RU2745079C1 - Set of primers for diagnosing genetic cardiomyopathy - Google Patents
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Abstract
Description
ОБЛАСТЬ ТЕХНИКИ, К КОТОРОЙ ОТНОСИТСЯ ИЗОБРЕТЕНИЕTECHNICAL FIELD OF THE INVENTION
Изобретение относится к медицине, в особенности к молекулярно-биологической диагностике, а именно к кардиологии и для выявления генетически-обусловленных сердечно-сосудистых заболеваний.The invention relates to medicine, in particular to molecular biological diagnostics, namely to cardiology and to identify genetically determined cardiovascular diseases.
УРОВЕНЬ ТЕХНИКИLEVEL OF TECHNOLOGY
Кардиомиопатии - это заболевания миокарда, не связанные с коронарным атеросклерозом, а также с гипертонией, клапанными и врожденными пороками развития сердца.Cardiomyopathies are myocardial diseases not associated with coronary atherosclerosis, as well as with hypertension, valvular and congenital heart defects.
Современные классификации выделяют:Modern classifications distinguish:
- гипертрофическую (ГКМП),- hypertrophic (HCM),
- дилатационную (ДКМП),- dilatation (DCMP),
- аритмогенную (АКМ),- arrhythmogenic (ACM),
- рестриктивную (РКМ) и- restrictive (RCM) and
- неклассифицированные кардиомиопатии.- unclassified cardiomyopathies.
В каждом случае следует указывать, является ли кардиомиопатия семейной или нет.In each case, it should be indicated whether the cardiomyopathy is familial or not.
В общей популяции ГКМП - самая распространенная кардиомиопатия (один случай на 500 человек), ДКМП встречается реже (один случай на 2500), АКМ - один на 5000, а о рестриктивной данных нет, так как патология достаточно редкая.In the general population, HCM is the most common cardiomyopathy (one case per 500 people), DCM is less common (one case per 2500), ACM is one in 5000, and there is no restrictive data, since the pathology is quite rare.
Основным методом диагностики кардиомиопатии является эхокардиография (ЭХОКГ), поэтому критерии диагноза любой кардиомиопатии включают в себя прежде всего структурные характеристики миокарда. Большую часть кардиомиопатий составляют наследственные моногенные заболевания с изолированным поражением миокарда. Это наследственные заболевания с аутосомно-доминантным типом наследования, что подразумевает передачу мутации, передается и от мужчин, и от женщин и что у ребенка 50% вероятность наследования, если один из его родителей гетерозиготен.The main method for diagnosing cardiomyopathy is echocardiography (ECHOKG), therefore, the criteria for the diagnosis of any cardiomyopathy include, first of all, the structural characteristics of the myocardium. The majority of cardiomyopathies are hereditary monogenic diseases with isolated myocardial damage. These are hereditary diseases with an autosomal dominant mode of inheritance, which implies the transmission of mutations, is transmitted from both men and women, and that the child has a 50% chance of inheritance if one of his parents is heterozygous.
Наследственная форма ГКМП - это болезнь саркомера (сократительной единицы кардиомиоцита). Болезнь саркомера составляет 60% всех случаев ГКМП. На сегодняшний день установлено более 16 генов саркомера, ответственных за развитие ГКМП. 2/3 таких генетически подтвержденных случаев ГКМП приходятся на 2 гена: миозинсвязывающий протеин С (MYBPC3) и тяжелая цепь бета-миозина (MYH7).The hereditary form of HCM is a disease of the sarcomere (the contractile unit of the cardiomyocyte). Sarcomere disease accounts for 60% of all HCM cases. To date, more than 16 sarcomere genes have been identified that are responsible for the development of HCM. 2/3 of these genetically confirmed cases of HCM are attributed to 2 genes: myosin-binding protein C (MYBPC3) and beta-myosin heavy chain (MYH7).
Наследственная или идиопатическая форма ДКМП составляет от 30 до 50% всех случаев этой кардиомиопатии и является более гетерогенной. Идентифицировано уже более 30 генов, ассоциированных с ДКМП. Это гены того же саркомера, цитоскелета, ионных каналов, ядерной оболочки. Последние называются ламинопатии и особенно прогностически неблагоприятны.Hereditary or idiopathic DCM accounts for 30 to 50% of all cases of this cardiomyopathy and is more heterogeneous. More than 30 genes associated with DCMP have already been identified. These are genes of the same sarcomere, cytoskeleton, ion channels, nuclear envelope. The latter are called laminopathies and are especially prognostically unfavorable.
АКМ - это болезнь десмосом (белковых структур, обеспечивающих межклеточные соединения). Их всего пять.AKM is a disease of desmosomes (protein structures that provide intercellular connections). There are only five of them.
Данных по рестриктивной кардиопатии меньше, однако установлена связь этой кардиомиопатии с мутациями в генах саркомера и цитоскелета кардиомиоцитов.There are fewer data on restrictive cardiopathy, however, the relationship of this cardiomyopathy with mutations in the genes of the sarcomere and the cytoskeleton of cardiomyocytes has been established.
Очень важно определиться, кому из пациентов с подозрением на кардиомиопатию следует предложить проведение генетического анализа. Так максимальную пользу от генетического анализа будут иметь все больные с клинически установленным диагнозом ГКМП, а также ДКМП, которая сопровождается нарушениями АВ-проведения или случаями внезапной смерти в семье. Чуть меньшая вероятность найти мутацию у больных с ДКМП и семейным анамнезом данного заболевания и определенно установленной АКМ по критериям 2010 года. Для родственников, в семьях которых есть больной с кардиомиопатией, генетический анализ на семейную мутацию высоко оправдан. Во-первых, если у родственника мутация не найдена, он не нуждается в диспансерном наблюдении. Для носителей мутаций могут быть даны некоторые профилактические рекомендации, такие как отказ от спорта, алкоголя, а для ДКМП раннее начало терапии ингибиторами ангиотензин-превращающего фермента, или даже установка имплантируемого кардиовертера-дефибриллятора при ламинопатиях, могут отсрочить дебют болезни и являются средствами первичной профилактики внезапной смерти.It is very important to decide which of the patients with suspected cardiomyopathy should be offered genetic testing. Thus, all patients with a clinically established diagnosis of HCM, as well as DCM, which is accompanied by abnormalities of AV conduction or cases of sudden death in the family, will have the maximum benefit from genetic analysis. There is a slightly lower probability of finding a mutation in patients with DCM and a family history of this disease and a definitely established ACM according to the 2010 criteria. For relatives in whose families there is a patient with cardiomyopathy, genetic analysis for a family mutation is highly justified. Firstly, if the mutation is not found in a relative, he does not need dispensary observation. For carriers of mutations, some preventive recommendations can be given, such as avoiding sports, alcohol, and for DCM, early initiation of therapy with angiotensin-converting enzyme inhibitors, or even the installation of an implantable cardioverter-defibrillator for laminopathies, can delay the onset of the disease and are the means of primary prevention of sudden of death.
Вероятность найти мутацию в настоящее время для разных кардиомиопатий далека от 100%, так как существующие методы или имеют серьезные ограничения по спектру изучаемых генетических локусов (капиллярный электрофорез) или чрезвычайно сложны, трудоемки и дороги (секвенирование нового поколения на основе зарубежных реагентов для подготовки библиотек).The probability of finding a mutation at the present time for different cardiomyopathies is far from 100%, since the existing methods either have serious limitations on the spectrum of the studied genetic loci (capillary electrophoresis) or are extremely complex, laborious and expensive (new generation sequencing based on foreign reagents for the preparation of libraries) ...
На данный момент существует два наиболее распространенных способа поиска мутаций:At the moment, there are two most common ways to find mutations:
1) капиллярный электрофорез (секвенирование по Сэнгеру), позволяющий анализировать отдельные гены;1) capillary electrophoresis (Sanger sequencing), which allows you to analyze individual genes;
2) секвенирование нового поколения (NGS), позволяющее анализировать панели генов, но требующее многостадийной подготовки библиотек фрагментов ДНК для сиквенса (2-5 дней), высоких затрат на проведение анализа из-за неоптимального генного состава панелей, особых требований к квалификации персонала из-за необходимости самостоятельного биоинформационного анализа получаемых данных, типичное время проведение анализа составляет не менее 14-20 дней.2) new generation sequencing (NGS), which allows the analysis of gene panels, but requires multi-stage preparation of libraries of DNA fragments for sequencing (2-5 days), high costs for analysis due to the non-optimal gene composition of the panels, special requirements for personnel qualifications due to for the need for an independent bioinformatic analysis of the data obtained, the typical analysis time is at least 14-20 days.
Таким образом, в настоящее время сохраняется актуальность создания способа диагностики наследственных кардиомиопатий, обладающего преимуществами перед вышеупомянутыми способами по надежности и скорости получения результатов диагностики.Thus, at present, the relevance of creating a method for diagnosing hereditary cardiomyopathies that has advantages over the above methods in terms of reliability and speed of obtaining diagnostic results remains relevant.
КРАТКОЕ РАСКРЫТИЕ ИЗОБРЕТЕНИЯSUMMARY OF THE INVENTION
Задача настоящего изобретения состоит в создании набора праймеров для секвенирования последовательностей генов, аллели которых ассоциированы с наследственными кардиомиопатиями, превосходящего вышеупомянутые способы в аспекте надежности и скорости получения результатов диагностики.The object of the present invention is to provide a set of primers for sequencing the sequences of genes, the alleles of which are associated with hereditary cardiomyopathies, superior to the above methods in terms of reliability and speed of obtaining diagnostic results.
Вышеуказанная задача решена благодаря тому, что предлагаемый набор праймеров для диагностики наследственной кардиомиопатии, включает в себя, по меньшей мере, один набор праймеров для секвенирования последовательности нуклеотидов гена, выбранного из группы, включающей LMNA, TNNT2, RYR2, TTN, DES, ТМЕМ43, SCN5A, MYL3, TNNC1, DSP, PLN, FLNC, PRKAG2, MYPN, VCL, RBM20, BAG3, CSRP3, MYBPC3, PKP2, MYL2, PTPN11, MYH7, TGFB3, АСТС1, TPM1, JUP, DSC2, TTR, TNNI3, DMD, GLA, LAMP2, TAZ.The above problem is solved due to the fact that the proposed set of primers for diagnosing hereditary cardiomyopathy includes at least one set of primers for sequencing the nucleotide sequence of a gene selected from the group consisting of LMNA, TNNT2, RYR2, TTN, DES, TMEM43, SCN5A , MYL3, TNNC1, DSP, PLN, FLNC, PRKAG2, MYPN, VCL, RBM20, BAG3, CSRP3, MYBPC3, PKP2, MYL2, PTPN11, MYH7, TGFB3, ASTS1, TPM1, JUP, DSC2, TTR, GLNI3 , LAMP2, TAZ.
Вышеупомянутые праймеры в наборе для секвенирования последовательности нуклеотидов гена LMNA, - в одном из предпочтительных вариантов воплощения изобретения, - имеют последовательности с SEQ ID NO:1 по SEQ ID NO:42.The aforementioned primers in the LMNA gene nucleotide sequence sequencing kit, in one preferred embodiment, have the sequences SEQ ID NO: 1 to SEQ ID NO: 42.
Вышеупомянутые праймеры в наборе для секвенирования последовательности нуклеотидов гена TNNT2, - в одном из предпочтительных вариантов воплощения изобретения, - имеют последовательности с SEQ ID NO:43 по SEQ ID NO:78.The aforementioned primers in the TNNT2 gene nucleotide sequence sequencing kit, in one preferred embodiment, have the sequences SEQ ID NO: 43 to SEQ ID NO: 78.
Вышеупомянутые праймеры в наборе для секвенирования последовательности нуклеотидов гена RYR2, - в одном из предпочтительных вариантов воплощения изобретения, - имеют последовательности с SEQ ID NO: 79 по SEQ ID NO: 350.The aforementioned primers in the RYR2 nucleotide sequence sequencing kit, in one preferred embodiment, have the sequences SEQ ID NO: 79 to SEQ ID NO: 350.
Вышеупомянутые праймеры в наборе для секвенирования последовательности нуклеотидов гена TTN, - в одном из предпочтительных вариантов воплощения изобретения, - имеют последовательности с SEQ ID NO: 351 по SEQ ID NO: 1906.The aforementioned primers in the TTN gene nucleotide sequence sequencing kit, in one preferred embodiment, have the sequences SEQ ID NO: 351 to SEQ ID NO: 1906.
Вышеупомянутые праймеры в наборе для секвенирования последовательности нуклеотидов гена DES, - в одном из предпочтительных вариантов воплощения изобретения, - имеют последовательности с SEQ ID NO: 1907 по SEQ ID NO: 1930.The aforementioned primers in the DES nucleotide sequence sequencing kit, in one preferred embodiment, have the sequences SEQ ID NO: 1907 to SEQ ID NO: 1930.
Вышеупомянутые праймеры в наборе для секвенирования последовательности нуклеотидов гена ТМЕМ43, - в одном из предпочтительных вариантов воплощения изобретения, - имеют последовательности с SEQ ID NO: 1931 по SEQ ID NO: 1960.The aforementioned primers in the nucleotide sequence sequencing kit of the TMEM43 gene, in one of the preferred embodiments of the invention, have the sequences from SEQ ID NO: 1931 to SEQ ID NO: 1960.
Вышеупомянутые праймеры в наборе для секвенирования последовательности нуклеотидов гена SCN5A, - в одном из предпочтительных вариантов воплощения изобретения, - имеют последовательности с SEQ ID NO: 1961 по SEQ ID NO: 2048.The aforementioned primers in the SCN5A nucleotide sequence sequencing kit, in one preferred embodiment, have the sequences SEQ ID NO: 1961 to SEQ ID NO: 2048.
Вышеупомянутые праймеры в наборе для секвенирования последовательности нуклеотидов гена MYL3, - в одном из предпочтительных вариантов воплощения изобретения, - имеют последовательности с SEQ ID NO: 2049 по SEQ ID NO: 2060.The aforementioned primers in the MYL3 nucleotide sequence sequencing kit, in one preferred embodiment, have the sequences SEQ ID NO: 2049 to SEQ ID NO: 2060.
Вышеупомянутые праймеры в наборе для секвенирования последовательности нуклеотидов гена TNNC1, - в одном из предпочтительных вариантов воплощения изобретения, - имеют последовательности с SEQ ID NO: 2061 по SEQ ID NO: 2072.The aforementioned primers in the TNNC1 nucleotide sequence sequencing kit, in one preferred embodiment, have the sequences SEQ ID NO: 2061 to SEQ ID NO: 2072.
Вышеупомянутые праймеры в наборе для секвенирования последовательности нуклеотидов гена DSP, - в одном из предпочтительных вариантов воплощения изобретения, - имеют последовательности с SEQ ID NO: 2073 по SEQ ID NO: 2180.The aforementioned primers in the DSP gene nucleotide sequence sequencing kit, in one preferred embodiment, have the sequences SEQ ID NO: 2073 to SEQ ID NO: 2180.
Вышеупомянутые праймеры в наборе для секвенирования последовательности нуклеотидов гена PLN, - в одном из предпочтительных вариантов воплощения изобретения, - имеют последовательности с SEQ ID NO: 2181 по SEQ ID NO: 2182.The aforementioned primers in the PLN nucleotide sequence sequencing kit, in one preferred embodiment, have the sequences SEQ ID NO: 2181 to SEQ ID NO: 2182.
Вышеупомянутые праймеры в наборе для секвенирования последовательности нуклеотидов гена FLNC, - в одном из предпочтительных вариантов воплощения изобретения, - имеют последовательности с SEQ ID NO: 2183 по SEQ ID NO: 2310.The aforementioned primers in the FLNC gene nucleotide sequence sequencing kit, in one preferred embodiment, have the sequences SEQ ID NO: 2183 to SEQ ID NO: 2310.
Вышеупомянутые праймеры в наборе для секвенирования последовательности нуклеотидов гена PRKAG2, - в одном из предпочтительных вариантов воплощения изобретения, - имеют последовательности с SEQ ID NO: 2311 по SEQ ID NO: 2352.The aforementioned primers in the PRKAG2 nucleotide sequence sequencing kit, in one preferred embodiment, have the sequences SEQ ID NO: 2311 to SEQ ID NO: 2352.
