RU97104925A - Снижение неспецифической гибридизации при использовании новых схем спаривания оснований - Google Patents

Снижение неспецифической гибридизации при использовании новых схем спаривания оснований

Info

Publication number
RU97104925A
RU97104925A RU97104925/04A RU97104925A RU97104925A RU 97104925 A RU97104925 A RU 97104925A RU 97104925/04 A RU97104925/04 A RU 97104925/04A RU 97104925 A RU97104925 A RU 97104925A RU 97104925 A RU97104925 A RU 97104925A
Authority
RU
Russia
Prior art keywords
oligonucleotide
base pairs
hybridizing
analyte
segment
Prior art date
Application number
RU97104925/04A
Other languages
English (en)
Inventor
Л.Коллинз Марк
Хорн Томас
Е.Шеридан Патрик
Д.Варнер Брайан
С.Урди Майкл
Original Assignee
Чирон Корпорейшн
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Чирон Корпорейшн filed Critical Чирон Корпорейшн
Publication of RU97104925A publication Critical patent/RU97104925A/ru

Links

Claims (13)

1. Усовершенствование в гибридизационном анализе нуклеиновых кислот для обнаружения нуклеиновой кислоты-аналита в образце, использующем множество компонентов анализа, каждый из которых включает по крайней мере один гибридизирующийся олигонуклеотидный сегмент, причем усовершенствование включает введение по крайней мере в один гибридизирующийся олигонуклеотидный сегмент первой нуклеотидной единицы, которая не будет эффективной парой основания с аденозином (А), тимидином (Т), цитидином (С), гуанозином (G) или уридином (U) в условиях, при которых образуются пары оснований А-Т и G-C.
2. Способ по п. 1, где первая нуклеотидная единица способна к образованию пары оснований с второй комплементарной нуклеотидной единицей.
3. Способ по п. 2, где первая и вторая нуклеотидные единицы являются взаимозаменимо выбранными из группы комплементарных пар оснований, содержащей
Figure 00000001

Figure 00000002

Figure 00000003

и
Figure 00000004

где R - остов, который позволяет первой и второй нуклеотидным единицам образовывать пару оснований с комплементарной нуклеотидной единицей при встраивании в полинуклеотид;
R' - водород, метил, а- или b-пропинил, бром, фтор или иод.
4. Усовершенствование в гибридизационном анализе нуклеиновых кислот для обнаружения нуклеиновой кислоты-аналита в образце, использующем множество компонентов анализа, каждый из которых включает по крайней мере один гибридизирующийся олигонуклеотидный сегмент, причем усовершенствование включает введение гибридных комплексов с Тпл1 и гибридных комплексов с Тпл2 так, чтобы строгость анализа могла контролироваться избирательной дестабилизацией гибридных комплексов с Тпл1.
5. Усовершенствование в гибридизационном сэндвич-анализе нуклеиновых кислот в жидкой фазе для обнаружения нуклеиновой кислоты-аналита в образце, использующем множество компонентов анализа, каждый из которых включает по крайней мере один гибридизирующийся олигонуклеотидный сегмент, включающий (а) связывание аналита непосредственно или опосредованно с твердой подложкой, (b) мечение аналита и (с) обнаружение наличия связанной с аналитом метки, причем усовершенствование включает введение по крайней мере в один гибридизирующийся олигонуклеотидный сегмент первой нуклеотидной единицы, которая не будет эффективной парой основания с аденозином (А), тимидином (Т), цитидином (С), гуанозином (G) или уридином (U) в условиях, при которых образуются пары оснований А-Т и G-C.
6. Усовершенствование в гибридизационном сэндвич-анализе в жидкой фазе для обнаружения аналита нуклеиновой кислоты в образце, использующем множество компонентов анализа, каждый из которых включает по крайней мере один гибридизирующийся олигонуклеотидный сегмент, включающий (а) связывание аналита непосредственно или опосредованно с твердой подложкой, (b) мечение аналита и (с) обнаружение наличия связанной с аналитом метки, причем усовершенствование включает введение гибридных комплексов с Тпл1 и гибридных комплексов с Тпл2 так, чтобы строгость анализа могла контролироваться для избирательной дестабилизации гибридных комплексов с Тпо1.
7. Способ синтеза соединения, имеющего структурную формулу
Figure 00000005

где R1 - выбран из группы, содержащей водород, гидроксил, сульфгидрил, галоген, амин, алкил, аллил и OR2, где R2 алкил, аллил, силил или фосфат,
включающий: а) взаимодействие соединения, имеющего структурную формулу
Figure 00000006

