RU2817768C2 - Microorganism having enhanced ability to produce l-amino acid with branched chain, and method of producing l-amino acid with branched chain using same - Google Patents
Microorganism having enhanced ability to produce l-amino acid with branched chain, and method of producing l-amino acid with branched chain using same Download PDFInfo
- Publication number
- RU2817768C2 RU2817768C2 RU2023111140A RU2023111140A RU2817768C2 RU 2817768 C2 RU2817768 C2 RU 2817768C2 RU 2023111140 A RU2023111140 A RU 2023111140A RU 2023111140 A RU2023111140 A RU 2023111140A RU 2817768 C2 RU2817768 C2 RU 2817768C2
- Authority
- RU
- Russia
- Prior art keywords
- rama
- nucleotide
- polynucleotide
- microorganism
- amino acid
- Prior art date
Links
- 244000005700 microbiome Species 0.000 title claims abstract description 79
- 238000000034 method Methods 0.000 title claims abstract description 29
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 claims abstract description 107
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 claims abstract description 107
- 108091033319 polynucleotide Proteins 0.000 claims abstract description 105
- 102000040430 polynucleotide Human genes 0.000 claims abstract description 105
- 239000002157 polynucleotide Substances 0.000 claims abstract description 105
- 230000000694 effects Effects 0.000 claims abstract description 70
- 150000008575 L-amino acids Chemical class 0.000 claims abstract description 36
- 238000006467 substitution reaction Methods 0.000 claims abstract description 12
- 241000186226 Corynebacterium glutamicum Species 0.000 claims description 36
- 238000004519 manufacturing process Methods 0.000 claims description 24
- 239000001963 growth medium Substances 0.000 claims description 23
- 241000186216 Corynebacterium Species 0.000 claims description 12
- 230000001965 increasing effect Effects 0.000 abstract description 16
- 239000000126 substance Substances 0.000 abstract description 2
- KZSNJWFQEVHDMF-BYPYZUCNSA-N L-valine Chemical compound CC(C)[C@H](N)C(O)=O KZSNJWFQEVHDMF-BYPYZUCNSA-N 0.000 description 74
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 description 62
- 229920001184 polypeptide Polymers 0.000 description 52
- 108090000765 processed proteins & peptides Proteins 0.000 description 52
- 102000004196 processed proteins & peptides Human genes 0.000 description 52
- 229960004295 valine Drugs 0.000 description 44
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 description 42
- 239000013598 vector Substances 0.000 description 41
- 230000014509 gene expression Effects 0.000 description 36
- 230000004048 modification Effects 0.000 description 30
- 238000012986 modification Methods 0.000 description 30
- 150000005693 branched-chain amino acids Chemical class 0.000 description 27
- 210000004027 cell Anatomy 0.000 description 26
- ROHFNLRQFUQHCH-YFKPBYRVSA-N L-leucine Chemical compound CC(C)C[C@H](N)C(O)=O ROHFNLRQFUQHCH-YFKPBYRVSA-N 0.000 description 25
- 101150055966 ramA gene Proteins 0.000 description 23
- 150000001413 amino acids Chemical class 0.000 description 17
- 210000000349 chromosome Anatomy 0.000 description 17
- 230000004060 metabolic process Effects 0.000 description 17
- QTBSBXVTEAMEQO-UHFFFAOYSA-M Acetate Chemical compound CC([O-])=O QTBSBXVTEAMEQO-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 16
- AGPKZVBTJJNPAG-WHFBIAKZSA-N L-isoleucine Chemical compound CC[C@H](C)[C@H](N)C(O)=O AGPKZVBTJJNPAG-WHFBIAKZSA-N 0.000 description 16
- 229960000310 isoleucine Drugs 0.000 description 16
- 229960003136 leucine Drugs 0.000 description 15
- 239000002609 medium Substances 0.000 description 15
- 238000003752 polymerase chain reaction Methods 0.000 description 15
- XSQUKJJJFZCRTK-UHFFFAOYSA-N Urea Chemical compound NC(N)=O XSQUKJJJFZCRTK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 14
- KZSNJWFQEVHDMF-UHFFFAOYSA-N Valine Natural products CC(C)C(N)C(O)=O KZSNJWFQEVHDMF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 14
- 239000004474 valine Substances 0.000 description 14
- 102000004169 proteins and genes Human genes 0.000 description 13
- 229940024606 amino acid Drugs 0.000 description 12
- 230000035772 mutation Effects 0.000 description 12
- 230000001105 regulatory effect Effects 0.000 description 12
- 229930182844 L-isoleucine Natural products 0.000 description 11
- 239000012634 fragment Substances 0.000 description 11
- YBJHBAHKTGYVGT-ZKWXMUAHSA-N (+)-Biotin Chemical compound N1C(=O)N[C@@H]2[C@H](CCCCC(=O)O)SC[C@@H]21 YBJHBAHKTGYVGT-ZKWXMUAHSA-N 0.000 description 10
- IJGRMHOSHXDMSA-UHFFFAOYSA-N Atomic nitrogen Chemical compound N#N IJGRMHOSHXDMSA-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 10
- VTYYLEPIZMXCLO-UHFFFAOYSA-L Calcium carbonate Chemical compound [Ca+2].[O-]C([O-])=O VTYYLEPIZMXCLO-UHFFFAOYSA-L 0.000 description 10
- WQZGKKKJIJFFOK-GASJEMHNSA-N Glucose Natural products OC[C@H]1OC(O)[C@H](O)[C@@H](O)[C@@H]1O WQZGKKKJIJFFOK-GASJEMHNSA-N 0.000 description 10
- 239000004395 L-leucine Substances 0.000 description 10
- 235000019454 L-leucine Nutrition 0.000 description 10
- 235000001014 amino acid Nutrition 0.000 description 10
- 239000008103 glucose Substances 0.000 description 10
- 238000009396 hybridization Methods 0.000 description 9
- 235000015097 nutrients Nutrition 0.000 description 9
- 108091008146 restriction endonucleases Proteins 0.000 description 9
- 238000013518 transcription Methods 0.000 description 9
- 230000035897 transcription Effects 0.000 description 9
- XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N water Substances O XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 9
- 108020004705 Codon Proteins 0.000 description 8
- FAPWRFPIFSIZLT-UHFFFAOYSA-M Sodium chloride Chemical compound [Na+].[Cl-] FAPWRFPIFSIZLT-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 8
- 239000012153 distilled water Substances 0.000 description 8
- 235000018102 proteins Nutrition 0.000 description 8
- 230000006798 recombination Effects 0.000 description 8
- 101150087540 rpsD gene Proteins 0.000 description 8
- 239000004202 carbamide Substances 0.000 description 7
- 230000000295 complement effect Effects 0.000 description 7
- 238000010276 construction Methods 0.000 description 7
- 239000000284 extract Substances 0.000 description 7
- 238000002744 homologous recombination Methods 0.000 description 7
- 230000006801 homologous recombination Effects 0.000 description 7
- 229930027917 kanamycin Natural products 0.000 description 7
- SBUJHOSQTJFQJX-NOAMYHISSA-N kanamycin Chemical compound O[C@@H]1[C@@H](O)[C@H](O)[C@@H](CN)O[C@@H]1O[C@H]1[C@H](O)[C@@H](O[C@@H]2[C@@H]([C@@H](N)[C@H](O)[C@@H](CO)O2)O)[C@H](N)C[C@@H]1N SBUJHOSQTJFQJX-NOAMYHISSA-N 0.000 description 7
- 229960000318 kanamycin Drugs 0.000 description 7
- 229930182823 kanamycin A Natural products 0.000 description 7
- 230000008569 process Effects 0.000 description 7
- 239000013587 production medium Substances 0.000 description 7
- 238000005215 recombination Methods 0.000 description 7
- HMUNWXXNJPVALC-UHFFFAOYSA-N 1-[4-[2-(2,3-dihydro-1H-inden-2-ylamino)pyrimidin-5-yl]piperazin-1-yl]-2-(2,4,6,7-tetrahydrotriazolo[4,5-c]pyridin-5-yl)ethanone Chemical compound C1C(CC2=CC=CC=C12)NC1=NC=C(C=N1)N1CCN(CC1)C(CN1CC2=C(CC1)NN=N2)=O HMUNWXXNJPVALC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 6
- CSNNHWWHGAXBCP-UHFFFAOYSA-L Magnesium sulfate Chemical compound [Mg+2].[O-][S+2]([O-])([O-])[O-] CSNNHWWHGAXBCP-UHFFFAOYSA-L 0.000 description 6
- 240000008042 Zea mays Species 0.000 description 6
- 235000005824 Zea mays ssp. parviglumis Nutrition 0.000 description 6
- 235000002017 Zea mays subsp mays Nutrition 0.000 description 6
- 235000005822 corn Nutrition 0.000 description 6
- 238000012136 culture method Methods 0.000 description 6
- 238000004925 denaturation Methods 0.000 description 6
- 230000036425 denaturation Effects 0.000 description 6
- 230000002708 enhancing effect Effects 0.000 description 6
- 238000011156 evaluation Methods 0.000 description 6
- 238000004128 high performance liquid chromatography Methods 0.000 description 6
- 238000006116 polymerization reaction Methods 0.000 description 6
- 239000000047 product Substances 0.000 description 6
- 238000000746 purification Methods 0.000 description 6
- 102200151424 rs5198 Human genes 0.000 description 6
- 230000009466 transformation Effects 0.000 description 6
- 230000014616 translation Effects 0.000 description 6
- ROHFNLRQFUQHCH-UHFFFAOYSA-N Leucine Natural products CC(C)CC(N)C(O)=O ROHFNLRQFUQHCH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 5
- BFNBIHQBYMNNAN-UHFFFAOYSA-N ammonium sulfate Chemical compound N.N.OS(O)(=O)=O BFNBIHQBYMNNAN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 5
- 229910052921 ammonium sulfate Inorganic materials 0.000 description 5
- 235000011130 ammonium sulphate Nutrition 0.000 description 5
- 229960002685 biotin Drugs 0.000 description 5
- 235000020958 biotin Nutrition 0.000 description 5
- 239000011616 biotin Substances 0.000 description 5
- 229910000019 calcium carbonate Inorganic materials 0.000 description 5
- 235000010216 calcium carbonate Nutrition 0.000 description 5
- 229940041514 candida albicans extract Drugs 0.000 description 5
- 229910052799 carbon Inorganic materials 0.000 description 5
- 230000002759 chromosomal effect Effects 0.000 description 5
- ZPWVASYFFYYZEW-UHFFFAOYSA-L dipotassium hydrogen phosphate Chemical compound [K+].[K+].OP([O-])([O-])=O ZPWVASYFFYYZEW-UHFFFAOYSA-L 0.000 description 5
- 238000003780 insertion Methods 0.000 description 5
- 230000037431 insertion Effects 0.000 description 5
- AGPKZVBTJJNPAG-UHFFFAOYSA-N isoleucine Natural products CCC(C)C(N)C(O)=O AGPKZVBTJJNPAG-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 5
- 239000003550 marker Substances 0.000 description 5
- 229910052757 nitrogen Inorganic materials 0.000 description 5
- 150000007523 nucleic acids Chemical class 0.000 description 5
- 239000013612 plasmid Substances 0.000 description 5
- 238000003756 stirring Methods 0.000 description 5
- 229960003495 thiamine Drugs 0.000 description 5
- DPJRMOMPQZCRJU-UHFFFAOYSA-M thiamine hydrochloride Chemical compound Cl.[Cl-].CC1=C(CCO)SC=[N+]1CC1=CN=C(C)N=C1N DPJRMOMPQZCRJU-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 5
- 238000013519 translation Methods 0.000 description 5
- 239000012138 yeast extract Substances 0.000 description 5
- 229920001817 Agar Polymers 0.000 description 4
- QGZKDVFQNNGYKY-UHFFFAOYSA-N Ammonia Chemical compound N QGZKDVFQNNGYKY-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- OKTJSMMVPCPJKN-UHFFFAOYSA-N Carbon Chemical compound [C] OKTJSMMVPCPJKN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- DFPAKSUCGFBDDF-UHFFFAOYSA-N Nicotinamide Chemical compound NC(=O)C1=CC=CN=C1 DFPAKSUCGFBDDF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- LCTONWCANYUPML-UHFFFAOYSA-N Pyruvic acid Chemical compound CC(=O)C(O)=O LCTONWCANYUPML-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- DBMJMQXJHONAFJ-UHFFFAOYSA-M Sodium laurylsulphate Chemical compound [Na+].CCCCCCCCCCCCOS([O-])(=O)=O DBMJMQXJHONAFJ-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 4
- 108091081024 Start codon Proteins 0.000 description 4
- 239000008272 agar Substances 0.000 description 4
- FAPWYRCQGJNNSJ-UBKPKTQASA-L calcium D-pantothenic acid Chemical compound [Ca+2].OCC(C)(C)[C@@H](O)C(=O)NCCC([O-])=O.OCC(C)(C)[C@@H](O)C(=O)NCCC([O-])=O FAPWYRCQGJNNSJ-UBKPKTQASA-L 0.000 description 4
- 229960002079 calcium pantothenate Drugs 0.000 description 4
- 238000004587 chromatography analysis Methods 0.000 description 4
- 238000012217 deletion Methods 0.000 description 4
- 230000037430 deletion Effects 0.000 description 4
- 101150060643 ilvN gene Proteins 0.000 description 4
- 239000012499 inoculation medium Substances 0.000 description 4
- 238000002955 isolation Methods 0.000 description 4
- 235000013372 meat Nutrition 0.000 description 4
- 235000013379 molasses Nutrition 0.000 description 4
- 238000005457 optimization Methods 0.000 description 4
- 239000011780 sodium chloride Substances 0.000 description 4
- FWMNVWWHGCHHJJ-SKKKGAJSSA-N 4-amino-1-[(2r)-6-amino-2-[[(2r)-2-[[(2r)-2-[[(2r)-2-amino-3-phenylpropanoyl]amino]-3-phenylpropanoyl]amino]-4-methylpentanoyl]amino]hexanoyl]piperidine-4-carboxylic acid Chemical compound C([C@H](C(=O)N[C@H](CC(C)C)C(=O)N[C@H](CCCCN)C(=O)N1CCC(N)(CC1)C(O)=O)NC(=O)[C@H](N)CC=1C=CC=CC=1)C1=CC=CC=C1 FWMNVWWHGCHHJJ-SKKKGAJSSA-N 0.000 description 3
- QTBSBXVTEAMEQO-UHFFFAOYSA-N Acetic acid Chemical compound CC(O)=O QTBSBXVTEAMEQO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 241000807905 Corynebacterium glutamicum ATCC 14067 Species 0.000 description 3
- 241000620209 Escherichia coli DH5[alpha] Species 0.000 description 3
- WHUUTDBJXJRKMK-UHFFFAOYSA-N Glutamic acid Natural products OC(=O)C(N)CCC(O)=O WHUUTDBJXJRKMK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- KWYUFKZDYYNOTN-UHFFFAOYSA-M Potassium hydroxide Chemical compound [OH-].[K+] KWYUFKZDYYNOTN-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 3
- 108010073771 Soybean Proteins Proteins 0.000 description 3
- 238000000137 annealing Methods 0.000 description 3
- -1 but not limited to Chemical class 0.000 description 3
- 238000007385 chemical modification Methods 0.000 description 3
- KRKNYBCHXYNGOX-UHFFFAOYSA-N citric acid Chemical compound OC(=O)CC(O)(C(O)=O)CC(O)=O KRKNYBCHXYNGOX-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 238000010367 cloning Methods 0.000 description 3
- 229940111685 dibasic potassium phosphate Drugs 0.000 description 3
- 238000012239 gene modification Methods 0.000 description 3
- 230000002068 genetic effect Effects 0.000 description 3
- 230000005017 genetic modification Effects 0.000 description 3
- 235000013617 genetically modified food Nutrition 0.000 description 3
- 229910052943 magnesium sulfate Inorganic materials 0.000 description 3
- WRUGWIBCXHJTDG-UHFFFAOYSA-L magnesium sulfate heptahydrate Chemical compound O.O.O.O.O.O.O.[Mg+2].[O-]S([O-])(=O)=O WRUGWIBCXHJTDG-UHFFFAOYSA-L 0.000 description 3
- 229940061634 magnesium sulfate heptahydrate Drugs 0.000 description 3
- 235000019341 magnesium sulphate Nutrition 0.000 description 3
- 108020004999 messenger RNA Proteins 0.000 description 3
- 229910000402 monopotassium phosphate Inorganic materials 0.000 description 3
- 235000019796 monopotassium phosphate Nutrition 0.000 description 3
- 231100000350 mutagenesis Toxicity 0.000 description 3
- 102000039446 nucleic acids Human genes 0.000 description 3
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 description 3
- 230000002018 overexpression Effects 0.000 description 3
- 239000002243 precursor Substances 0.000 description 3
- 108010053725 prolylvaline Proteins 0.000 description 3
- 229940001941 soy protein Drugs 0.000 description 3
- 235000019190 thiamine hydrochloride Nutrition 0.000 description 3
- 239000011747 thiamine hydrochloride Substances 0.000 description 3
- 230000003827 upregulation Effects 0.000 description 3
- 108020003589 5' Untranslated Regions Proteins 0.000 description 2
- NLXLAEXVIDQMFP-UHFFFAOYSA-N Ammonia chloride Chemical compound [NH4+].[Cl-] NLXLAEXVIDQMFP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- CURLTUGMZLYLDI-UHFFFAOYSA-N Carbon dioxide Chemical compound O=C=O CURLTUGMZLYLDI-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 108091026890 Coding region Proteins 0.000 description 2
- 102000053602 DNA Human genes 0.000 description 2
- 238000007400 DNA extraction Methods 0.000 description 2
- 108700039691 Genetic Promoter Regions Proteins 0.000 description 2
- 239000007836 KH2PO4 Substances 0.000 description 2
- WHUUTDBJXJRKMK-VKHMYHEASA-N L-glutamic acid Chemical compound OC(=O)[C@@H](N)CCC(O)=O WHUUTDBJXJRKMK-VKHMYHEASA-N 0.000 description 2
- FFEARJCKVFRZRR-BYPYZUCNSA-N L-methionine Chemical compound CSCC[C@H](N)C(O)=O FFEARJCKVFRZRR-BYPYZUCNSA-N 0.000 description 2
- 102000003960 Ligases Human genes 0.000 description 2
- 108090000364 Ligases Proteins 0.000 description 2
- 241001465754 Metazoa Species 0.000 description 2
- 108091028043 Nucleic acid sequence Proteins 0.000 description 2
- 239000001888 Peptone Substances 0.000 description 2
- 108010080698 Peptones Proteins 0.000 description 2
- NBIIXXVUZAFLBC-UHFFFAOYSA-N Phosphoric acid Chemical compound OP(O)(O)=O NBIIXXVUZAFLBC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- OAICVXFJPJFONN-UHFFFAOYSA-N Phosphorus Chemical compound [P] OAICVXFJPJFONN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- QAOWNCQODCNURD-UHFFFAOYSA-N Sulfuric acid Chemical compound OS(O)(=O)=O QAOWNCQODCNURD-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- DFPAKSUCGFBDDF-ZQBYOMGUSA-N [14c]-nicotinamide Chemical compound N[14C](=O)C1=CC=CN=C1 DFPAKSUCGFBDDF-ZQBYOMGUSA-N 0.000 description 2
- 230000004913 activation Effects 0.000 description 2
- OIRDTQYFTABQOQ-KQYNXXCUSA-N adenosine Chemical compound C1=NC=2C(N)=NC=NC=2N1[C@@H]1O[C@H](CO)[C@@H](O)[C@H]1O OIRDTQYFTABQOQ-KQYNXXCUSA-N 0.000 description 2
- 229910021529 ammonia Inorganic materials 0.000 description 2
- QVGXLLKOCUKJST-UHFFFAOYSA-N atomic oxygen Chemical compound [O] QVGXLLKOCUKJST-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 230000004071 biological effect Effects 0.000 description 2
- 230000015572 biosynthetic process Effects 0.000 description 2
- 150000001720 carbohydrates Chemical class 0.000 description 2
- 235000014633 carbohydrates Nutrition 0.000 description 2
- 230000008859 change Effects 0.000 description 2
- 239000003795 chemical substances by application Substances 0.000 description 2
- 238000012790 confirmation Methods 0.000 description 2
- 238000012258 culturing Methods 0.000 description 2
- OPTASPLRGRRNAP-UHFFFAOYSA-N cytosine Chemical compound NC=1C=CNC(=O)N=1 OPTASPLRGRRNAP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 239000007857 degradation product Substances 0.000 description 2
- 235000015872 dietary supplement Nutrition 0.000 description 2
- 229910000396 dipotassium phosphate Inorganic materials 0.000 description 2
- 235000019797 dipotassium phosphate Nutrition 0.000 description 2
- 239000003623 enhancer Substances 0.000 description 2
- 238000000605 extraction Methods 0.000 description 2
- 238000000855 fermentation Methods 0.000 description 2
- 230000004151 fermentation Effects 0.000 description 2
- 230000006870 function Effects 0.000 description 2
- 239000007789 gas Substances 0.000 description 2
- 239000004220 glutamic acid Substances 0.000 description 2
- 235000013922 glutamic acid Nutrition 0.000 description 2
- 108010050848 glycylleucine Proteins 0.000 description 2
- 108010037850 glycylvaline Proteins 0.000 description 2
- UYTPUPDQBNUYGX-UHFFFAOYSA-N guanine Chemical compound O=C1NC(N)=NC2=C1N=CN2 UYTPUPDQBNUYGX-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 101150077793 ilvH gene Proteins 0.000 description 2
- 230000001939 inductive effect Effects 0.000 description 2
- 230000000977 initiatory effect Effects 0.000 description 2
- 150000002484 inorganic compounds Chemical class 0.000 description 2
- 229910010272 inorganic material Inorganic materials 0.000 description 2
- 230000010354 integration Effects 0.000 description 2
- JVTAAEKCZFNVCJ-UHFFFAOYSA-N lactic acid Chemical compound CC(O)C(O)=O JVTAAEKCZFNVCJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 239000007788 liquid Substances 0.000 description 2
- 239000011159 matrix material Substances 0.000 description 2
- 229930182817 methionine Natural products 0.000 description 2
- 235000006109 methionine Nutrition 0.000 description 2
- 238000010369 molecular cloning Methods 0.000 description 2
- 238000002703 mutagenesis Methods 0.000 description 2
- 229960003966 nicotinamide Drugs 0.000 description 2
- 235000005152 nicotinamide Nutrition 0.000 description 2
- 239000011570 nicotinamide Substances 0.000 description 2
- 239000001301 oxygen Substances 0.000 description 2
- 229910052760 oxygen Inorganic materials 0.000 description 2
- 235000019319 peptone Nutrition 0.000 description 2
- 229910052698 phosphorus Inorganic materials 0.000 description 2
- 239000011574 phosphorus Substances 0.000 description 2
- GNSKLFRGEWLPPA-UHFFFAOYSA-M potassium dihydrogen phosphate Chemical compound [K+].OP(O)([O-])=O GNSKLFRGEWLPPA-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 2
- 229940107700 pyruvic acid Drugs 0.000 description 2
- 230000005855 radiation Effects 0.000 description 2
- 238000011160 research Methods 0.000 description 2
- 150000003839 salts Chemical class 0.000 description 2
- 238000012163 sequencing technique Methods 0.000 description 2
- RWQNBRDOKXIBIV-UHFFFAOYSA-N thymine Chemical compound CC1=CNC(=O)NC1=O RWQNBRDOKXIBIV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 238000011144 upstream manufacturing Methods 0.000 description 2
- 229940088594 vitamin Drugs 0.000 description 2
- 229930003231 vitamin Natural products 0.000 description 2
- 235000013343 vitamin Nutrition 0.000 description 2
- 239000011782 vitamin Substances 0.000 description 2
- 108091032973 (ribonucleotides)n+m Proteins 0.000 description 1
- OWEGMIWEEQEYGQ-UHFFFAOYSA-N 100676-05-9 Natural products OC1C(O)C(O)C(CO)OC1OCC1C(O)C(O)C(O)C(OC2C(OC(O)C(O)C2O)CO)O1 OWEGMIWEEQEYGQ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- VZSRBBMJRBPUNF-UHFFFAOYSA-N 2-(2,3-dihydro-1H-inden-2-ylamino)-N-[3-oxo-3-(2,4,6,7-tetrahydrotriazolo[4,5-c]pyridin-5-yl)propyl]pyrimidine-5-carboxamide Chemical compound C1C(CC2=CC=CC=C12)NC1=NC=C(C=N1)C(=O)NCCC(N1CC2=C(CC1)NN=N2)=O VZSRBBMJRBPUNF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- LDXJRKWFNNFDSA-UHFFFAOYSA-N 2-(2,4,6,7-tetrahydrotriazolo[4,5-c]pyridin-5-yl)-1-[4-[2-[[3-(trifluoromethoxy)phenyl]methylamino]pyrimidin-5-yl]piperazin-1-yl]ethanone Chemical compound C1CN(CC2=NNN=C21)CC(=O)N3CCN(CC3)C4=CN=C(N=C4)NCC5=CC(=CC=C5)OC(F)(F)F LDXJRKWFNNFDSA-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- PAWQVTBBRAZDMG-UHFFFAOYSA-N 2-(3-bromo-2-fluorophenyl)acetic acid Chemical compound OC(=O)CC1=CC=CC(Br)=C1F PAWQVTBBRAZDMG-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- BKAJNAXTPSGJCU-UHFFFAOYSA-N 4-methyl-2-oxopentanoic acid Chemical compound CC(C)CC(=O)C(O)=O BKAJNAXTPSGJCU-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 241000251468 Actinopterygii Species 0.000 description 1
- HHGYNJRJIINWAK-FXQIFTODSA-N Ala-Ala-Arg Chemical compound C[C@H](N)C(=O)N[C@@H](C)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CCCN=C(N)N HHGYNJRJIINWAK-FXQIFTODSA-N 0.000 description 1
- SVBXIUDNTRTKHE-CIUDSAMLSA-N Ala-Arg-Glu Chemical compound [H]N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(O)=O SVBXIUDNTRTKHE-CIUDSAMLSA-N 0.000 description 1
- WKOBSJOZRJJVRZ-FXQIFTODSA-N Ala-Glu-Glu Chemical compound [H]N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(O)=O WKOBSJOZRJJVRZ-FXQIFTODSA-N 0.000 description 1
- YEVZMOUUZINZCK-LKTVYLICSA-N Ala-Glu-Trp Chemical compound [H]N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CC1=CNC2=C1C=CC=C2)C(O)=O YEVZMOUUZINZCK-LKTVYLICSA-N 0.000 description 1
- GSHKMNKPMLXSQW-KBIXCLLPSA-N Ala-Ile-Gln Chemical compound CC[C@H](C)[C@@H](C(=O)N[C@@H](CCC(=O)N)C(=O)O)NC(=O)[C@H](C)N GSHKMNKPMLXSQW-KBIXCLLPSA-N 0.000 description 1
- YHKANGMVQWRMAP-DCAQKATOSA-N Ala-Leu-Arg Chemical compound C[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CCCN=C(N)N YHKANGMVQWRMAP-DCAQKATOSA-N 0.000 description 1
- SUMYEVXWCAYLLJ-GUBZILKMSA-N Ala-Leu-Gln Chemical compound [H]N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CCC(N)=O)C(O)=O SUMYEVXWCAYLLJ-GUBZILKMSA-N 0.000 description 1
- MNZHHDPWDWQJCQ-YUMQZZPRSA-N Ala-Leu-Gly Chemical compound C[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)NCC(O)=O MNZHHDPWDWQJCQ-YUMQZZPRSA-N 0.000 description 1
- OYJCVIGKMXUVKB-GARJFASQSA-N Ala-Leu-Pro Chemical compound C[C@@H](C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N1CCC[C@@H]1C(=O)O)N OYJCVIGKMXUVKB-GARJFASQSA-N 0.000 description 1
- WNHNMKOFKCHKKD-BFHQHQDPSA-N Ala-Thr-Gly Chemical compound [H]N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)NCC(O)=O WNHNMKOFKCHKKD-BFHQHQDPSA-N 0.000 description 1
- NLYYHIKRBRMAJV-AEJSXWLSSA-N Ala-Val-Pro Chemical compound C[C@@H](C(=O)N[C@@H](C(C)C)C(=O)N1CCC[C@@H]1C(=O)O)N NLYYHIKRBRMAJV-AEJSXWLSSA-N 0.000 description 1
- GUBGYTABKSRVRQ-XLOQQCSPSA-N Alpha-Lactose Chemical compound O[C@@H]1[C@@H](O)[C@@H](O)[C@@H](CO)O[C@H]1O[C@@H]1[C@@H](CO)O[C@H](O)[C@H](O)[C@H]1O GUBGYTABKSRVRQ-XLOQQCSPSA-N 0.000 description 1
