TH82440B - ระบบอัตโนมัติสำหรับแม็ปปิ้งลำดับเบสของดีเอ็นเอที่ได้จากเครื่องอ่านลำดับเบสที่ใช้เทคโนโลยีไพโรซีเคว้นซิ่ง - Google Patents
ระบบอัตโนมัติสำหรับแม็ปปิ้งลำดับเบสของดีเอ็นเอที่ได้จากเครื่องอ่านลำดับเบสที่ใช้เทคโนโลยีไพโรซีเคว้นซิ่งInfo
- Publication number
- TH82440B TH82440B TH601002352A TH0601002352A TH82440B TH 82440 B TH82440 B TH 82440B TH 601002352 A TH601002352 A TH 601002352A TH 0601002352 A TH0601002352 A TH 0601002352A TH 82440 B TH82440 B TH 82440B
- Authority
- TH
- Thailand
- Prior art keywords
- dna
- sample
- pyrosequencing
- sequencer
- mapper
- Prior art date
Links
Abstract
DC60 (31/09/55) การประดิษฐ์นี้เป็นการพัฒนาระบบอัตโนมัติสำหรับแม็ปปิ้งลำดับเบสของดีเอ็นเอที่ได้จากเครื่องอ่าน ลำดับเบสที่ใช้เทคโนโลยีไพโรซีเคว้นซิ่ง ที่ประกอบด้วย เครื่องอ่านลำดับเบสที่ใช้เทคโนโลยีไพโรซีเคว้นซิ่ง สำหรับอ่านข้อมูลลำดับเบสของดีเอ็นเอตัวอย่างที่ต้องการทำแม็ปปิ้ง เครื่องแม็ปปิ้งลำดับเบสของดีเอ็นเอ ที่ อย่างน้อยที่สุดประกอบด้วยหน่วยประมวลผลกลาง GPU หน่วยความจำ RAM ฮาร์ดดิสก์ พอร์ตอินพุต และ จอแสดงผล และอุปกรณ์เชื่อมต่อระหว่างเครื่องอ่านลำดับเบสที่ใช้เทคโนโลยีไพโรซีเคว้นซิ่งดังกล่าวกับ พอร์ตอินพุตของเครื่องแม็ปปิ้งลำดับเบสของดีเอ็นเอ เพื่อรับข้อมูลลำดับเบสของดีเอ็นเอตัวอย่างที่ต้องการ ทำแม็ปปิ้งดังกล่าว โดยมีลัษณะเฉพาะ คือ เครื่องแม็ปปิ้งลำดับเบสของดีเอ็นเอทำงานตามขั้นตอนดังนี้ (1) ขั้นตอนการจัดเตรียมสายดีเอ็นเอตัวอย่างที่ได้จากเครื่องอ่านลำดับเบสที่ใช้เทคโนโลยีไพโรซีเคว้นซิ่งและ สายดีเอ็นเออ้างอิงด้วยการเข้ารหัสซีดเมอร์แบบเลื่อนทีละ 1 เบส (2) ขั้นตอนการเรียงลำดับสายดีเอ็นเอ ตัวอย่างเทียบกับสายดีเอ็นเออ้างอิงด้วยการหาตำแหน่งของซีดเมอร์ของสายดีเอ็นเอตัวอย่างเทียบกับซีด เมอร์ของสายดีเอ็นเออ้างอิงด้วยหลักการไบนารี่เสิร์ช เพื่อระบุตำแหน่งการเรียงตัวและนำไปสู่การค้นหา ตำแหน่งและค้นหาความแปรผันในลำดับเบสของสายดีเอ็นเอตัวอย่าง ระบบอัตโนมัติตามการประดิษฐ์นี้ นอกจากจะช่วยแม็ปปิ้งลำดับเบสของดีเอ็นเอได้อย่างถูกต้องแล้ว ระบบยังทำงานได้อย่างรวดเร็วเนื่องจากมี การนำ GPU มาทำงานร่วมกับขั้นตอนที่มีประสิทธิภาพในการคำนวณสูง นอกจากนี้ ระบบยังมีการรายงาน ผลข้อมูลสนิปและการแทรกหรือการขาดหายไปของนิวคลีโอไทด์ซึ่งมีประโยชน์ในการนำไปใช้งานต่อได้อีก ด้วย การประดิษฐ์นี้เป็นการพัฒนาระบบอัตโนมัติสำหรับแม็ปปิ้งลำดับเบสของดีเอ็นเอที่ได้จากเครื่องอ่าน ลำดับเบสที่ใช้เทคโนโลยีไพโรซีเคว้นซิ่ง ที่ประกอบด้วย เครื่องอ่านลำดับเบสที่ใช้เทคโนโลยีไพโรซีเคว้นซิ่ง