TW201919674A - 包含細菌菌株之組合物 - Google Patents

Abstract

本發明提供包含細菌菌株之組合物及此類組合物用於治療疾病之用途。

Description

包含細菌菌株之組合物

本發明屬於包含細菌菌株之組合物及此類組合物用於治療疾病之用途的領域。

雖然認為人類腸道在子宮內為無菌的，但在出生後其立刻暴露於大量母體及環境微生物。此後，出現微生物定殖及演替之動態期，其受諸如分娩模式、環境、飲食及宿主基因型之因素影響，所有因素均影響腸微生物叢之組成，特別是在童年期間。隨後，微生物叢穩定化且變成成人樣[1]。人類腸微生物叢含有超過500-1000個不同種系型，其基本上屬於兩大細菌分類脆弱擬桿菌(Bacteroidete)及厚壁門菌(Firmicute)[2]。由人類腸之細菌定殖產生的成功共生關係產生多種代謝、結構、保護及其他有益功能。定殖腸部之增強之代謝活性確保降解以其他方式無法攝取之飲食組分，同時釋放副產物，為宿主提供重要營養物來源。類似地，充分認識到腸微生物叢之免疫重要性，且在免疫系統減弱之無菌動物中例示，其免疫系統在引入共生細菌後在功能上復原[3-4,5]。

已在諸如炎性腸病(IBD)之胃腸道病症中證明微生物叢組成之顯著變化。舉例而言，在IBD患者中梭菌屬(Clostridium )XIVa簇細菌之水準降低，而大腸桿菌數目增加，此表明腸內共生體與病原性共生體之平衡發生變化[6-,7,8,9]。有趣地，與IBD炎性狀態相關之此微生物改變的特徵在於效應T細胞群體之不平衡。

與微生物叢改變有關之許多人類疾病的標誌為微生物叢多樣性之損失，此與所謂的菌群失調不同，菌群失調僅僅為與健康個體中之典型聚集微生 物叢相比，微生物叢組成有所改變。腸微生物叢之多樣性的變化已與對顯現癌症之風險的調節有關[10]。重建健康微生物叢為困難的，因為腸道中之細菌抵抗定殖。當設法藉由增加微生物叢之多樣性來治療不健康個體之微生物叢時，此提出挑戰[11]。但是，未充分瞭解微生物叢多樣性與癌症之間的聯繫。

本領域中需要治療疾病之新方法，其得益於微生物叢多樣性之增加及/或微生物叢多樣性之穩定性的增加。

本發明人已研發藉由增加及/或穩定個體中之腸微生物叢多樣性來治療及/或預防疾病之新療法。詳言之，本發明人已發現來自腸球菌屬(Enterococcus )之細菌菌株可有效地增加及/或穩定個體之遠端腸道中的腸微生物叢多樣性。本發明人已確定選自由鶉雞腸球菌(Enterococcus gallinarum )及鉛黃腸球菌(Enterococcus caselliflavus )組成之清單的物種之細菌菌株可尤其有效地增加及/或穩定個體，尤其經診斷患有疾病之個體中之微生物叢多樣性。

本發明提供一種包含腸球菌屬之細菌菌株之組合物，其用於增加及/或穩定個體中之微生物叢多樣性的方法中。類似地，本發明亦提供一種增加及/或穩定個體中之微生物叢多樣性的方法，其中該方法包括向個體投與包含腸球菌屬之細菌菌株之組合物的步驟。較佳地，腸球菌屬為鶉雞腸球菌或鉛黃腸球菌物種之細菌菌株。

表述「增加微生物叢多樣性」在本文中用於意謂增加個體之微生物叢中不同細菌類型之數目及/或不同細菌類型之均衡。微生物叢多樣性可藉由個體中細菌之不同種屬、物種或菌株的數目增加來量測。此微生物叢多樣性之增加可在個體之腸部或個體之遠端腸道中。增加或均衡可相對於在投與根據本發明之組合物前個體中之多樣性/均衡來量測。在用本發明之組合物治療後微生物叢中不同細菌類型之相對豐度變得更均衡。

「穩定微生物叢多樣性」意謂微生物叢中不同種屬之相對數目保持穩定(例如在兩次量測之間其波動至多70%、80%、90%、95%或99%)。微生物叢多樣性之穩定可在個體之腸部或個體之遠端腸道中。相對穩定性可相對於在投與根據本發明之組合物前的穩定性評定。

個體微生物叢之穩定性可藉由比較兩個不同時間點之來自個體之微生物組來評定。兩個不同時間點可相隔至少三天或更多天，例如相隔至少1週、2週、1個月、3個月、6個月、1年或2年。兩個不同時間點可相隔3-7天、相隔1-2週、相隔2-4週、相隔4-8週、相隔8-24週、相隔24-40週、相隔40-52週或相隔超過52週。可使用超過兩個不同時間點，例如三個、四個、五個或超過五個時間點。在例如如以上所陳述之多個時間點之間選擇合適時間間隔。

微生物叢多樣性之增加或穩定可藉由量測樣品中通常由16S rRNA擴增子測序法測定的基於序列之細菌分類或操作分類單位(OTU)的數目來定量。多樣性之增加可藉由香農多樣性指數(Shannon Diversity Index)或超指數(Chao index)之增加來量測[12]。

本發明人亦已研發用於治療及預防疾病之新療法，其藉由增加個體中之微生物叢多樣性及/或穩定微生物叢多樣性。舉例而言，本發明提供包含腸球菌屬之細菌菌株之組合物，其用於增加經診斷患有癌症之個體中之微生物叢多樣性及/或穩定微生物叢多樣性的方法中。如本領域之技術人員將認識到，作為疾病及/或其治療之作用的結果，癌症患者可經歷其微生物組之多樣性的減少，微生物組之多樣性的減少可能與繼發性疾病之顯現或惡化有關。

微生物組之多樣性的減少已與遞增數目之疾病的顯現及/或惡化有關。此等疾病包括神經病狀，諸如阿茲海默氏病(Alzheimer's disease)[13]、帕金森氏病(Parkinson's disease)[14]、自閉症[15]及多發性硬化[16,17]；胃腸道病症，諸如腸躁症候群[18]及炎性腸病[19,20,21]；肌骨胳病症，諸如類風濕性關節炎 [22]及牛皮癬關節炎[23]；代謝病症，包括I型糖尿病[24]；及消瘦/疲勞病狀，包括肌肉減少症[25]及肌痛性腦脊髓炎[26]。

因此，需要可穩定或改善個體(包括癌症患者)之微生物組多樣性且因此治療或預防特徵為微生物組多樣性減少之疾病的本發明之組合物。

本發明提供一種包含腸球菌屬之細菌菌株之組合物，其用於增加個體中之微生物叢多樣性及/或穩定微生物叢多樣性的方法中。來自腸球菌屬之細菌可藉由使用生物化學關鍵因素來鑑別[27]。組合物之細菌菌株可具有與鶉雞腸球菌之細菌菌株之16S rRNA序列至少95%一致的16S rRNA序列。因此，本發明提供一種包含細菌菌株之組合物，該細菌菌株具有與SEQ ID NO：1、2或5(在序列之100%上)至少95%一致之16S rRNA序列，該組合物用於增加個體中之微生物叢多樣性及/或微生物叢之穩定性的方法中。

組合物中之細菌菌株可屬於鶉雞腸球菌或鉛黃腸球菌。亦可使用密切相關之菌株，諸如具有與鶉雞腸球菌或鉛黃腸球菌之細菌菌株之16S rRNA序列至少95%、96%、97%、98%、99%、99.5%或99.9%一致的16S rRNA序列之細菌菌株。較佳地，細菌菌株具有與SEQ ID NO：1、2或5至少95%、96%、97%、98%、99%、99.5%或99.9%一致之16S rRNA序列。較佳地，用於本發明之細菌菌株具有由SEQ ID NO：1、2或5表示的16S rRNA序列。此為較佳的，因為本發明人已發現此類菌株尤其較好地增加微生物叢多樣性。

細菌菌株可為以登記號NCIMB 42488寄存之鶉雞腸球菌菌株。細菌菌株可為以登記號NCIMB 42761寄存之鶉雞腸球菌菌株。細菌菌株可為鉛黃腸球菌。

本發明之組合物可適於經口投與。經口投與組合物之菌株可有效地增加個體中之微生物叢多樣性。此外，經口投與便於患者及開業醫師且允許傳遞至腸及/或部分或全部定殖腸部。

本發明之組合物可包含一或多種醫藥學上可接受之賦形劑或載劑。本發明之組合物可包含已凍乾之細菌菌株。凍乾係一項製備允許傳遞細菌之穩定組合物的有效且便利之技術。

本發明提供一種包含如上所述之組合物的食品。本發明提供一種包含如上所述之組合物的疫苗組合物。

本發明亦提供包含腸球菌屬之細菌菌株之組合物(較佳鶉雞腸球菌物種)與環磷醯胺的組合在療法中之用途。

另外，本發明提供一種增加個體中之微生物叢多樣性的方法，其包括向該個體投與包含鶉雞腸球菌物種之細菌菌株的組合物。

圖1a： 在EMT6小鼠中在時間點第-14天、第0天及第22天在用MRX518處理後觀察到之多樣性。

圖1b： 在EMT6小鼠中在時間點第-14天、第0天及第22天在用MRX518處理後之香農多樣性。

圖1c： 在EMT6小鼠中在時間點第-14天、第0天及第22天在用MRX0554處理後觀察到之多樣性。

圖1d： 在EMT6小鼠中在時間點第-14天、第0天及第22天在用MRX0554處理後之香農多樣性。

圖1e： 在EMT6小鼠中在時間點第-14天、第0天及第22天在用MRX0858處理後觀察到之多樣性。

圖1f： 在EMT6小鼠中在時間點第-14天、第0天及第22天在用MRX0858處理後之香農多樣性。

圖1g： 在EMT6小鼠中在時間點第-14天、第0天及第22天在用REF 10處理後觀察到之多樣性。

圖1h： 在EMT6小鼠中在時間點第-14天、第0天及第22天在用REF 10處理後之香農多樣性。

圖1i： 在EMT6小鼠中在時間點第-14天、第0天及第22天在用抗CTLA4處理後觀察到之多樣性。

圖1j： 在EMT6小鼠中在時間點第-14天、第0天及第22天在用抗CTLA4處理後之香農多樣性。

圖2： 在LLC小鼠中在第18天在用細菌菌株MRX518(G2)、MRX0554(G3)、MRX0858(G4)、REF10-DSM100110(G5)、抗CTLA4(G6)處理後及未經處理(G1)下之香農多樣性。

細菌菌株

根據本發明之供使用之組合物包含腸球菌屬細菌菌株。實例證明此種屬細菌適用於增加及/或穩定個體中之微生物叢多樣性。該種屬之較佳細菌物種為鶉雞腸球菌或鉛黃腸球菌。以登記號NCIMB 42488及NCIMB 42761寄存之鶉雞腸球菌之細菌菌株為較佳，因為本發明人已在此等菌株下看到優良結果。細菌菌株較佳不為海氏腸球菌(Enterococcus hirae )。

腸球菌屬可藉由多態DNA分析之隨機擴增(RAPD)來鑑別。RAPD分析不需要有關標靶生物體之DNA序列的任何特定知識。RAPD標記物為藉由利用任意核苷酸序列之單一引子對基因組DNA之隨機區段進行PCR擴增所產生的DNA片段且能夠區分基因不同之個體[28]。

鶉雞腸球菌形成球狀細胞，大部分成對或呈短鏈。其不動且在血瓊脂或營養瓊脂上之菌落為圓形及平滑的。鶉雞腸球菌與蘭氏(Lancefield)組D抗血清反應。鶉雞腸球菌之模式菌株為F87/276=PB21=ATCC 49573=CCUG 18658=CIP 103013=JCM 8728=LMG 13129=NBRC 100675=NCIMB 702313 (以前為NCDO 2313)=NCTC 12359[29]。鶉雞腸球菌之16S rRNA基因序列的GenBank登記號為AF039900(本文中揭示為SEQ ID NO：1)。一種示例性鶉雞腸球菌菌株描述於[29]中。

以登記號NCIMB 42488寄存之鶉雞腸球菌菌株在實例中進行測試且在本文中亦稱為菌株MRX518。測試之MRX518菌株的16S rRNA序列在SEQ ID NO：2中提供。菌株MRX518由4D Pharma Research有限公司(Life Sciences Innovation Building,Aberdeen,AB25 2ZS,Scotland)以「腸球菌屬(Enterococcus sp )」在2015年11月16日寄存在國際寄存局NCIMB有限公司(Ferguson Building,Aberdeen,AB21 9YA,Scotland)且分配登記號NCIMB 42488。

以登記號NCIMB 42761寄存之鶉雞腸球菌細菌在實例中進行測試且在本文中亦稱為菌株MRX554。對MRX554及MRx0554之提及可互換使用。菌株MRX554由4D Pharma Research有限公司(Life Sciences Innovation Building,Aberdeen,AB25 2ZS,Scotland)以「腸球菌屬(Enterococcus sp )」在2017年5月22日寄存在國際寄存局NCIMB有限公司(Ferguson Building,Aberdeen,AB21 9YA,Scotland)且分配登記號NCIMB 42761。

鶉雞腸球菌菌株MRX518之基因組包含染色體及質體。菌株MRX518之染色體序列提供於SEQ ID NO：3。菌株MRX518之質體序列提供於SEQ ID NO：4。使用PacBio RS II平台產生此等序列。