- USFZMSVCRYTOJT-UHFFFAOYSA-N Ammonium acetate Chemical compound N.CC(O)=O USFZMSVCRYTOJT-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000005695 Ammonium acetate Substances 0.000 description 1
- ATRRKUHOCOJYRX-UHFFFAOYSA-N Ammonium bicarbonate Chemical compound [NH4+].OC([O-])=O ATRRKUHOCOJYRX-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- VHUUQVKOLVNVRT-UHFFFAOYSA-N Ammonium hydroxide Chemical compound [NH4+].[OH-] VHUUQVKOLVNVRT-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000004254 Ammonium phosphate Substances 0.000 description 1
- 101100533902 Arabidopsis thaliana SPL13A gene Proteins 0.000 description 1
- 101100533904 Arabidopsis thaliana SPL13B gene Proteins 0.000 description 1
- BIOCIVSVEDFKDJ-GUBZILKMSA-N Arg-Arg-Asp Chemical compound [H]N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(O)=O BIOCIVSVEDFKDJ-GUBZILKMSA-N 0.000 description 1
- OVVUNXXROOFSIM-SDDRHHMPSA-N Arg-Arg-Pro Chemical compound C1C[C@@H](N(C1)C(=O)[C@H](CCCN=C(N)N)NC(=O)[C@H](CCCN=C(N)N)N)C(=O)O OVVUNXXROOFSIM-SDDRHHMPSA-N 0.000 description 1
- NONSEUUPKITYQT-BQBZGAKWSA-N Arg-Asn-Gly Chemical compound C(C[C@@H](C(=O)N[C@@H](CC(=O)N)C(=O)NCC(=O)O)N)CN=C(N)N NONSEUUPKITYQT-BQBZGAKWSA-N 0.000 description 1
- WVNFNPGXYADPPO-BQBZGAKWSA-N Arg-Gly-Ser Chemical compound NC(N)=NCCC[C@H](N)C(=O)NCC(=O)N[C@@H](CO)C(O)=O WVNFNPGXYADPPO-BQBZGAKWSA-N 0.000 description 1
- UAOSDDXCTBIPCA-QXEWZRGKSA-N Arg-Ile-Gly Chemical compound CC[C@H](C)[C@@H](C(=O)NCC(=O)O)NC(=O)[C@H](CCCN=C(N)N)N UAOSDDXCTBIPCA-QXEWZRGKSA-N 0.000 description 1
- LKDHUGLXOHYINY-XUXIUFHCSA-N Arg-Ile-Lys Chemical compound CC[C@H](C)[C@@H](C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)O)NC(=O)[C@H](CCCN=C(N)N)N LKDHUGLXOHYINY-XUXIUFHCSA-N 0.000 description 1
- GMFAGHNRXPSSJS-SRVKXCTJSA-N Arg-Leu-Gln Chemical compound [H]N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CCC(N)=O)C(O)=O GMFAGHNRXPSSJS-SRVKXCTJSA-N 0.000 description 1
- CLICCYPMVFGUOF-IHRRRGAJSA-N Arg-Lys-Leu Chemical compound [H]N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(O)=O CLICCYPMVFGUOF-IHRRRGAJSA-N 0.000 description 1
- ZJBUILVYSXQNSW-YTWAJWBKSA-N Arg-Thr-Pro Chemical compound C[C@H]([C@@H](C(=O)N1CCC[C@@H]1C(=O)O)NC(=O)[C@H](CCCN=C(N)N)N)O ZJBUILVYSXQNSW-YTWAJWBKSA-N 0.000 description 1
- PNHQRQTVBRDIEF-CIUDSAMLSA-N Asn-Leu-Ala Chemical compound C[C@@H](C(=O)O)NC(=O)[C@H](CC(C)C)NC(=O)[C@H](CC(=O)N)N PNHQRQTVBRDIEF-CIUDSAMLSA-N 0.000 description 1
- NCFJQJRLQJEECD-NHCYSSNCSA-N Asn-Leu-Val Chemical compound [H]N[C@@H](CC(N)=O)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](C(C)C)C(O)=O NCFJQJRLQJEECD-NHCYSSNCSA-N 0.000 description 1
- JNCRAQVYJZGIOW-QSFUFRPTSA-N Asn-Val-Ile Chemical compound [H]N[C@@H](CC(N)=O)C(=O)N[C@@H](C(C)C)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)CC)C(O)=O JNCRAQVYJZGIOW-QSFUFRPTSA-N 0.000 description 1
- ITGFVUYOLWBPQW-KKHAAJSZSA-N Asp-Thr-Val Chemical compound [H]N[C@@H](CC(O)=O)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@@H](C(C)C)C(O)=O ITGFVUYOLWBPQW-KKHAAJSZSA-N 0.000 description 1
- 101100455080 Bacillus subtilis (strain 168) lmrB gene Proteins 0.000 description 1
- 239000002126 C01EB10 - Adenosine Substances 0.000 description 1
- UXVMQQNJUSDDNG-UHFFFAOYSA-L Calcium chloride Chemical compound [Cl-].[Cl-].[Ca+2] UXVMQQNJUSDDNG-UHFFFAOYSA-L 0.000 description 1
- 241000186145 Corynebacterium ammoniagenes Species 0.000 description 1
- 241001644925 Corynebacterium efficiens Species 0.000 description 1
- 101000584531 Corynebacterium glutamicum (strain ATCC 13032 / DSM 20300 / BCRC 11384 / JCM 1318 / LMG 3730 / NCIMB 10025) HTH-type transcriptional activator RamA Proteins 0.000 description 1
- 241000186308 Corynebacterium stationis Species 0.000 description 1
- 241000337023 Corynebacterium thermoaminogenes Species 0.000 description 1
- FBPFZTCFMRRESA-FSIIMWSLSA-N D-Glucitol Natural products OC[C@H](O)[C@H](O)[C@@H](O)[C@H](O)CO FBPFZTCFMRRESA-FSIIMWSLSA-N 0.000 description 1
- FBPFZTCFMRRESA-KVTDHHQDSA-N D-Mannitol Chemical compound OC[C@@H](O)[C@@H](O)[C@H](O)[C@H](O)CO FBPFZTCFMRRESA-KVTDHHQDSA-N 0.000 description 1
- FBPFZTCFMRRESA-JGWLITMVSA-N D-glucitol Chemical compound OC[C@H](O)[C@@H](O)[C@H](O)[C@H](O)CO FBPFZTCFMRRESA-JGWLITMVSA-N 0.000 description 1
- 230000007018 DNA scission Effects 0.000 description 1
- 206010059866 Drug resistance Diseases 0.000 description 1
- 241000588722 Escherichia Species 0.000 description 1
- 241000701959 Escherichia virus Lambda Species 0.000 description 1
- 229930091371 Fructose Natural products 0.000 description 1
- 239000005715 Fructose Substances 0.000 description 1
- RFSUNEUAIZKAJO-ARQDHWQXSA-N Fructose Chemical compound OC[C@H]1O[C@](O)(CO)[C@@H](O)[C@@H]1O RFSUNEUAIZKAJO-ARQDHWQXSA-N 0.000 description 1
- MWLYSLMKFXWZPW-ZPFDUUQYSA-N Gln-Arg-Ile Chemical compound CC[C@H](C)[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@H](CCCN=C(N)N)NC(=O)[C@@H](N)CCC(N)=O MWLYSLMKFXWZPW-ZPFDUUQYSA-N 0.000 description 1
- QYTKAVBFRUGYAU-ACZMJKKPSA-N Gln-Asp-Asn Chemical compound [H]N[C@@H](CCC(N)=O)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(O)=O QYTKAVBFRUGYAU-ACZMJKKPSA-N 0.000 description 1
- STHSGOZLFLFGSS-SUSMZKCASA-N Gln-Thr-Thr Chemical compound [H]N[C@@H](CCC(N)=O)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(O)=O STHSGOZLFLFGSS-SUSMZKCASA-N 0.000 description 1
- NCWOMXABNYEPLY-NRPADANISA-N Glu-Ala-Val Chemical compound [H]N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H](C(C)C)C(O)=O NCWOMXABNYEPLY-NRPADANISA-N 0.000 description 1
- RDPOETHPAQEGDP-ACZMJKKPSA-N Glu-Asp-Ala Chemical compound [H]N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(=O)N[C@@H](C)C(O)=O RDPOETHPAQEGDP-ACZMJKKPSA-N 0.000 description 1
- LRPXYSGPOBVBEH-IUCAKERBSA-N Glu-Gly-Leu Chemical compound [H]N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)NCC(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(O)=O LRPXYSGPOBVBEH-IUCAKERBSA-N 0.000 description 1
- MFVQGXGQRIXBPK-WDSKDSINSA-N Gly-Ala-Glu Chemical compound NCC(=O)N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(O)=O MFVQGXGQRIXBPK-WDSKDSINSA-N 0.000 description 1
- FKJQNJCQTKUBCD-XPUUQOCRSA-N Gly-Ala-His Chemical compound NCC(=O)N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H](CC1=CNC=N1)C(=O)O FKJQNJCQTKUBCD-XPUUQOCRSA-N 0.000 description 1
- HQRHFUYMGCHHJS-LURJTMIESA-N Gly-Gly-Arg Chemical compound NCC(=O)NCC(=O)N[C@H](C(O)=O)CCCN=C(N)N HQRHFUYMGCHHJS-LURJTMIESA-N 0.000 description 1
- RYAOJUMWLWUGNW-QMMMGPOBSA-N Gly-Val-Gly Chemical compound NCC(=O)N[C@@H](C(C)C)C(=O)NCC(O)=O RYAOJUMWLWUGNW-QMMMGPOBSA-N 0.000 description 1
- YPLYIXGKCRQZGW-SRVKXCTJSA-N His-Arg-Glu Chemical compound [H]N[C@@H](CC1=CNC=N1)C(=O)N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(O)=O YPLYIXGKCRQZGW-SRVKXCTJSA-N 0.000 description 1
- CUEQQFOGARVNHU-VGDYDELISA-N His-Ser-Ile Chemical compound [H]N[C@@H](CC1=CNC=N1)C(=O)N[C@@H](CO)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)CC)C(O)=O CUEQQFOGARVNHU-VGDYDELISA-N 0.000 description 1
- FBVHRDXSCYELMI-PBCZWWQYSA-N His-Thr-Asn Chemical compound C[C@H]([C@@H](C(=O)N[C@@H](CC(=O)N)C(=O)O)NC(=O)[C@H](CC1=CN=CN1)N)O FBVHRDXSCYELMI-PBCZWWQYSA-N 0.000 description 1
- UFHFLCQGNIYNRP-UHFFFAOYSA-N Hydrogen Chemical compound [H][H] UFHFLCQGNIYNRP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- NULSANWBUWLTKN-NAKRPEOUSA-N Ile-Arg-Ser Chemical compound CC[C@H](C)[C@@H](C(=O)N[C@@H](CCCN=C(N)N)C(=O)N[C@@H](CO)C(=O)O)N NULSANWBUWLTKN-NAKRPEOUSA-N 0.000 description 1
- HDODQNPMSHDXJT-GHCJXIJMSA-N Ile-Asn-Ser Chemical compound CC[C@H](C)[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(=O)N[C@@H](CO)C(O)=O HDODQNPMSHDXJT-GHCJXIJMSA-N 0.000 description 1
- PHIXPNQDGGILMP-YVNDNENWSA-N Ile-Glu-Glu Chemical compound CC[C@H](C)[C@@H](C(=O)N[C@@H](CCC(=O)O)C(=O)N[C@@H](CCC(=O)O)C(=O)O)N PHIXPNQDGGILMP-YVNDNENWSA-N 0.000 description 1
- XLCZWMJPVGRWHJ-KQXIARHKSA-N Ile-Glu-Pro Chemical compound CC[C@H](C)[C@@H](C(=O)N[C@@H](CCC(=O)O)C(=O)N1CCC[C@@H]1C(=O)O)N XLCZWMJPVGRWHJ-KQXIARHKSA-N 0.000 description 1
- MLSUZXHSNRBDCI-CYDGBPFRSA-N Ile-Pro-Val Chemical compound CC[C@H](C)[C@@H](C(=O)N1CCC[C@H]1C(=O)N[C@@H](C(C)C)C(=O)O)N MLSUZXHSNRBDCI-CYDGBPFRSA-N 0.000 description 1
- NAFIFZNBSPWYOO-RWRJDSDZSA-N Ile-Thr-Gln Chemical compound CC[C@H](C)[C@@H](C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@@H](CCC(=O)N)C(=O)O)N NAFIFZNBSPWYOO-RWRJDSDZSA-N 0.000 description 1
- DGAQECJNVWCQMB-PUAWFVPOSA-M Ilexoside XXIX Chemical compound C[C@@H]1CC[C@@]2(CC[C@@]3(C(=CC[C@H]4[C@]3(CC[C@@H]5[C@@]4(CC[C@@H](C5(C)C)OS(=O)(=O)[O-])C)C)[C@@H]2[C@]1(C)O)C)C(=O)O[C@H]6[C@@H]([C@H]([C@@H]([C@H](O6)CO)O)O)O.[Na+] DGAQECJNVWCQMB-PUAWFVPOSA-M 0.000 description 1
- 229910021578 Iron(III) chloride Inorganic materials 0.000 description 1
- ZDXPYRJPNDTMRX-VKHMYHEASA-N L-glutamine Chemical compound OC(=O)[C@@H](N)CCC(N)=O ZDXPYRJPNDTMRX-VKHMYHEASA-N 0.000 description 1
- KDXKERNSBIXSRK-YFKPBYRVSA-N L-lysine Chemical compound NCCCC[C@H](N)C(O)=O KDXKERNSBIXSRK-YFKPBYRVSA-N 0.000 description 1
- GUBGYTABKSRVRQ-QKKXKWKRSA-N Lactose Natural products OC[C@H]1O[C@@H](O[C@H]2[C@H](O)[C@@H](O)C(O)O[C@@H]2CO)[C@H](O)[C@@H](O)[C@H]1O GUBGYTABKSRVRQ-QKKXKWKRSA-N 0.000 description 1
- KVRKAGGMEWNURO-CIUDSAMLSA-N Leu-Ala-Cys Chemical compound C[C@@H](C(=O)N[C@@H](CS)C(=O)O)NC(=O)[C@H](CC(C)C)N KVRKAGGMEWNURO-CIUDSAMLSA-N 0.000 description 1
- QCSFMCFHVGTLFF-NHCYSSNCSA-N Leu-Asp-Val Chemical compound CC(C)C[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(=O)N[C@@H](C(C)C)C(O)=O QCSFMCFHVGTLFF-NHCYSSNCSA-N 0.000 description 1
- RRSLQOLASISYTB-CIUDSAMLSA-N Leu-Cys-Asp Chemical compound [H]N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CS)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(O)=O RRSLQOLASISYTB-CIUDSAMLSA-N 0.000 description 1
- WIDZHJTYKYBLSR-DCAQKATOSA-N Leu-Glu-Glu Chemical compound [H]N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(O)=O WIDZHJTYKYBLSR-DCAQKATOSA-N 0.000 description 1
- ZRHDPZAAWLXXIR-SRVKXCTJSA-N Leu-Lys-Ala Chemical compound [H]N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H](C)C(O)=O ZRHDPZAAWLXXIR-SRVKXCTJSA-N 0.000 description 1
- OVZLLFONXILPDZ-VOAKCMCISA-N Leu-Lys-Thr Chemical compound [H]N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(O)=O OVZLLFONXILPDZ-VOAKCMCISA-N 0.000 description 1
- ILDSIMPXNFWKLH-KATARQTJSA-N Leu-Thr-Ser Chemical compound CC(C)C[C@H](N)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@@H](CO)C(O)=O ILDSIMPXNFWKLH-KATARQTJSA-N 0.000 description 1
- QUYCUALODHJQLK-CIUDSAMLSA-N Lys-Asp-Asp Chemical compound [H]N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(O)=O QUYCUALODHJQLK-CIUDSAMLSA-N 0.000 description 1
- NRQRKMYZONPCTM-CIUDSAMLSA-N Lys-Asp-Ser Chemical compound [H]N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CO)C(O)=O NRQRKMYZONPCTM-CIUDSAMLSA-N 0.000 description 1
- WRODMZBHNNPRLN-SRVKXCTJSA-N Lys-Leu-Ser Chemical compound [H]N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CO)C(O)=O WRODMZBHNNPRLN-SRVKXCTJSA-N 0.000 description 1
- KDXKERNSBIXSRK-UHFFFAOYSA-N Lysine Natural products NCCCCC(N)C(O)=O KDXKERNSBIXSRK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000004472 Lysine Substances 0.000 description 1
- GUBGYTABKSRVRQ-PICCSMPSSA-N Maltose Natural products O[C@@H]1[C@@H](O)[C@H](O)[C@@H](CO)O[C@@H]1O[C@@H]1[C@@H](CO)OC(O)[C@H](O)[C@H]1O GUBGYTABKSRVRQ-PICCSMPSSA-N 0.000 description 1
- 240000003183 Manihot esculenta Species 0.000 description 1
- 235000016735 Manihot esculenta subsp esculenta Nutrition 0.000 description 1
- 229930195725 Mannitol Natural products 0.000 description 1
- ACYHZNZHIZWLQF-BQBZGAKWSA-N Met-Asn-Gly Chemical compound CSCC[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(=O)NCC(O)=O ACYHZNZHIZWLQF-BQBZGAKWSA-N 0.000 description 1
- MCNGIXXCMJAURZ-VEVYYDQMSA-N Met-Asp-Thr Chemical compound C[C@H]([C@@H](C(=O)O)NC(=O)[C@H](CC(=O)O)NC(=O)[C@H](CCSC)N)O MCNGIXXCMJAURZ-VEVYYDQMSA-N 0.000 description 1
- SLQDSYZHHOKQSR-QXEWZRGKSA-N Met-Gly-Ile Chemical compound CC[C@H](C)[C@@H](C(O)=O)NC(=O)CNC(=O)[C@@H](N)CCSC SLQDSYZHHOKQSR-QXEWZRGKSA-N 0.000 description 1
- AFCARXCZXQIEQB-UHFFFAOYSA-N N-[3-oxo-3-(2,4,6,7-tetrahydrotriazolo[4,5-c]pyridin-5-yl)propyl]-2-[[3-(trifluoromethoxy)phenyl]methylamino]pyrimidine-5-carboxamide Chemical compound O=C(CCNC(=O)C=1C=NC(=NC=1)NCC1=CC(=CC=C1)OC(F)(F)F)N1CC2=C(CC1)NN=N2 AFCARXCZXQIEQB-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 108010079364 N-glycylalanine Proteins 0.000 description 1
- 240000007594 Oryza sativa Species 0.000 description 1
- 235000007164 Oryza sativa Nutrition 0.000 description 1
- 101100070556 Oryza sativa subsp. japonica HSFA4D gene Proteins 0.000 description 1
- 101100043227 Oryza sativa subsp. japonica SPL13 gene Proteins 0.000 description 1
- 108010009736 Protein Hydrolysates Proteins 0.000 description 1
- 101150099282 SPL7 gene Proteins 0.000 description 1
- 240000000111 Saccharum officinarum Species 0.000 description 1
- 235000007201 Saccharum officinarum Nutrition 0.000 description 1
- HBOABDXGTMMDSE-GUBZILKMSA-N Ser-Arg-Val Chemical compound [H]N[C@@H](CO)C(=O)N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)N[C@@H](C(C)C)C(O)=O HBOABDXGTMMDSE-GUBZILKMSA-N 0.000 description 1
- HEQPKICPPDOSIN-SRVKXCTJSA-N Ser-Asp-Tyr Chemical compound OC[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CC1=CC=C(O)C=C1 HEQPKICPPDOSIN-SRVKXCTJSA-N 0.000 description 1
- HMRAQFJFTOLDKW-GUBZILKMSA-N Ser-His-Glu Chemical compound [H]N[C@@H](CO)C(=O)N[C@@H](CC1=CNC=N1)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(O)=O HMRAQFJFTOLDKW-GUBZILKMSA-N 0.000 description 1
- PLQWGQUNUPMNOD-KKUMJFAQSA-N Ser-Tyr-Leu Chemical compound [H]N[C@@H](CO)C(=O)N[C@@H](CC1=CC=C(O)C=C1)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(O)=O PLQWGQUNUPMNOD-KKUMJFAQSA-N 0.000 description 1
- RCOUFINCYASMDN-GUBZILKMSA-N Ser-Val-Met Chemical compound [H]N[C@@H](CO)C(=O)N[C@@H](C(C)C)C(=O)N[C@@H](CCSC)C(O)=O RCOUFINCYASMDN-GUBZILKMSA-N 0.000 description 1
- 238000002105 Southern blotting Methods 0.000 description 1
- 235000019764 Soybean Meal Nutrition 0.000 description 1
- 229920002472 Starch Polymers 0.000 description 1
- 229930006000 Sucrose Natural products 0.000 description 1
- CZMRCDWAGMRECN-UGDNZRGBSA-N Sucrose Chemical compound O[C@H]1[C@H](O)[C@@H](CO)O[C@@]1(CO)O[C@@H]1[C@H](O)[C@@H](O)[C@H](O)[C@@H](CO)O1 CZMRCDWAGMRECN-UGDNZRGBSA-N 0.000 description 1
- MQCPGOZXFSYJPS-KZVJFYERSA-N Thr-Ala-Arg Chemical compound [H]N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(O)=O MQCPGOZXFSYJPS-KZVJFYERSA-N 0.000 description 1
- CAGTXGDOIFXLPC-KZVJFYERSA-N Thr-Arg-Ala Chemical compound C[C@@H](O)[C@H](N)C(=O)N[C@H](C(=O)N[C@@H](C)C(O)=O)CCCN=C(N)N CAGTXGDOIFXLPC-KZVJFYERSA-N 0.000 description 1
- UNURFMVMXLENAZ-KJEVXHAQSA-N Thr-Arg-Tyr Chemical compound [H]N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)N[C@@H](CC1=CC=C(O)C=C1)C(O)=O UNURFMVMXLENAZ-KJEVXHAQSA-N 0.000 description 1
- YBXMGKCLOPDEKA-NUMRIWBASA-N Thr-Asp-Glu Chemical compound [H]N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(O)=O YBXMGKCLOPDEKA-NUMRIWBASA-N 0.000 description 1
- VTVVYQOXJCZVEB-WDCWCFNPSA-N Thr-Leu-Glu Chemical compound [H]N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(O)=O VTVVYQOXJCZVEB-WDCWCFNPSA-N 0.000 description 1
- CGCMNOIQVAXYMA-UNQGMJICSA-N Thr-Met-Phe Chemical compound [H]N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@@H](CCSC)C(=O)N[C@@H](CC1=CC=CC=C1)C(O)=O CGCMNOIQVAXYMA-UNQGMJICSA-N 0.000 description 1
- BKVICMPZWRNWOC-RHYQMDGZSA-N Thr-Val-Leu Chemical compound CC(C)C[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@H](C(C)C)NC(=O)[C@@H](N)[C@@H](C)O BKVICMPZWRNWOC-RHYQMDGZSA-N 0.000 description 1
- PWONLXBUSVIZPH-RHYQMDGZSA-N Thr-Val-Lys Chemical compound C[C@H]([C@@H](C(=O)N[C@@H](C(C)C)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)O)N)O PWONLXBUSVIZPH-RHYQMDGZSA-N 0.000 description 1
- 108700009124 Transcription Initiation Site Proteins 0.000 description 1
- XQMGDVVKFRLQKH-BBRMVZONSA-N Trp-Val-Gly Chemical compound C1=CC=C2C(C[C@H](N)C(=O)N[C@@H](C(C)C)C(=O)NCC(O)=O)=CNC2=C1 XQMGDVVKFRLQKH-BBRMVZONSA-N 0.000 description 1
- SLLKXDSRVAOREO-KZVJFYERSA-N Val-Ala-Thr Chemical compound C[C@H]([C@@H](C(=O)O)NC(=O)[C@H](C)NC(=O)[C@H](C(C)C)N)O SLLKXDSRVAOREO-KZVJFYERSA-N 0.000 description 1
- XGJLNBNZNMVJRS-NRPADANISA-N Val-Glu-Ala Chemical compound CC(C)[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H](C)C(O)=O XGJLNBNZNMVJRS-NRPADANISA-N 0.000 description 1
- XXROXFHCMVXETG-UWVGGRQHSA-N Val-Gly-Val Chemical compound CC(C)[C@H](N)C(=O)NCC(=O)N[C@@H](C(C)C)C(O)=O XXROXFHCMVXETG-UWVGGRQHSA-N 0.000 description 1
- DJQIUOKSNRBTSV-CYDGBPFRSA-N Val-Ile-Val Chemical compound CC[C@H](C)[C@@H](C(=O)N[C@@H](C(C)C)C(=O)O)NC(=O)[C@H](C(C)C)N DJQIUOKSNRBTSV-CYDGBPFRSA-N 0.000 description 1
- ZXYPHBKIZLAQTL-QXEWZRGKSA-N Val-Pro-Asp Chemical compound CC(C)[C@@H](C(=O)N1CCC[C@H]1C(=O)N[C@@H](CC(=O)O)C(=O)O)N ZXYPHBKIZLAQTL-QXEWZRGKSA-N 0.000 description 1
- USXYVSTVPHELAF-RCWTZXSCSA-N Val-Thr-Met Chemical compound C[C@H]([C@@H](C(=O)N[C@@H](CCSC)C(=O)O)NC(=O)[C@H](C(C)C)N)O USXYVSTVPHELAF-RCWTZXSCSA-N 0.000 description 1
- DVLWZWNAQUBZBC-ZNSHCXBVSA-N Val-Thr-Pro Chemical compound C[C@H]([C@@H](C(=O)N1CCC[C@@H]1C(=O)O)NC(=O)[C@H](C(C)C)N)O DVLWZWNAQUBZBC-ZNSHCXBVSA-N 0.000 description 1
- 241000700605 Viruses Species 0.000 description 1
- 241000319304 [Brevibacterium] flavum Species 0.000 description 1
- 239000002253 acid Substances 0.000 description 1
- 150000007513 acids Chemical class 0.000 description 1
- 230000009471 action Effects 0.000 description 1
- 229960005305 adenosine Drugs 0.000 description 1
- 238000005377 adsorption chromatography Methods 0.000 description 1
- 238000001042 affinity chromatography Methods 0.000 description 1
- 125000000217 alkyl group Chemical group 0.000 description 1
- 229910000147 aluminium phosphate Inorganic materials 0.000 description 1
- 235000019257 ammonium acetate Nutrition 0.000 description 1
- 229940043376 ammonium acetate Drugs 0.000 description 1
- 239000001099 ammonium carbonate Substances 0.000 description 1
- 235000012501 ammonium carbonate Nutrition 0.000 description 1
- 235000019270 ammonium chloride Nutrition 0.000 description 1
- 239000000908 ammonium hydroxide Substances 0.000 description 1
- 229910000148 ammonium phosphate Inorganic materials 0.000 description 1
- 235000019289 ammonium phosphates Nutrition 0.000 description 1
- 230000003321 amplification Effects 0.000 description 1
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 description 1
- 235000019730 animal feed additive Nutrition 0.000 description 1
- 239000002518 antifoaming agent Substances 0.000 description 1
- 230000003078 antioxidant effect Effects 0.000 description 1
- 108010069926 arginyl-glycyl-serine Proteins 0.000 description 1
- 108010068380 arginylarginine Proteins 0.000 description 1
- 108010038633 aspartylglutamate Proteins 0.000 description 1
- 108010047857 aspartylglycine Proteins 0.000 description 1
- 230000009286 beneficial effect Effects 0.000 description 1
- WQZGKKKJIJFFOK-VFUOTHLCSA-N beta-D-glucose Chemical compound OC[C@H]1O[C@@H](O)[C@H](O)[C@@H](O)[C@@H]1O WQZGKKKJIJFFOK-VFUOTHLCSA-N 0.000 description 1
- GUBGYTABKSRVRQ-QUYVBRFLSA-N beta-maltose Chemical compound OC[C@H]1O[C@H](O[C@H]2[C@H](O)[C@@H](O)[C@H](O)O[C@@H]2CO)[C@H](O)[C@@H](O)[C@@H]1O GUBGYTABKSRVRQ-QUYVBRFLSA-N 0.000 description 1
- 238000010364 biochemical engineering Methods 0.000 description 1
- 230000006696 biosynthetic metabolic pathway Effects 0.000 description 1
- 239000001110 calcium chloride Substances 0.000 description 1
- 229910001628 calcium chloride Inorganic materials 0.000 description 1
- 239000001569 carbon dioxide Substances 0.000 description 1
- 229910002092 carbon dioxide Inorganic materials 0.000 description 1
- 108010079058 casein hydrolysate Proteins 0.000 description 1
- 230000006652 catabolic pathway Effects 0.000 description 1
- 238000005119 centrifugation Methods 0.000 description 1
- 239000013611 chromosomal DNA Substances 0.000 description 1
- 229960004106 citric acid Drugs 0.000 description 1
- 235000015165 citric acid Nutrition 0.000 description 1
- 150000001875 compounds Chemical class 0.000 description 1
- 238000004590 computer program Methods 0.000 description 1
- 238000010924 continuous production Methods 0.000 description 1
- 239000013601 cosmid vector Substances 0.000 description 1
- 238000012364 cultivation method Methods 0.000 description 1
- 229940104302 cytosine Drugs 0.000 description 1
- 229940127089 cytotoxic agent Drugs 0.000 description 1
- 239000002254 cytotoxic agent Substances 0.000 description 1
- 231100000599 cytotoxic agent Toxicity 0.000 description 1
- 239000000645 desinfectant Substances 0.000 description 1
- 238000000502 dialysis Methods 0.000 description 1
- MNNHAPBLZZVQHP-UHFFFAOYSA-N diammonium hydrogen phosphate Chemical compound [NH4+].[NH4+].OP([O-])([O-])=O MNNHAPBLZZVQHP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 235000014113 dietary fatty acids Nutrition 0.000 description 1
- 229940079593 drug Drugs 0.000 description 1
- 239000003814 drug Substances 0.000 description 1
- 238000012407 engineering method Methods 0.000 description 1
- 239000003797 essential amino acid Substances 0.000 description 1
- 235000020776 essential amino acid Nutrition 0.000 description 1
- 230000001747 exhibiting effect Effects 0.000 description 1
- 239000013604 expression vector Substances 0.000 description 1
- 229930195729 fatty acid Natural products 0.000 description 1
- 239000000194 fatty acid Substances 0.000 description 1
- 239000011790 ferrous sulphate Substances 0.000 description 1
- 235000003891 ferrous sulphate Nutrition 0.000 description 1
- 238000001914 filtration Methods 0.000 description 1
- 239000006260 foam Substances 0.000 description 1
- 235000013305 food Nutrition 0.000 description 1
- 235000013373 food additive Nutrition 0.000 description 1
- 239000002778 food additive Substances 0.000 description 1
- 238000010230 functional analysis Methods 0.000 description 1
- 238000002523 gelfiltration Methods 0.000 description 1
- 102000034356 gene-regulatory proteins Human genes 0.000 description 1
- 108091006104 gene-regulatory proteins Proteins 0.000 description 1
- 238000010353 genetic engineering Methods 0.000 description 1
- ZDXPYRJPNDTMRX-UHFFFAOYSA-N glutamine Natural products OC(=O)C(N)CCC(N)=O ZDXPYRJPNDTMRX-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 235000004554 glutamine Nutrition 0.000 description 1
- 108010079547 glutamylmethionine Proteins 0.000 description 1
- VPZXBVLAVMBEQI-UHFFFAOYSA-N glycyl-DL-alpha-alanine Natural products OC(=O)C(C)NC(=O)CN VPZXBVLAVMBEQI-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 108010000434 glycyl-alanyl-leucine Proteins 0.000 description 1
- 108010062266 glycyl-glycyl-argininal Proteins 0.000 description 1
- 239000003102 growth factor Substances 0.000 description 1
- 230000036541 health Effects 0.000 description 1
- 239000001257 hydrogen Substances 0.000 description 1
- 229910052739 hydrogen Inorganic materials 0.000 description 1
- 230000006872 improvement Effects 0.000 description 1
- 230000000415 inactivating effect Effects 0.000 description 1
- 238000010348 incorporation Methods 0.000 description 1
- 230000006698 induction Effects 0.000 description 1
- 230000003993 interaction Effects 0.000 description 1
- 238000004255 ion exchange chromatography Methods 0.000 description 1
- RBTARNINKXHZNM-UHFFFAOYSA-K iron trichloride Chemical compound Cl[Fe](Cl)Cl RBTARNINKXHZNM-UHFFFAOYSA-K 0.000 description 1
- BAUYGSIQEAFULO-UHFFFAOYSA-L iron(2+) sulfate (anhydrous) Chemical compound [Fe+2].[O-]S([O-])(=O)=O BAUYGSIQEAFULO-UHFFFAOYSA-L 0.000 description 1
- 229910000359 iron(II) sulfate Inorganic materials 0.000 description 1
- 108010078274 isoleucylvaline Proteins 0.000 description 1
- 239000004310 lactic acid Substances 0.000 description 1
- 235000014655 lactic acid Nutrition 0.000 description 1
- 229960000448 lactic acid Drugs 0.000 description 1
- 239000008101 lactose Substances 0.000 description 1
- 108010083708 leucyl-aspartyl-valine Proteins 0.000 description 1
- 239000002075 main ingredient Substances 0.000 description 1
- 229940099596 manganese sulfate Drugs 0.000 description 1
- 239000011702 manganese sulphate Substances 0.000 description 1
- 235000007079 manganese sulphate Nutrition 0.000 description 1
