TH19604C3 - A system for detecting genome-wide sequencing mutations and such methods. - Google Patents

A system for detecting genome-wide sequencing mutations and such methods.

Info

Publication number
TH19604C3
TH19604C3 TH1803002243U TH1803002243U TH19604C3 TH 19604 C3 TH19604 C3 TH 19604C3 TH 1803002243 U TH1803002243 U TH 1803002243U TH 1803002243 U TH1803002243 U TH 1803002243U TH 19604 C3 TH19604 C3 TH 19604C3
Authority
TH
Thailand
Prior art keywords
mutation
genome
loci
wide
sequencing
Prior art date
Application number
TH1803002243U
Other languages
Thai (th)
Other versions
TH19604A3 (en
Inventor
นางวรรณวิสาข์เจริญฉิม
นางสาววรรณวิมลหมอกมาก
นางสาวอลิษาวิลันโท
นายชุมพลงามผิว
นายวรวิชพรศิริเจริญพันธ์
นายศิษเฎศทองสิมา
นายศุภศักดิ์กุลวงศ์อนันชัย
Original Assignee
สำนักงานพัฒนาวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีแห่งชาติ
Filing date
Publication date
Application filed by สำนักงานพัฒนาวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีแห่งชาติ filed Critical สำนักงานพัฒนาวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีแห่งชาติ
Publication of TH19604A3 publication Critical patent/TH19604A3/en
Publication of TH19604C3 publication Critical patent/TH19604C3/en

Links

Abstract

บทสรุปการประดิษฐ์ซึ่งจะปรากฏบนหน้าประกาศโฆษณาReadFile:------08/01/2564------(OCR)การประดิษฐ์นี้เป็นการพัฒนาระบบสำหรับการตรวจการกลายพันธุ์จากลำดับเบสแบบทั่วจีโนม(wholegenomesequencing)โดยพัฒนากระบวนการในการคัดกรองและแปลผลตำแหน่งสนิปให้ถูกต้องมากยิ่งขึ้นเพื่อมุ่งเน้นสร้างระบบอัตโนมัติเพื่อช่วยในการวิเคราะห์การกลายพันธุ์ในบริเวณที่มีปริมาณดีเอ็นเอน้อยและคุณภาพของข้อมูลไม่เพียงพอ(lowcoverage)โดยการประมวลผลการตรวจหาตำแหน่งการกลายพันธุ์ที่เกิดขึ้นการดูความน่าจะเป็นทางพันธุกรรมตามลำดับพงศาวลี(pedigree)โดยเทียบกับรุ่นพ่อและแม่ของลำดับเบสของตัวอย่างนั้นๆเพื่อเป็นการตรวจสอบย้อนกลับเพื่อเพิ่มความเชื่อมั่นว่าตำแหน่งที่มีค่าสัญญาณต่ำที่พบเป็นตำแหน่งที่เกิดการกลายพันธุ์จริงและส่งผลต่อความถูกต้องในการตรวจความผิดปกติของโรคพันธุกรรมนอกจากนี้ยังสามารถเปรียบเทียบกับฐานข้อมูลของประชากรนั้นๆเพื่อเพิ่มความถูกต้องให้แม่นยำขึ้นโดยการใช้ข้อมูลความถี่ของอัลลีลที่เกิดขึ้นในประชากรในการประเมินความน่าจะเป็นของการกลายพันธุ์และนอกจากนี้ยังพิจารณาตามความสำคัญของตำแหน่งที่พบด้วยโดยนำไปเปรียบเทียบกับฐานข้อมูลการแปรผันของตำแหน่งกลายพันธุ์ที่จะบ่งบอกถึงความรุนแรงและการเปลี่ยนแปลงของกรดอะมิโนบนสายโปรตีนซึ่งการบวนการประดิษฐ์นี้จะมีการแปลผลให้อยู่ในรูปแบบของกราฟที่เข้าใจง่ายโดยจะแสดงให้เห็นทั้งคุณภาพของสัญญาณดีเอ็นเอที่ตรวจพบและความสำคัญของตำแหน่งเบสที่เกิดการกลายพันธ์ที่ส่งผลต่อโรคทางพันธุกรรมว่ามีมากน้อยแค่ไหนและสรุปเป็นคะแนนเพื่อให้สามารถนำไปใช้ประโยชน์ในการวิเคราะห์ต่อไปได้ง่ายยิ่งขึ้น------------หน้า1ของจำนวน1หน้าบทสรุปการประดิษฐ์การประดิษฐ์นี้เป็นการพัฒนาระบบสำหรับการตรวจการกลายพันธุ์จากลำดับเบสแบบทั่วจีโนม(wholegenomesequencing)โดยพัฒนากระบวนการในการคัดกรองและแปลผลตำแหน่งสนิปให้ถูกต้องมากยิ่งขึ้นเพื่อมุ่งเน้นสร้างระบบอัตโนมัติเพื่อช่วยในการวิเคราะห์การกลายพันธุ์ในบริเวณที่มีปริมาณดีเอ็นเอน้อยและคุณภาพของข้อมูลไม่เพียงพอ(lowcoverage)โดยการประมวลผลการตรวจหาตำแหน่งการกลายพันธุ์ที่เกิดขึ้นการดูความน่าจะเป็นทางพันธุกรรมตามลำดับพงศาวลี(pedigree)โดยเทียบกับรุ่นพ่อแม่ของลำดับเบสของตัวอย่างนั้นๆเพื่อเป็นการตรวจสอบย้อนกลับเพื่อเพิ่มความเชื่อมั่นว่าตำแหน่งที่มีค่าสัญญาณต่ำที่พบเป็นตำแหน่งที่เกิดการกลายพันธุ์จริงและส่งผลต่อความถูกต้องในการตรวจความผิดปกติของโรคพันธุกรรมนอกจากนี้ยังสามารถเปรียบเทียบกับฐานข้อมูลของประชากรนั้นๆเพื่อเพิ่มความถูกต้องให้แม่นยำขึ้นโดยการใช้ข้อมูลความถี่ของอัลลีลที่เกิดขึ้นในประชากรในการประเมินความน่าจะเป็นของการกลายพันธุ์และนอกจากนี้ยังพิจารณาตามความสำคัญของตำแหน่งที่พบด้วยโดยนำไปเปรียบเทียบกับฐานข้อมูลการแปรผันของตำแหน่งกลายพันธุ์ที่จะบ่งบอกถึงความรุนแรงและการเปลี่ยนแปลงของกรดอะมิโนบนสายโปรตีนซึ่งการบวนการประดิษฐ์นี้จะมีการแปลผลให้อยู่ในรูปแบบของกราฟที่เข้าใจง่ายโดยจะแสดงให้เห็นทั้งคุณภาพของสัญญาณดีเอ็นเอที่ตรวจพบและความสำคัญของตำแหน่งเบสที่เกิดการกลายพันธ์ที่ส่งผลต่อโรคทางพันธุกรรมว่ามีมากน้อยแค่ไหนและสรุปเป็นคะแนนเพื่อให้สามารถนำไปใช้ประโยชน์ในการวิเคราะห์ต่อไปได้ง่ายยิ่งขึ้น Summary of the invention which appears on the advert page ReadFile:------08/01/2564------(OCR) This invention is a development of a system for a universal sequencing mutation test. Developing processes for screening and interpreting snip location more accurately, aimed at creating an automated system to assist in the analysis of mutations in regions with low DNA content and quality. of lowcoverage data by processing the detection of mutations occurring, looking at the pedigree genetic probabilities against the parental generations of that sample sequence to This is traceable to increase the confidence that the low signal site found is the site of the actual mutation and affects the accuracy of genetic anomalies. Database of that population to improve accuracy by using allele frequencies occurring in the population to estimate the probability of mutation and also considering the importance of location. found by comparing it with the variable b database The mutation location indicates the severity and variation of amino acids on the protein chain. This fabrication process is interpreted in an easy-to-understand graph that shows all The quality of the detected DNA signal and the significance of the mutation base location affecting genetic disease were determined and summarized as a score for further analysis. Easier--------------Page 1 of Page 1 Summary This invention is a development of a system for detecting wholegenomesequencing mutations from a genome. A more accurate screening and interpreting process for snip locations to focus on creating an automated system to assist in the analysis of mutations in regions with low DNA content and lowcoverage quality. Processing of mutation location detections, looking at pedigree genetic probabilities against parental generations of a sample's sequence for traceability to increase belief. We assumed that the low signal location was the site of the mutation. It can also be compared with population databases to increase accuracy by using allele frequency data. In the population to assess the probability of mutation and, in addition, considering the significance of the found location, it was compared with the mutant location variation database to indicate severity and variation. The results of this fabrication process are interpreted in an easy-to-understand graph that shows both the quality of the detected DNA signal and the importance of the base location. The number of mutations that affect genetic diseases are summarized and summarized into scores for easier use in further analysis.