亦預期與實例中測試之菌株緊密相關的細菌菌株有效地增加及/或穩定個體中之微生物叢多樣性。因此，根據本發明之組合物可包含相對於在投與組合物前個體中之微生物多樣性之水準或穩定性，可增加及/或穩定個體中之微生物多樣性的菌株。

用於本發明之細菌菌株可具有與鶉雞腸球菌或鉛黃腸球菌之細菌菌株之16S rRNA序列至少95%、96%、97%、98%、99%、99.5%或99.9%一致的 16S rRNA序列。用於本發明之細菌菌株可具有與SEQ ID NO：1、2或5至少95%、96%、97%、98%、99%、99.5%或99.9%一致之16S rRNA序列。較佳地，用於本發明之細菌菌株具有由SEQ ID NO：1、2或5表示之16S rRNA序列。

亦預期作為以登記號NCIMB 42488或NCIMB 42761寄存之細菌之生物型的細菌菌株有效地增加及/或穩定個體中之微生物叢多樣性。生物型係具有相同或極類似之生理及生物化學特性的密切相關菌株，例如相對於在投與組合物前個體中之微生物多樣性，其可增加及/或穩定個體中之微生物多樣性至與以登記號NCIMB 42488或NCIMB 42761寄存之細菌相同或類似的水準(例如x±20%、x±10%、x±5%或x±1%)。

作為以登記號NCIMB 42488或NCIMB 42761寄存之細菌之生物型且適合用於本發明中的菌株可藉由對以登記號NCIMB 42488或NCIMB 42761寄存之細菌的其他核苷酸序列進行測序來鑑別。舉例而言，基本上全基因組可進行測序，且用於本發明之生物型菌株可在其全基因組之至少80%上(例如在至少85%、90%、95%或99%上或在其全基因組上)具有至少95%、96%、97%、98%、99%、99.5%或99.9%序列一致性。舉例而言，生物型菌株在其基因組之至少98%上具有至少98%序列一致性或在其基因組之99%上可具有至少99%序列一致性。用於鑑別生物型菌株之其他合適序列可包括hsp60或重複序列，諸如BOX、ERIC、(GTG)₅ 或REP[30]。

生物型菌株可具有與以登記號NCIMB 42488寄存之細菌的對應16S rRNA序列至少95%、96%、97%、98%、99%、99.5%或99.9%序列一致的16S rRNA序列。生物型菌株可具有與以NCIMB 42488寄存之菌株MRX518的對應16S rRNA序列至少95%、96%、97%、98%、99%、99.5%或99.9%序列一致的16S rRNA序列且包含與SEQ ID NO：2至少99%一致(例如至少99.5%或至少99.9%一致)的16S rRNA序列。生物型菌株可具有與以NCIMB 42488寄存之菌株MRX518的 對應16S rRNA序列至少95%、96%、97%、98%、99%、99.5%或99.9%序列一致的16S rRNA序列且具有SEQ ID NO：2之16S rRNA序列。較佳地，生物型菌株具有與以NCIMB 42488寄存之菌株MRX518的對應序列至少99%一致(例如至少99.5%或至少99.9%一致)的16S rRNA序列。

生物型菌株可具有與以登記號NCIMB 42761寄存之細菌的對應全基因組序列至少95%、96%、97%、98%、99%、99.5%或99.9%序列一致的全基因組序列。生物型菌株可具有與以NCIMB 42761寄存之菌株MRX554的對應全基因組序列至少95%、96%、97%、98%、99%、99.5%或99.9%序列一致的全基因組序列且進一步包含與SEQ ID NO：5至少99%一致(例如至少99.5%或至少99.9%一致)的16S rRNA序列。生物型菌株可具有與以NCIMB 42488寄存之菌株MRX518的對應序列至少95%、96%、97%、98%、99%、99.5%或99.9%序列一致的全基因組序列且具有SEQ ID NO：5之16S rRNA序列。較佳地，生物型菌株具有與以NCIMB 42761寄存之菌株MRX554的對應序列至少99%一致(例如至少99.5%或至少99.9%一致)的全基因組序列。

本發明之生物型將具有與鶉雞腸球菌或鉛黃腸球菌類似的如上所定義之增加及/或穩定個體中之腸微生物叢多樣性的功效。因此，與如上所定義之鶉雞腸球菌或鉛黃腸球菌菌株之細菌所實現的增加相比，生物型將實現為該增加之至少80%、至少85%、至少90%、至少95%或至少99%之增加。可替代地或另外，本發明之生物型可使微生物叢多樣性穩定在與如上所定義之鶉雞腸球菌或鉛黃腸球菌類似的水準，亦即，其可維持個體之微生物叢中不同細菌類型數目為如上所定義之由鶉雞腸球菌或鉛黃腸球菌穩定之不同細菌類型數目的至少80%、至少85%、至少90%、至少95%或至少99%。微生物多樣性可藉由考慮不同細菌類型數目來評定。

用於本發明之細菌菌株可具有與SEQ ID NO：3具有序列一致性之染色體。用於本發明之細菌菌株可具有在SEQ ID NO：3之至少60%(例如至少65%、70%、75%、80%、85%、95%、96%、97%、98%、99%或100%)上與SEQ ID NO：3至少90%序列一致(例如至少92%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列一致)之染色體。舉例而言，用於本發明之細菌菌株可具有在SEQ ID NO：3之70%上與SEQ ID NO：3至少90%序列一致，或在SEQ ID NO：3之80%上與SEQ ID NO：3至少90%序列一致，或在SEQ ID NO：3之90%上與SEQ ID NO：3至少90%序列一致，或在SEQ ID NO：3之100%上與SEQ ID NO：3至少90%序列一致，或在SEQ ID NO：3之70%上與SEQ ID NO：3至少95%序列一致，或在SEQ ID NO：3之80%上與SEQ ID NO：3至少95%序列一致，或在SEQ ID NO：3之90%上與SEQ ID NO：3至少95%序列一致，或在SEQ ID NO：3之100%上與SEQ ID NO：3至少95%序列一致，或在SEQ ID NO：3之70%上與SEQ ID NO：3至少98%序列一致，或在SEQ ID NO：3之80%上與SEQ ID NO：3至少98%序列一致，或在SEQ ID NO：3之90%上與SEQ ID NO：3至少98%序列一致，或在SEQ ID NO：3之95%上與SEQ ID NO：3至少98%序列一致，或在SEQ ID NO：3之100%上與SEQ ID NO：3至少98%序列一致，或在SEQ ID NO：3之90%上與SEQ ID NO：3至少99.5%序列一致，或在SEQ ID NO：3之95%上與SEQ ID NO：3至少99.5%序列一致，或在SEQ ID NO：3之98%上與SEQ ID NO：3至少99.5%序列一致，或在SEQ ID NO：3之100%上與SEQ ID NO：3至少99.5%序列一致之染色體。

用於本發明之細菌菌株可為與SEQ ID NO：4具有序列一致性之質體。用於本發明之細菌菌株可具有在SEQ ID NO：4之至少60%(例如至少65%、70%、75%、80%、85%、95%、96%、97%、98%、99%或100%)上與SEQ ID NO：4至少90%序列一致(例如至少92%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列一致)之質體。舉例而言，用於本發明之細菌菌株可具有在SEQ ID NO：4之 70%上與SEQ ID NO：4至少90%序列一致，或在SEQ ID NO：4之80%上與SEQ ID NO：4至少90%序列一致，或在SEQ ID NO：4之90%上與SEQ ID NO：4至少90%序列一致，或在SEQ ID NO：4之100%上與SEQ ID NO：4至少90%序列一致，或在SEQ ID NO：4之70%上與SEQ ID NO：4至少95%序列一致，或在SEQ ID NO：4之80%上與SEQ ID NO：4至少95%序列一致，或在SEQ ID NO：4之90%上與SEQ ID NO：4至少95%序列一致，或在SEQ ID NO：4之100%上與SEQ ID NO：4至少95%序列一致，或在SEQ ID NO：4之70%上與SEQ ID NO：4至少98%序列一致，或在SEQ ID NO：4之80%上與SEQ ID NO：4至少98%序列一致，或在SEQ ID NO：4之90%上與SEQ ID NO：4至少98%序列一致，或在SEQ ID NO：4之100%上與SEQ ID NO：4至少98%序列一致之質體。

用於本發明之細菌菌株可具有與SEQ ID NO：3具有序列一致性之染色體，例如如上所述，及與SEQ ID NO：1或2中之任一個具有序列一致性之16S rRNA序列，例如如上所述，較佳與SEQ ID NO：2至少99%一致之16S rRNA序列，更佳包含SEQ ID NO：2之16S rRNA序列，且視情況包含與SEQ ID NO：4具有序列一致性之質體，如上所述。

用於本發明之細菌菌株可具有與SEQ ID NO：3具有序列一致性之染色體，例如如上所述，且視情況包含與SEQ ID NO：4具有序列一致性之質體，如上所述，且有效地增加個體中之微生物叢多樣性。

用於本發明之細菌菌株可具有與SEQ ID NO：3具有序列一致性之染色體，例如如上所述，及與SEQ ID NO：1或2中之任一個具有序列一致性之16S rRNA序列，例如如上所述且視情況包含與SEQ ID NO：4具有序列一致性之質體，如上所述，且有效地增加個體中之微生物叢多樣性。

用於本發明之細菌菌株可具有與由SEQ ID NO：2表示之16S rRNA序列至少99%、99.5%或99.9%一致之16S rRNA序列(例如其包含SEQ ID NO：2 之16S rRNA序列)，及在SEQ ID NO：3之至少90%上與SEQ ID NO：3至少95%序列一致之染色體，且視情況包含與SEQ ID NO：4具有序列一致性之質體，如上所述，且有效地增加個體中之微生物叢多樣性。

用於本發明之細菌菌株可具有與由SEQ ID NO：2表示之16S rRNA序列至少99%、99.5%或99.9%一致之16S rRNA序列(例如其包含SEQ ID NO：2之16S rRNA序列)，及在SEQ ID NO：3之至少98%上(例如在至少99%或至少99.5%上)與SEQ ID NO：3至少98%序列一致(例如至少99%或至少99.5%序列一致)之染色體，且視情況包含與SEQ ID NO：4具有序列一致性之質體，如上所述，且有效地增加個體中之微生物叢多樣性。

用於本發明之細菌菌株可為鶉雞腸球菌，且可具有與由SEQ ID NO：2表示之16S rRNA序列至少99%、99.5%或99.9%一致之16S rRNA序列(例如其包含SEQ ID NO：2之16S rRNA序列)，及在SEQ ID NO：3之至少98%上(例如在至少99%或至少99.5%上)與SEQ ID NO：3至少98%序列一致(例如至少99%或至少99.5%序列一致)之染色體，且視情況包含與SEQ ID NO：4具有序列一致性之質體，如上所述，且有效地增加個體中之微生物叢多樣性。

提及兩種核苷酸序列之間的序列一致性百分比係指在比對時，比較兩種序列中相同之核苷酸的百分比。此比對及同源性或序列一致性百分比可使用本領域中已知之軟體程式，例如參考文獻[31]之部分7.7.18中描述之軟體程式確定。較佳比對藉由Smith-Waterman同源性搜索算法使用仿射空位搜索(其中開放空位罰分為12且空位延伸罰分為2、BLOSUM矩陣62)來確定。Smith-Waterman同源性搜索算法在參考文獻[32]中揭示。

其他可能電腦程式為BLAST或FASTA，其中對兩個序列進行比對，以最佳匹配其相應殘基(沿著一個或兩個序列之全長或沿著一個或兩個序列之預定部分)。該等程式提供預設開放罰分及預設空位罰分，且諸如PAM 250[33]之 評分矩陣可結合該電腦程式使用。舉例而言，一致性百分比可接著計算為：一致匹配之總數乘以100，接著除以匹配跨距內較長序列之長度與引入較短序列中以比對兩個序列之空位之數目的總和。

可替代地，作為以登記號NCIMB 42488或NCIMB 42761寄存之細菌之生物型且適用於本發明中的菌株可藉由使用登記號NCIMB 42488或NCIMB 42761寄存物及限制片段分析及/或PCR分析，例如藉由使用螢光增強之片段長度多態現象(fluorescent amplified fragment length polymorphism，FAFLP)及重複DNA組件(rep)-PCR指紋或蛋白質剖析或部分16S或23s rDNA測序來鑑別。此等技術可用於鑑別其他鶉雞腸球菌或鉛黃腸球菌菌株。

作為以登記號NCIMB 42488或NCIMB 42761寄存之細菌之生物型且適用於本發明中的菌株可為當藉由增強之核蛋白體DNA限制分析(amplified ribosomal DNA restriction analysis，ARDRA)分析時，例如當使用Sau3AI限制酶(關於示例性方法及指導參見例如參考文獻[34])時提供與以登記號NCIMB 42488或NCIMB 42761寄存之細菌相同模式的菌株。可替代地，生物型菌株可確定為具有與以登記號NCIMB 42488或NCIMB 42761寄存之細菌相同的碳水化合物醱酵模式的菌株。可使用API 50 CHL小組(bioMérieux)測定碳水化合物醱酵模式。較佳地如藉由API 50 CHL分析(較佳使用來自bioMérieux之API 50 CHL小組)測定，用於本發明之細菌菌株可：(i)對以下中之至少一種(例如至少2種、3種、4種、5種、6種、7種、8種、9種、10種、11種、12種、13種、14種、15種、16種、17種或全部)的醱酵呈陽性：L-阿拉伯糖、D-核糖、D-木糖、D-半乳糖、D-葡萄糖、D-果糖、D-甘露糖、N-乙醯葡糖胺、扁桃苷、熊果苷、水楊苷、D-纖維二糖、D-麥芽糖、蔗糖、D-海藻糖、龍膽二糖及D-塔格糖；及/或 (ii)對以下中之至少一種(例如至少2種、3種、4種或全部)的醱酵呈中間陽性：D-甘露糖醇、甲基-αD-吡喃葡糖苷、D-乳糖、澱粉及。

