹面中的RENCA腫瘤細胞移植所有小鼠。當腫瘤達到50-70mm3之體積時，開始抗CTLA-4(10mg/kg，IP)及抗PDL1(純系10F.9G2，10mg/kg)之治療。

治療方案概述於下表中：

如下所述進行動物之監測。

藉由SC注射在動物中的RENCA腫瘤細胞之正位誘導-在D14，經由SC注射至小鼠之下脅腹之腹面中移植50μL RPMI 1640培養基中之一百萬(1x10⁶ )個RENCA腫瘤細胞。

在安樂死時對腫瘤負荷之評估-在結束之時，收集腫瘤並評估其體積。

動物監測

臨床監測-每週兩次用卡尺量測腫瘤之長度及寬度並且藉由此式估算腫瘤之體積[52]：

人道終點[53]：疼痛、痛苦或窘迫體征：疼痛姿勢、疼痛面具、行為；腫瘤超過10%之正常體重但不超過2000mm³ ；腫瘤干擾步行或營養；腫瘤潰瘍或組織侵蝕；20%體重下降保持連續3日；不良身體條件、憔悴、惡病質、脫水；對外界刺激之自發反應的不存在延長；快速勞動呼吸、貧血、顯著出血；神經體征：轉圈、驚厥、麻痹；體溫之持續降低；腹脹。

麻醉-將異氟烷氣體麻醉用於所有程序：手術或腫瘤接種、靜脈內注射、血液採集。將氯胺酮及甲苯噻嗪麻醉用於趨實體性手術程序。

鎮痛-卡洛芬或多模式卡洛芬/丁丙諾啡鎮痛方案適應手術程序之嚴重性。為所有疼痛程序提供非藥理學護理。另外，在主治獸醫之建議下提供不干擾研究(主題治療)之藥理學護理。

安樂死-藉由氣體麻醉過劑量(異氟烷)，繼之以頸椎脫位術或放血對動物施以安樂死。

結果

抗腫瘤活性，EMT6模型

結果示於圖1A中。本發明之細菌菌株的治療造成腫瘤體積相對於兩個陰性對照之明顯減小。陽性對照亦造成腫瘤體積之減小，如所預期。

為了進一步闡明MRx0518在同基因腫瘤模型中傳遞其治療作用之機制，在同基因EMT6腫瘤模型研究中進行離體分析。雖然腫瘤體積為臨床前腫瘤學研究中之主要量測，但腫瘤常常由活躍分裂的腫瘤細胞以及壞死核心組成。為了研究MRx0518治療是否對在EMT6腫瘤內發現的壞死程度有影響，將來自腫瘤之腹中區域的石蠟切片用蘇木精及伊紅染色。鼠類EMT6乳癌模型之MRx0518治療顯示朝向腫瘤內的壞死截面積增加之傾向(圖1B，上圖)。為了研究MRx0518治療是否對腫瘤內的分裂細胞有影響，將來自腫瘤之腹中區域的石蠟切片用增殖蛋白Ki67染色，並且進行DAPI對比染色，以估算EMT6腫瘤內分裂的細胞之百分比。鼠類EMT6乳癌模型之MRx0518治療顯著地減小腫瘤內所見的分裂細胞之百分比(圖1B，下圖，P=0.019)。

免疫細胞群

經由腫瘤之流動式細胞測量術進行腫瘤微環境之進一步研究，以便探究以下假設：MRx518細菌菌株具有調控免疫系統以誘導抗腫瘤效應之能力。將自不同治療組切除之腫瘤切成塊。對一塊進行流動式細胞測量術分析。為了評估腫瘤內存在的T淋巴細胞之相對百分比，使用以下標誌物：CD45、CD3、CD4、CD8、CD25及FoxP3。