Claims (9)

ข้อถือสิทธฺ์(ทั้งหมด)ซึ่งจะไม่ปรากฏบนหน้าประกาศโฆษณา:------08/01/2564------(OCR)Claims (all) that will not appear on the advertised page:------08/01/2021------(OCR) 1.ระบบสำหรับการตรวจการกลายพันธุ์จากลำดับเบสแบบทั่วจีโนมประกอบด้วยหน่วยอ่านลำดับเบสแบบเอ็นจีเอส(1)ทำหน้าที่อ่านข้อมูลลำดับเบสของดีเอ็นเอตัวอย่างที่ต้องการตรวจการกลายพันธุ์จากลำดับเบสแบบทั่วจีโนมหน่วยตรวจการกลายพันธุ์จากลำดับเบสแบบทั่วจีโนม(2)ทำหน้าที่ตรวจการกลายพันธุ์จากลำดับเบสแบบทั่วจีโนมจากข้อมูลลำดับเบสของดีเอ็นเอตัวอย่างที่ได้จากหน่วยอ่านลำดับเบสแบบเอ็นจีเอสดังกล่าวหน่วยเชื่อมต่อทำหน้าที่เชื่อมต่อระหว่างหน่วยอ่านลำดับเบสแบบเอ็นจีเอส(1)ดังกล่าวกับหน่วยตรวจการกลายพันธุ์จากลำดับเบสแบบทั่วจีโนม(2)จากข้อมูลลำดับเบสที่ได้มาจากหน่วยอ่านลำดับเบสแบบเอ็นจีเอส(1)เพื่อรับ-ส่งข้อมูลลำดับเบสของดีเอ็นเอตัวอย่างที่ต้องการทำการวิเคราะห์ดังกล่าวโดยมีลักษณะเฉพาะคือหน่วยตรวจการกลายพันธุ์จากลำดับเบสแบบทั่วจีโนม(2)ดังกล่าวมีการทำงานตามขั้นตอนดังนี้กระบวนการค้นหาตำแหน่งการกลายพันธุ์ทำการเปรียบเทียบสายลำดับเบสกับสายลำดับเบสอ้างอิงจีโนมมนุษย์เพื่อหาตำแหน่งที่เกิดการกลายพันธุ์ซึ่งเปรียบเทียบแต่ละตำแหน่งทั่วจีโนมโดยจะไม่ทำการแยกข้อมูลที่มีคุณภาพของข้อมูลไม่เพียงพอออกแต่จะทำการแยกออกมาเป็นอีกหนึ่งกลุ่มเพื่อทำการวิเคราะห์โดยนำไปทำการเปรียบเทียบสายลำดับเบสกับสายลำดับเบสอ้างอิงจีโนมมนุษย์เพื่อหาตำแหน่งที่เกิดการกลายพันธุ์ซึ่งเปรียบเทียบแต่ละตำแหน่งทั่วจีโนมกระบวนการเปรียบเทียบตำแหน่งการกลายพันธุ์เพื่อค้นหาตำแหน่งที่สัมพันธ์ไปกับการก่อโรคที่หายากโดยการใช้ข้อมูลภายในพงศาวลีเป็นการใช้ข้อมูลของพ่อและแม่มาช่วยในการยืนยันว่าเกิดการแปรผันในลูกกระบวนการคัดกรองตำแหน่งการกลายพันธุ์เพื่อคัดกรองตำแหน่งที่มีโอกาสเกิดการกลายพันธุ์กระบวนการคัดเลือกตำแหน่งการกลายพันธุ์ทำการเลือกตำแหน่งที่มีความแตกต่างและมีความสัมพันธ์ไปกับการแสดงออกของโรคที่ถูกถ่ายทอดอย่างชัดเจน1. The system for genome-wide mutation testing consists of an NGS(1) sequencing unit that reads the DNA sequence data of the sample DNA to be tested for genome-wide sequencing. Genome-wide mutation detection unit(2) performs genome-wide mutation detection from sample DNA sequencing data obtained from NG readout units. The splicing node serves as a link between the NGS sequencing read(1) and the genome-wide sequencing(2) sequencing data. derived from the NGS(1) sequencing unit to transmit and receive the sequence data of the sample DNA to be analyzed, with a particular characteristic being the genome-wide sequencing sequencing unit. (2) It works according to the following steps: The mutation search process compares the gene strand with the human genome reference strand to locate the mutation location, which compares each loci across G. The data will not be separated if the quality of the data is insufficient, but will be separated into another group for analysis by comparing the strand with the reference strand of the human genome to find the location. mutations, which compare each location across the genome, the process of comparing mutation locations to find locations associated with rare pathogenesis by using genealogy information to assist in the use of paternal information The mutation site screening process was used to screen for potential mutation sites. A clearly transmitted disease 2.ระบบสำหรับการตรวจการกลายพันธุ์จากลำดับเบสแบบทั่วจีโนมตามข้อถือสิทธิ1ที่ซึ่งหน่วยตรวจการกลายพันธุ์จากลำดับเบสแบบทั่วจีโนม(2)ดังกล่าวประกอบด้วยหน่วยประมวลผลกลางหรือหน่วยความจำหรือฮาร์ดดิสก์หรือพอร์ตอินพุตหรือหน่วยแสดงผล(3)อย่างใดอย่างหนึ่งหรือหลายอย่างประกอบกัน2. A system for genome-wide sequencing assays under claim 1 where such genome-wide sequencing units(2) contain a central processing unit or memory. memory or hard disk or input port or display unit (3) one or more combinations 3.ระบบสำหรับการตรวจการกลายพันธุ์จากลำดับเบสแบบทั่วจีโนมตามข้อถือสิทธิ1หรือ2ที่ซึ่งหน่วยประมวลผลกลางดังกล่าวมีได้มากกว่าหนึ่งตัวเพื่อเร่งประสิทธิภาพในการประมวลผล3. A system for genome-wide sequencing based on claims 1 or 2 where more than one such central processing unit can be used to accelerate processing efficiency. 