較佳地如藉由API 50 CHL分析(較佳使用來自bioMérieux之API 50 CHL小組)測定，較佳地適用於本發明之生物型菌株為具有以下碳水化合物醱酵模式之菌株：(i)對以下之醱酵呈陽性：L-阿拉伯糖、D-核糖、D-木糖、D-半乳糖、D-葡萄糖、D-果糖、D-甘露糖、N-乙醯葡糖胺、扁桃苷、熊果苷、七葉苷、水楊苷、D-纖維二糖、D-麥芽糖、D-海藻糖、龍膽二糖及D-塔格糖；及/或(ii)對以下之醱酵呈中間陽性：D-甘露糖醇、甲基-αD-吡喃葡糖苷、澱粉及。

較佳地如藉由API 50 CHL分析(較佳使用來自bioMérieux之API 50 CHL小組)測定，較佳地適用於本發明之生物型菌株為具有以下碳水化合物醱酵模式之菌株：(i)對以下之醱酵呈陽性：L-阿拉伯糖、D-木糖、D-半乳糖、D-葡萄糖、D-果糖、D-甘露糖、N-乙醯葡糖胺、扁桃苷、熊果苷、七葉苷、水楊苷、D-纖維二糖、D-麥芽糖、D-乳糖、D-蔗糖(蔗糖)、D-海藻糖及龍膽二糖；及/或(ii)對以下之醱酵呈中間陽性：甲基-αD-吡喃葡糖苷及蜜二糖。

適用於本發明之組合物及方法的其他菌株，諸如以登記號NCIMB 42488或NCIMB 42761寄存之細菌的生物型，可使用任何適當方法或策略，包括實例中描述之分析鑑別。舉例而言，用於本發明之菌株可藉由在厭氧YCFA中培養及/或將細菌投與II型膠原蛋白誘發之關節炎小鼠模型且接著評估細胞介素水準來鑑別。詳言之，具有與以登記號NCIMB 42488或NCIMB 42761寄存之細菌類似的生長模式、代謝類型及/或表面抗原的細菌菌株可用於本發明。適用菌株將具有與NCIMB 42488菌株相當之免疫調節活性。

較佳地如藉由碳水化合物、胺基酸及硝酸鹽代謝之分析及視情況鹼性磷酸酶活性之分析測定，更佳地如藉由Rapid ID 32A分析測定(較佳使用來自bioMérieux之Rapid ID 32A系統)，用於本發明之細菌菌株可：(i)對以下中之至少一種(例如至少2種、3種、4種、5種、6種、7種或全部)呈陽性：甘露糖醱酵、麩胺酸脫羧酶、精胺酸芳基醯胺酶、苯丙胺酸芳基醯胺酶、焦麩胺酸芳基醯胺酶、酪胺酸芳基醯胺酶、組胺酸芳基醯胺酶及絲胺酸芳基醯胺酶；及/或(ii)對以下中之至少一種(例如至少2種或全部)呈中間陽性：β-半乳糖苷酶-6-磷酸酯、β-葡糖苷酶及N-乙醯基-β-胺基葡糖苷酶；及/或(iii)對以下中之至少一種(例如至少2種、3種、4種、5種、6種或全部)呈陰性：棉子糖醱酵、脯胺酸芳基醯胺酶、白胺醯甘胺酸芳基醯胺酶、白胺酸芳基醯胺酶、丙胺酸芳基醯胺酶、甘胺酸芳基醯胺酶及麩胺醯基麩胺酸芳基醯胺酶。

用於本發明之細菌菌株可： (i)例如如藉由碳水化合物、胺基酸及硝酸鹽代謝之分析測定，較佳如藉由Rapid ID 32A分析測定(較佳使用來自bioMérieux之Rapid ID 32A系統)，對甘胺酸芳基醯胺酶、棉子糖醱酵、脯胺酸芳基醯胺酶及白胺酸芳基醯胺酶中之至少一種(例如至少2種、3種或全部4種)呈陰性；及/或(ii)較佳地如藉由API 50 CHL分析(較佳使用來自bioMérieux之API 50 CHL小組)測定，對L-岩藻糖之醱酵呈中間陽性。

用於本發明之細菌菌株為細胞外ATP產生器，如使用ATP分析套組(Sigma-Aldrich,MAK190)所量測，例如產生6-6.7ng/μl(例如6.1-6.6ng/μl或6.2-6.5ng/μl或6.33±0.10ng/μl)ATP。細菌之細胞外ATP可具有多向性效應，包括活化T細胞受體介導之信號傳導[35]，促進腸Th17細胞分化[36]及藉由活化 NLRP3炎性體誘發促炎性介體IL-1β分泌[37]。因此，作為細胞外ATP產生器之細菌菌株可用於增加及/或穩定個體中之微生物叢多樣性。

用於本發明之細菌菌株可包含以下三個基因中之一或多個：可動元件蛋白；木糖ABC轉運體透酶組分；及FIG00632333：假設蛋白。舉例而言，用於本發明之細菌菌株包含編碼以下之基因：可動元件蛋白及木糖ABC轉運體透酶組分；可動元件蛋白及FIG00632333：假設蛋白；木糖ABC轉運體透酶組分及FIG00632333：假設蛋白質；或可動元件蛋白、木糖ABC轉運體透酶組分及FIG00632333：假設蛋白。

如以上所討論，用於本發明之鶉雞腸球菌或鉛黃腸球菌菌株可為具有與以登記號NCIMB 42488或NCIMB 42761寄存之菌株相同之安全性及治療功效特徵的菌株。因此，組合物可包含不為以登記號NCIMB 42488或NCIMB 42761寄存之菌株，但具有與以登記號NCIMB 42488或NCIMB 42761寄存之菌株相同之安全性及治療功效特徵的鶉雞腸球菌菌株。菌株之安全性特徵可例如藉由測試菌株對抗生素之抗性，例如區分內在與可傳播之抗生素抗性來確定。菌株之安全性特徵亦可藉由評估活體外菌株之致病性，例如毒素產生水準來確定。其他安全性測試包括在大鼠及小鼠模型中測試細菌菌株之急性或慢性毒性。菌株之治療功效可藉由在活體外及活體內使用相關模型對細菌菌株進行功能表征來確定。

在較佳實施例中，本發明組合物中之細菌菌株能存活且能夠部分或全部定殖腸部。

治療用途

本發明之組合物用於增加及/或穩定經診斷患有疾病之個體中之微生物叢多樣性的方法中。該等實例證明本發明之組合物之投與可增加微生物叢多樣性。其進一步說明本發明之組合物可增加個體中之微生物叢多樣性之穩定性。

因此，待使用本發明之組合物治療或預防的疾病較佳為與微生物叢多樣性之水準相對於健康個體之微生物叢多樣性降低相關的疾病及/或與微生物叢之穩定性降低相關的疾病。

組合物用於展現或預期展現例如與健康個體或一群健康個體相比微生物叢多樣性之水準降低的個體中。舉例而言，組合物可用於治療微生物叢中具有少於101個不同細菌物種(例如少於100個、99個、98個、97個、96個、95個、93個、90個、85個、80個、75個或70個細菌物種)及/或少於195個不同菌株(例如少於193個、190個、187個、185個、183個、180個、175個、170個、165個、160個、150個、140個細菌菌株)的個體。舉例而言，組合物可用於治療腸微生物叢中細菌種屬與健康個體相比或與一群健康個體相比少至少一個(例如至少2個、3個、4個、5個、6個、7個、8個、9個或10個細菌種屬)的個體。治療或預防可包括將個體診斷為具有降低之微生物叢多樣性水準的步驟，且接著若發現存在降低之微生物叢多樣性水準，則用根據本發明之組合物治療個體。

降低之微生物叢多樣性與許多病理性疾病相關，且實例證明本發明之組合物可有效地增加及/或穩定個體中之微生物叢多樣性。技術人員容易藉由評定患者中之微生物叢多樣性及/或穩定性且將其與健康個體之微生物叢多樣性及/或穩定性相比較來鑑別將受益於由本發明之組合物實現之微生物叢多樣性/穩定性增加的合適疾病。

疾病之發病機理可影響腸部。但是，在其他情況下，疾病之發病機理不影響腸部或不侷限於腸部。疾病之治療或預防可發生在腸部，或其可發生在遠端部位。所治療之疾病可為全身性的。

可使用本發明之組合物治療的特徵為微生物叢多樣性降低之疾病的實例包括神經病狀，諸如阿茲海默氏病、帕金森氏病、自閉症及多發性硬化； 胃腸道病症，諸如腸躁症候群及炎性腸病；肌骨胳病症，諸如類風濕性關節炎及牛皮癬關節炎；代謝病症，包括I型糖尿病；及消瘦/疲勞病狀，包括肌肉減少症及肌痛性腦脊髓炎。

實例說明用本發明之組合物治療可增加微生物叢多樣性及/或微生物叢之穩定性。因此，如上所述之組合物可用於增加及/或穩定個體中之微生物叢多樣性的方法中。如以上所解釋，相當大數目之疾病與微生物組多樣性降低有關。微生物組多樣性降低可由某些疾病(例如癌症)或用於治療彼等疾病之療法引起及/或加重。

本發明之組合物可用於增加及/或穩定經診斷患有癌症之個體中之微生物叢多樣性。先前已表明腸微生物組與多種癌症之間的聯繫。舉例而言，來自結腸直腸癌患者之糞便樣品的分類學分析顯示與健康患者相比微生物叢之多樣性下降。因此，增加微生物叢之多樣性不僅可預防或治療特徵為微生物組多樣性降低之疾病，且亦有利地幫助預防或治療諸如結腸直腸癌之癌症。

組合物用於展現或預期展現例如與健康個體或一群健康個體相比微生物叢多樣性之穩定性降低的個體中。治療或預防可包括將個體診斷為具有降低之微生物叢穩定性的步驟，且接著若發現存在降低之穩定性，則用根據本發明之組合物治療個體。

如本文所定義之包含腸球菌屬細菌菌株之組合物亦可與環磷醯胺組合用於治療癌症、炎性病症或自體免疫性疾病。

可使用標準技術，諸如實例中使用之qPCR技術，在來自個體之糞便中偵測微生物叢中之細菌。

個體可為嬰兒(0-1歲之間的個體)、兒童(1-18歲之間的個體)或成年人(年齡超過18歲之個體)。個體可為健康個體，其中組合物可用於預防疾病， 視情況健康個體可為確定為處於顯現特徵為微生物叢多樣性降低之疾病風險下的個體。

個體可先前已接受、正接受或將接受抗生素治療(例如投與根據本發明之組合物的一週或一個月內)。治療可包括在抗生素治療之後、與其一起或在其之前投與本發明之組合物。本發明之組合物及一或多種抗生素可分開、同時或相繼投與。

本發明之組合物可用於增加及/或穩定呼吸中氫水準相對於健康個體增加之個體中之微生物叢多樣性的方法中。本發明之組合物可用於降低展現或預期展現微生物叢多樣性之水準及/或微生物叢穩定性降低之個體的呼吸中的氫水準。個體可為經診斷為患有癌症之個體。用本發明之組合物治療降低在氫呼吸測試中偵測到之氫水準。因此，較佳使用氫呼吸測試評定氫水準。氫呼吸測試為本領域中所熟知，因此技術人員將知道如何進行此類測試且可包括向個體投與乳果糖。

氫呼吸測試亦為一種適用於監測在使用本發明之組合物或組合療法治療後增加或穩定微生物叢多樣性之效力或可能效力的工具。舉例而言，在用本發明之組合物或組合療法治療後在個體呼吸中偵測到之氫水準的降低可指示治療增加個體中之微生物叢多樣性。因此，本發明之方法及用途進一步包括在用本發明之組合物治療期間及/或之後監測個體呼吸中之氫水準，從而評定增加個體中之微生物叢多樣性的效力或可能效力。舉例而言，可根據需要在一或多個(例如1個、2個、3個、4個或超過4個)時間，包括治療前、治療開始時、治療期間、治療結束時及/或治療後，監測氫水準。在給藥期(在此期間向個體投與組合物)結束時及/或之後個體呼吸中之氫水準與給藥期開始時及/或之前的水準相比，且水準降低指示增加個體中之微生物叢多樣性的效力或可能效力。可在多個時間量測個體呼吸中之氫水準。舉例而言，若給藥期為16天，則可能需要 在第1天及第16天，或例如在第1天、第2天、第15天及第16天量測。可進行多次量測，且獲得彼等量測之平均值(例如第1天與第2天之平均值及第15天與第16天之平均值)。氫水準Cmax降低至少40ppm表明組合物有效或可能有效地增加個體中之微生物叢多樣性。氫呼吸測試為標準分析，因此本領域中已知預定水準。