- SQQMAOCOWKFBNP-UHFFFAOYSA-L manganese(II) sulfate Chemical compound [Mn+2].[O-]S([O-])(=O)=O SQQMAOCOWKFBNP-UHFFFAOYSA-L 0.000 description 1
- 239000000594 mannitol Substances 0.000 description 1
- 235000010355 mannitol Nutrition 0.000 description 1
- 230000007246 mechanism Effects 0.000 description 1
- 239000000203 mixture Substances 0.000 description 1
- 239000002808 molecular sieve Substances 0.000 description 1
- 239000000178 monomer Substances 0.000 description 1
- 210000000663 muscle cell Anatomy 0.000 description 1
- 238000003199 nucleic acid amplification method Methods 0.000 description 1
- 235000021048 nutrient requirements Nutrition 0.000 description 1
- 235000016709 nutrition Nutrition 0.000 description 1
- 150000007524 organic acids Chemical class 0.000 description 1
- 235000005985 organic acids Nutrition 0.000 description 1
- 125000001477 organic nitrogen group Chemical group 0.000 description 1
- 238000005192 partition Methods 0.000 description 1
- 239000000575 pesticide Substances 0.000 description 1
- PJNZPQUBCPKICU-UHFFFAOYSA-N phosphoric acid;potassium Chemical compound [K].OP(O)(O)=O PJNZPQUBCPKICU-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 235000014786 phosphorus Nutrition 0.000 description 1
- 239000013600 plasmid vector Substances 0.000 description 1
- 229920000151 polyglycol Polymers 0.000 description 1
- 239000010695 polyglycol Substances 0.000 description 1
- 229920000642 polymer Polymers 0.000 description 1
- 230000001376 precipitating effect Effects 0.000 description 1
- 108010029020 prolylglycine Proteins 0.000 description 1
- 238000001243 protein synthesis Methods 0.000 description 1
- 235000009566 rice Nutrition 0.000 description 1
- 238000005185 salting out Methods 0.000 description 1
- 239000000523 sample Substances 0.000 description 1
- 238000002741 site-directed mutagenesis Methods 0.000 description 1
- 239000011734 sodium Substances 0.000 description 1
- 229910052708 sodium Inorganic materials 0.000 description 1
- URGAHOPLAPQHLN-UHFFFAOYSA-N sodium aluminosilicate Chemical compound [Na+].[Al+3].[O-][Si]([O-])=O.[O-][Si]([O-])=O URGAHOPLAPQHLN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000007787 solid Substances 0.000 description 1
- 239000000600 sorbitol Substances 0.000 description 1
- 239000004455 soybean meal Substances 0.000 description 1
- 239000008107 starch Substances 0.000 description 1
- 235000019698 starch Nutrition 0.000 description 1
- 239000005720 sucrose Substances 0.000 description 1
- 235000000346 sugar Nutrition 0.000 description 1
- 150000005846 sugar alcohols Chemical class 0.000 description 1
- 150000008163 sugars Chemical class 0.000 description 1
- 239000013076 target substance Substances 0.000 description 1
- 238000012360 testing method Methods 0.000 description 1
- 229940113082 thymine Drugs 0.000 description 1
- 230000005030 transcription termination Effects 0.000 description 1
- 238000011282 treatment Methods 0.000 description 1
- 238000000108 ultra-filtration Methods 0.000 description 1
- 241001515965 unidentified phage Species 0.000 description 1
- 238000005406 washing Methods 0.000 description 1
- 101150062776 yccA gene Proteins 0.000 description 1
Abstract
Description
Техническая область изобретенияTechnical field of the invention
Настоящее изобретение относится к микроорганизму, продуцирующему L-аминокислоту с разветвленной цепью, обладающему усиленной активностью регулятора ацетатного метаболизма А, и способу получения L-аминокислоты с разветвленной цепью с его использованием.The present invention relates to a branched chain L-amino acid producing microorganism having enhanced acetate metabolism regulator A activity, and a method for producing branched chain L-amino acid using it.
Предшествующий уровень техникиPrior Art
L-Аминокислоты в качестве основных структурных единиц белков используются в качестве основных ингредиентов фармацевтических препаратов, пищевых добавок, кормов для животных, питательных добавок, пестицидов, дезинфицирующих веществ и т.п. В частности, для аминокислот с разветвленной цепью (ВСАА) в качестве обобщающего термина для незаменимых аминокислот L-валина, L-лейцина и L-изолейцина известны антиоксиданые действия и действия, непосредственно способствующие синтезу белка в мышечных клетках.L-Amino acids, as the basic building blocks of proteins, are used as the main ingredients of pharmaceuticals, food additives, animal feed, nutritional supplements, pesticides, disinfectants, etc. In particular, branched chain amino acids (BCAAs), as an umbrella term for the essential amino acids L-valine, L-leucine and L-isoleucine, are known to have antioxidant actions and actions that directly promote protein synthesis in muscle cells.
Тем не менее, получение аминокислот с разветвленной цепью с использованием микроорганизмов в основном осуществляется с использованием микроорганизмов рода Escherichia или микроорганизмов рода Corynebacterium, и известно, что аминокислоты с разветвленной цепью получают при помощи биосинтеза с использованием 2-кетоизокапроата в качестве предшественника из пировиноградной кислоты посредством различных стадий (US 10316297 В2, US 10526586 В2, и US 10072278 В2). Тем не менее, получение L-аминокислот с разветвленной цепью с использованием микроорганизмов имеет проблему, заключающуюся в том, что массовое получение в промышленном масштабе затруднительно.However, the production of branched chain amino acids using microorganisms is mainly carried out using microorganisms of the genus Escherichia or microorganisms of the genus Corynebacterium, and it is known that branched chain amino acids are produced by biosynthesis using 2-ketoisocaproate as a precursor from pyruvic acid through various stages (US 10316297 B2, US 10526586 B2, and US 10072278 B2). However, the production of branched chain L-amino acids using microorganisms has the problem that mass production on an industrial scale is difficult.
Описание изобретенияDescription of the invention
Техническая проблемаTechnical problem
При указанном предшествующем уровне техники, в качестве результата интенсивных попыток усилить способность продуцировать L-аминокислоты с разветвленной цепью с использованием микроорганизмов, авторы настоящего изобретения обнаружили, что способность продуцировать L-аминокислоты с разветвленной цепью значительно увеличивается за счет увеличения у микроорганизмов экспрессии регулятора ацетатного метаболизма А (далее называемого как RamA), таким образом, завершив настоящее изобретение.In this prior art, as a result of intensive attempts to enhance the ability to produce branched chain L-amino acids using microorganisms, the present inventors have discovered that the ability to produce branched chain L-amino acids is significantly increased by increasing the microorganisms' expression of acetate metabolism regulator A (hereinafter referred to as RamA), thus completing the present invention.
Техническое решениеTechnical solution
Задача настоящего изобретения заключается в том, чтобы предложить микроорганизм, продуцирующий L-аминокислоту с разветвленной цепью, обладающий усиленной активностью регулятора ацетатного метаболизма А.It is an object of the present invention to provide a branched chain L-amino acid producing microorganism having enhanced acetate metabolism regulator A activity.
Еще одна задача настоящего изобретения заключается в том, чтобы предложить микроорганизм, продуцирующий L-аминокислоту с разветвленной цепью, включающей полинуклеотид, обладающий промоторной активностью и содержащий замену нуклеотида на другой нуклеотид в одном или более чем одном из соответствующих положений, выбранных из положений 34-го, 36-го, 37-го, 41-го и 43-го нуклеотидов нуклеотидной последовательности, представленной в SEQ ID NO: 1.Another object of the present invention is to provide a microorganism producing a branched chain L-amino acid comprising a polynucleotide having promoter activity and containing a substitution of a nucleotide for another nucleotide at one or more of the corresponding positions selected from the 34th positions , 36th, 37th, 41st and 43rd nucleotides of the nucleotide sequence shown in SEQ ID NO: 1.
Еще одна задача настоящего изобретения заключается в том, чтобы предложить способ получения L-аминокислоты с разветвленной цепью, где способ включает выращивание микроорганизма в культуральной среде.Another object of the present invention is to provide a method for producing branched chain L-amino acid, where the method includes growing a microorganism in a culture medium.
Еще одна задача настоящего изобретения заключается в том, чтобы предложить полинуклеотид, обладающий промоторной активностью и содержащий замену нуклеотида на другой нуклеотид в одном или более чем одном из соответствующих положений, выбранных из положений 34, 36, 37, 41 и 43 нуклеотидной последовательности, представленной в SEQ ID NO: 1.Another object of the present invention is to provide a polynucleotide having promoter activity and containing a substitution of a nucleotide for another nucleotide at one or more of the corresponding positions selected from positions 34, 36, 37, 41 and 43 of the nucleotide sequence presented in SEQ ID NO: 1.
Благоприятные эффектыBeneficial Effects
L-аминокислоты с разветвленной цепью могут быть получены с высокими выходами путем выращивания микроорганизма, продуцирующего L-аминокислоту с разветвленной цепью, содержащего полинуклеотид в соответствии с настоящим изобретением.Branched chain L-amino acids can be produced in high yields by growing a branched chain L-amino acid producing microorganism containing the polynucleotide of the present invention.
Кроме того, аминокислоты, полученные при помощи настоящего изобретения, могут применяться в различных продуктах, таких как продукты питания, пищевые добавки или фармацевтические лекарственные средства, а также корма для животных или добавки в корма для животных.In addition, the amino acids obtained by the present invention can be used in various products, such as food, nutritional supplements or pharmaceutical drugs, as well as animal feed or animal feed additives.
Наилучший способ осуществления изобретенияBest Mode for Carrying Out the Invention
Настоящее изобретение будет описано более подробно. Тем не менее, каждое описание и воплощения, раскрытые в настоящем изобретении, могут применяться здесь в различных описаниях и воплощениях. Кроме того, все комбинации различных компонентов, раскрытых в описании настоящего изобретения, включены в объем описания настоящего изобретения. Кроме того, объем настоящего изобретения не должен ограничиваться приведенными здесь описаниями.The present invention will be described in more detail. However, each description and embodiment disclosed in the present invention may be used in different descriptions and embodiments herein. Moreover, all combinations of the various components disclosed in the specification of the present invention are included within the scope of the specification of the present invention. Moreover, the scope of the present invention should not be limited by the descriptions given herein.
Специалисту в данной области техники понятно или он способен определить с использованием не более чем экспериментального пути множество эквивалентов конкретных воплощений описания настоящего изобретения. Предполагается, что такие эквиваленты включены в объем формулы изобретения.One skilled in the art will understand or be able to determine, using no more than experimentation, many equivalents to specific embodiments of the disclosure of the present invention. Such equivalents are intended to be included within the scope of the claims.
В одном аспекте настоящего изобретения предложен микроорганизм, продуцирующий L-аминокислоту с разветвленной цепью, обладающий усиленной активностью регулятора ацетатного метаболизма А.In one aspect of the present invention, there is provided a branched chain L-amino acid producing microorganism having enhanced acetate metabolism regulator A activity.
Использованный здесь термин "регулятор ацетатного метаболизма А" относится к регуляторному белку, связанному с метаболизмом уксусной кислоты в качестве белка-мишени в соответствии с описанием настоящего изобретения, и может кодироваться геном ramA.As used herein, the term "acetate metabolism regulator A" refers to a regulatory protein associated with acetic acid metabolism as a target protein as described herein, and may be encoded by the ramA gene.
В настоящем изобретении экспрессия регулятора ацетатного метаболизма А может быть усилена, и усиление экспрессии может приводить в результате к увеличению способности продуцировать L-аминокислоту с разветвленной цепью.In the present invention, the expression of acetate metabolism regulator A can be enhanced, and the enhanced expression can result in an increase in the ability to produce branched chain L-amino acid.
Использованный здесь термин "усиление" активности регулятора ацетатного метаболизма А означает то, что активность регулятора ацетатного метаболизма А увеличена по сравнению с исходной активностью. Усиление может быть использовано взаимозаменяемо с активацией, повышающей регуляцией, сверхэкспрессией, увеличением и т.д. В этой связи активация, усиление, повышающая регуляция, сверхэкспрессия и увеличение могут включать все действия, которые демонстрируют активность, которая исходно не обнаруживалась, или демонстрируют улучшенную активность по сравнению с исходной активностью или активностью перед модификацией. "Исходная активность" относится к активности конкретного полипептида, исходно присутствующей в родительском штамме или не модифицированном микроорганизме перед трансформацией, когда микроорганизм трансформируют путем генетической модификации, вызванной природным или искусственным фактором. Этот термин может быть использован взаимозаменяемо с термином "активность перед модификацией". "Усиление", "повышающая регуляция", "сверхэкспрессия" или "увеличение" активности полипептида по сравнению с исходной активностью означает то, что активность и/или концентрация (уровень экспрессии) конкретного полипептида улучшена по сравнению с активностью и/или концентрацией (уровнем экспрессии), исходно присутствующей в родительском штамме или немодифицированном микроорганизме перед трансформацией.As used herein, the term "enhancing" the activity of acetate metabolism regulator A means that the activity of acetate metabolism regulator A is increased compared to the baseline activity. Enhancement can be used interchangeably with activation, up-regulation, overexpression, increase, etc. In this regard, activation, enhancement, upregulation, overexpression and enhancement can include all activities that exhibit activity that was not initially detected, or exhibit improved activity compared to the original activity or activity before modification. "Initial activity" refers to the activity of a particular polypeptide originally present in the parent strain or unmodified microorganism before transformation, when the microorganism is transformed by genetic modification caused by a natural or artificial factor. This term may be used interchangeably with the term "activity before modification". "Amplification", "up-regulation", "overexpression" or "increase" in the activity of a polypeptide compared to the original activity means that the activity and/or concentration (expression level) of a particular polypeptide is improved compared to the activity and/or concentration (expression level). ), originally present in the parent strain or unmodified microorganism before transformation.
Усиление может быть достигнуто путем введения чужеродного полипептида или путем усиления активности и/или увеличения концентрации (уровня экспрессии) эндогенного полипептида. Усилена ли активность регулятора ацетатного метаболизма А или не усилена можно идентифицировать на основе улучшения/увеличения активности или уровня экспрессии полипептида или количества продукта, высвободившегося из полипептида.Enhancement can be achieved by introducing a foreign polypeptide or by enhancing the activity and/or increasing the concentration (expression level) of an endogenous polypeptide. Whether the activity of acetate metabolism regulator A is enhanced or not can be identified based on the improvement/increase in activity or expression level of the polypeptide or the amount of product released from the polypeptide.
Усиление активности регулятора ацетатного метаболизма А может быть достигнуто путем использования различных способов, хорошо известных в области техники, и эти способы не ограничены до тех пор, пока активность полипептида-мишени усиливается по сравнению с активностью микроорганизма перед модификацией. В частности, могут быть использованы любые способы генетической инженерии и/или белковой инженерии, хорошо известные в области техники (например, Sitnicka et al. Functional Analysis of Genes. Advances in Cell Biology. 2010, Vol.2. 1-16, Sambrook et al. Molecular Cloning 2012).Enhancement of the activity of acetate metabolism regulator A can be achieved by using various methods well known in the art, and these methods are not limited as long as the activity of the target polypeptide is enhanced relative to the activity of the microorganism before modification. In particular, any genetic engineering and/or protein engineering methods well known in the art can be used (for example, Sitnicka et al. Functional Analysis of Genes. Advances in Cell Biology. 2010, Vol. 2. 1-16, Sambrook et al. Molecular Cloning 2012).
В частности, усиление активности регулятора ацетатного метаболизма А может быть осуществлено путем:In particular, enhancing the activity of acetate metabolism regulator A can be achieved by:
1) увеличения числа копий полинуклеотида, кодирующего полипептид в клетках;1) increasing the number of copies of the polynucleotide encoding the polypeptide in cells;
2) замены регуляторной последовательности экспрессии генов на хромосоме, кодирующей полипептид, на последовательность, улучшающую экспрессию полипептида, или введения в нее модификации;2) replacing the regulatory sequence of gene expression on the chromosome encoding the polypeptide with a sequence that improves the expression of the polypeptide, or introducing a modification into it;
3) модификации нуклеотидной последовательности, кодирующей стартовый кодон или область 5'-UTR генного транскрипта, кодирующего полипептид;3) modification of the nucleotide sequence encoding the start codon or the 5'-UTR region of the gene transcript encoding the polypeptide;
4) модификации аминокислотной последовательности полипептида для усиления активности полипептида;4) modification of the amino acid sequence of the polypeptide to enhance the activity of the polypeptide;
5) модификации последовательности полинуклеотида, кодирующего полипептид, для усиления активности полипептида (например, путем модификации нуклеотидной последовательности гена полипептида, для кодирования полипептида, модифицированного таким образом, что он обладает усиленной активностью);5) modifying the sequence of a polynucleotide encoding a polypeptide to enhance the activity of the polypeptide (for example, by modifying the nucleotide sequence of a polypeptide gene to encode a polypeptide modified such that it has enhanced activity);
6) введения чужеродного полипептида, обладающего активностью полипептида, который кодирует чужеродный полинуклеотид;6) introducing a foreign polypeptide having the activity of a polypeptide that encodes a foreign polynucleotide;
7) оптимизации кодона полинуклеотида, кодирующего полипептид;7) optimization of the codon of the polynucleotide encoding the polypeptide;
8) модификации или химической модификации экспонированной области, выбранной путем анализа трехмерной структуры полипептида; или8) modification or chemical modification of the exposed region, selected by analysis of the three-dimensional structure of the polypeptide; or
9) любой комбинации двух или более чем двух, выбранных из 1)-8) выше, но не ограничиваясь ими.9) any combination of two or more than two selected from, but not limited to, 1)-8) above.
Конкретно, увеличение числа копий полинуклеотида, кодирующего полипептид, как описано в 1) выше, может быть достигнуто путем введения вектора, который реплицируется и функционирует независимо от клетки-хозяина и функционально связан с полинуклеотидом, кодирующим полипептид, в клетке-хозяине. В качестве альтернативы, увеличение числа копий может быть достигнуто путем введения одной копии или двух или более чем двух копий полинуклеотида, кодирующего полипептид, в хромосому клетки-хозяина. Введение в хромосому может быть осуществлено путем введения вектора, способного встраивать полинуклеотид в хромосому клетки-хозяина, в клетку-хозяина, но не ограничиваясь этим. Вектор является таким, как описано ниже.Specifically, increasing the copy number of a polynucleotide encoding a polypeptide as described in 1) above can be achieved by introducing a vector that replicates and functions independently of the host cell and is operably linked to the polynucleotide encoding the polypeptide in the host cell. Alternatively, increasing the copy number can be achieved by introducing one copy or two or more than two copies of the polynucleotide encoding the polypeptide into the chromosome of the host cell. Introduction into a chromosome can be accomplished by introducing, but not limited to, a vector capable of inserting a polynucleotide into the chromosome of a host cell into the host cell. The vector is as described below.
Замена регуляторной последовательности экспрессии генов (или области, регулирующей экспрессию) на хромосоме, кодирующей полипептид, последовательностью, улучшающей экспрессию полипептида, или введение в нее модификации, как описано в 2) выше, может быть достигнуто, например, путем индукции мутации в последовательности путем делеции, вставки, неконсервативной или консервативной замены, или любой их комбинации, или путем замены регуляторной последовательности экспрессии генов на последовательность, способную улучшать экспрессию полипептида, для того, чтобы дополнительно усиливать активность области, регулирующей экспрессию. Область, регулирующая экспрессию, может включать, без ограничения, промотор, операторную последовательность, последовательность, кодирующую сайт связывания с рибосомой, последовательность, регулирующую терминацию транскрипции или трансляции, энхансер, и т.д. Замена может быть осуществлена, в частности, при помощи способа замены эндогенного промотора на сильный гетерологичный промотор, но не ограничиваться этим.Replacing a gene expression regulatory sequence (or expression regulatory region) on a chromosome encoding a polypeptide with a sequence that improves expression of the polypeptide, or introducing a modification thereto as described in 2) above, can be achieved, for example, by inducing a mutation in the sequence by deletion , insertion, non-conservative or conservative substitution, or any combination thereof, or by replacing a gene expression regulatory sequence with a sequence capable of improving expression of the polypeptide in order to further enhance the activity of the expression regulatory region. The expression regulating region may include, but is not limited to, a promoter, an operator sequence, a sequence encoding a ribosome binding site, a sequence regulating transcription or translation termination, an enhancer, etc. The replacement can be carried out, in particular, but is not limited to, using a method of replacing an endogenous promoter with a strong heterologous promoter.
Примеры сильного промотора, известного в области техники, могут включать промоторы CJ1-CJ7 (патент США №US 7662943 В2), промотор lac, промотор trp, промотор trc, промотор tac, промотор PR фага лямбда, промотор PL, промотор tet, промотор gapA, промотор SPL7, промотор SPL13(sm3) (патент США №US 10584338 В2), промотор 02 (патент США №US 10273491 В2), промотор tkt и промотор yccA, но не ограничиваться этим.Examples of a strong promoter known in the art may include the CJ1-CJ7 promoters (US Patent No. US 7,662,943 B2), the lac promoter, the trp promoter, the trc promoter, the tac promoter, the lambda phage PR promoter, the PL promoter, the tet promoter, the gapA promoter, SPL7 promoter, SPL13(sm3) promoter (US Patent No. US 10584338 B2), 02 promoter (US Patent No. US 10273491 B2), tkt promoter and yccA promoter, but are not limited to.
