TW201923093A

TW201923093A - 表示對癌症之泊西替尼(poziotinib)治療有反應的生物標記

Info

Publication number: TW201923093A
Application number: TW107140441A
Authority: TW
Inventors: 朴衍姬; 朴卿希; 李恩眞; 朴熊洋; 金玟菜; 朴永煥; 金正用
Original assignee: 南韓商韓美藥品股份有限公司; 國立癌中心; 社會福祉法人三星生命公益財團
Priority date: 2017-11-14
Filing date: 2018-11-14
Publication date: 2019-06-16
Also published as: KR20190054826A; EP3695016A4; US20200370102A1; CN111406115A; JP2021502972A; WO2019098666A1; EP3695016A1

Abstract

本發明提供一種生物標記，其對於泊西替尼(poziotinib)癌症治療具敏感性或抗藥性，以及使用該生物標記之方法。

Description

表示對癌症之泊西替尼(POZIOTINIB)治療有反應的生物標記

發明領域
本申請案主張於2017年11月14日向韓國智慧財產局申請之韓國專利申請案第10-2017-0151831號之利益，其之整體揭露內容被併入本文中以作為參考資料。

一或多種實施例，係相關於辨識患有泊西替尼(poziotinib)-敏感性癌症之個體的方法、治療個體之泊西替尼(poziotinib)-敏感性癌症的方法，以及用於治療個體之癌症的醫藥組成物與用途。

發明背景
泊西替尼(poziotinib)為一種可選擇性地和不可逆地抑制EGFR家族(包括Her1、Her2和Her4)的低分子量化合物，並為泛-Her抑制劑，對於EGFR和Her2及抗藥性突變體的活化具有絕佳的抑制效果。泊西替尼(poziotinib)抑制各種癌症的癌細胞的生長，該癌細胞具有體外Her1或Her2過度表現或活化突變。此外，泊西替尼(poziotinib)在具有已移植此類腫瘤細胞之身體的異種移植動物模型中，可有效阻斷腫瘤生長。

然而，目前仍未知如何藉由使用具泊西替尼(poziotinib)敏感性或抗藥性之生物標記，辨識出敏感性或抗藥性細胞。

發明概要
一或多個實施例包括辨識出患有泊西替尼(poziotinib)-敏感性癌症之個體的方法。

一或多個實施例包括治療個體中泊西替尼(poziotinib)-敏感性癌症的方法。

一或多個實施例包括用於治療個體癌症之醫藥組成物。

一或多個實施例包括使用泊西替尼(poziotinib)製備癌症治療藥物之用途。

一或多個實施例包括辨識出患有泊西替尼(poziotinib)-抗藥性癌症之個體的方法。

一或多個實施例包括治療個體中泊西替尼(poziotinib)-抗藥性癌症之方法。

較佳實施例之詳細說明

現在將詳細參考實施例，其範例在附圖中示出，其中，相同的標號一致表示相同的元件。在此方面，本實施例可具有不同的形式，且不應被解釋為限於此述的描述。因此，下面僅藉由參考附圖來描述實施例，以解釋本說明書的各觀點。如這裡所使用的，術語“及/或”包括一或多個相關所列項目的任何和所有組合。用詞如“至少一”當位於元件列表之前時，係用於修飾整個元件列表，而非修飾列表中的各個元素。

術語"個體"使用於此係指本發明施加或進行的任一個體或病患。該個體可為動物包括人類。該動物可為哺乳動物。該動物包括齧齒類包括小鼠、大暑、倉鼠與天竺鼠；貓、狗、兔、乳牛、馬、山羊、綿羊、豬與靈長類 (猴、黑猩猩、紅毛猩猩和大猩猩)。

術語"對泊西替尼(poziotinib)敏感" 或 "泊西替尼(poziotinib)-敏感性癌症 " 使用於此係指當泊西替尼(poziotinib)存在時生長較慢，與泊西替尼(poziotinib) 不存在時相較。術語"敏感性"係指泊西替尼(poziotinib)對於細胞具細胞毒性或抑制細胞生長作用。在泊西替尼(poziotinib)存在下，敏感性細胞或細胞株可具有生長速率1.5、 2、 3、 4、 5、 6、 7、 8、 9、 10、 15、 20、 25 倍或更多倍之改變。敏感性可藉由基因序列或基因複製數變化，或特定蛋白質或mRNA表現之增加或降低而測量。有關敏感性細胞或細胞株，特定蛋白質或mRNA表現可變化 1.5、 2、 3、 4、 5、 6、 7、 8、 9、 10、 15、 20或25倍或更多倍。

術語"對泊西替尼(poziotinib)有抗藥性"或"泊西替尼(poziotinib)-抗藥性癌症"使用於此係指細胞或癌症具有正常(或基本)生長情況，在泊西替尼(poziotinib)存在下，或甚至在泊西替尼(poziotinib) 不存在下，生長情況亦類似於有泊西替尼(poziotinib)存在時之生長位準。在泊西替尼(poziotinib)存在下，抗藥性可藉由細胞生長速率的相對維持或基因序列或基因複製數變化，或特定蛋白質或mRNA表現之增加或降低而測量。

關於細胞或細胞株之抗藥性係包括在泊西替尼(poziotinib)存在下，一或多個抗藥性生物標記參數變化1.5、 2、 3、 4、 5、 6、 7、 8、 9、 10、 15、 20或25倍或更多倍。

術語"治療有效劑量" 或 "有效量"使用於此係指泊西替尼(poziotinib)之量足以改善症狀，例如，足以治療、治癒、預防或改善相關醫療狀態，或足以導致治療、治癒、預防速率之增加，或改善病症，或在典型治療患者組中提供統計學上顯著的改善。當提及各活性成分單獨投予時，治療有效量或劑量係僅指該成分。當提及一組合物時，治療有效量或劑量係指可導致治療效果的活性成分組合量，不論其如何組合投予，包括依序或同時投予。在各實施例中，泊西替尼(poziotinib)之治療有效量可導致與癌症相關的症狀改善，包括食慾、口腔疼痛、上腹痛、疲勞、腹部腫脹、持續性疼痛、骨痛、噁心、嘔吐、便秘、體重減輕、頭痛、直腸出血、夜間出汗、消化不良和排尿疼痛。

術語"治療"使用於此係指預防性治療或醫療性治療。在一或多個實施例中， "治療"係指投予一化合物或組成物至個體中，用於治療或預防目的。

術語 "醫療性"治療使用於此係指投藥至已具有病理徵兆或症狀之個體中，以降低或消除該徵兆或症狀。該徵兆或症狀可為生化性、細胞性、組織性、功能性或生理性(physical)，或主觀性或客觀性。

"預防性" 治療使用於此係指投藥至並未顯示出疾病徵兆或僅顯示出疾病初始徵兆之個體中，以降低病理風險。使用於此之化合物或組成物可以預防性治療提供，以降低病理學可能性，或當疾病發生時，使病理學的嚴重度降至最低。

術語 "醫藥組成物" 使用於此係指適用於人類和動物，包括哺乳動物，之醫藥組成物。該醫藥組成物可包括治療有效量之使用於此的泊西替尼(poziotinib)或其他產品，任擇地，其他生物活性劑，和任擇地醫藥上可接受的賦形劑、醫藥上可接受的載體，或醫藥上可接受的稀釋劑。在一實施例中，除了包括活性成分和構成載體的非活性成分之組成物外，該醫藥組成物尚可包括直接或間接由一或多種成分組合、錯合或聚集、一或多種成分解離，或一或多種成分的其他反應類型或交互作用而產生的產物。因此，本發明之醫藥組成物包括藉由將本發明化合物與賦形劑、載體或稀釋劑混合而製備的任何組成物，其中該賦形劑、載體和稀釋劑為醫藥上可接受的。該醫藥組成物可為單位劑型。該醫藥組成物可具有口服或非經腸胃配方。該醫藥組成物可為錠劑或注射劑形式。包含泊西替尼(poziotinib)的醫藥組成物範例係揭示於美國專利公開號US20130071452A1中，在此併入本案以作為參考資料。

術語 "醫藥上可接受的載體"使用於此係指任何標準藥物載體，例如磷酸鹽緩衝食鹽水溶液、5%水溶液和右旋醣乳化物(例如，油/水或水/油乳化物)、緩衝液，或類似物。賦形劑的非限制性範例包括佐劑、黏著劑、填充劑、稀釋劑、崩解劑、乳化劑、潤濕劑、潤滑劑、甜味劑、芳香劑和著色劑。該藥物載體取決於活性劑的預期投予方法。相關技術的投予方法包括腸內投予(例如，口服)，或非經腸胃投予(例如，皮下、肌肉內、靜脈內或腹膜內注射，或局部、經皮或黏膜)。

活性試劑之 "醫藥上可接受" 或"藥學上可接受" 鹽類，使用於此係指一種適用於生物學方面或其他方面的物質。亦即，該鹽類可投至個體而不會引起不希望的生物效應，或與包含該鹽類的組成物的任一成分或與個體上或個體中存在的任一成分產生有害的交互作用。

術語"核酸"或"寡核苷酸"或 "聚核苷酸" 或其語法等效物，使用於此係指共價連接在一起的二或多個核苷酸。核酸通常是單鏈或雙鏈去氧核醣核苷酸或核醣核苷酸聚合物(不論是純的或混合的)。該術語可包括含有天然存在的和非天然存在的核苷酸類似物，或經修飾的骨架殘基或聯結，該核酸具有聯結、結構或功能特性，所有這些都與參考核酸相似，並以類似於參考核苷酸之方式代謝。此種類似物的非限制性範例包括硫代磷酸酯、胺基磷酸酯、甲基膦酸酯、掌性 - 甲基膦酸酯、2-O-甲基核醣核苷酸，以及胜肽 - 核酸(PNA)。在某些情況下，核酸可包括具有一或多個不同聯結的核酸類似物，例如醯胺基磷酸酯聯結、硫代磷酸酯聯結、二硫代磷酸酯聯結，或O-甲基亞醯胺磷酸酯聯結。在一實施例中，該核酸可包括磷酸二酯聯結。在某些情況下，術語核酸可與基因、cDNA、mRNA、寡核苷酸和聚核苷酸互換使用。