с реагентом, подходящим для защиты как 3' - так и 5' - гидроксильных групп; b) взаимодействие продукта этапа (а) с реагентом, подходящим для превращения О6-оксиостатка в функциональную группу, которая предрасположена к нуклеофильному замещению, посредством которого получается функциональный O6радикал;
с (окисление 2-аминогруппы продукта этапа (b ); d) взаимодействие продукта этапа (с) с нуклеофильным реагентом для замещения функционального О6 - радикала и е) взаимодействие продукта этапа (d) с реагентом, пригодным для снятия защиты с защищенных 3' - и 5' - гидроксильных групп.
8. Способ синтеза 2'-дезокси-изогуанозина, включающий а) превращение 2'-дезоксигуанозина в 3', 5'-О-(трет-бутилдиметилсилил)2-2'-дезоксигуанозин путем взаимодействия 2'-дезоксигуанозина с трет-бутилдиметилсилилом (TBDMS) хлоридом; b) превращение 3', 5'-O-ТВDМS2-2'-дезоксигуанозина в O6-(4-толуолсульфонил)-3', 5'-O-ТВDМS2-2'-дезоксигуанозин путем взаимодействия 3', 5'-O-ТВDМS2-2'-дeзoкcигуaнoзинa с 4-толуолсульфонилхлоридом; с) замена группы O6-(4-толуолсульфонил) обработкой O6-(4-толуолсульфонил)-3', 5'-O-ТВDМS2-2'-дезоксигуанозина фенолом с получением O6-(4-(метилтио)фенил)-3', 5'-O-ТВDМS2-2'-дезоксигуанозина; d) окисление 2-аминогруппы O6-(4-(метилтио)фенил)-3', 5'-O-ТВDМS2-2'-дезоксигуанозина до функциональной оксигруппы обработкой O6-(4-(метилтио)фенил)-3', 5'-O-ТВDМS2-2'-дезокси-гуанозина трет-бутилнитритом в нейтральных условиях с получением O6-(4-(метилтио)фенил)-3', 5'-O-ТВDМS2-2'-дезоксиксантозина и е) замещение группы O2-(4-(метилтио)фенил) О6-(4-(метилтио)фенил)-3', 5'-O-ТВDМS2-2'-дезоксиксантозина гидроксидом аммония при повышенной температуре с получением 3', 5'-O-ТВDМS2-2'-дезокси-изогуанозина.
9. Набор для обнаружения нуклеиновой кислоты-аналита в образце, включающий по крайней мере один гибридизационный олигонуклеотидный зонд, сегмент которого способен к образованию гибридного комплекса с аналитом и средствами для обнаружения гибридного комплекса, где по крайней мере один гибридизационный олигонуклеотидный зонд включает первую нуклеотидную единицу, которая не будет эффективно образовывать пары оснований с аденозином (А), тимидином (Т), цитидином (С), гуанозином (G) или уридином (U) в условиях, в которых образуются пары А-Т и G-C.
10. Набор по п. 9, включающий (а) комплект зондов захвата, где указанные зонды захвата включают первую нуклеотидную единицу, которая не будет эффективно образовывать пары оснований с А, Т, С, G или U в условиях, в которых образуются пары оснований А-Т и G- С, (b) комплект молекул-удлинителей захвата, включающий первый и второй гибридизирующиеся олигонуклеотидные сегменты, где первый гибридизирующийся олигонуклеотидный сегмент способен к образованию гибридного комплекса с зондами захвата, а второй гибридизирующийся олигонуклеотидный сегмент способен к образованию гибридных комплексов с предопределенными сегментами аналита нуклеиновой кислоты; (с) молекулы-удлинителя метки, включающего третий и четвертый гибридизирующиеся олигонуклеотидные сегменты, где третий гибридизирующийся олигонуклеотидный сегмент гибридизации олигонуклеотида способен к образованию гибридных комплексов с сегментами нуклеиновой кислоты аналита других, чем те, с которыми связываются молекулы набора удлинителей захвата; (d) необязательную молекулу-преамлификатора, включающую пятый и шестой гибридизирующиеся олигонуклеотидные сегменты, где гибридизирующиеся олигонуклеотидные сегменты. включают первую нуклеотидную единицу, которая не будет эффективно образовывать пары оснований с А, Т, С, G или U в условиях, в которых образуются пары оснований А-Т и G-C, и где молекула преамплификатора способна к образованию гибридных комплексов с молекулами удлинителей метки и множеством мультимеров амплификации; (е) мультимер амплификации, включающий седьмой и восьмой гибридизирующиеся олигонуклеотидные сегменты, где гибридизирующиеся олигонуклеотидные сегменты включают первую нуклеотидную единицу, которая не будет эффективно образовывать пары оснований с А, Т, С, G или U в условиях, в которых образуются пары оснований А-Т и G-C, и где мультимер амплификации способен к образованию гибридных комплексов с молекулами удлинителей метки или с молекулами преамплификатора, и с множеством идентичных олигонуклеотидных субъединиц; и (f) меченые зонды, включающие метку, которые сконструированы так, чтобы образовывать гибридные комплексы с идентичными олигонуклеотидными субъединицами и, которые прямо или косвенно создают детектируемый сигнал.
11. Олигонуклеотид, используемый в качестве аптамера, включающий межмолекулярный олигонуклеотидный гибридным комплекс, содержащий множество комплементарных пар оснований, по крайней мере одна из которых содержит комплементарную неприродную нуклеотидную единицу, которая не будет эффективно образовывать пару оснований с аденозином (А), тимидином (Т), цитидином (С), гуанозином (G) или уридином (U) в условиях, в которых обычно образуются пары оснований А-Т и G-C, и где неприродная нуклеотидная единица содержится внутри олигонуклеотидного сегмента, в котором не требуется специфичности пар оснований для поддержания вторичной структуры аптамера.
12. Способ получения аптамера, включающий (а) обеспечение молекулы-мишени; (b) контактирование молекулы-мишени с пулом случайных олигонуклеотидов в условиях, которые благоприятны для связывания олигонуклеотидов с молекулой-мишенью; (с) отделение олигонуклеотидов, которые связались с молекулой-мишенью и образовали комплекс олигонуклеотид-мишень от олигонуклеотидов, которые не связываются с молекулой-мишенью; (d) диссоциацию олигонуклеотида из комплекса олигонуклеотид-мишень; (е) амплификацию олигонуклеотида, используя полимеразную цепную реакцию; (f) повторение по крайний мере один раз этапов от (b) до (е) для образования конечной конструкции аптамера и (д) замену одной или нескольких нуклеотидных единиц в конечной конструкции аптамера на неприродные нуклеотидные единицы, которые не будут эффективно образовывать пару оснований с аденозином (А), тимидином (Т), цитидином (С), гуанозином (G) или уридином (U) в условиях, в которых обычно образуются пары оснований А-Т и G-C.
13. Антисмысловая молекула, включающая первый и второй гибридизирующиеся сегменты, где первый гибридизирующийся сегмент способен к образованию гибридного комплекса с олигонуклеотидом мишенью, а второй сегмент содержит по крайней мере одну нуклеотидную единицу, которая не будет эффективно образовывать пару оснований с аденозином (А), тидином (Т), цитидином (С), гуанозином (G) или уридином (U) в условиях, в которых обычно образуются пары оснований А-Т и G-C, и является способной к образованию гибридного комплекса со второй антисмысловой молекулой.
RU97104925/04A 1994-08-30 1995-08-30 Снижение неспецифической гибридизации при использовании новых схем спаривания оснований RU97104925A (ru)