Модификация нуклеотидной последовательности, кодирующей стартовый кодон или область 5'-UTR генного транскрипта, кодирующего полипептид, описанный в 3) выше, может быть осуществлена, например, путем замены нуклеотидной последовательности на нуклеотидную последовательность, кодирующую другой стартовый кодон, обладающий более высоким уровнем экспрессии полипептида, чем эндогенный стартовый кодон, но не ограничиваться этим.Modification of the nucleotide sequence encoding the start codon or the 5'-UTR region of the gene transcript encoding the polypeptide described in 3) above can be accomplished, for example, by replacing the nucleotide sequence with a nucleotide sequence encoding a different start codon having a higher level of expression of the polypeptide than the endogenous start codon, but is not limited to this.
Модификация аминокислотной последовательности или нуклеотидной последовательности, описанной в 4) и 5) выше, может быть достигнута путем индукции мутации в аминокислотной последовательности полипептида нуклеотидной последовательности, кодирующей полипептид, путем делеции, вставки, не консервативной или консервативной замены, или любой их комбинации, или путем замены аминокислотной последовательности или нуклеотидной последовательности на аминокислотную последовательность или нуклеотидную последовательность, модифицированную таким образом, что она обладает более сильной активностью, или аминокислотную последовательность или нуклеотидную последовательность, модифицированную для увеличения активности, для того, чтобы дополнительно усиливать активность полипептида, но не ограничиваться этим. Замена может быть осуществлена, в частности, путем встраивания полинуклеотида в хромосому путем гомологичной рекомбинации, но не ограничиваться этим. В этой связи, используемый для этого вектор может дополнительно включать маркер для отбора для подтверждения его встраивания в хромосому. Маркер для отбора будет описан ниже.Modification of the amino acid sequence or nucleotide sequence described in 4) and 5) above can be achieved by inducing a mutation in the amino acid sequence of the polypeptide of the nucleotide sequence encoding the polypeptide, by deletion, insertion, non-conservative or conservative substitution, or any combination thereof, or by replacing an amino acid sequence or nucleotide sequence with an amino acid sequence or nucleotide sequence modified to have greater activity, or an amino acid sequence or nucleotide sequence modified to increase activity, to further enhance the activity of the polypeptide, but not limited to. The replacement may be carried out, in particular, but is not limited to, by inserting the polynucleotide into the chromosome by homologous recombination. In this regard, the vector used for this purpose may additionally include a selection marker to confirm its integration into the chromosome. The selection marker will be described below.
Введение чужеродного полипептида, обладающего активностью полипептида, описанного в 6) выше, может быть достигнуто путем введения в клетку чужеродного полинуклеотида, кодирующего полипептид, демонстрирующий активность, идентичную/похожую на активность полипептида. Происхождение или последовательность чужеродного полинуклеотида не ограничена конкретным образом до тех пор, пока чужеродный полинуклеотид демонстрирует активность, идентичную/похожую на активность полипептида. Способ, используемый для введения, может быть подходящим образом выбран специалистом в данной области техники. Поскольку введенный полинуклеотид экспрессируется в клетке-хозяине, получают полипептид, и его активность может быть увеличена.Introduction of a foreign polypeptide having the activity of the polypeptide described in 6) above can be achieved by introducing into a cell a foreign polynucleotide encoding a polypeptide exhibiting activity identical/similar to that of the polypeptide. The origin or sequence of the foreign polynucleotide is not particularly limited as long as the foreign polynucleotide exhibits activity identical/similar to that of the polypeptide. The method used for administration can be suitably selected by one skilled in the art. Since the introduced polynucleotide is expressed in the host cell, a polypeptide is produced and its activity can be increased.
Оптимизация кодона полинуклеотида, кодирующего полипептид, описанный в 7) выше, может быть достигнута путем оптимизации кодона для увеличения транскрипции или трансляции эндогенного полинуклеотида в клетке-хозяине, или путем оптимизации кодона для того, чтобы дать возможность для оптимизированной транскрипции или трансляции чужеродного полинуклеотида в клетке-хозяине.Codon optimization of a polynucleotide encoding a polypeptide described in 7) above can be achieved by codon optimization to enhance transcription or translation of an endogenous polynucleotide in a host cell, or by codon optimization to allow optimized transcription or translation of a foreign polynucleotide in a cell -the owner.
Модификация или химическая модификация экспонированной области, выбранной путем анализа трехмерной структуры полипептида, описанного в 8) выше, может быть достигнута, например, путем определения матрицы белка кандидата в соответствии со сходством между последовательностями на основе сравнения информации о последовательности анализируемого полипептида и базой данных, в которой хранится информация о последовательностях существующих белков, на основе идентификации их структуры, выбора экспонируемой области, которую предполагается модифицировать или химически модифицировать, и модификации или химической модификации экспонируемой области.Modification or chemical modification of the exposed region selected by analyzing the three-dimensional structure of the polypeptide described in 8) above can be achieved, for example, by determining a candidate protein template according to the similarity between the sequences based on a comparison of the sequence information of the polypeptide being analyzed and a database, in which stores sequence information about existing proteins based on identification of their structure, selection of the exposed region to be modified or chemically modified, and modification or chemical modification of the exposed region.
Усиление активности регулятора ацетатного метаболизма А, как описано выше, может представлять собой увеличение активности или концентрации (уровня экспрессии) полипептида по сравнению с активностью или концентрацией регулятора ацетатного метаболизма А, экспрессируемого в штаммах дикого типа или не модифицированных штаммах микроорганизмов, или увеличение количества продукта, полученного из полипептида, но не ограничиваться этим.An increase in the activity of acetate metabolism regulator A, as described above, may be an increase in the activity or concentration (level of expression) of the polypeptide compared to the activity or concentration of acetate metabolism regulator A expressed in wild-type or unmodified strains of microorganisms, or an increase in the amount of product derived from, but not limited to, a polypeptide.
Конкретней, используемый здесь термин "регуляторная последовательность экспрессии генов", взаимозаменяемо используемый с "областью, регулирующей экспрессию гена", относится к последовательности, функционально связанной с геном-мишенью, таким образом, чтобы экспрессировать ген-мишень, и может включать модифицированный полинуклеотид в соответствии с описанием настоящего изобретения. В соответствии с описанным выше регуляторная последовательность экспрессии генов, в соответствии с описанием настоящего изобретения, может относиться к промотору, энхансеру и т.д. для осуществления транскрипции гена, и может представлять собой концепцию, дополнительно включающую операторную последовательность для контроля транскрипции, последовательность, кодирующую подходящий сайт связывания мРНК с рибосомой, и ДНК, регулирующую терминацию транскрипции и трансляции.More specifically, as used herein, the term “gene expression regulatory sequence,” used interchangeably with “gene expression regulatory region,” refers to a sequence operably linked to a target gene so as to express the target gene, and may include a modified polynucleotide according to with a description of the present invention. As described above, a gene expression regulatory sequence as described in the present invention may refer to a promoter, an enhancer, etc. to effect transcription of a gene, and may be a concept further comprising an operator sequence to control transcription, a sequence encoding a suitable mRNA ribosome binding site, and DNA regulating transcription and translation termination.
В одном воплощении описания настоящего изобретения регуляторная последовательность экспрессии генов может представлять собой промотор, но она не ограничивается этим.In one embodiment of the disclosure of the present invention, the gene expression control sequence may be a promoter, but is not limited to this.
В одном воплощении описания настоящего изобретения экспрессия регулятора ацетатного метаболизма А может быть усилена путем введения модификации в промотор или замены промотора на промотор, обладающий более сильной активностью, но не ограничивается этим.In one embodiment of the disclosure of the present invention, expression of acetate metabolism regulator A may be enhanced by, but is not limited to, introducing a modification to the promoter or replacing the promoter with a promoter having stronger activity.
Используемый здесь термин "промотор" относится к нетранслируемой нуклеотидной последовательности, включающей сайт связывания с полимеразой, расположенной выше кодирующей области, и обладающей активностью, инициирующей транскрипцию гена-мишени в мРНК, т.е. область ДНК, которая приводит к инициации транкрипции гена, когда с ней связывается полимераза. Промотор может располагаться в 5'-области сайта инициации транскрипции мРНК.As used herein, the term "promoter" refers to an untranslated nucleotide sequence comprising a polymerase binding site located upstream of the coding region and having the activity of initiating transcription of a target gene into mRNA, i.e. a region of DNA that initiates gene transcription when a polymerase binds to it. The promoter may be located in the 5' region of the mRNA transcription initiation site.
Использованный здесь термин "функционально связанный" относится к функциональной связи с последовательностью гена-мишени, таким образом, что полинуклеотид, обладающий промоторной активностью в соответствии с настоящим изобретением, инициирует и опосредует транскрипцию гена-мишени. Функциональное связывание может быть осуществлено с использованием способа генетической рекомбинации, известного в области техники, и сайт-специфическое расщепление ДНК и лигирование могут быть осуществлены с использованием фермента рестрикции, лигирования и т.д, но не ограничиваться этим.As used herein, the term “operably linked” refers to functional linkage to a target gene sequence such that a polynucleotide having promoter activity in accordance with the present invention initiates and mediates transcription of the target gene. Functional linking can be carried out using a genetic recombination method known in the art, and site-specific DNA cleavage and ligation can be carried out using, but not limited to, a restriction enzyme, ligation, etc.
В настоящем изобретении ген-мишень относится к гену, кодирующему белок-мишень, экспрессию которого необходимо контролировать в микроорганизме, в частности, ген может представлять собой ген, кодирующий регулятор ацетатного метаболизма А, но не ограничивается этим. Конкретней, ген может представлять собой ген ramA, но не ограничивается этим.In the present invention, a target gene refers to a gene encoding a target protein whose expression is to be controlled in a microorganism, in particular, the gene may be, but is not limited to, a gene encoding acetate metabolism regulator A. More specifically, the gene may be, but is not limited to, a ramA gene.
Кроме того, ген ramA может представлять собой эндогенный ген или чужеродный ген, и может включать мутацию для корректирования активности. Последовательность гена ramA может быть легко получена из известной базы данных, такой как GenBank Национальных Институтов Здравоохранения (National Institutes of Health) (U.S.A.) специалистами в данной области техники.In addition, the ramA gene may be an endogenous gene or a foreign gene, and may include a mutation to correct activity. The ramA gene sequence can be readily obtained from a known database such as the National Institutes of Health (U.S.A.) GenBank by those skilled in the art.
В еще одном аспекте настоящего изобретения предложен микроорганизм, продуцирующий L-аминокислоту с разветвленной цепью, включающий полинуклеотид, обладающий промоторной активностью, и включающий замену нуклеотида на отличающийся нуклеотид в одном или более чем одном из соответствующих положений, выбранных из положений 34, 36, 37, 41 и 43 нуклеотидной последовательности, представленной в SEQ ID NO: 1.In yet another aspect of the present invention, there is provided a branched chain L-amino acid producing microorganism comprising a polynucleotide having promoter activity and comprising replacing the nucleotide with a different nucleotide at one or more of the corresponding positions selected from positions 34, 36, 37, 41 and 43 nucleotide sequence presented in SEQ ID NO: 1.
Использованный здесь термин "полинуклеотид" относится к цепи ДНК, имеющей определенную минимальную длину в виде полимера из нуклеотидов, в котором мономеры нуклеотидов связаны друг с другом в форме длинной цепи посредством ковалентных связей.As used herein, the term "polynucleotide" refers to a DNA strand having a certain minimum length in the form of a polymer of nucleotides in which the nucleotide monomers are linked to each other in the form of a long chain through covalent bonds.
При рассмотрений описания "промотора" термин "полинуклеотид, обладающий промоторной активностью", может быть использован в описании настоящего изобретения взаимозаменяемо с "модифицированный полинуклеотид", "модифицированный промотор" или "модифицированный промотор ramA", и все из вышеописанных терминов могут быть использованы здесь.When considering the description of a “promoter,” the term “polynucleotide having promoter activity” may be used in the description of the present invention interchangeably with “modified polynucleotide,” “modified promoter,” or “modified ramA promoter,” and all of the above terms may be used herein.
В этой связи, термин "модификация" относится к генетическому или негенетическому стабильному изменению фенотипа, и может быть использован взаимозаменяемо здесь с термином "мутация".In this regard, the term "modification" refers to a genetic or non-genetic stable change in phenotype, and may be used interchangeably herein with the term "mutation".
В частности, модифицированный полинуклеотид в соответствии с описанием настоящего изобретения может обладать модифицированной (увеличенной) промоторной активностью по сравнению с полинуклеотидом, не имеющим модификацию. Таким образом, экспрессия гена ramA, который представляет собой ген-мишень, функционально связанный с модифицированным полинуклеотидом в соответствии с описанием настоящего изобретения, и активность белка, кодируемого геном ramA, может быть скорректирована (увеличена), и также может быть скорректирована экспрессия других генов, а также гена-мишени.In particular, a modified polynucleotide as described herein may have modified (increased) promoter activity compared to an unmodified polynucleotide. Thus, the expression of the ramA gene, which is a target gene operably linked to the modified polynucleotide according to the description of the present invention, and the activity of the protein encoded by the ramA gene can be adjusted (increased), and the expression of other genes can also be adjusted, as well as the target gene.
В свете задач в соответствии с настоящим изобретением полинуклеотид, обладающий промоторной активностью, относится к полинуклеотиду, способному экспрессировать белок, вовлеченный в увеличение продукции аминокислот, в частности, аминокислот с разветвленной цепью, конкретней, аминокислот, включающих лейцин, валин и изолейцин, но не ограничивающихся этим.In light of the objectives of the present invention, a polynucleotide having promoter activity refers to a polynucleotide capable of expressing a protein involved in increasing the production of amino acids, in particular branched chain amino acids, more specifically amino acids including, but not limited to, leucine, valine and isoleucine this.
Использованный здесь термин "полинуклеотидная последовательность, раскрытая в SEQ ID NO: 1" может относиться к промоторной последовательности гена, кодирующего регулятор ацетатного метаболизма A (RamA).As used herein, the term “polynucleotide sequence disclosed in SEQ ID NO: 1” may refer to the promoter sequence of the gene encoding acetate metabolism regulator A (RamA).
Полинуклеотид, обладающий промоторной активностью, в соответствии с описанием настоящего изобретения представляет собой модифицированный полинуклеотид, не обладающий природной последовательностью, а обладающий промоторной активностью, и экспрессия белка-мишени, функционально связанного с ним, может быть увеличена по сравнению с полинуклеотидной последовательностью, представленной в SEQ ID NO: 1.A polynucleotide having promoter activity as described herein is a modified polynucleotide having no natural sequence but having promoter activity and the expression of a target protein operably linked thereto can be increased compared to the polynucleotide sequence set forth in SEQ ID NO: 1.
В частности, модифицированный полинуклеотид в соответствии с описанием настоящего изобретения, может представлять собой полинуклеотид, в котором нуклеотидная последовательность, представленная в SEQ ID NO: 1, т.е. промоторная последовательность гена ramA является модифицированной, и по меньшей мере один нуклеотид, выбранный из 34-го, 36-го, 37-го, 41-го и 43-го нуклеотидов последовательности, могут быть заменены на отличающийся нуклеотид.In particular, the modified polynucleotide as described in the present invention may be a polynucleotide in which the nucleotide sequence shown in SEQ ID NO: 1, i.e. the promoter sequence of the ramA gene is modified, and at least one nucleotide selected from the 34th, 36th, 37th, 41st and 43rd nucleotides of the sequence may be replaced by a different nucleotide.
Конкретней, модифицированный полинуклеотид в соответствии с описанием настоящего изобретения может включать замену 34-го нуклеотида на Т; замену 36-го нуклеотида на Т; замену 37-го нуклеотида на G; замену 41-го нуклеотида на Т; замену 43-го нуклеотида на А; или любую их комбинацию в нуклеотидной последовательности, представленной в SEQ ID NO: 1, но не ограничиваться этим. При модификации полинуклеотид в соответствии с описанием настоящего изобретения может состоять из одной нуклеотидной последовательности, выбранной из SEQ ID NO: 3-5.More specifically, the modified polynucleotide as described herein may include replacing the 34th nucleotide with T; replacement of the 36th nucleotide with T; replacement of the 37th nucleotide with G; replacement of the 41st nucleotide with T; replacement of the 43rd nucleotide with A; or any combination thereof in the nucleotide sequence set forth in, but not limited to, SEQ ID NO: 1. When modified, the polynucleotide as described herein may consist of a single nucleotide sequence selected from SEQ ID NO: 3-5.
В одном воплощении модифицированный полинуклеотид в соответствии с описанием настоящего изобретения может включать замену 34-го нуклеотида на Т; замену 36-го нуклеотида на Т; замену 37-го нуклеотида на G в нуклеотидной последовательности, представленной в SEQ ID NO: 1. В этом случае модифицированный полинуклеотид в соответствии с описанием настоящего изобретения может состоять из SEQ ID NO: 5.In one embodiment, a modified polynucleotide in accordance with the description of the present invention may include replacing the 34th nucleotide with T; replacement of the 36th nucleotide with T; substitution of the 37th nucleotide with G in the nucleotide sequence presented in SEQ ID NO: 1. In this case, the modified polynucleotide in accordance with the description of the present invention may consist of SEQ ID NO: 5.
В еще одном воплощении модифицированный полинуклеотид в соответствии с описанием настоящего изобретения может включать замену 41-го нуклеотида на Т; и замену 43-го нуклеотида на А в нуклеотидной последовательности, представленной в SEQ ID NO: 1. В этом случае модифицированный полинуклеотид в соответствии с описанием настоящего изобретения может состоять из SEQ ID NO: 4.In yet another embodiment, a modified polynucleotide in accordance with the description of the present invention may include replacing the 41st nucleotide with T; and replacing the 43rd nucleotide with A in the nucleotide sequence shown in SEQ ID NO: 1. In this case, the modified polynucleotide in accordance with the description of the present invention may consist of SEQ ID NO: 4.
В еще одном воплощении модифицированный полинуклеотид в соответствии с описанием настоящего изобретения может включать замену 34-го нуклеотида на Т; замену 36-го нуклеотида на Т; замену 37-го нуклеотида на G; замену 41-го нуклеотида на Т; и замену 43-го нуклеотида на А в нуклеотидной последовательности, представленной в SEQ ID NO: 1. В этом случае модифицированный полинуклеотид в соответствии с описанием настоящего изобретения может состоять из SEQ ID NO: 3.In yet another embodiment, a modified polynucleotide in accordance with the description of the present invention may include replacing the 34th nucleotide with T; replacement of the 36th nucleotide with T; replacement of the 37th nucleotide with G; replacement of the 41st nucleotide with T; and replacing the 43rd nucleotide with A in the nucleotide sequence shown in SEQ ID NO: 1. In this case, the modified polynucleotide in accordance with the description of the present invention may consist of SEQ ID NO: 3.
Микроорганизм, продуцирующий L-аминокислоту с разветвленной цепью в соответствии с настоящим изобретением, может представлять собой микроорганизм, включающий полинуклеотид, который обладает промоторной активностью и включает замену 34-го нуклеотида на Т; замену 36-го нуклеотида на Т; замену 37-го нуклеотида на G; замену 41-го нуклеотида на Т; замену 43-го нуклеотида на А; или любую их комбинацию в нуклеотидной последовательности, представленной в SEQ ID NO: 1.The microorganism producing the branched chain L-amino acid according to the present invention may be a microorganism comprising a polynucleotide that has promoter activity and includes the replacement of the 34th nucleotide with T; replacement of the 36th nucleotide with T; replacement of the 37th nucleotide with G; replacement of the 41st nucleotide with T; replacement of the 43rd nucleotide with A; or any combination thereof in the nucleotide sequence set forth in SEQ ID NO: 1.
В частности, микроорганизм, продуцирующий L-аминокислоту с разветвленной цепью в соответствии с настоящим изобретением, может представлять собой микроорганизм, включающий полинуклеотид, обладающий промоторной активностью и состоящий из одной нуклеотидной последовательности, выбранной из SEQ ID NO: 3-5, или нуклеотидной последовательности, имеющей с ней по меньшей мере 80% или более и менее чем 100% гомологию последовательности. Модифицированный полинуклеотид в соответствии с описанием настоящего изобретения более подробно будет описан ниже.In particular, the branched chain L-amino acid producing microorganism according to the present invention may be a microorganism comprising a polynucleotide having promoter activity and consisting of a single nucleotide sequence selected from SEQ ID NO: 3-5, or a nucleotide sequence having at least 80% or more and less than 100% sequence homology with it. The modified polynucleotide as described in the present invention will be described in more detail below.
Использованный здесь термин "аминокислота с разветвленной цепью" относится к аминокислоте, имеющей разветвленную алкильную группу по боковой цепи, и включающей валин, лейцин и изолейцин. В частности, в описании настоящего изобретения аминокислота с разветвленной цепью может представлять собой L-аминокислоту с разветвленной цепью, и L-аминокислота с разветвленной цепью может представлять собой L-валин, L-лейцин и L-изолейцин, но не ограничиваться этим.As used herein, the term "branched chain amino acid" refers to an amino acid having a branched alkyl group on its side chain and includes valine, leucine and isoleucine. Specifically, in the present invention, the branched chain amino acid may be a branched chain L-amino acid, and the branched chain L-amino acid may be, but is not limited to, L-valine, L-leucine and L-isoleucine.
Использованный здесь термин "микроорганизм, продуцирующий аминокислоту с разветвленной цепью", включает все микроорганизмы дикого типа и микроорганизмы, в которых осуществлена природная или искусственная генетическая модификация, и может представлять собой микроорганизм, включающий генетическую модификацию для продукции аминокислоты-мишени с разветвленной цепью или обладающей улучшенной активностью, в котором конкретный механизм ослаблен или усилен путем введения чужеродного гена или усиления или инактивации активности эндогенного гена. В описании настоящего изобретения "микроорганизм, способный продуцировать L-аминокислоту с разветвленной цепью", могут быть использован взаимозаменяемо с "микроорганизмом, продуцирующим аминокислоту с разветвленной цепью", и "микроорганизмом, обладающим способностью продуцировать аминокислоту с разветвленной цепью".As used herein, the term "branched-chain amino acid-producing microorganism" includes all wild-type microorganisms and microorganisms in which natural or artificial genetic modification has been carried out, and may be a microorganism that includes genetic modification to produce a target branched-chain amino acid or having an improved activity, in which a particular mechanism is weakened or enhanced by introducing a foreign gene or enhancing or inactivating the activity of an endogenous gene. In the description of the present invention, "microorganism capable of producing branched chain L-amino acid" may be used interchangeably with "microorganism producing branched chain amino acid" and "microorganism having ability to produce branched chain amino acid".
В свете задач в соответствии с описанием настоящего изобретения микроорганизм может представлять собой любой микроорганизм, способный продуцировать аминокислоту с разветвленной цепью, и включающий модифицированный полинуклеотид в соответствии с описанием настоящего изобретения. В частности, микроорганизм, продуцирующий аминокислоту с разветвленной цепью, может представлять собой микроорганизм, отличающийся тем, что способность продуцировать аминокислоту-мишень с разветвленной цепью увеличена путем включения модифицированного полинуклеотида. В частности, в описании настоящего изобретения микроорганизм, продуцирующий аминокислоту с разветвленной цепью, или микроорганизм, обладающий способностью продуцировать аминокислоту с разветвленной цепью, может представлять собой микроорганизм, в котором некоторые из генов в пути биосинтеза аминокислоты с разветвленной цепью усилены или ослаблены, или микроорганизм, в котором некоторые из генов в пути разрушения аминокислоты с разветвленной цепью усилены или ослаблены, но не ограничиваться этим.In light of the objectives of the present invention, the microorganism may be any microorganism capable of producing a branched chain amino acid and comprising a modified polynucleotide as described in the present invention. In particular, the branched chain amino acid producing microorganism may be a microorganism characterized in that the ability to produce the target branched chain amino acid is increased by including a modified polynucleotide. Specifically, in the present invention, the branched-chain amino acid-producing microorganism or the microorganism having the ability to produce the branched-chain amino acid may be a microorganism in which some of the genes in the branched-chain amino acid biosynthetic pathway are enhanced or weakened, or a microorganism in which some of the genes in the branched chain amino acid degradation pathway are upregulated or downregulated, but are not limited to.
В воплощении в описании настоящего изобретения микроорганизм рода Corynebacterium, обладающий способностью продуцировать аминокислоту с разветвленной цепью, может относиться к микроорганизму рода Corynebacterium, включающему модифицированный полинуклеотид в соответствии с описанием настоящего изобретения, или трансформированному вектором, включающим ген, кодирующим полинуклеотид в соответствии с описанием настоящего изобретения, обладающему улучшенной способностью продуцировать аминокислоту с разветвленной цепью. "Микроорганизм рода Corynebacterium, обладающий усиленной способностью продуцировать аминокислоту с разветвленной цепью" относится к микроорганизму, обладающему усиленной способностью продуцировать аминокислоту с разветвленной цепью, по сравнению со способностью продуцировать аминокислоту родительским штаммом перед трансформацией или не модифицированным микроорганизмом. "Не модифицированный микроорганизм" не исключает штаммы, имеющие мутацию, которая может встречаться у микроорганизмов в природе, и относится к микроорганизму, не включающему полинуклеотид в соответствии с описанием настоящего изобретения, или микроорганизму, не трансфицированному вектором, включающим полинуклеотид в соответствии с описанием настоящего изобретения.In an embodiment in the description of the present invention, a microorganism of the genus Corynebacterium having the ability to produce a branched chain amino acid may be a microorganism of the genus Corynebacterium including a modified polynucleotide in accordance with the description of the present invention, or transformed with a vector including a gene encoding a polynucleotide in accordance with the description of the present invention , having an improved ability to produce branched chain amino acids. “A microorganism of the genus Corynebacterium having an enhanced ability to produce a branched-chain amino acid” refers to a microorganism having an enhanced ability to produce a branched-chain amino acid compared to the amino acid-producing ability of a parent strain before transformation or an unmodified microorganism. "Unmodified microorganism" does not exclude strains having a mutation that may occur naturally in microorganisms and refers to a microorganism not comprising a polynucleotide as described herein or a microorganism not transfected with a vector comprising a polynucleotide as described herein. .
Микроорганизм рода Corynebacterium конкретным образом может включать Corynebacterium glutamicum, Corynebacterium ammoniagenes, Brevibacterium lactofermentum, Brevibacterium flavum, Corynebacterium thermoaminogenes, Corynebacterium efficiens, Corynebacterium stationis и т.д, но не ограничиваться этим.The microorganism of the genus Corynebacterium may specifically include, but is not limited to, Corynebacterium glutamicum, Corynebacterium ammoniagenes, Brevibacterium lactofermentum, Brevibacterium flavum, Corynebacterium thermoaminogenes, Corynebacterium efficiens, Corynebacterium stationis, etc.
Использованный здесь термин "вектор" относится к искусственной молекуле ДНК, включающей генетический материал, экспрессирующий полипептид-мишень в надлежащей клетке-хозяине, в частности, конструкции ДНК, включающей нуклеотидную последовательность полинуклеотида, кодирующего полипептид-мишень, и функционально связанного с подходящей областью, регулирующей экспрессию, способного экспрессировать ген-мишень. После трансформации подходящей клетки-хозяина вектором последний может реплицироваться или функционировать независимо от генома хозяина или может быть встроен в геном.As used herein, the term "vector" refers to an artificial DNA molecule comprising genetic material expressing a target polypeptide in a suitable host cell, particularly a DNA construct comprising the nucleotide sequence of a polynucleotide encoding the target polypeptide and operably linked to a suitable regulatory region expression capable of expressing the target gene. Once a suitable host cell is transformed with a vector, the vector can replicate or function independently of the host genome or can be integrated into the genome.
