RU98116294A - Способ определения оптимальной химиотерапии пациентов, серопозитивных по вич, основанный на фенотипической лекарственной чувствительности человеческих штаммов вич - Google Patents
Способ определения оптимальной химиотерапии пациентов, серопозитивных по вич, основанный на фенотипической лекарственной чувствительности человеческих штаммов вичInfo
- Publication number
- RU98116294A RU98116294A RU98116294/14A RU98116294A RU98116294A RU 98116294 A RU98116294 A RU 98116294A RU 98116294/14 A RU98116294/14 A RU 98116294/14A RU 98116294 A RU98116294 A RU 98116294A RU 98116294 A RU98116294 A RU 98116294A
- Authority
- RU
- Russia
- Prior art keywords
- hiv
- inhibitors
- paragraphs
- chimeric
- inhibitor
- Prior art date
Links
- 241000580858 Simian-Human immunodeficiency virus Species 0.000 title claims 23
- 230000035945 sensitivity Effects 0.000 title claims 13
- 238000002512 chemotherapy Methods 0.000 title claims 6
- 239000003814 drug Substances 0.000 title claims 4
- 229940079593 drugs Drugs 0.000 title claims 4
- 230000002401 inhibitory effect Effects 0.000 claims 21
- 239000003112 inhibitor Substances 0.000 claims 20
- 108091006028 chimera Proteins 0.000 claims 15
- 241000700605 Viruses Species 0.000 claims 12
- 210000004027 cells Anatomy 0.000 claims 10
- 102000033147 ERVK-25 Human genes 0.000 claims 9
- 102000004190 Enzymes Human genes 0.000 claims 5
- 108090000790 Enzymes Proteins 0.000 claims 5
- 239000000560 biocompatible material Substances 0.000 claims 5
- 108010092799 EC 2.7.7.49 Proteins 0.000 claims 4
- 108091005771 Peptidases Proteins 0.000 claims 4
- 239000004365 Protease Substances 0.000 claims 4
- 229920003013 deoxyribonucleic acid Polymers 0.000 claims 4
- 208000005721 HIV Infections Diseases 0.000 claims 3
- 229920001850 Nucleic acid sequence Polymers 0.000 claims 3
- 230000000875 corresponding Effects 0.000 claims 3
- 201000001820 human immunodeficiency virus infectious disease Diseases 0.000 claims 3
- 238000010839 reverse transcription Methods 0.000 claims 3
- 239000003419 rna directed dna polymerase inhibitor Substances 0.000 claims 3
- 238000001890 transfection Methods 0.000 claims 3
- 108020000999 Viral RNA Proteins 0.000 claims 2
- QAIPRVGONGVQAS-DUXPYHPUSA-N caffeic acid Natural products OC(=O)\C=C\C1=CC=C(O)C(O)=C1 QAIPRVGONGVQAS-DUXPYHPUSA-N 0.000 claims 2
- -1 ddl Chemical compound 0.000 claims 2
- 239000012530 fluid Substances 0.000 claims 2
- 239000002850 integrase inhibitor Substances 0.000 claims 2
- 239000000137 peptide hydrolase inhibitor Substances 0.000 claims 2
- 210000001519 tissues Anatomy 0.000 claims 2
- 229920000160 (ribonucleotides)n+m Polymers 0.000 claims 1
- SNBCLPGEMZEWLU-QXFUBDJGSA-N 2-chloro-N-[[(2R,3S,5R)-3-hydroxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methyl]acetamide Chemical compound O=C1NC(=O)C(C)=CN1[C@@H]1O[C@H](CNC(=O)CCl)[C@@H](O)C1 SNBCLPGEMZEWLU-QXFUBDJGSA-N 0.000 claims 1
- ZNFFMCYSMBXZQU-NSHDSACASA-N 5-CHLORO-8-METHYL-7-(3-METHYL-BUT-2-ENYL)-6,7,8,9-TETRAHYDRO-2H-2,7,9A-TRIAZA-BENZO[CD]AZULENE-1-THIONE Chemical compound C1N(CC=C(C)C)[C@@H](C)CN2C(=S)NC3=CC=C(Cl)C1=C32 ZNFFMCYSMBXZQU-NSHDSACASA-N 0.000 claims 1
- 210000004369 Blood Anatomy 0.000 claims 1
- 210000004556 Brain Anatomy 0.000 claims 1
- DLRJIFUOBPOJNS-UHFFFAOYSA-N Ethyl phenyl ether Chemical compound CCOC1=CC=CC=C1 DLRJIFUOBPOJNS-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims 1
- 102000000642 HIV Integrase Human genes 0.000 claims 1