術語 "多胜肽"、"胜肽"與"蛋白質"可互相交換使用，以指稱胺基酸殘基之聚合物。胺基酸可以一般已知之三字母代號或單字母代號表示，如IUPAC-IUB生物化學命名委員會所建議。

術語"樣本"與"生物樣本"係指任何適用於本發明之樣本。該樣本含有核酸及/或蛋白質。本發明的生物樣本可為組織樣本，例如，選自唾液活組織檢查、核心針活組織檢查和切片活組織檢查的活檢標本。在一實施例中，本發明的生物樣本可為體液，例如血液、血清、血漿、痰液、肺吸出液或尿液。

術語 "擴增" 使用於此係指，當與基因或擴增子結合使用時，log₂ (比例)＞1，亦即，與正常細胞相較，擴增事件導致基因或擴增子數量變為兩倍或更多倍。於此，關於log₂ (比例)，該比例表示(標靶細胞的複製數/正常細胞的複製數)。正log₂ (比例)(亦稱之為"正log-比例")代表DNA複製數增加，負log₂ (比例)(亦稱之為"負log-比例")代表DNA複製數損失或缺失。因此，DNA複製數的損失或缺失表示該值(標靶細胞的複製數/正常細胞的複製數)小於1，即，標靶細胞的複製數小於正常細胞的複製數。術語DNA複製數中的 “損失”和“缺失”可互換使用。基因的複製數擴增可為至少1，至少2，至少3，至少6，或至少7個log₂ (比例)。

術語 "正常細胞"或"相對應之正常細胞"使用於此係指衍生自與癌細胞來源器官之同一種類的細胞。在一觀點中，該相對應之正常細胞包括得自健康人類之細胞樣本。這種相對應的正常細胞可以但不必一定得自於其癌細胞待測的年齡匹配及/或具有相同性別的個體獲得。在另一觀點中，相對應的正常細胞可包括得自於患有癌症個體之其他健康組織一部分之細胞樣本。在一或多個實施例中，基因組擴增的測定可藉由比較癌症的基因組與正常細胞的基因組進行。

本發明之第一觀點係提供一種用於治療個體癌症之醫藥組成物，該醫藥組成物包含泊西替尼(poziotinib)，其中該個體具有癌細胞，該癌細胞具有選自於ERBB2基因的複製數擴增、ERBB2基因區域(包括ERBB2基因和ERBB2基因上游10kb內的序列)之一或多個突變、ERBB3野生型基因、BARD1野生型基因、SETBP1野生型基因、PIK3CA野生型基因、NOTCH3基因中的一或多個突變、SH2B3基因中的一或多個突變、CDK12基因的複製數擴增、BRCA1基因的複製數缺失、 STAT3基因的複製數缺失，以及FGFR3基因無複製數變異之特徵。

該癌症可為乳癌、卵巢癌、頭頸癌、肺癌、胃癌、直腸癌、腎癌、血癌或胰臟癌。

泊西替尼(poziotinib)，其為1- [4- [4-(3,4-二氯-2-氟苯胺基)-7-甲氧基喹啉-6-基] 氧基哌啶-1-基]丙-2-烯-1-酮，或其醫藥上可接受之水合物及/或鹽類，由下式1代表
(I)。

該醫藥上可接受之鹽類可為無機鹽類、有機酸鹽類或金屬鹽類。無機鹽可以是鹽酸鹽、磷酸鹽、硫酸鹽或二硫酸鹽。有機酸鹽可以是蘋果酸、馬來酸、檸檬酸、富馬酸、苯甲酸、三葉酸(camsylic acid)或渦漩酸(eddylic acid)之鹽類。該金屬鹽類可為鈣鹽、鈉鹽、鎂鹽、鍶鹽或鉀鹽。在一實施例中，泊西替尼(poziotinib)為鹽酸鹽且可為錠劑。泊西替尼(poziotinib)可以0.1毫克/公斤體重至50毫克/公斤體重每日的劑量投藥。

泊西替尼(poziotinib)為一種低分子量化合物，其選擇性地和不可逆地抑制EGFR家族，包括Her1、Her2和Her4，以及對EGFR和Her2予抗藥性突變株的活化具有極好抑制作用的泛-Her抑制劑。泊西替尼(poziotinib)的活性係揭示於美國專利號8,188,102B和2013/0071452A1中，在此併入本案以作為參考資料。美國專利號8,188,102B中的式I化合物為範例36的化合物。泊西替尼(poziotinib)抑制各種癌症的癌細胞生長，該癌細胞具有體外Her1或Her2過度表現或活化突變，並可有效地抑制具吉非替尼(gefitinib)或厄洛替尼(erlotinib)抗藥性的肺癌細胞生長。此外，泊西替尼(poziotinib)顯示在體內移植有腫瘤細胞之異種移植動物模型中，具有效阻斷腫瘤生長的效果。此外，泊西替尼(poziotinib)對於EGFR及其突變體具有廣泛且優異的抑制作用，並具有廣泛且更有效的治療領域，包括其他已知EGFR標靶抗體藥物和低分子量藥物的抗藥性區域。基於這些效果，可獲得對於與其他藥物組合療法和對各種實體癌抗藥性之改善效果、相對於相關技術的治療藥劑的增進反應率，以及存活時間延長效果。

泊西替尼(poziotinib)目前正在進行癌症治療的臨床試驗，例如乳癌。基於這些臨床研究的結果，本發明發現了泊西替尼(poziotinib) - 敏感性或抗藥性生物標記。

該醫藥組成物可包含治療有效量的其他癌症治療劑(泊西替尼(poziotinib)除外)，以及一或多種醫藥上可接受的賦形劑、醫藥上可接受的載體和醫藥上可接受的稀釋劑。該其他癌症治療劑可為EGFR家族抑制劑。

術語"HER2"使用於此係指在人類中經ERBB2基因編碼之蛋白質。術語"HER2"使用於此係指ERBB2 (人類)、HER2/neu，或Erbb2 (齧齒類)。

術語"PIK3CA"使用於此係指磷脂醯肌醇-4,5-二磷酸3-激酶，和其催化次單元alpha。PIK3CA為第I型PI 3-激酶催化次單元家族，亦稱之為p110a 蛋白。PIK3CA具SEQ ID NO: 5胺基酸序列，並由 SEQ ID NO: 6核苷酸序列編碼。

術語"BRAC1-相關RING蛋白1 (BARD1)" 使用於此係指在人類中由BARD1基因編碼之蛋白質。該人類BARD1蛋白具有777個胺基酸並含有一個RING手指型結構域、四個錨蛋白重複序列，以及兩個串聯的BRCT結構域。

術語"SET結合蛋白 1 (SETBP1)"使用於此係指由人類SETBP1基因編碼之蛋白。在人類中，此基因已知位於基因體19之長臂(q) 12.3，亦即18q12.3。

術語"神經源性基因座缺口同源蛋白3 (NOTCH3)"使用於此係指由人類 NOTCH3基因編碼之蛋白。在人類中，此基因已知位於染色體19之p13.12 或19p13.12。

術語"SH2B銜接蛋白3(SH2B3)"使用於此亦稱之為淋巴細胞銜接蛋白 (LNK)，且由人類染色體 12上的SH2B3 基因編碼。

術語 "CDK12細胞週期蛋白-依賴性激酶12 (CDK12)"使用於此係指在人類中，由CDK12基因編碼之蛋白。此酵素為細胞週期蛋白-依賴性激酶蛋白家族之一員。

術語 "BRCA1" 使用於此係指一腫瘤抑制蛋白。BRCA1已知在人類中可於染色體17q12.31位置上表現。

術語 "訊息轉導和轉錄激活因子3 (STAT3)" 使用於此係指一轉錄因子，其在人類中由STAT3基因編碼。STAT3已知在人類中於染色體17q21.2 位置上表現。

術語 "纖維母細胞生長因子受器3 (FGFR3)" 使用於此為FGFR家族之一員，在人類中由 FGFR3基因編碼。

相關於該組成物，該個體患有乳癌。該個體可患有HER2-陽性轉移性乳癌。該個體可能先前已進行HER2靶向的癌症治療，但非以泊西替尼(poziotinib)治療。該癌症治療可為以HER2靶向的癌症治療藥劑治療。該治療藥劑可為EGFR抑制劑。該EGFR抑制劑可選自於厄洛替尼(erlotinib)、吉非替尼(gefitinib)、拉帕替尼(lapatinib)、卡尼替尼(canetinib)、佩利替尼(pelitinib)、尼拉替尼(neratinib)、(R,E)-N-(7-氯-1-(1-(4-(二甲基胺基)丁-2-烯醯基)氮雜環庚烷-3-基)-1H -苯並[d]咪唑-2-基)-2-甲基異煙醯胺、曲妥珠單抗(trastuzumab)、馬吉楚單抗(margetuximab)、潘尼吐單抗(panitumumab)、馬楚汝單抗(matuzumab)、尼西吐單抗(necitumumab)、帕妥珠單抗(pertuzumab)、尼妥珠單抗(nimotuzumab)、珠拉楚單抗(zalutumumab)、尼西吐單抗(necitumumab)、西妥昔單抗(cetuximab)、依可替尼(icotinib)、阿法替尼(afatinib)，以及其醫藥上可接受之鹽類。該治療藥劑可為抗EGFR家族抗體，或包括抗EGFR家族抗體的錯合物。抗EGFR家族抗體可為抗HER1抗體、抗HER2抗體或抗HER4抗體。

相關於該組成物，該癌細胞可在ERBB2基因區域具有一或多個，例如二或多個、三或多個，或四或多個突變。

該癌細胞可在ERBB2基因之細胞外結構域-編碼區域具有一或多個，例如二或多個、三或多個，或四或多個突變。

相關於該組成物，在該癌細胞中，ERBB2基因的重複單元平均數可為2或更多，例如3或更多、4或更多、5 或更多、6或更多、7或更多、16或更多、2至6、2至5、3至6、3至5，或4至6。

