RU2782336C2 - Способы прогнозирования применимости белков или белковых фрагментов для иммунотерапии - Google Patents
Способы прогнозирования применимости белков или белковых фрагментов для иммунотерапии Download PDFInfo
- Publication number
- RU2782336C2 RU2782336C2 RU2018137721A RU2018137721A RU2782336C2 RU 2782336 C2 RU2782336 C2 RU 2782336C2 RU 2018137721 A RU2018137721 A RU 2018137721A RU 2018137721 A RU2018137721 A RU 2018137721A RU 2782336 C2 RU2782336 C2 RU 2782336C2
- Authority
- RU
- Russia
- Prior art keywords
- cells
- antigen
- present
- protein
- cell
- Prior art date
Links
- 102000004169 proteins and genes Human genes 0.000 title claims description 246
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 title claims description 246
- 238000009169 immunotherapy Methods 0.000 title abstract description 66
- 206010028980 Neoplasm Diseases 0.000 claims abstract description 135
- 201000011510 cancer Diseases 0.000 claims abstract description 112
- 150000001413 amino acids Chemical class 0.000 claims abstract description 88
- 230000004048 modification Effects 0.000 claims abstract description 70
- 238000006011 modification reaction Methods 0.000 claims abstract description 70
- 210000001808 Exosomes Anatomy 0.000 claims abstract description 37
- 210000000172 Cytosol Anatomy 0.000 claims abstract description 18
- 230000004807 localization Effects 0.000 claims abstract description 15
- 238000009826 distribution Methods 0.000 claims abstract description 8
- 230000028993 immune response Effects 0.000 claims description 81
- 210000000612 Antigen-Presenting Cells Anatomy 0.000 claims description 76
- 206010069754 Acquired gene mutation Diseases 0.000 claims description 30
- 102000004965 antibodies Human genes 0.000 claims description 25
- 108090001123 antibodies Proteins 0.000 claims description 25
- 230000004044 response Effects 0.000 claims description 17
- 210000001266 CD8-Positive T-Lymphocytes Anatomy 0.000 claims description 9
- 230000037361 pathway Effects 0.000 claims description 6
- 238000002619 cancer immunotherapy Methods 0.000 claims description 5
- 108010088652 Histocompatibility Antigens Class I Proteins 0.000 claims description 4
- 102000008949 Histocompatibility Antigens Class I Human genes 0.000 claims description 4
- 238000009825 accumulation Methods 0.000 claims description 4
- 210000001744 T-Lymphocytes Anatomy 0.000 abstract description 67
- 239000000126 substance Substances 0.000 abstract description 8
- 230000000694 effects Effects 0.000 abstract description 6
- 239000003814 drug Substances 0.000 abstract description 5
- 230000001093 anti-cancer Effects 0.000 abstract 3
- 210000004027 cells Anatomy 0.000 description 289
- 108091007172 antigens Proteins 0.000 description 203
- 102000038129 antigens Human genes 0.000 description 203
- 239000000427 antigen Substances 0.000 description 202
- 201000010099 disease Diseases 0.000 description 127
- 229920002477 rna polymer Polymers 0.000 description 123
- 230000020382 suppression by virus of host antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I Effects 0.000 description 77
- 150000007523 nucleic acids Chemical class 0.000 description 73
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 description 71
- 229920001184 polypeptide Polymers 0.000 description 61
- 230000035772 mutation Effects 0.000 description 57
- 239000000523 sample Substances 0.000 description 52
- 229960005486 vaccines Drugs 0.000 description 51
- 210000001519 tissues Anatomy 0.000 description 45
- 230000014509 gene expression Effects 0.000 description 37
- 230000027455 binding Effects 0.000 description 36
- 108091008153 T cell receptors Proteins 0.000 description 33
- 102000016266 T-Cell Antigen Receptors Human genes 0.000 description 33
- 125000003275 alpha amino acid group Chemical group 0.000 description 32
- 229920003013 deoxyribonucleic acid Polymers 0.000 description 32
- 208000005443 Circulating Neoplastic Cells Diseases 0.000 description 30
- 239000000203 mixture Substances 0.000 description 29
- 102000004196 processed proteins & peptides Human genes 0.000 description 29
- 108090000765 processed proteins & peptides Proteins 0.000 description 29
- 238000000338 in vitro Methods 0.000 description 25
- 210000001151 cytotoxic T lymphocyte Anatomy 0.000 description 24
- 230000001939 inductive effect Effects 0.000 description 24
- 238000000034 method Methods 0.000 description 23
- 210000004443 Dendritic Cells Anatomy 0.000 description 22
- 230000035897 transcription Effects 0.000 description 22
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 description 20
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 description 20
- 230000002163 immunogen Effects 0.000 description 19
- 210000000056 organs Anatomy 0.000 description 19
- 230000002708 enhancing Effects 0.000 description 18
- 108020004999 Messenger RNA Proteins 0.000 description 16
- 108020004412 RNA 3' Polyadenylation Signals Proteins 0.000 description 16
- 210000000400 T-Lymphocytes, Cytotoxic Anatomy 0.000 description 16
- 230000003211 malignant Effects 0.000 description 16
- 229920002106 messenger RNA Polymers 0.000 description 16
- 239000008194 pharmaceutical composition Substances 0.000 description 16
- 210000000987 Immune System Anatomy 0.000 description 15
- 238000007481 next generation sequencing Methods 0.000 description 15
- 206010027476 Metastasis Diseases 0.000 description 14
- 241000700605 Viruses Species 0.000 description 14
- 230000000711 cancerogenic Effects 0.000 description 14
- 231100000315 carcinogenic Toxicity 0.000 description 14
- DHMQDGOQFOQNFH-UHFFFAOYSA-N glycine Chemical compound NCC(O)=O DHMQDGOQFOQNFH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 14
- 230000001717 pathogenic Effects 0.000 description 14
- 210000003719 B-Lymphocytes Anatomy 0.000 description 13
- 229920001405 Coding region Polymers 0.000 description 13
- 108010066345 MHC binding peptide Proteins 0.000 description 13
- 230000004913 activation Effects 0.000 description 13
- 210000004602 germ cell Anatomy 0.000 description 13
- 230000003053 immunization Effects 0.000 description 13
- 210000004881 tumor cells Anatomy 0.000 description 13
- 238000002255 vaccination Methods 0.000 description 13
- 102100013077 CD4 Human genes 0.000 description 12
- 101700022938 CD4 Proteins 0.000 description 12
- 239000002671 adjuvant Substances 0.000 description 12
- 230000000240 adjuvant Effects 0.000 description 12
- 239000003795 chemical substances by application Substances 0.000 description 12
- 102000006306 Antigen Receptors Human genes 0.000 description 11
- 108010083359 Antigen Receptors Proteins 0.000 description 11
- 210000004369 Blood Anatomy 0.000 description 11
- 230000030741 antigen processing and presentation Effects 0.000 description 11
- 239000008280 blood Substances 0.000 description 11
- 239000000969 carrier Substances 0.000 description 11
- 238000002649 immunization Methods 0.000 description 11
- 108020003175 receptors Proteins 0.000 description 11
- 102000005962 receptors Human genes 0.000 description 11
- 230000001105 regulatory Effects 0.000 description 11
- 241000894006 Bacteria Species 0.000 description 10
- 229920000401 Three prime untranslated region Polymers 0.000 description 10
- 102000004127 Cytokines Human genes 0.000 description 9
- 108090000695 Cytokines Proteins 0.000 description 9
- 210000002540 Macrophages Anatomy 0.000 description 9
- 241001465754 Metazoa Species 0.000 description 9
- 230000002009 allergen Effects 0.000 description 9
- 230000004927 fusion Effects 0.000 description 9
- 244000045947 parasites Species 0.000 description 9
- 244000052769 pathogens Species 0.000 description 9
- 230000001225 therapeutic Effects 0.000 description 9
- 241000233866 Fungi Species 0.000 description 8
- 210000004698 Lymphocytes Anatomy 0.000 description 8
- 230000015572 biosynthetic process Effects 0.000 description 8
- 150000001875 compounds Chemical class 0.000 description 8
- 239000003085 diluting agent Substances 0.000 description 8
- 230000001900 immune effect Effects 0.000 description 8
- 230000002401 inhibitory effect Effects 0.000 description 8
- 108091005593 modified peptides Proteins 0.000 description 8
- 230000004936 stimulating Effects 0.000 description 8
- -1 urine Substances 0.000 description 8
- 108020005345 3' Untranslated Regions Proteins 0.000 description 7
- 206010003816 Autoimmune disease Diseases 0.000 description 7
- 239000004471 Glycine Substances 0.000 description 7
- 210000003283 T-Lymphocytes, Helper-Inducer Anatomy 0.000 description 7
- 230000002159 abnormal effect Effects 0.000 description 7
- 238000009566 cancer vaccine Methods 0.000 description 7
- 201000009910 diseases by infectious agent Diseases 0.000 description 7
- 238000005516 engineering process Methods 0.000 description 7
- 230000002068 genetic Effects 0.000 description 7
- 230000001965 increased Effects 0.000 description 7
- 238000004519 manufacturing process Methods 0.000 description 7
- 108010019670 Chimeric Antigen Receptors Proteins 0.000 description 6
- 230000036499 Half live Effects 0.000 description 6
- 241000282412 Homo Species 0.000 description 6
- 210000000265 Leukocytes Anatomy 0.000 description 6
- 241000124008 Mammalia Species 0.000 description 6
- 210000004379 Membranes Anatomy 0.000 description 6
- 206010061289 Metastatic neoplasm Diseases 0.000 description 6
- 230000024932 T cell mediated immunity Effects 0.000 description 6
- 230000000259 anti-tumor Effects 0.000 description 6
- 230000000890 antigenic Effects 0.000 description 6
- 230000000875 corresponding Effects 0.000 description 6
- 230000001461 cytolytic Effects 0.000 description 6
- 230000004069 differentiation Effects 0.000 description 6
- 210000002865 immune cell Anatomy 0.000 description 6
- 239000012528 membrane Substances 0.000 description 6
- 230000001613 neoplastic Effects 0.000 description 6
- 230000002246 oncogenic Effects 0.000 description 6
- 231100000590 oncogenic Toxicity 0.000 description 6
- 238000003752 polymerase chain reaction Methods 0.000 description 6
- 238000006467 substitution reaction Methods 0.000 description 6
- 230000003612 virological Effects 0.000 description 6
- 241000251468 Actinopterygii Species 0.000 description 5
- 241000271566 Aves Species 0.000 description 5
- 238000010357 RNA editing Methods 0.000 description 5
- 230000026279 RNA modification Effects 0.000 description 5
- 241000251539 Vertebrata <Metazoa> Species 0.000 description 5
- 238000007792 addition Methods 0.000 description 5
- 230000007961 antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I, TAP-dependent Effects 0.000 description 5
- 230000005164 antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I, TAP-independent Effects 0.000 description 5
- 230000001580 bacterial Effects 0.000 description 5
- 230000020411 cell activation Effects 0.000 description 5
- 238000010367 cloning Methods 0.000 description 5
- 238000011161 development Methods 0.000 description 5
- 230000018109 developmental process Effects 0.000 description 5
- 239000000839 emulsion Substances 0.000 description 5
- 235000019688 fish Nutrition 0.000 description 5
- 238000005755 formation reaction Methods 0.000 description 5
- 230000036039 immunity Effects 0.000 description 5
- 230000001024 immunotherapeutic Effects 0.000 description 5
- 238000002347 injection Methods 0.000 description 5
- 239000007924 injection Substances 0.000 description 5
- 239000002502 liposome Substances 0.000 description 5
- 239000000463 material Substances 0.000 description 5
- 230000001404 mediated Effects 0.000 description 5
- 230000001394 metastastic Effects 0.000 description 5
- 230000002335 preservative Effects 0.000 description 5
- 239000003755 preservative agent Substances 0.000 description 5
- 229920002676 Complementary DNA Polymers 0.000 description 4
- MTCFGRXMJLQNBG-UWTATZPHSA-N D-serine Chemical compound OC[C@@H](N)C(O)=O MTCFGRXMJLQNBG-UWTATZPHSA-N 0.000 description 4
- 102100019126 HBB Human genes 0.000 description 4
- 108091005902 Hemoglobin subunit beta Proteins 0.000 description 4
- 108010027412 Histocompatibility Antigens Class II Proteins 0.000 description 4
- 102000018713 Histocompatibility Antigens Class II Human genes 0.000 description 4
- 229920001850 Nucleic acid sequence Polymers 0.000 description 4
- 210000003819 Peripheral blood mononuclear cell Anatomy 0.000 description 4
- 230000001594 aberrant Effects 0.000 description 4
- 230000003321 amplification Effects 0.000 description 4
- 239000011324 bead Substances 0.000 description 4
- 238000004166 bioassay Methods 0.000 description 4
- 230000001413 cellular Effects 0.000 description 4
- 230000036755 cellular response Effects 0.000 description 4
- 238000006243 chemical reaction Methods 0.000 description 4
- 239000002299 complementary DNA Substances 0.000 description 4
- 239000003937 drug carrier Substances 0.000 description 4
- PEDCQBHIVMGVHV-UHFFFAOYSA-N glycerine Chemical compound OCC(O)CO PEDCQBHIVMGVHV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- 230000012010 growth Effects 0.000 description 4
- 210000002443 helper T lymphocyte Anatomy 0.000 description 4
- 238000003780 insertion Methods 0.000 description 4
- 230000002147 killing Effects 0.000 description 4
- HQKMJHAJHXVSDF-UHFFFAOYSA-L magnesium stearate Chemical compound [Mg+2].CCCCCCCCCCCCCCCCCC([O-])=O.CCCCCCCCCCCCCCCCCC([O-])=O HQKMJHAJHXVSDF-UHFFFAOYSA-L 0.000 description 4
- 238000002360 preparation method Methods 0.000 description 4
- 230000002633 protecting Effects 0.000 description 4
- 125000002652 ribonucleotide group Chemical group 0.000 description 4
- 239000011780 sodium chloride Substances 0.000 description 4
- 235000002639 sodium chloride Nutrition 0.000 description 4
- 238000003786 synthesis reaction Methods 0.000 description 4
- 208000005783 Autoimmune Thyroiditis Diseases 0.000 description 3
- 210000000349 Chromosomes Anatomy 0.000 description 3
- 102000004190 Enzymes Human genes 0.000 description 3
- 108090000790 Enzymes Proteins 0.000 description 3
- 210000001156 Gastric Mucosa Anatomy 0.000 description 3
- BCCRXDTUTZHDEU-VKHMYHEASA-N Gly-Ser Chemical compound NCC(=O)N[C@@H](CO)C(O)=O BCCRXDTUTZHDEU-VKHMYHEASA-N 0.000 description 3
- 101700086956 IFNG Proteins 0.000 description 3
- 102100016020 IFNG Human genes 0.000 description 3
- 102000011782 Keratins Human genes 0.000 description 3
- 108010076876 Keratins Proteins 0.000 description 3
- GUBGYTABKSRVRQ-UUNJERMWSA-N Lactose Natural products O([C@@H]1[C@H](O)[C@H](O)[C@H](O)O[C@@H]1CO)[C@H]1[C@@H](O)[C@@H](O)[C@H](O)[C@H](CO)O1 GUBGYTABKSRVRQ-UUNJERMWSA-N 0.000 description 3
- 210000004185 Liver Anatomy 0.000 description 3
- 102000007079 Peptide Fragments Human genes 0.000 description 3
- 108010033276 Peptide Fragments Proteins 0.000 description 3
- 229920000795 Polyadenylation Polymers 0.000 description 3
- 102000004245 Proteasome Endopeptidase Complex Human genes 0.000 description 3
- 108090000708 Proteasome Endopeptidase Complex Proteins 0.000 description 3
- WOUIMBGNEUWXQG-VKHMYHEASA-N Ser-Gly Chemical compound OC[C@H](N)C(=O)NCC(O)=O WOUIMBGNEUWXQG-VKHMYHEASA-N 0.000 description 3
- 210000002784 Stomach Anatomy 0.000 description 3
- 210000001550 Testis Anatomy 0.000 description 3
- 102000000852 Tumor Necrosis Factor-alpha Human genes 0.000 description 3
- 108010001801 Tumor Necrosis Factor-alpha Proteins 0.000 description 3
- 230000003213 activating Effects 0.000 description 3
- 230000014102 antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I Effects 0.000 description 3
- 201000009596 autoimmune hypersensitivity disease Diseases 0.000 description 3
- 239000011230 binding agent Substances 0.000 description 3
- UIIMBOGNXHQVGW-UHFFFAOYSA-M buffer Substances [Na+].OC([O-])=O UIIMBOGNXHQVGW-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 3
- 230000015556 catabolic process Effects 0.000 description 3
- 125000002091 cationic group Chemical group 0.000 description 3
- 230000004663 cell proliferation Effects 0.000 description 3
- 239000003153 chemical reaction reagent Substances 0.000 description 3
- 102000003859 claudin 6 Human genes 0.000 description 3
- 108090000229 claudin 6 Proteins 0.000 description 3
- 230000000139 costimulatory Effects 0.000 description 3
- 238000003379 elimination reaction Methods 0.000 description 3
- LFQSCWFLJHTTHZ-UHFFFAOYSA-N ethanol Chemical compound CCO LFQSCWFLJHTTHZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 230000002496 gastric Effects 0.000 description 3
- 230000028996 humoral immune response Effects 0.000 description 3
- 238000009396 hybridization Methods 0.000 description 3
- 239000002955 immunomodulating agent Substances 0.000 description 3
- 238000010348 incorporation Methods 0.000 description 3
- 150000002500 ions Chemical class 0.000 description 3
- 239000008101 lactose Substances 0.000 description 3
- GUBGYTABKSRVRQ-XLOQQCSPSA-N lactose Chemical compound O[C@@H]1[C@@H](O)[C@@H](O)[C@@H](CO)O[C@H]1O[C@@H]1[C@@H](CO)O[C@H](O)[C@H](O)[C@H]1O GUBGYTABKSRVRQ-XLOQQCSPSA-N 0.000 description 3
- 239000007788 liquid Substances 0.000 description 3
- 239000000314 lubricant Substances 0.000 description 3
- 230000035800 maturation Effects 0.000 description 3
- 230000000813 microbial Effects 0.000 description 3
- 102000035365 modified proteins Human genes 0.000 description 3
- 108091005569 modified proteins Proteins 0.000 description 3
- 201000006417 multiple sclerosis Diseases 0.000 description 3
- 238000003199 nucleic acid amplification method Methods 0.000 description 3
- 230000002611 ovarian Effects 0.000 description 3
- 238000007911 parenteral administration Methods 0.000 description 3
- 230000036961 partial Effects 0.000 description 3
- 230000003449 preventive Effects 0.000 description 3
- 230000004043 responsiveness Effects 0.000 description 3
- 150000003839 salts Chemical class 0.000 description 3
- 238000000926 separation method Methods 0.000 description 3
- 239000003381 stabilizer Substances 0.000 description 3
- 239000001226 triphosphate Substances 0.000 description 3
- 229920000160 (ribonucleotides)n+m Polymers 0.000 description 2
- LKKMLIBUAXYLOY-UHFFFAOYSA-N 3-Amino-1-methyl-5H-pyrido[4,3-b]indole Chemical compound N1C2=CC=CC=C2C2=C1C=C(N)N=C2C LKKMLIBUAXYLOY-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 206010000565 Acquired immunodeficiency syndrome Diseases 0.000 description 2
- 241000272517 Anseriformes Species 0.000 description 2
- 206010059512 Apoptosis Diseases 0.000 description 2
- 241000416162 Astragalus gummifer Species 0.000 description 2
- 206010006187 Breast cancer Diseases 0.000 description 2
- 101710040446 CD40 Proteins 0.000 description 2
- 102100013137 CD40 Human genes 0.000 description 2
- 102100006400 CSF2 Human genes 0.000 description 2
- 241000283707 Capra Species 0.000 description 2
- 210000000170 Cell Membrane Anatomy 0.000 description 2
- 210000003169 Central Nervous System Anatomy 0.000 description 2
- UHDGCWIWMRVCDJ-PSQAKQOGSA-N Cytidine Natural products O=C1N=C(N)C=CN1[C@@H]1[C@@H](O)[C@@H](O)[C@H](CO)O1 UHDGCWIWMRVCDJ-PSQAKQOGSA-N 0.000 description 2
- UHDGCWIWMRVCDJ-XVFCMESISA-N Cytidine Chemical compound O=C1N=C(N)C=CN1[C@H]1[C@H](O)[C@H](O)[C@@H](CO)O1 UHDGCWIWMRVCDJ-XVFCMESISA-N 0.000 description 2
- 210000000805 Cytoplasm Anatomy 0.000 description 2
- 101710004105 DCT Proteins 0.000 description 2
- 102100007097 DCT Human genes 0.000 description 2
- 238000001712 DNA sequencing Methods 0.000 description 2
- 108090000626 DNA-directed RNA polymerases Proteins 0.000 description 2
- 102000004163 DNA-directed RNA polymerases Human genes 0.000 description 2
- 206010012601 Diabetes mellitus Diseases 0.000 description 2
- 101700025368 ERBB2 Proteins 0.000 description 2
- 102100016662 ERBB2 Human genes 0.000 description 2
- 108010010803 Gelatin Proteins 0.000 description 2
- 108010017213 Granulocyte-Macrophage Colony-Stimulating Factor Proteins 0.000 description 2
- NYHBQMYGNKIUIF-UUOKFMHZSA-N Guanosine Chemical class C1=NC=2C(=O)NC(N)=NC=2N1[C@@H]1O[C@H](CO)[C@@H](O)[C@H]1O NYHBQMYGNKIUIF-UUOKFMHZSA-N 0.000 description 2
- 208000007475 Hemolytic Anemia Diseases 0.000 description 2
- 102000018358 Immunoglobulins Human genes 0.000 description 2
- 108060003951 Immunoglobulins Proteins 0.000 description 2
- 210000000822 Killer Cells, Natural Anatomy 0.000 description 2
- 229920001320 Leader sequence (mRNA) Polymers 0.000 description 2
- 210000004072 Lung Anatomy 0.000 description 2
- 210000001165 Lymph Nodes Anatomy 0.000 description 2
- 102100008857 MLANA Human genes 0.000 description 2
- 102000018697 Membrane Proteins Human genes 0.000 description 2
- 108010052285 Membrane Proteins Proteins 0.000 description 2
- 241000699670 Mus sp. Species 0.000 description 2
- 229920000272 Oligonucleotide Polymers 0.000 description 2
- 206010033128 Ovarian cancer Diseases 0.000 description 2
- 210000001672 Ovary Anatomy 0.000 description 2
- 102000035443 Peptidases Human genes 0.000 description 2
- 108091005771 Peptidases Proteins 0.000 description 2
- 102000004503 Perforin Human genes 0.000 description 2
- 108010056995 Perforin Proteins 0.000 description 2
- 210000002826 Placenta Anatomy 0.000 description 2
- 206010060862 Prostate cancer Diseases 0.000 description 2
- 108010026552 Proteome Proteins 0.000 description 2
- 206010039073 Rheumatoid arthritis Diseases 0.000 description 2
- 206010039491 Sarcoma Diseases 0.000 description 2
- 210000002966 Serum Anatomy 0.000 description 2
- WXMKPNITSTVMEF-UHFFFAOYSA-M Sodium benzoate Chemical compound [Na+].[O-]C(=O)C1=CC=CC=C1 WXMKPNITSTVMEF-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 2
- 229920002472 Starch Polymers 0.000 description 2
- 241000282887 Suidae Species 0.000 description 2
- 229940116362 Tragacanth Drugs 0.000 description 2
- 229920001615 Tragacanth Polymers 0.000 description 2
- 101710009757 UROD Proteins 0.000 description 2
- DRTQHJPVMGBUCF-UCVXFZOQSA-N Uridine Natural products O[C@H]1[C@H](O)[C@H](CO)O[C@@H]1N1C(=O)NC(=O)C=C1 DRTQHJPVMGBUCF-UCVXFZOQSA-N 0.000 description 2
- DRTQHJPVMGBUCF-XVFCMESISA-N Uridine Chemical compound O[C@@H]1[C@H](O)[C@@H](CO)O[C@H]1N1C(=O)NC(=O)C=C1 DRTQHJPVMGBUCF-XVFCMESISA-N 0.000 description 2
- 229940045145 Uridine Drugs 0.000 description 2
- 108010067390 Viral Proteins Proteins 0.000 description 2
- 102000016350 Viral Proteins Human genes 0.000 description 2
- 208000001756 Virus Disease Diseases 0.000 description 2
- DPXJVFZANSGRMM-UHFFFAOYSA-N acetic acid;2,3,4,5,6-pentahydroxyhexanal;sodium Chemical compound [Na].CC(O)=O.OCC(O)C(O)C(O)C(O)C=O DPXJVFZANSGRMM-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 239000004480 active ingredient Substances 0.000 description 2
- 230000033289 adaptive immune response Effects 0.000 description 2
- 230000004721 adaptive immunity Effects 0.000 description 2
- OIRDTQYFTABQOQ-KQYNXXCUSA-N adenosine group Chemical group [C@@H]1([C@H](O)[C@H](O)[C@@H](CO)O1)N1C=NC=2C(N)=NC=NC12 OIRDTQYFTABQOQ-KQYNXXCUSA-N 0.000 description 2
- 229940037003 alum Drugs 0.000 description 2
- 230000006907 apoptotic process Effects 0.000 description 2
- 239000000560 biocompatible material Substances 0.000 description 2
- 239000001768 carboxy methyl cellulose Substances 0.000 description 2
- 201000009030 carcinoma Diseases 0.000 description 2
- 238000002512 chemotherapy Methods 0.000 description 2
- 238000003776 cleavage reaction Methods 0.000 description 2
- 239000011248 coating agent Substances 0.000 description 2
- 230000009089 cytolysis Effects 0.000 description 2
- 230000034994 death Effects 0.000 description 2
- 230000004059 degradation Effects 0.000 description 2
- 238000006731 degradation reaction Methods 0.000 description 2
- 238000001514 detection method Methods 0.000 description 2
- 201000008325 diseases of cellular proliferation Diseases 0.000 description 2
- 230000004064 dysfunction Effects 0.000 description 2
- 230000002121 endocytic Effects 0.000 description 2
- 210000002919 epithelial cells Anatomy 0.000 description 2
- 239000000796 flavoring agent Substances 0.000 description 2
- 235000019634 flavors Nutrition 0.000 description 2
- 239000012530 fluid Substances 0.000 description 2
- 238000002866 fluorescence resonance energy transfer Methods 0.000 description 2
- 238000001502 gel electrophoresis Methods 0.000 description 2
- 239000008273 gelatin Substances 0.000 description 2
- 229920000159 gelatin Polymers 0.000 description 2
- 235000019322 gelatine Nutrition 0.000 description 2
- 235000011852 gelatine desserts Nutrition 0.000 description 2
- 235000011187 glycerol Nutrition 0.000 description 2
- YMAWOPBAYDPSLA-UHFFFAOYSA-N glycylglycine zwitterion Chemical compound [NH3+]CC(=O)NCC([O-])=O YMAWOPBAYDPSLA-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 230000002458 infectious Effects 0.000 description 2
- 230000015788 innate immune response Effects 0.000 description 2
- 230000003834 intracellular Effects 0.000 description 2
- 230000000670 limiting Effects 0.000 description 2
- 201000007270 liver cancer Diseases 0.000 description 2
- 230000002934 lysing Effects 0.000 description 2
- 235000019359 magnesium stearate Nutrition 0.000 description 2
- 230000036210 malignancy Effects 0.000 description 2
- 239000003550 marker Substances 0.000 description 2
- 239000002609 media Substances 0.000 description 2
- 239000000693 micelle Substances 0.000 description 2
- 238000002493 microarray Methods 0.000 description 2
- 244000005700 microbiome Species 0.000 description 2
- 238000010369 molecular cloning Methods 0.000 description 2
- 102000005614 monoclonal antibodies Human genes 0.000 description 2
- 108010045030 monoclonal antibodies Proteins 0.000 description 2
- 229920001894 non-coding RNA Polymers 0.000 description 2
- 239000003921 oil Substances 0.000 description 2
- 235000019198 oils Nutrition 0.000 description 2
- 239000011886 peripheral blood Substances 0.000 description 2
- 230000004962 physiological condition Effects 0.000 description 2
- 230000003405 preventing Effects 0.000 description 2
- 230000002265 prevention Effects 0.000 description 2
- 230000001737 promoting Effects 0.000 description 2
- 230000036647 reaction Effects 0.000 description 2
- 230000022532 regulation of transcription, DNA-dependent Effects 0.000 description 2
- 230000001850 reproductive Effects 0.000 description 2
- 238000011160 research Methods 0.000 description 2
- 201000003176 severe acute respiratory syndrome Diseases 0.000 description 2
- 239000004299 sodium benzoate Substances 0.000 description 2
- 235000010234 sodium benzoate Nutrition 0.000 description 2
- 235000019812 sodium carboxymethyl cellulose Nutrition 0.000 description 2
- FAPWRFPIFSIZLT-UHFFFAOYSA-M sodium chloride Chemical compound [Na+].[Cl-] FAPWRFPIFSIZLT-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 2
- 239000007787 solid Substances 0.000 description 2
- 230000000392 somatic Effects 0.000 description 2
- 241000894007 species Species 0.000 description 2
- 239000008107 starch Substances 0.000 description 2
- 235000019698 starch Nutrition 0.000 description 2
- 230000000638 stimulation Effects 0.000 description 2
- 235000000346 sugar Nutrition 0.000 description 2
- 230000001629 suppression Effects 0.000 description 2
- 239000000375 suspending agent Substances 0.000 description 2
- 230000002195 synergetic Effects 0.000 description 2
- 230000002194 synthesizing Effects 0.000 description 2
- 201000000596 systemic lupus erythematosus Diseases 0.000 description 2
- 238000002560 therapeutic procedure Methods 0.000 description 2
- 235000010487 tragacanth Nutrition 0.000 description 2
- 239000000196 tragacanth Substances 0.000 description 2
- 238000001890 transfection Methods 0.000 description 2
- 238000011144 upstream manufacturing Methods 0.000 description 2
- XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N water Substances O XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- WQZGKKKJIJFFOK-VFUOTHLCSA-N β-D-glucose Chemical compound OC[C@H]1O[C@@H](O)[C@H](O)[C@@H](O)[C@@H]1O WQZGKKKJIJFFOK-VFUOTHLCSA-N 0.000 description 2
- LNAZSHAWQACDHT-XIYTZBAFSA-N (2R,3R,4S,5R,6S)-4,5-dimethoxy-2-(methoxymethyl)-3-[(2S,3R,4S,5R,6R)-3,4,5-trimethoxy-6-(methoxymethyl)oxan-2-yl]oxy-6-[(2R,3R,4S,5R,6R)-4,5,6-trimethoxy-2-(methoxymethyl)oxan-3-yl]oxyoxane Chemical compound CO[C@@H]1[C@@H](OC)[C@H](OC)[C@@H](COC)O[C@H]1O[C@H]1[C@H](OC)[C@@H](OC)[C@H](O[C@H]2[C@@H]([C@@H](OC)[C@H](OC)O[C@@H]2COC)OC)O[C@@H]1COC LNAZSHAWQACDHT-XIYTZBAFSA-N 0.000 description 1
- LVTKHGUGBGNBPL-UHFFFAOYSA-N 3-Amino-1,4-dimethyl-5H-pyrido[4,3-b]indole Chemical compound N1C2=CC=CC=C2C2=C1C(C)=C(N)N=C2C LVTKHGUGBGNBPL-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 150000005168 4-hydroxybenzoic acids Chemical class 0.000 description 1
- 108020003589 5' Untranslated Regions Proteins 0.000 description 1
- ZAYHVCMSTBRABG-JXOAFFINSA-N 5-Methylcytidine Chemical compound O=C1N=C(N)C(C)=CN1[C@H]1[C@H](O)[C@H](O)[C@@H](CO)O1 ZAYHVCMSTBRABG-JXOAFFINSA-N 0.000 description 1