Используемый в настоящем изобретении вектор не ограничен конкретным образом, и может быть использован любой вектор, известный в области техники. Примеры обычных векторов могут включать природную или рекомбинантную плазмиду, космиду, вирус и бактериофаг.Например, в качестве фагового вектора или космидного вектора можно использовать pWE15, М13, MBL3, MBL4, IXII, ASHII, APII, t10, t11, Charon4A, Charon21A и т.д. В качестве плазмидного вектора можно использовать векторы на основе pDZ, pBR, pUC, pBluescriptII, pGEM, pTZ, pCL, pET и т.д. В частности, можно использовать векторы pDZ, pDC, pDCM2, pACYC177, pACYC184, pCL, pECCG117, pUC19, pBR322, pMW118 и pCC1BAC.The vector used in the present invention is not particularly limited, and any vector known in the art can be used. Examples of common vectors may include natural or recombinant plasmid, cosmid, virus and bacteriophage. For example, pWE15, M13, MBL3, MBL4, IXII, ASHII, APII, t10, t11, Charon4A, Charon21A, etc. can be used as a phage vector or cosmid vector. .d. Vectors based on pDZ, pBR, pUC, pBluescriptII, pGEM, pTZ, pCL, pET, etc. can be used as a plasmid vector. In particular, the vectors pDZ, pDC, pDCM2, pACYC177, pACYC184, pCL, pECCG117, pUC19, pBR322, pMW118 and pCC1BAC can be used.
Например, целевой полинуклеотид может быть встроен в хромосому с использованием вектора для встраивания в хромосому. Встраивание полинуклеотида в хромосому может быть осуществлено при помощи любого из способов, известных в области техники, например, при помощи гомологичной рекомбинации, но не ограничиваться ими. Полинуклеотид может дополнительно включать маркер селекции для подтверждения встраивания в хромосому. Маркер селекции используется для отбора клеток, трансформированных вектором, т.е. для идентификации того, встроена ли молекула нуклеиновой кислоты-мишени или нет, и могут быть использованы маркеры, обеспечивающие селективные фенотипы, такие как устойчивость к лекарственным средствам, потребность в питательных веществах, устойчивость к цитотоксическим агентам или экспрессия поверхностного полипептида белков. В среде, обработанной селективным агентом, могут быть отобраны трансформированные клетки, поскольку только клетки, экспрессирующие маркер селекции, способны выживать или демонстрировать различные фенотипы.For example, the target polynucleotide can be inserted into a chromosome using a chromosome insertion vector. Incorporation of a polynucleotide into a chromosome can be accomplished using any of the methods known in the art, such as, but not limited to, homologous recombination. The polynucleotide may further include a selection marker to confirm chromosomal integration. The selection marker is used to select cells transformed with the vector, i.e. to identify whether a target nucleic acid molecule is integrated or not, and markers conferring selective phenotypes such as drug resistance, nutrient requirements, resistance to cytotoxic agents or surface polypeptide expression of proteins can be used. In a medium treated with a selection agent, transformed cells can be selected because only cells expressing the selection marker are able to survive or exhibit different phenotypes.
Использованный здесь термин "трансформация" относится к введению вектора, включающего полинуклеотид-мишень, в клетку-хозяина или микроорганизм таким образом, чтобы полинуклеотид экспрессировался в клетке-хозяине. Трансформированный полинуклеотид могут быть представлен в форме, встроенной в хромосому клетки-хозяина, или в форме, расположенной за пределами хромосомы, при условии, что полипептид экспрессируется в клетке-хозяине. Кроме того, полинуклеотид может включать ДНК и РНК, кодирующие полипептид-мишень. Полинуклеотид может быть введен в клетку-хозяина в любой форме при условии, что полинуклеотид может быть введен в клетку-хозяина и экспрессироваться в ней. Например, полинуклеотид может быть введен в клетку-хозяина в форме экспрессирующейся кассеты, которая представляет собой генетическую конструкцию, включающую все элементы, необходимые для саморепликации. Как правило, экспрессирующаяся кассета может включать промотор, функционально связанный с полинуклеотидом, сигнал терминации транскрипции, сайт связывания с рибосомой и сигнал терминации трансляции. Экспрессирующаяся кассета может находиться в форме самореплицирующегося экспрессирующегося вектора. Кроме того, полинуклеотид может быть введен в клетку-хозяина в своей исходной форме и функционально связан с последовательностью, необходимой для экспрессии в клетке-хозяине, но не ограничиваться этим.As used herein, the term “transformation” refers to the introduction of a vector comprising a target polynucleotide into a host cell or microorganism such that the polynucleotide is expressed in the host cell. The transformed polynucleotide may be present in a form integrated into the chromosome of the host cell, or in a form located outside the chromosome, provided that the polypeptide is expressed in the host cell. In addition, the polynucleotide may include DNA and RNA encoding the target polypeptide. The polynucleotide can be introduced into a host cell in any form, provided that the polynucleotide can be introduced into and expressed in the host cell. For example, the polynucleotide can be introduced into a host cell in the form of an expression cassette, which is a genetic construct that includes all the elements necessary for self-replication. Typically, the expression cassette may include a promoter operably linked to the polynucleotide, a transcription termination signal, a ribosome binding site, and a translation termination signal. The expression cassette may be in the form of a self-replicating expression vector. In addition, the polynucleotide may be introduced into a host cell in its original form and is operably linked to, but is not limited to, a sequence required for expression in the host cell.
В еще одном аспекте описания настоящего изобретения предложен способ получения L-аминокислоты с разветвленной цепью, включающий культивирование микроорганизма в культуральной среде.In yet another aspect of the present invention, there is provided a method for producing a branched chain L-amino acid, comprising culturing a microorganism in a culture medium.
Кроме того, этот способ получения L-аминокислоты с разветвленной цепью может дополнительно включать выделение или отделение вещества-мишени из культуральной среды или микроорганизма.In addition, this method of producing a branched chain L-amino acid may further include isolating or separating the target substance from the culture medium or microorganism.
"Полинуклеотид", "микроорганизм рода Corynebacterium", "вектор" и " L-аминокислота с разветвленной цепью" описаны выше.“Polynucleotide”, “microorganism of the genus Corynebacterium”, “vector” and “branched chain L-amino acid” are described above.
Использованный здесь термин "культивирование" относится к выращиванию микроорганизма в соответствии с описанием настоящего изобретения в надлежащим образом подобранной среде. Процесс культивирования в соответствии с описанием настоящего изобретения может быть осуществлен с использованием подходящих культуральных сред и условий культивирования, хорошо известных в области техники. Процесс культивирования может быть надлежащим образом скорректирован специалистом в данной области техники в соответствии с выбранным штаммом. В частности, культивирование может быть осуществлено при помощи метода периодического культивирования, метода непрерывного выращивания и метода выращивания подпитываемой культуры, но не ограничиваться этим.As used herein, the term "cultivation" refers to growing a microorganism as described herein in an appropriately selected medium. The culture process in accordance with the description of the present invention can be carried out using suitable culture media and culture conditions well known in the art. The cultivation process can be suitably adjusted by one skilled in the art according to the selected strain. In particular, the cultivation can be carried out using a batch culture method, a continuous culture method and a fed culture method, but is not limited to it.
Использованный здесь термин "культуральная среда" относится к веществу, в котором в качестве основных элементов смешаны питательные вещества, требующиеся для выращивания микроорганизма в соответствии с описанием настоящего изобретения, и объем питательных веществ и факторов роста, а также вода, которые необходимы для жизнедеятельности и роста. В частности, хотя культуральные среды и другие условия выращивания микроорганизма рода Corynebacterium в соответствии с описанием настоящего изобретения не ограничены конкретным образом при условии, что эти среды обычно используются при выращивании микроорганизмов, микроорганизм в соответствии с настоящим изобретением может быть выращен в обычной среде, содержащей подходящие источники углерода, источники азота, источники фосфора, неорганические соединения, аминокислоты и/или витамины, в аэробных условиях при корректировании температуры, рН и т.д.As used herein, the term "culture medium" refers to a substance in which the essential elements are mixed with the nutrients required for the growth of a microorganism as described herein and the amount of nutrients and growth factors, as well as water, that are necessary for life and growth. . In particular, although the culture media and other conditions for growing a microorganism of the genus Corynebacterium in accordance with the description of the present invention are not particularly limited, provided that these media are generally used in the cultivation of microorganisms, the microorganism in accordance with the present invention can be grown in a conventional medium containing suitable carbon sources, nitrogen sources, phosphorus sources, inorganic compounds, amino acids and/or vitamins, under aerobic conditions when temperature, pH, etc. are adjusted.
В частности, культуральная среда для микроорганизма рода Corynebacterium раскрыта в документе ("Manual of Methods for General Bacteriology" by the American Society for Bacteriology (Washington D.C., U.S.A., 1981)).In particular, the culture medium for the microorganism of the genus Corynebacterium is disclosed in the document ("Manual of Methods for General Bacteriology" by the American Society for Bacteriology (Washington D.C., U.S.A., 1981)).
В настоящем изобретении в качестве источников углерода могут быть использованы углеводы, такие как глюкоза, сахароза, лактоза, фруктоза и мальтоза; сахарные спирты, такие как маннит и сорбит; органические кислоты, такие как пировиноградная кислота, молочная кислота и лимонная кислота и аминокислоты такие как глутаминовая кислота, метионин и лизин. Кроме того, могут быть использованы природные органические питательных вещества, такие как гидролизаты крахмала, меласса, сырая меласса, рисовые отруби, маниок, выжимки сахарного тростника и жидкий кукурузный экстракт, и в частности могут быть использованы углеводы, такие как глюкоза и стерильные предварительно обработанные мелассы (т.е. мелассы, преобразованные в редуцированные сахара), и подходящие количества любых других источников углерода, могут также использоваться без ограничения. Эти источники углерода могут быть использованы сами по себе или в комбинации, по меньшей мере, двух из них, но не ограничиваются этим.In the present invention, carbohydrates such as glucose, sucrose, lactose, fructose and maltose can be used as carbon sources; sugar alcohols such as mannitol and sorbitol; organic acids such as pyruvic acid, lactic acid and citric acid and amino acids such as glutamic acid, methionine and lysine. In addition, natural organic nutrients such as starch hydrolysates, molasses, raw molasses, rice bran, cassava, sugar cane pomace and liquid corn extract may be used, and in particular carbohydrates such as glucose and sterile pre-processed molasses may be used. (ie, molasses converted to reduced sugars), and suitable amounts of any other carbon sources, may also be used without limitation. These carbon sources can be used alone or in combination, but are not limited to, at least two of them.
В качестве источников азота могут быть использованы источники неорганического азота, такие как аммиак, сульфат аммония, хлорид аммония, ацетат аммония, фосфат аммония, карбонат аммония и нитрат аммония; и источники органического азота, такие как аминокислоты, например, глутаминовая кислота, метионин и глютамин, пептон, NZ-амин, мясной экстракт, дрожжевой экстракт, солодовый экстракт, жидкий кукурузный экстракт, гидролизат казеина, рыба или продукты ее деградации, и обезжиренный соевый жмых или продукты его деградации. Эти источники азота могут быть использованы сами по себе или в комбинации по меньшей мере двух из них, но не ограничиваться этим.As nitrogen sources, inorganic nitrogen sources such as ammonia, ammonium sulfate, ammonium chloride, ammonium acetate, ammonium phosphate, ammonium carbonate and ammonium nitrate can be used; and organic nitrogen sources such as amino acids, e.g. glutamic acid, methionine and glutamine, peptone, NZ-amine, meat extract, yeast extract, malt extract, liquid corn extract, casein hydrolysate, fish or its degradation products, and defatted soybean meal or its degradation products. These nitrogen sources may be used alone or in combination with, but not limited to, at least two of them.
В качестве источников фосфора могут быть использованы первичный кислый фосфат калия, гидрофосфат калия или соответствующие содержащие натрий соли. В качестве неорганических соединений могут быть использованы хлорид натрия, хлорид кальция, хлорид железа, сульфат магния, сульфат железа, сульфат марганца, карбонат кальция и т.д. Кроме того, могут быть дополнительно включены аминокислоты, витамины и/или соответствующие предшественники. Эти компоненты или предшественники могут быть добавлены к культуральной среде партиями или путем непрерывного процесса, но не ограничиваться этим.As sources of phosphorus, potassium dihydrogen phosphate, potassium hydrogen phosphate or corresponding sodium-containing salts can be used. As inorganic compounds, sodium chloride, calcium chloride, ferric chloride, magnesium sulfate, ferrous sulfate, manganese sulfate, calcium carbonate, etc. can be used. In addition, amino acids, vitamins and/or corresponding precursors may be further included. These components or precursors may be added to the culture medium in batches or through a continuous process, but are not limited to this.
Кроме того, во время процесса культивирования микроорганизма в соответствии с настоящим изобретением значение рН культуральной среды может быть скорректировано путем добавления подходящим образом соединения, такого как гидроксид аммония, гидроксид калия, аммиак, фосфорная кислота и серная кислота. Кроме того, во время процесса культивирования образование пены может быть предотвращено путем использования пеногасителя, такого как сложный эфир полигликоля и жирной кислоты. Кроме того, кислород или содержащий кислород газ могут быть введены в культуральную среду для поддержания культуральной среды в аэробных условиях, или азот, водород или углекислый газ могут быть введены в культуральную среду для поддержания культуральной среды в анаэробных и микроаэробных условиях, не нагнетая в нее никаких других газов, но не ограничиваться этим.Moreover, during the microorganism cultivation process of the present invention, the pH value of the culture medium can be adjusted by suitably adding a compound such as ammonium hydroxide, potassium hydroxide, ammonia, phosphoric acid and sulfuric acid. Moreover, during the culture process, foam formation can be prevented by using an antifoaming agent such as a polyglycol fatty acid ester. In addition, oxygen or an oxygen-containing gas may be introduced into the culture medium to maintain the culture medium under aerobic conditions, or nitrogen, hydrogen, or carbon dioxide may be introduced into the culture medium to maintain the culture medium under anaerobic and microaerobic conditions without introducing any other gases, but not limited to this.
В настоящем изобретении температура культивирования может поддерживаться на уровне от 20°С до 45°С, в частности, от 25°С до 40°С, и культивирование может осуществляться в течение приблизительно от 10 до 160 часов, но не ограничиваться этим.In the present invention, the culture temperature can be maintained at 20°C to 45°C, in particular 25°C to 40°C, and the culture can be carried out for, but not limited to, about 10 to 160 hours.
L-Аминокислота с разветвленной цепью, получаемая путем культивирования в соответствии с настоящим изобретением, может высвобождаться в культуральную среду или оставаться в клетках.The branched chain L-amino acid produced by culture according to the present invention can be released into the culture medium or remain in the cells.
Способ получения L-аминокислоты с разветвленной цепью в соответствии с настоящим изобретением дополнительно может включать получение микроорганизма в соответствии с настоящим изобретением, получение культуральной среды для выращивания штамма или любую их комбинацию (независимо от последовательности, в любой последовательности), например, до культивирования.The method for producing a branched chain L-amino acid according to the present invention may further include obtaining a microorganism according to the present invention, obtaining a culture medium for growing the strain, or any combination thereof (regardless of the sequence, in any sequence), for example, before culturing.
Способ получения L-аминокислоты с разветвленной цепью в соответствии с настоящим изобретением дополнительно может включать выделение L-аминокислоты с разветвленной цепью из культуральной среды (в которой осуществлялось выращивание) или микроорганизма в соответствии с описанием настоящего изобретения. Стадия выделения может быть дополнительно осуществлена после процесса культивирования.The method for producing branched chain L-amino acid in accordance with the present invention may further include isolating the branched chain L-amino acid from a culture medium (in which the growth was carried out) or a microorganism in accordance with the description of the present invention. The isolation step may further be carried out after the cultivation process.
Стадия выделения может быть осуществлена путем сбора целевой L-аминокислоты с разветвленной цепью с использованием подходящего способа, известного в области техники, в соответствии со способами культивирования микроорганизма в соответствии с настоящим изобретением, такими как периодический способ выращивания, непрерывный способ выращивания или выращивание с подпиткой. Например, могут быть использованы центрифугирование, фильтрование, обработка агентом, осаждающим белок (высаливание), экстракция, ультразвуковое разрушение, ультрафильтрация, диализ, различные хроматографические способы, такие как хроматография на молекулярных ситах (гель-фильтрация), адсорбционная хроматография, ионообменная хроматография и аффинная хроматография, HPLC (высокоэффективная жидкостная хроматография), SMB (хроматография на псевдоподвижном слое) и любая их комбинация. Целевая L-аминокислота-мишень с разветвленной цепью может быть выделена из культуральной среды или микроорганизма с использованием любого подходящего способа, известного в области техники.The isolation step can be carried out by collecting the target branched chain L-amino acid using a suitable method known in the art in accordance with the microorganism cultivation methods of the present invention, such as a batch culture method, a continuous culture method, or a fed-batch culture method. For example, centrifugation, filtration, treatment with a protein precipitating agent (salting out), extraction, ultrasonic disruption, ultrafiltration, dialysis, various chromatographic methods such as molecular sieve chromatography (gel filtration), adsorption chromatography, ion exchange chromatography and affinity chromatography can be used. chromatography, HPLC (high performance liquid chromatography), SMB (pseudo moving bed chromatography) and any combination thereof. The desired branched chain L-amino acid target can be isolated from the culture medium or microorganism using any suitable method known in the art.
Кроме того, способ получения L-аминокислоты с разветвленной цепью в соответствии с настоящим изобретением дополнительно может включать стадию очистки. Очистка может быть осуществлена с использованием подходящего способа, известного в области техники. В качестве примера, когда способ получения L-аминокислоты с разветвленной цепью в соответствии с настоящим изобретением включает стадию выделения и стадию очистки, тогда стадия выделения и стадия очистки могут быть осуществлены непрерывно или с перерывами независимо от последовательности, или могут быть осуществлены одновременно или в виде одной объединенной стадии, но не ограничиваться этим.In addition, the method for producing branched chain L-amino acid according to the present invention may further include a purification step. Purification can be accomplished using a suitable method known in the art. As an example, when the method for producing branched chain L-amino acid according to the present invention includes an isolation step and a purification step, then the isolation step and the purification step can be carried out continuously or intermittently regardless of the sequence, or can be carried out simultaneously or as one combined stage, but not limited to this.
В еще одном аспекте настоящего изобретения предложен полинуклеотид, обладающий промоторной активностью и включающий замену по меньшей мере одного нуклеотида, выбранного из 34-го, 36-го, 37-го, 41-го и 43-го нуклеотидов нуклеотидной последовательности, представленной в SEQ ID NO: 1, на другой нуклеотид.In another aspect of the present invention, there is provided a polynucleotide having promoter activity and comprising a substitution of at least one nucleotide selected from the 34th, 36th, 37th, 41st and 43rd nucleotides of the nucleotide sequence set forth in SEQ ID NO: 1, to another nucleotide.
"Полинуклеотид" и "промотор" являются такими, как описано выше."Polynucleotide" and "promoter" are as described above.
Кроме того, последовательность модифицированного полинуклеотида в соответствии с описанием настоящего изобретения может быть модифицирована путем мутагенеза, хорошо известного в области техники, например, направленной эволюции и сайт-направленного мутагенеза.In addition, the sequence of a modified polynucleotide as described herein may be modified by mutagenesis well known in the art, such as directed evolution and site-directed mutagenesis.
Таким образом, модифицированный полинуклеотид в соответствии с настоящим изобретением может включать полинуклеотид, имеющий нуклеотидную последовательность, в которой 34-е основание зафиксировано как Т; 36-е основание зафиксировано как Т; 37-е основание зафиксировано как G; 41-е основание зафиксировано как Т; и 43-е основание зафиксировано как А, а другая часть нуклеотидной последовательности обладает по меньшей мере 70%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98% или 99% гомологией или идентичностью с нуклеотидной последовательностью SEQ ID NO: 3.Thus, the modified polynucleotide in accordance with the present invention may include a polynucleotide having a nucleotide sequence in which the 34th base is fixed as T; The 36th base is fixed as T; The 37th base is fixed as G; The 41st base is fixed as T; and the 43rd base is fixed as A, and another portion of the nucleotide sequence has at least 70%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% homology or identity with the nucleotide sequence SEQ ID NO: 3.
Кроме того, модифицированный полинуклеотид в соответствии с настоящим изобретением может включать полинуклеотид, имеющий нуклеотидную последовательность, в которой 41-е основание зафиксировано как Т; и 43-е основание зафиксировано как А, а другая часть нуклеотидной последовательности обладает по меньшей мере 70%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98% или 99% гомологией или идентичностью с нуклеотидной последовательностью SEQ ID NO: 4.In addition, the modified polynucleotide in accordance with the present invention may include a polynucleotide having a nucleotide sequence in which the 41st base is fixed as T; and the 43rd base is fixed as A, and another portion of the nucleotide sequence has at least 70%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% homology or identity with the nucleotide sequence SEQ ID NO: 4.
Кроме того, модифицированный полинуклеотид в соответствии с описанием настоящего изобретения может включать полинуклеотид, имеющий нуклеотидную последовательность, в которой 34-е основание зафиксировано как Т; 36-е основание зафиксировано как Т; и 37-е основание зафиксировано как G, а другая часть последовательности обладает по меньшей мере 70%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98% или 99% гомологией или идентичностью с нуклеотидной последовательностью SEQ ID NO: 5.In addition, the modified polynucleotide as described in the present invention may include a polynucleotide having a nucleotide sequence in which the 34th base is fixed as T; The 36th base is fixed as T; and the 37th base is fixed as G and the other portion of the sequence has at least 70%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% homology or identity to the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 5.
В этом случае нуклеотидная последовательность, обладающая гомологией или идентичностью, может исключать последовательность, обладающую 100% идентичностью, или может представлять собой последовательность, обладающую идентичностью меньшей чем 100%.In this case, the nucleotide sequence having homology or identity may exclude a sequence having 100% identity, or may be a sequence having less than 100% identity.
Очевидно то, что любой полинуклеотид, имеющий нуклеотидную последовательность, включающую делецию, модификацию, замену или вставку одного или нескольких нуклеотидов, отличающихся от 34-го, 36-го, 37-го, 41-го или 43-го положений, входят в объем настоящего изобретения при условии, что нуклеотидная последовательность сохраняет гомологию и биологическую активность, идентичную или эквивалентную гомологии и биологической активности по меньшей мере одной нуклеотидной последовательности, выбранной из SEQ ID NO: 3-5.It is clear that any polynucleotide having a nucleotide sequence including the deletion, modification, substitution or insertion of one or more nucleotides other than the 34th, 36th, 37th, 41st or 43rd position is included in the scope of the present invention, provided that the nucleotide sequence retains homology and biological activity identical or equivalent to the homology and biological activity of at least one nucleotide sequence selected from SEQ ID NO: 3-5.
Использованный здесь термин "гомология" или "идентичность" относится к степени сходства между двумя данными аминокислотными последовательностями или нуклеотидными последовательностями, и она может быть выражена в процентах. Часто термины "гомология" и "идентичность" можно использовать взаимозаменяемо.As used herein, the term “homology” or “identity” refers to the degree of similarity between two given amino acid sequences or nucleotide sequences, and may be expressed as a percentage. Often the terms homology and identity can be used interchangeably.
Гомологию или идентичность последовательности консервативных полинуклеотидов или полипептидов можно определить путем стандартного алгоритма выравнивания, и вместе с ним можно использовать штраф за пропуск в последовательности, установленный по умолчанию в используемой программе. По существу, гомологичные или идентичные последовательности как правило могут гибридизироваться друг с другом полностью или частично в умеренно строгих или очень строгих условиях. Очевидно то, что гибридизация включает гибридизацию полинуклеотида с полинуклеотидом, включающих общий кодон или вырожденный кодон.The homology or sequence identity of conserved polynucleotides or polypeptides can be determined by a standard alignment algorithm and can be coupled with a sequence gap penalty set by default in the program being used. Essentially homologous or identical sequences can generally hybridize to each other in whole or in part under moderately stringent or very stringent conditions. It is apparent that hybridization involves the hybridization of a polynucleotide with a polynucleotide comprising a common codon or a degenerate codon.
Гомология, сходство или идентичность между двумя последовательностями полинуклеотидов или полипептидов могут быть определены с использованием любого компьютерного алгоритма, известного в области техники, например, программы "FASTA", с использованием параметров по умолчанию, введенных Pearson et al. (1988) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 85:2444. Альтернативно, гомология, сходство или идентичность могут быть определены с использованием алгоритма Нидлмана-Вунша (Needleman and Wunsch, 1970, J. Mol. Biol. 48:443-453), встроенного в программу Needleman пакета EMBOSS (EMBOSS: The European Molecular Biology Open Software Suite, Rice et al., 2000, Trends Genet. 16:276-277) (версия 5.0.0 или более поздняя) (включающую программный пакет GCG (Devereux, J. et al., Nucleic Acids Research 12:387 (1984)), BLASTP, BLASTN, FASTA (Atschul, S.F. et al., J MOLEC BIOL 215:403 (1990); Guide to Huge Computers, Martin J. Bishop, ed., Academic Press, San Diego, 1994, и CARILLO et al. (1988) SIAM J Applied Math 48:1073). Например, гомология, сходство или идентичность могут быть определены с использованием базы данных BLAST Национального Центра Биотехнологической Информации или ClustalW.Homology, similarity or identity between two polynucleotide or polypeptide sequences can be determined using any computer algorithm known in the art, for example, the "FASTA" program, using the default parameters introduced by Pearson et al. (1988) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 85:2444. Alternatively, homology, similarity or identity can be determined using the Needleman-Wunsch algorithm (Needleman and Wunsch, 1970, J. Mol. Biol. 48:443-453) built into the Needleman program of the EMBOSS package (EMBOSS: The European Molecular Biology Open Software Suite, Rice et al., 2000, Trends Genet. 16:276-277) (version 5.0.0 or later) (including the GCG software package (Devereux, J. et al., Nucleic Acids Research 12:387 (1984) )), BLASTP, BLASTN, FASTA (Atschul, S.F. et al., J MOLEC BIOL 215:403 (1990); Guide to Huge Computers, Martin J. Bishop, ed., Academic Press, San Diego, 1994, and CARILLO et al. (1988) SIAM J Applied Math 48:1073). For example, homology, similarity or identity can be determined using the National Center for Biotechnology Information BLAST or ClustalW database.
Гомологию, сходство или идентичность между полинуклеотидами или полипептидами можно определить путем сравнения информации о последовательностях с помощью компьютерной программы GAP, как введено Needleman et al., (1970), J Mol Biol. 48:443, как раскрыто Smith and Waterman, Adv. Appl. Math (1981) 2:482. Кратко, программа GAP определяет сходство по количеству выровненных одинаковых символов (т.е. нуклеотидов или аминокислот), деленому на общее количество символов в более короткой из двух последовательностей. Параметры по умолчанию для программы GAP могут включать: (1) матрицу двоичного сравнения (содержащую величину 1 в случае идентичности и 0 в случае не идентичности) и взвешенную матрицу сравнения в соответствии с Gribskov, et al. (1986), Nucl. Acids Res. 14:6745, как описано в Schwartz and Dayhoff, eds., Atlas Of Protein Sequence and Structure, National Biomedical Research Foundation, pp.353-358 (1979) (или EDNAFULL (версия EMBOSS NCBI NUC4.4); (2) штраф 3,0 за каждый пропуск и дополнительно штраф 0,10 за каждый символ в каждом пропуске (или альтернативно, штраф за внесение пропуска 10, штраф за удлинение пропуска 0,5) и (3) отсутствие штрафа за окончание пропуска.Homology, similarity or identity between polynucleotides or polypeptides can be determined by comparing sequence information using the computer program GAP, as introduced by Needleman et al., (1970), J Mol Biol. 48:443, as disclosed by Smith and Waterman, Adv. Appl. Math (1981) 2:482. Briefly, the GAP program determines similarity by the number of aligned identical characters (i.e., nucleotides or amino acids) divided by the total number of characters in the shorter of the two sequences. Default parameters for the GAP program may include: (1) a binary comparison matrix (containing a value of 1 if identical and 0 if not identical) and a weighted comparison matrix according to Gribskov, et al. (1986), Nucl. Acids Res. 14:6745, as described in Schwartz and Dayhoff, eds., Atlas Of Protein Sequence and Structure, National Biomedical Research Foundation, pp.353-358 (1979) (or EDNAFULL (EMBOSS NCBI NUC4.4 version); (2) penalty 3.0 for each gap and an additional penalty of 0.10 for each character in each gap (or alternatively, penalty for entering a gap of 10, penalty for extending a gap of 0.5) and (3) no penalty for ending a gap.