流動式細胞測量術數據顯示在MRx0518及抗CTLA-4治療組中當分別與媒劑或對照動物相比時腫瘤中的淋巴細胞之相對百分比的稍微減少(圖1C)。同樣，CD4+細胞之相對百分比在MRx0518及抗CTLA-4治療動物中似乎減少，而CD8+細胞之相對百分比在兩個組中遵循相反的趨勢，但以不同量級。CD4+FoxP3+細胞之相對百分比在抗CTLA 4治療組中下降，相比之下，在MRx0518治療動物中有輕微減少；然而，CD4+CD25+細胞之相對百分比的降低僅在抗CTLA-4治療組中係顯著的。CD8+/FoxP3+比率顯示在抗CTLA-4治療組中比在MRx0518動物中之更大提高。提出的此等資料在此支持以下假設：抗CTLA-4抗體藉由在腫瘤組織中減少其細胞數目或削弱其抑制活性靶向調節性T細胞(Tregs)，同時提示MRx0518之不同作用模式。

細胞介素產生

另外的腫瘤塊以及血漿樣品係用於總蛋白提取及後續的細胞介素分析。藉由MagPix技術分析腫瘤微環境中的IL-10、CXCL1、CXCL2、CXCL10、IL-1ß、IL-17A、GM-CSF、TNF-α、IL-12p70及IFN-γ之蛋白質水準。雖然IL-17A及GM-CSF低於偵測水準，但所有其他標誌物在合理的水準下表現(圖1D)。在媒劑與抗CTLA-4組之間關於IFN-γ觀察到顯著性差異。IL-10及IL-12p70免疫標誌物之產生在MRx518治療之後與對照治療相比似乎減少。

亦評估同一動物之血漿中的細胞介素水準。藉由MagPix技術分析IL-23、IL-6、IL-10、VEGF、CXCL1、CXCL2、CXCL10、IL-2、IL-1ß、IL-17A、GM-CSF、TNF-α、IL-12p70及IFN-γ之蛋白質水準。總體上，在腫瘤誘導之前或在研究結束時在動物血漿中檢測到很少細胞介素產生(圖1E)。偵測到在實質性水準下的VEGF及CXCL10，而偵測到在低水準下的IL-23、IL-6、IL-10、CXCL1 及CXCL2。未在樣品中偵測到IL-2、IL-1b、IL-17A、GM-CSF、TNF-α、IL-12p70及IFN-γ。在第0天，MRx0518顯著增加IL-6之產生。MRx0518亦似乎增加IL-23產生。在第22天，VEGF及CXCL10在抗CLTA-4組中顯著下調。類似於針對免疫細胞群所示之結果，在MRx518與CTLA-4之間在腫瘤及血漿中的細胞介素產生之差異表明其各自作用於獨特及潛在的補充機制。

CD8α陽性細胞在回腸中之定位

將10μm回腸之低溫切片在低溫恆溫器(CM 1950Leica)中切割，挑取於聚-L離胺酸載玻片上。接著將切片風乾1小時，在冰冷的甲醇中固定10分鐘，在PBS中洗滌，在PBS pH 7.2中之10% BSA中阻斷，之後與一級抗體(大鼠-抗小鼠-CD8α抗體，Sigma-Aldrich,Millipore)培育隔夜。

次日早晨，將載玻片在PBS中洗滌並在室溫下用二級抗體染色1小時：山羊-抗大鼠-抗體-Alexa488(Molecular Probe,Invitrogen)。在另一洗滌步驟之後，將載玻片用4’,6-二胺基-2-苯基吲哚二鹽酸鹽(DAPI)(Sigma-Aldrich,Millipore)對比染色並安裝於Vectashield(Vector Laboratories)中。察看載玻片並使用配備有水銀燈、適當的濾光片及x20複消色差物鏡之Zeiss Axioscope顯微鏡成像。顯示由來自媒劑、MRx0518及抗CTL4動物之載玻片獲得的圖像之實例(圖1F-上圖：DAPI染色，下圖：CD8α染色)。