สำหรับอ่านข้อมูลลำดับเบสของดีเอ็นเอตัวอย่างที่ต้องการทำแม็ปปิ้ง เครื่องแม็ปปิ้งลำดับเบสของดีเอ็นเอ ที่ อย่างน้อยที่สุดประกอบด้วยหน่วยประมวลผลกลาง GPU หน่วยความจำ RAM ฮาร์ดดิสก์ พอร์ตอินพุต และ จอแสดงผล และอุปกรณ์เชื่อมต่อระหว่างเครื่องอ่านลำดับเบสที่ใช้เทคโนโลยีไพโรซีเคว้นซิ่งดังกล่าวกับ พอร์ตอินพุตของเครื่องแม็ปปิ้งลำดับเบสของดีเอ็นเอ เพื่อรับข้อมูลลำดับเบสของดีเอ็นเอตัวอย่างที่ต้องการ ทำแม็ปปิ้งดังกล่าว โดยมีลัษณะเฉพาะ คือ เครื่องแม็ปปิ้งลำดับเบสของดีเอ็นเอทำงานตามขั้นตอนดังนี้ (1) ขั้นตอนการจัดเตรียมสายดีเอ็นเอตัวอย่างที่ได้จากเครื่องอ่านลำดับเบสที่ใช้เทคโนโลยีไพโรซีเคว้นซิ่งและ สายดีเอ็นเออ้างอิงด้วยการเข้ารหัสซีดเมอร์แบบเลื่อนทีละ 1 เบส (2) ขั้นตอนการเรียงลำดับสายดีเอ็นเอ ตัวอย่างเทียบกับสายดีเอ็นเออ้างอิงด้วยการหาตำแหน่งของซีดเมอร์ของสายดีเอ็นเอตัวอย่างเทียบกับซีด เมอร์ของสายดีเอ็นเออ้างอิงด้วยหลักการไบนารี่เสิร์ช เพื่อระบุตำแหน่งการเรียงตัวและนำไปสู่การค้นหา ตำแหน่งและค้นหาความแปรผันในลำดับเบสของสายดีเอ็นเอตัวอย่าง ระบบอัตโนมัติตามการประดิษฐ์นี้ นอกจากจะช่วยแม็ปปิ้งลำดับเบสของดีเอ็นเอได้อย่างถูกต้องแล้ว ระบบยังทำงานได้อย่างรวดเร็วเนื่องจากมี การนำ GPU มาทำงานร่วมกับขั้นตอนที่มีประสิทธิภาพในการคำนวณสูง นอกจากนี้ ระบบยังมีการรายงาน ผลข้อมูลสนิปและการแทรกหรือการขาดหายไปของนิวคลีโอไทด์ซึ่งมีประโยชน์ในการนำไปใช้งานต่อได้อีก ด้วย
Claims (1)
1. มอดูลตัวปรับต่อเส้นใยนำแสง ประกอบรวมด้วย ลำตัวแบบรวม ที่มี ส่วนตัวเรือน และส่วนการประกอบติด ส่วนตัวเรือน ที่รวมถึง ตัวปรับต่อที่ได้รับการก่อรูปอย่างรวมกันจำนวนหนึ่ง ตัวปรับต่อแต่ละอัน ที่รวมถึง ช่องเปิดการเข้าถึง ช่องเปิดด้านหน้า และช่องเปิดด้านหลัง ช่องเปิดด้านหน้าและด้านหลัง ที่ได้รับการกำหนดโครงแบบเพื่อที่จะรับและเข้าคู่กับตัวเชื่อมต่อเส้น ใยนำแสง และเชื่อมต่ออย่างเป็นทางเลือกของตัวเชื่อมต่อเส้นใยนำแสง ที่ได้รับการใส่เข้าไปยังช่อง เปิดด้านหน้าและด้านหล:
Publications (4)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| TH82440A TH82440A (th) | 2007-01-11 |
| TH128855A TH128855A (th) | 2013-11-07 |
| TH41775B TH41775B (th) | 2014-10-07 |
| TH82440B true TH82440B (th) | 2021-04-23 |
Family
ID=
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| Marschall et al. | Numerical simulation of species transfer across fluid interfaces in free-surface flows using OpenFOAM | |
| ES2660429T3 (es) | Métodos, reactivos y kits para detectar enfermedad residual mínima | |