本發明人已顯示在投與如本文定義的包含腸球菌屬之細菌菌株之組合物後腸結巴斯德氏菌之豐度增加，如本說明書之實例所證明。生物體已顯示具有免疫刺激作用。更具體而言，生物體已顯示經由產生IFN之T細胞滲入癌症病變中，促進環磷醯胺誘導之治療性免疫調節作用。此外，腸結巴斯德氏菌之特定記憶Th1細胞免疫反應選擇性地預測用化學免疫療法治療之晚期肺癌及卵巢癌患者中更長的無進展存活期[38]。藉由使用包含腸球菌屬之細菌菌株之組合物，因此本發明增加腸結巴斯德氏菌之水準且因此促進環磷醯胺功效。因此，本發明之組合療法尤其可用於治療已知受益於環磷醯胺治療之疾病，因為該組合將提高治療功效。可用環磷醯胺治療之已知疾病包括癌症、炎性病症及自體免疫性病症。

經由投與本發明之組合物，不僅穩定微生物組多樣性(若未增加)，且亦增加腸結巴斯德氏菌之豐度。因此，本發明之組合物尤其可用於穩定或改善癌症患者中之微生物組多樣性。

因此，本發明之組合物可增加腸結巴斯德氏菌物種之水準。技術人員將瞭解此增加係相對於在投與組合物之前腸結巴斯德氏菌物種之水準。

已報導腸結巴斯德氏菌提高環磷醯胺之免疫調節作用[38]。因此，實例中之資料證實包含鶉雞腸球菌物種之細菌菌株之組合物與環磷醯胺的組合尤其有用。因此，根據本發明之一態樣，提供包含腸球菌屬種屬之細菌菌株之組 合物與環磷醯胺的組合在療法中之用途。較佳地，細菌菌株屬於鶉雞腸球菌物種。

在此類實施例中，可投與包含腸球菌屬之細菌菌株之組合物以增加患者胃腸道中腸結巴斯德氏菌之水準，從而提高環磷醯胺之免疫調節作用。

在本發明之此態樣之實施例中，包含腸球菌屬之細菌菌株之組合物與環磷醯胺的組合可用於治療癌症。舉例而言，組合可用於在癌症治療中減小腫瘤尺寸、減少腫瘤生長或減少血管生成。

在某些實施例中，組合用於治療或預防結腸直腸癌，諸如結腸癌，較佳結腸直腸腺癌。在一些實施例中，癌症在腸部。在其他實施例中，組合用於治療或預防肺癌、淋巴瘤、多發性骨髓瘤、白血病、卵巢癌、乳癌(尤其癌瘤)、小細胞肺癌、神經母細胞瘤、肉瘤、視網膜母細胞瘤、腺癌(尤其卵巢腺癌)或肝癌。在其他實施例中，本發明之組合物用於治療或預防癌瘤。

在實施例中，包含腸球菌屬之細菌菌株之組合物與環磷醯胺的組合可用於治療自體免疫性或炎性疾病。可用該組合治療之疾病(已知對用環磷醯胺治療起反應)的實例包括在器官移植後及在準備骨髓移植中的腎病症候群、全身性紅斑狼瘡、伴多血管炎之肉芽腫病、再生障礙性貧血、顯微鏡下多血管炎、多發性結節性動脈炎、伴多血管炎之嗜酸性球性肉芽腫病(查格-施特勞斯症候群(Churg-Strauss syndrome))、白塞氏症候群(Behçet syndrome)、中樞神經系統之原發性脈管炎、孤立性血管炎性神經病。一般地，本發明之組合物與環磷醯胺的組合將用於如下疾病，其中預期罹患該疾病之個體中的微生物叢多樣性之增加及/或穩定為有益的。

除其對腸結巴斯德氏菌之水準具有積極作用(及改善微生物組多樣性)外，亦在實例中有利地證明該等組合物增加許多產生短鏈脂肪酸之細菌，包括來自毛螺菌科及羅斯氏菌種屬之細菌的水準。屬於彼等種屬之生物體已與包 括炎性腸病(在生物體屬於羅斯氏菌種屬之情況下[39])及重量減輕(在毛螺菌科種屬之成員的情況下)的若干疾病之治療有關。

本發明之組合物可增加毛螺菌科及/或羅斯氏菌物種之水準。技術人員將瞭解此增加係相對於在投與組合物之前毛螺菌科及/或羅斯氏菌物種(相應地)之水準。

該等實例證明該等組合物可增加來自毛螺菌科種屬之細菌的豐度。人類微生物叢中來自毛螺菌科種屬之細菌之水準的降低與諸如炎性腸病(IBD)、潰瘍性結腸炎及克羅恩氏病(Crohn's disease)之胃腸道疾病有關[40]。已顯示環磷醯胺治療降低包括來自毛螺菌科種屬之細菌物種的許多細菌物種之水準[41]。

因此，在一些實施例中，包含腸球菌屬之細菌菌株之組合物與環磷醯胺的組合可用於增加胃腸道中毛螺菌科種屬之水準。投與環磷醯胺與腸球菌屬之細菌菌株的組合預防與環磷醯胺治療有關之毛螺菌科細菌種屬的相關下降。增加毛螺菌科種屬之水準可預防或治療胃腸道疾病，諸如炎性腸病、潰瘍性結腸炎及克羅恩氏病。

本發明之組合物進一步顯示影響梭狀芽孢桿菌物種之水準。此等生物體已與免疫系統之調節及預防及治療自體免疫性、感染性及過敏性疾病之預防及治療的功效有關。

該等實例亦顯示本發明之組合物可增加來自別樣桿菌屬(Alistipes )之細菌的水準。罹患IBD之患者的微生物叢多樣性下降。與健康對照物相比顯著消耗的分類群包括來自別樣桿菌屬及巴斯德氏菌種屬之細菌[42]。因此，本發明之組合物可用於治療或預防胃腸道疾病，諸如炎性腸病、潰瘍性結腸炎及克羅恩氏病。本發明之組合物可藉由增加來自別樣桿菌屬及/或巴斯德氏菌種屬之細菌的水準來治療胃腸道疾病，諸如炎性腸病、潰瘍性結腸炎及克羅恩氏病。

已在該等實例中證明本發明之組合物對戊糖磷酸途徑發揮有限作用，如包括5-磷酸核糖、4-磷酸赤蘚糖及7-磷酸景天庚酮糖之代謝物的形成減少所表徵。

再次，本發明之組合物之此特性為有利的，因為已暗示此路徑具有幫助糖酵解性癌細胞處理氧化應激的保護作用，因此可對腫瘤細胞提供保護。文獻已進一步顯示6-磷酸葡萄糖脫氫酶缺乏可防止癌症、尤其乳癌、結腸直腸癌等，且戊糖磷酸途徑之成員增加與癌症患者中之不良結果有關[43,44]。因此，當本發明之組合物用於促進將受益於戊糖磷酸途徑減少之個體(例如癌症患者)中微生物組之多樣性時，其可另外發揮此作用。

因此，根據本發明之其他態樣，提供一種包含腸球菌屬之細菌菌株之組合物，其用於減少需要此類治療，例如處於患有由磷酸戊糖之功能正常或升高引起或加重之疾病的風險下或經診斷患有該疾病之個體中與戊糖磷酸途徑有關之至少一種代謝物在活體內之形成。舉例而言，代謝物可為5-磷酸核糖、4-磷酸赤蘚糖及7-磷酸景天庚酮糖。

本發明之組合物可用於改善及/或穩定先前已接受化學療法之患者中的微生物叢多樣性。本發明之組合物可用於改善及/或穩定對化學療法治療已不耐受之患者中的微生物叢多樣性。

本發明之組合物亦可用於增加及/或穩定經診斷患有以下疾病之患者中的微生物叢多樣性：急性淋巴母細胞性白血病(acute lymphoblastic leukemia，ALL)、急性骨髓性白血病、腎上腺皮質癌、基細胞癌瘤、膽管癌、膀胱癌、骨腫瘤、骨肉瘤/惡性纖維組織細胞瘤、腦幹神經膠質瘤、腦腫瘤、小腦星形細胞瘤、大腦星形細胞瘤/惡性神經膠質瘤、室管膜瘤、髓母細胞瘤、幕上原始神經外胚層腫瘤、乳癌、支氣管腺瘤/類癌瘤、伯基特氏淋巴瘤(Burkitt's lymphoma)、類癌瘤腫瘤、子宮頸癌、慢性淋巴細胞性白血病、慢性骨髓性白血病、慢性脊 髓增生病、結腸癌、皮膚T細胞淋巴瘤、子宮內膜癌、室管膜瘤、食道癌、尤因氏肉瘤(Ewing's sarcoma)、眼內黑色素瘤、視網膜母細胞瘤、膽囊癌、胃癌、胃腸道類癌腫瘤、胃腸基質腫瘤(gastrointestinal stromal tumor，GIST)、生殖細胞腫瘤、兒童期視覺通路及下丘腦神經膠質瘤、霍奇金氏淋巴瘤(Hodgkin lymphoma)、黑色素瘤、胰島細胞癌瘤、卡波西氏肉瘤(Kaposi sarcoma)、腎細胞癌、喉癌、白血病、淋巴瘤、間皮瘤、神經母細胞瘤、非霍奇金淋巴瘤、口咽癌、骨肉瘤、卵巢癌、胰臟癌、甲狀旁腺癌、咽癌、垂體腺瘤、漿細胞瘤形成、前列腺癌、腎細胞癌瘤、視網膜母細胞瘤、肉瘤、睾丸癌、甲狀腺癌或子宮癌。