- 108010002459 HIV Integrase Proteins 0.000 claims 1
- CBVCZFGXHXORBI-PXQQMZJSSA-N Indinavir Chemical compound C([C@H](N(CC1)C[C@@H](O)C[C@@H](CC=2C=CC=CC=2)C(=O)N[C@H]2C3=CC=CC=C3C[C@H]2O)C(=O)NC(C)(C)C)N1CC1=CC=CN=C1 CBVCZFGXHXORBI-PXQQMZJSSA-N 0.000 claims 1
- 108010061833 Integrases Proteins 0.000 claims 1
- CJPLEFFCVDQQFZ-UHFFFAOYSA-N Loviride Chemical compound CC(=O)C1=CC=C(C)C=C1NC(C(N)=O)C1=C(Cl)C=CC=C1Cl CJPLEFFCVDQQFZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims 1
- 229950006243 Loviride Drugs 0.000 claims 1
- 210000001165 Lymph Nodes Anatomy 0.000 claims 1
- 229960000689 Nevirapine Drugs 0.000 claims 1
- NQDJXKOVJZTUJA-UHFFFAOYSA-N Nevirapine Chemical compound C12=NC=CC=C2C(=O)NC=2C(C)=CC=NC=2N1C1CC1 NQDJXKOVJZTUJA-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims 1
- 229940042402 Non-nucleoside reverse transcriptase inhibitors Drugs 0.000 claims 1
- 210000002381 Plasma Anatomy 0.000 claims 1
- NCDNCNXCDXHOMX-XGKFQTDJSA-N Ritonavir Chemical compound N([C@@H](C(C)C)C(=O)N[C@H](C[C@H](O)[C@H](CC=1C=CC=CC=1)NC(=O)OCC=1SC=NC=1)CC=1C=CC=CC=1)C(=O)N(C)CC1=CSC(C(C)C)=N1 NCDNCNXCDXHOMX-XGKFQTDJSA-N 0.000 claims 1
- 210000002966 Serum Anatomy 0.000 claims 1
- 229950011282 Tivirapine Drugs 0.000 claims 1
- HBOMLICNUCNMMY-XLPZGREQSA-N Zidovudine Chemical compound O=C1NC(=O)C(C)=CN1[C@@H]1O[C@H](CO)[C@@H](N=[N+]=[N-])C1 HBOMLICNUCNMMY-XLPZGREQSA-N 0.000 claims 1
- 229960002555 Zidovudine Drugs 0.000 claims 1
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 claims 1
- 230000015572 biosynthetic process Effects 0.000 claims 1
- 239000008280 blood Substances 0.000 claims 1
- 229940074360 caffeic acid Drugs 0.000 claims 1
- 235000004883 caffeic acid Nutrition 0.000 claims 1
- 125000002091 cationic group Chemical group 0.000 claims 1
- 238000010276 construction Methods 0.000 claims 1
- 238000010586 diagram Methods 0.000 claims 1
- 229940042399 direct acting antivirals Protease inhibitors Drugs 0.000 claims 1
- 230000000694 effects Effects 0.000 claims 1
- 238000004520 electroporation Methods 0.000 claims 1
- 238000005755 formation reaction Methods 0.000 claims 1
- PKVZBNCYEICAQP-UHFFFAOYSA-N hydron;N,2,2,3-tetramethylbicyclo[2.2.1]heptan-3-amine;chloride Chemical compound Cl.C1CC2C(C)(C)C(NC)(C)C1C2 PKVZBNCYEICAQP-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims 1
- 229960001936 indinavir Drugs 0.000 claims 1
- 239000000463 material Substances 0.000 claims 1
- 238000000034 method Methods 0.000 claims 1
- 244000005700 microbiome Species 0.000 claims 1
- 239000000203 mixture Substances 0.000 claims 1
- 239000002726 nonnucleoside reverse transcriptase inhibitor Substances 0.000 claims 1
- 229960000311 ritonavir Drugs 0.000 claims 1
- 239000003381 stabilizer Substances 0.000 claims 1
Claims (24)
1. Способ определения оптимальной химиотерапии ВИЧ пациентов, серопозитивных по ВИЧ, состоящий в трансфекции линии клеток, восприимчивых к инфекции ВИЧ, нуклеотидной последовательностью из pol гена ВИЧ, полученной выделением вирусной РНК из образца биологического материала пациента и обратной транскрипцией необходимой области указанного pol гена, и сконструированной ДНК ВИЧ, из которой указанная последовательность делетирована, культивации указанных трансфецированных клеток, так чтобы создать набор химерных вирусов, обеспечивающих индикацию профиля устойчивости циркулирующего вируса, оценке фенотипической чувствительности указанных химерных вирусов к ингибитору указанного фермента, кодируемого