Вышеупомянутые праймеры в наборе для секвенирования последовательности нуклеотидов гена MYPN, - в одном из предпочтительных вариантов воплощения изобретения, - имеют последовательности с SEQ ID NO: 2353 по SEQ ID NO: 2414.The aforementioned primers in the MYPN nucleotide sequence sequencing kit, in one preferred embodiment, have the sequences SEQ ID NO: 2353 to SEQ ID NO: 2414.
Вышеупомянутые праймеры в наборе для секвенирования последовательности нуклеотидов гена VCL, - в одном из предпочтительных вариантов воплощения изобретения, - имеют последовательности с SEQ ID NO: 2415 по SEQ ID NO: 2470.The aforementioned primers in the VCL nucleotide sequence sequencing kit, in one preferred embodiment, have the sequences SEQ ID NO: 2415 to SEQ ID NO: 2470.
Вышеупомянутые праймеры в наборе для секвенирования последовательности нуклеотидов гена RBM20, - в одном из предпочтительных вариантов воплощения изобретения, - имеют последовательности с SEQ ID NO: 2471 по SEQ ID NO: 2522.The aforementioned primers in the RBM20 nucleotide sequence sequencing kit, in one preferred embodiment, have the sequences SEQ ID NO: 2471 to SEQ ID NO: 2522.
Вышеупомянутые праймеры в наборе для секвенирования последовательности нуклеотидов гена BAG3, - в одном из предпочтительных вариантов воплощения изобретения, - имеют последовательности с SEQ ID NO: 2523 по SEQ ID NO: 2546.The aforementioned primers in the BAG3 nucleotide sequence sequencing kit, in one preferred embodiment, have the sequences SEQ ID NO: 2523 to SEQ ID NO: 2546.
Вышеупомянутые праймеры в наборе для секвенирования последовательности нуклеотидов гена CSRP3, - в одном из предпочтительных вариантов воплощения изобретения, - имеют последовательности с SEQ ID NO: 2547 по SEQ ID NO: 2556.The aforementioned primers in the nucleotide sequence sequencing kit of the CSRP3 gene, in one preferred embodiment, have the sequences SEQ ID NO: 2547 to SEQ ID NO: 2556.
Вышеупомянутые праймеры в наборе для секвенирования последовательности нуклеотидов гена MYBPC3, - в одном из предпочтительных вариантов воплощения изобретения, - имеют последовательности с SEQ ID NO: 2557 по SEQ ID NO: 2632.The aforementioned primers in the MYBPC3 nucleotide sequence sequencing kit, in one preferred embodiment, have the sequences SEQ ID NO: 2557 to SEQ ID NO: 2632.
Вышеупомянутые праймеры в наборе для секвенирования последовательности нуклеотидов гена РКР2, - в одном из предпочтительных вариантов воплощения изобретения, - имеют последовательности с SEQ ID NO: 2633 по SEQ ID NO: 2672.The aforementioned primers in the kit for sequencing the nucleotide sequence of the PKP2 gene, in one of the preferred embodiments of the invention, have the sequences from SEQ ID NO: 2633 to SEQ ID NO: 2672.
Вышеупомянутые праймеры в наборе для секвенирования последовательности нуклеотидов гена MYL2, - в одном из предпочтительных вариантов воплощения изобретения, - имеют последовательности с SEQ ID NO: 2673 по SEQ ID NO: 2686.The aforementioned primers in the MYL2 nucleotide sequence sequencing kit, in one preferred embodiment, have the sequences SEQ ID NO: 2673 to SEQ ID NO: 2686.
Вышеупомянутые праймеры в наборе для секвенирования последовательности нуклеотидов гена PTPN11, - в одном из предпочтительных вариантов воплощения изобретения, - имеют последовательности с SEQ ID NO: 2687 по SEQ ID NO: 2722.The aforementioned primers in the nucleotide sequence sequencing kit of the PTPN11 gene, in one preferred embodiment, have the sequences from SEQ ID NO: 2687 to SEQ ID NO: 2722.
Вышеупомянутые праймеры в наборе для секвенирования последовательности нуклеотидов гена MYH7, - в одном из предпочтительных вариантов воплощения изобретения, - имеют последовательности с SEQ ID NO: 2723 по SEQ ID NO: 2820.The aforementioned primers in the MYH7 nucleotide sequence sequencing kit, in one preferred embodiment, have the sequences SEQ ID NO: 2723 to SEQ ID NO: 2820.
Вышеупомянутые праймеры в наборе для секвенирования последовательности нуклеотидов гена TGFB3, - в одном из предпочтительных вариантов воплощения изобретения, - имеют последовательности с SEQ ID NO: 2821 по SEQ ID NO: 2836.The aforementioned primers in the nucleotide sequence sequencing kit of the TGFB3 gene, in one preferred embodiment, have the sequences SEQ ID NO: 2821 to SEQ ID NO: 2836.
Вышеупомянутые праймеры в наборе для секвенирования последовательности нуклеотидов гена АСТС1, - в одном из предпочтительных вариантов воплощения изобретения, - имеют последовательности с SEQ ID NO: 2837 по SEQ ID NO: 2852.The aforementioned primers in the nucleotide sequence sequencing kit of the ACTC1 gene, in one preferred embodiment of the invention, have the sequences from SEQ ID NO: 2837 to SEQ ID NO: 2852.
Вышеупомянутые праймеры в наборе для секвенирования последовательности нуклеотидов гена ТРМ1, - в одном из предпочтительных вариантов воплощения изобретения, - имеют последовательности с SEQ ID NO: 2853 по SEQ ID NO: 2886.The aforementioned primers in the TPM1 nucleotide sequence sequencing kit, in one preferred embodiment, have the sequences from SEQ ID NO: 2853 to SEQ ID NO: 2886.
Вышеупомянутые праймеры в наборе для секвенирования последовательности нуклеотидов гена JUP, - в одном из предпочтительных вариантов воплощения изобретения, - имеют последовательности с SEQ ID NO: 2887 по SEQ ID NO: 2938.The aforementioned primers in the JUP nucleotide sequence sequencing kit, in one preferred embodiment, have the sequences SEQ ID NO: 2887 to SEQ ID NO: 2938.
Вышеупомянутые праймеры в наборе для секвенирования последовательности нуклеотидов гена DSC2, - в одном из предпочтительных вариантов воплощения изобретения, - имеют последовательности с SEQ ID NO: 2939 по SEQ ID NO: 3036.The aforementioned primers in the DSC2 nucleotide sequence sequencing kit, in one preferred embodiment, have the sequences SEQ ID NO: 2939 to SEQ ID NO: 3036.
Вышеупомянутые праймеры в наборе для секвенирования последовательности нуклеотидов гена TTR, - в одном из предпочтительных вариантов воплощения изобретения, - имеют последовательности с SEQ ID NO: 3037 по SEQ ID NO: 3044.The aforementioned primers in the nucleotide sequence sequencing kit of the TTR gene, in one preferred embodiment, have the sequences SEQ ID NO: 3037 to SEQ ID NO: 3044.
Вышеупомянутые праймеры в наборе для секвенирования последовательности нуклеотидов гена TNNI3, - в одном из предпочтительных вариантов воплощения изобретения, - имеют последовательности с SEQ ID NO: 3045 по SEQ ID NO:3060.The aforementioned primers in the TNNI3 gene sequence sequencing kit, in one preferred embodiment, have the sequences SEQ ID NO: 3045 to SEQ ID NO: 3060.
Вышеупомянутые праймеры в наборе для секвенирования последовательности нуклеотидов гена DMD, - в одном из предпочтительных вариантов воплощения изобретения, - имеют последовательности с SEQ ID NO: 3061 по SEQ ID NO: 3248.The aforementioned primers in the DMD gene nucleotide sequence sequencing kit, in one preferred embodiment, have the sequences SEQ ID NO: 3061 to SEQ ID NO: 3248.
Вышеупомянутые праймеры в наборе для секвенирования последовательности нуклеотидов гена GLA, - в одном из предпочтительных вариантов воплощения изобретения, - имеют последовательности с SEQ ID NO: 3249 по SEQ ID NO: 3270.The aforementioned primers in the GLA nucleotide sequence sequencing kit, in one preferred embodiment, have the sequences SEQ ID NO: 3249 to SEQ ID NO: 3270.
Вышеупомянутые праймеры в наборе для секвенирования последовательности нуклеотидов гена LAMP2, - в одном из предпочтительных вариантов воплощения изобретения, - имеют последовательности с SEQ ID NO: 3271 по SEQ ID NO: 3296.The aforementioned primers in the LAMP2 nucleotide sequence sequencing kit, in one preferred embodiment, have the sequences SEQ ID NO: 3271 to SEQ ID NO: 3296.
Вышеупомянутые праймеры в наборе для секвенирования последовательности нуклеотидов гена TAZ, - в одном из предпочтительных вариантов воплощения изобретения, - имеют последовательности с SEQ ID NO: 3297 по SEQ ID NO: 3318.The aforementioned primers in the TAZ nucleotide sequence sequencing kit, in one preferred embodiment, have the sequences SEQ ID NO: 3297 to SEQ ID NO: 3318.
Вышеупомянутое секвенирование, - в одном из предпочтительных вариантов воплощения изобретения, - выбрано из группы, включающей секвенирование методом пиросеквенирования (454 Life Sciences, Roche), секвенирование синтезом (Illumina Genome Analyzer, Illumina) и полупроводниковое секвенирование (Life Technologies, Thermo Fisher Scientific).The aforementioned sequencing, in one preferred embodiment of the invention, is selected from the group consisting of pyrosequencing (454 Life Sciences, Roche), synthesis sequencing (Illumina Genome Analyzer, Illumina) and semiconductor sequencing (Life Technologies, Thermo Fisher Scientific).
Каждый из пары прямого и обратного праймеров из вышеупомянутых праймеров одновременно удовлетворяют следующим условиям:Each of a pair of forward and reverse primers from the above primers simultaneously satisfy the following conditions:
(1) отсутствие кросс-гибридизации и близкая температура плавления;(1) no cross-hybridization and close melting point;
(2) отсутствие неспецифичных продуктов амплификации на геномной ДНК человека;(2) the absence of nonspecific amplification products on human genomic DNA;
(3) все ампликоны имеют длину в диапазоне 180-220 п.н.(3) all amplicons are in the range of 180-220 bp.
Каждый из пары прямого и обратного праймеров из вышеупомянутых праймеров одновременно удовлетворяют следующим условиям:Each of a pair of forward and reverse primers from the above primers simultaneously satisfy the following conditions:
(1) праймеры на своем 5'-конце содержат затравки для второго раунда ПЦР с адаптерами,(1) primers at their 5 'end contain primers for the second round of PCR with adapters,
(2) прямой праймер имеет последовательность адаптера 5'-TCGTCGGCAGCGTCAGATGTGTATAAGAGACAG-3',(2) the forward primer has the adapter sequence 5'-TCGTCGGCAGCGTCAGATGTGTATAAGAGACAG-3 ',
(3) обратный праймер имеет последовательность адаптера 5'-GTCTCGTGGGCTCGGAGATGTGTATAAGAGACAG-3'.(3) the reverse primer has the adapter sequence 5'-GTCTCGTGGGCTCGGAGATGTGTATAAGAGACAG-3 '.
В соответствии с еще одним аспектом настоящего изобретения предлагается применение набора праймеров по любому из пп. 1-38 для генетической диагностики наследственных кардиомиопатий.In accordance with another aspect of the present invention, there is provided the use of a primer set according to any one of claims. 1-38 for the genetic diagnosis of hereditary cardiomyopathies.
В одном из предпочтительных вариантов применения используют:In one preferred application, the following are used:
(а) образец геномной ДНК человека,(a) a sample of human genomic DNA,
(б) набор по любому из пп. 1-39,(b) a set according to any one of paragraphs. 1-39,
при этом секвенирование осуществляют по методу секвенирования синтезом (Illumina Genome Analyzer, Illumina).the sequencing is carried out according to the synthesis sequencing method (Illumina Genome Analyzer, Illumina).
Изобретение может быть использовано для генетической диагностики наследственных кардиомиопатий посредством определения наличия патогенных мутаций с помощью секвенирования нового поколения.The invention can be used for genetic diagnosis of hereditary cardiomyopathies by determining the presence of pathogenic mutations using new generation sequencing.
КРАТКОЕ ОПИСАНИЕ ФИГУРBRIEF DESCRIPTION OF THE FIGURES
На фиг. 1 приведен пример результата секвенирования экзонов 2-6 гена MYH7 в браузере IGV 2.4.1. Розовые - прямые прочтения, голубые - обратные.FIG. 1 shows an example of the result of sequencing exons 2-6 of the MYH7 gene in the IGV 2.4.1 browser. Pink - direct readings, blue - reverse.
ОСУЩЕСТВЛЕНИЕ ИЗОБРЕТЕНИЯCARRYING OUT THE INVENTION
В настоящем тексте использованы следующие сокращения:The following abbreviations are used in this text:
ГКМП - гипертрофическая кардиомиопатияHCM - hypertrophic cardiomyopathy
ДКМП - дилатационная кардиомиопатияDCMP - dilated cardiomyopathy
АКМ - аритмогенная кардиомиопатияACM - arrhythmogenic cardiomyopathy
РКМ - рестриктивная кардиомиопатияRCM - Restrictive Cardiomyopathy
ПЦР - полимеразная цепная реакцияPCR - polymerase chain reaction
п. н. - пар нуклеотидовp. n. - base pairs
Секвенирование нового поколения (англ. next generation sequencing, NGS) - техника определения нуклеотидной последовательности ДНК и РНК для получения формального описания ее первичной структуры. Технология методов секвенирования нового поколения (СНП) позволяет «прочитать» единовременно сразу несколько участков генома, что является главным отличием от более ранних методов секвенирования.Next generation sequencing (NGS) is a technique for determining the nucleotide sequence of DNA and RNA to obtain a formal description of its primary structure. The technology of new generation sequencing methods (NPS) allows you to “read” several parts of the genome at once, which is the main difference from earlier sequencing methods.
Trimmomatic - программа для удаления адаптерных последовательностей и последовательностей с низким качеством прочтений.Trimmomatic is a program for removing adapter strings and strings with poor read quality.
BWA (англ. Burrows-Wheeler Aligner) - программный пакет для картирования коротких прочтений на референсные геномы (такие как, например, геном человека). Является одним из широко используемых алгоритмов выравнивания, а также рекомендуется для анализа данных производителями Illumina. BWA состоит из трех основных алгоритмов: BWA-BackTrack, BWA-SW и BWA-MEM.BWA (Burrows-Wheeler Aligner) is a software package for mapping short readings to reference genomes (such as, for example, the human genome). It is one of the widely used alignment algorithms and is also recommended for data analysis by Illumina manufacturers. BWA consists of three main algorithms: BWA-BackTrack, BWA-SW, and BWA-MEM.
BWA-MEM является последним реализованным алгоритмом пакета BWA. Он использует стратегию, в которой алгоритм выравнивания чтений выбирается автоматически в каждом конкретном случае: локальное или глобальное выравнивание. Поддерживаются парноконцевые чтения и выравнивания химерных прочтений. Алгоритм устойчив к ошибкам секвенирования и применим к широкому диапазону последовательности длиной от 70 п.о. до нескольких мегабаз. А для картирования последовательностей длиной 100 п.о. BWA-MEM показывает лучшую производительность, чем некоторые передовые алгоритмы выравнивания прочтений.BWA-MEM is the latest implemented algorithm in the BWA package. It uses a strategy in which the read alignment algorithm is selected automatically on a case-by-case basis: local or global alignment. Pairwise readings and chimeric readings alignments are supported. The algorithm is robust to sequencing errors and is applicable to a wide range of sequences from 70 bp. up to several megabases. And for mapping sequences with a length of 100 bp. BWA-MEM performs better than some of the advanced read alignment algorithms.
Прочтения (риды) - от англ. read - «чтение, прочтение» - отдельные фрагменты ДНК, полученные в результате работы секвенатора (секвенирования).Readings (reads) - from the English. read - "reading, reading" - individual DNA fragments obtained as a result of the sequencer (sequencing).
FastQC - программа для оценки качества данных высокопроизводительного секвенирования.FastQC is a program for evaluating the quality of high-throughput sequencing data.
