TW201833803A

TW201833803A - 用於誘導多能幹細胞隔離和組合生產的系統、方法及設備

Info

Publication number: TW201833803A
Application number: TW107104479A
Authority: TW
Inventors: 羅賓 Y 史密斯; 瑪西 A 格利克斯曼
Original assignee: 美商歐瑞３恩公司
Priority date: 2017-02-08
Filing date: 2018-02-08
Publication date: 2018-09-16
Also published as: US20190376047A1; WO2018148409A1; US20240026303A1; US11692174B2

Abstract

本文描述用於自基於載體之系譜系統性地產生細胞之隔離均質菌落之各種系統、方法及設備。基於載體之系譜可源於(例如)多種類型之病毒載體族群(例如副黏液病毒科、逆轉錄病毒科、細小病毒科)，或非天然工程載體，或複數個載體組合。在特定實施例中，細胞之隔離均質菌落係無載體子菌落；在其他實施例中，細胞之隔離均質菌落係均質載體子菌落。在其他實施例中，產生載體混合子菌落。所揭示之系統、方法及設備對於可誘導多能幹細胞(iPSC)生產係有用的，且藉由選擇性地結合至在一細胞之表面上表現的一或多個對應蛋白質標記來工作，該一或多個對應蛋白質標記指示已發生細胞重整。軟體用於自動化所產生之iPSC的純化及隔離。

Description

用於誘導多能幹細胞隔離和組合生產的系統、方法及設備

本發明大體上係關於誘導多能幹細胞(iPSC)之隔離和生產。更特定言之，在特定實施例中，本發明係關於用於隔離及組合生產iPSC之系統及方法。

在過去若干年內，用於生產誘導多能幹細胞(iPSC)之技術之容量及複雜性已大幅增加。當前，藉由使用病毒載體將幹細胞相關聯之基因之複本(例如Oct 3/4、Sox 2、Klf4及c-Myc (或Oct 3/4、Sox 2、Nanog及LIN28))插入特別細胞中而生產iPSC。利用一病毒載體以產生此等特別細胞之結果之一者係需要產生用於進一步研究之一無載體細胞線。導出無載體iPSC所需之時間取決於培養及通道條件而變動。此等時間可係相當大(例如高達2個月)且需要精選菌落選擇及重複單菌落亞選殖以及諸如免疫染色或PCR協定及膠體電泳此重複分析技術。潛在臨床應用之主要限制在於將病毒轉基因整合至可導致多次插入及致腫瘤性之風險之宿主基因體中(K. Okita、T. Ichisaka及S. Yamanaka，「Generation of germline-competent induced pluripotent stem cells」，自然(Nature)，第448卷，第7151期，第313-317頁, 2007；K. Okita, Y. Matsumura, Y. Sato等人，「A more efficient method to generate integration-free human iPS cells」，自然方法(Nature Methods)，第8卷，第5期，第409-412頁，2011)。存在若干手動技術以助於一研究員達成無載體細胞線。例如，一研究員通常執行兩個月的大量或混合選殖傳代(passaging)以達成一無載體線。在一進一步實例中，一研究員執行單菌落亞選殖，其中該研究員選擇一單菌落以轉移至另一板(通道#1)。研究員自該板選擇另一單菌落且將其轉移至另一板(通道#2)。重複進行以達成一無載體線圖1。此程序乏味及耗時。因此，仍需要用於培養及移除含於其中之諸如用於生產誘導多能幹細胞之類型之病毒載體的改良系統、方法及設備。