Applications Claiming Priority (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
US08/298,073 1994-08-30

Publications (1)

Publication Number Publication Date
RU97104925A true RU97104925A (ru) 1999-04-27

Family

ID=

Similar Documents

Publication Publication Date Title
JP3165431B2 (ja) 増幅方法
EP1247815A2 (en) Modified oligonucleotides and uses thereof
US6130038A (en) Method for amplifying target nucleic acids using modified primers
US6361940B1 (en) Compositions and methods for enhancing hybridization and priming specificity
EP0777747B1 (en) Nucleotide sequencing method
EP0720615B1 (en) Elongation, amplification and sequence determination using a chimeric oligonucleotide
KR890701764A (ko) 표적 뉴클레오티드 서열의 선택적 증식
US20050142595A1 (en) Intercalator FRET donors or acceptors
EP0706531A1 (en) Synthesis of branched nucleic acids
JP2641322B2 (ja) 大きな櫛型分枝状ポリヌクレオチド
CA2644688A1 (en) Method for determining a concentration of target nucleic acid molecules, nucleic acid probes for the method, and method for analysing data obtained by the method
WO1998002582A9 (en) Methods for detecting and amplifying nucleic acid sequences using modified oligonucleotides having increased target specific t¿m?
US7495093B2 (en) Amplification and detection method
EP1448795A1 (en) Hybridization portion control oligonucleotide and its uses
WO2003056030A9 (en) Methods and systems of nucleic acid sequencing
JP2000513587A (ja) 不連続プライマー伸長による核酸の反復配列長の決定
US20090023151A1 (en) Method For The Labeling And Detection Of Small Polynucleotides
JP2005522190A (ja) ハイブリダイゼーション部分調節オリゴヌクレオチド及びその用途
US6255051B1 (en) Multiple sequential polynucleotide displacement reactions for signal amplification and processing
RU97104925A (ru) Снижение неспецифической гибридизации при использовании новых схем спаривания оснований
EP1251183A2 (en) Improved helper probes for detection of a target sequence by a capture oligonucleotide
JP2005512544A6 (ja) 核酸の合成後ラベリングとその使用
JP2005512544A (ja) 核酸の合成後ラベリングとその使用
JPS62143700A (ja) 対合セグメント抑制または競合による核酸アツセイ法
WO1999063117A1 (en) Method of creating flanking polynucleotide sequences which convey relative binding affinities to a ligand binding site