BamQC - приложение для оценки качества файлов ВАМ.BamQC is an application for evaluating the quality of BAM files.
Формат ВАМ - это бинарный формат для- хранения данных картирования.The BAM format is a binary format for storing mapping data.
Genome Analysis Toolkit (GATK) - это программный пакет, разработанный в Broad Institute для анализа большого объема данных с высокой вычислительной мощностью.The Genome Analysis Toolkit (GATK) is a software package developed by the Broad Institute for analyzing large amounts of data with high processing power.
HaplotypeCaller, UnifiedGenotyper - режимы работы GATK.HaplotypeCaller, UnifiedGenotyper - GATK operating modes.
SnpSift - это программа, которая служит для фильтрации вариантов в VCF-файле.SnpSift is a program that filters variations in a VCF file.
SnpEff - это программное обеспечение для аннотирования вариантов и прогнозирования их влияния на гены.SnpEff is software for annotating variants and predicting their effect on genes.
ANNOVAR - это эффективный программный инструмент, позволяющий использовать обновленную информацию для функциональной аннотации генетических вариантов, обнаруженных в различных геномах (включая геном человека hg18, hg19, hg38, а также мышь, червя, муху, дрожжи и многие другие.ANNOVAR is an efficient software tool that allows you to use updated information for the functional annotation of genetic variants found in various genomes (including the hg18, hg19, hg38 human genome, as well as mouse, worm, fly, yeast and many others.
PolyPhen2 - это инструмент, который предсказывает возможное влияние аминокислотного замещения в структуре и функции человеческого белка.PolyPhen2 is a tool that predicts the possible impact of amino acid substitution on the structure and function of a human protein.
SIFT, MutationTaster, FATMM, CADD, DANN, Eigen - название алгоритмов предсказания патогенности.SIFT, MutationTaster, FATMM, CADD, DANN, Eigen is the name of algorithms for predicting pathogenicity.
Alamut Batch - инструмент для аннотирования файлов VCF с функцией предсказания сайтов сплайсинга.Alamut Batch is a VCF file annotation tool with splicing site prediction function.
ClinVar - общедоступный архив отчетов о связях между геномными вариантами и фенотипами.ClinVar is a publicly available archive of reports on associations between genomic variants and phenotypes.
https: //www. ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4832236/https: // www. ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4832236/
HGMD Professional - Human Gene Mutation Database, база данных мутаций в человеческом геноме, http://www.hgmd.cf.ac.uk/ac/index.phpHGMD Professional - Human Gene Mutation Database, a database of mutations in the human genome, http://www.hgmd.cf.ac.uk/ac/index.php
dbSNP - база данных SNP, свободный общественный архив, содержащий данные по наследственной изменчивости различных видов, разработанный и поддерживаемый NCBI (National Center for Biotechnology Information - Национальный центр биотехнологической информации США).dbSNP is an SNP database, a free public archive containing data on genetic variation of various species, developed and maintained by the National Center for Biotechnology Information (NCBI).
Задача настоящего изобретения состоит в создании способа подготовки геномных библиотек фрагментов ДНК для секвенирования нового поколения и диагностического набора для его осуществления, позволяющего проводить генетическую диагностику наследственных кардиомиопатий с высокой чувствительностью, надежностью, скоростью и низкой себестоимостью.The objective of the present invention is to provide a method for preparing genomic libraries of DNA fragments for sequencing a new generation and a diagnostic kit for its implementation, which allows genetic diagnosis of hereditary cardiomyopathies with high sensitivity, reliability, speed and low cost.
Основной методикой проведения секвенирования нового поколения является подготовка библиотек фрагментов ДНК из образца и проведение секвенирования с помощью одной из технологий - пиросеквенирование (454 Life Sciences, Roche), секвенирование синтезом (Illumina Genome Analyzer, Illumina), полупроводниковое секвенирование (Life Technologies, Thermo Fisher Scientific).The main method of sequencing a new generation is the preparation of libraries of DNA fragments from a sample and sequencing using one of the technologies - pyrosequencing (454 Life Sciences, Roche), synthesis sequencing (Illumina Genome Analyzer, Illumina), semiconductor sequencing (Life Technologies, Thermo Fisher Scientific ).
Ключевой шаг в подготовке библиотек нужного размера заключается в присоединении служебных адаптерных олигонуклеотидных последовательностей к целевым фрагментам ДНК, для чего в большинстве протоколов используются дорогостоящие зарубежные ферменты, а сами протоколы представляют собой многоступенчатые многодневные процессы с высокой трудоемкостью или требованиями к автоматизации процесса.A key step in preparing libraries of the required size is to attach service adapter oligonucleotide sequences to the target DNA fragments, for which most protocols use expensive foreign enzymes, and the protocols themselves are multi-step multi-day processes with high labor intensity or requirements for process automation.
Для повышения скорости анализа, его надежности и снижения себестоимости необходимо решить проблему создания способа подготовки библиотек фрагментов ДНК заданного размера только с помощью ПЦР и стандартных методов очистки ПЦР-продуктов.To increase the speed of analysis, its reliability and reduce the cost, it is necessary to solve the problem of creating a method for preparing libraries of DNA fragments of a given size using only PCR and standard methods for purifying PCR products.
Поставленная задача решена благодаря применению способа включения в состав фрагментов библиотеки адаптерных последовательностей с помощью двухстадийной стандартной ПЦР с мультиплексированными праймерами, что позволило ускорить время приготовления библиотеки до нескольких часов, значительно снизить себестоимость библиотеки за счет снижения стоимости реагентов и трудозатрат, повысить надежность анализа за счет повышения качества покрытия, так как секвенированию подвергаются только целевые регионы генов, отвечающих за развитие кардиомиопатий (таблица 1).The problem was solved by using the method of including adapter sequences in the library fragments using a two-stage standard PCR with multiplexed primers, which made it possible to speed up the library preparation time to several hours, significantly reduce the library cost by reducing the cost of reagents and labor costs, and increase the reliability of the analysis by increasing the quality of the coverage, since only the target regions of the genes responsible for the development of cardiomyopathies are sequenced (Table 1).
Прямой праймер первого раунда ПЦР выглядит следующим образом:The first round PCR forward primer is as follows:
TCGTCGGCAGCGTCAGATGTGTATAAGAGACAG-[ген-специфичная последовательность]TCGTCGGCAGCGTCAGATGTGTATAAGAGACAG- [gene-specific sequence]
Пример прямого праймера второго раунда ПЦР выглядит следующим образом:An example of a second round PCR forward primer looks like this:
AATGATACGGCGACCACCGAGATCTACACCTCTCTATTCGTCGGCAGCGTC,AATGATACGGCGACCACCGAGATCTACAC CTCTCTAT TCGTCGGCAGCGTC,
где жирным выделен фрагмент, соответствующий индексу i5.where the fragment corresponding to the index i5 is highlighted in bold.
Обратный праймер первого раунда выглядит следующим образом:The first round reverse primer looks like this:
GTCTCGTGGGCTCGGAGATGTGTATAAGAGACAG-[ген-специфичная последовательность]GTCTCGTGGGCTCGGAGATGTGTATAAGAGACAG- [gene-specific sequence]
Пример обратного праймера второго раунда выглядит следующим образом:An example of a second round reverse primer looks like this:
CAAGCAGAAGACGGCATACGAGATTCGCCTTAGTCTCGTGGGCTCGG,CAAGCAGAAGACGGCATACGAGAT TCGCCTTA GTCTCGTGGGCTCGG,
где жирным выделена последовательность, соответствующая индексу i7.where the sequence corresponding to the index i7 is highlighted in bold.
Последовательности олигонуклеотидов для первого и второго этапов ПЦР, двойные индексы i5 и i7 подбираются согласно документации производителя секвенатора Illumina.The sequences of oligonucleotides for the first and second steps of PCR, dual indexes i5 and i7 are selected according to the documentation of the Illumina sequencer manufacturer.
ПЦР для одного образца проводят в одной пробирке, это достигается за счет того, что:PCR for one sample is carried out in one tube, this is achieved due to the fact that:
(а) на каждый целевой регион подобрана отдельная пара праймеров (всего 1659 пар);(a) a separate pair of primers was selected for each target region (1659 pairs in total);
(б) все праймеры подобраны с учетом отсутствия кросс-гибридизации и имеют близкую температуру плавления;(b) all primers were selected taking into account the absence of cross-hybridization and have a similar melting point;
(в) все пары праймеров проверены на отсутствие неспецифичных продуктов амплификации на геноме человека;(c) all pairs of primers were checked for the absence of nonspecific amplification products on the human genome;
(г) все ампликоны имеют длину в диапазоне 180-220 п.н.;(d) all amplicons are in the range of 180-220 bp;
(д) размер готовой библиотеки лежит в диапазоне 240-280 п.н.;(e) the size of the finished library is in the range of 240-280 bp;
(е) праймеры на 5'-конце содержат затравки для второго раунда ПЦР с адаптерами (прямой 5'-TCGTCGGCAGCGTCAGATGTGTATAAGAGACAG-3', обратный 5'-GTCTCGTGGGCTCGGAGATGTGTATAAGAGACAG-3').(f) primers at the 5'-end contain primers for the second round of PCR with adapters (forward 5'-TCGTCGGCAGCGTCAGATGTGTATAAGAGACAG-3 ', reverse 5'-GTCTCGTGGGCTCGGAGATGTGTATAAGAGACAG-3').
Предлагаемые наборы могут содержать готовые мультиплексные смеси всех необходимых праймеров, что позволяет в минимальные сроки подготовить библиотеку фрагментов ДНК для секвенирования нового поколения в отношении одного или нескольких генов, имеющих аллели, ассоциированные с наследственными кардиомиопатиями.The proposed kits can contain ready-made multiplex mixtures of all necessary primers, which allows you to quickly prepare a library of DNA fragments for sequencing a new generation in relation to one or more genes with alleles associated with hereditary cardiomyopathies.
Предпочтительный способ секвенирования предусматривает следующие стадии:The preferred sequencing method comprises the following steps:
(1) проводят выделение ДНК из образца;(1) carry out the extraction of DNA from the sample;
(2) проводят полимеразную цепную реакцию образца (1) со смесью всех праймеров с концентрацией 4 нМ каждый;(2) carry out the polymerase chain reaction of the sample (1) with a mixture of all primers with a concentration of 4 nM each;
(3) проводят очистку продуктов ПЦР от неизрасходованных реагентов с помощью магнитных частиц;(3) purification of PCR products from unused reagents using magnetic particles;
(4) проводят второй раунд ПЦР с продуктом первого раунда и набором двойных индексов Illumina (последовательности согласно документации Illumina);(4) a second round of PCR is performed with the first round product and a set of Illumina double indices (sequences according to Illumina documentation);
(5) проводят очистку продуктов ПЦР от неизрасходованных реагентов с помощью магнитных частиц;(5) purification of PCR products from unused reagents using magnetic particles;
(6) проводят секвенирование полученной библиотеки на приборе MiSeq (Illumina);(6) sequencing the resulting library using a MiSeq device (Illumina);
(7) проводят биоинформационную обработку результатов сиквенса следующим образом:(7) carry out bioinformatic processing of the sequence results as follows:
(а) Удаление адаптеров и последовательностей с низким качеством прочтения.(a) Removing adapters and sequences with poor read quality.
(б) Картирование прочтений на референсную последовательность генома человека (GRch37/hg19) при помощи алгоритма BWA-MEM.(b) Mapping of reads to the reference sequence of the human genome (GRch37 / hg19) using the BWA-MEM algorithm.
(в) Проверка качества исходных данных, выравнивания, обогащения и покрытия целевых регионов с помощью FastQC, BAMQC и NGSrich. Ожидаемое покрытие целевых регионов - от 70х до 150х, доля целевых регионов с покрытием выше 50х - не менее 98%. Автоматизированная оценка качества покрытия целевых регионов с генерированием списка потенциально пропущенных локусов.(c) Checking the quality of initial data, leveling, enrichment and coverage of target regions using FastQC, BAMQC and NGSrich. The expected coverage of target regions is from 70x to 150x, the share of target regions with coverage above 50x is at least 98%. Automated assessment of the quality of coverage of target regions with the generation of a list of potentially missed loci.
(г) Поиск нуклеотидных вариаций для терминальных мутаций с помощью GATK HaplotypeCaller + UnifiedGenotyper (с получением объединенного VCF-файла).(d) Search for nucleotide variations for terminal mutations using GATK HaplotypeCaller + UnifiedGenotyper (yielding a merged VCF file).
(д) Обработка консенсусного VCF-файлов с помощью программы SnpSift (критерий фильтрации - глубина прочтения более 10).(e) Processing consensus VCF files using the SnpSift program (filtering criterion - reading depth more than 10).
(е) Аннотирование с помощью SnpEff (анализ всех транскриптов), ANNOVAR (анализ частот аллелей в ЕхАС, 1000G и ESP6500, алгоритмы проверки функциональной значимости SIFT, PolyPhen2, MutationTaster, FATMM, CADD, DANN, Eigen) и Alamut Batch (влияние на сплайсинг, базы данных dbSNP, ClinVar, HGMD Professional).(f) Annotation with SnpEff (analysis of all transcripts), ANNOVAR (analysis of allele frequencies in ExAC, 1000G and ESP6500, functional significance test algorithms SIFT, PolyPhen2, MutationTaster, FATMM, CADD, DANN, Eigen) and Alamut Batch (influence on splicing , databases dbSNP, ClinVar, HGMD Professional).
Такой способ обеспечивает высокую специфичность и точность диагностики без использования дорогостоящих методов подготовки геномных библиотек.This method provides high specificity and diagnostic accuracy without using expensive methods for preparing genomic libraries.
Для валидации разработанной панели генов и биоинформационного подхода было проведено секвенирование нового поколения с известным результатом молекулярно-генетического тестирования для образцов четырех пациентов Р001, Р002, Р003 и Р007, с клиническим диагнозом ДКМП у каждого.To validate the developed panel of genes and bioinformatics approach, a new generation sequencing was carried out with the known result of molecular genetic testing for samples of four patients P001, P002, P003, and P007, each with a clinical diagnosis of DCM.
ДНК из лейкоцитов периферической крови выделяют с помощью набора QIAamp DNA Blood Mini QIAcube Kit («Qiagen», Германия) согласно инструкции компании-производителя на автоматической станции QIAcube («Qiagen», Германия). Концентрацию ДНК измеряли на спектрофотометре NanoVue Plus («GE Healthcare»). Подготовку библиотек для секвенирования осуществляли следующим образом:DNA from peripheral blood leukocytes is isolated using a QIAamp DNA Blood Mini QIAcube Kit (Qiagen, Germany) according to the manufacturer's instructions on an automated QIAcube station (Qiagen, Germany). DNA concentration was measured on a NanoVue Plus spectrophotometer (GE Healthcare). The preparation of libraries for sequencing was carried out as follows:
1) Провели полимеразную цепную реакцию (ПЦР) каждого образца со смесью всех праймеров первого раунда с концентрацией 4 нМ каждый.1) Conducted polymerase chain reaction (PCR) of each sample with a mixture of all primers of the first round with a concentration of 4 nM each.
2) Провели очистку продуктов ПЦР от неизрасходованных реагентов с помощью магнитных частиц AMPure (Beckman Coulter, США)) согласно инструкции производителя.2) We carried out the purification of PCR products from unused reagents using AMPure magnetic particles (Beckman Coulter, USA)) according to the manufacturer's instructions.
3) Провели второй раунд ПЦР с каждым очищенным продуктом первого раунда и четырьмя наборами двойных индексов Illumina S502+N701, S503+N702, S505+N703, S506+N704 согласно документации Illumina к секвенатору MiSeq.3) A second round of PCR was performed with each purified product of the first round and four sets of Illumina dual indexes S502 + N701, S503 + N702, S505 + N703, S506 + N704 according to Illumina documentation for the MiSeq sequencer.
4) Провели очистку продуктов ПЦР от неизрасходованных реагентов с помощью магнитных частиц AMPure согласно инструкции производителя.4) Conducted purification of PCR products from unspent reagents using AMPure magnetic particles according to the manufacturer's instructions.