檢查來自20只動物之視野並使用手動曝光時間成像。所分析的動物及視野之數量示於下表中：

對圖像的評分如下：3個陽性細胞之視野被評為0，而3個細胞之視野被評為1。顯示此分析之結果(圖1G)。

用抗CD8α染色之回腸低溫切片顯示與媒劑組相比在來自用MRx0518及抗CTLA-4治療之動物的隱窩區組織中定位的CD8α陽性細胞之數量更多。

此觀察結果與在感染或炎性微環境之情況下腸中存在之CD8+ T細胞一致，作為免疫反應之一部分。

抗腫瘤活性，LL/2(LLC1)模型

結果示於圖2中。本發明之細菌菌株的治療造成腫瘤體積相對於兩個陰性對照之明顯減小。

抗腫瘤活性，Hepa1-6模型

結果示於圖3A中。未經治療之陰性對照不如預期所表現，因為肝臟重量在此組中比其他組減輕。然而，媒劑陰性對照及陽性對照組皆如預期所表現，因為用媒劑單獨治療之小鼠具有比用抗CTLA4抗體治療之小鼠更大的肝臟，反映了在媒劑陰性對照組中更大的腫瘤負荷。用本發明之細菌菌株的治療造成相對於媒劑陰性對照組中之小鼠在肝臟重量(及由此腫瘤負荷)上的明顯減輕。

抗腫瘤活性，RENCA模型

結果示於圖3B中。用MRx0518單一療法之治療與媒劑治療組相比在測試/對照下減小51%之腫瘤體積(第18天)。紫杉醇及抗CTLA-4+抗PDL-1顯示與未經治療及媒劑組兩者相比在D18及D22於腫瘤尺寸上的(幾乎)完全減小。

此等資料表明菌株MRX518可適用於治療或預防癌症，且尤其適用於減小乳腺癌、肺癌、腎癌及肝癌中的腫瘤體積。

實例2-PCR基因分析

在PCR基因分析中研究細菌MRX518之純培養物。存在兩個實驗小組：1)將MRX518與人類結腸細胞(CaCo2)共培養以研究細菌對宿主之作用，及2)將MRX518與用IL1刺激之CaCo2細胞共培養以模擬細菌在炎性環境中之作用。經由基因表現分析評估在兩種情況下之作用。結果顯示如下：

此等資料似乎顯示兩個基因表現特徵-CXCR1/2配位體(CXCL3、CXCL2、CXCL1、IL-8)，其與促炎細胞遷移有關；及CXCR3配位體(CXCL9、CXCL10)，其更具體地指示IFN-γ型反應，亦由IL-32支持，IL-32為IFN-γ誘導型。

實例3-穩定性測試

將本文所述之含有至少一種本文所述之細菌菌株的組成物於密封容器中在25℃或4℃下儲存，且將容器置於具有30%、40%、50%、60%、70%、75%、80%、90%或95%相對濕度之氣氛中。1個月、2個月、3個月、6個月、1年、1.5年、2年、2.5年或3年之後，應剩餘至少50%、60%、70%、80%或90%細菌菌株，如以藉由標準方案所確定之菌落形成單位所量測。

實例4-與MRX518 +LPS相比由MRX518誘導的未成熟之樹突細胞中的細胞介素產生

概述

此研究測試細菌菌株MRX518單獨及與脂多糖(LPS)組合對未成熟之樹突細胞中的細胞介素產生之作用。

單核細胞群係自末梢血液單核細胞(PBMC)中分離。隨後將單核細胞分化成未成熟之樹突細胞。將未成熟之樹突細胞以200,000個細胞/孔鋪板並與MRX518在10⁷ /ml之最終濃度下培育，任選添加最終濃度為100ng/ml之LPS。陰性對照涉及將細胞與RPMI培養基單獨培育且陽性對照涉及將細胞與LPS在100ng/ml之最終濃度下培育。接著分析細胞之細胞介素含量。

結果

此等實驗之結果可見於圖4a-d中。單獨添加MRX518造成與陰性對照相比細胞介素IL-6及TNF-α之水準的實質提高(圖4a及c)。LPS之添加(陽性對照)造成與陰性對照相比IL-6及TNF-α而非IL-1β之水準的提高(圖4b)。MRX518與LPS之組合造成所產生的IL-1β水準之協同提高(圖4d)。

