TH24618U - ชุดไพรเมอร์สำหรับตรวจจำแนกเชื้อไวรัสใบด่างมันสำปะหลังชนิด Sri Lankan cassava mosaic virus (SLCMV), Indian cassava mosaic virus (ICMV) และ African cassava mosaic virus (ACMV) ในมันสำปะหลัง - Google Patents
ชุดไพรเมอร์สำหรับตรวจจำแนกเชื้อไวรัสใบด่างมันสำปะหลังชนิด Sri Lankan cassava mosaic virus (SLCMV), Indian cassava mosaic virus (ICMV) และ African cassava mosaic virus (ACMV) ในมันสำปะหลังInfo
- Publication number
- TH24618U TH24618U TH2103002724U TH2103002724U TH24618U TH 24618 U TH24618 U TH 24618U TH 2103002724 U TH2103002724 U TH 2103002724U TH 2103002724 U TH2103002724 U TH 2103002724U TH 24618 U TH24618 U TH 24618U
- Authority
- TH
- Thailand
- Prior art keywords
- mosaic virus
- cassava mosaic
- slcmv
- icmv
- acmv
- Prior art date
Links
Abstract
การประดิษฐ์นี้เกี่ยวข้องกับการพัฒนาชุดไพรเมอร์สำหรับตรวจจำแนกเชื้อไวรัสใบด่างมันสำปะหลัง ชนิด Sri Lankan cassava mosaic virus (SLCMV), Indian cassava mosaic virus (ICMV) และ African cassava mosaic virus (ACMV) โดยชุดไพรเมอร์ตามการประดิษฐ์นี้ประกอบรวมด้วยฟอร์เวิร์ดไพรเมอร์ (forward primer) ที่จับกับบริเวณอนุรักษ์ (conserved region) ระหว่างเชื้อ Sri Lankan cassava mosaic virus (SLCMV), Indian cassava mosaic virus (ICMV) และ African cassava mosaic virus (ACMV); และรีเวิร์ สไพรเมอร์ (reverse primer) ที่จับกับบริเวณจำเพาะ (specific region) ของไวรัสแต่ละชนิด และนำชุดไพร เมอร์ที่พัฒนาขึ้นมาใช้ในการพัฒนาวิธีการตรวจจำแนกเชื้อ Sri Lankan cassava mosaic virus (SLCMV), Indian cassava mosaic virus (ICMV) และ African cassava mosaic virus (ACMV) ด้วยวิธีมัลติเพล็กซ์-พีซี อาร์ (Multiplex polymerase chain reaction; Multiplex PCR) ที่มีความไว, ความจำเพาะเจาะจง, ไม่ เกิดปฏิกิริยาข้ามกันเองหรือกับสารสกัดดีเอ็นเอ (DNA) จากตัวอย่างพืชปกติ และสามารถตรวจจำแนกเชื้อ ดังกล่าวได้อย่างถูกต้องแม่นยำภายในคราวเดียว ดังนั้น จึงสามารถนำชุดไพรเมอร์และวิธีมัลติเพล็กซ์-พีซีอาร์ (Multiplex polymerase chain reaction; Multiplex PCR) ที่ได้จากการประดิษฐ์นี้ไปใช้ประโยชน์ในการศึกษา ระบาดวิทยา, การจัดการควบคุมโรค, การปรับปรุงพันธุ์พืช และการศึกษาวิจัยได้อีกด้วย
Claims (7)