本文描述用於自基於載體之系譜系統性地產生細胞之隔離均質菌落之各種系統、方法及設備。基於載體之系譜可源於(例如)多種類型之病毒載體族群(例如副黏液病毒科、逆轉錄病毒科、細小病毒科)或非天然工程載體或複數個載體組合。在特定實施例中，細胞之隔離均質菌落係無載體子菌落；在其他實施例中，細胞之隔離均質菌落係均質載體子菌落。在其他實施例中，產生載體混合子菌落。所揭示之系統、方法及設備對於可誘導多能幹細胞(iPSC)生產係有用的且藉由選擇性地結合至在一細胞之表面上表現之一或多個對應蛋白質標記而工作，該一或多個對應蛋白質標記指示已發生細胞重整。軟體用於自動化所產生之iPSC之純化及隔離。有利地，除選擇性地結合至表現一或多個對應表面細胞標記之含有載體之細胞之外，本發明之實施例包含用於跨越不同載體族群及病毒子類型同時純化及分離載體所產生之iPSC線之多個異質混合物之系統及方法，其包含經由諸如單珠(single bead)、管柱、序列、微射流通道及磁珠分離技術之多個技術之分離。除iPSC線之基於病毒之自動選擇及分離之外，定製非天然工程載體亦可用於iPSC線之自動選擇及分離。本文所描述之本發明之實施例在自複數個病毒載體(包含非天然工程載體)選擇iPSC類型以用於診斷測試、細胞治療、分析技術及細胞工程中亦具有實用性。再者，本發明之實施例提供使一個人能夠容易地存取無載體菌落用於進一步研究調查、診斷或相較於多個傳代及單菌落亞選殖之當前技術而用於自一當下時段中之細胞之一單一或混合培養之細胞治療或細胞工程之工具。此等工具有益於(例如)製藥公司處之研究管理人、學術研究者、實踐再生醫學之醫療專業人士、診斷診所及利用需要無載體菌落之誘導多能幹細胞之任何分子生物學家。在一態樣中，本發明係針對一種用於隔離及生產誘導多能幹細胞(iPSC)之方法，該方法包括：提供已與一或多個載體接觸(例如經由多個病毒轉染)(例如其中該一或多個載體包括多個載體(例如病毒)族群)之細胞(例如體細胞(例如髮細胞、血細胞、成纖維細胞))之一菌落；偵測(例如經由螢光、2D電泳或2D層析法、質譜學、螢光活化細胞分選(FACS))在iPSC之表面上表現之一或多個細胞表面標記，其中該一或多個細胞表面標記之各者指示與細胞之該菌落接觸之一載體(例如一病毒載體，例如一非天然工程載體)；由一電腦裝置之一處理器將複數個候選結合劑(例如其中該複數個候選結合劑包括一抗體、生物素化珠(biotinylated bead)、疏水珠、磁奈米粒子及其等之組合)映射至該複數個細胞表面標記(例如其中該複數個對應候選結合劑具有至該複數個細胞表面標記之結合專一性)；選擇該複數個候選結合劑之至少一者以特定結合至該複數個細胞表面標記之至少一者；使細胞之該菌落與選定結合劑之一或多者接觸(例如機械地)；及使iPSC與細胞之該菌落分離(例如分成由經映射之細胞表面標記判定之基於載體之系譜)(例如經由單珠分離、管柱層析法、序列分離、微射流通道分離、磁珠結合、抗體結合)。在特定實施例中，該方法包括由該處理器判定其中選定結合劑與細胞之該菌落接觸以用於所要特定結合之一指定順序。在特定實施例中，該方法包括由該處理器將使用選定結合劑以使iPSC與細胞之該菌落分離之一或多個分離方法(例如單珠分離、管柱層析法、序列分離、微射流通道分離、磁珠結合、螢光活化細胞分選(FACS)及抗體結合)之一表示顯示或致使其顯示於一圖形使用者介面(GUI)模組上。在特定實施例中，該方法包括自一單一載體系譜產生(例如培養及選殖) iPSC之一或多個隔離均質菌落(其中iPSC之該一或多個隔離均質菌落無載體(例如經由培養)(例如其中相較於細胞之該菌落，iPSC包括一遺傳變體(例如基因插入、基因缺失)。在特定實施例中，該GUI模組在該GUI顯示器之一第一指定位置中顯示對應於該複數個細胞表面標記及/或結合劑之一或多個電子檔案之一列表及/或表示對應於該複數個細胞表面標記及/或結合劑之一或多個電子檔案之(若干)圖示。在特定實施例中，該一或多個電子檔案之各者在該GUI顯示器之一第二指定位置中含有複數個載體。在特定實施例中，該GUI模組在該GUI顯示器之一第三指定位置中顯示對應於該GUI顯示器之該第一指定位置中所列及/或表示之該一或多個電子檔案之該一或多個選定細胞表面標記之該複數個結合劑之一列表及/或表示對應於該GUI顯示器之該第一指定位置中所列及/或表示之該一或多個電子檔案之該一或多個選定細胞表面標記之該複數個結合劑之(若干)圖示。在另一態樣中，本發明係針對一種用於自包括一或多個電子檔案之一儲存設施電子判定及編譯結合劑之一列表之方法，該方法包括：由一電腦裝置之一處理器自在iPSC之表面上表現之複數個細胞表面標記之偵測(例如經由螢光、2D電泳或2D層析法、質譜學)接收資料；基於所偵測細胞表面標記而由該處理器判定與細胞之該菌落接觸之一或多個載體(例如病毒載體，例如非天然工程載體)；由該處理器將該經判定之一或多個載體映射(例如電子地)至含於該儲存設施之該一或多個檔案中之複數個細胞表面標記之一列表；及映射含於具有用於各映射細胞表面標記之一結合專一性之一電子綱要中之一或多個結合劑。在特定實施例中，該方法包括由一電腦裝置之一處理器將對應於映射至該複數個細胞表面標記之一或多個結合劑之一或多個電子檔案之一列表及/或表示對應於映射至該複數個細胞表面標記之一或多個結合劑之一或多個電子檔案之(若干)圖示顯示或致使其顯示於一圖形使用者介面模組之一第一指定位置中。在另一態樣中，本發明係針對一種方法，其包括：提供已與複數個載體(例如病毒載體，例如非天然工程載體)接觸(例如經由多個病毒轉染)(例如其中該複數個載體包括多個載體(例如病毒)族群)之細胞(例如體細胞(例如髮細胞、血細胞、成纖維細胞))之複數個菌落之一異質混合物；自細胞之該複數個菌落產生iPSC之一菌落，其中iPSC之該菌落包括變動遺傳編輯(例如基因插入、基因缺失)；及將iPSC之該菌落分成一或多個均質載體系譜(例如基於細胞表面標記)(例如經由單珠分離、管柱層析法、序列分離、微射流通道分離、磁珠結合、抗體結合)。在特定實施例中，該複數個細胞表面標記由一載體族群及/或載體類型產生(例如其中該載體族群類型包括副黏液病毒科病毒載體族群、逆轉錄病毒科病毒載體族群、細小病毒科病毒載體族群、非天然工程載體及其等之組合)。在特定實施例中，該複數個細胞表面標記由副黏液病毒科毒載體族群產生且其中該副黏液病毒科毒載體族群包括選自由大西洋鮭副黏液病毒、新城病病毒、腮腺炎病毒、芙拉病毒(Furlavirus)、亨德拉病毒(Hendravirus)、立百病毒(Nipahvirus)、麻疹、仙台病毒、禽肺炎病毒、刁曼(Tioman)病毒及類TPMV病毒組成之群組之一或多個成員。在某些實施例中，該複數個細胞表面標記包括選自由核鞘蛋白質(NP)、磷蛋白質(P)、基質蛋白質(M)、融合蛋白質(F)及血球凝集素神經胺酸酶(HN)、大蛋白質(L)組成之群組之一或多個成員。在某些實施例中，該複數個細胞表面標記由逆轉錄病毒科病毒載體族群產生且其中該逆轉錄病毒科病毒載體族群包括選自由鳥白血病病毒、鼠乳腺癌病毒、鼠白血病病毒、貓白血病病毒、牛白血病病毒、人類T淋巴細胞病毒及慢病毒(lentivirus)(例如人類免疫缺乏病毒1)組成之群組之一或多個成員。在某些實施例中，該複數個細胞表面標記包括選自由殻體、反轉錄酶、整合酶、蛋白酶、p6、p7、p17、p24、gp41及gp120組成之群組之一或多個成員。在某些實施例中，該複數個細胞表面標記由細小病毒科病毒載體族群產生且其中該細小病毒科病毒載體族群包括選自由靈長目動物四體细小病毒、嚙齒目動物原型細小病毒、塞薩病毒(Sesavirus)及靈長目動物紅細胞細小病毒組成之群組之一或多個成員。在某些實施例中，該複數個細胞表面標記包括選自由病毒粒子蛋白質、VP1、VP2、VP3、VP4、VP5、殻體、磷脂酶A2、非結構蛋白質(NS)、NS1及NS2組成之群組之一或多個成員。在另一態樣中，本發明係針對一種方法，其包括：將一細胞培養基中之細胞(例如iPSC、例如初代细胞，例如血細胞，例如周邊單核血細胞)之一族群擴展15天以上(例如至少30天，例如至少60天，例如至少90天)。