4.ระบบสำหรับการตรวจการกลายพันธุ์จากลำดับเบสแบบทั่วจีโนมตามข้อถือสิทธิ1ถึง3ข้อใดข้อหนึ่งที่ซึ่งกระบวนการคัดกรองตำแหน่งการกลายพันธุ์ในหน่วยตรวจการกลายพันธุ์จากลำดับเบสแบบทั่วจีโนม(2)ดังกล่าวประกอบด้วยขั้นตอนดังนี้ i.การเพิ่มเติมข้อมูลของตำแหน่งการกลายพันธุ์เพื่อให้ทราบถึงผลกระทบของการแปรผันว่ามีความรุนแรงมากน้อยเพียงใดในแต่ละตำแหน่งi i.การคัดกรองตำแหน่งการกลายพันธุ์โดยจะใช้การเลือกตัวคัดกรองตามผลกระทบของการกลายพันธุ์ว่าตำแหน่งการกลายพันธุ์ที่พบมีความรุนแรงและเกี่ยวข้องกับการเกิดโรคทางพันธุกรรมด้วยการทำนายความรุนแรงของตำแหน่งการกลายพันธุ์และเปรียบเทียบกับฐานข้อมูลการกลายพันธุ์ที่ถูกรายงานไว้แล้ว4. A system for genome-wide mutation testing in accordance with any of the 1 to 3 claims in which the screening process for mutation loci in the genome-wide mutation testing unit M(2) consists of the following steps: i. Adding information on mutation loci to determine how severe the effect of variation is in each loci i. i. Mutation site screening. It uses screener selection based on the impact of the mutation, whether the found mutation site is severity and associated with the occurrence of genetic disease by predicting the severity of the site. mutations and compared to previously reported mutation databases. 5.ระบบสำหรับการตรวจการกลายพันธุ์จากลำดับเบสแบบทั่วจีโนมตามข้อถือสิทธิ1ถึง4ข้อใดข้อหนึ่งที่ซึ่งหน่วยแสดงผล(3)ดังกล่าวแสดงผลหรือรายงานผลในลักษณะของกราฟสองมิติ5. A system for the detection of genome-wide sequencing pursuant to any one of Claims 1 to 4 in which such display(3) is displayed or reported in the form of a two-dimensional graph. 6.ระบบสำหรับการตรวจการกลายพันธุ์จากลำดับเบสแบบทั่วจีโนมตามข้อถือสิทธิ5ที่ซึ่งกราฟสองมิติดังกล่าวสร้างขึ้นระหว่างคุณภาพของข้อมูลและความรุนแรงของผลกระทบที่เกิดจากตำแหน่งการกลายพันธุ์นั้นๆทำให้สามารถเลือกได้ว่าควรพิจารณาคัดเลือกการกลายพันธุ์ใดมาใช้เป็นเครื่องหมายทางพันธุกรรมต่อไป6. A system for genome-wide mutation detection according to the claim5 where such two-dimensional graphs are constructed between the quality of the data and the severity of the effects caused by the mutation loci. This makes it possible to choose which mutations should be considered to be used as genetic markers in the future. 7.วิธีการตรวจการกลายพันธุจากลำดับเบสแบบทั่วจีโนมประกอบด้วยกระบวนการค้นหาตำแหน่งการกลายพันธุ์ทำการเปรียบเทียบสายลำดับเบสกับสายลำดับเบสอ้างอิงจีโนมมนุษย์เพื่อหาตำแหน่งที่เกิดการกลายพันธุ์โดยเปรียบเทียบแต่ละตำแหน่งทั่วจีโนมกระบวนการเปรียบเทียบตำแหน่งการกลายพันธุ์เพื่อค้นหาตำแหน่งที่สัมพันธ์ไปกับการก่อโรคที่หายากโดยการใช้ข้อมูลภายในพงศาวลีเป็นการใช้ข้อมูลของพ่อและแม่มาช่วยในการยืนยันว่าเกิดการแปรผันในลูกกระบวนการคัดกรองตำแหน่งการกลายพันธุ์เพื่อคัดกรองตำแหน่งที่มีโอกาสเกิดการกลายพันธุ์กระบวนการคัดเลือกตำแหน่งการกลายพันธุ์ทำการเลือกตำแหน่งที่มีความแตกต่างและมีความสัมพันธ์ไปกับการแสดงออกของโรคที่ถูกถ่ายทอดอย่างชัดเจนโดยมีลักษณะเฉพาะคือกระบวนการค้นหาตำแหน่งการกลายพันธุ์ดังกล่าวทำการเปรียบเทียบสายลำดับเบสกับสายลำดับเบสอ้างอิงจีโนมมนุษย์โดยไม่ทำการแยกข้อมูลที่มีคุณภาพของข้อมูลไม่เพียงพอออกแต่จะทำการแยกออกมาเป็นอีกหนึ่งกลุ่มเพื่อทำการวิเคราะห์โดยนำไปทำการเปรียบเทียบสายลำดับเบสกับสายลำดับเบสอ้างอิงจีโนมมนุษย์เพื่อหาตำแหน่งที่เกิดการกลายพันธุ์ซึ่งเปรียบเทียบแต่ละตำแหน่งทั่วจีโนม7. The genome-wide mutation detection method consists of the process of locating mutations by comparing the genome-wide sequence with the human genome reference strand to find the location of the mutation by comparing each loci across the genome. Genetic genomics is used to locate mutations associated with rare pathogenesis using genealogy data, which uses paternal data to help confirm variations in offspring. Screening mutation loci to screen for potential loci for mutation. The mutation loci screening process selects loci that are distinct and clearly correlate with the expression of inherited disease. Specifically, the mutation locator procedure compares the gene with the human genome reference gene without isolating the data with insufficient data quality, but isolating it into another group for analysis. They were compared to human genome reference strands to find mutation sites that compared each location across the genome. 