結論

MRX518具有在未成熟之樹突細胞中誘導更高IL-6及TNF-α細胞介素產生之能力。LPS與MRX518之組合可提高細胞介素IL-1β在未成熟之樹突細胞中的水準。此等資料表明MRX518單獨或與LPS組合可增加炎性細胞介素IL-1β、IL-6及TNF-α，其促進可抑制癌症之炎症。用MRX518單獨或以組合形式之治療可誘導會限制腫瘤生長之細胞介素。

實例5-與MRX518 +LPS相比由MRX518誘導的THP-1細胞中之細胞介素產生

概述

此研究測試細菌菌株MRX518單獨及與LPS組合對THP-1細胞(亦即單核細胞及巨噬細胞之模型細胞株)中之細胞介素產生的作用。

用5ng/mL佛波醇-12-肉豆蔻酸鹽-13-乙酸鹽(PMA)將THF-1細胞在M0培養基中分化48h。隨後將此等細胞與MRX518在10⁸ /ml之最終濃度下培育，添加或不添加最終濃度為100ng/ml之LPS。接著洗掉細菌並且容許細胞在正常生長條件下培育24h。隨後將細胞旋轉沉降並關於細胞介素含量分析所得的上清液。

結果

此等實驗之結果可見於圖5a-c中。在無LPS下MRX518之添加造成與無細菌及細菌沉積物對照相比細胞介素IL-1β、IL-6及TNF-α水準之提高。LPS及MRX518之添加造成細胞介素產生之協同增加。

結論

MRX518具有誘導細胞介素在THP-1細胞中產生之能力，其可隨LPS之添加而協同增加。此等資料表明MRX518單獨或與LPS組合可增加炎性細胞介素IL-1β、IL-6及TNF-α，其促進可抑制癌症之炎症。用MRX518單獨或以組合形式之治療可誘導會限制腫瘤生長之細胞介素。

實例6-MRX518與PD-1抑制劑RMP1-14或CTLA-4抑制劑之治療組合的抗腫瘤活性

概述

此研究比較MRX518、PD-1抑制劑(RMP1-14)、CTLA-4抑制劑及MRX518與PD-1抑制劑或CTLA-4抑制劑在帶有EMT-6腫瘤細胞之小鼠中的抗腫瘤活性。

材料

測試及參比物質 -細菌菌株#MRX518；抗PD-1抗體(純系：RMP1-14，目錄：BE0146，同型：大鼠IgG2a，Bioxcell)；抗CTLA4抗體(參見：BE0131,Bioxcell；純系：9H10；反應性：小鼠；同型：倉鼠IgG1；儲存條件：+4℃)。

測試及參比物質媒劑 -使MRX518細菌生長於細菌培養基(酵母提取物、酪腖、脂肪酸培養基(YCFA))中並在-80℃下作為甘油儲備液保存。根據研究方案向動物給予細菌。在每天注射至小鼠時，用PBS(參見：BE14-516F,Lonza,France)稀釋抗PD1及抗CTLA-4抗體。

治療劑量 -細菌：200μL中之2x10⁸ 個。根據小鼠最近的體重，以10mg/kg體重投與抗PD1-1及抗CTLA4抗體。

投與途徑 -經由胃管灌食管，藉由經口胃管灌食法(經口，PO)以200μL/inj之體積投與細菌組成物。將抗PD-1及抗CTLA-4抗體以10ml/kg(經調整至小鼠最近的個別體重)之體積注射至小鼠之腹膜腔(腹膜內，IP)中。

癌細胞株及培養條件 -用於此研究中之細胞株為由ATCC(美國菌種保存中心，Manassas,Virginia,USA)獲得之EMT-6細胞株。由在植入增生性乳腺泡結節之後的BALB/cCRGL小鼠中出現的可移植鼠類乳腺癌建立EMT-6細胞株。