在擴展步驟之後，隔離(例如濃縮)表現所關注之一細胞表面標記(例如CD71，例如CD35)之細胞之該族群；及使複數個病毒載體與細胞之濃縮族群(例如經由一多井板)接觸(例如跨越細胞之該族群儲備複數個病毒載體轉染)。在某些實施例中，該方法包括在接觸步驟之後，選擇(例如隔離)所關注之一基因(例如細胞週期基因)之細胞之濃縮族群。涉及本發明之一態樣(例如方法)之實施例之元素可應用於涉及本發明之其他態樣之實施例中，且反之亦然。定義為使本發明更容易理解，下文首先界定某些術語。整個說明書中闡述以下術語及其他術語之額外定義。在此申請案中，除非另有說明，否則使用「或」意謂「及/或」。如本申請案中所使用，術語「包括」及該術語之變型不意欲排除其他添加物、組分、整體或步驟。如本申請案中所使用，術語「大約」及「近似」用作為等效物。具有或不具有大約/近似之本申請案中所使用之任何數字意謂覆蓋相關技術之一般技術者所瞭解之任何正常波動。在特定實施例中，除非另有說明或除非內文明顯所見(除其中此數目將超過一可能值之100%之外)，否則術語「近似」或「大約」係指所述參考值之任一方向(大於或小於)上落入25%、20%、19%、18%、17%、16%、15%、14%、13%、12%、11%、10%、9%、8%、7%、6%、5%、4%、3%、2%、1%或更少內之值之一範圍。「結合劑」：術語「結合劑」(如本文所使用)係指具有至一細胞表面標記之專一性之一實體或部分。在特定實施例中，結合劑包括或係一抗體、生物素化珠、疏水珠、磁奈米粒子及其等之組合。「標記」：術語「標記」(如本文所使用)係指其存在或位準係一特定狀態或事件之一特性之一實體或部分。在一些實施例中，一特定標記之存在或位準可為一疾病、病症或條件之存在或階段之特性。舉一實例而言，在一些實施例中，該術語係指係一特定腫瘤、腫瘤之子類、種類之階段等等之特性之一基因表現產品。替代地或另外，在一些實施例中，一特定標記之一存在或位準與一特定信號傳輸通路之活性(或活性位準)(例如可為腫瘤之一特定種類之特性)相關聯。一標記之存在或不存在之統計顯著性可取決於該特定標記而變動。在一些實施例中，一標記之偵測係高度專一，因為其反映腫瘤具有一特定子類之一高機率。此專一性可以敏感度為代價(即會出現一負結果，即使該腫瘤係預期將表現該標記之一腫瘤)。相反，具有一高敏感度之標記可不如具有較低敏感度之標記專一。根據本發明，一有用標記不需要使用100%準確度來區分一特定子類之腫瘤。「肽」或「多肽」或「蛋白質」：術語「肽」或「多肽」或「蛋白質」(如本文所使用)係指由肽鍵鍵聯在一起之至少兩個(例如至少三個)氨基酸之一串。在特定實施例中，一多肽包括天然發生氨基酸；替代地或另外，在特定實施例中，一多肽包括一或多個非天然氨基酸(即未在自然中發生但可併入一多肽鏈中之化合物；參閱(例如) http://www.cco.caltech.edu/˜dadgrp/Unnatstruct.gif，其顯示已成功併入官能離子通道中之非天然氨基酸的結構)，及/或可替代地採用之本技術中已知的氨基酸類似物)。在特定實施例中，可藉由(例如)新增一化學實體(諸如一碳水化合物基團、一磷酸基、一法尼基(farnesyl group)、一同族法尼基(isofarnesyl group)、一脂肪酸基團、用於共軛作用、官能化或其他修改之一鏈接器等等)來修改一蛋白質中之氨基酸的一或多者。在特定實施例中，一細胞表面標記包括或係一「肽」或「多肽」。「樣本」：術語「樣本」(如本文所使用)係指自所關注之一來源獲得或導出之一生物樣本，如本文所描述。在特定實施例中，所關注之一來源包括一有機體(諸如一微生物、一植物、一動物，或一人)。在特定實施例中，一生物樣本係或包括生物組織或流體。在特定實施例中，一生物樣本可為或包括骨髓、血液、血細胞、腹水、組織或細針生檢樣本、含有細胞之體液、自由浮動核酸(例如無細胞DNA)、痰、唾液、尿、腦脊髓液、腹膜液、胸膜液、淋巴液、婦科流體、皮膚拭子、陰道拭子、口腔拭子、鼻用拭子、洗滌液或灌洗液(諸如一管狀灌洗液或支氣管肺泡灌洗液、抽出物、刮削、骨髓樣品、組織生檢樣品、手術樣品、糞便、其他體液、分泌物及/或排泄物及/或其細胞等等)。在特定實施例中，一生物樣本係或包括自一個人獲得之細胞。在特定實施例中，所獲得之細胞係或包含來自自其獲得樣本之一個人的細胞。在特定實施例中，一樣本係藉由任何適當方式自所關注之一來源直接獲得之一「主要樣本」。例如，在特定實施例中，一主要生物樣本係由選自由一拭子、生檢(例如細針抽吸或組織生檢)、手術、體液(例如血液、淋巴液、糞便等等)之收集組成之群組的方法獲得。在特定實施例中，如自內文可清楚，術語「樣本」係指藉由處理一主要樣本(例如藉由移除一主要樣本之一或多個組分及/或藉由將一或多個試劑添加至一主要樣本)而獲得之一標本。例如，使用一半透膜過濾。此一經處理之「樣本」可包括(例如)自一樣本萃取或藉由使一主要樣本經受諸如mRNA之放大或反轉錄、特定組分之隔離及/或純化等等之技術而獲得之核酸或蛋白質。「特定」：術語「特定」(如本文所使用)係指具有一活性之一試劑，理解為意謂該試劑區別潛在目標實體或狀態。例如，在一些實施例中，若一試劑在一或多個競爭替代目標的存在下優先與其目標結合，則其據說「特定」結合至該目標。在許多實施例中，特定交互作用取決於目標實體(例如一核苷酸序列、一表位、一間隙、一結合位置)之一特定結構特徵之存在。應理解專一性不需要絕對。在特定實施例中，可相對於一或多個其他潛在目標實體(例如競爭者)之結合劑之專一性而評估專一性。在特定實施例中，相對於一參考特定結合劑之專一性來評估專一性。在特定實施例中，相對於一參考非特定結合劑之專一性來評估專一性。在特定實施例中，試劑在結合至其目標實體之條件下不可偵測地結合至該(等)競爭替代目標。在特定實施例中，相較於該(等)競爭替代目標，有較高加載速率(on-rate)、較低解離速率、增加親和力、減少解離及/或增加穩定性結合之試劑結合至其目標實體。「體細胞」：如本文所使用，片語「體細胞」係指除生殖細胞(例如精子，例如卵子)之外之身體之任何細胞(例如血細胞、髮細胞、成纖維細胞)。「實質上」：如本文所使用，片語「實質上」係指展現所關注之一特性或屬性之總或接近總程度定性條件。生物技術之一般技術者應瞭解生物及化學現象罕見地(若有)去完成及/或繼續完成或達成或避免一絕對結果。因此，術語「實質上」在本文中用於捕獲許多生物及化學現象中固有的潛在完整性缺乏。「治療劑」：如本文所使用，片語「治療劑」係指當投藥給一受試者時具有一治療效應及/或引出一所要生物及/或藥理學效應之任何試劑。「治療」：如本文所使用，術語「治療劑」係指部分或完全減輕、改善、緩解、抑制、延遲一特定疾病之一或多個症狀之發作、降低一特定疾病之一或多個病症之嚴重性及/或降低一特定條件之一或多個病因之發病率之一物質之任何投藥。此治療可施加於不展現相關疾病、病症及/或條件之症狀之一受試者及/或僅展現疾病、病症及/或條件之早期症狀之一受試者。替代地或另外，此治療可施加於展現相關疾病、病症及/或條件之一或多個既設症狀之一受試者。在特定實施例中，治療可施加於已被診斷為遭受相關疾病、病症及/或條件之一受試者。在特定實施例中，治療可施加於已知具有統計上與相關疾病、病症及/或條件之增加風險相關之一或多個易感性因數之一受試者。在特定實施例中，治療包括之輸送(包含(但不限於)小分子輸送)、放射治療、免疫治療、內在治療屬性(例如鐵死亡)及腫瘤微環境之顆粒驅動調節。在特定實施例中，治療附接至諸如本文所描述之顆粒。「載體」：如本文所使用，術語「載體」係指能夠將；另一核酸運輸至其鍵聯之位置之一核酸分子。一載體類型係一「質體」，其係指額外DNA片段可配位於其中之一圓形雙股DNA環路。另一載體類型係一病毒載體，其中額外DNA片段可配位於病毒基因體中。某些載體能夠在引入其中之一宿主細胞中之自主複製(例如具有複製之一細菌來源之細菌載體及附加型哺乳動物載體)。其他載體(例如非附加型哺乳動物載體)可在引入一宿主細胞之後整合至該宿主細胞之基因體，且藉此連同宿主基因體一起複製。再者，某些載體能夠將基因之表現引導至其等操作以鍵聯之位置。此等載體在本文中指稱「表現載體」。本文所呈現之圖式係為了繪示而非限制。