5) Проверили наличие и концентрацию фрагментов библиотек с помощью агарозного электрофореза (ожидаемые длины 240-280 п.н.)5) We checked the presence and concentration of library fragments using agarose electrophoresis (expected lengths 240-280 bp)
6) Провели секвенирование на приборе MiSeq (Illumina).6) Sequencing was carried out on a MiSeq instrument (Illumina).
ПЦР провели с помощью высокоточной Q5-полимеразы («New England Biolabs») в следующих условиях (количество циклов может меняться в зависимости от концентрации ДНК):PCR was performed using high-precision Q5 polymerase (New England Biolabs) under the following conditions (the number of cycles may vary depending on the concentration of DNA):
1. Первый раунд - общий объем 50 мкл, 98С - 30 сек, 15 циклов 98С - 10 сек, 60С - 60 сек.1. The first round - total volume 50 µl, 98C - 30 sec, 15 cycles 98C - 10 sec, 60C - 60 sec.
2. Второй раунд - общий объем 20 мкл, 98С - 30 сек, 20 циклов 98С - 10 сек, 65С - 60 сек.2. Second round - total volume 20 μl, 98C - 30 sec, 20 cycles 98C - 10 sec, 65C - 60 sec.
Общее время, затраченное на подготовку библиотек, составило 4 часа.The total time spent on preparing the libraries was 4 hours.
Полученная библиотека характеризуется высокой равномерностью покрытия и низким содержанием ошибок ПЦР, пример результата секвенирования экзонов 2-6 гена MYH7 приведен на фиг. 1.The resulting library is characterized by high uniformity of coverage and low content of PCR errors; an example of the result of sequencing exons 2-6 of the MYH7 gene is shown in Fig. one.
Среднее покрытие для крови составило 570х, доля корректно картированных прочтений - 99,3%, доля целевых регионов с покрытием выше 100х - 99,7%.The average coverage for blood was 570x, the proportion of correctly mapped reads was 99.3%, and the proportion of target regions with coverage above 100x was 99.7%.
Автоматизированный биоинформационный анализ проводится следующим образом:Automated bioinformatic analysis is carried out as follows:
1) Удаление адаптеров и последовательностей с низким качеством прочтения с помощью Trimmomatic.1) Removing adapters and sequences with poor read quality using Trimmomatic.
2) Картирование прочтений на референсную последовательность генома человека (GRch37/hg19) при помощи алгоритма BWA-MEM.2) Mapping of reads to the reference sequence of the human genome (GRch37 / hg19) using the BWA-MEM algorithm.
3) Проверка качества исходных данных, выравнивания, обогащения и покрытия целевых регионов с помощью FastQC, BAMQC.3) Checking the quality of the initial data, leveling, enrichment and coverage of target regions using FastQC, BAMQC.
4) Поиск нуклеотидных вариаций для терминальных мутаций с помощью GATK HaplotypeCaller + UnifiedGenotyper (с получением объединенного VCF-файла).4) Search for nucleotide variations for terminal mutations using GATK HaplotypeCaller + UnifiedGenotyper (with obtaining a combined VCF file).
5) Обработка консенсусного VCF-файлов с помощью программы SnpSift (критерий фильтрации - глубина прочтения более 10).5) Processing consensus VCF files using the SnpSift program (filtering criterion - reading depth more than 10).
6) Аннотирование с помощью SnpEff (анализ всех транскриптов), ANNOVAR (анализ частот аллелей в ЕхАС, 1000G и ESP6500, алгоритмы проверки функциональной значимости SIFT, PolyPhen2, MutationTaster, FATMM, CADD, DANN, Eigen) и Alamut Batch (влияние на сплайсинг, базы данных dbSNP, ClinVar, HGMD Professional).6) Annotation using SnpEff (analysis of all transcripts), ANNOVAR (analysis of allele frequencies in ExAC, 1000G and ESP6500, algorithms for checking the functional significance of SIFT, PolyPhen2, MutationTaster, FATMM, CADD, DANN, Eigen) and Alamut Batch (influence on splicing, databases dbSNP, ClinVar, HGMD Professional).
Общее время биоинформационной обработки составило 1 час.The total time of bioinformation processing was 1 hour.
Результаты секвенирования четырех образцов:Sequencing results for four samples:
Данные секвенирования пациента Р001 -Patient sequencing data P001 -
Ген: TTNGene: TTN
Геномная координата: chr2:179567340Genomic coordinate: chr2: 179567340
Транскрипт: NM_001267550.2Transcript: NM_001267550.2
кДНК: c. 30274C>ТcDNA: c. 30274C> T
Аминокислота: р. His10092TyrAmino acid: p. His10092Tyr
Данные секвенирования пациента Р002 -Patient sequencing data P002 -
Ген: KCNQ1Gene: KCNQ1
Геномная координата: chr11:2610069Genomic coordinate: chr11: 2610069
Транскрипт: NM_000218.2Transcript: NM_000218.2
кДНК: c. 1378G>AcDNA: c. 1378G> A
Аминокислота: p. Gly460SerAmino acid: p. Gly460Ser
Данные секвенирования пациента Р003 -Patient sequencing data P003 -
Ген: DSPGene: DSP
Геномная координата: chr6:7570791Genomic coordinate: chr6: 7570791
Транскрипт: NM_004415.3Transcript: NM_004415.3
кДНК: c. 1696G>AcDNA: c. 1696G> A
Аминокислота: p.Ala566ThrAmino acid: p.Ala566Thr
Данные секвенирования пациента Р007 -Patient sequencing data P007 -
Ген: SCN5AGene: SCN5A
Геномная координата: chr3:38674747Genomic coordinate: chr3: 38674747
Транскрипт: NM_001099404.1Transcript: NM_001099404.1
кДНК: c. 52C>ТcDNA: c. 52C> T
Аминокислота: p. Arg18Trp.Amino acid: p. Arg18Trp.
Все патогенные мутации были подтверждены методом капиллярного электрофореза.All pathogenic mutations were confirmed by capillary electrophoresis.
Амплификацию полиморфных участков исследуемых генов проводили на амплификаторе Veriti (Life Technologies, Applied Biosystems) в 20 мкл реакционной смеси для сложных матриц KAPA2G Robust PCR Kit (Кара Biosystems), олигонуклеотидные праймеры синтезированы ЗАО «Евроген», г. Москва. Условия амплификации фрагментов ДНК: 95°С/2 мин - 1 цикл; 94°С/10 сек, 60°С/30 сек, 72°С/1 мин - 40 циклов; 72°С/5 мин - 1 цикл.Amplification of polymorphic regions of the studied genes was carried out on a Veriti amplifier (Life Technologies, Applied Biosystems) in 20 μL of the reaction mixture for complex matrices KAPA2G Robust PCR Kit (Kara Biosystems), oligonucleotide primers were synthesized by ZAO Evrogen, Moscow. Conditions for amplification of DNA fragments: 95 ° C / 2 min - 1 cycle; 94 ° C / 10 sec, 60 ° C / 30 sec, 72 ° C / 1 min - 40 cycles; 72 ° C / 5 min - 1 cycle.
Праймеры были подобраны с адаптерами М13 (M13-F: 5'-GTAAAACGACGGCCAGT-3', M13-R: 5'-CAGGAAACAGCTATGAC-3'). Очистку проводили при помощи щелочной алкалинфосфатазы (SAP) и Exonuclease I. Реакционная смесь: SAP - 0,05 ед; 10× SAP-буфер - 0,35 мкл; Exol - 0,5 ед; ПЦР-продукт - 10 мкл; стерильная вода - до 20 мкл. Температурно-временной профиль: 37°С - 30 мин, 80°С - 15 мин.Primers were designed with M13 adapters (M13-F: 5'-GTAAAACGACGGCCAGT-3 ', M13-R: 5'-CAGGAAACAGCTATGAC-3'). Purification was carried out using alkaline alkaline phosphatase (SAP) and Exonuclease I. Reaction mixture: SAP - 0.05 units; 10 × SAP buffer - 0.35 μl; Exol - 0.5 units; PCR product - 10 μl; sterile water - up to 20 μl. Temperature-time profile: 37 ° С - 30 min, 80 ° С - 15 min.
Очистка продукта сиквенсовой ПЦР проводилась с использованием набора BigDye Xterminator (Life Technologies, Applied Biosystems).Purification of the sequential PCR product was carried out using the BigDye Xterminator kit (Life Technologies, Applied Biosystems).
Автоматическое секвенирование фрагментов ДНК проводили на генетическом анализаторе (секвенаторе) ABI PRISM 3500 с помощью праймеров М13(-20) и M13R-pUC(-40) в прямом и обратном направлении для каждого ампликона. На реакцию сиквенсовой ПЦР брали от 50 до 100 fmol матрицы ДНК, 3,2 pmol праймера и 2 мкл смеси для секвенирования "BigDye® Terminator v1.1 Cycle Sequencing Kit" (Life Technologies, Applied Biosystems, США). Реакцию ставили в 10 мкл по программе: 96°С/20 сек - 1 цикл; 50°С/20 сек, 60°С/4 мин - 27 циклов.Automatic sequencing of DNA fragments was performed on an ABI PRISM 3500 genetic analyzer (sequencer) using primers M13 (-20) and M13R-pUC (-40) in forward and backward directions for each amplicon. For the sequencing PCR reaction, from 50 to 100 fmol of the DNA template, 3.2 pmol primer, and 2 μl of the BigDye® Terminator v1.1 Cycle Sequencing Kit (Life Technologies, Applied Biosystems, USA) were taken for sequencing. The reaction was set in 10 μL according to the program: 96 ° C / 20 sec - 1 cycle; 50 ° C / 20 sec, 60 ° C / 4 min - 27 cycles.
Таким образом, процедура секвенирования с помощью предлагаемых праймеров занимает существенно меньше времени, чем секвенирование альтернативными методами и дает результат, согласующийся с результатами, полученными этими методами.Thus, the sequencing procedure using the proposed primers takes significantly less time than sequencing by alternative methods and gives a result consistent with the results obtained by these methods.
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SEQUENCE LISTINGSEQUENCE LISTING
<110> Общество с ограниченной ответственностью «ТестГен»<110> Limited Liability Company "TestGen"
<120> НАБОР ПРАЙМЕРОВ ДЛЯ ДИАГНОСТИКИ НАСЛЕДСТВЕННОЙ КАРДИОМИОПАТИИ<120> SET OF PRIMERS FOR DIAGNOSTICS OF HEREDITARY CARDIOMYOPATHY
<130> TESTGEN-19<130> TESTGEN-19
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<170> PatentIn version 3.5<170> PatentIn version 3.5
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<212> ДНК<212> DNA
<213> Homo sapiens<213> Homo sapiens
<400> 72<400> 72
ggatcaaaga cagcctggtt c 21ggatcaaaga cagcctggtt c 21
<210> 73<210> 73
<211> 21<211> 21
<212> ДНК<212> DNA
<213> Homo sapiens<213> Homo sapiens
<400> 73<400> 73
tgcctgaggc acataccttc a 21tgcctgaggc acataccttc a 21
<210> 74<210> 74
<211> 21<211> 21
<212> ДНК<212> DNA
<213> Homo sapiens<213> Homo sapiens
<400> 74<400> 74
tttggggaaa ggccagtgtg t 21tttggggaaa ggccagtgtg t 21
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<211> 21<211> 21
<212> ДНК<212> DNA
<213> Homo sapiens<213> Homo sapiens
<400> 75<400> 75
aaggacactg atgaccctgg a 21aaggacactg atgaccctgg a 21
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<213> Homo sapiens<213> Homo sapiens
<400> 76<400> 76
tctggagcat cttgcctgag t 21tctggagcat cttgcctgag t 21
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gtgcccaaaa cacacacagc t 21gtgcccaaaa cacacacagc t 21
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<400> 78<400> 78
tcttctgagg aaggcaggct t 21tcttctgagg aaggcaggct t 21
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<400> 79<400> 79
ctcccggcag cagaagcaga a 21ctcccggcag cagaagcaga a 21
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<400> 80<400> 80
agtccccgct gcccgctgtc a 21agtccccgct gcccgctgtc a 21
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<400> 81<400> 81
tgggtagcag actgagactc t 21tgggtagcag actgagactc t 21
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<212> ДНК<212> DNA
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<400> 82<400> 82
tatcgcccat ggatcctgct a 21tatcgcccat ggatcctgct a 21
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<212> ДНК<212> DNA
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<400> 83<400> 83
attttgatga ctaaaatagt gacga 25attttgatga ctaaaatagt gacga 25
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<211> 25<211> 25
<212> ДНК<212> DNA
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taaaaatctg tgccgaatgt aaaaa 25taaaaatctg tgccgaatgt aaaaa 25
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<212> ДНК<212> DNA
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<400> 85<400> 85
aaaatgcact aaaataatgt tcttca 26aaaatgcact aaaataatgt tcttca 26
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<212> ДНК<212> DNA
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<400> 86<400> 86
atatttgaat agccttgaaa gactt 25atatttgaat agccttgaaa gactt 25
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<211> 25<211> 25
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<400> 87<400> 87
gacaaatact gtttctatga aagaa 25gacaaatact gtttctatga aagaa 25
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<400> 88<400> 88
cattaaaata ctacaagtct acataa 26cattaaaata ctacaagtct acataa 26
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<212> ДНК<212> DNA
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<400> 89<400> 89
atttggaggt agcccgagca a 21atttggaggt agcccgagca a 21
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tagaaaagat gatatttgga gttca 25tagaaaagat gatatttgga gttca 25
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atcaagactt attttaatgt tacaata 27atcaagactt attttaatgt tacaata 27
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cctggtattg attttttatg taaga 25cctggtattg attttttatg taaga 25
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ttaatgaaaa acttgaatac aatttttt 28ttaatgaaaa acttgaatac aatttttt 28
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agattagagg cgagagcaag c 21agattagagg cgagagcaag c 21
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tgttgcgata acatggtgaa tgt 23tgttgcgata acatggtgaa
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agatacatac atatataatc catatat 27agatacatac atatataatc catatat 27
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tgcaagagct cttaatacat tctt 24tgcaagagct cttaatacat tctt 24
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tgtgatcacg ccactgcact t 21tgtgatcacg ccactgcact t 21
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tgcagggttc tctctgaacc t 21tgcagggttc tctctgaacc t 21
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cggatttctg aaagttgtgt gtt 23cggatttctg aaagttgtgt gtt 23
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<211> 23<211> 23
<212> ДНК<212> DNA
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cagcagatac atgatcctac ttt 23cagcagatac atgatcctac ttt 23
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<400> 103<400> 103
gttctctatg aacataacca aatc 24gttctctatg aacataacca aatc 24
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<400> 104<400> 104
caggccctct aattgaagtg g 21caggccctct aattgaagtg g 21
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<400> 105<400> 105
gactcactag acttcagttt ctt 23gactcactag acttcagttt ctt 23
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caagtctcaa tgcaatgagc tc 22caagtctcaa tgcaatgagc tc 22
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gtataacttt aactgtttac tcaca 25gtataacttt aactgtttac tcaca 25
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<211> 21<211> 21
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<400> 108<400> 108
ggtacacttg gtgcattagg c 21ggtacacttg gtgcattagg c 21
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<400> 109<400> 109
tactccttct gtgattgtgg gt 22tactccttct gtgattgtgg gt 22
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atttatagga aacccaaaat attttc 26atttatagga aacccaaaat attttc 26
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actagtattt ttgaaatgtt tactga 26actagtattt ttgaaatgtt tactga 26
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<400> 112<400> 112
tacttctata aattatgttt ttttctat 28tacttctata aattatgttt ttttctat 28
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<400> 113<400> 113
tatggctcag ctgtttgagt ac 22tatggctcag ctgtttgagt ac 22
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<212> ДНК<212> DNA
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<400> 114<400> 114
caaacaacta cgcctacaaa aga 23caaacaacta cgcctacaaa
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<211> 21<211> 21
<212> ДНК<212> DNA
<213> Homo sapiens<213> Homo sapiens
<400> 115<400> 115
agtggccgtg gatactgctt t 21agtggccgtg gatactgctt t 21
<210> 116<210> 116
<211> 21<211> 21
<212> ДНК<212> DNA
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<400> 116<400> 116
tcttgctgag agcatcaagg c 21tcttgctgag agcatcaagg c 21
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<211> 26<211> 26
<212> ДНК<212> DNA
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<400> 117<400> 117
acaatagaga aatgtttatg gtttat 26acaatagaga aatgtttatg gtttat 26
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<211> 24<211> 24
<212> ДНК<212> DNA
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<400> 118<400> 118
acagaagaga aatgagtgtt gata 24acagaagaga aatgagtgtt gata 24
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<211> 24<211> 24
<212> ДНК<212> DNA
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cttagcattt ttagtctgta agca 24cttagcattt ttagtctgta agca 24
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<211> 23<211> 23
<212> ДНК<212> DNA
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<400> 120<400> 120
tctgttgcta tgaacccaat cat 23tctgttgcta tgaacccaat
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<211> 25<211> 25
<212> ДНК<212> DNA
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<400> 121<400> 121
tagatgtaac agaggatatt ttgtt 25tagatgtaac agaggatatt ttgtt 25
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<211> 25<211> 25
<212> ДНК<212> DNA
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<400> 122<400> 122
atctatcaca acaaggaaaa aacta 25atctatcaca acaaggaaaa aacta 25
<210> 123<210> 123
<211> 24<211> 24
<212> ДНК<212> DNA
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<400> 123<400> 123
tactgaatgc acctatgtag aaaa 24tactgaatgc acctatgtag aaaa 24
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gaattcattc agggaaataa aatag 25gaattcattc agggaaataa aatag 25
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<211> 21<211> 21
<212> ДНК<212> DNA
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<400> 125<400> 125
gagggaggat cagctgaaag t 21gagggaggat cagctgaaag t 21
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<211> 22<211> 22
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<400> 126<400> 126
cagctacagg gcaagaacat ta 22cagctacagg gcaagaacat ta 22
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gtggctgcaa taaactatga ttg 23gtggctgcaa taaactatga ttg 23
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<211> 24<211> 24
<212> ДНК<212> DNA