本發明之組合物可用於增加及/或穩定用其他治療劑治療之患者中的微生物叢多樣性。本發明之組合物可與抗癌劑組合。較佳地，本發明提供一種組合物，其包含鶉雞腸球菌物種之細菌菌株及抗癌劑。較佳地，抗癌劑為免疫檢查點抑制劑、靶向抗體免疫療法、CAR-T細胞療法、溶瘤病毒或抑制細胞生長藥物。在較佳實施例中，組合物包含選自由以下組成之群的抗癌劑：Yervoy(易普利單抗(ipilimumab)，BMS)；Keytruda(派姆單抗(pembrolizumab)，Merck)；Opdivo(納武單抗(nivolumab)，BMS)；MEDI4736(AZ/MedImmune)；MPDL3280A(Roche/Genentech)；曲美目單抗(Tremelimumab)(AZ/MedImmune)；CT-011(皮利珠單抗(pidilizumab)，CureTech)；BMS-986015(利魯單抗(lirilumab)，BMS)；MEDI0680(AZ/MedImmune)；MSB-0010718C(Merck)；PF-05082566(Pfizer)；MEDI6469(AZ/MedImmune)；BMS-986016(BMS)；BMS-663513(優瑞路單抗(urelumab)，BMS)；IMP321(Prima Biomed)；LAG525(Novartis)；ARGX-110(arGEN-X)；PF-05082466(Pfizer)；CDX-1127(瓦利路單抗(varlilumab)；CellDex Therapeutics)；TRX-518(GITR Inc.)；MK-4166(Merck)；JTX-2011(Jounce Therapeutics)；ARGX-115(arGEN-X)；NLG-9189(英多莫德(indoximod)，NewLink Genetics)；INCB024360(Incyte)；IPH2201(Innate Immotherapeutics/AZ)；NLG-919 (NewLink Genetics)；抗VISTA(JnJ)；依帕斯塔特(Epacadostat)(INCB24360，Incyte)；F001287(Flexus/BMS)；CP 870893(University of Pennsylvania)；MGA271(Macrogenix)；依瑪珠單抗(Emactuzumab)(Roche/Genentech)；加尼斯替(Galunisertib)(Eli Lilly)；優庫路單抗(Ulocuplumab)(BMS)；BKT140/BL8040(Biokine Therapeutics)；巴維昔單抗(Bavituximab)(Peregrine Pharmaceuticals)；CC 90002(Celgene)；852A(Pfizer)；VTX-2337(VentiRx Pharmaceuticals)；IMO-2055(Hybridon，Idera Pharmaceuticals)；LY2157299(Eli Lilly)；EW-7197(Ewha Women's University，Korea)；威羅菲尼(Vemurafenib)(Plexxikon)；達拉菲尼(Dabrafenib)(Genentech/GSK)；BMS-777607(BMS)；BLZ945(Memorial Sloan-Kettering Cancer Centre)；Unituxin(地土昔單抗(dinutuximab)，United Therapeutics Corporation)；Blincyto(布爾莫單抗(blinatumomab)，Amgen)；Cyramza(雷莫蘆單抗(ramucirumab)，Eli Lilly)；Gazyva(歐努珠單抗(obinutuzumab)，Roche/Biogen)；Kadcyla(阿多曲妥珠單抗恩他新(ado-trastuzumab emtansine)，Roche/Genentech)；Perjeta(帕妥珠單抗(pertuzumab)，Roche/Genentech)；Adcetris(布瑞西單抗維多新(brentuximab vedotin)，Takeda/Millennium)；Arzerra(奧法木單抗(ofatumumab)，GSK)；Vectibix(帕尼單抗(panitumumab)，Amgen)；Avastin(貝伐單抗(bevacizumab)，Roche/Genentech)；Erbitux(西妥昔單抗(cetuximab)，BMS/Merck)；Bexxar(托西莫單抗(tositumomab)-I131，GSK)；Zevalin(替伊莫單抗(ibritumomab tiuxetan)，Biogen)；Campath(阿侖單抗(alemtuzumab)，Bayer)；Mylotarg(吉妥珠單抗奧唑米星(gemtuzumab ozogamicin)，Pfizer)；Herceptin(曲妥珠單抗(trastuzumab)，Roche/Genentech)；Rituxan(利妥昔單抗(rituximab)，Genentech/Biogen)；伏洛昔單抗(volociximab)(Abbvie)；艾那維單抗(Enavatuzumab)(Abbvie)；ABT-414(Abbvie)；埃羅妥珠單抗(Elotuzumab)(Abbvie/BMS)；ALX-0141(Ablynx)；奧紮利單抗(Ozaralizumab)(Ablynx)；埃替 單抗(Actimab)-C(Actinium)；埃替單抗-P(Actinium)；米拉珠單抗-多柔比星(Milatuzumab-dox)(Actinium)；Emab-SN-38(Actinium)；伊土莫單抗(Naptumonmab estafenatox)(Active Biotech)；AFM13(Affimed)；AFM11(Affimed)；AGS-16C3F(Agensys)；AGS-16M8F(Agensys)；AGS-22ME(Agensys)；AGS-15ME(Agensys)；GS-67E(Agensys)；ALXN6000(薩瑪利單抗(samalizumab)，Alexion)；ALT-836(Altor Bioscience)；ALT-801(Altor Bioscience)；ALT-803(Altor Bioscience)；AMG780(Amgen)；AMG 228(Amgen)；AMG820(Amgen)；AMG172(Amgen)；AMG595(Amgen)；AMG110(Amgen)；AMG232(阿達木單抗(adecatumumab)，Amgen)；AMG211(Amgen/MedImmune)；BAY20-10112(Amgen/Bayer)；瑞洛土單抗(Rilotumumab)(Amgen)；戴諾素單抗(Denosumab)(Amgen)；AMP-514(Amgen)；MEDI575(AZ/MedImmune)；MEDI3617(AZ/MedImmune)；MEDI6383(AZ/MedImmune)；MEDI551(AZ/MedImmune)；帕莫西單抗(Moxetumomab pasudotox)(AZ/MedImmune)；MEDI565(AZ/MedImmune)；MEDI0639(AZ/MedImmune)；MEDI0680(AZ/MedImmune)；MEDI562(AZ/MedImmune)；AV-380(AVEO)；AV203(AVEO)；AV299(AVEO)；BAY79-4620(Bayer)；拉安土單抗(Anetumab ravtansine)(Bayer)；萬替珠單抗(vantictumab)(Bayer)；BAY94-9343(Bayer)；西羅珠單抗(Sibrotuzumab)(Boehringer Ingleheim)；BI-836845(Boehringer Ingleheim)；B-701(BioClin)；BIIB015(Biogen)；歐努珠單抗(Biogen/Genentech)；BI-505(Bioinvent)；BI-1206(Bioinvent)；TB-403(Bioinvent)；BT-062(Biotest)BIL-010t(Biosceptre)；MDX-1203(BMS)；MDX-1204(BMS)；奈西莫單抗(Necitumumab)(BMS)；CAN-4(Cantargia AB)；CDX-011(Celldex)；CDX1401(Celldex)；CDX301(Celldex)；U3-1565(Daiichi Sankyo)；帕曲土單抗(patritumab)(Daiichi Sankyo)；替加土單抗(tigatuzumab)(Daiichi Sankyo)；尼妥珠單抗 (nimotuzumab)(Daiichi Sankyo)；DS-8895(Daiichi Sankyo)；DS-8873(Daiichi Sankyo)；DS-5573(Daiichi Sankyo)；MORab-004(Eisai)；MORab-009(Eisai)；MORab-003(Eisai)；MORab-066(Eisai)；LY3012207(Eli Lilly)；LY2875358(Eli Lilly)；LY2812176(Eli Lilly)；LY3012217(Eli Lilly)；LY2495655(Eli Lilly)；LY3012212(Eli Lilly)；LY3012211(Eli Lilly)；LY3009806(Eli Lilly)；西妥木單抗(cixutumumab)(Eli Lilly)；法拉維單抗(Flanvotumab)(Eli Lilly)；IMC-TR1(Eli Lilly)；雷莫蘆單抗(Eli Lilly)；塔巴木單抗(Tabalumab)(Eli Lilly)；紮諾利單抗(Zanolimumab)(Emergent Biosolution)；FG-3019(FibroGen)；FPA008(Five Prime Therapeutics)；FP-1039(Five Prime Therapeutics)；FPA144(Five Prime Therapeutics)；卡妥索單抗(catumaxomab)(Fresenius Biotech)；IMAB362(Ganymed)；IMAB027(Ganymed)；HuMax-CD74(Genmab)；HuMax-TFADC(Genmab)；GS-5745(Gilead)；GS-6624(Gilead)；OMP-21M18(登西珠單抗(demcizumab)，GSK)；馬帕木單抗(mapatumumab)(GSK)；IMGN289(ImmunoGen)；IMGN901(ImmunoGen)；IMGN853(ImmunoGen)；IMGN529(ImmunoGen)；IMMU-130(Immunomedics)；米拉珠單抗-多柔比星(Immunomedics)；IMMU-115(Immunomedics)；IMMU-132(Immunomedics)；IMMU-106(Immunomedics)；IMMU-102(Immunomedics)；依帕珠單抗(Epratuzumab)(Immunomedics)；克利瓦單抗(Clivatuzumab)(Immunomedics)；IPH41(Innate Immunotherapeutics)；達拉土單抗(Daratumumab)(Janssen/Genmab)；CNTO-95(Intetumumab，Janssen)；CNTO-328(西妥昔單抗(siltuximab)，Janssen)；KB004(KaloBios)；莫加利單抗(mogamulizumab)(Kyowa Hakko Kirrin)；KW-2871(依美昔單抗(ecromeximab)，Life Science)；索奈珠單抗(Sonepcizumab)(Lpath)；馬土西單抗(Margetuximab)(Macrogenics)；恩利珠單抗(Enoblituzumab)(Macrogenics)；MGD006(Macrogenics)；MGF007(Macrogenics)； MK-0646(達洛珠單抗(dalotuzumab)，Merck)；MK-3475(Merck)；Sym004(Symphogen/Merck Serono)；DI17E6(Merck Serono)；MOR208(Morphosys)；MOR202(Morphosys)；Xmab5574(Morphosys)；BPC-1C(恩斯土單抗(ensituximab)，Precision Biologics)；TAS266(Novartis)；LFA102(Novartis)；BHQ880(Novartis/Morphosys)；QGE031(Novartis)；HCD122(盧卡木單抗(lucatumumab)，Novartis)；LJM716(Novartis)；AT355(Novartis)；OMP-21M18(登西珠單抗，OncoMed)；OMP52M51(Oncomed/GSK)；OMP-59R5(Oncomed/GSK)；萬替珠單抗(Oncomed/Bayer)；CMC-544(奧英妥珠單抗(inotuzumab ozogamicin)，Pfizer)；PF-03446962(Pfizer)；PF-04856884(Pfizer)；PSMA-ADC(Progenics)；REGN1400(Regeneron)；REGN910(奈瓦庫單抗(nesvacumab)，Regeneron/Sanofi)；REGN421(恩替庫單抗(enoticumab)，Regeneron/Sanofi)；RG7221、RG7356、RG7155、RG7444、RG7116、RG7458、RG7598、RG7599、RG7600、RG7636、RG7450、RG7593、RG7596、DCDS3410A、RG7414(帕薩珠單抗(parsatuzumab))、RG7160(伊佳珠單抗(imgatuzumab))、RG7159(歐賓珠單抗(obintuzumab))、RG7686、RG3638(歐奈珠單抗(onartuzumab))、RG7597(Roche/Genentech)；SAR307746(Sanofi)；SAR566658(Sanofi)；SAR650984(Sanofi)；SAR153192(Sanofi)；SAR3419(Sanofi)；SAR256212(Sanofi)，SGN-LIV1A(林妥珠單抗(lintuzumab)，Seattle Genetics)；SGN-CD33A(Seattle Genetics)；SGN-75(馬維珠單抗(vorsetuzurmab mafodotin)，Seattle Genetics)；SGN-19A(Seattle Genetics)；SGN-CD70A(Seattle Genetics)；SEA-CD40(Seattle Genetics)；替伊莫單抗(Spectrum)；MLN0264(Takeda)；加尼妥單抗(ganitumab)(Takeda/Amgen)；CEP-37250(Teva)；TB-403(Thrombogenic)；VB4-845(Viventia)；Xmab2512(Xencor)；Xmab5574(Xencor)；尼妥珠單抗(YM Biosciences)；卡路單抗(Carlumab)(Janssen)；NY-ESO TCR(Adaptimmune)； MAGE-A-10 TCR(Adaptimmune)；CTL019(Novartis)；JCAR015(Juno Therapeutics)；KTE-C19 CAR(Kite Pharma)；UCART19(Cellectis)；BPX-401(Bellicum Pharmaceuticals)；BPX-601(Bellicum Pharmaceuticals)；ATTCK20(Unum Therapeutics)；CAR-NKG2D(Celyad)；Onyx-015(Onyx Pharmaceuticals)；H101(Shanghai Sunwaybio)；DNX-2401(DNAtrix)；VCN-01(VCN Biosciences)；Colo-Ad1(PsiOxus Therapeutics)；ProstAtak(Advantagene)；Oncos-102(Oncos Therapeutics)；CG0070(Cold Genesys)；Pexa-vac(JX-594，Jennerex Biotherapeutics)；GL-ONC1(Genelux)；T-VEC(Amgen)；G207(Medigene)；HF10(Takara Bio)；SEPREHVIR(HSV1716，Virttu Biologics)；OrienX010(OrienGene Biotechnology)；Reolysin(Oncolytics Biotech)；SVV-001(Neotropix)；Cacatak(CVA21，Viralytics)；Alimta(Eli Lilly)、順鉑(cisplatin)、奧沙利鉑(oxaliplatin)、伊立替康(irinotecan)、亞葉酸(folinic acid)、甲氨蝶呤(methotrexate)、環磷醯胺(cyclophosphamide)、5-氟尿嘧啶(5-fluorouracil)、Zykadia(Novartis)、Tafinlar(GSK)、Xalkori(Pfizer)、Iressa(AZ)、Gilotrif(Boehringer Ingelheim)、Tarceva(Astellas Pharma)、Halaven(Eisai Pharma)、Veliparib(Abbvie)、AZD9291(AZ)、阿雷替尼(Alectinib)(Chugai)、LDK378(Novartis)、蓋納特皮(Genetespib)(Synta Pharma)、Tergenpumatucel-L(NewLink Genetics)、GV1001(Kael-GemVax)、替瓦替尼(Tivantinib)(ArQule)；Cytoxan(BMS)；Oncovin(Eli Lilly)；阿黴素(Adriamycin)(Pfizer)；Gemzar(Eli Lilly)；Xeloda(Roche)；Ixempra(BMS)；Abraxane(Celgene)；Trelstar(Debiopharm)；Taxotere(Sanofi)；Nexavar(Bayer)；IMMU-132(Immunomedics)；E7449(Eisai)；Thermodox(Celsion)；Cometriq(Exellxis)；Lonsurf(Taiho Pharmaceuticals)；Camptosar(Pfizer)；UFT(Taiho Pharmaceuticals)；及TS-1(Taiho Pharmaceuticals)。

投與模式

較佳地，本發明之組合物待投與胃腸道，以能夠傳遞至腸及/或使本發明之細菌菌株部分或全部定殖腸部。一般地，雖然本發明之組合物經口投與，但其可經直腸、經鼻內或經由頰或舌下途徑投與。

本發明之組合物可呈泡沫、噴霧或凝膠形式投與。本發明之組合物可呈栓劑，諸如直腸栓劑，例如呈可可豆油(可可脂)、合成硬脂(例如suppocire、witepsol)、甘油基-明膠、聚乙二醇或肥皂甘油組合物之形式投與。

本發明之組合物可經由管，諸如鼻飼管、口胃管、胃管、空腸造口管(J型管)、經皮內窺鏡胃造口術(percutaneous endoscopic gastrostomy，PEG)或端口，諸如通向胃、空腸及其他合適進入埠之胸壁端口投與胃腸道。

本發明之組合物亦可經調配用於靜脈內、經直腸、經舌下、經皮下或經鼻投與。

本發明之組合物可投與一次，或其可作為治療方案一部分相繼投與。舉例而言，本發明之組合物可每日投與。

有時根據本發明之治療可伴隨有患者腸微生物叢之評估。若本發明之菌株傳遞及/或部分或全部定殖未實現，使得功效未觀察到，則可重複治療，或者若傳遞及/或部分或全部定殖成功且觀察到功效，則可停止治療。

本發明之組合物可投與懷孕動物，例如哺乳動物，諸如人類，以促進子女出生後微生物叢多樣性之增加及/或微生物叢之穩定性。

本發明之組合物可投與已鑑別為具有異常腸微生物叢之患者。舉例而言，患者可具有減少或缺乏的鶉雞腸球菌或鉛黃腸球菌之定殖。

本發明之組合物可作為食品，例如營養增補劑投與。

較佳地，本發明之組合物用於治療人類，不過其可用於治療動物，包括單胃哺乳動物，諸如家禽、豬、貓、犬、馬或兔。本發明之組合物可用於增強動物之生長及效能。若投與動物，則可使用經口管飼法。