相關申請案之交叉參考 本申請案主張2017年2月8日申請之美國臨時申請案第62/456,374號之權利，其全部內容係以引用的方式併入本文中。在其中成分描述為具有、包含或包括特定組分或其中方法描述為具有、包含或包括特定步驟之整個描述中，可預期另外，存在由或基本上由所列舉之組分組成之本發明之成分，且存在由或基本上由所列舉之處理步驟組成之根據本發明之方法。應理解只要本發明保持可操作，步驟之順序或用於執行特定動作之順序係不重要。再者，兩個或兩個以上步驟或動作可同時進行。本文(例如[先前技術]節中)所提及之任何出版物不承認出版物相對於本文所呈現之技術方案之任何者而充當先前技術。[先前技術]節為了清楚而存在且不意謂為先前技術相對於任何技術方案之一描述。標題係為了方便讀者而提供且不意欲相對於所主張之標的而具限制性。本文描述用於自基於載體之系譜系統性地產生細胞之隔離均質菌落之各種系統、方法及設備。基於載體之系譜可源於(例如)多種類型之病毒載體族群(例如副黏液病毒科、逆轉錄病毒科、細小病毒科)或非天然工程載體或複數個載體組合。在特定實施例中，細胞之隔離均質菌落係無載體子菌落；在其他實施例中，細胞之隔離均質菌落係均質載體子菌落。在其他實施例中，產生載體混合子菌落。所揭示之系統、方法及設備對於可誘導多能幹細胞(iPSC)生產係有用的且藉由選擇性地結合至在一細胞之表面上表現之一或多個對應蛋白質標記而工作，該一或多個對應蛋白質標記指示已發生細胞重整。軟體用於自動化所產生之iPSC之純化及隔離。有利地，除選擇性地結合至表現一或多個對應表面細胞標記之含有載體之細胞之外，本發明之實施例包含用於跨越不同載體族群及病毒子類型同時純化及分離載體所產生之iPSC線之多個異質混合物之系統及方法，其包含經由諸如單珠、管柱、序列、微射流通道及磁珠分離技術之多個技術之分離。除iPSC線之基於病毒之自動選擇及分離之外，定製非天然工程載體亦可用於iPSC線之自動選擇及分離。在特定實施例中，非天然工程載體包括如本文所描述之工程病毒載體。例如，一非天然載體包括已經工程化以表現該載體非天然表現及/或未由待重整之細胞天然表現之一細胞表面標記(例如細胞表面蛋白質)之一病毒載體。本文所描述之本發明之實施例在自複數個病毒載體(包含非天然工程載體)選擇iPSC類型以用於診斷測試、細胞治療、分析技術及細胞工程中亦具有實用性。再者，本發明之實施例提供使一個人能夠容易地存取無載體菌落用於進一步研究調查、診斷或相較於多個傳代及單菌落亞選殖之當前技術而用於自一當下時段中之細胞之一單一或混合培養之細胞治療或細胞工程之工具。此等工具有益於(例如)製藥公司處之研究管理人、學術研究者、實踐再生醫學之醫療專業人士、診斷診所及利用需要無載體菌落之誘導多能幹細胞之任何分子生物學家。一般而言，本發明之實施例識別及編譯用於產生iPSC之病毒載體。在特定實施例中，藉由使一載體或複數個載體與細胞(例如體細胞(例如自一樣本導出))之一菌落接觸而引起之可在iPSC上表現之細胞表面標記之一列表用於判定該等細胞表面標記之哪一組呈現於經重整之iPSC之表面上。在特定實施例中，該組表面標記用以識別可用於選擇性結合至經重整之iPSC及經重整之iPSC之隔離之一對應結合劑。本發明之實施例包含一組經識別之候選材料(「結合劑」)以選擇性地結合至相關聯之表面細胞標記組(例如就各經識別之候選蛋白質而言，存在諸如一抗體、生物素化珠、疏水珠及磁細胞隔離之一對應候選結合劑)。一旦候選材料識別為具有經識別之蛋白質之適當選擇性，接著，候選細胞(例如該細胞已感染用於細胞重整之病毒或非天然載體(例如與用於細胞重整之病毒或非天然載體接觸))經由一或多個技術(包含(例如)單珠分離、管柱層析法、序列分離、微射流通道分離、磁珠結合及抗體結合)分離。在特定實施例中，候選細胞經由複數個技術分離。在特定實施例中，採用複數個結合劑且當隔離表現對應表面細胞標記之細胞時發生組合分離及隔離。程序可使用複數個對應結合劑來重複以產生一載體系譜之隔離均質菌落以導致無載體、載體混合及均質載體子菌落。在特定實施例中，經生產及隔離之iPSC可用作為一治療劑或治療一或多個疾病、病症及/或條件。用於iPSC之隔離和組合生產的例示性設備在特定實施例中，自人工登錄至一計算系統而辨識及識別原始載體系譜。在特定實施例中，一設備用於執行表面蛋白質分析(例如經由螢光、2D電泳或2D層析法、質譜學、螢光活化細胞分選(FACS))以自動識別用於細胞重整之病毒載體之類型(例如經由對應於存在於經重整之細胞之表面上之(若干)細胞表面標記)。在特定實施例中，該設備識別對應於用於經重整之iPSC之特定結合及隔離的細胞表面標記之一或多個結合劑。在特定實施例中，該設備包括能夠進行液體抽吸及處置之一液體處置器。在特定實施例中，該設備包含：一記憶體，其用於儲存界定用於判定複數個結合劑之參數及該等結合劑之添加序列之指令集之碼；及一處理器，其用於執行該指令集以及用於將結合劑施加於經分析之菌落只能液體處置設備。碼包含將來自儲存對應於經識別之載體之一或多個電子檔案之一儲存設施的一電子搜尋之該等載體之一或多者顯示於一圖形使用者介面(GUI)顯示器之一第一指定位置中之一GUI模組。所顯示之項目之各者匹配於一經系統識別之載體及/或對應於該等載體之細胞表面標記。該圖形使用者介面模組亦在該GUI顯示器之一第二指定位置中顯示對應於經識別之細胞表面標記及/或來自該儲存設施之結合劑之一或多個電子檔案之一列表及/或表示對應於經識別之細胞表面標記及/或來自該儲存設施之結合劑之一或多個電子檔案之(若干)圖示。各此檔案含有該GUI顯示器之該第一指定位置中之載體之一或多者。再者，該圖形使用者介面模組在該GUI顯示器之一第三指定位置中顯示對應於該GUI顯示器之該第二指定位置中所列及/或表示之電子檔案之一選定蛋白質之結合劑之一列表及/或表示對應於該GUI顯示器之該第二指定位置中所列及/或表示之電子檔案之一選定蛋白質之結合劑之(若干)圖示。一般而言，本發明之實施例提供電子識別及編譯在包括一或多個電子檔案之一儲存設施中發現之潛在結合劑之一列表。例如，本發明提供經由各種分析技術識別所使用之載體類型及經由該儲存設施之電子檔案中之複數個候選蛋白質而使該等載體電子匹配於在該等細胞菌落中表現之對應細胞標記蛋白質。就各經識別之細胞表面標記而言，本發明提供搜尋至該細胞表面標記之經識別之結合劑之一電子綱要，將菌落分離之方法顯示在一圖形使用者介面上及用於將複數個結合物質機械地引入用於選擇性結合及隔離之菌落之一方法。例示性病毒載體在特定實施例中，一載體族群包含副黏液病毒科、逆轉錄病毒科或細小病毒科。副黏液病毒科之亞族群包含若干病毒種類(例如大西洋鮭副黏液病毒、新城病病毒、腮腺炎病毒、芙拉病毒、亨德拉病毒、立百病毒、麻疹、仙台病毒、禽肺炎病毒、刁曼病毒及類TPMV病毒)。例如，使用來自副黏液病毒科族群之仙台病毒係用於生產iPSC之一常見載體類型，其導致一非整合式(例如不與細胞之遺傳DNA整合及/或重新組合)誘導多能幹細胞線。逆轉錄病毒科之亞族群包含若干病毒種類(例如鳥白血病病毒、鼠乳腺癌病毒、鼠白血病病毒、貓白血病病毒、牛白血病病毒、人類T淋巴細胞病毒及諸如人類免疫缺乏病毒1之慢病毒)。例如，基於人類免疫缺乏病毒(HIV)之載體提供用於哺乳動物細胞中之外源基因之輸送、整合及表現之一有效方式且用於iPSC之生產中。細小病毒科之亞族群包含若干病毒種類(例如靈長目動物四體细小病毒、嚙齒目動物原型細小病毒、塞薩病毒及靈長目動物紅細胞細小病毒1)。例示性細胞表面標記在特定實施例中，病毒載體由對應細胞表面標記識別。例如，針對副黏液病毒科之特定族群枚舉經由塞薩病毒特徵對應細胞表面標記重整之iPSC。