1. ชุดไพรเมอร์สำหรับตรวจจำแนกเชื้อไวรัสใบด่างมันสำปะหลังชนิด Sri Lankan cassava mosaic virus (SLCMV), Indian cassava mosaic virus (ICMV) และ African cassava mosaic virus (ACMV) ซึ่งมี ลักษณะเฉพาะคือชุดไพรเมอร์ดังกล่าวประกอบรวมด้วย: ฟอร์เวิร์ดไพรเมอร์ (forward primer) ซึ่งมีลำดับเบส 5’- GTT AGC ACC CAA GGA TTA TG -3’; รีเวิร์สไพรเมอร์ (reverse primer) เส้นที่สอง ซึ่งมีลำดับเบส 5’- TAC AAA TGC CAG AAT CAG CG -3’; และ รีเวิร์สไพรเมอร์ (reverse primer) เส้นที่สาม ซึ่งมีลำดับเบส 5’- CGC TGA TAA TGT TAG GGA TTC C -3’
2. ชุดไพรเมอร์สำหรับตรวจจำแนกเชื้อไวรัสใบด่างมันสำปะหลังชนิด Sri Lankan cassava mosaic virus (SLCMV), Indian cassava mosaic virus (ICMV) และ African cassava mosaic virus (ACMV) ตามข้อ ถือสิทธิที่ 1 ที่ซึ่ง ฟอร์เวิร์ดไพรเมอร์ (forward primer) มีความจำเพาะกับบริเวณอนุรักษ์ (conserved region) บนดีเอ็นเอ-เอ (DNA-A) ของเชื้อ Sri Lankan cassava mosaic virus (SLCMV), Indian cassava mosaic virus (ICMV) และ African cassava mosaic virus (ACMV) ที่ตำแหน่ง 1692-1714 (เลขทะเบียน เจนแบงค์ (GenBank) เลขที่ MN544647), 1692-1714 (เลขทะเบียนเจนแบงค์ (GenBank) เลขที่ AJ314739) และ 1696-1718 (เลขทะเบียนเจนแบงค์ (GenBank) เลขที่ MG250159) ตามล าดับ
3. ชุดไพรเมอร์สำหรับตรวจจำแนกเชื้อไวรัสใบด่างมันสำปะหลังชนิด Sri Lankan cassava mosaic virus (SLCMV), Indian cassava mosaic virus (ICMV) และ African cassava mosaic virus (ACMV) ตามข้อ ถือสิทธิที่ 1 ที่ซึ่ง รีเวิร์สไพรเมอร์ (reverse primer) เส้นที่หนึ่ง มีความจำเพาะกับบริเวณจำเพาะ (specific region) บนดีเอ็นเอ-เอ (DNA-A) ของเชื้อ Sri Lankan cassava mosaic virus (SLCMV) ที่ต าแหน่ง 2150- 2131 (เลขทะเบียนเจนแบงค์ (GenBank) เลขที่ MN544647)
4. ชุดไพรเมอร์สำหรับตรวจจำแนกเชื้อไวรัสใบด่างมันสำปะหลังชนิด Sri Lankan cassava mosaic virus (SLCMV), Indian cassava mosaic virus (ICMV) และ African cassava mosaic virus (ACMV) ตามข้อ ถือสิทธิที่ 1 ที่ซึ่ง รีเวิร์สไพรเมอร์ (reverse primer) เส้นที่สอง มีความจำเพาะกับบริเวณจำเพาะ (specific region) บนดีเอ็นเอ-เอ (DNA-A) ของเชื้อ Indian cassava mosaic virus (ICMV) ที่ตำแหน่ง 2404-2385 (เลขทะเบียนเจนแบงค์ (GenBank) เลขที่ AJ314739)
5. ชุดไพรเมอร์สำหรับตรวจจำแนกเชื้อไวรัสใบด่างมันสำปะหลังชนิด Sri Lankan cassava mosaic virus (SLCMV), Indian cassava mosaic virus (ICMV) และ African cassava mosaic virus (ACMV) ตามข้อ ถือสิทธิที่ 1 ที่ซึ่ง รีเวิร์สไพรเมอร์ (reverse primer) เส้นที่สาม มีความจำเพาะกับบริเวณจำเพาะ (specific region) บนดีเอ็นเอ-เอ (DNA-A) ของเชื้อ African cassava mosaic virus (ACMV) ที่ต าแหน่ง 2010-1989 (เลขทะเบียนเจนแบงค์ (GenBank) เลขที่ MG250159)