在其中包含鶉雞腸球菌物種之細菌菌株之組合物與環磷醯胺組合用於療法中的本發明之實施例中，環磷醯胺可作為組合物之一部分投與或其可分開投與。在環磷醯胺分開投與之情況下，其可同時(例如在醫護專業人員同一次問診期間)或相繼給與。其亦可經由與本發明之組合物相同的途徑給與，或其可以不同方式投與。

較佳地，環磷醯胺經口或靜脈內(視情況經由注射或輸注)投與。在經口投與環磷醯胺之情況下，其可以1000mg或更少、800mg或更少、500mg或更少或者200mg或更少之日劑量給與。日劑量可介於10-500mg、50-250mg或80-150mg之間。在靜脈內投與環磷醯胺之情況下，其可以500至2000mg之日劑量給與。

組合物

一般地，本發明之組合物包含細菌。組合物可呈凍乾形式調配。舉例而言，本發明之組合物可包含含有如上所述之細菌菌株的顆粒或明膠膠囊，例如硬明膠膠囊。

可替代地，本發明之組合物可包含活的活性細菌培養物。因此，本發明組合物中之細菌菌株尚未滅活，尚未殺死，及/或例如尚未熱減毒。本發明組合物中之細菌菌株能存活，及/或能夠部分或完全定殖腸部。組合物可包含活細菌菌株與已殺死之細菌菌株的混合物。

本發明之組合物可經囊封以能夠傳遞細菌菌株至腸。囊封保護組合物免於降解，直至經由例如用化學或物理刺激，例如壓力、酶活性或物理性崩解(其可藉由pH值改變而觸發)進行破裂，在目標位置傳遞。可使用任何適當囊封法。示例性囊封技術包括截留在多孔基質內、附著或吸附在固體載劑表面上、藉由絮凝或利用交聯劑而自我凝聚以及機械容納在微孔膜或微膠囊後。關於可用於製備本發明之組合物之囊封的指導可於例如參考文獻[45]及[46]中獲得。

組合物可經口投與且可呈錠劑、膠囊或散劑形式。囊封產品為較佳，因為鶉雞腸球菌為厭氧菌。其他成分(諸如維生素C)可作為除氧劑及益生基質包括以改善活體內傳遞及/或部分或全部定殖及存活。可替代地，本發明之益生組合物可作為食品或營養產品，例如基於牛奶或乳清之醱酵乳製品，或作為藥品經口投與。

組合物可調配為益生菌。

本發明之組合物包括治療有效量的本發明之細菌菌株。治療有效量之細菌菌株足以對患者發揮有益作用。治療有效量之細菌菌株可足夠傳遞至患者腸及/或部分或全部定殖患者腸部。細菌菌株之治療有效量可藉由與未經處理之對照物相比，比較所關注之細菌菌株在如先前描述之活體外或活體內模型中發揮顯著相關治療作用的能力來確定。

例如適合於成年人之細菌日劑量可為約1×10³ 至約1×10¹¹ 菌落形成單位(colony forming unit，CFU)；例如約1×10⁷ 至約1×10¹⁰ CFU；在另一實例中，約1×10⁶ 至約1×10¹⁰ CFU。組合物可含有相對於組合物之重量，約1×10⁶ 至約1×10¹¹ CFU/g，例如約1×10⁸ 至約1×10¹⁰ CFU/g之量的細菌菌株。劑量可為例如1g、3g、5g及10g。

通常，益生菌，諸如本發明之組合物，視情況與至少一種合適益生化合物組合。益生化合物通常為不易消化之碳水化合物，諸如寡醣或多醣，或糖醇，其在上部消化道中不降解或吸收。已知之益生菌包括商業產品，諸如菊糖及反式半乳寡醣。

本發明之益生組合物可包括相對於組合物總重量，約1至約30重量%(例如5至20重量%)之量的益生化合物。碳水化合物可選自由以下組成之群：果寡醣(或FOS)、短鏈果寡醣、菊糖、異麥芽寡醣、果膠、木寡醣(或XOS)、幾丁寡醣(或COS)、β-葡聚糖、阿拉伯膠改質及抗性澱粉、聚葡萄糖、D-塔格糖、 阿拉伯膠纖維、角豆樹、燕麥及柑桔纖維。在一個態樣中，益生菌為短鏈果寡醣(下文中簡單起見展示為FOSs-c.c)；該等FOSs-c.c為不可消化之碳水化合物，一般由甜菜糖轉變獲得且包括三個葡萄糖分子鍵結之蔗糖分子。

本發明之組合物可包含醫藥學上可接受之賦形劑或載劑。此類合適賦形劑之實例可見於參考文獻[47]中。用於治療用途之可接受之載劑或稀釋劑為醫藥領域中所熟知且描述於例如參考文獻[48]中。合適載劑之實例包括乳糖、澱粉、葡萄糖、甲基纖維素、硬脂酸鎂、甘露糖醇、山梨糖醇及其類似物。合適稀釋劑之實例包括乙醇、甘油及水。醫藥載劑、賦形劑或稀釋劑之選擇可針對預期投與途徑及標準醫藥實踐來選擇。醫藥組合物可包含任何合適黏合劑、潤滑劑、懸浮劑、包衣劑、增溶劑作為載劑、賦形劑或稀釋劑或除載劑、賦形劑或稀釋劑之外可包含所述物質。合適黏合劑之實例包括澱粉、明膠、天然糖(諸如葡萄糖、無水乳糖、自由流動乳糖、β-乳糖、玉米甜味劑)、天然及合成樹膠(諸如阿拉伯膠、黃蓍膠)或海藻酸鈉、羧甲基纖維素及聚乙二醇。合適潤滑劑之實例包括油酸鈉、硬脂酸鈉、硬脂酸鎂、苯甲酸鈉、乙酸鈉、氯化鈉及其類似物。防腐劑、穩定劑、染料及甚至調味劑可提供於醫藥組合物中。防腐劑之實例包括苯甲酸鈉、山梨酸及對羥基苯甲酸酯。亦可使用抗氧化劑及懸浮劑。

本發明之組合物可調配為食品。舉例而言，除本發明之治療作用之外，食品可提供營養益處，例如營養增補劑中。類似地，食品可經調配以增強本發明組合物之口味，或藉由使其更類似於常見食品而非醫藥組合物，使得組合物食用起來更具吸引力。本發明之組合物調配為基於牛奶之產品。術語「基於牛奶之產品」意謂具有變化脂肪含量之任何基於牛奶或乳清之液體或半固體產品。基於牛奶之產品可為例如奶牛奶、山羊奶、綿羊奶、脫脂乳、全乳、無任何加工下奶粉與乳清重組之牛奶或加工產品，諸如酸奶酪、凝乳、凝塊、酸牛奶、酸全乳、酪乳及其他酸牛奶產品。另一重要組包括乳製飲料，諸如乳清 飲料、醱酵牛奶、煉乳、嬰兒或嬰孩牛奶；增香乳、冰淇淋；含牛奶之食品，諸如甜食。

本發明之組合物可含有單一細菌菌株或物種且可不含有任何其他細菌菌株或物種。此類組合物可僅僅包含最低限度量或生物學上不相干量之其他細菌菌株或物種。此類組合物可為基本上不含其他生物體物種之培養物。本發明可提供一種包含來自鶉雞腸球菌物種之一或多個細菌菌株的組合物，其不含來自任何其他物種之細菌或僅僅包含最低限度量或生物學上不相干量之來自另一物種之細菌，其用於療法中。

本發明之組合物可包含超過一個細菌菌株或物種。舉例而言，本發明之組合物包含超過一個來自相同物種之菌株(例如超過1個、2個、3個、4個、5個、6個、7個、8個、9個、10個、15個、20個、25個、30個、35個、40個或45個菌株)且視情況不含來自任何其他物種之細菌。本發明之組合物可包含少於50個來自相同物種之菌株(例如少於45個、40個、35個、30個、25個、20個、15個、12個、10個、9個、8個、7個、6個、5個、4個或3個菌株)且視情況不含來自任何其他物種之細菌。本發明之組合物可包含1-40個、1-30個、1-20個、1-19個、1-18個、1-15個、1-10個、1-9個、1-8個、1-7個、1-6個、1-5個、1-4個、1-3個、1-2個、2-50個、2-40個、2-30個、2-20個、2-15個、2-10個、2-5個、6-30個、6-15個、16-25個或31-50個來自相同物種之菌株且視情況不含來自任何其他物種之細菌。本發明之組合物可包含超過一個來自相同種屬之物種(例如超過1個、2個、3個、4個、5個、6個、7個、8個、9個、10個、12個、15個、17個、20個、23個、25個、30個、35個或40個物種)且視情況不含來自任何其他種屬之細菌。本發明之組合物可包含少於50個來自相同種屬之物種(例如少於50個、45個、40個、35個、30個、25個、20個、15個、12個、10個、8個、7個、6個、5個、4個或3個物種)且視情況不含來自 任何其他種屬之細菌。本發明之組合物包含1-50個、1-40個、1-30個、1-20個、1-15個、1-10個、1-9個、1-8個、1-7個、1-6個、1-5個、1-4個、1-3個、1-2個、2-50個、2-40個、2-30個、2-20個、2-15個、2-10個、2-5個、6-30個、6-15個、16-25個或31-50個來自相同種屬之物種且視情況不含來自任何其他種屬之細菌。本發明可包含上述細菌之任何組合。

組合物可包含微生物菌群。舉例而言，組合物包含具有與SEQ ID NO：2至少95%一致之16S rRNA序列，例如為鶉雞腸球菌的細菌菌株作為微生物菌群之一部分。舉例而言，該細菌菌株與一或多個(例如至少2個、3個、4個、5個、10個、15個或20個)來自其可一起體內共生在腸中之其他種屬的其他細菌菌株組合存在。舉例而言，組合物包含具有與SEQ ID NO：2至少95%一致之16S rRNA序列，例如為鶉雞腸球菌的細菌菌株，與來自不同種屬之細菌菌株組合。微生物菌群可包含兩個或更多個自例如人之單一生物體的糞便樣品獲得的細菌菌株。未能在自然界中發現組合物中之微生物菌群在一起。舉例而言，微生物菌群可包含自可來自於相同物種，例如兩個不同人，例如兩個不同人類嬰兒或人類嬰兒及成年人之至少兩個不同生物體的糞便樣品獲得的細菌菌株。兩個生物體亦可來自不同物種，例如兩個生物體為人及非人類哺乳動物。

若本發明之組合物包含超過一個細菌菌株、物種或種屬，則個別細菌菌株、物種或種屬可分開、同時或相繼投與。舉例而言，超過一個細菌菌株、物種或種屬分開儲存，但是在使用前混合在一起。

可自人類嬰兒、青少年或成人糞便獲得用於本發明之細菌菌株。若本發明之組合物包含超過一個細菌菌株，則可自人類嬰兒、青少年或成人糞便獲得所有細菌菌株。細菌可在自人類嬰兒糞便獲得且用於本發明之組合物後進行培養。

根據本發明使用之組合物可能需要或可能不需要銷售批准。

較佳地，本發明之組合物包含凍乾細菌。細菌凍乾為一種廣為接受之程序且相關指導可於例如參考文獻[49-50,51]中獲得。本發明提供以上醫藥組合物，其中該細菌菌株可噴霧乾燥。較佳地，本發明提供以上醫藥組合物，其中細菌菌株為凍乾的或噴霧乾燥且其中細菌為活的，能存活及/或能夠部分或完全定殖腸部。

在一些情況下，凍乾或噴霧乾燥之細菌菌株在投與之前復原。在一些情況下，復原係藉由使用本文中描述之稀釋劑。

本發明之組合物可包含醫藥學上可接受之賦形劑、稀釋劑或載劑。

根據本發明之組合物可包含：如本發明中使用之細菌菌株；及醫藥學上可接受之賦形劑、載劑或稀釋劑；其中細菌菌株在投與有需要之個體時量足夠增加個體中之微生物叢多樣性。

本發明可提供一種醫藥組合物，其包含：如本發明中使用之細菌菌株；及醫藥學上可接受之賦形劑、載劑或稀釋劑；其中細菌菌株在投與有需要之個體時量足夠治療病症；且其中病症為經診斷患有腦癌、乳癌、子宮內膜癌、卵巢癌、前列腺癌或結腸癌之個體中微生物叢多樣性及/或微生物叢穩定性減少。

組合物中之細菌菌株的量可為相對於組合物之重量每公克約1×10³ 至約1×10¹¹ 菌落形成單位。

組合物可以1g、3g、5g或10g之劑量投與。

組合物可藉由選自由口腔、直腸、皮下、鼻、頰及舌下組成之群的方法投與。

組合物可包含選自由乳糖、澱粉、葡萄糖、甲基纖維素、硬脂酸鎂、甘露糖醇及山梨糖醇組成之群的載劑。

組合物可包含選自由乙醇、甘油及水組成之群的稀釋劑。

組合物可包含選自由以下組成之群的賦形劑：澱粉、明膠、葡萄糖、無水乳糖、自由流動之乳糖、β-乳糖、玉米甜味劑、阿拉伯膠、黃蓍膠、海藻酸鈉、羧甲基纖維素、聚乙二醇、油酸鈉、硬脂酸鈉、硬脂酸鎂、苯甲酸鈉、乙酸鈉及氯化鈉。

組合物可進一步包含防腐劑、抗氧化劑及穩定劑中之至少一種。防腐劑可選自由苯甲酸鈉、山梨酸及對羥基苯甲酸酯組成之群。

組合物可儲存在密封容器中約4℃或約25℃下。容器可置於具有50%相對濕度之氛圍中，在至少約1個月、3個月、6個月、1年、1.5年、2年、2.5年或3年時期後如以菌落形成單位所量測，至少80%細菌菌株殘留。密封容器可為小袋或瓶子。如本文所述之本發明之組合物亦可提供於注射器中。

