TH19604C3 - A system for detecting genome-wide sequencing mutations and such methods. - Google Patents
A system for detecting genome-wide sequencing mutations and such methods.Info
- Publication number
- TH19604C3 TH19604C3 TH1803002243U TH1803002243U TH19604C3 TH 19604 C3 TH19604 C3 TH 19604C3 TH 1803002243 U TH1803002243 U TH 1803002243U TH 1803002243 U TH1803002243 U TH 1803002243U TH 19604 C3 TH19604 C3 TH 19604C3
- Authority
- TH
- Thailand
- Prior art keywords
- mutation
- genome
- loci
- wide
- sequencing
- Prior art date
Links
- 230000035772 mutation Effects 0.000 title claims abstract 94
- 238000012163 sequencing technique Methods 0.000 title claims abstract 31
- 238000000034 method Methods 0.000 title claims abstract 25
- 238000012216 screening Methods 0.000 claims abstract 15
- 238000001514 detection method Methods 0.000 claims abstract 11
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 claims abstract 9
- 230000002068 genetic effect Effects 0.000 claims abstract 8
- 238000012545 processing Methods 0.000 claims abstract 7
- 238000012360 testing method Methods 0.000 claims abstract 7
- 208000026350 Inborn Genetic disease Diseases 0.000 claims abstract 6
- 208000016361 genetic disease Diseases 0.000 claims abstract 6
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 claims abstract 6
- 230000000694 effects Effects 0.000 claims 8
- 238000007481 next generation sequencing Methods 0.000 claims 6
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 claims 4
- 230000008775 paternal effect Effects 0.000 claims 4
- 230000008506 pathogenesis Effects 0.000 claims 4
- 238000001712 DNA sequencing Methods 0.000 claims 2
- 208000028782 Hereditary disease Diseases 0.000 claims 2
- 208000024556 Mendelian disease Diseases 0.000 claims 2
- 108091028043 Nucleic acid sequence Proteins 0.000 claims 2
- 238000003556 assay Methods 0.000 claims 2
- 201000010099 disease Diseases 0.000 claims 2
- 208000037265 diseases, disorders, signs and symptoms Diseases 0.000 claims 2
- 208000035977 Rare disease Diseases 0.000 claims 1
- 230000000869 mutational effect Effects 0.000 claims 1
- 108700028369 Alleles Proteins 0.000 abstract 2
- 238000011161 development Methods 0.000 abstract 2
- 238000004519 manufacturing process Methods 0.000 abstract 2
- 150000001413 amino acids Chemical class 0.000 abstract 1
- 102000004169 proteins and genes Human genes 0.000 abstract 1
- 238000012070 whole genome sequencing analysis Methods 0.000 abstract 1
Abstract
บทสรุปการประดิษฐ์ซึ่งจะปรากฏบนหน้าประกาศโฆษณาReadFile:------08/01/2564------(OCR)การประดิษฐ์นี้เป็นการพัฒนาระบบสำหรับการตรวจการกลายพันธุ์จากลำดับเบสแบบทั่วจีโนม(wholegenomesequencing)โดยพัฒนากระบวนการในการคัดกรองและแปลผลตำแหน่งสนิปให้ถูกต้องมากยิ่งขึ้นเพื่อมุ่งเน้นสร้างระบบอัตโนมัติเพื่อช่วยในการวิเคราะห์การกลายพันธุ์ในบริเวณที่มีปริมาณดีเอ็นเอน้อยและคุณภาพของข้อมูลไม่เพียงพอ(lowcoverage)โดยการประมวลผลการตรวจหาตำแหน่งการกลายพันธุ์ที่เกิดขึ้นการดูความน่าจะเป็นทางพันธุกรรมตามลำดับพงศาวลี(pedigree)โดยเทียบกับรุ่นพ่อและแม่ของลำดับเบสของตัวอย่างนั้นๆเพื่อเป็นการตรวจสอบย้อนกลับเพื่อเพิ่มความเชื่อมั่นว่าตำแหน่งที่มีค่าสัญญาณต่ำที่พบเป็นตำแหน่งที่เกิดการกลายพันธุ์จริงและส่งผลต่อความถูกต้องในการตรวจความผิดปกติของโรคพันธุกรรมนอกจากนี้ยังสามารถเปรียบเทียบกับฐานข้อมูลของประชากรนั้นๆเพื่อเพิ่มความถูกต้องให้แม่นยำขึ้นโดยการใช้ข้อมูลความถี่ของอัลลีลที่เกิดขึ้นในประชากรในการประเมินความน่าจะเป็นของการกลายพันธุ์และนอกจากนี้ยังพิจารณาตามความสำคัญของตำแหน่งที่พบด้วยโดยนำไปเปรียบเทียบกับฐานข้อมูลการแปรผันของตำแหน่งกลายพันธุ์ที่จะบ่งบอกถึงความรุนแรงและการเปลี่ยนแปลงของกรดอะมิโนบนสายโปรตีนซึ่งการบวนการประดิษฐ์นี้จะมีการแปลผลให้อยู่ในรูปแบบของกราฟที่เข้าใจง่ายโดยจะแสดงให้เห็นทั้งคุณภาพของสัญญาณดีเอ็นเอที่ตรวจพบและความสำคัญของตำแหน่งเบสที่เกิดการกลายพันธ์ที่ส่งผลต่อโรคทางพันธุกรรมว่ามีมากน้อยแค่ไหนและสรุปเป็นคะแนนเพื่อให้สามารถนำไปใช้ประโยชน์ในการวิเคราะห์ต่อไปได้ง่ายยิ่งขึ้น------------หน้า1ของจำนวน1หน้าบทสรุปการประดิษฐ์การประดิษฐ์นี้เป็นการพัฒนาระบบสำหรับการตรวจการกลายพันธุ์จากลำดับเบสแบบทั่วจีโนม(wholegenomesequencing)โดยพัฒนากระบวนการในการคัดกรองและแปลผลตำแหน่งสนิปให้ถูกต้องมากยิ่งขึ้นเพื่อมุ่งเน้นสร้างระบบอัตโนมัติเพื่อช่วยในการวิเคราะห์การกลายพันธุ์ในบริเวณที่มีปริมาณดีเอ็นเอน้อยและคุณภาพของข้อมูลไม่เพียงพอ(lowcoverage)โดยการประมวลผลการตรวจหาตำแหน่งการกลายพันธุ์ที่เกิดขึ้นการดูความน่าจะเป็นทางพันธุกรรมตามลำดับพงศาวลี(pedigree)โดยเทียบกับรุ่นพ่อแม่ของลำดับเบสของตัวอย่างนั้นๆเพื่อเป็นการตรวจสอบย้อนกลับเพื่อเพิ่มความเชื่อมั่นว่าตำแหน่งที่มีค่าสัญญาณต่ำที่พบเป็นตำแหน่งที่เกิดการกลายพันธุ์จริงและส่งผลต่อความถูกต้องในการตรวจความผิดปกติของโรคพันธุกรรมนอกจากนี้ยังสามารถเปรียบเทียบกับฐานข้อมูลของประชากรนั้นๆเพื่อเพิ่มความถูกต้องให้แม่นยำขึ้นโดยการใช้ข้อมูลความถี่ของอัลลีลที่เกิดขึ้นในประชากรในการประเมินความน่าจะเป็นของการกลายพันธุ์และนอกจากนี้ยังพิจารณาตามความสำคัญของตำแหน่งที่พบด้วยโดยนำไปเปรียบเทียบกับฐานข้อมูลการแปรผันของตำแหน่งกลายพันธุ์ที่จะบ่งบอกถึงความรุนแรงและการเปลี่ยนแปลงของกรดอะมิโนบนสายโปรตีนซึ่งการบวนการประดิษฐ์นี้จะมีการแปลผลให้อยู่ในรูปแบบของกราฟที่เข้าใจง่ายโดยจะแสดงให้เห็นทั้งคุณภาพของสัญญาณดีเอ็นเอที่ตรวจพบและความสำคัญของตำแหน่งเบสที่เกิดการกลายพันธ์ที่ส่งผลต่อโรคทางพันธุกรรมว่ามีมากน้อยแค่ไหนและสรุปเป็นคะแนนเพื่อให้สามารถนำไปใช้ประโยชน์ในการวิเคราะห์ต่อไปได้ง่ายยิ่งขึ้น Summary of the invention which appears on the advert page ReadFile:------08/01/2564------(OCR) This invention is a development of a system for a universal sequencing mutation test. Developing processes for screening and interpreting snip location more accurately, aimed at creating an automated system to assist in the analysis of mutations in regions with low DNA content and quality. of lowcoverage data by processing the detection of mutations occurring, looking at the pedigree genetic probabilities against the parental generations of that sample sequence to This is traceable to increase the confidence that the low signal site found is the site of the actual mutation and affects the accuracy of genetic anomalies. Database of that population to improve accuracy by using allele frequencies occurring in the population to estimate the probability of mutation and also considering the importance of location. found by comparing it with the variable b database The mutation location indicates the severity and variation of amino acids on the protein chain. This fabrication process is interpreted in an easy-to-understand graph that shows all The quality of the detected DNA signal and the significance of the mutation base location affecting genetic disease were determined and summarized as a score for further analysis. Easier--------------Page 1 of Page 1 Summary This invention is a development of a system for detecting wholegenomesequencing mutations from a genome. A more accurate screening and interpreting process for snip locations to focus on creating an automated system to assist in the analysis of mutations in regions with low DNA content and lowcoverage quality. Processing of mutation location detections, looking at pedigree genetic probabilities against parental generations of a sample's sequence for traceability to increase belief. We assumed that the low signal location was the site of the mutation. It