- FVFVNNKYKYZTJU-UHFFFAOYSA-N 6-chloro-1,3,5-triazine-2,4-diamine Chemical group NC1=NC(N)=NC(Cl)=N1 FVFVNNKYKYZTJU-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- OGHAROSJZRTIOK-KQYNXXCUSA-O 7-Methylguanosine Chemical compound C1=2N=C(N)NC(=O)C=2[N+](C)=CN1[C@@H]1O[C@H](CO)[C@@H](O)[C@H]1O OGHAROSJZRTIOK-KQYNXXCUSA-O 0.000 description 1
- OIRDTQYFTABQOQ-GAWUUDPSSA-N 9-β-D-XYLOFURANOSYL-ADENINE Chemical compound C1=NC=2C(N)=NC=NC=2N1[C@@H]1O[C@H](CO)[C@H](O)[C@H]1O OIRDTQYFTABQOQ-GAWUUDPSSA-N 0.000 description 1
- 101700067361 ACAP1 Proteins 0.000 description 1
- 101710026735 ANKRD30A Proteins 0.000 description 1
- 102100007529 ANKRD30A Human genes 0.000 description 1
- 240000005020 Acaciella glauca Species 0.000 description 1
- OIRDTQYFTABQOQ-SXVXDFOESA-N Adenosine Natural products Nc1ncnc2c1ncn2[C@@H]3O[C@@H](CO)[C@H](O)[C@@H]3O OIRDTQYFTABQOQ-SXVXDFOESA-N 0.000 description 1
- 210000004100 Adrenal Glands Anatomy 0.000 description 1
- 206010001935 American trypanosomiasis Diseases 0.000 description 1
- 108010002367 Anaphase-Promoting Complex-Cyclosome Apc3 Subunit Proteins 0.000 description 1
- 206010002368 Anger Diseases 0.000 description 1
- 108010031480 Artificial Receptors Proteins 0.000 description 1
- 241000972773 Aulopiformes Species 0.000 description 1
- 102000003852 Autoantibodies Human genes 0.000 description 1
- 108090000206 Autoantibodies Proteins 0.000 description 1
- 206010064097 Avian influenza Diseases 0.000 description 1
- 102100011431 BAGE Human genes 0.000 description 1
- 108060000856 BAGE Proteins 0.000 description 1
- 102100007326 BIRC5 Human genes 0.000 description 1
- 108020000946 Bacterial DNA Proteins 0.000 description 1
- 206010004161 Basedow's disease Diseases 0.000 description 1
- 210000002469 Basement Membrane Anatomy 0.000 description 1
- 206010005003 Bladder cancer Diseases 0.000 description 1
- 210000000601 Blood Cells Anatomy 0.000 description 1
- 210000001185 Bone Marrow Anatomy 0.000 description 1
- 206010005949 Bone cancer Diseases 0.000 description 1
- 241000588832 Bordetella pertussis Species 0.000 description 1
- 229940052491 Bordetella pertussis Drugs 0.000 description 1
- 241000283690 Bos taurus Species 0.000 description 1
- 210000004556 Brain Anatomy 0.000 description 1
- 239000002126 C01EB10 - Adenosine Substances 0.000 description 1
- 102100008990 CASP8 Human genes 0.000 description 1
- 101700075287 CASP8 Proteins 0.000 description 1
- 108010029697 CD40 Ligand Proteins 0.000 description 1
- 102100003729 CD40LG Human genes 0.000 description 1
- 101700078950 CD44 Proteins 0.000 description 1
- 102100003735 CD44 Human genes 0.000 description 1
- 101700080416 CD69 Proteins 0.000 description 1
- 102100005832 CD69 Human genes 0.000 description 1
- 102100019451 CD80 Human genes 0.000 description 1
- 101700080477 CD80 Proteins 0.000 description 1
- 102100013075 CDC27 Human genes 0.000 description 1
- 101700008359 CDK4 Proteins 0.000 description 1
- 102100019398 CDK4 Human genes 0.000 description 1
- 102100010965 CLDN12 Human genes 0.000 description 1
- 101710026389 CLDN12 Proteins 0.000 description 1
- 102100010791 CNTNAP1 Human genes 0.000 description 1
- 101710009595 CNTNAP1 Proteins 0.000 description 1
- 102100001891 CTAG1A Human genes 0.000 description 1
- 101710004449 CTAG1A Proteins 0.000 description 1
- 102100005284 CTAG2 Human genes 0.000 description 1
- 101700050838 CTAG2 Proteins 0.000 description 1
- 101710003743 CTDSP1 Proteins 0.000 description 1
- 102100006258 CTDSP1 Human genes 0.000 description 1
- 102100006263 CTDSP2 Human genes 0.000 description 1
- 101710003698 CTDSPL Proteins 0.000 description 1
- 102100006264 CTDSPL Human genes 0.000 description 1
- 241000282836 Camelus dromedarius Species 0.000 description 1
- 241000282472 Canis lupus familiaris Species 0.000 description 1
- 210000000234 Capsid Anatomy 0.000 description 1
- 102000004040 Capsid Proteins Human genes 0.000 description 1
- 108090000565 Capsid Proteins Proteins 0.000 description 1
- 208000005623 Carcinogenesis Diseases 0.000 description 1
- 241000700198 Cavia Species 0.000 description 1
- 210000004671 Cell-Free System Anatomy 0.000 description 1
- 102000019034 Chemokines Human genes 0.000 description 1
- 108010012236 Chemokines Proteins 0.000 description 1
- 241000606161 Chlamydia Species 0.000 description 1
- 206010008631 Cholera Diseases 0.000 description 1
- 102000002029 Claudin Human genes 0.000 description 1
- 108050009302 Claudin Proteins 0.000 description 1
- 108020004705 Codon Proteins 0.000 description 1
- 206010009839 Coeliac disease Diseases 0.000 description 1
- 206010009887 Colitis Diseases 0.000 description 1
- 241000699800 Cricetinae Species 0.000 description 1
- 206010011401 Crohn's disease Diseases 0.000 description 1
- WQZGKKKJIJFFOK-GASJEMHNSA-N D-Glucose Natural products OC[C@H]1OC(O)[C@H](O)[C@@H](O)[C@@H]1O WQZGKKKJIJFFOK-GASJEMHNSA-N 0.000 description 1
- 101700054602 DDX43 Proteins 0.000 description 1
- 102100010133 DDX43 Human genes 0.000 description 1
- 230000004568 DNA-binding Effects 0.000 description 1
- 101700011961 DPOM Proteins 0.000 description 1
- 239000004375 Dextrin Substances 0.000 description 1
- 229920001353 Dextrin Polymers 0.000 description 1
- 206010013023 Diphtheria Diseases 0.000 description 1
- 230000036947 Dissociation constant Effects 0.000 description 1
- 108020004461 Double-Stranded RNA Proteins 0.000 description 1
- 101700079760 EFCB Proteins 0.000 description 1
- 238000002965 ELISA Methods 0.000 description 1
- 101710005090 ERVFC1-1 Proteins 0.000 description 1
- 101710013371 ERVS71-1 Proteins 0.000 description 1
- 210000001671 Embryonic Stem Cells Anatomy 0.000 description 1
- 241000196324 Embryophyta Species 0.000 description 1
- 210000002889 Endothelial Cells Anatomy 0.000 description 1
- 102000018651 Epithelial Cell Adhesion Molecule Human genes 0.000 description 1
- 108010066687 Epithelial Cell Adhesion Molecule Proteins 0.000 description 1
- 241000283086 Equidae Species 0.000 description 1
- 241000588724 Escherichia coli Species 0.000 description 1
- 210000003238 Esophagus Anatomy 0.000 description 1
- 229920000665 Exon Polymers 0.000 description 1
- 210000003722 Extracellular Fluid Anatomy 0.000 description 1
- 210000002744 Extracellular Matrix Anatomy 0.000 description 1
- 101700010580 FLO11 Proteins 0.000 description 1
- 241000282326 Felis catus Species 0.000 description 1
- 238000000729 Fisher's exact test Methods 0.000 description 1
- 241000287828 Gallus gallus Species 0.000 description 1
- 210000004392 Genitalia Anatomy 0.000 description 1
- 102000003886 Glycoproteins Human genes 0.000 description 1
- 108090000288 Glycoproteins Proteins 0.000 description 1
- 208000001786 Gonorrhea Diseases 0.000 description 1
- 206010018612 Gonorrhoea Diseases 0.000 description 1
- 208000003807 Graves Disease Diseases 0.000 description 1
- 201000004779 Graves' disease Diseases 0.000 description 1
- NYHBQMYGNKIUIF-PXMDKTAGSA-N Guanosine Natural products C1=2NC(N)=NC(=O)C=2N=CN1[C@H]1O[C@@H](CO)[C@@H](O)[C@H]1O NYHBQMYGNKIUIF-PXMDKTAGSA-N 0.000 description 1
- 229940029575 Guanosine Drugs 0.000 description 1
- 101700000918 HBA2 Proteins 0.000 description 1
- 101710029866 HLA-DPA1 Proteins 0.000 description 1
- 102100005615 HLA-DQA1 Human genes 0.000 description 1
- 101710031487 HLA-DQA1 Proteins 0.000 description 1
- 101710031278 HLA-DRB3 Proteins 0.000 description 1
- 102100003685 HPS5 Human genes 0.000 description 1
- 108060003783 HPS5 Proteins 0.000 description 1
- 241000691979 Halcyon Species 0.000 description 1
- 208000002250 Hematologic Neoplasms Diseases 0.000 description 1
- 208000006454 Hepatitis Diseases 0.000 description 1
- 208000002672 Hepatitis B Diseases 0.000 description 1
- 208000005176 Hepatitis C Diseases 0.000 description 1
- 241000238631 Hexapoda Species 0.000 description 1
- 206010020243 Hodgkin's disease Diseases 0.000 description 1
- 206010020751 Hypersensitivity Diseases 0.000 description 1
- 102100004115 ICAM1 Human genes 0.000 description 1
- 101700051176 ICAM1 Proteins 0.000 description 1
- 229940072221 IMMUNOGLOBULINS Drugs 0.000 description 1
- 101710004181 INTS2 Proteins 0.000 description 1
- 102100007980 INTS2 Human genes 0.000 description 1
- 102000009490 IgG Receptors Human genes 0.000 description 1
- 108010073807 IgG Receptors Proteins 0.000 description 1
- 206010022000 Influenza Diseases 0.000 description 1
- UGQMRVRMYYASKQ-KMPDEGCQSA-N Inosine Natural products O[C@H]1[C@H](O)[C@@H](CO)O[C@@H]1N1C(N=CNC2=O)=C2N=C1 UGQMRVRMYYASKQ-KMPDEGCQSA-N 0.000 description 1
- UGQMRVRMYYASKQ-KQYNXXCUSA-N Inosine Chemical compound O[C@@H]1[C@H](O)[C@@H](CO)O[C@H]1N1C2=NC=NC(O)=C2N=C1 UGQMRVRMYYASKQ-KQYNXXCUSA-N 0.000 description 1
- 108010002352 Interleukin-1 Proteins 0.000 description 1
- 210000000936 Intestines Anatomy 0.000 description 1
- 206010061252 Intraocular melanoma Diseases 0.000 description 1
- 210000002510 Keratinocytes Anatomy 0.000 description 1
- 102100012475 LDLR Human genes 0.000 description 1
- 108060004326 LDLR Proteins 0.000 description 1
- 241000222722 Leishmania <genus> Species 0.000 description 1
- 235000010643 Leucaena leucocephala Nutrition 0.000 description 1
- 240000007472 Leucaena leucocephala Species 0.000 description 1
- 206010024324 Leukaemias Diseases 0.000 description 1
- 108090000364 Ligases Proteins 0.000 description 1
- 102000003960 Ligases Human genes 0.000 description 1
- 206010058467 Lung neoplasm malignant Diseases 0.000 description 1
- 206010025135 Lupus erythematosus Diseases 0.000 description 1
- 102000008072 Lymphokines Human genes 0.000 description 1
- 108010074338 Lymphokines Proteins 0.000 description 1
- 206010025323 Lymphomas Diseases 0.000 description 1
- 101710005117 M142.8 Proteins 0.000 description 1
- 108010010995 MART-1 Antigen Proteins 0.000 description 1
- 102100004664 MC1R Human genes 0.000 description 1
- 101710031876 MC1R Proteins 0.000 description 1
- 101710029649 MDV043 Proteins 0.000 description 1
- 101700049761 ML1 Proteins 0.000 description 1
- 101710012533 MLANA Proteins 0.000 description 1
- 101700031459 MSP-1 Proteins 0.000 description 1
- 102100006037 MUC1 Human genes 0.000 description 1
- 101700052761 MUC1 Proteins 0.000 description 1
- 102100015262 MYC Human genes 0.000 description 1
- ZLNQQNXFFQJAID-UHFFFAOYSA-L Magnesium carbonate Chemical compound [Mg+2].[O-]C([O-])=O ZLNQQNXFFQJAID-UHFFFAOYSA-L 0.000 description 1
- 206010025650 Malignant melanoma Diseases 0.000 description 1
- 229920000460 Mitochondrial DNA Polymers 0.000 description 1
- 108020005196 Mitochondrial DNA Proteins 0.000 description 1
- 210000001616 Monocytes Anatomy 0.000 description 1
- 210000002487 Multivesicular Bodies Anatomy 0.000 description 1
- 210000002027 Muscle, Skeletal Anatomy 0.000 description 1
- 210000003205 Muscles Anatomy 0.000 description 1
- 108091008108 Myc family Proteins 0.000 description 1
- 102000003505 Myosin family Human genes 0.000 description 1
- 108060008487 Myosin family Proteins 0.000 description 1
- 101700070835 NCOR2 Proteins 0.000 description 1
- 102100015085 NCOR2 Human genes 0.000 description 1
- 102100011126 NOB1 Human genes 0.000 description 1
- 108060005497 NOB1 Proteins 0.000 description 1
- 206010061309 Neoplasm progression Diseases 0.000 description 1
- 210000004126 Nerve Fibers Anatomy 0.000 description 1
- 102000007530 Neurofibromin 1 Human genes 0.000 description 1
- 108010085793 Neurofibromin 1 Proteins 0.000 description 1
- 210000000440 Neutrophils Anatomy 0.000 description 1
- 108091005503 Nucleic proteins Chemical group 0.000 description 1
- GUBGYTABKSRVRQ-DCSYEGIMSA-N OC[C@H]1O[C@@H](O[C@H]2[C@H](O)[C@@H](O)[C@H](O)O[C@@H]2CO)[C@H](O)[C@@H](O)[C@H]1O Chemical compound OC[C@H]1O[C@@H](O[C@H]2[C@H](O)[C@@H](O)[C@H](O)O[C@@H]2CO)[C@H](O)[C@@H](O)[C@H]1O GUBGYTABKSRVRQ-DCSYEGIMSA-N 0.000 description 1
- 210000003463 Organelles Anatomy 0.000 description 1
- 241000283973 Oryctolagus cuniculus Species 0.000 description 1
- 206010025310 Other lymphomas Diseases 0.000 description 1
- 241000283898 Ovis Species 0.000 description 1
- 101700061424 POLB Proteins 0.000 description 1
- 102100006759 PRAME Human genes 0.000 description 1
- 108060006580 PRAME Proteins 0.000 description 1
- 102100005499 PTPRC Human genes 0.000 description 1
- 101700059076 PTPRC Proteins 0.000 description 1
- 102100009677 PWWP3A Human genes 0.000 description 1
- 108060006838 PWWP3A Proteins 0.000 description 1
- 208000008443 Pancreatic Carcinoma Diseases 0.000 description 1
- 208000006551 Parasitic Disease Diseases 0.000 description 1
- 210000002990 Parathyroid Glands Anatomy 0.000 description 1
- 235000019483 Peanut oil Nutrition 0.000 description 1
- 108010081690 Pertussis Toxin Proteins 0.000 description 1
- 206010057249 Phagocytosis Diseases 0.000 description 1
- 241000286209 Phasianidae Species 0.000 description 1
- 240000009188 Phyllostachys vivax Species 0.000 description 1
- 206010061538 Pituitary tumour benign Diseases 0.000 description 1
- 210000004011 Plasma Cells Anatomy 0.000 description 1
- 241000224016 Plasmodium Species 0.000 description 1
- 241000223960 Plasmodium falciparum Species 0.000 description 1
- 241000223821 Plasmodium malariae Species 0.000 description 1
- 206010035501 Plasmodium malariae infection Diseases 0.000 description 1
- 241001505293 Plasmodium ovale Species 0.000 description 1
- 206010035502 Plasmodium ovale infection Diseases 0.000 description 1
- 206010035503 Plasmodium vivax infection Diseases 0.000 description 1
- 229920000096 Plastarch material Polymers 0.000 description 1
- 239000002202 Polyethylene glycol Substances 0.000 description 1
- 241000288906 Primates Species 0.000 description 1
- 239000004365 Protease Substances 0.000 description 1
- PTJWIQPHWPFNBW-GBNDHIKLSA-N Pseudouridine Chemical compound O[C@@H]1[C@H](O)[C@@H](CO)O[C@H]1C1=CNC(=O)NC1=O PTJWIQPHWPFNBW-GBNDHIKLSA-N 0.000 description 1
- XPPKVPWEQAFLFU-UHFFFAOYSA-J Pyrophosphate Chemical compound [O-]P([O-])(=O)OP([O-])([O-])=O XPPKVPWEQAFLFU-UHFFFAOYSA-J 0.000 description 1
- 101710037934 QRSL1 Proteins 0.000 description 1
- 101700078798 RARA Proteins 0.000 description 1
- 101700054624 RF1 Proteins 0.000 description 1
- 108020005161 RNA Caps Proteins 0.000 description 1
- 108010065868 RNA polymerase SP6 Proteins 0.000 description 1
- 101710008352 RPS5B Proteins 0.000 description 1
- 102100013038 RUNX1 Human genes 0.000 description 1
- 101700025439 RUNX1 Proteins 0.000 description 1
- 241000700159 Rattus Species 0.000 description 1
- 108020004511 Recombinant DNA Proteins 0.000 description 1
- 210000000664 Rectum Anatomy 0.000 description 1
- 208000006265 Renal Cell Carcinoma Diseases 0.000 description 1
- 206010038389 Renal cancer Diseases 0.000 description 1
- 241000220010 Rhode Species 0.000 description 1
- 102000006382 Ribonucleases Human genes 0.000 description 1
- 108010083644 Ribonucleases Proteins 0.000 description 1
- 229920001914 Ribonucleotide Polymers 0.000 description 1
- 210000003705 Ribosomes Anatomy 0.000 description 1
- 102100020102 SAGE1 Human genes 0.000 description 1
- 101700079108 SAGE1 Proteins 0.000 description 1
- 101710037092 SART1 Proteins 0.000 description 1
- 102100004228 SART1 Human genes 0.000 description 1
- 102100016729 SART3 Human genes 0.000 description 1
- 101700037991 SART3 Proteins 0.000 description 1
- 102100004431 SCGB3A2 Human genes 0.000 description 1
- 101710022292 SCGB3A2 Proteins 0.000 description 1
- 101700012849 SCP1 Proteins 0.000 description 1
- 101710005494 SCPEP1 Proteins 0.000 description 1
- 102100009131 SFMBT1 Human genes 0.000 description 1
- 101710025059 SFMBT1 Proteins 0.000 description 1
- 102100004865 SSX2 Human genes 0.000 description 1
- 101700030927 SSX2 Proteins 0.000 description 1
- 101700084525 SYCP1 Proteins 0.000 description 1
- 108060007995 SYCP2 Proteins 0.000 description 1
- 101700049711 SYCP3 Proteins 0.000 description 1
- 240000004808 Saccharomyces cerevisiae Species 0.000 description 1
- 235000002912 Salvia officinalis Nutrition 0.000 description 1
- 206010039710 Scleroderma Diseases 0.000 description 1
- XZKQVQKUZMAADP-IMJSIDKUSA-N Ser-Ser Chemical compound OC[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CO)C(O)=O XZKQVQKUZMAADP-IMJSIDKUSA-N 0.000 description 1
- 206010040490 Sexually transmitted disease Diseases 0.000 description 1
- 241000580858 Simian-Human immunodeficiency virus Species 0.000 description 1
- 102000005632 Single-Chain Antibodies Human genes 0.000 description 1
- 108010070144 Single-Chain Antibodies Proteins 0.000 description 1
- 108020004682 Single-Stranded DNA Proteins 0.000 description 1
- 229960003885 Sodium Benzoate Drugs 0.000 description 1
- 229940005550 Sodium alginate Drugs 0.000 description 1
- BCKXLBQYZLBQEK-KVVVOXFISA-M Sodium oleate Chemical compound [Na+].CCCCCCCC\C=C/CCCCCCCC([O-])=O BCKXLBQYZLBQEK-KVVVOXFISA-M 0.000 description 1
- RYYKJJJTJZKILX-UHFFFAOYSA-M Sodium stearate Chemical compound [Na+].CCCCCCCCCCCCCCCCCC([O-])=O RYYKJJJTJZKILX-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 1
- 210000000278 Spinal Cord Anatomy 0.000 description 1
- 206010062261 Spinal cord neoplasm Diseases 0.000 description 1
- 235000019486 Sunflower oil Nutrition 0.000 description 1
- 102400000368 Surface protein Human genes 0.000 description 1
- 108010002687 Survivin Proteins 0.000 description 1
- 108010028305 TEL-AML1 fusion protein Proteins 0.000 description 1
- 102100009534 TNF Human genes 0.000 description 1
- 102100019730 TP53 Human genes 0.000 description 1
- 101710026335 TP53 Proteins 0.000 description 1
- 102100012508 TPTE Human genes 0.000 description 1
- 101700079119 TPTE Proteins 0.000 description 1
- 102100003485 TRAF3 Human genes 0.000 description 1
- 101710039516 TY1B Proteins 0.000 description 1
- 101710038549 TY1B-BL Proteins 0.000 description 1
- 101710038430 TY1B-BR Proteins 0.000 description 1
- 101710031758 TY1B-DR1 Proteins 0.000 description 1
- 101710031790 TY1B-DR3 Proteins 0.000 description 1
- 101710031892 TY1B-DR4 Proteins 0.000 description 1
- 101710031776 TY1B-DR5 Proteins 0.000 description 1
- 101710031870 TY1B-DR6 Proteins 0.000 description 1
- 101710040208 TY1B-ER1 Proteins 0.000 description 1
- 101710040142 TY1B-ER2 Proteins 0.000 description 1
- 101710033209 TY1B-GR1 Proteins 0.000 description 1
- 101710032781 TY1B-GR2 Proteins 0.000 description 1
- 101710032639 TY1B-GR3 Proteins 0.000 description 1
- 101710029707 TY1B-H Proteins 0.000 description 1
- 101710021448 TY1B-JR1 Proteins 0.000 description 1
- 101710021467 TY1B-JR2 Proteins 0.000 description 1
- 101710010147 TY1B-LR1 Proteins 0.000 description 1
- 101710010132 TY1B-LR2 Proteins 0.000 description 1
- 101710010183 TY1B-LR3 Proteins 0.000 description 1
- 101710010162 TY1B-LR4 Proteins 0.000 description 1
- 101710004759 TY1B-ML1 Proteins 0.000 description 1
- 101710004702 TY1B-ML2 Proteins 0.000 description 1
- 101710004726 TY1B-MR1 Proteins 0.000 description 1
- 101710004694 TY1B-MR2 Proteins 0.000 description 1
- 101710045288 TY1B-NL1 Proteins 0.000 description 1
- 101710045299 TY1B-NL2 Proteins 0.000 description 1
- 101710038226 TY1B-OL Proteins 0.000 description 1
- 101710038249 TY1B-OR Proteins 0.000 description 1
- 101710035894 TY1B-PL Proteins 0.000 description 1
- 101710035891 TY1B-PR1 Proteins 0.000 description 1
- 101710036010 TY1B-PR2 Proteins 0.000 description 1
- 101710036003 TY1B-PR3 Proteins 0.000 description 1
- 102100007096 TYRP1 Human genes 0.000 description 1
- 210000001541 Thymus Gland Anatomy 0.000 description 1
- 210000001685 Thyroid Gland Anatomy 0.000 description 1
- 229960001295 Tocopherol Drugs 0.000 description 1
- 229920001949 Transfer RNA Polymers 0.000 description 1
- 206010052779 Transplant rejections Diseases 0.000 description 1
- 241000223104 Trypanosoma Species 0.000 description 1
- 241000223105 Trypanosoma brucei Species 0.000 description 1
- 241000223109 Trypanosoma cruzi Species 0.000 description 1
- 108020004417 Untranslated RNA Proteins 0.000 description 1
- 108020003635 Untranslated Regions Proteins 0.000 description 1
- 229920000146 Untranslated region Polymers 0.000 description 1
- 210000002700 Urine Anatomy 0.000 description 1
- 206010046766 Uterine cancer Diseases 0.000 description 1
- 210000004291 Uterus Anatomy 0.000 description 1
- 241000700618 Vaccinia virus Species 0.000 description 1
- 108020000999 Viral RNA Proteins 0.000 description 1
- 206010047461 Viral infection Diseases 0.000 description 1
- 206010047513 Vision blurred Diseases 0.000 description 1
- 240000008042 Zea mays Species 0.000 description 1
- 235000002017 Zea mays subsp mays Nutrition 0.000 description 1
- NBIIXXVUZAFLBC-UHFFFAOYSA-K [O-]P([O-])([O-])=O Chemical compound [O-]P([O-])([O-])=O NBIIXXVUZAFLBC-UHFFFAOYSA-K 0.000 description 1
- 239000002253 acid Substances 0.000 description 1
- 150000007513 acids Chemical class 0.000 description 1
- 239000012190 activator Substances 0.000 description 1
- 229960005305 adenosine Drugs 0.000 description 1
- GFFGJBXGBJISGV-UHFFFAOYSA-N adenyl group Chemical group N1=CN=C2N=CNC2=C1N GFFGJBXGBJISGV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 230000000735 allogeneic Effects 0.000 description 1
- 230000004075 alteration Effects 0.000 description 1
- 125000000539 amino acid group Chemical group 0.000 description 1
- 230000033115 angiogenesis Effects 0.000 description 1
- 230000003266 anti-allergic Effects 0.000 description 1
- 230000000111 anti-oxidant Effects 0.000 description 1
- 229960000070 antineoplastic Monoclonal antibodies Drugs 0.000 description 1
- 239000003963 antioxidant agent Substances 0.000 description 1
- 239000008365 aqueous carrier Substances 0.000 description 1
- 239000007864 aqueous solution Substances 0.000 description 1
- 244000052616 bacterial pathogens Species 0.000 description 1
- 108010028263 bacteriophage T3 RNA polymerase Proteins 0.000 description 1
- 108010003152 bacteriophage T7 RNA polymerase Proteins 0.000 description 1
- 230000006399 behavior Effects 0.000 description 1
- UZMKEUDBWHMRBM-PLKIVWSFSA-N benzoic acid;(2E,4E)-hexa-2,4-dienoic acid Chemical compound C\C=C\C=C\C(O)=O.OC(=O)C1=CC=CC=C1 UZMKEUDBWHMRBM-PLKIVWSFSA-N 0.000 description 1
- 108060000903 beta Catenin Proteins 0.000 description 1
- 102000015735 beta Catenin Human genes 0.000 description 1
- 230000003851 biochemical process Effects 0.000 description 1
- 230000004071 biological effect Effects 0.000 description 1
- 230000031018 biological processes and functions Effects 0.000 description 1
- 230000037348 biosynthesis Effects 0.000 description 1
- 201000000053 blastoma Diseases 0.000 description 1
- 210000002798 bone marrow cell Anatomy 0.000 description 1
- 238000010322 bone marrow transplantation Methods 0.000 description 1
- OYPRJOBELJOOCE-UHFFFAOYSA-N calcium Chemical compound [Ca] OYPRJOBELJOOCE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000011575 calcium Substances 0.000 description 1
- 229910052791 calcium Inorganic materials 0.000 description 1
- 238000004422 calculation algorithm Methods 0.000 description 1
- 241001233037 catfish Species 0.000 description 1
- 230000001364 causal effect Effects 0.000 description 1
- 230000021164 cell adhesion Effects 0.000 description 1
- 239000006143 cell culture media Substances 0.000 description 1
- 230000030833 cell death Effects 0.000 description 1
- 230000032823 cell division Effects 0.000 description 1
- 230000010261 cell growth Effects 0.000 description 1
- 238000002659 cell therapy Methods 0.000 description 1
- 230000030570 cellular localization Effects 0.000 description 1
- 238000007374 clinical diagnostic method Methods 0.000 description 1
- 238000000576 coating method Methods 0.000 description 1
- 229940110456 cocoa butter Drugs 0.000 description 1
- 235000019868 cocoa butter Nutrition 0.000 description 1
- 239000003086 colorant Substances 0.000 description 1
- 239000000470 constituent Substances 0.000 description 1
- 238000007796 conventional method Methods 0.000 description 1
- 235000005822 corn Nutrition 0.000 description 1
- 235000005824 corn Nutrition 0.000 description 1
- 230000001086 cytosolic Effects 0.000 description 1
- 230000001472 cytotoxic Effects 0.000 description 1
- 231100000433 cytotoxic Toxicity 0.000 description 1
- 230000003013 cytotoxicity Effects 0.000 description 1
- 231100000135 cytotoxicity Toxicity 0.000 description 1
- 238000006481 deamination reaction Methods 0.000 description 1
- 230000004041 dendritic cell maturation Effects 0.000 description 1
- 230000001419 dependent Effects 0.000 description 1
- 238000000586 desensitisation Methods 0.000 description 1
- 230000001809 detectable Effects 0.000 description 1
- 235000019425 dextrin Nutrition 0.000 description 1
- 239000008121 dextrose Substances 0.000 description 1
- 238000001085 differential centrifugation Methods 0.000 description 1
- 238000007865 diluting Methods 0.000 description 1
- 235000011180 diphosphates Nutrition 0.000 description 1
- 229940079593 drugs Drugs 0.000 description 1
- 239000000975 dye Substances 0.000 description 1
- 210000003162 effector T lymphocyte Anatomy 0.000 description 1
- 235000013601 eggs Nutrition 0.000 description 1
- 238000001493 electron microscopy Methods 0.000 description 1
- 201000008184 embryoma Diseases 0.000 description 1
- 239000003995 emulsifying agent Substances 0.000 description 1
- 210000000750 endocrine system Anatomy 0.000 description 1
- 230000012202 endocytosis Effects 0.000 description 1
- 230000003511 endothelial Effects 0.000 description 1
- 239000002158 endotoxin Substances 0.000 description 1
- 239000003623 enhancer Substances 0.000 description 1
- 230000029578 entry into host Effects 0.000 description 1
- 230000001973 epigenetic Effects 0.000 description 1
- 210000003527 eukaryotic cell Anatomy 0.000 description 1
- 238000011124 ex vivo culture Methods 0.000 description 1
- 238000002474 experimental method Methods 0.000 description 1
- 239000000284 extract Substances 0.000 description 1
- 238000000684 flow cytometry Methods 0.000 description 1
- 238000001917 fluorescence detection Methods 0.000 description 1
- 230000004907 flux Effects 0.000 description 1
- 235000003599 food sweetener Nutrition 0.000 description 1
- 238000009472 formulation Methods 0.000 description 1
- 125000002485 formyl group Chemical group [H]C(*)=O 0.000 description 1
- 238000007672 fourth generation sequencing Methods 0.000 description 1
- 231100000221 frame shift mutation induction Toxicity 0.000 description 1
- 238000004108 freeze drying Methods 0.000 description 1
- 230000002538 fungal Effects 0.000 description 1
- 244000053095 fungal pathogens Species 0.000 description 1
- 210000004475 gamma-delta T lymphocyte Anatomy 0.000 description 1
- 238000010353 genetic engineering Methods 0.000 description 1
- 239000011521 glass Substances 0.000 description 1
- 108060003196 globin family Proteins 0.000 description 1
- 102000018146 globin family Human genes 0.000 description 1
- 239000008103 glucose Substances 0.000 description 1
- 108010067216 glycyl-glycyl-glycine Proteins 0.000 description 1
- 108010001064 glycyl-glycyl-glycyl-glycine Proteins 0.000 description 1
- 101700058970 hbaA Proteins 0.000 description 1
- 230000036541 health Effects 0.000 description 1
- 201000005787 hematologic cancer Diseases 0.000 description 1
- 231100000283 hepatitis Toxicity 0.000 description 1
- 239000001257 hydrogen Substances 0.000 description 1
- 229910052739 hydrogen Inorganic materials 0.000 description 1
- 125000002887 hydroxy group Chemical group [H]O* 0.000 description 1
- 230000002480 immunoprotection Effects 0.000 description 1
- 230000003308 immunostimulating Effects 0.000 description 1
- 238000000126 in silico method Methods 0.000 description 1
- 239000000411 inducer Substances 0.000 description 1
- 238000001764 infiltration Methods 0.000 description 1
- 230000000977 initiatory Effects 0.000 description 1
- 229910052500 inorganic mineral Inorganic materials 0.000 description 1
- 229960003786 inosine Drugs 0.000 description 1
- 238000001361 intraarterial administration Methods 0.000 description 1
- 238000007918 intramuscular administration Methods 0.000 description 1
- 238000010255 intramuscular injection Methods 0.000 description 1
- 239000007927 intramuscular injection Substances 0.000 description 1
- 238000001990 intravenous administration Methods 0.000 description 1
- 238000002955 isolation Methods 0.000 description 1
- 201000010982 kidney cancer Diseases 0.000 description 1
- 238000002372 labelling Methods 0.000 description 1
- 210000002429 large intestine Anatomy 0.000 description 1
- 101710030587 ligN Proteins 0.000 description 1
- 239000003446 ligand Substances 0.000 description 1
- 101700077585 ligd Proteins 0.000 description 1
- 150000002632 lipids Chemical class 0.000 description 1
- 201000005202 lung cancer Diseases 0.000 description 1
- 238000010801 machine learning Methods 0.000 description 1
- 239000001095 magnesium carbonate Substances 0.000 description 1
- 239000011776 magnesium carbonate Substances 0.000 description 1