將腫瘤細胞在37℃下在濕潤氣氛(5% CO2，95%空氣)中作為單層生長。培養基為補充有10%胎牛血清(參見：3302,Lonza)的含有2mM L-麩醯胺(參見：BE12-702F,Lonza,Verviers,Belgium)之RPMI 1640。EMT-6腫瘤細胞黏附至塑料燒瓶。關於實驗使用，藉由用胰蛋白酶-維耳新(參見：BE02-007E,Lonza)在無鈣或鎂之漢克氏培養基(參見：BE10-543F,Lonza)中處理5分鐘將腫瘤細胞自培養瓶處分開並且藉由添加完全培養基來中和。將細胞計數並且藉由0.25%錐蟲藍排除檢定評估其活力。

動物之使用 -一百三十(130)只5-7週齡之健康雌性Balb/C(BALB/cByJ)小鼠係由CHARLES RIVER(L'Arbresles)獲得並且根據FELASA指導方針在SPF健康狀態下飼養。根據關於實驗室動物之護理及使用的法國及歐洲條例及NRC指導實現動物圈養及實驗程序。將動物在圈養室中在受控環境條件下飼養(3-4只/籠)：溫度：22±2℃、濕度55±10%、光週期(12h光/12h暗)、HEPA過濾空氣、15次換氣/小時而無再循環。動物圍欄提供有無菌及足夠的空間，如所述其中有墊褥材料、食物及水、環境及社會富集(組圈養)：頂級過濾器聚碳酸酯歐標(Eurostandard)III或IV型籠、玉米芯墊褥(參見：LAB COB 12,SERLAB,France)、25kGy照射膳食(Ssniff® Soest,Germany)、用於免疫活性齧齒動物之完全食品-R/M-H擠出物、在0.2μm水及環境富集(SIZZLE-dri kraft-D20004 SERLAB,France)下無菌過濾。用RFID應答器單個鑒別動物並且各籠帶有特定碼。對於批次2及批次3在適應一週後或對於批次1在適應三週後開始動物之治療。

實驗設計及治療

在第-14(D-14)天，使用Vivo Manager®軟體(Biosystemes,Couternon,France)將130只非移植小鼠根據其個別體重隨機分成3組，每組30只動物，及4組，每組10只動物。將小鼠分成三批，每治療組10只動物(批次1：組1、2及3之10只動物；批次2：組1、2及3之10只動物；以及批次3：組1至7之10只動物)，自研究開始起具有不同終點：D-14或D0。

在終止時，將批次3分成2個群組，歸因於終止及FACS分析方案；將其錯開1天：D24/D25。因此，每個動物群組具有5只動物/治療組(4只動物來自籠1且一隻動物來自籠2)。基於倫理準則，若腫瘤體積大於1500mm³ ，則有待在D24及D25處死的動物之選擇係基於腫瘤體積，而非籠。實驗設計描繪於圖7A中且在下文中概述：

1)批次1(組1、2及3)在D0開始治療且在D14淘汰(10只動物形成組1至3)。它們不接受腫瘤細胞並構成基線組。

2)批次2(組1、2及3)在D-14開始治療且在D7淘汰(10只動物形成組1至3)。

3)批次3(組1至7)在D-14開始治療且在D24/25淘汰(10只動物形成組1至7)。抗PD-1及抗CTLA-4之治療在D10開始。

在第0天(D0)，將批次2及批次3之所有小鼠(分別在第7及24/25天終止)藉由皮下注射200μL RPMI 1640中之1x10⁶ EMT-6個細胞至右脅腹中用EMT-6腫瘤細胞移植(將來自批次1之30只小鼠在D14處死，它們不接受腫瘤注射)。根據以下治療方案組治療小鼠(TWx2=每週兩次)：

在整個實驗中收集以下樣品：

1. 糞便(僅對於批次3)-在研究期間的三個時點(D-15、D-1及D22)，自每組8只相同小鼠處收集糞便樣品(每只小鼠80-100mg或6-7個球粒之等效物，但至少3個糞球粒)，將其快速冷凍並在-80℃下儲存。

2. 血液-在小鼠的終止之時(對於批次1為D14，對於批次2為D7且對於批次3為D25)，在深度氣體麻醉下在終止程序中自各動物處收集大約1mL之心內血至EDTA管中。離心血液以獲得血漿，並將血漿在-80℃下儲存。