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<400> 128<400> 128
accatcaatt catagtacca tttc 24accatcaatt catagtacca tttc 24
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<211> 23<211> 23
<212> ДНК<212> DNA
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agtgaaggtt ctgctcagta taa 23agtgaaggtt ctgctcagta taa 23
<210> 130<210> 130
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<212> ДНК<212> DNA
<213> Homo sapiens<213> Homo sapiens
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gaacacggtg aaagaaaatg gat 23gaacacggtg aaagaaaatg gat 23
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tttacaacat aagtagcagc ctg 23tttacaacat aagtagcagc ctg 23
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<211> 22<211> 22
<212> ДНК<212> DNA
<213> Homo sapiens<213> Homo sapiens
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gtgagcttac agtacgagca at 22gtgagcttac agtacgagca at 22
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<211> 22<211> 22
<212> ДНК<212> DNA
<213> Homo sapiens<213> Homo sapiens
<400> 133<400> 133
atgttttccc cccaataggt tg 22atgttttccc cccaataggt tg 22
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<211> 24<211> 24
<212> ДНК<212> DNA
<213> Homo sapiens<213> Homo sapiens
<400> 134<400> 134
aggaaagaga ccaaaaaaca taga 24aggaaagaga ccaaaaaaca taga 24
<210> 135<210> 135
<211> 24<211> 24
<212> ДНК<212> DNA
<213> Homo sapiens<213> Homo sapiens
<400> 135<400> 135
atgtcctcat gttttacctt ttac 24atgtcctcat gttttacctt ttac 24
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<211> 23<211> 23
<212> ДНК<212> DNA
<213> Homo sapiens<213> Homo sapiens
<400> 136<400> 136
ggaggaagaa atttgaattc tcc 23ggaggaagaa atttgaattc tcc 23
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<212> ДНК<212> DNA
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tttctgcttg gagggcgaca t 21tttctgcttg gagggcgaca t 21
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<212> ДНК<212> DNA
<213> Homo sapiens<213> Homo sapiens
<400> 138<400> 138
agtgattgcc attcgagtgg at 22agtgattgcc attcgagtgg at 22
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<212> ДНК<212> DNA
<213> Homo sapiens<213> Homo sapiens
<400> 139<400> 139
ctggtttatg aggcagtttt attt 24ctggtttatg aggcagtttt attt 24
<210> 140<210> 140
<211> 26<211> 26
<212> ДНК<212> DNA
<213> Homo sapiens<213> Homo sapiens
<400> 140<400> 140
cacagaatct gaaaataaat ttcaaa 26cacagaatct gaaaataaat ttcaaa 26
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<211> 22<211> 22
<212> ДНК<212> DNA
<213> Homo sapiens<213> Homo sapiens
<400> 141<400> 141
tgtttcttct tgccttctgc ct 22tgtttcttct tgccttctgc ct 22
<210> 142<210> 142
<211> 24<211> 24
<212> ДНК<212> DNA
<213> Homo sapiens<213> Homo sapiens
<400> 142<400> 142
gcaggttgga aaatagaaaa agtt 24gcaggttgga aaatagaaaa agtt 24
<210> 143<210> 143
<211> 26<211> 26
<212> ДНК<212> DNA
<213> Homo sapiens<213> Homo sapiens
<400> 143<400> 143
ccgtctcaaa aaaaaaaaaa aattgt 26ccgtctcaaa aaaaaaaaaa aattgt 26
<210> 144<210> 144
<211> 25<211> 25
<212> ДНК<212> DNA
<213> Homo sapiens<213> Homo sapiens
<400> 144<400> 144
ctctacacag attatttaat attgc 25ctctacacag attatttaat attgc 25
<210> 145<210> 145
<211> 25<211> 25
<212> ДНК<212> DNA
<213> Homo sapiens<213> Homo sapiens
<400> 145<400> 145
gagattttta tgaaaaggcc aatta 25gagattttta tgaaaaggcc aatta 25
<210> 146<210> 146
<211> 23<211> 23
<212> ДНК<212> DNA
<213> Homo sapiens<213> Homo sapiens
<400> 146<400> 146
agtctcagac caaatgctaa ttc 23
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<212> ДНК<212> DNA
<213> Homo sapiens<213> Homo sapiens
<400> 147<400> 147
tagctactta tttctaaaag ccct 24tagctactta tttctaaaag ccct 24
<210> 148<210> 148
<211> 23<211> 23
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<213> Homo sapiens<213> Homo sapiens
<400> 148<400> 148
caaccgaaga agaggaaagt aaa 23
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<211> 23<211> 23
<212> ДНК<212> DNA
<213> Homo sapiens<213> Homo sapiens
<400> 149<400> 149
agcacttggt aaaatgggaa aga 23agcacttggt aaaatgggaa
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<211> 21<211> 21
<212> ДНК<212> DNA
<213> Homo sapiens<213> Homo sapiens
<400> 150<400> 150
tcactgcata ggtcttctcg g 21tcactgcata ggtcttctcg g 21
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<211> 21<211> 21
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<400> 151<400> 151
ggaaaggttc cgaatcttcc g 21ggaaaggttc cgaatcttcc g 21
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<211> 21<211> 21
<212> ДНК<212> DNA
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<400> 152<400> 152
aacagcagag gagatgagcc t 21aacagcagag gagatgagcc t 21
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ttagtctgtg acaagggact ttt 23ttagtctgtg acaagggact ttt 23
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<212> ДНК<212> DNA
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<400> 154<400> 154
aaacttaaaa aaaacacaaa acatagt 27aaacttaaaa aaaacacaaa acatagt 27
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<211> 25<211> 25
<212> ДНК<212> DNA
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<400> 155<400> 155
attataatgt caagatcaaa tcctg 25attataatgt caagatcaaa tcctg 25
<210> 156<210> 156
<211> 21<211> 21
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<400> 156<400> 156
tacccacttg agccactcca a 21tacccacttg agccactcca a 21
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<211> 22<211> 22
<212> ДНК<212> DNA
<213> Homo sapiens<213> Homo sapiens
<400> 157<400> 157
caggattcat acctgtgtgt ag 22caggattcat acctgtgtgt ag 22
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<400> 158<400> 158
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tggaatgtga actatcgctt ctt 23tggaatgtga actatcgctt ctt 23
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<400> 160<400> 160
cagcatcata atcttccaag tca 23cagcatcata atcttccaag
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tggccttttt gggcccaaga a 21tggccttttt gggcccaaga a 21
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ctgtaacctt cctcacataa cta 23
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<212> ДНК<212> DNA
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cccaggttta aggcaactca at 22cccaggttta aggcaactca at 22
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<400> 164<400> 164
tagaaataaa cgacaaaagc tgca 24tagaaataaa cgacaaaagc tgca 24
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aagttttgtt ttgtttagtt ttacttt 27aagttttgtt ttgtttagtt ttacttt 27
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gtcattcttg caaaaaattg agga 24gtcattcttg caaaaaattg agga 24
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tttctctttt atctgtggtt gtac 24tttctctttt atctgtggtt gtac 24
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ctagaagact gatatcatca ctg 23ctagaagact gatatcatca ctg 23
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agaaaggaaa atctctgggc tc 22agaaaggaaa atctctgggc tc 22
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tagaaaaaat acaaatacaa taccag 26tagaaaaaat acaaatacaa taccag 26
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ttcaaaaact ggttgggcat tct 23ttcaaaaact ggttgggcat tct 23
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<212> ДНК<212> DNA
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agttcctgtc acacgtcctg t 21agttcctgtc acacgtcctg t 21
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ttctttagaa ccacccctgc c 21ttctttagaa ccacccctgc c 21
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tctgaataaa gtcccaaatc caaa 24tctgaataaa gtcccaaatc caaa 24
<210> 176<210> 176
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gtgatagtga aatttcagca attc 24gtgatagtga aatttcagca attc 24
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tcttagagtt gacagagcag ga 22tcttagagtt gacagagcag ga 22
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ttcatcatga gcctggcagt g 21ttcatcatga gcctggcagt g 21
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gattgacatc cacctgagct c 21gattgacatc cacctgagct c 21
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atgtccagtg ggaactctgg a 21atgtccagtg ggaactctgg a 21
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taagcattag taatgaatgt tacca 25taagcattag taatgaatgt tacca 25
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acactgggct caatcaactg c 21acactgggct caatcaactg c 21
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<212> ДНК<212> DNA
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acaacgagga cttgaagcac at 22acaacgagga cttgaagcac at 22
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<212> ДНК<212> DNA
<213> Homo sapiens<213> Homo sapiens
<400> 184<400> 184
tgaaattcac tcaagtctct tgtt 24tgaaattcac tcaagtctct tgtt 24
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<212> ДНК<212> DNA
<213> Homo sapiens<213> Homo sapiens
<400> 185<400> 185
actaaaggga catttgtttg cca 23
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<211> 21<211> 21
<212> ДНК<212> DNA
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<400> 186<400> 186
ggcagtcaca gaggtactga a 21ggcagtcaca gaggtactga a 21
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<211> 22<211> 22
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tggtctctta gatgtgccta ct 22tggtctctta gatgtgccta ct 22
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<212> ДНК<212> DNA
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<400> 188<400> 188
cataaatacg aagaattttc atttca 26cataaatacg aagaattttc atttca 26
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<211> 21<211> 21
<212> ДНК<212> DNA
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<400> 189<400> 189
ggattacagg catgagccac t 21ggattacagg catgagccac t 21
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<212> ДНК<212> DNA
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tacaattaat aaaagctttt aatcaaaa 28tacaattaat aaaagctttt aatcaaaa 28
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<211> 23<211> 23
<212> ДНК<212> DNA
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ctcagaatta tttgcccaag tgt 23ctcagaatta tttgcccaag
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<211> 21<211> 21
<212> ДНК<212> DNA
<213> Homo sapiens<213> Homo sapiens
<400> 192<400> 192
cattctgcca gtgcactctc a 21cattctgcca gtgcactctc a 21
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ccttttcaag cctggtacaa ata 23
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<211> 21<211> 21
<212> ДНК<212> DNA
<213> Homo sapiens<213> Homo sapiens
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caatgccgtc atactgccga t 21caatgccgtc atactgccga t 21
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<212> ДНК<212> DNA
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tggtgagggc catgtttgtg t 21tggtgagggc catgtttgtg t 21
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<211> 23<211> 23
<212> ДНК<212> DNA
<213> Homo sapiens<213> Homo sapiens
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catttacgag acaaagggtt gta 23catttacgag acaaagggtt gta 23
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<211> 27<211> 27
<212> ДНК<212> DNA
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tttcaactca cataaattat ttctaaa 27tttcaactca cataaattat ttctaaa 27
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<212> ДНК<212> DNA
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<400> 198<400> 198
ctaaatagca tctcaggaat caaa 24ctaaatagca tctcaggaat caaa 24
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<212> ДНК<212> DNA
<213> Homo sapiens<213> Homo sapiens
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attgagacct caacgtatga act 23attgagacct caacgtatga
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<211> 26<211> 26
<212> ДНК<212> DNA
<213> Homo sapiens<213> Homo sapiens
<400> 200<400> 200
ttcaacctta aagatgaaat aaaagt 26ttcaacctta aagatgaaat aaaagt 26
<210> 201<210> 201
<211> 24<211> 24
<212> ДНК<212> DNA
<213> Homo sapiens<213> Homo sapiens
<400> 201<400> 201
cactatggat ggtgtttaga aatt 24cactatggat ggtgtttaga aatt 24
<210> 202<210> 202
<211> 21<211> 21
<212> ДНК<212> DNA
<213> Homo sapiens<213> Homo sapiens
<400> 202<400> 202
caaacacaca gggcaggaac a 21caaacacaca gggcaggaac a 21
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<211> 25<211> 25
<212> ДНК<212> DNA
<213> Homo sapiens<213> Homo sapiens
<400> 203<400> 203
tcatttattg tatccaatgt aagca 25tcatttattg tatccaatgt aagca 25
<210> 204<210> 204
<211> 24<211> 24
<212> ДНК<212> DNA
<213> Homo sapiens<213> Homo sapiens
<400> 204<400> 204
taactcaaaa gacctcaaga aatc 24taactcaaaa gacctcaaga aatc 24
<210> 205<210> 205
<211> 24<211> 24
<212> ДНК<212> DNA
<213> Homo sapiens<213> Homo sapiens
<400> 205<400> 205
atagtttatg cctccataat gctt 24atagtttatg cctccataat gctt 24
<210> 206<210> 206
<211> 21<211> 21
<212> ДНК<212> DNA
<213> Homo sapiens<213> Homo sapiens
<400> 206<400> 206
ttcctccaca ctctccccta a 21ttcctccaca ctctccccta a 21
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<211> 24<211> 24
<212> ДНК<212> DNA
<213> Homo sapiens<213> Homo sapiens
<400> 207<400> 207
tttacttatc ttccccattc tact 24tttacttatc ttccccattc tact 24
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<211> 22<211> 22
<212> ДНК<212> DNA
<213> Homo sapiens<213> Homo sapiens
<400> 208<400> 208
cactcgtgag ggtgtgtata tt 22cactcgtgag ggtgtgtata tt 22
<210> 209<210> 209
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<212> ДНК<212> DNA
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<400> 209<400> 209
aaaaataatg tgttacctag tagtc 25aaaaataatg tgttacctag tagtc 25
<210> 210<210> 210
<211> 21<211> 21
<212> ДНК<212> DNA
<213> Homo sapiens<213> Homo sapiens
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attgctgctc ctgaactccc a 21attgctgctc ctgaactccc a 21
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<212> ДНК<212> DNA
<213> Homo sapiens<213> Homo sapiens
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tggacttgga ttccaatact tca 23tggacttgga ttccaatact
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<213> Homo sapiens<213> Homo sapiens
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gtcttagttt tgtgttcatt taattt 26gtcttagttt tgtgttcatt taattt 26
<210> 282<210> 282
<211> 26<211> 26
<212> ДНК<212> DNA
<213> Homo sapiens<213> Homo sapiens
<400> 282<400> 282
gaaagttact tccctttatt aaaatt 26gaaagttact tccctttatt aaaatt 26
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<212> ДНК<212> DNA
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tctatcttac atgtgtttaa acaag 25tctatcttac atgtgtttaa acaag 25
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ctatgaaaca atgtttcaag ataga 25ctatgaaaca atgtttcaag ataga 25
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ttattgataa gaaagtgagg tcag 24ttattgataa gaaagtgagg tcag 24
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tctaacaaag gtaaatgtca caag 24tctaacaaag gtaaatgtca caag 24
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tttaaaagta tgttcattac ttgcc 25tttaaaagta tgttcattac ttgcc 25
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tcacatcaaa taaaaatcta aactgt 26tcacatcaaa taaaaatcta aactgt 26
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aataattaga tgttttatac acacata 27aataattaga tgttttatac acacata 27
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ctgcaaggga ggaaaaagat aaa 23
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<212> ДНК<212> DNA
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gcccatgtag atgtcacgtg t 21gcccatgtag atgtcacgtg t 21
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ttttgtttat gtgagatcaa aggtt 25ttttgtttat gtgagatcaa aggtt 25
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cgagaaaaaa aaatgggtaa tgtc 24cgagaaaaaa aaatgggtaa tgtc 24
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tcatcagctt cagtgaggag g 21tcatcagctt cagtgaggag g 21
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<212> ДНК<212> DNA
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tcacgtttac catgttctga gc 22tcacgtttac catgttctga gc 22
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<212> ДНК<212> DNA
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agggcccagg acaacaaaga a 21agggcccagg acaacaaaga a 21
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<212> ДНК<212> DNA
<213> Homo sapiens<213> Homo sapiens
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tttgacgtgt attgagtgaa cca 23tttgacgtgt attgagtgaa
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<212> ДНК<212> DNA
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ggtggaagat tctgaaacgg g 21ggtggaagat tctgaaacgg g 21
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tttttccaaa aatttgcatg tggc 24tttttccaaa aatttgcatg tggc 24
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atatttagag cttctctatc atttc 25atatttagag cttctctatc atttc 25
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<213> Homo sapiens<213> Homo sapiens
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taatgtggac ttctctattc cgt 23taatgtggac ttctctattc
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gcttcacaga cctggtgaac a 21gcttcacaga cctggtgaac a 21
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<211> 24<211> 24
<212> ДНК<212> DNA
<213> Homo sapiens<213> Homo sapiens
<400> 420<400> 420
acatggccaa atttgttaaa gtca 24acatggccaa atttgttaaa gtca 24
<210> 421<210> 421
<211> 22<211> 22
<212> ДНК<212> DNA
<213> Homo sapiens<213> Homo sapiens
<400> 421<400> 421
accaaaacct gatcagtccc tt 22accaaaacct gatcagtccc tt 22
<210> 422<210> 422
<211> 24<211> 24
<212> ДНК<212> DNA
<213> Homo sapiens<213> Homo sapiens
<400> 422<400> 422
accaaccata accaaagaag ataa 24accaaccata accaaagaag ataa 24
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<211> 22<211> 22
<212> ДНК<212> DNA
<213> Homo sapiens<213> Homo sapiens
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atcatagttc atagctctgg tc 22atcatagttc atagctctgg tc 22
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<212> ДНК<212> DNA