- 229910000021 magnesium carbonate Inorganic materials 0.000 description 1
- 235000014380 magnesium carbonate Nutrition 0.000 description 1
- 239000006249 magnetic particle Substances 0.000 description 1
- 230000014759 maintenance of location Effects 0.000 description 1
- 210000004962 mammalian cells Anatomy 0.000 description 1
- 108010031099 mannose receptor Proteins 0.000 description 1
- 238000004949 mass spectrometry Methods 0.000 description 1
- 238000002844 melting Methods 0.000 description 1
- 230000002503 metabolic Effects 0.000 description 1
- 229920000609 methyl cellulose Polymers 0.000 description 1
- 239000001923 methylcellulose Substances 0.000 description 1
- 235000010981 methylcellulose Nutrition 0.000 description 1
- 239000011325 microbead Substances 0.000 description 1
- 238000000386 microscopy Methods 0.000 description 1
- 230000005012 migration Effects 0.000 description 1
- 239000011707 mineral Substances 0.000 description 1
- 235000010755 mineral Nutrition 0.000 description 1
- 239000002480 mineral oil Substances 0.000 description 1
- 235000010446 mineral oil Nutrition 0.000 description 1
- 238000002156 mixing Methods 0.000 description 1
- 230000000051 modifying Effects 0.000 description 1
- 229960000060 monoclonal antibodies Drugs 0.000 description 1
- 239000002086 nanomaterial Substances 0.000 description 1
- 239000002105 nanoparticle Substances 0.000 description 1
- 239000002077 nanosphere Substances 0.000 description 1
- 230000001264 neutralization Effects 0.000 description 1
- 230000003000 nontoxic Effects 0.000 description 1
- 231100000252 nontoxic Toxicity 0.000 description 1
- 239000002777 nucleoside Substances 0.000 description 1
- 150000003833 nucleoside derivatives Chemical class 0.000 description 1
- 201000002575 ocular melanoma Diseases 0.000 description 1
- 238000005457 optimization Methods 0.000 description 1
- 201000002528 pancreatic cancer Diseases 0.000 description 1
- 230000003071 parasitic Effects 0.000 description 1
- 230000001575 pathological Effects 0.000 description 1
- 239000000312 peanut oil Substances 0.000 description 1
- 239000001814 pectin Substances 0.000 description 1
- 235000010987 pectin Nutrition 0.000 description 1
- 229920001277 pectin Polymers 0.000 description 1
- 230000035515 penetration Effects 0.000 description 1
- 230000002093 peripheral Effects 0.000 description 1
- 238000001558 permutation test Methods 0.000 description 1
- 238000002823 phage display Methods 0.000 description 1
- 230000008782 phagocytosis Effects 0.000 description 1
- 239000000825 pharmaceutical preparation Substances 0.000 description 1
- 239000002831 pharmacologic agent Substances 0.000 description 1
- 239000010452 phosphate Substances 0.000 description 1
- 201000005746 pituitary adenoma Diseases 0.000 description 1
- 101700016463 pls Proteins 0.000 description 1
- 229920003259 poly(silylenemethylene) Polymers 0.000 description 1
- 230000001402 polyadenylating Effects 0.000 description 1
- 229920001223 polyethylene glycol Polymers 0.000 description 1
- 238000006116 polymerization reaction Methods 0.000 description 1
- 125000002924 primary amino group Chemical group [H]N([H])* 0.000 description 1
- 230000000770 pro-inflamatory Effects 0.000 description 1
- 210000001236 prokaryotic cell Anatomy 0.000 description 1
- 230000035755 proliferation Effects 0.000 description 1
- 235000019833 protease Nutrition 0.000 description 1
- 230000004224 protection Effects 0.000 description 1
- 230000001681 protective Effects 0.000 description 1
- 201000004681 psoriasis Diseases 0.000 description 1
- 239000000376 reactant Substances 0.000 description 1
- 230000010837 receptor-mediated endocytosis Effects 0.000 description 1
- 238000003259 recombinant expression Methods 0.000 description 1
- 235000003499 redwood Nutrition 0.000 description 1
- 230000002787 reinforcement Effects 0.000 description 1
- 201000007444 renal pelvis carcinoma Diseases 0.000 description 1
- 238000002271 resection Methods 0.000 description 1
- 210000002345 respiratory system Anatomy 0.000 description 1
- 238000010839 reverse transcription Methods 0.000 description 1
- 238000003757 reverse transcription PCR Methods 0.000 description 1
- 239000003161 ribonuclease inhibitor Substances 0.000 description 1
- 239000002336 ribonucleotide Substances 0.000 description 1
- 229920002973 ribosomal RNA Polymers 0.000 description 1
- 238000003559 rna-seq method Methods 0.000 description 1
- 235000002020 sage Nutrition 0.000 description 1
- 235000019515 salmon Nutrition 0.000 description 1
- 239000012266 salt solution Substances 0.000 description 1
- 239000001296 salvia officinalis l. Substances 0.000 description 1
- 150000007949 saponins Chemical class 0.000 description 1
- 235000017709 saponins Nutrition 0.000 description 1
- 230000003248 secreting Effects 0.000 description 1
- 239000004065 semiconductor Substances 0.000 description 1
- 230000000405 serological Effects 0.000 description 1
- 239000008159 sesame oil Substances 0.000 description 1
- 235000011803 sesame oil Nutrition 0.000 description 1
- 230000019491 signal transduction Effects 0.000 description 1
- 230000011664 signaling Effects 0.000 description 1
- 201000000849 skin cancer Diseases 0.000 description 1
- 201000003708 skin melanoma Diseases 0.000 description 1
- 101710044770 sll1951 Proteins 0.000 description 1
- 210000000813 small intestine Anatomy 0.000 description 1
- MSXHSNHNTORCAW-UHFFFAOYSA-M sodium 3,4,5,6-tetrahydroxyoxane-2-carboxylate Chemical compound [Na+].OC1OC(C([O-])=O)C(O)C(O)C1O MSXHSNHNTORCAW-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 1
- VMHLLURERBWHNL-UHFFFAOYSA-M sodium acetate Chemical compound [Na+].CC([O-])=O VMHLLURERBWHNL-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 1
- 239000001632 sodium acetate Substances 0.000 description 1
- 235000017281 sodium acetate Nutrition 0.000 description 1
- 235000010413 sodium alginate Nutrition 0.000 description 1
- 239000000661 sodium alginate Substances 0.000 description 1
- 229920001027 sodium carboxymethylcellulose Polymers 0.000 description 1
- 239000002904 solvent Substances 0.000 description 1
- 239000003549 soybean oil Substances 0.000 description 1
- 235000012424 soybean oil Nutrition 0.000 description 1
- 238000001228 spectrum Methods 0.000 description 1
- 201000010132 spinal cord glioma Diseases 0.000 description 1
- 201000005565 spinal meningioma Diseases 0.000 description 1
- 238000011105 stabilization Methods 0.000 description 1
- 230000000087 stabilizing Effects 0.000 description 1
- 239000007858 starting material Substances 0.000 description 1
- 210000000130 stem cell Anatomy 0.000 description 1
- 230000004960 subcellular localization Effects 0.000 description 1
- 238000007920 subcutaneous administration Methods 0.000 description 1
- 150000008163 sugars Chemical class 0.000 description 1
- 239000002600 sunflower oil Substances 0.000 description 1
- 239000004094 surface-active agent Substances 0.000 description 1
- 238000001356 surgical procedure Methods 0.000 description 1
- 239000000725 suspension Substances 0.000 description 1
- 239000003765 sweetening agent Substances 0.000 description 1
- 230000002522 swelling Effects 0.000 description 1
- 201000010874 syndrome Diseases 0.000 description 1
- 238000007910 systemic administration Methods 0.000 description 1
- 239000000454 talc Substances 0.000 description 1
- 229910052623 talc Inorganic materials 0.000 description 1
- 235000012222 talc Nutrition 0.000 description 1
- 239000002562 thickening agent Substances 0.000 description 1
- 238000007671 third-generation sequencing Methods 0.000 description 1
- 239000011732 tocopherol Substances 0.000 description 1
- 235000010384 tocopherol Nutrition 0.000 description 1
- 229930003799 tocopherols Natural products 0.000 description 1
- 239000008181 tonicity modifier Substances 0.000 description 1
- 230000001052 transient Effects 0.000 description 1
- 235000011178 triphosphate Nutrition 0.000 description 1
- 230000001573 trophoblastic Effects 0.000 description 1
- 108010010447 trophoblastin Proteins 0.000 description 1
- 201000008827 tuberculosis Diseases 0.000 description 1
- 230000004614 tumor growth Effects 0.000 description 1
- 241001430294 unidentified retrovirus Species 0.000 description 1
- 230000003827 upregulation Effects 0.000 description 1
- 201000005112 urinary bladder cancer Diseases 0.000 description 1
- 239000003981 vehicle Substances 0.000 description 1
- 230000017613 viral reproduction Effects 0.000 description 1
- 238000001262 western blot Methods 0.000 description 1
- GVJHHUAWPYXKBD-IEOSBIPESA-N α-tocopherol Chemical compound OC1=C(C)C(C)=C2O[C@@](CCC[C@H](C)CCC[C@H](C)CCCC(C)C)(C)CCC2=C1C GVJHHUAWPYXKBD-IEOSBIPESA-N 0.000 description 1
Images
Abstract
Изобретение относится к области фармацевтики и медицины, а именно к способу прогнозирования применимости ассоциированных с опухолью неоантигенов или неоэпитопов, содержащих одну или несколько специфических по отношению к раку аминокислотных модификаций, в противораковой иммунотерапии, согласно которому 1) выявляют ассоциированные с опухолью неоантигены или неоэпитопы, содержащие одну или несколько специфических по отношению к раку аминокислотных модификаций; 2) идентифицируют среди выявленных неоантигенов или неоэпитопов те, для которых процессирование и презентация неоантигена по пути MHC I приводит к распознаванию комплексов, образованных MHC I и неоэпитопами неоантигена, CD8+ T-клетками; 3) устанавливают распределение или локализацию выявленных неоантигенов или неоэпитопов и используют вычислительную базу данных для определения тех, которые являются локализованными или распространенными в цитозоле и/или в экзосомах in vivo; 4) прогнозируют, что выявленные неоантигены или неоэпитопы являются применимыми для противораковой иммунотерапии. Технический результат заключается в применимости неоантигенов и неоэпитопов для противораковой иммунотерапии, если устанавливают их локализацию или распространенность в цитозоле и/или в экзосомах in vivo. 4 з.п. ф-лы, 2 ил., 1 пр.
Description
Настоящее изобретение относится к способам предварительной оценки пригодности пептидов или полипептидов, таких как Т-клеточные эпитопы, для иммунотерапии, например, для вакцинации. В частности, настоящее изобретение относится к способам прогнозирования того, являются ли пептиды или полипептиды, такие как ассоциированные с опухолью антигены или эпитопы, в частности, ассоциированные с опухолью неоантигены или неоэпитопы, иммуногенными и, в частности, применимыми для иммунотерапии, например, для вакцинации. Способы в соответствии с настоящим изобретением могут быть использованы, в частности, для обеспечения вакцин, которые являются специфическими по отношению к опухоли больного, и, таким образом, в контексте персонализированных противораковых вакцин.
Предшествующий уровень техники настоящего изобретения
Эволюция иммунной системы привела к появлению у позвоночных высокоэффективной структуры, основанной на двух типах защиты: врожденном и адаптивном иммунитете. В отличие от эволюционно древней врожденной иммунной системы, которая основывается на инвариантных рецепторах, распознающих общие молекулярные паттерны, связанные с патогенами, адаптивный иммунитет основан на высокоспецифических антигенных рецепторах на В-клетках (В-лимфоцитах) и Т-клетках (Т-лимфоцитах), а также на клональном отборе. В то время как В-клетки индуцируют гуморальные иммунные реакции путем секреции антител, Т-клетки опосредуют клеточные иммунные реакции, приводящие к разрушению распознаваемых клеток.
Т-клетки играют центральную роль в клеточном иммунитете у людей и животных. Распознавание и связывание конкретного антигена опосредуются Т-клеточными рецепторами, экспрессированными на поверхности Т-клеток. Т-клеточный рецептор (TCR) Т-клеток способен взаимодействовать с иммуногенными пептидами (эпитопами), связанными с молекулами главного комплекса гистосовместимости (MHC) и презентироваться на поверхности целевых клеток. Специфическое связывание TCR запускает каскад передачи сигнала внутри Т-клетки, что приводит к пролиферации и дифференцировке в зрелые эффекторные Т-клетки. Чтобы быть способными нацеливаться на широкое разнообразие антигенов, Т-клеточные рецепторы должны быть очень разнообразными.
Антиген-специфическая иммунотерапия направлена на усиление или индуцирование специфических иммунных реакций у больных для контролирования инфекционных или злокачественных заболеваний. Идентификация увеличивающегося числа ассоциированных с патогеном и опухолью антигенов, привела к обширному набору подходящих целей для иммунотерапии. Клетки, презентирующие иммуногенные пептиды (эпитопы), полученные из этих антигенов, могут быть специфически нацелены с помощью стратегий либо активной, либо пассивной иммунизации. Активная иммунизация, как правило, индуцирует и наращивает антиген-специфические Т-клетки у больного, которые способны специфически распознавать и уничтожать больные клетки. Напротив, пассивная иммунизация заключается в адоптивном переносе Т-клеток, которые были размножены и необязательно генетически сконструированы in vitro (адоптивная Т-клеточная терапия; ACT).
Противоопухолевые вакцины направлены на индуцирование эндогенных специфических по отношению к опухоли иммунных реакций за счет активной иммунизации. Для противоопухолевой вакцинации могут быть использованы различные форматы антигенов, в том числе цельные больные клетки, белки, пептиды или иммунизирующие векторы, такие как векторы РНК, ДНК или вирусные, которые могут быть применены, либо непосредственно in vivo, либо in vitro, путем примирования DC после переноса больному.
Иммунотерапия на основе ACT в широком смысле может быть определена как форма пассивной иммунизации предварительно сенсибилизированными Т-клетками, которые переносят в неиммунных реципиентов или в аутологичного хозяина после ex vivo размножения из предшественников с низкой частотой встречаемости до клинически значимых количеств клеток. Подход, преодолевающий ограничения ACT, заключается в адоптивном переносе аутологичных Т-клеток, перепрограммированных для экспрессии реакционно активного в отношении опухоли TCR определенной специфичности на протяжении кратковременного ex vivo культивирования, с последующей реинфузией больному.
Открытие многочисленных ассоциированных с патогеном и опухолью антигенов послужило основой для концепций антиген-специфической иммунотерапии. Ассоциированные с опухолью антигены (TAA) являются необычными белками, экспрессированными на опухолевых клетках, которые из-за генетической нестабильности не экспрессируются или ограниченно экспрессируются в нормальных клетках. Эти TAA могут обеспечивать специфическое распознавание злокачественных клеток иммунной системой.
Злокачественные опухоли могут возникать из-за накопления геномных мутаций и эпигенетических изменений, часть которых может играть причинную роль. Кроме ассоциированных с опухолью антигенов злокачественные опухоли человека несут в среднем 100-120 несинонимичных мутаций, многие из которых являются целями для вакцин. Более чем 95% мутаций в опухоли являются уникальными и специфическими для больного. Число изменяющих белки соматических мутаций, которые могут приводить к специфическим по отношению к опухоли Т-клеточным эпитопам, находится в диапазоне от 30 до 400.
Мутации считают идеальными мишенями для противораковой иммунотерапии. Как неоэпитопы со строгим отсутствием экспрессии в какой-либо здоровой ткани они, как предполагают, являются безопасными и могут обходить механизмы центральной толерантности. Некоторое время назад авторы настоящего изобретения предложили подход персонализированной иммунотерапии, нацеленный на спектр отдельных мутаций (Castle, J. C., et al., Cancer Res 72, 1081 (2012)).
Несмотря на растущее число привлекательных целевых структур для иммунотерапевтических подходов, определение подходящих эпитопов для иммунотерапии остается проблемой. Таким образом, существует потребность в модели для прогнозирования того, будет ли эпитоп, в частности, неоэпитоп, индуцировать эффективный иммунитет и, таким образом, будет ли полезен в иммунотерапии.
В настоящем документе авторы настоящего изобретения показывают, что иммуногенные антигены и эпитопы в высокой степени представлены в некоторых субклеточных компартментах.
Известно, что иммунный ответ против опухолевых антигенов, в частности, мутированных опухолевых антигенов, не осуществляется самими опухолевыми клетками, а скорее антиген-презентирующими клетками, в частности дендритными клетками, получающими опухолевый антиген, высвобождаемый из опухолевых клеток. Также известно, что для достижения эффективного иммунного ответа высвобожденный опухолевый антиген, который поглощается антиген-презентирующими клетками, должен быть процессирован и презентирован либо MHC класса II для индуцирования CD4 иммунной реакции (экзогенная презентация), либо MHC класса I для индуцирования CD8 иммунной реакции (кросс-презентация). Для последней иммунной реакции требуется наличие CD4 иммунной реакции против такого же или другого опухолевого антигена, доставленного в ту же антиген-презентирующую клетку (Bennett et al., J. Exp. Med. 186, 65-70 (1997)).
Без углубления в конкретную теорию предполагают, что клеточная локализация антигена в больных клетках, таких как опухолевые клетки, определяет, будет ли антиген поглощаться и презентироваться антиген-презентирующими клетками. Экзосомы, высвобождаемые из больных клеток, таких как опухолевые клетки, содержат mRNA, белки, а также комплексы MHC-пептид и, таким образом, могут передавать эти компоненты в антиген-презентирующие клетки. Экзосомы продуцируются с помощью инвагинации и, таким образом, содержат помимо молекул эндоцитарной мембраны основные компоненты цитозоля. Таким образом, предполагают, что компоненты цитозоля, такие как белки, приумножаются в экзосомах и могут быть перенесены в антиген-презентирующие клетки. Экзосомы также могут продуктивно переносить mRNA, которая может быть транслирована в клетках, поглощающих РНК. Таким образом, без углубления в конкретную теорию предполагают, что пептиды или полипептиды, которые включены в экзосомы, в частности, цитозольные пептиды, или белки, или пептиды, или полипептиды, кодирующая РНК которых включена в экзосомы в соответствии с настоящим изобретением, являются особенно применимыми для иммунотерапии, поскольку экзосомы поглощаются антиген-презентирующими клетками, а пептиды и белки (необязательно после трансляции кодирующей РНК) презентируются антиген-презентирующими клетками. Экзосомы, таким образом, являются переносчиками пептидов, белков или РНК в антиген-презентирующие клетки и защищают пептиды, белки или РНК от разложения протеазами и рибонуклеазами. В качестве альтернативы, возможно поглощение пептидов и белков антиген-презентирующими клетками в виде комплексов с другими молекулами, такими как антитела, посредством зависимого от рецепторов механизма.
Краткое раскрытие настоящего изобретения
Согласно одному аспекту настоящее изобретение относится к способу прогнозирования применимости белка или его фрагмента, экспрессированного больными клетками, для иммунотерапии, при этом способ предусматривает установление распределения или локализации белка, или кодирующей его нуклеиновой кислоты, или фрагмента белка.
Согласно одному варианту осуществления способ предусматривает установление того, являются ли белок, или кодирующая его нуклеиновая кислота, или фрагмент белка локализованными или представленными в цитозоле и/или в экзосомах in vivo.
Согласно одному варианту осуществления локализация или представленность белка, или кодирующей его нуклеиновой кислоты, или фрагмента белка в цитозоле и/или в экзосомах указывает на то, что белок или его фрагмент является применимым для иммунотерапии.
Согласно другому аспекту настоящее изобретение относится к способу прогнозирования применимости белка или его фрагмента, экспрессированного больными клетками, для иммунотерапии, при этом способ предусматривает установление того, кросс-презентируется ли белок или его фрагмент антиген-презентирующими клетками, предпочтительно специализированными антиген-презентирующими клетками.
Согласно одному варианту осуществления кросс-презентация белка или его фрагмента антиген-презентирующими клетками указывает на то, что белок или его фрагмент является применимым для иммунотерапии.
Согласно одному варианту осуществления установление того, кросс-презентируется ли белок или его фрагмент антиген-презентирующими клетками, предусматривает установление того, являются ли белок, или кодирующая его нуклеиновая кислота, или фрагмент белка локализованными или представленными в цитозоле и/или в экзосомах in vivo.
Согласно одному варианту осуществления локализация или представленность белка, или кодирующей его нуклеиновой кислоты, или фрагмента белка в цитозоле и/или в экзосомах указывает на то, что белок или его фрагмент кросс-презентируется антиген-презентирующими клетками.
Согласно одному варианту осуществления установление того, кросс-презентируется ли белок или его фрагмент антиген-презентирующими клетками, предусматривает установление наличия иммунной реакции с образованием антител на белок или его фрагмент.
Согласно одному варианту осуществления наличие иммунной реакции с образованием антител на белок или его фрагмент указывает на то, что белок или его фрагмент кросс-презентируется антиген-презентирующими клетками.
Согласно одному варианту осуществления установление того, кросс-презентируется ли белок или его фрагмент антиген-презентирующими клетками, предусматривает установление того, связывается ли белок или его фрагмент с F-актином.
Согласно одному варианту осуществления связывание белка или его фрагмента с F-актином указывает на то, что белок или его фрагмент кросс-презентируется антиген-презентирующими клетками.
Согласно одному варианту осуществления установление того, кросс-презентируется ли белок или его фрагмент антиген-презентирующими клетками, предусматривает установление того, связывается ли белок или его фрагмент с РНК.
Согласно одному варианту осуществления связывание белка или его фрагмента с РНК указывает на то, что белок или его фрагмент кросс-презентируется антиген-презентирующими клетками.
Согласно одному варианту осуществления всех аспектов настоящего изобретения белковый фрагмент присутствует в экзосомах в виде комплекса MHC-пептид, предпочтительно на поверхности экзосом.
Согласно одному варианту осуществления всех аспектов настоящего изобретения локализация или представленность белка, или кодирующей его нуклеиновой кислоты, или фрагмента белка в цитозоле указывает на процессирование и презентацию белка по пути MHC I, предпочтительно больных клеток. Согласно одному варианту осуществления процессирование и презентация белка по пути MHC I приводит к распознаванию комплексов, образованных MHC I и фрагментами белка, CD8+ Т-клетками.
Согласно одному варианту осуществления всех аспектов настоящего изобретения локализация или представленность белка, или кодирующей его нуклеиновой кислоты, или фрагмента белка в экзосомах указывает на накопление белка, или кодирующей его нуклеиновой кислоты, или фрагмента белка в антиген-презентирующих клетках, предпочтительно специализированных антиген-презентирующих клетках. Согласно одному варианту осуществления накопление белка, или кодирующей его нуклеиновой кислоты, или фрагмента белка в антиген-презентирующих клетках указывает на процессирование и презентацию белка по пути MHC I и/или MHC II, предпочтительно антиген-презентирующих клеток. Согласно одному варианту осуществления процессирование и презентация белка по пути MHC I приводит к распознаванию комплексов, образованных MHC I и фрагментами белка, CD8+ Т-клетками.
Согласно другому аспекту настоящее изобретение относится к способу прогнозирования применимости белка или его фрагмента, экспрессированного больными клетками, для иммунотерапии, при этом способ предусматривает установление одного или нескольких из следующего:
(a) установление наличия иммунной реакции с образованием антител на белок или его фрагмент,
(b) установление того, связывается ли белок или его фрагмент с F-актином, и/или
(c) установление того, связывается ли белок или его фрагмент с РНК.
Согласно одному варианту осуществления наличие иммунной реакции с образованием антител на белок или его фрагмент указывает на то, что белок или его фрагмент является применимым для иммунотерапии.
Согласно одному варианту осуществления связывание белка или его фрагмента с F-актином указывает на то, что белок или его фрагмент является применимым для иммунотерапии.
Согласно одному варианту осуществления связывание белка или его фрагмента с РНК указывает на то, что белок или его фрагмент является применимым для иммунотерапии.
Согласно одному варианту осуществления всех аспектов настоящего изобретения белок или его фрагмент содержит специфическую по отношению к заболеванию аминокислотную модификацию. Согласно одному варианту осуществления аминокислотная модификация обусловлена специфической по отношению к заболеванию соматической мутацией.
Согласно одному варианту осуществления всех аспектов настоящего изобретения заболеванием является злокачественная опухоль, а иммунотерапией является противораковая иммунотерапия.
Согласно одному варианту осуществления всех аспектов настоящего изобретения белковым фрагментом является связывающийся с MHC пептид или потенциальный связывающийся с MHC пептид.
Согласно другому аспекту настоящее изобретение относится к способу отбора и/или ранжирования специфических по отношению к заболеванию аминокислотных модификаций по их применимости для иммунотерапии, при этом способ предусматривает стадии:
(i) идентификации белков, экспрессированных больными клетками, при этом каждый белок содержит по меньшей мере одну специфическую по отношению к заболеванию аминокислотную модификацию, и
(ii) установления распределения или локализации белка, идентифицированного на стадии (i), или кодирующей его нуклеиновой кислоты, или фрагмента белка, и
(iii) повторения стадии (ii) по меньшей мере для одного дополнительного белка, идентифицированного на стадии (i).
Согласно одному варианту осуществления стадия (ii) предусматривает установление того, являются ли белок, или кодирующая его нуклеиновая кислота, или фрагмент белка локализованными или представленными в цитозоле и/или в экзосомах in vivo.
Согласно одному варианту осуществления локализация или представленность белка, или кодирующей его нуклеиновой кислоты, или фрагмента белка в цитозоле и/или в экзосомах указывает на то, что специфическая по отношению к заболеванию аминокислотная модификация является применимой для иммунотерапии.
Согласно другому аспекту настоящее изобретение относится к способу отбора и/или ранжирования специфических по отношению к заболеванию аминокислотных модификаций по их применимости для иммунотерапии, при этом способ предусматривает стадии:
(i) идентификации белков, экспрессированных больными клетками, при этом каждый белок содержит по меньшей мере одну специфическую по отношению к заболеванию аминокислотную модификацию, и
(ii) установление того, кросс-презентируется ли белок, идентифицированный на стадии (i), или фрагмент белка антиген-презентирующими клетками, предпочтительно специализированными антиген-презентирующими клетками, и
(iii) повторения стадии (ii) по меньшей мере для одного дополнительного белка, идентифицированного на стадии (i).
Согласно одному варианту осуществления кросс-презентация белка или его фрагмента антиген-презентирующими клетками указывает на то, что специфическая по отношению к заболеванию аминокислотная модификация является применимой для иммунотерапии.
Согласно другому аспекту настоящее изобретение относится к способу отбора и/или ранжирования специфических по отношению к заболеванию аминокислотных модификаций по их применимости для иммунотерапии, при этом способ предусматривает стадии:
(i) идентификации белков, экспрессированных больными клетками, при этом каждый белок содержит по меньшей мере одну специфическую по отношению к заболеванию аминокислотную модификацию, и
(ii) установления для белка, идентифицированного на стадии (i), или фрагмента белка одного или нескольких из следующего:
(a) установление наличия иммунной реакции с образованием антител на белок или его фрагмент,
(b) установление того, связывается ли белок или его фрагмент с F-актином, и/или
(c) установление того, связывается ли белок или его фрагмент с РНК, и
(iii) повторения стадии (ii) по меньшей мере для одного дополнительного белка, идентифицированного на стадии (i).
Согласно одному варианту осуществления наличие иммунной реакции с образованием антител на белок или его фрагмент указывает на то, что специфическая по отношению к заболеванию аминокислотная модификация является применимой для иммунотерапии.
Согласно одному варианту осуществления связывание белка или его фрагмента с F-актином указывает на то, что специфическая по отношению к заболеванию аминокислотная модификация является применимой для иммунотерапии.