該癌細胞可對於泊西替尼(poziotinib)敏感。

在ERBB2基因區域中的突變可為單點突變。該點突變可為導致胺基酸取代的點突變、導致mRNA剪接的點突變，或上游區域中的點突變。該突變可包括導致至少一個胺基酸取代的核苷酸突變，選自於SEQ ID NO: 1之ERBB2胺基酸序列之Q568E、P601R、I628M、P885S、R143Q、R434Q與 E874K，以及至少一取代性突變，選自於SEQ ID NO：2的ERBB2-編碼核苷酸序列中的位置1898之G被C取代、SEQ ID NO：3的核苷酸序列中位置100的A被G取代，以及SEQ ID NO：4的核苷酸序列中位置100的C被T取代。SEQ ID NOS: 1與 3分別為ERBB2之胺基酸序列與核苷酸序列，以及SEQ ID NOS: 3與4為ERBB2 基因的上游核苷酸序列。該核苷酸突變導致至少一胺基酸取代，選自於Q568E、P601R、I628M、P885S、R143Q、R434Q與E874K，可為 SEQ ID NO: 2核苷酸序列之位置1702之C被G取代、位置1802之C被G取代、位置1884之C被G取代、位置2653之C被T取代、位置428之G被A取代、位置1301 之G被A取代，以及位置2620之G被A取代。

本發明之第二觀點係提供使用泊西替尼(poziotinib)製備治療患有乳癌之個體的藥物之用途，其中該個體具有乳癌細胞，其選自於ERBB2基因的複製數擴增、ERBB2基因區域(包括ERBB2基因和ERBB2基因上游10kb內的序列)之一或多個突變、ERBB3野生型基因、BARD1野生型基因、SETBP1野生型基因、PIK3CA野生型基因、NOTCH3基因中的一或多個突變、SH2B3基因中的一或多個突變、CDK12基因的複製數擴增、BRCA1基因的複製數缺失、 STAT3基因的複製數缺失，以及FGFR3基因無複製數變異。

本發明之第三觀點係提供一種治療個體乳癌之方法，該方法包含投予治療有效劑量之泊西替尼(poziotinib)至患有乳癌之個體，其中該個體之乳癌細胞具有 ERBB2基因的複製數擴增、ERBB2基因區域(包括ERBB2基因和ERBB2基因上游10kb內的序列)之一或多個突變、ERBB3野生型基因、BARD1野生型基因、SETBP1野生型基因、PIK3CA野生型基因、NOTCH3基因中的一或多個突變、SH2B3基因中的一或多個突變、CDK12基因的複製數擴增、BRCA1基因的複製數缺失、 STAT3基因的複製數缺失，以及FGFR3基因無複製數變異之至少一者。

在該方法中，該個體患有HER2-陽性轉移性乳癌。該個體可能正在進行HER2-標靶癌症治療，但並未以泊西替尼(poziotinib)治療。該癌症治療可為以HER2標靶癌症治療試劑治療。該治療試劑可為EGFR抑制劑。該EGFR抑制劑可選自於厄洛替尼(erlotinib)、吉非替尼(gefitinib)、拉帕替尼(lapatinib)、卡尼替尼(canetinib)、佩利替尼(pelitinib)、尼拉替尼(neratinib)、(R,E)-N-(7-氯-1-(1-(4-(二甲基胺基)丁-2-烯醯基)氮雜環庚烷-3-基)-1H -苯並[d]咪唑-2-基)-2-甲基異煙醯胺、曲妥珠單抗(trastuzumab)、馬吉楚單抗(margetuximab)、潘尼吐單抗(panitumumab)、馬楚汝單抗(matuzumab)、尼西吐單抗(necitumumab)、帕妥珠單抗(pertuzumab)、尼妥珠單抗(nimotuzumab)、珠拉楚單抗(zalutumumab)、尼西吐單抗(necitumumab)、西妥昔單抗(cetuximab)、依可替尼(icotinib)、阿法替尼(afatinib)，以及其醫藥上可接受之鹽類。該治療藥劑可為抗EGFR家族抗體，或包含抗EGFR家族抗體的錯合物。抗EGFR家族抗體可為抗HER1抗體、抗HER2抗體或抗HER4抗體。

該癌細胞可在ERBB2基因區域具有一或多個，例如二或多個、三或多個，或四或多個突變。

該癌細胞可在ERBB2基因的編碼區域之細胞外結構域具有一或多個，例如二或多個、三或多個，或四或多個突變。

在該癌細胞中，ERBB2基因的重複單元平均數可為2或更多，例如3或更多、4或更多、5 或更多、6或更多、7或更多、16或更多、2至6、2至5、3至6、3至5，或4至6。

該癌細胞可為泊西替尼(poziotinib)-敏感性。

在ERBB2基因區域中，該突變可為單點突變。該點突變可為導致胺基酸取代的點突變、導致mRNA剪接的點突變，或上游區域中的點突變。該突變可包括導致至少一個胺基酸取代的核苷酸突變，選自於SEQ ID NO: 1胺基酸序列之ERBB2序列之Q568E、P601R、I628M、P885S、R143Q、R434Q與 E874K，以及至少一取代性突變，選自於SEQ ID NO：2的ERBB2-編碼核苷酸序列中的位置1898之G被C取代、SEQ ID NO：3的核苷酸序列中位置100的A被G取代，以及SEQ ID NO：4的核苷酸序列中位置100的C被T取代。導致至少一胺基酸取代之核苷酸突變選自於Q568E、P601R、I628M、P885S、R143Q、R434Q與E874K，可為 SEQ ID NO: 2核苷酸序列之位置1702之C被G取代、位置1802之C被G取代、位置1884之C被G取代、位置2653之C被T取代、位置428之G被A取代、位置1301 之G被A取代，以及位置2620之G被A取代。

該投藥可為口服或非經腸胃投藥。非經腸胃投藥包括皮下注射、靜脈內投藥、肌肉內投藥、鞘內投藥、皮內投藥、腹膜內投藥，及類似方式。

第四觀點係提供一種治療個體中泊西替尼(poziotinib)-敏感性癌症的方法，該方法包括：偵測取自該個體之含癌細胞樣本具有選自於ERBB2基因的複製數擴增、ERBB2基因區域(包括ERBB2基因和ERBB2基因上游10kb內的序列)之一或多個突變、ERBB3野生型基因、BARD1野生型基因、SETBP1野生型基因、PIK3CA野生型基因、NOTCH3基因中的一或多個突變、SH2B3基因中的一或多個突變、CDK12基因的複製數擴增、BRCA1基因的複製數缺失、 STAT3基因的複製數缺失，以及FGFR3基因無複製數變異之至少一者，其中具有ERBB2基因的複製數擴增、ERBB2基因區域(包括ERBB2基因和ERBB2基因上游10kb內的序列)之一或多個突變、ERBB3野生型基因、BARD1野生型基因、SETBP1野生型基因、PIK3CA野生型基因、NOTCH3基因中的一或多個突變、SH2B3基因中的一或多個突變、CDK12基因的複製數擴增、BRCA1基因的複製數缺失、 STAT3基因的複製數缺失，以及FGFR3基因無複製數變異之至少一者，表示該癌細胞對於泊西替尼(poziotinib)敏感；以及投予治療有效劑量之泊西替尼(poziotinib)至患有泊西替尼(poziotinib)-敏感性癌症之個體中。

第五觀點係提供一種辨識患有泊西替尼(poziotinib)-敏感性癌症之個體之方法，其係藉由：辨識得自一個體之含癌細胞樣本具有ERBB2基因的複製數擴增、ERBB2基因區域(包括ERBB2基因和ERBB2基因上游10kb內的序列)之一或多個突變、ERBB3野生型基因、BARD1野生型基因、SETBP1野生型基因、PIK3CA野生型基因、NOTCH3基因中的一或多個突變、SH2B3基因中的一或多個突變、CDK12基因的複製數擴增、BRCA1基因的複製數缺失、STAT3基因的複製數缺失，以及FGFR3基因無複製數變異之至少一者，其中當該癌細胞對於泊西替尼(poziotinib)敏感時，係經確認該含癌細胞樣本具有ERBB2基因的複製數擴增、ERBB2基因區域(包括ERBB2基因和ERBB2基因上游10kb內的序列)之一或多個突變、ERBB3野生型基因、BARD1野生型基因、SETBP1野生型基因、PIK3CA野生型基因、NOTCH3基因中的一或多個突變、SH2B3基因中的一或多個突變、CDK12基因的複製數擴增、BRCA1基因的複製數缺失、 STAT3基因的複製數缺失，以及FGFR3基因無複製數變異之至少一者。

在第四與第五觀點中，該偵測包括請求提供一分析結果的測試，該分析結果用於確定從個體分離的癌細胞是否具有選自於ERBB2基因的複製數擴增、ERBB2基因區域(包括ERBB2基因和ERBB2基因上游10kb內的序列)之一或多個突變、ERBB3野生型基因、BARD1野生型基因、SETBP1野生型基因、PIK3CA野生型基因、NOTCH3基因中的一或多個突變、SH2B3基因中的一或多個突變、CDK12基因的複製數擴增、BRCA1基因的複製數缺失、 STAT3基因的複製數缺失，以及FGFR3基因無複製數變異之至少一者。在第四觀點中，與進行投藥之個體不同者，應被要求進行該測試。

在第四與第五觀點中，該偵測可包括提供得自該個體之含癌細胞樣本。該偵測可包括分析樣本中的核酸或其表現產物。該分析可測量突變量與基因複製數，其中至少一者選自於ERBB2基因、包括ERBB2 基因與其上游10 kb 內的序列之ERBB2基因、ERBB3基因、BARD1基因、SETBP1基因、PIK3CA基因、NOTCH3基因、SH2B3基因、CDK12基因、BRCA1基因、STAT3基因，與FGFR3基因。該分析可以技術上已知之方法進行。

該偵測可包括進行至少一種分析，選自於定序、大小分析、引子延伸分析、等位基因特異性引子延伸分析、等位基因特異性核苷酸雜交分析、5'-核酸酶降解試驗、使用分子信標的試驗、基於單股構形多樣性、雜交分析和寡核苷酸連接分析。由於這些分析，基因中的突變位準可被測量。

該偵測可包括測量至少一基因之重複單元之平均數，該基因選自於ERBB2基因、ERBB3基因、BARD1基因、SETBP1基因、PIK3CA 基因、NOTCH3基因、SH2B3基因、CDK12基因、BRCA1基因、STAT3 基因，以及FGFR3基因，以辨識出重複單元平均數的增加。重複單元平均數的測量可以技術上已知之方法進行。重複單元平均數的測量可包括單一核苷酸多樣性(SNP)陣列、比較式基因組雜交(CGH)、南方墨漬分析、螢光原位雜交(FISH)和銀原位雜交(SISH)之至少一分析。