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ccagcctctg atggtggcag c 21ccagcctctg atggtggcag c 21
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<212> ДНК<212> DNA
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<400> 425<400> 425
tttcaacaat gtagttggtg atttt 25tttcaacaat gtagttggtg atttt 25
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gtcacaagat ccttcacatc ac 22gtcacaagat ccttcacatc ac 22
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tctaccccat tggggaaaac aa 22tctaccccat tggggaaaac aa 22
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ctaaattata ttcttttttt ttttttttc 29ctaaattata ttcttttttt ttttttttc 29
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tcacctcgga gagcatgaac t 21tcacctcgga gagcatgaac t 21
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gagcaatgct accttggtct g 21gagcaatgct accttggtct g 21
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acgataggtt ttggatgacc ag 22acgataggtt ttggatgacc ag 22
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aaattcgaga aactgtcttt tcag 24aaattcgaga aactgtcttt tcag 24
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tcaagacctt caataaggtt tttc 24tcaagacctt caataaggtt tttc 24
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ctttaaaaat aaaaagcact gaaaata 27ctttaaaaat aaaaagcact gaaaata 27
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<212> ДНК<212> DNA
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acattggtcg tccagtacct g 21acattggtcg tccagtacct g 21
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aacacttgct ctccaataaa gct 23aacacttgct ctccaataaa gct 23
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<212> ДНК<212> DNA
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<400> 454<400> 454
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tataattttg tggttgaaag ggca 24tataattttg tggttgaaag ggca 24
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atgctaaatt gaaaccctac cttt 24atgctaaatt gaaaccctac cttt 24
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tattctggaa aaaaaggtag ggtt 24tattctggaa aaaaaggtag ggtt 24
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aactttaacc agtatattct tattct 26aactttaacc agtatattct tattct 26
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caaaacagta catttttcaa aagtc 25caaaacagta catttttcaa aagtc 25
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<211> 21<211> 21
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<212> ДНК<212> DNA
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ccatatcgtg ttaacctctg tc 22ccatatcgtg ttaacctctg tc 22
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tctgatagtg gtttcacgga tg 22tctgatagtg gtttcacgga tg 22
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cttaagaata aatgcctgat ttctt 25cttaagaata aatgcctgat ttctt 25
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tatttggtac atacctctga ggt 23tatttggtac atacctctga ggt 23
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<212> ДНК<212> DNA
<213> Homo sapiens<213> Homo sapiens
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accactctac gatggtggta g 21accactctac gatggtggta g 21
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<212> ДНК<212> DNA
<213> Homo sapiens<213> Homo sapiens
<400> 483<400> 483
ctcgagaaca tatccagtga gt 22ctcgagaaca tatccagtga gt 22
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<213> Homo sapiens<213> Homo sapiens
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agcaagacac tttacagaat ttct 24agcaagacac tttacagaat ttct 24
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acatggttcc ttctacaagt cc 22acatggttcc ttctacaagt cc 22
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taggaaatat gaatctttca ttctg 25taggaaatat gaatctttca ttctg 25
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tagctttttt tttcttgggg aaata 25tagctttttt tttcttgggg aaata 25
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<212> ДНК<212> DNA
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agagctactc attgctaata gtg 23agagctactc attgctaata gtg 23
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agcatcgtac cgattaactt tgt 23agcatcgtac cgattaactt
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<400> 490<400> 490
ccatgaatta attaaatttt gtcatta 27ccatgaatta attaaatttt gtcatta 27
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caagctcaag atctggtatt tct 23caagctcaag atctggtatt tct 23
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ctaatatctg catctcactt tttaa 25ctaatatctg catctcactt tttaa 25
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ccacttagca accttgggta at 22ccacttagca accttgggta at 22
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gccagaggat gctatttctt tc 22gccagaggat gctatttctt tc 22
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aacttaagga gcagtcagtc c 21aacttaagga gcagtcagtc c 21
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<212> ДНК<212> DNA
<213> Homo sapiens<213> Homo sapiens
<400> 559<400> 559
ttggcaaaca ctctgaactc ca 22ttggcaaaca ctctgaactc ca 22
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<213> Homo sapiens<213> Homo sapiens
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gaaggctgct gaagtaccag c 21gaaggctgct gaagtaccag c 21
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<213> Homo sapiens<213> Homo sapiens
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tcattgagag atcacgtata gga 23tcattgagag atcacgtata gga 23
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tctctctttt caatgacata attaat 26tctctctttt caatgacata attaat 26
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tgattcatcc tcattactca cca 23
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tctccagctt tgacaacaat aac 23tctccagctt tgacaacaat
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gtgtatatgc tgaaaatatt gctg 24gtgtatatgc tgaaaatatt gctg 24
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acaagattta ctgcatttac caatt 25acaagattta ctgcatttac caatt 25
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ttgccaggtt acaagcatgg t 21ttgccaggtt acaagcatgg t 21
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aaaccacctc tacaacatgg c 21aaaccacctc tacaacatgg c 21
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tgcaactgct tgtgaaacta tgt 23tgcaactgct tgtgaaacta
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<212> ДНК<212> DNA
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aagatgttgg aacttatgaa ttatg 25aagatgttgg aacttatgaa ttatg 25
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cttgtggtct gcttcagtgg g 21cttgtggtct gcttcagtgg g 21
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catcactctg aagaaatatt cac 23catcactctg aagaaatatt
<210> 768<210> 768
<211> 21<211> 21
<212> ДНК<212> DNA
<213> Homo sapiens<213> Homo sapiens
<400> 768<400> 768
cgtcagagtc ttggacacgc c 21cgtcagagtc ttggacacgc c 21
<210> 769<210> 769
<211> 21<211> 21
<212> ДНК<212> DNA
<213> Homo sapiens<213> Homo sapiens
<400> 769<400> 769
cgcaggttga ggactgggcc t 21cgcaggttga ggactgggcc t 21
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<212> ДНК<212> DNA
<213> Homo sapiens<213> Homo sapiens
<400> 770<400> 770
tattaggata tttgtgccaa ttaaa 25tattaggata tttgtgccaa ttaaa 25
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<213> Homo sapiens<213> Homo sapiens
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cacttcagga gcaggacgac c 21cacttcagga gcaggacgac c 21
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<213> Homo sapiens<213> Homo sapiens
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ctcagaatca ctcagttcgt tg 22ctcagaatca ctcagttcgt tg 22
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tttctttagt ctgaagatca ggaa 24tttctttagt ctgaagatca ggaa 24
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aatatatact tttgtgtctt tgtttc 26aatatatact tttgtgtctt tgtttc 26
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gagaaagaaa caaagacaca aaag 24gagaaagaaa caaagacaca aaag 24
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ttccgatctc aggtgcaaag ta 22ttccgatctc aggtgcaaag ta 22
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tttctacatg atatcctgta atttc 25tttctacatg atatcctgta atttc 25
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cagtctgaac ctgtcaaaat gg 22cagtctgaac ctgtcaaaat gg 22
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gctctacata ccaaatctgt cta 23gctctacata ccaaatctgt
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ttcaagtata taggacttaa ttggt 25ttcaagtata taggacttaa ttggt 25
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cttcaacccc aacatcttcc at 22cttcaacccc aacatcttcc at 22
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tttctagtgg catacttgat agta 24tttctagtgg catacttgat agta 24
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ccttttctga ttaaaatgta ttttttt 27ccttttctga ttaaaatgta ttttttt 27
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atcagagcct gttgtggcac t 21atcagagcct gttgtggcac t 21
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atacttgata catccctggg tc 22atacttgata catccctggg tc 22
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ttctgtataa gcagataatg ttatc 25ttctgtataa gcagataatg ttatc 25
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gcctgaaatc ggagccaatt g 21gcctgaaatc ggagccaatt g 21
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tttaagacac ttaccaaatg gatg 24tttaagacac ttaccaaatg gatg 24
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ttctctagga tatagttggt gatt 24ttctctagga tatagttggt gatt 24
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tttttattta acttcttcac ccaaaa 26tttttattta acttcttcac ccaaaa 26
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agctctacac cttgttaata aatta 25agctctacac cttgttaata aatta 25
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caggaggatc tgagaataaa taat 24caggaggatc tgagaataaa taat 24
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cggtaccttc ttgaagacct g 21cggtaccttc ttgaagacct g 21
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tcctggtggg tctgcagaaa t 21tcctggtggg tctgcagaaa t 21
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tctgcaactg tgcctatcac c 21tctgcaactg tgcctatcac c 21
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tctataagtt tctccacgct gc 22tctataagtt tctccacgct gc 22
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ccccattcca catattcact ct 22ccccattcca catattcact ct 22
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cataggaaat acacattaga atatg 25cataggaaat acacattaga atatg 25
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<212> ДНК<212> DNA
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<212> ДНК<212> DNA
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gctttgcata cattaagtcc ttta 24gctttgcata cattaagtcc ttta 24
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aaacatcatt ttaattttcc ttttttc 27aaacatcatt ttaattttcc ttttttc 27
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<212> ДНК<212> DNA
<213> Homo sapiens<213> Homo sapiens
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ccaggaagag tacacagcta c 21ccaggaagag tacacagcta c 21
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<211> 21<211> 21
<212> ДНК<212> DNA
<213> Homo sapiens<213> Homo sapiens
<400> 835<400> 835
ctgagctttc tcttctaggc c 21ctgagctttc tcttctaggc c 21
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<211> 24<211> 24
<212> ДНК<212> DNA
<213> Homo sapiens<213> Homo sapiens
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ataaatggtg agtgtacctc tttt 24ataaatggtg agtgtacctc tttt 24
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<213> Homo sapiens<213> Homo sapiens
<400> 906<400> 906
gatcaaatct gagtgttctg ttc 23gatcaaatct gagtgttctg
<210> 907<210> 907
<211> 23<211> 23
<212> ДНК<212> DNA
<213> Homo sapiens<213> Homo sapiens
<400> 907<400> 907
gaacagaaca ctcagatttg atc 23gaacagaaca ctcagatttg
<210> 908<210> 908
<211> 24<211> 24
<212> ДНК<212> DNA
<213> Homo sapiens<213> Homo sapiens
<400> 908<400> 908
tgagtcatgt cctgaaacta aata 24tgagtcatgt cctgaaacta aata 24
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tcccgaagac cggtgacttt a 21tcccgaagac cggtgacttt a 21
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tatatgctaa ttcgtttttt actttta 27tatatgctaa ttcgtttttt actttta 27
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acaggtggac ttggtttagc ta 22acaggtggac ttggtttagc ta 22
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catccataca ctaaatttag ggtt 24catccataca ctaaatttag ggtt 24
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atcttttcct tcaagtagtt tagaa 25atcttttcct tcaagtagtt tagaa 25
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taacattttg tgccatgatt tttttt 26taacattttg tgccatgatt tttttt 26
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tttctaccac aattcctata cttat 25tttctaccac aattcctata cttat 25
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caagtgaatg aaatgtacgg cat 23caagtgaatg aaatgtacgg
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ttgagaataa ctatgacatt ttttag 26ttgagaataa ctatgacatt ttttag 26
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caataagacc agtcacttta taag 24caataagacc agtcacttta taag 24
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ttaaatttct tataatcaat atgatctt 28ttaaatttct tataatcaat atgatctt 28
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tcatggcctt ctagcaattt gg 22tcatggcctt ctagcaattt gg 22
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tgataaaggg ttccttcttt aaac 24tgataaaggg ttccttcttt aaac 24
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aaatcacaat ataagcaacg ttcc 24aaatcacaat ataagcaacg ttcc 24
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ttcattcaat gtatgactac tatttt 26ttcattcaat gtatgactac tatttt 26
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atcgtttaca ctccggaata ataa 24atcgtttaca ctccggaata ataa 24
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ctcttttttc cactgaatca ctat 24ctcttttttc cactgaatca ctat 24
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tgagctaaat cctgttaaat tgtat 25tgagctaaat cctgttaaat tgtat 25
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tttagctcat atttgtcaaa agtaat 26tttagctcat atttgtcaaa agtaat 26
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gacaaactta taactacctg tgaa 24gacaaactta taactacctg tgaa 24
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ctctttcaga ttaggcacca ca 22ctctttcaga ttaggcacca ca 22
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tctgatgaag cttttttttt tctttt 26tctgatgaag cttttttttt tctttt 26
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<211> 24<211> 24
<212> ДНК<212> DNA
<213> Homo sapiens<213> Homo sapiens
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gtgcatgtat gtatacacac ataa 24gtgcatgtat gtatacacac ataa 24
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atgctgcagg aattggtcct c 21atgctgcagg aattggtcct c 21
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<213> Homo sapiens<213> Homo sapiens
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ctggatctga tggttcactg g 21ctggatctga tggttcactg g 21
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<213> Homo sapiens<213> Homo sapiens
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tagtgagctg gactcctcct t 21tagtgagctg gactcctcct t 21
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<213> Homo sapiens<213> Homo sapiens
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ttggagagcc accattgtcc a 21ttggagagcc accattgtcc a 21
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<213> Homo sapiens<213> Homo sapiens
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ctcttcaata aatttctgtt tttcta 26ctcttcaata aatttctgtt tttcta 26
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tgtacctgat agtggatctc aat 23tgtacctgat agtggatctc
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<211> 23<211> 23
<212> ДНК<212> DNA
<213> Homo sapiens<213> Homo sapiens
<400> 976<400> 976
actgctgtag agaaaagata tgg 23actgctgtag agaaaagata tgg 23
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aagaaaatat tcagaagagt ttacc 25aagaaaatat tcagaagagt ttacc 25
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catatctatt gaaacaacaa agcat 25catatctatt gaaacaacaa agcat 25
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ctcacaggca gatattagaa gaa 23ctcacaggca gatattagaa
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tcattgaaat gctgaagact gga 23tcattgaaat gctgaagact gga 23
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cactctgacc cactcatctg t 21cactctgacc cactcatctg t 21
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taggtattat ttatataatt tttgtgg 27taggtattat ttatataatt tttgtgg 27
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<213> Homo sapiens<213> Homo sapiens
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ggaggatctg caagccaatg a 21ggaggatctg caagccaatg a 21
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<213> Homo sapiens<213> Homo sapiens
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atgatacaca tgcactttgt tcc 23atgatacaca tgcactttgt tcc 23
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caagaaaact gataatctat ttatct 26caagaaaact gataatctat ttatct 26
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<212> ДНК<212> DNA
<213> Homo sapiens<213> Homo sapiens
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aaagtggtga ccagagaagt tg 22aaagtggtga ccagagaagt tg 22
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cctcattttg aattctgatg acat 24cctcattttg aattctgatg acat 24
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atcaggttag gtcagtgtca ata 23
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ttaataaaag cttttcactt atacttt 27ttaataaaag cttttcactt atacttt 27
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tcagtcatgc taacaaaact gtat 24tcagtcatgc taacaaaact gtat 24
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agaaaagacc tccacggcta aa 22agaaaagacc tccacggcta aa 22