| EP4443436A3 (en) | Universal short adapters for indexing of polynucleotide | |
| EP4446437A3 (en) | Spatial indexing of genetic material and library preparation using hydrogel beads and flow cells | |
| EP4617383A3 (en) | Methods for analysis of circulating cells | |
| EP4270012A3 (en) | Automated cell processing methods, modules, instruments and systems | |
| MX2015006219A (es) | Analisis digital de analitos moleculares usando deteccion de molecula individual. | |
| EP2797104A3 (en) | Imaging mass analysis data processing method and imaging mass spectrometer | |
| SG10201807112XA (en) | Analysis of nucleic acids associated with single cells using nucleic acid barcodes | |
| EA201690529A1 (ru) | Способы модификации клетки-хозяина | |
| EP3032237A3 (en) | Method for referencing an optical power loss measurement system, and associated computer readable memory and oplm system | |
| EP4567682A3 (en) | Methods for genomic analysis | |
| Jazayeri et al. | RNA-Seq: a glance at technologies and methodologies | |
| Ghali et al. | ProteoAnnotator–open source proteogenomics annotation software supporting PSI standards | |
| WO2014130970A3 (en) | Optical systems and methods for biological analysis | |
| Benoit et al. | Bloocoo, a memory efficient read corrector | |
| IN2013MU01938A (th) | ||
| Klitgård et al. | A detailed investigation of the Pterocarpus clade (Leguminosae: Dalbergieae): Etaballia with radially symmetrical flowers is nested within the papilionoid-flowered Pterocarpus | |
| EP2660573A3 (en) | Systems and methods for identifying a plurality of compounds in a mixture | |
| WO2015066706A3 (en) | GENETICALLY ENCODED FLUORESCENT SENSORS FOR DETECTING LIGAND BIAS AND INTRACELLULAR SIGNALING THROUGH cAMP PATHWAYS | |
| TH82440B (th) | ระบบอัตโนมัติสำหรับแม็ปปิ้งลำดับเบสของดีเอ็นเอที่ได้จากเครื่องอ่านลำดับเบสที่ใช้เทคโนโลยีไพโรซีเคว้นซิ่ง | |
| WO2019236893A3 (en) | Stem cell lines containing endogenous, differentially-expressed tagged proteins, methods of production, and use thereof | |
| HK1211416A2 (en) | A data processing method for an exchange service | |
| MX2020005174A (es) | Entorno multiple de motores de diagnostico. | |
| KR20190126930A (ko) | 다중-염기서열 파일을 위한 서명-해시 (signature-hash for multi-sequence files) |