在第四與第五觀點中，在偵測時，ERBB2基因區域中的2或更多、3或更多，或4或更多個突變，表示該癌細胞對於泊西替尼(poziotinib)敏感。

在第四與第五觀點中，在偵測時，編碼ERBB2細胞外結構域或其上游區域中存在2或更多、3或更多，或4或更多個突變，表示該癌細胞對於泊西替尼(poziotinib)敏感。

在第四與第五觀點中，在偵測時，在ERBB2基因區域存在有一或多個突變，且 ERBB2基因的重複單元平均數為2或更多、3或更多、4或更多，或5或更多、6或更多、7或更多、16或更多、2至6、2至5、3至6、3至5，或4至6，顯示出該癌細胞對於泊西替尼(poziotinib)敏感。

在第四與第五觀點中，該方法可包括該方法可包括測量樣本中基因的表現位準。該表現位準可為由該基因表現的mRNA或蛋白質位準。該測量可包括轉錄物表現陣列、RNA原位雜交、北方墨漬分析、直接外顯子和經由轉錄物定序的轉錄物計數。蛋白質位準之測量可包括蛋白質陣列(例如，ELISA和逆相蛋白質試驗-RPPA，或細胞或組織裂解物或萃取物的西方墨漬分析)、組織切片的免疫組織化學染色(IHC)分析，以鑑定標靶蛋白的存在，或以抗體基礎方法偵測標靶蛋白的蛋白質表現增加之至少一者。

在第四與第五觀點中，該偵測可包括提供衍生自得自該個體之癌細胞之聚核苷酸及/或蛋白質；藉由將聚核苷酸及/或蛋白質與微陣列接觸來提供測試樣本的基因與蛋白質之突變分布情況與表現分布情況；以及比較該基因與蛋白質與對照組樣本之突變分布情況與表現分布情況。該微陣列可為其上固定有可連結至目標核苷酸之聚核苷酸探針，或是可連結至目標蛋白質之結合物質。該結合物質可為抗體。

第六觀點係提供一種治療個體癌症之方法，該方法包括篩選出擬使用泊西替尼(poziotinib)治療癌症之個體，基於單離自該個體之癌細胞是否具有ERBB2基因的複製數擴增、ERBB2基因區域(包括ERBB2基因和ERBB2基因上游10kb內的序列)之一或多個突變、ERBB3野生型基因、BARD1野生型基因、SETBP1野生型基因、PIK3CA野生型基因、NOTCH3基因中的一或多個突變、SH2B3基因中的一或多個突變、CDK12基因的複製數擴增、BRCA1基因的複製數缺失、STAT3基因的複製數缺失，以及FGFR3基因無複製數變異之至少一者，其中具有至少一者表示該癌細胞對於泊西替尼(poziotinib)敏感；並投予醫療有效量之泊西替尼(poziotinib)至篩選出之個體。

在該方法中，該篩選係偵測由該個體取得之癌細胞是否具有ERBB2基因的複製數擴增、ERBB2基因區域(包括ERBB2基因和ERBB2基因上游10kb內的序列)之一或多個突變、ERBB3野生型基因、BARD1野生型基因、SETBP1野生型基因、PIK3CA野生型基因、NOTCH3基因中的一或多個突變、SH2B3基因中的一或多個突變、CDK12基因的複製數擴增、BRCA1基因的複製數缺失、STAT3基因的複製數缺失，以及FGFR3基因無複製數變異之至少一者，其中具有至少一者表示該癌細胞對於泊西替尼(poziotinib)敏感。該偵測如上所述。

該偵測包括請求提供一分析結果的測試，該分析結果用於確定從個體分離的癌細胞是否具有選自於ERBB2基因的複製數擴增、ERBB2基因區域(包括ERBB2基因和ERBB2基因上游10kb內的序列)之一或多個突變、ERBB3野生型基因、BARD1野生型基因、SETBP1野生型基因、PIK3CA野生型基因、NOTCH3基因中的一或多個突變、SH2B3基因中的一或多個突變、CDK12基因的複製數擴增、BRCA1基因的複製數缺失、STAT3基因的複製數缺失，以及FGFR3基因無複製數變異之至少一者。不同於進行該投藥之個體者，可被要求進行該測試。

該篩選可包括提供得自該個體之含癌細胞樣本；分析該含癌細胞樣本以辨識出具有至少一下列特徵之癌細胞，選自於ERBB2基因的複製數擴增、ERBB2基因區域(包括ERBB2基因和ERBB2基因上游10kb內的序列)之一或多個突變、ERBB3野生型基因、BARD1野生型基因、SETBP1野生型基因、PIK3CA野生型基因、NOTCH3基因中的一或多個突變、SH2B3基因中的一或多個突變、CDK12基因的複製數擴增、BRCA1基因的複製數缺失、STAT3基因的複製數缺失，以及FGFR3基因無複製數變異；以及，決定該個體為可使用泊西替尼(poziotinib)治療之個體，當該癌細胞具有至少一下列特徵，選自於ERBB2基因的複製數擴增、ERBB2基因區域(包括ERBB2基因和ERBB2基因上游10kb內的序列)之一或多個突變、ERBB3野生型基因、BARD1野生型基因、SETBP1野生型基因、PIK3CA野生型基因、NOTCH3基因中的一或多個突變、SH2B3基因中的一或多個突變、CDK12基因的複製數擴增、BRCA1基因的複製數缺失、 STAT3基因的複製數缺失，以及FGFR3基因無複製數變異。

在篩選過程中，當該癌細胞在ERBB2基因區域具一或多個突變時，舉例而言，二或多個突變，該個體係篩選為可使用泊西替尼(poziotinib)治療之個體。

在篩選過程中，當癌細胞在ERBB2細胞外結構域或ERBB2基因區域之上游區域具一或多個突變時，該個體係篩選為可使用泊西替尼(poziotinib)治療之個體。

在篩選過程中，當癌細胞在ERBB2基因區域具一或多個突變，以及ERBB2基因重複單元平均數為2或更多時，該個體係篩選為可使用泊西替尼(poziotinib)治療之個體。

在第一至第六觀點中，在NOTCH3基因中的一或多個突變可包括選自於 R75Q、D1171V、C388Y、D1598V、E1161K、G1347R、R1175W、A198V、P2191L、D1443A、R1175W、R1761C、L1518M、R1309L、R1175W與R572L之至少一者。SH2B3基因中的一或多個突變包括選自於I568T、A536T、R551W、A102S與I568T之至少一者。

第七觀點係提供一種治療個體癌症之方法，該方法包含投予醫療有效量之泊西替尼(poziotinib)之外的治療藥物至患有癌症之個體，其中該個體之癌細胞具有選自於ERBB3基因中存在一或多個突變、BARD1基因中存在一或多個突變、SETBP1基因中存在一或多個突變、PIK3CA基因中存在一或多個突變，以及FGFR3基因存在複製數變異之至少一者。

第八觀點係提供一種治療個體癌症之方法，該方法包含篩選出特定個體以作為擬使用泊西替尼(poziotinib)之外的治療藥物進行治療的個體，其是基於分離自該個體的癌細胞是否具有選自於下列之至少一者的存在：ERBB3基因中存在一或多個突變、BARD1基因中存在一或多個突變、SETBP1基因中存在一或多個突變、PIK3CA基因中存在一或多個突變，以及FGFR3基因存在複製數變異；其中具有一或多者之存在代表該癌細胞對於泊西替尼(poziotinib)具抗藥性；以及投予治療有效劑量之泊西替尼(poziotinib)之外的癌症治療藥物至篩選出之個體。

第九觀點係提供一種治療個體中泊西替尼(poziotinib)-抗藥性癌症的方法，該方法包含：偵測取自一個體之含癌細胞樣本具有選自於下列之至少一者的存在：ERBB3基因中存在一或多個突變、BARD1基因中存在一或多個突變、SETBP1基因中存在一或多個突變、PIK3CA基因中存在一或多個突變，以及FGFR3基因存在複製數變異；其中具有一或多者之存在代表該癌細胞對於泊西替尼(poziotinib)具抗藥性；以及投予治療有效劑量之泊西替尼(poziotinib)之外的癌症治療藥物至該個體中。

第十觀點係提供一種辨識具泊西替尼(poziotinib)-抗藥性癌症之個體的方法，該方法包含：偵測取自一個體之含癌細胞樣本具有選自於下列之至少一者的存在：ERBB3基因中存在一或多個突變、BARD1基因中存在一或多個突變SETBP1基因中存在一或多個突變、PIK3CA基因中存在一或多個突變，以及FGFR3基因存在複製數變異；其中具有一或多者之存在代表該癌細胞對於泊西替尼(poziotinib)具抗藥性。

在第七至第十觀點中，ERBB3基因中之一或多個突變可為可導致核苷酸突變者，該核苷酸突變至少一選自於T355I、R967K、R1127H、E1189K、T1342K、R1127H與1093_1096del，BARD1基因之一或多個突變可為核苷酸突變，其導致至少一選自於359_369del與V571E，SETBP1基因之一或多個突變可為核苷酸突變，其導致至少一選自於V1450M、R1008H、T1078H、H1206L、E1466D、R627C、E740K，與E1466D，以及PIK3CA基因之一或多個突變可為核苷酸突變，其導致至少一選自於I889M、E542K、H1047R、H1047L與E545K。