8.วิธีการตรวจการกลายพันธุ์จากลำดับเบสแบบทั่วจีโนมตามข้อถือสิทธิ7ที่ซึ่งกระบวนการคัดกรองตำแหน่งการกลายพันธุ์ดังกล่าวประกอบด้วยขั้นตอนดังนี้ i.การเพิ่มเติมข้อมูลของตำแหน่งการกลายพันธุ์เพื่อให้ทราบถึงผลกระทบของการแปรผันว่ามีความรุนแรงมากน้อยเพียงใดในแต่ละตำแหน่งi i.การคัดกรองตำแหน่งการกลายพันธุ์โดยจะใช้การเลือกตัวคัดกรองตามผลกระทบของการกลายพันธุ์ว่าตำแหน่งการกลายพันธุ์ที่พบมีความรุนแรงและเกี่ยวข้องกับการเกิดโรคทางพันธุกรรมด้วยการทำนายความรุนแรงของตำแหน่งการกลายพันธุ์และเปรียบเทียบกับฐานข้อมูลการกลายพันธุ์ที่ถูกรายงานไว้แล้ว8. A genome-wide sequencing method according to Claim 7 where the screening process for such mutation loci consists of the following steps: i. Adding information on mutation loci to determine how severe the effect of variation is in each loci i. i. Mutation site screening. It uses screener selection based on the impact of the mutation, whether the found mutation site is severity and associated with the occurrence of genetic disease by predicting the severity of the site. mutations and compared to previously reported mutation databases. 9.วิธีการตรวจการกลายพันธุ์จากลำดับเบสแบบทั่วจีโนมตามข้อถือสิทธิ7หรือ8ที่ซึ่งงกระบวนการคัดเลือกตำแหน่งการกลายพันธุ์ดังกล่าวมีการแสดงผลหรือรายงานผลในลักษณะของกราฟสองมิติ1 0.วิธีการตรวจการกลายพันธุ์จากลำดับเบสแบบทั่วจีโนมตามข้อถือสิทธิ9ที่ซึ่งกราฟสองมิติดังกล่าวสร้างขึ้นระหว่างคุณภาพของข้อมูลและความรุนแรงของผลกระทบที่เกิดจากตำแหน่งการกลายพันธุ์นั้นๆทำให้สามารถเลือกได้ว่าควรพิจารณาคัดเลือกการกลายพันธุ์ใดมาใช้เป็นเครื่องหมายทางพันธุกรรมต่อไป------------แก้ไข26/10/2561ไม่มีข้อถือสิทธิ----------หน้า1ของจำนวน3หน้าข้อถือสิทธิ 1.ระบบสำหรับการตรวจการกลายพันธุ์จากลำดับเบสแบบทั่วจีโนมประกอบด้วยหน่วยอ่านลำดับเบสแบบเอ็นจีเอส(1)ทำหน้าที่อ่านข้อมูลลำดับเบสของดีเอ็นเอตัวอย่างที่ต้องการตรวจการกลายพันธุ์จากลำดับเบสแบบทั่วจีโนมหน่วยตรวจการกลายพันธุ์จากลำดับเบสแบบทั่วจีโนม(2)ทำหน้าที่ตรวจการกลายพันธุ์จากลำดับเบสแบบทั่วจีโนมจากข้อมูลลำดับเบสของดีเอ็นเอตัวอย่างที่ได้จากหน่วยอ่านลำดับเบสแบบเอ็นจีเอสดังกล่าวหน่วยเชื่อมต่อทำหน้าที่เชื่อมต่อระหว่างหน่วยอ่านลำดับเบสแบบเอ็นจีเอส(1)ดังกล่าวกับหน่วยตรวจการกลายพันธุ์จากลำดับเบสแบบทั่วจีโนม(2)จากข้อมูลลำดับเบสที่ได้มาจากหน่วยอ่านลำดับเบสแบบเอ็นจีเอส(1)เพื่อรับ-ส่งข้อมูลลำดับเบสของดีเอ็นเอตัวอย่างที่ต้องการทำการวิเคราะห์ดังกล่าวโดยมีลักษณะเฉพาะคือหน่วยตรวจการกลายพันธุ์จากลำดับเบสแบบทั่วจีโนม(2)ดังกล่าวมีการทำงานตามขั้นตอนดังนี้กระบวนการค้นหาตำแหน่งการกลายพันธุ์ทำการเปรียบเทียบสายลำดับเบสกับสายลำดับเบสอ้างอิงจีโนมมนุษย์เพื่อหาตำแหน่งที่เกิดการกลายพันธุ์ซึ่งเปรียบเทียบแต่ละตำแหน่งทั่วจีโนมโดยจะไม่ทำการแยกข้อมูลที่มีคุณภาพของข้อมูลไม่เพียงพอออกแต่จะทำการแยกออกมาเป็นอีกหนึ่งกลุ่มเพื่อทำการวิเคราะห์โดยนำไปทำการเปรียบเทียบสายลำดับเบสกับสายลำดับเบสอ้างอิงจีโนมมนุษย์เพื่อหาตำแหน่งที่เกิดการกลายพันธุ์ซึ่งเปรียบเทียบแต่ละตำแหน่งทั่วจีโนมกระบวนการเปรียบเทียบตำแหน่งการกลายพันธุ์เพื่อค้นหาตำแหน่งที่สัมพันธ์ไปกับการก่อโรคที่หายากโดยการใช้ข้อมูลภายในพงศาวลีเป็นการใช้ข้อมูลของพ่อและแม่มาช่วยในการยืนยันว่าเกิดการแปรผันในลูกกระบวนการคัดกรองตำแหน่งการกลายพันธุ์เพื่อคัดกรองตำแหน่งที่มีโอกาสเกิดการกลายพันธุ์กระบวนการคัดเลือกตำแหน่งการกลายพันธุ์ทำการเลือกตำแหน่งที่มีความแตกต่างและมีความสัมพันธ์ไปกับการแสดงออกของโรคที่ถูกถ่ายทอดอย่างชัดเจน 2.ระบบสำหรับการตรวจการกลายพันธุ์จากลำดับเบสแบบทั่วจีโนมตามข้อถือสิทธิ1ที่ซึ่งหน่วยตรวจการกลายพันธุ์จากลำดับเบสแบบทั่วจีโนม(2)ดังกล่าวประกอบด้วยหน่วยประมวลผลกลางหรือหน่วยความจำหรือฮาร์ดดิสก์หรือพอร์ตอินพุตหรือหน่วยแสดงผล(3)อย่างใดอย่างหนึ่งหรือหลายอย่างประกอบกัน 3.