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tattaaacat gaaataagtc cgaaaa 26tattaaacat gaaataagtc cgaaaa 26
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atattaagca ttttgagacg ttaga 25atattaagca ttttgagacg ttaga 25
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gaaaaacttc aaaaatcctg taataa 26gaaaaacttc aaaaatcctg taataa 26
<210> 1177<210> 1177
<211> 24<211> 24
<212> ДНК<212> DNA
<213> Homo sapiens<213> Homo sapiens
<400> 1177<400> 1177
gccatatgtg attaacagat taag 24gccatatgtg attaacagat taag 24
<210> 1178<210> 1178
<211> 28<211> 28
<212> ДНК<212> DNA
<213> Homo sapiens<213> Homo sapiens
<400> 1178<400> 1178
tattcaaata ttaacactga aaaaataa 28tattcaaata ttaacactga aaaaataa 28
<210> 1179<210> 1179
<211> 24<211> 24
<212> ДНК<212> DNA
<213> Homo sapiens<213> Homo sapiens
<400> 1179<400> 1179
ctacatcaca gatgaaatat gaag 24ctacatcaca gatgaaatat gaag 24
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<212> ДНК<212> DNA
<213> Homo sapiens<213> Homo sapiens
<400> 1180<400> 1180
tcattagttt gtcttggttt acata 25tcattagttt gtcttggttt acata 25
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aacaaatttt gataaatagc gaacc 25aacaaatttt gataaatagc gaacc 25
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gtttttatat aaattcactt caaaattt 28gtttttatat aaattcactt caaaattt 28
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ataagaaatg aatgggacta ctct 24ataagaaatg aatgggacta ctct 24
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gcttcagatt aaatatacaa ataaca 26gcttcagatt aaatatacaa ataaca 26
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tacacacttc taaaagtcat acatt 25tacacacttc taaaagtcat acatt 25
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tacatatact aacacctctg aaata 25tacatatact aacacctctg aaata 25
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ttacaacaaa gaatacttta cataca 26ttacaacaaa gaatacttta cataca 26
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gaactttaca ttgcaacctc atc 23gaactttaca ttgcaacctc
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aacatgctag actgctcttg tat 23aacatgctag actgctcttg
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<400> 1190<400> 1190
tctgttctaa atatagtcta aaataaa 27tctgttctaa atatagtcta aaataaa 27
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gtcttctaaa ttcttaatag taaaca 26gtcttctaaa ttcttaatag taaaca 26
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ccttttttct gtgcaatatg gttt 24ccttttttct gtgcaatatg gttt 24
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atgtttttaa atactatttt taaaacaaa 29atgtttttaa atactatttt taaaacaaa 29
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attaatgaaa gcaaaataag gaaattt 27attaatgaaa gcaaaataag gaaattt 27
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catctcacaa ctttgtatta ttaaat 26catctcacaa ctttgtatta ttaaat 26
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aagtttattc aacactgtaa catata 26aagtttattc aacactgtaa catata 26
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tttcattgta atcacctaat tctaaa 26tttcattgta atcacctaat tctaaa 26
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tttcaggcaa caagatacaa gac 23tttcaggcaa caagatacaa gac 23
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catacattga aataaaatta actaatat 28catacattga aataaaatta actaatat 28
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ttaagacaaa taattaaagg ttagaaa 27ttaagacaaa taattaaagg ttagaaa 27
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tctcaactac tcataagaaa aatga 25tctcaactac tcataagaaa aatga 25
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aaaaatccag aatgacagtt ttgta 25aaaaatccag aatgacagtt ttgta 25
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tactggtgat tgtttctaat gttaa 25tactggtgat tgtttctaat gttaa 25
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atatattagt attttaacat tagaaaca 28atatattagt attttaacat tagaaaca 28
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tgaaaccatg agcttaaaca acta 24tgaaaccatg agcttaaaca acta 24
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aagatattag tagttgttta agctc 25aagatattag tagttgttta agctc 25
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<400> 1208<400> 1208
caatcttcgt tctttctaaa acata 25caatcttcgt tctttctaaa acata 25
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aggtatgttt tagaaagaac gaag 24aggtatgttt tagaaagaac gaag 24
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tttagtcaat tctggcatta aaatg 25tttagtcaat tctggcatta aaatg 25
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gacatgagct cattttaatg cca 23
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<212> ДНК<212> DNA
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ctttactttg tctaacaatg aaaata 26ctttactttg tctaacaatg aaaata 26
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tcttttctgg gacagctacc tt 22tcttttctgg gacagctacc tt 22
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<400> 1214<400> 1214
cttcataatg cctaaatgta atttc 25cttcataatg cctaaatgta atttc 25
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gcctcaggca cttgaaagat aa 22gcctcaggca cttgaaagat aa 22
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<211> 26<211> 26
<212> ДНК<212> DNA
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<400> 1216<400> 1216
tcttcataac ttctaaatgt aatttc 26tcttcataac ttctaaatgt aatttc 26
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<400> 1217<400> 1217
ctctggcact taaaagatat tagt 24ctctggcact taaaagatat tagt 24
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<400> 1218<400> 1218
gtcttcataa cccctaaatg taat 24gtcttcataa cccctaaatg taat 24
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cctctggtac ttaaaagata ttag 24cctctggtac ttaaaagata ttag 24
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ggtcttcaaa cttctaaatg taatt 25ggtcttcaaa cttctaaatg taatt 25
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agcctctggc acttaaaaga tat 23agcctctggc acttaaaaga
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<400> 1222<400> 1222
cttcataacc cctaaatgta atttt 25cttcataacc cctaaatgta atttt 25
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tctggcactt aaaagatatt aggt 24tctggcactt aaaagatatt aggt 24
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tctccatagc tctacatgta act 23tctccatagc tctacatgta
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tgggagcctc tggcacttaa a 21tgggagcctc tggcacttaa a 21
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<211> 25<211> 25
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ttgtctcatt aacctaagtg aaaaa 25ttgtctcatt aacctaagtg aaaaa 25
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<211> 24<211> 24
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acttcaggca cttgaaagat atta 24acttcaggca cttgaaagat atta 24
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<211> 26<211> 26
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<400> 1228<400> 1228
ttctcttcat taacttaagt ctaaaa 26ttctcttcat taacttaagt ctaaaa 26
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<400> 1229<400> 1229
ttcaggcact tgaaagatat tagt 24ttcaggcact tgaaagatat tagt 24
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cctcttcatt aacctaagta taaaa 25cctcttcatt aacctaagta taaaa 25
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<211> 24<211> 24
<212> ДНК<212> DNA
<213> Homo sapiens<213> Homo sapiens
<400> 1231<400> 1231
ttctggcact tgaaagatat tagt 24ttctggcact tgaaagatat tagt 24
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<211> 26<211> 26
<212> ДНК<212> DNA
<213> Homo sapiens<213> Homo sapiens
<400> 1232<400> 1232
cttcgccatt cataaattat aaaaat 26cttcgccatt cataaattat aaaaat 26
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<211> 24<211> 24
<212> ДНК<212> DNA
<213> Homo sapiens<213> Homo sapiens
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ttcaggcact tgaaagatat tagt 24ttcaggcact tgaaagatat tagt 24
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<211> 24<211> 24
<212> ДНК<212> DNA
<213> Homo sapiens<213> Homo sapiens
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ccctttatag cttctaacta aaag 24ccctttatag cttctaacta aaag 24
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<211> 21<211> 21
<212> ДНК<212> DNA
<213> Homo sapiens<213> Homo sapiens
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aagggggaat atcgactcca c 21aagggggaat atcgactcca c 21
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tcaccttttc taaacacaaa ttaca 25tcaccttttc taaacacaaa ttaca 25
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<211> 25<211> 25
<212> ДНК<212> DNA
<213> Homo sapiens<213> Homo sapiens
<400> 1237<400> 1237
gtgattgaca tttgttttct ttaga 25gtgattgaca tttgttttct ttaga 25
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<211> 26<211> 26
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<213> Homo sapiens<213> Homo sapiens
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gtctttactt tgtctaataa tgaaaa 26gtctttactt tgtctaataa tgaaaa 26
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<211> 21<211> 21
<212> ДНК<212> DNA
<213> Homo sapiens<213> Homo sapiens
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tcttttctgg gacagctgcc t 21tcttttctgg gacagctgcc t 21
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<213> Homo sapiens<213> Homo sapiens
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cttcataatg cctaaatgta atttc 25cttcataatg cctaaatgta atttc 25
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<213> Homo sapiens<213> Homo sapiens
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gttgtgcaca tgtaccctag aa 22gttgtgcaca tgtaccctag aa 22
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<213> Homo sapiens<213> Homo sapiens
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tccatagctc cacatgtaac ttt 23tccatagctc cacatgtaac ttt 23
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catgtttaaa gtatttcatg gggt 24catgtttaaa gtatttcatg gggt 24
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gcaagtgaga caatggatca gt 22gcaagtgaga caatggatca gt 22
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<212> ДНК<212> DNA
<213> Homo sapiens<213> Homo sapiens
<400> 1443<400> 1443
cagttaaata atgtgtattt atatttg 27cagttaaata atgtgtattt atatttg 27
<210> 1444<210> 1444
<211> 22<211> 22
<212> ДНК<212> DNA
<213> Homo sapiens<213> Homo sapiens
<400> 1444<400> 1444
aagaacaaca cgttagtgct gc 22aagaacaaca cgttagtgct gc 22
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<211> 22<211> 22
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ttcatgcctg ctttcctgac tt 22ttcatgcctg ctttcctgac tt 22
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cattttcttt tcatttgttt aaaaatg 27cattttcttt tcatttgttt aaaaatg 27
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tatctggaaa acagcgccca c 21tatctggaaa acagcgccca c 21
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ctgaaacctt gtctttctgc tc 22ctgaaacctt gtctttctgc tc 22
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tgtttgattt tatattttca atttggt 27tgtttgattt tatattttca atttggt 27
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tgctgaactg gagttgttcg at 22tgctgaactg gagttgttcg at 22
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tctccacttt gtgatgtatc tac 23
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attgttgcag gctctggaat ga 22attgttgcag gctctggaat ga 22
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aaaacccagg ctttcctcct tt 22aaaacccagg ctttcctcct tt 22
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tcctaaccag tatccacatc ct 22tcctaaccag tatccacatc ct 22
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tacatccgta ttttcctttt ttcc 24tacatccgta ttttcctttt ttcc 24
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aaaatcacca tgttggtctt catt 24aaaatcacca tgttggtctt catt 24
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cgctgtaaag aagttacaga taat 24cgctgtaaag aagttacaga taat 24
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gttgcttcct tagtaatcaa caaa 24gttgcttcct tagtaatcaa caaa 24
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tcccacatca ctgtgatcca c 21tcccacatca ctgtgatcca c 21
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catgttccag aggttcaata aag 23catgttccag aggttcaata aag 23
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ctaccatact ggaaattctt gag 23ctaccatact ggaaattctt
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tgtgcataat cctctattgt gct 23tgtgcataat cctctattgt gct 23
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caagaatttt acccacatgt tttc 24caagaatttt acccacatgt tttc 24
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<212> ДНК<212> DNA
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ctgaaatcag ccaatctttt cac 23ctgaaatcag ccaatctttt
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<212> ДНК<212> DNA
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<400> 1504<400> 1504
gtcacagaac tggagttgtt tg 22gtcacagaac tggagttgtt tg 22
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ccactttcta atggctgcac c 21ccactttcta atggctgcac c 21
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tttatctccc cttccgcctt g 21tttatctccc cttccgcctt g 21
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cttaaaaaaa gggagctaag acta 24cttaaaaaaa gggagctaag acta 24
<210> 1508<210> 1508
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<212> ДНК<212> DNA
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tttcggaaaa cgtctgtact ttg 23tttcggaaaa cgtctgtact ttg 23
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<212> ДНК<212> DNA
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<400> 1509<400> 1509
agggctccaa caagctcaga t 21agggctccaa caagctcaga t 21
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ctttaaacgc aaaactaccc ttc 23ctttaaacgc aaaactaccc
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<212> ДНК<212> DNA
<213> Homo sapiens<213> Homo sapiens
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tgaaggaagg aggcacaatc c 21tgaaggaagg aggcacaatc c 21
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taaagtggct tcccttaaaa tcc 23taaagtggct tcccttaaaa tcc 23
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tactttgttt tcaatgcaaa atactt 26tactttgttt tcaatgcaaa atactt 26
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ttgaaaacaa agtaaccttt caaac 25ttgaaaacaa agtaaccttt caaac 25
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tttgatacaa gtcttcatat cctta 25tttgatacaa gtcttcatat cctta 25
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acaatgaata tgtatctaaa gaacc 25acaatgaata tgtatctaaa gaacc 25
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tgagagatct gtgtctctgg aa 22tgagagatct gtgtctctgg aa 22
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ttttttggtg aatgatggag gaat 24ttttttggtg aatgatggag gaat 24
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tggccagttt tagaattcag tca 23
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accgctgtcc tgcttcatta c 21accgctgtcc tgcttcatta c 21
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<400> 1578<400> 1578
tgtaactcat ccacattttc atttt 25tgtaactcat ccacattttc atttt 25
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ctctacgatt tgagctggtt ct 22ctctacgatt tgagctggtt ct 22
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ggccacactt caaatcagaa gt 22ggccacactt caaatcagaa gt 22
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ctgtgtttaa cctccatata acc 23
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taccagtcta gagctctttg ca 22taccagtcta gagctctttg ca 22
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tcaattctga ggctatactt gata 24tcaattctga ggctatactt gata 24
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gactaaatgt aatgctggaa aaatt 25gactaaatgt aatgctggaa aaatt 25
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atgttactgt cttggttgtt ggt 23atgttactgt cttggttgtt ggt 23
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atgaatctga ttcagtattt ggag 24atgaatctga ttcagtattt ggag 24
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cccttggtga agagatacac ta 22cccttggtga agagatacac ta 22
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tgcttcacct ttttccccgg g 21tgcttcacct ttttccccgg g 21
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actcctatcc cagaacagga ta 22actcctatcc cagaacagga ta 22
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agctgatcat catgaacacc ag 22agctgatcat catgaacacc ag 22
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agtcgtttcc actgccagct t 21agtcgtttcc actgccagct t 21
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<211> 21<211> 21
<212> ДНК<212> DNA
<213> Homo sapiens<213> Homo sapiens
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ctagagtagc tgcatccacg t 21ctagagtagc tgcatccacg t 21
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tgcccttctt ttccccttgc a 21tgcccttctt ttccccttgc a 21
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tttccggctg ctttccccat g 21tttccggctg ctttccccat g 21
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aggggactga agcccagtca t 21aggggactga agcccagtca t 21
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tgggattcag ggggacggag a 21tgggattcag ggggacggag a 21
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tcaacactgg gccgccctac t 21tcaacactgg gccgccctac t 21
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ttcaacatcg ggctgctgct c 21ttcaacatcg ggctgctgct c 21
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ccagtagcca cagtctctgt t 21ccagtagcca cagtctctgt t 21
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tgaaagactg tgaagcggct c 21tgaaagactg tgaagcggct c 21
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<400> 2115<400> 2115
acatatttta ggaactaata agataat 27acatatttta ggaactaata agataat 27
<210> 2116<210> 2116
<211> 24<211> 24
<212> ДНК<212> DNA
<213> Homo sapiens<213> Homo sapiens
<400> 2116<400> 2116
aaacagctat ggaacaaaaa gttg 24aaacagctat ggaacaaaaa gttg 24
<210> 2117<210> 2117