Согласно одному варианту осуществления связывание белка или его фрагмента с РНК указывает на то, что специфическая по отношению к заболеванию аминокислотная модификация является применимой для иммунотерапии.
Согласно одному варианту осуществления всех аспектов настоящего изобретения специфическая по отношению к заболеванию аминокислотная модификация состоит из белкового фрагмента, который представляет собой связывающийся с MHC пептид или потенциальный связывающийся с MHC пептид.
Согласно одному варианту осуществления всех аспектов настоящего изобретения способ используют в изготовлении вакцины. Согласно одному варианту осуществления вакцину получают из одного или нескольких белков, или их фрагментов, или одной или нескольких специфических по отношению к заболеванию аминокислотных модификаций, которые, как прогнозируют, применимы для иммунотерапии.
Согласно другому аспекту настоящее изобретение относится к способу обеспечения вакцины, предусматривающему стадию идентификации одного или нескольких белков или их фрагментов или одной или нескольких специфических по отношению к заболеванию аминокислотных модификаций, которые, как прогнозируют, применимы для иммунотерапии, с помощью способа в соответствии с любым из аспектов, описанных в настоящем документе. Согласно одному варианту осуществления способ дополнительно предусматривает стадию обеспечения вакцины, содержащей пептид или полипептид, содержащий один или несколько белков, или их фрагментов, или одну или нескольких специфических по отношению к заболеванию аминокислотных модификаций, которые, как прогнозируют, применимы для иммунотерапии, или нуклеиновую кислоту, кодирующую пептид или полипептид.
Согласно другому аспекту настоящее изобретение относится к вакцине, полученной по способу в соответствии с любым из аспектов, описанных в настоящем документе.
Согласно одному варианту осуществления всех аспектов настоящего изобретения признак применимости белка или его фрагмента, экспрессированного больными клетками для иммунотерапии, указывает на то, что белок или его фрагмент при введении (необязательно в формате кодирующей нуклеиновой кислоты) будет иммуногенным.
Согласно одному варианту осуществления всех аспектов настоящего изобретения белковым фрагментом, описанным в настоящем документе, является связывающийся с MHC пептид или потенциальный связывающийся с MHC пептид (например, прогноз связывания с MHC указывает на то, что белковый фрагмент будет связываться с MHC). Согласно одному варианту осуществления связывающимся с MHC пептидом является модифицированный пептид, который является фрагментом модифицированного белка.
Согласно одному варианту осуществления аминокислотные модификации в белках или пептидах идентифицируют путем идентификации несинонимичных мутаций в одной или нескольких кодирующих белок областях.
Согласно одному варианту осуществления аминокислотные модификации идентифицируют путем частичного или полного секвенирования генома или транскриптома одной или нескольких клеток, например, одной или нескольких раковых клеток и необязательно одной или нескольких нераковых клеток, и идентификации мутаций в одной или нескольких кодирующих белок областях. Согласно одному варианту осуществления указанные мутации являются соматическими мутациями. Согласно одному варианту осуществления указанные мутации являются канцерогенными мутациями.
Согласно одному варианту осуществления, в частности, для обеспечения персонализированной вакцины для больного, такого как раковый больной, модификация(ии) присутствует у указанного больного, и способы в соответствии с настоящим изобретением выполняют для указанного больного. Согласно другому аспекту настоящее изобретение представлена вакцина, которую получают с использованием способов в соответствии с настоящим изобретением. Предпочтительные варианты осуществления таких вакцин описаны в настоящем документе.
Вакцина, обеспеченная в соответствии с настоящим изобретением, может содержать фармацевтически приемлемый носитель и необязательно может содержать один или несколько адъювантов, стабилизаторов и т.д. Вакцина может иметь форму терапевтической или профилактической вакцины.
Другой аспект относится к способу индуцирования иммунной реакции у больного, предусматривающему введение больному вакцины, обеспеченной в соответствии с настоящим изобретением.
Другой аспект относится к способу лечения больного, предусматривающему стадии:
(a) обеспечения иммунотерапевтического средства, описанного в настоящем документе, такого как вакцина, с использованием способов в соответствии с настоящим изобретением; и
(b) введения указанного иммунотерапевтического средства больному.
Другой аспект относится к способу лечения больного, предусматривающему введение иммунотерапевтического средства, описанного в настоящем документе, такого как вакцина, больному.
Согласно одному варианту осуществления больным является раковый больной, а вакциной является противораковая вакцина, такая как вакцина, введение которой обеспечивает раковые специфические неоэпитопы.
Согласно следующим аспектам настоящее изобретение обеспечивает вакцины, описанные в настоящем документе, для применения в способах лечения, описанных в настоящем документе, в частности, для применения при лечении или предупреждении злокачественной опухоли.
Методы лечения злокачественной опухоли, описанные в настоящем документе, могут быть объединены с хирургической резекцией и/или облучением, и/или традиционной химиотерапией.
Другие признаки и преимущества настоящего изобретения станут очевидными из следующего подробного описания и формулы изобретения.
Подробное раскрытие настоящего изобретения
Хотя настоящее изобретение ниже описывается подробно, следует учитывать, что настоящее изобретение не ограничивается конкретными методами, протоколами и реагентами, описанными в настоящем документе, поскольку они могут варьировать. Также следует понимать, что терминология используется в настоящем документе исключительно с целью описания конкретных вариантов осуществления и не предназначена ограничивать объем настоящего изобретения, который ограничивается исключительно прилагаемой формулой изобретения. Если не определено иное, все технические и научные термины, используемые в настоящем документе, имеют те же значения, что обычно известны рядовому специалисту в данной области.
Далее будут описаны элементы настоящего изобретения. Эти элементы приводятся с конкретными вариантами осуществления, однако следует понимать, что они могут быть объединены любым способом и в любом количестве с созданием дополнительных вариантов осуществления. Различным образом описанные примеры и предпочтительные варианты осуществления не должны толковаться как ограничивающие настоящее изобретение только конкретно описанными вариантами осуществления. Настоящее описание следует понимать как поддерживающее и охватывающее варианты осуществления, которые объединяют конкретно описанные варианты осуществления с любым количеством раскрытых и/или предпочтительных элементов. Кроме того, любые пермутации и комбинации всех описанных элементов в настоящей заявке следует рассматривать как раскрытые описанием настоящей заявки, если в контексте не указано иное.
Предпочтительно термины, используемые в настоящем документе, определяют как описанные в «A multilingual glossary of biotechnological terms: (IUPAC Recommendations)», H.G.W. Leuenberger, B. Nagel, and H. Kölbl, Eds., (1995) Helvetica Chimica Acta, CH-4010 Basel, Switzerland.
При осуществлении настоящего изобретения будут использоваться, если не указано иное, традиционные способы биохимии, клеточной биологии, иммунологии и методик рекомбинантной ДНК, которые определяются в литературе данной области (см., например, Molecular Cloning: A Laboratory Manual, 2nd Edition, J. Sambrook et al. eds., Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor 1989).
По всему настоящему описанию и следующей формуле изобретения, если контекст не требует иного, слово «содержать» и вариации, такие как «содержит» и «содержащий», будут подразумевать включение указанных представителя, целого числа или стадии, или группы представителей, целых чисел или стадий, но не исключение любых других представителя, целого числа или стадии, или группы представителей, целых чисел или стадий, хотя согласно некоторым вариантам осуществления такие другие представитель, целое число или стадия, или группа представителей, целых чисел или стадий могут быть исключены, т.e. объект изобретения заключается во включении указанных представителя, целого числа или стадии, или группы представителей, целых чисел или стадий. Термины в единственном числе, используемые в контексте описываемого настоящего изобретения (особенно в контексте формулы изобретения), следует понимать как охватывающие и единственное, и множественное число, если в настоящем документе не указано иное или явно не противоречит контексту. Упоминание в настоящем документе диапазонов значений предназначено исключительно для использования в качестве сокращенного метода индивидуального упоминания каждого отдельного значения, попадающего в данный диапазон. Если в настоящем документе не указано иное, каждое отдельное значение включено в настоящее описание так, как если бы оно было индивидуально упомянуто в настоящем документе.
Все способы, описанные в настоящем документе, могут быть выполнены в любом подходящем порядке, если в настоящем документе не указано иное, или иное явно не противоречит контексту. Применение любого и всех примеров или типичной формулировки (например, «такой как»), представленных в настоящем документе, предназначено исключительно для более понятной иллюстрации настоящего изобретения, а не с целью ограничения объема настоящего изобретения, заявленного иным образом. Никакая формулировка в настоящем описании не должна истолковываться как указание какого-либо незаявленного элемента, необходимого для осуществления настоящего изобретения.
Некоторые документы цитируются по всему тексту настоящего описания. Каждый из таких документов, цитируемых в настоящем документе (в том числе все патенты, заявки на выдачу патентов, научные публикации, технические условия изготовителя, инструкции и т.д.) либо supra, либо infra, тем самым включены посредством ссылки во всей полноте. Никакая часть настоящего документа не должна быть истолкована как признание того, что настоящее изобретение не может быть датировано ранее такого раскрытия в силу предшествующего изобретения.
Настоящее изобретение относится к иммунотерапии заболеваний, в частности, злокачественных заболеваний, путем использования белка или белкового фрагмента, присутствующего в больных клетках в качестве метки, и нацеливания на больные клетки. В частности, на больные клетки может быть нацелен фрагмент белка, присутствующий на поверхности больных клеток в контексте MHC. Иммунотерапия в соответствии с настоящим изобретением подлежит осуществлению посредством активных и/или пассивных иммунотерапевтических подходов.
В частности, настоящее изобретение относится к определению белков или их фрагментов, подходящих для иммунотерапии. После идентификации подходящего белка этот белок или его фрагмент (необязательно как часть более крупного полипептида), или нуклеиновая кислота, кодирующая белок или фрагмент (необязательно как часть более крупного полипептида), могут быть использованы в качестве вакцины для усиления или индуцирования иммунной реакции против белка или его фрагмента, в частности, путем индуцирования и/или активизации соответствующих эффекторных клеток, таких как Т-клетки, которые распознают белок или его фрагмент (в частности, при представлении в контексте MHC) через соответствующий рецептор (такой как Т-клеточный рецептор или искусственный Т-клеточный рецептор). В качестве альтернативы или дополнения, можно вводить эффекторные клетки, такие как Т-клетки, которые распознают белок или его фрагмент (в частности, при представлении в контексте MHC) через соответствующий рецептор (такой как Т-клеточный рецептор или искусственный Т-клеточный рецептор). Без углубления в конкретную теорию предполагают, что белок или его фрагмент, который прогнозирован как применимый для иммунотерапии в соответствии с настоящим изобретением, имеет высокую степень вероятности быть поглощенным антиген-презентирующими клетками и быть презентированным антиген-презентирующими клетками, в частности, путем кросс-презентации, что таким образом в конечном итоге ведет к эффективной иммунной реакции против больных клеток, экспрессирующих белок или его фрагмент.
Белки, определяемые в соответствии с настоящим изобретением как применимые или подходящие для иммунотерапии, также в настоящем документе называют «антигенами». Фрагменты белков, определяемые в соответствии с настоящим изобретением как применимые или подходящие для иммунотерапии, также в настоящем документе называют «эпитопами».
Иммунотерапевтические подходы в соответствии с настоящим изобретением предусматривают иммунизацию i) белком или пептидом (нативным или модифицированным), ii) нуклеиновой кислотой, кодирующей белок или пептид, iii) рекомбинантными клетками, кодирующими белок или пептид, iv) рекомбинантными вирусами, кодирующими белок или пептид, и v) антиген-презентирующими клетками, в которые ввели белок или пептид (нативный или модифицированный) или которые трансфицировали нуклеиновыми кислотами, кодирующими белок или пептид.
Иммунотерапевтические подходы в соответствии с настоящим изобретением также предусматривают перенос vi) Т-клеточных рецепторов, которые распознают белок или пептид, и vii) эффекторных клеток (таких как Т-клетки), кодирующих рецепторы, которые распознают белок или пептид, в частности, при представлении в контексте MHC.
Предпочтительные белки и фрагменты в соответствии с настоящим изобретением экспрессируются специфическим по отношению к заболеванию образом, например, они представляют собой ассоциированные с заболеванием антигены или эпитопы (например, наличие белка или клеток, экспрессирующих белок, является характеристикой заболевания) и/или содержат одну или несколько специфических по отношению к заболеванию аминокислотных модификаций, например, они представляют собой ассоциированные с заболеванием неоантигены или неоэпитопы. Предпочтительно, специфическая по отношению к заболеванию аминокислотная модификация является результатом одной или нескольких специфических по отношению к заболеванию соматических мутаций. Согласно одному особенно предпочтительному варианту осуществления специфической по отношению к заболеванию аминокислотной модификацией является специфическая по отношению к злокачественной опухоли аминокислотная модификация, а специфической по отношению к заболеванию соматической мутацией является специфическая по отношению к злокачественной опухоли соматическая мутация. Таким образом, в соответствии с настоящим изобретением вакцина предпочтительно отличается специфическими по отношению к заболеванию аминокислотными модификациями/специфическими по отношению к заболеванию соматическими мутациями больного и предпочтительно при введении обеспечивает один или несколько основанных на мутации неоэпитопов. Таким образом, вакцина может содержать пептид или полипептид, содержащий один или несколько основанных на мутации неоэпитопов, или нуклеиновую кислоту, кодирующую указанный пептид или полипептид. Согласно одному варианту осуществления специфические по отношению к заболеванию аминокислотные модификации идентифицируют путем идентификации специфических по отношению к заболеванию соматических мутаций, например, с помощью секвенирования геномной ДНК и/или РНК больной ткани или одной или нескольких больных клеток.
В соответствии с настоящим изобретением стадия идентификации специфических по отношению к заболеванию аминокислотных модификаций и/или идентификации специфических по отношению к заболеванию соматических мутаций может быть выполнена до или после способов в соответствии с настоящим изобретением прогнозирования применимости белка или его фрагмента, экспрессированного больными клетками, в иммунотерапии. Согласно одному предпочтительному варианту осуществления настоящего изобретения специфические по отношению к заболеванию аминокислотные модификации и/или специфические по отношению к заболеванию соматические мутации сначала определяют в образце больного, и а затем прогнозируют применимость белка, содержащего одну или несколько специфических по отношению к заболеванию аминокислотных модификаций, или его фрагмента, содержащего одну или несколько специфических по отношению к заболеванию аминокислотных модификаций, для иммунотерапии согласно способам в соответствии с настоящим изобретением. После идентификации специфические по отношению к заболеванию аминокислотные модификации (соответственно, белки, содержащие одну или несколько специфических по отношению к заболеванию аминокислотных модификаций, или их фрагменты, содержащие одну или несколько специфических по отношению к заболеванию аминокислотных модификаций) также могут быть отобраны и/или ранжированы по их применимости для иммунотерапии согласно способам в соответствии с настоящим изобретением.
Термин «экзосомы» относится к полученным из клеток везикулам, которые присутствуют в биологических жидкостях, в том числе в крови, моче, и культуральной среде клеточных культур. Экзосомы либо высвобождаются из клетки при слиянии мультивезикулярных телец с плазматической мембраной, либо они высвобождаются непосредственно из плазматической мембраны. Экзосомы содержат различные молекулярные составляющие, происходящие из этой клетки, в том числе белки и РНК. Хотя композиция экзосомальных белков варьирует в клетке и ткани, из которых они происходят, большинство экзосом содержат эволюционно консервативный общий набор белковых молекул. Экзосомы могут переносить молекулы из одной клетки в другую за счет миграции мембранной везикулы, тем самым влияя на иммунную систему, такую как дендритные клетки и B-клетки, и могут играть функциональную роль в опосредовании адаптивных иммунных реакций на патогены и опухоли.
Используемый в настоящем документе термин «цитозоль» относится к части цитоплазмы в несвязанных с мембраной субструктурах клетки.
В соответствии с настоящим изобретением термин «пептид» относится к веществам, содержащим две или больше, предпочтительно 3 или больше, предпочтительно 4 или больше, предпочтительно 6 или больше, предпочтительно 8 или больше, предпочтительно 10 или больше, предпочтительно 13 или больше, предпочтительно 16 или больше, предпочтительно 21 или больше и предпочтительно до 8, 10, 20, 30, 40 или 50, в частности, 100, аминокислот, ковалентно соединенных пептидными связями. Термин «полипептид» или «белок» относится к крупным пептидам, предпочтительно к пептидам с более чем 100 аминокислотными остатками, но, как правило, термины «пептид», «полипептид» и «белок» являются синонимами и используются в настоящем документе взаимозаменяемо.
В соответствии с настоящим изобретением термин «модификация» по отношению к пептидам, полипептидам или белкам относится к изменению последовательности в пептиде, полипептиде или белке по сравнению с исходной последовательностью, такой как последовательность пептида, полипептида или белка дикого типа. Термин включает в себя варианты аминокислотной вставки, варианты аминокислотного добавления, варианты аминокислотной делеции и варианты аминокислотной замены, предпочтительно варианты аминокислотной замены. Все такие изменения последовательности в соответствии с настоящим изобретением потенциально могут создавать новые эпитопы.
Варианты аминокислотной вставки предусматривают вставки одной, или двух, или больше аминокислот в конкретную аминокислотную последовательность.
Варианты аминокислотного добавления аминокислоты предусматривают амино- и/или карбокси-концевые слияния одной или нескольких аминокислот, например, 1, 2, 3, 4 или 5, или больше аминокислот.
Варианты аминокислотной делеции характеризуются удалением одной или нескольких аминокислот из последовательности, например, удалением 1, 2, 3, 4 или 5, или больше аминокислот.
Варианты аминокислотной замены характеризуются тем, что по меньшей мере один остаток в последовательности удаляется, а на его место вставляется другой остаток.
В соответствии с настоящим изобретением модификация или модифицированный пептид могут быть получены из белка, содержащего модификацию.
Термин «полученный» в соответствии с настоящим изобретением означает, что конкретное соединение, в частности, конкретная пептидная последовательность, присутствует в объекте, из которого его получают. В случае аминокислотных последовательностей, особенно конкретных участков последовательностей, «полученный», в частности, означает, что соответствующую аминокислотную последовательность получают из аминокислотной последовательности, в которой она присутствует.
В соответствии с настоящим изобретением белки, описанные в настоящем документе, предпочтительно содержат одну или несколько специфических по отношению к заболеванию аминокислотных модификаций. Согласно одному варианту осуществления такие одна или несколько специфических по отношению к заболеванию аминокислотных модификаций располагаются в эпитопах или потенциальных эпитопах белка. Таким образом, предпочтительными белками, описанными в настоящем документе, являются неоантигены, предпочтительно содержащие один или несколько неоэпитопов. Подобным образом, предпочтительным белковым фрагментом, описанным в настоящем документе, является фрагмент белка, содержащего одну или несколько специфических по отношению к заболеванию аминокислотных модификаций, при этом предпочтительно одна или несколько специфических по отношению к заболеванию аминокислотных модификаций располагаются во фрагменте белка. Таким образом, предпочтительным белковым фрагментом, описанным в настоящем документе, является неоэпитоп.
В соответствии с настоящим изобретением термин «неоантиген» относится к пептиду или белку, включающему в себя одну или несколько аминокислотных модификаций по сравнению с исходным пептидом или белком. Например, неоантигеном может быть ассоциированный с опухолью неоантиген, при этом термин «ассоциированный с опухолью неоантиген» включает в себя пептид или белок, включающие в себя аминокислотные модификации в связи со специфическими по отношению к опухоли мутациями.
В соответствии с настоящим изобретением термин «специфическая по отношению к заболеванию мутация» относится к соматической мутации, которая присутствует в нуклеиновой кислоте больной клетки, но отсутствует в нуклеиновой кислоте соответствующей нормальной, т.e. здоровой, клетки.
В соответствии с настоящим изобретением, термин «специфическая по отношению к опухоли мутация» или «специфическая по отношению к злокачественной опухоли мутация» относится к соматической мутации, которая присутствует в нуклеиновой кислоте опухоли или в раковой клетке, но отсутствует в нуклеиновой кислоте соответствующей нормальной, т.e. неопухолевой или нераковой, клетки. Термины «специфическая по отношению к опухоли мутация» и «опухолевая мутация», а также термины «специфическая по отношению к злокачественной опухоли мутация» и «канцерогенная мутация» используют в настоящем документе взаимозаменяемо.
Термин «иммунная реакция» относится к реакции иммунной системы, например, на иммуногенные организмы, такие как бактерии или вирусы, клетки или вещества. Термин «иммунная реакция» включает в себя врожденную иммунную реакцию и адаптивную иммунную реакцию. Предпочтительно, иммунная реакция относится к активации иммунных клеток, индуцированию биосинтеза цитокинов и/или продуцирования антител.
Предпочтительным является то, что иммунная реакция, индуцированная композициями, описанными в настоящем документе, предусматривает стадии активации антиген-презентирующих клеток, таких как дендритные клетки и/или макрофаги, презентации антигена или его фрагмента указанными антиген-презентирующими клетками и активации цитотоксических Т-клеток за счет такой презентации.
Термин «индуцирование иммунной реакции» может означать, что иммунная реакция отсутствовала до индуцирования, но также он может означать, что наблюдался некоторый уровень иммунной реакции до индуцирования, а после индуцирования указанная иммунная реакция усиливается. Таким образом, термин «индуцирование иммунной реакции» также включает в себя «усиление иммунной реакции». Предпочтительно, после индуцирования иммунной реакции у субъекта, указанный субъект является защищенным от развития заболевания, такого как злокачественное заболевание, или состояние заболевания облегчается индуцированием иммунной реакции. Например, иммунная реакция против экспрессированного опухолью антигена может быть индуцирована у больного, имеющего злокачественное заболевание, или у субъекта с риском развития злокачественного заболевания. Индуцирование иммунной реакции в этом случае может означать, что состояние заболевания субъекта облегчается, что у субъекта не развиваются метастазы, или что у субъекта с риском развития злокачественного заболевания не развивается злокачественное заболевание.
Термины «клеточная иммунная реакция» и «клеточная реакция» или подобные термины относятся к иммунной реакции, направленной на клетки, характеризующиеся презентацией антигена с MHC I класса или II класса, в том числе Т-клетки или T-лимфоциты, которые действуют либо как «хелперы», либо как «киллеры». Хелперные Т-клетки (также называемые CD4+ Т-клетками) играют основную роль путем регуляции иммунной реакции, а клетки-киллеры (также называемые цитотоксическими Т-клетками, цитолитическими Т-клетками, CD8+ Т-клетками или CTL) убивают больные клетки, такие как раковые клетки, предотвращая продуцирование большего количества больных клеток. Согласно предпочтительным вариантам осуществления настоящее изобретение относится к стимуляции реакции CTL против заболевания в отношении больных клеток, экспрессирующих один или несколько ассоциированных с заболеванием антигенов и предпочтительно презентирующих такие ассоциированные с заболеванием антигены с MHC I класса, в частности, противоопухолевой реакции CTL против опухолевых клеток, экспрессирующих один или несколько экспрессированных опухолью антигенов и предпочтительно презентирующих такие экспрессируемые опухолью антигены с MHC I класса.
В соответствии с настоящим изобретением термин «антиген» или «иммуноген» охватывает любое вещество, предпочтительно пептид или белок, которое является целью иммунной реакции и/или которое будет вызывать иммунную реакцию. В частности, термин «антиген» относится к любому веществу, которое специфически реагирует с антителами или T-лимфоцитами (T-клетками). В соответствии с настоящим изобретением термин «антиген» включает в себя любую молекулу, которая содержит по меньшей мере один эпитоп, такой как Т-клеточный эпитоп. Предпочтительно, антиген в контексте настоящего изобретения представляет собой молекулу, которая, необязательно после процессирования, индуцирует иммунную реакцию, которая предпочтительно является специфической по отношению к антигену или клеткам, экспрессирующим антиген. В соответствии с настоящим изобретением может быть использован любой подходящий антиген, который является кандидатом для иммунной реакции, при этом иммунной реакцией предпочтительно является клеточная иммунная реакция. В контексте вариантов осуществления настоящего изобретения антиген предпочтительно презентируется клеткой, предпочтительно антиген-презентирующей клеткой, в контексте молекул MHC, что приводит к иммунной реакции против антигена. Антиген предпочтительно представляет собой продукт, который соответствует встречающемуся в природе антигену или получен из такового. Такие встречающиеся в природе антигены могут включать в себя аллергены, вирусы, бактерии, грибки, паразиты, другие инфекционные средства и патогены или могут быть получены из таковых, или антигеном также может быть опухолевый антиген. В соответствии с настоящим изобретением антиген может соответствовать встречающемуся в природе продукту, например, вирусному белку или его части. Согласно предпочтительным вариантам осуществления антигеном является поверхностный полипептид, т.e. полипептид, представленный в природе на поверхности клетки, патогена, бактерии, вируса, грибка, паразита, аллергена или опухоли. Антиген может вызывать иммунную реакцию против клетки, патогена, бактерии, вируса, грибка, паразита, аллергена или опухоли.
Термин «ассоциированный с заболеванием антиген» используют в его широком смысле по отношению к любому антигену, ассоциированному с заболеванием. Ассоциированный с заболеванием антиген представляет собой молекулу, содержащую эпитопы, которые будут стимулировать иммунную систему хозяина с получением клеточной антиген-специфической иммунной реакции и/или гуморальной иммунной реакции с образованием антител против заболевания. Ассоциированный с заболеванием антиген, поэтому, может быть использован для терапевтических целей. Ассоциированные с заболеванием антигены предпочтительно являются ассоциированными с инфекцией, вызываемой микробами, как правило, микробными антигенами, или ассоциированными со злокачественной опухолью, как правило, опухолевыми.
Термин «патоген» относится к патогенному биологическому материалу, способному вызывать заболевание в организме, предпочтительно, организме позвоночных. Патогены включают в себя микроорганизмы, такие как бактерии, одноклеточные эукариотические организмы (Protozoa), грибки, а также вирусы.
Термины «эпитоп», «антигенный пептид», «антигенный эпитоп», «иммуногенный пептид» и «связывающийся с MHC пептид» используются в настоящем документе взаимозаменяемо и относятся к антигенной детерминанте в молекуле, такой как антиген, т.e. к части или фрагменту иммунологически активного соединения, которое распознается иммунной системой, например, которое распознается Т-клеткой, в частности, при представлении в контексте молекул MHC. Эпитоп белка предпочтительно содержит непрерывную или прерывистую часть указанного белка и составляет в длину предпочтительно от 5 до 100, предпочтительно от 5 до 50, более предпочтительно от 8 до 30, наиболее предпочтительно от 10 до 25 аминокислот, например, эпитоп может составлять в длину предпочтительно 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24 или 25 аминокислот. В соответствии с настоящим изобретением эпитоп может связываться с молекулами MHC, такими как молекулы MHC на поверхности клетки, и, таким образом, может представлять собой «связывающийся с MHC пептид» или «антигенный пептид».
Термин «главный комплекс гистосовместимости» и сокращение «MHC» включают в себя молекулы MHC I класса и MHC II класса и относятся к комплексу генов, которые присутствуют у всех позвоночных. Белки или молекулы MHC важны для передачи сигнала между лимфоцитами и антиген-презентирующими клетками или больными клетками в иммунных реакциях, при этом белки или молекулы MHC связывают пептиды и презентируют их для распознавания Т-клеточными рецепторами. Белки, кодируемые с MHC, экспрессируются на поверхности клеток и демонстрируют как собственные антигены (пептидные фрагменты из самой клетки), так и чужеродные антигены (например, фрагменты инвазивных микроорганизмов) Т-клетке. Такие предпочтительные иммуногенные части связываются с молекулой MHC I класса или MHC II класса. Как используется в настоящем документе, указывается, что иммуногенная часть «связывается с» молекулой MHC I класса или MHC II класса, если такое связывание выявляется с использованием любого анализа, известного в уровне техники. Термин «связывающийся с MHC пептид» относится к пептиду, который связывается с молекулой MHC I класса и/или MHC II класса. В случае комплексов MHC I класса/пептид связывающиеся пептиды, как правило, составляют в длину 8-10 аминокислот, хотя могут быть эффективными и более длинные или более короткие пептиды. В случае комплексов MHC II класса/пептид связывающиеся пептиды, как правило, составляют в длину 10-25 аминокислот и, в частности, 13-18 аминокислот, тогда как могут быть эффективными и более длинные, и более короткие пептиды. Согласно одному предпочтительному варианту осуществления всех аспектов настоящего изобретения молекула MHC представляет собой молекулу HLA.
Если пептид является частью более крупного соединения, содержащего дополнительные последовательности, например, последовательности или полипептида вакцины, и подлежит представлению после процессирования, в частности, после расщепления, то пептид, полученный с помощью процессирования, имеет длину, которая подходит для связывания с молекулой MHC, в частности, с молекулой MHC I класса, и предпочтительно составляет в длину 7-30 аминокислот, например, 7-20 аминокислот в длину, более предпочтительно 7-12 аминокислот в длину, более предпочтительно 8-11 аминокислот в длину, в частности, 9 или 10 аминокислот в длину. Предпочтительно, последовательность пептида, подлежащую представлению после процессирования, получают из аминокислотной последовательности антигена или полипептида, используемого для вакцинации, т.e. его последовательность в значительной степени соответствует и, предпочтительно, полностью идентична фрагменту антигена или полипептида.
Таким образом, связывающийся с MHC пептид согласно одному варианту осуществления содержит последовательность, которая в значительной степени соответствует и, предпочтительно, полностью идентична фрагменту антигена.
Используемый в настоящем документе термин «неоэпитоп» относится к эпитопу, который не присутствует в эталоне, таком как нормальная здоровая (например, нераковая) или зародышевая клетка, но обнаруживается в больных клетках (например, раковых клетках). В частности, подразумеваются ситуации, при которых в нормальной здоровой или зародышевой клетке обнаруживается соответствующий эпитоп, однако из-за одной или нескольких мутаций в больной клетке последовательность эпитопа изменяется так, что приводит к неоэпитопу.
Используемый в настоящем документе термин «Т-клеточный эпитоп» относится к пептиду, который связывается с молекулой MHC в конфигурации, распознаваемой Т-клеточным рецептором. Как правило, Т-клеточные эпитопы представлены на поверхности антиген-презентирующей клетки.
Т-клеточный эпитоп в соответствии с настоящим изобретением предпочтительно относится к части или фрагменту антигена, которые способны стимулировать иммунную реакцию, предпочтительно, клеточную реакцию против антигена или клеток, характеризующихся экспрессией антигена и, предпочтительно, презентацией антигена, такого как больные клетки, в частности, раковые клетки. Предпочтительно, Т-клеточный эпитоп способен стимулировать клеточную реакцию против клетки, характеризующейся презентацией антигена с MHC I класса, и, предпочтительно, способен стимулировать антиген-отвечающий цитотоксический T-лимфоцит (CTL).
Согласно одному варианту осуществления вакцина в соответствии с настоящим изобретением содержит эпитоп, подходящий для вакцинации целевого организма. Специалисту в данной области будет известен один из принципов иммунологии и вакцинации на основании того факта, что иммунопротективная реакция на заболевание вырабатывается путем иммунизации организма вакциной, которая является иммунологически значимой по отношению к заболеванию, подлежащему лечение. В соответствии с настоящим изобретением антиген выбирают из группы, содержащей собственный антиген и чужеродный антиген. Чужеродный антиген, предпочтительно, представляет собой бактериальный антиген, вирусный антиген, грибковый антиген, аллерген или паразитарный антиген. Предпочтительным является то, что антиген содержит эпитоп, который способен вызывать иммунную реакцию в целевом организме. Например, эпитоп может вызывать иммунную реакцию против бактерии, вируса, грибка, паразита, аллергена или опухоли.