ระบบสำหรับการตรวจการกลายพันธุ์จากลำดับเบสแบบทั่วจีโนมตามข้อถือสิทธิ1หรือ2ที่ซึ่งหน่วยประมวลผลกลางดังกล่าวมีได้มากกว่าหนึ่งตัวเพื่อเร่งประสิทธิภาพในการประมวลผลหน้า2ของจำนวน3หน้า 4.ระบบสำหรับการตรวจการกลายพันธุ์จากลำดับเบสแบบทั่วจีโนมตามข้อถือสิทธิ1ถึง3ข้อใดข้อหนึ่งที่ซึ่งกระบวนการคัดกรองตำแหน่งการกลายพันธุ์ในหน่วยตรวจการกลายพันธุ์จากลำดับเบสแบบทั่วจีโนม(2)ดังกล่าวประกอบด้วยขั้นตอนดังนี้ i.การเพิ่มเติมข้อมูลของตำแหน่งการกลายพันธุ์เพื่อให้ทราบถึงผลกระทบของการแปรผันว่ามีความรุนแรงมากน้อยเพียงใดในแต่ละตำแหน่งi i.การคัดกรองตำแหน่งการกลายพันธุ์โดยจะใช้การเลือกตัวคัดกรองตามผลกระทบของการกลายพันธุ์ว่าตำแหน่งการกลายพันธุ์ที่พบมีความรุนแรงและเกี่ยวข้องกับการเกิดโรคทางพันธุกรรมด้วยการทำนายความรุนแรงของตำแหน่งการกลายพันธุ์และเปรียบเทียบกับฐานข้อมูลการกลายพันธุ์ที่ถูกรายงานไว้แล้ว 5.ระบบสำหรับการตรวจการกลายพันธุ์จากลำดับเบสแบบทั่วจีโนมตามข้อถือสิทธิ1ถึง4ข้อใดข้อหนึ่งที่ซึ่งหน่วยแสดงผล(3)ดังกล่าวแสดงผลหรือรายงานผลในลักษณะของกราฟสองมิติ 6.ระบบสำหรับการตรวจการกลายพันธุ์จากลำดับเบสแบบทั่วจีโนมตามข้อถือสิทธิ5ที่ซึ่งกราฟสองมิติดังกล่าวสร้างขึ้นระหว่างคุณภาพของข้อมูลและความรุนแรงของผลกระทบที่เกิดจากตำแหน่งการกลายพันธุ์นั้นๆทำให้สามารถเลือกได้ว่าควรพิจารณาคัดเลือกการกลายพันธุ์ใดมาใช้เป็นเครื่องหมายทางพันธุกรรมต่อไป 7.วิธีการตรวจการกลายพันธุ์จากลำดับเบสแบบทั่วจีโนมประกอบด้วยกระบวนการค้นหาตำแหน่งการกลายพันธุ์ทำการเปรียบเทียบสายลำดับเบสกับสายลำดับเบสอ้างอิงจีโนมมนุษย์เพื่อหาตำแหน่งที่เกิดการกลายพันธุ์โดยเปรียบเทียบแต่ละตำแหน่งทั่วจีโนมกระบวนการเปรียบเทียบตำแหน่งการกลายพันธุ์เพื่อค้นหาตำแหน่งที่สัมพันธ์ไปกับการก่อโรคที่หายากโดยการใช้ข้อมูลภายในพงศาวลีเป็นการใช้ข้อมูลของพ่อและแม่มาช่วยในการยืนยันว่าเกิดการแปรผันในลูกกระบวนการคัดกรองตำแหน่งการกลายพันธุ์เพื่อคัดกรองตำแหน่งที่มีโอกาสเกิดการกลายพันธุ์กระบวนการคัดเลือกตำแหน่งการกลายพันธุ์ทำการเลือกตำแหน่งที่มีความแตกต่างและมีความสัมพันธ์ไปกับการแสดงออกของโรคที่ถูกถ่ายทอดอย่างชัดเจนโดยมีลักษณะเฉพาะคือกระบวนการค้นหาตำแหน่งการกลายพันธุ์ดังกล่าวทำการเปรียบเทียบสายลำดับเบสกับสายลำดับเบสอ้างอิงจีโนมมนุษย์โดยไม่ทำการแยกข้อมูลที่มีคุณภาพของข้อมูลไม่เพียงพอออกแต่จะทำการแยกออกมาเป็นอีกหนึ่งกลุ่มเพื่อทำการวิเคราะห์โดยนำไปทำการเปรียบเทียบสายลำดับเบสคับสายลำดับเบสอ้างอิงจีโนมมนุษย์เพื่อหาตำแหน่งที่เกิดการกลายพันธุ์ซึ่งเปรียบเทียบแต่ละตำแหน่งทั่วจีโนมหน้า3ของจำนวน3หน้า 8.วิธีการตรวจการกลายพันธุ์จากลำดับเบสแบบทั่วจีโนมตามข้อถือสิทธิ7ที่ซึ่งกระบวนการคัดกรองตำแหน่งการกลายพันธุ์ดังกล่าวประกอบด้วยขั้นตอนดังนี้ i.การเพิ่มเติมข้อมูลของตำแหน่งการกลายพันธุ์เพื่อให้ทราบถึงผลกระทบของการแปรผันว่ามีความรุนแรงมากน้อยเพียงใดในแต่ละตำแหน่งi i.การคัดกรองตำแหน่งการกลายพันธุ์โดยจะใช้การเลือกตัวคัดกรองตามผลกระทบของการกลายพันธุ์ว่าตำแหน่งการกลายพันธุ์ที่พบมีความรุนแรงและเกี่ยวข้องกับการเกิดโรคทางพันธุกรรมด้วยการทำนายความรุนแรงของตำแหน่งการกลายพันธุ์และเปรียบเทียบกับฐานข้อมูลการกลายพันธุ์ที่ถูกรายงานไว้แล้ว 9.วิธีการตรวจการกลายพันธุ์จากลำดับเบสแบบทั่วจีโนมตามข้อถือสิทธิ7หรือ8ที่ซึ่งกระบวนการคัดเลือกตำแหน่งการกลายพันธุ์ดังกล่าวมีการแสดงผลหรือรายงานผลในลักษณะของกราฟสองมิติ1 0.วิธีการตรวจการกลายพันธุ์จากลำดับเบสแบบทั่วจีโนมตามข้อถือสิทธิ9ที่ซึ่งกราฟสองมิติดังกล่าวสร้างขึ้นระหว่างคุณภาพของข้อมูลและความรุนแรงของผลกระทบที่เกิดจากตำแหน่งการกลายพันธุ์นั้นๆทำให้สามารถเลือกได้ว่าควรพิจารณาคัดเลือกการกลายพันธุ์ใดมาใช้เป็นเครื่องหมายทางพันธุกรรมต่อไป9. A genome-wide sequencing method according to Claim 7 or 8 where the selection process for such mutation loci is displayed or reported in the form of a two-dimensional graph1. 