Кроме того, модифицированный полинуклеотид в соответствии с описанием настоящего изобретения может включать различные модификации в кодирующей области, предложенные не для изменения нуклеотидной последовательности вследствие вырожденности кодонов или с учетом кодонов, предпочтительных для живого организма, в котором экспрессируется полинуклеотид. Кроме того, полинуклеотид может включать любую нуклеотидную последовательность, обладающую промоторной активностью, и гибридизированную с зондом, сконструированным с использованием известной генетической последовательности, например, нуклеотидной последовательности, полностью или частично комплементарной нуклеотидной последовательности в строгих условиях, включающей без ограничения замену по меньшей мере одного нуклеотида в нуклеотидной последовательности SEQ ID NO: 1.In addition, a modified polynucleotide as described herein may include various modifications in the coding region provided not to change the nucleotide sequence due to codon degeneracy or to take into account codon preferences of the living organism in which the polynucleotide is expressed. In addition, the polynucleotide may include any nucleotide sequence having promoter activity and hybridized to a probe designed using a known genetic sequence, for example, a nucleotide sequence that is fully or partially complementary to the nucleotide sequence under stringent conditions, including, but not limited to, substitution of at least one nucleotide in nucleotide sequence SEQ ID NO: 1.
Термин "строгие условия" относится к условиям, обеспечивающим возможность специфичной гибридизации между полинуклеотидами. Такие условия подробно раскрыты в известных документах (например, J. Sambrook et al.). Например, условия могут включать осуществление гибридизации между генами, обладающими высокой гомологией, например, гомологией 40% или больше, в частности, 70% или больше, 80% или больше, 85% или больше, 90% или больше, конкретней, 95% или больше, еще конкретней, 97% или больше, и наиболее конкретно, 99% или больше, без гибридизации между генами, обладающими гомологией или идентичностью меньше чем описанная выше, или осуществления гибридизации однократно, в частности, два или три раза, в обычных условиях промывания для гибридизации по Саузерну при концентрации соли и температуре 60°С, lxSSC, и 0,1% SDS (додецилсульфат натрия), в частности, 60°С, 0,1×SSC, 0,1% SDS, конкретней 68°С, 0,1×SSC, и 0,1% SDS.The term "stringent conditions" refers to conditions that allow specific hybridization between polynucleotides. Such conditions are disclosed in detail in known documents (eg, J. Sambrook et al.). For example, the conditions may include hybridizing between genes having high homology, for example, 40% homology or greater, in particular 70% or greater, 80% or greater, 85% or greater, 90% or greater, more particularly 95% or more, more specifically, 97% or more, and most specifically, 99% or more, without hybridizing between genes having homology or identity less than that described above, or performing hybridization once, in particular two or three times, under normal washing conditions for Southern hybridization at salt concentration and temperature 60°C, lxSSC, and 0.1% SDS (sodium dodecyl sulfate), in particular 60°C, 0.1xSSC, 0.1% SDS, more specifically 68°C, 0.1×SSC, and 0.1% SDS.
Для гибридизации необходимо, чтобы две нуклеиновые кислоты имели комплементарные последовательности, даже несмотря на несовпадение между основаниями в соответствии со степенью строгости гибридизации. Термин "комплементарный" используется для описания взаимодействия между основаниями нуклеотидов, которые способны гибридизироваться друг с другом. Например, в отношении ДНК аденозин комплементарен тимину, а цитозин комплементарен гуанину. Таким образом, описание настоящего изобретения может включать не только по существу похожие последовательности нуклеиновой кислоты, а также выделенный фрагмент нуклеиновой кислоты, но комплементарный полноразмерной последовательности.Hybridization requires that two nucleic acids have complementary sequences, even though there is a mismatch between the bases according to the degree of hybridization stringency. The term "complementary" is used to describe the interaction between nucleotide bases that are capable of hybridizing with each other. For example, in relation to DNA, adenosine is complementary to thymine, and cytosine is complementary to guanine. Thus, the description of the present invention may include not only substantially similar nucleic acid sequences, but also an isolated nucleic acid fragment that is complementary to the full-length sequence.
В частности, полинуклеотиды, обладающие гомологией или идентичностью, могут быть обнаружены с использованием вышеописанных условий гибридизации, включающих процесс гибридизации при величине Tm 55°С. Кроме того, величина Tm может составлять 60°С, 63°С или 65°С, но не ограничиваясь этим, и может быть соответствующим образом скорректирована специалистом в данной области техники в соответствии с предполагаемыми задачами. Подходящая степень строгости гибридизации полинуклеотидов может зависеть от длины полинуклеотидов и степени комплементарности и параметров, хорошо известных в данной области техники (Sambrook et al., выше, 9.50-9.51, 11.7-11.8).In particular, polynucleotides having homology or identity can be detected using the above-described hybridization conditions, including a hybridization process at a Tm value of 55°C. In addition, the Tm value may be 60°C, 63°C, or 65°C, but not limited to, and can be adjusted accordingly by one skilled in the art according to the intended application. The appropriate degree of stringency of polynucleotide hybridization may depend on the length of the polynucleotides and the degree of complementarity and parameters well known in the art (Sambrook et al., supra, 9.50-9.51, 11.7-11.8).
В частности, выражение "модифицированный полинуклеотид состоит из одной нуклеотидной последовательности, выбранной из SEQ ID NO: 3-5, или нуклеотидной последовательности, обладающей по меньшей мере 80% или большей и меньше чем 100% гомологией последовательности" не исключает вставку и/или делецию, и/или мутацию нуклеотида, которые могут возникать в процессе лигирования с геном-мишенью, например, с использованием фермента рестрикции, в случае, когда полинуклеотид используют в состоянии, лигированном с геном-мишенью, в качестве промотора.In particular, the expression "the modified polynucleotide consists of one nucleotide sequence selected from SEQ ID NO: 3-5, or a nucleotide sequence having at least 80% or greater and less than 100% sequence homology" does not exclude insertion and/or deletion , and/or mutation of the nucleotide, which may occur during ligation with the target gene, for example, using a restriction enzyme, in the case where the polynucleotide is used in a state ligated with the target gene as a promoter.
Например, полинуклеотид, состоящий из одной нуклеотидной последовательности, выбранной из SEQ ID NO: 3-5, и обладающий промоторной активностью, также может включать полинуклеотид, гибридизировавшийся полностью или частично комплементарно с одной нуклеотидной последовательностью, выбранной из SEQ ID NO: 3-5 в строгих условиях, обладающий промоторной активностью в соответствии с описанием настоящего изобретения.For example, a polynucleotide consisting of one nucleotide sequence selected from SEQ ID NO: 3-5 and having promoter activity may also include a polynucleotide hybridized in full or partially complementary manner to one nucleotide sequence selected from SEQ ID NO: 3-5 in under strict conditions, having promoter activity in accordance with the description of the present invention.
Микроорганизм, включающий модифицированный полинуклеотид в соответствии с описанием настоящего изобретения, отличается тем, что увеличивается продукция аминокислоты с разветвленной цепью, включающей валин, лейцин или изолейцин. Хотя штаммы дикого типа, относящиеся к роду Corynebacterium, не могут продуцировать аминокислоты с разветвленной цепью или продуцируют их в следовых количествах, полинуклеотид, обладающий промоторной активностью в соответствии с описанием настоящего изобретения, является значимым вследствие того, что при его использовании увеличивается продукция аминокислот с разветвленной цепью.A microorganism comprising a modified polynucleotide as described herein is characterized in that the production of a branched chain amino acid including valine, leucine or isoleucine is increased. Although wild-type strains belonging to the genus Corynebacterium cannot produce branched-chain amino acids or produce them in trace amounts, a polynucleotide having promoter activity as described in the present invention is significant because its use increases the production of branched-chain amino acids. chain.
Способ в соответствии с изобретениемMethod according to the invention
Далее описание настоящего изобретения будет описано более подробно со ссылкой на следующие примеры. Тем не менее, следующие примеры приведены всего лишь для представления примеров описания настоящего изобретения, и объем описания настоящего изобретения не ограничен ими.Hereinafter, the present invention will be described in more detail with reference to the following examples. However, the following examples are provided merely to provide examples of the description of the present invention, and the scope of the description of the present invention is not limited to them.
Пример 1. Отбор мутантных штаммов, обладающих усиленной способностью продуцировать валин, путем искусственного мутагенезаExample 1. Selection of mutant strains with enhanced ability to produce valine by artificial mutagenesis
Пример 1-1. Индукция искусственной мутации при помощи УФ-излученияExample 1-1. Induction of artificial mutation using UV radiation
Для того, чтобы отобрать мутантный штамм, обладающий усиленной способностью продуцировать валин, который представляет собой типичную аминокислоту с разветвленной цепью, Corynebacterium glutamicum KCCM11201P (Корейский патент №10-1117022) в качестве валин-продуцирующего штамма наносили на содержащую агар питательную среду и выращивали при 30°С в течение 36 часов. С нее отбирали несколько сотен колоний и подвергали воздействию УФ-излучения при комнатной температуре для того, чтобы вызвать случайную мутацию в геномах штаммов.In order to select a mutant strain having an enhanced ability to produce valine, which is a typical branched-chain amino acid, Corynebacterium glutamicum KCCM11201P (Korean Patent No. 10-1117022) as a valine-producing strain was spread on an agar-containing nutrient medium and grown at 30 °C for 36 hours. Several hundred colonies were selected from it and exposed to UV radiation at room temperature in order to cause a random mutation in the genomes of the strains.
Пример 1-2. Оценка ферментационного титра и отбор штамма с индуцированной мутациейExample 1-2. Assessment of fermentation titer and selection of a strain with an induced mutation
Для того, чтобы отобрать мутантный штамм, обладающий усиленной способностью продуцировать L-валин по сравнению с Corynebacterium glutamicum KCCM11201P, используемым в качестве родительского штамма, проводили тестирование ферментационного титра на штаммах, в которых индуцировали случайную мутацию. После субкультивирования каждой из колоний в питательной среде каждый из штаммов инокулировали в колбу с угловыми перегородками объемом 250 мл, содержащей 25 мл продуцирующей среды и выращивали при перемешивании при 30°С в течение 72 часов при 200 об./мин. Затем концентрации L-валина анализировали с использованием HPLC, и проанализированные концентрации L-валина представлены в таблице 1 ниже.In order to select a mutant strain having an enhanced ability to produce L-valine compared to Corynebacterium glutamicum KCCM11201P used as the parent strain, fermentation titer testing was carried out on strains in which a random mutation was induced. After subculturing each of the colonies in a nutrient medium, each strain was inoculated into a 250 ml flask with corner partitions containing 25 ml of production medium and grown with stirring at 30°C for 72 hours at 200 rpm. L-valine concentrations were then analyzed using HPLC, and the L-valine concentrations analyzed are presented in Table 1 below.
Питательная среда (рН 7,2)Nutrient medium (pH 7.2)
10 г глюкозы, 5 г мясного бульона, 10 г полипептона, 2,5 г хлорида натрия, 5 г дрожжевого экстракта, 20 г агара, 2 г мочевины (на основе 1 л дистиллированной воды).10 g glucose, 5 g meat broth, 10 g polypeptone, 2.5 g sodium chloride, 5 g yeast extract, 20 g agar, 2 g urea (based on 1 liter of distilled water).
Продуцирующая среда (рН 7,0)Production medium (pH 7.0)
100 г глюкозы, 40 г сульфата аммония, 2,5 г соевого белка, 5 г кукурузного экстракта, 3 г мочевины, 1 г двухосновного фосфата калия, 0,5 г гептагидрата сульфата магния, 100 мкг биотина, 1 мг тиамина-HCl, 2 мг пантотената кальция, 3 мг никотинамида и 30 г карбоната кальция (на основе 1 л дистиллированной воды).100 g glucose, 40 g ammonium sulfate, 2.5 g soy protein, 5 g corn extract, 3 g urea, 1 g dibasic potassium phosphate, 0.5 g magnesium sulfate heptahydrate, 100 mcg biotin, 1 mg thiamine-HCl, 2 mg calcium pantothenate, 3 mg nicotinamide and 30 g calcium carbonate (based on 1 liter of distilled water).
На основе сравнения с штаммом KCCM11201P, используемым в качестве контроля, был отобран штамм А7, у которого продукция валина увеличивалась в самой большой степени (смотри таблицу 1).Based on comparison with strain KCCM11201P, used as a control, strain A7 was selected as having the greatest increase in valine production (see Table 1).
Пример 2. Подтверждение мутации путем секвенирования генаExample 2: Confirmation of mutation by gene sequencing
Основные гены штамма А7, обладающего усиленной способностью продуцировать валин, секвенировали и сравнивали с генами штамма KCCM11201P и штамма Corynebacterium glutamicum АТСС14067. В результате подтвердили то, что штамм А7 содержит мутацию в промоторном положении регулятора ацетатного метаболизма А.The main genes of strain A7, which has an enhanced ability to produce valine, were sequenced and compared with the genes of strain KCCM11201P and Corynebacterium glutamicum strain ATCC14067. As a result, it was confirmed that strain A7 contains a mutation in the promoter position of the regulator of acetate metabolism A.
В частности, подтвердили то, что штамм А7 имеет нуклеотидную последовательность SEQ ID NO: 2, включающую мутацию в промоторной области (SEQ ID NO: 1) гена ramA.In particular, it was confirmed that strain A7 has the nucleotide sequence SEQ ID NO: 2, including a mutation in the promoter region (SEQ ID NO: 1) of the ramA gene.
В следующих примерах, исследовали эффекты модификации, введенной в конкретное положение промоторной области гена ramA и эффекты усиления экспрессии RamA путем улучшения или замены промотора гена ramA на продукцию валина, изолейцина и лейцина, которые представляют собой аминокислоты с разветвленной цепью, у микроорганизма рода Corynebacterium.In the following examples, the effects of modification introduced at a specific position in the promoter region of the ramA gene and the effects of enhancing RamA expression by improving or replacing the ramA gene promoter to produce valine, isoleucine and leucine, which are branched chain amino acids, in a microorganism of the genus Corynebacterium were examined.
Пример 3. Конструирование штамма, в который введена модификация, и подтверждение способности продуцировать валинExample 3. Construction of a modified strain and confirmation of the ability to produce valine
Пример 3-1. Введение модифицированного промотора в штамм Corynebacterium glutamicum KCCM11201P и оценка способности продуцировать L-валинExample 3-1. Introduction of a modified promoter into the Corynebacterium glutamicum strain KCCM11201P and assessment of the ability to produce L-valine
Для того, чтобы ввести в ген ramA модифицированный полинуклеотид промотора, представленный в SEQ ID NO: 2, в Corynebacterium glutamicum KCCM11201P, получали вектор, включающий желаемую модификацию. В частности, геномную ДНК штамма А7 экстрагировали с использованием набора G-spin Total DNA Extraction Mini Kit (Intron, № по каталогу 17045) в соответствии с протоколами к набору, и PCR (полимеразную цепную реакцию) проводили с использованием геномной ДНК в качестве матрицы. В следующих условиях: денатурация при 94°С в течение 5 минут; 25 циклов денатурации при 94°С в течение 30 секунд, отжиг при 55°С в течение 30 секунд, и полимеризация при 72°С в течение 150 секунд; и затем полимеризация при 72°С в течение 7 минут, и продукт PCR (далее называемый как "фрагмент 1 с введенной модификацией") длиной 1114 п.о. получали с использованием SEQ ID NO: 9 и 10.In order to introduce the modified promoter polynucleotide shown in SEQ ID NO: 2 into the ramA gene in Corynebacterium glutamicum KCCM11201P, a vector including the desired modification was prepared. Specifically, genomic DNA of strain A7 was extracted using the G-spin Total DNA Extraction Mini Kit (Intron, catalog no. 17045) according to the kit protocols, and PCR (polymerase chain reaction) was performed using the genomic DNA as a template. Under the following conditions: denaturation at 94°C for 5 minutes; 25 cycles of denaturation at 94°C for 30 seconds, annealing at 55°C for 30 seconds, and polymerization at 72°C for 150 seconds; and then polymerization at 72°C for 7 minutes, and a PCR product (hereinafter referred to as “modified fragment 1”) of 1114 bp in length. prepared using SEQ ID NOs: 9 and 10.
После обработки ферментом рестрикции XbaI (New England Biolabs, Beverly, MA) полученного фрагмента 1 с введенной модификацией, фрагмент 1 с введенной модификацией лигировали с вектором pDZ (Корейский патент №10-0924065 и Публикация международной заявки на патент №2008-033001), обработанным тем же самым ферментом рестрикции с использованием Т4 лигазы (New England Biolabs, Beverly, MA). После трансформации E.coli DH5α конструированным геном трансформированные штаммы отбирали в среде LB (Лурия-Бертани), содержащей канамицин, и из них ДНК получали с использованием набора DNA-spin plasmid DNA purification kit (iNtRON) для получения вектора pDZ-Pm-ramA, включающего фрагмент 1 с введенной модификацией.After treating the resulting modified fragment 1 with the restriction enzyme XbaI (New England Biolabs, Beverly, MA), the modified fragment 1 was ligated with the pDZ vector (Korean Patent No. 10-0924065 and International Patent Application Publication No. 2008-033001) treated with the same restriction enzyme using T4 ligase (New England Biolabs, Beverly, MA). After transformation of E. coli DH5α with the constructed gene, the transformed strains were selected in LB (Luria-Bertani) medium containing kanamycin, and DNA from them was obtained using the DNA-spin plasmid DNA purification kit (iNtRON) to obtain the vector pDZ-Pm-ramA, including fragment 1 with the introduced modification.
Corynebacterium glutamicum KCCM1120IP трансформировали вектором pDZ-Pm-ramA путем хромосомной гомологичной рекомбинации (van der Rest et al., Appl Microbiol Biotechnol 52:541-545, 1999). Штаммы, в хромосому которых был введен вектор путем гомологичной рекомбинации последовательности, отбирали в культуральной среде, содержащей канамицин (25 мг/л). Затем PCR проводили с трансформантами Corynebacterium glutamicum, в которых вторичная рекомбинация была завершена, с использованием SEQ ID NO: 9 и 10, и подтверждали штаммы, в которые модификация была введена в промотор в области против хода транскрипции относительно ramA (SEQ ID NO: 1) на хромосоме. Рекомбинантный штамм был назван Corynebacterium glutamicum KCCM11201P-Pm-ramA.Corynebacterium glutamicum KCCM1120IP was transformed with the pDZ-Pm-ramA vector by chromosomal homologous recombination (van der Rest et al., Appl Microbiol Biotechnol 52:541-545, 1999). Strains in which the vector was introduced into the chromosome by homologous sequence recombination were selected in a culture medium containing kanamycin (25 mg/l). PCR was then performed on Corynebacterium glutamicum transformants in which secondary recombination had been completed using SEQ ID NOs: 9 and 10, and strains in which a modification had been introduced into the promoter in the region upstream of ramA were confirmed (SEQ ID NO: 1) on the chromosome. The recombinant strain was named Corynebacterium glutamicum KCCM11201P-Pm-ramA.
Для сравнения способности продуцировать валин между продуцирующими валин Corynebacterium glutamicum KCCM11201P и KCCM11201P-Pm-ramA проводили оценку в колбе. После субкультивирования каждого из штаммов в питательной среде, каждый из штаммов инокулировали в колбу с угловыми перегородками объемом 250 мл, содержащей 25 мл продуцирующей среды, и выращивали при перемешивании при 30°С в течение 72 часов при 200 об./мин. Затем концентрации L-валина анализировали с использованием HPLC, и проанализированные концентрации L-валина представлены в таблице 3 ниже.To compare the ability to produce valine between valine-producing Corynebacterium glutamicum KCCM11201P and KCCM11201P-Pm-ramA, flask evaluation was performed. After subculturing each of the strains in a nutrient medium, each of the strains was inoculated into a 250 ml corner flask containing 25 ml of production medium and grown with stirring at 30°C for 72 hours at 200 rpm. L-valine concentrations were then analyzed using HPLC, and the L-valine concentrations analyzed are presented in Table 3 below.
Питательная среда (рН 7,2)Nutrient medium (pH 7.2)
10 г глюкозы, 5 г мясного бульона, 10 г полипептона, 2,5 г хлорида натрия, 5 г дрожжевого экстракта, 20 г агара, 2 г мочевины (на основе 1 л дистиллированной воды).10 g glucose, 5 g meat broth, 10 g polypeptone, 2.5 g sodium chloride, 5 g yeast extract, 20 g agar, 2 g urea (based on 1 liter of distilled water).
Продуцирующая среда (рН 7,0)Production medium (pH 7.0)
100 г глюкозы, 40 г сульфата аммония, 2,5 г соевого белка, 5 г кукурузного экстракта, 3 г мочевины, 1 г двухосновного фосфата калия, 0,5 г гептагидрата сульфата магния, 100 мкг биотина, 1 мг тиамина-HCl, 2 мг пантотената кальция, 3 мг никотинамида, 30 г карбоната кальция (на основе 1 л дистиллированной воды).100 g glucose, 40 g ammonium sulfate, 2.5 g soy protein, 5 g corn extract, 3 g urea, 1 g dibasic potassium phosphate, 0.5 g magnesium sulfate heptahydrate, 100 mcg biotin, 1 mg thiamine-HCl, 2 mg calcium pantothenate, 3 mg nicotinamide, 30 g calcium carbonate (based on 1 liter of distilled water).
В результате, подтвердили, что способность продуцировать L-валин штамма KCCM11201P-Pm-ramA была усилена приблизительно на 23% по сравнению с KCCM11201P.As a result, it was confirmed that the L-valine production ability of strain KCCM11201P-Pm-ramA was enhanced by approximately 23% compared with KCCM11201P.
Пример 3-2. Конструирование мутантного штамма Corynebacterium Glutamicum KCCM11201P, в котором промотор улучшен и заменен, и оценка способности сконструированного штамма продуцировать L-валинExample 3-2. Construction of a mutant strain of Corynebacterium Glutamicum KCCM11201P, in which the promoter is improved and replaced, and evaluation of the ability of the constructed strain to produce L-valine
В соответствии с представленным в результатах примера 3-1 выше подтвердили, что способность продуцировать валин была усилена путем модификации промотора гена ramA, и, таким образом, конструировали векторы для улучшения или замены промотора ramA на основе модифицированного промотора в соответствии с SEQ ID NO: 2 для дополнительного увеличения экспрессии ramA.According to the results of Example 3-1 above, it was confirmed that the ability to produce valine was enhanced by modifying the promoter of the ramA gene, and thus vectors for improving or replacing the ramA promoter were constructed based on the modified promoter in accordance with SEQ ID NO: 2 to further increase ramA expression.
Для того, чтобы сконструировать векторы, включающие модификацию, синтезировали праймер 3 (SEQ ID NO: 11) - праймер 10 (SEQ ID NO: 18) в таблице 4 таким образом, что они содержат область для фермента рестрикции xbaI по 5'-концу и 3'-концу.In order to construct vectors including the modification, primer 3 (SEQ ID NO: 11) - primer 10 (SEQ ID NO: 18) in Table 4 was synthesized such that they contain a region for the xbaI restriction enzyme at the 5' end and 3' end.
Улучшенные промоторы ramA были названы Pm1, Pm2 и Pm3-ramA, и пару праймеров в соответствии с SEQ ID NO: 11 и 13 и пару праймеров в соответствии с SEQ ID NO: 12 и 14 использовали для конструирования Pm1-ramA, и пару праймеров в соответствии с SEQ ID NO: 11 и 15 и пару праймеров в соответствии с SEQ ID NO: 12 и 14 использовали для конструирования Pm2-ramA. Кроме того, пару праймеров в соответствии с SEQ ID NO: 11 и 17; и пару праймеров в соответствии с SEQ ID NO: 12 и 18 использовали для конструирования Pm3-ramA.The improved ramA promoters were named Pm1, Pm2 and Pm3-ramA, and a pair of primers according to SEQ ID NOs: 11 and 13 and a pair of primers according to SEQ ID NOs: 12 and 14 were used to construct Pm1-ramA, and a pair of primers in according to SEQ ID NO: 11 and 15 and a pair of primers according to SEQ ID NO: 12 and 14 were used to construct Pm2-ramA. In addition, a pair of primers in accordance with SEQ ID NO: 11 and 17; and a pair of primers according to SEQ ID NO: 12 and 18 were used to construct Pm3-ramA.
PCR проводили с использованием каждого из праймеров и хромосомной ДНК дикого типа Corynebacterium glutamicum в качестве матрицы [Sambrook et al., Molecular Cloning, a Laboratory Manual (1989), Cold Spring Harbor Laboratories].PCR was performed using each of the primers and wild-type Corynebacterium glutamicum chromosomal DNA as a template [Sambrook et al., Molecular Cloning, a Laboratory Manual (1989), Cold Spring Harbor Laboratories].
В этом случае PCR осуществляли в следующих условиях: денатурация при 95°С в течение 5 минут; 30 циклов денатурации при 94°С в течение 30 секунд, отжиг при 56°С в течение 30 секунд, и полимеризация при 72°С в течение 1 минуты; и затем полимеризация при 72°С в течение 7 минут.In this case, PCR was carried out under the following conditions: denaturation at 95°C for 5 minutes; 30 cycles of denaturation at 94°C for 30 seconds, annealing at 56°C for 30 seconds, and polymerization at 72°C for 1 minute; and then polymerization at 72°C for 7 minutes.
Затем продукт PCR, полученный при помощи вышеописанного процесса, и ранее полученный вектор pDZ-Pm-ramA обрабатывали ферментом рестрикции xbaI, а затем подвергали бесшовному клонированию. Бесшовное клонирование проводили с использованием набора In-Fusion® HD Cloning Kit (Clontech). E.coli DH5α трансформировали им и наносили на твердую среду LB, содержащую канамицин (25 мг/л). Колонии, трансформированные плазмидами, в которые был введен ген-мишень, отбирали при помощи PCR, и плазмиды получали путем экстракции и назвали, соответственно, pDZ-Pm1-ramA, pDZ-Pm2-ramA и pDZ-Pm3-ramA.Then, the PCR product obtained by the above process and the previously obtained vector pDZ-Pm-ramA were treated with the restriction enzyme xbaI, and then subjected to seamless cloning. Seamless cloning was performed using the In-Fusion® HD Cloning Kit (Clontech). E. coli DH5α was transformed with it and applied to solid LB medium containing kanamycin (25 mg/L). Colonies transformed with plasmids into which the target gene was introduced were selected by PCR, and the plasmids were obtained by extraction and named pDZ-Pm1-ramA, pDZ-Pm2-ramA and pDZ-Pm3-ramA, respectively.