Согласно некоторым вариантам осуществления чужеродным антигеном является бактериальный антиген. Согласно некоторым вариантам осуществления антиген вызывает иммунную реакцию против бактерии, которая инфицирует животных, в том числе птиц, рыб и млекопитающих, в том числе домашних животных. Предпочтительно, бактерией, против которой возникает иммунная реакция, является патогенная бактерия.
Согласно некоторым вариантам осуществления чужеродным антигеном является вирусный антиген. Вирусным антигеном может быть, например, пептид из белка вирусной поверхности, например, капсидный полипептид или полипептид шиповидных отростков. Согласно некоторым вариантам осуществления антиген вызывает иммунную реакцию против вируса, который инфицирует животных, в том числе птиц, рыб и млекопитающих, в том числе домашних животных. Предпочтительно, вирусом, против которого возникает иммунная реакция, является патогенный вирус.
Согласно некоторым вариантам осуществления чужеродным антигеном является полипептид или белок из грибка. Согласно некоторым вариантам осуществления антиген вызывает иммунную реакцию против грибка, который инфицирует животных, в том числе птиц, рыб и млекопитающих, в том числе домашних животных. Предпочтительно, грибком, против которого возникает иммунная реакция, является патогенный грибок.
Согласно некоторым вариантам осуществления чужеродный антиген представляет собой полипептид или белок от одноклеточного эукариотического паразита. Согласно некоторым вариантам осуществления антиген вызывает иммунную реакцию против одноклеточного эукариотического паразита, предпочтительно, патогенного одноклеточного эукариотического паразита. Патогенные одноклеточные эукариотические паразиты могут быть, например, из рода Plasmodium, например, P. falciparum, P. vivax, P. malariae или P. ovale, из рода Leishmania или из рода Trypanosoma, например, T. cruzi или T. brucei.
Согласно некоторым вариантам осуществления чужеродный антиген представляет собой аллергенный полипептид или аллергенный белок. Аллергенный белок или аллергенный полипептид подходят для противоаллергенной иммунотерапии, также называемой гипосенсибилизацией.
Согласно некоторым вариантам осуществления антигеном является собственный антиген, в частности, опухолевый антиген. Опухолевые антигены и их определение известны специалисту.
В контексте настоящего изобретения термин «опухолевый антиген» или «ассоциированный с опухолью антиген» относится к белкам, которые при нормальных условиях специфически экспрессируются в ограниченном числе тканей и/или органов, или на определенных стадиях развития, например, опухолевый антиген может быть при нормальных условиях специфически экспрессирован в ткани желудка, предпочтительно, в слизистой оболочке желудка, в репродуктивных органах, например, в яичках, в трофобластической ткани, например, в плаценте, или в клетках зародышевой линии, и экспрессируются или аберрантно экспрессируются в одной или нескольких тканях или раковых тканях. В данном контексте «ограниченное число», предпочтительно, означает не более чем 3, более предпочтительно не более чем 2. Опухолевые антигены в контексте настоящего изобретения включают в себя, например, дифференцировочные антигены, предпочтительно, специфические по отношению к типу клеток дифференцировочные антигены, т.e. белки, которые при нормальных условиях специфически экспрессируются в определенном типе клеток на определенной стадии дифференцировки, раково-тестикулярные антигены, т.e. белки которые при нормальных условиях специфически экспрессируются в яичке и иногда в плаценте, а также специфические по отношению к зародышевой линии антигены. В контексте настоящего изобретения опухолевый антиген предпочтительно ассоциируется с клеточной поверхностью раковой клетки и предпочтительно не экспрессируется или исключительно редко экспрессируется в нормальных тканях. Предпочтительно, опухолевый антиген или аберрантная экспрессия опухолевого антигена идентифицируют раковые клетки. В контексте настоящего изобретения опухолевый антиген, который экспрессируется раковой клеткой у субъекта, например, больного, страдающего злокачественным заболеванием, предпочтительно представляет собой собственный белок указанного субъекта. Согласно предпочтительным вариантам осуществления опухолевый антиген в контексте настоящего изобретения экспрессируется при нормальных условиях специфически в ткани или органе, которые не являются главными, т.е. в тканях или органах, поражение которых иммунной система не приводит к смерти субъекта, или в органах или структурах организма, которые недоступны или исключительно сложно доступны иммунной системе. Предпочтительно, аминокислотная последовательность опухолевого антигена является идентичной у опухолевого антигена, который экспрессируется в нормальных тканях, и у опухолевого антигена, который экспрессируется в раковых тканях.
Примерами опухолевых антигенов, которые могут быть применимыми в соответствии с настоящим изобретением, являются p53, ART-4, BAGE, бета-катенин/m, Bcr-abL CAMEL, CAP-1, CASP-8, CDC27/m, CDK4/m, CEA, белки клеточной поверхности семейства клаудинов, таких как CLAUDIN-6, CLAUDIN-18.2 и CLAUDIN-12, c-MYC, CT, Cyp-B, DAM, ELF2M, ETV6-AML1, G250, GAGE, GnT-V, Gap100, HAGE, HER-2/neu, HPV-E7, HPV-E6, HAST-2, hTERT (или hTRT), LAGE, LDLR/FUT, MAGE-A, предпочтительно MAGE-A1, MAGE-A2, MAGE-A3, MAGE-A4, MAGE-A5, MAGE-A6, MAGE-A7, MAGE-A8, MAGE-A9, MAGE-A10, MAGE-A11 или MAGE-A12, MAGE-B, MAGE-C, MART-1/Melan-A, MC1R, миозин/m, MUC1, MUM-1, -2, -3, NA88-A, NF1, NY-ESO-1, NY-BR-1, p190 минорный BCR-abL, Pm1/RARa, PRAME, протеиназа 3, PSA, PSM, RAGE, RU1 или RU2, SAGE, SART-1 или SART-3, SCGB3A2, SCP1, SCP2, SCP3, SSX, SURVIVIN, TEL/AML1, TPI/m, TRP-1, TRP-2, TRP-2/INT2, TPTE и WT. Особенно предпочтительные опухолевые антигены включают в себя CLAUDIN-18.2 (CLDN18.2) и CLAUDIN-6 (CLDN6).
Термин «иммуногенность» относится к относительной эффективности индуцирования иммунной реакции, которая предпочтительно ассоциирована с методами терапевтического лечения, такими как методы лечения злокачественные опухоли. Используемый в настоящем документе термин «иммуногенный» относится к свойству наличия иммуногенности. Например, термин «иммуногенная модификация» при использовании в контексте пептида, полипептида или белка относится к эффективности индуцирования указанным пептидом, полипептидом или белком иммунной реакции, которая обусловлена указанной модификацией и/или направлена против указанной модификации. Предпочтительно, немодифицированный пептид, полипептид или белок не индуцирует иммунную реакцию, индуцирует другую иммунную реакцию или индуцирует иммунную реакцию другого уровня, предпочтительно, более низкого уровня.
В соответствии с настоящим изобретением термин «иммуногенность» или «иммуногенный» предпочтительно относится к относительной эффективности индуцирования биологически значимой иммунной реакции, в частности, иммунной реакции, которая применима для вакцинации. Таким образом, согласно одному предпочтительному варианту осуществления аминокислотная модификация или модифицированный пептид являются иммуногенными, если они индуцируют иммунную реакцию против целевой модификации у субъекта, при этом иммунная реакция может быть полезной для терапевтических или профилактических целей.
Используемый в настоящем документе термин «прогнозирование применимости белка или его фрагмента для иммунотерапии» относится к прогнозирования того, будут ли белок или один или несколько его фрагментов, таких как эпитопы, в частности Т-клеточные эпитопы, применимы для индуцирования иммунной реакции или нацеленной иммунной реакции. Если по прогнозу белок, такой как ассоциированный с заболеванием антиген, является применимым для иммунотерапии, то, например, эпитопы указанного белка могут быть использованы для вакцинации, как описано в настоящем документе, или могут быть введены эффекторные клетки, нацеливающиеся на эпитоп указанного белка. Предпочтительно, белок, применимость которого в иммунотерапии подлежит прогнозированию в соответствии с настоящим изобретением, экспрессируется в больных клетках больного.
В соответствии с настоящим изобретением Т-клеточный эпитоп может быть представлен в вакцине как часть более крупного соединения, такого как вакцинная последовательность и/или полипептид, содержащий более чем один Т-клеточный эпитоп. Представленный пептид или Т-клеточный эпитоп получают после подходящего процессирования. Также Т-клеточные эпитопы могут быть модифицированы по одному или нескольким остаткам, которые не являются главными для распознавания TCR или для связывания с MHC. Такие модифицированные Т-клеточные эпитопы могут считаться иммунологически эквивалентными. Предпочтительно, Т-клеточный эпитоп при презентации с помощью MHC и распознавания Т-клеточным рецептором способен индуцировать в присутствии соответствующих костимуляторных сигналов клональное размножение Т-клетки, несущей Т-клеточный рецептор, специфически распознающей комплекс пептид/MHC. Предпочтительно, Т-клеточный эпитоп содержит аминокислотную последовательность, в значительной степени соответствующую аминокислотной последовательности фрагмента антигена. Предпочтительно, указанным фрагментом антигена является пептид, презентируемый MHC I класса и/или II класса.
Термин «процессирование антигена» или «процессирование» относится к разложению пептида, полипептида или белка на продукты процессирования, которые представляют собой фрагменты указанного пептида, полипептида или белка (например, разложение полипептида на пептиды), и ассоциации одного или нескольких из этих фрагментов (например, путем связывания) с молекулами MHC для презентации клетками, предпочтительно антиген-презентирующими клетками, специфическим Т-клеткам.
Рестриктированные II классом антигены преимущественно получают из экзогенных белков, которые попадают в антиген-презентирующие клетки эндоцитарным путем и процессируются в эндосомальном компартменте. Напротив, антигены, распознаваемые эффекторным CTL, рестриктированным по I классу, обычно получают из эндогенно синтезированных белков. Таким образом, экзогенные белки не могут обеспечивать антигенные детерминанты эффекторного CTL, рестриктированного I классом, если они вводятся непосредственно в цитоплазму целевых клеток.
Термин «кросс-презентация» относится к способности антиген-презентирующих клеток поглощать, процессировать и представлять внеклеточные антигены с молекулами MHC I класса CD8+ Т-клеткам (цитотоксическим Т-клеткам). Кросс-примирование описывает стимуляцию наивных цитотоксических CD8+ Т-клеток с помощью данного процесса. Антиген-презентирующие клетки, способные к кросс-презентации, главным образом представляют собой дендритными клетки, но было показано, что макрофаги, B-лимфоциты и синусоидальные эндотелиальные клетки также способны к этому.
Было показано кросс-примирование для вирусных белков и опухолевых антигенов. Это позволяет предположить, что кросс-примирование может обеспечивать иммунную систему механизмом, с помощью которого она может выявлять и реагировать на тканетропные вирусы, которые не инфицируют специализированные APC. При отсутствии такого механизма вирусы смогут избежать иммунологический надзор, ускользая от специализированных APC. Этот механизм также обеспечивает иммунную систему средством выживания неоантигенов, экспрессированных заново возникающими опухолевыми клетками. Подобно экзогенным чужеродным антигенам экзогенные собственные антигены могут проникать путем презентации с помощью I класса.
Термин «антиген-презентирующие клетки» (APC) означает клетки, которые представляют пептидные фрагменты белковых антигенов в ассоциации с молекулами MHC на своей клеточной поверхности. Некоторые APC могут активировать антиген-специфические Т-клетки.
Специализированные антиген-презентирующие клетки являются очень эффективными при интернализации антигена, либо с помощью фагоцитоза, либо с помощью опосредованного рецепторами эндоцитоза, с последующим представлением фрагмента антигена, связанного с молекулой MHC II класса, на своей мембране. Т-клетка распознает и взаимодействует с комплексом антиген-молекула MHC II класса на мембране антиген-презентирующей клетке. Затем производится дополнительный костимуляторный сигнал антиген-презентирующей клеткой, приводящий к активации Т-клетки. Экспрессия костимуляторных молекул является отличительной чертой специализированных антиген-презентирующих клеток.
Основными типами специализированных антиген-презентирующих клеток являются дендритные клетки, которые характеризуются самым широким диапазоном презентации антигенов и, вероятно, являются наиболее важными антиген-презентирующими клетками, макрофаги, B-клетки и некоторые активированные эпителиальные клетки. Дендритные клетки (DC) представляют собой популяции лейкоцитов, которые представляют антигены, захваченными в периферические такни, Т-клеткам путями презентации антигена с помощью MHC как II класса, так и I класса. Хорошо известно, что дендритные клетки являются эффективными индукторами иммунных реакций, и активация этих клеток является важной стадией для индуцирования противоопухолевого иммунитета. Дендритные клетки условно классифицируют на «незрелые» и «зрелые» клетки, которые могут быть использованы в качестве простого пути различия двух хорошо охарактеризованных фенотипов. Однако эта номенклатура не должна толковаться как исключающая все возможные промежуточные стадии дифференцировки. Незрелые дендритные клетки характеризуются как антиген-презентирующие клетки со способностью в высокой степени поглощать и процессировать антиген, что коррелирует с экспрессией в высокой степени Fcγ-рецептора и рецептора маннозы. Зрелый фенотип, как правило, характеризуется более низкой экспрессией этих маркеров, но экспрессией в высокой степени отвечающих за активацию Т-клеток молекул клеточной поверхности, таких как MHC I класса и II класса, адгезионных молекул (например, CD54 и CD11) и костимуляторных молекул (например, CD40, CD80, CD86 и 4-1 BB). Созревание дендритных клеток называют статусом активации дендритных клеток, при котором такие антиген-презентирующие дендритные клетки приводят к Т-клеточному примированию, тогда как презентация с помощью незрелых дендритных клеток приводит к толерантности. Созревание дендритных клеток главным образом вызывается биомолекулами с микробиальными признаками, выявляемыми врожденными рецепторами (бактериальной ДНК, вирусной РНК, эндотоксином и т.д.), провоспалительными цитокинами (TNF, IL-1, IFN), лигированием CD40 на поверхности дендритных клеток с помощью CD40L и веществами, высвобождаемыми из клеток, претерпевающих стрессогенную клеточную смерть. Дендритные клетки могут быть получены с помощью культивирования клеток костного мозга in vitro с цитокинами, такими как гранулоцитарно-макрофагальный колониестимулирующий фактор (GM-CSF) и фактор некроза опухолей альфа.
Неспециализированные антиген-презентирующие клетки конститутивно не экспрессируют белки MHC II класса, необходимые для взаимодействия с наивными Т-клетками; они экспрессируются только при стимуляции неспециализированных антиген-презентирующих клеток некоторыми цитокинами, такими как IFNγ.
Выражение «характеризуемая презентацией антигена клетка» или «презентирующая антиген клетка» или подобные выражения означают клетку, такую как больная клетка, например, раковая клетка, или антиген-презентирующая клетка, презентирующая антиген или фрагмент, полученный из указанного антигена, например, путем процессирования антигена, в контексте молекул MHC, в частности, молекул MHC I класса. Подобным образом, термины «характеризуемое презентацией антигена заболевание» означает заболевание, вовлекающее клетки, характеризуемые презентацией антигена, в частности, с MHC I класса. Презентация антигена клеткой может быть осуществлена с помощью трансфицирования клетки нуклеиновой кислотой, такой как РНК, кодирующая антиген.
Выражение «фрагмент антигена, который презентируется» или подобные выражения означают, что фрагмент может быть представлен с помощью MHC I класса или II класса, предпочтительно MHC I класса, например, при добавлении непосредственно к антиген-презентирующим клеткам. Согласно одному варианту осуществления фрагментом является фрагмент, который в естественных условиях презентируется клетками, экспрессирующими антиген.
Термин «целевая клетка» означает клетку, которая является целью для иммунной реакции, такой как клеточная иммунная реакция. Целевые клетки включают в себя клетки, которые представляют антиген, т.e. пептидный фрагмент, полученный из антигена, и включают в себя любую нежелательную клетку, такую как раковая клетка. Согласно предпочтительным вариантам осуществления целевой клеткой является клетка, экспрессирующая антиген, описанный в настоящем документе, и предпочтительно презентирующая указанный антиген с MHC I класса.
Термин «часть» относится к фракции. По отношению к конкретной структуре, такой как аминокислотная последовательность или белок, термин «часть» их может обозначать непрерывную или прерывистую фракцию указанной структуры. Предпочтительно, часть аминокислотной последовательности содержит по меньшей мере 1%, по меньшей мере 5%, по меньшей мере 10%, по меньшей мере 20%, по меньшей мере 30%, предпочтительно по меньшей мере 40%, предпочтительно по меньшей мере 50%, более предпочтительно по меньшей мере 60%, более предпочтительно по меньшей мере 70%, еще более предпочтительно по меньшей мере 80% и наиболее предпочтительно по меньшей мере 90% аминокислот указанной аминокислотной последовательности. Предпочтительно, если часть представляет собой прерывистую фракцию, то указанная прерывистая фракция состоит из 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8 или больше частей структуры, при этом каждая часть является непрерывным элементом структуры. Например, прерывистая фракция аминокислотной последовательности может состоять из 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8 или больше, предпочтительно не более 4 частей указанной аминокислотной последовательности, при этом каждая часть предпочтительно содержит по меньшей мере 5 непрерывных аминокислот, по меньшей мере 10 непрерывных аминокислот, предпочтительно по меньшей мере 20 непрерывных аминокислот, предпочтительно по меньшей мере 30 непрерывных аминокислот аминокислотной последовательности.
Термины «часть» и «фрагмент» используются в настоящем документе взаимозаменяемо и относятся к непрерывному элементу. Например, часть структуры, такой как аминокислотная последовательность или белок, относится к непрерывному элементу указанной структуры. Порция, часть или фрагмент структуры предпочтительно обладает одним или несколькими функциональными свойствами указанной структуры. Например, порция, часть или фрагмент эпитопа, пептида или белка являются предпочтительно иммунологически эквивалентными эпитопу, пептиду или белку, из которого они получены. В контексте настоящего изобретения «часть» структуры, такой как аминокислотная последовательность, предпочтительно составляет, предпочтительно состоит из по меньшей мере 10%, по меньшей мере 20%, по меньшей мере 30%, по меньшей мере 40%, по меньшей мере 50%, по меньшей мере 60%, по меньшей мере 70%, по меньшей мере 80%, по меньшей мере 85%, по меньшей мере 90%, по меньшей мере 92%, по меньшей мере 94%, по меньшей мере 96%, по меньшей мере 98%, по меньшей мере 99% всей структуры или аминокислотной последовательности.
Термин «эффекторная клетка», «иммунная эффекторная клетка» или «иммунореактивная клетка» в контексте настоящего изобретения относится к клетке, которая проявляет эффекторные функции в ходе иммунной реакции. «Иммунореактивная клетка» предпочтительно способна связываться с антигеном или клеткой, характеризующейся презентацией антигена или его пептидного фрагмента (например, Т-клеточного эпитопа) и опосредованием иммунной реакции. Например, такие клетки секретируют цитокины и/или хемокины, секретируют антитела, распознают раковые клетки и необязательно элиминируют такие клетки. Например, иммунореактивные клетки содержат Т-клетки (цитотоксические Т-клетки, хелперные Т-клетки, инфильтрирующие опухоль Т-клетки), B-клетки, натуральные клетки-киллеры, нейтрофилы, макрофаги и дендритные клетки. Предпочтительно, в контексте настоящего изобретения иммунореактивными клетками являются Т-клетки, предпочтительно CD4+ и/или CD8+ Т-клетки.
Предпочтительно, «иммунореактивная клетка» распознает антиген или его пептидный фрагмент с некоторой степенью специфичности, в частности, если представлена в контексте молекул MHC, например, на поверхности антиген-презентирующих клеток или больных клеток, таких как раковые клетки. Предпочтительно, указанное распознавание позволяет клетке, которая распознает антиген или его пептидный фрагмент, отвечать или реагировать. Если клеткой является хелперная Т-клетка (CD4+ Т-клетка), несущая рецепторы, которые распознают антиген или его пептидный фрагмент в контексте молекул MHC II класса, такая отвечаемость или реактивность может включать в себя высвобождение цитокинов и/или активацию CD8+ лимфоцитов (CTL) и/или B-клеток. Если клеткой является CTL, то такая отвечаемость или реактивность может включать в себя элиминирование клеток, представленных в контексте молекул MHC I класса, т.е. клеток, характеризующихся презентацией антигена с MHC I класса, например, путем апоптоза или опосредованного перфорином клеточного лизиса. В соответствии с настоящим изобретением CTL отвечаемость может включать в себя постоянный поток кальция, клеточное деление, продуцирование цитокинов, таких как IFN-γ и TNF-α, повышающую регуляцию маркеров активации, таких как CD44 и CD69, и специфическое цитолитическое уничтожение антиген-экспрессирующих целевых клеток. Отвечаемость CTL также может быть определена с использованием искусственного репортера, который точно указывает на отвечаемость CTL. Такие CTL, которые распознают антиген или фрагмент антигена и являются отвечающими или реактивными также называют в настоящем документе «антиген-отвечающими CTL». Если клеткой является B-клетка, то такая отвечаемость может включать в себя высвобождение иммуноглобулинов.
Термины «Т-клетка» и «T-лимфоцит» используются в настоящем документе взаимозаменяемо и включают в себя T-хелперные клетки (CD4+ Т-клетки) и цитотоксические Т-клетки (CTL, CD8+ Т-клетки), которые включают в себя цитолитические Т-клетки.
Т-клетки принадлежат группе белых кровяных клеток, известных ка лимфоциты, и играют основную роль в клеточном иммунитете. Они могут отличаться от других типов лимфоцитов, таких как B-клетки и натуральные клетки-киллеры, наличием специального рецептора на их клеточной поверхности, называемого Т-клеточным рецептором (TCR). Тимус является основным органом, отвечающим за созревание Т-клеток. Были открыты несколько других подтипов Т-клеток, функция каждого из которых отличается.
T-хелперные клетки помогают другим белым кровяным клеткам в иммунологических процессах, в том числе в созревании B-клеток в плазматические клетки и в активации цитотоксических Т-клеток и макрофагов, среди прочих функций. Такие клетки также известны как CD4+ Т-клетки, поскольку они экспрессируют белок CD4 на своей поверхности. Хелперные Т-клетки становятся активированными при их презентации с пептидными антигенами с помощью молекул MHC II класса, которые экспрессируются на поверхности антиген-презентирующих клеток (APC). После активации они быстро делятся и секретируют небольшие белки, называемые цитокинами, которые регулируют активную иммунную реакцию или помогают ей.
Цитотоксические Т-клетки разрушают инфицированные вирусом клетки и опухолевые клетки, а также участвуют в отторжении трансплантата. Эти клетки также известны как CD8+ Т-клетки, поскольку они экспрессируют гликопротеин CD8 на своей поверхности. Эти клетки распознают свои цели за счет связывания с антигеном, ассоциированным с MHC I класса, который присутствует на поверхности почти каждой клетки организма.
Большинство Т-клеток имеют Т-клеточный рецептор (TCR), представленный в виде комплекса некоторых белков. Данный Т-клеточный рецептор состоит из двух отдельных пептидных цепей, которые получены от независимых генов Т-клеточного рецептора альфа и бета (TCRα и TCRβ) и называются α- и β-TCR цепями. γδ Т-клетки (гамма дельта Т-клетки) представляют собой небольшую подгруппу Т-клеток, которые имеют отличающийся Т-клеточный рецептор (TCR) на своей поверхности. Однако в γδ Т-клетках TCR состоит из одной γ-цепи и одной δ-цепи. Эта группа Т-клеток является намного менее распространенной (2% от всех Т-клеток), чем αβ Т-клетки.
В соответствии с настоящим изобретением термин «антигенный рецептор» включает в себя встречающиеся в природе рецепторы, такие как Т-клеточные рецепторы, а также сконструированные рецепторы, которые обеспечивают условную специфичность, такую как специфичность моноклонального антитела в отношении эффекторной клетки, такой как Т-клетка. Следовательно, может быть создано большое число антиген-специфических Т-клеток для переноса адоптивных клеток. Таким образом, антигенный рецептор в соответствии с настоящим изобретением может присутствовать на Т-клетках, например, вместо собственного Т-клеточного рецептора или в дополнение к таковому. Такие Т-клетки не требуют обязательного процессирования и презентации антигена для распознавания целевой клетки, а скорее могут распознавать предпочтительно со специфичностью любой антиген, присутствующий на целевой клетке. Предпочтительно, указанный антигенный рецептор экспрессируется на поверхности клеток. Для целей настоящего изобретения Т-клетки, содержащие сконструированный антигенный рецептор, называют используемым в настоящем документе термином «Т-клетка». В частности, в соответствии с настоящим изобретением термин «антигенный рецептор» включает в себя искусственные рецепторы, содержащие одну молекулу или комплекс молекул, которые распознают, т.e. связывают, целевую структуру (например, антиген) на целевой клетке, такой как раковая клетка (например, с помощью связывания антиген-связывающего сайта или антиген-связывающего домена с антигеном, экспрессированным на поверхности целевой клетки), и могут обеспечивать специфичность в отношении эффекторной клетки, такой как Т-клетка, экспрессирующая указанный антигенный рецептор на клеточной поверхности. Предпочтительно, распознавание целевой структуры антигенным рецептором приводит в результате к активации эффекторной клетки, экспрессирующей указанный антигенный рецептор. В соответствии с настоящим изобретением «антигенным рецептором» может быть «химерный антигенный рецептор (CAR)», «химерный Т-клеточный рецептор» или «искусственный Т-клеточный рецептор».
В соответствии с настоящим изобретением антиген может быть распознан антигенным рецептором посредством любых доменов распознавания антигена (также называемых в настоящем документе просто «доменами»), способных образовывать антиген-связывающий сайт, например, через антиген-связывающие части антител и Т-клеточные рецепторы, которые могут находиться на одних и тех же или различных пептидных цепях. Согласно одному варианту осуществления два домена, формирующих антиген-связывающий сайт, получены из иммуноглобулина. Согласно другому варианту осуществления два домена, формирующих антиген-связывающий сайт, получены из Т-клеточного рецептора. Особенно предпочтительными являются вариабельные домены антител, такие как одноцепочечные вариабельные фрагменты (scFv), полученные из моноклональных антител, и вариабельные домены Т-клеточного рецептора, в частности, отдельные цепи TCR альфа и бета. Фактически почти все, что связывает данную цель с высокой аффинностью, может быть использовано в качестве домена распознавания антигена.
Первый сигнал в активации Т-клеток обеспечивается за счет связывания Т-клеточного рецептора с коротким пептидом, представленным с помощью MHC на другой клетке. Это гарантирует, что активируется только Т-клетка с TCR, специфическим по отношению к этому пептиду. Клеткой-партнером обычно является антиген-презентирующая клетка, такая как специализированная антиген-презентирующая клетка, обычно дендритная клетка в случае наивных реакций, хотя важными APC могут быть B-клетки и макрофаги.
В соответствии с настоящим изобретением молекула способна связываться с целью, если она обладает значительной аффинностью в отношении указанной предварительно определенной цели и связывается с указанной предварительно определенной целью в стандартных анализах. «Аффинность» или «аффинность связывания» часто измеряют с помощью равновесной константы диссоциации (KD). Молекула не способна (в значительной степени) связываться с целью, если она не обладает значительной аффинностью в отношении указанной цели и не связывается в значительной степени с указанной целью в стандартных анализах.
Цитотоксические T-лимфоциты могут быть созданы in vivo путем включения антигена или его пептидного фрагмента в антиген-презентирующие клетки in vivo. Антиген или его пептидный фрагмент может быть представлен как белок, как ДНК (например, в векторе) или как РНК. Антиген может быть процессирован с получением пептидного партнера для молекулы MHC, тогда как его фрагмент может быть представлен без необходимости дополнительного процессирования. Последний, в частности, имеет место, если он может связываться с молекулами MHC. Как правило, возможно введение больному внутрикожной инъекцией. Однако инъекция также может быть выполнена внутрь лимфатического узла (Maloy et al. (2001), Proc Natl Acad Sci USA 98:3299-303). Полученные в результате клетки представляют собой представляющий интерес комплекс и распознаются аутологичными цитотоксическими T-лимфоцитами, которые затем размножаются.
Специфическая активация CD4+ или CD8+ Т-клеток может быть выявлена рядом путей. Способы выявления специфической Т-клеточный активации предусматривают выявление пролиферации Т-клеток, продуцирование цитокинов (например, лимфокинов) или обеспечения цитолитической активности. Для CD4+ Т-клеток предпочтительный способ выявления специфической Т-клеточной активации заключается в выявлении пролиферации Т-клеток. Для CD8+ Т-клеток предпочтительный способ выявления специфической Т-клеточной активации заключается в выявлении обеспечения цитолитической активности.
Термин «иммунологически эквивалентный» означает, что иммунологически эквивалентная молекула, такая как иммунологически эквивалентная аминокислотная последовательность, проявляет такие же или по сути такие же иммунологические свойства и/или вызывает такие же или по сути такие же иммунологические эффекты, например, применительно к типу иммунологического эффекта, такого как индуцирование гуморальной и/или клеточной иммунной реакции, силы и/или длительности индуцированной иммунной реакции или специфичности индуцированной иммунной реакции. В контексте настоящего изобретения термин «иммунологически эквивалентный» предпочтительно используют по отношению к иммунологическим эффектам или свойствам пептида, используемого для иммунизации. Например, аминокислотная последовательность является иммунологически эквивалентной по отношению к эталонной аминокислотной последовательности, если указанная аминокислотная последовательность при воздействии иммунной системы субъекта индуцирует иммунную реакцию, характеризующуюся специфичностью реагирования с эталонной аминокислотной последовательностью.
Термин «иммунные эффекторные функции» в контексте настоящего изобретения включает в себя любые функции, опосредованные компонентами иммунной системы, которые приводят, например, к уничтожению опухолевых клеток или к ингибированию роста опухоли и/или к ингибированию развития опухоли, в том числе, к ингибированию распространения и метастазирования опухоли. Предпочтительно, иммунными эффекторными функциями в контексте настоящего изобретения являются опосредованные Т-клетками эффекторные функции. Такие функции включают в себя в случае хелперной Т-клетки (CD4+ Т-клетки) распознавание антигена или фрагмента антигена в контексте молекул MHC II класса Т-клеточными рецепторами, высвобождение цитокинов и/или активацию CD8+ лимфоцитов (CTL) и/или B-клеток, а в случае CTL распознавание антигена или фрагмента антигена в контексте молекул MHC II класса Т-клеточными рецепторами, элиминирование клеток, представленных в контексте молекулы MHC I класса, т.е. клеток, характеризующихся презентацией антигена с MHC I класса, например, путем апоптоза или опосредованного перфорином клеточного лизиса, продуцирование цитокинов, таких как IFN-γ и TNF-α, и специфическое цитолитическое уничтожение антиген-экспрессирующих целевых клеток.