pol геном ВИЧ, и определении ее значения, конструировании набора данных, включающих в себя указанную величину для чувствительности химерных вирусов и соответствующую величину для химерного штамма ВИЧ дикого типа, повторении определения чувствительности по крайней мере еще для двух ингибиторов и конструировании таким образом в целом по меньшей мере трех таких наборов данных, представлении указанных наборов данных в двумерной или трехмерной графической форме, так чтобы разница между чувствительностями химерного вируса и вируса дикого типа в случае каждого набора данных давала наглядную картину устойчивости химерного набора к воздействию данного ингибитора, и отборе оптимального ингибитора или ингибиторов на основании графического представления измеренных таким образом устойчивостей.
2. Способ определения оптимальной химиотерапии по п. 1, отличающийся тем, что указанные наборы данных представлены на многоугольной или квазициркулярной диаграмме, содержащей несколько нормализованных осей, выходящих радиально из начала координат, причем каждая ось соответствует одному набору данных или ингибитору или их комбинации, оси, нормализованные таким образом, что величины чувствительности для ВИЧ дикого типа к различным ингибиторам равны на каждой оси, причем отсчеты данных для ВИЧ дикого типа представлены произвольно и соединены с образованием правильного многоугольника, вершины которого лежат на осях, а центр которого задан началом координат, на каждой оси отложен отсчет, представляющий величину чувствительности набора химерных ВИЧ к ингибитору, соответствующему данной оси, причем отсчеты химерных данных соединены произвольным образом с образованием правильного или неправильного многоугольника, форма которого представляет устойчивость химерного набора к ряду ингибиторов.
3. Способ по п. 2, отличающийся тем, что каждая ось имеет логарифмическую шкалу.
4. Способ по п. 2 или 3, отличающийся тем, что эксцентрические отсчеты данных, если они имеют место, указывают на ингибиторы, применение которых предположительно будет мало полезным или бесполезным для пациента, тогда как отсчеты данных, лежащие внутри или очень близко вне многоугольника дикого типа, указывают на ингибиторы, применение которых будет существенно полезным для пациента.
5. Способ по любому из предшествующих пунктов, отличающийся тем, что указанные три или более набора данных содержат дополнительно наихудший вариант значения измеряемой устойчивости к рассматриваемому ингибитору, причем указанные величины для наихудшего варианта представлены в указанных графических диаграммах таким образом, что отсчет данных для химерного набора может быть сопоставлен как с ВИЧ дикого типа, так и с ВИЧ наихудшего варианта, что обеспечивает таким образом определение относительного значения для ингибитора в данном конкретном случае.
6. Способ определения оптимальной химиотерапии пациентов, серопозитивных по ВИЧ, содержащий этапы: периодического определения фенотипической чувствительности штаммов ВИЧ пациента по любому из пп. 1-5; определения оптимальной химиотерапии выбранным ингибитором, если штаммы ВИЧ пациента остаются восприимчивыми к выбранной химиотерапии, выбора другого ингибитора, если и в том случае, когда восприимчивость к исходному ингибитору снижается.
7. Способ по любому из пп. 1-6, отличающийся тем, что одновременно определяется фенотипическая чувствительность указанных химерных вирусов к ингибиторам по меньшей мере двух ферментов, кодируемых pol геном ВИЧ.