3. 腫瘤及脾臟-自所有小鼠處收集腫瘤(在D及D24/D25)及脾臟(在D7、D14及D24/D25)。藉由如下所述之FACS分析定量腫瘤樣品中之腫瘤免疫浸潤細胞。

4. 腸系膜淋巴結-在D7、D14及D24/D25，自每組及每次之所有動物處收集腸系膜淋巴結並在-80℃下快速冷凍。

5. 腸-在安樂死之時(D7、D14及D24/D25)，自每組及每次之所有小鼠處收集腸之若干節段並解剖。亦收穫盲腸內容物。

FACS分析

關於腫瘤細胞之分析，在終止之時(在D7及D24/25)自每組及每次之所有小鼠處收集腫瘤。將所有腫瘤皆收集在HBSS培養基中。藉由來自每次收集之樣品的FACS分析定量腫瘤免疫浸潤細胞。簡言之，將所收集之樣品藉由機械解離處理並於100μL染色緩衝液(PBS、0.2% BSA、0.02% NaN₃ )中製備。

隨後根據供應商對於每種抗體所述之程序，添加針對所選標誌物之抗體。將除FoxP3之外的所有抗體用於表面標記，而FoxP3則用於胞內標記。用於FACS分析之抗體列於下表中：

組1：組T細胞活力、CD45、CD3、CD4、CD8、CD25、FOXP3、PD1、B220

組2腫瘤相關巨噬細胞(TAM)：活力、CD45、CD3、CD11b、Ly6C、F4/80、CD68、CD80、CD206、MHCII

將混合物在黑暗中在室溫下培育20至30分鐘，洗滌並且再懸浮於200μL染色緩衝液中。將所有樣品儲存在冰上並且避光保存直至FACS分析。亦用對照同型抗體處理腫瘤樣品。用配備有波長405、488及633nm之3個激發雷射的CyFlow^® 空間流式細胞儀(LSR II,BD Biosciences)分析所染色之細胞。

關於腸樣品之分析，在終止之時(在D7、D14及D24/25)自每組及每次之所有小鼠處收集小腸及結腸。所有新鮮的組織皆收集於HBSS培養基中。藉由來自每次收集之樣品的FACS分析定量固有層中之免疫細胞。將樣品作為腫瘤樣品處理。用於FACS分析之抗體為以上列舉的組1之彼等以及下表列舉之彼等(樣品之後續培育及分析如上所述)：

組3：腸DC：活力、CD45、CD3、CD11b、CD11c、MHC II、CD103

關於脾臟樣品之分析，在終止之時(在D7、D14及D24/25)自每組及每次之所有小鼠處收集脾臟。將所有脾臟皆收集於完全RPMI培養基(10% dFBS、青黴素/鏈黴素1%、2mM L-麩醯胺及55μM 2-巰基乙醇)中。在用CD3及CD28刺激72h之後，藉由來自每次收集之樣品的FACS分析定量腫瘤免疫浸潤細胞。程序：將脾細胞與兩種刺激(CD3/CD28，經熱殺滅之MRx0518)中之任一者及一陰性對照一起培養。在每孔經熱殺滅之MRx0518與脾細胞之間存在1：1之比率。在20μl經熱殺滅之MRx0518樣品中提供有1x106個細菌細胞。根據供應商對於每種抗體描述之程序，將針對以上組1之標誌物的抗體添加至來自各治療之細胞沉澱中。如上所述進行樣品之後續培育及分析。

動物監測

每天記錄動物之活力及行為。每週兩次量測體重。每週兩次用卡尺量測腫瘤之長度及寬度並且藉由下式估算腫瘤之體積：

按照測試物質對所治療動物之腫瘤體積與對照動物相比的作用來評估治療功效。使用Vivo Manager®軟體(Biosystemes,Coutemon,France)確定抗腫瘤功效之以下評價準則：