依據辨識患有泊西替尼(poziotinib)-敏感性癌症之個體的方法，可有效辨識出患有泊西替尼(poziotinib)-敏感性癌症之個體。

依據治療個體之泊西替尼(poziotinib)-敏感性癌症之一方法，可有效治療泊西替尼(poziotinib)-敏感性癌症。

一種用於治療個體癌症之醫藥組成物，係用於治療個體之泊西替尼(poziotinib)-敏感性癌症。

關於使用泊西替尼(poziotinib)，在製備用於治療癌症之藥物時，泊西替尼(poziotinib)可有效用於製備擬投至患有癌症之個體的藥物。

依據辨識患有泊西替尼(poziotinib)-抗藥性癌症之個體的方法，可有效辨識出患有泊西替尼(poziotinib)-抗藥性癌症之個體。

依據治療個體中泊西替尼(poziotinib)-抗藥性癌症之方法，可有效治療該個體之泊西替尼(poziotinib)-抗藥性癌症。

在下文中，將參考範例更詳細地描述本發明。然而，這些範例僅用於說明目的，且本發明範圍不限於這些範例。

範例1: 依據乳癌病患之基因資訊顯示泊西替尼 (poziotinib) 之藥效

泊西替尼(poziotinib)投至乳癌病患，並依據乳癌病患的基因型確認藥效。
1. 泊西替尼 (poziotinib) 之投藥以及乳癌患者的基因型分析

泊西替尼(poziotinib) 為正在進行臨床發展的泛-HER抑制劑小分子乳癌治療試劑。泊西替尼(poziotinib)在臨床前和早期臨床研究中，顯示出有效的抗腫瘤活性，係經由HER家族酪胺酸激酶的不可逆抑制而達成。最近，經由對泊西替尼(poziotinib)單一治療的開放標籤、多中心、兩階段研究，評估泊西替尼(poziotinib)是否可為經歷兩次或更多次失敗的2 HER2靶向治療的HER2陽性轉移性乳癌患者的一種選擇。係評估HER2陽性轉移性乳癌的基因特徵，並研究泊西替尼(poziotinib)對HER2陽性轉移性乳癌(MBC)的潛在生物標記。

實驗方法如下。根據美國臨床腫瘤學會/美國病理學家Her2指南，所有MBC患者均被診斷為HER2陽性轉移性乳癌。從這些患者獲得新鮮組織樣品或FFPE樣品，並用於萃取出DNA和RNA，用於次世代定序(NGS)。

從樣品中萃取DNA和RNA，並在其上進行NGS。使用客製化的381癌症基因盤(CancerSCANTM，Samsung Hospital，Inc.)進行靶向深度定序，並分析定序數據、免疫組織化學和臨床結果之間的相關性。

有效量之泊西替尼(poziotinib)係投至乳癌病患。觀察患者的預後。預後分為部分緩解(PR)、穩定性疾病(SD)和進行性疾病(PD)。對於每位患者，亦辨識出疾病無惡化存活期(PFS)。
2. 基因型之敏感度分析與泊西替尼 (poziotinib) 治療

自2015年4月至2016年2月，共106位病患參與臨床試驗。生物標記數據係得自這些病患中之75位。

在75位病患中，PR為14、SD為41與PD為20。基因具129個突變與複製數變異 (CNV)。篩選出CNV突變頻率為5或更高者。顯著性閾值為p值＜0.05。對於63名乳癌患者，HER IHC評分為3+，12名患者為2+。 HER2的IHC評分與HER2的複製數(CN)呈正相關(p = 0.001)，但11例乳癌組織未顯示HER2複製數擴增(6例患者的HER2 IHC評分為2+，5例患者的HER2 IHC評分為3+)。

結果為，在突變存在下，該ERBB3基因(突變數=10)、BARD1基因(突變數 =9)、SETBP1基因(突變數 =13)，以及PIK3CA基因(突變數 =34) 係與不良預後相關。在突變存在下，NOTCH基因(突變數 =13)及SH2B3基因(突變數 =6)係與良好預後相關。CDK12 (具複製數擴增之個體數=42)及ERBB2基因的複製數擴增每一者係與良好預後相關。BRCA1基因及STAT3基因每一者的複製數缺失係與不良預後相關。FGFR3基因(複製數變異數之數目=5) 係與不良預後相關。

圖1為ERBB3基因(突變數=10)之突變與預後(A)及PFS (B)之相關性示意圖。如圖1所示，當ERBB3基因具一個突變時，該突變係與預後及PFS之改善相關 ((A)之p-值為0.003，且(B)之p-值為0.0012)。

圖2顯示BARD1基因(突變數 = 9)之突變與預後 (A)、(B)及PFS(C)之相關性示意圖。如圖2所示，當BARD1基因具有一個突變時，該突變係與預後惡化有關。請參照圖2，(A)與(B) 顯示PD (具有進行性疾病的個體數) 相對於(PRSD (具有部分復發與穩定態疾病的個體數)，以及PD(具有進行性疾病的個體數)相對於PR(具有部分復發疾病的個體數) ( (A)之p-值為0.001，以及(B)之p-值為0.0026) 的費雪爾正確性檢定(fisher exact test)結果，以及(C)顯示PFS。

圖3顯示NOTCH3基因(突變數=13)之突變與預後(A)及PFS(B)之相關性示意圖。如圖3所示，當NOTCH3基因具一個突變，該突變係與預後及PFS之改善相關((A)之p值為 0.0107，以及(B)之p值為0.0168)。

圖4顯示SH2B3基因(突變數 = 6)之突變與預後(A)、(B)及PFS (C)的相關性示意圖。如圖4所示，當SH2B3基因具一個突變，該突變係與預後及 PFS之改善相關。(A)之p值、(B)之p值，以及 (C)之p值分別為 0.0097、0.0266與0.0285。

圖5顯示SETBP1基因(突變數 = 13)之突變與預後(A)及PFS(B)的相關性示意圖。如圖5所示，當SETBP1具一突變，該突變係與預後及 PFS之改善相關(p- (A)之p值為 0.0332，以及(B)之p值為 0.0049)。

圖6顯示PIK3CA基因(突變數 = 34)之突變與預後(A)及PFS (B)的相關性示意圖。如圖6所示，當 PIK3CA具一個突變，該突變係與預後及PFS之惡化相關 ((A)之p值為0.0307，以及(B)之p值為0.0274)。

圖7顯示CDK12基因(具擴增之個體數=42)之基因擴增與預後(A、B與C) 及PFS(D)的相關性示意圖。如圖7所示，當 CDK12 基因具一個突變，該突變係與預後及PFS之改善相關。

圖8顯示BRCA1之基因缺失(具缺失之個體數= 9)與預後(A)及PFS(B)相關。如圖8所示，當BRCA1基因具一缺失，該突變係與預後及PFS之改善相關。

圖9顯示STAT3基因缺失(具缺失之個體數= 5)與預後(A)及PFS(B)的相關性示意圖。如圖9所示，當STAT3基因具一缺失，該突變係與預後及PFS之改善相關。

圖10顯示FGFR3基因缺失或擴增(突變數=5) 與預後(A)及PFS(B)的相關性示意圖。如圖10所示，當FGFR3具缺失或擴增，該突變係與預後及 PFS之惡化相關。

關於ERBB2基因，係進行擴增分析，並辨識突變和症狀與PFS之間的關係。在75名患者中，有13名患者在ERBB2基因中或上游具有突變。突變總數為18，其中一些患者具有多個突變。以泊西替尼(poziotinib)治療顯示陽性預後的突變，即部分緩解大部分位於細胞外結構域或上游。

圖11為顯示ERBB2突變與預後的關係表。

圖12為顯示ERBB2突變與PFS的關係圖。

請參照圖11與12，(A)顯示ERBB2突變之分析結果，(B)顯示二或更多個ERBB2突變之分析結果，(C)顯示當ERBB2突變存在於細胞外結構域或在上游之內的分析結果，(D)顯示當具有ERBB2突變與複製數擴增(log₂ (比例)＞ 2)時之分析結果，以及(E)顯示當具有ERBB2突變與複製數擴增(log₂ (比例)＞ 4)時之分析結果。請參照圖11，(C)、(D)與(E)具顯著性，並請參照圖12，(C)與(E)具顯著性。

圖13顯示以泊西替尼(poziotinib)治療後，其ERBB2基因與其上游區域之基因型分析以及預後，來自75位病患中的13位具突變之病患。

請參照圖13至19，PR代表部分緩解，SD代表穩定態疾病，PD代表進行性疾病。EP/PR和IHC表示乳癌細胞是否具有受器狀態，其中在表面上、細胞質和細胞核中存在有雌激素受體(ER)、黃體素受體(PR)和HER2。EP/PR表示ER和PR的狀態。免疫組織化學(IHC)顯示經由IHC測量的乳癌細胞之HER2狀態。所有檢驗的癌細胞皆表現2或更多HER2。

請參照圖13與14，當以泊西替尼(poziotinib)處理時，顯示治療功效的細胞都具有ERBB2基因複製數，其log₂ (複製數)為2或更多、3或更多，或4或更多。

AA變化和AA位置分別表示突變發生的胺基酸及其位置。數字表示基於SEQ ID NO：1胺基酸序列的數字。SEQ ID NO：2對應於NCBI登錄號No. NM_004448的核苷酸序列，SEQ ID NO：1是由其編碼的胺基酸。

結構域代表發生突變的ERBB2結構域，該ERBB2包括細胞外結構域(胺基酸23-652)、跨膜結構域(胺基酸653-675)、細胞質結構域(胺基酸676-1255)，以及蛋白激酶結構域(胺基酸720-987)。上游代表發生在不是編碼ERBB2的區域的基因上游的突變。開始處代表參照染色體17的核苷酸序列數字。

請參照圖13，病患1至10顯示部分復發與穩定態疾病，其表示泊西替尼(poziotinib)治療是有效的。乳癌可能具有ERBB2 基因log₂ (比例)為 2或更多、4或更多、6或更多，或16或更多。乳癌可能具有轉移性HER2-陽性乳癌。在乳癌中，當以IHC測量時，HER2可能表現 3+或更高位準。乳癌可具有2或更多，或4或更多個突變。