can also be compared with population databases to increase accuracy by using allele frequency data. In the population to assess the probability of mutation and, in addition, considering the significance of the found location, it was compared with the mutant location variation database to indicate severity and variation. The results of this fabrication process are interpreted in an easy-to-understand graph that shows both the quality of the detected DNA signal and the importance of the base location. The number of mutations that affect genetic diseases are summarized and summarized into scores for easier use in further analysis.
Claims (9)
Publications (2)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| TH19604A3 TH19604A3 (en) | 2022-04-20 |
| TH19604C3 true TH19604C3 (en) | 2022-04-20 |
Family
ID=
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| Barrie et al. | Elevated genetic risk for multiple sclerosis emerged in steppe pastoralist populations | |
| EP3308309B1 (en) | Neural network architectures for linking biological sequence variants based on molecular phenotype, and systems and methods therefor | |
| KR101325736B1 (en) | Apparatus and method for extracting bio markers | |
| CN111341383B (en) | Method, device and storage medium for detecting copy number variation | |
| Calus et al. | Efficient genomic prediction based on whole-genome sequence data using split-and-merge Bayesian variable selection | |
| JP6066924B2 (en) | DNA sequence data analysis method | |
| Souilmi et al. | Admixture has obscured signals of historical hard sweeps in humans | |
| Guo et al. | Strong positive selection biases identity-by-descent-based inferences of recent demography and population structure in Plasmodium falciparum | |
| CN106446597B (en) | Several species feature selecting and the method for identifying unknown gene | |
| JP6644672B2 (en) | Characterization of biological materials using unassembled sequence information, stochastic methods, and trait-specific database catalogs | |
| Maroso et al. | Performance and precision of double digestion RAD (ddRAD) genotyping in large multiplexed datasets of marine fish species | |
| Hill et al. | A deep learning approach for detecting copy number variation in next-generation sequencing data | |
| CN115798579B (en) | Evidence determination method, system, device and medium for genetic variation | |
| KR102927037B1 (en) | Method for early diagnosis of cancer using cell-free DNA by modeling tissue-specific chromatin structure based on Artificial intelligence | |
| Sobih et al. | Metaflow: Metagenomic profiling based on whole-genome coverage analysis with min-cost flows | |
| Kuznetsov et al. | CNV-finder: streamlining copy number variation discovery | |
| JPWO2008007630A1 (en) | Protein search method and apparatus | |
| TH19604C3 (en) | A system for detecting genome-wide sequencing mutations and such methods. | |
| KR101839088B1 (en) | Method for predicting absoulte copy number variation based on single sample | |
| CN116434837B (en) | A NGS-based detection and analysis system for balanced chromosome translocation | |
| KR101841265B1 (en) | Method for eliminating bias of targeted sequencing by using nmf | |
| CN120072045A (en) | Gene detection system | |
| CN116153410B (en) | Microbial genome reference database, construction method and application thereof | |
| Souilmi et al. | Ancient human genomes reveal a hidden history of strong selection in Eurasia | |
| TH19604A3 (en) | A system for detecting genome-wide sequencing mutations and such methods. |