Кроме того, отдельно, для того, чтобы заменить промотор ramA на Pcj7, представляющий собой более сильный промотор, синтезировали праймер 11 (SEQ ID NO: 19) - праймер 16 (SEQ ID NO: 24) в таблице 4, имеющие область для фермента рестрикции xbaI по 5'-концу и 3'-концу.In addition, separately, in order to replace the ramA promoter with Pcj7, which is a stronger promoter, primer 11 (SEQ ID NO: 19) - primer 16 (SEQ ID NO: 24) in Table 4, having a region for a restriction enzyme, was synthesized xbaI at the 5' end and 3' end.
Вектор pDZ-Pcj7-ramA конструировали тем же самым образом, как способ конструирования векторов в примере 3-1, описанном выше, с использованием пары праймеров в соответствии с SEQ ID NO: 19 и 20; пары праймеров в соответствии с SEQ ID NO: 21 и 22; и пары праймеров в соответствии с SEQ ID NO: 23 и 24.The pDZ-Pcj7-ramA vector was constructed in the same manner as the vector construction method in Example 3-1 described above, using a pair of primers according to SEQ ID NO: 19 and 20; primer pairs according to SEQ ID NO: 21 and 22; and primer pairs according to SEQ ID NO: 23 and 24.
Corynebacterium glutamicum KCCM11201P трансформировали векторами pDZ-Pm1-ramA, pDZ-Pm2-ramA, pDZ-Pm3-ramA и pDZ-Pcj7-ramA путем хромосомной гомологичной рекомбинации (van der Rest et al., Appl Microbiol Biotechnol 52:541-545, 1999). Штаммы, в хромосому которых был введен вектор путем гомологичной рекомбинации последовательности, отбирали в культуральной среде, содержащей канамицин (25 мг/л). Затем PCR проводили с использованием трансформантов Corynebacterium glutamicum, в которых вторичная рекомбинация была завершена с использованием SEQ ID NO: 9 и 10, и подтверждали штаммы, в которых промотор ramA был улучшен и заменен на промотор Pcj7.Corynebacterium glutamicum KCCM11201P was transformed with the vectors pDZ-Pm1-ramA, pDZ-Pm2-ramA, pDZ-Pm3-ramA and pDZ-Pcj7-ramA by chromosomal homologous recombination (van der Rest et al., Appl Microbiol Biotechnol 52:541-545, 1999 ). Strains in which the vector was introduced into the chromosome by homologous sequence recombination were selected in a culture medium containing kanamycin (25 mg/l). PCR was then performed using Corynebacterium glutamicum transformants in which secondary recombination was completed using SEQ ID NOs: 9 and 10, and strains in which the ramA promoter had been improved and replaced with the Pcj7 promoter were confirmed.
Среди рекомбинантных штаммов Corynebacterium glutamicum KCCM11201P-Pm1-ramA, KCCM11201P-Pm2-ramA и KCCM11201P-Pm3-ramA были названы, соответственно, CA08-1518, CA08-1519 и СА08-1520, и депонированы в Корейский Центр Культур Микроорганизмов (KCCM), признанный в качестве международного депозитария в соответствии с Будапештским договором о международном признании депонирования микроорганизмов для целей патентной процедуры 27 апреля 2020 года под номерами, соответственно, KCCM12704P, KCCM12705P и KCCM12706P.Among the recombinant Corynebacterium glutamicum strains, KCCM11201P-Pm1-ramA, KCCM11201P-Pm2-ramA and KCCM11201P-Pm3-ramA were named CA08-1518, CA08-1519 and CA08-1520, respectively, and deposited in the Korean Center for Culture of Microorganisms (KCCM), recognized as an international depositary in accordance with the Budapest Treaty for the International Recognition of the Deposit of Microorganisms for the Purposes of Patent Procedure on April 27, 2020 under the numbers KCCM12704P, KCCM12705P and KCCM12706P respectively.
Кроме того, штамм с заменой на промотор Pcj7, был назван KCCM11201P-Pcj7-ramA. Затем способность продуцировать валин оценивали тем же самым образом, как в примере 3-1 выше, и результаты представлены в таблице 5 ниже.In addition, the Pcj7 promoter replacement strain was named KCCM11201P-Pcj7-ramA. The ability to produce valine was then assessed in the same manner as in Example 3-1 above, and the results are presented in Table 5 below.
На основании результатов в таблице 5 подтвердили, что штаммы KCCM11201P-Pm1-ramA (СА08-1518), KCCM11201P-Pm2-ramA (СА08-1519) и KCCM11201P-Pm3-ramA (СА08-1520), включающие улучшенный промотор по сравнению с штаммом KCCM11201P, демонстрировали увеличение продукции L-валина приблизительно на 27%, 23% и 19%, соответственно, что было близким или больше чем способность штамма KCCM11201P-Pcj7-ramA продуцировать L-валин, у которого промотор был заменен на более сильный.Based on the results in Table 5, it was confirmed that strains KCCM11201P-Pm1-ramA (CA08-1518), KCCM11201P-Pm2-ramA (CA08-1519) and KCCM11201P-Pm3-ramA (CA08-1520), including an improved promoter compared to the strain KCCM11201P exhibited an increase in L-valine production of approximately 27%, 23%, and 19%, respectively, which was similar to or greater than the ability of strain KCCM11201P-Pcj7-ramA to produce L-valine in which the promoter was replaced with a stronger one.
Пример 3-3: Конструирование мутантного штамма Corynebacterium glutamicum CJ7V, в котором промотор гена ramA был улучшен и заменен, и оценка способности сконструированного штамма продуцировать L-валинExample 3-3: Construction of a mutant strain of Corynebacterium glutamicum CJ7V in which the promoter of the ramA gene was improved and replaced, and evaluation of the ability of the constructed strain to produce L-valine
Для того, чтобы идентифицировать, достигается ли эффект усиления способности продуцировать L-валин в других штаммах, продуцирующих L-валин, относящихся к Corynebacterium glutamicum, в дикий тип Corynebacterium glutamicum АТСС14067 вводили один тип модификации [ilvN(A42V); Biotechnology and Bioprocess Engineering, June 2014, Volume 19, Issue 3, pp 456-467] для получения штамма, обладающего усиленной способностью продуцировать L-валин.In order to identify whether the effect of enhancing the ability to produce L-valine is achieved in other L-valine-producing strains related to Corynebacterium glutamicum, one type of modification [ilvN(A42V); Biotechnology and Bioprocess Engineering, June 2014, Volume 19, Issue 3, pp 456-467] to obtain a strain with enhanced ability to produce L-valine.
В частности, геномную ДНК штамма дикого типа Corynebacterium glutamicum АТСС14067 экстрагировали с использованием набора G-spin Total DNA Extraction Mini Kit (Intron, номер по каталогу №17045) в соответствии с протоколами в наборе. PCR проводили с использованием геномной ДНК в качестве матрицы. Для того, чтобы сконструировать вектор для введения модификации A42V в ген ilvN, фрагменты А и В гена получали с использованием, соответственно, пары праймеров в соответствии с SEQ ID NO: 25 и 26; и пары праймеров в соответствии с SEQ ID NO: 27 и 28. PCR осуществляли в следующих условиях: денатурация при 94°С в течение 5 минут; 25 циклов денатурации при 94°С в течение 30 секунд, отжиг при 55°С в течение 30 секунд и полимеризация при 72°С в течение 60 секунд, и затем полимеризация при 72°С в течение 7 минут.Specifically, genomic DNA of the wild-type Corynebacterium glutamicum strain ATCC14067 was extracted using the G-spin Total DNA Extraction Mini Kit (Intron, catalog #17045) according to the protocols in the kit. PCR was performed using genomic DNA as a template. In order to construct a vector for introducing the A42V modification into the ilvN gene, fragments A and B of the gene were obtained using, respectively, a pair of primers in accordance with SEQ ID NO: 25 and 26; and primer pairs according to SEQ ID NO: 27 and 28. PCR was carried out under the following conditions: denaturation at 94°C for 5 minutes; 25 cycles of denaturation at 94°C for 30 seconds, annealing at 55°C for 30 seconds and polymerization at 72°C for 60 seconds, and then polymerization at 72°C for 7 minutes.
В результате получали фрагменты А и В полинуклеотида, оба из которых включали 537 п.о. Продукт PCR длиной 1044 п.о. (далее называемый как "фрагмент 2 с введенной модификацией") получали путем осуществления PCR с перекрывающимися праймерами с использованием двух фрагментов в качестве матриц в соответствии с SEQ ID NO: 25 и 26.The result was fragments A and B of the polynucleotide, both of which included 537 bp. PCR product 1044 bp long. (hereinafter referred to as “modified fragment 2”) was obtained by performing PCR with overlapping primers using the two fragments as templates according to SEQ ID NOs: 25 and 26.
После обработки полученного фрагмента 2 с введенной модификацией ферментом рестрикции XbaI (New England Biolabs, Beverly, MA) фрагмент 2 с введенной модификацией лигировали с вектором pDZ, обработанным тем же самым ферментом рестрикции, с использованием Т4 лигазы (New England Biolabs, Beverly, MA). После трансформации E.coli DH5α сконструированным геном трансформированные штаммы отбирали в среде LB, содержащей канамицин, и из нее получали ДНК с использованием набора DNA-spin plasmid DNA purification kit (iNtRON). Вектор, используемый для введения модификации A42V в ген ilvN, назвали pDZ-ilvN(A42V).After treating the resulting fragment 2 with the introduced modification with the restriction enzyme XbaI (New England Biolabs, Beverly, MA), fragment 2 with the introduced modification was ligated with the pDZ vector treated with the same restriction enzyme using T4 ligase (New England Biolabs, Beverly, MA) . After transformation of E. coli DH5α with the engineered gene, transformed strains were selected in LB medium containing kanamycin, and DNA was obtained from it using the DNA-spin plasmid DNA purification kit (iNtRON). The vector used to introduce the A42V modification into the ilvN gene was named pDZ-ilvN(A42V).
Затем Corynebacterium glutamicum АТСС14067 дикого типа трансформировали вектором pDZ-ilvN(A42V) путем хромосомной гомологичной рекомбинации (van der Rest et al., Appl Microbiol Biotechnol 52:541-545, 1999). Штаммы, в хромосому которых был введен вектор путем гомологичной рекомбинации, последовательности отбирали в культуральной среде, содержащей канамицин (25 мг/л). Затем фрагменты гена амплифицировали при помощи PCR, проводимой с трансформантами Corynebacterium glutamicum, в которых вторичная рекомбинация была завершена, с использованием SEQ ID NO: 25 и 26, и штаммы, в которые была введена модификация, подтверждали путем секвенирования гена. Рекомбинантный штамм назвали Corynebacterium glutamicum CJ7V.Wild-type Corynebacterium glutamicum ATCC14067 was then transformed with the vector pDZ-ilvN(A42V) by chromosomal homologous recombination (van der Rest et al., Appl Microbiol Biotechnol 52:541-545, 1999). Strains in which the vector was introduced into the chromosome by homologous recombination, the sequences were selected in a culture medium containing kanamycin (25 mg/l). The gene fragments were then amplified by PCR performed on Corynebacterium glutamicum transformants in which secondary recombination had been completed using SEQ ID NOs: 25 and 26, and the strains into which the modification had been introduced were confirmed by gene sequencing. The recombinant strain was named Corynebacterium glutamicum CJ7V.
Наконец, Corynebacterium glutamicum CJ7V трансформировали векторами тем же самым образом, как в примерах 3-1 и 3-2, и штаммы назвали, соответственно, Corynebacterium glutamicum CJ7V-Pm1-ramA, CJ7V-Pm2-ramA, CJ7V-Pm3-ramA и CJ7V-Pcj7-ramA. Для сравнения способности продуцировать L-валин сконструированными штаммами, их выращивали тем же самым образом, как в примере 3-1 выше, концентрации L-валина анализировали, и проанализированные концентрации L-валина представлены в таблице 7 ниже.Finally, Corynebacterium glutamicum CJ7V was transformed with vectors in the same manner as in Examples 3-1 and 3-2, and the strains were named Corynebacterium glutamicum CJ7V-Pm1-ramA, CJ7V-Pm2-ramA, CJ7V-Pm3-ramA, and CJ7V, respectively. -Pcj7-ramA. To compare the L-valine production ability of the engineered strains, they were grown in the same manner as in Example 3-1 above, the concentrations of L-valine were analyzed, and the analyzed concentrations of L-valine are presented in Table 7 below.
В соответствии с представленными в таблице 7 данными, подтвердили, что штаммы CJ7V-Pm1-ramA, CJ7V-Pm2-ramA и CJ7V-Pm3-ramA, включающие улучшенный промотор демонстрировали увеличение продукции L-валина, соответственно, приблизительно на 23%, 18% и 14%, что было близким или больше чем способность штамма CJ7V-Pcj7-ramA продуцировать L-валин, у которого промотор был заменен на более сильный.According to the data presented in Table 7, it was confirmed that strains CJ7V-Pm1-ramA, CJ7V-Pm2-ramA and CJ7V-Pm3-ramA, including an improved promoter, showed an increase in L-valine production by approximately 23%, 18%, respectively. and 14%, which was similar to or greater than the ability of strain CJ7V-Pcj7-ramA to produce L-valine, in which the promoter was replaced with a stronger one.
Пример 3-4: Конструирование мутантного штамма Corynebacterium glutamicum CJ8V, в котором промотор гена ramA улучшен и заменен, и оценка сконструированного штамма продуцировать L-валинExample 3-4: Construction of a mutant strain of Corynebacterium glutamicum CJ8V in which the promoter of the ramA gene is improved and replaced, and evaluation of the constructed strain to produce L-valine
Для того, чтобы идентифицировать, достигается ли эффект улучшения способности продуцировать L-валин для других штаммов, продуцирующих L-валин, относящихся к Corynebacterium glutamicum, в Corynebacterium glutamicum АТСС13869 дикого типа вводили один тип модификации [ilvN(A42V)] тем же самым образом, как в способе в соответствии с примером 3-3 получения штамма, обладающего способностью продуцировать L-валин, и рекомбинантный штамм назвали Corynebacterium glutamicum CJ8V.In order to identify whether the effect of improving the ability to produce L-valine was achieved by other L-valine-producing strains belonging to Corynebacterium glutamicum, one type of modification [ilvN(A42V)] was introduced into wild-type Corynebacterium glutamicum ATCC13869 in the same manner, as in the method according to Example 3-3 for obtaining a strain having the ability to produce L-valine, and the recombinant strain was named Corynebacterium glutamicum CJ8V.
Наконец, Corynebacterium glutamicum CJ8V трансформировали векторами тем же самым образом, как в способе в примерах 3-1 и 3-2, и штаммы назвали, соответственно, Corynebacterium glutamicum CJ8V-Pm1-ramA, CJ8V-Pm2-ramA, CJ8V-Pm3-ramA и CJ8V-Pcj7-ramA. Для сравнения способности продуцировать L-валин между сконструированными штаммами их выращивали тем же самым образом как в примере 3-1 выше, анализировали концентрации L-валина, и проанализированные концентрации L-валина представлены в таблице 8 ниже.Finally, Corynebacterium glutamicum CJ8V was transformed with vectors in the same way as in the method in Examples 3-1 and 3-2, and the strains were named Corynebacterium glutamicum CJ8V-Pm1-ramA, CJ8V-Pm2-ramA, CJ8V-Pm3-ramA, respectively and CJ8V-Pcj7-ramA. To compare the ability to produce L-valine between the engineered strains, they were grown in the same manner as in Example 3-1 above, the concentrations of L-valine were analyzed, and the analyzed concentrations of L-valine are presented in Table 8 below.
В соответствии с представленными в таблице 8 данными, подтвердили, что штаммы CJ8V-Pm1-ramA, CJ8V-Pm2-ramA и CJ8V-Pm3-ramA, включающие улучшенный промотор по сравнению с штаммом CJ8V, демонстрировали увеличение продукции L-валина, соответственно, приблизительно на 21%, 16% и 10%, что было близким или больше чем способность штамма CJ8V-Pcj7-ramA продуцировать L-валин, у которого промотор был заменен на более сильный.According to the data presented in Table 8, it was confirmed that strains CJ8V-Pm1-ramA, CJ8V-Pm2-ramA and CJ8V-Pm3-ramA, including an improved promoter compared to strain CJ8V, showed an increase in L-valine production, respectively, approximately by 21%, 16% and 10%, which was similar to or greater than the ability of the CJ8V-Pcj7-ramA strain to produce L-valine, in which the promoter was replaced with a stronger one.
Пример 4. Конструирование мутантного штамма Corynebacterium glutamicum KCCM11661P и KCCM11662P, продуцирующего L-лейцин, в который введена модификация промотора, и оценка способности продуцировать L-лейцинExample 4. Construction of mutant strains of Corynebacterium glutamicum KCCM11661P and KCCM11662P producing L-leucine, into which a modification of the promoter was introduced, and evaluation of the ability to produce L-leucine
Corynebacterium glutamicum KCCM11661P и KCCM11662P трансформировали векторами pDZ-Pm1-ramA, pDZ-Pm2-ramA, pDZ-Pm3-ramA и pDZ-Pcj7-ramA путем хромосомной гомологичной рекомбинации (van der Rest et al., Appl Microbiol Biotechnol 52:541 545, 1999). Штаммы, в хромосому которых был введен вектор путем гомологичной рекомбинации последовательности, отбирали в культуральной среде, содержащей канамицин (25 мг/л). Затем PCR проводили с трансформантами Corynebacterium glutamicum, в которых вторичная рекомбинация была завершена, с использованием SEQ ID NO: 9 и 10, и подтверждали штаммы, в которых промотор ramA был улучшен и заменен на Pcj7. Рекомбинантные штаммы назвали, соответственно, Corynebacterium glutamicum KCCM1166lP-Pm1-ramA, KCCM1166IP Pm2-ramA, K KCCM11661P-Pm3-ramA, KCCM1166lP-Pcj7-ramA и KCCM11662P-Pm1-ramA, KCCM11662P Pm2-ramA, K KCCM11662P-Pm3-ramA и KCCM11662P-Pcj7-ramA.Corynebacterium glutamicum KCCM11661P and KCCM11662P were transformed with the vectors pDZ-Pm1-ramA, pDZ-Pm2-ramA, pDZ-Pm3-ramA and pDZ-Pcj7-ramA by chromosomal homologous recombination (van der Rest et al., Appl Microbiol Biotechnol 52:541 545, 1999). Strains in which the vector was introduced into the chromosome by homologous sequence recombination were selected in a culture medium containing kanamycin (25 mg/l). PCR was then performed on Corynebacterium glutamicum transformants in which secondary recombination had been completed using SEQ ID NOs: 9 and 10, and strains in which the ramA promoter had been improved and replaced with Pcj7 were confirmed. The recombinant strains were named, respectively, Corynebacterium glutamicum KCCM1166lP-Pm1-ramA, KCCM1166IP Pm2-ramA, K KCCM11661P-Pm3-ramA, KCCM1166lP-Pcj7-ramA and KCCM11662P-Pm1-ramA, KCCM11662P Pm2-ramA, KCC M11662P-Pm3-ramA and KCCM11662P-Pcj7-ramA.
Сконструированные штаммы выращивали в соответствии со следующим способом и сравнивали способность продуцировать лейцин.The constructed strains were grown according to the following method and the ability to produce leucine was compared.
После субкультивирования каждого из штаммов в питательной среде каждый из штаммов инокулировали в колбу с угловыми перегородками объемом 250 мл, содержащую 25 мл продуцирующей среды, и выращивали при перемешивании при 30°С в течение 72 часов при 200 об./мин. Затем, концентрации L-лейцина анализировали с использованием HPLC, и проанализированные концентрации L-лейцина представлены в таблице 9 ниже.After subculturing each strain in a nutrient medium, each strain was inoculated into a 250 ml corner flask containing 25 ml of production medium and grown with stirring at 30°C for 72 hours at 200 rpm. Next, L-leucine concentrations were analyzed using HPLC, and the analyzed L-leucine concentrations are presented in Table 9 below.
<Питательная среда (рН 7,2)><Nutritional medium (pH 7.2)>
10 г глюкозы, 5 г мясного бульона, 10 г полипептона, 2,5 г хлорида натрия, 5 г дрожжевого экстракта, 20 г агара, 2 г мочевины (на основе 1 л дистиллированной воды)10 g glucose, 5 g meat broth, 10 g polypeptone, 2.5 g sodium chloride, 5 g yeast extract, 20 g agar, 2 g urea (based on 1 liter of distilled water)
<Продуцирующая среда (рН 7,0)><Producing medium (pH 7.0)>
50 г глюкозы, 20 г сульфата аммония, 20 г кукурузного экстракта, 1 г двухосновного фосфата калия, 0,5 г гептагидрата сульфата магния, 100 мкг биотина, 1 мг тиамина-HCl и 15 г карбоната кальция (на основе 1 л дистиллированной воды)50 g glucose, 20 g ammonium sulfate, 20 g corn extract, 1 g dibasic potassium phosphate, 0.5 g magnesium sulfate heptahydrate, 100 mcg biotin, 1 mg thiamine-HCl and 15 g calcium carbonate (based on 1 L distilled water)
В результате подтвердили, что штаммы KCCM1166lP-Pm1-ramA, KCCM11661P Pm2-ramA и KCCM11661P-Pm3-ramA, включающие улучшенный промотор, демонстрировали увеличение продукции L-лейцина, соответственно, на 11%, 7% и 11% по сравнению с штаммом KCCM11661P, что было близким или больше чем способность штамма KCCM1166lP-Pcj7-ramA продуцировать L-лейцин, у которого промотор был заменен на более сильный.The results confirmed that strains KCCM1166lP-Pm1-ramA, KCCM11661P Pm2-ramA and KCCM11661P-Pm3-ramA, including an improved promoter, showed an increase in L-leucine production, respectively, by 11%, 7% and 11% compared to strain KCCM11661P , which was similar to or greater than the ability of strain KCCM1166lP-Pcj7-ramA to produce L-leucine, in which the promoter was replaced with a stronger one.
Кроме того, подтвердили, что штаммы KCCM11662P-Pm1-ramA, KCCM11662P Pm2-ramA и KCCM11662P-Pm3-ramA, включающие улучшенный штамм, демонстрировали увеличение продукции L-лейцина, соответственно, на 10%, 6% и 10% по сравнению с штаммом KCCM11662P, что было близким или больше чем способность штамма KCCM11662P-Pcj7-ramA продуцировать L-лейцин, у которого промотор был заменен на более сильный.In addition, it was confirmed that strains KCCM11662P-Pm1-ramA, KCCM11662P Pm2-ramA and KCCM11662P-Pm3-ramA, including the improved strain, showed an increase in L-leucine production, respectively, by 10%, 6% and 10% compared to the strain KCCM11662P, which was similar to or greater than the ability of strain KCCM11662P-Pcj7-ramA to produce L-leucine, in which the promoter was replaced with a stronger one.
Пример 5. Конструирование мутантного штамма Corynebacterium glutamicum KCCM11248P, продуцирующего L-изолейцин, в котором промотор гена ramA улучшен и заменен, и оценка способности продуцировать L-изолейцинExample 5: Construction of the L-isoleucine-producing mutant strain Corynebacterium glutamicum KCCM11248P, in which the ramA gene promoter is improved and replaced, and evaluation of the ability to produce L-isoleucine
Для того, чтобы идентифицировать, достигается ли эффект, улучшающий способность продуцировать L-изолейцин, в других штаммах, продуцирующих L-изолейцин, относящихся к Corynebacterium glutamicum, штамм Corynebacterium glutamicum KCCM11248P, продуцирующий L-изолейцин, трансформировали векторами тем же самым образом, как в примерах 3-1 и 3-2 выше, и трансформированные штаммы назвали, соответственно, Corynebacterium glutamicum KCCM11248P-Pm-ramA, KCCM11248P-Pm1-ramA, KCCM11248P-Pm2-ramA, KCCM11248P-Pm3-ramA и KCCM11248P-Pcj7-ramA. Штаммы KCCM11248P-Pm-ramA, KCCM11248P-Pm1-ramA, KCCM11248P-Pm2-ramA, KCCM11248P-Pm3-ramA и KCCM11248P-Pcj7-ramA выращивали в соответствии со следующим способом, и оценивали способность продуцировать изолейцин.In order to identify whether the L-isoleucine-producing ability-improving effect is achieved in other L-isoleucine-producing strains related to Corynebacterium glutamicum, the L-isoleucine-producing Corynebacterium glutamicum strain KCCM11248P was transformed with vectors in the same manner as in Examples 3-1 and 3-2 above, and the transformed strains were named Corynebacterium glutamicum KCCM11248P-Pm-ramA, KCCM11248P-Pm1-ramA, KCCM11248P-Pm2-ramA, KCCM11248P-Pm3-ramA and KCCM11248P-Pcj7-ramA, respectively. Strains KCCM11248P-Pm-ramA, KCCM11248P-Pm1-ramA, KCCM11248P-Pm2-ramA, KCCM11248P-Pm3-ramA and KCCM11248P-Pcj7-ramA were grown according to the following method, and the ability to produce isoleucine was assessed.
Каждый из штаммов инокулировали в колбу с угловыми перегородками объемом 250 мл, содержащую 25 мл среды для посева, и выращивали при перемешивании при 30°С в течение 20 часов при 200 об./мин. Затем 1 мл среды для посева инокулировали в колбу с угловыми перегородками объемом 250 мл, содержащую 24 мл продуцирующей среды и выращивали при перемешивании при 30°С в течение 48 часов при 200 об./мин. Композиции среды для посева и продуцирующей среды являются следующими.Each strain was inoculated into a 250 ml corner flask containing 25 ml of inoculation medium and grown with stirring at 30°C for 20 hours at 200 rpm. Then, 1 ml of inoculation medium was inoculated into a 250 ml corner flask containing 24 ml of production medium and grown with stirring at 30°C for 48 hours at 200 rpm. The compositions of the inoculation medium and production medium are as follows.
<Среда для посева (рН 7,0)><Inoculation medium (pH 7.0)>
20 г глюкозы, 10 г пептона, 5 г дрожжевого экстракта, 1,5 г мочевины, 4 г KH2PO4, 8 г K2HPO4, 0,5 г MgSO4⋅7H2O, 100 мкг биотина, 1000 мкг тиамина HCl, 2000 мкг пантотената кальция и 2000 мкг никотинамида (на основе 1 л дистиллированной воды)20 g glucose, 10 g peptone, 5 g yeast extract, 1.5 g urea, 4 g KH2PO4, 8 g K2HPO4, 0.5 g MgSO4⋅7H2O, 100 µg biotin, 1000 µg thiamine HCl, 2000 µg calcium pantothenate and 2000 mcg nicotinamide (based on 1 liter of distilled water)
<Продуцирующая среда (рН 7,0)><Producing medium (pH 7.0)>
50 г глюкозы, 12,5 г (NH4)2SO4, 2,5 г соевого белка, 5 г кукурузного экстракта, 3 г мочевины, 1 г KH2PO4, 0,5 г MgSO4⋅7H2O, 100 мкг биотина, 1000 мкг тиамина HCl, 2000 мкг пантотената кальция, 3000 мкг никотинамида, 30 г СаСО3 (на основе 1 л дистиллированной воды)50 g glucose, 12.5 g (NH4)2SO4, 2.5 g soy protein, 5 g corn extract, 3 g urea, 1 g KH2PO4, 0.5 g MgSO4⋅7H2O, 100 µg biotin, 1000 µg thiamine HCl, 2000 mcg calcium pantothenate, 3000 mcg nicotinamide, 30 g CaCO3 (based on 1 liter of distilled water)
После завершения выращивания концентрации L-изолейцина измеряли при помощи HPLC, измеренные концентрации L-изолейцина представлены в таблице 10 ниже.After completion of cultivation, L-isoleucine concentrations were measured using HPLC, the measured L-isoleucine concentrations are presented in Table 10 below.