Как правило, в соответствии с настоящим изобретением белки, которые экспрессируются больными клетками, оценивают по отношению к их применимости для иммунотерапии. Белок с прогнозируемой применимостью в иммунотерапии может быть использован для обеспечения вакцины, содержащей белок или один или несколько его пептидных фрагментов, в частности, один или несколько (потенциальных) связывающихся с MHC пептидов белка.
В соответствии с настоящим изобретением термин «распределение» относится к статусу локализации. Термин «установление распределения или локализации», в частности, включает в себя определение или прогнозирование статуса локализации, например, определение или прогнозирование субклеточной локализации или представленности пептида, белка или нуклеиновой кислоты, например, определение или прогнозирование того, являются или не являются пептид, белок или нуклеиновая кислота локализованными или представленными в цитозоле и/или в экзосомах in vivo.
Термины, такие как «прогнозировать», «прогнозирование» или «прогноз», относятся к определению вероятности.
В соответствии с настоящим изобретением прогнозирование применимости белка или его фрагмента, экспрессированного больными клетками, в иммунотерапии может предусматривать одно или несколько из следующего: (i) установление распределения или локализации белка, или кодирующей его нуклеиновой кислоты, или фрагмента белка, например, установление того, являются ли белок, или кодирующая его нуклеиновая кислота, или фрагмент белка локализованными или представленными в цитозоле и/или в экзосомах in vivo, (ii) установление того, кросс-презентируется ли белок или его фрагмент антиген-презентирующими клетками, предпочтительно специализированными антиген-презентирующими клетками, (iii) установление наличия иммунной реакции с образованием антител на белок или его фрагмент, (iv) установление того, связывается ли белок или его фрагмент с F-актином, (v) установление того, связывается ли белок или его фрагмент с РНК.
Согласно одному варианту осуществления установление того, являются ли белок, или нуклеиновая кислота, кодирующая его, или фрагмент белка локализованными или представленным в экзосомах in vivo, выполняют путем получения образца внеклеточных жидкостей, выделения экзосом, например, с помощью дифференциального центрифугирования, выделения белков или нуклеиновых кислот, например, с помощью электрофореза в геле, и идентификации указанного белка или его фрагмента, например, посредством масс-спектрометрии, ELISA, проточной цитометрии, микромножеств антител или вестерн-блоттинга, или идентификации нуклеиновой кислоты, кодирующей указанный белок, например, посредством микроматрицы, РНК-секвенирования или RT-PCR. Согласно другому варианту осуществления установление того, являются ли белок, или нуклеиновая кислота, кодирующая его, или фрагмент белка локализованными или представленными в экзосомах in vivo, выполняют с помощью извлечения информации из базы данных, собирающей данные из экспериментов, описанных выше в данном разделе, например, ExoCarta (Keerthikumar, S, et al., J. Mol. Biol. 428, 688(2016)).
Согласно одному варианту осуществления установление наличия иммунной реакции с образованием антител может быть выполнено с использованием SEREX. SEREX означает серологическую идентификацию антигенов с помощью рекомбинантного экспрессионного клонирования и представляет собой способ идентификации опухолевых антигенов с помощью скринирования антител из сыворотки крови больного по распознаванию полученной из опухоли фаговой библиотеки трансдуцированной cDNA. В этой методике используют библиотеку фагового дисплея для экспрессии большой группы потенциальных антигенов больного. Антигены переносят на двухмерную поверхность, что позволяет их картирование в отношении специфических клонов. Поверхность инкубируют с аутологичной сывороткой крови больного. Иммунные реактивные клоны локализуют, культивируют и секвенируют (Sahin, U, et al., PNAS 92, 11810 (1995)).
Настоящее изобретение также может предусматривать разрушение белковых последовательностей на соответствующие фрагменты для связывания с MHC и установление баллов для связывания фрагментов с одной или несколькими молекулами MHC. Результаты могут быть ранжированы и могут состоять из перечня пептидов и их прогнозированных баллов, указывающих на вероятность связывания. Как правило, белки в соответствии с настоящим изобретением особенно применимы для иммунотерапии, если они содержат один или несколько (потенциальных) связывающихся с MHC пептидов.
Способы в соответствии с настоящим изобретением могут быть выполнены для больного, такого как раковый больной, например, на образце опухоли больного, такого как раковый больной.
В соответствии с настоящим изобретением белок или белковый фрагмент, описанный в настоящем документе, предпочтительно содержит по меньшей мере одну аминокислотную модификацию. Аминокислотные модификации, применимость в иммунотерапии которых подлежит определению в соответствии с настоящим изобретением или которые подлежат отбору и/или ранжированию согласно их прогнозированной иммуногенности в соответствии с настоящим изобретением, могут быть результатом мутаций в нуклеиновой кислоте клетки. Такие мутации могут быть идентифицированы известными методиками секвенирования.
Согласно одному варианту осуществления мутации являются специфическими по отношению к раковым соматическим мутациям в опухолевой пробе ракового больного, которые могут быть определены путем идентификации различий в последовательностях между геномом, экзомом и/или транскриптомом опухолевой пробы и геномом, экзомом и/или транскриптомом неонкогенной пробы.
В соответствии с настоящим изобретением опухолевая проба относится к любому образцу, такому как образец организма, полученному от больного, содержащему или предположительно содержащему опухолевые или раковые клетки. Образцом организма может быть образец любой ткани, такой как кровь, образец ткани, полученный из первичной опухоли или из опухолевого метастазиса, или любой другой образец, содержащий опухолевые или раковые клетки. Предпочтительно, образцом организма является кровь, а специфические по отношению к злокачественной опухоли соматические мутации или различия последовательностей определяют в одной или нескольких циркулирующих опухолевых клетках (CTC), содержащихся в крови. Согласно другому варианту осуществления опухолевая проба относится к одной или нескольким выделенным опухолевым или раковым клеткам, таким как циркулирующие опухолевые клетки (CTC), или к образцу, содержащему одну или несколько выделенных опухолевых или раковых клеток, таких как циркулирующие опухолевые клетки (CTC).
Не являющаяся опухолевой проба относится к любому образцу, такому как образец организма, полученный от больного или другого индивидуума, который предпочтительно принадлежит тому же виду, что и больной, предпочтительно от здорового индивидуума, не содержащий или предположительно не содержащий опухолевые или раковые клетки. Образцом организма может быть образец любой ткани, такой как кровь или образец из неонкогенной ткани.
Настоящее изобретение может относиться к определению сигнатуры канцерогенной мутации больного. Термин «сигнатура канцерогенной мутации» может относиться ко всем канцерогенным мутациям, присутствующим в одной или нескольких раковых клетках больного, или он может относиться только к части канцерогенных мутаций, присутствующих в одной или нескольких раковых клетках больного. Следовательно, настоящее изобретение может относиться к идентификации всех специфических по отношению к злокачественной опухоли мутаций, присутствующих в одной или нескольких раковых клетках больного, или оно может относиться к идентификации только части специфических по отношению к злокачественной опухоли мутаций, присутствующих в одной или нескольких раковых клетках больного. Как правило, способы в соответствии с настоящим изобретением обеспечивают идентификацию ряда мутаций, обеспечивающих значительное число модификаций или модифицированных белков, подлежащих включению в способы в соответствии с настоящим изобретением.
Предпочтительно, мутации, идентифицируемые в соответствии с настоящим изобретением, являются несинонимичными мутациями, предпочтительно несинонимичными мутациями белков, экспрессированных в опухолевой или раковой клетке.
Согласно одному варианту осуществления специфические по отношению к злокачественной опухоли соматические мутации или различия последовательностей определяют в геноме, предпочтительно целом геноме, опухолевой пробы. Таким образом, настоящее изобретение может относиться к идентификации сигнатуры канцерогенной мутации генома, предпочтительно целого генома, одной или нескольких раковых клеток. Согласно одному варианту осуществления стадия идентификации специфических по отношению к злокачественной опухоли соматических мутаций в опухолевой пробе ракового больного предусматривает идентификацию профиля канцерогенной мутации по всему геному.
Согласно одному варианту осуществления специфические по отношению к злокачественной опухоли соматические мутации или различия последовательностей определяют в экзоме, предпочтительно во всем экзоме, опухолевой пробы. Таким образом, настоящее изобретение может относиться к идентификации сигнатуры канцерогенной мутации экзома, предпочтительно целого экзома, одной или нескольких раковых клеток. Согласно одному варианту осуществления стадия идентификации специфических по отношению к злокачественной опухоли соматических мутаций в опухолевой пробе ракового больного предусматривает идентификацию профиля канцерогенной мутации по всему экзому.
Согласно одному варианту осуществления специфические по отношению к злокачественной опухоли соматические мутации или различия последовательностей определяют в транскриптоме, предпочтительно во всем транскриптоме, опухолевой пробы. Таким образом, настоящее изобретение может относиться к идентификации сигнатуры канцерогенной мутации транскриптома, предпочтительно целого транскриптома, одной или нескольких раковых клеток. Согласно одному варианту осуществления стадия идентификации специфических по отношению к злокачественной опухоли соматических мутаций в опухолевой пробе ракового больного предусматривает идентификацию профиля канцерогенной мутации по всему транскриптому.
Согласно одному варианту осуществления стадия идентификации специфической по отношению к злокачественной опухоли соматической мутаций или идентификации различий последовательностей предусматривает одноклеточное секвенирование одной или нескольких, предпочтительно 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20 или даже больше раковых клеток. Таким образом, настоящее изобретение может относиться к идентификации сигнатуры канцерогенной мутации указанных одной или нескольких раковых клеток. Согласно одному варианту осуществления раковыми клетками являются циркулирующие опухолевые клетки. Раковые клетки, такие как циркулирующие опухолевые клетки, могут быть выделены перед одноклеточным секвенированием.
Согласно одному варианту осуществления стадия идентификации специфических по отношению к злокачественной опухоли соматических мутаций или идентификации различий последовательностей предусматривает использование секвенирования следующего поколения (NGS).
Согласно одному варианту осуществления стадия идентификации специфических по отношению к злокачественной опухоли соматических мутаций или идентификации различий последовательностей предусматривает секвенирование геномной ДНК и/или РНК опухолевой пробы.
Для выявления специфических по отношению к злокачественной опухоли соматических мутаций или различий последовательностей информацию о последовательностях, полученную из опухолевой пробы, предпочтительно сравнивают с эталоном, таким как информация о последовательностях, полученная при секвенировании нуклеиновой кислоты, такой как ДНК или РНК, нормальных не являющихся раковыми клеток, таких как зародышевые клетки, которые могут быть получены либо от больного, либо от другого индивидуума. Согласно одному варианту осуществления нормальную геномную ДНК зародышевой линии получают из мононуклеарных клеток периферической крови (PBMC).
Термин «геном» относится к общему количеству генетической информации в хромосомах организма или клетки.
Термин «экзом» относится к части генома организма, образованной экзонами, которые представляют собой кодирующие части экспрессированных генов. Экзом обеспечивает генетический схему, используемую в синтезе белков и других продуктов функциональных генов. Он представляет собой наиболее функционально значимую часть генома, и поэтому он скорее всего обуславливает фенотип организма. По оценкам, экзом человеческого генома составляет 1,5% всего генома (Ng, PC et al., PLoS Gen., 4(8): 1-15, 2008).
Термин «транскриптом» относится к набору всех молекул РНК, в том числе mRNA, rRNA, tRNA, а также других некодирующих РНК, полученных в одной клетке или популяция клеток. В контексте настоящего изобретения транскриптом означает набор всех молекул РНК, полученных в одной клетке, популяции клеток, предпочтительно популяции раковых клеток, или во всех клетках данного индивидуума в определенный момент времени.
Термин «нуклеиновая кислота» означает в настоящем изобретении предпочтительно дезоксирибонуклеиновую кислоту (ДНК) или рибонуклеиновую кислоту (РНК), более предпочтительно РНК, наиболее предпочтительно in vitro транскрибированную РНК (IVT РНК) или синтетическую РНК. Нуклеиновые кислоты включают в себя в соответствии с настоящим изобретением геномную ДНК, cDNA, mRNA, полученные рекомбинантным путем и химически синтезированные молекулы. В соответствии с настоящим изобретением нуклеиновая кислота может быть представлена как однонитевая или двухнитевая и линейная молекула или молекула с ковалентно замкнутым циклом. Нуклеиновая кислота в соответствии с настоящим изобретением может быть выделенной. Термин «выделенная нуклеиновая кислота» в соответствии с настоящим изобретением означает, что нуклеиновую кислоту (i) амплифицировали in vitro, например, с помощью полимеразной цепной реакции (PCR), (ii) получили рекомбинантным путем с помощью клонирования, (iii) очистили, например, путем расщепления и разделения с помощью электрофореза в геле, или (iv) синтезировали, например, путем химического синтеза. Нуклеиновая кислота может быть использована для введения, т.e. трансфицирования, в клетки, в частности, в форме РНК, которая может быть получена с помощью in vitro транскрипции из матрицы ДНК. Более того, РНК может быть модифицирована перед применением путем стабилизации последовательностей, кэппирования и полиаденилирования.
Термин «генетический материал» относится к выделенной нуклеиновой кислоте, либо ДНК, либо РНК, участку двойной спирали, участку хромосомы или полному геному организма или клетки, в частности, к его экзому или транскриптому.
Термин «мутация» относится к изменению или отличию в последовательности нуклеиновой кислоты (к нуклеотидным замене, добавлению или делеции) по сравнению с эталоном. «Соматическая мутация» может возникать в любой из клеток организма, за исключением зародышевых клеток (сперматозоида и яйцеклетки), и, поэтому, она не передается детям. Такие изменения могут вызывать (но не всегда) злокачественные или другие заболевания. Предпочтительно, мутация является несинонимичной мутацией. Термин «несинонимичная мутация» относится к мутации, предпочтительно к нуклеотидной замене, которая не приводит к аминокислотному изменению, такому как аминокислотная замена, в продукте трансляции.
В соответствии с настоящим изобретением термин «мутация» включает в себя точковые мутации, инделы, слияния, хромотрипсис и редактирования РНК.
В соответствии с настоящим изобретением термин «индел» описывает специальный класс мутаций, определяемых как мутации, приводящие к совместно локализованным вставке и делеции, а также суммарному увеличению или потери нуклеотидов. В кодирующих областях генома, если длина индела кратна 3, они продуцируют мутацию сдвига рамки. Инделы могут отличаться от точковой мутации; при этом индел вставляет и удаляет нуклеотиды из последовательности, а точковая мутация является формой замены, при которой заменяется один из нуклеотидов.
Слияния могут создавать гибридные гены, сформированные из двух ранее отдельных генов. Это может происходить в результате транслокации, интерстициальной делеции или инверсии сегмента хромосомы. Зачастую гены слияния являются онкогенами. Онкогенные гены слияния могут давать генный продукт с новой или другой функцией от двух партнеров слияния. В качестве альтернативы, протоонкоген сливается с сильным промотором, и, следовательно, онкогенная функция должна быть функцией с повышающей регуляцией, обусловленной сильным промотором вышележащего партнера слияния. Онкогенные транскрипты слияния также могут быть обусловлены событиями транс-сплайсинга или сквозного прочитывания.
В соответствии с настоящим изобретением термин «хромотрипсис» относится к генетическому явлению, при котором специфические области генома разбиваются, а затем объединяются посредством одного разрушающего события.
В соответствии с настоящим изобретением термин «редакция РНК» или «редактирование РНК» относится к молекулярному процессу, при котором информация, содержащаяся в молекуле РНК, изменяется посредством химического изменения в составе оснований. Редактирование РНК включает в себя нуклеозидные модификации, такие как дезаминирования цитидина (C) до уридина (U) и аденозина (A) до инозина (I), а также добавления и вставки внематричных нуклеотидов. Редактирование РНК в mRNA эффективно изменяет аминокислотную последовательность кодируемого белка так, что он отличается от предполагаемого по последовательности геномной ДНК.
Термин «сигнатура канцерогенной мутации» относится к набору мутаций, которые присутствуют в раковых клетках по сравнению с не являющимися раковыми эталонными клетками.
В соответствии с настоящим изобретением термин «эталон» может быть использован для корреляции и сравнения результатов из опухолевой пробы. Как правило, «эталон» может быть определен на основании одной или нескольких нормальных проб, в частности, проб, которые не поражены злокачественным заболеванием, полученных либо от больного, либо от одного или нескольких других индивидуумов, предпочтительно здоровых индивидуумов, в частности, индивидуумов того же вида. «Эталон» может быть определен эмпирически путем тестирования достаточно большого числа нормальных проб.
Любой подходящий способ секвенирования может быть использован в соответствии с настоящим изобретением для определения мутаций, при этом предпочтительными являются технологии секвенирования следующего поколения (NGS). Способы секвенирования третьего поколения могут заменить технологию NGS в будущем, чтобы ускорить стадию секвенирования в способе. С целью пояснения термины «секвенирование следующего поколения» или «NGS» в контексте настоящего изобретения означают все новые технологии высокопроизводительного секвенирования, которые в отличие от «обычной» методики секвенирования, известной как химия Сэнгера, рандомно считывают матрицы нуклеиновой кислоты параллельно по всему геному, разбивая весь геном на небольшие части. Такие технологии NGS (также известные как технологии массового параллельного секвенирования) способны доставлять информацию о последовательностях нуклеиновой кислоты целого генома, экзома, транскриптома (всех транскрибируемых последовательностей генома) или метилома (все метилированные последовательности генома) за очень короткие периоды времени, например, в течение 1-2 недель, предпочтительно в течение 1-7 суток или наиболее предпочтительно менее чем за 24 часа, и обеспечивают, в принципе, подходы одноклеточного секвенирования. Многочисленные платформы NGS, которые являются коммерчески доступными или которые упоминаются в литературе, могут быть использованы в контексте настоящего изобретения, например, описываемые подробно в Zhang et al. 2011: The impact of next-generation sequencing on genomics. J. Genet Genomics 38 (3), 95-109; или в Voelkerding et al. 2009: Next generation sequencing: From basic research to diagnostics. Clinical chemistry 55, 641-658. Неограничивающими примерами таких технологий/платформ NGS являются следующие.
1) Технология секвенирования с помощью синтеза, известная как пиросеквенирование, реализуемая, например, в GS-FLX 454 Genome Sequencer™ ассоциированной с Roche компании 454 Life Sciences (Branford, Connecticut), впервые описанная в Ronaghi et al. 1998: A sequencing method based on real-time pyrophosphate". Science 281 (5375), 363-365. В этой технологии используют эмульсионную PCR, при которой связывающиеся с однонитевой ДНК гранулы инкапсулируют путем энергичного откручивания на вортексе в водные мицеллы, содержащие PCR-реактанты, окруженные маслом, для амплификации с помощью эмульсионной PCR. В ходе процесса пиросеквенирования регистрируют излучение, испускаемое из фосфатных молекул при включении нуклеотида, по мере того как полимераза синтезирует нить ДНК.
2) Подходы секвенирования с помощью синтеза, разработанные компанией Solexa (теперь часть Illumina Inc., San Diego, California), которые основываются на обратимо меченых терминаторах и реализуются, например, в Genome Analyzer™ от Illumina/Solexa и в HiSeq 2000 Genome Analyzer™ от Illumina. В этой технологии все четыре нуклеотида добавляют одновременно в олиго-примированные кластерные фрагменты в каналы проточной кюветы вместе с ДНК-полимеразой. Мостиковая амплификация удлиняет кластерные нити со всеми четырьмя флуоресцентно меченными нуклеотидами для секвенирования.
3) Подходы секвенирования с помощью лигирования, например, реализуемые на платформе SOLid™ от Applied Biosystems (теперь Life Technologies Corporation, Carlsbad, California). В этой технологии пул всех возможных олигонуклеотидов фиксированной длины метят согласно секвенированному положению. Олигонуклеотиды отжигают и лигируют; предпочтительное лигирование с помощью ДНК-лигазы для совместимых последовательностей дает в результате информативный сигнал нуклеотида в этом положении. Перед секвенированием ДНК амплифицируют с помощью эмульсионной PCR. Полученные в результате гранулы, каждая из которых содержит копии исключительно одной и той же молекулы ДНК, размещают на предметном стекле. В качестве второго примера, на платформе Polonator™ G.007 от Dover Systems (Salem, New Hampshire) также используют подход секвенирования с помощью лигирования с использованием рандомно упорядоченной, на основе гранул эмульсионной PCR для амплификации фрагментов ДНК при параллельном секвенировании.
4) Технологии одномолекулярного секвенирования, такие как, например, реализуемые в системе PacBio RS от Pacific Biosciences (Menlo Park, California) или на платформе HeliScope™ от Helicos Biosciences (Cambridge, Massachusetts). Отличительной характеристикой этой технологии является ее способность секвенировать молекулы отдельной ДНК или РНК без амплификации, определяемая как одномолекулярное секвенирование ДНК в режиме реального времени (SMRT). Например, в HeliScope используют высокочувствительную систему выявления флуоресценции для непосредственного выявления каждого нуклеотида по мере его синтеза. Подобный подход на основе резонансного переноса энергии флуоресценции (FRET) был разработан компанией Visigen Biotechnology (Houston, Texas). Другие одномолекулярные методы на основе флуоресценции разработаны компаниями U.S. Genomics (GeneEngine™) и Genovoxx (AnyGene™).
5) Нанотехнологии для одномолекулярного секвенирования, в которых используют различные наноструктуры, которые, например, расположены на чипе, для наблюдения перемещения молекулы полимеразы по отдельной нити при репликации. Неограничивающими примерами подходов, основанных на нанотехнологиях, являются платформа GridON™ от Oxford Nanopore Technologies (Oxford, UK), платформы выполняемого с помощью гибридизации нанопорового секвенирования (HANS™), разработанные Nabsys (Providence, Rhode Island), и специализированная платформа секвенирования ДНК на основе лигазы с технологией наносфер ДНК (DNB), называемой комбинаторным лигированием зонд-якорь (cPAL™).
6) Технологии на основе электронной микроскопии для одномолекулярного секвенирования, например, разработанные компаниями LightSpeed Genomics (Sunnyvale, California) и Halcyon Molecular (Redwood City, California).
7) Ионное полупроводниковое секвенирование, которое основывается на выявлении ионов водорода, высвобождающихся в ходе полимеризации ДНК. Например, Ion Torrent Systems (San Francisco, California) использует высокоплотную решетку микромеханических лунок для осуществления этого биохимического процесса в массово-параллельным способом. В каждой лунке содержится разная матричная ДНК. Под лунками находится чувствительный к ионам слой, а под ним - специализированный ионный датчик.
Предпочтительно, препараты ДНК и РНК служат исходным материалом для NGS. Такие нуклеиновые кислоты могут быть легко получены из образцов, таких как биологический материал, например, из свежих, быстро замороженных или фиксированных формалином залитых парафином опухолевых тканей (FFPE), или из свежевыделенных клеток, или из CTC, которые присутствуют в периферической крови больных. Нормальная немутантная геномная ДНК или РНК может быть экстрагирована из нормальной соматической ткани, однако в контексте настоящего изобретения предпочтительными являются зародышевые клетки. ДНК или РНК зародышевой линии может быть экстрагирована из мононуклеарных клеток периферической крови (PBMC) больных с негематологическими злокачественными новообразованиями. Хотя нуклеиновые кислоты, экстрагированные из FFPE тканей или свежевыделенных отдельных клеток, являются в высокой степени фрагментированными, они подходят для амплификаций NGS.
Некоторые способы направленного NGS для секвенирования экзома описаны в литературе (для обзора см., например, Teer and Mullikin 2010: Human Mol Genet 19 (2), R145-51), все из которых могут быть использованы в сочетании с настоящим изобретением. Во многих из этих способов (описанных, например, как фиксация генома, разделение генома, обогащение генома и т.д.) используются методики гибридизации и предусматриваются подходы гибридизации на основе чипа (например, Hodges et al. 2007: Nat. Genet. 39, 1522-1527) и на основе жидкости (например, Choi et al. 2009: Proc. Natl. Acad. Sci USA 106, 19096-19101). Также доступны коммерческие наборы для подготовки образцов ДНК и последующего фиксирования экзома, например, Illumina Inc. (San Diego, California) предлагает набор для подготовки образцов ДНК TruSeq™ и набор для обогащения экзома Exome Enrichment Kit TruSeq™.
Для снижения числа ложноположительных результатов при выявлении специфических по отношению к злокачественной опухоли соматических мутаций или различий последовательностей при сравнении, например, последовательности опухолевого образца с последовательностью эталонного образца, такой как последовательность образца зародышевой линии, предпочтительно определять последовательность в повторностях одного или обоих из этих типов образцов. Таким образом, предпочтительным является то, что последовательность эталонного образца, такую как последовательность образца зародышевой линии, определяют два раза, три раза или больше. В качестве альтернативы или дополнения, последовательность опухолевого образца определяют два раза, три раза или больше. Также может быть возможным определение последовательности эталонного образца, такой как последовательность образца зародышевой линии и/или последовательность опухолевого образца, более чем один раз путем определения по меньшей мере один раз последовательности в геномной ДНК и определения по меньшей мере один раз последовательности в РНК указанного эталонного образца и/или указанного опухолевого образца. Например, путем определения вариаций между повторностями эталонного образца, такого как образец зародышевой линии, может быть оценена предполагаемая степень ложноположительных (FDR) соматических мутаций как статистическая величина. Технические повторы образца должны генерировать идентичные результаты, и любая выявляемая мутация в таком «сравнении аналогичных» является ложноположительной. В частности, для определения степени ложных результатов для выявления соматических мутаций в опухолевом образце относительно эталонного образца может быть использован технический повтор эталонного образца в качестве эталона для оценки числа ложноположительных результатов. Кроме того, различные качественные критерии (например, охват или качество SNP) могут быть объединены в единый показатель качества с использованием подхода машинного обучения. Для данной соматической вариации могут учитываться все другие вариации с превышением показателя качества, что позволяет ранжировать все вариации в наборе данных.
В контексте настоящего изобретения термин «РНК» относится к молекуле, которая содержит по меньшей мере один рибонуклеотидный остаток и предпочтительно полностью или в значительной степени состоит из рибонуклеотидных остатков. Термин «рибонуклеотид» относится к нуклеотиду с гидроксильной группой в 2'-положении β-D-рибофуранозильной группы. Термин «РНК» включает в себя двухнитевую РНК, однонитевую РНК, выделенную РНК, такую как частично или полностью очищенная РНК, практически чистую РНК, синтетическую РНК и полученную рекомбинантным путем РНК, такую как модифицированная РНК, которая отличается от встречающейся в природе РНК добавлением, делецией, заменой и/или изменением одного или нескольких нуклеотидов. Такие изменения могут включать в себя добавление ненуклеотидного материала, например, к концу(ам) РНК или внутрь, например, к одному или нескольким нуклеотидам в РНК. Нуклеотиды в молекулах РНК также могут содержать нестандартные нуклеотиды, такие как не встречающиеся в природе нуклеотиды или химически синтезированные нуклеотиды или дезоксинуклеотиды. Такие измененные РНК могут быть названы аналогами или аналогами встречающейся в природе РНК.
В соответствии с настоящим изобретением термин «РНК» включает в себя и предпочтительно относится к «mRNA». Термин «mRNA» означает «информационную РНК» и относится к «транскрипту», который образуется с использованием матричной ДНК и кодирует пептид или полипептид. Как правило, mRNA содержит 5'-UTR, кодирующую белок область, 3'-UTR и необязательно хвост поли(A). mRNA обладает исключительно ограниченным временем полужизни в клетках и in vitro. В контексте настоящего изобретения mRNA может быть образована путем in vitro транскрипции из матричной ДНК. Метод in vitro транскрипции известен специалисту. Например, имеется ряд коммерчески доступных наборов для in vitro транскрипции.
В соответствии с настоящим изобретением стабильность и эффективность трансляции РНК могут быть модифицированы при необходимости. Например, РНК может быть стабилизирована, а ее трансляция усилена с помощью одной или нескольких модификаций, обладающих стабилизирующими эффектами и/или усиливающих эффективность трансляции РНК. Такие модификации описываются, например, в PCT/EP2006/009448, включенной в настоящий документ посредством ссылки. Для усиления экспрессии РНК, используемой в соответствии с настоящим изобретением, она может быть модифицирована по кодирующей области, т.е. последовательности, кодирующей экспрессированный пептид или белок, предпочтительно без изменения последовательности экспрессированного пептида или белка, так, чтобы повысить содержание GC для усиления стабильности mRNA и для осуществления оптимизации кодонов и, таким образом, усиления трансляции в клетках.
Термин «модификация» в контексте РНК, используемой в соответствии с настоящим изобретением, включает в себя любую модификацию РНК, которая в природе не присутствует в указанной РНК.
Согласно одному варианту осуществления настоящего изобретения РНК, используемая в соответствии с настоящим изобретением, не имеет открытые 5'-трифосфаты. Удаление таких открытых 5'-трифосфатов может быть достигнуто с помощью обработки РНК фосфатазой.
РНК в соответствии с настоящим изобретением может иметь модифицированные рибонуклеотиды для усиления ее стабильности и/или снижения цитотоксичности. Например, согласно одному варианту осуществления в РНК, используемой в соответствии с настоящим изобретением, 5-метилцитидин замещает частично или полностью, предпочтительно полностью, цитидин. В качестве альтернативы или дополнения, согласно одному варианту осуществления в РНК, используемой в соответствии с настоящим изобретением, псевдоуридин замещает частично или полностью, предпочтительно полностью, уридин.
Согласно одному варианту осуществления термин «модификация» относится к обеспечению РНК с 5'-кэпом или аналогом 5'-кэпа. Термин «5'-кэп» относится к кэп-структуре, находящейся на 5'-конце молекулы mRNA и, как правило, состоящей из гуанозинового нуклеотида, соединенного с mRNA посредством необычной 5'-5'-трифосфатной связи. Согласно одному варианту осуществления этот гуанозин является метилированным в 7-положении. Термин «обычный 5'-кэп» относится к встречающемуся в природе 5'-кэпу РНК, предпочтительно к 7-метилгуанозиновому кэпу (m7G). В контексте настоящего изобретения термин «5'-кэп» включает в себя аналог 5'-кэпа, который напоминает кэп-структуру РНК и является модифицированным с приобретением способности стабилизировать РНК и/или усиливать трансляцию РНК, если прикреплен к ней, предпочтительно in vivo и/или в клетке.
Обеспечение РНК с 5'-кэпом или аналогом 5'-кэпа может быть достигнуто с помощью in vitro транскрипции матричной ДНК в присутствии указанного 5'-кэпа или аналога 5'-кэпа, при этом указанный 5'-кэп котранскрипционно включается в создаваемую нить РНК, или РНК может быть создана, например, с помощью in vitro транскрипции, а 5'-кэп может быть присоединен к РНК после транскрипции с использованием ферментов кэппирования, например, ферментов кэппирования вируса осповакцины.
РНК может содержать дополнительные модификации. Например, дополнительной модификацией РНК, используемой в соответствии с настоящим изобретением, может быть удлинение или усечение встречающегося в природе хвоста поли(A) или изменение 5'- или 3'-нетранслируемых областей (UTR), такое как введение UTR, которая не связана с кодирующей областью указанной РНК, например, обмен имеющейся 3'-UTR или вставка одной или нескольких, предпочтительно двух, копий 3'-UTR, полученной из гена глобина, такого как альфа2-глобин, альфа1-глобин, бета-глобин, предпочтительно бета-глобин, более предпочтительно человеческий бета-глобин.