0. A genome-wide sequencing method based on claim9, in which such a two-dimensional graph is constructed between the quality of the data and the severity of the effect caused by the mutation loci, makes able to choose which mutations should be selected to be used as genetic markers --Page 1 of the number 3 claims page 1. The system for genome-wide mutation testing consists of an NGS(1) sequencing unit that reads the DNA sequence data of the sample DNA to be tested for genome-wide sequencing. Genome-wide mutation detection unit(2) performs genome-wide mutation detection from sample DNA sequencing data obtained from NG readout units. The splicing node serves as a link between the NGS sequencing read(1) and the genome-wide sequencing(2) sequencing data. derived from the NGS(1) sequencing unit to transmit and receive the sequence data of the sample DNA to be analyzed, with a particular characteristic being the genome-wide sequencing sequencing unit. (2) It works according to the following steps: The mutation search process compares the gene strand with the human genome reference strand to locate the mutation location, which compares each loci across G. The data will not be separated if the quality of the data is insufficient, but will be separated into another group for analysis by comparing the strand with the reference strand of the human genome to find the location. mutations, which compare each location across the genome, the process of comparing mutation locations to find locations associated with rare pathogenesis by using genealogy information to assist in the use of paternal information The mutation site screening process was used to screen for potential mutation sites. A clearly transmitted disease 2. A system for genome-wide sequencing assays under claim 1 where such genome-wide sequencing units(2) contain a central processing unit or memory. memory or hard disk or input port or display unit (3) one or more combinations 3. A system for genome-wide sequencing based on claims 1 or 2, where more than one such central processor can be used to accelerate the processing of page 2 of the three pages. 4. A system for genome-wide mutation testing in accordance with any of the 1 to 3 claims in which the screening process for mutation loci in the genome-wide mutation testing unit M(2) consists of the following steps: i. Adding information on mutation loci to determine how severe the effect of variation is in each loci i. i. Mutation site screening. It uses screener selection based on the impact of the mutation, whether the found mutation site is severity and associated with the occurrence of genetic disease by predicting the severity of the site. mutations and compared to previously reported mutation databases. 5. A system for the detection of genome-wide sequencing pursuant to any one of Claims 1 to 4 in which such display(3) is displayed or reported in the form of a two-dimensional graph. 6. A system for genome-wide mutation detection according to the claim5 where such two-dimensional graphs are constructed between the quality of the data and the severity of the effects caused by the mutation loci. This makes it possible to choose which mutations should be considered to be used as genetic markers in the future. 7. The genome-wide mutation sequencing method consists of the process of locating mutations by comparing the strands with the human genome reference strands to find the loci of the mutation by comparing each loci. A genome-wide method of comparing mutational loci to find loci associated with rare disease pathogenesis using genealogy data is used by paternal data to help confirm the mutation in offspring. Screening process Mutation loci to screen for potential loci for mutation. The mutation loci selection process selects loci that are distinct and clearly correlate with the expression of inherited disease. The mutation search process compares the gene strands with the human genome reference strands without isolating the data with insufficient data quality, but isolating them into another group for analysis. The analysis was performed by comparing the human genome reference strands to find the loci of the mutation which compared each loci throughout the genome on page 3 of the 3 pages. 