在特定實施例中，副黏液病毒科族群之細胞表面標記包含核鞘蛋白質(NP)、磷蛋白質(P)、基質蛋白質(M)、融合蛋白質(F)及血球凝集素神經胺酸酶(HN)及大蛋白質(L)。在特定實施例中，經識別之細胞表面標記匹配於對應結合劑。在特定實施例中，逆轉錄病毒科之細胞表面標記包含殻體蛋白質及包膜蛋白質。在特定實施例中，細小病毒科病毒之細胞表面標記包含病毒粒子蛋白質、VP1、VP2、VP3、VP4、VP5、殻體、磷脂酶A2、非結構蛋白質(NS)、NS1或NS2。經由複數個病毒載體之iPSC的隔離和組合生產在特定實施例中，一iPSC菌落自表現對應複數個細胞表面標記的複數個病毒載體產生。例如，在由經組合之仙台及慢病毒載體之一混合物產生之iPSC之一混合物中，副黏液病毒科(例如核鞘蛋白質(NP)、磷蛋白質(P)、基質蛋白質(M)、融合蛋白質(F)及血球凝集素神經胺酸酶(HN)及大蛋白質(L))的仙台細胞表面係標記識別為逆轉錄病毒科(例如殻體、反轉錄酶、整合酶、蛋白酶、p6、p7、p17、p24、gp41及gp120)的慢病毒細胞表面標記。在特定實施例中，iPSC係由任何兩個或兩個以上不同病毒載體族群組合產生。在特定實施例中，細胞菌落之一異質混合物係自複數個病毒載體產生，以組合產生變動遺傳編輯或插入之工程細胞菌落，同時保持在細胞培養及菌落化之後分離所得均質系譜的能力。例如，在特定實施例中，本發明提供多個病毒轉染之純化。例如，一體細胞可使用仙台病毒來重整成iPSC。所得iPSC使用腺關聯病毒來進行基因工程處理(例如以插入一基因(例如以具有功能之一增益)、以校正一基因或移除一基因(例如以具有功能之一損失))。在特定實施例中，iPSC係經由一核酸酶(例如一野生型核酸酶，例如一工程核酸酶)(例如一鋅指核酸酶(ZFN)、一類轉錄活化劑效應物核酸酶(TALEN)、一CRISPR/Cas9)來進行基因工程處理。異質族群可針對所要細胞屬性而純化及特徵化(例如基因型)，如圖6中所描述。繪示性網路環境圖4展示在用於如本文所描述之誘導多能幹細胞隔離和組合生產的方法及系統中使用之一繪示性網路環境400。現參考圖4，在簡要概述中，展示及描述一例示性雲端計算環境400之一方塊圖。雲端計算環境400可包含一或多個資源提供器402a、402b、402c (統稱為402)。各資源提供器402可包含計算資源。在一些實施方案中，計算資源可包含用於處理資料之任何硬體及/或軟體。例如，計算資源可包含能夠執行演算法、電腦程式及/或電腦應用程式之硬體及/或軟體。在一些實施方案中，例示性計算資源可包含具有儲存及擷取能力之應用伺服器及/或資料庫。各資源提供器402可連接至雲端計算環境400中之任何其他資源提供器402。在一些實施方案中，資源提供器402可經由一電腦網路408連接。各資源提供器402可經由電腦網路408連接至一或多個計算裝置404a、404b、404c (統稱為404)。雲端計算環境400可包含一資源管理器406。資源管理器406可經由電腦網路408連接至資源提供器402及計算裝置404。在一些實施方案中，資源管理器406可促進由一或多個資源提供器402提供計算資源至一或多個計算裝置404。資源管理器406可自一特定計算裝置404接收一計算資源之一請求。資源管理器406可識別能夠提供由計算裝置404請求之計算資源之一或多個資源提供器402。資源管理器406可選擇一資源提供器402以提供計算資源。資源管理器406可促進資源提供器402與一特定計算裝置404之間的連接。在一些實施方案中，資源管理器406可在一特定資源提供器402與一特定計算裝置404之間建立一連接。在一些實施方案中，資源管理器406可將一特定計算裝置404重新引導至具有所請求之計算資源之一特定資源提供器402。圖5展示可用於本發明中所描述之方法及系統中之一計算裝置500及一行動計算裝置550之一實例。計算裝置500意欲表示各種形式之數位電腦(諸如膝上型電腦、桌上型電腦、工作站、個人數位助理、伺服器、刀鋒型伺服器、主機及其他適當電腦)。行動計算裝置550意欲表示各種形式之行動裝置(諸如個人數位助理、蜂巢式電話、智慧型電話及其他類似計算裝置)。此處所展示之組件、其連接及關係及其功能僅意謂為實例而不意謂具限制性。計算裝置500包含一處理器502、一記憶體504、一儲存裝置506、連接至記憶體504之一高速介面508及多個高速擴充埠510及連接至一低速擴充埠514及儲存裝置506之一低速介面512。處理器502、記憶體504、儲存裝置506、高速介面508、高速擴充埠510及低速介面512之各者使用各種匯流排互連且可視情況安裝於一共同母板上或依其他方式安裝。處理器502可處理用於在計算裝置500內執行之指令(包含儲存於記憶體504中或儲存裝置506上之指令)以將一GUI之圖形資訊顯示在一外部輸入/輸出裝置(例如耦合至高速介面508之一顯示器516)上。在其他實施方案中，可視情況使用多個處理器及/或多個匯流排連同多個記憶體及記憶體之類型。另外，多個計算裝置可與各裝置連接以提供必要操作之部分(例如作為一伺服器觸排、刀鋒型伺服器之一群組或一多處理器系統)。記憶體504將資訊儲存於計算裝置500內。在一些實施方案中，記憶體504係一揮發性記憶體單元或若干揮發性記憶體單元。在一些實施方案中，記憶體504係一非揮發性記憶體單元或若干非揮發性記憶體單元。記憶體504亦可為另一形式之電腦可讀媒體(諸如一磁碟或光碟)。儲存裝置506能夠提供計算裝置500之大量儲存。在一些實施方案中，儲存裝置506可為或含有一電腦可讀媒體(諸如一軟碟裝置、一硬碟裝置、一光碟裝置或一磁帶裝置、一快閃記憶體或其他類似固態記憶體裝置或裝置之一陣列，其包含一儲存區域網路中或呈其他組態之裝置)。指令可儲存於一資訊載體中。當由一或多個處理裝置(例如處理器502)執行時，指令執行諸如上文所描述之一或多個方法。指令亦可由一或多個儲存裝置(諸如電腦或機器可讀媒體(例如記憶體504、儲存裝置506或處理器502上之記憶體))儲存。高速介面508管理計算裝置500之帶寬密集操作，而低速介面512管理較低帶寬密集操作。此功能分配僅係一實例。在一些實施方案中，高速介面508耦合至記憶體504、顯示器516 (例如透過一圖形處理器或加速器)及高速擴充埠510，其可接受各種擴充卡(圖中未展示)。在實施方案中，低速介面512耦合至儲存裝置506及低速擴充埠514。可包含各種通信埠(例如USB、Bluetooth®、乙太網路、無線乙太網路)之低速擴充埠514可(例如)透過一網路配接器耦合至一或多個輸入/輸出裝置(諸如一鍵盤、一指向裝置、一掃描器或一網路裝置(諸如一開關或路由器))。計算裝置500可依若干不同形式實施，如圖中所展示。例如，其可實施為一標準伺服器520或在此等伺服器之一群組中實施多次。另外，其可在諸如一膝上型電腦522之一個人電腦中實施。其亦可實施為一架式伺服器系統524之部分。替代地，來自計算裝置500之組件可與諸如一行動計算裝置550之一行動裝置(圖中未展示)中之其他組件組合。此等裝置之各者可含有計算裝置500及行動計算裝置550之一或多者，且整個系統可由彼此通信之多個計算裝置組成。行動計算裝置550包含(除其他組件之外)一處理器552、一記憶體564、諸如一顯示器554之一輸入/輸出裝置、一通信介面566及一收發器568。行動計算裝置550亦可具有一儲存裝置(諸如一微型硬碟或其他裝置)以提供額外儲存。處理器552、記憶體564、顯示器554、通信介面566及收發器568之各者使用各種匯流排互連且若干組件可安置於一共同母板上或視情況依其他方式安裝。