1. 個別及/或平均(或中值)腫瘤體積。組1至7之平均腫瘤體積描繪於圖7B中。

2. 腫瘤倍增時間(DT)。

3. 腫瘤生長抑制(T/C%)，係定義為治療組對比對照組之中值腫瘤體積的比率，計算如下(Dx=量測之天數)：最佳值為最小T/C%比率，反映了所達成的最大腫瘤生長抑制。根據NCI標準，T/C%比率之有效準則為42%。

4. 測試組與對照組之相對腫瘤體積(RTV)曲線，其中RTV計算如下(D_X =量測之天數；D_R =隨機化之天數)：

5. 計算體積V及達到V之時間。體積V係定義為由實驗數據推斷且在腫瘤生長之指數期選擇之靶體積。對於每個腫瘤，在腫瘤體積量測中選擇最接近靶體積V之腫瘤體積。記錄此體積V及腫瘤達到此體積之時間的值。對於每個組，計算腫瘤體積V之平均值及達到此體積之時間的平均值。

實例7-CD8增殖評估

為了研究MRX518及CTLA-4抑制劑的免疫刺激作用，進行MRX518與抗PD-1檢查點抑制劑Miltenyi Biotech CD279以組合形式對CD8+細胞增殖之影響的活體外評估。

將末梢血液單核細胞(PBMC，由Stemcell Technologies低溫保存，目錄編號：70025)自液氮中移除並且容許在燒瓶中靜置隔夜。將96孔板用CD3抗體(ThermoFisher CD3單株抗體(OKT3)，0.3μg/ml)包被作為細胞分裂組合之一半。在休眠期之後，對PBMC計數並用螢光細胞示蹤劑(CellTrace^TM 遠紅外細胞增殖套組)染色。

以此方式製備細胞之十個集合。向彼等集合之9個中添加抗PD-1抗體(來自Miltenyi Biotech CD279(PD1)純功能等級，10μg/ml)。不向另外的集合中添加抗PD-1抗體，其充當對照集合(在下表中稱為細胞集合1)。接著將所有細胞集合培育1.5小時。

在培育期之後，將細菌測試組分添加至如下表所示之細胞集合3至10中：

在添加細菌測試組分之後，將CD28抗體(Thermofisher CD28單株抗體(CD28.2)，1μg/ml)作為細胞分裂組合之另一半添加至每個細胞集合中以觸發增殖。隨後將PDL-1(R&D Systems，重組人類PD-L1/B7-H1 Fc嵌合體，10μg/ml)添加至每個細胞集合中。

接著培育細胞集合5天(37℃，5% CO₂ )。培育之後，收穫細胞並根據由細胞示蹤劑賦予之細胞螢光藉由FACS進行分析，提供了已在培育期中發生的細胞分裂之次數的指示。結果顯示根據分裂次數(自無細胞分裂(NCD)至4次細胞分裂(4RCD))分組的細胞之百分比示於圖6中。

序列

SEQ ID NO：1(雞腸球菌16S rRNA基因-AF039900)

SEQ ID NO：2(雞腸球菌菌株MRX518之一致16S rRNA序列)

