TR201911748A2 - Oti̇zm ri̇ski̇ni̇ beli̇rleme yöntemi̇ - Google Patents

Oti̇zm ri̇ski̇ni̇ beli̇rleme yöntemi̇ Download PDF

Info

Publication number
TR201911748A2
TR201911748A2 TR2019/11748A TR201911748A TR201911748A2 TR 201911748 A2 TR201911748 A2 TR 201911748A2 TR 2019/11748 A TR2019/11748 A TR 2019/11748A TR 201911748 A TR201911748 A TR 201911748A TR 201911748 A2 TR201911748 A2 TR 201911748A2
Authority
TR
Turkey
Prior art keywords
autism
mir
risk
hsa
samples
Prior art date
Application number
TR2019/11748A
Other languages
English (en)
Inventor
Funda Şener Eli̇f
Rassoulzadegan Mi̇noo
Taheri̇ Serpi̇l
Özkul Yusuf
Original Assignee
T C Erciyes Ueniversitesi
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by T C Erciyes Ueniversitesi filed Critical T C Erciyes Ueniversitesi
Priority to TR2019/11748A priority Critical patent/TR201911748A2/tr
Priority to PCT/TR2020/050660 priority patent/WO2021025648A2/en
Publication of TR201911748A2 publication Critical patent/TR201911748A2/tr

Links

Classifications

    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6883Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/158Expression markers
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/178Oligonucleotides characterized by their use miRNA, siRNA or ncRNA

Landscapes

  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Pathology (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
  • Investigating Or Analysing Biological Materials (AREA)

Abstract

Buluş, otistik çocukların, onların anne-babalarının ve sağlıklı kardeşlerinin serumlarında miR-19a-3p, miR-361-5p, miR-3613-3p, miR-150-5p, miR-126-3p, miR-499a-5p’nin otizmin tanısında kullanılabilir markırlarilebirden fazla otistik çocuğa sahip babaların sperm örneklerinde de otizmli çocuk sahibi olma riskini belirleme yöntemi ile ilgilidir.