處理器552可執行行動計算裝置550內之指令(包含儲存於記憶體564中之指令)。處理器552可實施為包含單獨及多個類比及數位處理器之晶片之一晶片組。處理器552可提供(例如)行動計算裝置550之其他組件之協調(諸如使用者介面之控制、由行動計算裝置550允許之應用及由行動計算裝置550之無線通信)。處理器552可透過一控制介面558及耦合至顯示器554之一顯示介面556與一使用者通信。顯示器554可為(例如)一TFT (薄膜電晶體液晶顯示器)顯示器或一OLED (有機發光二極體)顯示器或其他適當顯示器技術。顯示介面556可包括用於驅動顯示器554以呈現圖形及其他資訊至一使用者之適當電路。控制介面558可自一使用者接收命令且轉換命令以提交至處理器552。另外，一外部介面562可提供與處理器552之通信以達成行動計算裝置550與其他裝置之近域通信。在一些實施方案中，外部介面562可提供(例如)有線通信；或在其他實施方案中，外部介面562可提供無線通信，且亦可使用多個介面。記憶體564將資訊儲存於行動計算裝置550內。記憶體564可實施為一電腦可讀媒體或若干電腦可讀媒體、一揮發性記憶體單元或若干揮發性記憶體單元或一非揮發性記憶體單元或若干非揮發性記憶體單元之一或多者。亦可提供一擴充記憶體574且透過一擴展介面572將其連接至行動計算裝置550，其可包含(例如)一SIMM (單直插記憶體模組)卡介面。擴充記憶體574可針對行動計算裝置550提供額外儲存空間或亦可儲存應用或行動計算裝置550之其他資訊。具體而言，擴充記憶體574可包含指令以實施或補充上述程序，且亦可包含安全資訊。因此，例如，擴充記憶體574可提供為行動計算裝置550之一安全模組，且可使用允許安全使用行動計算裝置550之指令程式化。另外，可經由SIMM卡提供安全應用及額外資訊(諸如依一非可破解方式將識別資訊放置於SIMM卡上)。記憶體可包含(例如)快閃記憶體及/或NVRAM記憶體(非揮發性隨機存取記憶體)，如下文所討論。在一些實施方案中，指令儲存於一資訊載體中且當由一或多個處理裝置(例如處理器552)執行時，執行諸如上文所描述之一或多個方法。指令亦可由一或多個儲存裝置(諸如一或多個電腦或機器可讀媒體(例如記憶體564、擴充記憶體574或處理器552上之記憶體))儲存。在一些實施方案中，指令可(例如)經由收發器568或外部介面562在一傳播信號中接收。行動計算裝置550可透過通信介面566無線通信，通信介面566必要時可包含數位信號處理電路。通信介面566可(尤其)在諸如GSM語音電話(全球行動通信系統)、SMS (短訊息服務)、EMS (增強訊息服務)或MMS訊息(多媒體訊息服務)、CDMA (碼分多重存取)、TDMA (時分多重存取)、PDC (個人數位手機)、WCDMA (寬頻碼分多重存取)、CDMA2000或GPRS (通用封包無線電服務)之各種模式或協定下提供通信。此通信可使用一射頻透過(例如)收發器568發生。另外，短距通信可使用諸如使用一Bluetooth®、Wi-Fi™或其他此收發器(圖中未展示)而發生。另外，一GPS (全球定位系統)接收器模組570可提供額外導航及位置相關無線資料至行動計算裝置550，其可視情況由在行動計算裝置550上運行之應用程式使用。行動計算裝置550亦可使用一音訊編解碼器560可聽地通信，其可自一使用者接收口說資訊且將其轉換為可用數位資訊。同樣地，音訊編解碼器560可諸如透過(例如)行動計算裝置550之一聽筒中之一揚聲器針對一使用者產生可聽聲音。此聲音可包含來自語音電話之聲音、可包含記錄聲音(例如語音訊息、音樂檔案等等)且亦可包含由在行動計算裝置550上操作之應用程式產生之聲音。行動計算裝置550可依若干不同形式實施，如圖中所展示。例如，其可實施為一蜂巢式電話580。其亦可實施為一智慧型電話582之部分，個人數位助理或其他類似行動裝置。此處所描述之系統及技術之各種實施方案可在數位電子電路、積體電路、特別設計ASIC (應用特定積體電路)、電腦硬體、韌體、軟體及/或其等之組合中實現。此等各種實施方案可包含可在一可程式系統上執行及/或解譯之一或多個電腦程式中之實施方案，該可程式化系統包含：至少一可程式化處理器，其可為專用或通用而經耦合以自一儲存系統接收資料及指令及將資料及指令傳輸至一儲存系統；至少一輸入裝置；及至少一輸出裝置。此等電腦程式(亦稱為程式、軟體、軟體應用或碼)包含一可程式化處理器之機器指令，且可以一高階程序及/或物件導向程式設計語言及/或以組合/機器語言實施。如本文所使用，術語機器可讀媒體及電腦可讀媒體係指用於提供機器指令及/或資料至包含接收機器指令作為一機器可讀信號之一機器可讀媒體之一可程式化處理器之任何電腦程式產品、設備及/或裝置(例如磁碟、光碟、記憶體、可程式邏輯裝置(PLD))。術語機器可讀信號係指用於提供機器指令及/或資料至一可程式化處理器之任何信號。為提供與一使用者之交互，此處所描述之系統及技術可在具有用於將資訊顯示至使用者之一顯示裝置(例如一CRT (陰極射線管)或LCD (液晶顯示器)監視器)及一鍵盤及一指向裝置(例如一滑鼠或一軌跡球)之一電腦上實施，使用者可藉由該鍵盤及該指向裝置將輸入提供至該電腦。其他種類之裝置亦可用於提供與一使用者之交互；例如，提供至該使用者之回饋可為任何形式之感覺回饋(例如視覺回饋、聽覺回饋或觸覺回饋)；且來自使用者之輸入可依任何形式(包含聲響輸入、話音輸入或觸覺輸入)接收。此處描述之系統及技術可在包含一後端組件(例如作為一資料伺服器)或包含一中間軟體組件(例如一應用伺服器)或包含一前端組件(例如具有一圖形使用者介面之一用戶端電腦或一使用者可透過其與此處所描述之系統及技術之一實施方案交互作用之一網頁瀏覽器)或此等後端組件、中間組件或前端組件之任何組合之一計算系統中實施。該系統之組件可由任何形式或媒體之數位資料通信(例如一通信網路)互連。通信網路之實例包含一區域網路(LAN)、一廣域網路(WAN)及網際網路。計算系統可包含用戶端及伺服器。一用戶端及伺服器通常彼此遠離且通常透過一通信網路交互。用戶端及伺服器之關係憑藉在各自電腦上運行且具有彼此之一用戶端-伺服器關係之電腦程式而產生。結構實例本結構實例繪示一種顯著減少分析將基因輸送至細胞(周邊單核血細胞(PBMCs))(參閱圖7)之效應之時間及成本之用於組合及多工病毒轉導(例如儲備)之系統及方法。具有一病毒載體之PBMC之轉導通常在細胞之擴展之後15天內發生(參閱圖8)。儘管15天之後細胞之數目足以使用一病毒載體類型轉導，但高處理量及組合病毒載體轉染所需之細胞之數目係大很多。因此，根據本發明，PBMC可在轉導具有複數個病毒載體之細胞之前擴展達15天以上之一時間(例如至少30天，例如至少45天，例如至少60天，例如至少90天)。擴展超過15天提供(例如)在一384井板中之儲備及高處理量測試所需之若干細胞。在PBMC之初始擴展(例如15天以上)之後，對於CD71或CD36呈陽性之表面蛋白質用於濃縮待使用包括所關注之複數個基因(例如與細胞週期有關之基因)(在指稱「儲備」之一設定中)(圖7)之複數個病毒載體轉導之細胞。在(例如)大約20天至大約30天之後，針對組合及多工病毒載體之轉導(例如使用具有較高數目個井之一多井板(例如96井板或384井板))之效應而隔離及測試PBMC。此高處理量及儲備方法提供在使用一病毒載體類型轉換細胞之一族群通常耗費之時間內篩選各種基因(例如與細胞週期有關)之能力。等效物 應理解儘管已結合本發明之[實施方式]來描述本發明，但前述描述意欲繪示而不限制由隨附申請專利範圍之範疇界定之本發明之範疇。其他態樣、優點及修改在以下申請專利範圍之範疇內。