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<400> 2117<400> 2117
acaagtacat gtagtaataa actga 25acaagtacat gtagtaataa actga 25
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tcttggtgaa ataccaacat tctt 24tcttggtgaa ataccaacat tctt 24
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aattagacgt gcagcccaat ga 22aattagacgt gcagcccaat ga 22
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aggttttaag agatatgtga tgac 24aggttttaag agatatgtga tgac 24
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atggatatct ccttgatggt gg 22atggatatct ccttgatggt gg 22
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tctgtgtcaa agatggctgc aa 22tctgtgtcaa agatggctgc aa 22
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caaggtatag caaccactcc c 21caaggtatag caaccactcc c 21
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gctttttatc tttctctcga cca 23gctttttatc tttctctcga
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tgcagatcta gaggttgtag ca 22tgcagatcta gaggttgtag ca 22
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atagcccaaa ccgcggccct a 21atagcccaaa ccgcggccct a 21
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tggtcacaga tttaggctag ca 22tggtcacaga tttaggctag ca 22
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ctcactggtc ttatgaagct ga 22ctcactggtc ttatgaagct ga 22
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tcccgcccca cctccctcct c 21tcccgcccca cctccctcct c 21
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cggaggctct gctgaccctg t 21cggaggctct gctgaccctg t 21
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<211> 21<211> 21
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<400> 2250<400> 2250
actccagcag tgatcctgag t 21actccagcag tgatcctgag t 21
<210> 2251<210> 2251
<211> 21<211> 21
<212> ДНК<212> DNA
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atgccaccca gccaactgtt t 21atgccaccca gccaactgtt t 21
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<211> 21<211> 21
<212> ДНК<212> DNA
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tgtgcctgga gcatgacctg c 21tgtgcctgga gcatgacctg c 21
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cctgcctgtg gagttcacca t 21cctgcctgtg gagttcacca t 21
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atggtgtacc ggccactcat g 21atggtgtacc ggccactcat g 21
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acgtacactg tgtcctacct g 21acgtacactg tgtcctacct g 21
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atgtgtgctc tccgaccagc a 21atgtgtgctc tccgaccagc a 21
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tcggagagca cacatgccct a 21tcggagagca cacatgccct a 21
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tttccagtgt ccattggagg c 21tttccagtgt ccattggagg c 21
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ccatctagtc ttgctgtggc t 21ccatctagtc ttgctgtggc t 21
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tttgtgcccc aggaaatggg g 21tttgtgcccc aggaaatggg g 21
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agtggacttc agcatcatcg c 21agtggacttc agcatcatcg c 21
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ttagcctcca tccttcccct c 21ttagcctcca tccttcccct c 21
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gaggctaagc caccaaccct t 21gaggctaagc caccaaccct t 21
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aagtcaccct gttccccagc t 21aagtcaccct gttccccagc t 21
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cctgcttcct aagccaggag t 21cctgcttcct aagccaggag t 21
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ataagtgacc acatggccct c 21ataagtgacc acatggccct c 21
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cagctggact gtcgggagtg t 21cagctggact gtcgggagtg t 21
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tgatgtctgg gggcagacta t 21tgatgtctgg gggcagacta t 21
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ttctgactag gtttgtgccc c 21ttctgactag gtttgtgccc c 21
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tttgctgcag tccacggtga a 21tttgctgcag tccacggtga a 21
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tccccatgtg cttcacgtac a 21tccccatgtg cttcacgtac a 21
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gaagaactcc ttcaccgtgg a 21gaagaactcc ttcaccgtgg a 21
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attgtacacc cggttcccca t 21attgtacacc cggttcccca t 21
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ctgtgaggag gtgtacgtga a 21ctgtgaggag gtgtacgtga a 21
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<211> 21<211> 21
<212> ДНК<212> DNA
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tgtctgggtg tggcacattt g 21tgtctgggtg tggcacattt g 21
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tttcaacatc actggaagaa atac 24tttcaacatc actggaagaa atac 24
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<211> 21<211> 21
<212> ДНК<212> DNA
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agaaacccct ggggtagaga a 21agaaacccct ggggtagaga a 21
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aagccttgat ctgtaggtgg g 21aagccttgat ctgtaggtgg g 21
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<211> 23<211> 23
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tgttaatttt cacgtgtcct gct 23tgttaatttt cacgtgtcct gct 23
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<211> 22<211> 22
<212> ДНК<212> DNA
<213> Homo sapiens<213> Homo sapiens
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tcattcacta ctggggactt gt 22tcattcacta ctggggactt gt 22
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<211> 26<211> 26
<212> ДНК<212> DNA
<213> Homo sapiens<213> Homo sapiens
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aaaggatata atttattctc ttgctt 26aaaggatata atttattctc ttgctt 26
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actgatttta aatgaatttc tttttgt 27actgatttta aatgaatttc tttttgt 27
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gtctagaacg tttgcgttta tct 23gtctagaacg tttgcgttta tct 23
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gtaacaggag ccaatttact tga 23gtaacaggag ccaatttact tga 23
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ttccaaatat tttttctatg ttgtata 27ttccaaatat tttttctatg ttgtata 27
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tccagctcca ggattgggct t 21tccagctcca ggattgggct t 21
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aattctggat gttatacttt ctcat 25aattctggat gttatacttt ctcat 25
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aatactggtt gccccagcaa c 21aatactggtt gccccagcaa c 21
<210> 2451<210> 2451
<211> 21<211> 21
<212> ДНК<212> DNA
<213> Homo sapiens<213> Homo sapiens
<400> 2451<400> 2451
gccaacattc agcctcagat g 21gccaacattc agcctcagat g 21
<210> 2452<210> 2452
<211> 21<211> 21
<212> ДНК<212> DNA
<213> Homo sapiens<213> Homo sapiens
<400> 2452<400> 2452
ggtgagacat agtgccatgc a 21ggtgagacat agtgccatgc a 21
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<211> 21<211> 21
<212> ДНК<212> DNA
<213> Homo sapiens<213> Homo sapiens
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tcatggaacc agttctgctg c 21tcatggaacc agttctgctg c 21
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<213> Homo sapiens<213> Homo sapiens
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tgctcaattc tctgcatatc tga 23tgctcaattc tctgcatatc tga 23
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tgggattata ggcgtgagcc a 21tgggattata ggcgtgagcc a 21
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agcaagctca tctgttagct aaa 23agcaagctca tctgttagct
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cctttctcaa caagaaaagc ttc 23cctttctcaa caagaaaagc
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aggcaggctt tggttactaa ac 22aggcaggctt tggttactaa ac 22
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gattacgaac ctgagctgct g 21gattacgaac ctgagctgct g 21
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atgacatcat tgcagcagcc aa 22atgacatcat tgcagcagcc aa 22
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acacacacac acacacacac g 21acacacacac acacacacac g 21
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aagctgccag ccagaaacca a 21aagctgccag ccagaaacca a 21
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caggaagcca ggctgaccat c 21caggaagcca ggctgaccat c 21
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tttgaacacc tgttttcaac tattt 25tttgaacacc tgttttcaac tattt 25
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cactaataat atgtgaaggg gaaa 24cactaataat atgtgaaggg gaaa 24
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catatacact ggagtgaaag tac 23
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cttttggtgg accaggcaat g 21cttttggtgg accaggcaat g 21
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aacaggagtc tgttcccact g 21aacaggagtc tgttcccact g 21
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ttccggtagt agccgtcttc a 21ttccggtagt agccgtcttc a 21
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tatttttctc attctgcttg gcc 23tatttttctc attctgcttg
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aaaggtcact agggcccctg a 21aaaggtcact agggcccctg a 21
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gcatagtaaa tagccagtaa atgt 24gcatagtaaa tagccagtaa atgt 24
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<400> 2507<400> 2507
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gcagaagtgc agaatctgaa ac 22gcagaagtgc agaatctgaa ac 22
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gttgaatgct ctcaaccacc c 21gttgaatgct ctcaaccacc c 21
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cacacagaca tgtttctggg c 21cacacagaca tgtttctggg c 21
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ccattgacca gaaagacaaa attt 24ccattgacca gaaagacaaa attt 24
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<212> ДНК<212> DNA
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tctcactttc agctggcttc c 21tctcactttc agctggcttc c 21
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ctggcctaaa tctggatgct g 21ctggcctaaa tctggatgct g 21
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tgccttcaca agccccatct t 21tgccttcaca agccccatct t 21
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tggatgattg caagaccagg g 21tggatgattg caagaccagg g 21
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ttaatgctag ttgaaacctt actta 25ttaatgctag ttgaaacctt actta 25
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gggactcttt gaggcatgtt g 21gggactcttt gaggcatgtt g 21
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aaggggacga gcaacgttac t 21aaggggacga gcaacgttac t 21
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<400> 2585<400> 2585
ctctgtgttc tccagcttgg a 21ctctgtgttc tccagcttgg a 21
<210> 2586<210> 2586
<211> 21<211> 21
<212> ДНК<212> DNA
<213> Homo sapiens<213> Homo sapiens
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tggggtctga cttggatctc a 21tggggtctga cttggatctc a 21
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caagtgtggc acctccatgg a 21caagtgtggc acctccatgg a 21
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ttccaggctg agtcagctcc t 21ttccaggctg agtcagctcc t 21
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tagcacttgg ctggttccac a 21tagcacttgg ctggttccac a 21
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acacaccctc ccgagctcaa t 21acacaccctc ccgagctcaa t 21
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aagtgctgtg gcctcttctg g 21aagtgctgtg gcctcttctg g 21
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ctctcattct ctccctttct ca 22ctctcattct ctccctttct ca 22
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aatgagaatc cgcatgccag c 21aatgagaatc cgcatgccag c 21
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ctttctccct cttttttctt ttttt 25ctttctccct cttttttctt ttttt 25
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<213> Homo sapiens<213> Homo sapiens
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aggtaaaaag aatttccttc agca 24aggtaaaaag aatttccttc agca 24
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cttgcattta aatacctatt tctgt 25cttgcattta aatacctatt tctgt 25
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tggggttgct ttatggagaa ag 22tggggttgct ttatggagaa ag 22
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tctccttccc tctacctgca a 21tctccttccc tctacctgca a 21
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tttgctaaga tgattacaac agga 24tttgctaaga tgattacaac agga 24
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cacagactcc tcctacttcc t 21cacagactcc tcctacttcc t 21
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gaggagaaga atgtggtttg ga 22gaggagaaga atgtggtttg ga 22
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agctgaagag gtcaacccca g 21agctgaagag gtcaacccca g 21
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ataattgcat ctgaacattt ggtc 24ataattgcat ctgaacattt ggtc 24
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<213> Homo sapiens<213> Homo sapiens
<400> 3121<400> 3121
agtttcacca ccccattatt aca 23
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<211> 25<211> 25
<212> ДНК<212> DNA
<213> Homo sapiens<213> Homo sapiens
<400> 3122<400> 3122
gacattcatt ctctttctca taaaa 25gacattcatt ctctttctca taaaa 25
<210> 3123<210> 3123
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actgcacttt agcctgggtg a 21actgcacttt agcctgggtg a 21
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ggtccctata cagtagatgc aa 22ggtccctata cagtagatgc aa 22
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accttggttt ctgtgatttt cttt 24accttggttt ctgtgatttt cttt 24
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tttactacta tatatttatt tttccttt 28tttactacta tatatttatt tttccttt 28
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atttttataa atgtgagggg gatat 25atttttataa atgtgagggg gatat 25
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tccttacaag ttatttcact gatta 25tccttacaag ttatttcact gatta 25
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gaattattta cctttttaaa atgtattt 28gaattattta cctttttaaa atgtattt 28
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tttatttcct ttgttttact tagtttt 27tttatttcct ttgttttact tagtttt 27
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caataatcgt gttttgtttg tttgt 25caataatcgt gttttgtttg tttgt 25
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attaggaaat cttagttaag tacgt 25attaggaaat cttagttaag tacgt 25
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atggggtggt gggttggatt t 21atggggtggt gggttggatt t 21
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tttgttttgt aaattaacgt tttagtt 27tttgttttgt aaattaacgt tttagtt 27
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ggagcaataa agtttgaaga actt 24ggagcaataa agtttgaaga actt 24
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gatgctgttt tgcactatct tga 23gatgctgttt tgcactatct tga 23
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taaccttgaa gtccattcat agaa 24taaccttgaa gtccattcat agaa 24
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gttgctaagc aaccacactt tc 22gttgctaagc aaccacactt tc 22
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| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| RU2019104988A RU2745079C1 (en) | 2019-02-21 | 2019-02-21 | Set of primers for diagnosing genetic cardiomyopathy |
Country Status (1)
| Country | Link |
|---|---|
| RU (1) | RU2745079C1 (en) |
Cited By (2)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| CN113621698A (en) * | 2021-08-08 | 2021-11-09 | 华中科技大学同济医学院附属协和医院 | FLNC gene mutant and application thereof |
| RU2814821C1 (en) * | 2023-06-08 | 2024-03-05 | Федеральное государственное бюджетное научное учреждение "Томский национальный исследовательский медицинский центр Российской академии наук" | Set of synthetic oligonucleotide probes for amplification of complete nucleotide sequence of genes of sarcomeric proteins myh7, tpm1, tnnt2 and tnni3 by pcr method of long dna fragments |
Citations (1)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| US20100062427A1 (en) * | 1992-12-11 | 2010-03-11 | Christine Seidman | Method for detecting disease-associated mutations |
-
2019
- 2019-02-21 RU RU2019104988A patent/RU2745079C1/en active
Patent Citations (1)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| US20100062427A1 (en) * | 1992-12-11 | 2010-03-11 | Christine Seidman | Method for detecting disease-associated mutations |
Non-Patent Citations (5)
| Title |
|---|
| DUONG G. et al. A multiplex PCR strategy to screen for known mutations in families with sudden cardiac death burden. J Biol Methods. 2017 Jul 3; 4(3): e78. * |
| FEDIDA J. et al. Contribution of exome sequencing for genetic diagnostic in arrhythmogenic right ventricular cardiomyopathy/dysplasia. PLoS One. 2017 Aug 2; 12(8): e0181840. * |
| SAGHAFI H. et al. Setting up Multiplex Panels for Genetic Testing of Familial Hypertrophic Cardiomyopathy Based on Linkage Analysis. Iran J Public Health. 2016 Mar; 45(3): 329-39. * |
| САВОСТЬЯНОВ К.В. и др. Новые варианты генома российских детей с генетически обусловленными кардиомиопатиями, выявленные методом массового параллельного секвенирования. Вестник РАМН. 2017; 72 (4): 242-253. * |
| САВОСТЬЯНОВ К.В. и др. Новые варианты генома российских детей с генетически обусловленными кардиомиопатиями, выявленные методом массового параллельного секвенирования. Вестник РАМН. 2017; 72 (4): 242-253. DUONG G. et al. A multiplex PCR strategy to screen for known mutations in families with sudden cardiac death burden. J Biol Methods. 2017 Jul 3; 4(3): e78. SAGHAFI H. et al. Setting up Multiplex Panels for Genetic Testing of Familial Hypertrophic Cardiomyopathy Based on Linkage Analysis. Iran J Public Health. 2016 Mar; 45(3): 329-39. FEDIDA J. et al. Contribution of exome sequencing for genetic diagnostic in arrhythmogenic right ventricular cardiomyopathy/dysplasia. PLoS One. 2017 Aug 2; 12(8): e0181840. * |
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