Description

TARIFNAME OTIZM RISKINI BELIRLEME YÖNTEMI TEKNIK ALAN Bulus, otistik çocuklarlEl, onlarI anne-babalarIlEl ve sagl[Ell:l bulunan otizmin tan-a kullanuâbilir belirteç (markEllar)ile birden fazla otistik çocuga sahip babalar. sperm örneklerinde otizmli çocuk sahibi olma riskini belirleme yöntemi ile TEKNIK BULUSUN BILINEN DURUMU Otizmin kalüîllal oldugunu destekleyen birçok bilgi olmas. ragmen hastalilâan tam olarak sorumlu henüz bir gen ya da mutasyon su ana kadar literatürde tanIilanmamlSIEl Otizm ilginç bir sekilde jenerasyonlar arasIa giderek artan kalElEJl oran. sahiptir. Diger düzenleyici mekanizmalar. aksine, kodlaylEIZl olmayan RNA'larI ekspresyonlarldaki degisikliklerin, davrangtal degisiklikler dahil olmak üzere birçok karmasllîl hastalilîtaki bazlZl fenotipik degisiklikler için olaslIlbir mekanizma oldugu düsünülmektedir. Bugün birçok kompleks hastal[g]El mekanizmasIia ve kalliîlülda germ hücrelerinde korunarak bir sonraki nesile aktarllân epigenetik kallEEi önemli rol oynamaktadE Otizmin erken tanlîlîlhastaHgJI tedavisinde önemli yer tutmaktadlE Ayrlîla tespit edilen bu marklElniRNA'lar otistik çocuga sahip olma riski de belirleyebilmektedir.
Henüz otizm ile iliskili olarak ön tanEIve risk oranlEllZlbelirleyebilecek herhangi bir marklEliteratürde tanIilanmamlSIETespit edilen bu marklElEir ülkemizin bu alandaki bilimsel prestijine büyük oranda katkßaglayabilecek ve henüz dünya piyasaslîitla olmayan otizmin tan-a kullanllâbilecek kitlerin dizaynlEla olanak saglayacaktlEl ve baska hastaliklarlEl tan a kullan [Iâbilecek yeni kitlerin gelistirilmesine öncü olacaktEl Otizmde simdiye kadar beyin gelisiminde görev alan 100'den fazla gende birtakIi mutasyonlar bildirilmis ve bu genlerdeki bozukluklar. otizm için risk olusturdugu ileri Loth E et al. . Fakat ne yaz[lZl ki bu gendeki mutasyonlar& hiçbiri hastallgilîltam olarak açllîlayamamakta ve hatta çogu otizm hastasIa hiçbir mutasyon tespit edilememektedir (Ronemus M et al. 2014; Sanders SJ et al. 2015; Takata A et al. 2018). Literatürde otizm hastallgiElle iliskili oldugu ileri sürülen bu genlerin ya da mutasyonlarI otizm ile iliskisini net ortaya koyabilmek için mutlaka hayvan modelleri olusturulmasi. ve otistik fenotipe neden olduklarEI dogrulanmasügerektigi ileri sürülmektedir (Crawley JN 2007).
Yapilan arastlElnalar genetik ve çevresel faktörlerin yani diger bir ifade ile epigenetik mekanizmalar. otizmin gelisiminde temel bir rol oynadlgllElEgöstermistir (Anitha A et al. 2015). Son zamanlarda otizm gibi nedeni bilinmeyen ama kalIEal geçisi gösteren birçok hastalltha epigenetik faktörlerin etkisi arastEllEiaktadlEl Günümüzde yapllân çallSlnalardan elde edilen veriler, Alzheimer, otizm, tip II diyabet gibi ailesel geçisi oldugu gösterilen fakat birçok çallglna yapin-:hash ragmen bu hastalllZlarla direk olarak iliskili bir gen lokusu tanIilanamayan hastalllZIarI etiyolojisine epigenetik kallElEiI önemli rol oynadfgillîl göstermektedir. Bugün için otizm etiyolojisinde bilinenler bilinmeyenlerden azdIEl ve otizmin kompleksligi ve heterojenligi, hastalllîla etkin mücadeleyi zorlastlElnaktadlEl (Vorstman JA82017) Yüzlerce genle iliskisi arastlEllIhasEla ragmen iliskili bir yolak ya da geni tespit edilemeyen otizmin de içinde bulundugu ailesel geçisi olan birçok hastaliEta epigenetik kalllîlEiEl saglayan faktörlerden biri olan kodlanmayan RNA'larI (ncRNA'Iar) babadan çocuga hastalllg özelliklerinin geçmesinde rol oynadlgilîlgösterilmistir. Bu arastülnalar hayvan çallýnalarlîlile desteklenmis ve spermde bulunan ncRNA'larlElsemptomlarE geçisinde potansiyel vektörler olarak görev aldlgllîlortaya ç[lZlart[lBilSIE(Rassoulzadegan M et al. 2006).
MikroRNA'lar (miRNA'Iar), translasyonu bloke ederek ve mRNA'larlElstabilize edilmesine ya da bozulmaslila neden olarak tan lanan hedeflerin ifadesini düzenleyen 22nt-uzun kodlamayan RNA'lardlE AynlZlanda bir miRNA birden çok hedefi kontrol edebilmektedir.
Bugün literatürde nedeni bilinmeyen birçok hastal[gi|El mekanizmasIda rol oynamalarEbu alana olan ilgiyi giderek artünaktadliîlßanerjee-Basu S et al. 2014). Kodlanmayan RNA'Iar beyinde bol miktarda bulunurlar (Rajman M et al. 2017) ve onlar& islev bozukluklarlîcbtizm dahil birçok nöropatolojik durumda tespit edilmistir (GhahramaniSeno MM et al. 2011; Yukarda bahsedilen nedenlerden dolathenüz bu alanda otizmin tan-da ya da otizmli çocuk sahibi olma riskini belirlemede herhangi bir marklEtespit edilememistir. Literatürdeki bilgilerden yararlanarak yaptlgllim çallglna hem hasta hem de örnek profili aç-an literatürde tektir. Bu kapsamda henüz literatürde baska çalisma yoktur.