圖14顯示以泊西替尼(poziotinib)治療後，PIK3CA基因之基因型分析與預後，相關於75位病患中的34位病患。

請參照圖11至14，複製數代表log₂ (比例)。

圖15顯示以泊西替尼(poziotinib)治療後，ERBB3基因之基因型分析與預後，相關於75位病患中的10位病患。

圖16顯示以泊西替尼(poziotinib)治療後，BARD1基因之基因型分析與預後，相關於75位病患中的9位病患。

圖17顯示以泊西替尼(poziotinib)治療後，NOTCH3基因之基因型分析與預後，相關於75位病患中的12位病患。

圖18顯示以泊西替尼(poziotinib)治療後，SH2B3基因之基因型分析與預後，相關於75位病患中的6位病患。

圖19顯示以泊西替尼(poziotinib)治療後，SETBP1基因之基因型分析與預後，相關於75位病患中的13位病患。

應當理解，於此描述的實施例應僅被認為是描述性意義而非出於限制的目的。每個實施例之特徵或觀點的描述，通常應被認為可用於其他實施例中的其他類似特徵或觀點。

雖然已參考附圖描述一或多個實施例，但本領域一般技術人員應理解，在不脫離如以下申請專利範圍中所定義之本發明精神和範疇的情況下，可在形式和細節上進行各種改變。

結合附圖，從以下實施例的描述中，這些及/或其他觀點將更臻清楚且更易理解，其中：

圖1為關於ERBB3基因之突變(突變數=10)與預後(A)和PFS(B)的相關性之示意圖；

圖2為關於BARD1基因之突變(突變數= 9)與預後(A、B)和PFS(C)的相關性之示意圖；

圖3為關於NOTCH3基因的突變(突變數= 13)與預後(A)和PFS(B)的相關性之示意圖；

圖4 為關於SH2B3基因之突變(突變數= 6)與預後(A、B)和PFS(B)的相關性之示意圖；

圖5為關於SETBP1基因之突變(突變數= 13)與預後(A)和PFS(B)的相關性之示意圖；

圖6為關於PIK3CA基因之突變(突變數= 34)與預後(A)和PFS(B)的相關性之示意圖；

圖7為關於CDK12基因之擴增(擴增個體數= 42)與預後(A、B和C)和PFS(D)的相關性之示意圖；

圖8為關於BRCA1基因缺失(缺失個體數= 9)與預後(A)和PFS(B)的相關性之示意圖；

圖9為關於STAT3基因缺失(缺失個體數= 5)與預後(A)和PFS(B)的相關性之示意圖；

圖10為關於FGFR3基因缺失或擴增的基因複製數變異(突變數= 5)與預後(A)和PFS(B)的相關性之示意圖；

圖11為說明ERBB2突變與預後的相關性之表格；

圖12為說明ERBB2突變與PFS的相關性之圖示；

圖13顯示以泊西替尼(poziotinib)治療後，ERBB2基因及其上游區域的基因型分析，以及預後，針對來自75名患者的13名突變患者；

圖14顯示以泊西替尼(poziotinib)治療後，PIK3CA基因的基因型分析，以及預後，針對來自75名患者的34名突變患者；

圖15顯示以泊西替尼(poziotinib)治療後，ERBB3基因的基因型分析以及預後，針對來自75名患者的10名突變患者；

圖16顯示以泊西替尼(poziotinib)治療後，BARD1基因的基因型分析以及預後，針對來自75名患者的9名突變患者；

圖17顯示以泊西替尼(poziotinib)治療後，NOTCH3基因的基因型分析以及預後，針對來自75名患者的12名突變患者；

圖18顯示以泊西替尼(poziotinib)治療後，SH2B3基因的基因型分析，以及預後，針對來自75名患者的6名突變患者；以及

圖19顯示以泊西替尼(poziotinib)治療後， SETBP1基因的基因型分析，以及預後，針對來自75名患者的13名突變患者。

<110> 1.南韓商韓美藥品股份有限公司
2.國立癌中心
3.社會福祉法人三星生命公益財團

<120> 表示對癌症之泊西替尼(POZIOTINIB)治療有反應的生物標記

<130> PI-68393-KO

<160> 6

<170> KopatentIn 2.0

<210> 1
<211> 1255
<212> PRT
<213> 人類

<400> 1
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Leu Thr Glu Ile Leu Lys Gly Gly Val Leu Ile Gln Arg Asn Pro Gln
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Leu Cys Tyr Gln Asp Thr Ile Leu Trp Lys Asp Ile Phe His Lys Asn
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His Phe Asn His Ser Gly Ile Cys Glu Leu His Cys Pro Ala Leu Val
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Thr Tyr Asn Thr Asp Thr Phe Glu Ser Met Pro Asn Pro Glu Gly Arg
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1250 1255

<210> 2
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<212> DNA
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atggagctgg cggccttgtg ccgctggggg ctcctcctcg ccctcttgcc ccccggagcc 60

gcgagcaccc aagtgtgcac cggcacagac atgaagctgc ggctccctgc cagtcccgag 120

acccacctgg acatgctccg ccacctctac cagggctgcc aggtggtgca gggaaacctg 180

gaactcacct acctgcccac caatgccagc ctgtccttcc tgcaggatat ccaggaggtg 240

cagggctacg tgctcatcgc tcacaaccaa gtgaggcagg tcccactgca gaggctgcgg 300

attgtgcgag gcacccagct ctttgaggac aactatgccc tggccgtgct agacaatgga 360

gacccgctga acaataccac ccctgtcaca ggggcctccc caggaggcct gcgggagctg 420

cagcttcgaa gcctcacaga gatcttgaaa ggaggggtct tgatccagcg gaacccccag 480

ctctgctacc aggacacgat tttgtggaag gacatcttcc acaagaacaa ccagctggct 540

ctcacactga tagacaccaa ccgctctcgg gcctgccacc cctgttctcc gatgtgtaag 600

ggctcccgct gctggggaga gagttctgag gattgtcaga gcctgacgcg cactgtctgt 660

gccggtggct gtgcccgctg caaggggcca ctgcccactg actgctgcca tgagcagtgt 720

gctgccggct gcacgggccc caagcactct gactgcctgg cctgcctcca cttcaaccac 780

agtggcatct gtgagctgca ctgcccagcc ctggtcacct acaacacaga cacgtttgag 840

tccatgccca atcccgaggg ccggtataca ttcggcgcca gctgtgtgac tgcctgtccc 900

tacaactacc tttctacgga cgtgggatcc tgcaccctcg tctgccccct gcacaaccaa 960

gaggtgacag cagaggatgg aacacagcgg tgtgagaagt gcagcaagcc ctgtgcccga 1020

gtgtgctatg gtctgggcat ggagcacttg cgagaggtga gggcagttac cagtgccaat 1080

atccaggagt ttgctggctg caagaagatc tttgggagcc tggcatttct gccggagagc 1140

tttgatgggg acccagcctc caacactgcc ccgctccagc cagagcagct ccaagtgttt 1200

gagactctgg aagagatcac aggttaccta tacatctcag catggccgga cagcctgcct 1260

gacctcagcg tcttccagaa cctgcaagta atccggggac gaattctgca caatggcgcc 1320

tactcgctga ccctgcaagg gctgggcatc agctggctgg ggctgcgctc actgagggaa 1380

ctgggcagtg gactggccct catccaccat aacacccacc tctgcttcgt gcacacggtg 1440

ccctgggacc agctctttcg gaacccgcac caagctctgc tccacactgc caaccggcca 1500

gaggacgagt gtgtgggcga gggcctggcc tgccaccagc tgtgcgcccg agggcactgc 1560

tggggtccag ggcccaccca gtgtgtcaac tgcagccagt tccttcgggg ccaggagtgc 1620

gtggaggaat gccgagtact gcaggggctc cccagggagt atgtgaatgc caggcactgt 1680

ttgccgtgcc accctgagtg tcagccccag aatggctcag tgacctgttt tggaccggag 1740

gctgaccagt gtgtggcctg tgcccactat aaggaccctc ccttctgcgt ggcccgctgc 1800

cccagcggtg tgaaacctga cctctcctac atgcccatct ggaagtttcc agatgaggag 1860

ggcgcatgcc agccttgccc catcaactgc acccactcct gtgtggacct ggatgacaag 1920

ggctgccccg ccgagcagag agccagccct ctgacgtcca tcatctctgc ggtggttggc 1980

attctgctgg tcgtggtctt gggggtggtc tttgggatcc tcatcaagcg acggcagcag 2040

aagatccgga agtacacgat gcggagactg ctgcaggaaa cggagctggt ggagccgctg 2100

acacctagcg gagcgatgcc caaccaggcg cagatgcgga tcctgaaaga gacggagctg 2160

aggaaggtga aggtgcttgg atctggcgct tttggcacag tctacaaggg catctggatc 2220

cctgatgggg agaatgtgaa aattccagtg gccatcaaag tgttgaggga aaacacatcc 2280

cccaaagcca acaaagaaat cttagacgaa gcatacgtga tggctggtgt gggctcccca 2340

tatgtctccc gccttctggg catctgcctg acatccacgg tgcagctggt gacacagctt 2400

atgccctatg gctgcctctt agaccatgtc cgggaaaacc gcggacgcct gggctcccag 2460

gacctgctga actggtgtat gcagattgcc aaggggatga gctacctgga ggatgtgcgg 2520

ctcgtacaca gggacttggc cgctcggaac gtgctggtca agagtcccaa ccatgtcaaa 2580

attacagact tcgggctggc tcggctgctg gacattgacg agacagagta ccatgcagat 2640

gggggcaagg tgcccatcaa gtggatggcg ctggagtcca ttctccgccg gcggttcacc 2700

caccagagtg atgtgtggag ttatggtgtg actgtgtggg agctgatgac ttttggggcc 2760

aaaccttacg atgggatccc agcccgggag atccctgacc tgctggaaaa gggggagcgg 2820

ctgccccagc cccccatctg caccattgat gtctacatga tcatggtcaa atgttggatg 2880

attgactctg aatgtcggcc aagattccgg gagttggtgt ctgaattctc ccgcatggcc 2940

agggaccccc agcgctttgt ggtcatccag aatgaggact tgggcccagc cagtcccttg 3000

gacagcacct tctaccgctc actgctggag gacgatgaca tgggggacct ggtggatgct 3060

gaggagtatc tggtacccca gcagggcttc ttctgtccag accctgcccc gggcgctggg 3120

ggcatggtcc accacaggca ccgcagctca tctaccagga gtggcggtgg ggacctgaca 3180

ctagggctgg agccctctga agaggaggcc cccaggtctc cactggcacc ctccgaaggg 3240

gctggctccg atgtatttga tggtgacctg ggaatggggg cagccaaggg gctgcaaagc 3300

ctccccacac atgaccccag ccctctacag cggtacagtg aggaccccac agtacccctg 3360

ccctctgaga ctgatggcta cgttgccccc ctgacctgca gcccccagcc tgaatatgtg 3420

aaccagccag atgttcggcc ccagccccct tcgccccgag agggccctct gcctgctgcc 3480

cgacctgctg gtgccactct ggaaaggccc aagactctct ccccagggaa gaatggggtc 3540

gtcaaagacg tttttgcctt tgggggtgcc gtggagaacc ccgagtactt gacaccccag 3600

ggaggagctg cccctcagcc ccaccctcct cctgccttca gcccagcctt cgacaacctc 3660

tattactggg accaggaccc accagagcgg ggggctccac ccagcacctt caaagggaca 3720

cctacggcag agaacccaga gtacctgggt ctggacgtgc cagtgtga 3768

<210> 3
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<212> DNA
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ctccttgact atcaatttta ctagaggatg tggtgggaaa accattattt gatattaaaa 180