組合物可呈醫藥調配物提供。舉例而言，組合物可呈錠劑或膠囊提供，其中膠囊視情況為明膠膠囊(「明膠膠囊」)。

本發明之組合物可經口投與。經口投與可能涉及吞咽，以便化合物進入胃腸道，及/或經頰、經舌或舌下投與，藉此，化合物直接自口腔進入血流。適合於經口投與之醫藥調配物包括固體塞、固體微粒、半固體及液體(包括多相或分散系統)，諸如錠劑；含有微米粒子或奈米粒子之軟膠囊或硬膠囊、液體(例如水溶液)、乳液或散劑；糖錠(包括填充液體)；咀嚼片；凝膠；快速分散之劑型；薄膜；卵形囊劑；噴霧；及經頰/黏膜黏著貼片。

醫藥調配物可為腸調配物，亦即適合於藉由經口投與傳遞本發明之組合物至腸的抗胃性調配物(例如對胃pH值有抗性)。當細菌或組合物之另一組分對酸敏感，例如在胃條件下傾向於降解時，腸調配物可能特別有用。腸調配物包含腸衣，且可為腸衣劑型。舉例而言，調配物可為腸衣錠劑或腸衣膠囊或其類似物。腸衣可為習知腸衣，例如用於錠劑、膠囊或其類似物進行經口傳遞 之習知包衣。調配物可包含膜衣，例如腸聚合物、例如酸不溶性聚合物之薄膜層。

腸調配物本質上可為腸溶性的，例如對胃具有抗性，無需腸衣。因此，調配物為不包含腸衣之腸調配物，且膠囊之調配物可由熱膠凝材料製成。熱膠凝材料可為纖維素材料，諸如甲基纖維素、羥甲基纖維素或羥丙基甲基纖維素(HPMC)。膠囊亦可包含不含任何成膜聚合物之殼。殼可包含羥丙基甲基纖維素且不包含任何成膜聚合物(例如參見[52])。調配物可為本質上腸膠囊(例如來自Capsugel之Vcaps®)。

調配物可為軟膠囊。軟膠囊為由於添加諸如丙三醇、山梨糖醇、麥芽糖醇及聚乙二醇之在膠囊殼中存在的軟化劑而具有一定彈性及柔軟度的膠囊。軟膠囊可例如基於明膠或澱粉產生。基於明膠之軟膠囊自多個供應商購得。視投與方法而定，諸如經口或經直腸，軟膠囊可具有多種形狀，其可為例如圓形、卵形、長方形或魚雷形狀。軟膠囊可藉由習知方法產生，例如藉由謝勒法(Scherer process)、阿可法(Accogel process)或液滴或吹製法產生。

培養方法

用於本發明之細菌菌株可使用如例如參考文獻[53-54,55]中詳述之標準微生物學技術培養。

用於培養之固體或液體培養基可為YCFA瓊脂或YCFA培養基。YCFA培養基可包括(每100ml，近似值)：酪腖(1.0g)、酵母提取物(0.25g)、NaHCO₃ (0.4g)、半胱胺酸(0.1g)、K₂ HPO₄ (0.045g)、KH₂ PO₄ (0.045g)、NaCl(0.09g)、(NH₄ )₂ SO₄ (0.09g)、MgSO₄ ．7H₂ O(0.009g)、CaCl₂ (0.009g)、刃天青(0.1mg)、氯化血紅素(1mg)、生物素(1μg)、鈷胺素(1μg)、對胺基苯甲酸(3μg)、葉酸(5μg)及吡哆胺(15μg)。

用於疫苗組合物中之細菌菌株

本發明人已確定本發明之細菌菌株可用於增加及/或穩定個體中之微生物叢多樣性。此可能為本發明之細菌菌株作用於宿主免疫系統的結果。因此，當作為疫苗組合物投與時，本發明之組合物除維持及/或改善個體之微生物叢多樣性外，亦可有利地具有治療或預防癌症之作用。本發明之細菌菌株能存活，及/或能夠部分或完全定殖腸部。本發明之細菌菌株亦可為殺死、滅活或減毒的。用於疫苗中之組合物可包含疫苗佐劑，且可經由注射，諸如經由皮下注射投與。

通則

除非另外指明，否則本發明之實施將採用在本領域技能內之習知化學、生物化學、分子生物學、免疫學及藥理學方法。此類技術在文獻中充分解釋。參見例如參考文獻[56]及[57-^{58,59,60,61,62,} 63]等。

術語「包含」涵蓋「包括」以及「由......組成」，例如「包含」X之組合物可僅僅由X組成，或可包括其他某物，例如X+Y。

關於數值x 之術語「約」為視情況選用的且意謂例如x ±10%。

詞語「基本上」不排除「完全」，例如「基本上不含」Y之組合物可完全不含Y。必要時，本發明之定義中可省略詞語「基本上」。

除非特別陳述，否則包括多個步驟之製程或方法可在方法開始或結束時包括其他步驟，或可包括其他插入步驟。此外，適當時步驟可組合，省去或以替代次序進行。

本文中描述本發明之多個實施例。應瞭解各實施例中說明之特徵均可與其他所說明之特徵組合以提供其他實施例。詳言之，本文中強調為合適、典型或較佳之實施例可彼此組合(除非其互斥時)。

用於進行本發明之模式 方法

細菌菌株

MRX518-鶉雞腸球菌菌株，NCIMB 42488

MRX0554-鶉雞腸球菌菌株，NCIMB 42761

MRX0858-鉛黃腸球菌菌株

REF 10-鶉雞腸球菌菌株，DSM100110

16S擴增子測序

按照製造商之說明書，使用Qiagen DNeasy血液與組織套組，以在第-14天、第0天及第22天自來自經處理之EMT6-小鼠的0.2g冷凍糞便樣品提取微生物DNA。

使用Illumina(San Diego,California,USA)研發之16S測序文庫製備Nextera方案對16S rRNA基因擴增子進行製備及測序。使用PCR及靶向16S rRNA基因之V3/V4可變區之引子擴增各50ng之DNA糞便提取物。將產物純化且藉由第二輪接頭PCR附接正向及反向條型碼。將所得PCR產物純化，定量，且接著彙集等莫耳量之各擴增子，接著送去商業供應商GATC有限公司在MiSeq(2×250bp化學)或HiSeq(2×300bp化學)平台上測序。

微生物組組成資料分析(測序後)

將原始序列資料合併且使用快速方法修整。此自讀數對產生單一讀數且濾出低品質讀數。使用USEARCH管道方法(8.1.1861_i86_linux64版)鑑別僅僅由一個讀數表示之單元素序列且自OTU(操作分類單位)產生步驟隱藏其。進行此之原因在於此等讀數可能不表示真實生物變異而是由技術變化引起。接著使用UPARSE算法將序列在97%類似性下聚集至OTU。此產生一系列反映資料集內序列變化之代表性序列。使用RDP分級器，針對門至科水準，將此等代表性序列分配至分類學水準，且APC相關之SPINGO分級器用於種屬及物種水準。

嵌合序列為來源於兩種或更多種生物學上不同之轉錄物的序列。當由於共享高水準相似性之16S序列退火而使兩個序列組合產生新序列時，即使 此等序列之來源來自於系統發生學不同之來源，亦出現嵌合序列。使用UCHIME嵌合體移除算法，利用Chimeraslayer參考資料庫(下載：2016年月第9次)移除此等嵌合序列。接著使用USEARCH全域比對算法定位所有讀數，包括剩餘OTU序列上之單元素，其現反映初始樣品之真實分類學變化。個別序列分組至OTU，得到微生物組組成資訊(豐度及多樣性)。此等步驟允許估計各樣品中各分類群之豐度。

高級資料分析

使用以下來研究小生境多樣性：1)香農多樣性指數，其表示各樣品內之分類群數目(豐富度)及其相對豐度(均衡)；及2)使用phyloseq文庫，每個樣品觀察到之物種的數目(豐富度)。

為確定在組之間整體微生物組概況是否存在顯著差異，使用R中之Adonis函數，在相異矩陣上進行置換MANOVA。使用R統計軟體中之條形圖及boxplot函數繪製箱形圖。

負二項統計方法(DESeq2方法)用於鑑別在所選比較內豐度顯著不同之分類學變數。使用本傑明尼/霍赫伯格方法(Benjamini/Hochberg methodology)，針對多重檢驗調整所產生之原始P值。

實例1-在鶉雞腸球菌處理之後微生物叢的變化

概述

在小鼠模型中測試鶉雞腸球菌及鉛黃腸球菌對微生物叢之多樣性及穩定性的作用。

研究設計

將來自乳癌模型(EMT6)之小鼠(n=40)用以下處理：細菌菌株MRX518、MRX0554、MRX0858或REF 10，2×10⁸ 之濃度；抗CTLA4，10mL/kg之濃度。在第-14天將小鼠用相應細菌菌株處理，在第0天用腫瘤細胞接種。在 研究第13天投與抗CTLA4。在研究期間之三個時間點，第-14天、第0天及第22天(研究結束)，收集糞便樣品。在整個研究中，收集120個糞便樣品。

在9個樣品上未返回資料，因為其無法在測序前進行擴增，或者自測序返回之讀數數目過低而無法用於分析。總計n=111個樣品返回資料。表1概述在各時間點，各處理組成功返回之樣品數目。

結果

微生物叢多樣性之變化

可在圖1a-j中看到第-14天、第0天及第22天處理對微生物叢多樣性之作用。此等圖與在用鶉雞腸球菌或鉛黃腸球菌細菌菌株處理後觀察到的多樣性增加一致。舉例而言，圖1a-d及圖1g-h展示用鶉雞腸球菌細菌菌株處理之小鼠中微生物組多樣性增加。圖1e-f展示用鉛黃腸球菌處理亦可增加小鼠中之微生物組多樣性。

在整個研究中維持此多樣性增加，此與此等細菌菌株能夠維持微生物組之穩定性一致。舉例而言，圖1a-d及圖1e-f中第22天之微生物組多樣性類似於在第0天觀察到之微生物組多樣性。此說明鶉雞腸球菌細菌菌株能夠維持微生物組之穩定性。

分類群變化

重新分析GB1712857.0中揭示之資料。與對照組相比，在處理組中所有三個時間點(第-14天、第0天及第22天)，觀察到顯著不同豐度之分類群，如下表2中所示(p值<0.05)。↑指示處理組中分類群顯著增加，且↓指示處理組中分類群顯著減少。所引用之圖反映豐度變化(log2變化倍數)。表3中概述在各處理組中各時間點發現之不同豐度之分類群的數目。

表2： 在EMT6小鼠中，與媒劑對照相比，在時間點第-14天、第0天及第22天，在各處理組中發現之不同豐度的分類群。

在用細菌菌株鶉雞腸球菌或鉛黃腸球菌處理後，微生物叢之多樣性增加且此增加包括毛螺菌科及羅斯氏菌之豐度增加。豐度下降之一組生物體為梭狀芽孢桿菌XIVa種類。

資料與鶉雞腸球菌或鉛黃腸球菌之處理一致，產生更穩定之微生物組。

實例2-在鶉雞腸球菌或鉛黃腸球菌處理之後微生物叢多樣性之變化

概述

測試鶉雞腸球菌或鉛黃腸球菌對微生物叢之多樣性或穩定性的作用。

研究設計

將來自肺癌模型(LLC)之小鼠(n=48)用以下處理：細菌菌株MRX518、MRX0554、MRX0858或REF 10，2×10⁸ 之濃度；抗CTLA4，10mL/kg之濃度；或者未經處理。若相關抗CTLA4在研究第13天投與，則在第-14天將小鼠用相應細菌菌株處理，在第0天用腫瘤細胞接種。在第18天研究結束時收集糞便樣品。

11個樣品未返回資料，因為小鼠在收集日期前已死亡，或者樣品無法在測序前進行擴增。總計n=37個樣品返回資料。表4概述在各時間點，各處理組成功返回之樣品數目。

結果

微生物叢多樣性之變化

在圖2中可看到第18天處理對微生物叢多樣性之變化的作用。與未經處理之對照物相比，在用MRX518及MRX0858處理後，香農多樣性指數增加，此與鶉雞腸球菌或鉛黃腸球菌細菌菌株能夠增加微生物叢之多樣性一致。在用MRX554處理後觀察到多樣性下降。但是，此資料可能由實驗誤差產生，因為圖1c-d展示此細菌菌株能夠增加微生物組多樣性。

分類群變化

重新分析GB1712857.0中揭示之資料。當與對照組相比時，DESeq2分析揭露處理組中不同豐度之分類群，如下表5中所示。↑指示處理組中分類群顯著增加，且↓指示處理組中分類群顯著減少。所引用之圖反映豐度變化(log2變化倍數)。

用細菌菌株鶉雞腸球菌或鉛黃腸球菌處理可增加微生物叢之多樣性，尤其毛螺菌科及羅斯氏菌之比例(PMID：26416813)。

在用細菌菌株鶉雞腸球菌或鉛黃腸球菌處理之後梭狀芽孢桿菌XIVa簇種類減少。

處理進一步引起腸結巴斯德氏菌之選擇性富集。此菌株先前已顯示增加腫瘤中產生IFN-γ之γδT細胞，且誘導特定記憶Th1細胞免疫反應，因此提供免疫刺激之額外機制[38]。因此，當向個體投與時，本發明之組合物不僅用於穩定及/或改善彼等個體之微生物叢多樣性，且亦促進生物體之生長，此體現在 具有抗癌作用，若彼等個體為癌症患者或個體經鑑別為處於癌症風險下，則此尤其有利。