BU LUSUN AMACI Otistik çocuklarlEl, onlarI anne-babalarIlE ve saglllZlEkardeslerinin serumlarüda miR-19a- tan-a kullanllâbilir markElbr oldugu tespit edilmistir. AyrEla bu tespit ettigimiz markEliar birden fazla otistik çocuga sahip babalarI sperm örneklerinde de otizmli çocuk sahibi olma riskini belirleme de kullanllâbilecek marklEllar oldugu da tespit edilmistir.
Bu yönleriyle; -Tespit ettigimiz markEliar otizmin erken tan Üh lîlandlEacak ve kolaylastßcaktlîl Çünkü otizmin erken tanlîilîliiastallgil tedavisinde önemli yer tutmaktadlB -Diger taraftan tespit edilen marklEllar daha önce otistik çocuk sahibi olan ya da olmayan babalari sperm örneklerinden otistik çocuk sahibi olma riskinide öngörebilecektir.
-AyrEla tespit ettigimiz marklEllar herhangi bir invaziv isleme ihtiyaç duymadan noninvaziv belirlenebilmektedir.
-Ek olarak henüz otizm ile iliskili olarak ön tanElve dogum risk tahminini verebilecek herhangi bir marklEliteratürde ya da dünya piyasasüda mevcut degildir.
Bu yönleriyle tespit ettigimiz marklEllar otizm tan-a ve otizmli çocuk sahibi olma riskini belirlemek için dizayn edilebilecek kitler ile baska hastaIHZlarI da tan-a kullanllâbilecek yeni marklEllarItanHIanmasa öncü olacaktlEI Bulusumuz sayesinde yüzlerce genle ya da mutasyonla iliskisi arastlEllIhas- ragmen iliskili bir yolak ya da geni tespit edilemeyen otizmin olasIZI nedeninin epigenetik mekanizmalardan biri olan miRNA'IarlEl ekspresyonlarIaki bozukluktan kaynaklandlglîl tespit edilmistir. 2500'den fazla literatürde tanIilanmEmiRNA vardiEve birçok hastalltha tanElmarkElElolarak kullanllâbilmektedir. Ayrlîa miRNA'Iar otizminde içinde bulundugu ailesel geçisi olan birçok hastalitha babadan çocuga hastalila özelliklerinin geçmesinde rol oynadlgiEgösterilmistir. Bu arastlElnalar hayvan çallSlnalarElle desteklenmis ve spermde bulunan ncRNA'IarlElsemptomlarI geçisinde potansiyel vektörler olarak görev ald [glüirtaya çiElartiliigtlE Bu verilerden yola ç[lZlarak yaptlgllilîl çallgmada miR-19a-3p, miR-361-5p, marklEiJoIarak kullanllâbilecegi, hem de babalarda otistik çocuk sahibi olma riskini belirleyebilecegi tespit edilmistir.
SEKILLERIN AÇIKLAMASI Sekil 1: Otizm riskini belirleme yöntemi adnlarü Sekil 2: Otistik ailelerin anne, baba ve otistik çocuklar& serum örneklerinde yas ve cinsiyet uyumlu kontrol grubuna göre marklEl olarak tespit ettigimiz miRNA'larI ekspresyon seviyeleri BU LUSUN AÇIKLAMASI SpmarkElhrI birden fazla otistik çocuga sahip babalar. sperm örneklerinde de otizmli çocuk sahibi olma riskini belirleme de kullanllâbilecek marklEllar oldugu tespit edilmistir. hsa-miR-19a-3p ugugcaaaucuaugcaaaacuga hsa-miR-361-5p uuaucagaaucuccagggguac hsa-miR-3613-3p acaaaaaaaaaagcccaacccuuc hsa-miR-150-5p ucucccaacccuuguaccagug hsa-miR-126-3p ucguaccgugaguaauaaugcg hsa-miR-499a-5p uuaagacuugcagugauguuu ÇalEi'nada 2 farklülnetotla otistik fare modeli olusturulmus ve davrangdeneyleri ile de bu farelerin otistik fenotipe sahip olduklarEispatlanmIStlEl Bu farelerin jenerasyon takipleri yapI[g]Ida aynElö miRNA'nI insanda oldugu gibi otistik farelerin serum, sperm ve hipokampüs örneklerinde de aynEInsan serumlaria ve otistik çocuga sahip babalar. sperm örneklerinde oldugu gibi ekspresyonlarII kontrol grubuna göre azaldigE/e otistik fare modellerinde de otizmin tanlglüia marklEloIarak kullanüâbilecegi tespit edilmistir.
Yöntem süslIla asaglki asamalarlîçermektedir: 1. Otistik hastalar. serum örneklerinden, otistik çocuga sahip babalar. sperm ve serum örneklerinden Trizol metodu ile total RNA izolasyonlarIlEl yapllîIiasEI 2. serum ve sperm örneklerinden ayrEbyrERNA izolasyonlarlîyapllân örneklerin cDNA sentezlerinin yaplliiasü 3. Izole edilen cDNA örneklerinden dizayn edilen primerler ile miR-19a-3p, miR-361-5p, PCR)'da ekpresyon seviyelerinin belirlenmesi Otizm tanünarklîllarII otizmli çocuklarda ve babalari spermlerinde tespit edilebilmesinin Test yapüâcak kisiden allEbn örnek(serum ya da sperm) en fazla 2 saat içinde izolasyonu yapIlthan sonra cDNA sentezi yap[[[EI Daha sonra elde edilen cDNA 499a-5p için dizayn edilen primerler ile ayrlIlayrlIltüplerde Real Time PCR yapüârak ekpresyon seviyeleri belirlenir ve önceki datalar ile karsllâstlElIJE Bulus kapsamIda otizmin ailesel geçis gösteren bir hastallEIoldugunu ve ailesel geçiste de miRNA'larI önemli rol oynadlgllü özellikle de paternal geçisin daha etkin oldugu sonucuna ulasüâbilir. Bu bulus sayesinde otizmli çocuk sahibi olma riski belirlenerek otizm tedavi yöntemlerine katkßaglayacaktlü Otizm riskini belirlemek için kullanllân yöntem - Otistik hastalar. tükürük ve serum örneklerinden, otistik çocuga sahip babalarlEl sperm ve serum örneklerinden Trizol metodu ile total RNA izolasyonlarII yapmasi: - serum ve sperm örneklerinden ayrElayrERNA izolasyonlarÜ/apllân örneklerin cDNA sentezlerinin yapllîhaslîl - Izole edilen cDNA örneklerinden dizayn edilen primerler ile miR-19a-3p, miR- PCR'da ekpresyon seviyelerinin belirlenmesi adilarlElEibermektedir.