caaataggct tgggatggag 200

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<212> DNA
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catgcttttc agatacttca aagattccag aagatatgcc ccgggggtcc tggaagccac 120

aaggtaaaca caacacatcc ccctccttga ctatcaattt tactagagga tgtggtggga 180

aaaccattat ttgatattaa 200

<210> 5
<211> 1068
<212> PRT
<213> 人類

<400> 5
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Leu Cys Val Leu Glu Tyr Gln Gly Lys Tyr Ile Leu Lys Val Cys Gly
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Leu Ile Val Ile Ser Lys Gly Ala Gln Glu Cys Thr Lys Thr Arg Glu
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Phe Glu Arg Phe Gln Glu Met Cys Tyr Lys Ala Tyr Leu Ala Ile Arg
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ctagtagaat gtttactacc aaatggaatg atagtgactt tagaatgcct ccgtgaggct 120

acattaataa ccataaagca tgaactattt aaagaagcaa gaaaataccc cctccatcaa 180

cttcttcaag atgaatcttc ttacattttc gtaagtgtta ctcaagaagc agaaagggaa 240

gaattttttg atgaaacaag acgactttgt gaccttcggc tttttcaacc ctttttaaaa 300

gtaattgaac cagtaggcaa ccgtgaagaa aagatcctca atcgagaaat tggttttgct 360

atcggcatgc cagtgtgtga atttgatatg gttaaagatc cagaagtaca ggacttccga 420

agaaatattc tgaacgtttg taaagaagct gtggatctta gggacctcaa ttcacctcat 480

agtagagcaa tgtatgtcta tcctccaaat gtagaatctt caccagaatt gccaaagcac 540

atatataata aattagataa agggcaaata atagtggtga tctgggtaat agtttctcca 600

aataatgaca agcagaagta tactctgaaa atcaaccatg actgtgtacc agaacaagta 660

attgctgaag caatcaggaa aaaaactcga agtatgttgc tatcctctga acaactaaaa 720

ctctgtgttt tagaatatca gggcaagtat attttaaaag tgtgtggatg tgatgaatac 780

ttcctagaaa aatatcctct gagtcagtat aagtatataa gaagctgtat aatgcttggg 840

aggatgccca atttgatgtt gatggctaaa gaaagccttt attctcaact gccaatggac 900

tgttttacaa tgccatctta ttccagacgc atttccacag ctacaccata tatgaatgga 960

gaaacatcta caaaatccct ttgggttata aatagtgcac tcagaataaa aattctttgt 1020

gcaacctacg tgaatgtaaa tattcgagac attgataaga tctatgttcg aacaggtatc 1080

taccatggag gagaaccctt atgtgacaat gtgaacactc aaagagtacc ttgttccaat 1140

cccaggtgga atgaatggct gaattatgat atatacattc ctgatcttcc tcgtgctgct 1200

cgactttgcc tttccatttg ctctgttaaa ggccgaaagg gtgctaaaga ggaacactgt 1260

ccattggcat ggggaaatat aaacttgttt gattacacag acactctagt atctggaaaa 1320

atggctttga atctttggcc agtacctcat ggattagaag atttgctgaa ccctattggt 1380

gttactggat caaatccaaa taaagaaact ccatgcttag agttggagtt tgactggttc 1440

agcagtgtgg taaagttccc agatatgtca gtgattgaag agcatgccaa ttggtctgta 1500

tcccgagaag caggatttag ctattcccac gcaggactga gtaacagact agctagagac 1560

aatgaattaa gggaaaatga caaagaacag ctcaaagcaa tttctacacg agatcctctc 1620

tctgaaatca ctgagcagga gaaagatttt ctatggagtc acagacacta ttgtgtaact 1680

atccccgaaa ttctacccaa attgcttctg tctgttaaat ggaattctag agatgaagta 1740

gcccagatgt attgcttggt aaaagattgg cctccaatca aacctgaaca ggctatggaa 1800

cttctggact gtaattaccc agatcctatg gttcgaggtt ttgctgttcg gtgcttggaa 1860

aaatatttaa cagatgacaa actttctcag tatttaattc agctagtaca ggtcctaaaa 1920

tatgaacaat atttggataa cttgcttgtg agatttttac tgaagaaagc attgactaat 1980

caaaggattg ggcacttttt cttttggcat ttaaaatctg agatgcacaa taaaacagtt 2040

agccagaggt ttggcctgct tttggagtcc tattgtcgtg catgtgggat gtatttgaag 2100

cacctgaata ggcaagtcga ggcaatggaa aagctcatta acttaactga cattctcaaa 2160

caggagaaga aggatgaaac acaaaaggta cagatgaagt ttttagttga gcaaatgagg 2220

cgaccagatt tcatggatgc tctacagggc tttctgtctc ctctaaaccc tgctcatcaa 2280

ctaggaaacc tcaggcttga agagtgtcga attatgtcct ctgcaaaaag gccactgtgg 2340

ttgaattggg agaacccaga catcatgtca gagttactgt ttcagaacaa tgagatcatc 2400

tttaaaaatg gggatgattt acggcaagat atgctaacac ttcaaattat tcgtattatg 2460

gaaaatatct ggcaaaatca aggtcttgat cttcgaatgt taccttatgg ttgtctgtca 2520

atcggtgact gtgtgggact tattgaggtg gtgcgaaatt ctcacactat tatgcaaatt 2580

cagtgcaaag gcggcttgaa aggtgcactg cagttcaaca gccacacact acatcagtgg 2640

ctcaaagaca agaacaaagg agaaatatat gatgcagcca ttgacctgtt tacacgttca 2700

tgtgctggat actgtgtagc taccttcatt ttgggaattg gagatcgtca caatagtaac 2760

atcatggtga aagacgatgg acaactgttt catatagatt ttggacactt tttggatcac 2820

aagaagaaaa aatttggtta taaacgagaa cgtgtgccat ttgttttgac acaggatttc 2880

ttaatagtga ttagtaaagg agcccaagaa tgcacaaaga caagagaatt tgagaggttt 2940

caggagatgt gttacaaggc ttatctagct attcgacagc atgccaatct cttcataaat 3000

cttttctcaa tgatgcttgg ctctggaatg ccagaactac aatcttttga tgacattgca 3060

tacattcgaa agaccctagc cttagataaa actgagcaag aggctttgga gtatttcatg 3120

aaacaaatga atgatgcaca tcatggtggc tggacaacaa aaatggattg gatcttccac 3180

acaattaaac agcatgcatt gaactga 3207

Claims

一種用於治療個體癌症之醫藥組成物，該醫藥組成物包含泊西替尼(poziotinib)，其中該個體具有癌細胞，該癌細胞具有選自於ERBB2基因的複製數擴增(copy number amplification)、包括ERBB2基因和ERBB2基因上游10kb內序列的ERBB2基因區域中的一或多個突變、ERBB3野生型基因、BARD1野生型基因、SETBP1野生型基因、PIK3CA野生型基因、NOTCH3基因中的一或多個突變、SH2B3基因中的一或多個突變、CDK12基因的複製數擴增、BRCA1基因的複製數缺失(copy number deletion)、STAT3基因的複製數缺失、以及FGFR3基因的無複製數變異之至少一者。
如請求項1之醫藥組成物，其中該癌症包含乳癌、卵巢癌、頭頸癌、肺癌、胃癌、直腸癌、腎癌、血癌或胰臟癌。
如請求項1之醫藥組成物，其中該個體患有HER2-陽性轉移性乳癌。
如請求項1或2之醫藥組成物，其中該個體正在進行HER2-標靶癌症治療，但並未以泊西替尼(poziotinib)治療。