實例3-穩定性測試

含有至少一種本文中描述之細菌菌株的本文中描述之組合物儲存在密封容器中25℃或4℃下且容器置於具有30%、40%、50%、60%、70%、75%、80%、90%或95%相對濕度之氛圍中。1個月、2個月、3個月、6個月、1年、1.5年、2年、2.5年或3年後，至少50%、60%、70%、80%或90%之細菌菌株應殘留，如以藉由標準規方案測定之菌落形成單位所量測。

實例4-代謝組學分析

概述

研究鶉雞腸球菌對小鼠中微生物叢之代謝組學概況的作用。

研究設計

將來自乳癌模型(EMT6)之小鼠用200μl的2×10⁸ 濃度之MRX518(n=9)、MRx0518(n=8)、MRx0554(n=8)、MRx0858(n=8)或REF10-DSM100110(n=8)處理；或接受10mL/kg濃度之抗CTLA4(n=8)。在第-14天開始給與細菌物種。在第0天小鼠植入腫瘤細胞。當腫瘤達到50-70mm³ 之體積時，開始用抗CTLA-4抗體(10mg/kg，IP)處理。每3-4天量測腫瘤體積。

自速凍盲腸分離盲腸內含物，且自糞便漿液分開提取短鏈脂肪酸、極性及脂質代謝物。藉由GC-MS(短鏈脂肪酸)及LC-MS分析，使用HILIC(極性代謝物)及UPLC(脂質代謝物)分析提取物。經由統計t檢驗，利用本傑明尼/霍赫伯格校正，在10%之錯誤發現率下分析資料，以比較未經處理之組與所有其他組。若p值小於針對各化合物計算之本傑明尼/霍赫伯格臨界值(i/m)Q，則代謝物為統計上顯著的。

用MRX518處理之小鼠的代謝物概況具有顯著差異(表6)。相比之下，抗CTLA-4處理不引起代謝物產生之任何變化。此外，在MRx0518及MRx0554處理期間沿著整個戊糖磷酸途徑之代謝物減少。

用MRx0518及MRx0554處理之小鼠亦顯示戊糖磷酸途徑之成員減少，包括5-磷酸核糖、4-磷酸赤蘚糖及7-磷酸景天庚酮糖。如以上所討論，此為有利的，因為此路徑之成員之高表現水準與癌症患者中之不良結果有關，因此當投與本發明之組合物以穩定及/或增強此類患者之微生物叢穩定性時，彼等組合物將另外有助於預防或治療癌症。

實例5-在鶉雞腸球菌處理之後微生物叢之變化

研究設計

自CHARLES RIVER(L'Arbresles)獲得5-7週齡之健康雌性Balb/C(BALB/cByJ)小鼠(n=210)，且注射EMT-6腫瘤細胞以產生乳癌模型。該研究由7個處理組組成，各組中10隻小鼠，在3個時間點(第-15天、第-1天及第22天)取樣。處理組為：

在第-15天，經由經口管飼法用2×10⁸ MRX518處理小鼠。在第-1天(D-1)，藉由皮下注射含1×10⁶ 個EMT-6細胞之200μL RPMI 1640至右側腰窩中，小鼠植入EMT-6腫瘤細胞。在研究第13天，藉由以針對小鼠之最近個別體重調整的10ml/kg之體積，注射至小鼠腹膜腔中來投與抗CTLA4(BE0131，Bioxcell)及PD-1。在研究期間之三個時間點，第-15天、第-1天及第22天(研究結束)，收集糞便樣品。

產生微生物組組成資料-16S擴增子測序

使用內部管道之修改，實現資料之預處理。自測序返回之讀數品質較差，此意謂添加嚴格品質過濾步驟。Trimmomatic工具(0.36版)用於修整及品質過濾。分別自正向及反向讀數移除開始16個及20個鹼基對，以移除引子序列。此後，修整Phred品質得分低於25之前導或拖尾鹼基對。接著，4之滑動窗口應用於資料，且若窗口中之讀數低於22之平均Phred分數，則移除讀數末端。若在先前品質修整步驟之後讀數對中之一個或兩個低於180個鹼基對，則移除該讀數對。在品質過濾之後，下一步為使用FLASH工具(1.2.11版)合併讀數。此自讀數對產生單一讀數，同時濾出未組合之讀數對。

微生物組組成資料分析(測序後)

使用QIIME(1.9.1版)及SPINGO(1.3版)進行代表性OTU序列之系統分類。藉由參考RDP 11.2資料庫，使用QIIME assign_taxonomy.py腳本將分類分配至種屬水準。使用SPINGO工具分配物種水準分類。自舉信賴度低於0.8之任何分類分配為標籤「未分類」。

使用PICRUSt(藉由隱性狀態重建進行群落系統進化之研究(Phylogenetic Investigation of Communities by Reconstruction of Unobserved States))套裝軟體(1.1.3版)，預測微生物組樣品之功能概況。BLASTN(2.2.28版)及內部腳本用於匹配代表性OTU序列與Greengenes 13_5資料庫序列。接著PICRUSt使用Greengenes 13_5資料庫之KEGG功能分類以將功能分配給OTU。

1個樣品89794_D_15具有1,086之極低序列深度。因此，自多樣性計算移除動物89794之所有樣品。

結果

使用R套裝軟體DESeq2測試分類群之不同豐度。以將處理作用與YCFA對照物相比的方式，來模擬完整資料集。在OTU水準及5個系統分類水準中之每一個下進行測試：門、綱、目、科及屬。認為在經調整之p值小於0.05下分類群為顯著的。僅僅log變化倍數超過0.5之分類群視為可靠的。在各時間點重複此。在第-15天，無顯著分類群。表8及表9中分別顯示第-1天及第22天之顯著分類群。正log變化倍數指示與媒劑相比，處理組中分類群增加。

序列

SEQ ID NO：1(鶉雞腸球菌16S rRNA基因-AF039900)

SEQ ID NO：2(鶉雞腸球菌菌株MRX518之共同16S rRNA序列)

SEQ ID NO：3(菌株MRX518染色體序列)-參見電子序列表。

SEQ ID NO：4(菌株MRX518質體序列)-參見電子序列表。

SEQ ID NO：5(鶉雞腸球菌菌株MRx0554之共同16S rRNA序列)

參考文獻

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【生物材料寄存】

國外寄存

GB英國；National Collections of Industria,Food and Marine Bacteria(NCIMB)；2015/11/16；NCIMB 42488

GB英國；National Collections of Industria,Food and Marine Bacteria(NCIMB)；2017/05/22；NCIMB 42761

國內寄存

食品工業發展研究所；106年1月19日；BCRC 910765

<110> 英商4D製藥研究有限公司

<120> 包含細菌菌株之組合物

<140> 107128096

<141> 2018-08-10

<150> GB 1712857.0

<150> 2017-08-10

<150> GB 1800866.4

<150> 2018-01-19

<150> EP 18183642.0

<150> 2018-07-16

<160> 5

<170> SeqWin2010,1.0版

<210> 1

<211> 1506

<212> DNA

<213> 鶉鶏腸球菌

<400> 1

<210> 2

<211> 1444

<212> DNA

<213> 鶉鶏腸球菌菌株MRX518

<400> 2

<210> 3

<211> 3127431

<212> DNA

<213> 鶉鶏腸球菌菌株MRX518

<400> 3

<210> 4

<211> 42883

<212> DNA

<213> 鶉鶏腸球菌菌株MRX518

<400> 4

<210> 5

<211> 1289

<212> DNA

<213> 鶉鶏腸球菌菌株MRx0554

<400> 5

Claims (21)

1. 一種包含腸球菌屬細菌菌株之組合物，其用於增加及/或穩定經診斷患有疾病之個體中的微生物叢多樣性。
2. 如申請專利範圍第1項之供使用之組合物，其中該微生物叢多樣性之增加及/或穩定係在該個體之腸部或遠端腸道中。
3. 一種組合，其包含(a)環磷醯胺及(b)包含腸球菌屬細菌菌株之組合物，其用於治療癌症、炎性病症或自體免疫性病症。
4. 如申請專利範圍第3項之供使用之組合，其中該腸球菌屬不為海氏腸球菌( Enterococcus hirae )。
5. 如申請專利範圍第3項或第4項之供使用之組合，其中該環磷醯胺係以1000mg或更少、800mg或更少、500mg或更少或者200mg或更少之日劑量給與。
6. 如申請專利範圍第3項或第4項之供使用之組合，其中該環磷醯胺係以10-500mg、50-250mg或80-150mg之間的日劑量給與。
7. 如申請專利範圍第3項至第6項中任一項之供使用之組合，其中環磷醯胺係經口投與。
8. 如前述申請專利範圍中任一項之供使用之組合物或組合，其中a)該細菌菌株屬於鶉雞腸球菌( Enterococcus gallinarum )或鉛黃腸球菌( Enterococcus caselliflavus )；及/或b)該細菌菌株具有與鶉雞腸球菌或鉛黃腸球菌之細菌菌株之16S rRNA序列至少95%、96%、97%、98%、99%、99.5%或99.9%一致的16S rRNA序列；及/或c)該細菌菌株具有與SEQ ID NO：1、2或5至少95%、96%、97%、98%、99%、99.5%或99.9%一致的16S rRNA序列。
9. 如任一前述申請專利範圍之供使用之組合物或如申請專利範圍第3項至第8項中任一項之供使用之組合，其中(a)該細菌菌株具有與SEQ ID NO：2至少95%、96%、97%、98%、99%、99.5%或99.9%一致的16S rRNA序列，或其中該細菌菌株具有SEQ ID NO：2之16S rRNA序列；或(b)該細菌菌株具有與SEQ ID NO：5至少95%、96%、97%、98%、99%、99.5%或99.9%一致的16S rRNA序列，或其中該細菌菌株具有SEQ ID NO：5之16S rRNA序列。
10. 如任一前述申請專利範圍之供使用之組合物或如申請專利範圍第3項至第9項中任一項之供使用之組合，其中該細菌菌株為a)以登記號NCIMB 42488寄存之鶉雞腸球菌細菌；及/或b)以登記號NCIMB 42761寄存之鶉雞腸球菌細菌；及/或c)鉛黃腸球菌細菌。
11. 如任一前述申請專利範圍之供使用之組合物或如申請專利範圍第3項至第6項中任一項之供使用之組合，其中該組合物a)降低梭狀芽孢桿菌( Clostridium )物種之水準；及/或b)降低來自梭狀芽孢桿菌XIVa簇之生物體之水準；及/或c)增加毛螺菌科( Lachnospiraceae )物種之生物體之水準；及/或d)增加羅斯氏菌(Roseburia)物種之生物體之水準；及/或e)增加腸結巴斯德氏菌( Barnesiella intestinihominis )物種之水準；及/或f)減少活體內與戊糖磷酸途徑有關之至少一種代謝物的形成。
12. 如申請專利範圍第11(f)項之供使用之組合物或組合，其中該戊糖磷酸途徑之該代謝物係選自由5-磷酸核糖、4-磷酸赤蘚糖及7-磷酸景天庚酮糖組成之群。
13. 如任一前述申請專利範圍之供使用之組合物或如申請專利範圍第3項至第12項中任一項之供使用之組合，其中a)該組合物包含一或多種醫藥學上可接受之賦形劑或載劑；及/或b)該細菌菌株為凍乾的；及/或c)該細菌菌株能存活；及/或d)該細菌菌株能夠部分或完全定殖腸部。
14. 如任一前述申請專利範圍之供使用之組合物或如申請專利範圍第3項至第13項中任一項之供使用之組合，其包含腸球菌屬單一菌株。
15. 如任一前述申請專利範圍之供使用之組合物或如申請專利範圍第3項至第14項中任一項之供使用之組合，其中該組合物包含腸球菌屬且不包含來自任何其他種屬之細菌或僅僅包含最低限度量之此類其他細菌。
16. 如任一前述申請專利範圍之供使用之組合物或如申請專利範圍第3項至第15項中任一項之供使用之組合，其中該組合物包含鶉雞腸球菌且不包含來自任何其他物種之細菌或僅僅包含最低限度量之此類其他細菌。
17. 如前述申請專利範圍中任一項之供使用之組合物或如申請專利範圍第3項至第16項中任一項之供使用之組合，其包含腸球菌屬作為微生物菌群之一部分。
18. 如前述申請專利範圍中任一項之供使用之組合物，其用於治療或預防特徵為微生物組多樣性減少之疾病。
19. 一種包含如前述申請專利範圍中任一項之組合物的食品或疫苗，其供前述申請專利範圍中任一項使用。
20. 一種增加個體中之腸微生物叢多樣性之方法，其包括向有需要之個體投與包含腸球菌屬細菌菌株之組合物，其中視情況該腸球菌屬為鶉雞腸球菌或鉛黃腸球菌。
21. 一種治療癌症、炎性病症或自體免疫性疾病之方法，其包括向有需要之個體投與(a)環磷醯胺與(b)包含腸球菌屬細菌菌株之組合物的組合，其中視情況該腸球菌屬為鶉雞腸球菌或鉛黃腸球菌。