6. วิธีการตรวจจำแนกเชื้อไวรัสใบด่างมันสำปะหลังชนิด Sri Lankan cassava mosaic virus (SLCMV), Indian cassava mosaic virus (ICMV) และ African cassava mosaic virus (ACMV) ด้วยวิธีมัลติเพล็กซ์- พีซีอาร์ (Multiplex polymerase chain reaction; Multiplex PCR) โดยใช้ชุดไพรเมอร์ตามข้อถือสิทธิที่ 1 ถึง 5 ข้อใดข้อหนึ่ง ประกอบรวมด้วยขั้นตอน: ก. การจัดให้มีองค์ประกอบสำหรับใช้ในการวิเคราะห์ด้วยวิธีมัลติเพล็กซ์-พีซีอาร์ (Multiplex polymerase chain reaction; Multiplex PCR) ที่ซึ่ง องค์ประกอบดังกล่าวประกอบรวมด้วย: - บัฟเฟอร์สำหรับเอ็นไซม์ดีเอ็นเอโพลีเมอเรส (DNA polymerase) ที่ความเข้มข้นเท่ากับ 1X; - สารละลายแมกนีเซียมคลอไรด์ (magnesium chloride; MgCl2) ที่ความเข้มข้นเท่ากับ 1.5 มิลลิโมลาร์; - ดีออกซีไรโบนิวคลีโอไทด์ไตรฟอสเฟท (deoxyribonucleotide triphosphates; dNTPs) ที่ ประกอบด้วยดีออกซีอะดีโนซีนไตรฟอสเฟท (deoxyadenosine triphosphate; dATP), ดี ออกซีไซทิดีนไตรฟอสเฟท (deoxycytidine triphosphate; dCTP), ดีออกซีกัวโนซีนไตร ฟอสเฟท (deoxyguanosine triphosphate; dGTP) และดีออกซีไทมิดีนไตรฟอสเฟท (deoxythymidine triphosphate; dTTP) ที่ความเข้มข้นตัวละ 0.2 มิลลิโมลาร์; - ฟอร์เวิร์ดไพรเมอร์ (forward primer) ที่ความเข้มข้น 0.6 ไมโครโมลาร์; - รีเวิร์สไพรเมอร์ (reverse primer) เส้นที่หนึ่ง ที่ความเข้มข้น 0.2 ไมโครโมลาร์; - รีเวิร์สไพรเมอร์ (reverse primer) เส้นที่สอง ที่ความเข้มข้น 0.2 ไมโครโมลาร์; - รีเวิร์สไพรเมอร์ (reverse primer) เส้นที่สาม ที่ความเข้มข้น 0.2 ไมโครโมลาร์; - ดีเอ็นเอโพลีเมอเรส (DNA polymerase) ในปริมาณ 0.625 ยูนิต; - สารสกัดดีเอ็นเอ (DNA) ของตัวอย่างพืชที่ต้องการตรวจสอบ ปริมาณ 20 ถึง 50 นาโนกรัม; และ - น้ำกลั่นที่ปราศจากดีเอ็นเอสและอาร์เอ็นเอส (DNase/RNase-free water) สำหรับปรับ ปริมาตรรวมขององค์ประกอบ ข. การปั่นเหวี่ยง (centrifugation) องค์ประกอบสำหรับใช้ในการวิเคราะห์ด้วยวิธีมัลติเพล็กซ์- พีซีอาร์ (Multiplex polymerase chain reaction; Multiplex PCR) ที่ได้จากขั้นตอน ก. ด้วย ความเร็ว 1500 รอบต่อนาที เป็นเวลา 5 วินาที ที่อุณหภูมิห้อง (20 - 25 องศาเซลเซียส) ค. การทำปฏิกิริยามัลติเพล็กซ์-พีซีอาร์ (Multiplex polymerase chain reaction; Multiplex PCR) องค์ประกอบที่ได้จากขั้นตอน ข.