400‧‧‧網路環境/雲端計算環境

402a‧‧‧資源提供器A

402b‧‧‧資源提供器B

402c‧‧‧資源提供器C

404a‧‧‧計算裝置

404b‧‧‧計算裝置

404c‧‧‧計算裝置

406‧‧‧資源管理器

408‧‧‧電腦網路

500‧‧‧計算裝置

502‧‧‧處理器

504‧‧‧記憶體

506‧‧‧儲存裝置

508‧‧‧高速介面

510‧‧‧高速擴充埠

512‧‧‧低速介面

514‧‧‧低速擴充埠

516‧‧‧顯示器

520‧‧‧標準伺服器

524‧‧‧架式伺服器系統

550‧‧‧行動計算裝置

552‧‧‧處理器

554‧‧‧顯示器

556‧‧‧顯示介面

558‧‧‧控制介面

560‧‧‧音訊編解碼器

562‧‧‧外部介面

564‧‧‧記憶體

566‧‧‧通信介面

568‧‧‧收發器

570‧‧‧接收器模組

572‧‧‧擴展介面

574‧‧‧擴充記憶體

582‧‧‧智慧型電話

將藉由參考結合附圖之以下描述更明白及更佳地理解本發明之前述及其他目的、態樣、特徵及優點，其中：圖1展示如何執行單菌落選擇之一圖及實例。圖2展示根據本發明之一繪示性實施例之用於隔離及生產誘導多能幹細胞(iPSC)之一方法。圖3A展示根據本發明之一繪示性實施例之用於自包括一或多個電子檔案之一儲存設施電子判定及編譯結合劑之一列表的一方法。圖3B展示根據本發明之一繪示性實施例之將iPSC之一菌落分成一或多個均質載體系譜之一方法。圖4係根據一繪示性實施例之用於誘導多能幹細胞隔離和組合生產的方法及系統中之一實例性網路環境之一方塊圖。圖5係用於本發明之一繪示性實施例中之一實例性計算裝置及一實例性行動計算裝置之一方塊圖。圖6展示根據本發明之一繪示性實施例之用於多個病毒轉染之純化及特徵化之圖。圖7展示根據本發明之一繪示性實施例之周邊單核血細胞(PBMC)之同時組合及多工病毒轉染之一例示性「儲備」示意圖。圖8展示根據本發明之一繪示性實施例之描繪細胞之一生長曲線之一示意圖。本發明描述根據本發明之一繪示性實施例之用於複數個載體之儲備轉染之15天以上(例如30天以上、例如60天以上，例如90天以上)發生之擴展細胞之收集。圖9展示根據本發明之一繪示性實施例之跨越細胞之族群儲備複數個病毒載體轉染之一方法。