В результате подтвердили, что штаммы KCCM11248P-Pm1-ramA, KCCM11248P-Pm2-ramA и KCCM11248P-Pm3-ramA, включающие улучшенный промотор, демонстрировали увеличение продукции L-изолейцина, соответственно, на 39%, 32% и 18%, по сравнению с штаммом KCCM11248P, что было близким или больше чем способность штамма KCCM11248P-Pcj7-ramA продуцировать L-изолейцин, у которого промотор был заменен на более сильный.The results confirmed that strains KCCM11248P-Pm1-ramA, KCCM11248P-Pm2-ramA and KCCM11248P-Pm3-ramA, including an improved promoter, showed an increase in L-isoleucine production, respectively, by 39%, 32% and 18%, compared with strain KCCM11248P, which was similar to or greater than the ability of strain KCCM11248P-Pcj7-ramA to produce L-isoleucine, in which the promoter was replaced with a stronger one.
Вышеприведенное описание настоящего изобретения предложено для иллюстрации, и специалистам в данной области техники должно быть понятно, что различные изменения и модификации могут быть реализованы без изменения технической концепции и основных признаков в соответствии с описанием настоящего изобретения. Таким образом, ясно, что вышеописанные воплощения являются иллюстративными во всех аспектах, а не ограничивают описание настоящего изобретения. Таким образом, объем описания определен не подробным описанием, а формулой изобретения и ее эквивалентами, и все изменения в объеме формулы изобретения и ее эквивалентах следует рассматривать как включенные в данное описание.The above description of the present invention is offered for illustration purposes, and it will be understood by those skilled in the art that various changes and modifications can be made without changing the technical concept and essential features in accordance with the description of the present invention. Thus, it is clear that the above-described embodiments are illustrative in all aspects and are not limiting of the description of the present invention. Thus, the scope of the specification is determined not by the detailed description, but by the claims and their equivalents, and all changes to the scope of the claims and their equivalents are to be considered as included in this specification.
--->--->
ПЕРЕЧЕНЬ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЕЙLIST OF SEQUENCES
<110> CJ CheilJedang Corporation<110> CJ CheilJedang Corporation
<120> МИКРООРГАНИЗМ, ОБЛАДАЮЩИЙ УСИЛЕННОЙ СПОСОБНОСТЬЮ <120> MICROORGANISM WITH INCREASED ABILITY
ПРОДУЦИРОВАТЬ L-АМИНОКИСЛОТУ С РАЗВЕТВЛЕННОЙ ЦЕПЬЮ, И СПОСОБ TO PRODUCE BRANCH CHAIN L-AMINO ACID AND METHOD
ПОЛУЧЕНИЯ L-АМИНОКИСЛОТЫ С РАЗВЕТВЛЕННОЙ ЦЕПЬЮ С ЕГО ИСПОЛЬЗОВАНИЕМPRODUCTION OF BRANCH CHAIN L-AMINO ACID USING IT
<130> OPA21067-PCT<130>OPA21067-PCT
<150> KR 10-2020-0061175<150> KR 10-2020-0061175
<151> 2020-05-21<151> 2020-05-21
<160> 28<160> 28
<170> KoPatentIn 3.0<170> KoPatentIn 3.0
<210> 1<210> 1
<211> 55<211> 55
<212> ДНК<212> DNA
<213> Искусственная последовательность<213> Artificial sequence
<220><220>
<223> промотор гена RamA<223> RamA gene promoter
<400> 1<400> 1
gcgatccgcc tcgactatgt tcacccccaa aggggaagta cactgtaccc ttgtc gcgatccgcc tcgactatgt tcacccccaa aggggaagta cactgtaccc ttgtc
55 55
<210> 2<210> 2
<211> 125<211> 125
<212> ДНК<212> DNA
<213> Искусственная последовательность<213> Artificial sequence
<220><220>
<223> вариант промотора гена RamA<223> RamA gene promoter variant
<400> 2<400> 2
gcgatccgcc tcgactatgt tcacccccaa aggggaagta taatgtaccc ttgtcgaatg gcgatccgcc tcgactatgt tcacccccaa aggggaagta taatgtaccc ttgtcgaatg
60 60
attgttactc gtgacgcgcc ctatgggtgt accagcacgg gtgtaaagca ggaggaaatc attgttactc gtgacgcgcc ctatgggtgt accagcacgg gtgtaaagca gggaggaaatc
120 120
tgaag tgaag
125 125
<210> 3<210> 3
<211> 55<211> 55
<212> ДНК<212> DNA
<213> Искусственная последовательность<213> Artificial sequence
<220><220>
<223> вариант промотора гена RamA Pm1<223> RamA Pm1 gene promoter variant
<400> 3<400> 3
gcgatccgcc tcgactatgt tcacccccaa aggtgtggta taatggaccc ttgtc gcgatccgcc tcgactatgt tcacccccaa aggtgtggta taatggaccc ttgtc
55 55
<210> 4<210> 4
<211> 55<211> 55
<212> ДНК<212> DNA
<213> Искусственная последовательность<213> Artificial sequence
<220><220>
<223> вариант промотора гена RamA Pm2<223> RamA Pm2 gene promoter variant
<400> 4<400> 4
gcgatccgcc tcgactatgt tcacccccaa aggggaagta taatggaccc ttgtc gcgatccgcc tcgactatgt tcacccccaa aggggaagta taatggaccc ttgtc
55 55
<210> 5<210> 5
<211> 55<211> 55
<212> ДНК<212> DNA
<213> Искусственная последовательность<213> Artificial sequence
<220><220>
<223> вариант промотора гена RamA Pm3<223> RamA Pm3 gene promoter variant
<400> 5<400> 5
gcgatccgcc tcgactatgt tcacccccaa aggtgtggta cactggaccc ttgtc gcgatccgcc tcgactatgt tcacccccaa aggtgtggta cactggaccc ttgtc
55 55
<210> 6<210> 6
<211> 512<211> 512
<212> ДНК<212> DNA
<213> Искусственная последовательность<213> Artificial sequence
<220><220>
<223> вариант промотора гена RamA Pcj7<223> RamA Pcj7 gene promoter variant
<400> 6<400> 6
gcgatccgcc tcgactatgt tcacccccaa aggggaagta cactgtaccc ttgtcgaatg gcgatccgcc tcgactatgt tcacccccaa aggggaagta cactgtaccc ttgtcgaatg
60 60
attgttactc gtgacgcgcc ctatgggtgt accagcacgg gtgtaaagca ggaggaaatc attgttactc gtgacgcgcc ctatgggtgt accagcacgg gtgtaaagca gggaggaaatc
120 120
tgaaggtacc gccggcatag cctaccgatg tagattccac cccatctgtc tcccagtaca tgaaggtacc gccggcatag cctaccgatg tagattccac cccatctgtc tcccagtaca
180 180
ttttttcatg accccagaaa catcccagcg ctactaatag ggagcgttga ccttccttcc ttttttcatg accccagaaa catcccagcg ctactaatag ggagcgttga ccttccttcc
240 240
acggaccggt aatcggagtg cctaaaaccg catgcggctt aggctccaag ataggttctg acggaccggt aatcggagtg cctaaaaccg catgcggctt aggctccaag ataggttctg
300 300
cgcggccggg taatgcatct tctttagcaa caagttgagg ggtaggtgca aataagaacg cgcggccggg taatgcatct tctttagcaa caagttgagg ggtaggtgca aataagaacg
360 360
acatagaaat cgtctccttt ctgtttttaa tcaacataca ccaccaccta aaaattcccc acatagaaat cgtctccttt ctgtttttaa tcaacataca ccaccaccta aaaattcccc
420 420
gaccagcaag ttcacagtat tcgggcacaa tatcgttgcc aaaatattgt ttcggaatat gaccagcaag ttcacagtat tcgggcacaa tatcgttgcc aaaatattgt ttcggaatat
480 480
catgggatac gtacccaacg aaaggaaaca ct catgggatac gtacccaacg aaaggaaaca ct
512 512
<210> 7<210> 7
<211> 846<211> 846
<212> ДНК<212> DNA
<213> Искусственная последовательность<213> Artificial sequence
<220><220>
<223> ген RamA ATCC14067<223> RamA gene ATCC14067
<400> 7<400> 7
gtggataccc agcggattaa agatgacgaa gatgctattc gttcggcgct gacatcgctg gtggataccc agcggattaa agatgacgaa gatgctattc gttcggcgct gacatcgctg
60 60
aaaaccgcaa caggcatccc agtcaccatg ttcgccactg tgttgcagga caatcgcctg aaaaccgcaa caggcatccc agtcaccatg ttcgccactg tgttgcagga caatcgcctg
120 120
caaattactc agtgggttgg gttgcgtacc ccggctctgc agaatctggt cattgaacca caaattactc agtgggttgg gttgcgtacc ccggctctgc agaatctggt cattgaacca
180 180
ggtgtgggcg ttggtggacg cgtcgtcgca acccgtcgtc cggttggtgt gagtgattac ggtgtgggcg ttggtggacg cgtcgtcgca acccgtcgtc cggttggtgt gagtgattac
240 240
accagggcaa atgtcatttc acatgagaag gattccgcga ttcaggatga gggccttcat accagggcaa atgtcatttc acatgagaag gattccgcga ttcaggatga gggccttcat
300 300
tccattgtcg cagttcccgt gatcgtgcac cgcgaaatcc gtggcgtttt gtatgttggc tccattgtcg cagttcccgt gatcgtgcac cgcgaaatcc gtggcgtttt gtatgttggc
360 360
gttcactctg cggtgcgtct cggcgacact gttattgaag aagtcaccat gactgcgcgc gttcactctg cggtgcgtct cggcgacact gttattgaag aagtcaccat gactgcgcgc
420 420
acgttggaac aaaacctggc gatcaactcc gcgcttcgcc gcaatggcgt tcctgatggt acgttggaac aaaacctggc gatcaactcc gcgcttcgcc gcaatggcgt tcctgatggt
480 480
cgcggttccc tcaaagctag ccgcgtgatg aatggggcgg agtgggagca ggttcgttcc cgcggttccc tcaaagctag ccgcgtgatg aatggggcgg agtgggagca ggttcgttcc
540 540
actcattcca agctgcgcat gctggcaaat cgtgtgaccg atgaggatct gcgccgcgat actcattcca agctgcgcat gctggcaaat cgtgtgaccg atgaggatct gcgccgcgat
600 600
ttggaagagc tttgcgatca gatggtcacc ccagtccgca tcaagcagac caccaagctg ttggaagagc tttgcgatca gatggtcacc ccagtccgca tcaagcagac caccaagctg
660 660
tccgcgcgtg agttggacgt gctggcttgt gtcgcgctcg gtcacaccaa cgtcgaagct tccgcgcgtg agttggacgt gctggcttgt gtcgcgctcg gtcacaccaa cgtcgaagct
720 720
gctgaagaga tgggcatcgg cgcggaaacc gtcaagagct acctgcgctc ggtcatgcgc gctgaagaga tgggcatcgg cgcggaaacc gtcaagagct acctgcgctc ggtcatgcgc
780 780
aagctcggcg cccacacgcg ctacgaggca gtcaacgcag cacgccggat cggcgcactg aagctcggcg cccacacgcg ctacgaggca gtcaacgcag cacgccggat cggcgcactg
840 840
ccttaa ccttaa
846 846
<210> 8<210> 8
<211> 281<211> 281
<212> PRT<212>PRT
<213> Искусственная последовательность<213> Artificial sequence
<220><220>
<223> ген RamA ATCC14067 a.a.<223> RamA gene ATCC14067 a.a.
<400> 8<400> 8
Met Asp Thr Gln Arg Ile Lys Asp Asp Glu Asp Ala Ile Arg Ser AlaMet Asp Thr Gln Arg Ile Lys Asp Asp Glu Asp Ala Ile Arg Ser Ala
1 5 10 15 1 5 10 15
Leu Thr Ser Leu Lys Thr Ala Thr Gly Ile Pro Val Thr Met Phe AlaLeu Thr Ser Leu Lys Thr Ala Thr Gly Ile Pro Val Thr Met Phe Ala
20 25 30 20 25 30
Thr Val Leu Gln Asp Asn Arg Leu Gln Ile Thr Gln Trp Val Gly LeuThr Val Leu Gln Asp Asn Arg Leu Gln Ile Thr Gln Trp Val Gly Leu
35 40 45 35 40 45
Arg Thr Pro Ala Leu Gln Asn Leu Val Ile Glu Pro Gly Val Gly ValArg Thr Pro Ala Leu Gln Asn Leu Val Ile Glu Pro Gly Val Gly Val
50 55 60 50 55 60
Gly Gly Arg Val Val Ala Thr Arg Arg Pro Val Gly Val Ser Asp TyrGly Gly Arg Val Val Ala Thr Arg Arg Pro Val Gly Val Ser Asp Tyr
65 70 75 80 65 70 75 80
Thr Arg Ala Asn Val Ile Ser His Glu Lys Asp Ser Ala Ile Gln AspThr Arg Ala Asn Val Ile Ser His Glu Lys Asp Ser Ala Ile Gln Asp
85 90 95 85 90 95
Glu Gly Leu His Ser Ile Val Ala Val Pro Val Ile Val His Arg GluGlu Gly Leu His Ser Ile Val Ala Val Pro Val Ile Val His Arg Glu
100 105 110 100 105 110
Ile Arg Gly Val Leu Tyr Val Gly Val His Ser Ala Val Arg Leu GlyIle Arg Gly Val Leu Tyr Val Gly Val His Ser Ala Val Arg Leu Gly
115 120 125 115 120 125
Asp Thr Val Ile Glu Glu Val Thr Met Thr Ala Arg Thr Leu Glu GlnAsp Thr Val Ile Glu Glu Val Thr Met Thr Ala Arg Thr Leu Glu Gln
130 135 140 130 135 140
Asn Leu Ala Ile Asn Ser Ala Leu Arg Arg Asn Gly Val Pro Asp GlyAsn Leu Ala Ile Asn Ser Ala Leu Arg Arg Asn Gly Val Pro Asp Gly
145 150 155 160145 150 155 160
Arg Gly Ser Leu Lys Ala Ser Arg Val Met Asn Gly Ala Glu Trp GluArg Gly Ser Leu Lys Ala Ser Arg Val Met Asn Gly Ala Glu Trp Glu
165 170 175 165 170 175
Gln Val Arg Ser Thr His Ser Lys Leu Arg Met Leu Ala Asn Arg ValGln Val Arg Ser Thr His Ser Lys Leu Arg Met Leu Ala Asn Arg Val
180 185 190 180 185 190
Thr Asp Glu Asp Leu Arg Arg Asp Leu Glu Glu Leu Cys Asp Gln MetThr Asp Glu Asp Leu Arg Arg Asp Leu Glu Glu Leu Cys Asp Gln Met
195 200 205 195 200 205
Val Thr Pro Val Arg Ile Lys Gln Thr Thr Lys Leu Ser Ala Arg GluVal Thr Pro Val Arg Ile Lys Gln Thr Thr Lys Leu Ser Ala Arg Glu
210 215 220 210 215 220
Leu Asp Val Leu Ala Cys Val Ala Leu Gly His Thr Asn Val Glu AlaLeu Asp Val Leu Ala Cys Val Ala Leu Gly His Thr Asn Val Glu Ala
225 230 235 240225 230 235 240
Ala Glu Glu Met Gly Ile Gly Ala Glu Thr Val Lys Ser Tyr Leu ArgAla Glu Glu Met Gly Ile Gly Ala Glu Thr Val Lys Ser Tyr Leu Arg
245 250 255 245 250 255
Ser Val Met Arg Lys Leu Gly Ala His Thr Arg Tyr Glu Ala Val AsnSer Val Met Arg Lys Leu Gly Ala His Thr Arg Tyr Glu Ala Val Asn
260 265 270 260 265 270
Ala Ala Arg Arg Ile Gly Ala Leu ProAla Ala Arg Arg Ile Gly Ala Leu Pro
275 280 275 280
<210> 9<210> 9
<211> 33<211> 33
<212> ДНК<212> DNA
<213> Искусственная последовательность<213> Artificial sequence
<220><220>
<223> праймер<223> primer
<400> 9<400> 9
gctctagata ggccggttcg gactcgccct gcc gctctagata ggccggttcg gactcgccct gcc
33 33
<210> 10<210> 10
<211> 33<211> 33
<212> ДНК<212> DNA
<213> Искусственная последовательность<213> Artificial sequence
<220><220>
<223> праймер<223> primer
<400> 10<400> 10
gctctagaaa cgtgcgcgca gtcatggtga ctt gctctagaaa cgtgcgcgca gtcatggtga ctt
33 33
<210> 11<210> 11
<211> 50<211> 50
<212> ДНК<212> DNA
<213> Искусственная последовательность<213> Artificial sequence
<220><220>
<223> праймер<223> primer
<400> 11<400> 11
gctcggtacc cggggatcct ctagataggc cggttcggac tcgccctgcc gctcggtacc cggggatcct ctagataggc cggttcggac tcgccctgcc
50 50
<210> 12<210> 12
<211> 50<211> 50
<212> ДНК<212> DNA
<213> Искусственная последовательность<213> Artificial sequence
<220><220>
<223> праймер<223> primer
<400> 12<400> 12
ttacgccaag cttgcatgct ctagaaacgt gcgcgcagtc atggtgactt ttacgccaag cttgcatgct ctagaaacgt gcgcgcagtc atggtgactt
50 50
<210> 13<210> 13
<211> 34<211> 34
<212> ДНК<212> DNA
<213> Искусственная последовательность<213> Artificial sequence
<220><220>
<223> праймер<223> primer
<400> 13<400> 13
cgacaagggt ccattatacc acacctttgg gggt cgacaagggt ccattatacc acacctttgg gggt
34 34
<210> 14<210> 14
<211> 34<211> 34
<212> ДНК<212> DNA
<213> Искусственная последовательность<213> Artificial sequence
<220><220>
<223> праймер<223> primer
<400> 14<400> 14
acccccaaag gtgtggtata atggaccctt gtcg acccccaaag gtgtggtata atggaccctt gtcg
34 34
<210> 15<210> 15
<211> 29<211> 29
<212> ДНК<212> DNA
<213> Искусственная последовательность<213> Artificial sequence
<220><220>
<223> праймер<223> primer
<400> 15<400> 15
tcgacaaggg tacattatac ttccccttt tcgacaaggg tcatattatac ttccccttt
29 29
<210> 16<210> 16
<211> 29<211> 29
<212> ДНК<212> DNA
<213> Искусственная последовательность<213> Artificial sequence
<220><220>
<223> праймер<223> primer
<400> 16<400> 16
aaaggggaag tataatgtac ccttgtcga aaaggggaag tataatgtac ccttgtcga
29 29
<210> 17<210> 17
<211> 30<211> 30
<212> ДНК<212> DNA
<213> Искусственная последовательность<213> Artificial sequence
<220><220>
<223> праймер<223> primer
<400> 17<400> 17
aagggtacag tgtaccacac ctttgggggt aagggtacag tgtaccacac ctttgggggt
30 thirty
<210> 18<210> 18
<211> 30<211> 30
<212> ДНК<212> DNA
<213> Искусственная последовательность<213> Artificial sequence
<220><220>
<223> праймер<223> primer
<400> 18<400> 18
acccccaaag gtgtggtaca ctgtaccctt acccccaaag gtgtggtaca ctgtaccctt
30 thirty
<210> 19<210> 19
<211> 50<211> 50
<212> ДНК<212> DNA
<213> Искусственная последовательность<213> Artificial sequence
<220><220>
<223> праймер<223> primer
<400> 19<400> 19
attcgagctc ggtacccggt ctagatcaag aaactgcagg tgtgtaccga attcgagctc ggtacccggt ctagatcaag aaactgcagg tgtgtaccga
50 50
<210> 20<210> 20
<211> 50<211> 50
<212> ДНК<212> DNA
<213> Искусственная последовательность<213> Artificial sequence
<220><220>
<223> праймер<223> primer
<400> 20<400> 20
catcggtagg ctatgccggc ggtaccttca gatttcctcc tgctttacac catcggtagg ctatgccggc ggtaccttca gatttcctcc tgctttacac
50 50
<210> 21<210> 21
<211> 25<211> 25
<212> ДНК<212> DNA
<213> Искусственная последовательность<213> Artificial sequence
<220><220>
<223> праймер<223> primer
<400> 21<400> 21
gtaccgccgg catagcctac cgatg gtaccgccgg catagcctac cgatg
25 25
<210> 22<210> 22
<211> 25<211> 25
<212> ДНК<212> DNA
<213> Искусственная последовательность<213> Artificial sequence
<220><220>
<223> праймер<223> primer
<400> 22<400> 22
agtgtttcct ttcgttgggt acgta agtgtttcct ttcgttgggt acgta
25 25
<210> 23<210> 23
<211> 50<211> 50
<212> ДНК<212> DNA
<213> Искусственная последовательность<213> Artificial sequence
<220><220>
<223> праймер<223> primer
<400> 23<400> 23
tacgtaccca acgaaaggaa acactgtgga tacccagcgg attaaagatg tacgtaccca acgaaaggaa acactgtgga tacccagcgg attaaagatg
50 50
<210> 24<210> 24
<211> 50<211> 50
<212> ДНК<212> DNA
<213> Искусственная последовательность<213> Artificial sequence
<220><220>
<223> праймер<223> primer
<400> 24<400> 24
tgcatgcctg caggtcgact ctagaatcgc ggcgcagatc ctcatcggtc tgcatgcctg caggtcgact ctagaatcgc ggcgcagatc ctcatcggtc
50 50
<210> 25<210> 25
<211> 32<211> 32
<212> ДНК<212> DNA
<213> Искусственная последовательность<213> Artificial sequence
<220><220>
<223> праймер<223> primer
<400> 25<400> 25
aatttctaga ggcagaccct attctatgaa gg aatttctaga ggcagaccct attctatgaa gg
32 32
<210> 26<210> 26
<211> 30<211> 30
<212> ДНК<212> DNA
<213> Искусственная последовательность<213> Artificial sequence
<220><220>
<223> праймер<223> primer
<400> 26<400> 26
agtgtttcgg tctttacaga cacgagggac agtgtttcgg tctttacaga cacgagggac
30 thirty
<210> 27<210> 27
<211> 30<211> 30
<212> ДНК<212> DNA
<213> Искусственная последовательность<213> Artificial sequence
<220><220>
<223> праймер<223> primer
<400> 27<400> 27
gtccctcgtg tctgtaaaga ccgaaacact gtccctcgtg tctgtaaaga ccgaaacact
30 thirty
<210> 28<210> 28
<211> 32<211> 32
<212> ДНК<212> DNA
<213> Искусственная последовательность<213> Artificial sequence
<220><220>
<223> праймер<223> primer
<400> 28<400> 28
aatttctaga cgtgggagtg tcactcgctt gg aatttctaga cgtgggagtg tcactcgctt gg
32 32
<---<---
Claims (8)
Applications Claiming Priority (2)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
KR0-202-0061175 | 2020-05-21 | ||
KR10-2020-0061175 | 2020-05-21 |
Related Parent Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
RU2022119866A Division RU2819442C1 (en) | 2020-05-21 | 2021-05-20 | Microorganism having enhanced ability to produce l-amino acid with branched chain, and method of producing l-amino acid with branched chain using same |
Publications (2)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
RU2023111140A RU2023111140A (en) | 2023-06-30 |
RU2817768C2 true RU2817768C2 (en) | 2024-04-22 |
Family
ID=
Citations (2)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
RU2692646C2 (en) * | 2015-01-29 | 2019-06-25 | Сиджей Чейлджеданг Корп. | Novel promoter and methods of its use |
CN110885364A (en) * | 2019-12-26 | 2020-03-17 | 江南大学 | RamA transcription factor mutant for promoting production of N-acetylglucosamine and application thereof |
Patent Citations (2)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
RU2692646C2 (en) * | 2015-01-29 | 2019-06-25 | Сиджей Чейлджеданг Корп. | Novel promoter and methods of its use |
CN110885364A (en) * | 2019-12-26 | 2020-03-17 | 江南大学 | RamA transcription factor mutant for promoting production of N-acetylglucosamine and application thereof |
Non-Patent Citations (2)
Title |
---|
Corynebacterium glutamicum SCgG1, complete genome. Найдено онлайн: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nucleotide/CP004047.1?report=genbank&log$=nuclalign&blast_rank=38&RID=JFCNAUHN013 Дата обращения 12.10.2023. ZHANG H. ET AL. Understanding the high L-valine production in Corynebacterium glutamicum VWB-1 using transcriptomics and proteomics. Sci Rep 8, 3632 (2018). https://doi.org/10.1038/s41598-018-21926-5 Найдено онлайн: https://www.nature.com/articles/s41598-018-21926-5 Дата обращения 12.10.2023. TOYODA K. ET AL. Involvement of regulatory interactions among global regulators GlxR, SugR, and RamA in expression of ramA in Corynebacterium glutamicum. J Bacteriol. 2013 Apr;195(8):1718-26. doi: 10.1128/JB.00016-13. Найдено онлайн: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3624568/pdf/zjb1718.pdf Дата обращения 12.10.2023. * |
GenBank: * |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
JP6998466B2 (en) | Mutant polypeptide with weakened citrate synthase activity and L-amino acid production method using it | |
RU2681475C1 (en) | Gluconate repressor variant, l-lysine microorganism-producer therewith and method for obtaining l-lysine based thereon | |
RU2736372C1 (en) | Variant of phosphoribosyl pyrophosphate amidotransferase and method of producing purine nucleotide using it | |
JP2023110008A (en) | Modified polypeptide of glutamine synthetase and method of producing l-glutamine using the same | |
WO2022017223A1 (en) | Mutant of pyruvate carboxylase gene promoter and use thereof | |
RU2747494C1 (en) | New o-succinyl homoserine transferase mutant and method for synthesis of o-succinyl homoserine using said mutant | |
RU2817768C2 (en) | Microorganism having enhanced ability to produce l-amino acid with branched chain, and method of producing l-amino acid with branched chain using same | |
RU2819442C1 (en) | Microorganism having enhanced ability to produce l-amino acid with branched chain, and method of producing l-amino acid with branched chain using same | |
CN115500080A (en) | Novel bifunctional methylenetetrahydrofolate dehydrogenase/methylenetetrahydrofolate cyclohydrolase variants and methods of producing XMP or GMP using the same | |
CN115552000A (en) | Novel bifunctional PYR operon transcription regulator/uracil phosphoribosyl transferase variant and method for producing IMP using the same | |
RU2787592C1 (en) | New promoter and application thereof | |
RU2787780C1 (en) | New promoter and application thereof | |
RU2795162C1 (en) | New option of the transcription regulator whca of the whib family and a method for producing l-valine using it | |
RU2792640C1 (en) | New variant of glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase and method for obtaining l-valine with its use | |
RU2794484C1 (en) | New option of dahp synthases and a method for obtaining l-lysine with its use | |
RU2792638C1 (en) | New variant of branch-chain amino acid permease and method for producing l-valine with its use | |
RU2793429C1 (en) | New variant of dihydrolipoamidacetiltransferase and a method for obtaining l-valine with its use | |
RU2819925C1 (en) | Novel version of bifunctional transcriptional regulator of pyr/uracil phosphoribosyltransferase operon and method for producing imp | |
RU2793368C1 (en) | New version of the transcription regulator and a method for obtaining l-valine with its use | |
RU2817900C1 (en) | Novel version of adenine phosphoribosyltransferase and method of producing imp | |
RU2793435C1 (en) | New variant of the membrane protein terc and a method for obtaining l-lysine using it | |
RU2814546C2 (en) | Method of producing sulphur-containing amino acid or derivative thereof | |
RU2796590C1 (en) | New variant of the sugar porters mfs family transporter and a method for obtaining l-valine with its use | |
RU2794279C1 (en) | New variant of 2-isopropylmalate synthase and a method for obtaining l-valine with its use | |
RU2793436C1 (en) | New variant of sugar phosphate-isomerase/epimerase and a method for obtaining l-lysine with its use |