8. Способ определения фенотипической лекарственной чувствительности индивидуальных штаммов ВИЧ у пациента к ингибиторам по меньшей мере двух ферментов, кодируемых pol геном ВИЧ, включающий трансфекцию линии клеток, восприимчивых к инфекции ВИЧ, нуклеотидной последовательностью из роl гена ВИЧ, полученной выделением вирусной РНК из образца биологического материала пациента и обратным транскрибированием нужной области указанного роl гена, и сконструированной ДНК ВИЧ, из которой указанная последовательность была делетирована, культивирование указанных трансфецированных клеток, чтобы создать набор химерных вирусов, обеспечивающий определение профиля устойчивости циркулирующего вируса и измерение фенотипической чувствительности указанных химерных вирусов к ингибиторам указанных ферментов, кодируемых роl геном ВИЧ.
9. Способ по любому из предшествующих пунктов, отличающийся тем, что указанный биологический материал отбирают из плазмы, сыворотки или бесклеточной жидкости тела, выделенной из семени или вагинальной жидкости.
10. Способ по любому из пп. 1-8, отличающийся тем, что биологический материал представляет собой цельную кровь, к которой добавлен стабилизатор РНК.
11. Способ по любому из пп. 1-10, отличающийся тем, что биологический материал представляет собой тканевый материал, выделенный из ткани мозга или лимфатического узла.
12. Способ по любому из пп. 8-11, отличающийся тем, что из обратной транскриптазы, протеазы и интегразы ВИЧ выбирают по меньшей мере два фермента.
13. Способ по любому из пп. 1-6 и 7-12, отличающийся тем, что линия клеток, восприимчивых к инфекции ВИЧ, представляет собой линию Т-клеток CD4+.
14. Способ по п. 13, отличающийся тем, что линия Т-клеток CD4+ представляет собой линию клеток МТ4 или линию клеток HeLa CD4+.
15. Способ по любому из пп. 1-6 и 7-14, отличающийся тем, что необходимую область pol гена пациента подвергают обратной транскрипции с использованием специфического нисходящего праймера.
16. Способ по п. 15, отличающийся тем, что нуклеотидная последовательность, предназначенная для обратной транскрипции, - это область, кодирующая обратную транскриптазу и протеазу.
17. Способ по п. 16, отличающийся тем, что нисходящий промотор представляет собой OUT3: 5'-САТ TGC ТСТ ССА АТТ ACT GTG АТА ТТТ СТС ATG-3' (SEQ ID NO: 1).
18. Способ по любому из пп. 15-17, отличающийся тем, что продукт обратной транскрипции амплифицируют с использованием методики ПЦР с фланкированием.
19. Способ по любому из пп. 1-6 и 7-18, отличающийся тем, что сконструированная ДНК ВИЧ представляет собой ДНК, из которой делетированы гены обратной транскриптазы и протеазы, и является плазмидой pGEMT3-ΔPRT, депонированной в Бельгийской координационной коллекции микрорганизмов. (DССМ LMBP-Collection)8 ноября 1996 г. под LMBP3590.
20. Способ по любому из пп. 1-6 и 7-19, отличающийся тем, что трансфекцию осуществляют путем электропорации.
21. Способ по любому из пп. 1-6 и 7-19, отличающийся тем, что трансфекцию осуществляют с использованием катионных липидов.
22. Способ по любому из пп. 1-6 и 7-21, отличающийся тем, что фенотипическую лекарственную чувствительность химерных вирусов к различным ингибиторам обратной транскриптазы, протеазы и интегразы определяют автоматизированным анализом в клетках.
23. Способ по любому из пп. 1-6 и 7-22, отличающийся тем, что фенотипическую лекарственную чувствительность химерных вирусов и штамм ВИЧ дикого типа к одному или более ингибиторам обратной транскриптазы, протеазы или интегразы выражают ингибирующей концентрацией (величиной IС).
24. Способ по любому из пп. 1-6 и 7-23, отличающийся тем, что ингибиторы обратной транскриптазы отбирают из таких нуклеозидных ингибиторов обратной транскриптазы, как АЗТ, ddl, ddC, 3ТС, d4T, таких ненуклеозидных ингибиторов обратной транскриптазы, как ловирид, невирапин и тивирапин, таких ингибиторов протеазы, как сагинавир, индинавир и ритонавир, и таких ингибиторов интегразы, как фенилэтиловый эфир кофеиновой кислоты (САРЕ).