Claims

一種用於隔離及生產誘導多能幹細胞(iPSC)之方法，該方法包括：提供已與一或多個載體接觸之細胞之一菌落；偵測在iPSC之表面上表現之一或多個細胞表面標記，其中該一或多個細胞表面標記之各者指示與細胞之該菌落接觸之一載體；藉由一電腦裝置之一處理器，將複數個候選結合劑映射至該複數個細胞表面標記；選擇該複數個候選結合劑之至少一者，以特定結合至該複數個細胞表面標記之至少一者；使細胞之該菌落與選定結合劑之一或多者接觸；及使iPSC與細胞之該菌落分離。
如請求項1之方法，其中細胞之該菌落包括體細胞。
如請求項1之方法，其中該一或多個載體之各載體包括多個載體族群。
如請求項1之方法，其中該複數個候選結合劑包括選自由一抗體、一生物素化珠、一疏水珠及一磁奈米粒子組成之群組的一或多個成員。
如請求項1之方法，其中使iPSC與細胞之該菌落分離包括：使用選自由單珠分離、管柱層析法、序列分離、微射流通道分離、磁珠結合、螢光活化細胞分選(FACS)及抗體結合組成之群組的一或多個成員，將iPSC分成由經映射之細胞表面標記判定之基於載體的系譜。
如請求項1之方法，該方法包括：由該處理器判定其中該等選定結合劑與細胞之該菌落接觸以用於所要特定結合之一指定順序。
如先前請求項中任一項之方法，該方法包括：藉由該處理器，將使用選定結合劑以使iPSC與細胞之該菌落分離之一或多個分離方法之一表示顯示或致使其顯示於一圖形使用者介面(GUI)模組上。
如先前請求項中任一項之方法，其包括：自一單一載體系譜產生iPSC之一或多個隔離均質菌落。
如請求項8之方法，其中iPSC之該一或多個隔離均質菌落包括細胞之該菌落之一遺傳變體。
如請求項8或9之方法，其中iPSC之該一或多個隔離均質菌落無載體。
如先前請求項中任一項之方法，其中該GUI模組在該GUI顯示器之一第一指定位置中顯示對應於該複數個細胞表面標記及/或結合劑之一或多個電子檔案之一列表，及/或表示對應於該複數個細胞表面標記及/或結合劑之一或多個電子檔案之(若干)圖示。
如請求項11之方法，其中該一或多個電子檔案之各者在該GUI顯示器之一第二指定位置中含有複數個載體。
如請求項11或12之方法，其中該GUI模組在該GUI顯示器之一第三指定位置中顯示對應於該GUI顯示器之該第一指定位置中所列及/或表示之該一或多個電子檔案之該一或多個選定細胞表面標記之該複數個結合劑之一列表，及/或表示對應於該GUI顯示器之該第一指定位置中所列及/或表示之該一或多個電子檔案之該一或多個選定細胞表面標記之該複數個結合劑之(若干)圖示。
一種用於自包括一或多個電子檔案之一儲存設施電子判定及編譯結合劑之一列表之方法，該方法包括：藉由一電腦裝置之一處理器，自在iPSC之表面上表現之複數個細胞表面標記的偵測接收資料；基於所偵測細胞表面標記，由該處理器判定與細胞之該菌落接觸之一或多個載體；藉由該處理器，將該經判定之一或多個載體映射至含於該儲存設施之該一或多個檔案中之複數個細胞表面標記之一列表；及映射含於具有用於各映射細胞表面標記之一結合專一性之一電子綱要中的一或多個結合劑。
如請求項14之方法，其包括：藉由一電腦裝置之一處理器，將對應於映射至該複數個細胞表面標記之一或多個結合劑之一或多個電子檔案之一列表及/或表示對應於映射至該複數個細胞表面標記之一或多個結合劑之一或多個電子檔案之(若干)圖示顯示或致使其顯示於一圖形使用者介面模組之一第一指定位置中。
一種方法，其包括：提供已與複數個載體接觸之細胞之複數個菌落之一異質混合物；自細胞之該複數個菌落產生iPSC之一菌落，其中iPSC之該菌落包括變動遺傳編輯；及將iPSC之該菌落分成一或多個均質載體系譜。
如請求項16之方法，其中細胞之該菌落包括體細胞。
如請求項16之方法，其中該複數個載體之各載體包括多個載體族群。
如請求項16之方法，其中將iPSC分成一或多個均質載體系譜包括：使用選自由單珠分離、管柱層析法、序列分離、微射流通道分離、磁珠結合、螢光活化細胞分選(FACS)及抗體結合組成之群組的一或多個成員，將iPSC分成經判定之基於細胞表面標記的系譜。
如先前請求項中任一項之方法，其中該複數個細胞表面標記係由一載體族群及/或載體類型產生。
如請求項中20之方法，其中該複數個細胞表面標記係由選自由副黏液病毒科病毒載體族群、逆轉錄病毒科病毒載體族群、細小病毒科病毒載體族群及一非天然工程載體組成之群組的一或多個成員產生。
如請求項中21之方法，其中該複數個細胞表面標記係由副黏液病毒科病毒載體族群產生，且其中該副黏液病毒科病毒載體族群包括選自由大西洋鮭副黏液病毒、新城病病毒、腮腺炎病毒、芙拉病毒、亨德拉病毒、立百病毒、麻疹、仙台病毒、禽肺炎病毒、刁曼病毒及類TPMV病毒組成之群組的一或多個成員。
如請求項中22之方法，其中該複數個細胞表面標記包括選自由核鞘蛋白質(NP)、磷蛋白質(P)、基質蛋白質(M)、融合蛋白質(F)及血球凝集素神經胺酸酶(HN)、大蛋白質(L)組成之群組的一或多個成員。
如請求項中21之方法，其中該複數個細胞表面標記係由逆轉錄病毒科病毒載體族群產生，且其中該逆轉錄病毒科病毒載體族群包括選自由鳥白血病病毒、鼠乳腺癌病毒、鼠白血病病毒、貓白血病病毒、牛白血病病毒、人類T淋巴細胞病毒及慢病毒組成之群組的一或多個成員。
如請求項中24之方法，其中該複數個細胞表面標記係由慢病毒產生，且其中該慢病毒係或包括人類免疫缺乏病毒1。
如請求項中24之方法，其中該複數個細胞表面標記包括選自由殻體、反轉錄酶、整合酶、蛋白酶、p6、p7、p17、p24、gp41及gp120組成之群組的一或多個成員。
如請求項中21之方法，其中該複數個細胞表面標記係由細小病毒科病毒載體族群產生，且其中該細小病毒科病毒載體族群包括選自由靈長目動物四體细小病毒、嚙齒目動物原型細小病毒、塞薩病毒及靈長目動物紅細胞細小病毒組成之群組的一或多個成員。
如請求項中27之方法，其中該複數個細胞表面標記包括選自由病毒粒子蛋白質、VP1、VP2、VP3、VP4、VP5、殻體、磷脂酶A2、非結構蛋白質(NS)、NS1及NS2組成之群組的一或多個成員。
一種方法，其包括：將一細胞培養基中之細胞之一族群擴展15天以上；在該擴展步驟之後，隔離表現所關注之一細胞表面標記之細胞之該族群；及使複數個病毒載體與細胞之該濃縮族群接觸。
如請求項29之方法，其包括：在該接觸步驟之後，選擇所關注之一基因之細胞之該濃縮族群。