7. วิธีการตรวจจำแนกเชื้อไวรัสใบด่างมันสำปะหลัง ตามข้อถือสิทธิที่ 6 ที่ซึ่ง การทำปฏิกิริยามัลติเพล็กซ์- พีซีอาร์ (Multiplex polymerase chain reaction; Multiplex PCR) ในขั้นตอน ค. ถูกกำหนดค่าดังนี้: - ปฏิกิริยาอินนิเชียลดีแนทเชอเรชั่น (initial denaturation) ที่อุณหภูมิ 95 องศาเซลเซียส เป็น เวลา 2 นาที; - ปฏิกิริยาลูกโซ่โพลีเมอเรส (polymerase chain reaction; PCR) ประกอบด้วยการบ่มที่อุณหภูมิ 95 องศาเซลเซียส เป็นเวลา 1 นาที, การบ่มที่อุณหภูมิ 55 องศาเซลเซียส เป็นเวลา 1 นาที และ การบ่มที่อุณหภูมิ 72 องศาเซลเซียส เป็นเวลา 1 นาที เป็นจ านวนทั้งสิ้น 30 รอบ; และ - ปฏิกิริยาต่อสายดีเอ็นเอขั้นสุดท้าย (final extension) ที่อุณหภูมิ 72 องศาเซลเซียส เป็นเวลา 5 นาที
Publications (2)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| TH24618U true TH24618U (th) | 2024-10-11 |
| TH24618Y TH24618Y (th) | 2024-10-11 |
Family
ID=
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| Zaghloul et al. | Recombinase polymerase amplification as a promising tool in hepatitis C virus diagnosis | |
| Klenner et al. | Comparing viral metagenomic extraction methods | |
| JP2019515667A5 (th) | ||
| Thanarajoo et al. | Detection of Coconut cadang-cadang viroid (CCCVd) in oil palm by reverse transcription loop-mediated isothermal amplification (RT-LAMP) | |
| WO2016075277A1 (en) | Novel fish virus and method for detection | |
| TH24618Y (th) | ชุดไพรเมอร์สำหรับตรวจจำแนกเชื้อไวรัสใบด่างมันสำปะหลังชนิด Sri Lankan cassava mosaic virus (SLCMV), Indian cassava mosaic virus (ICMV) และ African cassava mosaic virus (ACMV) ในมันสำปะหลัง | |
| EP4219770A3 (en) | Compositions and methods for detection of rsv b in samples | |
| TWI874625B (zh) | 新型冠狀病毒的檢測方法和檢測試劑 | |
| CN101845515B (zh) | 焦磷酸测序技术检测猪肉制品中猪甲型h1n1流感病毒的方法 | |
| CN101921868B (zh) | 焦磷酸测序技术鉴别禽流感病毒亚型的方法 | |
| CN105986044A (zh) | 禽流感病毒核酸通用快速检测方法 | |
| CN103667539A (zh) | 一种利用焦磷酸测序技术检测小反刍兽疫病毒的试剂盒 | |
| JP2014083052A5 (th) | ||
| Aifat et al. | Ancient DNA analyses of museum specimens from selected Presbytis (Primate: Colobinae) based on partial Cyt b sequences | |
| CN101921869B (zh) | 焦磷酸测序技术鉴别新城疫病毒强毒株与弱毒株的方法 | |
| CN103509879B (zh) | 一种鸭甲肝病毒通用的lamp检测试剂盒 | |
| WO2023067510A1 (en) | Colorimetric detection of nucleic acids | |
| Vandemeulebroucke et al. | A proposed validation method for automated nucleic acid extraction and RT-qPCR analysis: An example using Bluetongue virus | |
| CN102899412B (zh) | 一种溶珊瑚弧菌多重毒力因子GeXP快速检测试剂盒和检测方法 | |
| CA3023841C (en) | Methods and compositions for classifying dlbcl | |
| JP4658660B2 (ja) | 核酸検出法 | |
| JP7589458B2 (ja) | コロナウイルス（ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２）検出に用いるオリゴヌクレオチド及びその検出方法 | |
| RU2744187C1 (ru) | Способ выявления вируса клещевого энцефалита методом ОТ-ПЦР в реальном времени | |
| CN101144793A (zh) | 甘蔗斐济病毒检测方法 | |
| CN107663546A (zh) | 基于智能恒温扩增检测技术检测金黄色葡萄球菌的引物组、试剂盒及方法 |