Applications Claiming Priority (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| EP96200175.6 | 1996-01-26 |
Publications (2)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| RU98116294A true RU98116294A (ru) | 2000-06-27 |
| RU2174014C2 RU2174014C2 (ru) | 2001-09-27 |
Family
ID=
Cited By (1)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| RU2644672C2 (ru) * | 2011-04-01 | 2018-02-13 | Оккам Байолэбс, Инк. | Способы и наборы для обнаружения бесклеточных специфических для патогенов нуклеиновых кислот |
Cited By (1)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| RU2644672C2 (ru) * | 2011-04-01 | 2018-02-13 | Оккам Байолэбс, Инк. | Способы и наборы для обнаружения бесклеточных специфических для патогенов нуклеиновых кислот |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| AU717755B2 (en) | Method of managing the chemotherapy of patients who are HIV positive based on the phenotypic drug sensitivity of human HIV strains | |
| DE102018100967B4 (de) | Verfahren zur feststellung der wirksamkeit von viralen vektoren | |
| Vincendeau et al. | Modulation of human endogenous retrovirus (HERV) transcription during persistent and de novo HIV-1 infection | |
| US7189505B2 (en) | Methods of assessing HIV integrase inhibitor therapy | |
| Spandidos et al. | Host‐specificities of papillomavirus, Moloney murine sarcoma virus and simian virus 40 enhancer sequences. | |
| US20100197767A1 (en) | Nucleic acid construct systems capable of daignosing or treating a cell state | |
| Tomoiu et al. | Functional interaction between human herpesvirus 6 immediate-early 2 protein and ubiquitin-conjugating enzyme 9 in the absence of sumoylation | |
| RU98116294A (ru) | Способ определения оптимальной химиотерапии пациентов, серопозитивных по вич, основанный на фенотипической лекарственной чувствительности человеческих штаммов вич | |
| CN113234832B (zh) | 人类egfr基因错义突变分子标志物及其在预测靶向抑制剂抗药性中的应用 | |
| EP1285971B1 (en) | Methods for the phenotypic and genotypic assessment of the drug sensitivity of HIV integrase variants | |
| Rongfang et al. | Effects of rAAV-CD151 and rAAV-antiCD151 on the migration of human tongue squamous carcinoma cell line Tca8113 | |
| Menck et al. | SV40-based Escherichia coli shuttle vectors infectious for monkey cells | |
| CN112779324A (zh) | 用于单细胞检测和分析的方法及其应用 | |
| Millhouse et al. | Spl and related factors fail to interact with the NF-kB-proximal G/C box in the LTR of a replication competent, brain-derived strain of HIV-1 (YU-2) | |
| CA2244735A1 (en) | Method of managing the chemotherapy of patients who are hiv positive based on the phenotypic drug sensitivity of human hiv strains | |
| AU2007239535B2 (en) | Methods and means for assessing HIV gag/protease inhibitor therapy | |
| RU2174014C2 (ru) | Способ определения оптимальной химиотерапии пациентов, серопозитивных по вич, основанный на фенотипической лекарственной чувствительности человеческих штаммов вич | |
| Tsunetsugu-Yokota et al. | Transcriptional regulation of HIV-1 LTR during antigen-dependent activation of primary T cells by dendritic cells | |
| Wu et al. | Transient expression of virus-specific promoters in murine resident peritoneal macrophages | |
| Yu et al. | Mutations in the TΨC Loop of E. coli tRNA Lys, 3 Have Varied Effects on In Trans Complementation of HIV-1 Replication | |
| CN117222742A (zh) | 用于造血细胞中btk的治疗性表达的慢病毒载体 | |
| Guillon et al. | Molecular characterization of HIV viruses generated after in vivo ligation | |
| DE102018010282A1 (de) | Verfahren zur Feststellung der Wirksamkeit von viralen Vektoren | |
| CN108486161A (zh) | 一种hiv指示细胞系及其制备方法 | |
| CN109504682A (zh) | 一种dna分子、慢病毒载体、细胞株及其应用 |