Claims (3)

ISTEMLER
1. Otizmli çocuk sahibi olma riskini belirlemede kullanllüiak üzere asaglki listede yer alan en az bir belirteç, hsa-mIR-19a-3p ugugcaaaucuaugcaaaacuga hsa-mIR-361-5p uuaucagaaucuccagggguac hsa-miR-3613-3p acaaaaaaaaaagcccaacccuuc hsa-miR-150-5p ucucccaacccuuguaccagug hsa-miR-126-3p ucguaccgugaguaauaaugcg hsa-miR-499a-5p uuaagacuugcagugauguuu
2. Istem 1'e göre marklEllarlEl, Otizmli çocuk sahibi olma riskini belirlemede kullanllüiak üzere kitin hazlEIhnmasIia kullanUEiasEl
3. Otizmli çocuk sahibi olma riskini belirleme yöntemi olup özelligi a. Serum veya sperm örneklerinden Trizol metodu ile total RNA izolasyonlarII yapIEhasEl b. RNA izolasyonlarlîýapüân örneklerin cDNA sentezlerinin yapUEiaslZl c. Izole edilen cDNA örneklerinden dizayn edilen primerler ile miR-19a-3p, gerçek zamanIEEPZR (Real Time PCR) `de ekpresyon seviyelerinin belirlenmesi islem adIiIarlElEiçermesidir.
TR2019/11748A 2019-08-02 2019-08-02 Oti̇zm ri̇ski̇ni̇ beli̇rleme yöntemi̇ TR201911748A2 (tr)