8. A genome-wide sequencing method according to Claim 7 where the screening process for such mutation loci consists of the following steps: i. Adding information on mutation loci to determine how severe the effect of variation is in each loci i. i. Mutation site screening. It uses screener selection based on the impact of the mutation, whether the found mutation site is severity and associated with the occurrence of genetic disease by predicting the severity of the site. mutations and comparisons with previously reported mutation databases. 9. A genome-wide sequencing method according to Claim 7 or 8 where the selection process for such mutation loci is displayed or reported in the form of a two-dimensional graph1. 0. A genome-wide sequencing method based on claim9 in which such a two-dimensional graph is constructed between the quality of the data and the severity of the effect caused by the mutation loci. can choose which mutations should be considered for selection to be used as genetic markers in the future
TH1803002243U 2018-09-28 A system for detecting genome-wide sequencing mutations and such methods. TH19604C3 (en)

Publications (2)

Publication Number Publication Date
TH19604A3 TH19604A3 (en) 2022-04-20
TH19604C3 true TH19604C3 (en) 2022-04-20

Family

ID=

Similar Documents

Publication Publication Date Title
Barrie et al. Elevated genetic risk for multiple sclerosis emerged in steppe pastoralist populations
EP3308309B1 (en) Neural network architectures for linking biological sequence variants based on molecular phenotype, and systems and methods therefor
KR101325736B1 (en) Apparatus and method for extracting bio markers
CN111341383B (en) Method, device and storage medium for detecting copy number variation
Calus et al. Efficient genomic prediction based on whole-genome sequence data using split-and-merge Bayesian variable selection
JP6066924B2 (en) DNA sequence data analysis method
Souilmi et al. Admixture has obscured signals of historical hard sweeps in humans
Guo et al. Strong positive selection biases identity-by-descent-based inferences of recent demography and population structure in Plasmodium falciparum
CN106446597B (en) Several species feature selecting and the method for identifying unknown gene
JP6644672B2 (en) Characterization of biological materials using unassembled sequence information, stochastic methods, and trait-specific database catalogs
Maroso et al. Performance and precision of double digestion RAD (ddRAD) genotyping in large multiplexed datasets of marine fish species
Hill et al. A deep learning approach for detecting copy number variation in next-generation sequencing data
CN115798579B (en) Evidence determination method, system, device and medium for genetic variation
KR102927037B1 (en) Method for early diagnosis of cancer using cell-free DNA by modeling tissue-specific chromatin structure based on Artificial intelligence
Sobih et al. Metaflow: Metagenomic profiling based on whole-genome coverage analysis with min-cost flows
Kuznetsov et al. CNV-finder: streamlining copy number variation discovery
JPWO2008007630A1 (en) Protein search method and apparatus
TH19604C3 (en) A system for detecting genome-wide sequencing mutations and such methods.
KR101839088B1 (en) Method for predicting absoulte copy number variation based on single sample
CN116434837B (en) A NGS-based detection and analysis system for balanced chromosome translocation
KR101841265B1 (en) Method for eliminating bias of targeted sequencing by using nmf
CN120072045A (en) Gene detection system
CN116153410B (en) Microbial genome reference database, construction method and application thereof
Souilmi et al. Ancient human genomes reveal a hidden history of strong selection in Eurasia
TH19604A3 (en) A system for detecting genome-wide sequencing mutations and such methods.