РНК, имеющая незамаскированную последовательность поли-A, транслируется более эффективно, чем РНК, имеющая замаскированную последовательность поли-A. Термин «хвост поли(А)» или «последовательность поли-A» относится к последовательности остатков аденила (A), которые, как правило, локализуются на 3'-конце молекулы РНК, а термин «незамаскированная последовательность поли-A» означает, что последовательность поли-A на 3'-конце молекулы РНК, заканчивается на A последовательности поли-A и не сопровождается нуклеотидами, отличными от A, расположенными на 3'-конце, т.e. нижележащие, последовательности поли-A. Кроме того, длинная последовательность поли-A из приблизительно 120 пар оснований дает в результате оптимальную стабильность транскрипта и эффективность трансляции РНК.
Таким образом, для усиления стабильности и/или экспрессии РНК, используемой в соответствии с настоящим изобретением, она может быть модифицирована так, чтобы присутствовать в сочетании с последовательностью поли-A, предпочтительно имеющей в длину 10-500, более предпочтительно 30-300, еще более предпочтительно 65-200 и особенно 100-150 аденозиновых остатков. Согласно особенно предпочтительному варианту осуществления последовательность поли-A имеет в длину около 120 аденозиновых остатков. Для дальнейшего усиления стабильности и/или экспрессии РНК, используемой в соответствии с настоящим изобретением, последовательность поли-A может быть замаскирована.
Кроме того, включение 3'-нетранслируемой области (UTR) в 3'-нетранслируемую область молекулы РНК может приводить к усилению эффективности трансляции. Синергетический эффект может быть достигнут путем включения двух или более таких 3'-нетранслируемых областей. 3'-нетранслируемые области могут быть аутологичными или гетерологичными по отношению к РНК, в которую их вводят. Согласно одному конкретному варианту осуществления 3'-нетранслируемую область получают из гена β-глобина человека.
Комбинация описанных выше модификаций, т.e. включение последовательности поли-A, снятие маскировки с последовательности поли-A и включение одной или нескольких 3'-нетранслируемых областей, оказывает синергетическое влияние на стабильность РНК и усиливает эффективность трансляции.
Термин «стабильность» РНК относится к «времени полужизни» РНК. Термин «время полужизни» относится к периоду времени, который необходим для элиминирования половины активности, количества или числа молекул. В контексте настоящего изобретения время полужизни РНК является показателем стабильности указанной РНК. Время полужизни РНК может влиять на «продолжительность экспрессии» РНК. Можно предположить, что РНК, имеющая длительное время полужизни, будет экспрессироваться в течение продолжительного периода времени.
Конечно, если в соответствии с настоящим изобретением желательно снизить стабильность и/или эффективность трансляции РНК, то можно модифицировать РНК так, чтобы препятствовать функции описанных выше элементов, усиливающих стабильность и/или эффективность трансляции РНК.
Термин «экспрессия» используется в соответствии с настоящим изобретением в его наиболее общем значении и включает в себя продуцирование РНК и/или пептидов, полипептидов или белков, например, путем транскрипции и/или трансляции. Что касается РНК, термин «экспрессия» или «трансляция» относится, в частности, к продуцированию пептидов, полипептидов или белков. Также он предусматривает частичную экспрессию нуклеиновых кислот. Более того, экспрессия может быть временной или стабильной.
В соответствии с настоящим изобретением термин «экспрессия» также включает в себя термин «аберрантная экспрессия» или «аномальная экспрессия». Термин «аберрантная экспрессия» или «аномальная экспрессия» означает в соответствии с настоящим изобретением, что экспрессия изменяется, предпочтительно усиливается, по сравнению с эталоном, например, состояние у субъекта, не имеющего заболевания, ассоциированного с аберрантной или аномальной экспрессией определенного белка, например, опухолевого антигена. Усиление экспрессии относится к усилению по меньшей мере на 10%, в частности, по меньшей мере на 20%, по меньшей мере на 50% или по меньшей мере на 100% или больше. Согласно одному варианту осуществления экспрессия обнаруживается только в больной ткани, тогда как экспрессия в здоровой ткани подавляется.
Термин «специфически экспрессированный» означает, что белок, по сути, экспрессируется только в определенных ткани или органе. Например, опухолевый антиген, специфически экспрессированный в слизистой оболочке желудка, означает, что указанный белок главным образом экспрессируется в слизистой оболочке желудка и не экспрессируется в других тканях или не экспрессируется в других типах ткани или органа в значительной степени. Таким образом, белок, который экспрессируется исключительно в клетках слизистой оболочки желудка и в значительно меньшей степени в любой другой ткани, такой как яичко, специфически экспрессируется в клетках слизистой оболочки желудка. Согласно некоторым вариантам осуществления, опухолевый антиген также может быть специфически экспрессирован при нормальных условиях в более чем одном типе ткани или органа, например, в 2 или 3 типах ткани или органа, но предпочтительно не более чем в 3 различных типах ткани или органа. В этом случае опухолевый антиген затем специфически экспрессируется в этих органах. Например, если опухолевый антиген экспрессируется при нормальных условиях предпочтительно в равной степени в легком и желудке, то указанные опухолевый антиген специфически экспрессируется в легком и желудке.
В контексте настоящего изобретения термин «транскрипция» относится к процессу, при котором генетический код в последовательности ДНК транскрибируется в РНК. Затем РНК может быть транслирована в белок. В соответствии с настоящим изобретением термин «транскрипция» включает в себя «in vitro транскрипцию», при этом термин «in vitro транскрипция» относится к процессу, при котором РНК, в частности, mRNA, in vitro синтезируется в бесклеточной системе, предпочтительно с использованием соответствующих клеточных экстрактов. Предпочтительно, для образования транскриптов применяются клонирующие векторы. Эти клонирующие векторы, как правило, называются транскрипционными векторами и в соответствии с настоящим изобретением охватываются термином «вектор». В соответствии с настоящим изобретением РНК, используемая в соответствии с настоящим изобретением, предпочтительно представляет собой in vitro транскрибированную РНК (IVT-RNA) и может быть получена путем in vitro транскрипции соответствующей матричной ДНК. Промотором для контроля транскрипции может быть любой промотор для любой РНК-полимеразы. Конкретными примерами РНК-полимераз являются T7, T3 и SP6 РНК-полимеразы. Предпочтительно, in vitro транскрипция в соответствии с настоящим изобретением контролируется промотором T7 или SP6. Матричная ДНК для in vitro транскрипции может быть получена с помощью клонирования нуклеиновой кислоты, в частности, cDNA, и введения ее в соответствующий вектор для in vitro транскрипции. cDNA может быть получена с помощью обратной транскрипции РНК.
Термин «трансляция» в соответствии с настоящим изобретением относится к процессу в рибосомах клетки, с помощью которого нить матричной РНК управляет сборкой последовательности аминокислот с получением пептида, полипептида или белка.
Последовательности контроля экспрессии или регуляторные последовательности, которые в соответствии с настоящим изобретением могут быть функционально связаны с нуклеиновой кислотой, могут быть гомологичными или гетерологичными по отношению к нуклеиновой кислоте. Кодирующая последовательность и регуляторная последовательность связываются вместе «функционально», если они связаны вместе ковалентно так, что транскрипция или трансляция кодирующей последовательности находится под контролем или под влиянием регуляторной последовательности. Если кодирующая последовательность подлежит трансляции в функциональный белок, с функциональной связью регуляторной последовательности с кодирующей последовательностью, то индуцирование регуляторной последовательности приводит к транскрипции кодирующей последовательности, не вызывая сдвига рамки считывания в кодирующей последовательности или неспособности кодирующей последовательности транслироваться в желаемый белок или пептид.
Термин «последовательность контроля экспрессии» или «регуляторная последовательность» включает в себя в соответствии с настоящим изобретением промоторы, связывающиеся с рибосомой последовательности и другие контрольные элементы, которые контролируют транскрипцию нуклеиновой кислоты или трансляцию желаемой РНК. Согласно определенным вариантам осуществления настоящего изобретения регуляторные последовательности могут быть контролируемыми. Точная структура регуляторных последовательностей может варьировать в зависимости от вида или в зависимости от клеточного типа, но, как правило, содержит 5'-нетранскрибируемые, а также 5'- и 3'-нетранслируемые последовательности, которые вовлекаются в инициацию транскрипции или трансляции, такие как ТАТА-бокс, кэппирующая последовательность, CAAT-последовательность и т.п. В частности, 5'-нетранскрибируемые регуляторные последовательности содержат промоторную область, которая включает в себя промоторную последовательность для транскрипционного контроля функционально связанного гена. Регуляторные последовательности также могут содержать энхансерные последовательности или вышележащие активаторные последовательности.
Предпочтительно, в соответствии с настоящим изобретением РНК, подлежащую экспрессии в клетке, вводят в указанную клетку. Согласно одному варианту осуществления способов в соответствии с настоящим изобретением РНК, которая подлежит введению в клетку, получают путем in vitro транскрипции соответствующей матричной ДНК.
В соответствии с настоящим изобретением термины, такие как «способная к экспрессии РНК» и «кодирующая РНК», используют в настоящем документе взаимозаменяемо, и по отношению к конкретному пептиду или полипептиду они означают, что РНК, если присутствует в соответствующем окружении, предпочтительно в клетке, может быть экспрессирована с получением указанного пептида или полипептида. Предпочтительно, РНК в соответствии с настоящим изобретением способна взаимодействовать с механизмом клеточной трансляции с обеспечением пептида или полипептида, который он способен экспрессировать.
Термины, такие как «перенос», «введение» или «трансфекция», используются в настоящем документе взаимозаменяемо и относятся к введению нуклеиновых кислот, в частности, экзогенных или гетерологичных нуклеиновых кислот, в частности, РНК, в клетку. В соответствии с настоящим изобретением клетка может формировать часть органа, ткани и/или организма. В соответствии с настоящим изобретением введение нуклеиновой кислоты достигается либо в виде свободной нуклеиновой кислоты, либо в комбинации с реагентом введения. Предпочтительно, введение нуклеиновой кислоты осуществляют в форме свободных нуклеиновых кислот. Предпочтительно, РНК вводят в комбинации со стабилизирующими веществами, такими как ингибиторы РНКазы. Настоящее изобретение также относится к повторному введению нуклеиновых кислот в клетки для обеспечения длительной экспрессии в течение продолжительных периодов времени.
Клетки могут быть трансфицированы с любыми носителями, с которыми РНК может быть ассоциирована, например, путем формирования комплексов с РНК или формирования везикул, в которых РНК заключается или инкапсулируется, с получением в результате повышенной стабильности РНК по сравнению со свободной РНК. Носители, применимые в соответствии с настоящим изобретением, включают в себя, например, содержащие липид носители, такие как катионные липиды, липосомы, в частности, катионные липосомы, а также мицеллы и наночастицы. Катионные липиды могут формировать комплексы с отрицательно заряженными нуклеиновыми кислотами. В соответствии с настоящим изобретением может быть использован любой катионный липид.
Предпочтительно, введение РНК, которая кодирует пептид или полипептид, в клетку, в частности, в клетку, находящуюся in vivo, приводит в результате к экспрессии указанного пептида или полипептида в клетке. Согласно конкретным вариантам осуществления нацеливание нуклеиновых кислот на конкретные клетки является предпочтительным. Согласно таким вариантам осуществления носитель, который применяют для введения нуклеиновой кислоты в клетку (например, ретровирус или липосома), представляет собой нацеливающуюся молекулу. Например, молекула, такая как антитело, которая является специфической для поверхностного мембранного белка на целевой клетке, или лиганд для рецептора на целевой клетке могут быть включены в носитель нуклеиновой кислоты или могут быть связаны с ним. В случае введения нуклеиновой кислоты с помощью липосом белки, связанные с поверхностным мембранным белком, который ассоциируется с эндоцитозом, могут быть включены в состав липосомы для обеспечения нацеливания и/или поглощения. Такие белки охватывают капсидные белки или их фрагменты, которые являются специфическими для определенного типа клеток, антитела против белков, которые являются интернализированными, белки, которые нацеливаются на внутриклеточное расположение и т.д.
Термин «клетка» или «клетка-хозяин» предпочтительно означает интактную клетку, т.e. клетку с интактной мембраной, которая не высвобождает свои нормальные внутриклеточные компоненты, такие как ферменты, органеллы или генетический материал. Интактная клетка предпочтительно представляет собой жизнеспособную клетку, т.e. живую клетку, способную выполнять свои нормальные метаболические функции. Предпочтительно, указанный термин в соответствии с настоящим изобретением относится к любой клетке, которая может быть трансформирована или трансфицирована экзогенной нуклеиновой кислотой. Термин «клетка» включает в себя в соответствии с настоящим изобретением прокариотические клетки (например, E. coli) или эукариотические клетки (например, дендритные клетки, B-клетки, клетки CHO, клетки COS, клетки K562, клетки HEK293, клетки HELA, дрожжевые клетки и клетки насекомых). Экзогенная нуклеиновая кислота может находиться внутри клетки (i) свободно диспергированной как есть, (ii) включенной в рекомбинантный вектор или (iii) встроенной в геном клетки-хозяина или митохондриальную ДНК. Особенно предпочтительными являются клетки млекопитающих, такие как клетки от людей, мышей, хомяков, свиней, коз и приматов. Клетки могут быть получены из большого числа типов ткани и включают в себя первичные клетки и клеточные линии. Конкретные примеры включают в себя кератиноциты, лейкоциты периферической крови, стволовые клетки костного мозга и эмбрионные стволовые клетки. Согласно следующим вариантам осуществления клетка является антиген-презентирующей клеткой, в частности, дендритной клеткой, моноцитом или макрофагом.
Клетка, которая содержит молекулу нуклеиновой кислоты, предпочтительно экспрессирует пептид или полипептид, кодируемый нуклеиновой кислотой.
Термин «клональное размножение» относится к процессу, при котором определенный объект приумножается. В контексте настоящего изобретения данный термин предпочтительно используют в контексте иммунологической реакции, при которой лимфоциты стимулируются антигеном, пролиферируют, и амплифицируется специфический лимфоцит, распознающий указанный антиген. Предпочтительно, клональное размножение ведет к дифференцировке лимфоцитов.
Термины, такие как «снижение» или «ингибирование», относятся к способности вызывать общее уменьшение уровня предпочтительно на 5% или больше, на 10% или больше, на 20% или больше, более предпочтительно на 50% или больше и наиболее предпочтительно на 75% или больше. Термин «ингибировать» или подобные фразы включают в себя полное или практически полное ингибирование, т.e. снижение до нуля или практически до нуля.
Термины, такие как «повышение», «усиление», «способствование» или «пролонгирование», предпочтительно относятся к повышению, усилению, способствованию или пролонгированию приблизительно по меньшей мере на 10%, предпочтительно по меньшей мере на 20%, предпочтительно по меньшей мере на 30%, предпочтительно по меньшей мере на 40%, предпочтительно по меньшей мере на 50%, предпочтительно по меньшей мере на 80%, предпочтительно по меньшей мере на 100%, предпочтительно по меньшей мере на 200% и, в частности, по меньшей мере на 300%. Данные термины также могут относиться к повышению, усилению, способствованию или пролонгированию от нуля, или неизмеряемого, или невыявляемого уровня до уровня больше нуля или до уровня, который измеряется или выявляется.
Настоящее изобретение обеспечивает вакцины, такие как противораковые вакцины, разработанные на основе предпочтительно модифицированных белков или белковых фрагментов, или аминокислотных модификаций, прогнозируемых как применимые в иммунотерапии с помощью способов в соответствии с настоящим изобретением.
В соответствии с настоящим изобретением термин «вакцина» относится к фармацевтическому препарату (фармацевтической композиции) или продукту, который при введении индуцирует иммунную реакцию, в частности, клеточную иммунную реакцию, которая распознает и атакует патоген или больную клетку, такую как раковая клетка. Вакцина может быть использована для предупреждения или лечения заболевания. Термин «персонализированная противораковая вакцина» или «индивидуализированная противораковая вакцина» относится к конкретному раковому больному и означает, что противораковая вакцина адаптирована к потребностям или специальным обстоятельствам отдельного ракового больного.
Согласно одному варианту осуществления вакцина, обеспеченная в соответствии с настоящим изобретением, может содержать пептид или полипептид, содержащий одну или несколько аминокислотных модификаций, или один или несколько модифицированных пептидов, прогнозированных как применимые в иммунотерапии с помощью способов в соответствии с настоящим изобретением, или нуклеиновую кислоту, предпочтительно РНК, кодирующую указанный пептид или полипептид.
Противораковые вакцины, обеспеченные в соответствии с настоящим изобретением, при введении больному предпочтительно обеспечивают один или несколько Т-клеточных эпитопов, подходящих для стимуляции, примирования и/или размножения Т-клеток, специфических по отношению к больным клеткам больного, например, к опухоли больного. Т-клетки предпочтительно направлены против клеток, экспрессирующих антигены, из которых получены Т-клеточные эпитопы. Вакцины, описанные в настоящем документе, предпочтительно способны индуцировать или стимулировать клеточную реакцию, предпочтительно цитотоксическую Т-клеточную активность, против злокачественного заболевания, характеризующегося презентацией одного или нескольких ассоциированных с опухолью неоантигенов с MHC I класса. Вакцина, нацеливающаяся на специфические по отношению к злокачественной опухоли мутации, будет специфической для опухоли больного.
Вакцина, обеспеченная в соответствии с настоящим изобретением, относится к вакцине, которая при введении больному предпочтительно обеспечивает один или несколько Т-клеточных эпитопов, например, 2 или больше, 5 или больше, 10 или больше, 15 или больше, 20 или больше, 25 или больше, 30 или больше и предпочтительно до 60, до 55, до 50, до 45, до 40, до 35 или до 30 Т-клеточных эпитопов, включающих в себя аминокислотные модификации, или модифицированные пептиды, прогнозируемые как иммуногенные с помощью способов в соответствии с настоящим изобретением. Такие Т-клеточные эпитопы также в настоящем документе называют «неоэпитопами». Презентация этих эпитопов клетками больного, в частности, антиген-презентирующими клетками, предпочтительно дает в результате Т-клетки, нацеливающиеся на эпитопы при связывании с MHC и, таким образом, на опухоль больного, предпочтительно на первичную опухоль, а также на метастазы опухоли, экспрессирующие антигены, из которых получены Т-клеточные эпитопы, и презентирующие те же эпитопы на поверхности опухолевых клеток.
Способы в соответствии с настоящим изобретением могут предусматривать дополнительную стадию определения пригодности идентифицированных аминокислотных модификаций или модифицированных пептидов для противораковой вакцинации. Таким образом, дополнительные стадии могут предусматривать одно или несколько из следующего: (i) оценивание того, располагаются ли модификации в известных или прогнозируемых презентируемых MHC эпитопах, (ii) in vitro и/или in silico тестирование того, располагаются ли модификации в презентируемых MHC эпитопах, например, тестирование того, являются ли модификации частями пептидных последовательностей, которые процессированы до презентируемых MHC эпитопов и/или представлены в виде таковых, и (iii) in vitro тестирование того, являются ли предусматриваемые модифицированные эпитопы, в частности, при присутствии в контексте их природной последовательности, например, при фланкировании аминокислотными последовательностями, также фланкирующими указанные эпитопы во встречающемся в природе белке, и при экспрессии в антиген-презентирующих клетках, способными стимулировать Т-клетки, такие как Т-клетки больного, обладающие желаемой специфичностью. Каждая из таких фланкирующих последовательностей может содержать 3 или больше, 5 или больше, 10 или больше, 15 или больше, 20 или больше и предпочтительно до 50, до 45, до 40, до 35 или до 30 аминокислот и может фланкировать эпитопную последовательность на N-конце и/или C-конце.
Модифицированные пептиды, определяемые в соответствии с настоящим изобретением, могут быть ранжированы по их пригодности в качестве эпитопов для противораковой вакцинации. Таким образом, согласно одному аспекту настоящее изобретение относится к ручному или компьютеризированному аналитическому процессу, в котором идентифицированное модифицированные пептиды анализируют и отбирают по их пригодности в отношении обеспечиваемой вакцины. Согласно предпочтительному варианту осуществления указанный аналитический процесс представляет собой процесс на основе вычислительного алгоритма. Предпочтительно, указанный аналитический процесс предусматривает определение и/или ранжирование эпитопов согласно прогнозированию их способности быть иммуногенными.
Неоэпитопы, идентифицированные в соответствии с настоящим изобретением и обеспечиваемые с помощью вакцины в соответствии с настоящим изобретением, предпочтительно представлены в форме полипептида, содержащего указанные неоэпитопы, такие как полиэпитопный полипептид или нуклеиновая кислота, в частности, РНК, кодирующая указанный полипептид. Кроме того, неоэпитопы могут быть представлены в полипептиде в форме вакцинной последовательности, т.e. представлены в контексте их природной последовательности, например, фланкированной аминокислотными последовательностями, также фланкирующими указанные эпитопы во встречающемся в природе белке. Каждая из таких фланкирующих последовательностей может содержать 5 или больше, 10 или больше, 15 или больше, 20 или больше и предпочтительно до 50, до 45, до 40, до 35 или до 30 аминокислот и может фланкировать эпитопную последовательность на N-конце и/или C-конце. Таким образом, вакцинная последовательность может содержать 20 или больше, 25 или больше, 30 или больше, 35 или больше, 40 или больше и предпочтительно до 50, до 45, до 40, до 35 или до 30 аминокислот. Согласно одному варианту осуществления неоэпитопы и/или вакцинные последовательности располагаются на одной линии с полипептидом от головы до хвоста.
Согласно одному варианту осуществления неоэпитопы и/или вакцинные последовательности разделяются линкерами, в частности, нейтральными линкерами. Термин «линкер» в соответствии с настоящим изобретением относится к пептиду, добавленному между двумя пептидными доменами, такими как эпитопы или вакцинные последовательности, для соединения указанных пептидных доменов. Не существует конкретного ограничения в отношении линкерной последовательности. Однако предпочтительным является то, что линкерная последовательность уменьшает стерическое затруднение между двумя пептидными доменами, является хорошо транслируемой и поддерживает или позволяет процессирование эпитопов. Кроме того, линкер не должен содержать или содержать исключительно мало элементов иммуногенной последовательности. Линкеры предпочтительно не должны создавать неэндогенные неоэпитопы, подобные создаваемым из соединительного шва между соседними неоэпитопами, которые могут вызывать нежелательные иммунные реакции. Поэтому, полиэпитопная вакцина предпочтительно должна содержать линкерные последовательности, которые способны снижать число нежелательных связывающихся с MHC соединительных эпитопов. Hoyt et al. (EMBO J. 25(8), 1720-9, 2006) и Zhang et al. (J. Biol. Chem., 279(10), 8635-41, 2004) показали, что богатые глицином последовательности нарушают протеасомное процессирование, и, таким образом, применение богатых глицином линкерных последовательностей действует с минимизацией числа содержащих линкеры пептидов, которые могут быть процессированы протеасомой. Кроме того, наблюдали, что глицин ингибирует сильное связывание в связывающих MHC положениях бороздки (Abastado et al., J. Immunol. 151(7), 3569-75, 1993). Schlessinger et al. (Proteins, 61(1), 115-26, 2005) обнаружили, что аминокислоты глицин и серин, включенные в аминокислотную последовательность, дают в результате более гибкий белок, который более эффективно транслируется и процессируется протеасомой, что обеспечивает лучший доступ к кодируемым неоэпитопам. Каждый линкер может содержать 3 или больше, 6 или больше, 9 или больше, 10 или больше, 15 или больше, 20 или больше и предпочтительно до 50, до 45, до 40, до 35 или до 30 аминокислот. Предпочтительно линкер обогащен аминокислотами глицин и/или серин. Предпочтительно, по меньшей мере 50%, по меньшей мере 60%, по меньшей мере 70%, по меньшей мере 80%, по меньшей мере 90% или по меньшей мере 95% аминокислот линкера составляют глицин и/или серин. Согласно одному предпочтительному варианту осуществления линкер в значительной степени состоит из аминокислот глицин и серин. Согласно одному варианту осуществления линкер содержит аминокислотную последовательность (GGS)a(GSS)b(GGG)c(SSG)d(GSG)e, в которой a, b, c, d и e независимо представляют собой число, выбранное из 0, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19 или 20, и при этом a + b + c + d + e отличается от 0 и предпочтительно составляет 2 или больше, 3 или больше, 4 или больше, или 5 или больше. Согласно одному варианту осуществления линкер содержит последовательность, описанную в настоящем документе, в том числе линкерные последовательности, описанные в примерах, такие как последовательность GGSGGGGSG.
Согласно одному особенно предпочтительному варианту осуществления полипептид, включающий в себя один или несколько неоэпитопов, такой как полиэпитопный полипептид в соответствии с настоящим изобретением, вводят больному в форме нуклеиновой кислоты, предпочтительно РНК, такой как in vitro транскрибированная или синтетическая РНК, которая может быть экспрессирована в клетках больного, таких как антиген-презентирующие клетки, для продуцирования полипептида. Настоящее изобретение также относится к введению одного или нескольких мультиэпитопных полипептидов, которые для цели настоящего изобретения, охватываются термином «полиэпитопный полипептид», предпочтительно в форме нуклеиновой кислоты, предпочтительно РНК, такой как in vitro транскрибированная или синтетическая РНК, которая может быть экспрессирована в клетках больного, таких как антиген-презентирующие клетки, для продуцирования одного или нескольких полипептидов. В случае введения более чем одного мультиэпитопного полипептида неоэпитопы, обеспечиваемые разными мультиэпитопными полипептидами могут быть разными или частично перекрывающимися. После представления в клетках больного, таких как антиген-презентирующие клетки, полипептид в соответствии с настоящим изобретением процессируется с продуцированием неоэпитопов, идентифицируемых в соответствии с настоящим изобретением. Введение вакцины, обеспеченной в соответствии с настоящим изобретением, предпочтительно обеспечивает презентируемые MHC I класса эпитопы, которые способны вызывать реакцию CD8+ хелперных Т-клеток против клеток, экспрессирующих антигены, из которых получены презентируемые MHC эпитопы. Введение вакцины, обеспеченной в соответствии с настоящим изобретением, также может обеспечивать презентируемые MHC II класса эпитопы, которые способны вызывать реакцию CD4+ Т-клеток против клеток, экспрессирующих антигены, из которых получены презентируемые MHC эпитопы. Кроме того, введение вакцины, обеспеченной в соответствии с настоящим изобретением, может обеспечивать один или несколько неоэпитопов (в том числе известных неоэпитопов и неоэпитопов, идентифицированных в соответствии с настоящим изобретением), а также один или несколько эпитопов, не содержащих специфические по отношению к злокачественной опухоли соматические мутации, но являющиеся экспрессированными раковыми клетками и предпочтительно индуцирующие иммунную реакцию против раковых клеток, предпочтительно специфическую по отношению к злокачественной опухоли иммунную реакцию.
Вакцина, обеспеченная в соответствии с настоящим изобретением, может быть рекомбинантной вакциной.
Термин «рекомбинантный» в контексте настоящего изобретения означает «полученный посредством генетической инженерии». Предпочтительно, «рекомбинантный объект», такой как рекомбинантный полипептид, в контексте настоящего изобретения не встречается в природе, и предпочтительно является результатом комбинации объектов, таких как последовательности аминокислот или нуклеиновых кислот, которые в природе не объединяются. Например, рекомбинантный полипептид в контексте настоящего изобретения может содержать некоторые аминокислотные последовательности, такие как неоэпитопы или вакцинные последовательности, полученные из разных белков или разных частей одного и того же белка, слитые вместе, например, пептидными связями или соответствующими линкерами.
Используемый в настоящем документе термин «встречающийся в природе» относится к тому факту, что объект может быть найден в природе. Например, пептид или нуклеиновая кислота, которые присутствуют в организме (в том числе в вирусах) и могут быть выделены из природного источника, а также которые не могут быть целенаправленно модифицированы человеком в лаборатории, являются встречающимися в природе.
Средства и композиции, описанные в настоящем документе, могут быть использованы для лечения субъекта с заболеванием, например, с заболеванием, характеризующимся наличием больных клеток, экспрессирующих антиген и презентирующих его фрагмент. Особенно предпочтительными заболеваниями являются злокачественные заболевания. Средства и композиции, описанные в настоящем документе, также могут быть использованы в иммунизации или вакцинации для предупреждения заболевания, описанного в настоящем документе.
Термин «заболевание» относится к аномальному состоянию, которое поражает организм индивидуума. Заболевание зачастую расценивается как медицинское состояние, ассоциированное со специфическими симптомами и признаками. Заболевание может быть вызвано факторами, происходящими от внешнего источника, например, инфекционное заболевание, или оно может быть вызвано внутренними дисфункциями, например, аутоиммунные заболевания. В отношении людей термин «заболевание» часто используют более широко, чтобы ссылаться на любое состояние, которое вызывает боль, дисфункцию, дистресс, социальные проблемы или смерть пораженного индивидуума, или подобные проблемы для тех, кто контактирует с индивидуумом. В таком более широком смысле это иногда включает в себя повреждения, инвалидности, расстройства, синдромы, инфекции, изолированные симптомы, девиантное поведение и атипичные вариации структуры и функции, тогда как в других контекстах и для других целей они могут рассматриваться как отличимые категории. Заболевания обычно затрагивают людей не только физически, но и эмоционально, поскольку заражение и жизнь со многими заболеваниями могут изменить взгляд на жизнь и индивидуальные особенности личности.
Термин «нормальный» относится к здоровому состоянию или к состояниям у здорового субъекта или в здоровой ткани, т.е. к непатологическим состояниям, при этом термин «здоровый» предпочтительно означает не являющийся злокачественным.
Термин «ассоциированное с антигеном заболевание» или «вовлекающее антиген заболевание» относится к любому заболеванию, которое вовлекает антиген, например, заболевание, которое характеризуется наличием антигена или клеток, экспрессирующих антиген. Вовлекающее антиген заболевание может быть инфекционным заболеванием, аутоиммунным заболеванием или злокачественным заболеванием, или просто злокачественной опухолью. Как упоминалось выше, антиген может быть ассоциированным с заболеванием антигеном, таким как ассоциированный с опухолью антиген, вирусным антигеном или бактериальным антигеном.
Термин «вовлекающее экспрессирующие антиген клетки заболевание» в соответствии с настоящим изобретением означает, что выявляется экспрессия антигена в клетках больных ткани или органа. Экспрессия в клетках больных ткани или органа может быть усилена по сравнению с состоянием здоровых ткани или органа. Усиление относится к усилению по меньшей мере на 10%, в частности, по меньшей мере на 20%, по меньшей мере на 50%, по меньшей мере на 100%, по меньшей мере на 200%, по меньшей мере на 500%, по меньшей мере на 1000%, по меньшей мере на 10000% или даже больше. Согласно одному варианту осуществления экспрессию обнаруживают только в больной ткани, тогда как в здоровой ткани экспрессия подавляется. В соответствии с настоящим изобретением заболевания, вовлекающие или являющиеся ассоциированными с экспрессирующими антиген клетками, включают в себя злокачественные заболевания.
Термин «инфекционное заболевание» относится к любому заболеванию, которое может быть передано от индивидуума к индивидууму или от организма к организму и вызывается микробным агентом (например, вирусная инфекция верхних дыхательных путей). Инфекционные заболевания известны в уровне техники и включают в себя, например, вирусное заболевание, бактериальное заболевание или паразитарное заболевание, заболевания, которые вызываются вирусом, бактерией и паразитом, соответственно. В этом отношении инфекционным заболеванием может быть, например, гепатит, передающиеся половым путем заболевания (например, хламидиоз или гонорея), туберкулез, HIV/синдром приобретенного иммунного дефицита (AIDS), дифтерия, гепатит B, гепатит C, холера, тяжелый острый респираторный синдром (SARS), птичий грипп и грипп.