SEQ ID NO：3(菌株MRX518染色體序列)-參見電子序列表。

SEQ ID NO：4(菌株MRX518質體序列)-參見電子序列表。

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<110> 英商4D製藥研究有限公司

<120> 用於治療或預防癌症之組合療法

<130> P073197GB

<160> 4

<170> SeqWin2010,1.0版

<210> 1

<211> 1506

<212> DNA

<213> 雞腸球菌

<400> 1

<210> 2

<211> 1444

<212> DNA

<213> 雞腸球菌菌株MRX518

<400> 2

<210> 3

<211> 3127431

<212> DNA

<213> 雞腸球菌菌株MRX518

<400> 3

<210> 4

<211> 42883

<212> DNA

<213> 雞腸球菌菌株MRX518

<400> 4

Claims

一種治療組合，其係用於治療或預防受檢者之癌症的方法中，其中該治療組合包含：(a)包含物種雞腸球菌之細菌菌株的組成物；與(b)CTLA-4抑制劑。
如申請專利範圍第1項之治療組合，其中該組成物不含來自任何其他物種之細菌或僅包含微量或生物學不相關量之來自另一物種之細菌。
如前述申請專利範圍中任一項之治療組合，其中該治療組合係用於治療或預防肺癌、乳腺癌、腎癌、肝癌、淋巴瘤、肝細胞瘤、神經內分泌癌或結腸癌之方法中。
如前述申請專利範圍中任一項之治療組合，其中該治療組合係用於減小腫瘤尺寸、減慢腫瘤生長、預防轉移或預防血管生成之方法中。
如前述申請專利範圍中任一項之治療組合，其中該細菌菌株具有由SEQ ID NO：2表示之16s rRNA序列。
如前述申請專利範圍中任一項之治療組合，其中該組成物係用於經口投與及/或其中該CTLA-4抑制劑係用於靜脈內投與。
如前述申請專利範圍中任一項之治療組合，其中該組成物包含一或多種醫藥學上可接受之賦形劑或載劑。
如前述申請專利範圍中任一項之治療組合，其中該細菌菌株為凍乾的。
如前述申請專利範圍中任一項之治療組合，其中該細菌菌株能夠部分或完全移生於腸。
如前述申請專利範圍中任一項之治療組合，其中該組成物包含雞腸球菌之單一菌株。
如申請專利範圍第1項至第9項中任一項之治療組合，其中該組成物包含雞腸球菌細菌菌株作為微生物共生體之一部分。
如前述申請專利範圍中任一項之治療組合，其中該組成物包含在登錄號NCIMB 42488下寄存之雞腸球菌菌株。
如前述申請專利範圍中任一項之治療組合，其中該組成物包括在食物產品或疫苗組成物內。
如前述申請專利範圍中任一項之治療組合，其中該CTLA-4抑制劑係選自由下列各物組成之群：易普利單抗、替西木單抗(tremelimumab)、RebMab 600、AGEN1884、RebMab 600、MK-1308及其組合。
如前述申請專利範圍中任一項之治療組合，其中在向受檢者首次投與該CTLA-4抑制劑之前向受檢者投與該組成物。
如申請專利範圍第15項之治療組合，其中在首次投與該CTLA-4抑制劑之前至少一週、兩週、三週或四週向受檢者投與該組成物。
如前述申請專利範圍中任一項之治療組合，其中在首次投與該CTLA-4抑制劑之前及/或與向該受檢者投與該CTLA-4抑制劑至少部分同時向該受檢者投與該組成物。
如前述申請專利範圍中任一項之治療組合，其中該物種雞腸球菌之細菌菌株與該CTLA-4抑制劑係在單獨的組成物中。
如前述申請專利範圍中任一項之治療組合，其中該受檢者對使用CTLA-4抑制劑單獨之先前治療無反應。
一種包含物種雞腸球菌之細菌菌株的第一組成物，其係與包含CTLA-4抑制劑之第二組成物組合使用，其係用於治療或預防癌症之方法中，視情況其中該第一組成物在首次投與該第二組成物之前及/或與投與該第二組成物同時投與。
一種包含CTLA-4抑制劑之第一組成物，其係與包含物種雞腸球菌之細菌菌株的第二組成物組合使用，其係用於治療或預防癌症之方法中，視情況其中該第一組成物與投與該第二組成物同時投與。
一種包含CTLA-4抑制劑之組成物，其係用於治療或預防先前接受投與組成物之受檢者的癌症之方法中，該組成物包含物種雞腸球菌之細菌菌株，較佳在登錄號NCIMB 42488下寄存之菌株。
一種組成物，其包含物種雞腸球菌之細菌菌株，較佳在登錄號NCIMB 42488下寄存之菌株，其係用於治療或預防經診斷需要用CTLA-4抑制劑治療之受檢者的癌症之方法中。
一種治療或預防有此需要之受檢者之癌症的方法，其包含：(a)向該受檢者投與包含物種雞腸球菌之細菌菌株的組成物；及(b)向該受檢者投與CTLA-4抑制劑。
一種套組，其包含：(a)包含物種雞腸球菌之細菌菌株的組成物；與(b)包含CTLA-4抑制劑之組成物。