如請求項1之醫藥組成物，其中該癌細胞在ERBB2基因的細胞外結構域編碼區(extracellular domain-encoding region)、或ERBB2基因上游10kb內有一或多個突變。
如請求項1或2之醫藥組成物，其中該癌細胞具ERBB2基因之log₂ (比例)值為1或更大、2或更大、或4或更大，其中該比例是經由將癌細胞中ERRB2基因複製數除以正常細胞中ERRB2基因複製數而得。
如請求項1或2之醫藥組成物，其中該癌細胞對於泊西替尼(poziotinib)敏感。
如請求項1之醫藥組成物，其中ERBB2基因區域中的突變包括會導致至少一胺基酸取代之核苷酸突變，該取代選自於SEQ ID NO：1的ERBB2胺基酸序列中之Q568E、P601R、I628M、P885S、R143Q、R434Q與E874K，以及至少一取代性突變，選自於SEQ ID NO：2的ERBB2-編碼核苷酸序列中的位置1898之G被C取代、SEQ ID NO：3的核苷酸序列中位置100之A被G取代、以及SEQ ID NO：4的核苷酸序列中位置100之C被T取代。
如請求項8之醫藥組成物，其中該核苷酸突變會導致選自於Q568E、P601R、I628M、P885S、R143Q、R434Q與E874K之至少一胺基酸取代，其包含至少一取代選自於SEQ ID NO: 2核苷酸序列中位置1702之C被G取代、位置1802之C被G取代、位置1884之C被G取代、位置2653之C被T取代、位置428之G被A取代、位置1301之G被A取代、以及位置2620之G被A取代。
一種泊西替尼(poziotinib)於製備用於治療患有癌症個體之藥物的用途，其中該個體具有癌細胞，該癌細胞具有選自於ERBB2基因的複製數擴增、包括ERBB2基因和ERBB2基因上游10kb內序列的ERBB2基因區域中的一或多個突變、ERBB3野生型基因、BARD1野生型基因、SETBP1野生型基因、PIK3CA野生型基因、NOTCH3基因中的一或多個突變、SH2B3基因中的一或多個突變、CDK12基因的複製數擴增、BRCA1基因的複製數缺失、STAT3基因的複製數缺失、以及FGFR3基因的無複製數變異之至少一者。
一種治療個體癌症之方法，該方法包含投予治療有效劑量之泊西替尼(poziotinib)至患有癌症的個體中，其中該個體具有癌細胞，該癌細胞具有選自於ERBB2基因的複製數擴增、包括ERBB2基因和ERBB2基因上游10kb內序列的ERBB2基因區域中的一或多個突變、ERBB3野生型基因、BARD1野生型基因、SETBP1野生型基因、PIK3CA野生型基因、NOTCH3基因中的一或多個突變、SH2B3基因中的一或多個突變、CDK12基因的複製數擴增、BRCA1基因的複製數缺失、STAT3基因的複製數缺失、以及FGFR3基因的無複製數變異之至少一者。
如請求項11之方法，其中該癌症包括乳癌、卵巢癌、頭頸癌、肺癌、胃癌、直腸癌、腎癌、血癌或胰臟癌。
如請求項11之方法，其中該個體患有HER2-陽性轉移性乳癌。
如請求項11或12之方法，其中該個體正在進行HER2-標靶癌症治療，但並未以泊西替尼(poziotinib)治療。
如請求項11或12之方法，其中該癌細胞在ERBB2基因的細胞外結構域編碼區、或ERBB2基因上游10kb內序列有一或多個突變。
如請求項11或12之方法，其中該癌細胞具有2或更多之ERBB2基因複製單位平均數。
如請求項11或12之方法，其中ERBB2基因區域中的突變包含會導致至少一胺基酸取代之核苷酸突變，該取代選自於SEQ ID NO：1的ERBB2胺基酸序列中之Q568E、P601R、I628M、P885S、R143Q、R434Q與E874K，以及至少一取代性突變，選自於SEQ ID NO：2的ERBB2-編碼核苷酸序列中的位置1898之G被C取代、SEQ ID NO：3的核苷酸序列中位置100之A被G取代、以及SEQ ID NO：4的核苷酸序列中位置100之C被T取代。
如請求項17之方法，其中該核苷酸突變會導致選自於Q568E、P601R、I628M、P885S、R143Q、R434Q與E874K之至少一胺基酸取代，其包含至少一取代選自於SEQ ID NO: 2核苷酸序列中位置1702之C被G取代、位置1802之C被G取代、位置1884之C被G取代、位置2653之C被T取代、位置428之G被A取代、位置1301之G被A取代、以及位置2620之G被A取代。
一種治療個體中泊西替尼(poziotinib)-敏感性癌症之方法，該方法包含：偵測取自該個體之含癌細胞樣本具有選自於ERBB2基因的複製數擴增、包括ERBB2基因和ERBB2基因上游10kb內序列的ERBB2基因區域中的一或多個突變、ERBB3野生型基因、BARD1野生型基因、SETBP1野生型基因、PIK3CA野生型基因、NOTCH3基因中的一或多個突變、SH2B3基因中的一或多個突變、CDK12基因的複製數擴增、BRCA1基因的複製數缺失、STAT3基因的複製數缺失、以及FGFR3基因的無複製數變異之至少一者，其中具有選自於ERBB2基因的複製數擴增、包括ERBB2基因和ERBB2基因上游10kb內序列的ERBB2基因區域中的一或多個突變、ERBB3野生型基因、BARD1野生型基因、SETBP1野生型基因、PIK3CA野生型基因、NOTCH3基因中的一或多個突變、SH2B3基因中的一或多個突變、CDK12基因的複製數擴增、BRCA1基因的複製數缺失、STAT3基因的複製數缺失、以及FGFR3基因的無複製數變異之至少一者，表示該癌細胞對於泊西替尼(poziotinib)敏感；以及投予治療有效劑量之泊西替尼(poziotinib)至患有泊西替尼(poziotinib)-敏感性癌症之個體中。
一種辨識患有泊西替尼(poziotinib)-敏感性癌症之個體的方法，該方法包含：偵測得自一個體之含癌細胞樣本具有選自於ERBB2基因的複製數擴增、包括ERBB2基因和ERBB2基因上游10kb內序列的ERBB2基因區域中的一或多個突變、ERBB3野生型基因、BARD1野生型基因、SETBP1野生型基因、PIK3CA野生型基因、NOTCH3基因中的一或多個突變、SH2B3基因中的一或多個突變、CDK12基因的複製數擴增、BRCA1基因的複製數缺失、STAT3基因的複製數缺失、以及FGFR3基因的無複製數變異之至少一者，其中具有ERBB2基因的複製數擴增、包括ERBB2基因和ERBB2基因上游10kb內序列的ERBB2基因區域中的一或多個突變、ERBB3野生型基因、BARD1野生型基因、SETBP1野生型基因、PIK3CA野生型基因、NOTCH3基因中的一或多個突變、SH2B3基因中的一或多個突變、CDK12基因的複製數擴增、BRCA1基因的複製數缺失、STAT3基因的複製數缺失、以及FGFR3基因的無複製數變異之至少一者，表示該癌細胞對於泊西替尼(poziotinib)敏感。
如請求項19或20之方法，其中該癌症包含乳癌、卵巢癌、頭頸癌、肺癌、胃癌、直腸癌、腎癌、血癌或胰臟癌。
如請求項19或20之方法，其中該偵測包括請求一測試，該測試提供用於確定從該個體分離的癌細胞是否具有選自於下列之至少一者的分析結果：ERBB2基因的複製數擴增、包括ERBB2基因和ERBB2基因上游10kb內序列的ERBB2基因區域中的一或多個突變、ERBB3野生型基因、BARD1野生型基因、SETBP1野生型基因、PIK3CA野生型基因、NOTCH3基因中的一或多個突變、SH2B3基因中的一或多個突變、CDK12基因的複製數擴增、BRCA1基因的複製數缺失、STAT3基因的複製數缺失、以及FGFR3基因的無複製數變異。
如請求項19或20之方法，其中在該偵測步驟中，該ERBB2基因區域中的一或多個突變為在ERBB2基因區域之ERBB2基因的細胞外結構域編碼區中、或ERBB2基因上游10kb內序列中的一或多個突變。
如請求項19或20之方法，其中該偵測包含進行至少一分析，其選自於定序、大小分析、引子延長分析、等位基因特異性引子延長分析、等位基因特異性核苷酸雜交分析、5'-核酸酶降解試驗、使用分子信號(molecular beacon)的試驗、基於單股構形多樣性的試驗、雜交分析、以及寡核苷酸連接分析(oligonucleotide ligation analysis)。
如請求項19或20之方法，其中該偵測包含測量複製單位之平均數目，其係藉由進行選自於單核苷酸多樣性(SNP)陣列、比較式基因組雜交(CGH)、南方墨漬分析、螢光原位雜交(FISH)、以及銀原位雜交(SISH)之至少一分析。
如請求項19或20之方法，其中在該偵測步驟中，當該癌細胞在ERBB2基因區域具一或多個突變，且ERBB2基因複製單位之平均數為二或更多時，確定該癌細胞對於泊西替尼(poziotinib)敏感。
如請求項19或20之方法，其中該偵測包含提供取自該個體之含癌細胞樣本。
一種治療個體中癌症之方法，該方法包含投予治療有效劑量之泊西替尼(poziotinib)之外的治療藥物至患有癌症之個體中，其中該個體具有癌細胞，其具有選自於下列之至少一者： ERBB3基因中存在一或多個突變、BARD1基因中存在一或多個突變、NOTCH3基因中不存在一或多個突變、SH2B3基因中不存在一或多個突變、SETBP1基因中存在一或多個突變、PIK3CA基因中存在一或多個突變、CDK12基因不存在擴增、ERBB2基因不存在複製數變異、BRCA1基因不存在複製數變異、STAT3基因不存在複製數變異，以及FGFR3基因存在複製數變異。
一種治療個體中癌症之方法，該方法包含: 選出以泊西替尼(poziotinib)之外的乳癌治療藥物治療癌症之個體，基於分離自該個體的癌細胞是否具有選自於ERBB3基因中存在一或多個突變、BARD1基因中存在一或多個突變、NOTCH3基因中不存在一或多個突變、SH2B3基因中不存在一或多個突變、SETBP1基因中存在一或多個突變、PIK3CA基因中存在一或多個突變、CDK12基因不存在擴增、ERBB2基因不存在複製數變異、BRCA1基因不存在複製數變異、STAT3基因不存在複製數變異，以及FGFR3基因存在複製數變異之至少一者；其中具有至少一者代表該癌細胞對於泊西替尼(poziotinib)具抗藥性；以及投予治療有效劑量之泊西替尼(poziotinib)之外的乳癌治療藥物至該選出之個體。
一種治療個體中泊西替尼(poziotinib) -抗藥性癌症之方法，該方法包含：偵測取自一個體之癌細胞具有選自於ERBB3基因中存在一或多個突變、BARD1基因中存在一或多個突變、NOTCH3基因中不存在一或多個突變、SH2B3基因中不存在一或多個突變、SETBP1基因中存在一或多個突變、PIK3CA基因中存在一或多個突變、CDK12基因不存在擴增、ERBB2基因不存在複製數變異、BRCA1基因不存在複製數變異、STAT3基因不存在複製數變異、以及FGFR3基因存在複製數變異之至少一者；其中具有至少一者代表該癌細胞對於泊西替尼(poziotinib)具抗藥性；以及投予治療有效劑量之泊西替尼(poziotinib)之外的乳癌治療藥物至該個體中。
一種辨識具泊西替尼(poziotinib)-抗藥性癌症之個體的方法，該方法包含：偵測取自一個體之含癌細胞樣本具有選自於ERBB3基因中存在一或多個突變、BARD1基因中存在一或多個突變、NOTCH3基因中不存在一或多個突變、SH2B3基因中不存在一或多個突變、SETBP1基因中存在一或多個突變、PIK3CA基因中存在一或多個突變、CDK12基因不存在擴增、ERBB2基因不存在複製數變異、BRCA1基因不存在複製數變異、STAT3基因不存在複製數變異、以及FGFR3基因存在複製數變異之至少一者；其中具有至少一者代表該癌細胞對於泊西替尼(poziotinib)具抗藥性。
如請求項28至31中任一項之方法，其中該癌症包含乳癌、卵巢癌、頭頸癌、肺癌、胃癌、直腸癌、腎癌、血癌或胰臟癌。