Термин «аутоиммунное заболевание» относится к любому заболеванию, при котором возникает иммуногенная (т.e. иммунной системы) реакция на некоторый компонент своей собственной ткани. Другими словами, иммунная система утрачивает свою способность распознавать некоторую ткань или систему в организме как собственную, нацеливается на нее и атакует ее, как будто она является чужеродной. Аутоиммунные заболевания могут быть классифицированы на те, при которых поражается преимущественно один орган (например, гемолитическая анемия и аутоиммунный тиреоидит), и те, при которых процесс аутоиммунного заболевания распространяется на многие ткани (например, системная красная волчанка). Например, считается, что рассеянный склероз вызывается Т-клетками, атакующими оболочки, которые окружают нервные волокна головного мозга и спинного мозга. Это приводит в результате к потере координации, слабости и нечеткому зрению. Аутоиммунные заболевания известны в уровне техники и включают в себя, например, тиреоидит Хашимото, заболевание Грейвса, волчанку, рассеянный склероз, ревматоидный артрит, гемолитическую анемию, аутоиммунный тиреоидит, системную красную волчанку, целиакию, болезнь Крона, колит, сахарный диабет, склеродермию, псориаз и т.п.
Термины «злокачественное заболевание» или «злокачественная опухоль» относятся к физиологическому состоянию у индивидуума или описывают таковое, которое, как правило, характеризуется неконтролируемым ростом клеток. Примеры злокачественных опухолей включают в себя без ограничения карциному, лимфому, бластому, саркому и лейкоз. Более конкретно, примеры таких злокачественных опухолей включают в себя злокачественную опухоль кости, злокачественную опухоль крови, злокачественную опухоль легкого, злокачественную опухоль печени, злокачественную опухоль поджелудочной железы, злокачественную опухоль кожи, злокачественную опухоль головы или шеи, меланому кожи или внутриглазную меланому, злокачественную опухоль матки, злокачественную опухоль яичника, злокачественную опухоль прямой кишки, злокачественную опухоль анальной области, злокачественную опухоль желудка, злокачественную опухоль толстой кишки, злокачественную опухоль молочной железы, злокачественную опухоль предстательной железы, злокачественную опухоль матки, карциному половых и репродуктивных органов, болезнь Ходжкина, злокачественную опухоль пищевода, злокачественную опухоль тонкого кишечника, злокачественную опухоль эндокринной системы, злокачественную опухоль щитовидной железы, злокачественную опухоль паращитовидной железы, злокачественную опухоль надпочечника, саркому мягкой ткани, злокачественную опухоль мочевого пузыря, злокачественную опухоль почки, почечноклеточную карциному, карциному почечной лоханки, новообразования центральной нервной системы (CNS), нейроэктодермальную злокачественную опухоль, опухоли спинного мозга, глиому, менингиому и аденому гипофиза. Термин «злокачественная опухоль» в соответствии с настоящим изобретением также включает в себя метастазы злокачественной опухоли.
В соответствии с настоящим изобретением термин «опухоль» или «опухолевое заболевание» относится к аномально растущим клеткам (называемым неопластическими клетками, онкогенными клетками или опухолевыми клетками), предпочтительно образующим вздутие или повреждение. Термин «опухолевая клетка» означает аномальную клетку, которая растет за счет быстрой, неконтролируемой клеточной пролиферации и продолжает расти после прекращения действия стимулов, которые инициировали новообразование. Опухоли демонстрируют частичное или полное отсутствие структурной организации и функциональной координации с нормальной тканью и обычно формируют отдельную массу ткани, которая может быть или доброкачественной, предраковой или злокачественной.
Для целей настоящего изобретения термины «злокачественная опухоль» и «злокачественное заболевание» используют взаимозаменяемо с терминами «опухоль» и «опухолевое заболевание».
Термин «метастазис» означает распространение раковых клеток из их первоначального участка в другую часть организма. Формирование метастазиса является очень сложным процессом и зависит от отсоединения клеток злокачественного новообразования от первичной опухоли, инвазии внеклеточного матрикса, проникновения через эндотелиальные базальные мембраны с попаданием в полость организма и сосуды, а затем после переноса кровью, инфильтрации целевых органов. Наконец, рост новой опухоли, т.e. вторичной опухоли или метастатической опухоли, на целевом участке зависит от ангиогенеза. Опухолевый метастазис часто возникает даже после удаления первичной опухоли, поскольку опухолевые клетки или компоненты могут оставаться и развивать метастатический потенциал. Согласно одному варианту осуществления термин «метастазис» в соответствии с настоящим изобретением относится к термину «отдаленный метастазис», означающему метастазис, который отдален от первичной опухоли и системы регионарных лимфатических узлов.
Клетки вторичной или метастатической опухоли подобны таковым в первоначальной опухоли. Это означает, что, например, если злокачественная опухоль яичника метастазирует в печень, то вторичная опухоль состоит из аномальных клеток яичника, а не аномальных клеток печени. Тогда опухоль в печени называют метастатической злокачественной опухолью яичника, а не злокачественной опухолью печени.
Термин «циркулирующие опухолевые клетки» или «CTC» относится к клеткам, которые отсоединились от первичной опухоли или опухолевых метастаз и циркулируют в кровотоке. CTC могут служить источником для последующего роста дополнительных опухолей (метастазиса) в различных тканях. Циркулирующие опухолевые клетки обнаруживаются с частотой порядка 1-10 CTC на мл цельной крови у больных метастатическим заболеванием. Были разработаны способы исследования для выделения CTC. В уровне техники описаны некоторые способы исследования для выделения CTC, например, методики, при которых используют тот факт, что эпителиальные клетки обычно экспрессируют белок клеточной адгезии EpCAM, который отсутствует в нормальных клетках крови. Иммуномагнитный захват на основе гранул предусматривает обработку проб крови антителом против EpCAM, который конъюгирован с магнитными частицами, с последующим отделением целевых клеток в магнитном поле. Выделенные клетки затем окрашивают антителом против другого эпителиального маркера - цитокератина, а также общего лейкоцитарного маркера CD45, чтобы отличить редкие CTC от загрязняющих белых кровяных клеток. Этот надежный и полуавтоматизированный подход идентифицирует CTC со средним выходом около 1 CTC/мл и чистотой 0,1% (Allard et al., 2004: Clin Cancer Res 10, 6897-6904). Во втором способе выделения CTC применяют устройство для захвата CTC на основе микрожидкости, которое предусматривает протекание цельной крови через камеру с 80000 встроенных микростолбиков, которым придали функциональность путем покрытия антителом против EpCAM. Затем CTC окрашивают вторичными антителами либо против цитокератина, либо против специфических по отношению к ткани маркеров, таких как PSA в злокачественной опухоли предстательной железы или HER2 в злокачественной опухоли молочной железы, и визуализируют с помощью автоматизированного сканирования микростолбиков в нескольких плоскостях по трехмерным координатам. CTC-чипы способны идентифицировать цитокератин-позитивные циркулирующие опухолевые клетки у больных со средним выходом 50 клеток/мл и чистотой, варьирующей от 1 до 80% (Nagrath et al., 2007: Nature 450, 1235-1239). Другая возможность выделения CTC заключается в использовании теста циркулирующих опухолевых клеток (CTC) CellSearch™ от Veridex, LLC (Raritan, NJ), при котором захватывают, идентифицируют и подсчитывают CTC в пробирке с кровью. Система CellSearch™ является одобренным Управлением США по санитарному надзору за качеством пищевых продуктов и медикаментов (FDA) методом для подсчета CTC в цельной крови, который основан на комбинации иммуномагнитного мечения и автоматизированной цифровой микроскопии. Существуют и другие способы для выделения CTC, описанные в литературе, все из которых могут быть использованы в сочетании с настоящим изобретением.
Рецидив или повторение происходит, когда человека снова поражает состояние, которое поражало его в прошлом. Например, если больной страдал от опухолевого заболевания, получил успешное лечение указанного заболевания, и у него снова развивается указанное заболевание, то указанное недавно развившееся заболевание можно рассматривать как рецидив или повторение. Однако в соответствии с настоящим изобретением рецидив или повторение опухолевого заболевания может, но не обязательно, возникать на участке исходного опухолевого заболевания. Таким образом, например, если больная страдала от опухоли яичника и получала успешное лечение, то рецидивом или повторением может быть появление опухоли яичника или появление опухоли на участке, отличном от яичника. Рецидив или повторение опухоли также включают в себя ситуации, при которых опухоль возникает на участке, отличном от участка первоначальной опухоли, а также на участке первоначальной опухоли. Предпочтительно, первоначальной опухолью, по поводу которой больной получал лечение, является первичная опухоль, а опухоль на участке, отличном от участка первоначальной опухоли, является вторичной или метастатической опухолью.
Термин «иммунотерапия» относится к лечению заболевания или состояния путем индуцирования, усиления или подавления иммунной реакции. Иммунотерапевтические методы, разработанные для индуцирования или амплификации иммунной реакции, классифицируют как активационные методы иммунотерапии, тогда как методы иммунотерапии, которые уменьшают или подавляют иммунную реакцию, классифицируют как подавляющие методы иммунотерапии. Термин «иммунотерапия» включает в себя антигенную иммунизацию, или антигенную вакцинацию, или противоопухолевую иммунизацию, или противоопухолевую вакцинацию. Термин «иммунотерапия» также относится к манипуляции с иммунными реакциями так, что несоответствующие иммунные реакции модулируют в более соответствующие в контексте аутоиммунных заболеваний, таких как ревматоидный артрит, аллергии, сахарный диабет или рассеянный склероз.
Термины «иммунизация» или «вакцинация» описывают процесс введения антигена индивидууму с целью индуцирования иммунной реакции, например, по терапевтическим или профилактическим причинам.
Термин «терапевтическое лечение» или просто «лечение» относится к какому-либо лечению, которое улучшает состояние здоровья и/или продлевает (увеличивает) продолжительность жизни индивидуума. Указанное лечение может устранять заболевание у индивидуума, останавливать или замедлять развитие заболевания у индивидуума, ингибировать или замедлять развитие заболевания у индивидуума, снижать частоту или тяжесть симптомов у индивидуума и/или снижать рецидив у индивидуума, который в настоящее время страдает заболеванием или который ранее страдал заболеванием.
Термин «профилактическое лечение» или «превентивное лечение» относится к любому лечению, которое предназначено для предупреждения проявления заболевания у индивидуума. Термины «профилактическое лечение» или «превентивное лечение» используют в настоящем документе взаимозаменяемо.
Термины «защищать», «предупреждать», «профилактическое», «превентивное», или «защитное» относятся к предупреждению и/или лечению возникновения и/или развития заболевания, например, опухоли, у индивидуума. Например, профилактическое введение иммунотерапии, например, путем введения композиции, описанной в настоящем документе, может защищать получающего ее индивидуума от развития опухоли. Например, терапевтическое введение иммунотерапии, например, путем введения композиции, описанной в настоящем документе, может останавливать развитие заболевания, например, приводить к ингибированию прогрессирования/роста опухоли. Это предусматривает торможение прогрессирования/роста опухоли, в частности прерывает прогрессирование опухоли, что предпочтительно приводит к элиминированию опухоли. Терапевтическое введение иммунотерапии может защищать индивидуума, например, от распространения или метастазиса существующих опухолей.
Термин «индивидуум» или «субъект» относится к позвоночным, в частности, к млекопитающим. Например, млекопитающими в контексте настоящего изобретения являются люди, отличные от людей приматы, одомашненные млекопитающие, такие как собаки, кошки, овцы, крупный рогаты скот, козы, свиньи, лошади и т.д., лабораторные животные, такие как мыши, крысы, кролики, морские свинки и т.д., а также содержащиеся в неволе животные, такие как животные зоопарков. Термин «субъект» также относится к отличным от млекопитающих позвоночным, таким как птицы (в частности, одомашненные птицы, такие как куры, утки, гуси, индейки) и рыбы (в частности, искусственно выращенная рыба, например, лосось или сом). Используемый в настоящем документе термин «животное» также включает в себя людей. Предпочтительно, термин «больной» относится к больному индивидууму.
Средства, описанные в настоящем документе, могут быть введены в форме любой подходящей фармацевтической композиции. Термин «фармацевтическая композиция» относится к составу, содержащему терапевтически эффективное средство или его соль, предпочтительно вместе с фармацевтическими вспомогательными средствами, такими как буферы, консерванты и модификаторы тоничности. Указанная фармацевтическая композиция является применимой для лечения, предупреждения или снижения тяжести заболевания или нарушения путем введения указанной фармацевтической композиции индивидууму. Фармацевтическая композиция также известна в уровне техники как фармацевтический состав. Фармацевтическая композиция может быть введена локально или системно.
Термин «системное введение» относится к введению терапевтически эффективного средства так, что средство широко распределяется в организме индивидуума в значительных количествах и развивает биологический эффект. В соответствии с настоящим изобретением предпочтительным является то, что введение является парентеральным введением.
Термин «парентеральное введение» относится к введению терапевтически эффективного средства так, что средство не проходит кишечник. Термин «парентеральное введение» включает в себя внутривенное введение, подкожное введение, внутрикожное введение или внутриартериальное введение без ограничения.
Согласно одному особенно предпочтительному варианту осуществления композицию в соответствии с настоящим изобретением вводят в мышечную ткань, такую как скелетная мышца. Внутримышечное введение, например, посредством внутримышечной инъекции, таким образом, является предпочтительным путем введения.
Введение может быть достигнуто различными путями. Согласно одному варианту осуществления композицию в соответствии с настоящим изобретением вводят путем инъекции. Согласно предпочтительному варианту осуществления инъекцию осуществляют через иглу. В качестве альтернативы, может быть использована безыгольная инъекция.
Фармацевтические композиции в соответствии с настоящим изобретением могут содержать по меньшей мере один адъювант. Термин «адъювант» относится к соединениям, которые при введении в комбинации с антигеном или антигенным пептидом индивидууму пролонгируют, или усиливают, или ускоряют иммунную реакцию. Предполагают, что адъюванты проявляют свою биологическую активность с помощью одного или нескольких механизмов, в том числе увеличение поверхности антигена, пролонгирование удержания антигена в организме, замедление высвобождения антигена, нацеливание на антиген макрофагов, усиление поглощения антигена, улучшение процессирования антигена, стимуляция высвобождения цитокина, стимуляция и активация иммунных клеток, таких как B-клетки, макрофаги, дендритные клетки, Т-клетки, и неспецифическая активация иммунных клеток. Адъюванты содержат разнородную группу соединений, таких как масляные эмульсии (например, адъюванты Фрейнда), минеральные соединения (такие как квасцы), бактериальные продукты (такие как токсин Bordetella pertussis) или иммуностимулирующие комплексы. Примеры адъювантов включают в себя сапонины, неполные адъюванты Фрейнда, полные адъюванты Фрейнда, токоферол или квасцы без ограничения.
Фармацевтическую композицию в соответствии с настоящим изобретением, как правило, применяют в «фармацевтически эффективном количестве» и в «фармацевтически приемлемом препарате».
Термин «фармацевтически эффективное количество» относится к количеству, которое достигает желаемой реакции или желаемого эффекта отдельно или вместе со следующими дозами. В случае лечения конкретного заболевания желаемая реакция предпочтительно относится к ингибированию течения заболевания. Это предусматривает замедление прогрессирования заболевания и, в частности, прерывание или обращение прогрессирования заболевания. Желательной реакцией на лечение заболевания также может быть задержка проявления или предупреждение проявления указанного заболевания или указанного состояния. Эффективное количество композиций, описанных в настоящем документе, будет зависеть от состояния, подлежащего лечению, тяжести заболевания, индивидуальных параметров больного, в том числе от возраста, физиологического состояния, размера и массы, длительности лечения, типа сопроводительной терапии (если имеется), конкретного пути введения и подобных факторов. Следовательно, вводимые дозы композиций, описанных в настоящем документе, могут зависеть от различий таких параметров. В случае, если реакция у больного не достаточна с начальной дозой, могут быть использованы более высокие дозы (или более эффективные дозы, достигаемые другим, более локализованным путем введения).
Термин «фармацевтически приемлемый» относится к нетоксичному материалу, который не влияет на действие активного компонента фармацевтической композиции.
Фармацевтические композиции в соответствии с настоящим изобретением могут содержать соли, буферы, консерванты, носители и необязательно другие терапевтические средства. Предпочтительно, фармацевтические композиции в соответствии с настоящим изобретением содержат один или несколько фармацевтически приемлемых носителей, разбавителей и/или вспомогательных средств.
Термин «вспомогательное средство» охватывает все вещества в фармацевтической композиции, которые не являются активными ингредиентами, такие как связующие, смазки, загустители, поверхностно-активные средства, консерванты, эмульгаторы, буферы, ароматизаторы или красители.
Термин «разбавитель» относится к разбавляющему и/или разжижающему средству. Более того, термин «разбавитель» включает в себя любую одну или несколько из среды, жидкости или твердой суспензии и/или среды смешивания.
Термин «носитель» относится к одному или нескольким совместимым твердым или жидким наполнителям или разбавителям, которые подходят для введения человеку. Термин «носитель» относится к натуральному или синтетическому, органическому или неорганическому компоненту, который объединяют с активным компонентом для облегчения применения активного компонента. Предпочтительно, компоненты-носители представляют собой стерильные жидкости, такие как вода или масла, в том числе те, которые получают из минерального масла, животных или растений, такие как арахисовое масло, соевое масло, кунжутное масло, подсолнечное масло и т.д. Растворы солей и водные растворы декстрозы и глицерина также могут быть использованы в качестве водных соединений-носителей.
Фармацевтически приемлемые носители или разбавители для терапевтического применения хорошо известны в фармацевтической отрасли и описываются, например, в Remington's Pharmaceutical Sciences, Mack Publishing Co. (A. R Gennaro edit. 1985). Примеры подходящих носителей включают в себя, например, карбонат магния, стеарат магния, тальк, сахар, лактозу, пектин, декстрин, крахмал, желатин, трагакант, метилцеллюлозу, натрия карбоксиметилцеллюлозу, воск с низкой температурой плавления, масла какао и т.п. Примеры подходящих разбавителей включают в себя этанол, глицерин и воду.
Фармацевтические носители, вспомогательные средства или разбавители могут быть выбраны с позиции предназначенного пути введения и стандартной фармацевтической практики. Фармацевтические композиции в соответствии с настоящим изобретением могут содержать в качестве носителя(ей), вспомогательного средства(средств) или разбавителя(ей) или в дополнение к таковым любые подходящие связующее(ие), смазку(и), суспендирующее средство(а), покрывающее средство(а) и/или солюбилизирующее средство(а). Примеры подходящих связующих включают в себя крахмал, желатин, натуральные сахара, такие как глюкоза, безводная лактоза, свободно текучая лактоза, бета-лактоза, кукурузные подсластители, натуральные и синтетические смолы, такие как акациевая камедь, трагакант или альгинат натрия, карбоксиметилцеллюлозу и полиэтиленгликоль. Примеры подходящих смазок включают в себя олеат натрия, стеарат натрия, стеарат магния, бензоат натрия, ацетат натрия, хлорид натрия и т.п. В фармацевтической композиции могут быть обеспечены консерванты, стабилизаторы, краски и даже ароматизаторы. Примеры консервантов включают в себя бензоат натрия, сорбиновую кислоту и сложные эфиры п-гидроксибензойной кислоты. Также могут быть использованы антиоксиданты и суспендирующие средства.
Согласно одному варианту осуществления композицией является водная композиция. Водная композиция необязательно может содержать растворенные вещества, например, соли. Согласно одному варианту осуществления композиция имеет форму высушенной замораживанием композиции. Высушенную замораживанием композицию получают путем сушки замораживанием соответствующей водной композиции.
Средства и композиции, представленные в настоящем документе, могут быть использованы отдельно или в комбинации с другими терапевтическими режимами, такими как хирургическое вмешательство, облучение, химиотерапия и/или трансплантация костного мозга (аутологичная, сингенная, аллогенная или неродственная).
Настоящее изобретение подробно описывается и иллюстрируется с помощью графических материалов и примеров, которые используются исключительно для иллюстративных целей и не являются ограничивающими. Благодаря настоящему описанию и примерам дополнительные варианты осуществления, которые также включены в настоящее изобретение, доступны квалифицированному специалисту.
Краткое описание графических материалов
На фиг. 1 белки опубликованных эпитопов в значительной степени обогащены в экзосомах и цитозоле по сравнению с рандомными пептидами (протеом).
На фиг. 2 гены опубликованных эпитопов значительно чаще обнаруживаются в базе данных SEREX по сравнению с рандомными пептидами.
ПРИМЕРЫ
Методы и способы, используемые в настоящем документе, описываются в настоящем документе или выполняются путем, известным per se и описанным, например, в Sambrook et al., Molecular Cloning: A Laboratory Manual, 2nd Edition (1989) Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, N.Y. Все способы, предусматривающие применение наборов и реагентов, осуществляются согласно информация изготовителя, если не указано иное.
Пример 1. Локализация белков, содержащих опубликованные эпитопы
Проверяли литературу для идентификации ограниченных MHC I класса мутантных неоэпитопов («опубликованные эпитопы», n = 129) и их локализацию сравнивали с рандомным образцом кодирующих белки генов («протеом», n = 500) (фиг. 1). Локализацию соответствующих генов определяли по базе данных генной онтологии (http://www.ebi.ac.uk/QuickGO/). Более того, присутствие в экзосомах тестировали по базе данных ExoCarta (http://www.exocarta.org/). Как показано на фиг. 1, содержащие неоэпитопы гены в значительной степени обогащены в экзосомах, а также в цитозоле по сравнению с контрольными генами (точный критерий Фишера; p < 0,0001).
На второй стадии наличие генов опубликованных эпитопов в базе данных SEREX (V. Jongeneel, Cancer Immunity, Vol. 1, p. 3 (30 March 2001)) сравнивали с рандомными контрольными генами (фиг. 2). В базе данных SEREX перечисляются белки, которые, как известно, распознаются аутоантителами. Гены опубликованных эпитопов значительно чаще обнаруживались в базе данных SEREX по сравнению с рандомными пептидами (точный критерий Фишера; p < 0,0001).
Результаты, показанные на фиг. 1 и 2 указывают на то, что присутствие мутантных генов в экзосомах, цитозоле или в базе данных аутоантител является применимым параметром для прогнозирования значимых мутантных антигенов в иммунотерапии.
--->
ПЕРЕЧЕНЬ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЕЙ
<110> БИОНТЭК РНА ФАРМАСЬЮТИКАЛЗ ГМБХ; ТРОН - ТРАНСЛАЦИОНАЛЕ ОНКОЛОГИ АН ДЕР
УНИФЕРЗИТЕТСМЕДИЦИН ДЕР ИОГАНН ГУТЕНБЕРГ-УНИФЕРЗИТЕТ МАЙНЦ
ГЕМАЙННЮТЦИГЕ ГМБХ
<120> СПОСОБЫ ПРОГНОЗИРОВАНИЯ ПРИМЕНИМОСТИ БЕЛКОВ ИЛИ БЕЛКОВЫХ ФРАГМЕНТОВ
ДЛЯ ИММУНОТЕРАПИИ
<130> 674-157 PCT2
<150> PCT/EP2016/060897
<151> 2016-05-13
<160> 2
<170> Патентная версия 3.5
<210> 1
<211> 15
<212> БЕЛОК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Линкерная последовательность
<220>
<221> ПОВТОР
<222> (1)..(3)
<223> Часть последовательности, повторенная a раз, при этом a независимо
представляет собой число, выбранное из 0, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9,
10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19 или 20
<220>
<221> СМЕШ_ПРИЗНАК
<222> (1)..(15)
<223> a + b + c + d + e отличается от 0 и предпочтительно равняется 2 или
более, 3 или более, 4 или более, или 5 или более
<220>
<221> ПОВТОР
<222> (4)..(6)
<223> Часть последовательности, повторенная b раз, при этом b независимо
представляет собой число, выбранное из 0, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9,
10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19 или 20
<220>
<221> ПОВТОР
<222> (7)..(9)
<223> Часть последовательности, повторенная c раз, при этом c независимо
представляет собой число, выбранное из 0, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9,
10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19 или 20
<220>
<221> ПОВТОР
<222> (10)..(12)
<223> Часть последовательности, повторенная d раз, при этом d независимо
представляет собой число, выбранное из 0, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9,
10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19 или 20
<220>
<221> ПОВТОР
<222> (13)..(15)
<223> Часть последовательности, повторенная e раз, при этом e независимо
представляет собой число, выбранное из 0, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9,
10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19 или 20
<400> 1
Gly Gly Ser Gly Ser Ser Gly Gly Gly Ser Ser Gly Gly Ser Gly
1 5 10 15
<210> 2
<211> 9
<212> БЕЛОК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Линкерная последовательность
<400> 2
Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly
1 5
<---
Claims (9)
1. Способ прогнозирования применимости ассоциированных с опухолью неоантигенов или неоэпитопов, содержащих одну или несколько специфических по отношению к раку аминокислотных модификаций, в противораковой иммунотерапии, согласно которому
1) выявляют ассоциированные с опухолью неоантигены или неоэпитопы, содержащие одну или несколько специфических по отношению к раку аминокислотных модификаций;
2) идентифицируют среди выявленных на стадии 1) неоантигенов или неоэпитопов те, для которых процессирование и презентация неоантигена по пути MHC I приводит к распознаванию комплексов, образованных MHC I и неоэпитопами неоантигена, CD8+ T-клетками;
3) устанавливают распределение или локализацию неоантигенов или неоэпитопов, выявленных на стадии 2), и используют вычислительную базу данных для определения тех, которые являются локализованными или распространенными в цитозоле и/или в экзосомах in vivo;
4) прогнозируют, что неоантигены или неоэпитопы, выявленные на стадии 3), являются применимыми для противораковой иммунотерапии.
2. Способ по п. 1, при котором неоэпитопы презентируются в экзосомах в виде комплекса MHC I-пептид, предпочтительно на поверхности экзосом.
3. Способ по п. 1, причем локализация или представленность неоантигенов или неоэпитопов неоантигенов в экзосомах указывает на накопление неоантигенов или неоэпитопов неоантигенов в антиген-презентирующих клетках или специализированных антиген-презентирующих клетках.
4. Способ по любому из пп. 1-3, при котором одна или несколько аминокислотных модификаций обусловлены специфическими по отношению к раку соматическими мутациями.
5. Способ по любому из пп. 1-4, при котором способ дополнительно включает стадию установления наличия иммунной реакции с образованием антител на белок, содержащий неоантиген или его неоэпитоп, с использованием вычислительных баз данных, при котором наличие иммунной реакции с образованием антител указывает на то, что неоантиген или его неоэпитоп кросс-презентируется антиген-презентирующими клетками и что неоантиген или его неоэпитоп являются применимыми для противораковой иммунотерапии.
Applications Claiming Priority (3)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
EPPCT/EP2016/060897 | 2016-05-13 | ||
PCT/EP2016/060897 WO2017194170A1 (en) | 2016-05-13 | 2016-05-13 | Methods for predicting the usefulness of proteins or protein fragments for immunotherapy |
PCT/EP2017/061196 WO2017194610A1 (en) | 2016-05-13 | 2017-05-10 | Methods for predicting the usefulness of proteins or protein fragments for immunotherapy |
Publications (3)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
RU2018137721A RU2018137721A (ru) | 2020-06-15 |
RU2018137721A3 RU2018137721A3 (ru) | 2020-08-25 |
RU2782336C2 true RU2782336C2 (ru) | 2022-10-25 |
Family
ID=
Citations (4)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
WO2002005146A2 (en) * | 2000-07-10 | 2002-01-17 | Xencor, Inc. | Method for disigning protein libraries with altered immunogenicity |
WO2010108215A1 (en) * | 2009-03-23 | 2010-09-30 | The Walter And Eliza Hall Institute Of Medical Research | Compounds and methods for modulating an immune response |
CA2486738C (en) * | 2002-05-29 | 2011-07-12 | Toni Weinschenk | Method for identifying immunoreactive peptides |
WO2015063302A2 (en) * | 2013-11-04 | 2015-05-07 | Immatics Biotechnologies Gmbh | Personalized immunotherapy against several neuronal and brain tumors |
Patent Citations (4)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
WO2002005146A2 (en) * | 2000-07-10 | 2002-01-17 | Xencor, Inc. | Method for disigning protein libraries with altered immunogenicity |
CA2486738C (en) * | 2002-05-29 | 2011-07-12 | Toni Weinschenk | Method for identifying immunoreactive peptides |
WO2010108215A1 (en) * | 2009-03-23 | 2010-09-30 | The Walter And Eliza Hall Institute Of Medical Research | Compounds and methods for modulating an immune response |
WO2015063302A2 (en) * | 2013-11-04 | 2015-05-07 | Immatics Biotechnologies Gmbh | Personalized immunotherapy against several neuronal and brain tumors |
Non-Patent Citations (1)
Title |
---|
ZEELENBERG I. S. et al., Antigen localization controls T cell-mediated tumor immunity // The Journal of Immunology. - 2011. - Vol. 187. - No. 3. - P. 1281-1288. VAN MONTFOORT N. et al., Understanding MHC class I presentation of viral antigens by human dendritic cells as a basis for rational design of therapeutic vaccines // Frontiers in immunology. - 2014. - Vol. 5. - Art. 182. EHRLICH D. et al. Intratumoral anti-HuD immunotoxin therapy for small cell lung cancer and neuroblastoma // Journal of hematology & oncology. - 2014. - Vol. 7. - No. 1. - Art. 91. * |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
EP3455625B1 (en) | Methods for predicting the usefulness of neoantigens for immunotherapy | |
KR102670064B1 (ko) | 예방접종에 유용한 t 세포 에피토프의 예측 방법 | |
AU2014298504A1 (en) | Tumor antigens for determining cancer therapy | |
JP7171543B2 (ja) | 有効性が増強された治療法のための疾患特異的標的としてのネオエピトープの選択 | |
JP2024026224A (ja) | 免疫療法のための疾患特異的アミノ酸修飾の有用性を予測する方法 | |
Zhang et al. | A novel DNA vaccine based on ubiquitin–proteasome pathway targeting ‘self’-antigens expressed in melanoma/melanocyte | |
RU2782336C2 (ru) | Способы прогнозирования применимости белков или белковых фрагментов для иммунотерапии | |
JP2024096712A (ja) | 免疫療法に対するタンパク質又はタンパク質のフラグメントの有用性を予測するための方法 | |
Justesen et al. | Addition of TAT protein transduction domain and GrpE to human p53 provides soluble fusion proteins that can be transduced into dendritic cells and elicit p53‐specific T‐cell responses in HLA‐A* 0201 transgenic mice | |
NZ787614A (en) | Methods for predicting the usefulness of proteins or protein fragments for immunotherapy | |
RU2799341C2 (ru) | Способы прогнозирования применимости специфичных для заболевания аминокислотных модификаций для иммунотерапии | |
RU2799341C9 (ru) | Способы прогнозирования применимости специфичных для заболевания аминокислотных модификаций для иммунотерапии |