Priority Applications (2)

Application Number Priority Date Filing Date Title
TR2019/11748A TR201911748A2 (tr) 2019-08-02 2019-08-02 Oti̇zm ri̇ski̇ni̇ beli̇rleme yöntemi̇
PCT/TR2020/050660 WO2021025648A2 (en) 2019-08-02 2020-07-27 Method of autism risk determination

Applications Claiming Priority (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
TR2019/11748A TR201911748A2 (tr) 2019-08-02 2019-08-02 Oti̇zm ri̇ski̇ni̇ beli̇rleme yöntemi̇

Publications (1)

Publication Number Publication Date
TR201911748A2 true TR201911748A2 (tr) 2021-02-22

Family

ID=74504123

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
TR2019/11748A TR201911748A2 (tr) 2019-08-02 2019-08-02 Oti̇zm ri̇ski̇ni̇ beli̇rleme yöntemi̇

Country Status (2)

Country Link
TR (1) TR201911748A2 (tr)
WO (1) WO2021025648A2 (tr)

Family Cites Families (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CA3056938A1 (en) * 2017-03-21 2018-09-27 The Research Foundation For The State University Of New York Analysis of autism spectrum disorder

Also Published As

Publication number Publication date
WO2021025648A2 (en) 2021-02-11
WO2021025648A3 (en) 2021-03-11

Similar Documents

Publication Publication Date Title
Sun et al. Human microglial state dynamics in Alzheimer’s disease progression
Molero et al. Selective expression of mutant huntingtin during development recapitulates characteristic features of Huntington’s disease
Davenport et al. Genome-wide association studies of the human gut microbiota
Fujii et al. Transgenic mouse model for the study of enterovirus 71 neuropathogenesis
ES2730980T3 (es) Método de evaluación de la inmunodiversidad y su uso
CN105442052A (zh) 一种检测诊断主动脉夹层病致病基因的dna文库及其应用
CA3057324A1 (en) Analysis and prediction of traumatic brain injury and concusion symptoms
Stoll et al. Naked mole-rats maintain healthy skeletal muscle and Complex IV mitochondrial enzyme function into old age
Lu et al. Circulating proteins influencing psychiatric disease: A Mendelian randomization study
CN107338324A (zh) 用于诊断不明原因复发性流产的血清lncRNA标志物、引物组及应用和试剂盒
Smajić et al. Single-cell sequencing of the human midbrain reveals glial activation and a neuronal state specific to Parkinson’s disease
Guo et al. lncRNA expression in the auditory forebrain during postnatal development
Cheng et al. Expression of the G72/G30 gene in transgenic mice induces behavioral changes
Xu et al. Genetic regulatory network analysis reveals that low density lipoprotein receptor-related protein 11 is involved in stress responses in mice
Lecocq et al. Aptamers as biomarkers for neurological disorders. Proof of concept in transgenic mice
Woodley et al. The relationship between Microcephalin, ASPM and intelligence: A reconsideration
Cerutti et al. Specific capture and whole-genome phylogeography of Dolphin morbillivirus
TR201911748A2 (tr) Oti̇zm ri̇ski̇ni̇ beli̇rleme yöntemi̇
CN107022613B (zh) 一种与非综合征型唇腭裂诊断相关的snp标志物及其应用
CN105733988B (zh) 组合物及应用
Kong et al. Gastrointestinal and microbiome profiling in rodent models of neurological and psychiatric disorders
US11827939B2 (en) Method for diagnosing cholangiocarcinoma via bacterial metagenomic analysis
CN105567832B (zh) 一种非疾病的诊断和治疗目的的微生物耐药性基因的检测方法
Conley Genotyping a new, national household panel study: White paper prepared for NSF-sponsored Conference, May 2014
Krohn et al. Fine-mapping of SNCA in REM sleep behavior disorder and overt synucleinopathies